JP2010217104A - Image analyzer, image analyzing method and program - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、複数枚の画像から特定の画像を抽出するための画像解析技術に関する。 The present invention relates to an image analysis technique for extracting a specific image from a plurality of images.
RICS(Raster-scan Image Correlation Spectroscopy)は顕微鏡画像などのスキャンイメージをもとに画像ピクセル毎のシグナル強度を空間相関演算して分子の拡散速度及び濃度を計算する手法である。 RICS (Raster-scan Image Correlation Spectroscopy) is a technique for calculating the diffusion rate and concentration of molecules by spatial correlation calculation of signal intensity for each image pixel based on a scan image such as a microscope image.
非特許文献1は、RICSの開発者であるGrattonらがRICSの原理の説明を中心とし、細胞での計測についても述べたもので、GFP発現細胞に対してGFP−Paxillinの細胞内局在と拡散をRICSにて計測した例を挙げている。Paxillinとは細胞膜内側においてアクチンやインテグリンなどの細胞膜蛋白質と相互作用して細胞外マトリックスとの接着などに関連する蛋白質である。この論文中では、局在したPaxillin−GFPのRICS計測結果を示し、GFP単独に比べて10倍近く遅い拡散速度が得られたことから、RICS計測の実用性をアピールしている。
Non-Patent
非特許文献2は、RICSについてその画像取得条件及び相関関数演算の条件設定などについて詳細に調べたものである。解析に用いる画像について、S/Nを上げるためにはある程度の複数枚画像が必要であることを示唆している。
ところで、対象物(例えば分子など)の動きを統計的に計測する場合、サイズや拡散速度が均一もしくは生理的な分子間相互作用などによって分子サイズが大きくなりその結果で拡散が遅くなるようなターゲット分子の挙動を調べる。この際、測定中に予期しない異常分子(凝集物など)が高輝度をもってROI(Region of interest)内に流入することにより、最終的な結果の信頼性が低下することが危惧される。 By the way, when statistically measuring the movement of an object (for example, a molecule), a target whose size and diffusion rate are uniform or whose molecular size increases due to physiological intermolecular interactions, etc., resulting in slow diffusion. Examine the behavior of molecules. At this time, it is feared that unexpected abnormal molecules (such as aggregates) flow into ROI (Region of interest) with high luminance during the measurement, thereby reducing the reliability of the final result.
RICS計測では複数枚の画像フレームを取得して演算を行うことから、画像取得時に観察領域内を通過する高輝度蛍光分子(凝集分子など)は画像フレーム毎除去することが可能である。しかし、約100枚の連続フレーム画像からこの問題となるフレームを除くには一枚一枚詳細に確認しなくてはならず、煩雑で手間がかかる作業となっていた。 In RICS measurement, calculation is performed by acquiring a plurality of image frames, so that high-intensity fluorescent molecules (such as aggregated molecules) that pass through the observation region during image acquisition can be removed for each image frame. However, in order to remove this problematic frame from about 100 consecutive frame images, it is necessary to check the details one by one, which is a cumbersome and time-consuming operation.
本願発明は係る事情に鑑みてなされたものであって、複数枚の画像から特定の画像を効率的に抽出することのできる画像解析装置、画像解析方法及びプログラムを提供することを目的とする。 This invention is made | formed in view of the situation which concerns, Comprising: It aims at providing the image-analysis apparatus, the image-analysis method, and program which can extract a specific image efficiently from several images.
上記課題を解決するための本発明は、複数枚の時系列の画像を取得して解析演算を行う画像解析装置において、前記複数枚の画像を時系列順に調べて最初に第1の条件を充足する第1の画像を検出する第1の画像検出手段と、前記第1の画像に続く画像を時系列順に調べて最初に前記第1の条件を充足しない第2の画像を検出する第2の画像検出手段と、前記第1の画像から前記第2の画像までの一連の画像を抽出する第1の画像抽出手段と、前記複数枚の画像から前記一連の画像を除去した新たな複数枚の画像を用いて解析演算を実行する解析手段とを有し、前記第1の条件は、前記画像中に第1の輝度値以上の領域が存在している画像解析装置である。 In order to solve the above-described problems, the present invention provides an image analysis apparatus that acquires a plurality of time-series images and performs an analysis operation. The plurality of images are examined in time-series order and the first condition is satisfied first. A first image detecting means for detecting the first image to be detected, and a second image detecting the second image not satisfying the first condition first by examining images following the first image in time series. An image detecting means; a first image extracting means for extracting a series of images from the first image to the second image; and a plurality of new images obtained by removing the series of images from the plurality of images. And an analysis unit that executes an analysis operation using an image, wherein the first condition is an image analysis apparatus in which a region having a first luminance value or more exists in the image.
また本発明は、複数枚の時系列の画像を取得して解析演算を行う画像解析方法において、前記複数枚の画像を時系列順に調べて最初に第1の条件を充足する第1の画像を検出し、前記第1の画像に続く画像を時系列順に調べて最初に前記第1の条件を充足しない第2の画像を検出し、前記第1の画像から前記第2の画像までの一連の画像を抽出し、前記複数枚の画像から前記一連の画像を除去した新たな複数枚の画像を用いて解析演算を実行し、前記第1の条件は、前記画像中に第1の輝度値以上の領域が存在している画像解析方法である。 In the image analysis method for obtaining a plurality of time-series images and performing an analysis operation, the present invention examines the plurality of images in time-series order, and firstly satisfies the first condition. A second image that does not satisfy the first condition is detected by examining images following the first image in time series order, and a series of steps from the first image to the second image are detected. An image is extracted, and an analysis operation is performed using a plurality of new images obtained by removing the series of images from the plurality of images. The first condition is equal to or greater than a first luminance value in the images. This is an image analysis method in which the region exists.
