JP2024514530A - 切断型ｃｄｃｐ１に対する抗体およびその使用 - Google Patents

切断型ｃｄｃｐ１に対する抗体およびその使用 Download PDF

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Abstract

本開示は、切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合する抗体およびその抗原結合断片、ならびにその使用の方法を提供する。いくつかの態様では、本開示は、対象におけるがんを処置する方法であって、対象に、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を投与することを含む、方法を対象とする。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年４月２日に出願された米国仮特許出願第６３／１７０，３３８号の出願日の利益を主張し、その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ＥＦＳ－ＷＥＢを介して電子的に提出された配列表の参照
本出願とともに出願された、電子的に提出されたＡＳＣＩＩテキストファイルの配列表（名称：３３３８＿２４２ＰＣ０１＿Ｓｅｑｌｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ、サイズ：４２６，８２７バイト、および作成日：２０２２年３月３１日）の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本開示は、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウスＣＤＣＰ１）と特異的に結合する抗体、およびその抗原結合断片、そのような抗体を含む組成物、ならびに対象における腫瘍（例えば、がん細胞表面上に存在する切断型ＣＤＣＰ１を有するがん）を含む疾患または状態を予防または処置するためにそのような抗体を使用する方法を提供する。
ＣＵＢドメイン含有タンパク質１（ＣＤＣＰ１）ＣＤＣＰ１は、１３５ｋＤａの重度にグリコシル化された、機能がほとんど不明の１回膜貫通型タンパク質である。例えば、Stephen, A. G. et al., Cancer Cell, 25(3):272-281 (2014)、Papke, B. et al., Science, 355(6330):1158-1163 (2017)を参照されたい。ＣＤＣＰ１の過剰発現は、悪性腫瘍の増大、ならびに膵臓、肺、結腸、腎臓、乳房、および前立腺のがんにおける予後不良と相関している。例えば、Martinko, A. J. et al., eLife, 7:e31098 (2018)、Uekita, T. et al., Cancer Science, 102 (11):1943-1948 (2011)、Scherl-Mostageer, M. et al., Oncogene, 20(32):4402-4408 (2001)を参照されたい。ＣＤＣＰ１はまた、Ｋ－Ｒａｓ作動型がん細胞において上方制御されており、その成長に極めて重要であることも見出されている。例えば、Uekita, T. et al., Cancer Science, 102 (11):1943-1948 (2011)を参照されたい。
ＣＤＣＰ１は、おそらくはセリンプロテアーゼによって、第１のＣＵＢドメインと第２のＣＵＢドメインとの間でタンパク質分解によってプロセシングされる。例えば、Casar, B. et al., Oncogene 33:255-268 (2014)を参照されたい。タンパク質分解は、過剰発現とともに、ＣＤＣＰ１活性化と関連付けられている。例えば、He, Y. et al., Oncogene 35:468-478 (2016)、Brown, T. A. et al., J. Biol. Chem. 279:14772-14783 (2004)を参照されたい。ＣＤＣＰ１の過剰発現およびタンパク質分解による活性化の両方が、がん患者における細胞接着の消失、遊走の増大、および予後／生存の不良に寄与しているという強力な根拠がある。例えば、Uekita, T. et al., Cancer Science, 102 (11):1943-1948 (2011)、Casar, B. et al., Oncogene 33:255-268 (2014)を参照されたい。
さらに、切断型ＣＤＣＰ１は、侵襲性がんにおいてより存在度が高いことが示されており、例えば、Wright, H. J. et al. Oncogene, 35:4762-4772 (2016)、Adams, M. N. et al., Oncogene 34: 1375-1383 (2015)、He, Y. et al., J. Biol. Chem., 285:26162-26173 (2010)を参照されたく、一方で、正常組織上のＣＤＣＰ１は、主として全長形態であることが見出されている。例えば、Alvares, S. M., et al., Biochim. Biophys. Acta - Gen. Subj., 1780: 486-496 (2008)、McGovern, J. A. et al., Br. J. Dermatol., 168: 496-503 (2013)、Wong, C. H. et al., Clin. Cancer Res., 15:2311-2322 (2009)を参照されたい。
したがって、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合する抗体は、切断型ＣＤＣＰ１が過剰発現する疾患（例えば、Ｋ－Ｒａｓ作動型腫瘍）の診断および予防または処置に使用することができる。したがって、切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合し、切断型ＣＤＣＰ１活性を調節することができる、抗体を開発する必要がある。
本開示の一態様は、切断型ヒト補体Ｃ１ｒ／Ｃ１ｓ、Ｕｅｇｆ、Ｂｍｐ１（ＣＵＢ）ドメイン含有タンパク質１（ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合断片であって、切断型ＣＤＣＰ１と優先的に結合する、単離された抗体またはその抗原結合断片を対象とする。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、検出可能なレベルで全長ヒトＣＤＣＰ１と結合しない。
いくつかの態様では、抗体またはその抗原結合断片と、切断型ＣＤＣＰ１または全長ＣＤＣＰ１との間の結合は、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される。
いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１は、第１の切断型ドメインおよび第２の切断型ドメインを含み、第１の切断型ドメインおよび第２の切断型ドメインは、連結されていない。
いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１は、膜結合複合体を含む。
いくつかの態様では、第１の切断型ドメインは、配列番号６３、６８、または７４に記載されるアミノ酸配列からなる。
いくつかの態様では、第２の切断型ドメインは、配列番号６４、７０、または７７に記載されるアミノ酸配列からなる。
いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１は、配列番号２７３の残基Ｋ３６５、Ｒ３６８、および／またはＫ３６９において切断されることによって生成される。
いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１は、翻訳後修飾されており、翻訳後修飾は、リン酸化およびＮ結合型グリコシル化を含む。
本開示のいくつかの態様は、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片であって、それぞれ、ＶＬが、ＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１、ＶＬ－ＣＤＲ２、およびＶＬ－ＣＤＲ３を含み、ＶＨが、配列番号１（ＳＶＳＳＡＶＡ）、２（ＳＡＳＳＬＹ）、２６８（ＳＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５）、２６９（Ｘ６ＦＳＳＸ７ＳＩ）、２７０（ＳＩＹＰＹＳＧＳＴＸ８）、および２７１（Ｘ９Ｘ１０Ｘ１２ＳＸ１２ＹＳＨＴＷＷＶＳＹＧＸ１３）または２７２（Ｘ１４ＹＷＶＸ１５ＦＷＹＧＨＦＳＹＹＲＰＡＬ）のＶＨ－ＣＤＲ１、ＶＨ－ＣＤＲ２、およびＶＨ－ＣＤＲ３配列を含み、
Ｘ１＝グリシン（Ｇ）、セリン（Ｓ）、メチオニン（Ｍ）、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、またはアルギニン（Ｒ）であり、
Ｘ２＝グルタミン（Ｑ）、セリン（Ｓ）、グルタミン酸（Ｅ）、アスパラギン（Ｎ）、リシン（Ｋ）、プロリン（Ｐ）、アルギニン（Ｒ）、ロイシン（Ｌ）、またはヒスチジン（Ｈ）であり、
Ｘ３＝アルギニン（Ｒ）、セリン（Ｓ）、バリン（Ｖ）、トリプトファン（Ｗ）、ロイシン（Ｌ）、リシン（Ｋ）、メチオニン（Ｍ）、グルタミン（Ｑ）、またはプロリン（Ｐ）であり、
Ｘ４＝プロリン（Ｐ）、ロイシン（Ｌ）、スレオニン（Ｔ）、またはセリン（Ｓ）であり、
Ｘ５＝イソロイシン（Ｉ）、アラニン（Ａ）、メチオニン（Ｍ）、リシン（Ｋ）、バリン（Ｖ）、ロイシン（Ｌ）、フェニルアラニン（Ｆ）であり、
Ｘ６＝アミノ酸なし、アスパラギン酸（Ｄ）、またはアスパラギン（Ｎ）であり、
Ｘ７＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
Ｘ８＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
Ｘ９＝グルタミン（Ｑ）、アルギニン（Ｒ）、またはリシン（Ｋ）であり、
Ｘ１０＝セリン（Ｓ）、アスパラギン（Ｎ）、スレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、またはアスパラギン酸（Ｄ）であり、
Ｘ１１＝グルタミン（Ｑ）またはヒスチジン（Ｈ）であり、
Ｘ１２＝チロシン（Ｙ）またはフェニルアラニン（Ｆ）であり、
Ｘ１３＝メチオニン（Ｍ）、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）であり、
Ｘ１４＝スレオニン（Ｔ）またはイソロイシン（Ｉ）であり、
Ｘ１５＝グルタミン（Ｑ）またはアスパラギン酸（Ｄ）である、
単離された抗体またはその抗原結合断片を対象とする。
本開示のいくつかの態様は、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片であって、それぞれ、ＶＬが、配列番号１（ＳＶＳＳＡＶＡ）のＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１配列、配列番号２（ＳＡＳＳＬＹ）のＶＬ－ＣＤＲ２配列、および配列番号８（ＴＧＱＲＰＭ）、２３（ＦＭＲＰＡＦ）、１６（ＴＡＱＳＰＬ）、１１（ＶＥＬＶＰＭ）、１２（ＡＧＫＲＰＬ）、または１４（ＬＧＶＲＡＡ）のＶＬ－ＣＤＲ３配列を含み、ＶＨが、配列番号２６９（Ｘ１ＦＳＳＸ２ＳＩ）のＶＨ－ＣＤＲ１配列、配列番号２７０（ＳＩＹＰＹＳＧＳＴＸ３）のＶＨ－ＣＤＲ２配列、および配列番号２７１（Ｘ４Ｘ５Ｘ６ＳＸ７ＹＳＨＴＷＷＶＳＹＧＸ８）または配列番号２７２（Ｘ９ＹＷＶＸ１０ＦＷＹＧＨＦＳＹＹＲＰＡＬ）のＶＨ－ＣＤＲ３配列を含み、
Ｘ１＝アミノ酸なし、アスパラギン酸（Ｄ）、またはアスパラギン（Ｎ）であり、
Ｘ２＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
Ｘ３＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
Ｘ４＝グルタミン（Ｑ）、アルギニン（Ｒ）、またはリシン（Ｋ）であり、
Ｘ５＝セリン（Ｓ）、アスパラギン（Ｎ）、スレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、またはアスパラギン酸（Ｄ）であり、
Ｘ６＝グルタミン（Ｑ）またはヒスチジン（Ｈ）であり、
Ｘ７＝チロシン（Ｙ）またはフェニルアラニン（Ｆ）であり、
Ｘ８＝メチオニン（Ｍ）、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）であり、
Ｘ９＝スレオニン（Ｔ）またはイソロイシン（Ｉ）であり、
Ｘ１０＝グルタミン（Ｑ）またはアスパラギン酸（Ｄ）である、
単離された抗体またはその抗原結合断片を対象とする。
いくつかの態様では、本開示の単離された抗体またはその抗原結合断片は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、ＶＬは、ＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１、ＶＬ－ＣＤＲ２、およびＶＬ－ＣＤＲ３を含み、ＶＨは、ＶＨ－ＣＤＲ１、ＶＨ－ＣＤＲ２、およびＶＨ－ＣＤＲ３を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３は、配列番号３～２５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＬ－ＣＤＲ２は、配列番号２のアミノ酸を含む。いくつかの態様では、ＶＬ－ＣＤＲ１は、配列番号１のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨ－ＣＤＲ１は、配列番号２６～２９、１０９、および１１１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨ－ＣＤＲ２は、配列番号３０または３１のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨ－ＣＤＲ３は、配列番号２０、３２～４７、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、ＶＬ－ＣＤＲ１は、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２は、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３は、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１は、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２は、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３は、配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、ＶＬ－ＣＤＲ１は、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２は、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３は、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１は、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２は、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３は、配列番号３３に記載されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、ＶＬ－ＣＤＲ１は、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２は、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３は、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１は、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２は、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３は、配列番号３４に記載されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、ＶＬ－ＣＤＲ１は、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２は、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３は、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１は、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２は、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３は、配列番号３５に記載されるアミノ酸配列を含む。または
いくつかの態様では、ＶＬ－ＣＤＲ１は、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２は、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３は、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１は、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２は、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３は、配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６１、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８９、９１、９９、１０３、１０７、１２３、および１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性のアミノ酸配列を含むＶＨを含む。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６１、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８９、９１、９９、１０３、１０７、１２３、および１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＶＨを含む。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６２、７６、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、および１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性のアミノ酸配列を含むＶＬを含む。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６２、７６、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、および１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、ＶＨおよびＶＬを含み、
（ａ）参照抗体のＶＨが、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）参照抗体のＶＨが、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号９１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｐ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｑ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｒ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｓ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｔ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｕ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｖ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｗ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｘ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｙ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ａａ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃｃ）ＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１２０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号１２３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｊｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｍｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｏｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。
本開示のいくつかの態様は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む参照抗体と同じ切断型ヒトＣＤＣＰ１エピトープと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合断片であって、
（ａ）参照抗体のＶＨが、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）参照抗体のＶＨが、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号９１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｐ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｑ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｒ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｓ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｔ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｕ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｖ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｗ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｘ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｙ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ａａ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃｃ）ＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１２０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号１２３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｊｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｍｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｏｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
単離された抗体またはその抗原結合断片を対象とする。
本開示のいくつかの態様は、切断型ヒトＣＤＣＰ１エピトープとの結合について、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む参照抗体と交差競合する、単離された抗体またはその抗原結合断片であって、
（ａ）参照抗体のＶＨが、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）参照抗体のＶＨが、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号９１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｐ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｑ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｒ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｓ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｔ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｕ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｖ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｗ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｘ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｙ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ａａ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃｃ）ＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１２０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号１２３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｊｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｍｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｏｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
単離された抗体またはその抗原結合断片を対象とする。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、
（ａ）抗体が、腫瘍成長および／または転移を阻害すること、
（ｂ）抗体が、腫瘍体積を低減すること、
（ｃ）抗体が、無増悪生存期間を増大させること、
（ｄ）抗体が、全生存期間を増大させること、
（ｅ）抗体が、ＣＤＣＰ１内部移行および／または分解を促進すること、ならびに
（ｆ）これらの任意の組合せ
からなる群から選択される１つまたは複数の特性を有する。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、約１×１０－４Ｍ以下のＫＤで、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、ＫＤは、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、約１×１０－４１／Ｍｓ以上の結合速度（ｏｎ－ｒａｔｅ）（ｋｏｎ）で、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、ｋｏｎ速度は、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、約１×１０－４Ｍ １／ｓ以下の解離速度（ｏｆｆ－ｒａｔｅ）（ｋｏｆｆ）で、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、ｋｏｆｆは、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、切断型カニクイザルＣＤＣＰ１と結合する。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、またはこれらの変異体からなる群から選択される。
いくつかの態様では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＩｇＧ１抗体である。
いくつかの態様では、本開示の抗体または抗原結合断片は、グリコシル化部位を除去するように修飾されている。いくつかの態様では、グリコシル化部位除去は、配列番号６１の残基３１に対応する位置におけるアスパラギン（Ｎ）のアスパラギン酸（Ｄ）への置換を介して達成される。
いくつかの態様では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号６１または６５の残基１１４に対応する位置におけるメチオニン（Ｍ）の、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）への置換を含む。
いくつかの態様では、本開示の抗体は、ヒト、ヒト化抗体、キメラ抗体、またはその抗原結合断片である。
いくつかの態様では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ヒト対象への投与に好適である。
いくつかの態様では、本開示の抗体または抗原結合断片は、全長抗体である。
いくつかの態様では、本開示の抗体または抗原結合断片は、抗原結合断片である。いくつかの態様では、抗原結合断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結されたＦｖ、ＩｇＮａｒ、イントラボディ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、単一ドメイン抗体、ＤＶＤ－Ｉｇ、Ｆｃａｂ、ｍＡｂ２、（ｓｃＦｖ）２、またはｓｃＦｖ－Ｆｃである。
本開示のいくつかの態様は、本明細書に記載される抗体または抗原結合断片を含む、二重特異性抗体を対象とする。
本開示のいくつかの態様は、本明細書に記載される二重特異性抗体、または抗体もしくはその抗原結合断片を含む、多重特異性抗体を対象とする。
いくつかの態様では、本開示の抗体もしくはその抗原結合断片、二重特異性抗体、または多重特異性抗体は、検出可能な標識をさらに含む。
本開示のいくつかの態様は、本開示の抗体もしくはその抗原結合断片、二重特異性抗体、または多重特異性抗体をコードするポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを対象とする。
いくつかの態様では、ポリヌクレオチドは、本開示の抗体またはその抗原結合断片の重鎖可変領域または重鎖をコードする核酸分子を含む。
いくつかの態様では、本開示の核酸分子は、配列番号８８、９２、９３、９５、９７、１６３、１６５、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１８１、１８３、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、２０３、２０７、２１１、または２２７のＶＨをコードする。
いくつかの態様では、ポリヌクレオチドは、本開示の抗体またはその抗原結合断片の軽鎖可変領域または軽鎖をコードする核酸分子を含む。
いくつかの態様では、核酸分子は、配列番号９０、１６４、１６６、１８０、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、または２３６のＶＬをコードする。
いくつかの態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号８８、９２、９３、９５、９７、１６３、１６５、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１８１、１８３、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、２０３、２０７、２１１、または２２７の重鎖可変領域をコードする第１の核酸分子、および配列番号９０、１６４、１６６、１８０、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、または２３６の軽鎖可変領域をコードする第２の核酸分子を含む。
いくつかの態様では、本開示のポリヌクレオチドの混合物は、配列番号８８、９２、９３、９５、９７、１６３、１６５、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１８１、１８３、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、２０３、２０７、２１１、または２２７の重鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第１のポリヌクレオチド、および配列番号９０、１６４、１６６、１８０、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、または２３６の軽鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第２のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの態様では、本開示のポリヌクレオチドは、本明細書において開示される抗体またはその抗原結合断片の重鎖可変領域または重鎖、および本明細書において開示される抗体またはその抗原結合断片の軽鎖可変領域または軽鎖をコードする核酸分子を含む。
いくつかの態様では、ベクターは、本明細書において開示されるポリヌクレオチドを含む。
いくつかの態様では、宿主細胞は、本明細書において開示される、（ａ）抗体もしくはその抗原結合断片、（ｂ）二重特異性抗体、（ｃ）多重特異性抗体、（ｄ）ポリヌクレオチド、（ｅ）ベクター、または（ｆ）ポリヌクレオチドを含む第１のベクターおよびポリヌクレオチドを含む第２のベクターを含む。
いくつかの態様では、宿主細胞は、組織培養物中の大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、酵母、ＨＰＡＣ、ＰＬ５、ＰＬ４５、ＨＰＮＥ、Ｅｘｐｉ２９３Ｆヒト細胞、Ｃ６（ラット神経膠腫細胞株）、Ｕ２ＯＳ、Ｃｈｅｍ－１、ＣＨＯ、ＹＢ／２０、ＮＳ０、ＰＥＲ－Ｃ６、ＨＥＫ－２９３Ｔ、ＨＥＫ２９３Ｔ－ｃＣＤＣＰ１、ＮＩＨ－３Ｔ３、ＨｅＬａ、ＢＨＫ、Ｈｅｐ Ｇ２、ＳＰ２／０、Ｒ１．１、Ｂ－Ｗ、Ｌ－Ｍ、ＣＯＳ１、ＣＯＳ７、ＢＳＣ１、ＢＳＣ４０、ＢＭＴ１０細胞、ＰＡＮＣ－１、Ｐａｎｃ ０３．２７、Ｈｓ７６６Ｔ、ＣＦＰＡＣ－１、ＣＡＰＡＮ－１、Ｍｉａ ＰａＣａ－２、ＣＡＰＡＮ－２、ＢＸＰＣ３、マウスＦｃ１２４５、マウスＦｃ１２４２、マウスＦｃ１２４５－ｃＣＤＣＰ１、マウスＰｙＭＴ、マウスＰ５３、マウス４Ｔ１、マウスＥＭＴ６、マウスＴＲＡＭＰ、マウスＣ２、マウスＭＣ３８、マウスＣＴ２６、植物細胞、昆虫細胞、およびヒト細胞からなる群から選択される。
いくつかの態様では、本開示の抗体もしくはその抗原結合断片、二重特異性抗体、または多重特異性抗体、および治療剤を含む、イムノコンジュゲートが、本明細書において提供される。いくつかの態様では、治療剤は、細胞毒素、非細胞毒性薬、放射性薬剤、第２の抗体、酵素、抗新生物剤、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
本開示のいくつかの態様は、切断型ヒトＣＤＣＰ１と結合する抗体またはその抗原結合断片を産生する方法であって、核酸分子が発現され、抗体またはその抗原結合断片が産生されるように、本明細書において開示される宿主細胞を培養することを含む、方法を対象とする。いくつかの態様では、本方法は、抗体またはその抗原結合断片を、培養物から単離することをさらに含む。
いくつかの態様では、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合断片は、本明細書において開示されるポリヌクレオチドによってコードされるか、または本明細書において開示される方法によって産生される。
本開示のいくつかの態様は、本開示の抗体もしくは抗原結合断片、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、またはイムノコンジュゲート、および薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物を対象とする。
いくつかの態様では、本明細書において開示される医薬組成物は、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外、胸骨内、局所、表皮、または粘膜投与のために製剤化される。
本開示のいくつかの態様は、それを必要とする対象においてがんを処置する方法であって、対象に、本明細書において開示される抗体もしくはその抗原結合断片、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、イムノコンジュゲート、または医薬組成物を投与することを含む、方法を対象とする。
いくつかの態様では、本明細書において開示される抗体またはその抗原結合断片は、対象におけるがんの転移を低減または阻害する。
本開示のいくつかの態様は、それを必要とする対象においてがんの転移を低減または阻害する方法であって、対象に、本明細書において開示される抗体もしくはその抗原結合断片、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、イムノコンジュゲート、または医薬組成物を投与することを含む、方法を対象とする。
いくつかの態様では、対象は、がんに罹患している。
いくつかの態様では、がんは、がん細胞表面上に存在する切断型ＣＤＣＰ１を有する。
いくつかの態様では、がんは、腫瘍を含む。
いくつかの態様では、がんは、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、扁平ＮＳＣＬＣ、非扁平ＮＳＣＬＣ、神経膠腫、胃腸がん、腎臓がん、明細胞癌、卵巣がん、肝臓がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、腎臓がん、腎細胞癌（ＲＣＣ）、前立腺がん、ホルモン難治性前立腺腺癌、甲状腺がん、神経芽細胞腫、膵臓がん、神経膠芽腫（神経膠芽腫多型）、子宮頸がん、胃がん、膀胱がん、肝細胞腫（肝細胞癌）、乳がん、結腸癌、頭頸部がん（または癌）、頭頸部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、胃がん、生殖細胞腫瘍、小児肉腫、副鼻腔ナチュラルキラー、黒色腫、転移性悪性黒色腫、皮膚または眼内悪性黒色腫、中皮腫、骨がん、皮膚がん、子宮がん、肛門領域のがん、精巣がん、卵管の癌、子宮内膜の癌、子宮頸の癌、膣の癌、外陰部の癌、食道のがん、小腸のがん、内分泌系のがん、副甲状腺のがん、副腎のがん、軟部組織の肉腫、尿道のがん、陰茎のがん、小児の固形腫瘍、尿管のがん、腎盂の癌、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳がん、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮がん、扁平上皮細胞がん、アスベストによって誘導されるものを含む環境に誘導されるがん、ウイルス関連がんまたはウイルス起源のがん、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）関連または起源の腫瘍、急性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、未分化ＡＭＬ、骨髄芽球性白血病、骨髄芽球性白血病、前骨髄球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病、赤白血病、巨核芽球性白血病、単発性顆粒球性肉腫、緑色腫、ホジキンリンパ腫（ＨＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、単球様Ｂ細胞リンパ腫、粘膜関連リンパ球系組織（ＭＡＬＴ）リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞リンパ腫／白血病、マントル細胞リンパ腫、血管免疫芽球性Ｔ細胞リンパ腫、血管中心性リンパ腫、腸管Ｔ細胞リンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、前駆体Ｔリンパ芽球性リンパ腫、Ｔリンパ芽球性、末梢Ｔ細胞リンパ腫、リンパ芽球性リンパ腫、移植後リンパ増殖性障害、真性組織球性リンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、リンパ芽球性リンパ腫（ＬＢＬ）、リンパ球系統の造血系腫瘍、急性リンパ芽球性白血病、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、びまん性組織球性リンパ腫（ＤＨＬ）、免疫芽球性大細胞型リンパ腫、前駆体Ｂリンパ芽球性リンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＬＣ）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症を伴うリンパ形質細胞性リンパ腫（ＬＰＬ）、骨髄腫、ＩｇＧ骨髄腫、軽鎖骨髄腫、非分泌性骨髄腫、くすぶり型骨髄腫（無症候性骨髄腫）、孤立性形質細胞腫、多発性骨髄腫、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、有毛細胞リンパ腫、および前記がんの任意の組合せからなる群から選択される。
本開示のいくつかの態様は、それを必要とする対象において腫瘍細胞を殺滅する方法であって、本開示の抗体もしくはその抗原結合断片、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、イムノコンジュゲート、または医薬組成物を投与することを含む、方法を対象とする。
いくつかの態様では、腫瘍細胞は、転移性である。
いくつかの態様では、本開示の方法は、対象に、追加の抗がん療法を投与することをさらに含む。
いくつかの態様では、追加の抗がん療法は、化学療法、免疫療法、外科手術、放射線療法、またはこれらの任意の組合せを含む。
いくつかの態様では、追加の抗がん療法は、標準治療法を含む。
いくつかの態様では、追加の抗がん療法は、チェックポイント阻害剤を含む。
いくつかの態様では、追加の抗がん療法は、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＮＫＧ２Ａ、ＣＤ２７、ＣＤ９６、グルココルチコイドに誘導されるＴＮＦＲ関連タンパク質（ＧＩＴＲ）、およびヘルペスウイルス進入媒介因子（ＨＶＥＭ）、プログラム死－１（ＰＤ－１）、プログラム死リガンド－１（ＰＤ－Ｌ１）、ＣＴＬＡ－４、ＢおよびＴリンパ球減弱因子（ＢＴＬＡ）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン－３（ＴＩＭ－３）、リンパ球活性化遺伝子－３（ＬＡＧ－３）、アデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）、キラー細胞レクチン様受容体Ｇ１（ＫＬＲＧ－１）、ナチュラルキラー細胞受容体２Ｂ４（ＣＤ２４４）、ＣＤ１６０、ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体（ＴＩＧＩＴ）、およびＴ細胞活性化のＶ－ドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）の受容体、ＫＩＲ、ＴＧＦβ、ＩＬ－１０、ＩＬ－８、Ｂ７－Ｈ４、Ｆａｓリガンド、ＣＸＣＲ４、メソテリン、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＤ５２、ＨＥＲ２、ならびにこれらの任意の組合せから選択されるタンパク質と特異的に結合する、抗体またはその抗原結合断片を含む。
いくつかの態様では、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブまたはペンブロリズマブを含む。
いくつかの態様では、追加の抗がん療法は、ＣＡＲ－Ｔ細胞療法を含む。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、イムノコンジュゲート、または医薬組成物は、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外、胸骨内、局所、表皮、または粘膜に投与される。
いくつかの態様では、対象は、ヒトである。
本開示のいくつかの態様は、サンプル中の切断型ヒトＣＤＣＰ１を検出するための方法であって、サンプルを、本開示の抗体もしくはその抗原結合断片、二重特異性抗体、多重特異性抗体、イムノコンジュゲート、または医薬組成物と接触させることを含む、方法を対象とする。
いくつかの態様では、サンプルは、ヒト対象から得られる。いくつかの態様では、サンプルは、がんサンプルである。いくつかの態様では、サンプルは、インビトロ（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）サンプルである。
本開示のいくつかの態様は、がん薬物候補を特定する方法であって、本明細書において開示される切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を生成することを含み、抗体またはその抗原結合断片が、切断型ＣＤＣＰ１と優先的に結合する、方法を対象とする。
いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１は、（ａ）第１の切断型ドメインをコードする第１のポリヌクレオチドおよび第２の切断型ドメインをコードする第２のポリヌクレオチドを含む宿主細胞を培養すること、ならびに（ｂ）切断型ＣＤＣＰ１を単離することによって、生成される。
本開示のいくつかの態様は、タンパク質分解切断型ＣＤＣＰ１タンパク質からなるか、またはそれから本質的になる、単離された抗原を対象とする。いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１は、
（ｉ）それぞれ、配列番号６３および６４、
（ｉｉ）それぞれ、配列番号６８および７０、または
（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号７４および７７
に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＣＰ１のＮ末端断片およびＣＤＣＰ１のＣ末端断片の複合体である。
本開示のその他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および実施例から明らかとなるが、これらは、限定とみなされるべきではない。本出願全体で引用されている科学文献、新聞記事、ＧｅｎＢａｎｋエントリー、特許、および特許出願を含む、すべての引用された参考文献の内容は、参照により明示的に本明細書に組み込まれる。
図１Ａは、実施例２による、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼ切断性ＣＤＣＰ１エクトドメインがＣ末端Ａｖｉタグを有するＴＥＶ放出性Ｆｃドメインと融合された、ＣＤＣＰ１（Ｐｘ）－Ｆｃの設計の概略図を示す。 図１Ｂは、実施例２による、遺伝子操作されたＣＤＣＰ１抗原のＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルの画像を示す。ＮＴＦは、重度にグリコシル化されており、したがって、約６０ｋＤａの滲んだ高分子量バンドとして流れていることに留意されたい。 図１Ｃは、実施例２による、ＣＤＣＰ１（Ｒ３６８／Ｋ３６９Ａ）－Ｆｃ、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼで処置したＣＤＣＰ１（Ｐｘ）－Ｆｃ、およびＮＴＦ（ＴＥＶが放出された）のＳＥＣトレースを示す。数字は、図１ＢにおけるＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルのレーンに対応する画分を示す。 図１Ｄは、実施例２に従って行われたＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図１Ｅは、実施例２による、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の表面上に発現された、Ｎ末端ＦＬＡＧタグを有するＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼ切断性ＣＤＣＰ１全タンパク質の概略図を示す。 図１Ｆは、実施例２による、ＨＥＫ２９３Ｔ－ｗｔ、ＨＥＫ２９３Ｔ－ＣＤＣＰ１（Ｒ３６８Ａ／Ｋ３６９Ａ）、ＨＥＫ２９３Ｔ－ＣＤＣＰ１（Ｐｘ）のフローサイトメトリー（上部）およびウエスタンブロット分析（下部）の結果を示す。 図１Ｇは、実施例２に従って生成された、Ｆｃドメインに融合されたＮＴＦ（ＮＴＦ－Ｆｃ）を含む変異体の概略図を示す。 図１Ｈは、実施例２による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図１Ｉは、実施例２による、トロンビンプロテアーゼ切断性ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（ＣＤＣＰ１（Ｔｘ）－Ｆｃ）のＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルの画像を示す。 図１Ｊは、実施例２による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図１Ｋは、実施例２による、トロンビンプロテアーゼで処置したかまたは処置していないＣＤＣＰ１（Ｔｘ）－ＦｃのＳＥＣトレースを示す。 図２Ａは、実施例３による、ＰＤＡＣ細胞上のＣＤＣＰ１の内因性タンパク質分解部位を特定するために使用した、ＩＰ－ＭＳ戦略の概略図を示す。 図２Ｂは、実施例３による、差次的な量の非切断型および切断型ＣＤＣＰ１を発現するＰＤＡＣ細胞株のウエスタンブロット（上部）、ならびに実施例３によるＩｇＧ ４Ａ０６を使用したプルダウン実験のＩＰ－ブロット（下部）の画像を示す。 図２Ｃは、実施例３に従って特定されたＣＤＣＰ１のタンパク質分解部位の概略図を示す。 図２Ｄは、実施例３による、ＰＤＡＣ細胞株ＰＬ５のＩＰ－ＭＳによって特定されたＣＤＣＰ１ペプチドを示す。 図２Ｅは、実施例３による、ＰＤＡＣ細胞株ＰＬ４５のＩＰ－ＭＳによって特定されたＣＤＣＰ１ペプチドを示す。 図２Ｆは、実施例３による、ＨＰＡＣ細胞株のＩＰ－ＭＳによって特定されたＣＤＣＰ１ペプチドを示す。 図３Ａは、実施例４による、切断型ＣＤＣＰ１エクトドメインを生成するための２プラスミドのコトランスフェクション戦略の概要を示す。 図３Ｂは、実施例４によるｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１（切断部１、切断部２、切断部３）エクトドメインのＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルの画像を示す。ＮＴＦは、重度にグリコシル化されており、ゲル上に滲んだバンドとして流れていることに留意されたい。 図３Ｃは、実施例４による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図３Ｄは、実施例４による、ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１（切断部１、切断部２、切断部３）エクトドメインの示差走査蛍光測定（ＤＳＦ）により得られた結果の図形表示を示す。 図３Ｅは、実施例４による、ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１の円偏光二色性（ＣＤ）スペクトルを示す。 図３Ｆは、実施例４による、ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１エクトドメインのＳＥＣ－ＳＡＸＳのＰ（ｒ）プロットを示す。 図３Ｇは、実施例４による、ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１エクトドメインのＳＥＣ－ＭＡＬＳトレースを示す。 図３Ｈは、実施例４による、Ｆｃ融合体として切断型ＣＤＣＰ１エクトドメインを生成するための２プラスミドのコトランスフェクション戦略の概略図を示す。 図３Ｉは、実施例４による、ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃおよびｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部１、切断部２、切断部３）のＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルの画像を示す。 図３Ｊは、実施例４による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図３Ｋは、実施例４による、ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃおよびｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部１、切断部２、切断部３）のＳＥＣトレースを示す。 図３Ｌは、Ｆｃドメインなしのｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１（切断部１、切断部２、切断部３）のＳＥＣトレースを示す。 図３Ｍは、実施例４による、非切断型および切断型ＣＤＣＰ１エクトドメインのＳＡＸＳプロファイルの図形表示を示す。 図３Ｎは、実施例４による、非切断型および切断型ＣＤＣＰ１エクトドメインの正規化されたクラツキープロットの図形表示を示す。 図４Ａは、実施例５による、非切断型または切断型ＣＤＣＰ１を発現する安定に形質導入されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞株を生成するための戦略の概略図を示す。 図４Ｂは、実施例５による、ＩｇＧ ４Ａ０６のＨＥＫ２９３Ｔ ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびＨＥＫ２９３Ｔ ｃ－ＣＤＣＰ１細胞株との結合のフローサイトメトリー結果の図形表示を示す。 図４Ｃは、実施例５および実施例６による、ＣＤＣＰ１、ＣＤＣＰ１リン酸化、およびＣＤＣＰ１シグナル伝達と関連する細胞内タンパク質のリン酸化のウエスタンブロットの画像を示す。 図４Ｄは、実施例６に従って行われたＨＥＫ２３９Ｔ ｆｌ－ＣＤＣＰ１、ＨＥＫ２９３Ｔ ｃ－ＣＤＣＰ１、およびＨＥＫ２３９Ｔ野生型を比較する細胞接着アッセイの結果の図形表示を示す。注：＊＊ｐ＝０．００１６、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１、ｎｓ＝有意差なしｐ＞０．０５。（対応のないｔ検定）。 図４Ｅは、実施例６による、ｆｌ－ＣＤＣＰ１を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の細胞接着アッセイの結果の図形表示を示す。 図４Ｆは、実施例６による、ｃ－ＣＤＣＰ１変異体を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の細胞接着アッセイの結果の図形表示を示す。注：個々のデータ点が示されており、バーは、平均を示す。＊＊ｐ＝０．００３、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１、ｎｓ＝有意差なしｐ＞０．０５。 図４Ｇは、実施例６による、ＨＥＫ２９３Ｔ ＷＴ、ｆｌ－ＣＤＣＰ１、およびｃ－ＣＤＣＰ１を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の、ＭＴＴによって測定される細胞増殖アッセイの結果の図形表示を示す。データは三連に収集し、平均および標準偏差が示されている。 図４Ｈは、実施例６による、ｆｌ－ＣＤＣＰ１変異体を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の、ＭＴＴによって測定される細胞増殖アッセイの結果の図形表示を示す。データは三連に収集し、平均および標準偏差が示されている。 図４Ｉは、実施例６による、ｃ－ＣＤＣＰ１変異体を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の、ＭＴＴによって測定される細胞増殖アッセイの結果の図形表示を示す。データは三連に収集し、平均および標準偏差が示されている。 図５Ａ～図５Ｈは、実施例７および実施例８による、切断型ＣＤＣＰ１に特異的な抗体の生成、ならびにこの抗体のインビトロおよびインビボ（ｉｎ ｖｉｖｏ）研究に関連する概略図および結果を示す。図５Ａは、実施例７による、切断型ＣＤＣＰ１特異的結合物質を特定するための差次的ファージ選択戦略の概略図を示す。 図５Ｂは、実施例７による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図５Ｃは、実施例７による、Ｆａｂ ＣＬ０３およびナノボディと結合したｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）エクトドメインのネガティブ染色ＥＭ ３Ｄ再構成を示す。 図５Ｄは、実施例８による、ＨＰＡＣ、ＰＬ５、およびＨＰＮＥ細胞上のＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ－４８８標識化ＩｇＧ ＣＬ０３の免疫蛍光画像を示す。 図５Ｅは、実施例８による、ＰＤＡＣ細胞のパネルに関連するフローサイトメトリー結果の図形表示を示す。注：ｎ＝３、データは、平均および標準偏差を表す。 図５Ｆは、実施例８に従って行われた、抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）細胞殺滅アッセイの概略図（上部）、および用量依存性ＡＤＣ媒介性細胞殺滅アッセイの図形表示（下部）を示す。注：＊＊ｐ＝０．００４、＊＊＊ｐ＝０．００１８、対応のないＴ検定。 図５Ｇは、実施例８による、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）媒介性Ｔ細胞活性化アッセイの概略図（左）、ＮＦＡＴ－ＧＦＰレポーターＪｕｒｋａｔ細胞の用量依存性活性化の図形表示（中央）、およびＮＦＡＴ－ＧＦＰレポーターＴ細胞のＢｉＴＥ ＣＬ０３（１ｎＭ）活性化の図形表示（右）を示す。＊＊＊ｐ＜０．００１、対応のないＴ検定。 図５Ｈは、実施例８による、ＨＰＡＣまたはＰＬ５腫瘍を有するＰＤＡＣ異種移植片マウスにおける８９Ｚｒ標識化ＩｇＧ ＣＬ０３のインビボポジトロン放出断層撮影法（ＰＥＴ）イメージングにより得られた結果の図形表示を示す。注：＊ｐ＝０．０４８７、対応のないＴ検定、ｎ＝コホート当たり５匹のマウス。 図５Ｉは、実施例７による、４回目のファージ選択（ファージ選択による切断型ＣＤＣＰ１特異的Ｆａｂの特定）から溶出されたファージの画像を示す。 図５Ｊは、実施例７による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図５Ｋは、実施例７による、０．５μｇのプラスミンで処置したｆｌ－ＣＤＣＰ１エクトドメインのＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルの画像を示す。 図５Ｌは、実施例７に従って行われたＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図５Ｍは、実施例７による、プラスミンで処置したＣＤＣＰ１のＳＥＣトレースを示す。 図５Ｎは、実施例８による、プラスミンで処置したＨＰＡＣ細胞のフローサイトメトリー結果の図形表示を示す。 図５Ｏは、実施例８による、プラスミンで処置したＰＬ５細胞のフローサイトメトリー結果の図形表示を示す。 図６Ａは、実施例７による、Ｆｃドメイン上のＣ末端ビオチン化Ａｖｉ－タグを介したストレプトアビジン（ＳＡ）バイオセンサーにおけるＮＴＦ－Ｆｃ固定化の概略図を示し（左）、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示をさらに示す（右）。 図６Ｂは、実施例７による、固定化スキームの概要（上部）、および実施例７による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示（下部）を示す。 図６Ｃは、実施例７による、固定化スキームの概要（上部）、ならびに実施例７による、マルチポイントＢＬＩアッセイの図形表示（中央および下部）を示す。 図６Ｄは、実施例７による、固定化スキームの概略図（左）、および実施例７による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示（右）を表す。 図６Ｅは、実施例７による、ＣＬ０３の切断型ＣＤＣＰ１との結合の提案されたモデルの概要を示す。 図７Ａは、実施例９による、ＩｇＧ ＣＬ０３の種交差反応性を測定するＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図７Ｂは、実施例９による、ＩｇＧ ＣＬ０３の種交差反応性を測定するＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図８Ａは、実施例９による、切断型マウスＣＤＣＰ１の２つの切断部位の概略図を示す。 図８Ｂは、実施例９による、マウスＣＤＣＰ１抗原：ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部１）、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部２）のＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルの画像を示す。 図８Ｃは、実施例９による、マウスＣＤＣＰ１抗原：ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部１）、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部２）のＳＥＣトレースを示す。 図８Ｄは、実施例９による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図８Ｅは、実施例９による、フローサイトメトリーによって測定される、ＩｇＧ５８のＦｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１およびＦｃ１２４５ ＷＴ細胞との結合を示す。注：ｎ＝３、エラーバーは、標準偏差を示す。 図８Ｆは、実施例９による、Ｊｕｒｋａｔ細胞のみ、またはＦｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１細胞もしくはＦｃ１２４５ ＷＴ細胞の存在下で、ＢｉＴＥに再フォーマットしたＩｇＧ１２によるＮＦＡＴ－ＧＦＰレポーターＪｕｒｋａｔ細胞の用量依存性活性化（Ｊｕｒｋａｔ活性化％）を示す。注：ｎ＝２、エラーバーは、標準偏差を示す。 図８Ｇは、実施例９による、ＩｇＧ１２およびＭＭＡＦにコンジュゲートした二次抗体による用量依存性ＡＤＣ媒介型細胞殺滅が、Ｆｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１細胞またはＦｃ１２４５ ＷＴ細胞において観察されたことを示す。注：ｎ＝２、エラーバーは標準偏差を表し、＊＊ｐ＝０．００３７、対応のないＴ検定。 図９Ａ～図９Ｇは、実施例９による、マウス切断型ＣＤＣＰ１特異的抗体ＩｇＧ ５８の研究の概略図およびそれに関連する結果を示す。図９Ａは、実施例９による、ＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図９Ｂは、実施例９による、フローサイトメトリー結果の図形表示を示す。注：ｎ＝３、エラーバーは、標準偏差を示す。 図９Ｃは、実施例９による、ＢｉＴＥに再フォーマットしたＡｂ５８によるＮＦＡＴ－ＧＦＰレポーターＪｕｒｋａｔ細胞の用量依存性活性化の図形表示を示す。注：ｎ＝２、エラーバーは標準偏差を示し、＊＊＊ｐ＝０．００５、対応のないＴ検定。 図９Ｄは、実施例９による、用量依存性ＡＤＣ媒介性細胞殺滅の結果の図形表示を示す。注：ｎ＝２、エラーバーは標準偏差を表し、＊＊ｐ＝０．００２、対応のないＴ検定。 図９Ｅは、実施例９による、Ｆｃ１２４５－ｃＣＤＣＰ１またはＦｃ１２４５－ＷＴ腫瘍を有する同系マウスにおける８９Ｚｒ標識化ＩｇＧ５８のインビボポジトロン放出断層撮影法（ＰＥＴ）イメージングの結果の表示を示す。 図９Ｆは、実施例９による、皮下Ｆｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１腫瘍を有するマウスにおける８９Ｚｒ－ＩｇＧ５８および８９Ｚｒ－ＩｇＧ１２の生体分布を示す。注：マウス（ｎ＝１アーム当たり５匹）、および＊＊ｐ＝０．００３、＊＊＊ｐ＝０．０００２、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１、対応のないＴ検定。 図９Ｇは、実施例９による、ＩｇＧ１２－モノメチルオーリスタチン（ａｕｏｒｓｔａｔｉｎ）Ｆ（ＭＭＡＦ）またはＩｇＧ５８－ＭＭＡＦのいずれかを５、１０、１５ｍｇ／ｋｇで投薬した非腫瘍保持マウスにおけるＡＤＣ毒性アッセイを示す。注：マウス（ｎ＝１アーム当たり５匹）、用量１（０日目）、用量２（７日目）、用量３（１４日目）、（ｐ＝０．０００２、ＡＮＯＶＡ）、およびテューキーの多重比較検定、１５ｍｇ／ｋｇの用量（＊＊＊ｐ＝０．００６８）および１０ｍｇ／ｋｇの用量（＊＊ｐ＝０．００６７）。 図１０は、実施例７による、非切断型および切断型ＣＤＣＰ１に対するＦａｂ ＣＬ０３およびＩｇＧ ＣＬ０３のインビトロ結合親和性の表を示す。 図１１は、実施例９に従って測定されたｍＣＤＣＰ１の切断形態および非切断形態に対するマウスＣＤＣＰ１抗体の結合親和性の表を示す。 図１２Ａは、切断型ＣＤＣＰ１の４Ａ０６ Ｆａｂとの結合のネガティブ染色ＥＭ ３Ｄ再構成を示す。（左）ＶＨＨ単一ドメイン抗体の不在下および存在下におけるｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）＋４Ａ０６ Ｆａｂの２Ｄクラス平均。（右）ｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）＋４Ａ０６ Ｆａｂ＋ＶＨＨの３Ｄネガティブ染色ＥＭマップの異なる表示。ＶＨＨドメインを有するＦａｂの結晶構造を、３Ｄネガティブ染色ＥＭマップに当てはめた。 図１２Ｂは、ネガティブ染色したｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）＋ＣＬ０３ Ｆａｂ＋ＶＨＨ粒子を示す例証的な顕微鏡画像を示す。 図１２Ｃは、０．１４３基準で得られるｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）＋ＣＬ０３ Ｆａｂ＋ＶＨＨの２５Åのモデル分解能を判定するために使用したフーリエシェル相関プロットを示す。 図１２Ｄは、ネガティブ染色したｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）＋４Ａ０６ Ｆａｂ＋ＶＨＨ粒子を示す例証的な顕微鏡画像を示す。 図１２Ｅは、０．１４３基準で得られるｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）＋４Ａ０６ Ｆａｂ＋ＶＨＨの２３Åのモデル分解能を判定するために使用したフーリエシェル相関プロットを示す。 図１３は、実施例７による、ｆｌ－ＣＤＣＰ１、ｃ－ＣＤＣＰ１切断部１、ｃ－ＣＤＣＰ１切断部２、ｃ－ＣＤＣＰ１切断部３、Ｈｉｓ－ＴＥＶ－ＣＵＢ１、またはＨｉｓ－ＣＵＢ１とのＣＬ０３の結合を評価するＥＬＩＳＡアッセイの図形表示を示す。円形はｆｌ－ＣＤＣＰ１を表し、正方形はｃ－ＣＤＣＰ１切断部１を表し、上向きの三角形はｃ－ＣＤＣＰ１切断部２を表し、下向きの三角形はｃ－ＣＤＣＰ１切断部３を表し、ひし形はＨｉｓ－ＴＥＶ－ＣＵＢ１を表し、太い円形はＨｉｓ－ＣＵＢ１を表す。 図１４Ａは、実施例８による、ＣＤＣＰ１陽性細胞上のＣＬ０３との結合と競合するＣＵＢ１ ＮＴＦの能力を測定する競合アッセイの図形表示を示す。円形は１００ｎＭ ＩｇＧ ＣＬ０３を表し、正方形は５０ｎＭ ＩｇＧ ＣＬ０３を表し、三角形は０ｎＭ ＩｇＧ ＣＬ０３を表す。 図１４Ｂは、実施例８による、ＣＤＣＰ１陽性細胞上のＣＬ０３との結合と競合するＣＵＢ１ ＮＴＦの能力を測定する競合アッセイの図形表示を示す。 図１５Ａは、実施例１０による、ＰＢＳ（対照）、４００ｕＣｉの１７７Ｌｕ標識化ＩｇＧ５８の単回注射（試験）のいずれかを注射したＦｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１腫瘍保持マウスの腫瘍体積の図形表示を示す（Ｎ＝対照群および試験群の両方について５匹）。矢印は、ＰＢＳ（対照）群のすべてのマウスを、潰瘍化した腫瘍に起因して安楽死させた時点を示す。実線は、対応のないｔ検定に使用した２つのデータ点を示す。＊＊＊ｐ＝０．０００１、対応のないＴ検定。 図１５Ｂは、実施例１０による、ＰＢＳ（対照）または４００ｕＣｉの１７７Ｌｕ標識化ＩｇＧ５８の単回注射（試験）のいずれかを注射したＦｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１腫瘍保持マウスの体重の図形表示を示す（Ｎ＝対照群および試験群の両方について５匹）。 図１５Ｃは、実施例１０による、ＰＢＳ（対照）または４００ｕＣｉの１７７Ｌｕ標識化ＩｇＧ５８の単回注射（試験）のいずれかを注射したＦｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１腫瘍保持マウスの生存確率の図形表示を示す（Ｎ＝対照群および試験群の両方について５匹）。 図１６Ａは、実施例７による、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部２）に対する、ＩｇＧ８７、ＩｇＧ８９、ＩｇＧ９４、ＩｇＧ９７、ＩｇＧ１０１（ＣＬ０３ ＩｇＧ Ｈ１－ＮｔｏＤ Ｈ３－ＭｔｏＡ）、およびＩｇＧ１０２と称される抗体のそれぞれの結合親和性を測定するＢＬＩアッセイにより得られた結果の図形表示を示す。 図１６Ｂは、実施例７による、ＩｇＧ８７、ＩｇＧ８９、ＩｇＧ９４、ＩｇＧ９７、ＩｇＧ１０１（ＣＬ０３ ＩｇＧ Ｈ１－ＮｔｏＤ Ｈ３－ＭｔｏＡ）、およびＩｇＧ１０２と称される抗体のＳＥＣトレースを示す。
本開示は、切断型ＣＤＣＰ１（ヒトまたはマウス）と特異的に結合する抗体およびその抗原結合断片であって、切断型ＣＤＣＰ１と優先的に結合する、抗体およびその抗原結合断片に関する。いくつかの態様では、本明細書において開示される抗体およびその抗原結合断片は、検出可能なレベルで全長ヒトＣＤＣＰ１と結合しない。
本開示の他の態様は、それを必要とする対象を処置する方法であって、対象に、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合する抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、またはそれらの抗原結合断片を投与することを含み、抗体および抗原結合断片が、全長ヒトＣＤＣＰ１と結合しない、方法に関する。いくつかの態様では、対象は、がんを有し、抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、またはそれらの抗原結合断片が、対象におけるがんを処置する。
Ｉ．用語
本明細書において説明がより容易に理解され得るために、特定の用語をまず定義する。さらなる定義は詳細な説明を通じて示されている。
「１つの（a）」または「１つの（an）」実体という用語は、その実体の１つまたは複数を指すことに留意されたく、例えば、「１つのヌクレオチド配列」は、１つまたは複数のヌクレオチド配列を表すことが理解される。したがって、「１つの（a）」（または「１つの（an）」）、「１つまたは複数の」、および「少なくとも１つの」という用語は、本明細書において同義的に使用することができる。
さらに、「および／または」は、本明細書において使用されている場合、２つの指定された特徴または構成要素のそれぞれが、互いを伴う場合も伴わない場合もあるという具体的な開示として解釈されるものとする。したがって、用語「および／または」は、本明細書において「Ａおよび／またはＢ」といった語句において使用されるとき、「ＡおよびＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ（単独）」、ならびに「Ｂ（単独）」を含むことが意図される。同様に、用語「および／または」は、「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」といった語句において使用されるとき、以下の態様：Ａ、ＢおよびＣ；Ａ、ＢまたはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；ＡおよびＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；ならびにＣ（単独）のそれぞれを包含することが意図される。
態様が、「含む（comprising）」という言葉を用いて本明細書に記載されている場合、別途「からなる」および／または「から本質的になる」という用語で記載される類似の態様もまた提供されることが理解される。
別途定義されない限り、本明細書に使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が関連する技術分野の当業者によって広く理解されているものと同じ意味を有する。例えば、the Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei-Show, 2nd ed., 2002, CRC Press、The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 3rd ed., 1999, Academic Press、
およびthe Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology, Revised, 2000, Oxford University Pressは、当業者に、本開示において使用される用語の多くについての一般的な辞書を提供する。
単位、接頭辞、および記号は、国際単位系（ＳＩ）に認められた形式で示される。数値範囲は、その範囲を定める数を含む。別途示されない限り、ヌクレオチド配列は、左から右に、５’から３’の方向で記述される。アミノ酸配列は、左から右に、アミノからカルボキシの方向で記述される。本明細書において提供される見出しは、全体として本明細書への参照によって得ることができる、本開示の様々な態様を制限するものではない。したがって、すぐ下に定義されている用語は、本明細書を全体として参照することによってより完全に定義される。
用語「約」は、およそ、大体、前後、またはその範囲を意味して本明細書において使用される。用語「約」が、数値範囲とともに使用されている場合、この用語は、境界を、記載されている数値の上下に拡大することにより、その範囲を修飾する。一般に、用語「約」は、数値を、記述された値の上下、例えば、１０パーセント上または下（高いかまたは低い）に修飾し得る。
本明細書において、「ＣＤＣＰ１」または「ＣＵＢドメイン含有タンパク質１」または「補体Ｃ１ｒ／Ｃ１ｓ、Ｕｅｇｆ、Ｂｍｐ１（ＣＵＢ）ドメイン含有タンパク質１」という用語は、１３５ｋＤａの重度にグリコシル化された１回膜貫通タンパク質である。
