JP2022540674A - 抗ｔｒｅｍ－１抗体およびその使用 - Google Patents

抗ｔｒｅｍ－１抗体およびその使用 Download PDF

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Abstract

本明細書において、抗ＴＲＥＭ－１抗体（すなわち、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体）治療に適した対象を特定する方法が提供され、当該方法は、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含む。また本明細書において、抗ＴＲＥＭ－１抗体の有効性を判定する方法も提供され、当該方法は、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含む。標準治療に対するノンレスポンダーを特定する方法、および抗ＴＲＥＭ－１抗体を用いて疾患または障害（例えば、炎症性腸疾患）を治療する方法も開示される。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本ＰＣＴ出願は２０１９年７月１５日に出願された米国仮特許出願第６２／８７４，３１８号明細書の利益を主張するものであり、当該内容は参照により本明細書に組み込まれる。
ＥＦＳ－ＷＥＢを介して電子的に提出された配列表への参照
本出願とともに送付される、ＡＳＣＩＩテキストファイル（名称：３３３８＿１３８００００＿ＳｅｑＬｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ；サイズ：４８６，４９９バイト；作成日：２０１９年７月１４日）の配列表の内容は、その全体で参照により本明細書に組み込まれる。
ＴＲＥＭ－１は、単球、マクロファージおよび好中球で発現される活性化受容体である。その天然リガンドであるｐｅｐｔｉｄｏｇｌｙｃａｎ－ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ １（ＰＧＬＹＲＰ１）に結合することによって、ＴＲＥＭ－１はこれらの細胞の活性化を助け、炎症を誘発するサイトカインや他のメディエーターを産生させる。したがって、ＴＲＥＭ－１のｍＲＮＡやタンパク質の発現は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を含む多くの炎症性疾患において上方制御されており、そしてＴＲＥＭ－ｌ陽性細胞は炎症部位に蓄積し、疾患の重症度と相関している。Ｂｏｕｃｈｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ４１０：１１０３－１１０７（２００１）；ａｎｄ Ｓｃｈｅｎｋ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ １１７：３０９７－３１０６（２００７）を参照のこと。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（例えば、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）およびクローン病（ＣＤ））は、消化管の慢性障害であり、腸管または大腸の炎症を特徴とする。ＩＢＤの症状は様々であるが、一般的に腹部の痙攣、持続性の下痢、および結腸直腸の出血が含まれる。ＩＢＤは消耗性であり、治療を受けないまま放置すると生命を脅かす合併症を発症する場合がある。
ＩＢＤに対する公知の治療法は存在していない。現在の治療選択肢には、薬剤（例えば、抗炎症剤、免疫抑制剤および抗生物質）、栄養補助食品および外科手術が含まれる。そうした治療で、疾患の徴候および症状を低下させることができるが、概して有効性は限定的であり、および／または有害な副作用がある。例えば、Ｍａｒｔｉｎｅｚ－Ｍｏｎｔｉｅｌ，Ｍ．Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ ８：２５７－２６９（２０１５）；Ｃｕｎｌｉｆｆｅ，Ｒ．Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ １６（４）：６４７－６６２（２００２）を参照のこと。さらにＩＢＤは診断が難しく、利用可能な診断方法（例えば、血液検査／糞便検査、Ｘ線、内視鏡（例えば結腸内視鏡検査）および／または組織生検）は多くの場合、非常に侵襲的である。そのためＩＢＤは世界でも大きな医学的課題であり、より安全でより有効性の高い新たな治療選択および／または診断選択に対するニーズが依然として存在する。
本明細書において、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体を用いた治療に適した疾患または障害に罹患する対象を特定する方法が提供される。特定の実施形態では、方法は、対象のサンプル中のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含み、この場合において当該ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、Ｎｉｃｏｔｉｎａｍｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ＮＡＭＰＴ）、ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ／ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ９（ＤＨＲＳ９）、ｃｙｃｌｉｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ １Ａ（ＣＤＫＮ１Ａ）、ＣＤ５２ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（ＣＤ５２）、Ｍｙｏｔｕｂｕｌａｒｉｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ １１（ＭＴＭＲ１１）、ＥＨ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １（ＥＨＤ１）、Ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２７ ｍｅｍｂｅｒ ３（ＳＬＣ２７Ａ３）、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ ２４（ＩＬ２４）、Ｐｉｍ－２ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ（ＰＩＭ２）、ｃｈｉｔｉｎａｓｅ ３ ｌｉｋｅ １（ＣＨＩ３Ｌ１）、Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ６（ＧＡＬＮＴ６）、Ａｃｙｌ－ＣｏＡ ｔｈｉｏｅｓｔｅｒａｓｅ ７（ＡＣＯＴ７）、ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ＳＨ２ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＩＳＨ）、ｆａｍｉｌｙ ｗｉｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ １２９ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＦＡＭ１２９Ａ）、ｐｏｌｏ ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ ３（ＰＬＫ３）、ｍａｊｏｒ ｆａｃｉｌｉｔａｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２（ＭＦＳＤ１２）、ＳｔＡＲ ｒｅｌａｔｅｄ ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ４（ＳＴＡＲＤ４）、Ｃ－ｔｙｐｅ ｌｅｃｔｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ １２ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＣＬＥＣ１２Ａ）、ＣＤ５５ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（Ｃｒｏｍｅｒ ｂｌｏｏｄ ｇｒｏｕｐ）（ＣＤ５５）、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｌａｍｂｄａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １（ＩＦＮＬＲ１）、またはそれらの組み合わせを含む。
一部の実施形態では、方法は、参照と比較してＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの上昇を呈している対象に、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の治療有効用量を投与することをさらに含み、この場合において当該参照は、疾患または障害に罹患していない対象（例えば、健康な対象）を含む。
本明細書において、その必要のある対象において疾患または障害を治療する方法も提供され、当該方法は、当該対象にアンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の治療有効用量を投与することを含み、この場合において当該対象は、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの上昇を呈しており、この場合において当該ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、Ｎｉｃｏｔｉｎａｍｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ＮＡＭＰＴ）、ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ／ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ９（ＤＨＲＳ９）、ｃｙｃｌｉｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ １Ａ（ＣＤＫＮ１Ａ）、ＣＤ５２ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（ＣＤ５２）、Ｍｙｏｔｕｂｕｌａｒｉｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ １１（ＭＴＭＲ１１）、ＥＨ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １（ＥＨＤ１）、Ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２７ ｍｅｍｂｅｒ ３（ＳＬＣ２７Ａ３）、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ ２４（ＩＬ２４）、Ｐｉｍ－２ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ（ＰＩＭ２）、ｃｈｉｔｉｎａｓｅ ３ ｌｉｋｅ １（ＣＨＩ３Ｌ１）、Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ６（ＧＡＬＮＴ６）、Ａｃｙｌ－ＣｏＡ ｔｈｉｏｅｓｔｅｒａｓｅ ７（ＡＣＯＴ７）、ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ＳＨ２ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＩＳＨ）、ｆａｍｉｌｙ ｗｉｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ １２９ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＦＡＭ１２９Ａ）、ｐｏｌｏ ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ ３（ＰＬＫ３）、ｍａｊｏｒ ｆａｃｉｌｉｔａｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２（ＭＦＳＤ１２）、ＳｔＡＲ ｒｅｌａｔｅｄ ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ４（ＳＴＡＲＤ４）、Ｃ－ｔｙｐｅ ｌｅｃｔｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ １２ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＣＬＥＣ１２Ａ）、ＣＤ５５ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（Ｃｒｏｍｅｒ ｂｌｏｏｄ ｇｒｏｕｐ）（ＣＤ５５）、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｌａｍｂｄａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １（ＩＦＮＬＲ１）、またはそれらの組み合わせを含む。
一部の実施形態では、対象は、疾患または障害に対する標準治療で過去に治療され、そして当該治療に応答しなかった。
一部の実施形態では、標準治療は、抗ＴＮＦ－α抗体を含む。特定の実施形態では、抗ＴＮＦ－α抗体は、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、セルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、ゴリムマブ（ＳＩＭＰＯＮＩ（登録商標））、またはそれらの組み合わせを含む。
本開示は、疾患または障害の標準治療に対するノンレスポンダーを特定する方法をさらに提供し、当該方法は、当該標準治療を受けた対象のサンプル中のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含み、この場合において当該対象は、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの上昇を呈しており、およびこの場合において当該ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、Ｎｉｃｏｔｉｎａｍｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ＮＡＭＰＴ）、ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ／ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ９（ＤＨＲＳ９）、ｃｙｃｌｉｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ １Ａ（ＣＤＫＮ１Ａ）、ＣＤ５２ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（ＣＤ５２）、Ｍｙｏｔｕｂｕｌａｒｉｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ １１（ＭＴＭＲ１１）、ＥＨ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １（ＥＨＤ１）、Ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２７ ｍｅｍｂｅｒ ３（ＳＬＣ２７Ａ３）、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ ２４（ＩＬ２４）、Ｐｉｍ－２ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ（ＰＩＭ２）、ｃｈｉｔｉｎａｓｅ ３ ｌｉｋｅ １（ＣＨＩ３Ｌ１）、Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ６（ＧＡＬＮＴ６）、Ａｃｙｌ－ＣｏＡ ｔｈｉｏｅｓｔｅｒａｓｅ ７（ＡＣＯＴ７）、ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ＳＨ２ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＩＳＨ）、ｆａｍｉｌｙ ｗｉｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ １２９ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＦＡＭ１２９Ａ）、ｐｏｌｏ ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ ３（ＰＬＫ３）、ｍａｊｏｒ ｆａｃｉｌｉｔａｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２（ＭＦＳＤ１２）、ＳｔＡＲ ｒｅｌａｔｅｄ ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ４（ＳＴＡＲＤ４）、Ｃ－ｔｙｐｅ ｌｅｃｔｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ １２ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＣＬＥＣ１２Ａ）、ＣＤ５５ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（Ｃｒｏｍｅｒ ｂｌｏｏｄ ｇｒｏｕｐ）（ＣＤ５５）、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｌａｍｂｄａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １（ＩＦＮＬＲ１）、またはそれらの組み合わせを含む。
一部の実施形態では、標準治療は、抗ＴＮＦ－α抗体（例えばインフリキシマブ（登録商標））を含む。
一部の実施形態では、疾患または障害の標準治療に対するノンレスポンダーを特定する方法は、標準治療に対するノンレスポンダーとして特定された対象に、追加の治療剤を投与することをさらに含む。特定の実施形態では、追加の治療剤は、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体（例えば、本明細書に記載される抗体）を含む。
本明細書において、その必要のある対象の疾患または障害の治療における、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の有効性を判定する方法が提供され、当該方法は当該対象にアンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体を投与すること、および当該対象のサンプル中のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含み、この場合において当該対象は、投与後にＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの低下を呈し、この場合において当該ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、Ｎｉｃｏｔｉｎａｍｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ＮＡＭＰＴ）、ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ／ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ９（ＤＨＲＳ９）、ｃｙｃｌｉｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ １Ａ（ＣＤＫＮ１Ａ）、ＣＤ５２ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（ＣＤ５２）、Ｍｙｏｔｕｂｕｌａｒｉｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ １１（ＭＴＭＲ１１）、ＥＨ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １（ＥＨＤ１）、Ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２７ ｍｅｍｂｅｒ ３（ＳＬＣ２７Ａ３）、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ ２４（ＩＬ２４）、Ｐｉｍ－２ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ（ＰＩＭ２）、ｃｈｉｔｉｎａｓｅ ３ ｌｉｋｅ １（ＣＨＩ３Ｌ１）、Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ６（ＧＡＬＮＴ６）、Ａｃｙｌ－ＣｏＡ ｔｈｉｏｅｓｔｅｒａｓｅ ７（ＡＣＯＴ７）、ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ＳＨ２ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＩＳＨ）、ｆａｍｉｌｙ ｗｉｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ １２９ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＦＡＭ１２９Ａ）、ｐｏｌｏ ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ ３（ＰＬＫ３）、ｍａｊｏｒ ｆａｃｉｌｉｔａｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２（ＭＦＳＤ１２）、ＳｔＡＲ ｒｅｌａｔｅｄ ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ４（ＳＴＡＲＤ４）、Ｃ－ｔｙｐｅ ｌｅｃｔｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ １２ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＣＬＥＣ１２Ａ）、ＣＤ５５ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（Ｃｒｏｍｅｒ ｂｌｏｏｄ ｇｒｏｕｐ）（ＣＤ５５）、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｌａｍｂｄａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １（ＩＦＮＬＲ１）、またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、対象は、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体治療が継続される。
一部の実施形態では、本明細書に開示される方法のいずれかは、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの測定および／もしくはアンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与の前、同時、または後に、基準Ｍａｙｏスコア（Ｂａｓｅｌｉｎｅ Ｍａｙｏ ｓｃｏｒｅ）、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア（Ｇｒａｄｅ ２Ｂ Ｌａｍｉｎａ Ｐｒｏｐｒｉａ Ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ Ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ ｓｃｏｒｅ）、および便中カルプロテクチンレベル（ｆｅｃａｌ ｃａｌｐｒｏｔｅｃｔｉｎ ｌｅｖｅｌ）のうちの一つ以上のスコアを測定することをさらに含む。
一部の実施形態では、対象（本明細書に開示される方法のいずれかに適用される）は、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与の前に、基準Ｍａｙｏスコアの増加、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアの増加、および便中カルプロテクチンレベルの増加のうちの一つ以上を呈する。
一部の実施形態では、対象は、参照と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上の基準Ｍａｙｏスコアの増加を呈する。
一部の実施形態では、対象は、投与前に、約６、７、８、９、１０、１１、または１２より大きい基準Ｍａｙｏスコアを呈する。
一部の実施形態では、対象は、参照と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアの増加を呈する。
一部の実施形態では、対象は、約０、約０．１、約０．２、または約０．３より大きいグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアを呈する。
一部の実施形態では、対象は、参照と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上の便中カルプロテクチンレベルの増加を呈する。
一部の実施形態では、対象は、約１．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．０ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約３．０ｌｏｇ１０よりも大きい、または約３．５ｌｏｇ１０よりも大きい便中カルプロテクチンレベル（μｇ／ｇ便）を呈する。
一部の実施形態では、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体（例えば、本明細書に記載される抗体）の投与は、対象においてＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現を低下させる。
一部の実施形態では、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与は、対象の基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルを低下させる。特定の実施形態では、基準Ｍａｙｏスコアは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。一部の実施形態では、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。さらなる実施形態では、便中カルプロテクチンレベルは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。
一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルは、ＴＲＥＭ－１の天然リガンドの存在下で増加するが、アゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の存在下では増加しない。
一部の実施形態では、サンプルは、組織、血液、血清、血漿、唾液、尿、またはそれらの組み合わせを含む。
一部の実施形態では、疾患または障害（本明細書に開示される方法のいずれかに適用される）は、脱顆粒の増加、活性酸素種の生成、および／または好中球による炎症促進性サイトカインの放出と関連する。一部の実施形態では、疾患または障害は、単球の活性化、および／または単球による炎症性のサイトカインおよびケモカインの産生の増加と関連する。特定の実施形態では、疾患または障害は、低酸素症と関連している。さらなる実施形態では、疾患または障害は、細胞表面のＴＲＥＭ－１タンパク質発現の増加、および／または可溶性ＴＲＥＭ－１タンパク質のレベルの増加と関連する。
一部の実施形態では、疾患または障害（本明細書に開示される方法のいずれかに適用される）は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、過敏性腸症候群、関節リウマチ（ＲＡ）、乾癬、乾癬性関節炎、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、ループス腎炎、血管炎、敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、Ｉ型糖尿病、グレーブス病、多発性硬化症（ＭＳ）、自己免疫性心筋炎、川崎病、冠動脈疾患、慢性閉塞性肺疾患、間質性肺疾患、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、全身性硬化症、変形性関節症、アトピー性皮膚炎、白斑、移植片対宿主病、シェーグレン症候群、自己免疫性腎炎、グッドパスチャー症候群、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害、アレルギー、喘息、急性炎症もしくは慢性炎症のいずれかの結果である他の自己免疫性疾患、慢性腎臓病、またはそれらの組み合わせを含む。特定の実施形態では、疾患または障害は、炎症性腸疾患である。一部の実施形態では、炎症性腸疾患は、クローン病および潰瘍性大腸炎を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体（例えば、本明細書に開示される抗体）は、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において重鎖ＣＤＲ３は、ＤＭＧＩＲＲＱＦＡＹ（配列番号１９）、または一つもしくは二つの置換を除くＤＭＧＩＲＲＱＦＡＹ（配列番号１９）を含む。特定の実施形態では、重鎖ＣＤＲ３は、ＤＱＧＩＲＲＱＦＡＹ（配列番号７２）を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において重鎖ＣＤＲ２は、ＲＩＲＴＫＳＳＮＹＡＴＹＹＡＡＳＶＫＧ（配列番号１８）、または一つもしくは二つの置換を除くＲＩＲＴＫＳＳＮＹＡＴＹＹＡＡＳＶＫＧ（配列番号１８）を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において重鎖ＣＤＲ１は、ＴＹＡＭＨ（配列番号１７）、または一つもしくは二つの置換を除くＴＹＡＭＨ（配列番号１７）を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において軽鎖ＣＤＲ１は、ＲＡＳＱＳＶＤＴＦＤＹＳＦＬＨ（配列番号２４）、または一つもしくは二つの置換を除くＲＡＳＱＳＶＤＴＦＤＹＳＦＬＨ（配列番号２４）を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において軽鎖ＣＤＲ２は、ＲＡＳＮＬＥＳ（配列番号２１）、または一つもしくは二つの置換を除くＲＡＳＮＬＥＳ（配列番号２１）を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において軽鎖ＣＤＲ３は、ＱＱＳＮＱＤＰＹＴ（配列番号２５）、または一つもしくは二つの置換を除くＱＱＳＮＱＤＰＹＴ（配列番号２５）を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、この場合においてＶＨは、配列番号１５または２６～２９と記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号２３と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）を含み、この場合においてＨＣは、配列番号３０、３１、３２または３３と記載されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＬＣは、配列番号３４と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において、（ａ）重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６１、６２および６３と記載されるアミノ酸配列を含み、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６４、６５および６６と記載されるアミノ酸配列を含む、（ｂ）重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６７、６８および６９と記載されるアミノ酸配列を含み、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７０、７１および７２と記載されるアミノ酸配列を含む、（ｃ）重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６７、６８および６９と記載されるアミノ酸配列を含み、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６４、６５および７３と記載されるアミノ酸配列を含む、（ｄ）重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７４、７５および７６と記載されるアミノ酸配列を含み、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７０、７７および７８と記載されるアミノ酸配列を含む、（ｅ）重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７９、８０および８１と記載されるアミノ酸配列を含み、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７０、７１および７２と記載されるアミノ酸配列を含む、（ｆ）重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号１５９、１６０および１６１と記載されるアミノ酸配列を含み、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７０、７１および１６２と記載されるアミノ酸配列を含む、または（ｇ）重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号１５９、１６０および１６１と記載されるアミノ酸配列を含み、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７０、７１および１３３と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載される方法に使用される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、この場合においてＶＨは、配列番号５３、５５、５８、６０または１５３と記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５４、５６、５７、５９、１５４または１５５と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖（ＨＣ）定常領域および軽鎖（ＬＣ）定常領域を含み、この場合においてＨＣ定常領域は、配列番号４８、配列番号４７、配列番号１１または配列番号１２と記載されるアミノ酸配列をさらに含む。特定の実施形態では、ＬＣ定常領域は、配列番号３５と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において（ａ）重鎖ＣＤＲ１は、配列番号１３のアミノ酸３１～３５（ＴＹＡＭＨ）を含み、（ｂ）重鎖ＣＤＲ２は、配列番号１３のアミノ酸５０～６８（ＲＩＲＴＫＳＳＮＹＡＴＹＹＡＡＳＶＫＧ）を含み、（ｃ）重鎖ＣＤＲ３は、配列番号１３のアミノ酸１０１～１１０（ＤＭＧＱＲＲＱＦＡＹ）を含み、（ｄ）軽鎖ＣＤＲ１は、配列番号１４のアミノ酸２４～３８（ＲＡＳＥＳＶＤＴＦＤＹＳＦＬＨ）を含み、（ｅ）軽鎖ＣＤＲ２は、配列番号１４のアミノ酸５４～６０（ＲＡＳＮＬＥＳ）を含み、および／または（ｆ）軽鎖ＣＤＲ３は、配列番号１４のアミノ酸９３～１０１（ＱＱＳＮＥＤＰＹＴ）を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、この場合においてＶＨは、配列番号１３のアミノ酸１～１２１を含み、およびＶＬは、配列番号１４のアミノ酸１～１１１を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）を含み、この場合においてＨＣは、配列番号１３と記載されるアミノ酸配列を含み、およびＬＣは、配列番号１４と記載されるアミノ酸配列を含む。
図１Ａ～１Ｄは、ｐｅｐｔｉｄｏｇｌｙｃａｎ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｐｒｏｔｅｉｎ－１（ＰＧＬＹＲＰ１）および／またはペプチドグリカン（ＰＧＮ）を用いた刺激後のヒト単球によるＴＮＦ－αの産生の比較を提供する。異なる刺激条件は以下のとおり：（ｉ）刺激なし（Ｕｎｓｔｉｍ）、（ｉｉ）ＰＧＬＹＲＰ１単独（ＰＧＲＰ）、（ｉｉｉ）ＰＧＮ単独（ＰＧＮ）、および（ｉｖ）ＰＧＬＹＲＰ１およびＰＧＮの両方（ＰＧＲＰ＋ＰＧＮ）。図１Ａ、１Ｂおよび１Ｃにおいて、ＰＧＮは、黄色ブドウ球菌（ＰＧＮ－ＳＡ）、大腸菌（ＰＧＮ－ＥＫ）、および枯草菌（ＰＧＮ－ＢＳ）にそれぞれ由来する。図１Ｄでは、Ｔｏｌｌ様受容体２（ＴＬＲ２）結合を欠いたＰＧＮ（ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ）を使用して、単球を刺激した。図１Ａ～１Ｄにおいて、ＴＮＦ－αの値は、平均±ｓ．ｅ．ｍ．として提示されている。 同上。 同上。 同上。
図２は、六つの異なる条件下での２４時間の刺激後、すべての単球サンプルの関連性を示す主成分分析の図を提示する。刺激条件は以下のとおりであった：（ｉ）刺激なし（四角）、（ｉｉ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ単独（ＰＧＮ－ＥＣ、丸）、（ｉｉｉ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１（ＰＧＮ＋ＰＧＲＰ、三角形）、（ｉｖ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１＋アイソタイプ抗体（ＰＧＮ＋ＰＧＲＰ＋アイソタイプ、十字）、（ｖ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１＋抗ＴＲＥＭ１ブロッキング抗体（ＰＧＮ＋ＰＧＲＰ＋Ｔｒｅｍ１、星）、および（ｖｉ）ＰＧＬＹＲＰ１単独（ＰＬ、菱形）。
図３は、ＴＲＥＭ－１シグナル伝達経路に対するＴＲＥＭ－１リガンド刺激を行った後に誘導された遺伝子の特異性を示す散布図を提示する。ｘ軸は、ＰＧＬＹＲＰ１＋ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓとＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ（「Ｐ＋Ｌ ｖｓ Ｐ」）を比較した、これらを用いて刺激した後の遺伝子発現におけるｌｏｇ２の倍率変化を示す。ｙ軸は、抗ＴＲＥＭ－１抗体とアイソタイプ対照（「Ｐ＋Ｌ＋ａＴＲＥＭ ｖｓ Ｐ＋Ｌ＋ｉｓｏ」）を比較した、これらを用いた抗ＴＲＥＭ－１阻害の後の遺伝子発現におけるｌｏｇ２の倍率変化を示す。対角線は、同じ分布を持つ集団に由来する場合に点が収束する場所を示す参照線を表す。ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ単独（Ｐ）と比較して、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ ＋ ＰＧＬＹＲＰ１（Ｐ＋Ｌ）の処置後に発現が増加した遺伝子を、暗灰色で示す。ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１＋アイソタイプ抗体対照（Ｐ＋Ｌ＋Ｉｓｏ）と比較した、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１＋抗ＴＲＥＭ１ブロッキング抗体（Ｐ＋Ｌ＋ａＴＲＥＭ）を用いた治療後に発現が低下した遺伝子を、明灰色で示す。
図４Ａおよび４Ｂは、異なる刺激条件下で培養された好中球の関連性を示す主成分分析の図を提示する。図４Ａおよび４Ｂの両方に対する刺激条件は以下のとおりであった：（ｉ）刺激なし（四角）、（ｉｉ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ単独（ＰＧＮ－ＥＣ、丸）、（ｉｉｉ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１（ＰＧＮ＋ＰＧＲＰ、三角形）、（ｉｖ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１＋アイソタイプ対照抗体（ＰＧＮ＋ＰＧＲＰ＋アイソタイプ、十字）、（ｖ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１＋抗ＴＲＥＭ１ブロッキング抗体（ＰＧＮ＋ＰＧＲＰ＋Ｔｒｅｍ１、星）、および（ｖｉ）ＰＧＬＹＲＰ１単独（ＰＬ、菱形）。図４Ａは、６時間の刺激後の結果を提示する。図４Ｂは、以下の四つの異なるドナーからの結果を提示する：Ｄ２４９（四角）、Ｄ２５４（丸）、Ｄ２７４（三角）、およびＤ２９９（菱形）。 同上。
図５は、異なるＴＲＥＭ－１アゴニストで刺激された単球における、遺伝子発現プロファイルの重複の比較を提示する。図５は、アゴニスト性抗ＴＲＥＭ１抗体のＭＡＢ１２７８のｌｏｇ２の倍率変化（ａｇＴＲＥＭ１とアイソタイプ抗体の比較）に対して、ＴＲＥＭ－１天然リガンド（ＰＧＬＹＲＰ１ ＋ ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓとＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ単独の比較、ｘ軸）のｌｏｇ２の倍率変化を比較する散布図を示す。暗灰色の点は、ＴＲＥＭ－１天然リガンドによる刺激後に発現レベルが変化した遺伝子を表す。明灰色の点は、アゴニスト性抗ＴＲＥＭ１抗体による刺激後に発現レベルが変化した遺伝子を表す。黒色の線は、ＴＲＥＭ－１アゴニストの各々に関し、発現レベルが変化した遺伝子の線形回帰を表す。
図６Ａ～６Ｆは、ＴＲＥＭ－１刺激後に単球により産生されるサイトカインレベルの比較を提示する。ＴＲＥＭ－１発現単球は、ＰＧＮ単独（ＰＧＮ）、またはＰＧＬＹＲＰ１と組み合わされたＰＧＮ（ＰＧＲＰ＋ＰＧＮ）により刺激された。無刺激単球（Ｕｎｓｔｉｍ）は、陰性対照として使用された。産生されたサイトカインがＴＲＥＭ－１活性化に特異的であったことを確認するために、単球の一部を、アンタゴニスト抗ＴＲＥＭ－１抗体と組み合わされたＰＧＮおよびＰＧＬＹＲＰ１（ＰＧＲＰ＋ＰＧＮ＋抗ＴＲＥＭ１）により刺激した。図６Ａ、６Ｂおよび６Ｃは、それぞれ単球により産生されるＣＣＬ２０、ＩＬ－１β、およびＩＬ－１２ｐ４０のタンパク質レベルを示す。図６Ｄ、６Ｅおよび６Ｆは、それぞれＣＣＬ２０、ＩＬ－１β、およびＩＬ－２３βの遺伝子発現レベルを示す。図６Ｄ－６Ｆにおいて、遺伝子発現レベルは、刺激なし単球における発現レベルと比較した倍率増加として示されている。データは、平均±ｓ．ｅ．ｍ．として示されている。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。
図７は、潰瘍性大腸炎患者に由来する病変（ＤＩＳ）または非病変（ＮＯＲ）の結腸生検における、ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャープロファイル（ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｐｒｏｆｉｌｅ）の図を示す。ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャープロファイルは、ｓｓＧＳＥＡスコアとして示されており、このスコアは、ＴＲＥＭ－１モジュール内のすべての遺伝子に対する集合的発現強化を要約するランクを基にしたスコアである。実施例２を参照のこと。潰瘍性大腸炎患者は、抗ＩＰ１０抗体の有効性を評価する第ＩＩ相臨床試験（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子ＮＣＴ００６５６８９０）からの患者である。データは、個別に、および平均±ｓ．ｅ．ｍ．として示される。箱ひげ図の高さは、中心のメジアンと併せて、２５％および７５％の分位点を表している。
