BRPI0410842B1 - Método in vitro para detecção da presença de um polinucleotídeo de psca em uma amostra teste derivada de um indivíduo como um indicador da presença de câncer - Google Patents

Método in vitro para detecção da presença de um polinucleotídeo de psca em uma amostra teste derivada de um indivíduo como um indicador da presença de câncer Download PDF

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Abstract

"variantes de antígeno de células tronco da próstata (psca) e subseqüências das mesmas". psca e sua proteína codificada e variantes da mesma são descritos, em que psca exibe expressão tecido-específica em tecido adulto normal e é anormalmente expressa em cânceres listados na tabela i. conseqüentemente, o psca proporciona um alvo diagnóstico, prognóstico, profilático e/ou terapêutico para o câncer. o gene de psca ou fragmento do mesmo, ou sua proteína codificada, ou variantes da mesma, ou um fragmento da mesma, pode ser usado para estimular uma resposta imune humoral ou celular; anticorpos ou células t reativas ao psca podem ser usados em imunização passiva ou ativa.

Description

Campo Técnico
A invenção descrita aqui refere-se a genes e suas proteínas codificadas, denominados PSCA, expressos em determinados cânceres e a métodos diagnósticos e terapêuticos e composições úteis no gerenciamento de cânceres que expressam PSCA.
Técnica Anterior
O câncer é a segunda causa que leva à morte em seres humanos depois da doença coronariana. No mundo todo, milhões de pessoas morrem de câncer a cada ano. Nos Estados Unidos apenas, conforme reportado pela American Câncer Society, o câncer causa a morte de bem acima de meio milhão de pessoas anualmente, com mais de 1,2 milhão de novos casos diagnosticados por ano. Embora as mortes relacionadas à doença cardíaca venham diminuindo significativamente, aqueles resultantes de câncer geralmente estão se elevando. No início do próximo século, é previsto que o câncer se torne a principal causa de morte.
No mundo todo, vários cânceres se estabelecem como assassinos. Em particular, carcinomas do pulmão, próstata, mama, cólon, pâncreas e ovário representam as causas primárias de morte pelo câncer. Esses e virtualmente todos os outros carcinomas compartilham uma característica letal comum. Com muito poucas exceções, a doença metastática oriunda de um carcinoma é fatal. Além disso, mesmo para aqueles pacientes com câncer que inicialmente sobrevivem a seus cânceres primários, experiência comum tem mostrado que suas vidas são dramaticamente alteradas. Muitos pacientes com câncer experimentam fortes ansiedades oriundas da certeza do potencial por recorrência ou falha de tratamento. Muitos pacientes com câncer experimentam debilidades físicas após tratamento. Além disso, muitos pacientes com câncer experimentam uma recorrência.
No mundo todo, o câncer de próstata é o quarto câncer mais prevalecente em homens. Na América do Norte e Europa do Norte, ele é o
Petição 870190020974, de 28/02/2019, pág. 9/17 câncer mais comum em homens e é a segunda causa de morte por câncer em homens. Nos Estados Unidos apenas, mais de 30.000 homens morrem anualmente dessa doença - seguido apenas pelo câncer de pulmão. A despeito da magnitude desses quadros, ainda não existe tratamento eficaz para o câncer de próstata metastática. A prostectomia cirúrgica, terapia por radiação, terapia de ablação hormonal, castração cirúrgica e quimioterapia continuam a ser as principais modalidades de tratamento. Infelizmente, esses tratamentos são ineficazes para muitos e são freqüentemente associados a conseqüências indesejáveis.
Na frente diagnostica, a falta de um marcador de tumor de próstata que possa detectar precisamente tumores localizados em estágio precoce permanece uma limitação significativa no diagnóstico e gerenciamento dessa doença. Embora o ensaio de antígeno próstata-específico no soro (PSA) seja uma ferramenta muito útil, contudo, sua especificidade e utilidade geral são amplamente consideradas como carecendo de vários aspectos importantes.
O progresso na identificação de marcadores específicos adicionais para o câncer de próstata foi aperfeiçoado pela geração de xenoenxertos de câncer de próstata que podem recapitular diferentes estágios da doença em camundongos. Os xenoenxertos LAPC (Los Angeles Prostate Câncer) são xenoenxertos de câncer de próstata que sobreviveram à passagem em camundongos gravemente imunodeficientes combinados (SCID) e exibiram a capacidade de imitar a transição de dependência de androgênio para independência de androgênio (Klein et ai., 1997, Nat. Med. 3:402). Marcadores de câncer de próstata mais recentemente identificados incluem PCTA-1 (Su et aL, 1996, Proc. NatL Acad. Sei. USA 93: 7252), antígeno de membrana próstata-específico (PSM) (Pinto et al., Clin Câncer Res, 2 de Setembro de 1996; (9): 1445-51), STEAP (Hubert et al., Proc Natl Acad Sei U.S.A., 7 de Dezembro de 1999; 96 (25): 14523-8) e antígeno de células tronco da próstata (PSCA) (Reiter et al., 1998, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 95:1735).
Embora os marcadores anteriormente identificados, tais como PSA, PSM, PCTA e PSCA, tenham facilitado os esforços para diagnosticar e tratar o câncer de próstata, é necessária a identificação de marcadores e alvos terapêuticos adicionais para câncer de próstata e cânceres relacionados de forma a melhorar adicionalmente o diagnóstico e terapia.
Carcinoma de células renais (RCC) soma aproximadamente 3 por cento de malignidades em adultos. Uma vez que os adenomas atingem um diâmetro de 2 a 3 cm, existe potencial maligno. No adulto, os dois principais tumores renais malignos são adenocarcinoma de células renais e carcinoma de células transicionais da pélvis renal ou ureter. A incidência de adenocarcinoma de células renais é estimada em mais de 29.000 casos nos Estados Unidos e mais de 11.600 pacientes morreram dessa doença em 1998. O carcinoma de células transicionais é menos freqüente, com uma incidência de aproximadamente 500 casos por ano nos Estados Unidos.
A cirurgia foi a terapia primária para adenocarcinoma de células renais durante muitas décadas. Até recentemente, a doença metastática era resistente a qualquer terapia sistêmica. Com desenvolvimentos recentes em terapias sistêmicas, particularmente imunoterapias, o carcinoma de células renais metastático pode ser abordado agressivamente em pacientes apropriados com uma possibilidade de respostas duráveis. Entretanto, existe uma necessidade restante por terapias eficazes para esses pacientes.
De todos os novos casos de câncer nos Estados Unidos, o câncer de bexiga representa aproximadamente 5 por cento em homens (quinto neoplasma mais comum) e 3 por cento em mulheres (oitavo neoplasma mais comum). A incidência vem crescendo lentamente, concorrente com um aumento da população mais velha. Em 1998, eram estimados 54.500 casos, incluindo 39.500 em homens e 15.000 em mulheres. A incidência idadeajustada nos Estados Unidos é de 32 por 100.000 para homens e oito por 100.000 em mulheres. A proporção histórica de homens/mulheres de 3:1 pode estar diminuindo com relação aos padrão de fumo em mulheres. Foram estimadas 11.000 mortes em virtude de câncer de bexiga em 1998 (7.800 em homens e 3.900 em mulheres). A incidência e mortalidade pelo câncer de bexiga aumentam fortemente com a idade e será um problema crescente à medida que a população se torna mais velha.
A maioria dos cânceres de bexiga ocorre na bexiga. O câncer de bexiga é gerenciado com uma combinação de resecção transuretral da bexiga (TUR) e quimioterapia intravesical ou imunoterapia. A natureza multifocal e recorrente do câncer de bexiga realça as limitações da TUR. A maioria dos cânceres músculo-invasivos não é curada pela TUR apenas. Cistectomia radical e diversificação urinária são o meio mais eficaz para eliminar o câncer, mas trazem um impacto inegável sobre a função urinária e sexual. Continua a existir uma necessidade significativa por modalidades de tratamento que sejam benéficas para pacientes com câncer de bexiga.
130.200 casos estimados de câncer cólon-retal ocorreram em 2000 nos Estados Unidos, incluindo 93.800 casos de câncer de cólon e 36.400 de câncer retal. Cânceres cólon-retais são o terceiro câncer mais comum em homens e mulheres. As taxas de incidência declinaram significativamente durante 1992-1996 (-2,1% por ano). A pesquisa sugere que esses declínios foram em virtude de seleção e remoção de pólipos aumentadas, impedindo a progressão de pólipos em cânceres invasivos. São estimadas 56.300 mortes (47.700 por câncer de cólon, 8.600 por câncer retal) em 2000, somando cerca de 11% de todas as mortes por câncer nos E.U.A..
No momento, a cirurgia é a forma mais comum de terapia para o câncer cólon-retal e para cânceres que não se disseminaram, ela é freqüentemente curativa. A quimioterapia ou quimioterapia mais radiação, é fornecida antes ou após cirurgia para a maioria dos pacientes cujo câncer perfurou profundamente a parede do intestino ou se disseminou para os nódulos linfáticos. Uma colostomia permanente (criação de uma abertura abdominal para eliminação de resíduos corporais) é ocasionalmente necessária para o câncer de cólon e não é rara ser requerida para o câncer retal. Continua a existir uma necessidade por modalidades diagnosticas e de tratamento eficazes para o câncer cólon-retal.
Foram estimados 164.100 novos casos de câncer de pulmão e brônquico em 2000, somando 14% de todos os diagnósticos de câncer nos E.U.A.. A taxa de incidência de câncer de pulmão e brônquico está diminuindo significativamente em homens, de 86,5 por 100.000 em 1984 para 70,0 em 1996. Na década de 1990, a taxa de aumento entre mulheres começou a diminuir. Em 1996, a taxa de incidência em mulheres era de 42,3 por 100.000.
O câncer de pulmão e brônquico causou uma estimativa de 156.900 mortes em 2000, somando 28% de todas as mortes por câncer. Durante 1992-1996, a mortalidade por câncer de pulmão declinou significativamente entre homens (-1,7% por ano), enquanto que as taxas para mulheres ainda são significativamente crescentes (0,9% por ano). Desde 1987, mais mulheres têm morrido a cada ano por câncer de pulmão do que câncer de mama a qual, durante mais de 40 anos, era a principal causa de morte por câncer em mulheres. A diminuição das taxas de mortalidade e incidência de câncer de pulmão resultou, mais provavelmente, das taxas diminuídas de fumo durante os 30 anos anteriores; contudo, a diminuição dos padrão de fumo entre mulheres não acompanha aquela dos homens. Preocupante é que, enquanto o declínio no consumo de tabaco em adultos é lento, o uso de tabaco por jovens está aumentando novamente.
As opções de tratamento para o câncer de pulmão e brônquico são determinadas pelo tipo e estágio do câncer e incluem cirurgia, terapia por radiação e quimioterapia. Para muitos cânceres localizados, a cirurgia é usualmente o tratamento de escolha. Em virtude do fato de a doença usualmente se disseminar com o tempo no qual ela é descoberta, a terapia por radiação e quimioterapia são, freqüentemente, necessárias em combinação com cirurgia. A quimioterapia apenas ou combinada com radiação é o tratamento de escolha para câncer de células pequenas do pulmão; sob esse regime, um grande percentual de pacientes experimenta remissão a qual, em alguns casos, é de longa duração. Contudo, existe uma necessidade real por um tratamento eficaz e abordagens diagnosticas para os cânceres de pulmão e brônquicos.
182.800 novos casos invasivos estimados de câncer de mama são esperados que ocorram entre mulheres nos Estados Unidos durante 2000. Adicionalmente, espera-se que cerca de 1.400 novos casos de câncer de mama sejam diagnosticados em homens em 2000. Após aumentar cerca de 4% por ano na década de 1980, as taxas de incidência de câncer de mama em mulheres se mantiveram em um platô na década de 1990 em torno de 110,6 casos por 100.000.
Nos E.U.A. apenas, foram estimadas 41.200 mortes (40.800 em mulheres, 400 em homens) em 2000 em virtude de câncer de mama. O câncer de mama é classificado como o segundo entre as mortes por câncer em mulheres. De acordo com os dados mais recentes, as taxas de mortalidade declinaram significativamente durante 1992-1996, com as maiores diminuições em mulheres mais jovens, brancas e negras. Essa diminuição foi, provavelmente, o resultado de detecção mais precoce e tratamento aperfeiçoado.
Levando-se em conta as circunstâncias médicas e as preferência do paciente, o tratamento do câncer de mama pode envolver lumpectomia (remoção local do tumor) e remoção dos nódulos linfáticos sob o braço; mastectomia (remoção cirúrgica da mama) e remoção dos nódulos linfáticos sob o braço; terapia por radiação; quimioterapia; ou terapia hormonal. Freqüentemente, dois ou mais métodos são usados em combinação. Numerosos estudos mostraram que, para a doença em estágio precoce, as taxas de sobrevivência a longo prazo após lumpectomia mais radioterapia são similares às taxas de sobrevivência após mastectomia radical modificada. Os avanços significativos nas técnicas de reconstrução proporcionam várias opções para reconstrução da mama após mastectomia. Recentemente, tal reconstrução foi feita ao mesmo tempo em que a mastectomia.
A excisão local do carcinoma ductal in situ (DCIS) com quantidades adequadas de tecido de mama normal subjacente pode impedir a recorrência local de DCIS. Radiação à mama e/ou tamoxifeno podem reduzir a chance de que DCIS ocorra no tecido da mama restante. Isso é importante porque a DCIS, se deixada não tratada, pode se desenvolver em câncer de mama invasivo. Entretanto, existem graves efeitos colaterais ou seqüelas a esses tratamentos. Existe, portanto, uma necessidade por tratamentos eficazes para o câncer de mama.
Existiram 23.100 novos casos estimados de câncer ovariano nos
Estados Unidos em 2000. Ele soma 4% de todos os cânceres entre mulheres e é classificado como o segundo entre os cânceres ginecológicos. Durante 1992-1996, as taxas de incidência de câncer ovariano diminuíram significativamente. Em conseqüência do câncer ovariano, foram estimadas 14.000 mortes em 2000. O câncer ovariano causa mais mortes do que qualquer outro câncer do sistema reprodutor feminino.
Cirurgia, terapia por radiação e quimioterapia são as opções de tratamento para o câncer ovariano. A cirurgia usualmente inclui a remoção de um ou ambos os ovários, das trompas de falópio (salpingo-ooforectomia) e do útero (histerectomia). Em alguns tumores muito precoces, somente o ovário envolvido será removido, especialmente em mulheres jovens que desejam ter filhos. Na doença avançada, uma tentativa é feita para remover toda a doença intra-abdominal para intensificar o efeito da quimioterapia. Continua a haver uma necessidade importante de opções de tratamento eficazes para o câncer ovariano.
Foram estimados 28.300 novos casos de câncer pancreático nos Estados Unidos em 2000. Durante os últimos 20 anos, as taxas de câncer pancreático têm declinado em homens. As taxas entre as mulheres permaneceram aproximadamente constantes, mas começam a declinar. O câncer pancreático causou 28.200 mortes estimadas em 2000 nos Estados Unidos. Durante os últimos 20 anos, houve uma leve, mas significativa diminuição nas taxas de mortalidade entre homens (cerca de -0,9% por ano), enquanto que as taxas têm aumentado ligeiramente entre mulheres.
Cirurgia, terapia por radiação, e quimioterapia são as opções de tratamento para o câncer pancreático. Essas opções de tratamento podem aumentar a sobrevivência e/ou aliviar os sintomas em muitos pacientes, mas não é provável que produzam uma cura para a maioria. Existe uma necessidade significativa por opções terapêuticas e diagnosticas para o câncer pancreático.
Descrição da Invenção
A presente invenção se refere a um gene, designado PSCA, que descobriu-se agora ser superexpresso no(s) câncer(es) listados na Tabela I.
Análise de expressão por Northern blot da expressão do gene PSCA em tecidos normais mostra um padrão de expressão limitado em tecidos de adultos. As seqüências de nucleotídeos (Figura 2) e aminoácidos (Figura 2 e Figura 3) do PSCA são proporcionadas. O perfil de PSCA tecido-relacionado em tecidos de adultos normais, combinado com a super-expressão observada nos tecidos listados na Tabela I, mostra que o PSCA é anormalmente superexpresso em pelo menos alguns cânceres e, assim, serve como um alvo diagnóstico, profilático, prognóstico e/ou terapêutico útil para cânceres de tecido(s) tais como aqueles listados na Tabela I.
A invenção proporciona polinucleotídeos correspondendo ou complementares a todo ou parte dos genes PSCA, mRNAs e/ou seqüências de codificação, de preferência na forma isolada, incluindo polinucleotídeos que codificam proteínas PSCA-relacionadas e fragmentos de 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 ou mais do que 25 aminoácidos contínuos; pelo menos 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 80, 85, 90, 95, 100 ou mais do que 100 aminoácidos contínuos de uma proteína PSCA-relacionada, bem como os peptídeos/proteínas em si; DNA, RNA, híbridos de DNA/RNA e moléculas relacionadas, polinucleotídeos ou oligonucleotídeos complementares ou tendo pelo menos uma homologia de 90% aos genes PSCA ou seqüências de mRNA ou partes das mesmas e polinucleotídeos ou oligonucleotídeos que se hibridizam aos genes PSCA, mRNAs ou a polinucleotídeos que codificam PSCA. Também proporcionados são meios para isolamento de cDNAs e dos genes que codificam PSCA. Moléculas de DNA recombinantes contendo polinucleotídeos de PSCA, células transformadas ou transduzidas com tais moléculas e sistemas de hospedeiro-vetor para a expressão de produtos do gene PSCA são também proporcionados. A invenção ainda proporciona anticorpos que se ligam a proteínas de PSCA e fragmentos de polipeptídeo das mesmas, incluindo anticorpos policlonais e monoclonais, anticorpos de murino e outros mamíferos, anticorpos quiméricos, anticorpos humanizados e totalmente humanos e anticorpos marcados com um marcador ou agente terapêutico detectável. Em determinadas modalidades, existe uma restrição de que a seqüência de áci9 do nucléico inteira da Figura 2 não seja codificada e/ou a seqüência de aminoácidos inteira da Figura 2 não seja preparada. Em determinadas modalidades, a seqüência de ácido nucléico inteira da Figura 2 é codificada e/ou a seqüência de aminoácidos inteira da Figura 2 é preparada, qualquer uma das quais está na respectiva forma de dose unitária humana.
A invenção ainda proporciona métodos para detecção da presença e estado de polinucleotídeos e proteínas de PSCA em várias amostras biológicas, bem como métodos para identificação de células que expressam PSCA. Uma modalidade típica da presente invenção proporciona métodos para monitoramento de produtos do gene PSCA em uma amostra de tecido ou hematológica tendo ou que se suspeita ter alguma forma de desregulação no crescimento, tal como câncer.
A invenção ainda proporciona várias composições imunogênicas ou terapêuticas e estratégias para tratamento de cânceres que expressam PSCA, tais como cânceres dos tecidos listados na Tabela I, incluindo terapias objetivadas à inibição da transcrição, tradução, processamento ou funcionamento de PSCA, bem como vacinas contra o câncer. Em um aspecto, a invenção proporciona composições e métodos compreendendo as mesmas, para o tratamento de um câncer que expressa PSCA em um ser humano, em que a composição compreende um veículo adequado para uso humano e uma dose unitária humana de um ou mais de um agente que inibe a produção ou função de PSCA. De preferência, o veículo é um veículo unicamente humano. Em outro aspecto da invenção, o agente é uma porção que é imunorreativa com uma proteína de PSCA. Exemplos não limitativos de tais porções incluem, mas não estão limitados a, anticorpos (tais como anticorpos com cadeia simples, monoclonais, policlonais, humanizados, quiméricos ou humanos), equivalentes funcionais dos mesmos (quer que ocorrem naturalmente ou sintéticos) e combinações dos mesmos. Os anticorpos podem ser conjugados a uma porção diagnostica ou terapêutica. Em outro aspecto, o agente é uma molécula pequena, conforme definido aqui.
Em outro aspecto, o agente compreende um ou mais de um peptídeo o qual compreende um epítopo de linfócito T citotóxico (CTL) que se liga uma molécula da classe I de HLA em um ser humano para estimular uma resposta de CTL ao PSCA e/ou um ou mais de um peptídeo o qual compreende um epítopo de linfócito T auxiliar (HTL) o qual se liga a uma molécula da classe II do HLA em um ser humano para estimular uma resposta de HTL. Os peptídeos da invenção podem estar sobre a mesma ou sobre uma ou mais moléculas de polipeptídeo distintas. Em um outro aspecto da invenção, o agente compreende uma ou mais de uma molécula de ácido nucléico que expressa um ou mais de um peptídeos de estimulação de resposta de CTL ou HTL, conforme descrito acima. Em ainda outro aspecto da invenção, a uma ou mais de uma molécula de ácido nucléico pode expressar uma porção que é imunologicamente reativa com PSCA, conforme descrito acima. A uma ou mais de uma molécula de ácido nucléico pode ser também, ou codificar, uma molécula que inibe a produção de PSCA. Exemplos não limitativos de tais moléculas incluem, mas não estão limitados a, àquelas complementares a uma seqüência de nucleotídeos essencial para a produção de PSCA (por exemplo, seqüências anti-sentido ou moléculas que formam uma hélice tripla com a hélice dupla de nucleotídeos essencial para a produção de PSCA) ou a ribozima eficaz para a lise de mRNA de PSCA.
Observe que para determinar a posição inicial de qualquer peptídeo apresentado nas Tabelas VIII-XXI e XXII a XLIX (coletivamente Tabelas de Peptídeos de HLA) com relação à sua proteína original, por exemplo, variante 1, variante 2, etc., referência é feita a três fatores: a variante em particular, a extensão do peptídeo na Tabela de Peptídeos de HLA e os Peptídeos de Busca na Tabela VII. Geralmente, um único Peptídeo de Busca é usado para se obter peptídeos de HLA em particular para uma variante em particular. A posição de cada Peptídeo de Busca com relação à sua respectiva molécula original é listada na Tabela VII. Conseqüentemente, se um Peptídeo de Busca começa na posição X, deve-se adicionar o valor X -1 a cada posição nas Tabelas VIII-XXI e XXII a XLIX para se obter a posição real dos peptídeos de HLA em sua molécula original. Por exemplo, se um Peptídeo de Busca em particular começa na posição 150 de sua molécula original, deve-se adicionar 150 -1, isto é, 149 a cada posição de aminoácido do peptídeo de HLA para calcular a posição desse aminoácido na molécula original.
Uma modalidade da invenção compreende um peptídeo de HLA, que ocorre pelo menos duas vezes nas Tabelas VIII-XXI e XXII a XLIX coletivamente ou um oligonucleotídeo que codifica o peptídeo de HLA. Outra modalidade da invenção compreende um peptídeo de HLA que ocorre pelo menos uma vez nas Tabelas VIII-XXI e pelo menos uma vez nas Tabelas XXII a XLIX ou um oligonucleotídeo que codifica o peptídeo de HLA.
Outra modalidade da invenção são epítopos de anticorpo, os quais compreendem regiões de peptídeo ou um oligonucleotídeo que codifica a região de peptídeo, que tem uma, duas, três, quatro ou cinco das seguintes características:
i) uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3, em qualquer incremento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor igual a ou maior do que 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9 ou tendo um valor igual a 1,0, no Perfil de Hidrofilicidade da Figura 5;
ii) uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3, em qualquer incremento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor igual a ou menor do que 0,5, 0,4, 0,3, 0,2, 0,1 ou tendo um valor igual a 0,0, no Perfil de Hidropaticidade da Figura 6;
iii) uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3, em qualquer incremento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor igual a ou maior do que 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9 ou tendo um valor igual a 1,0, no Perfil de Resíduos Acessíveis Percentual da Figura 7;
iv) uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3, em qualquer incremento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor igual a ou maior do que 0,5, 0,6, 0,7, 0,8,
0,9 ou tendo um valor igual a 1,0, no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8; ou
v) uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3, em qualquer incremento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor igual a ou maior do que 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9 ou tendo um valor igual a 1,0, no Perfil de Beta-Volta da Figura 9.
Breve Descrição dos Desenhos
Figura 1. Intencionalmente Omitida.
Figura 2. A) A seqüência de cDNA e de aminoácidos da variante 1 de PSCA (também denominada PSCA v.1 ou variante 1 de PSCA) é mostrada na Figura 2A. A metionina inicial está sublinhada. A rede de leitura aberta se estende do ácido nucléico 18-389 incluindo o códon terminal.
B) A seqüência de cDNA e de aminoácidos da variante 2 de PSCA (também denominada PSCA v.2) é mostrada na Figura 2B. O códon para a metionina inicial está sublinhado. A rede de leitura aberta se estende do ácido nucléico 56-427 incluindo o códon terminal.
C) A seqüência de cDNA e de aminoácidos da variante 3 de PSCA (também denominada PSCA v.3) é mostrada na Figura 2C. O códon para a metionina inicial está sublinhado. A rede de leitura aberta se estende do ácido nucléico 423-707 incluindo o códon terminal.
D) A seqüência de cDNA e de aminoácidos da variante 4 de PSCA (também denominada PSCA v.4) é mostrada na Figura 2D. O códon para a metionina inicial está sublinhado. A rede de leitura aberta se estende do ácido nucléico 424-993 incluindo o códon terminal.
E) A seqüência de cDNA e de aminoácidos da variante 5 de PSCA (também denominada PSCA v.5) é mostrada na Figura 2E. O códon para a metionina inicial está sublinhado. A rede de leitura aberta se estende do ácido nucléico 910-1479 incluindo o códon terminal.
F) A seqüência de cDNA e de aminoácidos da variante 6 de PSCA (também denominada PSCA v.6) é mostrada na Figura 2F. O códon para a metionina inicial está sublinhado. A rede de leitura aberta se estende do ácido nucléico 83-427 incluindo o códon terminal.
G) Variantes de PSCA v.2, PSCA v.7 a v.18 de SNP. As proteínas de PSCA v.7 a v.18 têm 123 aminoácidos. As variantes de PSCA v.7 a v.18 são variantes com uma única diferença de nucleotídeo com relação à PSCA v.2 e codificam a mesma proteína que a v.2. Embora essas variantes de SNP sejam mostradas separadamente, elas também podem ocorrer em quaisquer combinações e em qualquer uma das variantes de transcrito listadas acima nas Figuras 2A a 2F.
H) Variantes de PSCA v.4, PSCA v.19 a v.30 de SNP. As proteínas de PSCA v.19 a v.30 têm 189 aminoácidos. As variantes de PSCA v.19 a v.30 são variantes com uma única diferença de nucleotídeo com relação à PSCA v.4. As proteínas de PSCA v.9, v.10, v.11, v.24 e v.25 diferem da PSCA v.1 por um aminoácido. PSCA v.23, v.28, v.29 e v.30 codificam a mesma proteína que a v.4. Embora essas variantes de SNP sejam mostradas separadamente, elas também podem ocorrer em quaisquer combinações e em qualquer uma das variantes de transcrito v.3 e v.4.
Figura 3.
A) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.1 é mostrada na Figura 3A; ela tem 123 aminoácidos.
B) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.3 é mostrada na Figura 3B; ela tem 94 aminoácidos.
C) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.4 é mostrada na Figura 3C; ela tem 189 aminoácidos.
D) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.6 é mostrada na Figura 3D; ela tem 114 aminoácidos.
E) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.19 é mostrada na Figura 3E; ela tem 189 aminoácidos.
F) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.20 é mostrada na Figura 3F; ela tem 189 aminoácidos.
G) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.21 é mostrada na Figura 3G; ela tem 189 aminoácidos.
Η) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.22 é mostrada na
Figura 3H; ela tem 189 aminoácidos.
I) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.24 é mostrada na Figura 3I; ela tem 189 aminoácidos.
J) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.25 é mostrada na Figura 3J; ela tem 189 aminoácidos.
K) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.26 é mostrada na Figura 3k; ela tem 189 aminoácidos.
L) A seqüência de aminoácidos da PSCA v.27 é mostrada na Figura 3L; ela tem 189 aminoácidos.
Conforme usado aqui, uma referência a PSCA inclui todas as variantes do mesmo, incluindo aquelas mostradas nas Figuras 2, 3, 10, 11 e 12, a menos que o contexto indique claramente de outro modo.
Figura 4. Alinhamento de PSCA v.4 com antígeno de células tronco da próstata humana (gi 27482160).
Figura 5. Figuras 5(a)-(c): Perfil de Hidrofilicidade de aminoácidos de PSCA v.1, v.3, e v.4 determinado através de análise de seqüência por algoritmo em computador usando o método de Hopp e Woods (Hopp T.P., Woods K.R., 1981. Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 78: 3824-3828) acessado no website Protscale localizado na World Wide Web em (expasy.ch/cgibin/protscale.pl) através do servidor de biologia molecular ExPasy.
Figura 6. Figuras 6(a)-(c): Perfil de Hidropaticidade de aminoácidos de PSCAv.1, v.3, e v.4, determinado através de análise de seqüência por algoritmo de computador usando o método de Kyte e Doolittle (Kyte J., Doolittle R.F., 1982. J. Mol. Biol. 157: 105-132) acessado no website ProtScale localizado na World Wide Web a (.expasy.ch/cgi-bin/protscale.pl) através do servidor de biologia molecular ExPasy.
Figura 7. Figuras 7(a)-(c): Perfil de resíduos de aminoácidos acessíveis percentual de PSCAv.1, v.3 e v.4, determinado através de análise de seqüência por algoritmo de computador usando o método de Janin (Janin J., 1979 Nature 277: 491-492) acessado no website ProtScale localizado na World Wide Web a (.expasy.ch/cgi-bin/protscale.pl) através do servidor de biologia molecular ExPasy.
Figura 8. Figuras 8(a)-(c): Perfil de Flexibilidade Média de Aminoácidos de PSCAv.1, v.3 e v.4, determinado através de análise de seqüência por algoritmo de computador usando o método de Bhaskaran e Ponnuswamy (Bhaskaran R. e Ponnuswamy P.K., 1988. Int. J. Pept. Protein Res. 32: 242-255) acessado no website ProtScale localizado na World Wide Web a (.expasy.ch/cgi-bin/protscale.pl) através do servidor de biologia molecular ExPasy.
Figura 9. Figuras 9(a)-(c): Perfil de Beta-Volta de aminoácidos de PSCAv.1, v.3 e v.4, determinado através de análise de seqüência por algoritmo de computador usando o método de Deleage e Roux (Deleage, G., Roux B. 1987 Protein Engineering 1: 289-294) acessado no website ProtScale localizado na World Wide Web a (.expasy.ch/cgi-bin/protscale.pl) através do servidor de biologia molecular ExPasy.
Figura 10. Composições de éxon de variantes de transcrito de PSCA. As variantes PSCA v.2, v.3, v.4 e v.5 são variantes de transcrito da v.1. A variante v.2 começou a transcrição 47 pb além da extremidade 5' com relação à v.1. A variante v.3 tinha um éxon 2 mais curto quando comparado à v.2. As variantes v.4 e v.5 tinham um primeiro éxon alternativo. A variante 5 manteve o segundo íntron, quando comparado à v.4. A ordem dos éxons potenciais sobre o genoma humano é mostrada na parte inferior. As caudas Poli A não são mostradas na Figura. Os finais dos éxons são mostrados acima das caixas. Os números entre ( ) sob as caixas correspondem àquelas da PSCA v.2. As extensões dos íntrons e éxons não são proporcionais.
Figura 11.
Figura 11 (a): Alinhamento esquemático de variantes de proteína de PSCA. As variantes de proteína correspondem às variantes de nucleotídeo. As variantes de nucleotídeo PSCA v.2, v.7 a v.18 codificam a mesma proteína que a v.1. A variante v.5 codifica a mesma proteína que a v.4 e a proteína v.3 era parte da v.4. As variantes de nucleotídeo PSCA v.2, v.3, v.4 e v.5 eram variantes de transcrito da v.1, conforme mostrado na Figura 10. O SNP em v.2 que não causou alteração de códon em v.2 causou uma alteração de códon em v.3, v.4 e v.5. Uma única diferença de aminoácido é indi16 :U4 cada acima das caixas. As caixas pretas representam a mesma seqüência que a PSCA v.1. Os números sob a caixa correspondem à PSCA v.1.
Figura 11(b): Alinhamento esquemático de variantes de proteína traduzidos a partir de variantes de PSCA v.4 de SNP. As variantes de prote5 ína correspondem às variantes de nucleotídeo. As variantes de nucleotídeo PSCA v.23, v.28, v.29 e v.30 codificam a mesma proteína que a v.4. SNP em v.4, que resultou em uma alteração de aminoácido em v.4 e também resultou em uma alteração de aminoácido em v.5 e, se ocorria entre os aa 96189, também em v.3. Uma única diferença de aminoácido é indicada acima das caixas. As caixas pretas representam a mesma seqüência que a PSCA
v.4. Os números sob a caixa correspondem à PSCA v.4.
Figura 12.
Figura 12(a): Alinhamento esquemático de variantes de PSCA
v.2 de SNP. As variantes PSCA v.6 a v.18 são variantes com uma única dife15 rença de nucleotídeo quando comparado à variante v.2. A variante v.6 alterou a ORF de 56-427 para 83-427. Embora essas variantes de SNP sejam mostradas separadamente, elas também poderíam ocorrer em quaisquer combinações e em quaisquer variantes de transcrito, tal como v.4, mostrada na Fig. 12, que contivessem os pares de base. Os números correspondem àqueles da PSCA v.2. A caixa preta mostra a mesma seqüência que a PSCA
v.2. SNPs são indicados acima da caixa.
Figura 12(b): Alinhamento esquemático de variantes de PSCA
v.4 de SNP. As variantes PSCA v.19 a v.30 são variantes com uma única diferença de nucleotídeo quando comparada à variante v.4 (ORF:424-993).
Embora essas variantes de SNP sejam mostradas separadamente, elas também poderíam ocorrer em quaisquer combinações e em quaisquer variantes de transcrito que contivessem os pares de base, tal como v.5, mostrada na Fig. 10. Os números correspondem àqueles da PSCA v.4. A caixa preta mostra a mesma seqüência que a PSCA v.4. SNPs são indicados acima da caixa.
Figura 13. Previsão de estrutura secundária e domínios transmembrana de variantes de proteína de PSCA.
Figuras 13A, 13B, 13C e 13D: A estrutura secundária da variante 1 de proteína de PSCA (SEQ ID NO:6532), variante 3 (SEQ ID NO:6536), variante 4 (SEQ ID NO:6540) e variante 6 (SEQ ID NO:6546) (Figuras A-D, respectivamente) foi prevista usando o método HNN - Hierarchical Neural Network (NPS@: Network Protein Sequence Analysis TIBS, Março de 2000, Vol. 25, N° 3 [291]: 147-150 Combet C., Blanchet C., Geourjon C. e Deléage G., https://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_nn.html), acessado do servidor de biologia molecular ExPasy localizado na World Wide Web a (.expasy.ch/tools/). Esse método prevê a presença e localização de filamentos com alfa hélices estendidas e enrolamentos aleatórios da seqüência de proteína primária. O percentual de cada proteína em uma determinada estrutura secundária é também listado.
Figuras 13E, 13G, 131 e 13K: Representação esquemática da probabilidade de existência de regiões transmembrana de variantes de PSCA 1,3,4 e 6, respectivamente, baseado no algoritmo TMpred de Hofmann e Stoffel, o qual utiliza TMBASE (K. Hofmann, W. Stoffel. TMBASE - A database of membrane spanning protein segments Biol. Chem. Hoppe-Seyler 374: 166, 1993).
Figuras 13F, 13H, 13J e 13L: Representação esquemática da probabilidade da existência de regiões transmembrana de variante 1 de PSCA, baseado no algoritmo TMHMM de Sonnhammer, von Heijne e Krogh (Erik L.L. Sonnhammer, Gunnar von Heijne e Anders Krogh: A hidden Markov model for predicting transmembrane helices in protein sequences, em Proc. of Sixth Int. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology, páginas 175-182, Ed J. Glasgow, T. Littlejohn, F. Major, R. Lathrop, D. Sankoff e C. Sensen Menlo Park, CA: AAAI Press, 1998). Os algoritmos TMpred e TMHMM são acessados do servidor de biologia molecular ExPasy (https://www.expasy.ch/tools/).
Figura 14. Expressão de variantes de PSCA.
Figura 14(A): Iniciadores foram projetados para diferenciar entre PSCA v.1/v.2/v.4, PSCA v.3 e PSCA v.5. PSCA v.1/v.2/v.4 levou a um produto de PCR de 425 pb, PSCA v.3 levou a um produto de PCR de 300 pb enquanto que PSCA v.5 levou a um produto de PCR de 910 pb de tamanho.
Figura 14(B): cDNA de primeiro filamento foi preparado de bexiga normal, cérebro, coração, rim, fígado, pulmão, próstata, baço, músculo esquelético, testículo, pâncreas, cólon, estômago, reservatórios de câncer de próstata, câncer de bexiga, câncer renal, câncer de cólon, câncer de pulmão, câncer de ovário, câncer de mama, metástase cancerígena e câncer de pâncreas. Normalização foi obtida através de PCR usando iniciadores para actina. PCR semiquantitativa, usando os iniciadores varianteespecíficos, foi realizada a 30 ciclos de amplificação. Os resultados mostram a expressão de PSCA v.5 principalmente em câncer de mama, metástase cancerígena e câncer de pâncreas e em menor nível em câncer de cólon e câncer de pulmão. O produto de PCR de PSCA v.1/v.2/v.4 foi detectado em câncer de próstata, câncer de bexiga, câncer renal, câncer de cólon, câncer de pulmão, câncer de ovário, câncer de mama, metástase cancerígena e câncer de pâncreas. Dentre os tecidos normais, o produto de PCR de PSCA v.1/v.2/v.4 foi detectado somente em próstata, estômago e em menor nível em rim e pulmão enquanto que a PSCA v. 5 não foi detectada em qualquer tecido normal. O produto de PCR de PSCA v.3 não foi detectado em qualquer uma das amostras testadas.
Figura 15. Expressão de PSCA v.4 e PSCA v.5.
Figura 15(A): Iniciadores foram projetados para diferenciar entre PSCA v.4 e PSCA v.5. PSCA v.4 levou a um produto de PCR de 460 pb enquanto que a PSCA v.5 levou a um produto de PCR de 945 pb de tamanho.
Figura 15(B): cDNA de primeiro filamento foi preparado de bexiga normal, cérebro, coração, rim, fígado, pulmão, próstata, baço, músculo esquelético, testículo, pâncreas, cólon, estômago, reservatórios de câncer de próstata, câncer de bexiga e reservatórios com multixenoenxertos (xenoenxertos de câncer de próstata, câncer renal e câncer de bexiga). Normalização foi obtida através de PCR usando iniciadores para actina. PCR semiquantitativa, usando os iniciadores variante-específicos foi realizada a 30 ciclos de amplificação. Os resultados mostram a expressão de PSCA v.4 em câncer de próstata, câncer de bexiga e reservatórios com multixenoenxertos, rim de próstata normais. PSCA v.5 foi detectada somente em próstata normal e câncer de bexiga.
Modos de Realizar a Invenção
Esboço das Seções
I. ) Definições
II. ) Polinucleotídeos de PSCA
II.A.) Usos de Polinucleotídeos de PSCA
II.A.1.) Monitoramento de Anormalidades Genéticas
II.A.2.) Modalidades Anti-sentido
II.A.3.) Iniciadores e Pares de Iniciadores
II.A.4.) Isolamento de Moléculas de Ácido Nucléico que Codificam PSCA
II. A.5.) Moléculas de Ácido Nucléico Recombinantes e Sistemas de Hospedeiro-Vetor
III. ) Proteínas PSCA-relacionadas
III.A.) Modalidades de Proteínas Abrigando Motivo
III.B.) Expressão de Proteínas PSCA-relacionadas
III.C.) Modificações de Proteínas PSCA-relacionadas
III. D.) Usos de Proteínas PSCA-relacionadas
IV. ) Anticorpos de PSCA
V. ) Respostas Imunes Celulares ao PSCA
VI. ) Animais transgênicos ao PSCA
VII. ) Métodos para a Detecção de PSCA
VIII. ) Métodos para Monitoramento do Estado de Genes PSCArelacionados e Seus Produtos
IX. ) Identificação de Moléculas que Interagem com PSCA
X. ) Métodos e Composições Terapêuticas
X.A.) Vacinas Anticâncer
X.B.) PSCA como um Alvo para Terapia Baseada em Anticorpo
X.C.) PSCA como um Alvo para Respostas Imunes Celulares X.C.1. Vacinas de Minigenes
X.C.2. Combinações de Peptídeos de CTL com Peptídeos Auxi20 liares
X.C.3. Combinações de Peptídeos de CTL com Agentes de Produção de Células T
X.C.4. Composições de Vacina Compreendendo Peptídeos de CTL e/ou HTL Pulsados com DC
X.D.) Imunoterapia Adotiva
X. E.) Administração de Vacinas para Fins Terapêuticos ou Profiláticos
XI. ) Modalidades de PSCA Diagnosticas e Prognosticas
XII. ) Inibição de Função da Proteína de PSCA
XII.A.) Inibição de PSCA com Anticorpos Intracelulares XII.B.) Inibição de PSCA com Proteínas Recombinantes XII.C.) Inibição da Transcrição ou Tradução de PSCA
XII. D.) Considerações Gerais para Estratégias Terapêuticas
XIII. ) Identificação, Caracterização e uso de Moduladores de
PSCA
XIV. ) Kits/Artigos de Fabricação
I.) Definições:
A menos que de outro modo definido, todos os termos técnicos, notações e outros termos ou terminologia científica usados aqui se destinam a ter os significados comumente compreendidos por aqueles versados na técnica à qual a presente invenção pertence. Em alguns casos, termos com significados comumente compreendidos são definidos aqui para clareza e/ou para pronta referência e a inclusão de tais definições aqui não deverá ser necessariamente construída para representar uma diferença substancial sobre aquilo que é geralmente compreendido na técnica. Muitas das técnicas e procedimentos descritos ou mencionados aqui são bem-compreendidos e comumente empregados usando metodologia convencional por aqueles versados na técnica, tais como, por exemplo, as metodologias de clonagem molecular amplamente utilizadas descritas em Sambrook et aL, Molecular Cloning: A Laboratory Manual 2a edição (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. Conforme apropriado, procedimentos envolvendo o uso de kits e reagentes comercialmente disponíveis são geralmente realizados de acordo com protocolos e/ou parâmetros definidos pelo fabricante, a menos que de outro modo observado.
Os termos câncer de próstata avançado, câncer de próstata localmente avançado, doença avançada e doença localmente avançada significam cânceres de próstata que se estenderam através da cápsula da próstata e devem ser entendidos como incluindo doença no estágio C, sob o sistema de estágios de doença C1 - C2 da American Urological Association (AUA) sob o sistema Whitmore-Jewett e doença no estágio T3 - T4 e N+ sob o sistema TNM (tumor, nódulo, metástase). Em geral, a cirurgia não é recomendada para pacientes com doença localmente avançada e esses pacientes têm resultados substancialmente menos favoráveis, comparado a pacientes tendo câncer de próstata clinicamente localizado(órgão-confinado). A doença localmente avançada é clinicamente identificada por evidência palpável de endurecimento além da borda lateral da próstata ou assimetria ou endurecimento acima da base da próstata. O câncer de próstata localmente avançado atualmente é diagnosticado patologicamente após prostectomia radical se o tumor invade ou penetra a cápsula prostática e se estende para a margem cirúrgica ou invade as vesículas seminais.
Alteração do padrão nativo de glicosilação se destina, para as finalidades aqui, a significar deleção de uma ou mais porções carboidrato encontradas em PSCA com seqüência nativa (através de remoção do sítio de glicosilação subjacente ou através de eliminação da glicosilação através de meios químicos e/ou enzimáticos) e/ou adição de um ou mais sítios de glicosilação que não estão presente no PSCA de seqüência nativa. Além disso, a frase inclui alterações qualitativas na glicosilação das proteínas nativas, envolvendo uma alteração na natureza e proporções das várias porções de carboidrato presentes.
O termo análogo se refere a uma molécula a qual é estruturalmente similar ou compartilha atributos similares ou correspondentes com outra molécula (por exemplo, uma proteína PSCA-relacionada). Por exemplo, um análogo da proteína de PSCA pode ser especificamente ligado atra22 vés de um anticorpo ou célula T que se liga especificamente ao PSCA.
O termo anticorpo é usado no sentido mais amplo. Portanto, um anticorpo pode ser anticorpos que ocorrem naturalmente ou feitos pelo homem, tais como monoclonais, produzidos através tecnologia convencional 5 de hibridoma. Anticorpos anti-PSCA compreendem anticorpos monoclonais e policlonais, bem como fragmentos contendo o domínio de ligação a antígeno e/ou uma ou mais regiões de determinação de complementaridade desses anticorpos.
Um fragmento de anticorpo é definido como pelo menos uma 10 porção da região variável da molécula de imunoglobulina que se liga a seu alvo, isto é, a região de ligação a antígeno. Em uma modalidade, ele abrange, especificamente, anticorpos anti-PSCA simples e clones dos mesmos(incluindo anticorpos agonistas, antagonistas e de neutralização) e composições de anticorpo anti-PSCA com especificidade poliepitópica.
O termo seqüências com códon otimizado se refere a seqüências de nucleotídeos que foram otimizadas para uma espécie hospedeira em particular através de substituição de quaisquer códons tendo uma freqüência de uso de menos do que cerca de 20%. Seqüências de nucleotídeos que foram otimizadas para expressão em uma determinada espécie hospedeira 20 através de eliminação de seqüências de poliadenilação prejudiciais, eliminação de sinais de divisão de éxon/íntron, eliminação de repetições semelhantes a transposon e/ou otimização do teor de GC além da otimização de códon, são referidas aqui como uma seqüência com expressão intensificada.
Uma biblioteca combinatorial é uma coleção de diversos com25 postos químicos gerados através de síntese química ou síntese biológica por meio de combinação de uma série de blocos de construção química, tais como reagentes. Por exemplo, uma biblioteca química combinatorial linear, tal como uma biblioteca de polipeptídeo (por exemplo, muteína), é formada através de combinação de um conjunto de blocos de construção química 30 denominados aminoácidos em cada forma possível para uma determinada extensão de composto (isto é, o número de aminoácidos em um composto polipeptídico). Numerosos compostos químicos são sintetizados através de tal mistura combinatorial de blocos de construção química (Gallop et aL, J. Med. Chem. 37 (9): 1233-1251 (1994)).
O preparo e seleção de bibliotecas combinatoriais são bemconhecidos por aqueles versados na técnica. Tais bibliotecas químicas combinatoriais incluem, mas não estão limitadas a, bibliotecas de peptídeo (veja, por exemplo, U.S. Patent N° 5.010.175, Furka, Pept. Prot. Res. 37: 487-493 (1991), Houghton et aL, Nature, 354: 84-88 (1991)), peptóides (Publicação PCT No WO 91/19735), peptídeos codificados (Publicação PCT WO 93/20242), biooligômeros aleatórios (Publicação PCT WO 92/00091), benzodiazepinas (Pat. U.S. N° 5.288.514), diversômeros, tais como hidantoínas, benzodiazepinas e dipeptídeos (Hobbs et aL, Proc. Nat. Acad. Sei. USA 90: 6909-6913 (1993)), polipeptídeos vinilógos (Hagihara et aL, J. Amer. Chem. Soc. 114: 6568 (1992)), peptidomiméticos não peptídicos com uma duplicação de Beta-D-Glicose (Hirschmann et aL, J. Amer. Chem. Soc. 114: 92179218 (1992)), sintéticos orgânicos análogos de bibliotecas de pequenos compostos (Chen et aL, J. Amer. Chem. Soc. 116: 2661 (1994)), oligocarbamatos (Cho et aL, Science 261: 1303 (1993)) e/ou peptidil fosfonatos (Campbell et aL, J. Org. Chem. 59: 658 (1994)). Veja, de modo geral, Gordon et aL, J. Med. Chem. 37: 1385 (1994), bibliotecas de ácido nucléico (veja, por exemplo, Stratagene, Corp.), bibliotecas de ácido nucléico peptídico (veja, por exemplo, Patente U.S. 5.539.083), bibliotecas de anticorpo (veja, por exemplo, Vaughn et aL, Nature Biotechnology 14 (3): 309-314 (1996) e PCT/US96/10287), bibliotecas de carboidrato (veja, por exemplo, Liang et aL, Science 274: 1520-1522 (1996) e Patente U.S. N° 5.593.853) e bibliotecas de pequenas moléculas orgânicas (veja, por exemplo, benzodiazepinas, Baum, C&EN, 18 de Janeiro, página 33 (1993); isoprenóides, Patente U.S. N° 5.569.588; tiazolidinonas e metatiazanonas, Patente U.S. N° 5.549.974; pirrolidinas, Patentes U.S. Nos. 5.525.735 e 5.519.134; compostos de morfolino, Patente U.S. N° 5.506.337; benzodiazepinas, Patente U.S. N° 5.288.514; e similares).
Dispositivos para o preparo de bibliotecas combinatoriais estão comercialmente disponíveis (veja, por exemplo, 357 NIPS, 390 NIPS, Ad24 vanced Chem Tech, Louisville KY; Symphony, Rainin, Wobum, MA; 433A, Aplied Biosystems, Foster City, CA; 9050, Plus, Millipore, Bedford, NIA). Uma série de sistemas robóticos bem-conhecidos também foi desenvolvida para químicas em fase em solução. Esses sistemas incluem estações de trabalho automatizadas, tal como o aparelho de síntese automatizada desenvolvido pela Takeda Chemistry Industries, LTDA. (Osaka, Japão) e muitos sistemas robóticos que utilizam braços robóticos (Zymate H, Zymark Corporation, Hopkinton, Mass.; orca, Hewlett-Packard, Paio Alto, Calif.), os quais imitam operações sintéticas manuais realizadas por um químico. Qualquer um dos dispositivos acima é adequado para uso com a presente invenção. A natureza e implementação de modificações a esses dispositivos (se houver) de modo que eles possam operar conforme discutido aqui será evidente para aqueles versados na técnica relevante. Além disso, numerosas bibliotecas combinatoriais estão, em si, comercialmente disponíveis (veja, por exemplo, ComGenex, Princeton, NJ; Asinex, Moscou, RU; Tripos, Inc., St. Louis, MO; ChemStar, Ltda., Moscou, RU; 3D Pharmaceuticals, Exton, PA; Martek Biosciences, Columbia, MD; etc.).
O termo agente citotóxico se refere a uma substância que inibe ou impede a atividade de expressão de células, funcionamento de células e/ou causa destruição de células. O termo se destina a incluir agentes quimioterapêuticos de isótopos radioativos e toxinas, tais como toxinas de moléculas pequenas ou toxinas enzimaticamente ativas de origem bacteriana, fúngica, vegetal ou animal, incluindo fragmentos e/ou variantes das mesmas. Exemplos de agentes citotóxicos incluem, mas não estão limitados a, auristatinas, auromicinas, maitansinóides, ítrio, bismuto, ricina, cadeia-A de ricina, combrestatina, duocarmicinas, dolostatinas, doxorrubicina, daunorrubicina, taxol, cisplatina, brometo de etídio cc1065, etoposídeo de mitomicina, tenoposídeo, vincristina, vinblastina, colchicina, dihidróxi antracina diona, actinomicina, toxina de difteria, exotoxina de Pseudomonas (PE) A, PE40, abrina, cadeia A de abrina, cadeia A de modecina A, alfa-sarcina, gelonina, mitogelina, retstrictocina, fenomicina, enomicina, curicina, crotina, calicheamicina, inibidor de Sapaonaria offícinalis e glicocorticóide e outros agentes quimiote25 rapêuticos, bem como radioisótopos, tais como At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212 ou 213, P32 e isótopos radioativos de Lu, incluindo Lu177. Anticorpos podem ser também conjugados a uma enzima de ativação de pró-droga anticâncer capaz de conversão da pró-droga em sua forma ativa.
O produto de gene é, algumas vezes, referido aqui como uma proteína ou mRNA. Por exemplo, um produto de gene da invenção é, algumas vezes, referido aqui como uma seqüência de aminoácidos de câncer, proteína de câncer, proteína de um câncer listado na Tabela I, um mRNA de câncer, mRNA de um câncer listado na Tabela I, etc. Em uma modalidade, a proteína de câncer é codificada por um ácido nucléico da Figura 2. A proteína de câncer pode ser um fragmento ou, alternativamente, ser uma proteína de comprimento total ao fragmento codificado pelos ácidos nucléicos da Figura 2. Em uma modalidade, uma seqüência de aminoácidos de câncer é usada para determinar a identidade ou similaridade de seqüência. Em outra modalidade, as seqüências são variantes alélicas que ocorrem naturalmente da proteína codificada por um ácido nucléico da Figura 2. Em outra modalidade, as seqüências são variantes de seqüência conforme ainda descrito aqui.
Ensaios de seleção de elevado rendimento com relação à presença, ausência, quantificação ou outras propriedades de ácidos nucléicos ou produtos de proteína em particular são bem-conhecidos por aqueles versados na técnica. Similarmente, ensaios de ligação e ensaios de gene repórter são similarmente bem-conhecidos. Assim, por exemplo, a Patente U.S. N° 5.559.410 descreve métodos de seleção de elevado rendimento para proteínas; a Patente U.S. N° 5.585.639 descreve métodos de seleção de elevado rendimento para ligação de ácido nucléico (isto é, em fileiras); enquanto que as Patentes U.S. Nos. 5.576.220 e 5.541.061 descrevem métodos de seleção de elevado rendimento para ligação de ligante/anticorpo.
Além disso, sistemas de seleção de elevado rendimento estão comercialmente disponíveis (veja, por exemplo, Amersham Biosciences, Piscataway, NJ; Zymark Corp., Hopkinton, MA; Air Technical Industries, Mentor, OH; Beckman Instruments, Inc. Fullerton, CA; Precision Systems,
Inc., Natick, MA; etc.). Esses sistemas, tipicamente, automatizam procedimentos inteiros, incluindo todo pipeteamento de amostra e reagente, distribuição de líquido, incubações sincronizadas e leituras finais da microlâmina em detector(es) apropriado(s) para o ensaio. Esses sistemas configuráveis proporcionam elevado rendimento e início rápido, bem como um elevado grau de flexibilidade e padronização. Os fabricantes de tais sistemas proporcionam protocolos detalhados para vários sistemas de elevado rendimento. Assim, por exemplo, a Zymark Corp. proporciona boletins técnicos descrevendo sistemas de seleção para detecção da modulação da transcrição de gene, ligação a ligante e similares.
O termo homólogo se refere a uma molécula a qual exibe homologia a outra molécula, por exemplo, tendo seqüências de resíduos químicos que são os mesmos ou similares em posições correspondentes.
Antígeno de leucócito humano ou HLA é uma proteína do Principal Complexo de Histocompatibilidade (MHC) humano da classe I ou classe II (veja, por exemplo, Stites et aL, IMMUNOLOGY, 8a Ed., Lange Publishing, Los Altos, CA (1994).
Os termos hibridizar, hibridização, hibridiza e similares, usados no contexto de polinucleotídeos, se destinam a se referir a condições convencionais de hibridização, de preferência tais como hibridização em 50% de formamida/6XSSC/0,1% de SDS/100 μg/ml de ssDNA nas quais as temperaturas para hibridização estão acima de 37 graus C e as temperaturas para lavagem em 0,1XSSC/0,1% de SDS estão acima de 55 graus C.
As frases isolado ou biologicamente puro se referem ao material o qual é substancial ou essencialmente isento de componentes os quais normalmente acompanham o material conforme encontrado em seu estado nativo. Assim, peptídeos isolados de acordo com a invenção, de preferência não contêm materiais normalmente associados aos peptídeos em seu ambiente in situ. Por exemplo, um polinucleotídeo é mencionado como sendo isolado quando ele é substancialmente separado de polinucleotídeos contaminantes que correspondem ou são complementares a outros genes que não os genes PSCA ou que codificam outros polipeptídeos que não um produto do gene PSCA ou fragmentos do mesmo. Aqueles versados na técnica podem empregar prontamente procedimentos de isolamento de ácido nucléico para se obter um polinucleotídeo isolado de PSCA. Uma proteína é mencionada como sendo isolada, por exemplo, quando métodos físicos, mecânicos ou químicos são empregados para remover as proteínas de PSCA de constituintes celulares que estão normalmente associados à proteína. Aqueles versados podem empregar prontamente métodos padrão de purificação para se obter uma proteína de PSCA isolada. Altemativamente, uma proteína isolada pode ser preparada através de meios químicos.
O termo mamífero se refere a qualquer organismo classificado como um mamífero, incluindo camundongos, ratos, coelhos, cães, gatos, vacas, cavalos e seres humanos. Em uma modalidade da invenção, o mamífero é um camundongo. Em outra modalidade da invenção, o mamífero é um ser humano.
Os termos câncer de próstata metastático e doença metastática significam cânceres de próstata que se disseminaram para nódulos regionais ou a locais distantes e se destinam a incluir doença no estágio D sob o sistema AUA e no estágio TxNxM+ sob o sistema TNM. Conforme é o caso com câncer de próstata localmente avançado, cirurgia geralmente não é indicada para pacientes com doença metastática e terapia hormonal (ablação de androgênio) é uma modalidade de tratamento preferida. Pacientes com câncer de próstata metastática eventualmente desenvolvem um estado androgênio-resistente dentro de 12 a 18 meses de início de tratamento. Aproximadamente metade desses pacientes androgênio-resistentes morrem dentro de 6 meses após desenvolver esse estado. O local mais comum para metástase do câncer de próstata é o osso. Metástases ósseas de câncer de próstata são freqüentemente osteoblásticas ao invés de osteolíticas (isto é, resultando em formação líquida de osso). Metástases ósseas são encontradas mais freqüentemente na espinha, seguido pelo fêmur, pélvis, caixa torácica, crânio e úmero. Outros locais comuns para metástase incluem nódulos, pulmão, fígado e cérebro. O câncer de próstata metastático é, tipicamente, diagnosticado através de linfadenectomia pélvica laparoscópica ou aberta, explorações por radionuclídeo do corpo todo, radiografia esquelética e/ou biópsia de lesão óssea.
O termo modulador ou composto de teste ou candidato a droga ou equivalentes gramaticais, conforme usado aqui, descrevem qualquer molécula, por exemplo, proteína, oligopeptídeo, molécula orgânica pequena, polissacarídeo, polinucleotídeos, etc., a ser testado com relação à capacidade de alterar, direta ou indiretamente, o fenótipo do câncer ou a expressão de uma seqüência de câncer, por exemplo, uma seqüência de ácido nucléico ou proteína, ou afetar uma seqüência de câncer (por exemplo, sinalização de expressão do gene, interação de proteína, etc.). Em um aspecto, um modulador neutralizará o efeito de uma proteína de câncer da invenção. Por neutralizar entenda-se que a atividade de uma proteína é inibida ou bloqueada, junto com o conseqüente efeito sobre a célula. Em outro aspecto, um modulador neutralizará o efeito de um gene e sua proteína correspondente da invenção através de normalização dos níveis da referida proteína. Em modalidades preferidas, moduladores alteram os perfis de expressão, ou perfil de expressão de ácidos nucléicos ou proteínas proporcionadas aqui, ou vias efetoras a jusante. Em uma modalidade, o modulador suprime um fenótipo de câncer, por exemplo, a uma característica de um tecido normal. Em outra modalidade, um modulador induziu a um fenótipo de câncer. Geralmente, uma pluralidade de misturas de ensaio é passada em paralelo com diferentes concentrações de agentes para se obter uma resposta diferencial às várias concentrações. Tipicamente, uma dessas concentrações serve como um controle negativo, isto é, em uma concentração zero ou abaixo do nível de detecção.
Moduladores, candidatos à droga ou compostos de teste abrangem numerosas classes químicas, embora, tipicamente, eles sejam moléculas orgânicas, de preferência pequenos compostos orgânicos, tendo um peso molecular de mais do que 100 e menos do que cerca de 2.500 Daltons. Pequenas moléculas preferidas têm menos do que 2000 ou menos do que 1500 ou menos do que 1000 ou menos do que 500 D. Agentes candidatos compreendem grupos funcionais necessários para interação estrutural com proteínas, particularmente ligação a hidrogênio e incluem, tipicamente, pelo menos um grupo amina, carbonila, hidroxila ou carboxila, de preferência pelo menos dois dos grupos químicos funcionais. Os agentes candidatos frequentemente compreendem estruturas cíclicas ou heterocíclicas de carbono e/ou 5 estruturas aromáticas ou poliaromáticas substituídas por um ou mais dos grupos funcionais acima. Moduladores também compreendem biomoléculas, tais como peptídeos, sacarídeos, ácidos graxos, esteróides, purinas, pirimidinas, derivados, análogos estruturais ou combinações dos mesmos. Particularmente preferidos são peptídeos. Uma classe de moduladores são pep10 tídeos, por exemplo, de cerca de cinco a cerca de 35 aminoácidos, com de cerca de cinco a cerca de 20 aminoácidos sendo preferido e de cerca de 7 a cerca de 15 sendo particularmente preferido. De preferência, a proteína modulatória de câncer é solúvel, inclui uma região não-transmembrana e/ou tem uma Cys N-terminal para auxiliar na solubilidade. Em uma modalidade, 15 o C-término do fragmento é mantido como um ácido livre e o N-término é uma amina livre para auxiliar no acoplamento, isto é, à cisteína. Em uma modalidade, uma proteína de câncer da invenção é conjugada a um agente imunogênico, conforme discutido aqui. Em uma modalidade, a proteína de câncer é conjugada a BSA. Os peptídeos da invenção, por exemplo, de 20 comprimentos preferidos, podem ser ligados uns aos outros ou a outros aminoácidos para criar um peptídeo/proteína mais longo. Os peptídeos modulatórios podem ser digestões de proteínas que ocorrem naturalmente, conforme é esboçado acima, peptídeos aleatórios ou peptídeos aleatórios desviados. Em uma modalidade preferida, moduladores baseados em peptí25 deo/proteína são anticorpos e fragmentos dos mesmos, conforme definido aqui.
Moduladores de câncer também podem ser ácidos nucléicos. Agentes de modulação de ácido nucléico podem ser ácidos nucléicos que ocorrem naturalmente, ácidos nucléicos aleatórios ou ácidos nucléicos alea30 tórios desviados. Por exemplo, digestões de genomas procariotas ou eucariotas podem ser usadas em uma abordagem análoga àquela esboçada acima para proteínas.
O termo anticorpo monoclonal se refere a um anticorpo obtido de uma população de anticorpos substancialmente homogênea, isto é, os anticorpos compreendendo a população são idênticos, exceto quanto a possíveis mutações que ocorrem naturalmente que estão presentes em quantidades mínimas.
Um motivo, conforme em motivo biológico de uma proteína PSCA-relacionada, se refere a qualquer padrão de aminoácidos que forma parte da seqüência primária de uma proteína, que está associada a uma função em particular (por exemplo, interação proteína-proteína, interação proteína-DNA, etc.) ou modificação (por exemplo, que é fosforilada, glicosilada ou amidada) ou localização (por exemplo, seqüência secretória, seqüência de localização nuclear, etc.) ou uma seqüência que é correlacionada por ser imunogênica, quer humor ou celularmente. Um motivo pode ser contínuo ou capaz de ser alinhado a determinadas posições que são, geralmente, correlacionadas com uma determinada função ou propriedade. No contexto da motivos de HLA, motivo se refere a um padrão de resíduos em um peptídeo de comprimento definido, usualmente um peptídeo de cerca de 8 a cerca de 13 aminoácidos para um motivo de HLA da classe I e de cerca de 6 a cerca de 25 aminoácidos para um motivo de HLA da classe II, o qual é reconhecido por uma molécula de HLA em particular. Motivos de peptídeo para ligação de HLA são, tipicamente, diferentes para cada proteína codificada por cada alelo de HLA humano e diferem quanto ao padrão de resíduos âncora primários e secundários.
Um excipiente farmacêutico compreende um material, tal como um adjuvante, um veículo, agentes para ajuste de pH e tamponamento, agentes de umedecimento, conservantes e similares.
Farmaceuticamente aceitável se refere a uma composição não-tóxica e/ou inerte que é fisiologicamente compatível com seres humanos ou outros mamíferos.
O termo polinucleotídeo significa uma forma polimérica de nucleotídeos de pelo menos 10 bases ou pares de base de comprimento, quer ribonucleotídeos ou deoxinucleotídeos, ou uma forma modificada de qual31 quer tipo de nucleotídeo e se destina a incluir formas em filamentos simples e duplos de DNA e/ou RNA. Na técnica, esse termo é freqüentemente usado permutavelmente com oligonucleotídeos. Um polinucleotídeo pode compreender uma seqüência de nucleotídeos descrita aqui em que timidina (T), conforme mostrado, por exemplo, na Figura 2, pode também ser uracila (U); essa definição se refere às diferenças entre as estruturas químicas de DNA e RNA, em particular a observação de que uma das quatro bases principais no RNA é uracila (U) ao invés de timidina (T).
O termo polipeptídeo significa um polímero de pelo menos cerca de 4, 5, 6, 7 ou 8 aminoácidos. No decorrer do relatório descritivo, designações padrão de três letras ou uma única letra para os aminoácidos são usadas. Na técnica, esse termo é freqüentemente usado permutavelmente com peptídeo ou proteína.
Um resíduo âncora primário de HLA é um aminoácido em uma posição específica ao longo de uma seqüência de peptídeo o qual é compreendido como proporcionando um ponto de contato entre o peptídeo imunogênico e a molécula de HLA. Um a três, usualmente dois, resíduos âncora primários dentro de um peptídeo de comprimento definido geralmente definem um motivo para um peptídeo imunogênico. Esses resíduos são compreendidos como se adaptando em contato íntimo com a ranhura de ligação peptídica de uma molécula de HLA, com suas cadeias laterais alojadas em bolsas específicas da ranhura de ligação. Em uma modalidade, por exemplo, os resíduos âncora primários para uma molécula da classe I de HLA estão localizados na posição 2 (a partir da posição amino terminal) e na posição carboxila-terminal de um epítopo de peptídeo com 8, 9, 10, 11 ou 12 resíduos de acordo com a invenção. Alternativamente, em outra modalidade, os resíduos âncora primários de um peptídeo que se ligam a uma molécula da classe II do HLA são espaçados com relação uns aos outros, ao invés de ao término de um peptídeo, onde o peptídeo tem geralmente pelo menos 9 aminoácidos de comprimento. As posições âncora primárias para cada motivo e supermotivo são apresentadas na Tabela IV. Por exemplo, peptídeos análogos podem ser criados através de alteração da presença ou ausência de resíduos em particular nas posições âncora primárias e/ou secundárias mostradas na Tabela IV. Tais análogos são usados para modular a afinidade de ligação e/ou abrangência de população de um peptídeo compreendendo um motivo ou supermotivo de HLA em particular.
Radioisótopos incluem, mas não estão limitados, aos seguintes (usos exemplificativos não-limitativos também são apresentados):
**Exemplos de Isótopos Médicos:
Isótopo Descrição de uso
Actínio-225 (AC-225) Veja Tório-229 (Th-229)
Actínio-227 (AC-227) Pai de Rádio-223 (Ra-223) o qual é um alfa emissor usado para tratar metástases no esqueleto resultantes de câncer (isto é, cânceres de mama e de próstata) e rádioimunoterapia de câncer
Bismuto-212 (Bi-212) Veja Tório-228 (Th-228)
Bismuto-213 (Bi-213) Veja Tório-229 (Th-229)
Cádmio-109 (Cd-109) Detecção de câncer
Cobalto-60 (Co-60) Fonte de radiação para radioterapia de câncer, para irradiadores de alimentos e para esterilização de suprimentos médicos
Cobre-64 (Cu-64) Um emissor de positron usado para terapia de câncer e formação de imagem SPECT.
Cobre-67 (Cu-67) Beta/gama emissor usado em rádio-imunoterapia de câncer e estudos diagnósticos (isto é, cânceres de mama e cólon e linfoma)
Disprósio-166 (Dy-166) Rádio-imunoterapia de câncer
Erbio-169 (Er-169) Tratamento de artrite reumatóide, particularmente para as pequenas articulações associadas aos dedos dos pés e mãos
Európio-152 (Eu-152) Fonte de radiação para irradiação de alimentos e para a esterilização de suprimentos médicos
Európio-154 (Eu-154) Fonte de radiação para irradiação de alimentos e para a esterilização de suprimentos médicos
Gadolínio-153 Detecção de osteoporose e dispositivos para assegurar qua-
(Gd-153) lidade médica nuclear
Ouro-198 (Au-198) Implante e terapia intracavidade de cânceres ovariano, de próstata e de cérebro
Hólmio-166 (Ho-166) Tratamento de mieloma múltiplo em terapia esqueletoobjetivada, rádio-imunoterapia de câncer, ablação da medula óssea e tratamento de artrite reumatóide
lodo-125 (1-125) Detecção de osteoporose, formação de imagem diagnostica, drogas rastreadoras, tratamento de câncer do cérebro, radiorrotulação, formação de imagem de tumor, mapeamento de receptores no cérebro, terapia intersticial por radiação, braquiterapia para o tratamento de câncer de próstata, determinação da taxa de filtração glomerular (GFR), determinação do volume de plasma, detecção de trombose de veias profundas das pernas
lodo-131 (1-131) Avaliação de função da tiróide, detecção de doença da tiróide, tratamento de câncer da tiróide, bem como outras doenças da tiróide não-malignas (isto é, doença de Grave, goiters e hipertiroidismo), tratamento de leucemia, linfoma e outras formas de câncer (por exemplo, câncer de mama) usando rádio-imunoterapia
lrídio-192 (lr-192) Braquiterapia, tratamento de tumores no cérebro e coluna espinhal, tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose) e implantes para tumores de mama e próstata
Lutécio-177 (Lu-177) Rádio-imunoterapia de câncer e tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose)
Molibdênio-99 (Mo-99)
Ósmio-194 (Os-194) Paládio-103 (Pd-103)
Platina-195m (Pt-195m)
Fósforo-32 (P-32)
Fósforo-33 (P-33)
Rádio-223 (Ra-223)
Rênio-186 (Re-186)
Rênio-188 (Re-188)
Ródio-105 (Rh-105)
Samário-145 (Sm-145)
Parente de Tecnécio-99m (Tc-99m) o qual é usado para formação de imagem do cérebro, fígado, pulmão, coração e outros órgãos. Atualmente, o Tc-99m é o radioisótopo mais amplamente usado para formação de imagem diagnostica de vários cânceres e doenças envolvendo o cérebro, coração, fígado, pulmão; também usadas em detecção de trombose de veias profundas das pernas.
Rádio-imunoterapia de câncer
Tratamento de câncer de próstata
Estudos de biodistribuição e metabolismo de cisplatina, uma droga quimioterapêutica
Tratamento de policitemia rubra vera (doença de células sanguíneas) e leucemia, diagnóstico/tratamento de câncer ósseo; tratamento de câncer de cólon, pancreático e de fígado; radiorrotulação de ácidos nucléicos para pesquisa in vitro, diagnóstico de tumores superficiais, tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose) e terapia intracavidade
Tratamento de leucemia, diagnóstico/tratamento de doença óssea, radiorrotulação e tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose)
Veja Actínio-227 (Ac-227)
Alívio da dor em câncer ósseo, tratamento de artrite reumatóide e diagnóstico e tratamento de linfoma e cânceres ósseo, de mama, cólon e fígado usando rádio-imunoterapia
Diagnóstico e tratamento de câncer usando rádioimunoterapia, alívio da dor em câncer ósseo, tratamento de artrite reumatóide e tratamento de câncer de próstata
Rádio-imunoterapia de câncer
Tratamento de câncer ocular
Samário-153 (Sm-153)
Escândio-47 (Sc-47)
Selênio-75 (Se-75)
Estrôncio-85 (Sr-85)
Estrôncio-89 (Sr-89)
Rádio-imunoterapia de câncer e alívio da dor em câncer ósseo
Rádio-imunoterapia de câncer e alívio da dor em câncer ósseo
Radio-rastreador usado em estudos do cérebro, formação de imagem do córtex adrenal através de gama-cintigrafia, localizações laterais de tumores que secretam esteróide, exploração pancreática, detecção de glândulas paratireóides hiperativas, taxa de medida de perda de ácido biliar do reservatório endógeno
Detecção de câncer ósseo e explorações do cérebro
Alívio da dor de câncer ósseo, tratamento de mieloma múltiplo e terapia osteoblástica
Tecnécio-99m Veja Molibdênio-99 (Mo-99) (Tc-99m)
Tório-228 Pai de Bismuto-212 (Bi-212) o qual é um alfa emissor usado (Th-228) para rádio-imunoterapia de câncer
Tório-229 Pai de Actínio-225 (Ac-225) e avô de Bismuto-213 (Bi-213) (Th-229) os quais são alfa emissores usados em rádio-imunoterapia de câncer
Túlio-170 Fonte gama para fonte de energia de irradiadores de sangue (Tm-170) para dispositivos médicos implantados
Estanho-117m (Sn-117m)
Tungstênio-188 (W-188)
Xenônio-127 (Xe-127) ltérbio-175 (Yb-175)
Imunoterapia de câncer e alívio da dor de câncer ósseo
Pai de Rênio-188 (Re-188) o qual é usado para diagnóstico/tratamento de câncer, alívio da dor de câncer ósseo, tratamento de artrite reumatóide e tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose)
Neuroformação de imagens de distúrbios no cérebro, estudos por SPECT em alta resolução, testes de função pulmonar e estudos de fluxo sangüíneo cerebral
Rádio-imunoterapia de câncer
ítrio-90 (Y-90) ítrio-91 (Y-91) Microfileiras obtidas a partir de irradiação de ítrio-89 (Y-89) para tratamento de câncer do fígado Um rótulo de gama-emissão para ítrio-90 (Y-90) o qual é usado para rádio-imunoterapia de câncer (isto é, linfoma, cânceres inoperáveis de mama, cólon, rim, pulmão, ovariano, próstata, pancreático e de fígado)
Actínio-225 (AC-225) Veja Tório-229 (Th-229)
Actínio-227 (AC-227) Pai de Rádio-223 (Ra-223) o qual é um alfa emissor usado para tratar metástases no esqueleto resultantes de câncer (isto é, cânceres de mama e de próstata) e rádioimunoterapia de câncer
Bismuto-212 (Bi-212) Veja Tório-228 (Th-228)
Bismuto-213 (Bi-213) Veja Tório-229 (Th-229)
Cádmio-109 (Cd-109) Detecção de câncer
Cobalto-60 (Co-60) Fonte de radiação para radioterapia de câncer, para irradiadores de alimentos e para esterilização de suprimentos médicos
Cobre-64 (Cu-64) Um emissor de positron usado para terapia de câncer e formação de imagem SPECT.
Cobre-67 (Cu-67) Beta/gama emissor usado em rádio-imunoterapia de câncer e estudos diagnósticos (isto é, cânceres de mama e cólon e linfoma)
Disprósio-166 (Dy-166) Rádio-imunoterapia de câncer
Erbio-169 (Er-169) Tratamento de artrite reumatóide, particularmente para as pequenas articulações associadas aos dedos dos pés e mãos
Európio-152 (Eu-152) Fonte de radiação para irradiação de alimentos e para a esterilização de suprimentos médicos
Európio-154 (Eu-154) Fonte de radiação para irradiação de alimentos e para a esterilização de suprimentos médicos
Gadolínio-153 (Gd-153)
Ouro-198 (Au-198)
Hólmio-166 (Ho-166) lodo-125 (1-125) lodo-131 (1-131) lrídio-192 (lr-192)
Lutécio-177 (Lu-177)
Molibdênio-99 (Mo-99)
Ósmio-194 (Os-194)
Detecção de osteoporose e dispositivos para assegurar qualidade médica nuclear
Implante e terapia intracavidade de cânceres ovariano, de próstata e de cérebro
Tratamento de mieloma múltiplo em terapia esqueletoobjetivada, rádio-imunoterapia de câncer, ablação da medula óssea e tratamento de artrite reumatóide
Detecção de osteoporose, formação de imagem diagnostica, drogas rastreadoras, tratamento de câncer do cérebro, radiorrotulação, formação de imagem de tumor, mapeamento de receptores no cérebro, terapia intersticial por radiação, braquiterapia para o tratamento de câncer de próstata, determinação da taxa de filtração glomerular (GFR), determinação do volume de plasma, detecção de trombose de veias profundas das pernas
Avaliação de função da tiróide, detecção de doença da tiróide, tratamento de câncer da tiróide, bem como outras doenças da tiróide não-malignas (isto é, doença de Grave, goiters e hipertiroidismo), tratamento de leucemia, linfoma e outras formas de câncer (por exemplo, câncer de mama) usando rádio-imunoterapia
Braquiterapia, tratamento de tumores no cérebro e coluna espinhal, tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose) e implantes para tumores de mama e próstata
Rádio-imunoterapia de câncer e tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose)
Parente de Tecnétio-99m (Tc-99m) o qual é usado para formação de imagem do cérebro, fígado, pulmão, coração e outros órgãos. Atualmente, o Tc-99m é o radioisótopo mais amplamente usado para formação de imagem diagnostica de vários cânceres e doenças envolvendo o cérebro, coração, fígado, pulmão; também usadas em detecção de trombose de veias profundas das pernas.
Rádio-imunoterapia de câncer
Paládio-103 (Pd-103) Tratamento de câncer de próstata
Platina-195m (Pt-195m) Estudos de biodistribuição e metabolismo de cisplatina, uma droga quimioterapêutica
Fósforo-32 (P-32) Tratamento de policitemia rubra vera (doença de células sangüíneas) e leucemia, diagnóstico/tratamento de câncer ósseo; tratamento de câncer de cólon, pancreático e de fígado; radiorrotulação de ácidos nucléicos para pesquisa in vitro, diagnóstico de tumores superficiais, tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose) e terapia intracavidade
Fósforo-33 (P-33) Tratamento de leucemia, diagnóstico/tratamento de doença óssea, radiorrotulação e tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose)
Rádio-223 (Ra-223) Veja Actínio-227 (Ac-227)
Rênio-186 (Re-186) Alívio da dor em câncer ósseo, tratamento de artrite reumatóide e diagnóstico e tratamento de linfoma e cânceres ósseo, de mama, cólon e fígado usando rádio-imunoterapia
Rênio-188 (Re-188) Diagnóstico e tratamento de câncer usando rádioimunoterapia, alívio da dor em câncer ósseo, tratamento de artrite reumatóide e tratamento de câncer de próstata
Ródio-105 (Rh-105) Rádio-imunoterapia de câncer
Samário-145 (Sm-145) Tratamento de câncer ocular
Samário-153 (Sm-153) Rádio-imunoterapia de câncer e alívio da dor em câncer ósseo
Escândio-47 (Sc-47) Rádio-imunoterapia de câncer e alívio da dor em câncer ósseo
Selênio-75 (Se-75) Radio-rastreador usado em estudos do cérebro, formação de imagem do córtex adrenal através de gama-cintigrafia, localizações laterais de tumores que secretam esteróide, exploração pancreática, detecção de glândulas paratireóides hiperativas, taxa de medida de perda de ácido biliar do reservatório endógeno
Estrôncio-85 (Sr-85) Detecção de câncer ósseo e explorações do cérebro
Estrôncio-89 (Sr-89) Alívio da dor de câncer ósseo, tratamento de mieloma múltiplo e terapia osteoblástica
Tecnétio-99m (Tc-99m) Veja Molibdênio-99 (Mo-99)
Tório-228 (Th-228) Pai de Bismuto-212 (Bi-212) o qual é um alfa emissor usado para rádio-imunoterapia de câncer
Tório-229 (Th-229) Pai de Actínio-225 (Ac-225) e avô de Bismuto-213 (Bi-213) os quais são alfa emissores usados em rádio-imunoterapia de câncer
Túlio-170 (Tm-170) Gama-fonte para fonte de energia de irradiadores de sangue para dispositivos médicos implantados
Estanho-117m Imunoterapia de câncer e alívio da dor de câncer ósseo (Sn-117m)
Tungstênio-188 Pai de Rênio-188 (Re-188) o qual é usado para diagnósti-
(W-188) co/tratamento de câncer, alívio da dor de câncer ósseo, tratamento de artrite reumatóide e tratamento de artérias bloqueadas (isto é, aterosclerose e restenose)
Xenônio-127 (Xe-127) Neuroformação de imagens de distúrbios no cérebro, estudos por SPECT em alta resolução, testes de função pulmonar e estudos de fluxo sangüíneo cerebral
ltérbio-175 (Yb-175) ítrio-90 (Y-90) ítrio-91 (Y-91) Rádio-imunoterapia de câncer Microfileiras obtidas a partir de irradiação de ítrio-89 (Y-89) para tratamento de câncer do fígado Um rótulo de gama-emissão para ítrio-90 (Y-90) o qual é usado para rádio-imunoterapia de câncer (isto é, linfoma, cânceres inoperáveis de mama, cólon, rim, pulmão, ovariano, próstata, pancreático e de fígado)
Por aleatório ou equivalentes gramaticais, conforme aplicado aqui a ácidos nucléicos e proteínas, entenda-se que cada ácido nucléico e peptídeo consiste essencialmente em nucleotídeos e aminoácidos aleatórios, respectivamente. Esses peptídeos aleatórios (ou ácidos nucléicos, dis5 cutidos aqui) podem incorporar quaisquer nucleotídeos ou aminoácidos em qualquer posição. O processo sintético pode ser projetado para gerar proteínas ou ácidos nucléicos aleatórios, para permitir a formação de todas ou a maioria das combinações possíveis sobre a extensão de uma seqüência, assim, formando uma biblioteca de agentes proteináceos bioativos candidatos aleatórios.
Em uma modalidade, uma biblioteca é totalmente aleatória, sem nenhuma preferência ou constante de seqüência em qualquer posição. Em outra modalidade, a biblioteca é uma biblioteca com tendência aleatória. Isto é, algumas posições dentro de uma seqüência são mantidas constantes ou são selecionadas a partir de um número limitado de possibilidades. Por exemplo, os nucleotídeos ou resíduos de aminoácidos são aleatórios dentro de uma classe definida, por exemplo, de aminoácidos hidrofóbicos, resíduos hidrofílicos, resíduos com tendência estérica (pequenos ou grandes), com relação à criação de domínios de ligação de ácido nucléico, a criação de cisteínas, para ligação cruzada, prolinas para domínios SH-3, serinas, treoninas, tirosinas ou histidinas para sítios de fosforilação, etc. ou purinas, etc.
Uma molécula de DNA ou RNA recombinante é uma molécula de DNA ou RNA que foi submetida à manipulação molecular in vitro.
Exemplos não limitativos de molécula pequenas incluem compostos que se ligam ou interagem com PSCA, ligantes incluindo hormônios, neuropeptídeos, quimiocinas, odorantes, fosfolipídios e equivalentes funcionais dos mesmos que se ligam e, de preferência, inibem a função da proteína de PSCA. Tais moléculas pequenas não limitativas têm, de preferência, um peso molecular de menos do que cerca de 10 kDa, mais preferivelmente abaixo de cerca de 9, cerca de 8, cerca de 7, cerca de 6, cerca de 5 ou cerca de 4 kDa. Em determinados modalidades, moléculas pequenas se associam fisicamente com, ou se ligam, à proteína de PSCA; não são encontradas ocorrendo naturalmente em vias metabólicas; e/ou são mais solúveis em soluções aquosas do que em não aquosas.
A estringência de reações de hibridização é prontamente determinável por aqueles versados na técnica e geralmente é um cálculo empírico, dependendo da extensão da sonda, temperatura de lavagem e concen tração de sal. Em geral, sondas mais longas requerem maiores temperaturas para anelamento apropriado, enquanto que sondas mais curtas precisam de temperaturas menores. A hibridização geralmente depende da capacidade das seqüências de ácido nucléico desnaturadas de se reanelarem quando filamentos complementares estão presentes em um ambiente abaixo de sua temperatura de fusão. Quanto maior o grau de homologia desejado entre a sonda e a seqüência hibridizável, maior a temperatura relativa que pode ser usada. Como um resultado, segue que maiores temperaturas relativas tenderão a tornar as condições de reação mais estringentes, enquanto que temperaturas menores o farão menos. Para detalhes e explicação adicional sobre estringência de reações de hibridização veja Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995).
Condições estringentes ou condições de elevada estringência, conforme definido aqui, são identificadas por, mas não limitado, àquelas que: (1) empregam uma baixa resistência iônica e elevada temperatura para lavagem, por exemplo, cloreto de sódio a 0,015M/citrato de sódio a 0,0015M/0,1% de dodecil sulfato de sódio a 50 °C; (2) empregam, durante hibridização, um agente de desnaturação, tal como formamida, por exemplo, formamida a 50% (v/v) com 0,1% albumina de soro bovino/0,1% de Ficoll/0,1 % de polivinilpirrolidona/tampão de fosfato de sódio a 50 mM em um pH de 6,5 com cloreto de sódio a 750 mM, citrato de sódio a 75 mM a 42 °C; ou (3) empregam formamida a 50%, 5 x SSC (NaCI a 0,75 M, citrato de sódio a 0,075 M), fosfato de sódio a 50 mM (pH de 6,8), pirofosfato de sódio a 0,1%, 5 x solução de Denhardt, DNA de esperma de salmão submetido a ultra-som (50 gg/ml), 0,1% de SDS e 10% de sulfato de dextrana a 42 °C, com lavagens a 42°C em 0,2 x SSC (cloreto de sódio/citrato de sódio) e formamida a 50% a 55 °C, seguido por uma lavagem em elevada estringência consistindo em 0,1 x SSC contendo EDTA a 55 °C. Condições moderadamente estringentes são descritas por, mas não limitadas, àquelas em Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989 e incluem o uso de solução de lavagem e condições de hibridização (por exemplo, temperatura, resistência iônica e % de SDS) me nos estringentes do que aquelas descritas acima. Um exemplo de condições moderadamente estringentes é incubação durante a noite a 37°C em uma solução compreendendo: formamida a 20%, 5 x SSC (NaCI a 150 mM, citrato de trissódico a 15 mM), fosfato de sódio a 50 mM (pH de 7,6), 5 x solução de Denhardt, 10% de sulfato de dextrana e 20 mg/mL de DNA de esperma de salmão desnaturado cortado, seguido por lavagem dos filtros em 1 x SSC em torno de 37-50°C. Aqueles versados na técnica reconhecerão como ajustar a temperatura, resistência iônica, etc., conforme necessário, para acomodar fatores tais como a extensão da sonda e similares.
Um supermotivo de HLA é uma especificidade de ligação peptídica compartilhada por moléculas de HLA codificadas por dois ou mais alelos de HLA. As freqüências fenotípicas globais de supertipos de HLA em diferentes populações étnicas são apresentadas na Tabela IV (F). Os constituintes não limitativos de vários supertipos são como segue:
A2: A*0201, A*0202, A*0203, A*0204, A* 0205, A*0206, A*6802, A*6901, A*0207
A3: A3, A11, A31, A*3301, A*6801, A*0301, A*1101, A*3101
B7: B7, B*3501-03, B*51, B*5301, B*5401, B*5501, B*5502, B*5601, B*6701, B*7801, B*0702, B*5101, B*5602
B44: B*3701, B*4402, B*4403, B*60 (B*4001), B61 (B*4006)
Al: A*0102, A*2604, A*3601, A*4301, A*8001
A24: A*24, A*30, A*2403, A*2404, A*3002, A*3003
B27: ΒΜ401-02, B*1503, B*1509, B*1510, B*1518, B*3801-02,
B*3901, B*3902, B*3903-04, B*4801-02, B*7301, B*2701-08
B58: B*1516, B*1517, B*5701, B*5702, B58
B62: B*4601, B52, B*1501 (B62), B*1502 (B75), B*1513 (B77)
A abrangência de população calculada proporcionada por diferentes combinações de supertipo de HLA são apresentadas na Tabela IV (G).
Conforme usado aqui, tratar ou terapêutico e termos gramaticalmente relacionados, se referem a qualquer melhora de qualquer conseqüência de uma doença, tal como sobrevivência prolongada, menos morbi dez e/ou uma diminuição dos efeitos colaterais os quais são os subprodutos de uma modalidade terapêutica alternativa; erradicação total da doença não é requerida.
Um animal transgênico (por exemplo, um camundongo ou rato) é um animal tendo células que contêm um transgene, transgene o qual foi introduzido no animal ou um ancestral do animal no estágio pré-natal, por exemplo, embriônico. Um transgene é um DNA que é integrado no genoma de uma célula a partir da qual um animal transgênico se desenvolve.
Conforme usado aqui, uma vacina para resposta imune celular ou de HLA é uma composição que contém ou codifica um ou mais peptídeos da invenção. Existem numerosas modalidades de tais vacinas, tais como um coquetel de um ou mais peptídeos individuais; um ou mais peptídeos da invenção compreendidos por um peptídeo poliepitópico; ou ácidos nucléicos que codificam tais peptídeos ou polipeptídeos individuais, por exemplo, um minigene que codifica um peptídeo poliepitópico. O um ou mais peptídeos pode incluir qualquer unidade inteira de 1-150 ou mais, por exemplo, pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145 ou 150 ou mais peptídeos da invenção. Os peptídeos ou polipeptídeos podem, opcionalmente, ser modificados, tal como através lipidação, adição de seqüências de objetivação ou outras. Os peptídeos de classe I de HLA da invenção podem estar misturados com, ou ligados a, peptídeos da classe II de HLA, para facilitar a ativação de linfócitos T citotóxicos e linfócitos T auxiliares. Vacinas de HLA também podem compreender células que apresentam antígeno peptídeo-pulsadas, por exemplo, células dendríticas.
O termo variante se refere a uma molécula que exibe uma variação com relação a um tipo ou norma descrita, tal como uma proteína que tem um ou mais resíduos de aminoácidos diferentes na(s) posição(ões) correspondente(s) de uma proteína especificamente descrita (por exemplo, a proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3). Um análogo é um e44 xemplo de uma proteína variante. Isoformas divididas e polimorfismos sim- J) 'Ϊ pies de nucleotídeo (SNPs) são outros exemplos de variantes.
As proteínas PSCA-relacionadas da invenção incluem aquelas especificamente identificadas aqui, bem como variantes alélicas, variantes com substituição conservativa, análogos e homólogos que podem ser isolados/gerados e caracterizados sem experimentação indevida seguindo os métodos esboçados aqui ou prontamente disponíveis na técnica. Proteínas de fusão que combinam partes de diferentes proteínas de PSCA ou fragmentos das mesmas, bem como proteínas de fusão de uma proteína de PSCA e um polipeptídeo heterólogo também estão incluídas. Tais proteínas de PSCA são coletivamente referidas como as proteínas PSCArelacionadas, as proteínas da invenção ou PSCA. O termo proteína PSCArelacionada se refere a um fragmento de polipeptídeo ou uma seqüência de proteína de PSCA de 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 ou mais de 25 aminoácidos; ou pelo menos 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 525, 550, 575 ou 576 ou mais aminoácidos.
II.) Polinucleotídeos de PSCA
Um aspecto da invenção proporciona polinucleotídeos correspondendo ou complementares a todo ou parte de um gene, mRNA e/ou seqüência de codificação de PSCA, de preferência na forma isolada, incluindo polinucleotídeos que codificam uma proteína PSCA-relacionada e fragmentos da mesma, DNA, RNA, híbrido de DNA/RNA e moléculas relacionadas, polinucleotídeos ou oligonucleotídeos complementares a um gene ou seqüência de mRNA de PSCA ou uma parte da mesma e polinucleotídeos ou oligonucleotídeos que se hibridizam a um gene PSCA, mRNA ou um polinucleotídeo que codificam PSCA (coletivamente polinucleotídeos de PSCA). Em todos os casos, quando referido na presente seção, T também pode ser U na Figura 2.
Modalidades de um polinucleotídeo de PSCA incluem: um poli45 nucleotídeo de PSCA tendo a seqüência mostrada na Figura 2, a seqüência de nucleotídeos de PSCA conforme mostrado na Figura 2 em que T é U; pelo menos 10 nucleotídeos contínuos de um polinucleotídeo tendo a seqüência conforme mostrado na Figura 2; ou pelo menos 10 nucleotídeos contínuos de um polinucleotídeo tendo a seqüência conforme mostrado na Figura 2 onde T é U. Por exemplo, modalidades de nucleotídeos de PSCA compreendem, sem limitação:
(I) um polinucleotídeo compreendendo, consistindo essencialmente em ou consistindo em uma seqüência conforme mostrado na Figura 2 em que T também pode ser U;
(II) um polinucleotídeo compreendendo, consistindo essencialmente em ou consistindo em uma seqüência conforme mostrado na Figura 2A, do resíduo de nucleotídeo número 18 até o resíduo de nucleotídeo número 389, incluindo o códon terminal em que T também pode ser U;
(III) um polinucleotídeo compreendendo, consistindo essencialmente em ou consistindo em uma seqüência conforme mostrado na Figura 2B, do resíduo de nucleotídeo número 56 até o resíduo de nucleotídeo número 427, incluindo o códon terminal em que T também pode ser U;
(IV) um polinucleotídeo compreendendo, consistindo essencialmente em ou consistindo em uma seqüência conforme mostrado na Figura 2C, do resíduo de nucleotídeo número 423 até o resíduo de nucleotídeo número 707, incluindo o códon terminal em que T também pode ser U;
(V) um polinucleotídeo compreendendo, consistindo essencialmente em ou consistindo em uma seqüência conforme mostrado na Figura 2D, do resíduo de nucleotídeo número 424 até o resíduo de nucleotídeo número 993, incluindo o códon terminal em que T também pode ser U;
(VI) um polinucleotídeo compreendendo, consistindo essencialmente em ou consistindo em uma seqüência conforme mostrado na Figura 2E, do resíduo de nucleotídeo número 910 até o resíduo de nucleotídeo número 1479, incluindo o códon terminal em que T também pode ser U;
(VII) um polinucleotídeo compreendendo, consistindo essencialmente em ou consistindo em uma seqüência conforme mostrado na Figura
2F, do resíduo de nucleotídeo número 83 até o resíduo de nucleotídeo número 427, incluindo o códon terminal em que T também pode ser U;
(VIII) um polinucleotídeo compreendendo, consistindo essencialmente em ou consistindo em uma seqüência conforme mostrado na Figura 2G, do resíduo de nucleotídeo número 56 até o resíduo de nucleotídeo número 427, incluindo o códon terminal em que T também pode ser U;
(IX) um polinucleotídeo compreendendo, consistindo essencialmente em ou consistindo em uma seqüência conforme mostrado na Figura 2H, do resíduo de nucleotídeo número 424 até o resíduo de nucleotídeo número 993, incluindo o códon terminal em que T também pode ser U;
(X) um polinucleotídeo que codifica uma proteína PSCArelacionada que é pelo menos 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 ou 100% homóloga a uma seqüência de aminoácidos inteira mostrada na Figura 2AH;
(XI) um polinucleotídeo que codifica uma proteína PSCArelacionada que é pelo menos 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 ou 100% idêntica a uma seqüência de aminoácidos inteira mostrada na Figura 2A-H;
(XII) polinucleotídeo que codifica pelo menos um peptídeo apresentado nas Tabelas VIII-XXI e XXII-XLIX;
(XIII) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123 que inclui pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Hidrofilicidade da Figura 5;
(XIV) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123 que inclui 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um
valor menor do que 0,5 no Perfil de hidropaticidade da Figura 6;
(XV) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123 que inclui 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil Percentual de Resíduos acessíveis da Figura 7;
(XVI) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123 que inclui 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8;
(XVII) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123 que inclui 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12,13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Beta-Volta da Figura 9;
(XVIII) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94 que inclui 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12,13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de hidrofilicidade da Figura 5;
(XIX) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23,
24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94 que inclui 1,2,3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25,
26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um 5 valor menor do que 0,5 no Perfil de hidropaticidade da Figura 6;
(XX) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10,11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94 que inclui 1, 2, 3, 10 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25,
26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil percentual de Resíduos acessíveis da Figura 7;
(XXI) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10,11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94 que inclui 1,2,3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8;
(XXII) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94 que inclui 1, 2, 25 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25,
26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Beta-Volta da Figura 9;
(XXIII) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 30 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo das Figuras 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189 que inclui 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22,
23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de hidrofilicidade da Figura 5;
(XXIV) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo das Figuras 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189 que inclui 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor menor do que 0,5 no Perfil de hidropaticidade da Figura 6;
(XXV) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo das Figuras 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189 que inclui 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil percentual de Resíduos acessíveis da Figura 7;
(XXVI) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo das Figuras 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189 que inclui 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8;
(XXVII) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo das Figuras 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189 que inclui 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Beta-Volta da Figura 9;
(XXVIII) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3D em qualquer aumento de número inteiro até 114 que inclui 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12,13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de hidrofilicidade da Figura 5;
(XXIX) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3D em qualquer aumento de número inteiro até 114 que inclui 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12,13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor menor do que 0,5 no Perfil de hidropaticidade da Figura 6;
(XXX) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3D em qualquer aumento de número inteiro até 114 que inclui 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12,13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil percentual de Resíduos acessíveis da Figura 7;
(XXXI) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3D em qualquer aumento de número inteiro até 114 que inclui 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12,13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8;
(XXXII) um polinucleotídeo que codifica uma região de peptídeo de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 aminoácidos de um peptídeo da Figura 3D em qualquer aumento de número inteiro até 114 que inclui 1,2,
3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12,13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Beta-Volta da Figura 9;
(XXXIII) um polinucleotídeo que é totalmente complementar a um polinucleotídeo de qualquer um de (l)-(XXXII).
(XXXIV) um peptídeo que é codificado por qualquer um de (I) a (XXXIII); e (XXXV) uma composição compreendendo um polinucleotídeo de qualquer um de (Ι)-(ΧΧΧΙII) ou peptídeo de (XXXIV) junto com um excipiente farmacêutico e/ou em uma forma de dose unitária humana;
(XXXVI) um método de uso de um polinucleotídeo de qualquer um de (l)-(XXXIII) ou peptídeo de (XXXIV) ou uma composição de (XXXV) em um método para modular uma célula que expressa PSCA,;
(XXXVII) um método de uso de um polinucleotídeo de qualquer um de (l)-(XXXIII) ou peptídeo de (XXXIV) ou uma composição de (XXXV) em um método para diagnosticar, realizar profilaxia, prognóstico ou tratar um indivíduo que traz uma célula que expressa PSCA;
(XXXVIII) um método de uso de um polinucleotídeo de qualquer um de (l)-(XXXIII) ou peptídeo de (XXXIV) ou uma composição de (XXXV) em um método para diagnosticar, realizar profilaxia, prognóstico ou tratar um indivíduo que traz uma célula que expressa PSCA, a referida célula de um câncer de um dos tecidos listados na Tabela I;
(XXXIX) um método de uso de um polinucleotídeo de qualquer um de (l)-(XXXIII) ou peptídeo de (XXXIV) ou uma composição de (XXXV) em um método para diagnosticar, realizar profilaxia, prognóstico ou tratar um câncer;
(XL) um método de uso de um polinucleotídeo de qualquer um de (l)-(XXXIII) ou peptídeo de (XXXIV) ou uma composição de (XXXV) em um método para diagnosticar, realizar profilaxia, prognóstico ou tratar um câncer de um dos tecidos listados na Tabela I; e (XLI) um método de uso de um polinucleotídeo de qualquer um de (l)-(XXXIII) ou peptídeo de (XXXIV) ou uma composição de (XXXV) em um método para identificar ou caracterizar um modulador de uma célula que expressa PSCA.;
Conforme usado aqui, compreende-se que uma faixa descreve especificamente todas as posições de unidades inteiras da mesma.
Modalidades típicas da invenção divulgada aqui incluem polinucleotídeos de PSCA que codificam porções específicas de seqüências de mRNA de PSCA (e aquelas as quais são complementares a tais seqüências) tais como aquelas que codificam as proteínas e/ou fragmentos das mesmas, por exemplo:
(a) 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105,
110, 115, 120 e 123 ou mais aminoácidos contínuos da variante 1 de PSCA;
os comprimentos máximos relevantes para outras variantes são: variante 3, aminoácidos; variante 4, 189 aminoácidos, variante 6, 114 aminoácidos, variante 19, 189 aminoácidos, variante 20, 189 aminoácidos, variante 21, 189 aminoácidos, variante 22, 189 aminoácidos, variante 24, 189 aminoácidos, variante 25, 189 aminoácidos, variante 26, 189 aminoácidos e variante 27, 189 aminoácidos.
Por exemplo, modalidades representativas da invenção divulgada aqui incluem: polinucleotídeos e seus peptídeos codificados em si que codificam de cerca do aminoácido 1 a cerca do aminoácido 10 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 10 a cerca do aminoácido 20 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 20 a cerca do aminoácido 30 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 30 a cerca do aminoácido 40 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 40 a cerca do aminoácido 50 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 50 a cerca do aminoácido 60 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 60 a cerca do aminoáci53 do 70 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 70 a cerca do aminoácido 80 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 80 a cerca do aminoácido 90 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 90 a cerca do aminoácido 100 da proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3 em aumentos de cerca de 10 aminoácidos terminando nos aminoácidos carboxila terminais apresentados na Figura 2 ou Figura 3. Conseqüentemente, polinucleotídeos que codificam porções de uma seqüência de aminoácidos (de cerca de 10 aminoácidos), do aminoácido 100 aos aminoácidos carboxila terminais da proteína de PSCA são modalidades da invenção. Deve ser compreendido que cada posição de aminoácido em particular descreve essa posição mais ou menos cinco resíduos de aminoácido.
Polinucleotídeos que codificam porções relativamente longas de uma proteína de PSCA também estão dentro do escopo da invenção. Por exemplo, polinucleotídeos que codificam de cerca do aminoácido 1 (ou 20 ou 30 ou 40, etc.) a cerca do aminoácido 20, (ou 30, ou 40 ou 50, etc.) da proteína de PSCA ou variante mostrada na Figura 2 ou Figura 3 podem ser gerados através uma variedade de métodos bem-conhecidos na técnica. Esses fragmentos de polinucleotídeo podem incluir qualquer porção da seqüência de PSCA, conforme mostrado na Figura 2.
Modalidades ilustrativas adicionais da invenção divulgada aqui incluem fragmentos de polinucleotídeos de PSCA que codificam um ou mais dos motivos biológicos contidos dentro de uma seqüência de proteína de PSCA ou variante, incluindo uma ou mais das subseqüências de uma proteína de PSCA ou variante trazendo motivo apresentadas nas Tabelas VIIIXXI e XXII-XLIX. Em outra modalidade, fragmentos de polinucleotídeo típicos da invenção codificam uma ou mais das regiões de proteína de PSCA ou variante que exibem homologia a uma molécula conhecida. Em outra modalidade da invenção, fragmentos de polinucleotídeo típicos podem codificar um ou mais dos sítios de N-glicosilação da proteína de PSCA ou varian54 te, sítios de fosforilação cAMP e cGMP-dependente da cinase de proteína, /22sítios de fosforilação de cinase II de casoína ou sítio de N-miristoilação e sítios de amidação.
Observe que para determinar a posição inicial de qualquer peptídeo apresentado nas Tabelas VIII-XXI e Tabelas XXII a XLIX (coletivamente Tabelas de Peptídeos de HLA) com relação à sua proteína original, por exemplo, variante 1, variante 2 etc., referência é feita a três fatores: a variante em particular, o comprimento do peptídeo na Tabela de Peptídeos de HLA e Os Peptídeos de Busca listados na Tabela VII. Geralmente, um único Peptídeo de Busca é usado para se obter peptídeos de HLA para uma variante em particular. A posição de cada Peptídeo de Busca com relação à sua respectiva molécula original é listada na Tabela VII. Conseqüentemente, se um Peptídeo de Busca começa na posição X, deve-se adicionar o valor X menos 1 a cada posição nas Tabelas VIII-XXI e Tabelas XXII-IL a fim de se obter a posição real dos peptídeos de HLA em sua molécula original. Por exemplo, se um Peptídeo de Busca em particular começa na posição 150 de sua molécula original, deve-se adicionar 150-1, isto é, 149 a cada posição de aminoácido do peptídeo de HLA para calcular a posição desse aminoácido na molécula original.
II.A.) Usos de um polinucleotídeo de PSCA
II.A.1.) Monitoramento de Anormalidades genéticas
Os polinucleotídeos dos parágrafos precedentes têm uma série de diferentes usos específicos. O gene de PSCA humano é mapeado pelo local cromossômico apresentado no Exemplo intitulado Mapeamento Cromossômico de PSCA. Por exemplo, em virtude do fato de o gene de PSCA mapear esse cromossoma, polinucleotídeos que codificam diferentes regiões das proteínas de PSCA são usados para caracterizar anormalidades citogenéticas desse local cromossômico, tais como anormalidades que são identificadas como estando associadas a vários cânceres. Em determinados genes, uma variedade de anormalidades cromossômicas, incluindo reestruturações, foi identificada como anormalidades citogenéticas freqüentes em uma série de diferentes cânceres (veja, por exemplo, Krajinovic et al., Mutat.
Res. 382 (3-4): 81-83 (1998); Johansson et al., Blood 86 (10): 3905-3914 (1995) e Finger et al., P.N.A.S. 85 (23): 9158-9162 (1988)). Assim, polinucleotídeos que codificam regiões específicas da proteínas de PSCA proporcionam novas ferramentas que podem ser usadas para delinear, com maior precisão do que anteriormente possível, anormalidades citogenéticas na região cromossômica que codifica PSCA que pode contribuir para o fenótipo maligno. Nesse contexto, esses polinucleotídeos satisfazem uma necessidade na técnica por expansão da sensitividade de seleção cromossômica de forma a identificar anormalidades cromossômicas mais sutis e menos comuns (veja, por exemplo, Evans et al., Am. J. Obstet. Gynecol 171 (4): 10551057(1994)).
Além disso, uma vez que foi mostrado que o PSCA é altamente expresso em câncer de próstata e outros, os polinucleotídeos de PSCA são usados em métodos para avaliar o estado de produtos do gene de PSCA em tecidos normais versus cancerígenos. Tipicamente, polinucleotídeos que codificam regiões específicas da proteínas de PSCA são usados para avaliar a presença de perturbações (tais como deleções, inserções, mutações por pontos ou alterações resultando em uma perda de um antígeno, etc.) em regiões específicas do gene de PSCA, tais como regiões contendo um ou mais motivos. Ensaios exemplificativos incluem ensaios de RT-PCR, bem como análise de polimorfismo de conformação em filamento simples (SSCP) (veja, por exemplo, Marrogi et al., J. Cutan. Pathol. 26 (8): 369-378 (1999), ambos os quais utilizam polinucleotídeos que codificam regiões específicas de uma proteína para examinar essas regiões dentro da proteína.
II.A.2.) Modalidades Anti-sentido
Outras modalidades da invenção divulgada aqui relacionadas a ácido nucléico especificamente consideradas são DNA genômico, cDNAs, ribozimas e moléculas anti-sentido, bem como moléculas de ácido nucléico baseadas em uma parte principal alternativa ou incluindo bases alternativas, quer derivadas de fontes naturais ou sintetizadas e incluem moléculas capazes de inibição da expressão de RNA ou proteína de PSCA. Por exemplo, moléculas anti-sentido podem ser RNAs ou outras moléculas, incluindo áci56 dos nucléicos de peptídeo (PNAs) ou ácidos nucléicos de não-molécula, tais como derivados de fosforotioato que se ligam especificamente ao DNA ou RNA de uma maneira par de base-dependente. Aqueles versados na técnica podem obter prontamente essas classes de moléculas de ácido nucléico usando os polinucleotídeos de PSCA e seqüências de polinucleotídeo divulgadas aqui.
A tecnologia anti-sentido requer a administração de oligonucleotídeos exógenos que se ligam a um polinucleotídeo alvo localizado dentro das células. O termo anti-sentido se refere ao fato de que tais oligonucleotídeos são complementares a seus alvos intracelulares, por exemplo, PSCA. Veja, por exemplo, Jack Cohen, Oligodeoxynucleotides, Antisense Inhibitors of Gene Expression, CRC Press, 1989; e Synthesis 1:1-5 (1988). Os oligonucleotídeos de PSCA anti-sentido da presente invenção incluem derivados, tais como S-oligonucleotídeos (derivados de fosforotioato ou S-oligos, veja Jack Cohen, supra), os quais exibem ação inibitória intensificada de desenvolvimento de células cancerígenas. S-oligos (fosforotioatos de nucleosídeo) são análogos isoeletrônicos de um oligonucleotídeo (O-oligo) nos quais um átomo de oxigênio não ligado em ponte do grupo fosfato é substituído por um átomo de enxofre. Os S-oligos da presente invenção podem ser preparados através de tratamento dos O-oligos correspondentes com 3H-1.2benzoditiol-3-ona-1,1-dióxido, o qual é um reagente de transferência de enxofre. Veja, por exemplo, Lyer, R. P. et al., J. Org. Chem. 55: 4693-4698 (1990); e lyer, R. P. et al., J. Am. Chem. Soc. 112: 1253-1254 (1990). Oligonucleotídeos de PSCA anti-sentido adicionais da presente invenção incluem oligonucleotídeos anti-sentido de morfolino conhecidos na técnica (veja, por exemplo, Partridge et al., 1996, Antisense & Nucleic Acid Drug Development 6: 169-175).
Os oligonucleotídeos de PSCA anti-sentido da presente invenção podem ser, tipicamente, RNA ou DNA que é complementar a e se hibridiza estavelmente aos primeiros 100 códons 5' ou aos últimos 100 códons 3' de uma seqüência genômica de PSCA ou ao mRNA correspondente. Complementaridade absoluta não é requerida, embora altos graus de comple57 mentaridade sejam preferidos. O uso de um oligonucleotídeo complementar a essa região permite a hibridização seletiva ao mRNA de PSCA e não ao mRNA especificando outras subunidades regulatórias da proteína cinase. Em uma modalidade, os oligonucleotídeos de PSCA anti-sentido da presente invenção têm fragmentos de uma molécula de DNA anti-sentido de 15 a 30 meros que tem uma seqüência que se hibridiza ao mRNA de PSCA. Opcionalmente, o oligonucleotídeo de PSCA anti-sentido é um oligonucleotídeo de 30 meros que é complementar a uma região nos primeiros 10 códons 5' ou últimos 10 códons 3' de PSCA. Alternativamente, as moléculas anti-sentido são modificadas para empregar ribozimas na inibição da expressão de PSCA, veja, por exemplo, L. A. Couture & D. T. Stinchcomb; Trends Genet 12: 510-515(1996).
II.A.3.) Iniciadores e Pares de iniciadores
Outras modalidades específicas desses nucleotídeos da invenção incluem iniciadores e pares de iniciadores, os quais permitem a amplificação específica de polinucleotídeos da invenção ou de qualquer parte específica dos mesmos e sondas que se hibridizam seletiva ou especificamente a uma molécula de ácido nucléico da invenção ou a qualquer parte da mesma. Sondas podem ser marcadas com um marcador detectável, tal como, por exemplo, o radioisótopo, composto fluorescente, composto bioluminescente, o composto quimioluminescente, quelador de metal ou enzima. Tais sondas e iniciadores são usados para detectar a presença de um polinucleotídeo de PSCA em uma amostra e como um meio para detectar uma célula que expressa uma proteína de PSCA.
