JP2006314315A - Method for examining pulmonary function and abnormality and composition therefor - Google Patents

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Abstract

<P>PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method for evaluating and diagnosing the tendency and/or degree of COPD (chronic obstructive pulmonary disease) and pulmonary emphysema in smokers or non-smokers by utilizing analytical results of changed gene expression and hereditary polymorphisms, and to provide a method for diagnosing the tendency and/or degree of pulmonary dysfunction related to the COPD and/or emphysema. <P>SOLUTION: The method comprises a method for analyzing one or more polymorphisms selected from specific substances. In the method, the genotypes exhibit onset predispositions or potential onset risks of the COPD and/or pulmonary emphysema possessed by the object. The polymorphisms are directly analyzed or polymorphisms in linkage disequilibrium with the polymosphisms are analyzed. <P>COPYRIGHT: (C)2007,JPO&INPIT

Description

本発明は、喫煙者と非喫煙者において、遺伝的多型と変化した遺伝子発現を利用して、肺の機能および/または異常を調べる方法、その中でも特に、慢性閉塞性肺疾患(COPD)と肺気腫の素因および/または程度を診断する方法に関する。本発明は、COPDおよび/または肺気腫に関連した肺機能障害の素因および/または程度を診断する方法にも関する。   The present invention relates to a method for examining lung function and / or abnormality using genetic polymorphism and altered gene expression in smokers and non-smokers, and in particular, chronic obstructive pulmonary disease (COPD). The present invention relates to a method for diagnosing the predisposition and / or extent of emphysema. The invention also relates to a method of diagnosing the predisposition and / or extent of pulmonary dysfunction associated with COPD and / or emphysema.

慢性閉塞性肺疾患(COPD)は先進国における死因の第4位を占めており、世界中の病院における再入院の主要な原因である。COPDは、潜行性の炎症と進行性の肺破壊を特徴とする。COPDに侵された喫煙者で肺機能の50%以上がすでに不可逆的に失われてしまったときに激しい呼吸困難が見られて初めて、COPDであることが臨床的に明らかになる。肺機能のこの喪失は、呼出流速(特に、1秒間の努力呼出量、すなわちFEV1)が低下していることで臨床的に検出される。COPDの95%以上は喫煙に起因するが、喫煙者のほんの20%ほどだけがCOPDへと進む(感受性のある喫煙者)。研究により、驚くべきことに、喫煙量で説明されるのは、肺機能喪失の約16%にしかすぎないことがわかった。多数の家系について兄弟姉妹(双生児と非双生児)での一致を比較した研究から家族性の傾向が強いことが明らかになったため、COPD疾患感受性遺伝子(またはこの疾患を変化させる遺伝子)の探索が進められている。   Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is the fourth leading cause of death in developed countries and is a leading cause of readmission in hospitals worldwide. COPD is characterized by insidious inflammation and progressive lung destruction. COPD is clinically manifested only when smokers suffering from COPD experience severe dyspnea when more than 50% of lung function has already been irreversibly lost. This loss of pulmonary function is clinically detected by a decrease in the expiratory flow rate (particularly the forced expiratory volume per second, or FEV1). Over 95% of COPD results from smoking, but only about 20% of smokers go to COPD (sensitive smokers). Studies have surprisingly found that only about 16% of lung loss is accounted for by smoking. A study comparing the concordance of siblings (twin and non-twins) for a large number of families revealed a strong familial tendency, so the search for a COPD disease susceptibility gene (or a gene that changes this disease) is ongoing. It has been.

気道疾患の治療は進歩しているにもかかわらず、現在の治療法では、進行性の肺機能喪失を伴っていて呼吸不全から死へと至るCOPDの自然な進行を大きく変えることはできない。禁煙によって肺機能のこの低下は少なくなるが、感受性のある喫煙者が喫煙開始から約20年以内に禁煙しないのであれば、肺機能の喪失は大きく、呼吸困難の悪化という症状は逆行させることができない。禁煙の研究から、喫煙者が禁煙するのを助ける方法は必ずしも成功しないことがわかる。血清コレステロールと冠状動脈疾患の関係が発見されたのと同様、COPDに関与する因子をよりよく理解することにより、リスクのある喫煙者を同定するテストを開発できるようにするとともに、喫煙の有害な効果を減らすための新しい治療法を発見できるようにする必要がある。   Despite advances in the treatment of airway diseases, current therapies cannot significantly change the natural progression of COPD from respiratory failure to death with progressive lung function loss. Smoking cessation reduces this decrease in lung function, but if sensitive smokers do not quit within about 20 years of smoking, loss of lung function is significant and symptoms of worsening dyspnea may be reversed. Can not. Smoking cessation studies show that ways to help smokers quit are not always successful. Similar to the discovery of the relationship between serum cholesterol and coronary artery disease, a better understanding of the factors involved in COPD will enable the development of tests to identify at-risk smokers and the harmful effects of smoking. There is a need to be able to find new therapies to reduce the effect.

多くの疫学的研究はどれも、20箱×年以上にわたって喫煙すると、肺機能の分布が3つのピークを持つことを示している。すなわち、60箱×年超でさえ正常な肺機能を維持している喫煙者(抵抗力のある喫煙者)がある割合で存在し、肺機能は徐々に低下するものの症状を示すことは決してない人がある割合で存在し、肺機能を加速的に喪失して必ずCOPDになる人がある割合で存在する。これは、喫煙者の中に、COPDに対する抵抗力のある集団と、中程度のリスクを持つ集団と、より高いリスクを持つ集団(感受性のある喫煙者と名づける)の3通りが存在することを示している。   Many epidemiological studies have shown that the distribution of lung function has three peaks when smoking over 20 boxes x years. In other words, there is a certain percentage of smokers (resistant smokers) who maintain normal lung function even over 60 boxes x years, and the lung function gradually decreases but never shows symptoms There is a certain percentage of people, and there is a certain percentage of people who are inevitably losing lung function and become COPD. This means that there are three types of smokers: those who are resistant to COPD, those who are moderately risky, and those who are higher risk (named sensitive smokers). Show.

COPDは多彩な疾患であり、その中には、タバコの煙への慢性的曝露や他の大気汚染による炎症性外傷の後に起こる再生プロセスの一部として発症するさまざまな程度の肺気腫や慢性気管支炎が含まれる。多くの遺伝子がCOPDの発症に関係しているように見える。   COPD is a diverse disease that includes varying degrees of emphysema and chronic bronchitis that develop as part of the regeneration process that occurs after chronic exposure to tobacco smoke and other inflammatory trauma from air pollution. Is included. Many genes appear to be involved in the development of COPD.

さまざまな肺疾患を発症する傾向の診断と評価に役立つ多数のバイオマーカーがこれまでに同定されている。その中には、PCT国際出願PCT/NZ02/00106(WO 02/099134として公開されており、その全体がこの明細書に組み込まれているものとする)に開示されているように、例えば以下のような一塩基多型がある:ヒト・マクロファージエラスターゼ(MMP12)をコードしている遺伝子のプロモータ内のA-82G;トランスフォーミング増殖因子β(TGFβ)をコードしている遺伝子のコドン10内のT→C;スーパーオキシドディスムターゼ3(SOD3)をコードしている遺伝子のC+760G;メタロプロテイナーゼ組織インヒビター3(TIMP3)をコードしている遺伝子のプロモータ内のT-1296C;ならびにこれら多型と連鎖不平衡になっている多型。   A number of biomarkers have been identified so far to help diagnose and assess the propensity to develop various lung diseases. Among them, as disclosed in PCT International Application PCT / NZ02 / 00106 (published as WO 02/099134, which is incorporated in its entirety), for example: There are single nucleotide polymorphisms such as: A-82G in the promoter of the gene encoding human macrophage elastase (MMP12); T in codon 10 of the gene encoding transforming growth factor β (TGFβ) → C; C + 760G of the gene encoding superoxide dismutase 3 (SOD3); T-1296C in the promoter of the gene encoding metalloproteinase tissue inhibitor 3 (TIMP3); A polymorph that is in equilibrium.

対象が肺疾患(例えば慢性閉塞性肺疾患(COPD)や肺気腫)の発症素因、またはCOPD/肺気腫に関連した肺機能障害の発症素因を、特にその対象が喫煙者である場合に評価できるさらに別のバイオマーカーがあると、望ましくかつ有用であろう。   A further assessment that allows the subject to assess the predisposition to developing lung disease (eg, chronic obstructive pulmonary disease (COPD) or emphysema), or the predisposition to developing COPD / pulmonary dysfunction associated with emphysema, especially if the subject is a smoker Would be desirable and useful.

本発明が目的とするのは、主として、そのようなバイオマーカーと、そのバイオマーカーを利用して疾患の発症素因、および/または発症リスク、および/または発症を評価する方法である。   The object of the present invention is mainly such a biomarker and a method for evaluating the predisposition to the disease and / or the risk of developing the disease and / or the onset using the biomarker.

本発明は、ある種の多型が、COPDおよび/または肺気腫を患っている対象では対照となる対象よりも頻繁に見られることに主として基づいている。これらの多型を分析すると、遺伝子型と、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの間の関係が明らかになる。   The present invention is primarily based on the fact that certain polymorphisms are more frequently seen in subjects suffering from COPD and / or emphysema than in control subjects. Analysis of these polymorphisms reveals a relationship between the genotype and the predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema.

したがって本発明の1つの特徴によれば、対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べる方法、および/またはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を診断する方法であって、
シクロオキシゲナーゼ2(COX2)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 C/G;
インターロイキン18(IL18)をコードしている遺伝子内の105 C/A;
IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 G/C;
プラスミノーゲンアクチベータインヒビター1(PAI-1)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G;
インターフェロンγ(IFN-γ)をコードしている遺伝子内の874 A/T;
腫瘍(Tissue)壊死因子α(TNFα)をコードしている遺伝子内の+489 G/A;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y A/G;
細胞間接着分子1(ICAM1)をコードしている遺伝子内のE469K A/G;
カスパーゼ(NOD2)をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン G/C;
マンノース結合レクチン2(MBL2)をコードしている遺伝子内の161 G/A;
チマーゼ1(CMA1)をコードしている遺伝子内の-1903 G/A;
N-アセチルトランスフェラーゼ2(NAT2)をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン G/A;
5リポ-オキシゲナーゼ(ALOX5)をコードしている遺伝子内の-366 G/A;
熱ショック・タンパク質70(HSP70)をコードしている遺伝子内のHOM T2437C;
カルシウム依存性塩素イオンチャネル1(CLCA1)をコードしている遺伝子内の+13924 T/A;
単球分化抗原CD-14(CD-14)をコードしている遺伝子内の-159 C/T;
エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 C/T;
マトリックス・メタロプロテイナーゼ1(MMP1)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G(1G対立遺伝子だけに関する);
からなるグループの中から選択した1つ以上の多型を分析する操作を含んでおり、
その遺伝子型が、その対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している方法が提供される。
Thus, according to one aspect of the invention, a method for determining whether a subject has a predisposition to and / or a potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema, and / or COPD and / or A method for diagnosing the possibility of developing emphysema,
-765 C / G in the promoter of the gene encoding cyclooxygenase 2 (COX2);
105 C / A within the gene encoding interleukin 18 (IL18);
-133 G / C within the promoter of the gene encoding IL18;
-675 4G / 5G in the promoter of the gene encoding plasminogen activator inhibitor 1 (PAI-1);
874 A / T in the gene encoding interferon gamma (IFN-γ);
+489 G / A in the gene encoding tumor necrosis factor α (TNFα);
C89Y A / G in the gene encoding SMAD3;
E469K A / G in the gene encoding intercellular adhesion molecule 1 (ICAM1);
Glycine 881 arginine G / C in the gene encoding caspase (NOD2);
161 G / A in the gene encoding mannose-binding lectin 2 (MBL2);
-1903 G / A in the gene encoding chymase 1 (CMA1);
Arginine 197 Glutamine G / A in the gene encoding N-acetyltransferase 2 (NAT2);
-366 G / A in the gene encoding 5 lipo-oxygenase (ALOX5);
HOM T2437C in the gene encoding heat shock protein 70 (HSP70);
+13924 T / A in the gene encoding calcium-dependent chloride channel 1 (CLCA1);
-159 C / T in the gene encoding monocyte differentiation antigen CD-14 (CD-14);
Exon 1 +49 C / T in the gene encoding elafin;
-1607 1G / 2G (for the 1G allele only) within the promoter of the gene encoding matrix metalloproteinase 1 (MMP1);
Including analyzing one or more polymorphisms selected from the group consisting of:
Methods are provided in which the genotype indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or potential risk of onset.

これらの多型を直接分析すること、またはこれらの多型と連鎖不平衡になっている多型を分析することが可能である。   It is possible to analyze these polymorphisms directly or to analyze polymorphisms that are in linkage disequilibrium with these polymorphisms.

連鎖不平衡は、2つ以上の突然変異または多型が非常に近接しているため一緒に遺伝するという、遺伝学における現象である。これは、遺伝子型を決定する際に、1つの多型の存在が発見されると他方の存在も推定されることを意味する。(Reich D.E.他、「ヒト・ゲノムにおける連鎖不平衡」、Nature、2001年、第411巻、199〜204ページ。)   Linkage disequilibrium is a phenomenon in genetics in which two or more mutations or polymorphisms are inherited together because they are so close together. This means that when determining the genotype, if the presence of one polymorphism is found, the other is also presumed. (Reich D.E. et al., “Linkage disequilibrium in the human genome”, Nature, 2001, Vol. 411, pp. 199-204.)

分析には、1つ以上の上記多型に加え、
β2アドレナリン受容体(ADBR)をコードしている遺伝子内の16アルギニン/グリシン;
インターロイキン13(IL13)をコードしている遺伝子内の130アルギニン/グルタミン(G/A);
NOシンターゼ3(NOS3)をコードしている遺伝子内の298アスパラギン酸/グルタミン酸(T/G);
グルタチオンSトランスフェラーゼP(GST-P)をコードしている遺伝子内のイソロイシン105バリン(A/G);
ビタミンD結合タンパク質(VDBP)をコードしている遺伝子内のグルタミン酸416アスパラギン酸(T/G);
VDBPをコードしている遺伝子内のリシン420トレオニン(A/C);
IL13をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1055 C/T;
TNFαをコードしている遺伝子のプロモータ内の-308 G/A;
インターロイキン1B(IL1B)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-511 A/G;
ミクロソーム・エポキシドヒドロラーゼ(MEH)をコードしている遺伝子内のチロシン113ヒスチジン T/C;
MEHをコードしている遺伝子内のアルギニン139 G/A;
ADBRをコードしている遺伝子内のグルタミン27グルタミン酸 C/G;
からなるグループの中から選択した1つ以上の多型の分析を含めることができる。
In addition to one or more of the above polymorphisms,
16 arginine / glycine in the gene encoding β2 adrenergic receptor (ADBR);
130 arginine / glutamine (G / A) within the gene encoding interleukin 13 (IL13);
298 aspartate / glutamate (T / G) in the gene encoding NO synthase 3 (NOS3);
Isoleucine 105 valine (A / G) in the gene encoding glutathione S-transferase P (GST-P);
Glutamic acid 416 aspartic acid (T / G) in the gene encoding vitamin D binding protein (VDBP);
Lysine 420 threonine (A / C) in the gene encoding VDBP;
-1055 C / T within the promoter of the gene encoding IL13;
-308 G / A in the promoter of the gene encoding TNFα;
-511 A / G in the promoter of the gene encoding interleukin 1B (IL1B);
Tyrosine 113 histidine T / C in the gene encoding microsomal epoxide hydrolase (MEH);
Arginine 139 G / A in the gene encoding MEH;
Glutamine 27 glutamic acid C / G in the gene encoding ADBR;
Analysis of one or more polymorphisms selected from the group consisting of can be included.

これらの多型を直接分析すること、またはこれらの多型と連鎖不平衡になっている多型を分析することが可能である。   It is possible to analyze these polymorphisms directly or to analyze polymorphisms that are in linkage disequilibrium with these polymorphisms.

組み合わせて分析することができる多型としては、さらに、
メタロプロテイナーゼ1(MMP1)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G(2G対立遺伝子だけに関する);
メタロプロテイナーゼ9(MMP9)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1562 C/T;
グルタチオンSトランスフェラーゼ1(GST-1)をコードしている遺伝子内のM1(GSTM1)ヌル;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子の3'領域内の1237 G/A;
MMP12をコードしている遺伝子のプロモータ内の-82 A/G;
TGFβをコードしている遺伝子のコドン10内のT→C;
SOD3をコードしている遺伝子内の760 C/G;
TIMP3をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1296 T/C;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内のS突然変異;
からなるグループの中から選択した1つ以上の多型がある。
As polymorphisms that can be combined and analyzed,
-1607 1G / 2G (for the 2G allele only) within the promoter of the gene encoding metalloproteinase 1 (MMP1);
-1562 C / T in the promoter of the gene encoding metalloproteinase 9 (MMP9);
M1 (GSTM1) null in the gene encoding glutathione S transferase 1 (GST-1);
1237 G / A in the 3 ′ region of the gene encoding α1-antitrypsin;
-82 A / G within the promoter of the gene encoding MMP12;
T → C within codon 10 of the gene encoding TGFβ;
760 C / G within the gene encoding SOD3;
-1296 T / C within the promoter of the gene encoding TIMP3;
an S mutation in the gene encoding α1-antitrypsin;
There is one or more polymorphisms selected from the group consisting of

本発明の方法では、ここでも、具体的に挙げた多型と連鎖不平衡になっている多型を分析することが可能である。   Here again, the method of the present invention can analyze polymorphisms that are in linkage disequilibrium with the polymorphs specifically mentioned.

したがって別の特別な一実施態様では、上記の方法は、COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 C/G多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   Thus, in another particular embodiment, the above method comprises a -765 C / G polymorphism within the promoter of a gene encoding COX2, and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. This genotype indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or potential risk of developing.

この実施態様では、-765 CC遺伝子型または-765 CG遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, the -765 CC genotype or -765 CG genotype preferably indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential onset.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、IL18をコードしている遺伝子内の105 C/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another specific embodiment, the above method comprises analyzing a 105 C / A polymorphism within the gene encoding IL18 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. At least, this genotype indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or the risk of potential development.

この実施態様では、105 AA遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the 105 AA genotype preferably exhibits an increased predisposition to and / or an increased risk of developing COPD and / or emphysema.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 G/C多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another particular embodiment, the above method comprises a -133 G / C polymorphism within the promoter of a gene encoding IL18 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. This genotype indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or potential risk of developing.

この実施態様では、-133 CC遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, it is preferred that the -133 CC genotype is indicative of a predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing it.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、PAI-1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another particular embodiment, the above method is -675 4G / 5G polymorphism within the promoter of the gene encoding PAI-1 and / or linkage disequilibrium with this polymorphism It includes at least a polymorphic analysis, which indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or potential risk of developing.

この実施態様では、-675 5G5G遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the -675 5G5G genotype preferably exhibits an increased predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、IFN-γをコードしている遺伝子内の874 A/T多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another specific embodiment, the above method comprises 874 A / T polymorphism in the gene encoding IFN-γ and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. Including at least analysis, this genotype indicates the predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema in the subject.

この実施態様では、874 AA遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, it is preferred that the 874 AA genotype indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of potential development.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、腫瘍壊死因子α(TNFα)をコードしている遺伝子内の+489 G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another particular embodiment, the above method results in a +489 G / A polymorphism in the gene encoding tumor necrosis factor alpha (TNFα) and / or linkage disequilibrium with this polymorphism. The genotype indicates the predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema in the subject.

この実施態様では、+489 AA遺伝子型または+489 AG遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the +489 AA genotype or +489 AG genotype is preferably indicative of a predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of potential onset.

この実施態様では、+489 GG遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, the +489 GG genotype preferably indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential onset.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y A/G多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another specific embodiment, the above method comprises analyzing a C89Y A / G polymorphism in the gene encoding SMAD3 and / or a polymorphism that is in linkage disequilibrium with this polymorphism. At least, this genotype indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or the risk of potential development.

この実施態様では、C89Y AA遺伝子型または AG遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, the C89Y AA genotype or AG genotype preferably indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential onset.

この実施態様では、C89Y GG遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the C89Y GG genotype preferably exhibits an increased predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、細胞間接着分子1(ICAM1)をコードしている遺伝子内のE469K A/G多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another particular embodiment, the method described above results in an E469K A / G polymorphism within the gene encoding intercellular adhesion molecule 1 (ICAM1) and / or linkage disequilibrium with this polymorphism. The genotype indicates the predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema in the subject.

この実施態様では、E469K GG遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the E469K GG genotype preferably exhibits an increased predisposition to and / or an increased risk of developing COPD and / or emphysema.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、カスパーゼ(NOD2)をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン G/C多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another specific embodiment, the method is glycine 881 arginine G / C polymorphism in the gene encoding caspase (NOD2) and / or linkage disequilibrium with this polymorphism. It includes at least a polymorphic analysis, which indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or potential risk of developing.

この実施態様では、グリシン881アルギニン GC遺伝子型またはCC遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the glycine 881 arginine GC or CC genotype is preferably indicative of a predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing it.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、マンノース結合レクチン2(MBL2)をコードしている遺伝子内の161 G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another particular embodiment, the above method results in a 161 G / A polymorphism in the gene encoding mannose-binding lectin 2 (MBL2), and / or in linkage disequilibrium with this polymorphism. Analysis of at least one polymorphism, which indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or the potential risk.

この実施態様では、161 GG遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, the 161 GG genotype preferably exhibits a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential onset.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、チマーゼ1(CMA1)をコードしている遺伝子内の-1903 G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another specific embodiment, the method is -1903 G / A polymorphism within the gene encoding chymase 1 (CMA1) and / or linkage disequilibrium with this polymorphism. It includes at least a polymorphic analysis, which indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or potential risk of developing.

この実施態様では、-1903 AA遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, the -1903 AA genotype preferably indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential onset.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、N-アセチルトランスフェラーゼ2(NAT2)をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another specific embodiment, the above method comprises arginine 197 glutamine G / A polymorphism in the gene encoding N-acetyltransferase 2 (NAT2), and / or linkage disequilibrium with this polymorphism. Analysis of at least one polymorphism, which indicates the subject's predisposition to COPD and / or pulmonary emphysema and / or potential risk.

この実施態様では、アルギニン197グルタミン AA遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, the arginine 197 glutamine AA genotype preferably exhibits a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential development.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、5リポ-オキシゲナーゼ(ALOX5)をコードしている遺伝子内の-366 G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another particular embodiment, the method described above results in a -366 G / A polymorphism within the gene encoding 5 lipo-oxygenase (ALOX5) and / or linkage disequilibrium with this polymorphism. The genotype indicates the predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema in the subject.

この実施態様では、-366 AA遺伝子型または-366 AG遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, the -366 AA genotype or -366 AG genotype preferably indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential onset.

この実施態様では、-366 GG遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the -366 GG genotype preferably exhibits an increased predisposition to and / or an increased risk of developing COPD and / or emphysema.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、熱ショック・タンパク質70(HSP70)をコードしている遺伝子内のHOM T2437C多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another specific embodiment, the above method is in linkage disequilibrium with and / or a HOM T2437C polymorphism within the gene encoding heat shock protein 70 (HSP70). It includes at least a polymorphic analysis, which indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or potential risk of developing.

この実施態様では、HOM T2437C CC遺伝子型またはCT遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the HOM T2437C CC genotype or CT genotype preferably exhibits an increased predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing.

この実施態様では、HOM T2437C TT遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, it is preferred that the HOM T2437C TT genotype indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential development.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、カルシウム依存性塩素イオンチャネル1(CLCA1)をコードしている遺伝子内の+13924 T/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another specific embodiment, the above method comprises the +13924 T / A polymorphism in the gene encoding calcium-dependent chloride channel 1 (CLCA1) and / or a linkage not linked to this polymorphism. It includes at least an analysis of balanced polymorphisms, which indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or the risk of potential development.

この実施態様では、+13924 AA遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the +13924 AA genotype preferably indicates an increased predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、単球分化抗原CD-14(CD-14)をコードしている遺伝子内の-159 C/T多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another specific embodiment, the above method comprises: -159 C / T polymorphism in the gene encoding monocyte differentiation antigen CD-14 (CD-14), and / or It includes at least an analysis of polymorphisms that are in linkage disequilibrium, and this genotype indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or the potential risk.

この実施態様では、-159 CC遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることが好ましい。   In this embodiment, the -159 CC genotype preferably exhibits an increased predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing it.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 C/T多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another particular embodiment, the above method comprises exon 1 +49 C / T polymorphism in the gene encoding elafin and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. This genotype indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or potential risk of developing.

この実施態様では、エキソン1 +49 CT遺伝子型またはTT遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, the exon 1 +49 CT genotype or TT genotype preferably indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential onset.

さらに別の特別な一実施態様では、上記の方法は、MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G多型(1G対立遺伝子だけに関する)、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析を少なくとも含んでおり、この遺伝子型が、対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している。   In yet another particular embodiment, the above method comprises the -1607 1G / 2G polymorphism within the promoter of the gene encoding MMP1 (only for the 1G allele) and / or no linkage with this polymorphism. It includes at least an analysis of balanced polymorphisms, which indicates the subject's predisposition to COPD and / or emphysema and / or the risk of potential development.

この実施態様では、1G1G遺伝子型または1G2G遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることが好ましい。   In this embodiment, the 1G1G genotype or 1G2G genotype preferably indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced risk of potential onset.

上記の特別な実施態様のそれぞれにおける多型は、単独で分析すること、または2つ以上を任意に組み合わせて分析することが可能であるが、後者がより好ましい。   The polymorphism in each of the above specific embodiments can be analyzed alone or in any combination of two or more, the latter being more preferred.

さらに別の一実施態様では、上記の方法は、1つ以上の上記多型と、別の少なくとも1つの多型を組み合わせて分析する操作をさらに含んでおり、その別の少なくとも1つの多型の選択は、
ADBRをコードしている遺伝子内の16アルギニン/グリシン;
NOS3をコードしている遺伝子内の298アスパラギン酸/グルタミン酸(T/G);
VDBPをコードしている遺伝子内のリシン420トレオニン(A/C);
VDBPをコードしている遺伝子内のグルタミン酸416アスパラギン酸(T/G);
GST-Pをコードしている遺伝子内のイソロイシン105バリン(A/G);
IFN-γをコードしている遺伝子内の874 A/T;
IL13をコードしている遺伝子内の130アルギニン/グルタミン(G/A);
TNFαをコードしている遺伝子のプロモータ内の-308 G/A;
IL1Bをコードしている遺伝子のプロモータ内の-511 A/G;
MEHをコードしている遺伝子内のチロシン113ヒスチジン T/C;
MEHをコードしている遺伝子内のアルギニン139 G/A;
ADBRをコードしている遺伝子内のグルタミン27グルタミン酸 C/G;
IL13をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1055 C/T;
MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G;
MMP9をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1562 C/T;
GST-1をコードしている遺伝子内のM1ヌル;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子の3'領域内の1237 G/A;
MMP12をコードしている遺伝子のプロモータ内の-82 A/G;
TGFβをコードしている遺伝子のコドン10内のT→C;
SOD3をコードしている遺伝子内の760 C/G;
TIMP3をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1296 T/C;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内のS突然変異;
これらと連鎖不平衡になっている多型;
からなるグループの中から行なう。
In yet another embodiment, the above method further comprises an operation of analyzing one or more of the polymorphisms in combination with at least one other polymorphism, wherein the at least one polymorphism The choice is
16 arginine / glycine in the gene encoding ADBR;
298 aspartic acid / glutamic acid (T / G) within the gene encoding NOS3;
Lysine 420 threonine (A / C) in the gene encoding VDBP;
Glutamic acid 416 aspartic acid (T / G) in the gene encoding VDBP;
Isoleucine 105 valine (A / G) in the gene encoding GST-P;
874 A / T in the gene encoding IFN-γ;
130 arginine / glutamine (G / A) within the gene encoding IL13;
-308 G / A in the promoter of the gene encoding TNFα;
-511 A / G within the promoter of the gene encoding IL1B;
Tyrosine 113 histidine T / C in the gene encoding MEH;
Arginine 139 G / A in the gene encoding MEH;
Glutamine 27 glutamic acid C / G in the gene encoding ADBR;
-1055 C / T within the promoter of the gene encoding IL13;
-1607 1G / 2G within the promoter of the gene encoding MMP1;
-1562 C / T in the promoter of the gene encoding MMP9;
M1 null in the gene encoding GST-1;
1237 G / A in the 3 ′ region of the gene encoding α1-antitrypsin;
-82 A / G within the promoter of the gene encoding MMP12;
T → C within codon 10 of the gene encoding TGFβ;
760 C / G within the gene encoding SOD3;
-1296 T / C within the promoter of the gene encoding TIMP3;
an S mutation in the gene encoding α1-antitrypsin;
Polymorphisms that are in linkage disequilibrium with these;
From a group of

これらの方法は、喫煙者(現在の喫煙者と以前の喫煙者の両方)で特に有効である。   These methods are particularly effective for smokers (both current and former smokers).

本発明の文脈では、“多型”という用語が、あらゆる変異体と突然変異(その中には、遺伝子の全体的または部分的な欠如(例えばヌル突然変異)が含まれる)を記述するのに用いられていることが理解されよう。同様に、本発明の文脈では、“一塩基多型”または“SNP”という用語に、1塩基ヌクレオチド置換と、短い欠失や挿入による多型が含まれる。   In the context of the present invention, the term “polymorphism” describes all variants and mutations, including total or partial absence of genes (eg, null mutations). It will be understood that it is used. Similarly, in the context of the present invention, the term “single nucleotide polymorphism” or “SNP” includes single nucleotide nucleotide substitutions and polymorphisms due to short deletions or insertions.

さらに、この明細書に記載した多型は、2つのカテゴリーに分類されることがわかるであろう。すなわち、分析によって、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少を示していることがわかる多型(“防御(protective)多型”または“防御SNP”と名づけることができる)と、分析によって、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加を示していることがわかる多型(“感受性(susceptibility)多型”または“感受性SNP”と名づけることができる)である。   Furthermore, it will be appreciated that the polymorphisms described in this specification fall into two categories. That is, a polymorphism ("protective polymorphism" or "protective SNP") that shows that the analysis indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or reduced potential risk ) And polymorphisms ("susceptibility polymorphism" or "susceptibility SNP") that can be found by analysis to indicate an increased predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing Is possible).

したがって本発明により、対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べる方法、および/またはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を診断する方法であって、
COPDおよび/または肺気腫の傾向の減少、および/または潜在的リスクの減少、および/または発症の減少と関係する少なくとも1つの防御SNP対立遺伝子の存在または不在を調べ;
どの防御SNP対立遺伝子も存在していない場合には、COPDおよび/または肺気腫の傾向、および/または潜在的なリスク、および/または発症の増加と関係する少なくとも1つの感受性SNP対立遺伝子の存在または不在を調べる操作を含んでおり;
防御SNP対立遺伝子が1つ以上存在していることは、COPDおよび/または肺気腫の傾向の減少、および/または潜在的なリスクの減少、および/または発症の減少を示しており、どの防御SNP対立遺伝子も不在であってそれに少なくとも1つの感受性SNP対立遺伝子の存在が組み合わさっていることは、COPDおよび/または肺気腫の傾向の増加、および/または潜在的なリスクの増加、および/または発症の増加を示している方法がさらに提供される。
Thus, the present invention provides a method for determining whether a subject has a predisposition to and / or a potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema, and / or the likelihood of developing COPD and / or emphysema. A method of diagnosing,
Examining the presence or absence of at least one protective SNP allele associated with a reduced tendency for COPD and / or emphysema, and / or a reduced potential risk, and / or a reduced incidence;
In the absence of any protective SNP allele, the presence or absence of at least one sensitive SNP allele associated with increased tendency for COPD and / or emphysema and / or potential risk and / or increased incidence Includes the operation of examining
The presence of one or more protective SNP alleles indicates a reduced tendency for COPD and / or emphysema and / or a reduced potential risk and / or a reduced incidence, and which protective SNP allele The absence of the gene, combined with the presence of at least one susceptible SNP allele, increases the tendency for COPD and / or emphysema and / or increases the potential risk and / or increases the incidence. There is further provided a method indicating:

上記少なくとも1つの防御SNP対立遺伝子の選択は、
COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 C対立遺伝子;
IL13をコードしている遺伝子内の130アルギニン/グルタミン A対立遺伝子;
NOS3をコードしている遺伝子内の298アスパラギン酸/グルタミン酸 T対立遺伝子;
VDBPをコードしている遺伝子内のリシン420トレオニン A対立遺伝子;
VDBPをコードしている遺伝子内のグルタミン酸416アスパラギン酸 T対立遺伝子;
GSTP-1をコードしている遺伝子内のイソロイシン105バリン A対立遺伝子;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内のS対立遺伝子;
TNFαをコードしている遺伝子内の+489 G対立遺伝子;
TNFαをコードしている遺伝子内の-308 G対立遺伝子;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y A対立遺伝子;
MBL2をコードしている遺伝子内の161 G対立遺伝子;
CMA1をコードしている遺伝子内の-1903 A対立遺伝子;
NAT2をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン A対立遺伝子;
MEHをコードしている遺伝子内のヒスチジン139アルギニン G対立遺伝子;
ALOX5をコードしている遺伝子内の-366 A対立遺伝子;
HSP70をコードしている遺伝子内のHOM 2437 T対立遺伝子;
エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 T対立遺伝子;
ADBRをコードしている遺伝子内のグルタミン27グルタミン酸 G対立遺伝子;及び
MMP1をコードしている遺伝子内の-1607 1G対立遺伝子;
からなるグループの中から行なうことが好ましい。
Selection of the at least one protective SNP allele is
A -765 C allele within the promoter of the gene encoding COX2;
130 arginine / glutamine A alleles within the gene encoding IL13;
298 aspartate / glutamate T allele within the gene encoding NOS3;
Lysine 420 threonine A allele within the gene encoding VDBP;
Glutamic acid 416 aspartic acid T allele within the gene encoding VDBP;
An isoleucine 105 valine A allele within the gene encoding GSTP-1;
an S allele within the gene encoding α1-antitrypsin;
A +489 G allele within the gene encoding TNFα;
A -308 G allele within the gene encoding TNFα;
A C89Y A allele within the gene encoding SMAD3;
A 161 G allele within the gene encoding MBL2;
A -1903 A allele within the gene encoding CMA1;
Arginine 197 Glutamine A allele within the gene encoding NAT2;
Histidine 139 arginine G allele within the gene encoding MEH;
A -366 A allele within the gene encoding ALOX5;
A HOM 2437 T allele within the gene encoding HSP70;
Exon 1 +49 T allele within the gene encoding elafin;
Glutamine 27 glutamate G allele within the gene encoding ADBR; and
A -1607 1G allele within the gene encoding MMP1;
It is preferable to carry out from the group consisting of

さらに別の観点として、本発明により、対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べる方法、並びに/あるいはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を診断する方法であって、
COPDおよび/または肺気腫の傾向の減少、および/または潜在的リスクの減少、および/または発症の減少と関係する少なくとも1つの防御SNP遺伝子型の存在または不在を調べ;
どの防御SNP遺伝子型も存在していない場合には、COPDおよび/または肺気腫の傾向、および/または潜在的なリスク、および/または発症と関係する少なくとも1つの感受性SNP遺伝子型の存在または不在を調べる操作を含んでおり;
その遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫の発症素因、および/または潜在的発症リスク、および/または発症可能性を示している方法がさらに提供される。
In yet another aspect, the present invention provides a method for determining whether a subject has a predisposition to and / or a potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema, and / or COPD and / or emphysema. A method for diagnosing the possibility of the onset of
Examining the presence or absence of at least one protective SNP genotype associated with a reduced tendency for COPD and / or emphysema, and / or a reduced potential risk, and / or a reduced incidence;
In the absence of any protective SNP genotype, examine the presence or absence of at least one susceptible SNP genotype associated with COPD and / or emphysema trends and / or potential risk and / or development Including operations;
Further provided are methods wherein the genotype indicates a predisposition to COPD and / or emphysema, and / or a potential risk and / or likelihood of onset.

