JP2005027518A - Method for detecting base polymorphism - Google Patents
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Abstract
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、核酸配列の変異または多型の検出方法及びそれに用いられるプライマーに関する。本発明は、遺伝病の診断、塩基多型解析等に際して特に有用である。
【０００２】
【従来の技術】
本発明において、変異及び塩基多型とは野生型とは異なる塩基配列を有することをいう。一般に頻度が１％未満のものを変異、１％以上のものを多型と呼び分けることがあるが、ここでは厳密な使い分けを意図するものではない。遺伝子の塩基多型は薬物代謝において副作用および治療失敗の発生において個体間変動の原因として重要な役割を果たし、体質として知られる基礎代謝等の個人差の原因としても知られている。その上、これらは多数の疾患の遺伝マーカーとしての働きもする。それゆえ、これら突然変異の解明は臨床的に重要であり、ルーチンの表現型分類が臨床研究における精神医学患者および自発志願者にとって特に推奨される（ＧｒａｍおよびＢｒｓｅｎ， Ｅｕｒｏｐｅａｎ ＣｏｎｓｅｎｓｕｓＣｏｎｆｅｒｅｎｃｅ ｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ． Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｉｅｓ，Ｌｕｘｅｍｂｏｕｒｇ， １９９０， 第８７頁； Ｂａｌａｎｔら、 Ｅｕｒ． Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． 第３６巻、第５５１頁、（１９８９））。
【０００３】
また、原因となる変異型遺伝子の同定に続くそれぞれの遺伝子型の検出用の核酸配列分析法が所望される。また、遺伝子の点突然変異により引き起こされる遺伝病が種々知られており、それらの中には、遺伝子のどの部位がどのように点突然変異することにより遺伝病が引き起こされるかわかっているものも少なくない。
【０００４】
しかしながら、点突然変異や一塩基多型の検出は３０億塩基対中のわずか一塩基の違いを検出する必要があることから、非常に高い特異性が要求される。また、Ａｌｕ反復配列に代表されるゲノム上の繰り返し配列や特殊な構造の近傍に存在する場合や、薬剤代謝に重要な役割を有するチトクロームＣ遺伝子など、偽遺伝子（ｐｓｅｕｄｏ ｇｅｎｅ）の存在が確認されている場合もある。
【０００５】
従来の核酸配列分析技術としては、例えば核酸配列決定法（シークエンシング法）、ＴａｑＭａｎプローブ法（Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ． 第６巻、第９８６頁（１９９６））、ＲＦＬＰ（制限酵素切断長多型）法（Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｉｎｖｅｓｔ． 第７２巻、第１２６２頁（１９８３））、ＡＳＰ（アレル特異的プライマー）法（ＷＯ ０１／４２４９８）、ＡＳＯ（アレル特異的オリゴプローブ）法（Ｎａｔｕｒｅ 第３２４巻、第１６３頁（１９８６））、一塩基伸長法（Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ 第９４巻、第１０７５６頁（１９９７））、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ 第２４４巻， 第３６７頁（１９９７））、Ｉｎｖａｄｅｒ法（Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ． 第１７巻、第２９２頁（１９９９））などが知られている。
【０００６】
核酸配列決定法、ＴａｑＭａｎプローブ法、ＲＦＬＰ法、ＡＳＯ法、一塩基伸長法、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法などのあらかじめ変異や多型を含む領域を核酸増幅反応で増幅しておいてから検出する手法においては、特異的な増幅産物の確保は、バックグラウンドを低減させ鮮明なシグナルを得る上で非常に重要である。原理的には増幅反応なしでも変異や多型の検出が可能とされているＩｎｖａｄｅｒ法においても、実用的には感度が不足とされることも多く、あらかじめ増幅することが必要な際には他法と同様に特異性が重要である。またアレル毎の核酸増幅プライマーの特異性により変異や多型の検出を行うＡＳＰ法においては増幅反応における特異性の確保が特に重要である。
【０００７】
一般に特異性とは陰性を陰性と判定する能力と定義され、核酸増幅反応を利用した変異や多型の解析における特異性の向上とは、非特異的増幅の抑制ととらえることができる。特異性を向上させる手段としては、増幅条件（アニール温度を高める、サイクル数の減少、酵素量の減量、酵素の種類変更、ｄＮＴＰ濃度の減少、Ｍｇ濃度の減少、鋳型ＤＮＡ濃度の減少など）の至適化、プライマーのデザイン変更、抗体やアプタマーを利用したホット・スタート法の利用、特異性が高まるとされる修飾オリゴヌクレオチド（ＰＮＡやＬＮＡなど）の利用などが知られている。これらの手段は非特異増幅の抑制に有効な場合もあるものの、効果が十分でなかったり特異的な増幅まで抑制されることが多い。
【０００８】
一方、核酸増幅反応のプライマーの５’末端側に必ずしも鋳型核酸とは相補的ではない塩基を付加しても増幅反応に著しい悪影響は与えない場合があることが知られている。例えばプライマーの５’末端に所望の制限酵素認識配列を付加することで増幅産物に制限酵素切断末端を持たせる方法がＶａｌｌｅｔｔｅらにより報告されている（例えば非特許文献１参照）。またｍＲＮＡを鋳型とした逆転写反応用のオリゴｄＴプライマーの５’末にＧＧＣＣの４塩基を付加する方法がＣｏｏｐｅｒらにより報告されている（例えば、非特許文献２参照）。