Exemplos de tais sondas incluem polipeptídeos compreendendo toda ou parte da seqüência de cDNA de PSCA humana mostrada na Figura 2. Exemplos de pares de iniciadores capazes de amplificar especificamente mRNAs de PSCA são também descritos nos Exemplos. Conforme será compreendido por aqueles versados na técnica, muitos iniciadores e sondas diferentes podem ser preparados baseado nas seqüências proporcionadas aqui e usados eficazmente para amplificar e/ou detectar um mRNA de PSCA.
Os polinucleotídeos de PSCA da invenção são úteis para uma variedade de finalidades incluindo, mas não limitado a, seu uso como sondas e iniciadores para a amplificação e/ou detecção do(s) gene(s) de PSCA, mRNA(s) ou fragmentos dos mesmos; como reagentes para o diagnóstico e/ou prognóstico de câncer de próstata e outros cânceres; como seqüências de codificação capazes de direcionar a expressão de polipeptídeos de PSCA; como ferramentas para modulação ou inibição da expressão do(s) gene(s) de PSCA e/ou tradução do(s) transcrito(s) de PSCA; e como agente terapêuticos.
A presente invenção inclui o uso de qualquer sonda conforme descrito aqui para identificar e isolar uma seqüência de ácido nucléico de PSCA ou PSCA-relacionada a partir de uma fonte que ocorre naturalmente, tal como seres humanos ou outros mamíferos, bem como a seqüência de ácido nucléico isolada per se, a qual compreenderá toda ou a maioria das seqüências encontradas nas sonda usadas.
II.A.4.) Isolamento de Moléculas de Ácido Nucléico que Codificam PSCA
A seqüência de cDNA de PSCA conforme descrito aqui permite o isolamento de outros polinucleotídeos que codificam produto(s) do gene de PSCA, bem como o isolamento de polinucleotídeos que codificam homólogos do produto do gene de PSCA, alternativamente isoformas divididas, variantes alélicas e formas mutantes de um produto do gene de PSCA, bem como polinucleotídeos que codificam análogos de proteínas PSCArelacionadas. Vários métodos de clonagem molecular que podem ser empregados para isolar cDNAs de comprimento total que codificam um gene de PSCA são bem-conhecidos (veja, por exemplo, Sambrook, J. et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a edição, Cold Spring Harbor Press, New York, 1989; Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel et aL, Eds., Wiley e Sons, 1995). Por exemplo, metodologias de clonagem com o fago lambda podem ser convenientemente empregadas, usando sistemas de clonagem comercialmente disponíveis (por exemplo, Lambda ZAP Express, Stratagene). Clones de fago contendo cDNA do gene de PSCA podem ser identificados através sujeição à sonda com um cDNA de PSCA marcado ou um fragmento do mesmo. Por exemplo, em uma modalidade, um cDNA de PSCA (por exemplo, Figura 2) ou uma porção do mesmo pode ser sintetizado e usado como uma sonda para recuperar cDNAS de sobreposição e de comprimento correspondendo a um gene de PSCA. Um gene de PSCA em si pode ser isolado através seleção de bibliotecas genômicas de DNA, bibliotecas de cromossoma bacteriano artificial (BACs), bibliotecas de cromossoma de levedo artificial (YACs) e similares, com sondas ou iniciadores de DNA de PSCA.
II.A.5.) Moléculas de Ácido Nucléico Recombinantes e Sistemas de Hospedeiro-Vetor
A invenção também proporciona moléculas de DNA ou RNA recombinantes contendo um polinucleotídeo de PSCA, um fragmento, análogo ou homólogo do mesmo incluindo, mas não limitado a, fagos, plasmídios, fagemídios, cosmídios, YACs, BACs, bem como vários vetores virais e nãovirais bem-conhecidos na técnica e células transformadas ou transfectadas com tais moléculas de DNA ou RNA recombinantes. Métodos para a geração de tais moléculas são bem-conhecidos (veja, por exemplo, Sambrook et aL, 1989, supra).
A invenção ainda proporciona um sistema de hospedeiro-vetor compreendendo uma molécula de DNA recombinante contendo um polinucleotídeo de PSCA, fragmento, análogo ou homólogo do mesmo dentro de uma célula procariota ou eucariota adequada. Exemplos de células hospedeiras eucariotas adequadas incluem uma célula de levedo, uma célula vegetal ou uma célula de animal, tal como uma célula de mamífero ou uma célula de inseto (por exemplo, uma célula baculovírus-infectível, tal como uma célula Sf9 ou HighFive). Exemplos de células de mamífero adequadas incluem várias linhagens de células de câncer de próstata, tais como DU145 e TsuPrl, outras linhagens de células de câncer de próstata transfectáveis ou transduzíveis, células primárias (PrEC), bem como uma série de células de mamífero rotineiramente usadas para a expressão de proteínas recombinantes (por exemplo, células COS, CHO, 293, 293T). Mais particularmente, um polinucleotídeo compreendendo a seqüência de codificação de PSCA ou um fragmento, análogo ou homólogo do mesmo pode ser usado para gerar proteínas de PSCA ou fragmentos da mesma usando qualquer variedade de sistemas de hospedeiro-vetor rotineiramente usados e amplamente conhecidos na técnica.
Uma ampla faixa de sistemas de hospedeiro-vetor adequados para a expressão de proteínas de PSCA ou fragmentos da mesma está disponível, veja por exemplo, Sambrook et al., 1989, supra; Current Protocols in Molecular Biology, 1995, supra). Vetores preferidos para expressão em mamífero incluem, mas não estão limitados a, pcDNA 3.1 myc-His-tag (Invitro10 gen) e o vetor retroviral pSRatkneo (Muller et aL, 1991, MCB 11:1785). Usando esses vetores de expressão, o PSCA pode ser expresso em várias linhagens de células de câncer de próstata e não-próstata incluindo, por exemplo, 293, 293T, rat-1, NIH 3T3 e TsuPrl. Os sistemas de hospedeirovetor da invenção são úteis para a produção de uma proteína de PSCA ou 15 fragmento da mesma. Tais sistemas de hospedeiro-vetor podem ser empregados para estudar as propriedades funcionais do PSCA e mutações ou análogos de PSCA.
A proteína de PSCA humana recombinante ou um análogo ou homólogo ou fragmento da mesma pode ser produzido através células de 20 mamífero transfectadas com uma estrutura que codifica um nucleotídeo PSCA-relacionado. Por exemplo, células 293T podem ser transfectadas com um plasmídio de expressão que codifica o PSCA ou um fragmento, análogo ou homólogo do mesmo, uma proteína PSCA-relacionada é expressa nas células 293T e a proteína de PSCA recombinante é isolada usando métodos 25 padrão de purificação (por exemplo, purificação por afinidade usando anticorpos anti-PSCA). Em outra modalidade, uma sequência de codificação de PSCA é subclonada no vetor retroviral pSRaMSVtkneo e usada para infectar várias linhagens de células de mamífero, tais como NIH 3T3, TsuPrl, 293 e rat-1, de forma a estabelecer linhagens de células expressando PSCA. Vá30 rios outros sistemas de expressão bem-conhecidos na técnica também podem ser empregados. Estruturas de expressão que codificam um peptídeo líder unido em rede a uma seqüência de codificação de PSCA podem ser usadas para a geração de uma forma secretada de proteína de PSCA recombinante.
Conforme discutido aqui, a redundância no código genético permite variação em seqüências do gene de PSCA. Em particular, sabe-se na técnica que espécies hospedeiras específicas freqüentemente têm preferências de códon específicas e, assim, pode-se adaptar a seqüência divulgada como preferida para um hospedeiro desejado. Por exemplo, seqüências com códon análogo preferidas têm, tipicamente, códons raros (isto é, códons tendo uma freqüência de uso de menos do que cerca de 20% de seqüências conhecidas do hospedeiro desejado) substituídos por códons com maior freqüência. As preferências de códon para uma espécie específica são calculadas, por exemplo, através de utilização de Tabelas de uso de códon disponíveis na INTERNET, tal como na URL dna.affrc.go.jp/~nakamura/codon.html.
Modificações de seqüência adicionais são conhecidas por intensificar a expressão de proteína em um hospedeiro celular. Essas incluem a eliminação de seqüências que codificam sinais de poliadenilação prejudiciais, sinais de sítio de união de éxon/íntron, repetições semelhantes a transposon e/ou outras de tais seqüências bem-caracterizadas que são prejudiciais para a expressão do gene. O teor de GC de uma seqüência é ajustado para níveis médios para um determinado hospedeiro celular, conforme calculado através de referência a genes conhecidos expressos numa célula hospedeira. Onde possível, a seqüência é modificada para evitar estruturas de mRNA secundárias de grampo previstas. Outras modificações úteis incluem a adição de uma seqüência de consenso de início de tradução no início da rede de leitura aberta, conforme descrito em Kozak, Mol. Cell Biol., 9: 5073-5080 (1989). Aqueles versados na técnica compreenderão que a norma geral de que ribossomas eucariotas iniciam a tradução exclusivamente no códon AUG 5' proximal é deixada de lado somente sob condições raras (veja, por exemplo, Kozak PNAS 92 (7): 2662-2666, (1995) e Kozak NAR 15 (20): 8125-8148(1987)).
III.) Proteínas PSCA-relacionadas
Outro aspecto da presente invenção proporciona proteínas PS62
CA-relacionadas. Modalidades específicas de proteínas de PSCA compreendem um polipeptídeo tendo toda ou parte de uma seqüência de aminoácidos do PSCA humano, conforme mostrado na Figura 2 ou Figura 3. Alternativamente, modalidades de proteínas de PSCA compreendem polipeptídeos 5 variantes, homólogos ou análogos que têm alterações na seqüência de aminoácidos de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3.
Modalidades de um polipeptídeo de PSCA incluem: um polipeptídeo de PSCA tendo a seqüência mostrada na Figura 2, uma seqüência de peptídeos de PSCA conforme mostrado na Figura 2 em que T é U; pelo me10 nos 10 nucleotídeos contínuos de um polipeptídeo tendo a seqüência conforme mostrado na Figura 2; ou pelo menos 10 peptídeos contínuos de um polipeptídeo tendo a seqüência conforme mostrado na Figura 2 onde T é U. Por exemplo, modalidades de Peptídeos de PSCA compreendem, sem limitação:(l) uma proteína compreendendo, consistindo essencialmente em ou 15 consistindo em uma seqüência de aminoácidos conforme mostrado na Figura 2A-H ou Figura 3A-L;
(II) uma proteína PSCA-relacionada que é pelo menos 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 ou 100% homóloga a uma seqüência de aminoácidos inteira mostrada na Figura 2A-H ou 3A-L;
(III) uma proteína PSCA-relacionada que é pelo menos 90, 91,
92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 ou 100% idêntica a uma seqüência de aminoácidos inteira mostrada na Figura 2A-H ou 3A-L;
(IV) uma proteína que compreende pelo menos um peptídeo apresentado nas Tabelas VIII a XLIX, opcionalmente com a condição de que ela não seja uma proteína inteira da Figura 2;
(V) uma proteína que compreende pelo menos um peptídeo apresentado nas Tabelas VIII-XXI, coletivamente, peptídeo o qual é também apresentado nas Tabelas XXII a XLIX, coletivamente, opcionalmente com a condição de que ela não seja uma proteína inteira da Figura 2;
(VI) uma proteína que compreende pelo menos dois peptídeos selecionados dos peptídeos apresentados nas Tabelas VIII-XLIX, opcionalmente com a condição de que ela não seja uma proteína inteira da Figura 2;
(VII) uma proteína que compreende pelo menos dois peptídeos selecionados dos peptídeos apresentados nas Tabelas VIII a XLIX coletivamente, com a condição de que a proteína não seja uma seqüência contínua de uma seqüência de aminoácidos da Figura 2;
(VIII) uma proteína que compreende pelo menos um peptídeo selecionado dos peptídeos apresentados nas Tabelas VIII-XXI; e pelo menos um peptídeo selecionado dos peptídeos apresentados nas Tabelas XXII a XLIX, com a condição de que a proteína não seja uma seqüência contínua de uma seqüência de aminoácidos da Figura 2;
(IX) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9,
10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123, respectivamente, que inclui pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de hidrofilicidade da Figura 5;
(X) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10,
11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30,
31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor menor do que 0,5 no Perfil de hidropaticidade da Figura 6;
(XI) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil percentual de Resíduos acessíveis da Figura 7;
(XII) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8;
(XIII) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, aminoácidos da proteína da Figura 3A em qualquer aumento de número inteiro até 123, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Beta-Volta da Figura 9;
(XIV) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94, respectivamente, que inclui pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de hidrofilicidade da Figura 5;
(XV) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor menor do que 0,5 no Perfil de hidropaticidade da Figura 6;
(XVI) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9,
10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil percentual de Resíduos acessíveis da Figura 7;
(XVII) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20,
21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8;
(XVIII) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, aminoácidos da proteína da Figura 3B em qualquer aumento de número inteiro até 94, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,
22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31,32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Beta-Volta da Figura 9;
(XIX) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189, respectiva mente, que inclui pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de hidrofilicidade da Figura 5;
(XX) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17,
18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor menor do que 0,5 no Perfil de hidropaticidade da Figura 6;
(XXI) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17,
18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil percentual de Resíduos acessíveis da Figura 7;
(XXII) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17,
18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8;
(XXIII) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, aminoácidos da proteína da Figura 3C, 3E-3L em qualquer aumento de número inteiro até 189, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18,
19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Beta-Volta da Figura 9;
(XXIV) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29,
30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3D em qualquer aumento de número inteiro até 114, respectivamente, que inclui pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de hidrofilicidade da Figura 5;
(XXV) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3D em qualquer aumento de número inteiro até 114, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor menor do que 0,5 no Perfil de hidropaticidade da Figura 6;
(XXVI) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3D em qualquer aumento de número inteiro até 114, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil percentual de Resíduos acessíveis da Figura 7;
(XXVII) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 aminoácidos da proteína da Figura 3D em qualquer aumento de número inteiro até 114, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8;
(XXVIII) um polipeptídeo compreendendo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, aminoácidos da proteína da Figura 3D em qualquer au68 mento de número inteiro até 114, respectivamente, que inclui pelo menos pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 posição(ões) de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Beta-Volta da Figura 9;
(XXIX) um peptídeo que ocorre pelo menos duas vezes nas Tabelas VIII-XXI e XXII a XLIX, coletivamente;
(XXX) um peptídeo que ocorre pelo menos três vezes nas Tabelas VIII-XXI e XXII a XLIX, coletivamente;
(XXXI) um peptídeo que ocorre pelo menos quatro vezes nas Tabelas VIII-XXI e XXII a XLIX, coletivamente;
(XXXII) um peptídeo que ocorre pelo menos cinco vezes nas Tabelas VIII-XXI e XXII a XLIX, coletivamente;
(XXXIII) um peptídeo que ocorre pelo menos uma vez nas Tabelas VIII-XXI e pelo menos uma vez nas Tabelas XXII a XLIX;
(XXXIV) um peptídeo que ocorre pelo menos uma vez nas Tabelas VIII-XXI e pelo menos duas vezes nas Tabelas XXII a XLIX;
(XXXV) um peptídeo que ocorre pelo menos duas vezes nas Tabelas VIII-XXI e pelo menos uma vez nas Tabelas XXII a XLIX;
(XXXVI) um peptídeo que ocorre pelo menos duas vezes nas Tabelas VIII-XXI e pelo menos duas vezes nas Tabelas XXII a XLIX;
(XXXVII) um peptídeo o qual compreende um, dois, três, quatro ou cinco das seguintes características ou um oligonucleotídeo que codifica tal peptídeo:
i) uma região de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3 em qualquer aumento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor igual a ou maior do que 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9 ou tendo um valor igual a 1,0, no Perfil de hidrofilicidade da Figura 5;
ii) uma região de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3 em qualquer aumento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoáci- ó 'c/ v do tendo um valor igual a ou menor do que 0,5, 0,4, 0,3, 0,2, 0,1 ou tendo um valor igual a 0,0, no Perfil de hidropaticidade da Figura 6;
iii) uma região de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3 em qualquer aumento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor igual a ou maior do que 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9 ou tendo um valor igual a 1,0 no Perfil percentual de Resíduos acessíveis da Figura 7;
iv) uma região de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3 em qualquer aumento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor igual a ou maior do que 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9 ou tendo um valor igual a 1,0, no Perfil de Flexibilidade Média da Figura 8; ou,
v) uma região de pelo menos 5 aminoácidos de um peptídeo em particular da Figura 3 em qualquer aumento de número inteiro até o comprimento total dessa proteína na Figura 3, que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor igual a ou maior do que 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9 ou tendo um valor igual a 1,0, no Perfil de Beta-Volta da Figura 9;
(XXXVIII) uma composição compreendendo um peptídeo de (I)(XXXVII) ou um anticorpo ou região de ligação do mesmo junto com um excipiente farmacêutico e/ou em uma forma de dose unitária humana;
(XXXIX) um método de uso de um peptídeo de (l)-(XXXVII) ou um anticorpo ou região de ligação do mesmo ou uma composição de (XXXVIII) em um método para modular uma célula expressando PSCA;
(XL) um método de uso de um peptídeo de (l)-(XXXVII) ou um anticorpo ou região de ligação do mesmo ou uma composição de (XXXVIII) em um método para diagnosticar, realizar profilaxia, prognóstico ou tratar um indivíduo que traz uma célula expressando PSCA;
(XLI) um método de uso de um peptídeo de (l)-(XXXVII) ou um anticorpo ou região de ligação do mesmo ou uma composição (XXXVIII) em um método para diagnosticar, realizar profilaxia, prognóstico ou tratar um indivíduo que traz uma célula expressando PSCA, a referida célula de um câncer de um dos tecidos listados na Tabela I;
(XLII) um método de uso de um peptídeo de (l)-(XXXVII) ou um anticorpo ou região de ligação do mesmo ou uma composição de (XXXVIII) em um método para diagnosticar, realizar profilaxia, prognóstico ou tratar um câncer;
(XLIII) um método de uso de um peptídeo de (l)-(XXXVII) ou um anticorpo ou região de ligação do mesmo ou uma composição de (XXXVIII) em um método para diagnosticar, realizar profilaxia, prognóstico ou tratar um câncer de um dos tecidos listados na Tabela I; e (XLIV) um método de uso de um peptídeo de (l)-(XXXVII) ou um anticorpo ou região de ligação do mesmo ou uma composição (XXXVIII) em um método para identificar ou caracterizar um modulador de uma célula expressando PSCA.
Conforme usado aqui, uma faixa deve ser compreendida como divulgando especificamente todas as posições de unidade inteira da mesma.
Modalidades típicas da invenção divulgada aqui incluem polinucleotídeos de PSCA que codificam porções específicas de seqüências de mRNA de PSCA (e aquelas as quais são complementares a tais seqüências), tais como aquelas que codificam as proteínas e/ou fragmentos das mesmas, por exemplo:
(a) 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120 e 123 ou mais aminoácidos contínuos da variante 1 de PSCA; os comprimentos máximos relevantes para outras variantes são: variante 3, 94 aminoácidos; variante 4, 189 aminoácidos, variante 6, 114 aminoácidos, variante 19, 189 aminoácidos, variante 20, 189 aminoácidos, variante 21, 189 aminoácidos, variante 22, 189 aminoácidos, variante 24, 189 aminoácidos, variante 25, 189 aminoácidos, variante 26, 189 aminoácidos e variante 27,189 aminoácidos..
Em geral, variantes alélicas que ocorrem naturalmente de PSCA humano compartilham um alto grau de identidade e homologia estrutural (por exemplo, 90% ou mais de homologia). Tipicamente, variantes alélicas da proteína de PSCA contêm substituições conservativas de aminoácidos den71 tro da seqüência de PSCA, conforme descrito aqui, ou contêm uma substituição de um aminoácido de uma posição correspondente em um homólogo de PSCA. Uma classe de variantes alélicas de PSCA são proteínas que compartilham um alto grau de homologia com pelo menos uma pequena região 5 de uma seqüência de aminoácidos de PSCA em particular, mas ainda contém um desvio de radical da seqüência, tal como uma substituição nãoconservativa, truncamento, inserção ou desvio de rede. Em comparações de seqüências de proteína, os termos similaridade, identidade e homologia têm, cada um, um significado distinto, conforme apreciado no campo de genética.
Além disso, ortologia e paralogia podem ser importantes, uma vez que descrevem a relação entre membros de uma determinada família de proteína em um organismo com os membros da mesma família em outros organismos.
Abreviações de aminoácidos são proporcionadas na Tabela II.
Substituições conservativas de aminoácidos podem, freqüentemente, ser feitas em uma proteína sem alteração da conformação ou do funcionamento da proteína. As proteínas da invenção podem compreender 1,2,3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 substituições conservativas. Tais alterações incluem substituição de qualquer um de isoleucina (I), valina (V) e leucina (L) por qualquer outro desses aminoácidos hidrofóbicos; ácido aspártico (D) por ácido glutâmico (E) e vice-versa; glutamina (Q) por asparagina (N) e viceversa; e serina (S) por treonina (T) e vice-versa. Outras substituições também podem ser consideradas conservativas, dependendo do ambiente do aminoácido em particular e seu papel na estrutura tridimensional da proteí25 na. Por exemplo, glicina (G) e alanina (A) podem, freqüentemente, ser trocadas, assim como alanina (A) e valina (V). Metionina (M), a qual é relativamente hidrofóbica, pode, freqüentemente, ser trocada por leucina e isoleucina e, algumas vezes, por valina. Lisina (K) e arginina (R) são, freqüentemente, trocadas em locais nos quais a característica significativa do resíduo de 30 aminoácido é sua carga e diferentes pK's desses dois resíduos de aminoácido não são significativas. Ainda outras alterações podem ser consideradas conservativas em ambientes em particular (veja, por exemplo, Tabela III aqui; páginas 13-15 Biochemistry 2a ED. Lubert Stryer ed (Stanford University); Henikoff et al., PNAS 1992 VoL 89, 10915-10919; Lei et al„ J Biol Chem, 19 de Maio de 1995; 270(20): 11882-6).
As modalidades da invenção divulgadas aqui incluem uma ampla variedade de variantes ou análogos de proteínas de PSCA aceitos na técnica, tais como polipeptídeos tendo inserções, deleções e substituições de aminoácidos. Variantes de PSCA podem ser feitas usando métodos conhecidos na técnica, tais como mutagênese sítio-dirigida, exploração por alanina e mutagênese por PCR. Mutagênese sítio-dirigida (Carter et al., Nucl. Acids Res., 13: 4331 (1986); Zoller et al., Nucl. Acids Res., 10: 6487 (1987)), mutagênese em cassete (Wells et aL, Gene, 34: 315 (1985)), mutagênese de seleção por restrição (Wells et al., Philos. Trans. R. Soc. London SerA, 317: 415 (1986)) ou outras técnicas conhecidas podem ser realizadas sobre o DNA clonado para produzir o DNA da variante de PSCA.
Análise de aminoácidos por exploração também pode ser empregada para identificar um ou mais aminoácidos ao longo de uma seqüência contínua que está envolvida em uma atividade biológica específica, tal como uma interação proteína-proteína. Dentre os aminoácidos de exploração preferidos estão aminoácidos neutros, relativamente pequenos. Tais aminoácidos incluem alanina, glicina, serina e cisteína. Alanina é, tipicamente, um aminoácido para exploração preferido entre esse grupo, em virtude do fato de ela eliminar a cadeia lateral além do beta-carbono e ser menos provável de alterar a conformação da cadeia principal da variante. Alanina também é, tipicamente, preferida em virtude do fato de ela ser o aminoácido mais comum. Ainda, ela é freqüentemente encontrada em posições ocultas e expostas (Creighton, The Proteins, (W.H. Freeman & Co., N.Y.); Chothia, J. Mol. Biol., 150: 1 (1976)). Se substituição de alanina não proporciona quantidades adequadas de variante, um aminoácido isoestérico pode ser usado.
Conforme definido aqui, variantes, análogos ou homólogos de PSCA têm atributos distintos de terem pelo menos um epítopo que reage cruzadamente com uma proteína de PSCA tendo uma seqüência de aminoácidos da Figura 3. Conforme usado nessa sentença, reage cruzadamente significa que um anticorpo ou célula T que se liga especificamente a uma variante de PSCA também se liga especificamente a uma proteína de PSCA tendo uma seqüência de aminoácidos apresentada na Figura 3. Um polipeptídeo deixa de ser uma variante da proteína mostrada na Figura 3, quando ela não contém mais qualquer epítopo capaz de ser reconhecido por um anticorpo ou célula T que se liga especificamente à proteína de PSCA inicial. Aqueles versados na técnica compreenderão que anticorpos que reconhecem proteínas que se ligam a epítopos de tamanho variado e um agrupamento da ordem de cerca de quatro ou cinco aminoácidos, contínuos ou não, são considerados como um número típico de aminoácidos em um epítopo mínimo. Veja, por exemplo, Nair et al., J. Imunol 2000 165(12): 69496955; Hebbes et aL, Mol Imunol (1989) 26 (9): 865-73; Schwartz et al., J Imunol (1985) 135 (4): 2598-608.
Outras classes de variantes de proteína PSCA-relacionada compartilham 70%, 75%, 80%, 85% ou 90% ou mais similaridade com uma seqüência de aminoácidos da Figura 3, ou um fragmento da mesma. Outra classe específica de variantes ou análogos de proteína de PSCA compreende um ou mais dos motivos biológicos de PSCA descritos aqui ou atualmente conhecidos na técnica. Assim, abrangidos pela presente invenção estão análogos de fragmentos de PSCA (ácidos nucléicos ou aminoácidos) que têm propriedades funcionais alteradas (por exemplo, imunogênicas) com relação ao fragmento de iniciação. Será apreciado que os motivos aqui ou os quais se tornarão parte da técnica terão de ser aplicados às seqüências de ácido nucléico ou aminoácido da Figura 2 ou Figura 3.
Além disso, modalidades representativas da invenção divulgada aqui incluem polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 10 de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 10 a cerca do aminoácido 20 de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 20 a cerca do aminoácido 30 de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 30 a cerca do aminoácido 40 de uma proteína de PSCA mostra74 da na Figura 2 ou Figura 3, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 40 a cerca do aminoácido 50 de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 50 a cerca do aminoácido 60 de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 60 a cerca do aminoácido 70 de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 70 a cerca do aminoácido 80 de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 80 a cerca do aminoácido 90 de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 90 a cerca do aminoácido 100 de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, etc. através da totalidade de uma seqüência de aminoácidos de PSCA. Além disso, polipeptídeos consistindo em cerca do aminoácido 1 (ou 20 ou 30 ou 40 etc.) a cerca do aminoácido 20 (ou 130, ou 140 ou 150 etc.) de uma proteína de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3 são modalidades da invenção. Será apreciado que as posições de início e término nesse parágrafo se referem à posição especificada, bem como aquela posição mais ou menos 5 resíduos.
Proteínas PSCA-relacionadas são geradas usando tecnologia padrão de síntese de peptídeo ou usando métodos de divagem química bem-conhecidos na técnica. Alternativamente, métodos recombinantes podem ser usados para gerar moléculas de ácido nucléico que codificam uma proteína PSCA-relacionada. Em uma modalidade, moléculas de ácido nucléico proporcionam um meio para gerar fragmentos definidos de uma proteína de PSCA (ou variantes, homólogos ou análogos da mesma).
III.A.) Modalidades de Proteína Trazendo Motivo
Modalidades ilustrativas adicionais da invenção divulgada aqui incluem polipeptídeos de PSCA compreendendo os resíduos de aminoácido de um ou mais dos motivos biológicos contidos dentro de uma seqüência de polipeptídeo de PSCA apresentada na Figura 2 ou Figura 3. Vários motivos são conhecidos na técnica e uma proteína pode ser avaliada com relação à presença de tais motivos através de uma série de sites publicamente dispo75 níveis na Internet (veja, por exemplo, endereços de URL: pfam.wustl.edu/; searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/struc-predict.html; psort.ims.utokyo.ac.jp/; cbs.dtu.dk/; ebi.ac.uk/interpro/scan.html; expasy.ch/tools/scnpsitl.html; Epimatrix® e Epimer®, Brown University, brown.edu/Research/TB-HIV_Lab/epimatrix/epimatrix.html; e BIMAS, bimas.dcrt.nih.gov/.).
Subseqüências de todas as proteínas variantes de PSCA trazendo motivo são apresentadas e identificadas nas Tabelas VIII-XXI e XXIIXLIX.
A Tabela V apresenta vários motivos que ocorrem freqüentemente baseado em buscas pelo pfam (veja endereço de URL pfam.wustl.edu/). As colunas da Tabela V listam (1) abreviação do nome do motivo, (2) identidade percentual encontrada entre os diferentes membros da família do motivo, (3) nome ou descrição do motivo e (4) função mais comum; informação sobre localização é incluída se o motivo é relevante quanto à localização.
Polipeptídeos compreendendo um ou mais dos motives de PSCA discutidos acima são úteis no esclarecimento de características específicas de um fenótipo maligno em vista da observação de que os motivos de PSCA discutidos acima estão associados à desregulação do crescimento e em virtude do fato de o PSCA ser superexpresso em determinados cânceres (veja, por exemplo, Tabela I). A casína cinase II, cAMP e proteína cinase cAMP-dependente e proteína cinase C, por exemplo, são enzimas conhecidas por estarem associadas ao desenvolvimento do fenótipo maligno (veja, por exemplo, Chen et aL, Lab Invest, 78(2): 165-174 (1998); Gaiddon et al., Endocrinology 136 (10): 4331-4338 (1995); Hall et al., Nucleic Acids Research 24(6): 1119-1126 (1996); Peterziel et al., Oncogene 18(46): 6322-6329 (1999) e 0'Brian, Oncol. Rep. 5(2): 305-309 (1998)). Além disso, glicosilação e miristoilação são modificações de proteína também associadas ao câncer e progressão de câncer (veja, por exemplo, Dennis et al., Biochem. Biophys. Acta 1473(1):21-34 (1999); Raju et al., Exp. Cell Res. 235(1): 145-154 (1997)). A amidação é outra modificação de proteína também associada ao câncer e progressão de câncer (veja, por exemplo, Treston et al., J. NatL Câncer Inst. Monogr. (13): 169-175 (1992)).
Em outra modalidade, as proteínas da invenção compreendem um ou mais dos epítopos imunorreativos identificados de acordo com métodos aceitos na técnica, tais como os peptídeos apresentados nas Tabelas VIII-XXI e XXII-XLIX. Epítopos de CTL podem ser determinados usando algoritmos específicos para identificar peptídeos dentro de uma proteína de PSCA que são capazes de se ligar otimamente a alelos de HLA especificados (por exemplo, Tabela IV; Epimatrix® e Epimer®, Brown University, URL brown.edu/Research/TB-HIV_Lab/epimatrix/epimatrix.html; e BIMAS, URL bimas.dcrt.nih.gov/). Além disso, processos para a identificação de peptídeos que têm afinidade de ligação suficiente por moléculas de HLA e os quais são correlacionados por serem epítopos imunogênicos são bemconhecidos na técnica e são obtidos sem experimentação indevida, quer in vitro ou in vivo.
Também conhecidos na técnica são os princípios para criação de análogos de tais epítopos de forma a modular a imunogenicidade. Por exemplo, pode-se começar com um epítopo que traz um motivo de CTL ou HTL (veja, por exemplo, os motivos/supermotivos da classe I do HLA e da classe II do HLA da Tabela IV). O epítopo é análogo através de substituição de um aminoácido em uma das posições específicas e substituição do mesmo por outro aminoácido especificado para essa posição. Por exemplo, com base nos resíduos definidos na Tabela IV, pode-se substituir um resíduo prejudicial em favor de qualquer outro resíduo, tal como um resíduo preferido; substituir um resíduo menos preferido por um resíduo preferido; ou substituir um resíduo preferido que ocorre naturalmente por outro resíduo preferido. Substituições podem ocorrer nas posições âncora primárias ou em outras posições em um peptídeo; veja, por exemplo, Tabela IV.
Uma variedade de referências refletem a técnica com relação à identificação e geração de epítopos em uma proteína de interesse, bem como análogos da mesma. Veja, por exemplo, WO 97/33602 para Chesnut et al.; Sette, Immunogenetics 1999 50(3-4): 201-212; Sette et al., J. Immunol.
2001 166(2): 1389-1397; Sidney et al., Hum. Immunol. 1997 58(1): 12-20; Kondo et al., Immunogenetics 1997 45(4): 249-258; Sidney et al., J. Immunol. 1996 157(8): 3480-90; e Falk et al., Nature 351: 290-6 (1991); Hunt et al., Science 255:1261-3 (1992); Parker et al., J. Immunol. 149:3580-7 (1992); Parker et al., J. Immunol. 152:163-75 (1994)); Kast et al., 1994 152(8): 390412; Borras-Cuesta et aL, Hum. Immunol. 2000 61(3): 266-278; Alexander et al., J. Immunol. 2000 164(3); 164(3): 1625-1633; Alexander et aL, PMID: 7895164, UI: 95202582; 0'Sullivan et al., J. Immunol. 1991 147(8): 26632669; Alexander et al., Immunity 1994 1(9): 751-761 e Alexander et al., Immunol. Res. 1998 18(2): 79-92.
Modalidades relacionadas da invenção incluem polipeptídeos compreendendo combinações dos diferentes motivos apresentados na Tabela VI e/ou um ou mais dos epítopos de CTL previstos das Tabelas VIII-XXI e XXII-XLIX e/ou um ou mais dos epítopos de HTL previstos das Tabelas XLVI-XLIX e/ou um ou mais dos motivos de ligação de células T conhecidos na técnica. Modalidades preferidas não contêm inserções, deleções ou substituições dentro dos motivos ou dentro das seqüências intervenientes dos polipeptídeos. Além disso, modalidades as quais incluem uma série de resíduos de aminoácidos N-terminais e/ou C-terminais sobre qualquer lado desses motivos podem ser desejáveis (por exemplo, para incluir uma porção maior da arquitetura do polipeptídeo no qual o motivo está localizado). Tipicamente, o número de resíduos de aminoácidos N-terminais e/ou Cterminais sobre qualquer lado de um motivo está entre cerca de 1 a cerca de 100 resíduos de aminoácido, de preferência 5 a cerca de 50 resíduos de aminoácidos.
Proteínas PSCA-relacionadas são concretizadas de muitas formas, de preferência na forma isolada. A molécula de proteína de PSCA purificada será substancialmente isenta de outras proteínas ou moléculas que prejudicam a ligação de PSCA ao anticorpo, célula T ou outro ligante. A natureza e o grau de isolamento e purificação dependerão do uso pretendido. Modalidades de proteínas PSCA-relacionadas incluem proteínas PSCArelacionadas purificadas e proteínas PSCA-relacionadas solúveis funcionais.
Em uma modalidade, uma proteína de PSCA solúvel funcional ou fragmento da mesma retém a capacidade de se ligar a um anticorpo, célula T ou outro ligante.
A invenção também proporciona proteínas de PSCA compreendendo fragmentos biologicamente ativos de uma seqüência de aminoácidos de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3. Tais proteínas exibem propriedades da proteína de PSCA de iniciação, tal como a capacidade de estimular a geração de anticorpos que se ligam especificamente a um epítopo associado à proteína de PSCA de iniciação; de se ligar especificamente a tais anticorpos; para estimular a ativação de HTL ou CTL; e/ou ser reconhecida por HTL ou CTL que também se ligam especificamente à proteína de iniciação.
Polipeptídeos PSCA-relacionados que contêm estruturas particularmente interessantes podem ser previstos e/ou identificados usando vários métodos analíticos bem-conhecidos na técnica incluindo, por exemplo, os métodos de análise de Chou-Fasman, Garnier-Robson, Kyte-Doolittle, Eisenberg, Karplus-Schultz ou Jameson-Wolf ou baseado na imunogenicidade. Fragmentos que contêm tais estruturas são particularmente úteis na geração de anticorpos anti-PSCA subunidade-específicos ou células T ou na identificação de fatores celulares que se ligam ao PSCA. Por exemplo, perfis de hidrofilicidade podem ser gerados e fragmentos de peptídeo imunogênico identificados usando o método de Hopp, T.P. e Woods, K.R., 1981, Proc. NatL Acad. Sei. U.S.A. 78: 3824-3828. Perfis de hidropaticidade podem ser gerados e fragmentos de peptídeo imunogênico identificados usando o método de Kyte, J. e Doolittle, R.F., 1982, J. Mol. BioL 157: 105-132. Perfis de Resíduos Percentuais (%) Acessíveis podem ser gerados e fragmentos de peptídeo imunogênico identificados usando o método de Janin J., 1979, Nature 277: 491-492. Perfis de Flexibilidade Média podem ser gerados e fragmentos de peptídeo imunogênico identificados usando o método de Bhaskaran R., Ponnuswamy P.K., 1988, Int. J. Pept. Protein Res. 32: 242-255. Perfis de Beta-volta podem ser gerados e fragmentos de peptídeo imunogênico identificados usando o método de Deleage, G., Roux B., 1987, Protein Engi79 neering 1: 289-294.
Epítopos de CTL podem ser determinados usando algoritmos específicos para identificar peptídeos dentro da proteína de PSCA que são capazes de se ligar otimamente a alelos de HLA especificados (por exemplo, através de uso do sítio SYFPEITHI na URL da World Wide Web syfpeithi.bmi-heidelberg.com/; as listagens na Tabela IV(A)-(E); Epimatrix® e Epimer®, Brown University, URL (brown.edu/Research/TBHIV_Lab/epimatrix/epimatrix.html); e BIMAS, URL bimas.dcrt.nih.gov/). Para ilustrar isso, epítopos de peptídeo de PSCA que são apresentados no contexto de moléculas da Classe I do MHC humano, por exemplo, HLA-A1, A2, A3, A11, A24, B7 e B35 foram previstas (veja, por exemplo, Tabelas VIIIXXI, XXII-XLIX). Especificamente, a seqüência de aminoácidos completa da proteína de PSCA e porções relevantes de outras variantes, isto é, 9 resíduos de flanqueamento para previsões da Classe I do HLA sobre qualquer lado de uma mutação por pontos ou junção de éxon e para previsões de HLA da Classe II, 14 resíduos de flanqueamento sobre qualquer lado de uma mutação por pontos ou junção de éxon correspondendo a essa variante, foram colocados no algoritmo de Busca por Motivo de Peptídeos de HLA encontrado no web site Bioinformatics and Molecular Analysis Section (BIMAS) listado acima; além do site SYFPEITHI, na URL syfpeithi.bmiheidelberg.com/.
O algoritmo de busca de motivo de peptídeo de HLA foi desenvolvido pelo Dr. Ken Parker baseado na ligação de seqüências peptídicas específicas na ranhura de moléculas de HLA da Classe I, em particular HLAA2 (veja, por exemplo, Falk et al., Nature 351: 290-6 (1991); Hunt et al., Science 255: 1261-3 (1992); Parker et al., J. Imunol. 149: 3580-7 (1992); Parker et al., J. Imunol. 152: 163-75 (1994)). Esse algoritmo permite a localização e classificação de peptídeos de 8 meros, 9 meros e 10 meros a partir de uma seqüência de proteína completa para a ligação prevista ao HLA-A2, bem como numerosas outras moléculas de HLA da Classe I. Muitos peptídeos de ligação de HLA da classe I têm 8, 9, 10 ou 11 meros. Por exemplo, para HLA-A2 da Classe I, os epítopos contêm, de preferência, uma leucina (L) ou /ti 'y metionina (M) na posição 2 e uma valina (V) ou leucina (L) no C-término (veja, por exemplo, Parker et aL, J. ImunoL 149: 3580-7 (1992)). Os resultados selecionados de peptídeos de ligação prevista ao PSCA são mostrados nas Tabelas VIII-XXI e XXII-XLIX aqui. Nas Tabelas VIII-XXI e XXII-XLVII, candidatos selecionados, de 9 meros e 10 meros, para cada membro da família são mostrados junto com sua localização, a seqüência de aminoácidos de cada peptídeo específico e um escore de ligação estimado. Nas Tabelas XLVI-XLIX, candidatos selecionados, de 15 meros, para cada membro da família são mostrados junto com sua localização, a seqüência de aminoácidos de cada peptídeo específico e um escore de ligação estimado. O escore de ligação corresponde ao tempo médio estimado de dissociação de complexos contendo o peptídeo a 37°C em um pH de 6,5. Peptídeos com o maior escore de ligação são previstos como estando mais hermeticamente ligados à Classe I de HLA sobre a superfície celular durante o maior período de tempo e, assim, representam os melhores alvos imunogênicos para reconhecimento de células T.
A ligação real de peptídeos a um alelo de HLA pode ser avaliada através de estabilização da expressão de HLA sobre a linhagem de células T2 defectiva processando o antígeno (veja, por exemplo, Xue et aL, Prostate 30: 73-8 (1997) e Peshwa et aL, Prostate 36: 129-38 (1998)). A imunogenicidade de peptídeos específicos pode ser avaliada in vitro através de estimulação de linfócitos T citotóxicos CD8+ (CTL) na presença de células que apresentam antígeno, tais como células dendríticas.
Será apreciado que cada epítopo previsto pelo site BIMAS, sites Epimer® e Epimatrix® ou especificado pelos motivos da classe I ou da classe II do HLA disponíveis na técnica ou os quais se tornarão parte da técnica, tal como apresentado na Tabela IV (ou determinado usando o site da World Wide Web na URL syfpeithi.bmi-heidelberg.com/ ou BIMAS, bimas.dcrt.nih.gov/) tem de ser aplicado a uma proteína de PSCA de acordo com a invenção. Conforme usado nesse contexto, aplicado significa que uma proteína de PSCA é avaliada, por exemplo, visualmente ou através de métodos de busca por padrão baseados em computador, conforme será a81 preciado por aqueles versados na técnica relevante. Cada subseqüência de uma proteína de PSCA de 8, 9, 10 ou 11 resíduos de aminoácido que traz um motivo da classe I do HLA ou uma subseqüência de 9 ou mais resíduos de aminoácido que traz um motivo da classe II do HLA estão dentro do escopo da invenção.
III.B.) Expressão de Proteínas PSCA-relacionadas
Em uma modalidade descrita nos exemplos que seguem, PSCA pode ser convenientemente expresso em células (tais como células 293T) transfectadas com um vetor de expressão comercialmente disponível, tal como o vetor de expressão CMV-acionado que codifica o PSCA com um marcador 6XHis e MYC C-terminal (pcDNA3.1/mycHIS, Invitrogen ou Tag5, GenHunter Corporation, Nashville TN). O vetor Tag5 proporciona um sinal de secreção de IgGK que pode ser usado para facilitar a produção de uma proteína de PSCA secretada em células transfectadas. O PSCA HISmarcado secretado nos meios de cultura pode ser purificado, por exemplo, usando uma coluna de níquel utilizando técnicas padrão.
III.C.) Modificações de Proteínas-relacionadas
Modificações de proteínas PSCA-relacionadas, tais como modificações covalentes, estão incluídas dentro do escopo da presente invenção. Um tipo de modificação covalente inclui reação de resíduos de aminoácido objetivados de um polipeptídeo de PSCA com um agente de derivatização orgânico que é capaz de reagir com cadeias laterais selecionadas ou os resíduos N- ou C-terminais de uma proteína de PSCA. Outro tipo de modificação covalente de um polipeptídeo de PSCA incluído dentro do escopo da presente invenção compreende alteração do padrão de glicosilação nativo de uma proteína da invenção. Outro tipo de modificação covalente de PSCA compreende ligação de um polipeptídeo de PSCA a um de uma variedade de polímeros não proteináceos, por exemplo, polietileno glicol (PEG), polipropileno glicol ou polioxialquilenos, da maneira apresentada nas Patentes U.S. Nos. 4.640.835; 4.496.689; 4.301.144; 4.670.417; 4.791.192 ou 4.179.337.
As proteínas PSCA-relacionadas da presente invenção também
podem ser modificadas para formar uma molécula quimérica compreendendo PSCA fundido a outro polipeptídeo ou seqüência de aminoácido heteróloga. Tal molécula quimérica pode ser sintetizada química ou recombinantemente. Uma molécula quimérica pode ter uma proteína da invenção fundida a outro antígeno tumor-associado ou fragmento do mesmo. Alternativamente, uma proteína de acordo com a invenção pode compreender uma fusão de fragmentos de uma seqüência de PSCA (aminoácido ou ácido nucléico) de modo que é criada uma molécula que não é, através de seu comprimento, diretamente homóloga às seqüências de aminoácido ou ácido nucléico mostradas na Figura 2 ou Figura 3. Tal molécula quimérica pode compreender múltiplos da mesma subseqüência de PSCA. Uma molécula quimérica pode compreender uma fusão de uma proteína PSCA-relacionada com um marcador de epítopo de poli-histidina, a qual proporciona um epítopo ao qual níquel imobilizado pode se ligar seletivamente, com citocinas ou com fatores do crescimento. O marcador de epítopo é geralmente colocada no amino- ou carboxila-término de uma proteína de PSCA. Em uma modalidade alternativa, a molécula quimérica pode compreender uma fusão de uma proteína de PSCA com uma imunoglobulina ou uma região de uma imunoglobulina em particular. Para a forma bivalente da molécula quimérica (também referida como uma imunoadesina), tal fusão podería ser na região Fc de uma molécula de IgG. As fusões de Ig incluem, de preferência, a substituição de uma forma solúvel (domínio transmembrana deletado ou inativado) de um polipeptídeo de PSCA em lugar de pelo menos uma região variável dentro de uma molécula de Ig. Em uma modalidade preferida, a fusão de imunoglobulina inclui as regiões de dobradiça, CH2 e CH3 ou de dobradiça, CH1, CH2 e CH3 de uma molécula de IgGL Para a produção de fusões de imunoglobulina veja, por exemplo, Patente U.S. N° 5.428.130, emitida em 27 de Junho de 1995.
III.D.) Usos de Proteínas PSCA-relacionadas
As proteínas da invenção têm uma série de diferentes usos específicos. Uma vez que o PSCA é altamente expresso em câncer de próstata e outros, proteínas PSCA-relacionadas são usadas em métodos que ava83
liam o estado de produtos do gene de PSCA em tecidos normais versus cancerígenos, desse modo, elucidando o fenótipo maligno. Tipicamente, polipeptídeos de regiões específicas de uma proteína de PSCA são usados para avaliar a presença de perturbações (tais como deleções, inserções, mutações por pontos, etc.) nessas regiões (tais como regiões contendo um ou mais motivos). Ensaios exemplificativos utilizam anticorpos ou células T objetivando proteínas PSCA-relacionadas compreendendo os resíduos de aminoácido de um ou mais dos motivos biológicos contidos dentro de uma seqüência de polipeptídeo de PSCA de forma a avaliar as características dessa região em tecidos normais versus cancerígenos ou estimular uma resposta imune ao epítopo. Alternativamente, proteínas PSCA-relacionadas que contêm os resíduos de aminoácido de um ou mais dos motivos biológicos em uma proteína de PSCA são usadas para selecionar fatores que interagem com essa região do PSCA.
Fragmentos/subseqüências de proteína de PSCA são particularmente úteis na geração e caracterização de anticorpos domínioespecíficos (por exemplo, anticorpos que reconhecem um epítopo extracelular ou intracelular de uma proteína de PSCA), para a identificação de agentes ou fatores celulares que se ligam ao PSCA ou um domínio estrutural em particular do mesmo e em vários contextos terapêuticos e diagnósticos incluindo, mas não limitado, a ensaios diagnósticos, vacinas contra o câncer e métodos de preparo de tais vacinas.
As proteínas codificadas pelos genes de PSCA ou por análogos, homólogos ou fragmentos dos mesmos, têm uma variedade de usos incluindo, mas não limitado a, geração de anticorpos e em constituintes que se ligam a um produto do gene de PSCA. Anticorpos estimulados contra uma proteína de PSCA ou fragmento da mesma são úteis em ensaios diagnósticos e prognósticos e metodologias de formação de imagem no gerenciamento de cânceres humanos caracterizados pela expressão da proteína de PSCA, tais como aqueles listados na Tabela I. Tais anticorpos podem ser expressos intracelularmente e usados em métodos de tratamento de pacientes com tais cânceres. Ácidos nucléicos ou proteínas PSCA-relacionadas tam84 bém são usados na geração de respostas de HLT ou CTL.
Vários ensaios imunológicos úteis para a detecção de proteínas de PSCA são usados incluindo, mas não limitado, a vários tipos de rádioimunoensaios, ensaios imunoabsorventes enzima-ligados (ELISA), ensaios imunofluorescentes enzima-ligados (ELIFA), métodos imunocitoquímicos e similares. Anticorpos podem ser marcados e usados como reagentes de formação de imagem imunológica capazes de detecção de células que expressam PSCA (por exemplo, em métodos de formação de imagem radiocintigráfica). Proteínas de PSCA também são particularmente úteis na geração de vacinas contra o câncer, conforme ainda descrito aqui.
IV.) Anticorpos ao PSCA
Outro aspecto da invenção proporciona anticorpos que se ligam às proteínas PSCA-relacionadas. Anticorpos preferidos se ligam especificamente a uma proteína PSCA-relacionada e não se ligam (ou se ligam fracamente) a peptídeos ou proteínas que não são proteínas PSCA-relacionadas sob condições fisiológicas. Nesse contexto, exemplos de condições fisiológicas incluem: 1)solução salina tamponada com fosfato; 2) solução salina Tristamponada contendo Tris a 25 mM e NaCI a 150 mM; ou solução salina normal (NaCI a 0,9%); 4) soro animal, tal como soro humano; ou 5) uma combinação de qualquer um de 1) a 4); essas reações ocorrendo, de preferência, em um pH de 7,5, alternativamente em uma faixa de pH de 7,0 a 8,0 ou, alternativamente, na faixa de pH de 6,5 a 8,5; também, essas reações ocorrem em uma temperatura entre 4 °C a 37 °C. Por exemplo, anticorpos que se ligam ao PSCA podem se ligar a proteínas PSCA-relacionadas, tais como homólogos ou análogos dos mesmos.
Anticorpos ao PSCA da invenção são particularmente úteis em ensaios diagnósticos e prognósticos do câncer (veja, por exemplo, Tabela I) e em metodologias de formação de imagem. Similarmente, tais anticorpos são úteis no tratamento, diagnóstico e/ou prognóstico de outros cânceres, até o ponto em que o PSCA também é expresso ou superexpresso nesses outros cânceres. Além disso, anticorpos intracelularmente expressos (por exemplo, anticorpos com cadeia simples) são terapeuticamente úteis no tra85 tamento de cânceres nos quais a expressão de PSCA está envolvida, tal como cânceres de próstata avançados ou metastáticos.
A invenção também proporciona vários ensaios imunológicos úteis para a detecção e quantificação de PSCA e proteínas PSCArelacionadas mutantes. Tais ensaios podem compreender um ou mais anticorpos ao PSCA capazes de reconhecimento e ligação a uma proteína PSCA-relacionada, conforme apropriado. Esses ensaios são realizados dentro de vários formatos de ensaio imunológico bem-conhecidos na técnica incluindo, mas não limitado, a vários tipos de rádio-imunoensaios, ensaios imunoabsorventes enzima-ligados (ELISA), ensaios imunofluorescentes enzimaligados (ELIFA) e similares.
Ensaios imunológicos com não-anticorpo da invenção também compreendem ensaios de imunogenicidade de células T (inibitórios ou estimulatórios), bem como ensaios de ligação ao principal complexo de histocompatibilidade (MHC).
Além disso, métodos de formação de imagem imunológica capazes de detectar câncer de próstata e outros cânceres expressando PSCA também são proporcionados pela invenção incluindo, mas não limitado, a métodos de formação de imagem radiocintigráfica usando anticorpos marcados ao PSCA. Tais ensaios são clinicamente úteis na detecção, monitoramento e prognóstico de cânceres expressando PSCA, tal como câncer de próstata.
Anticorpos ao PSCA também são usados em métodos para a purificação de uma proteína PSCA-relacionada e para isolamento de homólogos de PSCA e moléculas relacionadas. Por exemplo, um método de purificação de uma proteína PSCA-relacionada compreende incubação de um anticorpo ao PSCA, o qual tenha sido acoplado a uma matriz sólida, com um lisato ou outra solução contendo uma proteína PSCA-relacionada sob condições que permitem que o anticorpo ao PSCA se ligue à proteína PSCArelacionada; lavagem da matriz sólida para eliminar impurezas; e eluição da proteína PSCA-relacionada do anticorpo acoplado. Outros usos de anticorpos ao PSCA de acordo com a invenção incluem geração de anticorpos anti86 idiotípicos que imitam uma proteína de PSCA.
Vários métodos para o preparo de anticorpos são bemconhecidos na técnica. Por exemplo, anticorpos podem ser preparados através de imunização de um hospedeiro mamífero adequado usando uma proteína PSCA-relacionada, peptídeo ou fragmento, na forma isolada ou conjugada (Antibodies: A Laboratory Manual, CSH Press, Eds., Harlow, e Lane (1988); Harlow, Antibodies, Cold Spring Harbor Press, NY (1989)). Além disso, proteínas de fusão de PSCA também podem ser usadas, tal como uma proteína de fusão de PSCA-GST. Em uma modalidade em particular, uma proteína de fusão GST compreendendo toda ou a maior parte da seqüência de aminoácidos da Figura 2 ou Figura 3 é produzida, então, usada como um imunógeno para gerar anticorpos apropriados. Em outra modalidade, uma proteína PSCA-relacionada é sintetizada e usada como um imunógeno.
Além disso, métodos de imunização com DNA nu conhecidos na técnica são usados (com ou sem proteína PSCA-relacionada purificada ou células expressando PSCA) para gerar uma resposta imune ao imunógeno codificado (para revisão veja Donnelly et al., 1997, Ann. Rev. Immunol. 15: 617-648).
A seqüência de aminoácidos de uma proteína de PSCA, conforme mostrado na Figura 2 ou Figura 3, pode ser analisada para selecionar regiões específicas da proteína de PSCA para geração de anticorpos. Por exemplo, análises de hidrofobicidade e hidrofilicidade de uma seqüência de aminoácidos de PSCA são usadas para identificar regiões hidrofílicas na estrutura do PSCA. Regiões de uma proteína de PSCA que mostram estrutura imunogênica, bem como outras regiões e domínios, podem ser prontamente identificados usando vários métodos conhecidos na técnica, tais como análises de Chou-Fasman, Garnier-Robson, Kyte-Doolittle, Eisenberg, Karplus-Schultz ou Jameson-Wolf. Perfis de hidrofilicidade podem ser gerados usando o método de Hopp, T.P. e Woods, K.R., 1981, Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 78: 3824-3828. Perfis de hidropaticidade podem ser gerados usando o método de Kyte, J. e Doolittle, R.F., 1982, J. Mol. Biol. 157: 105-132. Perfis de Resíduos Acessíveis Percentuais (%) podem ser gerados usando o mé87 todo de Janin J., 1979, Nature 277: 491-492. Perfis de Flexibilidade Média podem ser gerados usando os métodos de Bhaskaran R., Ponnuswamy P.K., 1988, Int. J. Pept. Protein Res. 32: 242-255. Perfis de Beta-volta podem ser gerados usando o método de Deleage, G., Roux B., 1987, Protein 5 Engineering 1: 289-294. Assim, cada região identificada por qualquer um desses programas ou métodos está dentro do escopo da presente invenção. Métodos para a geração de anticorpos ao PSCA são ainda ilustrados por meio dos exemplos proporcionados aqui. Métodos para o preparo de uma proteína ou polipeptídeo para uso como um imunógeno são bem-conhecidos 10 na técnica. Também bem-conhecidos na técnica são métodos para o preparo de conjugados imunogênicos de uma proteína com uma proteína de câncer, tal como BSA, KLH ou outra proteína veículo. Em alguns casos, conjugação direta usando, por exemplo, reagentes de carbodiimida, é usada; em outros casos, reagentes de ligação, tais como aqueles fornecidos pela Pier15 ce Chemical Co., Rockford, IL, são eficazes. A administração de um imunógeno de PSCA é, freqüentemente, conduzida através de injeção durante um período de tempo adequado e com o uso de um adjuvante adequado, conforme é compreendido na técnica. Durante o esquema de imunização, as titulações de anticorpos podem ser tomadas para determinar a adequabili20 dade da formação de anticorpos.
Anticorpos monoclonais ao PSCA podem ser produzidos através de vários meios bem-conhecidos na técnica. Por exemplo, linhagens de células imortalizadas que secretam um anticorpo monoclonal desejado são preparadas usando a tecnologia padrão de hibridoma de Kohler e Milstein ou 25 modificações que imortalizam células B que produzem anticorpos, conforme é geralmente conhecido. Linhagens de células imortalizadas que secretam os anticorpos desejados são selecionadas através de imunoensaio no qual o antígeno é uma proteína PSCA-relacionada. Quando a cultura de células imortalizadas apropriadas é identificada, as células podem ser expandidas e 30 anticorpos produzidos a partir de culturas in vitro ou de fluido de ascites.
Os anticorpos ou fragmentos da invenção também podem ser produzidos através de meios recombinantes. Regiões que se ligam especifi88
camente às regiões desejadas de uma proteína de PSCA também podem ser produzidas no contexto de anticorpos quiméricos ou enxertados com uma região de determinação de complementaridade (CDR) originários de múltiplas espécies. Anticorpos de PSCA humanizados ou humanos também podem ser produzidos e são preferidos para uso em contextos terapêuticos. Métodos para a humanização de anticorpos de murino e outros não humanos através de substituição de uma ou mais das CDRs do anticorpo não humano por seqüências de anticorpo humano correspondentes são bemconhecidos (veja, por exemplo, Jones et al., 1986, Nature 321: 522-525; Riechmann et aL, 1988, Nature 332: 323-327; Verhoeyen et al., 1988, Science 239: 1534-1536). Veja também Carter et al., 1993, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 89: 4285 e Sims et al., 1993, J. Immunol. 151: 2296.
Métodos para a produção de anticorpos monoclonais totalmente humanos incluem métodos transgênicos e de visualização de fago (para revisão veja Vaughan et al., 1998, Nature Biotechnology 16: 535-539). Anticorpos monoclonais ao PSCA totalmente humanos podem ser gerados usando tecnologias de clonagem empregando grandes bibliotecas combinatoriais de gene de Ig humana (isto é, visualização de fago) (Griffiths e Hoogenboom, Building an in vitro immune system: human antibodies from phage display libraries. Em: Protein Engineering of Antibody Molecules for Prophylactic e Therapeutic Applications in Man, Clark, M. (Ed.), Nottingham Academic, páginas 45-64 (1993); Burton e Barbas, Human Antibodies from combinatorial libraries. jd., páginas 65-82). Anticorpos monoclonais totalmente humanos também podem ser produzidos usando camundongos transgênicos manipulados para conter o local do gene da imunoglobulina humana, conforme descrito no Pedido de Patente PCT WO98/24893, Kucherlapati e Jakobovits et al., publicado em 3 de Dezembro de 1997 (veja também Jakobovits, 1998, Exp. Opin. Invest. Drugs 7(4): 607-614; Patentes U.S. 6.162.963 emitida em 19 de Dezembro de 2000; 6.150.584 emitida em 12 de Novembro de 2000; e 6.114.598 emitida em 5 de Setembro de 2000). Esse método evita a manipulação in vitro requerida com a tecnologia de visualização de fago e produz eficazmente anticorpos humanos autênticos com elevada afinidade.
/ -ί i V/6Α reatividade de anticorpos ao PSCA com uma proteína PSCArelacionada pode ser estabelecida através de uma série de meios bemconhecidos, incluindo análises por Western blot, imunoprecipitação, ELISA e FACS usando, conforme apropriado, proteínas PSCA-relacionadas, células 5 expressando PSCA ou extratos das mesmas. Um anticorpo ao PSCA ou fragmento do mesmo pode ser marcado com um marcador detectável ou conjugado a uma segunda molécula. Marcadores detectáveis adequados incluem, mas não estão limitados, a um radioisótopo, um composto fluorescente, um composto bioluminescente, um composto quimioluminescente, um 10 quelador de metal ou uma enzima. Ainda, anticorpos biespecíficos para dois ou mais epítopos de PSCA são gerados usando métodos geralmente conhecidos na técnica. Anticorpos homodiméricos também podem ser gerados através de técnicas de reticulação conhecidas na técnica (por exemplo, Wolff et al., Câncer Res. 53: 2560-2565).
V.) Respostas Imunes Celulares ao PSCA
O mecanismo através do qual as células T reconhecem antígenos foi delineado. Composições de vacina de epítopo de peptídeo eficazes da invenção induzem a respostas imunes terapêuticas ou profiláticas em segmentos muito amplos da população mundial. Para uma compreensão do 20 valor e eficácia das composições da invenção que induzem a respostas imunes celulares, uma breve revisão da tecnologia relacionada à imunologia é proporcionada.
Um complexo de uma molécula do HLA e um antígeno peptídico atua como o ligante reconhecido por células T HLA-restritas (Buus, S. et al., 25 Cell 47: 1071, 1986; Babbitt, B. P. et al., Nature 317: 359, 1985; Townsend, A. e Bodmer, H., Annu. Rev. Immunol. 7: 601, 1989; Germain, R. N., Annu. Rev. Immunol. 11: 403, 1993). Através do estudo de análogos de antígeno com um único aminoácido substituído e o seqüenciamento de peptídeos naturalmente processados endogenamente ligados, resíduos críticos que cor30 respondem aos motivos requeridos para ligação específica a moléculas antigênicas do HLA foram identificados e são apresentados na Tabela IV (veja também, por exemplo, Southwood et al., J. Immunol. 160: 3363, 1998;
Rammensee et al., Immunogenetics 41: 178, 1995; Rammensee et al., SYFPEITHI, acesso via World Wide Web na URL (134.2.96.221/scripts.hlaserver.dll/home.htm); Sette, A. e Sidney, J. Curr. Opin. Immunol. 10: 478, 1998; Engelhard, V. H., Curr. Opin. Immunol. 6: 13, 1994; Sette, A. e Grey, Η. M., Curr. Opin. Immunol. 4: 79, 1992; Sinigaglia, F. e Hammer, J. Curr. Biol. 6: 52, 1994; Ruppert et al., Cell 74: 929-937, 1993; Kondo et al., J. Immunol. 155: 4307-4312, 1995; Sidney et al., J. Immunol. 157: 3480-3490, 1996; Sidney et al., Human Immunol. 45: 79-93, 1996; Sette, A. e Sidney, J. Immunogenetics Nov. de 1999; 50(3-4): 201-12, Revisão).
Além disso, análises cristalográficas por raios X de complexos de HLA-peptídeo revelaram bolsas dentro do agrupamento/ranhura de ligação peptídica de moléculas do HLA as quais acomodam, de um modo aleloespecífico, resíduos abrigados por ligantes peptídicos; esses resíduos, por sua vez, determinam a capacidade de ligação ao HLA dos peptídeos nos quais eles estão presentes. (Veja, por exemplo, Madden, D.R. Annu. Rev. Immunol. 13: 587, 1995; Smith et al., Immunity 4: 203, 1996; Fremont et al., ImmunityQ: 305, 1998; Stern et al., Structure 2: 245, 1994; Jones, E.Y. Curr. Opin. Immunol. 9: 75, 1997; Brown, J. H. et al., Nature 364: 33, 1993; Guo,
H. C. et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 90: 8053, 1993; Guo, H. C. et aL, Nature 360: 364, 1992; Silver, M. L. et al., Nature 360: 367, 1992; Matsumura, M. et aL, Science 257: 927, 1992; Madden et al., Cell 70: 1035, 1992; Fremont, D. H. et al., Science 257: 919, 1992; Saper, M. A. , Bjorkman, P. J. e Wiley, D. C„ J. Mol. Biol. 219: 277, 1991).
Conseqüentemente, a definição de motivos de ligação ao HLA alelo-específicos da classe I e da classe II ou supermotivos da classe I ou da classe II permite a identificação de regiões dentro de uma proteína que estão correlacionadas à ligação a antígenos do HLA em particular.
Assim, através de um processo de identificação de motivos, candidatos a vacinas baseadas em epítopo foram identificados; tais candidatos podem ainda ser avaliados através de ensaios de ligação ao peptídeoHLA para determinar a afinidade de ligação e/ou o período de tempo de as91 sociação do epítopo e sua molécula do HLA correspondente. Trabalho confirmatório adicional pode ser realizado para selecionar, dentre esses candidatos à vacina, epítopos com características preferidas em termos de abrangência de população e/ou imunogenicidade.
Várias estratégias podem ser utilizadas para avaliar a imunogenicidade celular, incluindo:
1) Avaliação de culturas de células T primárias de indivíduos normais (veja, por exemplo, Wentworth, P. A. et al., Mol. Immunol. 32: 603, 1995; Celis, E. et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 91: 2105, 1994; Tsai, V. et al., J. Immunol. 158: 1796, 1997; Kawashima, I. et al., Human Immunol. 59:
I, 1998). Esse procedimento envolve a estimulação de linfócitos de sangue periférico (PBL) de indivíduos normais com um peptídeo de teste na presença de células apresentando antígeno In vitro durante um período de várias semanas. Células T específicas para o peptídeo se tornam ativadas durante esse tempo e são detectadas usando, por exemplo, um ensaio de liberação de linfocina ou 51 Cr envolvendo células alvo peptídeo-sintetizadas.
2) Imunização de camundongos transgênicos ao HLA (veja, por exemplo, Wentworth, P. A. et al., J. Immunol. 26: 97, 1996; Wentworth, P. A. et al., Int. Immunol. 8: 651, 1996; Alexander, J. et aL, J. Immunol. 159: 4753, 1997). Por exemplo, em tais métodos, peptídeos em adjuvante incompleto de Freund são administrados subeutaneamente a camundongos transgênicos ao HLA. Muitas semanas após imunização, esplenócitos são removidos e cultivados In vitro na presença do peptídeo de teste durante aproximadamente uma semana. Células T peptídeo-específicas são detectadas usando, por exemplo, um ensaio de ligação de 5^Cr envolvendo células alvo peptídeo-sintetizadas e células alvo expressando antígeno endogeneamente gerado.
3) Demonstração de recordação de respostas de células T de indivíduos imunes que tenham sido eficazmente vacinados e/ou de paciente cronicamente doentes (veja, por exemplo, Rehermann, B. et al., J. Exp. Med. 181: 1047, 1995; Doolan, D. L. et al., Immunity7: 97, 1997; Bertoni, R. et al.,
J. Clin. Invest. 100: 503, 1997; Threlkeld, S. C. et al., J. Immunol. 159: 1648,
1997; Diepolder, Η. M. et al., J. Virol. IV. 6011, 1997). Conseqüentemente, recordação de respostas são detectadas através de cultura de PBL de indivíduo que tenham sido expostos ao antígeno em virtude da doença e, assim, geraram uma resposta imune naturalmente ou de pacientes que foram vacinados contra o antígeno. PBL de indivíduos são cultivados in vitro durante 1-2 semanas na presença de peptídeo de teste mais células apresentando antígeno (APC) para permitir a ativação de células T de memória, quando comparado a células T naive. No final do período de cultura, a atividade de células T é detectada usando ensaios incluem alvos peptídeo-sintetizados envolvendo liberação de 51 Cr, ensaios de proliferação de células T ou liberação de linfocina.
VI.) Animais PSCA-transqênicos
Ácidos nucléicos que codificam uma proteína PSCA-relacionada podem ser também usados para gerar animais transgênicos ou animais nocaute que, por sua vez, são úteis no desenvolvimento e seleção de reagentes terapeuticamente úteis. De acordo com técnicas estabelecidas, cDNA que codifica PSCA pode ser usado para clonar DNA genômico que codifica o PSCA. As seqüências genômicas clonadas podem, então, ser usadas para gerar animais transgênicos contendo células que expressam DNA que codifica o PSCA. Métodos para a geração de animais transgênicos, particularmente animais tais como camundongos ou ratos, se tornaram convencionais na técnica e são descritos, por exemplo, nas Patentes U.S. Nos. 4.736.866 emitida em 12 de Abril de 1988 e 4.870.009 emitida em 26 de Setembro de 1989. Tipicamente, células em particular poderíam ser objetivadas para incorporação do transgene de PSCA com intensificadores tecido-específicos.
Animais transgênicos que incluem uma cópia de um transgene que codifica PSCA podem ser usados para examinar o efeito de expressão aumentada de DNA que codifica o PSCA. Tais animais podem ser usados como animais de teste com relação a reagentes para conferir proteção, por exemplo, contra condições patológicas associadas à sua superexpressão. De acordo com esse aspecto da invenção, um animal é tratado com um reagente e uma incidência reduzida de uma condição patológica, comparado a animais não tratados que trazem o transgene, indicaria uma intervenção terapêutica potencial na condição patológica.
Alternativamente, homólogos não-humanos de PSCA podem ser usados para construir um animal nocaute ao PSCA que tem uma recombinação homóloga entre o gene endógeno que codifica o PSCA e DNA genômico alterado que codifica o PSCA introduzido em uma célula embriônica do animal. Por exemplo, cDNA que codifica o PSCA pode ser usado para clonar DNA genômico que codifica o PSCA de acordo com técnicas estabelecidas. Uma parte do DNA genômico que codifica o PSCA pode ser deletada ou substituída por outro gene, tal como um gene que codifica um marcador selecionável que pode ser usado para monitorar a integração. Tipicamente, várias quilobases de DNA de flanqueamento inalterado (nas extremidades 5' e 3') são incluídas no vetor (veja, por exemplo, Thomas e Capecchi, Cell, 51: 503 (1987) para uma descrição de vetores de recombinação homóloga). O vetor é introduzido em uma linhagem de células troncoembriônica (por exemplo, através de eletroporação) e células nas quais o DNA introduzido se recombinou homologamente com o DNA endógeno são selecionadas (veja, por exemplo, Li et al., Cell. 69: 915 (1992)). As células selecionadas são, então, injetadas em um blastocisto de um animal (por exemplo, um camundongo ou rato) para formar quimeras de agregação (veja, por exemplo, Bradley em Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cells: A Practical Approach, E. J. Robertson, ed. (IRL, Oxford, 1987), páginas 113-152). Um embrião quimérico pode, então, ser implantado em um animal fêmea pseudo-grávida adequado e o embrião levado a termo para criar um animal nocaute. A prole trazendo o DNA homologamente recombinado em suas células germinativas pode ser identificada por meio de técnicas padrão e usada para procriar animais nos quais todas as células do animal contêm o DNA homologamente recombinado. Animais nocaute podem ser caracterizados, por exemplo, com relação à sua capacidade de se defender contra determinadas condições patológicas ou seu desenvolvimento de condições patológicas em virtude da ausência de um polipeptídeo de PSCA.
VII.) Métodos para a Detecção de PSCA
Outro aspecto da presente invenção se refere a métodos para a detecção de polinucleotídeos de PSCA e proteínas PSCA-relacionadas, bem como métodos para a identificação de uma célula que expressa o PSCA. O perfil de expressão do PSCA o torna um marcador diagnóstico para doença metastatizada. Conseqüentemente, o estado de produtos do gene de PSCA proporciona informação útil para a previsão de uma variedade de fatores, incluindo suscetibilidade à doença em estágio avançado, taxa de progressão e/ou agressividade do tumor. Conforme discutido em detalhes aqui, o estado de produto do gene de PSCA em amostras do paciente pode ser analisado através de uma variedade de protocolos que são bem-conhecidos na técnica, incluindo análise imuno-histoquímica, a variedade de técnicas de Northern blotting, incluindo hibridização in situ, análise por RT-PCR (por exemplo, sobre amostras microdissecadas com captura a laser), análise de Western blot e análise de fileiras teciduais.
Mais particularmente, a invenção proporciona ensaios para a detecção de polinucleotídeos de PSCA em uma amostra biológica, tais como soro, osso, próstata e outros tecidos, urina, sêmen, preparados de células e similares. Polinucleotídeos de PSCA detectáveis incluem, por exemplo, um gene de PSCA ou fragmento do mesmo, mRNA de PSCA, mRNAs de PSCA variantes com união alternativas e moléculas de DNA ou RNA recombinantes que contêm um polinucleotídeo de PSCA. Uma série de métodos para amplificação e/ou detecção da presença de polinucleotídeos de PSCA são bem-conhecidos na técnica e podem ser empregados na prática desse aspecto da invenção.
Em uma modalidade, um método para detecção de um mRNA de PSCA em uma amostra biológica compreende produção de cDNA a partir da amostra através de transcrição invertida usando pelo menos um iniciador; amplificação do cDNA assim produzido usando um polinucleotídeo de PSCA como iniciadores de sentido e anti-sentido para amplificar cDNAs de PSCA nos mesmos; e detecção da presença do cDNA de PSCA amplificado. Opcionalmente, a seqüência do cDNA de PSCA amplificado pode ser determinada.
Em outra modalidade, um método de detecção de um gene de PSCA em uma amostra biológica compreende primeiro isolamento do DNA genômico da amostra; amplificação do DNA genômico isolado usando polinucleotídeos de PSCA como iniciadores de sentido e anti-sentido; e detecção da presença do gene de PSCA amplificado. Qualquer variedade de combinações de sondas de sentido e anti-sentido apropriada pode ser projetada a partir de uma seqüência de nucleotídeos de PSCA (veja, por exemplo, Figura 2) e usada para essa finalidade.
A invenção também proporciona ensaios para a detecção da presença de uma proteína de DNA em um tecido ou outra amostra biológica, tal como soro, sêmen, osso, próstata, urina, preparados de células e similares. Métodos para a detecção de uma proteína PSCA-relacionada também são bem-conhecidos e incluem, por exemplo, imunoprecipitação, análise imuno-histoquímica, análise por Western blot, ensaios de ligação molecular, ELISA, ELIFA e similares. Por exemplo, um método de detecção da presença de uma proteína PSCA-relacionada em uma amostra biológica compreende primeiro contato da amostra com um anticorpo ao PSCA, um fragmento PSCA-reativo do mesmo ou uma proteína recombinante contendo uma região de ligação a antígeno de um anticorpo ao PSCA; e, então, detecção da ligação da proteína PSCA-relacionada na amostra.
Métodos para a identificação de uma célula que expressa PSCA também estão dentro do escopo da invenção. Em uma modalidade, um ensaio para a identificação de uma célula que expressa um gene de PSCA compreende detecção da presença de mRNA de PSCA na célula. Métodos para a detecção de mRNAs em células em particular são bem-conhecidos e incluem, por exemplo, ensaios de hibridização usando sondas de DNA complementar (tal como hibridização in situ usando ribossondas marcadas, Northern blot e técnicas relacionadas) e vários ensaios de amplificação de ácido nucléico (tal como RT-PCR usando iniciadores complementares específicos para o PSCA e outros métodos de detecção do tipo amplificação tais como, por exemplo, DNA ramificado, SISBA, TMA e similares). Alternativamente, um ensaio para identificação de uma célula que expressa um gene de PSCA compreende detecção da presença de uma proteína PSCA-relacionada na célula ou secretada pela célula. Vários métodos para a detecção de proteínas são bem-conhecidos na técnica e são empregados para a detecção de proteínas PSCA-relacionadas e células que expressam proteínas PSCArelacionadas.
Análise da expressão de PSCA também é útil como uma ferramenta para a identificação e avaliação de agentes que modulam a expressão de um gene de PSCA. Por exemplo, expressão de PSCA é significativamente super-regulada em câncer de próstata e é expressa em cânceres dos tecidos listados na Tabela I. A identificação de uma molécula ou agente biológico que inibe a expressão ou superexpressão do PSCA em células cancerígenas é de valor terapêutico. Por exemplo, tal agente pode ser identificado através de uso de uma seleção que quantifica a expressão do PSCA através de RT-PCR, hibridização de ácido nucléico ou ligação de anticorpo.
VIII.) Métodos para Monitoramento do Estado de Genes PSCA-Relacionados e Seus Produtos
A oncogênese é conhecida por ser um processo com múltiplas etapas onde o desenvolvimento celular se torna progressivamente desregulado e as células progridem de um estado fisiológico normal para estados pré-cancerígenos e, então, cancerígenos (veja, por exemplo, Alers et al., Lab Invest. 77(5): 437-438 (1997) e Isaacs et al., Câncer Surv. 23: 19-32 (1995)). Nesse contexto, o exame de uma amostra biológica com relação à evidência de desenvolvimento celular desregulado (tal como expressão anormal de PSCA em cânceres) permite a detecção precoce de tal fisiologia anormal, antes que um estado patológico, tal como câncer, tenha progredido para um estágio no qual as opções terapêuticas são mais limitadas e/ou o prognóstico é pior. Em tais exames, o estado do PSCA em uma amostra biológica de interesse pode ser comparado, por exemplo, ao estado do PSCA em uma amostra normal correspondente (por exemplo, uma amostra desse indivíduo ou, alternativamente, outro indivíduo que não está afetado pela patologia). Uma alteração no estado do PSCA na amostra biológica (quando comparado à amostra normal) proporciona evidência de desenvolvimento celular des97 regulado. Além do uso de uma amostra biológica que não é afetada por uma patologia como uma amostra normal, pode-se também usar um valor normativo predeterminado, tal como um nível normal predeterminado de expressão de mRNA (veja, por exemplo, Grever et aL, J. Comp. NeuroL, 9 de Dezembro de 1996; 376(2): 306-14 e Patente U.S. N° 5.837.501) para comparar o estado do PSCA em uma amostra.
O termo estado, nesse contexto, é usado de acordo com seu significado aceito na técnica e se refere à condição ou estado de um gene e seus produtos. Tipicamente, aqueles versados na técnica usam uma série de parâmetros para avaliar a condição ou estado de um gene e seus produtos. Esses incluem, mas não estão limitados, à localização dos produtos do gene expresso (incluindo localização de células expressando PSCA), bem como o nível e atividade biológica de produtos do gene expresso (tal como mRNA, polinucleotídeos e polipeptídeos de PSCA). Tipicamente, uma alteração no estado de PSCA compreende uma alteração na localização do PSCA e/ou células que expressam PSCA e/ou um aumento no mRNA e/ou expressão de proteína de PSCA.
O estado de PSCA em uma amostra pode ser analisado através de uma série de meios bem-conhecidos na técnica incluindo, sem limitação, análise imuno-histoquímica, hibridização in situ, análise por RT-PCR sobre amostras microdissecadas por captura a laser, análises por Western blot e análise em fileira tecidual. Protocolos típicos para avaliação do estado de um gene e produtos do gene e PSCA são encontrados, por exemplo, em Ausubel et al. eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, Unidades 2 (Northern Blotting), 4 (Southern Blotting), 15 (Imunoblotting) e 18 (Análise por PCR). Assim, o estado de PSCA em uma amostra biológica é avaliado através de vários métodos utilizados por aqueles versados na técnica incluindo, mas não limitado a, análise de Southern genômica (para examinar, por exemplo, alterações nas seqüências de polinucleotídeo ou níveis de expressão de mRNAs de PSCA) e análise de Western e/ou imuno-histoquímica (para examinar, por exemplo, alterações em seqüências de polipeptídeo, alterações na localização de peptídeos dentro de uma amostra, alterações nos níveis de expressão de proteínas de PSCA e/ou associações de proteí- ^7 nas de PSCA com parceiros de ligação a peptídeo). Polinucleotídeos de PSCA detectáveis incluem, por exemplo, um gene de PSCA ou fragmentos do mesmo, mRNA de PSCA, variantes com união alternativas, mRNAs de PSCA e moléculas de DNA ou RNA recombinantes contendo um polinucleotídeo de PSCA.
O perfil de expressão do PSCA o torna um marcador diagnóstico para doença local e/ou metastatizada e proporciona informação sobre o desenvolvimento ou potencial oncogênico de uma amostra biológica. Em particular, o estado do PSCA proporciona informação útil para previsão da suscetibilidade a estados doentios e/ou, progressão e/ou agressividade do tumor. A invenção proporciona métodos e ensaios para a determinação do estado de PSCA e diagnóstico de cânceres que expressam PSCA, tais como cânceres dos tecidos listados na Tabela I. Por exemplo, em virtude do fato do mRNA de PSCA ser altamente expresso em próstata e outros cânceres com relação ao tecido normal, ensaios que avaliam os níveis de transcritos de mRNA ou proteína de PSCA em uma amostra biológica podem ser usados para diagnosticar uma doença associada à desregulação do PSCA e podem proporcionar informação diagnostica útil na definição de opções terapêuticas apropriadas.
O estado de expressão do PSCA proporciona informação incluindo a presença, estágio e localização de células displásicas, précancerígenas e cancerígenas, previsão da suscetibilidade a vários estágios de doença em particular para medição da agressividade do tumor. Além disso, o perfil de expressão o torna útil como um reagente de formação de imagem para doença metastatizada. Conseqüentemente, um aspecto da invenção é dirigido a vários métodos prognósticos e diagnósticos moleculares para exame do estado de PSCA em amostras biológicas, tais como aqueles indivíduos que estão sofrendo de ou suspeitos de sofrer de uma patologia caracterizada por desenvolvimento celular desregulado, tal como câncer.
Conforme descrito acima, o estado do PSCA em uma amostra biológica pode ser examinado através de uma série de procedimentos bem99 conhecidos na técnica. Por exemplo, o estado do PSCA em uma amostra biológica tomada de um local específico com relação à ausência ou presença de células expressando PSCA (por exemplo, aquelas que expressam mRNAs ou proteínas de PSCA). Esse exame pode proporcionar evidência de desenvolvimento celular desregulado, por exemplo, quando células expressando o PSCA são encontradas em uma amostra biológica que normalmente não contém tais células (tal como um nódulo linfático), em virtude do fato de tais alterações no estado do PSCA em uma amostra biológica serem, freqüentemente, associadas ao desenvolvimento celular desregulado. Especificamente, um indicador de desenvolvimento celular desregulado é a metástase de células cancerígenas de um órgão de origem (tal como a próstata) a uma área diferente do corpo (tal como um nódulo linfático). Nesse contexto, evidência de desenvolvimento celular desregulado é importante, por exemplo, em virtude de metástases de nódulo linfático ocultas poderem ser detectadas em uma proporção substancial de pacientes com câncer de próstata e tais metástases estarem associadas com agentes prognósticos conhecidos de progressão de doença (veja, por exemplo, Murphy et al., Prostate 42(4): 315-317 (2000); Su et al., Semin. Surg. Oncol. 18(1): 17-28 (2000) e Freeman et al., J Urol., Agosto de 1995,154(2 Pt 1): 474-8).
Em um aspecto, a invenção proporciona métodos para monitoramento de produtos do gene de PSCA através de determinação do estado de produtos do gene de PSCA expressos por células de um indivíduo que se suspeita ter uma doença associada ao desenvolvimento celular desregulado (tal como hiperplasia ou câncer) e, então, comparação do estado assim determinado ao estado de produtos do gene de PSCA em uma amostra normal correspondente. A presença de produtos do gene de PSCA anormais na amostra de teste com relação à amostra normal proporciona uma indicação da presença de desenvolvimento celular desregulado dentro das células do indivíduo.
Em outro aspecto, a invenção proporciona ensaios úteis na determinação da presença de câncer em um indivíduo, compreendendo detecção de um aumento significativo no mRNA de PSCA ou expressão de prote100 ína em uma célula de teste ou amostra de tecido com relação aos níveis de expressão na célula ou tecido normal correspondentes. A presença de mRNA de PSCA pode, por exemplo, ser avaliada em tecidos incluindo, mas não limitado, aqueles listados na Tabela I. A presença de expressão significativa de PSCA em qualquer um desses tecidos é útil para indicar a emergência, presença e/ou gravidade de um câncer, uma vez que os tecidos normais correspondentes não expressam mRNA de PSCA ou expressam o mesmo em níveis menores.
Em uma modalidade relacionada, o estado de PSCA é determinado a nível de proteína ao invés de a nível de ácido nucléico. Por exemplo, tal método compreende determinação do nível de proteína de PSCA expresso por células em uma amostra de tecido de teste e comparação do nível assim determinado com o nível de PSCA expresso em uma amostra normal correspondente. Em uma modalidade, a presença de proteína de PSCA é avaliada, por exemplo, usando métodos imuno-histoquímicos. Anticorpos ao PSCA ou parceiros de ligação capazes de detecção de expressão da proteína de PSCA são usados em uma variedade de formatos de ensaio bemconhecidos na técnica para essa finalidade.
Em uma outra modalidade, pode-se avaliar o estado de seqüências de nucleotídeo e aminoácido de PSCA em uma amostra biológica de forma a identificar perturbações na estrutura dessas moléculas. Essas perturbações podem incluir inserções, deleções, substituições e similares. Tais avaliações são úteis porque perturbações nas seqüências de nucleotídeo e aminoácido são observadas em um grande número de proteínas associadas ao fenótipo de desenvolvimento desregulado (veja, por exemplo, Marrogi et al., 1999, J. Cutan. PathoL 26(8): 369-378). Por exemplo, uma mutação na seqüência de um PSCA pode ser indicativa da presença ou promoção de um tumor. Tais ensaios, portanto, têm valor diagnóstico e prognóstico onde uma mutação no PSCA indica uma perda potencial de função ou aumento no desenvolvimento de tumor.
Uma ampla variedade de ensaios para a observação de perturbações em seqüências de nucleotídeo ou aminoácido são bem-conhecidos
101 na técnica. Por exemplo, o tamanho e estrutura de seqüências de ácido nucléico ou aminoácido de produtos de gene de PSCA são observados através de protocolos de Northern, Southern, Western, PCR e seqüenciamento de DNA discutidos aqui. Além disso, outros métodos para a observação de perturbações em seqüências de nucleotídeo e aminoácido, tal como análise de polimorfismo de conformação em filamento simples, são bem-conhecidos na técnica (veja, por exemplo, Patentes U.S. Nos. 5.382.510 emitida em 7 de Setembro de 1999 e 5.952.170 emitida em 17 de Janeiro de 1995).
Adicionalmente, pode-se examinar o estado de metilação de um gene de PSCA em uma amostra biológica. Desmetilação e/ou hipermetilação anormal em ilhotas de CpG em regiões regulatórias 5' do gene freqüentemente ocorrem em células imortalizadas e transformadas e podem resultar em expressão alterada de vários genes. Por exemplo, hipermetilação por promotor de glutationa S-transferase da classe-pi (uma proteína expressa em próstata normal mas não expressa em >90% dos carcinomas de próstata) parece silenciar permanentemente a transcrição desse gene e é a alteração genômica mais freqüentemente detectada em carcinomas de próstata (De Marzo et al., Am. J. Pathol. 155(6): 1985-1992 (1999)). Além disso, essa alteração está presente em pelo menos 70% dos casos de neoplasia intraepitelial prostática de elevado grau (PIN) (Brooks et al., Câncer Epidemiol. Biomarkers Prev., 1998, 7: 531-536). Em outro exemplo, a expressão do gene tumor-específico LAGE I (o qual não é expresso em próstata normal, mas é expresso em 25-50% dos cânceres de próstata) é induzida por deoxiazacitidina em células linfoblastóides, sugerindo que a expressão tumoral é em virtude de desmetilação (Lethe et al., Int. J. Câncer 76(6): 903-908 (1998)). Uma variedade de ensaios para exame do estado de metilação de um gene são bem-conhecidos na técnica. Por exemplo, pode-se utilizar, em abordagens de hibridização de Southern enzimas de restrição sensíveis a metilação que não podem clivar seqüências que contêm sítios de CpG metilados para avaliar o estado de metilação de ilhotas de CpG. Além disso, MSP (PCR metilação-específica) pode, proporcionar rapidamente o perfil do estado de metilação de todos os sítios de CpG presentes em uma ilhota de
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CpG de um determinado gene. Esse procedimento envolve modificação inicial de DNA por bissulfito de sódio (o qual converterá todas as citocinas não metiladas em uracila), seguido por amplificação usando iniciadores específicos para DNA metilado versus não metilado. Protocolos envolvendo a interferência por metilação também podem ser encontrados, por exemplo, em Current Protocols In Molecular Biology, Unidade 12, Frederick M. Ausubel et al. eds., 1995.
Amplificação de gene é um método adicional para avaliação do estado de PSCA. A amplificação de gene é medida em uma amostra diretamente, por exemplo, através de Southern blotting ou Northern blotting convencional para quantificar a transcrição de mRNA (Thomas, 1980, Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 77: 5201-5205), dot blotting (análise de DNA) ou hibridização in situ, usando uma sonda apropriadamente marcada, baseado nas seqüências proporcionadas aqui. Alternativamente, anticorpos são empregados que reconhecem duplas específicas, incluindo duplas de DNA, duplas de RNA e duplas híbridas de DNA-RNA ou duplas de DNA-proteína. Os anticorpos, por sua vez, são marcados e o ensaio realizado onde a dupla é ligada a uma superfície de modo que, quando de formação da dupla sobre a superfície, a presença de anticorpo ligado à dupla pode ser detectada.
Tecido de biópsia ou sangue periférico pode ser convenientemente avaliado com relação à presença de células cancerígenas usando, por exemplo, análise por Northern blot, dot blot ou RT-PCR para detectar a expressão de PSCA. A presença de mRNA de PSCA amplificável por RTPCR proporciona uma indicação da presença de câncer. Ensaios de RTPCR são bem-conhecidos na técnica. Ensaios de detecção de células tumorígenas por RT-PCR em sangue periférico estão sendo atualmente usados no diagnóstico e tratamento de uma série de tumores sólidos humanos. No campo de câncer de próstata, esses incluem ensaios por RT-PCR para a detecção de células expressando PSA e PSM (Verkaik et al., 1997, Urol. Res. 25: 373-384; Ghossein et al., 1995, J. Clin. Oncol. 13: 1195-2000; Heston et al., 1995, Clin. Chem. 41: 1687-1688).
Um outro aspecto da invenção é uma avaliação da suscetibilida103 de que um indivíduo tem de desenvolver câncer. Em uma modalidade, um método para previsão da suscetibilidade ao câncer compreende detecção de mRNA de PSCA ou proteína de PSCA em uma amostra de tecido, sua presença indicando a suscetibilidade ao câncer, em que o grau de expressão de mRNA de PSCA se correlaciona com o grau de suscetibilidade. Em uma modalidade específica, a presença de PSCA em tecido de próstata ou outro é examinada, com a presença de PSCA na amostra proporcionando uma indicação de suscetibilidade ao câncer de próstata (ou a emergência ou existência de um tumor de próstata). Similarmente, pode-se avaliar a integridade de seqüências de nucleotídeo e aminoácidos de PSCA de forma a identificar perturbações na estrutura dessas moléculas, tais como inserções, deleções, substituições e similares. A presença de uma ou mais perturbações em produtos do gene de PSCA na amostra é uma indicação de suscetibilidade ao câncer (ou a emergência ou existência de um tumor).
A invenção também compreende métodos para a medição da agressividade do tumor. Em uma modalidade, um método para medição da agressividade de um tumor compreende determinação do nível de mRNA de PSCA ou proteína de PSCA expressa por células tumorígenas, comparação do nível assim determinado com o nível de mRNA de PSCA ou proteína de PSCA expressa em um tecido normal correspondente tomado do mesmo indivíduo ou de uma amostra de referência de tecido normal, em que o grau de expressão de mRNA de PSCA ou proteína de PSCA na amostra de tumor com relação à amostra normal indica o grau de agressividade. Em uma modalidade específica, a agressividade de um tumor é avaliada através de determinação do ponto até o qual o PSCA é expresso em células tumorígenas, com maiores níveis de expressão indicando tumores mais agressivos. Outra modalidade é a avaliação da integridade de seqüências de nucleotídeo e aminoácido de PSCA em uma amostra biológica, de forma a identificar perturbações na estrutura dessas moléculas, tais como inserções, deleções, substituições e similares. A presença de uma ou mais perturbações indica tumores mais agressivos.
Outra modalidade da invenção é dirigida a métodos para obser104 vação da progressão de uma malignidade em um indivíduo com o tempo. Em uma modalidade, métodos para a observação da progressão de uma malignidade em um indivíduo com o tempo compreendem determinação do nível de mRNA de PSCA ou proteína de PSCA expresso por células em uma amostra do tumor, comparação do nível assim determinado com o nível de mRNA de PSCA ou proteína de PSCA expresso em uma amostra de tecido equivalente tomada do mesmo indivíduo em um momento diferente, em que o grau de expressão de mRNA de PSCA ou proteína de PSCA na amostra de tumor com o tempo proporciona informação sobre a progressão do câncer. Em uma modalidade específica, a progressão de um câncer é avaliada através de determinação de expressão do PSCA em células tumorígenas com o tempo, onde expressão aumentada com o tempo indica uma progressão do câncer. Também, pode-se avaliar a integridade de seqüências de nucleotídeo e aminoácido de PSCA em uma amostra biológica de forma a identificar perturbações na estrutura dessas moléculas, tais como inserções, deleções, substituições e similares, onde a presença de uma ou mais perturbações indica uma progressão do câncer.
As abordagens diagnosticas acima podem ser combinadas com qualquer um de uma ampla variedade de protocolos prognósticos e diagnósticos conhecidos na técnica. Por exemplo, outra modalidade da invenção é dirigida a métodos para observação de uma coincidência entre a expressão de gene de PSCA e produtos de gene de PSCA (ou perturbações no gene de PSCA e produtos do gene de PSCA) e um fator que está associado à malignidade, como um meio para diagnóstico e prognóstico do estado de uma amostra de tecido. Uma ampla variedade de fatores associados à malignidade podem ser utilizados, tal como a expressão de genes associados à malignidade (por exemplo, expressão de PSA, PSCA e PSM para câncer de próstata, etc.), bem como observações citológicas (veja, por exemplo, Bocking et al., 1984, Anal. Quant. Cytol. 6(2): 74-88; Epstein, 1995, Hum. PathoL 26(2): 223-9; Thorson et aL, 1998, Mod. PathoL 11(6): 543-51; Baisden et aL, 1999, Am. J. Surg. PathoL 23(8): 918-24). Métodos para observação de uma coincidência entre a expressão do gene de PSCA e produtos do gene de
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PSCA (ou perturbações no gene de PSCA e produtos do gene de PSCA) e outro fator que está associado à malignidade são úteis, por exemplo, porque a presença de um conjunto de fatores específicos que coincidem com a doença proporciona informação crucial para diagnóstico e prognóstico do estado de uma amostra de tecido.
Em uma modalidade, métodos para observação de uma coincidência entre a expressão do gene de PSCA e produtos do gene de PSCA (ou perturbações no gene de PSCA e produtos do gene de PSCA) e outro fator associado à malignidade requerem detecção da superexpressão de mRNA ou proteína de PSCA em uma amostra de tecido, detecção da superexpressão de mRNA ou proteína de PSA em uma amostra de tecido (ou expressão de PSCA ou PSM). Em uma modalidade específica, a expressão de mRNA de PSCA e PSA em tecido de próstata é examinada, onde a coincidência de superexpressão de mRNA de PSCA e PSCA na amostra indica a existência de câncer de próstata, suscetibilidade ao câncer de próstata ou a emergência ou estado de um tumor de próstata.
Métodos para detecção e quantificação da expressão de mRNA ou proteína de PSCA são descritos aqui e tecnologias padrão de detecção e quantificação de proteína e ácido nucléico são bem-conhecidas na técnica. Métodos padrão para a detecção e quantificação de mRNA de PSCA incluem hibridização in situ usando ribossondas de PSCA marcadas, Northern blot e técnicas relacionadas usando sondas de polinucleotídeo de PSCA, análise por RT-PCR usando iniciadores específicos para o PSCA e outros métodos de detecção do tipo amplificação tais como, por exemplo, DNA ramificado, SISBA, TMA e similares. Em uma modalidade específica, RT-PCR semiquantitativa é usada para detectar e quantificar expressão de mRNA de PSCA. Qualquer variedade de iniciadores capazes de amplificação de PSCA podem ser usados para essa finalidade incluindo, mas não limitado a, vários conjuntos de iniciadores especificamente descritos aqui. Em uma modalidade específica, anticorpos policlonais ou monoclonais especificamente reativos à proteína de PSCA do tipo silvestre podem ser usados em um ensaio imuno-histoquímico de tecido de biópsia.
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IX.) Identificação de Moléculas que Interagem com PSCA
As seqüências de ácido nucléico e proteína de PSCA divulgadas aqui permitem que aqueles versados na técnica identifiquem proteínas, moléculas pequenas e outros agentes que interagem com PSCA, bem como vias ativadas pelo PSCA através de qualquer um de uma variedade de protocolos aceitos na técnica. Por exemplo, pode-se utilizar um dos assim denominados sistemas de contenção de interação (também referidos como o ensaio com dois híbridos). Em tais sistemas, moléculas interagem e reconstituem um fator de transcrição o qual direciona a expressão de um gene repórter, quando a expressão do gene repórter é avaliada. Outros sistemas identificam interações proteína-proteína in vitro através de reconstituição de um ativador transcricional eucariota; veja, por exemplo, Patentes U.S. Nos. 5.955.280 emitida em 21 de Setembro de 1999, 5.925.523 emitida em 20 de Julho de 1999, 5.846.722 emitida em 8 de Dezembro de 1998 e 6.004.746 emitida em 21 de Dezembro de 1999. Algoritmos também estão disponíveis na técnica para previsões genoma-baseadas de função de proteínas (veja, por exemplo, Marcotte et al., Nature 402: 4, Novembro de 1999, 83-86).
Alternativamente, pode-se selecionar bibliotecas de peptídeo para identificar moléculas que interagem com seqüências de proteína de PSCA. Em tais métodos, peptídeos que se ligam ao PSCA são identificados através de seleção de bibliotecas que codificam uma coleção aleatória ou controlada de aminoácidos. Peptídeos codificados pelas bibliotecas são expressos como proteínas de fusão de proteínas do envoltório de bacteriófagos, as partículas de bacteriófago são, então, selecionadas contra a(s) proteína(s) de PSCA.
Conseqüentemente, peptídeos tendo uma ampla variedade de usos, tais como reagentes terapêuticos, prognósticos ou diagnósticos, são, assim, identificados sem qualquer informação prévia sobre a estrutura do ligante ou molécula receptora esperada. Bibliotecas peptídicas típicas e métodos de seleção que podem ser usados para identificar moléculas que interagem com seqüências de proteína de PSCA são descritos, por exemplo, nas Patentes U.S. Nos. 5.723.286 emitida em 3 de Março de 1998 e
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5.733.731 emitida em 31 de Março de 1998.
Alternativamente, linhagens de células que expressam o PSCA são usadas para identificar interações proteína-proteína mediadas pelo PSCA. Tais interações podem ser examinadas usando técnicas de imunoprecipitação (veja, por exemplo, Hamilton B.J. et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999, 261: 646-51). A proteína de PSCA pode ser imunoprecipitada de linhagens de células expressando PSCA usando anticorpos antiPSCA. Alternativamente, anticorpos contra His-tag podem ser usados em uma linhagem de células manipulada para expressar fusões de PSCA e uma His-tag (vetores mencionados acima). O complexo imunoprecipitado pode ser examinado com relação à associação de proteína através de procedimentos, tais como Western blotting, rotulação de proteínas com 35Smetionina, microsseqüenciamento de proteína, coloração com prata e eletroforese em gel bidimensional.
Moléculas pequenas e ligantes que interagem com PSCA podem ser identificados através de modalidades relacionadas de tais ensaios de seleção. Por exemplo, moléculas pequenas podem ser identificadas que interferem com a função da proteína, incluindo moléculas que interferem com a capacidade do PSCA de mediar a fosforilação e desfosforilação, interação com moléculas de RNA ou DNA como uma indicação de regulação de ciclos celulares, sinalização ao segundo mensageiro ou tumorigênese. Similarmente, moléculas pequenas que modulam as funções de canal de íons PSCArelacionado, bomba de proteínas ou comunicação celular são identificadas e usadas para tratar pacientes que têm um câncer que expressa PSCA (veja, por exemplo, Hille, B., lonic Channels of Excitable Membranes 2a Ed., Sinauer Assoe., Sunderland, MA, 1992). Além disso, ligantes que regulam a função do PSCA podem ser identificados baseado em sua capacidade de se ligar ao PSCA e ativar um constructo repórter. Métodos típicos são discutidos, por exemplo, na Patente U.S. N° 5.928.868 emitida em 27 de Julho de 1999 e incluem métodos para a formação de ligantes híbridos nos quais pelo menos um ligante é uma molécula pequena. Em uma modalidade ilustrativa, células manipuladas para expressar uma proteína de fusão de PSCA e uma
108 proteína de ligação a DNA são usadas para co-expressar uma proteína de fusão de uma molécula pequena/ligante híbrido e uma biblioteca de cDNA de proteína ativadora de transcrição. As células ainda contêm um gene repórter, a expressão do qual é condicionada sobre a proximidade das primeira e segunda proteínas de fusão uma a outra, um evento que ocorre apenas se o ligante híbrido se liga a sítios alvo sobre ambas as proteínas híbridas. Aquelas células que expressam o gene repórter são selecionadas e a molécula pequena desconhecida ou o ligante desconhecido é identificado. Esse método proporciona um meio de identificação de moduladores os quais ativam ou inibem o PSCA.
Uma modalidade da presente invenção compreende um método de seleção de uma molécula que interage com uma seqüência de aminoácido de PSCA mostrada na Figura 2 ou Figura 3, compreendendo as etapas de contato de uma população de moléculas com uma seqüência de aminoácidos de PSCA, permitindo que a população de moléculas e a seqüência de aminoácido de PSCA interajam sob condições que facilitam a interação, determinação da presença de uma molécula que interage com a seqüência de aminoácidos de PSCA e, então, separação de moléculas que não interagem com a seqüência de aminoácido de PSCA de moléculas que sim. Em uma modalidade específica, o método ainda compreende purificação, caracterização e identificação de uma molécula que interage com a seqüência de aminoácidos de PSCA. A molécula identificada pode ser usada para modular uma função desempenhada pelo PSCA. Em uma modalidade preferida, a seqüência de aminoácidos de PSCA é contatada com uma biblioteca de peptídeos.
X.) Métodos e Composições Terapêuticas
A identificação de PSCA como uma proteína que é normalmente expressa em um conjunto limitado de tecidos, mas a qual também é expressa em cânceres tais como aqueles listados na Tabela I, abre uma série de abordagens terapêuticas para o tratamento de tais cânceres.
Digno de nota, terapias antitumor objetivadas têm sido úteis mesmo quando a proteína objetivada é expressa em tecidos normais, mes109 mo tecidos de órgãos normais vitais. Um órgão vital é um que é necessário para sustentar a vida, tal como o coração ou cólon. Um órgão não vital é um 2 que pode ser removido, quando o indivíduo ainda é capaz de sobreviver. Exemplos de órgãos não vitais são ovário, mama e próstata.
Por exemplo, o Herceptin® é um produto farmacêutico aprovado pelo FDA que tem como seu ingrediente ativo um anticorpo o qual é imunor reativo à proteína variadamente conhecida como HER2, HER2/neu e erb-b
2. Ele é comercializado pela Genentech e é um agente antitumor comercializado com sucesso. As vendas do Herceptin® atingiram quase $400 milhões em 2002. O Herceptin® é um tratamento para câncer de mama metastático
HER2-positivo. Contudo, a expressão de HER2 não está limitada a tais tumores. A mesma proteína é expressa em uma série de tecidos normais. Em particular, sabe-se que a HER2/neu está presente em rim e coração normal e, assim, esses tecidos estão presentes em todos os recipientes humanos do Herceptin®. A presença de HER2/neu em rim normal é também confirmada por Latif, Z. et aL, B.J.U. International (2002) 89: 5-9. Conforme mostrado nesse artigo (o qual avaliou se o carcinoma de células renais seria uma indicação preferida para anticorpos anti-HER2, tal como Herceptin®), proteína e mRNA são produzidos em tecidos renais benignos. Notavelmente, a proteína HER2/neu era fortemente superexpressa em tecido renal benigno.
A despeito do fato de a HER2/neu ser expressa em tais tecidos vitais, como coração e rim, o Herceptin® é uma droga muito útil, aprovada pelo FDA e que tem sucesso comercial. O efeito do Herceptin® sobre o tecido cardíaco, isto é, cardiotoxicidade, tem sido meramente um efeito colate ral do tratamento. Quando pacientes foram tratados com Herceptin® apenas, cardiotoxicidade significativa ocorreu em um percentual muito baixo de pacientes.
De destaque particular, embora o tecido renal seja indicado como exibindo expressão normal, possivelmente mesmo expressão maior do que o tecido cardíaco, o rim não tem efeito colateral apreciável ao Herceptin® até o momento. Além disso, da diversa série de tecidos normais nos quais a HER2 é expressa, existe muito pouca ocorrência de qualquer efeito
110 colateral. Apenas tecido cardíaco tem manifestado qualquer efeito colateral apreciável no geral. Um tecido tal como o rim, onde a expressão de HER2/neu é especialmente notável, não tem sido a base para qualquer efeito colateral.
Além disso, efeitos terapêuticos favoráveis foram encontrados para terapias antitumor que objetivem o receptor do fator de crescimento epidérmico (EGFR). O EGFR também é expresso em numerosos tecidos normais. Existem muitos poucos efeitos colaterais em tecidos normais após o uso de produtos terapêuticos anti-EGFR.
Assim, a expressão de uma proteína alvo em tecido normal, mesmo tecido normal vital, não deprecia a utilidade de um agente de objetivação para a proteína como um produto transgênico para determinados tumores nos quais a proteína também é superexpressa.
Conseqüentemente, abordagens terapêuticas que inibem a atividade de uma proteína de PSCA são úteis para pacientes que sofrem de um câncer que expressa PSCA. Essas abordagens terapêuticas geralmente caem dentro de duas classes. Uma classe compreende vários métodos para inibição da ligação ou associação de uma proteína de PSCA com seu parceiro de ligação ou com outras proteínas. Outra classe compreende uma variedade de métodos para inibição da transcrição de um gene de PSCA ou tradução de mRNA de PSCA.
X.A.) Vacinas Anticâncer
A invenção proporciona vacinas contra o câncer compreendendo uma proteína PSCA-relacionada ou ácido nucléico PSCA-relacionado. Em vista da expressão de PSCA, vacinas contra o câncer previnem e/ou tratam cânceres expressando PSCA com efeitos mínimos ou nenhum sobre tecidos não-alvo. O uso de um antígeno de tumor em uma vacina que gera respostas imunes humorais e/ou célula-mediadas como terapia anticâncer é bemconhecido na técnica e tem sido empregado em câncer de próstata usando os imunogênios PSMA humano e PAP de roedores (Hodge et aL, 1995, Int. J. Câncer 63: 231-237; Fong etal., 1997, J. Immunol. 159: 3113-3117).
Tais métodos podem ser prontamente praticados empregando
111 uma proteína PSCA-relacionada ou uma molécula de ácido nucléico que codifica PSCA e vetores recombinantes capazes de expressão e apresentação de imunógeno ao PSCA (os quais compreendem, tipicamente, uma série de anticorpos ou epítopos de células T). Aqueles versados na técnica compreenderão que uma ampla variedade de sistemas de vacina para a distribuição de epítopos imunorreativos são conhecidos na técnica (veja, por exemplo, Heryln et al., Ann Med, Fev. de 1999, 31(1): 66-78; Maruyama et al., Câncer Immunol Immunother, Junho de 2000, 49(3): 123-32). Resumidamente, tais métodos de geração de uma resposta imune (por exemplo, humoral e/ou célula-mediada) em um mamífero compreendem as etapas de: exposição do sistema imune do mamífero a um epítopo imunorreativo (por exemplo, um epítopo presente em uma proteína de PSCA mostrada na Figura 3 ou um análogo ou homólogo da mesma) de modo que o mamífero gera uma resposta imune que é específica para esse epítopo (por exemplo, gera anticorpos que reconhecem especificamente esse epítopo). Em um método preferido, um imunógeno ao PSCA contém um motivo biológico, por exemplo, veja Tabelas VIII-XXI e XXII-XLIX ou um peptídeo de uma faixa de tamanho do PSCA indicada na Figura 5, Figura 6, Figura 7, Figura 8 e Figura 9.
A proteína toda de PSCA, regiões imunogênicas ou epítopos da mesma podem ser combinados e distribuídos através de vários meios. Tais composições de vacina podem incluir, por exemplo, lipopeptídeos (por exemplo, Vitiello, A. et al., J. Clin. Invest. 95: 341, 1995), composições de peptídeo encapsuladas em microesferas de poli (DL-lactídeo-co-glicolídeo) (PLG) (veja, por exemplo, Eldridge et al., Molec. Immunol. 28: 287-294, 1991: Alonso et al., Vaccine 12: 299-306, 1994; Jones et al., Vaccine 13: 675-681, 1995), composições de peptídeo contidas em complexos de estimulação imune (ISCOMS) (veja, por exemplo, Takahashi et al., Nature 344: 873-875, 1990; Hu et al., Clin Exp Immunol. 113: 235-243, 1998), sistemas de peptídeo com antígenos múltiplos (MAPs) (veja, por exemplo, Tam, J. P., Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 85: 5409-5413, 1988; Tam, J.P., J. Immunol. Methods 196: 17-32, 1996), peptídeos formulados como peptídeos multiva112 lentes; peptídeos para uso em sistemas de distribuição balística, tipicamente peptídeos cristalizados, vetores de distribuição viral (Perkus, Μ. E. et aL, Em: Concepts in vaccine development, Kaufmann, S. Η. E., ed., página 379, 1996; Chakrabarti, S. et al., Nature 320: 535, 1986; Hu, S. L. et al., Nature 320: 537, 1986; Kieny, M.-P. et al., AIDS Bio/Technology 4: 790, 1986; Top, F. H. et al., J. Infect. Dis. 124: 148, 1971; Chanda, P. K. et aL, Virology 175: 535, 1990), partículas de origem viral ou sintética (por exemplo, Kofler, N. et al., J. Immunol. Methods. 192: 25, 1996; Eldridge, J. H. et al., Sem. Hematol. 30: 16, 1993; Falo, L. D., Jr. et al., Nature Med. 7: 649, 1995), adjuvantes (Warren, H. S., Vogei, F. R. e Chedid, L. A. Annu. Rev. Immunol. 4: 369, 1986; Gupta, R. K. et al., Vaccine 11: 293, 1993), lipossomas (Reddy, R. et al., J. Immunol. 148: 1585, 1992; Rock, K. L., Immunol. Today17: 131, 1996) ou cDNA absorvido em partículas ou nu (Ulmer, J. B. et al., Science 259: 1745, 1993; Robinson, H. L., Hunt, L. A., e Webster, R. G., Vaccine 11: 957, 1993; Shiver, J. W. et aL, Em: Concepts in vaccine development, Kaufmann, S. Η. E., ed., página 423, 1996; Cease, K. B., e Berzofsky, J. A., Annu. Rev. Immunol. 12: 923, 1994 e Eldridge, J. H. et aL, Sem. Hematol. 30: 16, 1993). Tecnologias de distribuição toxina-objetivadas, também conhecidas como objetivação receptor-mediada, tais como aquelas da Avant Immunotherapeutics, Inc. (Needham, Massachusetts), também podem ser usadas.
Em pacientes com câncer PSCA-associado, as composições de vacina da invenção também podem ser usadas em conjunto com outros tratamentos usados para o câncer, por exemplo, cirurgia, quimioterapia, terapias com drogas, terapias com radiação, etc., incluindo o uso em combinação com adjuvantes imunes, tais como IL-2, IL-12, GM-CSF e similares.