また本発明は、複数枚の時系列の画像を取得して解析演算を行う画像解析プログラムにおいて、前記複数枚の画像を時系列順に調べて最初に第1の条件を充足する第1の画像を検出する手順、前記第1の画像に続く画像を時系列順に調べて最初に前記第1の条件を充足しない第2の画像を検出する手順、前記第1の画像から前記第2の画像までの一連の画像を抽出する手順、前記複数枚の画像から前記一連の画像を除去した新たな複数枚の画像を用いて解析演算を実行する手順をコンピュータに実行させ、前記第1の条件は、前記画像中に第1の輝度値以上の領域が存在しているプログラムである。 According to the present invention, in an image analysis program for acquiring a plurality of time-series images and performing an analysis operation, the plurality of images are examined in time-series order, and a first image that satisfies the first condition first is obtained. A procedure for detecting, a procedure for examining images following the first image in chronological order, and detecting a second image that does not satisfy the first condition first, and from the first image to the second image A procedure for extracting a series of images, causing a computer to execute a procedure for performing an analysis operation using a plurality of new images obtained by removing the series of images from the plurality of images, wherein the first condition includes: This is a program in which an area having a first luminance value or more exists in an image.
この発明によれば、複数枚の画像から特定の画像を効率的に抽出することのできる画像解析装置、画像解析方法及びプログラムを提供することができる。 According to the present invention, it is possible to provide an image analysis apparatus, an image analysis method, and a program that can efficiently extract a specific image from a plurality of images.
図1は、本実施の形態の画像解析方法が適用されるレーザ顕微鏡システムの構成を示す図である。
レーザ顕微鏡システムは、顕微鏡本体1、レーザコンバイナー2、スキャンユニット3、ディテクタユニット4、コントロールユニット5、表示装置6及び記憶装置7を備えている。
FIG. 1 is a diagram showing a configuration of a laser microscope system to which the image analysis method of the present embodiment is applied.
The laser microscope system includes a microscope
レーザコンバイナー2に設けられた1つのレーザ光源から出射したレーザ光は、ダイクロイックミラー(不図示)で反射された後スキャンユニット3に入射する。このスキャンユニット3によって、光軸はX軸、Y軸方向に偏向走査され、顕微鏡本体1の対物レンズ(不図示)に入る。これによって視野内の焦点面上にある蛍光標識されたサンプル試料の任意の位置に、測定領域(焦点領域)を位置することができる。
Laser light emitted from one laser light source provided in the
焦点領域内の蛍光分子から発した蛍光は同じ対物レンズで補足され、逆の光路を通りダイクロイックミラーに導かれる。ダイクロイックミラーでは、励起光と比べ波長の長い蛍光を透過するように設計されており、蛍光はディテクタユニット4に到達する。ディテクタユニット4としてはAPD(アバランシェフォトダイオード)、あるいは光電子増倍管などが好適である。
Fluorescence emitted from the fluorescent molecules in the focal region is captured by the same objective lens and guided to the dichroic mirror through the reverse optical path. The dichroic mirror is designed to transmit fluorescence having a longer wavelength than the excitation light, and the fluorescence reaches the
ディテクタユニット4で光電変換された蛍光の強度信号は、コントロールユニット5に入力される。コントロールユニット5では、解析ソフトウエアによってRICS解析が行われる。コントロールユニット5は、ディテクタユニット4からの蛍光強度信号と、スキャンユニット3からの走査位置情報とを対応づけてRICS解析を行う。RICS解析した結果は、適宜、表示装置6に表示され、また記憶装置7に記憶される。
The fluorescence intensity signal photoelectrically converted by the
なお、本レーザ顕微鏡システムでは、複数のレーザ光源を用いて波長の異なる複数の蛍光像を得ることができるが、以下の説明では1つのレーザ光源により得られた蛍光像を用いて解析する態様について説明する。 In this laser microscope system, a plurality of fluorescent images having different wavelengths can be obtained using a plurality of laser light sources. In the following description, an analysis is performed using a fluorescent image obtained by one laser light source. explain.
図1の右側には、本レーザ顕微鏡システムで得られる情報を模式的に示している。
サンプル8aにレーザ光を繰り返して走査照射して複数枚の蛍光画像8bを得る。このそれぞれの蛍光画像8bに基づいて蛍光強度に関するデータ8cを求めて、解析ソフトウエアに入力する。解析ソフトウエアは、それぞれのデータ8cに基づいてRICS解析を実行する。即ち、空間相関計算を行って空間相関関数図8dを求め、その結果と基準となる空間相関関数図との間でフィッティング解析を行う。
On the right side of FIG. 1, information obtained by the laser microscope system is schematically shown.
The sample 8a is repeatedly scanned and irradiated with laser light to obtain a plurality of fluorescent images 8b. Based on the respective fluorescence images 8b, data 8c relating to the fluorescence intensity is obtained and input to the analysis software. The analysis software performs RICS analysis based on the respective data 8c. That is, spatial correlation calculation is performed to obtain a spatial correlation function diagram 8d, and a fitting analysis is performed between the result and the reference spatial correlation function diagram.
続いて、RICS解析の内容について詳細に説明する。
*ステップ1:ターゲット(蛍光)分子がピクセル毎に検出できるようにレーザ光をスキャンする。
図2は、精度の良い測定に関連する諸量を示す模式図である。
図2には、ターゲット10の移動する速度(軌跡)と、ターゲット10に照射されたレーザスポット11の大きさと、検出素子のピクセル位置(1,2,・・・)とが表されている。
Next, the contents of RICS analysis will be described in detail.
* Step 1: Scan with laser light so that target (fluorescent) molecules can be detected pixel by pixel.
FIG. 2 is a schematic diagram showing various quantities related to accurate measurement.
FIG. 2 shows the moving speed (trajectory) of the
図2によれば、ターゲットの動く速さ、スキャンスピード及びピクセルサイズ(1ピクセル当りの実サイズ)との間には密接な関係があることがわかる。従って、ターゲットの分子数、拡散速度などをRICS解析によって求める際には、図2に示す諸量が適正な値となるように設定されることが重要である。 According to FIG. 2, it can be seen that there is a close relationship among the moving speed of the target, the scanning speed, and the pixel size (actual size per pixel). Therefore, when the number of molecules of the target, the diffusion rate, and the like are obtained by RICS analysis, it is important that various quantities shown in FIG. 2 are set to appropriate values.
