RU2000127095A - METHOD OF DETECTION OF OPTIONS OF NUCLEIC ACID SEQUENCE BY MEANS OF ANALYSIS OF TERMINATION WITH SHIFT - Google Patents

METHOD OF DETECTION OF OPTIONS OF NUCLEIC ACID SEQUENCE BY MEANS OF ANALYSIS OF TERMINATION WITH SHIFT

Info

Publication number
RU2000127095A
RU2000127095A RU2000127095/13A RU2000127095A RU2000127095A RU 2000127095 A RU2000127095 A RU 2000127095A RU 2000127095/13 A RU2000127095/13 A RU 2000127095/13A RU 2000127095 A RU2000127095 A RU 2000127095A RU 2000127095 A RU2000127095 A RU 2000127095A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acid
nucleotide
seed
analyzed
terminator
Prior art date
Application number
RU2000127095/13A
Other languages
Russian (ru)
Other versions
RU2200762C2 (en
Inventor
Ксиао Бинг ВАНГ
Original Assignee
Ксиао Бинг ВАНГ
МОРИСАВА Синкацу
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ксиао Бинг ВАНГ, МОРИСАВА Синкацу filed Critical Ксиао Бинг ВАНГ
Publication of RU2000127095A publication Critical patent/RU2000127095A/en
Application granted granted Critical
Publication of RU2200762C2 publication Critical patent/RU2200762C2/en

Links

Claims (36)

