FAM163A
FAM163AFAM163A | |||||||||||||||||||||||||
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식별자 | |||||||||||||||||||||||||
에일리어스 | FAM163A, C1orf76, NDSP, 시퀀스 유사성 163 멤버A 패밀리 | ||||||||||||||||||||||||
외부 ID | OMIM : 611727 MGI : 3618859 HomoloGene : 18306 GenCard : FAM163A | ||||||||||||||||||||||||
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위키데이터 | |||||||||||||||||||||||||
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세벨린과 신경아세포종 유래 분비단백질(NDSP)로도 알려진 FAM163A는 사람에게서 FAM163A [4]유전자에 의해 암호화되는 단백질이다.이 단백질은 신경아세포종 암세포의 [5][6]증식과 정착지 비의존적 성장을 촉진하는 데 관여하고 있다.게다가, 이 단백질은 만성 [7]흡연자의 폐 조직에서 상향 조절되는 것으로 밝혀졌다.FAM163A는 인간 염색체 1q25.2에서 발견되며 단백질 생성물의 길이는 167 아미노산이다.FAM163A는 매우 고도로 보존된 신호 펩타이드 배열을 포함하고 있으며, 첫 번째 ~37개의 아미노산에 의해 코드화되어 있습니다. 비록 진핵생물에서만 보존되어 있지만, 가장 먼 것은 일본 쌀고기입니다.
진
FAM163A는 약 2,927개의 베이스 페어로 5개의 엑손이 포함되어 있습니다.알려지지 않은 기능의 도메인이 문서화되지 않았지만, 유전자의 코드 영역은 매우 짧으며(약 500개의 염기쌍), 예외적으로 길고 아직 특징지어지지 않은 3' 미번역 영역(UTR)이다.FAM163A는 TOR1AIP1, TOR1AIP2, TDRD5의 [8]세 가지 다른 유전자 근처에 있는 loci126860의 염색체 1의 양성 가닥에 위치합니다.
mRNA
mRNA 수치는 45개의 신경아세포종 종양 검체에서 검사되었으며, 이들 검체 중 43개에서 5개의 골수 검체에서 높은 수준의 NDSP가 발견되었습니다.NDSP는 신경 [5]조직뿐만 아니라 골수에서 암 전이 위험이 증가하는 것과 관련이 있다.NDSP에 적용된 RNA 억제 기술은 세포 증식과 암세포 콜로니 형성을 감소시켰다.또한 이 단백질은 ERK 매개 [6]경로를 통해 성장인자로 작용하도록 결정되었다.
스플라이스 변종
여러 프로그램을 사용하여 Fam163A mRNA의 가능한 스플라이스 변형을 생성할 수 있습니다.Ensembl 데이터베이스는 FAM163A [10]단백질에 대해 코드화된 하나의 가능한 스플라이스 변형을 생성합니다.NCBI의 Aceview는 23개의 가능한 스플라이스 변형을 산출하지만,[11] 이와 관련된 실험 증거는 없다.
단백질
인간의 단백질은 분자량이 17.6킬로달톤(kD)이고 등전점은 5.56입니다.[12]여러 맞춤법에서 비교할 때 이러한 값은 잘 보존됩니다.마지막으로 ExPASy 프로그램 PSORTII는 핵에서 단백질이 국재할 확률을 39.1%로 예측한다. 이는 모든 [13]위치에서 가장 높은 확률이다.
현지화 영역 | 현지화 가능성(%) |
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핵 | 39.1% |
세포질 | 21.7% |
세포외 매트릭스 | 17.4% |
미토콘드리아 | 17.4% |
세포골격 | 4.3% |
호몰로지
NCBI BLAST [14]프로그램을 사용하여 다음과 같은 데이터를 생성하였습니다.이러한 모든 배열에서 흥미로운 모티브는 신호 펩타이드 배열의 예외적인 보존이다. Vasudevan 등의 연구에는 사람의 병렬 단백질(FAM163B)과 [5]생쥐의 FAM163A 정형외과(Ortholog)를 비교한 생체정보학적 분석이 포함되었다.그 결과는 아래에 제시된 정형어 분석과 일치한다.많은 정형어가 나열되지 않은 종에 존재하지만, 일본쌀생선은 신호 펩타이드 배열을 공유하는 마지막 정형어 종이며, 다음으로 가까운 결과는 30% 미만으로 추정 도메인이 없다.ation.
