TWI787599B - 嵌合抗原和t細胞受體及使用方法 - Google Patents
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Abstract
本發明提供一種嵌合抗原受體(CAR)或T細胞受體(TCR),其包含本文所揭示之細胞外域。本發明之一些態樣關於一種編碼嵌合抗原受體(CAR)或T細胞受體(TCR)之多核苷酸,其包含本文所揭示之細胞外域。本發明之其他態樣關於包含CAR或TCR之細胞及彼等於T細胞療法之用途。
Description
本申請案主張於2016年4月1日申請的美國臨時專利申請案62/317,258之利益,特此以全文引用方式併入該專利申請案之內容。
參照序列表
本申請案含有已以ASCII格式電子提交之序列表且其全文以引用方式併入本文中。
人類癌症根據其性質係由進行遺傳性或非遺傳性轉化而變成異常癌細胞的正常細胞組成。在這情況下,癌細胞開始表現不同於由正常細胞所表現的蛋白質及其他抗原。這些異常腫瘤抗原可被人體先天免疫系統用來特異性靶向與殺死癌細胞。然而,癌細胞使用各種機制來
防止免疫細胞(例如T淋巴球與B淋巴球)成功地靶向癌細胞。
目前的療法T細胞療法依賴經濃化或經改造的T細胞來靶向及殺死患者中的癌細胞。為了增加T細胞靶向及殺死特定癌細胞之能力,已發展方法來設計T細胞以表現將T細胞導向特定靶癌細胞的構築體。嵌合抗原受體(CAR)和工程改造T細胞受體(TCR),其包含能夠與特定腫瘤抗原相互作用的結合域,允許T細胞靶向並殺死表現特定腫瘤抗原的癌細胞。
存在用於靶向和殺死癌細胞之改良CAR和TCR的需要。
本發明藉由提供來包含表現特異性靶向及殺死癌細胞的抗原受體(CAR)或T細胞受體(TCR)之基因工程改造免疫細胞之組成物和方法來滿足此需求。
CAR可包含(例如)(i)抗原特異性成分(“抗原結合分子”),(ii)一或多種共刺激域(其包括鉸鏈域),和(iii)一或多種活化域。各域可為異源的,即,由衍生自不同蛋白鏈之序列組成。表現CAR之免疫細胞(諸如T細胞)可用於各種療法,包括癌症療法。
如下包括實施例部分所更詳地細描述,當相較於包含包括完整鉸鏈域(“CHD”)的共刺激域之CAR,包
含包括截短鉸鏈域(“THD”)的共刺激域之CAR意外地提供優越性質。編碼該等CAR之多核苷酸可被轉導至T細胞中且CAR係表現於T細胞(例如,患者自己的T細胞)。當經轉導之T細胞被移植回到患者時,該等CAR指示T細胞以識別和結合存在於癌細胞表面上之表位,因此,允許結合癌細胞而不是非癌細胞。此結合在特異性殺死結合的癌細胞之T細胞中導致細胞溶解機制之活化。在本發明之前,不知道包含THD之CAR優於包含CHD之CAR。因此,本發明符合治療癌症的新穎和改良療法所存在之未滿足的需求。
本發明之一態樣為一種經分離的編碼嵌合抗原受體(CAR)或T細胞受體(TCR)之多核苷酸,其包含(i)抗原結合分子,(ii)共刺激域,及(iii)活化域。該共刺激域包含細胞外域、跨膜域、和細胞內域,其中該細胞外域包含基本上由下列組成或由下列組成之截短鉸鏈域(truncated hinge domain):(i)與SEQ ID NO:1之胺基酸123至152至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列,及隨意地,(ii)一至六個胺基酸。
在一些實施態樣中,該一至六個胺基酸為異源性胺基酸。
在一些實施態樣中,該截短鉸鏈域基本上由下列組成或由下列組成:與SEQ ID NO:1之胺基酸123至152至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,
至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,該胺基酸序列係由與SEQ ID NO:2至少約60%,至少約70%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列編碼。
在一些實施態樣中,該跨膜域為4-1BB/CD137之跨膜域、T細胞受體之α鏈、T細胞受體之β鏈、CD3 ε、CD4、CD5、CD8 α、CD9、CD16、CD19、CD22、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154、或T細胞受體之ζ鏈、或其任何組合。
在一些實施態樣中,該跨膜域包含與SEQ ID NO:5至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,該跨膜域係由與SEQ ID NO:4至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列編碼。
在一些實施態樣中,該細胞內域包含4-1BB/CD137之傳訊區、活化NK細胞受體、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、BTLA、CD100(SEMA4D)、CD103、CD160(BY55)、CD18、CD19、CD19a、CD2、
CD247、CD27、CD276(B7-H3)、CD29、CD3 δ、CD3 ε、CD3 γ、CD30、CD4、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD69、CD7、CD84、CD8α、CD8β、CD96(Tactile)、CD1 1a、CD1 1b、CD1 1c、CD1 1d、CDS、CEACAM1、CRT AM、細胞介素受體、DAP-10、DNAM1(CD226)、Fc γ受體、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-1、ICAM-1、Ig α(CD79a)、IL2R β、IL2R γ、IL7R α、免疫球蛋白樣蛋白、可誘導T細胞共刺激因子(ICOS)、整合素、ITGA4、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB2、ITGB7、ITGB1、KIRDS2、LAT、LFA-1、LFA-1、與CD83特異性結合之配體、LIGHT、LIGHT(腫瘤壞死因子超家族成員14;TNFSF14)、LTBR、Ly9(CD229)、淋巴細胞功能相關之抗原-1(LFA-1(CD1 1a/CD18)、第一類MHC分子、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、OX-40、PAG/Cbp、程序性死亡-1(PD-1)、PSGL1、SELPLG(CD162)、傳訊淋巴細胞性活化分子(SLAM蛋白)、SLAM(SLAMF1;CD150;IPO-3)、SLAMF4(CD244;2B4)、SLAMF6(NTB-A;Ly108)、SLAMF7、SLP-76、TNF受體蛋白、TNFR2、Toll配體受體、TRANCE/RANKL、VLA1、或VLA-6、或其組合。
在一些實施態樣中,該細胞內域包含4-1BB/CD137傳訊區。
在一些實施態樣中,該細胞內域包含與SEQ
ID NO:7至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,該細胞內域包含由與SEQ ID NO:6至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列編碼的胺基酸序列。
在一些實施態樣中,該抗原結合分子包含重鏈可變區(VH)和輕鏈可變區(VL),其中該VH包含3個互補決定區(CDR)且該VL包含3個CDR。
在一些實施態樣中,該抗原結合分子特異性結合選自由下列所組成之群組的抗原:5T4、α胎蛋白、B細胞成熟抗原(BCMA)、CA-125、癌胚抗原、CD19、CD20、CD22、CD23、CD30、CD33、CD56、CD123、CD138、c-Met、CSPG4、C-型凝集素樣分子1(CLL-1)、EGFRvIII、上皮腫瘤抗原、ERBB2、FLT3、葉酸結合蛋白、GD2、GD3、HER1-HER2組合、HER2-HER3組合、HER2/Neu、HERV-K、HIV-1包膜糖蛋白gp41、HIV-1包膜糖蛋白gp120、IL-11Rα、κ鏈、λ鏈、黑色素瘤相關之抗原、間皮素(mesothelin)、MUC-1、突變p53、突變ras、前列腺特異性抗原、ROR1、或VEGFR2、或其組合。
在一些實施態樣中,該抗原結合分子特異性結合BCMA、CLL-1、或FLT3。
在一些實施態樣中,該活化域包含與SEQ ID
NO:9或SEQ ID NO:251至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,該活化域係由與SEQ ID NO:8至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列編碼。
在一些實施態樣中,該CAR或TCR另外包含前導肽(leader peptide)。
在一些實施態樣中,該前導肽包含與SEQ ID NO:11至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,該前導肽係由與SEQ ID NO:10至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列編碼。
本發明之另一態樣為包含上述態樣或實施態樣的多核苷酸之載體。
在一些實施態樣中,該載體為腺病毒載體、腺病毒相關的載體、DNA載體、慢病毒(lentiviral)載體、質體、反轉錄病毒載體、或RNA載體、或其任何組合。
本發明之又一態樣為一種由上述態樣或實施態樣之多核苷酸或上述態樣或實施態樣之載體編碼的多
肽。
在另一態樣中,本發明其包含上述態樣或實施態樣之多核苷酸、上述態樣或實施態樣之載體、上述態樣或實施態樣之多肽、或其任何組合之細胞。
在一些實施態樣中,該細胞為T細胞。
在一些實施態樣中,該T細胞為同種異體T細胞、自體T細胞、工程改造自體T細胞(eACTTM)、或腫瘤浸潤淋巴細胞(TIL)。
在一些實施態樣中,該T細胞為CD4+ T細胞。
在一些實施態樣中,該T細胞為CD8+ T細胞。
在一些實施態樣中,該T細胞為活體外細胞。
在一些實施態樣中,該T細胞為自體T細胞。
本發明之一態樣為一種組成物,其包含上述態樣或實施態樣之多核苷酸,包含上述態樣或實施態樣之載體,包含上述態樣或實施態樣之多肽,或包含上述態樣或實施態樣之細胞。
在一些實施態樣中,將該組成物調配以遞送至個體,隨意地,包含至少一種醫藥上可接受的賦形劑。
本發明之另一態樣為一種製造表現CAR或TCR的細胞之方法,其包含在適當條件下以上述態樣或實施態樣之多核苷酸轉導細胞。
在一些實施態樣中,該方法另外包含分離細胞。
本發明之又一態樣為一種誘發抗腫瘤的免疫
性之方法,其包含將有效量之上述態樣或實施態樣之多核苷酸、上述態樣或實施態樣之載體、上述態樣或實施態樣之多肽、或其任何組合的細胞投予至個體。
在另一態樣中,本發明為一種在需要該治療之個體中治療癌症之方法,其包含將上述態樣或實施態樣之多核苷酸、上述態樣或實施態樣之載體、上述態樣或實施態樣之多肽、上述態樣或實施態樣之細胞、或上述態樣或實施態樣之組成物投予至個體。
在一些實施態樣中,該癌症為血液癌。
在一些實施態樣中,該癌症為白血球之癌症。
在一些實施態樣中,該癌症為漿細胞之癌症。
在一些實施態樣中,該癌症為白血病、淋巴瘤、或骨髓瘤。
在一些實施態樣中,該癌症為急性淋巴母細胞白血病(ALL)(包括非T細胞ALL)、急性骨髓性白血病、B細胞前淋巴細胞性白血病、B細胞急性淋巴性白血病(“BALL”)、母細胞性類漿細胞樹突細胞腫瘤、伯基特氏淋巴瘤(Burkitt's lymphoma)、慢性淋巴球性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、慢性骨髓性白血病、慢性或急性白血病、瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、毛髮細胞白血病、霍奇金氏(Hodgkin)病、惡性淋巴球增生病況、MALT淋巴瘤、外膜細胞淋巴瘤、邊緣區
淋巴瘤、意義不明的單株γ球蛋白症(MGUS)、多發性骨髓瘤、骨髓發育不良和骨髓增生異常症候群、非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)、漿細胞增生性病(包括無症狀骨髓瘤(和緩型多發性骨髓瘤或無痛性骨髓瘤)、漿母細胞淋巴瘤、類漿細胞樹突細胞腫瘤、漿細胞瘤(包括漿細胞惡液質;孤立性骨髓瘤;孤立性漿細胞瘤;髓外漿細胞瘤;及多發性漿細胞瘤)、POEMS症候群(亦稱為克羅-富克斯症候群(Crow-Fukase syndrome);高槻病(Takatsuki disease);及PEP症候群)、原發性縱隔大B細胞淋巴瘤(PMBC)、小細胞-或大細胞-濾泡性淋巴瘤、脾邊緣區淋巴瘤(SMZL)、全身性類澱粉輕鏈類澱粉變性、T細胞急性淋巴性白血病(“TALL”)、T細胞淋巴瘤、轉化濾泡性淋巴瘤、或華氏(Waldenstrom)巨球蛋白血症、或其組合。
通常,本發明關於工程改造自體細胞療法(縮寫為“eACTTM”)也稱為過繼性細胞轉移。eACTTM,是一種藉由採集患者自己的T細胞及接著基因工程改造以辨識及靶向表現於一或多種特定癌細胞之細胞表面上的一或多種抗原之方法。可將T細胞工程改造以表現(例如)CAR或TCR。將CAR陽性(CAR+)T細胞工程改造以表現CAR。CAR可包含(例如)對特定腫瘤抗原具有特異性之細胞外單鏈可變片段(scFv),其直接或間接地連接至包含至少一種共刺激域之細胞內傳訊部分,該共刺激域直接或間接地連接至至少一種活化域;該等組成可以任何順序排列。該共刺激域可衍生自該項技術已知的共刺激蛋白,例如,SEQ
ID NO:1,及該活化域可衍生自(例如)CD3-ζ之任可形式。在一些實施態樣中,將CAR設計成具有二、三、四、或更多個共刺激域。在一些實施態樣中,將CAR工程改造以使該共刺激域被表現為單獨的多肽鏈。CAR T細胞療法與構築體的實例係描述於美國專利公開號2013/0287748、2014/0227237、2014/0099309、和2014/0050708;國際專利公開號WO2012033885、WO2012079000、WO2014127261、WO2014186469、WO2015080981、WO2015142675、WO2016044745、和WO2016090369;及Sadelain等人,Cancer Discovery,3:388-398(2013),彼等各個以其全文引用方式併入本文中。
本文所述之任何態樣或實施態樣可與如本文所揭示的其他態樣或實施態樣組合。雖然已結合其詳細說明描述本發明,但是前述說明旨在說明而不是限制本發明的範圍,本發明的範圍由所附申請專利範圍限定。其他態樣、優點、和改良在下列申請專利範圍的範圍內。
本文中所提及的專利和科學文獻建立熟習該項技術者可獲得的知識。本文中引用的所有美國專利及公開或未公開的美國專利申請案係以引用方式併入本文中。本文中所引用的所有公開的外國專利和專利申請案係以引用方式併入本文中。本文中引用的所有其他公開參考文獻、詞典、文獻、手稿和科學文獻係以引用方式併入本文中。
從圖式和下列詳細說明(包括實例和申請專利
範圍)將顯而易見本發明之其他特徵和優點。
發明之詳細說明
本發明關於包含新穎截短鉸鏈域(“THD”)之新穎多肽和編碼其之多核苷酸。本發明之一些態樣關於編碼包含本文所揭示的THD的嵌合抗原受體(CAR)或T細胞受體(TCR)之多核苷酸。本發明亦提供包含該等多核苷酸之載體(例如,病毒載體)及包含該等多核苷酸之組成物。本發明進一步提供編碼該等CAR或TCR之多核苷酸及包含該等多核苷酸之組成物。本發明另外提供包含該等多核苷酸及/或用該等病毒載體轉導之工程改造細胞(例如,T細胞)及包含該等工程改造細胞之組成物。本發明提供包括多個工程改造T細胞之組成物(例如,醫藥組成物)。本發明提供一種製造該等工程改造T細胞和組成物之方法和該等工程改造T細胞和組成物之用途(例如,用於治療黑色素瘤)。且,本發明提供一種誘發抵抗腫瘤的免疫性之方法,其包含將有效量之包含本發明之多核苷酸、載體、或多肽的細胞投予至個體。本發明之其他態樣關於包含CAR或TCR之細胞及彼等用於治療患有癌症的患者的T細胞療法(例如,自體細胞療法(eACTTM))之用途。
定義
為了使本發明更容易理解,首先在下文中定義某些術語。下列術語和其他術語的額外定義係闡述於整
個說明書中。
如本說明書及所附申請專利範圍中所使用,除非上下文另外明確指示,否則單數形式“一(a/an)”及“該”包括複數個指示物。
除非具體說明或從上下文顯而易見,如本文所用,術語“或”係理解為包括或涵蓋“或”與“及”。
術語“及/或”在用於本文中之情況下應視為兩種指定特徵或組分中之每一者有或沒有另一者之特定揭示內容。因此,術語“及/或”如使用於本文之短語諸如“A及/或B”中意欲包括A和B;A或B;A(單獨);及B(單獨)。同樣,術語“及/或”如使用於短語諸如“A、B及/或C”中意欲涵蓋以下態樣中之各者:A、B及C;A、B或C;A或C;A或B;B或C;A和C;A和B;B和C;A(單獨);B(單獨);及C(單獨)。
術語“例如”和“即”如本文所用,僅作為示例使用,而沒有限制意圖,並且不應解釋為僅指說明書中所明確列舉的項目。
術語“或多”、“至少”、“大於”、等等,例如,“至少一”係理解為包括但不限於此至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、1920、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、
68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149或150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000或大於所述值,亦包括介於之間任的何較大數字或分數。
相反地,術語“不大於”包括小於所述值之各值。例如,“不大於100個核苷酸”包括100、99、98、97、96、95、94、93、92、91、90、89、88、87、86、85、84、83、82、81、80、79、78、77、76、75、74、73、72、71、70、69、68、67、66、65、64、63、62、61、60、59、58、57、56、55、54、53、52、51、50、49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1、和0個核苷酸。亦包括介於之間任的何較小數字或分數。
術語“複數”、“至少二”、“二或多、“至少第二”、等等,係理解為包括但不限於至少2、3、4、5、6、
7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、1920、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149或150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000或更多。亦包括介於之間任的何較大數字或分數。
在整個說明書中,詞語“包括”或變型例如“包含(comprises或comprising)”將理解為暗示包括所述單元(element)、整數或步驟、或單元、整數或步驟之群組,但不排除任何其他單元(element)、整數或步驟、或單元、整數或步驟之群組。據了解,在任何情況下在本文中用語言“包含”描述態樣,或者以“由...組成”及/或“基本上由...組成”描述的類似態樣提供。
除非具體說明或從上下文顯而易見,如本文
所用,術語“約”係指一般技藝人士所測定之特定值或組成的可接受誤差範圍內的值或組成,其一部分將取決於如何測量或測定到該值或組成,即測量系統之限制。例如,“約”或“基本上由...組成(comprising essentially of)”可意指按照該項技術中的實務在1以內或大於1之標準偏差。“約”或“基本上由...組成”可意指至多10%(即±10%)的範圍。因此,“約”可理解為在大於或小於所述值之10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.1%、0.05%、0.01%,或0.001%內。例如,約5mg可包括4.5mg和5.5mg之間的任何量。此外,特別地關於生物系統或程序,該術語可意指至多一個數量級或至多5倍的值。當在本揭示中提供特定值或組成時,除非另有說明,否則“約”或“基本上由...組成”之意義應假定為在該特定值或組成的可接受誤差範圍內。
如本文所述,任何濃度範圍、百分比範圍、比率範圍或整數範圍應理解為包括所述範圍內之任何整數的值,且在適當時包括其分數(諸如整數的十分之一和百分之一),除非另有說明。
本文所用之單位、字首及符號係以其國際單位制(Système International de Unites;SI)所接受的形式提供。數值範圍包括界定該範圍之數字。
除非另有定義,否則本文中所用之所有技術及科學術語均具有與本揭示相關之一般技術者通常所理解者相同之意義。例如,Juo,“The Concise Dictionary of
Biomedicine and Molecular Biology”,第2版,(2001),CRC Press;“The Dictionary of Cell & Molecular Biology”,第5版,(2013),Academic Press;及“The Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology”,Cammack等人編輯,第2版,(2006),Oxford University Press,為熟習該項技術者提供本揭示中所用之許多術語的通用辭典。
“投予”係指使用熟習該項技術者已知的各種方法及遞輸系統中之任一者將藥劑物理引入至個體。本文揭示之調合物的示例性投予途徑包括靜脈內、肌肉內、皮下、腹膜內、脊椎或其他腸胃外投予途徑,例如藉由注射或輸注。短語“腸胃外投予”如本文所用意指通常藉由注射之除腸及局部投予以外的投予模式,且包括(不限於)靜脈內、肌肉內、動脈內、鞘內、淋巴管內、病灶內、囊內、眶內、心內、皮內、腹膜內、經氣管、皮下、表皮下、關節內、囊下、蛛膜下、脊柱內、硬膜外及胸骨內注射及輸注,以及活體內電穿孔。在一些實施態樣中,調合物經由非腸胃外途徑,較佳經口投予。其他非腸胃外途徑包括局部、表皮或經黏膜投予途徑,例如鼻內、經陰道、經直腸、舌下或局部。投予亦可例如進行一次、多次及/或經一或多個延長週期。
術語“抗體”(Ab)包括(但不限於)特異性結合於抗原之糖蛋白免疫球蛋白。通常,抗體可包含藉由二硫鍵互連之至少兩個重(H)鏈及兩個輕(L)鏈或其抗原-結合分
子。各H鏈包含重鏈可變區(本文中縮寫為VH)及重鏈恆定區。重鏈恆定區包含三個恆定域CH1、CH2及CH3。各輕鏈包含輕鏈可變區(本文中縮寫為VL)及輕鏈恆定區。輕鏈恆定區包含一個恆定域CL。VH及VL區可進一步再分成高變區,稱為互補決定區(CDR),其中穿插更保守的區域,稱為架構區(FR)。各個VH及VL包含三個CDR及四個FR,以下列順序從胺基端排列至羧基端:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。重鏈及輕鏈之可變區含有與抗原相互作用之結合域。Ab之恆定區可媒介免疫球蛋白結合至宿主組織或因子,包括免疫系統之各種細胞(例如效應細胞)及典型補體系統之第一組分(C1q)。
抗體可包括(例如)單株抗體、重組產生之抗體、單特異性抗體、多特異性抗體(包括雙特異性抗體)、人類抗體、工程改造抗體、人源化抗體、嵌合抗體、免疫球蛋白、合成抗體、包含二重鏈及二輕鏈分子之四聚體抗體、抗體輕鏈單體、抗體重鏈單體、抗體輕鏈二聚體、抗體重鏈二聚體、抗體輕鏈-抗體重鏈對、內抗體、抗體融合(在本文中有時稱為“抗體共軛體(conjugates)”)、雜共軛體(heteroconjugate)抗體、單域抗體、單價抗體、單鏈抗體或單鏈Fvs(scFv)、駱駝化(camelized)抗體、親合體(affybody)、Fab片段、F(ab’)2片段、二硫化物連接之Fvs(sdFv)、抗遺傳型(抗Id)抗體(包括例如抗-抗Id抗體)、迷你抗體(minibodies)、域抗體、合成抗體(在本文中有時稱為“抗體模擬物”)及上述任一之抗原-結合片段。在某些
實施態樣中,本文所述之抗體意指多株抗體群。
免疫球蛋白可源自任一通常已知的同型,包括但不限於IgA、分泌性IgA、IgG、IgE及IgM。IgG子類亦為該項技術者眾所周知,且包括但不限於人類IgG1、IgG2、IgG3及IgG4。“同型”係指由重鏈恆定區基因編碼之Ab類別或子類(例如IgM或IgG1)。術語“抗體”包括例如天然與非天然Ab;單株及多株Ab;嵌合及人源化Ab;人類或非人類Ab;完全合成Ab;以及單鏈Ab。非人類Ab可藉由重組方法人源化以降低其在人中之免疫原性。在未明確陳述之情況下,且除非上下文另有指示,否則術語“抗體”亦包括上述免疫球蛋白任一者的抗原結合片段或抗原結合部分,且包括單價及二價片段或部分,及單鏈Ab。