1. Способ детекции или количественного анализа нуклеиновой кислоты-мишени в образце, включающий:
(a) получение затравки, комплементарной последовательности, непосредственно примыкающей к нуклеотиду-мишени в заданном положении анализируемой нуклеиновой кислоты, которая служит матрицей;
(b) обработку образца, содержащего анализируемую нуклеиновую кислоту, в случае, если нуклеиновая кислота является двухцепочечной, таким образом, что бы получить неспаренные нуклеотиды, охватывающие конкретное положение, или прямое применение стадии (с), если анализируемая нуклеиновая кислота является одноцепочечной;
(c) отжиг затравки, полученный в соответствии с (а), с нуклеиновой кислотой-мишенью по (b) в условиях высокой степени жесткости с получением дуплекса "затравка/нуклеиновая кислота", при том, что нуклеотид-мишень в анализируемой нуклеиновой кислоте является первым неспаренным нуклеотидом, находящимся сразу за 3'-концом затравки;
(d) смешивание дуплекса "затравка/нуклеиновая кислота" по (с) с реагентами реакции достройки затравки, включающими: (1) один тип терминаторного нуклеотида или необязательно "нуклеотидный пропуск", который комплементарен нуклеотиду-мишени по заданному положению анализируемой нуклеиновой кислоты; и (ii) три типа нетерминаторных нуклеотидов, которые не совпадают с терминаторным нуклеотидом по п. (i), причем по крайней мере один из этих типов необязательно помечен выявляемым маркером;
(e) проведение реакции достройки затравки каталитическими или химическими способами, при том, что включение упомянутого терминаторного нуклеотида или нетерминаторного нуклеотида в затравку зависит от идентичности неспаренного нуклеотида, находящегося в нуклеиновой кислоте-матрице сразу за 3'-концом затравки, и при том, что включение упомянутого терминаторного нуклеотида в последовательность, комплементарного упомянутому нуклеотиду-мишени анализируемой нуклеиновой кислоты, будет обеспечивать терминацию упомянутой достройки затравки без включения любого из помеченных нетерминаторных нуклеотидов в состав затравки, при том, что упомянутая затравка не помечена, а также при том, что, когда нуклеотид-мишень изменен на любой иной нуклеотид, то один из нетерминаторных нуклеотидов, помеченных упомянутым выявляемым маркером, или необязательно непомеченных каким-либо маркером нуклеотидов, если в качестве метода детекции применяется масс-спектрометрия, который комплементарен мутантному нуклеотиду, в зависимости от конкретной последовательности включают в состав затравки в упомянутой реакции достройки затравки; и
(f) установление присутствия и идентичности нуклеотида в заданном положении анализируемой нуклеиновой кислоты путем детекции включенного в данную затравку помеченного нетерминаторного нуклеoтида.1. A method for detecting or quantifying a target nucleic acid in a sample, comprising:
(a) obtaining a seed, complementary sequence, directly adjacent to the target nucleotide in a predetermined position of the analyzed nucleic acid, which serves as a matrix;
(b) processing the sample containing the nucleic acid to be analyzed in case the nucleic acid is double-stranded, so that unpaired nucleotides encompassing a particular position are obtained, or direct application of step (c), if the nucleic acid to be analyzed is single-stranded;
(c) priming annealing obtained in accordance with (a) with a target nucleic acid according to (b) under conditions of a high degree of stringency to produce a seed / nucleic acid duplex, while the target nucleotide in the analyzed nucleic acid is the first unpaired nucleotide immediately after the 3'-end of the seed;
(d) mixing the seed / nucleic acid duplex of (c) with seed addition completion reagents, including: (1) one type of terminator nucleotide or optionally “nucleotide pass” that is complementary to the target nucleotide at a given position of the nucleic acid to be analyzed; and (ii) three types of non-terminator nucleotides that do not coincide with the terminator nucleotide according to (i), and at least one of these types is not necessarily marked with a detectable marker;
and the inclusion of the said terminator nucleotide in the sequence complementary to the nucleotide target of the nucleic acid to be analyzed will ensure the termination of the mentioned completion of the seed and without including any of the labeled non-terminator nucleotides in the primer, while the primer is unlabeled, and when the target nucleotide is changed to any other nucleotide, one of the non-terminator nucleotides labeled with the identified detectable marker, or optionally unlabeled by any marker of nucleotides, if mass spectrometry is used as the detection method, which is complementary to the mutant nucleotide, depending on the specific sequence, is included in the composition of the seed seeding said reaction completion; and