*ステップ2:設定したフレーム内でレーザをスキャンする。このスキャンを複数回実行して複数のフレームを取得する。
図3は、フレームの取得動作を説明する図である。
1つのフレーム12のサイズ(縦長さ×横長さ)はステップ1において解析者が設定する。レーザ光は、このフレーム領域内をスキャンユニット3によって走査される。例えば、フレーム領域の左上の位置から右方向にレーザ光を1ライン走査し、続いて1段下のラインを左から右方向に走査する。この動作を一番下のラインまで繰り返して1フレーム走査を完了する。
このフレーム走査を同様にして複数回繰り返して実行して、複数のフレーム画像を取得する。
* Step 2: Scan the laser within the set frame. This scan is executed a plurality of times to obtain a plurality of frames.
FIG. 3 is a diagram for explaining a frame acquisition operation.
The size of one frame 12 (vertical length × horizontal length) is set by the analyst in
This frame scanning is repeated and executed a plurality of times in the same manner to obtain a plurality of frame images.
ここで、1ピクセルを走査する時間はμsecのオーダであり、1ラインを走査する時間はmsecのオーダであり、1フレームを走査する時間はsecのオーダである。1フレーム走査時間を例えば1秒とし、100枚のフレームを取得する場合は、計測時間は約100秒となる。 Here, the time for scanning one pixel is on the order of μsec, the time for scanning one line is on the order of msec, and the time for scanning one frame is on the order of sec. When one frame scanning time is 1 second, for example, and 100 frames are acquired, the measurement time is about 100 seconds.
原理的に、空間相関演算を行うためには、1枚のフレーム画面で十分である。しかし本実施の形態では、取得フレーム数を増やすことによって空間相関演算に関する平均計算を行っている。フレーム数を増やして相関関数の平均値を計算することによって遅い動きの分子情報を除去することが可能である。 In principle, one frame screen is sufficient for performing spatial correlation calculations. However, in this embodiment, the average calculation regarding the spatial correlation calculation is performed by increasing the number of acquired frames. By increasing the number of frames and calculating the average value of the correlation function, it is possible to remove molecular information of slow motion.
*ステップ3:空間相関演算を実行する。
空間相関演算は、以下の相関関数式に従って実行する。
The spatial correlation calculation is executed according to the following correlation function expression.
図4は、空間相関演算の内容を説明するための図である。
2枚の同一フレーム12を、X軸方向にξ、Y軸方向にψだけずらして重ね合わせる。そして、重なり合った位置の蛍光強度値を乗算した値をフレーム全体にわたって加算する。加算結果を正規化した値を点(ξ、ψ)における空間相関値とする。このξ、ψを2次元平面上で変化させて、2次元の空間相関値を取得する。
FIG. 4 is a diagram for explaining the contents of the spatial correlation calculation.
Two
次に、他のフレームについてもそれぞれ2次元の空間相関値を演算する。そして、このようにして取得した複数の空間相関値をそれぞれの点について平均処理して、2D相関関数図(空間相関関数図)を得る。 Next, a two-dimensional spatial correlation value is calculated for each of the other frames. The plurality of spatial correlation values acquired in this way are averaged for each point to obtain a 2D correlation function diagram (spatial correlation function diagram).
図5は、2D相関関数図を示す図である。
上述の式からわかるように、図5の中心に位置する原点(0,0)において、相関関数値は最大値(=1)をとる。
FIG. 5 is a diagram showing a 2D correlation function diagram.
As can be seen from the above formula, the correlation function value takes the maximum value (= 1) at the origin (0, 0) located at the center of FIG.
*ステップ4:相関関数演算の結果得られる2D相関関数図を用いてフィッティング演算を行う。
このようにして得られた2D相関関数図に基いて高さ方向(Z軸方向)に蛍光強度値をプロットすると、原点を中心とした山形の形状が得られる。この測定した形状を、複数の基準パターンの形状と比較して、良くフィットする基準パターンを特定する。
* Step 4: A fitting calculation is performed using a 2D correlation function diagram obtained as a result of the correlation function calculation.
When the fluorescence intensity values are plotted in the height direction (Z-axis direction) based on the 2D correlation function diagram obtained in this manner, a mountain shape centering on the origin is obtained. The measured shape is compared with the shapes of a plurality of reference patterns to identify a reference pattern that fits well.
図6は、フィッティング方法を説明するための図である。
図の下側には、演算によって得られた相関関数値を3次元で表している。図の上側には、ある基準パターンとの差を3次元で表している。この差が最も小さいと評価される基準パターンを特定する。そして、特定された基準パターンに対応する分子数と拡散速度とをサンプルの平均分子数と平均拡散速度として得ることができる。
FIG. 6 is a diagram for explaining the fitting method.
On the lower side of the figure, the correlation function values obtained by the calculation are represented in three dimensions. On the upper side of the figure, the difference from a certain reference pattern is shown in three dimensions. A reference pattern that is evaluated to have the smallest difference is specified. Then, the number of molecules and the diffusion rate corresponding to the specified reference pattern can be obtained as the average number of molecules and the average diffusion rate of the sample.
ところで、上述のRICS演算においては、測定中における外乱要因の影響を受けないように、外乱要因の存在するフレームを除外する処理が求められる。
即ち、上述のように、測定中に予期しない分子(凝集物など)が高輝度をもってROI(Region of interest)内に流入することにより、最終的な結果の信頼性が低下することが危惧される。従って、このような高輝度分子を含むフレームを効率良く抽出できることが望まれる。
By the way, in the RICS calculation described above, a process for excluding a frame in which a disturbance factor exists is required so as not to be affected by the disturbance factor during measurement.