図８は、潰瘍性大腸炎患者に由来する病変（ＤＩＳ）または非病変（ＮＯＲ）の結腸生検における、ＴＲＥＭ－１遺伝子のシグネチャープロファイルとＴＲＥＭ－１ ｍＲＮＡの発現レベルとの間の相関を示す。ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャープロファイルは、ｓｓＧＳＥＡスコアとして示されており、このスコアは、ＴＲＥＭ－１モジュール内のすべての遺伝子に対する集合的発現強化を要約するランクを基にしたスコアである。実施例２を参照のこと。ＴＲＥＭ－１ ｍＲＮＡの発現レベルはＸ軸上に表示され、ＴＲＥＭ－１シグネチャースコア（単球からのＴＲＥＭ １８０遺伝子モジュールに基づく。実施例２を参照のこと）は、Ｙ軸上に示される。対角線は、最良適合の線形回帰を表す。
図９は、過去に標準治療（すなわち抗ＴＮＦ治療または経口コルチコステロイドの使用）を受けた、または受けていない潰瘍性大腸炎の患者におけるＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャープロファイルを示す。データは、抗ＩＰ１０抗体の有効性を評価する第ＩＩ相臨床試験（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ 識別子ＮＣＴ００６５６８９０）の潰瘍性大腸炎の患者の結腸生検から導かれた。抗ＴＮＦ療法の既往歴がある患者は、ノンレスポンダー／効果不十分な患者（ｉｎａｄｅｑｕａｔｅ ｒｅｓｐｏｎｄｅｒ）（抗ＴＮＦ ＩＲ／ＮＲ）とみなされた。抗ＴＮＦの記録のない患者は、抗ＴＮＦ未感作とみなされた（抗ＴＮＦ未感作）。抗ＴＮＦ治療群のそれぞれにおいて、経口コルチコステロイドを投与された患者（「１」、「あり」）、経口コルチコステロイドを投与されていない患者（「２」、「なし」）が示されている。ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャープロファイルは、ｓｓＧＳＥＡスコアとして示されている。
図１０は、インフリキシマブを用いた治療後の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）またはクローン病（ＣＤ）の患者におけるＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャープロファイルを示す。データは、非炎症性腸疾患の結腸生検と比較した、基準時およびインフリキシマブ治療から４～６週後の炎症性腸疾患の患者からの結腸生検の公開データセット（ＧＳＥ１６８７９）から導かれた。各患者について、ｓｓＧＳＥＡスコアが計算された。このスコアは、ＴＲＥＭ－１モジュールのすべての遺伝子に対する集合的発現強化を要約するランクを基にしたスコアである（ｙ軸に示される）。ＵＣ群およびＣＤ群の両方において、患者は、インフリキシマブのレスポンダー（ＴＮＦレスポンダー）またはノンレスポンダー（ＴＮＦノンレスポンダー）のいずれかとして分類された。次に、治療前（明灰色）および治療後（暗灰色）の患者のｓｓＧＳＥＡスコアを示す。データは、個別に、および平均±ｓ．ｅ．ｍ．として示される。箱ひげ図の高さは、中心のメジアンと併せて、２５％および７５％の分位点を表している。
図１１Ａおよび１１Ｂは、異なるＵＣ患者間の潰瘍性大腸炎（ＵＣ）特異的ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャープロファイルを示す。３８個の異なる遺伝子を含む、ＵＣ特異的ＴＲＥＭ－１シグネチャーを生成するために使用された基準を、実施例７に提示する。図１１Ａは、異なるＵＣ患者に由来する病変部位の生検中のＵＣ特異的ＴＲＥＭ－１シグネチャー内の個々の遺伝子それぞれの発現パターンを示すヒートマップである。Ｙ軸は個々の遺伝子を示し、ｘ軸は各患者を示す。基準Ｐａｒｔｉａｌ ＭａｙｏスコアおよびＧｅｂｏｅｓグローバルＪＳスコアの両方を、各患者について提示する。括弧は、患者遺伝子の階層的クラスタリングと、３８個の遺伝子の発現様式に基づき患者をどのように一緒にクラスター化するかについて示す。図１１Ｂは、ＵＣ患者間のＵＣ－特異的ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャースコア（ｘ軸に示す）の分布に関するヒストグラムプロットを提示する。黒色の線は、最良適合曲線を表す。 同上。
図１２Ａ～１２Ｃは、ＴＲＥＭ－１シグネチャースコアと、潰瘍性大腸炎で提唱されている様々なサロゲートバイオマーカーとの間の関連性を示す。図１２Ａは、患者の基準Ｍａｙｏスコア（ｘ軸）に対する、ＵＣ特異的ＴＲＥＭ－１シグネチャースコア（ｙ軸）の比較を示す。図１２Ｂは、Ｇｅｂｏｅｓグレード２Ｂ：粘膜固有層（ＬＰ）好中球浸潤（Ｇｅｂｏｅｓグレード化システムの一つの測定法）スコア（ｘ軸）と比較した、ＴＲＥＭ－１シグネチャースコア（ｙ軸）を示す。ＬＰ好中球浸潤スコアについては、示されるスコアは以下のとおりである：０．０－増加なし、０．１－軽度であるが明白な増加、０．２－中等度の増加、０．３－顕著な増加。図１２Ｃは、便中カルプロテクチンレベル（ｌｏｇ１０として示される、ｘ軸）と比較した、ＴＲＥＭ－１シグネチャースコア（ｙ軸）を示す。図１２Ａおよび１２Ｃにおいて、対角線は、最良適合の線形回帰を表す。 同上。 同上。
Ｉ．定義
本明細書がより理解され易いように、特定の用語について最初に定義する。追加の定義は、詳細な記述の全体を通して記載される。
「ａ」または「ａｎ」の実体という用語は、当該実体のうちの一つ以上を指すことに留意されたい。例えば、「ａ ｎｕｃｌｅｏｒｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ」は、一つ以上のヌクレオチド配列を表すと理解される。したがって、「ａ」（または「ａｎ」）、「一つ以上」、および「少なくとも一つ」という用語は、本明細書では相互交換可能に使用され得る。
さらに、「および／または」は、本明細書で使用される場合、その他を伴うか否かに関わらず、二つの指定された特性または構成要素のそれぞれについての具体的な開示としとして捉えられる。ゆえに本明細書において、「Ａおよび／またはＢ」などの文言中で使用される場合、「および／または」という用語は、「ＡおよびＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単独）、および「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」などの文言中で使用される場合、「および／または」という用語は、以下の態様の各々を包含することが意図される：Ａ、Ｂ、およびＣ；Ａ、Ｂ、またはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；ＡおよびＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；ならびにＣ（単独）。
本明細書において、態様が「含む」という文言で記述されている場合は、「～からなる」および／または「本質的に～からなる」として記述される他の類似した態様も提供されることを理解されたい。
別段の規定がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本開示が関連する分野の当業者によって普遍的に理解される意味と同じ意味を有する。例えば、Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｕｏ，Ｐｅｉ－Ｓｈｏｗ，２ｎｄ ｅｄ．，２００２，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ；Ｔｈｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ ｅｄ．，１９９９，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；およびｔｈｅ Ｏｘｆｏｒｄ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ Ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｒｅｖｉｓｅｄ，２０００，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓは、本開示で使用される用語の多くに関する辞書を当業者に提供する。
単位、接頭辞、および記号は、Ｓｙｓｔｅｍｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｄｅ Ｕｎｉｔｅｓ（ＳＩ）で許容される形式で示される。数値範囲は、その範囲を規定する数字を含む。別段の示唆が無い限り、ヌクレオチド配列は、５’から３’の方向に左から右に記載される。アミノ酸配列は、アミノからカルボキシの方向に、左から右に記載される。本明細書に提供される見出しは、本開示の様々な態様の限定ではなく、全体としての本明細書に対する参照によりつけられ得たものである。したがって以下に定義される用語は、その全体で本明細書を参照することによって、より完全に定義される。
「約」という用語は、本明細書において、領域の大体、概略、またはおよそを意味するために使用される。「約」という用語が数値的な範囲と併せて使用されるとき、当該用語は、当該範囲を、記載される数値よりも上および下に境界を拡張することにより修正する。概して、「約」という用語は、例えば、１０％の上下（高低）の分散により、表示される値の上下の数値を修正し得る。
「ｔｒｉｇｇｅｒｉｎｇ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｏｎ ｍｙｅｌｏｉｄ ｃｅｌｌｓ １」（ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭ－１、およびＣＤ３５４としても知られる）という用語は、単球、マクロファージおよび好中球上で発現される受容体を指す。ＴＲＥＭ－１の主要なリガンドとしては、ｐｅｐｔｉｄｏｇｌｙｃａｎ－ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ １（ＰＧＬＹＲＰ１）が挙げられ、ＰＧＬＹＲＰ１はペプチドグリカン（ＰＧＮ）結合タンパク質（ＰＧＲＰ）のファミリーに属している。活性化されると、ＴＲＥＭ－１は、ＩＴＡＭ含有シグナル伝達アダプタータンパク質であるＤＡＰ１２と会合する。下流シグナル伝達には、ＮＦＡＴ転写因子の活性化が含まれ、炎症促進性サイトカインの産生が上方制御され得る。本明細書で使用される場合、「ＴＲＥＭ－１」という用語には、ＴＲＥＭ－１の任意のバリアントまたはアイソフォームが含まれる。
ヒトＴＲＥＭ－１は三つのアイソフォームが特定されている。アイソフォーム１（アクセッション番号ＮＰ＿０６１１１３．１、配列番号１）は、２３４個のアミノ酸からなり、標準配列である。アイソフォーム２（アクセッション番号ＮＰ＿００１２２９５１８．１、配列番号２）は、２２５個のアミノ酸からなり、アミノ酸残基の２０１～２３４で標準配列と異なっている。当該アミノ酸残基は、膜貫通ドメインの一部と細胞質ドメインをコードしている。アイソフォーム３（アクセッションＮＰ＿００１２２９５１９、配列番号３）は、１５０個のアミノ酸からなり、可溶性である。アミノ酸残基の１５１－２３４を欠いており、その部分は、膜貫通ドメイン、細胞質ドメイン、および細胞外ドメインの一部をコードする。またアミノ酸残基の１３８－１５０も、上述の標準配列と異なっている。
以下は、三つの公知のヒトＴＲＥＭ－１アイソフォームのアミノ酸配列である。
（Ａ）ヒトＴＲＥＭ－１アイソフォーム１（アクセッション番号ＮＰ＿０６１１１３．１、配列番号１、アクセッション番号ＮＭ＿０１８６４３、配列番号４のヌクレオチド配列によりコードされる）：
ＭＲＫＴＲＬＷＧＬＬＷＭＬＦＶＳＥＬＲＡＡＴＫＬＴＥＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬＤＶＫＣＤＹＴＬＥＫＦＡＳＳＱＫＡＷＱＩＩＲＤＧＥＭＰＫＴＬＡＣＴＥＲＰＳＫＮＳＨＰＶＱＶＧＲＩＩＬＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭＶＮＬＱＶＥＤＳＧＬＹＱＣＶＩＹＱＰＰＫＥＰＨＭＬＦＤＲＩＲＬＶＶＴＫＧＦＳＧＴＰＧＳＮＥＮＳＴＱＮＶＹＫＩＰＰＴＴＴＫＡＬＣＰＬＹＴＳＰＲＴＶＴＱＡＰＰＫＳＴＡＤＶＳＴＰＤＳＥＩＮＬＴＮＶＴＤＩＩＲＶＰＶＦＮＩＶＩＬＬＡＧＧＦＬＳＫＳＬＶＦＳＶＬＦＡＶＴＬＲＳＦＶＰ（下線部分はシグナル配列）；
（Ｂ）ヒトＴＲＥＭ－１アイソフォーム２（アクセッション番号ＮＰ＿００１２２９５１８．１、配列番号２、アクセッション番号ＮＭ＿００１２４２５８９、配列番号５のヌクレオチド配列によりコードされる）：
ＭＲＫＴＲＬＷＧＬＬＷＭＬＦＶＳＥＬＲＡＡＴＫＬＴＥＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬＤＶＫＣＤＹＴＬＥＫＦＡＳＳＱＫＡＷＱＩＩＲＤＧＥＭＰＫＴＬＡＣＴＥＲＰＳＫＮＳＨＰＶＱＶＧＲＩＩＬＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭＶＮＬＱＶＥＤＳＧＬＹＱＣＶＩＹＱＰＰＫＥＰＨＭＬＦＤＲＩＲＬＶＶＴＫＧＦＳＧＴＰＧＳＮＥＮＳＴＱＮＶＹＫＩＰＰＴＴＴＫＡＬＣＰＬＹＴＳＰＲＴＶＴＱＡＰＰＫＳＴＡＤＶＳＴＰＤＳＥＩＮＬＴＮＶＴＤＩＩＲＹＳＦＱＶＰＧＰＬＶＷＴＬＳＰＬＦＰＳＬＣＡＥＲＭ（下線部分はシグナル配列）；
（Ｃ）ヒトＴＲＥＭ－１アイソフォーム３（アクセッション番号ＮＰ＿００１２２９５１９、配列番号３、アクセッション番号ＮＭ＿００１２４２５９０、配列番号６のヌクレオチド配列によりコードされる）：
ＭＲＫＴＲＬＷＧＬＬＷＭＬＦＶＳＥＬＲＡＡＴＫＬＴＥＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬＤＶＫＣＤＹＴＬＥＫＦＡＳＳＱＫＡＷＱＩＩＲＤＧＥＭＰＫＴＬＡＣＴＥＲＰＳＫＮＳＨＰＶＱＶＧＲＩＩＬＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭＶＮＬＱＶＥＤＳＧＬＹＱＣＶＩＹＱＰＰＫＥＰＨＭＬＦＤＲＩＲＬＶＶＴＫＧＦＲＣＳＴＬＳＦＳＷＬＶＤＳ（下線部分はシグナル配列）。
カニクイザルＴＲＥＭ－１タンパク質（アクセッション番号ＸＰ＿００１０８２５１７、配列番号７）は、以下のアミノ酸配列を有すると予測される：
ＭＲＫＴＲＬＷＧＬＬＷＭＬＦＶＳＥＬＲＡＴＴＥＬＴＥＥＫＹＥＹＫＥＧＱＴＬＥＶＫＣＤＹＡＬＥＫＹＡＮＳＲＫＡＷＱＫＭＥＧＫＭＰＫＩＬＡＫＴＥＲＰＳＥＮＳＨＰＶＱＶＧＲＩＴＬＥＤＹＰＤＨＧＬＬＱＶＱＭＴＮＬＱＶＥＤＳＧＬＹＱＣＶＩＹＱＨＰＫＥＳＨＶＬＦＮＰＩＣＬＶＶＴＫＧＳＳＧＴＰＧＳＳＥＮＳＴＱＮＶＹＲＴＰＳＴＴＡＫＡＬＧＰＲＹＴＳＰＲＴＶＴＱＡＰＰＥＳＴＶＶＶＳＴＰＧＳＥＩＮＬＴＮＶＴＤＩＩＲＶＰＶＦＮＩＶＩＩＶＡＧＧＦＬＳＫＳＬＶＦＳＶＬＦＡＶＴＬＲＳＦＧＰ（下線部分はシグナル配列）。
本明細書で使用される場合、「ｐｅｐｔｉｄｏｇｌｙｃａｎ－ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ １」および「ＰＧＬＹＲＰ１」という用語は、ＴＲＥＭ－１タンパク質の天然リガンドを指す。ＰＧＬＹＲＰ１は高度に保存されており、シグナルペプチドとペプチドグリカン結合ドメインからなる１９６アミノ酸の長さのタンパク質であり、好中球で発現され、好中球の活性化で放出される。ＰＧＬＹＲＰ１（アクセッション番号ＮＰ＿００５０８２．１、配列番号８）のアミノ酸配列を以下に示す：
ＭＳＲＲＳＭＬＬＡＷＡＬＰＳＬＬＲＬＧＡＡＱＥＴＥＤＰＡＣＣＳＰＩＶＰＲＮＥＷＫＡＬＡＳＥＣＡＱＨＬＳＬＰＬＲＹＶＶＶＳＨＴＡＧＳＳＣＮＴＰＡＳＣＱＱＱＡＲＮＶＱＨＹＨＭＫＴＬＧＷＣＤＶＧＹＮＦＬＩＧＥＤＧＬＶＹＥＧＲＧＷＮＦＴＧＡＨＳＧＨＬＷＮＰＭＳＩＧＩＳＦＭＧＮＹＭＤＲＶＰＴＰＱＡＩＲＡＡＱＧＬＬＡＣＧＶＡＱＧＡＬＲＳＮＹＶＬＫＧＨＲＤＶＱＲＴＬＳＰＧＮＱＬＹＨＬＩＱＮＷＰＨＹＲＳＰ（下線部分はシグナル配列）。
本明細書で使用される場合、「炎症性腸疾患」または「ＩＢＤ」という用語は、腸管および／または結腸を炎症状態にさせる障害の群を指し、概して限定されないが、腹部の痙攣および疼痛、下痢、体重減少、ならびに腸管出血を含む症状を呈する。ＩＢＤの主要な型は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）とクローン病（ＣＤ）である。
「潰瘍性大腸炎」は、血性下痢を特徴とする、大腸および直腸の慢性で発作性の炎症性疾患である。潰瘍性大腸炎は、結腸粘膜における慢性炎症を特徴とし、位置に応じて分類することができる。「直腸炎」は直腸のみが関与し、「直腸Ｓ状結腸炎」は直腸とＳ状結腸が影響を受け、「左側大腸炎」は、大腸の左側全体を包含し、「全結腸炎」は、結腸全体で炎症が発生する。
「クローン病」（「限局性腸炎」とも呼ばれる）は慢性自己免疫性疾患であり、消化管のいずれか一部が影響を受け得るが、最も多くは、回腸（小腸と大腸が交わる領域）に発生する。クローン病は、潰瘍性大腸炎とは対照的に、腸壁のすべての層に拡がる慢性炎症を特徴とし、腸間膜ならびに局所リンパ節も含まれる。小腸または結腸が関与するかにかかわらず、基本的な病態プロセスは同じである。
対象のＩＢＤの重症度は、当分野に公知の様々な方法に基づき判定することができ、概して、患者の特徴の組み合わせに依存する。そのような方法の非限定的な例としては、疾患活動性指数（ＤＡＩ：ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎｄｅｘ）／Ｍａｙｏスコア、Ｇｅｂｏｅｓスコア、Ｔｒｕｅｌｏｖｅ ＆ Ｗｉｔｔｓの重症度指数、Ｓｔ Ｍａｒｋの指数、臨床的活動指数（ＣＡＩ：Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ）、活動指数（ＡＩ：Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ）、簡易臨床的大腸炎指数（ＳＣＣＡＩ：Ｓｉｍｐｌｅ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｏｌｉｔｉｓ Ｉｎｄｅｘ）、潰瘍性大腸炎臨床スコア（ＵＣＣＳ：Ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ Ｃｏｌｉｔｉｓ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｓｃｏｒｅ）、クローン病活動指数（ＣＤＡＩ：Ｃｒｏｈｎ’ｓ Ｄｉｓｅａｓｅ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ）、炎症性腸疾患質問票（ＩＢＤＱ：Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅ）、健康に関連する生活の質（ＨＲＱＬ：Ｈｅａｌｔｈ－ｒｅｌａｔｅｄ ｑｕａｌｉｔｙ ｏｆ ｌｉｆｅ）、およびＨａｒｖｅｙ－Ｂｒａｄｓｈａｗの指数（ＨＢＩ：Ｈａｒｖｅｙ－Ｂｒａｄｓｈａｗ Ｉｎｄｅｘ）が挙げられる。出典：ＵＳ２０１８０１４７２６５Ａ１、およびＣｏｏｎｅｙ，Ｒ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｉａｌｓ ８：１７（２００７）ａｎｄ Ｊａｕｒｅｇｕｉ－Ａｍｅｚａｇａ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｒｏｈｎｓ Ｃｏｌｉｔｉｓ １１（３）：３０５－３１３（２０１７）を参照のこと。これら各々が、その全体で本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される場合、「Ｍａｙｏスコア」または「Ｍａｙｏスコアリングシステム」という用語は、患者、および当該患者を治療する人物（例えば医師）からの入力から構成される１２点の総合指数を指す。ＵＳ２０１６０３２４９１９Ａ１、およびＳｃｈｒｏｅｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３１７（２６）：１６２５－２９（１９８７）を参照のこと。Ｍａｙｏシステムの各サブスコアは、重症度に応じて０～３の範囲である。個々のサブスコアの合計が、合計Ｍａｙｏスコアを提供する。表１（以下）を参照のこと。
Figure 2022540674000001

a「正常」な排便回数とは、患者が回復状態にある時の1日あたりの平均排便回数を指す。
b 医師による全般的評価は、直腸の出血、排便回数、粘膜の外観、患者が報告した腹部疼痛、患者の全般的な幸福感、および身体検査所見に基づく。
本明細書で使用される場合、Ｇｅｂｏｅｓスコアという用語は、６点のグレード化システム（０～５）を利用して、構造的変化、慢性炎症性浸潤、粘膜固有層の好中球および好酸球、上皮内の好中球、陰窩の破壊、ならびに、びらんおよび潰瘍に基づいて疾患の活動度を測定する組織病理学的スコアリングシステムを指す。ＷＯ２０１７０９５８７５Ａ１およびＧｅｂｏｅｓ，Ｋ．，ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ ４７（３）：４０４－９（２０００）を参照のこと。それら文献はその全体で本明細書に組み込まれる。グレードが高いほど、より疾患活動度の重症度は高くなる。表２（以下）を参照のこと。
Figure 2022540674000002
本明細書で使用される場合、「グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア」という用語は、Ｇｅｂｏｅｓスコアリングシステム（上記の表２を参照）におけるグレードの一つを指す。
本明細書で使用される場合、「便中カルプロテクチン」という用語は、便中のタンパク質であるカルプロテクチンの生化学的測定を指す。カルプロテクチンは、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質ファミリーの一種であり、Ｓ１００Ａ８タンパク質とＳ１００Ａ９タンパク質のヘテロ二量体として存在する。カルプロテクチンは主に好中球によって産生され、カルプロテクチンのレベル上昇は、例えばＩＢＤ、セリアック病、感染性大腸炎、壊死性腸炎、腸管嚢胞性線維症、および結腸直腸癌などの疾患の診断マーカーとして使用されている。Ｋｏｎｉｋｏｆｆ，Ｍ．Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ １２（６）：５２４－３４（２００６）を参照のこと。一部の実施形態では、参照便中カルプロテクチンレベル（μｇ／ｇ便）は、以下のとおりである：（ｉ）正常（≦５０．０）、（ｉｉ）境界（５０．１～１２０．０）、および（ｉｉｉ）異常（≧１２０．１）。便中カルプロテクチンレベルは、当分野で公知の任意の方法（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫蛍光アッセイ）によって判定することができる。Ｌａｂａｅｒｅ，Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｕｎｉｔｅｄ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｊ ２（１）：３０－３７（２０１４）を参照のこと。
本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、抗原（ＴＲＥＭ－１）またはその一部に特異的に結合する能力を有する生殖系列免疫グロブリン配列に由来するタンパク質を指す。当該用語は、任意のクラスまたはアイソタイプ（すなわち、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭおよび／またはＩｇＹ）の全長抗体、および任意の一本鎖またはその断片を含む。抗原またはその一部に特異的に結合する抗体は、当該抗原またはその一部に排他的に結合してもよく、または限られた数の相同抗原もしくはその一部に結合してもよい。全長抗体は通常、少なくとも四つのポリペプチド鎖、すなわちジスルフィド結合によって相互接続される二つの重（Ｈ）鎖と二つの軽（Ｌ）鎖を含む。特定の医薬的な対象となる免疫グロブリンのサブクラスの一つは、ＩｇＧファミリーである。ヒトでは、ＩｇＧクラスは、以下の四つのサブクラスに下位分割され得る：ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４。これらはその重鎖定常領域の配列に基づいている。軽鎖は、配列組成の差異に基づいて、カッパとラムダの二つのタイプに分けられ得る。ＩｇＧ分子は二つ以上のジスルフィド結合によって連結された二つの重鎖と、各々がジスルフィド結合によって重鎖に付加された二つの軽鎖から構成される。重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）、およびＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３の最大３個の重鎖定常（ＣＨ）領域を含み得る。軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および軽鎖定常領域（ＣＬ）を含み得る。ＶＨ領域とＶＬ領域はさらにフレームワーク領域（ＦＲ）と名付けられたより保存的な領域と、その間に配置された相補性決定領域（ＣＤＲ）と名付けられた超可変性の領域に下位分割され得る。ＶＨ領域とＶＬ領域は典型的には三つのＣＤＲと四つのＦＲから構成され、以下の順序でアミノ末端からカルボキシ末端へと配置される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖および軽鎖の超可変領域は、抗原と相互作用することができる結合ドメインを形成する。一方で抗体の定常領域は、限定されないが免疫システム（エフェクター細胞）の様々な細胞、Ｆｃ受容体、および古典的補体系の第一成分（Ｃ１ｑ）をはじめとする宿主の組織または因子への免疫グロブリンの結合を介在し得る。本発明の抗体は、単離され得る。「単離抗体」という用語は、自身が産生された環境中の他の構成要素から分離および／または回収された抗体、および／または自身が産生された環境中に存在する構成要素の混合物から精製された抗体を指す。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片により実施され得ることが示されているため、抗体の特定の抗原結合断片は、本発明の状況下において好適であり得る。
抗体の「抗原結合部分」という用語は、本明細書に記載される例えばＴＲＥＭ－１などの抗原に特異的に結合する能力を保持する抗体の一つ以上の断片を指す。抗原結合断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ）２、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ）Ｓ、Ｆｖ（典型的には、抗体の一つのアームのＶＬドメインとＶＨドメイン）、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ、例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２Ｓ－４２６（１９８８）；Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ８５：５８７９－５８８３（１９８８）を参照のこと）、ｄｓＦｖ、Ｆｄ（典型的には、ＶＨおよびＣＨ１ドメイン）およびｄＡｂ（典型的には、ＶＨドメイン）断片；ＶＨ、ＶＬ、ＶｈＨおよびＶ－ＮＡＲドメイン；一つのＶＨと一つのＶＬを含有する一価分子；ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディおよびカッパボディ（例えば、Ｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ １０：９４９－５７（１９９７）を参照のこと）：ラクダ科ＩｇＧ；ＩｇＮＡＲ；ならびに一つ以上の単離ＣＤＲまたは機能性パラトープであって、当該単離されたＣＤＲまたは抗原結合残基もしくはポリペプチドは、互いに関連付けられ、または連結されて、機能性抗体断片を形成することができるもの、が挙げられる。様々なタイプの抗体断片が、例えば、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ａｎｄ Ｈｕｄｓｏｎ，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２Ｓ：１１２６－１１３６（２００５）；国際特許出願公開ＷＯ２００５／０４０２１９、ならびに米国特許公開 ２００５／０２３８６４６および２００２／０１６１２０１に記載され、レビューされている。これらの抗体断片は、当業者に公知の従来的な技術を使用して取得されてもよく、断片は、完全抗体と同じ様式で有用性についてスクリーニングされてもよい。
「ヒト」抗体（ＨｕＭＡｂ）とは、フレームワーク領域とＣＤＲ領域の両方がヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有する抗体を指す。さらに、抗体が定常領域を含有する場合、当該定常領域も、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列によりコードされていないアミノ酸残基（例えば、インビトロでのランダムもしくは部位特異的な突然変異誘導により導入された変異、またはインビボでの体細胞突然変異により導入された変異）を含んでもよい。しかしながら「ヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖細胞系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列上に移植されている抗体を含むことは意図されていない。「ヒト」抗体および「完全ヒト」抗体という用語は、同意語として使用される。
「ヒト化」抗体とは、非ヒト免疫グロブリンに由来する一つ以上の配列（ＣＤＲ領域またはその一部）を含有するヒト／非ヒトのキメラ抗体を指す。すなわちヒト化抗体は、レシピエントの超可変領域由来の少なくとも数残基が、所望の特異性、アフィニティ、配列組成および機能性を有する、例えばマウス、ラット、ウサギまたは非ヒト霊長類などの非ヒト種（ドナー抗体）由来の抗体の超可変領域由来の残基によって置き換えられているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。一部の例では、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基は、対応する非ヒト残基で置換される。そのような改変の一例は、一つ以上のいわゆる復帰突然変異の導入であり、復帰突然変異は、典型的にはドナー抗体に由来するアミノ酸残基である。抗体のヒト化は、当業者に公知の組み換え技術を使用して実施され得る（例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．２４８，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｂｅｎｎｙ Ｋ．Ｃ．Ｌｏを参照のこと）。軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインの両方に適したヒトレシピエントフレームワークは、例えば、配列相同性または構造相同性により特定されてもよい。あるいは、例えば、構造、生物物理学的および生化学的な特性に関する知識に基づいて、固定されたレシピエントフレームワークを使用してもよい。レシピエントフレームワークは、生殖細胞系列由来であってもよく、または成熟抗体配列に由来してもよい。ドナー抗体由来のＣＤＲ領域は、ＣＤＲ移植によって移送されてもよい。ＣＤＲ移植ヒト化抗体は、ドナー抗体由来のアミノ酸残基の再導入（復帰突然変異）が当該ヒト化抗体の特性に有益な影響を与えるような重要なフレームワーク位置を特定することによって、例えばアフィニティ、機能性、および生物物理特性に関してさらに最適化することができる。ドナー抗体に由来する復帰突然変異に加えて、ヒト化抗体は、ＣＤＲまたはフレームワーク領域に生殖細胞系列の残基の導入、免疫原性エピトープの除去、部位特異的突然変異誘導、アフィニティ成熟などによって操作することができる。
さらにヒト化抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体には存在しない残基を含むことができる。これらの改変は、抗体性能をさらに改良するために行われる。概してヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には二つの可変ドメインを含有し、その中で、ＣＤＲ領域のすべて、または実質的にすべてが非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対応し、そしてＦＲ残基のすべて、または実質的にすべてが、ヒト免疫グロブリン配列のＦＲ領域である。またヒト化抗体は任意で、典型的にはヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部を含有する。「ヒト化抗体誘導体」という用語は、例えば抗体と、別の剤または別の抗体との結合体など、ヒト化抗体の任意の改変型を指す。
「組み換えヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、例えば、（ａ）ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックである、またはトランスクロモゾーマル（ｔｒａｎｓｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ）である動物（例えばマウス）、またはそれから調製されたハイブリドーマから単離された抗体、（ｂ）例えばトランスフェクトーマ（ｔｒａｎｓｆｅｃｔｏｍａ）など、抗体を発現するよう形質転換された宿主細胞から単離された抗体、（ｃ）組み換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリから単離された抗体、および（ｄ）他のＤＮＡ配列へのヒト免疫グロブリン遺伝子配列のスプライシングを含む任意の他の手段により調製され、発現され、生成され、または単離された抗体、など、組み換え手段により調製され、発現され、生成され、または単離されたすべてのヒト抗体を含む。こうした組換えヒト抗体は、生殖細胞系列遺伝子によってコードされる、特定のヒト生殖細胞系列の免疫グロブリン配列を利用する可変領域および定常領域を含むが、例えば、抗体成熟中に生じるその後の再構成および変異も含む。当分野で公知のように（例えば、Ｌｏｎｂｅｒｇ Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３（９）：１１１７－１１２５（２００５）を参照のこと）、可変領域は抗原結合ドメインを含み、当該ドメインは、外来性抗原に特異的な抗体を形成するために再構成する様々な遺伝子によりコードされる。再構成に加えて、可変領域は、外来性抗原に対する抗体のアフィニティを増加させるために、複数の単一アミノ酸変化（体細胞突然変異または超変異と呼称される）によってさらに修飾され得る。定常領域は抗原に対するさらなる応答において、変化する（すなわちアイソタイプスイッチ）。したがって、軽鎖免疫グロブリンポリペプチドおよび重鎖免疫グロブリンポリペプチドをコードする、抗原に応答して再構成された、および体細胞変異した核酸分子は、元の核酸分子と配列同一性を有していない場合があるが、その代わりに実質的に同一であるか、または類似である（すなわち少なくとも８０％の同一性を有する）。
「キメラ抗体」とは、可変領域が一つの種に由来し、定常領域は別の種に由来する抗体を指し、例えば、可変領域はマウス抗体に由来し、定常領域はヒト抗体に由来する抗体などである。
本明細書で使用される場合、「アイソタイプ」は、重鎖定常領域遺伝子によってコードされる抗体クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、およびＩｇＥの抗体）を指す。
「アロタイプ」とは、特定のアイソタイプ群内で自然発生するバリアントを指し、当該バリアントはいくつかのアミノ酸で異なっている（例えば、Ｊｅｆｆｅｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ １：１（２００９）を参照のこと）。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、任意のアロタイプであってもよい。一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、「ＩｇＧ１．３ｆ」アロタイプの抗体であり、これは野生型ＩｇＧ１アイソタイプ（例えば、配列番号９）と比較して、ＥＵナンバリングで、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、およびＧ２３７Ａからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。他の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１は、「ＩｇＧ１．１ｆ」アロタイプの抗体であり、これは野生型ＩｇＧ１アイソタイプ（例えば、配列番号９）と比較して、ＥＵナンバリングで、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０ＳおよびＰ３３１Ｓからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。さらなる実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、「ＩｇＧ１－Ａｂａ」アロタイプの抗体であり、これは野生型ＩｇＧ１アイソタイプ（例えば、配列番号９）と比較して、ＥＵナンバリングで、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９ＳおよびＰ２３８Ｓからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、「ＩｇＧ４－Ａｂａ」アロタイプの抗体であり、これは野生型ＩｇＧ４アイソタイプ（例えば、配列番号１０）のＣＨ１ドメイン、ならびにＩｇＧ１のＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメインを含む。特定の実施形態では、ＩｇＧ４－Ａｂａアロタイプ抗体は、野生型ＩｇＧ１アイソタイプ（例えば、配列番号９）と比較して、ＥＵナンバリングで、Ｓ１３１Ｃ、Ｋ１３３Ｒ、Ｇ１３７Ｅ、Ｇ１３８Ｓ、Ｑ１９６Ｋ、Ｉ１９９Ｔ、Ｎ２０３Ｄ、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９ＳおよびＰ２３８Ｓからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。
「抗原を認識する抗体」および「抗原に特異的な抗体」という文言は、本明細書において「抗原に特異的に結合する抗体」という用語と相互交換可能に使用される。
「単離抗体」は、本明細書で使用される場合、自身が産生された環境中の他の構成要素から分離および／または回収された抗体、および／または自身が産生された環境中に存在する構成要素の混合物から精製された抗体を指す。
「エフェクター機能」とは、抗体Ｆｃ領域と、Ｆｃ受容体またはリガンドの相互作用、またはそれから生じる生化学的な事象を指す。「エフェクター機能」の例としては、Ｃ１ｑ結合、補体依存性細胞障害（ＣＤＣ）、Ｆｃ受容体結合、例えばＡＤＣＣおよび抗体依存性細胞介在性ファゴサイトーシス（ＡＤＣＰ）などのＦｃγ介在型のエフェクター機能、および細胞表面受容体（例えばＢ細胞受容体、ＢＣＲ）の下方制御が挙げられる。そのようなエフェクター機能は概して、Ｆｃ領域を、結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）に結合させることを必要とする。一つの実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、一つ以上のＦｃγＲに結合せず、したがってエフェクター機能を欠く（すなわち、エフェクターレス）Ｆｃ領域を含む。
「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」は、免疫グロブリンのＦｃ領域に結合する受容体である。ＩｇＧ抗体に結合するＦｃＲは、ＦｃγＲファミリーの受容体を含み、それら受容体のアレルバリアントおよび代替的スプライシング型を含む。ＦｃγＲファミリーは、三つの活性化受容体（マウスではＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩＩ、およびＦｃγＲＩＶ。ヒトではＦｃγＲＩＡ、ＦｃγＲＩＩＡ、およびＦｃγＲＩＩＩＡ）、および一つの阻害性受容体（ＦｃγＲＩＩＢ）からなる。ヒトＦｃγＲの様々な特性は、当分野で公知である。生来のエフェクター細胞型の大部分は、一つ以上の活性化ＦｃγＲ、および阻害性ＦｃγＲＩＩＢを共発現している。一方でナチュラルキラー（ＮＫ）細胞は、一つの活性化Ｆｃ受容体（マウスではＦｃγＲＩＩＩ、ヒトではＦｃγＲＩＩＩＡ）を選択的に発現するが、マウスおよびヒトでは阻害性ＦｃγＲＩＩＢは発現しない。ヒトＩｇＧ１はほとんどのヒトＦｃ受容体に結合し、結合する活性化Ｆｃ受容体のタイプに関し、マウスＩｇＧ２ａと同等であると考えられている。
「Ｆｃ領域」（フラグメント結晶化可能領域）または「Ｆｃドメイン」または「Ｆｃ」とは、宿主の組織または因子への免疫グロブリンの結合を介在する抗体重鎖のＣ末端領域を指し、当該結合は、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）上に位置するＦｃ受容体への結合、または古典的補体系の第一成分（Ｃ１ｑ）への結合を含む。したがって、Ｆｃ領域は、第一の定常領域免疫グロブリンドメイン（例えば、ＣＨ１またはＣＬ）を除く抗体の定常領域を含む。
ＩｇＧでは、Ｆｃ領域は、免疫グロブリンドメインのＣＨ２およびＣＨ３、ならびにＣＨ１ドメインとＣＨ２ドメインの間のヒンジを含む。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界の定義は、本明細書に定義されるように変化し得るが、ヒトＩｇＧ重鎖のＦｃ領域は、ＩｇＧ１については、アミノ酸残基Ｄ２２１、ＩｇＧ２についてはＶ２２２、ＩｇＧ３についてはＬ２２１、およびＩｇＧ４についてはＰ２２４から、重鎖のカルボキシ末端までの範囲と定義され、この場合においてナンバリングは、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う。ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインは、アミノ酸２３７からアミノ酸３４０にわたり、ＣＨ３ドメインは、Ｆｃ領域内のＣＨ２ドメインのＣ末端側に位置する。すなわち、ＩｇＧのアミノ酸３４１からアミノ酸４４７または４４６（Ｃ末端リジン残基が存在しない場合）または４４５（Ｃ末端グリシン残基とリジン残基が存在しない場合）にわたる。本明細書で使用される場合、Ｆｃ領域は、任意のアロタイプバリアントを含む天然配列のＦｃであってもよく、またはバリアントＦｃ（例えば、非天然Ｆｃ）であってもよい。Ｆｃとはさらに、単離された当該領域を指す場合もあり、またはＦｃ含有タンパク質ポリペプチド、例えば「Ｆｃ融合タンパク質」（例えば、抗体または免疫接着（ｉｍｍｕｎｏａｄｈｅｓｉｏｎ））とも呼称される「Ｆｃ領域含有結合タンパク質」などの背景下の当該領域を指す場合もある。
「天然配列のＦｃ領域」または「天然配列Ｆｃ」は、自然界に存在するＦｃ領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。天然配列ヒトＦｃ領域には、天然配列ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域、天然配列ヒトＩｇＧ２ Ｆｃ領域、天然配列ヒトＩｇＧ３ Ｆｃ領域、および天然配列ヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域、ならびにそれらの天然バリアントが含まれる。天然配列Ｆｃは、Ｆｃの様々なアロタイプを含む（例えば、Ｊｅｆｆｅｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ １：１（２００９）を参照のこと）。