“抗原結合分子”、“抗原結合部分”、或“抗體片段”係指包含分子從其衍生出之抗體的抗原結合部分(例如,CDR)之任何分子。抗原結合分子可包括抗原互補決定區(CDR)。抗體片段的實例包括但不限於Fab、Fab'、F(ab')2、Fv片段、dAb、線性抗體、scFv抗體、與由抗原結合分子形成的多特異性抗體。肽體(即,包含肽結合域之Fc融合分子)為適當抗原結合分子的另一實例。在一些實施態樣中,該抗原結合分子結合至腫瘤細胞上的抗原。在一些實施態樣中,該抗原結合分子結合至涉及過度增生性疾病之細胞上的抗原或結合至病毒或細菌抗原。在某些實施態樣中,該抗原結合分子結合至BCMA、CLL-1、或FLT3。在另一實施態樣中,該抗原結合分子為特異性結
合至抗原之抗體片段,包括其互補決定區(CDR)中之一或多者。在另一實施態樣中,該抗原結合分子為單鏈可變片段(scFv)。在一些實施態樣中,該抗原結合分子包含avimers或由avimers組成。
如本文所使用,術語“可變區”或“可變域”係交替使用且為該項技術中常見。可變區通常指抗體之部分,一般,輕鏈或重鏈之部分,通常地成熟重鏈中約胺基端110至120胺基酸及成熟輕鏈中約90至115胺基酸,其序列在抗體之間廣泛地不同,且用於特定抗體對其特定抗原的結合及特異性。序列的可變性集中於彼等稱為互補決定區(CDR)的區,而可變域中更高度保留區稱為構架區(FR)。不欲受到任何特定機制或理論限制,咸信輕及重鏈之CDR主要負責抗體與抗原之交互作用及特異性。在某些實施態樣中,該可變區為人類可變區。在某些實施態樣中,該可變區包括囓齒動物或鼠科CDR及人類構架區(FR)。在具體實施態樣中,該可變區為靈長類(例如非人類靈長類)可變區。在某些實施態樣中,該可變區包含囓齒動物或鼠科CDR及靈長類(例如非人類靈長類)構架區(FR)。
術語“VL”及“VL域”係交替使用以指抗體或其抗原-結合分子的輕鏈可變區。
術語“VH”及“VH域”係交替使用以指抗體或其抗原-結合分子的重鏈可變區。
一般使用許多CDR的定義:Kabat編號、Chothia編號、AbM編號、或接觸(contact)編號。AbM定義
為牛津分子(Oxford Molecular)的AbM抗體建模軟體所使用的二者之間的折衷。接觸(contact)定義係根據可用複雜晶體結構之分析。
術語“Kabat編號”及類似術語為該項技術已知且指抗體或其抗原-結合部分之重及輕鏈可變區中編號胺基酸殘基的系統。在某些態樣中,抗體之CDR可根據Kabat編號系統確定(參見例如Kabat EA & Wu TT(1971)Ann NY Acad Sci 190:382-391和Kabat EA等人,(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,Fifth Edition,U.S.Department of Health and Human Services,
NIH Publication No.91-3242)。使用Kabat編號系統,抗體重鏈分子中的CDR通常存在於胺基酸位置31至35,其隨意地可在35(在Kabat編號方案中稱為35A及35B)(CDR1)、胺基酸位置50至65(CDR2)及胺基酸位置95至102(CDR3)之後包括一或二個額外胺基酸。使用Kabat編號系統,抗體輕鏈分子中的CDR通常存在於胺基酸位置24至34(CDR1)、胺基酸位置50至56(CDR2)及胺基酸位置89至97(CDR3)。在一特定具體實施態樣中,本文所述之抗體的CDR已根據Kabat編號方案確定。
在某些態樣中,抗體之CDR可根據Chothia編號方案(Chothia numbering scheme)(其係指免疫球蛋白結構環之位置(參見例如Chothia C & Lesk AM,(1987),J Mol Biol 196:901-917;Al-Lazikani B等人,(1997)J Mol Biol 273:927-948;Chothia C等人,(1992)J Mol Biol 227:799-817;Tramontano A等人,(1990)J Mol Biol 215(1):175-82;及美國專利號7,709,226)確定。通常,當使用Kabat編號協定,Chothia CDR-H1環存在於重鏈胺基酸26至32、33或34,Chothia CDR-H2環存在於重鏈胺基酸52至56,及Chothia CDR-H3環存在於重鏈胺基酸95至102,而Chothia CDR-L1環存在於輕鏈胺基酸24至34,Chothia CDR-L2環存在於輕鏈胺基酸50至56,及Chothia CDR-L3環存在於輕鏈胺基酸89至97。當使用Kabat編號協定編號時,Chothia CDR-HI環之末端根據環的長度在H32及H34之間變化(這是因為Kabat編號方案將插入置於H35A
及H35B;若35A或35B不存在,則環終止於32;若僅35A存在,則環終止於33;若35A及35B兩者都存在,則環終止於34)。在一具體實施態樣中,本文所述之抗體的CDR已根據Chothia編號方案確定。
如本文所使用,術語“恆定區”或“恆定域”可互換且具有該項技術中常用的意義。恆定區為抗體部分,例如,輕及/或重鏈之羧基端部分,其不是直接涉及抗體與抗原結合但可呈現各種效應功能,諸如與Fc受體之交互作用。免疫球蛋白分子之恆定區相對於免疫球蛋白可變域一般具有較保留的胺基酸序列。
如本文所使用,術語“重鏈”當關於抗體使用時,根據恆定域之胺基酸序列可指任何不同類型,例如阿法(α)、德爾塔(δ)、艾普西龍(ε)、伽瑪(γ)及牟(μ),其分別產生抗體的IgA、IgD、IgE、IgG及IgM類,包含IgG之子類,例如IgG1、IgG2、IgG3及IgG4。
如本文所使用,術語“輕鏈”當關於抗體使用時,根據恆定域之胺基酸序列可指任何不同類型,例如卡帕(κ)或拉姆達(λ)。輕鏈胺基酸序列為該項技術中眾所周知的。在特定實施態樣中,輕鏈為人類輕鏈。
“結合親和性”一般指分子(例如抗體)之單一結合位置及其結合配偶體(partner)(例如抗原)之間非共價交互作用之總和的強度。除非特別指出,如本文所使用,“結合親和性”指反映結合對成員(例如抗體與抗原)之間1:1交互作用的內在結合親和性。分子X對其配偶體Y的親和
性通常可以解離常數(KD)表示。親和性可以包括但不限於平衡解離常數(KD)及平衡締合常數(KA)之該項技術中已知的許多方式測量及/或表示。KD係從k關/k開之商數計算,而KA係從k開/k關之計算。k開係指例如抗體對抗原之締合速率常數,而k關係指例如抗體對抗原之解離。k開和k關可藉由一般技藝人士已知之技術(諸如BIACORE®或KinExA)確定。
如本文所使用,“保留式胺基酸取代(conservative amino acid substitution)”為其中胺基酸殘基經具有相似側鏈之胺基酸殘基取代者。具有側鏈之胺基酸殘基家族已定義於該項技術中。這些家族包括具鹼性側鏈之胺基酸(例如離胺酸、精胺酸、組胺酸)、酸性側鏈之胺基酸(例如天冬胺酸、麩胺酸)、不帶電極性側鏈之胺基酸(例如甘胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸、色胺酸)、非極性側鏈之胺基酸(例如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸)、β-分支側鏈之胺基酸(例如蘇胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及芳香族側鏈之胺基酸(例如酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)。在某些實施態樣中,在CDR中或抗體或其抗原-結合分子之構架區中之一或多種胺基酸殘基可經具有類似側鏈之胺基酸殘基置換。
如本文所用,術語“異源性”意指除天然序列以外的任何來源。例如,包括含作為具有SEQ ID NO:1之胺基酸序列的共刺激蛋白(例如對應人類共刺激蛋白)之
一部分的異源性序列不是如(即不符合)野生型人類共刺激蛋白之天然胺基酸。例如,異源性核苷酸序列係指除野生型人類共刺激蛋白編碼序列以外的核苷酸序列。
如本文所使用,“表位”為該項技術中之術語且指抗體可特異性結合之抗原的局部區。表位可為(例如)多肽之連續胺基酸(線性或連續表位)或者表位可(例如)來自多肽或多肽類之二或多個非連續區一起(構形、非線性、間斷或非連續表位)。在某些實施態樣中,抗體所結合的表位可由(例如)NMR光譜、X射線繞射結晶學研究、ELISA分析、與質譜術偶合之氫/氘交換(例如液相層析電噴灑質譜術)、陣列為主之寡-肽掃描分析及/或突變繪圖(例如定點突變繪圖)確定。對於X射線結晶學,可使用該項技術中已知的任何方法完成結晶(例如Giegé R等人,(1994)Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 50(Pt 4):339-350;McPherson A(1990)Eur J Biochem 189:1-23;Chayen NE(1997)Structure 5:1269-1274;McPherson A(1976)J Biol Chem 251:6300-6303)。可使用眾所周知的X射線繞射技術研究抗體:抗原晶體且可使用電腦軟體(諸如X-PLOR(Yale University,1992,由Molecular Simulations,Inc.發行;參見例如Meth Enzymol(1985)volumes 114 & 115,eds Wyckoff HW等人,;U.S.2004/0014194),和BUSTER(Bricogne G(1993)Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 49(Pt 1):37-60;Bricogne G(1997)Meth Enzymol 276A:361-423,ed Carter CW;
Roversi P等人,(2000)Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 56(Pt 10):1316-1323)精細化。突變繪圖研究可使用習該項技術者已知之任何方法完成。參見例如,Champe M等人,(1995)J Biol Chem 270:1388-1394和Cunningham BC & Wells JA(1989)Science 244:1081-1085,關於突變技術(包括丙胺酸掃描突變技術)之說明。
如本文所用,若抗原和第一結合分子、抗體、或其抗原結合分子之間的交互作用阻斷、限制、抑制或者降低參考結合分子、參考抗體或其抗原結合分子與抗原相互作用的能力,則抗原結合分子、抗體、或其抗原結合分子與參考抗體或其抗原結合分子“交叉競爭”。交叉競爭可為完全的,例如,結合分子結合至抗原完全阻斷參考結合分子結合抗原之能力,或其可為部分的,例如,結合分子結合至抗原降低參考結合分子結合抗原之能力。在某些實施態樣中,與參考抗原結合分子交叉競爭之抗原結合分子結合與參考抗原結合分子相同或重疊的表位。在其他實施態樣中,與參考抗原結合分子交叉競爭之抗原結合分子結合與參考抗原結合分子不同的表位。可使用許多類型之競爭性結合分析,以確定一抗原結合分子是否與另一抗原結合分子競爭,例如:固相直接或間接放射性免疫分析(RIA);固相直接或間接酵素免疫分析法(EIA);三明治競爭分析(Stahli等人,1983,Methods in Enzymology 9:242-253);固相直接生物素-抗生物素蛋白EIA(Kirkland等人,1986,J.Immunol.137:3614-3619)、固相直接標記
分析、固相直接標記三明治分析(Harlow及Lane,1988,Antibodies,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press);使用1-125標記之固相直接標記RIA(Morel等人,1988,Molec.Immunol.25:7-15);固相直接生物素-抗生物素蛋白EIA(Cheung,等人,1990,Virology 176:546-552);及直接標記RIA(Moldenhauer等人,1990,Scand.J.Immunol.32:77-82)。
如本文所使用,術語“免疫特異性結合”、“免疫特異性辨識”、“特異性結合”及“特異性辨識”在抗體的情況下為類似術語且係指結合至抗原(例如表位或免疫複合體)之分子,而該結合為熟習該技術領域者所了解。例如,特異性結合至抗原的分子一般可以較低親和性結合至其他肽或多肽,如由例如免疫分析,BIACORE®,KinExA 3000儀器(Sapidyne Instruments,Boise,ID)或該項技術中已知之其他分析所測定。在一特定實施態樣中,特異性結合至抗原之分子以比當分子結合至另一抗原時之KA大至少2對數、2.5對數、3對數、4對數或更高的KA結合至抗原。
在另一實施態樣中,特異性結合至抗原的分子以約1×10-7M之解離常數(Kd)結合。在一些實施態樣中,當Kd為約1×10-9M至約5×10-9M時,該抗原結合分子以“高親和性”特異性結合抗原。在一些實施態樣中,當Kd為1×10-10M至約5×10-10M時,該抗原結合分子以“極高親和性”特異性結合抗原。在一實施態樣中,該抗原結合分子具有10-9M之Kd。在一實施態樣中,該解離速率(off-
rate)小於約1×10-5。在其他實施態樣中,該抗原結合分子以介於約1×10-7M和約1×10-13M之間的Kd結合人類BCMA。在又一實施態樣中,該抗原結合分子以約1×10-10M至約5×10-10M之Kd結合人類BCMA。
在一特定實施態樣中,本文提供的是一種抗體或其抗原結合分子,其以比另一種靶抗原(例如,非人類BCMA或非人類CLL-1)高的親和性結合至靶人類抗原(例如,人類BCMA或人類CLL-1)。在某些實施態樣中,本文提供的是一種抗體或其抗原結合分子,其以比另一種靶抗原高5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%或更高的親和性結合至靶人類抗原(例如,人類BCMA或人類CLL-1),如藉由(例如)放射性免疫分析、表面電漿子共振、或動力排除分析所測量。在一特定實施態樣中,結合至靶人類抗原的本文所述之抗體或其抗原結合分子將小於抗體或其抗原結合分子結合至人類抗原之10%、15%、或20%結合至另一種靶抗原,如藉由(例如)放射性免疫分析、表面電漿子共振、或動力排除分析所測量。
“抗原”係指任何可激起免疫反應或能被抗體或抗原結合分子結合的分子。免疫反應可包含抗體產生或特異免疫機能健全之細胞的活化,或二者。熟習該項技術者將容易理解任何巨分子(包括幾乎所有的蛋白質或肽)可充當抗原。抗原可被內源表現(即被基因體DNA表現),或可被重組表現。抗原可對某組織(諸如癌細胞)具特異性,或
可被廣泛地表現。此外,較大分子之片段可充當抗原。在一實施態樣中,抗原為腫瘤抗原。在一特殊實施態樣中,該抗原為BCMA、FLT3、或CLL-1之全部或片段。
術語“中和”係指結合至配體且防止或降低配體之生物效應的抗原結合分子、scFv、抗體、或其片段。在一些實施態樣中,該抗原結合分子、scFv、抗體、或其片段直接阻斷配體上之結合位置或者透過間接方式改變配體的結合能力(諸如配體中的結構或能量改變)。在一些實施態樣中,該抗原結合分子、scFv、抗體、或其片段防止其所結合之蛋白質進行生物功能。
如本文所用,術語“BCMA”係指B細胞成熟抗原,其可包括但不限於天然BCMA、BCMA之亞型、或BCMA之種間BCMA同源物。BCMA(也稱為TNFRSF17、CD269、和TNFRSF13A)為腫瘤壞死因子(TNF)-受體超家族之成員。BCMA係表現於多發性骨髓瘤細胞之表面上,同時高度限制於健康組織中的漿細胞和成熟B細胞的子集。人類BCMA(hBCMA)之胺基酸序列係提供於NCBI登錄Q02223.2(GI:313104029)。如本文所用,BCMA包括人類BCMA和非人類BCMA同源物,以及變體、片段、或其後轉譯(post-transnationally)修飾形式,包括但不限於BCMA之N-和O-連接的糖基化形式。BCMA蛋白質可另外包括包含BCMA之細胞外域的全部或部分之片段(例如,hBCMA之胺基酸1-54的全部或部分)。
如本文所用,術語“CLL-1”係指C型凝集素樣
分子-1,其可包括但不限於天然CLL-1、CLL-1之亞型、或CLL-1之種間CLL-1同源物。CLL-1(亦稱為C型凝集素域家族12成員A、CLEC12A、樹突細胞相關的凝集素2、DCAL-2、骨髓抑制的C型凝集素樣受體,和MICL)為調節傳訊級聯和媒介靶MAP激酶的酪胺酸磷酸之細胞表面受體。例如,於急性骨髓性白血病(AML)細胞觀察到CLL-1表現。人類CLL-1(hCLL-1)之胺基酸序列係提供於UniProtKB/Swiss-Prot登錄號Q5QGZ9.3(GI:308153619)。如本文所用,CLL-1包括人類CLL-1和非人類CLL-1同源物,以及其變體、片段、或後轉譯(post-transnationally)修飾形式,包括但不限於CLL-1之N-和O-連接的糖基化形式。
如本文所用術語“FLT3”係指Fms樣酪胺酸激酶3(FLT-3),其可包括但不限於天然FLT3、FLT3之亞型、或FLT3之種間FLT3同源物。FLT3(也稱為分化簇抗原135(CD135)、受體型酪胺酸-蛋白質激酶FLT3、FMS-相關酪胺酸激酶3、幹細胞酪胺酸激酶1、FL細胞介素受體、第III型生長因子受體酪胺酸激酶、STK1、或胎肝激酶-2(Flk2))為屬於第III類受體酪胺酸激酶之細胞介素受體。CD135為用於細胞介素Flt3配體(FLT3L)之受體。FLT3係表現於各種造血先驅細胞之表面上和於急性骨髓性白血病(AML)細胞之表面上。人類FLT3(hFLT3)之胺基酸序列係提供於UniProtKB/Swiss-Prot登錄號P36888(GI:156630887)。如本文所用,FLT3包括人類FLT3和非人類
FLT3同源物,以及其變體、片段、或後轉譯(post-transnationally)修飾形式,包括但不限於FLT3之N-和O-連接的糖基化形式。
術語“自體”係指衍生自一個體的任何物質,而該物質後來重新引入相同個體中。例如,本文所述之工程改造自體細胞療法(eACTTM)包括從患者採集淋巴細胞,然後將該淋巴球工程改造以表現(例如)CAR構築體,及然後回投至相同患者。
術語“同種異體”係指衍生自一個體之任何材料,而其然後引入同種的另一個體,例如,同種異體T細胞移植。
術語“轉導(“transduction”和“transduced”)”係指藉此經由病毒載體將外來DNA引入細胞的過程(參見Jones等人,“Genetics:principles and analysis,”Boston:Jones & Bartlett Publ.(1998))。在一些實施態樣中,該載體為反轉錄病毒載體、DNA載體、RNA載體、腺病毒載體、桿狀病毒載體、Epstein Barr二氏病毒載體、乳突多瘤空泡病毒(papovaviral)載體、牛痘病毒載體、單純泡疹病毒載體、腺病毒相關載體、慢病毒載體、或其任何組合。
如本文所用,術語“截短”係指小於整體的任何事物。例如,截短鉸鏈域(本文中可替代地稱為“THD”)胺基酸序列可包括比全長或完整鉸鏈域(“CHD”)短的任何胺基酸序列。在一些實施態樣中,THD基本上由下列組成或由下列組成:SEQ ID NO:1之胺基酸118-152、119-
152、120-152、121-152、122-152、123-152、124-152、125-152、126-152、127-152、128-152、129-152、或130-152。在一實施態樣中,該THD基本上由下列組成或由下列組成:SEQ ID NO:3之胺基酸序列,其由SEQ ID NO:1之胺基酸123至152組成。
“癌”係指以身體中異常細胞失控生長為特徵之各種疾病的廣泛群組。失控的細胞分裂與生長導致侵襲鄰近組織且亦可透過淋巴系統或血流轉移到身體之遠距部分的惡性腫瘤之形成。“癌”或“癌組織”可包括腫瘤。可以本發明方法治療之癌的實例包括但不限於免疫系統之癌,其包括淋巴瘤、白血病、骨髓瘤及其他白血球惡性腫瘤。在一些實施態樣中,本發明之方法可用以降低衍生自例如下列之腫瘤大小:骨癌、胰腺癌、皮膚癌、頭或頸癌、皮膚或眼球內惡性黑色素瘤、子宮癌、卵巢癌、直腸癌、肛門區癌、胃癌、睪丸癌、子宮癌、輸卵管癌、子宮內膜癌、子宮頸癌、陰道癌、陰門癌、多發性骨髓瘤、霍奇金氏病、非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)、原發性縱隔大B細胞淋巴瘤(PMBC)、瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、轉化濾泡性淋巴瘤、脾邊緣區淋巴瘤(SMZL)、食道癌、小腸癌、內分泌系統癌、甲狀腺癌、副甲狀腺癌、腎上腺癌、軟組織肉瘤、尿道癌、陰莖癌、慢性或急性白血病、急性骨髓性白血病、慢性骨髓性白血病、急性淋巴母細胞白血病(ALL)(包括非T細胞ALL)、慢性淋巴球性白血病(CLL)、兒童實性瘤、淋巴球性淋巴瘤、膀胱癌、腎
或輸尿管癌、腎盂癌、中樞神經系統(CNS)腫瘤、原發性CNS淋巴瘤、腫瘤血管生成、脊髓軸腫瘤、腦幹膠質瘤、垂體腺瘤、卡波西氏(Karposi's)肉瘤、表皮樣癌、鱗狀細胞癌、T細胞淋巴瘤、環境誘發性癌(包括石綿誘發性癌)、其他B細胞惡性腫瘤、及該等癌之組合。在一特殊實施態樣中,該癌症為多發性骨髓瘤。特定癌症可對化學療法或放射治療有反應,或該癌症可為難治性。難治性癌係指不容易進行外科手術之癌症及一開始對化學療法或放射線療法無反應的癌症,或該癌症隨時間而變得沒有反應。
如本文所用之“抗腫瘤效應”係指可呈現如下的生物效應:腫瘤體積減少、腫瘤細胞數量減少、腫瘤細胞增生減少、轉移數量減少、總存活或無進展存活增加、預期壽命增加、或與腫瘤有關的各種生理症狀改善。抗腫瘤效應亦可指預防腫瘤出現(例如疫苗)。
如本文所用,“細胞介素”係指一個細胞對與特異性抗原接觸起反應而釋出之非抗體蛋白,其中該細胞介素與第二個細胞交互作用以媒介在該第二個細胞中的反應。細胞介素可被細胞內源性表現及可投予至個體。細胞介素可被免疫細胞(包括巨噬細胞、B細胞、T細胞、和肥胖細胞)釋放以擴散免疫反應。細胞介素可在接受細胞中誘發各種反應。細胞介素可包括穩態細胞介素、趨化介素、促發炎細胞介素、效應子、和急性期蛋白。例如,穩態細胞介素(包括介白素(IL)7和IL-15)促進免疫細胞的存活和增生,及促發炎細胞介素可促進發炎反應。穩態細胞
介素的實例包括但不限於IL-2、IL-4、IL-5、IL-7、IL-10、IL-12p40、IL-12p70、IL-15、和干擾素(IFN)γ。促發炎細胞介素的實例包括但不限於IL-1a、IL-1b、IL-6、IL-13、IL-17a、腫瘤腫瘤壞死因子(TNF)-α、TNF-β、纖維母細胞生長因子(FGF)2、顆粒球巨噬細胞集落刺激因子(GM-CSF)、可溶性細胞間黏著分子1(sICAM-1)、可溶性血管黏著分子1(sVCAM-1)、血管內皮生長因子(VEGF)、VEGF-C、VEGF-D、和胎盤生長因子(PLGF)。效應子的實例包括但不限於顆粒酶A、顆粒酶B、可溶性Fas配體(sFasL)、和穿孔素。急性期蛋白的實例包括但不限於C-反應蛋白(CRP)與血清類澱粉蛋白A(serum amyloid A(SAA))。
“趨化介素”為細胞介素的一類型,其媒介細胞趨化性或定向運動。趨化介素的實例包括但不限於IL-8、IL-16、伊紅趨素、伊紅趨素3、巨噬細胞衍生趨化介素(MDC或CCL22)、單核球趨化性蛋白1(MCP-1或CCL2)、MCP-4、巨噬細胞發炎蛋白1α(MIP-1α、MIP-1a)、MIP-1β(MIP-1b)、γ誘導蛋白10(IP-10)、及胸腺和活化調節趨化介素(TARC或CCL17)。
治療劑(例如,工程改造CAR T細胞)的“治療有效量”、“有效劑量”、“有效量”、或“治療有效劑量”為當單獨使用或與另一治療劑併用時防止個體發病或促進疾病消退(以疾病症狀嚴重程度減少、疾病無症狀期之頻率與持續時間增加證明)、或預防因病痛造成的損傷或失能之
任何量。使用將熟練醫師已知的各種方法,諸如在臨床試驗期間之人類個體,在預測人類功效的動物模型系統中,或藉由以活體外分析檢定藥劑之活性可評估治療劑促進疾病消退的能力。
術語“淋巴細胞”如本文所用包括自然殺手(NK)細胞、T細胞、或B細胞。NK細胞為胞毒性(細胞毒性(cell toxic))淋巴細胞的一類型,其代表先天免疫系統的一種主要組分。NK細胞排斥腫瘤和被病毒感染之細胞。NK細胞透過細胞凋亡或程式性細胞死亡方法來運作。NK細胞被稱為“自然殺手”是因為其不需要活化就能殺死細胞。T細胞在細胞媒介免疫(不涉及抗體)中起著主要作用。其之T細胞受體(TCR)本身與其他淋巴細胞類型區分。胸腺(一種免疫系統之特化器官)主要負責T細胞的成熟。有六種類型之T細胞:輔助T細胞(例如CD4+細胞)、胞毒性T細胞(也稱為TC、胞毒性T淋巴細胞、CTL、T-殺手細胞、溶細胞性T細胞、CD8+T細胞、或殺手T細胞)、記憶T細胞((i)幹記憶TSCM細胞(如初始(naive)細胞)為CD45RO-、CCR7+、CD45RA+、CD62L+(L-選擇素(selectin))、CD27+、CD28+和IL-7Rα+,但是也表現大量的CD95、IL-2Rβ、CXCR3、和LFA-1,及顯示很多記憶細胞的獨特功能屬性);(ii)中央記憶TCM細胞表現L-選擇素和CCR7,彼等分泌IL-2,但不分泌IFNγ或IL-4;及(iii)然而效應記憶TEM細胞不表現L-選擇素或CCR7,但產生效應細胞介素如IFNγ和IL-4)、調節T細胞(Treg、抑制T細胞、或
