H3R8me2

H3R8me2

H3R8me2는 단백질 히스톤 H3를 포장하는 DNA의 후생유전학적 변형이다.히스톤 H3 단백질의 8번째 아르기닌 잔기의 디메틸화를 나타내는 마크이다.후생유전학에서 히스톤 H3 및 H4의 아르기닌 메틸화는 보다 접근하기 쉬운 크로마틴 구조와 관련지어 보다 높은 수준의 전사와 관련된다.아르기닌 메틸화를 반전시킬 수 있는 아르기닌 탈메틸화효소의 존재는 [1]논란의 여지가 있다.

H3R8me2는 문자 변환 억제와 관련되어 있으며 PRMT5에 의해 변경되지만 CARM1은 변경되지 않습니다.

2021년 3월 현재 H3R8me2에 [2]대해 알려진 질병 관련성은 없다.

명명법

이 수정의 이름은 히스톤 H3 단백질 서브유닛에서 아르기닌 8의 디메틸화를 나타낸다.

에이브러 의미.
H3 H3족 히스톤
R 아르기닌의 표준 줄임말
8 아미노산 잔기 위치

(N 단자부터 카운트)

나야. 메틸기
2 첨가된 메틸기 수

아르기닌

타입 I 및 II PRMT에 의한 아르기닌 메틸화.

아르기닌은 1회(모노메틸화 아르기닌) 또는 2회(디메틸화 아르기닌) 메틸화 할 수 있다.아르기닌 잔기의 메틸화는 3종류의 단백질 아르기닌 [1]메틸전달효소에 의해 촉매된다.

아르기닌 메틸화는 단백질 간의 상호작용에 영향을 미치고 단백질 밀매, 신호 전달, 전사 [4]조절을 포함한 다양한 세포 과정에 관여되어 왔다.

아르기닌 메틸화는 PRMT가 키 활성화(히스톤 H4R3me2, H3R2me2, H3R17me2, H3R26me2) 또는 억제(H3R2me2, H3R8me2, H4R2)를 축적하는 능력 때문에 유전자 조절에 중요한 역할을 한다.

히스톤 수정

진핵세포의 게놈 DNA는 히스톤으로 알려진 특별한 단백질 분자에 싸여 있다.DNA의 고리에 의해 형성된 복합체를 크로마틴이라고 한다.

변경 메커니즘 및 기능

H3R8 부위는 PRMT5에 의해 메틸화되어 전사 억제와 연결된다.PRMT5는 스네일, ZNF224 및 스키와 같은 여러 전사 억제기에 의해 채용됩니다.H3K9 또는 H3K14의 사전 아세틸화는 PRMT5에 [5]의한 H3R8의 메틸화를 방지한다.

후생학적 의미

히스톤 수식 복합체 또는 염색질 리모델링 복합체에 의한 히스톤 꼬리의 번역 후 수정은 세포에 의해 해석되어 복잡한 조합 전사 출력으로 이어진다.히스톤 코드는 특정 영역의 [6]히스톤 간의 복잡한 상호작용에 의해 유전자의 발현을 지시하는 것으로 생각된다.현재 히스톤에 대한 이해와 해석은 두 개의 대규모 프로젝트인 ENCODE와 에피게노믹 [7]로드맵에서 비롯된다.후생유전학 연구의 목적은 전체 게놈에 걸친 후생유전학적 변화를 조사하는 것이었다.이로 인해 염색질 상태는 서로 다른 단백질 및/또는 히스톤 변형을 함께 그룹화하여 게놈 영역을 정의했다.염색질 상태는 드로소필라 세포에서 게놈에서 단백질의 결합 위치를 보고 조사되었다.ChIP 염기서열 분석의 사용으로 다른 [8]밴딩으로 특징지어지는 게놈의 노출된 영역.드로소필라에서도 다양한 발달 단계가 프로파일링되었으며, 히스톤 수정 [9]관련성에 중점을 두었다.얻어진 데이터를 살펴본 결과 히스톤 [10]수식에 기초한 염색질 상태가 정의되었다.특정 수정이 지도화되고 특정 게놈 영역에 위치하는 농축이 관찰되었습니다.

인간 게놈에는 염색질 상태가 주석을 달았다.이러한 주석이 달린 상태는 기본 게놈 배열과 독립적으로 게놈에 주석을 다는 새로운 방법으로 사용될 수 있습니다.DNA 염기서열로부터의 독립성은 히스톤 변형의 후생유전학적 특성을 강제한다.염색질 상태는 또한 강화제와 같이 정의된 서열이 없는 조절 요소를 식별하는 데 유용하다.이 추가 수준의 주석을 통해 세포 고유의 유전자 [11]조절을 더 깊이 이해할 수 있습니다.

임상적 의의

PRMT2는 H3R8me2a의 [12]메틸화를 통해 등쪽 발달 프로그램을 매개하는 것으로 나타났다.

방법들

히스톤 마크 H3K4me1은 다양한 방법으로 검출할 수 있습니다.

1. Chromatin Immunopritation Sequencing (ChIP-sequencing)은 표적 단백질에 결합되어 면역 침강된 DNA 농도의 양을 측정한다.그것은 좋은 최적화를 가져오고 세포에서 일어나는 DNA-단백질 결합을 밝히기 위해 생체 내에서 사용된다.ChIP-Seq는 게놈 [13]영역을 따라 다른 히스톤 변형을 위한 다양한 DNA 단편을 식별하고 정량화하기 위해 사용될 수 있다.

