JP5725490B2 - Identification of genes that determine various effects of retinoic acid receptor ligands, including antitumor and carcinogenic effects - Google Patents
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Description
本発明は、レチノイドを含有する、特定の遺伝子の発現を制御する発現制御剤、またはレチノイドによって発現が制御される遺伝子のスクリーニング方法に関する。 The present invention relates to an expression control agent for controlling the expression of a specific gene containing a retinoid, or a method for screening a gene whose expression is controlled by a retinoid.
世界における肝癌発症数は、他の悪性腫瘍と比較して第5位に位置しており、またその死亡者数は第3位を占める(非特許文献1)。肝臓における原発性悪性腫瘍には、肝細胞癌(HCC)、胆管癌、およびそれらの混合型が知られている。現在一般的に行われているHCC治療は、外科的切除、肝動脈塞栓療法、エタノール注入療法、ラジオ波焼灼療法、マイクロ波凝固療法などであるが、その治療成績は決して満足できるものとは言い難いのが現状である。さらにHCCは肝硬変を母地として発生し、その再発率は非常に高い。このため、より高い治療効果によって肝癌死亡数の減少および予後の改善をもたらす、新規肝癌治療の研究開発が必要不可欠である。 The number of liver cancer cases in the world is ranked fifth in comparison with other malignant tumors, and the number of deaths is third (Non-patent Document 1). Known primary malignant tumors in the liver include hepatocellular carcinoma (HCC), cholangiocarcinoma, and mixed forms thereof. Currently commonly used HCC treatments include surgical excision, hepatic artery embolization, ethanol infusion therapy, radiofrequency ablation therapy, and microwave coagulation therapy, but the results are never satisfactory. The current situation is difficult. In addition, HCC occurs from liver cirrhosis, and its recurrence rate is very high. For this reason, research and development of new treatments for liver cancer, in which higher therapeutic effects reduce the number of deaths from liver cancer and improve prognosis, are essential.
レチノイドは、レチノール、レチナール、レチノイン酸(RA)、およびそれらの誘導体を含む化合物の総称である。生体内で生理活性を持つRAとして、all-trans-RA(ATRA)や9-cis-RAなどが知られており、リガンド誘導性転写因子である核内受容体を介して機能することが明らかにされている(非特許文献2)。このRAの受容体には、レチノイン酸受容体(RAR)およびレチノイドX受容体(RXR)の2種類が存在し、さらにそれぞれ3つのアイソタイプ(α、γ、β)があることが知られている。RA存在下においてこれらの受容体は、標的遺伝子のプロモーター領域に存在するRA応答配列(RARE)に結合することで、様々な遺伝子発現を調節している(非特許文献3)。 Retinoid is a general term for compounds including retinol, retinal, retinoic acid (RA), and derivatives thereof. All-trans-RA (ATRA) and 9-cis-RA are known as biologically active RAs, and they function through nuclear receptors, which are ligand-induced transcription factors. (Non-Patent Document 2). There are two types of receptors for RA, retinoic acid receptor (RAR) and retinoid X receptor (RXR), and it is known that each has three isotypes (α, γ, β). . In the presence of RA, these receptors regulate the expression of various genes by binding to an RA response element (RARE) present in the promoter region of the target gene (Non-patent Document 3).
また、生体内におけるRAの生理機能を解明するため、これらの受容体のノックアウトマウスが作製されたが、それらは成長遅延、早期致死性、奇形、生殖機能の異常などを示し、その結果、個体発生後におけるRA機能の解析は困難であった(非特許文献4)。一方、Saitouらは、RARαの303番目のグリシンをグルタミン酸に1アミノ酸置換した変異体(RAR-E)が、内因性のRARα、β、γのすべてのサブタイプに対しドミナントネガティブに作用することを報告した(非特許文献5)。すなわち、このRAR-E遺伝子を組織特異的に発現させることによって、胎生致死の問題を回避し、組織特異的にRAの生理機能を調べることが可能になった。そこで本願発明者らは以前、アルブミンエンハンサー/プロモーター制御下にRAR-E遺伝子を発現するRAR-Eトランスジェニックマウス(RAR-E Tg)を作製し、肝臓におけるRAの機能解析を行った。その結果、肝臓特異的RAシグナルの抑制により、脂肪沈着、鉄過剰沈着、酸化ストレスの亢進を介して、高頻度にHCCを発症することを明らかにした(非特許文献6)。 In addition, in order to elucidate the physiological functions of RA in vivo, knockout mice of these receptors were created, but they showed growth retardation, early lethality, malformations, abnormal reproductive functions, etc. Analysis of RA function after occurrence was difficult (Non-Patent Document 4). Saitou et al., On the other hand, show that a mutant (RAR-E) in which RARα 303rd glycine is substituted with one amino acid for glutamate acts as a dominant negative for all subtypes of endogenous RARα, β, and γ. Reported (Non-Patent Document 5). That is, by expressing the RAR-E gene in a tissue-specific manner, it became possible to avoid the problem of embryonic lethality and examine the physiological function of RA in a tissue-specific manner. Therefore, the inventors of the present application previously produced a RAR-E transgenic mouse (RAR-E Tg) that expresses the RAR-E gene under the control of an albumin enhancer / promoter, and analyzed the function of RA in the liver. As a result, it has been clarified that suppression of liver-specific RA signal causes HCC to occur frequently through fat deposition, iron overdeposition, and increased oxidative stress (Non-patent Document 6).
また過去の研究では、非環式レチノイドが外科切除またはエタノール注入療法後のHCCの再発を有意に低下させること(非特許文献7)、レチノイドが肝臓(非特許文献8)や頭頸部(非特許文献9)、皮膚(非特許文献10)、肺(非特許文献11)、乳房(非特許文献12)、造血系細胞(非特許文献13)などの腫瘍に対し抑制的に作用すること、などが報告されている。これら結果は、RAシグナルがHCCに対して抑制的に作用していることを強く示唆するものである。実際にこのような仮説に基づきHCC発生機序の解明を目的とした、肝RAシグナルの機能解析がこれまで行われてきた(非特許文献14)。 In past studies, acyclic retinoids significantly reduced the recurrence of HCC after surgical resection or ethanol injection therapy (Non-patent Document 7), and retinoids in the liver (Non-patent Document 8) and head and neck (non-patented). Reference 9), skin (non-patent document 10), lung (non-patent document 11), breast (non-patent document 12), acting on tumors such as hematopoietic cells (non-patent document 13), etc. Has been reported. These results strongly suggest that the RA signal acts suppressively on HCC. Actually, functional analysis of hepatic RA signal has been conducted so far to elucidate the mechanism of HCC generation based on such hypotheses (Non-Patent Document 14).
網羅的遺伝子発現解析を行うためのツールとしてcDNAマイクロアレイがあり、実際にこの解析手法を用いていくつかのRA応答性遺伝子が同定されてきた(非特許文献15)。 There is a cDNA microarray as a tool for comprehensive gene expression analysis, and several RA-responsive genes have actually been identified using this analysis technique (Non-patent Document 15).
しかしながら、上記文献記載の従来技術は、以下の点で改善の余地を有していた。
第一に、上記文献においてレチノイドの生体内メカニズムが徐々に明らかになってきているが、レチノイドがどのようなメカニズムで疾患または治癒に関与しているのか、分子レベルでは不明な点が多く残っている。またそのために、レチノイドが関連する生体メカニズムを利用した新しい治療方法の開発が困難であった。
However, the prior art described in the above literature has room for improvement in the following points.
First, the in vivo mechanism of retinoids has been gradually elucidated in the above-mentioned literature, but there are still many unclear points at the molecular level about the mechanism by which retinoids are involved in disease or healing. Yes. For this reason, it has been difficult to develop a new treatment method using a biological mechanism related to retinoid.
第二に、cDNAマイクロアレイによってRA応答性遺伝子の同定が試みられているが、cDNAマイクロアレイは再現性の確認が困難であることや、操作の煩雑さ、検出限界の制約といった問題がある。さらに、この方法によって解析できるのは既知の遺伝子のみであり、未知の新規遺伝子をゲノムワイドに探索するには不向きである。そのため、これまでのマイクロアレイ解析において見逃されてきたRA標的遺伝子は、未だ数多く存在するものと考えられる。 Secondly, attempts have been made to identify RA-responsive genes using cDNA microarrays. However, cDNA microarrays have problems such as difficulty in confirming reproducibility, complexity of operation, and limitations on detection limits. Furthermore, only known genes can be analyzed by this method, which is unsuitable for searching for unknown new genes genome-wide. Therefore, it is considered that there are still many RA target genes that have been overlooked in the conventional microarray analysis.
本発明は上記事情に鑑みてなされたものであり、レチノイドを含有する、特定の遺伝子の発現を制御する発現制御剤を提供することを目的とする。また、本発明の別の目的は、レチノイドによって発現が制御される遺伝子の、効率的または高精度なスクリーニング方法を提供することである。 This invention is made | formed in view of the said situation, and it aims at providing the expression control agent which controls the expression of a specific gene containing a retinoid. Another object of the present invention is to provide an efficient or highly accurate screening method for genes whose expression is controlled by retinoids.
本発明によれば、レチノイドを含有する、特定の遺伝子の発現を制御する発現制御剤であって、コロニースティミュレイティングファクター3レセプター(グラヌロサイト)、チオレドキシンインタラクティングプロテイン、OTUドメインコンテイニング7B、チューダードメインコンテイニング5、キネシンファミリーメンバー21B、オド-スキップドリレイテッド1(ドロソフィア)、プロトカドヘリンベータ4、NHS-ライク、シトクロムP450,ファミリー26,サブファミリーA,ポリペプチド1、チロシンヒドロキシラーゼ、オルファクトメジン-ライク1、フリズルドホモログ4(ドロソフィア)、アタキシン2、RASプロテインアクチベーターライク1(GAP1ライク)、イソサイトレイトデヒドロゲナーゼ3(NAD+)アルファ、ジンクフィンガープロテイン710、セレノフォスフェイトシンセターゼ2、カルボキシペプチダーゼD、レクチンリッチリピートコンテイニング37,メンバーA2、Gプロテイン-カップルドレセプター108、FXYDドメインコンテイニングイオントランスポートレギュレーター3、およびケラチンアソシエイテッドプロテイン19−6、からなる群から選ばれる1種以上の遺伝子の発現を制御する、発現制御剤が提供される。 According to the present invention, a retinoid-containing expression control agent that controls the expression of a specific gene, comprising colony stimulating factor 3 receptor (granulosite), thioredoxin interacting protein, OTU domain containing 7B, Tudor domain Containing 5, Kinesin family member 21B, Odo-Skip Dried 1 (Drosophila), Protocadherin beta 4, NHS-like, Cytochrome P450, Family 26, Subfamily A, Polypeptide 1, Tyrosine hydroxylase, Olfactomedin -Like 1, Frizzled homolog 4 (Drosophila), Ataxin 2, RAS protein activator like 1 (GAP1 like), Isocytolate dehydrogenase 3 (NAD +) alpha, zinc finger Rotin 710, selenophosphate synthetase 2, carboxypeptidase D, lectin rich repeat containing 37, member A2, G protein-coupled receptor 108, FXYD domain containing ion transport regulator 3, and keratin associated protein 19-6 An expression control agent that controls the expression of one or more genes selected from the group consisting of:
この発現制御剤は、後述する実施例で、上記の遺伝子の発現を制御することが実証されているレチノイドを含有する。そのため、この発現制御剤を用いれば、上記遺伝子の関連する疾患の治療等、種々の目的に応じて上記遺伝子の発現を制御することができる。 This expression control agent contains a retinoid that has been demonstrated to control the expression of the above-described gene in Examples described later. Therefore, if this expression control agent is used, the expression of the gene can be controlled according to various purposes such as treatment of diseases related to the gene.
また本発明によれば、上記発現制御剤を含む試薬が提供される。 Moreover, according to this invention, the reagent containing the said expression control agent is provided.
この試薬は、後述する実施例で、上記の遺伝子の発現を制御することが実証されているレチノイドを含有する、発現制御剤を含む。そのため、上記の遺伝子の発現に関連する種々の研究等の試薬として使用できる。 This reagent contains an expression control agent containing a retinoid that has been demonstrated to control the expression of the above-described gene in Examples described later. Therefore, it can be used as a reagent for various studies related to the expression of the above genes.
また本発明によれば、レチノイドによって発現が制御される遺伝子のスクリーニング方法であって、上流にRGKTCANNNNNRGKTCA(R=A/G、K=G/T、N=A/G/C/T)の塩基配列を有する遺伝子をin silico解析で選択する工程と、選択された上記遺伝子の上流に位置するRGKTCANNNNNRGKTCAの塩基配列に対する、RARまたはRXRのレチノイド依存的結合性を検査する工程と、RARまたはRXRがレチノイド依存的結合性を示したRGKTCANNNNNRGKTCAの塩基配列の下流に位置する上記遺伝子の、レチノイド依存的な発現量の変化を分析する工程とを含む、スクリーニング方法が提供される。 Further, according to the present invention, there is provided a screening method for a gene whose expression is controlled by a retinoid, the base of RGKTCANNNNNRGKTCA (R = A / G, K = G / T, N = A / G / C / T) upstream A step of selecting a gene having a sequence by in silico analysis, a step of examining retinoid-dependent binding of RAR or RXR to the nucleotide sequence of RGKTCANNNNNRGKTCA located upstream of the selected gene, and RAR or RXR is a retinoid And a step of analyzing a retinoid-dependent change in the expression level of the gene located downstream of the base sequence of RGKTCANNNNNRGKTCA exhibiting dependent binding.
このスクリーニング方法は、後述する実施例でレチノイドによって発現が制御される遺伝子を、効率的または高精度でスクリーニングできることが実証されている。そのため、このスクリーニング方法を使用すれば、レチノイドによって発現が制御される新規の遺伝子を効率的または高精度に選抜することができる。 This screening method has been demonstrated to enable efficient or high-precision screening of genes whose expression is controlled by retinoids in the examples described later. Therefore, if this screening method is used, a novel gene whose expression is controlled by a retinoid can be selected efficiently or with high accuracy.
本発明によれば、レチノイドを含有する、特定の遺伝子の発現を制御する発現制御剤が得られる。または、レチノイドによって発現が制御される遺伝子の効率的、または高精度なスクリーニング方法が得られる。 According to the present invention, an expression control agent containing retinoid and controlling the expression of a specific gene can be obtained. Alternatively, an efficient or highly accurate screening method for genes whose expression is controlled by retinoids can be obtained.
<用語の説明>
本明細書における、各種用語の意味を以下の通り説明する。
<Explanation of terms>
The meaning of various terms in this specification will be described as follows.
(1)レチノイド(retinoid)
レチノイドはレチノール、レチナール、レチノイン酸(RA、retinoic acid)、およびそれらの誘導体を含む化合物の総称である。生体内で生理活性を持つRAとして、all-trans-RA(ATRA)や9-cis-RAなどが知られており、リガンド誘導性転写因子である核内受容体を介して機能することが明らかにされている。レチノイドは、図1の分子を含む。
(1) Retinoid
Retinoid is a general term for compounds including retinol, retinal, retinoic acid (RA), and derivatives thereof. All-trans-RA (ATRA) and 9-cis-RA are known as biologically active RAs, and they function through nuclear receptors, which are ligand-induced transcription factors. Has been. Retinoids include the molecules of FIG.
