JP7241104B2 - Biomolecules involved in Alzheimer's disease - Google Patents

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Description

(本発明の分野)
本発明は、タウ毒性を特徴とする神経認知障害、特に、アルツハイマー病のためのバイ
オマーカーのセット、並びに該障害を診断するため、ステージ分類するため、治療するた
め、及び該障害の治療の応答を評価するために該セットを用いる方法に関する。
(Field of the Invention)
The present invention provides a set of biomarkers for neurocognitive disorders characterized by tau toxicity, particularly Alzheimer's disease, and for diagnosing, staging, treating, and therapeutic response of the disorder. It relates to a method of using the set to evaluate the

(発明の背景)
タウタンパク質の細胞内凝集体から構成される神経原線維変化は、タウオパチーと総称
されるアルツハイマー病(AD)及び他の神経変性疾患の鍵となる神経病理学的特徴である。
タウは細胞内微小管関連タンパク質であり、天然には折り畳まれていないコンホメーショ
ン、熱安定性、酸安定性、及び翻訳後修飾の能力などのいくつかのユニークな特徴を有す
る。
(Background of the invention)
Neurofibrillary tangles, composed of intracellular aggregates of tau protein, are a key neuropathological hallmark of Alzheimer's disease (AD) and other neurodegenerative diseases collectively referred to as tauopathies.
Tau is an intracellular microtubule-associated protein that possesses several unique features such as a naturally unfolded conformation, thermostability, acid stability, and the ability to undergo post-translational modifications.

異常に過剰リン酸化されたタウは、ヒトタウオパチーの鍵となる特徴である。ADの病態
形成において、アミロイド-βペプチド(Aβ)の蓄積が、タウのリン酸化を調節するシグナ
ル伝達経路と相互作用する。タウの過剰リン酸化は、軸索輸送の調節におけるその正常な
機能を乱し、神経原線維変化及び可溶性タウの有毒種の蓄積に繋がる
Aberrantly hyperphosphorylated tau is a key feature of human tauopathy. In the pathogenesis of AD, accumulation of amyloid-β peptide (Aβ) interacts with signaling pathways that regulate tau phosphorylation. Hyperphosphorylation of tau disrupts its normal function in regulating axonal transport, leading to accumulation of neurofibrillary tangles and toxic species of soluble tau

現在のところ、ADを治癒させる方法はない。承認されている治療は少なく、かつ有効性
は限られており、ほとんどは、進行を減速又は遅延させる役割を果たしている。
Currently, there is no cure for AD. There are few approved treatments with limited efficacy, and most serve to slow or delay progression.

AD及び他のタウオパチーの治療のための新たな療法の特定及び開発もまた、効果的な診
断用、予後用、及び予測用バイオマーカーを欠くこと、並びに新たな療法の設計のための
新たな標的を欠くことによって大いに影響を受けている。現在のところ、ADは、脳生検に
よるか、患者が死亡した後の剖検時にしか確定診断することができない。明らかに、臨床
現場では、脳生検は滅多に行われず、診断は、今でも主に、症状の履歴に基づいて行われ
、一連の神経学的検査、心理測定的検査、及び生化学的検査に依存している。これらの後
者の検査としては、ApoE e4アレル状態の評価、及び脳脊髄液中のアミロイドベータ、タ
ウ、及びホスホ-タウの測定が挙げられる。
The identification and development of new therapies for the treatment of AD and other tauopathies also lack effective diagnostic, prognostic, and predictive biomarkers and new targets for the design of new therapies. is greatly affected by the lack of Currently, AD can only be definitively diagnosed by brain biopsy or at autopsy after the patient has died. Clearly, in clinical practice, brain biopsies are rarely performed, and diagnosis is still largely based on symptom history, with serial neurological, psychometric, and biochemical examinations. depends on These latter tests include assessment of ApoE e4 allele status and measurement of amyloid-beta, tau, and phospho-tau in cerebrospinal fluid.

それでもやはり、これらの現行の方法はなお、AD及び他のタウオパチーの早期診断のた
めに不満足なものであるのみでなく、患者を臨床試験に動員するために重要である神経疾
患の進行を予測するため、新たな療法を設計するため、及び現行の療法及び新たな療法の
有効性を予測するためにも不満足なものである。
Nonetheless, these current methods are still unsatisfactory for early diagnosis of AD and other tauopathies, as well as predicting neurological disease progression, which is important for recruiting patients into clinical trials. It is therefore unsatisfactory both for designing new therapies and for predicting the efficacy of current and new therapies.

理想的な診断用バイオマーカーは、非疾患と比較した疾患に対する高い特異性、並びに
疾患の種類及びステージを区別する高い感度を有するべきである。
An ideal diagnostic biomarker should have high specificity for disease compared to non-disease, and high sensitivity to distinguish between disease types and stages.

予後用バイオマーカーは、病理学的変化の強度及び重症度を反映し、変性が観察される
前の疾患の非常に初期の段階から、疾患の進行したステージまでのそれらの将来の経過を
予測するものであるべきである。
Prognostic biomarkers reflect the intensity and severity of pathological changes and predict their future course from very early stages of disease, before degeneration is observed, to advanced stages of disease. should be something.

薬力学的バイオマーカーは、容易に利用可能な体液、例えば、血液、血小板、血清、及
び最も好ましくは血漿を含む血液産物、並びにCSFにおける疾患関連タンパク質のレベル
の変化に基づいて、実施された療法が効果的であるのかどうかについての信頼できる指標
を提供すべきである。そのような薬力学的バイオマーカーが、いつ治療を中止したらよい
か、又はいつ別の療法に変更したらよいかのガイダンスを臨床医に提供できることも望ま
しい。
Pharmacodynamic biomarkers are based on alterations in levels of disease-associated proteins in readily available body fluids, e.g., blood products, including blood, platelets, serum, and most preferably plasma, and CSF. should provide reliable indicators of whether or not they are effective. It would also be desirable if such pharmacodynamic biomarkers could provide guidance to the clinician when to stop treatment or switch to another therapy.

新たな標的は、効果的であり、安全であり、臨床的及び商業的必要性を満たし、かつ特
に、「ドラッガブル(druggable)」である必要がある。「ドラッガブル」な標的は、小
分子であれより大きな生体分子であれ想定される薬物分子にとって到達可能なものであり
、結合すると、インビトロ及びインビボの双方で測定し得る生物学的応答を誘発する。言
い換えれば、それの阻害又は活性化は、疾患状態に治療効果をもたらすこととなる。
New targets need to be efficacious, safe, meet clinical and commercial needs and, in particular, 'druggable'. A “drugable” target is one that is accessible to a putative drug molecule, whether small or larger biomolecule, and, upon binding, elicits a biological response that can be measured both in vitro and in vivo. In other words, its inhibition or activation will have a therapeutic effect on the disease state.

従って、アルツハイマー病及び他のタウオパチーの患者の診断、ステージ分類、予後モ
ニタリング、及び治療有効性の評価において、バイオマーカーとして優れた感度及び/又
は特異性で働き得るとともに、新たな療法の開発のための新たな標的として役立ち得るタ
ンパク質が依然として必要とされている。
Therefore, it can serve as a biomarker with excellent sensitivity and/or specificity in the diagnosis, staging, prognostic monitoring, and evaluation of therapeutic efficacy in patients with Alzheimer's disease and other tauopathies, and for the development of new therapies. There remains a need for proteins that can serve as new targets for .

(発明の概要)
従って、本発明は、タウ毒性を特徴とする神経認知障害、例えば、タウオパチー、特に
、アルツハイマー病を診断するため、ステージ分類するため、治療するため、及び該障害
の治療の応答を評価するための方法における使用のための新規のバイオマーカー及びタウ
又はその断片のリン酸化アミノ酸を提供する。加えて、本発明は、タウオパチーに対する
新たな療法の開発のため、又は元々は神経認知障害、例えば、タウオパチーの治療のため
に設計されたものではない既存の療法の別用途への使用のための新規の標的を提供する。
(Outline of invention)
Accordingly, the present invention provides a method for diagnosing, staging, treating, and assessing therapeutic response of neurocognitive disorders characterized by tau toxicity, such as tauopathies, particularly Alzheimer's disease. Novel biomarkers and phosphorylated amino acids of tau or fragments thereof for use in the methods are provided. Additionally, the present invention is useful for the development of new therapies for tauopathies, or for the alternative use of existing therapies not originally designed for the treatment of neurocognitive disorders, e.g., tauopathies. Provides novel targets.

第1の態様において、本発明は:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片
を含むバイオマーカーのパネルを提供する。
In a first aspect, the invention provides:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or fragments; and/or
ii) providing a panel of biomarkers comprising a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, or variant, or fragment thereof; .

第2の態様において、本発明は、タウ又はその1以上の断片を含むバイオマーカーのパネ
ルであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;
タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つの
リン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記パネルを提供する。
In a second aspect, the invention provides a panel of biomarkers comprising tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422;
Where said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel comprises tau or one or more fragments thereof having at least one more phosphorylated amino acid.

第3の態様において、本発明は、表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合
せから選択される1以上、任意に2以上のタンパク質を含むバイオマーカーのパネルを提供
する。
In a third aspect, the invention provides a biomarker comprising one or more, optionally two or more proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof provide a panel of

第1の態様の一実施態様において、前記バイオマーカーのパネルは、配列番号:11のアミ
ノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するアクチンアルファ心筋1、配列番号:12のア
ミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するアンチトロンビン-III、配列番号:3のア
ミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するBH3共役ドメインデスアゴニスト、配列
番号:24のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するcAMP依存性プロテインキナ
ーゼI型-ベータレギュラトリーサブユニット、配列番号:4のアミノ酸配列を含むか又は該
アミノ酸配列を有するカテニンデルタ-1、配列番号:23のアミノ酸配列を含むか又は該ア
ミノ酸配列を有する170kDaの中心体タンパク質、配列番号:5のアミノ酸配列を含むか又は
該アミノ酸配列を有するクラスリン軽鎖B、配列番号:13のアミノ酸配列を含むか又は該ア
ミノ酸配列を有するEgl nineホモログ1、配列番号:14のアミノ酸配列を含むか又は該アミ
ノ酸配列を有するフィブリノーゲンガンマ鎖、配列番号:27のアミノ酸配列を含むか又は
該アミノ酸配列を有するGMP還元酵素1、配列番号:6のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ
酸配列を有するグアニンヌクレオチド結合タンパク質G(q)サブユニットアルファ、配列番
号:15のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するインスリン様増殖因子結合タ
ンパク質6、配列番号:28のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するKxDLモチー
フ含有タンパク質1、配列番号:18のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するラ
ムダ-クリスタリンホモログ、配列番号:20のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を
有するミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質、配列番号:7のアミノ酸配列
を含むか又は該アミノ酸配列を有する中性アルファ-グルコシダーゼAB、配列番号:19のア
ミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する核膜孔複合体タンパク質Nup155、配列番
号:16のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するOCIAドメイン含有タンパク質1
、配列番号:25のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するタンパク質KIAA1045
、配列番号:8のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するセセルニン-2、配列番
号:17のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する血清アルブミン、配列番号:9
のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する短鎖特異的アシルCoAデヒドロゲナ
ーゼ、配列番号:22のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するシナプトポリン(
Synaptoporin)、配列番号:10のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するシンタ
フィリン(Syntaphilin)、配列番号:21のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有す
る膜貫通型タンパク質119、及び配列番号:26のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列
を有するチューブリンアルファ鎖様3(Tubulin alpha chain-like 3)を含む群Aから選択さ
れる1以上の、代わりの2以上のタンパク質をさらに含む。
In one embodiment of the first aspect, the panel of biomarkers comprises or has the amino acid sequence of actin alpha myocardium 1, SEQ ID NO:12, actin alpha myocardium 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:11. antithrombin-III having an amino acid sequence, a BH3-coupling domain death agonist comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:3, cAMP dependent comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:24 protein kinase type I-beta regulatory subunit, catenin delta-1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:4, 170 kDa comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 centrosome protein, clathrin light chain B comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:5, Egl nine homolog 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:: fibrinogen gamma chain comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 27; GMP reductase 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 27; comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 6 Guanine nucleotide binding protein G(q) subunit alpha having the amino acid sequence, comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 15 or insulin-like growth factor binding protein 6 having the amino acid sequence, comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 28 or KxDL motif-containing protein 1 having said amino acid sequence, lambda-crystallin homologue comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 18, myelin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 20 related oligodendrocyte basic proteins, neutral alpha-glucosidase AB comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:7, nuclear pores comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 Complex protein Nup155, OCIA domain-containing protein 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 16
, the protein KIAA1045 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:25
, sesernin-2 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:8, serum albumin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:9
a short-chain-specific acyl-CoA dehydrogenase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 22, synaptoporin (
synaptoporin), syntaphilin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10, transmembrane protein 119 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 21, and SEQ ID NO: : 26 amino acid sequence or having said amino acid sequence.

別の実施態様において、本発明の第1の態様によるバイオマーカーのパネルは、群B、C
、又はDから選択される1以上のタンパク質をさらに含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers according to the first aspect of the invention comprises groups B, C
, or D.

他の一実施態様において、第1の態様およびその実施態様によるバイオマーカーのパネ
ルは、本発明の第2及び/又は第3の態様において定義される1以上のバイオマーカーをさら
に含んでいてもよい。
In another embodiment, the first aspect and the panel of biomarkers according to its embodiments may further comprise one or more biomarkers defined in the second and/or third aspects of the invention. .

第4の態様において、本発明は、対象における神経認知障害を診断するための方法であ
って:
a)該対象から得られる試料を、それらの実施態様を含む本発明の第1、第2、及び第3の態
様のうちのいずれか1つにおいて定義される前記パネルの前記バイオマーカーについてア
ッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該パネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参
照濃度又は量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを
決定すること
を含む、前記方法を提供する。
In a fourth aspect, the invention provides a method for diagnosing a neurocognitive disorder in a subject, comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for said biomarkers of said panel as defined in any one of the first, second and third aspects of the invention, including those embodiments; matter;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether said subject has a neurocognitive impairment by comparing said concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker The method is provided, comprising:

第5の態様において、本発明は、対象における神経認知障害をステージ分類するための
方法であって:
a)該対象から得られる試料を、それらの実施態様を含む本発明の第1、第2、及び第3の態
様のうちのいずれか1つにおいて定義される前記パネルの前記バイオマーカーについてア
ッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該パネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参
照濃度又は量と比較することによって、該対象における該神経認知障害のステージを決定
すること
を含む、前記方法を提供する。
In a fifth aspect, the invention provides a method for staging neurocognitive impairment in a subject, comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for said biomarkers of said panel as defined in any one of the first, second and third aspects of the invention, including those embodiments; matter;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining the stage of neurocognitive impairment in the subject by comparing the concentration or amount of each biomarker of the panel in the sample to a reference concentration or amount of the biomarker; The method is provided.

第6の態様において、本発明は、対象において神経認知障害を発症する可能性を評価す
るための方法であって:
a)該対象から得られる試料を、それらの実施態様を含む本発明の第1、第2、及び第3の態
様のうちのいずれか1つにおいて定義される前記パネルの前記バイオマーカーについてア
ッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該バイオマーカーパネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイ
オマーカーの参照濃度又は量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を発症す
る可能性があるかどうかを決定すること
を含む、前記方法を提供する。
In a sixth aspect, the invention provides a method for assessing the likelihood of developing a neurocognitive disorder in a subject, comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for said biomarkers of said panel as defined in any one of the first, second and third aspects of the invention, including those embodiments; matter;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) by comparing said concentration or amount of each biomarker of said biomarker panel in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker, said subject may develop a neurocognitive disorder The method is provided, comprising determining whether the

第7の態様において、本発明は、対象における神経認知障害を治療するための方法であ
って:
a)該対象から得られる試料を、それらの実施態様を含む本発明の第1、第2、及び第3の態
様のうちのいずれか1つにおいて定義される前記パネルの前記バイオマーカーについてア
ッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は
量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを決定するこ
と;
d)該神経認知障害を治療するための薬物を、該対象に投与すること
を含む、前記方法を提供する。
In a seventh aspect, the invention provides a method for treating a neurocognitive disorder in a subject, comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for said biomarkers of said panel as defined in any one of the first, second and third aspects of the invention, including those embodiments; matter;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether the subject has a neurocognitive impairment by comparing the concentration or amount of each biomarker in the sample to a reference concentration or amount of the biomarker;
d) administering to said subject a drug for treating said neurocognitive disorder.

あるいは、本発明の第7の態様は、対象における神経認知障害の治療における使用のた
めの薬物であって、該対象が:
a)該対象から得られる試料を、それらの実施態様を含む本発明の第1、第2、及び第3の態
様のうちのいずれか1つにおいて定義される前記パネルの前記バイオマーカーについてア
ッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は
量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを決定するこ

を含む方法によって選択される、前記薬物として説明され得る。
Alternatively, a seventh aspect of the invention is a medicament for use in treating neurocognitive disorders in a subject, wherein the subject:
a) assaying a sample obtained from said subject for said biomarkers of said panel as defined in any one of the first, second and third aspects of the invention, including those embodiments; matter;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether said subject has a neurocognitive impairment by comparing said concentration or amount of each biomarker in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker It may be described as said drug selected by the method.

あるいは、本発明の第7の態様は、対象における神経認知障害の治療のための薬品の生
産のための薬物の使用であって、該対象が:
a)該対象から得られる試料を、それらの実施態様を含む本発明の第1、第2、及び第3の態
様のうちのいずれか1つにおいて定義される前記パネルの前記バイオマーカーについてア
ッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は
量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを決定するこ

を含む方法によって選択される、前記使用として説明され得る。
Alternatively, a seventh aspect of the invention is the use of a drug for the production of a medicament for the treatment of neurocognitive disorders in a subject, wherein the subject:
a) assaying a sample obtained from said subject for said biomarkers of said panel as defined in any one of the first, second and third aspects of the invention, including those embodiments; matter;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether said subject has a neurocognitive impairment by comparing said concentration or amount of each biomarker in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker It can be described as said use, selected by the method.

第8の態様において、本発明は、対象における神経認知障害を治療するための薬物に対
する応答を評価するための方法であって、該対象が、該薬物で治療されてきたか又は該薬
物で治療されており:
a)対象から得られる試料を、それらの実施態様を含む本発明の第1、第2、及び第3の態様
のうちのいずれか1つにおいて定義される前記パネルの前記バイオマーカーについてアッ
セイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は
量と比較することによって、該対象が、該薬物に応答してきたかどうか又は該薬物に応答
しているかどうかを決定すること
を含む、前記方法を提供する。
In an eighth aspect, the invention provides a method for assessing response to a drug for treating neurocognitive disorders in a subject, wherein the subject has been or has been treated with the drug. Teiori:
a) assaying a sample obtained from a subject for said biomarkers of said panel as defined in any one of the first, second and third aspects of the invention including those embodiments; ;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) whether the subject has responded to or is responding to the drug by comparing the concentration or amount of each biomarker in the sample to a reference concentration or amount of the biomarker; The method is provided, comprising determining whether.

本発明の第7及び第8の態様の一実施態様において、神経認知障害を治療するための前記
薬物は、キナーゼ阻害剤である。好ましくは、該キナーゼ阻害剤は、タウキナーゼ阻害剤
、又はカゼインキナーゼ阻害剤、任意に、カゼインキナーゼ1アルファ、ベータ、ガンマ
、デルタ、もしくはイプシロンから選択される。より好ましくは、該キナーゼ阻害剤は、
5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン;2-アミ
ノ-3-[(チオフェン-2-イル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;2-[3-(ピリジン
-4-イル)-1H-ピラゾール-4-イル]-1,3-ベンゾオキサゾール;2-アミノ-3-[(4-フルオロフ
ェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフ
ェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;2-アミノ-3-ベンゾイルインドリジ
ン-1-カルボキサミド;2-アミノ-1-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]-1H-インドール-3-
カルボキサミド;それらの組合せ;又はそれらの医薬として許容し得る塩もしくは溶媒和物
から選択されるカゼインキナーゼ1デルタ阻害剤である。さらにより好ましくは、前記カ
ゼインキナーゼ1デルタ阻害剤は、5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-
イル)ピリミジン-2-アミン;2-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン
-1-カルボキサミド;2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン
-1-カルボキサミドから選択される。
In one embodiment of the seventh and eighth aspects of the invention, said drug for treating neurocognitive disorders is a kinase inhibitor. Preferably, said kinase inhibitor is selected from a tau kinase inhibitor or a casein kinase inhibitor, optionally casein kinase 1 alpha, beta, gamma, delta or epsilon. More preferably, said kinase inhibitor is
5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine;2-amino-3-[(thiophen-2-yl)carbonyl]indolizin-1 -carboxamide; 2-[3-(pyridine
-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]-1,3-benzoxazole;2-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide;2-methyl-amino- 2-Amino-1-[(4-fluorophenyl)carbonyl]-1H- Indole-3-
a casein kinase 1 delta inhibitor selected from carboxamides; combinations thereof; or pharmaceutically acceptable salts or solvates thereof. Even more preferably, said casein kinase 1 delta inhibitor is 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridine-4-
yl)pyrimidin-2-amine;2-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine
-1-carboxamide;2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine
-1-carboxamides.

本発明の第4、第5、第6、第7、及び第8の態様の好ましい実施態様において、前記神経
認知障害は、タウ毒性を特徴とする。より好ましくは、前記神経認知障害は、タウオパチ
ーである。
In preferred embodiments of the fourth, fifth, sixth, seventh and eighth aspects of the invention, said neurocognitive disorder is characterized by tau toxicity. More preferably, said neurocognitive disorder is tauopathy.

前記タウオパチーは、アルツハイマー病、17番染色体に連鎖しパーキンソニズムを伴う
前頭側頭型認知症(FTDP-17)、進行性核上性麻痺(PSP)、ピック病、皮質基底核変性症、多
系統萎縮症(MSA)、鉄蓄積を伴う神経基底変性、1型(ハラーホルデン・スパッツ)、嗜銀顆
粒性認知症、ダウン症候群、石灰化を伴うびまん性神経原線維変化病、ボクサー認知症、
ゲルストマン・シュトロイスラー・シャインカー病、筋強直性ジストロフィー、ニーマン
・ピック病C型、進行性皮質下グリオーシス、プリオンタンパク質脳アミロイドアンギオ
パチー、神経原線維変化型認知症、脳炎後パーキンソニズム、亜急性硬化性全脳炎、クロ
イツフェルト・ヤコブ病、筋萎縮性側索硬化症/パーキンソン認知症症候群、神経原線維
変化/認知症を伴う非グアム型運動ニューロン疾患、慢性外傷性脳障害、アルファ-シヌク
レイン病、パーキンソン病、又はそれらの組合せの群から選択されてもよい。
The tauopathies include Alzheimer's disease, frontotemporal dementia linked to chromosome 17 and parkinsonism (FTDP-17), progressive supranuclear palsy (PSP), Pick's disease, corticobasal degeneration, multisystem atrophy (MSA), neurobasal degeneration with iron accumulation, type 1 (Hallerholden spats), argyric granular dementia, Down's syndrome, diffuse neurofibrillary tangles with calcification, boxer dementia,
Gerstmann-Straussler-Scheinker disease, myotonic dystrophy, Niemann-Pick disease type C, progressive subcortical gliosis, prion protein brain amyloid angiopathy, neurofibrillary tangle dementia, postencephalitic parkinsonism, subacute sclerosis panencephalitis, Creutzfeldt-Jakob disease, amyotrophic lateral sclerosis/parkinsonian dementia syndrome, non-Guam motor neuron disease with neurofibrillary tangles/dementia, chronic traumatic encephalopathy, alpha-synuclein disease, It may be selected from the group of Parkinson's disease, or combinations thereof.

さらにより好ましくは、前記タウオパチーは、アルツハイマー病である。 Even more preferably, said tauopathy is Alzheimer's disease.

本発明の第7の態様の一実施態様において、工程d)は、メマンチン(例えば、Namenda(登
録商標))、ガランタミン(例えば、Razadyne(登録商標))、リバスチグミン(例えば、Exelo
n(登録商標))、ドネペジル(例えば、Aricept(登録商標))、ソラネズマブ、5HT5アンタゴ
ニスト、又はそれらの組合せの群から選択される追加の治療薬剤を投与することをさらに
含む。
In one embodiment of the seventh aspect of the invention step d) comprises memantine (e.g. Namenda®), galantamine (e.g. Razadyne®), rivastigmine (e.g. Exelo)
n®), donepezil (eg, Aricept®), solanezumab, a 5HT5 antagonist, or a combination thereof.

本発明の第8の態様の他の一実施態様において、前記対象は、メマンチン(例えば、Name
nda(登録商標))、ガランタミン(例えば、Razadyne(登録商標))、リバスチグミン(例えば
、Exelon(登録商標))、ドネペジル(例えば、Aricept(登録商標))、ソラネズマブ、5HT5
ンタゴニスト、又はそれらの組合せの群から選択される追加の治療薬剤でも治療されてき
たか又は治療されていてもよい。
In another embodiment of the eighth aspect of the invention said subject is memantine (e.g. Name
nda®), galantamine (e.g. Razadyne®), rivastigmine (e.g. Exelon®), donepezil (e.g. Aricept®), solanezumab, 5HT5 antagonists, or combinations thereof has been or may have been treated with an additional therapeutic agent selected from the group of

第8の態様の別の実施態様において、好ましくは又は代わりに、工程c)の後に、前記方
法は、メマンチン(例えば、Namenda(登録商標))、ガランタミン(例えば、Razadyne(登録
商標))、リバスチグミン(例えば、Exelon(登録商標))、ドネペジル(例えば、Aricept(登
録商標))、ソラネズマブ、5HT5アンタゴニスト、又はそれらの組合せの群から選択される
追加の治療薬剤を投与することを含む。
In another embodiment of the eighth aspect, preferably or alternatively, after step c), said method comprises the addition of memantine (e.g. Namenda®), galantamine (e.g. Razadyne®), rivastigmine (eg, Exelon®), donepezil (eg, Aricept®), solanezumab, 5HT5 antagonists, or combinations thereof.

本発明の第4、第5、第6、第7、及び第8の態様の実施態様において、前記アッセイする
工程a)及び/又は前記測定する工程b)は:
i)前記試料を、前記パネルの前記バイオマーカーの各々に対する1以上の結合性物質と接
触させること;又は
ii)前記試料中で前記バイオマーカーの各々に特異的な自己抗体を検出すること;又は
iii)前記試料中で、質量分析により、前記パネルの前記バイオマーカー又はそれらの断片
の各々を、任意に該試料を1以上のアイソバリックな反応性質量標識で事前に標識して、
検出すること;又は
iv)前記試料中で、2Dゲル電気泳動により、前記パネルの前記バイオマーカーの各々を検
出すること;又は
iv)i)、ii)、iii)、もしくはiv)のいずれかの組合せ
を含む。
In an embodiment of the fourth, fifth, sixth, seventh and eighth aspects of the invention, said assaying step a) and/or said measuring step b):
i) contacting said sample with one or more binding agents for each of said biomarkers of said panel; or
ii) detecting autoantibodies specific for each of said biomarkers in said sample; or
iii) each of said biomarkers of said panel, or fragments thereof, in said sample by mass spectrometry, optionally pre-labeling said sample with one or more isobaric reactive mass labels;
to detect; or
iv) detecting each of said biomarkers of said panel by 2D gel electrophoresis in said sample; or
iv) including any combination of i), ii), iii), or iv).

好ましくは、工程a)における前記アッセイすること及び/又は工程b)における前記測定
することは:
i)前記パネルにおける前記バイオマーカーの1以上の断片を検出すること、及び/又は
ii)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するタウもしくはその1
以上の断片上の1以上のリン酸化アミノ酸を検出することであって;検出されるべきタウ上
の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合、タウ又はその1以上の断片上の少なくともも
う1つのリン酸化アミノ酸が検出される、前記検出することを含む。
Preferably, said assaying in step a) and/or said measuring in step b):
i) detecting one or more fragments of said biomarkers in said panel, and/or
ii) Tau comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:29 or 1 thereof
detecting one or more phosphorylated amino acids on the above fragments; if the phosphorylated amino acid on tau to be detected is T181, at least one other phosphorylated amino acid on tau or one or more fragments thereof; said detecting wherein a phosphorylated amino acid is detected.

より好ましくは、前記試料は、固体支持体上に固定化されている。 More preferably, said sample is immobilized on a solid support.

本発明の第4、第5、第6、第7、及び第8の態様の実施態様において、前記試料は、脳脊
髄液(CSF)、血液、血漿、血清、唾液、尿、組織(例えば、脳組織)又はそれらの組合せの
群から選択される。好ましくは、前記試料は、CSF又は血液である。同じく好ましくは、
前記対象は、ヒト対象である。
In embodiments of the fourth, fifth, sixth, seventh and eighth aspects of the invention, the sample is cerebrospinal fluid (CSF), blood, plasma, serum, saliva, urine, tissue (e.g. brain tissue) or combinations thereof. Preferably, said sample is CSF or blood. Also preferably
Said subject is a human subject.

第9の態様において、本発明は、試料中でそれらの実施態様を含む本発明の第1、第2、
及び第3の態様のうちのいずれか1つにおいて定義されるパネルのバイオマーカーをアッセ
イ及び/又は測定するための試薬を含むキットを提供する。
In a ninth aspect, the invention provides the first, second, and third aspects of the invention, including those embodiments in a sample.
and kits comprising reagents for assaying and/or measuring the panel of biomarkers defined in any one of the third aspects.

前記試薬は、前記パネルの前記バイオマーカーに特異的に結合する1以上の結合性物質
を含んでいてもよい。好ましくは、前記1以上の結合性物質は、一次抗体であり、各々の
一次抗体は:
i)前記パネルの異なるバイオマーカー、及び/又は
ii)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するタウもしくはその断
片の1以上のリン酸化アミノ酸
に特異的に結合する。
Said reagent may comprise one or more binding substances that specifically bind said biomarkers of said panel. Preferably, said one or more binding agents are primary antibodies, each primary antibody:
i) different biomarkers of said panel, and/or
ii) specifically binds to one or more phosphorylated amino acids of tau or a fragment thereof comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:29;

前記試薬は、該一次抗体に特異的に結合する1以上の二次抗体をさらに含んでいてもよ
い。好ましくは、前記二次抗体は、標識されている。
Said reagent may further comprise one or more secondary antibodies that specifically bind to said primary antibody. Preferably, said secondary antibody is labeled.

第9の態様及びその実施態様の別の実施態様において、前記試料は、脳脊髄液(CSF)、血
液、血漿、血清、唾液、尿、組織(例えば、脳組織)又はそれらの組合せの群から選択され
る。
In another embodiment of the ninth aspect and its embodiments, said sample is from the group of cerebrospinal fluid (CSF), blood, plasma, serum, saliva, urine, tissue (e.g., brain tissue), or combinations thereof selected.

(図面の簡単な説明)
ヒトプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aの配列。記号□又は*でフラグを付けたアミノ酸は、それぞれ、ヒトプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aのアイソフォーム又はバリアントにおいて異なるアミノ酸又は修飾アミノ酸によって置換されたアミノ酸を示す。 ヒト2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼの配列。記号□又は*でフラグを付けたアミノ酸は、それぞれ、ヒト2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼのアイソフォーム又はバリアントにおいて異なるアミノ酸又は修飾アミノ酸によって置換されたアミノ酸を示す。 プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aのベン図。 2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼのベン図。 (A)軽症(Braak 0~II)(n=3)、中等症(Braak III/IV)、又は重症(Braak V/VI)タウ病態のヒト脳;(B)ビヒクル単独で、又は30mg/kgのカゼインキナーゼ1デルタ阻害剤5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン(PS110)、及び2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド(PS278-05)を含むビヒクルで経口的に処置したヒトタウオパチーのTMHTモデル由来のマウス脳;及び(C)認知的に冒されている非AD対照(CTL;n=3)及び生化学的に診断されたAD患者(AD;n=3)由来のCSFにおけるプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aのレベル(全ての非修飾ペプチドのイオン強度の合計としてのもの)。 (A)軽症(Braak 0~II)(n=3)、中等症(Braak III/IV)(n=3)、又は重症(Braak V/VI)(n=3)タウ病態のヒト脳;(B)ビヒクルのみ(n=3)、又は30mg/kgのカゼインキナーゼ1デルタ阻害剤5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン(PS110;n=3)及び2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド(PS278-05;n=3)を含むビヒクルで経口的に処置したヒトタウオパチーのTMHTモデル由来のマウス脳;及び(C)認知的に冒されている非AD対照(CTL;n=3)、及び生化学的に診断されたAD患者(AD;n=3)由来の脳脊髄液における2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼのレベル(全ての非修飾ペプチドのイオン強度の合計としてのもの)。 ヒト対照及び生化学的に診断されたAD対象のCSFにおける脳由来のタンパク質を測定するTMTcalibrator(商標)実験の実験設計。
(Brief description of the drawing)
Sequence of human protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A. Amino acids flagged with the symbols □ or * indicate amino acids that are replaced by different or modified amino acids in isoforms or variants of human protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A, respectively. Sequence of human 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase. Amino acids flagged with the symbols □ or * indicate amino acids that are replaced by different or modified amino acids in isoforms or variants of human 2′,3′-cyclic nucleotide 3′-phosphodiesterase, respectively. Venn diagram of protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A. Venn diagram of 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterases. (A) Human brains with mild (Braak 0-II) (n=3), moderate (Braak III/IV), or severe (Braak V/VI) tau pathology; (B) vehicle alone or 30 mg/kg casein kinase 1 delta inhibitors 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine (PS110), and 2-methyl-amino-3-[ Mouse brains from the TMHT model of human tauopathy orally treated with vehicle containing (4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide (PS278-05); and (C) cognitively affected non-AD. Levels of protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A (sum of ionic strength of all unmodified peptides) in CSF from controls (CTL; n=3) and biochemically diagnosed AD patients (AD; n=3) as). (A) Human brain with mild (Braak 0-II) (n=3), moderate (Braak III/IV) (n=3), or severe (Braak V/VI) (n=3) tau pathology; B) Vehicle alone (n=3) or casein kinase 1 delta inhibitor 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine at 30 mg/kg Human tauopathy treated orally with vehicle containing (PS110; n=3) and 2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide (PS278-05; n=3) and (C) brains from cognitively affected non-AD controls (CTL; n=3) and biochemically diagnosed AD patients (AD; n=3). Levels of 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase in spinal fluid (as sum of ionic strengths of all unmodified peptides). Experimental design of a TMTcalibrator™ experiment measuring brain-derived proteins in the CSF of human controls and biochemically diagnosed AD subjects.