(f) determining the presence and identity of the nucleotide at a predetermined position of the analyzed nucleic acid by detecting the labeled non-terminator nucleotide included in the seed. 2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что затравка является фрагментом дезоксирибонуклеиновой или рибонуклеиновой кислоты, олигодезоксирибонуклеотидом, олигорибонуклеотидом или сополимером дезоксирибонуклеиновой кислоты и рибонуклеиновой кислоты. 2. The method according to p. 1, characterized in that the seed is a fragment of deoxyribonucleic or ribonucleic acid, oligodeoxyribonucleotide, oligoribonucleotide or copolymer of deoxyribonucleic acid and ribonucleic acid. 3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что анализируемая нуклеиновая кислота является дезоксирибонуклеиновой кислотой, рибонуклеиновой кислотой или сополимером дезоксирибонуклеиновой и рибонуклеиновой кислоты. 3. The method according to p. 1, characterized in that the analyzed nucleic acid is deoxyribonucleic acid, ribonucleic acid or a copolymer of deoxyribonucleic and ribonucleic acid. 4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что нуклеотид-мишень определяется как любой известный нуклеотид, включая нуклеотид дикого типа или известный мутантный нуклеотид, лишь бы этот нуклеотид был известен и было бы желательным идентифицировать его вариант. 4. The method according to claim 1, wherein the target nucleotide is defined as any known nucleotide, including a wild-type nucleotide or a known mutant nucleotide, if only this nucleotide is known and it would be desirable to identify its variant. 5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что терминаторный нуклеотид является дидезоксирибонуклеотидом и нетерминаторный нуклеотид является дезоксирибонуклеотидом или рибонуклеотидом. 5. The method according to claim 1, wherein the terminator nucleotide is a dideoxyribonucleotide and the non-terminator nucleotide is a deoxyribonucleotide or a ribonucleotide. 6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что терминаторный нуклеотид не помечен. 6. The method according to p. 1, characterized in that the terminator nucleotide is not labeled. 7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что терминаторный нуклеотид помечен выявляемым маркером, который отличается от маркера нетерминаторных нуклеотидов. 7. The method of claim 1, wherein the terminator nucleotide is labeled with a detectable marker that differs from the marker of non-terminator nucleotides. 8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что на стадии (d) дуплекс стадии (с) контактируют с нетерминаторными нуклеотидами, при том, что каждый из нетерминаторных нуклеотидов помечен одним и тем же или разными выявляемыми маркерами. 8. The method of claim 1, wherein in step (d) the duplex of step (c) is contacted with non-terminator nucleotides, while each of the non-terminator nucleotides is labeled with the same or different detectable markers. 9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что упомянутым выявляемым маркером является фермент, радиоактивный изотоп, флуоресцентная молекула или белковый лиганд. 9. The method according to claim 1, characterized in that said detectable marker is an enzyme, a radioactive isotope, a fluorescent molecule, or a protein ligand. 10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что упомянутая детекция осуществляется с применением масс-спектрометрии. 10. The method according to p. 1, characterized in that the said detection is carried out using mass spectrometry. 11. Способ по п. 1, отличающийся тем, что упомянутый фермент зависит от типа матрицы. 11. The method according to p. 1, characterized in that the enzyme depends on the type of matrix. 12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что зависимый от типа матрицы фермент является ДНК-полимеразой. 12. The method according to p. 11, characterized in that the enzyme dependent on the type of matrix is a DNA polymerase. 13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что ДНК-полимеразой является ДНК-полимераза E. coli или ее "фрагмент Кленова", ДНК-полимераза Т4, ДНК-полимераза Т7 или ДНК-полимераза Т. aquaticus. 13. The method according to p. 12, characterized in that the DNA polymerase is an E. coli DNA polymerase or its “Klenow fragment”, a T4 DNA polymerase, a T7 DNA polymerase or a T. aquatic DNA polymerase. 14. Способ по п. 11, отличающийся тем, что упомянутым ферментом является РНК-полимераза или обратная транскриптаза. 14. The method according to p. 11, characterized in that the enzyme is RNA polymerase or reverse transcriptase. 15. Способ по п. 1, отличающийся тем, что затравка включает одну или несколько составляющих, которые обеспечивают аффинное отделение затравки от невключенното реагента и (или) от анализируемой нуклеиновой кислоты. 15. The method according to p. 1, characterized in that the seed includes one or more components that provide affinity separation of the seed from the non-included reagent and (or) from the analyzed nucleic acid. 16. Способ по п. 1, отличающийся тем, что затравка включает одну или несколько составляющих, которые обеспечивают присоединение затравки к твердой подложке. 16. The method according to p. 1, characterized in that the seed includes one or more components that provide the attachment of the seed to a solid substrate. 17. Способ по п. 15, отличающийся тем, что составляющими являются биотин или дигитонин. 17. The method according to p. 15, characterized in that the components are biotin or digitonin. 18. Способ по п. 16, отличающийся тем, что составляющими являются биотин или дигитонин. 18. The method according to p. 16, characterized in that the components are biotin or digitonin. 19. Способ по п. 15, отличающийся тем, что составляющие включают последовательность ДНК или РНК, которая обеспечивает аффинное отделение затравки от невключенного реагента и (или) от анализируемой нуклеиновой кислоты за счет спаривания оснований с комплементарной последовательностью, имеющейся в составе нуклеиновой кислоты, присоединенной к твердой подложке. 