That is, as described above, it is feared that unexpected molecules (aggregates and the like) flow into ROI (Region of interest) with high luminance during measurement, thereby reducing the reliability of the final result. Therefore, it is desired that a frame including such high-luminance molecules can be extracted efficiently.
ここで、本願発明における基本的な考え方について、発明者の行ったRICS解析例をもとに説明する。
使用した解析サンプルは溶液内あるいは細胞内で観察される蛍光(蛋白質)標識蛋白質であり、その分子の動き情報及びそれから導かれるサイズ情報をRICSなどの手法によって計測した。
Here, the basic concept in the present invention will be described based on the RICS analysis example performed by the inventor.
The analysis sample used was a fluorescent (protein) -labeled protein observed in a solution or in a cell, and movement information of the molecule and size information derived therefrom were measured by a technique such as RICS.
標識には蛍光分子(ローダミン、cy3,cy5, Alexa- , Atto- など)あるいは蛍光蛋白質(EGFP, mDsRed, mRFP, mCherry, YFPなど)を用いた。また、目的によっては2色の蛍光を同時に観察することによって両者で標識した2つ以上の蛋白質同士の相互作用についても計測した。 For labeling, fluorescent molecules (rhodamine, cy3, cy5, Alexa-, Atto-, etc.) or fluorescent proteins (EGFP, mDsRed, mRFP, mCherry, YFP, etc.) were used. In addition, depending on the purpose, the interaction between two or more proteins labeled with both was also measured by observing two colors of fluorescence simultaneously.
この一連の計測において、以下に述べる態様で上述の分子が観測された。
ケース1:細胞内蛋白質凝集の除去
EGFP単独発現細胞において、通常であればEGFPは他の分子、細胞器官との相互作用は無いとされるが、EGFP自体がある環境(細胞内pH、温度など)によって凝集してしまうことがある。またその際、他の分子を取り込んで巨大凝集体を形成することもある。
In this series of measurements, the above-described molecules were observed in the following manner.
Case 1: Removal of intracellular protein aggregation
In EGFP-only cells, EGFP normally has no interaction with other molecules and cell organs, but may aggregate due to the environment (intracellular pH, temperature, etc.) where EGFP is present. . At that time, other molecules may be incorporated to form giant aggregates.
このような理由で、連続して画像フレームを取得すると凝集した高輝度巨大分子が検出されるケースがある。EGFPあるいはEGFP融合蛋白質の細胞内動態を計測したい場合、これらの高輝度分子を除外して相関演算を行う必要がある。 For these reasons, there are cases where aggregated high-brightness macromolecules are detected when image frames are continuously acquired. When measuring intracellular kinetics of EGFP or EGFP fusion protein, it is necessary to exclude these high brightness molecules and perform correlation calculation.
ケース2:細胞内凝集蛋白質の検出
PolyQ凝集(グルタミン酸の連続結合蛋白)は神経細胞死をもたらし、ハンチントン病の原因とされる。細胞内でのPolyQ蛋白質がモノマーからポリマー、そして大きな凝集に至る経過を観察、計測することはその凝集メカニズム及び疾病原因を探る上で重要である。
Case 2: Detection of intracellular aggregated protein
PolyQ aggregation (continuous binding protein of glutamate) causes neuronal cell death and is thought to cause Huntington's disease. Observing and measuring the progress of intracellular polyQ protein from monomer to polymer and large aggregation is important for exploring its aggregation mechanism and disease cause.
PolyQに例えばEGFPなどの蛍光蛋白質を融合させて細胞内で発現し、PolyQ-EGFPが成長する段階でサイズが大きくなり蛍光強度も増加する。モノマーの状態ではPolyQ-EGFPは細胞内を自由に拡散するが、凝集が大きくなるにつれて大きな高輝度分子に変化し、それによって分子拡散速度も遅延する。 For example, a fluorescent protein such as EGFP is fused with PolyQ and expressed in cells. When PolyQ-EGFP grows, the size increases and the fluorescence intensity also increases. In the monomer state, PolyQ-EGFP diffuses freely in the cell, but as aggregation increases, it changes to a large, bright molecule, thereby slowing the molecular diffusion rate.
この反応をRICSなどの画像計測法で観察した場合、複数枚の画像を取得すると、凝集蛋白質として高輝度分子がフレーム内に流入することによって、その存在及び大きさを見積もることが可能となる。 When this reaction is observed by an image measurement method such as RICS, when a plurality of images are acquired, high-intensity molecules flow into the frame as aggregated proteins, so that their presence and size can be estimated.
この結果から次のことが導かれる。
(1)RICS解析において観測される高輝度の分子については、外乱要因として除外すべきものであるが、その高輝度の分子自体の挙動は別途解析の対象となり得るものも含まれている。
(2)RICS解析において観測される高輝度の分子には、最初から輝度が高い状態のものと、次第に凝縮して輝度とサイズを増加させる状態のものが存在する。
The following is derived from this result.
(1) High-brightness molecules observed in the RICS analysis should be excluded as disturbance factors, but the behavior of the high-brightness molecules themselves includes those that can be separately analyzed.
(2) The high-brightness molecules observed in the RICS analysis include a state in which the luminance is high from the beginning and a state in which the luminance and size are gradually condensed to increase the luminance and size.
以上の検討結果に基づく本実施の形態の画像解析方法を説明する。
図7、図8は、高輝度分子を含むフレームを抽出する概略の処理手順を示す図である。
The image analysis method of the present embodiment based on the above examination results will be described.
7 and 8 are diagrams showing a schematic processing procedure for extracting a frame including high-luminance molecules.
ステップS01において、解析者は顕微鏡で観察することにより、サンプルの拡大倍率と観察視野中の撮影する領域とを決定する。ステップS02において、レーザ光を照射する領域(ROI)を設定する。さらにステップS03において、取得するフレーム枚数を設定する。 In step S01, the analyst determines the magnification of the sample and a region to be photographed in the observation field by observing with a microscope. In step S02, a region (ROI) to be irradiated with laser light is set. In step S03, the number of frames to be acquired is set.