「バリアント配列Ｆｃ領域」または「非天然Ｆｃ」は改変を含み、典型的には、例えば血清半減期、補体結合反応、Ｆｃ受容体結合、タンパク質安定性、および／または抗原依存性細胞傷害、または特にそれらの欠落など、その機能的特性のうちの一つ以上が変化する。一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、化学的に改変されてもよく（例えば、一つ以上の化学的部分が抗体に結合されてもよい）、または改変されてそのグリコシル化を変化させ、再び抗体の一つ以上の機能的特性を変化されてもよい。一つの実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプであり、以下の変異のうちの一つ以上、おそらくはすべてを含む改変Ｆｃドメインを担持する：それぞれ、特定のＦｃ受容体へのアフィニティを低下させる（Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、およびＧ２３７Ａ）、およびＣ１ｑ－介在型補体結合反応を低下させる（Ａ３３０ＳおよびＰ３３１Ｓ）（残基はＥＵインデックスに従いナンバリングされる）。
「ヒンジ」、「ヒンジドメイン」、「ヒンジ領域」、および「抗体ヒンジ領域」という用語は、ＣＨ１ドメインをＣＨ２ドメインに結合させる重鎖定常領域のドメインを指し、ヒンジの上部、中間部、および下部を含む（Ｒｏｕｘ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６１：４０８３（１９９８））。ヒンジは、抗体の結合領域とエフェクター領域との間に様々なレベルの柔軟性を提供し、そして二つの重鎖定常領域間の分子間ジスルフィド結合のための部位も提供する。本明細書で使用される場合、ヒンジは、すべてのＩｇＧアイソタイプのＧｌｕ２１６で始まり、Ｇｌｙ２３７で終わる（Ｒｏｕｘ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６１：４０８３（１９９８））。野生型のＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４ヒンジの配列は当分野で公知である（例えば、国際ＰＣＴ出願公開のＷＯ ２０１７／０８７６７８）。一つの実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＣＨ１のヒンジ領域は、ヒンジ領域内のシステイン残基の数が変わるように、例えば増加または減少するように改変される。この方法は、例えば米国特許第第５，６７７，４２５号にさらに記載されている。
定常領域は、抗体を安定化させ、例えば、二価抗体が、二つの一価ＶＨ－ＶＬ断片に分離するリスクを減少させるように改変されてもよい。例えば、ＩｇＧ４定常領域において、残基Ｓ２２８（ＥＵインデックスによる残基ナンバリング）を、プロリン（Ｐ）残基に変異させて、ヒンジで重鎖間ジスルフィド架橋形成を安定化させてもよい（例えば、Ａｎｇａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．３０：１０５－８（１９９５）を参照のこと）。抗体またはその断片は、その相補性決定領域（ＣＤＲ）の観点から定義することもできる。本明細書において使用される場合、「相補性決定領域」または「超可変領域」という用語は、抗原結合に関与するアミノ酸残基が位置する抗体の領域を指す。超可変領域またはＣＤＲ領域は、抗体可変ドメインのアミノ酸アラインメントにおいて最も高い変動性を有する領域として特定することができる。例えばＫａｂａｔデータベースなどのＣＤＲ特定のためのデータベースを使用することができ、ＣＤＲは、例えば、軽鎖可変ドメインのアミノ酸残基２４－３４（ＣＤＲ１）、５０－５９（ＣＤＲ２）、および８９－９７（ＣＤＲ３）、ならびに重鎖可変ドメインの３１－３５（ＣＤＲ１）、５０－６５（ＣＤＲ２）、および９５－１０２（ＣＤＲ３）を含むと定義される（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．１９９１ ；Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２）。あるいはＣＤＲは、「超可変ループ」からの残基と定義することができる（軽鎖可変ドメインの残基２６－３３（Ｌ１）、５０－５２（Ｌ２）、および９１－９６（Ｌ３）、ならびに重鎖可変ドメインの２６－３２（Ｈ１）、５３－５５（Ｈ２）および９６－１０１（Ｈ３）（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ １９６：９０１－９１７（１９８７））。典型的には、当該領域のアミノ酸残基のナンバリングは、上記のＫａｂａｔらに記載される方法により行われる。例えば「Ｋａｂａｔ位置」、「Ｋａｂａｔ残基」および「Ｋａｂａｔに従う」などの文言は、本明細書において、重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインについての当該ナンバリングシステムを指す。Ｋａｂａｔナンバリングシステムを使用すると、ペプチドの実際の線形アミノ酸配列は、可変ドメインのフレームワーク（ＦＲ）またはＣＤＲの短縮型に対応する、またはそれらへの挿入に対応する、少数のアミノ酸または追加のアミノ酸を含有する場合がある。例えば重鎖可変ドメインは、ＣＤＲ Ｈ２の残基５２の後にアミノ酸の挿入（Ｋａｂａｔに従い、残基５２ａ、５２ｂおよび５２ｃ）を含む場合があり、および重鎖ＦＲの残基８２の後に挿入残基（例えば、Ｋａｂａｔに従い残基８２ａ、８２ｂおよび８２ｃ）を含む場合がある。残基のＫａｂａｔナンバリングは、所与の抗体について、「標準」Ｋａｂａｔナンバリング配列と当該抗体配列の相同領域でのアライメントによって判定されてもよい。
「エピトープ」または「抗原決定基」という用語は、免疫グロブリンまたは抗体が特異的に結合する抗原（例えばＴＲＥＭ－１）上の部位を指し、例えば、エピトープを特定するために使用される特定の方法によって定義される。エピトープは、連続的なアミノ酸（通常、線形エピトープ）から形成されることができ、またはタンパク質の三次元フォールディングによって並置される非連続的なアミノ酸（通常、立体構造エピトープ）からも形成されることができる。連続的なアミノ酸から形成されたエピトープは、常にではないが典型的には、変性溶媒へ暴露されても保持されるのに対して、三次元フォールディングにより形成されたエピトープは、典型的には、変性溶媒を用いた処理によって失われる。典型的にはエピトープは、固有の空間構造にある少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５個のアミノ酸を含む。どのエピトープが所与の抗体に結合されるかを判定するための方法（すなわちエピトープマッピング）は当分野に公知であり、例えば、免疫ブロットアッセイおよび免疫沈降アッセイが挙げられる。この場合において、重複または連続ペプチド（例えば、ＴＲＥＭ－１に由来する）は、所与の抗体（例えば、抗ＴＲＥＭ－１抗体）との反応性について試験される。エピトープの空間構造を決定する方法としては当分野の技術および本明細書に記載される技術が挙げられ、例えば、Ｘ線結晶構造解析、抗原変異解析、２次元核磁気共鳴およびＨＤＸ－ＭＳが挙げられる（例えば、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．６６，Ｇ．Ｅ．Ｍｏｒｒｉｓ，Ｅｄ．（１９９６）を参照のこと）。
二つ以上の抗体を参照して「同じエピトープに結合する」という用語は、所与の方法によって決定される、抗体がアミノ酸残基の同じセグメントに結合することを意味する。抗体が、本明細書に記載される抗体と「ＴＲＥＭ－１上の同じエピトープ」に結合するかを判定するための技術としては、例えば、エピトープマッピング法が挙げられ、例えばエピトープの原子分解を提供する抗原：抗体複合体の結晶のＸ線解析、および水素／重水素交換質量分析法（ＨＤＸ－ＭＳ）が挙げられる。他の方法は、抗原断片、または抗原の変異型への抗体の結合をモニタリングするものであり、抗原配列内のアミノ酸残基の改変による結合の消失はしばしばエピトープ構成要素の指標とみなされる。さらに、エピトープマッピングのためのコンピューターコンビナトリアル法も使用され得る。これらの方法は、コンビナトリアルファージディスプレイのペプチドライブラリに由来する特定の短いペプチドをアフィニティ単離する対象となる抗体の能力に依存する。同じＶＨおよびＶＬ、または同じＣＤＲ１、２および３の配列を有する抗体は、同じエピトープに結合すると予測される。
「標的への結合について別の抗体と競合する」抗体とは、標的への他の抗体の結合を阻害する（部分的または完全に）抗体を指す。二つの抗体が、標的への結合に関して相互に競合するか否か、すなわち、一方の抗体が、他方の抗体の標的への結合を阻害するかどうか、そしてどの程度まで阻害するかを、例えばＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）解析などの公知の競合実験を使用して決定することができる。特定の実施形態では、抗体は、標的に対する結合を別の抗体と競合し、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％阻害する。阻害または競合のレベルは、どの抗体が「ブロッキング抗体」（すなわち、標的と最初にインキュベートされるコールド抗体）であるかに応じて異なり得る。競合アッセイは、例えば、Ｅｄ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄａｖｉｄ Ｌａｎｅ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ Ｐｒｏｔｏｃ ；２００６；ｄｏｉ：１０．１１０１／ｐｄｂ．ｐｒｏｔ４２７７、または“Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ”ｂｙ Ｅｄ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄａｖｉｄ Ｌａｎｅ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，ＵＳＡ １９９９のチャプター１１に記載されるように実施することができる。二つの抗体が少なくとも５０％、両方向で互いに阻害する場合、すなわち一方の抗体または他方の抗体が競争実験で抗原と最初に接触したかに関わらず、互いに阻害する場合、「交差競合する」。
本明細書で使用される場合、「特異的結合」、「選択的結合」、「選択的に結合する」および「特異的に結合する」という用語は、既定の抗原上のエピトープに結合する抗体を指す。典型的には、抗体は、（ｉ）例えば分析物として組み換えヒトＴＲＥＭ－１などの規定の抗原およびリガンドとして抗体を使用して、例えばＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）２０００装置において表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術により決定されたときに、または抗原陽性細胞に対する抗体のＳｃａｔｃｈａｒｄ分析により、約１０-7Ｍ未満、例えばおよそ１０-8Ｍ未満、１０-9Ｍ未満もしくは１０-10Ｍ未満またはさらに低い平衡解離定数（ＫD）で結合し、および（ｉｉ）規定の抗原または近縁の抗原以外の非特異的抗原（例えばＢＳＡ、カゼインなど）への結合のアフィニティよりも少なくとも２倍超高いアフィニティで既定の抗原に結合する。したがって、「ヒトＴＲＥＭ－１に特異的に結合する」抗体とは、１０-7Ｍ以下、例えばおよそ１０-8Ｍ未満、１０-9Ｍ未満もしくは１０-10Ｍ未満またはさらに低いＫDで可溶性または細胞結合型のヒトＴＲＥＭ－１に結合する抗体を指す。「カニクイザルＴＲＥＭ－１と交差反応する」抗体は、１０-7Ｍ以下、例えば、およそ１０-8Ｍ未満、１０-9Ｍ未満、もしくは１０-10Ｍ未満、またはさらに低いＫDで、カニクイザルＴＲＥＭ－１に結合する抗体を指す。特定の実施形態では、非ヒト種由来のＴＲＥＭ－１と交差反応しないような抗体は、標準結合アッセイにおいて、これらのタンパク質に対し、本質的に検出不可能な結合を示す。
本明細書で使用される場合、「抗ＴＲＥＭ－１抗体」という用語は、ヒトＴＲＥＭ－１に特異的に結合する抗体（その断片を含む）を指す。別段の記載がない限り、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、アンタゴニスト性抗体であり、すなわち例えば、単球、マクロファージ、または好中球などの細胞上のＴＲＥＭ－１の活性を阻害または抑制する（すなわち、結合をアゴナイズしない）。
本明細書において「結合特異性」という用語は、例えば抗体またはその断片などの分子と、単一の排他的抗原との相互作用、または限られた数の高度に相同な抗原（またはエピトープ）との相互作用を指す。対照的に、ＴＲＥＭ－１に特異的に結合することができる抗体は、非類似の分子に結合することができない。本発明による抗体は、ナチュラルキラー細胞ｐ４４関連タンパク質であるＮｋｐ４４に結合する能力を有さない場合がある。
相互作用の特異性、および平衡結合定数の値は、公知の方法によって直接決定することができる。リガンド（例えば抗体など）が自身の標的に結合する能力を評価するための標準的なアッセイは、当分野で公知であり、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット、ＲＩＡ、およびフローサイトメトリー分析が挙げられる。抗体の結合動態および結合アフィニティも、例えばＳＰＲなど、当分野で公知の標準的なアッセイにより評価することができる。
二つの抗体が結合に関して競合するか、または交差競合するかを判定するための競合結合アッセイとしては、例えば実施例に記載されるように、フローサイトメトリーによる、ＴＲＥＭ－１発現骨髄細胞への結合に対する競合が挙げられる。他の方法としては、以下が挙げられる：ＳＰＲ（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標））、固相直接または間接の放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、固相直接または間接の酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ（Ｓｔａｈｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ９：２４２（１９８３）を参照）、固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（Ｋｉｒｋｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３７：３６１４（１９８６）を参照）、固相直接標識アッセイ、固相直接標識サンドイッチアッセイ（Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ（１９８８）を参照）、１－１２５標識を使用した固相直接標識ＲＩＡ（Ｍｏｒｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５（１）：７（１９８８）を参照）、固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（Ｃｈｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７６：５４６（１９９０））、および直接標識ＲＩＡ。（Ｍｏｌｄｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃａｎｄ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３２：７７（１９９０）を参照）。
本明細書で使用される場合、「ビン」という用語は、参照抗体を使用して規定される。第二の抗体が、参照抗体と同時に抗原に結合することができない場合、当該第二の抗体は、参照抗体と同じ「ビン」に属すると言われる。この場合、参照抗体と第二の抗体は、抗原の同じ部分に競合的に結合し、「競合抗体」という言葉が作られた。第二の抗体が、参照抗体と同時に抗原に結合することができる場合、当該第二の抗体は、別個の「ビン」に属すると言われる。この場合、参照抗体と第二の抗体は、抗原の同じ部分に競合的に結合せず、「非競合抗体」という言葉が作られた。
抗体の「ビン化」は、エピトープに関する直接的な情報は提供しない。競合抗体、すなわち、同じ「ビン」に属する抗体は、同一のエピトープ、重複するエピトープ、または別個のエピトープでさえ有する可能性がある。後者は、抗原上の自身のエピトープに結合した参照抗体が、第二の抗体が抗原上の自身のエピトープと接触するために必要な空間を占有する場合である（立体障害）。非競合抗体は、一般的には別個のエピトープを有する。
本明細書において「結合アフィニティ」という用語は、例えば抗体またはその断片と抗原などの二つの分子間の非共有結合性の相互作用の強度の尺度を指す。「結合アフィニティ」という用語は、一価の相互作用（内在的な活性）を記述するために使用される。
例えば抗体またはその断片と抗原などの二つの分子間の一価相互作用を介した結合アフィニティは、平衡解離定数（ＫD）の決定によって定量化され得る。同様に、ＫDは、例えばＳＰＲ法によって、複合体の形成と解離の動態の測定によって決定され得る。一価複合体の結合と解離に対応する速度定数は、それぞれ、結合速度定数ｋa（またはｋon）および解離速度定数ｋd（またはｋ0ff）と呼称される。ＫDは、式ＫD＝ｋd／ｋaを通して、ｋaおよびｋdに関連付けられる。上記の定義に続いて、例えば所与の抗原に対する異なる抗体の結合アフィニティの比較など、異なる分子相互作用と関連する結合アフィニティは、個々の抗体／抗原複合体に対するＫD値を比較することによって比較され得る。
本明細書で使用される場合、ＩｇＧ抗体に関する「高アフィニティ」という用語は、標的抗原に対して１０-8Ｍ以下、１０-9Ｍ以下、または１０-10Ｍ以下のＫDを有する抗体を指す。しかし他の抗体アイソタイプに関しては、「高アフィニティ」の結合は変化する可能性がある。例えば、ＩｇＭアイソタイプに関する「高アフィニティ」の結合は、１０-10Ｍ以下または１０-8Ｍ以下のＫDを有する抗体を指す。
抗体またはその抗原結合断片を使用したインビトロアッセイまたはインビボアッセイの状況下で、「ＥＣ50」という用語は、最大応答の５０％、すなわち最大応答と基準の間の中間である応答を誘導する、抗体またはその抗原結合部分の濃度を指す。
本明細書において使用される場合、抗体に対して適用される場合の「天然」という用語は、物体が自然界に存在し得るという事実を指す。例えば自然界で源から単離され得る生物体（ウイルスを含む）中に存在し、実験室においてヒトにより意図的に改変されていないポリペプチドまたはポリヌクレオチドの配列は、天然である。
「ポリペプチド」とは、鎖の長さに上限のない、少なくとも二つの連続する連結アミノ酸残基を含む鎖を指す。タンパク質中の一つ以上のアミノ酸残基は、例えば限定されないが、グリコシル化、リン酸化、またはジスルフィド結合の形成などの改変を含有し得る。「タンパク質」は、一つ以上のポリペプチドを含み得る。
本明細書で使用される場合、「核酸分子」という用語は、ＤＮＡ分子およびＲＮＡ分子を含むことが意図されている。核酸分子は、一本鎖または二本鎖であってもよく、ｃＤＮＡであってもよい。
「保存的アミノ酸置換」とは、類似の側鎖を有するアミノ酸残基とのアミノ酸残基の置換を指す。類似した側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当分野に規定されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン）、非極性側鎖（例えばアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン）、β分岐側鎖（例えばスレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えばチロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が挙げられる。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体中の予測される非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖ファミリーに由来する別のアミノ酸残基で置換される。抗原結合を消去しないヌクレオチドおよびアミノ酸の保存的置換を特定する方法は、当分野で公知である（例えば、Ｂｒｕｍｍｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．３２：１１８０－１１８７（１９９３）；Ｋｏｂａｙａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．１２（１０）：８７９－８８４（１９９９）；およびＢｕｒｋｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９４：４１２－４１７（１９９７）を参照のこと）。
核酸については、「実質的相同性」という用語は、二つの核酸またはその指定配列が最適にアライメントされ、比較されたときに、適切なヌクレオチドの挿入または欠失を伴い、少なくとも約８０％のヌクレオチド、少なくとも約９０％～９５％のヌクレオチド、または少なくとも約９８％～９９．５％のヌクレオチドにおいて同一であることを示す。あるいは実質的相同性は、セグメントが選択的ハイブリダイゼーション条件下で当該鎖の相補鎖にハイブリダイズするときに存在する。
ポリペプチドについては、「実質的相同性」という用語は、二つのポリペプチドまたはその指定配列が最適にアライメントされ、比較されたときに、適切なアミノ酸の挿入または欠失を伴い、少なくとも約８０％のアミノ酸、少なくとも約９０％～９５％のアミノ酸、または少なくとも約９８％～９９．５％のアミノ酸において同一であることを示す。
二つの配列間の同一性の百分率は、配列によって共有される同一な位置の数の関数であり（すなわち相同性％＝同一な位置の数／位置の総数ｘ１００）、当該２配列の最適アライメントのために導入が必要なギャップ数、および各ギャップの長さを考慮する。配列の比較、および２配列間の同一性百分率の決定は、以下の非限定的な例に記載されるような数学的アルゴリズムを使用して実施されてもよい。
２ヌクレオチド配列間の同一性百分率は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｇｃｇ．ｃｏｍで利用可能）のＧＡＰプログラムを使用して、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリクス、および４０、５０、６０、７０、または８０のギャップ重量、および１、２、３、４、５、または６の長さ重量を使用して決定されてもよい。二つのヌクレオチド配列間またはアミノ酸配列間の同一性百分率はまた、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれた、Ｅ．ＭｅｙｅｒｓおよびＷ．Ｍｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ，４：１１－１７（１９８９））のアルゴリズムを使用して、ＰＡＭ１２０重量残基表、１２のギャップ長ペナルティおよび４のギャップペナルティを使用して決定されてもよい。さらに二つのアミノ酸配列間の同一性百分率は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｇｃｇ．ｃｏｍで利用可能）のＧＡＰプログラムに組み込まれたＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（４８）：４４４－４５３（１９７０））のアルゴリズムを使用して、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリクスまたはＰＡＭ２５０マトリクスのいずれか、および１６、１４、１２、１０、８、６または４のギャップ重量、および１、２、３、４、５、または６の長さ重量を使用して決定されてもよい。
本明細書に記載される核酸配列およびタンパク質配列はさらに、例えば、関連配列の特定を目的とした公共データベースに対する検索を実施するための「クエリ配列」として使用されてもよい。そのような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．（１９９０），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して実施されてもよい。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索を、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２で実施して、本明細書に記載される核酸分子に相同なヌクレオチド配列を取得してもよい。ＢＬＡＳＴタンパク質検索を、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３で実施して、本明細書に記載されるタンパク質分子に相同なアミノ酸配列を取得してもよい。比較目的でのギャップ化アライメントを取得するために、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９－３４０２に記載されるように利用してもよい。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、各プログラム（例えばＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを使用してもよい。ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照のこと。
核酸は、全細胞、細胞溶解物中に存在してもよく、または部分精製された、もしくは実質的に純粋な形態で存在してもよい。他の細胞構成要素または他の混入物、例えば他の細胞核酸（例えば染色体の他の部分）またはタンパク質から、アルカリ／ＳＤＳ処置、ＣｓＣｌバンディング、カラムクロマトグラフィー、アガロースゲル電気泳動および当分野に公知の他の方法を含む標準的な技術により精製された場合、核酸は「単離された」または「実質的に純粋となる」。Ｆ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８７）を参照のこと。
例えばｃＤＮＡなどの核酸は、遺伝子配列を提供するための標準的な技術に従って変異を受けてもよい。コード配列に関し、これらの変異はアミノ酸配列に望ましい影響を及ぼし得る。特に、天然のＶ配列、Ｄ配列、Ｊ配列、定常配列、スイッチ配列、および本明細書に記載される他のかかる配列に対し実質的に相同であるか、またはそれらから誘導されるＤＮＡ配列が予期される（この場合、「誘導される」とは、配列が別の配列と同一であるか、別の配列から改変されていることを示す）。
本明細書で使用される場合、「ベクター」という用語は、連結された別の核酸を輸送することができる核酸分子を指すことが意図される。ある種のベクターは、「プラスミド」であり、これは追加のＤＮＡセグメントがその中にライゲーションされ得る環状二本鎖のＤＮＡループを指す。別のタイプのベクターはウイルスベクターであり、このベクターでは追加のＤＮＡセグメントはウイルスゲノム内にライゲーションされ得る。特定のベクターは、自身が導入される宿主細胞内で自律複製することができる（例えば細菌複製起源を有する細菌ベクターおよびエピソーム性哺乳動物ベクターなど）。他のベクター（例えば非エピソーム性哺乳動物ベクター）は、宿主細胞内に導入されると、宿主細胞のゲノム内に組み込まれることができ、それによって宿主ゲノムと共に複製される。さらに特定のベクターは、自身が操作可能に連結される遺伝子の発現を誘導する能力を有する。そのようなベクターは、本明細書では、「組み換え発現ベクター」（または単に「発現ベクター」）と呼ばれる。一般的に、組み換えＤＮＡ法で有用な発現ベクターは、プラスミドの形態であることが多い。本明細書では、「プラスミド」と「ベクター」は、プラスミドが最も一般的に使用されるベクターの形態であるために相互交換可能に使用される場合がある。しかしながら、例えばウイルスベクター（例えば複製欠損したレトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス）などの同等の機能を果たす他の形態の発現ベクターも含まれる。
本明細書において使用される場合、「組み換え宿主細胞」（または単に「宿主細胞」）という用語は、細胞中に自然には存在しない核酸を含み、組み換え発現ベクターが導入される細胞であり得る細胞を指すことが意図される。当該用語は、特定の対象細胞だけでなく、当該細胞の子孫細胞も指すことも意図されていることを理解されたい。突然変異または環境的影響のいずれかに起因して特定の修飾がその後の世代に発生する可能性があるため、そのような子孫細胞は実際には親細胞と同一ではない可能性があるが、本明細書において使用される場合には、それでも「宿主細胞」という用語の範囲内に含まれる。
本明細書で使用される場合、「結合された」という用語は、二つ以上の分子の会合を指す。結合は、共有結合または非共有結合であってもよい。結合はまた、遺伝的であってもよい（すなわち組み換え融合であってもよい）。そのような結合は、例えば化学的結合や組み換えタンパク質の作製など、当分野に認識される広範な技術を使用して実現され得る。
本明細書で使用される場合、「投与すること」とは、当業者に公知の様々な方法および送達システムのいずれかを使用した、治療剤を含む組成物の対象への物理的導入を指す。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体に関する、様々な投与経路としては、例えば注射または点滴による、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、脊椎または他の非経口の投与経路が挙げられる。本明細書で使用される場合、「非経口投与」という文言は、腸内投与および局所投与以外の投与様式を意味し、通常、注射により行われ、限定されないが、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ管内、病巣内、関節包内、眼窩内、心腔内、皮内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、髄腔内、硬膜外および胸骨下の注射ならびに点滴、ならびにインビボエレクトロポレーションが挙げられる。あるいは本明細書に記載される抗体は、例えば局所、表皮または粘膜の投与経路、例えば鼻腔内、経口、膣、直腸、舌下、または局所などの非経口経路を介して投与され得る。また投与は、例えば、１回、複数回、および／または一回以上の延長期間にわたって実施され得る。
本明細書で使用される場合、「阻害する」または「ブロッキングする」という用語（例えば、細胞上のＴＲＥＭ－１へのＴＲＥＭ－１リガンドの結合の阻害／ブロッキングを指す）は、相互交換可能に使用され、部分的および完全な阻害／ブロッキングの両方を包含する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば本明細書にさらに記載されるように、ＴＲＥＭ－１へのＴＲＥＭ－１リガンドの結合を少なくとも約５０％、例えば、約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％阻害すると判定される。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば本明細書にさらに記載されるように、ＴＲＥＭ－１へのＴＲＥＭ－１リガンドの結合を５０％以下、例えば、約４０％、３０％、２０％、１０％、５％、または１％阻害すると判定される。
本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療すること」、および「治療」という用語は、疾患に関連する症状、合併症、状態、もしくは生化学的な徴候の進行、発現、重症度、または再発を逆転させる、緩和する、改善する、阻害する、または遅延させる、または予防する目的で、対象に実施される任意のタイプの介入もしくはプロセス、または対象に活性薬剤を投与することを指す。治療は、疾患を有する対象の治療、または疾患を有していない対象の治療（例えば、予防目的）であってもよい。
「有効投与量」または「有効用量」という用語は、所望される効果を実現する、または少なくとも部分的に実現するために充分な量として規定される。薬剤または治療剤の「治療有効量」または「治療有効用量」は、単独で使用される場合、または別の治療剤と併用されて使用される場合、疾患症状の重症度の減少、無症状期間の頻度および期間の増加、または疾患罹患を起因とする機能障害もしくは身体障害の予防によって証明される、疾患退行を促進する薬剤の任意の量である。薬剤の治療有効量または治療有効用量は、疾患を発症するリスクのある対象、または疾患の再発を患うリスクのある対象に、単独で、または別の治療剤と併用されて投与される場合、疾患の発症または再発を阻害する薬剤の任意の量である、「予防有効量」または「予防有効用量」を含む。疾患退行を促進する、または疾患の発症もしくは再発を阻害する治療剤の能力は、例えば、臨床試験中のヒト対象において、ヒトにおける有効性を予測する動物モデルシステムにおいて、またはインビトロアッセイでの剤の活性を評価することにより、当業者に公知の様々な方法を使用して評価することができる。
「患者」という用語は、予防的処置または治療的処置のいずれかを受けるヒトおよび他の哺乳動物対象を含む。
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、任意のヒトまたは非ヒト動物を含む。例えば、本明細書に記載される方法および組成物を使用して、癌を有する対象を治療してもよい。「非ヒト動物」という用語は、全ての脊椎動物、例えば哺乳動物および非哺乳動物、例えば非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ニワトリ、両生類、爬虫類などを含む。
本明細書で使用される場合、「ｕｇ」および「ｕＭ」は、それぞれ「μｇ」および「μＭ」と相互交換可能に使用される。
本明細書に記載される様々な態様は、以下のサブセクションにおいてさらに詳細に記述される。
ＩＩ．本開示の方法
治療に適した対象を特定する方法
本明細書において、抗ＴＲＥＭ－１抗体（すなわちアンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体）を用いた治療に適した疾患または障害に罹患する対象を特定する方法が開示される。一部の実施形態では、本明細書に開示される方法は、対象のサンプル中のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、表３（以下）に列挙された一つ以上の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子（例えば、本明細書に開示される遺伝子）の発現レベルは、ＴＲＥＭ－１への天然ＴＲＥＭ－１リガンド（すなわちＰＧＬＹＲＰ１）の結合時に増加するが、ＴＲＥＭ－１へのアゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の結合時には増加しない。
Figure 2022540674000003
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体を用いた治療に適した対象は、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの増加を示す。特定の実施形態では、対象におけるＴＲＥＭ－１関連遺伝子（例えば、本明細書に開示される遺伝子）の発現レベルは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上増加する。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの増加は、一つ以上の他の生物学的マーカーの増加と相関する。一部の実施形態では、一つ以上の他の生物学的マーカーは、基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、便中カルプロテクチンレベル、またはそれらの組み合わせを含む。したがって特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体を用いた治療に適している対象は、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、基準Ｍａｙｏスコアの増加、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアの増加、および／または便中カルプロテクチンレベルの増加を示す。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体を用いた治療に適した対象を特定する方法は、対象のサンプル中の基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルを決定することを含む。
特定の実施形態では、対象の基準Ｍａｙｏスコアは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上増加する。一部の実施形態では、対象の基準Ｍａｙｏスコアは、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、または約１２よりも大きい。
一部の実施形態では、対象のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上増加する。一部の実施形態では、対象のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、約０、約０．１、約０．２、または約０．３より大きい。
特定の実施形態では、対象の便中カルプロテクチンレベルは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上増加する。一部の実施形態では、便中カルプロテクチンレベル（μｇ／ｇ）は、約１．５ｌｏｇ１０、約２．０ｌｏｇ１０、約２．５ｌｏｇ１０、約３．０ｌｏｇ１０、または約３．５ｌｏｇ１０よりも大きい。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体治療に適した対象を特定する方法は、対象に抗ＴＲＥＭ－１抗体の有効投与量を投与することをさらに含む。
治療の有効性を判定する方法
また本明細書において、その必要のある対象での疾患または障害の治療における抗ＴＲＥＭ－１抗体（すなわちアンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体）の有効性を判定する方法が開示される。一部の実施形態では、本明細書に開示される方法は、対象に抗ＴＲＥＭ－１抗体を投与すること、および対象のサンプル中のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、表３（上記）に列挙された一つ以上の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子（例えば、本明細書に開示される遺伝子）は、ＴＲＥＭ－１への天然ＴＲＥＭ－１リガンド（すなわちＰＧＬＹＲＰ１）の結合時に増加するが、ＴＲＥＭ－１へのアゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の結合時には増加しない。
一部の実施形態では、対象は、参照（例えば、投与前の対象における対応する値）と比較して、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与後にＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの増加を示す。特定の実施形態では、対象におけるＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルは、投与後に、参照（例えば、投与前の対象における対応する値）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。一部の実施形態では、投与後のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの低下は、抗ＴＲＥＭ－１抗体が対象において有効である（例えば、疾患または障害に関連する一つ以上の症状を低下および／または予防する）ことを示す。
一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの低下は、一つ以上の他の生物学的マーカーの低下と相関する。一部の実施形態では、一つ以上の他の生物学的マーカーは、基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、便中カルプロテクチンレベル、またはそれらの組み合わせを含む。したがって一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の有効性の判定方法は、対象に抗ＴＲＥＭ－１抗体を投与すること、および対象のサンプル中の基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルを決定することを含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルが、参照（例えば、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与前の対象における対応する値）と比較して低下している場合に、有効である（例えば、疾患または障害に関連する一つ以上の症状を低下および／または予防する）。
一部の実施形態では、基準Ｍａｙｏスコアは、参照（例えば、投与前の対象における対応する値）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。特定の実施形態では、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、参照（例えば、投与前の対象における対応する値）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。一部の実施形態では、便中カルプロテクチンレベルは、参照（例えば、投与前の対象における対応する値）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与前に、対象は、少なくとも約４、少なくとも約５、少なくとも約６、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９、少なくとも約１０、少なくとも約１１、または少なくとも約１２の基準Ｍａｙｏスコアを有する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与前に、対象は、約０、約０．１、約０．２、または約０．３より大きいグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアを有する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与前に、対象は、約１．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．０ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約３．０ｌｏｇ１０よりも大きい、または約３．５ｌｏｇ１０よりも大きい便中カルプロテクチンレベルを有する