19. The method according to p. 15, characterized in that the components include a DNA sequence or RNA, which provides affinity separation of the seed from the non-included reagent and (or) from the analyzed nucleic acid due to base pairing with the complementary sequence contained in the nucleic acid attached to solid substrate. 20. Способ по п. 16, отличающийся тем, что составляющие включают последовательность ДНК или РНК, которая обеспечивает аффинное отделение затравки от невключенното реагента и (или) от анализируемой нуклеиновой кислоты за счет спаривания оснований с комплементарной последовательностью, имеющейся в составе нуклеиновой кислоты, присоединенной к твердой подложке. 20. The method according to p. 16, characterized in that the components include a DNA sequence or RNA, which provides affinity separation of seed from non-included reagent and (or) from the analyzed nucleic acid due to base pairing with the complementary sequence contained in the nucleic acid attached to solid substrate. 21. Способ по п. 15, отличающийся тем, что составляющие включают последовательность ДНК или РНК, которая обеспечивает связывание затравки с твердой подложкой за счет спаривания оснований с комплементарной последовательностью, находящейся на твердой подложке. 21. The method according to p. 15, characterized in that the components include a DNA sequence or RNA, which provides the binding of the seed with a solid substrate due to the pairing of bases with a complementary sequence located on a solid substrate. 22. Способ по п. 16, отличающийся тем, что составляющие включают последовательность ДНК или РНК, которая обеспечивает связывание затравки с твердой подложкой за счет спаривания оснований с комплементарной последовательностью, находящейся на твердой подложке. 22. The method according to p. 16, characterized in that the components include a DNA sequence or RNA, which provides the binding of the seed with a solid substrate by mating bases with a complementary sequence located on a solid substrate. 23. Способ по п. 1, отличающийся тем, что анализируемая нуклеиновая кислота была синтезирована каталитически in vivo, in vitro или синтезирована некаталитическим путем. 23. The method according to p. 1, characterized in that the analyzed nucleic acid was synthesized catalytically in vivo, in vitro or synthesized in a non-catalytic manner. 24. Способ по п. 1, отличающийся тем, что анализируемая нуклеиновая кислота была синтезирована с помощью полимеразной цепной реакции. 24. The method according to p. 1, characterized in that the analyzed nucleic acid was synthesized using polymerase chain reaction. 25. Способ по п. 1, отличающийся тем, что анализируемая нуклеиновая кислота включает ненативные аналоги нуклеотидов. 25. The method according to p. 1, characterized in that the analyzed nucleic acid includes non-native analogs of nucleotides. 26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что нетативными аналогами нуклеотидов являются дезоксиинозин или 7-деаза-2'-дезоксигуанозин. 26. The method according to p. 25, characterized in that the inactive nucleotide analogues are deoxyinosine or 7-deaza-2'-deoxyguanosine. 27. Способ по п. 1, отличающийся тем, что образец включает геномную ДНК организма, ее РНК-транскрипты или кДНК, синтезированную на матрице этих РНК-транскриптов. 27. The method according to p. 1, characterized in that the sample includes the genomic DNA of the organism, its RNA transcripts or cDNA synthesized on the matrix of these RNA transcripts. 28. Способ по п. 1, отличающийся тем, что образец включает внегеномную ДНК организма, ее РНК-транскрипты или кДНК, синтезированную на матрице этих РНК-транскриптов. 28. The method according to p. 1, characterized in that the sample includes an extragene-rich DNA of the organism, its RNA transcripts or cDNA synthesized on a matrix of these RNA transcripts. 29. Способ по п. 27, отличающийся тем, что организмом является растение, микроорганизм, бактерия или вирус. 29. The method according to p. 27, wherein the body is a plant, microorganism, bacterium or virus. 30. Способ по п. 28, отличающийся тем, что организмом является растение, микроорганизм, бактерия или вирус. 30. The method according to p. 28, wherein the body is a plant, microorganism, bacterium or virus. 31. Способ по п. 27, отличающийся тем, что организмом является позвоночное или беспозвоночное. 31. The method according to p. 27, wherein the body is a vertebrate or invertebrate. 32. Способ по п. 28, отличающийся тем, что организмом является позвоночное или беспозвоночное. 32. The method according to p. 28, wherein the body is a vertebrate or invertebrate. 33. Способ по п. 27, отличающийся тем, что организмом является млекопитающее. 33. The method according to p. 27, wherein the body is a mammal. 34. Способ по п. 28, отличающийся тем, что организмом является млекопитающее. 34. The method according to p. 28, wherein the body is a mammal. 35. Способ по п. 27, отличающийся тем, что организмом является человек. 35. The method according to p. 27, wherein the body is a man. 36. Способ по п. 28, отличающийся тем, что организмом является человек. 36. The method according to p. 28, wherein the body is a man.
RU2000127095A 1999-11-22 2000-10-30 Method of detection of nucleic acid sequence variant using shift termination analysis RU2200762C2 (en)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US16689899P 1999-11-22 1999-11-22
US60/166,898 1999-11-22
US09/618,129 2000-07-17