2. 마이크로코칼핵산가수분해효소배열법(MNase-seq)은 잘 배치된 뉴클레오솜에 의해 결합되는 영역을 조사하기 위해 사용된다.뉴클레오좀의 위치를 특정하기 위해 마이크로콕칼뉴클레아제 효소의 사용이 사용된다.좋은 위치에 있는 뉴클레오솜은 [14]배열의 농도를 가지고 있는 것으로 보인다.

3. 트랜스포지아제 접근성 크로마틴 배열 분석(ATAC-seq)은 뉴클레오솜이 없는 영역(개방 크로마틴)을 조사하기 위해 사용된다.그것은 뉴클레오솜 [15][16][17]국소화를 강조하기 위해 초활성 Tn5 트랜스포존을 사용한다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ a b Blanc, Roméo S.; Richard, Stéphane (2017). "Arginine Methylation: The Coming of Age". Molecular Cell. 65 (1): 8–24. doi:10.1016/j.molcel.2016.11.003. PMID 28061334.
  2. ^ "HIstome: The Histone Infobase". Retrieved 25 March 2021.
  3. ^ Huang, Suming; Litt, Michael D.; Ann Blakey, C. (30 November 2015). Epigenetic Gene Expression and Regulation. pp. 21–38. ISBN 9780127999586.
  4. ^ McBride, A.; Silver, P. (2001). "State of the Arg: Protein Methylation at Arginine Comes of Age". Cell. 106 (1): 5–8. doi:10.1016/S0092-8674(01)00423-8. PMID 11461695. S2CID 17755108.
  5. ^ Di Lorenzo, Alessandra; Bedford, Mark T. (2011). "Histone arginine methylation". FEBS Letters. 585 (13): 2024–2031. doi:10.1016/j.febslet.2010.11.010. PMC 3409563. PMID 21074527.
  6. ^ Jenuwein T, Allis CD (August 2001). "Translating the histone code". Science. 293 (5532): 1074–80. doi:10.1126/science.1063127. PMID 11498575. S2CID 1883924.
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  8. ^ Filion GJ, van Bemmel JG, Braunschweig U, Talhout W, Kind J, Ward LD, Brugman W, de Castro IJ, Kerkhoven RM, Bussemaker HJ, van Steensel B (October 2010). "Systematic protein location mapping reveals five principal chromatin types in Drosophila cells". Cell. 143 (2): 212–24. doi:10.1016/j.cell.2010.09.009. PMC 3119929. PMID 20888037.
  9. ^ Roy S, Ernst J, Kharchenko PV, Kheradpour P, Negre N, Eaton ML, et al. (modENCODE Consortium) (December 2010). "Identification of functional elements and regulatory circuits by Drosophila modENCODE". Science. 330 (6012): 1787–97. Bibcode:2010Sci...330.1787R. doi:10.1126/science.1198374. PMC 3192495. PMID 21177974.
  10. ^ Kharchenko PV, Alekseyenko AA, Schwartz YB, Minoda A, Riddle NC, Ernst J, et al. (March 2011). "Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster". Nature. 471 (7339): 480–5. Bibcode:2011Natur.471..480K. doi:10.1038/nature09725. PMC 3109908. PMID 21179089.
  11. ^ Kundaje A, Meuleman W, Ernst J, Bilenky M, Yen A, Heravi-Moussavi A, Kheradpour P, Zhang Z, et al. (Roadmap Epigenomics Consortium) (February 2015). "Integrative analysis of 111 reference human epigenomes". Nature. 518 (7539): 317–30. Bibcode:2015Natur.518..317.. doi:10.1038/nature14248. PMC 4530010. PMID 25693563.
  12. ^ Blanc, Roméo S.; Richard, Stéphane (2017). "Arginine Methylation: The Coming of Age". Molecular Cell. 65 (1): 8–24. doi:10.1016/j.molcel.2016.11.003. PMID 28061334.
  13. ^ "Whole-Genome Chromatin IP Sequencing (ChIP-Seq)" (PDF). Illumina. Retrieved 23 October 2019.
  14. ^ "MAINE-Seq/Mnase-Seq". illumina. Retrieved 23 October 2019.
  15. ^ Buenrostro, Jason D.; Wu, Beijing; Chang, Howard Y.; Greenleaf, William J. (2015). "ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide". Current Protocols in Molecular Biology. 109: 21.29.1–21.29.9. doi:10.1002/0471142727.mb2129s109. ISBN 9780471142720. PMC 4374986. PMID 25559105.
  16. ^ Schep, Alicia N.; Buenrostro, Jason D.; Denny, Sarah K.; Schwartz, Katja; Sherlock, Gavin; Greenleaf, William J. (2015). "Structured nucleosome fingerprints enable high-resolution mapping of chromatin architecture within regulatory regions". Genome Research. 25 (11): 1757–1770. doi:10.1101/gr.192294.115. ISSN 1088-9051. PMC 4617971. PMID 26314830.
  17. ^ Song, L.; Crawford, G. E. (2010). "DNase-seq: A High-Resolution Technique for Mapping Active Gene Regulatory Elements across the Genome from Mammalian Cells". Cold Spring Harbor Protocols. 2010 (2): pdb.prot5384. doi:10.1101/pdb.prot5384. ISSN 1559-6095. PMC 3627383. PMID 20150147.