Vacinas Celulares:
Epítopos de CTL podem ser determinados usando algoritmos específicos para identificar peptídeos dentro de uma proteína de PSCA que se ligam a alelos de HLA correspondentes (veja, por exemplo, Tabela IV; Epimer® e Epimatrix®, Brown University (URL brown.edu/Research/TBHIV_Lab/epimatrix/epimatrix.html); e BIMAS, (URL bimas.dcrt.nih.gov/; SYFPEITHI at URL syfpeithi.bmi-heidelberg.com/). Em uma modalidade pre113 ferida, um imunógeno de PSCA contém uma ou mais seqüências de aminoácido identificadas usando métodos bem-conhecidos na técnica, tais como as seqüências mostradas nas Tabelas VIII-XXI e XXII-XLIX ou um peptídeo de 8, 9, 10 ou 11 aminoácidos especificados por um motivo/supermotivo da classe I do HLA (por exemplo, Tabela IV (A), Tabela IV (D) ou Tabela IV (E)) e/ou um peptídeo de pelo menos 9 aminoácidos que compreende um motivo/supermotivo da classe II do HLA (por exemplo, Tabela IV (B) ou Tabela IV (C)). Conforme é apreciado na técnica, a ranhura de ligação da classe I do HLA tem a extremidade essencialmente fechada, de modo que peptídeos de apenas uma faixa de tamanho em particular podem se adaptar à ranhura e serem ligados, geralmente epítopos da classe I do HLA tendo 8, 9, 10 ou 11 aminoácidos de comprimento. Em contraste, a ranhura de ligação da classe II do HLA tem a extremidade essencialmente aberta; portanto, um peptídeo de cerca de 9 ou mais aminoácidos pode ser ligado por uma molécula da classe II do HLA. Em virtude das diferenças na ranhura de ligação entre as classes I e II do HLA, motivos da classe I do HLA são comprimentoespecíficos, isto é, posição dois de um motivo da classe I é o segundo aminoácido na direção amino para carboxila do peptídeo. As posições de aminoácido em um motivo da classe II são relativas apenas umas as outras, não ao peptídeo global, isto é, aminoácidos adicionais podem ser presos ao amino e/ou carboxila término de uma seqüência trazendo motivo. Epítopos de classe II do HLA têm, freqüentemente, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 aminoácidos de comprimento ou mais de 25 aminoácidos.
Vacinas Baseadas em Anticorpo
Uma ampla variedade de métodos para a geração de uma resposta imune em um mamífero são conhecidos na técnica (por exemplo, como a primeira etapa na geração de hibridomas). Métodos de geração de uma resposta imune em um mamífero compreendem exposição do sistema imune do mamífero a um epítopo imunogênico sobre uma proteína (por exemplo, uma proteína de PSCA) de modo que uma resposta imune é gerada. Uma modalidade típica consiste em um método para a geração de uma
114 resposta imune ao PSCA em um hospedeiro, através de contato do hospedeiro com uma quantidade suficiente de pelo menos uma célula B de PSCA ou epítopo de célula T citotóxica ou análogos das mesmas; e pelo menos um intervalo periódico, após o que, re-contato do hospedeiro com a célula B de PSCA ou epítopo de célula T citotóxica ou análogo das mesmas. Uma modalidade específica consiste em um método de geração de uma resposta imune contra uma proteína PSCA-relacionada ou um peptídeo multiepitópico feito sinteticamente compreendendo: administração de um imunógeno de PSCA (por exemplo, uma proteína de PSCA ou um fragmento de peptídeo da mesma, uma proteína de fusão de PSCA ou análogo, etc.) em um preparado de vacina a um ser humano ou outro mamífero. Tipicamente, tais preparados de vacina ainda contêm um adjuvante adequado (veja, por exemplo, Patente U.S. N° 6.146.635) ou um epítopo auxiliar universal, tal como um peptídeo PADRE® (Epimmune Inc., San Diego, CA; veja, por exemplo, Alexander et al., J. Immunol. 2000 164(3); 164(3): 1625-1633; Alexander et al., Immunity 1994 1(9): 751-761 e Alexander et al., Immunol. Res. 1998 18(2): 79-92). Um método alternativo compreende geração de uma resposta imune em um indivíduo contra um imunógeno de PSCA através: de administração in vivo ao músculo ou pele do corpo do indivíduo de uma molécula de DNA que compreende uma seqüência de DNA que codifica um imunógeno de PSCA, a seqüência de DNA operativamente ligada a seqüências regulatórias as quais controlam a expressão da seqüência de DNA; em que a molécula de DNA é captada pelas células, a seqüência de DNA é expressa nas células e uma resposta imune é gerada contra o imunógeno (veja, por exemplo, Patente U.S. N° 5.962.428). Opcionalmente, um facilitador de vacina genética, tais como lipídios aniônicos; saponinas; lecitinas; compostos estrogênicos; alquilas inferior hidroxiladas; sulfóxido de dimetila; e uréia; também é administrado. Além disso, um anticorpo antiidiotípico pode ser administrado o qual imita o PSCA, de forma a gerar uma resposta ao antígeno alvo. Vacinas de Ácido Nucléico
As composições de vacina da invenção incluem modalidades ácido nucléico-mediadas. DNA ou RNA que codifica proteínas da invenção
115 pode ser administrado a um paciente. Métodos de imunização genética podem ser empregados para gerar respostas imunes humorais e celulares profiláticas ou terapêuticas dirigidas contra células cancerígenas expressando PSCA. Estruturas compreendendo DNA que codifica uma proteína PSCArelacionada/imunógeno e seqüências regulatórias apropriadas podem ser injetadas diretamente no músculo ou pele de um indivíduo, de modo que as células do músculo ou pele captem a estrutura e expressem a proteína de PSCA/imunógeno codificado. Alternativamente, uma vacina compreende uma proteína PSCA-relacionada. A expressão do imunógeno de proteína PSCA-relacionada resulta na geração de imunidade celular e humoral terapêutica ou profilática contra células que trazem uma proteína de PSCA. Vários métodos de imunização genética profiláticos e terapêuticos conhecidos na técnica podem ser usados (para revisão, veja informação e referências publicadas no endereço na Internet genweb.com). Distribuição baseada em ácido nucléico é descrita, por exemplo, em Wolff et al., Science 247: 1465 (1990), bem como nas Patentes U.S. Nos. 5.580.859; 5.589.466; 5.804.566; 5.739.118; 5.736.524; 5.679.647; WO 98/04720. Exemplos de tecnologias de distribuição baseadas em DNA incluem DNA nu, distribuição facilitada (bupivicaína, polímeros, peptídeo-mediado), complexos de lipídios catiônicos e distribuição partícula-mediada (pistola de gene) ou pressão-mediada (veja, por exemplo, Patente U.S. N° 5.922.687).
Para fins de imunização terapêutica ou profilática, as proteínas da invenção podem ser expressas via vetores virais e bacterianos. Vários sistemas de distribuição de gene viral que podem ser usados na prática da invenção incluem, mas não estão limitados a, vaccinia, varíola, canarypox, adenovírus, influenza, poliovírus, vírus adeno-associado, lentivírus e vírus sindbis (veja, por exemplo, Restifo, 1996, Curr. Opin. Immunol. 8: 658-663; Tsang et al. J. NatL Câncer Inst. 87: 982-990 (1995)). Sistemas de distribuição não virais também podem ser empregados através de introdução de DNA nu que codifica uma proteína PSCA-relacionada no paciente (por exemplo, intramuscular ou intradermicamente) para induzir a uma resposta antitumor.
116
O vírus da vaccinia é usado, por exemplo, como um vetor para expressar seqüências de nucleotídeo que codificam os peptídeos da invenção. Mediante introdução em um hospedeiro, o vírus da vaccinia recombinante expressa o peptídeo imunogênico de proteína e, dessa forma, estimula uma resposta imune no hospedeiro. Vetores de vaccina e métodos úteis em protocolos de imunização são descritos, por exemplo, na Patente U.S. N° 4.722.848. Outro vetor é BCG (Bacilo de Calmette-Guerin). Vetores de BCG são descritos em Stover et aL, Nature 351: 456-460 (1991). Uma ampla variedade de outros vetores úteis para administração terapêutica ou imunização dos peptídeos da invenção, por exemplo, vetores de adeno e vírus adenoassociados, vetores retrovirais, vetores de Salmonella typhi, vetores de toxina antrax desintoxicada e similares, serão evidentes para aqueles versados na técnica a partir da descrição aqui.
Assim, sistemas de distribuição de gene são usados para distribuir uma molécula de ácido nucléico PSCA-relacionada. Em uma modalidade, o cDNA de PSCA de comprimento total é empregado. Em outra modalidade, moléculas de ácido nucléico de PSCA que codificam epítopos de anticorpo e/ou linfócitos T citotóxicos específicos (CTL) são empregados. Vacinas Ex Vivo
Várias estratégias ex vivo também podem ser empregadas para gerar uma resposta imune. Uma abordagem envolve o uso de células apresentando antígeno (APC), tais como células dendríticas (DC) para apresentar antígeno de PSCA ao sistema imune de um paciente. Células dendríticas expressam moléculas da classe I e II do MHC, co-estimulador B7 e IL-12 e são, assim, células que apresentam antígeno altamente especializadas. Em câncer de próstata, células dendríticas autólogas pulsadas com peptídeos de antígeno da membrana próstata-específica (PSMA) estão sendo usadas em um experimento clínico com I Fase para estimular os sistemas imunes de pacientes com câncer de próstata (Tjoa et aL, 1996, Prostate 28: 65-69; Murphy et al., 1996, Prostate 29: 371-380). Assim, células dendríticas podem ser usadas para apresentar peptídeos de PSCA a células T no contexto de moléculas da classe I ou II do MHC. Em uma modalidade, células dendríti117 cas análogas são pulsadas com peptídeos de PSCA capazes de ligação à moléculas de classe I e/ou II do MHC. Em outra modalidade, células dendríticas são pulsadas com a proteína de PSCA completa. Ainda outra modalidade envolve manipulação da superexpressão de um gene de PSCA em células dendríticas usando vários vetores de implementação conhecidos na técnica, tais como adenovírus (Arthur et al., 1997, Câncer Gene Ther. 4: 1725), retrovírus ( Henderson et al., 1996, Câncer Res. 56: 3763-3770), lentivírus, vírus adeno-associado, transfecção de DNA (Ribas et al., 1997, Câncer Res. 57: 2865-2869) ou transfecção de RNA tumor-derivado (Ashley et al., 1997, J. Exp. Med. 186: 1177-1182). Células que expressam PSCA também podem ser manipuladas para expressar moduladores imunes, tal como GMCSF, e usadas como agentes de imunização.
X.B.) PSCA como um Alvo para Terapia Anticorpo-Baseada
511582008800 permite o uso de dosagens reduzidas de quimioterapia concomitante, particularmente para pacientes que não toleram a toxicidade do agente quimioterapêutico também.
Pacientes com câncer podem ser avaliados pela presença e nível de PSCA, preferivelmente usando avaliações imuno-histoquímicas de tecido tumoral, imagens da quantidade de PSCA ou outras técnicas que confiavelmente indicam a presença e o grau de expressão de PSCa. Análises imuno-histoquímicas de biópsias de tumor ou amostras cirúrgicas são preferidas para este objetivo. Métodos para análise imuno-histoquímica de tecidos são bem-conhecidos na técnica.
Anticorpos monoclonais anti-PSCA que tratam a próstata e outros cânceres incluem aqueles que iniciam uma resposta imune potente contra o tumor ou aqueles que são diretamente citotóxicos. A esse respeito, anticorpos monoclonais anti-PSCA (mAbs) podem estimular a lise de células tumorígenas através de mecanismos de citotoxicidade de células complemento-mediada ou anticorpo-dependente (ADCC), ambos os quais requerem a molécula de imunoglobulina para interação com sítios receptores de Fc na célula efetora sobre proteínas complementares. Além disso, mAbs antiPSCA que exercem um efeito biológico direto sobre o crescimento de tumor
118 são úteis para tratar cânceres que expressam o PSCA. Mecanismos pelos quais mAbs diretamente citotóxicos atuam incluem: inibição de crescimento celular, modulação de diferenciação celular, modulação de perfis de fator de angiogênese de tumor e a indução de apoptose. O mecanismo pelo qual um mAb anti-PSCA em particular exerce um efeito antitumor é avaliado usando qualquer número de ensaios in vitro que avaliam a morte celular, tal como ADCC, ADMMC, lise de células complemento-mediada e assim por diante, conforme é geralmente conhecido na técnica.
Em alguns pacientes, o uso de anticorpos monoclonais de murino ou outros não humanos ou mAbs quiméricos humanos/de camundongo podem induzir a respostas imunes moderadas a fortes contra o anticorpo não-humano. Isso pode resultar em eliminação do anticorpo de circulação e eficácia reduzida. Na maioria dos casos graves, tal resposta imune pode levar à formação extensiva de complexos imunes os quais, potencialmente, podem causar insuficiência renal. Conseqüentemente, anticorpos monoclonais preferidos usados nos métodos terapêuticos da invenção são aqueles que são totalmente humanos ou humanizados e que se ligam especificamente ao antígeno de PSCA alvo com elevada afinidade, mas exibem baixa ou nenhuma antigenicidade ao paciente.
Os métodos terapêuticos da invenção consideram a administração de mAbs anti-PSCA simples, bem como combinações, ou coquetéis, de diferentes mAbs. Tais coquetéis de mAbs podem ter determinadas vantagens, na medida em que eles contenham mAbs que objetivam diferentes epítopos, exploram diferentes mecanismos efetores ou combinam mAbs diretamente citotóxicos com mAbs que contam com a funcionalidade de efetores imunes. Tais mAbs em combinação podem exibir efeitos terapêuticos sinergísticos. Além disso, mAbs anti-PSCA podem ser administrados concomitantemente com outras modalidades terapêuticas incluindo, mas não limitado a, vários agentes quimioterapêuticos, bloqueadores de androgênio, moduladores imunes (por exemplo, IL-2, GM-CSF), cirurgia ou radiação. Os mAbs anti-PSCA são administrados em sua forma nu ou não conjugada ou podem ter um agente terapêutico conjugado aos mesmos.
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Formulações de anticorpo anti-PSCA são administradas através de qualquer via capaz de distribuição dos anticorpos a uma célula tumorígena. Vias de administração incluem, mas não estão limitadas a, intravenosa, intraperitoneal, intramuscular, intratumor, intradérmica e similares. O tratamento geralmente envolve administração repetida do preparado de anticorpo anti-PSCA, através de uma via de administração aceitável, tal como injeção intravenosa (IV), tipicamente em uma dose na faixa de cerca de 0,1,0,2, 0,3, 0,4, 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20 ou 25 mg/kg de peso corporal. Em geral, doses na faixa de 10-1000 mg de mAb por semana são eficazes e bem-toleradas.
Baseado na experiência clínica com o mAb Herceptin® no tratamento de câncer de mama metastático, uma dose de carga inicial de aproximadamente 4 mg/kg de peso corporal do paciente IV, seguido por doses semanais de cerca de 2 mg/kg IV do preparado de mAb anti-PSCA representa um regime de dosagem aceitável. De preferência, a dose de carga inicial é administrada como uma infusão de 90 minutos ou mais longa. A dose de manutenção periódica é administrada como uma infusão de 30 minutos ou mais, contanto que a dose inicial seja bem-tolerada. Tais fatores incluem, por exemplo, a afinidade de ligação e meia-vida do Ab ou mAbs usados, o grau de expressão de PSCA no paciente, a extensão de circulação do antígeno PSCA, o nível de concentração de anticorpo em estado uniforme, freqüência de tratamento e a influência dos agentes quimioterapêuticos ou outros usados em combinação com o método de tratamento da invenção, bem como o estado de saúde do paciente em particular.
Opcionalmente, os pacientes deverão ser avaliados com relação aos níveis de PSCA em uma determinada amostra (por exemplo, os níveis de antígeno de PSCA em circulação e/ou células que expressam PSCA) de forma a auxiliar na determinação do regime de dosagem mais eficaz, etc. Tais avaliações também são usadas para monitoramento de terapia e são úteis para medir o sucesso terapêutico em combinação com a avaliação de outros parâmetros (por exemplo, citologia de urina e/ou níveis de ImmunoCyt em terapia de câncer de bexiga ou, por analogia, os níveis de PSA no soro
120 em terapia de câncer de próstata).
Anticorpos anti-PSCA antiidiotípicos também podem ser usados em terapia anticâncer como uma vacina para indução de uma resposta imune a células expressando uma proteína PSCA-relacionada. Em particular, a geração de anticorpos antiidiotípicos é bem-conhecida na técnica; essa metodologia pode ser prontamente adaptada para gerar anticorpos anti-PSCA antiidiotípicos que imitam um epítopo sobre uma proteína PSCA-relacionada (veja, por exemplo, Wagner et al., 1997, Hybridoma 16: 33-40; Foon et al., 1995, J. Clin. Invest. 96: 334-342; Herlyn et al., 1996, Câncer Immunol. Immunother. 43: 65-76). Tal anticorpo antiidiotípico pode ser usado em estratégias de vacina contra o câncer.
X.C.) PSCA como um Alvo para Respostas Imunes Celulares
Vacinas e métodos de preparo de vacinas que contêm uma quantidade imunogenicamente eficaz de um ou mais peptídeos de HLAligação, conforme descrito aqui, são outras modalidades da invenção. Além disso, as vacinas de acordo com a invenção abrangem composições de um ou mais dos peptídeos reivindicados. Um peptídeo pode estar presente em uma vacina individualmente. Alternativamente, o peptídeo pode existir como um homopolímero compreendendo cópias múltiplas do mesmo peptídeo ou como um heteropolímero de vários peptídeos. Polímeros têm a vantagem de reação imunológica aumentada e, onde diferentes epítopos de peptídeo são usados para compor o polímero, a capacidade adicional de induzir a anticorpos e/ou CTLs que reagem com diferentes determinantes antigênicos do organismo patogênico ou peptídeo tumor-relacionado objetivado a uma resposta imune. A composição pode ser uma região que ocorre naturalmente de um antígeno ou pode ser preparada, por exemplo, recombinantemente ou através de síntese química.
Veículos que podem ser usados com as vacinas da invenção são bem-conhecidos na técnica e incluem, por exemplo, tiroglobulina, albuminas, tais como albumina de soro humano, toxóide do tétano, poliaminoácidos, tais como poli L-lisina, ácido L-glutâmico, influenza, proteína do núcleo do vírus da hepatite B e similares. As vacinas podem conter um diluente fisi121 ologicamente tolerável (isto é, aceitável), tal como água, ou solução salina, de preferência solução salina tamponada com fosfato. As vacinas também incluem, tipicamente, um adjuvante. Adjuvantes, tais como adjuvante incompleto de Freund, fosfato de alumínio, hidróxido de alumínio ou alume são exemplos de materiais bem-conhecidos na técnica. Adicionalmente, conforme divulgado aqui, respostas de CTL podem ser produzidas através de conjugação de peptídeos da invenção a lipídios, tais como tripalmitoil-Sglicerilcisteinli-seril-serina (P3CSS). Além disso, descobriu-se que um adjuvante, tal como oligonucleotídeos sintéticos contendo citosina-fosforotioladoguanina (CpG) aumenta respostas de CTL em 10- a 100-vezes (veja, por exemplo, Davila e Celis, J. Immunol. 165: 539-547 (2000)).
Quando de imunização com uma composição de peptídeo de acordo com a invenção, via injeção, aerossol, oral, transdérmica, transmucosal, intrapleural, intratecal ou outras vias adequadas, o sistema imune do hospedeiro responde à vacina através de produção de grandes quantidades de CTLs e/ou HTLs específicas para o antígeno desejado. Conseqüentemente, o hospedeiro se torna pelo menos parcialmente imune ao desenvolvimento posterior de células que expressam ou superexpressam o antígeno de PSCA ou deriva pelo menos algum benefício terapêutico quando o antígeno era tumor-associado.
Em algumas modalidades, pode ser desejável combinar os componentes de peptídeo da classe I com componentes que induzem ou facilitam a neutralização de anticorpo ou respostas de células T auxiliares dirigidas ao antígeno alvo. Uma modalidade preferida de tal composição compreende epítopos da classe I e da classe II de acordo com a invenção. Uma modalidade alternativa de tal composição compreende um epítopo de classe I e/ou da classe II de acordo com a invenção, junto com um epítopo de HTL cruzado-reativo tal como uma molécula PADRE® (Epimmune, San Diego, CA) (descrita, por exemplo, na Patente U.S. Número 5.736.142).
Uma vacina da invenção também pode incluir células apresentando antígeno (APC), tais como células dendríticas (DC), como um veículo aos presentes peptídeos da invenção. As composições da invenção podem
122 ser criadas in vitro, após mobilização e coleta de células dendríticas, desse modo, carregando as células dendríticas in vitro. Por exemplo, células dendríticas são transfectadas, por exemplo, com um minigene de acordo com a invenção ou são pulsadas com peptídeos. A célula dendrítica pode, então, ser administrada a um paciente para estimular respostas imunes in vivo. Composições de vacina, quer baseadas em DNA ou peptídeo, também podem ser administradas in vivo em combinação com mobilização de célula dendrítica quando o carregamento de células dendrítica ocorre in vivo.
De preferência, os seguintes princípios são utilizados quando de seleção de um conjunto de epítopos para inclusão em uma composição poliepitópica para uso em uma vacina ou para seleção de epítopos distintos a serem incluídos em uma vacina e/ou a serem codificados por ácidos nucléicos, tal como um minigene. É preferido que cada um dos seguintes princípios seja equilibrado de forma a fazer a seleção. Os epítopos múltiplos a serem incorporados em uma determinada composição de vacina podem, mas não precisam ser, contínuos em seqüência no antígeno nativo a partir do qual os epítopos são derivados.
1. ) Epítopos são selecionados os quais, quando de administração, imitam respostas imunes que foram observadas estarem correlacionadas com a eliminação de tumor. Para a classe I do HLA, isso inclui 3-4 epítopos que se originam de pelo menos um antígeno tumor associado (TAA). Para a classe II do HLA, um raciocínio similar é empregado; novamente, 3-4 epítopos são selecionados de pelo menos um TAA (veja, por exemplo, Rosenberg et al., Science 278: 1447-1450). Epítopos de um TAA podem ser usados em combinação com epítopos de um ou mais TAAs adicionais para produzir uma vacina que objetiva tumores com padrão variados de expressão de TAAs freqüentemente expressos.
2. ) Epítopos são selecionados que têm a afinidade de ligação requerida estabelecida para ser correlacionada com a imunogenicidade; para a classe I do HLA, uma IC50 de 500 nM ou menos, freqüentemente 200 nM ou menos; e, para a Classe II, uma IC50 de 1000 nM ou menos.
3. ) Peptídeos trazendo supermotivo suficiente ou uma fileira su-
123 ficiente de peptídeos trazendo motivo alelo-específicos, são selecionados para proporcionar ampla abrangência de população. Por exemplo, é preferível ter pelo menos 80% de abrangência de população. Uma análise Monte Cario, uma avaliação estatística conhecida na técnica, pode ser empregada para avaliar a amplitude ou redundância de abrangência de população.
4. ) Quando de seleção de epítopos de antígenos câncerrelacionados são, freqüentemente, úteis para selecionar análogos porque o paciente pode ter desenvolvido tolerância ao epítopo nativo.
5. ) De relevância particular são epítopos referidos como epítopos agrupados. Epítopos agrupados ocorrem onde pelo menos dois epítopos se sobrepõem em uma determinada seqüência peptídica. Uma seqüência de peptídeo agrupado pode compreender células B, epítopos da classe I do HLA ou da classe II do HLA. Quando de fornecimento de epítopos agrupados, um objetivo geral é proporcionar o maior número de epítopos por seqüência. Assim, um aspecto é evitar proporcionar um peptídeo que é mais longo do que o amino término do epítopo amino terminal e o carboxila término do epítopo carboxila terminal no peptídeo. Quando de fornecimento de uma seqüência multiepitônica, tal como uma seqüência compreendendo epítopos agrupados, é geralmente importante para selecionar a seqüência de forma a assegurar que ela não tem propriedades biológicas patológicas ou outras prejudiciais.
6. ) Se uma proteína poliepitópica é criada ou quando de criação de um minigene, um objetivo é gerar o menor peptídeo que abrange os epítopos de interesse. Esse princípio é similar, se não o mesmo, que aquele empregado quando de seleção de um peptídeo compreendendo epítopos agrupados. Contudo, com um peptídeo poliepitópico artificial, o tamanho do objetivo de minimização é equilibrado contra a necessidade de integrar quaisquer seqüências espaçadoras entre epítopos na proteína poliepitópica. Resíduos de aminoácido espaçadores podem, por exemplo, ser introduzidos para evitar epítopos juncionais (um epítopo reconhecido pelo sistema imune, não presente no antígeno alvo e criado apenas através de justaposição artificial de epítopos) ou facilitar a divagem entre epítopos e, desse modo, in-
124 tensificar a apresentação a epítopo. Epítopos juncionais, geralmente, deverão ser evitados porque o recipiente pode gerar uma resposta imune a esse epítopo não-nativo. De preocupação particular é um epítopo juncional que é um epítopo dominante. Um epítopo dominante pode levar a tal resposta zelosa, que respostas imunes a outros epítopos são diminuídas ou suprimidas.
7.) Onde as seqüências de variantes múltiplas da mesma proteína alvo estão presentes, epítopos de peptídeo em potencial também podem ser selecionados com base em sua conservação. Por exemplo, um critério para conservação pode definir que a seqüência toda de um peptídeo de ligação à classe I do HLA ou o núcleo todo de 9 meros de um peptídeo de ligação à classe II seja conservado com um percentual designado das seqüências avaliadas para um antígeno de proteína específico.
X.C.1. Vacinas de Miniqene
Uma série de diferentes abordagens está disponível, as quais permitem distribuição simultânea de epítopos múltiplos. Ácidos nucléicos que codificam os peptídeos da invenção são uma modalidade particularmente útil da invenção. Epítopos para inclusão, em um minigene, são, de preferência, selecionados de acordo com as diretrizes apresentadas na seção anterior. Um meio preferido de administração de ácidos nucléicos que codificam os peptídeos da invenção usa estruturas de minigene que codificam um peptídeo compreendendo um ou múltiplos epítopos da invenção.
O uso de minigenes com multiepítopos é descrito abaixo e em Ishioka et al., J. Immunol. 162: 3915-3925, 1999; An, L. e Whitton, J. L., J. Virol. 71: 2292, 1997; Thomson, S. A. et al., J. Immunol. 157: 822, 1996; Whitton, J. L. et al., J. Virol. 67: 348, 1993; Hanke, R. et al., Vaccine 16: 426, 1998. Por exemplo, um plasmídio de DNa com epítopos múltiplos que codifica epítopos trazendo supermotivo e/ou motivo derivados de PSCA, o epítopo de células T auxiliares universal PADRE® ou epítopos múltiplos de HTL de PSCA (veja, por exemplo, Tabelas VIII-XXI e XXII a XLIX) e uma seqüência sinalizadora de translocação ao retículo endoplasmático podem ser manipulados. Uma vacina também pode compreender epítopos que são derivados
125 de outros TAAs.
A imunogenicidade de um minigene multiepitópico pode ser confirmada em camundongos transgênicos para avaliar a magnitude de indução de respostas de CTL contra os epítopos testados. Ainda, a imunogenicidade de epítopos DNA-codificados in vivo pode ser correlacionada com as respostas in vitro de linhagens de CTL específicas contra células alvo transfectadas com o plasmídio de DNA. Assim, esses experimentos podem mostrar que o minigene serve para: 1) gerar uma resposta de CTL e 2) induzir a células CTLs reconhecidas expressando os epítopos codificados.
Por exemplo, para criar uma seqüência de DNA que codifica os epítopos selecionados (minigene) para expressão em células humanas, as seqüências de aminoácido dos epítopos podem ser traduzidas invertidas. Uma tabela de uso de códon humano pode ser usada para orientar a escolha de códon para cada aminoácido. Essas seqüências de DNA que codificam epítopo podem ser diretamente unidas, de modo que, quando traduzidas, uma seqüência de polipeptídeo contínua é criada. Para otimizar a expressão e/ou imunogenicidade, elementos adicionais podem ser incorporados no design do minigene. Exemplos de seqüências de aminoácido que podem ser traduzidas invertidas e incluídas na seqüência do minigene incluem: epítopos da classe I do HLA, epítopos da classe II do HLA, epítopos de anticorpo, uma seqüência sinalizadora de ubiquitinação e/ou um sinal de objetivação ao retículo endoplasmático. Além disso, a apresentação de epítopos de CTL e HTL ao HLA pode ser melhorada através de inclusão de seqüências de flanqueamento sintéticas (por exemplo, polialanina) ou que ocorrem naturalmente adjacentes aos epítopos de CTL ou HLT; esses peptídeos maiores compreendendo o(s) epítopo(s) estando dentro do escopo da invenção.
A seqüência do minigene pode ser convertida em DNA através de montagem de oligonucleotídeos que codificam os filamentos positivos e negativos do minigene. Oligonucleotídeos de sobreposição (30-100 bases de comprimento) podem ser sintetizados, fosforilados, purificados e anelados sob condições apropriadas usando técnicas bem-conhecidas. As extremida126 des dos oligonucleotídeos podem ser unidas, por exemplo, usando ligase T4 de DNA. Esse minigene sintético, que codifica o polipeptídeo de epítopo, pode, então, ser clonado em um vetor de expressão desejado.
Seqüências regulatórias padrão bem-conhecidas por aqueles versados na técnica são, de preferência, incluídas no vetor para assegurar expressão nas células alvo. Vários elementos de vetor são desejáveis: um promotor com um sítio de clonagem a jusante para inserção do minigene; um sinal de poliadenilação para término eficaz de transcrição; uma origem de replicação de E. colr, e um marcador selecionável em E. coli (por exemplo, resistência à ampicilina ou canamicina). Numerosos promotores podem ser usados para essa finalidade, por exemplo, o promotor do citomegalovírus humano (hCMV). Veja, por exemplo, Patentes U.S. Nos. 5.580.859 e 5.589.466 para outras seqüências promotoras adequadas.
Modificações adicionais de vetor podem ser desejadas para otimizar expressão do minigene e imunogenicidade. Em alguns casos, íntrons são requeridos para expressão eficaz do gene, e um ou mais íntrons sintéticos ou que ocorrem naturalmente poderíam ser acoplados na região transcrita do minigene. A inclusão de seqüências de estabilização de mRNA e seqüências para replicação em células de mamífero também pode ser considerada para aumento da expressão do gene.
Uma vez que um vetor de expressão é selecionado, o minigene é clonado na região poliligante a jusante do promotor. Esse plasmídio é transformado em um gênero de E. coli apropriado e o DNa é preparado usando técnicas padrão. A orientação e seqüência de DNA do minigene, bem como todos os outros elementos incluídos no vetor, são confirmados usando mapeamento por restrição e análise de seqüência de DNA. Células bacterianas trazendo o plasmídio correto podem ser armazenadas como um banco de células mestre e um banco de células de trabalho.
Além disso, seqüências imunoestimulatórias (ISSs ou CpGs) parecem exercer um papel na imunogenicidade de vacinas de DNA. Essas seqüências podem ser incluídas no vetor, fora da seqüência de codificação do minigene, se desejado, para intensificar a imunogenicidade.
127
Em algumas modalidades, um vetor de expressão bi-cistrônico o qual permite produção de epítopos minigene-codificados e uma segunda proteína (incluída para intensificar ou diminuir a imunogenicidade) pode ser usado. Exemplos de proteínas ou polipeptídeos que poderíam intensificar beneficamente a resposta imune se co-expressas incluem citocinas (por exemplo, IL-2, IL-12, GM-CSF), moléculas de indução de citocinas (por exemplo, LeIF), moléculas co-estimulatórias ou, para respostas de HTL, proteínas de pan-DR-ligação (PADRE®, Epimmune, San Diego, CA). Epítopos auxiliares (HTL) podem ser unidos a sinais de objetivação intracelulares e expressos separadamente de epítopos de CTL expressos; isso permite direcionar os epítopos de CTL a um compartimento celular diferente daquele dos epítopos de CTL. Se requerido, isso podería facilitar mais eficazmente a entrada de epítopos de HTL na via da classe II do HLA, desse modo, melhorando a indução de HTL. Em contraste à indução de HTL ou CTL, especificamente a diminuição da resposta imune através de co-expressão de moléculas imunossupressoras (por exemplo, TGF-β) pode ser benéfica em determinadas doenças.
Quantidades terapêuticas de DNA de plasmídio podem ser produzidas, por exemplo, através de fermentação em E. colí, seguido por purificação. Alíquotas do banco de células de trabalho são usadas para inocular meio de desenvolvimento e desenvolvidas até saturação em frascos de agitação ou um biorreator de acordo com técnicas bem-conhecidas. DNA de plasmídio pode ser purificado usando tecnologias padrão de biosseparação, tais como resinas de troca de ânion em fase sólida fornecidas pela QIAGEN, Inc. (Valencia, Califórnia). Se requerido, DNA superespiralado pode ser isolado das formas circular aberta e linear usando eletroforese em gel ou outros métodos.
DNA de plasmídio purificado pode ser preparado para injeção usando uma variedade de formulações. O mais simples desses é reconstituição de DNA liofilizado em solução salina tamponada com fosfato estéril (PBS). Essa abordagem, conhecida como DNA nu, está atualmente sendo usada para administração intramuscular (IM) em experimentos clínicos. Para
128 maximizar os efeitos imunoterapêuticos de vacinas de DNA em minigene, um método alternativo para formulação de DNA de plasmídio purificado pode ser desejável. Uma variedade de métodos foi descrita e novas técnicas podem se tornar disponíveis. Lipídios catiônicos, glicolipídios e lipossomas fusogênicos também podem ser usados na formulação (veja, por exemplo, conforme descrito pelo WO 93/24640; Mannino & Gould-Fogerite, BioTechniques 6(7): 682 (1988); Pat. U.S. N° 5.279.833; WO 91/06309; e Felgner et al., Proc. Nat'l Acad. Sei. USA 84: 7413 (1987). Além disso, peptídeos e compostos referidos coletivamente como compostos protetores, interativos, de nao-condensação (PINC) também poderíam estar em complexos com o DNA de plasmídio purificado para influenciar variáveis tais como estabilidade, dispersão intramuscular ou tráfego a órgãos ou tipos de células específicas.
A sensibilização de células alvo pode ser usada como um ensaio funcional com relação à expressão e apresentação à classe I do HLA de epítopos de CTL minigene-codificados. Por exemplo, o DNA de plasmídio é introduzido em uma linhagem de células de mamífero que é adequada como um alvo para ensaios padrão de liberação de cromo em CTL. O método de transfecção usado será dependente da formulação final. Eletroporação pode ser usada para DNA nu, enquanto que lipídios catiônicos permitem transfecção direta in vitro. Um plasmídio expressando uma proteína fluorescente verde (GFP) pode ser co-transfectado para permitir enriquecimento de células transfectadas usando seleção de células fluorescência-ativada (FACS). Essas células são, então, marcadas com cromo-51 (51Cr) e usadas como células alvo para linhagens de CTL epítopo-específicas; citólise, detectada através de liberação de 51 Cr, indica a produção de, e apresentação ao HLA de, epítopos de CTL codificados por minigene. A expressão de epítopos de CTL pode ser avaliada de uma maneira análoga usando ensaios para avaliar a atividade de HTL.
A imunogenicidade in vivo é uma segunda abordagem para testagem funcional de formulações de minigene de DNA. Camundongos transgênicos expressando proteínas do HLA humano apropriadas são imunizados
129 com o produto de DNA. A dose e via de administração são formulaçãodependente (por exemplo, IM para DNA em PBS, intraperitoneal (i.p.) para DNA em complexo com lipídios). Vinte e um dias depois de imunização, esplenócitos são coletados e reestimulados durante uma semana na presença de peptídeos que codificam cada epítopo que está sendo testado. Após o que, para células efetoras de CTL, ensaios são conduzidos para citólise de células alvo 51Cr-marcadas peptídeo-carregadas usando técnicas padrão. A lise de células alvo que foram sensibilizadas através de HLA carregado com epítopos de peptídeo, correspondendo a epítopos minigene-codificados, demonstra a função da vacina de DNA para indução de CTLs in vivo. A imunogenicidade de epítopos de HTL é confirmada em camundongos transgênicos de uma maneira análoga.
Alternativamente, os ácidos nucléicos podem ser administrados usando distribuição balística, conforme descrito, por exemplo, na Patente U.S. N° 5.204.253. Usando essa técnica, partículas compreendidas unicamente de DNA são administradas. Em uma outra modalidade alternativa, DNA pode ser aderido às partículas, tais como partículas de ouro.
Minigenes podem também ser distribuídos usando outros sistemas de distribuição bacterianos ou virais bem-conhecidos na técnica, por exemplo, uma estrutura de expressão que codifica os epítopos da invenção pode ser incorporada em um vetor viral, tal como vaccinia.
X.C.2. Combinações de Peptídeos de CTL com Peptídeos Auxiliares
Composições de vacina compreendendo peptídeos de CTL da invenção podem ser modificadas, por exemplo, análogos, a fim de proporcionar atributos desejados, tais como meia-vida aperfeiçoada no soro, abrangência de população aumentada ou imunogenicidade intensificada.
Por exemplo, a capacidade de um peptídeo para induzir à atividade de CTL pode ser intensificada através de ligação do peptídeo a uma seqüência a qual contém pelo menos um epítopo que é capaz de indução a uma resposta de células T auxiliares. Embora um peptídeo de CTL possa ser diretamente ligado a um peptídeo T auxiliar, freqüentemente conjugados de epítopo de CTL/epítopo de HTL são ligados por uma molécula espaçado130 ra. O espaçador é, tipicamente, compreendido de moléculas neutras relativamente pequenas, tais como aminoácidos ou miméticos de aminoácido, os quais são substancialmente não carregados sob condições fisiológicas. Esses espaçadores são, tipicamente, selecionados, por exemplo, de Ala, Gly ou outros espaçadores neutros de aminoácidos não polares ou aminoácidos polares neutros. Será compreendido que o espaçador opcionalmente presente não precisa ser compreendido dos mesmos resíduos e, assim, pode ser um hetero- ou homooligômero. Quando presente, o espaçador usualmente será pelo menos um ou dois resíduos, mais usualmente três a seis resíduos e, algumas vezes, 10 ou mais resíduos. O epítopo de peptídeo de CTL pode ser ligado ao epítopo de peptídeo T auxiliar quer diretamente ou via um espaçador no amino ou carboxila término do peptídeo de CTL. O amino término do peptídeo imunogênico ou do peptídeo T auxiliar pode ser acilado.
Em determinadas modalidades, o peptídeo auxiliar T é um que é reconhecido por células T auxiliares presentes na maioria de uma população geneticamente diversa. Isso pode ser realizado através de seleção de peptídeos que se ligam a muitos, a maioria ou todas as moléculas da classe II do HLA. Exemplos de aminoácidos que se ligam a muitas moléculas da classe II do HLA incluem seqüências de antígenos tais como tetanus toxoid nas posições 830-843 (QYIKANSKFIGITE; SEQ ID NO:1), proteína de circunsporozóito de Plasmodium falciparum (CS) nas posições 378-398 (DIEKKIAKMEKASSVFNWNS; SEQ ID NO:2) e proteína de Streptococcus de 18 kD nas posições 116-131 (GAVDSILGGVATYGAA; SEQ ID NO:3). Outros exemplos incluem peptídeos trazendo um supermotivo DR 1-4-7 ou qualquer um dos motivos DR3.
Alternativamente, é possível preparar peptídeos sintéticos capazes de estimulação de linfócitos auxiliares T, de um modo frouxamente HLAlimitado, usando seqüências de aminoácidos não encontradas na natureza (veja, por exemplo, publicação PCT WO 95/07707). Esses compostos sintéticos denominados epítopos de Pan-DR-ligação (por exemplo, PADRE®, Epimmune, Inc., San Diego, CA) são projetados, mais preferivelmente para se
131 ligar à maioria das moléculas de HLA-DR (classe II do HLA humano). Por exemplo, descobriu-se que um peptídeo de epítopo de pan-DR-ligação tendo a fórmula: aKXVAAWTLKAa (SEQ ID NO:4), onde X é ciclohexilalanina, fenilalanina ou tirosina e a é D-alanina ou L-alanina, se liga a maioria dos alelos de HLA-DR e estimula a resposta de linfóticos T auxiliares da maioria dos indivíduos, a despeito de seu tipo de HLA. Uma alternativa a um epítopo de pan-DR-ligação compreende todos os L aminoácidos naturais e pode ser proporcionada na forma de ácidos nucléicos que codificam o epítopo.
Epítopos de peptídeo de HTL também podem ser modificados para alterar suas propriedades biológicas. Por exemplo, eles podem ser modificados para incluir D-aminoácidos para aumentar sua resistência a proteases e, assim, aumentar sua meia-vida no soro ou eles podem ser conjugados a moléculas, tais como lipídios, proteínas, carboidratos e similares para aumentar sua atividade biológica. Por exemplo, um peptídeo auxiliar T pode ser conjugado a uma ou mais cadeias de ácido palmítico no amino ou carboxila término.
X.C.3. Combinações de Peptídeos de CTL Com Agentes de Produção de Células T
Em algumas modalidades, pode ser desejável incluir nas composições farmacêuticas da invenção pelo menos um componente o qual produz linfócitos B ou linfócitos T. Lipídios foram identificados como agentes capazes de produzir CTL in vivo. Por exemplo, resíduos de ácido palmítico podem ser presos aos grupos ε- e a- amino de um resíduo de lisina e, então, ligados, por exemplo, via um ou mais resíduos de ligação, tais como Gly, Gly-Gly-, Ser, Ser-Ser ou semelhante, a um peptídeo imunogênico. O peptídeo lipidado pode, então, ser administrado diretamente em uma micela ou partículas, incorporado em um lipossoma, ou emulsificado em um adjuvante, incorporado em um lipossoma, ou emulsificado em um adjuvante, por exemplo, adjuvante incompleto de Freund. Em uma modalidade preferida, uma composição imunogênica particularmente eficaz compreende ácido palmítico preso a grupos ε- e a- amino de Lys, o qual é preso via ligação, por exemplo, Ser-Ser, ao amino término do peptídeo imunogênico.
132
Como outro exemplo de produção por lipídio de respostas de CTL, lipoproteínas de E. coli, tal como tripalmitoil-S-glicerilcisteinil-serilserina (P3CSS) podem ser usadas para produzir CTL vírus específica quando covalentemente presas a um peptídeo apropriado (veja, por exemplo, Deres et al., Nature 342: 561, 1989). Os peptídeos da invenção podem ser acoplados a P3CSS, por exemplo, e o lipopeptídeo administrado a um indivíduo para produzir especificamente uma resposta imune ao antígeno alvo. Além disso, em virtude do fato de a indução de anticorpos de neutralização também poder ser produzida com epítopos P3CSS-conjugados, duas de tais composições podem ser combinadas para estimular mais eficazmente respostas humorais e célula-mediadas.
X.C.4. Composições de Vacina Compreendendo DCs Pulsadas com Peptídeos de CTL e/ou HTL
Uma modalidade de uma composição de vacina de acordo com a invenção compreende administração ex vivo de um coquetel de peptídeos trazendo epítopo ao PBMC ou DCs isoladas do mesmo, do sangue do paciente. Um produto farmacêutico para facilitar coleta de DCs pode ser usado, tal como Progenipoietin® (Pharmacia-Monsanto, St. Louis, MO) ou GMCSF/IL-4. Após pulsação das DCs com peptídeos e antes de reinfusão em pacientes, as DCs são lavadas para remover peptídeos não ligados. Nessa modalidade, uma vacina compreende DCs peptídeo-pulsadas as quais apresentam os epítopos peptídeo-pulsados em complexo com moléculas de HLA sobre suas superfícies.
As DCs podem ser pulsadas ex vivo com um coquetel de peptídeos, alguns dos quais estimulam respostas de CTL ao PSCA. opcionalmente, um peptídeo de célula T auxiliar (HTL), tal como um peptídeo da classe II do HLA frouxamente limitado natural ou artificial, pode ser incluído para facilitar a resposta de CTL. Assim, uma vacina de acordo com a invenção é usada para tratar um câncer o qual expressa ou superexpressa o PSCA. X.D. Imunoterapia Adotiva
Peptídeos PSCA-relacionados antigênicos são usados para estimular uma resposta de CTL e/ou HTL ex vivo também. As células de CTL
133 ou HTL resultantes podem ser usadas para tratar tumores em pacientes que não respondem a outras formas convencionais de terapia ou não responderão a um peptídeo ou ácido nucléico em vacina terapêutica de acordo com a invenção. Respostas de CTL ou HTL ex vivo a um antígeno em particular são induzidas através de incubação em cultura tecidual do paciente ou células precursoras de CTL ou HTL geneticamente compatíveis junto com uma fonte de células apresentando antígeno (APC), tais como células dendríticas, e o peptídeo imunogênico apropriado. Após um período de incubação apropriado (tipicamente cerca de 7-28 dias), no qual as células precursoras são ativadas e expandidas em células efetoras, as células são infundidas novamente no paciente, onde elas destruirão (CTL) ou facilitarão a destruição (HTL) de sua célula alvo específica (por exemplo, uma célula tumorígena). Células dendríticas transfectadas também podem ser usadas como células apresentando antígeno.
X.E. Administração de Vacinas para Fins Terapêuticos ou Profiláticos
As composições farmacêuticas e de vacina da invenção são, tipicamente, usadas para tratar e/ou prevenir um câncer que expressa ou superexpressa o PSCA. Em aplicações terapêuticas, composições de peptídeo e/ou ácido nucléico são administradas a um paciente em uma quantidade suficiente para estimular uma resposta eficaz de células B, CTL e/ou HTL ao antígeno e curar ou pelo menos aliviar parcialmente ou diminuir os sintomas e/ou complicações. Uma quantidade adequada para realizar isso é definido como uma dose terapeuticamente eficaz. Quantidades eficazes para esse uso dependerão, por exemplo, da composição administrada em particular, da maneira de administração, do estágio e gravidade da doença que está sendo tratada, do peso e estado geral de saúde do paciente e do julgamento do médico.
Para composições farmacêuticas, os peptídeos imunogênicos da invenção, ou DNA que codifica os mesmos, são geralmente administrados a um indivíduo que já traz um tumor que expressa o PSCA. Os peptídeos ou DNA que codificam os mesmos podem ser administrados individualmente ou como fusões de uma ou mais seqüências de peptídeo. Os pacientes podem
134 ser tratados com os peptídeos imunogênicos separadamente em conjunto com outros tratamentos, tal como cirurgia, conforme apropriado.
Para uso terapêutico, a administração geralmente começará no primeiro diagnóstico de câncer PSCA-associado. Isso é seguido por doses de reforço pelo menos até que os sintomas sejam substancialmente eliminados e durante um período de tempo após isso. A modalidade da composição de vacina (isto é, incluindo, mas não limitado, a modalidades tais como coquetéis de peptídeo, polipeptídeos poliepitópicos, minigenes ou CTLs TAAespecíficas ou células dendríticas pulsadas) distribuídas ao paciente, podem variar de acordo com o estágio da doença ou o estado de saúde do paciente. Por exemplo, em um paciente com um tumor que expressa PSCA, uma vacina compreendendo CTL PSCA-específica pode ser mais eficaz na morte de células tumorígenas em um paciente com doença avançada do que modalidades alternativas.
Geralmente é importante proporcionar uma quantidade do epítopo de peptídeo distribuída através de um modo de administração suficiente para estimular eficazmente uma resposta de células T citotóxicas; composições as quais estimulam respostas de células T auxiliares também podem ser fornecidas de acordo com essa modalidade da invenção.
A dosagem para imunização terapêutica inicial geralmente ocorre em uma faixa de dosagem unitária onde o valor mínimo é cerca de 1, 5, 50, 500 ou 1.000 pg e o valor máximo é cerca de 10.000; 20.000; 30.000; ou 50.000 pg. Valores de dosagem para um ser humano oscilam, tipicamente, de cerca de 500 pg a cerca de 50.000 pg por 70 quilogramas de paciente. Dosagens de reforço dentre cerca de 1,0 pg a cerca de 50.000 pg de peptídeo referente a um regime de dosagem durante semanas a meses podem ser administradas, dependendo da resposta do paciente e condição, conforme determinado através de medição da atividade específica de CTL e HTL obtida do sangue do paciente. A administração deverá continuar pelo menos até que os sintomas clínicos ou testes de laboratório indiquem que a neoplasia tenha sido eliminada ou reduzida e durante um período de tempo após isso. As dosagens, vias de administração e esquemas de dose são ajusta135 dos de acordo com metodologias conhecidas na técnica.
Em determinadas modalidades, os peptídeos e composições da presente invenção são empregados em estados doentios graves, isto é, situações que ameaçam a vida ou ameaçam potencialmente a vida. Em tais casos, como um resultado das quantidades mínimas de substâncias estranhas e a natureza não-tóxica relativa dos peptídeos nas composições preferidas da invenção, é possível e pode ser sentida desejável pelo médico para administrar excessos substanciais dessas composições peptídicas com relação a essas quantidades de dosagens estabelecidas.
As composições de vacina da invenção também podem ser usadas puramente com agentes profiláticos. Geralmente, a dosagem para uma imunização profilática inicial geralmente ocorre em uma faixa de dosagem unitária onde o valor mínimo é cerca de 1, 5, 50, 500 ou 1000 pgeo valor máximo é cerca de 10.000; 20.000; 30.000; ou 50.000 pg. Valores de dosagem para uma faixa humana oscilam, tipicamente, de cerca de 500 pg a cerca de 50.000 pg por 70 quilogramas do paciente. Isso é seguido por dosagens de reforço dentre cerca de 1,0 pg a cerca de 50.000 pg do peptídeo administrados em intervalos definidos de cerca de quatro semanas a seis meses após a administração inicial da vacina. A imunogenicidade da vacina pode ser avaliada através de medição da atividade específica de CTL e HTL obtida de uma amostra de sangue do paciente.
As composições farmacêuticas para tratamento terapêutico se destinam à administração parenteral, tópica, oral, nasal, intratecal ou local (por exemplo, como um creme ou pomada tópica). De preferência, as composições farmacêuticas são administradas parenteralmente, por exemplo, intravenosa, subcutânea, intradérmica ou intramuscularmente. Assim, a invenção proporciona composições para administração parenteral as quais compreendem uma solução dos peptídeos imunogênicos dissolvidos ou suspensos em um veículo aceitável, de preferência um veículo aquoso.
Uma variedade de veículos aquosos pode ser usada, por exemplo, água, água tamponada, solução salina a 0,8%, 0,3% de glicina, ácido hialurônico e similares. Essas composições podem ser esterilizadas através
136 de técnicas de esterilização convencionais bem-conhecidas ou podem ser filtradas estéreis. As soluções aquosas resultantes podem ser adicionadas para uso como estão ou liofilizadas, o preparado liofilizado sendo combinado com uma solução estéril antes de administração.
As composições podem conter substâncias auxiliares farmaceuticamente aceitáveis, conforme requerido, para se aproximar das condições fisiológicas, tais como agentes para ajuste de pH e tamponamento, agentes para ajuste de tonicidade, agentes de umedecimento, conservantes e similares, por exemplo, acetato de sódio, lactato de sódio, cloreto de sódio, cloreto de potássio, cloreto de cálcio, monolaurato de sorbitan, oleato de trietanolamina, etc.
A concentração de peptídeos da invenção nas formulações farmacêuticas pode variar amplamente, isto é, de menos do que cerca de 0,1%, usualmente em ou pelo menos cerca de 2% a tanto quanto 20% a 50% ou mais em peso e será selecionada primariamente pelos volumes de fluido, viscosidades, etc., de acordo com o modo de administração selecionado em particular.
Uma forma de dose unitária humana de uma composição é, tipicamente, incluída em uma composição farmacêutica que compreende uma dose unitária humana de um veículo aceitável, em uma modalidade um veículo aquoso e é administrada em um volume/quantidade que é conhecido por aqueles versados na técnica para ser usado para a administração de tais composições a seres humanos (veja, por exemplo, Remington's Pharmaceutical Sciences, 17a Edição, A. Gennaro, Editor, Mack Publishing Co., Easton, Pensilvania, 1985). Por exemplo, uma dose de peptídeo para imunização inicial pode ser de cerca de 1 a cerca de 50.000 pg, geralmente 100-5.000 pg para um paciente de 70 kg. Por exemplo, para ácidos nucléicos, uma imunização inicial pode ser realizada usando um vetor de expressão na forma de ácido nucléico nu administrado IM (ou SC ou ID) nas quantidades de 0,5-5 mg em locais múltiplos. O ácido nucléico (0,1 a 1000 pg) também pode ser administrado usando uma pistola de genes. Após um período de incubação de 3-4 semanas, uma dose de reforço é, então, administrada. O reforço
137 pode ser vírus da varíola recombinante administrado em uma dose de 5-107 a 5 x 109 pfu.
Para anticorpos, um tratamento geralmente envolve administração repetida de preparado de anticorpo anti-PSCA, através de uma via aceitável de administração, tal como injeção intravenosa (IV), tipicamente em uma dose na faixa de cerca de 0,1 a cerca de 10 mg/kg de peso corporal. Em geral, doses na faixa de 10-500 mg de Ab por semana são eficazes e bem toleradas. Além disso, uma dose de carregamento inicial de aproximadamente 4 mg/kg de peso corporal do paciente IV, seguido por doses semanais de cerca de 2 mg/kg IV do preparado de mAb anti-PSCA representa um regime de dosagem aceitável. Conforme apreciado por aqueles versados na técnica, vários fatores podem influenciar a dose ideal em cada caso em particular. Tais fatores incluem, por exemplo, meia-vida de uma composição, a afinidade de ligação de um Ab, a imunogenicidade de uma substância, o grau de expressão do PSCA no paciente, a extensão de circulação de antígeno de PSCA, o nível de concentração em estado-pesado desejado, freqüência de tratamento e a influência de agentes quimioterapêuticos ou outros usados em combinação com o método de tratamento da invenção, bem como estado de saúde de um paciente em particular. Doses unitárias humanas preferidas não limitativas são, por exemplo, 500 pg - 1 mg, 1 mg - 50 mg, 50 mg -100 mg, 100 mg - 200 mg, 200 mg - 300 mg, 400 mg - 500 mg, 500 mg - 600 mg, 600 mg - 700 mg, 700 mg - 800 mg, 800 mg - 900 mg, 900 mg -1 g ou 1 mg - 700 mg. Em determinadas modalidades, a dose está em uma faixa de 2-5 mg/kg de peso corporal, por exemplo, seguido por doses semanais de 1-3 mg/kg; 0,5 mg, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 mg/kg de peso corporal seguido, por exemplo, em duas, três ou quatro semanas por doses semanais; 0,5-10 mg/kg de peso corporal, por exemplo, seguido em duas, três ou quatro semanas por doses semanais; 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400 mg/m2 de área corporal semanalmente; 1-600 mg/m2 de área corporal semanalmente; 225-400 mg/m2 de área corporal semanalmente; essas podem ser seguidas por doses semanais durante 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 19, 11, 12 ou mais semanas.
138
Em uma modalidade, formas de dose unitária humana de polinucleotídeos compreendem uma faixa de dose adequada ou quantidade eficaz que proporciona qualquer efeito terapêutico. Conforme apreciado por aqueles versados na técnica, um efeito terapêutico depende de uma série de fatores, incluindo a seqüência do polinucleotídeo, peso molecular do polinucleotídeo e via de administração. Dosagens são geralmente selecionadas pelo médico ou outro profissional de saúde de acordo com uma variedade de parâmetros conhecidos na técnica, tais como gravidade dos sintomas, história do paciente e similares. Geralmente, para um polinucleotídeo de cerca de 20 bases, uma faixa de dosagem pode ser selecionada, por exemplo, de um limite mínimo independentemente selecionado, tal como cerca de 0,1, 0,25, 0,5, 1, 2, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 300, 400 ou 500 mg/kg até um limite máximo independentemente selecionado, maior do que o limite mínimo, de cerca de 60, 80, 100, 200, 300, 400, 500, 750, 1000, 1500, 2000, 3000, 4000, 5000, 6000, 7000, 8000, 9000 ou 10.000 mg/kg. Por exemplo, uma dose pode ser cerca de qualquer um dos seguintes: 0,1 a 100 mg/kg, 0,1 a 50 mg/kg, 0,1 a 25 mg/kg, 0,1 a 10 mg/kg, 1 a 500 mg/kg, 100 a 400 mg/kg, 200 a 300 mg/kg, 1 a 100 mg/kg, 100 a 200 mg/kg, 300 a 400 mg/kg, 400 a 500 mg/kg, 500 a 1000 mg/kg, 500 a 5000 mg/kg ou 500 a 10,000 mg/kg. Geralmente, vias parenterais de administração podem requerer doses maiores de polinucleotídeo comparado à aplicação mais direta do nucleotídeo ao tecido doente, assim como polinucleotídeo de comprimento aumentado.
Em uma modalidade, formas de dose unitária humana de células T compreendem uma faixa de dosagem adequada ou quantidade eficaz que proporciona qualquer efeito terapêutico. Conforme apreciado por aqueles versados na técnica, um efeito terapêutico depende de uma série de fatores. Dosagens são geralmente selecionadas pelo médico ou outro profissional de saúde de acordo com uma variedade de parâmetros conhecidos na técnica, tais como gravidade dos sintomas, história do paciente e similares. Uma dose pode ser cerca de 104 células a cerca de 106 células, cerca de 106 células a cerca de 108 células, cerca de 108 a cerca de 1011 células ou cerca de 108
139 a cerca de 5 x 1O10 células. Uma dose pode também ser cerca de 106 células/m2 a cerca de 1O10 células/m2 ou cerca de 106 células/m2 a cerca de 108 células/m2.
As proteínas da invenção e/ou ácidos nucléicos que codificam as proteínas também podem ser administrados via lipossomas, os quais também podem servir para: 1) objetivar as proteínas a um tecido em particular, tal como tecido linfóide; 2) objetivar seletivamente células doentes; ou 3) aumentar a meia-vida da composição peptídica. Lipossomas incluem emulsões, espumas, micelas, monocamadas insolúveis, cristais líquidos, dispersões de fosfolipídio, camadas lamelares e similares. Nesses preparados, o peptídeo a ser distribuído é incorporado como parte de um lipossoma, sozinho ou em conjunto com uma molécula a qual se liga a um receptor prevalente entre células linfóides, tal como anticorpos monoclonais os quais se ligam ao antígeno CD45 ou com outras composições terapêuticas ou imunogênicas. Assim, lipossomas cheios ou decorados com um peptídeo desejado da invenção podem ser dirigidos ao local de células linfóides, onde os lipossomas, então, distribuem as composições peptídicas. Lipossomas para uso de acordo com a invenção são formados de lipídios padrão que formam vesícula, os quais geralmente incluem fosfolipídios neutros e negativamente carregados e um esterol, tal como colesterol. A seleção de lipídios é geralmente orientada levando-se em conta, por exemplo, o tamanho do lipossoma, labilidade a ácidos e estabilidade dos lipossomas na corrente sangüínea. Uma variedade de métodos está disponível para a preparaçãop de lipossomas, por exemplo, conforme descrito em Szoka et al., Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 9: 467 (1980) e Patentes U.S. N°s 4.235.871. 4.501.728. 4.837.028. e 5.019.369.
Para objetivação de células do sistema imune, um ligante a ser incorporado no lipossoma pode incluir, por exemplo, anticorpos ou fragmentos dos mesmos específicos para determinantes na superfície celular das células do sistema imune desejadas. Uma suspensão lipossômica contendo um peptídeo pode ser administrada intravenosa, local, topicamente, etc. em uma dose a qual varia, interalia, de acordo com a maneira de administração,
140 o peptídeo que está sendo distribuído e o estágio da doença que está sendo tratada.
Para composições sólidas, veículos sólidos não-tóxicos convencionais podem ser usados os quais incluem, por exemplo, graus farmacêuticos de manitol, lactose, amido, estearato de magnésio, sacarina de sódio, talco, celulose, glicose, sacarose, carbonato de magnésio e similares. Para administração oral, uma composição não-tóxica farmaceuticamente aceitável é formada através de incorporação de qualquer um dos excipientes normalmente empregados, tais como aqueles veículos anteriormente listados, e geralmente 10-95% de ingrediente ativo, isto é, um ou mais peptídeos da invenção, e mais preferivelmente em uma concentração de 25%-75%.
Para administração através de aerossol, peptídeos imunogênicos são, de preferência, fornecidos na forma finamente dividida junto com um tensoativo e propelente. Percentuais típicos de peptídeos são cerca de 0,01%-20% em peso, de preferência cerca de 1%-10%. O tensoativo deve, naturalmente, ser não-tóxico e, de preferência, solúvel no propelente. Representativos de tais agentes são ésteres e ésteres parciais de ácidos graxos contendo de cerca de 6 a 22 átomos de carbono, tais como ácido capróico, octanóico, láurico, palmítico, esteárico, linoleico, linolênico, olestérico e oléico com um álcool poliídrico alifático ou seu anidrido cíclico. Ésteres misturados, tais como glicerídeos misturados ou naturais, podem ser empregados. O tensoativo pode constituir cerca de 0,1%-20% em peso da composição, de preferência cerca de 0,25%-5%. O equilíbrio da composição é comumente propelente. Um veículo também pode ser incluído, conforme desejado, por exemplo, com lecitina para distribuição intranasal.
XI.) Modalidades Diagnóstica e Prognostica de PSCA
Conforme divulgado aqui, polinucleotídeos de PSCA, polipeptídeos, células T citotóxicas reativas (CTL), células T auxiliares reativas (HTL) e anticorpos anti-polipeptídeo são usados em ensaios diagnósticos, prognósticos e terapêuticos bem-conhecidos que examinam condições associadas ao crescimento celular desregulado, tal como câncer, em particular os cânceres listados na Tabela I (veja, por exemplo, seu padrão específico de ex141 pressão tecidual, bem como sua superexpressão em determinados cânceres, conforme descrito, por exemplo, no Exemplo intitulado Análise de expressão de PSCA em tecidos normais e amostras de pacientes).
O PSCA pode ser análogo a um antígeno próstata-associado PSA, o marcado arquétipo que foi usado pelos médicos durante anos para identificar e monitorar a presença de câncer de próstata (veja, por exemplo, Merrill et al., J. Urol. 163(2): 503-5120 (2000); Polascik et al., J. Urol. Aug; 162(2): 293-306 (1999) e Fortier et al., J. Nat. Câncer Inst. 91(19): 16351640(1999)). Uma variedade de outros marcadores diagnósticos também é usada em contextos similares, incluindo p53 e K-ras (veja, por exemplo, Tulchinsky et al., Int J Mol Med, Julho de 1999, 4(1): 99-102 e Minimoto et al., Câncer Detect Prev 2000; 24(1): 1-12). Portanto, a presente descrição de polinucleotídeos e polipeptídeos de PSCA (bem como sondas de polinucleotídeo de PSCA e anticorpos anti-PSCA usadas para identificar a presença dessas moléculas) e suas propriedades permitem que aqueles versados na técnica utilizem essas moléculas em métodos que são análogos àqueles usados, por exemplo, em uma variedade de ensaios diagnósticos destinados a examinar condições associadas ao câncer.
Modalidades típicas de métodos diagnósticos os quais utilizam os polinucleotídeos de PSCA, polipeptídeos, células T reativas e anticorpos são análogos àqueles métodos de ensaios diagnósticos bem estabelecidos, os quais empregam, por exemplo, polinucleotídeos de PSA, polipeptídeos, células T reativas e anticorpos. Por exemplo, assim como polinucleotídeos de PSA são usados como sondas (por exemplo, em análise de Northern, veja, por exemplo, Sharief et al., Biochem. Mol. Biol. Int. 33(3): 56774(1994)) e iniciadores (por exemplo, em análise por PCR, veja, por exemplo, Okegawa et al., J. Urol. 163(4): 1189-1190 (2000)) para observar a presença e/ou o nível de mRNAs de PSA em métodos de monitoramento de superexpressão de PSA ou a metástase de cânceres de próstata, os polinucleotídeos de PSCA descritos aqui podem ser utilizados da mesma forma para detectar superexpressão de PSCA ou a metástase de câncer de próstata e outros expressando esse gene. Alternativamente, assim como polipeptí142 deos de PSA são usados para gerar anticorpos específicos para o PSA os quais podem, então, ser usados para observar a presença e/ou o nível de proteínas de PSA em métodos para monitorar superexpressão de proteína PSA (veja, por exemplo, Stephan et al. Urology 55(4): 560-3 (2000)) ou a metástase de células de próstata (veja, por exemplo, Alanen et al., Pathol. Res. Pract. 192(3): 233-7 (1996)), os polipeptídeos de PSCA descritos aqui podem ser utilizados para gerar anticorpos para uso na detecção de superexpressão de PSCA ou a metástase de células de próstata e células de outros cânceres expressando esse gene.
Especificamente, em virtude do fato de tais metástases envolverem o movimento de células cancerígenas de um órgão de origem (tal como o pulmão ou glândula prostática, etc.) a uma área diferente do corpo (tal como um nódulo linfático), ensaios os quais examinam uma amostra biológica com relação à presença de células expressando polinucleotídeos e/ou polipeptídeos de PSCA podem ser usados para proporcionar evidência de metástase. Por exemplo, quando se verifica que uma amostra biológica de tecido que normalmente não contém células expressando PSCA (nódulo linfático) contém células que expressam PSCA, tal como a expressão de PSCA observada em LAPC4 e LAPC9, xenoenxertos isolados de nódulo linfático e metástases ósseas, respectivamente, essa descoberta é indicativa de metástase.
Alternativamente, polinucleotídeos e/ou polipeptídeos de PSCA podem ser usados para proporcionar evidência de câncer, por exemplo, quando se verifica que células em uma amostra biológica que normalmente não expressam PSCA ou expressam PSCA em um nível diferente expressam PSCA ou têm uma expressão aumentada de PSCA (veja, por exemplo, a expressão de PSCA em cânceres listados na Tabela I e em amostras de paciente, etc., mostradas nas Figuras em anexo). Em tais ensaios, os técnicos podem ainda desejar gerar evidência suplementar de metástase através de testagem da amostra biológica com relação à presença de um segundo marcador tecido-limitada (além do PSCA), tal como PSA, PSCA, etc. (veja, por exemplo, Alanen et al., Pathol. Res. Pract. 192(3): 233-237 (1996)).
143
O uso de imuno-histoquímica para identificar a presença de um polipeptídeo de PSCA dentro de uma seção tecidual pode indicar um estado alterado de determinadas células dentro desse tecido. É bem compreendido na técnica que a capacidade de um anticorpo de localizar a um polipeptídeo que é expresso em células cancerígenas é uma forma de diagnosticar a presença de uma doença, estágio de doença, progressão e/ou agressividade de tumor. Tal anticorpo também pode detectar uma distribuição alterada do polipeptídeo dentro das células cancerígenas, quando comparado ao tecido não-maligno correspondente.
O polipeptídeo e composições imunogênicas de PSCA também são muito úteis em vista do fenômeno de localização alterada de proteína subcelular. A alteração de células do estado normal para doentio causa alterações na morfologia celular e, freqüentemente, está associada a alterações na localização/distribuição de proteína subcelular. Por exemplo, proteínas da membrana celular que são expressas de uma maneira polarizada em células normais podem ser alteradas em uma doença, resultando em distribuição da proteína de uma maneira não polar sobre toda a superfície celular.
O fenômeno de localização alterada de proteína subcelular em um estado doentio foi demonstrado com expressão de proteína MUC1 e Her2 através do uso de meios imuno-histoquímicos. Células epiteliais normais têm uma distribuição apical típica de MUC1, além de alguma localização supranuclear da glicoproteína, enquanto que lesões malignas freqüentemente demonstram um padrão de coloração apoiar (Diaz et al., The Breast Journal, 7; 40-45 (2001); Zhang et al., Clinicai Câncer Research, 4; 26692676 (1998): Cao et al., The Journal of Histochemistry and Cytochemistry, 45: 1547-1557 (1997)). Além disso, o epitélio normal de mama é negativo para a proteína Her2 ou exibe apenas uma distribuição basolateral, enquanto que células malignas podem expressar a proteína sobre toda a superfície celular (De Potter et al., International Journal of Câncer, 44; 969-974 (1989): McCormick et al., 117; 935-943 (2002)). Alternativamente, a distribuição da proteína pode ser alterada de uma localização apenas na superfície para incluir expressão citoplásmica difusa no estado doentio. Tal exemplo pode
144 ser observado com MUC1 (Diaz et al., The Breast Journal, 7: 40-45 (2001)).
Alteração na localização/distribuição de uma proteína na célula, conforme detectado através de métodos imuno-histoquímicos, podem também proporcionar informação valiosa referente ao favorecimento de determinadas modalidades de tratamento. Esse último ponto é ilustrado por uma situação onde uma proteína pode ser intracelular em um tecido normal, mas estar na superfície celular em células malignas; a localização na superfície celular torna as células favoravelmente passíveis de regimes de diagnóstico e tratamento baseados em anticorpo. Quando tal alteração de localização de proteína ocorre para o PSCA, a proteína de PSCA e respostas imunes relacionadas à mesma são muito úteis. Conseqüentemente, a capacidade de determinar se alteração de localização da proteína subcelular ocorreu para 24P4C12 tornam a proteína de PSCA e respostas imunes relacionadas à mesma muito úteis. O uso de composições de PSCA permite que aqueles versados na técnica tomem importantes decisões diagnosticas e terapêuticas.
Reagentes imuno-histoquímicos específicos ao PSCA são também úteis para detectar metástases de tumores expressando PSCA quando o proporcionar aparece em tecidos onde o PSCA não é normalmente produzido.
Assim, polipeptídeos e anticorpos ao PSCA resultantes de respostas imunes aos mesmos são úteis em uma variedade de importantes contextos, tais como fins diagnósticos, prognósticos, preventivos e/ou terapêuticos conhecidos por aqueles versados na técnica.
Assim como fragmentos de polinucleotídeo e variantes de polinucleotídeo de PSCA são empregados por aqueles versados na técnica para uso em métodos de monitoramento de PSA, fragmentos de polinucleotídeo e variantes de polinucleotídeo de PSCA são usados de uma maneira análoga. Em particular, polinucleotídeos de PSA típicos usados em métodos de monitoramento de PSA são sondas ou iniciadores os quais consistem em fragmentos da seqüência de cDNA de PSA. Ilustrando isso, iniciadores usados para amplificar por PCR um polinucleotídeo de PSA devem incluir menos do
4r!
145 que a seqüência de PSA toda para funcionar na reação em cadeia de polimerase. No contexto de tais reações de PCR, aqueles versados na técnica geralmente criam uma variedade de diferentes fragmentos de polinucleotídeo que podem ser usados como iniciadores de forma a amplificar diferentes partes de um polinucleotídeo de interesse ou otimizar reações de amplificação (veja, por exemplo, Caetano-Anolles, G. Biotechniques 25(3): 472-476, 478-480 (1998); Robertson et al., Methods Mol. Biol. 98: 121-154 (1998)). Uma ilustração adicional é proporcionada no Exemplo intitulado Análise de expressão de PSCA em tecidos normais e amostras de pacientes, onde um fragmento de polinucleotídeo de PSCA é usado como uma sonda para mostrar a expressão de RNAs de PSCA em células cancerígenas. Além disso, seqüências variantes de polinucleotídeo são, tipicamente, usadas como iniciadores e sondas para os mRNAs correspondentes em análises de PCR e Northern blot (veja, por exemplo, Sawai et al., Fetal Diagn. Ther., Nov-Dez de 1996, 11(6): 407-13 e Current Protocols In Molecular Biology, Volume 2, Unidade 2, Frederick M. Ausubel et al. eds., 1995)). Fragmentos de polinucleotídeo e variantes são úteis nesse contexto, onde eles são capazes de se ligar a uma seqüência de polinucleotídeo alvo (por exemplo, um polinucleotídeo de PSCA mostrado na Figura 2 ou variante do mesmo) sob condições de elevada estringência.
Além disso, polipeptídeos de PSA os quais contêm um epítopo que pode ser reconhecido por um anticorpo ou célula T que se liga especificamente a esse epítopo são usados em métodos de monitoramento de PSA. Fragmentos de polipeptídeo de PSCA e análogos ou variantes de polipeptídeo também podem ser usados de uma maneira análoga. Essa prática de uso de fragmentos de polipeptídeo ou variantes de polipeptídeo para gerar anticorpos (tais como anticorpos anti-PSCA ou células T) é típica na técnica, com uma ampla variedade de sistemas, tais como proteínas de fusão, sendo usados por aqueles versados na técnica (veja, por exemplo, Current Protocols In Molecular Biology, Volume 2, Unidade 16, Frederick M. Ausubel et al. eds., 1995). Nesse contexto, cada epítopo funciona para proporcionar a arquitetura com a qual um anticorpo ou célula T é reativa. Tipicamente, aque146 les versados na técnica criam uma variedade de diferentes fragmentos de polipeptídeo que podem ser usados de forma a gerar respostas imunes específicas para diferentes partes de um polipeptídeo de interesse (veja, por exemplo, Patente U.S. N° 5.840.501 e Patente U.S. N° 5.939.533). Por exemplo, pode ser preferível utilizar um polipeptídeo compreendendo um dos motivos biológicos de PSCA discutidos aqui ou uma subseqüência trazendo motivo a qual é prontamente identificada por aqueles versados na técnica baseado em motivos disponíveis na técnica. Fragmentos, variantes ou análogos de polipeptídeo são, tipicamente, úteis nesse contexto, à medida que eles compreendam um epítopo capaz de geração de um anticorpo ou célula T específica para uma seqüência de polipeptídeo alvo (por exemplo, um polipeptídeo de PSCA mostrado na Figura 3).
Conforme mostrado aqui, os polinucleotídeos e polipeptídeos de PSCA (bem como as sondas de polinucleotídeo de PSCA e anticorpos antiPSCA ou células T usadas para identificar a presença dessas moléculas) exibem propriedades específicas que os torna úteis em diagnóstico de câncer, tais como aqueles listados na Tabela I. Ensaios diagnósticos que medem a presença de produtos do gene de PSCA, de forma a avaliar a presença ou início de uma condição doentia descrita aqui, tal como câncer de próstata, são usados para identificar pacientes para medidas preventivas ou monitoramento adicional, conforme tem sido feito com sucesso com PSA. Além disso, esses materiais satisfazem uma necessidade na técnica por moléculas tendo características similares ou complementares ao PSA em situações onde, por exemplo, um diagnóstico definitivo de metástase de origem prostática não pode ser feito com base em um teste para o PSA apenas (veja, por exemplo, Alanen et al., PathoL Res. Pract. 192(3): 233-237 (1996)) e, conseqüentemente, materiais tais como polinucleotídeos e polipeptídeos de PSCA (bem como as sondas de polinucleotídeo de PSCA e anticorpos antiPSCA usados para identificar a presença dessas moléculas) precisam ser empregados para confirmar uma metástase de origem prostática.
Finalmente, além de seu uso em ensaios diagnósticos, os polinucleotídeos de PSCA descritos aqui têm uma série de outras utilidades, tal
147 como seu uso na identificação de anormalidades cromossômicas associadas oncogenéticas na região cromossômica à qual o gene de PSCA se mapeia (veja o Exemplo intitulado Mapeamento Cromossômico de PSCA abaixo). Além disso, além de seu uso em ensaios diagnósticos, as proteínas PSCArelacionadas e polinucleotídeo descritos aqui têm outras utilidades, tal como seu uso na análise forense de tecidos de origem desconhecida (veja, por exemplo, Takahama K Forensic Sei Int; 28 de Junho de 1996; 80(1-2): 63-9).
Adicionalmente, proteínas PSCA-relacionadas ou polinucleotídeos da invenção podem ser usados para tratar uma condição patológica caracterizada pela superexpressão de PSCA. Por exemplo, a seqüência de aminoácido ou ácido nucléico da Figura 2 ou Figura 3, ou fragmentos das mesmas, pode ser usada para gerar uma resposta imune a um antígeno de PSCA. Anticorpos ou outras moléculas que reagem com o PSCA podem ser usados para modular a função dessa molécula e, desse modo, proporcionar um benefício terapêutico.
XII.) Inibição de Função de Proteína de PSCA
A invenção inclui vários métodos e composições para a inibição da ligação de PSCA a seu parceiro de ligação ou sua associação com outra(s) proteína(s), bem como métodos para inibição da função do PSCA. XII.A.) Inibição de PSCA Com Anticorpos Intracelulares
Em uma abordagem, um vetor recombinante que codifica anticorpos com cadeia simples que se liga especificamente ao PSCA são introduzidos em células expressando PSCA via tecnologias de transferência de gene. Conseqüentemente, o anticorpo anti-PSCA com cadeia simples codificado é expresso intracelularmente, se liga à proteína de PSCA e, desse modo, inibe sua função. Métodos para a manipulação de tais anticorpos com cadeia simples intracelulares são bem-conhecidos. Tais anticorpos intracelulares, também conhecidos como intracorpos, são especificamente objetivados a um compartimento em particular dentro da célula, proporcionando controle onde a atividade inibitória do tratamento está focalizada. Essa tecnologia tem sido aplicada com sucesso na técnica (para revisão, veja Richardson e Marasco, 1995, TIBTECH vol. 13). Foi mostrado que intracorpos
148 eliminam virtualmente a expressão de receptores na superfície celular de outro modo abundantes (veja, por exemplo, Richardson et al., 1995, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 92: 3137-3141; Beerli et aL, 1994, J. Biol. Chem. 289: 23931-23936; Deshane etal., 1994, Gene Ther. 1: 332-337).
Anticorpos com cadeia simples compreendem os domínios variáveis das cadeias pesada e leve unidos por um polipeptídeo ligante flexível e são expressos como um único polipeptídeo. Opcionalmente, anticorpos com cadeia simples são expressos como um fragmento com região variável de cadeia simples unido à região constante de cadeia leva. Sinais de tráfego intracelular bem-conhecidos são manipulados em vetores de polinucleotídeo recombinantes que codificam anticorpos com cadeia simples de forma a objetivar precisamente o intracorpo ao compartimento intracelular desejado. Por exemplo, intracorpos objetivados ao reticulo endoplasmático (ER) são manipulados para incorporar um peptídeo líder e, opcionalmente, um sinal de retenção em ER C-terminal, tal como o motivo de aminoácido KDEL. Intracorpos estendidos para exercer atividade no núcleo são manipulados para incluir um sinal de localização celular. Porções lipídicas são unidas aos intracorpos de forma a reter o intracorpo no lado citosólico da membrana plasmática. Intracorpos também podem ser objetivados para exercer função no citosol. Por exemplo, intracorpos citosólicos são usados para capturar fatores dentro do citosol, desse modo, impedindo que os mesmos sejam transportados para seu destino celular natural.
Em uma modalidade, intracorpos são usados para capturar o PSCA no núcleo, desse modo, impedindo sua atividade dentro do núcleo. Sinais de objetivação nuclear são manipulados em tais intracorpos ao PSCA de forma a se obter a objetivação desejada. Tais intracorpos ao PSCA são projetados para se ligar especificamente a um domínio de PSCA em particular. Em outra modalidade, intracorpos citosólicos que se ligam especificamente a uma proteína de PSCA são usados para impedir que o PSCA tenha acesso ao núcleo, desse modo, impedindo o mesmo de exercer qualquer atividade biológica dentro do núcleo (por exemplo, impedindo o PSCA de formar complexos de transcrição com outros fatores).
149
De forma a direcionar especificamente a expressão de tais intracorpos a células em particular, a transcrição do intracorpo é colocada sob o controle regulatório de um promotor e/ou intensificador tumor-específico apropriado. De forma a objetivar expressão de intracorpo especificamente à próstata, por exemplo, o promotor e/ou promotor/intensificador de PSA pode ser utilizado (veja, por exemplo, Patente U.S. N° 5.919.652 emitida em 6 de Julho de 1999).
XILB.) Inibição de PSCA Com Proteínas Recombinantes
Em outra abordagem, moléculas recombinantes se ligam ao PSCA e, desse modo, inibem a função do PSCA. Por exemplo, essas moléculas recombinantes impedem ou inibem o acesso/ligação do PSCA a seu(s) parceiro(s) de ligação ou associação com outra(s) proteína(s). Tais moléculas recombinantes podem, por exemplo, conter a(s) parte(s) reativa(s) de uma molécula de anticorpo PSCA-específica. Em uma modalidade em particular, o domínio de ligação de PSCA de um parceiro de ligação ao PSCA é manipulado em uma proteína de fusão dimérica, pelo que a proteína de fusão compreende dois domínios de ligação a ligante de PSCA ligados à porção Fc de uma IgG humana, tal como uma lgG1 humana. Tal porção de IgG pode conter, por exemplo, os domínios Ch2 e Ch3 e a região de dobradiça, mas não o domínio Ch1. Tais proteínas de fusão diméricas são administradas em uma forma solúvel a pacientes que sofrem de um câncer associado à expressão de PSCA, pelo que a proteína de fusão dimérica se liga especificamente ao PSCA e bloqueia a interação do PSCA com um parceiro de ligação. Tais proteínas de fusão diméricas são ainda combinadas em proteínas multiméricas usando tecnologias de ligação a anticorpo conhecidas. XII.C.) Inibição da Transcrição e Tradução de PSCA
A presente invenção também compreende vários métodos e composições para inibição da transcrição do gene de PSCA. Similarmente, a invenção também proporciona métodos e composições para inibição da tradução de mRNA de PSCA em proteína.
Em uma abordagem, um método de inibição da transcrição do gene de PSCA compreende contato do gene de PSCA com um polinucleotí150 deo anti-sentido de PSCA. Em outra abordagem, um método de inibição da tradução de mRNA de PSCA compreende contato de um mRNA de PSCA com um polinucleotídeo anti-sentido. Em outra abordagem, uma ribozima PSCA-específica é usada para clivar uma mensagem de PSCA, desse modo, inibindo a tradução. Tais métodos baseados em anti-sentido e ribozima podem também ser dirigidos à regiões regulatórias do gene de PSCA, tais como elementos promotores e/ou intensificadores de PSCA. Similarmente, proteínas capazes de inibição de um fator de transcrição do gene de PSCA são usadas para inibir a transcrição de mRNA de PSCA. Os vários polinucleotídeos e composições úteis nos métodos antes mencionados foram descritos acima. O uso de moléculas anti-sentido e ribozima para inibir a transcrição e tradução é bem-conhecido na técnica.
Outros fatores que inibem a transcrição de PSCA através de interferência com a ativação transcricional de PSCA são também úteis para tratar cânceres expressando o PSCA. Similarmente, fatores que interferem com processamento de PSCA são úteis para tratar cânceres que expressam o PSCA. Métodos de tratamento de câncer utilizando tais fatores também estão dentro do escopo da invenção.
XII.D.) Considerações Gerais para Estratégias Terapêuticas
Tecnologias de transferência de gene e terapia de gene podem ser usadas para distribuir moléculas de polinucleotídeo terapêuticas a células tumorígenas que sintetizam PSCA (isto é, anti-sentido, ribozima, polinucleotídeos que codificam intracorpos e outras moléculas inibitórias de PSCA). Uma série de abordagens de terapia genética são conhecidas na técnica. Vetores recombinantes que codificam polinucleotídeos anti-sentido de PSCA, ribozimas, fatores capazes de interferir com a transcrição do PSCA e assim por diante podem ser distribuídos a células tumorígenas alvo usando tais abordagens de terapia genética.
As abordagens terapêuticas acima podem ser combinadas com qualquer um de uma ampla variedade de regimes cirúrgicos, quimioterapêuticos ou de terapia por radiação. As abordagens terapêuticas da invenção podem permitir o uso de dosagens reduzidas de quimioterapia (ou outras
151 terapias) e/ou administração menos frequente, uma vantagem para todos os pacientes e particularmente para aqueles que não toleram a toxicidade do agente quimioterapêutico também.
A atividade antitumor de uma composição em particular (por exemplo, anti-sentido, ribozima, intracorpo) ou uma combinação de tais composições, pode ser avaliada usando vários sistemas de ensaio in vivo e in vitro. Ensaios in vitro que avaliam a atividade terapêutica incluem ensaios de desenvolvimento celular, ensaios em ágar macio e outros ensaios indicativos de atividade de promoção de tumor, ensaios de ligação capazes de determinar a extensão até a qual uma composição terapêutica inibirá a ligação de PSCA a um parceiro de ligação, etc.
In vivo, o efeito de uma composição terapêutica de PSCA pode ser avaliado em um modelo com animal adequado. Por exemplo, modelos de câncer de próstata xenogênicos podem ser usados, em que explantes de câncer de próstata humano ou tecidos de xenoenxerto são introduzidos em animais imunocomprometidos, tais como camundongos nus ou SCID (Klein et al., 1997, Nature Medicine 3: 402-408). Por exemplo, o Pedido de Patente PCT WO98/16628 e a Patente U.S. 6.107.540 descrevem vários modelos de xenoenxerto de câncer de próstata humano capazes de recapitulação do desenvolvimento de tumor primário, micrometástase e a formação de metástases osteoblásticas características de doença em estágio posterior. A eficácia pode ser prevista usando ensaios que medem a inibição da formação de tumor, regressão de tumor ou metástase e similares.
Ensaios in vivo que avaliam a promoção de apoptose são úteis na avaliação de composições terapêuticas. Em uma modalidade, xenoenxertos de camundongos trazendo tumor tratados com a composição terapêutica podem ser examinados com relação à presença de foco apoptótico e comparado a camundongos trazendo xenoenxerto de controle não tratados. A extensão até a qual focos apoptóticos são encontrados nos tumores dos camundongos tratados proporciona uma indicação da eficácia terapêutica da composição.
As composições terapêuticas usadas na prática dos métodos
152 precedentes podem ser formuladas em composições farmacêuticas compreendendo um veículo adequado para o método de distribuição desejado. Veículos adequados incluem qualquer material que, quando combinado com a composição terapêutica, retém a função antitumor da composição terapêutica e é geralmente não-reativa com o sistema imune do paciente. Exemplos incluem, mas não estão limitados, a qualquer um de uma série de veículos farmacêuticos padrão tais como soluções salinas tamponadas com fosfato estéreis, água bacteriostática e similares (veja, de modo geral, Remington's Pharmaceutical Sciences 16a Edição, A. OsaL, Ed., 1980).
Formulações terapêuticas podem ser solubilizadas e administradas através de qualquer via capaz de distribuição da composição terapêutica ao local do tumor. Vias de administração potencialmente eficazes incluem, mas não estão limitadas a, intravenosa, parenteral, intraperitoneal, intramuscular, intratumor, intradérmica, intra-órgão, ortotópica e similares. Uma formulação preferida para injeção intravenosa compreende a composição terapêutica em uma solução de água bacteriostática conservada, água não conservada estéril e/ou diluída em sacos de cloreto de polivinila ou polietileno contendo cloreto de sódio estéril a 0,9% para injeção, USP. Preparados de proteína terapêuticas podem ser liofilizados e armazenados como pós estéreis, de preferência sob vácuo e, então, reconstituídos em água bacteriostática (contendo, por exemplo, conservante de álcool benzílico) ou em água estéril antes de injeção.
Dosagens e protocolos de administração para o tratamento de cânceres usando os métodos precedentes variarão com o método e o câncer alvo e geralmente dependerão de uma série de outros fatores apreciados na técnica.
XIII.) Identificação, Caracterização e Uso de Moduladores de PSCA Métodos para Identificar e Usar Moduladores
Em uma modalidade, a seleção é realizada para identificar moduladores que induzem ou suprimem um perfil de expressão em particular, suprimem ou induzem vias específicas, de preferência gerando o fenótipo associado ao mesmo. Em outra modalidade, tendo identificado genes dife153 rencialmente expressos importantes em um estado em particular, seleções são realizadas para identificar moduladores que alteram a expressão de genes individuais, quer aumentada ou diminuída. Em outra modalidade, a seleção é realizada para identificar moduladores que alteram uma função biológica do produto de expressão de um gene diferencialmente expresso. Novamente, tendo identificado a importância de um gene em um estado em particular, seleções são realizadas para identificar agentes que se ligam e/ou modulam a atividade biológica do produto do gene.
Além disso, seleções são feitas por genes que são induzidos em resposta a um agente candidato. Após identificação de um modulador (um que suprime um padrão de expressão de câncer levando a um padrão de expressão normal ou um modulador de um gene de câncer que leva à expressão do gene como em um tecido normal), uma seleção é realizada para identificar genes que são especificamente modulados em resposta ao agente. Comparação de perfis de expressão entre tecido normal e tecido de câncer agente-tratado revela genes que não são expressos em tecido normal ou tecido de câncer, mas são expressos em tecido agente-tratado e vice-versa. Essas seqüências agente-específicas são identificadas e usadas pelos métodos descritos aqui para genes ou proteínas de câncer. Em particular, essas seqüências e as proteínas que elas codificam são usadas na fabricação ou identificação de células agente-tratadas. Além disso, anticorpos são estimulados contra as proteínas agente-induzidas e usadas para objetivar novos produtos terapêuticos à amostra de tecido de câncer tratada.
Ensaios de Identificação e Seleção Modulador-Relacionados: Ensaios Relacionados á Expressão de Gene
Proteínas, ácidos nucléicos e anticorpos da invenção são usados em ensaios de seleção. As proteínas, anticorpos, ácidos nucléicos, proteínas modificadas e células câncer-associadas contendo essas seqüências são usadas em ensaios de seleção, tal como avaliação do efeito de candidatos à droga sobre um perfil de expressão de gene, o perfil de expressão de polipeptídeos ou alteração de função biológica. Em uma modalidade, os perfis de expressão são usados, de preferência em conjunto com técnicas de
154 seleção de elevado rendimento para permitir monitoramento de genes com perfil de expressão após tratamento com um agente candidato (por exemplo, Davis, GF, et al., J Biol Screen 7: 69 (2002); Zlokarnik, et al., Science 279: 84-8 (1998); Heid, Genome Res 6: 986-94,1996).
As proteínas de câncer, anticorpos, ácidos nucléicos, proteínas modificadas e células contendo as proteínas de câncer nativas ou modificadas ou genes são usados em ensaios de seleção. Isto é, a presente invenção compreende métodos para a seleção de composições as quais modulam o fenótipo do câncer ou uma função fisiológica de uma proteína de câncer da invenção. Isso é feito sobre um gene em si ou através de avaliação do efeito de candidatos à droga sobre um perfil de expressão de gene ou função biológica. Em uma modalidade, perfis de expressão são usados, de preferência em conjunto com técnicas de seleção de elevado rendimento para permitir monitoramento após tratamento com um agente candidato, veja, Zlokarnik, supra.
Uma variedade de ensaios são executados dirigidos aos genes e proteínas da invenção. Ensaios são realizados a nível de uma proteína ou ácido nucléico individual. Isto é, tendo identificado um gene em particular como superregulado em câncer, compostos de teste são selecionados com relação à capacidade de modular a expressão de gene ou a ligação à proteína de câncer da invenção. Modulação, nesse contexto, inclui um aumento ou uma diminuição na expressão de gene. A quantidade preferida de modulação dependerá da alteração original da expressão do gene em tecido normal versus sofrendo de câncer, com alterações de pelo menos 10%, de preferência 50%, mais preferivelmente 100-300% e, em algumas modalidades, 300-1000% ou maior. Assim, se um gene exibe um aumento de 4 vezes no tecido cancerígeno comparado ao tecido normal, uma diminuição de cerca de quatro vezes é, freqüentemente, desejada; similarmente, uma diminuição de 10 vezes no tecido cancerígeno, comparado ao tecido normal, para um valor alvo de um aumento de 10 vezes na expressão pelo composto de teste é, freqüentemente, desejado. Moduladores que exacerbam o tipo de expressão de gene observada em câncer também são úteis, por exemplo, como
155 um alvo desregulado em outras análises.
A quantidade de expressão de gene é monitorada usando sondas de ácido nucléico e a quantificação dos níveis de expressão do gene ou, alternativamente, um produto de gene em si é monitorado, por exemplo, através do uso de anticorpos à proteína de câncer e imunoensaios padrão. Técnicas proteômicas e de separação também permitem a quantificação de expressão.
Monitoramento de Expressão para Identificar Compostos que Modificam a Expressão do Gene
Em uma modalidade, monitoramento da expressão do gene, isto é, um perfil de expressão, é monitorado simultaneamente para uma série de entidades. Tais perfis envolverão, tipicamente, um ou mais dos genes da Figura 2. Nessa modalidade, por exemplo, sondas de ácido nucléico de câncer são presas a biolascas para detectar e quantificar seqüências de câncer em uma célula em particular. Alternativamente, PCR pode ser usada. Assim, uma série, por exemplo, cavidades de uma placa de microtitulação, pode ser usada com iniciadores distribuídos em cavidades desejadas. Uma reação de PCR pode, então, ser realizada e analisada para cada cavidade.
O monitoramento da expressão é realizado para identificar compostos que modificam a expressão de uma ou mais seqüências câncerassociadas, por exemplo, uma seqüência de polinucleotídeo apresentada na Figura 2. Geralmente, um modulador de teste é adicionado às células antes de análise. Além disso, seleções são também proporcionadas para identificar agentes que modulam o câncer, modulam proteínas de câncer da invenção, se ligam a uma proteína de câncer da invenção ou interferem com a ligação de uma proteína de câncer da invenção e um anticorpo ou outro parceiro de ligação.
Em uma modalidade, métodos de seleção em elevado rendimento envolvem fornecimento de uma biblioteca contendo um grande número de compostos terapêuticos potenciais (compostos candidatos). Tais bibliotecas químicas combinatoriais são, então, selecionadas em um ou mais ensaios para identificar aqueles membros da biblioteca (espécies químicas ou sub156 classes em particular) que mostram uma atividade característica desejada. Os compostos assim identificados podem servir como compostos condutores convencionais como compostos para seleção ou como produtos terapêuticos.
Em determinadas modalidades, bibliotecas combinatórias de moduladores potenciais são selecionadas com relação à capacidade de se ligar a um polipeptídeo de câncer ou modular a atividade. Convencionalmente, novas entidades químicas com propriedades úteis são geradas através de identificação de um composto químico (denominado um composto condutor) com alguma propriedade ou atividade desejável, por exemplo, atividade inibitória, criação de variantes do composto condutor e avaliação da propriedade e atividade desses compostos variantes. Freqüentemente, métodos de seleção em elevado rendimento (HTS) são empregados para tal análise.
Conforme observado acima, monitoramento de expressão do gene é convenientemente usada para testar moduladores candidatos (por exemplo, proteína, ácido nucléico ou moléculas pequenas). Após o agente candidato ter sido adicionado e as células deixadas incubar durante um período, a amostra contendo uma seqüência alvo a ser analisada é, por exemplo, adicionada a uma biolasca.
Se requerido, a seqüência alvo é preparada usando técnicas conhecidas. Por exemplo, uma amostra é tratada para submeter à lise as células, usando tampões de lise conhecidos, eletroporação, etc., com purificação e/ou amplificação, tal como PCR realizada conforme apropriado. Por exemplo, uma transcrição in vitro com rótulos covalentemente presos aos nucleotídeos é realizada. Geralmente, os ácidos nucléicos são marcados com biotina-FITC ou PE ou com cy3 ou cy5.
A seqüência alvo pode ser marcada, por exemplo, com um sinal fluorescente, quimiolumicescente, químico ou radioativo, para proporcionar um meio de detecção da ligação específica da seqüência alvo a uma sonda. O rótulo também pode ser uma enzima, tal como fosfatase alcalina ou peroxidase de rábano silvestre, a qual, quando proporcionada com um substrato
157 apropriado, produz um produto que é detectado. Alternativamente, o rótulo é um composto marcado ou molécula pequena, tal como um inibidor enzimático, que se liga, mas não é catalisado ou alterado pela enzima. O rótulo também pode ser uma porção ou composto, tal como uma tag de epítopo ou biotina a qual se liga especificamente à estreptavidina. Para o exemplo da biotina, a estreptavidina é marcada conforme descrito acima, desse modo, proporcionando um sinal detectável para a seqüência alvo ligada. A estreptavidina marcada não ligada é, tipicamente, removida antes de análise.
Conforme será apreciado por aqueles versados na técnica, esses ensaios podem ser dirigidos a ensaios de hibridização ou podem compreender ensaios intercalados os quais incluem o uso de sondas múltiplas, conforme é geralmente esboçado nas Patentes U.S. 5. 681.702; 5.597.909; 5.545.730; 5.594.117; 5.591.584; 5.571.670; 5.580.731; 5.571.670; 5.591.584; 5.624.802; 5.635.352; 5.594.118; 5.359.100; 5.124. 246; e 5.681.697. Nessa modalidade, em geral, o ácido nucléico alvo é preparado conforme esboçado acima e, então, adicionado à biolasca compreendendo uma pluralidade de sondas de ácido nucléico, sob condições que permitem a formação de um complexo de hibridização.
Uma variedade de condições de hibridização é usada na presente invenção, incluindo condições de alta, moderada e baixa estringência, conforme esboçado acima. Os ensaios são geralmente realizados sob condições de estringência as quais permitem formação do complexo de hibridização sonda-rótulo apenas na presença de alvo. A estringência pode ser controlada através de alteração de um parâmetro de etapa que é uma variável termodinâmica incluindo, mas não limitado, à temperatura, concentração de formamida, concentração de sal, concentração de sal caotrópico, pH, concentração de solvente orgânico, etc. Esses parâmetros também podem ser usados para controlar a ligação não específica, conforme é geralmente esboçado na Patente U.S. N° 5.681.697. Assim, pode ser desejável realizar determinadas etapas em maiores condições de estringência para reduzir a ligação não específica.
As reações esboçadas aqui podem ser realizadas através de
158 uma variedade de formas. Componentes da reação podem ser adicionados simultânea ou seqüencialmente, em diferentes ordens, com as modalidades preferidas esboçadas abaixo. Além disso, a reação pode incluir uma variedade de outros reagentes. Esses incluem sais, tampões, proteínas neutras, por exemplo, albumina, detergentes, etc., os quais podem ser usados para facilitar hibridização e detecção ótima e/ou reduzir interações não específicas ou de base. Reagentes que, de outro modo, melhoram a eficácia do ensaio, tais como inibidores de protease, inibidores de nuclease, agentes antimicrobianos, etc., também podem ser usados conforme apropriado, dependendo dos métodos de preparo da amostra e pureza do alvo. Os dados de ensaio são analisados para determinar os níveis de expressão de genes individuais e alterações em níveis de expressão conforme entre estados, formando um perfil de expressão do gene.
Ensaios Relacionados à Atividade Biológica
A invenção proporciona métodos para identificar ou selecionar um composto que modula a atividade de um gene ou proteína de câncer da invenção. Os métodos compreendem adição de um composto de teste, conforme definido acima, a uma célula compreendendo uma proteína de câncer da invenção. As células contêm um ácido nucléico recombinante que codifica uma proteína de câncer da invenção. Em outra modalidade, uma biblioteca de agentes candidatos é testada com relação a uma pluralidade de células.
Em um aspecto, os ensaios são avaliados na presença ou ausência ou exposição prévia ou subseqüente de sinais fisiológicos, por exemplo, hormônios, anticorpos, peptídeos, antígenos, citocinas, fatores do crescimento, potenciais de ação, agentes farmacológicos incluindo produtos quimioterapêuticos, radiação, carcinogênicos ou outras células (isto é, contatos célula-célula). Em outro exemplo, as determinações são feitas em diferentes estágios do processo do ciclo celular. Dessa forma, compostos que modulam genes ou proteínas da invenção são identificados. Compostos com atividade farmacológica são capazes de intensificar ou interferir com a atividade da proteína de câncer da invenção. Uma vez identificadas, estruturas
159 similares são avaliadas para identificar características estruturais críticas do composto.
Em uma modalidade, um método de modulação (por exemplo, inibição) de divisão de células cancerígenas é proporcionado; o método compreende administração de um modulador de câncer. Em outra modalidade, um método de modulação (por exemplo, inibição) de câncer é proporcionado; o método compreende administração de um modulador de câncer. Em uma outra modalidade, métodos de tratamento de células ou indivíduos com câncer são proporcionados; o método compreende administração de um modulador de câncer.
Em uma modalidade, um método para modulação do estado de uma célula que expressa um gene da invenção é proporcionado. Conforme usado aqui, estado compreende parâmetros aceitos na técnica, tais como crescimento, proliferação, sobrevivência, função, apoptose, senescência, localização, atividade enzimática, transdução de sinal, etc., de uma célula. Em uma modalidade, um inibidor de câncer é um anticorpo, conforme discutido acima. Em outra modalidade, o inibidor de câncer é uma molécula antisentido. Uma variedade de ensaios de crescimento, proliferação e metástase de células é conhecida por aqueles versados na técnica, conforme descrito aqui.
Seleção em Alto Rendimento para Identificar Moduladores
Os ensaios para identificar moduladores adequados são passíveis de seleção em alto rendimento. Ensaios preferidos, assim, detectam a intensificação ou inibição de transcrição, inibição ou intensificação de expressão de um polipeptídeo de gene de câncer e inibição ou intensificação de atividade de polipeptídeo.
Em uma modalidade, moduladores avaliados em métodos de seleção de alto rendimento são proteínas, frequentemente proteínas que ocorrem naturalmente ou fragmentos de proteínas que ocorrem naturalmente. Assim, por exemplo, extratos celulares contendo proteínas ou digestões aleatórias ou dirigidas de extratos celulares proteináceos, são usados. Dessa forma, bibliotecas de proteínas são feitas para seleção nos métodos da
160 invenção. Particularmente preferidas nessa modalidade são bibliotecas de proteínas bacterianas, fúngicas, virais e de mamífero, com as últimas sendo preferidas e proteínas humanas sendo especialmente preferidas. Compostos de teste particularmente úteis serão dirigidos à classe de proteínas às quais o alvo pertence, por exemplo, substratos para enzimas, ou ligantes e receptores.
Uso de Crescimento em Ágar Macio e Formação de Colônia para Identificar e Caracterizar Moduladores
Células normais requerem um substrato sólido para se fixar e desenvolver. Quando as células são transformadas, elas perdem esse fenótipo e se desenvolvem soltas do substrato. Por exemplo, células transformadas podem se desenvolver em cultura em suspensão agitada ou suspensas em meios semi-sólidos, tal como ágar semi-sólido ou macio. As células transformadas, quando transfectadas com genes supressores de tumor, podem se regenerar em um fenótipo normal e, mais uma vez, requerem um suporte sólido para se fixar e desenvolver. O crescimento em ágar macio ou formação de colônia em ensaios são usados para identificar moduladores de seqüências de câncer, as quais, quando expressas em células hospedeiras, inibem a proliferação e transformação celular anormal. Um modulador reduz ou elimina a capacidade de células hospedeiras de se desenvolver suspensas em meios sólidos ou semi-sólidos, tal como ágar.
Técnicas para crescimento em ágar macio ou formação de colônia em ensaios de suspensão são descritas em Freshney, Culture of Animal Cells a Manual of Basic Technique (3a ed., 1994). Veja também a seção métodos de Garkavtsev et al. (1996), supra.
Avaliação de Inibição por Contato e Limitação da Densidade de Crescimento para Identificar e Caracterizar Moduladores
Células normais se desenvolvem, tipicamente, em um padrão uniforme e organizado em cultura de células até que elas toquem outras células. Quando as células tocam umas às outras, elas têm o contato inibido e o crescimento pára. Células transformadas, contudo, não têm o contato inibido e continuam a crescer em altas densidades no foco desorganizado. As161 sim, células transformadas se desenvolvem até uma densidade de saturação maior do que as células normais correspondentes. Isso é detectado morfologicamente através da formação de uma monocamada desorientada de células ou células no foco. Alternativamente, o índice de rotulação com (3H)timidina na densidade de saturação é usado para medir o limite de densidade de crescimento, similarmente, um ensaio MTT ou com azul Alamar revelará a capacidade de proliferação de células e a capacidade de moduladores de afetar as mesmas. Veja Freshney (1994), supra. Células transformadas, quando transfectadas com genes supressores de tumor, podem se regenerar em um fenótipo normal e têm o contato inibido e crescerão em uma densidade menor.
Nesse ensaio, o índice de rotulação com 3H)-timidina na densidade de saturação é um método preferido de medição do limitação de densidade do crescimento. Células hospedeiras transformadas são transfectadas com uma seqüência câncer-associada e são desenvolvidas durante 24 horas na densidade de saturação em condições com meio não-limitativo. O percentual de rotulação de células com (3H)-timidina é determinado através da cpm incorporada.
O crescimento independente de contato é usado para identificar moduladores de seqüências de câncer as quais levam à proliferação e transformação celular anormal. Um modulador reduz ou elimina o crescimento independente de contato e retorna as células a um fenótipo normal. Avaliação de Fator de Crescimento ou Soro-Dependente para Identificar e Caracterizar Moduladores
Células transformadas têm menor dependência de soro do que suas contrapartes normais (veja, por exemplo, Temin, J. NatL Câncer Inst. 37: 167-175 (1966); Eagle et al., J. Exp. Med 131: 836-879 (1970)); Freshney, supra. Isso é, em parte, devido à liberação de vários fatores do crescimento pelas células transformadas. O grau de fator do crescimento ou dependência de soro de células hospedeiras transformadas pode ser comparado com aquela do controle. Por exemplo, fator de crescimento ou sorodependência de uma célula é monitorada em métodos para identificar e ca162 racterizar compostos que modulam seqüências câncer-associadas da invenção.
Uso de Níveis de Marcador Tumor-Específico para Identificar e Caracterizar Moduladores
Células tumorígenas liberam uma quantidade aumentada de determinados fatores (aqui depois marcadores tumor-específicos) do que suas contrapartes normais. Por exemplo, ativador de plasminogênio (PA) é liberado de glioma humano em um nível maior do que de células cerebrais normais (veja, por exemplo, Gullino, Angiogenesis, Tumor Vascularization and Potential Interference with Tumor Growth, em Biological Responses in Câncer, páginas 178-184 (Mihich (ed.) 1985)). Similarmente, Fator de Angiogênese de Tumor (TAF) é liberado em um nível maior em células tumorígenas do que em suas contrapartes normais. Veja, por exemplo, Folkman, Angiogenesis and Câncer, em Câncer Biol. (1992)), enquanto que o bFGF é liberado de tumores endoteliais (Ensoli, B. et al.).
Várias técnicas as quais medem a liberação desses fatores são descritas em Freshney (1994), supra. Também, veja Unkless et al., J. Biol. Chem. 249: 4295-4305 (1974); Strickland & Beers, J. Biol. Chem. 251: 56945702 (1976); Whur et al., Br. J. Câncer 42: 305-312 (1980); Gullino, Angiogenesis, Tumor Vascularization and Potential Interference with Tumor Growth, em Biological Responses in Câncer, páginas 178-184 (Mihich (ed.) 1985); Freshney, Anticancer Res. 5: 111-130 (1985). Por exemplo, níveis de marcador tumor-específico são monitorados em métodos para identificar e caracterizar compostos que modulam seqüências câncer-associadas da invenção.
Invasividade em Matrigel para Identificar e Caracterizar Moduladores
O grau de invasividade em Matrigel ou um constituinte de matriz extracelular pode ser usado como um ensaio para identificar e caracterizar compostos que modulam seqüências câncer-associadas. Células tumorígenas exibem uma correlação positiva entre a malignidade e invasividade de células em Matrigel ou algum constituinte da matriz extracelular. Nesse ensaio, células tumorígenas são, tipicamente, usadas como células hospedei163 ras. A expressão de um gene supressor de tumor nessas células hospedeiras diminuiría a invasividade das células hospedeiras. Técnicas descritas em Câncer Res. 1999; 59: 6010; Freshney (1994), supra, podem ser usadas. Resumidamente, o nível de invasão de células hospedeiras é medido através de uso de filtros revestidos com Matrigel ou algum outro constituinte da matriz extracelular. A penetração no gel ou através do lado distai do filtro, é classificada como invasividade e classificada histologicamente pelo número de células e a distância movida ou através de pré-rotulação das células com 125l e contagem da radioatividade sobre o lado distai do filtro ou parte inferior do disco. Veja, por exemplo, Freshney (1984), supra.
Avaliação do Desenvolvimento de Tumor In Vivo para Identificar e Caracterizar Moduladores
Efeitos de seqüências câncer-associadas sobre o desenvolvimento celular são testados em organismos transgênicos ou imunossuprimidos. Organismos transgênicos são preparados através de uma variedade de formas aceitas na técnica. Por exemplo, organismos transgênicos nulos, por exemplo, mamíferos tais como camundongos, são feitos, nos quais um gene de câncer é rompido ou nos quais um gene de câncer é inserido. Camundongos transgênicos nulos são feitos através de inserção de um gene marcador ou outro gene heterólogo no sítio do gene de câncer endógeno com uma versão com mutação do gene de câncer ou através de mutação do gene de câncer endógeno, por exemplo, através de exposição a carcinogênios.
Para preparar animais quiméricos transgênicos, por exemplo, camundongos, uma estrutura de DNA é introduzida no núcleo de células tronco embriônicas. Células contendo a lesão genética recentemente manipulada são injetadas em um embrião de camundongo hospedeiro, o qual é reimplantado em uma fêmea recipiente. Alguns desses embriões se desenvolvem em camundongos quiméricos que possuem células germinativas, algumas das quais são derivadas da linhagem de células mutantes. Portanto, através de procriação de camundongos quiméricos, é possível obter uma nova linhagem de camundongos contendo a lesão genética introduzida (veja, por exemplo, Capecchi et al., Science 244: 1288 (1989)). Camundongos
164 quiméricos podem ser derivados de acordo com a Patente US 6.365.797, emitida em 2 de abril de 2002; Patente US 6.107.540 emitida em 22 de agosto de 2000; Hogan et al., Manipulating the Mouse Embryo: A laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory (1988) e Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cells: A Practical Approach, Robertson, ed., IRL Press, Washington, D.C., (1987).
Alternativamente, vários animais hospedeiros imune-suprimidos ou imune-deficientes podem ser usados. Por exemplo, um camundongo nu geneticamente atímico (veja, por exemplo, Giovanella et al., J. Natl. Câncer Inst. 52: 921 (1974)), um camundongo SCID, um camundongo timectomizado ou um camundongo irradiado (veja, por exemplo, Bradley et al., Br. J. Câncer 38: 263 (1978); Selby et al., Br. J. Câncer 41: 52 (1980)) podem ser usados como hospedeiro. Células tumorígenas transplantáveis (tipicamente cerca de 106 células) injetadas em hospedeiros isogênicos que produzem tumores invasivos em uma elevada proporção de casos, enquanto células normais de origem similar não. Em hospedeiros os quais desenvolvem tumores invasivos, células expressando seqüências câncer-associadas são injetadas subcutânea ou ortotopicamente. Os camundongos são, então, separados em grupos, incluindo grupos de controle e grupos experimentais tratados, por exemplo, tratados com um modulador). Após um período de tempo adequado, de preferência 4-8 semanas, o desenvolvimento de tumor é medido (por exemplo, pelo volume ou por suas duas maiores dimensões ou peso) e comparado ao controle. Tumores que têm redução estatisticamente significativa (usando, por exemplo, T teste de Student) são mencionados como tendo desenvolvimento inibido.