CD4+CD25+調節T細胞)、自然殺手T細胞(NKT)及γδT細胞。另一方面,B細胞在體液免疫(有抗體參與)中起著主要作用。B細胞製造抗體與抗原且執行抗原呈現細胞(APC)之作用及在被抗原交互作用活化後轉變成記憶B細胞。在哺乳動物中,未成熟的B細胞在骨髓中形成,這是其名稱的由來。
術語“基因工程改造”或“工程改造”係指改造細胞的基因組之方法,包括但不限於刪除編碼區或非編碼區或其部分或插入編碼區或其部分。在一些實施態樣中,被改造的細胞為淋巴細胞,例如T細胞,其可得自從患者或捐贈者。細胞可被改造以表現外源構築體,諸如(例如)嵌合抗原受體(CAR)或T細胞受體(TCR),其併入細胞基因組中。
“免疫反應”係指免疫系統的細胞(例如,T淋巴細胞、B淋巴細胞、自然殺手(NK)細胞、巨噬細胞、嗜伊紅細胞(eosinophils)、肥大細胞、樹突細胞和嗜中性球)及由任何這些細胞或肝臟所產生的可溶性大分子(包括Ab、細胞介素、和補體)之作用,其導致被病原體、癌性或其他異常細胞感染之侵入性病原體、細胞或組織,或在自身免疫或病理性炎症的情況下,為正常人類細胞或組織的脊椎動物體之選擇性靶向、結合、損傷、破壞和/或消除。
術語“免疫療法”係指藉由一種包含誘發、強化、抑制、或改良免疫反應的方法來治療患有疾病或得到或遭受疾病復發的風險之個體。免疫療法的實例包括但不
限於T細胞療法。T細胞療法可包括過繼性T細胞療法、腫瘤浸潤淋巴細胞(TIL)免疫療法、自體細胞療法、工程改造自體細胞療法(eACTTM)、與同種異體T細胞移植法。然而,熟習該項技術者應理解本文中所揭示之調理方法會強化任何移植T細胞療法之有效性。T細胞療法之實例係描述於美國專利公開號2014/0154228和2002/0006409、美國專利號5,728,388、和國際公開號WO 2008/081035中。
免疫療法之T細胞可來自該項技術中已知的任何來源。例如,T細胞可以從造血幹細胞群體在活體外分化,或可從個體得到T細胞。T細胞可得自例如末梢血液單核球細胞(PBMC)、骨髓、淋巴結組織、臍帶血、胸腺組織、來自感染位置的組織、腹水、胸膜滲出液、脾組織、及腫瘤。此外,T細胞可衍生自一或多種該項技術中可得之T細胞株。T細胞也可使用該項技術人員已知的任何數量之技術(諸如FICOLLTM分離及/或血球分離法)從個體採集之血液單元。分離用於T細胞療法之T細胞的另一方法係揭示於美國專利公開號2013/0287748,其以全文引用方式併入本文中。
術語“工程改造自體細胞療法”(其可縮寫成“eACTTM”,也稱為過繼性細胞轉移)為一種藉以採集患者自己的T細胞及接著基因改造以辨識及靶向表現於一或多種特異腫瘤細胞或惡性腫瘤的細胞表面上的一或多種抗原之方法。可將T細胞工程改造以表現(例如)嵌合抗原受體(CAR)或T細胞受體(TCR)。將CAR陽性(+)T細胞工程改造
以表現對連結至包含至少一個共刺激域和至少一個活化域之細胞內傳訊部分的特定腫瘤抗原具有特異性之細胞外單鏈可變片段(scFv)。該共刺激域可衍生自(例如)具有SEQ ID NO:1之胺基酸序列的天然共刺激域、或其變體(例如)具有截短鉸鏈域(“THD”)的變體,及該活化域可衍生自(例如)CD3-ζ。在某些實施態樣中,將CAR設計成具有二、三、四、或更多個共刺激域。可將CAR scFv設計成靶向(例如)CD19,該CD19為B細胞譜系中由細胞所表現之跨膜蛋白,該B細胞譜系包括一切正常B細胞與B細胞惡性腫瘤(包括但不限於NHL、CLL、與非T細胞ALL)。在一些實施態樣中,將CAR工程改造以使共刺激域係表現為單獨多肽鏈。實例CAR T細胞療法及構造係描述於美國專利公開號2013/0287748、2014/0227237、2014/0099309、和2014/0050708中,且此等參考文獻係以其全文引用方式併入。
如本文所用之“患者”包括任何罹患癌症(例如淋巴瘤或白血病)的人。術語“個體”和“患者”在本文中可互換使用。
如本文所用,術語“活體外細胞”係指離體培養的任何細胞。特別地,活體外細胞可包括T細胞。
術語“肽”、“多肽”、和“蛋白質”係互換使用,且係指由肽鍵共價鍵聯之胺基酸殘基組成的化合物。蛋白質或肽含有至少二種胺基酸,且沒有限制胺基酸的最大數量,其可包含蛋白質或肽的序列。多肽包括任何包含藉由
肽鍵彼此連接的二或多種胺基酸之肽或蛋白質。如本文所用,術語係指短鏈(在該項技術中通常也稱為例如肽、寡肽、與寡聚物)及長鏈(在該項技術中通常也稱為蛋白質),其中有很多類型。“多肽”包括(例如)生物活性片段、實質同源多肽、寡肽、同二聚體、異二聚體、多肽之變體、經改造之多肽、衍生物、類似物、融合蛋白等等。多肽包括天然肽、重組肽、合成肽、或其組合。
如本文所用,“刺激”係指由刺激分子與其同源配體之結合所誘發的原初反應,其中該結合媒介訊號傳遞事件。“刺激分子”是T細胞上的分子(例如T細胞受體(TCR)/CD3複合體),其與存在於抗原呈現細胞上的同源刺激配體特異性結合。“刺激配體”是一種配體,當存在於抗原呈現細胞(例如APC、樹突細胞、B細胞、等等)上時可與T細胞上之刺激分子特異性結合,藉此由T細胞媒介原初反應,其包括但不限於活化、免疫反應之啟動、增生、等等。刺激配體包括但不限於抗-CD3抗體(諸如OKT3)、裝載肽的第一類MHC分子、超促效劑抗CD2抗體和超促效劑抗CD28抗體。
如本文所用,“共刺激訊號”係指與主訊號(諸如TCR/CD3接合)組合而導致T細胞反應(諸如但不限於關鍵分子的增生及/或上調或下調)之訊號。
“共刺激配體”如本文所用,包括抗原呈現細胞上的分子,其與T細胞上的同源共刺激分子特異性結合。共刺激配體之結合提供一種媒介T細胞反應(包括但不限於
增生、活化、分化、等等)的訊號。共刺激配體誘發一種由刺激分子提供之除主要信號以外的訊號,例如,由T細胞受體(TCR)/CD3複合體與裝載肽之主要組織相容性複合體(MHC)分子之結合所提供的訊號。共刺激配體可包括但不限於:3/TR6、4-1BB配體、結合Toll配體受體的促效劑或抗體、B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、CD30配體、CD40、CD7、CD70、CD83、疱疹病毒進入媒介(HVEM)、人類白血球抗原G(HLA-G)、ILT4、類免疫球蛋白轉錄本(ILT)3、可誘導共刺激配體(ICOS-L)、細胞間黏著分子(ICAM)、與B7-H3特異性結合之配體、淋巴毒素β受體、MHC第I類相關蛋白質A(MICA)、MHC第I類相關蛋白質B(MICB)、OX40配體、PD-L2、或程序性死亡(PD)L1。共刺激配體包括但不限於與存在於T細胞上的共刺激分子特異性結合之抗體,諸如但不限於:4-1BB、B7-H3、CD2、CD27、CD28、CD30、CD40、CD7、ICOS、與CD83特異性結合的配體、淋巴細胞功能相關之抗原-1(LFA-1)、自然殺手細胞受體C(NKG2C)、OX40、PD-1、或腫瘤壞死因子超家族成員14(TNFSF14或LIGHT)。
“共刺激分子”是一種T細胞上的結合配偶體(binding partner),其與共刺激配體特異性結合,藉此由T細胞媒介共刺激反應,諸如但不限於增生。共刺激分子包括但不限於4-1BB/CD137、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、BTLA、CD 33、CD 45、CD100(SEMA4D)、CD103、CD134、CD137、CD154、CD16、CD160
(BY55)、CD18、CD19、CD19a、CD2、CD22、CD247、CD27、CD276(B7-H3)、CD28、CD29、CD3(α;β;δ;ε;γ;ζ)、CD30、CD37、CD4、CD4、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD5、CD64、CD69、CD7、CD80、CD83配體、CD84、CD86、CD8α、CD8β、CD9、CD96(Tactile)、CD1-1a、CD1-1b、CD1-1c、CD1-1d、CDS、CEACAM1、CRT AM、DAP-10、DNAM1(CD226)、Fc γ受體、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-1、ICAM-1、ICOS、Ig α(CD79a)、IL2R β、IL2R γ、IL7R α、整合素、ITGA4、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB2、ITGB7、ITGB1、KIRDS2、LAT、LFA-1、LFA-1、LIGHT、LIGHT(腫瘤壞死因子超家族成員14;TNFSF14)、LTBR、Ly9(CD229)、淋巴細胞功能相關之抗原-1(LFA-1(CD1 1a/CD18)、第一類MHC分子、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、OX40、PAG/Cbp、PD-1、PSGL1、SELPLG(CD162)、傳訊淋巴細胞活化分子、SLAM(SLAMF1;CD150;IPO-3)、SLAMF4(CD244;2B4)、SLAMF6(NTB-A;Ly108)、SLAMF7、SLP-76、TNF、TNFr、TNFR2、Toll配體受體、TRANCE/RANKL、VLA1、或VLA-6、或其片段、截短、或組合。
術語“降低(reducing)和減少(decreasing)”在本文中可互換使用且指示比原本少的任何改變。“降低和減少”是需要在測量前與後之間的比較之相對術語。“降低和
減少”包括完全耗盡。
個體之“治療(treatment或treating)”係指對該個體執行任何型式之干預或程序或投予活性藥劑,目的是反轉、緩和、改善、抑制、減緩、或預防症狀、併發症、或狀態的發作、進展、發展、嚴重程度或復發、或和疾病有關聯之生化指標。在一個實施態樣中,“治療(treatment或treating)”包括部分緩解。在另一個實施態樣中,“治療(treatment或treating)”包括完全緩解。
為了計算百分比同一性,所比較的序列通常以在序列之間產生最大匹配之方式比對。可用於測定百分比同一性之電腦程式的一個實例為GCG套裝程式,其包括GAP(Devereux等人,1984,Nucl.Acid Res.12:387;Genetics Computer Group,University of Wisconsin,Madison,Wis.)。使用電腦演算法GAP來比對欲測定序列百分比同一性之兩個多肽或多核苷酸。序列係比對彼等個別胺基酸或核苷酸之最佳匹配(“匹配跨度(matched span,如由演算法確定)”。在某些實施態樣中,演算法亦使用標準比較矩陣(關於PAM 250比較矩陣,參見Dayhoff等人,1978,Atlas of Protein Sequence and Structure 5:345-352;關於BLOSUM 62比較矩陣,參見Henikoff等人,1992,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.89:10915-10919)。
本發明之各種態樣係進一步詳細描述在以下亞節中。
I.嵌合抗原受體和T細胞受體
嵌合抗原受體(CAR或CAR-T)和T細胞受體(TCR)為基因工程改造受體。此等工程改造受體可根據該項技術已知的技術容易地插入免疫細胞且被免疫細胞(包括T細胞表現)。使用CAR,單一受體可程式化以識別特異性抗原,且當與該抗原結合時,活化免疫細胞以攻擊並破壞攜帶抗原的細胞。當這些抗原存在於腫瘤細胞上時,表現CAR的免疫細胞可靶向和殺死腫瘤細胞。
本發明之一態樣係關於編碼包含共刺激域的嵌合抗原受體(CAR)或T細胞受體(TCR)之多核苷酸,該共刺激域包含新穎細胞外域,該細胞外域包含截短鉸鏈域(“THD”),及包含共刺激域之工程改造T細胞,該共刺激域包含新穎THD。共刺激域可另外包含跨膜域及/或細胞內域。在一些實施態樣中,由本發明多核苷酸編碼之CAR或TCR另外包含特異性結合至靶抗原之抗原結合分子。在一些實施態樣中,由多核苷酸編碼之CAR或TCR另外包含活化域。在一特殊實施態樣中,由多核苷酸編碼之CAR或TCR包含(i)特異性結合至靶抗原之抗原結合分子,(ii)包含細胞外域、跨膜域、和細胞內域之共刺激域,和(iii)活化域,其中該細胞外域包含下列、基本上由下列組成或由下列組成:本文所述之THD(例如,SEQ ID NO:3)。
在一些實施態樣中,根據本發明之CAR的定向包含與共刺激域和活化域串聯之抗原結合域(諸如scFv)。共刺激域可包含細胞外部分、跨膜部分、和細胞
內部分中之一或多者。在其他實施態樣中,多個共刺激域可串聯使用。
I.A.共刺激域
嵌合抗原受體併入共刺激(傳訊)域以增加彼等的效力。參見美國專利號7,741,465和6,319,494,以及Krause等人和Finney等人(supra),Song等人,Blood 119:696-706(2012);Kalos等人,Sci Transl.Med.3:95(2011);Porter等人,N.Engl.J.Med.365:725-33(2011)、和Gross等人,Annu.Rev.Pharmacol.Toxicol.56:59-83(2016)。具有SEQ ID NO:1之胺基酸序列的共刺激蛋白為天然存在於T-細胞上之共刺激蛋白。此共刺激蛋白之完全天然胺基酸序列係描述於NCBI參考序列:NP_006130.1中。參見圖1A。此共刺激蛋白之完全天然胺基酸序列係描述於NCBI參考序列:NM_006139.1中。
新穎細胞外域:本揭示顯示共刺激蛋白且包含截短鉸鏈域(“THD”)之新穎細胞外域可改良CAR或TCR的一或多種性質。在一些實施態樣中,該THD域為完整鉸鏈域(“CHD”)之截短變型。在某些實施態樣中,該經分離的編碼THD之多核苷酸包含(i)與SEQ ID NO:1之胺基酸123至152至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在其他實施態樣中,THD基本上由下列組成
或由下列組成:與SEQ ID NO:1之胺基酸123至152至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。在其他實施態樣中,THD基本上由下列組成或由下列組成:由與SEQ ID NO:3至少約60%,至少約70%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列編碼的胺基酸序列。
在一些實施態樣中,經分離的編碼THD之多核苷酸基本上由下列組成或由下列組成:(i)與SEQ ID NO:1之胺基酸123至152至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列,和(ii)隨意地±一個胺基酸、±二個胺基酸、±三個胺基酸、±四個胺基酸、±五個胺基酸、或±六個胺基酸。在一些實施態樣中,該經分離的編碼THD之多核苷酸基本上由下列組成或由下列組成:(i)與SEQ ID NO:1之胺基酸123至152至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列,和(ii)隨意地一個或二個胺基酸、一個至三個胺基酸、一個至四個胺基酸、一個至五個胺基酸、或一至六個胺基酸。可加入THD中之胺基酸序列或從中刪除的一至六個胺基酸可於N末端、於C末端、或N末端和C末端二者。
在一些實施態樣中,經分離的編碼THD之多核苷酸基本上由下列組成或由下列組成:(i)與SEQ ID NO:1之胺基酸123至152至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列,和(ii)一個額外N末端胺基酸、二個額外N末端胺基酸、三個額外N末端胺基酸、四個額外N末端胺基酸、五個額外N末端胺基酸、或六個額外N末端胺基酸。
在一些實施態樣中,該額外胺基酸可為N末端胺基酸。在一些實施態樣中,該額外胺基酸可為異源性。在其他實施態樣中,該額外胺基酸為天然共刺激蛋白序列之部分。
在一些實施態樣中,該THD基本上由下列組成或由下列組成:與SEQ ID NO:1之胺基酸123至152、SEQ ID NO:1之胺基酸122至152、SEQ ID NO:1之胺基酸121至152、SEQ ID NO:1之胺基酸120至152、SEQ ID NO:1之胺基酸119至152、SEQ ID NO:1之胺基酸118至152、或SEQ ID NO:1之胺基酸117至152至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在其他實施態樣中,該THD基本上由下列組成或由下列組成:與SEQ ID NO:1之胺基酸124至152、SEQ ID NO:1之胺基酸125至152、SEQ ID NO:1之胺基
酸126至152、SEQ ID NO:1之胺基酸127至152、SEQ ID NO:1之胺基酸128至152、SEQ ID NO:1之胺基酸129至152、或SEQ ID NO:1之胺基酸130至152至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-116。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-117。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-118。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-119。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-120。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-121。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-122。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-123。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-124。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-125。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-126。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-127。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-128。在一些實施態樣中,該THD不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1-129。
在某些實施態樣中,該編碼CAR或TCR中之共刺激域的多核苷酸包含與SEQ ID NO:3至少約60%,至少約70%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列,其中該核苷酸序列編碼THD且其中該CAR或TCR不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1至122。
在一特殊實施態樣中,該THD基本上由下列組成或由下列組成:與SEQ ID NO:3之胺基酸序列至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。在一特殊實施態樣中,該編碼THD之多核苷酸基本上由下列組成或由下列組成:與SEQ ID NO:2之核苷酸序列至少約60%,至少約65%,至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列。
在一些實施態樣中,該THD另外包含免疫球
蛋白家族之成員(諸如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgD、IgE、IgM、或其片段)的一些或全部。
在一些實施態樣中,該THD係衍生自人類完整鉸鏈域(“CHD”),例如,來自具有SEQ ID NO:1之胺基酸序列的共刺激蛋白。在其他實施態樣中,該THD係衍生自囓齒動物、鼠類或靈長類(例如,非人靈長類)共刺激蛋白之CHD。在一些實施態樣中,該THD係衍生自共刺激蛋白之嵌合CHD。
跨膜域:用於本發明之CAR或TCR的共刺激域可另外包含跨膜域及/或細胞內傳訊域。跨膜結構域可設計成與CAR的細胞外結構域融合。其可類似地融合至CAR的細胞內域。在一實施態樣中,使用與CAR中的域之一者天然相關的跨膜域。在一些情況下,跨膜域可藉由胺基酸取代來選擇或改造,以避免該等域與相同或不同表面膜蛋白的跨膜域結合,以將與受體複合物的其它成員之相互作用最小化。跨膜域可衍生自天然或合成來源。來源是天然的情況,該域可衍生自任何膜結合或跨膜蛋白。本發明中特別使用的跨膜區域可衍生自(即,包含)4-1BB/CD137、活化NK細胞受體、免疫球蛋白蛋白質、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、BTLA、CD100(SEMA4D)、CD103、CD160(BY55)、CD18、CD19、CD19a、CD2、CD247、CD27、CD276(B7-H3)、CD28、CD29、CD3 δ、CD3 ε、CD3 γ、CD30、CD4、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD69、CD7、CD84、CD8α、CD8β、CD96(Tactile)、CD1
1a、CD1 1b、CD1 1c、CD1 1d、CDS、CEACAM1、CRT AM、細胞介素受體、DAP-10、DNAM1(CD226)、Fc γ受體、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-1、ICAM-1、Ig α(CD79a)、IL-2R β、IL-2R γ、IL-7R α、可誘導T細胞共刺激因子(ICOS)、整合素、ITGA4、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB2、ITGB7、ITGB1、KIRDS2、LAT、LFA-1、LFA-1、與CD83特異性結合之配體、LIGHT、LIGHT、LTBR、Ly9(CD229)、淋巴細胞功能相關之抗原-1(LFA-1;CD1-1a/CD18)、第一類MHC分子、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、OX-40、PAG/Cbp、程序性死亡-1(PD-1)、PSGL1、SELPLG(CD162)、傳訊淋巴細胞性活化分子(SLAM蛋白)、SLAM(SLAMF1;CD150;IPO-3)、SLAMF4(CD244;2B4)、SLAMF6(NTB-A;Ly108)、SLAMF7、SLP-76、TNF受體蛋白、TNFR2、TNFSF14、Toll配體受體、TRANCE/RANKL、VLA1、或VLA-6、或其片段、截斷、或組合。
隨意地,短連結子可在CAR的任何或某些細胞外、跨膜和細胞內域之間形成鍵聯。
在一實施態樣中,該編碼共刺激域內的跨膜
域之多核苷酸包含與SEQ ID NO:4之核苷酸序列至少約60%,至少約65%,至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列。
共刺激蛋白之跨膜域的胺基酸序列係以SEQ ID NO.5:FWVLVVVGGV LACYSLLVTV AFIIFWV說明。
在一特殊實施態樣中,該共刺激域內之跨膜域包含與SEQ ID NO:5之胺基酸序列至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,編碼共刺激域內的跨膜域之多核苷酸包含與CD8跨膜域之核苷酸序列至少約60%,至少約65%,至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列。
在一特殊實施態樣中,共刺激域內之跨膜域包含與CD8跨膜域之胺基酸序列至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
細胞內(傳訊)域:本發明之工程改造T細胞的細胞內(傳訊)域可提供傳訊給活化域,其然後活化免疫細胞的正常效應功能中的至少一者。T細胞的效應功能(例如)可為細胞溶解活性或輔助活性,包括細胞介素之分泌。