一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの測定は、対象への抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与の少なくとも１日後、少なくとも２日後、少なくとも３日後、少なくとも４日後、少なくとも５日後、少なくとも６日後、少なくとも７日後、少なくとも２週間後、少なくとも３週間後、または少なくとも４週間以上後に行われる。一部の実施形態では、基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルの決定は、対象への抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与の少なくとも１日後、少なくとも２日後、少なくとも３日後、少なくとも４日後、少なくとも５日後、少なくとも６日後、少なくとも７日後、少なくとも２週間後、少なくとも３週間後、または少なくとも４週間以上後に行われる。特定の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの測定、ならびに／または基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／もしくは便中カルプロテクチンレベルの決定は、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与後の複数の時点で行われる。
一部の実施形態では、対象は、抗ＴＲＥＭ－１抗体を継続して投与され、この場合において抗ＴＲＥＭ－１抗体治療は、対象において有効であると判定されている。一部の実施形態では、対象は、抗ＴＲＥＭ－１抗体の調整投与量を投与され、この場合において抗ＴＲＥＭ－１抗体の初期投与量は、対象において有効ではないと判定されている（例えば、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベル、Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルが、投与後に対象において低下していない）。
標準治療に対するノンレスポンダーを特定する方法
本開示はさらに、疾患または障害の標準治療に対するノンレスポンダーを特定する方法を提供する。本明細書で使用される場合、「ノンレスポンダー」という用語は、疾患または障害に関連する一つ以上の症状の改善を示さない対象を指す。本明細書で使用される場合、「標準治療」という用語は、特定のタイプの疾患に適切な治療として医学専門家によって承認され、医療従事者により広く使用される治療を指す。当該用語は、以下の用語のいずれかと相互交換可能に使用され得る：「ベストプラクティス」、「標準医療」、および「標準療法」。一部の実施形態では、疾患または障害は、炎症性腸疾患（例えば、潰瘍性大腸炎またはクローン病）を含み、標準治療は、薬剤（例えば、抗炎症剤、免疫抑制剤および抗生物質）、栄養サプリメント、および外科手術を含む。特定の実施形態では、標準治療は、抗ＴＮＦ－α抗体を含む。一部の実施形態では、抗ＴＮＦ－α抗体は、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、セルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、ゴリムマブ（ＳＩＭＰＯＮＩ（登録商標））、またはそれらの組み合わせを含む。他の実施形態では、標準治療は、経口コルチコステロイドを含む。一部の実施形態では、標準治療は、抗ＩＰ－１０抗体を含む。
一部の実施形態では、標準治療に対するノンレスポンダーを特定する方法は、過去に当該標準治療を受けた対象のサンプル中のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、表３（上記）に列挙された一つ以上の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子（例えば、本明細書に開示される遺伝子）は、ＴＲＥＭ－１への天然ＴＲＥＭ－１リガンド（すなわちＰＧＬＹＲＰ１）の結合時に増加するが、ＴＲＥＭ－１へのアゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の結合時には増加しない。
一部の実施形態では、対象におけるＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルが、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、増加している場合に、対象はノンレスポンダーである。特定の実施形態では、対象におけるＴＲＥＭ－１関連遺伝子（例えば、本明細書に開示される遺伝子）の発現レベルは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上増加する。
一部の実施形態では、対象におけるＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルが、参照（例えば、標準治療の投与前の対象）と比較して、低下しない場合に、対象はノンレスポンダーである。一部の実施形態では、対象におけるＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルは、参照（例えば、標準治療の投与前の対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。
上述のように、一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子（例えば、本明細書に開示される遺伝子）の発現レベルは、例えば基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルなどの一つ以上の他の生物学的マーカーと相関する。したがって一部の実施形態では、疾患または障害の標準治療に対するノンレスポンダーを特定する方法は、過去に標準治療を受けた対象のサンプル中の基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルを決定することを含む。
一部の実施形態では、対象の基準Ｍａｙｏスコアが、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、増加している場合に、対象はノンレスポンダーである。特定の実施形態では、ノンレスポンダーの基準Ｍａｙｏスコアは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上増加する。特定の実施形態では、標準治療に対するノンレスポンダーは、少なくとも約４、少なくとも約５、少なくとも約６、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９、少なくとも約１０、少なくとも約１１、または少なくとも約１２の基準Ｍａｙｏスコアを有する。
一部の実施形態では、対象のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアが、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、増加している場合に、対象はノンレスポンダーである。一部の実施形態では、ノンレスポンダーのグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上増加する。特定の実施形態では、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、約０よりも大きく、約０．１よりも大きく、約０．２よりも大きく、または約０．３よりも大きい。
一部の実施形態では、対象の便中カルプロテクチンレベルが、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、増加している場合に、対象はノンレスポンダーである。一部の実施形態では、本明細書に開示されるノンレスポンダーの便中カルプロテクチンレベルは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上増加する。一部の実施形態では、ノンレスポンダーの便中カルプロテクチンレベルは、約１．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．０ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約３．０ｌｏｇ１０よりも大きい、または約３．５ｌｏｇ１０よりも大きい。
一部の実施形態では、標準治療を受けた後に対象のＭａｙｏスコアが低下しなかった場合に、対象は、標準治療に対するノンレスポンダーである。特定の実施形態では、対象のＭａｙｏスコアは、参照（例えば、標準治療の投与前の対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下しなかった。
一部の実施形態では、標準治療を受けた後に対象のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアが低下しなかった場合に、対象は、ノンレスポンダーである。一部の実施形態では、対象のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、参照（例えば、標準治療の投与前の対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下しなかった。
一部の実施形態では、標準治療を受けた後に対象の便中カルプロテクチンレベルが低下しなかった場合に、対象は、ノンレスポンダーである。一部の実施形態では、対象の便中カルプロテクチンレベルは、参照（例えば、標準治療の投与前の対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下しなかった。
一部の実施形態では、標準治療の投与前のノンレスポンダー対象の基準Ｍａｙｏスコアは、少なくとも約４、少なくとも約５、少なくとも約６、少なくとも約７、少なくとも約８、少なくとも約９、少なくとも約１０、少なくとも約１１、または少なくとも約１２である。一部の実施形態では、標準治療の投与前のノンレスポンダー対象のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、約０よりも大きく、約０．１よりも大きく、約０．２よりも大きく、または約０．３よりも大きい。一部の実施形態では、標準治療の投与前のノンレスポンダー対象の便中カルプロテクチンレベルは、約１．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．０ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約３．０ｌｏｇ１０よりも大きい、または約３．５ｌｏｇ１０よりも大きい。
一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの測定は、対象への抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与の少なくとも１日後、少なくとも２日後、少なくとも３日後、少なくとも４日後、少なくとも５日後、少なくとも６日後、少なくとも７日後、少なくとも２週間後、少なくとも３週間後、または少なくとも４週間以上後に行われる。一部の実施形態では、基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルの決定は、対象への抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与の少なくとも１日後、少なくとも２日後、少なくとも３日後、少なくとも４日後、少なくとも５日後、少なくとも６日後、少なくとも７日後、少なくとも２週間後、少なくとも３週間後、または少なくとも４週間以上後に行われる。
一部の実施形態では、本明細書に開示される方法は、標準治療に対するノンレスポンダーとして特定された対象に、追加の治療剤を投与することをさらに含む。特定の実施形態では、追加の治療剤は、抗ＴＲＥＭ－１抗体を含む。
疾患または障害を治療する方法
本明細書において、その必要のある対象において疾患または障害を治療する方法が開示され、当該方法は、抗ＴＲＥＭ－１抗体（すなわち、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体）の有効投与量を当該対象に投与することを含み、この場合において当該対象は、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの増加を示す。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、表３（上記）に列挙された一つ以上の遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子（例えば、本明細書に開示される遺伝子）は、ＴＲＥＭ－１への天然ＴＲＥＭ－１リガンド（すなわちＰＧＬＹＲＰ１）の結合時に増加するが、ＴＲＥＭ－１へのアゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の結合時には増加しない。
一部の実施形態では、対象のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上増加する。
一部の実施形態では、対象への抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与は、参照（例えば、投与前の対象における対応する値）と比較して、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを低下させる。特定の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルは、投与後に、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与前、対象は、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、基準Ｍａｙｏスコアの増加、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアの増加、および／または便中カルプロテクチンレベルの増加を示す。
特定の実施形態では、対象の基準Ｍａｙｏスコアは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上増加する。一部の実施形態では、対象の基準Ｍａｙｏスコアは、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与前、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、または約１２よりも大きい。
一部の実施形態では、対象のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上増加する。一部の実施形態では、対象のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与前、約０よりも大きく、約０．１よりも大きく、約０．２よりも大きく、または約０．３よりも大きい。
特定の実施形態では、対象の便中カルプロテクチンレベルは、参照（例えば、健康な対象など、疾患または障害に罹患していない対象）と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上増加する。一部の実施形態では、便中カルプロテクチンレベル（μｇ／ｇ）は、投与前、約１．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．０ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約３．０ｌｏｇ１０よりも大きい、または約３．５ｌｏｇ１０よりも大きい。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与は、対象において、参照（例えば、投与前の対象における対応する値）と比較して、基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルを低下させる。一部の実施形態では、基準Ｍａｙｏスコアは、投与後、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。特定の実施形態では、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、投与後、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。一部の実施形態では、便中カルプロテクチンレベルは、投与後、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する。
一部の実施形態では、その必要のある対象において疾患または障害を治療する方法は、対象への抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与前に、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定すること、ならびに／または基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／もしくは便中カルプロテクチンレベルを決定することをさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される疾患または障害を治療する方法は、対象への抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与後に、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定すること、ならびに／または基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／もしくは便中カルプロテクチンレベルを決定することをさらに含む。特定の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定すること、ならびに／または基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／もしくは便中カルプロテクチンレベルを決定することは、抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与の少なくとも１日後、少なくとも２日後、少なくとも３日後、少なくとも４日後、少なくとも５日後、少なくとも６日後、少なくとも７日後、少なくとも２週間後、少なくとも３週間後、または少なくとも４週間以上後に行われる。
本明細書に開示される方法および組成物は、幅広い疾患または障害に使用することができ（例えば、治療するために使用することができ）、この場合において当該疾患または障害は、ＴＲＥＭ－１活性の増加と関連している。一部の実施形態では、疾患または障害は、脱顆粒の増加、活性酸素種の生成、および／または好中球による炎症促進性サイトカインの放出と関連する。特定の実施形態では、疾患または障害は、単球の活性化、および／または単球による炎症性のサイトカインおよびケモカインの産生の増加と関連する。一部の実施形態では、疾患または障害は、低酸素症と関連している。一部の実施形態では、疾患または障害は、細胞表面のＴＲＥＭ－１タンパク質発現の増加、および／または可溶性ＴＲＥＭ－１タンパク質のレベルの増加と関連している。
そのような疾患の非限定的な例としては、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、過敏性腸症候群、関節リウマチ（ＲＡ）、乾癬、乾癬性関節炎、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、ループス腎炎、Ｉ型糖尿病、グレーブス病、多発性硬化症（ＭＳ）、自己免疫性心筋炎、川崎病、冠動脈疾患、慢性閉塞性肺疾患、間質性肺疾患、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、全身性硬化症、変形性関節症、アトピー性皮膚炎、白斑、移植片対宿主病、シェーグレン症候群、自己免疫性腎炎、グッドパスチャー症候群、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害、アレルギー、喘息、および急性炎症または慢性炎症のいずれかの結果である他の自己免疫性疾患が挙げられる。一部の実施形態では、疾患または障害は、炎症性腸疾患である。特定の実施形態では、炎症性腸疾患は、クローン病および潰瘍性大腸炎を含む。
一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルが測定される対象のサンプルは、組織、血液、血清、血漿、唾液、尿、またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、またはカルプロテクチンレベルが決定される対象のサンプルは、組織、血液、血清、血漿、唾液、尿、またはそれらの組み合わせを含む。
ＩＩＩ．抗ＴＲＥＭ－１抗体
本開示の特定の態様は、その必要のある対象に、抗ＴＲＥＭ－１抗体（すなわち、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体）の治療有効量を投与することを含む。本開示における使用に適した抗ＴＲＥＭ－１抗体（またはそれから誘導されるＶＨ／ＶＬドメイン）は、当分野で公知の方法を使用して作製することができる。あるいは、当分野で認識されている抗ＴＲＥＭ－１抗体を使用することもできる。例えば、ＷＯ２０１６／００９０８６およびＷＯ２０１７／１５２１０２を参照のこと。当該文献は、その全体で参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に開示される方法において有用な抗ＴＲＥＭ－１抗体（例えば、完全ヒトモノクローナル抗体）は、特定の機能的な特性または性能を特徴としており、それらは詳細な説明を通して提示される。一部の実施形態では、本発明方法で使用することができる抗ＴＲＥＭ－１抗体は、以下の特性のうちの一つ以上を示す：
（ａ）可溶性および／または膜結合型のヒトＴＲＥＭ－１に（例えば、ＴＲＥＭ－１リガンド（例えば、ＰＧＬＹＲＰ１）が結合する細胞外ドメイン上の部位で）結合する、
（ｂ）一種以上の非ヒト霊長類に由来するＴＲＥＭ－１（例えば、カニクイザルのＴＲＥＭ－１）と交差反応する、
（ｃ）ＰＧＬＹＲＰ１のＴＲＥＭ－１への結合をブロッキングまたは阻害する、
（ｄ）活性化時に細胞（例えば、マクロファージ、樹状細胞、好中球）による炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ－６、ＴＮＦ－α、ＩＬ－８、ＩＬ－１β、ＩＬ－１２、およびそれらの組み合わせ）の産生をブロッキングまたは阻害する；
（ｅ）骨髄細胞（例えば、樹状細胞）による炎症促進性サイトカインの放出を誘導しない、
（ｆ）一種以上のＦｃγＲに結合しない、
（ｇ）８０ｍｇ／ｍＬの濃度で約５ｃＰ未満、または１３０ｍｇ／ｍＬの濃度で約１０ｃＰ未満の粘度プロファイルを有する、および／または
（ｈ）対象への投与後の炎症性サイトカインストームの発症を低下または予防する。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１に、高いアフィニティで結合し、例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）で測定された場合に（例えば、実施例に記載される）、１０-7Ｍ以下、１０-8Ｍ以下、１０-9Ｍ（１ｎＭ）以下、１０-10Ｍ以下、１０-11Ｍ以下、１０-12Ｍ以下、１０-12Ｍ～１０-7Ｍ、１０-11Ｍ～１０-7Ｍ、１０-10Ｍ～１０-7Ｍ、または１０-9Ｍ～１０-7ＭのＫDで結合する。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、カニクイザルＴＲＥＭ－１に、例えばＢＩＡＣＯＲＥ（商標）により決定された場合に（例えば、実施例に記載される）、１０-7Ｍ以下、１０-8Ｍ以下、１０-9Ｍ以下、１０-10Ｍ以下、１０-11Ｍ以下、１０-12Ｍ以下、１０-12Ｍ～１０-7Ｍ、１０-11Ｍ～１０-7Ｍ、１０-10Ｍ～１０-7Ｍ、または１０-9Ｍ～１０-7ＭのＫDで結合する。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１への結合に関し、ｍＡｂ ０１７０および／またはｍＡｂ ０３１８と交差競合する。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、カニクイザルＴＲＥＭ－１への結合に関しても、ｍＡｂ ０１７０および／またはｍＡｂ ０３１８と交差競合する。言い換えると、本発明方法で使用することができる抗ＴＲＥＭ－１抗体は、特定の実施形態では、ｍＡｂ ０１７０および／またはｍＡｂ ０３１８と同じ「ビン」に属する。
ｍＡｂ ０１７０抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を有し、この場合においてＶＨは、配列番号１３のアミノ酸１～１２１を含み、およびＶＬは、配列番号１４のアミノ酸１～１１１を含む。ｍＡｂ ０１７０抗体も、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を有し、この場合において（ａ）重鎖ＣＤＲ１は、配列番号１３のアミノ酸３１～３５を含み、（ｂ）重鎖ＣＤＲ２は、配列番号１３のアミノ酸５０～６８を含み、（ｃ）重鎖ＣＤＲ３は、配列番号１３のアミノ酸１０１～１１０を含み、（ｄ）軽鎖ＣＤＲ１は、配列番号１４のアミノ酸２４～３８を含み、（ｅ）軽鎖ＣＤＲ２は、配列番号１４のアミノ酸５４～６０を含み、および（ｆ）軽鎖ＣＤＲ３は、配列番号１４のアミノ酸９３～１０１を含む。ＷＯ２０１６／００９０８６を参照のこと。当該文献は、その全体で参照により本明細書に組み込まれる。
したがって一部の実施形態では、本開示に有用な抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＶＨおよびＶＬを含み、この場合においてＶＨは、配列番号１５に記載されるアミノ酸配列（すなわち、配列番号１３のアミノ酸１～１２１）を含み、ＶＬは、配列番号１６に記載されるアミノ酸配列（すなわち、配列番号１４のアミノ酸１～１１１）を含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨは、配列番号１７に記載されるＣＤＲ１配列（ＴＹＡＭＨ）、配列番号１８に記載されるＣＤＲ２配列（ＲＩＲＴＫＳＳＮＹＡＴＹＹＡＡＳＶＫＧ）、および配列番号１９に記載されるＣＤＲ３配列（ＤＭＧＩＲＲＱＦＡＹ）を含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＬは、配列番号２０に記載されるＣＤＲ１配列（ＲＡＳＥＳＶＤＴＦＤＹＳＦＬＨ）、配列番号２１に記載されるＣＤＲ２配列（ＲＡＳＮＬＥＳ）、および配列番号２２に記載されるＣＤＲ３配列（ＱＱＳＮＥＤＰＹＴ）を含む。
ｍＡｂ ０３１８抗体は、配列番号１５を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号２３を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を有する。国際特許出願公開２０１６／００９０８６を参照のこと。ｍＡｂ ０３１８はまた、配列番号１５のアミノ酸３１～３５、５０～６８、および１０１～１１０にそれぞれ対応する重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有する。ｍＡｂ ０３１８抗体の軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、配列番号２３のアミノ酸２４～３８、５４～６０、および９３～１０１に対応する。
したがって一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号１５および２３のそれぞれＶＨおよびＶＬを含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨは、配列番号１５のアミノ酸３１～３５（ＴＹＡＭＨ）のＣＤＲ１配列を含み、この場合においてアミノ酸のうちの一つは、異なるアミノ酸により置換され得る。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨは、配列番号１５のアミノ酸５０～６８（ＲＲＩＲＴＫＳＳＮＹＡＴＹＹＡＡＳＶＫＧ）のＣＤＲ２配列を含み、この場合においてアミノ酸のうちの一つ、二つ、または三つは、異なるアミノ酸により置換され得る。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨは、配列番号１５のアミノ酸１０１～１１０（ＤＭＧＩＲＲＱＦＡＹ）のＣＤＲ３配列を含み、この場合においてアミノ酸のうちの一つ、二つ、または三つは、異なるアミノ酸により置換され得る。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＬは、配列番号２３のアミノ酸２４～３８（ＲＡＳＱＳＶＤＴＦＤＹＳＦＬＨ）のＣＤＲ１配列を含み、この場合においてアミノ酸のうちの一つ、二つ、または三つは、異なるアミノ酸により置換され得る。他の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＬは、配列番号２３のアミノ酸５４～６０（ＲＡＳＮＬＥＳ）のＣＤＲ２配列を含み、この場合においてアミノ酸のうちの一つまたは二つは、異なるアミノ酸で置換され得る。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＬは、配列番号２３のアミノ酸９３～１０１（ＱＱＳＮＱＤＰＹＴ）のＣＤＲ３配列を含み、この場合においてアミノ酸のうちの一つまたは二つは、異なるアミノ酸で置換され得る。
抗体のＣＤＲ中のメチオニン残基は酸化される可能性があり、それにより潜在的に化学的分解が生じ、結果として抗体の効力が低下する。したがって本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および／または軽鎖のＣＤＲ中に、酸化分解を受けないアミノ酸残基で置換される一つ以上のメチオニン残基を有してもよい。一部の実施形態では、重鎖のＣＤＲ１およびＣＤＲ３中のメチオニン残基は、酸化分解を受けないアミノ酸残基（例えば、グルタミンまたはロイシン）で置換される。したがって一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨは、配列番号２６のアミノ酸１０１～１１０（ＤＱＧＩＲＲＱＦＡＹ）、または配列番号２７のアミノ酸１０１～１１０（ＤＬＧＩＲＲＱＦＡＹ）のＣＤＲ３配列を含む。他の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨは、配列番号２８のアミノ酸３１～３５（ＴＹＡＱＨ）、または配列番号２９のアミノ酸３１～３５（ＴＹＡＬＨ）のＣＤＲ１配列を含む。同様に一部の実施形態では、脱アミド化部位は、抗ＴＲＥＭ－１抗体、特にＣＤＲから除去されてもよい。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨおよびＶＬは、国際特許出願公開ＷＯ２０１７／１５２１０２Ａ２に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨ配列およびＶＬ配列を含む。当該文献は、その全体で参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＬは、ＷＯ２０１７／１５２１０２の配列番号９－２７からなる群から選択されるＣＤＲ１配列、ＷＯ２０１７／１５２１０２の配列番号２８－４０からなる群から選択されるＣＤＲ２配列、および／またはＷＯ２０１７／１５２１０２の配列番号４１－１１９からなる群から選択されるＣＤＲ３配列を含む。一つの実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨは、ＷＯ２０１７／１５２１０２の配列番号１２０－１４３からなる群から選択されるＣＤＲ１配列、ＷＯ２０１７／１５２１０２の配列番号１４４－１７２からなる群から選択されるＣＤＲ２配列、および／またはＷＯ２０１７／１５２１０２の配列番号１７３－２４７からなる群から選択されるＣＤＲ３配列を含む。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ｍＡｂ ０３１８抗体のＣＤＲおよび／または可変領域配列に対し、少なくとも８０％の同一性（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９５％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の同一性）を有するＣＤＲおよび／または可変領域配列を含む。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＷＯ２０１７／１５２１０２の配列番号３９６－４７５からなる群から選択される重鎖可変領域（ＶＨ）、および／またはＷＯ２０１７／１５２１０２の配列番号３１６－３９５からなる群から選択される軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）を含み、この場合においてＨＣは、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、または配列番号５３を含む。一部の実施形態では、ＬＣは、配列番号５４を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において当該重鎖および軽鎖は、表７に示されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において重鎖は、配列番号３０と記載されるアミノ酸配列を含み、および軽鎖は、配列番号３４と記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において重鎖は、配列番号３１と記載されるアミノ酸配列を含み、および軽鎖は、配列番号３４と記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において重鎖は、配列番号３２と記載されるアミノ酸配列を含み、および軽鎖は、配列番号３４と記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において重鎖は、配列番号３３と記載されるアミノ酸配列を含み、および軽鎖は、配列番号３４と記載されるアミノ酸配列を含む。
例えば配列番号３０～３４など、本明細書に記載される重鎖または軽鎖のいずれかに対し、少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％または８０％同一であるアミノ酸配列を含む重鎖および軽鎖は、例えば本明細書に詳述される特徴などの所望の特徴を有する抗ＴＲＥＭ－１抗体を形成させるために使用され得る。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において重鎖は、配列番号３０、３１、３２または３３に記載されるアミノ酸配列に対し、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含み、および軽鎖は、配列番号３４に記載されるアミノ酸配列に対し、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明方法で使用され得る抗ＴＲＥＭ－１抗体は、エピトープ操作（ｅｐｉｔｏｐｅ－ｓｔｅｅｒｅｄ）されている。本明細書で使用される場合、「エピトープ操作された」という用語は、ヒトＴＲＥＭ－１（配列番号１）のＤ３８～Ｌ４５、Ｅ４６～Ｑ５６、および／またはＹ９０～Ｌ９６以外のエピトープに結合するように選択される抗ＴＲＥＭ－１抗体を指す。一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１（例えば、アイソフォーム１、配列番号１）の（１）27ＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬ37（配列番号５０）、（２）88ＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭ100（配列番号５１）、（３）120ＫＥＰＨＭＬＦＤＲ128（配列番号５２）、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のエピトープに結合する。
本明細書に記載されるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば実施例に記載される方法など、当分野で公知の任意の方法により作製することができる。一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、上記のエピトープ（例えば、配列番号１のアミノ酸残基３８～４８）のうちの一つで変異を含むヒトＴＲＥＭ－１ポリペプチドを用いて動物（例えば、マウス）を免疫化することにより生成することができる。免疫化が為された時点で、生成された抗体を、ヒトＴＲＥＭ－１への結合に関してさらに特徴解析してもよい。一部の実施形態では、対象となるエピトープを含む合成ペプチドを合成し、そしてこれを使用して動物（例えば、マウス）を免疫化してもよい。一部の実施形態では、対象となるエピトープを含む代替的足場（例えば、第１０ヒトフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、１０Ｆｎ３またはα３Ｄ、高度に熱安定性の３ヘリックスバンドルタンパク質）を使用してもよい。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体（すなわちエピトープ操作された抗体）は、ＴＲＥＭ－１（例えば、ヒトまたはカニクイザル）への結合に関し、ｍＡｂ ０１７０および／またはｍＡｂ ０３１８と交差競合しない。言い換えると、特定の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ｍＡｂ ０１７０および／またはｍＡｂ ０３１８として異なる「ビン」に属する。
一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＶＨおよびＶＬを含み、この場合において、
（ａ）ＶＨおよびＶＬは、配列番号５３および５４としてそれぞれ記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｂ）ＶＨおよびＶＬは、配列番号５５および５６としてそれぞれ記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｃ）ＶＨおよびＶＬは、配列番号５５および５７としてそれぞれ記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｄ）ＶＨおよびＶＬは、配列番号５８および５９としてそれぞれ記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｅ）ＶＨおよびＶＬは、配列番号６０および５６としてそれぞれ記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｆ）ＶＨおよびＶＬは、配列番号１５３および１５４としてそれぞれ記載されるアミノ酸配列を含み、または
（ｇ）ＶＨおよびＶＬは、配列番号１５３および１５５としてそれぞれ記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号５３、５５、５８、６０、および１５３からなる群から選択される重鎖可変領域のＣＤＲを含む。一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号５４、５６、５７、５９、１５４、および１５５からなる群から選択される軽鎖可変領域のＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、本発明方法で使用することができるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖可変領域（ＶＬ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、この場合において、