(2)レチノイン酸受容体とレチノイドX受容体
レチノイン酸受容体(RAR、retinoic acid receptor)とレチノイドX受容体(RXR、retinoid X receptor)は、RAの受容体であり、それぞれ3つのアイソタイプ(α、γ、β)があることが知られている。一般的に、RA存在下においてこれらの受容体は、標的遺伝子のプロモーター領域に存在するRA応答配列(RARE、retinoic acid responce element)に結合することで、様々な遺伝子発現を調節している。例えば、図2に示すような反応機序が推定されている。
(2) Retinoic acid receptor and retinoid X receptor Retinoic acid receptor (RAR) and retinoid X receptor (RXR) are RA receptors, each of which has three isotypes (α , Γ, β) are known. In general, in the presence of RA, these receptors regulate the expression of various genes by binding to an RA response element (RARE, retinoic acid response element) present in the promoter region of the target gene. For example, a reaction mechanism as shown in FIG. 2 has been estimated.
以下、本発明の実施の形態について、詳細に説明する。なお、同様な内容については、
繰り返しの煩雑を避けるために、適宜説明を省略する。
Hereinafter, embodiments of the present invention will be described in detail. For similar contents,
In order to avoid repeated complications, description will be omitted as appropriate.
<実施形態1:レチノイドを含有する発現制御剤>
本実施形態はレチノイドを含有する、特定の遺伝子の発現を制御する発現制御剤であって、コロニースティミュレイティングファクター3レセプター(グラヌロサイト)(colony stimulating factor 3 receptor (granulocyte))、チオレドキシンインタラクティングプロテイン(thioredoxin interacting protein)、OTUドメインコンテイニング7B(OTU domain containing 7B)、チューダードメインコンテイニング5(tudor domain containing 5)、キネシンファミリーメンバー21B(kinesin family member 21B)、オド-スキップドリレイテッド1(ドロソフィア)(odd-skipped related 1 (Drosophila))、プロトカドヘリンベータ4(protocadherin beta 4)、NHS-ライク(NHS-like)、シトクロムP450,ファミリー26,サブファミリーA,ポリペプチド1(cytochrome P450, family 26, subfamily A, polypeptide 1)、チロシンヒドロキシラーゼ(tyrosine hydroxylase)、オルファクトメジン-ライク1(olfactomedin-like 1)、フリズルドホモログ4(ドロソフィア)(frizzled homolog 4 (Drosophila))、アタキシン2(ataxin 2)、RASプロテインアクチベーターライク1(GAP1ライク)(RAS protein activator like 1 (GAP1 like))、イソサイトレイトデヒドロゲナーゼ3(NAD+)アルファ(isocitrate dehydrogenase 3 (NAD+) alpha)、ジンクフィンガープロテイン710(zinc finger protein 710)、セレノフォスフェイトシンセターゼ2(selenophosphate synthetase 2)、カルボキシペプチダーゼD(carboxypeptidase D)、レクチンリッチリピートコンテイニング37,メンバーA2(leucine rich repeat containing 37, member A2)、Gプロテイン-カップルドレセプター108(G protein-coupled receptor 108)、FXYDドメインコンテイニングイオントランスポートレギュレーター3(FXYD domain containing ion transport regulator 3)、およびケラチンアソシエイテッドプロテイン19−6(keratin associated protein 19-6)、からなる群から選ばれる1種以上の遺伝子の発現を制御する、発現制御剤である。レチノイドは、後述する実施例で実証されているように、上記の遺伝子の発現を制御する特徴を有する。そのため、レチノイドを含有する上記発現制御剤は、上記遺伝子の関連する疾患の治療等、種々の目的に応じて上記遺伝子の発現を制御するために好適に使用できる。
<Embodiment 1: Expression control agent containing retinoid>
The present embodiment is an expression control agent that controls the expression of a specific gene containing a retinoid, such as colony stimulating factor 3 receptor (granulocyte), thioredoxin interacting protein ( thioredoxin interacting protein), OTU domain containing 7B, tudor domain containing 5, kinesin family member 21B, Odo-Skip Dried 1 (Drosofia) (Odd-skipped related 1 (Drosophila)), protocadherin beta 4 (NH), like NHS-like, cytochrome P450, family 26, subfamily A, polypeptide 1 (cytochrome P450, family 26, subfamily A, polypeptide 1), tyrosine hydride Tyrosine hydroxylase, olfactomedin-like 1, frizzled homolog 4 (Drosophila), ataxin 2 and RAS protein activator-like 1 GAP1 like) (RAS protein activator like 1 (GAP1 like)), isocytorate dehydrogenase 3 (NAD +) alpha (isocitrate dehydrogenase 3 (NAD +) alpha), zinc finger protein 710 (zinc finger protein 710), selenophosphate synthetase 2 (selenophosphate synthetase 2), carboxypeptidase D, lectin rich repeat containing 37, member A2 (leucine rich repeat containing 37, member A2), G protein-coupled receptor 108 , FXYD domain containing ion transpo An expression control agent that controls the expression of one or more genes selected from the group consisting of a regulator 3 (FXYD domain containing ion transport regulator 3) and a keratin associated protein 19-6 (keratin associated protein 19-6) It is. A retinoid has the characteristic which controls the expression of said gene, as demonstrated by the Example mentioned later. Therefore, the expression control agent containing a retinoid can be suitably used for controlling the expression of the gene according to various purposes such as treatment of a disease associated with the gene.
なお、上記遺伝子に関する塩基配列等の詳細は、National Center for Biotechnology Information(NCBI)のデータベースであるGenBankで確認することができる。例えば、コロニースティミュレイティングファクター3レセプター(グラヌロサイト)(Uzumaki et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86 (23): 9323-6.)はサイトカインをコードする遺伝子であり、チオレドキシンインタラクティングプロテイン(Yu et al., PLoS One. 2009 Dec 22;4(12):e8397.)は生体内の酸化還元に関与する蛋白質をコードする遺伝子であると考えられる。 Details of the nucleotide sequence and the like related to the above gene can be confirmed in GenBank, which is a database of National Center for Biotechnology Information (NCBI). For example, colony stimulating factor 3 receptor (granulosite) (Uzumaki et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86 (23): 9323-6.) Is a gene encoding cytokines, and thioredoxin interacting protein (Yu et al., PLoS One. 2009 Dec 22; 4 (12): e8397.) Is considered to be a gene encoding a protein involved in redox in vivo.
また、OTUドメインコンテイニング7BはNF-κBを間接的に抑制する遺伝子として報告されている。近年、NF-κBの抑制により、乳癌や胃癌、HBV感染HCC、口腔扁平細胞癌などで、腫瘍形成の抑制や抗腫瘍薬の効果の増強などが報告されている。 OTU domain containing 7B has been reported as a gene that indirectly suppresses NF-κB. In recent years, suppression of NF-κB has been reported to suppress tumor formation and enhance the effects of antitumor drugs in breast cancer, stomach cancer, HBV-infected HCC, oral squamous cell carcinoma, and the like.
プロトカドヘリンベータ4は膜タンパク質である。近年、このプロトカドヘリンベータ4と同じファミリーに属する遺伝子のいくつかに関して、癌抑制作用を持つという報告が続いている。 Protocadherin beta 4 is a membrane protein. In recent years, there have been reports that some of the genes belonging to the same family as protocadherin beta 4 have a cancer suppressing action.
フリズルドホモログ4(ドロソフィア)はwnt/β-cateninシグナルに関わると推定される遺伝子である。RAR-Eトランスジェニックマウスのβ-cateninの肝臓における発現は、wild typeのマウスより大きく増強していたことが[Yanagitani et al., Hepatology. 2004 Aug;40(2):366-75.]に記載されている。 Frizzled homolog 4 (Drosophila) is a gene presumed to be related to the wnt / β-catenin signal. It was found in [Yanagitani et al., Hepatology. 2004 Aug; 40 (2): 366-75.] That the expression of β-catenin in RAR-E transgenic mice was significantly increased in the liver compared to wild type mice. Have been described.
RASプロテインアクチベーターライク1(GAP1ライク)はRASシグナル伝達系路を抑制する遺伝子として報告されている。これまでにRASのがん遺伝子としての作用はよく研究されている。 RAS protein activator-like 1 (GAP1-like) has been reported as a gene that suppresses the RAS signaling pathway. So far, the action of RAS as an oncogene has been well studied.
このように、上記遺伝子はいずれも生命活動に重要な役割を有していると考えられるため、新規医薬品の創薬ターゲットとなり得る。従って、上記発現制御剤によってこれらの発現を制御することで、新規の作用機序に基づいた治療が可能になる。また、上記遺伝子はレチノイドで発現が制御されることから、レチノイドが関与する疾患や治癒のメカニズムに関与している遺伝子であると考えられる。特に、OTUドメインコンテイニング7B、プロトカドヘリンベータ4、フリズルドホモログ4(ドロソフィア)、およびRASプロテインアクチベーターライク1(GAP1ライク)は、疾患との関連性が強く示唆されているため、重要な創薬ターゲットである。 Thus, all of the above genes are considered to have an important role in life activities, and thus can be a drug discovery target for new drugs. Therefore, treatment based on a novel mechanism of action becomes possible by controlling these expressions with the above-mentioned expression control agent. In addition, since the expression of the above gene is regulated by retinoid, it is considered that the gene is involved in a disease involving retinoid and a healing mechanism. In particular, OTU domain containing 7B, protocadherin beta 4, frizzled homolog 4 (Drosophila), and RAS protein activator-like 1 (GAP1 like) have been strongly suggested to be associated with disease It is a drug discovery target.
上記発現制御剤は、コロニースティミュレイティングファクター3レセプター(グラヌロサイト)、OTUドメインコンテイニング7B、キネシンファミリーメンバー21B、オド-スキップドリレイテッド1(ドロソフィア)、プロトカドヘリンベータ4、NHS-ライク、シトクロムP450,ファミリー26,サブファミリーA,ポリペプチド1、チロシンヒドロキシラーゼ、アタキシン2、RASプロテインアクチベーターライク1(GAP1ライク)、イソサイトレイトデヒドロゲナーゼ3(NAD+)アルファ、ジンクフィンガープロテイン710、セレノフォスフェイトシンセターゼ2、カルボキシペプチダーゼD、レクチンリッチリピートコンテイニング37,メンバーA2、Gプロテイン-カップルドレセプター108、およびFXYDドメインコンテイニングイオントランスポートレギュレーター3、からなる群から選ばれる1種以上の遺伝子の発現を誘導する、発現制御剤であっても良い。なぜならば、上記発現制御剤が含有するレチノイドは、後述する実施例で実証されているように、上記の遺伝子の発現を誘導する特徴を有するためである。この場合、レチノイドを含有する上記発現制御剤は、上記遺伝子の関連する疾患の治療等、種々の目的に応じて上記遺伝子の発現を誘導するために好適に使用できる。 The above expression control agents are colony stimulating factor 3 receptor (granulosite), OTU domain containing 7B, kinesin family member 21B, odo-skip recited 1 (Drosophila), protocadherin beta 4, NHS-like, cytochrome P450 , Family 26, Subfamily A, Polypeptide 1, Tyrosine hydroxylase, Ataxin 2, RAS protein activator-like 1 (GAP1 like), Isocytolate dehydrogenase 3 (NAD +) alpha, Zinc finger protein 710, Selenophosphate synthetase 2, carboxypeptidase D, lectin rich repeat containing 37, member A2, G protein-coupled receptor 108, and FXYD domain containing ion trans Inducing the expression of one or more genes selected from the group consisting of over preparative regulator 3, it may be an expression control agent. This is because the retinoid contained in the expression control agent has a characteristic of inducing the expression of the gene as demonstrated in Examples described later. In this case, the expression control agent containing a retinoid can be suitably used for inducing expression of the gene according to various purposes such as treatment of a disease associated with the gene.
上記発現制御剤は、チオレドキシンインタラクティングプロテイン、チューダードメインコンテイニング5、オルファクトメジン-ライク1、フリズルドホモログ4(ドロソフィア)、およびケラチンアソシエイテッドプロテイン19−6、からなる群から選ばれる1種以上の遺伝子の発現を抑制する、発現制御剤であっても良い。なぜならば、上記発現制御剤が含有するレチノイドは、後述する実施例で実証されているように、上記の遺伝子の発現を抑制する特徴を有するためである。この場合、レチノイドを含有する上記発現制御剤は、上記遺伝子の関連する疾患の治療等、種々の目的に応じて上記遺伝子の発現を抑制するために好適に使用できる。 The expression regulator is one selected from the group consisting of thioredoxin interacting protein, Tudor domain containment 5, olfactedin-like 1, frizzled homolog 4 (Drosophila), and keratin associated protein 19-6. It may be an expression control agent that suppresses the expression of the above genes. This is because the retinoid contained in the expression control agent has a feature of suppressing the expression of the gene as demonstrated in Examples described later. In this case, the expression control agent containing a retinoid can be suitably used to suppress the expression of the gene according to various purposes such as treatment of a disease associated with the gene.
また、上記発現制御剤が含有する上記レチノイドは、オールトランスレチノイン酸(ATRA、all‐trans retinoic acid)またはその誘導体であっても良く、特にATRAであることが好ましい。なぜならば、ATRAは後述する実施例で実証されているように、上記の遺伝子の発現を制御する特徴を有するためである。 Further, the retinoid contained in the expression regulator may be all-trans retinoic acid (ATRA) or a derivative thereof, and ATRA is particularly preferable. This is because ATRA has the characteristic of controlling the expression of the gene as demonstrated in the examples described later.
上記発現制御剤が発現を制御する遺伝子は、上記遺伝子の変異型の遺伝子を含む。ここで、変異型とは、個体間のDNA配列の差異に起因するものを含む。また、変異型の遺伝子の塩基配列は、ヒト由来の上記遺伝子の野生型の塩基配列において1若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列であっても良い。また上記「1若しくは数個」は好ましくは30個以下であり、より好ましくは20個以下であり、より好ましくは15個以下であり、より好ましくは10個以下であり、より好ましくは5個以下であり、好ましくは4個以下であり、より好ましくは3個以下であり、より好ましくは2個以下であり、さらに好ましくは1個である。なぜならば、上記「1若しくは数個」の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列にコードされる遺伝子が、野生型の遺伝子の塩基配列に対して塩基の欠失、置換若しくは付加が少ないほど、野生型の遺伝子の塩基配列をコードする遺伝子に近い特性を有していることになるからである。 The gene whose expression is controlled by the expression control agent includes a mutant gene of the gene. Here, the mutant type includes those resulting from differences in DNA sequences between individuals. Further, the base sequence of the mutant gene may be a base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added in the wild-type base sequence of the above gene derived from human. The “one or several” is preferably 30 or less, more preferably 20 or less, more preferably 15 or less, more preferably 10 or less, more preferably 5 or less. Preferably, it is 4 or less, more preferably 3 or less, more preferably 2 or less, and still more preferably 1. This is because the gene encoded by the base sequence in which one or several bases are deleted, substituted or added has fewer base deletions, substitutions or additions than the base sequence of the wild-type gene. This is because it has characteristics close to those of the gene encoding the base sequence of the wild-type gene.
また、上記の変異型の遺伝子の塩基配列は、ヒト由来の上記遺伝子の野生型の塩基配列に対して、80%以上の相同性を有する塩基配列であっても良い。ここで上記「80%以上」は好ましくは85%以上であり、より好ましくは90%以上であり、さらに好ましくは95%以上であり、最も好ましくは98%以上である。なぜならば、上記「80%以上」の相同性を有する塩基配列が、野生型の遺伝子の塩基配列に対して相同性が高いほど、野生型の遺伝子の塩基配列をコードする遺伝子に近い特性を有していることになるからである。 In addition, the base sequence of the mutant gene may be a base sequence having 80% or more homology with the wild-type base sequence of the human-derived gene. Here, “80% or more” is preferably 85% or more, more preferably 90% or more, further preferably 95% or more, and most preferably 98% or more. This is because the higher the homology of the above-described base sequence having “80% or more” homology with the base sequence of the wild-type gene, the closer to the gene encoding the base sequence of the wild-type gene. It is because it is doing.