속과 종 | 통칭 | 진화에서 인간으로의 분기(MYA) | 등록 번호 | 단백질 배열 길이 | 인간 단백질에 대한 배열 동일성(%) | 인간 단백질과의 배열 유사도(%) |
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호모 사피엔스 | 인간 | - | NP_775780.1 | 167aaa | - | - |
호모 사피엔스 | 인간(FAM163B - 패럴로그) | - | NP_001073984 | 166aaa | 42% | 52% |
고릴라고릴라 | 고릴라 | 8.8 | XP_004028035 | 167aaa | 99% | 98% |
펠리스카투스 | 고양이 | 94.2 | XP_00399284 | 166aaa | 92% | 92% |
아렉토우사슴도치 | 블랙 플라잉 폭스 | 94.2 | XP_006907838 | 167aaa | 89% | 90% |
오도베누스 로즈마루스 다이버겐스 | 바다코끼리 | 94.2 | XP_004398165 | 166aaa | 88% | 89% |
중편광대 | 9띠 아르마딜로 | 104.2 | XP_004461936 | 165aaa | 87% | 88% |
오초토나프린셉스 | 아메리칸 파이카 | 92.3 | XP_004598689 | 165aaa | 86% | 89% |
근골근 | 마우스 | 92.3 | Q8CAA5 | 168aaa | 85% | 87% |
앨리게이터 미시시피엔시스 | 아메리카악어 | 296 | XP_006276882 | 161aa | 66% | 74% |
시넨시스메로디스카스 | 바다거북 | 296 | XP_004461936 | 164aaa | 64% | 73% |
담쟁이덩굴 | 치킨. | 296 | XP_001234382 | 159aa | 61% | 67% |
오피오파스 한나 | 킹 코브라 | 296 | ETE64717 | 166aaa | 53% | 65% |
다니오 레리오 | 제브라피시 | 400.1 | XP_002660900 | 150aa | 50% | 63% |
시포포호루스황반구라투스 | 서던플랫피시 | 400.1 | XP_005800930 | 163aa | 48% | 60% |
오리지아스라티프스 | 일본산 쌀고기 | 400.1 | XP_004067975 | 163aa | 46% | 60% |
패럴로그
FAM163A에는 9q34.2 염색체에 위치한 FAM163B라는 하나의 패럴로그만 있습니다.두 단백질을 비교한 결과 신호 펩타이드 배열이 동일하다는 것이 밝혀졌다. SDSC의 Biology Workbench를 통해 CLUSTERALW 프로그램을 사용하여 배열의 정체성을 [15]시각화할 수 있었다.
조직 분포
FAM163A는 신체의 대부분의 조직에서 매우 낮은 수준에서 널리 발현된다. 발현은 청소년에게서, 그리고 이전에 보았던 것처럼 만성 흡연자의 폐와 신경아세포에서 [16]더 높다.
레퍼런스
- ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000015484 - 앙상블, 2017년 5월
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "FAM163a Gene". GeneCards. Weizmann Institute of Science. Retrieved 16 May 2014.
- ^ a b c Vasudevan SA, Shang X, Shang X, Chang S, Ge N, Diaz-Miron JL, Russell HV, Hicks MJ, Ludwig AD, Wesson CL, Burlingame SM, Kim ES, Khan J, Yang J, Nuchtern JG (2009). "Neuroblastoma-derived secretory protein is a novel secreted factor overexpressed in neuroblastoma". Mol. Cancer Ther. 8 (8): 2478–89. doi:10.1158/1535-7163.MCT-08-1132. PMC 3618953. PMID 19671756.
- ^ a b Vasudevan SA, Russell HV, Okcu MF, Burlingame SM, Liu ZJ, Yang J, Nuchtern JG (2007). "Neuroblastoma-derived secretory protein messenger RNA levels correlate with high-risk neuroblastoma". J. Pediatr. Surg. 42 (1): 148–52. doi:10.1016/j.jpedsurg.2006.09.064. PMID 17208556.
- ^ Tobacco and Genetics Consortium (2010). "Genome-wide meta-analyses identify multiple loci associated with smoking behavior". Nat. Genet. 42 (5): 441–7. doi:10.1038/ng.571. PMC 2914600. PMID 20418890.
- ^ "NCBI Gene". Retrieved 16 May 2014.
- ^ "NCBI AceView". NCBI.
- ^ "Gene: FAM163A". Ensembl Genome Browser. Wellcome Trust Genome Campus. Retrieved 17 May 2014.
- ^ "AceView: FAM163A". NCBI's AceView.
- ^ "ExPASy: pI/Mw". ExPASy. CBS.
- ^ "ExPASy: PSORTII". ExPASy. CBS.
- ^ "NCBI BLAST". NCBI. Retrieved 17 May 2014.
- ^ "CLUSTALW". SDSC Biology Workbench. University of California, San Diego. Retrieved 17 May 2014.
- ^ Barrett T, Troup DB, Wilhite SE, Ledoux P, Rudnev D, Evangelista C, Kim IF, Soboleva A, Tomashevsky M, Edgar R (January 2007). "NCBI GEO: mining tens of millions of expression profiles--database and tools update". Nucleic Acids Res. 35 (Database issue): D760–5. doi:10.1093/nar/gkl887. PMC 1669752. PMID 17099226.
추가 정보
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Lehner B, Sanderson CM (2004). "A protein interaction framework for human mRNA degradation". Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10.1101/gr.2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.