-
1. Things Change
8 februari 2003 (22 minuten)
Tijdens een trainingssessie in hun ondergrondse verblijfplaats, worden de Turtles en Meester Splinter plots aangevallen door een horde Mousers. Deze allesvernietigende robots zorgen ervoor dat het plafond instort en dat de Turtles gescheiden worden van hun meester. Ze zullen hun thuis moeten verlaten en Splinter moeten zoeken. Onderweg krijgen ze te maken met ingestorte riooltunnels, de Purple Dragon bende en een klein leger goedgetrainde ninja's.
-
2. A Better Mousetrap
15 februari 2003 (22 minuten)
De Turtles komen erachter waar de Mousers, de robots die hun oude thuis hebben vernietigd, vandaan komen. Het gaat om de briljante Dr. Baxter Stockman, die de Mousers presenteert als een middel om van de rattenplaag waar de stad mee kampt af te komen. Donatello repareert één van de kapotte Mousers en de Turtles volgen het door het riool. Ondertussen ontdekt April O'Neil, Stockmans assistente, een geheime, onderaardse faciliteit waar honderden Mousers worden geproduceerd en opgeslagen. Maar met welk doel?
-
3. Attack of the Mousers
22 februari 2003 (22 minuten)
Wanneer April O'Neil wakker wordt in de verblijfplaats van de Turtles, heeft ze er moeite mee om de Turtles en Splinter als de realiteit te ervaren. Ze leert de oorsprong kennen van de Turtles en samen realiseren ze zich dat hun gemeenschappelijke vijand Baxter Stockman en zijn leger Mousers is.
-
4. Meet Casey Jones
1 maart 2003 (22 minuten)
Raphael voelt zich opgesloten onder de grond met alleen zijn broers en Meester Splinter. Wanneer hij Michelangelo bijna afranselt tijdens een stoeipartij, is het duidelijk dat hij een beetje stoom moet gaan afblazen. Dan maakt hij kennis met Casey Jones, een burgerwacht die zich op het randje van rechtvaardigheid bevindt. Raphael wordt geconfronteerd met de realiteit van zijn eigen heethoofdigheid.
-
5. Nano
8 maart 2003 (22 minuten)
Wanneer een wetenschapper per ongeluk een krachtig nanotechnologisch monster met een kinderlijk verstand vrijlaat, neemt het een kruimeldief aan als vaderfiguur. Ze hebben het al gauw gemunt op April's nieuwe antiekwinkel, maar de Turtles komen haar redden. Hoe versla je iets dat zichzelf snel weer herstelt zodra je het kapot slaat?
-
6. Darkness on the Edge of Town
15 maart 2003 (22 minuten)
Wanneer de Turtles een vreemde stroomstoring onderzoeken, ontdekken ze dat de Foot Ninja's een Japans zwaard stelen uit een museum. Ze komen erachter dat het hier niet om een alledaags zwaard gaat. En wat is de Foot Clan hiermee van plan?
-
7. The Way of Invisibility
22 maart 2003 (22 minuten)
Nadat Casey Jones zich nogal ongewenst maakt bij de Turtles thuis, neemt Raphael hem mee naar boven om een ''luchtje te gaan scheppen''. Hier stuiten ze op Foot Tech Ninja's, die de mogelijkheid hebben zichzelf onzichtbaar te maken. Raph wordt gepakt en ondervraagd, maar Casey slaagt erin te ontsnappen en de anderen te waarschuwen. Raphael slaagt er op zijn beurt in te ontsnappen, maar wordt, zonder dit te weten, gevolgd door een horde Foot Tech Ninja's. Zullen Casey en de anderen Raph op tijd kunnen bereiken, voordat hij de ongenodigde gasten mee naar hun schuilplaats neemt?
-
8. Fallen Angel
29 maart 2003 (22 minuten)
Tijdens een nachtelijke trainingsronde, onderbreken de Turtles en Casey een inbraak van de Purple Dragons. Eén van de criminelen is Angel, een meisje dat Casey kent uit zijn buurt. Ze is tot alles bereid om een Purple Dragon te worden. Casey probeert te voorkomen dat Angel het verkeerde pad opgaat, maar dit leidt ertoe dat hij zelf gevangen wordt genomen door de Purple Dragons en als ''prijs'' dient voor de winnaar van de vechtclub competitie die georganiseerd wordt door de bende. Het is nu aan Angel om de Turtles in te schakelen en Casey te helpen. De Turtles zullen het moeten opnemen tegen de grootste en gemeenste bendeleden, waaronder Hun, de reusachtige leider.