(定義)
「バイオマーカー」という用語は、翻訳後修飾を含む、同定されたタンパク質の全ての
生物学的に関係のある形態を含む。例えば、バイオマーカーは、グリコシル化形態、リン
酸化形態、多量体形態、断片化形態、又は前駆体形態で存在することができる。バイオマ
ーカー断片は、天然に存在するものであってもよく、又は例えば、酵素的に生成され、完
全なタンパク質の生物学的に活性のある機能を依然として保持しているものであってもよ
い。断片は、典型的には、少なくとも約10アミノ酸、通常、少なくとも約50アミノ酸の長
さであり、300アミノ酸もの長さ、又はそれより長いものとすることができる。
(definition)
The term "biomarker" includes all biologically relevant forms of the identified protein, including post-translational modifications. For example, biomarkers can exist in glycosylated, phosphorylated, multimeric, fragmented, or precursor forms. A biomarker fragment may be naturally occurring or, for example, may be produced enzymatically and still retain the biologically active function of the intact protein. Fragments are typically at least about 10 amino acids in length, usually at least about 50 amino acids in length, and can be as long as 300 amino acids or longer.

「標準配列」という用語は、オルソロガスな種の中で最もよく見られる配列及び/又は
最もよく似ている配列を指すために本明細書において使用される。特に、別途規定されな
い限り、標準配列は、本明細書において、ヒト配列を指す。
The term "canonical sequence" is used herein to refer to the most common and/or most similar sequence among orthologous species. In particular, reference sequences herein refer to human sequences, unless otherwise specified.

「KEGG経路」という用語は、代謝、遺伝情報処理、環境情報処理、細胞プロセス、生物
システム、ヒト疾患、及び創薬についての分子相互作用及び反応ネットワークを表す手描
きの一群の経路地図を指す。「KEGG経路マッピング」とは、分子データセット、特に、ゲ
ノミクス、トランスクリプトミクス、プロテオミクス、及びメタボロミクスにおける大規
模なデータセットを、高次全身機能の生物学的解釈のためにKEGG経路地図にマッピングす
るプロセスのことである;(https://www.genome.jp/kegg/pathway.html)。
The term "KEGG pathway" refers to a collection of hand-drawn pathway maps representing molecular interaction and reaction networks for metabolism, genetic information processing, environmental information processing, cellular processes, biological systems, human disease, and drug discovery. "KEGG pathway mapping" refers to the mapping of molecular datasets, particularly large datasets in genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics, onto KEGG pathway maps for biological interpretation of higher systemic functions. Process;(https://www.genome.jp/kegg/pathway.html).

「濃度又は量」という用語は、例えば、曲線下面積及びスペクトルカウントなどのLC-M
S/MS無標識定量法によって決定されるような試料中のバイオマーカーの相対濃度又は量を
指す。
The term "concentration or amount" is used for example in LC-M, such as area under the curve and spectral counts.
Refers to the relative concentration or amount of a biomarker in a sample as determined by S/MS label-free quantitation.

「比較すること」もしくは「比較する」という用語又はその文法的等価物は、試料中の
バイオマーカーの相対濃度又は量を、他の試料(例えば、私的な又は公的なデータベース
に保存されているタンパク質濃度又は量)と比べて測定することを意味する。
The term "comparing" or "comparing" or grammatical equivalents thereof refers to the relative concentration or amount of a biomarker in a sample compared to other samples (e.g. stored in a private or public database). protein concentration or amount).

「参照濃度もしくは量」という用語は、私的な又は公的なデータベースに保存されてい
るタンパク質濃度又は量を指すが、この用語は、それに限定されるものではない。「参照
濃度又は量」は、患者の大規模スクリーニングから、又はそのような決定と対照患者にお
ける臨床情報との間の既知のもしくは以前に決定された相関を参照することにより得られ
たものであってもよい。例えば、参照値は、対象と同様の年齢及び性別の対照対象、例え
ば、健常者(すなわち、認知症を有しない者)におけるバイオマーカーの濃度又は量との比
較によって決定されてもよい。あるいは、参照値は、文献中に見出すことができる値、例
えば、位置112及び158における変異の有無が比較すべき参照を表すApoE ε4アレルの存在
、又はCSF中の>350ng/Lの全タウ(T-タウ)、>80ng/Lのホスホ-タウ(P-タウ)、及び<530
ng/LのAβ42のレベルのようなものである(Hansson Oらの文献、Lancet Neurol. 2006, 5(
3):228-34)。さらに、参照値は、時間的に試験時点よりも前の1以上の時点で同じ対象か
ら得られたものであってもよい。そのような早期の試料を、試験時点の日付から1週間以
上、1カ月以上、3カ月以上、最も好ましくは、6カ月以上前に採取してもよい。いくつか
の実施態様において、複数の早期の試料を長期的に比較してもよく、バイオマーカー発現
の変化の傾きを認知低下の関連要因として算出してもよい。
The term "reference concentration or amount" refers to protein concentrations or amounts stored in private or public databases, but the term is not limited thereto. A "reference concentration or amount" was obtained from large-scale screening of patients or by reference to known or previously determined correlations between such determinations and clinical information in control patients. may For example, a reference value may be determined by comparison to the biomarker concentration or amount in a control subject of similar age and sex to the subject, eg, a healthy individual (ie, one without dementia). Alternatively, the reference value is a value that can be found in the literature, e.g. the presence of the ApoE ε4 allele representing the reference to which mutations at positions 112 and 158 are compared, or >350 ng/L total tau in CSF T-tau), >80 ng/L phospho-tau (P-tau), and <530
It is like the level of Aβ42 in ng/L (Hansson O et al., Lancet Neurol. 2006, 5(
3):228-34). Additionally, the reference value may be obtained from the same subject at one or more time points that temporally precede the test time point. Such early samples may be taken one week or more, one month or more, three months or more, and most preferably six months or more before the date of the test. In some embodiments, multiple early samples may be compared longitudinally and the slope of the change in biomarker expression calculated as a correlate of cognitive decline.

「対照」又は本明細書で使用される場合、「非AD対照」もしくは「非AD対象」という用
語は、認知的に正常であるヒト又は非ヒト対象、又は認知異常と診断されたか、もしくは
その症状を呈しているが、既存の生化学的検査に関して、非AD対象と定義される、ヒト又
は非ヒト対象から採取された組織試料又は体液試料を指す。
The term "control" or as used herein, "non-AD control" or "non-AD subject" refers to a human or non-human subject who is cognitively normal, or who has been diagnosed with cognitive abnormalities or who has Refers to a tissue or fluid sample taken from a human or non-human subject who is symptomatic but defined as a non-AD subject with respect to existing biochemical tests.

「結合性物質」という用語は、一般に、本発明のバイオマーカーに対する親和性を有す
る任意の分子を指す。結合性物質は、アパタマー(apatamer)、抗体、レクチン、及び酵素
を含み得る。
The term "binding agent" generally refers to any molecule that has an affinity for the biomarkers of the invention. Binding agents may include apatamers, antibodies, lectins, and enzymes.

「抗体」という用語は、ポリクローナル抗血清、モノクローナル抗体、抗体の断片、例
えば、単鎖及びFab断片、並びに遺伝子改変抗体を含む。抗体は、キメラであっても、単
一種のものであってもよい。
The term "antibody" includes polyclonal antisera, monoclonal antibodies, fragments of antibodies, such as single chain and Fab fragments, and genetically engineered antibodies. Antibodies may be chimeric or of a single species.

「アプタマー」という用語は、特定の標的に対する選択性を有する小型の親和性物質を
含み、これは、核酸、アミノ酸、もしくは他の合成有機分子、又はこれらの構成分子のう
ちの任意のものの組合せのプロイマー(ploymer)である。
The term "aptamer" includes small affinity substances with selectivity for a particular target, which are composed of nucleic acids, amino acids, or other synthetic organic molecules, or combinations of any of these constituent molecules. It is a ploymer.

「選択反応モニタリング」、「SRM」、及び「MRM」という用語は、既知のバイオマーカ
ーを表す既知の質量電荷比のプリカーサーイオンが、優先的にイオントラップ又は三連四
重極質量分析計でのタンデム質量分析による分析の標的とされる質量分析アッセイを意味
する。分析中、親イオンは断片化され、第2の予め規定された質量電荷比の娘イオンの数
がカウントされる。通常、定量内部標準としての役割を果たすように、予め規定された数
の安定同位体置換を有するが、他の点では、標的イオンと化学的に同一である等価なプリ
カーサーイオンが本方法に含まれる。
The terms “selected reaction monitoring,” “SRM,” and “MRM” refer to the detection of precursor ions of known mass-to-charge ratios representing known biomarkers preferentially in an ion trap or triple quadrupole mass spectrometer. A mass spectrometric assay targeted for analysis by tandem mass spectrometry. During analysis, the parent ion is fragmented and the number of daughter ions of a second predefined mass-to-charge ratio are counted. Usually, the method includes an equivalent precursor ion that has a predefined number of stable isotopic substitutions, but is otherwise chemically identical to the target ion, to serve as a quantitative internal standard. be

「イムノアッセイ」という用語は、本発明の1以上のバイオマーカーのレベルを、1以上
の結合性物質を用いて標的バイオマーカーを捕捉すること及び又はその存在を検出するこ
とによって定量的に測定する任意の方法を指す。イムノアッセイは、バイオマーカーが表
面に吸着され、検出可能な標識を保持する結合性物質を用いて検出される直接的なもので
あってもよく、バイオマーカーが表面に吸着され、その後、該バイオマーカーに対する特
異性を有する第1の結合性物質が該標的バイオマーカーに対する特異的結合を介して該表
面に捕捉され、第1の抗体に対して特異的である検出可能な標識を保持する第2の結合性物
質を用いて検出される間接的なものであってもよい。あるいは、イムノアッセイは、結合
性物質が固体支持体上に固定化されており、分析試料由来の標的バイオマーカーを捕捉す
るサンドイッチイムノアッセイであってもよい。その後、目下固定化されているバイオマ
ーカーは、上述のように直接的又は間接的な方法において結合性物質を用いて検出される
The term "immunoassay" refers to any method that quantitatively measures the level of one or more biomarkers of the invention by capturing and/or detecting the presence of a target biomarker using one or more binding agents. refers to the method of Immunoassays may be direct, in which the biomarkers are adsorbed to a surface and detected using a binding agent bearing a detectable label, the biomarkers are adsorbed to the surface, and then the biomarkers are A first binding agent having specificity for the target biomarker is captured on the surface via specific binding to the target biomarker, and a second binding agent carrying a detectable label that is specific for the first antibody It may also be indirect detected using a binding substance. Alternatively, the immunoassay may be a sandwich immunoassay in which the binding agent is immobilized on a solid support and captures target biomarkers from the analytical sample. The now immobilized biomarker is then detected using the binding agent in a direct or indirect manner as described above.

「ビーズ懸濁アレイ」という用語は、バイオマーカーが、懸濁液に保持されている1つ
又はモール固体粒子上で検出されるイムノアッセイを意味する。
The term "bead suspension array" refers to an immunoassay in which biomarkers are detected on single or molle solid particles held in suspension.

「平面アレイ」という用語は、個々のバイオマーカー又は結合性物質が、ガラススライ
ド、シリコンウェハー、ニトロセルロース片を含むがこれらに限定されない連続的な固体
表面上の個々に分離したアドレス指定可能な位置に固定化されているイムノアッセイ系を
意味する。その後、イムノアッセイの後続の工程が、平面アレイの全表面に適用された通
常の試薬を用いて行なわれるか、又は該アレイ内の適切なアドレス指定可能な位置で個別
に追加され得る。
The term "planar array" means that individual biomarkers or binding agents are located at individually discrete and addressable locations on a continuous solid surface including, but not limited to, glass slides, silicon wafers, nitrocellulose strips. means an immunoassay system immobilized on Subsequent steps of the immunoassay can then be performed with conventional reagents applied to the entire surface of the planar array or added individually at appropriate addressable locations within the array.

「単離された」という用語又はその文法的等価物は、本明細書の全体を通じて、タンパ
ク質、抗体、ポリヌクレオチド、又は化学的分子が、場合によっては、それが天然に生じ
得る物理的環境とは異なる物理的環境で存在することを意味する。
The term "isolated," or its grammatical equivalents, is used throughout this specification to indicate that a protein, antibody, polynucleotide, or chemical molecule, as the case may be, is separated from the physical environment in which it may naturally occur. means that they exist in different physical environments.

本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、任意のヒト又は非ヒト動物を含む
。「非ヒト動物」という用語は、全ての脊椎動物、例えば、哺乳動物及び非哺乳動物、例
えば、非ヒト霊長類、齧歯類、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ニワトリ、両生類、爬
虫類などを含む。
As used herein, the term "subject" includes any human or non-human animal. The term "non-human animal" includes all vertebrates, such as mammals and non-mammals, such as non-human primates, rodents, sheep, dogs, cats, horses, cows, chickens, amphibians, reptiles, etc. including.

「治療する」、「治療すること」、「治療」、「予防する」、「予防すること」、もし
くは「予防」という用語又はこれらの文法的等価物は、治療的治療、予防的治療、及び対
象が障害を発症するリスク又は他のリスク因子を軽減する適用を含む。治療は、障害の完
全な治癒を必要とせず、症状又は基礎となるリスク因子の軽減を包含する。
The terms "treat,""treating,""treatment,""prevent,""preventing," or "prevention" or their grammatical equivalents may be used to refer to therapeutic treatment, prophylactic treatment, and Includes applications that reduce the risk of a subject developing a disorder or other risk factor. Treatment does not require complete cure of the disorder, but includes alleviation of symptoms or underlying risk factors.

本明細書で使用される「診断」という用語又はその文法的等価物は、患者における障害
の存在(existence)もしくは存在(presence)、非存在もしくは不在、又は可能性に関する
何らかの情報の提供を含む。これは、障害又はそれに関連して経験されるもしくは経験さ
れ得る症状の種類又は分類に関する情報の提供をさらに含む。これには、例えば、障害の
重症度の診断が含まれてもよい。これは、障害の医学的経過の予後、例えば、その持続期
間、重症度、及び軽度認知障害(MCI)からAD又は他の認知症への進行の経過を包含する。
As used herein, the term "diagnosis" or its grammatical equivalents includes providing any information regarding the existence or presence, absence or absence, or likelihood of a disorder in a patient. This further includes providing information about the type or classification of the disorder or symptoms experienced or may be experienced in connection therewith. This may include, for example, diagnosing the severity of the disorder. This includes the prognosis of the medical course of the disorder, such as its duration, severity, and course of progression from mild cognitive impairment (MCI) to AD or other dementias.

本明細書で使用される「ステージ分類する」という用語又はその文法的等価物は、対象
において、神経認知障害、特に、ADのステージを特定することを意味する。例えば、ADは
、使用される診断の枠組みに応じて、3つのステージ又は7つのステージにより特徴付けら
れる。全般的認知症スケール(Global Dementia Scale)は、全体的機能の1つのそのような
尺度である。これは、標準化された重症度基準セットに対する認知及び機能を含む重症度
の評価によって測定される。
As used herein, the term "stage" or its grammatical equivalents means to identify the stage of neurocognitive impairment, particularly AD, in a subject. For example, AD is characterized by 3 or 7 stages, depending on the diagnostic paradigm used. The Global Dementia Scale is one such measure of global functioning. This is measured by assessment of severity, including cognition and function against a standardized set of severity criteria.

「効力」という用語は、所与の介入(例えば、薬物、医療機器、外科的手技など)の有益
な変化に関する能力を示す。効力が立証されれば、その介入は、それが比較されることに
なる他の利用可能な介入と少なくとも同じ程度に良好である可能性がある。「効力」及び
「有効性」という用語は、本明細書において互換的に使用される。
The term "efficacy" refers to the ability of a given intervention (eg, drug, medical device, surgical procedure, etc.) to undergo beneficial changes. If efficacy is demonstrated, the intervention is likely to be at least as good as other available interventions to which it will be compared. The terms "efficacy" and "efficacy" are used interchangeably herein.

「含む」という用語は、対象が、列挙された全ての要素を含むが、任意に、追加の、名
前を挙げていない要素も含み得ること(すなわち、非限定(open))を示す。
The term "comprising" indicates that the subject matter includes all listed elements, but may optionally include additional, unnamed elements (ie, is open).

本明細書で使用される場合の「及び/又は」という用語は、2つの明記された特徴又は成
分の各々の、他方を伴う又は伴わない具体的開示として解釈されるべきである。例えば、
「A及び/又はB」は、各々が個別に本明細書に記述されているかのように、(i)A、(ii)B、
並びに(iii)A及びBの各々の具体的開示として解釈されるべきである。
The term "and/or" when used herein is to be taken as specific disclosure of each of the two specified features or components, with or without the other. for example,
"A and/or B" are defined as (i) A, (ii) B,
and (iii) be construed as a specific disclosure of each of A and B.

文脈上、そうでないと指示されない限り、上に記述された特徴/用語の定義は、本発明
の任意の特定の態様又は実施態様に限定されるのではなく、本明細書に記載される全ての
態様及び実施態様に等しく適用される。
Unless the context dictates otherwise, the definitions of the features/terms set forth above are not limited to any particular aspect or implementation of the invention, but rather all aspects described herein. It applies equally to aspects and embodiments.

(略語)
CSF(脳脊髄液);LBD(レビー小体型認知症);FTD(前頭側頭型認知症);VaD(血管性認知症);
ALS(筋萎縮性側索硬化症) CJD(クロイツフェルト・ヤコブ病);CNS(中枢神経系);TMT(登録
商標)(Tandem Mass Tag(登録商標));TEAB(炭酸水素テトラ-エチルアモニウム(amonium);T
FA(トリフルオロ酢酸);SDS(ドデシル硫酸ナトリウム);TCEP(トリス(2-カルボキシエチル)
ホスフィン);ACN(アセトニトリル);Da(ダルトン);HPLC(高速液体クロマトグラフィー);FA
(ギ酸);IFC(インテリジェントフロー制御);LC-MS/MS(タンデム質量分析検出を伴う液体ク
ロマトグラフィー);MS(質量分析);MS/MS又はMS2(タンデムMS);MS/MS/MS又はMS3(トリプル
MS) PAGE(ポリアクリルアミドゲル電気泳動);SCX(強陽イオン交換);ppm(百万分率);TiO2(
二酸化チタン);IMAC(鉄金属アフィニティークロマトグラフィー);ELISA(酵素結合免疫吸
着測定(enzyme-linked immonusorbent assay))。
(abbreviation)
CSF (cerebrospinal fluid); LBD (Lewy body dementia); FTD (frontotemporal dementia); VaD (vascular dementia);
ALS (amyotrophic lateral sclerosis) CJD (Creutzfeldt-Jakob disease); CNS (central nervous system); TMT® (Tandem Mass Tag®); TEAB (tetra-ethylammonium bicarbonate) (amonium);T
FA (trifluoroacetic acid); SDS (sodium dodecyl sulfate); TCEP (tris(2-carboxyethyl)
phosphine); ACN (acetonitrile); Da (Dalton); HPLC (high performance liquid chromatography); FA
(formic acid); IFC (intelligent flow control); LC-MS/MS (liquid chromatography with tandem mass spectrometry detection); MS (mass spectrometry); MS/MS or MS2 (tandem MS); MS3 (Triple
MS) PAGE (polyacrylamide gel electrophoresis); SCX (strong cation exchange); ppm (parts per million); TiO 2 (
titanium dioxide); IMAC (iron metal affinity chromatography); ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay).

(詳細な説明)
(1.タンパク質パネル及びそれを使用する方法)
タウが、神経変性障害、例えば、ADのようなタウオパチーの病態に関与していること、
及びそれが、神経原線維変化の形成に積極的に関与していることは広く受け入れられてい
るものの、過剰発現されかつ過剰リン酸化されたタウの毒性を媒介する分子過程について
はそれほど知られていない。
(detailed description)
(1. Protein panel and method of using it)
that tau is involved in neurodegenerative disorders, e.g., tauopathic conditions such as AD;
And although it is widely accepted that it is actively involved in the formation of neurofibrillary tangles, less is known about the molecular processes that mediate the toxicity of overexpressed and hyperphosphorylated tau. do not have.

本発明者らは、タウの過剰発現及び過剰リン酸化が、脳におけるタウ毒性を引き起こし
、疾患の進行及び重症度の一因となり得るシグナル伝達経路の活性化を含むさらなる事象
に繋がることを仮定した。本発明者らはさらに、これらの経路に関与するタンパク質の多
くが、タウ毒性の発展の間に血液及びCSF中に放出されるであろうこと、及び疾患過程の
早期に検出可能であろうことを仮定した。
We hypothesized that overexpression and hyperphosphorylation of tau causes tau toxicity in the brain, leading to additional events including activation of signaling pathways that may contribute to disease progression and severity. . We further suggest that many of the proteins involved in these pathways will be released into the blood and CSF during the development of tau toxicity and will be detectable early in the disease process. was assumed.

本発明者らは、驚くべきことに、複数の細胞プロセス、関連タンパク質、及び/又はそ
れらのレベルが、タウ用量依存的な様式で修飾されること、及びこれらの影響を受けた経
路が、ADのいくつかの特徴と相関していることを見出した。
The inventors have surprisingly found that multiple cellular processes, associated proteins, and/or their levels are modified in a tau dose-dependent manner, and that these affected pathways are associated with AD. found to be correlated with some features of

さらに、本明細書で同定されるバイオマーカーのパネルは、脳においてのみ発現してい
るのではなく、これらは、驚くべきことに、脳脊髄液(CSF)においても同定可能であり、
かつ最も重要なことには、それらのCSF中での存在量が、実質的なメモリー効果を伴い非A
D患者及びAD患者間で調節されている。
Furthermore, the panel of biomarkers identified herein are not only expressed in the brain, they are surprisingly also identifiable in the cerebrospinal fluid (CSF),
and most importantly, their abundance in CSF was reduced to non-A
Adjusted between D and AD patients.

最後に、本発明者らは、本明細書において、タウキナーゼ阻害剤(タウリン酸化を阻害
する酵素)の投与に際し、本発明によるパネルのタンパク質(すなわちバイオマーカー)の
存在量が、それらの投与前存在量に逆比例して増加する又は減少して、阻害剤がタウの過
剰リン酸化の減少において効果的であることを示すことの実証に成功した。最も驚くべき
ことに、これらのタンパク質の存在量が、それらの投与前存在量に逆比例して増加する又
は減少するにつれて、タウ毒性も同等に減少する。
Finally, we show herein that, upon administration of a tau kinase inhibitor (an enzyme that inhibits tau phosphorylation), the abundance of the proteins (i.e. biomarkers) of the panel according to the invention is determined by their pre-administration presence. It was successfully demonstrated that it increased or decreased inversely with dose, indicating that the inhibitor was effective in reducing tau hyperphosphorylation. Most surprisingly, as the abundance of these proteins increases or decreases inversely proportional to their pre-administration abundance, tau toxicity commensurately decreases.

本発明は:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片
を含むバイオマーカーのパネルを提供する。
The present invention:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or fragments; and/or
ii) providing a panel of biomarkers comprising a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, or variant, or fragment thereof; .

プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aは、PPP1CA(セリン/スレオ
ニンプロテインホスファターゼPP1-アルファ触媒サブユニット)の阻害剤である。リン酸
化された場合に、1000倍超高い阻害活性を有し、PPP1CA基質のリン酸化状態及び平滑な筋
収縮を調節するための分子スイッチを作製している。
Protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A is an inhibitor of PPP1CA (serine/threonine protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit). It has more than 1000-fold higher inhibitory activity when phosphorylated, creating a molecular switch for regulating the phosphorylation state of PPP1CA substrates and smooth muscle contraction.

ミエリン形成細胞におけるRNA代謝に関与すると記載されている2’,3’-環状ヌクレオ
チド3’-ホスホジエステラーゼは、中枢神経系ミエリンにおいて3番目に多く存在するタ
ンパク質である。その触媒活性は、ヌクレオシド2',3'-環状ホスフェートに対するもので
あり、これはヌクレオシド2'-ホスフェートに変換される。
2',3'-Cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase, which has been described to be involved in RNA metabolism in myelinating cells, is the third most abundant protein in central nervous system myelin. Its catalytic activity is towards nucleoside 2',3'-cyclic phosphates, which are converted to nucleoside 2'-phosphates.

アイソフォームは、標準配列に関する選択的タンパク質配列として本明細書に記載され
ている。アイソフォームは、単一の選択的プロモーター使用、単一の選択的スプライシン
グ、単一の選択的開始、及び単一のリボソームフレームシフトによるか、又はこれらの組
合せによって、同じ遺伝子から生じさせることができる。
Isoforms are described herein as alternative protein sequences relative to the standard sequence. Isoforms can be generated from the same gene by single alternative promoter usage, single alternative splicing, single alternative initiation, and single ribosomal frameshifting, or combinations thereof. .

バリアントは、(天然に生じる)多形、系統、分離株、又は品種間の変化、疾患に関連す
る変異、及びRNA編集事象などの、天然のバリアントを含むように本明細書に記載されて
いる。バリアントは、通常、標準配列に関するアミノ酸変化として報告される。ほとんど
の天然に生じる多形(単一アミノ酸多形又はSAPとも呼ばれる)は、コドンレベルでの単一
ヌクレオチド変化によるものである。RNA編集事象には、ヌクレオチドの変換、挿入、及
び欠失が含まれる。
Variants are described herein to include natural variants, such as (naturally occurring) polymorphisms, variations between strains, isolates, or breeds, disease-associated mutations, and RNA editing events. . Variants are usually reported as amino acid changes with respect to the standard sequence. Most naturally occurring polymorphisms (also called single amino acid polymorphisms or SAPs) are due to single nucleotide changes at the codon level. RNA editing events include nucleotide conversions, insertions and deletions.

断片は、タンパク質のタンパク質分解的(酵素的又はその他の)切断の結果として本明細
書に記載されている。断片は、天然のタンパク質分解的切断の結果、例えば、補体の活性
化、凝固カスケードの間に生じたか、又はマトリックスタンパク質の酵素的切断から生じ
た断片であり得る。あるいは、断片は、インビボ及び/又はインビトロで、例えば、プロ
テアーゼによって生じ得る。
Fragments are described herein as the result of proteolytic (enzymatic or other) cleavage of proteins. Fragments may be fragments resulting from natural proteolytic cleavage, eg, resulting from complement activation, during the coagulation cascade, or resulting from enzymatic cleavage of matrix proteins. Alternatively, fragments may be generated in vivo and/or in vitro, eg, by proteases.

一実施態様において、プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aのバ
リアントは、配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有しており、ここ
で、
a)位置26のセリンが、ホスホセリンによって置き換えられているか;又は
b)位置38のスレオニンが、ホスホスレオニンによって置き換えられているか;又は
c)位置136のセリンが、ホスホセリンによって置き換えられているか;又は
d)位置123のグリシンが、アルギニンによって置き換えられている。
In one embodiment, a variant of protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, wherein
a) the serine at position 26 is replaced by a phosphoserine; or
b) the threonine at position 38 is replaced by a phosphothreonine; or
c) the serine at position 136 is replaced by a phosphoserine; or
d) Glycine at position 123 is replaced by Arginine.

図1は、プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A(配列番号:1)のヒ
ト配列を示し;記号□でフラグを付けたものは、d)において上で示したように、ヒトプロ
テインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aのアイソフォームにおいて異なる
アミノ酸と置き換えられたアミノ酸である。*でフラグを付けたアミノ酸は、a)~c)にお
いて上で示したように、ヒトプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A
のアイソフォームにおいて修飾アミノ酸によって置き換えられたアミノ酸である。
Figure 1 shows the human sequence of protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A (SEQ ID NO: 1); Amino acids that are replaced with different amino acids in isoforms of subunit 14A. Amino acids flagged with * are human protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A, as indicated above in a)-c)
is an amino acid that is replaced by a modified amino acid in the isoform of

別の実施態様において、プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aの
アイソフォームは、配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有しており
、ここで、アミノ酸68~94は、欠失している(アイソフォーム2)。
In another embodiment, an isoform of protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, wherein amino acids 68-94 are deleted. (isoform 2).

別の実施態様において、2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼのバリア
ントは、配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつここで
a)位置110のチロシンが、ホスホチロシンによって置き換えられているか;又は
b)位置418のシステインが、システインメチルエステルによって置き換えられているか;又

c)位置418のシステインが、S-ファルネシルシステインによって置き換えられているか;又

d)位置207のグルタミンが、アルギニンによって置き換えられている。
In another embodiment, the 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase variant comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, and wherein
a) the tyrosine at position 110 is replaced by a phosphotyrosine; or
b) the cysteine at position 418 is replaced by a cysteine methyl ester; or
c) the cysteine at position 418 is replaced by S-farnesylcysteine; or
d) Glutamine at position 207 is replaced by Arginine.

図2は、2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼ(配列番号:2)のヒト配列
を示し;記号□でフラグを付けたものは、d)において上で示したように、ヒト2’,3’-環
状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼのアイソフォームにおいて異なるアミノ酸と置
き換えられたアミノ酸である。*でフラグを付けたアミノ酸は、a)~c)において上で示し
たように、ヒトプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aのアイソフォ
ームにおいて修飾アミノ酸によって置き換えられたアミノ酸である。
Figure 2 shows the human sequence of 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase (SEQ ID NO:2); ',3'-Cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase is an amino acid that replaces a different amino acid in an isoform. Amino acids flagged with * are amino acids replaced by modified amino acids in isoforms of human protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A, as indicated above in a)-c).