【０００９】
また変異を検出する方法において５’末に配列を付加する方法としては、Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄらが変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ ｇｒａｄｉｅｎｔ ｇｅｌ ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ；ＤＧＧＥ）法において増幅産物の末端部に融解温度（Ｔｍ）の高いドメインを持たせるためにＧＣクランプとよばれるＧＣ含量の非常に高い配列を付加する方法を報告している（例えば、非特許文献３参照）。またＧｅｒｍｅｒらは２６塩基対のＧＣ−テイルを付加することで増幅産物のＴｍを人為的に高くして多型を検出する方法を報告している（例えば、非特許文献４参照）。しかしながらこれらの変異や多型の検出方法における５’末への配列の付加は増幅産物のＴｍ変化を目的としたもので、増幅反応時の核酸増幅プライマーへの配列付加による特異性の向上に言及したものではない。
【００１０】
【非特許文献１】
Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． 第１７巻、第７２３頁 （１９８９年）
【非特許文献２】
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ 第９巻、第６０頁（１９９０）
【非特許文献３】
Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ 第８６巻、第２３２頁 （１９８９年）
【非特許文献４】
Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ 第９巻、第７２頁（１９９９年）
【００１１】
【発明が解決しようとする課題】
本発明の目的は、上記のような課題を解決して、明確かつ再現性よく核酸配列中の変異や多型を検出するために、増幅反応時の特異性を向上させることができる方法及びそのための試薬を提供することである。
【００１２】
【課題を解決するための手段】
本発明者らは、上記事情に鑑み、鋭意研究の結果、変異あるいは多型を解析するための核酸増幅プライマーにおいて、その５’末に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列を付加することにより、厳密な反応条件の制御を行わなくとも、非特異的アニールを抑制して特異性を向上させることができることを見いだし、本発明を完成させるに至った。
【００１３】
５’末に配列の付加されていない従来の核酸増幅プライマーにおいては、プライマーと標的核酸（初期鋳型）とのＴｍ値と、プライマーと増幅産物（中後期鋳型）とのＴｍ値が等しい。したがって、アニール温度を上げることで増幅反応初期の非特異増幅を抑制しようとすると、中後期に渡って特異的な増幅も抑制される。一方低いアニール温度では特異的な増幅反応の抑制を無くすことはできるが、非特異増幅の回避が非常に困難である。
【００１４】
これに対して、核酸増幅プライマーの５’末への配列付加することにより、プライマーと鋳型核酸間でアニールする塩基数が増加する。このとき配列付加プライマーと標的核酸（初期鋳型）とのアニール反応においては、付加配列は積極的には関与しないため、Ｔｍ値はほとんど変動しない。一方、プライマーと増幅産物（中後期鋳型）とのアニール反応においては付加配列がすべてアニールに関与するためＴｍ値が上昇する。この差を利用し高めのアニール温度を選択することで、特異的な増幅を維持しつつ、非特異的な増幅の排除が可能となる。その結果厳密な反応条件の制御を行わなくとも、容易に増幅反応の特異性を向上させることができる。
【００１５】
核酸配列決定法、ＴａｑＭａｎプローブ法、ＲＦＬＰ法、ＡＳＯ法、一塩基伸長法、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法などのあらかじめ変異や多型を含む領域を核酸増幅反応で増幅しておいてから検出する手法においては、本発明の５’末に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列を付加された核酸増幅プライマーを用いることで、後の検出反応に影響を与えることなく特異的な増幅産物を確保することが可能である。アレル毎のプライマーの特異性により変異や多型の検出を行うＡＳＰ法では本発明の利用は特に有用である。上述の他の検出法であれば特異性が確保できない際に、プライマーのデザイン（増幅配列）変更するという選択肢もあるのに対し、ＡＳＰ法では変異や多型の位置とプライマーの配列の関係があらかじめ定まっているため、プライマーのデザイン変更における自由度が低い。したがって十分な特異性が確保できなかったプライマーの５’に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列を付加することで容易に特異性の向上が図れることにより、より多くの変異や多型をＡＳＰ法を使用して検出することが可能となる。
【００１６】
本発明は以下のような構成からなる。
［１］ 核酸試料中に含まれる塩基多型を核酸増幅反応を利用して検出する方法であって、該反応に使用される少なくともひとつのプライマーの５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されていることを特徴とする塩基多型の検出方法。
【００１７】
［２］ ［１］に記載される塩基多型の検出法であって、該付加されている配列の長さが２〜４０であることを特徴とする塩基多型の検出方法。
【００１８】
［３］ ［１］に記載される塩基多型の検出法であって、該付加されている配列が、配列表・配列番号７〜１６から選択される配列を含むことを特徴とする塩基多型の検出方法。
【００１９】
［４］ ［１］ 〜［３］に記載される塩基多型の検出法であって、該付加される配列が相互に相同的ではないことを特徴とする塩基多型の検出方法。