Ensaios in vitro para Identificar e Caracterizar Moduladores
Ensaios para identificar compostos com atividade modulatória podem ser realizados in vitro. Por exemplo, um polipeptídeo de câncer é primeiro contatado com um modulador em potencial e incubado durante uma quantidade adequada de tempo, por exemplo, de 0,5 a 48 horas. Em uma modalidade, os níveis de polipeptídeo de câncer são determinados in vitro através de medição do nível de proteína ou mRNA. O nível de proteína é
165 medido usando imunoensaios tais como Western blotting, ELISA e similares com um anticorpo que se liga seletivamente ao polipeptídeo de câncer ou um fragmento do mesmo. Para medição de mRNA, amplificação, por exemplo, usando PCR, LCR ou ensaios de hibridização, por exemplo, hibridização de Northem, proteção com RNase, dot blotting, são preferidos. O nível de proteína ou mRNA é detectado usando agentes de detecção direta ou indiretamente marcados, por exemplo, ácidos nucléicos fluorescente ou radioativamente marcados, anticorpos radioativa ou enzimaticamente marcados e similares, conforme descrito aqui.
Alternativamente, um sistema de gene repórter pode ser projetado usando um promotor de proteína de câncer operavelmente ligado a um gene repórter tal como luciferase, proteína verde fluorescente, CAT ou P-gal. A estrutura repórter é, tipicamente, transfectada em uma célula. Após tratamento com um modulador em potencial, a quantidade de transcrição, tradução ou atividade do gene repórter é medida de acordo com métodos padrão conhecidos por aqueles versados na técnica (Davis GF, supra; Gonzalez, J. & Negulescu, P. Curr. Opin. Biotechnol. 1998: 9: 624).
Conforme esboçado acima, seleções in vitro são feitas sobre genes e produtos de gene individuais. Isto é, tendo identificado um gene diferencialmente expresso em particular como importante em um estado em particular, a seleção de moduladores da expressão do gene ou do produto do gene em si é realizada.
Em uma modalidade, a seleção de moduladores de expressão do gene específico é realizada. Tipicamente, a expressão de apenas um ou uns poucos genes é avaliada. Em outra modalidade, seleções são projetadas para primeiro encontrar compostos que se ligam a proteínas diferencialmente expressas. Esses compostos são, então, avaliados com relação à capacidade de modular atividade diferencialmente expressa. Além disso, uma vez que compostos candidatos iniciais são identificados, variantes podem ser ainda selecionadas para melhor avaliar relações de atividade de estrutura.
Ensaios de Ligação para identificar e Caracterizar Moduladores
166
Em ensaios de ligação de acordo com a invenção, um produto de gene purificado ou isolado da invenção é geralmente usado. Por exemplo, anticorpos são gerados a uma proteína da invenção e imunoensaios são realizados para determinar a quantidade e/ou localização de proteína. Alternativamente, células compreendendo as proteínas de câncer são usadas nos ensaios.
Assim, os métodos compreendem combinação de uma proteína de câncer da invenção e um composto candidato, tal como um ligante e determinação da ligação do composto a uma proteína de câncer da invenção. Modalidades preferidas utilizam a proteína de câncer humano; modelos com animais de doenças humanas também podem ser desenvolvidos e usados. Também, outras proteínas análogas de mamífero também podem ser usadas, conforme apreciado por aqueles versados na técnica. Além disso, em algumas modalidades, proteínas de câncer variantes ou derivadas são usadas.
Geralmente, a proteína de câncer da invenção ou o ligante, é não-difusionalmente ligado a um suporte insolúvel. O suporte pode, por exemplo, ser um tendo áreas de recebimento de amostra isoladas (uma placa de microtitulação, uma fileira, etc.). Os suportes insolúveis podem ser feitos de qualquer composição à qual as composições podem ser ligadas, é prontamente separado do material solúvel e é, de outro modo, compatível com o método global de seleção. A superfície de tais suportes pode ser sólida ou porosa e de qualquer formato conveniente.
Exemplos de suportes insolúveis adequados incluem placas de microtitulação, fileiras, membranas e glóbulos. Esses são, tipicamente, feitos de vidro, plástico (por exemplo, poliestireno), polissacarídeo, náilon, nitrocelulose ou Teflon®, etc. Placas de microtitulação e fileiras são especialmente convenientes em virtude do fato um grande número de ensaios poder ser realizado simultaneamente, usando pequenas quantidades de reagentes e amostras. A maneira de ligação em particular de uma composição ao suporte não é crucial, à medida que seja compatível com os reagentes e métodos globais da invenção, mantém a atividade de uma composição e é não167 difusível. Métodos de ligação preferidos incluem o uso de anticorpos os quais não bloqueiam estericamente o sítio de ligação de ligante ou seqüência de ativação quando de fixação de uma proteína ao suporte, direcionam a ligação a suportes iônicos ou viscosos, se ligam quimicamente de modo cruzado, a síntese da proteína ou agente sobre a superfície, etc. Após ligação da proteína ou agente de ligação/ligante ao suporte, o material não ligado em excesso é removido através de lavagem. As áreas que recebem amostra podem, então, ser bloqueadas através de incubação com albumina de soro bovino (BSA), casoína ou outra proteína ou porção inócua.
Uma vez que uma proteína de câncer da invenção esteja ligada ao suporte, um composto de teste é adicionado ao ensaio. Alternativamente, o agente de ligação candidato é ligado ao suporte e a proteína de câncer da invenção é, então, adicionada. Agentes de ligação incluem anticorpos específicos, agentes de ligação não-naturais identificados em seleções de bibliotecas químicas, análogos de peptídeo, etc.
De interesse particular são ensaios para identificar agentes que têm uma baixa toxicidade por células humanas. Uma ampla variedade de ensaios pode ser usada para essa finalidade, incluindo ensaios de proliferação, ensaios de cAMP, ensaios de ligação de proteína-proteína marcados in vitro, ensaios de desvio em modalidade eletroforético, imunoensaios para ligação de proteína, ensaios funcionais (ensaios de fosforilação, etc.) e simi lares.
A determinação de ligação do composto de teste (ligante, agente de ligação, modulador, etc.) a uma proteína de câncer da invenção pode ser feita através de uma série de formas. O composto de teste pode ser marcado e a ligação determinada diretamente, por exemplo, através de fixação de toda ou uma parte da proteína de câncer da invenção a um suporte sólido, adição de um composto candidato marcado (por exemplo, um rótulo fluorescente), lavagem de reagente em excesso e determinação se o rótulo está presente sobre o suporte sólido. Várias etapas de bloqueio e lavagem podem ser utilizadas, conforme apropriado.
Em determinadas modalidades, apenas um dos componentes é
168 marcado, por exemplo, uma proteína da invenção ou ligantes marcados. Alternativamente, mais de um componente é marcado com diferentes rótulos, por exemplo, I125, para as proteínas e um fluoróforo para o composto. Reagentes de proximidade, por exemplo, reagentes de resfriamento ou de transferência de energia também são úteis.
Ligação Competitiva para identificar e Caracterizar Moduladores
Em uma modalidade, a ligação do composto de teste é determinada através de um ensaio de ligação competitiva com um competidor. O competidor é uma porção de ligação que se liga à molécula alvo (por exemplo, uma proteína de câncer da invenção). Competidores incluem compostos tais como anticorpos, peptídeos, parceiros de ligação, ligantes, etc. Sob determinadas circunstâncias, a ligação competitiva entre o composto de teste e o competidor desloca o composto de teste. Em uma modalidade, o composto de teste é marcado. Composto de teste, o competidor, ou ambos são adicionados à proteína durante um tempo suficiente para permitir ligação. Incubações são realizadas em uma temperatura que facilita atividade ótima, tipicamente entre quatro e 40°C. Os períodos de incubação são, tipicamente, otimizados, por exemplo, para facilitar seleção rápida com elevado rendimento; tipicamente entre zero e uma hora serão suficientes. Reagente em excesso é geralmente removido ou lavado. O segundo componente é, então, adicionado e a presença ou ausência do componente marcado é acompanhada, para indicar ligação.
Em uma modalidade, o competidor é adicionado primeiro, seguido pelo composto de teste. Deslocamento do competidor é uma indicação de que o composto de teste é ligado à proteína de câncer e, assim, é capaz de ligação a e modulação potencial da atividade da proteína de câncer. Nessa modalidade, qualquer componente pode ser marcado. Assim, por exemplo, se o competidor é marcado, a presença do rótulo na solução de lavagem pós-composto de teste indica deslocamento pelo composto de teste. Alternativamente, se o composto de teste é marcado, a presença do rótulo sobre o suporte indica deslocamento.
Em uma modalidade alternativa, o composto de teste é adicio169 nado primeiro, com incubação e lavagem, seguido pelo competidor. A au- / Λ.
Al sência de ligação pelo competidor indica que o composto de teste se liga a proteína de câncer com maior afinidade do que o competidor. Assim, se o composto de teste é marcado, a presença do rótulo sobre o suporte, acoplado à falta de ligação do competidor, indica que o composto de teste se liga a e, assim, modula potencialmente a proteína de câncer da invenção.
Conseqüentemente, os métodos de ligação competitiva compreendem seleção diferencial para identificar agentes que são capazes de modular a atividade das proteínas de câncer da invenção. Nessa modalidade, os métodos compreendem combinação de uma proteína de câncer e um competidor em uma primeira amostra. Uma segunda amostra compreende um composto de teste, a proteína de câncer e um competidor. A ligação do competidor é determinada para ambas as amostras e uma alteração ou diferença na ligação entre as duas amostras indica a presença de um agente capaz de ligação à proteína de câncer e modula potencialmente sua atividade. Isto é, se a ligação do competidor é diferente na segunda amostra com relação à primeira amostra, o agente é capaz de ligação à proteína de câncer.
Alternativamente, seleção diferencial é usada para identificar candidatos à droga que se ligam a proteína de câncer nativa, mas não podem se ligar à proteínas de câncer modificadas. Por exemplo, a estrutura da proteína de câncer é modelada e usada em design racional de droga para sintetizar agentes que interagem com esse sítio, agentes os quais geralmente não se ligam à proteína sítio-modificadas. Além disso, tais candidatos à droga que afetam a atividade de uma proteína de câncer nativa também são identificados através de seleção de drogas com relação à capacidade de intensificar ou reduzir a atividade de tais proteínas.
Controles positivos e controles negativos podem ser usados nos ensaios. De preferência, amostras de controle e de teste são obtidas pelo menos em triplicata a fim de se obter resultados estatisticamente significativos. A incubação de todas as amostras ocorre durante um tempo suficiente para permitir a ligação do agente à proteína. Após incubação, as amostras
170 são lavadas de material não-especificamente ligado e a quantidade de agente marcado geralmente ligado determinada. Por exemplo, onde um rádiorótulo é empregado, as amostras podem ser contadas em um contador de cintilação para determinar a quantidade de composto ligado.
Uma variedade de outros reagentes pode ser incluída nos ensaios de seleção. Esses incluem reagentes tais como sais, proteínas neutras, por exemplo, albumina, detergentes, etc., os quais são usados para facilitar ligação ótima proteína-proteína e/ou reduzir interações nãoespecíficas ou de base. Também, reagentes que, de outro modo, melhoram a eficácia do ensaio, tais como inibidores de protease, inibidores de nuclease, agentes antimicrobianos, etc., podem ser usados. A mistura de componentes é adicionada em uma ordem que proporciona a ligação requerida.
Uso de Polinucleotídeos para Sub-regular ou Inibir uma Proteína da inven ção.
Moduladores de polinucleotídeos de câncer podem ser introduzidos em uma célula contendo a seqüência de nucleotídeos alvo através de formação de um conjugado com uma molécula de ligação a ligante, conforme descrito no WO 91/04753. Moléculas de ligação a ligante adequadas incluem, mas não estão limitadas a, receptores na superfície celular, fatores do crescimento, outras citocinas ou outros ligantes que ligam um receptor na superfície celular. De preferência, a conjugação da molécula de ligação ao ligante não interfere substancialmente com a capacidade da molécula de ligação ao ligante de se ligar à sua molécula ou receptor correspondente ou bloqueiam a entrada do oligonucleotídeo sentido ou anti-sentido ou sua versão conjugada na célula. Alternativamente, um modulador de polinucleotídeo de câncer pode ser introduzido em uma célula contendo a seqüência de ácido nucléico alvo, por exemplo, através de formação de um complexo de polinucleotídeo-lipídio, conforme descrito no WO 90/10448. Deve ser compreendido que o uso de moléculas anti-sentido ou modelos nocaute e knock in pode ser também usado em ensaios de seleção conforme discutido acima, além dos métodos de tratamento.
Nucleotídeos Inibitórios e Anti-sentido
171
Em determinadas modalidades, a atividade de uma proteína câncer-associada é sub-regulada ou totalmente inibida através do uso de polinucleotídeos anti-sentido ou RNA nuclear pequeno inibitório (snRNA), isto é, um ácido nucléico complementar a e o qual pode, de preferência, se hibridizar especificamente a uma seqüência de ácido nucléico de codificação de mRNA, por exemplo, uma proteína de câncer da invenção, mRNA ou uma subseqüência da mesma. A ligação dos polinucleotídeos anti-sentido ao mRNA reduz a tradução e/ou estabilidade do mRNA.
No contexto da presente invenção, polinucleotídeos anti-sentido podem compreender nucleotídeos que ocorrem naturalmente ou espécies sintéticas formadas de subunidades que ocorrem naturalmente ou seus homólogos próximos. Polinucleotídeos anti-sentido podem também ter porções açúcar ou ligações interaçúcar alteradas. Exemplificativos entre esses são as espécies contendo fosforotioato e outras contendo enxofre as quais são conhecidas para uso na técnica. Análogos são compreendidos pela presente invenção à medida que eles funcionem eficazmente para se hibridizar aos nucleotídeos da invenção. Veja, por exemplo, Isis Pharmaceuticals, Carlsbad, CA; Sequitor, Inc., Natick, MA.
Tais polinucleotídeos anti-sentido podem ser prontamente sintetizados usando meios recombinantes ou podem ser sintetizados in vitro. Equipamento para tal síntese é vendido por vários fornecedores, incluindo Applied Biosystems. O preparo de outros oligonucleotídeos, tais como fosforotioatos e derivados alquilados, também é conhecido por aqueles versados na técnica.
Moléculas anti-sentido, conforme usado, aqui incluem oligonucleotídeos anti-sentido ou sentido. Oligonucleotídeos sentido podem, por exemplo, ser empregados para bloquear a transcrição através de ligação ao filamento anti-sentido. Os oligonucleotídeos anti-sentido e sentido compreendem uma seqüência de ácido nucléico filamento simples (quer RNA ou DNA) capaz de ligação à seqüências de mRNA (sentido) ou DNA (antisentido) alvo para moléculas de câncer. Oligonucleotídeos anti-sentido ou sentido, de acordo com a presente invenção, compreendem um fragmento
172 de geralmente pelo menos cerca de 12 nucleotídeos, de preferência de cerca de 12 a 30 nucleotídeos. A capacidade de derivar um oligonucleotídeo anti-sentido ou sentido, baseado em seqüências de cDNA que codificam uma determinada proteína é descrita, por exemplo, em Stein & Cohen (Câncer Res. 48: 2659 (1988 e van der Krol et al. (BioTechniques 6: 958 (1988)). Ribozimas
Além de polinucleotídeos anti-sentido, ribozimas podem ser usadas para objetivar e inibir a transcrição de seqüências de nucleotídeos câncer-associadas. A ribozima é uma molécula de RNA que cliva cataliticamente outras moléculas de RNA. Diferentes tipos de ribozimas foram descritos, incluindo ribozimas do grupo I, ribozimas cabeça de martelo, ribozimas grampo, RNase P e ribozimas axhed (veja, por exemplo, Castanotto et al., Adv. in Pharmacology 25: 289-317 (1994) para uma revisão geral das propriedades de diferentes ribozimas).
As características gerais de ribozimas grampo são descritas, por exemplo, em Hampel et al., Nucl. Acids Res. 18: 299-304 (1990); Publicação de Patente Européia N° 0360257; Patente U.S. N° 5.254.678. Métodos de preparo são bem-conhecidos por aqueles versados na técnica (veja, por exemplo, WO 94/26877; Ojwang et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 90: 63406344 (1993); Yamada et aL, Human Gene Therapy 1: 39-45 (1994); Leavitt et al., Proc. Natl. Acad Sei. USA 92: 699- 703 (1995); Leavitt et al., Human Gene Therapy 5: 1151-120 (1994); e Yamada et al., Virology 205: 121-126 (1994)).
Uso de Moduladores em Seleção Fenotípica
Em uma modalidade, um composto de teste é administrado a uma população de células cancerígenas, as quais têm um perfil de expressão de câncer associado. Por administração ou contato aqui entende-se que o modulador é adicionado às células de uma maneira tal a permitir que o modulador atue sobre a célula, quer através de captação e ação intracelular ou através de ação na superfície da célula. Em algumas modalidades, um ácido nucléico que codifica um agente proteináceo (isto é, um peptídeo) é colocado em uma estrutura viral, tal como uma estrutura adenoviral ou retro173 viral e adicionado à célula, de modo que expressão do agente peptídico é obtida, por exemplo, PCT US97/01019. Sistemas de terapia de gene regulável também podem ser usadas. Uma vez que o modulador foi administrado às células, as células são lavadas, se desejado, e são deixadas incubar, de preferência sob condições fisiológicas, durante algum tempo. As células são, então, coletadas e um novo perfil de expressão do gene é gerado. Assim, por exemplo, tecido de câncer é selecionado com relação a agentes que modulam, por exemplo, induzem ou suprimem, o fenótipo do câncer. Uma alteração no perfil de expressão de pelo menos um gene, de preferência muitos, indica que o agente tem um efeito sobre a atividade do câncer. Similarmente, alteração da função biológica ou uma via de sinalização é indicativa de atividade modulatória. Através de definição de tal assinatura para o fenótipo do câncer, seleções por novas drogas que alteram o fenótipo são consideradas. Com essa abordagem, a droga alvo não precisa ser conhecida e não precisa ser representada na plataforma de seleção de expressão do gene/proteína original, nem o nível de transcrito para a proteína alvo precisa ser alterado. A função de inibição do modulador servirá como um marcador substituto.
Conforme esboçado acima, seleções são feitas para avaliar genes ou produtos de gene. Isto é, tendo identificado um gene diferencialmente expresso em particular como importante em um estado em particular, a seleção de moduladores da expressão do gene ou do produto do gene em si é realizada.
Uso de Moduladores para Afetar os Peptídeos da invenção
Medições da atividade de polipeptídeo de câncer ou de um fenótipo de câncer são realizadas usando uma variedade de ensaios. Por exemplo, os efeitos de moduladores sobre a função de um polipeptídeo de câncer são medidos através de exame dos parâmetros descritos acima. Uma alteração fisiológica que afeta a atividade é usada para avaliar a influência de um composto de teste sobre os polipeptídeos da presente invenção. Quando os resultados funcionais são determinados usando células intactas ou animais, uma variedade de efeitos pode ser avaliada, tais como no caso de um
174 câncer associado a tumores sólidos, crescimento do tumor, metástase do tumor, neovascularização, liberação de hormônio, alterações transcricionais a marcadores genéticos conhecidos e não caracterizados (por exemplo, através de Northern blots), alterações no metabolismo da célula, tais como desenvolvimento celular ou alterações no pH e alterações em mensageiros secundários intracelulares, tal como cGNIP.
Métodos de Identificação e Caracterização de Seqüências Câncerassociadas
A expressão de várias seqüências genéticas está correlacionada ao câncer. Conseqüentemente, distúrbios baseados em genes de câncer mutantes ou variantes são determinados. Em uma modalidade, a invenção proporciona métodos para a identificação de células contendo genes de câncer variantes, por exemplo, determinação da presença de toda ou parte de uma seqüência de pelo menos um gene de câncer endógeno em uma célula. Isso é realizado usando qualquer série de técnicas de seqüenciamento. A invenção compreende métodos de identificação do genótipo de câncer em um indivíduo, por exemplo, determinação de toda ou parte de uma seqüência de pelo menos um gene da invenção no indivíduo. Isso é feito, geralmente, em pelo menos um tecido do indivíduo, por exemplo, um tecido apresentado na Tabela I e pode incluir a avaliação de uma série de tecidos ou diferentes amostras do mesmo tecido. O método pode incluir comparação de uma seqüência de um gene seqüenciado a um gene de câncer conhecido, isto é, um gene do tipo silvestre para determinar a presença de membros de uma família, homólogos, mutações ou variantes. A seqüência de todo ou parte do gene pode, então, ser comparada a uma seqüência de um gene de câncer conhecido para determinar se existem diferenças. Isso é feito usando qualquer uma de uma série de programas de homologia conhecidos, tais como BLAST, Bestfit, etc. A presença da diferença na seqüência entre o gene do câncer do paciente e o gene do conhecido se correlaciona a um estado doentio ou uma propensão pelo estado doentio, conforme esboçado aqui.
Em uma modalidade preferida, os genes de câncer são usados como sondas para determinar o número de cópias do gene de câncer no
175 genoma. Os genes de câncer são usados como sondas para determinar a localização cromossômica de genes de câncer. Informação tal como localização cromossômica encontra uso no fornecimento de um diagnóstico ou prognóstico, em particular quando anormalidades cromossômicas, tais como translocações e similares, são identificadas no local do gene de câncer. XIV.) Kits/Artiqos de Fabricação
Para uso em aplicações em laboratório, prognosticas, profiláticas, diagnosticas e terapêuticas descritas aqui, kits estão dentro do escopo da invenção. Tais kits podem compreender um veículo, embalagem ou recipiente que é compartimentalizado para receber um ou mais recipientes, tais como frascos, tubos e similares, cada um dos recipientes compreendendo um dos elementos distintos a serem usados com o método, junto com um rótulo ou bula compreendendo instruções para uso, tal como o uso descrito aqui. Por exemplo, o recipiente pode compreender uma sonda que é ou pode ser detectavelmente marcada. Tal sonda pode ser um anticorpo ou polinucleotídeo específico para uma proteína ou um gene ou mensagem da invenção, respectiva mente. Onde o método utiliza hibridização de ácido nucléico para detectar o ácido nucléico alvo, o kit pode também ter recipientes contendo nucleotídeos(s) para amplificação da seqüência de ácido nucléico alvo. Kits podem compreender um recipiente compreendendo um repórter, tal como uma proteína de ligação à biotina, tal como avidina ou estreptavidina, ligado a uma molécula repórter, tal como um rótulo enzimático, fluorescente ou radioisótopo; tal repórter pode ser usado, por exemplo, com um ácido nucléico ou anticorpo. O kit pode incluir toda ou parte de uma seqüência de aminoácidos da Figura 2 ou Figura 3 ou análogos da mesma ou uma molécula de ácido nucléico que codifica tais seqüências de aminoácidos.
O kit da invenção compreende, tipicamente, o recipiente descrito acima e um ou mais de outros recipientes associados ao mesmo que compreendem materiais desejáveis do ponto de vista comercial e do consumidor, incluindo tampões, diluentes, filtros, agulhas, seringas; veículo, embalagem, recipiente, fracos e/ou rótulos de tubos listando os conteúdos e/ou instruções para uso e bulas com instruções para uso.
176
Um rótulo pode estar presente sobre ou com o recipiente para indicar que uma composição é usada para aplicações para a terapia específica ou não-terapêutica, tal como uma aplicação prognostica, profilática, diagnostica ou em laboratório e pode também indicar orientações para uso in vivo ou in vitro, tal como descrito aqui. Orientações e outra informação também podem ser incluídas em uma bula ou rótulo o qual é incluído com o kit. O rótulo pode estar sobre ou associado ao recipiente. Um rótulo pode ser um recipiente quando letras, números ou outros caracteres que formam o rótulo são moldados ou gravados no recipiente em si; um rótulo pode estar associado a um recipiente quando ele está presente dentro de um receptáculo ou veículo que também contém o recipiente, por exemplo, como uma inserção na embalagem. O rótulo pode indicar que uma componente é usada para diagnosticar, tratar, realizar profilaxia ou prognosticar uma condição, tal como uma neoplasia de um dos tecidos apresentados na Tabela I.
Os termos kit e artigo de fabricação podem ser usados como sinônimos.
Em outra modalidade da invenção, um artigo de fabricação contendo composições, tais como seqüência(s) de aminoácidos, molécula(s) pequena(s), seqüência(s) de ácido nucléico e/ou anticorpo(s), por exemplo, materiais úteis para o diagnóstico, prognóstico, realizar profilaxias e/ou tratamento de neoplasias de tecidos, tais como aqueles apresentados na Tabela I, é proporcionado. O artigo de fabricação compreende, tipicamente, pelo menos um recipiente e pelo menos um rótulo. Recipientes adequados incluem, por exemplo, garrafas, frascos e tubos de ensaio. Os recipientes podem ser formados de uma variedade de materiais, tais como vidro, metal ou plástico. O recipiente pode conter seqüência(s) de aminoácidos, molécula(s) pequena(s), seqüência(s) de ácido nucléico, populações de célula(s) e/ou anticorpo(s). Em uma modalidade, o recipiente contém um polinucleotídeo para uso no exame do perfil de expressão de mRNA de uma célula, junto com reagentes usados para essa finalidade. Em outra modalidade, um recipiente compreende um anticorpo, fragmento de ligação do mesmo ou proteína de ligação específica para uso na avaliação da expressão de proteína 282P1G3
177 em células e tecidos ou para fins prognósticos, diagnósticos, profiláticos e terapêuticos relevantes em laboratório; indicações e/ou diretrizes para tais usos podem ser incluídos em ou com tais recipientes, assim como reagentes e outras composições ou ferramentas usadas para essas finalidades. Em outra modalidade, um recipiente compreende materiais para estimular uma resposta imune celular ou humoral, junto com indicações e/ou diretrizes associadas. Em outra modalidade, um recipiente compreende materiais para imunoterapia adotiva, tais como células T citotóxicas (CTL) ou células T auxiliares (HTL), junto com indicações e/ou diretrizes associadas; reagentes e outras composições ou ferramentas usadas para tais finalidades também pode ser incluídos.
O recipiente pode, alternativamente, conter uma composição que é eficaz para tratamento, diagnóstico, prognóstico ou realizar profilaxia de uma condição e pode ter um orifício estéril (por exemplo, o recipiente pode ser um saco ou frasco com solução intravenosa tendo uma rolha perfurável por uma agulha de injeção hipodérmica). Os agentes ativos em uma composição podem ser um anticorpo capaz de se ligar especificamente a 282P1G3 e modulação do funcionamento de 282P1G3.
O artigo de fabricação pode ainda compreender um tampão farmaceuticamente aceitável, tal como solução salina tamponada com fosfato, solução de Ringer e/ou solução de dextrose. Ele pode ainda incluir outros materiais desejáveis do ponto de vista comercial e do usuário, incluindo outros tampões, diluentes, filtros, agitadores, agulhas, seringas e/ou bulas com indicações e/ou instruções para uso.
EXEMPLOS
Vários aspectos da invenção são ainda descritos e ilustrados por meio dos vários exemplos que seguem, nenhum dos quais se destina a limitar o escopo da invenção.
Exemplo 1: Isolamento de fragmento de cDNA do Gene de PSCA SSHGerado
Intencionalmente Omitido.
Exemplo 2: Isolamento de cDNA que codifica PSCA de Comprimento Total
178
Intencionalmente Omitido.
Exemplo 3: Mapeamento Cromossômico de PSCA
Intencionalmente Omitido.
Exemplo 4
Análise de expressão de variantes de PSCA em tecidos normais e Amostras de Paciente
Anteriormente, o PSCA, aqui referida como as PSCA v.1, foi identificado como um antígeno expresso em câncer de próstata. Sua expressão foi detectada em mais de 80% dos cânceres de próstata primários e na maioria das metástases de próstata. Também foi mostrado que ele é expresso em câncer de bexiga, câncer de ovário e câncer pancreático; esses cânceres são listados na Tabela I. Através de análise por imunohistoquímica, foi mostrado que o PSCA é superexpresso sobre a superfície celular a maioria dos carcinomas transitórios uroteliais e em 60% dos adenocarcinomas pancreáticos primários. Dados de expressão do PSCA foram reportados em publicações de patente (PCT/US98/04664, PCT/US/28883, PCT/US00/19967) e em artigos revistos (Saffran et al., Proc Natl Acad Sei U.S.A., 27 de fevereiro de 2001; 98(5): 2658-2663; Amara et al., Câncer Res., 15 de junho de 2001; 61(12): 4660-65; Reiter et al., Proc Natl Acad Sei U.S.A., 17 de fevereiro de 1998; 95(4): 1735-40; Argani et al., Câncer Res., 1 de junho de 2001; 61 (11): 4320-24).
A expressão específica de diferentes variantes de PSCA foi estudada em amostras de pacientes normais e com câncer (Figura 14 e Figura 15). Iniciadores foram projetados para diferenciar entre PSCA v.1/v.2/v.4, PSCA v.3 e PSCA v.5. PSCA v.1/v.2/v.4 levou a um produto de PCR de 425 pb, PSCA v.3 levou a um produto de PCR de 300 pb, enquanto que PSCA v.5 levou a um produto de PCR de 910 pb de tamanho (Figura 14A).
cDNA de primeiro filamento foi preparado a partir de bexiga, cérebro, coração, rim, fígado, pulmão, próstata, baço, músculo esquelético, testículo, pâncreas, cólon, estômago normais, reservatórios de câncer de próstata, câncer de bexiga, câncer renal, câncer de cólon, câncer de pulmão, câncer de ovário, câncer de mama, metástase cancerígena e câncer de
179 pâncreas (Figura 14B). Normalização foi realizada através de PCR usando iniciadores para actina. PCR semiquantitativa, usando iniciadores varianteespecíficos, foi realizada a 30 ciclos de amplificação.
Os resultados mostram a expressão de PSCA v.5 principalmente em câncer de mama, metástase cancerígena e câncer de pâncreas e, em menor nível, em câncer de cólon e câncer de pulmão. O produto de PCR PSCA v.1/v.2/v.4 foi detectado em câncer de próstata, câncer de bexiga, câncer renal, câncer de cólon, câncer de pulmão, câncer de ovário, câncer de mama, metástase cancerígena e câncer de pâncreas. Dentre tecidos normais, produto de PCR PSCA v.1/v.2/v.4 foi detectado somente em próstata, estômago e, em menor nível, em rim e pulmão, enquanto que PSCA v. 5 não foi detectado em qualquer tecido normal. O produto de PCR PSCA v.3 não foi detectado em qualquer uma das amostras testadas.
Iniciadores foram projetados para diferenciar entre PSCA v.4 e PSCA v.5 (Figura 15A). PSCA v.4 levou a um produto de PCR de 460 pb, enquanto que PSCA v.5 levou a um produto de PCR de 945 pb de tamanho. cDNA de primeiro filamento foi preparado a partir de bexiga, cérebro, coração, rim, fígado, pulmão, próstata, baço, músculo esquelético, testículo, pâncreas, cólon, estômago normais, reservatórios de câncer de próstata, câncer de bexiga e reservatórios com multi-xenoenxertos (xenoenxertos de câncer de próstata, câncer renal e câncer de bexiga) (Figura 15B). Normalização foi realizada através de PCR usando iniciadores para actina. PCR semiquantitativa, usando iniciadores variante-específicos, foi realizada a 30 ciclos de amplificação.
Os resultados mostram a expressão de PSCA v.4 em câncer de próstata, câncer de bexiga e reservatórios com multi-xenoenxertos, rim normal e próstata. PSCA v.5 foi detectado somente em próstata normal e câncer de bexiga.
A expressão limitada de variantes de PSCA em tecidos normais e a expressão detectada em amostras de pacientes com câncer indicam que variantes de PSCA são alvos terapêuticos, prognósticos, de laboratório, profiláticos e diagnósticos para cânceres humanos.
180
Exemplo 5: Variantes de transcrito de PSCA
Conforme usado aqui, o termo variante inclui variantes de trans- t' crito e polimorfismos de um único nucleotídeo (SNPs). Variantes de transcrito são variantes de mRNA maduro do mesmo gene as quais surgem através de transcrição alternativa ou união alternativa. Transcritos alternativos são transcritos do mesmo gene, mas começam a transcrição em pontos diferentes. Variantes com união são variantes de mRNA unidas diferentemente a partir do mesmo transcrito. Em eucariotas, quando um gene com éxons múltiplos é transcrito a partir de DNA genômico, o RNA inicial é unido para produzir mRNA funcional, o qual tem apenas éxons e é usado para tradução em uma seqüência de aminoácidos. Conseqüentemente, um determinado gene pode ter zero a muitos transcritos alternativos e cada transcrito pode ter zero a muitas variantes com união. Cada variante de transcrito tem um único éxon e pode ter diferentes porções de codificação e/ou não-codificação (5' ou 3' end), com relação ao transcrito original. Variantes de transcrito podem codificar as mesmas, similares ou diferentes proteínas, tais proteínas tendo a mesma ou uma função similar ou uma função diferente. As proteínas variantes podem ser expressas no mesmo tecido ao mesmo tempo, em um tecido diferente ao mesmo tempo ou no mesmo tecido em diferentes momentos ou em um tecido diferente em um momento diferente. Proteínas codificadas por uma variante de transcrito podem ter localizações subcelulares ou extracelulares similares ou diferentes (por exemplo, secretadas versus intracelulares).
Variantes de transcrito são identificadas através de uma variedade de métodos aceitos na técnica. Por exemplo, transcritos alternativos e variantes com união são identificados através clonagem do comprimento total ou através de uso de transcrito com comprimento total e seqüências EST. Primeiro, todas as ESTs humanas foram agrupadas em grupos os quais mostram identidade direta ou indireta umas com as outras. Segundo, ESTs no mesmo grupo foram adicionalmente agrupadas em subgrupos e montadas em uma seqüência de consenso. A seqüência do gene original é comparada à(s) seqüência(s) de consenso ou outras seqüências de comprimento total. Cada seqüência de consenso é uma variante com união poten181 ciai para esse gene. Várias modalidades de confirmação são conhecidas na técnica, tais como identificação da variante através de análise de Northern, clonagem de comprimento ou através de uso de bibliotecas de sonda, etc. Mesmo quando é identificada uma variante que ainda não é um clone de comprimento total, essa porção da variante é muito útil como uma ferramenta de pesquisa, por exemplo, para a geração de antígeno ou para clonagem adicional da variante com união de comprimento total variante, usando métodos conhecidos na técnica.
Além disso, programas de computador estão disponíveis na técnica os quais identificam variantes de transcrito baseado em seqüências genômicas. Programas de identificação de variantes de transcrito genomabaseados incluem FgenesH (A. Salamov e V. Solovyev, Ab initio gene finding in Drosophila genomic DNA, Genome Research., abril de 2000; 10(4): 516-22); Grail (URL compbio.ornl.gov/Grail-bin/EmptyGrailForm) e GenScan (URL genes.mit.edu/GENSCAN.html). Para uma discussão geral de protocolos de identificação de variante com união veja, por exemplo, Southan, C., A genomic perspective on human proteases, FEBS Lett., 8 de junho de 2001; 498(2-3): 214-8; de Souza, S.J. et al., Identification of human chromosome 22 transcribed sequences with ORF expressed sequence tags, Proc. Natl Acad Sei U.S.A., 7 de novembro de 2000; 97(23): 12690-3.
Para confirmar adicionalmente os parâmetros da variante de transcrito, uma variedade de métodos está disponível na técnica, tais como clonagem de comprimento total, validação proteômica, validação PCRbaseada e validação por 5’ RACE, etc. (veja, por exemplo, Proteomic Validation: Brennan, S.O. et al., Albumin banks península: a new termination variant characterized by electrospray mass spectrometry, Biochem Biophys Acta., 17 de agosto de 1999; 1433(1-2): 321-6; Ferranti P et al., Differential splicing of pre-messenger RNA produces multiple forms of mature caprine alpha(s1 )-casein, Eur J Biochem., 1 de outubro de 1997; 249(1): 1-7. Para validação PCR-baseada: Wellmann S et al., Specific reverse transcriptionPCR quantification of vascular endothelial growth factor (VEGF) splice variants by LightCicler technology, Clin Chem., abril de 2001; 47(4): 654-60; Jia,
182
H.P. et al., Discovery of new human beta-defensins using a genomics-based approach, Gene., 24 de janeiro de 2001; 263(1-2): 211-8. Para validação PCR-baseada e por 5' RACE: Brigle, K.E. et al., Organization of the murine reduced folate carrier gene and identification of variant splice forms, Biochem Biophys Acta., 7 de agosto de 1997; 1353(2): 191-8).
É conhecido na técnica que regiões genômicas são moduladas em cânceres. Quando a região genômica à qual um gene se mapeia é modulada em um câncer em particular, os transcritos alternativos ou variantes com união do gene são modulados também. É divulgado aqui que o PSCA tem um perfil de expressão em particular relacionado ao câncer (veja, por exemplo, Tabela I). Transcritos alternativos e variantes com união de PSCA também estão envolvidos em cânceres, por exemplo, em um ou mais desses tecidos e em determinados tecidos adicionais também. As variantes, assim, servem como marcadores/antígenos tumor-associados.
Usando o gene de PSCA de comprimento total junto com seqüências EST, quatro variantes de transcrito adicionais foram identificadas, designadas como PSCA v.2, v.3, v.4 e v.5. Os limites dos éxons no transcrito original, PSCA v.1, foram mostrados na Tabela LL Estruturas esquemáticas das seqüências de ácido nucléico da variante de transcrito são mostradas na Figura 10. Na Figura 10, as barras com o mesmo padrão gráfico representam trechos de material genético contínuo, por exemplo, as barras pretas designam seqüências genômicas encontradas na variante 1.
As Tabelas Lll(a) - (d) a LV(a) - (d) são apresentadas em uma base variante-por-variante. As Tabelas Lll(a) - (d) mostram as seqüências de nucleotídeos das variantes de transcrito. As Tabelas Llll(a) - (d) mostram o alinhamento das variantes de transcrito com a seqüência de ácido nucléico de PSCA v.1 (para v.2 somente) ou com PSCA v.2 (para todas as outras variantes). As Tabelas LIV(a) - (d) apresentam a tradução de aminoácidos das variantes de transcrito para a orientação da rede de leitura identificada. As Tabelas LV(a) - (d) mostram alinhamentos da seqüência de aminoácidos codificada pela variante com união com aquela da PSCA v.1.
Exemplo 6: Polimorfismos de um Único Nucleotídeos de PSCA
183
Polimorfismo de um Único Nucleotídeo (SNP) é uma variação de um único par de base em uma seqüência de nucleotídeos em um local específico. Em qualquer determinado ponto do genoma, existem quatro possíveis pares de base de nucleotídeo: A/T, C/G, G/C e T/A. Conforme usado aqui, um alelo é uma de uma série de formas alternativas de um determinado gene, diferindo quanto à seqüência de DNA e afetando um produto (RNA e/ou proteína).
Um SNP que ocorre sobre um cDNA é denominado um cSNP. Esse cSNP pode trocar aminoácidos da proteína codificada pelo gene e, assim, alterar a função da proteína. Alguns SNPs causam doenças hereditárias; outros contribuem para variações quantitativas no fenótipo e reações a fatores ambientais, incluindo dieta e drogas entre os indivíduos. Portanto, a existência de um SNP e/ou combinações de alelos (denominadas haplótipos) tem muitas aplicações úteis, tais como diagnóstico de doenças hereditárias, determinação de reações à drogas e dosagens, identificação de genes responsáveis por doenças e análise da relação genética entre indivíduos (P. Nowotny, J. M. Kwon e A. M. Goate, SNP analysis to dissect human traits, Curr. Opin. Neurobiol., outubro de 2001; 11(5): 637-641; M. Pirmohamed e B. K. Park, Genetic susceptibility to adverse drug reactions, Trends Pharmacol. Sei., junho de 2001; 22(6): 298-305; J. H. Riley, C. J. Allan, E. Lai e A. Roses, The use of single nucleotide polymorphisms in the isolation of common disease genes, Pharmacogenomics., fevereiro de 2000; 1(1): 39-47; R. Judson, J. C. Stephens e A. Windemuth, The predictive power of haplotypes in clinicai response, Pharmacogenomics., Fevereiro de 2000; 1(1): 15-26).
SNPs são identificados através uma variedade de métodos aceitos na técnica (P. Bean, The promising voyage of SNP target discovery, Am. Clin. Lab., outubro-novembro de 2001; 20(9): 18-20; K. M. Weiss, In search of human variation, Genome Res., julho de 1998; 8(7): 691-697; M. M. She, Enabling large-scale pharmacogenetic studies by high-throught mutation detection and genotiping technologies, Clin. Chem., fevereiro de 2001; 47(2): 164-172). Por exemplo, SNPs são identificados através de se184 qüenciamento de fragmentos de DNA que mostram polimorfismo através de métodos gel-baseados, tais como polimorfismo por extensão de fragmento de restrição (RFLP) e eletroforese em gel com gradiente de desnaturação (DGGE). Eles são também descobertos através de seqüenciamento direto de uma amostra de DNA agrupado de diferentes indivíduos ou através de comparação de seqüências de diferentes amostras de DNA. Com o rápido acúmulo de dados de seqüência em bancos de dados públicos e privados, pode-se também descobrir SNPs através de comparação de seqüências usando programas de computador (Z. Gu, L. Hillier e P. Y. Kwok, Single nucleotides polimorphism hunting in cyberspace, Hum. Mutat. 1998; 12(4): 221-225). SNPs podem ser verificados e o genótipo ou haplótipo de um indivíduo pode ser determinado através de uma variedade de métodos, incluindo seqüenciamento direto e microfileiras de elevado rendimento (P. Y. Kwok, Methods for genotiping single nucleotide polymorphisms, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2001; 2: 235-258; M. Kokoris, K. Dix, K. Moynihan, J. Mathis, B. Erwin, P. Grass, B. Hines e A. Duesterhoeft, High-throughput SNP genotiping with the Masscode system, Mol. Diagn., Dezembro de 2000; 5(4): 329-340).
Usando os métodos descritos acima, treze SNPs foram identificados no transcrito para PSCA v.2. A variante 2 foi usada, ao invés, por exemplo, da variante 1, uma vez que ela tem menos bases ambíguas do que a variante 1. Conseqüentemente, SNPs foram identificados na PSCA v.2, nas posições 57 (t/c), 367 (c/t), 424 (a/c), 495 (c/g), 499 (c/t), 563 (c/t), 567 (g/a), 627 (g/a), 634 (t/g), 835 (g/a), 847 (g/a), 878 (g/a) e 978 (c/g). Os transcritos ou proteínas com alelos alternativos foram designados como variante de PSCA v.6 a v.18, conforme mostrado na Tabela LVI e Figura 12a.
As alterações de nucleotídeo em v.6 alteraram o códon inicial da v.1 e, assim, a tradução não pôde ser iniciada até o próximo ATG (AUG em mRNA), resultando em uma proteína 9 AA mais curta do que a proteína da v.1 (Figura 11a). As alterações de nucleotídeo para v.7 e v.8 eram silenciosas a nível de proteína.
Doze desses 13 SNPs também estavam presentes na variante
185
4, conforme apresentado na Figura 12b e Tabela LVI. As 12 variantes de SNP com relação à PSCA v. 4 são designadas PSCA v. 19 a v.30. As variantes 19 a 27 codificam aminoácidos alternativos (Figura 11b e Tabela LVI).
A Tabela LVI também mostra as alterações de aminoácidos da seqüência de proteína. Esses SNPs, embora mostrados individualmente aqui, podem ocorrer em diferentes combinações e em qualquer uma das variantes de transcrito que contém o sítio do SNP.
Exemplo 7: Produção de PSCA Recombinante em Sistemas Procariotas
Para expressar o PSCA recombinante e as variantes de PSCA em células procariotas, as seqüências de cDNA de PSCA e variante de PSCA de comprimento total ou parcial são clonadas em qualquer um de uma variedade de vetores de expressão conhecidos na técnica. Uma ou mais das regiões de variantes de PSCA a seguir são expressas: a seqüência de comprimento total apresentada nas Figuras 2 e 3 ou qualquer 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou mais aminoácidos contínuos de PSCA, variantes ou análogos dos mesmos.
A. Constructos de transcrição e tradução in vitro:
pCRIl: Para gerar sondas de RNA sentido e anti-sentido ao PSCA para investigações de RNA in situ, estruturas pCRIl (Invitrogen, Carlsbad CA) são geradas as quais codificam todo ou fragmentos do cDNA de PSCA. O vetor pCRIl tem promotores Sp6 e T7 flanqueando a inserção para acionar a transcrição de RNA de PSCA para uso como sondas em experimentos de hibridização de RNA in situ. Essas sondas são usadas para analisar a expressão de PSCA em células e tecidos a nível de RNA. RNA de PSCA transcrito representando a região de codificação de aminoácidos de cDNA do gene de PSCA é usado em sistemas de tradução in vitro, tal como o Sistema Retículo-Lisato Acoplado TnT® (Promega, Corp., Madison, Wl) para sintetizar proteína de PSCA.
B. Estruturas Bacterianas:
Estruturas pGEX: Para gerar proteínas de PSCA recombinantes em bactérias que são fundidas à proteína S-transferase de glutationa (GST), toda ou partes da seqüência de codificação de cDNA de PSCA são clonadas
186 na família pGEX de vetores de fusão-GST (Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ). Essas estruturas permitem a expressão controlada de seqüências de proteína de PSCA recombinante com GST fundidas no aminotérmino e seis epítopos de histidina (6X His) no carboxila-término. As tags GST e 6X His permitem a purificação da proteína de fusão recombinante a partir de bactérias induzidas com a matriz de afinidade apropriada e permitem o reconhecimento da proteína de fusão com anticorpos anti-GST e antiHis. A tag 6X His é gerada através da adição de 6 códons de histidina ao iniciador de clonagem na extremidade 3', por exemplo, da rede de leitura aberta (ORF). Um sítio de divagem proteolítica, tal como o sítio de reconhecimento PreScission® no pGEX-6P-1, pode ser empregado, de modo que ele permite a divagem da tag GST da proteína PSCA-relacionada. O gene de resistência à ampicilina e a origem pBR322 permitem a seleção e manutenção dos plasmídios pGEX em E. coli.
Estruturas pMAL: Para gerar em bactérias proteínas de PSCA recombinantes que são fundidas à proteína de ligação à maltose (MBP), toda ou partes da seqüência de codificação de cDNA de proteína de PSCA são fundidas ao gene MBP através de clonagem nos vetores pMAL-c2X e pMAL-p2X (New England Biolabs, Beverly, MA). Essas estruturas permitem a expressão controlada de seqüências de proteína de PSCA recombinante com MBP fundidas no amino-término e uma tag de epítopo 6X His no carboxila-término. Os marcadores MBP e 6X His permitem a purificação da proteína recombinante de bactérias induzidas com a matriz de afinidade apropriada e permitem o reconhecimento da proteína de fusão com anticorpos antiMBP e anti-His. O marcador de epítopo 6X His é gerada através da adição de 6 códons de histidina ao iniciador de clonagem 3'. Um sítio de reconhecimento de Fator Xa permite a divagem do marcador pMAL do PSCA. Os vetores pMAL-c2X e pMAL-p2X são otimizados para expressar a proteína recombinante no citoplasma ou periplasma, respectivamente. A expressão no periplasma intensifica a duplicação de proteínas com ligações de dissulfeto.
Estruturas pET: Para expressar o PSCA em células bacterianas,
187 toda ou partes da sequência de codificação de cDNA de proteína de PSCA são clonadas na família de vetores pET (Novagen, Madison, Wl). Esses vetores permitem a expressão hermeticamente controlada de proteína de PSCA recombinante em bactérias com e sem fusão às proteínas que intensificam a solubilidade, tais como NusA e tio-redoxina (Trx) e marcador de epítopo, tais como 6X His e S-Tag® que auxiliam a purificação e detecção da proteína recombinante. Por exemplo, estruturas são feitas utilizando o sistema de fusão pET NusA 43.1, de modo que regiões da proteína de PSCA são expressas como fusões amino-terminais ao NusA.
C. Estruturas de Levedo:
Estruturas pESC: Para expressar o PSCA na espécie de levedo Saccharomyces cerevisiae para a geração de proteína recombinante e estudos funcionais, toda ou partes da seqüência de codificação de cDNA de proteína de PSCA são clonadas na família de vetores pESC, cada um dos quais contêm 1 de 4 marcadores selecionáveis, HIS3, TRP1, LEU2 e URA3 (Stratagene, La Jolla, CA). Esses vetores permitem a expressão controlada do mesmo plasmídio de até 2 genes diferentes ou seqüências clonadas contendo as tags de epítopo Flag® ou Myc na mesma célula de levedo. Esse sistema é útil para confirmar interações proteína-proteína de PSCA. Além disso, a expressão em levedo proporciona modificações pós-traducionais similares, tais como glicosilações e fosforilações, que são encontradas quando expressas em células eucariotas.
Estruturas pESP: Para expressar PSCA na espécie de levedo Saccharomyces pombe, toda ou partes da seqüência de codificação de cDNA de proteína de PSCA são clonadas na família de vetores pESP. Esses vetores permitem a expressão controlada em alto nível da seqüência de proteína de PSCA que é fundida no amino término ou no carboxila término à GST, o que auxilia na purificação da proteína recombinante. Uma tag de epítopo Flag® permite a detecção da proteína recombinante com anticorpo antiFlag®.
Exemplo 8: Produção de PSCA Recombinante em Sistemas Eucariotas Superiores
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Intencionalmente Omitido.
Exemplo 9: Perfis de Antigenicidade e Estruturas Secundárias
A Figura 5A-C, Figura 6A-C, Figura 7A-C, Figura 8A-C e Figura 9A-C representam graficamente cinco perfis de aminoácidos de variantes de PSCA 1, 3 e 4, cada avaliação disponível através de acesso ao website da ProtScale (URL www.expasy.ch/cgi-bin/protscale.pl) no servidor de biologia molecular ExPasy.
Esses perfis: Figura 5, Hidrofilicidade, (Hopp T.P., Woods K.R., 1981. Proc. NatL Acad. Sei. U.S.A. 78: 3824-3828); Figura 6, Hidropaticidade, (Kyte J., Doolittle R.F., 1982. J. Mol. Biol. 157: 105-132); Figura 7, Resíduos Acessíveis Percentuais (Janin J., 1979 Nature 277: 491-492); Figura 8, Flexibilidade Média, (Bhaskaran R. e Ponnuswamy P.K., 1988. Int. J. Pept. Protein Res. 32: 242-255); Figura 9, Beta-volta (Deleage, G., Roux B. 1987 Protein Engineering 1: 289-294); e opcionalmente outros disponíveis na técnica, tais como no website da ProtScale, foram usados para identificar regiões antigênicas de cada uma das proteínas variantes de PSCA. Cada um dos perfis de aminoácido acima de variantes de PSCA foi gerado usando os seguintes parâmetros da ProtScale para análise: 1) um tamanho de janela de 9; 2) peso das bordas de janela de 100% comparado ao centro da janela; e 3) valores de perfis de aminoácidos normalizados para oscilar entre 0 e 1.
Os perfis de Hidrofilicidade (Figura 5), Hidropaticidade (Figura 6) e Resíduos Acessíveis Percentuais (Figura 7) foram usados para determinar trechos de aminoácidos hidrofílicos (isto é, valores maiores do que 0,5 sobre o perfil de Hidrofilicidade e Resíduos Acessíveis Percentuais e valores de menos do que 0,5 sobre o perfil de Hidropaticidade). É provável que tais regiões sejam expostas ao ambiente aquoso presente sobre a superfície da proteína e, assim, estão disponíveis para reconhecimento imune, tal como por anticorpos.
Os perfis de Flexibilidade Média (Figura 8) e Beta-volta (Figura 9) determinam trechos de aminoácidos (isto é, valores maiores do que 0,5 sobre o perfil de Beta-volta e o perfil de Flexibilidade Média) que não estão limitados a estruturas secundárias, tais como beta folhas e alfa hélices.
189
Também é provável que tais regiões estejam expostas sobre a proteína e, assim, acessíveis ao reconhecimento imune, tal como por anticorpos.
As seqüências antigênicas das proteínas variantes de PSCA indicadas, por exemplo, pelos perfis apresentados nas Figura 5A-C, Figura 6A-C, Figura 7A-C, Figura 8A-C e/ou Figura 9A-C, são usadas para preparar imunogênios, quer de peptídeos ou ácidos nucléicos que codificam os mesmos, para gerar anticorpos anti-PSCA terapêuticos e diagnósticos. O imunógeno pode ser qualquer 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ou mais de 50 aminoácidos contínuos ou os ácidos nucléicos correspondentes que codificam os mesmos, das variantes de proteína de PSCA listadas nas Figuras 2 e 3, das quais os perfis de aminoácidos são mostrados na Figura 9, ou podem ser inferidas em virtude do fato de a variante conter uma seqüência que é a mesma que a variante representada na Figura 9. Em particular, os imunogênios peptídicos da invenção podem compreender uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos das Figuras 2 e 3 em qualquer aumento de número inteiro que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 nos perfis de Hidrofilicidade da Figura 5; uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos das Figuras 2 e 3 em qualquer aumento de número inteiro que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor menor do que 0,5 no Perfil de Hidropaticidade da Figura 6; uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos das Figuras 2 e 3 em qualquer aumento de número inteiro que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 nos perfis de Resíduos Acessíveis Percentuais da Figura 7; uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos das Figuras 2 e 3 em qualquer aumento de número inteiro que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 nos perfis de Flexibilidade Média da Figura 8; e uma região de peptídeo de pelo menos 5 aminoácidos das Figuras 2 e 3 em qualquer aumento de número inteiro que inclui uma posição de aminoácido tendo um valor maior do que 0,5 no Perfil de Beta-Volta da Figuras 9. Os imunogênios peptídicos da invenção podem também compreender ácidos nucléicos que codificam qualquer um dos precedentes.
190
Todos os imunogênios, peptídeos ou ácidos nucléicos da invenção podem ser concretizados na forma de dose unitária humana ou estarem compreendidos em uma composição que inclui um excipiente farmacêutico compatível com a fisiologia humana.
A estrutura secundária de variantes 1, 3, 4 e 6 de proteína de PSCA, isto é, a presença e localização prevista de alfa hélices, filamentos estendidos e espirais aleatórios, é prevista a partir das seqüências de aminoácidos primárias usando o método HNN - Hierarchical Neural Nedoisrk (NPS@: Nedoisrk Protein Sequence Analysis TIBS, Março de 2000, Vol. 25, N° 3 [291]: 147-150 Combet C., Blanchet C., Geourjon C. e Deléage G., https://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_nn.html), acessado a partir do servidor de biologia molecular ExPasy (https://www.expasy.ch/tools/). A análise indica que a variante 1 de PSCA é composta de 30,89% de alfa hélice, 21,95% de filamentos estendidos e 47,15% de espirais aleatórias (Figura 13A). A variante 3 de proteína de PSCA é composta de 14,89% de alfa hélice, 8,51% de filamentos estendidos e 76,60% de espirais aleatórias (Figura 13B). A variante 4 de proteína de PSCA é composta de 9,52% de alfa hélice, 8,99% de filamentos estendidos e 81,48% de espirais aleatórias (Figura 13C). A variante 6 de proteína de PSCA é composta de 24,56% de alfa hélice, 21,93% de filamentos estendidos e 53,51% de espirais aleatórias (Fi gura 13D).
Análise com relação à presença potencial de domínios transmembrana nas proteínas variantes de PSCA foi realizada usando uma variedade de algoritmos de previsão transmembrana acessados a partir do servidor de biologia molecular (https://www.expasy.ch/tools/). Mostrados graficamente nas Figuras 13E, G, I e K estão os resultados de análises de variantes 1, 3, 4 e 6, respectivamente, usando o programa TMpred. Mostrados graficamente nas Figuras 13F, H, J e L estão os resultados de análises de variantes 1, 3, 4 e 6, respectivamente usando o programa TMHMM. As proteínas variante 1 e variante 6 de PSCA provavelmente codificam proteínas GPI-ligadas. As variantes 3 e 4 provavelmente codificam proteínas solúveis, uma vez que elas não contêm previsões significativas para domínios trans191 membrana. Os resultados de programas de análise estrutural são resumidos - j na Tabela VI.
Exemplo 10: Geração de Anticorpos Policlonais ao PSCA
Anticorpos policlonais podem ser estimulados em um mamífero, por exemplo, através de uma ou mais injeções de um agente de imunização e, se desejado, um adjuvante. Tipicamente, o agente de imunização e/ou adjuvante serão injetados no mamífero através de injeções subcutâneas ou intraperitoneais múltiplas. Além de imunização com uma variante de proteína de PSCA de comprimento total, algoritmos de computador são empregados no design de imunogênios que, baseado em análises de seqüência de aminoácido, contêm características de serem antigênicos e estarem disponíveis para reconhecimento pelo sistema imune do hospedeiro (veja o Exemplo intitulado Perfis de Antigenicidade e Estruturas Secundárias). Será previsto que tais regiões são hidrofílicas, flexíveis em conformações de beta-volta e estejam expostas sobre a superfície da proteína (veja, por exemplo, Figura 5A-C, Figura 6A-C, Figura 7A-C, Figura 8A-C, ou Figura 9A-C para perfis de aminoácidos que indicam tais regiões da variante 1 de proteína de PSCA).
Por exemplo, proteínas de fusão bacterianas recombinantes ou peptídeos contendo regiões hidrofílicas, flexíveis, em beta-volta de variantes de proteína de PSCA são usadas como antígenos para gerar anticorpos policlonais em coelhos brancos New Zealand ou anticorpos monoclonais conforme descrito no Exemplo 11. Por exemplo, na variante 1 de PSCA, tais regiões incluem, mas não estão limitadas, os aminoácidos 28-56 e aminoácidos 66-94. Para a variante 3, tais regiões incluem, mas não estão limitados, aos aminoácidos 7-39 e aminoácidos 70-94. Para a variante 4, tais regiões incluem, mas não estão limitadas, aos aminoácidos 6-18, aminoácidos 27-39, aminoácidos 103-133 e 177-189. Para a variante 6, tais regiões incluem, mas não estão limitadas, aos aminoácidos 19-35 e aminoácidos 57-85. É útil conjugar o agente de imunização a uma proteína conhecida por ser imunogênica no mamífero que está sendo imunizado. Exemplos de tais proteínas imunogênicas incluem, mas não estão limitados a, hemocianina da lapa californiana (KLH), albumina de soro, tiroglobulina bovina e inibidor de
192 tripsina de soja. Em uma modalidade, um peptídeo que codifica os aminoácidos 103-133 da variante 4 de PSCA é conjugado à KLH e usado para imunizar um coelho. Alternativamente, o agente de imunização pode incluir toda ou partes das proteínas variantes de PSCA, análogos ou proteínas de fusão das mesmas. Por exemplo, as seqüências de aminoácido das variantes de PSCA podem ser fundidas usando técnicas de DNA recombinante a qualquer uma de uma variedade de parceiros de proteína de fusão que são bemconhecidos na técnica, tais como proteínas de fusão glutationa-S-transferase (GST) e proteína HIS-marcada. Em uma modalidade, os aminoácidos 18-98 da seqüência da variante 1 de PSCA seqüência foram fundidos à GST usando técnicas recombinantes no vetor de expressão pGEX, expressos, purificados e usados para imunizar coelhos e camundongos para gerar anticorpos policlonais e monoclonais, respectivamente. Tais proteínas de fusão são purificadas de bactérias induzidas usando a matriz de afinidade apropriada.
Outras proteínas de fusão bacterianas recombinantes que podem ser empregadas incluem proteína de ligação à maltose, LacZ, tioredoxina, NusA ou uma região constante de imunoglobulina (veja a seção intitulada Produção de PSCA em Sistemas Procariotas e Current Protocols in Molecular Biology, Volume 2, Unidade 16, Frederick M. Ausubul et al. eds., 1995; Linsley, P.S., Brady, W., Urnes, M., Grosmaire, L., Damle, N. e Ledbetter, L.(1991) J. Exp. Med. 174, 561-566).
Além de proteínas de fusão derivadas de bactérias, antígenos de proteína expressos em mamífero também são usados. Esses antígenos são expressos a partir de vetores de expressão em mamífero, tais como os vetores Tag5 e Fc-Fusion (veja a seção intitulada Produção de PSCA Recombinante em Sistemas Eucariotas) e retêm modificações pós-traducionais, tais como glicosilações encontradas na proteína nativa. Em uma modalidade, o cDNA da variante 1 de PSCA, menos o peptídeo líder N-terminal e âncora GPI C-terminal foi clonado no vetor de secreção em mamíferos Tag5 e expresso em células 293T. A proteína recombinante foi purificada através de cromatografia em quelato de metal a partir de sobrenadantes de cultura tecidual de células 293T expressando estavelmente o vetor recombinante. A
193 proteína de PSCA Tag5-purificada foi, então, usada como imunógeno.
Durante o protocolo de imunização, é útil misturar ou emulsificar o antígeno em adjuvantes que intensificam a resposta imune do animal hospedeiro. Exemplos de adjuvantes incluem, mas não estão limitados a, adjuvante completo de Freund (CFA) e adjuvante MPL-TDM (monofosforil lipídio A, trehalose de dicorinomicolato sintética).
Em um protocolo típico, coelhos são inicialmente imunizados subcutaneamente com até 200 pg, tipicamente 100-200 pg, de proteína de fusão ou peptídeo conjugado à KLH misturados em adjuvante completo de Freund (CFA). Os coelhos são, então, injetados subcutaneamente a cada duas semanas com até 200 pg, tipicamente 100-200 pg, do imunógeno em adjuvante incompleto de Freund (IFA). Sangue para teste é coletado a aproximadamente 7-10 dias após cada imunização e usado para monitorar a titulação de anti-soro através de ELISA.
Para testar a reatividade e especificidade do soro imune, tal como soro de coelho derivado de imunização com uma proteína de fusão-GST de variante 3 ou 4 de PSCA, o respectivo cDNA da variante de PSCA de comprimento total é clonado no vetor de expressão pCDNA 3.1 myc-his (Invitrogen, veja o Exemplo intitulado Produção de PSCA Recombinante em Sistemas Eucariotas). Após transfecção das estruturas em células 293T, lisatos de células são submetidos à sonda com o soro antivariante e com anticorpo anti-His (Santa Cruz Biotechnologies, Santa Cruz, CA) para determinar a reatividade específica à proteína variante desnaturada usando a técnica de Western blot. Além disso, o soro imune é testado através de microscopia por fluorescência, citometria de fluxo e imunoprecipitação contra células 293T e outras expressando variante de PSCA recombinante para determinar o reconhecimento específico da proteína nativa. As técnicas de Western blot, imunoprecipitação, microscopia por fluorescência e citometria de fluxo usando células que expressam endogenamente o PSCA são também realizadas para testar a reatividade e especificidade.
Anti-soros de coelhos imunizados com proteínas de fusão variantes de PSCA, tais como proteínas de fusão à GST e MBP, são purificados
194 através de depleção de anticorpos reativos à seqüência do parceiro de fusão através de passagem sobre uma coluna de afinidade contendo o parceiro de fusão, quer sozinho ou no contexto de uma proteína de fusão irrelevante. Por exemplo, anti-soro derivado de uma proteína de fusão variante 1 de PSCA-GST é primeiro purificado através de passagem sobre uma coluna de proteína GST covalentemente acoplada a uma matriz AffiGel (BioRad, Hércules, Calif.). O anti-soro é, então, purificado por afinidade através de passagem sobre uma coluna composta de uma proteína de fusão de PSCAMBP covalentemente acoplada a uma matriz Affigel. O soro é, então, ainda purificado através de cromatografia por afinidade em proteína G para isolar a fração de IgG. Soro de outros antígenos His-marcados e peptídeos de coelhos imunizados, bem como soro sem o parceiro de fusão são purificados por afinidade através de passagem sobre uma matriz de coluna composta do imunógeno de proteína original ou peptídeo livre.
Exemplo 11: Geração de Anticorpos Monoclonais de PSCA (mAbs)
Em uma modalidade, mAbs terapêuticos às variantes de PSCA compreendem aqueles que reagem com epítopos específicos para cada proteína variante ou específicos às seqüências em comum entre as variantes que romperíam ou modulariam a função biológica das variantes de PSCA, por exemplo, aquelas que romperíam a interação com ligantes e parceiros de ligação. Imunogênios para a geração de tais mAbs incluem aqueles projetados para codificar ou conter a seqüência toda da variante de proteína de PSCA, regiões das variantes de proteína de PSCA previstas por serem antigênicas através de análise por computador a partir de uma seqüência de aminoácidos (veja, por exemplo, Figura 5A-C, Figura 6A-C, Figura 7A-C, Figura 8A-C, ou Figura 9A-C e o Exemplo intitulado Perfis de Antigenicidade). Imunogênios incluem peptídeos, proteínas bacterianas recombinantes e proteínas Tag 5 expressas em mamífero e proteínas de fusão IgG-FC humanas e de murino. Além disso, células manipuladas para expressar altos níveis da respectiva variante de PSCA, tais como a variante 4 de PSCA293T ou pré-células B de murino variante 4 de PSCA-300.19, são usadas para imunizar camundongos.
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Para gerar mAbs a uma variante de PSCA, camundongos são primeiro imunizados intraperitonealmente (IP) com, tipicamente, 10-50 pg de imunógeno de proteína ou 107 células expressando PSCA misturadas em adjuvante completo de Freund. Os camundongos são, então, subseqüentemente imunizados IP a cada 2-4 semanas com, tipicamente, 10-50 pg de imunógeno de proteína ou 107 células misturadas em adjuvante incompleto de Freund. Alternativamente, adjuvante MPL-TDM é usado em imunizações. Além das estratégias de imunização baseadas em proteínas e células acima, um protocolo de imunização baseado em DNA é empregado no qual um vetor de expressão em mamífero que codifica uma seqüência de variante de PSCA é usado para imunizar camundongos através de injeção direta do DNA de plasmídio. Por exemplo, o cDNA completo da variante 4 de PSCA é clonado no vetor de secreção em mamífero Tag5 e o vetor recombinante e, então, será usado como imunógeno. Em outro exemplo, os mesmos aminoácidos são clonados em um vetor de secreção Fc-Fusão no qual a seqüência da variante 4 de PSCA é fundida no amino-término a uma seqüência líder IgK e no carboxila-término a uma seqüência de codificação da região Fc de IgG humana ou de murino. Esse vetor recombinante é, então, usado como imunógeno. Os protocolos de imunização com plasmídio são usados em combinação com proteínas purificadas expressas a partir do mesmo vetor e com células expressando a respectiva variante de PSCA.
Durante o protocolo de imunização, sangue para teste é coletado 7-10 dias após as injeções para monitorar a titulação e especificidade da resposta imune. Uma vez que a reatividade e especificidade são obtidas conforme determinado através de análises por ELISA, Western blotting, imunoprecipitação, microscopia por fluorescência e citometria de fluxo, geração de fusão e hibridoma é, então, realizada com procedimentos estabelecidos bem-conhecidos na técnica (veja, por exemplo, Harlow e Lane, 1988).
Em uma modalidade para a geração de anticorpos monoclonais de PSCA, uma GST-fusão dos aminoácidos 1-189 que codificam o antígeno de variante 4 é expressa e, então, purificada a partir de células 293T estavelmente transfectadas. Camundongos Balb C são inicialmente imunizados
196 intraperitonealmente com 25 gg da GST- variante 4 de proteína de PSCA misturados em adjuvante completo de Freund. Os camundongos são subseqüentemente imunizados a cada duas semanas com 25 pg do antígeno misturado em adjuvante incompleto de Freund durante um total de três imunizações. ELISA usando o antígeno de fusão-GST e um produto da divagem a partir do qual a porção GST é removida determinam a titulação do soro de camundongos imunizados. A reatividade e especificidade do soro à variante 4 de proteína de PSCA de comprimento total são monitoradas através de Western blotting, imunoprecipitação e citometria de fluxo usando células 293T transfectadas com um vetor de expressão que codifica o cDNA da variante 1 de PSCA (veja, por exemplo, o Exemplo intitulado Produção de PSCA Recombinante em Sistemas Eucariotas). Outras células expressando variante 4 de PSCA recombinante ou células expressando endogenamente a variante 4 de PSCA são também usadas. Camundongos mostrando a reatividade mais forte são separados e fornecida uma injeção final de antígeno Tag5 em PBS e, então, sacrificados quatro dias depois. Os baços dos camundongos sacrificados são coletados e fundidos a células de mieloma SPO/2 usando procedimentos padrão (Harlow e Lane, 1988). Os sobrenadantes de cavidades de desenvolvimento HAT-selecionados são selecionados através ELISA, Western blot, imunoprecipitação, microscopia por fluorescência e citometria de fluxo para identificar clones que produzem anticorpo PSCA-específico.
Para gerar anticorpos monoclonais que são específicos para a variante 4 de proteína de PSCA, imunogênios são projetados para codificar uma seqüência única a essa variante. Por exemplo, um peptídeo que codifica os aminoácidos 6-18 da variante 4 de PSCA é sintetizado, conjugados à KLH e usado como imunógeno. Sobrenadantes de hibridoma são, então, selecionados sobre o antígeno peptídico e, então, adicionalmente selecionados sobre células expressando a variante 4 de proteína de PSCA e selecionados sobre células expressando as outras variantes de PSCA para derivar anticorpos monoclonais variante 4-específicos.
A afinidade de ligação do anticorpo monoclonal à variante de
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PSCA é determinada usando tecnologias padrão. Medições da afinidade quantificam a resistência do anticorpo à ligação ao epítopo e são usadas para ajudar a definir quais anticorpos monoclonais à variante de PSCA são preferidos para uso diagnóstico ou terapêutico, conforme apreciado por aqueles versados na técnica. O sistema BIAcore (Uppsala, Suécia) é um método preferido para determinação da afinidade de ligação. O sistema BIAcore usa ressonância de plasmônio em superfície (SPR, Welford K. 1991, Opt. Quant. Elect. 23: 1; Morton e Myszka, 1998, Methods in Enzymology 295: 268) para monitorar interações moleculares em tempo real. Análise por BIAcore gera, convenientemente, constantes de taxa de associação, constantes de taxa de dissociação, constantes de dissociação em equilíbrio e constantes de afinidade.
Exemplo 12: Ensaios de Ligação à Classe I e Classe II do HLA
Ensaios de ligação à classe I e classe II do HLA usando moléculas de HLA purificadas são realizados de acordo com protocolos divulgados (por exemplo, publicações PCT WO 94/20127 e WO 94/03205; Sidney et aL, Current Protocols in Immunology 18.3.1 (1998); Sidney et aL, J. Immunol. 154: 247 (1995); Sette et aL, Mol. Immunol. 31: 813 (1994)). Resumidamente, moléculas do MHC purificadas (5 a 500 nM) são incubadas com vários inibidores de peptídeo não marcados e peptídeos de sonda125l-radiorrotulado a 1-10 nM, conforme descrito. Após incubação, complexos de MHC-peptídeo são separados do peptídeo livre através de filtração em gel e a fração de peptídeo ligado é determinada. Tipicamente, em experimentos preliminares, cada preparado de MHC tem a titulação calculada na presença de quantidades fixas de peptídeos radiorrotulados para determinar a concentração de moléculas do HLA necessária para ligar 10-20% da radioatividade total. Todos os ensaios subseqüentes de inibição e ligação direta são realizados usando essas concentrações de HLA.
Uma vez que sob essas condições, [rótulo]<[HLA] e ICso>[HLA], os valores de IC5o medidos são aproximações razoáveis dos verdadeiros valores de KD. Inibidores de peptídeo são, tipicamente, testados em concentrações oscilando de 120 pg/ml a 1,2 ng/ml e são testados em dois a quatro
198 experimentos completamente independentes. Para permitir comparação dos dados obtidos em diferentes experimentos, um quadro de ligação relativa é calculado para cada peptídeo através de divisão da IC50 de um controle positivo para a inibição pela IC50 para cada peptídeo testado (tipicamente, versões não marcadas do peptídeo de sonda radiorrotulado). Para fins de bancos de dados e comparações interexperimento, valores de ligação relativa são compilados. Esses valores podem, subseqüentemente, ser convertidos novamente em valores de IC50 nM através de divisão da IC50 nM dos controles positivos para inibição pela ligação relativa do peptídeo de interesse. Esse método de compilação de dados é preciso e consistente para comparação de peptídeos que foram testados em dias diferentes ou com lotes diferentes de MHC purificadas.
Ensaios de ligação conforme esboçado acima podem ser usados para analisar peptídeos trazendo supermotivo de HLA e/ou motivo de HLA (veja Tabela IV).
Exemplo 13: Identificação de Epítopos Candidatos de CTL Trazendo Supermotivo e Motivo de HLA
As composições de vacina de HLA da invenção podem incluir epítopos múltiplos. Os epítopos múltiplos podem compreender supermotivos ou motivos múltiplos do HLA para se obter ampla abrangência de população. Esse exemplo ilustra a identificação e confirmação de epítopos trazendo supermotivo e motivo para a inclusão em tal composição de vacina. O cálculo da abrangência de população é realizado usando a estratégia descrita abaixo.
Buscas por Computador e algoritmos para identificação de epítopos trazendo supermotivo e/ou motivo
As buscas realizadas para identificar as seqüências de peptídeo trazendo motivo no Exemplo intitulado Perfis de Antigenicidade e Tabelas VIII-XXI e XXII-XLIX empregam os dados de seqüência de proteína do produto do gene de PSCA apresentado na Figuras 2 e 3, os peptídeos de busca específicos usados para gerar as Tabelas são listados na Tabela VII.
As buscas por computador por epítopos trazendo supermotivos
199 ou motivos da Classe I ou Classe II do HLA são realizadas como segue. Todas as seqüências de proteína de PSCA traduzidas são analisadas usando um software de busca por trecho de texto para identificar seqüências de peptídeo potenciais contendo motivos de ligação ao HLA apropriados; tais programas são prontamente produzidos de acordo com a informação na técnica em vista de descrições de motivos/supermotivos conhecidos. Além disso, tais cálculos podem ser feitos mentalmente.
Seqüências de A2-, A3- e DR-supermotivo identificadas são classificadas usando algoritmos polinomiais para prever sua capacidade de se ligar às moléculas da Classe I ou Classe II do HLA específicas. Esses algoritmos polinomiais levam em conta o impacto de diferentes aminoácidos em diferentes posições e são essencialmente baseados na premissa de que a afinidade global (ou AG) de interações peptídeo-molécula do HLA podem ser aproximadas como uma função polinomial linear do tipo:
AG = ai, x a2/ x a3/......x aponde aji é um coeficiente o qual representa o efeito da presença de um determinado aminoácido (/) em uma determinada posição (/) ao longo da seqüência de um peptídeo de n aminoácidos. A suposição crucial desse método é que os efeitos em cada posição são essencialmente independentes uns dos outros (isto é, ligação independente de cadeias laterais individuais). Quando o resíduo j ocorre na posição / no peptídeo, presume-se que ele contribuiu para uma quantidade constante j, para a energia livre de ligação do peptídeo, a despeito da seqüência do restante do peptídeo.
O método de derivação de coeficientes de algoritmo específicos foi descrito em Gulukota et al., J. Mol. Biol. 267: 1258-126, 1997; (veja também Sidney et al., Human Immunol. 45: 79-93, 1996; e Southwood et aL, J. Immunol. 160: 3363-3373, 1998). Resumidamente, para todas as posições /, âncoras e não-âncoras, a média geométrica da ligação relativa média (ARB) de todos os peptídeos trazendo j é calculada com relação ao restante do grupo e usada como a estimativa de /. Para peptídeos da Classe, se alinhamentos múltiplos são possíveis, apenas o alinhamento com maior escore é utilizado, após um procedimento interativo. Para calcular um escore de algo200 ritmo de um determinado peptídeo em um conjunto de teste, os valores de ARB correspondendo a uma seqüência do peptídeo são multiplicados. Se esse produto excede a um limiar escolhido, o peptídeo é previsto como se ligando. Limiares apropriados são escolhidos como uma função do grau de estringência de previsão desejada.
Seleção de Peptídeos com reatividade cruzada ao supertipo A2 do HLA
Seqüências de proteína de PSCA são exploradas utilizando um software de identificação de motivos para identificar seqüências de 8-, 9-10e 11-meros contendo a especificidade da principal âncora do supertipo A2 do HLA. Tipicamente, essas seqüências são, então, classificadas usando o protocolo descrito acima e peptídeos correspondendo às seqüências com escore positivo são sintetizados e testados com relação à sua capacidade de se ligar a moléculas HLA-A*0201 purificadas in vitro (HLA-A*0201 é considerada uma molécula com supertipo de protótipo A2).
Esses peptídeos são, então, testados com relação à capacidade de se ligar a moléculas adicionais do supertipo A2 (A*0202, A*0203, A*0206 e A*6802). Peptídeos que se ligam a pelo menos três dos cinco alelos do supertipo A2 testados são, tipicamente, considerados ligantes com reatividade cruzada do supertipo A2. Peptídeos preferidos se ligam em uma afinidade igual a ou menor do que 500 nM a três ou mais moléculas do supertipo A2 do HLA.
Seleção de epítopos trazendo supermotivo A3 do HLA
A(s) seqüência(s) de proteína de PSCA explorada(s) acima é (são) também examinada(s) com relação à presença de peptídeos com as âncoras primárias do supermotivo A3 do HLA. Peptídeos correspondendo às seqüências trazendo supermotivo A3 do HLA são, então, sintetizados e testados com relação à ligação a moléculas HLA-A*0301 e HLA-A*1101, as moléculas codificadas pelos dois alelos do supertipo A3 mais prevalecentes. Os peptídeos que se ligam a pelo menos um dos dois alelos com afinidades de ligação <500 nM, freqüentemente < 200 nM, são, então, testados com relação à reatividade cruzada de ligação aos outros alelos do supertipo A3 comuns (por exemplo, A*3101, A*3301 e A*6801) para identificar aqueles que
201 podem se ligar a pelo menos três das cinco moléculas do supertipo A3 do HLA testadas.
Seleção de epítooos trazendo supermotivo B7 do HLA
A proteína de PSCA explorada acima é também analisada com relação à presença de peptídeos de 8-, 9-10-, ou 11-meros com o supermotivo B7 do HLA. Peptídeos correspondentes são sintetizados e testados com relação à ligação à HLA-B*0702, a molécula codificada pelo alelo do supertipo B7 mais comum (isto é, o alelo com supertipo do protótipo B7). Peptídeos se ligando à B*0702 com IC50 <500 nM são identificados usando métodos padrão. Esses peptídeos são, então, testados com relação à ligação a outras moléculas do supertipo B7 comuns (por exemplo, B*3501, B*5101, B*5301 e B*5401). Peptídeos capazes de ligação a três ou mais dos cinco alelos do supertipo B7 testados são, dessa forma, identificados.
Seleção de epítopos trazendo motivo A1 e A24
Para aumentar adicionalmente a abrangência de população, epítopos A1 e A24 do HLA também podem ser incorporados em composições de vacina. Uma análise da proteína de PSCA também pode ser realizada para identificar seqüências contendo motivos A1 e A24 do HLA.
Epítopos que se ligam com elevada afinidade e/ou reatividade cruzada que trazem outros motivos e/ou supermotivos são identificados usando metodologia análoga.
Exemplo 14: Confirmação de Imunogenicidade
Peptídeos trazendo supermotivo A2 de CTL candidatos com reatividade cruzada que são identificados conforme descrito aqui são selecionados para confirmar a imunogenicidade in vitro. A confirmação é realizada usando a seguinte metodologia:
Linhagens de células alvo para seleção celular:
A linhagem de células .221A2.1, produzida através de transferência do gene HLA-A2.1 para a linhagem de células mutantes linfoblastóides B humanas HLA-A, -B, -C nulas 721.221, é usada como o alvo carregado de peptídeo para medir a atividade de CTL HLA-A2.1-limitado. Essa linhagem de células é desenvolvida em meio RPMI-1640 suplementado com
202 antibióticos, piruvato de sódio, aminoácidos não essenciais e 10% (v/v) de FCS inativado pelo calor. Células que expressam um antígeno de interesse ou transfectantes compreendendo o gene que codifica o antígeno de interesse podem ser usadas como células alvo para confirmar a capacidade de CTLs peptídeo-específicos de reconhecer o antígeno endógeno.
Culturas de indução de CTL Primária:
Geração de Células Dendríticas (DC): PBMCs são descongeladas em RPMI com 30 μg/ml de DNAse, lavadas duas vezes e ressuspensas em meio completo (RPMI-1640 mais 5% de soro humano AB, aminoácidos não-essenciais, piruvato de sódio, L-glutamina e penicilina/estreptomicina). Os monócitos são purificados através colocação em placas de 10 x 106 PBMC/cavidade em uma placa com 6 cavidades. Após 2 horas a 37°C, as células não aderentes são removidas através agitação rápida das placas e aspiração dos sobrenadantes. As cavidades são lavadas um total de três vezes com 3 ml de RPMI para remover a maioria das células não-aderentes e frouxamente aderentes. Três ml de meio completo contendo 50 ng/ml de GM-CSF e 1.000 U/ml de IL-4 são, então, adicionados a cada cavidade. TNFa é adicionado às DCs no dia 6 a 75 ng/ml e as células são usadas para culturas de indução de CTL no dia 7.
Indução de CTL com DC e Peptídeo: Células T CD8+ são isoladas através de seleção positiva com glóbulos imunomagnéticos Dynal (Dynabeads® M-450) e o reagentes Detacha-bead®. Tipicamente, cerca de 200-250 x 106 PBMC são processadas a fim de se obter 24 x 106 células T CD8+ (o bastante para cultura em uma placa com 48 cavidades). Resumidamente, as PBMCs são descongeladas em RPMI com 30 pg/ml de DNAse, lavadas uma vez com PBS contendo 1% de soro humano AB e ressuspensas em PBS/1% de soro AB em uma concentração de 20 x 106 células/ml. Os glóbulos magnéticos são lavados 3 vezes com PBS/soro AB, adicionados às células (140 pl de glóbulos/20 x 106 células) e incubados durante 1 hora a 4°C com mistura contínua. Os glóbulos e células são lavados 4x com PBS/soro AB para remover as células não-aderentes e ressuspensas a 100 x 106 células/ml (baseado no número de células originais) em PBS/soro AB
203 contendo 100 μΙ/ml de reagente Detacha-bead® e 30 pg/ml de DNAse. A mistura é incubada durante 1 hora em temperatura ambiente com mistura contínua. Os glóbulos são lavados novamente com PBS/AB/DNAse para coletar as células T CD8+. As DCs são coletadas e centrifugadas a 1300 rpm durante 5-7 minutos, lavadas uma vez com PBS com 1 % de BSA, contadas e submetidas a pulso com 40 pg/ml de peptídeo em uma concentração de células de 1-2 x 106/ml na presença de 3 pg/ml de B2-microglobulina durante 4 horas a 20°C. As DCs são, então, irradiadas (4.200 rads), lavadas 1 vez com meio e contadas novamente.
Ajuste de culturas de indução: 0,25 ml de DCs citocina-geradas (a 1 x 105 células/ml) são co-cultivadas com 0,25 ml de células T CD8+ (a 2 x 106 células/ml) em cada cavidade de uma placa com 48 cavidades na presença de 10 ng/ml de IL-7. IL-10 recombinante humano é adicionado no dia seguinte em uma concentração final de 10 ng/ml e IL-2 humano é adicionado 48 horas depois a 10 lU/ml.
Reestimulação das culturas de indução com células aderentes peotídeo-pulsadas: Sete e catorze dias após a indução primária, as células são reestimuladas com células aderentes peptídeo-pulsadas. As PBMCs são descongeladas e lavadas duas vezes com RPMI e DNAse. As células são ressuspensas a 5 x 106 células/ml e irradiadas a ~4200 rads. As PBMCs são colocadas a 2 x 106 em 0,5 ml de meio completo por cavidade e incubadas durante 2 horas a 37°C. As placas são lavadas duas vezes com RPMI batendo-se a placa suavemente para remover as células não-aderentes e as células aderentes submetidas a pulso com 10 pg/ml de peptídeo na presença de 3 pg/ml de β2 microglobulina em 0,25 ml de RPMI/5% de AB por cavidade durante 2 horas a 37°C. A solução de peptídeo de cada cavidade é aspirada e as cavidades são lavadas uma vez com RPMI. A maior parte do meio é aspirada das culturas de indução (células CD8+) e composto até 0,5 ml com meio fresco. As células são, então, transferidas para as cavidades contendo as células aderentes peptídeo-pulsadas. Vinte e quatro horas depois, IL-10 recombinante humano é adicionado em uma concentração final de 10 ng/ml e IL-2 recombinante humano é adicionado no dia seguinte e no204 vamente 2-3 dias depois a 50 lU/ml (Tsai et al., Criticai Reviews in Immunology 18(1-2): 65-75, 1998). Sete dias depois, as culturas são ensaiadas com relação à atividade de CTL em um ensaio de liberação de 51Cr. Em alguns experimentos, as culturas são ensaiadas com relação ao reconhecimento peptídeo-específico no ELISA de IFNy in situ no momento da segunda reestimulação, seguido pelo ensaio de reconhecimento endógeno 7 dias depois. Após expansão, a atividade é medida em ambos os ensaios para uma comparação lado a lado.
Medição de atividade lítica de CTL através de liberação de 51 Cr
Sete dias após a segunda reestimulação, a citotoxicidade é determinada em um ensaio padrão de (5 horas) de liberação de51 Cr através de avaliação de cavidades individuais em um único E:T. Alvos peptídeopulsados são preparados através de incubação das células com 10 pg/ml de peptídeo durante a noite a 37°C.
Células alvo aderentes são removidas de frascos de cultura com tripsina-EDTA. Células alvo são marcadas com 200 pCi de cromato de sódio 51Cr (Dupont, Wilmington, DE) durante 1 hora a 37°C. Células alvo marcadas são ressuspensas a 106 por ml e diluídas a 1:10 com células K562 em uma concentração de 3,3 x 106/ml (uma linhagem de células de eritroblastoma NK-sensível usada para reduzir a lise não-específica). Células alvo (100 pl) e efetores (100 μΙ) são colocados em placas com 96 cavidades de fundo redondo durante 5 horas a 37°C. Nesse momento, 100 μΙ de sobrenadante são coletados de cada cavidade e a lise percentual é determinada de acordo com a fórmula:
[(cpm da amostra de teste - cpm da amostra com liberação espontânea de 51Cr)/(cpm da amostra com liberação máxima de 51 Cr - cpm da amostra com liberação espontânea de 51 Cr)] x 100.
As liberações máxima e espontânea são determinadas através de incubação de alvos marcados com 1% de Triton X-100 e meio apenas, respectivamente. Uma cultura positiva é definida como uma na qual a lise específica (amostra - base) é de 10% ou maior no caso de cavidades individuais e é de 15% ou mais nas duas maiores proporções de E:T quando cul205 turas expandidas são ensaiadas.
Medição In situ da Produção de IFNy Humano como um Indicador de Reconhecimento Peptídeo-esoecífico e Endóqeno placas Immulon são revestidas com anticorpo monoclonal IFNy anti-humano de camundongo (4 pg/ml de NaHCOs a 0,1 M, pH de 8,2) durante a noite a 4°C. As placas são lavadas com PBS isento de Ca2+, Mg2+/0,05% de Tween 20 e bloqueadas com PBS/10% de FCS durante duas horas, após o que as CTLs (100 μΙ/cavidade) e alvos (100 μΙ/cavidade) são adicionadas a cada cavidade, deixando cavidades vazias para ao padrão e placebos (os quais receberam meios apenas). As células alvo, quer peptídeo-pulsadas alvos endógenos, são usadas em uma concentração de 1 x 106 células/ml. As placas são incubadas durante 48 horas a 37°C com 5% de CO2.
IFN-gama recombinante humano é adicionado às cavidades padrão começando a 400 pg ou 1200 pg/100 microlitro/cavidade e as placas incubadas durante duas horas a 37°C. As placas são lavadas e 100 μΙ de anticorpo monoclonal anti-IFN-gama biotinilado de camundongo (2 microgramas/ml em PBS/3% de FCS/0,05% de Tween 20) são adicionados e incubados durante 2 horas em temperatura ambiente. Após lavagem novamente, 100 microlitros de HRP-estreptavidina (1:4000) são adicionados e as placas incubadas durante uma hora em temperatura ambiente. As placas são, então, lavadas 6x com tampão de lavagem, 100 microlitros/cavidade de solução de desenvolvimento (TMB 1:1) são adicionados e as placas deixadas se desenvolver durante 5-15 minutos. A reação é cessada com 50 microlitros/cavidade de H3PO4 a 1M e lida em uma OD450. A cultura é considerada positiva se são medidos pelo menos 50 pg de IFN-gama/cavidade acima da base e é duas vezes 0 nível de expressão de base.
Expansão de CTL
Aquelas culturas que demonstram atividade lítica específica contra alvos peptídeo-pulsados e/ou alvos tumorígenos são expandidas durante um período de duas semanas com anti-CD3. Resumidamente, 5 x 104 células CD8+ são adicionadas a um frasco T25 contendo o seguinte: 1 x 106
206
PBMC irradiadas (4.200 rad) (autólogas ou alogenéicas) por ml, 2 x 105 células EBV-transformadas irradiadas (8.000 rad) por ml e OKT3 (anti-CD3) a 30 ng por ml em RPMI-1640 contendo 10% (v/v) de soro AB humano, aminoácidos não-essenciais, piruvato de sódio, 2-mercaptoetanol a 25 μΜ, L-glutamina e penicilina/estreptomicina. IL-2 recombinante humano é adicionado 24 horas depois em uma concentração final de 200 lU/ml e, a cada três dias depois, com meio fresco a 50 lU/ml. As células são divididas se a concentração de células excede a 1 x 106/ml e as culturas são ensaiadas entre os dias 13 e 15 em proporções de E:T de 30, 10, 3 e 1:1 no ensaio de liberação de 51Cr ou a 1 x 106/ml no ensaio de IFNy in situ usando os mesmos alvos conforme antes da expansão.
As culturas são expandidas na ausência de anti-CD3+ como segue. Aquelas culturas que demonstram atividade lítica específica contra peptídeo e alvos endógenos são selecionados e 5 x 104 células CD8+ são adicionadas a um frasco T25 contendo o seguinte: 1 x 106 PBMC autólogas por ml as quais foram peptídeo-pulsadas com 10 pg/ml de peptídeo durante duas horas a 37°C e irradiadas (4.200 rad); 2 x 105 células EBV-transformadas irradiadas (8.000 rad) por ml de RPMI-1640 contendo 10% (v/v) de soro AB humano, AA não-essenciais, piruvato de sódio, 2-ME a 25 mM, L-glutamina e gentamicina.
Imunoqenicidade de peptídeos trazendo supermotivo A2
Peptídeos se ligando de modo reativamente cruzado ao supermotivo A2 são testados no ensaio celular com relação à capacidade de induzir a CTL peptídeo-específica em indivíduos normais. Nessa análise, um peptídeo é, tipicamente, considerado como sendo um epítopo se ele induz a CTLs peptídeo-específicas em indivíduos e, de preferência, também reconhece o peptídeo endogenamente expresso.
A imunogenicidade também pode ser confirmada usando PBMCs isoladas de pacientes abrigando um tumor que expressa PSCA. Resumidamente, PBMCs são isoladas dos pacientes, re-estimuladas com monócitos peptídeo-pulsados e ensaiadas com relação à capacidade de reconhecer células alvo peptídeo-pulsadas, bem como células transfectadas ex207 pressando endogenamente o antígeno.
Avaliação de imunogenicidade ao A*03/A11
Peptídeos com ligação reativamente cruzada trazendo supermotivo A3 de HLA são também avaliados com relação à imunogenicidade usando metodologia análoga àquela usada para avaliar a imunogenicidade dos peptídeos com supermotivo A2 de HLA.
Avaliação de imunogenicidade ao B7
A seleção de imunogenicidade dos peptídeos que se ligam de modo cruzadamente reativo ao supertipo B7 identificados conforme apresentado aqui são confirmados de uma maneira análoga à confirmação de peptídeos trazendo supermotivos A2 e A3.
Peptídeos trazendo outros supermotivos/motivos, por exemplo, HLA-A1, HLA-A24, etc., também são confirmados usando metodologia similar.
Exemplo 15: Implementação dos Supermotivos Estendidos para Aperfeiçoar a Capacidade de Ligação de Epítopos Nativos através de Criação de Análogos
Motivos e supermotivos do HLA (compreendendo resíduos primários e/ou secundários) são úteis na identificação e preparo de peptídeos nativos com elevada reatividade cruzada, conforme demonstrado aqui. Além disso, a definição de motivos e supermotivos do HLA também permite que se manipule epítopos com elevada reatividade cruzada através de identificação de resíduos dentro de uma seqüência de peptídeo nativa os quais podem ser análogos para conferir ao peptídeo determinadas características, por exemplo, maior reatividade cruzada dentro do grupo de moléculas do HLA que compreendem um supertipo e/ou maior afinidade de ligação por algumas ou todas das moléculas do HLA. Exemplos de geração de peptídeos análogos para exibir afinidade de ligação modulada são apresentados nesse exemplo.
Geração de análogos em resíduos âncora primários
Estratégias de manipulação de peptídeo são implementadas para aumentar adicionalmente a reatividade cruzada dos epítopos. Por exem208 pio, as âncoras principais de peptídeos trazendo supermotivo A2 são alteradas, por exemplo, para introduzir uma L, I, V, ou M preferida na posição 2 e I ou V no C-término.
Para analisar a reatividade dos peptídeos análogos, cada análogo manipulado é inicialmente testado com relação à ligação ao alelo A*0201 do supertipo com protótipo A2, então, se a capacidade de ligação ao A*0201 é mantida, com relação à reatividade cruzada ao supertipo A2.
Alternativamente, um peptídeo é confirmado como se ligando a um ou todos os membros do supertipo e, então, análogos gerados, para modular a afinidade de ligação a qualquer um (ou mais) dos membros do supertipo para adicionar abrangência de população.
A seleção de análogos com relação à imunogenicidade em uma análise de seleção celular é, tipicamente, ainda limitada pela capacidade do peptídeo do tipo silvestre (WT) original de se ligar, pelo menos fracamente, isto é, se ligar em uma IC50 de 5000 nM ou menos, a três de mais alelos do supertipo A2. A razão para essa exigência é que os peptídeos do tipo silvestre devem estar presentes endogenamente em quantidade suficiente para serem biologicamente relevantes. Foi mostrado que peptídeos análogos têm imunogenicidade e reatividade-cruzada aumentadas com relação a células T específicas para o epítopo original (veja, por exemplo, Parkhurst et al., J. Immunol. 157: 2539, 1996; e Pogue et aL, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 92: 8166, 1995).
Na seleção celular desses análogos de peptídeo, é importante confirmar que CTLs análogo-específicas são também capazes de reconhecer 0 peptídeo do tipo silvestre e, quando possível, células alvo que expressam endogenamente o epítopo.
Geração de análogos de peptídeos trazendo supermotivo HLA-A3 e B7Análogos de epítopos trazendo supermotivo HLA-A3 são gerados usando estratégias similares àquelas empregadas na geração de análogos de peptídeos trazendo supermotivo HLA-A2. Por exemplo, peptídeos que se ligam a 3/5 das moléculas do supertipo A3- são manipulados em resíduos âncora primários para possuir um resíduo preferido (V, S, M ou A) na
209 posição 2.
Os peptídeos análogos são, então, testados com relação à capacidade de se ligar a A*03 e A*11 (alelos com protótipo do supertipo A3). Aqueles peptídeos que demonstram capacidade de ligação < 500 nM são, então, confirmados como tendo reatividade-cruzada ao supertipo A3.
Similarmente aos peptídeos trazendo motivo A2- e A3-, peptídeos se ligando a 3 ou mais alelos do supertipo B7 podem ser aperfeiçoados, onde possível, para se obter ligação com reatividade-cruzada aumentada ou maior afinidade de ligação ou meia-vida de ligação. Peptídeos trazendo supermotivo B7 são, por exemplo, manipulados para possuir um resíduo preferido (V, I, L, ou F) na posição âncora primária C-terminal, conforme demonstrado por Sidney et al. (J. Immunol. 157: 3480-3490,1996).
Analogia em resíduos âncora primários de epítopos trazendo outros motivo e/ou supermotivo é realizada da mesma maneira.
Os peptídeos análogos são, então, confirmados com relação à imunogenicidade, tipicamente, em um ensaio de seleção celular. Novamente, geralmente é importante demonstrar que CTLs análogas-específicas também são capazes de reconhecer o peptídeo do tipo silvestre e, quando possível, alvos que expressam endogenamente o epítopo.
Geração de análogos em resíduos âncora secundários
Além disso, supermotivos de HLA são de valor na manipulação de peptídeos com elevada reatividade-cruzada e/ou peptídeos que se ligam a moléculas do HLA com afinidade aumentada através de identificação de resíduos em particular em posições âncora secundárias que estão associadas a tais propriedades. Por exemplo, a capacidade de ligação de um peptídeo trazendo supermotivo B7 a um resíduo F na posição 1 é analisada. O peptídeo é, então, análogo, por exemplo, para substituir L por F na posição 1. O peptídeo análogo é avaliado com relação à afinidade de ligação aumentada, meia-vida de ligação e/ou reatividade cruzada aumentada. Tal procedimento identifica peptídeos análogos com propriedades intensificadas.
Análogos manipulados com capacidade de ligação ou reatividade-cruzada suficientemente aperfeiçoada também podem ser testados com
210 relação à imunogenicidade em camundongos transgênicos HLA-B7 após, por exemplo, imunização com IFA ou imunização com lipopeptídeo. Peptídeos análogos são adicionalmente testados com relação à capacidade de estimular uma resposta de recall usando PBMC de pacientes com tumores expressando PSCA.
Outras estratégias de geração de análogos
Outra forma de geração de análogos de peptídeo, não relacionadas às posições âncora, envolve a substituição de uma cisteína por um ácido α-amino butírico. Em virtude de sua natureza química, a cisteína tem propensão para formar ligações em ponte de dissulfeto e alterar suficientemente o peptídeo estruturalmente, de modo a reduzir a capacidade de ligação. Foi mostrado que a substituição de cisteína por ácido α-amino butírico não somente alivia esse problema, mas também melhora as capacidades de ligação e ligação-cruzada em alguns casos (veja, por exemplo, a revisão de Sette et al., em: Persistent Viral Infections, Eds. R. Ahmed e I. Chen, John Wiley & Sons, Inglaterra, 1999).
Assim, através do uso de substituições de um único aminoácido, as propriedades de ligação e/ou reatividade-cruzada de ligante peptídicos a moléculas do supertipo do HLA podem ser moduladas.
Exemplo 16: Identificação e confirmação de seqüências PSCA-derivadas com motivos de ligação HLA-DR
Epítopos de peptídeo trazendo um supermotivo ou motivo da classe II do HLA são identificados e confirmados conforme esboçado abaixo usando uma metodologia similar àquela descrita para peptídeos da classe I do HLA.
Seleção de epítopos trazendo supermotivo HLA-DR
Para identificar epítopos de HLA PSCA-derivados da classe II de HTL, um antígeno ao PSCA é analisado com relação à presença de seqüências trazendo um motivo ou supermotivo de HLA-DR. Especificamente, seqüências de 15-meros são selecionadas compreendendo um supermotivo DR, compreendendo um núcleo de 9-meros e três regiões de flanqueamento com resíduos N- e C-terminais (15 aminoácidos no total).
211
Protocolos para previsão de ligação de peptídeo a moléculas de DR foram desenvolvidos (Southwood et al., J. Imunol. 160: 3363-3373, 1998). Esses protocolos específicos para moléculas de DR individuais permitem o escore e classificação de regiões centrais de 9-meros. Cada protocolo não apenas classifica seqüências de peptídeo com relação à presença de âncoras primárias de DR-supermotivo (isto é, na posição 1 e posição 6) dentro de um núcleo de 9-meros, mas, adicionalmente, avalia seqüências com relação à presença de âncoras secundárias. Usando tabelas de seleção alelo-específicas (veja, por exemplo, Southwood et al., ibid.), verificou-se que esses protocolos selecionam eficazmente seqüências de peptídeo com uma alta probabilidade de ligação a uma molécula de DR em particular. Adicionalmente, descobriu-se que a realização desses protocolos aleatoriamente para DR1, DR4w4 e DR7 especificamente podem selecionar eficazmente peptídeos com reação-cruzada ao DR.
Os peptídeos derivados de PSCA acima identificados são testados com relação à sua capacidade de ligação a várias moléculas de HLA-DR comuns. Todos os peptídeos são inicialmente testados com relação à ligação às moléculas de DR no painel primário: DR1, DR4w4 e DR7. Peptídeos se ligando a pelo menos duas dessas três moléculas de DR são, então, testados com relação à ligação às moléculas DR2w2 β1, DR2w2 β2, DR6w19 e DR9 em ensaios secundários. Finalmente, peptídeos se ligando a pelo menos duas das quatro moléculas de DR do painel secundário e, assim, cumulativamente, pelo menos quatro de sete moléculas de DR candidatas, são selecionados com relação à ligação à moléculas DR4w15, DR5w11 e DR8w2 em ensaios terciários. Peptídeos se ligando a pelo menos sete das dez moléculas de DR compreendendo os ensaios de seleção primários, secundários e terciários são considerados ligantes com reação-cruzada ao DR. Descobriu-se que peptídeos PSCA-derivados se ligam a alelos de HLA-DR comuns de interesse em particular.
Seleção de peptídeos com motivo DR3
Em virtude do fato de o HLA-DR3 ser um alelo que prevalece nas populações Caucasiana, Negra e Hispânica, a capacidade de ligação ao
212
DR3 é um critério relevante na seleção de epítopos de HTL. Assim, peptídeos conhecidos por serem candidatos podem ser também ensaiados com relação à sua capacidade de ligação ao DR3. Contudo, em vista da especificidade de ligação do motivo DR3, peptídeos se ligando apenas ao DR3 também podem ser considerados como candidatos para inclusão em uma formulação de vacina.
Para identificar eficazmente peptídeos que se ligam ao DR3, antígenos ao PSCA alvo são analisados com relação às seqüências trazendo um de dois motivos de ligação DR3-específica reportados por Geluk et al. (J. Imunol. 152: 5742-5748, 1994). Os peptídeos correspondentes são, então, sintetizados e confirmados como tendo a capacidade de se ligar ao DR3 com uma afinidade de 1 μΜ ou melhor, isto é, menos do que 1 μΜ. São encontrados peptídeos que vão de encontro a esse critério e qualificados como ligantes com elevada afinidade à classe II do HLA.
Epítopos de ligação ao DR3 identificados dessa maneira são incluídos em composições de vacina com epítopos de peptídeo trazendo supermotivo DR.
Similarmente ao caso de peptídeos trazendo motivo da classe I do HLA, peptídeos trazendo motivo da classe II são análogos para melhorar a afinidade ou reatividade cruzada. Por exemplo, ácido aspártico na posição 4 da seqüência central de 9-mer é um ótimo resíduo para ligação de DR3 e substituição desse resíduo freqüentemente melhora a ligação a DR 3. Exemplo 17: Imunogenicidade de Epítopos de HTL PSCA-derivados
Esse exemplo determina epítopos trazendo motivo DR3 e supermotivo DR imunogênicos entre aqueles identificados usando a metodologia apresentada aqui.
A imunogenicidade de epítopos de HTL é confirmada de uma maneira análoga à determinação de imunogenicidade de epítopos de CTL, através de avaliação da capacidade de estimular respostas de HTL e/ou através de uso de modelos de camundongos transgênicos apropriados. A imunogenicidade é determinada através de seleção por: 1.) indução primária in vitro usando PBMC normal ou 2.) recordações de respostas de pacientes
213 que tem tumores expressando PSCA.
Exemplo 18: Cálculo de freqüências fenotípicas de supertipos de HLA em várias bases étnicas para determinar a amplitude de abrangência de população
Esse exemplo ilustra a avaliação da amplitude de abrangência de população de uma composição de vacina compreendendo os epítopos múltiplos compreendendo múltiplos supermotivos e/ou motivos.
De forma a analisar a abrangência de população, as freqüências de gene de alelos de HLA são determinadas. As freqüências de gene para cada alelo de HLA são calculadas a partir das freqüências de antígeno ou alelo utilizando a fórmula de distribuição binomial gf = 1-(SQRT(1-af)) (veja, por exemplo, Sidney et al., Human Imunol. 45: 79-93, 1996). A fim de se obter freqüências fenotípicas globais, as freqüências cumulativas de gene são calculadas e as freqüências cumulativas de antígeno derivadas através de uso da fórmula inversa [af = 1 -(1 -Cgf)2].
Onde dados de freqüência não estão disponíveis a nível de tipificação de DNA, correspondência às freqüências de antígeno sorologicamente definidas é admitida. A fim de se obter abrangência total potencial da população de supertipos, nenhum desequilíbrio de ligação é admitido e somente alelos confirmados como pertencendo a cada um dos supertipos são incluídos (estimativas mínimas). As estimativas de abrangência total potencial obtidas através de combinações interlocais são feitas através de adição da população que abrange A para aquela que não abrange A que seria esperada ser abrangida pelos alelos B considerados (por exemplo, total = A + B*(1A)). Membros confirmados do supertipo semelhante ao A3 são A3, A11, A31, A*3301 e A*6801. Embora o supertipo semelhante ao A3 também inclua A34, A66 e A*7401, esses alelos não são incluídos nos cálculos de freqüência global. Da mesma forma, membros confirmados da família do supertipo semelhante ao A2 são A*0201, A*0202, A*0203, A*0204, A*0205, A*0206, A*0207, A*6802 e A*6901. Finalmente, os alelos confirmados ao supertipo semelhante ao B7: B7, B*3501-03, B51, B*5301, B*5401, B*5501-2, B*5601, B*6701 e B*7801 (potencialmente também B*1401, B*3504-06, B*4201 e
214
Β*5602).
A abrangência de população obtida através de combinação dos supertipos A2-, A3- e B7- é de aproximadamente 86% nos cinco principais grupos étnicos. A abrangência pode ser estendida através de inclusão de peptídeos abrigando os motivos A1 e A24. Em média, A1 está presente em 12% e A24 em 29% da população nos cinco diferentes principais grupos étnicos (Caucasiano, Negros da América do Norte, Chineses, Japoneses e Hispânicos). Juntos, esses alelos são representados com uma freqüência média de 39% nessas mesmas populações étnicas. A abrangência total nas principais etnicidades quando A1 e A24 são combinados com a abrangência dos alelos do supertipo A2-, A3- e B7- é >95%; veja, por exemplo, Tabela IV (G). Uma abordagem análoga pode ser usada para estimar a abrangência de população obtida com combinações de epítopos trazendo motivo da classe II.
Estudos de imunogenicidade em seres humanos (por exemplo, Bertoni et al., J. Clin. Invest. 100: 503, 1997; Doolan et al., Immunity 7: 97, 1997; e Threlkeld et al., J. Imunol. 159: 1648, 1997) mostraram que peptídeos com ligação altamente cruzados-reativos são quase sempre reconhecidos como epítopos. O uso de peptídeos de ligação altamente cruzadosreativos é um critério de seleção importante na identificação de epítopos candidatos para inclusão em uma vacina que é imunogênica na população diversa.
Com um número suficiente de epítopos (conforme divulgado aqui e na técnica), uma abrangência média de população é prevista como sendo maior do que 95% em cada uma das cinco principais populações étnicas. A análise de simulação Game Theory Monte Cario, a qual é conhecida na técnica (veja, por exemplo, Osborne, M.J. e Rubinstein, A. A course in game theory MIT Press, 1994), pode ser usada para estimar qual percentual dos indivíduos em uma população compreende os grupos étnicos Caucasiano, Negros da América do Norte, Japonês, Chinês e Hispânico reconhecerá os epítopos de vacina descritos aqui. Um percentual preferido é 90%. Um percentual mais preferido é 95%.
215
Exemplo 19: Reconhecimento de CTL de Antígenos Endogenamente Processados Após Iniciação
Esse exemplo confirma que CTL induzido por epítopos de peptídeo nativos ou análogos identificados e selecionados conforme descrito aqui reconhecem antígenos endogenamente sintetizados, isto é, nativos.
Células efetoras isoladas de camundongos transgênicos que são imunizados com epítopos de peptídeo, por exemplo, epítopos trazendo o supermotivo HLA-A2, são reestimuladas in vitro usando células estimulatórias peptídeo-revestidas. Seis dias depois, as células efetoras são avaliadas com relação à citotoxicidade e as linhagens de células que contêm atividade citotóxica peptídeo-específica são adicionalmente reestimuladas. Mais seis dias depois, essas linhagens de células são testadas com relação à atividade citotóxica sobre células alvo Jurkat-A2.1/Kb 51Cr marcadas na ausência ou presença de peptídeo e também testadas sobre células alvo 51Cr marcadas trazendo o antígeno endogenamente sintetizado, isto é, células que são estavelmente transfectadas com vetores de expressão de PSCA.
Os resultados demonstram que as linhagens de CTL obtidas de animais produzidos com epítopo de peptídeo reconhecem o antígeno ao PSCA endogenamente sintetizados. A escolha do modelo de camundongo transgênico a ser usado para tal análise depende do(s) epítopo(s) que está(ão) sendo avaliado(s). Além de camundongos transgênicos HLAA*0201/Kb, vários outros modelos de camundongo transgênico, incluindo camundongos com A11 humano, os quais também podem ser usados para avaliar epítopos A3 e alelos B7 foram caracterizados e outros (por exemplo, camundongos transgênicos para HLA-A1 e A24) estão sendo desenvolvidos. Modelos de camundongos HLA-DR1 e HLA-DR3 também foram desenvolvidos, os quais podem ser usados para avaliar epítopos de HTL.
Exemplo 20: Atividade de Epítopos Conjugados de CTL-HTL em camundongos transgênicos
Esse exemplo ilustra a indução de CTLs e HTLs em camundongos transgênicos, através do uso de composições de vacina de peptídeo de CTL e HTL PSCA-derivados. A composição de vacina usada aqui compre216 ende peptídeos a serem administrados a um paciente com um tumor expressando PSCA. A composição de peptídeo pode compreender epítopos múltiplos de CTL e/ou HLT. Os epítopos são identificados usando a metodologia conforme descrito aqui. Esse exemplo também ilustra que imunogenicidade intensificada pode ser obtida através da inclusão de um ou mais epítopos de HTL em uma composição de vacina de CTL; tal composição de peptídeo pode compreender um epítopo de HTL conjugado a um epítopo de CTL. O epítopo de CTL pode ser um que se liga a membros múltiplos da família do HLA em uma afinidade de 500 nM ou menos ou análogos desse epítopo. Os peptídeos podem ser lipidados, se desejado.
Procedimentos de imunização: A imunização de camundongos transgênicos é realizada conforme descrito (Alexander et aL, J. Immunol. 159: 4753-4761, 1997). Por exemplo, camundongos A2/Kb, os quais são transgênicos para o alelo A2.1 de HLA humano e são usados para confirmar a imunogenicidade de epítopos trazendo o motivo HLA-A*0201 ou supermotivo HLA-A2 e são produzidos subcutaneamente (base da cauda) com 0,1 ml de peptídeo em Adjuvante Incompleto de Freund ou, se a composição de peptídeo é um conjugado de CTL/HTL lipidado, em DMSO/solução salina ou, se a composição de peptídeo é um polipeptídeo, em PBS ou Adjuvante Incompleto de Freund. Sete dias após iniciação, esplenócitos obtidos desses animais são reestimulados com linfoblastos LPS-ativados irradiados singênicos revestidos com peptídeo.