そして、解析開始をシステムに入力すると、ステップS04において、フレーム取得処理が実行される。即ち、スキャンユニット3によってレーザ光がこの領域(ROI)内を走査し、サンプル試料の蛍光像を表すフレームが設定された枚数取得される。取得されたフレームは1つのファイルにまとめられて記憶装置7に記憶される。
Then, when an analysis start is input to the system, a frame acquisition process is executed in step S04. That is, the
続いて高輝度分子を含むフレームを抽出処理を実行する。
ステップS09において、各パラメータ変数の初期化を実行する。即ち、ページi=1、第1スタートページSP1=第1ラストページLP1=第2スタートページSP2=第2ラストページLP2=0と設定する。
Subsequently, an extraction process is performed on frames containing high-luminance molecules.
In step S09, initialization of each parameter variable is executed. That is, page i = 1, first start page SP1 = first last page LP1 = second start page SP2 = second last page LP2 = 0.
ステップS10において、記憶装置7にあるファイルからi番目のページのフレームを取り出す。ステップS11において、そのフレーム中に所定値(F1)以上の蛍光強度をもつ領域が存在するかどうかを調べる。
ステップS11においてYesの場合、即ち、フレーム中に所定値(F1)以上の蛍光強度をもつ領域が存在する場合、ステップS12において、第1スタートページSP1に1以上の値が設定されているかどうかを調べる。
In step S10, the frame of the i-th page is extracted from the file in the storage device 7. In step S11, it is checked whether or not there is a region having a fluorescence intensity of a predetermined value (F1) or more in the frame.
If Yes in step S11, that is, if there is a region having a fluorescence intensity greater than or equal to the predetermined value (F1) in the frame, whether or not a value of 1 or greater is set in the first start page SP1 in step S12. Investigate.
ステップS12においてNoの場合、即ち、第1スタートページSP1が初期値(=0)の場合は、このi番目のフレームで初めて所定値(F1)以上の蛍光強度をもつ領域を検知したため、ステップS13において、第1スタートページSP1=iと設定する。そしてステップS21の処理を実行する。
ステップS12においてYesの場合、即ち、第1スタートページSP1に1以上の値が設定されている場合は、所定値(F1)以上の蛍光強度をもつ領域は既に他のフレームにおいて検出されているため、特別の処理を行わない。そしてステップS21の処理を実行する。
In the case of No in step S12, that is, when the first start page SP1 is the initial value (= 0), an area having a fluorescence intensity greater than or equal to a predetermined value (F1) is detected for the first time in this i-th frame. , The first start page SP1 = i is set. Then, the process of step S21 is executed.
In the case of Yes in step S12, that is, when a value of 1 or more is set in the first start page SP1, a region having a fluorescence intensity of the predetermined value (F1) or more has already been detected in another frame. , Do no special processing. Then, the process of step S21 is executed.
ステップS11においてNoの場合、即ち、フレーム中に所定値(F1)以上の蛍光強度をもつ領域が存在しない場合、ステップS14において、第1スタートページSP1に1以上の値が設定されているかどうかを調べる。 If No in step S11, that is, if there is no region having a fluorescence intensity greater than or equal to the predetermined value (F1) in the frame, whether or not a value of 1 or greater is set in the first start page SP1 in step S14. Investigate.
ステップS14においてNoの場合、即ち、第1スタートページSP1は初期値(=0)の場合は、所定値(F1)以上の蛍光強度をもつ領域はまだ検知されていないため、特別の処理を行わない。そしてステップS21の処理を実行する。
ステップS14においてYesの場合、即ち、第1スタートページSP1に1以上の値が設定されている場合は、所定値(F1)以上の蛍光強度をもつ領域は既に他のフレームにおいて検出されているため、このi番目のフレームで所定値(F1)以上の蛍光強度をもつ領域がなくなった(フレーム外に流出した)ことを検知した。そこで、ステップS15において、第1ラストページLP1=iと設定する。そしてステップS31の処理を実行する。
If No in step S14, that is, if the first start page SP1 is the initial value (= 0), a region having a fluorescence intensity greater than or equal to the predetermined value (F1) has not yet been detected, and special processing is performed. Absent. Then, the process of step S21 is executed.
In the case of Yes in step S14, that is, when a value of 1 or more is set in the first start page SP1, a region having a fluorescence intensity of the predetermined value (F1) or more has already been detected in another frame. In this i-th frame, it was detected that a region having a fluorescence intensity equal to or higher than a predetermined value (F1) disappeared (flowed out of the frame). Therefore, in step S15, the first last page LP1 = i is set. Then, the process of step S31 is executed.
図8のステップS21において、そのフレーム中に所定値F2(<F1)以上の蛍光強度をもち、かつその領域の面積がS以上の領域が存在するかどうかを調べる。
ステップS21においてYesの場合、即ち、フレーム中に所定値F2(<F1)以上の蛍光強度をもち、かつその領域の面積がS以上の領域が存在する場合、ステップS22において、第2スタートページSP2に1以上の値が設定されているかどうかを調べる。
In step S21 of FIG. 8, it is checked whether or not there is a region having a fluorescence intensity of a predetermined value F2 (<F1) or more and an area of S or more in the frame.
In the case of Yes in step S21, that is, in the case where there is a region having a fluorescence intensity greater than or equal to a predetermined value F2 (<F1) in the frame and the area of the region is greater than or equal to S, in step S22, the second start page SP2 It is checked whether or not a value of 1 or more is set.
ステップS22においてNoの場合、即ち、第2スタートページSP2が初期値(=0)の場合は、このi番目のフレームで初めて所定値F2(<F1)以上の蛍光強度をもち、かつその領域の面積がS以上の領域を検知したため、ステップS23において、第2スタートページSP2=iと設定する。そしてステップS26の処理を実行する。
ステップS22においてYesの場合、即ち、第2スタートページSP2に1以上の値が設定されている場合は、所定値F2(<F1)以上の蛍光強度をもち、かつその領域の面積がS以上の領域は既に他のフレームにおいて検出されているため、特別の処理を行わない。そしてステップS26の処理を実行する。
In the case of No in step S22, that is, when the second start page SP2 is the initial value (= 0), this i-th frame has a fluorescence intensity equal to or higher than a predetermined value F2 (<F1) for the first time, and Since the area having an area of S or more is detected, the second start page SP2 = i is set in step S23. Then, the process of step S26 is executed.