本明細書において、「切断型ＣＤＣＰ１」という用語は、（ｉ）プロテアーゼによるタンパク質分解によって生成される、細胞および組織（例えば、がん細胞）の表面上の内因性切断型ＣＤＣＰ１、ならびに（ｉｉ）組換えで産生された切断型ＣＤＣＰ１を指す。いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、切断型ヒトＣＤＣＰ１）は、全長ＣＤＣＰ１（例えば、全長ヒトＣＤＣＰ１）から、ＣＵＢ１エクトドメインとＣＵＢ２エクトドメインとの間でタンパク質分解により切断されることによって、生成される。いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１は、膜結合複合体を含む。いくつかの態様では、膜結合複合体は、ＣＤＣＰ１の膜保持断片と会合した切断型ＣＵＢ１エクトドメインを含む。いくつかの態様では、ＣＤＣＰ１の膜保持断片は、非切断型ＣＵＢ３ドメインと会合した切断型ＣＵＢ２エクトドメインを含み、切断型ＣＵＢ２エクトドメインは、ＣＵＢ１とＣＵＢ２リンカーとの間の切断によって形成される。いくつかの態様では、膜結合複合体は、ＣＵＢ１エクトドメインのＮ末端断片およびＣＵＢ２／ＣＵＢ３エクトドメインのＣ末端断片を含む。いくつかの態様では、プロテアーゼ（例えば、カルボキシペプチダーゼ）は、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、切断型ヒトＣＤＣＰ１）のＮまたはＣ末端断片をトリミングすることができる。
いくつかの態様では、切断型ヒトＣＤＣＰ１は、配列番号２７３の残基Ｋ３６５、Ｒ３６８、および／またはＫ３６９において切断されることによって生成される。
いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１は、第１の切断型ドメインおよび第２の切断型ドメインを含み、第１の切断型ドメインおよび第２の切断型ドメインは、連結されていない。
本明細書において、「第１の切断型ドメイン」という用語は、配列番号６３、６８、および７４に記載されるアミノ酸配列からなるヒトＣＤＣＰ１のＣＵＢ１エクトドメインを表す。
本明細書において、「第２の切断型ドメイン」という用語は、配列番号６４、７０、および７７に記載されるアミノ酸配列からなるヒトＣＤＣＰ１のＣＵＢ２／ＣＵＢ３エクトドメイン、膜貫通ドメイン（ＴＭ）、および細胞内ドメイン（ＩＣＤ）を表す。
いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、切断型ヒトＣＤＣＰ１）は、（ａ）切断型ＣＵＢ１エクトドメインをコードする第１のポリヌクレオチドおよびＣＵＢ２／ＣＵＢ３エクトドメインをコードする第２のポリヌクレオチドを含む宿主細胞を培養すること、ならびに（ｂ）切断型ＣＤＣＰ１（例えば、切断型ヒトＣＤＣＰ１）を単離することによって生成される。いくつかの態様では、ＣＵＢ２／ＣＵＢ３エクトドメインをコードする第２のポリヌクレオチドは、膜貫通ドメイン（ＴＭ）および細胞内ドメイン（ＩＣＤ）を含む。
「ＣＤＣＰ１」および「切断型ＣＤＣＰ１」という用語は、腫瘍細胞を含むがこれらに限定されない細胞によって天然に発現される、ＣＤＣＰ１および切断型ＣＤＣＰ１の任意の変異体またはアイソフォームを含む。したがって、本明細書に記載される抗体は、ヒト以外の種に由来する切断型ＣＤＣＰ１（例えば、カニクイザルＣＤＣＰ１）と交差反応し得る。あるいは、抗体は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１に特異的であり得、他の種とのいずれの交差反応性も示さない。ＣＤＣＰ１、切断型ＣＤＣＰ１、またはその任意の変異体およびアイソフォームは、それらを天然に発現する細胞もしくは組織から単離され得るか、または当技術分野において周知の技術および／もしくは本明細書に記載されるものを使用して組換えにより産生され得るかのいずれであってもよい。
ヒトＣＵＢドメイン含有タンパク質１（ＣＤＣＰ１）（ＵｎｉＰｒｏｔ識別番号Ｑ９Ｈ５Ｖ８－１、配列番号２７３）は、８３６個のアミノ酸のＩ型１回膜貫通タンパク質であり、そのエクトドメインに３つのＣＵＢ１ドメインを有する。細胞内領域は、複数のチロシンリン酸化モチーフを含む。細胞外プロテアーゼは、ＣＤＣＰ１を、ＣＵＢ１ドメインとＣＵＢ２ドメインとの間で切断し、これによって、その活性化、Ｓｒｃによる細胞内チロシン残基のリン酸化、およびＡｋｔを通じた下流シグナル伝達経路の開始をもたらす。切断型ＣＤＣＰ１はまた、他の重要な膜タンパク質、例えば、インテグリンと複合体を形成して、複合体に媒介されるシグナル伝達を開始し得る。
ヒトＣＤＣＰ１の少なくとも２つの追加のアイソフォームが同定されている。アイソフォーム２（ＵｎｉＰｒｏｔ識別番号Ｑ９Ｈ５Ｖ８－２、配列番号２７４）は、６４９個のアミノ酸からなる。アイソフォーム３（ＵｎｉＰｒｏｔ識別番号Ｑ９Ｈ５Ｖ８－３、配列番号２７５）は、３４３個のアミノ酸からなる。ヒトＣＤＣＰ１アイソフォーム３は、アミノ酸残基３４４～８３６が欠如しており、ヒトＣＤＣＰ１（ＵｎｉＰｒｏｔ識別番号Ｑ９Ｈ５Ｖ８－１、配列番号２７３）のアミノ酸配列と比べて、以下のアミノ酸残基３４２～３４３の違い（ＮＫからＳＥ）を有する。
３つの公知のヒトＣＤＣＰ１アイソフォームのアミノ酸配列を、以下に示す。
（Ａ）ヒトＣＤＣＰ１（配列番号２７３）：
（配列番号２７３）
ヒトＣＤＣＰ１のシグナル配列は、アミノ酸１～２９（下線）に対応する。したがって、ヒトＣＤＣＰ１アイソフォーム１の成熟アイソフォームは、アミノ酸３０～８３６からなる。
成熟ヒトＣＤＣＰ１の細胞外ドメインは、配列番号２７３のアミノ酸３０～８３６からなり、アミノ酸配列：
FEIALPRESNITVLIKLGTPTLLAKPCYIVI
SKRHITMLSIKSGERIVFTFSCQSPENHFVIEIQKNIDCMSGPCPFGEVQLQPSTSLLPT
LNRTFIWDVKAHKSIGLELQFSIPRLRQIGPGESCPDGVTHSISGRIDATVVRIGTFCSN
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SRAPTAKLATEEPPPRSPPESESEPYTFSHPNNGDVSSKDTDIPLLNTQEPMEPAE
（配列番号２７６）
を有する。
（Ｂ）ヒトＣＤＣＰ１アイソフォーム２（ＵｎｉＰｒｏｔ識別番号Ｑ９Ｈ５Ｖ８－２、配列番号２７４）：
MQEGVKMALHLPWFHPRNVSGFSIANRSSIKRLCIIESVFEGEGSATLMSANY
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QPGNMAGNFNLSLQGCDQDAQSPGILRLQFQVLVQHPQNESNKIYVVDLSNERAMSLTIE
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TGRAFMIIQEQRTRAEEIFSLDEDVLPKPSFHHHSFWVNISNCSPTSGKQLDLLFSVTLT
PRTVDLTVILIAAVGGGVLLLSALGLIICCVKKKKKKTNKGPAVGIYNDNINTEMPRQPK
KFQKGRKDNDSHVYAVIEDTMVYGHLLQDSSGSFLQPEVDTYRPFQGTMGVCPPSPPTIC
SRAPTAKLATEEPPPRSPPESESEPYTFSHPNNGDVSSKDTDIPLLNTQEPMEPAE（配列番号２７４）
（Ｃ）ヒトＣＤＣＰ１アイソフォーム３（ＵｎｉＰｒｏｔ識別番号Ｑ９Ｈ５Ｖ８－３、配列番号２７５）：
（配列番号２７５）
細胞外ドメインのｃ－ＣＤＣＰ１切断部１ Ｎ末端断片（ＮＴＦ）のアミノ酸配列
FEIALPRESNITVLIKLGTPTLLAKPCYIVISKRHITMLSIKSGERIVFTFSCQSPENHFVIEIQKNIDCMSGPCPFGEVQLQPSTSLLPTLNRTFIWDVKAHKSIGLELQFSIPRLRQIGPGESCPDGVTHSISGRIDATVVRIGTFCSNGTVSRIKMQEGVKMALHLPWFHPRNVSGFSIANRSSIKRLCIIESVFEGEGSATLMSANYPEGFPEDELMTWQFVVPAHLRASVSFLNFNLSNCERKEERVEYYIPGSTTNPEVFKLEDKQPGNMAGNFNLSLQGCDQDAQSPGILRLQFQVLVQHPQNESNKIYVVDLSNERAMSLTIEPRPVK（配列番号６３）
細胞外ドメインのｃ－ＣＤＣＰ１切断部１ Ｃ末端断片（ＣＴＦ）のアミノ酸配列、膜貫通ドメイン（ＴＭ）および細胞内ドメイン（ＩＣＤ）を含む
QSRKFVPGCFVCLESRTCSSNLTLTSGSKHKISFLCDDLTRLWMNVEKTISCTDHRYCQRKSYSLQVPSDILHLPVELHDFSWKLLVPKDRLSLVLVPAQKLQQHTHEKPCNTSFSYLVASAIPSQDLYFGSFCPGGSIKQIQVKQNISVTLRTFAPSFQQEASRQGLTVSFIPYFKEEGVFTVTPDTKSKVYLRTPNWDRGLPSLTSVSWNISVPRDQVACLTFFKERSGVVCQTGRAFMIIQEQRTRAEEIFSLDEDVLPKPSFHHHSFWVNISNCSPTSGKQLDLLFSVTLTPRTVDLTVILIAAVGGGVLLLSALGLIICCVKKKKKKTNKGPAVGIYNDNINTEMPRQPKKFQKGRKDNDSHVYAVIEDTMVYGHLLQDSSGSFLQPEVDTYRPFQGTMGVCPPSPPTICSRAPTAKLATEEPPPRSPPESESEPYTFSHPNNGDVSSKDTDIPLLNTQEPMEPAE（配列番号６４）
細胞外ドメインのｃ－ＣＤＣＰ１切断部１ Ｃ末端断片（ＣＴＦ）のアミノ酸配列、膜貫通ドメイン（ＴＭ）および細胞内ドメイン（ＩＣＤ）アミノ酸配列なし
QSRKFVPGCFVCLESRTCSSNLTLTSGSKHKISFLCDDLTRLWMNVEKTISCTDHRYCQRKSYSLQVPSDILHLPVELHDFSWKLLVPKDRLSLVLVPAQKLQQHTHEKPCNTSFSYLVASAIPSQDLYFGSFCPGGSIKQIQVKQNISVTLRTFAPSFQQEASRQGLTVSFIPYFKEEGVFTVTPDTKSKVYLRTPNWDRGLPSLTSVSWNISVPRDQVACLTFFKERSGVVCQTGRAFMIIQEQRTRAEEIFSLDEDVLPKPSFHHHSFWVNISNCSPTSGKQLDLLFSVTLTPRTVDLT（配列番号６６）
細胞外ドメインのｃ－ＣＤＣＰ１切断部２ Ｎ末端断片のアミノ酸配列
FEIALPRESNITVLIKLGTPTLLAKPCYIVISKRHITMLSIKSGERIVFTFSCQSPENHFVIEIQKNIDCMSGPCPFGEVQLQPSTSLLPTLNRTFIWDVKAHKSIGLELQFSIPRLRQIGPGESCPDGVTHSISGRIDATVVRIGTFCSNGTVSRIKMQEGVKMALHLPWFHPRNVSGFSIANRSSIKRLCIIESVFEGEGSATLMSANYPEGFPEDELMTWQFVVPAHLRASVSFLNFNLSNCERKEERVEYYIPGSTTNPEVFKLEDKQPGNMAGNFNLSLQGCDQDAQSPGILRLQFQVLVQHPQNESNKIYVVDLSNERAMSLTIEPRPVKQSR（配列番号６８）
細胞外ドメインのｃ－ＣＤＣＰ１切断部２ Ｃ末端断片のアミノ酸配列、膜貫通ドメイン（ＴＭ）および細胞内ドメイン（ＩＣＤ）を含む
KFVPGCFVCLESRTCSSNLTLTSGSKHKISFLCDDLTRLWMNVEKTISCTDHRYCQRKSYSLQVPSDILHLPVELHDFSWKLLVPKDRLSLVLVPAQKLQQHTHEKPCNTSFSYLVASAIPSQDLYFGSFCPGGSIKQIQVKQNISVTLRTFAPSFQQEASRQGLTVSFIPYFKEEGVFTVTPDTKSKVYLRTPNWDRGLPSLTSVSWNISVPRDQVACLTFFKERSGVVCQTGRAFMIIQEQRTRAEEIFSLDEDVLPKPSFHHHSFWVNISNCSPTSGKQLDLLFSVTLTPRTVDLTVILIAAVGGGVLLLSALGLIICCVKKKKKKTNKGPAVGIYNDNINTEMPRQPKKFQKGRKDNDSHVYAVIEDTMVYGHLLQDSSGSFLQPEVDTYRPFQGTMGVCPPSPPTICSRAPTAKLATEEPPPRSPPESESEPYTFSHPNNGDVSSKDTDIPLLNTQEPMEPAE（配列番号７０）
細胞外ドメインのｃ－ＣＤＣＰ１切断部２ Ｃ末端断片のアミノ酸配列、膜貫通ドメイン（ＴＭ）および細胞内ドメイン（ＩＣＤ）なし
KFVPGCFVCLESRTCSSNLTLTSGSKHKISFLCDDLTRLWMNVEKTISCTDHRYCQRKSYSLQVPSDILHLPVELHDFSWKLLVPKDRLSLVLVPAQKLQQHTHEKPCNTSFSYLVASAIPSQDLYFGSFCPGGSIKQIQVKQNISVTLRTFAPSFQQEASRQGLTVSFIPYFKEEGVFTVTPDTKSKVYLRTPNWDRGLPSLTSVSWNISVPRDQVACLTFFKERSGVVCQTGRAFMIIQEQRTRAEEIFSLDEDVLPKPSFHHHSFWVNISNCSPTSGKQLDLLFSVTLTPRTVDLT（配列番号７２）
細胞外ドメインのｃ－ＣＤＣＰ１切断部３ Ｎ末端断片のアミノ酸配列
FEIALPRESNITVLIKLGTPTLLAKPCYIVISKRHITMLSIKSGERIVFTFSCQSPENHFVIEIQKNIDCMSGPCPFGEVQLQPSTSLLPTLNRTFIWDVKAHKSIGLELQFSIPRLRQIGPGESCPDGVTHSISGRIDATVVRIGTFCSNGTVSRIKMQEGVKMALHLPWFHPRNVSGFSIANRSSIKRLCIIESVFEGEGSATLMSANYPEGFPEDELMTWQFVVPAHLRASVSFLNFNLSNCERKEERVEYYIPGSTTNPEVFKLEDKQPGNMAGNFNLSLQGCDQDAQSPGILRLQFQVLVQHPQNESNKIYVVDLSNERAMSLTIEPRPVKQSRK（配列番号７４）
細胞外ドメインのｃ－ＣＤＣＰ１切断部３ Ｃ末端断片のアミノ酸配列、膜貫通ドメイン（ＴＭ）および細胞内ドメイン（ＩＣＤ）を含む
FVPGCFVCLESRTCSSNLTLTSGSKHKISFLCDDLTRLWMNVEKTISCTDHRYCQRKSYSLQVPSDILHLPVELHDFSWKLLVPKDRLSLVLVPAQKLQQHTHEKPCNTSFSYLVASAIPSQDLYFGSFCPGGSIKQIQVKQNISVTLRTFAPSFQQEASRQGLTVSFIPYFKEEGVFTVTPDTKSKVYLRTPNWDRGLPSLTSVSWNISVPRDQVACLTFFKERSGVVCQTGRAFMIIQEQRTRAEEIFSLDEDVLPKPSFHHHSFWVNISNCSPTSGKQLDLLFSVTLTPRTVDLTVILIAAVGGGVLLLSALGLIICCVKKKKKKTNKGPAVGIYNDNINTEMPRQPKKFQKGRKDNDSHVYAVIEDTMVYGHLLQDSSGSFLQPEVDTYRPFQGTMGVCPPSPPTICSRAPTAKLATEEPPPRSPPESESEPYTFSHPNNGDVSSKDTDIPLLNTQEPMEPAE（配列番号７７）
細胞外ドメインのｃ－ＣＤＣＰ１切断部３ Ｃ末端断片のアミノ酸配列、膜貫通ドメイン（ＴＭ）および細胞内ドメイン（ＩＣＤ）なし
FVPGCFVCLESRTCSSNLTLTSGSKHKISFLCDDLTRLWMNVEKTISCTDHRYCQRKSYSLQVPSDILHLPVELHDFSWKLLVPKDRLSLVLVPAQKLQQHTHEKPCNTSFSYLVASAIPSQDLYFGSFCPGGSIKQIQVKQNISVTLRTFAPSFQQEASRQGLTVSFIPYFKEEGVFTVTPDTKSKVYLRTPNWDRGLPSLTSVSWNISVPRDQVACLTFFKERSGVVCQTGRAFMIIQEQRTRAEEIFSLDEDVLPKPSFHHHSFWVNISNCSPTSGKQLDLLFSVTLTPRTVDLT（配列番号７８）
マウスＣＤＣＰ１は、以下のアミノ酸配列（シグナル配列を含む）（ＵｎｉＰｒｏｔ識別番号Ｑ５Ｕ４６２－１、配列番号２７７）：
MAHSACGFSVALLGALLLGTARLLRGTEASEIALPQRSGVTVSIKLGNPALPVKICYIVM
SRQHITELIIRPGERKSFTFSCSNPEKHFVLKIEKNIDCMSGPCPFGEVHLQPSTSELPI
LNRTFIWDVRAHKSIGLELQFATPRLRQIGPGESCADGVTHSISGHIDATEVRIGTFCSN
GTVSRIKMQEGVKMALHLPWFHRRNVSGFSIANRSSIKRLCIIESVFEGEGSATLMSANY
PGGFPEDELMTWQFVVPAHLRASVSFLNFNVSNCERKEERVEYYIPGSTTNPEVFRLEDK
QPGNMAGNFNLSLQGCDQDAQSPGILRLQFQVLVQRPQDESNKTYMVDLSRERTMSLTIE
PRPVKHGRRFVPGCFVCLESRTCSTNVTLTAGSIHKISFLCDDLTRLWVNVEKTLSCLDH
RYCYRQSFKLQVPDYILQLPVQLHDFSWKLLVPKDKLSLMLVPGQKLQQHTQERPCNTSF
GYHVTSTTPGQDLYFGSFCSGGSIEKIQVKQNSSVTLRAYAPSFQQEVSKQGLIVSYTPY
FKEEGIFTVTPDTKNKVYLRSPNWDRGLPALSSVSWNISVPSNQVACLTVLKERSGLACQ
SGRAFMIIQEQQSRAEEIFSLEEEVLPKPSFHHHSFWVNISNCSPMNGKQLDLLFWVTLT
PRTVDLAVVIGAAGGGALLLFALVLIICFVKKKKKVDKGPAVGIYNGNVNTQMPQTQKFP
KGRKDNDSHVYAVIEDTMVYGHLLQDSGGSFIQPEVDTYRPFQGPMGDCPPTPPPLFSRT
PTAKFTAEELAPSSPPESESEPYTFSHPNKGEIGVRETDIPLLHTQGPVETEE
（配列番号２７７）
を含む。
カニクイザルＣＤＣＰ１は、以下のアミノ酸配列（シグナル配列を含む）（ＵｎｉＰｒｏｔ識別番号Ａ０Ａ２Ｋ５ＶＬＫ２－１、配列番号２７８）：
MAGLNCGVTIALLGVLLLGAARLPRAAEAFEIALPRESNITVLIKLGTPTLLAKPCYIVI
SKRHTTMLSIKPGERILFTFSCQSPENHFVIEIQKNIDCMSGPCPFGEVQLQPSTSLLPT
LNRTFIWDVKAHKSIGLELQFSIPLLRQIGPGESCPGGVTYSISGRIDATVVRIGTFCSN
GTVSRIKMQEGVKMALHLPWFHPRNVSGFSIANRSSIKRLCIIESVFEGEGSATLMSANY
PEGFPEDELMTWQFVIPAHLRASVSFLNFNLSNCERKEERVEYYIPGSTTNPEVFKLEDK
QPGNMAGNFNLSLQGCDQDAQNPGILRLQFQVLVQHPQNESNKIYVVDLSNERATSLTIE
PRPVKQSRKFVPGCFVCLESRTCSTNLTLTSGSKHKISFLCDNLTRLWMNVEKNISCTDH
RYCQRKSYSLQVPSDILHLPVELHDFSWKLLVPKDRLSLVLVPAQKLQQHTHEKPCNTSF
SYLVASAIPSQDLYFGSFCPGGSIEQIQVKQNISVTLRTFAPSFRQEASRQGLTVSFIPY
FKEEGVFTVTPDTKSKVYLRTPNWDRGLPSLTSVSWNISVPRDQVACLTFFKERTGVVCQ
TGRAFMIIQEQRTRAEEIFSLDEDALPKPRFHHHSFWVNISNCSPASGKQLDLLFWVTLT
PRTVDLTVILITVVGGGAVLLSALGLIICCVKKKKKKTNKGPAVGVYNGNINTEMPRQPK
KFQKGRKDNDSHVYAVIEDTMVYGHLLQDSGGSFLQPEVDTYRPFQGTMGVCPPSPPTIC
SRAPTAKLAAEELPPCSPPESESEPYTFSHPNNGDINSKETDIPLLNTQEPVEPAE
（配列番号２７８）
を含む。
「抗体」という用語は、いくつかの態様では、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖および２つの軽（Ｌ）鎖を含むタンパク質を指す。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書において、ＶＨと略される）および重鎖定常領域（本明細書において、ＣＨと略される）から構成される。本明細書において、「二重特異性抗体」という用語は、少なくとも２つの抗原結合ドメイン、すなわち、少なくとも２つのパラトープを含む、抗体を指す。そのため、いくつかの態様では、二重特異性抗体は、少なくとも２つの重鎖可変領域（ＶＨ１およびＶＨ２）、ならびに少なくとも２つの軽鎖可変領域（ＶＬ１およびＶＬ２を含む。いくつかの態様では、少なくとも２つの重鎖可変領域は、同じであるか、または異なる。いくつかの態様では、少なくとも２つの軽鎖可変領域は、同じであるか、または異なる。本明細書において、「多重特異性抗体」は、少なくとも３つの抗原結合ドメイン、すなわち、少なくとも３つのパラトープを含む、抗体を指す。
いくつかの抗体、例えば、天然に存在するＩｇＧ抗体では、重鎖定常領域は、ヒンジ、ならびに３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３からなる。いくつかの抗体、例えば、天然に存在するＩｇＧ抗体では、各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書において、ＶＬと略される）および軽鎖定常領域からなる。軽鎖定常領域は、１つのドメイン（本明細書に置いて、ＣＬと略される）からなる。ＶＨおよびＶＬ領域は、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれ、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれるより保存されている領域と散在している超可変性の領域にさらに細分され得る。各ＶＨおよびＶＬは、以下の順序：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、およびＦＲ４でアミノ末端からカルボキシ末端に配置される、３つのＣＤＲおよび４つのＦＲから構成される。重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含有する。抗体の定常領域は、免疫グロブリンの、宿主組織または因子、例えば、免疫系の種々の細胞（例えば、エフェクター細胞）および伝統的な補体系の第１の成分（Ｃｌｑ）との結合を媒介し得る。重鎖は、Ｃ末端リシンを有してもよくまたは有さなくてもよい。本明細書において別途指定されない限り、可変領域のアミノ酸は、カバットの番号付けシステムを使用して番号付けされ、定常領域のアミノ酸は、ＥＵシステムを使用して番号付けされている。
「ＩｇＧ抗体」、例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４抗体は、本明細書において、いくつかの態様では、天然に存在するＩｇＧ抗体の構造を有する、すなわち、これは、同一のサブクラスの天然に存在するＩｇＧ抗体と同一の数の重鎖および軽鎖ならびにジスルフィド結合を有する。例えば、抗ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１ ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４抗体は、２つの重鎖（ＨＣ）および２つの軽鎖（ＬＣ）からなり、２つのＨＣおよびＬＣは、それぞれ、天然に存在するＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４抗体において生じるものと同じ数および位置のジスルフィド架橋によって連結されている（抗体が、ジスルフィド架橋を修飾するように突然変異されている場合を除く）。
抗体は、通常、そのコグネイト抗原と、１０－５～１０－１１Ｍ以下の解離定数（ＫＤ）によって反映される高親和性で特異的に結合する。約１０－４Ｍより大きい任意のＫＤは、一般に、非特異的結合を示すと考えられる。本明細書において、抗原と「特異的に結合する」抗体とは、抗原および実質的に同一の抗原と、１０－７Ｍ以下、１０－８Ｍ以下、５×１０－９Ｍ以下、または１０－８Ｍから１０－１０Ｍ以下の間のＫＤを有することを意味する高親和性で結合するが、無関係の抗原とは高親和性で結合しない抗体である。抗原は、所与の抗原に対して高度の配列同一性を示す場合には、例えば、所与の抗原の配列に対して、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％または少なくとも９９％の配列同一性を示す場合に、所与の抗原と「実質的に同一」である。例として、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合する抗体は、いくつかの態様では、特定の霊長類種に由来するＣＤＣＰ１抗原（例えば、カニクイザルＣＤＣＰ１）との交差反応性を有するが、その他の種に由来するＣＤＣＰ１抗原と、またはＣＤＣＰ１以外の抗原とは、交差反応し得ない。
本明細書において、「優先的に結合する」という語句またはその文法上同様の用語は、抗体またはその抗原結合断片が、第１の抗原（例えば、切断型ＣＤＣＰ１）と、第２の抗原（例えば、全長ＣＤＣＰ１）との結合よりも容易に、特異的に結合するという事実を指す。したがって、所与の抗原（例えば、切断型ＣＤＣＰ１）と「優先的に結合する」抗体は、そのような抗体が関連抗原と交差反応し得るとしても、関連抗原（例えば、全長ＣＤＣＰ１）よりも、その抗原と結合する可能性が高いであろう。いくつかの態様では、第１の抗原（例えば、切断型ＣＤＣＰ１）と優先的に結合する抗体は、検出可能なレベルで第２の抗原（例えば、全長ＣＤＣＰ１）と結合しない。いくつかの態様では、本明細書において開示される抗体またはその抗原結合断片は、全長ＣＤＣＰ１と比較して、少なくとも１０倍、少なくとも１００倍、少なくとも１０００倍緊密に、切断型ＣＤＣＰ１と結合する。抗体と抗原との間の結合を検出するために使用される例示的な方法は、相ＥＬＩＳＡ、Ｏｃｔｅｔ機器（例えば、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用したバイオレイヤーインターフェロメトリー分析、および表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）分析であり得るが、これらに限定されない。
免疫グロブリンは、それだけには限らないがＩｇＡ、分泌型ＩｇＡ、ＩｇＧおよびＩｇＭを含めた、よく知られているアイソタイプのいずれかに由来し得る。ＩｇＧアイソタイプは、特定の種ではサブクラスに分けられる：ヒトでは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４ならびにマウスでは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂおよびＩｇＧ３。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、ＩｇＧ１サブタイプのものである。免疫グロブリン、例えば、ＩｇＧ１は、多くても２、３個のアミノ酸で互いに異なるいくつかのアロタイプで存在する。「抗体」は、例として、天然に存在する抗体および天然に存在しない抗体の両方、モノクローナルおよびポリクローナル抗体、キメラおよびヒト化抗体、ヒトおよび非ヒト抗体、ならびに完全合成抗体を含む。
本明細書において、抗体の「抗原結合断片」という用語は、抗原（例えば、切断型ヒトＣＤＣＰ１）と特異的に結合する能力を保持する抗体の１つまたは複数の断片を指す。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片によって実施され得ることが示されている。抗体、例えば、本明細書に記載される抗ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１抗体の「抗原結合断片」という用語に包含される結合断片の例は、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなるＦａｂ断片（パパイン切断に由来する断片）または同様の一価の断片、（ｉｉ）ヒンジ領域におけるジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂ断片を含むＦ（ａｂ’）２断片（ペプシン切断に由来する断片）または同様の二価の断片、（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片、（ｉｖ）抗体の一本のアームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片、（ｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ward et al., (1989) Nature 341:544-546）、（ｖｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、ならびに（ｖｉｉ）適宜合成リンカーによって接続され得る２つ以上の単離されたＣＤＲの組合せを含む。さらに、Ｆｖ断片の２つのドメイン、ＶＬおよびＶＨは別個の遺伝子によってコードされるが、それらは、ＶＬおよびＶＨ領域対が一価の分子（一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる；例えば、Bird et al. (1988) Science 242:423-426;およびHuston et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883を参照のこと）を形成する単一のタンパク質鎖として作製されることを可能にする合成リンカーによる組換え方法を使用して接続され得る。このような一本鎖抗体はまた、用語、抗体の「抗原結合断片」内に包含されるものとする。これらの抗体断片は、当業者に公知の従来の技術を使用して得られ、断片は、無傷の抗体と同様の方法で有用性についてスクリーニングされる。抗原結合断片は、組換えＤＮＡ技術によって、または無傷の免疫グロブリンの酵素的もしくは化学的切断によって生産され得る。
「二重特異性」または「二機能性抗体」は、２つの異なる重鎖／軽鎖対と、２つの異なる結合部位を有する人工ハイブリッド抗体である。二重特異性抗体は、ハイブリドーマの融合またはＦａｂ’断片の連結を含めた種々の方法によって生産できる。例えば、Songsivilai & Lachmann, Clin. Exp. Immunol. 79:315-321 (1990); Kostelny et al., J. Immunol. 148:1547-1553 (1992)を参照のこと。
用語「モノクローナル抗体」は、本明細書において、実質的に同種の抗体の集団に由来する抗体を指す、すなわち、集団内に含まれる個々の抗体は、モノクローナル抗体の産生中に生じ得る可能性のある変異体を除き、実質的に類似であり、同一のエピトープに結合する（例えば、抗体は、単一の結合特異性および親和性を示す）が、そのような変異体は、一般に、少量で存在している。「モノクローナル」という修飾語は、抗体が、実質的に同種の抗体集団から得られているという特徴を示すものであり、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものと解釈されるものではない。用語「ヒトモノクローナル抗体」は、単一の結合特異性を示し、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する可変領域および適宜定常領域を有する、実質的に同種の抗体集団に由来する抗体を指す。いくつかの態様では、ヒトモノクローナル抗体は、トランスジェニック非ヒト動物、例えば、ヒト重鎖導入遺伝子および不死化された細胞と融合された軽鎖導入遺伝子を含むゲノムを有するトランスジェニックマウスから得られたＢ細胞を含むハイブリドーマによって産生される。
本明細書において、用語「組換えヒト抗体」は、組換え手段によって調製され、発現され、作製されるか、または単離されたすべてのヒト抗体、例えば、（ａ）ヒト免疫グロブリン遺伝子のトランスジェニックまたは導入染色体またはそれから調製されたハイブリドーマである動物（例えば、マウス）から単離された抗体、（ｂ）抗体を発現するよう形質転換された宿主細胞から、例えば、トランスフェクトーマから単離された抗体、（ｃ）組換え、コンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離された抗体および（ｄ）ヒト免疫グロブリン遺伝子配列のその他のＤＮＡ配列へのスプライシングを含む任意のその他の手段によって調製され、発現され、作製されるか、または単離された抗体を含む。このような組換えヒト抗体は、特定のヒト生殖系列免疫グロブリン配列を利用し、生殖系列遺伝子によってコードされる可変および定常領域を含むが、その後の再編成および例えば、抗体成熟の間に起こる突然変異を含む。当技術分野で公知のように（例えば、Lonberg (2005) Nature Biotech. 23(9):1117-1125を参照のこと）、可変領域は、外来抗原に対して特異的な抗体を形成するよう再編成する種々の遺伝子によってコードされる抗原結合ドメインを含有する。可変領域は、再配列に加えて、外来抗原に対する抗体の親和性を増大するよう、複数の単一アミノ酸変更（体細胞突然変異または高頻度突然変異とも呼ばれる）によってさらに修飾され得る。定常領域は、抗原にさらに応じて変化する（すなわち、アイソタイプスイッチ）。したがって、抗原に応じた、軽鎖および重鎖免疫グロブリンポリペプチドをコードする、再編成され、体細胞突然変異された核酸分子は、元の核酸分子との配列同一性を有し得ないが、その代わりに、実質的に同一または同様となる（すなわち、少なくとも８０％の同一性を有する）。
「ヒト」抗体（ＨｕＭＡｂ）とは、フレームワークおよびＣＤＲ領域の両方が、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有する抗体を指す。さらに、抗体が定常領域を含有する場合には、定常領域はまた、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する。本明細書に記載される抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基（例えば、インビトロでのランダムもしくは部位特異的突然変異誘発によって、またはインビボでの体細胞突然変異によって導入された突然変異）を含み得る。しかし、本明細書において、用語「ヒト抗体」はマウスなどの別の哺乳類種の生殖系列に由来するＣＤＲ配列が、ヒトフレームワーク配列にグラフトされている抗体を含むよう意図されない。用語「ヒト」抗体および「完全ヒト」抗体は、同義的に使用される。
「ヒト化」抗体とは、非ヒト抗体のＣＤＲドメインの外側のアミノ酸の一部、ほとんどまたはすべてが、ヒト免疫グロブリンに由来する対応するアミノ酸で置換されている抗体を指す。抗体のヒト化形態のいくつかの態様では、ＣＤＲドメインの外側のアミノ酸の一部、ほとんどまたはすべてが、ヒト免疫グロブリンに由来するアミノ酸で置換されているが、１つまたは複数のＣＤＲ領域内の一部、ほとんどまたはすべてのアミノ酸は変更されていない。アミノ酸の小さい付加、欠失、挿入または置換または修飾は、抗体の特定の抗原と結合する能力を抑制しない限り許容される。「ヒト化」抗体は、元の抗体のものと同様の抗原特異性を保持する。
「キメラ抗体」とは、可変領域がマウス抗体に由来し、定常領域がヒト抗体に由来する抗体などの、可変領域がある種に由来し、定常領域が別の種に由来する抗体を指す。
本明細書において、「アイソタイプ」とは、重鎖定常領域遺伝子によってコードされる抗体クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤおよびＩｇＥ抗体）を指す。
「アロタイプ」とは、特定のアイソタイプ群内の天然に存在する変異体を指し、これらの変異体は、２、３個のアミノ酸で異なっている（例えば、Jefferis et al. (2009) mAbs 1:1を参照のこと）。本明細書に記載される抗ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１抗体は、任意のアロタイプのものであり得る。本明細書において、「ＩｇＧ１ｆ」、「ＩｇＧ１．１ｆ」または「ＩｇＧ１．３ｆ」アイソタイプと称される抗体は、それぞれ、アロタイプ「ｆ」、すなわち、カバットにおけるＥＵ指数による２１４Ｒ、３５６Ｅおよび３５８Ｍを有する、ＩｇＧ１、エフェクターレスＩｇＧ１．１およびエフェクターレスＩｇＧ１．３抗体である。
語句「抗原を認識する抗体」および「抗原に対して特異的な抗体」は、本明細書において、用語「抗原と特異的に結合する抗体」と同義的に使用される。
「単離された抗体」は、本明細書において、他のタンパク質および細胞材料を実質的に含まない抗体を指すことが意図される。
本明細書において、「切断型ＣＤＣＰ１と結合する」抗体は、例えば、切断型ヒトまたはマウスＣＤＣＰ１発現腫瘍細胞をトランスフェクトしたＨＥＫ２９３Ｔ細胞を使用した結合アッセイにおいて、当技術分野において認識されている方法、例えば、本明細書に記載されるＦＡＣＳに基づく結合アッセイにおいて、約２５μｇ／ｍＬ以下、約２３μｇ／ｍＬ以下、約２０μｇ／ｍＬ以下、約１５μｇ／ｍＬ以下、約１０μｇ／ｍＬ以下、約５μｇ／ｍＬ以下、約３μｇ／ｍＬ以下、約２μｇ／ｍＬ以下、約１μｇ／ｍＬ以下、約０．５μｇ／ｍＬ以下、約０．４５μｇ／ｍＬ以下、約０．４μｇ／ｍＬ以下、約０．３５μｇ／ｍＬ以下、または約０．３μｇ／ｍＬ以下のＥＣ５０で、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトおよびマウス切断型ＣＤＣＰ１）と相互作用する、抗体を指すことが意図される。いくつかの態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、約２００ｎＭ以下、約１７５ｎＭ以下、約１６０ｎＭ以下、約１５０ｎＭ以下、約１２５ｎＭ以下、約１１０ｎＭ以下、約１００ｎＭ以下 約８０ｎＭ以下、約７５ｎＭ以下、約６０ｎＭ以下、約５０ｎＭ以下、約４０ｎＭ以下、約３５ｎＭ以下、約３０ｎＭ以下、約２５ｎＭ以下、約２０ｎＭ以下、約１５ｎＭ以下、約１０ｎＭ以下、約９ｎＭ以下、約８ｎＭ以下、約７ｎＭ以下、約６ｎＭ以下、約５ｎＭ以下、約４ｎＭ以下、約３ｎＭ以下、約２ｎＭ以下、約１．９ｎＭ以下、約１．８ｎＭ以下、約１．７ｎＭ以下、約１．６ｎＭ以下、約１．５ｎＭ以下、約１．４ｎＭ以下、約１．３ｎＭ以下、約１．２ｎＭ以下、約１．１ｎＭ以下、約１．０ｎＭ以下、約０．９ｎＭ以下、約０．８ｎＭ以下、約０．７ｎＭ以下、約０．６ｎＭ以下、約０．５ｎＭ以下、約０．４ｎＭ以下、約０．３ｎＭ以下、約０．２ｎＭ以下、または約０．１ｎＭ以下のＥＣ５０で、例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞上に発現される切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）と結合する。特定の態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、約１０ｎＭ未満のＥＣ５０で、例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞上に発現されるヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１と結合する。特定の態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、約５ｎＭ未満のＥＣ５０で、例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞上に発現される切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス）と結合する。特定の態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、約１．５ｎＭ未満のＥＣ５０で、例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞上に発現される切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス）と結合する。特定の態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、約１ｎＭ以下のＥＣ５０で、例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞上に発現される切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス）と結合する。特定の態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、約０．５ｎＭ以下のＥＣ５０で、例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞上に発現される切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス）と結合する。特定の態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、約０．３ｎＭ以下のＥＣ５０で、例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞上に発現される切断型ＣＤＣＰ１（ヒトまたはマウス）と結合する。特定の態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、約０．２ｎＭ以下のＥＣ５０で、例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞上に発現される切断型ＣＤＣＰ１（ヒトまたはマウス）と結合する。
本明細書において、細胞、例えば、腫瘍細胞による「切断型ＣＤＣＰ１のシェディングを阻害、予防、または低減する」抗体は、細胞の表面からの切断型ＣＤＣＰ１の放出を阻害、予防、または低減する抗体を指すことが意図される。機序によって束縛されるものではないが、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、または本明細書において開示されるその抗原結合断片は、切断型ＣＤＣＰ１の量を低減させる。いくつかの態様では、抗体は、細胞の表面上の膜結合型切断型ＣＤＣＰ１を増大させる。いくつかの態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１をトランスフェクトした細胞上の表面の切断型ＣＤＣＰ１の保持を、約１０ｎＭ以下、約５ｎＭ以下、約１ｎＭ以下、約０．８５ｎＭ以下、約０．８ｎＭ以下、約０．７５ｎＭ以下、約０．７ｎＭ以下、約０．６５ｎＭ以下、約０．６ｎＭ以下、約０．５５ｎＭ以下、約０．５ｎＭ以下、約０．４５ｎＭ以下、約０．４ｎＭ以下、約０．３５ｎＭ以下、約０．３ｎＭ以下、約０．２５ｎＭ以下、約０．２ｎＭ以下、約０．１５ｎＭ以下、または約０．１ｎＭ以下の切断型ヒトまたはマウスＣＤＣＰ１保持ＥＣ５０で、増大させる。特定の態様では、例えば、本明細書に記載される、抗ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１をトランスフェクトした細胞上の表面の切断型ヒトまたはマウスＣＤＣＰ１の保持を、少なくとも約１．２倍、少なくとも約１．３倍、少なくとも約１．４倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約１．６倍、少なくとも約１．７倍、少なくとも約１．８倍、少なくとも約１．９倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．１倍、少なくとも約２．２倍、少なくとも約２．３倍、少なくとも約２．４倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約２．７５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約４．５倍、少なくとも約５倍、少なくとも約７．５倍、少なくとも約１０倍、または少なくとも約２０倍、増大させる。
「エフェクター機能」とは、抗体のＦｃ領域とＦｃ受容体もしくはリガンドとの相互作用、またはそれにより生じる生化学的事象を指す。例示的「エフェクター機能」は、Ｃｌｑ結合、補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）、Ｆｃ受容体結合、ＡＤＣＣおよび抗体依存性細胞媒介性食作用（ＡＤＣＰ）などのＦｃγＲ媒介性エフェクター機能ならびに細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体；ＢＣＲ）の下方制御を含む。このようなエフェクター機能は、一般に、結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）と組み合わされるＦｃ領域を必要とする。
「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」は、免疫グロブリンのＦｃ領域と結合する受容体である。ＩｇＧ抗体と結合するＦｃＲは、対立遺伝子変異体およびこれらの受容体の選択的にスプライシングされた形態を含む、ＦｃγＲファミリーの受容体を含む。ＦｃγＲファミリーは、３種の活性化（マウスではＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩＩ、およびＦｃγＲＩＶ；ヒトではＦｃγＲＩＡ、ＦｃγＲＩＩＡ、およびＦｃγＲＩＩＩＡ）ならびに１種の阻害性（ＦｃγＲＩＩＢ）受容体からなる。ヒトＦｃγＲの様々な特性は、当技術分野において公知である。先天性エフェクター細胞種の大部分は、１種または複数の活性化ＦｃγＲおよび阻害性ＦｃγＲＩＩＢを同時に発現し、一方でナチュラルキラー（ＮＫ）細胞は、１種の活性化Ｆｃ受容体（マウスではＦｃγＲＩＩＩおよびヒトではＦｃγＲＩＩＩＡ）を選択的に発現するが、マウスおよびヒトにおいて阻害性ＦｃγＲＩＩＢを発現しない。ヒトＩｇＧ１は、ほとんどのヒトＦｃ受容体と結合し、結合する活性化Ｆｃ受容体の種類に関してマウスＩｇＧ２ａと同等と考えられる。
「Ｆｃ領域」（結晶性断片領域）または「Ｆｃドメイン」または「Ｆｃ」は、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）に位置するＦｃ受容体または古典的な補体系の第１の成分（Ｃ１ｑ）との結合を含め、免疫グロブリンと宿主組織または因子との結合を媒介する、抗体の重鎖のＣ末端領域を指す。したがって、Ｆｃ領域は、第１の定常領域免疫グロブリンドメイン（例えば、ＣＨ１またはＣＬ）を除いた、抗体の定常領域を含む。ＩｇＧ、ＩｇＡ、およびＩｇＤの抗体アイソタイプにおいて、Ｆｃ領域は、抗体の２つの重鎖の第２（ＣＨ２）および第３（ＣＨ３）の定常ドメインに由来する２つの同一なタンパク質断片を含み、ＩｇＭおよびＩｇＥ Ｆｃ領域は、それぞれのポリペプチド鎖に、３つの重鎖定常ドメイン（ＣＨドメイン２～４）を含む。ＩｇＧについては、Ｆｃ領域は、免疫グロブリンドメインＣＨ２およびＣＨ３、ならびにＣＨ１ドメインとＣＨ２ドメインとの間のヒンジを含む。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界の定義は、本明細書に定義されるように、多様であり得るが、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、ＩｇＧ１についてはアミノ酸残基Ｄ２２１から、ＩｇＧ２についてはＶ２２２から、ＩｇＧ３についてはＬ２２１から、ＩｇＧ４についてはＰ２２４から、重鎖のカルボキシ末端にわたると定義され、この番号付けは、カバットにおけるＥＵ指数によるものである。ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインは、アミノ酸２３７からアミノ酸３４０にわたり、ＣＨ３ドメインは、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＣ末端側に位置する、すなわち、ＣＨ３ドメインは、ＩｇＧのアミノ酸３４１から、アミノ酸４４７または４４６（Ｃ末端リシン残基が不在の場合）または４４５（Ｃ末端グリシンおよびリシン残基が不在の場合）にわたる。本明細書において、Ｆｃ領域は、任意のアロタイプ変異体を含む天然の配列のＦｃ、または変異体Ｆｃ（例えば、非天然のＦｃ）であり得る。
「天然配列Ｆｃ領域」または「天然配列Ｆｃ」は、自然界において見られるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含む。天然配列ヒトＦｃ領域は、天然配列ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域、天然配列ヒトＩｇＧ２ Ｆｃ領域、天然配列ヒトＩｇＧ３ Ｆｃ領域、および天然配列ヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域、ならびにそれらの天然に存在する変異体を含む。天然配列Ｆｃは、Ｆｃの種々のアロタイプを含む（例えば、Jefferis et al. (2009) mAbs 1:1を参照されたい）。
用語「エピトープ」または「抗原決定基」とは、例えば、それを同定するために使用される特定の方法によって定義される場合、免疫グロブリンまたは抗体が特異的に結合する抗原（例えば、切断型ＣＤＣＰ１）上の部位を指す。エピトープは、連続アミノ酸（普通、直鎖エピトープ）またはタンパク質の三次元フォールディングによって並置された非連続アミノ酸（普通、コンホメーションエピトープ）の両方から形成され得る。連続アミノ酸から形成されるエピトープは、通常、必ずではないが、変性溶媒に対する曝露の際に保持されるが、三次元フォールディングから形成されるエピトープは、通常、変性溶媒を用いる処理の際に失われる。エピトープは、通常、独特の空間コンホメーション中に少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５個のアミノ酸を含む。所与の抗体（すなわち、エピトープマッピング）によって結合されるエピトープを決定する方法は、当技術分野で周知であり、例えば、（例えば、切断型ＣＤＣＰ１に由来する）重複ペプチドまたは連続ペプチドが、所与の抗体（例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体）との反応性について試験される、免疫ブロット法および免疫沈降アッセイが挙げられる。エピトープの空間コンホメーションを決定する方法として、当技術分野における技術および本明細書に記載される技術、例えば、Ｘ線結晶学、Ｘ線共結晶学、抗原変異解析、２次元核磁気共鳴、およびＨＤＸ－ＭＳ（例えば、Epitope Mapping Protocols in Methods in Molecular Biology, Vol. 66, G. E. Morris, Ed. (1996)を参照されたい）が挙げられる。
用語「エピトープマッピング」とは、抗体抗原認識の分子決定基の同定のプロセスを指す。
２種以上の抗体に関して、用語「同一エピトープと結合する」は、所与の方法によって決定されるように、抗体がアミノ酸残基の同一セグメントと結合することを意味する。本明細書に記載される抗体を用いて、抗体が「切断型ＣＤＣＰ１上の同一エピトープ」と結合するか否かを調べる技術として、例えば、エピトープの原子分解を提供する抗原：抗体複合体の結晶のＸ線分析および水素／重水素交換質量分析（ＨＤＸ－ＭＳ）などのエピトープマッピング方法が挙げられる。その他の方法は、抗体の抗原断片との、または抗原の突然変異された変動との結合をモニタリングし、これでは、抗原配列内のアミノ酸残基の修飾による結合の喪失が、エピトープ成分の指標と考えられることが多い。さらに、エピトープマッピングのための計算コンビナトリアル法を使用してもよい。これらの方法は、対象の抗体の、コンビナトリアルファージディスプレイペプチドライブラリーから特異的な短いペプチドを親和性単離する能力に依存する。同一のＶＨおよびＶＬまたは同一のＣＤＲ１、２および３配列を有する抗体は、同一のエピトープと結合することが予測される。
「標的との結合について別の抗体と競合する」抗体とは、その他の抗体の標的との結合を阻害する（部分的にまたは完全に）抗体を指す。２種の抗体が、標的との結合について互いに競合するか否か、すなわち、ある抗体が、その他の抗体の標的との結合を阻害するか否か、およびどの程度阻害するかは、公知の競合実験、例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）解析などを使用して調べてもよい。いくつかの態様では、抗体は、別の抗体の標的との結合と、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または１００％競合する、阻害する。阻害または競合のレベルは、どの抗体が「ブロッキング抗体」であるか（すなわち、標的とともに最初にインキュベートされるコールド抗体）に応じて異なり得る。競合アッセイは、例えば、Ed Harlow and David Lane, Cold Spring Harb Protoc; 2006; doi:10.1101/pdb.prot4277 or in Chapter 11 of "Using Antibodies" by Ed Harlow and David Lane, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA 1999に記載されるように実施できる。２つの抗体は、一方の抗体が、競合実験において抗原と最初に接触するかまたは他方の抗体が最初に接触するかにかかわらず、互いに、両方の方向で少なくとも５０％遮断する場合に、「交差競合する」。
２つの抗体が、結合に関して競合または交差競合するかどうかを判定するための競合的結合アッセイには、例えば、フローサイトメトリー、例えば、実施例に記載されるものによる、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）を発現する細胞との結合についての競合が含まれる。その他の方法として、ＳＰＲ（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標））、固相直接または間接ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、固相直接または間接酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ（Stahli et al., Methods in Enzymology 9:242 (1983)を参照のこと）；固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（Kirkland et al., J. Immunol. 137:3614 (1986)を参照のこと）；固相直接標識化アッセイ、固相直接標識化サンドイッチアッセイ（Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press (1988)を参照のこと）；１－１２５標識を使用する固相直接標識ＲＩＡ（Morel et al., Mol. Immunol. 25(1):7 (1988)を参照のこと）；固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（Cheung et al., Virology 176:546 (1990)）；および直接標識化ＲＩＡ（Moldenhauer et al., Scand. J. Immunol. 32:77 (1990)）が挙げられる。
本明細書において、用語「特異的結合」、「選択的結合」、「選択的に結合する」および「特異的に結合する」とは、所定の抗原上のエピトープとの抗体結合を指す。通常、抗体は、（ｉ）例えば、分析物として所定の抗原、例えば、組換えヒト切断型ＣＤＣＰ１およびリガンドとして抗体を使用したＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）２０００における表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術または抗体の抗原陽性細胞との結合のスキャッチャード解析法によって決定される場合に、およそ１０－７Ｍ未満、例えば、およそ１０－８Ｍ、１０－９Ｍまたは１０－１０Ｍ未満またはさらにそれより小さい平衡解離定数（ＫＤ）で結合し、（ｉｉ）所定の抗原または密接に関連する抗原以外の非特異的抗原（例えば、ＢＳＡ、カゼイン）との結合に対するその親和性よりも、少なくとも２倍大きい親和性で所定の抗原と結合する。したがって、「ヒト切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合する」抗体は、１０－７Ｍ以下、例えば、およそ１０－８Ｍ未満、１０－９Ｍ未満、または１０－１０Ｍ未満、またはさらに低いＫＤで、細胞結合型ヒト切断型ＣＤＣＰ１と結合する抗体を指す。「カニクイザル切断型ＣＤＣＰ１と交差反応する」抗体とは、１０－７Ｍ以下、例えば、およそ１０－８Ｍ未満、１０－９Ｍ未満、または１０－１０Ｍ未満、またはさらに低いＫＤで、カニクイザル切断型ＣＤＣＰ１と結合する抗体を指す。いくつかの態様では、非ヒト種由来の切断型ＣＤＣＰ１と交差反応しないこのような抗体は、標準結合アッセイにおいて、これらのタンパク質に対して本質的に検出不可能な結合を示す。
本明細書において、用語「ｋａｓｓｏｃ」または「ｋａ」とは、特定の抗体抗原相互作用の会合速度を指すものとするのに対し、本明細書において、用語「ｋｄｉｓ」または「ｋｄ」は、特定の抗体抗原相互作用の解離速度を指すものとする。用語「ＫＤ」は、本明細書において、解離定数を指すものとし、これはｋａに対するｋｄの割合（すなわち、ｋｄ／ｋａ）から得られ、モル濃度（Ｍ）として表される。抗体のＫＤ値は、当技術分野で十分に確立された方法を使用して決定できる。抗体のＫＤを決定する利用可能な方法は、表面プラズモン共鳴、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）システム、またはフローサイトメトリーおよびスキャッチャード解析法を含む。
本明細書において、ＩｇＧ抗体に関する用語「高親和性」は、抗体が、標的抗原に対して、１０－８Ｍ以下、１０－９Ｍ以下または１０－１０Ｍ以下のＫＤを有することを指す。しかしながら、「高親和性」結合は、他の抗体アイソタイプについては変動し得る。例えば、ＩｇＭアイソタイプに関する「高親和性」結合は、抗体が、１０－１０Ｍ以下または１０－８Ｍ以下のＫＤを有することを指す。
用語、抗体またはその抗原結合断片を使用するインビトロまたはインビボアッセイに関連して「ＥＣ５０」とは、最大応答の５０％、すなわち、最大応答とベースラインの間の中間である応答を誘導する抗体またはその抗原結合断片の濃度を指す。
用語、本明細書において対象に適用されるような「天然に存在する」とは、対象が自然界において見出され得るという事実を指す。例えば、実験室において人によって意図的に修飾されていない、自然界における供給源から単離され得る生物（ウイルスを含む）中に存在するポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列が天然に存在する。
「ポリペプチド」とは、少なくとも２個の連続して連結しているアミノ酸残基を含む鎖を指し、鎖の長さに上限はない。タンパク質中の１個または複数のアミノ酸残基は、それだけには限らないが、グリコシル化、リン酸化またはジスルフィド結合形成などの修飾を含有し得る。「タンパク質」は、１つまたは複数のポリペプチドを含み得る。
用語「核酸分子」とは、本明細書において、ＤＮＡ分子およびＲＮＡ分子を含むものとする。核酸分子は、一本鎖であっても、二本鎖であってもよく、ｃＤＮＡであり得る。
「保存的アミノ酸置換」は、同様の側鎖を有するアミノ酸残基とのアミノ酸残基の置換を指す。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で規定されている。これらのファミリーとして、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン）、β分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が挙げられる。いくつかの態様では、抗ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１抗体中の予想される非必須アミノ酸残基は、同一側鎖ファミリーに由来する別のアミノ酸残基と置換される。抗原結合を排除しないヌクレオチドおよびアミノ酸保存的置換を同定する方法は、当技術分野で周知である（例えば、Brummel et al., Biochem. 32:1180-1187 (1993); Kobayashi et al. Protein Eng. 12(10):879-884 (1999);およびBurks et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:412-417 (1997)を参照のこと）。
核酸については、用語「実質的な相同性」は、２種の核酸またはその指定された配列は、最適にアラインされ、比較される場合に、ヌクレオチドの少なくとも約８０％、少なくとも約９０％～９５％、またはヌクレオチドの少なくとも約９８％～９９．５％において適当なヌクレオチド挿入または欠失を用いて同一であることを示す。あるいは、セグメントが選択的ハイブリダイゼーション条件下で、鎖の相補体とハイブリダイズする場合に、実質的な相同性が存在する。
ポリペプチドについては、用語「実質的な相同性」は、２種のポリペプチドまたはその指定された配列が、最適にアラインされ、比較される場合に、アミノ酸の少なくとも約８０％、少なくとも約９０％～９５％、またはアミノ酸の少なくとも約９８％～９９．５％において適当なアミノ酸挿入または欠失を用いて同一であることを示す。
２種の配列間の同一性パーセントは、配列によって共有される同一位置の数の関数であり（すなわち、相同性％＝同一位置の数／位置の総数×１００）、２種の配列の最適アラインメントのために導入される必要があるギャップの数、各ギャップの長さを考慮する。２種の配列間の配列の比較および同一性パーセントの決定は、以下の限定されない例に記載されるように、数学的アルゴリズムを使用して達成され得る。
２種のヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ.gcg.comで入手可能）中のＧＡＰプログラムを使用して、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスおよび４０、５０、６０、７０または８０のギャップ加重および１、２、３、４、５または６の長さ加重を使用して決定できる。２種のヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の同一性パーセントはまた、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているE. MeyersおよびW. Millerのアルゴリズム（CABIOS, 4:11-17 (1989)）を使用し、ＰＡＭ１２０加重残基表、１２のギャップ長ペナルティーおよび４のギャップペナルティーを使用して決定できる。さらに、２種のアミノ酸配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（https://www.gcg.comで入手可能）中のＧＡＰプログラム中に組み込まれたNeedlemanおよびWunsch（J. Mol. Biol. (48):444-453 (1970)）アルゴリズムを使用し、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれかおよび１６、１４、１２、１０、８、６または４のギャップ加重および１、２、３、４、５または６の長さ加重を使用して決定できる。
本明細書に記載される核酸およびタンパク質配列は、例えば、関連配列を同定するための公開データベースに対する検索を実施するための「クエリー配列」としてさらに使用され得る。このような検索は、Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して実施され得る。本明細書に記載された核酸分子と相同なヌクレオチド配列を得るために、ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索を、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２を用いて実施できる。本明細書に記載されたタンパク質分子と相同なアミノ酸配列を得るために、ＢＬＡＳＴタンパク質検索を、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長（wordlength）＝３を用いて実施できる。比較目的でギャップ付きアラインメント得るために、Altschul et al., (1997) Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402に記載されるようなギャップ付きＢＬＡＳＴを利用できる。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合には、それぞれのプログラムのデフォルトパラメーター（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）を使用できる。worlddeweb.ncbi.nlm.nih.govを参照のこと。
核酸は、全細胞中に、細胞溶解物中に、または部分精製されたかもしくは実質的に純粋な形態で存在し得る。核酸は、アルカリ／ＳＤＳ処理、ＣｓＣｌバンド形成、カラムクロマトグラフィー、アガロースゲル電気泳動および当技術分野で周知のその他のものを含めた標準技術によって、その他の細胞成分またはその他の夾雑物、例えば、その他の細胞性核酸（例えば、染色体のその他の部分）またはタンパク質から精製された場合に「単離される」かまたは「実質的に純粋にされる」。F. Ausubel, et al., ed. Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing and Wiley Interscience, New York (1987)を参照のこと。
核酸、例えば、ｃＤＮＡは、遺伝子配列を提供するための標準技術に従って突然変異してもよい。コード配列については、これらの突然変異は、所望されるアミノ酸配列に影響を及ぼし得る。特に、天然のＶ、Ｄ、Ｊ、定常、スイッチおよび本明細書に記載される他のそのような配列と実質的に相同であるか、またはそれらに由来する、ＤＮＡ配列が考慮される（ここで、「由来する」とは、配列が、別の配列と同一であるか、またはそれから修飾されていることを示す）。
本明細書において、用語「ベクター」は、それに連結している別の核酸を輸送可能な核酸分子を指すものとする。ある種のベクターは、「プラスミド」であり、これは、さらなるＤＮＡセグメントがライゲーションされ得る環状二本鎖ＤＮＡループを指す。別の種類のベクターは、ウイルスベクターであり；これでは、さらなるＤＮＡセグメントがウイルスゲノム中にライゲーションされ得る。特定のベクターは、それらが導入される宿主細胞において自己複製可能である（例えば、細菌複製起点を有する細菌ベクターおよびエピソーム哺乳動物ベクター）。その他のベクター（例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入の際に宿主細胞のゲノム中に組み込まれ、それによって、宿主ゲノムとともに複製され得る。さらに、特定のベクターは、作動可能に連結されている遺伝子の発現を指示可能である。このようなベクターは、本明細書において、「組換え発現ベクター」（または単に「発現ベクター」）と呼ばれる。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、プラスミドの形態であることが多い。プラスミドは、ベクターの最もよく使用される形態であるので、本明細書では、「プラスミド」および「ベクター」は、同義的に使用され得る。しかし、同等の機能を果たす、ウイルスベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス）などのその他の形態の発現ベクターもまた含まれる。
用語「組換え宿主細胞」（または単に「宿主細胞」）は、本明細書において、細胞中に天然に存在しない核酸を含み、組換え発現ベクターが導入されている細胞であり得る細胞を指すものとする。このような用語は、特定の対象細胞を指すだけではなく、このような細胞の後代も指すということは理解されなければならない。特定の修飾は、突然変異または環境的影響のいずれかによって後世において起こり得るので、このような後代は実際、親の細胞と同一ではない場合もあるが、本明細書において、用語「宿主細胞」の範囲内に依然として含まれる。
「免疫応答」とは、当技術分野において理解される通りであり、一般に、外来物質または異常な、例えば、がん性細胞に対する脊椎動物内の生物学的応答を指し、この応答が、これらの物質およびそれらによって引き起こされる疾患から生物を保護する。免疫応答は、免疫系の１つまたは複数の細胞（例えば、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、マクロファージ、好酸球、肥満細胞、樹状細胞または好中球）およびこれらの細胞のいずれかまたは肝臓によって産生される可溶性高分子（抗体、サイトカインおよび補体を含む）の作用によって媒介され、これは、進入する病原体、病原体に感染した細胞もしくは組織、がん性もしくはその他の異常な細胞、または自己免疫もしくは病的炎症の場合には、正常なヒト細胞もしくは組織との選択的標的化、結合、損傷、破壊および／またはそれらの脊椎動物の身体からの排除をもたらす。免疫反応には、例えば、Ｔ細胞、例えば、エフェクターＴ細胞、Ｔｈ細胞、ＣＤ４＋細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＴｒｅｇ細胞の活性化もしくは阻害、または免疫系の任意の他の細胞、例えば、ＮＫ細胞の活性化もしくは阻害が含まれる。
「免疫調節物質（immunomodulator）」または「免疫制御物質（immunoregulator）」とは、免疫応答の調節、制御または修飾に関与し得る物質、例えば、シグナル伝達経路の成分を標的とする物質を指す。免疫応答の「調節」、「制御」または「修飾」とは、免疫系の細胞における、またはこのような細胞（例えば、Ｔｈ１細胞などのエフェクターＴ細胞）の活性における任意の変更を指す。このような調節は、免疫系の刺激または抑制を含み、種々の細胞型の数の増大もしくは減少、これらの細胞の活性の増大もしくは減少または免疫系内で起こり得る任意のその他の変化によって示され得る。阻害的および刺激的免疫調節物質の両方とも同定されており、その一部は、腫瘍微小環境において増強された機能を有し得る。いくつかの態様では、免疫調節物質は、Ｔ細胞の表面上の分子を標的とする。「免疫調節性標的」または「免疫制御性標的」は、物質、作用物質、部分、化合物または分子による結合に対して標的化される分子、例えば細胞表面分子であり、その活性は、物質、作用物質、部分、化合物または分子の結合によって変更される。免疫調節性標的は、例えば、細胞の表面の受容体（「免疫調節性受容体」）および受容体リガンド（「免疫調節性リガンド」）を含む。
「免疫療法」とは、免疫系または免疫応答を誘導、増強、抑制またはそうでなければ修飾することを含む方法によって、疾患の再発に苦しむまたは、それを起こすまたは患う危険にある対象の治療を指す。
「免疫賦活性（ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ）療法」または「免疫賦活性（ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ）療法」とは、例えば、がんを処置するための、対象における免疫応答の増大（誘導または増強）をもたらす治療法を指す。
「内因性免疫応答を増強する」とは、対象における既存の免疫応答の有効性または効力を増大することを意味する。この有効性および効力の増大は、例えば、内因性宿主免疫応答を抑制する機序を克服することによって、または内因性宿主免疫応答を増強する機序を刺激することによって達成され得る。
「エフェクターＴ」（「Ｔｅｆｆ」）細胞とは、細胞がサイトカインを分泌し、その他の免疫細胞を活性化および誘導する、細胞溶解活性を有するＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋ Ｔ細胞）ならびにＴヘルパー（Ｔｈ）細胞、例えば、Ｔｈ１細胞を指すが、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ細胞）を含まない。本明細書に記載される特定の抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、Ｔｅｆｆ細胞、例えば、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋ Ｔｅｆｆ細胞、ならびにＴｈ１細胞を活性化する。
免疫応答または免疫系を刺激する能力の増大は、Ｔ細胞共刺激受容体の増強されたアゴニスト活性および／または阻害性受容体の増強されたアンタゴニスト活性に起因し得る。免疫応答または免疫系を刺激する能力の増大は、免疫応答を測定するアッセイ、例えば、サイトカインまたはケモカイン放出、細胞溶解活性（標的細胞上で直接的に、またはＣＤ１０７ａもしくはグランザイムの検出を介して間接的に決定される）および増殖における変化を測定するアッセイにおける、ＥＣ５０または最大活性レベルの倍増によって反映され得る。免疫応答または免疫系の活性を刺激する能力は、少なくとも１０％、３０％、５０％、７５％、２倍、３倍、５倍またはそれ以上増強され得る。
本明細書において、用語「連結している」とは、２つ以上の分子の会合を指す。連結は、共有結合である場合も、非共有結合である場合もある。連結はまた、遺伝的であり（すなわち、組換えによって融合され）得る。このような連結は、化学的コンジュゲーションおよび組換えタンパク質生産などの様々な当技術分野において認識される技術を使用して達成され得る。
本明細書において、「投与すること」は、当業者に公知の種々の方法およびデリバリーシステムのいずれかを使用した、治療剤を含む組成物の対象への物理的導入を指す。本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１）の別の投与経路は、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、脊髄または例えば、注射もしくは注入によるその他の非経口投与経路を含む。本明細書において、語句「非経口投与」とは、経腸および局所投与以外の、普通、注射による投与様式を意味し、制限するものではないが、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、リンパ内、病巣内、関節内、眼窩内、心臓内、皮内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外および胸骨内注射および注入ならびにインビボエレクトロポレーションを含む。あるいは、本明細書に記載される抗体は、局所、上皮または粘膜投与経路などの非経口ではない経路によって、例えば、鼻腔内に、経口的に、経膣的に、直腸性に、舌下にまたは局所的に投与され得る。投与することは、例えば、１回、複数回および／または１回もしくは複数回の長期間にわたって実施され得る。
本明細書において、用語「Ｔ細胞媒介性応答」とは、エフェクターＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋細胞）およびヘルパーＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋細胞）を含むＴ細胞によって媒介される応答を指す。Ｔ細胞媒介性応答は、例えば、Ｔ細胞細胞傷害性および増殖を含む。
本明細書において、「細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答」という用語は、細胞傷害性Ｔ細胞によって誘導される免疫応答を指す。ＣＴＬ応答は、ＣＤ８＋Ｔ細胞によって主に媒介される。
本明細書において、語句「腫瘍の成長を阻害する」には、腫瘍の成長における任意の測定可能な減少、例えば、腫瘍の成長の、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９９％または１００％の阻害が含まれる。いくつかの態様では、腫瘍成長の阻害は、腫瘍成長阻害パーセント（ＴＧＩ％）として測定される。ＴＧＩ％は、式：［１－（（Ｔｔ／Ｔ０）／（Ｃｔ／Ｃ０））］／［（Ｃｔ－Ｃ０）／Ｃｔ］＊１００［式１］（式中、Ｔｔ＝時間「ｔ」における処置動物の個々の腫瘍サイズ、Ｔ０＝１回目の測定における処置動物の個々の腫瘍サイズ、Ｃｔ＝時間「ｔ」における対照動物の中央値腫瘍サイズ、Ｃ０＝１回目の測定における対照動物の中央値腫瘍サイズ）に従って、すべての処置動物から計算されたたデータ「ｔ」におけるＴＧＩを計算することによって、決定することができる。