（ａ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号６１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号６２として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号６３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号６４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号６５として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号６６として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号６７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号６８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号６９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号７０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７２として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号６７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号６８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号６９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号６４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号６５として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号３８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号７４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号７５として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号７６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号７０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号７９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号８０として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号８１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号７０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７２として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１５９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１６０として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１６１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号７０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１６２として記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｇ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１５９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１６０として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１６１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号７０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１３３として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明方法で使用することができるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖可変領域（ＶＬ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、この場合においてＣＤＲのうちの一つ以上は、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体と比較して、一つ以上のアミノ酸変異（例えば、置換または欠失）を含む。したがって特定の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５を含むＶＨ ＣＤＲ１を含み、この場合においてＸ１はＳまたはＮであり、Ｘ２はＳ、Ｙ、またはＥであり、Ｘ３はＹ Ｇ、またはＡであり、Ｘ４はＷ、ＭまたはＩであり、そしてＸ５はＳ、Ｔ、Ｈ、またはＮである。一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、およびＸ１７を含むＶＨ ＣＤＲ２を含み、この場合においてＸ１はＹ Ｖ、またはＧであり、Ｘ２はＴまたはＩであり、Ｘ３はＷ、Ｉ、または無しであり、Ｘ４はＨ、Ｙ、またはＰであり、Ｘ５はＹ、Ｄ、またはＩであり、Ｘ６はＳ、Ｇ、またはＦであり、Ｘ７はＧ、Ｓ、またはＤであり、Ｘ８はＩ、Ｙ、Ｎ、またはＴであり、Ｘ９はＳ、Ｔ、またはＫであり、Ｘ１０はＮまたはＹであり、Ｘ１１はＹまたはＧであり、Ｘ１２はＮまたはＡであり、Ｘ１３はＰ、Ｄ、またはＱであり、Ｘ１４はＳまたはＫであり、Ｘ１５はＬ、Ｖ、またはＦであり、Ｘ１６はＫまたはＱであり、そしてＸ１７はＳまたはＧである。一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｇ、Ｘ１３、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｄ、およびＸ１９を含むＶＨ ＣＤＲ３を含み、この場合において、Ｘ１はＥ、Ｄ、Ｍ、Ｔ、または無しであり、Ｘ２はＧ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ３はＹ、Ｒ、または無しであり、Ｘ４はＤ、Ｈ、Ｇ、または無しであり、Ｘ５はＩ、Ｙ、または無しであり、Ｘ６はＬ、Ｙ、または無しであり、Ｘ７はＴ、Ｇ、Ｎ、または無しであり、Ｘ８はＧ、Ｓ、Ｙ、または無しであり、Ｘ９はＹ、Ｖ、Ｔ、Ｆ、またはＨであり、Ｘ１０はＥ、Ｌ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ１１はＹ、Ｗ、Ｆ、またはＨであり、Ｘ１２はＹまたはＦであり、Ｘ１３はＥまたは無しであり、Ｘ１４はＬまたは無しであり、Ｘ１５はＬまたは無しであり、Ｘ１６はＰまたは無しであり、Ｘ１７はＬまたは無しであり、Ｘ１８はＭまたはＬであり、そしてＸ１９はＶまたはＹである。特定の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は．Ｒ、Ａ、Ｓ、Ｑ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｓ、Ｓ、Ｘ４、Ｌ、およびＡを含むＶＬ ＣＤＲ１を含み、この場合においてＸ１はＳまたはＧであり、Ｘ２はＶまたはＩであり、Ｘ３はＳまたは無しであり、そしてＸ４はＹまたはＡである。一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｘ１、Ａ、Ｓ、Ｓ、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４を含むＶＬ ＣＤＲ２を含み、この場合においてＸ１はＧ、ＤまたはＡであり、Ｘ２はＲまたはＬであり、Ｘ３はＡ、Ｅ、またはＱであり、そしてＸ４はＴまたはＳである。特定の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｑ、Ｑ、Ｘ１、Ｘ２、Ｓ、Ｘ３、Ｐ、Ｘ４、およびＴを含むＶＬ ＣＤＲ３を含み、この場合において、Ｘ１はＹまたはＦであり、Ｘ２はＧまたはＮであり、Ｘ３はＳまたはＹであり、そしてＸ４はＬ、Ｙ、Ｉ、または無しである。
一部の実施形態では、本開示に有用な抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、この場合において、
（ａ）ＶＨは、配列番号８２に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）ＶＨは、配列番号８４に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８５に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）ＶＨは、配列番号８６に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）ＶＨは、配列番号８８に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）ＶＨは、配列番号８８に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆ）ＶＨは、配列番号８８に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇ）ＶＨは、配列番号９１に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈ）ＶＨは、配列番号８８に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉ）ＶＨは、配列番号９３に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｊ）ＶＨは、配列番号９５に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋ）ＶＨは、配列番号９７に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌ）ＶＨは、配列番号９７に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｍ）ＶＨは、配列番号９７に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９９に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎ）ＶＨは、配列番号９７に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１００に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｏ）ＶＨは、配列番号９７に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１０１に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｐ）ＶＨは、配列番号９７に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｑ）ＶＨは、配列番号１０２に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｒ）ＶＨは、配列番号１０２に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号９２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｓ）ＶＨは、配列番号１０３に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｔ）ＶＨは、配列番号１０４に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｕ）ＶＨは、配列番号１０５に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１０６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｖ）ＶＨは、配列番号１０７に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１０８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｗ）ＶＨは、配列番号１０９に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｘ）ＶＨは、配列番号１１０に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１１１に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｙ）ＶＨは、配列番号１１２に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８９に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｚ）ＶＨは、配列番号１５６に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１５７に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ａａ）ＶＨは、配列番号１５６に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｂｂ）ＶＨは、配列番号８８に記載される前記アミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１５８に記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本開示に有用な抗ＴＲＥＭ－１抗体は、エピトープ操作されていない（すなわち、ＴＲＥＭ－１（ヒトまたはカニクイザル）への結合に関し、ｍＡｂ ０１７０および／またはｍＡｂ ０３１８と交差競合し得る）。一部の実施形態では、エピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号８２、８４、８６、８８、９１、９３、９５、９７、１０２、１０３、１０４、１０５、１０７、１０９、１１０、１１２、および１５６からなる群から選択される重鎖可変領域のＣＤＲを含む。一部の実施形態では、エピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、８３、８５、８７、８９、９０、９２、９４、９６、９８、９９、１００、１０１、１０６、１０８、１１１、１５７および１５８からなる群から選択される軽鎖可変領域のＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、本開示のエピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖可変領域（ＶＬ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、この場合において、
（ａ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号７４、１１３、１１８、１２２、１２８、１３６、１３９、１４２および１６３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｂ）ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１１４、１１９、１２３、１２６、１２７、１２９、１３１、１３４、１３７、１４０、１４３、１４６、１４９、および１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｃ）ＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１１５、１２０、１２４、１３０、１３５、１３８、１４１、１４４、１４５、１４７、１５０、および１６５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｄ）ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６および４２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｅ）ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７および６５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、および／または
（ｆ）ＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７３、７８、１１７、１２１、１２５、１３３、１４８、および１６６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体（エピトープ操作されていない）は、ＶＨのＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびにＶＬのＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において、
（ａ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１１３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１１４として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１１５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１１７として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１１８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１１９として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１２０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１２１として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１２３として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１２４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１２５として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１２６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１２４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１２６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１２４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１１７として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１２７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１２４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１２９として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１３０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１３１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１３２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１１７として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１３１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１３２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１３３として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｊ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１３１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１３２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１３１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１２４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１１７として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号７４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１３４として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１３５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１１７として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｍ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１３６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１３７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１３８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１１７として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１３９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１４０として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１４１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｏ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１４２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１４３として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１４４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１２５として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｐ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１４２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１４３として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１４５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１１７として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｑ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号７４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１４６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１４７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１４８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｒ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号７４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１４９として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１５０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｓ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１６３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１６４として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１６５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１６６として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｔ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１６３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１６４として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１６５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号７７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１１７として記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｔ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１２２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１２６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１２４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号１６７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号６５として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号７３として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本発明方法で使用することができる抗ＴＲＥＭ－１抗体は、本明細書に記載されるＣＤＲおよび／または可変領域配列（例えば、表９）に対し、少なくとも８０％の同一性（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９５％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の同一性）を有するＣＤＲおよび／または可変領域配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は重鎖および軽鎖を含み、この場合において、重鎖は、本明細書に開示される重鎖定常領域（例えば、配列番号４７、４８、１１または１２）に融合された、本明細書に開示されるＶＨドメイン（例えば、表９に提示されるもの）を含む。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は重鎖および軽鎖を含み、この場合において、軽鎖は、本明細書に開示される軽鎖定常領域（例えば、配列番号３５）に融合された、本明細書に開示されるＶＬドメイン（例えば、表９に提示されるもの）を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において重鎖は、配列番号１６８－２０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、および／または軽鎖は、配列番号２０３－２１０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載される重鎖または軽鎖のいずれかに対し、少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％または８０％同一であるアミノ酸配列を含む重鎖および軽鎖は、例えば本明細書に詳述される特徴などの所望の特徴を有する抗ＴＲＥＭ－１抗体を形成させるために使用され得る。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ１抗体は、重鎖定常領域を含み、この場合において重鎖定常領域は、ＥＵナンバリングにより、Ｋ２１４Ｒ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ｄ３５６Ｅ、Ｌ３５８Ｍおよびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖定常領域を含み、この場合において重鎖定常領域は、ＥＵナンバリングにより、Ｋ２１４Ｒ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０Ｓ、Ｐ３３１Ｓ、Ｄ３５６Ｅ、Ｌ３５８Ｍおよびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖定常領域を含み、この場合において重鎖定常領域は、ＥＵナンバリングにより、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、Ｐ２３８Ｓおよびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖定常領域を含み、この場合において重鎖定常領域は、ＥＵナンバリングにより、Ｓ１３１Ｃ、Ｋ１３３Ｒ、Ｇ１３７Ｅ、Ｇ１３８Ｓ、Ｑ１９６Ｋ、Ｉ１９９Ｔ、Ｎ２０３Ｄ、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、Ｐ２３８Ｓおよびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は、ｍＡｂ ０３１８抗体と同じエピトープの一つ以上で、抗ＴＲＥＭ－１に結合する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１（例えば、アイソフォーム１、配列番号１）の（ｉ）Ａ２１、Ｔ２２、Ｋ２３、Ｌ２４、Ｔ２５、Ｅ２６およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される少なくとも一つのアミノ酸残基、および（ｉｉ）Ａ４９、Ｓ５０、Ｓ５１、Ｑ５２、Ｋ５３、Ａ５４、Ｗ５５、Ｑ５６、１５７、１５８、Ｒ５９、Ｄ６０、Ｇ６１、Ｅ６２、Ｍ６３、Ｐ６４、Ｋ６５、Ｔ６６、Ｌ６７、Ａ６８、Ｃ６９、Ｔ７０、Ｅ７１、Ｒ７２、Ｐ７３、Ｓ７４、Ｋ７５、Ｎ７６、Ｓ７７、Ｈ７８、Ｐ７９、Ｖ８０、Ｑ８１、Ｖ８２、Ｇ８３、Ｒ８４、１８５およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される少なくとも一つのアミノ酸残基、および（ｉｉｉ）Ｃ１１３、Ｖ１１４、１１１５、Ｙ１１６、Ｑ１１７、Ｐ１１８、Ｐ１１９およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される少なくとも一つのアミノ酸残基、で特異的に結合する能力を有する。ＷＯ２０１６／００９０８６を参照のこと。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば、ＨＸ－ＭＳまたはＸ線回折を使用して決定される場合、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のアミノ酸Ｄ３８～Ｆ４８に特異的に結合する能力を有する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば、ＨＸ－ＭＳまたはＸ線回析を使用して決定される場合、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のアミノ酸残基Ｄ３８、Ｖ３９、Ｋ４０、Ｃ４１、Ｄ４２、Ｙ４３、Ｔ４４、およびＬ４５のうちの一つ、二つ、三つ、四つ、五つ、六つ、七つ、またはすべて、および配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のＥ４６、Ｋ４７、およびＦ４８からなる群から選択されるアミノ酸残基のうちの一つ、二つまたはすべて、を含むエピトープを有する。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＴＲＥＭ－１のバリアントおよび表面プラズモン共鳴を使用して決定される場合、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のＤ４２、Ｅ４６、Ｄ９２、およびＨ９３からなる群から選択されるアミノ酸残基のうちの一つ、二つ、三つ、またはすべてを含むエピトープを有する。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＴＲＥＭ－１のバリアントおよび表面プラズモン共鳴を使用して決定される場合、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）の少なくともアミノ酸残基Ｅ４６および／またはＤ９２を含むエピトープを有する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のＬ３１、１８６、およびＶ１０１からなる群から選択されるアミノ酸残基の一つ、二つ、またはすべてを含む。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば、ＨＸ－ＭＳまたはＸ線回折を使用して決定される場合、カニクイザルＴＲＥＭ－１（配列番号７）のアミノ酸残基Ｅ１９～Ｌ２６を含むポリペプチドに特異的に結合する能力を有する。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１に特異的に結合する能力を有し、この場合において当該抗体のエピトープは、配列番号１のＶ３９、Ｋ４０、Ｃ４１、Ｄ４２、Ｙ４３、Ｌ４５、Ｅ４６、Ｋ４７、Ｆ４８、およびＡ４９からなる群から選択されるアミノ酸残基のうちの一つ、二つ、三つ、四つ、五つ、六つ、七つ、八つ、九つまたはすべてを含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１に特異的に結合する能力を有し、この場合において当該抗体のエピトープは、配列番号１のＤ４２を含む。他の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１に特異的に結合する能力を有し、この場合において当該抗体のエピトープは、配列番号１のＥ４６を含む。一部の実施形態では、抗体のエピトープは、配列番号１のＶ３９、Ｃ４１、Ｄ４２、Ｙ４３、Ｌ４５を含み得る。さらなる実施形態では、抗体のエピトープは、配列番号１のＥ４６、Ｋ４７、およびＡ４９を含み得る。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のエピトープは、配列番号１のＦ４８をさらに含み得る。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は変異を含み、この場合において当該抗体の軽鎖ＣＤＲ１およびＣＤＲ３の領域中の一つ以上の負電荷残基は、非電荷残基と置換される。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号２３のアミノ酸残基Ｄ１、Ｄ３０、Ｄ３３、Ｄ７４、Ｄ９８、Ｅ２７、およびＥ９７のうちの一つ以上で、グリシン、アラニン、セリン、アスパラギン、グルタミン、スレオニン、システイン、およびチロシンからなる群から選択されるアミノ酸残基との置換を含む。これらの変異は、本明細書において、「電荷パッチ」変異と呼称される。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号１５のＦａｂ－Ｆａｂ相互作用領域中に変異を含み、Ｆａｂ－Ｆａｂの二量体化が減少する。抗体が二つのＦａｂを含んでいるため、多量体化が粘度に影響を及ぼす可能性があることが、過去にｍＡｂ ０３１８抗体を用いて示されている。これらの変異は、「Ｆａｂ－Ｆａｂ相互作用」変異と呼称される。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号１５の残基Ｙ３２、Ｒ５２、Ｓ５５、Ｓ５６、Ｎ５７、Ａ５９、Ｍ１０２、Ｉ１０４、およびＲ１０６、または配列番号２３のＦ３２、Ｄ３３、Ｙ３４、Ｙ５３、Ｒ５４、およびＤ９８のうちのいずれか一つで、グリシン、アラニン、セリン、アスパラギン、グルタミン、スレオニン、システイン、リシン、アルギニン、トリプトファン、ヒスチジンおよびチロシンからなる群から選択されるアミノ酸残基との変異を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号２３の３２位で変異を含み、この場合においてフェニルアラニンは、アミノ酸残基のグリシン、セリン、スレオニン、システイン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、およびメチオニンから選択されるアミノ酸に変異される。そのような変異は、配列番号１のＹ９０位のＡｌａ置換が、ＴＲＥＭ－１に対する配列番号３のアフィニティを改善したという実験結果に基づいている。Ｙ９０は、配列番号２３のフェニルアラニン残基と相互作用することが判明している。Ｆａｂ－ＴＲＥＭ－１の相互作用を改善するための配列番号２３の変異は、「Ｆａｂ－ＴＲＥＭ－１相互作用」変異と呼称される。本明細書において、その可変領域が、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のＦｃなどのＦｃに結合される（例えば、共有結合される、または融合される）抗ＴＲＥＭ－１抗体が提供され、任意のアロタイプまたは同型アロタイプ（ｉｓｏａｌｌｏｔｙｐｅ）のものであってもよく、例えばＩｇＧ１に関しては：Ｇ１ｍ、Ｇ１ｍ１（ａ）、Ｇ１ｍ２（ｘ）、Ｇ１ｍ３（ｆ）、Ｇ１ｍ１７（ｚ）；ＩｇＧ２に関しては：Ｇ２ｍ、Ｇ２ｍ２３（ｎ）；ＩｇＧ３に関しては：Ｇ３ｍ、Ｇ３ｍ２１（ｇ１）、Ｇ３ｍ２８（ｇ５）、Ｇ３ｍ１１（ｂ０）、Ｇ３ｍ５（ｂ１）、Ｇ３ｍ１３（ｂ３）、Ｇ３ｍ１４（ｂ４）、Ｇ３ｍ１０（ｂ５）、Ｇ３ｍ１５（ｓ）、Ｇ３ｍ１６（ｔ）、Ｇ３ｍ６（ｃ３）、Ｇ３ｍ２４（ｃ５）、Ｇ３ｍ２６（ｕ）、Ｇ３ｍ２７（ｖ）；そしてＫに関しては：Ｋｍ、Ｋｍ１、Ｋｍ２、Ｋｍ３であってもよい（例えば、Ｊｅｆｆｒｉｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００９）ｍＡｂｓ １：１を参照のこと）。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体の可変領域は、例えばＩｇＧ１などのエフェクターが無い、またはほとんどエフェクターが無いＦｃに結合される。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の可変領域は、一つ以上のＦｃγＲに対する結合が低下したＦｃ、または結合することができないＦｃに結合される。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨドメインは、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４などのヒトＩｇＧの定常ドメイン（すなわちＦｃ）に融合されてもよく、それらは例えば本明細書に詳述されるように、天然または改変されている。例えば、ＶＨドメインは、例えば以下の野生型ヒトＩｇＧ１定常ドメインアミノ酸配列：
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号９）または配列番号９のアロタイプバリアントの配列、などの例えばＩｇＧ１などのヒトＩｇＧの定常領域に融合された、本明細書に記載される任意のＶＨドメインのアミノ酸配列を含んでもよく、および以下のアミノ酸配列を有してもよい：
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号４６、アロタイプ特異的アミノ酸残基は下線の太字部分である）。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨドメインは、例えば、以下のエフェクターが無いヒトＩｇＧ１定常ドメインアミノ酸配列：
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＡＥＧＡＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号４７、「ＩｇＧ１．１ｆ」、ＥＵナンバリングに従い、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０Ｓ、およびＰ３３１Ｓの置換を含む（下線部分））、
または
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＡＥＧＡＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号４８、「ＩｇＧ１．３ｆ」、ＥＵナンバリングに従い、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、およびＧ２３７Ａの置換を含む（下線部分））、などのエフェクターの無い定常領域に融合された、本明細書に記載される任意のＶＨドメインのアミノ酸配列を含んでもよい。
例えば、ＩｇＧ１のアロタイプバリアントは、Ｋ９７Ｒ、Ｄ２３９Ｅ、および／またはＬ２４１Ｍ（上記の下線の太字部分、および配列番号４６－４８に従いナンバリング）を含む。全長重鎖領域内で、およびＥＵナンバリングに従い、これらアミノ酸置換は、Ｋ２１４Ｒ、Ｄ３５６Ｅ、およびＬ３５８Ｍと番号付けられる。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の定常領域は、配列番号４６－４８に番号付けられるようにアミノ酸Ｌ１１７、Ａ１１８、Ｇ１２０、Ａ２１３、およびＰ２１４（上記の下線部分）で、またはＥＵナンバリングに従いアミノ酸Ｌ２３４、Ａ２３５、Ｇ２３７、Ａ３３０、およびＰ３３１で、一つ以上の変異または置換をさらに含む。さらなる実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の定常領域は、配列番号４６－４８のアミノ酸Ｌ１１７Ａ、Ａ１１８Ｅ、Ｇ１２０Ａ、Ａ２１３Ｓ、およびＰ２１４Ｓで、またはＥＵナンバリングに従いアミノ酸Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０Ｓ、およびＰ３３１Ｓで、一つ以上の変異または置換を含む。抗ＴＲＥＭ－１抗体の定常領域は、配列番号９のＬ１１７Ａ、Ａ１１８Ｅ、およびＧ１２０Ａで、またはＥＵナンバリングに従いＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、およびＧ２３７Ａで、一つ以上の変異または置換を含んでもよい。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨドメインは、例えば、以下のアミノ酸配列：
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＳＰＰＳＰＡＰＥＬＬＧＧＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１１、「ＩｇＧ１－Ａｂａ」、ＥＵナンバリングに従い、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、およびＰ２３８Ｓの置換を含む（下線部分））、または
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＳＰＰＳＰＡＰＥＬＬＧＧＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１２、「ＩｇＧ４－Ａｂａ」、ＥＵナンバリングに従い、Ｓ１３１Ｃ、Ｋ１３３Ｒ、Ｇ１３７Ｅ、Ｇ１３８Ｓ、Ｑ１９６Ｋ、Ｉ１９９Ｔ、Ｎ２０３Ｄ、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、およびＰ２３８Ｓの置換を含む（下線部分））、を含むＩｇＧ１定常ドメインに融合された、本明細書に記載される任意のＶＨドメインのアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載されるＶＬドメインは、ヒトのカッパ軽鎖またはラムダ軽鎖の定常ドメインに融合され得る。例えば、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＬドメインは、以下のヒトＩｇＧ１カッパ軽鎖アミノ酸配列：
ＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号３５）に融合された、本明細書に記載される任意のＶＬドメインのアミノ酸配列を含み得る。
特定の実施形態では、重鎖定常領域は、Ｃ末端でリシンまたは別のアミノ酸を含む。例えば、重鎖中に以下のような最後のアミノ酸を含む：ＬＳＰＧＫ（配列番号１５１）。特定の実施形態では、重鎖定常領域は、Ｃ末端で一つ以上のアミノ酸を欠き、および例えば、Ｃ末端配列のＬＳＰＧ（配列番号１５２）またはＬＳＰを有する。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の可変領域は、エフェクターが無い、またはほとんどエフェクターが無いＦｃに結合される。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の可変領域は、本明細書に記載されるＩｇＧ１．１ｆ、ＩｇＧ１．３ｆ、ＩｇＧ１－Ａｂａ、およびＩｇＧ４－Ａｂａからなる群から選択されるＦｃに結合される。
概して、本明細書に記載される可変領域は、典型的には、例えばＦｃ受容体結合、炎症性サイトカインの放出、血清半減期、補体結合、および／または抗原依存性細胞傷害活性などの抗体の一つ以上の機能的特性を変化させる改変を一つ以上含むＦｃに結合され得る。さらに本明細書に記載の抗体は、化学的に改変されてもよく（例えば、一つ以上の化学的部分が抗体に結合されてもよい）、または改変されてそのグリコシル化を変化させ、抗体の一つ以上の機能的特性を変化されてもよい。これらの実施形態の各々は、以下に詳細に記述される。Ｆｃ領域中の残基のナンバリングは、ＫａｂａｔのＥＵインデックスのナンバリングである。