In the case of Yes in step S22, that is, when a value of 1 or more is set in the second start page SP2, it has a fluorescence intensity of a predetermined value F2 (<F1) or more and the area of the region is S or more. Since the area has already been detected in another frame, no special processing is performed. Then, the process of step S26 is executed.
ステップS26では、ページiを1カウントアップする。ステップS27において、全フレームについて処理したかどうかを調べる。ステップS27でNoの場合、即ち、全フレームについて処理がされていない場合、ステップS10に戻って上述の処理を繰り返す。ステップS27でYesの場合、即ち、全フレームについて処理を終わった場合、ステップS31の処理を実行する。 In step S26, page i is incremented by one. In step S27, it is checked whether or not all frames have been processed. If No in step S27, that is, if processing has not been performed for all frames, the processing returns to step S10 and the above-described processing is repeated. If Yes in step S27, that is, if the processing is completed for all frames, the processing in step S31 is executed.
ステップS21においてNoの場合、即ち、フレーム中に所定値F2(<F1)以上の蛍光強度をもち、かつその領域の面積がS以上の領域が存在しない場合、ステップS24において、第2スタートページSP2に1以上の値が設定されているかどうかを調べる。 In the case of No in step S21, that is, in the case where there is no region having a fluorescence intensity greater than or equal to a predetermined value F2 (<F1) and the area of the region is greater than or equal to S, in step S24, the second start page SP2 It is checked whether or not a value of 1 or more is set.
ステップS24においてNoの場合、即ち、第2スタートページSP2が初期値(=0)の場合は、所定値F2(<F1)以上の蛍光強度をもち、かつその領域の面積がS以上の領域はまだ検知されていないため、特別の処理を行わない。そしてステップS26の処理を実行する。 In the case of No in step S24, that is, when the second start page SP2 is an initial value (= 0), a region having a fluorescence intensity of a predetermined value F2 (<F1) or more and an area of the region of S or more is Since it has not been detected yet, no special processing is performed. Then, the process of step S26 is executed.
ステップS26では、ページiを1カウントアップする。ステップS27において、全フレームについて処理したかどうかを調べる。ステップS27でNoの場合、即ち、全フレームについて処理がされていない場合、ステップS10に戻って上述の処理を繰り返す。ステップS27でYesの場合、即ち、全フレームについて処理を終わった場合、ステップS31の処理を実行する。 In step S26, page i is incremented by one. In step S27, it is checked whether or not all frames have been processed. If No in step S27, that is, if processing has not been performed for all frames, the processing returns to step S10 and the above-described processing is repeated. If Yes in step S27, that is, if the processing is completed for all frames, the processing in step S31 is executed.
ステップS24においてYesの場合、即ち、第2スタートページSP2に1以上の値が設定されている場合は、所定値F2(<F1)以上の蛍光強度をもち、かつその領域の面積がS以上の領域は既に他のフレームにおいて検出されているため、このi番目のフレームで当該領域がなくなった(フレーム外に流出した)ことを検知したと考えられる。そこでステップS25において、第2ラストページLP2=iと設定する。そしてステップS31の処理を実行する。 In the case of Yes in step S24, that is, when a value of 1 or more is set in the second start page SP2, it has a fluorescence intensity of a predetermined value F2 (<F1) or more and the area of the region is S or more. Since the area has already been detected in another frame, it is considered that it has been detected that the area has disappeared (flowed out of the frame) in this i-th frame. Therefore, in step S25, the second last page LP2 = i is set. Then, the process of step S31 is executed.
次に抽出した結果に基づいてフレーム除外処理を実行する。
ステップS31において、SP1あるいはSP2に1以上の値が設定されているかどうかを調べる。ステップS31でYesの場合、即ち、SP1あるいはSP2に1以上の値が設定されている場合は、ステップS32において、記録されているファイルからページSP1〜LP1、あるいはページSP2〜LP2を除いた新たなファイルを生成して記憶装置7に記憶する。
なお、SP1又はSP2に1以上の値が設定されているが、対応するLP1又はLP2が0の場合は、LP1又はLP2にはファイルの最終ページを設定する。
Next, frame exclusion processing is executed based on the extracted result.
In step S31, it is checked whether or not a value of 1 or more is set in SP1 or SP2. If Yes in step S31, that is, if a value of 1 or more is set in SP1 or SP2, in step S32, a new file obtained by removing pages SP1 to LP1 or pages SP2 to LP2 from the recorded file. A file is generated and stored in the storage device 7.
Although a value of 1 or more is set in SP1 or SP2, if the corresponding LP1 or LP2 is 0, the last page of the file is set in LP1 or LP2.
ステップS33において、ページSP1〜LP1、あるいはページSP2〜LP2に対応するフレームを別のファイルとして生成して記憶装置7に記憶する。そして、ステップS40において、記憶装置7から処理後の新たなファイルを読み出してRICS解析を実行する。 In step S33, a frame corresponding to pages SP1 to LP1 or pages SP2 to LP2 is generated as another file and stored in the storage device 7. In step S40, a new processed file is read from the storage device 7 and RICS analysis is executed.
ステップS31でNoの場合、即ち、SP1及びSP2が初期値の状態(=0)のときは、高輝度分子は存在していないため、ステップS34において、フレームについての処理を行わない。そして、ステップS40において、記憶装置7から処理後の新たなファイルを読み出してRICS解析を実行する。 In the case of No in step S31, that is, when SP1 and SP2 are in the initial value state (= 0), no high-luminance numerator exists, so in step S34, no processing is performed on the frame. In step S40, a new processed file is read from the storage device 7 and RICS analysis is executed.