一実施態様では、上記少なくとも1つのSNPの遺伝子型の選択を、
COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 CC遺伝子型またはCG遺伝子型;
IL13をコードしている遺伝子内の130アルギニン/グルタミン AA遺伝子型;
NOS3をコードしている遺伝子内の298アスパラギン酸/グルタミン酸 TT遺伝子型;
VDBPをコードしている遺伝子内のリシン420トレオニン AA遺伝子型またはAC遺伝子型;
VDBPをコードしている遺伝子内のグルタミン酸416アスパラギン酸 TT遺伝子型またはTG遺伝子型;
GSTP-1をコードしている遺伝子内のイソロイシン105バリン AA遺伝子型;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内のMS遺伝子型;
TNFαをコードしている遺伝子内の+489 GG遺伝子型;
TNFαをコードしている遺伝子内の-308 GG遺伝子型;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y AA遺伝子型またはAG遺伝子型;
MBL2をコードしている遺伝子内の161 GG遺伝子型;
CMA1をコードしている遺伝子内の-1903 AA遺伝子型;
NAT2をコードしている遺伝子内のアルギニン117グルタミン AA遺伝子型;
MEHをコードしている遺伝子内のヒスチジン139アルギニン GG遺伝子型;
ALOX5をコードしている遺伝子内の-366 AA遺伝子型またはAG遺伝子型;
HSP70をコードしている遺伝子内のHOM T2437C TT遺伝子型;
エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 CT遺伝子型またはTT遺伝子型;並びに
ADBRをコードしている遺伝子内のグルタミン27グルタミン酸 GG遺伝子型;及び
MMP1をコードしている遺伝子内の-1607 1G1G遺伝子型または1G2G遺伝子型;
からなるグループの中から行なう。
In one embodiment, selecting the at least one SNP genotype comprises:
-765 CC genotype or CG genotype within the promoter of the gene encoding COX2;
130 arginine / glutamine AA genotype within the gene encoding IL13;
298 aspartate / glutamate TT genotype within the gene encoding NOS3;
Lysine 420 threonine AA genotype or AC genotype within the gene encoding VDBP;
Glutamic acid 416 aspartic acid TT genotype or TG genotype within the gene encoding VDBP;
Isoleucine 105 valine AA genotype within the gene encoding GSTP-1;
MS genotype within the gene encoding α1-antitrypsin;
+489 GG genotype within the gene encoding TNFα;
-308 GG genotype within the gene encoding TNFα;
C89Y AA or AG genotype within the gene encoding SMAD3;
161 GG genotype within the gene encoding MBL2;
-1903 AA genotype within the gene encoding CMA1;
Arginine 117 glutamine AA genotype within the gene encoding NAT2;
Histidine 139 arginine GG genotype within the gene encoding MEH;
-366 AA or AG genotype within the gene encoding ALOX5;
HOM T2437C TT genotype within the gene encoding HSP70;
Exon 1 +49 CT genotype or TT genotype within the gene encoding elafin; and
Glutamine 27 glutamic acid GG genotype within the gene encoding ADBR; and
-1607 1G1G genotype or 1G2G genotype within the gene encoding MMP1;
From a group of

さらに別の一実施態様では、上記の方法は、
SODをコードしている遺伝子内の+760GG遺伝子型または+760CG遺伝子型;
TIMP3をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1296TT遺伝子型;及び
TGFβをコードしている遺伝子のコドン10内のCC遺伝子型(ホモP対立遺伝子);
からなるグループの中から選択した少なくとも1つの防御SNP遺伝子型の存在または不在を明らかにする追加ステップを含んでいる。
In yet another embodiment, the above method comprises:
+ 760GG genotype or + 760CG genotype within the gene encoding SOD;
-1296TT genotype within the promoter of the gene encoding TIMP3; and
CC genotype (homo P allele) within codon 10 of the gene encoding TGFβ;
An additional step of revealing the presence or absence of at least one protective SNP genotype selected from the group consisting of:

さらに別の一実施態様では、COPDおよび/または肺気腫の発症素因、および/または潜在的発症リスク、および/または発症と関係する上記少なくとも1つの感受性SNP遺伝子型の選択を、
IL18をコードしている遺伝子内の105 AA遺伝子型;
IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 CC遺伝子型;
PAI-1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 5G5G遺伝子型;
IL13をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1055 TT遺伝子型;
IFN-γをコードしている遺伝子内の874 TT遺伝子型;
TNFαをコードしている遺伝子内の+489 AA遺伝子型またはAG遺伝子型;
TNFαをコードしている遺伝子内の-308 AA遺伝子型またはAG遺伝子型;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y GG遺伝子型;
ICAM1をコードしている遺伝子内のE469K GG遺伝子型;
NOD2をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン GC遺伝子型またはCC遺伝子型;
IL1Bをコードしている遺伝子内の-511 GG遺伝子型;
MEHをコードしている遺伝子内のチロシン113ヒスチジン TT遺伝子型;
ALOX5をコードしている遺伝子内の-366 GG遺伝子型;
HSP70をコードしている遺伝子内のHOM T2437C CC遺伝子型またはCT遺伝子型;
CLCA1をコードしている遺伝子内の+13924 AA遺伝子型;及び
CD-14をコードしている遺伝子内の-159 CC遺伝子型;
からなるグループの中から行なう。
In yet another embodiment, the predisposition to COPD and / or emphysema, and / or the potential risk of development, and / or selection of the at least one susceptible SNP genotype associated with the development,
105 AA genotype within the gene encoding IL18;
-133 CC genotype within the promoter of the gene encoding IL18;
-675 5G5G genotype within the promoter of the gene encoding PAI-1;
-1055 TT genotype within the promoter of the gene encoding IL13;
874 TT genotype within the gene encoding IFN-γ;
+489 AA genotype or AG genotype within the gene encoding TNFα;
-308 AA genotype or AG genotype within the gene encoding TNFα;
C89Y GG genotype within the gene encoding SMAD3;
An E469K GG genotype within the gene encoding ICAM1;
Glycine 881 arginine GC genotype or CC genotype within the gene encoding NOD2;
-511 GG genotype within the gene encoding IL1B;
Tyrosine 113 histidine TT genotype within the gene encoding MEH;
-366 GG genotype within the gene encoding ALOX5;
HOM T2437C CC genotype or CT genotype within the gene encoding HSP70;
+13924 AA genotype within the gene encoding CLCA1; and
-159 CC genotype within the gene encoding CD-14;
From a group of

さらに別の一実施態様では、COPDおよび/または肺気腫の発症素因、および/または潜在的発症リスク、および/または発症と関係する上記少なくとも1つの感受性SNP遺伝子型の選択を、
MMP12をコードしている遺伝子のプロモータ内の-82 AA遺伝子型;
MMP9をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1562 CT遺伝子型または-1562 TT遺伝子型;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子の3'領域内の1237 AG遺伝子型または1237 AA遺伝子型(対立遺伝子の遺伝子型がTtまたはtt);及び
MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の2G2G遺伝子型;
からなるグループの中から行なう。
In yet another embodiment, the predisposition to COPD and / or emphysema, and / or the potential risk of development, and / or selection of the at least one susceptible SNP genotype associated with the development,
-82 AA genotype within the promoter of the gene encoding MMP12;
-1562 CT genotype or -1562 TT genotype within the promoter of the gene encoding MMP9;
1237 AG genotype or 1237 AA genotype (allelic genotype Tt or tt) within the 3 ′ region of the gene encoding α1-antitrypsin; and
2G2G genotype within the promoter of the gene encoding MMP1;
From a group of

さらに別の観点として、本発明により、対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べるため、並びに/あるいはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を診断する方法であって、COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内に-765 C対立遺伝子、および/またはα1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内にS対立遺伝子が存在しているか不在であるかを調べる操作を含んでおり、その対立遺伝子が1つ以上存在していることが、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少、および/またはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性の減少を示している方法が提供される。   In yet another aspect, the present invention determines whether a subject has a predisposition to and / or potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema and / or COPD and / or emphysema. In which the -765 C allele is present in the promoter of the gene encoding COX2 and / or the S allele is present in the gene encoding α1-antitrypsin. The presence or absence of one or more alleles is associated with a reduced predisposition to and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema, and / or COPD And / or methods showing reduced likelihood of developing emphysema are provided.

さらに別の観点として、本発明により、対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べるため、並びに/あるいはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を診断する方法であって、COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内に-765 CC遺伝子型またはCG遺伝子型、および/またはα1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内にMS遺伝子型が存在しているか不在であるかを調べる操作を含んでおり、その遺伝子型が1つ以上存在していることが、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少、および/またはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性の減少を示している方法が提供される。   In yet another aspect, the present invention determines whether a subject has a predisposition to and / or potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema and / or COPD and / or emphysema. Of the gene encoding COX2 within the promoter of -765 CC genotype or CG genotype and / or the gene encoding α1-antitrypsin Reducing the predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema, including the operation of determining whether the type is present or absent. And / or a method showing a reduced likelihood of developing COPD and / or emphysema is provided.

本発明の特に好ましい一実施態様では、対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べる方法であって、
COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 C/G;
IL18をコードしている遺伝子内の105 C/A;
IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 G/C;
PAI-1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G;
IFN-γをコードしている遺伝子内の874 A/T;
腫瘍壊死因子α(TNFα)をコードしている遺伝子内の+489 G/A;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y A/G;
細胞間接着分子1(ICAM1)をコードしている遺伝子内のE469K A/G;
カスパーゼ(NOD2)をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン G/C;
マンノース結合レクチン2(MBL2)をコードしている遺伝子内の161 G/A;
チマーゼ1(CMA1)をコードしている遺伝子内の-1903 G/A;
N-アセチルトランスフェラーゼ2(NAT2)をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン G/A;
5リポ-オキシゲナーゼ(ALOX5)をコードしている遺伝子内の-366 G/A;
熱ショック・タンパク質70(HSP70)をコードしている遺伝子内のHOM T2437C;
カルシウム依存性塩素イオンチャネル1(CLCA1)をコードしている遺伝子内の+13924 T/A;
単球分化抗原CD-14(CD-14)をコードしている遺伝子内の-159 C/T;
エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 C/T;及び
MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G(1G対立遺伝子だけに関する);
からなるグループの中から選択した1つ以上の多型に加え、
ADBRをコードしている遺伝子内の16アルギニン/グリシン;
IL13をコードしている遺伝子内の130アルギニン/グルタミン(G/A);
NOS3をコードしている遺伝子内の298アスパラギン酸/グルタミン酸(T/G);
GSTPをコードしている遺伝子内のイソロイシン105バリン(A/G);
VDBPをコードしている遺伝子内のグルタミン酸416アスパラギン酸(T/G);
VDBPをコードしている遺伝子内のリシン420トレオニン(A/C);
IL13をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1055 C/T;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子のS突然変異;
TNFαをコードしている遺伝子のプロモータ内の-308 G/A;
インターロイキン1B(IL1B)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-511 A/G;
ミクロソーム・エポキシドヒドロラーゼ(MEH)をコードしている遺伝子内のチロシン113ヒスチジン T/C;
MEHをコードしている遺伝子内のアルギニン139 G/A;及び
ADBRをコードしている遺伝子内のグルタミン27グルタミン酸 C/G;
からなるグループの中から選択した1つ以上の多型を分析する操作を含む方法が提供される。
In one particularly preferred embodiment of the invention, a method for determining whether a subject has a predisposition to and / or a potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema,
-765 C / G in the promoter of the gene encoding COX2;
105 C / A within the gene encoding IL18;
-133 G / C within the promoter of the gene encoding IL18;
-675 4G / 5G within the promoter of the gene encoding PAI-1;
874 A / T in the gene encoding IFN-γ;
+489 G / A in the gene encoding tumor necrosis factor α (TNFα);
C89Y A / G in the gene encoding SMAD3;
E469K A / G in the gene encoding intercellular adhesion molecule 1 (ICAM1);
Glycine 881 arginine G / C in the gene encoding caspase (NOD2);
161 G / A in the gene encoding mannose-binding lectin 2 (MBL2);
-1903 G / A in the gene encoding chymase 1 (CMA1);
Arginine 197 Glutamine G / A in the gene encoding N-acetyltransferase 2 (NAT2);
-366 G / A in the gene encoding 5 lipo-oxygenase (ALOX5);
HOM T2437C in the gene encoding heat shock protein 70 (HSP70);
+13924 T / A in the gene encoding calcium-dependent chloride channel 1 (CLCA1);
-159 C / T in the gene encoding monocyte differentiation antigen CD-14 (CD-14);
Exon 1 +49 C / T in the gene encoding elafin; and
-1607 1G / 2G (for the 1G allele only) within the promoter of the gene encoding MMP1;
In addition to one or more polymorphisms selected from the group consisting of
16 arginine / glycine in the gene encoding ADBR;
130 arginine / glutamine (G / A) within the gene encoding IL13;
298 aspartic acid / glutamic acid (T / G) within the gene encoding NOS3;
Isoleucine 105 valine (A / G) in the gene encoding GSTP;
Glutamic acid 416 aspartic acid (T / G) in the gene encoding VDBP;
Lysine 420 threonine (A / C) in the gene encoding VDBP;
-1055 C / T within the promoter of the gene encoding IL13;
S mutation of the gene encoding α1-antitrypsin;
-308 G / A in the promoter of the gene encoding TNFα;
-511 A / G in the promoter of the gene encoding interleukin 1B (IL1B);
Tyrosine 113 histidine T / C in the gene encoding microsomal epoxide hydrolase (MEH);
Arginine 139 G / A within the gene encoding MEH; and
Glutamine 27 glutamic acid C / G in the gene encoding ADBR;
A method is provided that includes analyzing one or more polymorphisms selected from the group consisting of:

本発明の好ましい一実施態様では、防御遺伝子型が2つ以上存在していることが、COPDおよび/または肺気腫の発症リスクが減少していることを示す。   In one preferred embodiment of the invention, the presence of two or more protective genotypes indicates a reduced risk of developing COPD and / or emphysema.

本発明の好ましいさらに別の一実施態様では、感受性遺伝子型が2つ以上存在していることが、COPDおよび/または肺気腫の発症リスクが増加していることを示す。   In yet another preferred embodiment of the invention, the presence of two or more susceptible genotypes indicates an increased risk of developing COPD and / or emphysema.

本発明の好ましいさらに別の一実施態様では、感受性遺伝子型が1つ以上存在しているかどうかとは無関係に、防御遺伝子型が2つ以上存在していることが、COPDおよび/または肺気腫の発症リスクが減少していることを示す。   In yet another preferred embodiment of the invention, the presence of two or more protective genotypes, regardless of the presence or absence of one or more susceptible genotypes, may indicate the onset of COPD and / or emphysema Indicates that the risk is decreasing.

さらに別の特徴として、対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べる方法、および/またはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を診断する方法であって、
シクロオキシゲナーゼ(COX2)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 C/G;
インターロイキン18(IL18)をコードしている遺伝子内の105 C/A;
IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 G/C;
プラスミノーゲンアクチベータインヒビター1(PAI-1)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G;
インターフェロン-γ(IFN-γ)をコードしている遺伝子内の874 A/T;
β2アドレナリン受容体をコードしている遺伝子内の16アルギニン/グリシン;
インターロイキン13(IL13)をコードしている遺伝子内の130アルギニン/グルタミン(G/A);
NOシンターゼ3(NOS3)をコードしている遺伝子内の298アスパラギン酸/グルタミン酸;
グルタチオンSトランスフェラーゼP(GST-P)をコードしている遺伝子内のイソロイシン105バリン(A/G);
ビタミンD結合タンパク質(VDBP)をコードしている遺伝子内のグルタミン酸416アスパラギン酸(T/G);
ビタミンD結合タンパク質をコードしている遺伝子内のリシン420トレオニン(A/C);
インターロイキン13をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1055 C/T;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内のS突然変異;
腫瘍壊死因子α(TNFα)をコードしている遺伝子内の+489 G/A;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y A/G;
細胞間接着分子1(ICAM1)をコードしている遺伝子内のE469K A/G;
カスパーゼ(NOD2)をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン G/C;
マンノース結合レクチン2(MBL2)をコードしている遺伝子内の161 G/A;
チマーゼ1(CMA1)をコードしている遺伝子内の-1903 G/A;
N-アセチルトランスフェラーゼ2(NAT2)をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン G/A;
5リポ-オキシゲナーゼ(ALOX5)をコードしている遺伝子内の-366 G/A;
熱ショック・タンパク質70(HSP70)をコードしている遺伝子内のHOM T2437C;
カルシウム依存性塩素イオンチャネル1(CLCA1)をコードしている遺伝子内の+13924 T/A;
単球分化抗原CD-14(CD-14)をコードしている遺伝子内の-159 C/T;
エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 C/T;
TNFαをコードしている遺伝子のプロモータ内の-308 G/A;
インターロイキン1B(IL1B)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-511 A/G;
ミクロソーム・エポキシドヒドロラーゼ(MEH)をコードしている遺伝子内のチロシン113ヒスチジン T/C;
MEHをコードしている遺伝子内のアルギニン139 G/A;
ADBRをコードしている遺伝子内のグルタミン27グルタミン酸 C/G;及び
MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G(1G対立遺伝子だけに関する);
からなるグループの中から選択した2つ以上の多型を分析する操作を含む方法が提供される。
Yet another feature is a method for determining whether a subject has a predisposition to and / or potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema, and / or the likelihood of developing COPD and / or emphysema A method for diagnosing
-765 C / G in the promoter of the gene encoding cyclooxygenase (COX2);
105 C / A within the gene encoding interleukin 18 (IL18);
-133 G / C within the promoter of the gene encoding IL18;
-675 4G / 5G in the promoter of the gene encoding plasminogen activator inhibitor 1 (PAI-1);
874 A / T in the gene encoding interferon-γ (IFN-γ);
16 arginine / glycine in the gene encoding the β2 adrenergic receptor;
130 arginine / glutamine (G / A) within the gene encoding interleukin 13 (IL13);
298 aspartic acid / glutamic acid in the gene encoding NO synthase 3 (NOS3);
Isoleucine 105 valine (A / G) in the gene encoding glutathione S-transferase P (GST-P);
Glutamic acid 416 aspartic acid (T / G) in the gene encoding vitamin D binding protein (VDBP);
Lysine 420 threonine (A / C) in the gene encoding vitamin D binding protein;
-1055 C / T in the promoter of the gene encoding interleukin-13;
an S mutation in the gene encoding α1-antitrypsin;
+489 G / A in the gene encoding tumor necrosis factor α (TNFα);
C89Y A / G in the gene encoding SMAD3;
E469K A / G in the gene encoding intercellular adhesion molecule 1 (ICAM1);
Glycine 881 arginine G / C in the gene encoding caspase (NOD2);
161 G / A in the gene encoding mannose-binding lectin 2 (MBL2);
-1903 G / A in the gene encoding chymase 1 (CMA1);
Arginine 197 Glutamine G / A in the gene encoding N-acetyltransferase 2 (NAT2);
-366 G / A in the gene encoding 5 lipo-oxygenase (ALOX5);
HOM T2437C in the gene encoding heat shock protein 70 (HSP70);
+13924 T / A in the gene encoding calcium-dependent chloride channel 1 (CLCA1);
-159 C / T in the gene encoding monocyte differentiation antigen CD-14 (CD-14);
Exon 1 +49 C / T in the gene encoding elafin;
-308 G / A in the promoter of the gene encoding TNFα;
-511 A / G in the promoter of the gene encoding interleukin 1B (IL1B);
Tyrosine 113 histidine T / C in the gene encoding microsomal epoxide hydrolase (MEH);
Arginine 139 G / A in the gene encoding MEH;
Glutamine 27 glutamate C / G within the gene encoding ADBR; and
-1607 1G / 2G (for the 1G allele only) within the promoter of the gene encoding MMP1;
A method is provided that includes analyzing two or more polymorphisms selected from the group consisting of:

いろいろな実施態様では、上記のどの1つ以上の方法も、NOS3をコードしている遺伝子のコドン298にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含んでいる。   In various embodiments, any one or more of the above methods includes analyzing an amino acid present at a position that maps to codon 298 of the gene encoding NOS3.

前記の位置にグルタミン酸が存在することが、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスク、および/またはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を示していることが好ましい。   Preferably, the presence of glutamic acid at said position indicates a predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema, and / or the likelihood of developing COPD and / or emphysema.

前記の位置にアスパラギンが存在することが、COPDおよび/または肺気腫の発症リスクの減少を示していることが好ましい。   The presence of asparagine at the location preferably indicates a reduced risk of developing COPD and / or emphysema.

いろいろな実施態様では、上記のどの1つ以上の方法も、ビタミンD結合タンパク質をコードしている遺伝子のコドン420にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含んでいる。   In various embodiments, any one or more of the methods described above includes analyzing an amino acid present at a position that maps to codon 420 of a gene encoding a vitamin D binding protein.

前記の位置にトレオニンが存在することが、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスク、および/またはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を示していることが好ましい。   Preferably, the presence of threonine at said position indicates a predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema, and / or the likelihood of developing COPD and / or emphysema.

前記の位置にリシンが存在することが、COPDおよび/または肺気腫の発症リスクの減少を示していることが好ましい。   Preferably the presence of lysine at said position indicates a reduced risk of developing COPD and / or emphysema.

いろいろな実施態様では、上記のどの1つ以上の方法も、SMAD3をコードしている遺伝子のコドン89にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含んでいる。   In various embodiments, any one or more of the methods described above comprises analyzing an amino acid present at a position that maps to codon 89 of the gene encoding SMAD3.

いろいろな実施態様では、上記のどの1つ以上の方法も、ICAM1をコードしている遺伝子のコドン469にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含んでいる。   In various embodiments, any one or more of the above methods includes analyzing an amino acid present at a position that maps to codon 469 of the gene encoding ICAM1.

いろいろな実施態様では、上記のどの1つ以上の方法も、NOD2をコードしている遺伝子のコドン881にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含んでいる。   In various embodiments, any one or more of the methods described above comprises analyzing the amino acid present at a position that maps to codon 881 of the gene encoding NOD2.

いろいろな実施態様では、上記のどの1つ以上の方法も、NAT2をコードしている遺伝子のコドン197にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含んでいる。   In various embodiments, any one or more of the above methods includes analyzing an amino acid present at a position that maps to codon 197 of the gene encoding NAT2.

いろいろな実施態様では、上記のどの1つ以上の方法も、MEHをコードしている遺伝子のコドン113にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含んでいる。   In various embodiments, any one or more of the above methods includes analyzing an amino acid present at a position that maps to codon 113 of the gene encoding MEH.

いろいろな実施態様では、上記のどの1つ以上の方法も、MEHをコードしている遺伝子のコドン139にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含んでいる。   In various embodiments, any one or more of the above methods includes analyzing an amino acid present at a position that maps to codon 139 of the gene encoding MEH.

いろいろな実施態様では、上記のどの1つ以上の方法も、ADBRをコードしている遺伝子のコドン27にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析するステップを含んでいる。   In various embodiments, any one or more of the methods described above comprises analyzing an amino acid present at a position that maps to codon 27 of a gene encoding ADBR.

別の特徴として、本発明により、この明細書に記載した本発明の好ましい方法で使用する一群のヌクレオチド・プローブおよび/またはヌクレオチド・プライマーが提供される。そのヌクレオチド・プローブおよび/またはヌクレオチド・プライマーは、遺伝子の多型領域をカバーしているか、そのヌクレオチド・プローブおよび/またはヌクレオチド・プライマーを用いて遺伝子の多型領域をカバーするように使用できることが好ましい。   In another aspect, the present invention provides a group of nucleotide probes and / or nucleotide primers for use in the preferred methods of the invention described herein. Preferably, the nucleotide probe and / or nucleotide primer covers the polymorphic region of the gene or can be used to cover the polymorphic region of the gene using the nucleotide probe and / or nucleotide primer. .

さらに別の観点として、本発明により、この明細書に記載した予後予測、および/または診断、および/またはスクリーニングに使用するため、この明細書に記載した1つ以上の感受性多型または防御多型をコードしている核酸配列とのハイブリダイゼーション、またはそれと相補的な配列とのハイブリダイゼーションが可能な核酸配列が提示された基板を有する核酸マイクロアレイが提供される。   In yet another aspect, the present invention provides one or more susceptible polymorphisms or protective polymorphisms described herein for use in the prognosis prediction and / or diagnosis and / or screening described herein. There is provided a nucleic acid microarray having a substrate on which a nucleic acid sequence capable of hybridization with a nucleic acid sequence encoding a nucleic acid sequence or a sequence complementary thereto is displayed.

別の観点として、本発明により、この明細書に記載した予後予測、および/または診断、および/またはスクリーニングに使用するため、この明細書に記載した感受性多型または防御多型と結びついたときに発現が上方調節または下方調節される遺伝子の産物と結合できる抗体を提示する基板を含む抗体マイクロアレイが提供される。   As another aspect, the present invention, when used in conjunction with the susceptibility or protection polymorphisms described herein, for use in the prognosis prediction and / or diagnosis and / or screening described herein. An antibody microarray is provided that includes a substrate that displays antibodies capable of binding to the product of a gene whose expression is up- or down-regulated.

さらに別の観点として、本発明により、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクが増加している対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫を発症している対象の治療方法であって、防御遺伝子型の存在および/または機能上の効果をその対象の体内で遺伝子型または表現型に関して再現するステップを含む方法が提供される。   In yet another aspect, the present invention provides a method for treating a subject having an increased predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing or developing COPD and / or emphysema. A method is provided that includes reproducing the presence and / or functioning effect of a protective genotype with respect to genotype or phenotype in the body of the subject.

さらに別の観点として、本発明により、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加している対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫を発症している対象であって、発現した遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が、その対象の年齢と性別にとって正常な範囲の外にあるように遺伝子の発現を上方調節または下方調節する、遺伝子の発現を上方調節または下方調節する検出可能な感受性多型を持っている対象の治療方法であって、その発現した遺伝子産物の生理学的に活性な濃度を、その対象の年齢と性別にとって正常な範囲内に戻すステップを含む方法が提供される。   In yet another aspect, the present invention is a subject who has an increased predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of developing or has developed COPD and / or emphysema Detectable upregulates or downregulates gene expression, such that the physiologically active concentration of the gene product is outside the normal range for the subject's age and gender A method of treating a subject having a different susceptibility polymorphism comprising the step of returning a physiologically active concentration of the expressed gene product to a range that is normal for the age and sex of the subject is provided. The

さらに別の特徴として、本発明により、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内に存在する-765 C/G多型の位置にGG遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でCOX2の活性を低下させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法が提供される。   In yet another aspect, the present invention is a subject having a predisposition to and / or potential risk of developing COPD and / or pulmonary emphysema, which is COPD and / or pulmonary emphysema and encodes COX2. A method of treating a subject whose GG genotype is known to exist at the position of the -765 C / G polymorphism present in the promoter of the gene, and reducing COX2 activity in the subject's body There is provided a method comprising the step of administering to the subject an agent capable of

一実施態様では、薬剤は、COX2阻害剤、または非ステロイド抗炎症薬(NSAID)であり、COX2阻害剤は、セレブレックス(セレコキシブ)、ベクストラ(バルデコキシブ)、ビオックス(ロフェコキシブ)からなるグループの中から選択することが好ましい。   In one embodiment, the drug is a COX2 inhibitor, or a non-steroidal anti-inflammatory drug (NSAID), and the COX2 inhibitor is from the group consisting of Celebrex (celecoxib), Bextra (valdecoxib), Biox (rofecoxib) It is preferable to select.

本発明のさらに別の観点として、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象であって、IL18をコードしている遺伝子内の105 C/A多型の位置にAA遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でIL18の活性を増大させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法が提供される。   As yet another aspect of the present invention, a subject having a predisposition to and / or a potential risk of developing COPD and / or emphysema, wherein AA is located at the position of the 105 C / A polymorphism in the gene encoding IL18. A method is provided for treating a subject known to have a genotype, comprising administering to the subject an agent capable of increasing IL18 activity in the subject's body. .

本発明のさらに別の観点として、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、IL18をコードしている遺伝子内の-133 G/C多型の位置にCC遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でIL18の活性を増大させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法が提供される。   As yet another aspect of the present invention, a gene having a predisposition to COPD and / or emphysema and / or a potential risk of developing, or a subject having COPD and / or emphysema, and encoding IL18 A method of treating a subject whose CC genotype is known to be present at the position of -133 G / C polymorphism in the subject, and which can increase the activity of IL18 in the subject's body A method is provided that includes administering to the subject.

さらに別の観点として、本発明により、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、PAI-1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G多型の位置に5G5G遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でPAI-1の活性を増大させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法が提供される。   In yet another aspect, the present invention relates to a subject having a predisposition to and / or a potential risk of developing COPD and / or emphysema, wherein the subject has COPD and / or emphysema and encodes PAI-1. A method of treating a subject known to have a 5G5G genotype at the position of the -675 4G / 5G polymorphism within the promoter of the gene that increases PAI-1 activity in the subject's body There is provided a method comprising the step of administering to the subject an agent capable of being administered.

さらに別の観点として、本発明により、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、IFN-γをコードしている遺伝子内の874 A/T多型の位置にAA遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でIFN-γの活性を変化させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法が提供される。   In yet another aspect, the present invention provides a subject with a predisposition to and / or a potential risk of developing COPD and / or emphysema, or a subject who has COPD and / or emphysema and encodes IFN-γ. A method of treating a subject whose AA genotype is known to be present at the position of the 874 A / T polymorphism within the gene, which may alter the activity of IFN-γ in the subject's body A method is provided that includes administering a possible agent to the subject.

さらに別の観点として、本発明により、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、CD-14をコードしている遺伝子内の-159 C/T多型の位置にCC遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でCD-14および/またはIgEの活性を変化させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法が提供される。   In yet another aspect, the present invention is a subject having a predisposition to and / or a potential risk of developing COPD and / or emphysema, which is subject to COPD and / or emphysema and encodes CD-14. A method of treating a subject whose CC genotype is known to be present at the position of the -159 C / T polymorphism within the gene, wherein the activity of CD-14 and / or IgE in the subject's body A method is provided that includes administering to the subject an agent capable of altering.

さらに別の観点として、本発明により、感受性多型または防御多型と結びついたときに発現が上方調節または下方調節される遺伝子の発現および/または活性を変化させる化合物をスクリーニングする方法であって、
遺伝子の発現の上方調節または下方調節と関係していることがわかっている感受性多型または防御多型を含む細胞に候補化合物を接触させるステップと;
その候補化合物との接触後にその遺伝子の発現を測定するステップとを含んでおり、
接触ステップ前と比較したときの接触ステップ後の発現レベルの変化が、その化合物がその遺伝子の発現および/または活性を変化させる能力を示している方法が提供される。
In yet another aspect, the present invention provides a method of screening for compounds that alter the expression and / or activity of a gene whose expression is upregulated or downregulated when associated with a susceptibility or defensive polymorphism, comprising:
Contacting the candidate compound with a cell containing a sensitive or protective polymorphism known to be associated with upregulation or downregulation of gene expression;
Measuring the expression of the gene after contact with the candidate compound,
Provided is a method wherein a change in expression level after the contacting step as compared to before the contacting step indicates the ability of the compound to alter the expression and / or activity of the gene.

細胞は、予備スクリーニングによって上記多型の存在が確認されているヒト肺細胞であることが好ましい。   The cells are preferably human lung cells whose presence of the polymorphism has been confirmed by preliminary screening.