-
9. Garbageman
5 april 2003 (22 minuten)
De Turtles hebben vriendschap gesloten met een groepje daklozen. Ze raken bezorgd wanneer hun vrienden 's nachts op mysterieuze wijze beginnen te verdwijnen. Na wat detectivewerk komen ze uit bij de Garbageman: een immense, stinkende ego, die daklozen ontvoert en ze als slaven houdt om een eigen rijk te bouwen met vuilnis als bouwstenen. Tijd voor de Turtles om het vuilnis buiten te zetten!
-
10. The Shredder Strikes: Part 1
12 april 2003 (22 minuten)
Shredder probeert Leonardo ervan te overtuigen dat de Foot Clan aan de goede kant staat en dat de Turtles zouden moeten samenwerken. Leonardo gaat akkoord en wil de anderen overtuigen, totdat hij hoort wat Splinter weet over de Shredder. Leonardo realiseert zich dat hij voor de gek gehouden is en besluit met zijn broers de strijd aan te gaan.
-
11. The Shredder Strikes: Part 2
19 april 2003 (22 minuten)
De Turtles vechten met hun meest zware tegenstander tot dusver: de Shredder. De Turtles raken vermoeid en kunnen zich niet staande houden tegen de Shredder. Ze slagen erin te ontsnappen, maar raken daarbij gescheiden van elkaar. Kunnen ze individueel overleven? Kunnen ze weer op tijd bij elkaar komen om de Shredder te verslaan?
-
12. The Unconvincing Turtle Titan
3 mei 2003 (22 minuten)
Erin gelovend dat de Turtles veel meer kunnen betekenen voor de stad, en geïnspireerd door de iconische superheld Silver Sentry, besluit Michelangelo een gokje te wagen op een bestaan als superheld. Hij komt er al snel achter dat dit baantje niet niks is. Hij stuit zelfs op een manipulatie-experiment van Silver Sentry's aartsvijand Dr. Malignus.
-
13. Notes from the Underground: Part 1
10 mei 2003 (22 minuten)
Wanneer Donatello onderzoek doet naar mysterieuze kristallen, trekt dit de aandacht van een ondergronds monster. De Turtles gaan op onderzoek uit en stuiten op een genetisch lab van de Foot. Een hier achtergelaten videoblog, laat een reeks vreemde experimenten zien en onthult meer van Shredder's mysterieuze plannen. De Turtles zullen moeten uitkijken voor de mutanten die het resultaat zijn van deze experimenten.
-
14. Notes from the Underground: Part 2
17 mei 2003 (22 minuten)
Nadat ze een verlaten laboratorium van de Foot ontdekt hebben en aangevallen zijn door Quarry, komen de Turtles erachter dat de monsters ooit mensen waren. De Turtles besluiten Quarry te helpen om een krachtveld te repareren dat hen zal beschermen tegen de gewetenloze beesten die rondzwerven in de tunnels. Het krachtveld heeft een nieuwe kristallen krachtbron nodig, maar de enige manier om daar aan te komen is door nog dieper onder de grond te reizen. Ze zullen moeten afreizen naar de catacomben waar velen op mysterieuze wijze zijn verdwenen..
-
15. Notes from the Underground: Part 3
24 mei 2003 (22 minuten)
Wanneer de Turtles en hun nieuwe bondgenoten één voor één beginnen te verdwijnen, blijft alleen Michelangelo over. Hij treft de verantwoordelijke uiteindelijk aan in een ondergrondse stad, waarvan hij de enige overlevende is. Aangezien hij de wezens weer terug wil veranderen in mensen, lijken zijn bedoelingen in eerste instantie goed. Toch blijkt er iets niet in de haak te zijn met dit plan.
-
16. The King
31 mei 2003 (22 minuten)
Nu de Turtles allemaal in April's appartement wonen, lopen de zaken een beetje uit de hand. Donatello maakt kennis met Kirby, een kunstenaar die de kelder van April heeft gehuurd. Door de krachten van een vreemd kristal in de potlood van Kirby, is hij in staat om alles wat hij tekent tot leven te brengen. Dit betreft ook een eigen gecreëerde wereld; een wereld waarin hij en Donatello vast komen te zitten en waar de omstandigheden alleen nog maar merkwaardiger lijken te worden.
-
17. The Shredder Strikes Back: Part 1
7 juni 2003 (22 minuten)
Wanneer Leonardo aan het trainen is, loopt hij in een hinderlaag. Hij krijgt te maken met Foot Ninja's, Foot Tech Ninja's, Hun en een nieuwe bedreiging: de Foot Elite. Bij April thuis worden Donatello, Raphael en Michelangelo moe van het wachten op Leo en ze besluiten hem te gaan zoeken. Maar is het te laat?