また、上記の変異型の遺伝子の塩基配列は、ヒト由来の上記遺伝子の野生型の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に対して、ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸の塩基配列であっても良い。 The base sequence of the mutant gene is a base sequence of a nucleic acid that hybridizes under stringent conditions to a nucleic acid consisting of a base sequence complementary to the wild-type base sequence of the human-derived gene. There may be.
また上記遺伝子は、上記遺伝子の上流にRGKTCANNNNNRGKTCAの塩基配列が存在すれば、その由来は限定せず、例えば、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、ブタ、ヒツジ、ウシ、ウマ、ネコ、イヌ、サル、またはチンパンジーであっても良い。好ましくは、マウス、ラット、サル、チンパンジー、およびヒトであり、特に好ましくはヒトである。なぜならば、ヒトであればヒトの疾患の治療や、治療薬等の開発に利用できるためである。また、マウス、ラット、サル、およびチンパンジーは、世界中で研究用のモデル動物として汎用され多くの特性が明らかになっているため、これらの生物の上記遺伝子の発現を制御することで、治療薬等の開発のために特に有用な情報が得られる。 Further, the origin of the gene is not limited as long as the base sequence of RGKTCANNNNNRGKTCA is present upstream of the gene, for example, human, mouse, rat, rabbit, pig, sheep, cow, horse, cat, dog, monkey, Or it may be a chimpanzee. Preferred are mouse, rat, monkey, chimpanzee and human, and particularly preferred is human. This is because humans can be used to treat human diseases and develop therapeutic drugs. In addition, mice, rats, monkeys, and chimpanzees are widely used as model animals for research all over the world, and many characteristics have been clarified. Therefore, by controlling the expression of the above genes in these organisms, therapeutic drugs can be obtained. Especially useful information for the development of
また本発明の他の実施形態は、上記発現制御剤を含む、試薬である。この試薬は、上記遺伝子の発現の制御作用を通して、研究用の試薬や、再生医療における細胞または組織の機能や生存率を維持するための添加剤、または畜産において動物の成育を補助するための添加剤として使用できる。 Moreover, other embodiment of this invention is a reagent containing the said expression control agent. This reagent is a research reagent, an additive for maintaining the function and survival rate of cells or tissues in regenerative medicine, or an additive for assisting animal growth in livestock production through the above-mentioned gene expression control action. Can be used as an agent.
本明細書において「発現を誘導する」とは、被検試料における特定の遺伝子の発現量をコントロール試料に比べて有意に上昇させることを含む。また「発現を抑制する」とは、被検試料における特定の遺伝子の発現量をコントロール試料に比べて有意に減少させることを含む。有意であることは、例えば、in vitroまたは生体内において特定の遺伝子の発現を変化させる前後の発現量に関して、その統計学的有意差をスチューデント(Student)のt検定を使用して評価し、p<0.05であるときに統計学的に有意であると見なす事が可能である。 As used herein, “inducing expression” includes significantly increasing the expression level of a specific gene in a test sample as compared to a control sample. In addition, “suppressing expression” includes significantly reducing the expression level of a specific gene in a test sample as compared to a control sample. The significance is evaluated, for example, by using a Student's t-test to evaluate the statistical significance of the expression level before and after changing the expression of a specific gene in vitro or in vivo. It can be considered statistically significant when <0.05.
本明細書において「癌」とは、正常な細胞が突然変異を起こして増殖を続けることで起こる疾患を含む。悪性の癌細胞は全身のあらゆる臓器や組織から生じ、癌細胞が増殖すると、癌組織のかたまりとなって周囲の正常な組織に侵入し破壊する。癌は、肺癌、食道癌、胃癌、肝臓癌、膵臓癌、腎臓癌、副腎癌、胆道癌、乳癌、大腸癌、小腸癌、子宮頸癌、子宮体癌、卵巣癌、膀胱癌、前立腺癌、尿管癌、腎盂癌、尿管癌、陰茎癌、精巣癌、脳腫瘍、中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、頭頸部癌(口腔癌、咽頭癌、喉頭癌、鼻腔・副鼻腔癌、唾液腺癌、甲状腺癌等)、皮膚癌、メラノーマ、甲状腺癌、唾液腺癌、血液の癌、悪性リンパ腫、癌腫または肉腫などを含む。 As used herein, “cancer” includes a disease caused by normal cells undergoing mutation and continuing to grow. Malignant cancer cells arise from all organs and tissues throughout the body, and when cancer cells grow, they become a mass of cancer tissues and invade and destroy surrounding normal tissues. Cancer is lung cancer, esophageal cancer, stomach cancer, liver cancer, pancreatic cancer, kidney cancer, adrenal cancer, biliary tract cancer, breast cancer, colon cancer, small intestine cancer, cervical cancer, endometrial cancer, ovarian cancer, bladder cancer, prostate cancer, Ureteral cancer, renal pelvic cancer, ureteral cancer, penile cancer, testicular cancer, brain tumor, cancer of central nervous system, cancer of peripheral nervous system, head and neck cancer (oral cancer, pharyngeal cancer, laryngeal cancer, nasal cavity / sinus cancer, Salivary gland cancer, thyroid cancer, etc.), skin cancer, melanoma, thyroid cancer, salivary gland cancer, blood cancer, malignant lymphoma, carcinoma or sarcoma.
本明細書において「肝臓癌」とは、肝臓の細胞が増殖を続けることで起こる疾患を含む。肝臓癌を生起させることができる肝細胞は胆管、門静脈のような血管の細胞、樹状細胞または肝細胞を含む。また、原発性肝癌と転移性肝癌を含む。原発性肝癌の多くは肝細胞癌(hepatocellular carcinoma; HCC)であることが知られている。 As used herein, “liver cancer” includes diseases caused by continued proliferation of liver cells. Hepatocytes capable of causing liver cancer include cells of blood vessels such as bile ducts, portal veins, dendritic cells or hepatocytes. Also included are primary liver cancer and metastatic liver cancer. Many primary liver cancers are known to be hepatocellular carcinoma (HCC).
本明細書において「結合する」とは、物質間の連結を意味する。連結は共有結合また
は非共有結合のいずれであってもよく、たとえば、イオン結合、水素結合、疎水性相互作
用、または親水性相互作用が挙げられる。
As used herein, “bond” means a connection between substances. The linkage may be either covalent or non-covalent, and includes, for example, ionic bonds, hydrogen bonds, hydrophobic interactions, or hydrophilic interactions.
本明細書において「相同性」とは、2つもしくは複数間のアミノ酸配列の同一のアミノ酸数の割合を、当該技術分野で公知の方法に従って算定したものである。割合を算定する前には、比較するアミノ酸配列群のアミノ酸配列を整列させ、同一の割合を最大にするために必要である場合はアミノ酸配列の一部に間隙を導入する。また、いかなる保存的置換も同一と考えない。また、最適に整列した状態において、オーバーラップするアミノ酸を含めた全アミノ酸残基に対する、同一のアミノ酸数の割合を意味する。整列のための方法、割合の算定方法、およびそれらに関連するコンピュータプログラムは、当該技術分野で従来からよく知られており、一般的な配列分析プログラム(例えば、GENETYX、GeneChip Sequence Analysisなど)を使用して測定することができる。また「相同性」は、2つもしくは複数間のDNA鎖、または2つもしくは複数間のRNA鎖において、同一の塩基の割合を、上記と同様に当該技術分野で公知の方法に従って算定したものである。 As used herein, “homology” is a ratio of the number of identical amino acids in an amino acid sequence between two or more amino acids calculated according to a method known in the art. Before calculating the ratio, the amino acid sequences of the amino acid sequences to be compared are aligned, and a gap is introduced into a part of the amino acid sequence if necessary to maximize the same ratio. Nor do any conservative substitutions be considered identical. Further, it means the ratio of the same number of amino acids to all amino acid residues including overlapping amino acids in an optimally aligned state. Alignment methods, percentage calculation methods, and related computer programs are well known in the art and use common sequence analysis programs (eg GENETYX, GeneChip Sequence Analysis, etc.) Can be measured. In addition, “homology” is obtained by calculating the ratio of the same base in two or more DNA strands or two or more RNA strands according to a method known in the art as described above. is there.
本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、例えば(1)洗浄のための低イオン強度と高温度、例えば、50℃において0.015Mの塩化ナトリウム/0.0015Mのクエン酸ナトリウム/0.1%のドデシル硫酸ナトリウムを用いる、(2)ハイブリダイゼーション中にホルムアミド等の変性剤、例えば、42℃において50%(vol/vol)ホルムアミドと0.1%ウシ血清アルブミン/0.1%フィコール/0.1%ポリビニルピロリドン/50mMリン酸ナトリウムバッファー(pH6.5)、および750mMの塩化ナトリウム、75mMクエン酸ナトリウムを用いる、または(3)42℃において50%ホルムアミド、5×SSC(0.75MのNaCl、0.075Mのクエン酸ナトリウム)、50mMのリン酸ナトリウム(pH6.8)、0.1%のピロリン酸ナトリウム、5×デンハート液、超音波処理サケ精子DNA(50μg/ml)、0.1%SDS、および10%のデキストラン硫酸と、42℃において0.2×SSC(塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム)中での洗浄および55℃のホルムアミド、次いで55℃におけるEDTAを含む0.1×SSCにてストリンジェントな洗浄を含む条件であっても良い。また中程度にストリンジェントな条件の例は、20%ホルムアミド、5×SSC、50mMリン酸ナトリウム(pH7.6)、5×デンハート液、10%デキストラン硫酸、および20mg/mlの変性剪断サケ精子DNAを含む溶液中において、37℃で一晩インキュベーション、次いで1×SSC中37〜50℃でのフィルターの洗浄のような条件である。なお、ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーは、当業者によって容易に決定でき、一般的にプローブ長、洗浄温度、および塩濃度に依存する。一般に、長いプローブは適当なアニーリングのために高温を必要とし、短いプローブは低温を必要とする。また一般に、ストリンジェンシーは塩濃度に逆比例する。 In this specification, “stringent conditions” means, for example, (1) low ionic strength and high temperature for washing, for example, 0.015 M sodium chloride / 0.0015 M sodium citrate / 0.005 at 50 ° C. Using 1% sodium dodecyl sulfate, (2) denaturing agents such as formamide during hybridization, eg 50% (vol / vol) formamide and 0.1% bovine serum albumin / 0.1% ficoll / 42 ° C. With 0.1% polyvinylpyrrolidone / 50 mM sodium phosphate buffer (pH 6.5) and 750 mM sodium chloride, 75 mM sodium citrate, or (3) 50% formamide, 5 × SSC (0.75 M NaCl, 0.075 M sodium citrate), 50 mM sodium phosphate (PH 6.8), 0.1% sodium pyrophosphate, 5 × Denhardt's solution, sonicated salmon sperm DNA (50 μg / ml), 0.1% SDS, and 10% dextran sulfate at 0 ° C. at 42 ° C. Conditions may include stringent washing with 0.1 × SSC containing EDTA at 55 ° C. followed by washing in 2 × SSC (sodium chloride / sodium citrate) and 55 ° C. formamide. Examples of moderately stringent conditions are 20% formamide, 5 × SSC, 50 mM sodium phosphate (pH 7.6), 5 × Denhart solution, 10% dextran sulfate, and 20 mg / ml denatured sheared salmon sperm DNA. Conditions such as overnight incubation at 37 ° C. in a solution containing, followed by washing of the filter at 37-50 ° C. in 1 × SSC. The stringency of the hybridization reaction can be easily determined by those skilled in the art and generally depends on the probe length, the washing temperature, and the salt concentration. In general, longer probes require higher temperatures for proper annealing, and shorter probes require lower temperatures. In general, stringency is inversely proportional to salt concentration.
本明細書においてポリヌクレオチドに適用される場合の「ハイブリダイズ」とは、ヌクレオチドの塩基間の水素結合等によってヌクレオチド間の対ができる性質のことを表す。塩基対はワトソン・クリック型塩基対、フーグスティーン型塩基対、または任意の他の配列特異的な形で生じうる。 As used herein, “hybridization” as applied to a polynucleotide refers to the property of allowing pairing between nucleotides by hydrogen bonding between nucleotide bases. Base pairs can occur in Watson-Crick base pairs, Hoogsteen base pairs, or any other sequence specific form.
本明細書において「誘導体(derivative)」は、ある有機化合物を母体として考えたとき、官能基の導入、酸化、還元、または原子の置き換えもしくは原子の付加などによって、母体の構造や性質を大幅に変えない程度の改変がなされた化合物のことを意味する。なおその改変は実際の化学反応として行えることもあるが、机上のものでも構わない。また誘導体は、好ましくは薬理的に許容される誘導体である。本明細書において「薬理的に許容される誘導体」は、所望の効果を有する化合物であれば限定されず、本発明に係る化合物の薬理的に許容される塩、溶媒和物、異性体、またはプロドラッグ等(例えばエステル)の形態を含む。またこの薬理的に許容される誘導体は、患者に投与すると、本発明に係る化合物またはその活性代謝物もしくはその残基を(直接的または間接的に)提供される任意の他の化合物を含む。そしてこのような薬理的に許容される誘導体は、当業者であれば過度の実験を行なうことなく得ることができる。例えば、[Burger's Medicinal Chemistry And Drug Discovery, 5th Edition, Vol 1: Principles and Practice]を参照できる。なお好ましくは、本発明に係る化合物の薬理的に許容される塩または溶媒和物である。また所望の効果とは、本発明に係る化合物と実質的に同等の効果を含む。 In this specification, “derivative” means that when an organic compound is considered as a matrix, the structure and properties of the matrix are greatly increased by introduction of a functional group, oxidation, reduction, substitution of atoms or addition of atoms. It means a compound that has been modified to the extent that it does not change. The modification may be performed as an actual chemical reaction, but it may be performed on a desk. The derivative is preferably a pharmacologically acceptable derivative. In the present specification, the “pharmacologically acceptable derivative” is not limited as long as it has a desired effect, and is a pharmacologically acceptable salt, solvate, isomer, or compound of the present invention. Includes forms of prodrugs and the like (eg esters). This pharmacologically acceptable derivative also includes any other compound that, when administered to a patient, is provided (directly or indirectly) a compound according to the invention or an active metabolite thereof or residue thereof. Such pharmacologically acceptable derivatives can be obtained by those skilled in the art without undue experimentation. For example, [Burger's Medicinal Chemistry And Drug Discovery, 5 th Edition, Vol 1: Principles and Practice] can refer to. A pharmacologically acceptable salt or solvate of the compound according to the present invention is preferred. The desired effect includes an effect substantially equivalent to that of the compound according to the present invention.