細胞は、上記遺伝子の発現の上方調節と関係する感受性多型を含んでおり、スクリーニングは、その遺伝子の発現を下方調節する候補化合物を探すためである。   The cell contains a sensitive polymorphism associated with upregulation of the gene expression, and the screening is to look for candidate compounds that downregulate the expression of the gene.

あるいは細胞は、上記遺伝子の発現の下方調節と関係する感受性多型を含んでおり、スクリーニングは、その遺伝子の発現を上方調節する候補化合物を探すためである。   Alternatively, the cell contains a sensitive polymorphism associated with downregulation of the expression of the gene, and the screening is to look for candidate compounds that upregulate the expression of the gene.

別の一実施態様では、細胞は、上記遺伝子の発現の上方調節と関係する防御多型を含んでおり、スクリーニングは、その遺伝子の発現をさらに上方調節する候補化合物を探すためである。   In another embodiment, the cell contains a protective polymorphism associated with upregulation of the gene expression, and the screening is to look for candidate compounds that further upregulate expression of the gene.

あるいは細胞は、上記遺伝子の発現の下方調節と関係する防御多型を含んでおり、スクリーニングは、その遺伝子の発現をさらに下方調節する候補化合物を探すためである。   Alternatively, the cell contains a protective polymorphism associated with downregulation of the gene expression, and the screening is to look for candidate compounds that further downregulate the expression of the gene.

別の観点として、本発明により、感受性多型または防御多型と結びついたときに発現が上方調節または下方調節される遺伝子の発現および/または活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、
感受性多型または防御多型と結びついたときに発現が上方調節または下方調節される遺伝子を含む細胞(ただしその細胞内ではその遺伝子の発現は上方調節も下方調節もされていない)に候補化合物を接触させるステップと;
その候補化合物と接触させた後にその遺伝子の発現を測定するステップとを含んでおり、
接触ステップ前と比較したときの接触ステップ後の発現レベルの変化が、その化合物がその遺伝子の発現および/または活性を変化させる能力を示している方法が提供される。
In another aspect, the present invention provides a method of screening for a compound that modulates the expression and / or activity of a gene whose expression is upregulated or downregulated when associated with a susceptible or protective polymorphism, comprising:
Candidate compounds in cells that contain a gene whose expression is up- or down-regulated when associated with a susceptibility or defense polymorphism, although the expression of that gene is not up- or down-regulated in that cell A contacting step;
Measuring the expression of the gene after contacting with the candidate compound,
Provided is a method wherein a change in expression level after the contacting step as compared to before the contacting step indicates the ability of the compound to alter the expression and / or activity of the gene.

細胞は、予備スクリーニングによって上記遺伝子の存在及び上記遺伝子の発現のベースラインレベルが確認されているヒト肺細胞であることが好ましい。   The cells are preferably human lung cells in which the presence of the gene and the baseline level of expression of the gene have been confirmed by preliminary screening.

遺伝子の発現は、感受性多型と結びついたときに下方調節され、スクリーニングは、細胞内でその遺伝子の発現を上方調節する候補化合物を探すためであることが好ましい。   Gene expression is down-regulated when associated with a susceptible polymorphism, and the screening is preferably to look for candidate compounds that up-regulate the expression of that gene in the cell.

あるいは遺伝子の発現は、感受性多型と結びついたときに上方調節され、スクリーニングは、細胞内でその遺伝子の発現を下方調節する候補化合物を探すためである。   Alternatively, gene expression is upregulated when associated with a susceptibility polymorphism, and the screening is to look for candidate compounds that downregulate the expression of that gene in the cell.

別の一実施態様では、遺伝子の発現は、防御多型と結びついたときに上方調節され、スクリーニングは、細胞内でその遺伝子の発現を上方調節する候補化合物を探すためである。   In another embodiment, gene expression is upregulated when associated with a protective polymorphism and the screening is to look for candidate compounds that upregulate the expression of the gene in the cell.

あるいは遺伝子の発現は、防御多型と結びついたときに下方調節され、スクリーニングは、細胞内でその遺伝子の発現を下方調節する候補化合物を探すためである。   Alternatively, gene expression is down-regulated when associated with a defense polymorphism and the screening is to look for candidate compounds that down-regulate the expression of that gene in the cell.

さらに別の観点として、本発明により、COPDまたは肺気腫の素因を持つ対象、あるいはCOPDまたは肺気腫と診断された対象が、発現した遺伝子産物の生理学的に活性な濃度を、その対象の年齢と性別にとって正常な範囲内に戻す操作を含む予防法または治療法に反応する可能性があるかどうかを評価する方法であって、その対象の体内で、感受性多型の存在または不在を検出し、存在している場合には、その感受性多型が上記遺伝子の発現を上方調節または下方調節するため、発現した遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が、その対象の年齢と性別にとって正常な範囲の外にあることを検出する操作を含んでおり、上記多型の存在が検出されることが、その対象が上記治療に反応する可能性のあることを示している方法が提供される。   In yet another aspect, according to the present invention, a subject having a predisposition to COPD or emphysema, or a subject diagnosed with COPD or emphysema, can determine the physiologically active concentration of the expressed gene product for that subject's age and sex. A method of assessing the likelihood of responding to a prophylaxis or treatment that involves returning to the normal range, detecting the presence or absence of a susceptibility polymorphism in the subject's body The susceptibility polymorphism up-regulates or down-regulates the expression of the gene, so that the physiologically active concentration of the expressed gene product is outside the normal range for the age and sex of the subject. A method is provided that includes detecting the presence, and detecting the presence of the polymorphism indicates that the subject is likely to respond to the treatment.

候補遺伝子のいくつかの遺伝的変異(多型)を、症例-対照研究によって喫煙者と血液提供者で比較した。候補遺伝子の大半は、遺伝子の発現またはタンパク質の機能に影響を与えることが確認されている(あるいは確認されているようである)。具体的には、対照である血液提供者と、抵抗力のある喫煙者と、COPDを患っている喫煙者(早期発症者と通常発症者に分ける)で多型の頻度を比較した。本発明では、選択した候補遺伝子の多型に由来する防御多型と感受性多型の両方が存在していることを示す。   Several genetic variants (polymorphisms) of candidate genes were compared between smokers and blood donors in a case-control study. The majority of candidate genes have been confirmed (or appear to have been confirmed) to affect gene expression or protein function. Specifically, the frequency of polymorphisms was compared between control blood donors, resistant smokers, and smokers suffering from COPD (separated into early-onset and normal-onset). In the present invention, it is shown that both a protective polymorphism and a sensitive polymorphism derived from the polymorphism of the selected candidate gene exist.

この明細書に記載した一実施態様では、17個の感受性遺伝的多型と、19個の防御遺伝的多型が同定される。それを以下に示す。   In one embodiment described herein, 17 susceptibility genetic polymorphisms and 19 protective genetic polymorphisms are identified. This is shown below.

Figure 2006314315
Figure 2006314315

感受性遺伝的多型は、存在していると、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの増加、および/またはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を示す多型である。それに対し、防御遺伝的多型は、存在していると、COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクの減少、および/またはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性の減少を示す多型である。   Susceptible genetic polymorphism is a polymorphism that, when present, indicates a predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk of onset, and / or the likelihood of developing COPD and / or emphysema. In contrast, protective genetic polymorphism, when present, indicates a reduced predisposition to and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema and / or a reduced likelihood of developing COPD and / or emphysema It is polymorphic.

上記多型のうちの多くを単独で分析することができる。それは以下のものである:
COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 C/G;
IL18をコードしている遺伝子内の105 C/A;
IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 G/C;
PAI-1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G;
IFN-γをコードしている遺伝子内の874 A/T;
腫瘍壊死因子α(TNFα)をコードしている遺伝子内の+489 G/A;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y A/G;
細胞間接着分子1(ICAM1)をコードしている遺伝子内のE469K A/G;
カスパーゼ(NOD2)をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン G/C;
マンノース結合レクチン2(MBL2)をコードしている遺伝子内の161 G/A;
チマーゼ1(CMA1)をコードしている遺伝子内の-1903 G/A;
N-アセチルトランスフェラーゼ2(NAT2)をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン G/A;
5リポ-オキシゲナーゼ(ALOX5)をコードしている遺伝子内の-366 G/A;
熱ショック・タンパク質70(HSP70)をコードしている遺伝子内のHOM T2437C;
カルシウム依存性塩素イオンチャネル1(CLCA1)をコードしている遺伝子内の+13924 T/A;
単球分化抗原CD-14(CD-14)をコードしている遺伝子内の-159 C/T;及び
エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 C/T;
MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G(1G対立遺伝子だけに関する);
上記いずれかの多型と連鎖不平衡になっている多型。
Many of the polymorphisms can be analyzed alone. It is the following:
-765 C / G in the promoter of the gene encoding COX2;
105 C / A within the gene encoding IL18;
-133 G / C within the promoter of the gene encoding IL18;
-675 4G / 5G within the promoter of the gene encoding PAI-1;
874 A / T in the gene encoding IFN-γ;
+489 G / A in the gene encoding tumor necrosis factor α (TNFα);
C89Y A / G in the gene encoding SMAD3;
E469K A / G in the gene encoding intercellular adhesion molecule 1 (ICAM1);
Glycine 881 arginine G / C in the gene encoding caspase (NOD2);
161 G / A in the gene encoding mannose-binding lectin 2 (MBL2);
-1903 G / A in the gene encoding chymase 1 (CMA1);
Arginine 197 Glutamine G / A in the gene encoding N-acetyltransferase 2 (NAT2);
-366 G / A in the gene encoding 5 lipo-oxygenase (ALOX5);
HOM T2437C in the gene encoding heat shock protein 70 (HSP70);
+13924 T / A in the gene encoding calcium-dependent chloride channel 1 (CLCA1);
-159 C / T in the gene encoding monocyte differentiation antigen CD-14 (CD-14); and exon 1 +49 C / T in the gene encoding elafin;
-1607 1G / 2G (for the 1G allele only) within the promoter of the gene encoding MMP1;
A polymorphism in linkage disequilibrium with any of the above polymorphisms.

これらの多型は、2つ以上を組み合わせて分析すること、あるいは他の多型で患者のCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示すもの(その中には、上記多型のうちで残っているものが含まれる)と組み合わせて分析することができる。   These polymorphisms can be analyzed in combination of two or more, or other polymorphisms that indicate the predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema in the patient (including Can be analyzed in combination with the remaining types).

具体的に考察するのは、上記の多型とPCT国際出願PCT/NZ02/00106(WO 02/099134として公開されている)に記載されている多型の組み合わせである。   Specifically considered are combinations of the above polymorphisms and the polymorphisms described in PCT International Application PCT / NZ02 / 00106 (published as WO 02/099134).

多型の組み合わせを伴うアッセイが好ましい。   Assays involving polymorphic combinations are preferred.

統計的分析、特にこれらの多型を組み合わせた効果の統計的分析により、本発明の遺伝子アッセイを利用すると、あらゆる喫煙者のリスクの程度を明らかにすること、その中でも特に、COPDの発症リスクがより大きい喫煙者を同定することが可能になることがわかる。このような複合分析は、感受性多型だけの組み合わせについて、または防御多型だけの組み合わせについて、または両方の組み合わせについて行なうことができる。分析は、ステップ式に行なうこともできる。すなわち、まず最初に防御多型の存在または不在の分析を行ない、次いで防御多型が存在している場所でだけ感受性多型の分析を行なうこともできる。   The statistical analysis, especially the statistical analysis of the combined effects of these polymorphisms, reveals the degree of risk for any smoker using the genetic assay of the present invention, and in particular, the risk of developing COPD. It can be seen that larger smokers can be identified. Such a combined analysis can be performed for a combination of only sensitive polymorphisms, for a combination of only protective polymorphisms, or for a combination of both. The analysis can also be performed in a stepped manner. That is, it is possible to first analyze the presence or absence of a protective polymorphism, and then analyze the sensitive polymorphism only where the protective polymorphism exists.

したがって、この明細書に記載したように、よくわかっている喫煙者のグループと非喫煙者のグループでこれら多型の頻度を系統的に分析することにより、COPDの発症に関与するいくつかのタンパク質を見いだし、予防を目的として、どの喫煙者でCOPDに関連した肺機能障害やCOPDを発症するリスクがより大きいかを突き止める能力を改善することができる。   Therefore, as described in this document, several proteins involved in the development of COPD by systematically analyzing the frequency of these polymorphisms in well-known smokers and non-smokers groups And, for prevention purposes, can improve the ability to identify which smokers are at greater risk of developing COPD-related lung dysfunction and COPD.

喫煙者のうちで少数の人だけがこれら疾患のうちの1つまたは組み合わせに罹患しているため、“感受性のある喫煙者”が存在していて、遺伝子メカニズムと高濃度の酸化剤への曝露が組み合わさったことの効果を通じてリスクが増加するようである。   Because only a small number of smokers suffer from one or a combination of these diseases, there is a “susceptible smoker” and the genetic mechanism and exposure to high levels of oxidants The risk seems to increase through the combined effect of.

本発明の方法は、主として、COPDに関連した上記多型(すべて一塩基多型である)の検出と同定に関する。一般に、一塩基多型(SNP)は一塩基の変化または点突然変異であり、その結果として個人ごとに遺伝子が変化することになる。SNPは、ヒトのゲノムでは100〜300塩基ごとに約1個発生し、コード領域にも非コード領域にも発生する可能性がある。遺伝暗号には重複性があるため、コード領域のSNPは、産生されるタンパク質のアミノ酸配列を変化させることもあれば、変化させないこともある。非コード領域のSNPは、例えば制御領域(例えばプロモータ、転写因子結合部位、プロセシング部位、リボソーム結合部位)を変化させることによって遺伝子の発現を変化させ、遺伝子の転写、プロセシング、翻訳に影響を与える可能性がある。   The method of the present invention is primarily concerned with the detection and identification of the above polymorphisms (all single nucleotide polymorphisms) associated with COPD. In general, single nucleotide polymorphisms (SNPs) are single base changes or point mutations that result in genetic changes from individual to individual. In the human genome, about one SNP occurs every 100 to 300 bases, and there is a possibility that it occurs in both the coding region and the non-coding region. Because of the duplication of the genetic code, the SNP in the coding region may or may not change the amino acid sequence of the protein produced. Non-coding SNPs can affect gene transcription, processing, and translation by altering gene expression, for example, by changing regulatory regions (eg, promoters, transcription factor binding sites, processing sites, ribosome binding sites) There is sex.

SNPによって大規模な関連づけ遺伝学の研究が容易になるため、最近はSNPの発見と検出に多大な注目が集まっている。SNPは、潜在的な形質も含めて多数の表現型形質(例えば疾患の傾向や程度、ウエルネスの傾向、薬剤に対する反応(例えば薬の副作用に対する感受性))のマーカーとして非常に有望である。特定のSNPと表現型形質の関係に関する知見は、個々人がその特定のSNPを持っているかどうかについての知見と合わさると、診断、予防、治療の目標を、疾患をよりよく制御し、疾患状態の理解を深め、最終的により効果的な治療法(例えば個人に合わせた治療計画)を容易に発見することに定めることが可能になる。   SNP has recently attracted a great deal of attention in SNP discovery and detection as it facilitates large-scale association genetics studies. SNPs are very promising as markers for many phenotypic traits, including potential traits (eg, disease tendency and extent, wellness tendency, response to drugs (eg, sensitivity to drug side effects)). Findings about the relationship between a particular SNP and a phenotypic trait, combined with the knowledge about whether an individual has that particular SNP, can be used to better control the disease, control the goal of the disease, It will be possible to develop a better understanding and ultimately to easily find more effective treatments (eg, personalized treatment plans).

実際、既知のSNPについてはデータベースが多数構築されており、そのようなSNPのいくつかについては、SNPと関係する生物学的効果のデータベースも多数構築されている。例えばNCBIのSNPデータベース“dbSNP”は、NCBIのEntrezシステムに組み込まれており、他のEntrezデータベース(例えばPubMedやGenBank)と同じ方法で検索できる。このデータベースは、ヒト・ゲノム配列上にマッピングされた150万個を超えるSNPの記録を含んでいる。それぞれのdbSNPへの入力事項としては、多型の配列文脈(すなわち周囲の配列)、(集団または個人での)多型の発生頻度、実験方法、プロトコル、変化を調べる条件などがあり、特定の表現型形質とSNPの関係についての情報も入力事項に含めることができる。   In fact, many databases have been constructed for known SNPs, and for some such SNPs, many databases of biological effects related to SNPs have also been constructed. For example, NCBI's SNP database “dbSNP” is built into NCBI's Entrez system and can be searched in the same way as other Entrez databases (eg PubMed and GenBank). This database contains records of over 1.5 million SNPs mapped onto the human genome sequence. Input items for each dbSNP include the polymorphic sequence context (ie surrounding sequences), the frequency of polymorphisms (in the population or individuals), experimental methods, protocols, conditions for examining changes, etc. Information about the relationship between phenotypic traits and SNPs can also be included in the input.

SNPは健康とウエルネスに対する潜在的な影響があるということが少なくとも1つの理由となって、SNPを信頼性よく迅速に同定する方法の開発に多大な努力がこれまで重ねられてきており、現在も努力が重ねられている。これは容易な仕事ではない。ヒトのゲノムDNAは3×109個からなる塩基対のハプロイド・ゲノムを持つ複雑なものであり、それに見合った感度条件と識別条件が必要とされるというのが理由の一部である。 At least one reason is that SNP has a potential impact on health and wellness, and so much effort has been invested in developing methods to identify SNPs reliably and quickly. Efforts are repeated. This is not an easy task. Part of the reason is that human genomic DNA is complex with a 3 × 10 9 base-pair haploid genome, and appropriate sensitivity and discrimination conditions are required.

SNPの検出を目的として遺伝子型を決定するための従来技術でよく知られている方法の1つに、DNAシークエンシングがある。この方法で必要とされるのは、プライマーまたはプローブの対立遺伝子特異的なハイブリダイゼーション;多型の近傍または隣に結合したプライマーへのヌクレオチドの対立遺伝子特異的な組み込み(“1塩基伸長”または“ミニシークエンシング”と呼ばれることがしばしばある);オリゴヌクレオチドの対立遺伝子特異的な連結(接合)(連結連鎖反応プローブまたは連結禁止プローブ);制限酵素によるオリゴヌクレオチドまたはPCR産物の対立遺伝子特異的な開裂(制限断片長多型分析すなわちRFLP);電気泳動またはクロマトグラフィの移動度における対立遺伝子に依存した差の識別;構造特異的な侵入性酵素(例えば構造特異的酵素)のいずれかである。   One of the well-known methods in the prior art for determining genotypes for the purpose of SNP detection is DNA sequencing. This method requires allele-specific hybridization of the primer or probe; allele-specific incorporation of nucleotides (“one base extension” or “ Often referred to as “mini-sequencing”); allele-specific ligation (conjugation) of oligonucleotides (ligation chain reaction probe or ligation probe); allele-specific cleavage of oligonucleotides or PCR products by restriction enzymes (Restriction fragment length polymorphism analysis or RFLP); identification of allele-dependent differences in electrophoretic or chromatographic mobility; structure-specific invasive enzymes (eg, structure-specific enzymes).

DNAシークエンシングにより、SNPを直接決定して同定することができる。スクリーニングを目的とする場合には、一般に、特異性があって正確であるという利点よりも、ゲノム全体のシークエンシング(あるいは、たとえゲノムの一部を標的としたシークエンシングであっても)に固有の問題点のほうが大きい。この段階では、SNPを検出するための直接的なゲノム・シークエンシングはコスト的に引き合わず、時間もかかる。   SNP can be directly determined and identified by DNA sequencing. For screening purposes, it is generally more specific to genome-wide sequencing (or even to targeting a portion of the genome) than to the advantage of specificity and accuracy The problem is bigger. At this stage, direct genome sequencing to detect SNPs is not cost effective and time consuming.

SNPを分析する別の方法は、いわゆるミニシークエンシング法である。この方法は、プライマーを、調べているテスト・サンプル上のSNP部位に隣接したDNA配列にハイブリダイズさせる操作を含んでいる。プライマーは、異なるタグを付けた4つすべての蛍光ジデオキシヌクレオチド(A、C、G、T)と、DNAポリメラーゼとを用い、ヌクレオチド1個分、延長されている。4つのヌクレオチドのうちの1つだけ(ホモの場合)、または2つ(ヘテロの場合)が組み込まれる。組み込まれる塩基は、SNP部位のヌクレオチドと相補的である。   Another method for analyzing SNPs is the so-called mini-sequencing method. This method involves the operation of hybridizing the primer to a DNA sequence adjacent to the SNP site on the test sample being examined. The primer is extended by one nucleotide using all four fluorescent dideoxynucleotides (A, C, G, T) with different tags and DNA polymerase. Only one of the four nucleotides (if homo) or two (if hetero) is incorporated. The incorporated base is complementary to the nucleotide at the SNP site.

SNPを検出するため、核酸の立体配座の変化に依存した多数の方法が開発されてきた。   A number of methods have been developed to detect SNPs that rely on changes in the conformation of the nucleic acid.

例えば一本鎖高次構造多型(SSCP、Orita他、PNAS、1989年、第86巻、2766〜2770ページ)は、一本鎖核酸が溶液中で所定の条件下において二次構造を形成する能力に依存した方法である。二次構造は塩基組成に依存し、一塩基置換によって変えることができる。すると非変性条件下で電気泳動の移動度に差が生じる。さまざまな多型の検出は、一般に、放射能写真による(放射性標識をしたとき)か、バンドの銀染色によるか、検出可能な標識をしたプローブ断片を用いたハイブリダイゼーションによるか、蛍光PCRプライマーを使用し、あとで例えば自動化DNAシーケンサを用いてそのプライマーを検出するという方法による。   For example, single-stranded conformation polymorphisms (SSCP, Orita et al., PNAS, 1989, 86, 2766-2770) form single-stranded nucleic acids in solution under secondary conditions. It depends on ability. The secondary structure depends on the base composition and can be changed by single base substitution. Then, a difference occurs in the mobility of electrophoresis under non-denaturing conditions. Detection of various polymorphisms is generally done by radiography (when radiolabeled), by band silver staining, by hybridization with a probe fragment with a detectable label, or by using fluorescent PCR primers. Use and later detect the primer using, for example, an automated DNA sequencer.

一本鎖DNAの三次構造は、いろいろな物理的条件(例えば温度やイオン環境)のもとで変化する。したがってSSCPの感度は、これらの条件やそれ以外の条件に依存する。特定の配列という文脈では配列変異体を分離する条件を選択するときにいくつかの経験的規則が出現するが、ある変化が所定の条件下で検出できるかどうかの予測は、特にその変化が新しい配列という文脈にあるときには不可能である。PCR-SSCPが変化を検出する能力は一般に高く、300bp未満の断片について1回の試行で80%超であることが報告されている(HayashiとYandell、1993年)。しかし感度は100%でないため、新しいバンドが存在しないからといって分析した分子に変化がないとは言えない。   The tertiary structure of single-stranded DNA changes under various physical conditions (for example, temperature and ionic environment). Therefore, the sensitivity of SSCP depends on these and other conditions. Although some empirical rules appear when choosing conditions to isolate sequence variants in the context of a particular sequence, the prediction of whether a change can be detected under a given condition is particularly new This is not possible when in the context of an array. The ability of PCR-SSCP to detect changes is generally high and has been reported to be over 80% in a single trial for fragments less than 300 bp (Hayashi and Yandell, 1993). However, since the sensitivity is not 100%, it cannot be said that there is no change in the analyzed molecule just because there is no new band.

SSCPの感度は断片が長くなるほど低下するため、300bp未満が最適である。より長い断片(300bpを超えるエキソンやcDNA全体)での変化を検出するには、重複した短いプライマー、またはSSCPの前に適切な制限酵素で消化させた長いPCR産物を用いるとよい。   Since the sensitivity of SSCP decreases as the fragment length increases, less than 300 bp is optimal. To detect changes in longer fragments (exons greater than 300 bp or the entire cDNA), use overlapping short primers or long PCR products digested with appropriate restriction enzymes prior to SSCP.

SSCPの改良は従来技術でよく知られており、例えば、異なるゲル走行条件を用いたり(例えば、異なる温度にする、あるいは添加物(例えばグリセロール(5〜10%)またはスクロース(10%))を添加する);異なるゲル・マトリックス(例えば、小さなポリアクリルアミド架橋剤比(49:1=アクリルアミド:ビス-アクリルアミド)(5〜10%ゲル)、GeneAmp、ハイドロリンク・ゲル、アガロース・ゲル)を使用したりする。   Improvements in SSCP are well known in the prior art, for example using different gel running conditions (eg, at different temperatures, or using additives such as glycerol (5-10%) or sucrose (10%)) Use different gel matrices (eg small polyacrylamide crosslinker ratio (49: 1 = acrylamide: bis-acrylamide) (5-10% gel), GeneAmp, hydrolink gel, agarose gel) Or

SSCPに関して当業者によく知られている他のバリエーションとしては、以下のものがある。   Other variations well known to those skilled in the art regarding SSCP include:

RNA-SSCP。RNA塩基対はRNA-DNA塩基対よりも安定であるため、一本鎖RNAのほうが一本鎖DNAよりも二次構造のレパートリーが多いはずであり、より多彩な立体配座を取ることが予測される。したがってRNA-SSCPは、配列の変化に対してより感度が高いため、より大きな断片を分析できるという利点がある。しかしRNA鎖を作るほうが一般に不便である。なぜなら、RNA-SSCPのために試験管内で転写を行なう追加ステップが一般に必要とされるからである。さらに、転写物が豊富にあるためrSSCPを臭化エチジウムで検出できるとはいえ、より複雑でコストがかかるという理由でこの方法は広く利用されてはいない。   RNA-SSCP. RNA base pairs are more stable than RNA-DNA base pairs, so single-stranded RNA should have more secondary repertoire than single-stranded DNA, and is expected to adopt more diverse conformations Is done. Thus, RNA-SSCP has the advantage of being able to analyze larger fragments because it is more sensitive to sequence changes. However, making RNA strands is generally inconvenient. This is because an additional step is generally required to perform transcription in vitro for RNA-SSCP. Moreover, although the transcripts are abundant, rSSCP can be detected with ethidium bromide, but this method has not been widely used because it is more complex and costly.

REF-SSCP。SSCPの改良であり、制限エンドヌクレアーゼ・フィンガープリンティングが組み込まれていて、大きな断片のサイズを約150bpまで小さくすることを目的としている。消化後、産物を混合し、末端に32Pで標識し、変性させ、非変性条件下で電気泳動にかける。この系がもたらす情報は、2つの“成分”を含んでいる。制限部位の獲得または喪失(制限成分の情報)と、断片の異常な移動度(“SSCP成分”)である。 REF-SSCP. An improvement to SSCP, which incorporates restriction endonuclease fingerprinting and aims to reduce the size of large fragments to about 150 bp. After digestion, the product is mixed, labeled with 32 P at the end, denatured and electrophoresed under non-denaturing conditions. The information provided by this system contains two “components”. The gain or loss of restriction sites (restriction component information) and the abnormal mobility of fragments (“SSCP component”).

ddF:ジデオキシ・フィンガープリンティング。ジデオキシ配列決定とSSCPの間のハイブリッド。ddFは、1つのジデオキシヌクレオチド・ターミネータとサンガー・シークエンシング反応をさせた後、非変性電気泳動を行なう操作を含んでいる。ddFパターンは、“ジデオキシ成分”と“SSCP成分”に分割される。ジデオキシ成分の感度は不変であるが、SSCP成分は、ゲルの条件、温度、セグメントのサイズ、配列の関係によって変化する。この方法は、変化した大まかな位置を決定できるという点で、標準的なSSCPよりも有利である。   ddF: dideoxy fingerprinting. Hybrid between dideoxy sequencing and SSCP. ddF includes an operation of performing non-denaturing electrophoresis after a Sanger sequencing reaction with one dideoxynucleotide terminator. The ddF pattern is divided into a “dideoxy component” and an “SSCP component”. The sensitivity of the dideoxy component is unchanged, but the SSCP component varies with gel conditions, temperature, segment size, and sequence relationships. This method has the advantage over standard SSCP in that it can determine a rough location that has changed.

bi-ddF:二方向性ジデオキシ・フィンガープリンティング。この方法は、“第2世代のddF”と見なすことができ、それぞれの端部に対する2つのプライマーを用いてジデオキシ末端反応を同時に実施する。ddFだけの場合と比べて2つの利点がある。第1は、ddF成分によってほとんどの一塩基置換を検出できることであり、第2は、移動度の変化を下流方向または上流方向で検出できるためにSSCP成分が増大することである。これらの利点は、bi-ddFを利用すると、ゲノムDNAのより大きな領域をより大きな感度でスクリーニングできることを意味している。   bi-ddF: Bidirectional dideoxy fingerprinting. This method can be regarded as a “second generation ddF” and performs a dideoxy-termination reaction simultaneously using two primers for each end. There are two advantages over ddF alone. The first is that most single base substitutions can be detected by the ddF component, and the second is that the SSCP component is increased because a change in mobility can be detected in the downstream or upstream direction. These advantages mean that bi-ddF can be used to screen larger regions of genomic DNA with greater sensitivity.

蛍光PCR-SSCP。この方法は、多型を検出するための自動化シーケンサにSSCPを適合させた方法である。例えば多重蛍光PCR-SSCPは、PCR産物の内部に多重蛍光染料で標識し、制限酵素で消化させた後、SSCPを実施し、蛍光染料を検出できる自動化DNAシーケンサで分析する方法である。蛍光PCR-SSCP(CE-FSSCP)を検出するため、分子篩ポリマー系を利用した、自動化キャピラリーに基づく電気泳動技術も開発されている。   Fluorescent PCR-SSCP. In this method, SSCP is adapted to an automated sequencer for detecting polymorphisms. For example, multiplex fluorescent PCR-SSCP is a method in which a PCR product is labeled with a multiplex fluorescent dye, digested with a restriction enzyme, SSCP is performed, and analysis is performed with an automated DNA sequencer that can detect the fluorescent dye. To detect fluorescent PCR-SSCP (CE-FSSCP), an electrophoresis technique based on an automated capillary using a molecular sieve polymer system has also been developed.

異なる核酸構造の移動度が異なることを利用した他の方法としては、変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)、温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)がある。変性剤(尿素および/またはホルムアミド)の濃度が次第に大きくなる勾配、または温度が次第に上がっていく勾配の中で、二本鎖DNA(dsDNA)の電気泳動を行なう。変性剤の濃度が大きくなる、あるいは温度が上がるにつれ、DNA内の各ドメインがそのドメインの融点(Tm)に応じて解離していく。鎖が解離すると、電気泳動の移動度が小さくなる。2つのホモ二本鎖DNAで1bpの違いがあると、Tmが1℃以上異なる可能性がある。ヘテロ二本鎖に塩基のミスマッチがあると、ドメインの顕著な不安定化が起こり、その結果としてホモ二本鎖とヘテロ二本鎖でTmの差が6℃にもなる。こうした理由により、野生型の断片と変異体の断片の間のヘテロ二本鎖が、一般に点変化の分析に用いられる。放射性標識、臭化エチジウム、銀染色が、検出に一般に利用されている。   Other methods using different mobility of different nucleic acid structures include denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE). Electrophoresis of double-stranded DNA (dsDNA) is performed in a gradient in which the concentration of the denaturing agent (urea and / or formamide) gradually increases or in a gradient in which the temperature gradually increases. As the denaturant concentration increases or the temperature rises, each domain in the DNA dissociates according to the melting point (Tm) of the domain. When the strands dissociate, the mobility of electrophoresis decreases. If there is a 1 bp difference between two homoduplex DNAs, the Tm may differ by 1 ° C or more. When there is a base mismatch in the heteroduplex, there is a significant destabilization of the domain, resulting in a Tm difference of 6 ° C between the homoduplex and the heteroduplex. For these reasons, heteroduplexes between wild-type and mutant fragments are generally used for point change analysis. Radiolabels, ethidium bromide, and silver staining are commonly used for detection.

この方法は、約1000bpまでの断片を分析するのに使用できる。溶融するドメインの数が増えるにつれて移動度のシフトが少なくなるため、検出される変化の分画は、断片のサイズが大きくなるにつれて減少する。   This method can be used to analyze fragments up to about 1000 bp. Since the mobility shift decreases as the number of melting domains increases, the fraction of the detected change decreases as the fragment size increases.

ヘテロ二本鎖分析(HET)では、SNPを識別するのに同様の分子的基礎を利用する。ヘテロ二本鎖は、野生型DNA分子と変異DNA分子の混合物を熱で変性させた後に再びアニールすることによって生じる。非変性ポリアクリルアミド・ゲルの中では、ホモ二本鎖とヘテロ二本鎖で電気泳動の移動度が異なる。これらの二本鎖は、臭化エチジウムまたは銀染色によって一般に検出される。   Heteroduplex analysis (HET) uses a similar molecular basis to identify SNPs. Heteroduplexes are produced by denaturing a mixture of wild-type and mutant DNA molecules with heat and then annealing again. In non-denaturing polyacrylamide gels, the mobility of electrophoresis differs between homoduplex and heteroduplex. These duplexes are generally detected by ethidium bromide or silver staining.

変性高圧液体クロマトグラフィ(HPLC)は、上記分離法(例えばゲル電気泳動)の代わりに従来技術でよく知られているHPLC法を利用してSNPを検出するさらに別の方法であり、例えばHPLCカラムから異なる速度で溶離するホモ二本鎖とヘテロ二本鎖を検出することで、ミスマッチ・ヌクレオチドとSNPの検出が可能になる。   Denaturing high-pressure liquid chromatography (HPLC) is another method for detecting SNPs using HPLC methods well known in the prior art instead of the above-described separation methods (eg gel electrophoresis). By detecting homoduplexes and heteroduplexes that elute at different rates, mismatched nucleotides and SNPs can be detected.