本明細書において、「がん」は、身体中での異常な細胞の制御されない成長を特徴とする疾患の広い群を指す。未制御細胞分裂は、隣接する組織へ浸潤し、リンパ系または血流によって身体の遠隔部位へ転移し得る悪性腫瘍または細胞の形成をもたらし得る。
用語「処置する」、「処置すること」および「処置」とは、本明細書において、症状の進行、発生、重症度もしくは再発、合併症、疾病と関連している状態または生化学的兆候を逆転させ、軽減し、寛解し、阻害し、または減速し、または予防すること、または全般的な生存を増強することを目的とした、対象で実施される任意の種類の介入もしくはプロセスまたは対象へ活性薬剤を投与することを指す。処置は、疾患を有する対象または疾患を有さない対象（例えば、予防のため）のものであってもよい。
用語「有効用量」または「有効投与量」は、所望の効果を達成または少なくとも部分的に達成するのに十分な量と定義される。薬物または治療剤の「治療上有効な量」または「治療上有効な投与量」は、単独で、または別の治療剤と組み合わせて使用される場合に、疾患症状の重症度の減少、疾患症状のない期間の頻度および期間の増大、全生存期間（疾患、例えば、がんの診断日もしくは処置開始日から、疾患が診断された患者が依然として生存している時間の長さ）の増大、または疾患苦痛による機能障害もしくは能力障害の防止によって証明される疾患退縮を促進する、薬物の任意の量である。薬物の治療上有効な量または投与量は、単独で、または別の治療薬と組み合わせて、疾患を発生するか、または疾患の再発を患う危険性にある対象に投与される場合に、疾患の発生または再発を阻害する薬物の量である、「予防的有効量」または「予防的有効投与量」を含む。治療剤の疾患退縮を促進する能力または疾患の発生もしくは再発を阻害する能力は、当業者に公知の種々の方法を使用して、例えば、臨床治験の際にヒト対象において、ヒトにおける有効性を予測する動物モデル系において、またはインビトロアッセイで薬剤の活性をアッセイすることによって、評価することができる。
例として、抗がん剤は、対象において、がん退縮を促進する薬物である。いくつかの態様では、治療上有効な量の薬物は、がんを排除するところまでがん退縮を促進する。「がん退縮を促進すること」とは、有効量の薬物を、単独で、または抗新生物剤と組み合わせて投与することが、患者において、腫瘍成長または大きさの低減、腫瘍の壊死、少なくとも１種の疾患症状の重症度の減少、疾患症状のない期間の頻度および期間の増大、全生存期間の増大、疾患苦痛による機能障害もしくは能力障害の防止、またはそれ以外では疾患症状の寛解をもたらすことを意味する。さらに、処置に関する用語「有効」および「有効性」には、薬理学的有効性および生理学的安全性の両方が含まれる。薬理学的有効性とは、薬物の患者においてがん退縮を促進する能力を指す。生理学的安全性とは、薬物の投与に起因する、毒性のレベルまたは細胞、臓器および／または生物レベルでのその他の有害な生理学的効果（有害効果）を指す。
腫瘍の治療の例として、薬物の治療上有効な量または投与量は、未治療の対象と比較して、細胞成長または腫瘍成長を少なくとも約２０％、少なくとも約４０％、少なくとも約６０％、または少なくとも約８０％阻害する。いくつかの態様では、薬物の治療上有効な量または投与量は、細胞成長または腫瘍成長を完全に阻害し、すなわち、細胞成長または腫瘍成長を１００％阻害する。化合物の腫瘍成長を阻害する能力は、以下に記載されるアッセイを使用して評価できる。あるいは、この組成物の特性は、化合物の細胞成長を阻害する能力を調べることによって評価でき、このような阻害は、当業者に公知のアッセイによってインビトロで測定され得る。本明細書に記載されるいくつかの態様では、腫瘍退縮が観察され得、少なくとも約２０日、少なくとも約４０日、または少なくとも約６０日の期間継続し得る。
用語「患者」は、予防的または治療的処置のいずれかを受けるヒトおよび他の哺乳動物対象を含む。
本明細書において、用語「対象」には、任意のヒトまたは非ヒト動物が含まれる。例えば、本明細書に記載される方法および組成物は、がんを有する対象を治療するために使用され得る。用語「非ヒト動物」は、すべての脊椎動物、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ニワトリなどの哺乳動物および非哺乳動物、両生類、爬虫類などを含む。
本明細書において、用語「ｕｇ」および「ｕＭ」は、それぞれ、「μｇ」および「μΜ」と同義的に使用される。
本明細書に記載される種々の態様は、以下のサブセクションにおいてさらに詳細に記載される。
ＩＩ．抗ヒトおよびマウス切断型ＣＤＣＰ１抗体
切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合することができる、参照抗体と同一の切断型ＣＤＣＰ１エピトープと特異的に結合する、および／または切断型ＣＤＣＰ１エピトープとの結合について参照抗体と交差競合する、抗体、例えば、完全ヒト抗体が、本明細書に記載される。いくつかの態様では、切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合する抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、切断型ＣＤＣＰ１と優先的に結合し、特定の機能的特徴または特性によって特徴付けられる。例えば、抗体は、哺乳動物（例えば、ヒトおよびマウス）切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合し、以下の機能的特性：
（ａ）腫瘍成長および／または転移を阻害すること、
（ｂ）腫瘍体積を低減すること、
（ｃ）無増悪生存期間を増大させること、
（ｄ）全生存期間を増大させること、
（ｅ）ＣＤＣＰ１内部移行および／または分解を促進すること、ならびに
（ｆ）これらの任意の組合せ
のうちの１つまたは複数を示す。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、検出可能なレベルで全長ヒトＣＤＣＰ１と結合しない。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、高い親和性で、例えば、１０－６Ｍ以下、１０－７Ｍ以下、１０－８Ｍ以下、１０－９Ｍ以下、１０－１０Ｍ以下、１０－１１Ｍ以下、１０－１２Ｍ以下、１０－１２Ｍ～１０－７Ｍ、１０－１１Ｍ～１０－７Ｍ、１０－１０Ｍ～１０－７Ｍ、または１０－９Ｍ～１０－７ＭのＫＤで、ヒト切断型ＣＤＣＰ１と結合する。いくつかの態様では、抗ＣＤＣＰ１抗体は、例えば、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって判定される場合、１０－６Ｍ以下、１０－７Ｍ以下、１０－８Ｍ以下、１０－９Ｍ（１ｎＭ）以下、１０－１０Ｍ以下、１０－１２Ｍ～１０－７Ｍ、１０－１１Ｍ～１０－７Ｍ、１０－１０Ｍ～１０－７Ｍ、１０－９Ｍ～１０－７Ｍ、または１０－８Ｍ～１０－７ＭのＫＤで、ヒトＣＤＣＰ１と結合する。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、例えば、ＥＬＩＳＡによって判定される場合、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、１００ｎＭ～０．０１ｎＭ、１００ｎＭ～０．１ｎＭ、１００ｎＭ～１ｎＭ、もしくは１０ｎＭ～１ｎＭ、または１０ｕｇ／ｍＬ以下、５ｕｇ／ｍＬ以下、１ｕｇ／ｍＬ以下、０．９ｕｇ／ｍＬ以下、０．８ｕｇ／ｍＬ以下、０．７ｕｇ／ｍＬ以下、０．６ｕｇ／ｍＬ以下、０．５ｕｇ／ｍＬ以下、０．４ｕｇ／ｍＬ以下、０．３ｕｇ／ｍＬ以下、０．２ｕｇ／ｍＬ以下、０．１ｕｇ／ｍＬ以下、０．０５ｕｇ／ｍＬ以下、または０．０１ｕｇ／ｍＬ以下のＥＣ５０のＥＣ５０で、ヒト切断型ＣＤＣＰ１と結合する。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、例えば、１０－６Ｍ以下、１０－７Ｍ以下、１０－８Ｍ以下、１０－９Ｍ以下、１０－１０Ｍ以下、１０－１１Ｍ以下、１０－１２Ｍ以下、１０－１２Ｍ～１０－７Ｍ、１０－１１Ｍ～１０－７Ｍ、１０－１０Ｍ～１０－７Ｍ、または１０－９Ｍ～１０－７ＭのＫＤで、マウス切断型ＣＤＣＰ１と結合する。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、例えば、１０－６Ｍ以下、１０－７Ｍ以下、１０－８Ｍ以下、１０－９Ｍ以下、１０－１０Ｍ以下、１０－１１Ｍ以下、１０－１２Ｍ以下、１０－１２Ｍ～１０－７Ｍ、１０－１１Ｍ～１０－７Ｍ、１０－１０Ｍ～１０－７Ｍ、または１０－９Ｍ～１０－７ＭのＫＤで、カニクイザル切断型ＣＤＣＰ１と結合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、約５×１０－４Ｍ以下、約１×１０－４Ｍ以下、５×１０－５Ｍ以下、約１×１０－５Ｍ以下、約１×１０－６Ｍ以下、約１×１０－７Ｍ以下、または約１×１０－８Ｍ以下のＫＤで、ヒト切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合し、ＫＤは、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、少なくとも約１×１０３ｍｓ－１、少なくとも約５×１０３ｍｓ－１、少なくとも約１×１０４ｍｓ－１、少なくとも約５×１０４ｍｓ－１、少なくとも約１×１０５ｍｓ－１、少なくとも約５×１０５ｍｓ－１、または少なくとも約１×１０６ｍｓ－１の結合速度（ｏｎ－ｒａｔｅ）（ｋｏｎ）で、ヒト切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合し、ｋｏｎは、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、少なくとも約１×１０３ｍｓ－１、少なくとも約５×１０３ｍｓ－１、少なくとも約１×１０４ｍｓ－１、少なくとも約５×１０４ｍｓ－１、少なくとも約１×１０５ｍｓ－１、少なくとも約５×１０５ｍｓ－１、または少なくとも約１×１０６ｍｓ－１の解離速度（ｏｆｆ－ｒａｔｅ）（ｋｏｆｆ）で、ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、ｋｏｆｆは、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、それぞれ、ＶＬは、ＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１、ＶＬ－ＣＤＲ２、およびＶＬ－ＣＤＲ３を含み、ＶＨは、配列番号１（ＳＶＳＳＡＶＡ）、２（ＳＡＳＳＬＹ）、２６８（ＳＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５）、２６９（Ｘ６ＦＳＳＸ７ＳＩ）、２７０（ＳＩＹＰＹＳＧＳＴＸ８）、および２７１（Ｘ９Ｘ１０Ｘ１２ＳＸ１２ＹＳＨＴＷＷＶＳＹＧＸ１３）または２７２（Ｘ１４ＹＷＶＸ１５ＦＷＹＧＨＦＳＹＹＲＰＡＬ）のＶＨ－ＣＤＲ１、ＶＨ－ＣＤＲ２、およびＶＨ－ＣＤＲ３配列を含み、
Ｘ１＝グリシン（Ｇ）、セリン（Ｓ）、メチオニン（Ｍ）、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、またはアルギニン（Ｒ）であり、
Ｘ２＝グルタミン（Ｑ）、セリン（Ｓ）、グルタミン酸（Ｅ）、アスパラギン（Ｎ）、リシン（Ｋ）、プロリン（Ｐ）、アルギニン（Ｒ）、ロイシン（Ｌ）、またはヒスチジン（Ｈ）であり、
Ｘ３＝アルギニン（Ｒ）、セリン（Ｓ）、バリン（Ｖ）、トリプトファン（Ｗ）、ロイシン（Ｌ）、リシン（Ｋ）、メチオニン（Ｍ）、グルタミン（Ｑ）、またはプロリン（Ｐ）であり、
Ｘ４＝プロリン（Ｐ）、ロイシン（Ｌ）、スレオニン（Ｔ）、またはセリン（Ｓ）であり、
Ｘ５＝イソロイシン（Ｉ）、アラニン（Ａ）、メチオニン（Ｍ）、リシン（Ｋ）、バリン（Ｖ）、ロイシン（Ｌ）、フェニルアラニン（Ｆ）であり、
Ｘ６＝アミノ酸なし、アスパラギン酸（Ｄ）、またはアスパラギン（Ｎ）であり、
Ｘ７＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
Ｘ８＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
Ｘ９＝グルタミン（Ｑ）、アルギニン（Ｒ）、またはリシン（Ｋ）であり、
Ｘ１０＝セリン（Ｓ）、アスパラギン（Ｎ）、スレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、またはアスパラギン酸（Ｄ）であり、
Ｘ１１＝グルタミン（Ｑ）またはヒスチジン（Ｈ）であり、
Ｘ１２＝チロシン（Ｙ）またはフェニルアラニン（Ｆ）であり、
Ｘ１３＝メチオニン（Ｍ）、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）であり、
Ｘ１４＝スレオニン（Ｔ）またはイソロイシン（Ｉ）であり、
Ｘ１５＝グルタミン（Ｑ）またはアスパラギン酸（Ｄ）である。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、それぞれ、ＶＬは、配列番号１（ＳＶＳＳＡＶＡ）のＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１配列、配列番号２（ＳＡＳＳＬＹ）のＶＬ－ＣＤＲ２配列、および配列番号８（ＴＧＱＲＰＭ）、２３（ＦＭＲＰＡＦ）、１６（ＴＡＱＳＰＬ）、１１（ＶＥＬＶＰＭ）、１２（ＡＧＫＲＰＬ）、または１４（ＬＧＶＲＡＡ）のＶＬ－ＣＤＲ３配列を含み、ＶＨは、配列番号２６９（Ｘ１ＦＳＳＸ２ＳＩ）のＶＨ－ＣＤＲ１配列、配列番号２７０（ＳＩＹＰＹＳＧＳＴＸ３）のＶＨ－ＣＤＲ２配列、および配列番号２７１（Ｘ４Ｘ５Ｘ６ＳＸ７ＹＳＨＴＷＷＶＳＹＧＸ８）または配列番号２７２（Ｘ９ＹＷＶＸ１０ＦＷＹＧＨＦＳＹＹＲＰＡＬ）のＶＨ－ＣＤＲ３配列を含み、
Ｘ１＝アミノ酸なし、アスパラギン酸（Ｄ）、またはアスパラギン（Ｎ）であり、
Ｘ２＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
Ｘ３＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
Ｘ４＝グルタミン（Ｑ）、アルギニン（Ｒ）、またはリシン（Ｋ）であり、
Ｘ５＝セリン（Ｓ）、アスパラギン（Ｎ）、スレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、またはアスパラギン酸（Ｄ）であり、
Ｘ６＝グルタミン（Ｑ）またはヒスチジン（Ｈ）であり、
Ｘ７＝チロシン（Ｙ）またはフェニルアラニン（Ｆ）であり、
Ｘ８＝メチオニン（Ｍ）、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）であり、
Ｘ９＝スレオニン（Ｔ）またはイソロイシン（Ｉ）であり、
Ｘ１０＝グルタミン（Ｑ）またはアスパラギン酸（Ｄ）である。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、ＶＬは、ＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１（ＶＬ－ＣＤＲ１）、ＶＬ－ＣＤＲ２、およびＶＬ－ＣＤＲ３を含み、ＶＨは、ＶＨ－ＣＤＲ１、ＶＨ－ＣＤＲ２、およびＶＨ－ＣＤＲ３を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３は、配列番号３～２５からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表１に開示される、配列番号３～２５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ３を含む。いくつかの態様では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ３を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３０または３１のアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ２を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、以下の表１に開示される、配列番号３０または３１のアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ２を含む。一態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ２を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２６～２９、１０９、および１１１からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ１を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表１に開示される、配列番号２６～２９、１０９、および１１１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ１を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ１を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ１を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表１に開示される、配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ１を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ２を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表１に開示される、配列番号２のアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ２を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２０、３２～４７、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ３を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表１に開示される、配列番号２０、３２～４７、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ３を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ３を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ３を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３４に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ３を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ３を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ３を含む。
特定の態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下を含む。
（ａ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３５に記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｅ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含む。
表1. 抗ヒト切断型CDCP1抗体の可変軽鎖および重鎖CDRアミノ酸配列
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、ＶＬは、ＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１（ＶＬ－ＣＤＲ１）、ＶＬ－ＣＤＲ２、およびＶＬ－ＣＤＲ３を含み、ＶＨは、ＶＨ－ＣＤＲ１、ＶＨ－ＣＤＲ２、およびＶＨ－ＣＤＲ３を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３は、配列番号４８または４９から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表２に開示される、配列番号４８または４９のアミノ酸を含むＶＬ－ＣＤＲ３を含む。
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５２～５５からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ２を含む。いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体は、以下の表２に開示される、配列番号５２～５５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ２を含む。
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５０または５１のアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ１を含む。いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表２に開示される、配列番号５０または５１のアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ１を含む。
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ１を含む。いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表２に開示される、配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ１を含む。
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ２を含む。いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表２に開示される、配列番号２のアミノ酸配列を含むＶＬ－ＣＤＲ２を含む。
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５６～６０からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ３を含む。いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下の表２に開示される、配列番号５６～６０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＶＨ－ＣＤＲ３を含む。
表2. 抗マウス切断型CDCP1抗体の可変軽鎖および重鎖CDRアミノ酸配列
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６１、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８９、９１、９９、１０３、１０７、１２３、および１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、以下の表３に開示される、配列番号６１、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８９、９１、９９、１０３、１０７、１２３、および１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６２、７６、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、および１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、以下の表３に開示される、配列番号６２、７６、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、および１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６１に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６７に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号７１に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号７３に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号７４に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号７５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号７６に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号７９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号７６に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号７６に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号８３に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号８５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号８７に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号８９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号９１に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号９１に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号９１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号９１に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号９４に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号９６に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号９８に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号９９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１００に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１０２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１０２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１０２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１０２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１０３に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１０４に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１０４に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１０４に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１０４に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号９９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１０６に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１０７に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１０８に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号９９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１１０に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号９９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１１２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１１２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１１２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１１２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１１４に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１１４に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１１４に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１１４に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号９９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１１６に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１１６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１１６に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１１６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１１８に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１２０に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１２０に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１２０に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１２０に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１２２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１２２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１２２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１２２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１２３に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号１２３に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１２４に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１２４に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号１２３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１２４に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号１２３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１２４に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１０７に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１２６に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１２６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１２６に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１２６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号９９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１２８に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１２８に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１２８に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１２８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号９９に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１３０に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１３０に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１３０に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１３０に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６５に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号１３２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号１３２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１３２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号１３２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１３３に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号７６に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号８０に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号８１に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号８２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号８４に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号８６に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体は、配列番号６２に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＶＨは、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒト切断型ＣＤＣＰ１との結合に関して、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体またはその抗原結合断片と交差競合する。
表3: 抗ヒト切断型CDCP1抗体の可変重鎖(VH)および可変軽鎖(VL)アミノ酸配列
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１３５、１３９、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、および１６１からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨを含む。特定の態様では、ＶＨは、以下の表４に開示される、配列番号１３５、１３９、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、および１６１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１３６および１４０からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬを含む。特定の態様では、ＶＬは、以下の表４に開示される、配列番号１３６および１４０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
表4: 抗マウス切断型CDCP1抗体の可変重鎖(VH)および可変軽鎖(VL)アミノ酸配列
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２７９、２８０、２８１、２８２、２８３、２８４、２８５、２８６、２８７、２８８、２９０、２９１、２９２、２９３、２９４、２９８、３００、３０２、３１０、および３１５からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖（ＨＣ）を含む。特定の態様では、ＨＣは、以下の表５に開示される、配列番号２７９、２８０、２８１、２８２、２８３、２８４、２８５、２８６、２８７、２８８、２９０、２９１、２９２、２９３、２９４、２９８、３００、３０２、３１０、および３１５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の態様では、重鎖アミノ酸配列は、免疫グロブリン定常領域内、例えば、ＣＨ１ドメイン、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメイン、またはヒンジ領域内に、１つまたは複数の欠失、置換、または突然変異を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３１６、３１７、３２３、３２４、３２６、３２７、３３２、３３３、３３４、３３５、３３６、３３７、３３８、３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４、３４５、３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、３５１、および３５２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖（ＬＣ）含む。特定の態様では、ＬＣは、以下の表５に開示される、配列番号３１６、３１７、３２３、３２４、３２６、３２７、３３２、３３３、３３４、３３５、３３６、３３７、３３８、３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４、３４５、３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、３５１、および３５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）を含み、抗体またはその抗原結合断片のＨＣは、配列番号２７９、２８０、２８１、２８２、２８３、２８４、２８５、２８６、２８７、２８８、２９０、２９１、２９２、２９３、２９４、２９８、３００、３０２、３１０、および３１５からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ＬＣは、配列番号３１６、３１７、３２３、３２４、３２６、３２７、３３２、３３３、３３４、３３５、３３６、３３７、３３８、３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４、３４５、３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、３５１、および３５２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）を含み、抗体またはその抗原結合断片のＨＣは、ＨＣは、配列番号２７９、２８０、２８１、２８２、２８３、２８４、２８５、２８６、２８７、２８８、２９０、２９１、２９２、２９３、２９４、２９８、３００、３０２、３１０、および３１５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含みを含み、ＬＣは、配列番号３１６、３１７、３２３、３２４、３２６、３２７、３３２、３３３、３３４、３３５、３３６、３３７、３３８、３３９、３４０、３４１、３４２、３４３、３４４、３４５、３４６、３４７、３４８、３４９、３５０、３５１、および３５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
表5. 抗ヒト切断型CDCP1抗体の重鎖(HC)および軽鎖(LC)アミノ酸配列
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３５３～３６６からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖（ＨＣ）を含む。特定の態様では、ＨＣは、以下の表６に開示される、配列番号３５３～３６６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。特定の態様では、重鎖アミノ酸配列は、免疫グロブリン定常領域内、例えば、ＣＨ１ドメイン、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメイン、またはヒンジ領域内に、１つまたは複数の欠失、置換、または突然変異を含む。
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３６７～３７２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖（ＬＣ）を含む。特定の態様では、ＬＣは、以下の表６に開示される、配列番号３６７～３７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）を含み、抗体またはその抗原結合断片のＨＣは、配列番号３５３～３６６からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ＬＣは、配列番号３６７～３７２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、抗マウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）を含み、抗体またはその抗原結合断片のＨＣは、ＨＣは、配列番号３５３～３６６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含みを含み、ＬＣは、配列番号３６７～３７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
表6. 抗マウス切断型CDCP1抗体の重鎖(HC)および軽鎖(LC)アミノ酸配列
本明細書に記載されるＶＨドメインまたはその１つもしくは複数のＣＤＲは、重鎖、例えば、全長重鎖を形成するために、定常ドメインと連結され得る。同様に、本明細書に記載されるＶＬドメインまたはその１つもしくは複数のＣＤＲは、軽鎖、例えば、全長軽鎖を形成するために、定常ドメインと連結され得る。全長重鎖（適宜Ｃ末端リシン（Ｋ）またはＣ末端グリシンおよびリシン（ＧＫ）は、不在であってもよいため、除外する）ならびに全長軽鎖が、組み合わさって、全長抗体が形成され得る。
本明細書に記載されるＶＨドメインは、天然に存在するか、または例えば、本明細書にさらに記載されるように修飾されているかのいずれかである、ヒトＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の定常ドメインに融合され得る。例えば、ＶＨドメインは、ヒトＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、定常領域、例えば、以下の野生型ヒトＩｇＧ１定常ドメインのアミノ酸配列：
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK（配列番号３８１）
または配列番号３８１のアロタイプ変異体のものに融合された、本明細書に記載される任意のＶＨドメインのアミノ酸配列を含み得、以下のアミノ酸配列：
（配列番号３８２、アロタイプ特異的アミノ酸残基は、太字および下線で示す）を有し得る。
抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体のＶＨドメインは、エフェクターレス定常領域、例えば、以下のエフェクターレスヒトＩｇＧ１定常ドメインアミノ酸配列：
（配列番号３８３、「ＩｇＧ１．１ｆ」、下線で示される置換Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０ＳおよびＰ３３１Ｓを含む）
または
（配列番号３８４、「ＩｇＧ１．３ｆ」、下線で示される置換Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５ＥおよびＧ２３７Ａを含む）に融合された、本明細書に記載される任意のＶＨドメインのアミノ酸配列を含み得る。
例えば、ＩｇＧ１のアロタイプ変異体は、配列番号３８１において番号付けされるＫ９７Ｒ、Ｄ２３９Ｅ、および／またはＬ２４１Ｍ（上記において下線および太字で示される）を含む。全長重鎖定常領域内で、ＥＵ番号付けによると、これらのアミノ酸置換は、Ｋ２１４Ｒ、Ｄ３５６Ｅ、およびＬ３５８Ｍと番号付けされる。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体）の定常領域は、配列番号３８２、３８３、および３８４における番号付けされるアミノ酸Ｌ１１７、Ａ１１８、Ｇ１２０、Ａ２１３、およびＰ２１４（上記において下線で示される）、またはＥＵ番号付けによるＬ２３４、Ａ２３５、Ｇ２３７、Ａ３３０、およびＰ３３１に、１つまたは複数の突然変異または置換をさらに含み得る。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体）の定常領域は、配列番号３８１のアミノ酸Ｌ１１７Ａ、Ａ１１８Ｅ、Ｇ１２０Ａ、Ａ２１３Ｓ、およびＰ２１４Ｓ、またはＥＵ番号付けによるＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０Ｓ、およびＰ３３１Ｓに、１つまたは複数の突然変異または置換を含み得る。抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体）の定常領域はまた、配列番号３８１のＬ１１７Ａ、Ａ１１８Ｅ、およびＧ１２０Ａ、またはＥＵ番号付けによるＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、およびＧ２３７Ａに、１つまたは複数の突然変異または置換を含み得る。
あるいは、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１）抗体のＶＨドメインは、ヒトＩｇＧ４定常領域、例えば、以下のヒトＩｇＧ４アミノ酸配列またはその変異体：
ASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPSCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK（配列番号３８５、Ｓ２２８Ｐを含む）
に融合された、本明細書に記載される任意のＶＨドメインのアミノ酸配列を含み得る。
本明細書に記載されるＶＬドメインは、ヒトカッパまたはラムダ軽鎖の定常ドメインに融合され得る。例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体）のＶＬドメインは、以下のヒトＩｇＧ１カッパ軽鎖アミノ酸配列：
RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC（配列番号３８６）
に融合された、本明細書に記載される任意のＶＬドメインのアミノ酸配列を含み得る。
いくつかの態様では、重鎖定常領域は、Ｃ末端にリシンまたは別のアミノ酸を含み、例えば、それは、重鎖において、以下の最後のアミノ酸：ＬＳＰＧＫ（配列番号３８７）を含む。いくつかの態様では、重鎖定常領域は、Ｃ末端における１つまたは複数のアミノ酸が欠如しており、例えば、Ｃ末端配列ＬＳＰＧ（配列番号３８８）またはＬＳＰ（配列番号３８９）を有する。
例示的な重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、本明細書に記載される。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体）は、本明細書において、例えば、前の段落において記載される重鎖および軽鎖配列の組合せを含み、ここで、抗体は、２つの重鎖および２つの軽鎖を含み、さらに、２つの重鎖を一緒に連結する少なくとも１つのジスルフィド結合を含み得る。抗体はまた、軽鎖のそれぞれを、重鎖のそれぞれと連結するジスルフィド結合も含み得る。
本明細書に記載される重鎖または軽鎖（またはそれらの可変領域）のうちのいずれかに対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％または７０％同一であるアミノ酸配列を含む重鎖および軽鎖は、所望される特徴、例えば、本明細書に記載されるものを有する抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体を形成するために使用され得る。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体）は、特定の生殖系列重鎖免疫グロブリン遺伝子に由来する重鎖可変領域および／または特定の生殖系列軽鎖免疫グロブリン遺伝子に由来する軽鎖可変領域を含む。
抗体の可変領域が、ヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子を使用する系から得られる場合には、本明細書において、ヒト抗体は、特定の生殖系列配列「の産物である」かまたはそれに「由来する」重鎖および軽鎖可変領域を含む。このような系は、ヒト免疫グロブリン遺伝子を保持するトランスジェニックマウスを、対象の抗原を用いて免疫処置すること、または対象の抗原を用いてファージ上にディスプレイされたヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリーをスクリーニングすることを含む。ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列「の産物である」かまたはそれに「由来する」ヒト抗体は、ヒト抗体のアミノ酸配列を、ヒト生殖細胞系免疫グロブリンのアミノ酸配列と比較すること、ならびに配列がヒト抗体の配列と最も近似している（すなわち、同一性％が最も高い）ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列を選択することなどによって、そのようなものとして特定することができる。特定のヒト生殖系列免疫グロブリン配列「の産物である」かまたはそれに「由来する」ヒト抗体は、生殖系列配列と比較した場合に、例えば、天然に存在する体細胞突然変異または部位特異的突然変異の意図的な導入に起因して、アミノ酸の相違を含み得る。しかしながら、選択されたヒト抗体は、典型的に、ヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列とアミノ酸配列が少なくとも９０％同一であり、その他の種の生殖系列免疫グロブリンアミノ酸配列（例えば、マウス生殖系列配列）と比較した場合に、ヒト抗体をヒトであるとして特定するアミノ酸残基を含む。いくつかの場合には、ヒト抗体は、生殖系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と、アミノ酸配列が少なくとも９５％、またはさらに少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一であり得る。典型的に、特定のヒト生殖系列配列に由来するヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列とは、１０個以下のアミノ酸の相違を示すであろう。特定の場合には、ヒト抗体は、生殖系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列とは、５個以下、またはさらには４個以下、３個以下、２個以下、もしくは１個以下のアミノ酸の相違を示し得る。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含む重鎖可変領域、ならびにＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含む軽鎖可変領域を含み得、ここで、これらのＣＤＲ配列のうちの１つまたは複数は、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、その抗原結合断片に基づく指定されたアミノ酸配列またはその保存的修飾形態を含み、抗体は、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の所望される機能的特性を保持する。
保存的アミノ酸置換は、ＣＤＲ以外の抗体の部分に行われてもよく、またはＣＤＲに加えて行われてもよい。例えば、保存的アミノ酸修飾は、フレームワーク領域またはＦｃ領域に行われてもよい。可変領域または重鎖もしくは軽鎖は、本明細書に提供される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体配列と比べて、１個、２個、３個、４個、５個、１～２個、１～３個、１～４個、１～５個、１～１０個、１～１５個、１～２０個、１～２５個、または１～５０個の保存的アミノ酸置換を含み得る。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、その抗原結合断片は、保存的アミノ酸修飾および非保存的アミノ酸修飾の組合せを含む。
修飾された抗体を遺伝子操作するために、出発材料として本明細書において開示されるＶＨおよび／またはＶＬ配列のうち１種または複数を有する抗体を使用して調製され得る、遺伝子操作された、および修飾された抗体もまた提供され、この修飾された抗体は、出発抗体から変更された特性を有し得る。抗体は、一方または両方の可変領域（すなわち、ＶＨおよび／またはＶＬ）内の、例えば、１つまたは複数のＣＤＲ領域内の、および／または１つまたは複数のフレームワーク領域内の１個または複数の残基を修飾することによって、遺伝子操作され得る。さらに、またはあるいは、抗体は、例えば、抗体のエフェクター機能（単数または複数）を変更するために、定常領域（単数または複数）内の残基を修飾することによって遺伝子操作され得る。
実施され得る１種の可変領域遺伝子操作として、ＣＤＲグラフティングがある。抗体は、主に６つの重鎖および軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）中に位置するアミノ酸残基を介して標的抗原と相互作用する。このため、ＣＤＲ内のアミノ酸配列は、ＣＤＲの外側の配列よりも個々の抗体間でより多様である。ＣＤＲ配列は、ほとんどの抗体抗原相互作用に関与しているので、異なる特性を有する異なる抗体に由来するフレームワーク配列上にグラフトされた特定の天然に存在する抗体に由来するＣＤＲ配列を含む発現ベクターを構築することによって、特定の天然に存在する抗体の特性を模倣する組換え抗体を発現させることが可能である（例えば、Riechmann, L. et al. (1998) Nature 332:323-327; Jones, P. et al. (1986) Nature 321:522-525; Queen, C. et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86:10029-10033;Winterの米国特許第５，２２５，５３９号およびQueen et alの米国特許第５，５３０，１０１号；同５，５８５，０８９号；同５，６９３，７６２号および同６，１８０，３７０号を参照のこと）。
したがって、本明細書に記載されるいくつかの態様は、本明細書に記載されるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含む重鎖可変領域、ならびに本明細書に記載されるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含む軽鎖可変領域を含む、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合断片に関する。したがって、そのような抗体は、本明細書に記載されるモノクローナル抗体のＶＨおよびＶＬ ＣＤＲ配列を含み、さらに、これらの抗体とは異なるフレームワーク配列を含んでもよい。
このようなフレームワーク配列は、生殖系列抗体遺伝子配列を含む公開ＤＮＡデータベースまたは公開参考文献から得ることができる。例えば、ヒト重鎖および軽鎖可変領域遺伝子の生殖系列ＤＮＡ配列は、「ＶＢａｓｅ」ヒト生殖系列配列データベース（インターネット上でｗｗｗ．ｍｒｃ－ｃｐｅ．ｃａｍ．ａｃ．ｕｋ／ｖｂａｓｅにおいて利用可能）に、ならびにKabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242; Tomlinson, I. M., et al. (1992) "The Repertoire of Human Germline VH Sequences Reveals about Fifty Groups of VH Segments with Different Hypervariable Loops" I. Mol. Biol. 227:776-798; and Cox, J. P. L. et al. (1994) "A Directory of Human Germ-line VH Segments Reveals a Strong Bias in their Usage" Eur. J. Immunol. 24:827-836に見出すことができ、それらの各々の内容は、参照により本明細書に明確に組み込まれる。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体において使用するためのフレームワーク配列は、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体によって使用されるフレームワーク配列と構造的に同様であるものである。ＶＨ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列、ならびにＶＬ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列は、フレームワーク配列が由来する生殖系列免疫グロブリン遺伝子において見られるものと同一の配列を有するフレームワーク領域にグラフトされ得るか、またはＣＤＲ配列は、生殖系列配列と比較して１つもしくは複数の突然変異を含むフレームワーク領域にグラフトされ得る。例えば、特定の場合には、抗体の抗原結合能力を維持または増強するために、フレームワーク領域内の残基を突然変異させることが有益であることがわかっている（例えば、Queen et alの米国特許第５，５３０，１０１号；同５，５８５，０８９号；同５，６９３，７６２号および同６，１８０，３７０号を参照のこと）。
本明細書に記載される遺伝子操作された抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、例えば、抗体の特性を改善するために、ＶＨおよび／またはＶＬ内のフレームワーク残基に修飾が行われているものを含む。通常、このようなフレームワーク修飾は、抗体の免疫原性を低下させるよう行われる。例えば、１つのアプローチとして、１個または複数のフレームワーク残基を、対応する生殖系列配列に「復帰突然変異」することがある。より詳しくは、体細胞突然変異を起こしている抗体は、抗体が由来する生殖系列配列とは異なるフレームワーク残基を含有し得る。このような残基は、抗体フレームワーク配列を、抗体が由来する生殖系列配列に対して比較することによって同定できる。フレームワーク領域配列をその生殖系列立体配置に戻すために、例えば、部位特異的突然変異誘発またはＰＣＲ媒介突然変異誘発によって、体細胞突然変異を生殖系列配列に「復帰突然変異する」ことができる。このような「復帰突然変異された」抗体も包含されるものとする。別の種類のフレームワーク修飾は、Ｔ細胞エピトープを除去し、それによって、抗体の免疫原性の可能性を低減するために、フレームワーク領域内の、またはさらには１つもしくは複数のＣＤＲ領域内の１個または複数の残基を突然変異することを含む。このアプローチはまた、「脱免疫化」と呼ばれ、Carr et alによる米国特許公開第２００３０１５３０４３号にさらに詳細に記載されている。
別の種類の可変領域修飾は、それにより対象の抗体の１種または複数の結合特性（例えば、親和性）を改善するためにＶＨならびに／またはＶＬ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／もしくはＣＤＲ３領域内のアミノ酸残基を突然変異することである。部位特異的突然変異誘発またはＰＣＲ媒介突然変異誘発を実施して、抗体結合または対象のその他の機能的特性に対して突然変異（単数または複数）および効果を導入でき、本明細書に記載され実施例において提供されるインビトロまたはインビボでのアッセイにおいて評価することができる。いくつかの態様では、保存的修飾（上記で論じられるような）が導入される。突然変異は、アミノ酸置換、付加、または欠失であり得る。さらに、通常、ＣＤＲ領域内の１、２、３、４または５個以下の残基が変更される。
抗体のＣＤＲ内のメチオニン残基は、酸化され、その結果、化学的分解の可能性および結果としての抗体の効力の低減をもたらし得る。したがって、重鎖および／または軽鎖ＣＤＲ内の１個または複数のメチオニン残基が酸化分解を受けないアミノ酸残基と置き換えられた、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体もまた、提供される。いくつかの態様では、本開示の抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片のＣＤＲ内のメチオニン残基は、酸化分解を受けないアミノ酸残基と置き換えられる。
同様に、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体から、特に、ＣＤＲ内の脱アミド化部位も除去され得る。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１可変領域は、Ｆｃ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４ Ｆｃと連結され（例えば、共有結合によって連結されるかまたは融合され）得、これは、任意のアロタイプまたはイソアロタイプ、例えば、ＩｇＧ１については：Ｇ１ｍ、Ｇ１ｍｌ（ａ）、Ｇ１ｍ２（ｘ）、Ｇ１ｍ３（ｆ）、Ｇ１ｍ１７（ｚ）、ＩｇＧ２については：Ｇ２ｍ、Ｇ２ｍ２３（ｎ）、ＩｇＧ３については：Ｇ３ｍ、Ｇ３ｍ２１（ｇ１）、Ｇ３ｍ２８（ｇ５）、Ｇ３ｍｌ ｌ（ｂ０）、Ｇ３ｍ５（ｂ１）、Ｇ３ｍｌ３（ｂ３）、Ｇ３ｍｌ４（ｂ４）、Ｇ３ｍｌ０（ｂ５）、Ｇ３ｍｌ５（ｓ）、Ｇ３ｍｌ６（ｔ）、Ｇ３ｍ６（ｃ３）、Ｇ３ｍ２４（ｃ５）、Ｇ３ｍ２６（ｕ）、Ｇ３ｍ２７（ｖ）、Ｋについては：Ｋｍ、Ｋｍ１、Ｋｍ２、Ｋｍ３のものであってもよい（例えば、Jefferies et al. (2009) mAbs 1:1を参照されたい）。
一般に、本明細書に記載される可変領域は、典型的には、抗体の１つまたは複数の機能的特性、例えば、血清半減期、補体結合、Ｆｃ受容体結合、抗原依存性細胞性細胞傷害性、および／または抗原依存性細胞性ファゴサイトーシスを変更するために、１つまたは複数の修飾を含むＦｃと連結され得る。さらに、本明細書に記載される抗体は、化学的に修飾され得る（例えば、１種または複数の化学部分は、抗体と結合され得る）か、またはそのグリコシル化を変更するよう、抗体の１種または複数の機能的特性を変更するよう修飾され得る。これらの態様の各々は、以下に詳細に記載される。Ｆｃ領域中の残基の番号付けは、カバットのＥＵ指数のものである。
Ｆｃ領域は、定常領域の断片、類似体、変異体、突然変異体または誘導体を含む、免疫グロブリンの定常領域に由来するドメインを包含する。好適な免疫グロブリンとしては、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ならびにＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥおよびＩｇＭなどのその他のクラスが挙げられる。免疫グロブリンの定常領域は、免疫グロブリンＣ末端領域と相同な天然に存在するポリペプチドまたは合成により産生されたポリペプチドとして定義され、これには、ＣＨ１ドメイン、ヒンジ、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメインまたはＣＨ４ドメインが、別個または組合せで含まれ得る。
Ｉｇ分子は、複数のクラスの細胞受容体と相互作用する。例えば、ＩｇＧ分子は、ＩｇＧクラスの抗体に特異的な３つのクラスのＦｃγ受容体（ＦｃγＲ）、すなわち、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、およびＦｃγＲＩＩＩと相互作用する。ＩｇＧのＦｃγＲ受容体との結合に重要な配列は、ＣＨ２およびＣＨ３ドメインに位置することが報告されている。抗体の血清半減期は、その抗体がＦｃ受容体（ＦｃＲ）と結合する能力によって影響を受ける。
いくつかの態様では、Ｆｃ領域は、変異体Ｆｃ領域、例えば、親Ｆｃ配列（例えば、未修飾のＦｃポリペプチドであり、これが、後で修飾されて変異体が生成される）と比べて、望ましい構造的特性および／または生物学的活性を提供するように修飾されている（例えば、アミノ酸置換、欠失および／または挿入によって）Ｆｃ配列である。
一般に、定常領域またはその部分、例えば、ＣＨ１、ＣＬ、ヒンジ、ＣＨ２またはＣＨ３ドメインの変異体は、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個もしくはそれ以上の突然変異ならびに／または多くとも１０個、９個、８個、７個、６個、５個、４個、３個、２個もしくは１個の突然変異または１～１０個もしくは１～５個の突然変異を含み得るか、あるいは対応する野生型領域またはドメイン（それぞれ、ＣＨ１、ＣＬ、ヒンジ、ＣＨ２またはＣＨ３ドメイン）のものと少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるアミノ酸配列を含み得るが、ただし、特定の変異体を含む重鎖定常領域が、必要な生物活性を保持することを条件とする。
例えば、親のＦｃと比べて、（ａ）抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）および／もしくは抗体依存性細胞性ファゴサイトーシス（ＡＤＣＰ）の増大もしくは減少を媒介する、（ｂ）補体媒介性細胞傷害性（ＣＤＣ）の増大もしくは減少を媒介する、（ｃ）Ｃ１ｑに対する親和性が増大もしくは減少した、ならびに／または（ｄ）Ｆｃ受容体に対する親和性が増大もしくは減少した、Ｆｃ変異体を生成するために、Ｆｃ領域内に修飾を行うことができる。このようなＦｃ領域変異体は、一般に、Ｆｃ領域中に少なくとも１つのアミノ酸修飾を含む。アミノ酸修飾を組み合わせることは、特に望ましいと考えられる。例えば、変異体Ｆｃ領域は、中に、本明細書において同定される特定のＦｃ領域位置の２、３、４、５つなどの置換を含み得る。
変異体Ｆｃ領域はまた、ジスルフィド結合の形成に関与するアミノ酸が、除去されるかまたはその他のアミノ酸と置換される、配列の変更も含み得る。そのような除去により、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を産生するために使用される宿主細胞に存在するその他のシステイン含有タンパク質との反応を回避することができる。システイン残基を除去した場合であっても、一本鎖Ｆｃドメインは、依然として、二量体Ｆｃドメインを形成することができ、これは、非共有結合的に一緒に保持される。いくつかの態様では、Ｆｃ領域は、選択された宿主細胞との適合性が高くなるように修飾され得る。例えば、典型的な天然のＦｃ領域のＮ末端の近傍のＰＡ配列を除去してもよく、これは、プロリンイミノペプチダーゼなど、大腸菌における消化酵素によって認識され得る。いくつかの態様では、Ｆｃドメイン内の１つまたは複数のグリコシル化部位が、除去され得る。典型的にはグリコシル化されている残基（例えば、アスパラギン）は、細胞溶解性応答をもたらし得る。そのような残基は、欠失させてもよく、または非グリコシル化残基（例えば、アラニン）と置換してもよい。いくつかの態様では、Ｃ１ｑ結合部位など、補体との相互作用に関与する部位が、Ｆｃ領域から除去され得る。例えば、ヒトＩｇＧ１のＥＫＫ配列を、欠失または置換してもよい。いくつかの態様では、Ｆｃ受容体との結合に影響を及ぼす部位、好ましくは、サルベージ受容体結合部位以外の部位が除去され得る。いくつかの態様では、Ｆｃ領域は、ＡＤＣＣ部位を除去するよう修飾され得る。ＡＤＣＣ部位は、当技術分野で公知である、例えば、ＩｇＧ１中のＡＤＣＣ部位に関しては、Molec. Immunol. 29 (5): 633-9 (1992)を参照のこと。変異体Ｆｃドメインの具体的な例は、例えば、ＷＯ９７／３４６３１、ＷＯ９６／３２４７８およびＷＯ０７／０４１６３５に開示されている。
いくつかの態様では、Ｆｃのヒンジ領域は、ヒンジ領域内のシステイン残基の数が変更されるように、例えば、増大または減少されるように、修飾される。このアプローチは、Ｂｏｄｍｅｒらによる米国特許第５，６７７，４２５号にさらに記載されている。Ｆｃのヒンジ領域内のシステイン残基の数は、例えば、軽鎖および重鎖のアセンブリーを容易にするように、または抗体の安定性を増大もしくは減少させるように、変更されている。いくつかの態様では、抗体のＦｃヒンジ領域は、抗体の生物学的半減期を減少させるように突然変異される。より具体的には、抗体が、天然のＦｃ－ヒンジドメインのブドウ球菌タンパク質Ａ（ＳｐＡ）結合と比べて、損傷されたＳｐＡ結合を有するように、１つまたは複数のアミノ酸突然変異が、Ｆｃ－ヒンジ断片のＣＨ２－ＣＨ３ドメインの界面領域に導入される。このアプローチは、Ｗａｒｄらによる米国特許第６，１６５，７４５号にさらに詳細に記載されている。
いくつかの態様では、Ｆｃ領域は、抗体のエフェクター機能を変更するよう、少なくとも１個のアミノ酸残基を異なるアミノ酸残基と置換することによって変更される。例えば、抗体が、エフェクターリガンドに対して低減した親和性を有するが、親抗体の抗原結合能力は保持するよう、アミノ酸残基２３４、２３５、２３６、２３７、２９７、３１８、３２０、３２２、３３０、および／または３３１から選択される１個または複数のアミノ酸が、異なるアミノ酸残基と置換され得る。それに対する親和性が変更されるエフェクターリガンドは、例えば、Ｆｃ受容体または補体のＣ１成分であり得る。このアプローチは、いずれもＷｉｎｔｅｒらによる米国特許第５，６２４，８２１号および同第５，６４８，２６０号にさらに詳細に記載されている。
別の例において、アミノ酸残基３２９、３３１および３２２から選択される１個または複数のアミノ酸は、抗体が、変更されたＣ１ｑ結合および／または低減もしくは消失された補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）を有するように、異なるアミノ酸残基と置き換えられ得る。このアプローチは、Ｉｄｕｓｏｇｉｅらによる米国特許第６，１９４，５５１号にさらに詳細に記載されている。
別の例では、アミノ酸位置２３１～２３９内の１個または複数のアミノ酸残基が変更され、それによって、抗体が補体と結合する能力を変更する。このアプローチは、ＢｏｄｍｅｒらによるＰＣＴ公開ＷＯ９４／２９３５１にさらに記載されている。
別の例では、Ｆｃ領域は、Ｆｃγに対する親和性を増強させ、マクロファージ媒介性ファゴサイトーシスを増大させるように、修飾され得る。例えば、Richard et al., Mo. Cancer. Ther. 7(8):2517-27 (2008)を参照されたく、これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。特定の態様では、Ｆｃ領域は、阻害性ＦｃγＲＩＩｂと比べて、ＦｃγＲＩＩａに対する親和性を増大させるように修飾され得る。１つの特定の点突然変異であるＧ２３６Ａ（この番号付けは、ＥＵインデックスに従う）は、阻害性ＦｃγＲＩＩｂと比べて、ＦｃγＲＩＩａに対する増大した親和性を有すると特定されている。このＦｃＲＩＩａに対する親和性の増大は、天然ＩｇＧ１と比べて増大したマクロファージ媒介性ファゴサイトーシスと相関していた。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体のＦｃ領域は、Ｇ２３６Ａ、Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９／Ｉ３３２Ｅ、Ｉ３３２Ｅ／Ｇ２３６Ａ、およびＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ｇ２３６Ａから選択される１つまたは複数の突然変異または突然変異の組合せを含む。Ｆｃ領域に対する他の修飾は、例えば、活性化受容体、例えば、ＦｃγＲＩおよび／またはＦｃγＲＩＩＩａに対する親和性を増大させることによって、抗体依存性細胞性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を増大させ得る。例えば、Ｇ２３６Ａ置換、ならびに例えば、３３２および２３９における置換を含むがこれらに限定されない、Ｇ２３６Ａ置換と活性化受容体（例えば、ＦｃγＲＩおよび／またはＦｃγＲＩＩＩａ）に対する親和性を改善する修飾との組合せは、親野生型抗体と比べて実質的に改善されたＡＤＣＣをもたらす。米国特許第９，０４０，０４１号を参照されたく、これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
別の実施例では、Ｆｃ領域は、以下の位置：２３４、２３５、２３６、２３８、２３９、２４０、２４１、２４３、２４４、２４５、２４７、２４８、２４９、２５２、２５４、２５５、２５６、２５８、２６２、２６３、２６４、２６５、２６７、２６８、２６９、２７０、２７２、２７６、２７８、２８０、２８３、２８５、２８６、２８９、２９０、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９８、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１２、３１３、３１５、３２０、３２２、３２４、３２５、３２６、３２７、３２９、３３０、３３１、３３２、３３３、３３４、３３５、３３７、３３８、３４０、３６０、３７３、３７６、３７８、３８２、３８８、３８９、３９８、４１４、４１６、４１９、４３０、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８または４３９で１個または複数のアミノ酸を修飾することによって、抗体依存性細胞性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を低減するよう、および／またはＦｃγ受容体に対する親和性を低減するよう修飾され得る。例示的置換として、２３６Ａ、２３９Ｄ、２３９Ｅ、２６８Ｄ、２６７Ｅ、２６８Ｅ、２６８Ｆ、３２４Ｔ、３３２Ｄおよび３３２Ｅが挙げられる。例示的変異体として、２３９Ｄ／３３２Ｅ、２３６Ａ／３３２Ｅ、２３６Ａ／２３９Ｄ／３３２Ｅ、２６８Ｆ／３２４Ｔ、２６７Ｅ／２６８Ｆ、２６７Ｅ／３２４Ｔおよび２６７Ｅ／２６８Ｆ／３２４Ｔが挙げられる。ＦｃγＲおよび補体相互作用を増強するためのその他の修飾として、それだけには限らないが、置換２９８Ａ、３３３Ａ、３３４Ａ、３２６Ａ、２４７Ｉ、３３９Ｄ、３３９Ｑ、２８０Ｈ、２９０Ｓ、２９８Ｄ、２９８Ｖ、２４３Ｌ、２９２Ｐ、３００Ｌ、３９６Ｌ、３０５Ｉおよび３９６Ｌが挙げられる。これらおよびその他の修飾は、Strohl (2009) Current Opinion in Biotechnology 20:685-691に概説されている。