別の実施態様において、2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼのアイソ
フォームは、
配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有しており、ここで、アミノ酸
1~20は、欠失している(アイソフォームCNPI)。一般的な臨床実践において、バイオマー
カーとしての使用のためのタンパク質は、少なくとも2つ、好ましくは、少なくとも3つ又
は4つのセットとして測定される。従って、配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該ア
ミノ酸配列を有するプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそ
のアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片、及び/又は配列番号:2のアミノ
酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエス
テラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片に加えて、本発
明によるバイオマーカーのパネルは、配列番号:11のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ
酸配列を有するアクチンアルファ心筋1、配列番号:12のアミノ酸配列を含むか又は該アミ
ノ酸配列を有するアンチトロンビン-III、配列番号:3のアミノ酸配列を含むか又は該アミ
ノ酸配列を有するBH3共役ドメインデスアゴニスト、配列番号:24のアミノ酸配列を含むか
又は該アミノ酸配列を有するcAMP依存性プロテインキナーゼI型-ベータレギュラトリーサ
ブユニット、配列番号:4のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するカテニンデ
ルタ-1、配列番号:23のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する170kDaの中心
体タンパク質、配列番号:5のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するクラスリ
ン軽鎖B、配列番号:13のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するEgl nineホモ
ログ1、配列番号:14のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するフィブリノーゲ
ンガンマ鎖、配列番号:27のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するGMP還元酵
素1、配列番号:6のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するグアニンヌクレオ
チド結合タンパク質G(q)サブユニットアルファ、配列番号:15のアミノ酸配列を含むか又
は該アミノ酸配列を有するインスリン様増殖因子結合タンパク質6、配列番号:28のアミノ
酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するKxDLモチーフ含有タンパク質1、配列番号:18
のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するラムダ-クリスタリンホモログ、配
列番号:20のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するミエリン関連オリゴデン
ドロサイト塩基性タンパク質、配列番号:7のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を
有する中性アルファ-グルコシダーゼAB、配列番号:19のアミノ酸配列を含むか又は該アミ
ノ酸配列を有する核膜孔複合体タンパク質Nup155、配列番号:16のアミノ酸配列を含むか
又は該アミノ酸配列を有するOCIAドメイン含有タンパク質1、配列番号:25のアミノ酸配列
を含むか又は該アミノ酸配列を有するタンパク質KIAA1045、配列番号:8のアミノ酸配列を
含むか又は該アミノ酸配列を有するセセルニン-2、配列番号:17のアミノ酸配列を含むか
又は該アミノ酸配列を有する血清アルブミン、配列番号:9のアミノ酸配列を含むか又は該
アミノ酸配列を有する短鎖特異的アシルCoAデヒドロゲナーゼ、配列番号:22のアミノ酸配
列を含むか又は該アミノ酸配列を有するシナプトポリン、配列番号:10のアミノ酸配列を
含むか又は該アミノ酸配列を有するシンタフィリン、配列番号:21のアミノ酸配列を含む
か又は該アミノ酸配列を有する膜貫通型タンパク質119、及び配列番号:26のアミノ酸配列
を含むか又は該アミノ酸配列を有するチューブリンアルファ鎖様3を含む群Aから選択され
る1以上の、代わりの2以上の、好ましくは、3つ以上のタンパク質をさらに含んでいても
よい。
In another embodiment, the isoform of 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase is
comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, wherein the amino acid
1-20 are deleted (isoform CNPI). In common clinical practice, proteins for use as biomarkers are measured in sets of at least two, preferably at least three or four. Thus, protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:1, or an isoform, or variant, or fragment thereof, and/or comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:2 or a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase having said amino acid sequence, or an isoform, or variant, or fragment thereof, a panel of biomarkers according to the invention comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 11 actin alpha myocardium 1, comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 12, antithrombin-III, comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3 a BH3-coupling domain death agonist comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:24, cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:4 catenin delta-1 having the sequence, a 170 kDa centrosomal protein comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:23, a clathrin light chain comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:5 B, Egl nine homolog 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 13, fibrinogen gamma chain comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 14, amino acid sequence of SEQ ID NO: 27 GMP reductase 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 6, the guanine nucleotide binding protein G(q) subunit alpha comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 15 insulin-like growth factor binding protein 6 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:28 KxDL motif-containing protein 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:18
a lambda-crystallin homologue comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 20; a myelin-associated oligodendrocyte basic protein comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 7; neutral alpha-glucosidase AB comprising or having said amino acid sequence, nuclear pore complex protein Nup155 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 19, comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 16, or an OCIA domain-containing protein 1 having said amino acid sequence, a protein KIAA1045 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:25, seserunin-2 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:8, serum albumin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 17, short chain-specific acyl-CoA dehydrogenase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9, amino acid sequence of SEQ ID NO: 22 Synaptoporin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10 Syntaphyrin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 21 Transmembrane protein comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 21 119, and tubulin alpha chain-like 3 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 26, alternatively 2 or more, preferably 3 or more selected from group A It may further contain protein.

表1は、「群A」のバイオマーカーの名称、及びヒトタンパク質及びそのマウス対応物に
ついてのそれらのUniprotコードを示す。
Table 1 shows the names of the "group A" biomarkers and their Uniprot codes for the human proteins and their murine counterparts.

表1:群Aのバイオマーカー

Figure 0007241104000001
Table 1: Group A biomarkers
Figure 0007241104000001

一実施態様において、本発明によるバイオマーカーのパネルは、i)配列番号:1のアミノ
酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファターゼ1レギュラトリー
サブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片;及び/
又はii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌ
クレオチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片、並びに配列番号:11のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する
アクチンアルファ心筋1、配列番号:12のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有す
るアンチトロンビン-III、配列番号:3のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有す
るBH3共役ドメインデスアゴニスト、配列番号:4のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸
配列を有するカテニンデルタ-1、配列番号:5のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列
を有するクラスリン軽鎖B、配列番号:13のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有
するEgl nineホモログ1、配列番号:14のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有す
るフィブリノーゲンガンマ鎖、配列番号:6のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を
有するグアニンヌクレオチド結合タンパク質G(q)サブユニットアルファ、配列番号:15の
アミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するインスリン様増殖因子結合タンパク質
6、配列番号:18のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するラムダ-クリスタリ
ンホモログ、配列番号:7のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する中性アルフ
ァ-グルコシダーゼAB、配列番号:19のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する
核膜孔複合体タンパク質Nup155、配列番号:16のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配
列を有するOCIAドメイン含有タンパク質1、配列番号:8のアミノ酸配列を含むか又は該ア
ミノ酸配列を有するセセルニン-2、配列番号:17のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸
配列を有する血清アルブミン、配列番号:9のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を
有する短鎖特異的アシルCoAデヒドロゲナーゼ、及び配列番号:10のアミノ酸配列を含むか
又は該アミノ酸配列を有するシンタフィリンを含む「群B」から選択される1以上、好まし
くは2以上のバイオマーカーを含む。
In one embodiment, the panel of biomarkers according to the invention comprises: i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant thereof, or fragments; and/
or ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant thereof,
or fragments, and actin alpha myocardium 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:11, antithrombin-III comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:3 a BH3 coupling domain death agonist comprising or having the amino acid sequence of , catenin delta-1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:4, comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:5, or clathrin light chain B having said amino acid sequence, Egl nine homolog 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 13, fibrinogen gamma comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 14 a chain, a guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:6, an insulin-like growth factor comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:15 binding protein
6, a lambda-crystallin homologue comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 18, a neutral alpha-glucosidase AB comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 19 nuclear pore complex protein Nup155 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 16; OCIA domain-containing protein 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 16; Sernin-2 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 17, serum albumin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9, short chain specific comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9 one or more, preferably two or more biomarkers selected from "Group B", which includes a specific acyl-CoA dehydrogenase, and syntaphyrin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:10.

このバイオマーカーの部分群(本明細書においては、「群B」と称する)は、非AD個体の
ヒト血漿又はヒト血清において別々に同定されている(https://www.plasmaproteomedataba
se.org/)。従って、これらのバイオマーカーが、AD患者の血液/血液産物中に存在するの
みではなく、CSFにおいて観察されるそれらの上方/下方調節が血液中/血液産物中に移動
することも期待される。血液及びその産物(血漿又は血清)は、診断のためにCSFよりもす
ぐにかつ簡単に利用可能であるために、このことは特に有利である。
A subgroup of this biomarker (referred to herein as "group B") has been separately identified in human plasma or human serum of non-AD individuals (https://www.plasmaproteomedatabase.com).
se.org/). Therefore, it is expected that these biomarkers are not only present in the blood/blood products of AD patients, but that their up/down regulation observed in CSF translocates into the blood/blood products. This is particularly advantageous because blood and its products (plasma or serum) are more readily and easily available for diagnosis than CSF.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、i)配列番号:1のアミノ酸配列を含
むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニッ
ト14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片;及び/又はii)配列
番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレオチド3
’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断
片、並びに配列番号:11のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するアクチンア
ルファ心筋1、配列番号:12のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するアンチト
ロンビン-III、配列番号:3のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するBH3共役
ドメインデスアゴニスト、配列番号:24のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有
するcAMP依存性プロテインキナーゼI型-ベータレギュラトリーサブユニット、配列番号:4
のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するカテニンデルタ-1、配列番号:23の
アミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する170kDaの中心体タンパク質、配列番号
:5のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するクラスリン軽鎖B、配列番号:13の
アミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するEgl nineホモログ1、配列番号:14のア
ミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するフィブリノーゲンガンマ鎖、配列番号:2
7のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するGMP還元酵素1、配列番号:6のアミ
ノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するグアニンヌクレオチド結合タンパク質G(q)
サブユニットアルファ、配列番号:15のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有す
るインスリン様増殖因子結合タンパク質6、配列番号:18のアミノ酸配列を含むか又は該ア
ミノ酸配列を有するラムダ-クリスタリンホモログ、配列番号:20のアミノ酸配列を含むか
又は該アミノ酸配列を有するミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質、配列
番号:7のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する中性アルファ-グルコシダー
ゼAB、配列番号:19のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する核膜孔複合体タ
ンパク質Nup155、配列番号:16のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するOCIA
ドメイン含有タンパク質1、配列番号:25のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有
するタンパク質KIAA1045、配列番号:17のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有
する血清アルブミン、配列番号:9のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する短
鎖特異的アシルCoAデヒドロゲナーゼ、配列番号:22のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ
酸配列を有するシナプトポリン、配列番号:10のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配
列を有するシンタフィリン及び配列番号:26のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列
を有するチューブリンアルファ鎖様3を含む「群C」から選択される1以上、好ましくは2以
上のバイオマーカーを含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers comprises: i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2
'-phosphodiesterase, or an isoform, or variant, or fragment thereof, and actin alpha myocardium 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:11, comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:12 antithrombin-III having a sequence, a BH3-coupling domain death agonist comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:3, a cAMP-dependent protein comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:24 Kinase type I-beta regulatory subunit, SEQ ID NO:4
catenin delta-1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 23, a 170 kDa centrosomal protein comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 23
clathrin light chain B comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5, Egl nine homolog 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 13, comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 14 or a fibrinogen gamma chain having said amino acid sequence, SEQ ID NO:2
GMP reductase 1 comprising or having the amino acid sequence of 7, guanine nucleotide binding protein G(q) comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:6
subunit alpha, insulin-like growth factor binding protein 6 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 15, lambda-crystallin homologue comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 18, sequence myelin-associated oligodendrocyte basic protein comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:20, neutral alpha-glucosidase AB comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:: nuclear pore complex protein Nup155 comprising or having the amino acid sequence of 19, OCIA comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 16
domain-containing protein 1, protein KIAA1045 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:25, serum albumin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:17, amino acid sequence of SEQ ID NO:9 a short chain-specific acyl-CoA dehydrogenase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 22; a synaptoporin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10; one or more, preferably two or more biomarkers selected from "group C" comprising syntaphyrin and tubulin alpha chain-like 3 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:26.

このバイオマーカーの部分群(本明細書において、「群C」と称することとする)は、対
照対象と比較して、AD患者のヒトCSFにおいて調節されていること、及びカゼインキナー
ゼ阻害剤の投与の際に、マウス脳において逆調節されることが見出されている。
This subgroup of biomarkers (herein referred to as "group C") is regulated in human CSF of AD patients and administration of casein kinase inhibitors compared to control subjects. has been found to be counter-regulated in the mouse brain during

表2:「群C」のバイオマーカー

Figure 0007241104000002
Table 2: "Group C" biomarkers
Figure 0007241104000002

別の実施態様において、本発明によるバイオマーカーのパネルは、i)配列番号:1のアミ
ノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファターゼ1レギュラトリ
ーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片;及び
/又はii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌ
クレオチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片、並びに配列番号:8のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するセ
セルニン-2、配列番号:21のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する膜貫通型
タンパク質119、配列番号:28のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するKxDLモ
チーフ含有タンパク質1を含む「群D」から選択される1以上、好ましくは2以上のバイオマ
ーカーを含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers according to the invention comprises: i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant thereof; or fragments; and
/or ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant thereof;
or fragments, as well as sesernin-2 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:8, transmembrane protein 119 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:28 one or more, preferably two or more biomarkers selected from "Group D" comprising KxDL motif-containing protein 1 comprising or having the amino acid sequence of

このバイオマーカーの部分群(本明細書において、「群D」と称することとする)は、対
照と比較して、AD患者の脳において調節されること、及びカゼインキナーゼ阻害剤の投与
に際しマウス脳において調節されることが見出されている。
A subgroup of this biomarker (herein referred to as "group D") was regulated in the brains of AD patients compared to controls, and in mouse brains upon administration of a casein kinase inhibitor. has been found to be regulated in

表3:「群D」のバイオマーカー

Figure 0007241104000003
Table 3: "Group D" biomarkers
Figure 0007241104000003

群C及びD(それぞれ、表2及び表3に記載)は、2つの異なるカゼインキナーゼ阻害剤の投
与後に、マウス脳において調節されることが示されているバイオマーカー、及びi)(表2;
群C)Braakステージ3/4又は5/6のADのヒト患者のCSFにおいて、上方又は下方調節されるバ
イオマーカー又はii)(表3;群D)対照対象と比較して、AD患者のヒト脳において上方/下方
調節されるバイオマーカーを含む。これらのバイオマーカーは、タウオパチーを診断及び
ステージ分類することを可能とし、その特定の患者において治療が効果的であるかどうか
、又は代わりのアプローチを次に行うべきかどうかをはっきりさせることを可能とする薬
力学的バイオマーカーとしても役立つために非常に有利である。
Groups C and D (listed in Tables 2 and 3, respectively) are biomarkers shown to be regulated in the mouse brain after administration of two different casein kinase inhibitors, and i) (Table 2;
Group C) biomarkers that are up- or down-regulated in the CSF of human patients with Braak stage 3/4 or 5/6 AD or ii) (Table 3; Group D) humans with AD compared to control subjects Includes biomarkers that are up/down regulated in the brain. These biomarkers allow tauopathy to be diagnosed and staged, and to establish whether treatment is effective in that particular patient, or whether alternative approaches should be pursued next. It is very advantageous because it also serves as a pharmacodynamic biomarker for

さらに、本発明は、タウ又はその1以上の断片を含むバイオマーカーのパネルであって
、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つ
のリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記バイオマーカーのパ
ネルを提供する。
Further, the invention provides a panel of biomarkers comprising tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel includes at least one The panel of biomarkers is provided, comprising tau or one or more fragments thereof with oxidized amino acids.

微小管関連タンパク質タウは、アルツハイマー病の患者の海馬及び皮質において異常に
リン酸化され、最終的には、該疾病の病理学的特徴である対を成すらせん状の線維(PHFタ
ウ)へと器質化する凝集体を形成する。タウタンパク質のある種のリン酸化された形態は
、経シナプス伝播によっって脳内を伝播することができ、かつ、恐らく、これ及び他のよ
く理解されていないプロセスによって、脳脊髄液中にも見出される。CSF中の全タウに対
するセリン181でリン酸化されたタウ(2N4Rタウアイソフォーム配列;配列番号:29に基づく
)の比は、個体を前症候性アルツハイマー病を有するものとして分類するため、及び症候
性疾患において臨床診断を確認するために用いられる受け入れられたバイオマーカーであ
る。
The microtubule-associated protein tau is aberrantly phosphorylated in the hippocampus and cortex of patients with Alzheimer's disease, ultimately leading to paired helical filaments (PHF tau), a pathological hallmark of the disease. Forms aggregates that organize. Certain phosphorylated forms of tau protein can propagate in the brain by transsynaptic propagation and possibly enter the cerebrospinal fluid by this and other poorly understood processes. is also found. Tau phosphorylated at serine 181 relative to total tau in CSF (2N4R tau isoform sequence; based on SEQ ID NO:29
) ratio is an accepted biomarker used to classify an individual as having pre-symptomatic Alzheimer's disease and to confirm a clinical diagnosis in symptomatic disease.

本発明において同定された配列番号:29のアミノ酸配列を有するか又は該アミノ酸配列
を含むタウ又はその断片上のリン酸化されたアミノ酸は、表4に例示されるように、セリ
ン及び/又はスレオニン及び/又はチロシンアミノ酸である。
The phosphorylated amino acids on tau or fragments thereof having or comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:29 identified in the present invention are serine and/or threonine and /or is a tyrosine amino acid.

表4:ヒトCSF及び/又はヒト脳及び/又はマウス脳由来のタウにおいてリン酸化されている
ことが分かったタウタンパク質(配列番号:29)のアミノ酸(Xは、検出されたことを意味す
る)

Figure 0007241104000004
Figure 0007241104000005
Table 4: Amino acids of tau protein (SEQ ID NO:29) found to be phosphorylated in tau from human CSF and/or human brain and/or mouse brain (X means detected)
Figure 0007241104000004
Figure 0007241104000005

表4に示すアミノ酸の各々は、診断用、予後用、及び/又は薬力学的バイオマーカーとし
て有用なものである。好ましくは、全ての試験において検出された(すべてのカラムでXの
)17個のリン酸化残基は、ヒト疾患の間に存在し、カゼインキナーゼ阻害剤で処置した動
物モデルにおいても検出され、かつヒトのCSFにおいても検出することができたために、
薬力学的バイオマーカーとして最大の可能性を有する。
Each of the amino acids shown in Table 4 are useful as diagnostic, prognostic, and/or pharmacodynamic biomarkers. Preferably detected in all tests (X in all columns)
) 17 phosphorylated residues are present during human disease, were also detected in animal models treated with casein kinase inhibitors, and could also be detected in human CSF,
It has the greatest potential as a pharmacodynamic biomarker.

より好ましくは、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であって、タ
ウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S64、T181、S184、S202、S205、T231、及び/又はS235を含む、
前記タウ又はその1以上の断片を含む。
More preferably, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) containing phosphorylated amino acids S61, S64, T181, S184, S202, S205, T231 and/or S235,
including said tau or one or more fragments thereof.

一実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であって
、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)S61、S64、S199、S205、及びS396から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミ
ノ酸を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In one embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S61, S64, S199, S205 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising the phosphorylated amino acid S61.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であって
、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S64を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acid S64.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S199を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising the phosphorylated amino acid S199.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S205を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising the phosphorylated amino acid S205.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising the phosphorylated amino acid S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61及びS64を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61 and S64.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61及びS199を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61 and S199.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61及びS205を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61 and S205.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S64及びS199を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S64 and S199.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S64及びS205を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S64 and S205.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S64及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S64 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S199及びS205を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S199 and S205.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S199及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S199 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S205及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S205 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S64、及びS199を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S64 and S199.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S64、及びS205を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S64 and S205.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S64、及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S64 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であって
、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S199、及びS205を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S199 and S205.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S199、及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S199 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S205、及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S205 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S64、S199、及びS205を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S64, S199 and S205.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S64、S199、及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S64, S199 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であって
、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S64、S205、及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S64, S205 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S199、S205、及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を含む
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S199, S205 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S64、S199、及びS205を含む、前記タウ又はその1以上の断片を
含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S64, S199 and S205.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S64、S199、及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片を
含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S64, S199 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S199、S205、及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の断片
を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S199, S205 and S396.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、タウ又はその1以上の断片であっ
て、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)リン酸化アミノ酸S61、S64、S199、S205、及びS396を含む、前記タウ又はその1以上の
断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) said tau or one or more fragments thereof comprising phosphorylated amino acids S61, S64, S199, S205 and S396.

上述のような、アミノ酸配列、及びタウ内又はその1以上の断片上の特定のリン酸化ア
ミノ酸に関する実施態様は、本発明の第2の態様の他の実施態様の全て、及びタウ又はそ
の1以上の断片が関与する本発明の他の態様の全てに等しく適用可能である。
Embodiments relating to amino acid sequences and specific phosphorylated amino acids within tau or on one or more fragments thereof, as described above, are the same as all other embodiments of the second aspect of the invention, and tau or one or more fragments thereof. is equally applicable to all other aspects of the invention involving fragments of.

一実施態様において、バイオマーカーのパネルは、群A、B、C、又はDから選択される少
なくとも1つのバイオマーカー、及びタウ又はその1以上の断片であって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
む;前記タウ又はその1以上の断片から選択される1つのバイオマーカーを含み、ここで、
タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルは、少なくとももう1つの
リン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む。好ましくは、群A、B、C、又
はDから選択されるバイオマーカーは:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片であるか;又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片である。
In one embodiment, the panel of biomarkers is at least one biomarker selected from groups A, B, C, or D and tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; one biomarker selected from said tau or one or more fragments thereof, wherein
Where said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel comprises tau or one or more fragments thereof having at least one more phosphorylated amino acid. Preferably, the biomarkers selected from groups A, B, C or D are:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or is a fragment; or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant or fragment thereof.

より好ましくは、パネルは、3つ以上、4つ以上、5つ以上のバイオマーカーを含み、こ
こで、タウに追加される少なくとも2つのバイオマーカーは、群A、B、C、又はDから選択
され、かつi)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテイン
ホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバ
リアント、もしくは断片;及びii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列
を有する2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム
、もしくはバリアント、もしくは断片である。
More preferably, the panel comprises 3 or more, 4 or more, 5 or more biomarkers, wherein at least 2 biomarkers added to tau are selected from groups A, B, C or D and i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and ii) the amino acids of SEQ ID NO:2. A 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence, or an isoform, or variant, or fragment thereof.

さらに、本発明は、表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択
される1以上、任意に2以上のタンパク質を含むバイオマーカーのパネルを提供する。
Further, the invention provides a panel of biomarkers comprising one or more, optionally two or more proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof. do.

これらのバイオマーカーは、対照と比較して、AD患者のCSFにおいて高度に調節されて
いることが見出されている。各々のタンパク質の全ての非修飾ペプチドを、3つの対照、
及び3つのAD症例についてまとめた。その後、各々のタンパク質のlog2比及びp値を算出し
た。2以上のペプチド、>60%調節、及びp<0.05であるタンパク質を表5のバイオマーカー
として選択した。
These biomarkers have been found to be highly regulated in the CSF of AD patients compared to controls. All unmodified peptides of each protein, three controls,
and 3 AD cases were summarized. The log2 ratio and p-value for each protein were then calculated. Proteins with >2 peptides, >60% regulation, and p<0.05 were selected as biomarkers for Table 5.

表5:対照と比較してAD患者のCSFにおいて上方/下方調節されるバイオマーカー

Figure 0007241104000006
Figure 0007241104000007
Figure 0007241104000008
Figure 0007241104000009
Figure 0007241104000010
Figure 0007241104000011
Figure 0007241104000012
Figure 0007241104000013
Figure 0007241104000014
Figure 0007241104000015
Figure 0007241104000016
Figure 0007241104000017
Figure 0007241104000018
Figure 0007241104000019
Figure 0007241104000020
Figure 0007241104000021
Table 5: Biomarkers up/downregulated in CSF of AD patients compared to controls
Figure 0007241104000006
Figure 0007241104000007
Figure 0007241104000008
Figure 0007241104000009
Figure 0007241104000010
Figure 0007241104000011
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Figure 0007241104000014
Figure 0007241104000015
Figure 0007241104000016
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Figure 0007241104000020
Figure 0007241104000021

一実施態様において、バイオマーカーのパネルは、少なくともベイシジンを含む。 In one embodiment, the panel of biomarkers comprises at least Basidin.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、少なくともミトコンドリアのシト
クロムcオキシダーゼサブユニット7A関連タンパク質を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers comprises at least mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 7A-related protein.

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、少なくともベイシジン、及びミト
コンドリアのシトクロムcオキシダーゼサブユニット7A関連タンパク質を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers comprises at least basidin and mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 7A-related protein.

ベイシジン又はBSG又は細胞外マトリックスメタロプロテイナーゼ誘導因子(EMMPRIN)又
は表面抗原分類147(CD147)は、I型内在性膜受容体である。シクロフィリン(CyP)タンパク
質Cyp-A及びCyP-B、並びに特定のインテグリンを含む多くのリガンドを有する。ベイシジ
ンは、メタロプロテイナーゼ誘導能を有しており、かつそれは、いくつかの別個機能、例
えば、精子形成、モノカルボン酸輸送体の発現、及びリンパ球の応答性も調節している。
それは、上皮細胞、内皮細胞、及び白血球を含む多くの細胞型により発現される。ヒトベ
イシジンタンパク質は、N-末端細胞外部分に2つの重度にグリコシル化されたC2型免疫グ
ロブリン様ドメインを形成する269個のアミノ酸を含有する。その細胞外部分に追加の免
疫グロブリン様ドメインを1つ含有するベイシジンの第2の形態も特性が明らかにされてい
る。そのアミノ酸配列を、配列番号:30に示す。
Basidin or BSG or extracellular matrix metalloproteinase inducer (EMMPRIN) or surface antigen class 147 (CD147) is a type I integral membrane receptor. It has many ligands, including the cyclophilin (CyP) proteins Cyp-A and CyP-B, and certain integrins. Basidin has the ability to induce metalloproteinases, and it also regulates several distinct functions such as spermatogenesis, monocarboxylic acid transporter expression, and lymphocyte responsiveness.
It is expressed by many cell types including epithelial cells, endothelial cells and leukocytes. The human Basidin protein contains 269 amino acids that form two heavily glycosylated C2-type immunoglobulin-like domains in the N-terminal extracellular portion. A second form of Basidin has also been characterized that contains an additional immunoglobulin-like domain in its extracellular portion. Its amino acid sequence is shown in SEQ ID NO:30.

ミトコンドリアのシトクロムcオキシダーゼサブユニット7A関連タンパク質、すなわちC
ox7rは、ヒトにおいてCOX7A2L遺伝子によってコードされる酵素である。ミトコンドリア
のシトクロムcオキシダーゼサブユニット7A関連タンパク質は、シトクロムcオキシダーゼ
(COX)の成分であり、それは、ミトコンドリア呼吸鎖の末端成分であり、かつ還元型シト
クロムcから酸素への電子伝達を触媒する。そのアミノ酸配列を、配列番号:31に示す。
Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 7A-associated protein, namely C
ox7r is an enzyme encoded by the COX7A2L gene in humans. The mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 7A-related protein is the cytochrome c oxidase
(COX), which is the terminal component of the mitochondrial respiratory chain and catalyzes electron transfer from reduced cytochrome c to oxygen. Its amino acid sequence is shown in SEQ ID NO:31.

上記したような、表5から選択されるバイオマーカーに関する実施態様は、本発明の第3
の態様の他の実施態様の全て、及び表5から選択されるバイオマーカーが関与する本発明
の他の態様の全てに等しく適用可能である。
Embodiments relating to biomarkers selected from Table 5, as described above, are described in the third aspect of the invention.
and all other aspects of the invention involving biomarkers selected from Table 5 are equally applicable.

一実施態様において、バイオマーカーのパネルは、表5から選択される少なくとも1つの
バイオマーカー、及びタウ又はその1以上の断片から選択される少なくとも1つのバイオマ
ーカーであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
む、前記少なくとも1つのバイオマーカーを含み;ここで、タウ上の該リン酸化アミノ酸
が、T181である場合に、該パネルは、少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸を有するタ
ウ又はその1以上の断片を含む。
In one embodiment, the panel of biomarkers is at least one biomarker selected from Table 5 and at least one biomarker selected from tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
said at least one biomarker comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; wherein said phosphorylated amino acid on tau is T181 In some cases, the panel comprises tau or one or more fragments thereof with at least one more phosphorylated amino acid.

好ましくは、該パネルは、群A、B、C、又はDから選択される1つのバイオマーカーも含
む。より好ましくは、群A、B、C、又はDから選択されるバイオマーカーは:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片;又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片である。
Preferably, said panel also comprises one biomarker selected from groups A, B, C or D. More preferably, the biomarkers selected from groups A, B, C or D are:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or fragments; or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant or fragment thereof.

表5に列挙したバイオマーカーは、ADの病態に関連性があることが知られている特定の
経路に属していることもある。それらを、以下で特定のGO用語(https://geneontology.org
/)に従い表6~表13に例示されているもののような特定のリストにさらにグループ分けし
てもよい。
The biomarkers listed in Table 5 may belong to specific pathways known to be relevant in AD pathology. They are referred to below as specific GO terms (https://geneontology.org
/) may be further grouped into specific lists such as those illustrated in Tables 6-13.

データを解析するために用いたGO用語の1つは、「Synap*」という用語であった。表5
のうちでこの特定の経路の一部として登録されるバイオマーカーを、表6に示す。
One of the GO terms used to analyze the data was the term "Synap*". Table 5
Biomarkers registered as part of this particular pathway among are shown in Table 6.

一実施態様において、本発明によるバイオマーカーのパネルは、表6から選択される1以
上、好ましくは2以上のバイオマーカーを含む。
In one embodiment, the panel of biomarkers according to the invention comprises one or more, preferably two or more biomarkers selected from Table 6.

表6:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Synap*」を有するタン
パク質

Figure 0007241104000022
Table 6: Proteins with the GO term "Synap*" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000022

一実施態様において、バイオマーカーのパネルは、表6から選択される少なくとも1つの
バイオマーカー、及びタウ又はその1以上の断片から選択される少なくとも1つのバイオマ
ーカーであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
む、前記少なくとも1つのバイオマーカーを含み;ここで、タウ上の該リン酸化アミノ酸
が、T181である場合に、該パネルは、少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸を有するタ
ウ又はその1以上の断片を含む。
In one embodiment, the panel of biomarkers is at least one biomarker selected from Table 6 and at least one biomarker selected from tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
said at least one biomarker comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; wherein said phosphorylated amino acid on tau is T181 In some cases, the panel comprises tau or one or more fragments thereof with at least one more phosphorylated amino acid.

好ましくは、該パネルは、群A、B、C、又はDから選択される1つのバイオマーカーも含
む。より好ましくは、群A、B、C、又はDから選択されるバイオマーカーは:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片であるか;又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片である。
Preferably, said panel also comprises one biomarker selected from groups A, B, C or D. More preferably, the biomarkers selected from groups A, B, C or D are:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or is a fragment; or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant or fragment thereof.

データを解析するために用いた別のGO用語は、「Phosporyl*」という用語であった。
表5のうちでこの特定の経路の一部として登録されるバイオマーカーを表7に示す。
Another GO term used to analyze the data was the term "Phosporyl*".
Biomarkers registered as part of this particular pathway in Table 5 are shown in Table 7.

別の実施態様において、本発明によるバイオマーカーのパネルは、表7から選択される1
以上、好ましくは2以上のバイオマーカーを含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers according to the invention is selected from Table 7.
More, preferably two or more biomarkers are included.

表7:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Phosporyl*」を有する
タンパク質

Figure 0007241104000023
Table 7: Proteins with the GO term "Phosporyl*" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000023

一実施態様において、バイオマーカーのパネルは、表7から選択される少なくとも1つの
バイオマーカー、及びタウ又はその1以上の断片から選択される少なくとも1つのバイオマ
ーカーであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
む、前記少なくとも1つのバイオマーカーを含み;ここで、タウ上の該リン酸化アミノ酸
が、T181である場合に、該パネルは、少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸を有するタ
ウ又はその1以上の断片を含む。
In one embodiment, the panel of biomarkers is at least one biomarker selected from Table 7 and at least one biomarker selected from tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
said at least one biomarker comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; wherein said phosphorylated amino acid on tau is T181 In some cases, the panel comprises tau or one or more fragments thereof with at least one more phosphorylated amino acid.

好ましくは、該パネルは、群A、B、C、又はDから選択される1つのバイオマーカーも含
む。より好ましくは、群A、B、C、又はDから選択されるバイオマーカーは:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片であるか;又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片である。
Preferably, said panel also comprises one biomarker selected from groups A, B, C or D. More preferably, the biomarkers selected from groups A, B, C or D are:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or is a fragment; or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant or fragment thereof.

データを解析するために用いた別のGO用語は、「Stress」という用語であった。表5の
うちでこの特定の経路の一部として登録されるバイオマーカーを表8に示す。
Another GO term used to analyze the data was the term "Stress". Biomarkers registered as part of this particular pathway in Table 5 are shown in Table 8.

別の実施態様において、本発明によるバイオマーカーのパネルは、表8から選択される1
以上、好ましくは2以上のバイオマーカーを含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers according to the invention is selected from Table 8.
More, preferably two or more biomarkers are included.

表8:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Stress」を有するタン
パク質

Figure 0007241104000024
Table 8: Proteins with the GO term "Stress" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000024

さらに別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、表8から選択される少なく
とも1つのバイオマーカー、及びタウ又はその1以上の断片から選択される少なくとも1つ
のバイオマーカーであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
む、前記少なくとも1つのバイオマーカーを含み;ここで、タウ上の該リン酸化アミノ酸
が、T181である場合に、該パネルは、少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸を有するタ
ウ又はその1以上の断片を含む。
In yet another embodiment, the panel of biomarkers is at least one biomarker selected from Table 8 and at least one biomarker selected from tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
said at least one biomarker comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; wherein said phosphorylated amino acid on tau is T181 In some cases, the panel comprises tau or one or more fragments thereof with at least one more phosphorylated amino acid.

好ましくは、該パネルは、群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカーも
含む。より好ましくは、群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカーは:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片であるか;又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片である。
Preferably, said panel also comprises one or more biomarkers selected from groups A, B, C or D. More preferably, one or more biomarkers selected from groups A, B, C or D are:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or is a fragment; or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant or fragment thereof.

データを解析するために用いた別のGO用語は、「Calcium」という用語であった。表5の
うちでこの特定の経路の一部として登録されるバイオマーカーを表9に示す。
Another GO term used to analyze the data was the term "Calcium". Biomarkers enrolled as part of this particular pathway in Table 5 are shown in Table 9.

別の実施態様において、本発明によるバイオマーカーのパネルは、表9から選択される1
以上、好ましくは2以上のバイオマーカーを含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers according to the invention is selected from Table 9.
More, preferably two or more biomarkers are included.