SNPを検出するさらに別の方法は、さまざまな試薬(例えば化学的開裂剤、核酸分解酵素)を用いた開裂に対する感度が一本鎖核酸と二本鎖核酸で異なることに基づいている。例えば所定の条件下では、RNA:DNAヘテロ二本鎖内のミスマッチがRNアーゼAによって開裂する。開裂後、標識した断片をDGGEで分析する。この方法には欠点がいくつかある。例えば、プリン塩基を含む変化が開裂する効率は低いため、この方法は、多数のSNPを分析するのには適していない。   Yet another method for detecting SNPs is based on the difference in sensitivity to cleavage with various reagents (eg, chemical cleavage agents, nucleolytic enzymes) between single-stranded and double-stranded nucleic acids. For example, under certain conditions, mismatches in RNA: DNA heteroduplexes are cleaved by RNase A. After cleavage, the labeled fragment is analyzed by DGGE. This method has several disadvantages. For example, this method is not suitable for analyzing a large number of SNPs because of the low efficiency of cleavage involving purine bases.

酵素ミスマッチ開裂(EMC)として知られる別の方法では、SNP含有DNA又は野生型対立遺伝子及び突然変異対立遺伝子のPCR産物をそれぞれ熱変性させることによって生じるヘテロ二本鎖をインキュベートし、例えばバクテリオファージT4エンドヌクレアーゼYII、またはT7エンドヌクレアーゼIで開裂させる。得られた断片を電気泳動で分析し、従来技術でよく知られている方法で検出する。   Another method known as enzyme mismatch cleavage (EMC) involves incubating heteroduplexes resulting from heat denaturation of SNP-containing DNA or PCR products of wild-type and mutant alleles, respectively, for example bacteriophage T4 Cleave with endonuclease YII or T7 endonuclease I. The resulting fragment is analyzed by electrophoresis and detected by methods well known in the art.

同様に、化学的開裂法(CCM)では、ヘテロ二本鎖内で誤対合したヌクレオチドを、マクサム-ギルバート・シークエンシング法で一般に用いられている化学物質で変化させる。ヒドロキシアミンが、誤対合したシトシン残基と反応し、四酸化オスミウムが、誤対合したチミジン残基と反応する。次に、DNA:DNAヘテロ二本鎖またはDNA:RNAヘテロ二本鎖の化学的に修飾された部位をピペリジンで開裂させ、断片(通常は放射性標識または蛍光標識する)を検出する。   Similarly, in chemical cleavage (CCM), nucleotides that are mispaired within a heteroduplex are changed with chemicals commonly used in the Maxam-Gilbert sequencing method. Hydroxylamine reacts with mispaired cytosine residues, and osmium tetroxide reacts with mispaired thymidine residues. The chemically modified sites of DNA: DNA heteroduplex or DNA: RNA heteroduplex are then cleaved with piperidine to detect fragments (usually radioactively or fluorescently labeled).

さらに別のバリエーションは、開裂断片長多型(CFLP)として知られている。DNAの一本鎖が変性後に再び折り畳まれるとき、配列に依存して折り畳まれたヘアピン状の配置になった二次構造が形成される。クリーバーゼIエンドヌクレアーゼがヘアピン・ループの5'末端を一本鎖DNAと二本鎖DNAの接合部の位置で開裂させる。すると、DNAのその鎖に特有な断片の集合が生じる。配列内の変化(例えばSNP)は、形成された二次構造と観察されるCFLPパターンとを変化させるであろう。CFLPパターンは、一般に短い変性PAGE上で分離される。断片の検出は、たいてい、PCRプライマーの1つに標識することによってなされる。   Yet another variation is known as cleavage fragment length polymorphism (CFLP). When a single strand of DNA is refolded after denaturation, a secondary structure is formed in a hairpin-like arrangement that is folded depending on the sequence. Cleavease I endonuclease cleaves the 5 'end of the hairpin loop at the junction of single and double stranded DNA. This produces a collection of fragments that are unique to that strand of DNA. Changes within the sequence (eg SNP) will change the secondary structure formed and the observed CFLP pattern. CFLP patterns are generally separated on short denaturing PAGE. Fragment detection is usually done by labeling one of the PCR primers.

核酸配列における変化の検出にミスマッチ結合タンパク質も利用されてきた。変化は、例えばMutSタンパク質(大腸菌DNAミスマッチ修復系の一成分)が、あるいはヒトhMSH2タンパク質とGTBPタンパク質が、ミスマッチ塩基を含む二本鎖DNA分子に結合することによって検出される。これらヘテロ二本鎖は、従来技術でよく知られている方法(例えば熱で変性させた後、再びアニールする方法)で作る。次に、二本鎖DNAをミスマッチ結合タンパク質とともにインキュベートし、変化を移動度シフト・アッセイによって検出する。例えばある単純なアッセイは、ヘテロ二本鎖に対してミスマッチ結合タンパク質が結合することによってヘテロ二本鎖がエキソヌクレアーゼによる分解から保護されるという事実に基づいている。   Mismatch binding proteins have also been used to detect changes in nucleic acid sequences. The change is detected, for example, by binding of MutS protein (a component of the E. coli DNA mismatch repair system) or human hMSH2 protein and GTBP protein to a double-stranded DNA molecule containing a mismatch base. These heteroduplexes are produced by a method well known in the prior art (for example, a method of denaturing by heat and then annealing again). The double stranded DNA is then incubated with the mismatch binding protein and changes are detected by mobility shift assay. For example, one simple assay is based on the fact that the heteroduplex is protected from exonuclease degradation by binding of the mismatch binding protein to the heteroduplex.

さらに別の具体例であるタンパク質翻訳テスト(PTT)は、PCR、転写、翻訳の組み合わせに基づいている。この方法では、翻訳終止の変化を選択的に検出する。その変化は、SDS-PAGEによってタンパク質のレベルで明らかになる。プロモータ(例えばT7プロモータ)と真核生物の翻訳開始配列をPCRプライマーに連結する。転写-翻訳と続く反応においては、検出可能な標識を付けたアミノ酸の存在下で、PCR産物を鋳型として使用する。翻訳産物のサイズをゲル電気泳動で分析する。変化によって終止コドンが生じると、翻訳が途中で終了し、サイズが本来よりも小さなタンパク質産物になる。このアッセイには制約があり、異なるサイズの翻訳産物になることで検出が可能になる変化しか検出できない。そのため、ミスセンス変異は検出されない。   Yet another example, the protein translation test (PTT), is based on a combination of PCR, transcription, and translation. This method selectively detects changes in translation termination. The change is revealed at the protein level by SDS-PAGE. A promoter (eg, T7 promoter) and a eukaryotic translation initiation sequence are ligated to the PCR primers. In the transcription-translation and subsequent reactions, the PCR product is used as a template in the presence of a detectable labeled amino acid. The size of the translation product is analyzed by gel electrophoresis. If a change results in a stop codon, translation is terminated prematurely, resulting in a protein product that is smaller than the original size. This assay is limited and can only detect changes that can be detected by different translation products. Therefore, no missense mutation is detected.

SNPの検出に現在利用されている多くの方法には、部位特異的および/または対立遺伝子特異的なハイブリダイゼーションが含まれている。これらの方法は、主に、オリゴヌクレオチドが、注目のSNPを含む標的配列を識別して結合することに依存している。   Many methods currently used for the detection of SNPs include site-specific and / or allele-specific hybridization. These methods rely primarily on the oligonucleotides identifying and binding the target sequence containing the SNP of interest.

部位特異的ハイブリダイゼーションによってSNPを検出または同定する方法の大多数は、標的をPCRなどの方法で増幅して感度と特異性を向上させる必要がある(例えばアメリカ合衆国特許第5,679,524号、PCT公開公報WO 98/59066、PCT公開公報WO 95/12607を参照のこと)。ヒトDNAの全体を採取するとき、SNP部位を含む標的配列は、そのヒトDNA全体のほんの一部にすぎない。例えば20塩基対からなる標的配列は、全DNAのわずか0.00000033%である(正常な二倍体ゲノムでは、所定の標的配列のコピーが2つあるが、それぞれの人が異なるSNPを持つ可能性があるため、その2つのコピーは異なる部位であると考えることができる)。したがって数マイクログラムという典型的なDNAサンプルだと、感度不足のために現在ある多くの方法では不十分である可能性がある。   The majority of methods for detecting or identifying SNPs by site-specific hybridization require that the target be amplified by methods such as PCR to improve sensitivity and specificity (eg, US Pat. No. 5,679,524, PCT Publication WO 98/59066, PCT publication WO 95/12607). When collecting whole human DNA, the target sequence including the SNP site is only a small part of the whole human DNA. For example, a 20 base pair target sequence is only 0.00000033% of the total DNA (in a normal diploid genome, there are two copies of a given target sequence, but each person may have a different SNP. The two copies can be considered different sites). Thus, a typical DNA sample of a few micrograms may be insufficient for many existing methods due to lack of sensitivity.

より重要なことだが、1つのヌクレオチドを識別できるほど十分に短いオリゴヌクレオチドを用いて例えば20塩基対からなる標的配列にハイブリダイゼーションさせても、必ずしも標的領域だけにハイブリダイズするのではなく、ゲノム内の他の領域にもわずかな割合で結合する。非標的DNAの量が圧倒的に多いため、非特異的ハイブリダイゼーションによって大きなバックグラウンドが発生し、特定の信号が埋もれてしまう可能性がある。したがって1つの標的領域をPCRで増幅することは、非特異的配列の量を劇的に減らすための好ましいステップである。この増幅ステップは、“複雑さ低減”と呼ばれる。しかしPCR法の忠実さには限度がある。PCRプライマーのペアが組み合わさることで、偽の反応生成物が生成されたり、特定の領域が欠けたりする可能性がある。さらに、標的としない配列がコピーされた後や、1つのエラーが標的配列に導入された場合には、間違った組み込みのために最終的な反応生成物に含まれるエラーの数がPCR増幅を1回行なうごとに指数関数的に増大する。したがってPCRのエラーは、核酸の集団の中で稀な変異を探す場合に大きな欠点となる可能性がある。   More importantly, hybridization to a target sequence of 20 base pairs using an oligonucleotide short enough to distinguish one nucleotide, for example, does not necessarily hybridize only to the target region, but within the genome. It also binds to other areas in a small percentage. Since the amount of non-target DNA is overwhelmingly large, non-specific hybridization may generate a large background and a specific signal may be buried. Thus, amplifying one target region with PCR is a preferred step to dramatically reduce the amount of non-specific sequences. This amplification step is called “complexity reduction”. However, the fidelity of the PCR method is limited. Combining PCR primer pairs can produce spurious reaction products or lack specific regions. In addition, if untargeted sequences are copied or if an error is introduced into the target sequence, the number of errors contained in the final reaction product due to incorrect integration will result in 1 PCR amplification. It increases exponentially every time it is performed. Thus, PCR errors can be a major drawback when looking for rare mutations in a population of nucleic acids.

アフィメトリックス社(サンタ・バーバラ、カリフォルニア州)とナノジェン社(サン・ディエゴ、カリフォルニア州)の方法では、1塩基ミスマッチを含む二本鎖DNAは、塩基が完全に対になっている二本鎖よりもはるかに不安定であるという事実を利用する。マッチした二本鎖の存在は、蛍光によって検出される。   In the method of Affymetrix (Santa Barbara, CA) and Nanogen (San Diego, CA), double-stranded DNA containing a single-base mismatch is more likely than a double-stranded base that is perfectly paired. Also take advantage of the fact that it is much more unstable. The presence of a matched duplex is detected by fluorescence.

アメリカ合衆国出願第20050059030号(その全体がこの明細書に組み込まれているものとする)には、あらかじめ増幅することも複雑さを減らすこともなく、目的とする配列を選択的に豊富にするとともに、いかなる酵素反応の助けを借りることもなく、ヒトDNA全体に含まれる一塩基多型を検出する方法が記載されている。この方法では、2つのハイブリダイゼーション・イベントを含む1ステップ・ハイブリダイゼーションを利用する。2つのハイブリダイゼーション・イベントとは、標的配列の第1の部分が捕捉プローブにハイブリダイズするイベントと、標的配列の第2の部分が検出プローブにハイブリダイズするイベントである。両方のハイブリダイゼーション・イベントは、同じ反応中に起こる。標的配列は、まず最初に捕捉オリゴヌクレオチドと結合し、次いで検出プローブ(例えばナノ粒子)にもハイブリダイズする。あるいは標的配列は、最初に検出プローブに結合し、次いで捕捉オリゴヌクレオチドに結合する。   United States Application No. 20050059030 (which is incorporated herein in its entirety) selectively enriches the sequence of interest without pre-amplification or reduction of complexity, A method has been described for detecting single nucleotide polymorphisms contained in whole human DNA without the aid of any enzymatic reaction. This method utilizes a one-step hybridization that includes two hybridization events. Two hybridization events are an event in which the first portion of the target sequence hybridizes to the capture probe and an event in which the second portion of the target sequence hybridizes to the detection probe. Both hybridization events occur during the same reaction. The target sequence first binds to the capture oligonucleotide and then hybridizes to the detection probe (eg, nanoparticle). Alternatively, the target sequence is first bound to the detection probe and then bound to the capture oligonucleotide.

アメリカ合衆国出願第20050042608号(その全体がこの明細書に組み込まれているものとする)には、Thorpらによる「核酸のハイブリダイゼーションを電気化学的に検出する方法」(アメリカ合衆国特許第5,871,918号)を改変した方法が記載されている。アメリカ合衆国出願第20050042608号の方法により、核酸標的に含まれるSNP部位に位置する一塩基多型の存在または不在を調べることができる。簡単に説明すると、複数の捕捉プローブを設計するが、そのとき、それぞれの捕捉プローブが、異なるSNP塩基を含むとともに、SNP塩基のそれぞれの側にプローブの塩基配列を含んでいるようにする。プローブの塩基は、SNP部位に隣接する対応する標的配列と相補的である。それぞれの捕捉プローブは、基板の導電性動作面上にあって非導電性外側層を有する別々の電極に固定される。それぞれの捕捉プローブと核酸標的の間のハイブリダイゼーションの程度は、遷移金属を用いて各電極における酸化-還元反応を検出することによって調べる。各電極における酸化速度の差を利用し、選択した核酸標的が選択したSNP部位に一塩基多型を有するかどうかを明らかにする。   United States Application No. 20050042608 (incorporated herein in its entirety) modifies “Method of Electrochemical Detection of Nucleic Acid Hybridization” (US Pat. No. 5,871,918) by Thorp et al. The method has been described. The presence or absence of a single nucleotide polymorphism located at an SNP site contained in a nucleic acid target can be examined by the method of United States Application No. 20050042608. Briefly, a plurality of capture probes are designed, and each capture probe includes a different SNP base and includes the probe base sequence on each side of the SNP base. The base of the probe is complementary to the corresponding target sequence adjacent to the SNP site. Each capture probe is secured to a separate electrode on the conductive working surface of the substrate and having a non-conductive outer layer. The degree of hybridization between each capture probe and the nucleic acid target is examined by detecting an oxidation-reduction reaction at each electrode using a transition metal. The difference in the oxidation rate at each electrode is used to determine whether the selected nucleic acid target has a single nucleotide polymorphism at the selected SNP site.

メガタイプ(登録商標)技術を利用したリンクス・セラピューティックス社(ヘイウォード、カリフォルニア州)の方法により、ゲノム材料の小さなプールまたは大きなプールから、非常に多くのSNPの遺伝子型を同時に決定することができる。この方法では、蛍光標識したプローブを用い、回収した2つのゲノム集団を比較する。その結果、SNPのマッピングやSNPに関する知識をあらかじめ必要とすることなく、2つの集団を区別するSNP群を含むDNA断片の検出と回収が可能になる。   Simultaneously determine the genotype of a large number of SNPs from a small or large pool of genomic material by the method of Lynx Therapeutics, Inc. (Hayward, Calif.) Using Megatype® technology Can do. This method uses a fluorescently labeled probe to compare two recovered genomic populations. As a result, it is possible to detect and recover DNA fragments containing SNP groups that distinguish between two populations without requiring prior knowledge of SNP mapping or SNP.

SNPを検出して同定する他の方法が数多く存在している。その中には、例えば質量分析を利用し、SNPとハイブリダイズするプローブを測定する方法がある。この方法は、質量分析をどれだけ迅速に実行できるかに幅があり、1日に数サンプルから、質量コード・タグを用いて1日に40,000個のSNPという高スループットまでが可能である。好ましい1つの具体例は、例えばCOX2遺伝子のプロモータに本発明の多型を含む核酸配列、またはそれと相補的な配列を、質量分析で調べるというものである。このような質量分析法は当業者によく知られており、本発明の遺伝子型決定法を改変し、本発明の多型(例えばCOX2のプロモータにおける本発明の多型)を質量分析で調べられるようにすることができる。   There are many other ways to detect and identify SNPs. Among them, for example, there is a method of measuring a probe that hybridizes with SNP using mass spectrometry. This method varies in how quickly mass analysis can be performed, and can range from a few samples per day to a high throughput of 40,000 SNPs per day using mass code tags. One preferred embodiment is, for example, that a nucleic acid sequence containing the polymorphism of the present invention in the promoter of the COX2 gene, or a sequence complementary thereto, is examined by mass spectrometry. Such mass spectrometry is well known to those skilled in the art, and the genotyping method of the present invention can be modified to examine the polymorphism of the present invention (for example, the polymorphism of the present invention in the COX2 promoter) by mass spectrometry. Can be.

SNPは、連結ビット(ligation-bit)分析で調べることもできる。この分析では、プライマー間に一塩基のギャップがある2つのプライマーを用いて標的とハイブリダイズさせる必要がある。4つあるヌクレオチドのそれぞれを、DNAポリメラーゼと、リガーゼと、標的DNAと、プライマーとを含む別々の反応混合物に添加する。ポリメラーゼは、SNPと相補的な第1のプライマーの3'末端をヌクレオチドに付加する。次に、リガーゼが、隣接した2つのプライマーを連結する。サンプルを加熱すると、連結が起こっていた場合には、今やより大きくなったプライマーがハイブリダイズされたままになり、信号として例えば蛍光を検出することができる。これらの方法に関するさらに詳しい説明は、アメリカ合衆国特許第5,919,626号、第5,945,283号、第5,242,794号、第5,952,174号に見いだすことができる。   SNPs can also be examined by ligation-bit analysis. This analysis requires two primers with a single base gap between the primers to be hybridized to the target. Each of the four nucleotides is added to a separate reaction mixture containing DNA polymerase, ligase, target DNA, and primers. The polymerase adds the 3 ′ end of the first primer complementary to the SNP to the nucleotide. The ligase then ligates two adjacent primers. When the sample is heated, if ligation has occurred, the now larger primer remains hybridized and, for example, fluorescence can be detected as a signal. Further details regarding these methods can be found in US Pat. Nos. 5,919,626, 5,945,283, 5,242,794, and 5,952,174.

アメリカ合衆国特許第6,821,733号(その全体がこの明細書に組み込まれているものとする)には、2つの核酸分子の配列の違いを検出する方法であって、その2つの核酸分子を、4者間複合体の形成と分枝点の移動が可能になる条件下で接触させるステップと;その4者間複合体を、トレーサ分子および検出分子と、検出分子がトレーサ分子または4者間複合体と結合できる条件下で接触させるステップと;4者間複合体に曝露する前と後で検出分子へのトレーサ分子の結合を調べるステップを含む方法が記載されている。検出分子への結合に関して4者間複合体とトレーサ分子の競合があるということは、2つの核酸が異なることを示している。   US Pat. No. 6,821,733 (incorporated herein in its entirety) is a method for detecting the difference in sequence of two nucleic acid molecules, wherein the two nucleic acid molecules are Contacting under conditions that allow complex formation and branch point migration; binding the quadruple complex with a tracer molecule and a detection molecule, and the detection molecule binding the tracer molecule or the quadruple complex. A method is described that includes contacting under possible conditions; and examining binding of the tracer molecule to the detection molecule before and after exposure to the quadruple complex. The competition between the quadruplex complex and the tracer molecule for binding to the detection molecule indicates that the two nucleic acids are different.

タンパク質またはプロテオミクスに基づく方法は、多型の検出と分析にも適している。発現するタンパク質に変化をもたらす多型、または発現するタンパク質の変化と関係する多型は、タンパク質を分析することによって直接検出できる。そのためには、サンプル内のさまざまなタンパク質を例えばゲル電気泳動やHPLCで分離し、そうやって得られたタンパク質またはペプチドを例えばNMRやタンパク質のシークエンシング(例えば化学的シークエンシングや、より一般的な質量分析)によって同定する必要がある。プロテオミクスに基づく方法は従来技術でよく知られており、自動化できる可能性が大きい。例えば統合システム(例えばプロテオーム・システムズ社のプロテオームIQ(登録商標)システム)により、サンプルの調製、タンパク質の分離、画像の獲得と分析、タンパク質のプロセシング、質量分析、バイオインフォーマティクス技術を組み合わせた高スループットのプロテオーム分析用プラットフォームが提供される。   Protein or proteomics based methods are also suitable for polymorphism detection and analysis. A polymorphism that causes a change in the expressed protein or that is associated with a change in the expressed protein can be detected directly by analyzing the protein. To do this, the various proteins in the sample are separated, for example by gel electrophoresis or HPLC, and the resulting protein or peptide is subjected to, for example, NMR or protein sequencing (for example, chemical sequencing or more common). Mass spectrometry). Proteomics-based methods are well known in the prior art and are likely to be automated. For example, integrated systems (eg Proteome Systems' Proteome IQ® system) combine sample preparation, protein separation, image acquisition and analysis, protein processing, mass spectrometry and bioinformatics technology. A platform for throughput proteome analysis is provided.

タンパク質を同定するプロテオミクス法の大多数では、質量分析を利用する。例えば、イオン・トラップ質量分析、液体クロマトグラフィ(LC)、LC/MSn質量分析、ガス・クロマトグラフィ(GC)、フーリエ変換-イオン・サイクロ(登録商標)トロン共鳴-質量分析器(FT-MS)、MALDI-TOF質量分析、ESI質量分析、ならびにこれらの変形法がある。質量分析法は、タンパク質の翻訳後修飾(例えばリン酸化、グリコシル化)を調べるのにも役立つため、タンパク質の翻訳後修飾を変化させる多型や、タンパク質の翻訳後修飾の変化と関係する多型を調べるのに役立つ。   The majority of proteomic methods for identifying proteins utilize mass spectrometry. For example, ion trap mass spectrometry, liquid chromatography (LC), LC / MSn mass spectrometry, gas chromatography (GC), Fourier transform-ion cyclo (R) tron resonance-mass spectrometer (FT-MS), MALDI -There are TOF mass spectrometry, ESI mass spectrometry, and variations of these. Mass spectrometry is also useful for investigating post-translational modifications of proteins (eg, phosphorylation, glycosylation), so polymorphisms that alter protein post-translational modifications and polymorphisms that are associated with changes in protein post-translational modifications To find out.

関連する技術もよく知られており、例えば“化学的インクジェット・プリンタ”などのタンパク質プロセシング装置がある。このインクジェット・プリンタには圧電性プリント技術が使われており、2-D PAGEゲルから膜に電気ブロットしたタンパク質サンプルを酵素または化学物質を用いてin situで消化させることが、選択したタンパク質のスポットに酵素または化学物質を直接噴射することによって可能になる。タンパク質をその場で消化させ、インキュベートした後に、膜を、ペプチド分析用の質量分析器に直接入れることができる。   Related techniques are also well known, such as protein processing devices such as “chemical ink jet printers”. This inkjet printer uses piezoelectric printing technology, and digesting a protein sample electroblotted from a 2-D PAGE gel onto a membrane in situ using enzymes or chemicals can be used to spot selected proteins. This is made possible by directly injecting an enzyme or chemical into the tube. After in situ digestion and incubation of the protein, the membrane can be placed directly into a mass analyzer for peptide analysis.

当業者であれば、特に特定のSNPがプロモータなどの遺伝子調節領域に発生した場合に、そのSNPを変化した遺伝子発現と関連づける方法を知っているであろう。遺伝子発現の変化は、SNPがタンパク質をコードしている遺伝子のコード領域に位置する場合にも起こる可能性がある。例えばその領域でSNPが多様な使用頻度のコドンと関係していると、そのSNPは、tRNAの量の違いと関係することになる。発現のこのような変化は、従来技術でよく知られている方法によって明らかにすることができるため、そのようなSNPの検出に利用できる。同様に、SNPが遺伝子のコード領域に発生したときに類似したアミノ酸置換にならない場合には、その置換の結果として遺伝子産物の機能が変化する可能性がある。同様に、遺伝子産物がRNAである場合には、そのようなSNPによってRNA遺伝子産物の機能が変化する可能性がある。機能の何らかの変化は例えば活性アッセイまたは機能アッセイで調べることができ、その変化を利用して、このようなSNPを検出することができる。   One skilled in the art would know how to associate a particular SNP with altered gene expression, particularly when it occurs in a gene regulatory region such as a promoter. Changes in gene expression can also occur when the SNP is located in the coding region of a gene encoding a protein. For example, if SNPs are associated with various usage codons in the region, the SNPs are associated with differences in the amount of tRNA. Such changes in expression can be revealed by methods well known in the prior art and can be used to detect such SNPs. Similarly, if the SNP does not result in a similar amino acid substitution when it occurs in the coding region of a gene, the function of the gene product may change as a result of the substitution. Similarly, if the gene product is RNA, such SNPs can change the function of the RNA gene product. Any change in function can be examined, for example, in an activity assay or a functional assay, and the change can be used to detect such SNPs.

SNPを検出して同定する上記の方法を本発明の方法で利用できる。   The above methods for detecting and identifying SNPs can be used in the methods of the present invention.

もちろん、本発明に従ってSNPを検出して同定するには、テストする材料を含むサンプルを対象から採取する。サンプルとしては、目的とするSNP(場合によっては目的とするポリペプチド)を含んでいる可能性のあるあらゆるサンプルが可能であり、サンプルは、あらゆる体液(血液、尿、唾液など)、生検サンプル、または他の組織調製物から得ることができる。   Of course, in order to detect and identify SNPs according to the present invention, a sample containing the material to be tested is taken from the subject. The sample can be any sample that may contain the desired SNP (and in some cases the desired polypeptide), including any body fluid (blood, urine, saliva, etc.), biopsy sample Or from other tissue preparations.

DNAまたはRNAは、従来技術で知られている多数の方法のうちの任意の方法でサンプルから単離することができる。例えば核酸の精製方法は、Tijssen、『生化学と分子生物学における実験技術:核酸プローブとのハイブリダイゼーション、パート1:理論と核酸の調製』、エルスヴィア社、ニューヨーク、ニューヨーク州、1993年と、Maniatis, T.、Fritsch, E.F.、Sambrook, J.、『分子クローニングのマニュアル』、1989年に記載されている。   DNA or RNA can be isolated from the sample by any of a number of methods known in the art. For example, nucleic acid purification methods are described in Tijssen, “Experimental Techniques in Biochemistry and Molecular Biology: Hybridization with Nucleic Acid Probes, Part 1: Theory and Nucleic Acid Preparation”, Elsvia, New York, NY, 1993, Maniatis. , T., Fritsch, EF, Sambrook, J., “Molecular Cloning Manual”, 1989.

多型/SNPの存在または不在の検出を助けるため、核酸プローブおよび/または核酸プライマーを用意するとよい。そのようなプローブは、多型の存在または不在を示す染色体の変化に対して特異的な核酸配列を持っており、標的となる多型と組み合わさったときに検出可能な信号を放出する物質で標識することが好ましい。   Nucleic acid probes and / or nucleic acid primers may be provided to help detect the presence or absence of polymorphism / SNP. Such a probe is a substance that has a nucleic acid sequence specific for a chromosomal change that indicates the presence or absence of a polymorphism and emits a detectable signal when combined with the target polymorphism. It is preferable to label.

核酸プローブとしては、ゲノムDNA、cDNA、mRNA、任意のRNA様材料、任意のDNA様材料(例えばペプチド核酸、分岐したDNAなど)が可能である。プローブは、センス・ポリヌクレオチド・プローブでも、アンチセンス・ポリヌクレオチド・プローブでもよい。標的ポリヌクレオチドが二本鎖である場合には、プローブとしてセンス鎖またはアンチセンス鎖が可能である。標的ポリヌクレオチドが一本鎖である場合には、プローブは、相補的な一本鎖である。   The nucleic acid probe can be genomic DNA, cDNA, mRNA, any RNA-like material, and any DNA-like material (for example, peptide nucleic acid, branched DNA, etc.). The probe may be a sense polynucleotide probe or an antisense polynucleotide probe. If the target polynucleotide is double stranded, the probe can be a sense strand or an antisense strand. If the target polynucleotide is single stranded, the probe is a complementary single stranded.

プローブは、従来技術でよく知られているいろいろな合成法または酵素法で調製することができる。プローブは、全体または一部を、従来技術でよく知られている化学的な方法で合成することができる(Caruthers他、Nucleic Acids Res.、Symp. Ser.、215〜233ページ、1980年)。あるいはプローブは、全体または一部を酵素を利用して作ることもできる。   Probes can be prepared by various synthetic or enzymatic methods well known in the art. The probes can be synthesized in whole or in part by chemical methods well known in the prior art (Caruthers et al., Nucleic Acids Res., Symp. Ser., 215-233, 1980). Alternatively, the probe can be made in whole or in part using an enzyme.

ヌクレオチド類似体は、従来技術でよく知られた方法を利用してプローブに組み込むことができる。唯一の条件は、組み込まれたヌクレオチド類似体が、標的ポリヌクレオチド配列と塩基対を形成せねばならないことである。例えばいくつかのグアニン・ヌクレオチドを、シトシン残基と塩基対を形成するヒポキサンチンで置換することができる。しかしこれらの塩基対は、グアニンとシトシンの間の塩基対ほど安定ではない。あるいはアデニン・ヌクレオチドを、アデニンとチミジンの間に形成されるよりも強い塩基対を形成する2,6-ジアミノプリンで置換することもできる。   Nucleotide analogs can be incorporated into probes using methods well known in the art. The only condition is that the incorporated nucleotide analog must base pair with the target polynucleotide sequence. For example, some guanine nucleotides can be replaced with hypoxanthine, which forms base pairs with cytosine residues. However, these base pairs are not as stable as the base pairs between guanine and cytosine. Alternatively, adenine nucleotides can be replaced with 2,6-diaminopurine that forms a stronger base pair than that formed between adenine and thymidine.

さらに、プローブは、化学的に誘導体化したヌクレオチド、または酵素で誘導体化したヌクレオチドを含むことができる。典型的な化学的修飾としては、アシル基、アルキル基、アリール基、アミノ基を用いた誘導体化がある。   In addition, the probe can include chemically derivatized nucleotides or enzymatically derivatized nucleotides. Typical chemical modifications include derivatization using acyl groups, alkyl groups, aryl groups, and amino groups.

プローブは、基板上に固定化することができる。好ましい基板は、堅固な支持体または半堅固な支持体のうちで適切なものであり、具体的には、膜、フィルタ、チップ、スライド、ウエハ、ファイバー、磁性ビーズ、非磁性ビーズ、ゲル、チューブ、プレート、ポリマー、微粒子、キャピラリーなどがある。基板の表面はいろいろな形状(例えばウエル、溝、ピン、チャネル、穴)にすることが可能であり、そこにポリヌクレオチド・プローブを結合させる。基板は光を透過させることが好ましい。   The probe can be immobilized on a substrate. Preferred substrates are any of rigid or semi-rigid supports, specifically membranes, filters, chips, slides, wafers, fibers, magnetic beads, non-magnetic beads, gels, tubes , Plates, polymers, microparticles, capillaries, etc. The surface of the substrate can have various shapes (eg, wells, grooves, pins, channels, holes) to which polynucleotide probes are attached. The substrate preferably transmits light.

さらに、プローブは基板に直接結合させる必要はなく、リンカー基を通じて基板に結合させることができる。リンカー基は、付着したプローブに曝露するため一般に長さが6〜50原子になっている。好ましいリンカー基としては、エチレングリコール・オリゴマー、ジアミン、二酸などがある。基板表面の反応基は、リンカーの末端部の一方と反応してリンカーを基板に結合させる。次に、リンカーの他方の末端部を機能化し、プローブと結合できるようにする。   Furthermore, the probe need not be directly attached to the substrate, but can be attached to the substrate through a linker group. The linker group is typically 6-50 atoms in length to expose the attached probe. Preferred linker groups include ethylene glycol oligomers, diamines, diacids and the like. The reactive group on the surface of the substrate reacts with one of the end portions of the linker to bond the linker to the substrate. The other end of the linker is then functionalized so that it can bind to the probe.

プローブは、基板表面でプローブを合成するための試薬を供給することによって、あるいはあらかじめ形成したDNA断片またはクローンを基板表面に供給することによって、基板に付着させることができる。代表的なディスペンサーは、溶液を基板に供給するマイクロピペットである。基板に対するマイクロピペットの位置は、ロボット・システムを用いて制御される。試薬が複数の反応領域に同時に供給されるようにするため、多数のディスペンサーを設置することができる。   The probe can be attached to the substrate by supplying a reagent for synthesizing the probe on the substrate surface, or by supplying a pre-formed DNA fragment or clone to the substrate surface. A typical dispenser is a micropipette that supplies a solution to a substrate. The position of the micropipette relative to the substrate is controlled using a robot system. A number of dispensers can be installed to allow the reagent to be supplied to multiple reaction zones simultaneously.