Ｆｃγ受容体との結合を増大させるＦｃ修飾は、Ｆｃ領域のアミノ酸２３８位、２３９位、２４８位、２４９位、２５２位、２５４位、２５５位、２５６位、２５８位、２６５位、２６７位、２６８位、２６９位、２７０位、２７２位、２７９位、２８０位、２８３位、２８５位、２９８位、２８９位、２９０位、２９２位、２９３位、２９４位、２９５位、２９６位、２９８位、３０１位、３０３位、３０５位、３０７位、３１２位、３１５位、３２４位、３２７位、３２９位、３３０位、３３５位、３３７位、３３８位、３４０位、３６０位、３７３位、３７６位、３７９位、３８２位、３８８位、３８９位、３９８位、４１４位、４１６位、４１９位、４３０位、４３４位、４３５位、４３７位、４３８位、または４３９位のうちの任意の１つまたは複数におけるアミノ酸修飾を含み、ここで、Ｆｃ領域における残基の番号付けは、カバットにおけるＥＵ指数のものである（ＷＯ００／４２０７２）。
適宜、Ｆｃ領域は、当業者に公知の追加および／または代替的な位置に、非天然のアミノ酸残基を含み得る（例えば、米国特許第５，６２４，８２１号、同第６，２７７，３７５号、同第６，７３７，０５６号、同第６，１９４，５５１号、同第７，３１７，０９１号、同第８，１０１，７２０号、同第９，０４０，０４１号、ＰＣＸ特許公開ＷＯ００／４２０７２号、同ＷＯ０１／５８９５７号、同ＷＯ０２／０６９１９号、同ＷＯ０４／０１６７５０号、同ＷＯ０４／０２９２０７号、同ＷＯ０４／０３５７５２号、同ＷＯ０４／０７４４５５号、同ＷＯ０４／０９９２４９号、同ＷＯ０４／０６３３５１号、同ＷＯ０５／０７０９６３号、同ＷＯ０５／０４０２１７号、同ＷＯ０５／０９２９２５号、および同ＷＯ０６／０２０１１４号を参照されたい）。
Ｆｃ領域のそのリガンドに対する親和性および結合特性は、それだけには限らないが、平衡方法（例えば、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）またはラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ））または速度論（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ分析）および間接結合アッセイ、競合阻害アッセイ、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）、ゲル電気泳動およびクロマトグラフィー（例えば、ゲル濾過）などのその他の方法を含めた、当技術分野で公知の種々のインビトロアッセイ法（生化学または免疫学ベースのアッセイ）によって決定され得る。これらおよびその他の方法は、調べられている１種もしくは複数の成分上の標識を利用してもよく、および／またはそれだけには限らないが、クロマトグラフィー、蛍光、発光もしくは同位体標識を含めた種々の検出方法を使用してもよい。結合親和性および速度論の詳細な説明は、抗体免疫原相互作用に焦点を当てる、Paul, W. E., ed., Fundamental immunology, 4th Ed., Lippincott-Raven, Philadelphia (1999)に見出すことができる。
いくつかの態様では、抗体は、その生物学的半減期を増大するよう修飾される。種々のアプローチが可能である。例えば、これは、Ｆｃ領域のＦｃＲｎに対する結合親和性を増大することによって行うことができる。例えば、米国特許第６，２７７，３７５号に記載されるように、以下の残基のうちの１個または複数が、突然変異され得る：２５２、２５４、２５６、４３３、４３５、４３６。特定の例示的な置換としては、以下のうちの１つまたは複数が挙げられる：Ｔ２５２Ｌ、Ｔ２５４Ｓおよび／またはＴ２５６Ｆ。あるいは、生物学的半減期を増大させるために、抗体は、Ｐｒｅｓｔａらによる米国特許第５，８６９，０４６号および同第６，１２１，０２２号に記載されているように、ＩｇＧのＦｃ領域のＣＨ２ドメインの２つのループから得られたサルベージ受容体結合エピトープを含むように、ＣＨ１またはＣＬ領域内で変更され得る。ＦｃＲｎとの結合を増大し、および／または薬物動態特性を改善するその他の例示的変異体は、位置２５９、３０８、４２８、および４３４での置換を含み、例えば、３５９Ｉ、３０８Ｆ、４２８Ｌ、４２８Ｍ、４３４Ｓ、４３４１ １、４３４Ｆ、４３４Ｙおよび４３４Ｘ１が挙げられる。ＦｃＲｎとの結合を増大し、および／または薬物動態特性を改善するその他の例示的変異体は、２５９位、３０８位、４２８位、および４３４位における置換を含み、例えば、３５９１、３０８Ｆ、４２８Ｌ、４２８Ｍ、４３４Ｓ、４３４１ １、４３４Ｆ、４３４Ｙ、および４３４Ｘ１が挙げられる。ＦｃＲｎとのＦｃ結合を増大させるその他の変異体としては、２５０Ｅ、２５０Ｑ、４２８Ｌ、４２８Ｆ、２５０Ｑ／４２８Ｌ（Hinton et al. 2004、J. Biol. Chem. 279(8): 6213-6216、Hinton et al. 2006 Journal of Immunology 176:346-356）、２５６Ａ、２７２Ａ、２８６Ａ、３０５Ａ、３０７Ａ、３０７Ｑ、３１１Ａ、３１２Ａ、３７６Ａ、３７８Ｑ、３８０Ａ、３８２Ａ、４３４Ａ（Shields et al, Journal of Biological Chemistry, 2001, 276(9):6591-6604）、２５２Ｆ、２５２Ｔ、２５２Ｙ、２５２Ｗ、２５４Ｔ、２５６Ｓ、２５６Ｒ、２５６Ｑ、２５６Ｅ、２５６Ｄ、２５６Ｔ、３０９Ｐ、３１１Ｓ、４３３Ｒ、４３３Ｓ、４３３１、４３３Ｐ、４３３Ｑ、４３４Ｈ、４３４Ｆ、４３４Ｙ、２５２Ｙ／２５４Ｔ／２５６Ｅ、４３３Ｋ／４３４Ｆ／４３６Ｈ、３０８Ｔ／３０９Ｐ／３１１Ｓ（Dall Acqua et al. Journal of Immunology, 2002, 169:5171-5180、Dall’Acqua et al., 2006, Journal of Biological Chemistry 281:23514-23524）が挙げられる。ＦｃＲｎ結合を調節するためのその他の修飾は、Yeung et al., 2010, J Immunol, 182:7663-7671に記載されている。
いくつかの態様では、特定の生物学的特徴を有するハイブリッドＩｇＧアイソタイプを、使用することができる。例えば、ＩｇＧ１／ＩｇＧ３ハイブリッド変異体は、ＣＨ２および／またはＣＨ３領域中のＩｇＧ１位置を、２種のアイソタイプが異なる位置でＩｇＧ３に由来するアミノ酸と置換することによって構築され得る。このようにして、１つまたは複数の置換、例えば、２７４Ｑ、２７６Ｋ、３００Ｆ、３３９Ｔ、３５６Ｅ、３５８Ｍ、３８４Ｓ、３９２Ｎ、３９７Ｍ、４２２Ｉ、４３５Ｒおよび４３６Ｆを含むハイブリッド変異体ＩｇＧ抗体が、構築され得る。本明細書に記載されるいくつかの態様では、ＣＨ２および／またはＣＨ３領域中のＩｇＧ２位置を、２種のアイソタイプが異なる位置でＩｇＧ１に由来するアミノ酸と置換することによって、ＩｇＧ１／ＩｇＧ２ハイブリッド変異体が構築され得る。このようにして、１つまたは複数の置換、例えば、以下のアミノ酸置換：２３３Ｅ、２３４Ｌ、２３５Ｌ、－２３６Ｇ（２３６位でのグリシンの挿入を指す）および３２７Ａのうち１つまたは複数を含むハイブリッド変異体ＩｇＧ抗体が構築され得る。
さらに、ヒトＩｇＧ１におけるＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、ＦｃγＲＩＩＩ、およびＦｃＲｎに対する結合部位が、マッピングされており、改善された結合を有する変異体が、説明されている（Shields, R.L. et al., (2001) J. Biol. Chem. 276:6591-6604を参照のこと）。２５６位、２９０位、２９８位、３３３位、３３４位および３３９位における特定の突然変異は、ＦｃγＲＩＩＩとの結合を改善することが示された。加えて、組合せ突然変異体Ｔ２５６Ａ／Ｓ２９８Ａ、Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ、Ｓ２９８Ａ／Ｋ２２４ＡおよびＳ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｋ３３４Ａは、ＦｃγＲＩＩＩ結合を改善することが示されており、これらは、増強されたＦｃγＲＩＩＩａ結合およびＡＤＣＣ活性を示すことが示されている（Shields et al., 2001）。Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２ＥおよびＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ａ３３０Ｌ突然変異を有する変異体を含めた、ＦｃγＲＩＩＩａとの結合が強力に増強されたその他のＩｇＧ１変異体が同定されており、これは、ＦｃγＲＩＩＩａに対する親和性の最大の増大、ＦｃγＲＩＩｂ結合の減少およびカニクイザルにおける強力な細胞傷害性活性を示した（Lazar et al., 2006）。アレムツズマブ（ＣＤ５２特異的）、トラスツズマブ（ＨＥＲ２／ｎｅｕ特異的）、リツキシマブ（ＣＤ２０特異的）およびセツキシマブ（ＥＧＦＲ特異的）などの抗体中への三重突然変異の導入は、インビトロで大きく増強されたＡＤＣＣ活性に変換され、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ変異体は、サルにおいてＢ細胞を枯渇させる増強された能力を示した（Lazar et al., 2006）。さらに、Ｂ細胞悪性腫瘍および乳がんのモデルにおいてヒトＦｃγＲＩＩＩａを発現するトランスジェニックマウスにおいて、ＦｃγＲＩＩＩａとの増強された結合および同時に増強されたＡＤＣＣ活性を示した、Ｌ２３５Ｖ、Ｆ２４３Ｌ、Ｒ２９２Ｐ、Ｙ３００ＬおよびＰ３９６Ｌ突然変異を含有するＩｇＧ１突然変異体が同定された（Stavenhagen et al., 2007、Nordstrom et al., 2011）。使用することができるその他のＦｃ突然変異体としては、以下のものが挙げられる：Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｌ３３４Ａ、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ａ３３０Ｌ、Ｌ２３５Ｖ／Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｐ３９６ＬおよびＭ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ。
２３４、２３５、２３６、２３９、２６７、２６８、２９３、２９５、３２４、３２７、３２８、３３０、および３３２の位置における特定の突然変異は、ＦｃγＲＩＩａとの結合を改善し、および／またはＦｃγＲＩＩｂとの結合を低減し、ＡＤＣＣおよび／またはＡＤＣＰ活性の増強をもたらすことが示されていた（Richards et al., Mol. Cancer Ther. 7(8):2517-2527; U.S. Patent No. 9,040,041）。特に、ＦｃγＲＩＩｂと比べて１つもしくは複数のヒト活性化受容体との結合を選択的に改善するか、または１つもしくは複数の活性化受容体と比べてＦｃγＲＩＩｂとの結合を選択的に改善する、Ｆｃ変異体は、２３４Ｇ、２３４Ｉ、２３５Ｄ、２３５Ｅ、２３５Ｉ、２３５Ｙ、２３６Ａ、２３６Ｓ、２３９Ｄ、２６７Ｄ、２６７Ｅ、２６７Ｑ、２６８Ｄ、２６８Ｅ、２９３Ｒ、２９５Ｅ、３２４Ｇ、３２４Ｉ、３２７Ｈ、３２８Ａ、３２８Ｆ、３２８Ｉ、３３０Ｉ、３３０Ｌ、３３０Ｙ、３３２Ｄ、および３３２Ｅからなる群から選択される置換を含み得る。さらに組み合わせることができる追加の置換としては、ＦｃγＲ親和性および補体活性を調節する他の置換が挙げられ、これには、２９８Ａ、２９８Ｔ、３２６Ａ、３２６Ｄ、３２６Ｅ、３２６Ｗ、３２６Ｙ、３３３Ａ、３３３Ｓ、３３４Ｌ、および３３４Ａが挙げられるがこれらに限定されない（米国特許第６，７３７，０５６号、Shields et al, Journal of Biological Chemistry, 2001, 276(9):6591-6604、米国特許第６，５２８，６２４号、Idusogie et al., 2001, J. Immunology 166:2571-2572）。他のＦｃ変異体と組み合わせるのに特に有用であり得る好ましい変異体としては、置換２９８Ａ、３２６Ａ、３３３Ａ、および３３４Ａを含むものが挙げられる。ＦｃγＲ選択的変異体と組み合わせることができる追加の置換としては、２４７Ｌ、２５５Ｌ、２７０Ｅ、３９２Ｔ、３９６Ｌ、および４２１Ｋ（米国出願第１０／７５４，９２２号、米国出願第１０／９０２，５８８号）、ならびに２８０Ｈ、２８０Ｑ、および２８０Ｙ（米国出願第１０／３７０，７４９号）が挙げられる。
ＩｇＧ４定常ドメインを使用する場合、これは、置換Ｓ２２８Ｐを含み得、この置換は、ＩｇＧ１におけるヒンジ配列を模倣し、それによって、ＩｇＧ４分子を安定化させる。
ＩＩＩ．抗体の物理的特性
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片、例えば、本明細書に記載されるものは、本明細書に記載される特定の抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の物理的特徴、例えば、実施例に記載される特徴のうちのいくつかまたはすべてを有する。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、軽鎖または重鎖可変領域のいずれかに１つまたは複数のグリコシル化部位を含み得る。このようなグリコシル化部位は、抗体の免疫原性の増大、または変更された抗原結合に起因する抗体のｐＫの変更をもたらし得る（Marshall et al., (1972) Annu Rev Biochem 41:673-702、Gala and Morrison (2004) J. Immunol. 172:5489-94、Wallick et al., (1988) J Exp Med 168:1099-109、Spiro (2002) Glycobiology 12:43R-56R、Parekh et al., (1985) Nature 316:452-7、Mimura et al., (2000) Mol Immunol 37:697-706）。グリコシル化は、Ｎ－Ｘ－Ｓ／Ｔ配列を含むモチーフで生じることが知られている。いくつかの場合には、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、可変領域グリコシル化を含まない。これは、可変領域内にグリコシル化モチーフを含まない抗体を選択することによって、またはグリコシル化領域内の残基を突然変異させることによって、達成され得る。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、グリコシル化部位を除去するように修飾されている。いくつかの態様では、グリコシル化部位除去は、配列番号６１の残基３１に対応する位置におけるアスパラギン（Ｎ）のアスパラギン酸（Ｄ）への置換を介して達成される。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗体または抗原結合断片は、配列番号６１または６５の残基１１４に対応する位置におけるメチオニン（Ｍ）の、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）への置換を含む。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、アスパラギン異性化部位を含まない。アスパラギンの脱アミド化は、Ｎ－ＧまたはＤ－Ｇ配列で起こり得、その結果、ポリペプチド鎖中にねじれを導入し、その安定性を低減する（イソアスパラギン酸効果）イソアスパラギン酸残基を生成し得る。
それぞれの抗体は、固有な等電点（ｐｉ）を有し、これは、一般に、６から９．５の間のｐＨ範囲に入る。ＩｇＧ１抗体のｐｉは、典型的に、７～９．５のｐＨ範囲内に入り、ＩｇＧ４抗体のｐｉは、典型的に、６～８のｐＨ範囲内に入る。正常範囲外のｐｉを有する抗体は、インビボ条件下で幾分かのアンフォールディングおよび不安定性を有し得るという推測がある。したがって、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、正常範囲内に入るｐｉ値を含み得る。これは、正常範囲のｐｉを有する抗体を選択することによって、または荷電した表面残基を突然変異させることによって、達成され得る。
それぞれの抗体は、特徴的な融解温度を有し、融解温度が高いほど、インビボで全体的な安定性が大きいことを示す（Krishnamurthy R and Manning M C (2002) Curr Pharm Biotechnol 3:361-71）。一般に、ＴＭｉ（最初のアンフォールディングの温度）は、６０℃超、６５℃超、または７０℃超であり得る。抗体の融点は、示差走査熱量測定（Chen et al., (2003) Pharm Res 20:1952-60;Ghirlando et al., (1999) Immunol Lett 68:47-52）または円偏光二色性（Murray et al., (2002) J. Chromatogr Sci 40:343-9）を使用して測定することができる。
いくつかの態様では、迅速に分解しない抗体が選択される。抗体の分解は、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）およびＭＡＬＤＩ－ＭＳ（Alexander A J and Hughes D E (1995) Anal Chem 67:3626-32）を使用して測定することができる。
いくつかの態様では、最小の凝集効果を有する抗体が選択され、凝集効果は、不要な免疫応答および／または変更されたかもしくは不都合な薬物動態特性の誘発につながり得る。一般に、抗体は、２５％以下、２０％以下、１５％以下、１０％以下、または５％以下の凝集を有して許容される。凝集は、サイズ排除カラム（ＳＥＣ）、高性能液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、および光散乱を含む、いくつかの技術によって測定することができる。いくつかの態様では、抗体は、望ましい可溶性、例えば、商業的製造を可能にする可溶性を示す。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗体の可溶性は、中性またはわずかに酸性のｐＨで、少なくとも１０ｍｇ／ｍｌ、少なくとも１５ｍｇ／ｍｌ、少なくとも２０ｍｇ／ｍｌ、少なくとも２５ｍｇ／ｍｌ、少なくとも３０ｍｇ／ｍｌ、少なくとも４０ｍｇ／ｍｌ、少なくとも５０ｍｇ／ｍｌ、少なくとも６０ｍｇ／ｍｌ、または少なくとも７０ｍｇ／ｍｌであった。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗体は、参照抗体よりも高い安定性を有する。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗体は、参照抗体よりも高い融解温度を有する。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗体は、参照抗体よりも低い凝集傾向を有する。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗体は、参照抗体よりも高い可溶性を有する。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗体は、参照抗体よりも高い吸収速度、低い毒性、高い生物学的活性および／もしくは標的選択性、良好な製造性、ならびに／または低い免疫原性を有する。参照抗体は、例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１と結合する別の抗体もしくはその断片、またはそのコンジュゲートであり得る。
いくつかの態様では、本明細書に記載される切断型ＣＤＣＰ１と特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片は、検出可能なレベルで全長ＣＤＣＰ１（例えば、ヒト全長ＣＤＣＰ１）と結合する抗体またはその抗原結合断片よりも、毒性が低い。
ＩＶ．抗体を遺伝子操作する方法
上記に論じられるように、本明細書に開示されるＶＨおよびＶＬ配列を有する抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片を使用して、ＶＨおよび／もしくはＶＬ配列またはそこに結合した定常領域（単数または複数）を修飾することによって、新しい抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を作製することができる。したがって、本明細書に記載される別の態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、その抗原結合断片の構造的特徴を使用して、ヒトＣＤＣＰ１およびカニクイザルＣＤＣＰ１との結合など、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片の少なくとも１つの機能的特性を保持する、構造的に関連する抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、その抗原結合断片を作製する。例えば、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片の１つまたは複数のＣＤＲ領域を、公知のフレームワーク領域および／または他のＣＤＲと組換えにより組み合わせて、上記で論じられたように、本明細書に記載される組換えにより遺伝子操作されたさらなる抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を作製することができる。他の種類の修飾としては、前の節に記載されているものが挙げられる。遺伝子操作方法の出発材料は、本明細書において提供されるＶＨおよび／もしくはＶＬ配列のうちの１つもしくは複数、またはそれらの１つもしくは複数のＣＤＲ領域である。遺伝子操作された抗体を作製するために、必ずしも、本明細書において提供されるＶＨおよび／もしくはＶＬ配列のうちの１つもしくは複数、またはそれらの１つもしくは複数のＣＤＲ領域を有する抗体を実際に調製する（すなわち、タンパク質を発現させる）必要はない。むしろ、配列（単数または複数）に含まれる情報は、元の配列（単数または複数）に由来する「第２世代」の配列（単数または複数）を作製するために出発材料として使用され、次いで、この「第２世代」の配列（単数または複数）が、調製され、タンパク質として発現される。
したがって、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、その抗原結合断片を調製するための方法が、本明細書において提供される。
変更された抗体は、本明細書に記載される機能的特性のうちの少なくとも１つを示し得る。変更された抗体の機能的特性は、当技術分野において利用可能であるおよび／または本明細書に記載される標準アッセイ、例えば実施例に記載されるもの（例えば、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ）を使用して評価することができる。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片を遺伝子操作する方法のいくつかの態様では、突然変異を、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体または抗原結合断片コード配列のすべてまたは一部に沿って無作為または選択的に導入することができ、得られた修飾された抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片を、結合活性および／または本明細書に記載される他の機能的特性についてスクリーニングすることができる。突然変異の方法は、当技術分野において説明されている。例えば、ＳｈｏｒｔによるＰＣＴ公開番号ＷＯ０２／０９２７８０号は、飽和変異生成、合成ライゲーションアセンブリ、またはそれらの組合せを使用して、抗体の突然変異を作製し、スクリーニングする方法について記載している。あるいは、ＬａｚａｒらによるＰＣＴ公開番号ＷＯ０３／０７４６７９号は、コンピュータによるスクリーニング方法を使用して抗体の物理化学的特性を最適化する方法について記載している。
Ｖ．核酸分子
本明細書に記載される別の態様は、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体または抗原結合断片をコードする核酸分子に関する。核酸は、アルカリ／ＳＤＳ処理、ＣｓＣｌバンド形成、カラムクロマトグラフィー、制限酵素、アガロースゲル電気泳動および当技術分野で周知のその他のものを含めた標準技術によって、その他の細胞成分またはその他の夾雑物、例えば、その他の細胞性核酸（例えば、その他の染色体ＤＮＡ、例えば、自然界では単離されたＤＮＡと連結している染色体ＤＮＡ）またはタンパク質から精製された場合に、全細胞中に、細胞溶解物中に、または部分精製されたかもしくは実質的に純粋な形態で存在し得る。核酸は、「単離される」かまたは「実質的に純粋にされる」。F. Ausubel, et al., ed. (1987) Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing and Wiley Interscience, New Yorkを参照のこと。本明細書に記載される核酸は、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡであり得、イントロン配列を含有する場合も、含有しない場合もある。いくつかの態様では、核酸は、ｃＤＮＡ分子である。
本明細書に記載される核酸は、標準分子生物学技術を使用して得ることができる。ハイブリドーマ（例えば、以下にさらに記載されるようなヒト免疫グロブリン遺伝子を保持するトランスジェニックマウスから調製されたハイブリドーマ）によって発現される抗体については、ハイブリドーマによって作製された抗体の軽鎖および重鎖をコードするｃＤＮＡは、標準ＰＣＲ増幅またはｃＤＮＡクローニング技術によって得ることができる。免疫グロブリン遺伝子ライブラリーから（例えば、ファージディスプレイ技術を使用して）から得られる抗体については、抗体をコードする核酸は、ライブラリーから回収され得る。
いくつかの態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、本開示の抗体またはその抗原結合断片の重鎖可変領域または重鎖をコードする核酸分子を含む。
いくつかの態様では、本開示の核酸分子は、以下の表７に示される、配列番号８８、９２、９３、９５、９７、１６３、１６５、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１８１、１８３、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、２０３、２０７、２１１、または２２７のＶＨをコードする。
いくつかの態様では、ポリヌクレオチドは、本開示の抗体またはその抗原結合断片の軽鎖可変領域または軽鎖をコードする核酸分子を含む。
いくつかの態様では、核酸分子は、以下の表７に示される、配列番号９０、１６４、１６６、１８０、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、または２３６のＶＬをコードする。
いくつかの態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号８８、９２、９３、９５、９７、１６３、１６５、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１８１、１８３、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、２０３、２０７、２１１、または２２７の重鎖可変領域をコードする第１の核酸分子、および配列番号９０、１６４、１６６、１８０、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、または２３６の軽鎖可変領域をコードする第２の核酸分子を含む。
いくつかの態様では、本開示のポリヌクレオチドの混合物は、配列番号８８、９２、９３、９５、９７、１６３、１６５、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１８１、１８３、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、２０３、２０７、２１１、または２２７の重鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第１のポリヌクレオチド、および配列番号９０、１６４、１６６、１８０、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、または２３６の軽鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第２のポリヌクレオチドを含む。
表7: 抗ヒト切断型CDCP1抗体の可変重鎖(VH)および可変軽鎖(VL)核酸配列
いくつかの態様では、核酸分子は、以下の表８に示される、配列番号２３９、２４３、２４７、２４９、２５１、２５３、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、または２６６のＶＨをコードする。
いくつかの態様では、核酸分子は、以下の表８に示される、配列番号２４０、２４４、または２５０のＶＬをコードする。
表8: 抗マウス切断型CDCP1抗体の可変重鎖(VH)および可変軽鎖(VL)核酸配列
本開示の抗切断型ＣＤＣＰ１抗体およびその抗原結合断片のものに相同であるＶＨおよびＶＬ配列をコードする核酸分子もまた、本明細書において提供される。例示的な核酸分子は、本開示の抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片のＶＨおよびＶＬ配列をコードする核酸分子（例えば、上記の表７および８に示される）に対して、少なくとも７０％同一である、例えば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％同一である、ＶＨおよびＶＬ配列をコードする。さらに、例えば、コドン最適化のために、保存的置換（すなわち、核酸分子の翻訳時に得られるアミノ酸配列を変更しない置換）を有する核酸分子が、本明細書において提供される。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片、例えば、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片のＶＨおよび／またはＶＬ領域をコードする核酸もまた、提供され、この核酸は、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体または抗原結合断片（例えば、上記の表７および８に示される）のＶＨおよび／またはＶＬ領域をコードするヌクレオチド配列のうちのいずれかに対して、少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を含む。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片、例えば、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の重鎖および／または軽鎖をコードする核酸もまた、提供され、この核酸は、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の重鎖および／または軽鎖をコードするヌクレオチド配列のうちのいずれかに対して、少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるヌクレオチド配列を含む。
本明細書において開示される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片を作製するための方法は、シグナルペプチドとともに重鎖および軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む細胞株において、重鎖および軽鎖を発現させることを含み得る。これらのヌクレオチド配列を含む宿主細胞は、本明細書に包含される。
ＶＨおよびＶＬセグメントをコードするＤＮＡ断片が得られると、例えば、可変領域遺伝子を全長抗体鎖遺伝子に、Ｆａｂ断片遺伝子に、またはｓｃＦｖ遺伝子に変換するよう、標準組換えＤＮＡ技術によってこれらのＤＮＡ断片をさらに操作できる。これらの操作では、ＶＬまたはＶＨをコードするＤＮＡ断片は、抗体定常領域または可動性リンカーなどの別のタンパク質をコードする別のＤＮＡ断片と作動可能に連結している。この文脈において使用されるような、用語「作動可能に連結された」は、２種のＤＮＡ断片によってコードされるアミノ酸配列がインフレームのままであるよう、２種のＤＮＡ断片が接続されることを意味するものとする。
ＶＨ領域をコードする単離されたＤＮＡは、ＶＨをコードするＤＮＡを、重鎖定常領域（ヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２、および／またはＣＨ３）をコードする別のＤＮＡ分子と作動可能に連結することによって、全長重鎖遺伝子に変換され得る。ヒト重鎖定常領域遺伝子の配列は、当技術分野において公知であり（例えば、Kabat, E. A., et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242を参照されたい）、これらの領域を包含するＤＮＡ断片は、標準ＰＣＲ増幅によって得ることができる。重鎖定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、またはＩｇＤ定常領域、例えば、ＩｇＧ２および／またはＩｇＧ４定常領域であり得る。Ｆａｂ断片重鎖遺伝子については、ＶＨをコードするＤＮＡは、重鎖ＣＨ１定常領域のみをコードする別のＤＮＡ分子と作動可能に連結され得る。
ＶＬ領域をコードする単離されたＤＮＡは、ＶＬをコードするＤＮＡを、軽鎖定常領域、ＣＬをコードする別のＤＮＡ分子と作動可能に連結することによって、全長軽鎖遺伝子（ならびにＦａｂ軽鎖遺伝子）に変換され得る。ヒト軽鎖定常領域遺伝子の配列は、当技術分野において公知であり（例えば、Kabat, E. A., et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242を参照されたい）、これらの領域を包含するＤＮＡ断片は、標準ＰＣＲ増幅によって得ることができる。軽鎖定常領域は、κまたはλ定常領域であり得る。
ｓｃＦｖ遺伝子を作製するために、ＶＨおよびＶＬをコードするＤＮＡ断片を、可動性リンカーをコードする、例えば、アミノ酸配列（Ｇｌｙ４－Ｓｅｒ）３をコードする、別の断片に作動可能に連結し、その結果、ＶＨおよびＶＬ配列が、可動性リンカーによって接続されたＶＬおよびＶＨ領域を有する連続した一本鎖タンパク質として発現され得る（例えば、Bird et al., (1988) Science 242:423-426、Huston et al., (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883、McCafferty et al., (1990) Nature 348:552-554を参照されたい）。
いくつかの態様では、本開示は、抗体またはその抗原結合断片をコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子を含む、ベクターを提供する。他の態様では、ベクターは、遺伝子療法に使用され得る。
本開示に好適なベクターとしては、発現ベクター、ウイルスベクター、およびプラスミドベクターが挙げられる。一態様では、ベクターは、ウイルスベクターである。
本明細書において、発現ベクターは、適当な宿主細胞に導入された場合に、挿入されたコード配列の転写および翻訳に必要なエレメント、またはＲＮＡウイルスベクターの場合には、複製および翻訳に必要なエレメントを含む、任意の核酸コンストラクトを指す。発現ベクターは、プラスミド、ファージミド、ウイルス、およびこれらの誘導体を含み得る。
本開示の発現ベクターは、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドを含み得る。一態様では、抗体またはその抗原結合断片のコード配列は、発現制御配列に作動可能に連結されている。本明細書において、２つの核酸配列は、それらが、それぞれの構成要素の核酸配列がその機能性を保持することを可能にするような様式で共有結合により連結されている場合、作動可能に連結されている。コード配列および遺伝子発現制御配列は、それらが、コード配列の発現または転写および／もしくは翻訳を遺伝子発現制御配列の影響下または制御下におくような様式で共有結合により連結されている場合、作動可能に連結されていると称される。２つのＤＮＡ配列は、５’遺伝子発現配列におけるプロモーターの誘導が、コード配列の転写をもたらす場合、および２つのＤＮＡ配列間の連結の性質が、（１）フレームシフト突然変異の導入をもたらすことも、（２）コード配列の転写を誘導するプロモーター領域の能力を妨害することも、（３）対応するＲＮＡ転写産物がタンパク質に翻訳される能力を妨害することもない場合に、作動可能に連結されていると称される。したがって、遺伝子発現配列が、コード核酸配列の転写を実行することができ、結果として得られる転写産物が、所望される抗体またはその抗原結合断片に翻訳される場合、その遺伝子発現配列は、そのコード核酸配列に作動可能に連結されていることになる。
ウイルスベクターとしては、以下のウイルスに由来する核酸配列が挙げられるが、これらに限定されない：レトロウイルス、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス、ハーベイマウス肉腫ウイルス、マウス乳房腫瘍ウイルス、およびラウス肉腫ウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ＳＶ４０型ウイルス、ポリオーマウイルス、エプスタインバーウイルス、パピローマウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニアウイルス、ポリオウイルス、ならびにＲＮＡウイルス、例えば、レトロウイルス。当技術分野において周知の他のベクターを容易に利用することができる。特定のウイルスベクターは、非必須遺伝子が対象の遺伝子と置き換えられている非細胞変性真核生物ウイルスに基づく。非細胞変性ウイルスとしては、レトロウイルスが挙げられ、その生命周期は、ゲノムウイルスＲＮＡからＤＮＡへの逆転写、それに続く宿主細胞ＤＮＡへのプロウイルス組込みを伴う。レトロウイルスは、ヒト遺伝子療法臨床試験に承認されている。複製欠損（すなわち、所望されるタンパク質の合成を誘導することができるが、感染性粒子を製造することはできない）であるレトロウイルスが、もっとも有用である。そのような遺伝子が変更されたレトロウイルス発現ベクターは、インビボにおける高い効率の遺伝子形質導入に全般的な有用性を有する。複製欠損レトロウイルスを産生するための標準的なプロトコール（外因性遺伝子材料をプラスミドに組み込むこと、パッケージング細胞株へのプラスミドのトランスフェクション、パッケージング細胞株による組換えレトロウイルスの産生、組織培養培地からのウイルス粒子の収集、および標的細胞のウイルス粒子による感染の工程を含む）は、Kriegler, M., Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, W.H. Freeman Co., New York (1990)およびMurry, E. J., Methods in Molecular Biology, Vol. 7, Humana Press, Inc., Cliffton, N.J. (1991)に提供されている。
他のベクターとしては、プラスミドベクターが挙げられる。プラスミドベクターは、当技術分野において広く説明されており、当業者に周知である。例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989を参照されたい。過去数年の間に、プラスミドベクターは、複製して宿主ゲノムに組み込まれることができないことに起因して、インビボで遺伝子を細胞に送達するのに特に有益であることが見出されている。これらのプラスミドは、しかしながら、宿主細胞と適合性のプロモーターを有し、プラスミド内で作動可能にコードされる遺伝子からペプチドを発現することができる。市販供給業者から入手可能ないくつかの広く使用されているプラスミドとしては、ｐＢＲ３２２、ｐＵＣ１８、ｐＵＣ１９、様々なｐｃＤＮＡプラスミド、ｐＲＣ／ＣＭＶ、様々なｐＣＭＶプラスミド、ｐＳＶ４０、およびｐＢｌｕｅＳｃｒｉｐｔが挙げられる。特定のプラスミドのさらなる例としては、すべてＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ．）からのｐｃＤＮＡ３．１、カタログ番号Ｖ７９０２０；ｐｃＤＮＡ３．１／ｈｙｇｒｏ、カタログ番号Ｖ８７０２０；ｐｃＤＮＡ４／ｍｙｃ－Ｈｉｓ、カタログ番号Ｖ８６３２０；およびｐＢｕｄＣＥ４．１、カタログ番号Ｖ５３２２０が挙げられる。他のプラスミドは、当業者に周知である。さらに、プラスミドは、標準的な分子生物学技術を使用して、ＤＮＡの特定の断片を除去および／または付加するようにカスタム設計することができる。
ＶＩ．抗体産生
切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する抗体またはその断片は、抗体の合成のための当技術分野において公知の任意の方法、例えば、化学合成または組換え発現技術によって、産生することができる。本明細書に記載される方法は、別途示されない限り、分子生物学、微生物学、遺伝子分析、組換えＤＮＡ、有機化学、生化学、ＰＣＲ、オリゴヌクレオチド合成および修飾、核酸ハイブリダイゼーション、ならびに関連する分野における当業者の技能の範囲内の従来的な技術を利用する。これらの技術は、例えば、本明細書に引用される参考文献に記載されており、文献内で詳細に説明されている。例えば、Maniatis T et al., (1982) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press、Sambrook J et al., (1989), Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press、Sambrook J et al., (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY、Ausubel FM et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons (1987 and annual updates)、Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons (1987 and annual updates) Gait (ed.) (1984) Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach, IRL Press、Eckstein (ed.) (1991) Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach, IRL Press; Birren B et al., (eds.) (1999) Genome Analysis: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Pressを参照されたい。
具体的な態様では、本明細書に記載される抗体は、例えば、ＤＮＡ配列の合成、遺伝子操作を介した、作製を伴う任意の手段によって、調製、発現、作製、または単離される抗体（例えば、モノクローナル（ｍｏｎｏｌｏｃｌｏｎａｌ）抗体）である。特定の態様では、このような抗体は、インビボにおいて動物または哺乳動物（例えば、ヒト）の抗体生殖系列レパートリー内に天然に存在しない配列（例えば、ＤＮＡ配列またはアミノ酸配列）を含む。
特定の態様では、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を作製する方法であって、本明細書に記載される細胞または宿主細胞を培養することを含む、方法が、本明細書において提供される。特定の態様では、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を作製する方法であって、本明細書に記載される細胞または宿主細胞（例えば、本明細書に記載される抗体をコードするポリヌクレオチドを含む細胞または宿主細胞）を使用して、抗体またはその抗原結合断片を発現させること（例えば、組換えにより発現させること）を含む、方法が、本明細書において提供される。特定の態様では、細胞は、単離された細胞である。特定の態様では、外因性ポリヌクレオチドが、細胞に導入されている。特定の態様では、本方法は、細胞または宿主細胞から得られた抗体またはその抗原結合断片を精製する工程をさらに含む。
ポリクローナル抗体を産生するための方法は、当技術分野において公知である（例えば、Chapter 11 in: Short Protocols in Molecular Biology, (2002) 5th Ed., Ausubel FM et al., eds., John Wiley and Sons, New Yorkを参照されたい）。
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ、組換え、およびファージディスプレイ技術、またはこれらの組合せの使用を含む、当技術分野において公知の広範な技術を使用して調製することができる。例えば、モノクローナル抗体は、当技術分野において公知のもの、および例えばHarlow E & Lane D, Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988)、Hammerling GJ et al., in: Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563 681 (Elsevier, N.Y., 1981)において教示されるものを含む、ハイブリドーマ技術を使用して、産生することができる。本明細書において、「モノクローナル」抗体という用語は、ハイブリドーマ技術によって産生される抗体に限定されない。例えば、モノクローナル抗体は、本明細書に記載される抗体またはその断片、例えば、そのような抗体の軽鎖および／または重鎖を外因的に発現する宿主細胞から、組換えにより産生することができる。
具体的な態様では、本明細書において、「モノクローナル抗体」は、単一の細胞（例えば、組換え抗体を産生するハイブリドーマまたは宿主細胞）によって産生される抗体であり、ここで、抗体は、例えば、ＥＬＩＳＡ、または当技術分野において公知であるかもしくは本明細書において提供される実施例内の他の抗原結合もしくは競合的結合アッセイによって判定される場合、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する。特定の態様では、モノクローナル抗体は、キメラ抗体またはヒト化抗体であり得る。特定の態様では、モノクローナル抗体は、一価抗体、または多価（例えば、二価）抗体である。特定の態様では、モノクローナル抗体は、単一特異性または多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）である。本明細書に記載されるモノクローナル抗体は、例えば、Kohler G & Milstein C (1975) Nature 256: 495に記載されるハイブリドーマ方法によって作製されてもよく、または例えば、例として本明細書に記載される技術を使用してファージライブラリーから単離されてもよい。クローナル細胞株およびそれによって発現されるモノクローナル抗体の調製のための他の方法は、当技術分野において周知である［例えば、Chapter 11 in: Short Protocols in Molecular Biology, (2002) 5th Ed., Ausubel FM et al.（上記）を参照されたい］。
ハイブリドーマ技術を使用して特異的抗体を産生およびスクリーニングするための方法は、慣例的であり、当技術分野において周知である。例えば、ハイブリドーマ方法において、マウスまたは他の適当な宿主動物、例えば、ヒツジ、ヤギ、ウサギ、ラット、ハムスター、またはマカクに、免疫処置して、免疫処置に使用したタンパク質（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する抗体を産生するかまたは産生することができるリンパ球を誘起させる。あるいは、リンパ球は、インビトロで免疫処置してもよい。リンパ球を、次いで、好適な融合剤、例えば、ポリエチレングリコールを使用して、骨髄腫細胞と融合して、ハイブリドーマ細胞を形成する（Goding JW (Ed), Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, pp. 59-103 (Academic Press, 1986)）。さらに、ＲＩＭＭＳ（複数部位における反復的免疫処置）技術を使用して、動物を免疫処置することができる（Kilpatrick KE et al., (1997) Hybridoma 16:381-9、参照によりその全体が組み込まれる）。
いくつかの態様では、マウス（または他の動物、例えば、ニワトリ、ラット、サル、ロバ、ブタ、ヒツジ、ハムスター、またはイヌ）を、抗原（例えば、切断型ＣＤＣＰ１、例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１）で免疫処置してもよく、免疫応答が検出された後、例えば、抗原に特異的な抗体がマウス血清中で検出された後、マウス脾臓を採取し、脾細胞を単離する。脾細胞を、次いで、周知の技術によって、任意の好適な骨髄腫細胞、例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）（Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）から入手可能な細胞株ＳＰ２０に由来する細胞と融合して、ハイブリドーマを形成する。ハイブリドーマを、限界希釈によって選択し、クローニングする。特定の態様では、免疫処置したマウスのリンパ節を採取し、ＮＳＯ骨髄腫細胞と融合する。
このようにして調製したハイブリドーマ細胞を、好ましくは融合されていない親骨髄腫細胞の成長または生存を阻害する１つまたは複数の物質を含む好適な培養培地に播種し、そこで成長させる。例えば、親骨髄腫細胞が、酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）が欠如している場合、ハイブリドーマの培養培地は、典型的に、ヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含み（ＨＡＴ培地）、これらの物質により、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の成長が防止される。
具体的な態様は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による安定した高レベルの抗体産生を補助し、培地、例えば、ＨＡＴ培地に感受性である、骨髄腫細胞を利用する。これらの骨髄腫細胞株には、マウス骨髄腫株、例えば、ＮＳＯ細胞株、またはＳａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、ＵＳＡから入手可能なＭＯＰＣ－２１およびＭＰＣ－１１マウス腫瘍から誘導されたもの、ならびにＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、ＭＤ、ＵＳＡから入手可能なＳＰ－２またはＸ６３－Ａｇ８．６５３細胞がある。ヒト骨髄腫およびマウス－ヒトヘテロ骨髄腫細胞株もまた、ヒトモノクローナル抗体の産生について、説明されている（Kozbor D (1984) J Immunol 133: 3001-5、Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)）。
ハイブリドーマ細胞が成長する培養培地を、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）に対するモノクローナル抗体の産生に関してアッセイする。ハイブリドーマ細胞によって産生されたモノクローナル抗体の結合特異性は、当技術分野において公知の方法、例えば、免疫沈降、またはインビトロ結合アッセイ、例えば、放射免疫測定法（ＲＩＡ）もしくは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって判定される。
所望される特異性、親和性、および／または活性の抗体を産生するハイブリドーマ細胞を特定した後、クローンを、限界希釈手順によってサブクローニングし、標準的な方法によって成長させることができる［Goding JW (Ed), Monoclonal Antibodies: Principles and Practice（上記）］。この目的に好適な培養培地としては、例えば、Ｄ－ＭＥＭまたはＲＰＭＩ１６４０培地が挙げられる。加えて、ハイブリドーマ細胞は、動物において腹水腫瘍としてインビボで成長させることができる。
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、好適には、培養培地、腹水、または血清から、従来的な免疫グロブリン精製手順、例えば、例として、プロテインＡ－セファロース、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、または親和性クロマトグラフィーによって、分離される。
本明細書に記載される抗体は、特定の切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）を認識する抗体断片を含み、当業者に公知の任意の技術によって生成することができる。例えば、本明細書に記載されるＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２断片は、酵素、例えば、パパイン（Ｆａｂ断片を産生する）またはペプシン（Ｆ（ａｂ’）２断片を産生する）を使用した、免疫グロブリン分子のタンパク質分解切断によって、産生することができる。Ｆａｂ断片は、抗体分子の２つの同一なアームのうちの一方に対応し、重鎖のＶＨおよびＣＨ１ドメインと対合した完全軽鎖を含む。Ｆ（ａｂ’）２断片は、ヒンジ領域においてジスルフィド結合によって連結された抗体分子の２つの抗原結合アームを含む。
一態様では、全抗体を生成するために、ＶＨまたはＶＬヌクレオチド配列、制限部位、および制限部位を保護するための隣接配列を含むＰＣＲプライマーを使用して、鋳型から、ＶＨおよびＶＬ配列、例えば、ｓｃＦｖクローンを増幅させることができる。当業者に公知のクローニング技術を利用して、ＰＣＲ増幅されたＶＨドメインを、ＶＨ定常領域を発現するベクターにクローニングすることができ、ＰＣＲ増幅されたＶＬドメインを、ＶＬ定常領域、例えば、ヒトカッパまたはラムダ定常領域を発現するベクターにクローニングすることができる。ＶＨおよびＶＬドメインは、必要な定常領域を発現する１つのベクターにクローニングすることもできる。重鎖変換ベクターおよび軽鎖変換ベクターを、次いで、細胞株にコトランスフェクトして、当業者に公知の技術を使用して、全長抗体、例えば、ＩｇＧを発現する安定または一過性細胞株を生成する。
キメラ抗体は、抗体の異なる断片が、異なる免疫グロブリン分子に由来する、分子である。例えば、キメラ抗体は、非ヒト動物（例えば、マウス、ラット、またはニワトリ）モノクローナル抗体の可変領域がヒト抗体の定常領域に融合されたものを含み得る。キメラ抗体を産生する方法は、当技術分野において公知である。例えば、Morrison SL (1985) Science 229: 1202-7、Oi VT & Morrison SL (1986) BioTechniques 4: 214- 221、Gillies SD et al., (1989) J Immunol Methods 125: 191-202、ならびに米国特許第５，８０７，７１５号、同第４，８１６，５６７号、同第４，８１６，３９７号、および同第６，３３１，４１５号を参照されたい。
ヒト化抗体は、所定の抗原と結合することができ、実質的にヒト免疫グロブリンのアミノ酸配列を有するフレームワーク領域、および実質的に非ヒト免疫グロブリン（例えば、マウスまたはニワトリ免疫グロブリン）のアミノ酸配列を有するＣＤＲを含む。特定の態様では、ヒト化抗体はまた、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも断片、典型的には、ヒト免疫グロブリンのものを含む。抗体はまた、重鎖のＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２、ＣＨ３、およびＣＨ４領域を含み得る。ヒト化抗体は、ＩｇＭ、ＩｇＧ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、およびＩｇＥを含む任意のクラスの免疫グロブリン、ならびにＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４を含む任意のアイソタイプから選択され得る。ヒト化抗体は、ＣＤＲ－グラブティング（欧州特許第ＥＰ２３９４００号、国際公開ＷＯ９１／０９９６７号、ならびに米国特許第５，２２５，５３９号、同第５，５３０，１０１号、および同第５，５８５，０８９号）、ベニアリング（ｖｅｎｅｅｒｉｎｇ）またはリサーフェシング（ｒｅｓｕｒｆａｃｉｎｇ）（欧州特許第ＥＰ５９２１０６号および同第ＥＰ５１９５９６号、Padlan EA (1991) Mol Immunol 28(4/5): 489-498、Studnicka GM et al., (1994) Prot Engineering 7(6): 805-814、ならびにRoguska MA et al., (1994) PNAS 91: 969-973）、鎖シャッフリング（米国特許第５，５６５，３３２号）を含むがこれらに限定されない当技術分野において公知の様々な技術、ならびに例えば、米国特許第６，４０７，２１３号、米国特許第５，７６６，８８６号、国際公開ＷＯ９３／１７１０５号、Tan P et al., (2002) J Immunol 169: 1119-25、Caldas C et al., (2000) Protein Eng. 13(5): 353-60、Morea V et al., (2000) Methods 20(3): 267- 79、Baca M et al., (1997) J Biol Chem 272(16): 10678-84、Roguska MA et al., (1996) Protein Eng 9(10): 895 904、Couto JR et al., (1995) Cancer Res. 55 (23 Supp): 5973s-5977s、Couto JR et al., (1995) Cancer Res 55(8): 1717-22、Sandhu JS (1994) Gene 150(2): 409-10、ならびにPedersen JT et al., (1994) J Mol Biol 235(3): 959-73に開示されている技術を使用して、産生することができる。米国出願公開第ＵＳ２００５／００４２６６４号Ａｌ（２００５年２月２４日）もまた参照されたく、これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
多重特異性（例えば、二重特異性抗体）を作製するための方法が、説明されている。例えば、米国特許第７，９５１，９１７号、同第７，１８３，０７６号、同第８，２２７，５７７号、同第５，８３７，２４２号、同第５，９８９，８３０号、同第５，８６９，６２０号、同第６，１３２，９９２号、および同第８，５８６，７１３号を参照されたい。
単一ドメイン抗体、例えば、軽鎖が欠如した抗体は、当技術分野において周知の方法によって産生することができる。Riechmann L & Muyldermans S (1999) J Immunol 231 : 25-38、Nuttall SD et al., (2000) Curr Pharm Biotechnol 1(3): 253-263、Muyldermans S, (2001) J Biotechnol 74(4): 277-302、米国特許第６，００５，０７９号、ならびに国際公開ＷＯ９４／０４６７８号、同ＷＯ９４／２５５９１号、および同ＷＯ０１／４４３０１号を参照されたい。
さらに、切断型ＣＤＣＰ１抗原と特異的に結合する抗体は、当業者に周知の技術を使用して抗原を「模倣する」抗イディオタイプ抗体を生成するために利用することができる。（例えば、Greenspan NS & Bona CA (1989) FASEB J 7(5): 437-444およびNissinoff A (1991) J Immunol 147(8): 2429-2438を参照されたい。）
特定の態様では、本明細書に記載される抗ＣＤＣＰ１抗体と同一の切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１）のエピトープと結合する、本明細書に記載される抗体は、ヒト抗体またはその抗原結合断片である。特定の態様では、本明細書に記載される抗体（例えば、ＣＬ０３およびＣＬ０７）が切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１）と結合するのを競合的に遮断する（例えば、用量依存的様式で）、本明細書に記載される抗体は、ヒト抗体またはその抗原結合断片である。
ヒト抗体は、当技術分野において公知の任意の方法を使用して産生することができる。例えば、機能的内因性免疫グロブリンを発現することができないが、ヒト免疫グロブリン遺伝子を発現することができる、トランスジェニックマウスを、使用することができる。具体的には、ヒト重鎖および軽鎖免疫グロブリン遺伝子複合体を、無作為に、または相同組換えによって、マウス胚性幹細胞に導入することができる。あるいは、ヒト可変領域、定常領域、および多様な領域を、ヒト重鎖および軽鎖遺伝子に加えて、マウス胚性幹細胞に導入することができる。マウス重鎖および軽鎖免疫グロブリン遺伝子は、相同組換えによるヒト免疫グロブリン遺伝子座の導入とは別個に、またはそれと同時に、非機能性にすることができる。具体的には、ＪＨ領域のホモ接合性欠失により、内因性抗体産生が防止される。修飾された胚性幹細胞を、拡大させ、胚盤胞にマイクロ注入して、キメラマウスを産生する。キメラマウスを、次いで、繁殖させて、ヒト抗体を発現するホモ接合性子孫を産生する。トランスジェニックマウスを、通常の様式で、選択された抗原、例えば、抗原のすべてまたは断片（例えば、切断型ＣＤＣＰ１）で免疫処置する。抗原に対するモノクローナル抗体は、従来的なハイブリドーマ技術を使用して、免疫処置したトランスジェニックマウスから得ることができる。トランスジェニックマウスが保有するヒト免疫グロブリン導入遺伝子は、Ｂ細胞分化の際に再配列され、続いて、クラススイッチおよび体細胞突然変異を受ける。したがって、このような技術を使用して、治療的に有用なＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、およびＩｇＥ抗体を産生することが可能である。ヒト抗体を産生するためのこの技術の概要については、Lonberg N & Huszar D (1995) Int Rev Immunol 13 :65-93を参照されたい。ヒト抗体およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのこの技術、ならびにそのような抗体を産生するためのプロトコールに関する詳細な考察については、例えば、国際公開ＷＯ９８／２４８９３号、同ＷＯ９６／３４０９６号、および同ＷＯ９６／３３７３５号、ならびに米国特許第５，４１３，９２３号、同第５，６２５，１２６号、同第５，６３３，４２５号、同第５，５６９，８２５号、同第５，６６１，０１６号、同第５，５４５，８０６号、同第５，８１４，３１８号、および同第５，９３９，５９８号を参照されたい。ヒト抗体を産生することができるマウスの例としては、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）（Ａｂｇｅｎｉｘ， Ｉｎｃ．、米国特許第６，０７５，１８１号および同第６，１５０，１８４号）、ＨＵＡＢ－ＭＯＵＳＥ（商標）（Ｍｅｄｅｒｅｘ， Ｉｎｃ．／Ｇｅｎ Ｐｈａｒｍ、米国特許第５，５４５，８０６号および同第５，５６９， ８２５号）、ＴＲＡＮＳ ＣＨＲＯＭＯ ＭＯＵＳＥ（商標）（Ｋｉｒｉｎ）、ならびにＫＭ ＭＯＵＳＥ（商標）（Ｍｅｄａｒｅｘ／Ｋｉｒｉｎ）が挙げられる。
切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合するヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン配列に由来する抗体ライブラリーを使用した上記のファージディスプレイ方法を含む、当技術分野において公知の様々な方法によって作製することができる。また、米国特許第４，４４４，８８７号、同第４，７１６，１１１号、および同第５，８８５，７９３号、ならびに国際公開ＷＯ９８／４６６４５号、同ＷＯ９８／５０４３３号、同ＷＯ９８／２４８９３号、同ＷＯ９８／１６６５４号、同ＷＯ９６／３４０９６号、同ＷＯ９６／３３７３５号、および同ＷＯ９１／１０７４１号を参照されたい。
いくつかの態様では、ヒト抗体は、マウス－ヒトハイブリドーマを使用して産生することができる。例えば、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）を形質転換したヒト末梢血リンパ球を、マウス骨髄腫細胞と融合して、ヒトモノクローナル抗体を分泌するマウス－ヒトハイブリドーマを産生し、これらのマウス－ヒトハイブリドーマをスクリーニングして、標的抗原（例えば、切断型ＣＤＣＰ１、例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合するヒトモノクローナル抗体を分泌するものを判定することができる。そのような方法は、当技術分野において公知であり、説明されており、例えば、Shinmoto H et al., (2004) Cytotechnology 46: 19-23、Naganawa Y et al., (2005) Human Antibodies 14: 27-31を参照されたい。
ＶＩＩ．細胞およびベクター
特定の態様では、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する本明細書に記載される抗体（またはその抗原結合断片）を発現する（例えば、組換えで）細胞（例えば、宿主細胞）、ならびに関連するポリヌクレオチドおよび発現ベクターが、本明細書において提供される。宿主細胞、例えば、哺乳動物細胞における組換え発現のための、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体または断片をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む、ベクター（例えば、発現ベクター）が、本明細書において提供される。本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、ヒトまたはヒト化抗体）を組換えにより発現させるための、そのようなベクターを含む宿主細胞もまた、本明細書において提供される。特定の態様では、本明細書に記載される抗体を産生するための方法であって、そのような抗体を、宿主細胞から発現させることを含む、方法が、本明細書において提供される。
切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する本明細書に記載される抗体（例えば、本明細書に記載される全長抗体、抗体の重鎖および／もしくは軽鎖、または一本鎖抗体）の組換え発現は、抗体をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターの構築を含む。本明細書に記載される抗体分子、抗体の重鎖および／もしくは軽鎖、またはその断片（例えば、重鎖および／もしくは軽鎖可変ドメイン）をコードするポリヌクレオチドが得られた後、抗体分子の産生のためのベクターを、当技術分野において周知の技術を使用して、組換えＤＮＡ技術によって産生することができる。したがって、抗体または抗体断片（例えば、軽鎖または重鎖）をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを発現させることによってタンパク質を調製するための方法が、本明細書に記載される。当業者に周知である方法を使用して、抗体または抗体断片（例えば、軽鎖または重鎖）コード配列、ならびに適当な転写および翻訳制御シグナルを含む発現ベクターを構築することができる。これらの方法としては、例えば、インビトロ組換えＤＮＡ技法、合成技法、およびインビボ遺伝子組換えが挙げられる。また、プロモーターに作動可能に連結された、本明細書に記載される抗体分子、抗体の重鎖もしくは軽鎖、抗体もしくはその断片の重鎖もしくは軽鎖可変ドメイン、または重鎖もしくは軽鎖ＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含む、複製可能なベクターが、提供される。そのようなベクターは、例えば、抗体分子の定常領域をコードするヌクレオチド配列を含み（例えば、国際公開ＷＯ８６／０５８０７号および同ＷＯ８９／０１０３６号、ならびに米国特許第５，１２２，４６４号を参照されたい）、抗体の可変ドメインを、全重鎖、全軽鎖、または全重鎖および全軽鎖の両方の発現のために、そのようなベクターにクローニングすることができる。
発現ベクターは、従来的な技術によって細胞（例えば、宿主細胞）に移入することができ、結果として得られた細胞を、次いで、従来的な技術によって培養して、本明細書に記載される抗体（例えば、抗ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片のＶＨおよび／もしくはＶＬ、またはＶＨおよび／もしくはＶＬ ＣＤＲのうちの１つもしくは複数を含む、抗体）またはその断片を産生することができる。したがって、宿主細胞におけるそのような配列の発現のためのプロモーターに作動可能に連結された、本明細書に記載される抗体もしくはその断片、またはその重鎖もしくは軽鎖、またはその断片、または本明細書に記載される一本鎖抗体をコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞が、本明細書において提供される。特定の態様では、二本鎖抗体の発現のために、個別に重鎖および軽鎖の両方をコードするベクターを、以下に詳述されるように、免疫グロブリン分子全体の発現のために宿主細胞において共発現させることができる。特定の態様では、宿主細胞は、本明細書に記載される抗体またはその断片の重鎖および軽鎖の両方をコードするポリヌクレオチドを含むベクターを含む。具体的な態様では、宿主細胞は、本明細書に記載される抗体またはその断片の重鎖または重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第１のベクター、および本明細書に記載される抗体またはその断片の軽鎖または軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第２のベクターという、２つの異なるベクターを含む。他の態様では、第１の宿主細胞は、本明細書に記載される抗体またはその断片の重鎖または重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第１のベクターを含み、第２の宿主細胞は、本明細書に記載される抗体の軽鎖または軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第２のベクターを含む。具体的な態様では、第１の細胞によって発現される重鎖／重鎖可変領域が第２の細胞の軽鎖／軽鎖可変領域と会合して、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、抗ヒトまたはマウス切断型ＣＤＣＰ１抗体）またはその抗原結合断片が形成される。特定の態様では、そのような第１の宿主細胞およびそのような第２の宿主細胞を含む宿主細胞の集団が、本明細書において提供される。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の軽鎖／軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第１のベクター、および本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の重鎖／重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む第２のベクターを含む、ベクターの集団が、本明細書において提供される。
いくつかの態様では、切断型ＣＵＢ１エクトドメインをコードするポリヌクレオチドを含む第１のベクターおよびＣＵＢ２／ＣＵＢ３エクトドメインをコードする第２のポリヌクレオチドを含む、ベクターの集団が、本明細書において提供される。
様々な宿主発現ベクター系を利用して、本明細書に記載される抗体分子を発現させることができる。そのような宿主発現系は、対象のコード配列を産生し、続いて精製することができる媒体を表すだけでなく、適当なヌクレオチドコード配列が形質転換またはトランスフェクトされた場合には、インサイチュで本明細書に記載される抗体分子を発現させることができる細胞も表す。これらとしては、抗体コード配列を含む組換えバクテリオファージＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、もしくはコスミドＤＮＡ発現ベクターが形質転換された微生物、例えば、細菌［例えば、大腸菌およびＢ．スブチリス（Ｂ． ｓｕｂｔｉｌｉｓ）］；抗体コード配列を含む組換え酵母発現ベクターが形質転換された酵母［例えば、サッカロマイセス・ピキア（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ Ｐｉｃｈｉａ）］；抗体コード配列を含む組換えウイルス発現ベクター（例えば、バキュロウイルス）に感染した昆虫細胞系；抗体コード配列を含む組換えウイルス発現ベクター（例えば、カリフラワーモザイクウイルス、ＣａＭＶ；タバコモザイクウイルス、ＴＭＶ）に感染したか、または抗体コード配列を含む組換えプラスミド発現ベクター（例えば、Ｔｉプラスミド）が形質転換された、植物細胞系［例えば、緑藻、例えば、クラミドモナス・レインハルデチイ（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ ｒｅｉｎｈａｒｄｔｉｉ）］；または哺乳動物細胞のゲノムに由来するプロモーター（例えば、メタロチオネインプロモーター）もしくは哺乳動物ウイルスに由来するプロモーター（例えば、アデノウイルス後期プロモーター；ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター）を含む組換え発現コンストラクトを有する哺乳動物細胞系［例えば、ＣＯＳ（例えば、ＣＯＳ１もしくはＣＯＳ）、ＣＨＯ、ＢＨＫ、ＭＤＣＫ、ＨＥＫ２９３、ＮＳＯ、ＰＥＲ．Ｃ６、ＶＥＲＯ、ＣＲＬ７０３０、ＨｓＳ７８Ｂｓｔ、ＨｅＬａ、ＮＩＨ３Ｔ３、ＨＥＫ－２９３Ｔ、ＨｅｐＧ２、ＳＰ２１０、Ｒｌ．ｌ、Ｂ－Ｗ、Ｌ－Ｍ、ＢＳＣｌ、ＢＳＣ４０、ＹＢ／２０、ＳＰ２／０、Ｓｆ９、ヒトリンパ芽球様、ＮＳ０、ボウ黒色腫（ｂｏｗ ｍｅｌａｎｏｍａ）、ＨＴ－１０８０、ＰＥＲＣ．６、およびＢＭＴ１０細胞］が挙げられるが、これらに限定されない。具体的な態様では、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合断片を発現させるための細胞は、ＣＨＯ細胞、例えば、ＣＨＯ ＧＳ ＳＹＳＴＥＭ（商標）（Ｌｏｎｚａ）からのＣＨＯ細胞である。特定の態様では、本明細書に記載される抗体を発現させるための細胞は、ヒト細胞、例えば、ヒト細胞株である。具体的な態様では、哺乳動物発現ベクターは、ＰＯＰＴＩＶＥＣ（商標）またはｐｃＤＮＡ３．３である。特定の態様では、細菌細胞、例えば、大腸菌、または真核生物細胞（例えば、哺乳動物細胞）、特に、全組換え抗体分子の発現のためのものが、組換え抗体分子の発現に使用される。例えば、ベクター、例えば、ヒトサイトメガロウイルスに由来する主要中間初期遺伝子プロモーターエレメントと併用した、哺乳動物細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞は、抗体の有効な発現系である（Foecking MK & Hofstetter H (1986) Gene 45: 101-5およびCockett MI et al., (1990) Biotechnology 8(7): 662-7）。特定の態様では、本明細書に記載される抗体は、ＨＥＫ－２９３Ｔ細胞によって産生される。具体的な態様では、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する本明細書に記載される抗体をコードするヌクレオチド配列の発現は、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、または組織特異的プロモーターによって制御される。