図9は、高輝度分子を含むフレームを抽出する処理を模式的に示す図である。
1ファイル中にフレームが全部でn枚存在していた場合、i番目のフレームに高輝度の分子が観測され、o番目のフレームに高輝度の分子が観測されなかったときは、元のフレームからi番目〜o番目のフレームが除去されるとともに、i番目〜o番目のフレームで別のファイルが構成される。
FIG. 9 is a diagram schematically illustrating processing for extracting a frame including high-luminance molecules.
When there are n frames in all in one file, high-brightness molecules are observed in the i-th frame, and when no high-brightness molecules are observed in the o-th frame, While the i-th to o-th frames are removed, another file is configured with the i-th to o-th frames.
なお、除去するフレームを確定する際は、上述のように全自動で処理しても良く、あるいは抽出したi番目〜o番目のフレームを含む複数のフレームを表示装置6に表示し、それに基づいて解析者が選択したフレームを除去するように構成しても良い。
In addition, when confirming the frame to be removed, it may be processed fully automatically as described above, or a plurality of frames including the extracted i-th to o-th frames are displayed on the
以上説明した実施の形態によれば、種々の効果を奏することができる。 According to the embodiment described above, various effects can be achieved.
(1)高輝度分子の存在を判断する条件として、異なる2つの基準を設けている。
1つの基準は、高輝度(F1以上)の領域が存在した場合であり、これは最初から輝度の高い高輝度巨大分子がフレーム内に流入してきたことを検知する条件である。この場合の輝度値は、例えば、通常の(高輝度分子でないサンプルの)蛍光強度の約100倍以上 と設定することができる。
(1) Two different criteria are provided as conditions for determining the presence of high-luminance molecules.
One criterion is a case where a region with high luminance (F1 or higher) exists, and this is a condition for detecting that a high luminance macromolecule with high luminance has flowed into the frame from the beginning. In this case, the luminance value can be set to, for example, about 100 times or more of the usual fluorescence intensity (of a sample that is not a high luminance molecule).
他の基準は、高輝度F2(<F1)の面積がS以上の領域が存在した場合であり、これは分子が成長する段階でサイズが大きくなり蛍光強度も増加していることを検知する条件である。この場合の輝度値は、例えば、通常の(高輝度分子でないサンプルの)蛍光強度の 約50倍以上 と設定することができる。またサイズは例えば、ピクセル数で10個以上 と設定することができる。
上述の100倍、50倍、10個の各値は発明者が実機において観測した結果に基づいて抽出した値である。従って、この値に従って処理することで、どのようなタイプの高輝度分子が存在するかを自動で判定することができる。
Another criterion is a case where there is a region where the area of high brightness F2 (<F1) is S or more, and this is a condition for detecting that the size increases and the fluorescence intensity increases at the stage of molecular growth. It is. The luminance value in this case can be set to, for example, about 50 times or more of the usual fluorescence intensity (of a sample that is not a high luminance molecule). For example, the size can be set to 10 or more in terms of the number of pixels.
The above values of 100 times, 50 times, and 10 are values extracted based on the results observed by the inventor on the actual machine. Therefore, by processing according to this value, it is possible to automatically determine what type of high brightness molecule exists.
(2)検出結果を有効に利用することができる。
検出した高輝度分子が存在するフレームを、元のファイルから除去するだけでなく、別のファイルとして作成する。この結果、新たに作成されたファイルを高輝度分子解析用に利用することができる。
なお、上述の処理フローでは、検出基準によらず全て抽出して保存しているが、高輝度F2(<F1)の面積がS以上の領域が存在した場合にのみ、高輝度分子解析用に保存しても良い。
(2) The detection result can be used effectively.
The frame in which the detected high-brightness molecule exists is not only removed from the original file, but also created as a separate file. As a result, the newly created file can be used for high brightness molecular analysis.
In the above-described processing flow, all are extracted and stored regardless of the detection criterion, but only for the case where there is a region where the area of high luminance F2 (<F1) is S or more, for high luminance molecular analysis. May be saved.
(3)効率的に処理することができる。 (3) It can process efficiently.
上述の処理方法によれば、フレーム中の輝度値とサイズのみを調べることで高輝度分子の有無を簡便にかつ効率的に判断することができる。 According to the above processing method, it is possible to easily and efficiently determine the presence or absence of high-luminance molecules by examining only the luminance value and size in the frame.
尚、本発明は、上記実施形態そのままに限定されるものではなく、実施段階ではその要旨を逸脱しない範囲で構成要素を変形して具体化できる。
また、上記実施形態に開示されている複数の構成要素の適宜な組み合せにより種々の発明を形成できる。例えば、実施形態に示される全構成要素から幾つかの構成要素を削除してもよい。更に、異なる実施形態に亘る構成要素を適宜組み合せてもよい。
Note that the present invention is not limited to the above-described embodiment as it is, and can be embodied by modifying the constituent elements without departing from the scope of the invention in the implementation stage.
Further, various inventions can be formed by appropriately combining a plurality of constituent elements disclosed in the embodiment. For example, some components may be deleted from all the components shown in the embodiment. Furthermore, you may combine suitably the component covering different embodiment.
1…顕微鏡本体、2…レーザコンバイナー、3…スキャンユニット、4…ディテクタユニット、5…コントロールユニット、6…表示装置、7…記憶装置、8a…サンプル、8b…蛍光画像、12…フレーム。
DESCRIPTION OF
Claims (9)
前記複数枚の画像を時系列順に調べて最初に第1の条件を充足する第1の画像を検出する第1の画像検出手段と、
前記第1の画像に続く画像を時系列順に調べて最初に前記第1の条件を充足しない第2の画像を検出する第2の画像検出手段と、
前記第1の画像から前記第2の画像までの一連の画像を抽出する第1の画像抽出手段と、
前記複数枚の画像から前記一連の画像を除去した新たな複数枚の画像を用いて解析演算を実行する解析手段とを有し、
前記第1の条件は、前記画像中に第1の輝度値以上の領域が存在していることを特徴とする画像解析装置。 In an image analysis apparatus that acquires a plurality of time-series images and performs an analysis operation,
First image detecting means for examining the plurality of images in chronological order and detecting a first image that first satisfies a first condition;
Second image detection means for examining images following the first image in time series order and detecting a second image that does not satisfy the first condition first;
First image extraction means for extracting a series of images from the first image to the second image;
Analysis means for performing an analysis operation using a plurality of new images obtained by removing the series of images from the plurality of images,
The image analysis apparatus according to claim 1, wherein the first condition is that an area having a luminance value equal to or higher than the first luminance value exists in the image.