核酸マイクロアレイが好ましい。そのようなマイクロアレイ(その中に核酸チップも含まれる)は、従来技術でよく知られている(例えば、アメリカ合衆国特許第5,578,832号、第5,861,242号、第6,183,698号、第6,287,850号、第6,291,183号、第6,297,018号、第6,306,643号、第6,308,170号を参照のこと。なおこれら特許文献のそれぞれは、参考としてこの明細書に組み込まれているものとする)。   Nucleic acid microarrays are preferred. Such microarrays (including nucleic acid chips therein) are well known in the prior art (eg, US Pat. Nos. 5,578,832, 5,861,242, 6,183,698, 6,287,850, 6,291,183, (See 6,297,018, 6,306,643, and 6,308,170, each of which is incorporated herein by reference).

あるいは抗体マイクロアレイを作ることもできる。そのようなマイクロアレイの作り方の本質的なことは、SchweitzerとKingsmore、「マイクロアレイ上でのタンパク質の測定」、Curr. Opin. Biotechnol.、2002年、第13巻(1)、14〜19ページ;Avseekno他、「エレクトロスプレー蒸着によって製造した免疫化学マイクロアレイへのタンパク質の固定化」、Anal. Chem.、2001年15、第73巻(24)、6047〜6052ページ;Huang、「抗体をベースとしたタンパク質マイクロアレイ・システムにおける複数タンパク質の検出」、Immunol. Methods、2001年1、第255巻(1〜2)、1〜13ページに記載されている。   Alternatively, antibody microarrays can be made. Essential to how to make such a microarray is Schweitzer and Kingsmore, “Protein Measurement on a Microarray”, Curr. Opin. Biotechnol., 2002, 13 (1), 14-19; Avseekno Et al., "Immobilization of Proteins on Immunochemical Microarrays Produced by Electrospray Deposition", Anal. Chem., 2001, 15, 73 (24), 6047-6052; Huang, "Antibody-based protein Detection of multiple proteins in a microarray system, "Immunol. Methods, 2001, Vol. 255 (1-2), pages 1-13.

本発明は、本発明で使用するためのキットの製造も意図している。適切なキットとしては、本発明で使用するさまざまな試薬が適切な容器またはパッケージング材料(例えばチューブ、バイアル、収縮包装したパッケージ、ブロー成形したパッケージ)に入ったものが挙げられる。   The present invention also contemplates the manufacture of kits for use with the present invention. Suitable kits include various reagents used in the present invention in suitable containers or packaging materials (eg, tubes, vials, shrink wrap packages, blow molded packages).

本発明のキットに含めるのに適した材料としては、以下に示すもののうちの1つ以上が挙げられる:DNA配列またはcDNA配列のドメインのうちの注目の遺伝的多型に隣接しているドメインとアニールする遺伝子特異的PCRプライマーのペア(オリゴヌクレオチド);PCRを実施することなく、ゲノムDNAまたはcDNAの中の特定の配列ドメインを増幅することが可能な試薬;PCRまたはPCR以外の方法で増幅された配列ドメインに存在する可能性のあるさまざまな対立遺伝子を区別するのに必要な試薬(例えば制限エンドヌクレアーゼや、多型の1つの対立遺伝子に優先的にアニールするオリゴヌクレオチド(例えばオリゴヌクレオチドからの信号を増幅する酵素または蛍光化学基を含むように改変されていて、対立遺伝子の識別をより確実にするもの));さまざまな対立遺伝子に由来する産物を物理的に分離するのに必要な試薬(例えば電気泳動で使用するアガロースまたはポリアクリルアミドと緩衝液、HPLCカラム、SSCPゲル、ホルムアミド・ゲル、MALDI-TOFのためのマトリックス支持体)。   Suitable materials for inclusion in the kits of the present invention include one or more of the following: domains adjacent to the genetic polymorphism of interest in the DNA sequence or cDNA sequence domains; A pair of gene-specific PCR primers to be annealed (oligonucleotides); reagents that can amplify specific sequence domains in genomic DNA or cDNA without performing PCR; amplified by methods other than PCR or PCR Reagents necessary to distinguish between various alleles that may be present in different sequence domains (such as restriction endonucleases and oligonucleotides that preferentially anneal to one allele of a polymorphism (such as from oligonucleotides) Modified to include an enzyme or fluorescent chemical group that amplifies the signal, ensuring more allele discrimination)); Reagents required to physically separate products from various alleles (eg agarose or polyacrylamide and buffers used in electrophoresis, HPLC columns, SSCP gels, formamide gels, MALDI-TOF Matrix support).

本発明の予測方法により、所定の対象にとって多数の治療法および/または治療計画が適しているかどうかを評価し、適しているものをその対象で実現することができる。その方法のうちで最も簡単なものは、対象にライフスタイルを変える動機を与えることであろう。例えば対象が現在喫煙者である場合、本発明の方法によって禁煙する動機を与えることができる。   With the prediction method of the present invention, it is possible to evaluate whether a large number of treatments and / or treatment plans are suitable for a given object, and to achieve what is suitable for that object. The easiest way to do that would be to motivate the subject to change their lifestyle. For example, if the subject is currently a smoker, the method of the present invention can provide motivation to quit smoking.

治療的介入または治療の方法は、多型の性質と、その多型の生物学的効果とから予測される。例えば感受性多型が遺伝子発現の変化と関係している場合には、介入または治療は、例えばその遺伝子の発現を変化させることが可能な試薬の投与によってその遺伝子の正常な発現を回復することに向けられることが好ましい。SNPの対立遺伝子または遺伝子型が遺伝子発現の減少と関係している場合には、治療は、その遺伝子の発現を増加させることが可能な試薬を投与する操作を含むことができ、逆にSNPの対立遺伝子または遺伝子型が遺伝子発現の増加と関係している場合には、治療は、その遺伝子の発現を減少させることが可能な試薬を投与する操作を含むことができる。遺伝子の発現を変化させるのに役立つ方法は、従来技術でよく知られている。例えばSNPの対立遺伝子または遺伝子型が遺伝子発現の上方調節と関係している場合には、例えばRNAi法またはアンチセンス法を利用した治療を実現してmRNAの量を減らし、その結果としてその遺伝子の発現を減らすことができる。あるいは治療は、例えばその遺伝子の産物の活性を変化させることによってその遺伝子の異常な発現を元に戻す方法を含むこともできる。   Therapeutic intervention or method of treatment is predicted from the nature of the polymorphism and the biological effects of that polymorphism. For example, if a susceptibility polymorphism is associated with a change in gene expression, intervention or therapy may involve restoring normal expression of the gene, for example by administration of a reagent capable of changing the expression of the gene. Preferably it is directed. If an allele or genotype of an SNP is associated with a decrease in gene expression, the treatment can include administering a reagent capable of increasing the expression of that gene, and conversely If the allele or genotype is associated with increased gene expression, the treatment can include administering a reagent capable of decreasing the expression of that gene. Methods that are useful for altering gene expression are well known in the prior art. For example, if an SNP allele or genotype is associated with upregulation of gene expression, for example, RNAi or antisense therapy can be used to reduce the amount of mRNA and consequently the gene Expression can be reduced. Alternatively, treatment can include a method of reversing the abnormal expression of the gene, eg, by altering the activity of the gene product.

感受性SNP対立遺伝子または感受性SNP遺伝子型が遺伝子産物の機能低下、または遺伝子産物の発現レベル低下と関係している場合には、治療的介入または治療は、その機能を増大または置換する操作を含むこと、あるいは対象の体内での遺伝子産物の量を、例えばその遺伝子産物またはそれと機能が同等なものを投与して増やす操作を含むことができる。例えばSNPの対立遺伝子または遺伝子型が酵素機能の低下と関係している場合には、治療は、活性な酵素または酵素類似体を対象に投与する操作を含むことができる。同様に、SNPの対立遺伝子または遺伝子型が遺伝子産物の機能増大と関係している場合には、治療的介入または治療は、例えばその遺伝子産物の阻害剤、またはその遺伝子産物のレベルを低下させることが可能な薬剤を対象に投与してその機能を低下させる操作を含むことができる。例えばSNPの対立遺伝子または遺伝子型が酵素機能の増大と関係している場合には、治療は、酵素阻害剤を対象に投与する操作を含むことができる。   If a susceptible SNP allele or susceptible SNP genotype is associated with decreased function of the gene product, or decreased expression level of the gene product, therapeutic intervention or treatment includes operations that increase or replace its function Alternatively, it may include an operation of increasing the amount of the gene product in the body of the subject by, for example, administering the gene product or an equivalent function thereof. For example, where an SNP allele or genotype is associated with a decrease in enzyme function, the treatment can include administering an active enzyme or enzyme analog to the subject. Similarly, where an SNP allele or genotype is associated with increased function of a gene product, therapeutic intervention or treatment may, for example, reduce the level of the gene product, or an inhibitor of the gene product. The method may include an operation of administering a drug capable of reducing the function to a subject to reduce its function. For example, where an SNP allele or genotype is associated with increased enzyme function, the treatment can include administering an enzyme inhibitor to the subject.

同様に、有益な(防御)SNPが特定の遺伝子の上方調節、または酵素その他のタンパク質の発現の上方調節と関係している場合には、治療は、抵抗力のある遺伝子型が欠如している個人の体内でそのような上方調節または発現を模倣させること、および/またはそのような酵素その他のタンパク質をその個人に供給することに向けられる。さらに、防御SNPが特定の遺伝子の下方調節、または酵素その他のタンパク質の発現の低下または消失と関係している場合には、望ましい治療は、防御遺伝子型が欠如している個人の体内でそのような条件を模倣させることに向けられる。   Similarly, if a beneficial (defensive) SNP is associated with upregulation of a particular gene or upregulation of an enzyme or other protein, treatment lacks a resistant genotype It is directed to mimic such upregulation or expression in an individual's body and / or to supply such an enzyme or other protein to the individual. In addition, if a protective SNP is associated with downregulation of a particular gene, or a decrease or disappearance of the expression of an enzyme or other protein, the preferred treatment is such in the body of an individual lacking the protective genotype. It is aimed at imitating various conditions.

同定した上記のさまざまな多型と、肺がんに対する対象の感受性(又はそれ以外)の間の関係は、候補治療薬の設計および/またはスクリーニングにも応用される。これは特に、感受性多型または防御多型との関係が遺伝子発現の上方調節または下方調節として現われる場合に当てはまる。そのような場合、その上方調節または下方調節に対する候補治療薬の効果は容易に検出できる。   The relationship between the various polymorphisms identified above and the subject's susceptibility (or otherwise) to lung cancer also applies to the design and / or screening of candidate therapeutics. This is especially true when the relationship with a susceptibility or defensive polymorphism appears as an upregulation or downregulation of gene expression. In such cases, the effect of the candidate therapeutic on its upregulation or downregulation can be readily detected.

例えば一実施態様では、存在しているヒト肺臓と細胞培養物をSNPの遺伝子型に関して上記のようにしてスクリーニングする。(ヒト肺臓と細胞培養物の情報に関しては、例えばBohinski他、1996年、Molecular and Cellular Biology、第14巻、5671〜5681ページ;Collettsolberg他、1996年、Pediatric Research、第39巻、504ページ;Hermanns他、2004年、Laboratory Investigation、第84巻、736〜752ページ;Hume他、1996年、In Vitro Cellular & Developmental Biology-Animal、第32巻、24〜29ページ;Leonardi他、1995年、第38巻、352〜355ページ;Notingher他、2003年、Biopolymers(Biospectroscopy)、第72巻、230〜240ページ;Ohga他、1996年、Biochemical and Biophysical Research Communications、第228巻、391〜396ページを参照のこと。なおそれぞれの文献は、参考としてその全体がこの明細書に組み込まれているものとする。)感受性遺伝子型と防御遺伝子型のグループを代表する培養物を選択するとともに、防御遺伝子型が存在している場合に上方調節または下方調節される遺伝子の発現に関して“正常”と考えられる培養物も選択する。   For example, in one embodiment, existing human lung and cell cultures are screened for SNP genotypes as described above. (For information on human lungs and cell cultures, see, for example, Bohinski et al., 1996, Molecular and Cellular Biology, Vol. 14, pages 5671-5681; Collettsolberg et al., 1996, Pediatric Research, vol. 39, page 504; Hermanns 2004, Laboratory Investigation, Vol. 84, pages 736-752; Hume et al., 1996, In Vitro Cellular & Developmental Biology-Animal, Vol. 32, pages 24-29; Leonardi et al., 1995, Vol. 38 352-355; see Notingher et al., 2003, Biopolymers (Biospectroscopy), 72, 230-240; Ohga et al., 1996, Biochemical and Biophysical Research Communications, 228, 391-396. Note that each document is incorporated herein by reference in its entirety.) Select a culture that represents a group of susceptible and protective genotypes, and a protective genotype exists. If up or down A culture that is considered “normal” with respect to expression of the down-regulated gene is also selected.

このような培養物のサンプルを候補治療化合物のライブラリと照合し、以下に示す事柄のどれかまたはすべてに関してスクリーニングを行なう:(a)感受性遺伝子型において通常は上方調節される感受性遺伝子の下方調節;(b)感受性遺伝子型において通常は下方調節される感受性遺伝子の上方調節;(c)防御遺伝子型において通常は下方調節されるか発現しない(つまり、いかなる形態も発現しない)防御遺伝子の下方調節;(d)防御遺伝子型において通常は上方調節される防御遺伝子の上方調節。感受性遺伝子型を有する培養物の中で感受性遺伝子および/または防御遺伝子の調節状態および/または作用を変化させる能力に関し、化合物を選択する。   Samples of such cultures are checked against a library of candidate therapeutic compounds and screened for any or all of the following: (a) down-regulation of susceptibility genes that are normally up-regulated in susceptibility genotypes; (B) Up-regulation of susceptibility genes that are normally down-regulated in susceptibility genotypes; (c) Down-regulation of defense genes that are normally down-regulated or not expressed in defense genotypes (ie, do not express any form); (D) Upregulation of defense genes that are normally upregulated in the defense genotype. Compounds are selected for their ability to alter the regulatory state and / or action of susceptibility and / or defense genes in cultures with susceptibility genotypes.

同様に、ある多型が、それが存在していることで、発現した遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が対象にとっての正常範囲の外に出るような多型であり、しかも発現した遺伝子産物のレベルを正常な範囲に戻す予防措置または治療措置を取ることができる場合には、個々の対象のスクリーニングを行ない、その回復手段から利益を得られる可能性があるかどうかを調べることができる。そのようなスクリーニングは、対象にその多型が存在しているか不在であるかを、この明細書に記載した任意の方法で検出する操作を含んでいる。そして多型が存在している対象は、治療による利益を受ける可能性があると判断される。   Similarly, a polymorphism that, when present, causes a physiologically active concentration of the expressed gene product to be outside the normal range for the subject, and the expressed gene product Individuals can be screened to see if they can benefit from their recovery measures if they can take preventive or therapeutic measures to return their levels to normal. Such screening includes the operation of detecting, by any method described herein, whether the polymorphism is present or absent in the subject. And it is judged that the subject in which the polymorphism exists may receive the benefit by treatment.

実施例を参照して本発明をさらに詳しく説明するが、本発明がこれら実施例に限定されることはない。   The present invention will be described in more detail with reference to examples, but the present invention is not limited to these examples.

〔実施例1〕
ケース関連づけ研究
対象のリクルート
これまでに1年に少なくとも15箱喫煙してきて慢性閉塞性肺疾患(COPD)と医師に診断されたヨーロッパ出身の対象をリクルートした。対象は、以下の基準を満たしていた:年齢が50歳超で、40歳以降に息切れの症状が現われ、1秒間の努力呼出量(FEV1)が予想値の70%未満であり、比FEV1/FVC(1秒間の努力呼出量/努力肺活量)が79%未満である(アメリカ胸郭学会の基準)。294人の対象をリクルートした。そのうちの58%が男性であり、FEV1/FVCの平均値(±95%信頼区間)は51%(49〜53)、FEV1の平均値は予想値の43%(41〜45)であった。平均年齢、1日に吸うタバコの数、箱×年の経歴は、それぞれ、65歳(64〜66)、24本/日(22〜25)、50箱×年(41〜55)であった。最低でも20箱×年の喫煙をし、これまで息切れをしたことがなく、過去に閉塞性肺疾患と診断されたことがなく、特に子ども時代に喘息や慢性閉塞性肺疾患と診断されたことがない217人のヨーロッパ系の対象についても調べた。この対照群は、中高年のクラブを通じてリクルートした。63%が男性で、FEV1/FVCの平均値(95%信頼区間)が82%(81〜83)、FEV1の平均値が予想値の96%(95〜97)であった。平均年齢、1日に吸うタバコの数、箱×年の経歴は、それぞれ、59歳(57〜61)、24本/日(22〜26)、42箱×年(39〜45)であった。PCRに基づいた方法(Sanford他、1999年)を利用し、すべての対象でα1-アンチトリプシン(S対立遺伝子とZ対立遺伝子)の遺伝子型を調べ、ZZ対立遺伝子である対象を除外した。COPDのコホートと、抵抗力のある喫煙者のコホートで、MZ遺伝子型である対象が同じ割合(それぞれのコホートに5%)になるようにした。地方の血液提供サービスを通じて190人のヨーロッパ系血液提供者(喫煙状況は不明)を継続的にリクルートした。63%が男性で、平均年齢は50歳であった。
[Example 1]
Recruiting Case-Associated Research Subjects We have recruited subjects from Europe who have smoked at least 15 boxes per year and have been diagnosed by a physician with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Subject met the following criteria: Age> 50, symptoms of shortness of breath appearing after age 40, 1 second effort call volume (FEV1) less than 70% of expected, ratio FEV1 / FVC (forced call per second / forced vital capacity) is less than 79% (American Thoracic Society criteria). Recruited 294 subjects. Of these, 58% were male, the mean value of FEV1 / FVC (± 95% confidence interval) was 51% (49-53), and the mean value of FEV1 was 43% (41-45) of the expected value. Average age, number of cigarettes smoked per day, and box x year career were 65 years (64-66), 24 cigarettes / day (22-25), and 50 boxes x year (41-55), respectively. . Have smoked at least 20 boxes x years, have never been short of breath, have never been diagnosed with obstructive pulmonary disease in the past, and have been diagnosed with asthma or chronic obstructive pulmonary disease, especially in childhood We also examined 217 European subjects who did not. This control group was recruited through middle-aged clubs. 63% were male, FEV1 / FVC mean (95% confidence interval) was 82% (81-83), and FEV1 mean was 96% (95-97) of the expected value. Average age, number of cigarettes smoked per day, and box x year career were 59 years (57-61), 24 cigarettes / day (22-26), and 42 boxes x year (39-45), respectively. . Using a PCR-based method (Sanford et al., 1999), all subjects were examined for α1-antitrypsin (S and Z alleles) genotypes and subjects that were ZZ alleles were excluded. The COZ cohort and the resistant smokers cohort had the same proportion of subjects with MZ genotype (5% in each cohort). Continued recruitment of 190 European blood donors (smoking status unknown) through local blood donation services. 63% were male and the average age was 50 years.

この研究により、対照と比較してCOPD患者で頻度がより多い多型は、肺機能障害とCOPDの発症に関する感受性が大きいことを反映している可能性のあることがわかる。同様に、感受性のある喫煙者(COPD患者および/または対照)と比べて抵抗力のある喫煙者で頻度がより多い多型は、防御の役割を果たしている可能性がある。   This study shows that polymorphisms that are more frequent in COPD patients compared to controls may reflect a greater susceptibility to developing pulmonary dysfunction and COPD. Similarly, polymorphisms that are more frequent in resistant smokers compared to susceptible smokers (COPD patients and / or controls) may play a protective role.

Figure 2006314315
Figure 2006314315

遺伝子型決定法
シクロオキシゲナーゼ2(COX2)のプロモータの-765G/C多型と、α1-アンチトリプシンの遺伝子型決定
ゲノムDNAを全血サンプルから抽出した(Maniatis, T.、Fritsch, E.F.、Sambrook, J.、『分子クローニングのマニュアル』、1989年)。以前に発表されている方法(Papafili, A.他、2002年。その全体が、参考としてこの明細書に組み込まれているものとする)をわずかに変更した方法でシクロオキシゲナーゼ2の-765多型を調べた。20ngのゲノムDNAと、500ピコモルのフォワードプライマーおよびリバースプライマーと、0.2mMのdNTPと、10mMのトリス-HCl(pH8.4)と、150mMのKClと、1.0mMのMgCl2と、1ユニットのポリメラーゼ(ライフテクノロジーズ社)とを含む全体積25μlの中でPCR反応を行なわせた。サイクリング時間は、95℃で3分間インキュベートした後、94℃で50秒間、66℃で60秒間、72℃で60秒間を33サイクルであった。その後、72℃で10分間にわたって最後の伸長反応を行なわせた。臭化エチジウムで染色した3%アガロース・ゲルに紫外線を照射することにより、4μlのPCR産物を可視化した。増幅産物のアリコート3μlを4ユニットのAciI(ロッシュ・ディアグノスティックス社、ニュージーランド国)で37℃にて1時間にわたって消化させた。TBE緩衝液を用い、2.5%アガロース・ゲル上で80mVにて2.0時間にわたって消化後の産物を分離した。臭化エチジウムで染色した後に紫外線を照射することにより、得られた生成物を123bpのラダーを基準として可視化した。上記のPCRに基づいた方法(Sandford他、1999年)を利用し、対象とするすべてのCOPDを患っている喫煙者と抵抗力のある喫煙者でα1-アンチトリプシンのS対立遺伝子とZ対立遺伝子の遺伝子型を調べた。
Genotyping method Cyclooxygenase 2 (COX2) promoter -765G / C polymorphism and α1-antitrypsin genotyping Genomic DNA was extracted from whole blood samples (Maniatis, T., Fritsch, EF, Sambrook, J , “Molecular Cloning Manual” (1989). The -765 polymorphism of cyclooxygenase 2 was altered in a slightly modified manner from a previously published method (Papafili, A. et al., 2002, the entirety of which is incorporated herein by reference). Examined. 20 ng genomic DNA, 500 pmoles forward and reverse primers, 0.2 mM dNTP, 10 mM Tris-HCl (pH 8.4), 150 mM KCl, 1.0 mM MgCl 2 and 1 unit polymerase PCR reaction was performed in a total volume of 25 μl including (Life Technologies). The cycling time was 33 cycles of incubation at 95 ° C. for 3 minutes, followed by 94 ° C. for 50 seconds, 66 ° C. for 60 seconds, and 72 ° C. for 60 seconds. Thereafter, the final extension reaction was performed at 72 ° C. for 10 minutes. 4 μl of PCR product was visualized by irradiating 3% agarose gel stained with ethidium bromide with UV light. A 3 μl aliquot of the amplified product was digested with 4 units of AciI (Roche Diagnostics, New Zealand) at 37 ° C. for 1 hour. The digested product was separated over 2.0 hours at 80 mV on a 2.5% agarose gel using TBE buffer. The resulting product was visualized based on a 123 bp ladder by irradiating with ultraviolet light after staining with ethidium bromide. Using the PCR-based method described above (Sandford et al., 1999), S1- and Z-alleles of α1-antitrypsin among all smokers with COPD and resistant smokers The genotype of was examined.

エラフィンの+49C/T多型
ゲノムDNAを全血サンプルから抽出した(Maniatis, T.、Fritsch, E.F.、Sambrook, J.、『分子クローニングのマニュアル』、1989年)。エラフィンの+49多型を、以前に発表されている方法(Kuijpers, A.L.A.他、Clinical Genetics、1998年、第54巻、96〜101ページ。その全体が、参考としてこの明細書に組み込まれているものとする)をわずかに変更した方法でエラフィンの+49多型を調べた。20ngのゲノムDNAと、500ピコモルのフォワードプライマーおよびリバースプライマーと、0.2mMのdNTPと、10mMのトリス-HCl(pH8.4)と、150mMのKClと、1.0mMのMgCl2と、1ユニットのタック・ポリメラーゼ(ライフテクノロジーズ社)とを含む全体積25μlの中でPCR反応を行なわせた。サイクリング時間は、95℃で3分間インキュベートした後、94℃で50秒間、66℃で60秒間、72℃で60秒間を33サイクルであった。その後、72℃で10分間にわたって最後の伸長反応を行なわせた。臭化エチジウムで染色した3%アガロース・ゲルに紫外線を照射することにより、4μlのPCR産物を可視化した。増幅産物のアリコート3μlを4ユニットのFok1(ロッシュ・ディアグノスティックス社、ニュージーランド国)で37℃にて1時間にわたって消化させた。TBE緩衝液を用い、2.5%アガロース・ゲル上で80mVにて2.0時間にわたって消化後の産物を分離した。臭化エチジウムで染色した後に紫外線を照射することにより、得られた生成物を123bpのラダーを基準として可視化した。
Elafin + 49C / T polymorphism Genomic DNA was extracted from whole blood samples (Maniatis, T., Fritsch, EF, Sambrook, J., Molecular Cloning Manual, 1989). The +49 polymorphism of elafin has been previously published (Kuijpers, ALA et al., Clinical Genetics, 1998, 54, 96-101, which is incorporated herein by reference in its entirety. The +49 polymorphism of elafin was examined in a slightly modified manner. 20 ng genomic DNA, 500 pmoles forward and reverse primers, 0.2 mM dNTP, 10 mM Tris-HCl (pH 8.4), 150 mM KCl, 1.0 mM MgCl 2 and 1 unit tack -The PCR reaction was carried out in a total volume of 25 µl containing polymerase (Life Technologies). The cycling time was 33 cycles of incubation at 95 ° C. for 3 minutes followed by 94 ° C. for 50 seconds, 66 ° C. for 60 seconds and 72 ° C. for 60 seconds. Thereafter, the final extension reaction was performed at 72 ° C. for 10 minutes. 4 μl of PCR product was visualized by irradiating 3% agarose gel stained with ethidium bromide with UV light. A 3 μl aliquot of the amplified product was digested with 4 units of Fok1 (Roche Diagnostics, New Zealand) at 37 ° C. for 1 hour. The digested product was separated over 2.0 hours at 80 mV on a 2.5% agarose gel using TBE buffer. The resulting product was visualized based on a 123 bp ladder by irradiating with ultraviolet light after staining with ethidium bromide.

マトリックスメタロプロテイナーゼ1遺伝子の-1607 1G2G多型の遺伝子型決定
フェノールとクロロホルムを用いた標準的な方法でゲノムDNAを抽出した。患者のコホートと対照のコホートを、戦略的に負の対照を含む96ウエルのPCR形式に構成した。アッセイ用プライマー、PCRの条件、RFLPアッセイの詳細は、以前に報告されている(Dunleavey, L.他)。遺伝子型決定は、上記のプロトコルをわずかに変更し、われわれ自身の実験室の条件で最適になるようにして行なった。PCRの反応物をMJリサーチ・サーモサイクラーの中に入れ、80ngのゲノムDNAと、100ngのフォワードプライマーおよびリバースプライマーと、200mMのdNTPと、20mMのトリス-HCl(pH8.4)と、50mMのKClと、1.5mMのMgCl2と、1.0ユニットのタック・ポリメラーゼ(キアジェン社)とを含む全体積25μlの中で増幅した。フォワードプライマーとリバースプライマーの配列は、5'-TCG TGA GAA TGT CTT CCC ATT-3'(配列番号1)と5'-TCT TGG ATT GAT TTG AGA TAA GTG AAA TC-3'(配列番号2)であった。サイクリング条件は、94℃で60秒間、55℃で30秒間、72℃で30秒間を35サイクルであり、最後に3分間にわたって伸長させた。増幅産物のアリコートを、6ユニットの制限酵素XmnI(ロッシュ・ディアグノスティックス社、ニュージーランド国)で指定された温度条件にて4時間にわたって消化させた。6%ポリアクリルアミド・ゲル上で消化後の産物を分離した。臭化エチジウムで染色した後に紫外線を照射することによってこの産物を可視化し、移動状態を基準となる1kbのプラス・ラダー(インヴィトロジェン社)と比較した。遺伝子型をデータ・スプレッドシートに記録し、統計的に分析した。
Genotyping of the -1607 1G2G polymorphism of the matrix metalloproteinase 1 gene Genomic DNA was extracted by standard methods using phenol and chloroform. The patient and control cohorts were organized into a 96-well PCR format with a strategic negative control. Details of assay primers, PCR conditions, and RFLP assay have been reported previously (Dunleavey, L. et al.). Genotyping was performed with slight modifications to the above protocol to optimize it in our own laboratory conditions. Place PCR reaction in MJ Research Thermocycler, 80 ng genomic DNA, 100 ng forward primer and reverse primer, 200 mM dNTP, 20 mM Tris-HCl (pH 8.4), 50 mM KCl And 1.5 mM MgCl 2 and 1.0 unit of Tack polymerase (Qiagen) were amplified in a total volume of 25 μl. The sequence of forward primer and reverse primer is 5'-TCG TGA GAA TGT CTT CCC ATT-3 '(SEQ ID NO: 1) and 5'-TCT TGG ATT GAT TTG AGA TAA GTG AAA TC-3' (SEQ ID NO: 2). there were. Cycling conditions were 35 cycles of 94 ° C. for 60 seconds, 55 ° C. for 30 seconds, 72 ° C. for 30 seconds, and finally extended for 3 minutes. An aliquot of the amplified product was digested for 4 hours at the temperature specified by 6 units of restriction enzyme XmnI (Roche Diagnostics, New Zealand). The digested product was separated on a 6% polyacrylamide gel. After staining with ethidium bromide, this product was visualized by irradiation with ultraviolet rays, and compared with a 1 kb plus ladder (Invitrogen) based on the migration state. Genotypes were recorded in a data spreadsheet and statistically analyzed.

他の多型の遺伝子型決定
ゲノムDNAを全血サンプルから抽出した(Maniatis, T.、Fritsch, E.F.、Sambrook, J.、『分子クローニングのマニュアル』、1989年)。精製したゲノムDNAのアリコート(濃度が10ng/μl)を96ウエルのプレートに入れ、以下に示す配列、増幅条件、方法を利用し、シーケノム(登録商標)システム(シーケノム(登録商標)オートフレックス質量分析器とサムソン社の24ピン・ナノディスペンサー)上で遺伝子型を決定した。
Genotyping of other polymorphisms Genomic DNA was extracted from whole blood samples (Maniatis, T., Fritsch, EF, Sambrook, J., Manual for Molecular Cloning, 1989). Place an aliquot of purified genomic DNA (concentration 10 ng / μl) in a 96-well plate and use the sequence, amplification conditions, and method shown below, and the Sequenom® system (Seakenom® Autoflex mass spectrometry) The genotype was determined on a vessel and a Samsung 24-pin nanodispenser).

PCR多重反応では以下の条件を用いた:最終濃度は、10×緩衝液につき、15mMのMgCl2を1.25×、25mMのMgCl2を1.625mM、25mMのdNTP混合物を500μM、4μMのプライマーを100nM、タック・ポリメラーゼ(キアジェン社、ホット・スタート)を0.15ユニット/反応、ゲノムDNAを10ng/μlであった。サイクリング時間は、95℃で15分間の後、5℃で15秒間、56℃で30秒間、72℃で30秒間を45サイクルであり、最後に3分間にわたって伸長を行なった。エビのアルカリホスファターゼ(SAP)を用いた処理(1回のPCR反応で2μl〜5μl)を行ない、35℃で30分間にわたってインキュベートし、次いで伸長反応(SAPで処理した後に2μl〜7μlを添加)を実施した。伸長反応では、反応1回ごとに、水0.76μl;hME10×停止緩衝液0.2μl;hMEプライマー(10μM)1μl;マスエクステンド酵素0.04μlを用いた。 In PCR multiplex reaction using the following conditions: The final concentration per 10 × buffer, 15 mM of MgCl 2 and 1.25 ×, 25 mM of MgCl 2 to 1.625MM, 500 [mu] M of dNTP mixture 25 mM, the primer 4 [mu] M 100 nM, Tack polymerase (Qiagen, Hot Start) was 0.15 unit / reaction, and genomic DNA was 10 ng / μl. The cycling time was 45 cycles of 95 ° C. for 15 minutes, 5 ° C. for 15 seconds, 56 ° C. for 30 seconds, 72 ° C. for 30 seconds, and finally extended for 3 minutes. Treat with shrimp alkaline phosphatase (SAP) (2 μl to 5 μl in one PCR reaction), incubate for 30 minutes at 35 ° C., then extend reaction (add 2 μl to 7 μl after treatment with SAP) Carried out. In the extension reaction, 0.76 μl of water; 0.2 μl of hME10 × stop buffer; 1 μl of hME primer (10 μM); 0.04 μl of mass extended enzyme was used for each reaction.