細菌系では、発現される抗体分子に意図される使用に応じて、いくつかの発現ベクターが、有利に選択され得る。例えば、抗体分子の医薬組成物の生成のために多数のそのような抗体を産生しようとする場合、容易に精製される高レベルの融合タンパク質産物の発現を誘導するベクターが、望ましい場合がある。そのようなベクターとしては、融合タンパク質が産生されるように、抗体コード配列がｌａｃ Ｚコード領域とインフレームでベクターに個別にライゲーションされ得る大腸菌発現ベクターｐＵＲ２７８（Ruether U & Mueller-Hill B (1983) EMBO J 2: 1791-1794）、ｐＩＮベクター（Inouye S & Inouye M (1985) Nuc Acids Res 13: 3101-3109、Van Heeke G & Schuster SM (1989) J Biol Chem 24: 5503-5509）などが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、ｐＧＥＸベクターもまた、グルタチオン５－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパク質として外来ポリペプチドを発現するために使用され得る。一般に、そのような融合タンパク質は、可溶性であり、マトリックスグルタチオンアガロースビーズへの吸着および結合、続いて、遊離グルタチオンの存在下における溶出によって、溶解細胞から容易に精製することができる。ｐＧＥＸベクターは、クローニングされた標的遺伝子産物が、ＧＳＴ部分から放出され得るように、トロンビンまたは第Ｘａ因子プロテアーゼ切断部位を含むように設計される。
昆虫系では、例えば、オートグラファ・カリフォルニカ（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）核多角体病ウイルス（ＡｃＮＰＶ）が、外来遺伝子を発現させるためのベクターとして使用され得る。ウイルスは、スポドプテラ・フルギペルダ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）細胞において成長する。抗体コード配列は、ウイルスの非必須領域（例えば、ポリへドリン遺伝子）に個別にクローニングされ得、ＡｃＮＰＶプロモーター（例えば、ポリへドリンプロモーター）の制御下におかれ得る。
哺乳動物宿主細胞では、いくつかのウイルスに基づく発現系が利用され得る。アデノウイルスが発現ベクターとして使用される場合、対象の抗体コード配列は、アデノウイルス転写／翻訳制御複合体、例えば、後期プロモーターおよび三連リーダー配列にライゲーションされ得る。このキメラ遺伝子は、次いで、インビトロまたはインビボでの組換えによって、アデノウイルスゲノムに挿入され得る。ウイルスゲノムの非必須領域（例えば、領域Ｅ１またはＥ３）への挿入は、生存可能であり、感染した宿主において抗体分子を発現することができる、組換えウイルスをもたらす（例えば、Logan J & Shenk T (1984) PNAS 81(12): 3655-9を参照されたい）。また、挿入された抗体コード配列の効率的な翻訳のために、特定の開始シグナルが、必要とされ得る。これらのシグナルには、ＡＴＧ開始コドンおよび隣接する配列が含まれる。さらに、開始コドンは、インサート全体の翻訳を確実にするために、所望されるコード配列のリーディングフレームと同位相でなければならない。これらの外因性翻訳制御シグナルおよび開始コドンは、天然および合成の両方の様々な起源のものであり得る。発現の効率性は、適当な転写エンハンサーエレメント、転写終結因子などを含めることによって、増強され得る（例えば、Bitter G et al., (1987) Methods Enzymol. 153: 516-544を参照されたい）。
加えて、挿入される配列の発現を調節するか、または所望される特定の様式で遺伝子産物を修飾およびプロセシングする、宿主細胞株が、選択され得る。タンパク質産物のそのような修飾（例えば、グリコシル化）およびプロセシング（例えば、切断）は、タンパク質の機能に重要であり得る。異なる宿主細胞は、タンパク質および遺伝子産物の翻訳後プロセシングおよび修飾のための特徴および特定の機序を有する。発現される外来タンパク質の正しい修飾およびプロセシングを確実にするために、適当な細胞株または宿主系を選択することができる。この目的で、一次転写産物の適切なプロセシング、遺伝子産物のグリコシル化およびリン酸化のための細胞機序を有する真核生物宿主細胞を、使用することができる。そのような哺乳動物宿主細胞としては、ＣＨＯ、ＳＫＯＶ－３、Ｂ１６－Ｆ１、ＮＣＩ－Ｈ５２２、ＶＥＲＯ、ＢＨＫ、Ｈｅｌａ、ＭＤＣＫ、ＨＥＫ－２９３、ＮＩＨ３Ｔ３、Ｗ１３８、ＢＴ４８３、Ｈｓ５７８Ｔ、ＨＴＢ２、ＢＴ２０、およびＴ４７Ｄ、ＮＳＯ（免疫グロブリン鎖を内因的に産生しないマウス骨髄腫細胞株）、ＣＲＬ７０３０、ＣＯＳ（例えば、ＣＯＳ１またはＣＯＳ）、ＰＥＲ．Ｃ６、ＶＥＲＯ、ＨｓＳ７８Ｂｓｔ、ＨＥＫ－２９３Ｔ、ＨｅｐＧ２、ＳＰ２１０、Ｒｌ． ｌ、Ｂ－Ｗ、Ｌ－Ｍ、ＢＳＣ１、ＢＳＣ４０、ＹＢ／２０、ＢＭＴ１０、ならびにＨｓＳ７８Ｂｓｔ細胞が挙げられるが、これらに限定されない。特定の態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、哺乳動物細胞、例えば、ＨＥＫ－２９３Ｔ細胞において産生される。
具体的な態様では、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合断片は、低減されたフコース含量を有するか、またはフコース含量を有さない。そのような抗体は、当業者に公知の技術を使用して産生することができる。例えば、抗体は、フコシル化する能力が欠損または欠如している細胞において、発現され得る。具体的な例では、ｌ，６－フコシルトランスフェラーゼの両方の対立遺伝子のノックアウトを有する細胞株を、低減されたフコース含量を有する抗体またはその抗原結合断片を産生するために使用することができる。ＰＯＴＥＬＬＩＧＥＮＴ（登録商標）系（Ｌｏｎｚａ）は、低減されたフコース含量を有する抗体またはその抗原結合断片を産生するために使用することができるそのような系の例である。
組換えタンパク質の長期にわたる高収率の産生のために、安定な発現細胞が、生成され得る。例えば、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片を安定に発現する細胞株を、遺伝子操作することができる。具体的な態様では、本明細書において提供される細胞は、会合して本明細書に記載される抗体またはその抗原結合断片を形成する軽鎖／軽鎖可変ドメインおよび重鎖／重鎖可変ドメインを安定に発現する。
特定の態様では、ウイルス複製起点を含む発現ベクターを使用するのではなく、宿主細胞を、適当な発現制御エレメント（例えば、プロモーター、エンハンサー、配列、転写終結因子、ポリアデニル化部位など）および選択可能なマーカーによって制御されるＤＮＡで形質転換してもよい。外来ＤＮＡ／ポリヌクレオチドを導入した後、遺伝子操作された細胞は、強化培地において１～２日間成長させることができ、次いで、選択培地に切り替える。組換えプラスミドにおける選択可能なマーカーは、選択に対する耐性を付与し、細胞が、プラスミドをその染色体内に安定に取り込み、成長してフォーカスを形成することを可能にし、これが、クローニングされ、細胞株に拡大され得る。この方法は、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗体結合断片を発現する細胞株を遺伝子操作するために有利に使用することができる。そのような遺伝子操作された細胞株は、抗体分子と直接的または間接的に相互作用する組成物のスクリーニングおよび評価に、特に有用であり得る。
単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（Wigler M et al., (1977) Cell 11(1): 223-32）、ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（Szybalska EH & Szybalski W (1962) PNAS 48(12): 2026-2034）、およびアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（Lowy I et al., (1980) Cell 22(3): 817-23）遺伝子を含むがこれらに限定されない、いくつかの選択系を使用することができ、これらは、それぞれ、ｔｋ－、ｈｇｐｒｔ－、またはａｐｒｔ－細胞において利用され得る。また、抗代謝剤耐性を、以下の遺伝子の選択の基準として使用することができる：メトトレキサートに対する耐性を付与するｄｈｆｒ（Wigler M et al., (1980) PNAS 77(6): 3567-70、O’ Hare K et al., (1981) PNAS 78: 1527-31）、ミコフェノール酸に対する耐性を付与するｇｐｔ（Mulligan RC & Berg P (1981) PNAS 78(4): 2072-6）、アミノグリコシドＧ－４１８に対する耐性を付与するｎｅｏ（Wu GY & Wu CH (1991) Biotherapy 3: 87-95、Tolstoshev P (1993) Ann Rev Pharmacol Toxicol 32: 573-596、Mulligan RC (1993) Science 260: 926-932、およびMorgan RA & Anderson WF (1993) Ann Rev Biochem 62: 191-217、Nabel GJ & Feigner PL (1993) Trends Biotechnol 11(5): 211-5）、ならびにハイグロマイシンに対する耐性を付与するｈｙｇｒｏ（Santerre RF et al., (1984) Gene 30(1-3): 147-56）。組換えＤＮＡ技術の分野において一般に公知の方法を、慣例的に適用して、所望される組換えクローンを選択することができ、そのような方法は、例えば、Ausubel FM et al., (eds.), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY (1993)、Kriegler M, Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, Stockton Press, NY (1990)、およびChapters 12 and 13, Dracopoli NC et al., (eds.), Current Protocols in Human Genetics, John Wiley & Sons, NY (1994)、Colbere-Garapin F et al., (1981) J Mol Biol 150: 1-14に記載されており、これらは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
いくつかの態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、免疫細胞、例えば、Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞上に発現され得る。いくつかの態様では、抗体またはその抗原結合断片は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）として発現され得る。ＣＡＲ－Ｔ細胞は、キメラ抗原受容体を発現するＴ細胞である。本明細書において、「キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）」という用語は、抗原が細胞外ドメインと結合すると特化した機能を行うように細胞を誘導する、細胞内ドメインに連結された抗原特異的細胞外（またはエクトドメイン）ドメインを有する組換え融合タンパク質を指す。キメラ抗原受容体は、ＭＨＣ非依存性抗原に結合する能力およびそれらの細胞内ドメインを介して活性化シグナルを伝達する能力の両方によって、他の抗原結合剤とは区別される。
いくつかの態様では、キメラ抗原受容体の抗原特異的細胞外ドメインは、抗原、すなわち、切断型ＣＤＣＰ１を認識し、それと特異的に結合する。本開示のＣＡＲにおける使用に好適な切断型ＣＤＣＰ１特異的細胞外ドメインは、任意の抗原結合ポリペプチドであり得、広範なものが、当技術分野において公知である。いくつかの場合には、抗原結合ドメインは、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）またはＦａｂである。他の態様では、本開示のＣＡＲに有用な抗原結合断片は、本明細書の任意の箇所に開示されている抗原結合断片を含む。
いくつかの態様では、ＣＡＲに有用な膜貫通ドメインは、細胞外ドメインに接続されており、天然に存在する膜貫通ドメインを含み得る。他の態様では、ＣＡＲに有用な膜貫通ドメインは、Ｔ細胞受容体、ＣＤ２８、ＣＤ３ ε、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤＳ、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１５４、ＣＤ８、または当技術分野において公知の任意の他のもののアルファ鎖、ベータ鎖、またはゼータ鎖に由来し得る。
「細胞内ドメイン」という用語は、抗原が細胞外ドメインと結合するとエフェクター機能シグナルを伝達し、特化した機能を行うようにＴ細胞を誘導する、ＣＡＲの部分を指す。一態様では、ＣＡＲの細胞内ドメインは、免疫受容体チロシン活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含む。いくつかの態様では、ＩＴＡＭは、ＣＤ３ゼータ（ζ、ゼータ）、ＦｃＲガンマ、ＦｃＲベータ、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤＳ、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ６６ｄ、４－１ ＢＢ、ＤＡＰ－１ ０、ＯＸ４０、またはＦｃ［イプシロン］ＲＩ［ガンマ］に由来する。
いくつかの態様では、本開示のＣＡＲは、細胞内ドメインに連結され得る共刺激ドメインをさらに含む。ＣＡＲコンストラクトにおける共刺激ドメインは、ＣＡＲの細胞内部分の一部として、シグナルを伝達し、細胞を活性化し得る。いくつかの態様では、共刺激ドメインは、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、またはＢ７－Ｈ３に由来する。
他の態様では、本開示のＣＡＲは、リンカーをさらに含む。短いオリゴペプチドまたはポリペプチドリンカーが、膜貫通ドメインと細胞内ドメインとの間に存在してもよい。いくつかの態様では、リンカーは、細胞外ドメインが抗原、例えば、切断型ＣＤＣＰ１と結合したときに、ＣＡＲの細胞内ドメインがＴ細胞活性化を誘導することができる限り、特定の長さに限定されない。いくつかの態様では、リンカーは、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３リンカーを含む。
他の態様では、本開示は、本開示のＣＡＲをコードするポリヌクレオチド、またはポリヌクレオチドを含むベクターを含む。
本明細書において、「Ｔ細胞」という用語は、胸腺に由来し、細胞の免疫応答に寄与するリンパ球である。Ｔ細胞は、ＣＤ４＋ Ｔ細胞（ヘルパーＴ細胞、ＴＨ細胞）、ＣＤ８＋ Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、ＣＴＬ）、メモリーＴ細胞、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、またはナチュラルキラーＴ細胞を含む。いくつかの態様では、ＣＡＲが導入されるＴ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
ＶＩＩＩ．イムノコンジュゲート、抗体誘導体および診断
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、サンプルの試験およびインビボイメージングを含む診断目的で使用することができ、この目的で、抗体（またはその結合断片）は、適当な検出可能な薬剤とコンジュゲートして、イムノコンジュゲートを形成することができる。診断目的では、適当な薬剤は、全身撮像のための放射性同位体ならびにサンプルの試験のための放射性同位体、酵素、蛍光標識および他の好適な抗体タグを含む、検出可能な標識である。
本明細書に記載される任意の抗切断型ＣＤＣＰ１抗体と連結させることができる検出可能な標識は、コロイド金などの金属ゾルを含む粒子標識、例えば、Ｎ２Ｓ２、Ｎ３Ｓ、もしくはＮ４型のペプチド性キレート剤とともに提示されるＩ１２５またはＴｃ９９などの同位体、蛍光マーカー、発光マーカー、リン光マーカーなどを含む発色団、ならびに所与の基質を検出可能なマーカーに変換する酵素標識およびポリメラーゼ連鎖反応などによる増幅後に示されるポリヌクレオチドタグを含め、インビトロ（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）診断の分野において現在使用されている様々な種類のうちのいずれかであり得る。好適な酵素標識として、西洋ワサビペルオキシダーゼおよびアルカリホスファターゼなどが挙げられる。例えば、標識は、アダマンチルメトキシホスホリルオキシフェニルジオキセタン（ＡＭＰＰＤ）、ジナトリウム３－（４－（メトキシスピロ｛１，２－ジオキセタン－３，２’－（５’－クロロ）トリシクロ｛３．３．１．１ ３，７｝デカン｝－４－イル）フェニルホスフェート（ＣＳＰＤ）などの１，２ジオキセタン基質ならびにＣＤＰおよびＣＤＰ－ＳＴＡＲ（登録商標）または当業者に周知の他の発光性基質、例えば、テルビウム（ＩＩＩ）およびユーロピウム（ＩＩＩ）などの好適なランタニドのキレートの変換後の化学発光の存在または形成を測定することによって検出される、酵素アルカリホスファターゼであり得る。検出手段は、選択された標識によって決定される。標識またはその反応産物の出現は、標識が粒子であり、適当なレベルで蓄積する場合には、裸眼で、または分光光度計、ルミノメーター、蛍光光度計などの機器を使用して、達成され得るが、すべて標準的な慣例に従う。
いくつかの態様では、コンジュゲーション法は、実質的に（またはほぼ）非免疫原性である結合、例えば、ペプチド（すなわち、アミド）結合、スルフィド結合（立体障害）、ジスルフィド結合、ヒドラゾン結合およびエーテル結合を生じる。これらの結合は、ほぼ非免疫原性であり、血清内で妥当な安定性を示す（例えば、Senter, P. D., Curr. Opin. Chem. Biol. 13 (2009) 235-244、ＷＯ２００９／０５９２７８、ＷＯ９５／１７８８６を参照のこと）。
部分および抗体の生化学的性質に応じて、異なるコンジュゲーション戦略を用いることができる。部分が、５０～５００個のアミノ酸の天然に存在するまたは組換えである場合、標準的な手順は、タンパク質コンジュゲートの合成のための化学反応について記載した教則本にあり、当業者であれば容易に従うことができる（例えば、Hackenberger, C. P. R., and Schwarzer, D., Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 47 (2008) 10030-10074を参照されたい）。いくつかの態様では抗体または部分内のマレイミド部分とシステイン残基との反応が使用される。これは、例えば、抗体のＦａｂまたはＦａｂ’断片が使用される場合に、特に好適なカップリング化学反応である。あるいは、いくつかの態様では、抗体または部分のＣ末端へのカップリングが行われる。タンパク質、例えば、Ｆａｂ断片のＣ末端修飾は、記載されるように行われ得る（Sunbul, M. and Yin, J., Org. Biomol. Chem. 7 (2009) 3361-3371）。
一般に、部位特異的反応および共有結合カップリングは、天然のアミノ酸を、存在する他の官能基の反応性に直交性である反応性を有するアミノ酸に変換することに基づく。例えば、稀な配列構成内の特定のシステインは、アルデヒドに酵素変換され得る（Frese, M. A., and Dierks, T., Chem Bio Chem. 10 (2009) 425-427を参照のこと）。所与の配列構成における特定の酵素の、天然のアミノ酸との特異的酵素反応性を利用することによって、所望されるアミノ酸修飾を得ることもまた可能である（例えば、Taki, M. et al., Prot. Eng. Des. Sel. 17 (2004) 119-126、Gautier, A. et al. Chem. Biol. 15 (2008) 128-136を参照のこと。プロテアーゼに触媒されるＣ－－Ｎ結合の形成は、Bordusa, F., Highlights in Bioorganic Chemistry (2004) 389-403で使用される）。部位特異的反応および共有結合カップリングはまた、末端アミノ酸の、適当な修飾試薬との選択的反応によっても達成され得る。
Ｎ末端システインの、ベンゾニトリルとの反応性（Ren. H. et al., Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 48 (2009) 9658-9662を参照のこと）を使用して、部位特異的共有結合カップリングを達成することができる。
天然の化学的ライゲーションはまた、Ｃ末端システイン残基に依存し得る（Taylor, E. Vogel; Imperiali, B, Nucleic Acids and Molecular Biology (2009), 22 (Protein Engineering), 65-96）。
ＵＳ６４３７０９５Ｂ１は、負に荷電したアミノ酸のストレッチ内のシステインの、正に荷電したアミノ酸のストレッチ内に位置するシステインとの早い反応に基づくコンジュゲーション法について記載している。
部分はまた、合成ペプチドまたはペプチド模倣体であってもよい。ポリペプチドが化学合成される場合、直交性化学反応性を有するアミノ酸は、このような合成中に組み込まれ得る（例えば、de Graaf. A. J. et al., Bioconjug. Chem. 20 (2009) 1281-1295を参照のこと）。多種多様な直交性官能基が問題となっており、合成ペプチドに導入され得るため、このようなペプチドの、リンカーとのコンジュゲーションは、標準化学反応である。
単一標識ポリペプチドを得るために、１：１の化学量論のコンジュゲートを、他のコンジュゲーション副産物からクロマトグラフィーによって分離してもよい。この手順は、色素標識した結合対メンバーおよび荷電リンカーを使用することにより容易となり得る。この種類の標識および高度に負に荷電した結合対メンバーを使用することにより、モノコンジュゲートしたポリペプチドは、非標識ポリペプチドおよび１種を上回るリンカーを有するポリペプチドから容易に分離されるが、これは、電荷および分子量における相違を分離に使用できるためである。蛍光色素は、標識した一価結合剤などの未結合成分から複合体を精製するのに有用であり得る。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体と結合する部分は、結合部分、標識部分、および生物学的に活性な部分からなる群から選択される。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体はまた、イムノコンジュゲート、例えば、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を形成するように、治療剤とコンジュゲートされ得る。好適な治療剤として、抗代謝剤、アルキル化剤、ＤＮＡ副溝結合剤、ＤＮＡインターカレーター、ＤＮＡ架橋剤、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、核外輸送阻害剤、プロテアソーム阻害剤、トポイソメラーゼＩまたはＩＩ阻害剤、熱ショックタンパク質阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、抗生物質および抗有糸分裂剤が挙げられる。ＡＤＣにおいて、抗体および治療剤は、好ましくは、ペプチジル、ジスルフィドまたはヒドラゾンリンカーなどの切断可能なリンカーを介してコンジュゲートされる。いくつかの態様では、リンカーは、Ｖａｌ－Ｃｉｔ、Ａｌａ－Ｖａｌ、Ｖａｌ－Ａｌａ－Ｖａｌ、Ｌｙｓ－Ｌｙｓ、Ｐｒｏ－Ｖａｌ－Ｇｌｙ－Ｖａｌ－Ｖａｌ（配列番号１０８）、Ａｌａ－Ａｓｎ－Ｖａｌ、Ｖａｌ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ、Ａｌａ－Ａｌａ－Ａｓｎ、Ｃｉｔ－Ｃｉｔ、Ｖａｌ－Ｌｙｓ、Ｌｙｓ、Ｃｉｔ、Ｓｅｒ、またはＧｌｕなどのペプチジルリンカーである。ＡＤＣは、米国特許第７，０８７，６００号、同第６，９８９，４５２号および同第７，１２９，２６１号、ＰＣＴ公開ＷＯ０２／０９６９１０、ＷＯ０７／０３８６５８、ＷＯ０７／０５１０８１、ＷＯ０７／０５９４０４、ＷＯ０８／０８３３１２およびＷＯ０８／１０３６９３、米国特許公開第２００６００２４３１７号、同第２００６０００４０８１号および同第２００６０２４７２９５号に記載されるように調製することができる。
いくつかの態様では、治療剤は、細胞毒素、非細胞毒性薬、放射性薬剤、第２の抗体、酵素、抗新生物剤、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
いくつかの態様では、イムノコンジュゲートは、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体および細胞毒素を含む。細胞毒素は、当技術分野において公知の任意の細胞毒素から選択され得る。いくつかの態様では、細胞毒素は、ドラスタチン、モノメチルオーリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）、カンタンシン（ｃａｎｔａｎｓｉｎｅ）、デュオカルマイシン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、デュオカルマイシン、センタナマイシン、ＳＮ３８、ドキソルビシン、これらの誘導体、これらの合成類似体、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。特定の態様では、イムノコンジュゲートは、抗ＣＤＣＰ１抗体および細胞毒素Ａを含む。他の態様では、イムノコンジュゲートは、抗ＣＤＣＰ１抗体および非細胞毒性薬を含む。
いくつかの態様では、イムノコンジュゲートは、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体および放射性薬剤を含む。いくつかの態様では、放射性薬剤は、放射性ヌクレオチドである。特定の態様では、放射性薬剤は、放射性ヨウ素を含む。特定の態様では、放射性薬剤は、１３１－ヨウ素を含む。他の態様では、放射性薬剤は、放射性アイソトープイットリウム－９０を含む。
いくつかの態様では、イムノコンジュゲートは、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体および第２の抗体を含む。第２の抗体は、本開示に記載される任意の抗体であってもよく、これには、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ３、ＮＫＧ２ａ、ＯＸ４０、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７、ＫＩＲ、ＴＧＦβ、ＩＬ－１０、ＩＬ－２、ＩＬ－８、Ｂ７－Ｈ４、Ｆａｓリガンド、ＣＸＣＲ４、メソテリン、ＶＩＳＴＡ、ＣＤ９６、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択されるタンパク質と特異的に結合する抗体が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様では、イムノコンジュゲートは、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体および抗ＰＤ－１抗体を含む。別の実施形態では、イムノコンジュゲートは、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体およびニボルマブを含む。
いくつかの態様では、イムノコンジュゲートは、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体およびペグ化ＩＬ－２またはペグ化ＩＬ－１０を含む。
特定の態様では、イムノコンジュゲートは、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体および酵素を含む。いくつかの態様では、酵素は、グルコースオキシダーゼを含む。いくつかの態様では、酵素は、ペルオキシダーゼを含む。いくつかの態様では、酵素は、ミエロペルオキシダーゼを含む。いくつかの態様では、酵素は、グルコースオキシダーゼを含む。いくつかの態様では、酵素は、西洋ワサビペルオキシダーゼを含む。
特定の態様では、イムノコンジュゲートは、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体および抗新生物剤を含む。抗新生物剤は、当技術分野において公知の任意のそのような薬剤であり得る。いくつかの態様では、抗新生物剤は、エピルビシンである。いくつかの態様では、抗新生物剤は、スーパー抗原である。特定の態様では、スーパー抗原は、ブドウ球菌エンテロトキシンＡ（ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｌ ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ Ａ）（ＳＥＡ／Ｅ－１２０、エスタフェナトックス）である。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものはまた、切断型ＣＤＣＰ１、例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１、例えば、細胞の表面上のヒト切断型ＣＤＣＰ１を検出するためにも使用することができる。抗体は、例えば、ＥＬＩＳＡアッセイまたはフローサイトメトリーにおいて、使用することができる。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を、特異的な結合が生じるのに適当な時間、細胞または血清と接触させ、次いで、試薬、例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を検出する抗体を、添加する。例示的なアッセイは、実施例において提供されている。切断型ＣＤＣＰ１、例えば、表面に発現された切断型ＣＤＣＰ１を検出するための例示的な方法は、（ｉ）サンプルにおける抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の切断型ＣＤＣＰ１との特異的な結合を可能にするのに十分な時間、サンプルを、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体と接触させること、および（２）サンプルを、検出試薬、例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体のＦｃ領域と特異的に結合する抗体と接触させて、それによって、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体が結合した切断型ＣＤＣＰ１を検出することを含む。洗浄工程が、抗体および／または検出試薬とのインキュベーションの後に含まれてもよい。これらの方法において使用するための抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、別個の検出剤が使用され得るため、必ずしも標識または検出剤と連結させる必要はない。
例えば、単剤療法または併用療法としての抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の他の使用は、本明細書の他の箇所、例えば、併用処置に関する節において提供される。
ＩＸ．二重特異性分子
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、二重特異性分子の形成のために使用され得る。抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、誘導体化されるか、または別の機能性分子、例えば、別のペプチドまたはタンパク質（例えば、別の抗体または受容体のリガンド）と連結されて、少なくとも２つの異なる結合部位または標的分子と結合する二重特異性分子を生成し得る。例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、併用処置の潜在的な標的として使用することができる任意のタンパク質、例えば、本明細書に記載されるタンパク質と特異的に結合する抗体またはｓｃＦｖ（例えば、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ３、ＮＫＧ２ａ、ＯＸ４０、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７、ＫＩＲ、ＴＧＦβ、ＩＬ－１０、ＩＬ－２、ＩＬ－８、Ｂ７－Ｈ４、Ｆａｓリガンド、ＣＸＣＲ４、メソテリン、ＣＤ２７、ＣＤ９６、ＶＩＳＴＡ、もしくはＧＩＴＲ、またはペグ化ＩＬ－２もしくはペグ化ＩＬ－１０に対する抗体）と連結され得る。本明細書に記載される抗体は、実際、誘導されるか、２種以上のその他の機能的分子と連結されて、３種以上の異なる結合部位および／または標的分子と結合する多重特異性分子を生成し得；このような多重特異性分子もまた、本明細書において、用語「二重特異性分子」に包含されるものとする。本明細書に記載される二重特異性分子を作製するために、本明細書に記載される抗体を、二重特異性分子が結果として生じるような別の抗体、抗体断片、ペプチドまたは結合模倣物などの１種または複数のその他の結合分子と機能的に連結することができる（例えば、化学的カップリング、遺伝子融合、非共有結合による結合または別の方法で）。
したがって、切断型ＣＤＣＰ１（例えば、ヒト切断型ＣＤＣＰ１）に対する少なくとも１つの第１の結合特異性および第２の標的エピトープに対する第２の結合特異性を含む、二重特異性分子が、本明細書において提供される。二重特異性分子が多重特異性である本明細書に記載されるいくつかの態様では、分子は、第３の結合特異性をさらに含み得る。
いくつかの態様では、本明細書に記載される二重特異性分子は、結合特異性として少なくとも１種の抗体または例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖもしくは一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦＶ）を含めたその抗体断片を含む。Ladner et al.米国特許第４，９４６，７７８号に記載されるように、抗体はまた、軽鎖または重鎖二量体またはＦｖもしくは一本鎖コンストラクトなどのその任意の最小断片であり得る。
ヒトモノクローナル抗体が好ましいが、本明細書に記載される二重特異性分子において利用することができるその他の抗体には、マウスモノクローナル抗体、キメラモノクローナル抗体、およびヒト化モノクローナル抗体がある。
本明細書に記載される二重特異性分子は、当技術分野において公知の方法を使用して、構成要素としての結合特異性をコンジュゲートすることによって調製することができる。例えば、二重特異性分子のそれぞれの結合特異性を、別個に生成し、次いで、互いにコンジュゲートすることができる。結合特異性が、タンパク質またはペプチドである場合、様々なカップリング剤または架橋剤を、共有結合によるコンジュゲーションに使用することができる。架橋剤の例としては、プロテインＡ、カルボジイミド、Ｎ－スクシンイミジル－Ｓ－アセチル－チオアセテート（ＳＡＴＡ）、５，５’－ジチオビス（２－ニトロ安息香酸）（ＤＴＮＢ）、ｏ－フェニレンジマレイミド（ｏＰＤＭ）、Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、およびスルホスクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（スルホ－ＳＭＣＣ）が挙げられる（例えば、Karpovsky et al. (1984) J. Exp. Med. 160: 1686、Liu, MA et al. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:8648を参照のこと）。他の方法としては、Paulus (1985)Behring Ins. Mitt. No. 78, 118-132、Brennan et al. (1985)Science 229:81-83)およびGlennie et al. (1987) J. Immunol. 139: 2367-2375）に記載されているものが挙げられる。いくつかのコンジュゲーション剤としては、ＳＡＴＡおよびスルホ－ＳＭＣＣがあり、いずれも、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）から入手可能である。
結合特異性が抗体である場合、これらは、２つの重鎖のＣ末端ヒンジ領域のスルフヒドリル結合によってコンジュゲートされ得る。いくつかの態様では、ヒンジ領域は、コンジュゲーションの前に、奇数、好ましくは、１つのスルフヒドリル残基を含むように修飾される。
あるいは、両方の結合特異性が、同じベクターにおいてコードされて、同じ宿主細胞において発現され、アセンブリーされてもよい。この方法は、二重特異性分子が、ｍＡｂ×ｍＡｂ融合タンパク質、ｍＡｂ×Ｆａｂ融合タンパク質、ｍＡｂ×（ｓｃＦｖ）２融合タンパク質、Ｆａｂ×Ｆ（ａｂ’）２融合タンパク質またはリガンド×Ｆａｂ融合タンパク質である場合に、特に有用である。二重特異性抗体は、それぞれの重鎖のＣ末端にｓｃＦｖを含む抗体を含み得る。本明細書に記載される二重特異性分子は、１つの一本鎖抗体および結合性決定基を含む一本鎖分子であってもよく、または２つの結合性決定基を含む一本鎖二重特異性分子であってもよい。二重特異性分子は、少なくとも２つの一本鎖分子を含み得る。二重特異性分子を調製するための方法は、例えば、米国特許第５，２６０，２０３号、米国特許第５，４５５，０３０号、米国特許第４，８８１，１７５号、米国特許第５，１３２，４０５号、米国特許第５，０９１，５１３号、米国特許第５，４７６，７８６号、米国特許第５，０１３，６５３号、米国特許第５，２５８，４９８号および米国特許第５，４８２，８５８号に記載されている。
二重特異性分子の、その特異的標的との結合は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、ＦＡＣＳ分析、生物検定法（例えば、成長阻害）またはウエスタンブロットアッセイなどの当技術分野で認識される方法を使用して確認され得る。これらのアッセイは各々、一般に、対象の複合体に対して特異的な標識試薬（例えば、抗体）を使用することによって、特に対象とされるタンパク質－抗体複合体の存在
Ｘ．組成物
医薬上許容される担体と一緒に製剤化された、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、または他の標的に対する抗体との組合せ、またはその抗原結合断片（単数または複数）のうちの１種または組合せを含有する組成物、例えば、医薬組成物がさらに提供される。このような組成物は、（例えば、２種以上の異なる）本明細書に記載される抗体またはイムノコンジュゲートまたは二重特異性分子のうち１種または組合せを含み得る。例えば、本明細書に記載される医薬組成物は、標的抗原上の異なるエピトープと結合するか、または補完的活性を有する抗体（またはイムノコンジュゲートまたは二重特異体）の組合せを含み得る。
いくつかの態様では、組成物は、少なくとも１ｍｇ／ｍｌ、５ｍｇ／ｍｌ、１０ｍｇ／ｍｌ、５０ｍｇ／ｍｌ、１００ｍｇ／ｍｌ、１５０ｍｇ／ｍｌ、２００ｍｇ／ｍｌ、１～３００ｍｇ／ｍｌもしくは１００～３００ｍｇ／ｍｌの濃度で抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を含む。
本明細書に記載される医薬組成物はまた、併用療法において、すなわち、その他の薬剤と組み合わせて投与できる。例えば、併用療法は、少なくとも１種のその他の抗がん剤および／または例えば、Ｔ細胞刺激（例えば、活性化）剤などの免疫調節物質と組み合わせた、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を含み得る。併用療法において使用され得る治療薬の例は、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片の使用に関する節において以下により詳細に記載される。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、化学療法薬、小分子薬、および所与のがんに対する免疫応答を刺激する抗体から選択される少なくとも１つの他の薬剤と組み合わされ得る。いくつかの場合には、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＯＸ４０（ＣＤ１３４、ＴＮＦＲＳＦ４、ＡＣＴ３５、および／もしくはＴＸＧＰ１Ｌとしても知られる）抗体（例えば、ＢＭＳ９８６１７８、もしくはＭＤＸ－１８０３）、抗ＣＤ１３７抗体、抗ＬＡＧ－３抗体、抗ＧＩＴＲ抗体、抗ＫＩＲ抗体、抗ＴＧＦβ抗体、抗ＩＬ－１０抗体、長時間作用型ＩＬ－１０分子（例えば、ＩＬ－１０－Ｆｃ融合体、もしくはペグ化ＩＬ－１０、例えば、ＡＲＭＯ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓのＡＭ００１０）、長時間作用型ＩＬ－２（例えば、ペグ化ＩＬ－２分子、例えば、ＮｅｋｔａｒのＮＫＴＲ－２１４、ＵＳ８，２５２，２７５、ＷＯ１２／０６５０８６、およびＷＯ１５／１２５１５９を参照されたい）、抗ＶＩＳＴＡ抗体、抗ＣＤ９６抗体、抗ＩＬ－８抗体、抗Ｂ７－Ｈ４、抗Ｆａｓリガンド抗体、抗ＣＸＣＲ４抗体、抗メソテリン抗体、抗ＣＤ２７抗体、またはこれらの任意の組合せのうちの１つまたは複数と組み合わされ得る。
他の態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、第２の抗体とともに製剤化され得る。いくつかの態様では、第２の抗体は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ３、ＮＫＧ２ａ、ＯＸ４０、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７、ＫＩＲ、ＴＧＦβ、ＩＬ－１０、ＩＬ－２、ＶＩＳＴＡ、ＣＤ９６、ＩＬ－８、Ｂ７－Ｈ４、Ｆａｓリガンド、ＣＸＣＲ４、メソテリン、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択されるタンパク質と特異的に結合する。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＰＤ－１抗体であり得る。抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１と結合し、ＰＤ－１およびＰＤ－Ｌ１の相互作用を阻害する、任意の抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＰＤ－１抗体は、本明細書において開示される任意の抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの態様では、第２の抗体は、ニボルマブであり得る。いくつかの態様では、第２の抗体は、ペンブロリズマブであり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＰＤ－Ｌ１抗体であり得る。抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＰＤ－Ｌ１と結合し、ＰＤ－１およびＰＤ－Ｌ１の相互作用を阻害する、任意の抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、本明細書において開示される任意の抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。いくつかの態様では、第２の抗体は、アテゾリズマブであり得る。いくつかの態様では、第２の抗体は、デュルバルマブであり得る。いくつかの態様では、第２の抗体は、アベルマブであり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＣＴＬＡ－４抗体であり得る。抗ＣＴＬＡ－４抗体は、ＣＴＬＡ－４と結合し、その活性を阻害する、任意の抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＣＴＬＡ－４抗体は、本明細書において開示される任意の抗ＣＴＬＡ－４抗体である。いくつかの態様では、第２の抗体は、トレメリムマブであり得る。いくつかの態様では、第２の抗体は、イピリムマブであり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＬＡＧ３抗体であり得る。抗ＬＡＧ３抗体は、ＬＡＧ－３と結合し、その活性を阻害する、任意の抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＬＡＧ３抗体は、本明細書において開示される任意の抗ＬＡＧ３抗体である。いくつかの態様では、第２の抗体は、２５Ｆ７であり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＣＤ１３７抗体であり得る。抗ＣＤ１３７抗体は、ＣＤ１３７と結合し、その活性を阻害する、任意の抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＣＤ１３７抗体は、本明細書において開示される任意の抗ＣＤ１３７抗体である。いくつかの態様では、第２の抗体は、ウレルマブであり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＫＩＲ抗体であり得る。抗ＫＩＲ抗体は、ＫＩＲと結合し、その活性を阻害する、任意の抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＫＩＲ抗体は、本明細書において開示される任意の抗ＫＩＲ抗体である。いくつかの態様では、第２の抗体は、リリルマブであり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＧＩＴＲ抗体であり得る。抗ＧＩＴＲ抗体は、ＧＩＴＲと結合し、その活性を阻害する、任意の抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＧＩＴＲ抗体は、本明細書において開示される任意の抗ＧＩＴＲ抗体である。いくつかの態様では、第２の抗体は、ＭＫ４１６６であり得る。いくつかの態様では、第２の抗体は、ＴＲＸ５１８であり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＣＤ９６抗体であり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＴＩＭ３抗体であり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＶＩＳＴＡ抗体であり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＮＫＧ２ａ抗体であり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＩＣＯＳ抗体であり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＯＸ４０抗体であり得る。
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＩＬ８抗体、例えば、ＨｕＭａｘ（登録商標）－ＩＬ８（ＢＭＳ－９８６２５３）であり得る。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、長時間作用型ＩＬ－１０分子とともに製剤化され得る。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、ＩＬ－１０－Ｆｃ融合分子とともに製剤化され得る。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、ペグ化ＩＬ－１０、例えば、ＡＲＭＯ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓのＡＭ００１０とともに製剤化され得る。
いくつかの態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、長時間作用型ＩＬ－２とともに製剤化され得る。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、ペグ化ＩＬ－２分子、例えば、ＮｅｋｔａｒのＮＫＴＲ－２１４とともに製剤化され得る。ＵＳ８，２５２，２７５、ＷＯ１２／０６５０８６、およびＷＯ１５／１２５１５９を参照されたい。
いくつかの態様では、本発明の組成物は、増量剤をさらに含む。増量剤は、ＮａＣｌ、マンニトール、グリシン、アラニン、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択され得る。他の態様では、本発明の組成物は、安定化剤を含む。安定化剤は、スクロース、トレハロース、ラフィノース、アルギニン、またはこれらの任意の組合せからなる群から選択され得る。他の態様では、本発明の組成物は、界面活性剤を含む。界面活性剤は、ポリソルベート８０（ＰＳ８０）、ポリソルベート２０（ＰＳ２０）、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択され得る。特定の態様では、組成物は、キレート剤をさらに含む。キレート剤は、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、エチレンジアミン四酢酸、ニトリロ三酢酸、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択され得る。
他の態様では、組成物は、第３の抗体を含む。いくつかの態様では、第３の抗体は、本明細書において開示される任意の抗体である。
いくつかの態様では、組成物は、ＮａＣｌ、マンニトール、ペンテト酸（ＤＴＰＡ）、スクロース、ＰＳ８０、およびこれらの任意の組合せをさらに含む。
本明細書において、「医薬上許容される担体」として、生理学的に適合する、ありとあらゆる溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などが挙げられる。いくつかの態様では、担体は、静脈内、筋肉内、皮下、非経口、脊髄、または表皮投与（例えば、注射または注入による）に好適である。皮下注射のオプションは、Ｈａｌｏｚｙｍｅ ＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓのＥＮＨＡＮＺＥ（登録商標）薬物デリバリー技術に基づき、これは、抗体を組換えヒトヒアルロニダーゼ酵素（ｒＨｕＰＨ２０）とともに共製剤化することを含み、これにより、細胞外マトリックスに起因した皮下に送達することができる生物製剤および薬物の体積に対する従来的な制限が除去される（米国特許第７，７６７，４２９号）。投与経路に応じて、化合物を、酸および化合物を不活性化し得るその他の天然条件作用から保護するために、材料において、活性化合物、すなわち、抗体、免疫複合体または二重特異性分子をコーティングしてもよい。
本明細書に記載される医薬化合物は、１種または複数の医薬上許容される塩を含み得る。「医薬上許容される塩」とは、親化合物の所望の生物活性を保持し、何らかの望ましくない毒物学的影響を付与しない塩を指す（例えば、Berge, S. M., et al. (1977) J. Pharm. Sci. 66:1-19を参照のこと）。このような塩の例として、酸付加塩および塩基付加塩が挙げられる。酸付加塩として、塩酸、硝酸、リン酸、硫酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、亜リン酸などといった非毒性無機酸に由来するものならびに脂肪族モノおよびジカルボン酸、フェニル置換アルカン酸、ヒドロキシアルカン酸、芳香族酸、脂肪族および芳香族スルホン酸などといった非毒性有機酸に由来するものが挙げられる。塩基付加塩として、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウムなどといったアルカリ土類金属に由来するものならびにＮ，Ｎ’－ジベンジルエチレンジアミン、Ｎ－メチルグルカミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、プロカインなどといった非毒性有機アミンに由来するものが挙げられる。
本明細書に記載される医薬組成物はまた、医薬上許容される抗酸化物質を含み得る。医薬上許容される抗酸化物質の例として、（１）アスコルビン酸、システイン塩酸塩、重硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウムなどといった水溶性抗酸化物質、（２）パルミチン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、レシチン、没食子酸プロピル、α－トコフェロールなどといった油溶性抗酸化物質および（３）クエン酸、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ソルビトール、酒石酸、リン酸などといった金属キレート化剤が挙げられる。
本明細書に記載される医薬組成物において使用され得る、適した水性および非水性担体の例として、水、エタノール、ポリオール（グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなどといった）およびそれらの適した混合物、オリーブオイルなどの植物油およびオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルが挙げられる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング材料の使用によって、分散物の場合には必要な粒径の維持によって、また界面活性剤の使用によって維持できる。
これらの組成物はまた、保存料、湿潤剤、乳化剤および分散剤などのアジュバントを含有し得る。微生物の存在の防止は、滅菌法手順、前掲によって、また種々の抗菌剤および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノールソルビン酸などを含めることの両方によって確実にできる。糖、塩化ナトリウムなどといった等張剤を組成物中に含めることが望ましい場合もある。さらに、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンなどの吸収を遅延する薬剤を含めることによって、注射用医薬品形態の長期の吸収を引き起こすことができる。
医薬上許容される担体として、滅菌水溶液または分散物および滅菌注射用溶液または分散物の即時調製のための滅菌散剤が挙げられる。医薬上活性な物質のためのこのような媒体および薬剤の使用は、当技術分野で公知である。任意の従来の媒体または薬剤が、活性化合物と不適合である場合を除いて、本明細書に記載される医薬組成物におけるその使用が考慮される。医薬組成物は、保存剤を含んでもよく、または保存剤を含まなくてもよい。補足活性化合物は、組成物中に組み込まれ得る。
治療用組成物は、通常、製造および貯蔵の条件下で無菌で、安定でなくてはならない。組成物は、溶液、マイクロエマルジョン、リポソームまたは高薬物濃度に適したその他の秩序構造として製剤化できる。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコールおよび液体ポリエチレングリコールなど）およびそれらの適した混合物を含有する、溶媒または分散媒であり得る。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用によって、分散物の場合には必要な粒径の維持によって、また界面活性剤の使用によって維持できる。多くの場合、組成物は、等張剤、例えば、糖、マンニトール、ソルビトールまたは塩化ナトリウムなどのポリアルコールを含むことができる。組成物中に吸収を遅延する薬剤、例えば、モノステアリン酸塩およびゼラチンを含めることによって、注射用組成物の長期吸収を引き起こすことができる。
滅菌注射用溶液は、必要に応じて、上記で列挙された成分のうち１種または組合せとともに、適当な溶媒中に必要な量の活性化合物を組み込むことと、それに続く、滅菌精密濾過によって調製できる。一般に、分散物は、基本分散媒および本明細書で列挙されたものから必要なその他の成分を含有する滅菌ビヒクル中に活性化合物を組み込むことによって調製される。滅菌注射用溶液を調製するための滅菌散剤の場合には、調製の方法として、その前もって滅菌濾過された溶液から有効成分および任意のさらなる所望の成分の粉末が得られる、真空乾燥およびフリーズドライ（凍結乾燥）がある。
単一投与形を生産するための担体材料と組み合わされ得る有効成分の量は、治療されている対象および特定の投与様式に応じて変わる。単一投与形を生産するための担体材料と組み合わされ得る有効成分の量は、一般に、治療効果を生産する組成物の量となる。一般に、医薬上許容される担体との組合せにおいて、この量は、１００パーセントのうち、有効成分の約０．０１パーセント～約９９パーセント、約０．１パーセント～約７０パーセント、または有効成分の約１パーセント～約３０パーセントの範囲となる。
投与計画は、最適の所望の応答（例えば、治療的応答）を提供するよう調整される。例えば、単回ボーラスを投与してもよく、いくつかの分割用量を経時的に投与してもよく、または治療状況の緊急事態によって示されるように、用量を比例的に低減または増大してもよい。投与の容易性および投与形の均一性のための投与単位形に非経口組成物を製剤化することは特に有利である。本明細書において、投与単位形とは、治療されている対象の単位投与量として適している物理的に別個の単位を指し、各単位は、必要な医薬担体と関連して所望の治療効果を生産するよう算出された所定の量の活性化合物を含有する。本明細書に記載される投与単位形の仕様は、（ａ）活性化合物の独特の特徴および達成されるべき特定の治療効果ならびに（ｂ）個体における感受性の治療のためのこのような活性化合物の配合の技術分野に固有の制限によって決定され、それらに直接左右される。
例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の投与について、投薬量は、約０．０００１～１００ｍｇ／ｋｇの範囲である。抗ＣＤＣＰ１抗体は、一定用量で投与され得る（一定用量計画）。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、固定用量で、別の抗体とともに投与され得る。いくつかの態様では、抗ＣＤＣＰ１抗体は、体重に基づく用量で投与される。
いくつかの方法では、異なる結合特異性を有する２種以上のモノクローナル抗体が同時に投与され、この場合には、投与されるそれぞれの抗体の投与量は、示される範囲内に入る。抗体は、通常、複数の機会で投与される。単一投与量の間隔は、例えば、毎週、毎月、３カ月毎、または毎年であり得る。間隔はまた、患者における標的抗原に対する抗体の血液レベルを測定することによって示されるように、不規則である場合もある。いくつかの方法において、投与量は、約１～１０００μｇ／ｍＬ、いくつかの方法では、約２５～３００μｇ／ｍＬの血漿抗体濃度を達成するように、調整される。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、他の抗体の投与計画で、別の抗体とともに投与され得る。例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、疾患の進行または許容できないほどの毒性が生じるまで、抗ＰＤ－１抗体、例えば、ニボルマブ［ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）］とともに、６０分間にわたる静脈内注入として、２週間に１回投与され得る。抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、疾患の進行または許容できないほどの毒性が生じるまで、ペンブロリズマブ［ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）］とともに、３０分間にわたる静脈内注入として、３週間に１回投与され得る。抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、疾患の進行または許容できないほどの毒性が生じるまで、アテゾリズマブ［ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（商標）］とともに、６０分間または３０分間にわたる静脈内注入として、３週間に１回投与され得る。
抗体は、持続放出製剤として投与でき、この場合には、あまり頻繁ではない投与が必要とされる。投与量および頻度は、患者における抗体の半減期に応じて変わる。一般に、ヒト抗体は、最長の半減期を示し、ヒト化抗体、キメラ抗体および非ヒト抗体が続く。投与の投与量および頻度は、治療が予防的であるか、治療的であるかに応じて変わり得る。予防的適用では、比較的少ない投与量が、比較的頻繁ではない間隔で長期間にわたって投与される。一部の患者は、生涯治療を受け続ける。治療的適用では、疾患の進行が低減または終結されるまで、患者が疾患の症状の部分的または完全寛解を示すまで、比較的短い間隔の比較的多い投与量が時には必要である。その後、患者は、予防的投与計画を投与されることがある。
本明細書に記載される組成物は、当技術分野で公知の１種または複数の種々の方法を使用して、１種または複数の投与経路によって投与できる。当業者には明らかであろうが、投与経路および／または投与様式は、所望される結果に応じて変動するであろう。本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片の投与経路としては、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、皮下、脊髄、またはその他の非経口投与経路、例えば、注射または注入によるものを挙げることができる。本明細書において、語句「非経口投与」とは、経腸および局所投与以外の、普通、注射による投与様式を意味し、制限するものではないが、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、関節内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外および胸骨内注射および注入が挙げられる。
あるいは、本明細書に記載される抗体は潜在的に、局所、上皮または粘膜投与経路、例えば、鼻腔内、経口、経膣、直腸性、舌下にまたは局所になど、非経口ではない経路によって投与できる。
留置用剤、経皮パッチおよびマイクロカプセル化送達系を含めた徐放性製剤など、活性化合物を、化合物を迅速な放出から保護する担体を用いて調製できる。エチレン酢酸ビニル、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸などの生分解性、生体適合性ポリマーを使用することができる。このような製剤を調製するための多数の方法が、特許権を与えられているか、または一般的に、当業者に公知である。例えば、Sustained and Controlled Release Drug Delivery Systems, J.R. Robinson, ed., Marcel Dekker, Inc., New York, 1978を参照されたい。
ＸＩ．使用および方法
本開示の特定の態様は、対象を処置する方法であって、対象に、本明細書において開示される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を含む二重特異性抗体、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を含む多重特異性抗体、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体をコードするポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドを含むベクター、ポリヌクレオチドを含む宿主細胞、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体を含むイムノコンジュゲート、またはこれらの任意の組合せを投与することを含む、方法を対象とする。
本開示の特定の態様は、それを必要とする対象においてがんを処置する方法であって、対象に、有効用量の本明細書において開示される組成物（例えば、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、イムノコンジュゲート、または医薬組成物）を投与することを含む、方法を対象とする。他の態様では、本開示は、それを必要とする対象において腫瘍細胞による切断型ＣＤＣＰ１のシェディングを阻害する方法であって、対象に、有効用量の本明細書において開示される組成物を投与することを含む、方法を対象とする。他の態様では、本開示は、それを必要とする対象において血清中の切断型ＣＤＣＰ１のシェディングの低減、および／または細胞表面上の切断型ＣＤＣＰ１の保持する方法であって、対象に、有効用量の本明細書において開示される組成物を投与することを含む、方法を対象とする。他の態様では、本開示は、それを必要とする対象において腫瘍細胞を殺滅する方法であって、対象に、有効用量の本明細書において開示される組成物を投与することを含む、方法を対象とする。他の態様では、本開示は、それを必要とする対象において腫瘍のサイズを低減する方法であって、対象に、有効用量の本明細書において開示される組成物を投与することを含む、方法を対象とする。他の態様では、本開示は、それを必要とする対象において腫瘍の転移を低減または阻害することであって、対象に、有効用量の本明細書において開示される組成物を投与することを含む、腫瘍の転移を低減または阻害することを対象とする。いくつかの態様では、対象は、ヒトである。
本開示の組成物は、任意の薬学的に許容される経路を使用して投与され得る。いくつかの態様では、組成物（例えば、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、イムノコンジュゲート、または医薬組成物）は、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外、胸骨内、局所、表皮、粘膜、またはこれらの任意の組合せで、投与される。いくつかの態様では、組成物は、静脈内投与される。いくつかの態様では、組成物は、皮下投与される。
特定の態様では、本方法は、対象におけるがんのサイズ、例えば、腫瘍のサイズを低減させる。いくつかの態様では、がんのサイズは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％低減される。
いくつかの態様では、本方法は、本明細書において開示される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（またはポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、もしくはイムノコンジュゲート）、および第２の治療法を投与することを含む。いくつかの態様では、第２の治療法は、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の前に投与される。いくつかの態様では、第２の治療法は、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の後に投与される。いくつかの態様では、第２の治療法は、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体と同時に投与される。特定の態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体および第２の治療法は、別個に投与される。他の態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体および第２の治療法は、単一の製剤において投与される。
第２の治療法は、当技術分野において公知の任意の他の治療法であり得る。いくつかの態様では、第２の治療法は、免疫療法を含む。いくつかの態様では、第２の治療法は、化学療法を含む。いくつかの態様では、第２の治療法は、放射線療法を含む。いくつかの態様では、第２の治療法は、外科手術を含む。いくつかの態様では、第２の治療法は、第２の治療剤を投与することを含む。
特定の態様では、第２の治療剤は、第２の抗体を含む。いくつかの態様では、第２の治療剤は、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＮＫＧ２Ａ、ＣＤ２７、グルココルチコイドに誘導されるＴＮＦＲ関連タンパク質（ＧＩＴＲ）、およびヘルペスウイルス進入媒介因子（ＨＶＥＭ）、プログラム死－１（ＰＤ－１）、プログラム死リガンド－１（ＰＤ－Ｌ１）、ＣＴＬＡ－４、ＢおよびＴリンパ球減弱因子（ＢＴＬＡ）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン－３（ＴＩＭ－３）、リンパ球活性化遺伝子－３（ＬＡＧ－３）、アデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）、キラー細胞レクチン様受容体Ｇ１（ＫＬＲＧ－１）、ナチュラルキラー細胞受容体２Ｂ４（ＣＤ２４４）、ＣＤ１６０、ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体（ＴＩＧＩＴ）、およびＴ細胞活性化のＶ－ドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）の受容体、ＮＫＧ２ａ、ＫＩＲ、ＴＧＦβ、ＩＬ－１０、ＩＬ－８、Ｂ７－Ｈ４、Ｆａｓリガンド、ＣＸＣＲ４、メソテリン、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＤ９６、ＣＤ５２、ＨＥＲ２、ならびにこれらの任意の組合せから選択されるタンパク質と特異的に結合する、有効量の抗体を含む。
ＸＩ．Ａ．抗ＰＤ－１抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＰＤ－１抗体であり得る。当技術分野において公知である抗ＰＤ－１抗体を、本明細書に記載される組成物および方法において使用することができる。高い親和性でＰＤ－１と特異的に結合する様々なヒトモノクローナル抗体は、米国特許第８，００８，４４９号に開示されている。米国特許第８，００８，４４９号に開示されている抗ＰＤ－１ヒト抗体は、以下の特徴のうちの１つまたは複数を示すことが示されている：（ａ）Ｂｉａｃｏｒｅバイオセンサーシステムを使用して表面プラズモン共鳴によって判定される場合、１×１０－７Ｍ以下のＫＤで、ヒトＰＤ－１と結合すること、（ｂ）ヒトＣＤ２８、ＣＴＬＡ－４、またはＩＣＯＳと実質的に結合しないこと、（ｃ）混合リンパ球反応（ＭＬＲ）アッセイにおいて、Ｔ細胞増殖を増大させること、（ｄ）ＭＬＲアッセイにおいて、インターフェロン－γ産生を増大させること、（ｅ）ＭＬＲアッセイにおいて、ＩＬ－２分泌を増大させること、（ｆ）ヒトＰＤ－１およびカニクイザルＰＤ－１と結合すること、（ｇ）ＰＤ－Ｌ１および／またはＰＤ－Ｌ２のＰＤ－１との結合を阻害すること、（ｈ）抗原特異的メモリー応答を刺激すること、（ｉ）抗体応答を刺激すること、ならびに（ｊ）インビボで腫瘍細胞成長を阻害すること。本発明において使用可能な抗ＰＤ－１抗体としては、ヒトＰＤ－１と特異的に結合し、前述の特徴のうちの少なくとも１つ、いくつかの態様では少なくとも５つを示す、モノクローナル抗体が挙げられる。
他の抗ＰＤ－１モノクローナル抗体は、例えば、米国特許第６，８０８，７１０号、同第７，４８８，８０２号、同第８，１６８，７５７号、および同第８，３５４，５０９号、米国出願第２０１６／０２７２７０８号、ならびにＰＣＴ出願ＷＯ２０１２／１４５４９３号、同ＷＯ２００８／１５６７１２号、ＷＯ２０１５／１１２９００、ＷＯ２０１２／１４５４９３、ＷＯ２０１５／１１２８００、ＷＯ２０１４／２０６１０７、ＷＯ２０１５／３５６０６、ＷＯ２０１５／０８５８４７、ＷＯ２０１４／１７９６６４、ＷＯ２０１７／０２０２９１、ＷＯ２０１７／０２０８５８、ＷＯ２０１６／１９７３６７、ＷＯ２０１７／０２４５１５、ＷＯ２０１７／０２５０５１、ＷＯ２０１７／１２３５５７、ＷＯ２０１６／１０６１５９、ＷＯ２０１４／１９４３０２、ＷＯ２０１７／０４０７９０、ＷＯ２０１７／１３３５４０、ＷＯ２０１７／１３２８２７、ＷＯ２０１７／０２４４６５、ＷＯ２０１７／０２５０１６、ＷＯ２０１７／１０６０６１、ＷＯ２０１７／１９８４６、ＷＯ２０１７／０２４４６５、ＷＯ２０１７／０２５０１６、ＷＯ２０１７／１３２８２５、および同ＷＯ２０１７／１３３５４０号に記載されており、これらのそれぞれは、参照によりその全体が組み込まれる。
いくつかの態様では、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブ（ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）、５Ｃ４、ＢＭＳ－９３６５５８、ＭＤＸ－１１０６、およびＯＮＯ－４５３８としても知られている）、ペンブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）、ランブロリズマブ、およびＭＫ－３４７５としても知られている、ＷＯ２００８／１５６７１２を参照されたい）、ＰＤＲ００１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ、ＷＯ２０１５／１１２９００を参照されたい）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、ＡＭＰ－５１４としても知られている、ＷＯ２０１２／１４５４９３を参照されたい）、セミプリマブ（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ、ＲＥＧＮ－２８１０としても知られている、ＷＯ２０１５／１１２８００を参照されたい）、ＪＳ００１（ＴＡＩＺＨＯＵ ＪＵＮＳＨＩ ＰＨＡＲＭＡ、Si-Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10:136 (2017)を参照されたい）、ＢＧＢ－Ａ３１７（Ｂｅｉｇｅｎｅ、ＷＯ２０１５／３５６０６およびＵＳ２０１５／００７９１０９を参照されたい）、ＩＮＣＳＨＲ１２１０（Ｊｉａｎｇｓｕ Ｈｅｎｇｒｕｉ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、ＳＨＲ－１２１０としても知られている、ＷＯ２０１５／０８５８４７、Si-Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10:136 (2017)を参照されたい）、ＴＳＲ－０４２（Ｔｅｓａｒｏ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ、ＡＮＢ０１１としても知られている、ＷＯ２０１４／１７９６６４を参照されたい）、ＧＬＳ－０１０（Ｗｕｘｉ／Ｈａｒｂｉｎ Ｇｌｏｒｉａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、ＷＢＰ３０５５としても知られている、Si-Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10:136 (2017)を参照されたい）、ＡＭ－０００１（Ａｒｍｏ）、ＳＴＩ－１１１０（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ、ＷＯ２０１４／１９４３０２を参照されたい）、ＡＧＥＮ２０３４（Ａｇｅｎｕｓ、ＷＯ２０１７／０４０７９０を参照されたい）、ＭＧＡ０１２（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ、ＷＯ２０１７／１９８４６を参照されたい）、ならびにＩＢＩ３０８（Ｉｎｎｏｖｅｎｔ、ＷＯ２０１７／０２４４６５、ＷＯ２０１７／０２５０１６、ＷＯ２０１７／１３２８２５、およびＷＯ２０１７／１３３５４０を参照されたい）からなる群から選択される。