【００２０】
［５］ 核酸試料中に含まれる塩基多型を核酸増幅反応を利用して検出する方法であって、該方法が、
（ａ） 試料中に含まれる特定の塩基多型部位を含む染色体又はその断片に、野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマーを同時に又は別々に、ＤＮＡポリメラーゼと共に作用させる工程、
（ｂ） 該プライマーが伸長されたか否かによって、その核酸試料中に含まれる塩基多型を検出する工程
を含み、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーの５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されていることを特徴とする塩基多型の検出方法。
【００２１】
［６］ 核酸試料中に含まれる塩基多型を核酸増幅反応を利用して検出する方法であって、該方法が、
（ａ） 試料中に含まれる特定の一塩基多型部位を含む染色体又はその断片に、野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマーを同時に又は別々に、ＤＮＡポリメラーゼと共に作用させる工程、
（ｂ） 該プライマーが伸長されたか否かによって、その核酸試料中に含まれる塩基多型を検出する工程
を含み、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、該各プライマーの３’末端より３番目から５’末端までの少なくとも１つの塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換されており、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーの５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されていることを特徴とする、［５］に記載の塩基多型の検出方法。
【００２２】
［７］ 該プライマーの３’末端より３番目の塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換されている［６］に記載の塩基多型の検出方法。
【００２３】
［８］ 核酸試料中に含まれる塩基多型を核酸増幅反応を利用して検出する方法であって、該方法が、
（ａ） 試料中に含まれる特定の一塩基多型部位を含む染色体又はその断片に、野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマーを同時に又は別々に、ＤＮＡポリメラーゼと共に作用させる工程、
（ｂ） 該プライマーが伸長されたか否かによって、その核酸試料中に含まれる塩基多型を検出する工程
を含み、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、該各プライマーの３’末端より番目から５’末端までの少なくとも１つの塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換されており、且つ該相補的でない塩基は、各プライマーにおいて異なる塩基であり、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーの５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されていることを特徴とする、［５］に記載の塩基多型の検出方法。
【００２４】
［９］ 該プライマーの３’末端より３番目の塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換され、且つ該相補的でない塩基は、各プライマーにおいて異なる塩基とする、［５］に記載の塩基多型の検出方法。
【００２５】
［１０］ 各プライマーの５’側に付加される染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が２から４０塩基の長さであることを特徴とする、［５］〜［９］のいずれかに記載の塩基多型の検出方法。
【００２６】
［１１］ 各プライマーの５’側に付加される染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が、配列表・配列番号７〜１６の中から選択される配列を含むことを特徴とする、［５］〜［９］のいずれかに記載の塩基多型の検出方法。
【００２７】
［１２］ ２つ以上のプライマーの５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列を付加する際、付加される配列が相互に相同的ではないことを特徴とする、［５］〜［９］のいずれかに記載の塩基多型の検出方法。
【００２８】
［１３］ 核酸を増幅させる方法が、ＰＣＲ、ＮＡＳＢＡ、ＬＣＲ、ＳＤＡ、ＲＣＲ、ＴＭＡ、ＬＡＭＰおよびＩＣＡＮからなる群から選ばれたいずれかの方法である［１］〜［１２］のいずれかに記載の塩基多型の検出方法。
【００２９】
［１４］ 該各プライマーが伸長されたか否かを、野生型用プライマー及び変異型用プライマーからなる群の少なくとも１種から伸長した産物の配列に特異的な検出用プローブを用いてハイブリダイゼーションを行うことによって検出する、［５］〜［１３］のいずれかに記載の塩基多型の検出方法。
【００３０】
［１５］ 該各プライマーの少なくとも１つまたは検出用プローブが、予め標識されている［５］〜［１４］のいずれかに記載の塩基多型の検出方法。
【００３１】
［１６］ 該各プライマーの少なくとも１つまたは検出用プローブが、酵素、ビオチン、蛍光物質、ハプテン、抗原、抗体、放射性物質および発光団からなる群から選ばれる少なくとも１種によって標識されている［１５］に記載の塩基多型の検出方法。
【００３２】
［１７］ （ａ）工程を単一の容器で行い、該各プライマーが伸長されたか否かを、野生型用プライマー及び変異型用プライマーからなる群の少なくとも１種から伸長した産物配列に特異的な検出用プローブを用いてハイブリダイゼーションを行うことによって検出する、［５］に記載の塩基多型の検出方法。