Linhagens de células: células alvo para ensaios de citotoxicidade peptídeo-específicos são células Jurkat transfectadas com o gene quimérico HLA-A2.1/Kb (por exemplo, Vitiello et aL, J. Exp. Med. 173:1007,1991).
Ativação de CTL in vitro: Uma semana após iniciação, células do baço (30 x 106 células/frasco) são co-cultivadas a 37 °C com linfoblastos peptídeo-revestidos irradiados (3000 rads) singenéicos (10 x 106 células/frasco) em 10 ml de meio de cultura/frasco. Após seis dias, células efetoras são coletadas e analisadas com relação à atividade citotóxica.
Ensaio de atividade citotóxica: Células alvo (1,0 a 1,5 x 106) são incubadas a 37°C na presença de 200 pl de 51Cr. Após 60 minutos, as célu217
Ias são lavadas três vezes e ressuspensas em meio R10. O peptídeo é adicionado, onde requerido, em uma concentração de 1 pg/ml. Para o ensaio, 104 células alvo 51Cr-marcados são adicionadas em diferentes concentrações de células efetoras (volume final de 200 pl) em placas com 96 cavidades com fundo em U. Após um período de incubação de seis horas a 37°C, uma alíquota de 0,1 ml de sobrenadante é removida de cada cavidade e a radioatividade é determinada em um contador gama automático Micromedic. A lise percentual específica é determinada através da fórmula: liberação percentual específica = 100 x (liberação experimental - liberação espontânea)/(liberação máxima - liberação espontânea). Para facilitar a comparação entre ensaios de CTL distintos realizados sob as mesmas condições, os dados de liberação % de 51Cr são expressos como unidades líticas/106 células. Uma unidade lítica é arbitrariamente definida como o número de células efetoras requerido para se obter 30% de lise de 10.000 células alvo em um ensaio de liberação de 51Cr de seis horas. A fim de se obter unidades líticas específicas/106, as unidades líticas/106 obtidas na ausência de peptídeo são subtraídas das unidades líticas/106 obtidas na presença de peptídeo. Por exemplo, se liberação de 30% de 51Cr é obtida na proporção de efetor (E): alvo (T) de 50:1 (isto é, 5 x 105 células efetoras para 10.000 alvos) na ausência peptídeo e 5:1 (isto é, 5 x 104 células efetoras para 10.000 alvos) na presença de peptídeo, as unidades líticas específicas seriam: [(1/50.000)(1/500.000)] x 106 = 18LU.
Os resultados são analisados para avaliar a magnitude das respostas de CTL de animais injetados com o preparado de vacina de conjugado de CTL/HTL imunogênico e são comparados com a magnitude da resposta de CTL obtida usando, por exemplo, epítopos de CTL, conforme esboçado acima no Exemplo intitulado Confirmação de Imunogenicidade. Análises similares a essa podem ser realizadas para confirmar a imunogenicidade de conjugados de peptídeo contendo múltiplos epítopos de CTL epítopos e/ou múltiplos epítopos de HTL. De acordo com esses procedimentos, descobriuse que uma resposta de CTL é induzida e, concomitantemente, que uma resposta de HTL é induzida quando de administração de tais composições.
218
Exemplo 21: Seleção de epítopos de CTL e HTL para inclusão em uma vacina PSCA-específica
Esse exemplo ilustra um procedimento para seleção de epítopos de peptídeo para composições de vacina da invenção. Os peptídeos na composição podem estar na forma de uma seqüência de ácido nucléico, quer seqüências simples ou uma ou mais (isto é, minigene) que codificam peptídeo(s) ou podem ser peptídeos poliepitópicos e/ou simples.
Os princípios a seguir são utilizados quando de seleção de uma pluralidade de epítopos para inclusão em uma composição de vacina. Cada uma dos princípios a seguir está equilibrado de forma a fazer a seleção.
Epítopos são selecionados os quais, quando de administração, imitam respostas imunes que estão correlacionadas à eliminação de PSCA. O número de epítopos usados depende de observações de pacientes que eliminam espontaneamente PSCA. Por exemplo, foi observado que pacientes que eliminam espontaneamente células expressando PSCA geram uma resposta imune a pelo menos três (3) epítopos de antígeno ao PSCA, então, pelo menos três epítopos deverão ser incluídos para a classe I do HLA. Um raciocínio similar é usado para determinar epítopos da classe II do HLA.
Epítopos são, freqüentemente, selecionados que têm uma afinidade de ligação com uma IC50 de 500 nM ou menos para uma molécula da classe I do HLA, ou para a Classe II, uma IC50 de 1000 nM ou menos; ou peptídeos da classe I do HLA com elevados escores de ligação pelo web site BIMAS na URL bimas.dcrt.nih.gov/.
Com 0 objetivo de alcançar uma cobertura ampla da vacina através de uma população, supermotivos suficientes abrigando peptídeos ou um conjunto suficiente de motivo alelo específico abrigando peptídeos são selecionados para proporcionar uma ampla cobertura de população. Em uma modalidade específica, epítopos são selecionados para prover pelo menos 80% da cobertura da população. Uma análise de Monte Cario, uma avaliação estatística conhecida na técnica pode ser empregada para avaliar largura ou redundância de cobertura da população.
Quando da criação de composições polieptópicas ou um minge219 ne que codifica as mesmas, é tipicamente desejável gerar o menor peptídeo possível que incompasse os epítopos de interesse. Os princípios empregados são similares, se não os mesmos, aos empregados quando da seleção de um peptídeo compreendendo epítopos agrupados. Por exemplo uma seqüência de proteína para a composição de vacina é selecionada porque tem um número máximo de epítopos contidos na seqüência, isto é, tem alta concentração de epítopos. Epítopos podem ser agrupados ou sobrepostos, isto é, estrutura trocada em relação à outras. Por exemplo, com epítopos sobrepostos, dois epítopos com 9 meros e um epítopo com 10 meros podem estar presentes em um peptídeo com 10 aminoácidos. Cada epítopo pode ser exposto e ligado por uma molécula de HLA quando da administração do peptídeo. Um multiepitópico peptídeo pode ser gerado sinteticamente, recombinantemente ou via divagem de uma fonte nativa alternativamente, um análogo pode ser feito desta seqüência nativa através da qual um ou mais dos epítopos compreendem substituições que alteram a propriedade de reatividade cruzada e/ou afinidade de ligação do peptídeo poliepitópico. Como uma composição de vacina é administrada para fins terapêuticos ou profiláticos. Esta modalidade provê a possibilidade de que um aspecto ainda não descoberto de processamento de sistema imune será aplicado e assim facilitará a produção de composições de vacina induzidas por respostas imune profiláticas ou terapêuticas. Adicionalmente, uma modalidade provê a possibilidade de epítopos abrigando motivo para um conjunto de HLA que não é atualmente conhecido. Além disso, esta modalidade (sem a criação de quaisquer análogos) direciona a resposta imune às seqüências de peptídeo múltiplas que estão atualmente presentes em PSCA, evitando assim a necessidade de avaliação de quaisquer epítopos juncionais. Finalmente, a modalidade provê uma economia de escala quando da produção de composições de vacina de ácido nucléico. Relacionados com esta modalidade, programas de computador podem ser derivados de acordo com os princípios da técnica, que identifica em uma seqüência marcadora, o maior número de epítopos por comprimento de seqüência.
Uma composição de vacina compreendida por peptídeos sele220 cionados, quando administrados, é segura, eficaz e elucida uma resposta imune similar em magnitude a uma resposta imune que controle, limpe células que que abriguem ou sobreexpressem PSCA.
Exemplo 22: Construção de Plasmídios de DNA com Multiepítopos de Minigene
Esse exemplo discute a construção de um plasmídio de expressão de minigene. Plasmídios de minigene podem, naturalmente, conter várias configurações de células B, epítopos de CTL e/ou HTL ou epítopos análogos conforme descrito aqui.
Um plasmídio de expressão de minigene inclui, tipicamente, múltiplos epítopos peptídicos de CTL e HTL. No presente exemplo, epítopos peptídicos abrigando supermotivo HLA-A2, -A3, -B7 e epítopos peptídicos abrigando motivo HLA-A1 e -A24 são usados em conjunto com epítopos abrigando supermotivo DR e/ou epítopos DR3. Epítopos peptídicos abrigando motivo ou supermotivo da classe I do HLA derivados de PSCA são selecionados, de modo que motivos/supermotivos múltiplos são representados para assegurar ampla abrangência de população. Similarmente, epítopos da classe II do HLA são selecionados a partir de PSCA para proporcionar ampla abrangência de população, isto é, epítopos abrigando supermotivos HLA DR-1-4-7 e epítopos abrigando motivos HLA DR-3 são selecionados para inclusão na estrutura de minigene. Os epítopos de CTL e HTL selecionados são, então, incorporados em um minigene para expressão em um vetor de expressão.
Tal um constructo pode, adicionalmente, incluir seqüências que direcionam os epítopos de HTL ao retículo endoplasmático. Por exemplo, a proteína li pode ser fundida a um ou mais epítopos de HTL, conforme descrito na técnica, em que a seqüência CLIP da proteína li é removida e substituída por uma seqüência de epítopo da classe II de HLA, de modo que o epítopo da classe II é dirigido ao retículo endoplasmático, onde o epítopo se liga a uma molécula da classe II do HLA.
Esse exemplo ilustra o método a ser usado para a construção de um plasmídio de expressando abrigando um minigene. Outros vetores de
221 expressão que podem ser usados para composições de minigene estão disponíveis e são conhecidos por aqueles versados na técnica.
O plasmídio de DNA do minigene desse exemplo contém uma seqüência Kozak de consenso e uma seqüência sinalizadora de cadeia leve de kapa-lg de murino seguida por epítopos de CTL e/ou HTL selecionados de acordo com os princípios divulgados aqui. A seqüência codifica uma rede de leitura aberta fundida às tags de epítopo de anticorpo Myc e His codificadas pelo vetor pcDNA 3.1 Myc-His.
Oligonucleotídeos em sobreposição que podem, por exemplo, ter em média cerca de 70 nucleotídeos de comprimento com sobreposições de 15 nucleotídeos, são sintetizados e HPLC-purificados. Os oligonucleotídeos codificam os epítopos de peptídeo selecionados, bem como nucleotídeos ligantes apropriados, seqüência de Kozak e seqüência sinalizadora. O multigene com epítopos múltiplos final é montado através de extensão dos oligonucleotídeos em sobreposição em três conjuntos de reações usando PCR. Uma máquina de PCR Perkin/Elmer 9600 é usada e um total de 30 ciclos é realizado usando as seguintes condições: 95°C durante 15 s, temperatura de anelamento (5o abaixo da menor Tm calculada de cada par de iniciador) durante 30 seg e 72°C durante 1 min.
Por exemplo, um minigene é preparado como segue. Para uma primeira reação de PCR, 5 μg de dois oligonucleotídeos são anelados e estendidos: em um exemplo usando oito oligonucleotídeos, isto é, quatro pares de iniciadores, oligonucleotídeos 1+2, 3+4, 5+6 e 7+8, são combinados em reações de 100 μΙ contendo tampão de Pfu polimerase (1x = KCI a 10 mM, (NH4)2SO4 a 10 mM, Tris-cloreto a20 mM, pH de 8,75, MgSO4 a 2 mM, 0,1% de Triton X-100, 100 pg/ml de BSA), dNTP a 0,25 mM e 2,5 U de Pfu polimerase. Os produtos diméricos de comprimento total são gel-purificados e duas reações contendo o produto de 1 +2 e 3+4 e o produto de 5+6 e 7+8 são misturados, anelados e estendidos durante 10 ciclos. Metade das duas reações é, então, misturada e 5 ciclos de anelamento e extensão realizados antes que iniciadores de flanqueamento sejam adicionados para amplificar o produto de comprimento total. O produto de comprimento total é gel-purificado e
222 clonado em pCR-blunt (Invitrogen) e clones individuais são selecionados através seqüenciamento.
Exemplo 23: A Estrutura de Plasmídio e o Grau até o Qual Ela Induz à Imunogenicidade.
O grau até o qual uma estrutura de plasmídio, por exemplo, um plasmídio construído de acordo com o Exemplo anterior, é capaz de induzir à imunogenicidade é confirmado in vitro por meio de determinação da apresentação de epítopo através de APC após transdução ou transfecção da APC com uma estrutura de ácido nucléico expressando epítopo. Tal estudo determina a antigenicidade e permite o uso de APC humana. O ensaio determina a capacidade do epítopo de ser apresentado pela APC em um contexto que é reconhecido por uma célula T através de quantificação da densidade de complexos de epítopo-classe I de HLA sobre a superfície celular. A quantificação pode ser realizada através de medição direta da quantidade de peptídeo eluído da APC (veja, por exemplo, Sijts et al., J. Imunol. 156: 683692, 1996; Demotz et al., Nature 342: 682-684, 1989); ou o número de peptídeo-complexos da classe I de HLA pode ser estimado através de medição da quantidade de lise ou liberação de mentemfocina induzida pela doença ou células alvo transfectadas e, então, determinação da concentração de peptídeo necessária para se obter níveis equivalentes de lise ou liberação de mentenfocina (veja, por exemplo, Kageyama et aL, J. Imunol. 154: 567-576, 1995).
Alternativamente, a imunogenicidade é confirmada através de injeções in vivo em camundongos e subseqüente avaliação in vitro de atividade de CTL e HTL, as quais são analisadas usando ensaios de citotoxicidade e proliferação, respectivamente, conforme detalhado, por exemplo, em Alexander et al., Immunity 1: 751-761, 1994.
Por exemplo, para confirmar a capacidade de uma estrutura de minigene de DNA contendo pelo menos um peptídeo com supermotivo HLAA2 de induzir CTLs in vivo, camundongos transgênicos HLA-A2.1/Kb, por exemplo, são imunizados intramuscularmente com 100 pg de cDNA nu. Como um meio de comparação do nível de CTLs induzida através de imuniza223 ção com cDNA, um grupo de animais de controle é também imunizado com uma composição de peptídeo real que compreende epítopos múltiplos sintetizados como um único polipeptídeo conforme eles seriam codificados pelo minigene.
Esplenócitos de animais imunizados são estimulados duas vezes com cada uma das respectivas composições (epítopos de peptídeo codificados no minigene ou o peptídeo poliepitópico), então, avaliados com relação à atividade citotóxica peptídeo-específica em um ensaio de liberação de 51Cr. Os resultados indicam a magnitude da resposta de CTL dirigida contra o epítopo A2-limitado, assim, indicando a imunogenicidade in vivo da vacina de minigene e vacina poliepitópica.
Portanto, descobriu-se que o minigene estimula respostas imunes dirigidas aos epítopos de peptídeo com supermotivo HLA-A2 como a vacina de peptídeo poliepitópico. Uma análise similar é também realizada usando outros modelos de camundongo transgênico HLA-A3 e HLA-B7 para avaliar a indução de CTL por epítopos de motivo ou supermotivo HLA-A3 e HLA-B7, pelo que também descobriu-se que o minigene estimula respostas imunes apropriadas dirigidas aos epítopos proporcionados.
Para confirmar a capacidade de um minigene que codifica um epítopo da classe II para induzir HTLs in vivo, camundongos DR transgênicos ou, para aqueles epítopos que reagem cruzadamente com a molécula de MHC de camundongo apropriada, camundongos l-Ab-limitados, por exemplo, são imunizados intramuscularmente com 100 pg de DNA de plasmídio. Como um meio de comparação do nível de HTLs induzida através de imunização com DNA, um grupo de animais de controle é também imunizado com uma composição de peptídeo real emulsificada em adjuvante completo de Freund. Células T CD4+, isto é, HTLs, são purificadas a partir de esplenócitos de animais imunizados e estimuladas com cada uma das respectivas composições (peptídeos codificados no minigene). A resposta de HTL é medida usando um ensaio de proliferação por incorporação de 3Htimidina (veja, por exemplo, Alexander et al., Immunity 1: 751-761, 1994). Os resultados indicam a magnitude da resposta de HTL, assim, demonstrando a
224 imunogenicidade in vivo do minigene.
Minigenes de DNA, construídos conforme descrito no Exemplo anterior, também podem ser confirmados como uma vacina em combinação com um agente de reforço usando um protocolo de iniciar reforço. O agente de reforço pode consistir de proteína recombinante (por exemplo, Barnett et al., Aids Res. and Human Retroviruses 14, Suplemento 3: S299-S309, 1998) ou rubéola recombinante, por exemplo, expressando um minigene ou DNA que codifica a proteína completa de interesse (veja, por exemplo, Hanke et al., Vacine 16: 439-445, 1998; Sedegah et al., Proc. Natl. Acad. Sei USA 95: 7648-53, 1998; Hanke e McMichael, Immunol. Letters 66: 177-181, 1999; e Robinson et al., Nature Med. 5: 526-34, 1999).
Por exemplo, a eficácia do minigene de DNA usado em um protocolo de iniciar reforço é inicialmente avaliada em camundongos transgênicos. Nesse exemplo, camundongos transgênicos A2.1/Kb são imunizados IM com 100 μg de um minigene de DNA que codifica os peptídeos imunogênicos incluindo pelo menos um peptídeo abrigando supermotivo HLA-A2. Após um período de incubação (oscilando de 3-9 semanas), os camundongos recebem um reforço IP com 107 pfu/camundongo de um vírus da rubéola recombinante expressando a mesma seqüência codificada pelo minigene de DNA. Camundongos de controle são imunizados com 100 μg de DNA ou rubéola recombinante sem a seqüência de minigene ou com DNA que codifica o minigene, mas sem o reforço de rubéola. Após um período adicional de incubação de duas semanas, esplenócitos dos camundongos são imediatamente ensaiados com relação à atividade peptídeo-específica em um ensaio ELISPOT. Adicionalmente, esplenócitos são estimulados in vitro com os epítopos de peptídeo A2-limitados codificados no minigene e rubéola recombinante, então, ensaiados com relação à atividade peptídeo-específica em um ELISA de alfa, beta e/ou gama IFN.
Descobriu-se que o minigene utilizado em um protocolo de iniciar reforço estimula maiores respostas imunes com relação aos peptídeos de supermotivo HLA-A2 do que com DNA apenas. Tal análise pode também ser realizada usando modelos de camundongos transgênicos HLA-A11 ou HLA225
Β7 para avaliar a indução de CTL por epítopos de motivos ou supermotivos HLA-A3 ou HLA-B7. O uso de protocolos de iniciar reforço em seres humanos é descrito abaixo no Exemplo intitulado Indução de Respostas de CTL Usando um Protocolo de Iniciar Reforço.
Exemplo 24: Composições de Peptídeo Para Usos Profiláticos
Composições de vacina da presente invenção podem ser usadas para impedir a expressão de PSCA em pessoas que estão em risco de tumores que abrigam esse antígeno. Por exemplo, uma composição de epítopos de peptídeo poliepitópico (ou um ácido nucléico compreendendo o mesmo) contendo epítopos múltiplos de CTL e HTL, tais como aqueles selecionados nos Exemplos acima, os quais também são selecionados para objetivar mais de 80% da população, é administrada a indivíduos em risco de um tumor PSCA-associado.
Por exemplo, uma composição baseada em peptídeo é proporcionada como um único polipeptídeo que abrange epítopos múltiplos. A vacina é, tipicamente, administrada em uma solução fisiológica que compreende um adjuvante, tal como Adjuvante Incompleto de Freund. A dose de peptídeo para a imunização inicial é de cerca de 1 a cerca de 50.000 pg, geralmente 100-5.000 pg, para um paciente de 70 kg. A administração inicial da vacina é seguida por dosagens de reforço a 4 semanas depois através de avaliação da magnitude da resposta imune no paciente, através de técnicas que determinam a presença de populações de CTL epítopo-específicas uma amostra de PBMC. Doses de reforço adicionais são administradas conforme requerido. Descobriu-se que a composição é segura e eficaz como uma profilaxia contra doença PSCA-associada.
Alternativamente, uma composição compreendendo, tipicamente, agentes de transfecção é usada para a administração de uma vacina baseada em ácido nucléico de acordo com metodologias conhecidas na técnica e divulgadas aqui.
Exemplo 25: Composições de Vacina PolieDitópica Derivadas de Seqüências Nativas de PSCA
Uma seqüência de poliproteína nativa de PSCA é analisada, de
226 preferência usando um algoritmo computadorizado definido para cada motivo ou supermotivo da classe I e/ou classe II, para identificar regiões relativamente curtas da poliproteína que compreendem epítopos múltiplos. As regiões relativamente curtas têm, de preferência, um comprimento menor do que um antígeno nativo inteiro. Essa seqüência relativamente curta que contém epítopos aninhados, múltiplos distintos ou em sobreposição pode ser usada para gerar uma estrutura de minigene. A estrutura é manipulada para expressar o peptídeo, o qual corresponde à seqüência de proteína nativa. O peptídeo relativamente curto tem, geralmente, menos do que 250 aminoácidos de comprimento, freqüentemente menos do que 100 aminoácidos de comprimento, de preferência menos do que 75 aminoácidos de comprimento e mais preferivelmente menos do que 50 aminoácidos de comprimento. A seqüência de proteína da composição de vacina é selecionada porque ela tem um número máximo de epítopos contido dentro da seqüência, isto é, ela tem uma elevada concentração de epítopos. Conforme observado aqui, motivos de epítopo podem ser aninhados ou estar em sobreposição (isto é, estrutura desviada com relação uns aos outros). Por exemplo, com epítopos em sobreposição, dois epítopos de 9-meros e um epítopo de 10-meros podem estar presentes em um peptídeo de 10 aminoácidos. Tal composição de vacina é administrada para fins terapêuticos ou profiláticos.
A composição de vacina incluirá, por exemplo, epítopos múltiplos de CTL de antígeno PSCA e pelo menos um epítopo de HTL. Essa seqüência nativa poliepitópica é administrada como um peptídeo ou como uma seqüência de ácido nucléico a qual codifica o peptídeo. Alternativamente, um análogo pode ser feito dessa seqüência nativa, pelo que um ou mais dos epítopos compreendem substituições que alteram a reatividade cruzada e/ou propriedades de afinidade de ligação do peptídeo poliepitópico.
A modalidade desse exemplo proporciona a possibilidade de que um outro aspecto não descoberto de processamento do sistema imune aumentará a seqüência nativa e, desse modo, facilitará a produção de composições de vacina que induzem a uma resposta imune terapêutica ou profilática. Adicionalmente, tal modalidade proporciona a possibilidade de que epí227 topos abrigando motivo para uma composição de HLA são, atualmente, desconhecidos. Além disso, essa modalidade (excluindo uma modalidade análoga) direciona a resposta imune para seqüências de peptídeo múltiplas que já estão presentes no PSCA nativo, assim, evitando a necessidade de avaliar quaisquer epítopos juncionais. Por fim, a modalidade proporciona uma economia de produção quando da produção de composições de vacina de peptídeo ou ácido nucléico.
Relacionado a essa modalidade, programas de computador estão disponíveis na técnica os quais podem ser usados para identificar uma seqüência alvo, o maior número de epítopos por comprimento de seqüência. Exemplo 26: Composições de Vacina Poliepitópicas a partir de Antígenos Múltiplos
Os epítopos de peptídeo de PSCA da presente invenção são usados em conjunto com epítopos de outros antígenos tumor-associados alvo para criar uma composição de vacina que é útil para a prevenção ou tratamento de câncer que expressa PSCA e esses outros antígenos. Por exemplo, a composição de vacina pode ser proporcionada como um único polipeptídeo que incorpora epítopos múltiplos de PSCA, bem como antígenos tumor-associados que são freqüentemente expressos com um câncer alvo associados à expressão de PSCA ou pode ser administrada como uma composição compreendendo um coquetel de um ou mais epítopos distintos. Alternativamente, a vacina pode ser administrada como uma estrutura de minigene ou como células dendríticas as quais foram carregadas com os epítopos de peptídeo in vitro.
Exemplo 27: Uso de oeptídeos para avaliar uma resposta imune
Peptídeos da invenção podem ser usados para analisar uma resposta imune com relação à presença de anticorpos específicos, CTL ou HTL dirigidos ao PSCA. Tal análise pode ser realizada da maneira descrita em Ogg et aL, Science 279: 2103-2106, 1998. Nesse Exemplo, os peptídeos de acordo com a invenção são usados como um reagente para fins diagnósticos ou prognósticos, não como um imunógeno.
Nesse exemplo, complexos tetraméricos de antígeno leucócitos
228 humanos altamente sensíveis (tetrâmeros) são usados para uma análise seccional-transversal, por exemplo, das freqüências de CTL PSCA HLAA*0201-específica a indivíduos HLA A*0201-positivos em diferentes estágios da doença ou após imunização compreendendo um peptídeo de PSCA contendo um motivo A*0201. Os complexos tetraméricos são sintetizados conforme descrito (Musey et al., N. Engl. J. Med. 337: 1267, 1997). Resumidamente, a cadeia pesada de HLA purificada (A*0201 nesse exemplo) e β2microglobulina são sintetizadas por meio de um sistema de expressão procariota. A cadeia pesada é modificada através de deleção da causa citosólicatransmembrana e adição COOH-terminal da seqüência contendo um sítio de biotinilação BirA enzimática. A cadeia pesada, p2-microglobulina e o peptídeo são reduplicados através de diluição. O produto reduplicado de 45-kD é isolado através de cromatografia rápida de líquido em proteína e, então, biotinilado através de BirA na presença de biotina (Sigma, St. Louis, Missouri), 5' trifosfato de adenosina e magnésio. Conjugado de estreptavidinaficoeritrina é adicionado em uma proporção molar de 1:4 e o produto tetramérico e concentrado para 1 mg/ml. O produto resultante é referido como tetrâmero-ficoeritrina.
Para a análise de amostras de sangue do paciente, aproximadamente um milhão de PBMCs são centrifugados a 300 g durante 5 minutos e ressuspensas em 50 μΙ de solução salina tamponada com fosfato gelada. Análise tricolor é realizada com o tetrâmero-ficoeritrina, junto com anti-CD8Tricolor e anti-CD38. As PBMCs são incubadas com tetrâmero e anticorpos sobre gelo durante 30 a 60 min e, então, lavadas duas vezes antes de fixação com formaldeído. Gates são aplicados para conter >99,98% de amostras de controle. Controles para os tetrâmeros incluem indivíduos A*0201negativos e doadores não-doentes A*0201-positivos. O percentual de células coradas com o tetrâmero é, então, determinado através de citometria de fluxo. Os resultados indicam o número de células na amostra de PBMC que contém CTLs epítopo-limitadas, desse modo, indicando prontamente a extensão de resposta imune ao epítopo de PSCA e, assim, o estado de exposição ao PSCA ou exposição a uma vacina que estimula uma resposta pro229 tetora ou terapêutica.
Exemplo 28: Uso de Epítooos de Peptídeo para Avaliar Recordação de Respostas
Os epítopos de peptídeo da invenção são usados como reagentes para avaliar respostas de células T, tal como recordação de respostas agudas ou em pacientes. Tal análise pode ser realizada em pacientes que tenham se recuperado de doença PSCA-associada ou que foram vacinados com uma vacina de PSCA.
Por exemplo, a resposta de CTL limitada à classe I de pessoas que foram vacinas pode ser analisada. A vacina pode ser qualquer vacina de PSCA. PBMC são coletadas de indivíduos vacinados e tipificados com HLA. Epítopos de peptídeo apropriados da invenção que, de modo ótimo, trazem supermotivos para proporcionar reatividade cruzada com membros da família do supertipo HLA são, então, usados para análise de amostras derivadas de indivíduos que trazem o tipo HLA.
PBMC de indivíduos vacinados são separadas sobre gradientes de densidade de Ficoll-Histopaque (Sigma Chemistry Co., St. Louis, MO), lavadas três vezes em HBSS (GIBCO Laboratories), ressuspensas em RPMI-1640 (GIBCO Laboratories) suplementadas com L-glutamina (2 mM), penicilina (50U/ml), estreptomicina (50 pg/ml) e Hepes (10 mM) contendo 10% de AB de soro humano inativada pelo calor (RPMI completo) e colocadas em formatos de microcultura. Um peptídeo sintético compreendendo um epítopo da invenção é adicionado a 10 pg/ml a cada cavidade e epítopo 128-140 de núcleo de HBV é adicionado a 1 pg/ml a cada cavidade como uma fonte de células T auxiliar durante a primeira semana de estimulação.
No formato de microcultura, 4 x 105 PBMC são estimuladas com peptídeo em 8 culturas repetidas em uma placa com fundo redondo com 96 cavidades em 100 μΙ/cavidade de RPMI completo. Nos dias 3 e 10, 100 pl de RPMI completo e uma concentração final de 20 U/ml de rlL-2 são adicionados a cada cavidade. No dia 7, as culturas são transferidas para uma placa com fundo redondo com 96 cavidades e reestimuladas com peptídeo, rlL-2 e 105 células alimentadoras autólogas irradiadas (3.000 rad). As culturas são
230 testadas com relação à atividade citotóxica no dia 14. Uma resposta de CTL positiva requer que duas ou mais das oito culturas repetidas mostrem mais de 10% de liberação de 51 Cr específica, baseado em comparação com indivíduos de controle não doentes, conforme anteriormente descrito (Rehermann et al., Nature Med. 2: 1104,1108, 1996; Rehermann et al., J. Clin. Invest. 97: 1655-1665, 1996; e Rehermann et aL, J. Clin. Invest. 98: 14321440, 1996).
Linhagens de células alvo são B-LCL autólogas e alogenéicas EBV-transformadas que são adquiridas da American Society for Histocompatibility and Immunogenetics (ASHI, Boston, MA) ou estabelecidas a partir do grupo de pacientes, conforme descrito (Guilhot et al., J. Virol. 66: 2670-2678, 1992).
Ensaios de citotoxicidade são realizados na seguinte maneira. Células alvo consistem em linhagens de células linfoblastóides B alogenéicas ou autólogas HLA-equivalentes ou EBV-transformadas que são incubadas durante a noite com os epítopos de peptídeo sintético da invenção a 10 μΜ e marcadas com 100 μα de 51Cr (Amersham Corp., Arlington Heights, IL) durante 1 hora, após o que elas são lavadas quatro vezes com HBSS.
A atividade citolítica é determinada em um ensaio padrão de liberação de 51 Cr com cavidade dividida de 4 horas usando placas com 96 cavidades com fundo em U contendo 3.000 alvos/cavidade. PBMCs estimuladas são testadas em proporções de efetor/alvo (E/T) de 20-50:1 no dia 14. A citotoxicidade percentual é determinada a partir da fórmula: 100 x [(liberação experimental- liberação espontânea)/liberação máxima-liberação espontânea)]. A liberação máxima é determinada através de lise de alvos através de detergente (2% de Triton X-100; Sigma Chemistry Co., St. Louis, MO). A liberação espontânea é <25% da liberação máxima para todos os experimentos.
Os resultados de tal análise indicam a extensão a qual populações de CTL HLA-limitadas foram estimuladas através de exposição prévia ao PSCA ou uma vacina de PSCA.
Similarmente, a resposta de CTL limitada à Classe II pode ser
231 também analisada. PBMC purificadas são cultivadas em uma placa com fundo plano com 96 cavidades em uma densidade de 1,5 x 105 células/cavidade e são estimuladas com 10 pg/ml de peptídeo sintético da invenção, antígeno inteiro de PSCA ou PHA. As células são rotineiramente colocadas em réplicas de 4-6 cavidades para cada condição. Após sete dias de cultura, o meio é removido e substituído por meio fresco contendo 10U/ml de IL-2. Dois dias depois, 1 μθί de 3H-timidina é adicionado a cada cavidade e a incubação é continuada durante mais 18 horas. DNA celular é, então, coletado sobre esteiras de fibras de vidro e analisado com relação à incorporação de 3H-timidina. A proliferação de células T antígeno-específica é calculada como a proporção de incorporação de 3H-timidina na presença de antígeno dividido pela incorporação de 3H-timidina na ausência de antígeno. Exemplo 29: Indução de Resposta de CTL Específica em Seres Humanos
Um experimento clínico humano para uma composição imunogênica compreendendo epítopos de CTL e HTL da invenção é ajustado como um estudo de graduação de dose em I Fase IND e realizado como um experimento placebo-controlado, duplamente às cegas, aleatório. Esse ex perimento é projetado, por exemplo, como segue:
Um total de cerca de 27 indivíduos é recrutado e dividido em três grupos:
Grupo I: 3 indivíduos são injetados com placebo e 6 indivíduos são injetados com 5 μg de composição de peptídeo;
Grupo II: 3 indivíduos são injetados com placebo e 6 indivíduos são injetados com 50 μg de composição de peptídeo;
Grupo III: 3 indivíduos são injetados com placebo e 6 indivíduos são injetados com 500 pg de composição de peptídeo.
Após 4 semanas depois da primeira injeção, todos os indivíduos recebem uma inoculação de reforço na mesma dosagem.
Os pontos finais nesse estudo medem a segurança e tolerabilidade da composição de peptídeo, bem como sua imunogenicidade. As respostas imunes celulares à composição de peptídeo são um índice da atividade intrínseca dessa composição de peptídeo e, portanto, podem ser enca232 radas como uma medida de eficácia biológica. O seguinte resume os dados clínicos e de laboratório que se referem aos pontos finais de segurança e eficácia.
Segurança: A incidência de eventos adversos é monitorada no grupo de tratamento com placebo e droga e avaliada em termos de grau e reversibilidade.
Avaliação da Eficácia da Vacina: Para avaliação da eficácia da vacina, o sangue dos indivíduos é coletado antes e após injeção. Células mononucleares de sangue periférico são isoladas de sangue fresco heparinizado através de centrifugação em gradiente de densidade de FicollHypaque, transformadas em alíquotas em meio de congelamento e armazenadas congeladas. As amostras são avaliadas com relação à atividade de CTL e HTL.
Verificou-se que a vacina é segura e eficaz.
Exemplo 30: Experimentos em II Fases em Pacientes Expressando PSCA
Experimentos em Fase II são realizados para estudar o efeito de administração das composições de peptídeo CTL-HTL a pacientes tendo câncer que expressa PSCA. Os principais objetivos do experimento são determinar uma dose e um regime eficazes para indução de CTL em pacientes com câncer que expressam PSCA, estabelecer a segurança de indução de uma resposta de CTL e HTL nesses pacientes e observar até que ponto a ativação de CTL melhora o quadro clínico desses pacientes, conforme manifestado, por exemplo, através da redução e/ou regressão das lesões. Tal estudo é projetado, por exemplo, como segue:
Os estudos são realizados em centros múltiplos. O modelo experimental é um protocolo de graduação de dose não controlado, com rótuloaberto, em que a composição de peptídeo é administrada como uma única dose, seguido seis semanas depois por um único reforço da mesma dose. As dosagens são 50, 500 e 5.000 microgramas por injeção. Efeitos colaterais droga-associados (gravidade e reversibilidade) são registrados.
Existem três grupamentos de pacientes. O primeiro grupo é injetado com 50 microgramas da composição de peptídeo e os segundo e ter233 ceiro grupos com 500 e 5.000 microgramas de composição de peptídeo, respectivamente. Os pacientes dentro de cada grupo oscilam, quanto à idade, de 21-65 e representam diversas bases étnicas. Todos eles têm um tumor que expressa PSCA.
Manifestações clínicas ou respostas de células T antígenoespecíficas são monitoradas para avaliar os efeitos da administração de composições de peptídeo. Descobriu-se que a composição de vacina é segura e eficaz no tratamento de doença PSCA-associada.
Exemplo 31: Indução de Respostas de CTL Usando um Protocolo de Reforçq
Um protocolo de reforço similar, quanto a seu princípio fundamental, àquele usado para confirmar a eficácia da vacina de DNA em camundongos transgênicos, tal como descrito acima no Exemplo intitulado A Estrutura de Plasmídio e o Grau até o qual ela Induz à Imunogenicidade, pode também ser usado para a administração da vacina a seres humanos. Tal regime de vacina pode incluir uma administração inicial, por exemplo, de DNA nu seguido por um reforço usando um vírus recombinante que codifica a vacina ou proteína/polipeptídeo recombinante ou uma mistura de peptídeo administrada em um adjuvante.
Por exemplo, a imunização inicial pode ser realizada usando um vetor de expressão, tal como aquele construído no Exemplo intitulado Construção de Plasmídios de DNA com Multiepítopos de Minigene na forma de ácido nucléico nu administrado IM (ou SC ou ID) nas quantidades de 0,5-5 mg em locais múltiplos. O ácido nucléico (0,1 a 1000 pg) pode também ser administrado usando uma pistola de gene. Após um período de incubação de 3-4 semanas, uma dose de reforço é, então, administrada. O reforço pode ser vírus da caxumba recombinante administrado em uma dose de 5-107 a 5 x 109 pfu. Um vírus recombinante alternativo, tal como um MVA, canaripox, adenovírus ou vírus adeno-associado, pode também ser usado para o reforço ou a proteína poliepitópica ou uma mistura dos peptídeos pode ser administrada. Para avaliação da eficácia da vacina, amostras de sangue do paciente são obtidas antes de imunização, bem como em intervalos após a
234 administração da vacina inicial e das doses de reforço da vacina. Células mononucleares de sangue periférico são isoladas de sangue fresco heparinizado através de centrifugação em gradiente de densidade de FicollHypaque, transformadas em alíquota em meio de congelamento e armazenados congelados. As amostras são avaliadas com relação à atividade de CTL e HTL.
Análise dos resultados indicam que uma magnitude de resposta suficiente para se obter uma imunidade terapêutica ou protetora contra PSCA é gerada.
Exemplo 32: Administração de Composições de Vacina Usando Células Dendríticas (DC)
Vacinas compreendendo epítopos de peptídeo da invenção podem ser administradas usando APCs ou APCs profissionais tais como DC. Nesse exemplo, DC peptídeo-pulsadas são administrados a um paciente para estimular uma resposta de CTL in vivo. Nesse método, células dendríticas são isoladas, expandidas e pulsadas com uma vacina compreendendo epítopos de peptídeo CTL e HTL da invenção. As células dendríticas são infundidas de volta no paciente para estimular respostas de CTL e de HTL in vivo. As CTL e HTL induzidas, então, destroem ou facilitam a destruição, respectivamente, das células alvo que abrigam a proteína de PSCA da qual os epítopos na vacina são derivados.
Por exemplo, um coquetel de peptídeos compreendendo epítopo é administrado ex vivo a PBMCs ou DCs isoladas das mesmas. Um produto farmacêutico para facilitar a coleta de DC pode ser usado, tal como Progenipoietin® (Monsanto, St. Louis, MO) ou GM-CSF/IL-4. Após pulsação da DC com peptídeos e antes de reinfusão nos pacientes, as DCs são lavadas para remover os peptídeos não ligados.
Conforme apreciado clinicamente e prontamente determinado por aqueles habilitados baseado em resultados clínicos, o número de DC reinfundidas no paciente pode variar (veja, por exemplo, Nature Med. 4: 328, 1998; Nature Med. 2: 52, 1996 e Prostate 32: 272, 1997). Embora 2-50 x 106 DC por paciente sejam, tipicamente, administrados, números maiores de
235
DC, tais como 107 ou 108, podem também ser proporcionados. Tais populações de células contêm, tipicamente, entre 50-90% de DC.
Em algumas modalidades, PBMC carregadas de peptídeo são injetadas em pacientes sem purificação da DC. Por exemplo, PBMC geradas após tratamento com um agente, tal como Progenipoietin®, são injetadas em pacientes sem purificação da DC. O número total de PBMC que é administrado freqüentemente oscila de 108 a 101°. Geralmente, as doses de células injetadas nos pacientes são baseadas no percentual de DC no sangue de cada paciente, conforme determinado, por exemplo, através de análise por imunofluorescência com anticorpos anti-DC específicos. Assim, por exemplo, se a Progenipoietin® mobiliza 2% de DC no sangue periférico de um determinado paciente e esse paciente tem de receber 5 x 106 DC, então, o paciente será injetado com a total de 2,5 x 108 de PBMC carregada com peptídeo. O percentual de DC mobilizada por um agente tal como Progenipoietin® é, tipicamente, estimado como estando entre 2-10%, mas pode variar, conforme apreciado por aqueles versados na técnica.
Ativação ex vivo de resposta de CTL/HTL
Alternativamente, a resposta de CTL ou HTL ex vivo a antígenos de PSCA pode ser induzida através de incubação, em cultura tecidual, de células precursoras de CTL ou HTL do paciente ou geneticamente compatíveis junto com uma fonte de APC, tal como DC e peptídeos imunogênicos. Após um tempo de incubação apropriado (tipicamente cerca de 7-28 dias), no qual as células precursoras são ativadas e expandidas em células efetoras, as células são infundidas no paciente, onde elas destruirão (CTL) ou facilitarão a destruição (HTL) de suas células alvo específicas, isto é, células tumorígenas.
Exemplo 33: Método Alternativo de Identificação e Confirmação de Peptídeos Abrigando Motivo
Outro método de identificação e confirmação de peptídeos abrigando motivo é eluir os mesmos de células abrigando moléculas do MHC definidas. Por exemplo, linhagens de células B transformadas com EBV usadas para tipificação tecidual foram extensivamente caracterizadas para
236 determinar quais moléculas de HLA eles expressam. Em determinados casos, essas células expressam apenas um único tipo de molécula de HLA. Essas células podem ser transfectadas com ácidos nucléicos que expressam o antígeno de interesse, por exemplo, PSCA. Peptídeos produzidos através de processamento de antígeno endógeno de peptídeos produzidos como um resultado de transfecção se ligarão, então, a moléculas de HLA dentro da célula e serão transportados e visualizados sobre a superfície celular. Os peptídeos são, então, eluídos das moléculas de HLA através de exposição a condições ácidas suaves e sua seqüência de aminoácidos determinada, por exemplo, através de análise espectral de massa (por exemplo, Kubo et al., J. Imunol. 152: 3913, 1994). Em virtude da maior parte dos peptídeos que se liga a uma molécula de HLA em particular abrigar motivos, essa é uma modalidade alternativa para obtenção de peptídeos abrigando motivo correlacionados a uma molécula de HLA em particular expressa sobre a célula.
Alternativamente, linhagens de células que não expressam moléculas de HLA endógenas podem ser transfectadas com uma estrutura de expressão que codifica um único alelo de HLA. Essas células podem, então, ser usadas conforme descrito, isto é, elas podem, então, ser transfectadas com ácidos nucléicos que codificam PSCA para isolar peptídeos correspondendo ao PSCA que são apresentados sobre a superfície celular. Peptídeos obtidos a partir de tal análise abrigarão motivo(s) que corresponde(m) à ligação ao único alelo de HLA que é expresso na célula.
Conforme apreciado por aqueles versados na técnica, pode-se realizar uma análise similar sobre uma célula abrigando mais de um alelo de HLA e, subseqüentemente, determinar peptídeos específicos para cada alelo de HLA expresso. Além disso, aqueles habilitados também reconhecerão que outros meios que não transfecção, tal como carga com um antígeno à proteína, podem ser usados para proporcionar uma fonte de antígeno à célula.
Exemplo 34: Polinucleotídeos Complementares
Seqüências complementares às seqüências de codificação de
237
PSCA ou qualquer parte das mesmas são usadas para detectar, diminuir ou inibir a expressão de PSCA que ocorre naturalmente. Embora o uso de oligonucleotídeos compreendendo de cerca de 15 a 30 pares de base seja descrito, essencialmente o mesmo procedimento é usado com fragmentos de seqüências menores ou maiores. Oligonucleotídeos apropriados são projetados usando, por exemplo, o software OLIGO 4.06 (National Biosciences) e a seqüência de codificação de PSCA. Para inibir a transcrição, um oligonucleotídeo complementar é projetado a partir da seqüência 5' única e usado para impedir a ligação de promotor a uma seqüência de codificação. Para inibir a tradução, um oligonucleotídeo complementar é projetado para impedir ligação ribossômica a um transcrito que codifica PSCA.
Exemplo 35: Purificação de PSCA que Ocorre Naturalmente ou Recombinante Usando Anticorpos PSCA-Específicos
PSCA que ocorre naturalmente ou recombinante é substancialmente purificado através cromatografia por imunoafinidade usando anticorpos específicos para PSCA. Uma coluna de imunoafinidade é construída através de acoplamento covalente de anticorpo anti-PSCA a uma resina cromatográfica ativada, tal como SEPHAROSE CNBr-ativada (Amersham Pharmacia Biotech). Após o acoplamento, a resina é bloqueada e lavada de acordo com as instruções do fabricante.
Meios contendo PSCA são passados sobre a coluna de imunoafinidade e a coluna é lavada sob condições que permitem a absorção preferencial de PSCA (por exemplo, tampões com elevada resistência iônica na presença de detergente). A coluna é eluída sob condições que rompem a ligação anticorpo/PSCA (por exemplo, um tampão com pH de 2 a um pH de 3 ou uma elevada concentração de um caotrope, tal como um íon de uréia ou tiocianato) e GCR.P é coletada.
Exemplo 36: Identificação de Moléculas as quais Interagem com PSCA
PSCA, ou fragmentos biologicamente ativos do mesmo, são marcados com reagente 121 1 Bolton-Hunter. (Veja, por exemplo, Bolton et al. (1973) Biochem. J. 133: 529). Moléculas candidatas previamente dispostas nas cavidades de uma placa com cavidades múltiplas são incubadas
238 com o PSCA marcado, lavadas e qualquer cavidade com complexo de PSCA marcado é avaliada. Os dados obtidos usando diferentes concentrações de PSCA são usadas para calcular os valores para o número, afinidade e associação de PSCA com as moléculas candidatas.
Exemplo 37: Ensaio in vivo para promoção do crescimento de tumor pela PSCA v.4
O efeito da proteína de PSCA v.4 sobre o desenvolvimento de células tumorígenas é avaliado in vivo através de avaliação do desenvolvimento de tumor e desenvolvimento de células expressando ou carecendo de PSCA v.4. Por exemplo, camundongos SCID são injetados subcutaneamente sobre cada flanco com 1 x 106 de linhagens de células cancerígenas 3T3, de próstata (por exemplo, células PC3), de bexiga (por exemplo, células UMUC3) ou de pâncreas (por exemplo, células PANC1) contendo o vetor vazio tkNeo ou PSCA v.4. Pelo menos duas estratégias podem ser usadas: (1) Expressão constitutiva de PSCA v.4 sob regulação de um promotor, tal como um promotor constitutivo obtido a partir dos genomas de vírus tais como polioma vírus, vírus da caxumba (UK 2.211.504 publicada em 5 de julho de 1989), adenovírus (tal como Adenovírus 2), papiloma vírus bovino, vírus do sarcoma em aves, citomegalovírus, um retrovírus, vírus da hepatite-B e Vírus Simian 40 (SV40), ou de promotores heterólogos de mamífero, por exemplo, o promotor de actina ou um promotor de imunoglobulina, contanto que tais promotores sejam compatíveis com os sistemas de células hospedeiras e (2) Expressão regulada sob o controle de um sistema de vetor induzível, tal como ecdysona, tetraciclina, etc., contanto que tais promotores sejam compatíveis com os sistemas de células hospedeiras. O volume do tumor é, então, monitorado através de medição do calibre no caso de tumores palpáveis e acompanhando ao longo do tempo para determinar se células expressando PSCA v.4 se desenvolvem em uma taxa mais rápida e se tumores produzidos por células expressando PSCA v.4 demonstram características de agressividade alterada (por exemplo, metástase intensificada, vascularização, responsividade reduzida a drogas quimioterapêuticas).
Adicionalmente, camundongos podem ser implantados com 1 x
239
105 das mesmas células ortotopicamente para determinar se a PSCA v.4 tem um efeito sobre o desenvolvimento local no pâncreas e se a PSCA v.4 afeta a capacidade das células de formar metástases especificamente em nódulos linfáticos e osso (Miki T et aL, Oncol Res. 2001; 12: 209; Fu X et aL, Int. J Câncer. 1991, 49: 938). O efeito da PSCA v.4 sobre a formação e desenvolvimento de tumor ósseo pode ser avaliado através injeção de células tumorígenas intratibiamente.
O ensaio é também útil para determinar o efeito inibitório da PSCA v.4 em composições terapêuticas candidatas tal como, por exemplo, intracorpos de PSCA v.4, moléculas anti-sentido de PSCA v.4 e ribozimas. Exemplo 38: Inibição de Tumores Anticorpo Monoclonal PSCA v.4-mediada in Vivo
A expressão significativa de PSCA v.4 em tecidos cancerígenos, junto com sua expressão limitada em tecidos normais torna o PSCA v.4 um bom alvo para terapia com anticorpos. Similarmente, o PSCA v.4 é um alvo para imunoterapia baseada em células T. Assim, a eficácia terapêutica de mAbs anti-PSCA v.4 em modelos em camundongos de xenoenxerto de câncer humano, incluindo próstata, bexiga e pâncreas (por exemplo, células PANC1) e outros cânceres -PSCA v.4 listados na Tabela 1, é avaliada através de uso de linhagens de células recombinantes, tais como PC3-PSCA v.4, UM-UC3-PSCA v.4, PANC1-PSCA v.4 e 3T3-PSCA v.4 (veja, por exemplo, Kaighn, M.E. et aL, Invest Urol, 1979. 17(1): 16-23), bem como modelos de xenoenxerto humano (Saffran et aL PNAS 1999, 10: 1073-1078).
A eficácia de anticorpo sobre o crescimento do tumor e formação metástase é estudada, por exemplo, em modelos de xenoenxerto de câncer ortotópico de ovário, pâncreas ou sangue. Os anticorpos podem ser não conjugados, conforme discutido nesse Exemplo ou podem ser conjugados a uma modalidade terapêutica, conforme apreciado na técnica. mAbs antiPSCA v.4 inibem a formação de tumores em xenoenxertos de camundongo. mAbs anti-PSCA v.4 também retardaram o desenvolvimento de tumores ortotópicos estabelecidos e prolongaram a sobrevivência de camundongos abrigando tumor. Esses resultados indicam a utilidade de mAbs anti-PSCA
240
v.4 no tratamento de vários tumores sólidos e locais em estágios avançados. (Veja, por exemplo,, Saffran, D. et al., PNAS 10: 1073-1078 ou world wide web URL nas.org/cgi/doi/10,1073/pnas.051624698).
A administração dos mAbs anti-PSCA v.4 levou ao retardo do crescimento ortotópico do tumor e inibição de metástase em locais distantes, resultando em prolongamento significativo da sobrevivência de camundongos abrigando tumor. Esses estudos indicam a PSCA v.4 como um alvo atraente para imunoterapia e demonstram o potencial terapêutico de mAbs anti-PSCA v.4 para o tratamento de câncer local e metastático. Esse exemplo indica que anticorpos monoclonais PSCA v.4 não conjugados são eficazes para inibir o desenvolvimento de xenoenxertos de tumor pancreático, ovariano e mentanfonas humanos desenvolvidos em camundongos SCID; conseqüentemente uma combinação de tais anticorpos monoclonais eficazes também é eficaz.
Inibição de tumor usando mAbs PSCA v.4 não conjugados múltiplos Materiais e Métodos
Anticorpos monoclonais PSCA v.4:
Anticorpos monoclonais são estimulados contra PSCA v.4 conforme descrito no Exemplo intitulado Geração de anticorpos monoclonais PSCA v.4 (mAbs). Os anticorpos são caracterizados através ELISA, Western blot, FACS e imunoprecipitação com relação à sua capacidade de se ligar ao PSCA v.4. Os dados de mapeamento de epítopo para os mAbs antiPSCA v.4, conforme determinado através de ELISA e análise de Western, reconhecem epítopos sobre a proteína de PSCA v.4. Análise imunohistoquímica de tecidos e células cancerígenas com esses anticorpos é realizada.
Os anticorpos monoclonais são purificados a partir de ascites ou sobrenadantes de cultura tecidual de hibridoma através de cromatografia em Proteína-G Sepharose, submetidos à diálise contra PBS, filtrados estéreis e armazenados a -20°C. As determinações de proteína são realizadas através de um ensaio de Bradford (Bio-Rad, Hercules, CA). Um anticorpo monoclonal terapêutico ou um coquetel compreendendo uma mistura de anticorpos
241 monoclonais individuais é preparada e usada para o tratamento de camun- q dongos que receberam injeções subcutâneas ou ortotópicas de xenoenxer- J tos de tumor PC3, UM-UC3, CaKi e A427.
Linhagens de células e xenoenxertos
O xenoenxerto LAPC-9, o qual expressa um receptor de androgênio do tipo silvestre e produz antígeno próstata-específico (PSA), é passado para camundongos imunodeficientes combinados ICR-grave (SCID) machos de 6 a 8 semanas de idade (Taconic Farms) através de implante s.c. no tronco (Craft, N. et al., 1999, Câncer Res. 59: 5030-5036). Os xenoenxertos de rim AGS-K3 e AGS-K6 são também passados através de implantes subcutâneos para camundongos SCID de 6 a 8 semanas de idade. Suspensões com células simples de células tumorígenas são preparadas, conforme descrito em Craft et al..
As linhagens de células cancerígenas PC3, UM-UC3 e PANC1, bem como a linhagem de fibroblasto NIH 3T3 (American Type Culture Collection). A linhagem de células de carcinoma de próstata PC3 é mantida em RPMI suplementado com L-glutamina e 10% de FBS e as linhagens de carcinoma de bexiga e pâncreas, UM-UC3 e PANC1, respectivamente, são mantidas em DMEM suplementado com L-glutamina e 10% de FBS. Populações de células PC3-PSCA v.4, UM-UC3-PSCA v.4, PANC1-PSCA v.4 e 3T3-PSCA v.4 são geradas através de transferência de gene retroviral, conforme descrito em Hubert, R.S. et al., Proc Natl. Acad. Sei USA, 1999; 96 (25): 14523.
Modelos de Xenoenxerto em Camundongo
Tumores subcutâneos (s.c.) são gerados através de injeção de 2 x 10 6 células cancerígenas misturadas em uma diluição a 1:1 com Matrigel (Collaborative Research) no flanco direito de camundongos machos SCID. Para testar a eficácia do anticorpo sobre a formação de tumor, essas injeções de anticorpo são iniciadas no mesmo dia que as injeções de células tumorígenas. Como um controle, os camundongos são injetados com IgG de camundongo purificada (ICN) ou PBS; ou um anticorpo monoclonal purificado que reconhece um antígeno irrelevante não expresso em células huma242 nas. Em estudos preliminares, nenhuma diferença é encontrada entre a IgG de camundongo ou PBS sobre o crescimento do tumor. Os tamanhos do tumor são determinados através de medições do calibre e o volume do tumor é calculado como comprimento x largura x altura. Os camundongos com tumores subcutâneos maiores do que 1,5 cm de diâmetro são sacrificados.
Injeções ortotópicas são realizadas sob anestesia através de uso de cetamina/xilazina. Para estudos ortotópicos da próstata, uma incisão é feita através dos músculos abdominais para expor a bexiga e vesículas seminais, as quais são, então, distribuídas através de incisão para expor a próstata dorsal. Células LAPC-9 (5 x 105) misturadas com Matrigel são injetadas em cada lóbulo dorsal em um volume de 10 μΙ. Para monitorar o crescimento do tumor, o sangue de camundongos é coletado em uma base semanal para determinação dos níveis de PSA. Para o modelo ortotópico do pâncreas, uma incisão é feita através dos músculos abdominais para expor os tecidos mamários e uma única suspensão de células de câncer do pâncreas é injetada no tecido mamário. Para o modelo ortotópico da bexiga, tecido de câncer de bexiga AGS-B1 é aderido sobre a parede da bexiga. Após implante do tumor, os camundongos são segregados em grupos para os tratamentos apropriados, com mAbs anti-PSCA v.4 ou de controle sendo injetados i.p. Para monitorar o crescimento do tumor, os camundongos são apalpados e o sangue é coletado em uma base semanal para medir os níveis de hCG.
mAbs anti-PSCA v.4 Inibem o Desenvolvimento de Tumores de Câncer em Xenoenxerto Expressando PSCA v.4
O efeito de mAbs anti-PSCA v.4 sobre a formação de tumor é testado usando uma linhagem de células (por exemplo, PC3, UM-UC3, PANC1 e 3T3) e modelos ortotópicos de tumor derivado do paciente. Quando comparado ao modelo de tumor s.c., o modelo ortotópico, o qual requer injeção de células tumorígenas diretamente nos órgãos do camundongo resulta em um crescimento local do tumor, desenvolvimento de metástase em locais distais, deterioração da saúde do camundongo e subsequente morte (Saffran, D. et al., PNAS supra). As características tornam o modelo ortotó243 pico mais representativo da progressão da doença humana e nos permite acompanhar o efeito terapêutico de mAbs sobre pontos finais clinicamente relevantes.
Uma vantagem principal de modelos de câncer ortotópicos é a capacidade de estudar o desenvolvimento de metástases. A formação de metástase em camundongos abrigando tumores ortotópicos estabelecidos é estudada através de análise por IHC sobre seções pulmonares usando um anticorpo contra uma proteína da superfície celular tumor-específico, tal como anti-CK20 para câncer de próstata (Lin S et al., Câncer Detectar Prev. 2001; 25: 202).
Outra vantagem de modelos de câncer em xenoenxerto é a capacidade de estudar a neovascularização e angiogênese. O crescimento do tumor é parcialmente dependente do desenvolvimento de novos vasos sangüíneos. Embora o sistema de capilares e diclorometano de uma rede sangüínea seja de origem do hospedeiro, o início e arquitetura da neovasculatura é regulada pelo tumor em xenoenxerto (Davidoff AM et al., Clin Câncer Res. 2001; 7: 2870; Solesvik O et al., Eur. J Câncer Clin OncoL 1984, 20: 1295). O efeito de anticorpos e moléculas pequenas sobre a neovascularização é estudado de acordo com procedimentos conhecidos na técnica, tais como através de análise por IHC de tecidos tumorígenos e seu microambiente circundante.
A camundongos abrigando tumores ortotópicos estabelecidos são administradas injeções de 1000 pg de mAb anti-PSCA v.4 ou PBS durante um período de 4 semanas. Os camundongos em ambos os grupos são deixados estabelecer uma elevada carga de tumor, para assegurar uma alta freqüência de formação de metástase nos pulmões dos camundongos. Os camundongos são, então, mortos e suas bexigas, fígados, ossos e pulmões são analisados com relação à presença de células tumorígenas através de análise por IHC. Esses estudos demonstram uma eficácia antitumor ampla de anticorpos anti-PSCA v.4 sobre o início e progressão de câncer de próstata em modelos de xenoenxerto em camundongos. Anticorpos anti-PSCA v.4 inibem a formação de tumores, bem como retardam o desenvolvimento
244 de tumores já estabelecido e prolongam a sobrevivência de camundongos tratados. Além disso, mAbs anti-PSCA v.4 demonstram um efeito inibitório dramático sobre a disseminação do tumor de próstata local para locais distais mesmo na presença de uma grande carga de tumor. Assim, mAbs antiPSCA v.4 são eficazes sobre os principais pontos finais clinicamente relevantes (crescimento do tumor), prolongando a sobrevivência e saúde.
Exemplo 39: Uso Terapêutico e Diagnóstico de Anticorpos Anti-PSCA em Seres Humanos
Anticorpos monoclonais anti-PSCA são segura e eficazmente usados para fins diagnósticos, profiláticos, prognósticos e/ou terapêuticos em seres humanos. Análise por Western blot e imuno-histoquímica de tecidos cancerígenos e xenoenxertos cancerígenos com mAb anti-PSCA mostrou forte coloração extensiva no carcinoma, mas níveis significativamente menores ou indetectáveis em tecidos normais. A detecção de PSCA em carcinoma e em doença metastática demonstra a utilidade do mAb como um indicador diagnóstico e/ou prognóstico. Anticorpos anti-PSCA são, portanto, usados em aplicações diagnosticas, tais como imuno-histoquímica de espécimes de biópsia de rim para detectar câncer em pacientes.
Conforme determinado através de citometria de fluxo, mAb antiPSCA se ligam especificamente a células de carcinoma. Assim, anticorpos anti-PSCA são usados em aplicações diagnosticas de formação de imagem de um corpo todo, tais como rádio-imunocintigrafia e rádio-imunoterapia (veja, por exemplo, Potamianos S. et al., Anticancer Res 20 (2A): 925-948 (2000)) para a detecção de cânceres localizados e metastáticos que exibem expressão de PSCA. A proteção ou liberação de um domínio extracelular de PSCA no meio extracelular, tal como aquela observada para fosfodiesterase B10 alcalina (Meerson, N. R., Hepatology 27: 563-568 (1998)), permite a detecção diagnostica de PSCA por anticorpos anti-PSCA no soro e/ou amostras de urina de pacientes.
Anticorpos anti-PSCA que se ligam especifica mente ao PSCA são usados em aplicações terapêuticas para o tratamento de cânceres que expressam PSCA. Anticorpos anti-PSCA são usados como uma modalidade
245 não conjugada e como a forma conjugada na qual os anticorpos são presos a uma de várias modalidades terapêuticas ou de formação de imagem bemconhecidas na técnica, tais como uma pró-droga, enzima ou radioisótopos. Em estudos pré-clínicos, anticorpos anti-PSCA não conjugados e conjugados são testados com relação à eficácia de prevenção e inibição do desenvolvimento de tumor em modelos de xenoenxerto de câncer em camundongos SCID, por exemplo, os modelos de câncer renal AGS-K3 e AGS-K6 (veja, por exemplo, o Exemplo intitulado Inibição Anticorpo Monoclonal de PSCA-mediada de Tumores da Bexiga e Pulmão in Vivo). Anticorpos antiPSCA não conjugados e conjugados são usados como uma modalidade terapêutica em experimentos clínicos humanos sozinhos ou em combinação com outros tratamentos, conforme descrito nos Exemplos a seguir.
Exemplo 40: Experimentos Clínicos Humanos para o Tratamento e Diagnóstico de Carcinomas Humanos através de uso de Anticorpos Anti-PSCA Humanos in vivo
Anticorpos são usados de acordo com a presente invenção, os quais reconhecem um epítopo sobre o PSCA e são usados no tratamento de determinados tumores, tais como aqueles listados na Tabela I. Baseado em uma série de fatores, incluindo níveis de expressão de PSCA, tumores tais como aqueles listados na Tabela I são, atualmente, as indicações preferidas. Com relação a cada uma dessas indicações, três abordagens clínicas são abrangidas com sucesso.
I.) Terapia adjuvante: Em terapia adjuvante, os pacientes são tratados com anticorpos anti-PSCA em combinação com um agente quimioterapêutico ou antineoplásico e/ou terapia por radiação. Cânceres alvos primários, tais como aqueles listados na Tabela I, são tratados sob protocolos padrão através da adição de anticorpos anti-PSCA às terapias de primeira e segunda linhas padrão. Os modelos de protocolo se dirigem à eficácia, conforme avaliado por uma redução na massa do tumor, bem como a capacidade de reduzir as doses usuais de quimioterapia padrão. Essas reduções na dosagem permitem terapia adicional e/ou prolongada através de redução da toxicidade dose-relacionada do agente quimioterapêutico. Anticorpos anti-
246
PSCA são utilizados em vários experimentos clínicos adjuvantes em combinação com os agentes quimioterapêuticos ou antineoplásicos adriamicina (carcinoma de próstata avançado), cisplatina (carcinomas de cabeça e pescoço e pulmão avançados), taxol (câncer de mama) e doxorrubicina (préclínico).
II. ) Monoterapia: Com relação ao uso dos anticorpos anti-PSCA em monoterapia de tumores, os anticorpos são administrados a pacientes sem um agente quimioterapêutico ou antineoplásico. Em uma modalidade, a monoterapia é conduzida clinicamente em pacientes com câncer em estágio terminal com doença metastática extensiva. Os pacientes mostram alguma estabilização da doença. Experimentos demonstram um efeito em pacientes com tumores cancerígenos resistentes.
III. ) Agente de Formação de Imagem: Através de ligação de um radionuclídeo (por exemplo, iodo ou ítrio (I131, Y90) aos anticorpos anti-PSCA, os anticorpos radiorrotulados são utilizados com um agente diagnóstico e/ou de formação de imagem. Em tal papel, os anticorpos marcados se localizam tumores sólidos, bem como lesões metastáticas de células expressando PSCA. Com relação ao uso dos anticorpos anti-PSCA como agentes de formação de imagem, os anticorpos são usados como um adjunto ao tratamento cirúrgico de tumores sólidos, como uma triagem pré-cirúrgica, bem como um acompanhamento pós-operatório para determinar se o tumor permanece e/ou retorna. Em uma modalidade, um anticorpo (111 ln)-PSCA é usado como um agente de formação de imagem em um experimento clínico humano em I Fase em pacientes tendo um carcinoma que expressa PSCA (por analogia veja, por exemplo, Divgi et al. J. Natl. Câncer Inst. 83: 97-104 (1991)). Os pacientes são acompanhados com uma câmera gama padrão anterior e posterior. Os resultados indicam que as lesões primárias e lesões metastáticas são identificadas.
Dose e Via de Administração
Conforme apreciado por aqueles versados na técnica, considerações de dosagem podem ser determinadas através de comparação com os produtos análogos que estão em uso. Assim, anticorpos anti-PSCA po247 dem ser administrados com doses na faixa de 5 a 400 mg/m 2, com as menores doses usadas, por exemplo, com relação a estudos de segurança. A afinidade de anticorpos anti-PSCA com relação à afinidade de um anticorpo conhecido por seu alvo é um parâmetro usado por aqueles versados na técnica para determinação de regimes de dose análogos. Ainda, anticorpos anti-PSCA que são anticorpos totalmente humanos, quando comparado ao anticorpo quimérico, têm eliminação mais lenta; conseqüentemente, a dosagem em pacientes com tais anticorpos anti-PSCA totalmente humanos pode ser menor, talvez na faixa de 50 a 300 mg/m2 e ainda continuar eficaz. A dosagem em mg/m2, em oposição à medição convencional de dose em mg/kg, é uma medição baseada na área de superfície e é uma medição de dosagem conveniente que é projetada para incluir pacientes de todos os tamanhos, de bebês a adultos.
Três abordagens de distribuição distintas são úteis para a distribuição de anticorpos anti-PSCA. Distribuição intravenosa convencional é uma técnica de distribuição padrão para muitos tumores. Contudo, com relação a tumores na cavidade peritoneal, tais como tumores dos ovários, duto biliar, outros dutos e similares, a administração intraperitoneal pode provar ser favorável para obtenção de altas doses de anticorpo no tumor e também para minimizar a eliminação de anticorpo. De uma maneira similar, determinados tumores sólidos possuem uma vasculatura que é apropriada para perfusão regional. A perfusão regional permite uma alta dose de anticorpo no local de um tumor e minimiza a eliminação do anticorpo a curto prazo.
Plano de Desenvolvimento Clínico (CDP)
Visão Geral: O CDP acompanha e desenvolve tratamentos com anticorpos anti-PSCA com relação à terapia adjuvante, monoterapia e como um agente de formação de imagem. Experimentos inicialmente demonstraram a segurança e, após o que, confirmaram a eficácia em doses repetidas. Experimentos são abertos, comparando a quimioterapia padrão com a terapia padrão mais anticorpo anti-PSCA. Conforme será apreciado, um critério que pode ser utilizado com relação ao arrolamento de pacientes é os níveis de expressão de PSCA em seus tumores, conforme determinado através de
248 biópsia.
Conforme com qualquer produto terapêutico baseado em infusão de proteína ou anticorpo, preocupações de segurança estão relacionadas primariamente a (i) síndrome de liberação de citocina, isto é, hipotensão, febre, agitação, calafrios; (ii) o desenvolvimento de uma resposta imunogênica ao material (isto é, desenvolvimento de anticorpos humanos pelo paciente ao produto terapêutico de anticorpo ou resposta HAHA); e (iii) toxicidade a células normais que expressam PSCA. Testes padrão e acompanhamento são utilizados para monitorar cada uma dessas preocupações com segurança. Verificou-se que anticorpos anti-PSCA são seguros quando de administração humana.
Exemplo 41: Experimento Clínico Humano - Terapia Adjuvante com Anticorpo Anti-PSCA Humano e Agente Quimioterapêutico
Um experimento clínico humano em I Fase é iniciado para avaliar a segurança de seis doses intravenosas de um anticorpo anti-PSCA humano com relação ao tratamento de um tumor sólido, por exemplo, um câncer de um dos tecidos listados na Tabela I. No estudo, a segurança de doses únicas de anticorpos anti-PSCA quando utilizados como uma terapia adjuvante a um agente antineoplásico ou quimioterapêutico, conforme definido aqui, tal como, sem limitação: cisplatina, topotecan, doxorrubicina, adriamicina, taxol ou semelhante, é avaliada. O modelo do experimento inclui distribuição de seis doses únicas de um anticorpo anti-PSCA com dosagem de anticorpo de aproximadamente cerca de 25 mg/m 2 a cerca de 275 mg/m 2 durante o curso do tratamento, de acordo com o seguinte esquema:
Dia 0 Dia 7 Dia 14 Dia 21 Dia 28 Dia 35
Dose de mAb 25 75 125 175 225 275
mg/m2 mg/m 2 mg/m 2 mg/m 2 mg/m 2 mg/m 2
Quimioterapia + + + + + +
(dose padrão)
Os pacientes são intimamente acompanhados durante uma semana após cada administração de anticorpo e quimioterapia. Em particular, os pacientes são avaliados com relação a preocupações de segurança men249 cionadas acima: (i) síndrome de liberação de citocina, isto é, hipotensão, febre, agitação, calafrios; (ii) o desenvolvimento de uma resposta imunogênica ao material (isto é, desenvolvimento de anticorpos humanos pelo paciente ao produto terapêutico de anticorpo humano ou resposta HAHA); e (iii) toxicidade a células normais que expressam PSCA. Testes padrão e acompanhamento são utilizados para monitorar cada uma dessas preocupações de segurança. Os pacientes são também avaliados com relação aos resultados clínicos e, particularmente, redução na massa do tumor, conforme evidenciado por MRI ou outra formação de imagem.
Foi demonstrado que os anticorpos anti-PSCA são seguros e eficazes, experimentos em II Fases confirmam a eficácia e refinam a dosagem ótima.
Exemplo 42: Experimento Clínico Humano: Monoterapia com Anticorpo AntiPSCA Humano
Anticorpos anti-PSCA são seguros com relação ao experimento adjuvante discutido acima, um experimento clínico humano em Fase II confirma a eficácia e dosagem ótima para monoterapia. Tal experimento é realizado e prevê as mesmas análises de segurança e conseqüências que o experimento adjuvante acima descrito, com exceção sendo pacientes que não recebem quimioterapia concorrentemente com a receita de doses de anticorpos anti-PSCA.
Exemplo 43: Experimento Clínico Humano: Formação de Imagem Diagnostica com Anticorpo Anti-PSCA
Mais uma vez, como a terapia adjuvante discutida acima é segura dentro dos critérios de segurança discutidos acima, um experimento clínico humano é conduzido referente ao uso de anticorpos anti-PSCA como um agente de formação de imagem diagnostica. O protocolo é projetado de uma maneira substancialmente similar àquela descrita na técnica, tal como em Divgi et al. J. Natl. Câncer Inst. 83: 97-104 (1991). Verificou-se que os anticorpos são seguros e eficazes quando usados como uma modalidade diagnostica.
Exemplo 44: Comparação de Homologia da PSCA v.4 a Següências Conhe250 cidas:
O gene da PSCA v.4 codifica uma proteína de 189 aa. A proteína de PSCA v.4 humana exibe um alto grau de homologia ao antígeno de células tronco da próstata humana (gi 27482160), exibindo 98% de identidade à PSCA v.4 a nível de proteína (Figura 4). O homólogo de PSCA v.4 de camundongo não foi identificado.
A proteína de PSCA v.4 tem diversas variantes (Figura 11). Essas incluem 8 SNPs e uma variante com divisão, referida como PSCA v.3. A proteína de PSCA v.3 abrange a porção C-terminal da PSCA v.4 e corresponde aos aa 94-189 dessa variante. Análise por bioinformática usando programas de previsão de topologia indicam que a PSCA v.4 é uma proteína solúvel sem domínios transmembrana Tabela L).
Análise de motivos revelou a presença de dois motivos funcionais de proteína na proteína de PSCA v.4 (Tabela L), isto é, um motivo de caderina e um domínio de granulina foram identificados. Caderinas pertencem a uma família de moléculas de adesão celular cálcio-dependentes. Elas são proteínas transmembrana simples contendo domínios semelhantes à imunoglobulina e estão envolvidas em adesão e seleção celular (Shan et al., Biophys Chem 1999, 82: 157). Por exemplo, as caderinas medeiam a adesão celular tecido-específica de mentenfócitos à superfície de células epiteliais. Foi mostrado que as caderinas funcionam na morfogênese tecidual, adesão celular, diferenciação celular, migração celular e metástase de tumor (Yap AS, Kovacs EM. J Biol Chem 2003, 160: 11; Vestweber D. Curr Opin Cell Biol 2002, 14: 587; Bloom et aL, Mol Biol Cell 1999, 10: 1521; Brodt P. Câncer Met Rev 1991, 10: 23). As granulinas ou epitelinas são fatores do crescimento originalmente purificados de meios célula-condicionados, mostrando intensificar a proliferação celular (Xu, S. Q. et al., J. Biol. Chem. 1998, 273: 20078). As granulinas são expressas em níveis elevados em vários cânceres, incluindo gliomas e câncer renal (Liau L et al., Câncer Res. 60: 1353, Donald, C. D et al., Anticâncer Res. 21: 3739).
Os motivos encontrados em PSCA v.4 indicam que o PSCA v.4 pode participar no crescimento e progressão de tumor através de regulação
251 da proliferação celular, adesão celular, comunicação celular, invasão e metástase.
Conseqüentemente, quando o PSCA v.4 funciona como um regulador do estabelecimento de tumor, crescimento do tumor, invasão de tumor, sobrevivência ou sinalização celular, o PSCA v.4 é usado para fins terapêuticos, diagnósticos, prognósticos e/ou preventivos. Além disso, quando uma molécula, tal como uma variante com divisão ou PSCA v.4 de SNP é expresso em tecidos cancerígenos, tais como aqueles listados na Tabela I, eles são usados para fins terapêuticos, diagnósticos, prognósticos e/ou preventivos.
Exemplo 45: Regulação de Transcrição
A localização mitocondrial do PSCA v.4 acoplado à presença de domínios de caderina dentro de sua seqüência indica que o PSCA v.4 modula a regulação transcricional de genes eucariotas. A regulação de expressão do gene é confirmada, por exemplo, através de estudo da expressão do gene em células expressando ou carecendo de PSCA v.4. Para essa finalidade, dois tipos de experimentos são realizados.
No primeiro conjunto de experimentos, RNA de células originais e expressando PSCA v.4 é extraído e hibridizado to conjuntos de genes comercialmente disponíveis (Clontech) (Smid-Koopman, E. et al., Br J Câncer 2000. 83: 246). Células em repouso, bem como células tratadas com FBS, androgênio ou fatores do crescimento são comparadas. Genes diferencialmente expressos são identificados de acordo com procedimentos conhecidos na técnica. Os genes diferencialmente expressos são, então, mapeados em vias biológicas (Chen, K. et al., Thyroid 2001; 11: 41).
No segundo conjunto de experimentos, a ativação de vias transcricionais específicas é avaliada usando estruturas repórteres de luciferase comercialmente disponíveis (Stratagene), incluindo: NFkB-luc, SRE-luc, ELK1-luc, ARE-luc, p53-luc e CRE-luc. Esses repórteres transcricionais contêm sítios de ligação de consenso para fatores de transcrição conhecidos que repousam a jusante de vias de transdução de sinal bem caracterizadas e representam uma boa ferramenta para determinar a ativação de vias e se252 lecionar moduladores de ativação de vias positivos e negativos. q ?
Assim, o PSCA v.4 exerce um papel em regulação genética e é usado como um alvo para fins diagnósticos, prognósticos, preventivos e/ou terapêuticos.
Exemplo 46: Identificação e Confirmação de Vias Potenciais de Transdução de Sinal
Muitas proteínas de mamífero foram reportadas como interagindo com moléculas de sinalização e participando na regulação de vias de sinalização (J Neurochem. 2001; 76: 217-223). Moléculas de caderina foram associados à sinalização de Cdc42 e Rho (Kouklis J Biol Chem. 2003, 278: 16230). Usando técnicas de imunoprecipitação e Western blotting, são identificadas proteínas que se associam com o PSCA v.4 e medeiam eventos de sinalização. Várias vias conhecidas por exercer um papel na biologia do câncer podem ser reguladas pelo PSCA v.4, incluindo vias de fosfolipídio, tais como PI3K, AKT, etc., vias de adesão e migração, incluindo FAK, Rho, Rac-1, catenina, etc., bem como cascatas mitogênicas/de sobrevivência, tais como ERK, p38, etc, (Growth Cellular Differ. 2000, 11: 279; J Biol Chem. 1999, 274: 801; Oncogene. 2000, 19: 3003, J. Cell Biol. 1997, 138: 913). De forma a determinar se a expressão de PSCA v.4 é suficiente para regular vias de sinalização específicas não de outro modo ativas em células cancerígenas em repouso, o efeito da PSCA v.4 sobre a ativação da cascata de sinalização é investigada nas linhagens de células cancerígenas PA-1, Pand e Daudi. Células cancerígenas expressando estavelmente PSCA v.4 ou neo são estimuladas com fator do crescimento, FBS ou outras moléculas de ativação. Lisatos de células inteiras são analisados através de Western blotting.
Para confirmar que o PSCA v.4 ativa, direta ou indiretamente, vias de transdução de sinal conhecidas em células, ensaios baseados no repórter transcricional luciferase (luc) são realizados em células expressando genes individuais. Esses repórteres transcricionais contêm sítios de ligação de consenso para fatores de transcrição conhecidos que repousam a jusante de vias de transdução de sinal bem caracterizadas. Os repórteres e exem253 pios desses fatores de transcrição associados, vias de transdução de sinal e estímulos de ativação são listados abaixo.
1. NFkB-luc, NFkB/Rel; Ik-cinase/SAPK; desenvolvimento/apoptose/estresse
2. SRE-luc, SRF/TCF/ELK1; MAPK/SAPK; desenvolvimento/diferenciação
3. ΑΡ-1-luc, FOS/JUN; MAPK/SAPK/PKC; desenvolvimento/apoptose/estresse
4. ARE-luc, receptor de androgênio; esteróides/MAPK; desenvolvimento/diferenciação/apoptose
5. p53-luc, p53; SAPK; desenvolvimento/diferenciação/apoptose
6. CRE-luc, CREB/ATF2; PKA/p38; desenvolvimento/apoptose/estresse
7. TCF-luc, TCF/Lef; α-catenina, adesão/invasão
Efeitos gene-mediados podem ser ensaiados em células mostrando expressão de mRNA. Plasmídios repórteres de luciferase podem ser introduzidos através de transfecção lipídio-mediada (TFX-50, Promega). A atividade de luciferase, um indicador de atividade transcricional relativa, é medida através de incubação de extratos de células com substrato de luciferina e a luminescência da reação é monitorada em um luminômetro.
Vias de sinalização ativadas pelo PSCA v.4 são mapeadas e usadas para a identificação e validação de alvos terapêuticos. Quando o PSCA v.4 está envolvido em sinalização celular, ele é usado como alvo para fins diagnósticos, prognóstico, preventivos e/ou terapêuticos.
Exemplo 47: Envolvimento em Progressão de tumor
Baseado no papel de motivos de granulina e caderina no desenvolvimento celular, adesão e interações de proteína, o gene PSCA v.4 pode contribuir para o desenvolvimento, adesão, invasão e transformação de células cancerígenas. O papel da PSCA v.4 em crescimento do tumor é confirmado em uma variedade de linhagens de células primárias e transfectadas, incluindo linhagens de células de próstata, bem como células NIH 3T3 manipuladas para expressar estavelmente o PSCA v.4. Células originais care254 cendo de PSCA v.4 e células expressando PSCA v.4 são avaliadas com relação ao desenvolvimento celular usando um ensaio de proliferação bem documentado (Fraser SP, Grimes JA, Djamgoz MB., Prostate 2000; 44: 61, Johnson DE, Ochieng J, Evans SL., Anticancer Drugs 1996, 7: 288).
Para confirmar o papel do PSCA v.4 no processo de transformação, seu efeito em ensaios de formação de colônia é investigado. Células NIH-3T3 originais carecendo de PSCA v.4 são comparadas a células NIH3T3 expressando PSCA v.4, usando um ensaio de ágar macio sob condições estringentes e mais permissivas (Song Z. et al., Câncer Res. 2000; 60: 6730).
Para confirmar o papel da PSCA v.4 em invasão e metástase de células cancerígenas, um ensaio bem-estabelecido é usado, por exemplo, um ensaio Transwell Insert System (Becton Dickinson) (Câncer Res. 1999; 59: 6010). Células de controle, incluindo linhagens de células de próstata, pâncreas e rim carecendo de PSCA v.4 são comparadas a células expressando PSCA v.4. As células são carregadas com o corante fluorescente, calceína, e colocadas em cavidade superior do inserto transcavidade revestido com um análogo de membrana de base. A invasão é determinada pela fluorescência de células na câmara inferior com relação à fluorescência da população de células toda.
O PSCA v.4 também pode exercer um papel no ciclo e apoptose celular. Células originais e células expressando PSCA v.4 são comparadas com relação a diferenças na regulação do ciclo celular usando um ensaio BrdU bem-estabelecido (Abdel-Malek ZA. J Cell Physiol. 1988, 136: 247). Em resumo, células desenvolvidas sob condições ótimas (muito soro) e limitativas (pouco soro) são marcadas com BrdU e coradas com Ab anti-BrdU e iodeto de propídio. As células são analisadas com relação à entrada nas fases G1, S e G2M do ciclo celular. Alternativamente, o efeito do estresse sobre a apoptose é avaliado em células originais de controle e células expressando PSCA v.4, incluindo células de tumor de próstata e normais. Células manipuladas e originais são tratadas com vários agentes quimioterapêuticos, tais como etoposídeo, taxol, etc. e inibidores de síntese de proteína, tal co255 mo cicloheximida. As células são coradas com V-FITC anexina e a morte celular é medida através de análise por FACS. A modulação de morte celular pelo PSCA v.4 pode exercer um papel crítico na regulação da progressão de tumor e carga do tumor.
Quando o PSCA v.4 exerce um papel no desenvolvimento, transformação, invasão ou apoptose celular, ele é usado como um alvo para fins diagnósticos, prognósticos, preventivos e/ou terapêuticos.
Exemplo 48: Envolvimento em Angiogênese
A angiogênese ou formação de novos vasos sanguíneos capilares é necessária para o crescimento do tumor (Hanahan D, Folkman J. Cell 1996, 86: 353; Folkman J. Endocrinology, 1998 139: 441). Vários ensaios foram desenvolvidos para medir a angiogênese in vitro e in vivo, tais como os ensaios de cultura tecidual de formação de tubo de células endoteliais e proliferação de células endoteliais. Usando esses ensaios, bem como neovascularização in vitro, o papel do PSCA v.4 em intensificação ou inibição de angiogênese é confirmado.
Por exemplo, células endoteliais manipuladas para expressar PSCA v.4 são avaliadas usando ensaios de formação e proliferação em tubo. O efeito da PSCA v.4 é também confirmado em modelos com animais em vivo. Por exemplo, células expressando ou carecendo de PSCA v.4 são implantadas subcutaneamente em camundongos imunocomprometidos. A migração e angiogênese de células endoteliais são avaliadas 5-15 dias depois usando técnicas de imuno-histoquímica. O PSCA v.4 afeta a angiogênese e é usado como um alvo para fins diagnósticos, prognósticos, preventivos e/ou terapêuticos.
Exemplo 49: Envolvimento em Interações Proteína-Proteína
Foi mostrado que motivos de caderina medeiam a interação com outras proteínas. Usando técnicas de imunoprecipitação, bem como sistemas com dois híbridos de levedo, são identificadas proteínas que associam com o PSCA v.4. Imunoprecipitados de células expressando PSCA v.4 e células carecendo de PSCA v.4 são comparadas com relação a associações proteína-proteína específicas.
256
Estudos são realizados para confirmar a extensão da associação de PSCA v.4 com moléculas efetoras, tais como proteínas nucleares, fatores de transcrição, cinases, fosfatos, etc. Estudos comparando células PSCA v.4 positivas e PSCA v.4 negativas, bem como estudos comparando células não estimuladas/em repouso e células tratadas com ativadores de células epiteliais, tais como citocinas, fatores do crescimento, androgênios e antiintegrina Ab revelam interações únicas.
Além disso, interações proteína-proteína são confirmadas usando metodologia com dois híbridos de levedo (Curr Opin Chem Biol. 1999, 3: 64). Um vetor trazendo uma biblioteca de proteínas fundidas ao domínio de ativação de um fator de transcrição é introduzido em levedo expressando uma proteína de fusão de DNA de PSCA v.4-domínio de ligação e uma estrutura repórter. A interação proteína-proteína é detectada pela atividade colorimétrica do repórter. A associação específica com moléculas efetoras e fatores de transcrição orienta aqueles habilitados quanto ao modo de ação da PSCA v.4 e, assim, identifica alvos terapêuticos, prognósticos, preventivos e/ou diagnósticos para câncer. Esse e ensaios similares são também usados para identificar e selecionar moléculas pequenas que interagem com o PSCA v.4.
Assim, descobriu-se que o PSCA v.4 se associa com proteínas e moléculas pequenas. Conseqüentemente, o PSCA v.4 e essas proteínas e moléculas pequenas são usadas para fins diagnósticos, prognósticos, preventivos e/ou terapêuticos.
Exemplo 50: Envolvimento de PSCA v.4 em comunicação célula-célula
A comunicação célula-célula é essencial na manutenção de integridade de órgãos e homeostase, ambos os quais se tornam desregulados durante formação e progressão de tumor. Baseado na presença de um motivo de caderina em PSCA v.4, um motivo conhecido por estar envolvido em interação celular e adesão célula-célula, o PSCA v.4 pode regular comunicação celular. Comunicações intercelulares podem ser medidas usando dois tipos de ensaios (J. Biol. Chem. 2000, 275: 25207). No primeiro ensaio, células carregadas com um corante fluorescente são incubadas na presença de
257 células recipientes não marcadas e as populações de células são examinadas sob um microscópio fluorescente. Esse ensaio qualitativo mede a troca de corante entre células adjacentes. No segundo sistema de ensaio, populações de células doadoras e recipientes são tratadas conforme acima e medições quantitativas da população de células recipientes são realizadas através de análise por FACS. Usando esses dois sistemas de ensaio, células expressando PSCA v.4 são comparadas a controles que não expressam PSCA v.4 e descobriu-se que o PSCA v.4 intensifica as comunicações celulares. Moléculas pequenas e/ou anticorpos que modulam a comunicação célula-célula mediada por PSCA v.4 são usadas como produtos terapêuticos para cânceres que expressam PSCA v.4. Quando o PSCA v.4 funciona em comunicação célula-célula e transporte de moléculas pequenas, ele é usado como um alvo ou marcador para fins diagnósticos, prognósticos, preventivos e/ou terapêuticos.
No decorrer do presente pedido, vários conteúdos de dados de website, publicações, pedidos de patente e patentes são mencionados. (Websites são mencionados por seu endereço de Uniform Resource Locator, ou URL, na World Wide Web). As descrições de cada uma dessas referências são aqui incorporadas por referência em suas totalidades. Além disso, o presente pedido refere-se ao N° de Série U.S. 09/359.326, depositado em 20 de julho de 1999; N° de Série U.S. 09/308.503, depositado em 25 de maio de 1999; N° de Série U.S. 09/251.835, depositado em 17 de fevereiro de 1999; N° de Série U.S. 09/203.939, depositado em 2 de dezembro de 1998; N° de Série U.S. 09/038.261, depositado em 10 de março de 1998; N° de Série U.S. 08/814,279, depositado em 10 de março de 1997; N° de Série U.S. 60/071.141 depositado em 12 de janeiro de 1998; N° de Série U.S. 60/ 074.675, depositado em 13 de fevereiro de 1998; U.S. N° de Série 60/124.658, depositado em 16 de março 1999; N° de Série U.S. 60/120.536 depositado em 17 de fevereiro de 1999; e 60/113.230 depositado em 21 de dezembro de 1998. Os conteúdos de todos os pedidos precedentes são totalmente incorporados por referência ao presente pedido.
A presente invenção não deve estar limitada, quanto ao escopo,
258 pelas modalidades divulgadas aqui, as quais se destinam a mera ilustração de aspectos individuais da invenção, e qualquer uma que é funcionalmente equivalente está dentro do escopo da invenção. Várias modificações nos modelos e métodos da invenção, além daqueles descritos aqui, se tornarão 5 evidentes para aqueles versados na técnica a partir da descrição e ensinamentos precedentes e se destinam, similarmente, a cair dentro do escopo da invenção. Tais modificações ou outras modalidades podem ser praticadas sem se desviar do verdadeiro escopo e espírito da invenção.
259
Tabelas:
Tabela I: Tecidos que Expressam PSCA:
a. Tecidos malignos
Próstata
Pancreas
Bexiga
Rim
Cólon
Pulmão
Ovário
Seio
b. Tecidos normais Normal
Tabela II: Abreviações dos aminoácidos
Letra Única Três letras Nome completo
F Phe Fenilalanina
L Leu Leucina
S Ser Serina
Y Tyr Tirosina
C Cys Cisteína
w Trp Triptofan
P Pro Prolina
H His Histidina
Q Gin Glutamina
R Arg Arginina
I lie Isoleucina
M Met Metionina
T Thr Treonina
N Asn Asparagina
K Lys Lisina
V Vai Valina
A Ala Alanina
D Asp Ácido aspártico
E Glu Ácido glutâmico
G Gly Glicina
260
Tabela III: Matriz de substituição de aminoácido
Adaptado a partir do programa GCG 9.0 Blosum62 de matriz de substituição de aminoácido (matriz de substituição em bloco). O valor mais elevado, uma substituição mais provável, é encontrado nas proteínas natuais próximas. (Veja world wide web URL ikp.unibe.ch/manual/blosum62.html) ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY.
0-2-1 -2 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 1 0 0 -3 -2 A 9 -3 -4 -2 -3 -3 -1 -3 -1 -1 -3 -3 -3 -3 -1 -1 -1 -2 -2 C
2-3-1 -1 -3 -1 -4 -3 1 -1 0-2 0 -1 -3 -4 -3 D 5-3-2 0-3 1 -3 -2 0-1 2 0 0-1 -2 -3 -2 E 6-3-1 0-3 0 0-3 -4 -3 -3 -2-2-1 1 3 F 6-2-4-2-4-3 0-2-2-2 0-2-3-2-3 G 8 -3 -1 -3-2 1 -2 0 0 -1 -2 -3-2 2 H 4-321-3-3 -3 -3 -2 -1 3-3-1 I 5-2-1 0-1 1 2 0-1-2 -3 -2 K 4 2-3-3 -2 -2 -2 -1 1 -2 -1 L 5-2-2 0 -1 -1 -1 1 -1 -1 M 6 -2 0 0 1 0 -3 -4 -2 N 7 -1 -2 -1 -1 -2 -4 -3 P 5 1 0 -1 -2 -2 -1 Q 5 -1 -1 -3 -3 -2 R 4 1 -2 -3 -2 S 5 0-2-2T 4 -3 -1 V 11 2W
Y
261
TABELA IV:
Motivos/supermotivos HLA caísse l/ll
TABELA IV (A): Supermotivos/motivos HLA Classe I
SUPERMOTIVO POSIÇÃO POSIÇÃO POSIÇÃO
2 (âncora primária) 3 (âncora primária) Término C (âncora primária)
A1 TILVMS FWY
A2 LIVMATQ IVMATL
A3 VSMATL/ RK
A24 YF WIVLMT F\YWLM
B7 P VILFMWYA
B27 RHK FYLVW/VA
B44 ED FWYLIMVA
B58 ATS FWYLIVMA
B62 Q.LIVMP FWYMIVLA
MOTIBOS
A1 TSM Y
A1 DEAS Y
A2.1 LNIVQIAT VLIMAT
A3 LMVISATFCGD KYRHFA
A11 VTMLI- SAGNCDF KRYH
A24 YF\NM FLIW
A*3101 MVfALIS RK
A*3301 MVALF/ST RK
A*6801 AVTMSLI RK
B*0702 P LMFWYA/V
B*3501 P LMFWY/VA
B51 P UMFWYAM
B*5301 P \MFWYALV
B*5401 P ATWLMFWY
Resíduos em negrito são preferidos, resíduos em itálico são me5 nos preferidos: o peptídeo A é considerado motivo de referência se tiver âncoras primárias em cada posição de âncora primária para um motivo ou su262
permotivo como especificado na Tabela acima.
TABELA IV (B): Supermotivo HLA Classe II
1 6 9
W, F, Y, V, .1, L A, V, 1, L, P, C, S, T A, V, 1, L, C, S, T, Μ, Y
263
Motivo b LIVMFAY DNQEST KRH preferido_________________________________________________________________________________________
Supermo- MFUVWY VMStivo DR TACPLI
264
265
KLIVMP __ ~Ã1 GRHK ASTCLIVM 1a âncora GSTC ASTC LIVM DE 1a âncora
9-mer Deletério DEAS Y preferido A RHK- DE PQN RHK PG GP
DEPYFW
266
Continuação
267
268
Continuação
B0702 RHKFWY 1a âncora RHK RHK RHK RHK PA 1a âncora
Deletério P LMFI/Vpreferido YAIV
DEQNP DEP DE DE GDE QN DE
AGPQN G RHKQN DE
B5401 FWY 1a âncora FW- LIVM ALIVM FWYAP 1a âncora
Deletério P YLIVM ATIpreferido MLMFWY
GPQNDE GDESTC RHKDE DE QNDGE DE
269
TABELA IV (F):
Resumo dos supertipos HLA
Freqüências fenotípicas completas de supertipos HLA em diferentes populações étnicas
Especificação Freqüência fenotípica
Superti- Posição 2 Término C Cauca- Negro Japo- Chinês Hispâ- Média
po siano N.A. nêa nico
B7 P AILMVFWY 43,2 55,1 57,1 43,0 49,3 49,5
A3 AILMVST RK 37,5 42,1 45,8 52,7 43,1 44,2
A2 AILMVT AILMVT 45,8 39,0 42,4 45,9 43,0 42,2
A24 YF (WlVLMT) Fl (YWLM) 23,9 38,9 58,6 40,1 38,3 40,0
B44 E(D) FWYLIMVA 43,0 21,2 42,9 39,1 39,0 37,0
A1 TI (LVMS) FWY 47,1 16,1 21,8 14,7 26,3 25,2
B27 RHK FYL (WMI) 28,4 26,1 13,3 13,9 35,3 23,4
B62 QL (IVMP) FWY (MIV) 12,6 4,8 36,5 25,4 11,1 18,1
B58 ATS FWY (LIV) 10,0 25,1 1,6 9,0 5,9 10,3
TABELA IV (G):__________________________________________________
Cobertura calculada da população suprida por diferentes combinações de supertipo HLA __________
Supertipos HLA Freqüência fenotípica
A2, A3 e B7 Caucasi- Negro Japonês Chinês Hispâni- Média
A2, A3, B7, A24, ano N.A co
B44 e A1 83,0 86,1 87,5 88,4 86,3 86,2
A2, A3, B7, A24, 99,5 98,1 100,0 99,5 99,4 99,3
B44, A1, B27, 99,9 99,6 100,0 99,8 99,9 99,8
B62, e B 58
Motivos indicam os resíduos que definem supertipos específicos. Os motivos incorporam resíduos determinados sobre as bases do dado publicado para ser reconhecido pelos alelos múltiplos dentro do supertipo. Resíduos dentro dos suportes são resíduos adicionais, também previstos para serem tolerados pelos alelos múltiplos dentro do supertipo.
270
Tabela V: Motivos que ocorrem freqüentemente
Nome Média % identidade Descrição Função potencial
zf-C2H2 34% Extremidade de zinco, tipo C2H2 Funções de proteína ligante de ácido nucléico como fator de transcrição, provável locação nuclear
citocroma_b_N 68% Citocroma b(terminal N)/b6/petB Oxidase limita a membrana, gerado superóxido
ig 19% Domínio da imunoglobulina Domínios são do tamanho de cem aminoácidos e incluem uma ligação de dissulfeto no intradomínio corservado
WD40 18% Domínio WD, Gbeta repetido Acoplamento repetido de cerca de 40 resíduos, cada um contendo um motivo Trp-Asp. Função em transdução de sinal e interação de proteína
PDZ 23% Domínio PDZ Pode funcionar em moléculas de sinalização marcadas para sítios submembranosos
LRR 28% Leucina ampla repetida Motivos de seqüência curta envolvidos em interações proteína-proteína
P quinase 23% Domínio da proteína quinase Núcleo catalítico conservado comum para ambas serina/treonina e proteína quinase de tirosina contendo um sítio de ligação ATP e um sítio catalítico
PH 16% Dompinio PH Homologia de plecstrina envolvida em sinalização intracelular ou como constituinte do citoesqueleto
271
Tabela V: Motivos que ocorrem freqüentemente
Nome Média % identidade Descrição Função potencial
EGF 34% Domínio semelhante ao EGF Do tamanho de 30 - 40 aminoácidos encontrados no domínio extracelular da proteína limite de membrana ou em proteínas secretadas
Rvt 49% Transcriptase reversa (polimerase de DNA de dependente de RNA)
Ank 25% Ank repetido Proteína citoplásmica, associadas às proteínas de membrana integral para o citoesqueleto
Oxidored_q1 32% NADH-Ubiquinona/ plastoquinona (complexo I), várias cadeias Membrana associada. Envolvida na translocação do próton através da membrana
Efhand 24% Conjunto de extremidades EF Domínio de ligação de cálcio, consiste em um laço de 12 resíduos, flanqueado em ambos os lados por um domínio alfa - helicoidal de 12 resíduos
Rvp 79% Retroviral de aspartil protease Aspartil ou proteases ácidas, centralizadas sobre o resíduo de aspartil catalítico
Colágeno 42% Colágeno de hélice tripla repetidas (20 cópias) Proteínas de estrutura extracelular, envolvidas na formação do tecido conectivo. A seqüência consiste em G-X-Y e as cadeias de polipeptídeo formam as hélices triplas
272
Tabela V: Motivos que ocorrem freqüentemente
Nome Média % identidade Descrição Função potencial
Fn3 20% Domínio da fibronectina do tipo III Localizada na região de ligação do ligante extracelular dos receptores e é do tamanho de cerca de 200 resíduos de aminoácidos, com dois pares de cisteínas envolvidas na ligação de dissulfeto
7tm_1 19% Receptor da transmembrana 7 (família da rodopsina) Regiões das sete transmembranas hidrofóbicas, com o término N localizado extracelularmente, enquanto o término C for citoplásmico. Sinal através das proteínas G
273
TABELA VI: Modificações pós-translacionais de PSCA v. 4
Sítio da N-glicosilação
- 94 NASL (SEQ ID NO:147)
Fosforilação da proteína quinase dependente de cAMP- e cGMP
10-13 RRTS (SEQ ID NO:148)
Sítio da fosforilação da proteína quinase C
- 4 THR
12-14 TSR
35-37 SLR
- 53 SYR
Sítio da N-miristoilação
120 -125 GSIDTD (SEQ ID NO:149)
Região da prolina ampla
18-134
TABELA VII:
Busca de peptídeos
Variant 1 aa 1-123: 9-mers, 10-mers, 15-mers (SEQ ID NQ:150)
MKAVLLALLM AGLALQPGTA LLCYSCKAQV SNEDCLQVEN CTQLGEQCWT ARIRAVGLLT 60
VISKGCSLNC VDDSQDYYVG KKNITCCDTD LCNASGAHAL QPAAAILALL PALGLLLWGP 120
GQL v,4: aa 1-189: 9-mers, 10-mers, 15-mers (SEQ ID NO:151)
MTHRTTTWAR RTSRAVTPTC ATPAGPMPCS RLPPSLRCSL HSACCSGDPA SYRLWGAPLQ60
PTLGWPQAS VPLLTHPAQW EPVLVPEAHP NASLTMYVCA PVPHPDPPMA LSRTPTRQIG120
SIDTDPPADG PSNPLCCCFH GPAFSTLNPV LRHLFPQEAF PAHPIYDLSQ VWSVVSPAPS180
RGQALRRAR
PSCA v. 19
9- mers aa 25-41
GPMPCSRLLPSLRCSLH (SEQ ID NO:152)
10- mers aa24-42
AGPMPCSRLLPSLRCSLHS (SEQ ID NO:153)
15-mers aa 19-47
274
TCATPAGPMPCSRLLPSLRCSLHSACCSG (SEQ ID NO:154)
PSCA v.20
9- mers aa 44-60
CCSGDPASSRLWGAPLQ (SEQ ID NO:155)
10- mers aa 43-61
ACCSGDPASSRLWGAPLQP (SEQ ID NO:156)
15-mers aa 38-66
CSLHSACCSGDPASSRLWGAPLQPTLGW (SEQ ID NO:157)
PSCA v.21
9- mers aa 68-84
QASVPLLTDPAQWEPVL (SEQ ID NO:158)
10- mers aa 67-85
PQASVPLLTDPAQWEPVLV (SEQ ID NO:159)
15-mers aa 62-90
TLGWPQASVPLLTDPAQWEPVLVPEAHP (SEQ ID NQ:160)
PSCA v.21/22
9- mers aa 69-84
ASVPLLTDLAQWEPVL (SEQ ID NO:161)
10- mers aa 68-85
QASVPLLTDLAQWEPVLV (SEQ ID NO.162)
15-mers aa 63-90
LGWPQASVPLLTDLAQWEPVLVPEAHP (SEQ ID NO:163)
PSCA v.22
9- mers aa 69-85
ASVPLLTHLAQWEPVLV (SEQ ID NO:164)
10- mers aa 68-86
QASVPLLTHLAQWEPVLVP (SEQ ID NO: 165)
15-mers aa 63-91
LGWPQASVPLLTHLAQWEPVLVPEAHPN (SEQ ID NO:166)
PSCA v.24
9-mers aa 92-108
ASLTMYVCTPVPHPDP (SEQ ID NO:167)
275
10-mers aa 91-109
NASLTMYVCTPVPHPDPPM (SEQ ID NO:168)
15-mers aa 96-114
PEAHPNASLTMYVCTPVPHPDPPMALSRT (SEQ ID NO:169)
PSCA v.25
9- mers aa 112-128
SRTPTRQISSIDTDPPA (SEQ ID NQ:170)
10- mers aa 111-129
LSRTPTRQISSIDTDPPAD (SEQ ID NO:171)
15-mers aa 106-134
DPPMALSRTPTRQISSIDTDPPADGPSNP (SEQ ID NO:172)
PSCA v.25/26
9- mers aa 27-128
TPTRQISSSDTDPPA (SEQ ID NO:173)
10- mers aa 26-129
RTPTRQISSSDTDPPAD (SEQ ID NO:174)
15-mers aa 108-134
PMALSRTPTRQISSSDTDPPADGPSNP (SEQ ID NO:175)
PSCA v.26
9- mers aa 114-130
TPTRQIGSSDTDPPADG (SEQ ID NO:176)
10- mers aa 113-131
RTPTRQIGSSDTDPPADGP (SEQ ID NO:177)
15-mers aa 108-136
PMALSRTPTRQIGSSDTDPPADGPSNPLC (SEQ ID NO:178)
PSCA v.27
9- mers aa 181-189
RGQALRRAQ (SEQ ID NO:179)
10- mers aa 180-189
SRGQALRRAQ (SEQ ID NQ:180)
15-mers aa 175-189
VSPAPSRGQALRRAQ (SEQ ID NO:181)
276
Tabelas VIII-XXI:
TABELA VIII-V1-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
70 CVDDSQDYY 25.000 I
88 I DTDLCNASG 2.500 !
44 | ...... LGEQCWTAR j 2.250|
74 | SQDYYVGKK | 1,500|
37 | QVENCTQLG 0,900
16 QPGTALLCY 0,625.....................................................
73 I DSQDYYVGK 0,600
69 I NCVDDSQDY I 0,500
86 CCDTDLCNA 0,500 I
56 VGLLTVISK 0,250 |
99 l ALQPAAAIL 0,200 |
14 I ALQPGTALL 0,200
19 TALLCYSCK 0,200 !
108 I ALLPALGLL 0,100
30 I VSNEDCLQV 0,075
85 TCCDTDLCN i 0,050 i
107 LALLPALGL 0,050 |
2 I KAVLLALLM 0,050
3 I AVLLALLMA 0,050 I
104 AAILALLPA 0,050 I
71 VDDSQDYYV 0,050
18 GTALLCYSC 0,050
4 ! VLLALLMAG 0,050 |
32 1 NEDCLQVEN 0,050 |
7 , 1 ALLMAGLAL 0,050
109 LLPALGLLL 0,050 I
84 ITCCDTDLC 0,025 I
41 I CTQLGEQCW 0,025
277
TABELA VIII-V1-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
59 I LTVISKGCS 0,025
31 I SNEDCLQVE 0,022
22 I LCYSCKAQV 0,020
106 ILALLPALG 0,020
8 I LLMAGLALQ 0,020
91 LCNASGAHA 0,020
5 ! LLALLMAGL 0,020
98 i HALQPAAAI 0,020
105 AILALLPAL 0,020 I
96 I GAHALQPAAJ 0,020.................... .............|
93 I NASGAHALQ 0,020 ..........j
55 ) AVGLLTVIS 0,020 j
114 GLLLWGPGQ 0,020 I
66 I CSLNCVDDS 0,015
46 EQCWTARIR 0,015 I
101 QPAAAILAL 0,013
no........................................| LPALGLLLW j 0,013|
58 ) LLTVISKGC J 0,010 j
115 í LLLWGPGQL 0,010.....................................................
13 LALQPGTAL 0,010 I
27 I KAQVSNEDC 0,010
20 I ALLCYSCKA 0,010
35 ! CLQVENCTQ 0,010
43 QLGEQCWTAJ 0,010 ................... i
29 QVSNEDCLQ 0,010 I
34 DCLQVENCT 0,010 I
54 RAVGLLTVI 0,010
40 NCTQLGEQC 0,010
12 GLALQPGTA 0,010 I
278
TABELA VIII-V1-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE....................................J
83 I NITCCDTDL 0,010
6 I LALLMAGLA 0,010 I
21 I LLCYSCKAQ 0,010 i
90 DLCNASGAH 0,010
60 I TVISKGCSL 0,010 !
67 I SLNCVDDSQ 0,010
10 I MAGLALQPG 0,010
57 I GLLTVISKG 0,010
62 I ISKGCSLNC 0,008
94 ASGAHALQP 0,007 I
100 I LQPAAAILA 0,007 I
15 LQPGTALLC 0,007
47 | QCWTARIRA 0,005 |
52 RIRAVGLLT 0,005 I
78 YVGKKNITC 0,005
111 PALGLLLWG 0,005 I
11 AGLALQPGT 0,005
49 ...................................J WTARIRAVGj 0,005|
103 AAAILALLP 0,005
24 YSCKAQVSN 0,003
39 ENCTQLGEQ 0,003
113 LGLLLWGPG 0,003
95 SGAHALQPA 0,003 I
9 LMAGLALQP 0,003
92 CNASGAHAL 0,003
53 IRAVGLLTV 0,003 |
50 TARIRAVGL 0,002
102 PAAAILALL 0,002
65 GCSLNCVDD 0,002
279
TABELA VIII-V1-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
.......................... INÍCIO...........................................) SUBSEQÜÊNCIA SCORE
42 I TQLGEQCWT 0,002
28 I AQVSNEDCL 0,002 í
36 I LQVENCTQL 0,002 I
....................... 112| ALGLLLWGP 0,001 j
...........................................................45............................................................... GEQCWTARI 0,001
72 . | DDSQDYYVG 0,001
............................................... θ7..................................................J AHALQPAAA 0,001.......................................
1 J _____________MKAVLLALL ...........J .. 0,001
...............................................................61................................. | VISKGCSLN 0,001
76 I DYYVGKKNI 0,001
48 I CWTARIRAV 0,001
33 | EDCLQVENC 0,001 i
..............................................................81 I KKNITCCDT 0,001
89 TDLCNASGA 0,001
280
TABELA VIII-V4-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
158 I EAFPAHPIY 10,000
46 I SGDPASYRL 2.500
104 HPDPPMALS 2.500
123 I DTDPPADGP 1,250
44 CCSGDPASY 1,000
144 I FSTLNPVLR 0,300
85 i VPEAHPNAS 0,225 I
109 I MALSRTPTR 0,200 I
136 CCCFHGPAF 0,200 I
173 SWSPAPSR 0,200
131 I PSNPLCCCF 0,150 i
45 I CSGDPASYR 0,150 I
89 I HPNASLTMY 0,125 I
21 í ATPAGPMPC 0,125
113 I RTPTRQIGS 0,125 I
145 I STLNPVLRH 0,125 I
83 ! VLVPEAHPN 0,100 I
31 í RLPPSLRCS 0,100
87 I EAHPNASLT 0,100
23 PAGPMPCSR 0,100
146 I TLNPVLRHL 0,100
174 WSPAPSRG 0,100
121 SIDTDPPAD 0,100 I
79 í QWEPVLVPE 0,090 I
165 I IYDLSQVWS 0,050 I
94 I LTMYVCAPV 0,050
127 PADGPSNPL 0,050
102 VPHPDPPMA 0,050 I
281
TABELA VIII-V4-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO i SUBSEQÜÊNCIA SCORE
55 i WGAPLQPTL 0,050
68 QASVPLLTH 0,050
120 GSIDTDPPA 0,030
92 j ASLTMYVCA 0,030
168 LSQVWSWS 0,030
172 WSWSPAPS 0,030
105 I PDPPMALSR 0,025
30 I SRLPPSLRC 0,025
147 í LNPVLRHLF 0,025 Ϊ
181 í RGQALRRAR 0,025 I
176 SPAPSRGQA 0,025 I
16 VTPTCATPA 0,025
74 ! LTHPAQWEP 0,025
4 I RTTTWARRT ....................0,025.................................. j
6 i TTWARRTSR 0,025
5 I TTTWARRTS 0,025
91 NASLTMYVC 0,020
43 ACCSGDPAS 0,020
37 ! RCSLHSACC 0,020
15 I AVTPTCATP 0,020
20 I CATPAGPMP 0,020
84 LVPEAHPNA 0,020
65 í WPQASVPL 0,020
............................ 137.......................... | CCFHGPAFS 0,020
153 1 HLFPQEAFP ........ 0,020_______j
29 CSRLPPSLR 0,015
69 1 ASVPLLTHP 0,015
175 VSPAPSRGQ 0,015
38 I CSLHSACCS 0,015
282
.......................................................................................TABELA VIII-V4-HLA-A1-9MERS-PSCA.............................................
