도케린
Dockerin| 도커린 도메인 | |||||||||
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 C. 열전지 셀룰로솜의 Dockerin 타입 I 도메인의 구조. | |||||||||
| 식별자 | |||||||||
| 기호 | 도커린_1 | ||||||||
| Pfam | PF00404 | ||||||||
| 인터프로 | IPR018242 | ||||||||
| 프로사이트 | PDOC00416 | ||||||||
| SCOP2 | 1daq / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd14253 | ||||||||
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도케린은 혐기성 박테리아의 셀룰로솜 세포 구조에서 발견되는 단백질 영역이다.그것은 많은 내분 루카나제 효소에서 발견된다.도케린의 결합 파트너는 비계 단백질에 위치한 응집 영역이다.셀룰로솜의 효소 성분의 도케린 영역과 비계 단백질의 응집성 영역 사이의 이러한 상호작용은 셀룰로솜 콤플렉스의 건설에 필수적이다.[1]Dockerin 도메인은 비 EF 핸드 칼슘 결합 모티브의 두 개의 장내 반복실험을 가지고 있다.각 모티브는 루프-헬릭스 구조로 되어 있는 것이 특징이다.[2]도케린의 3차원 구조는 코제인과의 콤플렉스는 물론 해법에서도 결정되어 왔다.[3][4]
도케린 도메인에는 각각 코세신 타입 I, 코세신 타입 II, 코세신 타입 III, 코세린 타입 III의 세 종류가 있다.I형 도커린 도메인은 65-70개의 잔여물이다.[5]제1종 상호작용의 구속력 있는 특수성은 구조 및 돌연변이 유발 연구에 의해 잘 연구되었다.제2형 상호작용은 덜 잘 특징지어진다.[6]
참고 항목
참조
- ^ Ding SY, Rincon MT, Lamed R, Martin JC, McCrae SI, Aurilia V, et al. (2001). "Cellulosomal scaffoldin-like proteins from Ruminococcus flavefaciens". J Bacteriol. 183 (6): 1945–53. doi:10.1128/JB.183.6.1945-1953.2001. PMC 95089. PMID 11222592.
- ^ SCOP 63447
- ^ PDB: 1DAQ; Lytle BL, Volkman BF, Westler WM, Heckman MP, Wu JH (March 2001). "Solution structure of a type I dockerin domain, a novel prokaryotic, extracellular calcium-binding domain". J. Mol. Biol. 307 (3): 745–53. doi:10.1006/jmbi.2001.4522. PMID 11273698.
- ^ 프로그램 데이터베이스:1OHZ, 카르발류, A.L.;지아스, F.M.V;Prates, J.A.M., Nagy는 티라노, 길버트, H.J.;데이비스, G.J.;페헤이라, L.M.A.;Romao, M.J.;Fontes, CM.G.A(2003년)."Cellulosome 어셈블리가 cohesin-dockerin의 결정 구조에 의해 폭로".국립 과학원 회보.100(24):13809–13814. doi:10.1073/pnas.1936124100.PMC283503.PMID 14623971.
- ^ InterPro:인터프로: IPR016134
- ^ Adams JJ, Webb BA, Spencer HL, Smith SP (February 2005). "Structural characterization of type II dockerin module from the cellulosome of Clostridium thermocellum: calcium-induced effects on conformation and target recognition". Biochemistry. 44 (6): 2173–82. doi:10.1021/bi048039u. PMID 15697243.
외부 링크
단백질 구조:
- Lytle BL, Volkman BF, Westler WM, Heckman MP, Wu JH (2001). "Solution structure of a type I dockerin domain, a novel prokaryotic, extracellular calcium-binding domain". J Mol Biol. 307 (3): 745–753. doi:10.1006/jmbi.2001.4522. PMID 11273698.
- Bayer EA, Shimon LJ, Shoham Y, Lamed R (1998). "Cellulosomes-structure and ultrastructure". J Struct Biol. 124 (2–3): 221–234. doi:10.1006/jsbi.1998.4065. PMID 10049808.
특수성 특성:
- Haimovitz R, Barak Y, Morag E, Voronov-Goldman M, Shoham Y, Lamed R, Bayer EA (2008). "Cohesin-dockerin microarray: Diverse specificities between two complementary families of interacting protein modules". Proteomics. 8 (5): 968–979. doi:10.1002/pmic.200700486. PMID 18219699. S2CID 206360888.
- Adams JJ, Webb BA, Spencer HL, Smith SP (2005). "Structural characterization of type II dockerin module from the cellulosome of Clostridium thermocellum: calcium-induced effects on conformation and target recognition". Biochemistry. 44 (6): 2173–2182. doi:10.1021/bi048039u. PMID 15697243.
- Jindou S, Soda A, Karita S, Kajino T, Béguin P, Wu JH, Inagaki M, Kimura T, Sakka K, Ohmiya K (2004). "Cohesin-dockerin interactions within and between Clostridium josui and Clostridium thermocellum: binding selectivity between cognate dockerin and cohesin domains and species specificity". J Biol Chem. 279 (11): 9867–9874. doi:10.1074/jbc.M308673200. PMID 14688277.