表9:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Calcium」を有するタン
パク質

Figure 0007241104000025
Table 9: Proteins with the GO term "Calcium" found to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000025

別の実施態様の1つにおいて、バイオマーカーのパネルは、表9から選択される少なくと
も1つのバイオマーカー、及びタウ又はその1以上の断片から選択される少なくとも1つの
バイオマーカーであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
む、前記少なくとも1つのバイオマーカーを含み;ここで、タウ上の該リン酸化アミノ酸
が、T181である場合に、該パネルは、少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸を有するタ
ウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers is at least one biomarker selected from Table 9 and at least one biomarker selected from tau or one or more fragments thereof, wherein tau is :
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
said at least one biomarker comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; wherein said phosphorylated amino acid on tau is T181 In some cases, the panel comprises tau or one or more fragments thereof with at least one more phosphorylated amino acid.

好ましくは、該パネルは、群A、B、C、又はDから選択される1つのバイオマーカーも含
む。より好ましくは、群A、B、C、又はDから選択されるバイオマーカーは:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片であるか;又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片である。
Preferably, said panel also comprises one biomarker selected from groups A, B, C or D. More preferably, the biomarkers selected from groups A, B, C or D are:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or is a fragment; or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant or fragment thereof.

データを解析するために用いた別のGO用語は、「Cytoskelet*」という用語であった。
表5のうちでこの特定の経路の一部として登録されるバイオマーカーを表10に示す。
Another GO term used to analyze the data was the term "Cytoskelet*".
The biomarkers registered as part of this particular pathway in Table 5 are shown in Table 10.

別の実施態様において、本発明によるバイオマーカーのパネルは、表10から選択される
1以上、好ましくは2以上のバイオマーカーを含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers according to the invention is selected from Table 10
It contains one or more, preferably two or more biomarkers.

表10:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Cytoskelet*」を有す
るタンパク質

Figure 0007241104000026
Table 10: Proteins with the GO term "Cytoskelet*" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000026

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、表10から選択される少なくとも1
つのバイオマーカー、及びタウ又はその1以上の断片から選択される少なくとも1つのバイ
オマーカーであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
む、前記少なくとも1つのバイオマーカーを含み;ここで、タウ上の該リン酸化アミノ酸
が、T181である場合に、該パネルは、少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸を有するタ
ウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers comprises at least one selected from Table 10
and at least one biomarker selected from tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
said at least one biomarker comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; wherein said phosphorylated amino acid on tau is T181 In some cases, the panel comprises tau or one or more fragments thereof with at least one more phosphorylated amino acid.

好ましくは、該パネルは、群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカーも
含む。より好ましくは、群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカーは:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片であるか;又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片である。
Preferably, said panel also comprises one or more biomarkers selected from groups A, B, C or D. More preferably, one or more biomarkers selected from groups A, B, C or D are:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or is a fragment; or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant or fragment thereof.

データを解析するために用いたさらに別のGO用語は、「Mitochondri*」という用語で
あった。表5のうちでこの特定の経路の一部として登録されるバイオマーカーを表11に示
す。
Yet another GO term used to analyze the data was the term "Mitochondri*". Biomarkers enrolled as part of this particular pathway in Table 5 are shown in Table 11.

別の実施態様において、本発明によるバイオマーカーのパネルは、表11から選択される
1以上、好ましくは2以上のバイオマーカーを含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers according to the invention is selected from Table 11
It contains one or more, preferably two or more biomarkers.

表11:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Mitochondri*」を有
するタンパク質

Figure 0007241104000027
Figure 0007241104000028
Figure 0007241104000029
Table 11: Proteins with the GO term "Mitochondri*" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000027
Figure 0007241104000028
Figure 0007241104000029

別の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、表11から選択される少なくとも1
つのバイオマーカー、及びタウ又はその1以上の断片から選択される少なくとも1つのバイ
オマーカーであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
む、前記少なくとも1つのバイオマーカーを含み;ここで、タウ上の該リン酸化アミノ酸
が、T181である場合に、該パネルは、少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸を有するタ
ウ又はその1以上の断片を含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers comprises at least one selected from Table 11
and at least one biomarker selected from tau or one or more fragments thereof, wherein tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
said at least one biomarker comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; wherein said phosphorylated amino acid on tau is T181 In some cases, the panel comprises tau or one or more fragments thereof with at least one more phosphorylated amino acid.

好ましくは、該パネルは、群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカーも
含む。より好ましくは、群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカーは:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片であるか;又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片である。
Preferably, said panel also comprises one or more biomarkers selected from groups A, B, C or D. More preferably, one or more biomarkers selected from groups A, B, C or D are:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or is a fragment; or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant or fragment thereof.

表5のバイオマーカーを、GO用語「Vesicle」及び「Insuline」でも解析した。これらの
特定の経路の一部として登録されるものを、表12及び表13にそれぞれ示す。
The biomarkers in Table 5 were also analyzed with the GO terms "Vesicle" and "Insuline". Those registered as part of these particular routes are shown in Tables 12 and 13, respectively.

別の実施態様において、本発明によるバイオマーカーのパネルは、表12又は表13から選
択される1以上、好ましくは2以上のバイオマーカーを含む。
In another embodiment, the panel of biomarkers according to the invention comprises one or more, preferably two or more biomarkers selected from Table 12 or Table 13.

表12:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Vesicle」を有するタ
ンパク質

Figure 0007241104000030
Table 12: Proteins with the GO term "Vesicle" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000030

表13:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Insulin」を有するタ
ンパク質

Figure 0007241104000031
Table 13: Proteins with the GO term "Insulin" found to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000031

他の実施態様において、バイオマーカーのパネルは、表12又は表13から選択される少な
くとも1つのバイオマーカー、及びタウ又はその1以上の断片から選択される少なくとも1
つのバイオマーカーであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
む、前記少なくとも1つのバイオマーカーを含み;ここで、タウ上の該リン酸化アミノ酸
が、T181である場合に、該パネルは、少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸を有するタ
ウ又はその1以上の断片を含む。
In other embodiments, the panel of biomarkers comprises at least one biomarker selected from Table 12 or Table 13 and at least one biomarker selected from tau or one or more fragments thereof.
Two biomarkers, tau:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
said at least one biomarker comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; wherein said phosphorylated amino acid on tau is T181 In some cases, the panel comprises tau or one or more fragments thereof with at least one more phosphorylated amino acid.

好ましくは、該パネルは、群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカーも
含む。より好ましくは、群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカーは:
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファタ
ーゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、
もしくは断片であるか;又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片である。
Preferably, said panel also comprises one or more biomarkers selected from groups A, B, C or D. More preferably, one or more biomarkers selected from groups A, B, C or D are:
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof;
or is a fragment; or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or variant or fragment thereof.

各々のタンパク質の全ての非修飾ペプチドを、3つの対照及び3つのAD症例についてまと
めた。その後、各々のタンパク質のlog2比及びp値を算出した。2以上のペプチド、>60%
調節、及びp<0.05であるタンパク質を、シナプス機能障害(表6)、調節不全のリン酸化(表
7)、酸化ストレス(表8)、調節不全のカルシウムシグナル伝達(表9)、調節不全の細胞骨格
(表10)、ミトコンドリア損傷(表11)、異常なベシクル機能(表12)、及び機能障害性インス
リンシグナル伝達(表13)のバイオマーカーとして選択した。
All unmodified peptides for each protein were summarized for 3 controls and 3 AD cases. The log2 ratio and p-value for each protein were then calculated. >2 peptides, >60%
Regulation and proteins with p<0.05 were associated with synaptic dysfunction (Table 6), dysregulated phosphorylation (Table
7), oxidative stress (Table 8), dysregulated calcium signaling (Table 9), dysregulated cytoskeleton
(Table 10), mitochondrial damage (Table 11), abnormal vesicle function (Table 12), and dysfunctional insulin signaling (Table 13).

本明細書に記載されるバイオマーカーのパネルは、タウ毒性を特徴とする神経認知疾患
、例えば、タウオパチー、及び特にアルツハイマー病などの神経認知障害を診断するため
、該神経認知障害をステージ分類するため、該神経認知障害を発症する可能性を評価する
ため、及び該神経認知障害を治療するための薬物への応答を評価するために有用である。
このような方法のいずれかにおけるこれら本発明によるバイオマーカーのパネルの使用に
は、かなりの利点がある。
The panels of biomarkers described herein are useful for diagnosing, staging neurocognitive disorders characterized by tau toxicity, e.g. , for assessing the likelihood of developing said neurocognitive disorder and for assessing response to drugs for treating said neurocognitive disorder.
The use of these panels of biomarkers according to the invention in any such method has considerable advantages.

第一に、本発明によるバイオマーカーは、タウ毒性及び結果として脳において生じる経
路の変化の、末梢組織、例えばCSF及び血液における末梢シグナルへの翻訳を表す。従っ
て、これらは、組織試験を末梢液試験で置き換えることを可能とする。特に、神経認知障
害において主に影響される組織が、脳組織であるために、このことは、大きな利点となる
。脳生検(brain biopsy)は、死後でない限り行われない。
First, the biomarkers according to the invention represent the translation of tau toxicity and the resulting pathway alterations that occur in the brain into peripheral signals in peripheral tissues such as CSF and blood. They therefore make it possible to replace the tissue test with a peripheral fluid test. This is of great advantage, especially since the tissue that is primarily affected in neurocognitive disorders is brain tissue. A brain biopsy is not performed unless after death.

第二に、本発明によるバイオマーカーは、タウ毒性を特徴とする神経認知障害、例えば
、アルツハイマー病の特定のステージを説明することができるものとして選択されている
。また、現在のところ、疾患の進行をある程度表すものの、疾患のステージに関しては正
確ではない可能性があり、従って、特定のステージのために開発及び承認されている療法
を選択することを特に難しくする一連の心理測定的試験を介して、ADのような神経認知疾
患の進行を臨床医は評価しているために、このことは大きな利点となる。
Second, the biomarkers according to the invention are selected as being able to describe certain stages of neurocognitive disorders characterized by tau toxicity, eg Alzheimer's disease. Also, while currently somewhat representative of disease progression, it may not be accurate with respect to the stage of the disease, thus making it particularly difficult to select therapies that are being developed and approved for a particular stage. This is of great advantage as clinicians assess the progression of neurocognitive disorders such as AD through a series of psychometric tests.

第三に、これらのバイオマーカーは、典型的には文献で報告されているものでも臨床の
現場でタウオパチーのバイオマーカーとして現在用いられているものでもないタンパク質
をさらに含んでおり、従って、タウ毒性を特徴とする神経認知障害、例えば、ADを有する
対象、及び神経認知障害の症状を呈しているにもかかわらず、ADの初期兆候によって影響
を受けていない対象を、初期段階においてさえも特定しかつ区別するための追加のツール
を、臨床医に提供する。
Third, these biomarkers typically include additional proteins that have not been reported in the literature or currently used as tauopathy biomarkers in the clinical setting, thus tau toxicity. identify subjects with a neurocognitive disorder characterized by, e.g., AD, and subjects who exhibit symptoms of a neurocognitive disorder but are unaffected by early signs of AD, even at an early stage. and provide the clinician with additional tools to differentiate.

従って、本発明は、対象における神経認知障害を診断するための方法であって、該方法
が:
a)該対象から得られる試料を、本明細書において規定されたようなパネルのバイオマーカ
ーについてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該パネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参
照濃度又は量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを
決定すること;
を含み、
該バイオマーカーのパネルが:
I)i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファ
ターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント
、もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、バリアント、もしくは断片
;又は
II)群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカー;又は
III)タウ又はその1以上の断片であって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つ
のリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記タウ又はその1以上の
断片;又は
IV)表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上、任意
に2以上のタンパク質;又は
V) I)、II)、III)、及びIVの組合せ
を含むパネルから選択される、前記方法を提供する。
Accordingly, the invention provides a method for diagnosing a neurocognitive disorder in a subject, the method comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers as defined herein;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether said subject has a neurocognitive impairment by comparing said concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker matter;
including
The panel of biomarkers is:
I) i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, variant or fragment thereof
or
II) one or more biomarkers selected from groups A, B, C, or D; or
III) Tau or one or more fragments thereof, wherein Tau:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel includes at least one said tau or one or more fragments thereof, comprising tau or one or more fragments thereof having oxidized amino acids; or
IV) one or more, optionally two or more, proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof; or
V) providing said method, selected from a panel comprising combinations of I), II), III), and IV.

好ましくは、前記神経認知障害は、タウ毒性を特徴とする;より好ましくは、前記神経
認知障害は、アルツハイマー病、17番染色体に連鎖しパーキンソニズムを伴う前頭側頭型
認知症(FTDP-17)、進行性核上性麻痺(PSP)、ピック病、皮質基底核変性症、多系統萎縮症
(MSA)、鉄蓄積を伴う神経基底変性、1型(ハラーホルデン・スパッツ)、嗜銀顆粒性認知症
、ダウン症候群、石灰化を伴うびまん性神経原線維変化病、ボクサー認知症、ゲルストマ
ン・シュトロイスラー・シャインカー病、筋強直性ジストロフィー、ニーマン・ピック病
C型、進行性皮質下グリオーシス、プリオンタンパク質脳アミロイドアンギオパチー、神
経原線維変化型認知症、脳炎後パーキンソニズム、亜急性硬化性全脳炎、クロイツフェル
ト・ヤコブ病、筋萎縮性側索硬化症/パーキンソン認知症症候群、神経原線維変化/認知症
を伴う非グアム型運動ニューロン疾患、慢性外傷性脳障害、アルファ-シヌクレイン病、
パーキンソン病、又はそれらの組合せの群から選択されるタウオパチーである。
Preferably, said neurocognitive disorder is characterized by tau toxicity; more preferably, said neurocognitive disorder is Alzheimer's disease, frontotemporal dementia linked to chromosome 17 and with parkinsonism (FTDP-17). , progressive supranuclear palsy (PSP), Pick's disease, corticobasal degeneration, multiple system atrophy
(MSA), neurobasal degeneration with iron accumulation, type 1 (Hallerholden spats), argyric granular dementia, Down's syndrome, diffuse neurofibrillary tangles with calcifications, boxer dementia, Gerstmann-Straussler・Scheinker disease, myotonic dystrophy, Niemann-Pick disease
Type C, progressive subcortical gliosis, prion protein brain amyloid angiopathy, neurofibrillary tangle dementia, postencephalitic parkinsonism, subacute sclerosing panencephalitis, Creutzfeldt-Jakob disease, amyotrophic lateral sclerosis/ Parkinson's dementia syndrome, non-Guam motor neuron disease with neurofibrillary tangles/dementia, chronic traumatic brain injury, alpha-synucleinopathy,
Parkinson's disease, or a tauopathy selected from the group of combinations thereof.

さらにより好ましくは、該タウオパチーは、アルツハイマー病である。 Even more preferably, said tauopathy is Alzheimer's disease.

本発明は、対象における神経認知障害をステージ分類するための方法であって:該方法

a)該対象から得られる試料を、本明細書において規定されたパネルのバイオマーカーにつ
いてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該パネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参
照濃度又は量と比較することによって、該対象における該神経認知障害のステージを決定
すること;
を含み、該バイオマーカーのパネルが:
I)i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファ
ターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント
、もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、バリアント、もしくは断片
;又は
II)群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカー;又は
III)タウ又はその1以上の断片であって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つ
のリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記タウ又はその1以上の
断片;又は
IV)表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上、任意
に2以上のタンパク質;又は
V) I)、II)、III)、及びIVの組合せ
を含むパネルから選択される、前記方法も提供する。
The present invention provides a method for staging neurocognitive impairment in a subject, the method comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers as defined herein;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining the stage of neurocognitive impairment in the subject by comparing the concentration or amount of each biomarker of the panel in the sample to a reference concentration or amount of the biomarker;
wherein the panel of biomarkers comprises:
I) i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, variant or fragment thereof
or
II) one or more biomarkers selected from groups A, B, C, or D; or
III) Tau or one or more fragments thereof, wherein Tau:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel includes at least one said tau or one or more fragments thereof, comprising tau or one or more fragments thereof having oxidized amino acids; or
IV) one or more, optionally two or more, proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof; or
V) is selected from a panel comprising combinations of I), II), III), and IV.

好ましくは、本発明によるステージ分類する方法においては、プロテインホスファター
ゼ1レギュラトリーサブユニット14Aのレベルが、神経認知障害の進行したステージにある
対象の試料中で増加し;かつ/又は2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼの
レベルが、神経認知障害の進行したステージにある対象の試料中で増加する。一実施態様
において、神経認知障害のステージ分類が高いほど(すなわちより進行したステージにあ
るほど)、タウ発現及び過剰リン酸化が高い。従って、該ステージは、タウ依存的である
Preferably, in the staging method according to the invention, the level of protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A is increased in a sample of a subject in advanced stage of neurocognitive impairment; - Cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase levels are increased in samples from subjects in advanced stages of neurocognitive impairment. In one embodiment, the higher the staging of neurocognitive impairment (ie, the more advanced stage), the higher the tau expression and hyperphosphorylation. Therefore, the stage is tau dependent.

好ましくは、前記神経認知障害は、タウ毒性を特徴とし、より好ましくは、該神経認知
障害は、アルツハイマー病、17番染色体に連鎖しパーキンソニズムを伴う前頭側頭型認知
症(FTDP-17)、進行性核上性麻痺(PSP)、ピック病、皮質基底核変性症、多系統萎縮症(MSA
)、鉄蓄積を伴う神経基底変性、1型(ハラーホルデン・スパッツ)、嗜銀顆粒性認知症、ダ
ウン症候群、石灰化を伴うびまん性神経原線維変化病、ボクサー認知症、ゲルストマン・
シュトロイスラー・シャインカー病、筋強直性ジストロフィー、ニーマン・ピック病C型
、進行性皮質下グリオーシス、プリオンタンパク質脳アミロイドアンギオパチー、神経原
線維変化型認知症、脳炎後パーキンソニズム、亜急性硬化性全脳炎、クロイツフェルト・
ヤコブ病、筋萎縮性側索硬化症/パーキンソン認知症症候群、神経原線維変化/認知症を伴
う非グアム型運動ニューロン疾患、慢性外傷性脳障害、アルファ-シヌクレイン病、パー
キンソン病、又はそれらの組合せの群から選択されるタウオパチーである、
Preferably, said neurocognitive disorder is characterized by tau toxicity, more preferably said neurocognitive disorder is Alzheimer's disease, frontotemporal dementia linked to chromosome 17 and parkinsonism (FTDP-17), Progressive supranuclear palsy (PSP), Pick's disease, corticobasal degeneration, multiple system atrophy (MSA)
), neurobasal degeneration with iron accumulation, type 1 (Hallerholden spats), argyric granular dementia, Down's syndrome, diffuse neurofibrillary tangles with calcification, boxer dementia, Gerstmann
Streusler-Scheinker disease, myotonic dystrophy, Niemann-Pick disease type C, progressive subcortical gliosis, prion protein brain amyloid angiopathy, neurofibrillary tangle dementia, postencephalitic parkinsonism, subacute sclerosing pancreatitis Encephalitis, Creutzfeldt
Jacob's disease, amyotrophic lateral sclerosis/parkinsonian dementia syndrome, non-Guam motor neuron disease with neurofibrillary tangles/dementia, chronic traumatic brain injury, alpha-synuclein disease, Parkinson's disease, or combinations thereof is a tauopathy selected from the group of

さらにより好ましくは、前記タウオパチーは、アルツハイマー病(AD)であり、かつ前記
ステージ分類は、ADのBraakステージ分類のステージのいずれか1つである。
Even more preferably, said tauopathy is Alzheimer's disease (AD) and said staging is any one of the stages of the Braak staging of AD.

ADのBraakステージ分類は、1991年に初めて記載(Braak, H.らの文献、(1991) Acta Neu
ropathologica 82 (4): 239-59)され:
・神経原線維変化の関与が、主として脳のトランス嗅内領域(transentorhinal region)に
限定されている場合に使用されるステージI及びII;
・海馬などの辺縁系領域の関与も存在する場合のステージIII、及びIV、並びに
・広範な新皮質の関与が存在する場合のステージV及びVI
を含む。
The Braak staging of AD was first described in 1991 (Braak, H. et al. (1991) Acta Neu
ropathologica 82(4):239-59) and:
- Stages I and II used when neurofibrillary tangle involvement is confined primarily to the transentorhinal region of the brain;
Stages III and IV, when there is also involvement of limbic regions such as the hippocampus, and Stages V and VI, when there is extensive neocortical involvement
including.

好ましい一実施態様において、前記神経認知障害がADである場合、配列番号:1のアミノ
酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファターゼ1レギュラトリー
サブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片の濃度
又は量は、AD BraakステージIII又はステージIVのAD患者と比較してAD BraakステージV又
はBraakステージVIのAD患者の試料において増加している。
In a preferred embodiment, protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform or variant thereof, or wherein said neurocognitive disorder is AD; The concentration or amount of the fragment is increased in AD patient samples with AD Braak stage V or Braak stage VI compared to AD patients with AD Braak stage III or IV.

別の好ましい実施態様において、前記神経認知障害がADである場合、配列番号:2のアミ
ノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエ
ステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片の濃度又は量
は、AD BraakステージIII又はステージIVのAD患者と比較して、AD BraakステージV又はBr
aakステージVIのAD患者の試料において増加している。
In another preferred embodiment, a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, or an isoform thereof, when said neurocognitive disorder is AD. , or variant, or fragment concentration or amount compared to AD Braak stage V or Br compared to AD Braak stage III or stage IV AD patients
aak increased in stage VI AD patient samples.

本発明は、対象において神経認知障害を発症する可能性を評価するための方法であって
:
a)該対象から得られる試料を、本明細書において規定されたパネルのバイオマーカーにつ
いてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該バイオマーカーパネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイ
オマーカーの参照濃度又は量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を発症す
る可能性があるかどうかを決定すること;を含み、
前記バイオマーカーのパネルが:
I)i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファ
ターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント
、もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、バリアント、もしくは断片
;又は
II)群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカー;又は
III)タウ又はその1以上の断片であって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つ
のリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記タウ又はその1以上の
断片;又は
IV)表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上、任意
に2以上のタンパク質;又は
V) I)、II)、III)、及びIVの組合せ、を含むパネルから選択される、前記方法も提供する
The present invention is a method for assessing the likelihood of developing a neurocognitive disorder in a subject,
:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers as defined herein;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) by comparing said concentration or amount of each biomarker of said biomarker panel in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker, said subject may develop a neurocognitive disorder determining whether;
said panel of biomarkers:
I) i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, variant or fragment thereof
or
II) one or more biomarkers selected from groups A, B, C, or D; or
III) Tau or one or more fragments thereof, wherein Tau:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel includes at least one said tau or one or more fragments thereof, comprising tau or one or more fragments thereof having oxidized amino acids; or
IV) one or more, optionally two or more, proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof; or
V) A combination of I), II), III), and IV is also provided.

好ましくは、前記神経認知障害は、タウ毒性を特徴とし、より好ましくは、前記神経認
知障害は、アルツハイマー病、17番染色体に連鎖しパーキンソニズムを伴う前頭側頭型認
知症(FTDP-17)、進行性核上性麻痺(PSP)、ピック病、皮質基底核変性症、多系統萎縮症(M
SA)、鉄蓄積を伴う神経基底変性、1型(ハラーホルデン・スパッツ)、嗜銀顆粒性認知症、
ダウン症候群、石灰化を伴うびまん性神経原線維変化病、ボクサー認知症、ゲルストマン
・シュトロイスラー・シャインカー病、筋強直性ジストロフィー、ニーマン・ピック病C
型、進行性皮質下グリオーシス、プリオンタンパク質脳アミロイドアンギオパチー、神経
原線維変化型認知症、脳炎後パーキンソニズム、亜急性硬化性全脳炎、クロイツフェルト
・ヤコブ病、筋萎縮性側索硬化症/パーキンソン認知症症候群、神経原線維変化/認知症を
伴う非グアム型運動ニューロン疾患、慢性外傷性脳障害、アルファ-シヌクレイン病、パ
ーキンソン病、又はそれらの組合せの群から選択されるタウオパチーである。
Preferably, said neurocognitive disorder is characterized by tau toxicity, more preferably said neurocognitive disorder is Alzheimer's disease, frontotemporal dementia linked to chromosome 17 and parkinsonism (FTDP-17), Progressive supranuclear palsy (PSP), Pick's disease, corticobasal degeneration, multiple system atrophy (M
SA), neurobasal degeneration with iron accumulation, type 1 (Hallerholden spats), argyrophilic granular dementia,
Down syndrome, diffuse neurofibrillary tangles with calcification, boxer dementia, Gerstmann-Straussler-Scheinker disease, myotonic dystrophy, Niemann-Pick disease C
type, progressive subcortical gliosis, prion protein brain amyloid angiopathy, neurofibrillary tangle dementia, postencephalitic parkinsonism, subacute sclerosing panencephalitis, Creutzfeldt-Jakob disease, amyotrophic lateral sclerosis/parkinsonism A tauopathy selected from the group of dementia syndrome, non-Guam motor neuron disease with neurofibrillary tangles/dementia, chronic traumatic brain injury, alpha-synuclein disease, Parkinson's disease, or combinations thereof.

さらにより好ましくは、前記タウオパチーは、アルツハイマー病である。 Even more preferably, said tauopathy is Alzheimer's disease.

本発明は、対象における神経認知障害を治療するための方法であって:
a)該対象から得られる試料を、本明細書において規定されたパネルのバイオマーカーにつ
いてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は
量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを決定するこ
と;
d)該神経認知障害を治療するための薬物を、該対象に投与すること;を含み、
前記バイオマーカーのパネルが:
I)i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファ
ターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント
、もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、バリアント、もしくは断片
;又は
II)群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカー;又は
III)タウ又はその1以上の断片であって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つ
のリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記タウ又はその1以上の
断片;又は
IV)表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上、任意
に2以上のタンパク質;又は
V) I)、II)、III)、及びIVの組合せ、を含むパネルから選択される、前記方法も提供する
The present invention is a method for treating neurocognitive disorders in a subject comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers as defined herein;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether the subject has a neurocognitive impairment by comparing the concentration or amount of each biomarker in the sample to a reference concentration or amount of the biomarker;
d) administering to said subject a drug for treating said neurocognitive disorder;
said panel of biomarkers:
I) i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, variant or fragment thereof
or
II) one or more biomarkers selected from groups A, B, C, or D; or
III) Tau or one or more fragments thereof, wherein Tau:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel includes at least one said tau or one or more fragments thereof, comprising tau or one or more fragments thereof having oxidized amino acids; or
IV) one or more, optionally two or more, proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof; or
V) A combination of I), II), III), and IV is also provided.

あるいは、本態様は、対象における神経認知障害の治療における使用のための薬物であ
って、該対象が:
a)該対象から得られる試料を、それらの実施態様を含む本発明の第1、第2、及び第3の態
様のうちのいずれか1つにおいて定義される前記パネルの前記バイオマーカーについてア
ッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は
量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを決定するこ
と;
を含む方法によって選択され、
該バイオマーカーのパネルが:
I)i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファ
ターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント
、もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、バリアント、もしくは断片
;又は
II)群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカー;又は
III)タウ又はその1以上の断片であって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つ
のリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記タウ又はその1以上の
断片;又は
IV)表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上、任意
に2以上のタンパク質;又は
V) I)、II)、III)、及びIVの組合せ
を含むパネルから選択される、前記薬物として、又は、あるいは、対象における神経認知
障害の治療のための薬品の生産のための薬物の使用であって、該対象が:
a)該対象から得られる試料を、それらの実施態様を含む本発明の第1、第2、及び第3の態
様のうちのいずれか1つにおいて定義される前記パネルの前記バイオマーカーについてア
ッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は
量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを決定するこ
と;を含む方法によって選択され、
該バイオマーカーのパネルが:
I)i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファ
ターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント
、もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、バリアント、もしくは断片
;又は
II)群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカー;又は
III)タウ又はその1以上の断片であって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つ
のリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記タウ又はその1以上の
断片;又は
IV)表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上、任意
に2以上のタンパク質;又は
V) I)、II)、III)、及びIVの組合せ
を含むパネルから選択される、前記使用として説明され得る。
Alternatively, this aspect is a drug for use in treating a neurocognitive disorder in a subject, wherein the subject:
a) assaying a sample obtained from said subject for said biomarkers of said panel as defined in any one of the first, second and third aspects of the invention, including those embodiments; matter;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether the subject has a neurocognitive impairment by comparing the concentration or amount of each biomarker in the sample to a reference concentration or amount of the biomarker;
selected by a method including
The panel of biomarkers is:
I) i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, variant or fragment thereof
or
II) one or more biomarkers selected from groups A, B, C, or D; or
III) Tau or one or more fragments thereof, wherein Tau:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel includes at least one said tau or one or more fragments thereof, comprising tau or one or more fragments thereof having oxidized amino acids; or
IV) one or more, optionally two or more, proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof; or
V) Use of a drug as said drug or alternatively for the production of a drug for the treatment of neurocognitive disorders in a subject, selected from a panel comprising combinations of I), II), III) and IV. wherein the subject is:
a) assaying a sample obtained from said subject for said biomarkers of said panel as defined in any one of the first, second and third aspects of the invention, including those embodiments; matter;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether said subject has a neurocognitive impairment by comparing said concentration or amount of each biomarker in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker; selected by way of including,
The panel of biomarkers is:
I) i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, variant or fragment thereof
or
II) one or more biomarkers selected from groups A, B, C, or D; or
III) Tau or one or more fragments thereof, wherein Tau:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel includes at least one said tau or one or more fragments thereof, comprising tau or one or more fragments thereof having oxidized amino acids; or
IV) one or more, optionally two or more, proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof; or
V) may be described as said use being selected from a panel comprising combinations of I), II), III) and IV.

一実施態様において、試料が脳試料である場合、配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又
は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、
又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片;及び/又は配列番号:2のア
ミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジ
エステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片の濃度又は
量は、神経認知障害を治療するための薬物の投与に応答して減少するであろう。
In one embodiment, protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 when the sample is a brain sample;
or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, or variant thereof , or the concentration or amount of the fragment will decrease in response to administration of a drug for treating a neurocognitive disorder.

別の実施態様において、試料がCSFである場合、配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又
は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、
又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片;及び/又は配列番号:2のア
ミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジ
エステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もしくは断片の濃度又は
量は、治療に応答して増加又は減少する。
In another embodiment, protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 when the sample is CSF;
or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, or variant thereof , or fragment concentration or amount increases or decreases in response to treatment.

本発明は、対象における神経認知障害を治療するための薬物に対する応答を評価するた
めの方法であって、該対象が、該薬物で治療されてきたか又は該薬物で治療されており、
該方法が:
a)該対象から得られる試料を、本明細書に記載されるパネルのバイオマーカーについてア
ッセイすること;
b)該試料中で、該バイオマーカーパネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定する
こと;
c)該試料中の該パネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参
照濃度又は量と比較することによって、該アルツハイマー病の治療が成功かどうかを決定
すること、を含み
該バイオマーカーのパネルが:
I)i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファ
ターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント
、もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、バリアント、もしくは断片
;又は
II)群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカー;又は
III)タウ又はその1以上の断片であって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つ
のリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記タウ又はその1以上の
断片;又は
IV)表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上、任意
に2以上のタンパク質;又は
V) I)、II)、III)、及びIVの組合せ
を含むパネルから選択される、前記方法も提供する。
The present invention is a method for assessing response to a drug for treating neurocognitive disorders in a subject, wherein the subject has been or has been treated with the drug,
The method is:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers described herein;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said biomarker panel in said sample;
c) determining whether treatment of said Alzheimer's disease is successful by comparing said concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker. The panel of biomarkers is:
I) i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, variant or fragment thereof
or
II) one or more biomarkers selected from groups A, B, C, or D; or
III) Tau or one or more fragments thereof, wherein Tau:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel includes at least one said tau or one or more fragments thereof, comprising tau or one or more fragments thereof having oxidized amino acids; or
IV) one or more, optionally two or more, proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof; or
V) is selected from a panel comprising combinations of I), II), III), and IV.