在某些實施態樣中,適當細胞內傳訊域包括(即,包含)但不限於4-1BB/CD137之傳訊區、活化NK細胞受體、免疫球蛋白蛋白質、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、BTLA、CD100(SEMA4D)、CD103、CD160
(BY55)、CD18、CD19、CD19a、CD2、CD247、CD27、CD276(B7-H3)、CD28、CD29、CD3 δ、CD3 ε、CD3 γ、CD30、CD4、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD69、CD7、CD84、CD8α、CD8β、CD96(Tactile)、CD1 1a、CD1 1b、CD1 1c、CD1 1d、CDS、CEACAM1、CRT AM、細胞介素受體、DAP-10、DNAM1(CD226)、Fc γ受體、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-1、ICAM-1、Ig α(CD79a)、IL-2R β、IL-2R γ、IL-7R α、可誘導T細胞共刺激因子(ICOS)、整合素、ITGA4、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB2、ITGB7、ITGB1、KIRDS2、LAT、LFA-1、LFA-1,與CD83特異性結合的配體、LIGHT、LIGHT、LTBR、Ly9(CD229)、Ly108)、淋巴細胞功能相關之抗原-1(LFA-1;CD1-1a/CD18)、第一類MHC分子、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、OX-40、PAG/Cbp、程序性死亡-1(PD-1)、PSGL1、SELPLG(CD162)、傳訊淋巴細胞性活化分子(SLAM蛋白)、SLAM(SLAMF1;CD150;IPO-3)、SLAMF4(CD244;2B4)、SLAMF6(NTB-A、SLAMF7、SLP-76、TNF受體蛋白、TNFR2、TNFSF14、Toll配體受體、TRANCE/RANKL、VLA1、或VLA-6、或其片段、截斷、或組合。
在一實施態樣中,編碼共刺激域內的細胞內傳訊域之多核苷酸包含與SEQ ID NO:6之核苷酸序列至少約60%,至少約65%,至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列。
細胞內傳訊域的一實例係以SEQ ID NO.7:RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRS說明。
在一特殊實施態樣中,共刺激域內之細胞內傳訊域包含與SEQ ID NO:7之胺基酸序列至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,該編碼共刺激域之多核苷酸包含下列,基本上由下列組成,或由下列組成:與SEQ ID NO:240之核苷酸序列至少約60%,至少約65%,至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列,其中該共刺激域不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1至122,SEQ ID NO:1之胺基酸1至121,SEQ ID NO:1之胺基酸1至120,SEQ ID NO:1之胺基酸1至119,SEQ ID NO:1之胺基酸1至118,或SEQ ID NO:1之胺基酸1至118。
在一些實施態樣中,該共刺激域包含下列,基本上由下列組成,或由下列組成:與SEQ ID NO:241之胺基酸序列至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列,其中該共刺激域不包含SEQ ID NO:1之胺基酸1至
122,SEQ ID NO:1之胺基酸1至121,SEQ ID NO:1之胺基酸1至120,SEQ ID NO:1之胺基酸1至119,SEQ ID NO:1之胺基酸1至118,或SEQ ID NO:1之胺基酸1至118。
I.B.活化域
在一些實施態樣中,該編碼活化域之多核苷酸包含與SEQ ID NO:8之核苷酸序列至少約60%,至少約65%,至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸
序列。
在一些實施態樣中,該活化域包含與SEQ ID NO:9之胺基酸序列至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列。
在一些實施態樣中,該活化域包含與
(SEQ ID NO:251)之胺基酸序列至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%之相同胺基酸序列。
I.C.抗原結合分子
藉由併入與該靶抗原相互作用之抗原結合分子可CAR經工程改造以結合至抗原(諸如細胞-表面抗原)。在一些實施態樣中,該抗原結合分子為其抗體片段,例
如,一或多種單鏈抗體片段(“scFv”)。scFv為具有抗體之重鏈和輕鏈可變區連接在一起的單鏈抗體片段。參見美國專利第7,741,465和6,319,494號以及Eshhar等人,Cancer Immunol Immunotherapy(1997)45:131-136。scFv保留親代抗體與靶抗原特異性相互作用的能力。scFv可用於嵌合抗原受體,因為可將彼等工程改造以表現為隨著其他CAR組分(Id)之單鏈的部分。亦可參見Krause等人,J.Exp.Med.,Volume 188,No.4,1998(619-626);Finney等人,Journal of Immunology,1998,161:2791-2797。應該理解:抗原結合分子通常含在CAR的細胞外部分中,以使其該能夠識別和結合至感興趣的抗原。雙特異性和多特異性CAR被考慮在本發明的範圍內,具有對多於一個感興趣目標之特異性。
在一些實施態樣中,該多核苷酸編碼包含本發明之THD的CAR或TCR及特異性結合至靶抗原之抗原結合分子。在一些實施態樣中,該靶抗原為腫瘤抗原。在一些實施態樣中,該抗原係選自腫瘤相關之表面抗原,諸如5T4、α胎蛋白(AFP)、B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、BCMA、B-人類絨毛膜促性腺素、CA-125、癌胚抗原(CEA)、癌胚抗原(CEA)、CD123、CD133、CD138、CD 19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD25、CD30、CD33、CD34、CD4、CD40、CD44、CD56、CD8、CLL-1、c-Met、CMV-特異性抗原、CSPG4、CTLA-4、二唾液酸神經節苷脂GD2、導管上皮黏液(ductal-epithelial
mucine)、EBV-特異性抗原、EGFR變體III(EGFRvIII)、ELF2M、內皮因子(endoglin)、肝配蛋白(ephrin)B2、表皮生長因子受體(EGFR)、上皮細胞黏附分子(EpCAM)、上皮腫瘤抗原、ErbB2(HER2/neu)、纖維母細胞相關蛋白(fap)、FLT3、葉酸結合蛋白、GD2、GD3、神經膠質瘤相關之抗原、醣神經鞘脂質、gp36、HBV-特異性抗原、HCV-特異性抗原、HER1-HER2、HER2-HER3組合、HERV-K、高分子量黑素瘤相關抗原(HMW-MAA)、HIV-1包膜糖蛋白gp41、HPV-特異性抗原、人類端粒酶反轉錄酶、IGFI受體、IGF-II、IL-11Rα、IL-13R-a2、流感病毒-特異性抗原;CD38、胰島素生長因子(IGF1)-1、腸道羧基酯酶、κ鏈、LAGA-1a、λ鏈、賴薩(Lassa)病毒-特異性抗原、凝集素-反應性AFP、譜系特異性或組織特異性抗原諸如CD3、MAGE、MAGE-A1、主要組織相容性複合體(MHC)分子、呈現腫瘤-特異性肽表位之主要組織相容性複合體(MHC)分子、M-CSF、黑色素瘤相關之抗原、間皮素(mesothelin)、間皮素、MN-CA IX、MUC-1、mut hsp70-2、突變p53、突變p53、突變ras、嗜中性球彈性蛋白酶、NKG2D、Nkp30、NY-ESO-1、p53、PAP、前列腺酶(prostase)、前列腺酶特異性抗原(PSA)、前列腺癌腫瘤抗原-1(PCTA-1)、前列腺特異性抗原、普洛斯因(prostein)、PSMA、RAGE-1、ROR1、RU1、RU2(AS)、表面黏附分子、生存和端粒酶、TAG-72、纖維接合素之額外域A(EDA)和額外域B(EDB)及腱生蛋白-C之Al域(TnC
Al)、甲狀腺球蛋白、腫瘤基質抗原、血管內皮生長因子受體-2(VEGFR2)、病毒-特異性表面抗原諸如HIV-特異性抗原(諸如HIV gp120)、以及這些表面標記之任何衍生物或變體。在某些實施態樣中,該抗原結合分子特異性結合至BCMA。在其他實施態樣中,該抗原結合分子特異性結合至CLL-1。在其他實施態樣中,該抗原結合分子特異性結合至FLT3。
在一些實施態樣中,該抗原結合分子特異性結合BCMA。在某些實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含選自SEQ ID NOs:13-20之胺基酸序列的VH CDR1;(b)包含選自SEQ ID NOs:21-28之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含選自SEQ ID NOs:29-36之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含選自SEQ ID NOs:37-44之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含選自SEQ ID NOs:45-52之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含選自SEQ ID NOs:53-60之胺基酸序列的VL CDR3。
在一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:13之胺基酸的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:21之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:29之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:37之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:45之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:53之胺基酸序列的VL CDR3。
在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)
包含SEQ ID NO:14之胺基酸的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:22之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:30之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:38之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:46之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:54之胺基酸序列的VL CDR3。
在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:15之胺基酸的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:23之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:31之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:39之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:47之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:55之胺基酸序列的VL CDR3。
在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:16之胺基酸的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:24之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:32之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:40之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:48之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:56之胺基酸序列的VL CDR3。
在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:17之胺基酸的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:25之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:33之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:
41之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:49之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:57之胺基酸序列的VL CDR3。
在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:18之胺基酸的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:26之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:34之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:42之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:50之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:58之胺基酸序列的VL CDR3。
在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:19的胺基酸之VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:27之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:35之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:43之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:51之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:59之胺基酸序列的VL CDR3。
在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:20的胺基酸之VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:28之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:36之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:44之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:52之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:60之胺基酸序列的VL CDR3。
在某些實施態樣中,該抗原結合分子包含;包含選自由SEQ ID NOs:77-84所組成之群組之胺基酸序列的VH和包含選自由SEQ ID NOs:85-92所組成之群組之胺基酸序列的VL。在一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:77之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:85之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:78之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:86之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:79之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:87之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:80之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:88之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:81之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:89之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:82之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:90之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:83之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:91之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:84之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:92之胺基酸序列的VL。
在一特殊實施態樣中,本發明之多核苷酸包含與選自由SEQ ID NOs:61-68所列組成群組之核苷酸序
列至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列。在另一實施態樣中,本發明之多核苷酸包含與選自由SEQ ID NOs:69-76所組成群組之核苷酸序列至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列。
其他已知的抗-BCMA抗體或其抗原結合分子可用作為本發明的包含THD之CAR或TCR的抗原結合分子。該等BCMA抗體或其抗原結合分子的非限制實例包括於2015年10月22日公開的WO2015158671A1和於2016年1月28日公開的WO2016014565A2中所述之抗體或抗原結合分子。
在一些實施態樣中,該抗原結合分子特異性結合CLL-1。在某些實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含選自SEQ ID NOs:93-96之胺基酸序列的VH CDR1;(b)包含選自SEQ ID NOs:97-100之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含選自SEQ ID NOs:101-104之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含選自SEQ ID NOs:105-108之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含選自SEQ ID NOs:109-112之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含選自SEQ ID NOs:113-116之胺基酸序列的VL CDR3。
在一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包
含SEQ ID NO:93之胺基酸的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:97之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:101之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:105之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:109之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:113之胺基酸序列的VL CDR3。
在一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:94之胺基酸的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:98之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:102之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:106之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:110之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:114之胺基酸序列的VL CDR3。
在一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:95之胺基酸的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:99之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:103之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID NO:107之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:111之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:115之胺基酸序列的VL CDR3。
在一實施態樣中,該抗原結合分子包含(a)包含SEQ ID NO:96之胺基酸序列的VH CDR1;(b)包含SEQ ID NO:100之胺基酸序列的VH CDR2;(c)包含SEQ ID NO:104之胺基酸序列的VH CDR3;(d)包含SEQ ID
NO:108之胺基酸序列的VL CDR1;(e)包含SEQ ID NO:112之胺基酸序列的VL CDR2;及/或(f)包含SEQ ID NO:116之胺基酸序列的VL CDR3。
在某些實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含選自由SEQ ID NOs:125-128所組成之群組之胺基酸序列的VH和包含選自由SEQ ID NOs:129-132所組成之群組之胺基酸序列的VL。在一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:125之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:129之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:126之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:130之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:127之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:131之胺基酸序列的VL。在另一實施態樣中,該抗原結合分子包含:包含SEQ ID NO:128之胺基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:132之胺基酸序列的VL。