本明細書において「薬理的に許容される塩」は、特に限定されないが、例えば任意の酸性(例えばカルボキシル)基で形成されるアニオン塩、または任意の塩基性(例えばアミノ)基で形成されるカチオン塩である。塩類には無機塩および有機塩を含み、[Berge,BighleyおよびMonkhouse、 J.Pharm.Sci., 1977, 66, 1-19]に記載されている塩が含まれる。本明細書において「溶媒和物」は、溶質および溶媒によって形成される化合物である。溶媒和物については例えば、[J.Honig et al., The Van Nostrand Chemist’s Dictionary P650 (1953)]を参照できる。溶媒が水であれば形成される溶媒和物は水和物である。この溶媒は、溶質の生物活性を妨げないものが好ましい。そのような好ましい溶媒の例として、限定するものではないが、水、エタノール、および酢酸が挙げられる。最も好ましい溶媒は、水である。本発明に係る化合物またはその塩は、大気に触れるかまたは再結晶するときに水分を吸収し、場合によっては吸湿水を有するかまたは水和物となりうる。本明細書において「異性体」は、分子式は同一だが構造が異なる分子を含む。鏡像異性体(エナンチオマー)、幾何(シス/トランス)異性体、または相互に鏡像ではない不斉中心を1個以上有する異性体(ジアステレオマー)を含む。本明細書において「プロドラッグ」は、前駆体である化合物であって、その化合物を被験体へ投与した際に、代謝過程または種々化学反応によって化学的変化を起こし、本発明に係る化合物またはその塩もしくはその溶媒和物をもたらす化合物を含む。プロドラッグについては、例えば[T. Higuchi and V. Stella, “Pro-Drugs as Novel Delivery Systems”, A.C.S. Symposium Series, Volume 14]を参照できる。 In the present specification, the “pharmacologically acceptable salt” is not particularly limited. For example, it is formed with an anion salt formed with any acidic (eg, carboxyl) group, or formed with any basic (eg, amino) group. Cationic salt. Salts include inorganic and organic salts, including those described in [Berge, Bighley and Monkhouse, J. Pharm. Sci., 1977, 66, 1-19]. As used herein, a “solvate” is a compound formed by a solute and a solvent. As for the solvate, for example, [J. Honig et al., The Van Nostrand Chemist's Dictionary P650 (1953)] can be referred to. If the solvent is water, the solvate formed is a hydrate. This solvent is preferably one that does not interfere with the biological activity of the solute. Examples of such preferred solvents include, without limitation, water, ethanol, and acetic acid. The most preferred solvent is water. The compound according to the present invention or a salt thereof absorbs moisture when exposed to air or recrystallizes, and in some cases has moisture absorption water or can be a hydrate. As used herein, “isomer” includes molecules having the same molecular formula but different structures. Includes enantiomers (enantiomers), geometric (cis / trans) isomers, or isomers having one or more asymmetric centers that are not mirror images of one another (diastereomers). As used herein, a “prodrug” is a compound that is a precursor, and undergoes a chemical change by metabolic processes or various chemical reactions when the compound is administered to a subject, and the compound according to the present invention or a compound thereof Including compounds that yield salts or solvates thereof. Regarding prodrugs, for example, [T. Higuchi and V. Stella, “Pro-Drugs as Novel Delivery Systems”, A.C.S. Symposium Series, Volume 14] can be referred to.
また本明細書において「誘導体」には例えば、所望の効果を有する化合物であれば、PubChemのCompound Structure Searchの類似度(tanimoto係数)90%以上の化合物を含む。なお、誘導体に含める上記tanimoto係数の下限値は特に限定されないが、好ましくは95%以上であり、より好ましくは96%以上であり、より好ましくは97%以上であり、より好ましくは98%以上であり、さらに好ましくは99%以上である。類似度(tanimoto係数)が大きければ大きいほど母体に構造・生理活性などが近似した誘導体である可能性が高くなる。なお、tanimoto係数の計算式は以下のとおりであり、ケモインフォマティクスの分野では最も頻繁に使われる権威ある化合物同士の類似係数である。tanimoto係数の計算式に関してはPubChemのホームページからも参照可能である。 In the present specification, the “derivative” includes, for example, a compound having a 90% or higher similarity (tanimoto coefficient) of Compound Structure Search of PubChem as long as it is a compound having a desired effect. The lower limit value of the tanimoto coefficient to be included in the derivative is not particularly limited, but is preferably 95% or more, more preferably 96% or more, more preferably 97% or more, more preferably 98% or more. Yes, more preferably 99% or more. The greater the degree of similarity (tanimoto coefficient), the higher the possibility that it is a derivative whose structure, physiological activity, etc. approximate to the parent body. The formula for calculating the tanimoto coefficient is as follows, and is the similarity coefficient between the authoritative compounds most frequently used in the field of chemoinformatics. The tanimoto coefficient calculation formula can also be referred from the PubChem website.
Tanimoto = AB / ( A + B - AB )
Where:
Tanimoto is the Tanimoto score, a fraction between 0 and 1.
AB is the count of bits set after bit-wise & of fingerprints A and B
A is the count of bits set in fingerprint A
B is the count of bits set in fingerprint B
Tanimoto = AB / (A + B-AB)
Where:
Tanimoto is the Tanimoto score, a fraction between 0 and 1.
AB is the count of bits set after bit-wise & of fingerprints A and B
A is the count of bits set in fingerprint A
B is the count of bits set in fingerprint B
この類似度(tanimoto係数)がATRAに対して95%以上の化合物としては、例えばPubChemのCID(Compound ID)が5538、444795、449171、4136524、5282379、5326825、5496917、6419708、6439661、6439749、6603983、6913131、6913136、6913160、9796370、9839397、9861147、9972326、9972327、9995220、10017822、10017935、10040620、10041353、10063649、10086397、10086398、10149682、10267048、10286439、10335106、10357701、10380944、10425032、10470200、10518336、10518761、10566385、10638113、10881132、11738545、12358676、12358678、18458354、18637768、19609228、21590819、23275881、25145416、44725022、9860303、9929074、10015486、10125803、10266931、10286753、10314319、10474100、10712359、11141121、14731990、18696002、18696006、21651187、22239079、25141345、44393163、44579060、167095、5355027、10087786、10193246、10215224、10358907、10426543、11266097、15125882、18977383、19063167、19360964、19609253、20830941、22646220、23002673、23181726、23208908、25011742、44314230、44579056、44579100、9830767、10636975、または11000660の化合物からなる群から選ばれる1種以上の化合物を含む。 Examples of the compound having a similarity (tanimoto coefficient) of 95% or more with respect to ATRA include, for example, PubChem CID (Compound ID) of 5538, 444795, 449171, 4136524, 5282379, 5268825, 5496917, 6419708, 6439661, 6439749, 6660993 , 6913131,6913136,6913160,9796370,9839397,9861147,9972326,9972327,9995220,10017822,10017935,10040620,10041353,10063649,10086397,10086398,10149682,10267048,10286439,10335106,10357701,10380944,10525032,10470200 , 10518761,10566385,10638113,10881132,11738545,12358676,12358678,18458354,18637768,19609228,21590819,23275881,25145416,44725022,9860303,9929074,10015486,10125803,10266931,10286753,10314319,10474100,10712359,11141 , 18696002,18696006,21651187,22239079,25141345,44393163,44579060,167095,5355027,10087786,10193246,10215224,10358907,10426543,11266097,15125882,18977383,19063167,19360964,19609253,2 0830941, 2226220, 23002673, 23181726, 23208908, 25011742, 4314230, 44579056, 44579100, 9830767, 10636975, or 11000660, or one or more compounds selected from the group consisting of 11000660.
<実施形態2:レチノイド応答性遺伝子のスクリーニング方法>
本発明の他の実施形態は、レチノイドによって発現が制御される遺伝子のスクリーニング方法であって、上流にRGKTCANNNNNRGKTCA(R=A/G、K=G/T、N=A/G/C/T)の塩基配列を有する遺伝子をin silico解析で選択する工程と、選択された上記遺伝子の上流に位置するRGKTCANNNNNRGKTCAの塩基配列に対する、RARまたはRXRのレチノイド依存的結合性を検査する工程と、RARまたはRXRがレチノイド依存的結合性を示したRGKTCANNNNNRGKTCAの塩基配列の下流に位置する上記遺伝子の、レチノイド依存的な発現量の変化を分析する工程とを含む、スクリーニング方法である。このスクリーニング方法によると、後述する実施例で実証されているように、レチノイドによって発現が制御される遺伝子を、効率的または高精度でスクリーニングすることができる。
<Embodiment 2: Retinoid-responsive gene screening method>
Another embodiment of the present invention is a method for screening a gene whose expression is controlled by a retinoid, wherein RGKTCANNNNNRGKTCA upstream (R = A / G, K = G / T, N = A / G / C / T) A step of selecting a gene having the nucleotide sequence of RAR or RXR with respect to the nucleotide sequence of RGKTCANNNNNRGKTCA located upstream of the selected gene, RAR or RXR Analyzing the change in the retinoid-dependent expression level of the above gene located downstream of the base sequence of RGKTCANNNNNRGKTCA, which showed retinoid-dependent binding. According to this screening method, as demonstrated in Examples described later, genes whose expression is controlled by retinoids can be screened efficiently or with high accuracy.
ここで、上記のin silico解析において上流とは、上流5kb以内であっても良い。なぜならば、後述する実施例で実証されているように、上流5kb以内を調べることで、レチノイドによって発現が制御される遺伝子を、効率的または高精度でスクリーニングすることができるからである。 Here, the upstream in the above in silico analysis may be within 5 kb upstream. This is because, as demonstrated in Examples described later, by examining within 5 kb upstream, genes whose expression is controlled by retinoids can be screened efficiently or with high accuracy.
上記のRARまたはRXRのレチノイド依存的結合性の検査は、ChiP(Chromatin immunoprecipitation)解析を利用した検査であっても良い。なぜならば、後述する実施例で実証されているように、ChiP解析で検査を行うことで、レチノイドによって発現が制御される遺伝子を、効率的または高精度でスクリーニングすることができるからである。なおChiP解析とは、蛋白質に対する抗体を用いて核酸と蛋白質との相互作用、または核酸上の蛋白質の結合部位を調査する方法の一つである。 The test for retinoid-dependent binding of RAR or RXR may be a test using ChiP (Chromatin immunoprecipitation) analysis. This is because, as demonstrated in the examples described later, by examining by ChiP analysis, genes whose expression is controlled by retinoids can be screened efficiently or with high accuracy. ChiP analysis is a method for investigating the interaction between a nucleic acid and a protein, or the binding site of a protein on the nucleic acid, using an antibody against the protein.
上記のレチノイド依存的な発現量の変化は、RT−PCRを利用して分析を行っても良い。なぜならば、後述する実施例で実証されているように、RT−PCRで分析を行うことで、レチノイドによって発現が制御される遺伝子を、効率的または高精度でスクリーニングすることができるからである。 The retinoid-dependent change in expression level may be analyzed using RT-PCR. This is because, as demonstrated in the examples described later, by performing analysis by RT-PCR, genes whose expression is controlled by retinoids can be screened efficiently or with high accuracy.
また、上記スクリーニング方法は、上記のRARまたはRXRのレチノイド依存的結合性の検査において、in silico解析で選択された遺伝子の上流に位置するRGKTCANNNNNRGKTCAの塩基配列に対する、RARまたはRXRのレチノイド依存的結合性が陰性であった場合で、且つ、そのRGKTCANNNNNRGKTCAの塩基配列の周辺の塩基配列と重複する配列が、ゲノム上に存在する場合に、上記のin silico解析で選択された遺伝子のレチノイド依存的な発現量の変化を分析する工程を、さらに含むスクリーニング方法であっても良い。ぜならば、後述する実施例で実証されているように、この工程を含むスクリーニング方法を用いると、レチノイドによって発現が制御される遺伝子を、効率的または高精度でスクリーニングすることができるからである。 In addition, in the above screening method, the retinoid-dependent binding of RAR or RXR to the base sequence of RGKTCANNNNNRGKTCA located upstream of the gene selected by in silico analysis in the above-described examination of retinoid-dependent binding of RAR or RXR. Is negative, and when a sequence overlapping with the base sequence around the base sequence of RGKTCANNNNNRGKTCA exists on the genome, retinoid-dependent expression of the gene selected by the above in silico analysis The screening method may further include a step of analyzing the change in the amount. This is because, as demonstrated in the examples described later, when a screening method including this step is used, genes whose expression is controlled by retinoids can be screened efficiently or with high accuracy. .
本明細書において「in silico解析」とは、コンピュータを用いて行われた解析を意味する。分子生物学などの分野では一般的に、細胞や各種の生体分子を実際に扱うin vitroやin vivoとは異なる概念で取り扱われる。 In this specification, “in silico analysis” means analysis performed using a computer. In fields such as molecular biology, it is generally handled with a concept different from in vitro and in vivo, which actually handle cells and various biomolecules.
本明細書において「レチノイド依存的結合性」とは、レチノイドの存在によって結合性が増減する性質を表す。例えば、RARまたはRXRはRA存在下でRAと結合し、その後標的遺伝子のRAREに結合することが知られている。 In the present specification, “retinoid-dependent binding property” represents a property of increasing or decreasing the binding property due to the presence of a retinoid. For example, it is known that RAR or RXR binds to RA in the presence of RA and then binds to the target gene RARE.
本明細書において「レチノイド依存的な発現量の変化」とは、レチノイドの存在によって遺伝子の発現量が増減する性質を表す。例えば、RARまたはRXRはRA存在下で標的遺伝子のRAREに結合し、その後標的遺伝子の発現を増加または減少させることが知られている。 In the present specification, “change in expression level dependent on retinoid” refers to the property that the expression level of a gene increases or decreases due to the presence of a retinoid. For example, RAR or RXR is known to bind to the target gene RARE in the presence of RA and subsequently increase or decrease the expression of the target gene.
RT-PCR(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction)は、RNA鎖を鋳型に逆転写を行い、生成されたcDNAに対してPCRを行う方法である。例えば、Titan One-Tube RT-PCR Kit(Roche)等の市販のキットを使用できる。なお、トータルRNAは細胞からグアニジンチオシアネート法、市販の試薬またはキットを使用して抽出できる。細胞は、三光純薬株式会社やタカラバイオ株式会社等から購入できる。また、リアルタイムPCRとは、PCRによって増幅する核酸をリアルタイムでモニタリングする方法である。 RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) is a method in which reverse transcription is performed using an RNA chain as a template, and PCR is performed on the generated cDNA. For example, a commercially available kit such as Titan One-Tube RT-PCR Kit (Roche) can be used. Total RNA can be extracted from cells using the guanidine thiocyanate method, commercially available reagents or kits. Cells can be purchased from Sanko Junyaku Co., Ltd. or Takara Bio Inc. Real-time PCR is a method for monitoring nucleic acids amplified by PCR in real time.
以上、本発明の実施形態について述べたが、これらは本発明の例示であり、上記以外の様々な構成を採用することもできる。 As mentioned above, although embodiment of this invention was described, these are illustrations of this invention and various structures other than the above are also employable.
以下、本発明を実施例によりさらに説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。 EXAMPLES Hereinafter, although an Example demonstrates this invention further, this invention is not limited to these.
<使用した細胞>
肝細胞癌細胞株Huh7、HepG2、乳癌細胞株MCF-7
<Used cells>
Hepatocellular carcinoma cell lines Huh7, HepG2, breast cancer cell line MCF-7
<使用した試薬>
・DMEM
Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium粉末(日水)4.75 gを超純水に溶かして全量500 mLとし、高圧蒸気滅菌した。その後、10 mL 10% NaHCO3(Wako)、5 mL 100×glucose(NACALAI TESQUE)(最終濃度3500 mg/L)、10 mL 50 ×L-glutamine(NACALAI TESQUE)(最終濃度584 mg/L)、非働化させたウシ胎児血清(FBS)(最終濃度10% または1%: JRH Bio sciences)を加えた。
<Reagent used>
・ DMEM
4.75 g of Dulbecco's Modified Eagle's Medium powder (day water) was dissolved in ultrapure water to make a total volume of 500 mL and sterilized by high-pressure steam. Then 10 mL 10% NaHCO3 (Wako), 5 mL 100 × glucose (NACALAI TESQUE) (final concentration 3500 mg / L), 10 mL 50 × L-glutamine (NACALAI TESQUE) (final concentration 584 mg / L), non- Activated fetal bovine serum (FBS) (final concentration 10% or 1%: JRH Biosciences) was added.