Figure 2006314315
多型の遺伝子型を決定するためのシーケノムの条件-1
Figure 2006314315
Sequenom's condition-1 for determining polymorphism genotype-1

Figure 2006314315
多型の遺伝子型を決定するためのシーケノムの条件-2
Figure 2006314315
Sequenom's condition for determining the genotype of a polymorphism -2

Figure 2006314315
多型の遺伝子型を決定するためのシーケノムの条件-3
Figure 2006314315
Sequenom's condition-3 for determining the genotype of polymorphism

Figure 2006314315
多型の遺伝子型を決定するためのシーケノムの条件-4
Figure 2006314315
Sequenom's condition for determining the genotype of polymorphism-4

Figure 2006314315
多型の遺伝子型を決定するためのシーケノムの条件-5
Figure 2006314315
Sequenom's condition for determining the genotype of polymorphism-5

Figure 2006314315
多型の遺伝子型を決定するためのシーケノムの条件-6
Figure 2006314315
Sequenom's condition for determining polymorphism genotype-6

Figure 2006314315
多型の遺伝子型を決定するためのシーケノムの条件-7
Figure 2006314315
Sequenom's condition for determining the genotype of polymorphism-7

Figure 2006314315
多型の遺伝子型を決定するためのシーケノムの条件-8
Figure 2006314315
Sequenom's condition for determining the genotype of polymorphism-8

結果

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)遺伝子型
1.遺伝子型。抵抗力のある喫煙者とCOPDの患者でのCC/CG対GG、確率の比(OR)=1.98、95%信頼区間1.3〜3.1、χ2(イェーツの修正済み)=8.82、p=0.003、
CC/CG=COPDに対する防御
2.対立遺伝子。抵抗力のある喫煙者とCOPDの患者でのC対G、確率の比(OR)=1.92、95%信頼区間1.3〜2.8、χ2(イェーツの修正済み)=11.56、p<0.001、
C=COPDに対する防御 result
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n) genotype
1. Genotype. CC / CG vs GG in resistant smokers and COPD patients, probability ratio (OR) = 1.98, 95% confidence interval 1.3-3.1, χ 2 (Yates corrected) = 8.82, p = 0.003,
Defense against CC / CG = COPD
2. Allele. C vs G in resistant smokers and COPD patients, ratio of probability (OR) = 1.92, 95% confidence interval 1.3-2.8, χ 2 (Yates modified) = 11.56, p <0.001,
Defense against C = COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と対照でのGG対AG/AA、確率の比(OR)=1.83、95%信頼区間1.2〜2.8、χ2(イェーツの修正済み)=8.1、p=0.004、
GG=COPDに対する感受性(他のSNPの存在による)
2.対立遺伝子。抵抗力のある喫煙者と対照でのGG対AG/AA、確率の比(OR)=1.98、95%信頼区間1.3〜3.1、χ2(イェーツの修正済み)=9.43、p=0.002、
GG=COPDに対する防御(他のSNPの存在による)
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. GG vs AG / AA in COPD patients and controls, probability ratio (OR) = 1.83, 95% confidence interval 1.2-2.8, χ 2 (Yates corrected) = 8.1, p = 0.004,
Sensitivity to GG = COPD (due to the presence of other SNPs)
2. Allele. GG vs AG / AA in resistant smokers and controls, probability ratio (OR) = 1.98, 95% confidence interval 1.3-3.1, χ 2 (Yates modified) = 9.43, p = 0.002,
Protection against GG = COPD (due to the presence of other SNPs)

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と対照でのAA対AC/CC、確率の比(OR)=1.50、95%信頼区間1.0〜2.3、χ2(イェーツの修正済み)=4.26、p=0.04、
AA=COPDに対する感受性
2.対立遺伝子。COPDの患者と対照でのA対C、確率の比(OR)=1.46、95%信頼区間1.1〜2.0、χ2(イェーツの修正済み)=5.76、p=0.02
3.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのAA対AC/CC、確率の比(OR)=1.35、95%信頼区間0.9〜2.0、χ2(イェーツの修正済み)=2.39、p=0.12(傾向)、
AA=COPDに対する感受性
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA vs. AC / CC in patients with COPD and control, probability ratio (OR) = 1.50, 95% confidence interval 1.0-2.3, χ 2 (Yates corrected) = 4.26, p = 0.04,
Sensitivity to AA = COPD
2. Allele. A to C in patients with COPD and controls, probability ratio (OR) = 1.46, 95% confidence interval 1.1-2.0, χ 2 (Yates corrected) = 5.76, p = 0.02
3. Genotype. AA to AC / CC in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.35, 95% confidence interval 0.9-2.0, χ 2 (Yates corrected) = 2.39, p = 0.12 ( Trend),
Sensitivity to AA = COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と対照でのCC対CG/GG、確率の比(OR)=1.44、95%信頼区間1.0〜2.2、χ2(イェーツの修正済み)=3.4、p=0.06、
CC=COPDに対する感受性
2.対立遺伝子。COPDの患者と対照でのC対G、確率の比(OR)=1.36、95%信頼区間1.0〜1.9、χ2(イェーツの修正済み)=53.7、p=0.05、
C=COPDに対する感受性
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. CC vs. CG / GG in patients with COPD and control, probability ratio (OR) = 1.44, 95% confidence interval 1.0-2.2, χ 2 (Yates corrected) = 3.4, p = 0.06,
Sensitivity to CC = COPD
2. Allele. C vs G in COPD patients and controls, probability ratio (OR) = 1.36, 95% confidence interval 1.0-1.9, χ 2 (Yates corrected) = 53.7, p = 0.05,
Sensitivity to C = COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者での5G5G対それ以外、確率の比(OR)=1.55、95%信頼区間0.9〜2.6、χ2(イェーツの修正済み)=3.12、p=0.08、
5G5G=COPDに対する感受性
2.遺伝子型。COPDの患者と対照での5G5G対それ以外、確率の比(OR)=1.48、95%信頼区間0.9〜2.5、χ2(イェーツの修正済み)=2.43、p=0.12、
5G5G=COPDに対する感受性
3.対立遺伝子。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者での5G対4G、確率の比(OR)=1.33、95%信頼区間1.0〜1.8、χ2(イェーツの修正済み)=4.02、p=0.05、
5G=COPDに対する感受性
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. Probability ratio (OR) = 1.55, 95% confidence interval 0.9-2.6, χ 2 (Yates corrected) = 3.12, p = 0.08, 5G5G vs. other smokers with COPD and resistant smokers
5G5G = Sensitivity to COPD
2. Genotype. Ratio of probability (OR) = 1.48, 95% confidence interval 0.9-2.5, χ 2 (Yates corrected) = 2.43, p = 0.12
5G5G = Sensitivity to COPD
3. Allele. 5G vs 4G in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.33, 95% confidence interval 1.0-1.8, χ 2 (Yates corrected) = 4.02, p = 0.05,
Sensitivity to 5G = COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。抵抗力のある喫煙者と対照でのTT対 TG/GG、確率の比(OR)=2.2、95%信頼区間1.0〜4.7、χ2(イェーツの修正済み)=4.49、p=0.03、
TT遺伝子型=COPDに対する防御
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. TT vs TG / GG in resistant smokers and controls, probability ratio (OR) = 2.2, 95% confidence interval 1.0-4.7, χ 2 (Yates corrected) = 4.49, p = 0.03,
TT genotype = protection against COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。抵抗力のある喫煙者とCOPDの患者でのAA/AC対CC、確率の比(OR)=1.39、95%信頼区間0.9〜2.1、χ2(イェーツの修正済み)=2.59、p=0.10、
AA/AC遺伝子型=COPDに対する防御
2.対立遺伝子。抵抗力のある喫煙者とCOPDの患者でのA対C、確率の比(OR)=1.34、95%信頼区間1.0〜1.8、χ2(イェーツの修正済み)=3.94、p=0.05、
A対立遺伝子=COPDに対する防御
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA / AC versus CC in resistant smokers and patients with COPD, probability ratio (OR) = 1.39, 95% confidence interval 0.9-2.1, χ 2 (Yates corrected) = 2.59, p = 0.10,
AA / AC genotype = protection against COPD
2. Allele. A to C in resistant smokers and COPD patients, probability ratio (OR) = 1.34, 95% confidence interval 1.0-1.8, χ 2 (Yates corrected) = 3.94, p = 0.05,
A allele = protection against COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。抵抗力のある喫煙者と対照でのTT/TG対GG、確率の比(OR)=1.53、95%信頼区間1.0〜2.5、χ2(イェーツの修正済み)=3.52、p=0.06、
TT/TG遺伝子型=COPDに対する防御
2.対立遺伝子。抵抗力のある喫煙者と対照でのT対G、確率の比(OR)=1.27、95%信頼区間1.0〜1.7、χ2(イェーツの修正済み)=2.69、p=0.1、
T対立遺伝子=COPDに対する防御
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. TT / TG vs GG in resistant smokers and controls, probability ratio (OR) = 1.53, 95% confidence interval 1.0-2.5, χ 2 (Yates modified) = 3.52, p = 0.06,
TT / TG genotype = protection against COPD
2. Allele. T vs G in resistant smokers and controls, probability ratio (OR) = 1.27, 95% confidence interval 1.0-1.7, χ 2 (Yates modified) = 2.69, p = 0.1,
T allele = protection against COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。抵抗力のある喫煙者と対照でのAA対AG/GG、確率の比(OR)=1.45、95%信頼区間0.9〜2.2、χ2(イェーツの修正済み)=3.19、p=0.07、
AA遺伝子型=COPDに対する防御
2.対立遺伝子。抵抗力のある喫煙者と対照でのA対G、確率の比(OR)=1.34、95%信頼区間1.0〜1.8、χ2(イェーツの修正済み)=3.71、p=0.05、
A対立遺伝子=COPDに対する防御
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA vs AG / GG in resistant smokers and controls, probability ratio (OR) = 1.45, 95% confidence interval 0.9-2.2, χ 2 (Yates modified) = 3.19, p = 0.07,
AA genotype = protection against COPD
2. Allele. A to G in resistant smokers and controls, probability ratio (OR) = 1.34, 95% confidence interval 1.0-1.8, χ 2 (Yates modified) = 3.71, p = 0.05,
A allele = protection against COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と対照でのAA対AT/TT、確率の比(OR)=1.51、95%信頼区間0.9〜2.5、χ2(イェーツの修正済み)=3.07、p=0.08、
AA遺伝子型=COPDに対する感受性
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA vs AT / TT in patients with COPD and control, probability ratio (OR) = 1.51, 95% confidence interval 0.9-2.5, χ 2 (Yates corrected) = 3.07, p = 0.08,
AA genotype = susceptibility to COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。抵抗力のある喫煙者と対照でのAA対AG/GG、確率の比(OR)=2.94、95%信頼区間0.7〜14.0、χ2(イェーツの修正済み)=2.78、p=0.09、
AA遺伝子型=COPDに対する防御
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA vs. AG / GG in resistant smokers and controls, probability ratio (OR) = 2.94, 95% confidence interval 0.7-14.0, χ 2 (Yates corrected) = 2.78, p = 0.09,
AA genotype = protection against COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのTT対TC/CC、確率の比(OR)=6.03、95%信頼区間1.1〜42、χ2(イェーツの修正済み)=4.9、p=0.03、
TT遺伝子型=COPDに対する感受性
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. TT vs TC / CC in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 6.03, 95% confidence interval 1.1-42, χ 2 (Yates corrected) = 4.9, p = 0.03,
TT genotype = susceptibility to COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。抵抗力のある喫煙者とCOPDの患者でのMS/SS対MM、確率の比(OR)=2.42、95%信頼区間1.2〜5.1、χ2(イェーツの修正済み)=5.7、p=0.01、
S=COPDに対する防御
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. MS / SS vs. MM in resistant smokers and COPD patients, probability ratio (OR) = 2.42, 95% confidence interval 1.2-5.1, χ 2 (Yates corrected) = 5.7, p = 0.01,
Defense against S = COPD

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのAA/AG対GG、確率の比(OR)=1.57、95%信頼区間0.9〜2.7、χ2(イェーツの修正済み)=2.52、p=0.11、
AA/AG=感受性(GG=防御)
2.対立遺伝子。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのA対G、確率の比(OR)=1.61、95%信頼区間1.0〜2.7、χ2(イェーツの修正済み)=3.38、p=0.07、
A=感受性
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA / AG vs. GG in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.57, 95% confidence interval 0.9-2.7, χ 2 (Yates corrected) = 2.52, p = 0.11,
AA / AG = Sensitivity (GG = Defense)
2. Allele. A to G in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.61, 95% confidence interval 1.0-2.7, χ 2 (Yates corrected) = 3.38, p = 0.07,
A = Sensitivity

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのGG対AG/AA、確率の比(OR)=0.77、95%信頼区間0.5〜1.2、χ2(イェーツの修正済み)=1.62、p=0.20、
GG=防御(AA/AG=感受性)傾向
2.対立遺伝子。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのA対G、確率の比(OR)=1.3、95%信頼区間0.9〜1.9、χ2(イェーツの修正済み)=1.7、p=0.20、
A=感受性傾向
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. GG vs AG / AA in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.77, 95% confidence interval 0.5-1.2, χ 2 (Yates corrected) = 1.62, p = 0.20,
GG = defense (AA / AG = sensitivity) tendency
2. Allele. A vs G in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.3, 95% confidence interval 0.9-1.9, χ 2 (Yates corrected) = 1.7, p = 0.20,
A = sensitivity tendency

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのAA/AG対GG、確率の比(OR)=0.26、95%信頼区間0.04〜1.4、χ2(イェーツの修正済み)=3.19、p=0.07、
AA/AG=防御(GG=感受性)
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA / AG vs. GG in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.26, 95% confidence interval 0.04-1.4, χ 2 (Yates corrected) = 3.19, p = 0.07,
AA / AG = Defense (GG = Sensitivity)

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのGG対AG/AA、確率の比(OR)=1.60、95%信頼区間0.9〜2.7、χ2(イェーツの修正済み)=3.37、p=0.07、
GG=感受性
2.対立遺伝子。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのG対A、確率の比(OR)=1.3、95%信頼区間1.0〜1.7、χ2(イェーツの修正済み)=2.90、p=0.09
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. GG vs AG / AA in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.60, 95% confidence interval 0.9-2.7, χ 2 (Yates corrected) = 3.37, p = 0.07,
GG = sensitivity
2. Allele. G to A in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.3, 95% confidence interval 1.0-1.7, χ 2 (Yates modified) = 2.90, p = 0.09

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのCC/CG対GG、確率の比(OR)=3.2、95%信頼区間0.6〜22、χ2(イェーツの修正済み)=2.41、p=0.11(裾野が1つ)、
GC/CC=感受性(傾向)
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. CC / CG vs. GG in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 3.2, 95% confidence interval 0.6-22, χ 2 (Yates corrected) = 2.41, p = 0.11 ( One skirt)
GC / CC = sensitivity (trend)

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのGG対それ以外、確率の比(OR)=0.53、95%信頼区間0.4〜0.80、χ2(イェーツの修正済み)=8.55、p=0.003、
GG=防御
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. GG vs. other than smokers with COPD and resistant smokers, ratio of probability (OR) = 0.53, 95% confidence interval 0.4-0.80, χ 2 (Yates corrected) = 8.55, p = 0.003,
GG = Defense

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのAA対AG/GG、確率の比(OR)=0.73、95%信頼区間0.5〜1.1、χ2(イェーツの修正済み)=1.91、p=0.17、
AA=防御傾向
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA to AG / GG in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.73, 95% confidence interval 0.5-1.1, χ 2 (Yates corrected) = 1.91, p = 0.17,
AA = defense trend

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのAA対AG/GG、確率の比(OR)=0.50、95%信頼区間0.2〜1.0、χ2(イェーツの修正済み)=3.82、p=0.05、
AA遺伝子型=防御
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA vs. AG / GG in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.50, 95% confidence interval 0.2-1.0, χ 2 (Yates corrected) = 3.82, p = 0.05,
AA genotype = defense

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのGG対AA/AG、確率の比(OR)=1.3、95%信頼区間0.9〜2.0、χ2(イェーツの修正済み)=1.86、p=0.17、
GG遺伝子型=感受性傾向
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. GG vs AA / AG in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.3, 95% confidence interval 0.9-2.0, χ 2 (Yates corrected) = 1.86, p = 0.17,
GG genotype = susceptibility tendency

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのTT対CT/CC、確率の比(OR)=1.5、95%信頼区間1.0〜2.2、χ2(イェーツの修正済み)=3.51、p=0.06、
TT遺伝子型=感受性
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. TT vs CT / CC in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.5, 95% confidence interval 1.0-2.2, χ 2 (Yates corrected) = 3.51, p = 0.06,
TT genotype = sensitivity

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのGG対AA/AG、確率の比(OR)=0.64、95%信頼区間0.3〜1.4、χ2(イェーツの修正済み)=1.43、p=0.236、
GG遺伝子型=防御(傾向)
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. GG vs AA / AG in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.64, 95% confidence interval 0.3-1.4, χ 2 (Yates corrected) = 1.43, p = 0.236,
GG genotype = defense (trend)

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのAA/AG対GG、確率の比(OR)=0.60、95%信頼区間0.3〜1.1、χ2(イェーツの修正済み)=2.34、p=0.12、
AA/AG遺伝子型=防御(GG=感受性)傾向
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA / AG vs. GG in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.60, 95% confidence interval 0.3-1.1, χ 2 (Yates corrected) = 2.34, p = 0.12,
AA / AG genotype = defense (GG = sensitivity)

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのCC/CT対TT、確率の比(OR)=2.0、95%信頼区間1.3〜3.1、χ2(イェーツの修正済み)=9.52、p=0.002、
CC/CT遺伝子型=感受性(TT=防御)
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. CC / CT versus TT in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 2.0, 95% confidence interval 1.3-3.1, χ 2 (Yates corrected) = 9.52, p = 0.002,
CC / CT genotype = sensitivity (TT = defense)

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのAA対AT/TT、確率の比(OR)=1.7、95%信頼区間1.0〜2.7、χ2(イェーツの修正済み)=4.51、p=0.03、
AA遺伝子型=感受性
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. AA vs AT / TT in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.7, 95% confidence interval 1.0-2.7, χ 2 (Yates corrected) = 4.51, p = 0.03,
AA genotype = susceptibility

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのCC対CT/TT、確率の比(OR)=1.4、95%信頼区間0.9〜2.2、χ2(イェーツの修正済み)=2.12、p=0.15、
CC遺伝子型=感受性(傾向)
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. CC vs CT / TT in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.4, 95% confidence interval 0.9-2.2, χ 2 (Yates corrected) = 2.12, p = 0.15,
CC genotype = sensitivity (trend)

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのCT/TT対CC、確率の比(OR)=0.70、95%信頼区間0.4〜1.3、χ2(イェーツの修正済み)=1.36、p=0.24、
CT/TT遺伝子型=防御(傾向のみ)
2.対立遺伝子。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのT対C、確率の比(OR)=0.69、95%信頼区間0.4〜1.2、χ2(イェーツの修正済み)=1.91、p=0.17、
T遺伝子型=防御(傾向のみ)
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. CT / TT vs. CC in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.70, 95% confidence interval 0.4-1.3, χ 2 (Yates corrected) = 1.36, p = 0.24,
CT / TT genotype = defense (trend only)
2. Allele. T vs C in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.69, 95% confidence interval 0.4-1.2, χ 2 (Yates modified) = 1.91, p = 0.17,
T genotype = defense (trend only)

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのGG対CG/CC、確率の比(OR)=0.74、95%信頼区間0.4〜1.2、χ2(イェーツの修正済み)=1.47、p=0.23、
GG遺伝子型=防御(傾向)
2.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者でのGG対CG/CC、確率の比(OR)=0.69、95%信頼区間0.4〜1.2、χ2(イェーツの修正済み)=2.16、p=0.14、
GG遺伝子型=防御(傾向)
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. GG vs CG / CC in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.74, 95% confidence interval 0.4-1.2, χ 2 (Yates corrected) = 1.47, p = 0.23,
GG genotype = defense (trend)
2. Genotype. GG vs CG / CC in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.69, 95% confidence interval 0.4-1.2, χ 2 (Yates corrected) = 2.16, p = 0.14,
GG genotype = defense (trend)

Figure 2006314315
*染色体の数(2n)
1.遺伝子型。COPDの患者と対照での1G1G対それ以外、確率の比(OR)=0.43、95%信頼区間0.3〜0.7、χ2(イェーツの修正済み)=13.3、p=0.0003、
1G1G遺伝子型=防御
2.対立遺伝子。COPDの患者と対照での1G対2G、確率の比(OR)=0.45、95%信頼区間0.3〜0.6、χ2(イェーツの修正済み)=28.8、p<0.0001、
1G=防御
3.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者での1G1G/1G2G対それ以外、確率の比(OR)=0.55、95%信頼区間0.4〜0.9、χ2(イェーツの修正済み)=6.83、p=0.009、
1G1G/1G2G遺伝子型=防御
4.対立遺伝子。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者での1G対2G、確率の比(OR)=0.73、95%信頼区間0.6〜1.0、χ2(イェーツの修正済み)=4.61、p=0.03、
1G=防御
5.遺伝子型。COPDの患者と対照での2G2G対1G1G/1G2G、確率の比(OR)=3.17、95%信頼区間1.9〜5.3、χ2(イェーツの修正済み)=21.4、p<0.0001、
2G2G遺伝子型=感受性
6.対立遺伝子。COPDの患者と対照での2G対1G、確率の比(OR)=2.2、95%信頼区間1.6〜3.0、χ2(イェーツの修正済み)=28.8、p<0.00001、
2G=感受性
7.遺伝子型。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者での2G2G対1G1G/1G2G、確率の比(OR)=1.81、95%信頼区間1.2〜2.9、χ2(イェーツの修正済み)=6.83、p=0.009、
2G2G遺伝子型=感受性
8.対立遺伝子。COPDの患者と抵抗力のある喫煙者での2G対1G、確率の比(OR)=1.4、95%信頼区間1.0〜1.8、χ2(イェーツの修正済み)=4.61、p=0.0003、
2G=感受性
Figure 2006314315
* Number of chromosomes (2n)
1. Genotype. 1G1G vs. other than COPD patients and controls, probability ratio (OR) = 0.43, 95% confidence interval 0.3-0.7, χ 2 (Yates corrected) = 13.3, p = 0.0003,
1G1G genotype = defense
2. Allele. 1G vs 2G in COPD patients and controls, probability ratio (OR) = 0.45, 95% confidence interval 0.3-0.6, χ 2 (Yates corrected) = 28.8, p <0.0001,
1G = Defense
3. Genotype. Probability ratio (OR) = 0.55, 95% confidence interval 0.4-0.9, χ 2 (Yates corrected) = 6.83, p = 0.009 for COPD patients and resistant smokers ,
1G1G / 1G2G genotype = defense
Four. Allele. 1G vs 2G in patients with COPD and resistant smokers, probability ratio (OR) = 0.73, 95% confidence interval 0.6-1.0, χ 2 (Yates corrected) = 4.61, p = 0.03,
1G = Defense
Five. Genotype. 2G2G vs. 1G1G / 1G2G in COPD patients and controls, probability ratio (OR) = 3.17, 95% confidence interval 1.9 to 5.3, χ 2 (Yates corrected) = 21.4, p <0.0001,
2G2G genotype = sensitivity
6. Allele. 2G vs 1G in COPD patients and controls, probability ratio (OR) = 2.2, 95% confidence interval 1.6-3.0, χ 2 (Yates corrected) = 28.8, p <0.00001,
2G = Sensitivity
7. Genotype. 2G2G vs. 1G1G / 1G2G in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.81, 95% confidence interval 1.2-2.9, χ 2 (Yates corrected) = 6.83, p = 0.009,
2G2G genotype = sensitivity
8. Allele. 2G to 1G in COPD patients and resistant smokers, probability ratio (OR) = 1.4, 95% confidence interval 1.0-1.8, χ 2 (Yates corrected) = 4.61, p = 0.0003,
2G = Sensitivity

Figure 2006314315
Figure 2006314315

Figure 2006314315
Figure 2006314315

Figure 2006314315
Figure 2006314315

Figure 2006314315
Figure 2006314315

Figure 2006314315
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考察
上記の結果から、喫煙環境に曝されている人では、いくつかの多型が、閉塞性肺疾患に対する感受性および/抵抗性と関係していることがわかる。個々の多型単独では、差があるとはいえ、受け入れられるような疾患の予測結果を提供できないように見える。これらの多型は、組み合わさることで、(COPDになっている)感受性のある喫煙者が抵抗力のある喫煙者から区別される。これらの多型は、プロモータの多型(遺伝子の発現を変化させ、したがってタンパク質の合成を変化させる)と、エキソンの多型(肺のリモデリングを起こさせることがわかっているプロセスにおいてアミノ酸配列を変化させる(発現および/または機能も変化させると考えられる)ことが知られている)の両方を表わしている。この明細書で同定された多型は、炎症、マトリックスのリモデリング、酸化ストレスなどのプロセスにとって中心的な役割を果たすタンパク質をコードしている遺伝子内に見いだされる。
Discussion From the above results, it can be seen that several polymorphisms are associated with susceptibility and / or resistance to obstructive pulmonary disease in persons exposed to smoking environments. Individual polymorphisms alone do not appear to provide acceptable disease predictions, albeit with differences. These polymorphisms, when combined, distinguish sensitive smokers (being COPD) from resistant smokers. These polymorphisms include the promoter polymorphism (which alters gene expression and hence protein synthesis) and the exon polymorphism (amino acid sequence in a process known to cause lung remodeling). Change (known to change expression and / or function)). The polymorphisms identified in this specification are found in genes that encode proteins that play a central role in processes such as inflammation, matrix remodeling, oxidative stress.

COPDである喫煙者と、肺機能がほぼ正常な喫煙者を比較することで、いくつかの多型が、比較群(血液提供者のコホートを含む)よりも有意に多いこと、または少ないことが明らかになった。   By comparing smokers with COPD and smokers with nearly normal lung function, some polymorphisms may be significantly more or less than the comparison group (including the blood donor cohort) It was revealed.

・シクロオキシゲナーゼ2遺伝子のプロモータの-765 C/G多型を分析すると、C対立遺伝子とCC/CG遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも有意に多いことが見いだされた(OR=1.92、P<0.001と、OR=1.98、P=0.003)。これは、防御という役割に合致している。血液提供者のコホートよりも頻度が多いことも、C対立遺伝子(CC遺伝子型)が抵抗力のあるグループで大きな比率を占めていることを示している(表1を参照のこと)。   Analysis of the -765 C / G polymorphism of the cyclooxygenase 2 gene promoter found that the C allele and CC / CG genotype were significantly higher in the resistant smoker cohort than in the COPD cohort (OR = 1.92, P <0.001, OR = 1.98, P = 0.003). This is consistent with the role of defense. More frequent than the blood donor cohort also indicates that the C allele (CC genotype) accounts for a large proportion of resistant groups (see Table 1).

・β2アドレナリン受容体遺伝子の16アルギニン/グリシン多型を分析すると、GG遺伝子型が、COPDのコホートで対照よりも有意に多いことが見いだされた(OR=1.83、P=0.004)。これは、この遺伝子型と喫煙への感受性が関連している可能性のあることを示している。GG遺伝子型は抵抗力のあるコホートでも大きな比率を占めているが、その効果は、防御多型の効果よりも弱い可能性がある(表2を参照のこと)。   Analysis of the 16 arginine / glycine polymorphism of the β2 adrenergic receptor gene found that the GG genotype was significantly higher than the control in the COPD cohort (OR = 1.83, P = 0.004). This indicates that this genotype and susceptibility to smoking may be related. GG genotypes also make up a large proportion of resistant cohorts, but their effects may be weaker than those of protective polymorphisms (see Table 2).

・インターロイキン18遺伝子の105 C/A多型を分析すると、A対立遺伝子とAA遺伝子型が、COPDのコホートで対照よりも有意に多いことが見いだされた(それぞれ、OR=1.46、P=0.02と、OR=1.50、P=0.04)。これは、感受性という役割に合致している。AA遺伝子型は、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホート(OR=1.35、P=0.12)より多くなってもいた。この傾向は、感受性という役割に合致している(表3aを参照のこと)。   Analysis of the 105 C / A polymorphism of interleukin 18 gene found that the A allele and AA genotype were significantly higher than the control in the COPD cohort (OR = 1.46, P = 0.02, respectively) OR = 1.50, P = 0.04). This is consistent with the role of sensitivity. The AA genotype was also more than the cohort of resistant smokers in the COPD cohort (OR = 1.35, P = 0.12). This trend is consistent with the role of sensitivity (see Table 3a).

・IL18遺伝子のプロモータの-133 G/C多型を分析すると、C対立遺伝子とCC遺伝子型が、COPDのコホートで対照よりも有意に多いことが見いだされた(それぞれ、OR=1.36、P=0.05と、OR=1.44、P=0.06)。これは、感受性という役割に合致している。CC遺伝子型は、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホートより多くなってもいた。この傾向は、感受性という役割に合致している(表3bを参照のこと)。   Analysis of the -133 G / C polymorphism of the IL18 promoter found that the C allele and CC genotype were significantly higher than the control in the COPD cohort (OR = 1.36, P = respectively) 0.05, OR = 1.44, P = 0.06). This is consistent with the role of sensitivity. The CC genotype was also more than the COPD cohort of resistant smokers. This trend is consistent with the role of sensitivity (see Table 3b).

・プラスミノーゲンアクチベータインヒビター遺伝子のプロモータの-675 4G/5Gを分析すると、5G対立遺伝子と5G5G遺伝子型が、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホートよりも有意に多いことが見いだされた(それぞれ、OR=1.33、P=0.05と、OR=1.55、P=0.08)。これは、感受性という役割に合致している。5G5Gの頻度がCOPDのコホートで血液提供者のコホートよりも多いことも、5G5G遺伝子型が感受性と関係していることを示している(表4を参照のこと)。   Analysis of the -675 4G / 5G promoter of the plasminogen activator inhibitor gene found that the 5G allele and 5G5G genotype were significantly higher than the cohort of resistant smokers in the COPD cohort (OR = 1.33, P = 0.05, OR = 1.55, P = 0.08, respectively). This is consistent with the role of sensitivity. The higher frequency of 5G5G in the COPD cohort than in the blood donor cohort also indicates that the 5G5G genotype is associated with susceptibility (see Table 4).

・NOシンターゼ3(NOS3)遺伝子の298アスパラギン酸/グルタミン酸(T/G)多型を分析すると、TT遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートで血液提供者のコホート(OR=2.2、P=0.03)よりも有意に多いことが見いだされた。これは、防御という役割に合致している(表5を参照のこと)。   When analyzing the 298 aspartate / glutamate (T / G) polymorphism of the NO synthase 3 (NOS3) gene, the TT genotype is a cohort of resistant smokers and a cohort of blood donors (OR = 2.2, P = 0.03) was found to be significantly higher. This is consistent with the role of defense (see Table 5).

・ビタミンD結合タンパク質遺伝子のリシン420トレオニン(A/C)多型を分析すると、A対立遺伝子とAA/AC遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(それぞれ、OR=1.34、P=0.05と、OR=1.39、P=0.10)。これは、防御という役割に合致している(表6aを参照のこと)。   Analysis of the ricin 420 threonine (A / C) polymorphism of the vitamin D binding protein gene reveals that there are more A alleles and AA / AC genotypes in the resistant smoker cohort than in the COPD cohort (OR = 1.34, P = 0.05, OR = 1.39, P = 0.10, respectively). This is consistent with the role of defense (see Table 6a).

・ビタミンD結合タンパク質遺伝子のグルタミン酸416アスパラギン酸(T/G)多型を分析すると、T対立遺伝子とTT/TG遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートで血液提供者のコホートよりも多いことが見いだされた(それぞれ、OR=1.27、P=0.10と、OR=1.53、P=0.06)。これは、防御という役割に合致している(表6bを参照のこと)。   Analysis of the glutamic acid 416 aspartic acid (T / G) polymorphism of the vitamin D binding protein gene has more T alleles and TT / TG genotypes in the resistant smoker cohort than the blood donor cohort (OR = 1.27, P = 0.10, OR = 1.53, P = 0.06, respectively). This is consistent with the role of defense (see Table 6b).

・グルタチオンSトランスフェラーゼP遺伝子のイソロイシン105バリン(A/G)多型を分析すると、A対立遺伝子とAA遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートで血液提供者のコホートよりも多いことが見いだされた(それぞれ、OR=1.34、P=0.05と、OR=1.45、P=0.07)。これは、防御という役割に合致している(表7を参照のこと)。   Analysis of the isoleucine 105 valine (A / G) polymorphism of the glutathione S transferase P gene reveals that there are more A alleles and AA genotypes in the resistant smoker cohort than in the blood donor cohort (OR = 1.34, P = 0.05, OR = 1.45, P = 0.07, respectively). This is consistent with the role of defense (see Table 7).

・IFN-γ遺伝子の874 A/T多型を分析すると、AA遺伝子型が、COPDのコホートで対照よりも有意に多いことが見いだされた(OR=1.51、P=0.08)。これは、感受性という役割に合致している(表8を参照のこと)。   Analysis of the 874 A / T polymorphism of the IFN-γ gene found that the AA genotype was significantly higher than the control in the COPD cohort (OR = 1.51, P = 0.08). This is consistent with the role of sensitivity (see Table 8).

・インターロイキン13遺伝子の130アルギニン/グルタミン(G/A)多型を分析すると、AA遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートで血液提供者のコホートよりも多いことが見いだされた(OR=2.94、P=0.09)。これは、防御という役割に合致している(表9aを参照のこと)。   Analysis of the 130 arginine / glutamine (G / A) polymorphism of the interleukin 13 gene found that the AA genotype was higher in the resistant smoker cohort than in the blood donor cohort (OR = 2.94, P = 0.09). This is consistent with the role of defense (see Table 9a).

・インターロイキン13遺伝子の-1055 C/T多型を分析すると、TT遺伝子型が、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホートよりも多いことが見いだされた(OR=6.03、P=0.03)。これは、感受性という役割に合致している(表9bを参照のこと)。   Analysis of the -1055 C / T polymorphism of the interleukin 13 gene found that the TT genotype was higher than the cohort of resistant smokers in the COPD cohort (OR = 6.03, P = 0.03) ). This is consistent with the role of sensitivity (see Table 9b).

・α1-アンチトリプシンS多型を分析すると、S対立遺伝子とMS/SS遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(OR=2.42、P=0.01)。これは、防御という役割に合致している(表10を参照のこと)。   Analysis of the α1-antitrypsin S polymorphism found that there were more S alleles and MS / SS genotypes in the resistant smokers cohort than in the COPD cohort (OR = 2.42, P = 0.01). This is consistent with the role of defense (see Table 10).

・腫瘍壊死因子α遺伝子の+489 G/A多型を分析すると、A対立遺伝子と、AA/AG遺伝子型が、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホート(OR=1.57、P=0.11)よりも多いことが見いだされた。これは、感受性という役割に合致している(表11aを参照のこと)。逆に、GG遺伝子型は、抵抗力のある喫煙者のコホートでより多いことが見いだされた。これは、防御という役割に合致している(表11aを参照のこと)。   When analyzing the +489 G / A polymorphism of the tumor necrosis factor α gene, the A allele and the AA / AG genotype are cohorts of resistant smokers in the COPD cohort (OR = 1.57, P = 0.11 ) Was found. This is consistent with the role of sensitivity (see Table 11a). Conversely, GG genotypes were found to be more common in resistant smokers cohorts. This is consistent with the role of defense (see Table 11a).