好ましくは、本発明のこれら2つの態様における神経認知障害は、タウ毒性を特徴とし
、より好ましくは、前記神経認知障害は、アルツハイマー病、17番染色体に連鎖しパーキ
ンソニズムを伴う前頭側頭型認知症(FTDP-17)、進行性核上性麻痺(PSP)、ピック病、皮質
基底核変性症、多系統萎縮症(MSA)、鉄蓄積を伴う神経基底変性、1型(ハラーホルデン・
スパッツ)、嗜銀顆粒性認知症、ダウン症候群、石灰化を伴うびまん性神経原線維変化病
、ボクサー認知症、ゲルストマン・シュトロイスラー・シャインカー病、筋強直性ジスト
ロフィー、ニーマン・ピック病C型、進行性皮質下グリオーシス、プリオンタンパク質脳
アミロイドアンギオパチー、神経原線維変化型認知症、脳炎後パーキンソニズム、亜急性
硬化性全脳炎、クロイツフェルト・ヤコブ病、筋萎縮性側索硬化症/パーキンソン認知症
症候群、神経原線維変化/認知症を伴う非グアム型運動ニューロン疾患、慢性外傷性脳障
害、アルファ-シヌクレイン病、パーキンソン病、又はそれらの組合せ、の群から選択さ
れるタウオパチーである。
Preferably, the neurocognitive disorder in these two aspects of the invention is characterized by tau toxicity, more preferably, said neurocognitive disorder is Alzheimer's disease, frontotemporal cognition linked to chromosome 17 and associated with parkinsonism. disease (FTDP-17), progressive supranuclear palsy (PSP), Pick's disease, corticobasal degeneration, multiple system atrophy (MSA), neurobasal degeneration with iron accumulation, type 1 (Hallerholden
Spats), arginous granule dementia, Down syndrome, diffuse neurofibrillary tangles with calcification, boxer dementia, Gerstmann-Straussler-Scheinker disease, myotonic dystrophy, Niemann-Pick disease type C, Progressive subcortical gliosis, prion protein brain amyloid angiopathy, dementia with neurofibrillary tangles, postencephalitic parkinsonism, subacute sclerosing panencephalitis, Creutzfeldt-Jakob disease, amyotrophic lateral sclerosis/parkinsonian dementia A tauopathy selected from the group of syndrome, non-Guam motor neuron disease with neurofibrillary tangles/dementia, chronic traumatic brain injury, alpha-synuclein disease, Parkinson's disease, or combinations thereof.

好ましい一実施態様において、前記タウオパチーは、アルツハイマー病である。 In one preferred embodiment, said tauopathy is Alzheimer's disease.

一実施態様において、神経認知障害を治療するための薬物はキナーゼ阻害剤であり;好
ましくは、該キナーゼ阻害剤は、タウキナーゼ阻害剤又はカゼインキナーゼ阻害剤、より
好ましくはカゼインキナーゼ1アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、又はイプシロンから
選択される。
In one embodiment, the drug for treating neurocognitive disorders is a kinase inhibitor; preferably said kinase inhibitor is a tau kinase inhibitor or casein kinase inhibitor, more preferably casein kinase 1 alpha, beta, gamma , delta, or epsilon.

さらにより好ましくは、前記キナーゼ阻害剤は、カゼインキナーゼ1デルタ阻害剤であ
る。カゼインキナーゼ1デルタ阻害剤は、引例として本明細書に組み込まれているWO20120
80727及びWO2012080729に記載されている。
Even more preferably, said kinase inhibitor is a casein kinase 1 delta inhibitor. Casein kinase 1 delta inhibitors are disclosed in WO20120, which is incorporated herein by reference.
80727 and WO2012080729.

カゼインキナーゼ1デルタ阻害剤の例は、5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリ
ジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン(PS110);
2-アミノ-3-[(チオフェン-2-イル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;
2-[3-(ピリジン-4-イル)-1H-ピラゾール-4-イル]-1,3-ベンゾオキサゾール;
2-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド(PS278);
2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド
2-アミノ-3-ベンゾイルインドリジン-1-カルボキサミド;
2-アミノ-1-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]-1H-インドール-3-カルボキサミド;それ
らの組合せ;又はそれらの医薬として許容し得る塩もしくは溶媒和物である。
Examples of casein kinase 1 delta inhibitors are 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine (PS110);
2-amino-3-[(thiophen-2-yl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide;
2-[3-(pyridin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]-1,3-benzoxazole;
2-Amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide (PS278);
2-Methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide
2-Amino-3-benzoylindolizine-1-carboxamide;
2-amino-1-[(4-fluorophenyl)carbonyl]-1H-indole-3-carboxamide; combinations thereof; or pharmaceutically acceptable salts or solvates thereof.

最も好ましいカゼインキナーゼ1デルタ阻害剤は、5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)
-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン(PS110);
2-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド(PS278);
2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;
それらの組合せ;又はそれらの医薬として許容し得る塩もしくは溶媒和物から選択される
The most preferred casein kinase 1 delta inhibitor is 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)
-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine (PS110);
2-Amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide (PS278);
2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide;
combinations thereof; or pharmaceutically acceptable salts or solvates thereof.

好ましくは、本発明による治療の方法における工程d)は、追加の治療薬剤を投与するこ
とをさらに含む。一実施態様において、前記対象は、キナーゼ阻害剤で治療されてきたか
又は治療されており、かつ前記追加の治療薬剤は、メマンチン(例えば、Namenda(登録商
標))、ガランタミン(例えば、Razadyne(登録商標))、リバスチグミン(例えば、Exelon(登
録商標))、ドネペジル(例えば、Aricept(登録商標))、ソラネズマブ、5HT5アンタゴニス
ト、又はそれらの組合せの群から選択される。別の実施態様において、前記対象は、メマ
ンチン(例えば、Namenda(登録商標))、ガランタミン(例えば、Razadyne(登録商標))、リ
バスチグミン(例えば、Exelon(登録商標))、ドネペジル(例えば、Aricept(登録商標))、
ソラネズマブ、5HT5アンタゴニスト、又はそれらの組合せの群から選択される薬剤で治療
されてきたか又は治療されており、かつ前記追加の治療薬剤は、キナーゼ阻害剤、好まし
くはカゼインキナーゼ1デルタ阻害剤、より好ましくは5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イ
ル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン;
2-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;2-メチ
ル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;それら
の組合せ;又はそれらの医薬として許容し得る塩もしくは溶媒和物から選択されるカゼイ
ンキナーゼ阻害剤から選択される。
Preferably step d) in the method of treatment according to the invention further comprises administering an additional therapeutic agent. In one embodiment, the subject has been or has been treated with a kinase inhibitor, and the additional therapeutic agent is memantine (e.g. Namenda®), galantamine (e.g. Razadyne® )), rivastigmine (eg Exelon®), donepezil (eg Aricept®), solanezumab, 5HT5 antagonists, or combinations thereof. In another embodiment, the subject is memantine (e.g. Namenda®), galantamine (e.g. Razadyne®), rivastigmine (e.g. Exelon®), donepezil (e.g. Aricept® trademark)),
has been or has been treated with an agent selected from the group of solanezumab, a 5HT5 antagonist, or a combination thereof, and said additional therapeutic agent is a kinase inhibitor, preferably a casein kinase 1 delta inhibitor, more preferably is 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine;
2-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide; 2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide; combinations thereof; or a casein kinase inhibitor selected from pharmaceutically acceptable salts or solvates thereof.

本発明の一実施態様において、対象における神経認知障害を治療するための薬物に対す
る応答を評価する場合であって、該対象が、該薬物で治療されてきたか、又は治療されて
いる場合:
i)該対象は、メマンチン(例えば、Namenda(登録商標))、ガランタミン(例えば、Razadyne
(登録商標))、リバスチグミン(例えば、Exelon(登録商標))、ドネペジル(例えば、Aricep
t(登録商標))、ソラネズマブ、5HT5アンタゴニスト、又はそれらの組合せの群から選択さ
れる追加の治療薬剤でも治療されてきたか又は治療されており;かつ/又は
ii)工程c)の後に、該方法が、メマンチン(例えば、Namenda(登録商標))、ガランタミン(
例えば、Razadyne(登録商標))、リバスチグミン(例えば、Exelon(登録商標))、ドネペジ
ル(例えば、Aricept(登録商標))、ソラネズマブ、5HT5アンタゴニスト、又はそれらの組
合せの群から選択される追加の治療薬剤を投与することを含む。
In one embodiment of the invention, when assessing response to a drug for treating neurocognitive disorders in a subject, wherein the subject has been or is being treated with the drug:
i) the subject is memantine (e.g. Namenda®), galantamine (e.g. Razadyne)
®), rivastigmine (e.g. Exelon®), donepezil (e.g. Aricep
t®), solanezumab, a 5HT5 antagonist, or a combination thereof; and/or
ii) after step c), the method adds memantine (e.g. Namenda®), galantamine (
Additional therapy selected from the group, e.g., Razadyne®), rivastigmine (e.g., Exelon®), donepezil (e.g., Aricept®), solanezumab, 5HT5 antagonists, or combinations thereof Including administering a drug.

本発明による全ての方法の前記アッセイする工程a)及び/又は前記測定する工程b)は:
i)前記試料を、前記パネルの前記バイオマーカーの各々に対する1以上の結合性物質と接
触させること;又は
ii)前記試料中で前記バイオマーカーの各々に特異的な自己抗体を検出すること;又は
iii)前記試料中で、質量分析により、前記パネルの前記バイオマーカーの各々を、任意に
該試料を1以上のアイソバリックな反応性質量標識で事前に標識して、検出すること;又は
iv)前記試料中で、2Dゲル電気泳動により、前記パネルの前記バイオマーカーの各々を検
出すること;又は
iv) i)、ii)、iii)、もしくはiv)のいずれかの組合せをさらに含んでいてもよい。
Said assaying step a) and/or said measuring step b) of all methods according to the invention are:
i) contacting said sample with one or more binding agents for each of said biomarkers of said panel; or
ii) detecting autoantibodies specific for each of said biomarkers in said sample; or
iii) detecting each of said biomarkers of said panel by mass spectrometry in said sample, optionally pre-labeling said sample with one or more isobaric reactive mass labels; or
iv) detecting each of said biomarkers of said panel by 2D gel electrophoresis in said sample; or
iv) may further comprise any combination of i), ii), iii), or iv).

好ましくは、工程a)における前記アッセイすること及び/又は工程b)における前記測定
することは:
i)前記パネルにおける前記バイオマーカーの1以上の断片を検出すること、及び/又は
ii)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するタウもしくはその1
以上の断片上の1以上のリン酸化アミノ酸を検出することであって;検出されるべきタウ上
の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合、タウ又はその1以上の断片上の少なくともも
う1つのリン酸化アミノ酸が検出される、前記検出すること、を含む。
Preferably, said assaying in step a) and/or said measuring in step b):
i) detecting one or more fragments of said biomarkers in said panel, and/or
ii) Tau comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:29 or 1 thereof
detecting one or more phosphorylated amino acids on the above fragments; if the phosphorylated amino acid on tau to be detected is T181, at least one other phosphorylated amino acid on tau or one or more fragments thereof; said detecting wherein a phosphorylated amino acid is detected.

任意に、前記試料は、固体支持体上に固定化されている。 Optionally, said sample is immobilized on a solid support.

本発明による方法においてアッセイされる試料は、脳脊髄液(CSF)、血液、血漿、血清
、唾液、尿、組織(例えば、脳組織)又はそれらの組合せの群から選択される。
The sample assayed in the method according to the invention is selected from the group of cerebrospinal fluid (CSF), blood, plasma, serum, saliva, urine, tissue (eg brain tissue) or combinations thereof.

好ましくは、前記試料は、CSF又は血液である。 Preferably, said sample is CSF or blood.

診断、評価、又は治療される対象は、ADのもしくは本明細書に記載されるタウオパチー
の動物モデル(例えば、齧歯動物又は霊長類)、又はヒト対象であり得る。好ましくは、診
断、評価、又は治療される対象は、ヒト対象である。
A subject to be diagnosed, evaluated, or treated can be an animal model (eg, rodent or primate) of AD or of a tauopathy described herein, or a human subject. Preferably, the subject being diagnosed, evaluated or treated is a human subject.

(2.キット)
本発明は、試料中で、本発明によるパネルのバイオマーカーをアッセイ及び/又は測定
するための試薬を含むキットも提供する。
(2. Kit)
The invention also provides a kit comprising reagents for assaying and/or measuring the biomarkers of the panel according to the invention in a sample.

好ましくは、キットは、神経認知障害、特にアルツハイマー病を診断すること、ステー
ジ分類すること、及び該障害の治療に対する応答を評価することを可能とする。
Preferably, the kit allows for diagnosing, staging, and assessing response to treatment of a neurocognitive disorder, particularly Alzheimer's disease.

本発明によるキット試薬は、本明細書に記載されるパネルのバイオマーカーに特異的に
結合する1以上の結合性物質を含んでいてもよい。好ましくは、該1以上の結合性物質は、
一次抗体であって、ここで各々の一次抗体は:
i)該パネルの異なるタンパク質、及び/又は
ii)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するタウもしくはその断
片の1以上のリン酸化アミノ酸
に特異的に結合する。
Kit reagents according to the invention may comprise one or more binding agents that specifically bind to a panel of biomarkers described herein. Preferably, the one or more binding substances are
primary antibodies, wherein each primary antibody:
i) different proteins of the panel, and/or
ii) specifically binds to one or more phosphorylated amino acids of tau or a fragment thereof comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:29;

より好ましくは、一次抗体は、プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニッ
ト14Aに対する1以上の抗体、及び/又は2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラ
ーゼに対する1以上の抗体である。他の一次抗体としては、群A、B、C、又はD及び表5~表
13に列記したタンパク質のうちの他のバイオマーカーに対する抗体が挙げられる。
More preferably, the primary antibody is one or more antibodies against protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A and/or one or more antibodies against 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase. Other primary antibodies include groups A, B, C, or D and Tables 5-
Antibodies against other biomarkers among the proteins listed in 13 are included.

一次抗体は、アッセイプレート、ビーズ、マイクロスフェア、又は粒子に固定化されて
いてもよい。任意に、ビーズ、マイクロスフェア、又は粒子は、染色されているか、タグ
化されているか、又は標識されていてもよい。任意に、アッセイプレートは、平面アレイ
又はマイクロタイターマルチウェルプレートである。
Primary antibodies may be immobilized on assay plates, beads, microspheres, or particles. Optionally, the beads, microspheres or particles may be dyed, tagged or labeled. Optionally, the assay plate is a planar array or microtiter multiwell plate.

キットが、パネルのバイオマーカーに対する一次抗体を含む場合、該キットは、該一次
抗体に特異的に結合する1以上の二次抗体をさらに含んでいてもよい。
Where the kit includes a primary antibody against the biomarkers of the panel, the kit may further include one or more secondary antibodies that specifically bind to the primary antibody.

任意に、二次抗体は、標識、例えば、蛍光標識又はタグ化されていてもよい。 Optionally, the secondary antibody may be labeled, eg fluorescently labeled or tagged.

本発明によるキットは、タグ化された二次抗体の存在を検出するための1以上の検出試
薬をさらに含んでいてもよい。
Kits according to the invention may further comprise one or more detection reagents for detecting the presence of the tagged secondary antibody.

試料は、好ましくは、脳脊髄液(CSF)、血液、血漿、血清、唾液、尿、組織(例えば、脳
組織)又はそれらの組合せの群から選択される。
The sample is preferably selected from the group of cerebrospinal fluid (CSF), blood, plasma, serum, saliva, urine, tissue (eg brain tissue) or combinations thereof.

本発明のキットは:
a)対象から得られる試料をパネルのバイオマーカーについてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該タンパク質の各々の該濃度又は量を、該タンパク質の参照濃度又は量と比
較することによって、該対象が、神経認知障害特に、アルツハイマー病を有しているかど
うかを決定すること;
を可能とし、ここで、該バイオマーカーのパネルは:
I)i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファ
ターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント
、もしくは断片;及び/又は
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、バリアント、もしくは断片
;又は
II)群A、B、C、又はDから選択される1以上のバイオマーカー;又は
III)タウ又はその1以上の断片であって:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つ
のリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記タウ又はその1以上の
断片;又は
IV)表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上、任意
に2以上のタンパク質;又は
V) I)、II)、III)、及びIVの組合せ、を含むパネルから選択される。
The kits of the invention are:
a) assaying a sample obtained from a subject for a panel of biomarkers;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether said subject has a neurocognitive disorder, in particular Alzheimer's disease, by comparing said concentration or amount of each of said proteins in said sample to a reference concentration or amount of said protein matter;
wherein the panel of biomarkers is:
I) i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or
ii) a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, variant or fragment thereof
or
II) one or more biomarkers selected from groups A, B, C, or D; or
III) Tau or one or more fragments thereof, wherein:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
one or more, optionally two or more, phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422; when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel includes at least one said tau or one or more fragments thereof, comprising tau or one or more fragments thereof having oxidized amino acids; or
IV) one or more, optionally two or more, proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof; or
V) selected from a panel comprising I), II), III), and combinations of IV.

特に、本発明によるキットは:
i)前記試料を、前記パネルの前記バイオマーカーの各々に対する1以上の結合性物質と接
触させること;又は
ii)前記試料中で前記バイオマーカーの各々に特異的な自己抗体を検出すること;又は
iii)前記試料中で、質量分析により、前記パネルの前記バイオマーカーの各々を、任意に
該試料を1以上のアイソバリックな反応性質量標識で事前に標識して、検出すること;又は
iv)前記試料中で、2Dゲル電気泳動により、前記パネルの前記タンパク質の各々を検出す
ること;又は
iv) i)、ii)、iii)、もしくはiv)のいずれかの組合せ
によって、前記試料をアッセイすること(工程a)と同様に)及び/又は測定すること(工程b)
と同様に)を指示し得る。
In particular, kits according to the invention are:
i) contacting said sample with one or more binding agents for each of said biomarkers of said panel; or
ii) detecting autoantibodies specific for each of said biomarkers in said sample; or
iii) detecting each of said biomarkers of said panel by mass spectrometry in said sample, optionally pre-labeling said sample with one or more isobaric reactive mass labels; or
iv) detecting each of said proteins of said panel by 2D gel electrophoresis in said sample; or
iv) assaying (as in step a) and/or measuring (step b) the sample by any combination of i), ii), iii), or iv)
) can be indicated.

さらに別の実施態様において、キットは、脳組織を調製するのに適した、任意に、ホル
マリン固定パラフィン包埋脳組織切片を調製するのに適した試薬を含んでいてもよい。
In yet another embodiment, the kit may contain reagents suitable for preparing brain tissue, optionally suitable for preparing formalin-fixed, paraffin-embedded brain tissue sections.

キットは、1以上のバイオマーカーの濃度又は量の決定を比較可能である定量的な尺度
を提供する参照をさらに提供し得る。該参照は、神経認知障害、例えば、タウオパチー、
特に、ADの存在、又はそのステージ分類、又はそれを発症する可能性を示すタンパク質量
又は濃度を示し得る。
A kit may further provide a reference that provides a quantitative measure against which determinations of concentrations or amounts of one or more biomarkers can be compared. The reference includes neurocognitive disorders such as tauopathy,
In particular, it may indicate protein amounts or concentrations indicative of the presence of AD, or its staging, or the likelihood of developing it.

キットは、本発明による方法を実施するための印刷された説明書も含み得る。 The kit may also contain printed instructions for carrying out the method according to the invention.

一実施態様において、キットは、質量分析アッセイを実施するためのものであってもよ
く、参照ペプチド(例えば、SRMペプチド)のセットをアッセイ適合性のフォーマットで含
んでいてもよく、ここで、該セット中の各々のペプチドは、i)群A、B、C、又はDのバイオ
マーカーのうちの1以上;ii)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有
するリン酸化されたタウもしくはその1以上の断片;又はiii)表5~表13に列記したタンパ
ク質のうちの1以上をユニークに表すものである。
In one embodiment, the kit may be for performing a mass spectrometry assay and may contain a set of reference peptides (e.g., SRM peptides) in an assay-compatible format, wherein said Each peptide in the set comprises: i) one or more of the group A, B, C, or D biomarkers; ii) a phosphorylated peptide comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:29 tau or one or more fragments thereof; or iii) uniquely representing one or more of the proteins listed in Tables 5-13.

好ましくは、そのようなユニークなペプチドの2以上を、そのためにキットがデザイン
され、かつユニークなペプチドの各々のセットが健常対象の試料中のそのようなバイオマ
ーカーの量又は濃度を反映する既知の量で提供される、各々のバイオマーカーに使用する
Preferably, two or more of such unique peptides are used, for which the kit is designed, and each set of unique peptides is known to reflect the amount or concentration of such biomarkers in samples from healthy subjects. Use for each biomarker provided in quantity.

任意に、キットは、試料からの本発明によるバイオマーカーの単離及び抽出のためのプ
ロトコル及び試薬、トリプシンなどのタンパク質分解酵素の精製調製物、並びにモニタリ
ングされるべきプリカーサー質量及び比遷移の詳細を含む方法の詳細なプロトコルも提供
し得る。ペプチドは合成ペプチドであってもよく、かつ炭素、窒素、酸素、及び/又は水
素の1以上の重同位体を含んでいてもよい。
Optionally, the kit contains protocols and reagents for isolation and extraction of biomarkers according to the invention from samples, purified preparations of proteolytic enzymes such as trypsin, and details of precursor masses and ratio transitions to be monitored. Detailed protocols of the methods involved can also be provided. A peptide may be a synthetic peptide and may contain one or more heavy isotopes of carbon, nitrogen, oxygen, and/or hydrogen.

任意に、本発明のキットは、適当な細胞、容器、成長培地、及びバッファーも含み得る
Optionally, kits of the invention may also include suitable cells, containers, growth media, and buffers.

(3.バイオマーカーの検出及び測定)
本明細書に記載されるバイオマーカーのパネルは、発現が調節される、すなわち、定量
的に増加又は減少するバイオマーカーと、疾患状態と比べて正常状態でもっぱら存在する
か又はもっぱら存在しない、すなわち、定性的に発現されるバイオマーカーの両方を含む
。その発現が疾患状態と比べて正常状態で異なる程度は、標準的な特徴解析技術によって
可視化されるのに十分な大きさであるだけでよい。
(3. Detection and measurement of biomarkers)
The panel of biomarkers described herein includes biomarkers whose expression is regulated, i.e., quantitatively increased or decreased, and biomarkers that are predominantly present or predominantly absent in normal compared to disease states, i.e. , including both qualitatively expressed biomarkers. The degree to which its expression differs in normal compared to disease states need only be large enough to be visualized by standard characterization techniques.

タンパク質の検出及び定量の方法は当技術分野で周知であり、任意の好適な方法を利用
し得る。
Methods of protein detection and quantification are well known in the art and any suitable method may be utilized.

一実施態様において、パネルのバイオマーカーは、そのバイオマーカーに特異的な結合
性物質、例えば、抗体を、例えば、ELISAアッセイ又はウェスタンブロッティングで用い
て検出し得る。
In one embodiment, the biomarkers of the panel can be detected using binding agents, eg, antibodies, specific for the biomarkers, eg, in ELISA assays or Western blotting.

本明細書に記載されるパネル中の個々のバイオマーカーの、リン酸化アミノ酸又は他の
翻訳後修飾を有するアミノ酸を含む1以上のエピトープを特異的に認識する能力がある抗
体の産生に関する方法は、当技術分野において公知である。そのような抗体としては、ポ
リクローナル抗体、モノクローナル抗体(mAb)、ヒト化又はキメラ抗体、単鎖抗体、Fab断
片、F(ab')2断片、Fab発現ライブラリーによって産生される断片、抗イディオタイプ(抗I
d)抗体、及び上記のいずれかのエピトープ結合断片を挙げることができるが、これらに限
定されない。
Methods relating to the production of antibodies capable of specifically recognizing one or more epitopes, including phosphorylated amino acids or amino acids with other post-translational modifications, of individual biomarkers in the panels described herein include: known in the art. Such antibodies include polyclonal antibodies, monoclonal antibodies (mAbs), humanized or chimeric antibodies, single chain antibodies, Fab fragments, F(ab')2 fragments, fragments produced by Fab expression libraries, anti-idiotypes. (Anti-I
d) can include, but is not limited to, antibodies, and epitope-binding fragments of any of the above.

抗体の産生のために、様々な宿主動物をタンパク質又はその部分の注射によって免疫す
ることができる。そのような宿主動物としては、ウサギ、マウス、及びラットを挙げるこ
とができるが、これらに限定されない。リゾレシチン、Pluronicポリオール、ポリアニオ
ン、ペプチド、油乳剤、キーホールリンペットヘモシアミン(keyhole limpet hemocyamin
)、ジニトロフェノール、並びに潜在的に有用なヒトアジュバント、例えば、BCGカルメッ
ト・ゲラン桿菌(BCG bacille Calmette-Fuerin)及びコリネバクテリウム・パルヴム(Cory
nebacterium parvum)などの活性物質を含む、様々なアジュバントを用いて、宿主種に応
じて、免疫学的応答を増大させることができる。
For the production of antibodies, various host animals can be immunized by injection of the protein or portions thereof. Such host animals can include, but are not limited to rabbits, mice, and rats. Lysolecithin, Pluronic polyol, Polyanion, Peptide, Oil emulsion, Keyhole limpet hemocyamin
), dinitrophenols, and potentially useful human adjuvants such as BCG bacille Calmette-Fuerin and Corynebacterium parvum (Cory
Depending on the host species, various adjuvants can be used to increase the immunological response, including active substances such as nebacterium parvum.

ポリクローナル抗体は、抗原、例えば、標的タンパク質、又はその抗原性機能性誘導体
で免疫した動物の血清に由来する不均一な抗体分子集団である。ポリクローナル抗体の産
生のために、宿主動物、例えば、上記のような宿主動物を、同じく上記のようなアジュバ
ントが補充された示差発現タンパク質又は経路タンパク質の注射によって免疫することが
できる。
Polyclonal antibodies are heterogeneous populations of antibody molecules derived from the sera of animals immunized with an antigen, such as a target protein, or an antigenic functional derivative thereof. For the production of polyclonal antibodies, host animals, such as those described above, can be immunized by injection of differentially expressed proteins or pathway proteins supplemented with adjuvants, also as described above.

特定の抗原に対する均一な抗体集団であるモノクローナル抗体は、培養下の継続細胞株
による抗体分子の産生をもたらす任意の技術によって得ることができる。これらには、Ko
hler及びMilsteinのハイブリドーマ技術(1975, Nature 256:495-497;及び米国特許第4,37
6,110号)、ヒトβ細胞ハイブリドーマ技術(Kosborらの文献、1983, Immunology Today 4:
72; Coleらの文献、1983, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80:2026-2030)、並びにEBVハイ
ブリドーマ技術(Coleらの文献、1985、モノクローナル抗体及び癌療法(Monoclonal Antib
odies and Cancer Therapy)、Alan R. Liss社、pp. 77-96)が含まれるが、これらに限定
されない。そのような抗体は、IgG、IgM、IgE、IgA、IgDを含む任意の免疫グロブリンク
ラス及びその任意のサブクラスのものであり得る。本発明のmAbを産生するハイブリドー
マは、インビトロ又はインビボで培養することができる。インビボで高力価のmAbを産生
するので、これが現在好ましい産生方法になっている。
Monoclonal antibodies, which are homogeneous antibody populations directed against a particular antigen, can be obtained by any technique that results in the production of antibody molecules by continuous cell lines in culture. These include Ko
The hybridoma technique of Hler and Milstein (1975, Nature 256:495-497; and US Pat. No. 4,37).
6,110), human β-cell hybridoma technology (Kosbor et al., 1983, Immunology Today 4:
72; Cole et al., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80:2026-2030) and EBV hybridoma technology (Cole et al., 1985, Monoclonal Antibody
Cancer Therapy), Alan R. Liss, pp. 77-96). Such antibodies can be of any immunoglobulin class including IgG, IgM, IgE, IgA, IgD and any subclass thereof. Hybridomas producing mAbs of the invention can be cultured in vitro or in vivo. Producing high titers of mAbs in vivo, this is currently the preferred method of production.

さらに、適当な抗原特異性のマウス抗体分子由来の遺伝子を適当な生物学的活性のヒト
抗体分子由来の遺伝子と一つに結合させることによる「キメラ抗体」の産生のために開発
された技術(Morrisonらの文献、1984, Proc. Natl. Acad. Sci. 81:6851-6855; Neuberge
rらの文献、1984, Nature 312:604-608; Takedaらの文献、1985, Nature 314:452-454)を
使用することができる。キメラ抗体は、異なる部分が異なる動物種に由来する分子、例え
ば、マウスmAbに由来する可変領域及びヒト免疫グロブリン定常領域を有する分子である
In addition, techniques developed for the production of "chimeric antibodies" by joining together genes from mouse antibody molecules of appropriate antigen specificity with genes from human antibody molecules of appropriate biological activity ( Morrison et al., 1984, Proc. Natl. Acad. Sci. 81:6851-6855;
(1984, Nature 312:604-608; Takeda et al., 1985, Nature 314:452-454) can be used. Chimeric antibodies are molecules in which different portions are derived from different animal species, eg, molecules having a variable region derived from a murine mAb and a human immunoglobulin constant region.

あるいは、単鎖抗体の産生について記載されている技術(米国特許第4,946,778号; Bird
の文献、1988, Science 242: 423-426; Hustonらの文献、1988, Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 85:5879-5883;及びWardらの文献、1989, Nature 334:544-546)を、示差発現タンパ
ク質又は経路タンパク質-単鎖抗体を産生するように適合させることができる。単鎖抗体
は、アミノ酸架橋によってFv領域の重鎖断片と軽鎖断片を連結させ、単鎖ポリペプチドを
生じさせることにより形成される。
Alternatively, techniques described for the production of single chain antibodies (U.S. Pat. No. 4,946,778; Bird
1988, Science 242: 423-426; Huston et al., 1988, Proc. Natl. Acad.
USA 85:5879-5883; and Ward et al., 1989, Nature 334:544-546) can be adapted to produce differentially expressed proteins or pathway protein-single chain antibodies. Single chain antibodies are formed by linking the heavy and light chain fragments of the Fv region via an amino acid bridge, resulting in a single chain polypeptide.

特異的エピトープを認識する抗体断片は、公知の技術によって作製することができる。
例えば、そのような断片としては、抗体分子のペプシン消化によって産生することができ
るF(ab')2断片及び該F(ab')2断片のジスルフィド架橋を還元することにより作製すること
ができるFab断片が挙げられるが、これらに限定されない。所望の特異性を有するモノク
ローナルFab断片の迅速かつ容易な同定を可能にするために、別のFab発現ライブラリーを
構築してもよい(Huseらの文献、1989, Science 246:1275-1281)。
Antibody fragments that recognize specific epitopes can be generated by known techniques.
For example, such fragments include F(ab')2 fragments which can be produced by pepsin digestion of the antibody molecule and Fab which can be produced by reducing disulfide bridges of the F(ab')2 fragments. Fragments include, but are not limited to. A separate Fab expression library may be constructed to allow rapid and easy identification of monoclonal Fab fragments with the desired specificity (Huse et al., 1989, Science 246:1275-1281).

本明細書に記載される方法のいくつかの実施態様において、試料は、分析用の固体支持
体上に固定化されていてもよい。パネルの個々のタンパク質に特異的な結合性物質、例え
ば、抗体が、平坦な表面又は微粒子ビーズなどの固体支持体上に固定化され、該パネルの
タンパク質が、固定化された結合性物質、例えば、固定化された抗体によって捕捉される
、抗体サンドイッチ技術を利用してもよい。その後、捕捉されたタンパク質は、シグナル
発生物質(酵素、蛍光タグ、放射性標識など)で直接標識することができるか、又はさらな
る増幅(酵素、フルオロフォア、放射性標識などを含む、標識された二次抗体、ストレプ
トアビジン/ビオチン系)を用いて検出することができる、第二の結合性物質、例えば、二
次抗体を用いて検出される。他の方法としては、試料の一次元又は二次元(2D)ゲル電気泳
動を挙げることができるが、これらに限定されない。そのような方法の後に、ウェスタン
ブロッティングなどの技術を用いる固体表面への転写、及びその後のパネルのタンパク質
に特異的な抗体を用いる検出が続く。
In some embodiments of the methods described herein, the sample may be immobilized on a solid support for analysis. Binding agents, e.g., antibodies, specific for individual proteins of the panel are immobilized on a flat surface or solid support such as microparticle beads, and the proteins of the panel are bound to the immobilized binding agents, e.g. , captured by immobilized antibodies, antibody-sandwich technology may be utilized. The captured proteins can then be directly labeled with signal-generating agents (enzymes, fluorescent tags, radiolabels, etc.) or further amplified (labeled secondary, including enzymes, fluorophores, radiolabels, etc.). Detected using a second binding substance, eg, a secondary antibody, which can be detected using an antibody, streptavidin/biotin system). Other methods can include, but are not limited to, one-dimensional or two-dimensional (2D) gel electrophoresis of the sample. Such methods are followed by transfer to a solid surface using techniques such as Western blotting, and subsequent detection using antibodies specific for the panel of proteins.

他の実施態様において、パネルのバイオマーカーに対する自己抗体は、健常対象、ADの
患者又は代表者由来の試料を用いる上記のウェスタンブロッティング法を使用し、その後
、試料中に存在するが、健常対象に存在しないバイオマーカーに特異的な自己抗体の存在
を検出することにより、検出することができる。
In other embodiments, autoantibodies to the biomarkers of the panel are present in the samples, but not in healthy subjects, using the Western blotting method described above with samples from healthy subjects, patients with AD, or representatives thereof. Detection can be achieved by detecting the presence of autoantibodies specific for the absent biomarker.