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE
[129............................. DGPSNPLCC ......... 0,013.............. |
133 í NPLCCCFHG 0,013
48 DPASYRLWG °>013
_________________57______ ; APLQPTLGV 0,013.... J
161 I PAHPIYDLS 0,010
3 I HRTTTWARR ...........................................0,010 |
42 j SACCSGDPA 0,010
19 l TCATPAGPM 0,010
58 1 PLQPTLGW 0,010
14 RAVTPTCAT J 0,010
64 I GVVPQASVP ..................0,010
135 LCCCFHGPA 0,010
128 I ADGPSNPLC 0,010
98 I VCAPVPHPD 0,010 Í
56 GAPLQPTLG 0,010
62 I TLGWPQAS 0,010
167 I DLSQVWSVV 0,010 I
39.. J SLHSACCSG 0,010 i
70 | SVPLLTHPA | 0,010 |
179 í PSRGQALRR ......................................................0,008
66 ( VPQASVPLL .....................................0,005............................... |
124 ! TDPPADGPS ....... 0,005
139 ! FHGPAFSTL 0,005 I
63 I LGWPQASV 0,005 ..................... |
.....................................125 | DPPADGPSN 0,005
22 | TPAGPMPCS 0,005
76 | HPAQWEPVL 0,005 I
17 TPTCATPAG 0,005..................................................j
112 I SRTPTRQIG 0,005
283
TABELA VIII-V4-HLA-A1-9MERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
...............................................INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ........................SCORE
71 ! VPLLTHPAQ 0,005 |
160 l FPAHPIYDL 0,005 |
152 | RHLFPQEAF 0,005 |
..................... 60_________| QPTLGWPQ ........ 0,005.........................|
178 APSRGQALR 0,005 |
27 | MPCSRLPPS 0,005 |
155 ......... | FPQEAFPAH 0,005 i
61 j PTLGWPQA 0,005
12 I TSRAVTPTC 0,003 !
156 | PQEAFPAHP ................. 0,003
24 AGPMPCSRL 0,003 ..... j
138 i CFHGPAFST 0,003 |
140..........................................| HGPAFSTLN 0,003 I
__88 I AHPNASLTM 0,003
TABELA VIII-V19-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.__
INÍCIO | SUBSEQÜÊNCIA SCORE
......................................................7 | RLLPSLRCS 0,100 i
1 . I GPMPCSRLL ......................... 0,025 .....................
5 ..........| CSRLLPSLR 0,015
3 | MPCSRLLPS 0,013
............... 8 | LLPSLRCSL| 0,010
6| ________SRLLPSLRC [ ..........0,003_____________________j
........................ 9..................... | LPSLRCSLH 0,003 |
2 | PMPCSRLLP 0,000 í
....................................| PCSRLLPSL 0,000
284
TABELA VIII-V20-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
____________ INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
3 SGDPASSRL ___1,250 ...........
.........................................2 CSGDPASSR 0,150
1 CCSGDPASS ...............................0,020...............................................
5 DPASSRLWG 0,013
8 SSRLWGAPL 0,003
6 PASSRLWGA 0,001
9 , i SRLWGAPLQ 0,001
4 I GDPASSRLW 0,001
7 ASSRLWGAP 0,000
TABELA VIII-V21-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO ..... SUBSEQÜÊNCIA I ____SCORE...............|
7 LTDPAQWEP 1,250
2 I ASVPLLTDP 0,015
.................................3.............................. SVPLLTDPA 0,010
9 I DPAQWEPVL 0,005
1 i QASVPLLTD 0,005
4 ! VPLLTDPAQ 0,005
5................. PLLTDPAQW 0,002
6 ........ LLTDPAQWE i 0,001
8 I TDPAQWEPV 0,001
285
TABELA VIII-V21&22-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
1 I ASVPLLTDL 0,150
I 6 I LTDLAQWEP 0,125
8 I DLAQWEPVL 0,020
3 I VPLLTDLAQ 0,013
2 I SVPLLTDLA 0,010
4 ! PLLTDLAQW 0,002
5 J LLTDLAQWE 0,001
7 i TDLAQWEPV 0,001
TABELA VIII-V22-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
.............................. 1 j ASVPLLTHL | 0,150
8 í HLAQWEPVL 0,020 J
9 i LAQWEPVLV 0,020
3 VPLLTHLAQ 0,013
2 SVPLLTHLA 0,010
6 LTHLAQWEP 0,003
4 PLLTHLAQW 0,002
................................ 5) LLTHLAQWE_________ 0,001
7 i THLAQWEPV 0,001
286
TABELA VIII-V24-HLA-A1-9MERS-PSCA ί
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 1 ASLTMYVCT 0,030 j
1 3 LTMYVCTPV 0,025 1
7 i VCTPVPHPD 0,010
8 CTPVPHPDP 0,005
6 YVCTPVPHP 0,002
I 4 TMYVCTPVP 0,001
2 SLTMYVCTP 0,001 |
5 MYVCTPVPH 0,001
TABELA VIII-V25-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é es- j pecificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição ter- j minai de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE
................. 2 J ____________RTPTRQISS _____________ 0,125..................................J
9 SSIDTDPPA 0,030
................. 1 SRTPTRQIS 0,005
5 TRQISSIDT 0,003
8 j ISSIDTDPP 0,002
7 QISSIDTDP 0,001
3 TPTRQISSI 0,000
6 J RQISSIDTD 0,000
4 PTRQISSID 0,000
287
TABELA VIII-V25&26-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é es-1 pecificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição ter- i minai de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA .............SCORE.............................j
......................... 7 SSSDTDPPA 0,030
6 i ISSSDTDPP 0,002
5 I QISSSDTDP 0,001
3 TRQISSSDT 0,001........................... I
4............................................................. J TPTRQISSS..............J 0,000
4 RQISSSDTD 0,000
2 PTRQISSSD 0,000
TABELA VIII-V26-HLA-A1-9MERS-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é es-1 pecificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.__
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
8 ...................................1 SSDTDPPAD 0,150 i
7 GSSDTDPPA 0,030............ J
9 . J SDTDPPADG 0,001
...................................................... 5 ....................................................) QIGSSDTDP 0,001
3 TRQIGSSDT 0,001
6 IGSSDTDPP| 0,000 j
1 TPTRQIGSS 0,000 I
4........................................................... RQIGSSDTD ο,οοο |
2 PTRQIGSSD 0,000..... J
288
TABELA VIII-V27-HLA-A1-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição ter- | minai de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE I
2 j RGQALRRAQ 0,003 I
.............................. 1..............................1 SRGQALRRA 0,001 I
TABELA IX-V1-HLA-A1 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é es-1 pecificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
88 DTDLCNASGA 1,250
70 CVDDSQDYYV 1,000
55 AVGLLTVISK 1,000
108 ALLPALGLLL 0,500
............................................... 99.................................................. ALQPAAAILA 0,500 I
14 ALQPGTALLC ...................................................0,500 j
................................ 86 ...............................j CCDTDLCNAS I 0,500 ......................J
18 GTALLCYSCK 0,500
...................................................................69 NCVDDSQDYY 0,500
31 SNEDCLQVEN 0,450
44 LGEQCWTARI 0,450 I
37 QVENCTQLGE 0,450 |
15 I LQPGTALLCY I 0,375 I
73 DSQDYYVGKK I 0,300 J
84 ...........J ITCCDTDLCN| 0,125 I
68 LNCVDDSQDY I 0,125
43 QLGEQCWTAR .................................0,100..................................................1
74 SQDYYVGKKN 0,075........................... J
29 QVSNEDCLQV 0,050 |
3.........................................................................| AVLLALLMAG ..................................................0,050...................................................
L_____________________103______________________| AAAILALLPA __________0,050 ............ |
289
TABELA IX-V1-HLA-A1-1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é es-1 pecificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA .....................................SCORE 1
109 LLPALGLLLW 0,050
6 LALLMAGLAL 0,050 i
2 KAVLLALLMA 0,050 1
106 ILALLPALGL 0,050
71 VDDSQDYYVG 0,050
41 CTQLGEQCWT 0,025
32 NEDCLQVENC 1 0,025 1
59 LTVISKGCSL 1 0,025
4 VLLALLMAGL 0,020
72 DDSQDYYVGK 0,020 I
i| io MAGLALQPGT 0,020
104 AAILALLPAL 0,020
I 21 LLCYSCKAQV 1 0,020
96 GAHALQPAAA 0,020
105 AILALLPALG 0,020
90 DLCNASGAHA 0,020
13 LALQPGTALL 1 0,020
98 HALQPAAAIL 0,020
7 ALLMAGLALQ 0,020 í
54 RAVGLLTVIS 0,020 1
94 ASGAHALQPA 0,015
66 CSLNCVDDSQ 0,015
110 LPALGLLLWG 0,013
12 GLALQPGTAL 0,010
85 1 TCCDTDLCNA i 0,010
20 ALLCYSCKAQ 0,010
22 LCYSCKAQVS 0,010
5 LLALLMAGLA 0,010
| 35 CLQVENCTQL 0,010
290
TABELA IX-V1-HLA-A1-10MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é es- i pecificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. i
| INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA í SCORE í
| 58 LLTVISKGCS I 0,010
| 19 TALLCYSCKA 0,010
| 60 TVISKGCSLN I 0,010
I 34 · DCLQVENCTQ I 0,010
I 114 GLLLWGPGQL 0,010
I 27 KAQVSNEDCL I 0,010
112 ALGLLLWGPG I 0,010
107 LALLPALGLL I 0,010
| 65 GCSLNCVDDS 0,010
| 91 LCNASGAHAL 0,010
I 40 NCTQLGEQCW 0,010 j
| 57 GLLTVISKGC I 0,010
| 83 NITCCDTDLC I 0,010 §
46 EQCWTARIRA 0,007 I
100 LQPAAAILAL 0,007
| 61 VISKGCSLNC 0,005 i
| 92 CNASGAHALQ 0,005 I
| 95 SGAHALQPAA 0,005 I
45 GEQCWTARIR I 0,005
| 52 I RIRAVGLLTV I 0,005
| 113 LGLLLWGPGQ 0,005
93 NASGAHALQP 0,005 !
49 WTARIRAVGL 0,005
8 LLMAGLALQP 0,005 I
9 LMAGLALQPG 0,005 I
101 QPAAAILALL 0,005
77 YYVGKKNITC 0,003
82 KNITCCDTDL I 0,003
11 AGLALQPGTA 0,003
291
TABELA IX-V1-HLA-A1 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é es-1 pecificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
...................................INÍCIO...............................| SUBSEQÜÊNCIA | ................................SCORE |
16 QPGTALLCYS 0,003 I
1 ............i MKAVLLALLM 0,003 I
56 VGLLTVISKG 0,003
39 ENCTQLGEQC| 0,003.................... J
62 ISKGCSLNCV 0,002 |
30 VSNEDCLQVE 0,002 |
28 AQVSNEDCLQ 0,002 í
36 „J LQVENCTQLG 0,002
42 TQLGEQCWTA 0,002
48 CWTARIRAVG J 0,001 j
67 SLNCVDDSQD| 0,001
...................................................................78 YVGKKNITCC 0,001 I
.....................................................................87..................................................................1 CDTDLCNASG ..................................................0,001 . . |
.................................................97................................................. I AHALQPAAAI 0,001
.........47 QCWTARIRAV j 0,001 J
23 I CYSCKAQVSN 0,001 |
50 ...................................| TARIRAVGLL.......j 0,001 ...................|
102 | PAAAILALLP | 0,001 J
...............................26 CKAQVSNEDC 0,001 I
89...................................................................... TDLCNASGAH ..................................................0,001 I
............. .........38 VENCTQLGEQ .......... 0,001 ...............J
292
TABELA IX-V4-HLA-A1 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO........ | SUBSEQÜÊNCIA SCORE
104 ......... HPDPPMALSR 62.500
123 DTDPPADGPS 12.500
46 SGDPASYRLW 1,250
43 I ACCSGDPASY 1,000 I
121 SIDTDPPADG 1,000
146 TLNPVLRHLF 1,000 [
79| QWEPVLVPEA j 0,900 ........ J
20 I CATPAGPMPC) ............ 0,500..............1
87 | EAHPNASLTM 0,500 |
153 | HLFPQEAFPA 0,500
..................................85............................................] VPEAHPNASL ........................ 0,450......................................
172 WSVVSPAPSR 0,300 i
5................................................... TTTWARRTSR 0,250
________74_____________) LTHPAQWEPV 0,250
_.....135 _ J LCCCFHGPAF ................ 0,200 ................I
64 j GWPQASVPL 0,200 |
................................................83...............................................| VLVPEAHPNA 0,200.......................................... |
........................69 ...................J ASVPLLTHPA 0,150
102 VPHPDPPMAL 0,125 |
31 RLPPSLRCSL 0,100 |
___________ 127 _ PADGPSNPLC 0,100 J
44 j CCSGDPASYR| 0,100 i
.................................174 . | WSPAPSRGQ 0,100
15 | AVTPTCATPA 0,100
144 ! FSTLNPVLRH 0,075
157 | QEAFPAHPIY ..........................................0,050................................ j
21 ATPAGPMPCS 0,050 |
158 EAFPAHPIYD 0,050|
293
TABELA IX-V4-HLA-A1 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é es-I pecificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
16 VTPTCATPAG 0,050 I
100 APVPHPDPPM 0,050 I
137 CCFHGPAFST 0,050 !
L 56 GAPLQPTLGV 0,050 I
161 PAHPIYDLSQ 0,050 I
45 CSGDPASYRL 0,030 I
88 AHPNASLTMY 0,025
145 STLNPVLRHL 0,025
4 í RTTTWARRTS 0,025
130 GPSNPLCCCF 0,025
165 I IYDLSQVWSV 0,025
1 1 MTHRTTTWAR 0,025
22 TPAGPMPCSR 0,025
113 RTPTRQIGSI 0,025 I
128 ADGPSNPLCC 0,025
........................... 176 | SPAPSRGQAL 0,025 |
112 SRTPTRQIGS 0,025|
55 | WGAPLQPTLG 0,025 I
42 I SACCSGDPAS 0,020
167 I DLSQVWSWS 0,020
91 I NASLTMYVCA........................| 0,020
98 1 VCAPVPHPDP 0,020
136 | CCCFHGPAFS 0,020 I
65 WPQASVPLL J 0,020 I
62 TLGVVPQASV 0,020 I
93 SLTMYVCAPV 0,020 |
177 PAPSRGQALR 0,020 i
70 SVPLLTHPAQ 0,020
131 PSNPLCCCFH 0,015
294
1 TABELA IX-V4-HLA-A1 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é es-1 pecificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
| INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE i
1. 175 VSPAPSRGQA 0,015 I
| 38 CSLHSACCSG 0,015 l
| 41 156 HSACCSGDPA 0,015
PQEAFPAHPI 0,013
_______θθ_______ I 89 I 25 VPQASVPLLT 0,013
HPNASLTMYV 0,013
GPMPCSRLPP 0,013 I
I 132 SNPLCCCFHG 0,013 I
| 148 NPVLRHLFPQ 0,013
| 178 APSRGQALRR 0,013
I 37 RCSLHSACCS 0,010
|------------------------------------ 95 TMYVCAPVPH 0,010 I
23 PAGPMPCSRL 0,010 I
| 84 LVPEAHPNAS 0,010
I 173 SWSPAPSRG 0,010
143 AFSTLNPVLR 0,010
..............108| PMALSRTPTR 0,010
124 . J TDPPADGPSN 0,010 I
............109............| MALSRTPTRQ 0,010
29 CSRLPPSLRC 0,008
76 HPAQWEPVLV 0,005
94 LTMYVCAPVP 0,005
119 ) IGSIDTDPPA 0,005
180 SRGQALRRAR 0,005)
139 FHGPAFSTLN 0,005
11 RTSRAVTPTC 0,005
60 | QPTLGWPQA 0,005
27............................... I MPCSRLPPSL 0,005
71 VPLLTHPAQW 0,005 |
295
TABELA IX-V4-HLA-A1-10MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE í
151 LRHLFPQEAF 0,005 I
30 SRLPPSLRCS 0,005
168 j LSQVWSWSP 0,003 I
120 GSIDTDPPAD ......... 0,003
50 ASYRLWGAPL 0,003
59 j LQPTLGWPQ 0,003 I
48 | DPASYRLWGA 0,003..........................
129 S DGPSNPLCCC 0,003 !
141 GPAFSTLNPV 0,003
160 FPAHPIYDLS 0,003
163 HPIYDLSQVW 0,003.............
57 . 1 APLQPTLGW 0,003
18 I PTCATPAGPM 0,003
47 GDPASYRLWG 0,003
TABELA IX-V19-HLA-A1-10MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE I
8 RLLPSLRCSL 0,100
10 LPSLRCSLHS I 0,013 I
2 GPMPCSRLLP 0,013
9 LLPSLRCSLH 0,010
6 CSRLLPSLRC I 0,008
_______4________| MPCSRLLPSL| 0,005 I
1 AGPMPCSRLL 0,003 I
3 PMPCSRLLPS i 0,003
5 PCSRLLPSLR I 0,001
7 SRLLPSLRCS 0,001
296
TABELA IX-V20-HLA-A1-10MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA J SCORE
4 SGDPASSRLW | 1,250 í
2 CCSGDPASSR I 0,100
1 ACCSGDPASS 0,020
3 CSGDPASSRL 0,015
8 ASSRLWGAPL 0,003 !
9 SSRLWGAPLQ 0,003 i
6 DPASSRLWGA I 0,003 I
5 GDPASSRLWG I 0,003 J
10 SRLWGAPLQP 0,000
7 PASSRLWGAP 0,000
TABELA IX-V21-HLA-A1-10MERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é es-1 pecificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE )
8 j LTDPAQWEPV 12.500
3 I ASVPLLTDPA 0,150
4 I SVPLLTDPAQ 0,020
5 I VPLLTDPAQW 0,005
10 | DPAQWEPVLV 0,005
_____________7________________________ LLTDPAQWEP .......j 0,001 .............................
9 TDPAQWEPVL 0,001 ............. í
2 QASVPLLTDP 0,001
................................ 6............................... | PLLTDPAQWE ......................................................0,000 i
1 I PQASVPLLTD 0,000
297
TABELA IX-V21 &22-HLA-A1 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada^ comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição
terminal de c jada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
.............................................7 I LTDLAQWEPV ..................................................................1,250............................
2 ASVPLLTDLA 0,150
3 SVPLLTDLAQ 0,050 í
9 DLAQWEPVLV .................................. 0,020...................................
1 QASVPLLTDL 0,010
4 VPLLTDLAQW 0,005 j
........ 6 I LLTDLAQWEP 0,001
8 TDLAQWEPVL 0,001
5 PLLTDLAQWE 0,000 í
TABELA IX-V22-HLA-A1 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE
2 I ASVPLLTHLA I 0,150
3 I SVPLLTHLAQ 0,050
7 LTHLAQWEPV í 0,025
9 HLAQWEPVLV 0,020
1 | QASVPLLTHL 0,010
io | LAQWEPVLVP 0,005
4 VPLLTHLAQW ..................0,005 ...............................J
6 ....... .........i LLTHLAQWEP 0,001
8 I THLAQWEPVL 0,001
5................................... | PLLTHLAQWE 0,000
298
TABELA IX-V24-HLA-A1-10MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO) ..............SUBSEQÜÊNCIA...... | SCORE
10 I TPVPHPDPPM 0,050
1 I NASLTMYVCT I 0,020
8 I VCTPVPHPDP I 0,020
5 .................1 TMYVCTPVPH I 0,010
3 I SLTMYVCTPV 0,010
4 I LTMYVCTPVP 0,005
9 I CTPVPHPDPP 0,003
2 I ASLTMYVCTP I 0,002
7 | YVCTPVPHPD 0,001
...........................6.......................| MYVCTPVPHP ......................................0,000....................................................
L_______________________________TABELA IX-V25-HLA-A1-10MERS-PSCA... j
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.I
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE....................i
9 ISSIDTDPPA 0,030
2 I SRTPTRQISS I 0,025
3 i RTPTRQISSI 0,025
..........................................................10 I SSIDTDPPAD I 0,003
1 ............. I LSRTPTRQIS I 0,002
.................. 5 PTRQISSIDT 0,001
8 QISSIDTDPP 0,001
............................ 7...... I RQISSIDTDP | 0,000
6 i TRQISSIDTD 0,000
............................£........................ TPTRQISSID 0,000 ......................
299
TABELA IX-V25&26-HLA-A1 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
L INÍCIO · SUBSEQÜÊNCIA SCORE _. |
L 9 i ISSIDTDPPA 1 0,030 J
2 ! SRTPTRQISS ! ................................... 0,025
3 I RTPTRQISSI 0,025
10 í SSIDTDPPAD .............................. 0,003..............................................
1 . 1 LSRTPTRQIS 1 0,002........ |
5 PTRQISSIDT 0,001
8 QISSIDTDPP 0,001
L „ 7 1 RQISSIDTDP i 0,000
6 1 TRQISSIDTD 0,000
4 1 TPTRQISSID 0,000
TABELA IX-V26-HLA-A1-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
[INÍCIO| SUBSEQÜÊNCIA | SCORE
9 I SSDTDPPADG I 1,500
1 RTPTRQIGSS 0,025
7 I IGSSDTDPPA I 0,005
8 I GSSDTDPPAD I 0,003
6 I QIGSSDTDPP 0,001
3 ; PTRQIGSSDT 0,000
5 : RQIGSSDTDP 0,000
4 I TRQIGSSDTD 0,000
10 I SDTDPPADGP 0,000
2 TPTRQIGSSD 0,000
300
TABELA IX-V27-HLA-A1-10MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
L !NÍCIO l| SUBSEQÜÊNCIA SCORE
2|| SRGQALRRAQ 0,001
1 l| PSRGQALRRA I 0,000
TABELA X-V1-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE...............................................
43 I QLGEQCWTA | 152.766
. 5 LLALLMAGL ........ 83.527
7..... ALLMAGLAL ! 79.°41
109 ! LLPALGLLL 36.316
105 I AILALLPAL 24.997
108 I ALLPALGLL I 23.633
14 I ALQPGTALL I 21,362
20 | ALLCYSCKA I 18382
115 I LLLWGPGQL I 17.468
42 TQLGEQCWT ! 15375
36 LQVENCTQL í 15.096
99 ALQPAAAIL 8.759
58 LLTVISKGC 8.446
3 I AVLLALLMA 3.699
30 | VSNEDCLQV i 3.165
83 I NITCCDTDL 2.937
22 | LCYSCKAQV | 2.470
78 I YVGKKNITC I 2.000
60 ! TVISKGCSL 1,869
107 LALLPALGL 1,866
13 .] LALQPGTAL 1,866
301
TABELA X-V1-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
4 í VLLALLMAG 1,078
28 i AQVSNEDCL 1,061
15 I LQPGTALLC 0,856
100| LQPAAAILA ................................................0,856....................................................
12 I GLALQPGTA 0,646
57 I GLLTVISKG 0,634
71 I VDDSQDYYV 0,361
101 QPAAAILAL 0,321
47 QCWTARIRA 0,269
112 ! ALGLLLWGP I 0,257 J
2 I KAVLLALLM 0,242 J
63 i SKGCSLNCV 0,222
8 I LLMAGLALQ 0,216
45 GEQCWTARI I 0,203
11 · AGLALQPGT i 0,180
104 | AAILALLPA 0,159
92 ................... , CNASGAHAL I ...................0,139
54 ! RAVGLLTVI 0,137
106 I ILALLPALG 0,127
.........................................................27 ) KAQVSNEDC 0,118
1 I MKAVLLALL I 0,116
52 I RIRAVGLLT 0,078
95 | SGAHALQPA 0,075
18 | GTALLCYSC 0,069 J
96........ ! GAHALQPAA | 0,069
84 I ITCCDTDLC 0,057
6 I LALLMAGLA I 0,056
114 GLLLWGPGQ i 0,055...................................... I
91 | LCNASGAHA 0,055
302
TABELA X-V1-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO i SUBSEQÜÊNCIA SCORE
53 . ... i IRAVGLLTV 0,038
81 | KKNITCCDT 0,036
86 | CCDTDLCNA 0,030
70 CVDDSQDYY 0,029 J
89 I TDLCNASGA 0,026
21 ! LLCYSCKAQ 0,025
50 I TARIRAVGL 0,023
9 . J LMAGLALQP ..... 0,018.........................|
98 I HALQPAAAI 0,018
61 I VISKGCSLN 0,017 J
40 ...... I NCTQLGEQC 0,016
102 I PAAAILALL 0,015
35 I CLQVENCTQ I 0,015
....................................34 DCLQVENCT 0,013
67 í SLNCVDDSQ I 0,007
48 | CWTARIRAV 0,004
.................................79 j VGKKNITCC 0,004 J
10........ I MAGLALQPG | .................................................0,004....................................................
97 I AHALQPAAA I 0,003
55 I AVGLLTVIS 0,003
24 I YSCKAQVSN 0,002
66 I CSLNCVDDS ........... 0,002...........
85 I TCCDTDLCN 0,002
69 NCVDDSQDY 0,002
...... 49 ......I WTARIRAVG 0,002
77 l YYVGKKNIT 0,002
62 I ISKGCSLNC 0,002
110 I LPALGLLLW 0,002
56 | VGLLTVISK 0,001
303
TABELA X-V1-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
29 i QVSNEDCLQ i 0,001
19 I TALLCYSCK 0,001
........................................................16 QPGTALLCY 0,001
111 J PALGLLLWG I 0,001
41 I CTQLGEQCW 0,001
51 ! ARIRAVGLL I 0,001
90 DLCNASGAH I 0,001
113 I LGLLLWGPG I 0,001
33 I EDCLQVENC 0,001
32 NEDCLQVEN 0,001
..........................38| VENCTQLGE 0,000
87 CDTDLCNAS I 0,000
37 I QVENCTQLG 0,000
76 I DYYVGKKNI 0,000
75 I QDYYVGKKN 0,000
59 ! LTVISKGCS 0,000
................. 103 AAAILALLP] 0,000
93 NASGAHALQ ........ 0,000_______
74 ! SQDYYVGKK I 0,000
82 I KNITCCDTD I 0,000
68 LNCVDDSQD ο,οοο........... |
304
TABELA X-V4-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
___________ INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE
166 I YDLSQVWSV | 28.361
146 I TLNPVLRHL 9.827
170 I QVWSWSPA 8.298
94 I LTMYVCAPV 6.076
| 167 I DLSQVWSW 3.636
65 I WPQASVPL 3.178
I 84 LVPEAHPNA 3.030
I 57 APLQPTLGV 1,680
160 FPAHPIYDL 1,475
80............................................................| WEPVLVPEA ......................................................1,022....................................................
..........................................................35...........................................................| SLRCSLHSAj ................................................0,868....................................................
63 LGWPQASV | 0,772
1 | MTHRTTTWA 0,645
55| WGAPLQPTL] 0,641
66 I VPQASVPLL | 0,545
70 SVPLLTHPA 0,435
11 | RTSRAVTPT O,238
32 | LPPSLRCSL 0,237
157 QEAFPAHPI ! 0,203
58 I PLQPTLGVV 0,188...................................................
142 | PAFSTLNPV | _________________0,181..................
92 1 ASLTMYVCA 0,180)
24 AGPMPCSRL 0,139
73 LLTHPAQWE i 0,139
...........120 | GSIDTDPPA 0,133
139 I FHGPAFSTL I 0,130
83 ....... | VLVPEAHPN 0,127
53 ..................... j RLWGAPLQP .................0,124 .................................
305
TABELA X-V4-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
108 PMALSRTPT 0,118
16 VTPTCATPA 0,117
14 RAVTPTCAT 0,104
130| GPSNPLCCC | _____0,075...... j
62 TLGVVPQAS 0,075
39 I SLHSACCSG | 0,075
21 .......................ATPAGPMPC.........................J 0,069
... 8 1 WARRTSRAV I 0,068
91 NASLTMYVC I 0,065
.....46..........I SGDPASYRL J 0,056
102 I VPHPDPPMA ........................0,055 J
| 90 PNASLTMYV 0,055
78 I AQWEPVLVP 0,048
75 1 THPAQWEPV 0,040
163 I HPIYDLSQV I 0,036
93 i SLTMYVCAP I 0,034
31 RLPPSLRCS I 0,034 J
154 LFPQEAFPA i 0,034
42 SACCSGDPA 0,034
37 í RCSLHSACC 0,032
138 CFHGPAFST I 0,030
135 I LCCCFHGPA 0,027
49 PASYRLWGA 0,026
........................ 77 j PAQWEPVLV 0,021
4 I RTTTWARRT| 0,021
114 í TPTRQIGSI I 0,020
155 ................| FPQEAFPAH 0,017
..............67...................„„...........I PQASVPLLT................| 0,017
110 I ALSRTPTRQ 0,015
306
TABELA X-V4-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
95 I TMYVCAPVP 0,014
97 I YVCAPVPHP 0,014
61 I PTLGVVPQA 0,013
174 I WSPAPSRG j 0,011
133 I NPLCCCFHG 0,010
153 I HLFPQEAFP I 0,010
137 I CCFHGPAFS 0,010
101 I PVPHPDPPM I 0,010
86 PEAHPNASL 0,009
145 STLNPVLRH 0,009
106 I DPPMALSRT 0,008
87 I EAHPNASLT 0,008
128 I ADGPSNPLC I 0,007
177 PAPSRGQAL 0,007
143 I AFSTLNPVL I 0,006
72 I PLLTHPAQW I 0,006
151 LRHLFPQEA I ................ 0,004 ..... J
176 ! SPAPSRGQA ! 0,004
19 I TCATPAGPM 0,004
54 I LWGAPLQPT 0,004
150 VLRHLFPQE 0,004
169 I SQVWSWSP 0,003
88 | AHPNASLTM 0,003
............ 28 I PCSRLPPSL I 0,003
132 I SNPLCCCFH I ..... 0,003
74 I LTHPAQWEP 0,003
127 I PADGPSNPL 0,003......................................................
30 I SRLPPSLRC I ................0,003
12 TSRAVTPTC I 0,002
307
TABELA X-V4-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
129 DGPSNPLCC I 0,002
................................................ 68 QASVPLLTH I 0,002
172 WSWSPAPS 0,002
45 I CSGDPASYR í 0,002
118 QIGSIDTDP I 0,002
76 | HPAQWEPVL 0,002
27 MPCSRLPPS 0,002
38 ! CSLHSACCS 0,002
111 | LSRTPTRQI 0,002
6 I TTWARRTSR 0,002
117 I RQIGSIDTD I 0,002
149 PVLRHLFPQ I 0,001
103 í PHPDPPMAL i 0,001
173 SWSPAPSR 0,001
TABELA X-V19-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada,ό comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
8 1 LLPSLRCSL 36.316
[7 RLLPSLRCS 0,127.......
1 GPMPCSRLL I 0,103
4 | PCSRLLPSL í 0,007
6 I SRLLPSLRC 0,003 ..................
...............3 .............J MPCSRLLPS 0,002______________
9 ) LPSLRCSLH 0,001
2 I PMPCSRLLP 0,000
5 CSRLLPSLR 0,000
308
TABELA X-V20-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
3 SGDPASSRL I 0,056
6 PASSRLWGA I 0,026
8 SSRLWGAPL I 0,011
1 CCSGDPASS 0,000
2 CSGDPASSR I 0,000
5 I DPASSRLWG 0,000
.................. 7 j ASSRLWGAP 0,000
_____________________4___________________j GDPASSRLW I 0,000
9 I SRLWGAPLQ t 0,000
TABELA X-V21-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
6 LLTDPAQWE I 0,571
3 I SVPLLTDPA I 0,213
8 TDPAQWEPV 0,080
5 i PLLTDPAQW 0,006
9 I DPAQWEPVL 0,004
7 ! LTDPAQWEP 0,001
4 VPLLTDPAQ 0,001
1 J QASVPLLTD I 0,000
2 ! ASVPLLTDP I 0,000
309
TABELA X-V21 &22-HLA-A0201 -9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição j terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
......................... INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA J SCORE
[8 DLAQWEPVL I ______0,657
5 LLTDLAQWE I 0,571
1 ASVPLLTDL 0,321
7 I TDLAQWEPV I 0,298
2 I SVPLLTDLA 0,213 i
4 I PLLTDLAQW 0,014
6 I LTDLAQWEP 0,001
3 . ! VPLLTDLAQ 0,001
TABELA X-V22-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é j especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
9 l LAQWEPVLV 1,642 ......................J
2..... ......J SVPLLTHLA | 0,435
1 | ASVPLLTHL ' 0,321
3 HLAQWEPVL I 0,298
7 j THLAQWEPV I 0,149
................................................................5.................................................................j LLTHLAQWE 0,139
4 I PLLTHLAQW I 0,014
6 | LTHLAQWEP _____________ 0,003
3 | VPLLTHLAQ 0,001
310
TABELA X-V24-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO J SUBSEQÜÊNCIA SCORE.................................j
3 I LTMYVCTPV] 6.076 ..........
1 ASLTMYVCT 0,270
2 I SLTMYVCTP 0,034
.....................................................4 .................. | TMYVCTPVP 0,014
6 ’ YVCTPVPHP 0,014
8 .) CTPVPHPDP 0,000
...................................7................................................| VCTPVPHPD 0,000
5 MYVCTPVPH 0,000
TABELA X-V25-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
3 I TPTRQISSI 0,157
9 . . J SSIDTDPPA 0,133
7 | QISSIDTDP 0,002
6 i RQISSIDTD | 0,002
5 J TRQISSIDT ..............J 0,001
2 I RTPTRQISS 0,001
8 | ISSIDTDPP | 0,000
1| SRTPTRQIS............... | 0,000
4 I PTRQISSID 0,000
311
TABELA X-V25&26--HLA-A0201 -9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição j terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO ] _______SUBSEQÜÊNCIA | SCORE
7 I SSSDTDPPA J 0,133
..............................................................5................................................................ QISSSDTDP ) 0,002
1 TPTRQISSS I 0,001
3 ! TRQISSSDT I 0,001
4 ! RQISSSDTD I 0,001
6 I ISSSDTDPP 0,000
2 PTRQISSSD| 0,000 ...................J
TABELA X-V26-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é ; especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.J
INÍCIO í SUBSEQÜÊNCIA SCORE
7 I GSSDTDPPA 0,133
5 QIGSSDTDP j 0,002
..............3 ......... TRQIGSSDT 0,001
4 ! RQIGSSDTD 0,001
9 I SDTDPPADG 0,000....................................................
1 I TPTRQIGSS 0,000
6 ) IGSSDTDPP 0,000
8 ! SSDTDPPAD 0,000
2 PTRQJGSSD ο,οοο i
312
TABELA X-V27-HLA-A0201-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO i SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 SRGQALRRA 0,000
J 2 I RGQALRRAQ 0,000
TABELA XI-V1-HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA
i Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é ; especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
I INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
| 4 I VLLALLMAGL 309.050
21 LLCYSCKAQV 118.238
| 108 ! ALLPALGLLL I 79.041
70 í CVDDSQDYYV 54.894
106 I ILALLPALGL 36.316
........... 35 . I CLQVENCTQL ......... 21,362................
12 : GLALQPGTAL ................21,362..................
.............................................................57 ! GLLTVISKGC 18.382
L........... 42 I TQLGEQCWTA ____13.978_____J
114 GLLLWGPGQL 10,275______
100 LQPAAAILAL I 8.469
29 ! QVSNEDCLQV 6.086
99 ALQPAAAILA í 4.968
14 I ALQPGTALLC 4.968
..............................................................78 I YVGKKNITCC 4.599
6....... LALLMAGLAL 1,866 |
13 I LALQPGTALL 1,866
47 QCWTARIRAV 1 ’733
......................52..................... RIRAVGLLTV ........................ 1,672 .......................I
49 WTARIRAVGL 1,365..................
61 ! VISKGCSLNC 1,161
313
TABELA XI-V1-HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
5 í LLALLMAGLA i 1,098
104 I AAILALLPAL 0,682
41 CTQLGEQCWT ......................0,569
107 I LALLPALGLL _________0,558______________
2 I KAVLLALLMA 0,555
27 I KAQVSNEDCL ......................0,509.....................................................
59 I LTVISKGCSL 0,504
82 KNITCCDTDL 0,488
..............................................................90.................... I DLCNASGAHA ......0,373...........................................
83 I NITCCDTDLC 0,335
........ 101 j QPAAAILALL I 0,321
85.................. í TCCDTDLCNA 0,306
109 í LLPALGLLLW 0,291
19 I TALLCYSCKA i 0,255 .......................................|
................ 91 LCNASGAHAL 0,237 .......................|
................................................................9 i LMAGLALQPG 0,210
................... 10 MAGLALQPGT 0,176
103...... I AAAILALLPA 0,159
.............................................................7 ALLMAGLALQ I 0,127
...........................................................43.................. QLGEQCWTAR 0,104
8 I LLMAGLALQP 0,094
94 1 ASGAHALQPA 0,075
96 I GAHALQPAAA 0,069
62 ............... ; ISKGCSLNCV I 0,062
........... 3 _ _ I AVLLALLMAG 0,055________
20 í ALLCYSCKAQ 0,055.....................................................
36 i LQVENCTQLG 0,053.........................................
75 I QDYYVGKKNI 0,046
32 i NEDCLQVENC 0,044
314
TABELA XI-V1-HLA-A0201 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO i SUBSEQÜÊNCIA SCORE...............
105 j AILALLPALG 0,038
46 EQCWTARIRA i 0,038
95 I SGAHALQPAA I 0,032
15 LQPGTALLCY 0,030
112 I ALGLLLWGPG 0,016
58 I LLTVISKGCS 0,016
11 I AGLALQPGTA I 0,016
98 I HALQPAAAIL I 0,015
67 I SLNCVDDSQD 0,015
1 MKAVLLALLM I ............ 0,012
110 LPALGLLLWG 0,010 I
44 í LGEQCWTARI 0,007
97 I AHALQPAAAI 0,007
56 I VGLLTVISKG 0,007
50 | TARIRAVGLL 0,007
60 ....... | TVISKGCSLN ( 0,007
..... 16................ QPGTALLCYS 0,006
69 í NCVDDSQDYY ____0,005_________________
26 I CKAQVSNEDC 0,003
77 | YYVGKKNITC 0,003
L..............................................74 .........................................I SQDYYVGKKN 0,003
55 i AVGLLTVISK 0,003
53 I IRAVGLLTVI 0,002
............ 88 J ___________DTDLCNASGA | 0,002
. ............... 84 ..... ITCCDTDLCN | 0,002
28 I AQVSNEDCLQ 0,002
39 | ENCTQLGEQC 0,001
.......22..........................................................| LCYSCKAQVS 0,001.....................................................
51 ARIRAVGLLT 0,001
315
TABELA XI-V1-HLA-A0201 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO j SUBSEQÜÊNCIA SCORE ...........................
24 YSCKAQVSNE 0,001
68 I LNCVDDSQDY I 0,001
33 I EDCLQVENCT I 0,001
17 PGTALLCYSC I 0,001
30 | VSNEDCLQVE 0,001
113 i LGLLLWGPGQ I 0,001
65 GCSLNCVDDS I 0,001....................................................
40 i NCTQLGEQCW 0,000
54 I RAVGLLTVIS 0,000
87 CDTDLCNASG 0,000
80 I GKKNITCCDT 0,000
64 i KGCSLNCVDD 0,000
18 I GTALLCYSCK 0,000
111 i PALGLLLWGP í 0,000
93 I NASGAHALQP i 0,000
86 | CCDTDLCNAS 0,000
66 J CSLNCVDDSQ| 0,000
.......38 .............j VENCTQLGEQ ! 0,000
31 I SNEDCLQVEN 0,000
76 I DYYVGKKNIT 0,000
92 I CNASGAHALQ _________0,000
316
TABELA XI-V4-HLA-A0201 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO ) SUBSEQÜÊNCIA | SCORE
53 I RLWGAPLQPT I .................142.259............................................
62 I TLGWPQASV 69.552
93 | SLTMYVCAPV i 69-552
31 1 RLPPSLRCSL 21,362
83 i VLVPEAHPNA 8.446
65 WPQASVPLL 7.309
153 i HLFPQEAFPA 3.625
150 i VLRHLFPQEA 2.439
110 ALSRTPTRQI I 2087
64 | GWPQASVPL 1,869
............................. 74.......................... | LTHPAQWEPV 1,368
169 | SQVWSWSPA 1,159
166 | YDLSQVWSW 1,146
......................141| GPAFSTLNPV 1,044...............
_..........137 ............! CCFHGPAFST 1,044
56 | GAPLQPTLGV I 0,966
6 I TTWARRTSRA 0,573
...............................45............................ j CSGDPASYRL 0,572
145 I STLNPVLRHL 0,505
50 | ASYRLWGAPL 0,446
..................15....................................| AVTPTCATPA 0,435
.......................................................35................................................| SLRCSLHSAC 0,378.............
27 | MPCSRLPPSL í 0,237
102 I VPHPDPPMAL ! 0,237
.......... 57.......... | _____________APLQPTLGW.........J 0,206
.............73 | LLTHPAQWEP 0,190
95 | TMYVCAPVPH I 0,172
176 SPAPSRGQAL ...............0,139
317
TABELA XI-V4-HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição j terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA j SCORE
78 ....... AQWEPVLVPE..........J 0,118
.......................................165.....| IYDLSQVWSV I 0,113
162 | AHPIYDLSQV 0,111
............91 NASLTMYVCA 0,104
89 | HPNASLTMYV 0,085
66 | VPQASVPLLT | 0,083
............................................................60........................................... QPTLGWPQA 0,075
146 I TLNPVLRHLF j 0,075
20 I CATPAGPMPC I 0,069
ii | RTSRAVTPTC i 0,069
119 J IGSIDTDPPA I 0,055
..........................................................134 . j PLCCCFHGPA 0,054
84 ....................................! LVPEAHPNAS i 0,045
113 RTPTRQIGSI .............................0,043
48 ! DPASYRLWGA i 0,042
159 í AFPAHPIYDL 0,034
69| ASVPLLTHPA | 0,032
100 I APVPHPDPPM J θ.Ο32
138 I CFHGPAFSTL 0,028
164 PIYDLSQVWS .....................................................0,016......................................................
..........................................................76 ..............................................| HPAQWEPVLV 0,015
85 1 VPEAHPNASL 0,015
39 SLHSACCSGD 0,015
................................8 WARRTSRAVT I 0,015
126 J PPADGPSNPL I 0,013
170 i QVWSVVSPAP 0,011
142 I PAFSTLNPVL ; 0,010
101 PVPHPDPPMA 0,010
175 VSPAPSRGQA I 0,007
318
TABELA XI-V4-HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE
155....... I FPQEAFPAHP 0,007
128 I ADGPSNPLCC < 0,007
72 | PLLTHPAQWE ‘ 0,007
.......................23| PAGPMPCSRL __0,007 ..................
173 | SWSPAPSRG I 0,007
75 I THPAQWEPVL 0,006
34 I PSLRCSLHSA .................................. 0,006..............................
97 i YVCAPVPHPD 0,006
...........................59 | LQPTLGVVPQ 0,006
129 DGPSNPLCCC | 0,006................ J
87 ............. EAHPNASLTM | 0,005
144 I FSTLNPVLRH 0,005
54 I LWGAPLQPTL 0,005
121 I SIDTDPPADG I 0,004
107 I PPMALSRTPT 0,004
80 I WEPVLVPEAH 0,003
86 PEAHPNASLT 0,003
[71 VPLLTHPAQW _ _______0,003____
132 I SNPLCCCFHG I 0,003
26 I PMPCSRLPPS 0,003
........................136................... CCCFHGPAFS | ............................... 0,003
1 . ... ' MTHRTTTWAR 0,003
12 í TSRAVTPTCA 0,002
29................. · CSRLPPSLRC 0,002
10 RRTSRAVTPT Ϊ 0,002
21 I ATPAGPMPCS j 0,002
167 I DLSQVWSWS i 0,002
55 \ WGAPLQPTLG j 0,002
7 i TWARRTSRAV 0,002
319
TABELA XI-V4-HLA-A0201 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição
terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE............................................I
38 . I CSLHSACCSG I 0,002
16 VTPTCATPAG I 0,002
160 | FPAHPIYDLS 0,002
[ ....... 117 ...... | RQIGSIDTDP 0,002
156 | PQEAFPAHPI 0,001
70 SVPLLTHPAQ 0,001
109 J MALSRTPTRQ 0,001.....................................................
148 j NPVLRHLFPQ 0,001
36 | LRCSLHSACC 0,001
13 SRAVTPTCAT 0,001
42 | SACCSGDPAS j .....................0,001
118 QIGSIDTDPP I 0,001
147 LNPVLRHLFP I 0,001
139 I FHGPAFSTLN 0,001
TABELA XI-V19-HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
8 I RLLPSLRCSL 79.041
4 I MPCSRLLPSL| 0,545
9 I LLPSLRCSLH I 0,127
1 AGPMPCSRLL 0,028
3 ....................... PMPCSRLLPS ............| .............................0,003
6 ........... CSRLLPSLRC í 0,002
.............................................................10............................................ i LPSLRCSLHS | 0,001
.......................................2 ! GPMPCSRLLP 0,000
7 I SRLLPSLRCS ο,οοο .......~.................|
5 PCSRLLPSLR 0,000
320
TABELA XI-V20-HLA-A0201 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO ! SUBSEQÜÊNCIA SCORE
... 3 CSGDPASSRL I 0,572
8 ASSRLWGAPL I 0,139
3 DPASSRLWGA 0,042
5 GDPASSRLWG 0,001
1 ACCSGDPASS I ..... 0,000 J
2 I CCSGDPASSR 0,000
4 SGDPASSRLW i 0,000
10 I SRLWGAPLQP 0,000
9 I SSRLWGAPLQ 0,000
7 I PASSRLWGAP 0,000
TABELA XI-V21-HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA J
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
7 I LLTDPAQWEP 0,779
8 I LTDPAQWEPV I O,547
10 í DPAQWEPVLV 0,034
3 ASVPLLTDPA 0,016
9 TDPAQWEPVL I 0,012
L............................... 6.................................I PLLTDPAQWE I ................................0,007.....................................
.......... 5............ ! VPLLTDPAQW I 0,003
4 | SVPLLTDPAQ 0,001
2...............................................J QASVPLLTDP 0,000
1 l PQASVPLLTD í 0,000
321
TABELA XI-V21 &22-HLA-A0201 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO 1 SUBSEQÜÊNCIA SCORE
9..... DLAQWEPVLV I 5.216 ............
6 1 LLTDLAQWEP I 0,779
.......................................1 j QASVPLLTDL 0,682.....................................................
7 LTDLAQWEPV 0,547........................... J
8 i TDLAQWEPVL 0,045
2 i ASVPLLTDLA 0,016
............4 VPLLTDLAQW 0,007
.........5 I PLLTDLAQWE 0,007_______________|
3 SVPLLTDLAQ 0,001
TABELA XI-V22-HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição j terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
.... INÍCIO ] SUBSEQÜÊNCIA SCORE
L 9 J HLAQWEPVLV 2365
7................................... ’..........I LTHLAQWEPV 1,368
1 I QASVPLLTHL 0,682
6 í LLTHLAQWEP I 0,190
2 i ASVPLLTHLA I 0,032
8 ..................... I THLAQWEPVL 0,023
4 VPLLTHLAQW 0,007
5| PLLTHLAQWE 0,007
..................................................................3..................................................................1 SVPLLTHLAQ 0,001
10 § LAQWEPVLVP 0,000
322
TABELA XI-V24-HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
3 I SLTMYVCTPV ________69.552 _________
5 I TMYVCTPVPH i 0,172
1 I NASLTMYVCT 0,155
10 TPVPHPDPPM 0,032
7 I YVCTPVPHPD 0,006
2 I ASLTMYVCTP 0,001
4 LTMYVCTPVP 0,001.......................|
8 VCTPVPHPDP ...... 0,000______
9 CTPVPHPDPP I 0,000
6 i MYVCTPVPHP 0,000
___________________________TABELA XI-V25-HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA ____
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ; terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
; INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
3 I RTPTRQISSI 0,333
I 9 ISSIDTDPPA 0,055
| 7 RQISSIDTDP 0,002
I 8 QISSIDTDPP 0,001
10 SSIDTDPPAD 0,000
...... 5 PTRQISSIDT 0,000
4 TPTRQISSID 0,000
1 I LSRTPTRQIS 0,000
..................................... 2 I SRTPTRQISS ....................... 0,000
6 TRQISSIDTD 0,000
323
TABELA X-V25&26-HLA-A0201 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE........... |
7 ISSSDTDPPA____j ........... 0,055 j
1 RTPTRQISSS J 0,002
5 RQISSSDTDP ! 0,002
6 QISSSDTDPP 0,001
8 SSSDTDPPAD i 0,000
3 PTRQISSSDT 0,000
2 TPTRQISSSD 0,000
.......................“.......... ·............. TRQISSSDTD 0,000
TABELA X-V26—HLA-A0201 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é ) especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição j i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO ! SUBSEQÜÊNCIA SCORE
7 IGSSDTDPPA I 0,055 I
5 RQIGSSDTDP i 0,002 I
6 QIGSSDTDPP 0,001
8 GSSDTDPPAD 0,000
1 RTPTRQIGSS i 0,000
.............................9..............................1 SSDTDPPADG I 0,000
3 PTRQIGSSDT | 0,000
..............2| TPTRQIGSSD .........| 0,000...................J
10.....i SDTDPPADGP I 0,000
4 TRQIGSSDTD 0,000
324
TABELA X-V27-HLA-A0201 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE ..................J
1 PSRGQALRRA i 0,000 I
2 SRGQALRRAQ 0,000 I
TABELA XII-V1-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
7 ALLMAGLAL 1,800
74 SQDYYVGKK 1,620
109 LLPALGLLL 1,200 Ϊ
........................... LLALLMAGL 0,900
99 ALQPAAAIL 0,900
14 ALQPGTALL 0,900
43 QLGEQCWTA 0,900
20 ALLCYSCKA 0,900 !
108 ALLPALGLL 0,608
70 CVDDSQDYY 0,400
19 J TALLCYSCK 0,300
115 LLLWGPGQL 0,270
114 GLLLWGPGQ 0,270 I
............57 I GLLTVISKG 0,203 I
56 VGLLTVISK 0,180 !
12 GLALQPGTA 0,180
58 LLTVISKGC 0,150
105 AILALLPAL 0,135
16 QPGTALLCY 0,120 !
112 ALGLLLWGP 0,090
4 VLLALLMAG 0,090|
325
TABELA XII-V1-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ............................SCORE..................|
3 AVLLALLMA 0,090
60 TVISKGCSL 0,090
18 GTALLCYSC 0,090
73.............I DSQDYYVGK 0,090....................j
........83 NITCCDTDL 0,060 |
69 NCVDDSQDY 0,060 |
L 9 LMAGLALQP .....................................0,060.......................... |
...................I LLMAGLALQ 0,045..............................j
36 LQVENCTQL 0,041
78 | YVGKKNITC 0,040
L......52 RIRAVGLLT .................... 0,030
67 SLNCVDDSQ 0,030 I
107 LALLPALGL 0,027
28 AQVSNEDCL 0,027
54 RAVGLLTVI 0,020
35 CLQVENCTQ 0,020
.. 47 ... J .....QCWTARIRA J 0,020....... i
____106______ ILALLPALG 0,020
101 QPAAAILAL 0,018
15 LQPGTALLC 0,018
2 KAVLLALLM 0,018
90 DLCNASGAH 0,018
45 GEQCWTARI 0,016
........... 13| LALQPGTAL 0,013
98 HALQPAAAI __0,013_____|
100 LQPAAAILA 0,012
41 CTQLGEQCW 0,010 I
84 ITCCDTDLC 0,010 í
21 LLCYSCKAQ 0,010
326
TABELA XII-V1-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE .............
22 LCYSCKAQV 0,010
104 AAILALLPA 0,009
42 TQLGEQCWT 0,007
110 LPALGLLLW 0,006
96 GAHALQPAA 0,006
27 KAQVSNEDC 0,006
.......................50........................ TARIRAVGL 0,006
55 AVGLLTVIS 0,004
44 LGEQCWTAR 0,004
46 ........J EQCWTARIR 0,004 ]
30 VSNEDCLQV 0,003 I
62 ISKGCSLNC 0,003 |
86 CCDTDLCNA 0,003
40 NCTQLGEQC 0,002
37 QVENCTQLG 0,002
61 VISKGCSLN 0,002
91 ..........J LCNASGAHA 0,002 j
29 QVSNEDCLQ 0,002 |
49 WTARIRAVG 0,002 I
102 PAAAILALL 0,001
92 CNASGAHAL .....................................0,001.....................................J
__1_______J MKAVLLALL 0,001 í
59 LTVISKGCS 0,001
66 ...........J CSLNCVDDS 0,001 ..............J
6 ... __________________LALLMAGLA___________________ 0,001|
51 ARIRAVGLL 0,001
34 DCLQVENCT 0,001 I
25 SCKAQVSNE 0,001 I
71 VDDSQDYYV 0,001
327
TABELA XII-V1-HLA-A3-9MERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE......................J
53 IRAVGLLTV 0,001 I
65 GCSLNCVDD 0,001
76 DYYVGKKNI 0,000
103 AAAILALLP 0,000 i
85 TCCDTDLCN 0,000
93 NASGAHALQ 0,000
10 MAGLALQPG ο,οοο................................|
L 79 VGKKNITCC 0,000
81 KKNITCCDT 0,000
63 SKGCSLNCV 0,000
89 TDLCNASGA ο,οοο
88 DTDLCNASG 0,000
...........................95........................... SGAHALQPA 0,000 í
77 YYVGKKNIT 0,000
97 AHALQPAAA 0,000... J
94 ASGAHALQP ο,οοο |
[82.......... KNITCCDTD ο,οοο...................I
33 EDCLQVENC 0,000
11 AGLALQPGT 0,000
111 PALGLLLWG 0,000
.............38 VENCTQLGE ο,οοο......... |
328
TABELA XII-V4-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. |
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
6 TTWARRTSR _____________1,000___________________I
173 SWSPAPSR 0,900
170 QVWSWSPA 0,450
53 RLWGAPLQP .........................0,300 ..................................................... J
| 35 SLRCSLHSA 0,300
|| 146 i TLNPVLRHL 0,203
93 SLTMYVCAP 0,180
153 HLFPQEAFP..........| ..................................0,150
145 STLNPVLRH ..................0,135
95 I TMYVCAPVP 0,100 |
158 I EAFPAHPIY 0,090
167 I DLSQVWSW 0,090
44 | CCSGDPASY 0,060
.....150 VLRHLFPQE ......... 0,060 )
.. 89 .. 1 HPNASLTMY 0,060
65 | WPQASVPL 0,060
62 1 TLGWPQAS 0,060
109............. MALSRTPTR ........................0,060 .............................................
83 VLVPEAHPN 0,045 Ϊ
78 AQWEPVLVP 0,041 |
160 I FPAHPIYDL j _______________________________________ 0,041 |
178 APSRGQALR J ...... 0,040 J
29 CSRLPPSLR 0,030
84 | LVPEAHPNA 0,030
72 1 PLLTHPAQW................J ......... 0,030.......... |
45 !i CSGDPASYR 0,030 |
73 LLTHPAQWE 0,030 |
94 LTMYVCAPV 0,022
329
TABELA XII-V4-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ..........................................SCORE
144 j FSTLNPVLR 0,020 I
39 j SLHSACCSG 0,020 |
70 SVPLLTHPA 0,020 |
21 i ATPAGPMPC ______________0,020 _______________________j
110 | ALSRTPTRQ 0,020
.......................136.........| CCCFHGPAF ................................................................................0,020.................. .................|
.........................66......................) VPQASVPLL 0,018 ................... j
76.................| HPAQWEPVL 0,018 ......................~.............j
11 RTSRAVTPT ................................................................0,015
64 GWPQASVP 0,013 ~ j
........ 130...........J ................. GPSNPLCCC 0,013 j
58 PLQPTLGVV 0,013 |
2 I THRTTTWAR 0,012
........61...................... PTLGVVPQA 0,010
164 PIYDLSQVW 0,010
16 i VTPTCATPA 0,010
........ 108 ........J PMALSRTPT .............................................0,010............................................J
X I MTHRTTTWA 0,010 I
....................91 NASLTMYVC 0,009 |
155 ‘ FPQEAFPAH 0,009 )
.........................57 I APLQPTLGV 0,009 I
97 I YVCAPVPHP 0,009 I
68 QASVPLLTH 0,009 |
31...........J RLPPSLRCS J 0,009 ...................................|
23 I PAGPMPCSR 0,006
179 PSRGQALRR 0,006
134 PLCCCFHGP 0,006 |
............ 32 ..........| LPPSLRCSL .........................................................................0,006............................................................................)
152 | RHLFPQEAF 0,005
330
TABELA XII-V4-HLA-A3-9MERS-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é : especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE................................................ J
120 GSIDTDPPA 0,005.................................j
163 HPIYDLSQV 0,005
74 LTHPAQWEP 0,005
147 LNPVLRHLF| 0,004
113 RTPTRQIGS 0,004
3 hrtttwarr 0,004 |
26 PMPCSRLPP 0,004
101 PVPHPDPPM .......... 0,003 ......................................|
174 WSPAPSRG 0,003 |
118 QIGSIDTDP 0,003
15 AVTPTCATP.......................J ...........0,003 .....................................J
102 VPHPDPPMA ................................................................................0,003 I
46 SGDPASYRL 0,003 |
139 FHGPAFSTL 0,003................................................ |
166 YDLSQVWSV °-°03 I
169 I SQVWSWSP 0,003 |
114 TPTRQIGSI 0,003....... |
157 QEAFPAHPI 0,003..... I
14 RAVTPTCAT 0,002
117 RQIGSIDTD 0,002 I
37 RCSLHSACC 0,002 I
121 SIDTDPPAD ...................... 0,002 ................. J
.........................42.........................) SACCSGDPA 0,002 |
137 I CCFHGPAFS 0,002
...........~51 SYRLWGAPL ____________0,002_________________|
135 LCCCFHGPA 0,002 I
80 | WEPVLVPEA 0,002 |
131 i PSNPLCCCF 0,002............................... I
4 RTTTWARRT 0,002
331
TABELA XII-V4-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE......................................................................|
142 PAFSTLNPV 0,002...............................................
| 92 ASLTMYVCA 0,002 |
| 12 TSRAVTPTC 0,002 |
22 TPAGPMPCS _______0,001... |
104 HPDPPMALS 0,001 I
30 SRLPPSLRC 0,001 |
149 PVLRHLFPQ 0,001 I
127 PADGPSNPL 0,001 ....................... |
81 EPVLVPEAH 0,001
141 GPAFSTLNP 0,001
105 PDPPMALSR .... 0,001.............. |
49 PASYRLWGA ................................................................0,001 |
55 WGAPLQPTL 0,001
24 AGPMPCSRL .. 0,001 . 1
TABELA XII-V19-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _ terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
8 LLPSLRCSL 0,600 ]
5^ I CSRLLPSLR 0,020|
7 RLLPSLRCS 0,013 |
1 GPMPCSRLL 0,004
2 | PMPCSRLLP I 0,004
9 LPSLRCSLH I 0,002
3 MPCSRLLPS 0,001
4 PCSRLLPSL 0,001 |
6 SRLLPSLRC 0,001
332
TABELA XII-V20-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição 1 terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
2 J CSGDPASSR 0,030
1 8 SSRLWGAPL 0,009
1 8 SGDPASSRL 0,001
6 PASSRLWGA 0,001
1 CCSGDPASS 0,001
5 DPASSRLWG 0,000
4 GDPASSRLW 0,000
9 SRLWGAPLQ 0,000 I
7 ASSRLWGAP 0,000
TABELA XII-V21-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é j especificada,o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE I
5 PLLTDPAQW I 0,030 I
6 LLTDPAQWE 0,030 I
3 SVPLLTDPA I 0,020 !
9 DPAQWEPVL i 0,005
7 LTDPAQWEP 0,005
1 QASVPLLTD 0,001
2 ASVPLLTDP I 0,000
..........4 VPLLTDPAQ 0,000 I
8 TDPAQWEPV 0,000 I
333
TABELA XII-V21 &22-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE............................j
8 DLAQWEPVL 0,540....................|
4 PLLTDLAQW 0,045
5 LLTDLAQWE 0,020
2 SVPLLTDLA .............. 0,020
1 ASVPLLTDL 0,010
6 LTDLAQWEP 0,003
3 VPLLTDLAQ 0,001
......7 i TDLAQWEPV 0,000 ]
TABELA XII-V22-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE
8 HLAQWEPVL 1,800 I
4| __________________PLLTHLAQW 0,045 i
5 i LLTHLAQWE 0,020
2 SVPLLTHLA 0,020 I
1 ASVPLLTHL 0,010
..................................6......................, LTHLAQWEP 0,003
9 LAQWEPVLV 0,002
...........3..............I VPLLTHLAQ 0,001
7 THLAQWEPV 0,000
334
TABELA XII-V24-HLA-A3-9MERS-PSCA i
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO.......... | SUBSEQÜÊNCIA SCORE)
2 1 SLTMYVCTP 0,180]
4 1 TMYVCTPVP 0,100 I
............................................................3 | LTMYVCTPV 0,022 |
6 YVCTPVPHP 0,009
............. ..........8 1 CTPVPHPDP 0,002
1 ASLTMYVCT 0,001
7 VCTPVPHPD 0,000
5 J MYVCTPVPH 0,000
TABELA XII-V25-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
3 J TPTRQISSI 0,009
2 í RTPTRQISS 0,004
7 í QISSIDTDP 0,003
9 í SSIDTDPPA 0,002
6 I RQISSIDTD 0,001 i
............................................. 5............................................................j TRQISSIDT 0,000
4 | PTRQISSID 0,000 !
8| ISSIDTDPP ο,οοο .............. |
1 | SRTPTRQIS 0,000
335
TABELA XII-V25&26-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO | SUBSEQÜÊNCIA ......J SCORE
5 j QISSSDTDP ............ 0,002 |
7 | SSSDTDPPA 0,001
4 RQISSSDTD 0,001
1 TPTRQISSS 0,001
2 PTRQISSSD .....................0,000 i
..........6................ ISSSDTDPP 0,000
3 TRQISSSDT 0,000
TABELA XII-V26-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição * I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
I INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
7 | GSSDTDPPA 0,003
...........| QIGSSDTDP ..............................| ..........................0,002|
4 RQIGSSDTD 0,001 |
1 I TPTRQIGSS ο,οοο |
2 I PTRQIGSSD 0,000
..................8| SSDTDPPAD 0,000
3 I TRQIGSSDT 0,000
9 | SDTDPPADG 0,000
6 I IGSSDTDPP| ο,οοο|
336
TABELA XII-V27-HLA-A3-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO .......| SUBSEQÜÊNCIA J ____________________________________ SCORE...................................J
........1| SRGQALRRA 0,000|
...............................2j RGQALRRAQ ..............................................................................0,000 _ j
TABELA XIII-V1-HLA-A3-1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
55 AVGLLTVISK I 12000 1
43 QLGEQCWTAR ! 6.000 1
18 GTALLCYSCK 3.000
108 ALLPALGLLL I 2.700
12 GLALQPGTAL I 2.700
106 ILALLPALGL I 1,800
.......4........... VLLALLMAGL I 1,350 !
114 ___________GLLLWGPGQL I 0,810 1
........57................1 GLLTVISKGC I 0,675
14 j ALQPGTALLC 0,600
109 LLPALGLLLW 0,600
35 CLQVENCTQL 0,600
99 ALQPAAAILA 0,600
15 LQPGTALLCY 0,540 1
21 LLCYSCKAQV 0,200
73 DSQDYYVGKK 0,081 |
90 DLCNASGAHA 0,060
69 NCVDDSQDYY I ...................................0,060 j
8 LLMAGLALQP 0,060
52 RIRAVGLLTV 0,060 |
..........5__ LLALLMAGLA | 0,060|
337
TABELA XIII-V1-HLA-A3-1 OMERS-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA j .................................SCORE.................................|
70 CVDDSQDYYV I ..................0,060 J
100 LQPAAAILAL I 0,054 |
59 LTVISKGCSL j 0,045
___________________) ALLMAGLALQ] _______________0,045___________|
9 LMAGLALQPG 0,045
42 TQLGEQCWTA 0,041
61 VISKGCSLNC I 0,040
..................29| QVSNEDCLQV I 0,040
49 WTARIRAVGL I 0,030 |
78 YVGKKNITCC ......... 0,030..............................J
2..............j ________________KAVLLALLMA...............j 0,027 I
83 NITCCDTDLC 0,020
67 SLNCVDDSQD 0,020
L 72 DDSQDYYVGK 0,018
L 6 LALLMAGLAL 0,018
27 KAQVSNEDCL i 0,018
20 ALLCYSCKAQ I 0,015|
104 AAILALLPAL i .............................................0,013..............................................|
101 QPAAAILALL 0,013 I
58 LLTVISKGCS | 0,012
...............................13...............................| LALQPGTALL ............................................0,009..........................................
19 TALLCYSCKA ..................0,009 j
98 HALQPAAAIL 0,009
.. 3 AVLLALLMAG 0,009
..............68 LNCVDDSQDY | 0,008
112 ALGLLLWGPG ! 0,006
96 GAHALQPAAA 0,006
103 AAAILALLPA 0,006
91 LCNASGAHAL 0,006
338
TABELA XIII-V1-HLA-A3-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE.................................I
...........82 KNITCCDTDL i 0,005
50 TARIRAVGLL 0,005
41 CTQLGEQCWT 0,005 |
107 LALLPALGLL 0,004..........................J
.................37 QVENCTQLGE 0,004
65 GCSLNCVDDS 0,004
.........................45 GEQCWTARIR 0,004
46 EQCWTARIRA 0,004
88 DTDLCNASGA | 0,003 |
105 AILALLPALG I 0,003
60 TVISKGCSLN 0,003
...............................85 TCCDTDLCNA 0,003
62 ISKGCSLNCV 0,002 j
84 ITCCDTDLCN 0,002 I
22 LCYSCKAQVS I 0,002
40 NCTQLGEQCW 0,002 |
..............44 ..............J LGEQCWTARI | 0,002...............|
32 NEDCLQVENC í 0,002 I
75 QDYYVGKKNI 0,002 i
47 QCWTARIRAV 0,002
94 ASGAHALQPA 0,002
36 LQVENCTQLG 0,001
10 MAGLALQPGT 0,001 |
97 AHALQPAAAI | 0,001 |
...... 53 . .......................IRAVGLLTVI| __________0,001_______|
77 YYVGKKNITC I 0,001 |
28 AQVSNEDCLQ 0,001
54 ...............J RAVGLLTVIS 0,001 J
93 NASGAHALQP 0,001
339
TABELA XIII-V1-HLA-A3-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INICIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
HO LPALGLLLWG 0,001
16 QPGTALLCYS 0,001
51 ARIRAVGLLT | 0,000
74......) SQDYYVGKKN | 0,000
1 MKAVLLALLM 0,000
86 CCDTDLCNAS | 0,000
80 GKKNITCCDT 0,000
25 SCKAQVSNED ο,οοο ................ |
24 YSCKAQVSNE | 0,000
30 VSNEDCLQVE | 0,000
66 CSLNCVDDSQ 0,000
111 PALGLLLWGP 0,000
26 CKAQVSNEDC ο,οοο I
...........................95.................. j SGAHALQPAA ............................................0,000............................................1
76 ..... DYYVGKKNIT 0,000
39 ENCTQLGEQC 0,000 I
113 ..... LGLLLWGPGQ 0,000 .........)
89 ...... ________________ TDLCNASGAH_________________| _________ο,οοο______I
11 AGLALQPGTA ο,οοο
34 DCLQVENCTQ 0,000
56| VGLLTVISKG ...............ο,οοο................... |
340
TABELA XIII-V4-HLA-A3-1 OMERS-PSCA
I Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | I especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição j terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA...........................j SCORE................... |
i .......153_______ ____________HLFPQEAFPA____j 4.500
146 TLNPVLRHLF 3.000
..................................53 RLWGAPLQPT 1,688 |
95 TMYVCAPVPH 1,000
31 RLPPSLRCSL 0,900
1 MTHRTTTWAR 0,600
150 VLRHLFPQEA 0,600
83 VLVPEAHPNA 0,450
...............'...................64............................ GVVPQASVPL 0,405
108.............................. PMALSRTPTR 0,400
93..............................j SLTMYVCAPV 0,300
. 62 TLGWPQASV 0,300
5 TTTWARRTSR 0,200
!35................. SLRCSLHSAC | ...............0,200 |
65| WPQASVPLL | 0,180
104 HPDPPMALSR 0,120
44 CCSGDPASYR 0,090
..........................110.............................. ALSRTPTRQI ...............................0,090.........................J
178 APSRGQALRR í 0,080
73 LLTHPAQWEP 0,060
22... J ................ TPAGPMPCSR..........................| 0,060................
130 GPSNPLCCCF| 0,060
6................................ TTWARRTSRA 0,050
172 WSWSPAPSR 0,045
50 ASYRLWGAPL 0,045
169 SQVWSWSPA I 0,041
.................................43.......... ACCSGDPASY 0,040
167 DLSQVWSVVS 0,036.........................................I
341
TABELA XIII-V4-HLA-A3-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I ! especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
15 AVTPTCATPA 0,030 I
102 VPHPDPPMAL 0,027 |
137 CCFHGPAFST 0,022 |
)_________135_______ ________LCCCFHGPAF_____| ..............0,020_____|
.......................39...... SLHSACCSGD 0,020
56 GAPLQPTLGV 0,018 |
.......................134.................. PLCCCFHGPA 0,018 I
[_____________11 ____ RTSRAVTPTC 0,015 j
170 QVWSVVSPAP ............................................0,015.................. |
74 LTHPAQWEPV ' 0,015.......................
113 RTPTRQIGSI 0,013 i
157 QEAFPAHPIY 0,012 I
78 AQWEPVLVPE 0,010 !
145 STLNPVLRHL 0,010
144 FSTLNPVLRH í 0,009
176 SPAPSRGQAL 0,009
85 VPEAHPNASL i 0,009
60 QPTLGWPQA i 0,009
141 GPAFSTLNPV 0,009 !
45 CSGDPASYRL 0,009
100 APVPHPDPPM 0,007
88 AHPNASLTMY 0,006
28 PCSRLPPSLR 0,006 j
L................20 I CATPAGPMPC 0,006
27 MPCSRLPPSL ................| 0,006 J
84 LVPEAHPNAS 0,006
26.......... PMPCSRLPPS 0,006 I
72 PLLTHPAQWE 0,005
21 ATPAGPMPCS 0,005
342
TABELA XIII-V4-HLA-A3-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;© comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO ...............................SUBSEQÜÊNCIA ..................................SCORE..................|
159 AFPAHPIYDL 0,004 I
...........................2 THRTTTWARR 0,004 I
143 AFSTLNPVLR 0,004 I
89 j ______HPNASLTMYV __________________ .............0,004______________j
177 PAPSRGQALR 0,004 |
151 LRHLFPQEAF 0,003
............................142...................... PAFSTLNPVL 0,003..............................
66 VPQASVPLLT I 0,003 ί
173 SWSPAPSRG 0,003
163 HPIYDLSQVW J 0,003 j
71 VPLLTHPAQW | ................0,003
29 CSRLPPSLRC 0,003
..................................97 YVCAPVPHPD I 0,003
.........................121 | SIDTDPPADG 0,003
...........58...............j PLQPTLGVVP I 0,003 I
...........................156 ...................... PQEAFPAHPI 0,003 |
25| GPMPCSRLPP | ....... 0,003______J
138 ...............CFHGPAFSTL| 0,003|
..................67 PQASVPLLTH 0,003
.................................48 DPASYRLWGA 0,003
69....................J ASVPLLTHPA 0,002
[.........117 J RQIGSIDTDP 0,002
91 NASLTMYVCA 0,002
101 ........ PVPHPDPPMA 0,002
32...... LPPSLRCSLH| 0,002 ........
70 SVPLLTHPAQ 0,002
76 HPAQWEPVLV 0,002
118 QIGSIDTDPP 0,002
164 PIYDLSQVWS 0,002
343
TABELA XIII-V4-HLA-A3-1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO ...........................................SUBSEQÜÊNCIA................................ j SCORE
165 _________________IYDLSQVWSV i 0,002
75 THPAQWEPVL 0,002
59............................... LQPTLGWPQ 0,002 |
87 EAHPNASLTM 0,002 J
...........94....... LTMYVCAPVP 0,002 |
92 ASLTMYVCAP 0,001 |
148 NPVLRHLFPQ 0,001
23 PAGPMPCSRL 0,001
57 APLQPTLGW | 0,001 |
16 VTPTCATPAG J 0,001 j
41 HSACCSGDPA I 0,001 I
115 PTRQIGSIDT | 0,001
12 TSRAVTPTCA 0,001 í
.......... 8 ...........WARRTSRAVT 0,001
TABELA XIII-V19-HLA-A3-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição dejnício mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
....................................8 RLLPSLRCSL 1,350
................... LLPSLRCSLH 0,200
3 PMPCSRLLPS 0,012
4 MPCSRLLPSL 0,009 í
.........................5 I PCSRLLPSLR 0,004 i
6| CSRLLPSLRC J 0,003
2................ | GPMPCSRLLP 0,003
10 LPSLRCSLHS í 0,001
1 AGPMPCSRLL..........................| 0,000
7 | SRLLPSLRCS 0,000
344
TABELA XIII-V20-HLA-A3-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada:o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ..................SCORE
2 CCSGDPASSR _______________0,090 _____
I 8 ASSRLWGAPL 0,009
8 CSGDPASSRL 0,003..................................................
I 6 DPASSRLWGA ....................0,003.......................
I 1 ACCSGDPASS 0,000
5 GDPASSRLWG 0,000
9 SSRLWGAPLQ 0,000
10 SRLWGAPLQP 0,000 ..............
4 SGDPASSRLW 0,000
7 PASSRLWGAP 0,000
_________ TABELA XIII-V21&22-HLA-A3-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. J
INÍCIO , SUBSEQÜÊNCIA SCORE|
7 LTDLAQWEPV 0,010 I
3 SVPLLTDLAQ ............................0,004.................... |
4 VPLLTDLAQW 0,003
1 QASVPLLTDL 0,002
9 DLAQWEPVLV 0,001
6 I LLTDLAQWEP .........................0,001........... |
.........8 TDLAQWEPVL ο,οοο
........................2 ASVPLLTDLA 0,000 I
........ 5.............................. PLLTDLAQWE 0,000
345
TABELA XIII-V22-HLA-A3-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA .........SCORE
9 HLAQWEPVLV 0,200
6 LLTHLAQWEP 0,060
7 LTHLAQWEPV 0,010
1 QASVPLLTHL 0,009
4 VPLLTHLAQW 0,005
3 SVPLLTHLAQ 0,004
5 PLLTHLAQWE 0,003 |
I θ THLAQWEPVL 0,003 J
2 ASVPLLTHLA 0,002.................................. I
10 LAQWEPVLVP 0,002
TABELA XIII-V24-HLA-A3-1 OMERS-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posiçãoi de início mais nove.
| INÍCIO | SUBSEQÜÊNCIA| SCORE j
5 TMYVCTPVPH 1,000 I
3 SLTMYVCTPV 0,300...................... |
10 TPVPHPDPPM 0,007
..............................7 | YVCTPVPHPD 0,003
4 LTMYVCTPVP 0,002
2 ASLTMYVCTP 0,001..................................J
... 9 CTPVPHPDPP 0,001
1 i NASLTMYVCT 0,001 )
8 VCTPVPHPDP 0,000 I
6 MYVCTPVPHP 0,000
346
TABELA XIII-V25-HLA-A3-10MERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é ( especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
3 RTPTRQISSI 0,045 I
8 I QISSIDTDPP 0,002 I
7 RQISSIDTDP 0,001 \
9 I ISSIDTDPPA 0,001
L 5 PTRQISSIDT 0,001
4 i TPTRQISSID 0,000
1 i LSRTPTRQIS 0,000
10 i SSIDTDPPAD 0,000 I
........2.............. I SRTPTRQISS 0,000
.................... θ............................I TRQISSIDTD 0,000
TABELA XIII-V25&26-HLA-A3-10MERS-PSCA J
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.__
[INÍCIO| SUBSEQÜÊNCIA . SCORE
1 RTPTRQISSS 0,003
6 QISSSDTDPP 0,002......................................... J
7 ISSSDTDPPA 0,001
5 RQISSSDTDP 0,001 I
3 PTRQISSSDT 0,001 |
................................2................. TPTRQISSSD ..................................... 0,000 ..................................J
...............8 SSSDTDPPAD 0,000
4 TRQISSSDTD 0,000 |
347
TABELA XIII-V26-HLA-A3-10MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO | SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
θ I QIGSSDTDPP 0,002
5 RQIGSSDTDP 0,001
1 RTPTRQIGSS .....0,001......................................................................
3 PTRQIGSSDT 0,001
8 GSSDTDPPAD 0,000
2 TPTRQIGSSD 0,000
7 ...........| IGSSDTDPPA 0,000.................................... i
9 SSDTDPPADG ο,οοο |
10 I SDTDPPADGP 0,000
4 ' TRQIGSSDTD 0,000
TABELA XIII-V27-HLA-A3-10MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
[INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA J .... SCORE
1 PSRGQALRRA I 0,000
[..................................2.................. SRGQALRRAQ I 0,000
TABELA XIV-V1-HLA-A1101-9MERS-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
74 SQDYYVGKK 0,600 I
19 TALLCYSCK 0,300
56 VGLLTVISK .........J 0,060
3 AVLLALLMA 0,06° |
60 J TVISKGCSL 0,030
348
TABELA XIV-V1-HLA-A1101-9MERS-PSCA
ι Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO.............................I SUBSEQÜÊNCIA ..........................SCORE ................................... j
70 CVDDSQDYY 0,020 ........................
....................................2..................... KAVLLALLM 0,018 I
12 GLALQPGTA 0,012
7| ALLMAGLAL......... , 0,012
100 LQPAAAILA 0,012
41 CTQLGEQCW 0,010
36 LQVENCTQL 0,009
28................... AQVSNEDCL 0,009
54 i RAVGLLTVI 0,009
47 QCWTARIRA 0,008
43 QLGEQCWTA 0,008
109 LLPALGLLL .....................................................................0,008 |
108...................................... ALLPALGLL 0,006
73 DSQDYYVGK 0,006
115 LLLWGPGQL 0,006
107 LALLPALGL 0,006
104................| AAILALLPA ................................. 0,006.................................
20 ALLCYSCKA 0,006 ...........
96 GAHALQPAA 0,006 |
18 GTALLCYSC 0,006
105 AILALLPAL 0,006
5 _______________LLALLMAGL______j 0,004
44 LGEQCWTAR 0,004
83| NITCCDTDL .................................. 0,004
L 22 I LCYSCKAQV 0,004
110 LPALGLLLW 0,004.
99 ALQPAAAIL 0,004
101 QPAAAILAL 0,004 i
78 YVGKKNITC 0,004 l
349
TABELA XIV-V1-HLA-A1101-9MERS-PSCA
! Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ..............................................................SCORE .........................................|
14 ALQPGTALL 0,004 i
.......................................16 ............| QPGTALLCY 0,004
46 EQCWTARIR 0,004 |
13 J LALQPGTAL ............. 0,003................. |
6 LALLMAGLA ............................................... 0,003 |
.........................................69 NCVDDSQDY 0,003 |
98 1 HALQPAAAI ................................ 0,003 ......................................................j
L........52................. RIRAVGLLT 0,002
29 QVSNEDCLQ 0,002
91 LCNASGAHA 0,002 |
50 TARIRAVGL 0,002
55 AVGLLTVIS 0,002
37 QVENCTQLG 0,002
86 CCDTDLCNA 0,002 i
57 GLLTVISKG 0,002
114 GLLLWGPGQ 0,002
45 GEQCWTARI 0,0°2 I
59 LTVISKGCS 0,002 I
4 VLLALLMAG 0,001
15 LQPGTALLC 0,001
90 DLCNASGAH 0,001
76 DYYVGKKNI 0,001
84 ITCCDTDLC 0,001
49........................I WTARIRAVG 0,001 I
42 TQLGEQCWT j _____________0,001... J
.....................................112 ALGLLLWGP 0,001 |
9 LMAGLALQP 0,001 |
8 LLMAGLALQ 0,001.........................................................................|
77 YYVGKKNIT 0,001 |
350
TABELA XIV-V1-HLA-A1101-9MERS-PSCA
ι Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é i especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
65 GCSLNCVDD 0,001
27 KAQVSNEDC 0,001
30 VSNEDCLQV ο,οοο |
35 CLQVENCTQ.............| ο,οοο I
71 VDDSQDYYV 0,000
61 VISKGCSLN 0,000
106 ILALLPALG 0,000.............................................................
85 TCCDTDLCN ο,οοο
92 CNASGAHAL 0,000
53 IRAVGLLTV 0,000
23 ...........! CYSCKAQVS 0,000
67 SLNCVDDSQ 0,000
......................................103..................................... AAAILALLP 0,000
~......................89...............................| TDLCNASGA 0,000
88 DTDLCNASG 0,000
51 ARIRAVGLL 0,000 I
58.................J LLTVISKGC 0,000 ...............................J
40 ..........| NCTQLGEQC 0,000
........................................63................ SKGCSLNCV 0,000
93 NASGAHALQ 0,000
10 MAGLALQPG 0,000
21 LLCYSCKAQ 0,000
25 SCKAQVSNE ο,οοο |
L......... 95 J SGAHALQPA 0,000 I
L i MKAVLLALL.........| 0,000..................... )
..............97 AHALQPAAA ο,οοο |
102 PAAAILALL ο,οοο I
82 KNITCCDTD 0,000.......................... J
38 VENCTQLGE ο,οοο I
351
TABELA XIV-V1-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição t terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
34 J DCLQVENCT 0,000
80..... GKKNITCCD 0,000
64 KGCSLNCVD 0,000
111.........J PALGLLLWG 0,000 J
...................................81 ......... KKNITCCDT 0,000
.........................................32 NEDCLQVEN 0,000
68 LNCVDDSQD 0,000 ................................................................
.........................................94.........................................| ASGAHALQP 0,000
TABELA XIV-V4-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadaio comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCOREj
i 173 SVVSPAPSR 0,600
6 I TTWARRTSR 0,400 |
109 | MALSRTPTR 0,060
.................178 | APSRGQALR 0,040
170 QVWSWSPA 0,040.........................
..................................145 I STLNPVLRH ...........................................0,030
..........................................84.................. * LVPEAHPNA 0,020................................................
L...........94 LTMYVCAPV 0,020
65 WPQASVPL 0,020
.........................................70 SVPLLTHPA 0,020 |
...............16 J VTPTCATPA 0,010 I
..........~1 J MTHRTTTWA ........... 0,010........... i
64 | GWPQASVP 0,009 I
2 | THRTTTWAR ..................................................................0,008.......................
154 LFPQEAFPA 0,006
......................................113 | RTPTRQIGS 0,0°6 |
352
TABELA XIV-V4-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. j
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE I
[..........57| APLQPTLGV 0,006
................................96...................................| MYVCAPVPH 0,006
53 RLWGAPLQP 0,005
3 HRTTTWARR 0,004 J
68 ! QASVPLLTH 0,004
160 FPAHPIYDL ...................................................................0,004........................................................|
.........................................51.......................................| SYRLWGAPL 0,004
29 CSRLPPSLRJ 0,004
23 I PAGPMPCSR 0,004
45 CSGDPASYR 0,004 I
............... 144 FSTLNPVLR 0,004
35 SLRCSLHSA 0,004
11 RTSRAVTPT 0,003 j
163 HPIYDLSQV 0,003..................... j
117 RQIGSIDTD 0,003
78 ! AQWEPVLVP 0,002
114 TPTRQIGSI 0,002.. |
15 AVTPTCATP 0,002|
19 TCATPAGPM 0,002
32 í LPPSLRCSL 0,002
97 YVCAPVPHP .................................... 0,002............................................j
66 VPQASVPLL 0,002 I
42 SACCSGDPA 0,002 |
.................74....... LTHPAQWEP| 0,002
l43 AFSTLNPVL 0,002
102 VPHPDPPMA 0,002
89 I HPNASLTMY 0,002 |
176 SPAPSRGQA 0,002 |
101 PVPHPDPPM 0,002 |
353
TABELA XIV-V4-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
76 HPAQWEPVL ........0,002 ....................|
135 LCCCFHGPA 0,002
44 CCSGDPASY 0,002
21 ATPAGPMPC 0,002
136 CCCFHGPAF 0,002
155 FPQEAFPAH 0,002
......................................174 ...... WSPAPSRG .....................0,002..................................................................|
61 PTLGWPQA 0,002 í
181 RGQALRRAR 0,001
141 GPAFSTLNP 0,001
158 EAFPAHPIY 0,001 !
167 DLSQVWSVV 0,001 !
120 GSIDTDPPA 0,001
.......................152........... RHLFPQEAF 0,001
133 NPLCCCFHG 0,001
169 I SQVWSWSP 0,001
14 RAVTPTCAT .........0,001............................|
149 PVLRHLFPQ í ____0,001_____________|
81 EPVLVPEAH 0,001 |
105 PDPPMALSR 0,001 |
179 PSRGQALRR 0,001.................................... |
......... 164 PIYDLSQVW 0,°01 I
95 | TMYVCAPVP 0,001 |
153 HLFPQEAFP ..........................................0,001 ................................J
56 GAPLQPTLG ....................0,001|
83 VLVPEAHPN 0,001
59 | LQPTLGWP 0,001
166 YDLSQVWSV 0,001........................ J
72 PLLTHPAQW 0,001
354
TABELA XIV-V4-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. i
INÍCIO J SUBSEQÜÊNCIA SCORE...................................................
130| GPSNPLCCC 0,001 í
........................................37 | RCSLHSACC 0,001 |
148 | NPVLRHLFP 0,001 |
138 j CFHGPAFST | _______________0,001_____ |
80 WEPVLVPEA 0,001 I
157 I QEAFPAHPI 0,001 |
91 .......................i NASLTMYVC ........................................... 0,000 ................................................... j
121 SIDTDPPAD 0,000
......................................150 VLRHLFPQE 0,000
147 LNPVLRHLF 0,000
137 CCFHGPAFS ο,οοο I
39 SLHSACCSG 0,000
118 | QIGSIDTDP 0,000
.........................................46..........................................( SGDPASYRL 0,000
132 I SNPLCCCFH 0,000 I
110 ALSRTPTRQ 0,000
93 SLTMYVCAP I , 0,000 , J
159 AFPAHPIYD ο,οοο I
.................................58 | PLQPTLGW 0,000 l
62 I TLGWPQAS ο,οοο |
146 TLNPVLRHL 0,000 I
73 LLTHPAQWE 0,000 I
88 AHPNASLTM ο,οοο |
165 IYDLSQVWS 0,000
49 í PASYRLWGA 0,000
142 Ί PAFSTLNPV ................................................................ο,οοο |
355
TABELA XIV-V19-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.______ |
INÍCIO] SUBSEQÜÊNCIA i SCORE
5 | CSRLLPSLR 0,004
8 LLPSLRCSL 0,004
9 LPSLRCSLH 0,002
1 GPMPCSRLL 0,001
3 MPCSRLLPS 0,000
4 PCSRLLPSL | 0,000
7 RLLPSLRCS ............................. ο,οοο..................... |
2 PMPCSRLLP I ο,οοο I
6 SRLLPSLRC 0,000
TABELA XIV-V20-HLA-A1101-9MERS-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
2 CSGDPASSR 0,0°4
6 PASSRLWGA 0,000
8 SSRLWGAPL 0,000
L.............i. CCSGDPASS 0,000
.....................................3 SGDPASSRL 0,000
5 DPASSRLWG 0,000
L 4............................i GDPASSRLW 0,000
........... 9 ~ SRLWGAPLQ | ο,οοο
7 ASSRLWGAP 0,000 i
356
TABELA XIV-V21-HLA-A1101 -OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ' SCORE
... 3 SVPLLTDPA | 0,020
7 I LTDPAQWEP ! ....................................................................0,002 |
5 PLLTDPAQW 0,001 |
9 DPAQWEPVL 0,001
6 LLTDPAQWE ο,οοο............ |
1 QASVPLLTD 0,000
4 VPLLTDPAQ 0,000
L 8 ! TDPAQWEPV I 0,000
2 ASVPLLTDP 0,000 I
TABELA XIV-V21 &22-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO .. SUBSEQÜÊNCIA SCORE
................2 SVPLLTDLA ) 0,020 I
......................................... 6............... LTDLAQWEP 0,002 I
{.............................8 | DLAQWEPVL 0,001
3 VPLLTDLAQ 0,001
4 PLLTDLAQW 0,001
5 LLTDLAQWE 0,000
_______7 _ J TDLAQWEPV 0,000
1 ASVPLLTDL 0,000
357
ABELA XIV-V22-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
2 SVPLLTHLA 0,020
8 HLAQWEPVL 0,004
9 LAQWEPVLV 0,002 í
6 LTHLAQWEP 0,002
3 VPLLTHLAQ 0,001
4 PLLTHLAQW 0,001
5 LLTHLAQWE 0,000
7 THLAQWEPV 0,000
1 ASVPLLTHL 0,000
TABELA XIV-V24-HLA-A1101-9MERS-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição j
terminal de cada peptídeo é a posição c le início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
3................. LTMYVCTPV 0,020
~.................5 MYVCTPVPH 0,006
6 YVCTPVPHP _____0,002_______|
.................................................8 CTPVPHPDP 0,001 I
4 TMYVCTPVP 0,001 i
2 SLTMYVCTP .......0,000|
7 VCTPVPHPD 0,000
1 ASLTMYVCT 0,000
358
TABELA XIV-V25-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
|INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE |
2 RTPTRQISS 0,006
6 RQISSIDTD | 0,003 I
3 TPTRQISSI 0,002 |
7 QISSIDTDP I 0,000
9 SSIDTDPPA 0,000
4 PTRQISSID 0,000
............................ J5 TRQISSIDT ! 0,000
8 ISSIDTDPP 0,000
1 SRTPTRQIS 0,000
____________________TABELA XIV-V25&26-HLA-A1101-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
[ INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
4 RQISSSDTD 0,003
5 QISSSDTDP I 0 000
7 SSSDTDPPA 0,000
1 TPTRQISSS 0,000 I
2 PTRQISSSD 0,000
3 TRQISSSDT I 0,000
.......... 6 ISSSDTDPP J 0,000
359
TABELA XIV-V26-HLA-A1101-9MERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é ; especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE |
Q 4 RQIGSSDTD | 0,003
7 GSSDTDPPA 0,001
5 QIGSSDTDP 0,000
.......................................................1 I TPTRQIGSS I 0,000 |
2 PTRQIGSSD I 0,000 ί
.......................................................6 IGSSDTDPP 0,000
8 J SSDTDPPAD 0,000 !
3 TRQIGSSDT 0,000 I
9 SDTDPPADG 0,000
TABELA XIV-V27-HLA-A1101-9MERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO J SUBSEQÜÊNCIA SCORE............................................ )
£| SRGQALRRA 0,000 |
2 ) RGQALRRAQ 0,000
_____________________TABELA XV-V1-HLA-A1101 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE j
55 AVGLLTVISK 4.000
18 GTALLCYSCK 3.000
43 QLGEQCWTAR 0,080
29 QVSNEDCLQV ...................................................................0,040 |
70 CVDDSQDYYV 0,040 |
52 RIRAVGLLTV 0,024
360
TABELA XV-V1-HLA-A1101-1 OMERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ! terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE i
114 GLLLWGPGQL 0,018 !
...........................................2 KAVLLALLMA 0,018
42 TQLGEQCWTA 0,018 ]
L 59........... LTVISKGCSL 0,015 |
12 GLALQPGTAL I 0,012
...................................................100 LQPAAAILAL 0,012 I
108 ALLPALGLLL 0,012
15 LQPGTALLCY 0,012
| 49 WTARIRAVGL 0,010 |
106 ILALLPALGL 0,008
l| 99 ALQPAAAILA I 0,008
109 LLPALGLLLW 0,008 !
......................................................27 KAQVSNEDCL 0,006 I
.........................................73...................................... DSQDYYVGKK 0,006
3 AVLLALLMAG 0,006
6 LALLMAGLAL 0,006 i
4 VLLALLMAGL 0,006
96 GAHALQPAAA 0,006......
72......| DDSQDYYVGK I 0,006
21 i LLCYSCKAQV i 0,004 )
103 AAAILALLPA 0,004
37 QVENCTQLGE 0,004
35 CLQVENCTQL 0,004
5 j LLALLMAGLA 0,004
46...................I EQCWTARIRA | ____ 0,004 |
45 GEQCWTARIR 0,004 )
.....................................................19 TALLCYSCKA i 0,003 |
107 LALLPALGLL 0,003
69 NCVDDSQDYY I 0,003
361
TABELA XV-V1-HLA-A1101 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
60 TVISKGCSLN 0,003 I
.................................................104............................ AAILALLPAL 0,003 |
13 LALQPGTALL 0,003
|98 . HALQPAAAIL 0,003|
88 DTDLCNASGA 0,003 I
84 ITCCDTDLCN ! 0,002 |
..........................91 LCNASGAHAL I 0,002
85| TCCDTDLCNA 0,002
50 TARIRAVGLL 0,002
78 YVGKKNITCC 0,002 J
101 QPAAAILALL 0,0°2
40 NCTQLGEQCW I 0,002
......................................................82 KNITCCDTDL 0,002
8 LLMAGLALQP 0,002
77 YYVGKKNITC 0,001
90 DLCNASGAHA 0,001
41 J CTQLGEQCWT 0,001
28 AQVSNEDCLQ o,ooi...........................................|
54 RAVGLLTVIS 0,001
36 LQVENCTQLG I 0,001 ]
57 GLLTVISKGC 0,001 |
14 ALQPGTALLC 0,001 I
61 VISKGCSLNC 0,001
[65..... GCSLNCVDDS 0,001 |
105 AILALLPALG| _______________0,001 ......
7 ALLMAGLALQ 0,001 |
83 NITCCDTDLC 0,000 )
47 QCWTARIRAV 0,000
68 LNCVDDSQDY 0,000 |
362
TABELA XV-V1-HLA-A1101 -1 OMERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é i especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1........ MKAVLLALLM 0,000
110 LPALGLLLWG 0,000
9 LMAGLALQPG 0,000
22 LCYSCKAQVS 0,000
.................................................23 CYSCKAQVSN 0,000 i
67 SLNCVDDSQD 0,000
112 ALGLLLWGPG 0,000
58 LLTVISKGCS 0,000
93 NASGAHALQP § 0,000
20 ALLCYSCKAQ 0,000
74 SQDYYVGKKN 0,000 I
í.......................................................11........................................................ AGLALQPGTA 0,000
89 TDLCNASGAH 0,000
....................................76................ DYYVGKKNIT 0,000
16 QPGTALLCYS l 0,000
10 MAGLALQPGT 0,000
....................... 86 CCDTDLCNAS 0,000
75| QDYYVGKKNI 0,000
94 ASGAHALQPA | 0,000
53 IRAVGLLTVI 0,000
95 SGAHALQPAA 0,000
62 ISKGCSLNCV . 0,000
97 AHALQPAAAI 0,000
.................. 44 LGEQCWTARI 0,000
25 SCKAQVSNED | 0,000
.........................................34 DCLQVENCTQ 0,000 I
51 ARIRAVGLLT I ο,οοο |
111 PALGLLLWGP 0,000
81 KKNITCCDTD ο,οοο |
363
TABELA XV-V1-HLA-A1101-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
64 KGCSLNCVDD 0,000
80 GKKNITCCDT 0,000
32 NEDCLQVENC 0,000
38 VENCTQLGEQ 0,000
....................................................92 CNASGAHALQ 0,000
....................................................102 ......... PAAAILALLP 0,000
31 SNEDCLQVEN 0,000
TABELA XV-V4-HLA-A1101 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. J
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
.....................................................1 ) MTHRTTTWAR 0,400 |
......................5| TTTWARRTSR 0,200 i
64 GVVPQASVPL 0,090
178 APSRGQALRR 0,080
I 104 I HPDPPMALSR ! 0,080 )
143 AFSTLNPVLR 0,040
44 CCSGDPASYR | 0,040 |
.................................................22 TPAGPMPCSR 0,040
113 RTPTRQIGSI 0,030 I
.............................................153 HLFPQEAFPA 0,024 |
................................................15................................................. AVTPTCATPA 0,020 |
...............................6| TTWARRTSRA 0,020
......... 65 ........J WPQASVPLL I _______0,020 |
31 RLPPSLRCSL I 0,012
56 GAPLQPTLGV ί 0,012
74 LTHPAQWEPV 0,010 I
169 SQVWSWSPA 0,009 i ............................................................................1...........................................................................................i
364
TABELA XV-V4-HLA-A1101-1OMERS-PSCA|
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo e de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
95 TMYVCAPVPH 0,008
108 PMALSRTPTR 0,008
165 IYDLSQVWSV í 0,008
172 WSWSPAPSR | 0,006 I
83 | VLVPEAHPNA 0,006
130 GPSNPLCCCF 0,006
................... 141..................... | GPAFSTLNPV 0,006
62 TLGWPQASV 0,004
146 TLNPVLRHLF 0,004
170 QVWSWSPAP i 0,004
.... 102 VPHPDPPMAL 0,004
177 PAPSRGQALR 0,004
...............................................150 VLRHLFPQEA 0,004
........................................28.............................................| PCSRLPPSLR 0,004
89 HPNASLTMYV 0,004
93 SLTMYVCAPV 0,004
159 J AFPAHPIYDL ......... 0,004 .....................
2| THRTTTWARR| ...........................................................0,004 ....................................................
..............................................163 HPIYDLSQVW 0,003
100 APVPHPDPPM 0,003
173 SWSPAPSRG 0,003
57 APLQPTLGW 0,003
11 RTSRAVTPTC 0,003
................................71 | VPLLTHPAQW 0,003 . J
____117__________j RQIGSIDTDP| ............................................0,003 I
...............................................25.................................... GPMPCSRLPP 0,002
..............................................53 RLWGAPLQPT I 0,002
70 SVPLLTHPAQ 0,002 |
43 ACCSGDPASY 0,002 S
365
TABELA XV-V4-HLA-A1101 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO | SUBSEQÜÊNCIA SCORE
91 NASLTMYVCA 0,002
.........................................94 LTMYVCAPVP ! 0,002
97 YVCAPVPHPD 0,002
84 ..............J LVPEAHPNAS| ________0,002
................................................76 HPAQWEPVLV í 0,002
32............. LPPSLRCSLH 0,002
60 QPTLGWPQA 0,002
85 VPEAHPNASL 0,002 |
27 MPCSRLPPSL ) 0,002 I
101 PVPHPDPPMA I 0,002 I
154 LFPQEAFPAH| 0,002
176 SPAPSRGQAL 0,002 ϊ
138 CFHGPAFSTL 0,002
135 LCCCFHGPAF 0,002
145 STLNPVLRHL 0,002
137 CCFHGPAFST 0,001 |
................ 67 ......................J PQASVPLLTH 0,001 J
......78...... AQWEPVLVPE _________0,001
................................................87 EAHPNASLTM 0,001
48 DPASYRLWGA 0,001
21 ATPAGPMPCS 0,001
16 VTPTCATPAG 0,001
18 PTCATPAGPM 0,001
............... 148.....................J NPVLRHLFPQ ................................................... 0,001
........ 14 RAVTPTCATP| 0,001
73 LLTHPAQWEP | 0,001
96 MYVCAPVPHP 0,001 |
59 LQPTLGWPQ 0,001
37 RCSLHSACCS 0,001
366
TABELA XV-V4-HLA-A1101 -1OMERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é ( especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
............... 156 j PQEAFPAHPI 0,001
...............80................. WEPVLVPEAH 0,001
157 QEAFPAHPIY 0,001
|180 I SRGQALRRAR 0,000
121 SIDTDPPADG I 0,000 i
..............................................134 PLCCCFHGPA 0,000
66 VPQASVPLLT 0,000
144 FSTLNPVLRH I 0,000
20 CATPAGPMPC 0,000
118 QIGSIDTDPP 0,000 i
142 PAFSTLNPVL 0,000
35 SLRCSLHSAC i 0,000
51................................................ SYRLWGAPLQ 0,000
50 ASYRLWGAPL 0,000
39 J SLHSACCSGD 0,000
110 ALSRTPTRQI 0,000
45...... I CSGDPASYRL | 0,000............... J
69| ASVPLLTHPA ο,οοο|
4 RTTTWARRTS I 0,000 I
123 DTDPPADGPS ο,οοο |
166 YDLSQVWSW 0,000
82 PVLVPEAHPN ο,οοο i
............................................133 NPLCCCFHGP I 0,000 I
149 I PVLRHLFPQE _________________ο,οοο |
________ 109____I MALSRTPTRQ | 0,000
367
TABELA XV-V19-HLA-A1101 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE___________________________
8 RLLPSLRCSL 0,018 J
9 LLPSLRCSLH 0,004............................................................1
5 PCSRLLPSLR 0,004
2 GPMPCSRLLP I 0,002
4 MPCSRLLPSL I 0,002 ...............J
10 LPSLRCSLHS 0,000
.................3................. PMPCSRLLPS I 0,000 ...............j
6 CSRLLPSLRC I .. 0,000
1 AGPMPCSRLL 0,000
...............................................7 SRLLPSLRCS 0,000
TABELA XV-V20-HLA-A1101 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é j especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo éa posição de início mais nove.____|
________INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE
.................2...... CCSGDPASSR i 0,040
6 DPASSRLWGA i 0,001
8 ASSRLWGAPL 0,000
....................1 ACCSGDPASS I 0,000
3 CSGDPASSRL I 0,000
............................... 5....................... ~ GDPASSRLWG | ο,οοο .......................... |
10 . J SRLWGAPLQP | 0,000 J
4 SGDPASSRLW 0,000
.......................7............... PASSRLWGAP 0,000
9 SSRLWGAPLQ ο,οοο |
368
TABELA XV-V21-HLA-A1101-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de inicio é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
L.................INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | ............. SCORE
L i LTDPAQWEPV| 0,010
.................... 5 1 VPLLTDPAQW 0,003
4 SVPLLTDPAQ 0,0°2
.............................7.......................... ' LLTDPAQWEP 0,001
10 DPAQWEPVLV 0,001
3 I ASVPLLTDPA 0,000
9 TDPAQWEPVL ......................... 0,000 ...... J
2 QASVPLLTDP I 0,000
1 PQASVPLLTD 0,000
.........................................................6....................................... PLLTDPAQWE ..........................................................0,000.........
TABELA XV-V21 &22-HLA-A1101-1 OMERS-PSCA |
i Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
I INÍCIO| SUBSEQÜÊNCIA| SCORE
7 ; LTDLAQWEPV 0,010
3 ! SVPLLTDLAQ 0,004 |
4 VPLLTDLAQW 0,003
1 QASVPLLTDL 0,002 I
θ DLAQWEPVLV 0,001 i
6 LLTDLAQWEP 0,001
L....... θ I TDLAQWEPVL| 0,000 I
2 ASVPLLTDLA 0,000
..............................................5............................................. PLLTDLAQWE 0.000
369
TABELA XV-V22-HLA-A1101-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO..................... | SUBSEQÜÊNCIA | SCORE.............. J
.......... 7..............| LTHLAQWEPV 0,010 |
9 I HLAQWEPVLV 0,004 I
3 I SVPLLTHLAQ 0,004 |
4 VPLLTHLAQW 0,003
1 QASVPLLTHL 0,002
6 I LLTHLAQWEP 0,001
10 I LAQWEPVLVP 0,000................................................. I
8 § THLAQWEPVL 0,000
2 ASVDLLTHLA 0,000
.....................................................5.....................................................| PLLTHLAQWE 0,000
TABELA XV-V24-HLA-A1101-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é j especificada;© comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | ___ terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
L INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE
5 I TMYVCTPVPH 0,008
................................................3.................................. SLTMYVCTPV 0,004 i
10 TPVPHPDPPM 0,003 ...........................
4 LTMYVCTPVP 0,002
.........................................................7....................... YVCTPVPHPD 0,002 |
9 J CTPVPHPDPP 0,001 I
6 MYVCTPVPHP | 0,001 ..... I
8.................................. í VCTPVPHPDP í 0,000
1 NASLTMYVCT ο,οοο |
.....2 I ASLTMYVCTP 0,000
370
TABELA XV-V25-HLA-A1101-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO............................ SUBSEQÜÊNCIA SCORE
.......3.......... J RTPTRQISSI 0,030
7 RQISSIDTDP 0,003
................................................................8 | QISSIDTDPP 0,000
............................. 9...................... ' ISSIDTDPPA 0,000
5 PTRQISSIDT 0,000
................................................. 4 | TPTRQISSID 0,000
2 I SRTPTRQISS 0,000
10| SSIDTDPPAD I 0,000 I
...............................................................6............................... TRQISSIDTD 0,000 j
1 LSRTPTRQIS 0,000
[ TABELA XV-V25&26-HLA-A1101-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 í RTPTRQISSS 0,003
5 I RQISSSDTDP 0,003
............ 6 ......... QISSSDTDPP 0,000.......................|
7 f ISSSDTDPPA 0,000
2 TPTRQISSSD 0,000
...................................... 3........................... PTRQISSSDT ...............................................0,000..........................................J
.........4 TRQISSSDTD 0,000
................................................................8 i SSSDTDPPAD 0,000
371
TABELA XV-V26-HLA-A1101 -1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 RTPTRQISSS 0,003
5 RQISSSDTDP 0,003 I
8 QISSSDTDPP 0,000
I 7 í ISSSDTDPPA 0,000
2 I TPTRQISSSD 0,000 I
3 PTRQISSSDT 0,000
4 TRQISSSDTD 0,000
I 8 SSSDTDPPAD 0,000
TABELA XV-V27-HLA-A1101 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; c especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 a terminal de cada peptídeo é a posição de :ada posição de início é [ minoácidos; e a posição | nício mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
.......................2....................... SRGQALRRAQ ..................ο,οοο|
1 PSRGQALRRA 0,000 ;
TABELA XVI-V1-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
76 DYYVGKKNI 50,000
77 i YYVGKKNIT 9.000
36 | LQVENCTQL 7.200
108 ALLPALGLL 7.200
99 J ALQPAAAIL 7.200
109 | LLPALGLLL 7.200
14 | ALQPGTALL .............................7.200
372
TABELA XVI-V1-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
105 AILALLPAL j 7.200
60 I TVISKGCSL I 6000
23 s CYSCKAQVS 6.000
7 ALLMAGLAL j 6.000 J
115 I LLLWGPGQL 6.000
28 AQVSNEDCL 6.000
13 LALQPGTAL 6.000
L...........................107.................................. 1 LALLPALGL 6.000
5 1 LLALLMAGL 4.800
101 QPAAAILAL I 4.000
... 83 NITCCDTDL 4.000
50 | TARIRAVGL 4000 i
.............................................................92 I CNASGAHAL 4.000
54 I RAVGLLTVI I 3.600
......2 I KAVLLALLM 1,800
98 | HALQPAAAI 1,500
51| ARIRAVGLL 0,600
..............102_____________| PAAAILALL 0,560
1 MKAVLLALL I 0,480
27 I KAQVSNEDC 0,300
52 ! RIRAVGLLT I 0,280...................................................
34 I DCLQVENCT 0,252
69 | NCVDDSQDY 0,216
....................... 41...............................| _________CTQLGEQCW ; ..............0,180 .....................
30 i VSNEDCLQV .......0,180
11 | AGLALQPGT 0,180
20 I ALLCYSCKA 0,165
45 GEQCWTARI 0,150.................................................
6 ! LALLMAGLA 0,150
373
TABELA XVI-V1-HLA-A24-9MERS-PSCA
| Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ................................ SCORE
42...... i TQLGEQCWT 0,150....................|
3 AVLLALLMA I 0,150
59 | LTVISKGCS 0,150
|__________100_______| LQPAAAILA 0,150
15 LQPGTALLC ί 0,150
66 | CSLNCVDDS | 0,150
104 I AAILALLPA 0,150
91 LCNASGAHA 0,150
58 LLTVISKGC 0,140
| , 55 AVGLLTVIS 0,120
85 TCCDTDLCN 0,120
43 I QLGEQCWTA 0,120
18 GTALLCYSC 0,120
................................... 40 . j NCTQLGEQC 0,120
96 i GAHALQPAA 0,120
70 | CVDDSQDYY 0,120
95... | SGAHALQPA 0,120
22 LCYSCKAQV | 0,100
61 | VISKGCSLN 0,100
47 I QCWTARIRA 0,100
16 QPGTALLCY 0,100
78 YVGKKNITC I ................0,100.........................
84 ITCCDTDLC 0,100
......................................86.................... i CCDTDLCNA ________0,100
24| YSCKAQVSN j 0,100
48 | CWTARIRAV | 0,100
110 I LPALGLLLW 0,100
62 ISKGCSLNC 0,100
79 | VGKKNITCC | 0,100
374
TABELA XVI-V1-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I .........................................SCORE...............................
12 i GLALQPGTA 0,100
82 I KNITCCDTD 0,030
81 | KKNITCCDT 0,030
________________________ 64______________| KGCSLNCVD ...........0,024 I
57 GLLTVISKG 0,023
31 | SNEDCLQVE 0,022
67 I SLNCVDDSQ 0,021
113 I LGLLLWGPG í 0,018.....................
37 § QVENCTQLG 0,018
4 ! VLLALLMAG 0,018
73 DSQDYYVGK 0,018
.....................................................87 . | CDTDLCNAS 0,017
75 | QDYYVGKKN 0,015
44 LGEQCWTAR 0,015
19 I TALLCYSCK 0,015
114 | GLLLWGPGQ I 0,015
89 í TDLCNASGA 0,015
8 I LLMAGLALQ ........| 0,015...................
56........................................................| VGLLTVISK I 0,015
.............................................................35 I CLQVENCTQ 0,015
...........................49............................ | WTARIRAVG I 0,014...............................................