在一特殊實施態樣中,本發明之多核苷酸包含與選自由SEQ ID NOs:117-120所組成群組之核苷酸序列至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列。在另一實施態樣中,本發明之多核苷酸包含與選自由SEQ ID NOs:121-124所組成群組之核苷酸序列至少約70%,至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約
95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或約100%相同之核苷酸序列。
抗-CLL-1抗體或其抗原結合分子的其他實例包括於2016年1月28日公開之WO2016014535和於2016年2月25日公開之US 2016/0051651 A1中所述的抗體或抗原結合分子。
由本發明多核苷酸編碼之抗原結合分子可經單鏈接或雙鏈接。在一些實施態樣中,該抗原結合分子係經單鏈接。在某些實施態樣中,該抗原結合分子係選自由下列所組成之群組:scFv、Fab、Fab'、Fv、F(ab')2、dAb、及其任何組合。在一特殊實施態樣中,該抗原結合分子包含scFv。
在某些實施態樣中,該抗原結合分子包含單鏈,其中該重鏈可變區和該輕鏈可變區係以連結子連接。在一些實施態樣中,該VH係位於連結子的N末端和該VL係位於連結子的C末端。在其他實施態樣中,該VL係位於連結子的N末端和該VH係位於連結子的C末端。在一些實施態樣中,該連結子包含至少約5,至少約8,至少約10,至少約13,至少約15,至少約18,至少約20,至少約25,至少約30,至少約35,至少約40,至少約45,至少約50,至少約60,至少約70,至少約80,至少約90,或至少約100個胺基酸。在一些實施態樣中,該連結子包含至少約18個胺基酸。在某些實施態樣中,該連結子包含與胺基酸序列GSTSGSGKPGSGEGSTKG(SEQ ID NO:12)或胺基酸
序列GGGGSGGGGSGGGGS(SEQ ID NO:237)至少約75%,至少約85%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或100%相同之胺基酸序列。在一實施態樣中,該連結子為Whitlow連結子。在某些實施態樣中,該結合分子包含單鏈,其中該重鏈可變區和該輕鏈可變區係以連結子連接,其中該連結子包含SEQ ID NO:12之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,該抗原結合分子以小於1×10-6M,小於1×10-7M,小於1×10-8M,或小於1×10-9M之KD結合靶抗原(例如,人類BCMA、人類FLT3、或人類CLL-1)。在一特殊實施態樣中,該抗原結合分子以小於1×10-7M之KD結合靶抗原(例如,人類BCMA、人類FLT3、或人類CLL-1)。在另一實施態樣中,該抗原結合分子以小於1×10-8M之KD結合靶抗原(例如,人類BCMA、人類FLT3、或人類CLL-1)。在一些實施態樣中,該抗原結合分子以約1×10-7M,約2×10-7M,約3×10-7M,約4×10-7M,約5×10-7M,約6×10-7M,約7×10-7M,約8×10-7M,約9×10-7M,約1×10-8M,約2×10-8M,約3×10-8M,約4×10-8M,約5×10-8M,約6×10-8M,約7×10-8M,約8×10-8M,約9×10-8M,約1×10-9M,約2×10-9M,約3×10-9M,約4×10-9M,約5×10-9M,約6×10-9M,約7×10-9M,約8×10-9M,約9×10-9M,約1×10-10M,或約5×10-10M之KD結合靶抗原(例如,人類BCMA、人類FLT3、或人類CLL-1)。在某些實施態樣中,在某些實施
態樣中,KD計算為k關/k開的商,及k開和k關係使用單價抗體(諸如Fab片段)測定,如以例如BIAcore®表面電漿子共振技術測定。在其他實施態樣中,KD計算為k關/k開的商,及k開和k關係使用二價抗體(諸如Fab片段)測定,如以例如BIAcore®表面電漿子共振技術測量。
在一些實施態樣中,該抗原結合分子以小於1×10-4M-1s-1,小於2×10-4M-1s-1,小於3×10-4M-1s-1,小於4×10-4M-1s-1,小於5×10-4M-1s-1,小於6×10-4M-1s-1,小於7×10-4M-1s-1,小於8×10-4M-1s-1,小於9×10-4M-1s-1,小於1×10-5M-1s-1,小於2×10-5M-1s-1,小於3×10-5M-1s-1,小於4×10-5M-1s-1,小於5×10-5M-1s-1,小於6×10-5M-1s-1,小於7×10-5M-1s-1,小於8×10-5M-1s-1,小於9×10-5M-1s-1,小於1×10-6M-1s-1,小於2×10-6M-1s-1,小於3×10-6M-1s-1,小於4×10-6M-1s-1,小於5×10-6M-1s-1,小於6×10-6M-1s-1,小於7×10-6M-1s-1,小於8×10-6M-1s-1,小於9×10-6M-1s-1,或小於1×10-7M-1s-1之結合速率((k開)結合靶抗原(例如,人類BCMA、人類FLT3、或人類CLL-1)。在某些實施態樣中,該k開係使用單價抗體(諸如Fab片段)測定,如例如以BIAcore®表面電漿子共振技術測定。在其他實施態樣中,該k開係使用二價抗體測定,如例如以BIAcore®表面電漿子共振技術測量。
在一些實施態樣中,該抗原結合分子以小於1×10-2s-1,小於2×10-2s-1,小於3×10-2s-1,小於4×10-2s-1,小於5×10-2s-1,小於6×10-2s-1,小於7×10-2s-1,小於8×10-2
s-1,小於9×10-2s-1,小於1×10-3s-1,小於2×10-3s-1,小於3×10-3s-1,小於4×10-3s-1,小於5×10-3s-1,小於6×10-3s-1,小於7×10-3s-1,小於8×10-3s-1,小於9×10-3s-1,小於1×10-4s-1,小於2×10-4s-1,小於3×10-4s-1,小於4×10-4s-1,小於5×10-4s-1,小於6×10-4s-1,小於7×10-4s-1,小於8×10-4s-1,小於9×10-4s-1,小於1×10-4s-1,或小於5×10-4s-1之解離速率(k關)結合靶抗原(例如,人類BCMA、人類FLT3、或人類CLL-1)。在某些實施態樣中,該k關係使用單價抗體(諸如Fab片段)測定,如例如以BIAcore®表面電漿子共振技術測量。在其他實施態樣中,該k關係使用二價抗體測定,如例如以BIAcore®表面電漿子共振技術測量。
在一些實施態樣中,該多核苷酸編碼TCR,其中該TCR另外包含第四互補決定區(CDR4)。在某些實施態樣中,該多核苷酸編碼TCR,其中該TCR另外包含恆定區。在一些實施態樣中,該恆定區係選自IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgD、IgE、和IgM之恆定區。
I.D.開關域
應理解,藉由以自殺基因轉導免疫細胞(包含一種或多種CAR或TCR)可使不利事件最小化。也可能需要將可誘導“開”或“促進劑”開關併入免疫細胞。適當技術包括在用本發明的CAR構築體轉導細胞之前、之後或同時,使用可誘導凋亡蛋白酶-9(美國申請案2011/0286980)或胸苷激酶。引入自殺基因及/或“開”開關之額外方法包括
TALENS、鋅指、RNAi、siRNA、shRNA、反義技術和該項技術已知的其他技術。
根據本發明,額外開-關或其他類型的控制開關技術可以併入本文。這些技術可採用二聚合域和該等域二聚合的隨意活化劑之使用。這些技術包括例如彼等例如由Wu等人,Science 2014 350(6258)所述者,在某些細胞中利用FKBP/雷帕黴素類似物(Rapalog)二聚合系統,彼等之內容以其全文引用方式併入本文中。額外二聚合技術係描述於例如,Fegan等人Chem.Rev.2010,110,3315-3336以及美國專利號5,830,462;5,834,266;5,869,337;及6,165,787中,彼等之內容亦以其全文引用方式併入本文中。額外二聚合對可包括環孢靈素(cyclosporine)-A/親環素(cyclophilin)、受體、雌激素/雌激素受體(隨意地使用他莫昔芬(tamoxifen))、糖皮質素/糖皮質素受體、四環黴素/四環黴素受體、維生素D/維生素D受體。二聚合技術的其他實例可發現於例如WO 2014/127261、WO 2015/090229、US 2014/0286987、US 2015/0266973、US 2016/0046700、美國專利第8,486,693號、US 2014/0171649、和US 2012/0130076。彼等之內容以其全文引用方式進一步併入本文中。
I.E.前導肽
在一些實施態樣中,本發明之多核苷酸編碼CAR或TCR,可另外包含前導肽(本文中也稱為“訊號
肽”)。在某些實施態樣中,該前導肽包含與胺基酸序列MALPVTALLLPLALLLHAARP(SEQ ID NO:11)至少約75%,至少約80%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或100%相同之胺基酸序列。在一些實施態樣中,該前導肽包含SEQ ID NO:11之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,本發明之多核苷酸編碼CAR或TCR,其中該CAR或該TCR包含前導肽(P)、抗原結合分子(B)、共刺激蛋白的細胞外域(E)、跨膜域(T)、共刺激區(C)、及活化域(A),其中該CAR係根據下列配置:P-B-E-T-C-A。在一些實施態樣中,該抗原結合分子包含VH和VL,其中該CAR係根據下列配置:P-VH-VL-E-T-C-A或P-VL-VH-E-T-C-A。在一些實施態樣中,該VH和該VL係以連結子(linker)(L)連接,其中該CAR係根據下列配置,從N末端至C末端:P-VH-L-VL-E-T-C-A或P-VH-L-VL-E-T-C-A。
在一些實施態樣中,本發明之多核苷酸編碼CAR,其中該CAR包含與選自表2之胺基酸序列至少約75%,至少約85%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或100%相同之胺基酸序列。在某些實施態樣中,本發明之多核苷酸編碼CAR,其中該CAR包含選自表2之胺基酸序列。
在一些實施態樣中,本發明之多核苷酸編碼CAR,其中該CAR包含與選自由下列所組成之群組的胺基酸序列至少約75%,至少約85%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或100%相同之胺基酸序列:SEQ ID NOs:134、136、138、140、142、144、146、148、
150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、178、180、190、192、202、204、214、216、226、和228。在某些實施態樣中,該CAR包含選自由下列所組成之群組的胺基酸序列:SEQ ID NOs:134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、178、180、190、192、202、204、214、216、226、和228。
在一些實施態樣中,本發明之多核苷酸包含與選自由下列所組成之群組的胺基酸序列至少約50%,至少約60%,至少約65%,至少約70%,至少約75%,至少約85%,至少約85%,至少約90%,至少約95%,至少約96%,至少約97%,至少約98%,至少約99%,或100%相同之核苷酸序列:SEQ ID NOs:133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、177、179、189、191、201、203、213、215、225、和227。在某些實施態樣中,該多核苷酸包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:SEQ ID NOs:133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、177、179、189、191、201、203、213、215、225、和227。
II.載體、細胞、和醫藥組成物
在某些態樣中,本文提供包含本發明之多核
苷酸的載體。在一些實施態樣中,本發明係關於一種載體或一組載體,其包含編碼包含截短鉸鏈域(“THD”)域的CAR或TCR之多核苷酸,如上所述。
該項技術中已知的任何載體可適合於本發明。在一些實施態樣中,該載體為病毒載體。在一些實施態樣中,該載體為反轉錄病毒載體、DNA載體、鼠白血病病毒載體、SFG載體、質體、RNA載體、腺病毒載體、桿狀病毒載體、Epstein Barr病毒載體、乳突多瘤空泡病毒載體、牛痘病毒載體、單純泡疹病毒載體、腺病毒相關載體(AAV)、慢病毒載體、或其任何組合。
pGAR載體圖說明如圖20。
適當額外示例性載體包括例如,pBABE-puro、pBABE-neo largeTcDNA、pBABE-hygro-hTERT、pMKO.1 GFP、MSCV-IRES-GFP、pMSCV PIG(Puro IRES GFP空質體)、pMSCV-loxp-dsRed-loxp-eGFP-Puro-WPRE、MSCV IRES Luciferase、pMIG、MDH1-PGK-GFP_2.0、TtRMPVIR、pMSCV-IRES-mCherry FP、pRetroX GFP T2A Cre、pRXTN、pLncEXP、和pLXIN-Luc。
在其他態樣中,本文提供包含本發明之多核苷酸或載體的細胞。在一些實施態樣中,本發明係關於包含編碼包含本文所述之TCD的CAR或TCR之多核苷酸之細胞(例如,活體外細胞)。在其他實施態樣中,本發明係關於包含由包含本文所述之TCD的CAR或TCR編碼的多肽之細胞(例如,活體外細胞)。
任何細胞可用作為本發明之多核苷酸、載
體、或多肽的宿主細胞。在一些實施態樣中,細胞可為原核細胞、真菌細胞、酵母細胞,或高等真核細胞諸如哺乳動物細胞。適當原核細胞包括但不限於真細菌,諸如革蘭氏陰性(Gram-陰性)或革蘭氏陽性生物體,例如,腸桿菌科(Enterobactehaceae)諸如大腸桿菌屬(Escherichia),例如,E.coli;腸桿菌屬(Enterobacter);伊文氏桿菌屬(Erwinia);克留氏菌屬(Klebsiella);變形桿菌屬(Proteus);沙門桿菌屬(Salmonella)(例如,鼠傷寒沙門桿菌(Salmonella typhimurium));沙雷氏菌屬(Serratia)(例如,黏質沙雷氏菌(Serratia marcescans))、和志賀桿菌屬(Shigella);桿菌(Bacilli)(枯草桿菌(諸如B.subtilis)及地衣芽胞桿菌(B.licheniformis))、假單胞菌屬(Pseudomonas)(諸如綠膿桿菌(P.aeruginosa))及鏈黴菌屬(Streptomyces)。在一些實施態樣中,該細胞為人類細胞。在一些實施態樣中,該細胞為免疫細胞。在一些實施態樣中,該免疫細胞係選自由下列所組成之群組:T細胞、B細胞、腫瘤浸潤淋巴細胞(TIL)、表現TCR之細胞、自然殺手(NK)細胞、樹突細胞、顆粒球、先天性淋巴細胞、巨核細胞、單核細胞、巨噬細胞、血小板、胸腺細胞、和骨髓細胞。在一實施態樣中,該免疫細胞為T細胞。在另一實施態樣中,該免疫細胞為NK細胞。在某些實施態樣中,該T細胞為腫瘤浸潤淋巴細胞(TIL)、自體T細胞、工程改造自體T細胞(eACTTM)、同種異體T細胞、異源性T細胞,或其任何組合。
本發明之細胞可透過該項技術中已知的任何來源獲得。例如,T細胞可在活體外從造血幹細胞群體分化,或T細胞可從個體獲得。T細胞可得自例如末梢血液單核球細胞、骨髓、淋巴結組織、臍帶血、胸腺組織、來自感染位置的組織、腹水、胸膜滲出液、脾組織、與腫瘤。此外,T細胞可從一或多種該項技術可得之T細胞株衍生。T細胞亦可使用該項技術人員已知的任何數量的技術(諸如FICOLLTM分離與/或血球分離法)而從個體採集之血液單元獲得。在某些實施態樣中,將藉由血球分離所採集之細胞洗滌以移除血漿部分,並放置在適當的緩衝劑或培養基中以用於後續處理。在一些實施態樣中,用PBS洗滌細胞。如將理解的,可使用洗滌步驟,諸如藉由使用半自動順流離心機(flowthrough centrifuge),例如,CobeTM 2991細胞處理器、Baxter CytoMateTM、或類似者。在一些實施態樣中,將經洗滌之細胞再懸浮於一或多種生物相容性緩衝劑或其他具有或不具有緩衝劑之生理鹽水溶液中。在某些實施態樣中,移除血球分離樣品的不要成分。分離用於T細胞療法之T細胞的額外方法係揭示於美國專利公開號2013/0287748,其以全文引用方式併入本文中。
在某些實施態樣中,藉由溶解紅血球及例如藉由使用經PERCOLLTM梯度之離心耗盡單核細胞而自PBMC分離T細胞。在一些實施態樣中,T細胞之特異性亞群(諸如CD4+、CD8+、CD28+、CD45RA+、和CD45RO+ T細胞)係藉由該項技術已知的正選擇或負選擇技術進一步
分離。例如,藉由負選擇之T細胞群體的增濃可用針對負選擇之細胞所特有的表面標記物之組合來完成。在一些實施態樣中,可使用經由負磁性免疫黏附或流動式細胞測量術之細胞分選及/或選擇,該負磁性免疫黏附或流動式細胞量測術使用針對負選擇細胞上存在之細胞表面標記物的單株抗體混合物(cocktail)。例如,為了藉由負選擇增濃CD4+細胞,單株抗體混合物通常包括至CD8、CD11b、CD14、CD16、CD20、和HLA-DR之抗體。在某些實施態樣中,流動式細胞測量術和細胞分選係用以分離本發明中所使用之感興趣的細胞群體。
在一些實施態樣中,使用本文所述之方法將PBMC與免疫細胞(諸如CAR或TCR)直接用於基因改造。在某些實施態樣中,分離PBMC之後,進一步分離T淋巴細胞,且在基因改造良及/或擴張之前或之後,將胞毒性和輔助T淋巴細胞二者分類成初始、記憶、和效應T細胞亞群。
在一些實施態樣中,藉由鑑定與這些類型的CD8+細胞之各者相關的細胞表面抗原,將CD8+細胞進一步分類成初始、中央記憶、和效應細胞。在一些實施態樣中,中央記憶T細胞之表型標記物的表現包括CCR7、CD3、CD28、CD45RO、CD62L、和CD127且對顆粒酶B為陰性。在一些實施態樣中,中央記憶T細胞為CD8+、CD45RO+、和CD62L+ T細胞。在一些實施態樣中,效應T細胞對CCR7、CD28、CD62L、和CD127為陰性及對顆粒
酶B和穿孔素為陽性。在某些實施態樣中,將CD4+ T細胞進一步分類成亞群。例如,藉由鑑定具有細胞表面抗原的細胞群體,CD4+ T輔助細胞可分類成初始、中央記憶、和效應細胞。
在一些實施態樣中,該免疫細胞(例如,T細胞)在使用已知方法分離後進行基因改造,或在基因改造之前活體外將免疫細胞活化和擴增(或在祖細胞(progenitor)的情況下分化)。在另一實施態樣中,該免疫細胞(例如,T細胞)係以本文所述之嵌合抗原受體基因改造(例如,用包含一或多種編碼CAR之核苷酸序列的病毒載體轉導)及接著活體外活化及擴增。用於活化及擴增T細胞之方法在該項技術中為已知且描述於例如美國專利號6,905,874;6,867,041;及6,797,514;及PCT公開號WO 2012/079000中,彼等之內容特此以全文引用方式併入。通常,該等方法包括在具有適當細胞介素(諸如IL-2)的培養基中使PBMC或經分離的T細胞與通常連接至珠粒或其他表面之刺激劑和共刺激劑(諸如抗-CD3和抗-CD28抗體)接觸。連接至相同珠粒上的抗-CD3和抗-CD28抗體作為“代用”抗原呈現細胞(APC)。一個實例為Dynabeads®系統,用於人類T細胞之生理活化的CD3/CD28活化劑/刺激器系統。在其他實施態樣中,使用諸如彼等美國專利號6,040,177和5,827,642和PCT公開案號WO 2012/129514(彼等之內容特此以其全文引用方式併入)中所述之方法,將該T細胞活化和刺激以用飼養細胞和適當抗體和細胞介素
增生。
在某些實施態樣中,該T細胞係得自捐贈者個體。在一些實施態樣中,該捐贈者個體為患有癌症或腫瘤之人類患者。在其他實施態樣中,該捐贈者個體為沒患癌症或腫瘤之人類患者。
本發明之其他態樣係關於包含本文所述之多核苷酸、本文所述之載體、本文所述之多肽,或本文所述之活體外細胞的組成物。在一些實施態樣中,該組成物包含醫藥上可接受的載體、稀釋劑、助溶劑、乳化劑、防腐劑及/或佐劑。在一些實施態樣中,該組成物包含賦形劑。在一實施態樣中,該組成物包含編碼包含本文所述之截短鉸鏈域(“THD”)的CAR或TCR之多核苷酸。在另一實施態樣中,該組成物包含CAR或TCR,該CAR或TCR包含由本發明之多核苷酸編碼的TCD。在另一實施態樣中,該組成物包含:包含CAR或TCR之T細胞,該CAR或TCR包含本文所述之TCD。
在某些實施態樣中,選擇組合物用於腸胃外遞送、用於吸入、或用於經由消化道遞送,例如口服。醫藥上可接受的組成物的製備在熟習該項技術者的能力範圍內。在某些實施態樣中,使用緩衝劑以將組成物保持在生理pH或稍低的pH,通常在約5至約8的pH範圍內。在某些實施態樣中,當預期腸胃外給藥時,組成物係於無熱原形式之腸胃外可接受的水溶液,其包含在醫藥上可接受的媒液中的本文所述之組成物,有或沒有額外治療劑。在某些
實施態樣中,用於腸胃外注射的媒液為無菌蒸餾水,其中將本文所述之組成物,有或沒有至少一種另外的治療劑調配成適當保存的無菌等滲溶液。在某些實施態樣中,該製劑包括所要分子與提供產物的受控或持續釋放的聚合化合物(諸如聚乳酸或聚乙醇酸)、珠粒或脂質體之調配物,然後經由積存注射(depot injection)將其遞送。在某些實施態樣中,在某些實施方案中,可植入藥物遞送裝置係用於引入所需分子。
III.本發明之方法
本發明之另一態樣係關於一種製造表現CAR或TCR的細胞之方法,其包含在適當條件下用本文所揭示的多核苷酸轉導細胞。在一些實施態樣中,該方法包含用編碼CAR或TCR之多核苷酸轉導細胞,如本文所揭示。在一些實施態樣中,該方法包含用包含編碼CAR或TCR之多核苷酸的載體轉導細胞。
本發明之另一態樣係關於一種誘發抵抗腫瘤的免疫之方法,其包含將有效量的包含本文所述之多核苷酸、本文所述之載體、或本文所述之CAR或TCR的細胞投予至個體。在一實施態樣中,該方法包含將有效量的包含編碼本文所揭示的CAR或TCR之多核苷酸的細胞投予至個體。在另一實施態樣中,該方法包含將有效量的包含載體之細胞投予至個體,該載體包含編碼本文所揭示的CAR或TCR之多核苷酸。在另一實施態樣中,該方法包含將有效
量的包含由本文所揭示的多核苷酸編碼之CAR或TCR的細胞投予至個體。
本發明之另一態樣係關於一種在個體中誘發免疫反應之方法,其包含投予有效量的本申請案之工程改造免疫細胞。在一些實施態樣中,該免疫反應為T細胞-媒介之免疫反應。在一些實施態樣中,該T細胞媒介之免疫反應係針對一或多種靶細胞。在一些實施態樣中,該工程改造免疫細胞包含CAR或TCR,其中該CAR或該TCR包含本揭示所述之THD。在一些實施態樣中,該靶細胞為腫瘤細胞。
本發明之另一態樣係關於一種用於治療或預防惡性腫瘤之方法,該方法包含將有效量的至少一種免疫細胞投予至對其有需要之個體,其中該免疫細胞包含至少一種CAR或TCR,和其中該CAR或該TCR包含本文所述之THD。
本發明之另一態樣係關於一種治療對其有需要之個體中的癌症之方法,其包含將本文所揭示的多核苷酸、載體、CAR或TCR、細胞、或組成物投予至該個體。在一實施態樣中,該方法包含投予編碼CAR或TCR之多核苷酸。在另一實施態樣中,該方法包含投予包含編碼CAR或TCR之多核苷酸的載體。在另一實施態樣中,該方法包含投予由本文所揭示的多核苷酸編碼之CAR或TCR。在另一實施態樣中,該方法包含投予包含多核苷酸之細胞、或包含多核苷酸之載體、編碼CAR或TCR。
在一些實施態樣中,在治療對其有需要之個體中的癌症之方法包含T細胞療法。在一實施態樣中,本發明之T細胞療法為工程改造自體細胞療法(eACTTM)。根據此實施態樣,該方法可包括從患者採集血球。經分離的血球(例如,T細胞)可接著工程改造以表現本發明之CAR或TCR。在一特定實施態樣中,將CAR T細胞或TCR T細胞投予至患者。在一些實施態樣中,該CAR T細胞或TCR T細胞治療患者中的腫瘤或癌。在一個實施態樣中,該CAR T細胞或TCR T細胞降低腫瘤或癌的大小。