Ｆｃ領域は、免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ならびに例えばＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、およびＩｇＭなどの他のクラス）の定常領域に由来し、当該定常領域の断片、アナログ、バリアント、変異体または誘導体を含む。免疫グロブリンの定常領域は、免疫グロブリンＣ末端領域に相同な天然ポリペプチドまたは合成されたポリペプチドとして定義され、ＣＨ１ドメイン、ヒンジ、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメイン、またはＣＨ４ドメインを別々に、または組み合わせて含み得る。
Ｉｇ分子は、複数のクラスの細胞受容体と相互作用する。例えば、ＩｇＧ分子は、抗体のＩｇＧクラスに特異的な三つのクラスのＦｃγ受容体（ＦｃγＲ）、すなわち、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、およびＦｃγＲＩＩＩと相互作用する。ＩｇＧのＦｃγＲ受容体への結合に重要な配列は、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメイン内に位置することが報告されている。抗体の血清半減期は、当該抗体がＦｃ受容体（ＦｃＲ）に結合する能力に影響を受ける。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＦｃ領域は、バリアントＦｃ領域であり、例えば、親Ｆｃ配列（例えば、その後に改変されて、バリアントを生成する非改変Ｆｃポリペプチド）と比較して（例えばアミノ酸の置換、欠失および／または挿入により）改変されており、それにより所望の構造的特性および／または生物学的活性を提供するＦｃ配列である。
例えば、（ａ）抗体依存性細胞介在性細胞傷害活性（ＡＤＣＣ）が増加した、または減少したＦｃバリアント、（ｂ）補体介在性細胞傷害活性（ＣＤＣ）が増加したまたは低下したＦｃバリアント、（ｃ）Ｃ１ｑに対するアフィニティが増加した、または低下したＦｃバリアント、および／または（ｄ）親Ｆｃと比較してＦｃ受容体に対するアフィニティが増加した、または低下したＦｃバリアントを生成するために、Ｆｃ領域中に改変を行うことができる。そうしたＦｃ領域バリアントは概して、Ｆｃ領域中に少なくとも一つのアミノ酸改変を含む。アミノ酸改変の組み合わせるは、特に望ましいと考えられる。例えば、バリアントＦｃ領域は、例えば本明細書に特定される、特定のＦｃ領域の位置など、領域中に２、３、４、５個などの置換を含み得る。
バリアントＦｃ領域は配列変化も含み得、この場合においてジスルフィド結合形成に関与するアミノ酸が除去されるか、または他のアミノ酸と置換される。そのような除去によって、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体を産生するために使用される宿主細胞中に存在する他のシステイン含有タンパク質との反応が回避され得る。システイン残基が除去された場合でも、一本鎖Ｆｃドメインは依然として二量体Ｆｃドメインを形成することができ、当該二量体Ｆｃドメインは非共有結合で保持される。他の実施形態では、Ｆｃ領域は、選択された宿主細胞との適合性が高まるように改変され得る。例えば、典型的な天然Ｆｃ領域のＮ末端近傍のＰＡ配列を除去してもよい。ＰＡ配列は、例えばプロリンイミノペプチダーゼなどの大腸菌中の消化酵素によって認識され得る。他の実施形態では、Ｆｃドメイン内の一つ以上のグリコシル化部位を除去してもよい。典型的にはグリコシル化される残基（例えば、アスパラギン）は、細胞溶解性の反応をもたらすことができる。そのような残基は削除されてもよく、または非グリコシル化残基（例えば、アラニン）で置換されてもよい。他の実施形態では、例えばＣ１ｑ結合部位など、補体との相互作用に関与する部位をＦｃ領域から除去してもよい。例えば、ヒトＩｇＧ１のＥＫＫ配列を削除または置換してもよい。特定の実施形態では、Ｆｃ受容体への結合に影響を及ぼす部位、好ましくは、サルベージ受容体結合部位以外の部位を除去してもよい。他の実施形態では、Ｆｃ領域は、ＡＤＣＣ部位を取り除くように改変されてもよい。ＡＤＣＣ部位は当分野で公知であり、例えば、ＩｇＧ１中のＡＤＣＣ部位に関しては、Ｓａｒｍａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２９（５）：６３３－９（１９９２）を参照のこと。バリアントＦｃドメインの具体的な例は、例えば、ＷＯ９７／３４６３１およびＷＯ９６／３２４７８に開示されている。
一部の実施形態では、Ｆｃのヒンジ領域は、当該ヒンジ領域中のシステイン残基の数が変わるように、例えば増加または減少するように改変される。当該方法は、Ｂｏｄｍｅｒらによる米国特許第５，６７７，４２５号に詳述されている。Ｆｃのヒンジ領域中のシステイン残基の数は、例えば、軽鎖と重鎖のアセンブリを促進するように、または抗体の安定性が増加または低下するように変更される。一つの実施形態では、抗体のＦｃヒンジ領域は、抗体の生物学的半減期を減少させるように変異される。より具体的には、Ｆｃ－ヒンジ断片のＣＨ２－ＣＨ３ドメインのインターフェース領域に一つ以上のアミノ酸変異が導入され、それにより抗体は、天然のＦｃ－ヒンジドメインＳｐＡ結合と比較して、ブドウ球菌タンパク質Ａ（ＳｐＡ）結合が減弱される。この方法は、Ｗａｒｄらによる米国特許第６，１６５，７４５号に詳述される。
さらに他の実施形態では、Ｆｃ領域は、少なくとも一つのアミノ酸残基を、異なるアミノ酸残基で置換して、抗体のエフェクター機能を変化させることによって変化する。例えば、アミノ酸残基２３４、２３５、２３６、２３７、２９７、３１８、３２０、３２２、３３０、および／または３３１から選択される一つ以上のアミノ酸が、異なるアミノ酸残基と置換され、それにより、抗体は、エフェクターリガンドに対するアフィニティが変化し、しかし親抗体の抗原結合能力は保持され得る。アフィニティが変化するエフェクターリガンドは、例えば、Ｆｃ受容体または補体のＣ１成分であってもよい。この方法は、Ｗｉｎｔｅｒらによる米国特許第５，６２４，８２１号および第５，６４８，２６０号に詳述される。
一部の実施形態では、アミノ酸残基３２９、３３１、および３２２から選択される一つ以上のアミノ酸が、異なるアミノ酸残基と置換され、それにより、抗体は、Ｃ１ｑ結合を変化させ、および／または補体依存性細胞傷害活性（ＣＤＣ）が低減もしくは無効化され得る。この方法は、Ｉｄｕｓｏｇｉｅらの米国特許第６，１９４，５５１号に詳述される。
一部の実施形態では、アミノ酸２３１位および２３９位内の一つ以上のアミノ酸残基が変化し、それにより、補体を結合する抗体の能力が変化する。この方法は、Ｂｏｄｍｅｒらによる国際特許出願公開ＷＯ９４／２９３５１に詳述される。
一部の実施形態では、以下の位置で一つ以上のアミノ酸を改変することにより、Ｆｃ領域を改変して、抗体依存性細胞傷害活性（ＡＤＣＣ）を低減させ、および／またはＦｃγ受容体に対するアフィニティを低下させてもよい：ることができる：２３４、２３５、２３６、２３８、２３９、２４０、２４１、２４３、２４４、２４５、２４７、２４８、２４９、２５２、２５４、２５５、２５６、２５８、２６２、２６３、２６４、２６５、２６７、２６８、２６９、２７０、２７２、２７６、２７８、２８０、２８３、２８５、２８６、２８９、２９０、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９８、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１２、３１３、３１５、３２０、３２２、３２４、３２５、３２６、３２７、３２９、３３０、３３１、３３２、３３３、３３４、３３５、３３７、３３８、３４０、３６０、３７３、３７６、３７８、３８２、３８８、３８９、３９８、４１４、４１６、４１９、４３０、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、または４３９。例示的な置換としては、２３６Ａ、２３９Ｄ、２３９Ｅ、２６８Ｄ、２６７Ｅ、２６８Ｅ、２６８Ｆ、３２４Ｔ、３３２Ｄ、および３３２Ｅが挙げられる。例示的なバリアントとしては、２３９Ｄ／３３２Ｅ、２３６Ａ／３３２Ｅ、２３６Ａ／２３９Ｄ／３３２Ｅ、２６８Ｆ／３２４Ｔ、２６７Ｅ／２６８Ｆ、２６７Ｅ／３２４Ｔ、および２６７Ｅ／２６８Ｆ／３２４Ｔが挙げられる。ＦｃγＲと補体の相互作用を強化する他の改変としては限定されないが、２９８Ａ、３３３Ａ、３３４Ａ、３２６Ａ、２４７１、３３９Ｄ、３３９Ｑ、２８０Ｈ、２９０Ｓ、２９８Ｄ、２９８Ｖ、２４３Ｌ、２９２Ｐ、３００Ｌ、３９６Ｌ、３０５１、および３９６Ｌが挙げられる。これらの改変および他の改変は、Ｓｔｒｏｈｌ，２００９，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２０：６８５－６９１に概要が記載される。
Ｆｃに為され得る他のＦｃ改変は、ＦｃγＲおよび／または補体タンパク質への結合を低減または除去するための改変であり、それにより、例えばＡＤＣＣ、ＡＤＣＰ、およびＣＤＣなどのＦｃ介在性のエフェクター機能が低減または除去される。例示的な改変としては限定されないが、２３４、２３５、２３６、２３７、２６７、２６９、３２５、３２８、３３０、および／または３３１（例えば、３３０および３３１）の位置での置換、挿入および欠失が挙げられる。ナンバリングはＥＵインデックスに従う。例示的な置換としては限定されないが、２３４Ａ、２３５Ｅ、２３６Ｒ、２３７Ａ、２６７Ｒ、２６９Ｒ、３２５Ｌ、３２８Ｒ、３３０Ｓ、および３３１Ｓ（例えば、３３０Ｓおよび３３１Ｓ）が挙げられる。ナンバリングはＥＵインデックスに従う。Ｆｃバリアントは、２３６Ｒ／３２８Ｒを含み得る。ＦｃγＲと補体の相互作用を低減するための他の改変としては、２９７Ａ、２３４Ａ、２３５Ａ、２３７Ａ、３１８Ａ、２２８Ｐ、２３６Ｅ、２６８Ｑ、３０９Ｌ、３３０Ｓ、３３１Ｓ、２２０Ｓ、２２６Ｓ、２２９Ｓ、２３８Ｓ、２３３Ｐ、および２３４Ｖの置換、ならびに変異的手段もしくは酵素的手段、またはタンパク質をグリコシル化しない細菌などの生物体において産生することによる、２９７位でのグリコシル化の除去が挙げられる。これらの改変および他の改変は、Ｓｔｒｏｈｌ，２００９，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２０：６８５－６９１に概要が記載される。
任意で、Ｆｃ領域は、当分野に公知の追加の位置および／または代替的な位置で、非天然アミノ酸残基を含んでもよい（例えば、米国特許第５，６２４，８２１号、第６，２７７，３７５号、第６，７３７，０５６号、第６，１９４，５５１号、第７，３１７，０９１号、第８，１０１，７２０号、国際特許出願公開ＷＯ００／４２０７２、ＷＯ０１／５８９５７、ＷＯ０２／０６９１９、ＷＯ０４／０１６７５０、ＷＯ０４／０２９２０７、ＷＯ０４／０３５７５２、ＷＯ０４／０７４４５５、ＷＯ０４／０９９２４９、ＷＯ０４／０６３３５１、ＷＯ０５／０７０９６３、ＷＯ０５／０４０２１７、ＷＯ０５／０９２９２５、およびＷＯ０６／０２０１１４を参照のこと）。
自身のリガンドに対するＦｃ領域のアフィニティおよび結合の特性は、当分野に公知の様々なインビトロアッセイ法（生化学系または免疫学系のアッセイ）により決定することができ、限定されないが、平衡法（例えば酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）または放射免疫アッセイ（ＲＩＡ））、または動態（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ解析）、および例えば間接結合アッセイ、競合阻害アッセイ、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）、ゲル電気泳動およびクロマトグラフィー（例えばゲルろ過）等の他の方法が挙げられる。これらの方法および他の方法は、試験される構成要素のうちの一つ以上に標識を利用することができ、および／または限定されないが、発色性、蛍光性、発光性、または同位体性の標識を含む様々な検出方法を採用することができる。結合アフィニティおよび動態に関する詳細な記述は、Ｐａｕｌ，Ｗ．Ｅ．，ｅｄ．，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ Ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ－Ｒａｖｅｎ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（１９９９）に見出すことができ、当該文献は、抗体－免疫原の相互作用に焦点を当てている。
特定の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＦｃγＲへの結合が低減した、または結合することができないＦｃを含む。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列からなる重鎖、および配列番号３４に記載されるアミノ酸配列からなる軽鎖を含む抗体と比較して、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩＡ（ＣＤ３２）、ＦｃγＲＩＩＢ（ＣＤ３２）、ＦｃγＲＩＩＩＡ（ＣＤ１６ａ）、Ｆｃ－ＲＩＩＩＢ（ＣＤ１６ｂ）、またはそれらの任意の組み合わせに対する結合アフィニティが低下している。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号３０に記載されるアミノ酸配列からなる重鎖、および配列番号３４に記載されるアミノ酸配列からなる軽鎖を含む抗体と比較して、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）に対する結合アフィニティが低下している。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、（ａ）ＥＵナンバリングに従い、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換、（ｂ）ＥＵナンバリングに従い、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０Ｓ、Ｐ３３１Ｓ、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換、（ｃ）ＥＵナンバリングに従い、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、Ｐ２３８Ｓ、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換、または（ｄ）ＥＵナンバリングに従い、Ｓ１３１Ｃ、Ｋ１３３Ｒ、Ｇ１３７Ｅ、Ｇ１３８Ｓ、Ｑ１９６Ｋ、Ｉ１９９Ｔ、Ｎ２０３Ｄ、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、Ｐ２３８Ｓおよびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換、を含むＩｇＧ１ Ｆｃバリアントを含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、（ａ）ＩｇＧ１アイソタイプであり、以下からなる群から選択されるアミノ酸残基で、Ｆｃ領域中に一つ以上のアミノ酸置換を含む：Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、Ｄ２７０Ａ、Ｄ２６５Ａ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、Ｐ２３８Ｓ、Ｅ２３３Ｐ、Ｌ２３４Ｖ、Ｐ２３８Ａ、Ａ３２７Ｑ、Ａ３２７Ｇ、Ｐ３２９Ａ、Ｋ３２２Ａ、Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、Ｐ３３１Ｓ、Ｔ３９４Ｄ、Ａ３３０Ｌ、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、Ｌ３２８Ｅ、Ｐ２３８Ｄ、Ｓ２６７Ｅ、Ｌ３２８Ｆ、Ｅ２３３Ｄ、Ｇ２３７Ｄ、Ｈ２６８Ｄ、Ｐ２７１Ｇ、Ａ３３０Ｒおよびそれらの任意の組み合わせであり、残基のナンバリングはＥＵまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、またはグリシン２３６に相当する位置でＦｃ領域中にアミノ酸の欠失を含む、（ｂ）ＩｇＧ２アイソタイプであり、以下からなる群から選択されるアミノ酸残基で、Ｆｃ領域中に一つ以上のアミノ酸置換を含む：Ｐ２３８Ｓ、Ｖ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｈ２６８Ａ、Ｈ２６８Ｑ、Ｈ２６８Ｅ、Ｖ３０９Ｌ、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、Ａ３３０Ｓ、Ｐ３３１Ｓ、Ｃ２３２Ｓ、Ｃ２３３Ｓ、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、およびそれらの任意の組み合わせであり、残基のナンバリングは、ＥＵまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、または（ｃ）ＩｇＧ４アイソタイプであり、以下からなる群から選択されるアミノ酸残基でＦｃ領域中に一つ以上のアミノ酸置換を含む：Ｅ２３３Ｐ、Ｆ２３４Ｖ、Ｌ２３４Ａ／Ｆ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｅ３１８Ａ、Ｓ２２８Ｐ、Ｌ２３６Ｅ、Ｓ２４１Ｐ、Ｌ２４８Ｅ、Ｔ３９４Ｄ、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、およびそれらの任意の組み合わせであり、残基のナンバリングは、ＥＵまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う。一部の実施形態では、（ａ）Ｆｃ領域は、Ａ３３０Ｌ、Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、Ｐ３３１Ｓおよびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸残基で一つ以上の追加のアミノ酸置換をさらに含み、残基のナンバリングは、ＥＵまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、（ｂ）Ｆｃ領域は、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される位置で一つ以上の追加のアミノ酸置換をさらに含み、残基のナンバリングは、ＥＵまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、または（ｃ）Ｆｃ領域は、ＥＵまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、Ｓ２２８Ｐのアミノ酸置換をさらに含む。ＷＯ２０１７／１５２１０２を参照のこと。
特定の実施形態では、補体結合が低下したＦｃが選択される。補体結合が低下した例えばＩｇＧ１ Ｆｃなどの例示的なＦｃは、以下の二つのアミノ酸置換を有する：Ａ３３０ＳおよびＰ３３１Ｓ。
特定の実施形態では、エフェクター機能が本質的にないＦｃが選択される。すなわち、ＦｃγＲへの結合が低下し、補体結合が低下している。エフェクターの無い例えばＩｇＧ１ Ｆｃなどの例示的なＦｃは、以下の五つの変異を含む：Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０Ｓ、およびＰ３３１Ｓ。
ＩＶ．核酸、ベクター、および細胞
本明細書に記載される別の態様は、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体をコードする核酸分子に関する。核酸は、全細胞、細胞溶解物中に存在してもよく、または部分精製された、もしくは実質的に純粋な形態で存在してもよい。他の細胞構成要素または他の混入物、例えば他の細胞核酸（例えば他の染色体ＤＮＡ、例えば、自然界で当該単離ＤＮＡに結合している染色体ＤＮＡ）またはタンパク質から、アルカリ／ＳＤＳ処置、ＣｓＣｌバンディング、カラムクロマトグラフィー、制限酵素、アガロースゲル電気泳動および当分野に公知の他の方法を含む標準的な技術により精製された場合、核酸は「単離された」または「実質的に純粋となる」。Ｆ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．（１９８７）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋを参照のこと。本明細書に記載される核酸は、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡであってもよく、イントロン配列を含有してもしなくてもよい。一部の実施形態では、核酸は、ｃＤＮＡ分子である。
本明細書に記載される核酸は、標準的な分子生物学的技術を使用して取得することができる。ハイブリドーマ（例えば、以下に詳述されるようにヒト免疫グロブリン遺伝子を担持するトランスジェニックマウスから調製されたハイブリドーマ）により発現される抗体については、ハイブリドーマから作製された抗体の軽鎖と重鎖をコードするｃＤＮＡは、標準的なＰＣＲ増幅技術またはｃＤＮＡクローニング技術により取得することができる。（例えば、ファージディスプレイ法を使用して）免疫グロブリン遺伝子ライブラリから取得された抗体については、抗体をコードする核酸は、ライブラリから収集することができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載される核酸は、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨ配列およびＶＬ配列をコードする核酸である。ＶＨ配列およびＶＬ配列をコードするＤＮＡ配列の例は、それぞれ配列番号３６－３９、２２６－２６０、および４０、２６１－２９５に記載される。
本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体を作製する方法は、例えば、それぞれ配列番号３６－３９、２２６－２６０、および４０、２６１－２９５など、シグナルペプチドとともに重鎖および軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む細胞株において、重鎖と軽鎖を発現させることを含み得る。これらのヌクレオチド配列を含む宿主細胞は、本明細書に包含される。
ＶＨセグメントおよびＶＬセグメントをコードするＤＮＡ断片が取得されたら、これらのＤＮＡ断片を標準的な組み換えＤＮＡ技術によりさらに操作して、例えば可変領域の遺伝子を、全長の抗体鎖遺伝子、Ｆａｂ断片の遺伝子、またはｓｃＦｖ遺伝子へと変化してもよい。これらの操作において、ＶＬまたはＶＨをコードするＤＮＡ断片は、例えば抗体定常領域または柔軟性のあるリンカーなどの別のタンパク質をコードする別のＤＮＡ断片に動作可能に連結される。この背景下で使用される場合、「動作可能に連結される」という用語は、二つのＤＮＡ断片によってコードされるアミノ酸配列がインフレームの状態を維持するように二つのＤＮＡ断片が結合されることを意味することが意図される。
ＶＨ領域をコードする単離ＤＮＡは、ＶＨコードＤＮＡを、重鎖定常領域（ヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２および／またはＣＨ３）をコードする別のＤＮＡ分子に動作可能に連結することによって、全長重鎖遺伝子に変換してもよい。ヒト重鎖定常領域遺伝子の配列は、当分野で公知であり（例えば、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２を参照のこと）、これら領域を包含するＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅により取得することができる。重鎖定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭまたはＩｇＤの定常領域であってもよく、例えば、ＩｇＧ２および／またはＩｇＧ４定常領域であってもよい。Ｆａｂ断片の重鎖遺伝子については、ＶＨをコードするＤＮＡは、重鎖ＣＨ１定常領域のみをコードする別のＤＮＡ分子に動作可能に連結されてもよい。
ＶＬ領域をコードする単離ＤＮＡは、ＶＬをコードするＤＮＡを、軽鎖定常領域のＣＬをコードする別のＤＮＡ分子に動作可能に連結することによって、全長軽鎖遺伝子（ならびにＦａｂ軽鎖遺伝子）に変換してもよい。ヒト軽鎖定常領域遺伝子の配列は、当分野で公知であり（例えば、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２を参照のこと）、これら領域を包含するＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅により取得することができる。軽鎖定常領域は、カッパまたはラムダ定常領域であってもよい。
本明細書に記載される別の態様は、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体ならびに関連するポリヌクレオチドおよび発現ベクターを（組み換えにより）発現する細胞（例えば宿主細胞）に関連する。本明細書において、抗ＴＲＥＭ－１抗体またはその断片をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含むベクターも提供される。一部の実施形態では、ベクターは、例えば哺乳動物細胞などの宿主細胞において、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体を組み換え発現することに使用され得る。一部の実施形態では、ベクターは、遺伝子療法に使用され得る。
本開示の好適なベクターとしては、発現ベクター、ウイルスベクター、およびプラスミドベクターが挙げられる。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。
本明細書で使用される場合、発現ベクターとは、挿入されたコード配列の転写および翻訳に必要な因子を含有する任意の核酸構築物を指し、またはＲＮＡウイルスベクターの場合には、適切な宿主細胞に導入されたときに、複製および翻訳に必要な因子を含有する任意の核酸構築物を指す。発現ベクターには、プラスミド、ファージミド、ウイルス、およびそれらの誘導体が含まれ得る。
本開示の発現ベクターは、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合部分をコードするポリヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分のコード配列は、発現制御配列に動作可能に連結される。本明細書で使用される場合、二つの核酸配列は、各構成要素の核酸配列がその機能性の保持が可能となるような方法で共有結合されている場合、動作可能に連結される。コード配列および遺伝子発現制御配列は、コード配列の発現もしくは転写および／または翻訳が、遺伝子発現制御配列の影響下または制御下に置かれるような方法で、それらが共有結合された時に、動作可能に連結されると言われる。５’遺伝子発現配列中のプロモーターの誘導がコード配列の転写をもたらす場合、および二つのＤＮＡ配列間の連結の性質が、（１）フレームシフト変異の導入をもたらさない場合、（２）コード配列の転写を誘導するプロモーター領域の能力を妨害しない場合、または（３）対応するＲＮＡ転写物がタンパク質へと翻訳される能力を妨害しない場合、当該二つのＤＮＡ配列は、動作可能に連結されると言われる。したがって、遺伝子発現配列が、当該コード拡散配列の転写を行うことができ、それにより得られた転写物が、所望の抗体またはその抗原結合部分へと翻訳される場合に、当該遺伝子発現配列は、コード拡散配列に動作可能に連結される。
ウイルスベクターとしては限定されないが、以下のウイルスに由来する核酸配列が挙げられる：モロニーマウス白血病ウイルス、ハーベイマウス肉腫ウイルス、マウス乳腺腫瘍ウイルス、およびラウス肉腫ウイルスなどのレトロウイルス；レンチウイルス；アデノウイルス；アデノ関連ウイルス；ＳＶ４０型ウイルス；ポリオーマウイルス；エプスタインバールウイルス；パピローマウイルス；ヘルペスウイルス；ワクシニアウイルス；ポリオウイルス；および例えばレトロウイルスなどのＲＮＡウイルス。当分野で周知の他のベクターも簡易に採用することができる。特定のウイルスベクターは、非必須遺伝子が対象となる遺伝子で置換されている、非細胞障害性の真核ウイルスに基づいている。非細胞傷害性ウイルスとしては、そのライフサイクルにゲノムウイルスＲＮＡのＤＮＡへの逆転写と、それに引き続く宿主細胞ＤＮＡへのプロウイルスの統合が含まれる、レトロウイルスが挙げられる。レトロウイルスは、ヒトの遺伝子治療試験に承認されている。最も有用なのは、複製欠損のレトロウイルスである（すなわち、所望のタンパク質の合成を誘導することはできるが、感染性粒子を作製することはできない）。そのような遺伝子改変レトロウイルス発現ベクターは、インビボでの高効率な遺伝子導入に対し、一般的な有用性を有している。複製欠損レトロウイルスを産生するための標準プロトコル（プラスミドへの外因性遺伝物質の組み込みの工程、プラスミドを含むパッケージング細胞株のトランスフェクションの工程、パッケージング細胞株による組換えレトロウイルスの産生の工程、組織培養培地からのウイルス粒子の回収の工程、およびウイルス粒子による標的細胞の感染の工程、を含む）は、Ｋｒｉｅｇｌｅｒ，Ｍ．，Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９０）、およびＭｕｒｒｙ，Ｅ．Ｊ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．７，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｃｌｉｆｆｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．（１９９１）に提示されている。
一部の実施形態では、ウイルスは、アデノ関連ウイルス、二本鎖ＤＮＡウイルスである。アデノ関連ウイルスは、複製欠損となるように操作されてもよく、広範な細胞型および細胞種に感染する能力を有する。例えば熱安定性や脂質溶媒安定性、造血細胞を含む多様な系統の細胞における高い形質導入頻度、および重複阻害の欠落などの利点をさらに有し、それにより多重形質導入が可能となる。アデノ関連ウイルスは、部位特異的な様式でヒト細胞ＤＮＡに統合することができ、それにより、挿入変異誘導の可能性が最小化され、およびレトロウイルス感染に特徴的な挿入遺伝子発現の変動性を最小化され得ることが報告されている。さらに、野生型アデノ関連ウイルス感染は、選択圧力の非存在下で、１００回を超える継代の組織培養において追跡されており、アデノ関連ウイルスのゲノム統合が比較的安定した事象であることが示唆される。アデノ関連ウイルスは、染色体外の様式でも機能し得る。
Ｖ．免疫結合体
本開示はまた、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体のいずれかを含む免疫結合体も提供する。一部の実施形態では、免疫結合体は、剤に結合された抗体またはその抗原結合部分を含む。一部の実施形態では、免疫結合体は、（例えば、治療剤または診断剤としての）剤に結合された本明細書に開示される二特異性分子を含む。
診断目的については、適切な剤は、検出可能な標識であり、全身撮像に対しては放射性同位体、サンプル検査に対しては放射性同位体、酵素、蛍光標識、および他の適切な抗体タグが挙げられる。本明細書に記載される任意の抗ＴＲＥＭ－１抗体に結合され得る検出可能な標識は、インビトロ診断の分野で現在使用されている様々なタイプのもののいずれであってもよく、例えば金コロイドなどの金属ゾルを含む粒子標識、例えば、Ｎ2Ｓ2，Ｎ3ＳまたはＮ4 型のペプチドキレート剤とともに提示されるＩ125またはＴｃ99などの同位体、蛍光マーカー、発光マーカー、リン光マーカーなどのを含む発色団、ならびに所与の基質を検出可能なマーカーへと転換する酵素標識、および例えばポリメラーゼ連鎖反応などの増幅後に明らかとなるポリヌクレオチドタグが挙げられる。適切な酵素標識としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼなどが挙げられる。例えば、標識は、酵素のアルカリホスファターゼであってもよく、例えばアダマンチルメトキシホスホリルオキシフェニルジオキセタン（ＡＭＰＰＤ：ａｄａｍａｎｔｙｌ ｍｅｔｈｏｘｙ ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌｏｘｙ ｐｈｅｎｙｌ ｄｉｏｘｅｔａｎｅ）、３－（４－（メトキシスピロ｛ｌ，２－ジオキセタン－３，２’－（５’－クロロ）トリシクロ｛３．３．１．１ ３，７｝デカン｝－４－イル）フェニルリン酸二ナトリウム（ＣＳＰＤ：ｄｉｓｏｄｉｕｍ ３－（４－（ｍｅｔｈｏｘｙｓｐｉｒｏ｛ｌ，２－ｄｉｏｘｅｔａｎｅ－３，２’－（５’－ｃｈｌｏｒｏ）ｔｒｉｃｙｃｌｏ｛３．３．１．１ ３，７｝ｄｅｃａｎ｝－４－ｙｌ）ｐｈｅｎｙｌ ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）などの１，２ジオキセタン基質、ならびにＣＤＰおよびＣＤＰ－ＳＴＡＲ（登録商標）または当分野に公知の他の発光基質、例えばＴｅｒｂｉｕｍ（ＩＩＩ）およびＥｕｒｏｐｉｕｍ（ＩＩＩ）などの適切なランタニドのキレート剤の転換後の化学発光の存在または形成を測定することにより検出される。検出手段は、選択された標識により決定される。標識またはその反応生成物の出現は、標識が粒子状であり、適切なレベルで蓄積する場合には肉眼で捉えることができ、または例えば分光光度計、ルミノメーター、蛍光光度計などの機器を使用して捉えることができる。それらすべて、標準的な慣行に従う。
一部の実施形態では、結合法によって、実質的に（またはほぼ）非免疫原性である結合が生じる。例えばペプチド－結合（すなわちアミド－結合）、スルフィド－結合、（立体障害）、ジスルフィド－結合、ヒドラゾン－結合、およびエーテル結合が生じる。これらの結合は、ほぼ非免疫原性であり、血清中で合理的な安定性を示す（例えば、Ｓｅｎｔｅｒ，Ｐ．Ｄ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１３（２００９）２３５－２４４；ＷＯ２００９／０５９２７８；ＷＯ９５／１７８８６を参照のこと）。
部分および抗体の生化学的性質に応じて、様々な結合戦略を採用することができる。部分が５０～５００アミノ酸の天然または組み換え物質である場合、タンパク質結合体の合成に関する化学技術に関して記述する教科書において、標準的な手順が存在しており、当業者は容易に従うことができる（例えば、Ｈａｃｋｅｎｂｅｒｇｅｒ，Ｃ．Ｐ．Ｒ．，ａｎｄ Ｓｃｈｗａｒｚｅｒ，Ｄ．，Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．４７（２００８）１００３０－１００７４を参照のこと）。一部の実施形態では、マレイミド部分と、抗体または部分内のシステイン残基との反応が使用される。例えば、抗体のＦａｂまたはＦａｂ’断片の場合には、これが特に適したカップリング化学法であり、使用される。あるいは一部の実施形態では、抗体または部分のＣ末端へのカップリングが実施される。例えばＦａｂ断片などのタンパク質のＣ末端の改変は、（Ｓｕｎｂｕｌ，Ｍ．ａｎｄ Ｙｉｎ，Ｊ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．７（２００９）３３６１－３３７１）に記載されるように実施することができる。
概して、部位特異的反応および共有結合カップリングは、天然アミノ酸を、存在する他の官能基の反応性に対してオルソゴナルな反応性を有するアミノ酸へと転換することに基づく。例えば稀な配列内の特定のシステインを、アルデヒド中で酵素的に転換させることができる（Ｆｒｅｓｅ，Ｍ．Ａ．，ａｎｄ Ｄｉｅｒｋｓ，Ｔ．，ＣｈｅｍＢｉｏＣｈｅｍ．１０（２００９）４２５－４２７を参照のこと）。また、所与の配列内の天然アミノ酸と、特定の酵素との特異的酵素反応を利用することにより、所望のアミノ酸改変を行うことも可能である（例えば、Ｔａｋｉ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．Ｄｅｓ．Ｓｅｌ．１７（２００４）１１９－１２６；Ｇａｕｔｉｅｒ，Ａ．ｅｔ ａｌ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１５（２００８）１２８－１３６を参照のこと。およびＢｏｒｄｕｓａ，Ｆ．，Ｈｉｇｈｌｉｇｈｔｓ ｉｎ Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００４）３８９－４０３による、Ｃ－Ｎ結合のプロテアーゼ触媒形成が使用される）。部位特異的な反応および共有結合カップリングも、、末端アミノ酸を適切な改変試薬と選択的に反応させることにより、実現され得る。
Ｎ末端システインとベンゾニトリルの反応性（Ｒｅｎ，Ｈ．ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．４８（２００９）９６５８－９６６２）を使用して、部位特異的共有結合カップリングを実現することもできる。
ネイティブケミカルライゲーションも、Ｃ末端システイン残基に依存し得る（Ｔａｙｌｏｒ，Ｅ．Ｖｏｇｅｌ；Ｉｍｐｅｒｉａｌｉ，Ｂ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（２００９），２２（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ），６５－９６）。
ＵＳ６４３７０９５ Ｂ１は、負電荷アミノ酸配列内のシステインと、正電荷アミノ酸配列中に位置するシステインとのより急速な反応に基づく結合法を記述している。
部分は、合成ペプチドまたはペプチド模倣体であってもよい。ポリペプチドが化学的に合成される場合、オルソゴナルな化学反応性を有するアミノ酸を、かかる合成中に組んでもよい（例えば、ｄｅ Ｇｒａａｆ，Ａ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ．Ｃｈｅｍ．２０（２００９）１２８１－１２９５を参照のこと）。多種多様なオルソゴナル性の官能基が懸案となっており、また合成ペプチドに導入することができるため、そのようなペプチドをリンカーに結合することは、標準的な化学法である。
単標識ポリペプチドを取得するために、１：１の化学量論を用いた結合体は、クロマトグラフィーにより他の結合体副産物から分離することができる。この手順は、色素標識された結合ペア要素、および荷電リンカーを使用することによって容易に行うことができる。この種の標識され、非常に負電荷の強い結合ペア要素を使用することにより、荷電の差異、および分子量の差異を選択に使用することができるため、単結合されたポリペプチドを、非標識ポリペプチドおよび複数のリンカーを担持するポリペプチドから容易に分離することができる。蛍光色素は、標識された一価結合物質などの非結合の構成要素からの複合体の精製に有用であり得る。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体に付加される部分は、結合部分、標識部分、および生物活性部分からなる群から選択される。
本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、治療剤に結合され、例えば抗体－薬剤結合体（ＡＤＣ：ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅ）などの免疫結合体を形成することもできる。好適な治療剤としては、代謝拮抗剤、アルキル化剤、ＤＮＡ副溝結合物質、ＤＮＡインターカレーター、ＤＮＡ架橋剤、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、核輸送阻害剤、プロテアソーム阻害剤、トポイソメラーゼＩまたはＩＩの阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、抗生物質、および抗有糸分裂剤が挙げられる。ＡＤＣでは、抗体および治療剤は、例えばペプチジル、ジスルフィド、またはヒドラゾンリンカーなどの切断可能なリンカーを介して結合されることが好ましい。一部の実施形態では、リンカーは、例えばＶａｌ－Ｃｉｔ、Ａｌａ－Ｖａｌ、Ｖａｌ－Ａｌａ－Ｖａｌ、Ｌｙｓ－Ｌｙｓ、Ｐｒｏ－Ｖａｌ－Ｇｌｙ－Ｖａｌ－Ｖａｌ（配列番号４９）、Ａｌａ－Ａｓｎ－Ｖａｌ、Ｖａｌ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ、Ａｌａ－Ａｌａ－Ａｓｎ、Ｃｉｔ－Ｃｉｔ、Ｖａｌ－Ｌｙｓ、Ｌｙｓ、Ｃｉｔ、Ｓｅｒ、またはＧｌｕなどのペプチジルリンカーである。ＡＤＣは、米国特許第７，０８７，６００号、第６，９８９，４５２号、および第７，１２９，２６１号、ＰＣＴ国際特許出願公開ＷＯ０２／０９６９１０、ＷＯ０７／０３８６５８、ＷＯ０７／０５１０８１、ＷＯ０７／０５９４０４、ＷＯ０８／０８３３１２、およびＷＯ０８／１０３６９３、米国特許出願公開２００６００２４３１７、２００６０００４０８１、および２００６０２４７２９５に記載されるように調製することができる。
例えば本明細書に記載される抗体などの抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＴＲＥＭ－１、例えば組織または組織サンプル中のヒトＴＲＥＭ－１などのヒトＴＲＥＭ－１の検出にも使用することができる。抗体は例えば、ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、またはフローサイトメトリーにおいて使用することができる。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば組織中の細胞などの細胞と、特異的結合が発生するのに適した時間、接触し、次いで例えば抗ＴＲＥＭ－１抗体を検出する抗体などの試薬が添加される。例示的なアッセイを、実施例に提示する。抗ＴＲＥＭ－１抗体は、完全ヒト抗体であってもよく、または例えばヒト可変領域とマウス定常領域またはその一部を有する抗体などのキメラ抗体であってもよい。サンプル（細胞または組織のサンプル）中のヒトＴＲＥＭ－１などのＴＲＥＭ－１を検出するための例示的な方法は、（ｉ）サンプル中のＴＲＥＭ－１に抗ＴＲＥＭ－１抗体が特異的結合させるために充分な時間、サンプルと抗ＴＲＥＭ－１抗体を接触させること、および（２）例えば抗ＴＲＥＭ－１抗体、例えば抗ＴＲＥＭ－１抗体のＦｃ領域などに特異的に結合する抗体などの検出試薬とサンプルを接触させ、それにより抗ＴＲＥＭ－１抗体に結合されたＴＲＥＭ－１を検出すること、を含む。洗浄工程は、抗体および／または検出試薬とのインキュベーションの後に含まれてもよい。これらの方法で使用するための抗ＴＲＥＭ－１抗体は、標識または検出剤に結合される必要はなく、別個の検出剤を使用することができる。
例えば単剤療法または併用療法としてなど、抗ＴＲＥＭ－１抗体の他の用途は、本明細書の別段、例えば併用療法に関するセクションにおいて提示される。
ＶＩ．二特異性分子
本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、二特異性分子を形成するために使用することができる。抗ＴＲＥＭ－１抗体またはその抗原結合部分は、別の機能性分子、例えば別のペプチドまたはタンパク質（例えば、別の抗体または受容体に対するリガンド）に誘導体化または結合され、少なくとも二つの異なる結合部位または標的分子に結合する二特異性分子を生成してもよい。例えば、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、本明細書に記載されるタンパク質（例えば、ＩＰ－１０またはＴＮＦ－αに対する抗体など）など、併用治療の潜在的標的として使用され得る任意のタンパク質に特異的に結合する抗体またはｓｃＦｖに結合されてもよい。本明細書に記載される抗体は、実際には複数の他の機能性分子に誘導体化または結合されて、三つ以上の異なる結合部位および／または標的分子に結合する多特異性分子を生成してもよい。そのような多特異性分子も、本明細書において使用される「二特異性分子」という用語に包含されることが意図される。本明細書に記載される二特異性分子を生成するために、本明細書に記載される抗体は、二特異性分子が結果として得られるよう、例えば別の抗体、抗体断片、ペプチドまたは結合模倣体などの他の結合分子の一つ以上に機能的に結合されてもよい（例えば、化学的カップリング、遺伝子融合、非共有結合、または別手段により）。