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2000127095A true RU2000127095A (en) 2002-11-10
RU2200762C2 RU2200762C2 (en) 2003-03-20

Family

ID=22605136

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2000127095A RU2200762C2 (en) 1999-11-22 2000-10-30 Method of detection of nucleic acid sequence variant using shift termination analysis

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2200762C2 (en)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3807887B1 (en) 2019-05-24 2024-06-26 Illumina, Inc. Flexible seed extension for hash table genomic mapping
CN112745373B (en) * 2021-02-08 2023-03-21 清华大学 Nucleic acid metabolism marker detection method based on 4-thionucleoside amine oxide degradation reaction and sequencing technology

Similar Documents

Publication Publication Date Title
FI105278B (en) Improved method for amplification of nucleic acids
US5635347A (en) Rapid assays for amplification products
EP0567635B1 (en) Rapid assays for amplification products
KR20020008195A (en) Microarray-based analysis of polynucleotide sequence variations
CN100354298C (en) Methods and compositions for analyzing compromised samples using single nucleotide polymorphism panels
BR0214741A (en) Ringing control initiator for enhancing ringing specificity in nucleic acid amplification, kit, methods for amplifying a dna nucleic acid sequence or nucleic acid mixture, and for selectively amplifying a dna target nucleic acid sequence or a mixture of nucleic acids, and a target nucleic acid sequence from an mrna, method for detecting dna to mrna complementarity differentially expressed in two or more nucleic acid samples, methods for rapidly amplifying a cdna and dna fragment targeting, and to amplify a population of complementary full-length double-stranded DNAs, and complementary 5'-enriched double-stranded DNAs, method for amplifying more than one target nucleotide sequence simultaneously, methods for producing an impression digital data from gdna, and rna from a sample of mrna, method for identifying segments of homology conserved in a multigene family from a mrna sample, method for mutagenesis in a target nucleic acid, and use of the primer
US20020127575A1 (en) Partially double-stranded nucleic acids, methods of making, and use thereof
EP1914317A1 (en) A method for qualitative and quantitative detection of short nucleic acid sequences of about 8 to 50 nucleotides in length
EP2215245A2 (en) One-step target detection assay
RU2265058C2 (en) Method for detection of nucleic acid-target in sample
RU2005100511A (en) IDENTIFICATION OF OLIGONUCLEOTIDES FOR THE COVERAGE, IDENTIFICATION AND QUANTITATIVE DETERMINATION OF NUCLEIC ACID OF THE HEPATITIS A VIRUS
EP1426448A1 (en) Method for lowering the effects of sequence variations in a diagnostic hybridization assay, probe for use in the assay and assay
US20060141503A1 (en) Detection of sequence variation of nucleic acid by shifted termination analysis
US20080241827A1 (en) Methods For Detecting A Mutant Nucleic Acid
US8691508B2 (en) Concurrent analysis of multiple patient samples using solid phase addressable multiplex test with high signal-to-noise ratio
RU2000127095A (en) METHOD OF DETECTION OF OPTIONS OF NUCLEIC ACID SEQUENCE BY MEANS OF ANALYSIS OF TERMINATION WITH SHIFT
US20050095606A1 (en) Partially double-stranded nucleic acids, methods of making, and use thereof
US20050064481A1 (en) Method for reducing background contamination
KR20160129967A (en) Primer set for selecting necrotic spot virus resistant and or susceptible melon cultivar and selection method by using same
CA2482795A1 (en) Oligonucleotide probes directed at a target sequence in ck19 for detecting tumor cells
RU2200762C2 (en) Method of detection of nucleic acid sequence variant using shift termination analysis
US20090081650A1 (en) Method for Identifying Nucleotide Sequences, Use of the Method and Test Kit
EP1679381A1 (en) Isometric primers extension method and kit for detection and quantification of specific nucleic acid
Grasso et al. Triplex DNA molecules as diagnostic tool
WO2001009376A1 (en) Method for amplification of nucleic acids