・PBS(-)
NaCl、Na2HPO4・12H2O、KCl(以上、NACALAI TESQUE)、KH2PO4(Wako)をそれぞれ最終濃度137 mM、8.10 mM、2.68 mM、1.47 mMになるように超純水に加え、高圧蒸気滅菌した。
・ PBS (-)
NaCl, Na2HPO4 · 12H2O, KCl (above, NACALAI TESQUE), and KH2PO4 (Wako) were added to ultrapure water at final concentrations of 137 mM, 8.10 mM, 2.68 mM, and 1.47 mM, respectively, and then autoclaved.
・ATRA
ATRA粉末(SIGMA)をDMSO(SIGMA)に40 mMとなるように溶かし、-30℃で保存した。
・ ATRA
ATRA powder (SIGMA) was dissolved in DMSO (SIGMA) to a concentration of 40 mM and stored at −30 ° C.
・Protease inhibitor cocktail(PIC)
プロテアーゼインヒビターカクテル錠(Roche Diagnostics)を2 mLの超純水に加え、25×PICとし、-30℃で保存し、適宜、融解させて使用した。
・ Protease inhibitor cocktail (PIC)
Protease inhibitor cocktail tablets (Roche Diagnostics) were added to 2 mL of ultrapure water, made 25 × PIC, stored at −30 ° C., and thawed appropriately.
・Low Salt Immune Complex Wash Buffer
0.1% SDS、 2 mM EDTA、 20 mM Tris-HCl (pH 8.1)、 150 mM NaCl(以上、NACALAI TESQUE)、 1% Triton X-100(Wako)となるように超純水で調製し、4℃で保存した。
・ Low Salt Immune Complex Wash Buffer
Prepare with ultra pure water so that 0.1% SDS, 2 mM EDTA, 20 mM Tris-HCl (pH 8.1), 150 mM NaCl (above, NACALAI TESQUE), 1% Triton X-100 (Wako), and 4 ° C Saved with.
・High Salt Immune Complex Wash Buffer
0.1% SDS、 2 mM EDTA、 20 mM Tris-HCl (pH 8.1)、 500 mM NaCl(以上、NACALAI TESQUE)、 1% Triton X-100(Wako)となるように超純水で調製し、4℃で保存した。
・ High Salt Immune Complex Wash Buffer
Prepare with ultrapure water so that 0.1% SDS, 2 mM EDTA, 20 mM Tris-HCl (pH 8.1), 500 mM NaCl (above, NACALAI TESQUE), 1% Triton X-100 (Wako), and 4 ° C Saved with.
・LiCl Immune Complex Wash Buffer
0.1% SDS、 1 mM EDTA、 20 mM Tris-HCl(pH 8.1)、 250 mM LiCl(以上、NACALAI TESQUE)、 1%deoxycholic acid (sodium salt)(Wako)、1% IGEPAL-CA360(MP Biomedicals)となるように超純水で調製し、4℃で保存した。
・ LiCl Immune Complex Wash Buffer
0.1% SDS, 1 mM EDTA, 20 mM Tris-HCl (pH 8.1), 250 mM LiCl (above, NACALAI TESQUE), 1% deoxycholic acid (sodium salt) (Wako), 1% IGEPAL-CA360 (MP Biomedicals) The sample was prepared with ultrapure water and stored at 4 ° C.
・TE Buffer
10 mM Tris-HCl(pH 8.1)、1 mM EDTA(以上、NACALAI TESQUE)となるように超純水で調製し、4℃で保存した。
・ TE Buffer
It was prepared with ultrapure water to 10 mM Tris-HCl (pH 8.1) and 1 mM EDTA (above, NACALAI TESQUE) and stored at 4 ° C.
・Elution Buffer
10 mM DTT(Wako)、 1% SDS、0.1 M NaHCO3(NACALAI TESQUE)となるように超純水で用事調製した。
・ Elution Buffer
The product was prepared with ultrapure water so as to be 10 mM DTT (Wako), 1% SDS, 0.1 M NaHCO3 (NACALAI TESQUE).
・Phenol/Chloroform
TE飽和Phenol、Chloroform(共にNACALAI TESQUE)を1:1で混合し、4℃で保存した。
・ Phenol / Chloroform
TE saturated Phenol and Chloroform (both NACALAI TESQUE) were mixed 1: 1 and stored at 4 ° C.
・70% Ethanol
35 mL 100% ethanol(NACALAI TESQUE)と15 mL超純水を混和し、室温で保存した。
・ 70% Ethanol
35 mL 100% ethanol (NACALAI TESQUE) and 15 mL ultrapure water were mixed and stored at room temperature.
・1a+1b
10 μL LightCycler FastStart Enzyme(1a)(Roche Diagnostics)をLightCycler FastStart Reaction Mix SYBR GreenI、10XConc.(1b)(Roche Diagnostics)に加えて、-30℃で保存した。
・ 1a + 1b
10 μL LightCycler FastStart Enzyme (1a) (Roche Diagnostics) was added to LightCycler FastStart Reaction Mix SYBR GreenI, 10XConc. (1b) (Roche Diagnostics) and stored at −30 ° C.
・Acidic Phenol/Chloroform
クエン酸バッファー飽和Phenol、Chloroform(共にNACALAI TESQUE)を1:1で混合し、4℃で保存した。
・ Acidic Phenol / Chloroform
Citrate buffer saturated Phenol and Chloroform (both NACALAI TESQUE) were mixed 1: 1 and stored at 4 ° C.
<実施例1:レチノイン酸応答配列を上流にもつ転写領域の選出>
in silico解析を行うにあたって使用したデータベースを表1に示す。
<Example 1: Selection of transcription region having retinoic acid responsive element upstream>
Table 1 shows the database used for in silico analysis.
各rnaClusterの染色体上の位置情報とヒトゲノム塩基配列を使って、rnaCluster配列ファイルを作成した(rnaClusterSeq)。さらに、各rnaClusterの最上流(5’末端塩基)から5 kbp上流までの塩基配列を切り出し、rnaCluster上流5 kbp配列ファイルを作成した(upstream5KSeq)。コンセンサスRAREとして、2つのハーフサイト(5'-RGKTCA-3'(R=A/G、K=G/T))が、任意の5塩基のスペーサー配列によってタンデムに連結したDR5を適用し(RGKTCANNNNNRGKTCA(R=A/G、K=G/T、N=A/G/C/T))、rnaCluster上流5 kbp以内にこのDR5が存在するかどうか、検索を行った。rnaClusterの上流5 kbp以内にDR5をもつ転写領域をTarget RNA of Retinoic Acid(TRRA)とした。また、UCSCのGenome browserを使用し、各TRRAに対応する遺伝子を確認した。 An rnaCluster sequence file was created using the location information of each rnaCluster on the chromosome and the human genome sequence (rnaClusterSeq). Furthermore, the base sequence from the most upstream (5 'terminal base) of each rnaCluster to 5 kbp upstream was cut out to create a 5 kbp sequence file upstream of rnaCluster (upstream5KSeq). As consensus RARE, DR5 in which two half-sites (5'-RGKTCA-3 '(R = A / G, K = G / T)) are connected in tandem with an arbitrary 5-base spacer sequence is applied (RGKTCANNNNNRGKTCA (R = A / G, K = G / T, N = A / G / C / T)), whether or not this DR5 exists within 5 kbp upstream of rnaCluster was searched. A transcription region having DR5 within 5 kbp upstream of rnaCluster was designated as Target RNA of Retinoic Acid (TRRA). Moreover, the gene corresponding to each TRRA was confirmed using the Genome browser of UCSC.
以上のように、未知の新規RA標的遺伝子を同定するために、一般的にRA標的遺伝子がその上流にRAREを持つことに注目してin silico解析を行った。その結果、RAREを上流5 kbp以内に持つTRRAは、全部で201個であった。さらにUCSCのGenome browserを使用してどのような遺伝子に対応しているか確認した結果、RefSeq Genesに該当したTRRAは111個であった(TRRA-1、3、4、5、8、9、12、13、14、16、17、19、20、26、30、31、32、33、36、37、38、44、46、49、50、52、55〜58、63、67〜71、74、75、81〜86、89、91、92、94〜96、99〜102、104、106、109〜113、116、117、120〜122、129、132、137、138、140、141、143〜145、147〜149、152〜154、156、159〜161、163、166、167、171、175、176、178〜185、186〜188、190〜192、195〜200)。一方、残りの90個については、Genome browser上にRefSeq Genesとしてアノテーションされてはいなかった。しかしながら、本来rnaClusterはspliced ESTとmRNAから決定された転写領域であることから、未知の遺伝子が存在している可能性が示唆された。なお、 As described above, in order to identify an unknown new RA target gene, in silico analysis was performed focusing on the fact that RA target gene generally has RARE upstream thereof. As a result, a total of 201 TRRAs with RAREs within 5 kbp upstream were found. Furthermore, as a result of confirming which genes are supported using UCSC Genome browser, 111 TRRAs corresponded to RefSeq Genes (TRRA-1, 3, 4, 5, 8, 9, 12 , 13, 14, 16, 17, 19, 20, 26, 30, 31, 32, 33, 36, 37, 38, 44, 46, 49, 50, 52, 55-58, 63, 67-71, 74 75, 81-86, 89, 91, 92, 94-96, 99-102, 104, 106, 109-113, 116, 117, 120-122, 129, 132, 137, 138, 140, 141, 143 -145, 147-149, 152-154, 156, 159-161, 163, 166, 167, 171, 175, 176, 178-185, 186-188, 190-192, 195-200). On the other hand, the remaining 90 were not annotated as RefSeq Genes on the Genome browser. However, rnaCluster was originally a transcriptional region determined from spliced EST and mRNA, suggesting the possibility of the existence of an unknown gene. In addition,
<実施例2:ATRA処理による細胞増殖への影響>
(2−1)細胞培養
Huh7、MCF-7、HepG2は10% FBS添加DMEM にて、10-cm dish(FALCON)を用いて5 % CO2、37℃、飽和水蒸気下で培養した。70〜90%コンフルエントになった状態で、一度PBS(-)で洗い、2 mL PBS(-)と300 μLの0.25% Trypsin/1 mM EDTA Solution(NACALAI TESQUE)を加えて細胞を剥がし、細胞を回収した。1000 rpmで3分間遠心し、上清を除去後、10% FBS DMEMに再懸濁し、1 dish分を4 dishに分けて継代した。
<Example 2: Effect of ATRA treatment on cell proliferation>
(2-1) Cell culture
Huh7, MCF-7, and HepG2 were cultured in 10% FBS-added DMEM using 10-cm dish (FALCON) at 5% CO2, 37 ° C, saturated water vapor. In a state of 70-90% confluence, wash once with PBS (-), add 2 mL PBS (-) and 300 μL of 0.25% Trypsin / 1 mM EDTA Solution (NACALAI TESQUE) to detach the cells. It was collected. After centrifuging at 1000 rpm for 3 minutes and removing the supernatant, the suspension was resuspended in 10% FBS DMEM, and 1 dish was divided into 4 dishes and subcultured.
(2−2)WST assay
細胞(Huh7、MCF-7、HepG2)を回収し、5000 cells/50 μL となるように10% FBS DMEMで再懸濁して、96-wellプレート(FALCON)の各wellに50 μLずつ播いた。一晩、培養後、1% FBS DMEM に培地交換した。その24時間後に、ATRA最終濃度が0、1、5、10 μMになるように1% FBS DMEMで希釈して加え、37℃でインキュベートした。薬剤処理から1、2、3日後に TetraColor ONE(生化学バイオビジネス)を最終濃度が5%になるように 1%FBS DMEMで希釈して加え、37℃のCO2インキュベータ内で2時間インキュベートし、96-well plate用Micro Plate Reader(MRP-A4i、TOSOH)を用いて、450 nmの吸光度を測定した。対照波長として630 nmの波長を測定し、補正した。
(2-2) WST assay
Cells (Huh7, MCF-7, HepG2) were collected, resuspended in 10% FBS DMEM to 5000 cells / 50 μL, and seeded in 50 μL each well of a 96-well plate (FALCON). After overnight culture, the medium was changed to 1% FBS DMEM. 24 hours later, the solution was diluted with 1% FBS DMEM so that the final concentration of ATRA was 0, 1, 5, 10 μM, and incubated at 37 ° C. 1, 2 or 3 days after drug treatment, add TetraColor ONE (Biochemical Biobusiness) diluted to 1% FBS DMEM to a final concentration of 5%, and incubate for 2 hours in a 37 ° C CO2 incubator. Absorbance at 450 nm was measured using a 96-well plate Micro Plate Reader (MRP-A4i, TOSOH). A wavelength of 630 nm was measured as a control wavelength and corrected.
以上のように、TRRAのRA応答性をスクリーニングする際に使用する細胞株を決定するために、肝癌細胞株(Huh7、HepG2)および乳癌細胞株(MCF-7)それぞれに対し、0、1、5、10 μMのATRA存在下で培養後、WST assayを行った。Huh7ではATRA処理による増殖の変化はほとんど観察されなかった(図3(a))。しかし、MCF-7ではATRA処理による増殖抑制(図3(b))が、またHepG2では増殖亢進(図3(c))がそれぞれ認められた。また、増殖に対する影響はATRAの用量に依存していた。これらの細胞株を使い比較することで、抗腫瘍効果をもつTRRAを効率的に選び出せると考え、今後の解析ではこれらの3種の細胞株を用いて5 μMのATRA処理でTRRAのスクリーニングを行うことにした。 As described above, in order to determine the cell line to be used for screening the RA responsiveness of TRRA, 0, 1, and 0 for the liver cancer cell line (Huh7, HepG2) and the breast cancer cell line (MCF-7), respectively. After culturing in the presence of 5, 10 μM ATRA, WST assay was performed. In Huh7, almost no change in proliferation due to ATRA treatment was observed (FIG. 3 (a)). However, MCF-7 showed growth inhibition by ATRA treatment (FIG. 3 (b)), and HepG2 showed growth enhancement (FIG. 3 (c)). The effect on proliferation was dependent on the dose of ATRA. By comparing these cell lines, we think that TRRA with antitumor effect can be selected efficiently. In future analysis, these three cell lines will be used to screen TRRA with 5 μM ATRA treatment. Decided to do.
なお、図3のATRA処理による細胞増殖への影響は以下の手順で調査した。96 well plateに各癌細胞株を5000 cells/wellずつ播き、一晩、培養後、1%FBS DMEM に培地交換した。その24時間後に各濃度でATRA処理を行い、1、2、3日後に WST assay を行った。Day 0の細胞の吸光度を100%とし、各日の吸光度をグラフにした(*, P<0.05、**, P<0.01(t 検定)、n=3)。 In addition, the influence on the cell proliferation by the ATRA treatment of FIG. 3 was investigated by the following procedure. Each cancer cell line was seeded at a density of 5000 cells / well in a 96-well plate, and after overnight culture, the medium was replaced with 1% FBS DMEM. After 24 hours, ATRA treatment was performed at each concentration, and WST assay was performed 1, 2, and 3 days later. The absorbance of Day 0 cells was taken as 100%, and the absorbance of each day was graphed (*, P <0.05, **, P <0.01 (t test), n = 3).