したがって本明細書において、ＴＲＥＭ－１に対する少なくとも一つの第一の結合特異性と、第二の標的エピトープに対する第二の結合特異性を含む二特異性分子が提供される。本明細書に記載される一部の実施形態では二特異性分子は多特異性であり、当該分子は第三の結合特異性をさらに含み得る。
一部の実施形態では、本明細書に記載される二特異性分子は、例えばＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖまたは一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）を含む、少なくとも一つの抗体またはその抗体断片で結合特異性を含む。抗体は軽鎖もしくは重鎖の二量体、または例えばＦｖ、もしくはＬａｄｎｅｒらの 米国特許第４，９４６，７７８号に記載される一本鎖構築物などの任意の最小断片であってもよい。
ヒトモノクローナル抗体が好ましいが、本明細書に記載される二特異性分子に採用され得る他の抗体は、マウスモノクローナル抗体、キメラモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体である。
本明細書に記載される二特異性分子は、当分野で公知の方法を使用して、構成結合特異性を結合させることにより調製され得る。例えば、二特異性分子の各結合特異性は、別々に生成され、その後に互いに結合されてもよい。結合特異性がタンパク質またはペプチドである場合、様々なカップリング剤または架橋剤を、共有結合に使用してもよい。架橋剤の例としては、プロテインＡ、カルボジイミド、Ｎ－スクシンイミジル－Ｓ－アセチル－チオ酢酸塩（ＳＡＴＡ）、５，５’－ジチオビス（２－ニトロ安息香酸）（ＤＴＮＢ）、ｏ－フェニレンジマレイミド（ｏＰＤＭ）、Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオ）プロピオン酸塩（ＳＰＤＰ）、およびスルホスクシンイミジル ４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボン酸塩（スルホ－ＳＭＣＣ）（例えば、Ｋａｒｐｏｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ．（１９８４）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６０：１６８６；Ｌｉｕ，ＭＡ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：８６４８を参照のこと）が挙げられる。他の方法には、Ｐａｕｌｕｓ（１９８５）Ｂｅｈｒｉｎｇ Ｉｎｓ．Ｍｉｔｔ．Ｎｏ．７８，１１８－１３２；Ｂｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：８１－８３）、およびＧｌｅｎｎｉｅ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：２３６７－２３７５）に記載される方法が挙げられる。一部の結合剤は、ＳＡＴＡおよびスルホ－ＳＭＣＣであり、両方ともＰｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．から入手可能である（イリノイ州ロックフォード）。
結合特異性が抗体である場合、それらは、二つの重鎖のＣ末端ヒンジ領域のスルフヒドリル結合を介して結合されてもよい。一部の実施形態では、ヒンジ領域は、結合前に、奇数、好ましくは一つのスルフヒドリル残基を含有するように改変される。
あるいは、両方の結合特異性は、同じベクター中でコードされ、同じ宿主細胞中で発現およびアセンブリされてもよい。この方法は、二特異性分子が、ｍＡｂ ｘ ｍＡｂ、ｍＡｂ ｘ Ｆａｂ、ｍＡｂ ｘ（ｓｃＦｖ）2、Ｆａｂ ｘ Ｆ（ａｂ’）2、またはリガンド ｘ Ｆａｂ融合タンパク質である場合に特に有用である。二特異性抗体は、各重鎖のＣ末端にｓｃＦｖを含む抗体を含み得る。本明細書に記載される二特異性分子は、一つの一本鎖抗体と結合決定基を含む一本鎖分子、または二つの結合決定基を含む一本鎖二特異性分子であってもよい。二特異性分子は、少なくとも二つの一本鎖分子を含み得る。二特異性分子の作製方法は、例えば米国特許第５，２６０，２０３号、米国特許第５，４５５，０３０号、米国特許第４，８８１，１７５号、米国特許第５，１３２，４０５号、米国特許第５，０９１，５１３号、米国特許第５，４７６，７８６号、米国特許第５，０１３，６５３号、米国特許第５，２５８，４９８号、および米国特許第５，４８２，８５８号に記載されている。
特定の標的に対する二特異性分子の結合は、当分野に認識される方法、例えば酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、ＦＡＣＳ解析、バイオアッセイ（例えば、増殖阻害）、またはウェスタンブロットアッセイなどを使用して確認することができる。これらの各アッセイは概して、対象複合体に特異的な標識試薬（例えば、抗体）を採用することによって、特定の対象のタンパク質－抗体複合体の存在を検出する。
ＶＩＩ．キット
本明細書に記載される一つ以上の抗ＴＲＥＭ－１抗体、またはその抗原結合部分、二特異性分子、またはその免疫結合体を含むキットが本明細書に提供される。一部の実施形態では、本明細書において、例えば本明細書に提供される一つ以上の抗体またはその抗原結合部分など、本明細書に記載の医薬組成物の成分のうちの一つ以上で充填された一つ以上の容器、任意で使用説明書を含む医薬品パックまたはキットが提供される。一部の実施形態では、キットは、本明細書に記載される医薬組成物、および本明細書に記載されるものなどの任意の予防的または治療的な剤を含有する。
ＶＩＩＩ．組成物および製剤
本明細書において、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体（抗ＴＲＥＭ－１抗体をコードおよび／または発現するポリヌクレオチド、ベクター、および細胞を含む）のうちの一つ以上を含む組成物（例えば、医薬組成物）および製剤がさらに提供される。例えば、一つの実施形態では、本開示は、薬学的に許容可能な担体と共に製剤化される、本明細書に開示される一つ以上の抗ＴＲＥＭ－１抗体を含む医薬組成物を提供する。
本明細書において使用される場合、「薬学的に許容可能な担体」は、生理学的に適合性のあるすべての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含む。一部の実施形態では、担体は、静脈内、筋肉内、皮下、非経口、脊髄、または表皮投与（例えば、注射または点滴による）に好適である。投与経路に応じて、活性化合物、すなわち抗体、免疫結合体または二特異性分子は、当該化合物を不活化し得る酸の作用および他の自然条件から当該化合物を防御する物質中でコーティングすることができる。
したがって本開示の一つの目的は、抗ＴＲＥＭ－１抗体の安定性を改善し、それに伴い長期保存が可能な医薬製剤を提供することである。一部の実施形態では、本明細書に開示される医薬製剤は、（ａ）抗ＴＲＥＭ－１抗体、（ｂ）緩衝剤、（ｃ）安定剤、（ｄ）塩、（ｅ）増量剤、および／または（ｆ）界面活性剤を含む。一部の実施形態では、医薬製剤は、少なくとも１か月、少なくとも２か月、少なくとも３か月、少なくとも６か月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも５年、またはそれ以上、安定的である。一部の実施形態では、製剤は、４℃、２５℃、または４０℃で保存されたとき、安定的である。
緩衝剤
本発明に有用な緩衝剤は、別の酸または塩基の添加後に、選択値に近い溶液の酸度（ｐＨ）が維持されるよう使用される弱い酸または塩基であってもよい。適切な緩衝剤は、製剤のｐＨ制御を維持することにより、医薬製剤の安定性を最大化することができる。適切な緩衝剤は、生理学的な適合性を保証し、または溶解度を最適化することができる。レオロジー、粘度、および他の特性も、製剤のｐＨに依存し得る。一般的な緩衝剤としては限定されないが、ヒスチジン、クエン酸塩、コハク酸塩、酢酸塩、およびリン酸塩が挙げられる。一部の実施形態では、緩衝剤は、等張剤とともにヒスチジン（例えば、Ｌ－ヒスチジン）を含み、および当分野で公知の酸または塩基を用いた潜在的なｐＨ調整を含む。特定の実施形態では、緩衝剤は、Ｌ－ヒスチジンである。特定の実施形態では、製剤のｐＨは、約２～約１０、または約４～約８で維持される。
安定剤
安定剤は、当該製品を安定化させるために、医薬品に添加される。そのような剤は、多様な異なる方法でタンパク質を安定化することができる。一般的な安定化剤としては限定されないが、例えばグリシン、アラニン、リシン、アルギニン、またはスレオニンなどのアミノ酸、例えばグルコース、スクロース、トレハロース、ラフィノース、またはマルトースなどの炭水化物、例えばグリセロール、マンニトール、ソルビトール、シクロデキストリン、または任意の種類および分子量のデキストランなどのポリオール、またはＰＥＧが挙げられる。本発明の一つの態様では、安定剤は、凍結乾燥調製物における、固定ポリペプチドの安定性を最大化するために選択される。特定の実施形態では、安定剤は、スクロースおよび／またはアルギニンである。
増量剤
増量剤を医薬品に添加して、生成物に体積および質量を加え、それにより正確な計量と取り扱いを容易にすることができる。一般的な増量剤としては限定されないが、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ソルビトール、炭酸カルシウム、またはステアリン酸マグネシウムが挙げられる。
界面活性剤
界面活性剤は、親溶媒性基および疎溶媒性基を有する両親媒性の物質である。界面活性剤は、アニオン性、カチオン性、双イオン性、または非イオン性であってもよい。非イオン性界面活性剤の例としては限定されないが、アルキルエトキシレート、ノニルフェノールエトキシレート、アミンエトキシレート、ポリエチレン酸化物、ポリプロピレン酸化物、例えばセチルアルコールまたはオレイルアルコールなどの脂肪アルコール、コカミドＭＥＡ、コカミドＤＥＡ、ポリソルベート、またはドデシルジメチルアミン酸化物が挙げられる。一部の実施形態では、界面活性剤は、ポリソルベート２０またはポリソルベート８０である。
一部の実施形態では、本開示の医薬製剤は、以下を含有する：
（ａ）約０．２５ｍｇ／ｍＬ～２５０ｍｇ／ｍＬ（例えば、１０～２００ｍｇ／ｍＬ）の抗ＴＲＥＭ－１抗体；
（ｂ）約２０ｍＭ ヒスチジン、
（ｃ）約１５０ｍＭ スクロース、
（ｄ）約２５ｍＭ アルギニン、および
（ｅ）約５０ｍＭ ＮａＣｌ。
製剤は、緩衝系、防腐剤、等張化剤、キレート剤、安定剤、および／または界面活性剤、ならびにそれらの様々な組み合わせのうちの一つ以上をさらに含んでもよい。医薬組成物における防腐剤、等張剤、キレート剤、安定剤、および界面活性剤の使用は、当業者に公知である。Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，１９th ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９５を参照されたい。
一部の実施形態では、医薬製剤は、水性製剤である。かかる製剤は典型的には溶液または懸濁液であるが、コロイド、分散体、エマルション、および多層性の物質を含んでもよい。「水性製剤」という用語は、少なくとも５０％ｗ／ｗの水を含む製剤として定義される。同様に、「水性溶液」という用語は、少なくとも５０％ ｗ／ｗの水を含む溶液として定義され、「水性懸濁液」という用語は、少なくとも５０％ ｗ／ｗの水を含む懸濁液として定義される。
一部の実施形態では、医薬製剤は、凍結乾燥製剤であり、医師または患者が使用前に当該製剤に溶媒および／または希釈剤を加える。
本明細書に記載の医薬組成物は、併用療法、すなわち他の剤と組み合わせて投与されることもできる。例えば、併用療法は、少なくとも一つの他の治療剤と組み合わされた、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体を含んでもよい。併用療法で使用され得る治療剤の例としては、疾患または障害（例えば、炎症性障害）の治療に使用される他の化合物、薬剤、および／または剤が挙げられる。かかる化合物、薬剤、および／または剤は、例えば、炎症性サイトカインの産生を妨害または低下させる抗炎症薬剤または抗体を含んでもよい。一部の実施形態では、治療剤としては、抗ＩＰ－１０抗体、抗ＴＮＦ－α抗体（例えば、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、ゴリムマブ（ＳＩＭＰＯＮＩ（登録商標））、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、セルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標）））、インターフェロンベータ－１ａ（例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、ＲＥＢＩＦ（登録商標））、インターフェロンベータ－１ｂ（例えば、ＢＥＴＡＳＥＲＯＮ（登録商標）、ＥＸＴＡＶＩＡ（登録商標））、酢酸グラチラマー（例えば、ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標）、ＧＬＡＴＯＰＡ（登録商標））、ミトキサントロン（例えば、ＮＯＶＡＮＴＲＯＮＥ（登録商標））、非ステロイド系抗炎症薬剤（ＮＳＡＩＤｓ）、鎮痛薬、コルチコステロイド、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
本明細書に記載される医薬化合物は、一つ以上の薬学的に許容可能な塩を含み得る。「薬学的に許容可能な塩」とは、親化合物の望ましい生物活性を保持し、任意の望ましくない毒性作用を与えない塩を指す（例えば、Ｂｅｒｇｅ，Ｓ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．（１９７７）Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．６６：１－１９を参照のこと）。かかる塩の例としては、酸付加塩、および塩基付加塩が挙げられる。酸付加塩としては、例えば塩酸、硝酸、リン酸、硫酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、亜リン酸などの非毒性無機酸、ならびに例えば脂肪族モノカルボン酸および脂肪族ジカルボン酸、フェニル置換アルカン酸、ヒドロキシアルカン酸、芳香族酸、脂肪族スルホン酸および芳香族スルホン酸などの非毒性有機酸に由来するものが挙げられる。塩基付加塩としては、例えばナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウムなどのアルカリ土類金属に由来するもの、ならびに例えばＮ，Ｎ’－ジベンジルエチレンジアミン、Ｎ－メチルグルカミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、プロカインなどの非毒性の有機アミンに由来するものが挙げられる。
本明細書に記載される医薬組成物は、薬学的に許容可能な抗酸化剤も含んでもよい。薬学的に許容可能な抗酸化剤の例としては、（１）例えばアスコルビン酸、システイン塩酸塩、重硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウムなどの水溶性抗酸化剤、（２）例えば、パルミチン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、レシチン、没食子酸プロピル、アルファ－トコフェロールなどの脂溶性抗酸化剤、および（３）例えばクエン酸、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ソルビトール、酒石酸、リン酸などの金属キレート剤、が挙げられる。
本明細書に記載される医薬組成物に採用され得る適切な水性担体および非水性担体の例としては、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）、およびそれらの適切な混合物、例えばオリーブオイルなどの植物性油、ならびに例えばオレイン酸エチルなどの注射可能な有機エステル類が挙げられる。例えばレシチンなどのコーティング物質の使用により、分散液の場合には必要な粒子サイズを維持することにより、および界面活性剤の使用により、適切な流動性が維持され得る。
これらの組成物はさらに、例えば防腐剤、湿潤剤、乳化剤および分散剤などのアジュバントを含有してもよい。微生物の発生の予防は、上記の滅菌手順を行うこと、ならびに様々な抗菌剤および抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などを含有させることの両方により確保されてもよい。例えば、糖類、塩化ナトリウムなどの等張剤を組成物内に含有させることが望ましい場合もある。さらに注射用医薬品の持続的吸収は、例えばモノステアリン酸アルミニウムやゼラチンなどの吸収を遅延させる剤を含有させることにより実現されてもよい。
薬学的に許容可能な担体としては、滅菌水溶液または滅菌分散液、および滅菌注射溶液または滅菌分散液の即時調製用の滅菌粉末が挙げられる。薬学的に活性な物質に対する、そのような媒および剤の使用は、当分野に公知である。任意の従来的な媒または剤が、活性化合物と不適合である場合を除き、本明細書に記載される医薬組成物中でのその使用が予期される。医薬組成物は、防腐剤を含んでもよく、または防腐剤を含まなくてもよい。補足的な活性化合物が、組成物内に組み込まれてもよい。
治療用組成物は、典型的には、滅菌され、そして製造および保管の条件下で安定的でなければならない。組成物は、溶液、マイクロエマルジョン、リポソーム、または高薬物濃度に適した他の秩序構造物として製剤化されてもよい。担体は、例えば水、エタノール、ポリオール（例えばグリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）を含有する溶媒または分散媒、およびそれらの適切な混合物であってもよい。例えばレシチンなどのコーティングの使用により、分散液の場合には必要な粒子サイズを維持することにより、および界面活性剤の使用により、適切な流動性が維持されてもよい。多くの場合において、組成物は、例えばマンニトール、ソルビトールなどの糖類、ポリオール、または塩化ナトリウムなどの等張剤を組成物中に含んでもよい。注射用組成物の持続的吸収は、例えばモノステアリン酸塩やゼラチンなどの吸収を遅延させる剤を組成物中に含有することによりもたらされてもよい。
滅菌注射溶液は、適切な溶媒中の必要量の活性化合物を、必要に応じて上記に列記される成分の一つまたは組み合わせと混合し、次いで滅菌マイクロろ過を行うことにより調製されてもよい。概して、分散液は、活性化合物を、塩基性分散媒を含有する滅菌ビヒクル、および本明細書において列記される物質から必要とされる他の成分と組み合わせることにより調製される。滅菌注射溶液の調製用の滅菌粉末の場合には、調製方法のいくつかは、真空乾燥法およびフリーズドライ法（凍結乾燥法）であり、それら方法により、従前に滅菌ろ過されたその溶液から、活性成分と任意の追加の所望の成分の粉末が得られる。
単一剤形を作製するための担体物質と混合され得る活性成分の量は、治療される対象、および特定の投与様式に応じて変化する。単一剤形を作製するための担体物質と混合され得る活性成分の量は概して、治療効果を生じさせる組成物の量である。概して、１００パーセントのうち、当該量は、約０．０１パーセント～約９９パーセントの活性成分の範囲であり、または薬学的に許容可能な担体と組み合わされて、約０．１パーセント～約７０パーセント、または約１パーセント～約３０パーセントの活性成分の範囲である。
投薬レジメンは、最適な望ましい応答（例えば治療応答）をもたらすように調整される。例えば単回ボーラスを投与してもよく、数回に分けられた投与量を経時的に投与してもよく、または治療状況の要件に指定されるように投与量を相対的に減少または増加させてもよい。投与の簡易性および用量の均一性のために、単位剤型で非経口組成物を製剤化することが特に有益である。本明細書において使用される場合、単位剤型とは、治療される対象に対する単位形態の用量として適合された、物理的に別個の単位を指す。各単位は、必要な薬学的担体と関連付けられて、望ましい治療効果を生じさせるように計算された所定量の活性化合物を含有する。本明細書に記載される単位剤型の仕様は、（ａ）活性化合物の固有の特徴および達成される特定の治療的効果、および（ｂ）個体の治療感受性に関し、かかる活性化合物の調合分野に内在する制限、により影響を受け、および直接的に依存する。
例えば本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与については、用量は、宿主体重の約０．０００１～１００ｍｇ／ｋｇ、より一般的には０．０１～５または１０ｍｇ／ｋｇの範囲である。例えば用量は、０．３ｍｇ／ｋｇ体重、１ｍｇ／ｋｇ体重、３ｍｇ／ｋｇ体重、５ｍｇ／ｋｇ体重、または１０ｍｇ／ｋｇ体重、または１～１０ｍｇ／ｋｇの範囲内であってもよい。例示的な治療レジメンは、週に１回、２週間に１回、３週間に１回、４週間に１回、１か月に１回、３か月に１回、または３～６か月に１回の投与を伴う。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体の例示的な投与レジメンは、１ｍｇ／ｋｇ体重または３ｍｇ／ｋｇ体重を静脈内投与することを含み、抗体は、以下の投薬スケジュールのうちの一つを使用して与えられる：（ｉ）４週間ごとに６回の投薬、その後は３か月ごとの投薬、（ｉｉ）３週間ごとの投薬、（ｉｉｉ）３ｍｇ／ｋｇ体重を１回、その後は１ｍｇ／ｋｇ体重を３週間ごとに投薬。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、一律な投与量（一律な投与レジメン）で投与される。他の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、別の抗体との固定投与量で投与される。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、体重に基づく投与量で投与される。
一部の方法では、異なる結合特異性を有する二つ以上のモノクローナル抗体が同時に投与され、その場合、投与された各抗体の用量は、指定範囲内にある。抗体は通常、複数回投与される。単回用量の間の間隔は、例えば毎週、毎月、３カ月ごと、または毎年であってもよい。また間隔は不規則であってもよく、患者中の標的抗原に対する抗体の血中レベルを測定することにより指定される。一部の方法では、用量は、約１～１０００μｇ／ｍｌの血漿抗体濃度を達成するように調整され、一部の方法では約２５～３００μｇ／ｍｌである。
抗体は、徐放性製剤として投与されてもよく、その場合、より少ない頻度での投与が必要とされる。用量と頻度は、患者中の抗体の半減期に応じて変化する。概して、ヒト抗体は半減期が最長であり、続いてヒト化抗体、キメラ抗体、および非ヒト抗体が続く。用量と投与頻度は、治療が予防的であるか、または治療的であるかに応じて変化し得る。予防的アプリケーションの場合、長期間にわたり比較的低い用量を、比較的に低頻度の間隔で投与する。一部の患者は、その生涯にわたり治療を受け続ける。治療アプリケーションの場合、疾患の進行が遅くなる、または停止するまで、そして患者が疾患症状の部分的または完全な改善を示すまで、比較的短い間隔で比較的高い用量が必要とされる場合がある。その後、患者は予防的レジメンを投与されてもよい。
本明細書に記載される医薬組成物中の活性成分の実際の用量レベルは、患者に毒性をもたらすことなく、特定の患者、組成物および投与様式にとって望ましい治療応答を実現させるために有効な活性成分の量が得られるように変化し得る。選択された用量レベルは、採用された本明細書に記載される特定の組成物またはそのエステル、塩もしくはアミドの活性、投与経路、投与時間、採用された特定の化合物の排出速度、治療期間、他の薬剤、採用された特定の組成物と併用して使用される化合物および／または物質、治療される患者の年齢、性別、体重、状態、一般健康状態および既往歴、ならびに医学分野に公知の類似因子をはじめとする様々な薬物動態因子に依存する。
本明細書に記載される組成物は、当分野で公知の様々な方法のうちの一つ以上を使用して、一つ以上の投与経路を介して投与されてもよい。当業者に認識されるように、投与経路および／または投与様式は、望まれる結果に応じて変化する。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与経路としては、例えば注射または点滴による、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、皮下、脊椎または他の非経口の投与経路が挙げられる。本明細書で使用される場合、「非経口投与」という文言は、腸内投与および局所投与以外の投与様式を意味し、通常、注射により行われ、限定されないが、静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、関節包内、眼窩内、心腔内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、髄腔内、硬膜外および胸骨下の注射ならびに点滴が挙げられる。
あるいは本明細書に記載される抗体は、潜在的に、例えば局所、表皮または粘膜の投与経路、例えば鼻腔内、経口、膣、直腸、舌下、または局所などの非経口経路を介して投与され得る。
活性化合物は、インプラント、経皮パッチ、およびマイクロカプセル送達システムを含む、例えば放出制御性製剤など、急速な放出から化合物を保護する担体を用いて調製されてもよい。生分解性で生体適合性ポリマー、例えば酢酸エチレンビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸などを使用してもよい。かかる製剤の調製のための多くの方法が特許取得済みであるか、または当業者に一般的に公知である。例えば、Ｓｕｓｔａｉｎｅｄ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｊ．Ｒ．Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，ｅｄ．，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９７８を参照のこと。
治療用組成物は、当分野で公知の医療用デバイスを用いて投与されてもよい。例えば特定の実施形態では、本明細書に記載される治療用組成物は、例えば米国特許第５，３９９，１６３号、第５，３８３，８５１号、第５，３１２，３３５号、第５，０６４，４１３号、第４，９４１，８８０号、第４，７９０，８２４号、または第４，５９６，５５６号に開示されるデバイスなどの無針皮下注射デバイスを用いて投与されてもよい。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体を用いた使用のための公知のインプラントおよびモジュールの例としては、以下が挙げられる：米国特許第４，４８７，６０３号であり、当該特許は、制御された速度で医薬品を投薬するためのインプラント用マイクロ注入用ポンプを開示している；米国特許第４，４８６，１９４号であり、当該特許は、皮膚を通して医薬品を投与するための治療用デバイスを開示している；米国特許第４，４４７，２３３号であり、当該特許は、正確な注入速度で医薬品を送達するための医薬品注入ポンプを開示している；米国特許第４，４４７，２２４号であり、当該特許は、継続的な薬剤送達のための変動流インプラント用注入装置を開示している；米国特許第４，４３９，１９６号であり、当該特許は、マルチチャンバーコンパートメントを有する浸透圧薬剤送達システムを開示している；および米国特許第４，４７５，１９６号であり、当該特許は、浸透圧薬剤送達システムを開示している。これらの特許は、参照により本明細書に組み込まれる。そのような多くの他のインプラント、送達システム、およびモジュールが、当業者に公知である。
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、インビボで適切な分布が確保されるように製剤化されてもよい。例えば、血液脳関門（ＢＢＢ）は、高度に親水性の化合物は除外される。本明細書に記載される治療化合物は、ＢＢＢを確実に通過するように（例えば脳腫瘍など、必要に応じて）、リポソーム中で製剤化されてもよい。リポソームの製造方法については、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号、第５，３７４，５４８号、および第５，３９９，３３１号を参照のこと。リポソームは、特定の細胞または器官に選択的に輸送される一つ以上の部分を含んでもよく、それにより、標的化薬剤送達が強化される（例えば、Ｖ．Ｖ．Ｒａｎａｄｅ（１９８９）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２９：６８５を参照のこと）。標的化部分の例としては、葉酸またはビオチン（例えば、Ｌｏｗらの米国特許第５，４１６，０１６号を参照のこと）、マンノシド（Ｕｍｅｚａｗａ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１５３：１０３８）、抗体（Ｐ．Ｇ．Ｂｌｏｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９５）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３５７：１４０；Ｍ．Ｏｗａｉｓ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．３９：１８０）、サーファクタントプロテインＡ受容体（Ｂｒｉｓｃｏｅ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．１２３３：１３４）、ｐｌ２０（Ｓｃｈｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：９０９０）が挙げられ、さらに、Ｋ．Ｋｅｉｎａｎｅｎ；Ｍ．Ｌ．Ｌａｕｋｋａｎｅｎ（１９９４）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３４６：１２３；Ｊ．Ｊ．Ｋｉｌｌｉｏｎ；Ｉ．Ｊ．Ｆｉｄｌｅｒ（１９９４）Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２７３も参照のこと。
以下の実施例は、解説を目的として提供されるものであり、限定を目的としてはいない。本明細書全体を通じて引用される全ての参照文献の内容は、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
実施例１：ＰＧＬＹＲＰ１を単独で用いた、または異なるＰＧＮと組み合わされた、ＴＲＥＭ－１活性化の比較。
ＴＲＥＭ－１リガンドとしてのＰＧＬＹＲＰ１の特定に関し、単球および好中球の両方におけるＴＲＥＭ－１受容体のリガンド結合後の遺伝子の発現の違いを評価した。単球および好中球を、健康なヒトドナーの全血末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から単離した。細胞を単離するために、健康なドナーからの全血を、フィコール勾配上に層状に置いた。単球は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の層から抽出し、好中球は、赤血球（ＲＢＣ）含有層から単離した。次に好中球層をＨＥＴＡＳＰＥ（商標）溶液（Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）中に再懸濁し、３７℃で１時間インキュベートしてＲＢＣを沈殿させた。次いで単離された好中球を滅菌水中に３０秒間再懸濁し、続いて０．６Ｍ ＫＣｌを添加した。単球の単離については、フィコール精製したＰＢＭＣを洗浄し、次いで、ＣＤ１６枯渇を用いないＥＡＳＹＳＥＰ（商標）ヒト単球濃縮キット（Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）を使用して、単球を精製した。
単離された時点で、単球および好中球（１×１０6細胞／ウェル）を、２４ウェルプレート上に播種した。次いで細胞を、（ｉ）刺激なし、（ｉｉ）ＰＧＬＹＲＰ１（可溶性）、（ｉｉｉ）ＰＧＬＹＲＰ１（プレート結合型）、または（ｉｖ）ＰＧＬＹＲＰ１＋ＰＧＮ、を用いて刺激した。過去の研究では、ＰＧＬＹＲＰ１と細菌成分のペプチドグリカン（ＰＧＮ）を併用することで、ＴＲＥＭ－１シグナル伝達が効率的に誘導され得ること実証されている。黄色ブドウ球菌（ＰＧＮ－ＳＡ）、大腸菌（ＰＧＮ－ＥＫ）、枯草菌（ＰＧＮ－ＢＳ）に由来するＰＧＮ、またはＴＬＲ２活性を欠落するＰＧＮ（ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ）を使用した。組み換えＰＧＲＰを、５ｕｇ／ｍｌで一晩、Ｎｕｎｃ Ｍａｘｉｓｏｒｐプレート上にプレートコーティングした。プレートを洗浄し、ＰＧＮを、精製された単球および好中球とともに１０ｕｇ／ｍｌの最終濃度に添加した。培養物は、３７℃、５％ ＣＯ２で一晩インキュベートされ、培地を除去してサイトカイン産生を測定した。ＴＲＥＭ－１活性を測定するために、単球および好中球に産生されたＴＮＦ－αのレベルを、ＡｌｐｈａＬＩＳＡアッセイにより測定した。
可溶性ＰＧＬＹＲＰ１は、精製されたヒト単球においてＴＮＦ－α発現を刺激することができなかった（データは示さず）。一方で、プレート結合型ＰＧＬＹＲＰ１は、ＴＮＦ－α産生を誘導した（図１Ａ）。黄色ブドウ球菌由来のＰＧＮ（ＰＧＮ－ＳＡ）は、プレート結合型ＰＧＬＹＲＰ１と同等レベルにまでヒト単球によるＴＮＦ－α分泌を誘導した。一方で、ＰＧＬＹＲＰ１およびＰＧＮ－ＳＡの添加は、図１Ａに示されるように相乗効果を示した。大腸菌から抽出されたＰＧＮ（ＰＧＮ－ＥＫ）、および枯草菌（ＰＧＮ－ＢＳ）から抽出されたＰＧＮでも、ＴＬＲ２受容体リガンド結合を介して、同等のＰＧＮ依存性の単球活性化が観察された。図１Ｂおよび１Ｃを参照のこと。ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ（すなわち、ＴＬＲ２活性を欠落）は、ＴＮＦ－α産生を単独で誘導することはできなかったが、ＰＧＬＹＲＰ１介在性の応答は強力に増加させた（図１Ｄ）。したがって、ＰＧＮシグナル伝達からバックグラウンドを差し引くために、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓをその後の実施例に使用した。
実施例２：ＴＲＥＭ－１リガンド結合後のＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーの評価
遺伝子発現解析を介して、安定的なＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーを生成するために、ＴＲＥＭ－１リガンド結合後のトランスクリプトームプロファイリングパターンを評価した。簡潔に述べると、末梢血単球および好中球を健康なドナーから単離し、実施例１で上述したように２４ウェルプレート上に播種した。単離された単球および好中球を、６時間または２４時間、以下を用いて刺激した：（ｉ）刺激なし、（ｉｉ）ＰＧＬＹＲＰ１単独（ＰＧＲＰ）、（ｉｉｉ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ単独（ＰＧＮ）、または（ｉｖ）ＰＧＬＹＲＰ１とＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓの組み合わせ（ＰＧＮ＋ＰＧＲＰ）。ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ、ＰＧＮ－ＥＫ、ＰＧＮ－ＳＡ、およびＰＧＮ－ＢＳは、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ社から取得した。誘導された任意の遺伝子が、ＴＲＥＭ－１経路の係合に特異的であることを確認するために、単球および好中球の一部を、ＴＲＥＭ－１ブロッキング抗体の存在下、またはアイソタイプ抗体対照の存在下で、ＰＧＬＹＲＰ１＋ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓで刺激した。刺激後、ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｃｒｏ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社、カリフォルニア州バレンシア）を使用して細胞からＲＮＡを単離した。ＲＮＡの品質は、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、カリフォルニア州パロアルト）を使用してモニタリングされた。ＲＮＡの量は、ＮａｎｏＤｒｏｐ（ＮａｎｏＤｒｏｐ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）で測定された。５０ｎｇのＲＮＡは、Ｎｕｇｅｎ ＷＴ－Ｐｉｃｏ Ｏｖａｔｉｏｎ ＳｙｓｔｅｍおよびＥｎｃｏｒｅ Ｂｉｏｔｉｎ Ｍｏｄｕｌｅ ａｓｓａｙ（ＮｕＧＥＮ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．）を用いて増幅および標識された。標識されたｃＲＮＡ／ｃＤＮＡを、メーカーの推奨に従いＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ２１９ Ａｒｒａｙ Ｐｌａｔｅ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）でハイブリダイズし、処理した。
カスタムのＣＤＦ ＢｒａｉｎＡｒｒａｙを使用し、ＡｆｆｙベースのｍＲＮＡ発現データ（Ｕ２１９およびＵ１３３Ｐｌｕｓプラットフォームからの．ｃｅｌファイル）を、単位としてＥｎｔｒｅｚ遺伝子ＩＤを用いてアノテーションを行った。Ｌｏｇ２ ＲＭＡを使用して発現値を正規化した。発現が異なる遺伝子を特定し、ＴＲＥＭ－１モジュールを構築するために、線形混合モデルを、固定効果としてリガンド刺激または抗体処置を用いて、およびランダム効果としてドナーを用いて適合させた。単一サンプル遺伝子セット強化（ｓｓＧＳＥＡ）を使用して、患者からの組織または血液のｍＲＮＡプロファイリングデータに遺伝子モジュールを適用し、遺伝子モジュールの強化を表す定量的スコアを導いた。バイオインフォマティクスおよび統計解析、例えばＴＲＥＭ－１シグネチャーに関連するバイオマーカーを特定するための重回帰を、関連するＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージ（例えば、ＬＩＭＭＡ）およびＯｍｉｃｓｏｆｔ ＡｒｒａｙＳｔｕｄｉｏを用いてＲで実施した。可視化は、Ｒ ｇｇｐｌｏｔフレームワークおよびＯｍｉｃｓｏｆｔ ＡｒｒａｙＳｔｕｄｉｏにおいて実行される。
図２に示されるように、主成分解析は、２４時間の時点での単球において、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ単独（培地とＰの比較）は、無刺激と比較して、全体的な遺伝子発現パターンを有意に増強または阻害しなかったことを示した。しかしながら、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓは、ＰＧＬＹＲＰ１（ＰＧＮ＋ＰＧＲＰ）と共に、相当数の遺伝子を誘導し、ＰＣＡ解析に示される別個のクラスターを生成した（右上の四分円、図２）。ＰＧＬＹＲＰ１単独は、遺伝子サブセットを強化し、当該サブセットは、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓが添加されたときにさらに増強された。抗ＴＲＥＭ－１ブロッキング抗体（アイソタイプ対照抗体ではない）の添加は、ＰＧＬＹＲＰ１＋ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ処置により誘導される遺伝子を阻害した。このことから、誘導された遺伝子が、ＴＲＥＭ－１経路に特異的であることが確認された（左下四分円、図２；図３も参照）。図４Ａおよび４Ｂに示されるように、好中球では、６時間でのＰＧＬＹＲＰ１＋ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ刺激に対する安定的発現パターンの変化は少なく、ドナー間の変動は高かった。したがって、２４時間の刺激後の単球における遺伝子発現を、ＴＲＥＭ－１モジュール生成の主要源として使用した。
ＴＲＥＭ－１モジュールの遺伝子の選択は、以下に基づいた：１）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１刺激と、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ単独の比較で、有意な上方制御（Ｐ＋ＬとＰの比較、４を超える倍率変化、ＦＤＲ＜０．０５、合計で２９２個の遺伝子）；２）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１＋ＴＲＥＭ－１抗体と、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１（Ｐ＋Ｌ）の比較で、有意な下方制御（Ｐ＋Ｌ＋ＴＲＥＭ－１とＰ＋Ｌの比較、－２を下回る倍率変化、ＦＤＲ＜０．０５、１）における２９２個の遺伝子のうち２８６個；ならびに３）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ刺激における有意ではない発現の差異（Ｐと培地の比較、倍率ＦＤＲ＞０．０５、２）の２８６個の遺伝子のうち１８０個、およびＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＬＹＲＰ１と、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋アイソタイプ対照の比較で、有意ではない発現の差異（Ｐ＋ＬとＰ＋Ｌ＋ｉｓｏの比較、ＦＤＲ＞０．０５、全１８０個の遺伝子）。
合計で１８０個の遺伝子が、既定の選択基準をパスした。ＴＲＥＭ－１モジュールにおける遺伝子のＧＯ機能的アノテーションは、細胞外空間および細胞膜局在型タンパク質における強化を示した（以下の表４）（ＬＯＤ＝オッズ対数；ｐＶａｌ＝確率値、Ｐｃｏｒ＝相関確率）。ＴＲＥＭ－１モジュールのメタコア経路の強化分析には、走化性、炎症反応（ＴＨ１７誘導性免疫および自然免疫）、および細胞増殖に関与する遺伝子ネットワークが含まれた（以下の表５）（ＦＤＲ＝偽発見率）。１８０個の遺伝子のモジュールのうち、ＰＧＬＹＲＰ１特異的刺激の大きさによって順位付けられた上位２０個の遺伝子を、表６（以下）に列挙する。
Figure 2022540674000004
Figure 2022540674000005
Figure 2022540674000006
Figure 2022540674000007


実施例３：様々なＴＲＥＭ－１アゴニストを使用したＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーの比較
アゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体と天然ＴＲＥＭ－１リガンド（ＰＧＬＹＲＰ１）の間での遺伝子発現の重複を解明するために、リガンド刺激の後に生成された遺伝子モジュール（８９１個の遺伝子、Ｐ＋ＬとＰの比較、倍率変化＞２、ＦＤＲ＜０．０５）とアゴニスト性抗体刺激の後に生成された遺伝子モジュール（３３１個の遺伝子、ａｇＴＲＥＭ－１とアイソタイプの比較、倍率変化＞２、ＦＤＲ＜０．０５）を評価した。アゴニスト性抗体は、Ｄｏｗｅｒ Ｋ ｅｔ．ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８０：３５２０－３５３４（２００８）に記載されている。
図５に示されるように、これら二つのＴＲＥＭ－１アゴニストの間では、小さな遺伝子サブセットのみが重複した。