32 NEDCLQVEN I 0,013
103 | AAAILALLP 0,012
112 | ALGLLLWGP] 0,012
..........63 j SKGCSLNCV| 0,012
9 LMAGLALQP 0,012
10 I MAGLALQPG 0,012
........................17....................................................1 PGTALLCYS 0,012
106 I ILALLPALG 0,012
375
TABELA XVI-V1-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
|....................................início | SUBSEQÜÊNCIA SCORE
74 SQDYYVGKK 0,011
39 ENCTQLGEQ 0,011
29 | QVSNEDCLQ 0,010
21 | LLCYSCKAQ | 0,010
97 AHALQPAAA I 0,010
25 SCKAQVSNE 0,010
TABELA XVI-V4-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE J
51 SYRLWGAPL 200,000
143 AFSTLNPVL 24.000
............... 146 TLNPVLRHL 10,080
32 LPPSLRCSL 7.200
65 WPQASVPL 6.000
66 ....... J VPQASVPLL 6.000
24 AGPMPCSRL 6.000
55 | WGAPLQPTL ! 5.760
165 | IYDLSQVWS 5.000
46 SGDPASYRL 4.800
160 FPAHPIYDL 4.000
76 i HPAQWEPVL 4.000
..........................................147 j LNPVLRHLF 3.600
136 ! CCCFHGPAF | 2.000
114 | TPTRQIGSI i 1,000
.........................................................111 i LSRTPTRQI 1,000
154 LFPQEAFPA i 0,750
..............................................................96..... | MYVCAPVPH 0,750
376
TABELA XVI-V4-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição ; terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
177 PAPSRGQAL....... 0,720
............................................................152....................... RHLFPQEAF 0,600
139 FHGPAFSTL 0,576
138 CFHGPAFST 0,500
19 TCATPAGPM 0,500
28 PCSRLPPSL 0,480
127 PADGPSNPL 0,480
131 I PSNPLCCCF 0,432
31 i RLPPSLRCS 0,360
.......... 113 I RTPTRQIGS i 0,300
14 RAVTPTCAT I 0,300
94 LTMYVCAPV 0,210
11 RTSRAVTPT 0,200
............................... 4................ I RTTTWARRT I ............0,200
37 I RCSLHSACC I 0,200
84 I LVPEAHPNA 0,180
83 VLVPEAHPN { 0,180
85 VPEAHPNAS | 0,180
..............................................................70......................... SVPLLTHPA 0,180
......................................................120 i GSIDTDPPA 0,180
62 TLGWPQAS I 0,168
57 APLQPTLGV I 0,150
21 ATPAGPMPC | 0,150
168 LSQVWSWS | 0,150
L 63 LGWPQASV | 0,150
172 ! WSWSPAPS i 0,150
...........................................................163 | HPIYDLSQV I 0,150
129 DGPSNPLCC I 0,150
140 | HGPAFSTLN ; 0,150
377
TABELA XVI-V4-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO i SUBSEQÜÊNCIA í SCORE
106 I DPPMALSRT 0,150
89................ I HPNASLTMY 0,150
125 | DPPADGPSN .....................................................0,150
38 | CSLHSACCS 0,150... |
16 VTPTCATPA 0,150
.............................................................92 j ASLTMYVCA 0,150
.......................................................170 .............................................| QVWSWSPA 0,140
167 DLSQVWSW 0,140
12 I TSRAVTPTC 0,140
87 | EAHPNASLT | 0,120
104 HPDPPMALS 0,120
..................................................158 j EAFPAHPIY 0,120
176 | SPAPSRGQA I 0,120
102 VPHPDPPMA I ......................0,120....................................... |
.......54..... I LWGAPLQPT 0,120
35 I SLRCSLHSA 0,100
27 | ......... MPCSRLPPS| 0,100
7 I TWARRTSRA| 0,100
42 | SACCSGDPA | OJOO
91 i NASLTMYVC 0,100
22 I TPAGPMPCS 0,100
8 WARRTSRAV ...................0,100________
43 ACCSGDPAS 0,100
5................................I TTTWARRTS 0,100
1 | MTHRTTTWA 0,100
130 ! GPSNPLCCC 0,100
44 I CCSGDPASY ....................................................0,100
135 LCCCFHGPA 0,100
137 CCFHGPAFS 0,100
378
TABELA XVI-V4-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
157 ! QEAFPAHPI 0,100
88 AHPNASLTM 0,075
159 AFPAHPIYD í 0,075
101 J PVPHPDPPM i 0,075 J
103 PHPDPPMAL 0,072
86 PEAHPNASL 0,040
......................................................181...................... | RGQALRRAR I 0,036
117 RQIGSIDTD 0,030
79 I QWEPVLVPE 0,025
....................69........................ ASVPLLTHP 0,022 |
155 ...........J FPQEAFPAH 0,022 .......... I
61 PTLGWPQA 0,021
81............................................ EPVLVPEAH 0,021
53 J RLWGAPLQP 0,020
....................... 80 ....... i WEPVLVPEA l 0,020
124 I TDPPADGPS 0,018
..............58 | PLQPTLGVV 0,018
30............| SRLPPSLRC I 0,018
............................................................25 I GPMPCSRLP 0,018
59 ! LQPTLGWP I 0,018
64 i GWPQASVP I 0,018
100 i APVPHPDPP I 0,018
164 | PIYDLSQVW 0,017
98 .....................i VCAPVPHPD I 0,017
379
TABELA XVI-V19-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
.................................................................1 | GPMPCSRLL 7.200
8 I LLPSLRCSL 7.200
4 | PCSRLLPSL 0,480
7 I RLLPSLRCS I 0,360
3 MPCSRLLPS 0,100
6 i SRLLPSLRC I 0,015
5 CSRLLPSLR I .............0,012.................................j
9 LPSLRCSLH 0,010
2 PMPCSRLLP 0,002
TABELA XVI-V20-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA I SCORE
L 3 SGDPASSRL I 4.800
8 I SSRLWGAPL 4.000
1 CCSGDPASS 0,100
4 GDPASSRLW I 0,015
7 I ASSRLWGAP I 0,012
2 | CSGDPASSR 0,012
6 I PASSRLWGA j 0,010............................ J
5 DPASSRLWG ! 0,010.....................|
9 | SRLWGAPLQ S 0,002
380
TABELA XVI-V21-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
9 ! DPAQWEPVL 4.000
3 SVPLLTDPA I 0,180
2 i ASVPLLTDP I 0,022
................................... 8........................ TDPAQWEPV 0,015
5 PLLTDPAQW I 0,015
4 I VPLLTDPAQ 0,015
6 I LLTDPAQWE 0,014
7 I LTDPAQWEP 0,013 l|
1 QASVPLLTD 0,010 l|
TABELA XVI-V21 &22-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 i ASVPLLTDL 8.640
8 DLAQWEPVL 4.000
|------------------------ 2 SVPLLTDLA 0,180 I
5 LLTDLAQWE 0,017 I
....................................... 7 I TDLAQWEPV 0,015
3 i VPLLTDLAQ 0,015
£........ í PLLTDLAQW ................... 0,015
6 I LTDLAQWEP 0,011
381
TABELA XVI-V22-HLA-A24-9MERS-PSCA___________
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
L..................... INÍCIO J SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 ASVPLLTHL 8.640
8 1 HLAQWEPVL 4.000
2 SVPLLTHLA 0,180
.......................... 9........ | LAQWEPVLV 0,150
... 3 VPLLTHLAQ 0,015 I
4 | PLLTHLAQW 0,015 )
........ 7 ' THLAQWEPV ...............0,015........................... j
·5...................... 1 LLTHLAQWE 0,014 [
6 LTHLAQWEP 0,011
TABELA XVI-V24-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição 1 terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
5 MYVCTPVPH 0,750
.........................................................3 LTMYVCTPV 0,210 I
1 ASLTMYVCT 0,150 í
7 VCTPVPHPD 0,017
...............................................................8 í CTPVPHPDP 0,015 |
4 TMYVCTPVP 0,010 I
....................................2 SLTMYVCTP 0,010
6 YVCTPVPHP 0,010
382
TABELA XVI-V25-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
3| TPTRQISSI 1,000 |
................................................................2 | RTPTRQISS 0,300 |
9| SSIDTDPPA 0,180 |
6 RQISSIDTD 0,030
...................5| TRQISSIDT °’015 ,J
1 I SRTPTRQIS 0,014
..............................j ~ I QISSIDTDP 0,014 I
8 ! ISSIDTDPP 0,010
4 | PTRQISSID 0,001 i
TABELA XVI-V25&26-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE
7 .. SSSDTDPPA 0,120
1 TPTRQISSS 0,100
4 RQISSSDTD 0,030
3 TRQISSSDT 0,015
6 ISSSDTDPP 0,010
5 i QISSSDTDP 0,010
2 | PTRQISSSD 0,001
383
TABELA XVI-V26-HLA-A24-9MERS-PSCA i
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é j especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
7 J GSSDTDPPA 0,120.......... J
.........................................................1........................ TPTRQIGSS 0,100
.................................................................4< RQIGSSDTD 0,030
3 TRQIGSSDT 0,015
| .............. 8 SSDTDPPAD 1 0,010 J
6 IGSSDTDPP 0,010
................................. 5 1 QIGSSDTDP i 0,010
2 . PTRQIGSSD 0,001 J
..................................................................9 SDTDPPADG 0,001
TABELA XVI-V27-HLA-A24-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA J ........................ SCORE..........
2 RGQALRRAQ ....................... 0,036
1 SRGQALRRA 0,010
______________TABELA XVII-V1-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
___________INÍCIO ______SUBSEQÜÊNCIA SCORE|
82 KNITCCDTDL 12.000 |
27 KAQVSNEDCL 12.000
.......................................................108 ALLPALGLLL 8.640
77 YYVGKKNITC ....................... 7.500
......................4 VLLALLMAGL 7.200
104 AAILALLPAL 7.200
384
TABELA XVII-V1-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO | SUBSEQÜÊNCIA SCORE
98 | HALQPAAAIL 6.000
76 | DYYVGKKNIT | 6.000
6 LALLMAGLAL 6.000 í
[ 91 LCNASGAHAL 6.000|
35 CLQVENCTQL 6.000
100 i LQPAAAILAL 6.000
59 LTVISKGCSL 6.000 I
13 LALQPGTALL I 6.000 |
114 GLLLWGPGQL 6.000 I
107 LALLPALGLL 6.000 I
101 QPAAAILALL 5.600
23 CYSCKAQVSN 5.000
106 ILALLPALGL 4.000
50 TARIRAVGLL 4.000 |
49 WTARIRAVGL 4.000 j
12 GLALQPGTAL 4.000
44 LGEQCWTARI 1,500
54 RAVGLLTVIS I 0,360 |
2 KAVLLALLMA 0,300
31 SNEDCLQVEN 0,238
57 ' ~ GLLTVISKGC 0,210
52 RIRAVGLLTV 0,200
99 ALQPAAAILA 0,180 |
69 NCVDDSQDYY 0,180
__14 ALQPGTALLC 0,180 |
19 TALLCYSCKA I 0,165 i
74 l| SQDYYVGKKN 0,154 |
109 LLPALGLLLW I 0,150
60_____________l TVISKGCSLN I 0,150 !
385
TABELA XVII-V1-HLA-A24-1 OMERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
15 LQPGTALLCY 0,150
..............................................................42.............. TQLGEQCWTA 0,150 i
41 CTQLGEQCWT 0,150
11 _________AGLALQPGTA 0,150
86 CCDTDLCNAS 0,144 !
85 TCCDTDLCNA 0,120
........................................... 62 ISKGCSLNCV I 0,120
70 CVDDSQDYYV 0,120 i
39 ENCTQLGEQC 0,120
68 LNCVDDSQDY 0,120
40 NCTQLGEQCW 0,120
53 IRAVGLLTVI I 0,120
.....................................................94 ASGAHALQPA 0,120 I
95 SGAHALQPAA 0,120
1.....22 LCYSCKAQVS I 0,120 I
16 QPGTALLCYS 0,120
10 | ______________MAGLALQPGT 0,120 I
47 | QCWTARIRAV 0,100
61 VISKGCSLNC I 0,100
97 AHALQPAAAI 0,100
88 DTDLCNASGA 0,100 i
78 J YVGKKNITCC 0,100
5 LLALLMAGLA 0,100
................................ 75 QDYYVGKKNI 0,100
[84 _________ ITCCDTDLCN 0,100
......................................................83 NITCCDTDLC 0,100 |
90 DLCNASGAHA I 0,100
58 LLTVISKGCS I 0,100
65 GCSLNCVDDS 0,100
386
TABELA XVII-V1-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
103 AAAILALLPA 0,100 I
21 LLCYSCKAQV 0,100 s
46 EQCWTARIRA 0,100
|___________96___________ GAHALQPAAA 0,100
29 QVSNEDCLQV 0,100 I
1 MKAVLLALLM 0,060
56 VGLLTVISKG 0,023
36 LQVENCTQLG 0,022
.............................................................30 | VSNEDCLQVE í 0,022
.............. 51 J ARIRAVGLLT ..................... 0,021
66 CSLNCVDDSQ í 0,021
.............................................................64 KGCSLNCVDD 0,020
.............................................................73 DSQDYYVGKK 0,020
25 SCKAQVSNED 0,018
8 LLMAGLALQP 0,018 í
3 AVLLALLMAG 0,018
________________ 105 AILALLPALG 0,018
33 EDCLQVENCT I 0,017
............................................................20.............................. ALLCYSCKAQ 0,015
............................................................28 AQVSNEDCLQ í 0,015
67....................... J SLNCVDDSQD 0,015
113 LGLLLWGPGQ 0,015
34 DCLQVENCTQ 0,015
L 37 QVENCTQLGE...... | 0,015
Q 7| ALLMAGLALQ| 0,015
.............................................................48 CWTARIRAVG 0,014 |
79................................... VGKKNITCCD í 0,014
112 ALGLLLWGPG 0,012
17 PGTALLCYSC 0,012
387
TABELA XVII-V1-HLA-A24-1 OMERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
.................................................INÍCIO........... SUBSEQÜÊNCIA SCORE !
43 QLGEQCWTAR 0,012
........................................................................9.................... LMAGLALQPG 0,012
110 LPALGLLLWG ........................................0,012
32 .... NEDCLQVENC 0,010
.............................................................93 NASGAHALQP 0,010 |
92 CNASGAHALQ 0,010 |
80 GKKNITCCDT 0,010
TABELA XVII-V4-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
I Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. I
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ! SCORE
159 AFPAHPIYDL 30,000 '
138 CFHGPAFSTL 24.000 i
.................................31..................... RLPPSLRCSL 17.280
145 STLNPVLRHL 8.400
64, ____________GWPQASVPL | ______________________7.200 |
85 ...............| VPEAHPNASL 6.000 |
65 WPQASVPLL 6.000 I
...........................................................176 SPAPSRGQAL 5.760
165 IYDLSQVWSV .......................... 5.000
102 VPHPDPPMAL 4.800 |
27 MPCSRLPPSL i 4.800 |
45....... J CSGDPASYRL I 4.800 J
Q 54 LWGAPLQPTL 4.800 |
146 TLNPVLRHLF i 4.320 |
50 ASYRLWGAPL 4.000 I
113 RTPTRQIGSI 3.000........................j
130 GPSNPLCCCF 2.400
388
TABELA XVII-V4-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
135 LCCCFHGPAF I 2.000
.................................................110.................... ALSRTPTRQI 1,000
100 APVPHPDPPM 0,900
96 MYVCAPVPHP | 0,750
............................................................75....................... THPAQWEPVL 0,600
87 EAHPNASLTM I 0,600
.............................................. 126.................................................... PPADGPSNPL I 0,576
51 SYRLWGAPLQ 0,500 J
...........................................................142................. PAFSTLNPVL 0,480
23 PAGPMPCSRL 0,480 i
11 RTSRAVTPTC . 0,280 I
53 RLWGAPLQPT 0,240
79 QWEPVLVPEA 0,238
84 LVPEAHPNAS 0,216
69 ASVPLLTHPA 0,216
163 HPIYDLSQVW 0,216
.................... 66 j VPQASVPLLT 0,210
Q 169 _______SQVWSWSPA 0,210 |
4 RTTTWARRTS 0,200
37....................................................... RCSLHSACCS 0,200
151 LRHLFPQEAF 0,200 I
83 VLVPEAHPNA 0,180 I
89 HPNASLTMYV 0,180
....................... 71 VPLLTHPAQW 0,150 |
Q 56 j GAPLQPTLGV 0,150.....................................................1
..........................................................156 PQEAFPAHPI 0,150
57............................................................. APLQPTLGW ...................................0,150........................ I
129 DGPSNPLCCC I 0,150
21 ATPAGPMPCS 0,150
389
TABELA XVII-V4-HLA-A24-1 OMERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
175 VSPAPSRGQA 0,150
................................. 60 QPTLGWPQA 0,140
93 SLTMYVCAPV 0,140
160 FPAHPIYDLS 0,140
150 VLRHLFPQEA 0,132
..............................................................46................................................. SGDPASYRLW 0,120 |
i| 123 DTDPPADGPS 0,120
35 SLRCSLHSAC 0,120
15 AVTPTCATPA 0,120
20 CATPAGPMPC 0,120
141 GPAFSTLNPV 0,120 |
74 LTHPAQWEPV 0,120
i| 153 HLFPQEAFPA 0,120
|.................................... 8............................................................| WARRTSRAVT .................................0,100 .....................................i
136 CCCFHGPAFS 0,100
42 SACCSGDPAS I 0,100
171 I VWSWSPAPS 0,100 j
76 HPAQWEPVLV 0,100 J
θ TTWARRTSRA 0,100 |
167 DLSQVWSWS ..........................................0,100 |
29 CSRLPPSLRC 0,100 |
4£| HSACCSGDPA i 0,100
48 DPASYRLWGA 0,100 |
................................119............. IGSIDTDPPA 0,100..............................|
43...........J ACCSGDPASY 0,100
62 TLGWPQASV 0,100
137 CCFHGPAFST 0,100 j
12 TSRAVTPTCA 0,100
91 NASLTMYVCA I 0,100
390
TABELAXVII-V4-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE I
|............. ...... 7 TWARRTSRAV 0,100
154 LFPQEAFPAH 0,090
18 PTCATPAGPM 0,050
|.... 143 AFSTLNPVLR I 0,050................j
....................................................117 RQIGSIDTDP 0,042
.............................................................14 RAVTPTCATP 0,030
61 PTLGWPQAS 0,025
166 YDLSQVWSW ........0,021..................... J
...............................................................10 RRTSRAVTPT 0,020
................................124 I TDPPADGPSN 0,018
30 SRLPPSLRCS 0,018
....................................................... 25 GPMPCSRLPP 0,018
155 FPQEAFPAHP 0,018 i
106 ......................DPPMALSRTP | 0,018 I
133 NPLCCCFHGP 0,018 I
120 GSIDTDPPAD 0,018 |
____________78......................... AQWEPVLVPE ..................... 0,017
101 PVPHPDPPMA I °’015 J
..................................................... 24 AGPMPCSRLP 0,015
94 LTMYVCAPVP I 0,015
......99........................................... CAPVPHPDPP I 0,015
140 HGPAFSTLNP I 0,015
34 PSLRCSLHSA I 0,015
L.................................107 j PPMALSRTPT j ...........................................0,015 |
...... 147 LNPVLRHLFP 0,°15 I
391
TABELA XVII-V19-HLA-A24-1 OMERS-PSCA l
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
8 RLLPSLRCSL 17.280
1 AGPMPCSRLL 6.000
.................................................................4 MPCSRLLPSL 4.800
6 CSRLLPSLRC 0,100 .................................|
10 LPSLRCSLHS í 0,100
2 GPMPCSRLLP 0,018 I
7 ........... SRLLPSLRCS 0,015 Í
3 PMPCSRLLPS 0,015
.................................................... 9 LLPSLRCSLH I 0,015
....................................... 5................................... PCSRLLPSLR I 0,001 í
TABELA XVII-V20-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
3 CSGDPASSRL 4.800
8 ASSRLWGAPL 4.000
4 SGDPASSRLW I 0,120
................................................................6 DPASSRLWGA 0,100 I
1 . ACCSGDPASS 0,100
_____________________________9 ......................... SSRLWGAPLQ 0,010
[2............. CCSGDPASSR 0,010 ;
10 SRLWGAPLQP 0,002
5 GDPASSRLWG 0,002
7 PASSRLWGAP 0,001 I
392
TABELA XVII-V21-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE
9............... TDPAQWEPVL 0,600|
3 ASVPLLTDPA 0,216 I
5 VPLLTDPAQW 0,150 |
8 LTDPAQWEPV 0,120 |
10 DPAQWEPVLV 0,100 I
4 SVPLLTDPAQ 0,015 í
) LLTDPAQWEP 0,013
2 QASVPLLTDP 0,012
.............................................. 6........ PLLTDPAQWE I 0,002
............................ 1 PQASVPLLTD I 0,001
________TABELA XVII-V21 &22-HLA-A24-1 OMERS-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA.............. SCORE...............
1.......... I QASVPLLTDL í 4.800
8 TDLAQWEPVL i 0,600
2...................... ASVPLLTDLA | 0,216
4 VPLLTDLAQW I 0,150 j
7 LTDLAQWEPV I 0,100
......................9........................................................ DLAQWEPVLV I 0,100
3 SVPLLTDLAQ 0,015
6 I LLTDLAQWEP 0,013
................... 5 | PLLTDLAQWE ........................0,002 j
393
TABELA XVII-V22-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA| SCORE ....................I
1 QASVPLLTHL| 4.800
I 8 THLAQWEPVL I 0,600
2 ASVPLLTHLA 0,216 |
I 4 VPLLTHLAQW 0,150
7 LTHLAQWEPV ............... 0,100................... |
9 HLAQWEPVLV 0,100
10 LAQWEPVLVP ........................................ 0,015..............
3 SVPLLTHLAQ 0,015
6 LLTHLAQWEP 0,011
..............................................................5.................................................................. PLLTHLAQWE ....................................................0,002.............
TABELA XVII-V24-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | [_ ___ terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. ___j
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
.............................................................10..................... TPVPHPDPPM 0,900 |
...........................................................6...................... MYVCTPVPHP 0,750 |
3 SLTMYVCTPV 0,140...........................
1 NASLTMYVCT 0,100
9 CTPVPHPDPP 0,015
......................... 4| LTMYVCTPVP 0,015.....................
2 ASLTMYVCTP_________j ........ 0,015
7 YVCTPVPHPD 0,014
8 VCTPVPHPDP 0,012
5 TMYVCTPVPH 0,010
394
TABELA XVII-V25-HLA-A24-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição s terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
.....3.......... RTPTRQISSI 3000
1 LSRTPTRQIS 0,120
9 ISSIDTDPPA 0,100
7 RQISSIDTDP I 0,042
10 SSIDTDPPAD 0,018
4 TPTRQISSID 0,014
2 ..................... ! SRTPTRQISS 0,012 !
8 QISSIDTDPP 0,010
5 PTRQISSIDT 0,010
6 TRQISSIDTD 0,002
TABELA XVII-V26-HLA-A24-1 OMERS-PSCA j
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | termina[de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
_________INÍCIO________________ SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 RTPTRQISSS 0,300 I
7 ISSSDTDPPA I 0,100 í
5 RQISSSDTDP 0,030 I
2 TPTRQISSSD I 0,014
8 SSSDTDPPAD 0,012 |
6 QISSSDTDPP I 0,010 |
___________3________ PTRQISSSDT 0,010 |
4 TRQISSSDTD 0,002 ]
395
TABELA XVII-V27-HLA-A24-1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA I SCORE |
1 ...... PSRGQALRRA I 0,010 l
í 2 SRGQALRRAQ 0,001
TABELA XVIII-V1-HLA-B7-9MERS-PSCA I
I Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é [ especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. |
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
50 TARIRAVGL 120,000_________|
..........................................................101 QPAAAILAL 80,000
60 TVISKGCSL 20,000
13 LALQPGTAL 18.000
107 LALLPALGL 18.000
28 AQVSNEDCL 12.000
105 .......................... AILALLPAL _________________12.000 |
108 ALLPALGLL 12.000
.............................................................99 .............. ALQPAAAIL I 12.000 |
................................ 7................... ALLMAGLAL I 12.000 |
14 ALQPGTALL I 12.000 |
92 CNASGAHAL I 4.000 1
36 LQVENCTQL I 4.000 |
83 ...................J NITCCDTDL I 4.000 !
109........... J LLPALGLLL ...............4.000 ....................1
................................................................5 LLALLMAGL I 4.000 |
115 LLLWGPGQL 4.000
2 KAVLLALLM 3.000 j
98 HALQPAAAI 1,800 I
3 AVLLALLMA 1,500 I
102 PAAAILALL 1,200
396
TABELA XVIII-V1-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
54 RAVGLLTVI 1,200 I
..............................................51............................ ARIRAVGLL 1,200
52 RIRAVGLLT 1,000 I
104 J AAILALLPA 0,900
...........................................................78 YVGKKNITC 0,500 I
16 QPGTALLCY 0,400
..............................................no................................................ LPALGLLLW 0,400
1 MKAVLLALL 0,400
........................................................55 AVGLLTVIS 0,300 i
....................... 96 GAHALQPAA 0,300
11 AGLALQPGT 0,300 1
20 ALLCYSCKA 0,300 |
6 LALLMAGLA 0,300
27 KAQVSNEDC ......................... 0,300....................................
......................................22 LCYSCKAQV 0,200 1
30 VSNEDCLQV 0,200 |
47 QCWTARIRA 0,150...... I
_________________ 34________________| DCLQVENCT 0,100 |
..............................................................18 GTALLCYSC ! 0,100
...............................................................15................. LQPGTALLC 0,100
62 ISKGCSLNC 0,100
95 SGAHALQPA 0,100
.........................................................79 VGKKNITCC I 0,100
40 NCTQLGEQC 0,100 |
43 QLGEQCWTA 0,100
..............................................100 LQPAAAILA 0,100 !
84 ITCCDTDLC 0,100
91 LCNASGAHA 0,100
42 TQLGEQCWT 0,100
397
TABELA XVIII-V1-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
12 GLALQPGTA 0,100 I
58 LLTVISKGC 0,100 I
103 AAAILALLP 0,090 I
29 QVSNEDCLQ 0,050 !
45 GEQCWTARI 0,040
76 DYYVGKKNI 0,040 I
94 ASGAHALQP 0,030 I
112 ALGLLLWGP 0,030 l
97 AHALQPAAA 0,030
70 CVDDSQDYY 0,030
8 LLMAGLALQ I 0,030
10 MAGLALQPG 0,030 í
93 NASGAHALQ 0,030
19 TALLCYSCK 0,030
86 CCDTDLCNA I 0,030 I
69 NCVDDSQDY 0,020
63 SKGCSLNCV 0,020
41 CTQLGEQCW j 0,020
59 LTVISKGCS I 0,020
85 TCCDTDLCN 0,020 i
61 VISKGCSLN 0,020
66 CSLNCVDDS I 0,020
53 IRAVGLLTV 0,020
48 CWTARIRAV 0,020 I
24 YSCKAQVSN i 0,020 |
37 QVENCTQLG I 0,015 i
49 WTARIRAVG 0,015
33 EDCLQVENC 0,010
46 EQCWTARIR 0,010
398
TABELA XVIII-V1-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. j
INÍCIO................................................. SUBSEQÜÊNCIA SCORE
64 KGCSLNCVD 0,010
65 GCSLNCVDD I 0,010 I
113 LGLLLWGPG 0,010 I
57 GLLTVISKG | 0,010
35 CLQVENCTQ I 0,010 !
..............................................................21................................................ LLCYSCKAQ 0,010
67 SLNCVDDSQ 0,010
90 DLCNASGAH 0,010
81 KKNITCCDT 0,010 I
39 ENCTQLGEQ 0,010
114 GLLLWGPGQ 0,010 {
.........................................................73 DSQDYYVGK 0,010
9 LMAGLALQP 0,010
25 SCKAQVSNE 0,010
68 LNCVDDSQD I 0,010 í
106 ILALLPALG 0,010
........................... 89 TDLCNASGA 0,010 |
77 J YYVGKKNIT I 0,010
............................................4 VLLALLMAG 0,010
............................................................56 VGLLTVISK 0,010
..............82..... KNITCCDTD I 0,010 I
399
TABELA XVIII-V4-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
......... 32............ LPPSLRCSL 120,000
160 FPAHPIYDL 120,000
66 VPQASVPLL 80,000
..................................... 76................................................ HPAQWEPVL 80,000
65 WPQASVPL 20,000
.........................................................57 APLQPTLGV 18.000
24 AGPMPCSRL 18.000
114 TPTRQIGSI 8.000
.................. 111 LSRTPTRQI 6.000 i
8 WARRTSRAV 6.000 |
........................................................163......................................................j HPIYDLSQV 4.000
146 TLNPVLRHL 4.000
51 SYRLWGAPL 4.000 I
55........................................ WGAPLQPTL | 4.000 |
130... J GPSNPLCCC j _________3.000................ |
176 SPAPSRGQA 3.000 I
...........................................................102........................................................... VPHPDPPMA 2.000 |
106 DPPMALSRT 2.000
19 TCATPAGPM 1,500
177 PAPSRGQAL I 1,200
................................. 46 J SGDPASYRL 1,200
.......143 ....... J AFSTLNPVL ........ ........1,200
12 TSRAVTPTC 1,000 )
35 SLRCSLHSA 1 >°°° ]
101 PVPHPDPPM 0,750 J
25 GPMPCSRLP 0,600
............................................................22................................... TPAGPMPCS 0,600 |
...................94 ................... J LTMYVCAPV 0,600...................................|
400
TABELAXVIII-V4-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
178 APSRGQALR 0,600
100 APVPHPDPP 0,600
127 PADGPSNPL 0,540
84 LVPEAHPNA 0,500
........................170 QVWSWSPA 0,500 !
..............................................................70 SVPLLTHPA 0,500
9 ARRTSRAVT 0,450
14 RAVTPTCAT 0,450
.............................................................28................ PCSRLPPSL 0,400
89 HPNASLTMY 0,400
.......... 125 DPPADGPSN 0,4°0
27 MPCSRLPPS 0,400
139 FHGPAFSTL 0,400
88......................................... AHPNASLTM 0,300
42 SACCSGDPA 0,300
48 DPASYRLWG 0,300
......................21....... ATPAGPMPC 0,300 I
63 J LGWPQASV I 0,300 !
.......................................................92 ASLTMYVCA I 0,300
87 EAHPNASLT 0,300 I
91 NASLTMYVC 0,300 I
148 NPVLRHLFP I 0,200 I
167 DLSQVWSW I 0,200 |
...................... 81..........J EPVLVPEAH 0,200
6° QPTLGWPQ 0,200
133 NPLCCCFHG 0,200
.........................................................155 FPQEAFPAH 0,200
17 TPTCATPAG § 0,200
71 VPLLTHPAQ I 0,200
401
TABELA XVIII-V4-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i | especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
........141 GPAFSTLNP 0,200
104 HPDPPMALS 0,180
29 CSRLPPSLR 0,150
I 15□ AVTPTCATP 0,150 I
85 VPEAHPNAS 0,120
11 RTSRAVTPT 0,100
L...............................................129................................ DGPSNPLCC ....................0,100................................|
16 VTPTCATPA 0,100
...................................................120 GSIDTDPPA 0,100
4 RTTTWARRT 0,100
150 VLRHLFPQE 0,100 I
37 RCSLHSACC 0,100
135 LCCCFHGPA 0,100
.......................................1..................................................J MTHRTTTWA I 0,100
173 SWSPAPSR 0,075
97 YVCAPVPHP 0,075
.....................................43......... | ACCSGDPAS 0,060
158 EAFPAHPIY 0,060
86 PEAHPNASL 0,060
107 PPMALSRTP 0,060
103 PHPDPPMAL 0,060
77 PAQWEPVLV .......... 0,060
142 PAFSTLNPV 0,060
157........................ QEAFPAHPI 0,060
174 WSPAPSRG | 0,050
..........................................................64.................................. GWPQASVP 0,050
99 CAPVPHPDP 0,045
78 AQWEPVLVP 0,045
68 QASVPLLTH I 0,045
402
TABELA XVIII-V4-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA .................................SCORE
50 ASYRLWGAP 0,030 ...........................j
128 ADGPSNPLC 0,030
56 GAPLQPTLG 0,030
109 MALSRTPTR 0,030 j
.............................................................49 PASYRLWGA 0,030
..............................................................69 ASVPLLTHP 0,030 |
5 .........................J TTTWARRTS 0,030 I
20 CATPAGPMP ! 0,030 I
110 ALSRTPTRQ 0,030 I
147 LNPVLRHLF 0,030
137 CCFHGPAFS 0,020 I
58 PLQPTLGW 0,020 ]
126 PPADGPSNP 0,020
................. 31 RLPPSLRCS I 0,020
TABELA XVIII-V19-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição L terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
..................................................................1 GPMPCSRLL 240,000
8 LLPSLRCSL 6.000
3 MPCSRLLPS 0,400
4 PCSRLLPSL 0,400
...............................................9 | LPSLRCSLH 0,200
....... 5 .............CSRLLPSLR ......J 0,100
7 RLLPSLRCS 0,020
6 SRLLPSLRC 0,015
2 PMPCSRLLP 0,002
403
TABELA XVIII-V20-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
.........INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
8 SSRLWGAPL 40,000
3 SGDPASSRL 1,200
..................................................................5 1 DPASSRLWG 0,300
..................................................6............................ PASSRLWGA 0,030
7 ASSRLWGAP ________0,030 |
1 CCSGDPASS 0,020
2 CSGDPASSR 0,015
4 GDPASSRLW 0,002
9 SRLWGAPLQ 0,001
TABELA XVIII-V21-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
L. 9 . i DPAQWEPVL 80,000
3 SVPLLTDPA 0,500
4 VPLLTDPAQ 0,200
1 QASVPLLTD 0,045
.....2 ASVPLLTDP 0,030
8 TDPAQWEPV 0,020
......... 6 J LLTDPAQWE ........ ...0,015
7 J LTDPAQWEP 0,003
5 I PLLTDPAQW 0,002
404
TABELA XVII I-V21&22-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
| INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 ASVPLLTDL 12.000
8 DLAQWEPVL 4.000
2 SVPLLTDLA 0,500
I 3 VPLLTDLAQ 0,200............................................
| 7 TDLAQWEPV 0,02°
5 LLTDLAQWE 0,010
6 LTDLAQWEP ..... 0,003
I 4 PLLTDLAQW 0,002
TABELA XVIII-V22-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
...............................1 J ASVPLLTHL 12.000
L 8 HLAQWEPVL 4.000
9 LAQWEPVLV 0,600
2 SVPLLTHLA 0,500
3 VPLLTHLAQ 0,200
.............................................................7 THLAQWEPV 0,020
6 LTHLAQWEP 0,010
5 .................| LLTHLAQWE 0,010
4 PLLTHLAQW 0,002
405
TABELA XVIII-V24-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
......3 LTMYVCTPV 0,600
...............................................................1 ASLTMYVCT 0,300
6 YVCTPVPHP 0,075
8 CTPVPHPDP ..............0,015.......................
4 TMYVCTPVP 0,010
7 VCTPVPHPD 0,010
2 SLTMYVCTP 0,010
5 MYVCTPVPH 0,001................ j
TABELA XVIII-V25HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
3 TPTRQISSI 8000
9 SSIDTDPPA 0,100
2 RTPTRQISS 0,020
8 ISSIDTDPP 0,010
7 QISSIDTDP 0,010
4 PTRQISSID 0,010
6 RQISSIDTD 0,010
5 .................. | TRQISSIDT .............................0,010
1 SRTPTRQIS 0,003
406
TABELA XVIII-V25&26-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO| SUBSEQÜÊNCIA SCORE
2 j TPTRQISSS 0,400
7 SSSDTDPPA 0,100
5 QISSSDTDP 0,010
6 ISSSDTDPP 0,010
3 TRQISSSDT 0,010
2 PTRQISSSD 0,010
4 RQISSSDTD ..............0,010 .........................I
TABELA XVIII-V26-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é j especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 TPTRQIGSS 0,400
7 J GSSDTDPPA 0,100
5.............................J QIGSSDTDP 0,010
6 IGSSDTDPP 0,010
......................4................ j RQIGSSDTD 0,010
3..... TRQIGSSDT 0,010
2 PTRQIGSSD 0,010
8 SSDTDPPAD 0,003
.................... 9 SDTDPPADG 0,0°2
407
TABELA XVIII-V27-HLA-B7-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA i| SCORE
.....................................................2 RGQALRRAQ | 0,015
L............j SRGQALRRA l| 0,010
TABELA XIX-V1-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
50 TARIRAVGLL 120,000
101 QPAAAILALL 80,000
104 AAILALLPAL 36.000
108 ALLPALGLLL 12.000
107 LALLPALGLL 12.000
98 HALQPAAAIL 12.000
6 LALLMAGLAL 12.000
27 KAQVSNEDCL 12.000
13 LALQPGTALL 12.000
106 ILALLPALGL J 6.000
12 GLALQPGTAL 6.000
35 CLQVENCTQL 4.000
59 LTVISKGCSL 4.000
91 LCNASGAHAL 4.000
114 GLLLWGPGQL 4.000
100 LQPAAAILAL 4.000
49 WTARIRAVGL 4.000
4 VLLALLMAGL 4.000
82 KNITCCDTDL 4.000
52 RIRAVGLLTV 2.000
29 QVSNEDCLQV 1,000
408
TABELA XIX-V1-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INICIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE....................................|
103 AAAILALLPA 0,900 .........................I
78 YVGKKNITCC 0,500
16 QPGTALLCYS 0,400
70 CVDDSQDYYV 0,300
11 AGLALQPGTA 0,300
99......................................................... ALQPAAAILA 0,300
..........................................................10........................................................... MAGLALQPGT 0,300
96 GAHALQPAAA 0,300
94 ASGAHALQPA 0,300
2 KAVLLALLMA 0,300
...........19 ..... J TALLCYSCKA ......... 0,300..............
14.................................... ALQPGTALLC 0,300
62 ISKGCSLNCV 0,200
.......................................................110 .............................................| LPALGLLLWG .............................................0,200 .................................................
21 LLCYSCKAQV 0,200
47 QCWTARIRAV 0,200
.............. .......... 97| AHALQPAAAI ________0,180___________j
3 AVLLALLMAG J 0,150
46 EQCWTARIRA 0,150
55 AVGLLTVISK 0,150
44 LGEQCWTARI 0,120
41 CTQLGEQCWT 0,100
60 TVISKGCSLN 0,100
57 GLLTVISKGC 0,100
61 VISKGCSLNC 0,100
5 LLALLMAGLA 0,100
90 DLCNASGAHA 0,100
42 TQLGEQCWTA 0,100
39 ENCTQLGEQC 0,100
409
TABELA XIX-V1-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE....................................|
.... 1 ....... MKAVLLALLM I 0,100
95 SGAHALQPAA 0,100
83 NITCCDTDLC 0,100
85...............................J ...........TCCDTDLCNA | ___0,100___
54 RAVGLLTVIS 0,060
75 QDYYVGKKNI 0,040
............................. 53 | IRAVGLLTVI 0,040.....................................................
........~....................51......... | ....... ARIRAVGLLT ............| 0,030
105 AILALLPALG 0,030
112 ~ ~ J ALGLLLWGPG 0,030
........ 8 LLMAGLALQP .......................... 0,030..........................J
28 AQVSNEDCLQ 0,030......................................................
93 NASGAHALQP 0,030
20 ALLCYSCKAQ 0,030
7 ALLMAGLALQ 0,030
...........................................88 DTDLCNASGA 0,030
69 ...................... | NCVDDSQDYY 0,020|
58 LLTVISKGCS 0,020 ...........
65 GCSLNCVDDS 0,020
68 LNCVDDSQDY 0,020
40 NCTQLGEQCW 0,020
109 LLPALGLLLW 0,020
84 ITCCDTDLCN 0,020
22 ....... ........J LCYSCKAQVS ................... 0,020.......................................
15 j LQPGTALLCY ______________0,020 ........_..............|
37 QVENCTQLGE 0,015
34 DCLQVENCTQ 0,010
...................................33.............................................................. EDCLQVENCT 0,010
25 SCKAQVSNED 0,010
410
TABELA XIX-V1-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ! terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE........................
79 VGKKNITCCD 0,010.... J
64 KGCSLNCVDD 0,010
73 DSQDYYVGKK 0,010
26 I CKAQVSNEDC 0,010 I
92 CNASGAHALQ 0,010
67 SLNCVDDSQD 0,010
80 GKKNITCCDT 0,010
66 CSLNCVDDSQ 0,010
76 DYYVGKKNIT 0,010
77 YYVGKKNITC 0,010 J
30 VSNEDCLQVE 0,010
I 24 YSCKAQVSNE 0,010
17 PGTALLCYSC 0,010
9 LMAGLALQPG 0,010
56 VGLLTVISKG 0,010
36 LQVENCTQLG 0,010
43 QLGEQCWTAR 0,010 J
113 LGLLLWGPGQ 0,010
18 GTALLCYSCK 0,010
86 CCDTDLCNAS 0,006
74 SQDYYVGKKN 0,006
411
TABELA XIX-V4-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE.................
102 j VPHPDPPMAL 120,000 J
..............................................100 APVPHPDPPM 90,000
..............................................................27...................................................... MPCSRLPPSL 80,000
176 SPAPSRGQAL 80,000
85 VPEAHPNASL 36.000
64 GWPQASVPL 20,000
65 WPQASVPLL ..............20,000.......................................
....................126 PPADGPSNPL 12.000
50................... ASYRLWGAPL 12.000
57 APLQPTLGW 12.000
31 RLPPSLRCSL 6.000
8 WARRTSRAVT 4.500
.....................................................141 GPAFSTLNPV 4.000
89.....................J HPNASLTMYV 4.000 j
45 CSGDPASYRL 4.000
76 HPAQWEPVLV 4.000
145 STLNPVLRHL 4.000
87 EAHPNASLTM 3.000
60 QPTLGWPQA 2.000
66 VPQASVPLLT 2.000
48 | DPASYRLWGA 2.000
159 AFPAHPIYDL .................... 1,800
23........ PAGPMPCSRL 1,800
..........................................................110 ALSRTPTRQI 1,800
15 AVTPTCATPA 1,500 ........... I
............................................................29 CSRLPPSLRC 1,500
...........................................................142 PAFSTLNPVL 1,200
......................... 35 SLRCSLHSAC ...................1,000
412
TABELA XIX-V4-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
12 TSRAVTPTCA 1,000
150 VLRHLFPQEA 1,000
107 PPMALSRTPT 0,900
25 GPMPCSRLPP 0,900
56 GAPLQPTLGV 0,900
178 APSRGQALRR 0,600
163 HPIYDLSQVW 0,400
113 RTPTRQIGSI 0,400
75 THPAQWEPVL 0,400
54 LWGAPLQPTL 0,400
130 GPSNPLCCCF 0,400
160 FPAHPIYDLS 0,400
138 CFHGPAFSTL 0,400
71 VPLLTHPAQW 0,400
81 EPVLVPEAHP 0,300
62 TLGWPQASV 0,300
20 CATPAGPMPC 0,300
91 NASLTMYVCA 0,3°0
.............................................................69.........................................................| ASVPLLTHPA 0,300
125 DPPADGPSNP 0,200
32 LPPSLRCSLH 0,200
L . 22 TPAGPMPCSR 0,200
148 NPVLRHLFPQ 0,200
106 DPPMALSRTP 0,200
..................... 155 FPQEAFPAHP 0,200
17 TPTCATPAGP 0,200
133............................... NPLCCCFHGP 0,200
93 SLTMYVCAPV 0,200
114 TPTRQIGSID 0,200
413
TABELA XIX-V4-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
74 LTHPAQWEPV 0,200
..................................................................53................... RLWGAPLQPT 0,150
111 LSRTPTRQIG 0,150
137 CCFHGPAFST ___________________0,150..... |
129 DGPSNPLCCC 0,150
...........................................................175 VSPAPSRGQA 0,150
.....................................................18.........................................................i PTCATPAGPM 0,150
179 PSRGQALRRA 0,100
.........................................153 HLFPQEAFPA 0,100
11 RTSRAVTPTC 0,100
................ ....6 TTWARRTSRA 0,100
.................................... 83 VLVPEAHPNA 0,100
.............................................. 119 IGSIDTDPPA 0,100
84 LVPEAHPNAS 0,100............................................
169 ..... SQVWSWSPA 0,100
115 PTRQIGSIDT 0,100
41 HSACCSGDPA 0,100
......... 21 ATPAGPMPCS 0,090
174 VVSPAPSRGQ 0,075
................................................... 104 HPDPPMALSR 0,060
162 AHPIYDLSQV .........................................0,060...................................................
42 SACCSGDPAS 0,060
43 ACCSGDPASY 0,060
......................................101 PVPHPDPPMA 0,050
70 SVPLLTHPAQ 0,050
173 SWSPAPSRG 0,050
97 YVCAPVPHPD 0,050
................................ 170...... QVWSWSPAP 0,050
33 PPSLRCSLHS 0,040
414
TABELA XIX-V4-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
24 AGPMPCSRLP 0,030
146 TLNPVLRHLF 0,030
94 LTMYVCAPVP 0,030
92 ............í ASLTMYVCAP ..........................0,030
..........................................................128 ADGPSNPLCC 0,030
..............................................................68 QASVPLLTHP 0,030
9 ARRTSRAVTP ..................................................0,030...............................................
78 | AQWEPVLVPE 0,03°
14 RAVTPTCATP 0,030
99 | CAPVPHPDPP 0,030
109 1 MALSRTPTRQ ! 0,030
..........................4 RTTTWARRTS 0,030
158.......................................... EAFPAHPIYD 0,030
166 YDLSQVWSW 0,020
TABELA XIX-V19-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.__
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
4 MPCSRLLPSL 80,000
1 AGPMPCSRLL 12.000
8 RLLPSLRCSL 6.000
.................................................................6 CSRLLPSLRC 1,500
2 GPMPCSRLLP 0,900
10 LPSLRCSLHS 0,400
...................................................................9................................... LLPSLRCSLH 0,010
3 PMPCSRLLPS 0,002
........................... 7...................... I SRLLPSLRCS 0,002
5 PCSRLLPSLR 0,001
415
TABELA XIX-V20-HLA-B7-1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO J SUBSEQÜÊNCIA SCORE....................
8 ......J ASSRLWGAPL 12.000 ........
3 CSGDPASSRL 4.000
..................................................................6 DPASSRLWGA 2.000
9 SSRLWGAPLQ ......................0,100........................................
1 ACCSGDPASS 0,060
2 CCSGDPASSR 0,015
4 SGDPASSRLW 0,006
7 , PASSRLWGAP 0,003.............. J
5 GDPASSRLWG 0,002
10 SRLWGAPLQP 0,001
TABELA XIX-V21-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
10 DPAQWEPVLV 4.000
9 TDPAQWEPVL 0,400
5 VPLLTDPAQW 0,400
3 ASVPLLTDPA 0,300
8 LTDPAQWEPV 0,060
4 SVPLLTDPAQ 0,050
2 QASVPLLTDP 0,030
7 LLTDPAQWEP 0,010
6 PLLTDPAQWE 0,002
1 PQASVPLLTD 0,002
416
TABELA XIX-V21&22-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 QASVPLLTDL 12.000
8 TDLAQWEPVL 0,400
4 VPLLTDLAQW 0,400
2 ASVPLLTDLA .........................................0,300.....................................................
9 DLAQWEPVLV 0,200
7 LTDLAQWEPV 0,060
3 SVPLLTDLAQ 0,050.....................................|
6 LLTDLAQWEP 0,010
5 PLLTDLAQWE 0,001
TABELA XIX-V22-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
|1 QASVPLLTHL 12.000
.........................................8 THLAQWEPVL 0,400
.........................................................4.................... VPLLTHLAQW ..............................0,400........................
2 ASVPLLTHLA 0,300
.............7................................ LTHLAQWEPV 0,200
.................................................................9................................................................. HLAQWEPVLV 0,200
[~3 ..............................J SVPLLTHLAQ 0,050.... ............
10 J LAQWEPVLVP 0,045
6 LLTHLAQWEP 0,010
.........................................................5............................ I PLLTHLAQWE 0,001.........................
417
TABELA XIX-V24-HLA-B7-1OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE .................
10 TPVPHPDPPM 30,000
............................................1 NASLTMYVCT 0,300
3 SLTMYVCTPV 0,200
7 YVCTPVPHPD 0,050
2 ASLTMYVCTP 0,030
4 LTMYVCTPVP 0,030
8 VCTPVPHPDP 0,015
......9...... CTPVPHPDPP 0,010
..................................................................5 TMYVCTPVPH 0,010
6 MYVCTPVPHP 0,002
TABELA XIX-V25-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ; SCORE
3 RTPTRQISSI 0,400
1 LSRTPTRQIS 0,300
...................................4...............................j TPTRQISSID ........................0,200 ......................
9 ISSIDTDPPA 0,100
5 | PTRQISSIDT 0,100
10 SSIDTDPPAD 0,010
7 RQISSIDTDP 0,010
8 QISSIDTDPP 0,010
2 SRTPTRQISS 0,002
6.............. i TRQISSIDTD ........ 0,001
418
TABELA XIX-V25&26-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
__________ INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ..................... SCORE
2 I TPTRQISSSD 0,200 j
7 ISSSDTDPPA 0,100
3 | PTRQISSSDT 0,100
L...................................................1.................................i RTPTRQISSS 0,020
...... j3........................................J SSSDTDPPAD 0,010
6 QISSSDTDPP 0,010
..............................................5............................. I RQISSSDTDP 0,010
4 TRQISSSDTD 0,001
TABELA XIX-V26-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é i especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
................... 2.......... TPTRQIGSSD 0,200
3 PTRQIGSSDT 0,100
7 IGSSDTDPPA 0,100
1 RTPTRQIGSS 0,020
8 GSSDTDPPAD 0,010
....................................................................6 QIGSSDTDPP 0,010
5 RQIGSSDTDP 0,010
9 SSDTDPPADG 0,004
10 SDTDPPADGP .............0,002
4 TRQIGSSDTD .....................................................0,001
419
TABELA XIX-V27-HLA-B7-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. INÍCIO | SUBSEQÜÊNCIA | SCORE . . I psRGC}ALRRA || θ- θθ (
................................................2 |.............................SRGQALRRAQ I 0,002 i
TABELA XX-V1-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE....................... I
16 QPGTALLCY 40,000.................J
101 QPAAAILAL 20,000
2 KAVLLALLM 12.000
110 LPALGLLLW 10,000
50 TARIRAVGL 9.000
69 NCVDDSQDY 6.000
107 LALLPALGL 3.000 |
30 VSNEDCLQV I 3.000 i
13 LALQPGTAL 3.000...........................................
54 RAVGLLTVI 2.400
36 LQVENCTQL 2.000
62 ISKGCSLNC 1,500
70 CVDDSQDYY 1,200
98 HALQPAAAI 1,200
60 TVISKGCSL 1 ,ooo.................|
99 ALQPAAAIL 1,000............................................
108 ALLPALGLL 1,000
105 AILALLPAL 1,000
115 LLLWGPGQL 1,000
83 NITCCDTDL 1,000
14 ALQPGTALL 1,000 |
420
TABELA XX-V1-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é í especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição i terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
...................................... INÍCIO.....................................| SUBSEQÜÊNCIA SCORE .................................)
28 AQVSNEDCL 1,000
...............................................................92............................ CNASGAHAL 1,000
5 LLALLMAGL 1,000
109 LLPALGLLL i ............................1,000
............7 ALLMAGLAL 1,000
52............................................... RIRAVGLLT 0,600
27 KAQVSNEDC 0,600
24 YSCKAQVSN 0,500
41 CTQLGEQCW 0,500
66 CSLNCVDDS _...................................0,500 I
79.............. VGKKNITCC 0,300
104 AAILALLPA 0,300
...........................................................102........................................................1 PAAAILALL 0,300
96 GAHALQPAA 0,300
6 LALLMAGLA 0,300
85 TCCDTDLCN 0,200
43 j _________QLGEQCWTA | 0,200
22.................. LCYSCKAQV 0,200
42................ TQLGEQCWT 0,150
84 ITCCDTDLC 0,150
100 LQPAAAILA 0,100
59 LTVISKGCS 0,100
78 YVGKKNITC 0,100
12 GLALQPGTA 0,100
73.......................... DSQDYYVGK 0,100
47 QCWTARIRA 0,100
18 GTALLCYSC 0,100
61 VISKGCSLN 0,100
15 LQPGTALLC 0,100
421
TABELA XX-V1-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
55 AVGLLTVIS 0,100
3 AVLLALLMA 0,100
1 MKAVLLALL 0,100
51................... ARIRAVGLL 0,100
...........................................................95................... SGAHALQPA 0,100
91 LCNASGAHA 0,100
20 ALLCYSCKA 0,100
58 LLTVISKGC 0,100
34 DCLQVENCT 0,100
40 NCTQLGEQC I 0,100
11 AGLALQPGT ........I 0,100................i
94 ASGAHALQP 0,050
86 CCDTDLCNA .....................................................0,045
45 GEQCWTARI 0,040
76 DYYVGKKNI 0,040
25 SCKAQVSNE 0,030
........... 19 J TALLCYSCK ..............0,030
93 NASGAHALQ 0,030
103 AAAILALLP 0,030
10 MAGLALQPG 0,030
64 KGCSLNCVD 0,020
63 SKGCSLNCV 0,020
82 KNITCCDTD 0,020
87 | CDTDLCNAS 0,020
53 J IRAVGLLTV 0,020
..............................................................81........ I KKNITCCDT 0,020
..............................................................48.............................................................. CWTARIRAV 0,020
29 QVSNEDCLQ 0,015
| 68 LNCVDDSQD 0,015
422
TABELA XX-V1-HLA-B3501-9MERS-PSCA
| Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA .............SCORE.................................|
35 CLQVENCTQ 0,015
113 LGLLLWGPG 0,010
90 DLCNASGAH 0,010
_________114 GLLLWGPGQ 0,010
33............. EDCLQVENC 0,010
21 LLCYSCKAQ 0,010
67 SLNCVDDSQ 0,010
57 GLLTVISKG 0,010
23 CYSCKAQVS 0,010
112 ALGLLLWGP 0,010
.....17 PGTALLCYS 0,010
56 VGLLTVISK 0,010
49 WTARIRAVG 0,010
9 LMAGLALQP 0,010
39 I ENCTQLGEQ 0,010
65 GCSLNCVDD 0,010
L..............................97| AHALQPAAA 0,010
106 ILALLPALG 0,010
8..... LLMAGLALQ 0,010
46....................................................... EQCWTARIR 0,010
| 89 I TDLCNASGA 0,010
423
TABELA XX-V4-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA ........SCORE
|89 HPNASLTMY 40,000|
..................................... 76 HPAQWEPVL 20,°00
..............................................................32 LPPSLRCSL 20,000
160 FPAHPIYDL .............................. 20,000.........................................
1 66 VPQASVPLL 20,000
114 TPTRQIGSI 8.000
163 HPIYDLSQV 6.000
158 EAFPAHPIY 6.000
111 LSRTPTRQI 6.000
57 APLQPTLGV 4.000
..........................125........ · DPPADGPSN 3.000
102 VPHPDPPMA 3.000
44 CCSGDPASY 3.000
.....................130 ....................... GPSNPLCCC 2.000
27 MPCSRLPPS 2.000
176 SPAPSRGQA 2.000
..............................................................22 TPAGPMPCS 2.000
19 TCATPAGPM .................................2.000
106 DPPMALSRT 2.000
.................................................................8 WARRTSRAV 1 -800
12 TSRAVTPTC ............. .........................1,500
________________147 ..................| LNPVLRHLF............ J 1,000
146 TLNPVLRHL 1,°00
65 WPQASVPL 1,000
120 GSIDTDPPA ............ 1,000
55 WGAPLQPTL 1,000
24 AGPMPCSRL 1,000
........................... 136................ J CCCFHGPAF 1 ,οοο |
424
TABELA XX-V4-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA | SCORE
104 HPDPPMALS 1 0,600
85 VPEAHPNAS i 0,600
14 RAVTPTCAT 0,600
131 PSNPLCCCF 0,500
92 ASLTMYVCA 0,500
..............................................................38.................................. CSLHSACCS 0,500
..............................172 j WSVVSPAPS 0,500
168 LSQVWSWS ..............................0,500
155 FPQEAFPAH 0,400
........... 35 SLRCSLHSA 0,300
91.......................I NASLTMYVC 0,300
................................................ 87 EAHPNASLT 0,300
......................................................177 PAPSRGQAL 0,300
............................................ 46 SGDPASYRL 0,300
42 SACCSGDPA 0,300
51 SYRLWGAPL 0,300
152 RHLFPQEAF 0,200
71 VPLLTHPAQ ............ 0,200
113 RTPTRQIGS 0,200
63 LGWPQASV 0,200
11 RTSRAVTPT 0,200
133 NPLCCCFHG 0,200
167 DLSQVWSW 0,200
81 EPVLVPEAH 0,200
148 j NPVLRHLFP 0,200
25............................ GPMPCSRLP 0,200
178 APSRGQALR 0,200
60 QPTLGWPQ 0,200
88 AHPNASLTM 0,200
425
TABELA XX-V4-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
................................INÍCIO.............................. , SUBSEQÜÊNCIA SCORE
94 LTMYVCAPV | 0,200
100 APVPHPDPP | 0,200
17 TPTCATPAG 0,200
[48 DPASYRLWG 0,200.................
31 RLPPSLRCS 0,200
101 PVPHPDPPM 0,200
...........................................................37.............................................................| RCSLHSACC 0,200
4 RTTTWARRT 0,200
84 LVPEAHPNA 0,200
141 GPAFSTLNP 0,200
29 CSRLPPSLR ......J 0,150
.......83....................... VLVPEAHPN 0,150
21 ATPAGPMPC 0,100
16 VTPTCATPA 0,100
143 AFSTLNPVL 0,100
135 LCCCFHGPA 0,100
.........................................1 ............... MTHRTTTWA 0,100
139 ................ J FHGPAFSTL 0,100
.............................................................45 CSGDPASYR 0,100
..............................................................28 PCSRLPPSL 0,100
5 TTTWARRTS 0,100
164 PIYDLSQVW 0,100
..............................................70 SVPLLTHPA 0,100
43 ACCSGDPAS 0,100
.......... 62 .......... TLGWPQAS 0,100
170 QVWSWSPA 0,100
.........................................................129 DGPSNPLCC 0,100
137 CCFHGPAFS 0,100
140 HGPAFSTLN 0,100
426
TABELA XX-V4-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
127 PADGPSNPL 0,090
........................77........ PAQWEPVLV 0,090
142 PAFSTLNPV 0,060
69 J ASVPLLTHP 0,050
...................................................144 FSTLNPVLR 0,050
..............................................................72 PLLTHPAQW 0,050
175 VSPAPSRGQ 0,050
47 GDPASYRLW 0,050
34 PSLRCSLHS 0,050
50 ASYRLWGAP 0,050
41 HSACCSGDP 0,050
157 QEAFPAHPI 0,040
..........................................................126 PPADGPSNP 0,040
150 VLRHLFPQE 0,030
TABELA XX-V19-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1........................ j GPMPCSRLL 20,000
3 MPCSRLLPS 2.000
8 LLPSLRCSL 1,000
..................................................................7 RLLPSLRCS 0,200
9 LPSLRCSLH .........................0,200
5 j CSRLLPSLR ........J ...................................0,150
4 PCSRLLPSL 0,100
, 6 SRLLPSLRC 0,010
2 PMPCSRLLP 0,001
427
TABELA XX-V20-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
8 SSRLWGAPL 15.000
3 SGDPASSRL 0,300
5 DPASSRLWG 0,200
1 CCSGDPASS 0,150
2 CSGDPASSR 0,100
4 GDPASSRLW 0,050
7 ASSRLWGAP 0,050
6 PASSRLWGA 0,030
9 SRLWGAPLQ 0,001
.............................................. TABELA XX-V21-HLA-B3501-9MERS-PSCA..................
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
[9 DPAQWEPVL 20,000
4 VPLLTDPAQ 0,200
3 SVPLLTDPA 0,100
5 PLLTDPAQW 0,075
............2.................... ASVPLLTDP 0,050
1 QASVPLLTD 0,030
......................... 6 LLTDPAQWE 0,020
L 8 TDPAQWEPV 0,020
7 ........... ) LTDPAQWEP 0,003
428
TABELA XX-V21&22-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é l especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos: θ a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 ASVPLLTDL 5.000
I θ DLAQWEPVL 1,000 i
3 VPLLTDLAQ 0,200 )
I 2 SVPLLTDLA 0,100 I
I 4 PLLTDLAQW 0,075
7 TDLAQWEPV 0,020
5 LLTDLAQWE 0,020 |
6 LTDLAQWEP 0,003 |
TABELA XX-V22-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I j especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição ) terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 ASVPLLTHL 5.000 |
.. 8 HLAQWEPVL 1,000
9 LAQWEPVLV I 0,900
3 VPLLTHLAQ 0,200
2 SVPLLTHLA 0,100
.............................4 PLLTHLAQW 0,050
7 THLAQWEPV 0,020
................... 6 LTHLAQWEP j 0,010
................................5 LLTHLAQWE 0,010 I
429
TABELA XX-V24-HLA-B3501-9MERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
.....................INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
1| ASLTMYVCT | 0,500 |
3..................... LTMYVCTPV i 0,200 1
..................................................................7 VCTPVPHPD 0,010
6 YVCTPVPHP 0,010
4 i TMYVCTPVP 0,010
8 CTPVPHPDP 0,010
.........................................2~..... SLTMYVCTP 0,010
5 ....... MYVCTPVPH 0,001
tabela XX-V25-HLA-B3501-9MERS-PSCA j
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
.......................3 ) TPTRQISSI 8.000
9 SSIDTDPPA 1,000 I
2 RTPTRQISS 0,200
8 ISSIDTDPP 0,075
6 RQISSIDTD 0,020
7 QISSIDTDP I 0,010
5 TRQISSIDT 0,010
............................. 1 SRTPTRQIS 0,010
4 PTRQISSID 0,003
430
TABELA XX-V25&26-HLA-B3501 -9MERS-PSCA I
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. |
...................... INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
. 1............. TPTRQISSS| ...............................................2.000........ |
7 SSSDTDPPA 1,000 i
6...... ISSSDTDPP 0,075 |
...........................................4 RQISSSDTD 0,020 i
5 ~ | QISSSDTDP 0,010
3 TRQISSSDT 0,010 I
2.......... PTRQISSSD 0,003
TABELA XX-V26-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO i SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 TPTRQIGSS 2.000
.............................................................7................................ | GSSDTDPPA 1,000
8 I SSDTDPPAD 0,023
4 f RQIGSSDTD 0,020
6 IGSSDTDPP 0,015
5 QIGSSDTDP 0,010
3 TRQIGSSDT 0,010
2 PTRQIGSSD 0,003
9 SDTDPPADG 0,002
431
TABELA XX-V27-HLA-B3501-9MERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
2 RGQALRRAQ 0,020
1 I SRGQALRRA 0,010
TABELA XXI-V1-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
........................ INÍCIO............. SUBSEQÜÊNCIA SCORE
101 QPAAAILALL 20,000
50 TARIRAVGLL 9.000
[...................................... 27............... KAQVSNEDCL 6.000
69 ! NCVDDSQDYY 4.000
............................................ 98 HALQPAAAIL 3.000
..................................................6.............................................. I LALLMAGLAL 3.000
62 ISKGCSLNCV 3.000
104 I AAILALLPAL 3.000
107 LALLPALGLL 3.000
13 í LALQPGTALL 3.000
68 LNCVDDSQDY 3.000 |
.......................82 KNITCCDTDL 2.000
16 QPGTALLCYS 2.000
15 LQPGTALLCY 2.000
52 RIRAVGLLTV 1,200
100 I LQPAAAILAL 1,000
108 ALLPALGLLL 1,000
114 GLLLWGPGQL 1,000
59 LTVISKGCSL 1,000
..........................................................106................................... | ILALLPALGL 1,000
4 | VLLALLMAGL 1,000
432
TABELA XXI-V1-HLA-B3501-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é I especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição I terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA .........................................SCORE
49....... WTARIRAVGL 1,000 I
..............................................................91............. LCNASGAHAL 1,000
12 GLALQPGTAL 1,000
35 CLQVENCTQL. 1,000 I
54.................. RAVGLLTVIS 0,600
2 KAVLLALLMA 0,600
.........................................109 LLPALGLLLW 0,500
94 ASGAHALQPA ........................0,500
40 | NCTQLGEQCW 0,500
)..........................................10 . j MAGLALQPGT 0,300
19 TALLCYSCKA 0,300
........................................................96 | GAHALQPAAA 0,300
103 AAAILALLPA 0,300
85 TCCDTDLCNA 0,300............................. )
29 QVSNEDCLQV 0,300
21 LLCYSCKAQV 0,200
_________________________ 1 ! MKAVLLALLM 0,200
47 QCWTARIRAV 0,200
110 I LPALGLLLWG 0,200
..............................................................41.............................. | CTQLGEQCWT 0,150
83 I NITCCDTDLC ...............................................0,150
.44 i LGEQCWTARI 0,120
70 | CVDDSQDYYV 0,120
U ALQPGTALLC 0,100
58 J LLTVISKGCS 0,100
...........................................................73 | DSQDYYVGKK 0,100
5 I LLALLMAGLA 0,100
42 TQLGEQCWTA 0,100
84 ITCCDTDLCN 0,100
433
TABELA XXI-V1-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
........................... INÍCIO.............. SUBSEQÜÊNCIA SCORE
61 VISKGCSLNC 0,100
65 GCSLNCVDDS 0,100
.............................................................22 LCYSCKAQVS 0,100
95 SGAHALQPAA 0,100
78 YVGKKNITCC 0,100
90 DLCNASGAHA 0,100
46 EQCWTARIRA 0,100
30............ VSNEDCLQVE 0,100
99 ALQPAAAILA 0,100
57 í GLLTVISKGC 0,100
60 TVISKGCSLN 0,100
39 í ENCTQLGEQC 0,100
11 I AGLALQPGTA 0,100
31 I SNEDCLQVEN 0,060
24 I YSCKAQVSNE 0,050
66 l CSLNCVDDSQ 0,050
97 1 AHALQPAAAI 0,040
75 QDYYVGKKNI 0,040
53 IRAVGLLTVI 0,040
..............................................................25 I SCKAQVSNED 0,030
............................... 79 .................. I VGKKNITCCD 0,030
93 NASGAHALQP 0,030
80 GKKNITCCDT 0,030
........................ 74........ | SQDYYVGKKN J 0,030
22 86 1 _______CCDTDLCNAS 0,030
88 1 DTDLCNASGA 0,030
36 ) LQVENCTQLG 0,020
64 KGCSLNCVDD 0,020
43 QLGEQCWTAR 0,020
434
TABELA XXI-V1-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO í SUBSEQÜÊNCIA SCORE
28 AQVSNEDCLQ 0,015
34 I DCLQVENCTQ 0,015
67 SLNCVDDSQD 0,015
105 AILALLPALG 0,010
....................................................... 76 DYYVGKKNIT 0,010
33 í EDCLQVENCT 0,010
26 CKAQVSNEDC 0,010
56................ VGLLTVISKG 0,010
112 I ALGLLLWGPG 0,010
3 AVLLALLMAG 0,010
55 AVGLLTVISK 0,010
9 I LMAGLALQPG 0,010
51 I ARIRAVGLLT 0,010
20 I ALLCYSCKAQ 0,010
...................................92............. CNASGAHALQ 0,010
8 I LLMAGLALQP 0,010
113 LGLLLWGPGQ 0,010
18 I GTALLCYSCK 0,010
7 ALLMAGLALQ 0,010
............................................................77............................... || YYVGKKNITC 0,010
. 23 CYSCKAQVSN 0,010
435
TABELA XXI-V4-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
| INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
| 100 APVPHPDPPM 40,000
l| 130 GPSNPLCCCF 20,000
176 SPAPSRGQAL 20,000
27 MPCSRLPPSL 20,000
102 VPHPDPPMAL 20,000
45 CSGDPASYRL 10,000
163 HPIYDLSQVW 10,000
71 VPLLTHPAQW 10,000
85 VPEAHPNASL 6.000
87 EAHPNASLTM 6.000
..............................................................76...................... j HPAQWEPVLV 6.000
............................................................50 ASYRLWGAPL 5.000
141 | GPAFSTLNPV 4.000
.................................57 j APLQPTLGW 4.000
Q 89| HPNASLTMYV 4.000
126 I PPADGPSNPL 4.000
..............................................................43 I ACCSGDPASY 3.000
60 QPTLGWPQA 2.000
66 VPQASVPLLT 2.000
31 RLPPSLRCSL 2.000
160 I FPAHPIYDLS 2.000
48 DPASYRLWGA 2.000
..............................................................12 | TSRAVTPTCA 1,500
..............................................................29 | CSRLPPSLRC 1,500
135 LCCCFHGPAF 1,000
65 WPQASVPLL 1,000
146 TLNPVLRHLF 1,000
64 GWPQASVPL 1,000
436
TABELA XXI-V4-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
| Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO ...... SUBSEQÜÊNCIA SCORE
145...... STLNPVLRHL 1,000
...........................................................8.......................... WARRTSRAVT 0,900
113 RTPTRQIGSI 0,800
56 GAPLQPTLGV 0,600
69 ASVPLLTHPA 0,500
175 VSPAPSRGQA 0,500
41 HSACCSGDPA 0,500
. 155 FPQEAFPAHP 0,400
110 I ALSRTPTRQI 0,400
35 SLRCSLHSAC 0,300
I 20 I CATPAGPMPC 0,300
91 | NASLTMYVCA 0,300
142 I PAFSTLNPVL 0,300
150 I VLRHLFPQEA 0,300
42 I SACCSGDPAS 0,300
23 j PAGPMPCSRL 0,300
53| RLWGAPLQPT 0,200
32| LPPSLRCSLH .............| 0,200
................................................125 | DPPADGPSNP 0,200
74 LTHPAQWEPV 0,200
................................ 11 | RTSRAVTPTC ............................ 0,200........ I
148 NPVLRHLFPQ 0,200
18 | PTCATPAGPM 0,200
81..... i EPVLVPEAHP 0,200
84 J _____LVPEAHPNAS 0,200
106 I DPPMALSRTP 0,200
25 | GPMPCSRLPP 0,200
33 I PPSLRCSLHS 0,200
178 APSRGQALRR 0,200
437
TABELA XXI-V4-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
.............................................INÍCIO................................ SUBSEQÜÊNCIA SCORE
22 TPAGPMPCSR 0,200
........................4 ..... RTTTWARRTS 0,200
17 TPTCATPAGP 0,200
93....................j SLTMYVCAPV 0,200..................................................
37 ! RCSLHSACCS 0,200
...........................................................133 NPLCCCFHGP 0,200
62 i TLGVVPQASV 0,200
157 QEAFPAHPIY 0,200
88 AHPNASLTMY 0,200
107 PPMALSRTPT 0,200
114 I TPTRQIGSID 0,200 j
120 | GSIDTDPPAD .....................................................0,150..................
46 SGDPASYRLW 0,150
...........................................................111................................................. LSRTPTRQIG 0,150
153 .....................J HLFPQEAFPA ................. 0,150
179 | PSRGQALRRA 0,150
............ 15 ..........J AVTPTCATPA 0,100 ......
119 IGSIDTDPPA 0,100
83 I VLVPEAHPNA 0,100
................................................6 | TTWARRTSRA 0,100
151 ’ LRHLFPQEAF 0,100
54 ! LWGAPLQPTL 0,100
129 DGPSNPLCCC 0,100
21 ATPAGPMPCS j 0,100
167 i DLSQVWSWS J 0,100
138 I CFHGPAFSTL 0,100
159 I AFPAHPIYDL 0,100
169 SQVWSWSPA 0,100
75 | THPAQWEPVL 0,100
438
TABELA XXI-V4-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
136 CCCFHGPAFS 0,100
137 CCFHGPAFST 0,100
104 HPDPPMALSR 0,060
14 RAVTPTCATP 0,060
38 CSLHSACCSG 0,050
172 I WSVVSPAPSR 0,050
92 i ASLTMYVCAP 0,050
144 FSTLNPVLRH 0,050
168 LSQVWSWSP 0,050
34 PSLRCSLHSA 0,050
L 158 ............... . EAFPAHPIYD 0,030
......................................................162 AHPIYDLSQV 0,030
..............................................................99 CAPVPHPDPP 0,030
68 QASVPLLTHP 0,030
TABELA XXI-V19-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição
_______terminal de cada peptídeo é a posição de nício mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
4 MPCSRLLPSL 20,000
8 ! RLLPSLRCSL 2.000
10 I LPSLRCSLHS 2.000
6 j CSRLLPSLRC 1,500
1 J AGPMPCSRLL 1,000
...........................2........................| GPMPCSRLLP 0,200
...............................................................7 | SRLLPSLRCS 0,010
3 j PMPCSRLLPS 0,010
Γ 9 I LLPSLRCSLH 0,010
5 ! PCSRLLPSLR 0,001
439
TABELA XXI-V20-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
..........................3.............. CSGDPASSRL 10,000
8 I ASSRLWGAPL 5.000
6 I DPASSRLWGA 2.000
9 I SSRLWGAPLQ 0,150
1 ACCSGDPASS j 0,150
4 . | SGDPASSRLW 0,150
................................................................2 í CCSGDPASSR 0,010
7 PASSRLWGAP 0,003
10 SRLWGAPLQP 0,001
5 j GDPASSRLWG 0,001
TABELA XXI-V21-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição] terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE |
5| VPLLTDPAQW 15.000
10 j DPAQWEPVLV 6.000 i
3..........J ASVPLLTDPA 0,500
..............9| TDPAQWEPVL 0,100 I
8 | LTDPAQWEPV 0,060 |
2 j QASVPLLTDP 0,030
7 LLTDPAQWEP 0,020
4 SVPLLTDPAQ 0,010
6 PLLTDPAQWE 0,001
............ 1 i PQASVPLLTD 0,001
440
TABELA XXI-V21 &22-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. i
______ INÍCIO I SUBSEQÜÊNCIA SCORE
4 VPLLTDLAQW 15.000
.................................... 1 QASVPLLTDL 3.000
.................................................................2 ASVPLLTDLA 0,500
9 DLAQWEPVLV 0,300
8 TDLAQWEPVL 0,100
7 LTDLAQWEPV 0,060
6 LLTDLAQWEP 0,020
3 SVPLLTDLAQ 0,010
5 PLLTDLAQWE 0,001
TABELA XXI-V22-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é s | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
_________________INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
______4 VPLLTHLAQW 10,000 |
1 I QASVPLLTHL 3.000
... 2 ! ASVPLLTHLA 0,500
...9 HLAQWEPVLV 0,300
............................................. 7...... | LTHLAQWEPV 0,200
8 I THLAQWEPVL 0,100
10 LAQWEPVLVP 0,030
..... 3 ί SVPLLTHLAQ 0,010
6 I LLTHLAQWEP 0,010
Γ 5 i PLLTHLAQWE ................................................0,001.................
441
TABELA XXI-V24-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
i Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
10 i TPVPHPDPPM 40,000 i
1 I NASLTMYVCT 0,300 §
3 | SLTMYVCTPV 0,200 I
2 ASLTMYVCTP 0,050
7 YVCTPVPHPD 0,010 i
8 > VCTPVPHPDP 0,010
4 LTMYVCTPVP 0,010
9 I CTPVPHPDPP 0,010 I
5 TMYVCTPVPH 0,010
6 myvctpvphp 0,001
TABELA XXI-V25-HLA-B3501-1 OMERS-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é | especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição | terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. i
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 I LSRTPTRQIS 1,500
3 RTPTRQISSI 0,800
9 l ISSIDTDPPA 0,500
4 TPTRQISSID 0,200
10 Í SSIDTDPPAD 0,150 |
5 PTRQISSIDT 0,030
7 RQISSIDTDP 0,020
8................. ) QISSIDTDPP 0,015
.........................................................2...... SRTPTRQISS 0,010
6 TRQISSIDTD 0,001 I
442
TABELA XXI-V25&26-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição! terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
7 ISSSDTDPPA I 0,500
1 RTPTRQISSS I 0,200
2 TPTRQISSSD I 0,200
8 SSSDTDPPAD I 0,150
3 PTRQISSSDT I 0,030
.............................................................5 RQISSSDTDP ! 0,020
............................... 6 QISSSDTDPP ! 0,015
4 TRQISSSDTD 0,001
TABELA XXI-V26-HLA-B3501-1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição^ terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
................... J RTPTRQIGSS I 0,200 i
2| TPTRQIGSSD 0,200
8 | GSSDTDPPAD í 0,150
7 ! IGSSDTDPPA I 0,100
3 i PTRQIGSSDT 0,030
5 I RQIGSSDTDP 0,020
................................................................9................................... | SSDTDPPADG I 0,015
6........ | QIGSSDTDPP 0,015
L io| SDTDPPADGP 0,002
4 TRQIGSSDTD 0,001
443
TABELA XXI-V27-HLA-B3501 -1 OMERS-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é , especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
INÍCIO SUBSEQÜÊNCIA SCORE
1 PSRGQALRRA 0,150
2 i SRGQALRRAQ 0,001
444
Tabelas XXII-XLIX:
Tabela XXII-V1-HLA-A1 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada,o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
70 CVDDSQDYY 25
16 QPGTALLCY 21
88 DTDLCNASG 17
74 SQDYYVGKK 16
69 NÇVDDSQDY 15
31 SNEDCLQVE 13
71 VDDSQDYYV 13
37 QVENCTQLG 12
Tabela XXII-V4-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
123 DTDPPADGP 21
158 EAFPAHPIY 19
104 HPDPPMALS 17
44 CÇSGDPASY 16
46 SGDPASYRL 16
79 QWEPVLVPE 16
89 HPNASLTMY 16
145 STLNPVLRH 16
30 SRLPPSLRC 13
179 PSRGQALRR 13
121 S1DTDPPAD 12
127 PADGPSNPL 12
85 VPEAHPNAS 11
34 PSLRCSLHS 10
61 PTLGWPQA 10
445
L Tabela XXII-V4-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
67 PQASVPLLT 10
74 LTHPAQWEP 10
78 AQWEPVLVP 10
105 PDPPMALSR 10
113 RTPTRQIGS 10
156 PQEAFPAHP 10
165 IYDLSQVWS 10
Tabela XXII-V19-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 terminal de cada peptídeo é a posição d cada posição de início é aminoácidos; e a posição e início mais oito.
Pos 123456789 score
2 PMPCSRLLP 9
6 SRLLPSLRC 9
1 GPMPCSRLL 6
3 MPCSRLLPS 6
5 CSRLLPSLR 6
7 RLLPSLRCS 5
Tabela XXII-V20-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 SGDPASSRL 16
5 DPASSRLWG 7
8 SSRLWGAPL 7
446
Tabela XXII-V21-HLA-A1 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
7 LTDPAQWEP 20
2 ASVPLLTDP 9
Labela XXI!-V21 &22-HLA-A1 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
6 LTDLAQWEP 16
1 ASVPLLTDL 9
3 VPLLTDLAQ 7
Tabela XXII-V22-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTHL 9
3 VPLLTHLAQ 7
6 LTHLAQWEP 6
2 SVPLLTHLA 4
447
Tabela XXII-V24-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: í especificadajo comprimento do peptídeo é de £ terminal de cada peptídeo é a posição J; cada posição de início é aminoácidos; e a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 LTMYVCTPV 8
7 VCTPVPHPD 7
8 CTPVPHPDP 7
1 ASLTMYVCT 5
2 SLTMYVÇTP 5
6 YVCTPVPHP 4
Tabela XXII-V25-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 RTPTRQ1SS 10
1 SRTPTRQIS 7
4 PTRQISSID 6
9 SSIDTDPPA 6
5 TRQISSjDT 4
8 ISSIDTDPP 4
Tabela XXII-V25&26-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: í especificadajo comprimento do peptídeo é de £ terminal de cada peptídeo é a posição J; cada posição de início é aminoácidos; e a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 PTRQISSSD 6
7 SSSDTDPPA 6
6 ISSSDTDPP 4
1 TPTRQISSS 2
448
Tabela XXII-V26-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 SSDTDPPAD 16
2 PTRQIGSSD 7
Tabela XXII-V27-HLA-A1-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRGQALRRA 2
2 RGQALRRAQ 1
Tabela XXIII-V1-HLA-A0201 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
14 ALQPGTALL 30
108 ALLPALGLL 30
105 AILALLPAL 29
5 LLALLMAGL 28
7 ALLMAGLAL 26
99 alqpaaail 26
115 LLLWGPGQL 26
109 LLPALGLLL 24
53 IRAVGLLTV 23
8 LLMAGLALQ 21
20 ALLCYSCKA 21
107 LALLPALGL 21
13 LALQPGTAL 20
1 MKAVLLALL 19
4 VLLALLMAG 19
449
Tabela XXIII-V1-HLA-A0201 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
12 GLALQPGTA 19
54 RAVGLLTVI 19
57 GLLTV1SKG 19
60 TVISKGCSL 19
102 PAAAILALL 19
43 QLGEQCWTA 18
51 ARIRAVGLL 18
98 HALQPAAAI 18
101 QPAAA1LAL 18
112 ALGLLLWGP 18
3 AVLLALLMA 17
50 TARIRAVGL 17
63 SKGCSLNCV 17
83 NITCCDTDL 17
104 AAILALLPA 17
106 ILALLPALG 17
9 LMAGLALQP 16
92 CNASGAHAL 16
22 LCYSCKAQV 15
30 VSNEDÇLQV 15
67 SLNCVDDSQ 15
114 GLLLWGPGQ 15
36 LQVENCTQL 14
48 CWTARIRAV 14
46 SGDPASYRL 15
127 PADGPSNPL 15
139 FHGPAFSTL 15
153 HLFPQEAFP 15
163 HPIYDLSQV 15
39 SLHSACCSG 14
450
Tabela XXIII-V1-HLA-A0201-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
51 SYRLWGAPL 14
53 RLWGAPLQP 14
61 PTLGWPQA 14
70 SVPLLTHPA 14
83 VLVPEAHPN 14
86 PEAHPNASL 14
143 AFSTLNPVL 14
145 STLNPVLRH 14
24 AGPMPCSRL 13
76 HPAQWEPVL 13
77 PAQWEPVLV 13
84 LVPEAHPNA 13
111 LSRTPTRQI 13
114 TPTRQIGSI 13
150 VLRHLFPQE 13
170 QVWSWSPA 13
Tabela XXIII-V4-HLA-A0201 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
146 TLNPVLRHL 27
35 SLRCSLHSA 23
58 PLQPTLGW 23
166 YDLSQVWSV 20
57 APLQPTLGV 19
160 FPAHPJYDL 19
167 DLSQVWSW 19
55 WGAPLQPTL 18
451
Tabela XXIII-V4-HLA-A0201-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
94 LTMYVÇAPV 18
63 LGWPQASV 17
65 WPQASVPL 17
93 SLTMYVCAP 17
142 PAFSTLNPV 17
31 RLPPSLRCS 16
66 VPQASVPLL 16
8 WARRTSRAV 15
32 LPPSLRCSL 15
46 SGDPASYRL 15
127 PADGPSNPL 15
139 FHGPAFSTL 15
153 HLFPQEAFP 15
163 HPIYDLSQV 15
39 SLHSAÇCSG 14
51 SYRLWGAPL 14
53 RLWGAPLQP 14
61 PTLGVVPQA 14
70 SVPLLTHPA 14
83 VLVPEAHPN 14
86 PEAHPNASL 14
143 AFSTLNPVL 14
145 STLNPVLRH 14
24 AGPMPÇSRL 13
76 HPAQWEPVL 13
77 PAQWEPVLV 13
84 LVPEAHPNA 13
111 LSRTPTRQI 13
114 TPTRQIGSI 13
150 VLRHLFPQE 13
452
___Tabela XXIII-V4-HLA-A0201 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
170 QVWSVVSPA 13
Pos 123456789
170 QVWSVVSPA
Tabela XXIII-V19-HLA-A0201 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 LLPSLRCSL 25
7 RLLPSLRCS 18
4 PCSRLLPSL 15
1 GPMPCSRLL 14
Tabela XXIII-V20-HLA-A0201 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 SGDPASSRL 14
8 SSRLWGAPL 14
6 PASSRLWGA 10
9 SRLWGAPLQ 7
1 CCSGDPASS 6
Tabela XXIII-V21-HLA-A0201 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 SVPLLTDPA 13
6 LLTDPAQWE 13
1 QASVPLLTD 12
9 DPAQWEPVL 12
453
| Tabela XXIII-V21-HLA-A0201-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
5 PLLTDPAQW 11
7 LTDPAQWEP 10
8 TDPAQWEPV 10
2 ASVPLLTDP 9
Tabela XXIII-V21 &22-HLA-A0201 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 DLAQWEPVL 22
1 ASVPLLTDL 19
4 PLLTDLAQW 15
2 SVPLLTDLA 13
5 LLTDLAQWE 13
7 TDLAQWEPV 12
Tabela XXIII-V22-HLA-A0201-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 HLAQWEPVL 23
1 ASVPLLTHL 19
9 LAQWEPVLV 18
4 PLLTHLAQW 15
2 SVPLLTHLA 14
5 LLTHLAQWE 12
7 THLAQWEPV 12
454
Tabela XXIII-V24-HLA-A0201-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 SLTMYVCTP 18
3 LTMYVÇTPV 16
4 TMYVCTPVP 12
6 YVCTPVPHP 12
1 ASLTMYVCT 10
Tabela XXIII-V25-HLA-A0201 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 TPTRQISSI 13
9 SSIDTDPPA 10
6 RQISSjDTD 8
7 QISSIDTDP 8
2 RTPTRQISS 6
Tabela XXIII-V25&26-HLA-A0201-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
5 QISSSDTDP 8
7 SSSDTDPPA 8
1 TPTRQ1SSS 5
3 TRQISSSDT 4
4 RQISSSDTD 4
6 ISSSDTDPP 4
2 PTRQISSSD 3
455
Tabela XXIII-V26-HLA-A0201-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
5 QIGSSDTDP 8
7 GSSDTDPPA 7
3 TRQIGSSDT 6
4 RQIGSSDTD 6
1 TPTRQIGSS 5
9 SDTDPPADG 5
6 IGSSDTDPP 4
8 SSDTDPPAD 4
2 PTRQIGSSD 3
Tabela XXIII-V27-HLA-A0201-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRGQALRRA 10
Tabela XXIV-V1-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXIV-V4-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXIV-V19-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
456
Tabela XXIV-V20-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXIV-V21-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXIV-V21&22-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXIV-V22-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXIV-V24-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXIV-V25-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXIV-V25&26-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos 123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXIV-V26-HLA-A0203-9mers-PSCA
Pos
123456789 score
Nenhum resultado encontrado.
457
Tabela XXV-V1-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
52 RIRAVGLLT 24
7 ALLMAGLAL 22
99 alqpaaail 22
14 ALQPGTALL 21
3 AVLLALLMA 20
60 TVISKGCSL 19
108 ALLPALGLL 19
115 LLLWGPGQL 19
12 GLALQPGTA 18
55 AVGLLTVIS 18
106 ILALLPALG 18
109 LLPALGLLL 18
8 LLMAGLALQ 17
43 QLGEQCWTA 17
70 CVDDSQDYY 17
90 DLÇNASGAH 17
4 VLLALLMAG 16
19 TALLCYSCK 16
57 GLLTVISKG 16
105 AILALLPAL 16
114 GLLLWGPGQ 16
5 LLALLMAGL 15
20 ALLCYSÇKA 15
56 VGLLTV1SK 15
73 DSQDYYVGK 15
78 YVGKKNITC 15
35 CLQVENÇTQ 14
67 SLNCVDDSQ 14
94 ASGAHALQP 14
458
Tabela XXV-V1-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
112 ALGLLLWGP 14
29 QVSNEDÇLQ 13
37 QVENCTQLG 13
50 TARIRAVGL 13
61 VISKGÇSLN 13
9 LMAGLALQP 12
49 WTARIRAVG 12
53 IRAVGLLTV 12
74 SQDYYVGKK 12
16 QPGTALLCY 11
21 LLÇYSÇKAQ 11
54 RAVGLLTVI 11
103 AAAILALLP 11
Tabela XXV-V4-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
15 AVTPTÇATP 23
53 RLWGAPLQP 23
64 GVVPQASVP 23
173 SVVSPAPSR 20
72 PLLTHPAQW 19
58 PLQPTLGW 18
110 ALSRTPTRQ 18
167 DLSQVWSW 18
10 RRTSRAVTP 17
31 RLPPSLRCS 17
164 PIYDLSQVW 17
459
Tabela XXV-V4-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
174 WSPAPSRG 17
35 SLRCSLHSA 16
83 VLVPEAHPN 16
150 VLRHLFPQE 16
153 HLFPQEAFP 16
170 QVWSVVSPA 16
82 PVLVPEAHP 15
105 PDPPMALSR 15
149 PVLRHLFPQ 15
178 APSRGQALR 15
179 PSRGQALRR 15
9 ARRTSRAVT 14
44 CCSGDPASY 14
65 WPQASVPL 14
73 LLTHPAQWE 14
146 TLNPVLRHL 14
39 SLHSACCSG 13
62 TLGWPQAS 13
68 QASVPLLTH 13
117 RQ1GSJDTD 13
6 TTWARRTSR 12
29 CSRLPPSLR 12
50 ASYRLWGAP 12
70 SVPLLTHPA 12
93 SLTMYVCAP 12
97 YVÇAPVPHP 12
109 MALSRTPTR 12
181 RGQALRRAR 12
45 CSGDPASYR 11
51 SYRLWGAPL 11
460
Tabela XXV-V4-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
59 LQPTLGVVP 11
78 AQWEPVLVP 11
84 LVPEAHPNA 11
88 AHPNASLTM 11
95 TMYVCAPVP 11
118 QIGSIDTDP 11
121 SIDTDPPAD 11
145 STLNPVLRH 11
152 RHLFPQEAF 11
Tabela XXV-V19-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
7 RLLPSLRCS 19
8 LLPSLRCSL 13
5 CSRLLPSLR 12
9 LPSLRÇSLH 10
461
Tabela XXV-V20-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 CSGDPASSR 13
8 SSRLWGAPL 11
1 CCSGDPASS 8
7 ASSRLWGAP 8
9 SRLWGAPLQ 8
3 SGDPASSRL 7
5 DPASSRLWG 6
Tabela XXV-V21-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
5 PLLTDPAQW 19
6 LLTDPAQWE 15
3 SVPLLTDPA 12
1 QASVPLLTD 9
Tabela XXV-V21 &22-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
4 PLLTDLAQW 18
5 LLTDLAQWE 15
8 DLAQWEPVL 15
2 SVPLLTDLA 12
462
Tabela XXV-V22-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada,o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
4 PLLTHLAQW 18
8 HLAQWEPVL 15
5 LLTHLAQWE 14
2 SVPLLTHLA 12
Tabela XXV-V24-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 SLTMYVCTP 15
6 yvçtpvphp 10
1 ASLTMYVCT 9
5 MYVCTPVPH 9
4 TMYVCTPVP 8
Tabela XXV-V25-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
6 RQ1SS1DTD 11
7 QISSIDTDP 11
2 RTPTRQISS 8
3 TPTRQISSI 8
4 PTRQISSID 6
1 SRTPTRQIS 5
9 SS1DTDPPA 5
463
Tabela XXV-V25&26-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
4 RQ1SSSDTD 11
5 QISSSDTDP 11
1 TPTRQJSSS 8
2 PTRQISSSD 8
____Tabela XXV-V26-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
4 RQIGSSDTD 13
2 PTRQIGSSD 11
5 QIGSSDTDP 11
1 TPTRQIGSS 6
3 TRQIGSSDT 6
9 SDTDPPADG 6
Tabela XXV-V27-HLA-A3-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 RGQALRRAQ 8
464
Tabela XXVi-V1-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
60 TVISKGCSL 27
70 CVDDSQDYY 21
105 AILALLPAL 18
51 ARIRAVGLL 17
88 DTDLCNASG 17
3 AVLLALLMA 16
36 LQVENCTQL 16
16 QPGTALLCY 15
39 ENCTQLGEQ 15
69 NCVDDSQDY 15
28 AQVSNEDCL 14
33 EDCLQVENC 14
101 QPAAAILAL 14
102 PAAAILALL 14
108 ALLPALGLL 14
1 MKAVLLALL 13
59 LTVISKGCS 13
78 YVGKKNITC 13
83 NITCCDTDL 13
465
Tabela XXVi-V4-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
158 EAFPAHPIY 25
65 WPQASVPL 18
123 DTDPPADGP 17
173 SWSPAPSR 17
64 GWPQASVP 16
170 QVWSWSPA 16
81 EPVLVPEAH 15
89 HPNASLTMY 15
97 YVCAPVPHP 14
145 STLNPVLRH 14
146 TLNPVLRHL 14
149 PVLRHLFPQ 14
15 AVTPTCATP 13
61 PTLGWPQA 13
87 EAHPNASLT 13
106 DPPMALSRT 13
11 RTSRAVTPT 12
66 VPQASVPLL 12
70 SVPLLTHPA 12
84 LVPEAHPNA 12
115 PTRQIGSID 12
160 FPAHPIYDL 12
174 WSPAPSRG 12
?ί|3
466
Tabela XXVI-V19-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
4 PCSRLLPSL 14
8 LLPSLRCSL 11
1 GPMPCSRLL 9
3 MPCSRLLPS _______________6_______________
__Tabela XXVi-V20-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 SGDPASSRL 11
5 DPASSRLWG 10
8 SSRLWGAPL 10
6 PASSRLWGA _______________5_______________
Tabela XXVi-V21-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 DPAQWEPVL 16
3 SVPLLTDPA 12
2 ASVPLLTDP 10
7 LTDPAQWEP 9
Tabela XXVI-V21 &22-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTDL 18
467
Tabela XXVÍ-V21 &22-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 DLAQWEPVL 16
2 SVPLLTDLA 12
6 LTDLAQWEP 8
Tabela XXVi-V22-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTHL 18
2 SVPLLTHLA 12
6 LTHLAQWEP 8
8 HLAQWEPVL 8
Tabela XXVi-V24-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
6 YVCTPVPHP 14
3 LTMYVCTPV 8
8 CTPVPHPDP 8
2 SLTMYVCTP 7
Tabela XXVi-V25-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
4 PTRQISSID 11
2 RTPTRQISS 10
468
___Tabela XXVi-V25-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
6 RQISSIDTD 10
3 TPTRQISSI 8
7 QISSIDTDP 7
9 SSIDTDPPA 6
___Tabela XXVi-V25&26-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 PTRQISSSD 12
1 TPTRQISSS 8
4 RQISSSDTD 6
5 QISSSDTDP 5
Tabela XXVi-V26-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 PTRQIGSSD 13
1 TPTRQIGSS 8
Tabela XXVi-V27-HLA-A26-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRGQALRRA 5
469
Tabela XXVII-V1 -HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
101 QPAAAILAL 25
7 ALLMAGLAL 16
13 LALQPGTAL 16
14 ALQPGTALL 15
105 AILALLPAL 15
107 LALLPALGL 15
50 TARIRAVGL 14
99 ALQPAAAIL 14
109 LLPALGLLL 14
16 QPGTALLCY 13
51 ARIRAVGLL 13
52 RIRAVGLLT 13
102 PAAAILALL 13
108 ALLPALGLL 13
110 LPALGLLLW 13
1 MKAVLLALL 12
5 LLALLMAGL 12
28 AQVSNEDCL 12
92 CNASGAHAL =12
_____________Tabela XXVI l-V4-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada.o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
57 APLQPTLGV 24
160 FPAHPIYDL 24
66 VPQASVPLL 23
76 HPAQWEPVL 23
32 LPPSLRCSL =21
470
L_____________Tabela XXVI l-V4-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos ___123456789 score
176 SPAPSRGQA 19
102 VPHPDPPMA 18
22 TPAGPMPCS 17
127 PADGPSNPL 17
104 HPDPPMALS 16
106 DPPMALSRT 16
114 TPTRQIGSI 16
143 AFSTLNPVL 16
163 HPIYDLSQV 16
24 AGPMPCSRL 15
51 [ SYRLWGAPL 15
86 __PEAHPNASL 15
130 Lgpsnplccc 15
178 APSRGQALR 15
48 DPASYRLWG 14
60 QPTLGWPQ 14
100 APVPHPDPP 14
103 PHPDPPMAL 14
141 GPAFSTLNP 14
9 ARRTSRAVT 13
17 TPTCATPAG 13
28 PCSRLPPSL 13
55 WGAPLQPTL 13
65 WPQASVPL 13
125 DPPADGPSN 13
139 _FHGPAFSTL 13
148 NPVLRHLFP 13
155 FPQEAFPAH 13
11 RTSRAVTPT 12
14 RAVTPTCAT 12
471
Tabela XXVII-V4-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
25 GPMPCSRLP 12
27 MPCSRLPPS 12
33 PPSLRCSLH 12
46 SGDPASYRL 12
54 LWGAPLQPT 12
71 VPLLTHPAQ 12
81 EPVLVPEAH 12
85 VPEAHPNAS 12
89 HPNASLTMY 12
107 PPMALSRTP 12
111 LSRTPTRQI 12
177 PAPSRGQAL 12
19 TCATPAGPM 11
101 PVPHPDPPM 11
126 PPADGPSNP 11
138 CFHGPAFST 11
146 TLNPVLRHL 11
152 RHLFPQEAF 11
157 QEAFPAHPI 11
Tabela XXVII-V19-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 GPMPCSRLL 22
3 MPCSRLLPS 13
4 PCSRLLPSL 13
9 LPSLRCSLH 12
8 LLPSLRCSL 11
472
_____________Tabela XXVII-V20-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 SSRLWGAPL 15
5 DPASSRLWG 14
3 SGDPASSRL 12
6 PASSRLWGA =________8_________
Tabela XXVII-V21-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 DPAQWEPVL 23
4 VPLLTDPAQ =____________12_____________
___________Tabela XXVII-V21 &22-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTDL 14
3 VPLLTDLAQ 13
8 DLAQWEPVL 13
7 TDLAQWEPV 8
2 SVPLLTDLA 7
_____________Tabela XXVII-V22-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTHL 14
3 VPLLTHLAQ 13
473
Tabela XXVII-V22-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 HLAQWEPVL 13
7 THLAQWEPV 8
9 LAQWEPVLV 8
2 SVPLLTHLA 7
Tabela XXVII-V24-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASLTMYVCT 10
3 LTMYVCTPV 9
6 YVCTPVPHP 5
8 CTPVPHPDP 4
_____________TabelaXXVII-V25-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada,ό comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 TPTRQISSI 16
9 SSIDTDPPA 8
Tabela XXVII-V25&26-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 TPTRQISSS 10
7 SSSDTDPPA 10
3 TRQISSSDT 6
6 ISSSDTDPP 5
474
Tabela XXVII-V26-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 TPTRQIGSS 10
7 GSSDTDPPA 10
3 TRQIGSSDT 6
6 IGSSDTDPP 5
9 SDTDPPADG 4
L_____________Tabela XXVI l-V27-HLA-B0702-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRGQALRRA 7
_______________Tabela XXVIII-V1 -HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
50 TARIRAVGL 29
60 TVISKGCSL 20
101 QPAAAILAL 18
5 LLALLMAGL 17
7 ALLMAGLAL 17
14 ALQPGTALL 16
99 ALQPAAAIL 16
108 ALLPALGLL 16
109 LLPALGLLL 16
115 LLLWGPGQL 16
13 LALQPGTAL 15
105 AILALLPAL 15
107 LALLPALGL 15
475
Tabela XXVIII-V1-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada,ό comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
83 NITCCDTDL 14
102 PAAAILALL 14
Tabela XXVI1 l-V4-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
177 PAPSRGQAL 23
51 SYRLWGAPL 19
66 VPQASVPLL 18
160 FPAHPIYDL 18
76 HPAQWEPVL 17
32 LPPSLRCSL 16
146 TLNPVLRHL 16
33 PPSLRCSLH 15
148 NPVLRHLFP 15
27 MPCSRLPPS 14
35 SLRCSLHSA 14
127 PADGPSNPL 14
49 PASYRLWGA 13
114 TPTRQIGSI 13
150 VLRHLFPQE 13
46 SGDPASYRL 12
65 WPQASVPL 12
109 MALSRTPTR 12
111 LSRTPTRQI 12
8 WARRTSRAV 11
86 PEAHPNASL 11
103 PHPDPPMAL 11
476
Tabela XXVI1 l-V4-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 terminal de cada peptídeo é a posição d cada posição de início é aminoácidos; e a posição e início mais oito.
Pos 123456789 score
139 FHGPAFSTL 11
143 AFSTLNPVL 11
Tabela XXVIII-V19-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 GPMPCSRLL 17
8 LLPSLRCSL 16
9 LPSLRCSLH 15
3 MPCSRLLPS 14
4 PCSRLLPSL 10
Tabela XXVII l-V20-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 SSRLWGAPL 19
3 SGDPASSRL 12
6 PASSRLWGA 12
Tabela XXVIII-V21-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 DPAQWEPVL 16
4 VPLLTDPAQ 9
Tabela XXVIII-V21-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 DPAQWEPVL 16
4 VPLLTDPAQ 9
477
|Tabela XXVIII-V21&22-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 DLAQWEPVL 16
1 ASVPLLTDL 10
3 VPLLTDLAQ 9
Tabela XXVIII-V22-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 HLAQWEPVL 17
1 ASVPLLTHL 10
3 VPLLTHLAQ 9
Tabela XXVIII-V24-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 SLTMYVCTP 9
Tabela XXVI ll-V25-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 TPTRQISSI 13
2 RTPTRQISS 8
4 PTRQISSID 6
478
_____________Tabela XXVI1 l-V25&26-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 TPTRQISSS 7
2 PTRQISSSD 6
5 QISSSDTDP 4
Tabela XXVIIl-V26-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 TPTRQIGSS 7
2 PTRQIGSSD 6
5 QIGSSDTDP 4
8 SSDTDPPAD 3
______________Tabela XXVIIl-V27-HLA-B08-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRGQALRRA 2
2 RGQALRRAQ 1
______________Tabela XXIX-V1-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
13 LALQPGTAL 13
14 ALQPGTALL 13
50 TARIRAVGL 13
92 CNASGAHAL 13
479
Tabela XXIX-V1-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
97 AHALQPAAA 13
101 QPAAAILAL 13
1 MKAVLLALL 12
5 LLALLMAGL 12
36 LQVENCTQL 12
99 ALQPAAAIL 12
105 AILALLPAL 12
108 ALLPALGLL 12
115 LLLWGPGQL 12
7 ALLMAGLAL 11
28 AQVSNEDCL 11
51 ARIRAVGLL 11
60 TVISKGCSL 11
102 PAAAILALL 11
107 LALLPALGL 11
83 NITCCDTDL 10
109 LLPALGLLL 10
2 KAVLLALLM 6
53 IRAVGLLTV 6
Tabela XXIX-V4-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
103 PHPDPPMAL 24
139 FHGPAFSTL 23
152 RHLFPQEAF 18
88 AHPNASLTM 17
55 WGAPLQPTL 15
480
Tabela XXIX-V4-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
76 HPAQWEPVL 15
146 TLNPVLRHL 15
46 SGDPASYRL 14
143 AFSTLNPVL 14
24 AGPMPCSRL 13
28 PCSRLPPSL 13
65 WPQASVPL 13
160 FPAHPIYDL 13
2 THRTTTWAR 12
66 VPQASVPLL 12
86 PEAHPNASL 12
127 PADGPSNPL 12
32 LPPSLRCSL 11
40 LHSACCSGD 11
75 THPAQWEPV 11
177 PAPSRGQAL 11
Tabela XXIX-V19-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 GPMPCSRLL 15
4 PCSRLLPSL 12
8 LLPSLRCSL 11
481
Tabela XXIX-V20-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 _ SGDPASSRL 14
8 SSRLWGAPL 10
Tabela XXIX-V21-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 DPAQWEPVL 15
____________Tabela XXIX-V21&22-HLA-B1510-9mers-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. |
Pos 123456789 score |
8 _ DLAQWEPVL __________________15__________________|
1 ASVPLLTDL 12 |
_____________Tabela XXIX-V22-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 HLAQWEPVL 15
1 ASVPLLTHL 12
7 THLAQWEPV -------y
482
Tabela XXIX-V24-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
4 TMYVCTPVP 5
6 YVCTPVPHP 4
5 MYVCTPVPH 3
7 VCTPVPHPD 3
8 CTPVPHPDP 3
1 ASLTMYVCT 2
2 SLTMYVCTP 2
Tabela XXIX-V25-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRTPTRQIS 3
8 ISSIDTDPP 3
3 TPTRQISSI 2
6 RQISSIDTD 2
9 SSIDTDPPA 2
4 PTRQISSID 1
5 TRQISSIDT 1
7 QISSIDTDP 1
Tabela XXIX-V25&26-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
6 ISSSDTDPP 3
7 SSSDTDPPA 3
1 TPTRQISSS 2
2 PTRQISSSD 1
483
Tabela XXIX-V25&26-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
3 TRQISSSDT 1
4 RQISSSDTD 1
5 QISSSDTDP 1
Tabela XXIX-V26-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
7 GSSDTDPPA 4
6 IGSSDTDPP 3
8 __SSDTDPPAD 3
9 SDTDPPADG 3
1 TPTRQIGSS 2
3 TRQIGSSDT 2
4 __RQIGSSDTD 2
2 PTRQIGSSD 1
Tabela XXIX-V27-HLA-B1510-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRGQALRRA 5
2 RGQALRRAQ 4
484
Tabela XXX-V1-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
51 ARIRAVGLL 24
54 RAVGLLTVI 18
|13 LALQPGTAL 17
53 IRAVGLLTV 16
56 VGLLTVISK 16
105 AILALLPAL 16
107 LALLPALGL 16
2 KAVLLALLM 15
14 ALQPGTALL 15
36 LQVENCTQL 15
108 ALLPALGLL 15
115 LLLWGPGQL 15
7 ALLMAGLAL 14
19 TALLCYSCK 14
44 LGEQCWTAR 14
60 TVISKGCSL 14
99 ALQPAAAIL 14
101 QPAAAILAL 14
1 MKAVLLALL 13
5 LLALLMAGL 13
74 SQDYYVGKK 13
76 DYYVGKKNI 13
83 NITCCDTDL 13
92 CNASGAHAL 13
98 HALQPAAAI 13
102 PAAAILALL 13
28 AQVSNEDCL 12
45 GEQCWTARI 12
50 TARIRAVGL 12
485
L Tabela XXX-V1 -HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
57 GLLTVISKG 12
109 LLPALGLLL 12
46 EQCWTARIR 11
70 CVDDSQDYY 11
73 DSQDYYVGK 11
Tabela XXX-V4-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 _HRTTTWARR 23
152 RHLFPQEAF 19
30 SRLPPSLRC 18
10 __RRTSRAVTP 17
52 _YRLWGAPLQ 16
55 WGAPLQPTL 16
178 APSRGQALR 16
179 PSRGQALRR 16
24 AGPMPCSRL 15
46 SGDPASYRL 15
127 PADGPSNPL 15
143 AFSTLNPVL 15
145 STLNPVLRH 15
160 __FPAHPIYDL 15
173 __SWSPAPSR 15
180 __SRGQALRRA 15
181 RGQALRRAR 15
9 ARRTSRAVT 14
65 WPQASVPL 14
486
[______________Tabela XXX-V4-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
76 HPAQWEPVL 14
86 PEAHPNASL 14
105 PDPPMALSR 14
109 __MALSRTPTR 14
116 TRQIGSIDT 14
6 TTWARRTSR 13
28 PCSRLPPSL 13
29 CSRLPPSLR 13
45 CSGDPASYR 13
66 VPQASVPLL 13
117 |. RQIGSIDTD 13
139 FHGPAFSTL 13
146 TLNPVLRHL 13
158 EAFPAHPIY 13
13 SRAVTPTCA 12
23 PAGPMPCSR 12
32 LPPSLRCSL 12
36 LRCSLHSAC 12
44 CCSGDPASY 12
51 SYRLWGAPL 12
68 QASVPLLTH 12
88 AHPNASLTM 12
89 __HPNASLTMY 12
|103 PHPDPPMAL 12
131 PSNPLCCCF 12
144 FSTLNPVLR 12
151 LRHLFPQEA 12
2 THRTTTWAR 11
81 EPVLVPEAH 11
101 PVPHPDPPM 11
487
Tabela XXX-V4-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
112 SRTPTRQIG 11
136 CCCFHGPAF 11
147 LNPVLRHLF 11
Tabela XXX-V19-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
6 SRLLPSLRC 18
1 GPMPCSRLL 15
4 PCSRLLPSL 14
5 CSRLLPSLR 13
8 LLPSLRCSL 12
9 LPSLRCSLH 10
7 RLLPSLRCS 9
Tabela XXX-V20-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 SRLWGAPLQ 16
3 SGDPASSRL 15
2 CSGDPASSR 14
8 SSRLWGAPL 12
488
Tabela XXX-V21 -HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 DPAQWEPVL 14
2 ASVPLLTDP 7
___________Tabela_XXX-V21&22-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTDL 17
8 DLAQWEPVL 14
_____________Tabela XXX-V22-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTHL 17
8 HLAQWEPVL 14
Tabela XXX-V24-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
5 MYVCTPVPH 10
1 ASLTMYVCT 4
4 TMYVCTPVP 4
489
Tabela XXX-V25-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
5 TRQISSIDT 13
1 __SRTPTRQIS 11
3 TPTRQISSI 11
6 RQISSIDTD 11
2 RTPTRQISS 8
TabelaJ<XX-V25&26-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 TRQISSSDT 13
4 __RQISSSDTD 9
2 PTRQISSSD 6
Tabela XXX-V26-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. |
Pos _ 123456789 score _|
3 TRQIGSSDT 14 |
4 RQIGSSDTD 11 I
L Tabela XXX-V27-HLA-B2705-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRGQALRRA 15
490
Tabela XXXI-V1 -HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
51 ARIRAVGLL 23
53 IRAVGLLTV 20
|7 ALLMAGLAL 14
105 AILALLPAL 14
107 LALLPALGL 14
108 ALLPALGLL 14
2 KAVLLALLM 13
28 AQVSNEDCL 13
54 RAVGLLTVI 13
99 ALQPAAAIL 13
115 LLLWGPGQL 13
13 LALQPGTAL 12
14 ALQPGTALL 12
22 LCYSCKAQV 12
36 LQVENCTQL 12
45 GEQCWTARI 12
50 TARIRAVGL 12
60 TVISKGCSL 12
92 CNASGAHAL 12
30 VSNEDCLQV 11
76 DYYVGKKNI 11
83 NITCCDTDL 11
98 HALQPAAAI 11
101 QPAAAILAL 11
102 PAAAILALL 11
109 LLPALGLLL 11
491
__Tabela XXXI-V4-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
10 RRTSRAVTP 18
30 SRLPPSLRC 15
52 YRLWGAPLQ 14
| 152 RHLFPQEAF 14
46 SGDPASYRL 13
3 HRTTTWARR 12
24 AGPMPCSRL 12
55 WGAPLQPTL 12
57 APLQPTLGV 12
66 VPQASVPLL 12
112 SRTPTRQIG 12
143 AFSTLNPVL 12
166 YDLSQVWSV 12
9 ARRTSRAVT 11
28 PCSRLPPSL 11
32 LPPSLRCSL 11
36 LRCSLHSAC 11
65 WPQASVPL 11
76 HPAQWEPVL 11
139 FHGPAFSTL 11
142 PAFSTLNPV 11
146 TLNPVLRHL 11
160 FPAHPIYDL 11
163 HPIYDLSQV 11
177 PAPSRGQAL 11
180 SRGQALRRA 11
13 SRAVTPTCA 10
51 SYRLWGAPL 10
86 PEAHPNASL 10
492
Tabela XXXI-V4-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
88 AHPNASLTM 10
103 PHPDPPMAL 10
116 TRQIGSIDT 10
127 PADGPSNPL 10
151 LRHLFPQEA 10
19 TCATPAGPM 9
58 PLQPTLGW 9
63 LGWPQASV 9
77 PAQWEPVLV 9
90 PNASLTMYV 9
101 PVPHPDPPM 9
111 LSRTPTRQI 9
114 TPTRQIGSI 9
131 PSNPLCCCF 9
136 CCCFHGPAF 9
157 QEAFPAHPI 9
8 WARRTSRAV 8
75 THPAQWEPV 8
94 LTMYVCAPV 8
147 LNPVLRHLF 8
167 DLSQVWSW 8
493
Tabela XXXI-V19-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 GPMPCSRLL 14
6 SRLLPSLRC 14
4 PCSRLLPSL 11
8 LLPSLRCSL 11
7 RLLPSLRCS ====____7________
Tabela XXXI-V20-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 SRLWGAPLQ 14
3 SGDPASSRL 12
8 SSRLWGAPL 10
_____________TabelaXXXI-V21-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada,ό comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 DPAQWEPVL 11
8 TDPAQWEPV 8
Tabela XXXI-V21 &22-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTDL 13
8 DLAQWEPVL 11
7 TDLAQWEPV 10
494
_____________Tabela XXXI-V22-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTHL 13
8 HLAQWEPVL 11
7 THLAQWEPV 10
9 LAQWEPVLV 9
Tabela XXXI-V24-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 LTMYVCTPV 8
1 ASLTMYVCT 4
4 TMYVCTPVP =_________3___________
Tabela XXXI-V25-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRTPTRQIS 12
5 TRQISSIDT 10
3 TPTRQISSI 9
6 RQISSIDTD 6
Tabela XXXI-V25&26-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição |_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 TRQISSSDT 10
4 RQISSSDTD 6
495
Tabela XXXI-V26-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 TRQIGSSDT 10
4 RQIGSSDTD 5
7 GSSDTDPPA 4
L____________Tabela XXXI-V27-HLA-B2709-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 SRGQALRRA 11
Tabela XXXII-V1-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
45 GEQCWTARI 19
51 ARIRAVGLL 19
108 ALLPALGLL 19
14 ALQPGTALL 18
7 ALLMAGLAL 17
99 ALQPAAAIL 17
105 AILALLPAL 17
101 QPAAAILAL 16
28 AQVSNEDCL 14
92 CNASGAHAL 14
107 LALLPALGL 14
110 LPALGLLLW 14
13 LALQPGTAL 13
16 QPGTALLCY 13
32 NEDCLQVEN 13
496
______________Tabela XXXII-V1 -HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
50 ^TARIRAVGL 13
60 TVISKGCSL 13
102 PAAAILALL 13
109 LLPALGLLL 13
115 LLLWGPGQL 13
1 MKAVLLALL 12
36 LQVENCTQL 12
69 NCVDDSQDY 12
70 CVDDSQDYY 12
98 HALQPAAAI 12
5 LLALLMAGL 11
38 VENCTQLGE 11
41 CTQLGEQCW 11
54 RAVGLLTVI 11
83 NITCCDTDL 11
76 DYYVGKKNI 10
104 AAILALLPA 9
_____________Tabela XXXI l-V4-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
86 PEAHPNASL 20
157 QEAFPAHPI 20
158 EAFPAHPIY 17
143 AFSTLNPVL 16
46 SGDPASYRL 15
103 PHPDPPMAL 15
139 FHGPAFSTL 15
497
Tabela XXXII-V4-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
146 TLNPVLRHL 15
| 24 AGPMPCSRL 14
55 WGAPLQPTL 14
72 PLLTHPAQW 14
147 LNPVLRHLF 14
177 PAPSRGQAL 14
28 PCSRLPPSL 13
44 CCSGDPASY 13
47 GDPASYRLW 13
127 PADGPSNPL 13
131 PSNPLCCCF 13
152 RHLFPQEAF 13
160 FPAHPIYDL 13
32 LPPSLRCSL 12
51 SYRLWGAPL 12
65 WPQASVPL 12
66 VPQASVPLL 12
80 WEPVLVPEA 12
111 LSRTPTRQI 12
114 TPTRQIGSI 12 |
136 CCCFHGPAF 12 |
164 PIYDLSQVW 12 |
76 HPAQWEPVL 11 |
89 HPNASLTMY 11
498
L Tabela)OO<ll-V19-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 GPMPCSRLL 16
4 PCSRLLPSL 13
8 LLPSLRCSL 12
7 RLLPSLRCS 6
TabelaJO<XII-V20-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 SGDPASSRL 15
4 GDPASSRLW 13
8 SSRLWGAPL 12
z ASSRLWGAP 7
TabelaXXXII-V21-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
5 PLLTDPAQW 14
9 DPAQWEPVL 11
2 ASVPLLTDP =7
Tabela XXXII-V21 &22-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição I_________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
I Pos 123456789 score
1 ASVPLLTDL 17
I 4 PLLTDLAQW 14
499
____________Tabela XXXII-V21 &22-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
8 DLAQWEPVL 11
L Tabela XXXII-V22-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASVPLLTHL 17
4 PLLTHLAQW 14
8 HLAQWEPVL 11
_____________Tabela XXXII-V24-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 ASLTMYVCT 6
7 VCTPVPHPD 5
2 SLTMYVCTP 3
4 TMYVCTPVP 2
5 MYVCTPVPH 2
6 YVCTPVPHP 2
Tabela XXXII-V25-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 TPTRQISSI 12
6 RQISSIDTD 7
1 SRTPTRQIS 5
9 SSIDTDPPA 5
500
Tabela XXXI l-V25&26-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada,o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 TPTRQISSS 4
4 RQISSSDTD 4
7 SSSDTDPPA 3
6 ISSSDTDPP 2
2 PTRQISSSD 1
5 QISSSDTDP 1
L Tabela XXXH-V26-HLA-B4402-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 Score
8 SSDTDPPAD 6
4 RQIGSSDTD 5
1 TPTRQIGSS 4
9 SDTDPPADG 3
6 IGSSDTDPP 2
_____________Tabela XXXI l-V27-HLA-B4402-9mers-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito. |
Pos 123456789 Score |
2 RGQALRRAQ 4 I
1 SRGQALRRA 3
501
Tabela XXXIIII-V1-HLA-B5101-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
54 RAVGLLTVI 26
98 HALQPAAAI 23
107 LALLPALGL 22
13 LALQPGTAL 21
50 TARIRAVGL 19
76 DYYVGKKNI 19
101 QPAAAILAL 19
102 PAAAILALL 18
6 LALLMAGLA 16
111 PALGLLLWG 15
22 LCYSCKAQV 14
53 IRAVGLLTV 14
110 LPALGLLLW 14
16 QPGTALLCY 13
19 TALLCYSCK 13
56 VGLLTVISK 13
2 KAVLLALLM 12
10 MAGLALQPG 12
27 KAQVSNEDC 12
30 VSNEDCLQV 12
93 NASGAHALQ 12
103 AAAILALLP 12
104 AAILALLPA 12
502
_____________Tabela XXXIIII-V19-HLA-B5101 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 GPMPCSRLL 17
3 MPCSRLLPS 13
9 LPSLRCSLH 12
8 LLPSLRCSL 9
Tabela XXXIIII-V20-HLA-B5101 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
5 DPASSRLWG 16
3 SGDPASSRL 13
6 PASSRLWGA 11
Tabela XXXIIII-V21-HLA-B5101-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 DPAQWEPVL 23
1 QASVPLLTD 14
4 VPLLTDPAQ 14
8 TDPAQWEPV 11
503
Tabela XXXI111-V21 &22-HLA-B5101 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 VPLLTDLAQ 15
8 DLAQWEPVL 13
7 TDLAQWEPV 12
1 ASVPLLTDL 8
_____________Tabela XXXIIII-V22-HLA-B5101 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
9 LAQWEPVLV 22
3 VPLLTHLAQ 15
7 THLAQWEPV 12
_____________Tabela XXXIIII-V24-HLA-B5101 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 LTMYVCTPV 13
4 TMYVCTPVP 8
6 YVCTPVPHP 6
504
_____________Tabela XXXIIII-V25-HLA-B5101 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
3 TPTRQISSI 22
Tabela XXXIIII-V25&26-HLA-B5101-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição _________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 TPTRQISSS 12
Tabela XXXIIII-V26-HLA-B5101-9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
1 TPTRQIGSS 12
6 IGSSDTDPP 8
_____________Tabela XXXIIII-V27-HLA-B5101 -9mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 9 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais oito.