在一些實施態樣中,用於T細胞療法之捐贈者T細胞係得自患者(例如,用於自體T細胞療法)。在其他實施態樣中,用於T細胞療法之捐贈者T細胞係得自不是該患者的個體。
T細胞可以治療有效量投予。例如,治療有效量的T細胞可為至少約104個細胞,至少約105個細胞,至少約106個細胞,至少約107個細胞,至少約108個細胞,至少約109,或至少約1010。在另一實施態樣中,治療有效量的T細胞為約104個細胞,約105個細胞,約106個細胞,約107個細胞,或約108個細胞。在一特殊實施態樣中,治療有效量的CAR T細胞或TCR T細胞為約2×106個細胞/kg,約3×106個細胞/kg,約4×106個細胞/kg,約5×106個細胞/kg,約6×106個細胞/kg,約7×106個細胞/kg,約8×106個細胞/kg,約9×106個細胞/kg,約1×107個細胞/kg,約2×107個細胞/kg,約3×107個細胞/kg,約4×107個細胞
/kg,約5×107個細胞/kg,約6×107個細胞/kg,約7×107個細胞/kg,約8×107個細胞/kg,或約9×107個細胞/kg。
IV.癌症治療
本發明之方法可用於治療個體中的癌症、降低腫瘤的大小、殺死腫瘤細胞、預防腫瘤細胞增殖、預防腫瘤的生長、消除患者的腫瘤、預防腫瘤的復發、預防腫瘤轉移、在患者中誘發緩解或其任何組合。在某些實施態樣中,該方法誘發完全反應。在某些實施態樣中,該方法誘發部分反應。
可治療的癌症包括沒有血管化、尚未實質上血管化或血管化的腫瘤。癌症也可包括實性或非實性腫瘤。在一些實施態樣中,該癌症為血液癌。在一些實施態樣中,該癌症為白血球之癌症。在某些實施態樣中,該癌症為漿細胞之癌症。在一些實施態樣中,該癌症為白血病、淋巴瘤、或骨髓瘤。在某些實施態樣中,該癌症為急性淋巴母細胞白血病(ALL)(包括非T細胞ALL)、急性淋巴性白血病(ALL)、和噬血球性淋巴組織球增生症(hemophagocytic lymphohistocytosis)(HLH))、B細胞前淋巴細胞性白血病、B細胞急性淋巴性白血病(“BALL”)、母細胞性類漿細胞樹突細胞腫瘤、伯基特氏淋巴瘤(Burkitt's lymphoma)、慢性淋巴球性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(chronic myelogenous leukemia;CML)、慢性骨髓性白血病(chronic myeloid leukemia;CML)、慢性或急性肉芽腫
病、慢性或急性白血病、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤(FL)、毛髮細胞白血病、吞噬血球症候群(巨噬細胞活化症候群(MAS)、霍奇金氏病、大細胞肉芽腫、白血球黏附不足、惡性淋巴球增生病況、MALT淋巴瘤、外膜細胞淋巴瘤、邊緣區淋巴瘤、意義不明的單株γ球蛋白症(MGUS)、多發性骨髓瘤、骨髓發育不良和骨髓增生異常症候群(MDS)、骨髓疾病包括但不限於急性骨髓性白血病(AML)、非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)、漿細胞增生性病症(例如,無症狀骨髓瘤(和緩性多發性骨髓瘤或無痛性骨髓瘤)、漿母細胞淋巴瘤、類漿細胞樹突細胞腫瘤、漿細胞瘤(包括漿細胞惡液質;孤立性骨髓瘤;孤立性漿細胞瘤;髓外漿細胞瘤;及多發性漿細胞瘤)、POEMS症候群(亦稱為克羅-富克斯症候群(Crow-Fukase syndrome);高槻病(Takatsuki disease);PEP症候群)、原發性縱隔大B細胞淋巴瘤(PMBC)、小細胞-或大細胞-濾泡性淋巴瘤、脾邊緣區淋巴瘤(SMZL)、全身性類澱粉輕鏈類澱粉變性、T細胞急性淋巴性白血病(“TALL”)、T細胞淋巴瘤、轉化濾泡性淋巴瘤、或Waldenstrom巨球蛋白血症、或其組合。
在一實施態樣中,該癌症為骨髓瘤。在一特殊實施態樣中,該癌症為多發性骨髓瘤。在另一實施態樣中,該癌症為白血病。在一實施態樣中,該癌症為急性骨髓性白血病。
在一些實施態樣中,該方法另外包含投予化
學療法。在某些實施態樣中,所選之化學療法為淋巴細胞清除(lymphodepleting)(預調理)化學療法。有利的預調理治療方案,以及相關的有利生物標記物描述於美國臨時專利申請案62/262,143和62/167,750中,彼等特此以其全文引用方式併入本文中。此等描述(例如)對需要T細胞療法的患者進行調理之方法,其包含將指定的有利劑量之環磷醯胺(介於200mg/m2/天和2000mg/m2/天之間)和指定劑量之氟達拉濱(fludarabine)(介於20mg/m2/天和900mg/m2/天之間)投予至該患者。一該劑量方案包括治療患者,其包含在投予治療有效量的工程改造T細胞至患者之前,包含將約500mg/m2/天的環磷醯胺及約60mg/m2/天的氟達拉濱(fludarabine)每天投予至患者經3天。
在其他實施態樣中,該抗原結合分子、轉導(或其他工程改造)細胞(諸如CAR或TCR)、和化學治療劑係各自以有效治療個體中的疾病或病況之量投予。
在某些實施態樣中,本文所揭示的包含表現CAR-及/或TCR-免疫效應細胞之組成物可與任何數量的化學治療劑聯合投予。化學治療劑之實例包括烷化劑諸如噻替哌(thiotepa)及環磷醯胺(CYTOXANTM);烷基磺酸酯類諸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan);氮丙啶類諸如苯並多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥多巴(meturedopa)、及優瑞多巴(uredopa);伸乙亞胺類(ethylenimines)及甲基蜜胺(methylamelamines)包括六甲蜜胺(altretamine)、三伸乙
基蜜胺(triethylenemelamine)、三伸乙基磷醯胺、三伸乙基硫磷醯胺、及三羥甲基蜜胺(trimethylolomelamine);氮芥(nitrogen mustards)諸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷醯胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、異環磷醯胺(ifosfamide)、二氯甲基二乙胺(mechlorethamine)、氧化二氯甲基二乙胺鹽酸鹽、黴法蘭(melphalan)、新恩比興(novembichin)、膽甾醇對苯乙酸氮芥(phenesterine)、潑尼莫司汀(prednimustine);曲洛磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard);亞硝脲類諸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲黴素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)、雷諾莫司汀(ranimustine);抗生素諸如阿克拉黴素(aclacinomysins)、放線菌黴素(actinomycin)、安麯黴素(authramycin)、氮絲胺酸(azaserine)、博萊黴素(bleomycin)、放線菌素(cactinomycin)、卡奇黴素(calicheamicin)、卡拉比星(carabicin)、洋紅黴素(carminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色黴素(chromomycins)、更生黴素(dactinomycin)、道諾黴素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-側氧基-L-正白胺酸、多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊達比星(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素(mitomycin)、黴酚酸(mycophenolic acid)、諾加黴素(nogalamycin)、橄欖黴素
(olivomycin)、培洛黴素(peplomycin)、波弗黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素(puromycin)、三鐵阿黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑菌素(streptonigrin)、鏈脲黴素(streptozocin)、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、淨司他汀(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin);抗代謝物諸如胺甲喋呤(methotrexate)及5-氟尿嘧啶(5-FU);葉酸類似物諸如得莫特林(denopterin)、胺甲喋呤、蝶羅呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate);嘌呤類似物諸如氟達拉濱(fludarabine)、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鳥嘌呤(thioguanine);嘧啶類似物諸如環胞苷(ancitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二去氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)、5-FU;雄激素諸如卡普睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、環硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睪內酮(testolactone);抗腎上腺素諸如胺麩精(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane);葉酸補充劑諸如弗羅林酸(frolinic acid);醋葡醛內酯(aceglatone);醛磷醯胺糖苷(aldophosphamide glycoside);胺基乙醯丙酸(aminolevulinic acid);安吖啶(amsacrine);貝斯布西(bestrabucil);比生群(bisantrene);依達曲沙(edatraxate);地磷醯胺
(defofamine);地美可辛(demecolcine);地吖醌(diaziquone);依氟鳥胺酸(elformithine);依利醋銨(elliptinium acetate);依託格魯(etoglucid):硝酸鎵;羥基脲(hydroxyurea);蘑菇多糖;氯尼達明(lonidamine);米托胍腙(mitoguazone);米托蒽醌(mitoxantrone);莫哌達醇(mopidamol);二胺硝吖啶(nitracrine);噴司他汀(pentostatin);蛋氨氮芥(phenamet);吡柔比星(pirarubicin);鬼臼酸(podophyllinic acid);2-乙基醯肼(2-ethylhydrazide);丙卡巴肼(procarbazine);PSK®;雷佐生(razoxane);西佐喃(sizofiran);螺旋鍺(spirogermanium);細交鏈孢菌酮酸(tenuazonic acid);三亞胺醌(triaziquone);2,2',2"-三氯三乙胺;烏拉坦(urethan);長春地辛(vindesine);達卡巴嗪(dacarbazine);甘露醇氮芥(mannomustine);二溴甘露醇(mitobronitol);二溴衛矛醇(mitolactol);哌泊溴烷(pipobroman);格塞圖辛(gacytosine);阿拉伯糖苷(arabinoside)("Ara-C");環磷醯胺;噻替哌(thiotepa);紫杉烷類(taxoids),例如,紫杉醇(TAXOLTM,Bristol-Myers Squibb)和多西他賽(doxetaxel)(TAXOTERE®,Rhone-Poulenc Rorer);苯丁酸氮芥(chlorambucil);吉西他濱(gemcitabine);6-硫鳥嘌呤;巰基嘌呤;胺甲喋呤;鉑類似物諸如順鉑(cisplatin)及卡鉑(carboplatin);長春鹼(vinblastine);鉑;依託泊苷(etoposide)(VP-16);異環磷醯胺(ifosfamide);絲裂黴素C(mitomycin C);米托蒽醌
(mitroxantrone);長春新鹼(vincristine);長春瑞濱(vinorelbine);諾維本(navelbine);能滅瘤(novantrone);替尼泊苷(teniposide);柔紅黴素(daunomycin);胺基蝶呤(aminopterin);截瘤達(xeoloda);伊班膦酸鹽(ibandronate);CPT-11;拓撲異構酶(topoisomerase)抑制劑RFS 2000;二氟甲基鳥胺酸(difluoromethylomithine)(DMFO);視黃酸(retinoic acid)衍生物諸如TargretinTM(蓓薩羅丁(bexarotene))、PanretinTM、(阿曲替諾(alitretinoin));ONTAKTM(地尼白介素(denileukin diftitox));埃斯培拉黴素(esperamicin);卡培他濱(capecitabine);及上述任一者之醫藥上可接受的鹽類、酸類及衍生物。在一些實施態樣中,本文所揭示的包含表現CAR-及/或TCR-免疫效應細胞之組成物可與下列聯合投予:調節或抑制對腫瘤之激素作用的抗激素劑諸如抗雌激素包括(例如)他莫昔芬(tamoxifen)、雷諾昔芬(raloxifene)、抑制4(5)-咪唑類之芳香酶、4-羥基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、凱奧昔芬(keoxifene)、LY117018、奧那司酮(onapristone)和托瑞米芬(toremifene)(Fareston);及抗雄激素諸如氟他胺(flutamide)、尼魯米特(nilutamide)、比卡魯胺(bicalutamide)、亮丙瑞林(leuprolide)和戈舍瑞林(goserelin);及上述任一者之醫藥上可接受的鹽類、酸類及衍生物。在適當的情況下也投予化學治療劑的組合,包括但不限於CHOP,即,環磷醯胺(Cytoxan®)、多柔比星(Doxorubicin)(羥基多柔比星)、長
春新鹼(vincristine)(Oncovin®)、和普賴松(Prednisone)。
在一些實施態樣中,該化學治療劑係在投予工程改造細胞或核酸同時或之後的一個星期內投予。在其他實施態樣中,在投予工程改造細胞或核酸之後投予化學治療劑從1至4週或從1週至1個月,1週至2個月,1週至3個月,1週至6個月,1週至9個月,或1週至12個月。在一些實施態樣中,該化學治療劑在投予細胞或核酸之前至少1個月投予化學治療劑。在一些實施態樣中,該方法另外包含投予二或多種化學治療劑。
各種的額外治療劑可與本文所述之組成物聯合使用。例如,可能有用的額外治療劑包括PD-1抑制劑諸如尼沃單抗(nivolumab)(OPDIVO®)、彭博拉珠單抗(pembrolizumab)(KEYTRUDA®)、彭博拉珠單抗(pembrolizumab)、匹利珠單抗(pidilizumab)(CureTech)、及阿特唑單抗(atezolizumab)(Roche)。
適合於與本發明組合使用之額外治療劑包括(但不限於)依羅替尼(ibrutinib)(IMBRUVICA®)、奧法木單抗(ofatumumab)(ARZERRA®)、利妥昔單抗(rituximab)(RITUXAN®)、貝伐珠單抗(bevacizumab)(AVASTIN®)、曲妥珠單抗(trastuzumab)(HERCEPTIN®)、曲妥珠單抗艾坦辛(trastuzumab emtansine)(KADCYLA®)、伊馬替尼(imatinib)(GLEEVEC®)、西妥昔單抗(cetuximab)(ERBITUX®)、帕尼單抗(panitumumab)(VECTIBIX®)、卡妥索單抗(catumaxomab)、替伊莫單抗(ibritumomab)、奧
法木單抗(ofatumumab)、托西莫單抗(tositumomab)、貝倫妥單抗(brentuximab)、阿倫單抗(alemtuzumab)、吉妥珠單抗(gemtuzumab)、厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、凡德他尼(vandetanib)、阿法替尼(afatinib)、拉帕替尼(lapatinib)、那替尼(neratinib)、阿西替尼(axitinib)、馬賽替尼(masitinib)、帕佐泮尼(pazopanib)、舒尼替尼(sunitinib)、索拉非尼(sorafenib)、托西尼布(toceranib)、來他替尼(lestaurtinib)、阿西替尼(axitinib)、西地尼布(cediranib)、樂伐替尼(lenvatinib)、尼達尼布(nintedanib)、帕佐泮尼、瑞格菲尼(regorafenib)、司馬沙尼(semaxanib)、索拉非尼、舒尼替尼、替沃贊尼(tivozanib)、托西尼布、凡德他尼、恩曲替尼(entrectinib)、卡博替尼(cabozantinib)、伊馬替尼、達沙替尼(dasatinib)、尼洛替尼(nilotinib)、普納替尼(ponatinib)、拉多替尼(radotinib)、波舒替尼(bosutinib)、來他替尼、魯索利替尼(ruxolitinib)、帕瑞替(pacritinib)、考比替尼(cobimetinib)、司美替尼(selumetinib)、曲美替尼(trametinib)、比尼替尼(binimetinib)、艾樂替尼(alectinib)、色瑞替尼(ceritinib)、克唑替尼(crizotinib)、阿柏西普(aflibercept)、阿地伯肽(adipotide)、地尼白介素(denileukin diftitox)、mTOR抑制劑諸如依維莫司(Everolimus)和替西羅莫司(Temsirolimus)、刺蝟(hedgehog)抑制劑諸如索尼德吉(sonidegib)和維莫德吉(vismodegib)、CDK抑制劑諸如CDK抑制劑(帕博西尼
(palbociclib))。
在額外實施態樣中,包含含CAR-及/或TCR-免疫之組成物係與消炎劑組合投予。消炎劑或消炎藥包括(但不限於)類固醇及糖皮質素(包括倍他米松(betamethasone)、布地奈德(budesonide)、地塞米松(dexamethasone)、醋酸氫皮質酮(hydrocortisone acetate)、氫皮質酮(hydrocortisone)、氫皮質酮、甲潑尼龍(methylprednisolone)、潑尼龍(prednisolone)、普賴松(prednisone)、曲安西龍(triamcinolone))、非類固醇消炎藥(NSAIDS)(包括阿斯匹林(aspirin)、伊布洛芬(ibuprofen)、奈普生(naproxen)、甲胺喋呤、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、來氟米特(leflunomide)、抗TNF藥物、環磷醯胺及黴酚酸酯(mycophenolate))。示例性NSAID包括伊布洛芬、奈普生、奈普生鈉、Cox-2抑制劑、和唾液酸鹽(sialylates)。示例性止痛劑包括乙醯胺酚(acetaminophen)、羥考酮、曲馬多(tramadol)或鹽酸普帕西芬(proporxyphene hydrochloride)。示例性糖皮質素包括皮質酮、地塞米松、氫皮質酮、甲潑尼龍、潑尼龍、或普賴松。示例性生物反應調節劑包括針對細胞表面標記物(例如,CD4、CD5、等等)之分子、細胞介素抑制劑,諸如TNF拮抗劑(例如,依那西普(etanercept)(ENBREL®)、阿達木單抗(adalimumab)(HUMIRA®)和英夫利昔單抗(infliximab)(REMICADE®)、趨化介素抑制劑和黏附分子抑制劑。生物反應調節劑包括分子之單株抗體以及重組形
式。示例性DMARDs包括硫唑嘌呤、環磷醯胺、環孢靈素(cyclosporine)、胺甲喋呤、青黴胺、來氟米特(leflunomide)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、羥氯喹(hydroxychloroquine)、金(口服(金諾芬(auranofin))和肌內)、和米諾四環素(minocycline)。
在某些實施態樣中,本文所述之組成物可與細胞介素聯合投予。“細胞介素”如本文所用意指由作用於另一細胞上作為細胞間介質的一個細胞群釋放之蛋白質。細胞介素的實例為淋巴因子(lymphokine)、單核因子(monokine)、和傳統多肽激素。包括在細胞介素之中者為生長激素(諸如人類生長激素、N-甲硫胺醯基人類生長激素、和牛生長激素);副甲狀腺激素;甲狀腺素;胰島素;胰島素原;鬆弛素;鬆弛素原;醣蛋白激素(諸如卵泡刺激激素(FSH)、甲狀腺刺激激素(TSH)、及黃體促素(LH));肝生長因子(HGF);纖維母細胞生長因(FGF);泌乳素;胎盤生乳素;穆勒氏(mullerian)抑制物質;小鼠促性腺激素相關肽;抑制素;活化素;血管內皮生長因子;整合素;促血小板生成素(TPO);神經生長因子(NGF)諸如NGF-β;血小板生長因子;轉變生長因子(TGF)諸如TGF-α和TGF-β;似胰島素生長因子-I和-II;促紅血球生成素(EPO);骨誘導因子;干擾素(諸如干擾素-α、β和-γ);群落刺激因子(CSF)(諸如,巨噬細胞-CSF(M-CSF)、顆粒球-巨噬細胞-CSF(GM-CSF);及顆粒球-CSF(G-CSF));介白素(IL)(諸如IL-1、IL-1α、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-
6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12;IL-15);腫瘤腫瘤壞死因子諸如TNF-α或TNF-β;及其他多肽因子(包括LIF或kit配體(KL))。如本文所用,術語細胞介素包括來自天然來源或重組細胞培養物之蛋白質及天然序列細胞介素之生物活性等效物。
本說明書中所提到的一切公開、專利、或專利申請案以引用方式併入本文中,其程度如同各個公開、專利、或專利申請案被具體地及單獨地指明以引用併入。然而,本文引用的參考資料不應被理解成承認該參考資料是本發明之先前技術。在某種程度上,以引用方式併入的參考文獻中所提供的任何定義或術語與本文所提供的術語和討論、目前的術語和定義對照組不同。
本發明以下列實施例進一步說明,該等實施例不應被解釋為進一步限制。本申請案中所引用的所有參考文獻的內容以引用方式明確地併入本文。
當結合附圖時,從下列詳細說明將更清楚地理解上述和另外的特徵。然而附圖僅僅是為了說明目的,而不是限制。
圖1A顯示具有SEQ ID NO:1之胺基酸序列的共刺激蛋白。標記共刺激蛋白的鉸鏈域(實線底線)、跨膜域(點線底線)、和傳訊域(虛線底線)。新穎截短鉸鏈域(“THD”)被加粗。圖1B和1C提供具有SEQ ID NO:1之胺基
酸序列的共刺激蛋白之細胞外域的帶狀圖。圖1B顯示用於在CAR情況下衍生鉸鏈區的一個實施態樣之SEQ ID NO:1的胺基酸序列內之區域,即,含有SEQ ID NO:1之胺基酸114至152的區域(在本文中稱為完整鉸鏈域或“CHD”;其以黑色和深灰色標記)的實例。圖1C顯示含有SEQ ID NO:1之胺基酸123至152的THD(以黑色標記)。在圖1B中,從圖1C中排除的鉸鏈區之部分係以深灰色標記並圈出。
圖2A-2H顯示本文所揭示之八個實例結合分子的CLUTSTAL W(2.83)多重序列比對。圖2A顯示包含VH域之實例抗-CLL-1結合分子的序列比對。顯示CDR和構架區FR,如以Chothia編號測定(圖2A)。圖2B為提供圖2A中所示各VH和CDR之SEQ ID NO的表。圖2C顯示包含VL域之實例抗-CLL-1結合分子的序列比對。顯示CDR和FR,如以Chothia編號測定(圖2C)。圖2D為提供圖2C中所示各VH和CDR序列之SEQ ID NO的表。圖2E顯示包含VH域之實例抗-BCMA結合分子的序列比對。顯示互補決定區(CDR)和構架區(FR),如以Chothia編號測定(圖2E)。SEQ ID NO 253-260,從上到下依序排列的CDR1;SEQ ID NO 261-268,從上到下的CDR2;SEQ ID NO 269-276,從上到下的CDR3。圖2F為提供藉由另一種方法所編號的各VH和CDR之SEQ ID NO的表。圖2G顯示包含VL域之實例抗-BCMA結合分子的序列比對。顯示CDR和FR,如以Chothia編號測定(圖2G)。SEQ ID NO 37-44,從上到下依序排列的CDR1;SEQ ID NO 45-52,從上到下的CDR2;SEQ ID
