28S리보솜RNA

28S ribosomal RNA
"28S"는 여기서 리다이렉트 됩니다.황(28S)의 동위원소는 황-28을 참조한다.
미토콘드리아 16S 및 핵 28S 리보솜 DNA 계통.

28S 리보솜 RNA는 진핵세포질 리보솜의 큰 서브유닛(LSU)을 위한 구조 리보솜 RNA(rRNA)이며, 따라서 모든 진핵세포의 기본 성분 중 하나이다.식물에서 25S, 포유류에서 28S의 크기를 가지므로 25S–28S rRNA라는 별칭이 있다.[1]

5' 측 5.8S rRNA와 결합되어 원핵생물 23S 및 미토콘드리아 16S 리보솜 RNA의 [2][3][4]진핵핵 핵 상동체이다.

계통 발생에 사용

28S rRNA를 코드하는 유전자를 28S rDNA라고 한다.이들 유전자의 배열 비교는 때때로 분자 분석에서 원시동물,[5] 곰팡이,[6] 곤충,[7] 거미류,[8] 지각동물,[9][10][11] 척추동물과 같은 계통수를 구성하기 위해 사용된다.

구조.

28S rRNA의 길이는 [12]보통 4000 ~5000 nt입니다

일부 진핵생물들은 리보솜에 결합하기 전에 28S rRNA를 두 부분으로 쪼개 "숨겨진 균열"[12]이라고 불리는 현상이다.

데이터베이스

일부 데이터베이스는 LSU rRNA 시퀀스의 정렬과 주석을 비교 목적으로 제공합니다.

  • RDP,[13] 리보솜 데이터베이스 [14][15]프로젝트
  • 리보솜 RNA 유전자 데이터베이스 프로젝트인 실바.[16]

레퍼런스

  1. ^ Lodish, Harvey F.; Darnell, James E. (1995-01-01). Molecular cell biology. Scientific American Books. ISBN 978-0-7167-2380-6. OCLC 30783343.
  2. ^ Eperon, I. C.; Anderson, S.; Nierlich, D. P. (1980-07-31). "Distinctive sequence of human mitochondrial ribosomal RNA genes". Nature. 286 (5772): 460–467. Bibcode:1980Natur.286..460E. doi:10.1038/286460a0. PMID 6157106. S2CID 4262269.
  3. ^ Doris, Stephen M.; Smith, Deborah R.; Beamesderfer, Julia N.; Raphael, Benjamin J.; Nathanson, Judith A.; Gerbi, Susan A. (October 2015). "Universal and domain-specific sequences in 23S–28S ribosomal RNA identified by computational phylogenetics". RNA. 21 (10): 1719–1730. doi:10.1261/rna.051144.115. PMC 4574749. PMID 26283689.
  4. ^ Lafontaine, D. L. J.; Tollervey, D. (2001). "The function and synthesis of ribosomes". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2 (7): 514–520. doi:10.1038/35080045. hdl:1842/729. PMID 11433365. S2CID 2637106.
  5. ^ Baroin, A.; Perasso, R.; Qu, L. H.; Brugerolle, G.; Bachellerie, J. P.; Adoutte, A. (1988-05-01). "Partial phylogeny of the unicellular eukaryotes based on rapid sequencing of a portion of 28S ribosomal RNA". Proceedings of the National Academy of Sciences. 85 (10): 3474–3478. Bibcode:1988PNAS...85.3474B. doi:10.1073/pnas.85.10.3474. ISSN 0027-8424. PMC 280234. PMID 3368456.
  6. ^ James, Timothy Y.; Kauff, Frank; Schoch, Conrad L.; Matheny, P. Brandon; Hofstetter, Valérie; Cox, Cymon J.; Celio, Gail; Gueidan, Cécile; Fraker, Emily (2006). "Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny". Nature. 443 (7113): 818–822. Bibcode:2006Natur.443..818J. doi:10.1038/nature05110. PMID 17051209. S2CID 4302864.
  7. ^ Whiting, Michael F.; Carpenter, James C.; Wheeler, Quentin D.; Wheeler, Ward C. (1997-03-01). "The Strepsiptera Problem: Phylogeny of the Holometabolous Insect Orders Inferred from 18S and 28S Ribosomal DNA Sequences and Morphology". Systematic Biology. 46 (1): 1–68. doi:10.1093/sysbio/46.1.1. ISSN 1063-5157. PMID 11975347.
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  10. ^ Le, Hoc Lanh Vân; Lecointre, Guillaume; Perasso, Roland (1993-03-01). "A 28S rRNA-Based Phylogeny of the Gnathostomes: First Steps in the Analysis of Conflict and Congruence with Morphologically Based Cladograms". Molecular Phylogenetics and Evolution. 2 (1): 31–51. doi:10.1006/mpev.1993.1005. PMID 8081546.
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  12. ^ a b Natsidis, Paschalis; Schiffer, Philipp H.; Salvador-Martínez, Irepan; Telford, Maximilian J. (December 2019). "Computational discovery of hidden breaks in 28S ribosomal RNAs across eukaryotes and consequences for RNA Integrity Numbers". Scientific Reports. 9 (1): 19477. Bibcode:2019NatSR...919477N. doi:10.1038/s41598-019-55573-1. PMC 6925239. PMID 31863008.
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  14. ^ Olsen, G. J.; Overbeek, R.; Larsen, N.; Marsh, T. L.; McCaughey, M. J.; Maciukenas, M. A.; Kuan, W.-M.; Macke, T. J.; Xing, Y. (1992-05-11). "The Ribosomal Database Project". Nucleic Acids Research. 20 (suppl): 2199–2200. doi:10.1093/nar/20.suppl.2199. ISSN 0305-1048. PMC 333993. PMID 1598241.
  15. ^ Cole, James R.; Wang, Qiong; Fish, Jordan A.; Chai, Benli; McGarrell, Donna M.; Sun, Yanni; Brown, C. Titus; Porras-Alfaro, Andrea; Kuske, Cheryl R. (2014-01-01). "Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis". Nucleic Acids Research. 42 (D1): D633–D642. doi:10.1093/nar/gkt1244. ISSN 0305-1048. PMC 3965039. PMID 24288368.
  16. ^ Quast, C.; Pruesse, E.; Yilmaz, P.; Gerken, J.; Schweer, T.; Yarza, P.; Peplies, J.; Glockner, F. O. (2013-01-01). "The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools". Nucleic Acids Research. 41 (D1): D590–D596. doi:10.1093/nar/gks1219. ISSN 0305-1048. PMC 3531112. PMID 23193283.