・腫瘍壊死因子α遺伝子のプロモータ内の-308 G/A多型を分析すると、GG遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(OR=0.77、P=0.20)。これは、防御という役割に合致している(表11bを参照のこと)。逆に、A対立遺伝子と、AA遺伝子型およびAG遺伝子型は、COPDのコホートでより多いことが見いだされた(OR=1.3、P=0.20)。これは、感受性という役割に合致している(表11bを参照のこと)。   Analysis of the -308 G / A polymorphism within the tumor necrosis factor alpha gene promoter found that the GG genotype was higher in the cohort of resistant smokers than in the COPD cohort (OR = 0.77) , P = 0.20). This is consistent with the role of defense (see Table 11b). Conversely, the A allele, AA and AG genotypes were found to be more common in the COPD cohort (OR = 1.3, P = 0.20). This is consistent with the role of sensitivity (see Table 11b).

・SMAD3遺伝子のC89Y A/G多型を分析すると、AA/AG遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(OR=0.26、P=0.07)。これは、防御という役割に合致している(表12を参照のこと)。逆に、GG遺伝子型は、COPDのコホートでより多いことが見いだされた。これは、感受性という役割に合致している(表12を参照のこと)。   ・ Analysis of the C89Y A / G polymorphism of the SMAD3 gene found that the AA / AG genotype was higher in the cohort of resistant smokers than the COPD cohort (OR = 0.26, P = 0.07) . This is consistent with the role of defense (see Table 12). Conversely, GG genotypes were found to be more common in the COPD cohort. This is consistent with the role of sensitivity (see Table 12).

・細胞間接着分子1遺伝子のE469K A/G多型を分析すると、G対立遺伝子とGG遺伝子型が、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホートよりも多いことが見いだされた(それぞれ、OR=1.3、P=0.09と、OR=1.60、P=0.07)。これは、感受性という役割に合致している(表13を参照のこと)。   Analysis of the E469K A / G polymorphism of the intercellular adhesion molecule 1 gene found that there were more G alleles and GG genotypes than the cohort of resistant smokers in the COPD cohort (respectively, OR = 1.3, P = 0.09, OR = 1.60, P = 0.07). This is consistent with the role of sensitivity (see Table 13).

・カスパーゼ(NOD2)遺伝子のグリシン881アルギニン G/C多型を分析すると、CC/CG遺伝子型が、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホートよりも多いことが見いだされた(OR=3.2、P=0.11)。これは、感受性という役割に合致している(表14を参照のこと)。   Analysis of the glycine 881 arginine G / C polymorphism of the caspase (NOD2) gene found that the CC / CG genotype was higher than the cohort of resistant smokers in the COPD cohort (OR = 3.2) , P = 0.11). This is consistent with the role of sensitivity (see Table 14).

・マンノース結合レクチン2遺伝子の161 G/A多型を分析すると、GG遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(OR=0.53、P=0.003)。これは、防御という役割に合致している(表15を参照のこと)。   Analysis of the 161 G / A polymorphism of the mannose-binding lectin 2 gene found that the GG genotype was higher in the resistant smokers cohort than the COPD cohort (OR = 0.53, P = 0.003) ). This is consistent with the role of defense (see Table 15).

・チマーゼ1遺伝子の-1903 G/A多型を分析すると、AA遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(OR=0.73、P=0.17)。これは、防御という役割に合致している(表16を参照のこと)。   Analysis of the -1903 G / A polymorphism of the chymase 1 gene found that the AA genotype was higher in the resistant smokers cohort than in the COPD cohort (OR = 0.73, P = 0.17) . This is consistent with the role of defense (see Table 16).

・N-アセチルトランスフェラーゼ2遺伝子のアルギニン197グルタミン G/A多型を分析すると、AA遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(OR=0.50、P=0.05)。これは、防御という役割に合致している(表17を参照のこと)。   Analysis of the arginine 197 glutamine G / A polymorphism of the N-acetyltransferase 2 gene found that the AA genotype was higher in the cohort of resistant smokers than in the COPD cohort (OR = 0.50, P = 0.05). This is consistent with the role of defense (see Table 17).

・インターロイキン1B遺伝子の-511 A/G多型を分析すると、GG遺伝子型が、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホートよりも多いことが見いだされた(OR=1.3、P=0.17)。これは、感受性という役割に合致している(表18を参照のこと)。   Analysis of the -511 A / G polymorphism of the interleukin 1B gene found that the GG genotype was greater than the cohort of resistant smokers in the COPD cohort (OR = 1.3, P = 0.17) ). This is consistent with the role of sensitivity (see Table 18).

・ミクロソーム・エポキシドヒドロラーゼ遺伝子のチロシン113ヒスチジン T/C多型を分析すると、TT遺伝子型が、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホートよりも多いことが見いだされた(OR=1.5、P=0.06)。これは、感受性という役割に合致している(表19aを参照のこと)。   Analysis of the tyrosine 113 histidine T / C polymorphism of the microsomal epoxide hydrolase gene found that the TT genotype was higher than the cohort of resistant smokers in the COPD cohort (OR = 1.5, P = 0.06). This is consistent with the role of sensitivity (see Table 19a).

・ミクロソーム・エポキシドヒドロラーゼ遺伝子のアルギニン139 G/A多型を分析すると、GG遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(OR=0.64、P=0.23)。これは、防御という役割に合致している(表19bを参照のこと)。   Analysis of the arginine 139 G / A polymorphism of the microsomal epoxide hydrolase gene found that the GG genotype was higher in the cohort of resistant smokers than in the COPD cohort (OR = 0.64, P = 0.23). This is consistent with the role of defense (see Table 19b).

・5リポ-オキシゲナーゼ遺伝子の-366 G/A多型を分析すると、AG/AA遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(OR=0.60、P=0.12)。これは、防御という役割に合致している(表20を参照のこと)。逆に、GG遺伝子型は、COPDのコホートでより多いことが見いだされた。これは、感受性という役割に合致している(表20を参照のこと)。   Analysis of the -366 G / A polymorphism of the 5 lipo-oxygenase gene found that the AG / AA genotype was higher in the cohort of resistant smokers than the COPD cohort (OR = 0.60, P = 0.12). This is consistent with the role of defense (see Table 20). Conversely, GG genotypes were found to be more common in the COPD cohort. This is consistent with the role of sensitivity (see Table 20).

・熱ショック・タンパク質70遺伝子のHOM T2437C多型を分析すると、CC/CT遺伝子型が、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホート(OR=2.0、P=0.002)よりも多いことが見いだされた。これは、感受性という役割に合致している(表21を参照のこと)。逆に、TT遺伝子型は、抵抗力のある喫煙者のコホートでより多いことが見いだされた。これは、防御という役割に合致している(表21を参照のこと)。   ・ Analysis of the HOM T2437C polymorphism of the heat shock protein 70 gene found that the CC / CT genotype was higher than the cohort of resistant smokers in the COPD cohort (OR = 2.0, P = 0.002) It was. This is consistent with the role of sensitivity (see Table 21). Conversely, TT genotypes were found to be more common in resistant smokers cohorts. This is consistent with the role of defense (see Table 21).

・カルシウム依存性塩素イオンチャネル1遺伝子の+13924 T/A多型を分析すると、AA遺伝子型が、COPDのコホートで抵抗力のある喫煙者のコホート(OR=1.7、P=0.03)よりも多いことが見いだされた。これは、感受性という役割に合致している(表22を参照のこと)。   When analyzing the +13924 T / A polymorphism of the calcium-dependent chloride channel 1 gene, the AA genotype is higher than the cohort of resistant smokers in the COPD cohort (OR = 1.7, P = 0.03) I found something. This is consistent with the role of sensitivity (see Table 22).

・単球分化抗原CD-14遺伝子の-159 C/T多型を分析すると、CC遺伝子型が、COPDのコホートで喫煙者のコホートよりも多いことが見いだされた(OR=1.4、P=0.15)。これは、感受性という役割に合致している(表23を参照のこと)。   Analysis of the -159 C / T polymorphism of the monocyte differentiation antigen CD-14 gene showed that the CC genotype was higher in the COPD cohort than in the smoker cohort (OR = 1.4, P = 0.15) ). This is consistent with the role of sensitivity (see Table 23).

・エラフィン遺伝子のエキソン1 +49 C/T多型を分析すると、T対立遺伝子と、CT/TT遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(それぞれ、OR=0.69、P=0.17と、OR=0.70、P=0.24)。これは、防御という役割に合致している(表24を参照のこと)。   Analysis of the exon 1 +49 C / T polymorphism of the elafin gene found that there were more T alleles and CT / TT genotypes in the resistant smoker cohort than the COPD cohort ( OR = 0.69, P = 0.17, OR = 0.70, P = 0.24, respectively. This is consistent with the role of defense (see Table 24).

・β2アドレナリン受容体遺伝子のグルタミン27グルタミン酸 C/G多型を分析すると、GG遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートと血液提供者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことが見いだされた(それぞれ、OR=0.74、P=0.23と、OR=0.69、P=0.14)。これは、防御という役割に合致している(表25を参照のこと)。   Analysis of the glutamine 27 glutamate C / G polymorphism of the β2 adrenergic receptor gene found that the GG genotype was higher in the resistant smoker and blood donor cohorts than in the COPD cohort (OR = 0.74, P = 0.23, OR = 0.69, P = 0.14, respectively). This is consistent with the role of defense (see Table 25).

・MMP1遺伝子のプロモータの-1607 1G/2G多型を分析すると、1G対立遺伝子と1G1G/1G2G遺伝子型が、抵抗力のある喫煙者のコホートでCOPDのコホートよりも有意に多いことが見いだされた(それぞれ、OR=0.73、P=0.03と、OR=0.55、P=0.009)。これは、防御という役割に合致している。1G1Gの頻度が血液提供者のコホートでCOPDのコホートよりも多いことも、1G対立遺伝子が防御であることを示している(表26を参照のこと)。   Analysis of the -1607 1G / 2G polymorphism of the MMP1 gene promoter found that the 1G allele and 1G1G / 1G2G genotype were significantly higher in the resistant smoker cohort than in the COPD cohort (OR = 0.73, P = 0.03, OR = 0.55, P = 0.009, respectively). This is consistent with the role of defense. The higher frequency of 1G1G in the blood donor cohort than in the COPD cohort also indicates that the 1G allele is protective (see Table 26).

慢性閉塞性肺疾患(例えば肺気腫やCOPD)の傾向は、個人の遺伝子構成と、さまざまな大気汚染(そのうちで喫煙が最も一般的である)への生涯を通じた曝露が組み合わさった結果であるということが受け入れられている。同様に、COPDはいくつかの閉塞性肺疾患を包含していること、そして呼出流速(例えばFEV1)の障害を特徴とすることが受け入れられている。この明細書に示したデータは、いくつかの遺伝子がCOPDの発症に関与している可能性のあることを示唆している。多数の遺伝子突然変異が組み合わさって作用することで肺の損傷を促進したり肺を損傷から保護したりすることが、抵抗力または感受性の増大と関係している可能性がある。   The trend for chronic obstructive pulmonary disease (eg emphysema and COPD) is a result of a combination of individual genetic composition and lifelong exposure to various air pollution, of which smoking is the most common It is accepted. Similarly, COPD is accepted to include several obstructive pulmonary diseases and to be characterized by impaired expiratory flow rate (eg, FEV1). The data presented in this specification suggests that several genes may be involved in the development of COPD. Numerous genetic mutations acting in combination to promote or protect against lung damage may be associated with increased resistance or sensitivity.

個々の多型の分析から、19個の防御遺伝子型を同定し、抵抗力のある喫煙者とCOPDを患っている喫煙者からなる喫煙者のコホートでその頻度を分析した。抵抗力のある喫煙者とCOPDを患っている喫煙者で防御遺伝子型(COX2のCC/CG、β2アドレナリン受容体のアルギニン16グリシンAA、インターロイキン13のアルギニン130グルタミン AA、NOシンターゼ3の298TT、ビタミンD結合タンパク質の420AA/ACの中から選択)が0個、1個、2+個存在している頻度を比較すると、有意差が見いだされた(全体のχ2=16.43、P=0.0003)。これは、防御遺伝子型を2個以上持っている喫煙者は、抵抗力が3倍以上である(OR=3.1、P=0.004)であるのに対し、防御遺伝子型を持たない喫煙者は、COPDに約2倍なりやすい(OR=1.74、P=0.006)ことを示している(表28を参照のこと)。別の方法で調べると、COPDになる可能性は、調べた防御遺伝子型を0個、1個、2+個持っている喫煙者で、それぞれ63%、55%、32%という具合に低下した。選択した別の防御遺伝子型(COX2のCC/CG、NOS3の298TT、VDBPの-420AA/AC、VDBPの-416TT/TG、GSTP1のAA、IL13の-140AA、α1-ATのMS/SSの中から選択)について分析すると、COPDになる喫煙者と抵抗力のある喫煙者の頻度に関し、テストした防御遺伝子型が0個の場合と1個以上の場合で有意差が見られた(OR=2.82、P=0.0004)(表30を参照のこと)。これは、テストした防御遺伝子型が0個だとCOPDに2〜3倍なりやすいことを示している。 From the analysis of individual polymorphisms, 19 protective genotypes were identified and their frequency was analyzed in a cohort of smokers consisting of resistant smokers and smokers suffering from COPD. Resistant smokers and smokers suffering from COPD with protective genotypes (CC / CG of COX2, arginine 16 glycine AA of β2 adrenergic receptor, arginine 130 glutamine AA of interleukin 13, 298TT of NO synthase 3, A significant difference was found when comparing the frequency of 0, 1, and 2+ vitamin D binding proteins (selected from 420AA / AC) (total χ 2 = 16.43, P = 0.0003) . This is because smokers with two or more protective genotypes are more than 3 times more resistant (OR = 3.1, P = 0.004), whereas smokers without protective genotypes It shows that it is likely to be about twice as high as COPD (OR = 1.74, P = 0.006) (see Table 28). When examined differently, the chance of becoming COPD decreased to 63%, 55%, 32%, etc. for smokers with 0, 1 and 2+ tested genotypes, respectively. . Another defense genotype selected (in COX2 CC / CG, NOS3 298TT, VDBP -420AA / AC, VDBP -416TT / TG, GSTP1 AA, IL13 -140AA, α1-AT MS / SS Analysis), there was a significant difference in the frequency of COPD smokers and resistant smokers between 0 and 1 tested genotypes (OR = 2.82). , P = 0.0004) (See Table 30). This indicates that zero defense genotypes tested are likely to be 2-3 times more likely to COPD.

個々の多型についての分析結果をもとにして17個の感受性遺伝子型を同定し、抵抗力のある喫煙者とCOPDを患っている喫煙者からなる喫煙者のコホートでその頻度を分析した。抵抗力のある喫煙者とCOPDを患っている喫煙者で感受性遺伝子型(インターロイキン18の105AA、PAI-1の-675 5G5G、インターロイキン13の-1055TT、インターフェロンγの-874TTの中から選択)が0個、1個、2+個存在している頻度を比較すると、有意差が見いだされた(全体のχ2=8.72、P=0.01)。これは、テストした感受性遺伝子型を2個以上持っている喫煙者は、COPDに2倍以上なりやすい(OR=1.9、P=0.009)のに対し、テストした感受性遺伝子型を1個持っている喫煙者は、COPDに1.5倍なりやすい(OR=1.5、P=0.05)ことを示している(表29を参照のこと)。別の方法で調べると、COPDになる可能性は、調べた感受性遺伝子型を0個、1個、2+個持っている喫煙者で、それぞれ49%、55%、68%という具合に増加した。 Based on the analysis of individual polymorphisms, 17 susceptibility genotypes were identified and their frequency was analyzed in a cohort of smokers consisting of resistant smokers and smokers suffering from COPD. Resistant smokers and smokers suffering from COPD are susceptible genotypes (choose from interleukin 18 105AA, PAI-1 -675 5G5G, interleukin 13 -1055TT, interferon gamma -874TT) When the frequencies of 0, 1, and 2+ were compared, a significant difference was found (overall χ 2 = 8.72, P = 0.01). This means that smokers with two or more tested susceptibility genotypes are more than twice as likely to have COPD (OR = 1.9, P = 0.009) versus one tested susceptibility genotype. Smokers are likely to be 1.5 times more likely to COPD (OR = 1.5, P = 0.05) (see Table 29). When examined differently, the chance of becoming COPD increased to 49%, 55%, 68%, etc. for smokers with 0, 1, or 2+ susceptibility genotypes examined. .

これらの知見は、本発明の方法により、個々の人について、症状が現われるはるか前にCOPDおよび/または肺気腫を予測できることを示している。   These findings indicate that the method of the present invention can predict COPD and / or emphysema long before symptoms appear for an individual.

したがってこれらの知見は、すでに説明したように、治療的介入および/または治療計画の機会も提供する。簡単に述べるならば、そのような介入または計画には、対象にライフスタイルの変更を準備させることや、異常な遺伝子発現または遺伝子産物の機能を正常化する治療法を含めることができる。例えばCOX2をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765G対立遺伝子は、発現がC対立遺伝子で観察されるよりも多いことに関係している。この明細書に示したように、C対立遺伝子は、COPDおよび/または肺気腫の発症素因または潜在的発症リスクに関する防御因子である。そのため-765G対立遺伝子を持つことがわかっている対象に適した治療法は、COX2をコードしている遺伝子の発現を低下させることが可能な薬剤の投与にすることができる。適切な別の治療法としては、例えば追加の治療、遺伝子治療、RNAiなどでそのような対象にCOX2阻害剤を投与することができる。別の一例では、この明細書に示したように、IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133C対立遺伝子が、COPDおよび/または肺気腫への感受性と関係している。IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133C対立遺伝子は、IL18のレベル上昇と関係しているため、-133C対立遺伝子を持つことがわかっている対象に適した治療法は、IL18をコードしている遺伝子の発現を増大させることが可能な薬剤の投与にすることができる。さらに別の一例では、この明細書に示したように、プラスミノーゲンアクチベータインヒビター遺伝子のプロモータ内の-675 5G5G遺伝子型が、COPDおよび/または肺気腫への感受性と関係している。5G対立遺伝子は、リプレッサー・タンパク質の結合増大およびその遺伝子の転写減少と関係していると報告されている。適切な1つの治療法としては、リプレッサーのレベルを低下させることが可能な薬剤および/またはリプレッサーの結合を阻止することが可能な薬剤の投与が可能である。するとそのリプレッサーが転写を下方調節する効果が緩和される。別の治療法としては遺伝子治療があり、例えばリプレッサーへの結合親和性が低下したプラスミノーゲンアクチベータインヒビター遺伝子の少なくとも1つのコピー(例えば、-675 4G4G遺伝子型を持つ遺伝子のコピー)を導入することが可能である。   These findings thus also provide opportunities for therapeutic intervention and / or treatment planning, as already explained. Briefly, such interventions or plans can include preparing a subject for a lifestyle change or a therapy that normalizes abnormal gene expression or gene product function. For example, the -765G allele within the promoter of the gene encoding COX2 is associated with more expression than is observed with the C allele. As indicated herein, the C allele is a protective factor for the predisposition or potential risk of developing COPD and / or emphysema. Therefore, a suitable treatment for a subject known to have the -765G allele can be the administration of a drug capable of reducing the expression of the gene encoding COX2. As another suitable treatment, a COX2 inhibitor can be administered to such subjects, for example, with additional therapy, gene therapy, RNAi, and the like. In another example, as demonstrated herein, the -133C allele within the promoter of the gene encoding IL18 is associated with susceptibility to COPD and / or emphysema. Because the -133C allele within the promoter of the gene encoding IL18 is associated with elevated levels of IL18, a suitable treatment for subjects known to have the -133C allele encodes IL18 It is possible to administer a drug capable of increasing the expression of the active gene. In yet another example, as indicated herein, the -675 5G5G genotype within the promoter of the plasminogen activator inhibitor gene is associated with susceptibility to COPD and / or emphysema. The 5G allele has been reported to be associated with increased repressor protein binding and decreased transcription of the gene. One suitable treatment may include administration of an agent capable of reducing the level of repressor and / or an agent capable of blocking repressor binding. This relieves the effect of the repressor down-regulating transcription. Another therapy is gene therapy, for example, introducing at least one copy of a plasminogen activator inhibitor gene with reduced binding affinity to a repressor (eg, a copy of a gene with the -675 4G4G genotype) It is possible.

このような治療で使用するのに適した方法と薬剤は従来技術でよく知られており、この明細書に記載してある。   Suitable methods and agents for use in such treatment are well known in the prior art and are described in this specification.

この明細書で説明したように感受性多型と防御多型の両方が同定されると、候補化合物をスクリーニングし、予防法および/または治療法でその候補化合物がどのような効果をもたらすかを評価する機会も提供される。そのようなスクリーニング法は、多彩な候補化合物のどれが、感受性多型の遺伝子型または表現型の効果を逆転または補償する能力を持っているか、あるいは防御多型の遺伝子型または表現型の効果を模倣したり再現したりする能力を持っているかを明らかにする操作を含んでいる。   Once both sensitive and protective polymorphisms have been identified as described in this specification, candidate compounds are screened to assess the effects of the candidate compounds in prophylactic and / or therapeutic approaches Opportunities are also provided. Such screening methods can determine whether any of a wide variety of candidate compounds have the ability to reverse or compensate for genotypic or phenotypic effects of susceptibility polymorphisms or genotypic or phenotypic effects of protective polymorphism It includes operations that reveal whether you have the ability to imitate or reproduce.

さらに、利用できる予防法または治療法に対する対象の反応しやすさを評価する方法も提供される。その方法は、適用できる治療法が、発現した遺伝子の産物の生理学的に活性な濃度を、対象の年齢と性別にとって正常な範囲と比べて大きかったり小さかったりする状態から回復させることである場合に特に応用される。その場合、この方法は、感受性多型の存在または不在を検出する操作を含んでいる。存在している場合には、遺伝子の発現が上方調節または下方調節されるため、その結果として過剰状態または欠乏状態が現われる。するとその多型が存在している対象は、治療に対して反応する可能性がある。   Further provided are methods for assessing a subject's responsiveness to available prevention or treatment methods. The method is applied when the applicable therapy is to restore the physiologically active concentration of the expressed gene product from a condition that is larger or smaller than the normal range for the subject's age and gender. Especially applied. In that case, the method includes an operation to detect the presence or absence of the susceptible polymorphism. When present, gene expression is up- or down-regulated, resulting in an over or deficient state. A subject with the polymorphism can then respond to treatment.

参考文献 References

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Papafili, A.他、2002年。「シクロオキシゲナーゼ-2において一般的なプロモータの変異は、遺伝子の発現を抑制する」、Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol.、第20巻、1631〜1635ページ。
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Waltenberg, J., 2001, “Pathophysiological basis of unstable coronary syndrome”, Herz, Vol. 26, Supplement 1, pages 2-8.

この明細書で引用したり言及したりしたすべての出版物、学術論文、他の文献や材料は、本発明に関係する当業者のレベルを示すものであり、そのようなそれぞれの文献や材料は、その全体が個別に参考として組み込まれているかのようにして、あるいはこの明細書にその全体が開示されているかのようにして、参考としてこの明細書に組み込まれているものとする。出願人は、このようなすべての特許、出版物、学術論文、ウェブ・サイト、電子的に利用できる情報、他の参考材料や参考文書からのあらゆる材料、情報を、この明細書に物理的に組み込む権利を有する。   All publications, journal articles, other references and materials cited or mentioned in this specification are indicative of the level of those skilled in the art to which this invention pertains, and each such reference or material is , Incorporated herein by reference in its entirety as if individually incorporated by reference or as if disclosed in its entirety in this specification. Applicants must physically include all such patents, publications, academic papers, websites, electronically available information, and any material and information from other reference materials and documents in this specification. Has the right to incorporate.

この明細書に記載した具体的な方法や組成物は、さまざまな実施態様、または好ましい実施態様を代表する単なる例示であり、本発明の範囲を限定することを意図していない。他の目的、特徴、実施例、実施態様は、当業者がこの明細書を見ればわかるであろうゆえ、請求項の範囲によって規定される本発明の精神に含まれる。当業者にとって、本発明の範囲と精神を逸脱することなく、この明細書に開示した本発明に対してさまざまな置換や変更をなしうることは明らかであろう。この明細書で具体的に説明した本発明は、要素または制限のどれかが欠けていても適切に実施できるが、そのことが重要であるとは、この明細書に具体的には開示されていない。例えば本発明のそれぞれのケース、実施態様、実施例において、“備える”、“主として…からなる”、“からなる”という表現はどれも、この明細書では他の2つで置き換えることが可能であるため、範囲が異なる本発明のさまざまな別の実施態様の具体例となる。また、“備える”、“含む”、“含有する”などの表現は、広く制限なしで読まれるべきである。この明細書に具体的に記載した方法やプロセスは、ステップの順番を変えて実施でき、この明細書や請求項に示したステップの順番には限定されない。この明細書と添付の請求項では、単数形“1つの”や“その”には、文脈からそうではないことが明白な場合を除き、複数形が含まれるものとする。例えば“1個の宿主細胞”と書いてある場合、そのような宿主細胞の複数形も含まれる(例えば培養物や集団)。この特許は、この明細書に具体的に開示した実施例、実施態様、方法に限定されると解釈してはならない。この特許が、審査官や特許商標庁の他の職員による言明によって制限されると解釈することは、出願人が回答書で明示的に採用した具体的な制限または留保がない限りはない。   The specific methods and compositions described herein are merely illustrative of various embodiments or preferred embodiments and are not intended to limit the scope of the invention. Other objects, features, examples, and embodiments will be within the spirit of the invention as defined by the scope of the claims, since those skilled in the art will recognize from this specification. It will be apparent to those skilled in the art that various substitutions and modifications can be made to the invention disclosed in this specification without departing from the scope and spirit of the invention. Although the invention specifically described in this specification may be properly practiced in the absence of any elements or limitations, it is specifically disclosed in this specification that this is important. Absent. For example, in each case, embodiment, and example of the present invention, the expressions “comprising”, “consisting mainly of”, and “consisting of” can all be replaced by the other two in this specification. As such, it is illustrative of various alternative embodiments of the invention that have different ranges. In addition, expressions such as “comprising”, “including”, “containing” should be read without limitation. The methods and processes specifically described in this specification can be performed by changing the order of steps, and are not limited to the order of steps shown in this specification and claims. In this specification and the appended claims, the singular forms “a” and “an” include the plural unless the context clearly dictates otherwise. For example, reference to “a host cell” includes plural forms of such host cells (eg, cultures or populations). This patent should not be construed as limited to the examples, embodiments, and methods specifically disclosed in this specification. Interpreting this patent as limited by statements by the examiner or other officials of the Patent and Trademark Office is not subject to specific restrictions or reservations expressly adopted by the applicant in the response.

使用した用語や表現は、説明のために用いたのであって範囲を制限することが目的ではないため、そのような用語や表現を使用するとき、記載されている表現またはその一部と同等なあらゆる表現が除外されることはなく、請求項に記載した本発明の範囲でさまざまな変更が可能であると考えられる。したがって、この明細書では本発明を好ましい実施態様やオプションとなる特徴に基づいて具体的に開示したが、当業者であれば、この明細書に開示した考え方のさまざまな改変や変更を思いつくであろう。そしてそのような改変や変更は、添付の請求項に規定されているように、本発明の範囲に含まれると考えられる。   The terms and expressions used are used for explanation and are not intended to limit the scope, so when such terms and expressions are used, they are equivalent to the stated expressions or parts thereof All expressions are not excluded and various modifications are possible within the scope of the invention as defined in the claims. Thus, although this specification specifically discloses the invention based on preferred embodiments and optional features, those skilled in the art will be able to conceive various modifications and changes to the concept disclosed herein. Let's go. Such modifications and changes are considered to be within the scope of the present invention as defined in the appended claims.

COPDを患っている人の割合を、変異した防御遺伝子の数に対してプロットしたグラフである。It is the graph which plotted the ratio of the person suffering from COPD with respect to the number of the mutated defense genes. COPDを患っている人の割合を、変異した感受性遺伝子の数に対してプロットしたグラフである。ここには直線的な関係が存在しており、変異した感受性遺伝子を4つ以上持つ人の80%という高い割合がCOPDになることが推定される。It is the graph which plotted the ratio of the person suffering from COPD with respect to the number of the susceptibility genes which were mutated. There is a linear relationship here, and it is estimated that as high as 80% of people with four or more mutated susceptibility genes become COPD.

Claims (53)