抗体ではない結合性物質の例は、アプタマーである。アプタマーの例としては、核酸ア
プタマー及びペプチドアプタマーが挙げられる。
An example of a binding agent that is not an antibody is an aptamer. Examples of aptamers include nucleic acid aptamers and peptide aptamers.

あるいは、パネルのバイオマーカーは、とりわけ、2Dゲル電気泳動の銀染色、又はLS/M
S/MS、MALDI-TOF、SELDI-TOF、及びTMT-SRMを含む質量分析技術によって検出することが
できる。
Alternatively, the biomarkers of the panel are silver staining of 2D gel electrophoresis, or LS/M, among others.
It can be detected by mass spectrometric techniques including S/MS, MALDI-TOF, SELDI-TOF, and TMT-SRM.

発現の差を可視化し得る他のそのような標準的な特徴解析技術は当業者に周知である。
これらには、クロマトグラフィーによる画分の連続的な分離及びピークの比較、キャピラ
リー電気泳動、マイクロチップ上でのものを含むマイクロチャネルネットワークを用いた
分離、SELDI解析、並びにqPST解析が含まれる。
Other such standard characterization techniques that can visualize expression differences are well known to those of skill in the art.
These include serial separation of fractions by chromatography and comparison of peaks, capillary electrophoresis, separation using microchannel networks including on microchips, SELDI analysis, and qPST analysis.

クロマトグラフィーによる分離は、クロマトグラムが分離の時間に対する280nmでの光
の吸光度のプロットの形で得られる、文献に記載されているような高速液体クロマトグラ
フィーによって実施することができる。次に、不完全に分解されたピークを生じる材料を
、再度クロマトグラフィーにかけるなどする。
Chromatographic separation can be performed by high performance liquid chromatography as described in the literature, in which a chromatogram is obtained in the form of a plot of light absorbance at 280 nm versus time of separation. Material that yields incompletely resolved peaks is then rechromatographed, and so forth.

キャピラリー電気泳動も採用し得る。この技術は、小さいキャピラリーチューブに含ま
れる試料にわたって電位を印加することに依存する。このチューブは、電荷を帯びた表面
、例えば、負の電荷を帯びたケイ酸塩ガラスを有する。反対の電荷を帯びたイオン(この
場合、陽イオン)は表面に引き付けられ、その後、表面と同じ極性の適当な電極(この場合
、カソード)に移動する。この試料の電気浸透流(EOF)中では、陽イオンが最も速く移動し
、電荷を帯びていない材料及び負の電荷を帯びたイオンがそれに続く。したがって、タン
パク質は、本質的には、その電荷に従って分離される。
Capillary electrophoresis may also be employed. This technique relies on applying an electrical potential across a sample contained in a small capillary tube. The tube has a charged surface, eg negatively charged silicate glass. Oppositely charged ions (positive ions in this case) are attracted to the surface and then migrate to a suitable electrode of the same polarity as the surface (cathode in this case). In the electroosmotic flow (EOF) of this sample, positive ions move fastest, followed by uncharged material and negatively charged ions. Thus, proteins are essentially separated according to their charge.

マイクロチャネルネットワークは、キャピラリーと同様に機能し、ポリマー材料のフォ
トアブレーションによって形成することができる。この技術では、UVレーザーを用いて、
好適なUV吸収特性を有するポリマー、例えば、ポリエチレンテレフタレート又はポリカー
ボネートに一気に照射される高エネルギー光パルスを発生させる。入射光子は、限定され
た空間を有する化学結合を破壊し、内圧の上昇、小爆発、及びアブレーションされた材料
の排出をもたらし、マイクロチャネルを形成する空隙を後に残す。マイクロチャネル材料
は、キャピラリー電気泳動の場合と同様に、EOFに基づく分離を達成する。これは、各々
のチップが、それ自体の試料インジェクター、分離カラム、及び電気化学的検出器を有す
る、マイクロチップの形態に適応可能である。
Microchannel networks function similarly to capillaries and can be formed by photoablation of polymeric materials. This technology uses a UV laser to
A high-energy light pulse is generated that bursts onto a polymer with suitable UV absorption properties, such as polyethylene terephthalate or polycarbonate. Incident photons break chemical bonds with confined spaces, resulting in increased internal pressure, small explosions, and ejection of ablated material, leaving behind voids that form microchannels. Microchannel materials achieve separations based on EOF, as in capillary electrophoresis. This is adaptable to a microchip format where each chip has its own sample injector, separation column and electrochemical detector.

ProteinChip技術と組み合わせた表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析(SE
LDI-TOF-MS)も、迅速でかつ感度の高いバイオマーカープロファイリング手段を提供する
ことができ、2Dゲル電気泳動に代わるものとして補足的に使用される。ProteinChipシス
テムは、タンパク質試料をチップの表面化学(例えば、アニオン性、カチオン性、疎水性
、親水性など)に基づいて選択的に結合させることができるアルミニウムチップからなる
。結合したバイオマーカーは、その後、モル濃度過剰の小さいエネルギー吸収性分子とと
もに共結晶化される。チップは、その後、N2 320nm UVレーザーの高強度短パルスによっ
て分析され、タンパク質の分離及び検出が飛行時間型質量分析によって行われる。実験に
おける各々の群のスペクトルプロファイルを比較し、対象となる任意のピークを下記のよ
うな技術を用いてさらに分析して、パネルのタンパク質の同一性を確認することができる
Surface-enhanced laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (SE) combined with ProteinChip technology
LDI-TOF-MS) can also provide a rapid and sensitive means of biomarker profiling and is used as a complementary alternative to 2D gel electrophoresis. The ProteinChip system consists of an aluminum chip that allows protein samples to be selectively bound based on the chip's surface chemistry (eg, anionic, cationic, hydrophobic, hydrophilic, etc.). Bound biomarkers are then co-crystallized with a molar excess of small energy-absorbing molecules. The chip is then analyzed by high intensity short pulses of a N2 320nm UV laser and protein separation and detection is performed by time-of-flight mass spectrometry. The spectral profiles of each group in the experiment are compared and any peaks of interest can be further analyzed using techniques such as those described below to confirm the identity of the proteins in the panel.

アイソトピック又はアイソバリックTandem Mass Tags(登録商標)(TMT(登録商標))(Ther
mo Scientific, Rockford, USA)技術を用いて、本明細書に記載されるパネルのタンパク
質を検出することもできる。簡潔に説明すると、比較用の試料中のタンパク質を任意に消
化し、安定同位体タグで標識し、質量分析によって定量する。このように、異なる試料中
の等価なタンパク質の発現を、そのそれぞれの同位体ピークの強度又はタンデム質量分析
実験における断片化の間にTMT(登録商標)試薬から遊離したレポーターイオンの強度を比
較することにより直接比較することができる。
Isotopic or isobaric Tandem Mass Tags® (TMT®) (Ther
Mo Scientific, Rockford, USA) technology can also be used to detect the proteins of the panel described herein. Briefly, proteins in samples for comparison are optionally digested, labeled with stable isotope tags, and quantified by mass spectrometry. Thus, equivalent protein expression in different samples is compared to the intensity of its respective isotope peak or reporter ion liberated from the TMT® reagent during fragmentation in a tandem mass spectrometry experiment. can be compared directly.

本明細書に記載されるパネルのタンパク質の検出の前に、最も多く存在するタンパク質
を試料から取り除く除去工程があってもよい。血清/血漿のタンパク質組成の大部分は、
ごくわずかの種類のタンパク質からなる。例えば、35~50mg/mlの濃度で存在するアルブ
ミンは、全タンパク質含有量の約54%に相当し、IgGは、他の16%を上乗せする。対照的
に、疾患に応答して、例えば、組織漏出の結果として変化するタンパク質は、10ng/mlで
循環し得る。タンパク質濃度のこの非常に広いダイナミックレンジは、分析上の大きな課
題となっており、この問題を克服するために、複数の親和性除去カラムを用いて、最も大
量に存在するタンパク質(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10種、又はそれよ
り多くの大量に存在するタンパク質)を除去することができる。より多くの出発材料を使
用することができ、かつ大量に存在する分子からの干渉がより少ないので、これは、より
少ない存在量範囲の変化の検出を可能にする。そのような除去戦略を任意の検出法の前に
適用することができる。
Detection of the proteins of the panel described herein may be preceded by a depletion step to remove the most abundant proteins from the sample. Most of the protein composition of serum/plasma is
Consists of a small number of proteins. For example, albumin, present at a concentration of 35-50 mg/ml, represents approximately 54% of the total protein content, with IgG adding another 16%. In contrast, proteins that change in response to disease, eg, as a result of tissue leakage, can circulate at 10 ng/ml. This very wide dynamic range of protein concentrations presents a major analytical challenge and to overcome this problem, multiple affinity removal columns have been used to isolate the most abundant proteins (e.g., 2, 2, 3). 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 or more abundant proteins) can be removed. This allows detection of changes in smaller abundance ranges, as more starting material can be used and there is less interference from molecules present in abundance. Such removal strategies can be applied prior to any detection method.

(4.実施例)
これから、本発明の特定の態様及び実施態様を、例として、図面及び上記の表を参照し
て、説明することとする。本明細書中に言及される文書は全て、あらゆる目的のために引
用により完全に本明細書中に組み込まれている。
(4. Example)
Certain aspects and embodiments of the invention will now be described, by way of example, with reference to the drawings and the table above. All documents referred to herein are fully incorporated herein by reference for all purposes.

試料調製用の試薬は全て、明記しない限り、Sigma Aldrich(登録商標)(Dorset, UK)か
ら購入した。Tandem Mass Tags(登録商標)(Thermo Scientific(登録商標));アセトニトリ
ル(Fisher Scientific(登録商標), Loughborough, UK);トリプシン(Roche Diagnostics(
登録商標), West Sussex, UK)。
All reagents for sample preparation were purchased from Sigma Aldrich® (Dorset, UK) unless otherwise stated. Tandem Mass Tags® (Thermo Scientific®); acetonitrile (Fisher Scientific®, Loughborough, UK); trypsin (Roche Diagnostics (Roche Diagnostics);
Trademark), West Sussex, UK).

(4.1 脳における神経原線維変化病態と相関しているタンパク質(Braakステージ分類))
(試料調製)
下側頭皮質試料からの9つの凍結組織試料を、より大きな凍結組織切片から切断した。
試料は、神経原線維変化(NFT)病態(=Braakステージ分類)に従い選択され、従って、AD関
連NFT病態の全ての段階を表す。
4.1 Proteins Correlated with Neurofibrillary Tangle Pathology in the Brain (Braak Staging)
(sample preparation)
Nine frozen tissue samples from inferior temporal cortex samples were cut from larger frozen tissue sections.
The samples were selected according to neurofibrillary tangle (NFT) pathology (=Braak staging) and thus represent all stages of AD-related NFT pathology.

試験群は、Braakステージ0、I、及びIIの各々について1試料、BraakステージIIIについ
て1試料、BraakステージIVが2試料、BraakステージVについて1試料、及びBraakステージ6
がさらに2試料を含んでいた。
The study groups consisted of 1 sample each for Braak stages 0, I, and II, 1 sample for Braak stage III, 2 samples for Braak stage IV, 1 sample for Braak stage V, and Braak stage 6.
contained two more samples.

試料を、本明細書において以下で詳細に記載されるようにSysQuant(登録商標)技術によ
り、9つの試料全て、及び試験参照1つを含む1回のSysQuant(登録商標)TMT 10plex実験の
範囲で処理し解析した。
Samples were analyzed by SysQuant® technology as described in detail herein below in a range of 1 SysQuant® TMT 10plex experiment containing all 9 samples and 1 test reference. processed and analyzed.

データの主成分分析(PCA)による統計学的評価の後に定量的考察を行い、より高いBraak
ステージ分類の試料において最も有意な相違を示した。PCAの結果に従って、調節を算出
し、BraakステージV/VI(重症群)の試料をBraakステージIII/IV(中等症群)の試料と比較す
ることによって統計学的に評価した。
Statistical evaluation by principal component analysis (PCA) of the data was followed by quantitative considerations to
Staging samples showed the most significant differences. According to the PCA results, adjustments were calculated and statistically evaluated by comparing Braak stage V/VI (severe group) samples with Braak stage III/IV (moderate group) samples.

溶解バッファー(8M尿素、75mM NaCl、50mM トリス、pH 8.2、プロテアーゼ及びホスフ
ァターゼ阻害剤カクテル(Roche)中の皮質試料を、超音波処理(20%振幅で20×1秒間、オ
ン/オフパルス、氷上(4℃))によって溶解させ、その後、4℃、12,500gで10分間遠心分離
して、組織残屑を除去した。上清を、新たなチューブ内に移し、試料のタンパク質濃度を
、Bradfordアッセイを用いて決定した。試料毎に、同じタンパク質量を、後続の工程全て
に用いた。
Cortical samples in lysis buffer (8 M urea, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, pH 8.2, protease and phosphatase inhibitor cocktail (Roche) were sonicated (20 x 1 sec at 20% amplitude, on/off pulses, on ice (4 ° C)), followed by centrifugation at 12,500 g for 10 min at 4° C. to remove tissue debris.The supernatant was transferred into a new tube and the protein concentration of the sample was determined using the Bradford assay. For each sample, the same amount of protein was used for all subsequent steps.

溶解後、参照試料を、同一量の9つの個々の試料全てを混合することによって調製した
。特に、各々の試料について、2.5mgのタンパク質材料を採取し、3mg/mlの濃度に調整し
た。各々の調整した試料から、167μLを採取し、合一して、参照試料を調製した。残りの
666μL(=2mg)は、個々の試料操作に使用した。
After dissolution, a reference sample was prepared by mixing all 9 individual samples in equal amounts. Specifically, for each sample, 2.5 mg of protein material was taken and adjusted to a concentration of 3 mg/ml. From each conditioned sample, 167 μL was taken and combined to prepare a reference sample. Remaining
666 μL (=2 mg) were used for each sample run.

DTTを各々の試料に加え(終濃度5mM)、振盪しながら56℃で25分間インキュベートしてジ
スルフィド結合を還元した。その後、試料を室温で放冷してから、ヨードアセトアミド(
終濃度14mM)を添加し、室温及び暗所で30分間インキュベートして、システイン残基をア
ルキル化した。未反応ヨードアセトアミドを、追加の5mMまでDTTを加えることによりクエ
ンチし、室温及び暗所で15分間インキュベートした。
DTT was added to each sample (5 mM final concentration) and incubated at 56° C. for 25 minutes with shaking to reduce disulfide bonds. The sample was then allowed to cool at room temperature before iodoacetamide (
14 mM final concentration) and incubated for 30 minutes at room temperature and in the dark to alkylate cysteine residues. Unreacted iodoacetamide was quenched by adding additional DTT to 5 mM and incubating for 15 minutes at room temperature and in the dark.

試料を、25mMトリス-HCl、pH 8.2で希釈して、尿素の濃度を1.6Mまで低下させた。トリ
プシン(Roche, UK)を、5ng/μLの最終最小濃度(少なくとも1:100のトリプシン対基質比)
まで、CaCl2(1mMの終濃度)と共に加えた。試料を、振盪しながら37℃で1晩(~15から18時
間)インキュベートした。消化された試料を室温まで放冷し、消化を、0.4%(vol/vol)ま
でTFAを用いて酸性化させることにより停止させた。試料を室温、2,500gで10分間遠心分
離し、ペレットは廃棄した。
Samples were diluted with 25 mM Tris-HCl, pH 8.2 to reduce the concentration of urea to 1.6M. Trypsin (Roche, UK) at a final minimum concentration of 5 ng/µL (trypsin to substrate ratio of at least 1:100)
, with CaCl 2 (1 mM final concentration). Samples were incubated overnight (~15 to 18 hours) at 37°C with shaking. Digested samples were allowed to cool to room temperature and digestion was stopped by acidification with TFA to 0.4% (vol/vol). Samples were centrifuged at 2,500 g for 10 minutes at room temperature and the pellet was discarded.

試料を、200mgのSepPak tC18カートリッジ(Thermo Scientific UK)を製造業者の説明書
に従い使用して脱塩し、タンパク質を、溶出バッファー(50%ACN、50%H2O)で溶出させ、
Speedvacで乾固するまで濃縮した。
Samples were desalted using 200 mg SepPak tC18 cartridges (Thermo Scientific UK) according to the manufacturer's instructions and proteins were eluted with elution buffer (50% ACN, 50% HO),
Concentrated to dryness on a Speedvac.

TMT(登録商標)標識化については、1試料あたり総ペプチド量が2.0~2.5mgの終濃度を目
標として、試料を567μLのTEAB/ACNバッファーに再可溶化した。TMT(登録商標)10plex試
薬セットのTMT(登録商標)標識を、下記表14により各々の試料に加えて、各々の試料中に1
5mM TMT(登録商標)の終濃度を得た。
For TMT® labeling, samples were resolubilized in 567 μL of TEAB/ACN buffer, targeting a final concentration of 2.0-2.5 mg total peptide per sample. The TMT® label of the TMT® 10plex reagent set was added to each sample according to Table 14 below, 1 in each sample.
A final concentration of 5 mM TMT® was obtained.

表14

Figure 0007241104000032
Ref.=全ての試料のアリコートを含有する参照試料 Table 14
Figure 0007241104000032
Ref. = reference sample containing an aliquot of all samples

反応を、室温で1時間進行させた。ヒドロキシルアミンを、0.25%[w/v]ヒドロキシルア
ミンの終濃度まで各々の試料に加え、15分間インキュベートした。その後、試料を2%TFA
で1:3に希釈し、その後、水でさらに希釈して、ACNの濃度を5%未満まで低下させた。試
料を、等しい量で混合して、1つのSysQuant10plex試料を得て、その後、それを2つのアリ
コートへと分割して、それらを脱塩し(500mg SepPak tC18カートリッジ)、表15のプロト
コルによるSCXクロマトグラフィー(流速として3mL/min;バッファーA:水+0.1% TFA;バッ
ファーC:7mM KH2PO4, pH 2.65, 30% ACN (vol/vol);バッファーD: 7mM KH2PO4, 350mM K
Cl, pH 2.65, 30% ACN (vol/vol))によって分画した。
The reaction was allowed to proceed for 1 hour at room temperature. Hydroxylamine was added to each sample to a final concentration of 0.25% [w/v] hydroxylamine and incubated for 15 minutes. Afterwards, the sample was treated with 2% TFA
and then further diluted with water to reduce the concentration of ACN to less than 5%. The samples were mixed in equal amounts to give one SysQuant10plex sample, which was then split into two aliquots to desalt them (500mg SepPak tC18 cartridges) and subjected to SCX chromatography according to the protocol in Table 15. Buffer A: water + 0.1% TFA; Buffer C: 7 mM KH2PO4, pH 2.65, 30% ACN (vol/vol); Buffer D: 7 mM KH2PO4, 350 mM K
Cl, pH 2.65, 30% ACN (vol/vol)).

表15

Figure 0007241104000033
Table 15
Figure 0007241104000033

脱塩して得た凍結乾燥したペプチドを、800μLのバッファーAに再懸濁し、HPLCシステ
ムにインジェクトした。12の画分を採取し、ペプチドの数が少ない画分を、多くの数のペ
プチドを含有する画分と混合することによって「スマートプール(smart pool)」して、類
似の総ペプチド含量の6つの最終画分を得て、脱塩した。
The lyophilized peptide obtained by desalting was resuspended in 800 μL of buffer A and injected into the HPLC system. Twelve fractions were collected and "smart pooled" by combining fractions with a lower number of peptides with fractions containing a higher number of peptides to yield 6 of similar total peptide content. Two final fractions were obtained and desalted.

その後、各々の画分から小量部分を採取して、非濃縮画分の後続の分析を適用した。画
分の残りの部分を、双方とも当技術分野において周知であるIMAC又はTiO2法のいずれかに
よってホスホペプチドの濃縮に処した。乾燥画分を、LC-MS分析に移した。
Subsequent analysis of non-enriched fractions was then applied by taking a small aliquot from each fraction. The remainder of the fractions were subjected to phosphopeptide enrichment by either the IMAC or TiO2 methods, both of which are well known in the art. Dry fractions were transferred for LC-MS analysis.

(LC-MS/MS分析)
「スマートプール」された画分を、MS取得をTop Speed MS2 HCD法によって行うLC-MS/M
S(ダブルショットワークフロー)によって各々2回分析した。
(LC-MS/MS analysis)
LC-MS/M with 'smart pooled' fractions with MS acquisition by Top Speed MS2 HCD method
Each was analyzed twice by S (double-shot workflow).

非濃縮画分由来のペプチドを、100μlの2% ACN/0.1% FAに再懸濁し、その後、1画分
あたり5ulを、2cm×75umのAcclaim PepMap100プレカラム上にインジェクトし、EASY-nLC
1000システム(Thermo Fisher Scientific)上でEASY-Spray50cm×75um ID、PepMap RSCL、
C18、2umを用いて分離した。ペプチドを、200nL/分で8~30% ACN/0.1% FAの160分、分
離グラジエントを用いて分離した。
Peptides from non-enriched fractions were resuspended in 100 μl of 2% ACN/0.1% FA, then 5 ul per fraction was injected onto a 2 cm×75 um Acclaim PepMap100 pre-column and EASY-nLC
EASY-Spray 50 cm x 75 um ID, PepMap RSCL, on 1000 system (Thermo Fisher Scientific)
Separated using C18, 2um. Peptides were separated using a 160 min separation gradient of 8-30% ACN/0.1% FA at 200 nL/min.

全てのホスホ濃縮画分由来のペプチドを、30μLの2% ACN/0.1% FAに再懸濁し、その
後、1画分あたり5μLをインジェクトし、200nL/分で10~30%のACN中0.1%FAの160分、分
離グラジエントを用いて分離した。
Peptides from all phospho-enriched fractions were resuspended in 30 μL of 2% ACN/0.1% FA, then injected 5 μL per fraction, 0.1% in 10-30% ACN at 200 nL/min. 160 minutes of FA were separated using a separating gradient.

質量スペクトルは、Orbitrap Fusion(商標)Tribrid(商標)質量分析計(Thermo Fisher S
cientific)で、各々のFTMSスキャン(120,000分解能)に続き、30,000分解能でトップスピ
ード高エネルギー衝突解離(top speed higher collision induced dissociation: HCD)FT
MS2スキャンを用いて180分の総測定時間の間取得した。HCDは、各々のFTMSスキャンの最
も強いイオンに対して行い、その後、同じ分析物を繰り返し配列決定することを避けるた
めに、30秒間動的除外リストに載せた。各々の試料を、2回のLC-MS/MS繰り返し分析(ダブ
ルショットワークフロー)によって分析した。
Mass spectra were collected on an Orbitrap Fusion™ Tribrid™ mass spectrometer (Thermo Fisher S
scientific), each FTMS scan (120,000 resolution) followed by top speed higher collision induced dissociation (HCD) FT at 30,000 resolution.
MS2 scans were acquired for a total measurement time of 180 minutes. HCD was performed on the most intense ion of each FTMS scan and then put on a dynamic exclusion list for 30 seconds to avoid repeated sequencing of the same analyte. Each sample was analyzed by two LC-MS/MS replicates (double-shot workflow).

(コンピューテーショナルMS)
取得したスペクトルを、2014年2月22日にダウンロードしたヒト特異的UniProtKB/Swiss
-Protデータベース(88,647配列が登録されている)を用いるProteome Discoverer 1.4(PD
1.4; Thermo Fisher Scientific)ソフトウェアを用いて処理した。生データを、PD 1.4.
内のSequest HT及びMascot (Matrix Mascotサーバー2.2.06)検索アルゴリズムを用いて検
索した。SysQuant(登録商標)ワークフローのいずれかの濃縮アームの6つの画分に属して
いたMS生データファイル、及び同じ試行の分析セットに属していたものを、それぞれ、個
々のMudPit検索として提示した。このようにして、合計で4回のMudPit検索を行った。検
索結果を、ペプチドレベルで1%の偽発見率(FDR)かつ1タンパク質あたり少なくとも1つの
ランク1ペプチドでフィルタリングした後に、検索結果を、MS Excelファイルにエクスポ
ートした。このデータを、規定されたスクリプトによって処理して、全ての同定されたペ
プチド及びそれらのタンパク質起源をリスト化した。
(Computational MS)
Acquired spectra are human-specific UniProtKB/Swiss downloaded on 22nd February 2014
-Proteome Discoverer 1.4 (PD
1.4; Thermo Fisher Scientific) software. Raw data, PD 1.4.
were searched using the Sequest HT and Mascot (Matrix Mascot server 2.2.06) search algorithms within. MS raw data files that belonged to the six fractions of either enrichment arm of the SysQuant® workflow and those that belonged to the analysis set of the same run were each presented as individual MudPit searches. A total of four MudPit searches were performed in this manner. After filtering the search results with a false discovery rate (FDR) of 1% at the peptide level and at least one rank 1 peptide per protein, the search results were exported to an MS Excel file. This data was processed by a defined script to list all identified peptides and their protein origin.

(データ解析)
全てのタンパク質同定、ペプチド配列、リン酸化部位情報を、ペプチド、タンパク質、
及びリン酸化部位に関する定量値及び生物学的情報と共に、Microsoft Excelファイル(Qu
antSheet)内に整理して、倍数変化、有意性、生物学的機能、及び細胞局在に基づく構造
化データ解析を可能とした。
(data analysis)
All protein identities, peptide sequences and phosphorylation site information are
and a Microsoft Excel file (Qu
antSheet) to allow structured data analysis based on fold change, significance, biological function, and cellular localization.

全般的データ品質を生物情報学的手段で評価するために、すなわち、Braakステージ分
類の効果を可視化するために、かつ、従って、後続の定量計算に指針を与えるために、主
成分分析(PCA)を行った。
To assess overall data quality with bioinformatic means, i.e. to visualize the effect of Braak staging and thus to guide subsequent quantitative calculations, principal component analysis (PCA) did

完全な生物学的データ解釈も行い、対象となるタンパク質の標的化分析(targeted anal
ysis)を、例えば、タウタンパク質、及び神経変性に関係があるとされる追加のADバイオ
マーカータンパク質について適用した。
It also provides complete biological data interpretation and targeted analysis of proteins of interest.
ysis) was applied for, for example, tau protein and additional AD biomarker proteins implicated in neurodegeneration.

(4.2 TMTcalibrator(商標)を用いるAD CSFにおける調節されるタンパク質の定量)
本発明者らはまた、ADに生化学的に陰性であった対照、及び生化学的に陽性であったも
のから抜き出したヒトCSF中のタウのリン酸化されたペプチドの存在及び相対的な存在量
も確認した。簡単に述べると、別々の実験で行った、中等症タウ病態(BraakステージIII
~IV;n=3)又は重症タウ病態(BraakステージV~VI;n=3)のヒト対象から死後に採取した前
頭前野の皮質材料をプールし、トリプシンで消化し、4つの別々のアリコート中で、TMT試
薬TMT10-129C、130N、130C、及び131で標識した。同じ脳消化プールからの各々の標識さ
れたアリコートを、それぞれ、0.3mg:1.2mg:1.8mg:3.0mgの比で混合して、較正標準を作
製した。同時に、3名の認知障害のない対照個体、及び3件の生化学的に診断されたADの症
例からのヒト脳脊髄液試料(1個体あたり600ugのタンパク質含量(600ul))を、トリプシン
で消化し、TMT(登録商標)試薬TMT10-126、127N、127C、128N、128C、及び129Nでそれぞれ
標識し、混合して、臨床試験試料を作製した。最後に、等体積の較正標準及び臨床試験試
料を混合して、図7による分析試料を作製した。
(4.2 Quantitation of regulated proteins in AD CSF using TMTcalibrator™)
We also investigated the presence and relative presence of phosphorylated peptides of tau in human CSF drawn from controls that were biochemically negative for AD and those that were biochemically positive. I also checked the quantity. Briefly, in a separate experiment, moderate tau pathology (Braak stage III
~IV; n=3) or post-mortem prefrontal cortical material from human subjects with severe tau pathology (Braak stages V~VI; n=3) were pooled, digested with trypsin, and placed in four separate aliquots. were labeled with the TMT reagents TMT 10 -129C, 130N, 130C, and 131 at . Each labeled aliquot from the same brain digest pool was mixed in a ratio of 0.3 mg:1.2 mg:1.8 mg:3.0 mg, respectively, to create a calibration standard. At the same time, human cerebrospinal fluid samples (600ug protein content (600ul) per individual) from 3 non-cognitively impaired control individuals and 3 biochemically diagnosed cases of AD were digested with trypsin. and labeled with TMT® reagents TMT 10-126 , 127N, 127C, 128N, 128C, and 129N, respectively, and mixed to form clinical test samples. Finally, equal volumes of calibration standards and clinical test samples were mixed to produce analytical samples according to FIG.

質量分析、及びデータ解析を、セクション4.1において上述したように行った。 Mass spectrometry and data analysis were performed as described above in Section 4.1.

(4.3 インビボでのタウ阻害の効果)
発明者らはまた、SysQuantを適用して、タウキナーゼカゼインキナーゼ1デルタ(CK1d)
の小分子阻害剤で処置したTMHT(Thy-1変異型ヒトタウ)マウス(QPS(登録商標)Austriaによ
り開発されたもの、https://www.qps-austria.com)の脳におけるタンパク質及びリン酸化
変化を分析した。8.5ヶ月(±2週)の月齢から開始して、TMHTマウスは、CK1d阻害剤2-メチ
ル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド(PS278-
05)、5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン(PS
110)、化合物PF4800567(3-[(3-クロロフェノキシ)メチル]-1-(テトラヒドロ-2H-ピラン-4
-イル)-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-4-アミン;Tocris(登録商標))、又はビヒクル(0.5
%w/vメチルセルロース)を、8週間(54回適用)、30mg/kg体重の投与量で、経口的に、強制
飼養で受けた。
4.3 Effects of tau inhibition in vivo
We also applied SysQuant to detect taukinase casein kinase 1 delta (CK1d)
proteins and phosphorylation in the brain of TMHT (Thy-1 mutant human tau) mice (developed by QPS® Austria, https://www.qps-austria.com) treated with a small molecule inhibitor of analyzed the changes. Starting at 8.5 months (±2 weeks) of age, TMHT mice were treated with the CK1d inhibitor 2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide (PS278-
05), 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine (PS
110), compound PF4800567 (3-[(3-chlorophenoxy)methyl]-1-(tetrahydro-2H-pyran-4
-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine; Tocris®), or vehicle (0.5
% w/v methylcellulose) was received orally by gavage at a dose of 30 mg/kg body weight for 8 weeks (54 applications).

合計で48頭の動物が用いられ、4処置群に割り当てられた。表16に、動物、コホート、
及び処置グループ割り当て、動物の性別及び月齢を記載する。
A total of 48 animals were used and assigned to 4 treatment groups. Table 16 shows animals, cohorts,
and treatment group assignment, animal sex and age are described.

表16

Figure 0007241104000034
Cmp 324=5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミ
ン;Cmp A=2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カル
ボキサミド;f=雌性;m=雄性 Table 16
Figure 0007241104000034
Cmp 324 = 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine; Cmp A = 2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl )carbonyl]indolizine-1-carboxamide; f = female; m = male

脳試料を、安楽死の10分以内に採取し、氷冷生理食塩水中で洗浄し、清潔なEppendorf
チューブに移して、直ちに液体窒素中で凍結させた。
Brain samples were collected within 10 minutes of euthanasia, washed in ice-cold saline and placed in clean Eppendorf cells.
Transferred to a tube and immediately frozen in liquid nitrogen.

ビヒクル、PS110、及びPS278-05群の各々における3頭の動物の各々から海馬試料(左又
は右)1点を、SysQuantによる分析のために選択した。9つの試料全てのプールも参照チャ
ネルとして調製した。全てのTMT(登録商標)標識化、混合、及び質量分析、並びに生物情
報学研究は、本質的に、セクション4.1に記載されているように行った。ペプチド及びタ
ンパク質同定には、UniProtKBマウスデータベースを用い、全てのヒトタウアイソフォー
ムの入力を含めることで補完した。
One hippocampal sample (left or right) from each of the three animals in each of the vehicle, PS110, and PS278-05 groups was selected for analysis by SysQuant. A pool of all nine samples was also prepared as a reference channel. All TMT® labeling, mixing, and mass spectrometry and bioinformatic studies were performed essentially as described in Section 4.1. The UniProtKB mouse database was used for peptide and protein identification, complemented by the inclusion of entries for all human tau isoforms.

全てのタンパク質同定、ペプチド配列、リン酸化部位情報を、該ペプチド、タンパク質
、及びリン酸化部位に関する定量値、及び生物学的情報と共に、Microsoft Excelファイ
ル(QuantSheet)内に整理して、倍数変化、有意性、生物学的機能、及び細胞局在に基づく
構造化データ解析を可能とした。
All protein identifications, peptide sequences, phosphorylation site information, along with quantitation values and biological information for the peptides, proteins and phosphorylation sites were organized in a Microsoft Excel file (QuantSheet) for fold change, significance analysis. It enabled structured data analysis based on sex, biological function, and cellular localization.