前記第3の画像に続く画像を時系列順に調べて最初に前記第2の条件を充足しない第4の画像を検出する第4の画像検出手段と、
前記第3の画像から前記第4の画像までの一連の画像を抽出する第2の画像抽出手段とを更に有し、
前記解析手段は、前記複数枚の画像から前記一連の画像を除去した新たな複数枚の画像を用いて解析演算を実行し、
前記第2の条件は、前記画像中に第1の輝度値よりも小さい第2の輝度値以上の領域が存在して、当該領域の面積が所定値以上であることを特徴とする請求項1に記載の画像解析装置。 A third image detection means for examining the plurality of images in chronological order and detecting a third image that satisfies a second condition first;
A fourth image detecting means for examining images following the third image in time-series order and first detecting a fourth image not satisfying the second condition;
A second image extracting means for extracting a series of images from the third image to the fourth image;
The analysis means performs an analysis operation using a plurality of new images obtained by removing the series of images from the plurality of images.
The second condition is characterized in that a region having a second luminance value smaller than the first luminance value is present in the image and the area is equal to or larger than a predetermined value. The image analysis apparatus described in 1.
前記複数枚の画像を時系列順に調べて最初に第1の条件を充足する第1の画像を検出し、
前記第1の画像に続く画像を時系列順に調べて最初に前記第1の条件を充足しない第2の画像を検出し、
前記第1の画像から前記第2の画像までの一連の画像を抽出し、
前記複数枚の画像から前記一連の画像を除去した新たな複数枚の画像を用いて解析演算を実行し、
前記第1の条件は、前記画像中に第1の輝度値以上の領域が存在していることを特徴とする画像解析方法。 In an image analysis method for acquiring a plurality of time-series images and performing an analysis operation,
Examining the plurality of images in chronological order to detect a first image that satisfies the first condition first,
The images following the first image are examined in chronological order to first detect a second image that does not satisfy the first condition,
Extracting a series of images from the first image to the second image;
Performing an analysis operation using a plurality of new images obtained by removing the series of images from the plurality of images,
The image analysis method according to claim 1, wherein the first condition is that an area having a luminance value equal to or higher than a first luminance value exists in the image.
前記第3の画像に続く画像を時系列順に調べて最初に前記第2の条件を充足しない第4の画像を検出し、
前記第3の画像から前記第4の画像までの一連の画像を抽出し、
前記複数枚の画像から前記一連の画像を除去した新たな複数枚の画像を用いて解析演算を実行し、
前記第2の条件は、前記画像中に第1の輝度値よりも小さい第2の輝度値以上の領域が存在して、当該領域の面積が所定値以上であることを特徴とする請求項7に記載の画像解析方法。 Examining the plurality of images in chronological order to detect a third image that satisfies the second condition first,
The images following the third image are examined in chronological order to detect a fourth image that does not satisfy the second condition first,
Extracting a series of images from the third image to the fourth image;
Performing an analysis operation using a plurality of new images obtained by removing the series of images from the plurality of images,
8. The second condition is characterized in that a region having a second luminance value that is smaller than the first luminance value is present in the image and the area of the region is a predetermined value or more. The image analysis method described in 1.
前記複数枚の画像を時系列順に調べて最初に第1の条件を充足する第1の画像を検出する手順、
前記第1の画像に続く画像を時系列順に調べて最初に前記第1の条件を充足しない第2の画像を検出する手順、
前記第1の画像から前記第2の画像までの一連の画像を抽出する手順、
前記複数枚の画像から前記一連の画像を除去した新たな複数枚の画像を用いて解析演算を実行する手順
をコンピュータに実行させ、
前記第1の条件は、前記画像中に第1の輝度値以上の領域が存在していることを特徴とするプログラム。 In an image analysis program that acquires multiple time-series images and performs analysis operations,
A procedure for examining the plurality of images in chronological order and detecting a first image satisfying a first condition first;
A procedure for detecting a second image that does not satisfy the first condition by examining images following the first image in time series order,
Extracting a series of images from the first image to the second image;
Causing the computer to execute a procedure of performing an analysis operation using a plurality of new images obtained by removing the series of images from the plurality of images;
The first condition is a program characterized in that an area having a first luminance value or more exists in the image.
前記第3の画像に続く画像を時系列順に調べて最初に前記第2の条件を充足しない第4の画像を検出する手順、
前記第3の画像から前記第4の画像までの一連の画像を抽出する手順、
前記複数枚の画像から前記一連の画像を除去した新たな複数枚の画像を用いて解析演算を実行する手順、
を更にコンピュータに実行させ、
前記第2の条件は、前記画像中に第1の輝度値よりも小さい第2の輝度値以上の領域が存在して、当該領域の面積が所定値以上であることを特徴とする請求項8に記載のプログラム。 A procedure for examining the plurality of images in chronological order and first detecting a third image satisfying the second condition;
A procedure for examining images following the third image in chronological order and first detecting a fourth image not satisfying the second condition;
A procedure for extracting a series of images from the third image to the fourth image;
A procedure for performing an analysis operation using a plurality of new images obtained by removing the series of images from the plurality of images;
Is further executed on the computer,
9. The second condition is characterized in that an area having a second luminance value smaller than the first luminance value is present in the image and the area is equal to or larger than a predetermined value. The program described in.
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