<実施例3:ChIP法クロマチン免疫沈降法(ChIP法)による1次スクリーニング>
106個の細胞を10-cm dishに播き、一晩培養後、1% FBS DMEM に培地交換した。その24時間後に、5 μM ATRAまたはDMSOを添加した1%FBS DMEMで処理した。また、1枚余分に播いておき、セルカウントを行った。270 μL 37% formaldehydeを加え、37℃で10分間置き、固定した。以降は氷上で実験を行った。冷PBS(-) 5 mLで2回洗い、1 mLの冷PBS(-)(PIC含)でスクレイプし回収した。遠心(700×g、4℃、3分)し、上清を除去した。106 cells/500 μL SDS lysis buffer (1% SDS、 10 mM EDTA、50 mM Tris-HCl(pH 8.1)、 PIC)に再懸濁させ、10分間氷上に置いた。Bioruptor(コスモバイオ)を使い、30秒(250W)のソニケーションを10回かけた。遠心(13 krpm、4℃、 10分)し、上清を回収した。低吸着チューブ(BioScience)を使用し、100 μLの上清に、900 μLのdilution buffer(0.01% SDS、 1.1% Triton X-100、 1.2 mM EDTA、 16.7 mM Tris-HCl(pH 8.1)、 167 mM NaCl、 PIC)を加え、anti-RARα(sc-551)(Santa cruz), anti-RARβ(sc-552)(Santa cruz), anti-RAR(sc-773)(Santa cruz)をそれぞれ2/3 μgずつ、25 μL Magnetic beads(Activemotif) を加えて、4℃で一晩、rotationさせた。また、inputとして、10 μL回収して、-30℃で保存した。
<Example 3: Primary screening by ChIP method chromatin immunoprecipitation method (ChIP method)>
10 6 cells were seeded in a 10-cm dish, cultured overnight, and then the medium was changed to 1% FBS DMEM. After 24 hours, the cells were treated with 1% FBS DMEM supplemented with 5 μM ATRA or DMSO. In addition, one cell was sowed and the cell was counted. 270 μL 37% formaldehyde was added and placed at 37 ° C. for 10 minutes to fix. Thereafter, experiments were conducted on ice. The plate was washed twice with 5 mL of cold PBS (−) and scraped with 1 mL of cold PBS (−) (including PIC). The supernatant was removed by centrifugation (700 × g, 4 ° C., 3 minutes). 10 6 cells / 500 μL SDS lysis buffer (1% SDS, 10 mM EDTA, 50 mM Tris-HCl (pH 8.1), PIC) was resuspended and placed on ice for 10 minutes. Using Bioruptor (Cosmo Bio), 30 seconds (250W) sonication was applied 10 times. The supernatant was collected by centrifugation (13 krpm, 4 ° C., 10 minutes). Using a low adsorption tube (BioScience), add 100 μL of supernatant to 900 μL of dilution buffer (0.01% SDS, 1.1% Triton X-100, 1.2 mM EDTA, 16.7 mM Tris-HCl (pH 8.1), 167 mM NaCl, PIC) and anti-RARα (sc-551) (Santa cruz), anti-RARβ (sc-552) (Santa cruz), anti-RAR (sc-773) (Santa cruz) To each μg, 25 μL Magnetic beads (Activemotif) was added and rotated at 4 ° C. overnight. Further, 10 μL was collected as input and stored at −30 ° C.
次に、下記のBufferを加え、それぞれ50回の転倒を繰り返して洗浄を行った。1400 μL Low Salt Immune Complex Wash Bufferで2回、1400 μL High Salt Immune Complex Wash Bufferで2回、1400 μL LiCl Immune Complex Wash Bufferで2回、1400 μL TE Bufferで2回の洗浄を行った。以降、室温で実験を行った。125 μL Elution Bufferを加え、15分間、rotationさせ、上清を回収した。これをさらにもう一回行った。ここで、保存しておいたInputを取り出し、240 μL Elution Bufferを加え、以降はChIPしたサンプルと同様の操作を行った。5 M NaCl 10 μL加えて、65℃で一晩インキュベートし、脱固定した。 Next, the following buffer was added, and washing was performed by repeatedly tumbling 50 times. Washing was performed twice with 1400 μL Low Salt Immune Complex Wash Buffer, twice with 1400 μL High Salt Immune Complex Wash Buffer, twice with 1400 μL LiCl Immune Complex Wash Buffer, and twice with 1400 μL TE Buffer. Thereafter, experiments were performed at room temperature. 125 μL Elution Buffer was added and rotated for 15 minutes, and the supernatant was collected. This was done once more. Here, the stored Input was taken out, 240 μL Elution Buffer was added, and the same operation as the ChIP sample was performed thereafter. 10 μL of 5 M NaCl was added and incubated at 65 ° C. overnight to defix.
0.5 μL Protease K(20 mg/ml)(NACALAI TESQUE)、5 μL 0.5 M EDTA(pH8.0)、10 μL 1 M Tris-HCl(pH6.8) を加え、45℃で1時間インキュベートした。270 μL Phenol/Chloroformを加え、vortexし、遠心(15 krpm, 5分間)した。上清を回収し、270 μL 100% isopropanol(NACALAI TESQUE)、13.5 μL 4 M NaCl、1 μLグリコーゲン(20 mg/ml)(Roche Diagnostics)を加え、遠心(15 krpm,、4℃、15分間)した。70% ethanolでリンスし、風乾させ、50 μL超純水に溶解させ、real-time PCRにより解析した(ChIP-PCR)。5 μL DNA、0.5 μL 10 μM primer(F)、0.5 μL 10 μM primer(R)、0.8 μl 25 mM MgCl2(Roche Diagnostics)、2.7 μL超純水、0.5 μL 1a+1bをキャピラリー(Roche Diagnostics)に入れ、LightCycler 1.5(Roche Diagnostics)を用いて、まず95℃で10分間、続いて至適温度で5秒間(アニーリング)、72℃で10秒間(伸長)、72℃で0秒(蛍光の測定)、95℃で10秒間(熱変性)の繰り返しを55回行わせた。LightCycler Software Version 3.5(Roche Diagnostics)で解析し、Inputの値で補正した。また、TRRAのスクリーニングにおいては、さらに陰性対照の値で補正した。プライマーは表2に示した。 0.5 μL Protease K (20 mg / ml) (NACALAI TESQUE), 5 μL 0.5 M EDTA (pH 8.0), 10 μL 1 M Tris-HCl (pH 6.8) were added, and the mixture was incubated at 45 ° C. for 1 hour. 270 μL Phenol / Chloroform was added, vortexed, and centrifuged (15 krpm, 5 minutes). Collect the supernatant, add 270 μL 100% isopropanol (NACALAI TESQUE), 13.5 μL 4 M NaCl, 1 μL glycogen (20 mg / ml) (Roche Diagnostics), and centrifuge (15 krpm, 4 ° C., 15 minutes) did. It was rinsed with 70% ethanol, air-dried, dissolved in 50 μL ultrapure water, and analyzed by real-time PCR (ChIP-PCR). 5 μL DNA, 0.5 μL 10 μM primer (F), 0.5 μL 10 μM primer (R), 0.8 μl 25 mM MgCl2 (Roche Diagnostics), 2.7 μL ultrapure water, 0.5 μL 1a + 1b into capillary (Roche Diagnostics) And use LightCycler 1.5 (Roche Diagnostics) for 10 minutes at 95 ° C, followed by 5 seconds at optimal temperature (annealing), 10 seconds at 72 ° C (extension), 0 seconds at 72 ° C (fluorescence measurement) The test was repeated 55 times at 95 ° C. for 10 seconds (thermal denaturation). Analyzed with LightCycler Software Version 3.5 (Roche Diagnostics) and corrected with Input value. In addition, in the TRRA screening, the value of the negative control was further corrected. The primers are shown in Table 2.
以上のように、In silico解析により得られたTRRAのRAREに、RARがATRA依存的に結合するか調べるため、ChIP-PCRにより1次スクリーニングを行った。まず、スクリーニングにおけるATRA処理時間を決定するために、代表的なレチノイド標的遺伝子であるRARβとCYP26A1のChIP-PCRの時間変動を調べた。このときPCRのプライマーとして、RARE(DR5)を含む領域を増幅するプライマー(RARβ_DR5、CYP26A1_DR5)に加え、それぞれのDR5より4 kbp下流の領域を増幅するプライマー(RARβ_DR5_ds4kbp、CYP26A1_DR5_ds4kbp)を使用し、それらを陰性対照とした。その結果、ATRA処理を3時間行ったサンプルは、全ての細胞株において、陰性対照に対してCYP26A1_DR5の値が有意に上昇したため、1次スクリーニングのATRA処理時間を3時間とした(図4(a)、(b)、(c))。 As described above, in order to examine whether or not RAR binds to RRA of TRRA obtained by in silico analysis in an ATRA-dependent manner, primary screening was performed by ChIP-PCR. First, in order to determine the ATRA treatment time in screening, the time variation of ChIP-PCR of RARβ and CYP26A1, which are typical retinoid target genes, was examined. At this time, in addition to primers (RARβ_DR5, CYP26A1_DR5) that amplify the region containing RARE (DR5) as primers for PCR, primers (RARβ_DR5_ds4kbp, CYP26A1_DR5_ds4kbp) that amplify the region 4 kbp downstream from each DR5 are used. A negative control was used. As a result, in the samples subjected to ATRA treatment for 3 hours, the value of CYP26A1_DR5 was significantly increased with respect to the negative control in all cell lines. Therefore, the ATRA treatment time of the primary screening was 3 hours (FIG. 4 (a ), (B), (c)).
なお、図4のATRA処理によるChIP-PCRの時間変動は以下の手順で調査した。106個の細胞を10 cm dishに播き、一晩、培養後、1%FBS DMEM に培地交換した。その24時間後に、5 μM ATRAまたはDMSOを添加した1%FBS DMEMで処理して、1.5、3、6時間後にChIP-PCRを行った。免疫沈降前に回収したinputで補正した(*, P<0.05、**, P<0.01(t 検定)、n=3)。 The time variation of ChIP-PCR due to ATRA treatment in FIG. 4 was investigated by the following procedure. 10 6 cells were seeded in a 10 cm dish, cultured overnight, and then replaced with 1% FBS DMEM. 24 hours later, the cells were treated with 1% FBS DMEM supplemented with 5 μM ATRA or DMSO, and ChIP-PCR was performed 1.5, 3, and 6 hours later. It was corrected by the input collected before immunoprecipitation (*, P <0.05, **, P <0.01 (t test), n = 3).
一方、RARβ_DR5に関しては、ATRA処理を行ったMCF-7においては差がなかった。これは、MCF-7においてRARβがほとんど発現していないことと一致していた(データを示さず)。次に、TRRAのChIP-PCRを行った(表3〜表9、図5A〜図5C)。 On the other hand, regarding RARβ_DR5, there was no difference in MCF-7 subjected to ATRA treatment. This was consistent with the fact that RARβ was hardly expressed in MCF-7 (data not shown). Next, ChIP-PCR of TRRA was performed (Tables 3 to 9 and FIGS. 5A to 5C).
初期検討と同様、陰性対照プライマーとしてCYP26A1_DR5_ds4kbpを適用し、relative occupancy[=%input(目的の領域)/%input(CYP26A1_DR5_ds4kbp)]を求め、relative occupancyが1.5倍以上のTRRAを次の2次スクリーニングで検討することとした。また、目的のDR5周辺の塩基配列に関して、ゲノム上で重複している領域が存在するため、特異的なChIP-PCRが行えなかったTRRAについても2次スクリーニングで検討することとした。結果として、201個のTRRAのうち126個を次の2次スクリーニングで検討した。 As in the initial study, CYP26A1_DR5_ds4kbp was applied as a negative control primer, and relative occupancy [=% input (target region) /% input (CYP26A1_DR5_ds4kbp)] was obtained. TRRA with a relative occupancy of 1.5 times or more was determined in the next secondary screening I decided to consider it. In addition, regarding the nucleotide sequence around the target DR5, there was an overlapping region on the genome, so TRRA for which specific ChIP-PCR could not be performed was also examined in the secondary screening. As a result, 126 of 201 TRRAs were examined in the next secondary screening.
<実施例4:RT-PCRによるTRRAの2次スクリーニング>
(4−1)Total RNA抽出
細胞株を3.5-cm dishで培養し、DMEMを除去後、1 mL TRIzol(invitrogen)を加え、5分間、室温で振盪した。1.5-mLチューブに回収し、200 μL chloroformを加え、30秒間激しく混和させた後、遠心(15 krpm、4℃、15分間)した。以降、RNA専用器具を用いた。上清を500 μL回収し、500 μL isopropanolを加え、vortexで撹拌した後、遠心(15 krpm、4℃、20分間)した。上清を除去し、300 μL 70% ethanolを加え、遠心(15 krpm、4℃、5分間)した。上清を除去し、RNAを7 μL超純水に溶解した。1 μL 10×DNase buffer(Nippon gene)、 1 μL 2 mg/ml BSA(Wako)、1 μL DNase(1 U/μL)(Nippon gene)を加え、37℃で一晩インキュベートした。278 μL超純水、12 μL 5 M NaCl, 300 μL Acidic Phenol/Chloroformを加え、vortexし、遠心(15 krpm、4℃、5分間)した。300 μL上清を回収し、700 μL 100% ethanolを加え、遠心(15 krpm、4℃、15分間)した。70% ethanolでリンスし、軽く風乾させ、10 μL超純水に溶解させた。
<Example 4: Secondary screening of TRRA by RT-PCR>
(4-1) Total RNA extraction The cell line was cultured in a 3.5-cm dish, DMEM was removed, 1 mL TRIzol (invitrogen) was added, and the mixture was shaken for 5 minutes at room temperature. After collecting in a 1.5-mL tube and adding 200 μL chloroform, the mixture was vigorously mixed for 30 seconds and then centrifuged (15 krpm, 4 ° C., 15 minutes). Thereafter, a dedicated RNA instrument was used. 500 μL of the supernatant was collected, 500 μL isopropanol was added, the mixture was stirred with vortex, and then centrifuged (15 krpm, 4 ° C., 20 minutes). The supernatant was removed, 300 μL 70% ethanol was added, and the mixture was centrifuged (15 krpm, 4 ° C., 5 minutes). The supernatant was removed, and RNA was dissolved in 7 μL ultrapure water. 1 μL 10 × DNase buffer (Nippon gene), 1 μL 2 mg / ml BSA (Wako) and 1 μL DNase (1 U / μL) (Nippon gene) were added and incubated at 37 ° C. overnight. 278 μL ultrapure water, 12 μL 5 M NaCl, 300 μL Acidic Phenol / Chloroform was added, vortexed, and centrifuged (15 krpm, 4 ° C., 5 minutes). 300 μL of the supernatant was collected, 700 μL of 100% ethanol was added, and centrifuged (15 krpm, 4 ° C., 15 minutes). It was rinsed with 70% ethanol, lightly air-dried, and dissolved in 10 μL ultrapure water.