(4.4 リン酸化されたタウの検出)
セクション4.1、4.2、及び4.3において試験した様々なヒト及びマウス試料におけるタ
ウリン酸化の動態プロファイルを、それぞれのQuantSheetの標的化データ解析(targeted
data analysis)によって決定した。ヒトMAPT(P10636;P10636-8を含むもの=配列番号:29)
UniProt配列とマッチした全てのペプチドを、別のMicrosoft Excelシートにエクスポート
した。
(4.4 Detection of phosphorylated tau)
The kinetic profiles of tau phosphorylation in the various human and mouse samples tested in Sections 4.1, 4.2, and 4.3 were analyzed by targeted data analysis of the respective QuantSheet.
data analysis). Human MAPT (P10636; containing P10636-8 = SEQ ID NO:29)
All peptides matching UniProt sequences were exported to a separate Microsoft Excel sheet.

各リン酸化されていないペプチドのイオン強度値を合計し、各疾患重症度群(Braakステ
ージ0~II;BraakステージIII~IV;BraakステージV~VI)について平均を算出して、全タウ
発現についての値を得た。各リン酸化アミノ酸、例えば、pT181について、該リン酸化ア
ミノ酸を含む全てのペプチドのイオン強度値を合計して、各疾患重症度群(Braakステージ
0~II;BraakステージIII~IV;BraakステージV~VI)についての平均を算出した。
The ionic strength values for each non-phosphorylated peptide were summed and averaged for each disease severity group (Braak stages 0-II; Braak stages III-IV; Braak stages V-VI) to determine total tau expression. obtained the value of For each phosphorylated amino acid, e.g., pT181, the ionic strength values of all peptides containing the
0-II; Braak stages III-IV; Braak stages V-VI) were calculated.

合計で185個のヒトタウ由来のユニークなペプチドを、9つの脳の試料の全てにおいて、
35個の高信頼度(ホスホRSスコア>75%)リン酸化部位を用いて定量した。これらのうち、
74個のペプチドのレベルが、中等症(BraakステージIII~IV)の及び重症(BraakステージV
~VI)タウ病態の患者の脳において有意に(p<0.05)調節されていた。
A total of 185 unique peptides from human tau were detected in all 9 brain samples,
Thirty-five high-confidence (phosphoRS scores >75%) phosphorylation sites were used for quantification. Of these,
Levels of 74 peptides were observed in moderate (Braak stages III-IV) and severe (Braak stages V
-VI) was significantly (p<0.05) regulated in the brains of patients with tau pathology.

同様に、ビヒクル対照又はCK1d阻害剤PS278-05及びPS110での処置後のマウス脳におけ
る全タウの、及び各リン酸化されたセリン、スレオニン、及びチロシンアミノ酸について
の発現レベルを算出した。
Similarly, expression levels of total tau and for each phosphorylated serine, threonine, and tyrosine amino acid in mouse brain after treatment with vehicle control or CK1d inhibitors PS278-05 and PS110 were calculated.

ヒトMAPT(P10636;配列番号:29)UniProt配列及び/又はマウスMAPT(P10637)とマッチした
全てのペプチドを、別のMicrosoft Excelシートにエクスポートした。各ホスホペプチド
についてのイオン強度値を合計し、各処置群(ビヒクル対照、PS110、PS278-05)について
の平均を算出した。本発明者らは、124個のヒトタウ由来のユニークなペプチドを、9つの
脳の試料の全てにおいて、39個の高信頼度(ホスホRSスコア>75%)リン酸化部位を用いて
定量した。これらのうち、PS110で処置されたマウスの海馬において、37個のペプチドの
レベルが有意に(p<0.05)調節されていた一方で、PS278-05で処置されたマウスの海馬で
は、22個のペプチドが有意に(p<0.05)調節されていた。
All peptides that matched the human MAPT (P10636; SEQ ID NO:29) UniProt sequence and/or mouse MAPT (P10637) were exported to a separate Microsoft Excel sheet. Ionic strength values for each phosphopeptide were summed and the mean calculated for each treatment group (vehicle control, PS110, PS278-05). We quantified 124 unique peptides from human tau with 39 high-confidence (phosphoRS scores >75%) phosphorylation sites in all 9 brain samples. Of these, the levels of 37 peptides were significantly (p<0.05) modulated in the hippocampus of PS110-treated mice, whereas 22 peptides were significantly (p<0.05) modulated in the hippocampus of PS278-05-treated mice. Peptides were significantly (p<0.05) regulated.

最後に、対照及び生化学的に(biocheically)確認されたADの症例から抜き出したヒトCS
F試料における全タウの、及び各リン酸化されたセリン、スレオニン、及びチロシンアミ
ノ酸についてのレベルを、上述のように決定した。ヒトMAPT(P10636)UniProt配列とマッ
チした全てのペプチドを、別のMicrosoft Excelシートにエクスポートした。各ホスホペ
プチドについてのイオン強度値を合計し、各群(対照、AD)についての平均を算出した。ヒ
トCSF中に、27個の高信頼度リン酸化部位を含む、65個の定量されたタウペプチドが存在
した。
Finally, human CS drawn from controls and biocheically confirmed cases of AD
Levels of total tau and for each phosphorylated serine, threonine, and tyrosine amino acid in F samples were determined as described above. All peptides that matched the human MAPT (P10636) UniProt sequence were exported to a separate Microsoft Excel sheet. The ionic strength values for each phosphopeptide were summed and the mean calculated for each group (control, AD). There were 65 quantified tau peptides in human CSF containing 27 high-confidence phosphorylation sites.

総合すると、3つの試験にわたって、本発明者らは、タウタンパク質上の44個のユニー
クなリン酸化部位を同定し、19個の部位を、ヒト脳、マウス脳、及びヒトCSFの試料全て
において定量した。表4は、マウス、及びヒト脳組織、及びヒトCSFにおいてSysQuant(登
録商標)及びTMTcalibrator(商標)によって同定された全てのタウリン酸化部位を校合する
。アミノ酸の番号付けは、ヒト2N4Rタウ(配列番号:29のUniprotアクセッション番号P1063
6-8)に基づいている。
Altogether, over the three studies, we identified 44 unique phosphorylation sites on the tau protein, 19 sites quantified in all samples of human brain, mouse brain, and human CSF. bottom. Table 4 collates all tau phosphorylation sites identified by SysQuant® and TMTcalibrator™ in mouse and human brain tissue and human CSF. Amino acid numbering is based on human 2N4R tau (Uniprot accession number P1063 of SEQ ID NO:29).
6-8).

タウタンパク質におけるこれらのリン酸化残基の測定の方法が発明を限定することは意
図されない。部位のうちの1以上を、該リン酸化残基に対して特異的な結合性物質、例え
ば、抗体又はアプタマーを用いて測定してもよい。しかしながら、いくつかの部位に対し
ては、結合性物質の使用は、追加の残基に対する隣接リン酸化の影響のために、望ましさ
が劣るであろう。1つのそのような例は、リン酸化されたスレオニン181(2N4Rタウ番号付
け)の測定である。現行のADの診断は、全タウ及びpT181のCSFレベルを測定して比を得る
ことにより支持されている。該比が大きいほど、患者がADを有する可能性が高い。本試験
において、本発明者らは、pT181が、CSF中の2つの別個のペプチド上で測定可能であるこ
とを確認した。一方は、スレオニン181で単一リン酸化されたペプチドであり、他方は、
スレオニン181、セリン184、及びセリン185で3重リン酸化されている。恐らく、S184及び
S185での追加のリン酸化は、結合性物質の親和性と干渉し、その3重リン酸化された種に
結合する能力を低下させ、そうすることで、CSF中のpT181の総量を過小表示とするであろ
う。
It is not intended that the method of measurement of these phosphorylated residues in the tau protein limit the invention. One or more of the sites may be measured using binding agents specific for the phosphorylated residue, such as antibodies or aptamers. However, for some sites the use of binding agents may be less desirable due to the effect of adjacent phosphorylation on additional residues. One such example is the measurement of phosphorylated threonine 181 (2N4R tau numbering). Current diagnosis of AD is supported by measuring CSF levels of total tau and pT181 and obtaining a ratio. The higher the ratio, the more likely the patient has AD. In this study, we confirmed that pT181 is measurable on two separate peptides in CSF. One is a peptide monophosphorylated at threonine 181 and the other is
It is triple phosphorylated at threonine-181, serine-184, and serine-185. Probably S184 and
Additional phosphorylation at S185 interferes with binding agent affinity and reduces its ability to bind its triple phosphorylated species, thus underrepresenting the total amount of pT181 in CSF. would do.

これらの制限を克服するために、リン酸化されたタウは、好ましくは、質量分析を用い
て測定される。各リン酸化の相対的又は絶対的な定量を提供する能力がある質量分析の任
意の形態を用い得る。そのような方法としては、データ非依存性取得(DIA)、データ依存
性取得(DDA)、選択反応モニタリング(SRM)、多重反応モニタリング(MRM)、又はTMTcalibr
ator(商標)が挙げられるが、これらに限定されない。いずれの場合にも、質量分析を用い
て試験試料中の内在性ホスホタウペプチドと区別することができる参照ホスホペプチドが
提供される。該参照ホスホペプチドは、生体試料から提供されてもよく、アイソトピック
又はアイソバリックな質量タグを用いて内在性ホスホペプチドから別途作製してもよい。
あるいは、該参照ホスホペプチドを、各トリプシンペプチドが確実に、少なくとも1ダル
トンの、好ましくは、2ダルトン超の、最も好ましくは5ダルトン超の天然に存在する等価
なホスホペプチドを超える質量を有するようにいくつかのH2、C13、N15、O18原子置換を
有する合成のリジン源を用いて産生された組換えタウタンパク質の消化により生じさせて
もよい。逐次アミノ酸を添加することによって生産された完全合成ペプチドを用いてもよ
く、ここで、該ペプチド配列内の1以上のアミノ酸が、H2、C13、N15、O18、又は他のその
ような適切な安定重同位体での原子置換を含有する。
To overcome these limitations, phosphorylated tau is preferably measured using mass spectrometry. Any form of mass spectrometry capable of providing relative or absolute quantification of each phosphorylation can be used. Such methods include data independent acquisition (DIA), data dependent acquisition (DDA), selected reaction monitoring (SRM), multiple reaction monitoring (MRM), or TMTcalibr
include, but are not limited to, ator™. In either case, a reference phosphopeptide is provided that can be distinguished from the endogenous phosphotaupeptide in the test sample using mass spectrometry. The reference phosphopeptide may be provided from a biological sample or generated separately from endogenous phosphopeptides using isotopic or isobaric mass tags.
Alternatively, the reference phosphopeptides are selected to ensure that each tryptic peptide has a mass greater than the naturally occurring equivalent phosphopeptide of at least 1 Dalton, preferably greater than 2 Daltons, most preferably greater than 5 Daltons. It may also be generated by digestion of recombinant tau protein produced using a synthetic lysine source with some H2 , C13 , N15 , O18 atom substitutions. Completely synthetic peptides produced by the sequential addition of amino acids may also be used, wherein one or more amino acids within the peptide sequence are H2 , C13 , N15 , O18 , or other such contains atom substitutions with suitable stable heavy isotopes.

検出及び定量の手段によらず、早期診断、疾患の進行予測、又は治療効果のモニタリン
グを意図したアッセイでは、1つ、2つ、又はそれを超える異なるタウホスホペプチドを測
定してもよい。
One, two or more different tau phosphopeptides may be measured in assays intended for early diagnosis, prediction of disease progression, or monitoring of therapeutic efficacy, without means of detection and quantification.

(4.5ヒトCSFにおける他の脳由来タンパク質の同定)
タウタンパク質から誘導される調節されたペプチドを識別することに加えて、本発明者
らはまた、実施例4.2からのデータを解析して、ヒトAD CSF中に示差的に発現される他の
疾患関連タンパク質を同定した。簡単に述べると、ユニークなUniProt受入番号にマッチ
させた全ての非修飾ペプチドについてのTMT(登録商標)レポーターイオン強度を合計し、
ヒトCSFにおける関連性のあるタンパク質の相対的な発現を決定するのに用いた。合計し
た強度値に基づいて、対照(n=3)及びAD(n=3)群における各タンパク質発現についてのlog2
比を算出した。統計学的な有意性を、2標本t検定を用いて、6つの独立したタンパク質定
量値に基づいて、p値として算出した。得られたデータマトリックスを、Microsoft Excel
にエクスポートし、フィルターをかけて40%超の調節(-0.5≦log2≧0.5)及びp≦0.05を示
すタンパク質の全てを選択した。これを、中等症及び重症タウ病態の脳検量体を用いる両
TMTcalibrator(商標)実験に対して行った。調節されるタンパク質のリストを、log2比及
びp-値も含めて表5に示す。
(4.5 Identification of other brain-derived proteins in human CSF)
In addition to identifying regulated peptides derived from the tau protein, we also analyzed the data from Example 4.2 to identify other disease states differentially expressed in human AD CSF. Associated proteins were identified. Briefly, sum the TMT® reporter ion intensities for all unmodified peptides matched to a unique UniProt accession number,
Used to determine the relative expression of relevant proteins in human CSF. log2 for each protein expression in control (n=3) and AD (n=3) groups based on summed intensity values
A ratio was calculated. Statistical significance was calculated as p-values based on 6 independent protein quantification values using a two-sample t-test. The resulting data matrix was exported to Microsoft Excel
and filtered to select all proteins showing >40% regulation (−0.5≦log2≧0.5) and p≦0.05. This was tested both using brain calibrators of moderate and severe tau pathology.
Performed for TMTcalibrator™ experiments. A list of regulated proteins, including log2 ratios and p-values, is shown in Table 5.

ADの診断用及び/又は予後用バイオマーカーとして、表5に列挙したタンパク質のいずれ
を用いてもよい。
Any of the proteins listed in Table 5 may be used as diagnostic and/or prognostic biomarkers for AD.

(4.6 結果)
本発明者らは、驚くべきことに、ADの患者の脳において高度に調節されている、かつ/
又はCSF中に存在する、かつ/又はカゼインキナーゼ阻害剤の投与に応答して高度に調節さ
れるバイオマーカーを同定した。加えて、これらの実験において用いられた患者の脳にお
けるタウ毒性は、上昇した発現及び過剰リン酸化(タウ毒性)を呈する。
(4.6 Results)
The inventors have surprisingly found that in the brains of patients with AD, highly regulated and/or
OR identified biomarkers that are present in the CSF and/or that are highly regulated in response to administration of casein kinase inhibitors. In addition, tau toxicity in the brains of patients used in these experiments exhibits elevated expression and hyperphosphorylation (tau toxicity).

驚くべきことに、データをBraakステージV又はVIに関して解析した場合、プロテインホ
スファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aが、最も上方調節されるタンパク質という
結果となった(図3)。興味深いことに、このタンパク質のレベルは、軽症(Braakステージ0
~II)及び中等症(BraakステージIII/IV)の間で先ず低下し、その後、重症疾患において顕
著に上昇した。カゼインキナーゼ1デルタ阻害剤5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(
ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン又は2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カ
ルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド双方による処置は、プロテインホスファターゼ
1レギュラトリーサブユニット14Aの上方調節を結果としてもたらし、ヒトにおいて中等症
タウ病態に見られる発現レベルの低下と明らかに反対に作用していた)。図3は、ADの患者
の脳(表示「ヒト脳」)、BraakステージV又はVIのADの患者のCSF(表示「ヒトCSF 5/6)、及
び5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン(上図)
又は2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサ
ミド(下図)で処置されたマウスの脳(表示「マウスck1 inh.)に対して行った解析のベン図
を示す。表示の各々の下の括弧内の数は、同定されたタンパク質の数を示す。図3におい
て分かるように、試料全てにおいて上方調節されたタンパク質が1つのみ存在し、該タン
パク質は、プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aである。
Surprisingly, protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A resulted in the most upregulated protein when the data were analyzed for Braak stages V or VI (Figure 3). Interestingly, levels of this protein are
~II) and moderate disease (Braak stage III/IV), followed by a marked increase in severe disease. casein kinase 1 delta inhibitor 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(
Treatment with both pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine or 2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide reduced protein phosphatase
1 regulatory subunit 14A, apparently counteracting the decreased expression levels seen in moderate tau pathology in humans). Figure 3 shows the brain of a patient with AD (labeled "human brain"), the CSF of a patient with Braak stage V or VI AD (labeled "human CSF 5/6), and 5-(1,3-benzoxazole-2 -yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine (above)
or 2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide (below) treated mouse brains (labeled "Mouse ck1 inh.). The number in parenthesis below each label indicates the number of identified proteins As can be seen in Figure 3, there was only one up-regulated protein in all samples, which protein was Protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A.

さらにまた驚くべきことに、BraakステージV又はVIに関してデータを解析した場合、2
’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼが、最も上方調節されるタンパク質
であるという結果となった(図4)。興味深いことに、このタンパク質のレベルは、軽症(Br
aakステージ0~II)及び中等症(BraakステージIII/IV)の間で先ず低下し、その後、重症疾
患で顕著に上昇する。また、タウオパチーのTMHTモデルにおける平行試験において、この
種の処置は、顕著な役割を果たさず、双方の化合物が、該タンパク質の発現を増加させた
。図4は、ADの患者の脳(表示「ヒト脳」)、Braakステージ3又は4のADの患者のCSF(表示「
ヒトCSF 3/4)、及び5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジ
ン-2-アミン(上図)又は2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリ
ジン-1-カルボキサミド(下図)で処置されたマウスの脳(表示「マウス ck1 inh.)に対して
行った解析のベン図を示す。図4において分かるように、試料全てにおいて上方調節され
たタンパク質が1つのみ存在し、該タンパク質は、2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホ
ジエステラーゼである。
Also surprisingly, when the data were analyzed for Braak stages V or VI, 2
The ',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase resulted to be the most upregulated protein (Figure 4). Interestingly, levels of this protein were
It first declines between aak stages 0-II) and moderate (Braak stages III/IV), then rises markedly with severe disease. Also, in parallel studies in the TMHT model of tauopathy, this type of treatment did not play a significant role, with both compounds increasing the expression of the protein. Figure 4 shows the brain of a patient with AD (labeled "human brain") and the CSF of a patient with Braak stage 3 or 4 AD (labeled "human brain").
human CSF 3/4), and 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine (above) or 2-methyl-amino-3- Shown is a Venn diagram of the analysis performed on the brains of mice (denoted "mouse ck1 inh.) treated with [(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide (bottom). As can be seen in FIG. , there is only one protein upregulated in all samples, and that protein is 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase.

図5は、軽症(Braak 0~II)(n=3)、中等症(Braak III/IV)、又は重症(Braak V/VI)タウ
病態のヒト脳におけるプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aレベル
のレベルを表す棒グラフ(A)を示す;プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニ
ット14Aのレベルは、神経認知障害の進行したステージ(Braak V/VI)にあるヒト対象の脳
において増加する。図5グラフ(B)は、ビヒクル単独で、又は30mg/kgのカゼインキナーゼ1
デルタ阻害剤5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-ア
ミン及び2-メチル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボ
キサミドを含むビヒクルで経口的に処置したヒトタウオパチーのTMHTモデル由来のマウス
脳が、処置に応答して、プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aの濃
度又は量を変化させたことを示す。最後に、図5グラフ(C)は、生化学的に診断されたAD患
者(n=3)由来のCSFが、認知的に冒されている非AD対照(n=3)と比べて、減少したレベルの
プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14Aを有することを示す。
FIG. 5 depicts protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A levels in human brains with mild (Braak 0-II) (n=3), moderate (Braak III/IV), or severe (Braak V/VI) tau pathology. Bar graph (A) showing levels; levels of protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A are increased in the brain of human subjects with advanced stages of neurocognitive impairment (Braak V/VI). Figure 5 graph (B) shows casein kinase 1 with vehicle alone or at 30 mg/kg.
Delta inhibitors 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine and 2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl] Mouse brains from a TMHT model of human tauopathy treated orally with a vehicle containing indolizine-1-carboxamide altered the concentration or amount of protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A in response to treatment. . Finally, FIG. 5 graph (C) shows decreased CSF from biochemically diagnosed AD patients (n=3) compared to cognitively affected non-AD controls (n=3). 1 shows that it has moderate levels of protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A.

図6は、軽症(Braak 0~II)(n=3)、中等症(Braak III/IV)、又は重症(Braak V/VI)タウ
病態のヒト脳における2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼレベルのレベ
ルを表す棒グラフ(A)を示す;2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼのレベ
ルは、神経認知障害の進行したステージにある(Braak V/VI)ヒト対象の脳において増加す
る。図6のグラフ(B)は、ビヒクル単独で、又は30mg/kgのカゼインキナーゼ1デルタ阻害剤
5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン及び2-メ
チル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミドを含
むビヒクルで経口的に処置したヒトタウオパチーのTMHTモデル由来のマウス脳が、処置に
応答して、タンパク質2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼの濃度又は量
を変化させたことを示す。最後に、図6のグラフ(C)は、生化学的に診断されたAD患者(n=3
)由来のCSFが、認知的に冒されている非AD対照(n=3)と比べて、増加したレベルの2’,3’
-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼを有することを示す。
Figure 6. 2',3'-cyclic nucleotide 3' in human brains with mild (Braak 0-II) (n=3), moderate (Braak III/IV), or severe (Braak V/VI) tau pathology. - Bar graph (A) depicting levels of phosphodiesterase levels; levels of 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase levels in the brain of human subjects at advanced stages of neurocognitive impairment (Braak V/VI). To increase. Graph (B) of FIG. 6 shows vehicle alone or casein kinase 1 delta inhibitor at 30 mg/kg.
5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine and 2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine- Mouse brains from the TMHT model of human tauopathy treated orally with vehicle containing 1-carboxamide altered levels or amounts of protein 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase in response to treatment. indicates Finally, graph (C) of Fig. 6 shows biochemically diagnosed AD patients (n = 3
)-derived CSF showed increased levels of 2′,3′ compared to cognitively affected non-AD controls (n=3)
- indicates that it has a cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase.

まとめると、1)ホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、及び2’,3’-環状ヌ
クレオチド3’-ホスホジエステラーゼの双方が、神経認知障害の進行したステージ(Braak
ステージV又はステージVI)の対象の脳において上昇する;2)認知的に冒されている非AD対
照と比較すると、AD対象のCSFにおいて、プロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブ
ユニット14Aが減少するのに対して、2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラー
ゼは増加する;かつ3)ホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A及び2’,3’-環状
ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼの双方は、カゼインキナーゼ1デルタ阻害剤5-(1,
3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン及び2-メチル-
アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミドに応答して
上方調節される。
Taken together, 1) both phosphatase 1 regulatory subunit 14A and 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase are associated with advanced stages of neurocognitive impairment (Braak
2) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A is decreased in the CSF of AD subjects compared to cognitively affected non-AD controls, whereas protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A is decreased and 3) both phosphatase 1 regulatory subunit 14A and 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase inhibit casein kinase 1 delta. agent 5-(1,
3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine and 2-methyl-
Upregulated in response to amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide.

最後に、ホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A及び2’,3’-環状ヌクレオチ
ド3’-ホスホジエステラーゼと共に、群A、B、C、D、及び表5~13から追加のタンパク質
を選択して、神経認知障害、特にADの診断、ステージ分類、及び治療評価のための拡張し
たバイオマーカーパネルを形成することができる。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
(構成1)
i)配列番号:1のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するプロテインホスファ
ターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント
、もしくは断片;及び/あるいは
ii)配列番号:2のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する2’,3’-環状ヌクレ
オチド3’-ホスホジエステラーゼ、又はそのアイソフォーム、もしくはバリアント、もし
くは断片
を含むバイオマーカーのパネル。
(構成2)
タウ又はその1以上の断片を含むバイオマーカーのパネルであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S19
1、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237
、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、
S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミノ酸を含
み;
タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つの
リン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含む、前記パネル。
(構成3)
表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上、任意に
2以上のタンパク質を含むバイオマーカーのパネル。
(構成4)
配列番号:11のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するアクチンアルファ心
筋1、配列番号:12のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するアンチトロンビン
-III、配列番号:3のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するBH3共役ドメイン
デスアゴニスト、配列番号:24のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するcAMP
依存性プロテインキナーゼI型-ベータレギュラトリーサブユニット、配列番号:4のアミノ
酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するカテニンデルタ-1、配列番号:23のアミノ酸
配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する170kDaの中心体タンパク質、配列番号:5のアミ
ノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するクラスリン軽鎖B、配列番号:13のアミノ酸
配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するEgl nineホモログ1、配列番号:14のアミノ酸配
列を含むか又は該アミノ酸配列を有するフィブリノーゲンガンマ鎖、配列番号:27のアミ
ノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するGMP還元酵素1、配列番号:6のアミノ酸配列
を含むか又は該アミノ酸配列を有するグアニンヌクレオチド結合タンパク質G(q)サブユニ
ットアルファ、配列番号:15のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するインス
リン様増殖因子結合タンパク質6、配列番号:28のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配
列を有するKxDLモチーフ含有タンパク質1、配列番号:18のアミノ酸配列を含むか又は該ア
ミノ酸配列を有するラムダ-クリスタリンホモログ、配列番号:20のアミノ酸配列を含むか
又は該アミノ酸配列を有するミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質、配列
番号:7のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する中性アルファ-グルコシダー
ゼAB、配列番号:19のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する核膜孔複合体タ
ンパク質Nup155、配列番号:16のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するOCIA
ドメイン含有タンパク質1、配列番号:25のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有
するタンパク質KIAA1045、配列番号:8のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有す
るセセルニン-2、配列番号:17のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する血清
アルブミン、配列番号:9のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する短鎖特異的
アシルCoAデヒドロゲナーゼ、配列番号:22のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を
有するシナプトポリン、配列番号:10のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有す
るシンタフィリン、配列番号:21のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有する膜
貫通型タンパク質119、及び配列番号:26のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有
するチューブリンアルファ鎖様3を含む群Aから選択される1以上の、代わりの2以上のタン
パク質をさらに含む、構成1記載のバイオマーカーのパネル。
(構成5)
群B、C、又はDから選択される1以上のタンパク質をさらに含む、構成1記載のバイオマ
ーカーのパネル。
(構成6)
構成2記載のパネルにおいて定義される1以上のバイオマーカーをさらに含む、構成1、4
、又は5のいずれか1項記載のバイオマーカーのパネル。
(構成7)
構成3記載のパネルにおいて定義される1以上のバイオマーカーをさらに含む、構成1、4
、5、又は6のいずれか1項記載のバイオマーカーのパネル。
(構成8)
タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有し、かつ
ii)S61、S64、S199、S205、及びS396から選択される1以上、任意に2以上のリン酸化アミ
ノ酸を含む、構成2記載のバイオマーカーのパネル。
(構成9)
少なくともベイシジン及び/又はミトコンドリアのシトクロムcオキシダーゼサブユニッ
ト7A関連タンパク質を含む、構成3記載のバイオマーカーのパネル。
(構成10)
対象における神経認知障害を診断するための方法であって:
a)該対象から得られる試料を、構成1~9のいずれか1項において定義されるパネルのバイ
オマーカーについてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該パネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参
照濃度又は量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを
決定することを含む、前記方法。
(構成11)
対象における神経認知障害をステージ分類するための方法であって:
a)該対象から得られる試料を、構成1~9のいずれか1項において定義されるパネルのバイ
オマーカーについてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該パネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参
照濃度又は量と比較することによって、該対象における該神経認知障害のステージを決定
することを含む、前記方法。
(構成12)
対象において神経認知障害を発症する可能性を評価するための方法であって:
a)該対象から得られる試料を、構成1~9のいずれか1項において定義されるパネルのバイ
オマーカーについてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該バイオマーカーパネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイ
オマーカーの参照濃度又は量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を発症す
る可能性があるかどうかを決定することを含む、前記方法。
(構成13)
対象における神経認知障害を治療するための方法であって:
a)該対象から得られる試料を、構成1~9のいずれか1項において定義されるパネルのバイ
オマーカーについてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は
量と比較することによって、該対象が、神経認知障害を有しているかどうかを決定するこ
と;
d)該神経認知障害を治療するための薬物を、該対象に投与することを含む、前記方法。
(構成14)
対象における神経認知障害を治療するための薬物に対する応答を評価するための方法で
あって、該対象が、該薬物で治療されてきたか又は該薬物で治療されており、該方法が:
a)対象から得られる試料を、構成1~9のいずれか1項において定義されるパネルのバイオ
マーカーについてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は
量と比較することによって、該対象が、該薬物に応答してきたかどうか又は該薬物に応答
しているかどうかを決定することを含む、前記方法。
(構成15)
神経認知障害を治療するための前記薬物が、キナーゼ阻害剤である、構成13又は構成14
記載の方法。
(構成16)
前記キナーゼ阻害剤が、タウキナーゼ阻害剤、又はカゼインキナーゼ阻害剤、任意に、
カゼインキナーゼ1アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、もしくはイプシロンから選択さ
れる、構成15記載の方法。
(構成17)
前記キナーゼ阻害剤が、5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリジン-4-イル)ピ
リミジン-2-アミン;
2-アミノ-3-[(チオフェン-2-イル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;
2-[3-(ピリジン-4-イル)-1H-ピラゾール-4-イル]-1,3-ベンゾオキサゾール;
2-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;2-メチ
ル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;
2-アミノ-3-ベンゾイルインドリジン-1-カルボキサミド;
2-アミノ-1-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]-1H-インドール-3-カルボキサミド;それ
らの組合せ;又はそれらの医薬として許容し得る塩もしくは溶媒和物から選択されるカゼ
インキナーゼ1デルタ阻害剤である、構成16記載の方法。
(構成18)
前記カゼインキナーゼ1デルタ阻害剤が、5-(1,3-ベンゾオキサゾール-2-イル)-4-(ピリ
ジン-4-イル)ピリミジン-2-アミン;
2-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミド;2-メチ
ル-アミノ-3-[(4-フルオロフェニル)カルボニル]インドリジン-1-カルボキサミドから選
択される、構成17記載の方法。
(構成19)
前記神経認知障害が、タウ毒性を特徴とする、構成10~18のいずれか1項記載の方法。
(構成20)
前記神経認知障害が、タウオパチーである、構成8~17のいずれか1項記載の方法。
(構成21)
前記タウオパチーが、アルツハイマー病、17番染色体に連鎖しパーキンソニズムを伴う
前頭側頭型認知症(FTDP-17)、進行性核上性麻痺(PSP)、ピック病、皮質基底核変性症、多
系統萎縮症(MSA)、鉄蓄積を伴う神経基底変性、1型(ハラーホルデン・スパッツ)、嗜銀顆
粒性認知症、ダウン症候群、石灰化を伴うびまん性神経原線維変化病、ボクサー認知症、
ゲルストマン・シュトロイスラー・シャインカー病、筋強直性ジストロフィー、ニーマン
・ピック病C型、進行性皮質下グリオーシス、プリオンタンパク質脳アミロイドアンギオ
パチー、神経原線維変化型認知症、脳炎後パーキンソニズム、亜急性硬化性全脳炎、クロ
イツフェルト・ヤコブ病、筋萎縮性側索硬化症/パーキンソン認知症症候群、神経原線維
変化/認知症を伴う非グアム型運動ニューロン疾患、慢性外傷性脳障害、アルファ-シヌク
レイン病、パーキンソン病、又はそれらの組合せの群から選択される、構成20記載の方法

(構成22)
前記タウオパチーが、アルツハイマー病である、構成21記載の方法。
(構成23)
工程d)が、メマンチン(例えば、Namenda(登録商標))、ガランタミン(例えば、Razadyne
(登録商標))、リバスチグミン(例えば、Exelon(登録商標))、ドネペジル(例えば、Aricep
t(登録商標))、ソラネズマブ、5HT5アンタゴニスト、又はそれらの組合せの群から選択さ
れる追加の治療薬剤を投与することをさらに含む、構成13記載の方法。
(構成24)
構成14記載の方法であって:
i)前記対象が、メマンチン(例えば、Namenda(登録商標))、ガランタミン(例えば、Razady
ne(登録商標))、リバスチグミン(例えば、Exelon(登録商標))、ドネペジル(例えば、Aric
ept(登録商標))、ソラネズマブ、5HT5アンタゴニスト、若しくはそれらの組合せの群から
選択される追加の治療薬剤でも治療されてきたか又は治療されており;かつ/又は
ii)工程c)の後に、該方法が、メマンチン(例えば、Namenda(登録商標))、ガランタミン(
例えば、Razadyne(登録商標))、リバスチグミン(例えば、Exelon(登録商標))、ドネペジ
ル(例えば、Aricept(登録商標))、ソラネズマブ、5HT5アンタゴニスト、若しくはそれら
の組合せの群から選択される追加の治療薬剤を投与することを含む、前記方法。
(構成25)
前記アッセイする工程a)及び/又は前記測定する工程b)が:
i)前記試料を、前記パネルの前記バイオマーカーの各々に対する1以上の結合性物質と接
触させること;又は
ii)前記試料中で前記バイオマーカーの各々に特異的な自己抗体を検出すること;又は
iii)前記試料中で、質量分析により、前記パネルの前記バイオマーカー又はそれらの断片
の各々を、任意に該試料を1以上のアイソバリックな反応性質量標識で事前に標識して、
検出すること;又は
iv)前記試料中で、2Dゲル電気泳動により、前記パネルの前記バイオマーカーの各々を検
出すること;又は
iv) i)、ii)、iii)、もしくはiv)のいずれかの組合せを含む、構成10~24のいずれか1項
記載の方法。
(構成26)
工程a)における前記アッセイすること及び/又は工程b)における前記測定することが:
i)前記パネルにおける前記バイオマーカーの1以上の断片を検出すること、及び/又は
ii)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するタウもしくはその1
以上の断片上の1以上のリン酸化アミノ酸を検出することであって、検出されるべきタウ
上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合、タウ又はその1以上の断片上の少なくとも
もう1つのリン酸化アミノ酸が検出される、前記検出すること;を含む、構成25記載の方法