NO 277-284,從上到下的CDR3。圖2H為藉由另一種方法所編號的各VH和CDR序列之SEQ ID NO的表。
圖3描述用編碼各種CAR之mRNA電穿孔的初人類T細胞中之CAR表現。顯示從具有完整鉸鏈域(“CHD”)的CAR獲得之數據及顯示從具有截短鉸鏈域(“THD”)的CAR獲得之數據。
圖4A-4X顯示與所指示之靶細胞株共培養16小時後藉由經電穿孔的抗-FLT3 CAR T細胞之IFNγ、IL-2、和TNFα的產生。圖4A-4B、4G-4H、4M-4N、和4S-4T顯示分別與Namalwa、EoL-1、HL60、和MV4;11靶細胞共培養後之FNγ的產生。圖4C-4D、4I-4J、4O-4P、和4U-4V顯示分別與Namalwa、EoL-1、HL60、和MV4;11靶細胞共培養後之IL-2的產生。圖4E-4F、4K-4L、4Q-4R、和4W-4X顯示分別與Namalwa、EoL-1、HL60、和MV4;11靶細胞共培養後之TNFα的產生。
圖5A-5H顯示經電穿孔的抗FLT3 CAR T細胞針對Namalwa(圖5A-5B)、EoL1(圖5C-5D)、HL60(圖5E-5F)、和MV4;11(圖5G-5H)靶細胞株之共培養16小時後的細胞溶解活性。
圖6A-6B描述來自兩位健康捐助者的慢病毒轉導初人類T細胞中之CAR表現。
圖7A-7F顯示由來自兩位健康捐助者的慢病毒轉導CAR T細胞與所指示之靶細胞株共培養16小時後之IFNγ(圖7A-7B)、TNFα(圖7C-7D)、和IL-2(圖7E-7F)的產生。
圖8A-8D顯示來自兩位健康捐助者的表現抗-
FLT3 CAR構築體與Namalwa(圖8A)、EoL1(圖8B)、MV4;11(圖8C)、和HL60(圖8D)靶細胞株共培養經16、40、64、88、或112小時之隨時間的平均細胞溶解活性。
圖9A-9B描述來自兩位健康捐助者的CFSE-標記之慢病毒轉導CAR T細胞與CD3-CD28珠粒或所指示之靶細胞株共培養5天後之增生。
圖10A-10D描述在用於活體內研究之慢病毒轉導初人類T細胞中的CAR表現。圖10E-10F顯示在異種模型中對照組(mock)或抗-FLT3 CAR T細胞(10E3-CHD、10E3-THD、或8B5-THD)靜脈內注射後標記急性骨髓性白血病(AML)細胞的測量生物發光成像之圖示,進行一式二份。圖10G提供圖10E中的各個數據點之p值。圖10H-10K顯示用mock或10E3-CHD(圖10H)、mock或10E3-THD(圖10I)、mock或8B5-THD(圖10J)、或10E3-THD或8B5-THD(圖10K)CAR T細胞注射之小鼠的生存曲線。
圖11A-11B顯示用mRNA電穿孔後6小時以蛋白質L測定之CLL-1 CAR表現。
圖12A-12C顯示在mRNA電穿孔24小時後來自不同CLL-1 CAR-T細胞構築體之細胞介素釋放分析的結果。IL-2(圖12A)、IFNγ(圖12B)、和TNFα(圖12C)產生程度係顯示與Namalwa、MV4;11、U937、HL60、和EoL-1細胞共培養之對照組(靶向單獨、mock、GFP、和CD19 CAR T細胞)和抗-CLL-1 CAR T細胞(24C1_HL-THD、24C1_HL_CHD、24C8_HL-CHD、和24C8_HL_THD),如所示。
圖13A-13E顯示不同CLL-1 CAR-T細胞構築體
在mRNA電穿孔24小時後之細胞溶解活性。將以對照組構築體(mock、GFP、和CD19 CAR)或抗-CLL-1 CAR構築體(24C8_HL-CHD和24C8_HL_THD)電穿孔的T細胞與Namalwa(圖13A)、MV;411(圖13B)、EoL-1(圖13C)、HL-60(圖13D)、和U937靶細胞共培養,並測定各靶細胞株的特異性溶解的百分比。
圖14A-14C顯示來自從不同轉導抗-CLL-1 CAR T細胞與不同細胞系共培養16小時後之細胞介素釋放分析的結果。顯示對照組(靶向單獨和mock)和轉導抗-CLL-1 CAR T細胞(10E3_THD和24C1_LH_THD)與Namalwa、HL-60、或MV4;11靶細胞共培養之IFNγ(圖14A)、IL-2(圖14B)、和TNFα(圖14C)的產生程度,如所示。
圖15A-15C顯示來自抗-CLL-1 CAR T細胞(C1_24C1_LH_THD)在與Namalwa(圖15A)、MV4;11(圖15B)、或HL-60(圖15C)靶細胞共培養16小時和40小時後之細胞溶解活性。
圖16A-16F顯示來自兩位健康捐助者的慢病毒轉導CAR T細胞與EoL-1(黑色)、NCI-H929(淺灰色)、或MM1S(灰色)靶細胞株共培養16小時後之IFNγ、TNFα、和IL-2的產生。圖16A和16B顯示來自第一捐贈者(圖6A)和第二捐贈者(圖16B)的慢病毒轉導CAR T細胞中之IFNγ(pg/ml;y軸)。圖16C和16D顯示來自第一捐贈者(圖16C)和第二捐贈者(圖16D)的慢病毒轉導CAR T細胞中之TNFα
(pg/ml;y軸)產生。圖16E和16F顯示來自第一捐贈者(圖16E)和第二捐贈者(圖16F)的慢病毒轉導CAR T細胞中之IL-2的產生(pg/ml;y軸)。
圖17A-17F顯示來自兩位健康捐助者的表現所指示之CAR與EoL1(圖17A和17B)、NCI-H929(圖17C和17D)、或MM1S(圖17E和17F)靶細胞共培養經16小時、40小時、64小時、88小時、或112小時的隨時間之平均細胞溶解活性(為剩餘存活靶細胞的百分比;y軸)。圖17A和17B顯示來自第一捐贈者(圖17A)和第二捐贈者(圖17B)之轉導CAR T細胞與EoL1靶細胞共培養經16小時、40小時、64小時、88小時、或112小時的平均細胞溶解活性。圖17C和17D顯示來自第一捐贈者(圖17C)和第二捐贈者(圖17D)之轉導CAR T細胞與NCI-H929靶細胞共培養經16小時、40小時、64小時、88小時、或112小時的平均細胞溶解活性。圖17E和17F顯示來自第一捐贈者(圖17E)和第二捐贈者(圖17F)之轉導CAR T細胞與MM1S靶細胞共培養經16小時、40小時、64小時、88小時、或112小時的平均細胞溶解活性。
圖18A和18B顯示來自第一健康捐贈者(圖18A)和第二健康捐贈者(圖18B)之CFSE-標記慢病毒轉導CAR T細胞與CD3-CD28珠粒(頂列)、EoL-1(第二列)、NCI-H929(第三列)、或MM1S(底列)靶細胞株共培養6天後之增生。
圖19A和圖19B為顯示本發明之嵌合抗原受體(CAR)的熱穩定性之圖。圖19A:在磷酸鹽緩衝食鹽水
(PBS)溶液中,相對於包含具有完整鉸鏈域(“CHD”)的細胞外域之CAR,包含具有截短鉸鏈域(“THD”)的細胞外域之CAR具有較高的熔化溫度。圖19B:在50mM NaCl的存在下,相對於包含具有CHD的細胞外域之CAR,包含具有THD的細胞外域之CAR具有較高的熔化溫度。
圖20為pGAR載體的示意圖。
實施例1
藉由10μg DNA與EcoRI和BamHI(NEB)之過夜消化(digestion)將編碼T7啟動子、CAR構築體和β球蛋白穩定序列之質體線性化。然後用蛋白酶K(Thermo Fisher,600U/ml)在50℃下將DNA消化2小時,該蛋白酶K已用苯酚/氯仿純化,並藉由添加乙酸鈉和二體積的乙醇沉澱。然後丸粒乾燥,再懸浮於無RNAse/DNAse水中並使用NanoDrop定量。然後依照製造商的說明書使用mMESSAGE mMACHINE T7 Ultra(Thermo Fisher)將1μg的線性DNA使用於活體外轉錄。依照製造商的說明書使用MEGAClear套組(Thermo Fisher)進一步純化RNA並使用NanoDrop定量。使用在瓊脂糖凝膠上的遷移率評估mRNA完整性。根據製造商的說明使用ficoll-paque密度離心法從健康捐贈者leukopaks(Hemacare)中分離出PBMC。使用OKT3(50ng/ml,Miltenyi Biotec)在R10培養基+IL-2(300
IU/ml,Proleukin®、Prometheus® Therapeutics and Diagnostics)中刺激PBMC。刺激後7天,將T細胞在Opti-MEM培養基(Thermo Fisher Scientific)中洗滌兩次,並以2.5×107個細胞/ml的終濃度再懸浮於Opti-MEM培養基中。每個電穿孔使用10μg的mRNA。使用Gemini X2系統(Harvard Apparatus BTX)進行細胞的電穿孔,以在2mm的光析槽(Harvard Apparatus BTX)中遞送單400V脈衝經0.5ms。將細胞立即轉移到R10+IL-2培養基中,並使恢復6小時。為了檢查CAR表現,將T細胞在4℃下用FLT-3-HIS(Sino Biological Inc.)或生物素化蛋白L(Thermo Scientific)在染色緩衝液(BD Pharmingen)中染色30分鐘。然後將細胞洗滌並用抗-HIS-PE(Miltenyi Biotec)或PE鏈黴親和素(Streptavidin(BD Pharmingen))在4℃下於染色緩衝液中染色30分鐘。然後在收集數據之前,將細胞洗滌並再懸浮於具有碘化丙啶(Propidium Iodide)(BD Pharmingen)之染色緩衝液中。FLT3 CAR在經電穿孔的T細胞中之表現係顯示於圖3中。
用編碼包含10E3、2E7、8B5、4E9、或11F11抗-FLT3結合分子之抗-FLT3 CAR和選自全長鉸鏈域(完整鉸鏈域或“CHD”)或截短鉸鏈域(“THD”)的鉸鏈區的質體將T細胞電穿孔。然後將經電穿孔的抗-FLT3 CAR T細胞與Namalwa(FLT3陰性)、EoL1(FLT3陽性)、HL60(FLT3陽性)、或MV4;11(FLT3陽性)靶細胞一起以1:1之E:T比在R10培養基中共培養。16小時共培養後,以Luminex
(EMD Millipore)分析來自Namalwa(圖4A-4F)、EoL1(圖4G-4L)、HL60(圖4M-4R、和MV4;11(4S-4X)的上清液之IFNγ(圖4A、4B、4G、4H、4M、4N、4S、和4T)、IL-2(圖4C、4D、4I、4J、4O、4P、4U、和4V)、和TNFα(圖4E、4F、4K、4L、4Q、4R、4W、和4X)的產生。
以CD3陰性細胞的碘化丙啶(PI)吸收之流動式細胞測量分析評估靶細胞生存力。於共培養後16小時將經電穿孔的抗-FLT3 CAR T細胞與Namalwa(圖5A-5B)、EoL1(圖5C-5D)、HL60(圖5E-5F)、和MV4;11(5G-5H)靶細胞共培養。
實施例2
含有不同CAR構築體的第三代慢病毒轉運載體與ViraPower慢病毒包裝混合(Life Technologies)一起使用以產生慢病毒上清液。簡言之,藉由將15μg的DNA和22.5μl的聚乙烯亞胺(polyethileneimine)(Polysciences,1mg/ml)混合於600μl的OptiMEM培養基中來產生轉染混合物。將混合物在室溫下培養5分鐘。同時,使293T細胞(ATCC)胰蛋白酶化,計數,並在T75燒瓶中將總共10×106個總細胞沿著轉染混合物覆蓋。轉染後三天,收集上清液,及通過0.45μm過濾器過濾並儲存於-80℃直至使用。根據製造商的說明,使用ficoll-paque密度離心從健康捐贈者leukopaks(Hemacare)中分離出PBMC。使用OKT3(50ng/ml,Miltenyi Biotec)在R10培養基+IL-2(300IU/ml,
PROLEUKIN®、PROMETHEUS® Therapeutics and Diagnostics)中刺激PBMC。刺激後48小時,使用慢病毒以MOI=10轉導細胞。用於活性測定之前,將細胞維持在0.5-2.0×106個細胞/ml。為了檢查CAR表現,將T細胞在4℃下用FLT-3-HIS(Sino Biological Inc.)或生物素化蛋白L(Thermo Scientific)在染色緩衝液(BD Pharmingen)中染色30分鐘。然後將細胞洗滌並用抗-HIS-PE(Miltenyi Biotec)或PE鏈黴親和素(Streptavidin(BD Pharmingen))在4℃下於染色緩衝液中染色30分鐘。然後在收集數據之前,將細胞洗滌並再懸浮於具有碘化丙啶(BD Pharmingen)之染色緩衝液中。FLT3 CAR在來自兩位健康捐助者的T細胞中之表現係顯示於圖6A-6B中。
用編碼包含10E3、8B5、或11F11結合分子之抗-FLT3 CAR T細胞和選自全長鉸鏈域(“CHD”)、截短鉸鏈域(“THD”)、和CD8鉸鏈區的鉸鏈區之慢病毒載體轉導來自兩位健康捐助者的T細胞。將轉導T細胞與靶細胞以1:1之E:T比在R10培養基中共培養。16小時共培養之後,以Luminex(EMD Millipore)分析上清液之IFNγ(圖7A-7B)、TNFα(圖7C-7D)、和IL-2(圖7E-7F)的產生。
以CD3陰性細胞的碘化丙啶(Propidium Iodide)(PI)吸收之流動式細胞測量分析評估靶細胞生存力。測量慢病毒-轉導CAR T細胞(來自兩位健康捐助者)與Namalwa(圖8A)、EoL1(圖8B)、MV4;11(圖8C)、和HL60(圖8D)靶細胞共培養之平均細胞溶解活性。
為了評估反應表現FLT3之靶細胞的CAR T細胞增生,在與靶細胞以1:1之E:T比率在R10培養基中共培養之前,用CFSE標記T細胞。五天之後,以CFSE稀釋的流動式細胞測量分析評估T細胞增生。FLT3 CAR T細胞之增生係顯示於圖9A-9B中。
實施例3
為了檢查活體內抗白血病活性,產生FLT3 CAR T細胞用於人類AML的異種模型。人類AML的異種模型中所使用之各種效應子系的CAR表現係顯示於圖10A-10D中。將螢光素酶標記之MV4;11細胞(2×106細胞/動物)靜脈注射入5至6週齡的雌性NSG小鼠。6天之後,靜脈內注射在200μl PBS中的6×106 T細胞(~50% CAR+),並使用生物發光成像每週測量動物的腫瘤負荷(圖10E-10G)。生存分析係藉由注射表現CAR T細胞之對照組(mock)或10E3-CHD(圖10H)、10E3-THD(圖10I),或8B5-THD(圖10J)進行。
實施例4
用編碼抗-CLL-1 CAR構築體24C8_HL-CHD CAR(包含共刺激蛋白之完整鉸鏈域)和24C8_HL-THD CAR(包含共刺激蛋白之截短鉸鏈域)的質體將T細胞電穿孔。藉由經電穿孔的T細胞表現之抗-CLL-1係顯示於圖11A-11D中。然後在mRNA電穿孔後6小時,將抗-CLL-1
CAR T細胞與靶Namalwa(ATCC;CLL-1陰性)、U937(ATCC;CLL-1陽性)、HL-60(ATCC;CLL-1陽性)、EoL-1(Sigma;CLL-1陽性)、KG1a(ATCC;CLL-1陽性)和MV4;11(ATCC;CLL-1陽性)細胞一起以1:1之E:T比在R10培養基中共培養。16小時共培養之後,根據製造商的說明,以Luminex(EMD Millipore)分析上清液之IL-2(圖12A)、IFNγ(圖12B)、和TNFα(圖12C)的產生。
以碘化丙啶(PI)吸收之流動式細胞測量分析評估靶細胞生存力。將經電穿孔的抗-CLL-1 CAR T細胞與Namalwa(圖13A)、MV4;11(圖13B)、EoL-1(圖13C)、HL-60(圖13D)、或U937(圖13E)靶細胞共培養經16小時。如預期,與抗-CLL-1 CAR T細胞共培養之Namalwa細胞顯示靶細胞生存力相對於對照組變化很小(圖13A)。然而,相對於對照組,在與24C8_HL-CHD和24C8_HL-THD T細胞共培養之MV;411細胞中觀察到細胞溶解活性增加,且在24C8_HL-THD T細胞共培養中觀察到較大靶細胞細胞溶解活性(圖13B)。此外,相對於對照組,在EoL-1細胞與24C8_HL-CHD和24C8_HL-THD T細胞共培養觀察到細胞溶解活性增加(圖13C)。相對於對照組,在與24C8_HL-CHD和24C8_HL-THD T細胞共培養之HL-60細胞中觀察到細胞溶解活性增加(圖13D)。相對於對照組,在與24C8_HL-CHD和24C8_HL-THD T細胞共培養之U937細胞中觀察到細胞溶解活性增加,且在24C8_HL-THD T細胞共培養中觀察到較大靶細胞細胞溶解活性(圖13E)。
實施例5
在T細胞刺激後12天,用包含抗-CLL-1 CAR構築體與共刺激蛋白之截短鉸鏈域(“THD”)(10E3_THD或24C1_LH_THD)之慢病毒載體轉導的T細胞係以1:1之E:T比在R10培養基中與Namalwa、U937、HL-60、EoL-1、KG1a和MV4;11靶細胞共培養。16小時共培養之後,根據製造商的說明,以Luminex(EMD Millipore)分析在效應10E3_THD CAR T細胞和24C1_LH_THD CAR T細胞與靶Namalwa、HL-60、或MVA;11細胞之共培養中的上清液之細胞介素IFNγ(圖14A)、IL-2(圖14B)、和TNFα(圖14C)的產生,如所指示。
以碘化丙啶(PI)吸收之流動式細胞測量分析評估靶細胞生存力。將轉導效應24C1_LH_THD CAR T細胞與Namalwa、U937、HL-60、EoL-1、KG1a、或MV4;11靶細胞共培養經16小時或40小時。Namalwa靶細胞與轉導C1_24C1_LH_THD CAR T細胞之共培養在16小時和40小時對Namalwa靶細胞的存活百分比沒有影響,如相較於mock對照組(圖15A)。然而,如相較於mock對照組,與MV4;11(圖15B)或HL-60(圖15C)靶細胞共培養之C1_24C1_LH_THD CAR T細胞產生於16小時和40小時之較低百分的存活靶細胞。
實施例6
在T細胞刺激後12天,將用包含共刺激蛋白之截短鉸鏈域(“THD”)的抗-BCMA CAR構築體轉導之CAR T細胞與靶細胞一起以1:1之效應細胞對靶細胞(E:T)比在R10培養基中共培養。測試細胞株包括EoL-1(Sigma;BCMA陰性)、NCI-H929(Molecular Imaging;BCMA陽性)、和MM1S(Molecular Imaging;BCMA陽性)。16小時共培養之後,根據製造商的說明,以Luminex(EMD Millipore)分析上清液之細胞介素IFNγ(圖16A-16B)、TNFα(圖16C-16D)、和IL-2(圖16E-16F)的產生。在二位捐贈者中所測試之各抗-BCMA CAR T細胞的NCI-H929和MM1S靶細胞共培養物之上清液中觀察到IFNγ(圖16A-16B)、TNFα(圖16C-16D)、和IL-2(圖16E-16F);然而,僅在EoL-1靶細胞共培養的上清液中觀察到IFNγ(圖16A-16B)、TNFα(圖16C-16D)、和IL-2(圖16E-16F),在IR陰性對照組T細胞的背景以上(圖16A)。
以CD3陰性細胞的碘化丙啶(Propidium Iodide)(PI)吸收之流動式細胞測量分析評估靶細胞生存力。將抗-BCMA CAR T細胞與EoL1(圖17A-17B)、NCI-H929(圖17C-17D),或MM1S(圖17E-17F)靶細胞共培養經16小時、40小時、64小時、88小時、或112小時。在EoL-1共培養中觀察到在抗-BCMA CAR T細胞之任何時間段細胞溶解活性很小(圖17A-17B)。然而,抗-BCMA CAR T細胞和NCI-H929或MM1S靶細胞之共培養導致在各個抗-BCMA CAR T細胞測量的各時間點,存活靶細胞的百分比
減少。
為了檢查增生,在與EoL-1、NCI-H929、或MM1S靶細胞以1:1之E:T比在R10培養基中共培養前用羧基螢光素琥珀醯亞胺酯(CFSE)標記抗-BCMA CAR T細胞。五天之後,以CFSE稀釋的流動式細胞測量分析評估T細胞增生(圖18A-18B)。
實施例7
增強的穩定性是所要的蛋白質性質。此通常藉由在各種條件下測定蛋白質的熔化溫度來評估。具有較高熔化溫度的蛋白質通常穩定較長時間。當CAR更耐熱時,其可在細胞的表面上具有功能活性經更長的時間。
使用Bio-Rad C1000熱循環儀,CFx96即時系統測量具有較長鉸鏈域(即,完整鉸鏈域(“CHD”))之CAR細胞外域(ECD)的熱穩定性和具有截短鉸鏈域(“THD”)之CAR ECD的熱穩定性。使用螢光染料SYPRO Orange(Invitrogen)監測蛋白質之展開,該螢光染料SYPRO Orange結合至隨著蛋白質展開而變成溶劑暴露之疏水性胺基酸。設定溫度梯度以1℃/1分鐘的增量從25℃至95℃。各樣品含有10μM重組CAR ECD蛋白質和5X SYPRO Orange(Molecular ProbesTM SYPROTM Orange蛋白質凝膠染色(5,000X於DMSO中之濃度))。該分析在有或沒有50mM NaCl的PBS中進行。
如圖19A和圖19B中所示,相較於具有CHD之
CAR的ECD,例如,包括IEVMYPPPY(SEQ ID NO:250)基序(motif),具有THD之CAR的ECD顯示增強之熱穩定性。本實施例中所述之這些方法為一種測試編碼CAR之mRNA和CAR本身的穩定性之有效方法,因為一旦T細胞已用編碼CAR之mRNA轉導,該轉導T細胞將表現CAR且不容易評估個體mRNA或蛋白質的穩定性。
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
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<212> DNA
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<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
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<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
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<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
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<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> VL AA
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<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
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<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> FS-21495CARHxL
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<212> DNA
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<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
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<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> FS-21495CARLxH
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<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> PC-21497CARDNAHxL
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<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> PC-21497CARHxL
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<211> 1464
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
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<211> 487
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> PC-21497CARHxL