(4−2)RT反応(SuperScript First-Strand Synthesis for RT-PCR Kit(invitrogen))
RNA 5 μg、3 μL random hexamers(50 ng/μL)、1 μL 10 mM dNTPs、超純水で全量12 μLにした。Thermal Cycler(TaKaRa Bio)を用いて、65℃で5分間置くことによりアニーリングさせ、一旦、取り出して、氷上に2分置いた。そして、4 μL 5×FS buffer(invitrogen)、1 μL超純水、2 μL 0.1 M DTT、1 μL 50 U/μl SuperScriptIIを加え、再びThermal Cyclerで、25℃で10分間、さらに42℃で2時間置くことにより伸長させ、続いて70℃で10分間置き、反応を止めた。380 μLの超純水を加えて希釈し、-30℃で保存した。
(4-2) RT reaction (SuperScript First-Strand Synthesis for RT-PCR Kit (invitrogen))
The total volume was adjusted to 12 μL with 5 μg RNA, 3 μL random hexamers (50 ng / μL), 1 μL 10 mM dNTPs, and ultrapure water. Using a Thermal Cycler (TaKaRa Bio), annealing was carried out by placing at 65 ° C. for 5 minutes, once removed, and placed on ice for 2 minutes. Then, add 4 μL 5 × FS buffer (invitrogen), 1 μL ultrapure water, 2 μL 0.1 M DTT, 1 μL 50 U / μl SuperScriptII, and again with Thermal Cycler for 10 minutes at 25 ° C and 2 more at 42 ° C. The reaction was stopped by extension for a period of time, followed by 10 minutes at 70 ° C. 380 μL of ultrapure water was added to dilute, and stored at −30 ° C.
(4−3)RT反応(NCode VILO miRNA cDNA Synthesis Kit(invitrogen))
1 μg RNA、4 μL 5×reaction Mix、2 μL 10×SuperScript Enzyme Mix、超純水で全量20 μLにした。Thermal Cycler(TaKaRa Bio)を用いて、37℃で60分間反応させ、続いて95℃で5分間置き、反応を止めた。180 μLの超純水を加えて希釈し、-30℃で保存した。
(4-3) RT reaction (NCode VILO miRNA cDNA Synthesis Kit (invitrogen))
The total volume was adjusted to 20 μL with 1 μg RNA, 4 μL 5 × reaction Mix, 2 μL 10 × SuperScript Enzyme Mix, and ultrapure water. Using Thermal Cycler (TaKaRa Bio), the reaction was stopped at 37 ° C. for 60 minutes, followed by 5 minutes at 95 ° C. to stop the reaction. 180 μL of ultrapure water was added to dilute, and stored at −30 ° C.
(4−4)cDNAのreal-time PCR
5 μL cDNA、0.5 μL 10 μM primer(F)、0.5 μL 10 μM primer(R)、0.8 μL 25 mM MgCl2 2.7 μL超純水、0.5 μL 1a+1bをキャピラリーに入れ、LightCycler 1.5を用いて、まず95℃で10分間、続いて至適温度で5秒間(アニーリング)、72℃で7秒間(伸長)、72℃で0秒(蛍光の測定)、95℃で1秒間(熱変性)の繰り返しを55回行わせた。LightCycler Software Version 3.5で解析し、β−actinの値で補正した。プライマーは表10に示した。
(4-4) cDNA real-time PCR
Place 5 μL cDNA, 0.5 μL 10 μM primer (F), 0.5 μL 10 μM primer (R), 0.8 μL 25 mM MgCl 2 2.7 μL ultrapure water, 0.5 μL 1a + 1b into the capillary, and use LightCycler 1.5. First at 95 ° C for 10 minutes, then at optimal temperature for 5 seconds (annealing), 72 ° C for 7 seconds (extension), 72 ° C for 0 second (fluorescence measurement), 95 ° C for 1 second (thermal denaturation) Was performed 55 times. Analyzed with LightCycler Software Version 3.5 and corrected with β-actin value. Primers are shown in Table 10.
(4−5)統計解析
独立した、少なくとも3例以上のサンプルを解析し、t検定により、有意差を求めた。
(4-5) Statistical analysis At least three independent samples were analyzed, and a significant difference was determined by t-test.
以上のように、ChIP-PCRの1次スクリーニングによって絞り込まれたTRRAが、ATRA処理によって発現変化を示すか調べるために、RT-PCRを行った。まず、ATRA処理時間を決定するために、ATRA存在下におけるCYP26A1発現の時間変動についてRT-PCRにより検討を行った(図6A(a)、(b)、(c))。 As described above, RT-PCR was performed in order to examine whether TRRA selected by the primary screening of ChIP-PCR shows an expression change by ATRA treatment. First, in order to determine the ATRA treatment time, the time variation of CYP26A1 expression in the presence of ATRA was examined by RT-PCR (FIG. 6A (a), (b), (c)).
なお、図6のATRA処理によるRT-PCRの時間変動は以下の手順で調査した。3.5 cm dish に1.5×105個の細胞を播き、一晩、培養後、1%FBS DMEM に培地交換した。その24時間後に5 μM ATRA 処理を行い、0、1、3、6、9、12、18、24時間後にtotal RNAを回収し、RT反応を行った。Real-time PCRにより定量し、β-actinの値で補正した(*, P<0.05、**, P<0.01(t 検定)、n=3)。 The time variation of RT-PCR by ATRA treatment in FIG. 6 was investigated by the following procedure. 1.5 × 10 5 cells were seeded in a 3.5 cm dish, and after overnight culture, the medium was replaced with 1% FBS DMEM. After 24 hours, 5 μM ATRA treatment was performed, and after 0, 1, 3, 6, 9, 12, 18, and 24 hours, total RNA was collected and subjected to RT reaction. Quantification was performed by real-time PCR and corrected with β-actin values (*, P <0.05, **, P <0.01 (t test), n = 3).
Huh7、HepG2においては、1時間のATRA処理により有意な発現上昇が認められ、さらに24時間後まで上昇し続けた。一方、MCF-7においても1時間で有意な発現上昇が認められたが、6時間処理でピークに達し、24時間後まで比較的高い発現レベルが維持された。次にこの初期検討の結果に従って、ATRA処理後6時間におけるTRRA発現量をRT-PCRにより解析した(表11〜表14、図7A〜図7C)。 In Huh7 and HepG2, a significant increase in expression was observed after 1 hour of ATRA treatment, and continued to increase until 24 hours later. On the other hand, MCF-7 also showed a significant increase in expression after 1 hour, but reached a peak after 6 hours of treatment and maintained a relatively high expression level until 24 hours later. Next, according to the result of this initial examination, the TRRA expression level at 6 hours after ATRA treatment was analyzed by RT-PCR (Tables 11 to 14, FIGS. 7A to 7C).
その結果、少なくとも一つの細胞株でATRA処理による発現変化を示したTRRAは、27個であった(表15)。 As a result, there were 27 TRRAs that showed expression changes by ATRA treatment in at least one cell line (Table 15).
また過去の報告から抗腫瘍効果が期待されたTRRAについては、ATRA存在下における発現の時間変動についても調べた(図6B(d)〜図6E(n))。TRRA13は、Huh7、MCF-7において、ATRA処理後3時間より有意な発現上昇が認められ、24時間後まで維持された(図6B(d)、(e))。一方HepG2においては、ATRA処理後9時間で有意な発現上昇が認められ、24時間後まで維持された(図6B(f))。TRRA52は、Huh7とMCF-7において、ATRA処理による発現上昇が認められ、MCF-7でより強く発現誘導された(図6C(g)、(h))。しかし、HepG2においては全く誘導されなかった(図6C(i))。TRRA111は、Huh7、MCF-7において、ATRA処理により発現減少が認められ、MCF-7においては24時間後まで発現低下が維持された(図6D(j)、(k))。一方、HepG2においては、ATRA処理24時間後に有意な発現上昇が認められた(図6D(l))。TRRA121は、MCF-7において、ATRAによる一過性の発現上昇が認められた(図6E(m))。一方、Huh7においては発現が認められなかった(データを示さず)。また、HepG2に関しては、発現は認められたものの、ATRA処理による誘導は認められなかった(図6E(n))。 In addition, regarding TRRA for which antitumor effects were expected from past reports, the temporal variation of expression in the presence of ATRA was also examined (FIGS. 6B (d) to 6E (n)). TRRA13 showed a significant increase in expression in Huh7 and MCF-7 from 3 hours after ATRA treatment and was maintained until 24 hours (FIGS. 6B (d) and (e)). On the other hand, in HepG2, a significant increase in expression was observed 9 hours after ATRA treatment, and was maintained until 24 hours later (FIG. 6B (f)). The expression of TRRA52 was increased in Huh7 and MCF-7 by ATRA treatment, and the expression was more strongly induced in MCF-7 (FIGS. 6C (g) and (h)). However, it was not induced at all in HepG2 (FIG. 6C (i)). The expression of TRRA111 was decreased in Huh7 and MCF-7 by ATRA treatment, and the decrease in expression was maintained in MCF-7 until 24 hours later (FIGS. 6D (j) and (k)). On the other hand, in HepG2, a significant increase in expression was observed 24 hours after ATRA treatment (FIG. 6D (l)). TRRA121 showed a transient increase in expression due to ATRA in MCF-7 (FIG. 6E (m)). On the other hand, expression was not observed in Huh7 (data not shown). Moreover, regarding HepG2, expression was observed, but induction by ATRA treatment was not observed (FIG. 6E (n)).
<結果の考察>
ATRAの細胞増殖に対する影響を調べた結果、HCC細胞株において10μM以下の濃度では増殖抑制は認められなかった(図3(a)、(c)) 。これまでの報告では、Huh7においては0.1-20μMのATRA処理ではアポトーシスは引き起こされず、Hep3BやHepG2においてはそれぞれ100 μM、166 μMという高濃度のATRA処理によってアポトーシスが引き起こされたという報告がある(Muto et al., N Engl J Med. 1996 Jun 13;334(24):1561-7.)。しかし、レチノイド標的遺伝子の発現誘導は5 μMのATRA処理で十分引き起こされたことから(図6(a)、(b)、(c))、5 μM以上の過剰なATRA濃度によって引き起こされるアポトーシスは、本研究で注目したRAREを介したATRAによる遺伝子発現調節とは独立した作用の可能性がある。そのため、本研究では10 μM以上のATRA濃度でのWST assayを行っておらず、その結果、本研究ではHCC細胞株においてATRA処理による増殖抑制が認められなかったのではないかと考えられた。一方、低濃度でもATRAによって増殖抑制が起こることが報告されているMCF-7(Elstner et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 1998 Jul 21;95(15):8806-11.)は、今回の検討においても実際に5 μM ATRAで有意に細胞増殖が抑制された(図3(b))。これらの結果に基づき、ATRA応答性を示すTRRAのスクリーニングには、HCC細胞株Huh7、HepG2と乳癌細胞株MCF-7を用いることに決定した。これによって、MCF-7特異的、またはHuh7、HepG2特異的なTRRAを見出すことで、今回のATRA存在下での増殖能の違いを説明できる遺伝子を、より効率よく同定することが可能である。
<Consideration of results>
As a result of examining the influence of ATRA on cell proliferation, growth suppression was not observed at a concentration of 10 μM or less in the HCC cell line (FIGS. 3A and 3C). In previous reports, 0.1-20 μM ATRA treatment did not cause apoptosis in Huh7, whereas apoptosis in Hep3B and HepG2 caused apoptosis by high concentrations of 100 μM and 166 μM, respectively (Muto et al., N Engl J Med. 1996 Jun 13; 334 (24): 1561-7.). However, since the induction of retinoid target gene expression was sufficiently induced by 5 μM ATRA treatment (FIGS. 6 (a), (b), (c)), apoptosis caused by excessive ATRA concentration of 5 μM or more is There is a possibility that it works independently from the regulation of gene expression by ATRA via RARE. Therefore, the WST assay was not performed in this study at an ATRA concentration of 10 μM or more, and as a result, it was considered that growth inhibition by ATRA treatment was not observed in the HCC cell line. On the other hand, MCF-7 (Elstner et al., Proc Natl Acad Sci US A. 1998 Jul 21; 95 (15): 8806-11.), Which has been reported to suppress growth by ATRA even at low concentrations, In the above examination, cell growth was actually significantly suppressed with 5 μM ATRA (FIG. 3B). Based on these results, it was decided to use the HCC cell lines Huh7 and HepG2 and the breast cancer cell line MCF-7 for screening for TRRA showing ATRA responsiveness. Thus, by finding MCF-7-specific, or Huh7, HepG2-specific TRRA, it is possible to more efficiently identify genes that can explain the difference in proliferation ability in the presence of ATRA.
今回1次スクリーニングにおけるChIP-PCRでは、201個のTRRAを解析した。その結果、約半分の126個までTRRAを絞り込むことができた。さらに、偽陽性が含まれている可能性を考慮して、ATRA処理した細胞株中のRNAをRT-PCRによって測定する2次スクリーニングを行った。RT-PCRによる2次スクリーニングでは、まず、CYP26A1発現の時間変動を調べた。その結果、3種の細胞株において十分な発現誘導が確認された6時間を、2次スクリーニングにおけるATRA処理時間に決定した。続いて、1次スクリーニングで絞られた126個のTRRAに対するRT-PCRを行った(表11〜14)。その結果、27個のTRRAの発現が、ATRAによって有意に調節されることが示された。 In this case, 201 TRRAs were analyzed in ChIP-PCR in the primary screening. As a result, we were able to narrow down the TRRA to 126, about half. Furthermore, in consideration of the possibility of including false positives, secondary screening was performed in which RNA in ATRA-treated cell lines was measured by RT-PCR. In the secondary screening by RT-PCR, first, the temporal variation of CYP26A1 expression was examined. As a result, 6 hours when sufficient expression induction was confirmed in the three cell lines was determined as the ATRA treatment time in the secondary screening. Subsequently, RT-PCR for 126 TRRAs selected in the primary screening was performed (Tables 11 to 14). As a result, it was shown that the expression of 27 TRRAs was significantly regulated by ATRA.
この27個のTRRAは、レチノイドが関与するHCC等各種疾患において、重要な役割を有している可能性が高い。例えば、ATRA処理した各癌細胞株における発現変化と、過去の文献における抗腫瘍作用の報告から、TRRA13、52、111、121には抗腫瘍効果が期待される。そこで、これらのTRRAに関しては、続いてRT-PCRによる時間変動解析も行った(図6B(d)〜図6E(n))。 The 27 TRRAs are likely to have an important role in various diseases such as HCC involving retinoids. For example, TRRA13, 52, 111, and 121 are expected to have an antitumor effect from changes in expression in each cancer cell line treated with ATRA and reports of antitumor effects in past literature. Therefore, regarding these TRRAs, time-variation analysis by RT-PCR was also subsequently performed (FIGS. 6B (d) to 6E (n)).
TRRA13はNF-κBを間接的に抑制する遺伝子として報告されている。近年、NF-κBの抑制により、乳癌や胃癌、HBV感染HCC、口腔扁平細胞癌などで、腫瘍形成の抑制や抗腫瘍薬の効果の増強などが報告されている。また、非環式レチノイドがNF-κBを抑制し、さらに成人T細胞白血病を抑制することも報告されている。これらの報告から、TRRA13はレチノイドによる抗腫瘍効果の一端を担っている可能性が示唆される。 TRRA13 has been reported as a gene that indirectly suppresses NF-κB. In recent years, suppression of NF-κB has been reported to suppress tumor formation and enhance the effects of antitumor drugs in breast cancer, stomach cancer, HBV-infected HCC, oral squamous cell carcinoma, and the like. It has also been reported that acyclic retinoids suppress NF-κB and further suppress adult T-cell leukemia. These reports suggest that TRRA13 may play a part in the antitumor effect of retinoids.