いくつかの態様では、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブである。ニボルマブは、ＰＤ－１リガンド（ＰＤ－Ｌ１およびＰＤ－Ｌ２）との相互作用を選択的に防止し、それによって、抗腫瘍Ｔ細胞機能の下方制御を遮断する、完全ヒトＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）ＰＤ－１免疫チェックポイント阻害剤抗体である（米国特許第８，００８，４４９号、Wang et al., 2014 Cancer Immunol Res. 2(9):846-56）。
別の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ペンブロリズマブである。ペンブロリズマブは、ヒト細胞表面受容体ＰＤ－１（プログラム死－１またはプログラム細胞死－１）を対象とするヒト化モノクローナルＩｇＧ４（Ｓ２２８Ｐ）抗体である。ペンブロリズマブは、例えば、米国特許第８，３５４，５０９号および同第８，９００，５８７号に記載されている。
開示される組成物および方法において使用可能な抗ＰＤ－１抗体としてはまた、ヒトＰＤ－１と特異的に結合し、ヒトＰＤ－１との結合について、本明細書において開示される任意の抗ＰＤ－１抗体、例えば、ニボルマブと交差競合する、単離された抗体が挙げられる（例えば、米国特許第８，００８，４４９号および同第８，７７９，１０５号、ＷＯ２０１３／１７３２２３を参照されたい）。いくつかの態様では、抗ＰＤ－１抗体は、本明細書に記載される抗ＰＤ－１抗体のうちのいずれか、例えば、ニボルマブと同一のエピトープと結合する。抗原との結合について交差競合する抗体の能力は、これらのモノクローナル抗体が、抗原の同一のエピトープ領域と結合し、他の交差競合する抗体のその特定のエピトープ領域との結合を立体的に妨害することを示す。これらの交差競合する抗体は、ＰＤ－１の同一のエピトープ領域との結合を踏まえると、参照抗体、例えば、ニボルマブのものと非常に類似する機能的特性を有することが予測される。交差競合する抗体は、標準的なＰＤ－１結合アッセイ、例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ分析、ＥＬＩＳＡアッセイ、またはフローサイトメトリーにおいて、ニボルマブと交差競合する能力に基づいて容易に特定することができる（例えば、ＷＯ２０１３／１７３２２３を参照されたい）。
特定の態様では、ヒトＰＤ－１との結合について、ヒトＰＤ－１抗体、ニボルマブと交差競合するか、またはそれと同一のエピトープ領域と結合する抗体は、モノクローナル抗体である。ヒト対象への投与に関して、これらの交差競合する抗体は、キメラ抗体、遺伝子操作された抗体、またはヒト化もしくはヒト抗体である。そのようなキメラ、遺伝子操作、ヒト化、またはヒトモノクローナル抗体は、当技術分野において周知の方法によって調製および単離することができる。
開示される本発明の組成物および方法において使用可能な抗ＰＤ－１抗体としてはまた、上述の抗体の抗原結合断片が挙げられる。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片によって実施され得ることが十分に示されている。
開示される組成物および方法における使用に好適な抗ＰＤ－１抗体は、高い特異性および親和性でＰＤ－１と結合し、ＰＤ－Ｌ１およびまたはＰＤ－Ｌ２の結合を遮断し、ＰＤ－１シグナル伝達経路の免疫抑制作用を阻害する抗体である。本明細書において開示される組成物または方法のいずれにおいても、抗ＰＤ－１「抗体」は、ＰＤ－１受容体と結合し、リガンド結合の阻害および免疫系の上方制御に関して完全抗体のものと類似の機能的特性を示す、抗原結合断片または断片を含む。特定の態様では、抗ＰＤ－１抗体またはその抗原結合断片は、ヒトＰＤ－１との結合について、ニボルマブと交差競合する。
ＸＩ．Ｂ．抗ＰＤ－Ｌ１抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＰＤ－Ｌ１抗体であり得る。当技術分野において公知である抗ＰＤ－Ｌ１抗体を、本開示の組成物および方法において使用することができる。本開示の組成物および方法において有用な抗ＰＤ－Ｌ１抗体の例は、米国特許第９，５８０，５０７号に開示される抗体を含む。米国特許第９，５８０，５０７号に開示されている抗ＰＤ－Ｌ１ヒトモノクローナル抗体は、以下の特徴のうちの１つまたは複数を示すことが実証されている：（ａ）Ｂｉａｃｏｒｅバイオセンサーシステムを使用して表面プラズモン共鳴によって判定される場合、１×１０－７Ｍ以下のＫＤで、ヒトＰＤ－Ｌ１と結合すること、（ｂ）混合リンパ球反応（ＭＬＲ）アッセイにおいて、Ｔ細胞増殖を増大させること、（ｃ）ＭＬＲアッセイにおいて、インターフェロン－γ産生を増大させること、（ｄ）ＭＬＲアッセイにおいて、ＩＬ－２分泌を増大させること、（ｅ）抗体応答を刺激すること、ならびに（ｆ）Ｔ細胞、エフェクター細胞、および／または樹状細胞に対する制御性Ｔ細胞の作用を逆転させること。本発明において使用可能な抗ＰＤ－Ｌ１抗体としては、ヒトＰＤ－Ｌ１と特異的に結合し、前述の特徴のうちの少なくとも１つ、いくつかの態様では少なくとも５つを示す、モノクローナル抗体が挙げられる。
特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＢＭＳ－９３６５５９（１２Ａ４、ＭＤＸ－１１０５としても知られている、例えば、米国特許第７，９４３，７４３号およびＷＯ２０１３／１７３２２３を参照されたい）、アテゾリズマブ（Ｒｏｃｈｅ、ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（登録商標）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＲＧ７４４６としても知られている、米国特許第８，２１７，１４９号を参照されたく、またHerbst et al. (2013) J Clin Oncol 31(suppl):3000も参照されたい）、デュルバルマブ（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、ＩＭＦＩＮＺＩ（商標）、ＭＥＤＩ－４７３６としても知られている、ＷＯ２０１１／０６６３８９を参照されたい）、アベルマブ（Ｐｆｉｚｅｒ、ＢＡＶＥＮＣＩＯ（登録商標）、ＭＳＢ－００１０７１８Ｃとしても知られている、ＷＯ２０１３／０７９１７４を参照されたい）、ＳＴＩ－１０１４（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ、ＷＯ２０１３／１８１６３４を参照されたい）、ＣＸ－０７２（Ｃｙｔｏｍｘ、ＷＯ２０１６／１４９２０１を参照されたい）、ＫＮ０３５（３Ｄ Ｍｅｄ／Ａｌｐｈａｍａｂ、Zhang et al., Cell Discov. 7:3 (March 2017)を参照されたい、ＬＹ３３０００５４（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ Ｃｏ、例えば、ＷＯ２０１７／０３４９１６を参照されたい）、およびＣＫ－３０１（Ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ、Gorelik et al., AACR:Abstract 4606 (Apr 2016)を参照されたい）からなる群から選択される。
特定の態様では、ＰＤ－Ｌ１抗体は、アテゾリズマブ（ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（登録商標））である。アテゾリズマブは、完全ヒト化ＩｇＧ１モノクローナル抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。
特定の態様では、ＰＤ－Ｌ１抗体は、デュルバルマブ（ＩＭＦＩＮＺＩ（商標））である。デュルバルマブは、ヒトＩｇＧ１カッパモノクローナル抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。
特定の態様では、ＰＤ－Ｌ１抗体は、アベルマブ（ＢＡＶＥＮＣＩＯ（登録商標））である。アベルマブは、ヒトＩｇＧ１ラムダモノクローナル抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。
他の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体は、２８－８、２８－１、２８－１２、２９－８、５Ｈ１、またはこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
特定の態様では、ヒトＰＤ－Ｌ１との結合について、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、および／またはアベルマブのようなヒトＰＤ－Ｌ１抗体と交差競合するか、またはそれと同一のエピトープ領域と結合する、抗体は、モノクローナル抗体である。ヒト対象への投与に関して、これらの交差競合する抗体は、キメラ抗体、遺伝子操作された抗体、またはヒト化もしくはヒト抗体である。そのようなキメラ、遺伝子操作、ヒト化、またはヒトモノクローナル抗体は、当技術分野において周知の方法によって調製および単離することができる。
開示される本発明の組成物および方法において使用可能な抗ＰＤ－Ｌ１抗体としてはまた、上述の抗体の抗原結合断片が挙げられる。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片によって実施され得ることが十分に示されている。
開示される組成物または方法における使用に好適な抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、高い特異性および親和性でＰＤ－Ｌ１と結合し、ＰＤ－１の結合を遮断し、ＰＤ－１シグナル伝達経路の免疫抑制作用を阻害する抗体である。本明細書において開示される組成物または方法のいずれにおいても、抗ＰＤ－Ｌ１「抗体」は、ＰＤ－Ｌ１と結合し、受容体結合の阻害および免疫系の上方制御に関して完全抗体のものと類似の機能的特性を示す、抗原結合断片または断片を含む。特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体またはその抗原結合断片は、ヒトＰＤ－Ｌ１との結合について、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、および／またはアベルマブと交差競合する。
ＸＩ．Ｃ．抗ＣＴＬＡ－４抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＣＴＬＡ－４抗体であり得る。当技術分野において公知である抗ＣＴＬＡ－４抗体を、本開示の組成物および方法において使用することができる。本発明の抗ＣＴＬＡ－４抗体は、ＣＴＬＡ－４のヒトＢ７受容体との相互作用を破壊するように、ヒトＣＴＬＡ－４と結合する。ＣＴＬＡ－４のＢ７との相互作用により、ＣＴＬＡ－４受容体を有するＴ細胞の不活性化をもたらすシグナルが伝達されるため、この相互作用の破壊は、そのようなＴ細胞の活性化を効果的に誘導、増強、または延長し、それによって、免疫応答を誘導、増強、または延長する。
高い親和性でＣＴＬＡ－４と特異的に結合するヒトモノクローナル抗体は、米国特許第６，９８４，７２０号に開示されている。その他の抗ＣＴＬＡ－４モノクローナル抗体は、例えば、米国特許第５，９７７，３１８号、同第６，０５１，２２７号、同第６，６８２，７３６号、および同第７，０３４，１２１号、ならびに国際公開ＷＯ２０１２／１２２４４４、ＷＯ２００７／１１３６４８、ＷＯ２０１６／１９６２３７、およびＷＯ２０００／０３７５０４に記載されており、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。米国特許第６，９８４，７２０号において開示されている抗ＣＴＬＡ－４ヒトモノクローナル抗体は、以下の特徴のうちの１つまたは複数を示すことが実証されている：（ａ）Ｂｉａｃｏｒｅ分析によって判定される場合、少なくとも約１０７Ｍ－１、または約１０９Ｍ－１、または約１０１０Ｍ－１～１０１１Ｍ－１、またはそれより高い平衡結合定数（Ｋａ）によって反映される結合親和性で、ヒトＣＴＬＡ－４と特異的に結合すること、（ｂ）少なくとも約１０３、約１０４、または約１０５ｍ－１ｓ－１の動力学的結合定数（ｋａ）、（ｃ）少なくとも約１０３、約１０４、または約１０５ｍ－１ｓ－１の動力学的解離定数（ｋｄ）、ならびに（ｄ）ＣＴＬＡ－４のＢ７－１（ＣＤ８０）およびＢ７－２（ＣＤ８６）との結合を阻害すること。本発明に有用な抗ＣＴＬＡ－４抗体は、ヒトＣＴＬＡ－４と特異的に結合するモノクローナル抗体を含み、２８－８、２８－１、２８－１２、２９－８、５Ｈ１、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つを示す。
開示される組成物および方法において使用可能な抗ＰＤ－Ｌ１抗体としてはまた、ヒトＰＤ－Ｌ１と特異的に結合し、ヒトＰＤ－Ｌ１との結合について、本明細書において開示される任意の抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、および／またはアベルマブと交差競合する、単離された抗体も挙げられる。いくつかの態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、本明細書に記載される抗ＰＤ－Ｌ１抗体のうちのいずれか、例えば、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、および／またはアベルマブと同一のエピトープと結合する。抗原との結合について交差競合する抗体の能力は、これらの抗体が、抗原の同一のエピトープ領域と結合し、他の交差競合する抗体のその特定のエピトープ領域との結合を立体的に妨害することを示す。これらの交差競合する抗体は、ＰＤ－Ｌ１の同一のエピトープ領域との結合を踏まえると、参照抗体、例えば、アテゾリズマブおよび／またはアベルマブのものと非常に類似する機能的特性を有することが予測される。交差競合する抗体は、標準的なＰＤ－Ｌ１結合アッセイ、例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ分析、ＥＬＩＳＡアッセイ、またはフローサイトメトリーにおいて、アテゾリズマブおよび／またはアベルマブと交差競合する能力に基づいて容易に特定することができる（例えば、ＷＯ２０１３／１７３２２３を参照されたい）。
特定の態様では、ＣＴＬＡ－４抗体は、イピリムマブ（ＹＥＲＶＯＹ（登録商標）、ＭＤＸ－０１０、１０Ｄ１としても知られる、米国特許第６，９８４，７２０号を参照されたい）、ＭＫ－１３０８（Ｍｅｒｃｋ）、ＡＧＥＮ－１８８４（Ａｇｅｎｕｓ Ｉｎｃ．、ＷＯ２０１６／１９６２３７を参照されたい）、およびトレメリムマブ（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、チシリムマブ、ＣＰ－６７５，２０６としても知られる、ＷＯ２０００／０３７５０４およびRibas, Update Cancer Ther. 2(3): 133-39 (2007)を参照されたい）からなる群から選択される。具体的な態様では、抗ＣＴＬＡ－４抗体は、イピリムマブである。
具体的な態様では、ＣＴＬＡ－４抗体は、本明細書において開示される組成物および方法における使用に関して、イピリムマブである。イピリムマブは、ＣＴＬＡ－４のそのＢ７リガンドとの結合を遮断し、それによって、Ｔ細胞活性化を刺激し、進行性黒色腫を有する患者において全生存期間（ＯＳ）を改善する、完全ヒトＩｇＧ１モノクローナル抗体である。
具体的な態様では、ＣＴＬＡ－４抗体は、トレメリムマブである。
具体的な態様では、ＣＴＬＡ－４抗体は、ＭＫ－１３０８である。
具体的な態様では、ＣＴＬＡ－４抗体は、ＡＧＥＮ－１８８４である。
いくつかの態様では、ＣＴＬＡ－４抗体は、非フコシル化または低フコシル化である。いくつかの態様では、ＣＴＬＡ－４抗体は、ＡＤＣＣおよび／またはＡＤＣＰ活性の増強を示す。いくつかの態様では、ＣＴＬＡ－４抗体は、ＰＣＴ／ＵＳ１８／１９８６８に記載されるＢＭＳ－９８６２１８である。
開示される組成物および方法において使用可能な抗ＣＴＬＡ－４抗体はまた、ヒトＣＴＬＡ－４と特異的に結合し、ヒトＣＴＬＡ－４との結合について、本明細書において開示される任意の抗ＣＴＬＡ－４抗体、例えば、イピリムマブおよび／またはトレメリムマブと交差競合する、単離された抗体を含む。いくつかの態様では、抗ＣＴＬＡ－４抗体は、本明細書に記載される抗ＣＴＬＡ－４抗体のうちのいずれか、例えば、イピリムマブおよび／またはトレメリムマブと同一のエピトープと結合する。抗原との結合について交差競合する抗体の能力は、これらの抗体が、抗原の同一のエピトープ領域と結合し、他の交差競合する抗体のその特定のエピトープ領域との結合を立体的に妨害することを示す。これらの交差競合する抗体は、ＣＴＬＡ－４の同一のエピトープ領域との結合を踏まえると、参照抗体、例えば、イピリムマブおよび／またはトレメリムマブのものと非常に類似する機能的特性を有することが予測される。交差競合する抗体は、標準的なＣＴＬＡ－４結合アッセイ、例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ分析、ＥＬＩＳＡアッセイ、またはフローサイトメトリーにおいて、イピリムマブおよび／またはトレメリムマブと交差競合する能力に基づいて容易に特定することができる（例えば、ＷＯ２０１３／１７３２２３を参照されたい）。
特定の態様では、ヒトＣＴＬＡ－４との結合について、イピリムマブおよび／またはトレメリムマブのようなヒトＣＴＬＡ－４抗体と交差競合するか、またはそれと同一のエピトープ領域と結合する抗体は、モノクローナル抗体である。ヒト対象への投与に関して、これらの交差競合する抗体は、キメラ抗体、遺伝子操作された抗体、またはヒト化もしくはヒト抗体である。そのようなキメラ、遺伝子操作、ヒト化、またはヒトモノクローナル抗体は、当技術分野において周知の方法によって調製および単離することができる。
開示される本発明の組成物および方法において使用可能な抗ＣＴＬＡ－４抗体としてはまた、上述の抗体の抗原結合断片が挙げられる。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片によって実施され得ることが十分に示されている。
開示される方法または組成物における使用に好適な抗ＣＴＬＡ－４抗体は、高い特異性および親和性でＣＴＬＡ－４と結合し、ＣＴＬＡ－４の活性を遮断し、ＣＴＬＡ－４のヒトＢ７受容体との相互作用を破壊する抗体である。本明細書において開示される組成物または方法のいずれにおいても、抗ＣＴＬＡ－４「抗体」は、ＣＴＬＡ－４と結合し、ＣＴＬＡ－４のヒトＢ７受容体との相互作用の阻害および免疫系の上方制御に関して完全抗体のものと類似の機能的特性を示す、抗原結合断片または断片を含む。特定の態様では、抗ＣＴＬＡ－４抗体またはその抗原結合断片は、ヒトＣＴＬＡ－４との結合について、イピリムマブおよび／またはトレメリムマブと交差競合する。
ＸＩ．Ｄ．抗ＬＡＧ－３抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＬＡＧ－３抗体であり得る。本開示の抗ＬＡＧ－３抗体は、ヒトＬＡＧ－３と結合する。ＬＡＧ－３と結合する抗体は、国際公開第ＷＯ／２０１５／０４２２４６号ならびに米国公開第２０１４／００９３５１１号および同第２０１１／０１５０８９２号に開示されている。
本開示において有用な例示的なＬＡＧ－３抗体は、２５Ｆ７（米国公開第２０１１／０１５０８９２号に記載される）である。本開示において有用な追加の例示的なＬＡＧ－３抗体は、ＢＭＳ－９８６０１６である。いくつかの態様では、組成物に有用な抗ＬＡＧ－３抗体は、２５Ｆ７またはＢＭＳ－９８６０１６と交差競合する。別の実施形態では、組成物に有用な抗ＬＡＧ－３抗体は、２５Ｆ７またはＢＭＳ－９８６０１６と同一のエピトープと結合する。他の態様では、抗ＬＡＧ－３抗体は、２５Ｆ７またはＢＭＳ－９８６０１６の６つのＣＤＲを含む。
ＸＩ．Ｅ．抗ＣＤ１３７抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＣＤ１３７抗体であり得る。抗ＣＤ１３７抗体は、ＣＤ１３７を発現する免疫細胞と特異的に結合し、それを活性化し、腫瘍細胞に対する免疫応答、特に、細胞傷害性Ｔ細胞応答を刺激する。ＣＤ１３７と結合する抗体は、米国公開第２００５／００９５２４４号、ならびに米国特許第７，２８８，６３８号、同第６，８８７，６７３号、同第７，２１４，４９３号、同第６，３０３，１２１号、同第６，５６９，９９７号、同第６，９０５，６８５号、同第６，３５５，４７６号、同第６，３６２，３２５号、同第６，９７４，８６３号、および同第６，２１０，６６９号に開示されている。
いくつかの態様では、抗ＣＤ１３７抗体は、米国特許第７，２８８，６３８号に記載されているウレルマブ（ＢＭＳ－６６３５１３）（２０Ｈ４．９－ＩｇＧ４［１０Ｃ７またはＢＭＳ－６６３５１３］）である。いくつかの態様では、抗ＣＤ１３７抗体は、米国特許第７，２８８，６３８号に記載されているＢＭＳ－６６３０３１（２０Ｈ４．９－ＩｇＧ１）である。いくつかの態様では、抗ＣＤ１３７抗体は、米国特許第６，８８７，６７３号に記載されている４Ｅ９またはＢＭＳ－５５４２７１である。いくつかの態様では、抗ＣＤ１３７抗体は、米国特許第７，２１４，４９３号、同第６，３０３，１２１号、同第６，５６９，９９７号、同第６，９０５，６８５号、または同第６，３５５，４７６号に開示されている抗体である。いくつかの態様では、抗ＣＤ１３７抗体は、米国特許第６，３６２，３２５号に記載されている１Ｄ８もしくはＢＭＳ－４６９４９２、３Ｈ３もしくはＢＭＳ－４６９４９７、または３Ｅ１である。いくつかの態様では、抗ＣＤ１３７抗体は、発行された米国特許第６，９７４，８６３号に開示されている抗体である（例えば、５３Ａ２）。いくつかの態様では、抗ＣＤ１３７抗体は、発光された米国特許第６，２１０，６６９号に開示されている抗体である（例えば、１Ｄ８、３Ｂ８、または３Ｅ１）。いくつかの態様では、抗体は、ＰｆｉｚｅｒのＰＦ－０５０８２５６６（ＰＦ－２５６６）である。他の態様では、本発明に有用な抗ＣＤ１３７抗体は、本明細書において開示される抗ＣＤ１３７抗体と交差競合する。いくつかの態様では、抗ＣＤ１３７抗体は、本明細書において開示される抗ＣＤ１３７抗体と同一のエピトープと結合する。他の態様では、本開示において有用な抗ＣＤ１３７抗体は、本明細書において開示される抗ＣＤ１３７抗体の６つのＣＤＲを含む。
ＸＩ．Ｆ．抗ＫＩＲ抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＫＩＲ３抗体であり得る。ＫＩＲと特異的に結合する抗体は、ＮＫ細胞上のキラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）とそれらのリガンドとの間の相互作用を遮断する。これらの受容体を遮断することにより、ＮＫ細胞の活性化、および潜在的には後者による腫瘍細胞の破壊が促進される。抗ＫＩＲ抗体の例は、国際公開第ＷＯ／２０１４／０５５６４８号、同ＷＯ２００５／００３１６８号、同ＷＯ２００５／００９４６５号、同ＷＯ２００６／０７２６２５号、同ＷＯ２００６／０７２６２６号、同ＷＯ２００７／０４２５７３号、同ＷＯ２００８／０８４１０６号、同ＷＯ２０１０／０６５９３９号、同ＷＯ２０１２／０７１４１１号、および同第ＷＯ／２０１２／１６０４４８号に開示されている。
本開示において有用な１つの抗ＫＩＲ抗体は、国際公開ＷＯ２００８／０８４１０６号に最初に記載された、リリルマブ（ＢＭＳ－９８６０１５、ＩＰＨ２１０２、または１－７Ｆ９のＳ２４１Ｐ変異体とも称される）である。本開示において有用な追加の抗ＫＩＲ抗体は、国際公開ＷＯ２００６／００３１７９号に記載される、１－７Ｆ９（ＩＰＨ２１０１とも称される）である。いくつかの態様では、本組成物の抗ＫＩＲ抗体は、ＫＩＲとの結合に関して、リリルマブまたはＩ－７Ｆ９と交差競合する。別の実施形態では、抗ＫＩＲ抗体は、リリルマブまたはＩ－７Ｆ９と同一のエピトープと結合する。他の態様では、抗ＫＩＲ抗体は、リリルマブまたはＩ－７Ｆ９の６つのＣＤＲを含む。
ＸＩ．Ｇ．抗ＧＩＴＲ抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＧＩＴＲ抗体であり得る。抗ＧＩＴＲ抗体は、ヒトＧＩＴＲ標的と特異的に結合し、グルココルチコイド誘導性腫瘍壊死因子受容体（ＧＩＴＲ）を活性化する、任意の抗ＧＩＴＲ抗体であり得る。ＧＩＴＲは、制御性Ｔ細胞、エフェクターＴ細胞、Ｂ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、および活性化樹状細胞を含む、複数種類の免疫細胞の表面上に発現される、ＴＮＦ受容体スーパーファミリーのメンバーである（「抗ＧＩＴＲアゴニスト抗体」）。具体的には、ＧＩＴＲ活性化は、エフェクターＴ細胞の増殖および機能を増大させ、同様に、活性化制御性Ｔ細胞によって誘導される抑制を抑止する。加えて、ＧＩＴＲ刺激は、他の免疫細胞、例えば、ＮＫ細胞、抗原提示細胞、およびＢ細胞の活性を増大させることによって、抗腫瘍免疫を促進する。抗ＧＩＴＲ抗体の例は、国際公開第ＷＯ／２０１５／０３１６６７号、同第ＷＯ２０１５／１８４，０９９号、同第ＷＯ２０１５／０２６，６８４号、同第ＷＯ１１／０２８６８３号、および同第ＷＯ／２００６／１０５０２１号、米国特許第７，８１２，１３５号および同第８，３８８，９６７号、ならびに米国公開第２００９／０１３６４９４号、同第２０１４／０２２０００２号、同第２０１３／０１８３３２１号、および同第２０１４／０３４８８４１号に開示されている。
いくつかの態様では、本開示において有用な抗ＧＩＴＲ抗体は、ＴＲＸ５１８（例えば、Schaer et al. Curr Opin Immunol. (2012) Apr; 24(2): 217-224およびＷＯ／２００６／１０５０２１に記載される）である。別の実施形態では、抗ＧＩＴＲ抗体は、ＭＫ４１６６、ＭＫ１２４８、ならびにＷＯ１１／０２８６８３およびＵ．Ｓ． ８，７０９，４２４に記載される抗体から選択され、例えば、配列番号１０４を含むＶＨ鎖、および配列番号１０５を含むＶＬ鎖を含む（配列番号は、ＷＯ１１／０２８６８３またはＵ．Ｓ． ８，７０９，４２４からのものである）。特定の態様では、抗ＧＩＴＲ抗体は、ＷＯ２０１５／０３１６６７に開示される抗ＧＩＴＲ抗体、例えば、それぞれ、ＷＯ２０１５／０３１６６７の配列番号３１、７１、および６３を含むＶＨ ＣＤＲ１～３、ならびにＷＯ２０１５／０３１６６７の配列番号５、１４、および３０を含むＶＬ ＣＤＲ１～３を含む抗体である。特定の態様では、抗ＧＩＴＲ抗体は、ＷＯ２０１５／１８４０９９に開示される抗ＧＩＴＲ抗体、例えば、抗体Ｈｕｍ２３１＃１もしくはＨｕｍ２３１＃２、またはそれらのＣＤＲ、またはそれらの誘導体（例えば、ｐａｂ１９６７、ｐａｂ１９７５、もしくはｐａｂ１９７９）である。特定の態様では、抗ＧＩＴＲ抗体は、ＪＰ２００８２７８８１４、ＷＯ０９／００９１１６、ＷＯ２０１３／０３９９５４、ＵＳ２０１４００７２５６６、ＵＳ２０１４００７２５６５、ＵＳ２０１４００６５１５２、もしくはＷＯ２０１５／０２６６８４に開示される抗ＧＩＴＲ抗体であるか、またはＩＮＢＲＸ－１１０（ＩＮＨＩＢＲｘ）、ＬＫＺ－１４５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、もしくはＭＥＤＩ－１８７３（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）である。特定の態様では、抗ＧＩＴＲ抗体は、ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０３３９９１に記載される抗ＧＩＴＲ抗体（例えば、２８Ｆ３、１８Ｅ１０、または１９Ｄ３の可変領域を含む抗体）である。
ある特定の態様では、抗ＧＩＴＲ抗体は、本明細書に記載される抗ＧＩＴＲ抗体、例えば、ＴＲＸ５１８、ＭＫ４１６６、または本明細書に記載されるＶＨドメインおよびＶＬドメインアミノ酸配列を含む抗体と交差競合する。いくつかの態様では、抗ＧＩＴＲ抗体は、本明細書に記載される抗ＧＩＴＲ抗体、例えば、ＴＲＸ５１８、ＭＫ４１６６、または本明細書に記載されるＶＨドメインおよびＶＬドメインアミノ酸配列を含む抗体のものと同一のエピトープと結合する。特定の態様では、抗ＧＩＴＲ抗体は、ＴＲＸ５１８、ＭＫ４１６６の６つのＣＤＲ、または本明細書に記載されるＶＨドメインおよびＶＬドメインアミノ酸配列を含む抗体のものを含む。
ＸＩ．Ｈ．抗ＴＩＭ３抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＴＩＭ３抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＴＩＭ３抗体は、国際公開第ＷＯ２０１８０１３８１８号、同第ＷＯ／２０１５／１１７００２号（例えば、ＭＧＢ４５３、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、同第ＷＯ／２０１６／１６１２７０号（例えば、ＴＳＲ－０２２、Ｔｅｓａｒｏ／ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）、同第ＷＯ２０１１１５５６０７号、同第ＷＯ２０１６／１４４８０３号（例えば、ＳＴＩ－６００、Ｓｏｒｒｅｎｔｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、同第ＷＯ２０１６／０７１４４８号、同第ＷＯ１７０５５３９９号、同第ＷＯ１７０５５４０４号、同第ＷＯ１７１７８４９３号、同第ＷＯ１８０３６５６１号、同第ＷＯ１８０３９０２０号（例えば、Ｌｙ－３２２１３６７、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、同第ＷＯ２０１７２０５７２１号、同第ＷＯ１７０７９１１２号、同第ＷＯ１７０７９１１５号、同第ＷＯ１７０７９１１６号、同第ＷＯ１１１５９８７７号、同第ＷＯ１３００６４９０号、同第ＷＯ２０１６０６８８０２号、同第ＷＯ２０１６０６８８０３号、同第ＷＯ２０１６／１１１９４７号、同第ＷＯ／２０１７／０３１２４２号に開示される抗ＴＩＭ３抗体から選択され得る。
ＸＩ．Ｉ．抗ＯＸ４０抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＯＸ４０（ＣＤ１３４、ＴＮＦＲＳＦ４、ＡＣＴ３５、および／またはＴＸＧＰ１Ｌとしても知られている）抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＯＸ４０抗体は、国際公開第ＷＯ２０１６０１９６２２８号に記載されるＢＭＳ－９８６１７８（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｃｏｍｐａｎｙ）であり得る。いくつかの態様では、抗ＯＸ４０抗体は、国際公開第ＷＯ９５０１２６７３号、同第ＷＯ１９９９４２５８５号、同第ＷＯ１４１４８８９５号、同第ＷＯ１５１５３５１３号、同第ＷＯ１５１５３５１４号、同第ＷＯ１３０３８１９１号、同第ＷＯ１６０５７６６７号、同第ＷＯ０３１０６４９８号、同第ＷＯ１２０２７３２８号、同第ＷＯ１３０２８２３１号、同第ＷＯ１６２００８３６号、同ＷＯ１７０６３１６２号、同第ＷＯ１７１３４２９２号、同ＷＯ１７０９６１７９号、同ＷＯ１７０９６２８１号、および同ＷＯ１７０９６１８２号に記載される抗ＯＸ４０抗体から選択され得る。
ＸＩ．Ｊ．抗ＮＫＧ２Ａ抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＮＫＧ２Ａ抗体であり得る。ＮＫＧ２Ａは、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞およびＴリンパ球のサブセットに発現されるＣ型レクチン受容体ファミリーのメンバーである。具体的には、ＮＫＧ２Ａは、主として、腫瘍浸潤先天免疫エフェクターＮＫ細胞、ならびに一部のＣＤ８＋ Ｔ細胞に発現される。その天然のリガンドであるヒト白血球抗原Ｅ（ＨＬＡ－Ｅ）は、固形腫瘍および血液腫瘍に発現される。ＮＫＧ２Ａは、ＨＬＡ－Ｅと結合する阻害性受容体である。
いくつかの態様では、抗ＮＫＧ２Ａ抗体は、ＮＫＧ２ＡのそのリガンドＨＬＡ－Ｅとの相互作用を遮断し、したがって抗腫瘍免疫応答の活性化を可能にする、ヒトモノクローナル抗体であるＢＭＳ－９８６３１５であり得る。いくつかの態様では、抗ＮＫＧ２Ａ抗体は、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、および／または腫瘍浸潤免疫細胞を活性化するチェックポイント阻害剤であり得る。いくつかの態様では、抗ＮＫＧ２Ａ抗体は、例えば、ＷＯ２００６／０７０２８６（Ｉｎｎａｔｅ Ｐｈａｒｍａ Ｓ．Ａ．、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｇｅｎｏｖａ）、米国特許第８，９９３，３１９号（Ｉｎｎａｔｅ Ｐｈａｒｍａ Ｓ．Ａ．、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｇｅｎｏｖａ）、ＷＯ２００７／０４２５７３（Ｉｎｎａｔｅ Ｐｈａｒｍａ Ｓ／Ａ、Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ Ａ／Ｓ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｇｅｎｏｖａ）、米国特許第９，４４７，１８５号（Ｉｎｎａｔｅ Ｐｈａｒｍａ Ｓ／Ａ、Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ Ａ／Ｓ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｇｅｎｏｖａ）、ＷＯ２００８／００９５４５（Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ Ａ／Ｓ）、米国特許第８，２０６，７０９号、同第８，９０１，２８３号、同第９，６８３，０４１号（Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ Ａ／Ｓ）、ＷＯ２００９／０９２８０５（Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ Ａ／Ｓ）、米国特許第８，７９６，４２７号および同第９，４２２，３６８号（Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ Ａ／Ｓ）、ＷＯ２０１６／１３４３７１（Ｏｈｉｏ Ｓｔａｔｅ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ）、ＷＯ２０１６／０３２３３４（Ｊａｎｓｓｅｎ）、ＷＯ２０１６／０４１９４７（Ｉｎｎａｔｅ）、ＷＯ２０１６／０４１９４５（Ａｃａｄｅｍｉｓｃｈ Ｚｉｅｋｅｎｈｕｉｓ Ｌｅｉｄｅｎ Ｈ．Ｏ．Ｄ．Ｎ． ＬＵＭＣ）、ＷＯ２０１６／０４１９４７（Ｉｎｎａｔｅ Ｐｈａｒｍａ）、ならびにＷＯ２０１６／０４１９４５（Ｉｎｎａｔｅ Ｐｈａｒｍａ）に記載される抗ＮＫＧ２Ａ抗体から選択され得る。
ＸＩ．Ｋ．抗ＩＣＯＳ抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＩＣＯＳ抗体であり得る。ＩＣＯＳは、ＣＤ２８スーパーファミリーのメンバーである免疫チェックポイントタンパク質である。ＩＣＯＳは、Ｔ細胞活性化後にＴ細胞上に発現される５５～６０ｋＤａのＩ型膜貫通タンパク質であり、そのリガンドであるＩＣＯＳ－Ｌ（Ｂ７Ｈ２）と結合した後にＴ細胞活性化を共刺激する。ＩＣＯＳはまた、誘導性Ｔ細胞共刺激因子、ＣＶＩＤ１、ＡＩＬＩＭ、誘導性共刺激因子、ＣＤ２７８、活性化誘導性リンパ球免疫媒介性分子、およびＣＤ２７８抗原としても知られている。
いくつかの態様では、抗ＩＣＯＳ抗体は、ヒトＩＣＯＳと結合しそれを刺激するヒト化ＩｇＧモノクローナル抗体である、ＢＭＳ－９８６２２６であり得る。いくつかの態様では、抗ＩＣＯＳ抗体は、例えば、ＷＯ２０１６／１５４１７７（Ｊｏｕｎｃｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ， Ｉｎｃ．）、ＷＯ２００８／１３７９１５（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＷＯ２０１２／１３１００４（ＩＮＳＥＲＭ、Ｆｒｅｎｃｈ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、ＥＰ３１４７２９７（ＩＮＳＥＲＭ、Ｆｒｅｎｃｈ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、ＷＯ２０１１／０４１６１３（Ｍｅｍｏｒｉａｌ Ｓｌｏａｎ Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ）、ＥＰ２４８２８４９（Ｍｅｍｏｒｉａｌ Ｓｌｏａｎ Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ）、ＷＯ１９９９／１５５５３（Ｒｏｂｅｒｔ Ｋｏｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）、米国特許第７，２５９，２４７号および同第７，７２２，８７２号（Ｒｏｂｅｒｔ Ｋｏｔｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）、ＷＯ１９９８／０３８２１６（Ｊａｐａｎ Ｔｏｂａｃｃｏ Ｉｎｃ．）、米国特許第７，０４５，６１５号、同第７，１１２，６５５号、および同第８，３８９，６９０号（Ｊａｐａｎ Ｔｏｂａｃｃｏ Ｉｎｃ．）、米国特許第９，７３８，７１８号および同第９，７７１，４２４号（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、ならびにＷＯ２０１７／２２０９８８（Ｋｙｍａｂ Ｌｉｍｉｔｅｄ）に記載される抗ＩＣＯＳ抗体から選択され得る。
ＸＩ．Ｌ．抗ＴＩＧＩＴ抗体
いくつかの態様では、第２の抗体は、抗ＴＩＧＩＴ抗体であり得る。いくつかの態様では、抗ＴＩＧＩＴ抗体は、ＢＭＳ－９８６２０７であり得る。いくつかの態様では、抗ＴＩＧＩＴ抗体は、ＷＯ２０１６／１０６３０２に記載されるクローン２２Ｇ２であり得る。いくつかの態様では、抗ＴＩＧＩＴ抗体は、ＷＯ２０１７／０５３７４８に記載されるＭＴＩＧ７１９２Ａ／ＲＧ６０５８／ＲＯ７０９２２８４またはクローン４．１Ｄ３であり得る。いくつかの態様では、抗ＴＩＧＩＴ抗体は、例えば、ＷＯ２０１６／１０６３０２（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｃｏｍｐａｎｙ）およびＷＯ２０１７／０５３７４８（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）に記載される抗ＴＩＧＩＴ抗体から選択され得る。
ＸＩ．Ｍ．追加の抗がん療法
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、追加の抗がん療法と組み合わせて使用することができる。
いくつかの態様では、追加の抗がん療法は、標準治療法を含む。
いくつかの態様では、追加の抗がん療法は、チェックポイント阻害剤を含む。
いくつかの態様では、追加の抗がん療法は、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＮＫＧ２Ａ、ＣＤ２７、ＣＤ９６、グルココルチコイドに誘導されるＴＮＦＲ関連タンパク質（ＧＩＴＲ）、およびヘルペスウイルス進入媒介因子（ＨＶＥＭ）、プログラム死－１（ＰＤ－１）、プログラム死リガンド－１（ＰＤ－Ｌ１）、ＣＴＬＡ－４、ＢおよびＴリンパ球減弱因子（ＢＴＬＡ）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン－３（ＴＩＭ－３）、リンパ球活性化遺伝子－３（ＬＡＧ－３）、アデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）、キラー細胞レクチン様受容体Ｇ１（ＫＬＲＧ－１）、ナチュラルキラー細胞受容体２Ｂ４（ＣＤ２４４）、ＣＤ１６０、ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体（ＴＩＧＩＴ）、およびＴ細胞活性化のＶ－ドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）の受容体、ＫＩＲ、ＴＧＦβ、ＩＬ－１０、ＩＬ－８、Ｂ７－Ｈ４、Ｆａｓリガンド、ＣＸＣＲ４、メソテリン、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＤ５２、ＨＥＲ２、ならびにこれらの任意の組合せから選択されるタンパク質と特異的に結合する、抗体またはその抗原結合部分を含む。
いくつかの態様では、追加の抗がん療法は、ＣＡＲ－Ｔ細胞療法を含む。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗ＩＬ－１０抗体と組み合わせて使用することができる。いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、長時間作用型ＩＬ－１０分子と組み合わせて使用することができる。いくつかの態様では、長時間作用型ＩＬ－１０分子は、ペグ化ＩＬ－１０、例えば、ＡＭ００１０（ＡＲＭＯ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）であり得る。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗ＩＬ－２抗体と組み合わせて使用することができる。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、長時間作用型ＩＬ－２分子と組み合わせて使用され得る。いくつかの態様では、長時間作用型ＩＬ－２は、ペグ化ＩＬ－２、例えば、ＮＫＴＲ－２１４（Ｎｅｋｔａｒ、ＵＳ８，２５２，２７５、ＷＯ１２／０６５０８６、およびＷＯ１５／１２５１５９を参照されたい）であり得る。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗ＶＩＳＴＡ抗体と組み合わせて使用することができる。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗ＣＤ９６抗体と組み合わせて使用することができる。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、抗ＩＬ－８抗体、例えば、ＨｕＭａｘ（登録商標）－ＩＬ８と組み合わせて使用することができる。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗ＴＧＦβ抗体と組み合わせて使用することができる。
いくつかの他の態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗Ｂ７－Ｈ４抗体と組み合わせて使用することができる。特定の態様では、抗Ｂ７－Ｈ４抗体は、国際公開ＷＯ／２００９／０７３５３３号に開示される抗Ｂ７－Ｈ４である。
特定の態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗Ｆａｓリガンド抗体と組み合わせて使用することができる。特定の態様では、抗Ｆａｓリガンド抗体は、国際公開第ＷＯ／２００９／０７３５３３号に開示される抗Ｆａｓリガンドである。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗ＣＸＣＲ４抗体と組み合わせて使用することができる。特定の態様では、抗ＣＸＣＲ４抗体は、米国公開第２０１４／０３２２２０８号に開示される抗ＣＸＣＲ４［例えば、ウロクプルマブ（ＢＭＳ－９３６５６４）］である。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗メソテリン抗体と組み合わせて使用することができる。特定の態様では、抗メソテリン抗体は、米国特許第８，３９９，６２３号に開示される抗メソテリンである。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗ＨＥＲ２抗体と組み合わせて使用することができる。特定の態様では、抗ＨＥＲ２抗体は、ハーセプチン（米国特許第５，８２１，３３７号）、トラスツズマブ、またはアド－トラスツズマブエムタンシン（Ｋａｄｃｙｌａ、例えば、ＷＯ／２００１／０００２４４）である。
態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗ＣＤ２７抗体と組み合わせて使用することができる。態様では、抗ＣＤ－２７抗体は、例えば、米国特許第９，１６９，３２５号に開示されるヒトＣＤ２７のアゴニストであるヒトＩｇＧ１抗体である、バルリルマブ（「ＣＤＸ－１１２７」および「１Ｆ５」としても知られている）である。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、抗ＣＤ７３抗体と組み合わせて使用することができる。特定の態様では、抗ＣＤ７３抗体は、ＣＤ７３．４．ＩｇＧ２Ｃ２１９Ｓ．ＩｇＧ１．１ｆである。
特定の態様では、第２の治療法は、化学療法剤を投与することを含む。いくつかの態様では、化学療法剤は、腫瘍細胞上の切断型ＣＤＣＰ１発現を誘導する。いくつかの態様では、化学療法剤は、プロテアソーム阻害剤、免疫調節薬（ＩＭｉＤ）、Ｂｅｔ阻害剤、およびこれらの任意の組合せから選択される。いくつかの態様では、プロテアソーム阻害剤は、ボルテゾミブ、イキサゾミブ、カーフィルゾミブ、オプロゾミブ、およびマリゾミブから選択される。特定の態様では、プロテアソーム阻害剤は、ボルテゾミブを含む。
いくつかの態様では、第２の治療法は、放射線療法を含む。当技術分野において公知の任意の放射線療法を、第２の治療法として使用することができる。
いくつかの態様では、第２の治療法は、先天免疫細胞を活性化する薬剤を投与することを含む。いくつかの態様では、先天免疫細胞を活性化する薬剤は、ＮＬＲＰ３アゴニストを含む。いくつかの態様では、ＮＬＲＰ３アゴニストは、尿酸一ナトリウム一水和物（ＭＳＵ）および／またはワクチンアジュバントであるミョウバンを含む。いくつかの態様では、先天免疫細胞を活性化する薬剤は、ｔｏｌｌ様受容体７（ＴＬＲ７）アゴニストである。いくつかの態様では、ＴＬＲ７アゴニストは、イミキモド（Ｒ８３７）、ＧＳ－９６２０（Tsai et al., J. Virology doi:10.1128/JVI.02166-16 (Feb. 8, 2017)を参照されたい）、ＯＲＮ Ｒ－２３３６（Ｍｉｌｔｅｎｙｌ Ｂｉｏｔｅｃ）、またはこれらの任意の組合せを含む。
いくつかの態様では、第２の治療法は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、またはその両方の生存を増強させる薬剤を投与することを含む。いくつかの態様では、薬剤は、ＩＬ－２を含む。特定の態様では、薬剤は、ペグ化ＩＬ－２を含む。
特定の態様では、第２の治療法は、ドキソルビシン［ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）］、シスプラチン、カルボプラチン、硫酸ブレオマイシン、カルムスチン、クロラムブシル［ＬＥＵＫＥＲＡＮ（登録商標）］、シクロホスファミド［ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）、ＮＥＯＳＡＲ（登録商標）］、レナリドマイド［ＲＥＶＬＩＭＩＤ（登録商標）］、ボルテゾミブ［ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標）］、デキサメタゾン、ミトキサントロン、エトポシド、シタラビン、ベンダムスチン［ＴＲＥＡＮＤＡ（登録商標）］、リツキシマブ［ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）］、イホスファミド、ビンクリスチン［ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標）］、フルダラビン［ＦＬＵＤＡＲＡ（登録商標）］、サリドマイド［ＴＨＡＬＯＭＩＤ（登録商標）］、アレムツズマブ［ＣＡＭＰＡＴＨ（登録商標）］、オファツムマブ［ＡＲＺＥＲＲＡ（登録商標）］、エベロリムス［ＡＦＩＮＩＴＯＲ（登録商標）、ＺＯＲＴＲＥＳＳ（登録商標）］、カーフィルゾミブ（ＫＹＰＲＯＬＩＳＴＭ）、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される薬剤を投与することを含む。
ＸＩ．Ｎ．がん
本明細書に記載される抗ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、がんを有する患者におけるがん性細胞に対する免疫応答を増強し得る。がんを有する対象を処置するための方法であって、対象が処置されるように、例えば、がん性腫瘍の成長が阻害もしくは低減される、および／または腫瘍が退縮する、および／または生存期間が延長されるように、対象に、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片を投与することを含む、方法が、本明細書において提供される。本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、がん性腫瘍の成長を阻害するために単独で使用することができる。あるいは、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以下に記載されるように、別の薬剤、例えば、別の免疫原性剤、標準がん処置または別の抗体とともに使用することができる。
したがって、例えば、腫瘍細胞の成長を阻害することによって対象においてがんを処置する方法であって、対象に、治療上有効な量の本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、ＣＬ０３もしくはＣＬ０７）、またはこれらの抗原結合断片を投与することを含む、方法が、本明細書において提供される。抗体は、ヒト抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（例えば、本明細書に記載されるヒト抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片のいずれか）であり得る。本開示の抗体を使用して成長を阻害することができるがんには、典型的に免疫療法に応答性であるがんおよび典型的に免疫療法に応答性でないものが含まれる。処置することができるがんにはまた、切断型ＣＤＣＰ１陽性がんも含まれる。がんは、固形腫瘍または血液悪性腫瘍（液体腫瘍）を伴うがんであってもよい。処置のためのがんの非限定的な例としては、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、扁平ＮＳＣＬＣ、非扁平ＮＳＣＬＣ、神経膠腫、胃腸がん、腎臓がん、明細胞癌、卵巣がん、肝臓がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、腎臓がん、腎細胞癌（ＲＣＣ）、前立腺がん、ホルモン難治性前立腺腺癌、甲状腺がん、神経芽細胞腫、膵臓がん、神経膠芽腫（神経膠芽腫多型）、子宮頸がん、胃がん、膀胱がん、肝細胞腫（肝細胞癌）、乳がん、結腸癌、頭頸部がん（または癌）、頭頸部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、胃がん、生殖細胞腫瘍、小児肉腫、副鼻腔ナチュラルキラー、黒色腫、転移性悪性黒色腫、皮膚または眼内悪性黒色腫、中皮腫、骨がん、皮膚がん、子宮がん、肛門領域のがん、精巣がん、卵管の癌、子宮内膜の癌、子宮頸の癌、膣の癌、外陰部の癌、食道のがん、小腸のがん、内分泌系のがん、副甲状腺のがん、副腎のがん、軟部組織の肉腫、尿道のがん、陰茎のがん、小児の固形腫瘍、尿管のがん、腎盂の癌、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳がん、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮がん、扁平上皮細胞がん、アスベストによって誘導されるものを含む環境に誘導されるがん、ウイルス関連がんまたはウイルス起源のがん、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）関連または起源の腫瘍、急性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、未分化ＡＭＬ、骨髄芽球性白血病、骨髄芽球性白血病、前骨髄球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病、赤白血病、巨核芽球性白血病、単発性顆粒球性肉腫、緑色腫、ホジキンリンパ腫（ＨＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、単球様Ｂ細胞リンパ腫、粘膜関連リンパ球系組織（ＭＡＬＴ）リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞リンパ腫／白血病、マントル細胞リンパ腫、血管免疫芽球性Ｔ細胞リンパ腫、血管中心性リンパ腫、腸管Ｔ細胞リンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、前駆体Ｔリンパ芽球性リンパ腫、Ｔリンパ芽球性、末梢Ｔ細胞リンパ腫、リンパ芽球性リンパ腫、移植後リンパ増殖性障害、真性組織球性リンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、リンパ芽球性リンパ腫（ＬＢＬ）、リンパ球系統の造血系腫瘍、急性リンパ芽球性白血病、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、びまん性組織球性リンパ腫（ＤＨＬ）、免疫芽球性大細胞型リンパ腫、前駆体Ｂリンパ芽球性リンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＬＣ）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症を伴うリンパ形質細胞性リンパ腫（ＬＰＬ）、骨髄腫、ＩｇＧ骨髄腫、軽鎖骨髄腫、非分泌性骨髄腫、くすぶり型骨髄腫（無症候性骨髄腫）、孤立性形質細胞腫、多発性骨髄腫、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、有毛細胞リンパ腫、および前記がんの任意の組合せが挙げられる。
本明細書に記載される方法はまた、転移性がん、切除不能な難治性がん（例えば、遮断性ＣＴＬＡ－４またはＰＤ－１抗体を用いる、例えば、これまでの免疫療法に対して難治性のがん）および／または再発性がんの治療のために使用してもよい。
いくつかの態様では、対象は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、黒色腫、膀胱がん、膵臓がん、胃がん、結腸がん、腎細胞癌（ＲＣＣ）、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、中皮腫、肝細胞癌、前立腺がん、多発性骨髄腫、および前記がんの組合せから選択されるがんを有する。
いくつかの態様では、対象は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頸部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、黒色腫、膀胱がん、膵臓がん、胃がん、結腸がん、および前記がんの組合せから選択されるがんを有する。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、以前の処置、例えば、免疫－腫瘍学薬物もしくは免疫療法薬を用いた以前の処置に対して不適切な応答を示したかもしくはその後進行したがんを有する患者に、または不応性もしくは耐性、本質的に不応性もしくは耐性のいずれかである（例えば、ＰＤ－１経路アンタゴニストに対して不応性である）がんを有する患者に、または耐性もしくは不応性状態が獲得された場合に、投与される。例えば、第１の治療法に対して応答性でないかもしくは十分に応答性でない対象、または処置後、例えば、抗ＰＤ－１での処置後に、疾患の進行が見られる対象を、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片の、単独または別の治療法（例えば、抗ＰＤ－１治療法）と組み合わせた投与によって、処置することができる。
いくつかの態様では、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片は、これまでに免疫－腫瘍学薬剤、例えば、ＰＤ－１経路アンタゴニストを受容していない（すなわち、それを用いた処置を受けていない）患者に、投与される。
いくつかの態様では、対象におけるがんを処置する方法は、まず、対象が、ＣＤＣＰ１陽性である、例えば、切断型ＣＤＣＰ１を発現する腫瘍細胞を有するかどうかを判定すること、ならびに対象が切断型ＣＤＣＰ１陽性がんを有する場合、対象に、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片を投与することを含む。がんを有する対象を、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片で処置する方法は、ＣＤＣＰ１を発現するがん細胞を有する対象に、治療上有効な量のＣＤＣＰ１抗体を投与することを含み得る。対象が、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片での処置に応答するかどうかを予測するための方法であって、患者のがん細胞における切断型ＣＤＣＰ１のレベルを判定することを含み、対象のがん細胞が、切断型ＣＤＣＰ１陽性である場合、対象は、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体またはその抗原結合断片での処置に応答する可能性が高い、方法もまた、本明細書において提供される。
いくつかの態様では、対象におけるがんを処置する方法は、まず、対象が、ＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－１陽性である、例えば、ＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－１を発現する腫瘍細胞またはＴＩＬを有するかどうかを判定すること、ならびに対象がＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－１陽性がん細胞またはＴＩＬ細胞を有する場合、対象に、例えば、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（および適宜ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１アンタゴニスト）またはその抗原結合断片を投与することを含む。がんを有する対象を、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（および適宜ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１アンタゴニスト）で処置する方法は、ＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－１を発現するがん細胞またはＴＩＬ細胞を有する対象に、治療上有効な量の抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（および適宜ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１アンタゴニスト）を投与することを含み得る。対象が、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体（および適宜ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１アンタゴニスト）での処置に応答するかどうかを予測するための方法であって、患者のがん細胞またはＴＩＬ細胞におけるＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－１のレベルを判定することを含み、対象のがん細胞またはＴＩＬ細胞が、ＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－１陽性である場合、対象は、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片（および適宜ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１アンタゴニスト）での処置に応答する可能性が高い、方法もまた、本明細書において提供される。
例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、標準治療処置とともに投与され得る。例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、維持療法、例えば、腫瘍の発生または再発を予防することを意図する治療法として、投与されてもよい。
例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、別の処置、例えば、放射線照射、外科手術、または化学療法とともに投与され得る。例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の補助療法は、微小転移が存在し得る危険性がある場合、および／または再発の危険性を低減するために、投与され得る。
例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、単剤療法として、または唯一の免疫刺激療法として、投与され得る。ＣＤＣＰ１に対する抗体、例えば、例として本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１、またはその抗原結合断片はまた、免疫原性剤、例えば、がん性細胞、精製された腫瘍抗原（組換えタンパク質、ペプチド、および炭水化物分子を含む）、細胞、ならびに免疫刺激性サイトカインをコードする遺伝子をトランスフェクトした細胞と組み合わせることができる（He et al., (2004) J. Immunol. 173:4919-28）。使用できる腫瘍ワクチンの限定されない例として、ｇｐ１００、ＭＡＧＥ抗原、Ｔｒｐ－２、ＭＡＲＴ１および／もしくはチロシナーゼのペプチドなどの黒色腫抗原のペプチドまたはサイトカインＧＭ－ＣＳＦを発現するようトランスフェクトされた腫瘍細胞が挙げられる。（以下にさらに論じられる）。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載される抗ヒト切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、ワクチン接種プロトコールと組み合わせることができる。腫瘍に対するワクチン接種のための多数の実験戦略が考案されている（Rosenberg, S., 2000, Development of Cancer Vaccines, ASCO Educational Book Spring: 60-62; Logothetis, C, 2000, ASCO Educational Book Spring: 300-302; Khayat, D. 2000, ASCO Educational Book Spring: 414-428; Foon, K. 2000, ASCO Educational Book Spring: 730-738を参照のこと; DeVita et al. (eds.), 1997, Cancer: Principles and Practice of Oncology, Fifth Edition中のRestifo, N. and Sznol, M., Cancer Vaccines, Ch. 61, pp. 3023-3043も参照のこと）。これらの戦略のうちの１つでは、ワクチンは、自己または同種腫瘍細胞を使用して調製される。これらの細胞性ワクチンは、腫瘍細胞がＧＭ－ＣＳＦを発現するよう形質導入される場合に最も有効であるとわかっている。ＧＭ－ＣＳＦは、腫瘍ワクチン接種のための抗原提示の強力なアクチベーターであるとわかっている（Dranoff et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90: 3539-43）。
種々の腫瘍における遺伝子発現および大規模遺伝子発現パターンの研究は、いわゆる腫瘍特異的抗原の定義につながった（Rosenberg, S A (1999) Immunity 10: 281-7）。多くの場合には、これらの腫瘍特異的抗原は、腫瘍において、また腫瘍が生じた細胞において発現される分化抗原、例えば、メラノサイト抗原ｇｐ１００、ＭＡＧＥ抗原およびＴｒｐ－２である。より重要なことに、これらの抗原の多くは、宿主における腫瘍特異的Ｔ細胞の標的であると示され得る。これらのタンパク質に対する免疫応答を生じさせるために、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体は、腫瘍において発現される組換えタンパク質および／またはペプチドの収集物とともに使用できる。これらのタンパク質は、正常には、自己抗原として免疫系によって見なされ、したがって、それらに対して寛容である。腫瘍抗原は、染色体のテロメアの合成に必要であり、ヒトがんの８５％超において、および限定された数の体細胞組織のみにおいて発現されるタンパク質テロメラーゼを含み得る（Kim et al. (1994) Science 266: 2011-2013）。腫瘍抗原はまた、タンパク質配列を変更するか、または２種の無関係の配列間の融合タンパク質（すなわち、フィラデルフィア染色体中のｂｃｒ－ａｂｌ）もしくはＢ細胞腫瘍からのイディオタイプを作製する体細胞突然変異のためにがん細胞において発現される「ネオ抗原」であり得る。
その他の腫瘍ワクチンは、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、肝炎ウイルス（ＨＢＶおよびＨＣＶ）およびカポジヘルペス肉腫ウイルス（ＫＨＳＶ）のようなヒトがんに関わるウイルスに由来するタンパク質を含み得る。例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片の投与とともに使用することができる腫瘍特異的抗原の別の形態として、腫瘍組織自体から単離された精製された熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）がある。これらの熱ショックタンパク質は、腫瘍細胞に由来するタンパク質の断片を含有し、これらのＨＳＰは、腫瘍免疫を誘発するための抗原提示細胞への送達で高度に効率的である（Suot & Srivastava (1995) Science 269:1585-1588; Tamura et al. (1997) Science 278:117-120）。
樹状細胞（ＤＣ）は、抗原特異的応答をプライムするために使用できる強力な抗原提示細胞である。ＤＣは、エキソビボで生産され、種々のタンパク質およびペプチド抗原ならびに腫瘍細胞抽出物を搭載させることができる（Nestle et al. (1998) Nature Medicine 4: 328-332）。ＤＣはまた、同様にこれらの腫瘍抗原を発現するよう遺伝的手段によって形質導入できる。ＤＣはまた、免疫処置を目的として腫瘍細胞と直接融合されている（Kugler et al. (2000) Nature Medicine 6:332-336）。ワクチン接種の方法として、ＤＣ免疫処置を、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片の投与と有効に組み合わせて、より強力な抗腫瘍応答を活性化することができる。
例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片の投与はまた、標準がん処置（例えば、外科手術、放射線照射、および化学療法）と組み合わせることができる。例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片の投与は、化学療法レジームと有効に組み合わせることができる。これらの場合には、投与される化学療法試薬の用量を低減することが可能であり得る（Mokyr et al. (1998) Cancer Research 58: 5301-5304）。このような組合せの一例として、黒色腫の処置のためのデカルバジン（ｄｅｃａｒｂａｚｉｎｅ）と組み合わせた、例えば本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片がある。このような組合せの別の例として、黒色腫の処置のためのインターロイキン－２（ＩＬ－２）、例えば、ペグ化ＩＬ－２と組み合わせた、例えば本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片がある。抗切断型ＣＤＣＰ１抗体および化学療法の組合せ使用の背後の科学的論拠は、ほとんどの化学療法薬化合物の細胞傷害性作用の結果である細胞死が、抗原提示経路における腫瘍抗原のレベルの増大をもたらすはずであるということである。細胞死による、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の投与との相乗作用をもたらし得るその他の併用治療として、放射線照射、手術およびホルモン欠乏がある。これらのプロトコールの各々は、宿主において腫瘍抗原の供給源を作製する。血管新生阻害剤もまた、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の投与と組み合わせることができる。血管新生の阻害は、腫瘍細胞死につながり、これが、腫瘍抗原を宿主抗原提示経路に供給し得る。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片はまた、腫瘍細胞に対するＦｃαまたはＦｃγ受容体を発現するエフェクター細胞を標的とする二重特異性抗体と組み合わせて使用することができる（例えば、米国特許第５，９２２，８４５号および同第５，８３７，２４３号を参照されたい）。二重特異性抗体を使用して、２種の別個の抗原を標的とすることができる。例えば、抗Ｆｃ受容体／抗腫瘍抗原（例えば、Ｈｅｒ－２／ｎｅｕ）二重特異性抗体が、腫瘍の部位に対するマクロファージを標的とするために使用されている。この標的化は、腫瘍特異的応答を効率的に活性化し得る。これらの応答のＴ細胞アームは、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片の作用によって増大されるであろう。あるいは、抗原は、腫瘍抗原および樹状細胞特異的細胞表面マーカーと結合する二重特異性抗体の使用によってＤＣに直接送達され得る。
腫瘍は、多種多様な機序によって宿主免疫監視を回避する。これらの機序のうち多くは、腫瘍によって発現され、免疫抑制であるタンパク質の不活性化によって克服され得る。これらは、中でも、ＴＧＦ－β（Kehrl et al. (1986) J. Exp. Med. 163: 1037-1050）、ＩＬ－１０（Howard & O'Garra (1992) Immunology Today 13: 198-200)およびＦａｓリガンド(Hahne et al. (1996) Science 274: 1363-1365）を含む。これらの実体の各々に対する抗体は、免疫抑制剤の効果に対抗し、宿主による腫瘍免疫応答に有利に働くよう、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体と組み合わせて使用できる。
宿主免疫応答性を活性化するその他の抗体を、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体と組み合わせて使用できる。これらは、ＤＣ機能および抗原提示を活性化する樹状細胞の表面上の分子を含む。抗ＣＤ４０抗体は、効率的に、Ｔ細胞ヘルパー活性の代わりとなることができ（Ridge et al. (1998) Nature 393: 474-478）、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体とともに使用できる。ＣＴＬＡ－４（例えば、米国特許第５，８１１，０９７）、ＯＸ－４０（Weinberg et al. (2000) Immunol 164: 2160-2169）、４－１ＢＢ（Melero et al. (1997) Nature Medicine 3: 682-685 (1997)およびＩＣＯＳ（Hutloff et al. (1999) Nature 397: 262-266）などのＴ細胞共刺激分子に対する抗体を活性化することはまた、Ｔ細胞活性化のレベルの増大を提供し得る。ＰＤ１またはＰＤ－Ｌ１の阻害剤もまた、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体とともに使用してもよい。その他の組合せは、本明細書の別の箇所に提供される。
骨髄移植は現在、造血起源の種々の腫瘍を処置するために使用されている。この処置の結果として、移植片対宿主病があるが、治療的利点が、移植片対腫瘍の応答から得ることができる。切断型ＣＤＣＰ１阻害を使用して、ドナーから移植された腫瘍特異的Ｔ細胞の有効性を増大することができる。
抗原特異的Ｔ細胞のエキソビボ活性化および拡大、および腫瘍に対する抗原特異的Ｔ細胞を刺激するのための、これらの細胞のレシピエントへの養子移植を含むいくつかの実験治療プロトコールも存在する（Greenberg & RiddellScience 285: 546-51）。これらの方法はまた、ＣＭＶなどの感染性病原体に対するＴ細胞応答を活性化するよう使用できる。抗切断型ＣＤＣＰ１抗体の存在下でのエキソビボ活性化は、養子導入されたＴ細胞の頻度および活性を増大することができる。
ＸＩ．Ｏ．併用療法
上記に提供される併用療法に加えて、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるもの、またはその抗原結合断片はまた、例えば、以下に記載されるように、がんを処置するための併用療法において使用することができる。
例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片を、１種または複数のさらなる薬剤、例えば、免疫応答を刺激するのに有効である小分子薬、抗体、またはその抗原結合断片と同時投与し、それによって、対象において免疫応答をさらに増強、刺激または上方制御する併用療法の方法が、本明細書において提供される。
一般に、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、（ｉ）刺激性（例えば、共刺激性）分子（例えば、受容体もしくはリガンド）のアゴニスト、ならびに／または（ｉｉ）免疫細胞、例えば、Ｔ細胞上の阻害性シグナルもしくは分子（例えば、受容体もしくはリガンド）のアンタゴニストと組み合わせることができ、これらのいずれも、免疫応答、例えば、抗原特異的Ｔ細胞応答の増幅をもたらす。いくつかの態様では、免疫－腫瘍学薬剤は、（ｉ）刺激性（共刺激性を含む）分子（例えば、受容体もしくはリガンド）のアゴニスト、または（ｉｉ）細胞、例えば、Ｔ細胞活性化を阻害するものまたは自然免疫に関与するもの、例えば、ＮＫ細胞上の阻害性（共阻害性を含む）分子（例えば、受容体もしくはリガンド）のアンタゴニストであり、ここで、免疫－腫瘍学薬剤は、自然免疫を増強する。そのような免疫－腫瘍学薬剤は、しばしば、免疫チェックポイント制御因子、例えば、免疫チェックポイント阻害剤または免疫チェックポイント刺激剤と称される。
いくつかの態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片は、免疫グロブリンスーパーファミリー（ＩｇＳＦ）のメンバーである、刺激性分子または阻害性分子を標的とする薬剤とともに投与される。例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片は、免疫応答を増大させるために、ＩｇＳＦファミリーのメンバーを標的とする薬剤とともに、対象に投与され得る。例えば、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片は、Ｂ７－１、Ｂ７－２、Ｂ７－Ｈ１（ＰＤ－Ｌ１）、Ｂ７－ＤＣ（ＰＤ－Ｌ２）、Ｂ７－Ｈ２（ＩＣＯＳ－Ｌ）、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ５（ＶＩＳＴＡ）およびＢ７－Ｈ６を含む、膜結合型リガンドのＢ７ファミリーのメンバー、またはＢ７ファミリーメンバーと特異的に結合する共刺激性もしくは共阻害性受容体もしくはリガンドを標的とする（もしくはそれと特異的に結合する）、薬剤とともに、投与され得る。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片はまた、分子のＴＮＦおよびＴＮＦＲファミリーのメンバー（リガンドまたは受容体）、例えば、ＣＤ４０およびＣＤ４０Ｌ、ＯＸ－４０、ＯＸ－４０Ｌ、ＣＤ７０、ＣＤ２７Ｌ、ＣＤ３０、ＣＤ３０Ｌ、４－ｌＢＢＬ、ＣＤ１３７、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２－Ｌ、ＴＲＡＩＬＲ１／ＤＲ４、ＴＲＡＩＬＲ２／ＤＲ５、ＴＲＡＩＬＲ３、ＴＲＡＩＬＲ４、ＯＰＧ、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫＬ、ＴＷＥＡＫＲ／Ｆｎ １４、ＴＷＥＡＫ、ＢＡＦＦＲ、ＥＤＡＲ、ＸＥＤＡＲ、ＴＡＣＩ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ、ＬＴｐＲ、ＬＩＧＨＴ、ＤｃＲ３、ＨＶＥＭ、ＶＥＧＩ／ＴＬ１Ａ、ＴＲＡＭＰ／ＤＲ３、ＥＤＡ１、ＥＤＡ２、ＴＮＦＲ１、リンホトキシンａ／ＴＮＦｐ、ＴＮＦＲ２、ＴＮＦａ、ＬＴｐＲ、リンホトキシンａ１β２、ＦＡＳ、ＦＡＳＬ、ＲＥＬＴ、ＤＲ６、ＴＲＯＹならびにＮＧＦＲを標的とする薬剤とともに、投与され得る（例えば、Tansey (2009) Drug Discovery Today 00: 1を参照のこと）。