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<212> DNA
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<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> AJ-21508CARHxL
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<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> AJ-21508CARDNALxH
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<211> 475
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> AJ-21508CARLxH
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<212> DNA
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<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
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<210> 229
<211> 1452
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> 抗-CLL-1 CAR構築體
<400> 229
<210> 230
<211> 483
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 抗-CLL-1 CAR構築體
<400> 230
<210> 231
<211> 1386
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> 抗-CLL-1 CAR構築體
<400> 231
<210> 232
<211> 462
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 抗-CLL-1 CAR構築體
<400> 232
<210> 233
<211> 1533
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> 抗-CLL-1 CAR構築體
<400> 233
<210> 234
<211> 510
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 抗-CLL-1 CAR構築體
<400> 234
<210> 235
<211> 1467
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> 抗-CLL-1 CAR構築體
<400> 235
<210> 236
<211> 489
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 抗-CLL-1 CAR構築體
<400> 236
<210> 237
<211> 15
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成肽
<220>
<223> scFv G4s連結子
<400> 237
<210> 238
<211> 288
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> Description of Combined DNA/RNA Molecule:Synthetic
polynucleotide
<220>
<223> CD8細胞外
<400> 238
<210> 239
<211> 96
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 組合之DNA/RNA分子之說明:合成多肽
<220>
<223> CD8細胞外
<400> 239
<210> 240
<211> 294
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> 細胞外及跨膜域
<400> 240
<210> 241
<211> 98
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 細胞外及跨膜域
<400> 241
<210> 242
<211> 1482
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> 10E3_CHD_DNA
<400> 242
<210> 243
<211> 493
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 10E3_CHD_AA
<400> 243
<210> 244
<211> 1455
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> 10E3_THD_DNA
<400> 244
<210> 245
<211> 484
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 10E3_THD_AA
<400> 245
<210> 246
<211> 1464
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> 8B5_CHD_DNA
<400> 246
<210> 247
<211> 487
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 8B5_CHD_AA
<400> 247
<210> 248
<211> 1437
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<220>
<223> 8B5_THD_DNA
<400> 248
<210> 249
<211> 478
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多肽
<220>
<223> 8B5_THD_AA
<400> 249
<210> 250
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 250
<210> 251
<211> 112
<212> PRT
<213> 智人
<400> 251
<210> 252
<211> 6762
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成多核苷酸
<400> 252
<210> 253
<211> 7
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR1
<400> 253
<210> 254
<211> 7
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR1
<400> 254
<210> 255
<211> 7
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR1
<400> 255
<210> 256
<211> 9
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR1
<400> 256
<210> 257
<211> 7
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR1
<400> 257
<210> 258
<211> 7
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR1
<400> 258
<210> 259
<211> 7
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR1
<400> 259
<210> 260
<211> 7
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR1
<400> 260
<210> 261
<211> 17
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR2
<400> 261
<210> 262
<211> 17
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR2
<400> 262
<210> 263
<211> 17
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR2
<400> 263
<210> 264
<211> 16
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR2
<400> 264
<210> 265
<211> 17
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR2
<400> 265
<210> 266
<211> 17
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR2
<400> 266
<210> 267
<211> 17
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR2
<400> 267
<210> 268
<211> 17
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR2
<400> 268
<210> 269
<211> 11
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR3
<400> 269
<210> 270
<211> 15
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR3
<400> 270
<210> 271
<211> 9
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR3
<400> 271
<210> 272
<211> 14
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR3
<400> 272
<210> 273
<211> 12
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR3
<400> 273
<210> 274
<211> 15
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR3
<400> 274
<210> 275
<211> 19
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR3
<400> 275
<210> 276
<211> 16
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VH CDR3
<400> 276
<210> 277
<211> 10
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VL CDR3
<400> 277
<210> 278
<211> 10
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VL CDR3
<400> 278
<210> 279
<211> 9
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VL CDR3
<400> 279
<210> 280
<211> 10
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VL CDR3
<400> 280
<210> 281
<211> 10
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VL CDR3
<400> 281
<210> 282
<211> 10
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VL CDR3
<400> 282
<210> 283
<211> 10
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VL CDR3
<400> 283
<210> 284
<211> 10
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 人造序列之說明:合成VL CDR3
<400> 284
Claims (25)
- 一種經分離的編碼嵌合抗原受體(CAR)或T細胞受體(TCR)之多核苷酸,其包含(i)抗原結合分子,(ii)跨膜域,(iii)細胞內域,及(iv)活化域,其中該抗原結合分子及該跨膜域係經由細胞外截短鉸鏈域(truncated hinge domain,THD)所連接,該截短鉸鏈域(a)長度短於39個胺基酸殘基,且(b)包含下列之片段:(b1)由SEQ ID NO:1之胺基酸123至152所組成,(b2)與(b1)具有至少80%序列同一性,或(b3)具有加入(b1)或(b2)之N末端或C末端或從中刪除一至六個胺基酸。
- 如申請專利範圍第1項之多核苷酸,其中該THD係由SEQ ID NO:1之胺基酸殘基123至152所組成,或由具有一至六個胺基酸殘基加入至其N末端之SEQ ID NO:1的胺基酸殘基123至152所組成。
- 如申請專利範圍第1項之多核苷酸,其中加入之該一至六個胺基酸為異源性胺基酸,因為它們不是SEQ ID NO:1之天然共刺激蛋白序列的一部分。
- 如申請專利範圍第1項之多核苷酸,其中該THD係由具有從其N末端刪除一至六個胺基酸殘基之SEQ ID NO:1 的胺基酸殘基123至152所組成。
- 如申請專利範圍第1項之多核苷酸,其中該THD與SEQ ID NO:1之胺基酸殘基123至152具有至少85%之序列同一性。
- 如申請專利範圍第5項之多核苷酸,其中該THD與SEQ ID NO:1之胺基酸殘基123至152具有至少90%之序列同一性。
- 如申請專利範圍第1項之多核苷酸,其中該THD係由SEQ ID NO:1之胺基酸123至152所組成。
- 如申請專利範圍第1至7項中任一項之多核苷酸,其中該跨膜域為4-1BB/CD137之跨膜域、T細胞受體之α鏈、T細胞受體之β鏈、CD3 ε、CD4、CD5、CD8 α、CD9、CD16、CD19、CD22、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154,或T細胞受體之ζ鏈,或其任何組合。
- 如申請專利範圍第1至7項中任一項之多核苷酸,其中該細胞內域包含4-1BB/CD137之傳訊區、活化NK細胞受體、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、BTLA、CD100(SEMA4D)、CD103、CD160(BY55)、CD18、CD19、 CD19a、CD2、CD247、CD27、CD276(B7-H3)、CD29、CD3 δ、CD3 ε、CD3 γ、CD30、CD4、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD69、CD7、CD84、CD8α、CD8β、CD96(Tactile)、CD11a、CD11b、CD11c、CD11d、CDS、CEACAM1、CRT AM、細胞介素受體、DAP-10、DNAM1(CD226)、Fc γ受體、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-1、ICAM-1、Ig α(CD79a)、IL2R β、IL2R γ、IL7R α、免疫球蛋白樣蛋白、可誘導T細胞共刺激因子(ICOS)、整合素、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB2、ITGB7、ITGB1、KIRDS2、LAT、LFA-1、與CD83特異性結合之配體、LIGHT、LIGHT(腫瘤壞死因子超家族成員14;TNFSF14)、LTBR、Ly9(CD229)、淋巴細胞功能相關之抗原-1(LFA-1(CD11a/CD18)、第一類MHC分子、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、OX-40、PAG/Cbp、程序性死亡-1(PD-1)、PSGL1、SELPLG(CD162)、傳訊淋巴細胞性活化分子(SLAM蛋白)、SLAM(SLAMF1;CD150;IPO-3)、SLAMF4(CD244;2B4)、SLAMF6(NTB-A;Ly108)、SLAMF7、SLP-76、TNF受體蛋白、TNFR2、Toll配體受體、TRANCE/RANKL、VLA1、或VLA-6、或其組合。
- 如申請專利範圍第1至7項中任一項之多核苷酸,其中該抗原結合分子包含重鏈可變區(VH)和輕鏈可變區(VL), 其中該VH包含3個互補決定區(CDR)且該VL包含3個CDR。
- 如申請專利範圍第1至7項中任一項之多核苷酸,其中該抗原結合分子特異性結合選自由下列所組成之群組的抗原:ErbB2(HER2/neu)、癌胚抗原(CEA)、上皮細胞黏附分子(EpCAM)、表皮生長因子受體(EGFR)、EGFR變體III(EGFRvIII)、CD19、CD20、CD30、CD40、二唾液酸神經節苷脂GD2、導管上皮黏液(ductal-epithelial mucine)、gp36、TAG-72、醣神經鞘脂質、神經膠質瘤相關之抗原、B-人類絨毛膜促性腺素、α胎蛋白(AFP)、凝集素-反應性AFP、甲狀腺球蛋白、RAGE-1、MN-CA IX、人類端粒酶反轉錄酶、RU1、RU2、腸道羧基酯酶、mut hsp70-2、M-CSF、前列腺酶(prostase)、前列腺酶特異性抗原(PSA)、PAP、NY-ESO-1、LAGA-1a、p53、突變p53、普洛斯因(prostein)、PSMA、生存和端粒酶、前列腺癌腫瘤抗原-1(PCTA-1)、MAGE、MAGE-A1、ELF2M、嗜中性球彈性蛋白酶、肝配蛋白(ephrin)B2、CD22、胰島素生長因子(IGF1)-1、IGF-II、IGFI受體、呈現腫瘤-特異性肽表位之主要組織相容性複合體(MHC)分子、5T4、ROR1、Nkp30、NKG2D、腫瘤基質抗原、纖維接合素之額外域A(EDA)、纖維接合素之額外域B(EDB)、腱生蛋白-C之A1域(TnC A1)、纖維母細胞相關蛋白(fap)、CD3、CD4、CD8、CD24、CD25、CD33、CD34、CD133、CD138、CTLA-4、B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、內皮因子(endoglin)、主要組織相容性複合體(MHC)分子、 HIV-特異性抗原HIV gp120、EBV-特異性抗原、CMV-特異性抗原、HPV-特異性抗原、HBV-特異性抗原、HCV-特異性抗原、賴薩(Lassa)病毒-特異性抗原、流感病毒-特異性抗原、CD38、CA-125、MUC-1、CD44、表面黏附分子、血管內皮生長因子受體-2(VEGFR2)、高分子量黑素瘤相關抗原(HMW-MAA)、上皮腫瘤抗原、IL-13R-a2、GD2、GD3、前列腺特異性抗原、黑色素瘤相關之抗原、突變ras、葉酸結合蛋白、HIV-1包膜糖蛋白gp41、CD123、CD23、CD56、c-Met、HERV-K、IL-11Rα、κ鏈、λ鏈、CSPG4、HER1-HER2組合、HER2-HER3組合、或其組合。
- 如申請專利範圍第1至7項中任一項之多核苷酸,其中該活化域包含SEQ ID NO:9或SEQ ID NO:251之胺基酸序列或係由SEQ ID NO:8之核苷酸序列編碼。
- 如申請專利範圍第1至7項中任一項之多核苷酸,其中該CAR或TCR另外包含前導肽(leader peptide)。
- 如申請專利範圍第13項之多核苷酸,其中該前導肽包含SEQ ID NO:11之胺基酸序列或係由SEQ ID NO:10之核苷酸序列編碼。
- 一種載體,其包含如申請專利範圍第1至14項中任一項之多核苷酸,其中該載體為腺病毒載體、腺病毒相關的 載體、DNA載體、慢病毒(lentiviral)載體、質體、反轉錄病毒載體、或RNA載體、或其任何組合。
- 一種多肽,其由如申請專利範圍第1至14項中任一項之多核苷酸或如申請專利範圍第15項之載體編碼。
- 一種細胞,其包含如申請專利範圍第1至14項中任一項之多核苷酸、如申請專利範圍第15項之載體、如申請專利範圍第16項之多肽、或其任何組合。
- 如申請專利範圍第17項之細胞,其中該細胞為T細胞,其中該T細胞為同種異體T細胞、自體T細胞、工程改造自體T細胞(eACT)、或腫瘤浸潤淋巴細胞(TIL)。
- 如申請專利範圍第18項之細胞,其中該T細胞為CD4+ T細胞或CD8+ T細胞。
- 如申請專利範圍第18項之細胞,其中該T細胞為活體外細胞。
- 一種組成物,其包含如申請專利範圍第1至14項中任一項之多核苷酸,如申請專利範圍第15項之載體、如申請專利範圍第16項之多肽、或如申請專利範圍第17至20項中任一項之細胞。
- 一種包含細胞的組成物之用途,該細胞包含(i)如申請專利範圍第1至14項中任一項之多核苷酸、(ii)如申請專利範圍第15項之載體、(iii)如申請專利範圍第16項之多肽、或(iv)(i)至(iii)之任何組合,其係用於製造供誘發對其有需要之個體中抗腫瘤的免疫性之藥物。
- 一種如申請專利範圍第1至14項中任一項之多核苷酸、如申請專利範圍第15項之載體、如申請專利範圍第16項之多肽、如申請專利範圍第17至20項中任一項之細胞、或如申請專利範圍第22項之組成物之用途,其係用於製造供治療對其有需要之個體中的癌症之藥物。
- 如申請專利範圍第23項之用途,其中該癌症為血液癌、白血球之癌症、或漿細胞之癌症。
- 如申請專利範圍第23或24項之用途,其中該癌症為非T細胞或T細胞急性淋巴母細胞白血病(ALL)、急性骨髓性白血病、B細胞前淋巴細胞性白血病、B細胞急性淋巴性白血病(“BALL”)、母細胞性類漿細胞樹突細胞腫瘤、伯基特氏淋巴瘤(Burkitt's lymphoma)、慢性淋巴球性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(chronic myelogenous leukemia,CML)、慢性髓系白血病(chronic myeloid leukemia)、慢性或急性白血病、瀰漫性大B細胞淋巴瘤 (DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、毛髮細胞白血病、霍奇金氏病、惡性淋巴球增生病況、MALT淋巴瘤、外膜細胞淋巴瘤、邊緣區淋巴瘤、意義不明的單株γ球蛋白症(MGUS)、多發性骨髓瘤、骨髓發育不良和骨髓增生異常症候群、非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)、無症狀骨髓瘤(和緩性多發性骨髓瘤或無痛性骨髓瘤)或任何其他漿細胞增生性病症、漿母細胞淋巴瘤、類漿細胞樹突細胞腫瘤、漿細胞瘤、漿細胞惡液質、孤立性骨髓瘤、孤立性漿細胞瘤、髓外漿細胞瘤、多發性漿細胞瘤、或任何其他漿細胞瘤、POEMS症候群(亦稱為克羅-富克斯症候群(Crow-Fukase syndrome);高槻病(Takatsuki disease);及PEP症候群)、原發性縱隔大B細胞淋巴瘤(PMBC)、小細胞-或大細胞-濾泡性淋巴瘤、脾邊緣區淋巴瘤(SMZL)、全身性類澱粉輕鏈類澱粉變性、T細胞急性淋巴性白血病(“TALL”)、T細胞淋巴瘤、轉化濾泡性淋巴瘤、或華氏(Waldenstrom)巨球蛋白血症、或其組合。
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Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
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