TRRA52は膜タンパク質である。近年、このTRRA52と同じファミリーに属する遺伝子のいくつかに関して、癌抑制作用を持つという報告が続いている。さらに、RT-PCRによる検討では、MCF-7において強く誘導された(図6C(h))ことからも、TRRA52もまたレチノイドによる抗腫瘍効果に関与している可能性が考えられる。 TRRA52 is a membrane protein. In recent years, there have been reports that some of the genes belonging to the same family as TRRA52 have a cancer suppressing action. Furthermore, in the examination by RT-PCR, since it was strongly induced in MCF-7 (FIG. 6C (h)), it is considered that TRRA52 may also be involved in the antitumor effect by retinoid.
TRRA111はwnt/β-cateninシグナルに関わると推定される遺伝子である。以前、本研究室で作製したRAR-E Tgのβ-cateninの肝臓における発現は、wild typeのマウスより大きく増強していた。さらに、MCF-7ではATRAによってTRRA111の発現が強く抑制された(図6D(k))。以上より、TRRA111はRAシグナルの抗腫瘍効果の一部を担っている可能性が示唆される。 TRRA111 is a gene presumed to be involved in the wnt / β-catenin signal. Previously, the expression of RAR-E Tg produced in our laboratory in the liver of β-catenin was greatly enhanced compared to wild type mice. Furthermore, in MCF-7, the expression of TRRA111 was strongly suppressed by ATRA (FIG. 6D (k)). The above suggests that TRRA111 may play a part of the antitumor effect of RA signal.
TRRA121はRASシグナル伝達系路を抑制する遺伝子として報告されている。これまでにRASのがん遺伝子としての作用はよく研究されてきた。また、本研究のTRRA121の発現解析においても、MCF-7のみで誘導された(図6E(m))。したがって、TRRA121も癌抑制に有用な遺伝子である可能性が示唆される。 TRRA121 has been reported as a gene that suppresses the RAS signaling pathway. So far, the action of RAS as an oncogene has been well studied. In addition, in the expression analysis of TRRA121 in this study, it was induced only by MCF-7 (FIG. 6E (m)). Therefore, it is suggested that TRRA121 may also be a gene useful for cancer suppression.
以上のように、27個のTRRAの発現が、ATRAによって有意に調節されることが示された。また、27個のTRRAうち、4個のTRRAはRAシグナルの抗腫瘍効果を規定する可能性が高く、5個は未知の遺伝子領域であり、残りの18個はその多くがATRA応答性に関しては未だ報告のない遺伝子であった。 As described above, it was shown that the expression of 27 TRRAs is significantly regulated by ATRA. Of the 27 TRRAs, 4 TRRAs are likely to define the antitumor effects of RA signals, 5 are unknown gene regions, and the remaining 18 are mostly related to ATRA responsiveness. The gene has not been reported yet.
本実施例で用いた一連の手法は、新規ATRA応答性遺伝子を探索する手法として有効であることが示された。さらに、ATRAは各種疾患の創薬ターゲットになり得る上記27個の遺伝子の発現を制御できることがわかった。また、本実施例で判明したTRRAは、各種疾患の創薬ターゲットとなる重要な遺伝子であると考えられる。 It was shown that the series of methods used in this example is effective as a method for searching for a novel ATRA-responsive gene. Furthermore, it was found that ATRA can control the expression of the above 27 genes that can be drug discovery targets for various diseases. In addition, TRRA found in this example is considered to be an important gene that is a drug discovery target for various diseases.
以上、本発明を実施例に基づいて説明した。この実施例はあくまで例示であり、種々の変形例が可能なこと、またそうした変形例も本発明の範囲にあることは当業者に理解され
るところである。
In the above, this invention was demonstrated based on the Example. It is to be understood by those skilled in the art that this embodiment is merely an example, and that various modifications are possible and that such modifications are within the scope of the present invention.
Claims (4)
前記レチノイドは、レチノール、レチナール、レチノイン酸、もしくはそれらの誘導体、レチニルエステル、オールトランスレチノール、14-ヒドロキシ-レトロレチノール、β-カロチン、オールトランスレチナール、オールトランスレチノイン酸、及び9-シスレチノイン酸からなる群から選ばれる1種以上の化合物であり、
前記誘導体は、
3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド
(2E,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
3-[2-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)エテニル]ヘプト-2-エノイックアシッド、
(2Z,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4Z,6E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6-トリエノイックアシッド、
(2E,4Z,6E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6-トリエノイックアシッド、
(2Z,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-9-(2-エチル-6,6-ジメチルシクロヘキセン-1-イル)-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4Z,6E,8Z)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-5,6-ジトリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-4,5-ジトリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-5-トリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4Z,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-5-トリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4Z,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4Z,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-4,5-ジトリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4Z,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-4,5-ジトリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4Z,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-4,5-ジトリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-9-(3,4-ジジュウテリオ-2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-4,5-ジトリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-9-(4,5-ジジュウテリオ-2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-3-エチル-7-メチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-9-[2,6-ジメチル-6-(トリジュウテリオメチル)シクロヘキセン-1-イル]-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-3,4-ジトリチオシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4Z,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-4,5-ジトリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-3,6,7-トリメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-4,5-ジトリチオノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-7-エチル-3-メチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6-トリエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-4,5-ジトリチオシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-3-エチル-7-メチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-4,5-ジジュウテリオ-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4Z,6Z,8E)-4,5-ジジュウテリオ-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,8E)-3-メチル-7-メチリデン-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,8-トリエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-7-メチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)-3-(トリトリチオメチル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-7-メチル-3-(トリジュウテリオメチル)-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4Z,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)デカ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-9-[3,3-ジジュウテリオ-6,6-ジメチル-2-(トリジュウテリオメチル)シクロヘキセン-1-イル]-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8Z)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4E,8E)-3-メチル-7-メチリデン-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,8-トリエノイックアシッド、
(2Z,4Z,6E,8Z)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4E,6Z,8Z)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド;ジンク、
(2E,4E,6E)-5-メチル-7-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ヘプタ-2,4,6-トリエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z)-3-メチル-7-[(E)-2-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)エテニル]デカ-2,4,6-トリエノイックアシッド、
(2E,4E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,8-トリエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-7-タート-ブチル-3-メチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E,10E)-5,9-ジメチル-11-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ウンデカ-2,4,6,8,10-ペンタエノイックアシッド、
(Z)-3-[(E)-2-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)エテニル]ヘプト-2-エノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E,10E,12E)-3,7,11-トリメチル-13-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)トリデカ-2,4,6,8,10,12-ヘキサエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z)-3-メチル-7-[(E)-2-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)エテニル]ウンデカ-2,4,6-トリエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-4,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-7-メチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-9-(2-ブチル-6,6-ジメチルシクロヘキセン-1-イル)-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4E,8E)-7-メチリデン-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,8-トリエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-9-(2-ブチル-6,6-ジメチルシクロヘキセン-1-イル)-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
3-メチル-5-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ペンタ-2,4-ジエノイックアシッド、
(2E,4E)-3-メチル-5-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ペンタ-2,4-ジエノイックアシッド、
(Z,4E)-3-メチル-4-[3-[(E)-2-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)エテニル]シクロヘクス-2-エン-1-イリデン]ブト-2-エノイックアシッド、
(2E,4E)-3-メチル-6-[1-[(E)-2-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)エテニル]シクロプロピル]ヘキサ-2,4-ジエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-3-メチル-7-プロパン-2-イル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(Z,4E)-3-メチル-4-[(4E)-3-メチル-4-[(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)メチリデン]シクロヘキサ-2,5-ジエン-1-イリデン]ブト-2-エノイックアシッド、
(E,4E)-3-メチル-4-[3-[(E)-2-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)エテニル]シクロヘクス-2-エン-1-イリデン]ブト-2-エノイックアシッド、
(2Z,4E,8E)-3-メチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,8-トリエン-6-イノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-2,3,7-トリメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,5,6,6-テトラメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E)-3-メチル-5-[2-[(E)-2-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)エテニル]シクロペンテン-1-イル]ペンタ-2,4-ジエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,5,6,6-テトラメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-2,3-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,8E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)ノナ-2,8-ジエノイックアシッド、
(2Z,5E)-7-メチル-3-[(E)-2-(2,6,6-トリメチルシクロヘキセン-1-イル)エテニル]ノナ-2,5-ジエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-9-[6,6-ジメチル-2-(2-メチルプロピル)シクロヘキセン-1-イル]-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6Z,8E)-9-[6,6-ジメチル-2-(2-メチルプロピル)シクロヘキセン-1-イル]-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2Z,4E,6Z,8E)-9-(6,6-ジメチルシクロヘキセン-1-イル)-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
(2E,4E,6E,8E)-9-(6,6-ジメチルシクロヘキセン-1-イル)-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、及び
(2E,4E,6Z,8E)-9-(6,6-ジメチルシクロヘキセン-1-イル)-3,7-ジメチルノナ-2,4,6,8-テトラエノイックアシッド、
からなる群から選ばれる1種以上の化合物である、
コロニースティミュレイティングファクター3レセプター(グラヌロサイト)の発現を上昇させる、発現上昇剤。 An expression-enhancing agent that increases the expression of a specific gene containing retinoid (except for a preventive or therapeutic agent for liver cancer),
The retinoid is retinol, retinal, retinoic acid or derivatives thereof, retinyl ester, all-trans retinol, 14-hydroxy-retro retinol, β-carotene, all-trans retinal, all-trans retinoic acid, and 9-cis retinoic acid One or more compounds selected from the group consisting of:
The derivative is
3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid
(2E, 4E, 6E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
3- [2- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) ethenyl] hept-2-enoic acid,
(2Z, 4E, 6E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2Z, 4Z, 6E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6-trienoic acid,
(2E, 4Z, 6E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6-trienoic acid,
(2Z, 4E, 6Z, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2Z, 4E, 6Z, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -9- (2-ethyl-6,6-dimethylcyclohexen-1-yl) -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4Z, 6E, 8Z) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2Z, 4E, 6Z, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -5,6-ditrithionona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2Z, 4E, 6Z, 8E) -3,7-Dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -4,5-ditrithionona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2Z, 4E, 6Z, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -5-trithionona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4Z, 6E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -5-trithionona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4Z, 6Z, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4Z, 6E, 8E) -3,7-Dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -4,5-ditrithionona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2Z, 4Z, 6E, 8E) -3,7-Dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -4,5-ditrithionona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2E, 4Z, 6Z, 8E) -3,7-Dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -4,5-ditrithionona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -9- (3,4-dideuterio-2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2Z, 4E, 6E, 8E) -3,7-Dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -4,5-ditrithionona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -9- (4,5-dideuterio-2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -3-ethyl-7-methyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -9- [2,6-Dimethyl-6- (trideuteriomethyl) cyclohexen-1-yl] -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraeno Ic Acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethyl-3,4-ditrithiocyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetra Enoic Acid,
(2Z, 4Z, 6Z, 8E) -3,7-Dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -4,5-ditrithionona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -3,6,7-trimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -3,7-Dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -4,5-ditrithionona-2,4,6,8-tetraenoic Acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -7-ethyl-3-methyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6-trienoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -3,7-Dimethyl-9- (2,6,6-trimethyl-4,5-ditrithiocyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetra Enoic Acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -3-ethyl-7-methyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -4,5-Dideuterio-3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraeno Ic Acid,
(2E, 4Z, 6Z, 8E) -4,5-Dideuterio-3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraeno Ic Acid,
(2E, 4E, 8E) -3-Methyl-7-methylidene-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,8-trienoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -7-Methyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) -3- (tritrithiomethyl) nona-2,4,6,8-tetraeno Ic Acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -7-Methyl-3- (trideuteriomethyl) -9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetra Enoic Acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2Z, 4Z, 6E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) deca-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -9- [3,3-dideuterio-6,6-dimethyl-2- (trideuteriomethyl) cyclohexen-1-yl] -3,7-dimethylnona-2,4, 6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8Z) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2Z, 4E, 8E) -3-Methyl-7-methylidene-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,8-trienoic acid,
(2Z, 4Z, 6E, 8Z) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2Z, 4E, 6Z, 8Z) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid; zinc,
(2E, 4E, 6E) -5-methyl-7- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) hepta-2,4,6-trienoic acid,
(2E, 4E, 6Z) -3-methyl-7-[(E) -2- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) ethenyl] deca-2,4,6-trienoic acid,
(2E, 4E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,8-trienoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -7-tert-Butyl-3-methyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid ,
(2E, 4E, 6E, 8E, 10E) -5,9-Dimethyl-11- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) undeca-2,4,6,8,10-pentaenoic acid ,
(Z) -3-[(E) -2- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) ethenyl] hept-2-enoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E, 10E, 12E) -3,7,11-trimethyl-13- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) trideca-2,4,6,8,10, 12-hexaenoic acid,
(2E, 4E, 6Z) -3-methyl-7-[(E) -2- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) ethenyl] undeca-2,4,6-trienoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -4,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -7-methyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -9- (2-butyl-6,6-dimethylcyclohexen-1-yl) -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2Z, 4E, 8E) -7-methylidene-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,8-trienoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -9- (2-butyl-6,6-dimethylcyclohexen-1-yl) -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
3-methyl-5- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) penta-2,4-dienoic acid,
(2E, 4E) -3-methyl-5- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) penta-2,4-dienoic acid,
(Z, 4E) -3-Methyl-4- [3-[(E) -2- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) ethenyl] cyclohex-2-en-1-ylidene] but- 2-Enoic acid,
(2E, 4E) -3-Methyl-6- [1-[(E) -2- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) ethenyl] cyclopropyl] hexa-2,4-dienoic Acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -3-Methyl-7-propan-2-yl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraeno Ic Acid,
(Z, 4E) -3-Methyl-4-[(4E) -3-methyl-4-[(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) methylidene] cyclohexa-2,5-diene-1- Iriden] But-2-Enoic Acid,
(E, 4E) -3-Methyl-4- [3-[(E) -2- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) ethenyl] cyclohex-2-en-1-ylidene] but- 2-Enoic acid,
(2Z, 4E, 8E) -3-methyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,8-triene-6-inoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -2,3,7-trimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,5,6,6-tetramethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E) -3-Methyl-5- [2-[(E) -2- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) ethenyl] cyclopenten-1-yl] penta-2,4- Jenoic acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,5,6,6-tetramethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -2,3-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 8E) -3,7-dimethyl-9- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) nona-2,8-dienoic acid,
(2Z, 5E) -7-methyl-3-[(E) -2- (2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl) ethenyl] nona-2,5-dienoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -9- [6,6-Dimethyl-2- (2-methylpropyl) cyclohexen-1-yl] -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraeno Ic Acid,
(2E, 4E, 6Z, 8E) -9- [6,6-Dimethyl-2- (2-methylpropyl) cyclohexen-1-yl] -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraeno Ic Acid,
(2Z, 4E, 6Z, 8E) -9- (6,6-dimethylcyclohexen-1-yl) -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
(2E, 4E, 6E, 8E) -9- (6,6-dimethylcyclohexen-1-yl) -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraenoic acid, and
(2E, 4E, 6Z, 8E) -9- (6,6-dimethylcyclohexen-1-yl) -3,7-dimethylnona-2,4,6,8-tetraenoic acid,
One or more compounds selected from the group consisting of:
An expression enhancer that increases the expression of colony stimulating factor 3 receptor (granulosite).
前記遺伝子が、変異型の遺伝子を含む、発現上昇剤。 The expression enhancer according to claim 1 or 2,
An expression enhancer, wherein the gene comprises a mutant gene.
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