対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べる方法、並びに/あるいはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を診断する方法であって、
COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 C/G;
IL18をコードしている遺伝子内の105 C/A;
IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 G/C;
PAI-1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G;
IFN-γをコードしている遺伝子内の874 A/T;
腫瘍壊死因子α(TNFα)をコードしている遺伝子内の+489 G/A;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y A/G;
細胞間接着分子1(ICAM1)をコードしている遺伝子内のE469K A/G;
カスパーゼ(NOD2)をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン G/C;
マンノース結合レクチン2(MBL2)をコードしている遺伝子内の161 G/A;
チマーゼ1(CMA1)をコードしている遺伝子内の-1903 G/A;
N-アセチルトランスフェラーゼ2(NAT2)をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン G/A;
5リポ-オキシゲナーゼ(ALOX5)をコードしている遺伝子内の-366 G/A;
熱ショック・タンパク質70(HSP70)をコードしている遺伝子内のHOM T2437C;
カルシウム依存性塩素イオンチャネル1(CLCA1)をコードしている遺伝子内の+13924 T/A;
単球分化抗原CD-14(CD-14)をコードしている遺伝子内の-159 C/T;
エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 C/T;
MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G(1G対立遺伝子だけに関する);
上記いずれかの多型と連鎖不平衡になっている多型;
からなるグループの中から選択した1つ以上の多型を分析する操作を含んでおり、
その遺伝子型が、その対象が持つCOPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを示している方法。
A method to determine whether a subject has a predisposition to and / or a potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema, and / or a method of diagnosing the likelihood of developing COPD and / or emphysema And
-765 C / G in the promoter of the gene encoding COX2;
105 C / A within the gene encoding IL18;
-133 G / C within the promoter of the gene encoding IL18;
-675 4G / 5G within the promoter of the gene encoding PAI-1;
874 A / T in the gene encoding IFN-γ;
+489 G / A in the gene encoding tumor necrosis factor α (TNFα);
C89Y A / G in the gene encoding SMAD3;
E469K A / G in the gene encoding intercellular adhesion molecule 1 (ICAM1);
Glycine 881 arginine G / C in the gene encoding caspase (NOD2);
161 G / A in the gene encoding mannose-binding lectin 2 (MBL2);
-1903 G / A in the gene encoding chymase 1 (CMA1);
Arginine 197 Glutamine G / A in the gene encoding N-acetyltransferase 2 (NAT2);
-366 G / A in the gene encoding 5 lipo-oxygenase (ALOX5);
HOM T2437C in the gene encoding heat shock protein 70 (HSP70);
+13924 T / A in the gene encoding calcium-dependent chloride channel 1 (CLCA1);
-159 C / T in the gene encoding monocyte differentiation antigen CD-14 (CD-14);
Exon 1 +49 C / T in the gene encoding elafin;
-1607 1G / 2G (for the 1G allele only) within the promoter of the gene encoding MMP1;
A polymorphism in linkage disequilibrium with any of the above polymorphisms;
Including analyzing one or more polymorphisms selected from the group consisting of:
A method wherein the genotype indicates a predisposition and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema in the subject.
上記分析が、シクロオキシゲナーゼ2をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 C/G多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is or includes an analysis of the -765 C / G polymorphism in the promoter of the gene encoding cyclooxygenase 2 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism 2. The method of claim 1, wherein 上記分析が、インターロイキン18をコードしている遺伝子内の105 C/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is or includes an analysis of a 105 C / A polymorphism within the gene encoding interleukin 18 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism The method of claim 1. 上記分析が、インターロイキン18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 G/C多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is or is an analysis of the -133 G / C polymorphism in the promoter of the gene encoding interleukin 18, and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. 2. The method of claim 1 comprising. 上記分析が、プラスミノーゲンアクチベータインヒビター1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is an analysis of the -675 4G / 5G polymorphism within the promoter of the gene encoding plasminogen activator inhibitor 1, and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorph, or 2. The method of claim 1, comprising the analysis. 上記分析が、インターフェロンγをコードしている遺伝子内の874 A/T多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The analysis is or includes an analysis of a 874 A / T polymorphism in the gene encoding interferon γ and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with the polymorphism, The method of claim 1. 上記分析が、腫瘍壊死因子αをコードしている遺伝子内の489 G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The analysis is, or includes, an analysis of a 489 G / A polymorphism within the gene encoding tumor necrosis factor α and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. The method of claim 1 wherein: 上記分析が、SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y A/G多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The analysis is or includes an analysis of a C89Y A / G polymorphism within the gene encoding SMAD3 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. Item 2. The method according to Item 1. 上記分析が、細胞間接着分子1をコードしている遺伝子内のE469K A/G多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is, or includes, an analysis of the E469K A / G polymorphism in the gene encoding intercellular adhesion molecule 1 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. 2. The method of claim 1, wherein 上記分析が、カスパーゼ(NOD2)をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン 多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is or includes an analysis of the glycine 881 arginine polymorphism in the gene encoding caspase (NOD2) and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism The method of claim 1. 上記分析が、マンノース結合レクチン2をコードしている遺伝子内の161 G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is, or includes, analysis of a 161 G / A polymorphism in the gene encoding mannose-binding lectin 2 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism. The method of claim 1 wherein: 上記分析が、チマーゼ1をコードしている遺伝子内の-1903 G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The analysis is or includes an analysis of the -1903 G / A polymorphism within the gene encoding chymase 1 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism The method of claim 1. 上記分析が、N-アセチルトランスフェラーゼ2をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is or is an analysis of the arginine 197 glutamine G / A polymorphism in the gene encoding N-acetyltransferase 2 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism The method of claim 1, comprising: 上記分析が、5リポ-オキシゲナーゼをコードしている遺伝子内の-366 G/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is, or includes, an analysis of the -366 G / A polymorphism in the gene encoding 5 lipo-oxygenase and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism 2. The method of claim 1, wherein 上記分析が、熱ショック・タンパク質70をコードしている遺伝子内のHOM T2437C多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is or includes an analysis of a HOM T2437C polymorphism in the gene encoding heat shock protein 70 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism The method of claim 1. 上記分析が、カルシウム依存性塩素イオンチャネル1をコードしている遺伝子内の+13924 T/A多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The analysis is for the +13924 T / A polymorphism in the gene encoding calcium-dependent chloride channel 1 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorph, or 2. The method of claim 1, comprising analysis. 上記分析が、単球分化抗原CD-14をコードしている遺伝子内の-159 C/T多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The analysis is for the -159 C / T polymorphism in the gene encoding the monocyte differentiation antigen CD-14 and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorph, or 2. The method of claim 1, comprising analysis. 上記分析が、エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 C/T多型、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is or includes an analysis of exon 1 +49 C / T polymorphism in the gene encoding elafin and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism The method of claim 1 wherein: 上記分析が、MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G多型(1G対立遺伝子だけに関する)、および/またはこの多型と連鎖不平衡になっている多型の分析である、あるいはその分析を含んでいる、請求項1に記載の方法。   The above analysis is an analysis of the -1607 1G / 2G polymorphism within the promoter of the gene encoding MMP1 (for the 1G allele only) and / or a polymorphism in linkage disequilibrium with this polymorphism 2. The method of claim 1 comprising an analysis thereof. 上記分析が、
β2アドレナリン受容体をコードしている遺伝子内の16アルギニン/グリシン;
インターロイキン13(IL13)をコードしている遺伝子内の130アルギニン/グルタミン(G/A);
NOシンターゼ3(NOS3)をコードしている遺伝子内の298アスパラギン酸/グルタミン酸(T/G);
グルタチオンSトランスフェラーゼP(GST-P)をコードしている遺伝子内のイソロイシン105バリン(A/G);
ビタミンD結合タンパク質(VDBP)をコードしている遺伝子内のグルタミン酸416アスパラギン酸(T/G);
ビタミンD結合タンパク質をコードしている遺伝子内のリシン420トレオニン(A/C);
インターロイキン13をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1055 C/T;
TNFαをコードしている遺伝子のプロモータ内の-308 G/A;
インターロイキン1B(IL1B)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-511 A/G;
ミクロソーム・エポキシドヒドロラーゼ(MEH)をコードしている遺伝子内のチロシン113ヒスチジン T/C;
MEHをコードしている遺伝子内のアルギニン139 G/A;
ADBRをコードしている遺伝子内のグルタミン27グルタミン酸 C/G;
これらの多型と連鎖不平衡になっている多型;
からなるグループの中から選択した1つ以上の多型の分析をさらに含む、請求項1〜19のいずれか1項に記載の方法。
The above analysis
16 arginine / glycine in the gene encoding the β2 adrenergic receptor;
130 arginine / glutamine (G / A) within the gene encoding interleukin 13 (IL13);
298 aspartate / glutamate (T / G) in the gene encoding NO synthase 3 (NOS3);
Isoleucine 105 valine (A / G) in the gene encoding glutathione S-transferase P (GST-P);
Glutamic acid 416 aspartic acid (T / G) in the gene encoding vitamin D binding protein (VDBP);
Lysine 420 threonine (A / C) in the gene encoding vitamin D binding protein;
-1055 C / T in the promoter of the gene encoding interleukin-13;
-308 G / A in the promoter of the gene encoding TNFα;
-511 A / G in the promoter of the gene encoding interleukin 1B (IL1B);
Tyrosine 113 histidine T / C in the gene encoding microsomal epoxide hydrolase (MEH);
Arginine 139 G / A in the gene encoding MEH;
Glutamine 27 glutamic acid C / G in the gene encoding ADBR;
Polymorphisms that are in linkage disequilibrium with these polymorphisms;
20. The method of any one of claims 1-19, further comprising analysis of one or more polymorphisms selected from the group consisting of:
上記分析が、
MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G(2G対立遺伝子だけに関する);
MMP9をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1562 C/T;
GST-1をコードしている遺伝子内のM1ヌル;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子の3'領域内の1237 G/A;
MMP12をコードしている遺伝子のプロモータ内の-82 A/G;
TGFβをコードしている遺伝子のコドン10内のT→C;
SOD3をコードしている遺伝子内の760 C/G;
TIMP3をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1296 T/C;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内のS突然変異;及び
これらの多型と連鎖不平衡になっている多型;
からなるグループの中から選択した1つ以上の多型の分析をさらに含む、請求項1〜20と39のいずれか1項に記載の方法。
The above analysis
-1607 1G / 2G (for the 2G allele only) within the promoter of the gene encoding MMP1;
-1562 C / T in the promoter of the gene encoding MMP9;
M1 null in the gene encoding GST-1;
1237 G / A in the 3 ′ region of the gene encoding α1-antitrypsin;
-82 A / G within the promoter of the gene encoding MMP12;
T → C within codon 10 of the gene encoding TGFβ;
760 C / G within the gene encoding SOD3;
-1296 T / C within the promoter of the gene encoding TIMP3;
S mutations in the gene encoding α1-antitrypsin; and polymorphisms that are in linkage disequilibrium with these polymorphisms;
40. The method of any one of claims 1-20 and 39, further comprising analysis of one or more polymorphisms selected from the group consisting of:
対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べる方法、並びに/あるいはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を診断する方法であって、
COPDおよび/または肺気腫の素因の減少、および/または潜在的リスクの減少、および/または発症の減少と関係する少なくとも1つの防御SNP遺伝子型の存在または不在を調べ;
どの防御SNP遺伝子型も存在していない場合には、COPDおよび/または肺気腫の傾向、および/または潜在的なリスク、および/または発症と関係する少なくとも1つの感受性SNP遺伝子型の存在または不在を調べる操作を含んでおり;
防御SNP遺伝子型が1つ以上存在していることは、COPDおよび/または肺気腫の素因の減少、および/または潜在的なリスクの減少、および/または発症の減少を示しており、任意の防御SNP遺伝子型の不在と少なくとも1つの感受性SNP遺伝子型の存在との組み合わせが、COPDおよび/または肺気腫の素因の増加、および/または潜在的なリスクの増加、および/または発症の増加を示している方法。
A method to determine whether a subject has a predisposition to and / or a potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema, and / or a method of diagnosing the likelihood of developing COPD and / or emphysema And
Examining the presence or absence of at least one protective SNP genotype associated with reduced predisposition to COPD and / or emphysema, and / or reduced potential risk, and / or reduced incidence;
In the absence of any protective SNP genotype, examine the presence or absence of at least one susceptible SNP genotype associated with COPD and / or emphysema trends and / or potential risk and / or development Including operations;
The presence of one or more protective SNP genotypes indicates a decreased predisposition to COPD and / or emphysema and / or a reduced potential risk and / or a reduced incidence, and any protective SNP A method wherein the combination of absence of genotype and presence of at least one susceptible SNP genotype indicates an increased predisposition to COPD and / or emphysema and / or an increased risk and / or increased onset .
上記少なくとも1つの防御SNP遺伝子型の選択を、
COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 CCまたはCG;
IL13をコードしている遺伝子内の130アルギニン/グルタミン AA;
NOS3をコードしている遺伝子内の298アスパラギン酸/グルタミン酸 TT;
VDBPをコードしている遺伝子内のリシン420トレオニン AAまたはAC;
VDBPをコードしている遺伝子内のグルタミン酸416アスパラギン酸 TTまたはTG;
GSTP-1をコードしている遺伝子内のイソロイシン105バリン AA;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内のMS;
TNFαをコードしている遺伝子内の+489 GG;
TNFαをコードしている遺伝子内の-308 GG;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y AAまたはAG;
MBL2をコードしている遺伝子内の161 GG;
CMA1をコードしている遺伝子内の-1903 AA;
NAT2をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン AA;
MEHをコードしている遺伝子内のヒスチジン139アルギニン GG;
ALOX5をコードしている遺伝子内の-366 AAまたはAG;
HSP70をコードしている遺伝子内のHOM T2437C TT;
エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 CTまたはTT;
ADBRをコードしている遺伝子内のグルタミン27グルタミン酸 GG;
MMP1をコードしている遺伝子内の-1607 1G1Gまたは1G2G;
からなるグループの中から行なう、請求項22に記載の方法。
Selection of the at least one protective SNP genotype,
-765 CC or CG within the promoter of the gene encoding COX2;
130 arginine / glutamine AA within the gene encoding IL13;
298 aspartic acid / glutamic acid TT within the gene encoding NOS3;
Lysine 420 threonine AA or AC within the gene encoding VDBP;
Glutamic acid 416 aspartic acid TT or TG in the gene encoding VDBP;
Isoleucine 105 valine AA in the gene encoding GSTP-1;
MS in the gene encoding α1-antitrypsin;
+489 GG in the gene encoding TNFα;
-308 GG in the gene encoding TNFα;
C89Y AA or AG within the gene encoding SMAD3;
161 GG within the gene encoding MBL2;
-1903 AA within the gene encoding CMA1;
Arginine 197 glutamine AA in the gene encoding NAT2;
Histidine 139 arginine GG in the gene encoding MEH;
-366 AA or AG within the gene encoding ALOX5;
HOM T2437C TT within the gene encoding HSP70;
Exon 1 +49 CT or TT within the gene encoding elafin;
Glutamine 27 glutamate GG in the gene encoding ADBR;
-1607 1G1G or 1G2G within the gene encoding MMP1;
23. The method of claim 22, wherein the method is performed from the group consisting of:
上記少なくとも1つの防御SNP遺伝子型の選択を、
SOD3をコードしている遺伝子内の+760GGまたは+760CG;
TIMP3をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1296TT;
TGFβをコードしている遺伝子のコドン10内のCC(ホモP対立遺伝子);
からなるグループの中からも行なう、請求項23に記載の方法。
Selection of the at least one protective SNP genotype,
+ 760GG or + 760CG in the gene encoding SOD3;
-1296TT within the promoter of the gene encoding TIMP3;
CC (homo P allele) within codon 10 of the gene encoding TGFβ;
24. The method of claim 23, wherein the method is also performed from a group consisting of:
上記感受性SNP遺伝子型をテストするとき、
その感受性SNP遺伝子型の選択を、
インターロイキン18をコードしている遺伝子内の105 AA;
インターロイキン18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 CC;
プラスミノーゲンアクチベータインヒビター1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 5G5G;
インターロイキン13をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1055 TT;
インターフェロンγをコードしている遺伝子内の874 AA;
TNFαをコードしている遺伝子内の+489 AAまたはAG;
TNFαをコードしている遺伝子内の-308 AAまたはAG;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y GG;
ICAM1をコードしている遺伝子内のE469K GG;
NOD2をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン GCまたはCC;
IL1Bをコードしている遺伝子内の-511 GG;
MEHをコードしている遺伝子内のチロシン113ヒスチジン TT;
ALOX5をコードしている遺伝子内の-366 GG;
HSP70をコードしている遺伝子内のHOM T2437C CCまたはCT;
CLCA1をコードしている遺伝子内の+13924 AA;及び
CD-14をコードしている遺伝子内の-159 CC;
からなるグループの中から行なう、請求項22〜24のいずれか1項に記載の方法。
When testing the susceptibility SNP genotype,
The selection of the susceptibility SNP genotype,
105 AA in the gene encoding interleukin-18;
-133 CC in the promoter of the gene encoding interleukin-18;
-675 5G5G in the promoter of the gene encoding plasminogen activator inhibitor 1;
-1055 TT within the promoter of the gene encoding interleukin-13;
874 AA in the gene encoding interferon gamma;
+489 AA or AG within the gene encoding TNFα;
-308 AA or AG within the gene encoding TNFα;
C89Y GG in the gene encoding SMAD3;
E469K GG in the gene encoding ICAM1;
Glycine 881 arginine GC or CC within the gene encoding NOD2;
-511 GG in the gene encoding IL1B;
Tyrosine 113 histidine TT in the gene encoding MEH;
-366 GG within the gene encoding ALOX5;
HOM T2437C CC or CT within the gene encoding HSP70;
+13924 AA within the gene encoding CLCA1; and
-159 CC within the gene encoding CD-14;
The method according to any one of claims 22 to 24, wherein the method is carried out from the group consisting of
上記感受性SNP遺伝子型をテストするとき、
その感受性SNP遺伝子型の選択を、
MMP12をコードしている遺伝子のプロモータ内の-82 AA;
MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 2G2G;
MMP9をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1562 CTまたは-1562 TT;及び
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子の3'領域内の1237 AGまたは1237 AA(対立遺伝子の遺伝子型がTtまたはtt);
からなるグループの中からも行なう、請求項25に記載の方法。
When testing the susceptibility SNP genotype,
The selection of the susceptibility SNP genotype,
-82 AA within the promoter of the gene encoding MMP12;
-1607 2G2G within the promoter of the gene encoding MMP1;
-1562 CT or -1562 TT in the promoter of the gene encoding MMP9; and 1237 AG or 1237 AA in the 3 'region of the gene encoding α1-antitrypsin (the allelic genotype is Tt or tt);
26. The method of claim 25, wherein the method is also performed from the group consisting of:
請求項1〜26のいずれか1項に記載の方法で使用する1つ以上のヌクレオチド・プローブおよび/またはヌクレオチド・プライマーであって、その1つ以上のヌクレオチド・プローブおよび/またはヌクレオチド・プライマーが、分析する多型が存在している遺伝子内の多型領域をカバーしているか、その1つ以上のヌクレオチド・プローブおよび/またはヌクレオチド・プライマーを用いて遺伝子内で分析する多型が存在している多型領域をカバーするように使用することが可能である、ヌクレオチド・プローブおよび/またはヌクレオチド・プライマー。   One or more nucleotide probes and / or nucleotide primers for use in the method of any one of claims 1 to 26, wherein the one or more nucleotide probes and / or nucleotide primers are: Covers the polymorphic region in the gene in which the polymorphism to be analyzed exists, or there is a polymorphism to be analyzed in the gene using its one or more nucleotide probes and / or nucleotide primers Nucleotide probes and / or nucleotide primers that can be used to cover polymorphic regions. 請求項1に記載のグループから選択した1つ以上の感受性多型または防御多型をコードしている核酸配列とのハイブリダイゼーション、またはそれと相補的な配列とのハイブリダイゼーションが可能な核酸配列が提示された基板を有する核酸マイクロアレイ。   A nucleic acid sequence capable of hybridizing to a nucleic acid sequence encoding one or more sensitive or protective polymorphisms selected from the group of claim 1 or to a complementary sequence thereof is presented. A nucleic acid microarray having a patterned substrate. COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクが増加している対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫を発症している対象の治療方法であって、請求項23に記載のグループから選択した防御遺伝子型の存在および/または機能上の効果をその対象の体内で遺伝子型または表現型に関して再現するステップを含む方法。   24. A method of treating a subject having an increased predisposition to and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema, or a subject developing COPD and / or emphysema, selected from the group of claim 23 Reproducing the presence and / or functioning effect of the protected genotype with respect to genotype or phenotype in the subject's body. COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクが増加している対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫を発症している対象であって、発現した遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が、その対象の年齢と性別にとって正常な範囲の外にあるように遺伝子の発現を上方調節または下方調節する、請求項25に記載のグループから選択した検出可能な感受性遺伝子型を持っている対象の治療方法であって、その発現した遺伝子産物の生理学的に活性な濃度を、その対象の年齢と性別にとって正常な範囲内に戻すステップを含む方法。   A subject with an increased predisposition to and / or potential risk of developing COPD and / or emphysema, or a subject who has developed COPD and / or emphysema, and has a physiologically active concentration of the expressed gene product Wherein the subject has a detectable susceptibility genotype selected from the group of claim 25, wherein the expression of the gene is upregulated or downregulated to be outside the normal range for the subject's age and gender. A method of treatment comprising returning the physiologically active concentration of the expressed gene product to a range that is normal for the age and sex of the subject. COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、COX2をコードしている遺伝子のプロモータ内に存在する-765 C/G多型の位置にGG遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でCOX2の活性を低下させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法。   A subject with a predisposition to and / or a potential risk of developing COPD and / or emphysema, or a subject who has COPD and / or emphysema and is within the promoter of the gene encoding COX2 -765 C A method of treating a subject known to have a GG genotype at the position of the / G polymorphism, and administering to the subject an agent that can reduce COX2 activity in the subject's body A method involving operations. 上記薬剤が、COX2阻害剤、または非ステロイド抗炎症薬(NSAID)である、請求項31に記載の方法。   32. The method of claim 31, wherein the agent is a COX2 inhibitor or a non-steroidal anti-inflammatory drug (NSAID). 上記COX2阻害剤の選択を、セレブレックス(セレコキシブ)、ベクストラ(バルデコキシブ)、ビオックス(ロフェコキシブ)からなるグループの中から行なう、請求項32に記載の方法。   33. The method of claim 32, wherein the selection of the COX2 inhibitor is performed from the group consisting of Celebrex (celecoxib), Bextra (valdecoxib), Biox (rofecoxib). COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、インターロイキン18をコードしている遺伝子内の105 C/A多型の位置にAA遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でインターロイキン18の活性を増大させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法。   A subject with a predisposition to and / or a potential risk of developing COPD and / or emphysema, or a subject who has COPD and / or emphysema, and has an average of 105 C / A in the gene encoding interleukin-18 A method of treating a subject whose AA genotype is known to exist at the location of the mold, and administering an agent capable of increasing the activity of interleukin 18 in the subject's body Including methods. COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、インターロイキン18をコードしている遺伝子内の-133 G/C多型の位置にCC遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でインターロイキン18の活性を増大させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法。   -133 G / C in a gene that predisposes to and / or has a potential risk of developing COPD and / or pulmonary emphysema, or is COPD and / or pulmonary emphysema and encodes interleukin-18 A method of treating a subject whose CC genotype is known to be present at the polymorphic position, wherein the subject is administered a drug capable of increasing the activity of interleukin 18 in the subject's body A method involving operations. COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、プラスミノーゲンアクチベータインヒビター1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G多型の位置に5G5G遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でプラスミノーゲンアクチベータインヒビター1の活性を増大させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法。   Within the promoter of a gene encoding plasminogen activator inhibitor 1 that is a subject with a predisposition to and / or a potential risk of developing COPD and / or emphysema, or who has COPD and / or emphysema -675 Treatment of a subject known to have a 5G5G genotype at the position of the 4G / 5G polymorphism, which can increase the activity of plasminogen activator inhibitor 1 in the subject's body A method comprising administering an agent to the subject. COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、インターフェロン-γをコードしている遺伝子内の874 A/T多型の位置にAA遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でインターフェロン-γの活性を変化させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法。   Subjects with a predisposition to and / or potential risk of developing COPD and / or pulmonary emphysema, or subjects with COPD and / or pulmonary emphysema, with 874 A / T in the gene encoding interferon-γ A method of treating a subject whose AA genotype is known to be present at the location of the mold, and administering an agent capable of altering interferon-γ activity in the subject's body Including methods. COPDおよび/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つ対象、あるいはCOPDおよび/または肺気腫になっている対象であって、CD-14をコードしている遺伝子内の-159 C/T多型の位置にCC遺伝子型が存在していることがわかっている対象の治療方法であって、その対象の体内でCD-14および/またはIgEの活性を変化させることが可能な薬剤をその対象に投与する操作を含む方法。   -159 C / T in a gene that is predisposed to and / or a potential risk of developing COPD and / or emphysema, or who has COPD and / or emphysema, and that encodes CD-14 A method of treating a subject whose CC genotype is known to be present at the polymorphic position, wherein a drug capable of altering CD-14 and / or IgE activity in the subject's body A method comprising an operation of administering to a subject. 対象が慢性閉塞性肺疾患(COPD)および/または肺気腫の発症素因および/または潜在的発症リスクを持つかどうかを調べる方法、並びに/あるいはCOPDおよび/または肺気腫の発症可能性を診断する方法であって、
シクロオキシゲナーゼ(COX2)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-765 C/G;
インターロイキン18(IL18)をコードしている遺伝子内の105 C/A;
IL18をコードしている遺伝子のプロモータ内の-133 G/C;
プラスミノーゲンアクチベータインヒビター1(PAI-1)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-675 4G/5G;
インターフェロン-γ(IFN-γ)をコードしている遺伝子内の874 A/T;
β2アドレナリン受容体をコードしている遺伝子内の16アルギニン/グリシン;
インターロイキン13(IL13)をコードしている遺伝子内の130アルギニン/グルタミン(G/A);
NOシンターゼ3(NOS3)をコードしている遺伝子内の298アスパラギン酸/グルタミン酸;
グルタチオンSトランスフェラーゼP(GST-P)をコードしている遺伝子内のイソロイシン105バリン(A/G);
ビタミンD結合タンパク質(VDBP)をコードしている遺伝子内のグルタミン酸416アスパラギン酸(T/G);
ビタミンD結合タンパク質をコードしている遺伝子内のリシン420トレオニン(A/C);
インターロイキン13をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1055 C/T;
α1-アンチトリプシンをコードしている遺伝子内のS突然変異;
腫瘍壊死因子α(TNFα)をコードしている遺伝子内の+489 G/A;
SMAD3をコードしている遺伝子内のC89Y A/G;
細胞間接着分子1(ICAM1)をコードしている遺伝子内のE469K A/G;
カスパーゼ(NOD2)をコードしている遺伝子内のグリシン881アルギニン G/C;
マンノース結合レクチン2(MBL2)をコードしている遺伝子内の161 G/A;
チマーゼ1(CMA1)をコードしている遺伝子内の-1903 G/A;
N-アセチルトランスフェラーゼ2(NAT2)をコードしている遺伝子内のアルギニン197グルタミン G/A;
5リポ-オキシゲナーゼ(ALOX5)をコードしている遺伝子内の-366 G/A;
熱ショック・タンパク質70(HSP70)をコードしている遺伝子内のHOM T2437C;
カルシウム依存性塩素イオンチャネル1(CLCA1)をコードしている遺伝子内の+13924 T/A;
単球分化抗原CD-14(CD-14)をコードしている遺伝子内の-159 C/T;
エラフィンをコードしている遺伝子内のエキソン1 +49 C/T;
TNFαをコードしている遺伝子のプロモータ内の-308 G/A;
インターロイキン1B(IL1B)をコードしている遺伝子のプロモータ内の-511 A/G;
ミクロソーム・エポキシドヒドロラーゼ(MEH)をコードしている遺伝子内のチロシン113ヒスチジン T/C;
MEHをコードしている遺伝子内のアルギニン139 G/A;
ADBRをコードしている遺伝子内のグルタミン27グルタミン酸 C/G;及び
MMP1をコードしている遺伝子のプロモータ内の-1607 1G/2G(1G対立遺伝子だけに関する);
からなるグループの中から選択した2つ以上の多型を分析する操作を含む方法。
A method to determine whether a subject has a predisposition to and / or a potential risk of developing chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and / or emphysema, and / or a method of diagnosing the likelihood of developing COPD and / or emphysema And
-765 C / G in the promoter of the gene encoding cyclooxygenase (COX2);
105 C / A within the gene encoding interleukin 18 (IL18);
-133 G / C within the promoter of the gene encoding IL18;
-675 4G / 5G in the promoter of the gene encoding plasminogen activator inhibitor 1 (PAI-1);
874 A / T in the gene encoding interferon-γ (IFN-γ);
16 arginine / glycine in the gene encoding the β2 adrenergic receptor;
130 arginine / glutamine (G / A) within the gene encoding interleukin 13 (IL13);
298 aspartic acid / glutamic acid in the gene encoding NO synthase 3 (NOS3);
Isoleucine 105 valine (A / G) in the gene encoding glutathione S-transferase P (GST-P);
Glutamic acid 416 aspartic acid (T / G) in the gene encoding vitamin D binding protein (VDBP);
Lysine 420 threonine (A / C) in the gene encoding vitamin D binding protein;
-1055 C / T in the promoter of the gene encoding interleukin-13;
an S mutation in the gene encoding α1-antitrypsin;
+489 G / A in the gene encoding tumor necrosis factor α (TNFα);
C89Y A / G in the gene encoding SMAD3;
E469K A / G in the gene encoding intercellular adhesion molecule 1 (ICAM1);
Glycine 881 arginine G / C in the gene encoding caspase (NOD2);
161 G / A in the gene encoding mannose-binding lectin 2 (MBL2);
-1903 G / A in the gene encoding chymase 1 (CMA1);
Arginine 197 Glutamine G / A in the gene encoding N-acetyltransferase 2 (NAT2);
-366 G / A in the gene encoding 5 lipo-oxygenase (ALOX5);
HOM T2437C in the gene encoding heat shock protein 70 (HSP70);
+13924 T / A in the gene encoding calcium-dependent chloride channel 1 (CLCA1);
-159 C / T in the gene encoding monocyte differentiation antigen CD-14 (CD-14);
Exon 1 +49 C / T in the gene encoding elafin;
-308 G / A in the promoter of the gene encoding TNFα;
-511 A / G in the promoter of the gene encoding interleukin 1B (IL1B);
Tyrosine 113 histidine T / C in the gene encoding microsomal epoxide hydrolase (MEH);
Arginine 139 G / A in the gene encoding MEH;
Glutamine 27 glutamate C / G within the gene encoding ADBR; and
-1607 1G / 2G (for the 1G allele only) within the promoter of the gene encoding MMP1;
A method comprising analyzing two or more polymorphisms selected from the group consisting of:
請求項1に記載のグループから選択した感受性多型または防御多型と結びついたときに発現が上方調節または下方調節される遺伝子の発現産物と結合できる抗体を提示する基板を含む抗体マイクロアレイ。   2. An antibody microarray comprising a substrate presenting an antibody capable of binding to an expression product of a gene whose expression is upregulated or downregulated when associated with a sensitive or protective polymorphism selected from the group of claim 1. 請求項1に記載のグループから選択した感受性多型または防御多型と結びついたときに発現が上方調節または下方調節される遺伝子の発現および/または活性を変化させる化合物をスクリーニングする方法であって、
遺伝子の発現の上方調節または下方調節と関係していることがわかっている請求項1に記載のグループから選択される感受性多型または防御多型を含む細胞に候補化合物を接触させるステップと;
その候補化合物との接触後にその遺伝子の発現を測定するステップとを含んでおり、
接触ステップ前と比較したときの接触ステップ後の発現レベルの変化が、その化合物がその遺伝子の発現および/または活性を変化させる能力を示している方法。
A method for screening for a compound that alters the expression and / or activity of a gene whose expression is up- or down-regulated when associated with a susceptibility or defensive polymorphism selected from the group of claim 1 comprising:
Contacting a candidate compound with a cell containing a sensitive or protective polymorphism selected from the group of claim 1 known to be associated with upregulation or downregulation of gene expression;
Measuring the expression of the gene after contact with the candidate compound,
A method wherein the change in expression level after the contacting step as compared to before the contacting step indicates the ability of the compound to alter the expression and / or activity of the gene.
上記細胞が、予備スクリーニングによって上記多型の存在が確認されているヒト肺細胞である、請求項41に記載の方法。   42. The method of claim 41, wherein the cells are human lung cells whose presence of the polymorphism has been confirmed by preliminary screening. 上記細胞が、上記遺伝子の発現の下方調節と関係する感受性多型を含んでおり、上記スクリーニングは、その遺伝子の発現を上方調節する候補化合物をスクリーニングするためである、請求項42に記載の方法。   43. The method of claim 42, wherein the cell contains a susceptibility polymorphism associated with downregulation of expression of the gene, and the screening is for screening candidate compounds that upregulate expression of the gene. . 上記細胞が、上記遺伝子の発現の上方調節と関係する感受性多型を含んでおり、上記スクリーニングは、その遺伝子の発現を下方調節する候補化合物をスクリーニングするためである、請求項42に記載の方法。   43. The method of claim 42, wherein the cell contains a susceptibility polymorphism associated with upregulation of expression of the gene, and the screening is for screening candidate compounds that downregulate expression of the gene. . 上記細胞が、上記遺伝子の発現の上方調節と関係する防御多型を含んでおり、上記スクリーニングは、その遺伝子の発現をさらに上方調節する候補化合物をスクリーニングするためである、請求項42に記載の方法。   43. The cell of claim 42, wherein the cell contains a protective polymorphism associated with upregulation of expression of the gene, and the screening is for screening candidate compounds that further upregulate expression of the gene. Method. 上記細胞が、上記遺伝子の発現の下方調節と関係する防御多型を含んでおり、上記スクリーニングは、その遺伝子の発現をさらに下方調節する候補化合物をスクリーニングするためである、請求項42に記載の方法。   43. The cell of claim 42, wherein the cell contains a protective polymorphism associated with downregulation of the gene expression and the screening is for screening candidate compounds that further downregulate expression of the gene. Method. 請求項1に記載のグループから選択した感受性多型または防御多型と結びついたときに発現が上方調節または下方調節される遺伝子の発現および/または活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、
請求項1に記載のグループから選択した感受性多型または防御多型と結びついたときに発現が上方調節または下方調節される遺伝子を含む細胞(ただしその細胞内ではその遺伝子の発現は上方調節も下方調節もされていない)に候補化合物を接触させるステップと;
その候補化合物と接触させた後にその遺伝子の発現を測定するステップとを含んでおり、
接触ステップ前と比較したときの接触ステップ後の発現レベルの変化が、その化合物がその遺伝子の発現および/または活性を変化させる能力を示している方法。
A method of screening for a compound that modulates the expression and / or activity of a gene whose expression is upregulated or downregulated when associated with a susceptibility or defensive polymorphism selected from the group of claim 1 comprising:
A cell comprising a gene whose expression is upregulated or downregulated when associated with a susceptibility or defense polymorphism selected from the group of claim 1 wherein the expression of the gene is upregulated or downregulated in the cell Contacting the candidate compound with (not regulated);
Measuring the expression of the gene after contacting with the candidate compound,
A method wherein the change in expression level after the contacting step as compared to before the contacting step indicates the ability of the compound to alter the expression and / or activity of the gene.
上記細胞が、予備スクリーニングによって上記遺伝子の存在と発現のベースライン・レベルが確認されているヒト肺細胞である、請求項47に記載の方法。   48. The method of claim 47, wherein the cells are human lung cells whose presence and expression baseline levels have been confirmed by preliminary screening. 感受性多型と結びついたときに上記遺伝子の発現が下方調節され、上記スクリーニングは、上記細胞内でその遺伝子の発現を上方調節する候補化合物をスクリーニングするためである、請求項48に記載の方法。   49. The method of claim 48, wherein expression of the gene is downregulated when associated with a susceptibility polymorphism, and the screening is for screening candidate compounds that upregulate expression of the gene in the cell. 感受性多型と結びついたときに上記遺伝子の発現が上方調節され、上記スクリーニングは、上記細胞内でその遺伝子の発現を下方調節する候補化合物をスクリーニングするためである、請求項48に記載の方法。   49. The method of claim 48, wherein expression of the gene is upregulated when associated with a susceptibility polymorphism, and the screening is for screening candidate compounds that downregulate the expression of the gene in the cell. 防御多型と結びついたときに上記遺伝子の発現が上方調節され、上記スクリーニングは、上記細胞内でその遺伝子の発現を上方調節する候補化合物をスクリーニングするためである、請求項48に記載の方法。   49. The method of claim 48, wherein expression of the gene is upregulated when associated with a defense polymorphism, and the screening is for screening candidate compounds that upregulate expression of the gene in the cell. 防御多型と結びついたときに上記遺伝子の発現が下方調節され、上記スクリーニングは、上記細胞内でその遺伝子の発現を下方調節する候補化合物をスクリーニングするためである、請求項48に記載の方法。   49. The method of claim 48, wherein expression of the gene is down-regulated when associated with a defense polymorphism, and the screening is for screening candidate compounds that down-regulate expression of the gene in the cell. COPDまたは肺気腫の素因を持つ対象、あるいはCOPDまたは肺気腫と診断された対象が、発現した遺伝子産物の生理学的に活性な濃度を、その対象の年齢と性別にとって正常な範囲内に戻す操作を含む予防法または治療法に反応する可能性があるかどうかを評価する方法であって、その対象の体内で、請求項1に記載のグループから選択した感受性多型の存在または不在を検出し、存在している場合には、その感受性多型が上記遺伝子の発現を上方調節または下方調節するため、発現した遺伝子産物の生理学的に活性な濃度が、その対象の年齢と性別にとって正常な範囲の外にあることを検出する操作を含んでおり、上記多型の存在が検出されることが、その対象が上記治療に反応する可能性のあることを示している方法。   Prophylaxis, including manipulation of a subject with a predisposition to COPD or emphysema, or a subject diagnosed with COPD or emphysema, to return the physiologically active concentration of the expressed gene product to a range that is normal for the subject's age and gender A method for assessing the likelihood of responding to a method or therapy, wherein the presence or absence of a sensitive polymorphism selected from the group of claim 1 is detected and present in the body of the subject. The susceptibility polymorphism up-regulates or down-regulates the expression of the gene, so that the physiologically active concentration of the expressed gene product is outside the normal range for the age and sex of the subject. A method comprising detecting an existence, wherein the presence of the polymorphism is detected indicating that the subject is likely to respond to the treatment.
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