実施例４：末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）におけるＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーの評価
臨床開発の重要な要素の一つは、臨床試験の状況下で測定することができる安定的な薬理学（ＰＤ）アッセイの開発である。この目的のために、臨床現場において単球よりも取得が容易であるＰＢＭＣにおいて、ＴＲＥＭ－１特異的遺伝子の変化が再現され得るかを評価した。簡潔に述べると、健康なヒトドナー由来のＰＢＭＣを、フィコール精製により単離した。次いで、ＰＢＭＣを２４ウェルプレート（１×１０6細胞／ウェル）上に播種し、以下を使用して２４時間刺激した：（ｉ）培地単独（すなわち刺激なし）、（ｉｉ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ単独、（ｉｉｉ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＲＰ、および（ｉｖ）ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ＋ＰＧＲＰ＋アゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体。次に、１８０個の遺伝子シグネチャーから高度に誘導された（およびＴＲＥＭ－１ブロッキング抗体で阻害された）いくつかの遺伝子（すなわち、ＣＣＬ２０、ＩＬ－１β、ＩＬ－１２ｐ４０、およびＩＬ－２３β）の発現を選択し、それらの発現パターンを、ＲＴ－ＰＣＲおよび／またはサイトカイン発現解析を使用して評価した。
精製単球（図１Ａ～１Ｄを参照）と同様に、ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓは、ＣＣＬ２０、ＩＬ１β、およびＩＬ１２ｐ４０の発現をほとんど誘導しなかった（タンパク質レベルおよびｍＲＮＡレベルの両方）。図６Ａ～６Ｆを参照のこと。対照的に、ＰＧＬＹＲＰ１およびＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓは、これらのサイトカインおよびケモカインのｍＲＮＡならびにタンパク質の発現の両方を安定的に誘導し、そしてＴＲＥＭ－１ブロッキング抗体でブロッキングされた（図６Ａ－６Ｆ）。これらの結果から、抗ＴＲＥＭ－１抗体でＴＲＥＭ－１誘導性の変化がブロッキングされ得るという単球における所見が、ＰＢＭＣにも拡張され得ること、そして臨床試験におけるＰＤマーカーとして使用できる可能性があることが確認される。
実施例５：基準時および治療後のＩＢＤ生検の発現プロファイルデータセットにおける、ＴＲＥＭ－１シグネチャースコアの分布
ＩＢＤ患者からの結腸生検において、上記の実施例で生成されたＴＲＥＭ－１遺伝子モジュールの発現パターンを評価した。ＵＣ患者における抗ＩＰ１０抗体の有効性を評価する第ＩＩ相臨床試験のデータ（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ 識別子 ＮＣＴ００６５６８９０）における遺伝子発現を、一次データソースとして使用した。基準時（Ｄ１）では、マッチングさせた病変生検と非病変生検、および７８名のＵＣ患者からの全血サンプルを、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｕ２１９プラットフォームを使用してプロファイリングした。二次データソースとして、公開データセット（ＧＳＥ１６８７９）を使用して、ＣＤ患者およびＵＣ患者の両方における、インフリキシマブ（ＩＦＸ）治療の前後の遺伝子発現を調査した。このデータセットには、臨床アノテーションが完了し、治療応答があった６１名のＩＢＤ患者（２４名のＵＣ、１９名のＣＤ結腸、および１８名のＣＤ回腸）の基準時、およびインフリキシマブ治療の４～６週間後の生検、ならびに１２名の非ＩＢＤ対照（６名の結腸、６名の回腸）からの生検からの遺伝子発現プロファイル（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘプラットフォーム）が含まれた。各患者について、ＲでのＧＳＶＡ Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージを使用してｓｓＧＳＥＡスコアが計算された。このスコアは、ＴＲＥＭ－１モジュールのすべての遺伝子に関する集合的発現強化を要約するランクを基にしたスコアである。
図７に示されるように、抗ＩＰ１０臨床試験のデータセットでは、ＴＲＥＭ－１モジュールのスコアが、基準時で非病変生検と比較して、病変生検で上昇していたことが判明した（Ｐ値＜０．００１）。また、ＴＲＥＭ－１モジュールのスコアは、ＵＣ病変生検のＴＲＥＭ－１発現と正の相関があり（Ｒｈｏ＝０．８５、Ｐ値＜０．００１、図８）、このことから、当該患者集団において、基準時でのＴＲＥＭ－１の活性化が示唆される。
次に、例えば経口ステロイドや、抗ＴＮＦ剤の使用などの標準治療（ＳＯＣ）が、組織におけるＴＲＥＭ－１モジュールスコアの変化に影響を及ぼすかについて評価した。抗ＴＮＦ療法の既往歴がある、抗ＩＰ１０臨床試験の全ての患者は、ノンレスポンダー／効果不十分な患者（ｉｎａｄｅｑｕａｔｅ ｒｅｓｐｏｎｄｅｒ）（ＮＲ／ＩＲ）とみなされた。抗ＴＮＦ使用の記録のない患者は、抗ＴＮＦ未感作とみなされた。
ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャースコアは、経口コルチコステロイドの使用の有無に関わらず、抗ＴＮＦ未感作患者と、抗ＴＮＦ ＮＲ／ＩＲ ＩＢＤ患者との間に統計的な有意差を示さなかった（図９）。ＧＳＥ１６８７９データセットの分析により、治療のノンレスポンダーとみなされた患者において、ＩＦＸを用いた治療後にＴＲＥＭ－１モジュールスコアは上昇したが、ＴＮＦ－レスポンダーでは減少したことが明らかとなった（図１０）。さらに基準時では、ＩＦＸノンレスポンダーは、ＩＦＸレスポンダーと比較して、ＴＲＥＭ－１モジュールスコアが有意に高かった（図１０）。これらの発見は、結腸病変を有するＵＣ患者およびＣＤ患者に適用可能であった。まとめると、これらのデータから、ＴＮＦノンレスポンダー集団において、ＴＲＥＭ－１経路がより活動的であったこと、および上昇が維持されたことが示唆される。
実施例６：有望な血液薬理学のバイオマーカー候補としてのＴＲＥＭ－１遺伝子モジュールの適用
ＴＲＥＭ－１遺伝子モジュール内の遺伝子は、ＴＲＥＭ－１経路の活性化後のトランスクリプトーム変化を反映している。そのため、当該遺伝子を、有望なＰＤバイオマーカー候補として使用し得るかを評価した。血液系のＰＤマーカー候補を選択するために、ＴＲＥＭ－１遺伝子モジュール内の遺伝子を、以下の基準に従ってフィルタリングした：ａ）ＵＣの基準時血液中での発現（平均 ｌｏｇ２ＲＭＡ＞５、ｂ）ＵＣの基準時血液中での変動が少ない（ＩＱＲ＜０．７）、ｃ）細胞外空間で発現される（ＧＯ機能的アノテーション）。抗ＴＲＥＭ－１を用いた処置後の阻害率は、ＰＧＬＹＲＰ１＋ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ刺激とＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ刺激の比較の倍率変化で割られた、ＰＧＬＹＲＰ１＋ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓでの倍率変化の程度により計算された。ＴＲＥＭ－１リガンド結合の刺激は、ＰＧＬＹＲＰ１＋ＰＧＮ－ＥＣｎｄｓｓ刺激のｌｏｇ２の倍数変化であり、これらの候補は、減少順でランク付けされた。ＩＭ１２９－００５ ＵＣの基準時血液、およびの内部健康血液、およびＵＣ血液中のこれらのｍＲＮＡの平均およびＩＱＲでの上位２０個の血液ＰＤ候補を、表７に示す。これらの遺伝子を今後、臨床試験で評価する。
Figure 2022540674000008
Figure 2022540674000009
実施例７：ＵＣ特異的ＴＲＥＭ－１シグネチャーを生成するためのＴＲＥＭ－１モジュールの適用
上述の実施例で生成されたＴＲＥＭ－１遺伝子モジュールに基づいて、以下の基準を使用して、ＵＣ特異的ＴＲＥＭ－１シグネチャーを生成した：ａ）ＴＲＥＭ－１経路と関連する（ＴＲＥＭ－１モジュールからの遺伝子）、ｂ）病変生検での発現によるＵＣにおける関連性（平均ｌｏｇ２ＲＭＡ＞４）、ｃ）病変生検での上方制御によるＵＣにおける関連性（病変と非病変の比較ＦＤＲ＜０．０５）、ｄ）ＵＣ病変生検サンプルで可変的に発現される（ＩＱＲ＞１）。このフィルタリングにより、３８個の遺伝子でシグネチャーが得られた。これは有望な患者の層別化バイオマーカーの候補を表す。次いで、抗ＩＰ１０臨床試験からの基準ＵＣ結腸生検における、これら３８個の遺伝子の発現パターンを検証した（図１１Ａ）。
図１１Ｂに示されるように、患者全体でこれらの遺伝子の発現に相当な不均一性があったが、二つの明白に異なる患者クラスターが特定された。この二モード分布から、高いＴＲＥＭ－１モジュールスコア（＞０．３３、図１２Ｂ）を伴うＵＣ患者集団の存在が示唆され、この集団は当該データセット中の患者集団の大部分を表している。ＵＣ患者におけるＴＲＥＭ－１モジュールの不均一性をさらにサポートするために、マッチングさせた非病変組織を参照として使用した。ＴＲＥＭ－１モジュールスコアを使用して病変組織または非病変組織を予測すると、最も高いＡＵＣを達成するスコア（０．２５）が、患者集団を陽性または陰性のＴＲＥＭ－１シグネチャーで分けるための最適値であろうと推定された。
実施例８：ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーを適用して、臨床パラメータの相関解析を介した患者の層別化のためのサロゲートバイオマーカーを特定する
病変結腸生検におけるＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーが、ＩＢＤ患者における経路活性化を反映していると仮定して、ＵＣ結腸生検におけるＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーと他の可能性のあるバイオマーカーとの相関が調査された。ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーを測定するには、疾患組織（例えば、結腸）における病変生検、および専用の遺伝子パネルまたはグローバルＲＮＡＳｅｑプロファイリングのいずれかが必要となるため、この調査により、ＴＲＥＭ－１経路の活性化の代替として可能性のあるバイオマーカーの特定が可能となった。これらのバイオマーカーは、臨床での測定をより簡便にし得る。
回帰モデルを適合させて、複数の臨床因子およびバイオマーカー因子と、患者の層別化候補からのＴＲＥＭ－１モジュールスコアとの関連性を調べた（表８）。
Figure 2022540674000010
図１２Ａ－１２Ｃに示されるように、基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア（Ｇｅｂｏｅｓスコアの一つの成分）、および便中カルプロテクチンは、ＵＣ患者において、ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーと有意に関連する因子であった。他の因子で補正した後の正の関連シグナルは、高い便中カルプロテクチン（ＦＣ）と高いＴＲＥＭ－１スコアの両方を有するＵＣ患者集団の存在を示唆した。言い換えれば、ＦＣレベルが高いＵＣ患者の大部分は、ＴＲＥＭ－１経路の活性化が高くなり得る。ＦＣは臨床で測定し易いため、ＴＲＥＭ－１遺伝子シグネチャーのサロゲートバイオマーカーとして役立つ可能性がある。
Figure 2022540674000011
Figure 2022540674000012

Figure 2022540674000013

Figure 2022540674000014

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Claims (22)

  1. その必要のある対象において疾患または障害を治療する方法であって、前記対象にアンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の治療有効用量を投与することを含み、前記対象は、ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルの上昇を呈し、
    前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、Ｎｉｃｏｔｉｎａｍｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ＮＡＭＰＴ）、ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ／ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ９（ＤＨＲＳ９）、ｃｙｃｌｉｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ １Ａ（ＣＤＫＮ１Ａ）、ＣＤ５２ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（ＣＤ５２）、Ｍｙｏｔｕｂｕｌａｒｉｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ １１（ＭＴＭＲ１１）、ＥＨ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １（ＥＨＤ１）、Ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２７ ｍｅｍｂｅｒ ３（ＳＬＣ２７Ａ３）、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ ２４（ＩＬ２４）、Ｐｉｍ－２ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ（ＰＩＭ２）、ｃｈｉｔｉｎａｓｅ ３ ｌｉｋｅ １（ＣＨＩ３Ｌ１）、Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ６（ＧＡＬＮＴ６）、Ａｃｙｌ－ＣｏＡ ｔｈｉｏｅｓｔｅｒａｓｅ ７（ＡＣＯＴ７）、ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ＳＨ２ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＩＳＨ）、ｆａｍｉｌｙ ｗｉｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ １２９ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＦＡＭ１２９Ａ）、ｐｏｌｏ ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ ３（ＰＬＫ３）、ｍａｊｏｒ ｆａｃｉｌｉｔａｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２（ＭＦＳＤ１２）、ＳｔＡＲ ｒｅｌａｔｅｄ ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ４（ＳＴＡＲＤ４）、Ｃ－ｔｙｐｅ ｌｅｃｔｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ １２ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＣＬＥＣ１２Ａ）、ＣＤ５５ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（Ｃｒｏｍｅｒ ｂｌｏｏｄ ｇｒｏｕｐ）（ＣＤ５５）、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｌａｍｂｄａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １（ＩＦＮＬＲ１）、またはそれらの組み合わせを含む、方法。
  2. 前記対象が、前記疾患または障害に対する標準治療で過去に治療され、前記治療に応答せず、好ましくは、前記標準治療が、抗ＴＮＦ－α抗体を含み、好ましくは、前記抗ＴＮＦ－α抗体が、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、セルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、ゴリムマブ（ＳＩＭＰＯＮＩ（登録商標））、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
  3. アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体を用いた治療に適した疾患または障害に罹患する対象を特定する方法であって、
    前記対象のサンプル中のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含み、
    前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、Ｎｉｃｏｔｉｎａｍｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ＮＡＭＰＴ）、ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ／ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ９（ＤＨＲＳ９）、ｃｙｃｌｉｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ １Ａ（ＣＤＫＮ１Ａ）、ＣＤ５２ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（ＣＤ５２）、Ｍｙｏｔｕｂｕｌａｒｉｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ １１（ＭＴＭＲ１１）、ＥＨ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １（ＥＨＤ１）、Ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２７ ｍｅｍｂｅｒ ３（ＳＬＣ２７Ａ３）、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ ２４（ＩＬ２４）、Ｐｉｍ－２ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ（ＰＩＭ２）、ｃｈｉｔｉｎａｓｅ ３ ｌｉｋｅ １（ＣＨＩ３Ｌ１）、Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ６（ＧＡＬＮＴ６）、Ａｃｙｌ－ＣｏＡ ｔｈｉｏｅｓｔｅｒａｓｅ ７（ＡＣＯＴ７）、ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ＳＨ２ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＩＳＨ）、ｆａｍｉｌｙ ｗｉｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ １２９ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＦＡＭ１２９Ａ）、ｐｏｌｏ ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ ３（ＰＬＫ３）、ｍａｊｏｒ ｆａｃｉｌｉｔａｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２（ＭＦＳＤ１２）、ＳｔＡＲ ｒｅｌａｔｅｄ ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ４（ＳＴＡＲＤ４）、Ｃ－ｔｙｐｅ ｌｅｃｔｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ １２ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＣＬＥＣ１２Ａ）、ＣＤ５５ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（Ｃｒｏｍｅｒ ｂｌｏｏｄ ｇｒｏｕｐ）（ＣＤ５５）、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｌａｍｂｄａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １（ＩＦＮＬＲ１）、またはそれらの組み合わせを含む、方法。
  4. 参照と比較して前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の前記発現レベルの上昇を呈している対象に、前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の治療有効用量を投与することをさらに含み、前記参照は、前記疾患または障害に罹患していない対象（例えば、健康な対象）を含む、請求項３に記載の方法。
  5. 疾患または障害の標準治療に対するノンレスポンダーを特定する方法であって、
    前記標準治療を受けた対象のサンプル中のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することであって、好ましくは、前記標準治療が、抗ＴＮＦ－α抗体（例えば、インフリキシマブ（登録商標）を含む、測定すること、を含み、
    前記対象が、前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の前記発現レベルの増加を呈し、
    前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、Ｎｉｃｏｔｉｎａｍｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ＮＡＭＰＴ）、ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ／ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ９（ＤＨＲＳ９）、ｃｙｃｌｉｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ １Ａ（ＣＤＫＮ１Ａ）、ＣＤ５２ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（ＣＤ５２）、Ｍｙｏｔｕｂｕｌａｒｉｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ １１（ＭＴＭＲ１１）、ＥＨ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １（ＥＨＤ１）、Ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２７ ｍｅｍｂｅｒ ３（ＳＬＣ２７Ａ３）、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ ２４（ＩＬ２４）、Ｐｉｍ－２ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ（ＰＩＭ２）、ｃｈｉｔｉｎａｓｅ ３ ｌｉｋｅ １（ＣＨＩ３Ｌ１）、Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ６（ＧＡＬＮＴ６）、Ａｃｙｌ－ＣｏＡ ｔｈｉｏｅｓｔｅｒａｓｅ ７（ＡＣＯＴ７）、ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ＳＨ２ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＩＳＨ）、ｆａｍｉｌｙ ｗｉｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ １２９ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＦＡＭ１２９Ａ）、ｐｏｌｏ ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ ３（ＰＬＫ３）、ｍａｊｏｒ ｆａｃｉｌｉｔａｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２（ＭＦＳＤ１２）、ＳｔＡＲ ｒｅｌａｔｅｄ ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ４（ＳＴＡＲＤ４）、Ｃ－ｔｙｐｅ ｌｅｃｔｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ １２ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＣＬＥＣ１２Ａ）、ＣＤ５５ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（Ｃｒｏｍｅｒ ｂｌｏｏｄ ｇｒｏｕｐ）（ＣＤ５５）、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｌａｍｂｄａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １（ＩＦＮＬＲ１）、またはそれらの組み合わせを含む、方法。
  6. 前記標準治療に対するノンレスポンダーとして特定された対象に、追加の治療剤を投与することをさらに含み、好ましくは、前記追加の治療剤が、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体を含む、請求項５に記載の方法。
  7. その必要のある対象の疾患または障害の治療における、アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の有効性を判定する方法であって、前記対象に前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体を投与すること、および前記対象のサンプル中のＴＲＥＭ－１関連遺伝子の発現レベルを測定することを含み、前記対象は、前記投与の後に前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の前記発現レベルの低下を呈し、
    前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子は、Ｎｉｃｏｔｉｎａｍｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ（ＮＡＭＰＴ）、ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ／ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ９（ＤＨＲＳ９）、ｃｙｃｌｉｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ １Ａ（ＣＤＫＮ１Ａ）、ＣＤ５２ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（ＣＤ５２）、Ｍｙｏｔｕｂｕｌａｒｉｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ １１（ＭＴＭＲ１１）、ＥＨ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １（ＥＨＤ１）、Ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ２７ ｍｅｍｂｅｒ ３（ＳＬＣ２７Ａ３）、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ ２４（ＩＬ２４）、Ｐｉｍ－２ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ（ＰＩＭ２）、ｃｈｉｔｉｎａｓｅ ３ ｌｉｋｅ １（ＣＨＩ３Ｌ１）、Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ６（ＧＡＬＮＴ６）、Ａｃｙｌ－ＣｏＡ ｔｈｉｏｅｓｔｅｒａｓｅ ７（ＡＣＯＴ７）、ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ＳＨ２ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＣＩＳＨ）、ｆａｍｉｌｙ ｗｉｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ １２９ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＦＡＭ１２９Ａ）、ｐｏｌｏ ｌｉｋｅ ｋｉｎａｓｅ ３（ＰＬＫ３）、ｍａｊｏｒ ｆａｃｉｌｉｔａｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２（ＭＦＳＤ１２）、ＳｔＡＲ ｒｅｌａｔｅｄ ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ４（ＳＴＡＲＤ４）、Ｃ－ｔｙｐｅ ｌｅｃｔｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ １２ ｍｅｍｂｅｒ Ａ（ＣＬＥＣ１２Ａ）、ＣＤ５５ ｍｏｌｅｃｕｌｅ（Ｃｒｏｍｅｒ ｂｌｏｏｄ ｇｒｏｕｐ）（ＣＤ５５）、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｌａｍｂｄａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １（ＩＦＮＬＲ１）、またはそれらの組み合わせを含み、任意で前記対象は、前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の治療を継続する、方法。
  8. 前記対象はまた、前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の前記投与の前に、基準Ｍａｙｏスコアの増加、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアの増加、および便中カルプロテクチンレベルの増加のうちの一つ以上を呈し、
    （ａ）前記対象は、前記参照と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上の基準Ｍａｙｏスコアの増加を呈し、
    （ｂ）前記対象は、前記投与の前に、約６、７、８、９、１０、１１、または１２より大きい基準Ｍａｙｏスコアを呈し、
    （ｃ）前記対象は、前記参照と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上のグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアの増加を呈し、
    （ｄ）前記対象は、約０、約０．１、約０．２、または約０．３より大きいグレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアを呈し、
    （ｅ）前記対象は、前記参照と比較して、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上の便中カルプロテクチンレベルの増加を呈し、および／または
    （ｆ）前記対象は、約１．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．０ｌｏｇ１０よりも大きい、約２．５ｌｏｇ１０よりも大きい、約３．０ｌｏｇ１０よりも大きい、または約３．５ｌｏｇ１０よりも大きい便中カルプロテクチンレベル（μｇ／ｇ便）を呈する、請求項１、２、４、６および７のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の前記発現レベルの前記測定および／もしくは前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与の前、同時、または後に、基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および便中カルプロテクチンレベルのうちの一つ以上のスコアを測定することをさらに含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
  10. 前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の前記投与が、前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の前記発現を減少させ、好ましくは、前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の前記投与が、前記対象の基準Ｍａｙｏスコア、グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコア、および／または便中カルプロテクチンレベルも低下させ、
    （ａ）前記基準Ｍａｙｏスコアは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下し、
    （ｂ）前記グレード２Ｂ粘膜固有層好中球浸潤スコアは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下し、および／または
    （ｃ）前記便中カルプロテクチンレベルは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、またはそれ以上低下する、請求項１、２、４、６、７、８および９のいずれか一項に記載の方法。
  11. 前記ＴＲＥＭ－１関連遺伝子の前記発現レベルは、ＴＲＥＭ－１の天然リガンドの存在下で増加するが、アゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体の存在下では増加しない、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記サンプルが、組織、血液、血清、血漿、唾液、尿、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３～１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. （ａ）前記疾患または障害は、脱顆粒の増加、活性酸素種の生成、および／または好中球による炎症促進性サイトカインの放出と関連し、
    （ｂ）前記疾患または障害は、単球の活性化、および／または単球による炎症性のサイトカインおよびケモカインの産生の増加と関連し、
    （ｃ）前記疾患または障害は、低酸素症と関連し、および／または
    （ｄ）前記疾患または障害は、細胞表面のＴＲＥＭ－１タンパク質発現の増加、および／または可溶性ＴＲＥＭ－１タンパク質のレベルの増加と関連している、請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記疾患または障害は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、過敏性腸症候群、関節リウマチ（ＲＡ）、乾癬、乾癬性関節炎、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、ループス腎炎、血管炎、敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、Ｉ型糖尿病、グレーブス病、多発性硬化症（ＭＳ）、自己免疫性心筋炎、川崎病、冠動脈疾患、慢性閉塞性肺疾患、間質性肺疾患、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、全身性硬化症、変形性関節症、アトピー性皮膚炎、白斑、移植片対宿主病、シェーグレン症候群、自己免疫性腎炎、グッドパスチャー症候群、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害、アレルギー、喘息、急性炎症もしくは慢性炎症のいずれかの結果である他の自己免疫性疾患、慢性腎臓病、またはそれらの組み合わせを含み、好ましくは前記疾患または障害は、炎症性腸疾患であり、好ましくは前記炎症性腸疾患は、クローン病および潰瘍性大腸炎を含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体が、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、
    （ａ）前記軽鎖ＣＤＲ１は、ＲＡＳＱＳＶＤＴＦＤＹＳＦＬＨ（配列番号２４）、または一つもしくは二つの置換を除く、ＲＡＳＱＳＶＤＴＦＤＹＳＦＬＨ（配列番号２４）を含み、
    （ｂ）前記軽鎖ＣＤＲ２は、ＲＡＳＮＬＥＳ（配列番号２１）、または一つもしくは二つの置換を除く、ＲＡＳＮＬＥＳ（配列番号２１）を含み、
    （ｃ）前記軽鎖ＣＤＲ３は、ＱＱＳＮＱＤＰＹＴ（配列番号２５）、または一つもしくは二つの置換を除く、ＱＱＳＮＱＤＰＹＴ（配列番号２５）を含み、
    （ｄ）前記重鎖ＣＤＲ１は、ＴＹＡＭＨ（配列番号１７）、または一つもしくは二つの置換を除く、ＴＹＡＭＨ（配列番号１７）を含み、
    （ｅ）前記重鎖ＣＤＲ２は、ＲＩＲＴＫＳＳＮＹＡＴＹＹＡＡＳＶＫＧ（配列番号１８）、または一つもしくは二つの置換を除く、ＲＩＲＴＫＳＳＮＹＡＴＹＹＡＡＳＶＫＧ（配列番号１８）を含み、
    （ｆ）前記重鎖ＣＤＲ３は、ＤＭＧＩＲＲＱＦＡＹ（配列番号１９）、または一つもしくは二つの置換を除く、ＤＭＧＩＲＲＱＦＡＹ（配列番号１９）を含み、好ましくは前記重鎖ＣＤＲ３は、ＤＱＧＩＲＲＱＦＡＹ（配列番号７２）を含む、請求項１～４、および６～１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、前記ＶＨは、配列番号１５または２６～２９と記載されるアミノ酸配列を含み、前記ＶＬは、配列番号２３と記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１５に記載の方法。
  17. 前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）を含み、前記ＨＣは、配列番号３０、３１、３２、または３３と記載されるアミノ酸配列を含み、前記ＬＣは、配列番号３４と記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１５または１６に記載の方法。
  18. 前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体が、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、
    （ａ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６１、６２、および６３と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６４、６５、および６６と記載されるアミノ酸配列を含み、
    （ｂ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６７、６８、および６９と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７０、７１、および７２と記載されるアミノ酸配列を含み、
    （ｃ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６７、６８、および６９と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号６４、６５、および７３と記載されるアミノ酸配列を含み、
    （ｄ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７４、７５、および７６と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７０、７７、および７８と記載されるアミノ酸配列を含み、
    （ｅ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７９、８０、および８１と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号７０、７１、および７２と記載されるアミノ酸配列を含み、
    （ｆ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３はそれぞれ、配列番号１５９、１６０、および１６１と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３はそれぞれ、配列番号７０、７１、および１６２と記載されるアミノ酸配列を含み、または
    （ｇ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３はそれぞれ、配列番号１５９、１６０、および１６１と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３はそれぞれ、配列番号７０、７１、および１３３と記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１～４および６～１４のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、前記ＶＨは、配列番号５３、５５、５８、６０または１５３に記載されるアミノ酸配列を含み、前記ＶＬは、配列番号５４、５６、５７、５９、１５４または１５５に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１８に記載の方法。
  20. 前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖（ＨＣ）定常領域および軽鎖（ＬＣ）定常領域をさらに含み、前記ＨＣ定常領域は、配列番号４８、配列番号４７、配列番１１、または配列番号１２と記載されるアミノ酸配列を含み、前記ＬＣ定常領域は、配列番号３５と記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１８または１９に記載の方法。
  21. 前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体が、重鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、
    （ａ）前記重鎖ＣＤＲ１は、配列番号１３のアミノ酸３１～３５（ＴＹＡＭＨ）を含み、
    （ｂ）前記重鎖ＣＤＲ２は、配列番号１３のアミノ酸５０～６８（ＲＩＲＴＫＳＳＮＹＡＴＹＹＡＡＳＶＫＧ）を含み、
    （ｃ）前記重鎖ＣＤＲ３は、配列番号１３のアミノ酸１０１～１１０（ＤＭＧＱＲＲＱＦＡＹ）を含み、
    （ｄ）前記軽鎖ＣＤＲ１は、配列番号１４のアミノ酸２４～３８（ＲＡＳＥＳＶＤＴＦＤＹＳＦＬＨ）を含み、
    （ｅ）前記軽鎖ＣＤＲ２は、配列番号１４のアミノ酸５４～６０（ＲＡＳＮＬＥＳ）を含み、および／または
    （ｆ）前記軽鎖ＣＤＲ３は、配列番号１４のアミノ酸９３～１０１（ＱＱＳＮＥＤＰＹＴ）を含む、請求項１～４、および６～１４のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体が、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、前記ＶＨは、配列番号１３のアミノ酸１～１２１を含み、前記ＶＬは、配列番号１４のアミノ酸１～１１１を含み、好ましくは、前記アンタゴニスト性抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）を含み、前記ＨＣは、配列番号１３と記載されるアミノ酸配列を含み、前記ＬＣは、配列番号１４と記載されるアミノ酸配列を含む、請求項２１に記載の方法。
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