Ｔ細胞応答は、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片、および以下の薬剤のうちの１つまたは複数の組合せによって刺激され得る。
（１）ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＧＩＴＲ、およびＬＡＧ－３、ガレクチン９、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＢＴＬＡ、ＣＤ６９、ガレクチン－１、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１１３、ＧＰＲ５６、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、２Ｂ４、ＣＤ４８、ＧＡＲＰ、ＰＤ１Ｈ、ＬＡＩＲ１、ＴＩＭ－１、ＴＩＭ－３、およびＴＩＭ－４など、Ｔ細胞活性化を阻害するタンパク質（例えば、免疫チェックポイント阻害因子）のアンタゴニスト（阻害剤もしくは遮断剤）、ならびに／または
（２）Ｂ７－１、Ｂ７－２、ＣＤ２８、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、４－１ＢＢＬ、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＩＣＯＳ－Ｌ、ＯＸ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＣＤ７０、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＤＲ３およびＣＤ２８Ｈなど、Ｔ細胞活性化を刺激するタンパク質のアゴニスト。
上記のタンパク質のうちの１つを調節し、がんを治療するために抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片と組み合わせることができる例示的薬剤として、ＹＥＲＶＯＹ（登録商標）（イピリムマブ）またはトレメリムマブ（ＣＴＬＡ－４に対する）、ガリキシマブ（Ｂ７．１に対する）、ＢＭＳ－９３６５５８（ＰＤ－１に対する）、ＭＫ－３４７５（ＰＤ－１に対する）、アテゾリズマブ（ＴＥＣＥＣＴＲＩＱ（登録商標））、ＡＭＰ２２４（Ｂ７ＤＣに対する）、ＢＭＳ－９３６５５９（Ｂ７－Ｈ１に対する）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｂ７－Ｈ１に対する）、ＭＥＤＩ－５７０（ＩＣＯＳに対する）、ＡＭＧ５５７（Ｂ７Ｈ２に対する）、ＭＧＡ２７１（Ｂ７Ｈ３に対する）、ＩＭＰ３２１（ＬＡＧ－３に対する）、ＢＭＳ－６６３５１３（ＣＤ１３７に対する）、ＰＦ－０５０８２５６６（ＣＤ１３７に対する）、ＣＤＸ－１１２７（ＣＤ２７に対する）、抗ＯＸ－４０（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ）、ｈｕＭＡｂＯＸ４０Ｌ（ＯＸ４０Ｌに対する）、アタシセプト（ＴＡＣＩに対する）、ＣＰ－８７０８９３（ＣＤ４０に対する）、ルカツムマブ（ＣＤ４０に対する）、ダセツズマブ（ＣＤ４０に対する）、ムロモナブ－ＣＤ３（ＣＤ３に対する）、抗ＧＩＴＲ抗体ＭＫ４１６６、ＴＲＸ５１８、Ｍｅｄｉ１８７３、ＩＮＢＲＸ－１１０、ＬＫ２－１４５、ＧＷＮ－３２３、ＧＩＴＲＬ－Ｆｃ、またはこれらの任意の組合せが挙げられる。
がんの治療のために抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片と組み合わせることができるその他の分子として、ＮＫ細胞上の阻害性受容体のアンタゴニストまたはＮＫ細胞上の活性化受容体のアゴニストが挙げられる。例えば、抗ＣＤＣＰ１抗体を、ＫＩＲのアンタゴニスト（例えば、リリルマブ（lirilumab））と組み合わせることができる。
Ｔ細胞活性化は、可溶性サイトカインによっても制御され、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片は、Ｔ細胞活性化を阻害するサイトカインのアンタゴニストまたはＴ細胞活性化を刺激するサイトカインのアゴニストとともに、例えばがんを有する対象に投与され得る。
いくつかの態様では、例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片を、（ｉ）Ｔ細胞活性化を阻害する、ＩｇＳＦファミリーもしくはＢ７ファミリーもしくはＴＮＦファミリーのタンパク質のアンタゴニスト（または阻害剤もしくは遮断剤）またはＴ細胞活性化を阻害するサイトカイン（例えば、ＩＬ－６、ＩＬ－１０、ＴＧＦ－β、ＶＥＧＦ「免疫抑制サイトカイン」）のアンタゴニスト、および／または（ｉｉ）免疫応答を刺激するための、例えば、がんなどの増殖性疾患を処置するためのＩｇＳＦファミリー、Ｂ７ファミリー、もしくはＴＮＦファミリーの、またはＴ細胞活性化を刺激するサイトカインの刺激性受容体のアゴニストと組み合わせて、使用することができる。
併用療法のためのさらにその他の薬剤として、マクロファージまたは単球を阻害または枯渇させる薬剤、それだけには限らないが、ＲＧ７１５５（ＷＯ１１／７００２４、ＷＯ１１／１０７５５３、ＷＯ１１／１３１４０７、ＷＯ１３／８７６９９、ＷＯ１３／１１９７１６、ＷＯ１３／１３２０４４）またはＦＰＡ－００８（ＷＯ１１／１４０２４９、ＷＯ１３１６９２６４、ＷＯ１４／０３６３５７）を含めたＣＳＦ－１Ｒアンタゴニスト抗体などのＣＳＦ－１Ｒアンタゴニストが挙げられる。
抗ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片はまた、ＴＧＦ－βシグナル伝達を阻害する薬剤とともに投与してもよい。
例えば、本明細書に記載される、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片と組み合わせることができるさらなる薬剤としては、腫瘍抗原提示を増強する薬剤、例えば、樹状細胞ワクチン、ＧＭ－ＣＳＦ分泌細胞性ワクチン、ＣｐＧオリゴヌクレオチド、およびイミキモド、または腫瘍細胞の免疫原性を増強する治療法（例えば、アントラサイクリン）が挙げられる。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片と組み合わせることができるさらなる他の治療法として、Ｔｒｅｇ細胞を枯渇または遮断する治療法、例えば、ＣＤ２５に特異的に結合する薬剤が挙げられる。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片と組み合わせることができる別の治療法は、インドールアミンジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、ジオキシゲナーゼ、アルギナーゼまたは一酸化窒素シンテターゼなどの代謝酵素を阻害する治療法である。好適なＩＤＯアンタゴニストとして、例えば、ＩＮＣＢ－０２４３６０（ＷＯ２００６／１２２１５０、ＷＯ０７／７５５９８、ＷＯ０８／３６６５３、ＷＯ０８／３６６４２）、インドキシモド、ＮＬＧ－９１９（ＷＯ０９／７３６２０、ＷＯ０９／１１５６６５２、ＷＯ１１／５６６５２、ＷＯ１２／１４２２３７）、またはＦ００１２８７が挙げられる。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片とともに使用され得る別のクラスの薬剤として、アデノシンの形成を阻害する薬剤、例えばＣＤ７３阻害剤またはアデノシンＡ２Ａ受容体を阻害する薬剤が挙げられる。
がんを治療するために抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片と組み合わせることができる他の治療法として、Ｔ細胞アネルギーまたはＴ細胞消耗を逆転／防止する治療法ならびに腫瘍部位における先天免疫活性化および／または炎症を引き起こす治療法が挙げられる。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片は、１種を上回る免疫－腫瘍学薬剤と組み合わせてもよく、例えば、次の：腫瘍抗原の提示を増強する治療法（例えば、樹状細胞ワクチン、ＧＭ－ＣＳＦ分泌細胞性ワクチン、ＣｐＧオリゴヌクレオチド、イミキモド）；例えば、ＣＴＬＡ－４および／もしくはＰＤ１／ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－Ｌ２経路を阻害するならびに／またはＴｒｅｇもしくは他の免疫抑制細胞を枯渇もしくは遮断することによって、負の免疫制御を阻害する治療法；例えば、ＣＤ－１３７、ＯＸ－４０および／もしくはＣＤ４０もしくはＧＩＴＲ経路を刺激するアゴニストならびに／またはＴ細胞エフェクター機能を刺激するアゴニストを用いて、正の免疫調節を刺激する治療法；抗腫瘍Ｔ細胞の頻度を全身的に増大させる治療法；例えば、ＣＤ２５のアンタゴニスト（例えば、ダクリズマブ）を使用してまたはエキソビボでの抗ＣＤ２５ビーズ枯渇によって腫瘍におけるＴｒｅｇなどのＴｒｅｇを枯渇または阻害する治療法；腫瘍における抑制骨髄系細胞の機能に影響を及ぼす治療法；腫瘍細胞の免疫原性を増強する治療法（例えば、アントラサイクリン）；遺伝子修飾された細胞、例えば、キメラ抗原受容体によって修飾された細胞（ＣＡＲ－Ｔ療法）を含む、養子Ｔ細胞またはＮＫ細胞移入；インドールアミンジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、ジオキシゲナーゼ、アルギナーゼまたは一酸化窒素シンテターゼなどの代謝酵素を阻害する治療法；Ｔ細胞アネルギーまたはＴ細胞消耗を逆転／防止する治療法；腫瘍部位における先天免疫活性化および／または炎症を引き起こす治療法；免疫刺激サイトカインの投与；あるいは免疫抑制サイトカインの遮断のうちの１種または複数など、免疫経路の複数の要素を標的とするコンビナトリアルアプローチと組み合わせてもよい。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片は、１種または複数の、陽性共刺激性受容体をライゲーションするアゴニスト剤、阻害性受容体によるシグナル伝達を減弱する遮断薬、アンタゴニストならびに１種または複数の、抗腫瘍Ｔ細胞の頻度を全身性に増大する薬剤、腫瘍微小環境内のそれぞれの免疫抑制経路に克服する（例えば阻害性受容体の関与（例えば、ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１相互作用）を遮断しＴｒｅｇを枯渇または阻害し（例えば、抗ＣＤ２５モノクローナル抗体（例えば、ダクリズマブ）を使用して、またはエキソビボ抗ＣＤ２５ビーズ枯渇によって）、ＩＤＯなどの代謝酵素を阻害するか、またはＴ細胞アネルギーもしくは消耗を逆転させる／防ぐ）薬剤および先天性免疫活性化および／または腫瘍部位での炎症の引き金を引く薬剤と一緒に使用できる。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片は、対象が、ＢＲＡＦ Ｖ６００突然変異に関して陽性である場合、ＢＲＡＦ阻害剤と一緒に対象に投与される。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ３、ＮＫＧ２ａ、ＯＸ４０、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７、ＫＩＲ、ＴＧＦβ、ＩＬ－１０、ＩＬ－８、ＩＬ－２、Ｂ７－Ｈ４、Ｆａｓリガンド、ＣＸＣＲ４、メソテリン、ＣＤ２７、ＶＩＳＴＡ、ＣＤ９６、ＧＩＴＲ、またはこれらの任意の組合せと特異的に結合する抗体と一緒に、対象に投与される。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片および組合せ療法を、治療されている適応症（例えば、がん）に対するその特定の有用性について選択されるその他の周知の療法とともに使用してもよい。本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片の組合せを、公知の医薬上許容される薬剤（単数または複数）と逐次使用してもよい。
例えば、本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片および組合せ療法は、放射線照射および／または化学療法、（例えば、カンプトテシン（ＣＰＴ－１１）、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、シスプラチン、ドキソルビシン、イリノテカン、パクリタキセル、ゲムシタビン、シスプラチン、パクリタキセル、カルボプラチン－パクリタキセル（タキソール）、ドキソルビシン、５－ＦＵまたはカンプトテシン＋ａｐｏ２ｌ／ＴＲＡＩＬ（６Ｘ ｃｏｍｂｏ）を使用する）、１種または複数のプロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブまたはＭＧ１３２）、１種または複数のＢｃｌ－２阻害剤（例えば、ＢＨ３Ｉ－２’（ｂｃｌ－ｘｌ阻害剤）、インドールアミンジオキシゲナーゼ－１（ＩＤＯ１）阻害剤（例えば、ＩＮＣＢ２４３６０、インドキシモド、ＮＬＧ－９１９、またはＦ００１２８７）、ＡＴ－１０１（Ｒ－（－）－ゴシポール誘導体）、ＡＢＴ－２６３（小分子）、ＧＸ－１５－０７０（オバトクラックス（ｏｂａｔｏｃｌａｘ））またはＭＣＬ－１（骨髄系白血病細胞分化タンパク質－１）アンタゴニスト）、ｉＡＰ（アポトーシスタンパク質の阻害剤）アンタゴニスト（例えば、ｓｍａｃ７、ｓｍａｃ４、小分子ｓｍａｃミメティック、合成ｓｍａｃペプチド（Fulda et al., Nat Med 2002;8:808-15）、ＩＳＩＳ２３７２２（ＬＹ２１８１３０８）またはＡＥＧ－３５１５６（ＧＥＭ－６４０））、ＨＤＡＣ（ヒストンデアセチラーゼ）阻害剤、抗ＣＤ２０抗体（例えば、リツキシマブ）、血管新生阻害剤（例えば、ベバシズマブ）、ＶＥＧＦおよびＶＥＧＦＲを標的化する抗血管新生剤（例えば、アバスチン）、合成トリテルペノイド（Hyer et al, Cancer Research 2005;65:4799-808を参照のこと）、ｃ－ＦＬＩＰ（細胞性ＦＬＩＣＥ阻害性タンパク質）モジュレーター（例えば、ＰＰＡＲｙ（ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γ）の天然および合成リガンド、５８０９３５４または５５６９１００）、キナーゼ阻害剤（例えば、ソラフェニブ）、トラスツズマブ、セツキシマブ、テムシロリムス、ラパマイシンおよびテムシロリムスなどのｍＴＯＲ阻害剤、ボルテゾミブ、ＪＡＫ２阻害剤、ＨＳＰ９０阻害剤、ＰＩ３Ｋ－ＡＫＴ阻害剤、レナリドマイド（Lenalildomide）、ＧＳＫ３Ｐ阻害剤、ＩＡＰ阻害剤および／または遺伝毒性薬物などのさらなる治療と組み合わせて（例えば、同時または別個に）使用できる。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片および組合せ療法は、１種または複数の抗増殖性細胞傷害性薬剤と組み合わせてさらに使用できる。抗増殖性細胞傷害性薬剤として使用してもよい化合物のクラスとして、それだけには限らないが、以下が挙げられる：
アルキル化剤（制限するものではないが、ナイトロジェンマスタード、エチレンイミン誘導体、アルキルスルホネート、ニトロソ尿素およびトリアゼンを含む）：ウラシルマスタード、クロルメチン、シクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））ホスファミド、メルファラン、クロラムブシル、ピポブロマン、トリエチレンメラミン、トリエチレンチオホスホラミン、ブスルファン、カルムスチン、ロムスチン、ストレプトゾシン、ダカルバジンおよびテモゾロミド。
代謝拮抗剤（制限するものではないが、葉酸アンタゴニスト、ピリミジン類似体、プリン類似体およびアデノシンデアミナーゼ阻害剤を含む）：メトトレキサート、５－フルオロウラシル、フロクスウリジン、シタラビン、６－メルカププリン、６－チオグアニン、フルダラビンホスフェート、ペントスタチンおよびゲムシタビン。
当技術分野で公知のその他のマイクロチューブリン分解防止剤に加えて、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片、制限するものではないが、タキサン、パクリタキセル（パクリタキセルは、ＴＡＸＯＬＴＭとして市販されている）、ドセタキセル、ディスコデルモリド（ＤＤＭ）、ジクチオスタチン（ＤＣＴ）、ペロルシド（Peloruside）Ａ、エポチロン、エポチロンＡ、エポチロンＢ、エポチロンＣ、エポチロンＤ、エポチロンＥ、エポチロンＦ、フラノエポチロンＤ、デスオキシエポチロンＢｌ、［１７］－デヒドロデスオキシエポチロンＢ、［１８］デヒドロデスオキシエポチロンＢ、Ｃ１２，１３－シクロプロピル－エポチロンＡ、Ｃ６－Ｃ８架橋エポチロンＡ、トランス－９，１０－デヒドロエポチロンＤ、シス－９，１０－デヒドロエポチロンＤ、１６－デスメチルエポチロンＢ、エポチロンＢＩＯ、ディスコデルモリド（discoderomolide）、パツピロン（patupilone）（ＥＰＯ－９０６）、ＫＯＳ－８６２、ＫＯＳ－１５８４、ＺＫ－ＥＰＯ、ＡＢＪ－７８９、ＸＡＡ２９６Ａ（ディスコデルモリド（discoderomolide））、ＴＺＴ－１０２７（ソブリドチン）、ＩＬＸ－６５１（タシドチン塩酸塩（tasidotin hydrochloride）)、ハリコンドリンＢ、エリブリンメシル酸塩（Eribulin mesylate）（Ｅ－７３８９）、ヘミアステリン（ＨＴＩ－２８６）、Ｅ－７９７４、クリプトフィシン、ＬＹ－３５５７０３、カンタンシノイドイムノコンジュゲート（ＤＭ－１）、ＭＫＣ－１、ＡＢＴ－７５１、Ｔ１－３８０６７、Ｔ－９００６０７、ＳＢ－７１５９９２（イスピネシブ（ispinesib））、ＳＢ－７４３９２１、ＭＫ－０７３１、ＳＴＡ－５３１２、エリュテロビン、１７β－アセトキシ－２－エトキシ－６－オキソ－Ｂ－ホモ－エストラ－１，３，５（１０）－トリエン－３－オール、シクロストレプチン、イソラウリマリド、ラウリマリド、４－エピ－７－デヒドロキシ－１４，１６－ジデメチル－（＋）－ディスコデルモリドおよびクリプトチロン（cryptothilone）１と組み合わせるための適した抗増殖性薬剤。
本明細書に記載される抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、またはその抗原結合断片を用いる治療とともに、またはそれに先立って異常に増殖性の細胞を静止状態にすることが望ましい場合には、１７ａ－エチニルエストラジオール、ジエチルスチルベストロール、テストステロン、プレドニゾン、フルオキシメステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、テストラクトン、メゲストロールアセテート、メチルプレドニゾロン、メチル－テストステロン、プレドニゾロン、トリアムシノロン、クロロトリアニセン、ヒドロキシプロゲステロン、アミノグルテチミド、エストラムスチン、メドロキシプロゲステロンアセテート、リュープロリド、フルタミド、トレミフェン、ＺＯＬＡＤＥＸＴＭ（登録商標）などのホルモンおよびステロイド（合成類似体を含む）も、患者に投与できる。本明細書に記載される方法または組成物を使用する場合には、鎮吐剤などの、臨床設定において腫瘍成長または転移の調節において使用されるその他の薬剤も、望まれるように投与できる。
いくつかの態様では、本明細書において論じられる抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片および第２の薬剤の組合せを、医薬上許容される担体中の単一組成物として同時に、または医薬上許容される担体中の抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片および第２の薬剤を有する別個の組成物として同時に、投与できる。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片および第２の薬剤の組合せは、逐次的に投与され得る。２つの薬剤の投与は、例えば、３０分間、６０分間、９０分間、１２０分間、３時間、６時間、１２時間、２４時間、３６時間、４８時間、３日間、５日間、７日間、または１週間もしくは数週間離れた時点で開始してもよく、または第２の薬剤の投与は、例えば、第１の薬剤を投与した３０分後、６０分後、９０分後、１２０分後、３時間後、６時間後、１２時間後、２４時間後、３６時間後、４８時間後、３日後、５日後、７日後、または１週間後もしくは数週間後に開始してもよい。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片および／または第２の薬剤と組み合わせることができる抗新生物抗体としては、リツキサン（登録商標）（リツキシマブ）、ハーセプチン（登録商標）（トラスツズマブ）、ベキサール（登録商標）（トシツモマブ）、ゼヴァリン（登録商標）（イブリツモマブ）、キャンパス（登録商標）（アレムツズマブ）、リンホサイド（Lymphocide）（登録商標）（エプルツズマブ（eprtuzumab））、アバスチン（登録商標）（ベバシズマブ）およびタルセバ（登録商標）（エルロチニブ）またはこれらの任意の組合せが挙げられる。いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片との併用療法に有用な第２の抗体は、抗体薬物コンジュゲートであり得る。
いくつかの態様では、抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片は、単独または別の薬剤と組み合わせて、造血起源の様々な腫瘍を処置するために、骨髄移植と同時にまたは逐次的に使用される。
抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片を、第２の薬剤を伴って、または伴わずに対象に投与することを含む、免疫賦活性薬剤を用いる過剰増殖性疾患（例えば、がん）の治療と関連する有害事象を変更するための方法が、本明細書において提供される。例えば、本明細書に記載される方法は、患者に非吸収性ステロイドを投与することによって、免疫賦活性治療用抗体誘導性大腸炎または下痢の罹患率を低減する方法を提供する。本明細書において、「非吸収性ステロイド」は、広範な初回通過代謝を示し、その結果、肝臓における代謝後に、ステロイドのバイオアベイラビリティが低い、すなわち、約２０％未満であるグルココルチコイドである。本明細書に記載されるいくつかの態様では、非吸収性ステロイドは、ブデソニドである。ブデソニドは、経口投与後に広範に、主に肝臓によって代謝される局所活性糖質コルチコイドである。ＥＮＴＯＣＯＲＴ ＥＣ（登録商標）（Ａｓｔｒａ－Ｚｅｎｅｃａ）は、回腸および結腸全体への薬物送達を最適化するために開発されたブデソニドのｐＨおよび時間依存性経口製剤である。ＥＮＴＯＣＯＲＴ ＥＣ（登録商標）は、回腸および／または上行結腸が関与する軽度から中程度のクローン病の治療のために米国において承認されている。いくつかの態様では、非吸収性ステロイドを伴う抗切断型ＣＤＣＰ１抗体、例えば、本明細書に記載されるものまたはその抗原結合断片を、サリチル酸とさらに組み合わせることができる。サリチル酸として、例えば、スルファサラジン（ＡＺＵＬＦＩＤＩＮＥ（登録商標）、Ｐｈａｒｍａｃｉａ ＆ ＵｐＪｏｈｎ）；オルサラジン（ＤＪＰＥＮＴＵＭ（登録商標）、Ｐｈａｒｍａｃｉａ ＆ ＵｐＪｏｈｎ）；バルサラジド（ＣＯＬＡＺＡＬ（登録商標）、Ｓａｌｉｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．）；およびメサラミン（ＡＳＡＣＯＬ（登録商標）、Ｐｒｏｃｔｅｒ ＆ Ｇａｍｂｌｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ；ＰＥＮＴＡＳＡ（登録商標）、Ｓｈｉｒｅ ＵＳ；ＣＡＮＡＳＡ（登録商標）、Ａｘｃａｎ Ｓｃａｎｄｉｐｈａｒｍ，Ｉｎｃ．；ＲＯＷＡＳＡ（登録商標）、Ｓｏｌｖａｙ）などの５－ＡＳＡ薬剤が挙げられる。
ＸＩＩ．キット
本明細書に記載される１つまたは複数の抗体もしくはその抗原結合断片、二重特異性抗体、多重特異性抗体、またはそのイムノコンジュゲートを含む、キットが、本明細書において提供される。具体的な態様では、本明細書に記載される医薬組成物の成分のうちの１つまたは複数、例えば、本明細書において提供される１つまたは複数の抗体またはその抗原結合断片が充填された、１つまたは複数の容器を含み、適宜、使用の説明書を含む、医薬品パックまたはキットが、本明細書において提供される。いくつかの態様では、キットは、本明細書に記載される医薬組成物、および任意の予防または治療剤、例えば、本明細書に記載されるものを含む。
本開示の実施には、別途示されない限り、細胞生物学、細胞培養、分子生物学、トランスジェニック生物学、微生物学、組換えＤＮＡおよび免疫学の従来的な技法が用いられ、これらは、当業者の技能の範囲内である。そのような技法は、文献に完全に説明されている。例えば、Sambrook et al., ed. (1989) Molecular Cloning A Laboratory Manual (2nd ed.; Cold Spring Harbor Laboratory Press)、Sambrook et al., ed. (1992) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, (Cold Springs Harbor Laboratory, NY)、D. N. Glover ed., (1985) DNA Cloning, Volumes I and II、Gait, ed. (1984) Oligonucleotide Synthesis、Ｍｕｌｌｉｓらの米国特許第４，６８３，１９５号、Hames and Higgins, eds. (1984) Nucleic Acid Hybridization、Hames and Higgins, eds. (1984) Transcription And Translation、Freshney (1987) Culture Of Animal Cells (Alan R. Liss, Inc)、Immobilized Cells And Enzymes (IRL Press) (1986)、Perbal (1984) A Practical Guide To Molecular Cloning; the treatisasdade, Methods In Enzymology (Academic Press, Inc., N.Y.)、Miller and Calos eds. (1987) Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells, (Cold Spring Harbor Laboratory)、Wu et al., eds., Methods In Enzymology, Vols. 154 and 155、Caner and Walker, eds. (1987) Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology (Academic Press, London)、Weir and Blackwell, eds., (1986) Handbook Of Experimental Immunology, Volumes I-IV、Manipulating the Mouse Embryo, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., (1986);、Crooks, Antisense drug Technology: Principles, strategies and applications, 2nd Ed. CRC Press (2007)、およびAusubel et al. (1989) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Baltimore, Md.)を参照されたい。
以下の実施例は、限定としてではなく、例示として提供されるものである。
［実施例１］
材料および方法
別途提供されない限り、以下に記載される実施例は、以下の材料および方法のうちの１つまたは複数を使用する。
１．１クローニング、タンパク質発現、および精製
ＣＤＣＰ１ Ｆｃまたは非Ｆｃ融合体、ＩｇＧの重鎖および軽鎖、ならびにＢｉＴＥのｓｃＦｖに融合された重鎖および軽鎖をコードするプラスミドを、ｐＦＵＳＥ（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ）へのギブソンクローニングによって生成した。Ｆａｂを、ＦａｂファージミドからＰＣＲし、ｐＢＬ３４７にサブクローニングにした。安定な細胞株構築のためのプラスミドを、ｐＣＤＨ－ＥＦ１－ＣｙｍＲ－Ｔ２Ａ－Ｎｅｏ（Ｓｙｓｔｅｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）へのギブソンクローニングによって生成した。
以前に説明されているＦａｂの発現のためのベクターを、使用した。Hornsby, M., et al., Mol. Cell. Proteomics 14: 2833-2847 (2015)を参照されたい。簡単に述べると、Ｆａｂ発現プラスミドを形質転換したＣ４３（ＤＥ３） Ｐｒｏ＋大腸菌を、ＴＢ自動誘導培地において、３７℃で６時間成長させ、次いで、３０℃で１６～１８時間に切り替えた。細胞を、遠心分離（６０００ｘｇで２０分間）によって採取し、Ｂ－ＰＥＲ細菌タンパク質抽出試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ）で溶解させた。ライセートを、６０℃で２０分間インキュベートし、１４，０００ｘｇで３０分間遠心分離した。清澄化した上清を、０．４５μｍのシリンジフィルターに通した。Ｆａｂを、ＡＫＴＡ ＰｕｒｅシステムにおいてプロテインＡ親和性クロマトグラフィーによって精製した。Ｆａｂ純度および完全性を、ＳＤＳ－ＰＡＧＥおよびインタクト質量分析によって評価した。
Ｆｃまたは非Ｆｃ融合体として切断型または非切断型ＣＤＣＰ１抗原をコードする１つまたは２つのプラスミドを、ＢｉｒＡ－Ｅｘｐｉ２９３細胞（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）にトランスフェクトすることによって、ＣＤＣＰ１をコードするコンストラクトを生成した。重鎖および軽鎖をコードする２つのプラスミドを１：１の比でＢｉｒＡ－Ｅｘｐｉ２９３細胞にトランスフェクトすることによって、ＩｇＧおよびＢｉＴＥを生成した。ＥＸＰＩＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（商標）２９３トランスフェクションキット（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を、製造業者の説明書に従ってトランスフェクションに使用した。細胞を、３７℃で５日間、１２５ｒｐｍで５％ ＣＯ２においてインキュベートした後、上清を遠心分離によって採取した。タンパク質を、プロテインＡ親和性クロマトグラフィー（ＣＤＣＰ１ Ｆｃ－融合体、ＩｇＧ、およびＢｉＴＥ）またはＮｉ－ＮＴＡ親和性クロマトグラフィー（非Ｆｃ融合体ＣＤＣＰ１）によって精製し、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって品質および完全性について評価した。
１．２レンチウイルス細胞株構築
実施例全体を通じて使用されるＨＥＫ２９３Ｔ安定な細胞株を、レンチウイルス形質導入によって生成した。ウイルスを産生するために、ＨＥＫ２９３Ｔ Ｌｅｎｔｉ－Ｘ細胞に、第２世代のレンチウイルスパッケージングプラスミドの混合物を約８０％のコンフルエンスでトランスフェクトした。ＦｕＧｅｎｅ ＨＤ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を、６ウェルプレートのウェルごとに、３μｇのＤＮＡ（対象の遺伝子をコードする１．３５μｇのｐＣＭＶ ｄｅｌｔａ８．９１、０．１５μｇのｐＭＤ２－Ｇ、１．５μｇのｐＣＤＨベクター）、ならびに７．５μＬのＦｕＧｅｎｅ ＨＤを使用して、プラスミドのトランスフェクションに使用した。培地を、トランスフェクション混合物とともに６時間インキュベートした後に、完全ＤＭＥＭに交換した。トランスフェクションの７２時間後に、上清を採取し、０．４５μｍのフィルターを通すことによって澄化した。澄化した上清を、８μｇ／ｍＬのポリブレンとともに標的ＨＥＫ２９３Ｔ野生型細胞（１ｍＬ当たり約１００万個の細胞）に添加し、細胞を、３３℃で２時間、１０００ｘｇで遠心分離した。細胞を、次いで、ウイルス上清混合物とともに一晩インキュベートした後、培地を新しい完全ＤＭＥＭに交換した。細胞を、最低４８時間拡大した後、薬物選択培地において成長させた。安定な細胞株の薬物選択を、２μｇ／ｍＬのピューロマイシンの添加によって開始した。ピューロマイシン含有培地中での少なくとも７２時間のインキュベーションの後に、細胞を、ＣＤＣＰ１の発現についてフローサイトメトリーによって分析した。
ｃ－ＣＤＣＰ１を過剰発現するマウス膵臓がん細胞株Ｆｃ１２４５を、同じプロトコールを使用して生成したが、ハイグロマイシンＢ選択マーカーを使用したことを除く。
１．３哺乳動物細胞培養物
ＨＰＡＣ、ＰＬ５、ＰＬ４５、およびＨＰＮＥ細胞を、ＩＭＤＭ＋１０％ ＦＢＳ＋１×Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐ中に維持した。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞株を、ＤＭＥＭ＋１０％ ＦＢＳ＋１×Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐ中で培養した。Ｊｕｒｋａｔ ＮＦＡＴ－ＧＦＰレポーター細胞株を、ＲＰＭＩ＋１０％ ＦＢＳ＋２ｍｇ／ｍＬ Ｇ４１８＋１×Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐ中で培養した。Ｆｃ１２４５を、ＤＭＥＭ＋１０％ ＦＢＳ＋１×Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐ中で培養した。細胞株同一性を、形質学的検査によって認証した。
１．４免疫沈降（ＩＰ）
１５ｃｍディッシュのコンフルエント細胞を、ＰＢＳ緩衝液で３回洗浄した後、プロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ）およびＰｈｏｓＳＴＯＰ（Ｒｏｃｈｅ）を補充した１ｍＬの氷冷ＮＰ－４０溶解緩衝液を用いてプレートで溶解させた。細胞ライセートを、穏やかに振盪させながら４℃で３０分間インキュベートし、４℃で３０分間、１４，０００ｘｇで遠心分離した。上清を、次いで、新しいチューブに移した。タンパク質濃度を、ＢＣＡアッセイ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）によって判定した。ＩＰ－ＷＢのために、５μＬのＣＤＣＰ１抗体（Ｄ１Ｗ９Ｎ、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ）を、２０μＬのプロテインＡ磁気ビーズ（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）によって予備澄化した２００μＬの細胞ライセートに添加し、４℃で一晩インキュベートした。２日目に、２０μＬのプロテインＡ磁気ビーズをライセートに添加し、室温で２０分間インキュベートした。プロテインＡ磁気ビーズを、０．５ｍＬの溶解緩衝液で５回洗浄した。２０μＬの４× ＳＤＳローディング緩衝液を添加し、９５℃で５分間、ビーズを加熱して、タンパク質を溶出させた。サンプルを、次いで、ウエスタンブロット分析によって分析した。ＩＰ－ＭＳのために、２０μＬのＣＤＣＰ１抗体（Ｄ１Ｗ９Ｎ、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ）を、１ｍＬの細胞ライセートに添加し、４℃で一晩インキュベートした。２日目に、１００μＬのプロテインＡ磁気ビーズを、ライセートに添加し、２０分間インキュベートした。プロテインＡ磁気ビーズを、１ｍＬ溶解緩衝液およびＰＢＳ緩衝液で５回洗浄した。ＣＤＣＰ１を、次いで、２００μＬの０．１Ｍ酢酸で溶出させ、２０μＬのＴｒｉｓ緩衝液ｐＨ１１によって中和した。サンプルを、次いで、プロテオミクス分析に使用した。
１．５質量分析（ＭＳ）
サンプルを、５５℃で３０分間、５ｍＭのＴＣＥＰで還元し、室温で３０分間、１０ｍＭのヨードアセトアミドでアルキル化した。タンパク質を、３７℃で一晩、１Ｍの尿素中で２０μｇのシーケンシンググレードのＧｌｕ－Ｃ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を使用した消化に供した。溶出した画分を収集し、次いで、Ｓｏｌａカラム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を標準プロトコールに従って使用して脱塩した。脱塩したペプチドを乾燥させ、質量分析緩衝液（０．１％ギ酸＋２％アセトニトリル）中に溶解させた後、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析を行った。
１μｇのペプチドを、Ｑ Ｅｘａｃｔｉｖｅ Ｐｌｕｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）質量分析計に装着した事前充填した０．０７５ｍｍ×１５０ｍｍ Ａｃｃｌａｉｍ Ｐｅｐｍａｐ Ｃ１８ ＬＣカラム（２μｍ細孔サイズ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）に注入した。ペプチドを、３００μＬ／分で１７０分間にわたって３～３５％溶媒Ｂ（溶媒Ａ：０．１％ギ酸、溶媒Ｂ：８０％アセトニトリル、０．１％ギ酸）の線形勾配を使用して分離した。データを、３５秒間の動的排除および電荷を２、３、または４に制限した電荷排除で上位２０の方法を使用して、データ依存的取得モードで収集した。フル（ＭＳ１）スキャンスペクトルを、分解能１４０，０００（２００ｍ／ｚ）、ＡＧＣ標的３Ｅ６、最大注入時間１２０ミリ秒、およびスキャン範囲４００～１８００ｍ／ｚで、プロファイルデータとして収集した。フラグメントイオン（ＭＳ２）スキャンを、分解能１７，５００（２００ｍ／ｚで）、ＡＧＣ標的５Ｅ４、正規化された衝突エネルギー２７の最大注入時間６０ミリ秒、および分離オフセット０．５ｍ／ｚの分離ウインドウ１．５ｍ／ｚで、セントロイドデータとして収集した。ペプチド検索およびＭＳ１ピーク面積定量化は、ユーザー定義のＣＤＣＰ１配列（Ｕｎｉｐｒｏｔ受託番号：Ｑ９Ｈ５Ｖ８）に対してＰｒｏｔｅｉｎＰｒｏｓｐｅｃｔｏｒ（ｖ．５．１３．２）を使用して行った。
１．６ウエスタンブロット
コンフルエント細胞を、ＰＢＳで洗浄し、プロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ）およびＰｈｏｓＳＴＯＰ（Ｒｏｃｈｅ）を補充した氷冷ＮＰ－４０溶解緩衝液で溶解させた。ライセートを、穏やかに振盪させながら４℃で３０分間インキュベートし、４℃で３０分間、１４，０００ｘｇで遠心分離した。上清を、次いで、新しいチューブに移し、タンパク質濃度を、ＢＣＡアッセイ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）によって判定した。イムノブロッティングを、ＣＤＣＰ１（Ｄ１Ｗ９Ｎ）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、１３７９４Ｓ）、Ｐｈｏｓｐｈｏ－ＣＤＣＰ１（Ｔｙｒ７０７）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、１３１１１Ｓ）、Ｐｈｏｓｐｈｏ－ＣＤＣＰ１（Ｔｙｒ８０６）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、１３０２４Ｓ）、Ｐｈｏｓｐｈｏ－ＣＤＣＰ１（Ｔｒｙ７３４）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、９０５０Ｓ）、Ｐｈｏｓｐｈｏ－ＣＤＣＰ１（Ｔｒｙ７４３）（Ｄ２Ｇ２Ｊ）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、１４９６５Ｓ）、Ｓｒｃ（３６Ｄ１０）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、２１０９Ｓ）、Ｐｈｏｓｐｈｏ Ｓｒｃ Ｆａｍｉｌｙ（Ｔｙｒ４１６）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、２１０１Ｓ）、ＰＫＣδ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、２０５８Ｓ）、Ｐｈｏｓｐｈｏ－ＰＫＣｄｅｌｔａ（Ｔｙｒ３１１）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、２０５５Ｓ）、アルファ－チューブリン（ＤＭ１Ａ）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、３８７３Ｓ）、ＩＲＤｙｅ ６８０ＲＤヤギ抗マウス（ＬｉＣＯＲ、９２５－６８０７０）、およびＩＲＤｙｅ ８００ＣＷヤギ抗ウサギ（ＬｉＣＯＲ、９２６－３２２１１）抗体を使用して行った。
１．７フローサイトメトリー
細胞を、Ｖｅｒｓｅｎｅ（０．０４％ ＥＤＴＡ、ＰＢＳ ｐＨ７．４、Ｍｇ／Ｃａ不含）でリフトし、ＰＢＳ ｐＨ７．４で１回洗浄し、続いて、フローサイトメトリー緩衝液（ＰＢＳ、ｐＨ７．４、３％ ＢＳＡ）でブロッキングした。一次抗体を、４℃で３０分間、細胞に添加した。結合した抗体を、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ－４８８またはＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ－６４７コンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ、Ｆ（ａｂ’）２断片特異的（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ、１：１０００）の添加により検出した。細胞を、ＰＢＳ＋３％ ＢＳＡで３回洗浄し、蛍光を、ＣｙｔｏＦＬＥＸ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）フローサイトメーターを使用して定量した。すべてのフローサイトメトリーデータ分析は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアおよびＰｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）を使用して行った。
１．８バイオレイヤーインターフェロメトリー（ＢＬＩ）実験
ＢＬＩ実験を、Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ３８４機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して行った。ビオチン化したタンパク質を、ストレプトアビジン（ＳＡ）バイオセンサーに固定化し、Ｈｉｓタグ化タンパク質を、Ｎｉ－ＮＴＡバイオセンサーに固定化した。ＰＢＳ ｐＨ７．４＋０．０５％ Ｔｗｅｅｎ－２０＋０．２％ ＢＳＡ（ＰＢＳＴＢ）中の異なる濃度の検体を、検体として使用した。親和性（ＫＤ）を、Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ３８４ソフトウェアを使用して、データのグローバル当てはめ（１：１）から計算した。
１．９サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）
ＳＥＣ分析を、ＡｄｖａｎｃｅＢｉｏ ＳＥＣカラム（３００Å、２．７μｍ、Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用し、Ａｇｉｌｅｎｔ ＨＰＬＣ １２６０ Ｉｎｆｉｎｉｔｙ ＩＩ ＬＣ Ｓｙｓｔｅｍを使用して行った。それぞれの検体を、１～１０μＭで注入し、０．１５Ｍリン酸ナトリウムの一定の移動相で、１５分間流した。２８０ｎｍでの吸光度を測定した。
１．１０円偏光二色性（ＣＤ）分光法
ＣＤスペクトルを、Ａｖｉｖ ４１０ ＣＤ分光測色計を使用して測定した。２００ｎｍ～３００ｎｍのＣＤシグナルを、０．１ｃｍの経路長のキュベットに２５℃で収集した。サンプルは、ＰＢＳ中０．４ｍｇ／ｍＬのタンパク質を含有していた。すべてのＣＤスペクトルは、タンパク質の不在下においてＰＢＳでブランク処理した。
１．１１ ＳＥＣ－ＳＡＸＳ
サイズ排除クロマトグラフィーと連続した小角Ｘ線散乱（ＳＥＣ－ＳＡＸＳ）のデータを、Ｌａｗｒｅｎｃｅ Ｂｅｒｋｅｌｅｙ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Classen, S., et al., J. Appl. Crystallogr. 46: 1-13 (2013)）のＡｄｖａｎｃｅｄ Ｌｉｇｈｔ ＳｏｕｒｃｅのＳＩＢＬＹＳビームライン１２．３．１において、１．１２７Åの波長およびサンプルから検出器までの距離２，１０５ｍｍで、収集した。結果として得られた散乱ベクトルは、ｑ＝４π ｓｉｎθ／λとして定義され（式中、２θが散乱角である）、０．０１～０．４Å－１の範囲であった。データを、Ｄｅｃｔｒｉｓ ＰＩＬＡＴＵＳ３ ２Ｍ検出器を使用して２０℃で収集し、以前に説明されているように処理した。Dyer, K. . et al. High-Throughput SAXS for the Characterization of Biomolecules in Solution: A Practical Approach. Methods Mol. Biol. 1091, 245-258 (2014)およびHura, G. L., et al., Nat. Methods 6: 606-612 (2009)を参照されたい。
ＳＥＣ－ＳＡＸＳフローセルを、Ｓｈｏｄｅｘ ＫＷ－８０３カラムを使用してＡｇｉｌｅｎｔ １２６０ Ｉｎｆｉｎｉｔｙ ＨＰＬＣシステムに直接連結させた。カラムを、泳動緩衝液（１×ＰＢＳ－１０ｍＭリン酸、１３７ｍＭ ＮａＣｌ、２．７ｍＭ ＫＣｌ、ｐＨ７．４）を０．４５ｍＬ／分の流速で用いて平衡処理した。ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）タンパク質を、約５ｍｇ／ｍｌで注入し、３秒間のＸ線曝露を、それぞれのサンプルについて、泳動緩衝液中で３０分間のＳＥＣ溶出にわたって継続的に収集した。タンパク質溶出ピーク前に記録したＳＡＸＳフレームを使用して、溶出ピーク全体にわたってＳＡＸＳフレームのシグナルを差し引いた。旋回の半径（Ｒｇ）を、ギニエ近似（Guinier, A., Acta Metall. 3: 510-512 (1955)）、Ｉ（ｑ）＝Ｉ（０）ｅｘｐ（－ｑ２Ｒｇ ２／３）に基づいて判定し、限界ｑＲｇ＜１．３であった。さらに、ｑ＝０Å－１（Ｉ（０））における散乱強度およびＲｇ値を、溶出ピーク全体にわたってそれぞれの収集したＳＡＸＳ曲線について比較した。ｑ＝０ Ａ１（Ｉ（０））における散乱強度を、記録したフレームに対してプロットすることによって、溶出ピークをマッピングした。Ｒｇ変動がもっとも小さい干渉のないＳＡＸＳ曲線を平均し、ＳＣÅＴＴＥＲで統合して、もっとも高いシグナル対ノイズのＳＡＸＳ曲線を得た。これらの統合したＳＡＸＳ曲線を使用して、ギニエプロット、相関体積（Ｖｃ）、ペア分布関数Ｐ（ｒ）、および正規化したクラツキープロットを生成した。ペア分布関数Ｐ（ｒ）は、プログラムＧＮＯＭを使用して計算した。Koenig, S., et al., Biochemistry 31: 8726-8731 (1992)を参照されたい。Ｐ（ｒ）関数を、計算されたＶｃに基づいて判定される巨大分子の分子量（ＭＷ）に基づいて正規化した。Rambo, R. P. & Tainer, J. A., Nature 496: 477-481 (2013)を参照されたい。
１．１２ ＳＥＣ－ＭＡＬＳデータ収集および分析
ＳＥＣ溶離液を、２８０ｎｍにおいて、ＳＡＸＳ線、２８０ｎｍでの多波長検出器（ＵＶ－ｖｉｓ）、多角度光散乱（ＭＡＬＳ）、および屈折計の間で、分割した（４対１）。ＭＡＬＳ実験を、Ｏｐｔｉｌａｂ屈折率濃度検出器（Ｗｙａｔｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）にタンデムで接続された１８角度のＤＡＷＮ ＨＥＬＥＯＳ ＩＩ光散乱検出器を使用して収集した。ウシ血清アルブミンを、システムの正規化およびキャリブレーションに使用した。ＭＡＬＳデータは、ＳＡＸＳ分析によって判定されたＭＷを補完した。また、ＭＡＬＳデータを使用して、ＳＡＸＳおよびＵＶ－ｖｉｓのピークをＸ軸（ｍＬ単位での溶出体積）に沿ってアライメントして、タイミングおよびバンド幅の変動を補った。ＭＡＬＳおよび示差屈折率データを、Ｗｙａｔｔ Ａｓｔｒａ ｓｅｖｅｎソフトウェアを使用して分析して、溶出ピークにわたるサンプル分子量の均一性をモニタリングした。
１．１３示差走査蛍光測定（ＤＳＦ）
ＰＢＳ中のタンパク質を、Ｓｙｐｒｏ Ｏｒａｎｇｅ色素（２０×ストック）と混合して、最終タンパク質濃度２μＭおよび色素濃度４×にした。１０μＬのそれぞれの混合物を、Ｂｉｏｒａｄ ３８４ウェルＰＣＲ白色プレートに移し、プレートを、ｑＰＣＲシーリングテープで覆った。アッセイを、Ｒｏｃｈｅ ＬＣ４８０ Ｌｉｇｈｔ Ｃｙｃｌｅｒにおいて０．５℃／３０秒間の温度傾斜率で２５℃～９５℃の温度範囲にわたって行った。
１．１４ネガティブ染色電子顕微鏡法
サンプルを、ネガティブ染色し、放電処理した連続カーボングリッド（Ｔｅｄ Ｐｅｌｌａ， Ｉｎｃ．）を使用して、Ｔｅｃｎａｉ Ｔ１２顕微鏡で観察した。画像は、４Ｋ×４ＫのＣＣＤカメラ（ＵｌｔｒａＳｃａｎ ４０００、Ｇａｔａｎ Ｉｎｃ．， ＵＳＡ）を使用して、室温において標本レベルでピクセルサイズ２．２１Å／ピクセル（Ｔ１２、１２０ｋＶで操作）で取得した。すべての顕微鏡画像を、目視でスクリーニングした後、コントラスト伝達関数（ＣＴＦ）を、それぞれの顕微鏡画像について、Ｇｃｔｆ４０によって推測した。Ｇａｕｔｏｍａｔｃｈ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｍｒｃ－ｌｍｂ．ｃａｍ．ａｃ．ｕｋ／ｋｚｈａｎｇ／Ｇａｕｔｏｍａｔｃｈ）をテンプレートなしで使用して、粒子を選択した。個々の粒子を、Ｔ１２画像の１００×１００ピクセルのウインドウで未加工の画像から抽出し、Ｒｅｌｉｏｎ３．０４１において２００Åのマスク径で２５回のサイクルの２Ｄ分類に供した。
１．１５細胞増殖アッセイ
細胞増殖アッセイを、細胞生存率を測定するＭＴＴ修飾アッセイを使用して行った。簡単に述べると、０日目に、異なるＣＤＣＰ１コンストラクトを発現する５，０００個のＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、９６ウェルプレートのそれぞれのウェルに播種した。細胞を、５％ ＣＯ２下において３７℃でインキュベートした。１日目、２日目、３日目、および４日目に、１０μＬの５ｍｇ／ｍＬチアゾリルブルーテトラゾリウム臭化物（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）をそれぞれのウェルに添加し、５％ ＣＯ２下において３７℃で２時間インキュベートした。続いて、１００μＬの１０％ ＳＤＳ＋０．０１Ｍ ＨＣｌを添加して、細胞を溶解して、ＭＴＴ産物を溶解させた。４時間後に、５９５ｎｍでの吸収を、Ｉｎｆｉｎｉｔｅ Ｍ２００ ＰＲＯ－プレートリーダー（Ｔｅｃａｎ）を使用して定量した。データ点を、Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）を使用してプロットした。
１．１６細胞接着アッセイ
アッセイの前日に、９６ウェルの組織培養プレートを、無血清ＤＭＥＭ中に１：１０で希釈したＭａｘＧｅｌ（商標）ＥＣＭ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｓｉｇｍａ）でコーティングした。同時に、異なるＣＤＣＰ１コンストラクトを発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の細胞培養培地を、無血清培地に交換した。翌日、培地を除去し、培養プレートを、０．１％ ＢＳＡを含む１００μＬの無血清ＤＭＥＭで２時間ブロッキングし、ＰＢＳで洗浄した。１００μＬの無血清（０．１ ％ ＢＳＡ）培地中の１００，０００個の細胞を、それぞれのウェルに添加し、５％ ＣＯ２下において３７℃で２時間インキュベートした。培地で３回洗浄することによって非接着細胞を除去し、残りの細胞を、ＭＴＴアッセイによって定量した。データ点を、Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）を使用してプロットした。
１．１７ファージ選択
すべてのファージ選択を、以前に構築されているプロトコールに従って行った。Hornsby, M., et al., Proteomics 14: 2833-2847 (2015)を参照されたい。簡単に述べると、ＳＡをコーティングした磁気ビーズ（Ｐｒｏｍｅｇａ）に捕捉したビオチン化ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃを使用して選択を行った。それぞれの選択の前に、ｆｌ－ＣＤＣＰ１に対する任意の結合物質のライブラリーを枯渇させるために、ファージプールを、ストレプトアビジンビーズに捕捉した１μＭのビオチン化ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃとともにインキュベートした。４回の選択を、漸減量のｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（１００ｎＭ、５０ｎＭ、１０ｎＭ、および１０ｎＭ）を用いて行った。「キャッチアンドリリース」戦略を利用し、結合したＦａｂ－ファージを、２μｇ／ｍＬのＴＥＶプロテアーゼの添加によって、磁気ビーズから溶出させた。３回目および４回目の選択から得られた個々のファージクローンを、ファージＥＬＩＳＡによって結合に関して分析した。
１．１８ファージＥＬＩＳＡ
ファージＥＬＩＳＡを、標準的なプロトコールに従って行った。簡単に述べると、３８４ウェルのＭａｘｉｓｏｒｐプレートを、４℃で一晩、ＮｅｕｔｒＡｖｉｄｉｎ（１０μｇ／ｍＬ）でコーティングし、続いて、２０℃で１時間、ＰＢＳ＋２％ ＢＳＡでブロッキングした。２０ｎＭのビオチン化ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃまたはｆｌ－ＣＤＣＰ１ ＥＣＤ－Ｆｃを、ＮｅｕｔｒＡｖｉｄｉｎをコーティングしたウェルに３０分間捕捉し、続いて、ＰＢＳＴＢ中に１：５で希釈したファージ上清を、３０分間添加した。結合したファージを、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）コンジュゲート抗Ｍ１３ファージ抗体（ＧＥ Ｌｉｆｅｓｃｉｅｎｃｅｓ ２７－９４２１－０１）を使用して検出した。
１．１９免疫蛍光
ＨＰＡＣ、ＰＬ５、およびＨＰＮＥ細胞を、ガラス底のイメージングプレート（ＭａｔＴｅｋ）に播種し、５％ ＣＯ２下において、３７℃で２４時間インキュベートした。細胞を、ＩｇＧ（１μｇ／ｍＬ）で３０分間処置し、培地で洗浄して、未結合のＩｇＧを除去した。結合したＩｇＧを、Ｈｏｅｓｃｈｔブルー（２μｇ／ｍＬ）を含有するＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ Ｌｉｖｅ Ｃｅｌｌ Ｉｍａｇｉｎｇ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）中、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４８８コンジュゲートＡｆｆｉｎｉＰｕｒｅ Ｆ（ａｂ’）２断片ヤギ抗ヒトＩｇＧ、Ｆ（ａｂ’）２断片特異的（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ、１４３２２５）の添加によって、検出した。細胞を、Ｓｐｉｎｎｉｎｇ Ｄｉｓｋ Ｃｏｎｆｏｃａｌを装備したＮｉｋｏｎ Ｔｉ Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｅ Ｙｏｋｏｇａｗａ ＣＳＵ－２２でイメージングした。
１．２０インビトロ抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）アッセイ
インビトロ抗体薬物コンジュゲート細胞殺滅アッセイを、ＭＭＡＦにコンジュゲートした二次抗体を使用して、またはＭＭＡＦの一次抗体への直接的なコンジュゲーションによってのいずれかで行った。二次ＡＤＣアッセイは、切断性リンカーを有するＦａｂ抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ－ＭＭＡＦ抗体（Ｍｏｒａｄｅｃ）を、製造業者のプロトコールに従って、二次抗体として使用した。ＭＭＡＦの一次抗体への直接的なコンジュゲーションを使用したＡＤＣアッセイについては、抗体を、以前に説明されているプロトコールを使用して、オキサジリジン（ｏｘａｚｉｒｄｉｎｅ）化学反応を使用して軽鎖の残基Ｔ７４Ｍにおいて、ＤＢＣＯ－ＰＥＧ４－ＶａｌＣｉｔ－ＭＭＡＦ（Ｌｅｖｅｎａ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で部位特異的に標識した。Elledge, S. K., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 117: 5733-5740 (2020)を参照されたい。アッセイの前日に、５０００個の細胞を、９６ウェルのポリリシンコーティング白色プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）に播種した。翌日、培地を除去し、１：４の比の一次ＩｇＧおよび二次ＡＤＣ１００μＬ、または培地中の１００μＬのＭＭＡＦ標識化一次ＩｇＧを、添加した。細胞を、５％ ＣＯ２下において、３７℃で７２時間インキュベートした。インキュベーション期間の後、１００μＬのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）を、それぞれのウェルに添加し、続いて、穏やかに振盪させながら室温で１０分間インキュベートした。発光を、Ｉｎｆｉｎｉｔｅ Ｍ２００ ＰＲＯプレートリーダー（Ｔｅｃａｎ）を使用して測定した。
１．２１二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）アッセイ
アッセイの前日に、２５，０００個の標的細胞を、９６ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）に播種した。翌日、培地を除去し、５０，０００個のＪｕｒｋａｔ ＮＦＡＴ－ＧＦＰレポーター細胞およびＢｉＴＥ（１０倍希釈）を、２００μＬの最終培地体積まで添加した。３７℃で２０時間のインキュベーションの後、Ｊｕｒｋａｔ細胞を、穏やかなピペッティングによって回収し、ＰＢＳ＋３％ ＢＳＡ中で洗浄し、ＧＦＰ発現を、ＣｙｔｏＦＬＥＸ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）フローサイトメーターを使用して、フローサイトメトリーによって定量した。
１．２２マウスポジトロン放出断層撮影法（ＰＥＴ）イメージング研究
４．２ｍｇ／ｍＬの濃度のＩｇＧ １１０μＬを、１００μＬの０．１Ｍ重炭酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ９．０）中に分散させた。ｐＨを、９．０に調整し、最終反応混合物を、十分な量の０．１Ｍ重炭酸ナトリウム緩衝液を添加することによって、最終体積０．５ｍＬに調整した。Ｄｆ－Ｂｚ－ＮＣＳ（ｐ－イソチオシアナトベンジル－デフェロキサミン）を、１０ｍＭの濃度でＤＭＳＯ中に溶解させた。Ｄｆ－Ｂｚ－ＮＣＳ溶液を、Ｆａｂのモル量に対して３モル過剰のキレート剤となるように抗体溶液に添加した。Ｄｆ－Ｂｚ－ＮＣＳを、２μＬずつ添加し、添加中に激しく混合した。ＤＭＳＯの濃度は、任意の沈降を回避するために、総反応混合物の２％未満に保持した。３７℃で３０分間の後、反応混合物を、２０ｍＬのゲンチジン酸溶液［０．２５Ｍ酢酸ナトリウム中５ｍｇ／ｍＬのゲンチジン酸（ｐＨ５．４～５．６）］によって事前平衡処理したＰＤ－１０カラムを介して精製した。Ｆａｂ－ＤＦＯ溶液を、ゲンチジン酸溶液中に溶出させ、ｐＨを、ＮａＯＨ（１Ｍ）の添加によって７に調整した。次いで、溶液をアリコートにし、放射標識の日まで、－２０℃で保管した。
［８９Ｚｒ］Ｚｒ－シュウ酸溶液（５ｍＣｉ、１０μＬ）を、２Ｍ Ｎａ２ＣＯ３（５μＬ）で中和した。３分後に、０．３０ｍＬの０．５Ｍ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．１～７．３）および０．５ｍｇのＤＦＯ－Ｆａｂ（ｐＨ７）を、反応バイアルに添加した。３７℃でのインキュベーション（１２０分間）後に、放射標識効率を、クロマトグラフィーストリップおよび２０ｍＭクエン酸（ｐＨ４．９～５．１）を使用して、ＩＴＬＣによって判定した。放射標識効率は、一貫して９８．５％を上回った。
［実施例２］
ＣＤＣＰ１タンパク質分解の分析
本実施例では、ＣＤＣＰ１のタンパク質分解を、以下のように評価した。組換えタンパク質、および遺伝子操作した切断部位を有するＣＤＣＰ１を発現する細胞株を、標準的な方法を使用して生成した。簡単に述べると、ＣＤＣＰ１コンストラクトをコードするプラスミドを、ｐＦＵＳＥ（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ）へのギブソンクローニングによって生成し、これを使用して、ＢｉｒＡ－Ｅｘｐｉ２９３細胞（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）にトランスフェクトした。ＥＸＰＩＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（商標）２９３トランスフェクションキット（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を、製造業者の説明書に従ってトランスフェクションに使用した。タンパク質を、標準的な方法によって精製し、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって品質および完全性について評価した。対象のコンストラクトを発現するＨＥＫ２９３Ｔ安定細胞株を、標準的なレンチウイルス形質導入方法を使用して生成した。
ＣＤＣＰ１は、第１のＣＵＢドメインと第２のＣＵＢドメインとの間の二塩基アルギニン－リシン残基（Ｒ３６８／Ｋ３６９）で切断されることが報告されている。例えば、Uekita, T. & Sakai, R., Cancer Sci. 102: 1943-1948 (2011)、およびHe, Y., et al., J. Biol. Chem. 285: 26162-26173 (2010)を参照されたい。この報告されている切断部位を、ＣＤＣＰ１のタンパク質分解を容易に制御するために、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼ（Ｐｘ）認識配列（ＧＳ５－ＬＥＶＬＦＱＧＰ－ＧＳ５）で置き換えた。この遺伝子操作された切断部位を有するＣＤＣＰ１のエクトドメインを、Ｃ末端ビオチン化Ａｖｉタグを有するＴＥＶ放出性Ｆｃ融合タンパク質（ＣＤＣＰ１（Ｐｘ）－Ｆｃ）として組換え発現させた（図１Ａ）。コンストラクトが塩基性残基特異的プロテアーゼによるコンストラクトの切断を防止するようにＲ３６８およびＫ３６９をアラニンに置き換えた追加の変異体（ＣＤＣＰ１（Ｒ３６８Ａ／Ｋ３６９Ａ）－Ｆｃ）を、生成した。Ｎ末端断片（ＮＴＦ、ａａ３０～３６７）のみがＦｃドメインに融合されたさらなる追加の変異体（ＮＴＦ－Ｆｃ）を、生成した（図１Ｇ）。
ＣＤＣＰ１（Ｐｘ）－ＦｃのＰｘ切断を行い、これにより、ＮＴＦおよびＣＴＦの予測分子量の２つの断片が得られた（図１Ｂ）。驚くべきことに、Ａｇｉｌｅｎｔ ＨＰＬＣ １２６０ Ｉｎｆｉｎｉｔｙ ＩＩ ＬＣ Ｓｙｓｔｅｍおよび標準的な方法を使用したサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）によって、Ｐｘで処置したＣＤＣＰ１（Ｐｘ）－Ｆｃが、未結合ＮＴＦの証拠がなく、非切断型ＣＤＣＰ１－Ｆｃと同じ溶出プロファイルを有したことが見出された（図１Ｃ）。
加えて、Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ３８４機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）および標準的な方法を使用して行われたバイオレイヤーインターフェロメトリー（ＢＬＩ）アッセイは、ＣＤＣＰ１（Ｐｘ）－ＦｃをそのＣ末端を介して固定化した場合、Ｐｘ処置に関係なく、ＮＴＦを認識する抗体（ＩｇＧ ４Ａ０６）の強力な結合があったことを示した（図１Ｄおよび図１Ｈ）。この観察が、遺伝子操作またはＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼでの処置のアーチファクトではなかったことを示すための対照として、トロンビンプロテアーゼ切断性ＣＤＣＰ１－Ｆｃ、ＣＤＣＰ１（Ｔｘ）－Ｆｃを生成した（図１Ｉ～図１Ｋ）。標準的な方法を使用したトロンビン処置により、予測されたサイズの断片が生成され、ＮＴＦが、タンパク質分解の際にＣＴＦから解離しなかったことが見出された。Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ３８４機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）および標準的な方法を使用したＢＬＩは、ＩｇＧ ４Ａ０６の、トロンビン処置ありまたはなしのＣ末端固定化ＣＤＣＰ１（Ｔｘ）－Ｆｃとの結合を示し、ＮＴＦを認識するＩｇＧ ４Ａ０６が、依然として切断型ＣＤＣＰ１と結合することができることを示した（図１Ｊ）。ＳＥＣを行い、トロンビンプロテアーゼで処置したかまたは処置していないＣＤＣＰ１（Ｔｘ）－ＦｃのＳＥＣトレースは、切断型および非切断型ＣＤＣＰ１が、類似の溶出プロファイルを有し、ＮＴＦおよびＣＴＦ－Ｆｃが、会合したままであったことを示した（図１Ｋ）。これらの結果に基づいて、遺伝子操作されたタンパク質分解部位を有する組換え切断型ＣＤＣＰ１は、プロテアーゼで処置した場合に複合体のままであったと結論付けられた。
切断型ＣＤＣＰ１が、細胞膜上で複合体であったかどうかを判定するために、Ｎ末端ＦＬＡＧタグを有する全ＣＤＣＰ１タンパク質配列を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞株を遺伝子操作し、Ｒ３６８／Ｋ３６９タンパク質分解部位を、Ｐｘ認識配列と置き換えた（図１Ｅ）。対照として、Ｒ３６８Ａ／Ｒ３６９Ａ非切断性変異体を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞株を、生成した。ＣＤＣＰ１の細胞内Ｃ末端領域を認識する市販の抗体（Ｄ１Ｗ９Ｎ）を使用して、Ｐｘの細胞への添加が、予測される分子量でＣＤＣＰ１（Ｐｘ）を切断したことが観察された（例えば、図１Ｆのウエスタンブロットを参照されたい）。抗ＦＬＡＧ抗体またはＩｇＧ ４Ａ０６を用いたフローサイトメトリーによってプローブし、ＣＤＣＰ１のＮＴＦが、タンパク質分解後、細胞に会合したままであったことが示された。したがって、結果は、ＣＤＣＰ１エクトドメインの特異的タンパク質分解が、溶液中でも細胞上でも、大きな立体構造変化もＮＴＦおよびＣＴＦの解離も引き起こさなかったことを示した。
［実施例３］
ＣＤＣＰ１を発現する膵管腺癌（ＰＤＡＣ）細胞株の特徴付け
本実施例では、異なる量の全長および切断型ＣＤＣＰ１を発現する膵管腺癌（ＰＤＡＣ）細胞株のパネルの特徴付けを行った。特徴付けには、ＣＤＣＰ１の報告されている切断部位の近傍にペプチドをマッピングするための免疫沈降質量分析法（ＩＰ－ＭＳ）が含まれた（図２Ａ）。
本実施例において使用される細胞株には、主として非切断型ＣＤＣＰ１を発現するＨＰＡＣ、主として切断型ＣＤＣＰ１を発現するＰＬ５およびＰＬ４５、ならびにほとんどＣＤＣＰ１発現がない非悪性膵臓細胞株であるＨＰＮＥが含まれる（図２Ｂ）。
Ｃ末端細胞内領域を認識する市販の抗ＣＤＣＰ１抗体（Ｄ１Ｗ９Ｎ）、またはＮＴＦを認識する社内の抗体ＩｇＧ ４Ａ０６のいずれかを用いて、ＩＰを行った。ＣＤＣＰ１のＣＴＦは、ＮＴＦとともに共ＩＰすることが見出され、それによって、切断型ＣＤＣＰ１が、ＰＤＡＣ細胞上で複合体であったことが示された（図２Ｂ）。ＭＳによる分析については、ＩＰした試料を、Ｇｌｕ－Ｃで処置して、ＣＤＣＰ１の予測された塩基性切断部位を保存した。ＰＬ５およびＰＬ４５細胞において、どの抗体をＩＰに使用したかに関係なく、ＣＤＣＰ１の両方のタンパク質分解断片に対応するペプチドが観察され、内因性切断型ＣＤＣＰ１が、ＰＤＡＣ細胞上で複合体であったことがさらに示された（図２Ｃおよび図２Ｄ～図２Ｆ）。非切断配列に対応するペプチドは、ＨＰＡＣについて排他的に観察され、ＣＤＣＰ１にマッピングするペプチドは、ＨＰＮＥでは観察されず、予測されるＣＤＣＰ１発現の不在を反映していた。ＰＬ５およびＰＬ４５細胞については、３つの固有な切断部位が特定され、それらのすべてが、ＣＵＢ１およびＣＵＢ２ドメインの境界の間に存在しており、これらは、Ｋ３６５（切断部１）、Ｒ３６８（切断部２）、Ｋ３６９（切断部３）の後でのタンパク質分解を含んだ。切断部２および切断部３は、これまでに報告されていたが、切断部１は、新規な部位であることが見出された。これらの発見により、内因性切断型ＣＤＣＰ１は、ＰＤＡＣ細胞上で複合体のままであったことが確認され、ＣＤＣＰ１が、ＣＵＢ１とＣＵＢ２との間でタンパク質分解によりプロセシングされ、不均一な切断形態セットが産生され得ることが、示された。
［実施例４］
内因性切断部位を有する組換えＣＤＣＰ１抗原の生成
本実施例では、内因性切断部位を有するＣＤＣＰ１抗原を生成した。ＣＤＣＰ１抗原の生成は、別個のプラスミドにおける２つの断片のコトランスフェクションによって行った。３つの異なる切断部位のＰ１残基の後で終了するＣＤＣＰ１のＮＴＦをコードする１つのプラスミドセットを設計し、３つの異なる切断部位（ｃ－ＣＤＣＰ１切断部１、切断部２、切断部３）のＰ１’残基で開始するＣＤＣＰ１のＣ末端エクトドメインをコードする第２のプラスミドセットを、設計した（図３Ａ）。非切断型ＣＤＣＰ１エクトドメインを、エクトドメイン全体をコードする単一のプラスミドを用いて生成した（ｆｌ－ＣＤＣＰ１）。ＮＴＦおよびＣＴＦプラスミドの対のコトランスフェクションに続いて、インタクトな切断型ＣＤＣＰ１複合体を、ＮＴＦ＋ＣＴＦ切断部変異体のすべてについて、Ｎｉ－ＮＴＡ親和性クロマトグラフィーによって精製した（図３Ｂ）。並行して、Ｆｃドメインに融合したｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１エクトドメインを、ファージ選択に使用するために、同じコトランスフェクション戦略を使用して生成した（図３Ｈ～図３Ｌ）。切断型ＣＤＣＰ１の３つの異なる切断部位で終了または開始する、３つのＮＴＦおよびＣＴＦ－Ｆｃプラスミドの対を作製した。ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃおよびｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部１、切断部２、切断部３）のＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルを流した（図３Ｉ）。ＢＬＩアッセイは、ＩｇＧ ４Ａ０６のｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃおよびｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃとの強力な結合（ｎｍ）を示した（図３Ｊ）。
ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１の両方が、ＩｇＧ ４Ａ０６との強力な結合を示し（図３Ｃ）、ＳＥＣによる類似の溶出プロファイルを有した（図３Ｌ）。これらのデータにより、内因性切断部位を有する切断型ＣＤＣＰ１が、実際に複合体であったことが示された。注目すべきことに、ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１（切断部１、切断部２、切断部３）はすべてが、類似の融解温度を有し（図３Ｄ）、これは、切断型複合体が安定であり、２つの断片が、エクトドメイン全体の完全なアンフォールディングまで解離しなかったことを示した。Ｔｍは、２つの複製物の平均および標準偏差として報告した。加えて、ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１エクトドメインの立体構造を、円偏光二色性（ＣＤ）分光法（図３Ｅおよび図３Ｍ）、ＳＥＣ－小角Ｘ線散乱（ＳＥＣ－ＳＡＸＳ）（図３Ｆおよび図３Ｎ～図３Ｐ）、ならびにＳＥＣ－多角度光散乱（ＳＥＣ－ＭＡＬＳ）（図３Ｇ）によって評価した。ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１のＣＤスペクトルは、ＣＵＢドメインフォールドと一致する古典的なβ－シートシグナルを示した。興味深いことに、ｆｌ－ＣＤＣＰ１とｃ－ＣＤＣＰ１との間のスペクトル形状における顕著な差、ならびに曲線の最小点のシフトが観察され、これにより、タンパク質分解がＣＤＣＰ１の二次構造に小さな変化を引き起こしたことが示唆された。しかしながら、ｆｌ－ＣＤＣＰ１とｃ－ＣＤＣＰ１との間でＳＡＸＳプロファイルおよび旋回の半径（Ｒｇ）における差はほとんどなく、これにより、タンパク質分解の結果として大規模な立体構造の変化がなかったことが示され、ＳＥＣ－ＭＡＬＳにより、２つのＣＤＣＰ１アイソフォームが、同じ溶出プロファイル、および単量体エクトドメインのおおよそのサイズ（７７ｋＤａに加えてグリコシル化）に相当する分子量（約９７～９９ｋＤａ）を有することが示された。全体として、これらのデータは、β－シートシグネチャーにおける小さな差を除き、ＣＤＣＰ１の立体構造が非切断形態と切断形態との間で非常に類似していたことを示した。
［実施例５］
切断型および非切断型ＣＤＣＰ１を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞株の生成
本実施例では、レンチウイルスベクターのセットを設計し、これを使用して、細胞に基づく研究に使用するためのｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）またはｆｌ－ＣＤＣＰ１を発現する安定なＨＥＫ２９３Ｔ細胞株を生成した（図４Ａ）。ｆｌ－ＣＤＣＰ１については、全ＣＤＣＰ１タンパク質配列をコードするベクターを使用した。ｃ－ＣＤＣＰ１については、Ｔ２Ａ自己切断配列がＣＴＦとＮＴＦとの間に挿入されたベクターを設計し、ここで、Ｔ２Ａ自己切断配列は、翻訳中に切断され、２つのポリペプチドを生成することが意図されていた。このアプローチは、単一のレンチウイルスベクターから細胞表面上のｃ－ＣＤＣＰ１複合体の発現を可能にするために設計された。野生型ｃ－ＣＤＣＰ１およびｆｌ－ＣＤＣＰ１に加えて、変異体を発現する細胞株を、標準的な方法を使用して生成した。変異体を発現する細胞株には、活性化されるとリン酸化されることが知られている４つの細胞内チロシン残基（Ｙ７０７、Ｙ７３４、Ｙ７４３、Ｙ８０６）（Leroy, C., et al., Oncogene 34: 5593-5598 (2015)を参照されたい）を、下流シグナル伝達および機能上の結果を調査するために１つずつフェニルアラニンに突然変異させたか（Ｙ７０７Ｆ、Ｙ７３４Ｆ、Ｙ７４３Ｆ、Ｙ８０６Ｆ）またはまとめて突然変異させた（４ＹＦ：Ｙ７０７Ｆ／Ｙ７３４Ｆ／Ｙ７４３Ｆ／Ｙ８０６Ｆ）、変異体が含まれた。ＩｇＧ ４Ａ０６を使用したフローサイトメトリー（図４Ｂ）およびＤ１Ｗ９Ｎ抗体を使用したウエスタンブロット（図４Ｃ）によって、このアプローチが、異なる細胞内チロシン変異体を有する内因性切断型ＣＤＣＰ１複合体および非切断型ＣＤＣＰ１を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞を生成することに成功したことが観察された。
［実施例６］
ＨＥＫ２９３Ｔ細胞における切断型ＣＤＣＰ１複合体の機能的特徴付け
本実施例では、実施例５のｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞株を使用して、タンパク質分解アイソフォームと関連するシグナル伝達経路および機能上の結果を調べた。