-
18. The Shredder Strikes Back: Part 2
14 juni 2003 (22 minuten)
Wanneer de Foot Ninja's April's appartement binnenvallen, moeten de Turtles alles op alles zetten om de gewonde Leonardo in veiligheid te brengen. Shredder verhoogt de spanning, wanneer hij erin slaagt hen op te sluiten in de brandende antiekwinkel zonder uitweg.
-
19. Tales of Leo
13 september 2003 (22 minuten)
De Turtles, Splinter, Casey en April slagen er maar net in om te ontsnappen uit de exploderende antiekwinkel. Ze besluiten zich terug te trekken in de oude boerderij van Casey's grootmoeder, maar Leonardo is ernstig verwond, waarbij hij constant buiten bewustzijn raakt. Tijdens zijn herstelproces, vertellen de Turtles en Splinter hem verhalen over zijn eerste avonturen. Dit met het doel hem weer terug te brengen naar de huidige wereld.
-
20. The Monster Hunter
20 september 2003 (22 minuten)
Terwijl ze nog steeds zijn aan het aansterken op de boerderij van Casey's grootmoeder, beginnen de Turtles zich te vervelen. Totdat een wetenschapper, bekend als de ''Monster Hunter'' naar het gebied afreist op zoek naar een legendarisch monster, die gezien zou zijn in de bossen. Casey, Mike en Don besluiten zich hier een beetje mee te vermaken, maar het wordt allemaal een beetje vreemd wanneer zij erachter komen dat, naast henzelf, nog een ander groot, groen wezen op de loer ligt. Kunnen ze ontkomen aan zowel dit monster als de monsterjager?
-
21. Return to New York: Part 1
27 september 2003 (22 minuten)
Nu Leonardo volledig hersteld is, is het doel duidelijk: de Shredder voor eens en altijd vernietigen. April biedt assistentie via de computer, terwijl de Turtles een aanslag plegen op de wolkenkrabber, het hoofdkwartier van de Foot. Ze vechten zich naar de top van het gebouw, waarbij ze te maken krijgen met Foot Ninja's en Foot Tech Ninja's. Geen van hen is er echter voorbereid op wat ze aantreffen in een genetisch laboratorium..
-
22. Return to New York: Part 2
4 oktober 2003 (22 minuten)
De Turtles en Splinter zetten al vechtend hun tocht door de wolkenkrabber van de Foot voort. Ze krijgen te maken met Shredder's klonen, Foot Tech Ninja's en de krachtige Foot Mystics. Alsof dat nog niet genoeg is, besluit Baxter Stockman dat het tijd is om ten tonele te verschijnen.
-
23. Return to New York: Part 3
11 oktober 2003 (22 minuten)
Nu Stockman zich in het eindgevecht gemengd heeft, zullen de Turtles tijdelijk met Shredder moeten samenwerken om Stockman's pak uit te schakelen voordat hij er iedereen mee vernietigt. Nu hen alles tegen zit bovenop Shredder's wolkenkrabber, rijst de vraag of de Turtles een overwinning kunnen boeken. Welke rol speelt het Zwaard van Tengu hierbij?
-
24. Lone Raph and Cub
18 oktober 2003 (22 minuten)
Nu Splinter op mysterieuze wijze verdwenen is, voelen de Turtles zich gefrustreerd. Ze weten niet waar ze moeten beginnen met zoeken. Raphael kan het geduld dat komt kijken bij het maken van strategieën niet langer opbrengen en gaat er alleen op uit. Hij raakt hierbij direct in de problemen en krijgt te maken met een bende misdadigers.
-
25. Search for Splinter: Part 1
25 oktober 2003 (22 minuten)
Wanneer de Turtles hun zoektocht naar Splinter voortzetten, richten ze hun aandacht op de mysterieuze 'Guardians'. Het spoor dat ze volgen leidt al gauw naar een gebouw dat bekend staat als ''TCRI''. Deze letters stonden ook op de tube waar de ooze, het goedje dat verantwoordelijk is voor hun mutatie, in zat. Nu ze twee redenen hebben om een bezoekje te brengen aan het gebouw, schakelen de Turtles zowel April als Casey in om hen te helpen binnendringen.
-
26. Search for Splinter: Part 2
1 november 2003 (22 minuten)
De Turtles slagen er in om in het mysterieuze gebouw te infiltreren en treffen de bewusteloze Splinter aan in een stase-container. Ze ontdekken echter ook dat er meer met de laboranten aan de hand is dan dat je op het eerste gezicht zou denken..