Pos 123456789 score
2 RGQALRRAQ 8
1 SRGQALRRA 3
505
_______________Tabela XXXIV-V1-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
15 LQPGTALLCY 22
37 QVENCTQLGE 16
88 DTDLCNASGA 16
68 LNCVDDSQDY 15
69 NÇVDDSQDYY 15
74 SQDYYVGKKN 15
108 ALLPALGLLL 15
14 ALQPGTALLC 14
31 SNEDCLQVEN 12
71 VDDSQDYYVG 12
84 ITCCDTDLCN 12
99 ALQPAAAILA 12
32 NEDCLQVENC 11
44 LGEQCWTARI 10
51 ARIRAVGLLT 10
70 CVDDSQDYYV 10
86 CÇDTDLÇNAS 10
______________Tabela XXXIV- V4-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
104 HPDPPMALSR 20
123 DTDPPADGPS 20
46 SGDPASYRLW 18
506
______________Tabela XXXIV-V4-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos ___ 1234567890 score
88 AHPNASLTMY 17
43 AÇCSGDPASY 16
79 QWEPVLVPEA 15
157 QEAFPAHPIY 15
127 PADGPSNPLC 14
85 VPEAHPNASL 12
121 S1DTDPPADG 12
144 FSTLNPVLRH 12
25 GPMPCSRLPP 11
128 ADGPSNPLCC 11
165 IYDLSQVWSV 11
29 CSRLPPSLRC 10
74 LTHPAQWEPV 10
87 __EAHPNASLTM 10
112 SRTPTRQIGS 10
115 PTRQIGSIDT 10
156 PQEAFPAHPI 10
161 PAHPIYDLSQ 10
66 VPQASVPLLT 9
69 ASVPLLTHPA 9
507
Tabela XXXIV-V19-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
2 GPMPCSRLLP 13
6 CSRLLPSLRC 10
3 PMPCSRLLPS 6
8 RLLPSLRCSL 6
10 LPSLRCSLHS 6 I
[Tabela XXXIV-V20-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
4 SGDPASSRLW 18
9 SSRLWGAPLQ 8
10 SRLWGAPLQP 8
______________Tabela XXXIV-V21-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
8 LTDPAQWEPV 20
3 ASVPLLTDPA 9
508
Tabela XXXIV-V21 &22-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
7 LTDLAQWEPV 16
2 ASVPLLTDLA 11
3 SVPLLTDLAQ 8
Tabela XXXIV-V22-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
2 ASVPLLTHLA 11
3 SVPLLTHLAQ 8
10 LAQWEPVLVP 8
7 LTHLAQWEPV 6
Tabela XXXIV-V24-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos |_ 1234567890 score
4 LTMYVCTPVP 7
2 ASLTMYVCTP 6
9 CTPVPHPDPP 6
8 VÇTPVPHPDP 5
10 TPVPHPDPPM 4
3 SLTMYVÇTPV 3
509
1—Tabela XXXIV-V25-HLA-A1 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
2 SRTPTRQISS 10
5 PTRQISSIDT 10
3 ___ RTPTRQjSSI 6
10 SSIDTDPPAD 6
1 ___LSRTPTRQIS 5
9 ISSIDTDPPA 4
______ Tabela XXXI V-V25&26-HLA-A1-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score |
1 RTPTRQfSSS 6 I
3 PTRQISSSDT ____________________?_____________________I
8 SSSDTDPPAD 6 I
7 ISSSDTDPPA ______________________4______________________|
L Tabela XXXIV-V26-HLA-A1-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
9 SSDTDPPADG 16
510
Tabela XXXIV-V27-HLA-A1-10mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 PSRGQALRRA 5
2 SRGQALRRAQ 3
_____________Tabela XXXV-V1-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
108 ALLPALGLLL 27
4 VLLALLMAGL 26
106 ILALLPALGL 26
52 RIRAVGLLTV 25
12 GLALQPGTAL 24
104 AAILALLPAL 24
21 LLCYSÇKAQV 23
114 GLLLWGPGQL 23
107 LALLPALGLL 22
6 LALLMAGLAL 20
7 ALLMAGLALQ 20
13 LALQPGTALL 20
35 CLQVENCTQL 20
49 WTARIRAVGL 19
5 LLALLMAGLA 18
9 LMAGLALQPG 18
50 TARIRAVGLL 18
59 LTVISKGCSL 18
511
Tabela XXXV-V1-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos [1234567890 score
62 ___ISKGCSLNCV 18
98 HALQPAAAIL 18
99 ___ALQPAAAILA 18
| 100 LQPAAAILAL 18
101 QPAAAILALL 18
103 AAAILALLPA 17
109 LLPALGLLLW 17
47 ___QCWTARIRAV 16
53 IRAVGLLTVI 16
70 CVDDSQDYYV 16
14 ALQPGTALLC 15
27 ___KAQVSNEDCL 15
29 QVSNEDCLQV 15
90 DLCNASGAHA 15
I 91 LCNASGAHAL 15
97 AHALQPAAAI 15
2 KAVLLALLMA 14
8 LLMAGLALQP 14
20 ALLCYSCKAQ 14
105 AILALLPALG 14
3 AVLLALLMAG 13
43 QLGEQÇWTAR 13
57 GLLTVJSKGC 13
67 SLNCVDDSQD 13
82 KNITCÇDTDL 13
512
_____________Tabela XXXV-V4-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
31 RLPPSLRCSL 24
62 TLGWPQASV 24
93 SLTMYVCAPV 23
145 STLNPVLRHL 22
53 RLWGAPLQPT 21
65 WPQASVPLL 20
110 ALSRTPTRQI 20
64 GWPQASVPL 19
57 APLQPTLGW 18
74 LTHPAQWEPV 18
83 VLVPEAHPNA 18
113 RTPTRQIGSI 18
165 IYDLSQVWSV 18
56 GAPLQPTLGV 17
141 GPAFSTLNPV 17
150 VLRHLFPQEA 17
153 HLFPQEAFPA 17
159 AFPAHPIYDL 17
176 SPAPSRGQAL 17
162 AHPIYDLSQV 16
50 ASYRLWGAPL 15
54 LWGAPLQPTL 15
76 HPAQWEPVLV 14
85 VPEAHPNASL 14
102 VPHPDPPMAL 14
513
T abela XXXV-V4-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
138 CFHGPAFSTL 14
146 TLNPVLRHLF 14
166 YDLSQVWSW 14
7 TWARRTSRAV 13
23 PAGPMPCSRL 13
27 MPCSRLPPSL 13
35 SLRCSLHSAC 13
39 SLHSAÇCSGD 13
73 LLTHPAQWEP 13
142 PAFSTLNPVL 13
45 CSGDPASYRL 12
79 QWEPVLVPEA 12
121 SIDTDPPADG 12
15 AVTPTÇATPA 11
58 PLQPTLGWP 11
75 THPAQWEPVL 11
78 AQWEPVLVPE 11
89 HPNASLTMYV 11
95 TMYVCAPVPH 11
126 PPADGPSNPL 11
134 PLCCCFHGPA 11
167 DLSQVWSWS 11
514
Tabela XXXV-V19-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
8 RLLPSLRCSL 26
4 MPCSRLLPSL 17
1 AGPMPÇSRLL 12
9 LLPSLRCSLH 12
Tabela XXXV-V20-HLA-A0201-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
8 ASSRLWGAPL 14
3 CSGDPASSRL 11
6 DPASSRLWGA 10
1 ACCSGDPASS 6
____________Tabela XXXV-V21-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
8 LTDPAQWEPV 18
7 LLTDPAQWEP 14
10 DPAQWEPVLV 13
9 TDPAQWEPVL 11
6 PLLTDPAQWE 9
2 QASVPLLTDP 8
515
[____________Tabela XXXV-V21-HLA-A0201-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 ASVPLLTDPA 8
4 SVPLLTDPAQ θ
Tabela XXXV-V21&22-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
9 DLAQWEPVLV 23
1 QASVPLLTDL 18
7 LTDLAQWEPV 16
6 LLTDLAQWEP 14
8 TDLAQWEPVL 13
Tabela XXXV-V22-HLA-A0201-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
9 ___HLAQWEPVLV 24
1 QASVPLLTHL 18
7 LTHLAQWEPV 16
6 LLTHLAQWEP 13
8 THLAQWEPVL 13
10 LAQWEPVLVP 11
516
____________Tabela XXXV-V24-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 SLTMYVCTPV 21
5 TMYVCTPVPH 11
1 NASLTMYVCT 10
2 ASLTMYVCTP 10 — .
____________Tabela XXXV-V2 5-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 RTPTRQISSI 18
8 QISSIDTDPP 8
___________Tabela XXXV-V25&26-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 RTPTRQISSS 10
6 QISSSDTDPP 8
7 ISSSDTDPPA 7
3 PTRQISSSDT 5
8 SSSDTDPPAD 5
517
Tabela XXXV-V26-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 RTPTRQIGSS 10
6 QIGSSDTDPP 8
7 IGSSDTDPPA 7
3 PTRQIGSSDT 5
5 RQIGSSDTDP 4
8 GSSDTDPPAD 4
9 SSDTDPPADG 4
____________Tabela XXXV-V27-HLA-A0201 -1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 PSRGQALRRA 7
2 SRGQALRRAQ 3
Tabela XXXVI-V1-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
96 GAHALQPAAA 27
95 SGAHALQPAA 19
90 DLCNASGAHA 18
97 AHALQPAAAI 17
518
Tabela XXXVI-V4-HLA-A0203-10mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
6 TTWARRTSRA 10
12 TSRAVTPTCA 10
15 AVTPTCATPA 10
34 PSLRCSLHSA 10
41 HSACCSGDPA 10
48 DPASYRLWGA 10
60 QPTLGVVPQA 10
69 ASVPLLTHPA 10
79 QWEPVLVPEA 10
83 VLVPEAHPNA 10
91 NASLTMYVCA 10
I 101 PVPHPDPPMA 10
119 IGSIDTDPPA 10
134 PLCCCFHGPA 10
150 VLRHLFPQEA 10
153 HLFPQEAFPA 10
169 SQVWSVVSPA 10
175 VSPAPSRGQA 10
179 PSRGQALRRA 10
1 MTHRTTTWAR 9
7 TWARRTSRAV 9
13 SRAVTPTCAT 9
16 VTPTCATPAG 9
35 SLRCSLHSAC 9
42 SACCSGDPAS 9
519
Tabela XXXVI-V4-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
49 PASYRLWGAP 9
61 PTLGWPQAS 9
I 70 SVPLLTHPAQ 9
80 WEPVLVPEAH 9
84 LVPEAHPNAS 9
92 ASLTMYVCAP 9
102 VPHPDPPMAL 9
120 GSIDTDPPAD 9
135 LCCCFHGPAF 9
151 LRHLFPQEAF 9
154 LFPQEAFPAH 9
170 QVWSWSPAP 9
176 SPAPSRGQAL 9
180 SRGQALRRAR 9
2 THRTTTWARR 8
I 8 WARRTSRAVT 8
14 RAVTPTÇATP 8
17 TPTCATPAGP 8
36 LRCSLHSACC 8
43 AÇCSGDPASY 8
50 ASYRLWGAPL 8
62 TLGWPQASV 8
71 VPLLTHPAQW 8
81 EPVLVPEAHP 8
85 VPEAHPNASL 8
520
TabelaXXXVI-V4-HLA-A0203-10mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos [ 1234567890 score
93 SLTMYVÇAPV 8
103 PHPDPPMALS 8
121 SIDTDPPADG 8
136 CÇCFHGPAFS 8
152 RHLFPQEAFP 8
155 FPQEAFPAHP 8
171 VWSWSPAPS 8
177 PAPSRGQALR 8
____________Tabela XXXVI-V19-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XXXVI-V20-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
6 DPASSRLWGA 10
7 PASSRLWGAP 9
1 AÇCSGDPASS 8
8 ASSRLWGAPL 8
521
Tabela XXXVI-V21-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 ASVPLLTDPA 10
4 SVPLLTDPAQ 9
5 VPLLTDPAQW 8
__________Tabela XXXVI-V21 &22-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
2 ASVPLLTDLA 10
3 SVPLLTDLAQ 9
4 VPLLTDLAQW 8
___________Tabela)<XXVI-V22-HLA-A0203-10mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
2 ASVPLLTHLA 10
3 SVPLLTHLAQ 9
4 VPLLTHLAQW 8
___________Tabela)<XXVI-V24-HLA-A0203-10mers-PSCA
Pos 1234567890 score
__Nenhum resultado encontrado.
522
Tabela XXXVI-V25-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
9 ISSIDTDPPA 10
10 SSIDTDPPAD 9
Tabela XXXVI-V25&26-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
7 ISSSDTDPPA 10
8 SSSDTDPPAD 9
___________Tabela XXXVI-V26-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
7 IGSSDTDPPA 10
8 GSSDTDPPAD 9
9 SSDTDPPADG 8
|____________Tabela XXXVI-V27-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 PSRGQALRRA 10
2 SRGQALRRAQ 9
523
|Tabela XXXVII-V1-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
55 avglltvisk 26
52 RIRAVGLLTV 24
108 ALLPALGLLL 24
14 ALQPGTALLC 22
8 LLMAGLALQP 21
106 ILALLPALGL 20
29 QVSNEDÇLQV 19
43 QLGEQCWTAR 19 |
99 alqpaaaila 19 |
105 AILALLPALG 19 |
3 avllallmag 18 |
7 allmaglalq 18 |
114 GLLLWGPGQL 18
4 VLLALLMAGL 17
I 12 GLALQPGTAL 17
67 SLNCVDDSQD 17
90 DLÇNASGAHA 17
5 LLALLMAGLA 16
20 ALLCYSÇKAQ 16
21 LLÇYSÇKAQV 16
37 QVENCTQLGE 16
60 TVISKGCSLN 16
18 GTALLÇYSCK 15
51 ARIRAVGLLT 15
109 LLPALGLLLW 15
524
_____________ Tabela XXXVII-V1-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
112 ALGLLLWGPG 15
35 CLQVENÇTQL 14
72 DDSQDYYVGK 14
11 AGLALQPGTA 13
57 GLLTVISKGC 12
73 DSQDYYVGKK 12
97 AHALQPAAAI 12
Tabela XXXVII-V4-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
58 PLQPTLGWP 24
15 AVTPTÇATPA 20
31 RLPPSLRCSL 20
110 ALSRTPTRQI 19
35 SLRCSLHSAC 18
146 TLNPVLRHLF 18
149 PVLRHLFPQE 18
164 PIYDLSQVWS 18
I 167 DLSQVWSWS 18
9 ARRTSRAVTP 17
64 GVVPQASVPL 17
50 ASYRLWGAPL 16
53 RLWGAPLQPT 16
525
Tabela XXXVII-V4-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
72 PLLTHPAQWE 16
153 HLFPQEAFPA 16
178 APSRGQALRR 16
43 ACÇSGDPASY 15
62 TLGWPQASV 15
82 PVLVPEAHPN 15
104 HPDPPMALSR 15
173 SVVSPAPSRG 15
8 WARRTSRAVT 14
39 SLHSACCSGD 14
93 SLTMYVQAPV 14
150 VLRHLFPQEA 14
70 SVPLLTHPAQ 13
83 VLVPEAHPNA 13
84 LVPEAHPNAS 13
95 TMYVCAPVPH 13
97 YVÇAPVPHPD 13
121 SIDTDPPADG 13
170 QVWSVVSPAP 13
174 WSPAPSRGQ 13
44 CCSGDPASYR 12
67 PQASVPLLTH 12
88 AHPNASLTMY 12
101 PVPHPDPPMA 12
143 AFSTLNPVLR 12
526
|Tabela XXXVII-V4-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
11 RTSRAVTPTC 11
14 RAVTPTCATP 11
28 PCSRLPPSLR 11
134 PLÇCCFHGPA 11
|Tabela XXXVII-V19-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
8 RLLPSLRCSL 22
9 LLPSLRÇSLH 17
5 PCSRLLPSLR 11
Tabela XXXVII-V20-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
2 CCSGDPASSR 14
8 ASSRLWGAPL 12
10 SRLWGAPLQP 10
1 ACÇSGDPASS 9
9 SSRLWGAPLQ 8
5 GDPASSRLWG 7
527
_____________Tabela XXXVII-V21-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
6 PLLTDPAQWE 16
4 SVPLLTDPAQ 13
7 LLTDPAQWEP 11
5 VPLLTDPAQW 10
1 PQASVPLLTD 8
____________Tabela XXXVII-V21 &22-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 SVPLLTDLAQ 16
5 PLLTDLAQWE 16
9 DLAQWEPVLV 16
6 LLTDLAQWEP 11
4 VPLLTDLAQW 9
8 TDLAQWEPVL 8
Tabela XXXVII-V22-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 SVPLLTHLAQ 16
5 PLLTHLAQWE 16
9 HLAQWEPVLV 16
528
6 LLTHLAQWEP 10
4 VPLLTHLAQW 9
8 THLAQWEPVL 8
10 LAQWEPVLVP 7
____________Tabela)<XXVI-V24-HLA-A0203-10mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
5 TMYVCTPVPH 13
3 SLTMYVCTPV 12
7 YVÇTPVPHPD 11
2 ASLTMYVCTP 9
Tabela XXXVI-V25-HLA-A0203-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
8 QISSIDTDPP 10
3 RTPTRQISSI 9
7 RQISSIDTDP 8
10 SSIDTDPPAD 7
2 SRTPTRQISS 6
4 TPTRQISSID 6
6 TRQISSIDTD 5
1 LSRTPTRQIS 4
529
Tabela XXXVI-V25&26-HLA-A0203-1 Omers-PSCA |
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
Pos 1234567890 score
7 ISSSDTDPPA 10
8 SSSDTDPPAD 9
_____________Tabela XXXVII-V26-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
2 TPTRQJGSSD 11
5 RQ1GSSDTDP 10
6 QIGSSDTDPP 10
1 RTPTRQ1GSS 7
3 PTRQIGSSDT 6
4 TRQIGSSDTD 5
9 SSDTDPPADG 5
10 SDTDPPADGP 5
______________Tabela XXXVII-V27-HLA-A3-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 PSRGQALRRA 5
2 SRGQALRRAQ 3 .
530
______________Tabela XXXVIII-V1-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
59 LTVISKGCSL 22
60 TVISKGCSLN 17
88 DTDLCNASGA 17
104 AAILALLPAL 17
49 WTARIRAVGL 16
55 AVGLLTVISK 16
3 AVLLALLMAG 15
15 LQPGTALLCY 15
I 69 NCVDDSQDYY 15
73 DSQDYYVGKK 15
50 TARIRAVGLL 14
78 YVGKKNITCC 14
100 LQPAAAILAL 14
107 LALLPALGLL 13
29 QVSNEDCLQV 12
39 ENCTQLGEQC 12
82 KNITCCDTDL 12
101 QPAAAILALL 12
6 LALLMAGLAL 11
37 QVENCTQLGE 11
46 EQCWTARIRA 11
70 CVDDSQDYYV 11
108 ALLPALGLLL 11
2 KAVLLALLMA 10
12 GLALQPGTAL 10
531
______________Tabela XXXVIII-V1-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
33 EDCLQVENCT 10
52 RIRAVGLLTV 10
68 LNCVDDSQDY 10
114 GLLLWGPGQL 10
______________Tabela XXXVIII-V4-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
64 GWPQASVPL 23
65 WPQASVPLL 22
145 STLNPVLRHL 21
123 DTDPPADGPS 18
173 SWSPAPSRG 17
158 EAFPAHPIYD 16
88 AHPNASLTMY 15
81 EPVLVPEAHP 14
113 RTPTRQIGSI 14
48 DPASYRLWGA 13
84 LVPEAHPNAS 13
87 EAHPNASLTM 13
129 DGPSNPLCCC 13
142 PAFSTLNPVL 13
15 AVTPTCATPA 12
43 ACCSGDPASY 12
532
Tabela XXXVI11-V4-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada,o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
70 SVPLLTHPAQ 12
159 AFPAHPIYDL 12
170 QVWSWSPAP 12
176 SPAPSRGQAL 12
5 TTTWARRTSR 11
101 PVPHPDPPMA 11
149 PVLRHLFPQE 11
174 WSPAPSRGQ 11
___________ Tabela XXXVIII-V19-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
4 MPCSRLLPSL 14
8 RLLPSLRCSL 10
1 AGPMPCSRLL 8
Tabela XXXVIII-V20-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
6 DPASSRLWGA 13
3 CSGDPASSRL 10
8 ASSRLWGAPL 9
— *- L --
533
_____________Tabela XXXVIII-V21-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
4 SVPLLTDPAQ 12
8 LTDPAQWEPV 9
I 9 TDPAQWEPVL 9
10 DPAQWEPVLV 8
1 PQASVPLLTD 7
3 ASVPLLTDPA 5
___________Tabela XXXVIII-V21 &22-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 SVPLLTDLAQ 13
1 QASVPLLTDL 12
8 TDLAQWEPVL 9
7 LTDLAQWEPV 8
9 DLAQWEPVLV 8
Tabela XXXVIII-V22-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição _______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 SVPLLTHLAQ 13
1 QASVPLLTHL 12
8 THLAQWEPVL 9
534
_____________Tabela XXXVI11-V22-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
7 LTHLAQWEPV CO J
ί»
_____________Tabela XXXVIII-V24-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
7 YVCTPVPHPD 10
4 LTMYVCTPVP 8
6 MYVCTPVPHP 8
9 CTPVPHPDPP 8
10 TPVPHPDPPM 6
2 ASLTMYVCTP 5
_____________Tabela XXXVIII-V25-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 RTPTRQISSI 14
5 PTRQISSIDT 9
10 SSIDTDPPAD 7
6 TRQISSIDTD 6
535
Tabela XXXVI II-V25&26-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada.o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 RTPTRQISSS 14
3 PTRQISSSDT 9
Tabela XXXVIII-V26-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 RTPTRQIGSS 14
3 PTRQIGSSDT 9
Tabela XXXVIII-V27-HLA-A26-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 PSRGQALRRA 4
2 SRGQALRRAQ 2
_____________Tabela XXXIX-V1-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
101 QPAAAILALL 23
108 ALLPALGLLL 15
100 LQPAAAILAL 14
536
____________Tabela XXXIX-V1-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
104 AAILALLPAL 14
106 ILALLPALGL 14
6 LALLMAGLAL 13
12 GLALQPGTAL 13
49 WTARIRAVGL 13
50 TARIRAVGLL 13
110 LPALGLLLWG 13
4 VLLALLMAGL 12
13 LALQPGTALL 12
52 RIRAVGLLTV 12
82 KNITCCDTDL 12
91 LCNASGAHAL 12
103 AAAILALLPA 12
16 QPGTALLCYS 11
27 KAQVSNEDCL 11
35 CLQVENCTQL 11
94 ASGAHALQPA 11
97 AHALQPAAAI 11
98 HALQPAAAIL 11
537
Tabela XXXIX-V4-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
176 SPAPSRGQAL 23
85 VPEAHPNASL 22
102 VPHPDPPMAL 22
126 PPADGPSNPL 22
27 MPCSRLPPSL 21
100 APVPHPDPPM 21
107 PPMALSRTPT 21
57 APLQPTLGW 19
66 VPQASVPLLT 19
76 HPAQWEPVLV 19
60 QPTLGWPQA 18
89 HPNASLTMYV 18
130 GPSNPLCCCF 18
141 GPAFSTLNPV 18
48 DPASYRLWGA 17
25 GPMPCSRLPP 16
178 APSRGQALRR 16
33 PPSLRCSLHS 14
50 ASYRLWGAPL 14
64 GWPQASVPL 14
104 HPDPPMALSR 14
22 TPAGPMPCSR 13
31 RLPPSLRCSL 13
54 LWGAPLQPTL 13
75 THPAQWEPVL 13
538
_____________Tabela XXXIX-V4-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
138 CFHGPAFSTL 13
159 AFPAHPIYDL 13
23 PAGPMPCSRL 12
65 WPQASVPLL 12
81 EPVLVPEAHP 12
142 PAFSTLNPVL 12
8 WARRTSRAVT 11
15 AVTPTCATPA 11
17 TPTCATPAGP 11
45 CSGDPASYRL 11
69 ASVPLLTHPA 11
71 VPLLTHPAQW 11
110 ALSRTPTRQI 11
119 IGSIDTDPPA 11
125 DPPADGPSNP 11
133 NPLCCCFHGP 11
148 NPVLRHLFPQ 11
155 FPQEAFPAHP 11
160 FPAHPIYDLS 11
163 HPIYDLSQVW 11
539
____________Tabela XXXIX-V19-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
4 MPCSRLLPSL 21
2 GPMPCSRLLP 15
10 LPSLRCSLHS 14
8 RLLPSLRCSL 13
1 AGPMPCSRLL 12
Tabela XXXIX-V20-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
6 DPASSRLWGA 17
8 ASSRLWGAPL 16
3 CSGDPASSRL 11
Tabela XXXIX-V21-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
10 DPAQWEPVLV 19
9 TDPAQWEPVL 13
3 ASVPLLTDPA 11
5 VPLLTDPAQW 11
8 LTDPAQWEPV 9
540
Tabela XXXIX-V21&22-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 QASVPLLTDL 13
8 TDLAQWEPVL 13
4 VPLLTDLAQW 11
2 ASVPLLTDLA 10
9 DLAQWEPVLV 9
7 LTDLAQWEPV 8
Tabela XXXIX-V22-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é I especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove. |
Pos 1234567890 score J
1 QASVPLLTHL 13 J
8 THLAQWEPVL 13 J
4 VPLLTHLAQW 11 J
2 ASVPLLTHLA 10
9 HLAQWEPVLV 9
____________Tabela2<XXIX-V24-HLA-B0702-10mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
10 TPVPHPDPPM 19
1 NASLTMYVCT 10
541
____________Tabela2<XXIX-V25-HLA-B0702-10mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
9 ISSIDTDPPA 11
4 TPTRQISSID 10
5 PTRQISSIDT 8
3 RTPTRQISSI 7
__________Tabela XXXIX-V25&26-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
7 ISSSDTDPPA 11
2 TPTRQISSSD 10
3 PTRQISSSDT 8
Tabela XXXIX-V26-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
7 IGSSDTDPPA 11
2 TPTRQIGSSD 10
3 PTRQIGSSDT 8 I
542
I____________Tabela XXXIX-V27-HLA-B0702-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 PSRGQALRRA 10
_______________Tabela XL-V1-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
____________________Nenhum resultado encontrado.
_______________Tabela XL-V4-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
_______________Tabela XL-V19-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
_____________Tabela XL-V20-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
|Tabela XL-V21-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
[_____________________Nenhum resultado encontrado.
Tabela XL-V21 &22-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
543
______________Tabela XL-V22HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
[_______________Tabela XL-V24-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
____________________Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XL-V25-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
_____________Tabela XL-V25&26-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XL-V26-HLA-B08-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
|_______________Tabela XLI-V1-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XLI-V4-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XLI-V19-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
544
______________Tabela XLI-V20-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
___________________ Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XLI-V21-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
____________Tabela XLI-V21 &22-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XLI-V22-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
______________ Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XLI-V24-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
_____________Tabela XLI-V25-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
____________Tabela XLI-V25&26-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
[_________________Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XLI-V26-HLA-B1510-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
545
Tabela XLII-V1-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLII-V4-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLII-V19-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLII-V20-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLII-V21-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLII-V21&22-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XLII-V22-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
________________Nenhum resultado encontrado.
______________Tabela XLII-V24-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
546
______________Tabela XLII-V25-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
___________Tabela XLII-V25&26-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLII-V26-HLA-B2705-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIII-V1-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIII-V4-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIII-V19-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIII-V20-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIII-V21-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
547
Tabela XLIII-V21 &22-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLI II-V22-H LA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIII-V24-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIII-V25-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIII-V25&26-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIII-V26-HLA-B2709-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLIV-V1-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
104 AAILALLPAL 20
108 ALLPALGLLL 19
548
Tabela XLIV-V1-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
100 LQPAAAILAL 17
6 LALLMAGLAL 15
82 KNITCCDTDL 15
97 AHALQPAAAI 15
15 LQPGTALLCY 14
91 LCNASGAHAL 14
107 LALLPALGLL 14
109 LLPALGLLLW 14
| 114 GLLLWGPGQL 14
12 GLALQPGTAL 13
13 LALQPGTALL 13
32 NEDCLQVENC 13
49 WTARIRAVGL 13
106 ILALLPALGL 13
45 GEQCWTARIR 12
50 TARIRAVGLL 12
I 69 NCVDDSQDYY 12
98 HALQPAAAIL 12
101 QPAAAILALL 12
4 VLLALLMAGL 11
27 KAQVSNEDCL 11
35 CLQVENCTQL 11
38 VENCTQLGEQ 11
40 NCTQLGEQCW 11
53 IRAVGLLTVI 10
549
_____________Tabela XLIV-V1-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
59 LTVISKGCSL 10
68 LNCVDDSQDY 10
75 QDYYVGKKNI 10
14 ALQPGTALLC 9
44 LGEQCWTARI 9
51 ARIRAVGLLT 9
99 ALQPAAAILA 9
_____________Tabela XLIV-V4-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
157 QEAFPAHPIY 20
46 SGDPASYRLW 17
159 AFPAHPIYDL 17
88 AHPNASLTMY 16
102 VPHPDPPMAL 16
110 ALSRTPTRQI 16
146 TLNPVLRHLF 16
176 SPAPSRGQAL 16
31 RLPPSLRCSL 15
145 STLNPVLRHL 15
43 ACCSGDPASY 14
50 ASYRLWGAPL 14
64 GWPQASVPL 14
550
_____________Tabela XLIV-V4-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
71 VPLLTHPAQW 14
80 WEPVLVPEAH 14
163 HPIYDLSQVW 14
23 PAGPMPCSRL 13
65 WPQASVPLL 13
113 RTPTRQIGSI 13
138 CFHGPAFSTL 13
142 PAFSTLNPVL 13
151 LRHLFPQEAF 13
I 75 THPAQWEPVL 12
86 PEAHPNASLT 12
126 PPADGPSNPL 12
130 GPSNPLCCCF 12
135 LCCCFHGPAF 12
27 MPCSRLPPSL 11
45 CSGDPASYRL 11
54 LWGAPLQPTL 11
85 VPEAHPNASL 10
156 PQEAFPAHPI 10
158 EAFPAHPIYD 9
551
__________ Tabela XLIV-V19-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 AGPMPCSRLL 16
8 RLLPSLRCSL 15
4 MPCSRLLPSL 11
2 GPMPCSRLLP 7
__________ Tabela XLIV-V20-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 Score
4 SGDPASSRLW 17
8 ASSRLWGAPL 15
3 CSGDPASSRL 11
Tabela XLIV-V21-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
5 VPLLTDPAQW 14
9 TDPAQWEPVL 12
3 ASVPLLTDPA 7
552
Tabela XLIV-V21&22-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição ________terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
4 VPLLTDLAQW 14
1 QASVPLLTDL 12
8 TDLAQWEPVL 12
2 ASVPLLTDLA 8
3 SVPLLTDLAQ 6
_____________Tabela XLIV-V22-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
4 VPLLTHLAQW 14
1 QASVPLLTHL 12
8 THLAQWEPVL 12
2 ASVPLLTHLA 9
3 SVPLLTHLAQ 6
_____________Tabela XLIV-V24-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
2 ASLTMYVCTP 7
1 NASLTMYVCT 4
4 LTMYVCTPVP 3
7 YVCTPVPHPD 3
553
_____________Tabela XLIV-V24-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
8 VCTPVPHPDP 3
10 TPVPHPDPPM 3
Tabela XLIV-V25-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
3 RTPTRQISSI 13
10 SSIDTDPPAD 8
___________Tabela XLIV-V25&26-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
8 SSSDTDPPAD 6
1 RTPTRQISSS 5
5 RQISSSDTDP 3
6 QISSSDTDPP 2
Tabela XLIV-V26-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
1 RTPTRQIGSS 5
8 GSSDTDPPAD 5
554
Tabela XLIV-V26-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
5 RQIGSSDTDP 4
9 SSDTDPPADG 4
10 SDTDPPADGP 3
_____________Tabela XLIV-V27-HLA-B4402-1 Omers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 10 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais nove.
Pos 1234567890 score
2 SRGQALRRAQ 5
1 PSRGQALRRA 3
Tabela XLV-V1-HLA-B5101 -1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLV-V4-HLA-B5101 -1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLV-V19-HLA-B5101 -1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLV-V20-HLA-B5101 -1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
555
_____________Tabela XLV-V21-HLA-B5101-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
___________Tabela XLV-V21 &22-HLA-B5101 -1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
_____________Tabela XLV-V22-HLA-B5101-1 Omers-PSCA
Pos 1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLV-V24-HLA-B5101 -1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLV-V25-HLA-B5101 -1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLV-V25/26-HLA-B5101 -1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
Tabela XLV-V26-HLA-B5101-1 Omers-PSCA
Pos
1234567890 score
Nenhum resultado encontrado.
556
Tabela XLVI-V1-HLA-DRB1-0101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
104 AAILALLPALGLLLW 35
3 AVLLALLMAGLALQP 33
10 MAGLALQPGTALLCY 32
2 KAVLLALLMAGLALQ 26
50 TARIRAVGLLTVISK 25
6 LALLMAGLALQPGTA 24
47 QCWTARIRAVGLLTV 24
88 DTDLCNASGAHALQP 24
97 AHALQPAAAILALLP 24
106 ILALLPALGLLLWGP 24
4 VLLALLMAGLALQPG 23
52 RIRAVGLLTVISKGC 23
55 AVGLLTVISKGCSLN 23
56 VGLLTVISKGCSLNC 23
95 SGAHALQPAAAILAL 23
9 LMAGLALQPGTALLC 22
94 ASGAHALQPAAAILA 22
I 100 LQPAAAILALLPALG 22
103 AAAILALLPALGLLL 22
57 GLLTVISKGCSLNCV 20
86 CCDTDLCNASGAHAL 19
101 QPAAAILALLPALGL 19
89 TDLCNASGAHALQPA 18
109 LLPALGLLLWGPGQL 18
33 EDCLQVENCTQLGEQ 17
557
Tabela XLVI-V1-HLA-DRB1 -0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
53 IRAVGLLTVISKGCS 17
107 LALLPALGLLLWGPG 17
Tabela XLVI-V4-HLA-DRB1 -0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
148 NPVLRHLFPQEAFPA 32
151 LRHLFPQEAFPAHPI 31
169 SQVWSWSPAPSRGQ 30
62 TLGWPQASVPLLTH 29
116 TRQIGSIDTDPPADG 28
165 IYDLSQVWSWSPAP 28
168 LSQVWSWSPAPSRG 28
13 SRAVTPTCATPAGPM 26
5 TTTWARRTSRAVTPT 25
48 DPASYRLWGAPLQPT 24
56 GAPLQPTLGWPQAS 24
77 PAQWEPVLVPEAHPN 24
141 GPAFSTLNPVLRHLF 24
162 AHPIYDLSQVWSWS 24
10 RRTSRAVTPTCATPA 23
54 LWGAPLQPTLGWPQ 23
67 PQASVPLLTHPAQWE 23
108 PMALSRTPTRQIGSI 23
558
Tabela XLVI-V4-HLA-DRB1-0101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
144 FSTLNPVLRHLFPQE 23
49 PASYRLWGAPLQPTL 22
60 QPTLGWPQASVPLL 22
82 PVLVPEAHPNASLTM 22
92 ASLTMYVCAPVPHPD 22
99 CAPVPHPDPPMALSR 22
59 LQPTLGWPQASVPL 20
94 LTMYVCAPVPHPDPP 19
120 GSIDTDPPADGPSNP 19
163 HPIYDLSQVWSWSP 19
7 TWARRTSRAVTPTCA 18
52 YRLWGAPLQPTLGW 18
91 NASLTMYVCAPVPHP 18
136 CCCFHGPAFSTLNPV 18
157 QEAFPAHPIYDLSQV 18
15 AVTPTCATPAGPMPC 17
35 SLRCSLHSACCSGDP 17
61 PTLGWPQASVPLLT 17
68 QASVPLLTHPAQWEP 17
71 VPLLTHPAQWEPVLV 17
80 WEPVLVPEAHPNASL 17
81 EPVLVPEAHPNASLT 17
172 WSWSPAPSRGQALR 17
16 VTPTCATPAGPMPCS 16
17 TPTCATPAGPMPCSR 16
559
Tabela XLVI-V4-HLA-DRB1 -0101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
22 TPAGPMPCSRLPPSL 16
24 AGPMPCSRLPPSLRC 16
29 CSRLPPSLRCSLHSA 16
39 SLHSACCSGDPASYR 16
63 LGWPQASVPLLTHP 16
70 SVPLLTHPAQWEPVL 16
79 QWEPVLVPEAHPNAS 16
104 HPDPPMALSRTPTRQ 16
132 SNPLCCCFHGPAFST 16
133 NPLCCCFHGPAFSTL 16
134 PLCCCFHGPAFSTLN 16
145 STLNPVLRHLFPQEA 16
154 LFPQEAFPAHPIYDL 16
174 WSPAPSRGQALRRA 16
31 RLPPSLRCSLHSACC 15
53 RLWGAPLQPTLGWP 15
74 LTHPAQWEPVLVPEA 15
87 EAHPNASLTMYVCAP 15
106 DPPMALSRTPTRQIG 15
112 SRTPTRQIGSIDTDP 15
113 RTPTRQIGSIDTDPP 15
123 DTDPPADGPSNPLCC 15
171 VWSWSPAPSRGQAL 15
560
Tabela XLVI-V19-HLA-DRB1 -0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
9 MPCSRLLPSLRCSLH 17
4 TPAGPMPCSRLLPSL 16
6 AGPMPCSRLLPSLRC 16
11 CSRLLPSLRCSLHSA 16
| 12 SRLLPSLRCSLHSAC 16
13 RLLPSLRCSLHSACC 15
3 ATPAGPMPCSRLLPS 14
8 PMPCSRLLPSLRCSL 14
10 PCSRLLPSLRCSLHS 10
15 LPSLRCSLHSACCSG 10
1 TCATPAGPMPCSRLL 8
5 PAGPMPCSRLLPSLR 8
7 GPMPCSRLLPSLRCS 8
14 LLPSLRCSLHSACCS 8
__________Tabela XLVI-V20-HLA-DRB1-0101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
11 DPASSRLWGAPLQPT 24
15 SRLWGAPLQPTLGW 18
2 SLHSACCSGDPASSR 16
1 CSLHSACCSGDPASS 14
4 HSACCSGDPASSRLW 14
6 _ ACCSGDPASSRLWGA 14
561
Tabela XLVI-V20-HLA-DRB1-0101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada,o comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
13 ASSRLWGAPLQPTLG 14
12 PASSRLWGAPLQPTL 12
___________Tabela XLVI-V21-HLA-DRB1-0101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 TLGWPQASVPLLTD 29
6 PQASVPLLTDPAQWE 23
7 QASVPLLTDPAQWEP 17
10 VPLLTDPAQWEPVLV 17
2 LGWPQASVPLLTDP 16
9 SVPLLTDPAQWEPVL 16
13 LTDPAQWEPVLVPEA 15
12 LLTDPAQWEPVLVPE 14
_________Tabela XLVI-V21&22-HLA-DRB1-0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada,o comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
9 VPLLTDLAQWEPVLV 25
5 PQASVPLLTDLAQWE 23
12 LTDLAQWEPVLVPEA 23
6 QASVPLLTDLAQWEP 17
1 LGWPQASVPLLTDL 16
562
_________Tabela XLVI-V21 &22-HLA-DRB1 -0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
8 SVPLLTDLAQWEPVL 16
11 LLTDLAQWEPVLVPE 14
Tabela XLVI-V22-HLA-DRB1 -0101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
9 VPLLTHLAQWEPVLV 25
15 LAQWEPVLVPEAHPN 24
5 PQASVPLLTHLAQWE 23
12 LTHLAQWEPVLVPEA 23
6 QASVPLLTHLAQWEP 17
1 LGWPQASVPLLTHL 16
8 SVPLLTHLAQWEPVL 16
11 LLTHLAQWEPVLVPE 14
___________Tabela XLVI-V24-HLA-DRB1 -0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
14 CTPVPHPDPPMALSR 22
7 ASLTMYVCTPVPHPD 20
6 NASLTMYVCTPVPHP 19
9 LTMYVCTPVPHPDPP 19
2 EAHPNASLTMYVCTP 15
563
Tabela XLVI-V24-HLA-DRB1-0101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
11 MYVCTPVPHPDPPMA 15
5 PNASLTMYVCTPVPH 14
8 SLTMYVCTPVPHPDP 14
10 TMYVCTPVPHPDPPM 14
12 YVCTPVPHPDPPMAL 14
15 TPVPHPDPPMALSRT 14
___________Tabela XLVI-V25-HLA-DRB1 -0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
11 TRQISSIDTDPPADG 28
3 PMALSRTPTRQISSI 23
15 SSIDTDPPADGPSNP 19
1 DPPMALSRTPTRQIS 15
8 RTPTRQISSIDTDPP 14
14 ISSIDTDPPADGPSN 14
7 SRTPTRQISSIDTDP 13
_________Tabela XLVI-V25&26-HLA-DRB1 -0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada.o comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 PMALSRTPTRQISSS 23
9 TRQISSSDTDPPADG 22
564
Tabela XLVI-V25&26-HLA-DRB1 -0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
13 SSSDTDPPADGPSNP 19
6 RTPTRQISSSDTDPP 14
5 SRTPTRQISSSDTDP 13
Tabela XLVI-V26-HLA-DRB1-0101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 PMALSRTPTRQIGSS 23
9 TRQIGSSDTDPPADG 22
13 GSSDTDPPADGPSNP 19
5 SRTPTRQIGSSDTDP 15
6 RTPTRQIGSSDTDPP 15
3 ALSRTPTRQIGSSDT 11
Tabela XLVI-V27-HLA-DRB1 -0101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 WSPAPSRQQALRRA 8
565
___________Tabela XLVII-V1-HLA-DRB1 -0301 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
67 SLNCVDDSQDYYVGK 26
106 ILALLPALGLLLWGP 24
2 KAVLLALLMAGLALQ 22
10 MAGLALQPGTALLCY 21
104 AAILALLPALGLLLW 21
66 CSLNCVDDSQDYYVG 19
33 EDCLQVENCTQLGEQ 18
56 VGLLTVISKGCSLNC 18
19 TALLCYSCKAQVSNE 17
35 CLQVENCTQLGEQCW 17
5 LLALLMAGLALQPGT 16
1 MKAVLLALLMAGLAL 15
103 AAAILALLPALGLLL 15
18 GTALLCYSCKAQVSN 14
25 SCKAQVSNEDCLQVE 14
58 LLTVISKGCSLNCVD 14
4 VLLALLMAGLALQPG 13
11 AGLALQPGTALLCYS 13
12 GLALQPGTALLCYSC 13
50 TARIRAVGLLTVISK 13
84 ITCCDTDLCNASGAH 13
107 LALLPALGLLLWGPG 13
3 AVLLALLMAGLALQP 12
6 LALLMAGLALQPGTA 12
28 AQVSNEDCLQVENCT 12
566
Tabela XLVII-V1-HLA-DRB1-0301-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
41 CTQLGEQCWTARIRA 12
55 AVGLLTVISKGCSLN 12
59 LTVISKGCSLNCVDD 12
81 KKNITCCDTDLCNAS 12
88 DTDLCNASGAHALQP 12
97 AHALQPAAAILALLP 12
102 PAAAILALLPALGLL 12
105 AILALLPALGLLLWG 12
___________Tabela XLVII-V4-HLA-DRB1 -0301 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
144 FSTLNPVLRHLFPQE 27
29 CSRLPPSLRCSLHSA 26
119 IGSIDTDPPADGPSN 22
62 TLGWPQASVPLLTH 21
100 APVPHPDPPMALSRT 21
63 LGWPQASVPLLTHP 20
60 QPTLGWPQASVPLL 18
162 AHPIYDLSQVWSWS 18
71 VPLLTHPAQWEPVLV 17
149 PVLRHLFPQEAFPAH 17
157 | QEAFPAHPIYDLSQV 17
83 VLVPEAHPNASLTMY 16
567
Tabela XLVII-V4-HLA-DRB1 -0301-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
136 CCCFHGPAFSTLNPV 16
140 HGPAFSTLNPVLRHL 16
52 YRLWGAPLQPTLGW 15
70 SVPLLTHPAQWEPVL 14
73 LLTHPAQWEPVLVPE 14
33 PPSLRCSLHSACCSG 13
56 GAPLQPTLGWPQAS 13
80 WEPVLVPEAHPNASL 13
81 EPVLVPEAHPNASLT 13
82 PVLVPEAHPNASLTM 13
91 NASLTMYVCAPVPHP 13
147 LNPVLRHLFPQEAFP 13
161 PAHPIYDLSQVWSW 13
Tabela XLVII-V19-HLA-DR1 -0301 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
11 CSRLLPSLRCSLHSA 28
15 LPSLRCSLHSACCSG 13
568
___________Tabela XLVII-V20-HLA-DR1 -0301-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
15 SRLWGAPLQPTLGW 15
14 SSRLWGAPLQPTLGV 12
5 SACCSGDPASSRLWG 11
11 DPASSRLWGAPLQPT 9
6 ACCSGDPASSRLWGA 8
8 CSGDPASSRLWGAPL 8
________ Tabela XLVII-V21-HLA-DR1-0301 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
9 SVPLLTDPAQWEPVL 24
1 TLGWPQASVPLLTD 21
2 LGWPQASVPLLTDP 20
10 VPLLTDPAQWEPVLV 17
12 LLTDPAQWEPVLVPE 14
7 QASVPLLTDPAQWEP 12
Tabela XLVII-V21 &22-HLA-DR1 -0301-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
8 SVPLLTDLAQWEPVL 24
1 LGWPQASVPLLTDL 20
569
Tabela XLVI I-V21&22-HLA-DR1-0301-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
9 VPLLTDLAQWEPVLV 17
11 LLTDLAQWEPVLVPE 16
6 QASVPLLTDLAQWEP 13
12 LTDLAQWEPVLVPEA 12 I
___________Tabela XLVII-V22-HLA-DR1 -0301 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 LGWPQASVPLLTHL 20
9 VPLLTHLAQWEPVLV 17
11 LLTHLAQWEPVLVPE 16
8 SVPLLTHLAQWEPVL 14
6 QASVPLLTHLAQWEP 13
12 LTHLAQWEPVLVPEA 13
4 VPQASVPLLTHLAQW 9
Tabela XLVII-V24-HLA-DR1 -0301 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
15 TPVPHPDPPMALSRT 21
6 NASLTMYVCTPVPHP 12
8 SLTMYVCTPVPHPDP 11
10 TMYVCTPVPHPDPPM 10
570
Tabela XLVII-V24-HLA-DR1 -0301-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
14 CTPVPHPDPPMALSR 10
___________Tabela XLVI I-V25-HLA-DR1 -0301 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
14 ISSIDTDPPADGPSN 22
1 DPPMALSRTPTRQIS 11
3 PMALSRTPTRQISSI 11
11 TRQISSIDTDPPADG 11
12 RQISSIDTDPPADGP 10
Tabela XLVII-V25-HLA-DR1 -0301-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
12 ISSSDTDPPADGPSN 12
1 PMALSRTPTRQISSS 11
9 TRQISSSDTDPPADG 11
10 RQISSSDTDPPADGP 11
2 MALSRTPTRQISSSD 8
3 ALSRTPTRQISSSDT 8
571
Tabela XLVII-V26-HLA-DR1 -0301 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
12 IGSSDTDPPADGPSN 12
1 PMALSRTPTRQIGSS 11
9 TRQIGSSDTDPPADG 11
10 RQIGSSDTDPPADGP 11
2 MALSRTPTRQIGSSD 8
3 ALSRTPTRQIGSSDT 8
___________Tabela XLVII-V27-HLA-DR1-0301-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 WSPAPSRQQALRRA 17
2 VSPAPSRQQALRRAQ 9
____________Tabela XLVIII-V1-HLA-DR1-0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
2 KAVLLALLMAGLALQ 20
3 AVLLALLMAGLALQP 20
5 LLALLMAGLALQPGT 20
27 KAQVSNEDCLQVENC 20
33 EDCLQVENCTQLGEQ 20
50 TARIRAVGLLTVISK 20
572
Tabela XLVIII-V1-HLA-DR1-0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
53 IRAVGLLTVISKGCS 20
55 AVGLLTVISKGCSLN 20
56 VGLLTVISKGCSLNC 20
88 DTDLCNASGAHALQP 20
97 AHALQPAAAILALLP 20
104 AAILALLPALGLLLW 20
106 ILALLPALGLLLWGP 20
8 LLMAGLALQPGTALL 18
32 NEDCLQVENCTQLGE 18
52 RIRAVGLLTVISKGC 18
93 NASGAHALQPAAAIL 18
21 LLCYSCKAQVSNEDC 17
74 SQDYYVGKKNITCCD 16
1 MKAVLLALLMAGLAL 14
7 ALLMAGLALQPGTAL 14
10 MAGLALQPGTALLCY 14
18 GTALLCYSCKAQVSN 14
19 TALLCYSCKAQVSNE 14
35 CLQVENCTQLGEQCW 14
59 LTVISKGCSLNCVDD 14
65 GCSLNCVDDSQDYYV 14
68 LNCVDDSQDYYVGKK 14
81 KKNITCCDTDLCNAS 14
103 AAAILALLPALGLLL 14
107 LALLPALGLLLWGPG 14
573
____________Tabela XLVIII-V1-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
9 LMAGLALQPGTALLC 12
11 AGLALQPGTALLCYS 12
14 ALQPGTALLCYSCKA 12
16 QPGTALLCYSCKAQV 12
17 PGTALLCYSCKAQVS 12
24 YSCKAQVSNEDCLQV 12
29 QVSNEDCLQVENCTQ 12
39 ENCTQLGEQCWTARI 12
40 NCTQLGEQCWTARIR 12
42 TQLGEQCWTARIRAV 12
44 LGEQCWTARIRAVGL 12
45 GEQCWTARIRAVGLL 12
47 QCWTARIRAVGLLTV 12
49 WTARIRAVGLLTVIS 12
66 CSLNCVDDSQDYYVG 12
67 SLNCVDDSQDYYVGK 12
70 CVDDSQDYYVGKKNI 12
73 DSQDYYVGKKNITCC 12
78 YVGKKNITCCDTDLC 12
82 KNITCCDTDLCNASG 12
84 ITCCDTDLCNASGAH 12
85 TCCDTDLCNASGAHA 12
90 DLCNASGAHALQPAA 12
94 ASGAHALQPAAAILA 12
98 HALQPAAAILALLPA 12
574
Tabela XLVIII-V1-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
99 ALQPAAAILALLPAL 12
101 QPAAAILALLPALGL 12
102 PAAAILALLPALGLL 12
46 EQCWTARIRAVGLLT 11
75 QDYYVGKKNITCCDT 11
58 LLTVISKGCSLNCVD 9
____________Tabela XLVIII-V4-HLA-DR1 -0401 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
60 QPTLGWPQASVPLL 26
68 QASVPLLTHPAQWEP 26
81 EPVLVPEAHPNASLT 26
162 AHPIYDLSQVWSWS 26
165 IYDLSQVWSWSPAP 26
172 WSWSPAPSRGQALR 26
52 YRLWGAPLQPTLGW 22
77 PAQWEPVLVPEAHPN 22
169 SQVWSWSPAPSRGQ 22
29 CSRLPPSLRCSLHSA 20
51 SYRLWGAPLQPTLGV 20
62 TLGWPQASVPLLTH 20
63 LGWPQASVPLLTHP 20
82 PVLVPEAHPNASLTM 20
575
Tabela XLVIII-V4-HLA-DR1-0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
108 PMALSRTPTRQIGSI 20
116 TRQIGSIDTDPPADG 20
132 SNPLCCCFHGPAFST 20
144 FSTLNPVLRHLFPQE 20
148 NPVLRHLFPQEAFPA 20
168 LSQVWSWSPAPSRG 20
67 PQASVPLLTHPAQWE 18
105 PDPPMALSRTPTRQI 18
113 RTPTRQIGSIDTDPP 18
137 CCFHGPAFSTLNPVL 18
5 TTTWARRTSRAVTPT 17
49 PASYRLWGAPLQPTL 16
94 LTMYVCAPVPHPDPP 16
136 CCCFHGPAFSTLNPV 16
141 GPAFSTLNPVLRHLF 16
152 RHLFPQEAFPAHPIY 16
157 QEAFPAHPIYDLSQV 16
163 HPIYDLSQVWSWSP 16
13 SRAVTPTCATPAGPM 14
24 AGPMPCSRLPPSLRC 14
33 PPSLRCSLHSACCSG 14
37 RCSLHSACCSGDPAS 14
71 VPLLTHPAQWEPVLV 14
80 WEPVLVPEAHPNASL 14
91 NASLTMYVCAPVPHP 14
576
____________Tabela XLVIII-V4-HLA-DR1-0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
99 CAPVPHPDPPMALSR 14
106 DPPMALSRTPTRQIG 14
119 IGSIDTDPPADGPSN 14
151 LRHLFPQEAFPAHPI 14
2 THRTTTWARRTSRAV 12
3 HRTTTWARRTSRAVT 12
6 TTWARRTSRAVTPTC 12
9 ARRTSRAVTPTCATP 12
10 RRTSRAVTPTCATPA 12
11 RTSRAVTPTCATPAG 12
34 PSLRCSLHSACCSGD 12
43 ACCSGDPASYRLWGA 12
48 DPASYRLWGAPLQPT 12
54 LWGAPLQPTLGWPQ 12
57 APLQPTLGWPQASV 12
59 LQPTLGWPQASVPL 12
72 PLLTHPAQWEPVLVP 12
83 VLVPEAHPNASLTMY 12
85 VPEAHPNASLTMYVC 12
87 EAHPNASLTMYVCAP 12
96 MYVCAPVPHPDPPMA 12
100 APVPHPDPPMALSRT 12
104 HPDPPMALSRTPTRQ 12
110 ALSRTPTRQIGSIDT 12
117 RQIGSIDTDPPADGP 12
577
Tabela XLVIII-V4-HLA-DR1 -0401 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
122 IDTDPPADGPSNPLC 12
124 TDPPADGPSNPLCCC 12
138 CFHGPAFSTLNPVLR 12
140 HGPAFSTLNPVLRHL 12
145 STLNPVLRHLFPQEA 12
149 PVLRHLFPQEAFPAH 12
154 LFPQEAFPAHPIYDL 12
159 AFPAHPIYDLSQVWS 12
161 PAHPIYDLSQVWSW 12
173 SWSPAPSRGQALRR 12
Tabela XLVIII-V19-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
11 CSRLLPSLRCSLHSA 20
6 AGPMPCSRLLPSLRC 14
12 SRLLPSLRCSLHSAC 14
15 LPSLRCSLHSACCSG 14
4 TPAGPMPCSRLLPSL 12
9 MPCSRLLPSLRCSLH 12
578
___________Tabela XLVIII-V20-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
15 SRLWGAPLQPTLGW 22
14 SSRLWGAPLQPTLGV 20
6 ACCSGDPASSRLWGA 12
7 CCSGDPASSRLWGAP 12
11 DPASSRLWGAPLQPT 12
Tabela XLVIII-V21-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 TLGWPQASVPLLTD 20
2 LGWPQASVPLLTDP 20
7 QASVPLLTDPAQWEP 20
6 PQASVPLLTDPAQWE 18
9 SVPLLTDPAQWEPVL 14
10 VPLLTDPAQWEPVLV 14
11 PLLTDPAQWEPVLVP 12
__________Tabela XLVIII-V21 &22-HLA-DR1 -0401 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 LGWPQASVPLLTDL 20
6 QASVPLLTDLAQWEP 20
579
Tabela XLVIII-V21 &22-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
9 VPLLTDLAQWEPVLV 20
5 PQASVPLLTDLAQWE 18
8 SVPLLTDLAQWEPVL 14
12 LTDLAQWEPVLVPEA 14
10 PLLTDLAQWEPVLVP 12
___________Tabela XLVIII-V22-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
6 QASVPLLTHLAQWEP 26
15 LAQWEPVLVPEAHPN 22
1 LGWPQASVPLLTHL 20
9 VPLLTHLAQWEPVLV 20
5 PQASVPLLTHLAQWE 18
12 LTHLAQWEPVLVPEA 14
10 PLLTHLAQWEPVLVP 12
Tabela XLVIII-V24-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição ______terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
6 NASLTMYVCTPVPHP 14
14 CTPVPHPDPPMALSR 14
2 EAHPNASLTMYVCTP 12
580
___________Tabela XLVIII-V24-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
7 ASLTMYVCTPVPHPD 12
11 MYVCTPVPHPDPPMA 12
15 TPVPHPDPPMALSRT 12
9 LTMYVCTPVPHPDPP 10
8 SLTMYVCTPVPHPDP 8
10 TMYVCTPVPHPDPPM 8
1 PEAHPNASLTMYVCT 6
3 AHPNASLTMYVCTPV 6
4 HPNASLTMYVCTPVP 6
13 VCTPVPHPDPPMALS 6
___________Tabela XLVIII-V25-HLA-DR1 -0401-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
3 PMALSRTPTRQISSI 20
11 TRQISSIDTDPPADG 20
8 RTPTRQISSIDTDPP 18
1 DPPMALSRTPTRQIS 14
14 ISSIDTDPPADGPSN 14
4 MALSRTPTRQISSID 12
5 ALSRTPTRQISSIDT 12
12 RQISSIDTDPPADGP 12
581
Tabela XLVIII-V25&26-HLA-DR1 -0401 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 PMALSRTPTRQISSS 20
6 RTPTRQISSSDTDPP 18
9 TRQISSSDTDPPADG 14
2 MALSRTPTRQISSSD 12
3 ALSRTPTRQISSSDT 12
10 RQISSSDTDPPADGP 12
Tabela XLVIII-V26-HLA-DR1 -0401 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 PMALSRTPTRQIGSS 20
6 RTPTRQIGSSDTDPP 18
9 TRQIGSSDTDPPADG 14
3 ALSRTPTRQIGSSDT 12
10 RQIGSSDTDPPADGP 12
15 SDTDPPADGPSNPLC 12
Tabela XLVIII-V27-HLA-DR1 -0401 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
1 WSPAPSRQQALRRA 12
582
Tabela XLIX-V1-HLA-DRB1 -1101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 2; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
56 VGLLTVISKGCSLNC 29
46 EQCWTARIRAVGLLT 27
74 SQDYYVGKKNITCCD 20
3 AVLLALLMAGLALQP 19
103 AAAILALLPALGLLL 19
7 ALLMAGLALQPGTAL 18
44 LGEQCWTARIRAVGL 16
19 TALLCYSCKAQVSNE 14
73 DSQDYYVGKKNITCC 14
85 TCCDTDLCNASGAHA 14
Tabela XLIX-V4-HLA-DRB1 -1101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
169 SQVWSWSPAPSRGQ 23
77 PAQWEPVLVPEAHPN 22
144 FSTLNPVLRHLFPQE 21
145 STLNPVLRHLFPQEA 21
68 QASVPLLTHPAQWEP 20
81 EPVLVPEAHPNASLT 20
96 MYVCAPVPHPDPPMA 20
132 SNPLCCCFHGPAFST 20
168 LSQVWSWSPAPSRG 20
165 IYDLSQVWSWSPAP 19
583
Tabela XLIX-V4-HLA-DRB1-1101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;o comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
116 TRQIGSIDTDPPADG 18
148 NPVLRHLFPQEAFPA 18
162 AHPIYDLSQVWSWS 18
2 THRTTTWARRTSRAV 17
141 GPAFSTLNPVLRHLF 17
94 LTMYVCAPVPHPDPP 16
109 MALSRTPTRQIGSID 15
13 SRAVTPTCATPAGPM 14
23 PAGPMPCSRLPPSLR 14
29 CSRLPPSLRCSLHSA 14
33 PPSLRCSLHSACCSG 14
45 CSGDPASYRLWGAPL 14
59 LQPTLGWPQASVPL 14
71 VPLLTHPAQWEPVLV 14
105 PDPPMALSRTPTRQI 14
171 VWSWSPAPSRGQAL 14
173 SWSPAPSRGQALRR 14
53 RLWGAPLQPTLGWP 13
56 GAPLQPTLGWPQAS 13
60 QPTLGWPQASVPLL 13
92 ASLTMYVCAPVPHPD 13
151 LRHLFPQEAFPAHPI 13
10 RRTSRAVTPTCATPA 12
24 AGPMPCSRLPPSLRC 12
67 PQASVPLLTHPAQWE 12
584
Tabela XLIX-V4-HLA-DRB1-1101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
79 QWEPVLVPEAHPNAS 12
82 PVLVPEAHPNASLTM 12
90 PNASLTMYVCAPVPH 12
99 CAPVPHPDPPMALSR 12
119 IGSIDTDPPADGPSN 12
5 TTTWARRTSRAVTPT 11
49 PASYRLWGAPLQPTL 11
Tabela XLIX-V19-HLA-DRB1 -1101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
5 PAGPMPCSRLLPSLR 15
11 CSRLLPSLRCSLHSA 14
15 LPSLRCSLHSACCSG 14
12 SRLLPSLRCSLHSAC 13
6 AGPMPCSRLLPSLRC 12
3 ATPAGPMPCSRLLPS 8
9 MPCSRLLPSLRCSLH 8
8 PMPCSRLLPSLRCSL 7
10 PCSRLLPSLRCSLHS 7
585
Tabela XLIX-V20-HLA-DRB1 -1101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
8 CSGDPASSRLWGAPL 14
15 SRLWGAPLQPTLGW 10
1 CSLHSACCSGDPASS 6
2 SLHSACCSGDPASSR 6
3 LHSACCSGDPASSRL 6
4 HSACCSGDPASSRLW 6
9 SGDPASSRLWGAPLQ 6
10 GDPASSRLWGAPLQP 6
11 DPASSRLWGAPLQPT 6
13 ASSRLWGAPLQPTLG 6
14 SSRLWGAPLQPTLGV 6
Tabela XLIX-V20-HLA-DRB1-1101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
10 VPLLTDPAQWEPVLV 14
6 PQASVPLLTDPAQWE 12
7 QASVPLLTDPAQWEP 12
2 LGWPQASVPLLTDP 7
5 VPQASVPLLTDPAQW 7
14 TDPAQWEPVLVPEAH 7
1 TLGWPQASVPLLTD 6
4 WPQASVPLLTDPAQ 6
9 SVPLLTDPAQWEPVL 6
586
Tabela XLIX-V21&22-HLA-DRB1-1101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
9 VPLLTDLAQWEPVLV 20
5 PQASVPLLTDLAQWE 13
6 QASVPLLTDLAQWEP 12
Tabela XLIX-V22-HLA-DRB1-1101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
15 LAQWEPVLVPEAHPN 22
6 QASVPLLTHLAQWEP 20
9 VPLLTHLAQWEPVLV 20
5 PQASVPLLTHLAQWE 13
Tabela XLIX-V24-HLA-DRB1 -1101 -15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
11 MYVCTPVPHPDPPMA 22
9 LTMYVCTPVPHPDPP 16
7 ASLTMYVCTPVPHPD 13
5 PNASLTMYVCTPVPH 12
14 CTPVPHPDPPMALSR 12
6 NASLTMYVCTPVPHP 10
587
Tabela XLIX-V25-HLA-DRB1-1101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificadajo comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
11 TRQISSIDTDPPADG 18
4 MALSRTPTRQISSID 15
14 ISSIDTDPPADGPSN 12
5 ALSRTPTRQISSIDT 8
15 SSIDTDPPADGPSNP 8
Tabela XLIX-V25&26-HLA-DRB1-1101-15mers-PSCA
Cada peptídeo é uma porção da SEQ ID NO: 8; cada posição de início é especificada;© comprimento do peptídeo é de 15 aminoácidos; e a posição terminal de cada peptídeo é a posição de início mais quatorze.
Pos 123456789012345 score
2 MALSRTPTRQISSSD 15
9 TRQISSSDTDPPADG 12
3 ALSRTPTRQISSSDT 8
13 SSSDTDPPADGPSNP 8
1 PMALSRTPTRQISSS 7
588
TABELA L: Características da proteína de PSCA v,4
PSVA v.4 Programa de bioinformática URL Resultado
ORF ORFfinder 570 pb
Extensão da proteína 189aa
Região da transmembrana TM Pred https://www.ch.embnet.og/ Nenhum TM
HMMTop https://www.enzim.hu/hmmtop/ Nenhum TM
Sosui https://www.genome.ad.io/SOSui Solúvel
TMHMM https://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM Nenhum TM
Sinal de peptídeo Sinal P https://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP Nenhum
pi Ferramenta pl/MW https://www.expasy.ch/tools/ pl 8,87
Peso molecular Ferramenta pl/MW https://www.expasy.ch/tools/ 20,3 kDa
Localização PSORT https://www.nibb.ac.jp/ 90% de mitocondria
PSORT II https://www.psor.nibb.ac.jp/ 78% de mitocondria
Motivos Pfam https://www.sanger.ac.uk/Pfam/ Sem motivo
Cópias https://www.biochem.ucl.ac.uk/ Assinatura de caderina
Blocos https://www.blocks.fhcrc.org/ Granulina
PSCA v.1 Programa de bioinforma£θο URL Resultado
ORF ORF finder 372 pb
Extensão da proteína 123aa
Região da transmembrana TM Pred https://www.ch.embnet.og/ 1 TM, aa 99- 118
HMMTop https://www. enzim.hu/hmmtop/ 1 TM, aa 103-121
Sosui https://www.qenome.ad.jp/SOSui Proteína de membrana aa 100-122
TMHMM https://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM NenhumTM
Sinal de peptídeo Signal P https://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP Sim, aa 1-15
pi Ferramenta pl/MW https://www.expasy.ch/tools/ pl 5.01
Peso molecular Ferramenta pl/MW https://www.expasy.ch/tools/ 12,9 kDa
Localização PSORT https://www.nibb.ac.jp/ 91% de membrana do plasma
PSORT II https://www.psor.nibb.ac.jp/ 34% de membrana do plasma, 34% extrace-
589
PSVA v.4 Programa de bioinformática URL Resultado
ORF ORFfinder 570 pb
lular
Motivos Pfam https://www.sanger.ac.uk/Pfam/ uPAR, Ly-6
Prints https://www.biochem.ucl.ac.uk/ No motif
Blocks _________https://www.blocks.fhcrc.org/ Ly-6
TABELA LI: Exon limites de PSCA v.1 transcrito
Número Exon Início Fim Comprimento
1 10 69 60
2 70 177 108
3 178 985 808
TABELA Lll(a), Seqüência de nucleotídeo da variante PSCA v.2 transcrita (SEQ ID NO:6527
tttgaggcca tataaagtca cctgaggccc tctccaccac agcccaccag tgaccatgaa 60
ggctgtgctg cttgccctgt tgatggcagg cttggccctg cagccaggca ctgccctgct 120
gtgctactcc tgcaaagccc aggtgagcaa cgaggactgc ctgcaggtgg agaactgcac 180
ccagctgggg gagcagtgct ggaccgcgcg catccgcgca gttggcctcc tgaccgtcat 240
cagcaaaggc tgcagcttga actgcgtgga tgactcacag gactactacg tgggcaagaa 300
gaacatcacg tgctgtgaca ccgacttgtg caacgccagc ggggcccatg ccctgcagcc 360
ggctgccgcc atccttgcgc tgctccctgc actcggcctg ctgctctggg gacccggcca 420
gctataggct ctggggggcc ccgctgcagc ccacactggg tgtggtgccc caggcctctg 480
tgccactcct cacacacccg gcccagtggg agcctgtcct ggttcctgag gcacatccta 540
acgcaagtct gaccatgtat gtctgcgccc ctgtccccca ccctgaccct cccatggccc 600
tctccaggac tcccacccgg cagatcggct ctattgacac agatccgcct gcagatggcc 660
cctccaaccc tctctgctgc tgtttccatg gcccagcatt ctccaccctt aaccctgtgc 720
tcaggcacct cttcccccag gaagccttcc ctgcccaccc catctatgac ttgagccagg 780
tctggtccgt ggtgtccccc gcacccagca ggggacaggc actcaggagg gcccggtaaa 840
ggctgagatg aagtggactg agtagaactg gaggacagga gtcgacgtga gttcctggga 900
gtctccagag atggggcctg gaggcctgga ggaaggggcc aggcctcaca ttcgtggggc 960
tccctgaatg gcagcctcag cacagcgtag gcccttaata aacacctgtt ggataagcca 1020
TABELA Llll(a). Alinhamento da seqüência de nucleotídeo de PSCA v.2 (SEQ ID NO:6528) e PSCA v,1 (SEQ ID NO:6529)
v.2 16 agtcacctgaggccctctccaccacagcccaccagtgaccatgaaggctg 65
H ·· I I I II I I I I I I I I I I I I I II II I
v.l 1 aggga---gagg--------------------cagtgaccatgaaggctg 27
590
ν.2 66 tgctgcttgccctgttgatggcaggcttggccctgcagccaggcactgcc 115
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 1 II 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I I I I | | | | | | | | | 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ι 28 tgctgcttgccctgttgatggcaggcttggccctgcagccaggcactgcc 77
ν.2 116 ctgctgtgctactcctgcaaagcccaggtgagcaacgaggactgcctgca 165 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I I I I I | | | | | | | | | | | | | | | | 1 1 1 1 1 1 1
v.l 78 ctgctgtgctactcctgcaaagcccaggtgagcaacgaggactgcctgca 127
ν.2 166 ggtggagaactgcacccagctgggggagcagtgctggaccgcgcgcatcc 215
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I I I I | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 128 ggtggagaactgcacccagctgggggagcagtgctggaccgcgcgcatcc 177
ν.2 216 gcgcagttggcctcctgaccgtcatcagcaaaggctgcagcttgaactgc 265
v.l 1 II 1 1 1 1 1 1 111 11 11 1 111 1 1III II| | || | | | | | | | | | | | | | | | 1 1 1 1 178 gcgcagttggcctcctgaccgtcatcagcaaaggctgcagcttgaactgc 227
ν.2 266 gtggatgactcacaggactactacgtgggcaagaagaacatcacgtgctg 315
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I 228 gtggatgactcacaggactactacgtgggcaagaagaacatcacgtgctg 277
ν.2 316 tgacaccgacttgtgcaacgccagcggggcccatgccctgcagccggctg 365 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I
v.l 278 tgacaccgacttgtgcaacgccagcggggcccatgccctgcagccggctg 327
ν.2 366 ccgccatccttgcgctgctccctgcactcggcctgctgctctggggaccc 415
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I 328 ccgccatccttgcgctgctccctgcactcggcctgctgctctggggaccc 377
ν.2 416 ggccagctataggctctggggggccccgctgcagcccacactgggtgtgg 465
v.l 1 1 1 1 1 H 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I I I 378 ggccagctataggctctggggggccccgctgcagcccacactgggtgtgg 427
ν.2 466 tgccccaggcctctgtgccactcctcaca-cacccggcccagtgggagcc 514
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 - 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 · 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I 1 I I I 428 tgccccaggcctttgtgccactcctcacagaacctggcccagtgggagcc 477
ν.2 515 tgtcctggttcctgaggcacatcctaacgcaagtctgaccatgtatgtct 564
v.l II 1 1 1 1 1 1 1 1 11 1 11 11 1111 1 111 1 111 1 11 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I I . | 478 tgtcctggttcctgaggcacatcctaacgcaagtttgaccatgtatgttt 527
ν.2 565 gcgcccctgtccccc—accctgaccctcccat-ggccctctccaggact 611
v.l 11-11111-1-1111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 · 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 . 1 1 1 1 1 I I . I 528 gcaccccttttccccnaaccctgaccttcccatgggccttttccaggatt 577
ν.2 612 cccacccggcagatcggctctattgacacagatccgcctgcagatggccc 661
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 · 1 - 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I I I I 578 cccacccggcagatcagttttagtgacacagatccgcctgcagatggccc 627
ν.2 662 ctccaaccctctctgctgctgtttccatggcccagcattctccaccctta 711 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 · 1 1 1 1 - 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 I I I I I
v.l 628 ctccaaccctttctgttgctgtttccatggcccagcattttccaccctta 677
ν.2 712 accctgtgctcaggcacctcttcccccaggaagccttccctgcccacccc 761
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 · 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I 678 accctgtgttcaggcacttcttcccccaggaagccttccctgcccacccc 727
ν.2 762 atctatgacttgagccaggtctggtccgtggtgtcccccgcacccagcag 811
v.l 1 1 · 1 1 1 1 1 · 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I I 728 atttatgaattgagccaggtttggtccgtggtgtcccccgcacccagcag 777
ν.2 812 gggacaggcactcaggagggcccggtaaaggctgagatgaagtggactga 861
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 - 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 · 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I 778 gggacaggcaatcaggagggcccagtaaaggctgagatgaagtggactga 827
ν.2 862 gtagaactggaggacaggagtcgacgtgagttcctgggagtctccagaga 911
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 - 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 I I I I | 828 gtagaactggaggacaagagttgacgtgagttcctgggagtttccagaga 877
ν.2 912 tggggcctggaggcctggaggaaggggccaggcctcacattcgtggggct 961
v.l 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 I I I I I I 878 tggggcctggaggcctggaggaaggggccaggcctcacatttgtggggct 927
ν.2 962 ccctgaatggcagcctcagcacagcgtaggcccttaataaacacctgttg 1011
591
v.l 928 ccc-gaatggcagcctgagcacagcgtaggcccttaataaacacctgttg 976
v.2 1012 gataagcca 1020 1 1 1 1 1 1 1 1 1
v.l 977 gataagcca 985
TABELA LIV(a). Seqüência de peptídeo da proteína codificada por PSCA v.2 (SEQ ID NQ:6530)
MKAVLLALLM AGLALQPGTA LLCYSCKAQV SNEDCLQVEN CTQLGEQCWT ARIRAVGLLT 60
VISKGCSLNC VDDSQDYYVG KKNITCCDTD LCNASGAHAL QPAAAILALL PALGLLLWGP 120
GQL
TABELA LV(a). Alinhamentoda seqüência de aminoácido de PSCA v.2 (SEQ ID NO:6531) e PSCA v.1 (SEQ ID NO:6532)
v.2 1 MKAVLLALLMAGLALQPGTALLCYSCKAQVSNEDCLQVENCTQLGEQCWT50
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | II I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.l 1 MKAVLLALLMAGLALQPGTALLCYSCKAQVSNEDCLQVENCTQLGEQCWT50
v.2 51 ARIRAVGLLTVISKGCSLNCVDDSQDYYVGKKNITCCDTDLCNASGAHAL100
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I 111111111111 | I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.l 51 ARIRAVGLLTVISKGCSLNCVDDSQDYYVGKKNITCCDTDLCNASGAHAL100
v.2 101 QPAAAILALLPALGLLLWGPGQL 123
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.l 101 QPAAAILALLPALGLLLWGPGQL 123
TABELA Lll(b). Seqüência de nucleotídeo da variante transcrita PSCA v,3 (SEQ ID NO:6533)
tttgaggcca tataaagtca cctgaggccc tctccaccac agcccaccag tgaccatgaa 60
ggctgtgctg cttgccctgt tgatggcagg cttggccctg cagccaggca ctgccctgct 120
gtgctactcc tgcaaagccc aggcgcagtt ggcctcctga ccgtcatcag caaaggctgc 180
agcttgaact gcgtggatga ctcacaggac tactacgtgg gcaagaagaa catcacgtgc 240
tgtgacaccg acttgtgcac tcggcctgct gctctgggga cccggccagc tataggctct 300
ggggggcccc gctgcagccc acactgggtg tggtgcccca ggcctctgtg ccactcctca 360
cacacccggc ccagtgggag cctgtcctgg ttcctgaggc acatcctaac gcaagtctga 420
ccatgtatgt ctgcgcccct gtcccccacc ctgaccctcc catggccctc tccaggactc 480
ccacccggca gatcggctct attgacacag atccgcctgc agatggcccc tccaaccctc 540
tctgctgctg tttccatggc ccagcattct ccacccttaa ccctgtgctc aggcacctct 600
tcccccagga agccttccct gcccacccca tctatgactt gagccaggtc tggtccgtgg 660
tgtcccccgc acccagcagg ggacaggcac tcaggagggc ccggtaaagg ctgagatgaa 720
gtggactgag tagaactgga ggacaggagt cgacgtgagt tcctgggagt ctccagagat 780
ggggcctgga ggcctggagg aaggggccag gcctcacatt cgtggggctc cctgaatggc 840
agcctcagca cagcgtaggc ccttaataaa cacctgttgg ataagcca 888
TABELA Llll(b). Alinhamento da seqüência de nucleotídeo de PSCA v.2 (SEQ ID NQ:6534) e PSCA v,3 (SEQ ID NQ:6535)
592
v.2 1 tttgaggccatataaagtcacctgaggccctctccaccacagcccaccag 50
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 1 tttgaggccatataaagtcacctgaggccctctccaccacagcccaccag50
v.2 51 tgaccatgaaggctgtgctgcttgccctgttgatggcaggcttggccctg100
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 51 tgaccatgaaggctgtgctgcttgccctgttgatggcaggcttggccctg100
v.2 101 cagccaggcactgccctgctgtgctactcctgcaaagcccaggtgagcaa150
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 101 cagccaggcactgccctgctgtgctactcctgcaaagcccag 142
v.2 151 cgaggactgcctgcaggtggagaactgcacccagctgggggagcagtgct200
v.3 143 142
v.2 201 ggaccgcgcgcatccgcgcagttggcctcctgaccgtcatcagcaaaggc 250
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 143---------------gcgcagttggcctcctgaccgtcatcagcaaaggc 177
v.2 251 tgcagcttgaactgcgtggatgactcacaggactactacgtgggcaagaa300
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 178 tgcagcttgaactgcgtggatgactcacaggactactacgtgggcaagaa227
v.2 301 gaacatcacgtgctgtgacaccgacttgtgcaacgccagcggggcccatg350
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 228 gaacatcacgtgctgtgacaccgacttg 255
v.2 351 ccctgcagccggctgccgccatccttgcgctgctccctgcactcggcctg400
I I I I I I I I I I I I I
v.3 256 tgcactcggcctg268
v.2 401 ctgctctggggacccggccagctataggctctggggggccccgctgcagc450
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 269 ctgctctggggacccggccagctataggctctggggggccccgctgcagc318
v.2 451 ccacactgggtgtggtgccccaggcctctgtgccactcctcacacacccg500
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 319 ccacactgggtgtggtgccccaggcctctgtgccactcctcacacacccg368
v.2 501 gcccagtgggagcctgtcctggttcctgaggcacatcctaacgcaagtct550
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 369 gcccagtgggagcctgtcctggttcctgaggcacatcctaacgcaagtct418
v.2 551 gaccatgtatgtctgcgcccctgtcccccaccctgaccctcccatggccc600
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 419 gaccatgtatgtctgcgcccctgtcccccaccctgaccctcccatggccc468
v.2 601 tctccaggactcccacccggcagatcggctctattgacacagatccgcct650
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 469 tctccaggactcccacccggcagatcggctctattgacacagatccgcct518
v.2 651 gcagatggcccctccaaccctctctgctgctgtttccatggcccagcatt700
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 519 gcagatggcccctccaaccctctctgctgctgtttccatggcccagcatt568
v.2 701 ctccacccttaaccctgtgctcaggcacctcttcccccaggaagccttcc750 li I I I I I I I I I I I I I I I II I I I IIIIIIIIIIIIII I II I I I I I I I I I I I
v.3 569 ctccacccttaaccctgtgctcaggcacctcttcccccaggaagccttcc618
v.2 751 ctgcccaccccatctatgacttgagccaggtctggtccgtggtgtccccc800
I I I I I I I I I I II I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I IIIIIII
v.3 619 ctgcccaccccatctatgacttgagccaggtctggtccgtggtgtccccc668
v.2 801 gcacccagcaggggacaggcactcaggagggcccggtaaaggctqagatq850
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 669 gcacccagcaggggacaggcactcaggagggcccggtaaaggctgagatg718
v.2 851 aagtggactgagtagaactggaggacaggagtcgacgtgagttcctggga900
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.3 719 aagtggactgagtagaactggaggacaggagtcgacgtgagttcctggga768
v.2 901 gtctccagagatggggcctggaggcctggaggaaggggccaggcctcaca950
593
v.3 769 gtctccagagatggggcctggaggcctggaggaaggggccaggcctcaca 818
v.2 951 ttcgtggggctccctgaatggcagcctcagcacagcgtaggcccttaata 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I I I 1000
v.3 819 ttcgtggggctccctgaatggcagcctcagcacagcgtaggcccttaata 868
v.2 1001 aacacctgttggataagcca 1020 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
v.3 869 aacacctgttggataagcca 888
TABELA LIV(b). Seqüência de peptídeo da proteína codificada por PSCA v.3 (SEQ ID NO:6536)
MYVCAPVPHP DPPMALSRTP TRQIGSIDTD PPADGPSNPL CCCFHGPAFS TLNPVLRHLF 60
PQEAFPAHPI YDLSQVWSW SPAPSRGQAL RRAR 94
TABELA LV(b). Alinhamento da seqüência de aminoácido de PSCA v.2 e PSCA v.3
NENHUMA HOMOLOGIA SIGNIFICATIVA
TABELA Lll(c). Seqüência de nucleotídeo da variante PSCA v.4 transcrita
(SEQ ID NO:6537)
gacagtgaac cctgcgctga aggcgttggg gctcctgcag ttctggggca gccacaggcg 60
cccagggttt cgtgccgatc agcccaggac ggtcttcccg gtgcagtttc tgatgcgggg 120
agggcagtgc tgccttccgg tcaccaggac cagtgctcag cccgcctgct tgaccccctt 180
acttagctgg ggtccaatcc atacccaatt tagatgattc agacgatggg atttgaaact 240
tttgaactgg gtgcgactta agcactgccc tgctgtgcta ctcctgcaaa gcccaggtga 300
gcaacgagga ctgcctgcag gtggagaact gcacccagct gggggagcag tgctggaccg 360
cgcgcatccg cgcagttggc ctcctgaccg tcatcagcaa aggctgcagc ttgaactgcg 420
tggatgactc acaggactac tacgtgggca agaagaacat cacgtgctgt gacaccgact ' 480
tgtgcaacgc cagcggggcc catgccctgc agccggctgc cgccatcctt gcgctgctcc 540
ctgcactcgg cctgctgctc tggggacccg gccagctata ggctctgggg ggccccgctg 600
cagcccacac tgggtgtggt gccccaggcc tctgtgccac tcctcacaca cccggcccag 660
tgggagcctg tcctggttcc tgaggcacat cctaacgcaa gtctgaccat gtatgtctgc 720
gcccctgtcc cccaccctga ccctcccatg gccctctcca ggactcccac ccggcagatc 780
ggctctattg acacagatcc gcctgcagat ggcccctcca accctctctg ctgctgtttc 840
catggcccag cattctccac ccttaaccct gtgctcaggc acctcttccc ccaggaagcc 900
ttccctgccc accccatcta tgacttgagc caggtctggt ccgtggtgtc ccccgcaccc 960
agcaggggac aggcactcag gagggcccgg taaaggctga gatgaagtgg actgagtaga 1020
actggaggac aggagtcgac gtgagttcct gggagtctcc agagatgggg cctggaggcc 1080
tggaggaagg ggccaggcct cacattcgtg gggctccctg aatggcagcc tcagcacagc 1140
594 gtaggccctt aataaacacc tgttggataa gcca1174
TABELA Llll(c). Alinhamento da seqüência de nucleotídeo de PSCA v.2 (SEQ ID NQ:6538) e PSCA v.4 (SEQ ID NQ.6539)
v.2 1 tttgaggccatataaagtcacctgaggccctctccacca 39
II I. I I I I I·II I I I I I . IIII
v.4 42 tctggggc-------agccac aggcgc------ccagggtttcgtgc75
v.2 40 ----cagccca-----------ccagtgacca-------------tgaag61
I I I III I I I I I II.11.1
v.4 76 cgatcagcccaggacggtcttcccggtg—cagtttctgatgcggggagg123
v.2 62 gctgtgctg-cttgccctgt------------tgatggcag-------gc91
I I · I I III I I II I I·II I I . I IIIII
v.4 124 gcagtgctgcctt—ccggtcaccaggaccagtgct—cagcccgcctgc169
v.2 92 ttggccc-----------------------------------------tg 100
I I I . I I II .
v.4 170 ttgacccccttacttagctggggtccaatccatacccaatttagatgatt 219
v.2 101 cagcc-----------------------------------aggcactgcc 115
I I I · I I . I I I I I I I I
v.4 220 cagacgatgggatttgaaacttttgaactgggtgcgacttaagcactgcc269
v.2 116 ctgctgtgctactcctgcaaagcccaggtgagcaacgaggactgcctgca165
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 270 ctgctgtgctactcctgcaaagcccaggtgagcaacgaggactgcctgca319
v.2 166 ggtggagaactgcacccagctgggggagcagtgctggaccgcgcgcatcc215
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 320 ggtggagaactgcacccagctgggggagcagtgctggaccgcgcgcatcc369
v.2 216 gcgcagttggcctcctgaccgtcatcagcaaaggctgcagcttgaactgc265
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 370 gcgcagttggcctcctgaccgtcatcagcaaaggctgcagcttgaactgc419
v.2 266 gtggatgactcacaggactactacgtgggcaagaagaacatcacgtgctg315
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 420 gtggatgactcacaggactactacgtgggcaagaagaacatcacgtgctg469
v.2 316 tgacaccgacttgtgcaacgccagcggggcccatgccctgcagccggctg365
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 470 tgacaccgacttgtgcaacgccagcggggcccatgccctgcagccggctg519
v.2 366 ccgccatccttgcgctgctccctgcactcggcctgctgctctggggaccc415
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 520 ccgccatccttgcgctgctccctgcactcggcctgctgctctggggaccc569
v.2 416 ggccagctataggctctggggggccccgctgcagcccacactgggtgtgg465
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 570 ggccagctataggctctggggggccccgctgcagcccacactgggtgtgg619
v.2 466 tgccccaggcctctgtgccactcctcacacacccggcccagtgggagcct515
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 620 tgccccaggcctctgtgccactcctcacacacccggcccagtgggagcct669
v.2 516 gtcctggttcctgaggcacatcctaacgcaagtctgaccatgtatgtctg565
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 670 gtcctggttcctgaggcacatcctaacgcaagtctgaccatgtatgtctg719
v.2 566 cgcccctgtcccccaccctgaccctcccatggccctctccaggactccca615
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 720 cgcccctgtcccccaccctgaccctcccatggccctctccaggactccca769
v.2 616 cccggcagatcggctctattgacacagatccgcctgcagatggcccctcc665
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 770 cccggcagatcggctctattgacacagatccgcctgcagatggcccctcc819
v.2 666 aaccctctctgctgctgtttccatggcccagcattctccacccttaaccc715
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.4 820 aaccctctctgctgctgtttccatggcccagcattctccacccttaaccc869
595
v.2
v.4
v.2
v.4
v.2
v.4
v.2
v.4
v.2
v.4
v.2
v.4
v.2
v.4
716 tgtgctcaggcacctcttcccccaggaagccttccctgcccaccccatct 765 H I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | |
870 tgtgctcaggcacctcttcccccaggaagccttccctgcccaccccatct919
766 atgacttgagccaggtctggtccgtggtgtcccccgcacccagcagggga815
H I I I I I I I II I I I I I I II I I I I I I I | | | | | | | I I I I I I I I I I I I I I I I I
920 atgacttgagccaggtctggtccgtggtgtcccccgcacccagcagggga969
816 caggcactcaggagggcccggtaaaggctgagatgaagtggactgagtag865
1111111111111111 1111111111111111111111111111111111
970 caggcactcaggagggcccggtaaaggctgagatgaagtggactgagtag1019
866 aactggaggacaggagtcgacgtgagttcctgggagtctccagagatggg915
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
1020 aactggaggacaggagtcgacgtgagttcctgggagtctccagagatggg1069
916 gcctggaggcctggaggaaggggccaggcctcacattcgtggggctccct965
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | 1070 gcctggaggcctggaggaaggggccaggcctcacattcgtggggctccct1119
966 gaatggcagcctcagcacagcgtaggcccttaataaacacctgttggata1015
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I |
1120 gaatggcagcctcagcacagcgtaggcccttaataaacacctgttggata1169
1016 agcca 1020
I I I I I
1170 agcca 1174
TABELA LIV(c). Seqüência de peptídeo da proteína codificada por PSCA v.4 (SEQ ID NQ:6540)
MTHRTTTWAR RTSRAVTPTC ATPAGPMPCS RLPPSLRCSL HSACCSGDPA SYRLWGAPLQ60
PTLGWPQAS VPLLTHPAQW EPVLVPEAHP NASLTMYVCA PVPHPDPPMA LSRTPTRQIG120
SIDTDPPADG PSNPLCCCFH GPAFSTLNPV LRHLFPQEAF PAHPIYDLSQ VWSWSPAPS180
RGQALRRAR
TABELA LV(c). Alinhamento da seqüência de aminoácido de PSCA v.2 e
PSCA v.4
NENHUMA HOMOLOGIA SIGNIFICATIVA
TABELA Lll(d). Seqüência de nucleotídeo da variante PSCA v,5 transcrita (SEQ ID NO.-6541) gacagtgaac cctgcgctga aggcgttggg gctcctgcag ttctggggca gccacaggcg60 cccagggttt cgtgccgatc agcccaggac ggtcttcccg gtgcagtttc tgatgcgggg120 agggcagtgc tgccttccgg tcaccaggac cagtgctcag cccgcctgct tgaccccctt180 acttagctgg ggtccaatcc atacccaatt tagatgattc agacgatggg atttgaaact240 tttgaactgg gtgcgactta agcactgccc tgctgtgcta ctcctgcaaa gcccaggtga300 gcaacgagga ctgcctgcag gtggagaact gcacccagct gggggagcag tgctggaccg360 cgcgcatccg tgagtggggg gacgacagcc gccaggccta ggtctctgcc actgaactat420 taatctttct ggccatctgt ccgcatctgt gtgctgtttt ccttccacct gtccccgacc480 cgtcccgcac ctgcaccccc aacaatcacc cagcatctgt ccctccagcc atcctcctcc540
596
atctgccact cctccactca tctgtccctc cccatcctcc atcttccact cctccaccca 600
tctgtccctc cccatccctg agctcactta ctcactcacc ccatttctga cgctcagcgg 660
gtggtccatc tgcctcggac atctggatag ggctgagacc agggccgaga ccaggccctc 720
gcactgcttg caatcctgag gccagcccag ggggactcta gagcattagg cagggtggga 780
caggaggagg cctggggcag gtcaggcagg tgagcacaca gggcagcccc atccccggat 840
cccgctgctc cccaggcgca gttggcctcc tgaccgtcat cagcaaaggc tgcagcttga 900
actgcgtgga tgactcacag gactactacg tgggcaagaa gaacatcacg tgctgtgaca 960
ccgacttgtg caacgccagc ggggcccatg ccctgcagcc ggctgccgcc atccttgcgc 1020
tgctccctgc actcggcctg ctgctctggg gacccggcca gctataggct ctggggggcc 1080
ccgctgcagc ccacactggg tgtggtgccc caggcctctg tgccactcct cacacacccg 1140
gcccagtggg agcctgtcct ggttcctgag gcacatccta acgcaagtct gaccatgtat 1200
gtctgcgccc ctgtccccca ccctgaccct cccatggccc tctccaggac tcccacccgg 1260
cagatcggct ctattgacac agatccgcct gcagatggcc cctccaaccc tctctgctgc 1320
tgtttccatg gcccagcatt ctccaccctt aaccctgtgc tcaggcacct cttcccccag 1380
gaagccttcc ctgcccaccc catctatgac ttgagccagg tctggtccgt ggtgtccccc 1440
gcacccagca ggggacaggc actcaggagg gcccggtaaa ggctgagatg aagtggactg 1500
agtagaactg gaggacagga gtcgacgtga gttcctggga gtctccagag atggggcctg 1560
gaggcctgga ggaaggggcc aggcctcaca ttcgtggggc tccctgaatg gcagcctcag 1620
cacagcgtag gcccttaata aacacctgtt ggataagcca 1660
Tabela Llll(d). Alinhamento da seqüência de nucleotídeo de PSCA v.2 (SEQ
ID NO:6542) e PSCA v.5 (SEQ ID NO:6543)
v.2 1 tttgaggccatataaagtcacctgaggccctctccacca 39
I - I I - I I I I I - I I I I I I I . IIII
v.5 42 tctggggc-------agccac---aggcgc------ccagggtttcgtgc75
v.2 40 ----cagccca-----------ccagtgacca-------------tgaag61
I I I I I I I I I - I I I II.11.1
v.5 76 cgatcagcccaggacggtcttcccggtg—cagtttctgatgcggggagg123
v.2 62 gctgtgctg-cttgccctgt------------tgatggcag-------gc91
I I . I I I I I I I I I I I . | | | | . | ui||
v.5 124 gcagtgctgcctt—ccggtcaccaggaccagtgct—cagcccgcctgc169
v.2 92 ttggccc-----------------------------------------tg 100
I I I . I I II .
v.5 170 ttgacccccttacttagctggggtccaatccatacccaatttagatgatt 219
v.2 101 cagcc aggcactgcc 115
I I I - I I - I I I I I I I I
v.5 220 cagacgatgggatttgaaacttttgaactgggtgcgacttaagcactgcc269
v.2 116 ctgctgtgctactcctgcaaagcccaggtgagcaacgaggactgcctgca165
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
v.5 270 ctgctgtgctactcctgcaaagcccaggtgagcaacgaggactgcctgca319
v.2 166 ggtggagaactgcacccagctgggggagcagtgctggaccgcgcgcatcc215
597
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I
v.5 320 ggtggagaactgcacccagctgggggagcagtgctggaccgcgcgcatcc369
v.2 --- 215
v.5 370 gtgagtggggggacgacagccgccaggcctaggtctctgccactgaacta419
v.2 216 215
v.5 420 ttaatctttctggccatctgtccgcatctgtgtgctgttttccttccacc469
v.2 216 215
v.5 470 tgtccccgacccgtcccgcacctgcacccccaacaatcacccagcatctg519
v.2 216 215
v.5 520 tccctccagccatcctcctccatctgccactcctccactcatctgtccct569
v.2 216 215
v.5 570 ccccatcctccatcttccactcctccacccatctgtccctccccatccct619
v.2 216 215
v.5 620 gagctcacttactcactcaccccatttctgacgctcagcgggtggtccat669
v.2 216 215
v.5 670 ctgcctcggacatctggatagggctgagaccagggccgagaccaggccct719
v.2 216 215
v.5 720 cgcactgcttgcaatcctgaggccagcccagggggactctagagcattag769
v.2 216 215
v.5 770 gcagggtgggacaggaggaggcctggggcaggtcaggcaggtgagcacac819
v.2 216 gcgcagttggcctc229
I I I I I I I I I I I I I I
v.5 820 agggcagccccatccccggatcccgctgctccccaggcgcagttggcctc869
v.2 230 ctgaccgtcatcagcaaaggctgcagcttgaactgcgtggatgactcaca279
I I I I I I II I I I I I I I I I I I I I I III I I II I I III II I I I I I I I I II I I I I
v.5 870 ctgaccgtcatcagcaaaggctgcagcttgaactgcgtggatgactcaca 919
v.2 280 ggactactacgtgggcaagaagaacatcacgtgctgtgacaccgacttgt 329
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | | | | | | I II I I I I I I
v.5 920 ggactactacgtgggcaagaagaacatcacgtgctgtgacaccgacttgt 969
v.2 330 gcaacgccagcggggcccatgccctgcagccggctgccgccatccttgcg 379
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
v.5 970 gcaacgccagcggggcccatgccctgcagccggctgccgccatccttgcg 1019
v.2 380 ctgctccctgcactcggcctgctgctctggggacccggccagctataggc 429
11111111111111111 111111111111111111111111111111111
v.5 1020 ctgctccctgcactcggcctgctgctctggggacccggccagctataggc 1069
v.2 430 tctggggggccccgctgcagcccacactgggtgtggtgccccaggcctct 479
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | | | | | | I I I I I I I I I
v.5 1070 tctggggggccccgctgcagcccacactgggtgtggtgccccaggcctct 1119
v.2 480 gtgccactcctcacacacccggcccagtgggagcctgtcctggttcctga529
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
v.5 1120 gtgccactcctcacacacccggcccagtgggagcctgtcctggttcctga 1169
v.2 530 ggcacatcctaacgcaagtctgaccatgtatgtctgcgcccctgtccccc579
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
v.5 1170 ggcacatcctaacgcaagtctgaccatgtatgtctgcgcccctgtccccc 1219
v.2 580 accctgaccctcccatggccctctccaggactcccacccggcagatcggc629
111111111111111111111111111111111111111111111 11111
v.5 1220 accctgaccctcccatggccctctccaggactcccacccggcagatcggc 1269
v.2 630 tctattgacacagatccgcctgcagatggcccctccaaccctctctgctg679
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
v.5 1270 tctattgacacagatccgcctgcagatggcccctccaaccctctctgctg 1319
v.2 680 ctgtttccatggcccagcattctccacccttaaccctgtgctcaggcacc729
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
v.5 1320 ctgtttccatggcccagcattctccacccttaaccctgtgctcaggcacc 1369
v.2 730 tcttcccccaggaagccttccctgcccaccccatctatgacttgagccag779
H I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I | | | | | | | | | | H | | | | | | | | |
v.5 1370 tcttcccccaggaagccttccctgcccaccccatctatgacttgagccag 1419
v.2 780 gtctggtccgtggtgtcccccgcacccagcaggggacaggcactcaggag829
1111111 Η 111111111 11111111111111111111111111111111
v.5 1420 gtctggtccgtggtgtcccccgcacccagcaggggacaggcactcaggag 1469
598
v.2 830 ggcccggtaaaggctgagatgaagtggactgagtagaactggaggacagg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ί 1 1 1 II 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 879
v.5 1470 ggcccggtaaaggctgagatgaagtggactgagtagaactggaggacagg 1519
v.2 880 agtcgacgtgagttcctgggagtctccagagatggggcctggaggcctgg 929
5 v.5 1520 1 1 1 1 H 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 I I I I I I 1 1 1 1 1 1 1 1 1 agtcgacgtgagttcctgggagtctccagagatggggcctggaggcctgg 1569
v.2 930 aggaaggggccaggcctcacattcgtggggctccctgaatggcagcctca 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 979
v.5 1570 aggaaggggccaggcctcacattcgtggggctccctgaatggcagcctca 1619
10 v.2 980 gcacagcgtaggcccttaataaacacctgttggataagcca 1020 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
v. 5 1620 gcacagcgtaggcccttaataaacacctgttggataagcca 1660
TABELA LIV(d). Seqüência de peptídeo da proteína codificada por PSCA v.5 (SEQ ID NQ:6544)
MTHRTTTWAR RTSRAVTPTC ATPAGPMPCS RLPPSLRCSL HSACCSGDPA SYRLWGAPLQ60
PTLGVVPQAS VPLLTHPAQW EPVLVPEAHP NASLTMYVCA PVPHPDPPMA LSRTPTRQIG120
SIDTDPPADG PSNPLCCCFH GPAFSTLNPV LRHLFPQEAF PAHPIYDLSQ VWSWSPAPS180
RGQALRRAR
TABELA LV(d). Alinhamento da seqüência de aminoácido de PSCA v.2 e
PSCA v,5
NENHUMA HOMOLOGIA SIGNIFICATIVA
TABELA LVL Modificações em SNP e códon em PSCA v.2 e v.4
Variante Posição V.2 SNP Modificação AA* Posição AA Posição V.4 Modificação AA Posição AA Variante
V.6 57 t/c M/-** 1 Não em v.4
V.7 367 c/t A/A 104 521 P/L 33 v.19
V.8 424 a/c L/L 123 578 Y/S 52 v.20
V.9 495 c/g 649 H/D 76 v.21
V.10 499 c/t 653 P/L 77 v.22
V.11 563 c/t 717 V/V 98 v.23
V.12 567 g/a 721 A/T 100 v.24
V.13 627 g/a 781 G/S 120 v.25
V.14 634 t/g 788 l/S 122 v.26
V.15 835 g/a 989 R/Q 189 v.27
V.16 847 g/a 1001 v.28
V.17 878 g/a 1032 v.29
V.18 978 c/g 1132 v.30
AA: aminoácido **-: Nenhum aminoácido codificado.
REIVINDICAÇÕES

Claims (4)

1. Método in vitro para detecção da presença de um polinucleotídeo de PSCA em uma amostra teste derivada de um indivíduo como um indicador da presença de câncer, caracterizado pelo fato de que compreende as etapas de:
colocar em contato a amostra com uma sonda que se liga especificamente ao polinucleotídeo de PSCA, e detectar a ligação da sonda ao polinucleotídeo de PSCA, em que o polinucleotídeo de PSCA é selecionado do grupo consistindo em:
(a) um polinucleotídeo consistindo na sequência de SEQ ID NO: 6537, do resíduo de nucleotídeo número 424 a 993;
(b) um polinucleotídeo consistindo na sequência de SEQ ID NO: 6537, do resíduo de nucleotídeo número 424 a 993, em que o resíduo de nucleotídeo em 649 é G;
(c) um polinucleotídeo consistindo na sequência de SEQ ID NO: 6537, do resíduo de nucleotídeo número 424 a 993, em que o resíduo de nucleotídeo em 653 é T;
(d) um polinucleotídeo consistindo na sequência de SEQ ID NO: 6537, do resíduo de nucleotídeo número 424 a 993, em que o resíduo de nucleotídeo em 721 é A;
(e) um polinucleotídeo consistindo na sequência de SEQ ID NO: 6537, do resíduo de nucleotídeo número 424 a 993, em que o resíduo de nucleotídeo em 781 é A;
(f) um polinucleotídeo consistindo na sequência de SEQ ID NO: 6537, do resíduo de nucleotídeo número 424 a 993, em que o resíduo de nucleotídeo em 788 é G;
(g) um polinucleotídeo consistindo na sequência de SEQ ID NO: 6537, do resíduo de nucleotídeo número 424 a 993, em que o resíduo de nucleotídeo em 989 é A; e (h) um polinucleotídeo totalmente complementar a um polinucleotídeo de qualquer um dentre (a) a (g);
em que a etapa de detecção compreende a comparação de uma
Petição 870190058624, de 25/06/2019, pág. 8/32 quantidade de ligação da sonda que se liga especificamente ao polinucleotídeo de PSCA à quantidade de ligação da sonda ao polinucleotídeo em uma amostra de tecido normal correspondente, e em que a presença de polinucleotídeo de PSCA elevado na 5 amostra teste em relação à amostra de tecido normal fornece uma indicação da presença de câncer.
2. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o polinucleotídeo é um cDNA produzido a partir da amostra por transcrição reversa.
10
3. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o polinucleotídeo é um mRNA.
4. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o câncer é selecionado do grupo que consiste em câncer de próstata, bexiga, rim, cólon, pulmão, ovário, mama e pâncreas.
BRPI0410842A 2003-05-30 2004-05-28 método in vitro para detecção da presença de um polinucleotídeo de psca em uma amostra teste derivada de um indivíduo como um indicador da presença de câncer BRPI0410842B8 (pt)

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