(構成27)
前記試料が、固体支持体上に固定化されている、構成25又は構成26記載の方法。
(構成28)
前記試料が、脳脊髄液(CSF)、血液、血漿、血清、唾液、尿、組織(例えば、脳組織)又
はそれらの組合せの群から選択される、構成10~27のいずれか1項記載の方法。
(構成29)
前記試料が、CSF又は血液である、構成10~28のいずれか1項記載の方法。
(構成30)
前記対象が、ヒト対象である、構成10~29のいずれか1項記載の方法。
(構成31)
試料中で、構成1~9のいずれか1項において定義されるパネルの前記バイオマーカーを
アッセイ及び/又は測定するための試薬を含むキット。
(構成32)
前記試薬が、前記パネルの前記バイオマーカーに特異的に結合する1以上の結合性物質
を含む、構成31記載のキット。
(構成33)
前記1以上の結合性物質が、一次抗体であり、各々の一次抗体が:
i)前記パネルの異なるバイオマーカー、及び/又は
ii)配列番号:29のアミノ酸配列を含むか又は該アミノ酸配列を有するタウもしくはその断
片の1以上のリン酸化アミノ酸
に特異的に結合する、構成32記載のキット。
(構成34)
前記試薬が、前記一次抗体に特異的に結合する1以上の二次抗体をさらに含む、構成33
記載のキット。
(構成35)
前記二次抗体が、標識されている、構成34記載のキット。
(構成36)
前記試料が、脳脊髄液(CSF)、血液、血漿、血清、唾液、尿、組織(例えば、脳組織)又
はそれらの組合せの群から選択される、構成31~35のいずれか1項記載のキット。
Finally, along with phosphatase 1 regulatory subunit 14A and 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase, additional proteins from groups A, B, C, D, and Tables 5-13 were selected to Expanded biomarker panels for diagnosis, staging, and treatment assessment of disorders, particularly AD, can be created.
The present application provides an invention having the following configuration.
(Configuration 1)
i) protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, or an isoform, or variant, or fragment thereof; and/or
ii) A panel of biomarkers comprising a 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform, or variant, or fragment thereof.
(Configuration 2)
A panel of biomarkers comprising tau or one or more fragments thereof, wherein tau:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S19
1, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, T217, T231, S235, S237
, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412,
comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S413, T414/S416, or S422;
Said panel, wherein said panel comprises tau or one or more fragments thereof having at least one phosphorylated amino acid, wherein said phosphorylated amino acid on tau is T181.
(Composition 3)
one or more selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof, optionally
A panel of biomarkers containing two or more proteins.
(Composition 4)
actin alpha myocardium 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 11, antithrombin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 12
-III, a BH3-coupling domain death agonist comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:3, cAMP comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:24
dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit, comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:4, catenin delta-1, comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 170 kDa centrosome protein, clathrin light chain B comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:5, Egl nine homolog 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:13, sequence Fibrinogen gamma chain comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 14, GMP reductase 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 27, comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 6 or guanine nucleotide binding protein G(q) subunit alpha having said amino acid sequence, insulin-like growth factor binding protein 6 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 15, amino acid sequence of SEQ ID NO: 28 a KxDL motif-containing protein 1 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:18, a lambda-crystallin homologue comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:20, comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:20 myelin-associated oligodendrocyte basic protein, neutral alpha-glucosidase AB comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:7, nuclei comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 Membrane pore complex protein Nup155, OCIA comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 16
domain-containing protein 1, protein KIAA1045 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:25, seselnin-2 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:8, amino acids of SEQ ID NO:17 serum albumin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:9, short chain-specific acyl-CoA dehydrogenase comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:22, comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:22 synaptoporin having the sequence, syntaphyrin comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:10, transmembrane protein 119 comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:21, and SEQ ID NO:: The panel of biomarkers of configuration 1, further comprising one or more alternative two or more proteins selected from group A comprising tubulin alpha chain-like 3 comprising or having the 26 amino acid sequence.
(Composition 5)
The panel of biomarkers of configuration 1, further comprising one or more proteins selected from groups B, C, or D.
(Composition 6)
Configurations 1, 4 further comprising one or more biomarkers defined in the panel according to configuration 2
, or the panel of biomarkers of any one of 5.
(Composition 7)
Configurations 1, 4 further comprising one or more biomarkers defined in the panel according to configuration 3
7. The panel of biomarkers of any one of , 5, or 6.
(Composition 8)
Tau is:
i) comprises or has the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) A panel of biomarkers according to configuration 2, comprising one or more, optionally two or more phosphorylated amino acids selected from S61, S64, S199, S205 and S396.
(Composition 9)
3. A panel of biomarkers according to configuration 3, comprising at least basidin and/or mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 7A-related protein.
(Configuration 10)
A method for diagnosing a neurocognitive disorder in a subject comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers as defined in any one of configurations 1-9;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether said subject has a neurocognitive impairment by comparing said concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker The method as described above, comprising:
(Composition 11)
A method for staging neurocognitive impairment in a subject, comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers as defined in any one of configurations 1-9;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining the stage of neurocognitive impairment in the subject by comparing the concentration or amount of each biomarker of the panel in the sample to a reference concentration or amount of the biomarker; the aforementioned method.
(Composition 12)
A method for assessing the likelihood of developing a neurocognitive disorder in a subject, comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers as defined in any one of configurations 1-9;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) by comparing said concentration or amount of each biomarker of said biomarker panel in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker, said subject may develop a neurocognitive disorder The method, comprising determining whether the
(Composition 13)
A method for treating a neurocognitive disorder in a subject comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers as defined in any one of configurations 1-9;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) determining whether the subject has a neurocognitive impairment by comparing the concentration or amount of each biomarker in the sample to a reference concentration or amount of the biomarker;
d) administering to said subject a drug for treating said neurocognitive disorder.
(Composition 14)
A method for assessing response to a drug for treating a neurocognitive disorder in a subject, wherein the subject has been or has been treated with the drug, the method comprising:
a) assaying a sample obtained from a subject for a panel of biomarkers as defined in any one of configurations 1-9;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) whether the subject has responded to or is responding to the drug by comparing the concentration or amount of each biomarker in the sample to a reference concentration or amount of the biomarker; The method, comprising determining whether.
(Composition 15)
Configuration 13 or Configuration 14, wherein said drug for treating neurocognitive disorders is a kinase inhibitor
described method.
(Composition 16)
wherein said kinase inhibitor is a tau kinase inhibitor or a casein kinase inhibitor, optionally
16. The method of configuration 15, wherein the method is selected from casein kinase 1 alpha, beta, gamma, delta, or epsilon.
(Composition 17)
the kinase inhibitor is 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine;
2-amino-3-[(thiophen-2-yl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide;
2-[3-(pyridin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]-1,3-benzoxazole;
2-Amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide;2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide;
2-Amino-3-benzoylindolizine-1-carboxamide;
2-amino-1-[(4-fluorophenyl)carbonyl]-1H-indole-3-carboxamide; combinations thereof; or pharmaceutically acceptable salts or solvates thereof. 17. The method of configuration 16, which is an agent.
(Composition 18)
said casein kinase 1 delta inhibitor is 5-(1,3-benzoxazol-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyrimidin-2-amine;
2-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide; 2-methyl-amino-3-[(4-fluorophenyl)carbonyl]indolizine-1-carboxamide; 17. The method of configuration 17.
(Composition 19)
19. The method of any one of configurations 10-18, wherein said neurocognitive disorder is characterized by tau toxicity.
(Configuration 20)
18. The method of any one of configurations 8-17, wherein said neurocognitive disorder is tauopathy.
(Composition 21)
The tauopathy is Alzheimer's disease, frontotemporal dementia with parkinsonism linked to chromosome 17 (FTDP-17), progressive supranuclear palsy (PSP), Pick's disease, corticobasal degeneration, multisystem atrophy (MSA), neurobasal degeneration with iron accumulation, type 1 (Hallerholden spats), argyric granular dementia, Down's syndrome, diffuse neurofibrillary tangles with calcification, boxer dementia,
Gerstmann-Straussler-Scheinker disease, myotonic dystrophy, Niemann-Pick disease type C, progressive subcortical gliosis, prion protein brain amyloid angiopathy, neurofibrillary tangle dementia, postencephalitic parkinsonism, subacute sclerosis panencephalitis, Creutzfeldt-Jakob disease, amyotrophic lateral sclerosis/parkinsonian dementia syndrome, non-Guam motor neuron disease with neurofibrillary tangles/dementia, chronic traumatic encephalopathy, alpha-synuclein disease, 21. A method according to configuration 20, selected from the group of Parkinson's disease, or combinations thereof.
(Composition 22)
22. The method of configuration 21, wherein said tauopathy is Alzheimer's disease.
(Composition 23)
step d) is memantine (e.g. Namenda®), galantamine (e.g. Razadyne
®), rivastigmine (e.g. Exelon®), donepezil (e.g. Aricep
t®), solanezumab, a 5HT5 antagonist, or a combination thereof, further comprising administering an additional therapeutic agent selected from the group.
(Composition 24)
14. The method of configuration 14, wherein:
i) the subject is memantine (e.g. Namenda®), galantamine (e.g. Razady
ne®), rivastigmine (e.g. Exelon®), donepezil (e.g. Aric
ept®), solanezumab, 5HT5 antagonists, or combinations thereof; and/or
ii) after step c), the method adds memantine (e.g. Namenda®), galantamine (
Additional therapy selected from the group, e.g., Razadyne®), rivastigmine (e.g., Exelon®), donepezil (e.g., Aricept®), solanezumab, 5HT5 antagonists, or combinations thereof The above method, comprising administering a drug.
(Composition 25)
Said assaying step a) and/or said measuring step b) are:
i) contacting said sample with one or more binding agents for each of said biomarkers of said panel; or
ii) detecting autoantibodies specific for each of said biomarkers in said sample; or
iii) each of said biomarkers of said panel, or fragments thereof, in said sample by mass spectrometry, optionally pre-labeling said sample with one or more isobaric reactive mass labels;
to detect; or
iv) detecting each of said biomarkers of said panel by 2D gel electrophoresis in said sample; or
iv) A method according to any one of configurations 10-24, comprising any combination of i), ii), iii), or iv).
(Composition 26)
Said assaying in step a) and/or said measuring in step b):
i) detecting one or more fragments of said biomarkers in said panel, and/or
ii) Tau comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:29 or 1 thereof
detecting one or more phosphorylated amino acids on the above fragments, wherein when the phosphorylated amino acid on tau to be detected is T181, at least one other phosphorylated amino acid on tau or one or more fragments thereof 26. The method of configuration 25, comprising detecting, wherein a phosphorylated amino acid is detected.
(Composition 27)
27. The method of configuration 25 or configuration 26, wherein said sample is immobilized on a solid support.
(Composition 28)
28. According to any one of the configurations 10-27, wherein said sample is selected from the group of cerebrospinal fluid (CSF), blood, plasma, serum, saliva, urine, tissue (e.g. brain tissue) or combinations thereof. Method.
(Composition 29)
29. The method of any one of configurations 10-28, wherein said sample is CSF or blood.
(Configuration 30)
30. The method of any one of configurations 10-29, wherein said subject is a human subject.
(Composition 31)
A kit comprising reagents for assaying and/or measuring said biomarkers of the panel defined in any one of configurations 1-9 in a sample.
(Composition 32)
32. The kit of configuration 31, wherein said reagents comprise one or more binding agents that specifically bind to said biomarkers of said panel.
(Composition 33)
The one or more binding agents are primary antibodies, each primary antibody:
i) different biomarkers of said panel, and/or
ii) a kit according to configuration 32, which specifically binds to one or more phosphorylated amino acids of tau or a fragment thereof comprising or having the amino acid sequence of SEQ ID NO:29;
(Composition 34)
Configuration 33, wherein said reagent further comprises one or more secondary antibodies that specifically bind to said primary antibody
Kit as described.
(Composition 35)
35. The kit of configuration 34, wherein said secondary antibody is labeled.
(Composition 36)
36. According to any one of the configurations 31-35, wherein said sample is selected from the group of cerebrospinal fluid (CSF), blood, plasma, serum, saliva, urine, tissue (e.g. brain tissue) or combinations thereof. kit.

Claims (20)

タウ又はその1以上の断片及び2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼを含む、アルツハイマー病を診断するためのバイオマーカーのパネルであって、タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含み、かつ
ii)T39、S46、T50、T52、T56、S61、T63、S64、S68、T69、S113、T181、S184、S185、S191、S195、S198、S199、S202、S205、S208、S210、T212、S214、T217、T231、S235、S237、S238、S258、S262、S285、S289、S356、Y394、S396、S400、T403、S404、S409、S412、S413、T414/S416、又はS422から選択される1以上のリン酸化アミノ酸を含み;
タウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合に、該パネルが、少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸を有するタウ又はその1以上の断片を含み、かつ該バイオマーカーのパネルが配列番号:1のアミノ酸配列を含むプロテインホスファターゼ1レギュラトリーサブユニット14A、又はそのアイソフォーム、もしくは断片を含まず;
該2’,3’-環状ヌクレオチド3’-ホスホジエステラーゼが、配列番号:2のアミノ酸配列、又はそのアイソフォームもしくは断片を含む、前記バイオマーカーのパネル。
A panel of biomarkers for diagnosing Alzheimer's disease comprising tau or one or more fragments thereof and 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase, wherein tau:
i) contains the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) T39, S46, T50, T52, T56, S61, T63, S64, S68, T69, S113, T181, S184, S185, S191, S195, S198, S199, S202, S205, S208, S210, T212, S214, one or more rings selected from T217, T231, S235, S237, S238, S258, S262, S285, S289, S356, Y394, S396, S400, T403, S404, S409, S412, S413, T414/S416, or S422; Contains oxidized amino acids;
when said phosphorylated amino acid on tau is T181, said panel comprises tau having at least one more phosphorylated amino acid or one or more fragments thereof, and said panel of biomarkers comprises SEQ ID NO:1 does not contain protein phosphatase 1 regulatory subunit 14A containing amino acid sequence, or isoforms or fragments thereof;
Said panel of biomarkers, wherein said 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO:2, or an isoform or fragment thereof.
配列番号:11のアミノ酸配列を含むアクチンアルファ心筋1、配列番号:12のアミノ酸配列を含むアンチトロンビン-III、配列番号:3のアミノ酸配列を含むBH3共役ドメインデスアゴニスト、配列番号:24のアミノ酸配列を含むcAMP依存性プロテインキナーゼI型-ベータレギュラトリーサブユニット、配列番号:4のアミノ酸配列を含むカテニンデルタ-1、配列番号:23のアミノ酸配列を含む170kDaの中心体タンパク質、配列番号:5のアミノ酸配列を含むクラスリン軽鎖B、配列番号:13のアミノ酸配列を含むEgl nineホモログ1、配列番号:14のアミノ酸配列を含むフィブリノーゲンガンマ鎖、配列番号:27のアミノ酸配列を含むGMP還元酵素1、配列番号:6のアミノ酸配列を含むグアニンヌクレオチド結合タンパク質G(q)サブユニットアルファ、配列番号:15のアミノ酸配列を含むインスリン様増殖因子結合タンパク質6、配列番号:28のアミノ酸配列を含むKxDLモチーフ含有タンパク質1、配列番号:18のアミノ酸配列を含むラムダ-クリスタリンホモログ、配列番号:20のアミノ酸配列を含むミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質、配列番号:7のアミノ酸配列を含む中性アルファ-グルコシダーゼAB、配列番号:19のアミノ酸配列を含む核膜孔複合体タンパク質Nup155、配列番号:16のアミノ酸配列を含むOCIAドメイン含有タンパク質1、配列番号:25のアミノ酸配列を含むタンパク質KIAA1045、配列番号:8のアミノ酸配列を含むセセルニン-2、配列番号:17のアミノ酸配列を含む血清アルブミン、配列番号:9のアミノ酸配列を含む短鎖特異的アシルCoAデヒドロゲナーゼ、配列番号:22のアミノ酸配列を含むシナプトポリン、配列番号:10のアミノ酸配列を含むシンタフィリン、配列番号:21のアミノ酸配列を含む膜貫通型タンパク質119、及び配列番号:26のアミノ酸配列を含むチューブリンアルファ鎖様3を含む群Aから選択される1以上のタンパク質をさらに含む、請求項1記載のバイオマーカーのパネル。 actin alpha myocardium 1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:11, antithrombin-III comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:12, BH3 coupling domain death agonist comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:3, amino acid sequence of SEQ ID NO:24 cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit comprising; catenin delta-1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:4; a 170 kDa centrosomal protein comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23; clathrin light chain B comprising the amino acid sequence; Egl nine homolog 1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 13; fibrinogen gamma chain comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 14; GMP reductase 1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 27 , guanine nucleotide binding protein G(q) subunit alpha comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:6, insulin-like growth factor binding protein 6 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:15, KxDL motif comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:28. Containing protein 1, lambda-crystallin homologue comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:18, myelin-associated oligodendrocyte basic protein comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20, neutral alpha-glucosidase comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:7 AB, nuclear pore complex protein Nup155 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19, OCIA domain containing protein 1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:16, protein KIAA1045 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:8 serum albumin comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:17 short chain-specific acyl-CoA dehydrogenase comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:9 synaptoporin comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22; selected from group A comprising syntaphyrin comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10, transmembrane protein 119 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 21, and tubulin alpha chain-like 3 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 26 2. The panel of biomarkers of claim 1, further comprising one or more proteins. 群B、C、又はDから選択される1以上のタンパク質をさらに含む、請求項1記載のバイオマーカーのパネルであって、
群Bが、配列番号:11のアミノ酸配列を含むアクチンアルファ心筋1、配列番号:12のアミノ酸配列を含むアンチトロンビン-III、配列番号:3のアミノ酸配列を含むBH3共役ドメインデスアゴニスト、配列番号:4のアミノ酸配列を含むカテニンデルタ-1、配列番号:5のアミノ酸配列を含むクラスリン軽鎖B、配列番号:13のアミノ酸配列を含むEgl nineホモログ1、配列番号:14のアミノ酸配列を含むフィブリノーゲンガンマ鎖、配列番号:6のアミノ酸配列を含むグアニンヌクレオチド結合タンパク質G(q)サブユニットアルファ、配列番号:15のアミノ酸配列を含むインスリン様増殖因子結合タンパク質6、配列番号:18のアミノ酸配列を含むラムダ-クリスタリンホモログ、配列番号:7のアミノ酸配列を含む中性アルファ-グルコシダーゼAB、配列番号:19のアミノ酸配列を含む核膜孔複合体タンパク質Nup155、配列番号:16のアミノ酸配列を含むOCIAドメイン含有タンパク質1、配列番号:8のアミノ酸配列を含むセセルニン-2、配列番号:17のアミノ酸配列を含む血清アルブミン、配列番号:9のアミノ酸配列を含む短鎖特異的アシルCoAデヒドロゲナーゼ、及び配列番号:10のアミノ酸配列を含むシンタフィリンを含み、
群Cが、配列番号:11のアミノ酸配列を含むアクチンアルファ心筋1、配列番号:12のアミノ酸配列を含むアンチトロンビン-III、配列番号:3のアミノ酸配列を含むBH3共役ドメインデスアゴニスト、配列番号:24のアミノ酸配列を含むcAMP依存性プロテインキナーゼI型-ベータレギュラトリーサブユニット、配列番号:4のアミノ酸配列を含むカテニンデルタ-1、配列番号:23のアミノ酸配列を含む170kDaの中心体タンパク質、配列番号:5のアミノ酸配列を含むクラスリン軽鎖B、配列番号:13のアミノ酸配列を含むEgl nineホモログ1、配列番号:14のアミノ酸配列を含むフィブリノーゲンガンマ鎖、配列番号:27のアミノ酸配列を含むGMP還元酵素1、配列番号:6のアミノ酸配列を含むグアニンヌクレオチド結合タンパク質G(q)サブユニットアルファ、配列番号:15のアミノ酸配列を含むインスリン様増殖因子結合タンパク質6、配列番号:18のアミノ酸配列を含むラムダ-クリスタリンホモログ、配列番号:20のアミノ酸配列を含むミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質、配列番号:7のアミノ酸配列を含む中性アルファ-グルコシダーゼAB、配列番号:19のアミノ酸配列を含む核膜孔複合体タンパク質Nup155、配列番号:16のアミノ酸配列を含むOCIAドメイン含有タンパク質1、配列番号:25のアミノ酸配列を含むタンパク質KIAA1045、配列番号:17のアミノ酸配列を含む血清アルブミン、配列番号:9のアミノ酸配列を含む短鎖特異的アシルCoAデヒドロゲナーゼ、配列番号:22のアミノ酸配列を含むシナプトポリン、配列番号:10のアミノ酸配列を含むシンタフィリン、及び配列番号:26のアミノ酸配列を含むチューブリンアルファ鎖様3を含み、かつ
群Dが、配列番号:8のアミノ酸配列を含むセセルニン-2、配列番号:21のアミノ酸配列を含む膜貫通型タンパク質119、及び配列番号:28のアミノ酸配列を含むKxDLモチーフ含有タンパク質1を含む、前記バイオマーカーのパネル。
2. The panel of biomarkers of claim 1, further comprising one or more proteins selected from groups B, C, or D, wherein
Group B is actin alpha myocardium 1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:11, antithrombin-III comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:12, BH3 coupling domain death agonist comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:3 catenin delta-1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:4, clathrin light chain B comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:5, Egl nine homolog 1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:13, fibrinogen comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:14 gamma chain, guanine nucleotide binding protein G(q) subunit alpha comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:6, insulin-like growth factor binding protein 6 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:15, comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:18 lambda-crystallin homolog, neutral alpha-glucosidase AB comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:7, nuclear pore complex protein Nup155 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19, OCIA domain containing the amino acid sequence of SEQ ID NO:16 protein 1, sesernin-2 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:8, serum albumin comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:17, short chain-specific acyl-CoA dehydrogenase comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:9, and SEQ ID NO:10 containing syntaphyllin, which contains the amino acid sequence of
Group C is actin alpha myocardium 1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:11, antithrombin-III comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:12, BH3 coupling domain death agonist comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:3 cAMP-dependent protein kinase type I-beta regulatory subunit containing 24 amino acid sequence, catenin delta-1 containing amino acid sequence of SEQ ID NO:4, 170 kDa centrosomal protein containing amino acid sequence of SEQ ID NO:23, sequence clathrin light chain B comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5, Egl nine homolog 1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 13, fibrinogen gamma chain comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 14, comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 27 GMP reductase 1, guanine nucleotide binding protein G(q) subunit alpha comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:6, insulin-like growth factor binding protein 6 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:15, amino acid sequence of SEQ ID NO:18 myelin-associated oligodendrocyte basic protein comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20 neutral alpha-glucosidase AB comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:7; comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 nuclear pore complex protein Nup155, OCIA domain containing protein 1 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:16, protein KIAA1045 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:25, serum albumin comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:1 short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:9, synaptoporin comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22, syntaphyrin comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:10, and tubulin alpha comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:26. KxDL comprising chain-like 3, and wherein group D comprises sesernin-2 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:8, transmembrane protein 119 comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21, and KxDL comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:28 Said panel of biomarkers comprising motif-containing protein 1.
前記バイオマーカーが、下記表5、6、7、8、9、10、11、12、13、又はそれらの組合せから選択される1以上のタンパク質をさらに含む、請求項1~3のいずれか1項記載のバイオマーカーのパネル:
表5:対照と比較してAD患者のCSFにおいて上方/下方調節されるバイオマーカー
Figure 0007241104000035
Figure 0007241104000036
Figure 0007241104000037
Figure 0007241104000038
Figure 0007241104000039
Figure 0007241104000040
Figure 0007241104000041
Figure 0007241104000042
Figure 0007241104000043
Figure 0007241104000044
Figure 0007241104000045
Figure 0007241104000046
Figure 0007241104000047
Figure 0007241104000048
Figure 0007241104000049
Figure 0007241104000050
表6:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Synap*」を有するタンパク質
Figure 0007241104000051
表7:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Phosporyl*」を有するタンパク質
Figure 0007241104000052
表8:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Stress」を有するタンパク質
Figure 0007241104000053
表9:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Calcium」を有するタンパク質
Figure 0007241104000054
表10:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Cytoskelet*」を有するタンパク質
Figure 0007241104000055
表11:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Mitochondri*」を有するタンパク質
Figure 0007241104000056
Figure 0007241104000057
Figure 0007241104000058
表12:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Vesicle」を有するタンパク質
Figure 0007241104000059
表13:AD患者のCSFにおいて調節されることが分かっているGO用語「Insulin」を有するタンパク質
Figure 0007241104000060
4. Any one of claims 1-3, wherein said biomarkers further comprise one or more proteins selected from Tables 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, or combinations thereof below. Panel of biomarkers described in section:
Table 5: Biomarkers up/downregulated in CSF of AD patients compared to controls
Figure 0007241104000035
Figure 0007241104000036
Figure 0007241104000037
Figure 0007241104000038
Figure 0007241104000039
Figure 0007241104000040
Figure 0007241104000041
Figure 0007241104000042
Figure 0007241104000043
Figure 0007241104000044
Figure 0007241104000045
Figure 0007241104000046
Figure 0007241104000047
Figure 0007241104000048
Figure 0007241104000049
Figure 0007241104000050
Table 6: Proteins with the GO term "Synap*" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000051
Table 7: Proteins with the GO term "Phosporyl*" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000052
Table 8: Proteins with the GO term "Stress" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000053
Table 9: Proteins with the GO term "Calcium" found to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000054
Table 10: Proteins with the GO term "Cytoskelet*" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000055
Table 11: Proteins with the GO term "Mitochondri*" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000056
Figure 0007241104000057
Figure 0007241104000058
Table 12: Proteins with the GO term "Vesicle" known to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000059
Table 13: Proteins with the GO term "Insulin" found to be regulated in the CSF of AD patients
Figure 0007241104000060
.
タウが:
i)配列番号:29のアミノ酸配列を含み、かつ
ii)S61、S64、S199、S205、及びS396から選択される1以上のリン酸化アミノ酸を含む、請求項1記載のバイオマーカーのパネル。
Tau is:
i) contains the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, and
ii) the panel of biomarkers of claim 1, comprising one or more phosphorylated amino acids selected from S61, S64, S199, S205, and S396.
前記1以上のタンパク質が、少なくともベイシジン及び/又はミトコンドリアのシトクロムcオキシダーゼサブユニット7A関連タンパク質を含む、請求項4記載のバイオマーカーのパネル。 5. The panel of biomarkers of claim 4, wherein said one or more proteins comprise at least basidin and/or mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 7A-related protein. 対象におけるアルツハイマー病を診断するためのデータの取得方法であって:
a)該対象から得られた試料を、請求項1~6のいずれか1項において定義されるパネルのバイオマーカーについてアッセイすること;
b)該試料中で、該パネルの各々のバイオマーカーの濃度又は量を測定すること;
c)該試料中の該パネルの各々のバイオマーカーの該濃度又は量を、該バイオマーカーの参照濃度又は量と比較することを含む、前記方法。
A method of obtaining data for diagnosing Alzheimer's disease in a subject, comprising:
a) assaying a sample obtained from said subject for a panel of biomarkers as defined in any one of claims 1-6;
b) measuring the concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample;
c) comparing said concentration or amount of each biomarker of said panel in said sample to a reference concentration or amount of said biomarker.
前記アルツハイマー病が、タウ毒性を特徴とする、請求項7記載の方法。 8. The method of claim 7, wherein said Alzheimer's disease is characterized by tau toxicity. 前記アルツハイマー病が、タウオパチーである、請求項7記載の方法。 8. The method of claim 7, wherein said Alzheimer's disease is tauopathy. 前記アッセイする工程a)及び/又は前記測定する工程b)が:
i)前記試料を、前記パネルの前記バイオマーカーの各々に対する1以上の結合性物質と接触させること;又は
ii)前記試料中で、質量分析により、前記パネルの前記バイオマーカー又はそれらの断片の各々を検出すること;又は
iii)前記試料中で、2Dゲル電気泳動により、前記パネルの前記バイオマーカーの各々を検出すること;又は
iv) i)、ii)、もしくはiii)のいずれかの組合せを含む、請求項7記載の方法。
Said assaying step a) and/or said measuring step b) are:
i) contacting said sample with one or more binding agents for each of said biomarkers of said panel; or
ii) detecting each of said biomarkers of said panel or fragments thereof by mass spectrometry in said sample; or
iii) detecting each of said biomarkers of said panel by 2D gel electrophoresis in said sample; or
8. The method of claim 7, comprising iv) any combination of i), ii), or iii).
工程a)における前記アッセイすること及び/又は工程b)における前記測定することが:
i)前記パネルにおける前記バイオマーカーの1以上の断片を検出すること、及び/又は
ii)配列番号:29のアミノ酸配列を含むタウもしくはその1以上の断片上の1以上のリン酸化アミノ酸を検出することであって、検出されるべきタウ上の該リン酸化アミノ酸が、T181である場合、タウ又はその1以上の断片上の少なくとももう1つのリン酸化アミノ酸が検出される、前記検出すること;を含む、請求項10記載の方法。
Said assaying in step a) and/or said measuring in step b):
i) detecting one or more fragments of said biomarkers in said panel, and/or
ii) detecting one or more phosphorylated amino acids on tau or one or more fragments thereof comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:29, wherein the phosphorylated amino acid on tau to be detected is T181 11. The method of claim 10 , comprising detecting, wherein at least one more phosphorylated amino acid on tau or one or more fragments thereof is detected.
前記試料が、脳脊髄液(CSF)、血液、血漿、血清、又はそれらの組合せの群から選択される、請求項7~11のいずれか1項記載の方法。 The method of any one of claims 7-11 , wherein said sample is selected from the group of cerebrospinal fluid (CSF), blood, plasma, serum, or a combination thereof. 前記試料が、CSF又は血液である、請求項7~12のいずれか1項記載の方法。 A method according to any one of claims 7 to 12 , wherein said sample is CSF or blood. 前記対象が、ヒト対象である、請求項7~13のいずれか1項記載の方法。 14. The method of any one of claims 7-13 , wherein said subject is a human subject. 試料中で、請求項1~6のいずれか1項において定義されるパネルの前記バイオマーカーをアッセイ及び/又は測定するための試薬を含む、アルツハイマー病を診断するためのキット。 Kit for diagnosing Alzheimer's disease comprising reagents for assaying and/or measuring said biomarkers of the panel defined in any one of claims 1-6 in a sample. 前記試薬が、前記パネルの前記バイオマーカーに特異的に結合する1以上の結合性物質を含む、請求項15記載のキット。 16. The kit of claim 15 , wherein said reagents comprise one or more binding agents that specifically bind to said biomarkers of said panel. 前記1以上の結合性物質が、一次抗体であり、各々の一次抗体が:
i)前記パネルの異なるバイオマーカー、及び/又は
ii)配列番号:29のアミノ酸配列を含むタウもしくはその断片の1以上のリン酸化アミノ酸に特異的に結合する、請求項16記載のキット。
The one or more binding agents are primary antibodies, each primary antibody:
i) different biomarkers of said panel, and/or
17. The kit of claim 16 , wherein ii) specifically binds to one or more phosphorylated amino acids of tau or a fragment thereof comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:29.
前記試薬が、前記一次抗体に特異的に結合する1以上の二次抗体をさらに含む、請求項17記載のキット。 18. The kit of claim 17 , wherein said reagents further comprise one or more secondary antibodies that specifically bind said primary antibody. 前記二次抗体が、標識されている、請求項18記載のキット。 19. The kit of claim 18 , wherein said secondary antibody is labeled. 前記試料が、脳脊髄液(CSF)、血液、血漿、血清、又はそれらの組合せの群から選択される、請求項15~19のいずれか1項記載のキット。 The kit of any one of claims 15-19 , wherein said sample is selected from the group of cerebrospinal fluid (CSF), blood, plasma, serum, or combinations thereof.
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