ההתאחדות לכדורגל של סן מרינו לא הוכרה רשמית עד שנת 1990 על ידי אופ"א, ולשחקנים מסן מרינו היה מעמד של שחקנים איטלקים. מסיבה זו, בוניני היה יכול לשחק עבור נבחרת איטליה, בה שיחק דווקא בנבחרת הצעירה, במדיה רשם 19 הופעות. למרות זאת נשאר חלק מסן מרינו, אך הוא נאלץ לחכות עד 1990 כדי לשחק עבור נבחרת סן מרינו, מאז שיחק 19 משחקים. לאחר הפרישה הספיק גם לאמן את הנבחרת בין השנים 1996–1998.