ＣＤＣＰ１の過剰発現は、その細胞内チロシン残基のリン酸化、ならびに腫瘍原性促進性プロセス、例えば、接着およびアノイキスの消失を促進するＳｒｃおよびＰＫＣδが関与するシグナル伝達経路の開始と関連していることが知られている。例えば、He, Y., et al., Oncogene 35: 468-478 (2016)、およびLeroy, C., et al., Oncogene 34: 5593-5598 (2015)を参照されたい。さらに、切断型および非切断型ＣＤＣＰ１のいずれも、外から中へのシグナル伝達に寄与することが示されている。例えば、He, Y., et al., Oncogene 35: 468-478 (2016)を参照されたい。
異なるＨＥＫ２９３Ｔ細胞株におけるＣＤＣＰ１、Ｓｒｃ、およびＰＫＣδのリン酸化のウエスタンブロット分析は、全長および切断型の両方のＣＤＣＰ１において細胞内チロシン残基がリン酸化され得ることを示した（図４Ｃ）。ＳｒｃおよびＰＫＣδのリン酸化もまた観察された。加えて、Ｙ７３４が、ＣＤＣＰ１の他の細胞内チロシン残基のリン酸化、ならびにＳｒｃおよびＰＫＣδのリン酸化に重要であることが見出された。
細胞成長および接着に対するＣＤＣＰ１発現の作用を、次いで、評価した。細胞増殖（成長）アッセイを、細胞生存率を測定するＭＴＴ修飾アッセイを使用して行った。簡単に述べると、０日目に、異なるＣＤＣＰ１コンストラクトを発現する５，０００個のＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、９６ウェルプレートのそれぞれのウェルに播種した。細胞を、５％ ＣＯ２下において３７℃でインキュベートした。１日目、２日目、３日目、および４日目に、１０μＬの５ｍｇ／ｍＬチアゾリルブルーテトラゾリウム臭化物（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）をそれぞれのウェルに添加し、５％ ＣＯ２下において３７℃で２時間インキュベートした。続いて、１００μＬの１０％ ＳＤＳ＋０．０１Ｍ ＨＣｌを添加して、細胞を溶解して、ＭＴＴ産物を溶解させた。４時間後に、５９５ｎｍでの吸収を、Ｉｎｆｉｎｉｔｅ Ｍ２００ ＰＲＯ－プレートリーダー（Ｔｅｃａｎ）を使用して定量した。データ点を、Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）を使用してプロットした。
細胞接着アッセイを、次のように行った。アッセイの前日に、９６ウェルの組織培養プレートを、無血清ＤＭＥＭ中に１：１０で希釈したＭａｘＧｅｌ（商標）ＥＣＭ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｓｉｇｍａ）でコーティングした。同時に、異なるＣＤＣＰ１コンストラクトを発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の細胞培養培地を、無血清培地に交換した。翌日、培地を除去し、培養プレートを、０．１％ ＢＳＡを含む１００μＬの無血清ＤＭＥＭで２時間ブロッキングし、ＰＢＳで洗浄した。１００μＬの無血清（０．１％ ＢＳＡ）培地中の１００，０００個の細胞を、それぞれのウェルに添加し、５％ ＣＯ２下において３７℃で２時間インキュベートした。培地で３回洗浄することによって非接着細胞を除去し、残りの細胞を、ＭＴＴアッセイによって定量した。データ点を、Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）を使用してプロットした。
ｆｌ－ＣＤＣＰ１およびｃ－ＣＤＣＰ１の両方の過剰発現は、細胞接着を有意に減少させ、細胞内チロシンリン酸化、特に、残基Ｙ７３４のリン酸化に依存していた（図４Ｄ～図４Ｆ）。ｃ－ＣＤＣＰ１およびｆｌ－ＣＤＣＰ１の両方を発現する細胞株、ならびにチロシン突然変異のパネルは、すべてが、野生型ＨＥＫ２９３Ｔと比べて類似の成長速度を有したため、ＣＤＣＰ１過剰発現は、細胞成長に対して有意な作用を有していなかったことが観察された（図４Ｇ～図４Ｉ）。まとめると、結果は、切断型ＣＤＣＰ１複合体が、公知のシグナル伝達経路およびＣＤＣＰ１の細胞表現型と関係しており、この新しい切断型ＣＤＣＰ１モデルの生物学的役割および機能が検証されたことを示した。
［実施例７］
切断型ＣＤＣＰ１に特異的な抗体ＩｇＧ ＣＬ０３．２の生成
本実施例では、切断型ＣＤＣＰ１に特異的な抗体（ＩｇＧ ＣＬ０３．２）を生成した。切断型ＣＤＣＰ１を特異的に認識することができる抗体の特定のために、カスタムＦａｂ－ファージライブラリーを使用した差次的ファージ選択戦略を使用した（図５Ａ）。Hornsby, M., et al., Mol. Cell. Proteomics 14: 2833-2847 (2015)を参照されたい。それぞれの回の選択の前に、ファージプールを、ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃでクリアランスし、その後にｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃでの陽性選択を行った。３つの異なる切断部位を、個別に、または３つすべての切断部位変異体を１：１：１の比で有するｃ－ＣＤＣＰ１抗原ミックスのプールとして、選択した。３～４回の選択の後に、ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃよりもｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃを認識するＦａｂ－ファージが、濃縮された（図５Ｉ）。個々のクローンを、ファージＥＬＩＳＡによって分析し、固有なクローンＣＬ０３を、特定し、このクローンは、Ｆａｂとしてｆｌ－ＣＤＣＰ１よりも３つすべてのｃ－ＣＤＣＰ１抗原と選択的に結合した（図５Ｊおよび図１０）。ＩｇＧスキャフォールドへの変換および親和性成熟キャンペーンの後に、ＩｇＧ ＣＬ０３を、ｃ－ＣＤＣＰ１に対する高い親和性を有し（ＫＤ＝１５０～８４０ｐＭ）、ｆｌ－ＣＤＣＰ１との検出可能な結合を有さない、リード抗体として特定した（図５Ｂおよび図１０）。加えて、プラスミンで処置したＣＤＣＰ１もまた、ＩｇＧ ＣＬ０３によって認識されたことが示された（図５Ｋ～図５Ｍ）。プラスミンは、ＣＤＣＰ１を切断することができるプロテアーゼのうちの１つであることがこれまでに報告されていたため（例えば、He, Y., et al., J. Biol. Chem. 285: 26162-26173 (2010)およびDeryugina, E. I., et al., Mol. Cancer Res. 7, 1197-1211 (2009)を参照されたい）、この結果は、ＩｇＧ ＣＬ０３が、ＣＤＣＰ１の生理学的に関連する切断形態を認識することができることを示した。
ＣＬ０３の結合機序を調査するために、ＣＬ０３の異なるＣＤＣＰ１抗原との結合を、標準的な方法を使用して、ＢＬＩによって測定した。ＮＴＦのＣ末端を、Ｆｃドメインを介してかまたは直接的にのいずれかで、バイオセンサー表面に固定化した場合には、ＣＬ０３の結合はなかった（図６Ａ～図６Ｂ）。ＮＴＦを、Ｎ末端を介して固定化した場合には、ＣＬ０３は、全ｃ－ＣＤＣＰ１抗原と類似の親和性で、ＮＴＦと結合した（図６Ｂ～図６Ｃ）。加えて、ＣＬ０３は、１６個のアミノ酸のリンカーをＲ３６８／Ｋ３６９タンパク質分解部位においてＣＵＢ１とＣＵＢ２との間に挿入した場合の非切断型ＣＤＣＰ１変異体を認識したことが観察された（図６Ｄ）。これは、タンパク質分解と同様に、ＣＵＢ１とＣＵＢ２との間のリンカーを延長することにより、ＣＬ０３エピトープを露出させることができることを示した。
これを、ネガティブ染色ＥＭによってさらに調査した。２５Å分解能でＣＬ０３ Ｆａｂと結合した（図５Ｃおよび図１２Ｂ～図１２Ｃ）、および２３Å分解能で４Ａ０６ Ｆａｂと結合した（図１２Ａおよび図１２Ｄ～図１２Ｅ）ｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）エクトドメインの３Ｄ再構築を、得た。ｃ－ＣＤＣＰ１（切断部３）を、ＣＬ０３ Ｆａｂおよび軽鎖の「エルボー」で結合するナノボディとともにインキュベートし、これにより、Ｆａｂの配向および「掌性」の判定が可能であった。ＣＬ０３ Ｆａｂは、その側鎖でｃ－ＣＤＣＰ１のＮＴＦと結合することが判明した。まとめると、結果は、ＣＬ０３のエピトープが、ＮＴＦに位置しているが、非切断形態ではアクセス不可能であったことを示した。タンパク質分解により、ＮＴＦのＣ末端が放出されて、このエピトープが、例えば、例として露出または立体構造変化を介して表出され、これは、ＣＬ０３認識に必要であった（図６Ｅ）。
ＣＵＢ１ Ｎ末端断片（ＮＴＦ）は、ヒト血清中にのみ存在する。ＣＬ０３は、タンパク質分解によって露出されるＣＵＢ１ドメイン上のエピトープと結合するため、ＣＬ０３がヒト血清中にしかないＣＵＢ１と結合する場合、ＣＵＢ１（ＮＴＦ）は、ＣＬ０３に対するシンクとして機能し、腫瘍部位上のＣＬ０３の生存濃度を減少させるであろう。ＣＬ０３の結合機序をさらに調査するために、ヒト血清中におけるＣＬ０３のＣＵＢ１との結合を評価するＥＬＩＳＡ実験を行った。ＥＬＩＳＡアッセイを、概して実施例１に記載されるように行った。簡単に述べると、ＩｇＧ ＣＬ０３または４Ａ０６のいずれかを捕捉抗体として使用し、評価した標的抗原は、以下の表９に提示される通りであり、抗ＣＤＣＰ１ポリクローナル抗体を、検出抗体として使用した（Ｒ＆Ｄ、カタログ番号ＡＦ２６６６）。ここで、図１３を参照すると、ＥＬＩＳＡの結果は、ＣＬ０３が、ヒト血清中のＣＵＢ１（ＮＴＦ）と結合しなかったことを示した。
ＥＬＩＳＡアッセイの結果を、以下の表９にさらにまとめる。
表9
この結果は、ヒト血清中にしかないＣＵＢ１が、ＣＬ０３に対するシンクとして機能しないことを示した。
さらに、ＣＬ０３の変異体を、概して実施例１に記載される手順を使用し、Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ３８４機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用したＢＬＩアッセイによって（図１６Ａ）、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部２）との結合について評価した。変異体もまた、概して実施例１に記載されるように、ＳＥＣに基づく分析（図１６Ｂ）によって評価した。ＢＬＩアッセイおよびＳＥＣに基づく分析によって評価した変異体には、ＩｇＧ８７、ＩｇＧ８９、ＩｇＧ９４、ＩｇＧ９７、ＩｇＧ１０１（ＣＬ０３ ＩｇＧ Ｈ１－ＮｔｏＤ Ｈ３－ＭｔｏＡ）、およびＩｇＧ１０２と称される変異体が含まれた。
［実施例８］
ＩｇＧ ＣＬ０３．２は、切断型ＣＤＣＰ１を発現するＰＤＡＣ細胞を標的とする
本実施例では、ＩｇＧ ＣＬ０３によるがん細胞上の切断型ＣＤＣＰ１の認識を評価した。免疫蛍光アッセイを、標準的な方法を使用して行い、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８標識化ＩｇＧ ＣＬ０３での免疫蛍光は、切断型ＣＤＣＰ１を発現するＰＬ５細胞の特異的な染色を示し、ＨＰＡＣまたはＨＰＮＥ細胞との検出可能な結合はなかった（図５Ｄ）。用量応答フローサイトメトリー実験により、ＩｇＧ ＣＬ０３は、それぞれ、１４．１および２０．７ｎＭのＥＣ５０値でＰＬ５およびＰＬ４５細胞と結合し、ＨＰＡＣ細胞ともＨＰＮＥ細胞ともほとんど結合しなかったことが示された（図５Ｅ）。加えて、漸増量のプラスミンでの処置により、ＩｇＧ ＣＬ０３のＨＰＡＣ細胞との結合が増大し、これにより、ＣＤＣＰ１を切断することが知られているセリンプロテアーゼでの処置が、ＩｇＧ ＣＬ０３によって認識され得る細胞表面上のｃ－ＣＤＣＰ１を生成することができることが示された（図５Ｎ～図５Ｏ）。
切断型ＣＤＣＰ１を発現するＰＤＡＣ細胞への細胞傷害性または免疫療法ペイロードのデリバリーのための異なるモダリティにおけるＣＬ０３の使用を、次いで、評価した。まず、抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）戦略を評価した。ＨＰＡＣ、ＰＬ５、ＰＬ４５、およびＨＰＮＥ細胞を、細胞毒素モノメチルオーリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）にコンジュゲートした二次抗体とともに、一次抗体としてＩｇＧ ＣＬ０３で、処置した（図５Ｆ）。切断型ＣＤＣＰ１との結合、続いて、一次抗体および二次抗体の内部移行により、ＭＭＡＦが、切断型ＣＤＣＰ１を発現する細胞に送達された。実際に、切断型ＣＤＣＰ１を発現するＰＬ５およびＰＬ４５細胞のみの用量依存性細胞殺滅が観察されたが、ＨＰＡＣおよびＨＰＮＥ細胞は、回避された。この作用は、一次抗体および二次抗体の両方の存在下においてしか観察されておらず、ＩｇＧ ＣＬ０３を、切断型アイソフォームを発現する細胞に細胞毒性ペイロードを選択的に送達するために使用することができることが示された。
次に、切断型ＣＤＣＰ１を発現する標的細胞の存在下において免疫細胞を選択的に動員および活性化するために、免疫療法としてＣＬ０３を二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）に再度遺伝子操作することを、試験した。Ｆａｂ ＣＬ０３を、抗ＣＤ３ ＯＫＴ３ ｓｃＦｖと遺伝子融合させ、このＢｉＴＥ分子が、ＰＤＡＣ細胞との共培養物において、ＮＦＡＴ－ＧＦＰレポーターＪｕｒｋａｔ Ｔ細胞のＴ細胞活性化を媒介し得るかどうかを、評価した（図５Ｇ）。ｃ－ＣＤＣＰ１を発現するＰＬ５およびＰＬ４５細胞と共培養した場合に、最大６０％までの有意な用量依存性Ｔ細胞活性化が観察されたが、一方で、相当なレベルのｃ－ＣＤＣＰ１を有さないＨＰＡＣおよびＨＰＮＥ細胞との共培養は、ベースラインの活性化しかもたらさなかった。
インビボイメージング剤として使用するマウス異種移植片における切断型ＣＤＣＰ１を発現する腫瘍へのＩｇＧ ＣＬ０３の局在化を、評価した。８９Ｚｒ標識化ＩｇＧ ＣＬ０３を、ＨＰＡＣまたはＰＬ５異種移植片を有するマウスに注射し、４８時間後に、ポジトロン放出断層撮影法（ＰＥＴ）イメージングによって試験した（図５Ｈ）。８９Ｚｒ標識化ＩｇＧ ＣＬ０３の高度な局在化が、ＰＬ５腫瘍に観察され、放射標識シグナルは、ＨＰＡＣ腫瘍よりも高かった（ｐ＝０．０４８３）。まとめると、これらのインビトロおよびインビボでの研究は、抗体ＣＬ０３を、様々なモダリティにおいて膵臓がん細胞の表面上の切断型ＣＤＣＰ１を標的とするために使用することができることを示した。
ＣＬ０３によるがん細胞上の切断型ＣＤＣＰ１の認識をさらに評価するために、競合アッセイを行って、可溶性ＣＵＢ１（ＮＴＦ）が、切断型ＣＤＣＰ１陽性細胞へのＣＬ０３の結合と競合し得るかどうかを評価した。細胞を、Ｖｅｒｓｅｎｅ（０．０４％ ＥＤＴＡ、ＰＢＳ ｐＨ７．４、Ｍｇ／Ｃａ不含）でリフトし、ＰＢＳ ｐＨ７．４で１回洗浄し、続いて、フローサイトメトリー緩衝液（ＰＢＳ、ｐＨ７．４、３％ ＢＳＡ）でブロッキングした。一次抗体（ＣＬ０３ ＩｇＧ）および異なる濃度のＣＵＢ１（ＮＴＦ）を、４℃で３０分間、細胞に添加した。結合した抗体を、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ－４８８コンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ、Ｆ（ａｂ’）２断片特異的（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ、１：１０００）の添加によって検出した。細胞を、ＰＢＳ＋３％ ＢＳＡで３回洗浄し、蛍光を、ＣｙｔｏＦＬＥＸ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）フローサイトメーターを使用して定量した。すべてのフローサイトメトリーデータ分析は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアおよびＰｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）を使用して行った。
ここで、図１４Ａ～１４Ｂを参照すると、競合アッセイの結果は、可溶性ＣＵＢ１（ＮＴＦ）が、切断型ＣＤＣＰ１陽性細胞においてＣＬ０３の結合と競合しなかったことを示した。この結果は、さらに、ヒト血清中にしかないＣＵＢ１（ＮＴＦ）が、ＣＬ０３に対するシンクとして機能しないことを示した。
［実施例９］
ＣＤＣＰ１のマウスホモログに対する切断型特異的抗体の開発
本実施例では、ＣＤＣＰ１のマウスホモログに対する切断型特異的抗体（ＩｇＧ ５８）を、開発した。ＣＬ０３は、カニクイザル由来の切断型ＣＤＣＰ１ホモログに交差反応性であったが、マウスホモログには交差反応性ではなかったことが観察された（図７Ａ～図７Ｂ）。同系モデルにおいて切断型ＣＤＣＰ１の腫瘍特異性を試験するために、上記に記載される差次的ファージディスプレイ選択戦略を、ｃ－ＣＤＣＰ１のマウスアイソフォームに対して使用して、マウスｃ－ＣＤＣＰ１を特異的に認識するが、マウスｆｌ－ＣＤＣＰ１を認識しない結合物質を特定した。マウスＣＤＣＰ１抗原を、特徴付けた（図８Ａ～図８Ｃ）。図８Ｂを参照すると、マウスＣＤＣＰ１抗原：ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部１）、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部２）のＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルは、予測した分子量のタンパク質を示した。図８Ｃを参照すると、マウスＣＤＣＰ１抗原：ｆｌ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部１）、ｃ－ＣＤＣＰ１－Ｆｃ（切断部２）のＳＥＣ分析により得られたＳＥＣトレースは、類似の溶出プロファイルを示し、切断型ＣＤＣＰ１の２つの断片が複合体としてインタクトであったことが示された。特徴付けおよび親和性成熟の後に、リードマウス切断型特異的ＣＤＣＰ１抗体ＩｇＧ ５８を特定し、このリード抗体は、高い親和性および特異性でマウスｃ－ＣＤＣＰ１と結合する（図９Ａおよび図１１）。加えて、ＩｇＧ １２として知られている抗体を特定し、これは、ヒトＣＤＣＰ１特異的ＩｇＧ ４Ａ０６と同様に、非切断型および切断型の両方のマウスＣＤＣＰ１を類似の親和性で認識し得る（図８Ｄおよび図１１）。
並行して、マウスｃ－ＣＤＣＰ１を発現する安定なマウス細胞株を、マウスＫＰＣがん細胞株Ｆｃ１２４５のバックグラウンドで、上記に記載される同じＴ２Ａ自己切断配列戦略を使用して生成した（図４Ａ）。Roy, I., et al., Cancer Res 75: 3529-3542 (2015)を参照されたい。ＩｇＧ ５８は、Ｆｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１細胞を特異的に認識し、それぞれ、６．９ｎＭおよび０．４６ｎＭのＥＣ５０で結合した（図９Ｂおよび図８Ｅ）。ＩｇＧ ５８は、ＢｉＴＥ分子に再フォーマットした場合、Ｆｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１細胞の存在下においてＮＦＡＴ－ＧＦＰ Ｊｕｒｋａｔ細胞を活性化した（図９Ｃおよび図８Ｆ）。加えて、ＭＭＡＦをＩｇＧ ５８に直接的にコンジュゲートし、ＩｇＧ ５８をＡＤＣとして使用して、細胞傷害性ペイロードをＦｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１細胞に特異的に送達しながらｃ－ＣＤＣＰ１を発現しないＦｃ１２４５野生型細胞を回避することができることが示された（図９Ｄおよび図８Ｇ）。
さらに、ＩｇＧ１２およびＩｇＧ５８が、インビボでＦｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１腫瘍に局在化し得るかどうかを試験した。８９Ｚｒ標識化ＩｇＧ１２またはＩｇＧ５８を、皮下Ｆｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１腫瘍を有するマウスに注射し、４８時間後に、ポジトロン放出断層撮影法（ＰＥＴ）イメージングによって試験した（図９Ｅおよび図９Ｆ）。
８９Ｚｒ－ＩｇＧ５８の高い腫瘍局在化が観察され、これは５０×の未標識ＩｇＧ５８を同時投与した場合に減少し、標的エンゲージメントによって作動される腫瘍特異的局在化が示された。腫瘍外の８９Ｚｒ－ＩｇＧ５８の局在化はほとんど観察されなかった。対照的に、８９Ｚｒ－ＩｇＧ１２の腫瘍への特異的な局在化は観察されたが、シグナルは、ＩｇＧ５８のものよりも低かった。さらに、ＩｇＧ１２のより広範な正常組織分布が観察され、これにより、ＩｇＧ１２は、非切断型ＣＤＣＰ１を発現する正常組織に局在化し得ることが示される。
次に、ＭＭＡＦ標識化ＩｇＧ１２またはＩｇＧ５８の抗腫瘍活性および毒性プロファイルを、試験した（図９Ｇ）。非腫瘍保持マウスに、１５、１０、または５ｍｇ／ｋｇのＭＭＡＦ標識化ＩｇＧ１２およびＩｇＧ５８を毎週投薬し、それらの体重（％）を、２１日間モニタリングした。処置アーム間で有意差があり（Ｆ（５，３２）＝３．１１、ｐ＝０．０００２、ＡＮＯＶＡ）、ＩｇＧ５８－ＭＭＡＦ処置がより良好に耐容された。ＩｇＧ５８－ＭＭＡＦを３つの異なる用量で注射したマウスのいずれも、体重に有意な変化を示さなかった。ＩｇＧ１２－ＭＭＡＦで処置したマウスは、それぞれの投与の後に有意な体重減少を経験し、処置に誘導される毒性が示された。
テューキーの多重比較検定により、１５ｍｇ／ｋｇの用量（＊＊＊ｐ＝０．００６８）および１０ｍｇ／ｋｇの用量（＊＊ｐ＝０．００６７）で、ＩｇＧ１２－ＭＭＡＦおよびＩｇＧ５８－ＭＭＡＦ処置の結果に有意差が明らかとなった。１５ｍｇ／ｋｇの用量のＩｇＧ１２－ＭＭＡＦを受容したマウスのすべてが、体重減少に起因して安楽死させなければならず、８日目を過ぎて生存することがなく、１０ｍｇ／ｋｇの用量のＩｇＧ１２－ＭＭＡＦを受容した５匹のマウスのうちの２匹は、１９日目に安楽死させなければならなかった。これらの結果は、切断型ＣＤＣＰ１を標的とする治療法は、汎ＣＤＣＰ１標的化アプローチと比較して優れた安全性プロファイルを有することを示唆する。
［実施例１０］
ＩｇＧ ５８のインビボ同系マウス研究
本実施例では、インビボ同系マウス研究を行って、膵臓がんのマウスモデルにおける切断型ＣＤＣＰ１特異的抗体ＩｇＧ５８の抗腫瘍有効性を評価した。簡単に述べると、Ｆｃ１２４５ ｃ－ＣＤＣＰ１腫瘍保持マウスに、ＰＢＳ（対照）または４００ｕＣｉの１７７Ｌｕ標識化ＩｇＧ５８の単回注射（試験）を注射した。対照群および試験群のそれぞれに、５匹のマウスを使用した。注射は、腫瘍埋め込みの５日後に行った。潰瘍化した腫瘍の発生によって示され得るものなど、腫瘍サイズが大きくなりすぎるまで、腫瘍サイズおよび体重をモニタリングした。
ここで図１５Ａ～図１５Ｃを参照すると、１７７Ｌｕ標識化ＩｇＧ５８は、腫瘍体積（図１５Ａ）、マウス体重（図１５Ｂ）、および生存確率（図１５Ｃ）によって評価した場合、侵襲性マウス膵臓腫瘍の腫瘍進行を効率的に阻害した。対照群のマウスは、図１５Ａにおいて矢印によって示されるように、潰瘍化した腫瘍の発生に起因して、安楽死させた。
＊＊＊
特定の態様に関する前述の説明は、本発明の一般概念から逸脱することなく、当業者が技能の範囲内の知識を適用することによって、過度の実験を行うことなくそのような特定の態様を容易に修正する、および／または様々な用途に適応することができる、本発明の一般的な本質を完全に明らかにしようとするものである。したがって、そのような適応および修正は、本明細書に提示される教示および案内に基づいて、開示される態様の均等物の意味および範囲内であることが意図される。本明細書における表現法または語法は、説明を目的とするものであり、制限を目的とするものではなく、そのため、本明細書の語法または表現法は、当業者が教示および案内を踏まえて解釈すべきものであることを、理解されたい。
本発明の他の態様は、本明細書の考察および本明細書において開示される本発明の実施により、当業者には明らかであろう。本明細書および実施例は例示と見なされるにすぎないことが意図され、本発明の真の範囲および趣旨は、以下の特許請求の範囲によって示される。
本明細書において開示されるすべての刊行物、特許、および特許出願は、それぞれ個別の刊行物、特許、または特許出願が、具体的かつ個別に参照により組み込まれると示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。

Claims (93)

  1. 切断型ヒト補体Ｃ１ｒ／Ｃ１ｓ、Ｕｅｇｆ、Ｂｍｐ１（ＣＵＢ）ドメイン含有タンパク質１（ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合断片であって、切断型ＣＤＣＰ１と優先的に結合する、単離された抗体またはその抗原結合断片。
  2. 検出可能なレベルで全長ヒトＣＤＣＰ１と結合しない、請求項１に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  3. 抗体またはその抗原結合断片と、切断型ＣＤＣＰ１または全長ＣＤＣＰ１との間の結合が、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される、請求項１または２に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  4. 切断型ＣＤＣＰ１が、第１の切断型ドメインおよび第２の切断型ドメインを含み、第１の切断型ドメインおよび第２の切断型ドメインが、連結されていない、請求項１から３のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  5. 切断型ＣＤＣＰ１が、膜結合複合体を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  6. 第１の切断型ドメインが、配列番号６３、６８、または７４に記載されるアミノ酸配列からなる、請求項４または５に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  7. 第２の切断型ドメインが、配列番号６４、７０、または７７に記載されるアミノ酸配列からなる、請求項４から６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  8. 切断型ＣＤＣＰ１が、配列番号２７３の残基Ｋ３６５、Ｒ３６８、および／またはＫ３６９で切断されることによって生成される、請求項１から７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  9. 切断型ＣＤＣＰ１が、翻訳後修飾されており、翻訳後修飾が、リン酸化およびＮ結合型グリコシル化を含む、請求項１から８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  10. 切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片であって、それぞれ、ＶＬが、ＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１、ＶＬ－ＣＤＲ２、およびＶＬ－ＣＤＲ３を含み、ＶＨが、配列番号１（ＳＶＳＳＡＶＡ）、２（ＳＡＳＳＬＹ）、２６８（ＳＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５）、２６９（Ｘ６ＦＳＳＸ７ＳＩ）、２７０（ＳＩＹＰＹＳＧＳＴＸ８）、および２７１（Ｘ９Ｘ１０Ｘ１２ＳＸ１２ＹＳＨＴＷＷＶＳＹＧＸ１３）または２７２（Ｘ１４ＹＷＶＸ１５ＦＷＹＧＨＦＳＹＹＲＰＡＬ）のＶＨ－ＣＤＲ１、ＶＨ－ＣＤＲ２、およびＶＨ－ＣＤＲ３配列を含み、
    Ｘ１＝グリシン（Ｇ）、セリン（Ｓ）、メチオニン（Ｍ）、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、またはアルギニン（Ｒ）であり、
    Ｘ２＝グルタミン（Ｑ）、セリン（Ｓ）、グルタミン酸（Ｅ）、アスパラギン（Ｎ）、リシン（Ｋ）、プロリン（Ｐ）、アルギニン（Ｒ）、ロイシン（Ｌ）、またはヒスチジン（Ｈ）であり、
    Ｘ３＝アルギニン（Ｒ）、セリン（Ｓ）、バリン（Ｖ）、トリプトファン（Ｗ）、ロイシン（Ｌ）、リシン（Ｋ）、メチオニン（Ｍ）、グルタミン（Ｑ）、またはプロリン（Ｐ）であり、
    Ｘ４＝プロリン（Ｐ）、ロイシン（Ｌ）、スレオニン（Ｔ）、またはセリン（Ｓ）であり、
    Ｘ５＝イソロイシン（Ｉ）、アラニン（Ａ）、メチオニン（Ｍ）、リシン（Ｋ）、バリン（Ｖ）、ロイシン（Ｌ）、フェニルアラニン（Ｆ）であり、
    Ｘ６＝アミノ酸なし、アスパラギン酸（Ｄ）、またはアスパラギン（Ｎ）であり、
    Ｘ７＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
    Ｘ８＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
    Ｘ９＝グルタミン（Ｑ）、アルギニン（Ｒ）、またはリシン（Ｋ）であり、
    Ｘ１０＝セリン（Ｓ）、アスパラギン（Ｎ）、スレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、またはアスパラギン酸（Ｄ）であり、
    Ｘ１１＝グルタミン（Ｑ）またはヒスチジン（Ｈ）であり、
    Ｘ１２＝チロシン（Ｙ）またはフェニルアラニン（Ｆ）であり、
    Ｘ１３＝メチオニン（Ｍ）、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）であり、
    Ｘ１４＝スレオニン（Ｔ）またはイソロイシン（Ｉ）であり、
    Ｘ１５＝グルタミン（Ｑ）またはアスパラギン酸（Ｄ）である、
    単離された抗体またはその抗原結合断片。
  11. 切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片であって、それぞれ、ＶＬが、配列番号１（ＳＶＳＳＡＶＡ）のＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１配列、配列番号２（ＳＡＳＳＬＹ）のＶＬ－ＣＤＲ２配列、および配列番号８（ＴＧＱＲＰＭ）、２３（ＦＭＲＰＡＦ）、１６（ＴＡＱＳＰＬ）、１１（ＶＥＬＶＰＭ）、１２（ＡＧＫＲＰＬ）、または１４（ＬＧＶＲＡＡ）のＶＬ－ＣＤＲ３配列を含み、ＶＨが、配列番号２６９（Ｘ１ＦＳＳＸ２ＳＩ）のＶＨ－ＣＤＲ１配列、配列番号２７０（ＳＩＹＰＹＳＧＳＴＸ３）のＶＨ－ＣＤＲ２配列、および配列番号２７１（Ｘ４Ｘ５Ｘ６ＳＸ７ＹＳＨＴＷＷＶＳＹＧＸ８）または配列番号２７２（Ｘ９ＹＷＶＸ１０ＦＷＹＧＨＦＳＹＹＲＰＡＬ）のＶＨ－ＣＤＲ３配列を含み、
    Ｘ１＝アミノ酸なし、アスパラギン酸（Ｄ）、またはアスパラギン（Ｎ）であり、
    Ｘ２＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
    Ｘ３＝セリン（Ｓ）またはチロシン（Ｙ）であり、
    Ｘ４＝グルタミン（Ｑ）、アルギニン（Ｒ）、またはリシン（Ｋ）であり、
    Ｘ５＝セリン（Ｓ）、アスパラギン（Ｎ）、スレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、またはアスパラギン酸（Ｄ）であり、
    Ｘ６＝グルタミン（Ｑ）またはヒスチジン（Ｈ）であり、
    Ｘ７＝チロシン（Ｙ）またはフェニルアラニン（Ｆ）であり、
    Ｘ８＝メチオニン（Ｍ）、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）であり、
    Ｘ９＝スレオニン（Ｔ）またはイソロイシン（Ｉ）であり、
    Ｘ１０＝グルタミン（Ｑ）またはアスパラギン酸（Ｄ）である、
    単離された抗体またはその抗原結合断片。
  12. 切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、軽鎖可変領域（ＶＬ）および重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片であって、ＶＬが、ＶＬ相補性決定領域（ＣＤＲ）１、ＶＬ－ＣＤＲ２、およびＶＬ－ＣＤＲ３を含み、ＶＨが、ＶＨ－ＣＤＲ１、ＶＨ－ＣＤＲ２、およびＶＨ－ＣＤＲ３を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３～２５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片。
  13. ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２のアミノ酸を含む、請求項１２に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  14. ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１のアミノ酸配列を含む、請求項１２または１３に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  15. ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６～２９、１０９、および１１１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１２から１４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  16. ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０または３１のアミノ酸配列を含む、請求項１２から１５のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  17. ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号２０、３２～４７、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１２から１６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  18. （ａ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｂ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３３に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｃ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｄ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３５に記載されるアミノ酸配列を含む、または
    （ｅ）ＶＬ－ＣＤＲ１が、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ２が、配列番号２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ－ＣＤＲ３が、配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ１が、配列番号２６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ２が、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ－ＣＤＲ３が、配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    請求項１２から１７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  19. ＶＨが、配列番号６１、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８９、９１、９９、１０３、１０７、１２３、および１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性のアミノ酸配列を含む、請求項１２から１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  20. ＶＨが、配列番号６１、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８９、９１、９９、１０３、１０７、１２３、および１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１０から１７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  21. ＶＬが、配列番号６２、７６、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、および１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性のアミノ酸配列を含む、請求項１２から２０のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  22. ＶＬが、配列番号６２、７６、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、および１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１０から１９のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  23. （ａ）参照抗体のＶＨが、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｃ）参照抗体のＶＨが、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号９１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｐ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｑ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｒ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｓ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｔ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｕ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｖ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｗ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｘ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｙ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ａａ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｂｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｃｃ）ＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１２０に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｄｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｅｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号１２３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｆｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｇｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｈｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３０に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｉｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
    （ｊｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｋｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｌｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｍｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｎｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
    （ｏｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    請求項１２から２２のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  24. 重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む参照抗体と同じ切断型ヒトＣＤＣＰ１エピトープと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合断片であって、
    （ａ）参照抗体のＶＨが、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｃ）参照抗体のＶＨが、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号９１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｐ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｑ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｒ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｓ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｔ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｕ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｖ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｗ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｘ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｙ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ａａ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｂｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｃｃ）ＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１２０に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｄｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｅｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号１２３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｆｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｇｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｈｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３０に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｉｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
    （ｊｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｋｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｌｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｍｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｎｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
    （ｏｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｋｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｌｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｍｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｎｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
    （ｏｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    単離された抗体またはその抗原結合断片。
  25. 切断型ヒトＣＤＣＰ１エピトープとの結合について、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む参照抗体と交差競合する、単離された抗体またはその抗原結合断片であって、
    （ａ）参照抗体のＶＨが、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｃ）参照抗体のＶＨが、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号９１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｐ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｑ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｒ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｓ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｔ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｕ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｖ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｗ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１０に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｘ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｙ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ａａ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｂｂ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｃｃ）ＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１２０に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｄｄ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｅｅ）参照抗体のＶＨが、配列番号１２３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２４に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｆｆ）参照抗体のＶＨが、配列番号１０７に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｇｇ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１２８に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｈｈ）参照抗体のＶＨが、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３０に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｉｉ）参照抗体のＶＨが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号１３２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
    （ｊｊ）参照抗体のＶＨが、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｋｋ）参照抗体のＶＨが、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｌｌ）参照抗体のＶＨが、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｍｍ）参照抗体のＶＨが、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｎｎ）参照抗体のＶＨが、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、または
    （ｏｏ）参照抗体のＶＨが、配列番号８６に記載されるアミノ酸配列を含み、参照抗体のＶＬが、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含む、
    単離された抗体またはその抗原結合断片。
  26. 抗体またはその抗原結合断片が、
    （ａ）抗体が、腫瘍成長および／または転移を阻害すること、
    （ｂ）抗体が、腫瘍体積を低減すること、
    （ｃ）抗体が、無増悪生存期間を増大させること、
    （ｄ）抗体が、全生存期間を増大させること、
    （ｅ）抗体が、ＣＤＣＰ１内部移行および／または分解を促進すること、ならびに
    （ｆ）これらの任意の組合せ
    からなる群から選択される１つまたは複数の特性を有する、請求項１から２５のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  27. 抗体またはその抗原結合断片が、約１×１０－４Ｍ以下のＫＤで、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、ＫＤが、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される、請求項１から２６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  28. 抗体またはその抗原結合断片が、約１×１０－４１／Ｍｓ以上の結合速度（ｏｎ－ｒａｔｅ）（ｋｏｎ）で、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、ｋｏｎ速度が、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される、請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  29. 抗体またはその抗原結合断片が、約１×１０－４Ｍ １／ｓ以下の解離速度（ｏｆｆ－ｒａｔｅ）（ｋｏｆｆ）で、切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、ｋｏｆｆが、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される、請求項１から２８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  30. 抗体またはその抗原結合断片が、切断型カニクイザルＣＤＣＰ１と結合する、請求項１から２９のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  31. 抗体または抗原結合断片が、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、またはこれらの変異体からなる群から選択される、請求項１から３０のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  32. ＩｇＧ１抗体である、請求項１から３１のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  33. グリコシル化部位を除去するように修飾されている、請求項１から３２のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  34. グリコシル化部位除去が、配列番号６１の残基３１に対応する位置におけるアスパラギン（Ｎ）のアスパラギン酸（Ｄ）への置換を介して達成される、請求項３３に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  35. 配列番号６１または６５の残基１１４に対応する位置におけるメチオニン（Ｍ）の、アラニン（Ａ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）への置換を含む、請求項１から３４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  36. ヒト、ヒト化抗体、キメラ抗体、またはそれらの抗原結合断片である、請求項１から３５のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  37. ヒト対象への投与に好適である、請求項１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  38. 全長抗体である、請求項１から３７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  39. 抗原結合断片である、請求項１から３７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。
  40. Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結されたＦｖ、ＩｇＮａｒ、イントラボディ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、単一ドメイン抗体、ＤＶＤ－Ｉｇ、Ｆｃａｂ、ｍＡｂ２、（ｓｃＦｖ）２、またはｓｃＦｖ－Ｆｃである、請求項３９に記載の抗原結合断片。
  41. 請求項１から４０のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片を含む、二重特異性抗体。
  42. 請求項４１に記載の二重特異性抗体、または請求項１から４０のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片を含む、多重特異性抗体。
  43. 検出可能な標識をさらに含む、請求項１から４０のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、請求項４１に記載の二重特異性抗体、または請求項４２に記載の多重特異性抗体。
  44. 請求項１から４０のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、請求項４１に記載の二重特異性抗体、または請求項４２に記載の多重特異性抗体をコードする、ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセット。
  45. 請求項１０から４０のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片の重鎖可変領域または重鎖をコードする核酸分子を含む、ポリヌクレオチド。
  46. 核酸分子が、配列番号８８、９２、９３、９５、９７、１６３、１６５、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１８１、１８３、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、２０３、２０７、２１１、または２２７のＶＨをコードする、請求項４５に記載のポリヌクレオチド。
  47. 請求項１０から４０のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片の軽鎖可変領域または軽鎖をコードする核酸分子を含む、ポリヌクレオチド。
  48. 核酸分子が、配列番号９０、１６４、１６６、１８０、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、または２３６のＶＬをコードする、請求項４７に記載のポリヌクレオチド。
  49. 配列番号８８、９２、９３、９５、９７、１６３、１６５、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１８１、１８３、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、２０３、２０７、２１１、または２２７の重鎖可変領域をコードする第１の核酸分子、および配列番号９０、１６４、１６６、１８０、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、または２３６の軽鎖可変領域をコードする第２の核酸分子を含む、ポリヌクレオチド。
  50. 配列番号の重鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第１のポリヌクレオチド、および配列番号９０、１６４、１６６、１８０、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、または２３６の軽鎖可変領域をコードする核酸分子を含む第２のポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドの混合物。
  51. 請求項１から４０のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片の重鎖可変領域または重鎖、および請求項１から４０のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片の軽鎖可変領域または軽鎖をコードする核酸分子を含む、ポリヌクレオチド。
  52. 請求項４４から５１のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
  53. （ａ）請求項１から４０のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、（ｂ）請求項４１に記載の二重特異性抗体、（ｃ）請求項４２に記載の多重特異性抗体、（ｄ）請求項４４から５１のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、（ｅ）請求項５２に記載のベクター、または（ｆ）請求項４５もしくは４７に記載のポリヌクレオチドを含む第１のベクターおよび請求項４６もしくは４８に記載のポリヌクレオチドを含む第２のベクターを含む、宿主細胞。
  54. 組織培養物中の大腸菌、シュードモナス、バチルス、ストレプトマイセス、酵母、ＨＰＡＣ、ＰＬ５、ＰＬ４５、ＨＰＮＥ、Ｅｘｐｉ２９３Ｆヒト細胞、Ｃ６（ラット神経膠腫細胞株）、Ｕ２ＯＳ、Ｃｈｅｍ－１、ＣＨＯ、ＹＢ／２０、ＮＳ０、ＰＥＲ－Ｃ６、ＨＥＫ－２９３Ｔ、ＨＥＫ２９３Ｔ－ｃＣＤＣＰ１、ＮＩＨ－３Ｔ３、ＨｅＬａ、ＢＨＫ、Ｈｅｐ Ｇ２、ＳＰ２／０、Ｒ１．１、Ｂ－Ｗ、Ｌ－Ｍ、ＣＯＳ１、ＣＯＳ７、ＢＳＣ１、ＢＳＣ４０、ＢＭＴ１０細胞、ＰＡＮＣ－１、Ｐａｎｃ ０３．２７、Ｈｓ７６６Ｔ、ＣＦＰＡＣ－１、ＣＡＰＡＮ－１、Ｍｉａ ＰａＣａ－２、ＣＡＰＡＮ－２、ＢＸＰＣ３、マウスＦｃ１２４５、マウスＦｃ１２４２、マウスＦｃ１２４５－ｃＣＤＣＰ１、マウスＰｙＭＴ、マウスＰ５３、マウス４Ｔ１、マウスＥＭＴ６、マウスＴＲＡＭＰ、マウスＣ２、マウスＭＣ３８、マウスＣＴ２６、植物細胞、昆虫細胞、およびヒト細胞からなる群から選択される、請求項５３に記載の宿主細胞。
  55. 請求項１から４０のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、請求項４１に記載の二重特異性抗体、または請求項４２に記載の多重特異性抗体、および治療剤を含む、イムノコンジュゲート。
  56. 治療剤が、細胞毒素、非細胞毒性薬、放射性薬剤、第２の抗体、酵素、抗新生物剤、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項５５に記載のイムノコンジュゲート。
  57. 切断型ヒトＣＤＣＰ１と結合する抗体またはその抗原結合断片を産生する方法であって、核酸分子が発現され、抗体またはその抗原結合断片が産生されるように、請求項５３または５４に記載の宿主細胞を培養することを含む、方法。
  58. 抗体またはその抗原結合断片を、培養物から単離することをさらに含む、請求項５７に記載の方法。
  59. 切断型ヒトＣＤＣＰ１と特異的に結合し、請求項４４から５１のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるか、または請求項５７もしくは５８に記載の方法によって産生される、単離された抗体またはその抗原結合断片。
  60. 請求項１から４０および５９のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、請求項４１に記載の二重特異性抗体、請求項４２に記載の多重特異性抗体、請求項４４から５１のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項５２に記載のベクター、または請求項５５もしくは５６に記載のイムノコンジュゲートと、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物。
  61. 静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外、胸骨内、局所、表皮、または粘膜投与のために製剤化される、請求項６０に記載の医薬組成物。
  62. それを必要とする対象においてがんを処置する方法であって、対象に、請求項１から４０および５９のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、請求項４１に記載の二重特異性抗体、請求項４２に記載の多重特異性抗体、請求項４４から５１のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項５２に記載のベクター、請求項５５もしくは５６に記載のイムノコンジュゲート、または請求項６０もしくは６１に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  63. 抗体またはその抗原結合断片の投与が、対象におけるがんの転移を低減または阻害する、請求項６２に記載の方法。
  64. それを必要とする対象においてがんの転移を低減または阻害する方法であって、対象に、請求項１から４１および５９のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、請求項４１に記載の二重特異性抗体、請求項４２に記載の多重特異性抗体、請求項４４から５１のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項５２に記載のベクター、請求項５５または５６に記載のイムノコンジュゲート、または請求項６０もしくは６１に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  65. 対象が、がんに罹患している、請求項６４に記載の方法。
  66. がんが、がん細胞表面上に存在する切断型ＣＤＣＰ１を有する、請求項６２から６５のいずれか一項に記載の方法。
  67. がんが、腫瘍を含む、請求項６２から６６のいずれか一項に記載の方法。
  68. がんが、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、扁平ＮＳＣＬＣ、非扁平ＮＳＣＬＣ、神経膠腫、胃腸がん、腎臓がん、明細胞癌、卵巣がん、肝臓がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、腎臓がん、腎細胞癌（ＲＣＣ）、前立腺がん、ホルモン難治性前立腺腺癌、甲状腺がん、神経芽細胞腫、膵臓がん、神経膠芽腫（神経膠芽腫多型）、子宮頸がん、胃がん、膀胱がん、肝細胞腫（肝細胞癌）、乳がん、結腸癌、頭頸部がん（または癌）、頭頸部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、胃がん、生殖細胞腫瘍、小児肉腫、副鼻腔ナチュラルキラー、黒色腫、転移性悪性黒色腫、皮膚または眼内悪性黒色腫、中皮腫、骨がん、皮膚がん、子宮がん、肛門領域のがん、精巣がん、卵管の癌、子宮内膜の癌、子宮頸の癌、膣の癌、外陰部の癌、食道のがん、小腸のがん、内分泌系のがん、副甲状腺のがん、副腎のがん、軟部組織の肉腫、尿道のがん、陰茎のがん、小児の固形腫瘍、尿管のがん、腎盂の癌、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳がん、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮がん、扁平上皮細胞がん、アスベストによって誘導されるものを含む環境に誘導されるがん、ウイルス関連がんまたはウイルス起源のがん、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）関連または起源の腫瘍、急性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、未分化ＡＭＬ、骨髄芽球性白血病、骨髄芽球性白血病、前骨髄球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病、赤白血病、巨核芽球性白血病、単発性顆粒球性肉腫、緑色腫、ホジキンリンパ腫（ＨＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、単球様Ｂ細胞リンパ腫、粘膜関連リンパ球系組織（ＭＡＬＴ）リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞リンパ腫／白血病、マントル細胞リンパ腫、血管免疫芽球性Ｔ細胞リンパ腫、血管中心性リンパ腫、腸管Ｔ細胞リンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、前駆体Ｔリンパ芽球性リンパ腫、Ｔリンパ芽球性、末梢Ｔ細胞リンパ腫、リンパ芽球性リンパ腫、移植後リンパ増殖性障害、真性組織球性リンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、リンパ芽球性リンパ腫（ＬＢＬ）、リンパ球系統の造血系腫瘍、急性リンパ芽球性白血病、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、びまん性組織球性リンパ腫（ＤＨＬ）、免疫芽球性大細胞型リンパ腫、前駆体Ｂリンパ芽球性リンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＬＣ）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症を伴うリンパ形質細胞性リンパ腫（ＬＰＬ）、骨髄腫、ＩｇＧ骨髄腫、軽鎖骨髄腫、非分泌性骨髄腫、くすぶり型骨髄腫（無症候性骨髄腫）、孤立性形質細胞腫、多発性骨髄腫、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、有毛細胞リンパ腫、ならびに前記がんの任意の組合せからなる群から選択される、請求項６２から６７のいずれか一項に記載の方法。
  69. それを必要とする対象において腫瘍細胞を殺滅する方法であって、請求項１から４０および５９のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、請求項４１に記載の二重特異性抗体、請求項４２に記載の多重特異性抗体、請求項４４から５１のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項５２に記載のベクター、請求項５５もしくは５６に記載のイムノコンジュゲート、または請求項６０もしくは６１に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  70. 腫瘍細胞が、転移性である、請求項６９に記載の方法。
  71. 対象に、追加の抗がん療法を投与することをさらに含む、請求項６２から７０のいずれか一項に記載の方法。
  72. 追加の抗がん療法が、化学療法、免疫療法、外科手術、放射線療法、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項７１に記載の方法。
  73. 追加の抗がん療法が、標準治療法を含む、請求項７１または７２に記載の方法。
  74. 追加の抗がん療法が、チェックポイント阻害剤を含む、請求項７１から７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. 追加の抗がん療法が、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＮＫＧ２Ａ、ＣＤ２７、ＣＤ９６、グルココルチコイドに誘導されるＴＮＦＲ関連タンパク質（ＧＩＴＲ）、およびヘルペスウイルス進入媒介因子（ＨＶＥＭ）、プログラム死－１（ＰＤ－１）、プログラム死リガンド－１（ＰＤ－Ｌ１）、ＣＴＬＡ－４、ＢおよびＴリンパ球減弱因子（ＢＴＬＡ）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン－３（ＴＩＭ－３）、リンパ球活性化遺伝子－３（ＬＡＧ－３）、アデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）、キラー細胞レクチン様受容体Ｇ１（ＫＬＲＧ－１）、ナチュラルキラー細胞受容体２Ｂ４（ＣＤ２４４）、ＣＤ１６０、ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体（ＴＩＧＩＴ）、およびＴ細胞活性化のＶ－ドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）の受容体、ＫＩＲ、ＴＧＦβ、ＩＬ－１０、ＩＬ－８、Ｂ７－Ｈ４、Ｆａｓリガンド、ＣＸＣＲ４、メソテリン、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＤ５２、ＨＥＲ２、ならびにこれらの任意の組合せから選択されるタンパク質と特異的に結合する、抗体またはその抗原結合断片を含む、請求項７１から７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 抗ＰＤ－１抗体が、ニボルマブまたはペンブロリズマブを含む、請求項７５に記載の方法。
  77. 追加の抗がん療法が、ＣＡＲ－Ｔ細胞療法を含む、請求項７１または７２に記載の方法。
  78. 抗体もしくはその抗原結合断片、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、イムノコンジュゲート、または医薬組成物が、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外、胸骨内、局所、表皮、または粘膜に投与される、請求項６２から７７のいずれか一項に記載の方法。
  79. 対象が、ヒトである、請求項６２から７８のいずれか一項に記載の方法。
  80. サンプル中の切断型ヒトＣＤＣＰ１を検出するための方法であって、サンプルを、請求項１から４０および５９のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合断片、請求項４１に記載の二重特異性抗体、請求項４２に記載の多重特異性抗体、請求項５５もしくは５６に記載のイムノコンジュゲート、または請求項６０もしくは６１に記載の医薬組成物と接触させることを含む、方法。
  81. サンプルが、ヒト対象から得られる、請求項８０に記載の方法。
  82. サンプルが、がんサンプルである、請求項８０もしくは８１に記載の方法。
  83. サンプルが、インビトロサンプルである、請求項８０から８２のいずれか一項に記載の方法。
  84. がん薬物候補を特定する方法であって、切断型ヒト補体Ｃ１ｒ／Ｃ１ｓ、Ｕｅｇｆ、Ｂｍｐ１（ＣＵＢ）ドメイン含有タンパク質１（ＣＤＣＰ１）と特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を生成することを含み、抗体またはその抗原結合断片が、切断型ＣＤＣＰ１と優先的に結合する、方法。
  85. 抗体またはその抗原結合断片が、検出可能なレベルで全長ヒトＣＤＣＰ１と結合しない、請求項８４に記載の方法。
  86. 抗体またはその抗原結合断片と、切断型ＣＤＣＰ１または全長ＣＤＣＰ１との間の結合が、Ｏｃｔｅｔ機器（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用してバイオレイヤーインターフェロメトリー分析によって測定される、請求項８４または８５に記載の方法。
  87. 切断型ＣＤＣＰ１が、全長ヒトＣＤＣＰ１から、配列番号２７３に対応する残基Ｋ３６５、Ｒ３６８、および／またはＫ３６９の後でタンパク質分解により切断されることによって生成される、請求項８４から８６のいずれか一項に記載の方法。
  88. 切断型ＣＤＣＰ１が、膜結合複合体を含む、請求項８４から８７のいずれか一項に記載の方法。
  89. 膜結合複合体が、第２の切断型ドメインと会合した第１の切断型ドメインを含む、請求項８８に記載の方法。
  90. （ｉ）第１の切断型ドメインが、配列番号６３に記載されるアミノ酸配列からなり、第２の切断型（ｃｌｅａｖｄ）ドメインが、配列番号６４に記載されるアミノ酸配列からなる、（ｉｉ）第１の切断型ドメインが、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列からなり、第２の切断型ドメインが、配列番号７０に記載されるアミノ酸配列からなる、または（ｉｉｉ）第１の切断型ドメインが、配列番号７４に記載されるアミノ酸配列からなり、第２の切断型ドメインが、配列番号７７に記載されるアミノ酸配列からなる、請求項８９に記載の方法。
  91. 切断型ＣＤＣＰ１が、（ａ）第１の切断型ドメインをコードする第１のポリヌクレオチドおよび第２の切断型ドメインをコードする第２のポリヌクレオチドを含む宿主細胞を培養すること、ならびに（ｂ）切断型ＣＤＣＰ１を単離することによって、生成される、請求項８４から９０のいずれか一項に記載の方法。
  92. 切断型ＣＤＣＰ１タンパク質からなるか、またはそれから本質的になる、単離された抗原。
  93. 切断型ＣＤＣＰ１が、
    （ｉ）それぞれ、配列番号６３および６４、
    （ｉｉ）それぞれ、配列番号６８および７０、または
    （ｉｉｉ）それぞれ、配列番号７４および７７
    に記載されるアミノ酸配列を有する、ＣＤＣＰ１のＮ末端断片およびＣＤＣＰ１のＣ末端断片の複合体である、請求項９２に記載の抗原。
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