【００３３】
［１８］ 野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ及び４種類のデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）を含む塩基多型検出用試薬キットであって、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が、塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーが、その５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されていることを特徴とする、検出用試薬キット。
【００３４】
［１９］ 野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ及び４種類のデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）を含む塩基多型検出用試薬キットであって、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が、塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、該各プライマーの３’末端より３番目から５’端までの少なくとも１つの塩基が、染色体又はその断片中の塩基と相補的でない塩基に置換され、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーが、その５’末側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されている［１８］に記載の検出用試薬キット。
【００３５】
［２０］ 該各プライマーの３’末端より３番目の塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換されている、［１９］に記載の検出用試薬キット。
【００３６】
［２１］ 野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ及び４種類のデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）を含む塩基多型検出用試薬キットであって、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が、塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、該各プライマーの３’末端より３番目から５’末端までの少なくとも１つの塩基が、染色体又はその断片中の塩基と相補的でない塩基に置換され、且つ該相補的でない塩基は各プライマーで異なる塩基であり、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーが、その５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されている［１８］に記載の検出用試薬キット。
【００３７】
［２２］ 該各プライマーの３’末端より３番目の塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換されて、且つ該相補的でない塩基は、各プライマーにおいて異なる塩基とした、［２１］に記載の検出用試薬キット。
【００３８】
［２３］ 該各プライマーの５’側に付加される染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が２から４０塩基の長さである、［１８］〜［２２］ のいずれかに記載の検出用試薬キット。
【００３９】
［２４］ 該各プライマーの５’側に付加される染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が、配列表・配列番号７〜１６の中から選択される配列を含む、［１８］〜［２２］のいずれかに記載の検出用試薬キット。
【００４０】
［２５］ 該各プライマーの２つ以上の５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列を付加する際、付加される配列が相互に相同的ではない、［１８］〜［２２］のいずれかに記載の検出用試薬キット。
【００４１】
［２６］ 野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ及び４種類のデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）及び検出用プローブを含む塩基多型検出用試薬キットであって、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が、塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーが、その５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されているキット。
【００４２】
［２７］ 野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ及び４種類のデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）及び検出用プローブを含む塩基多型検出用試薬キットであって、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が、塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、該各プライマーの３’末端より３番目から５’末端までの少なくとも１つの塩基が、染色体又はその断片中の塩基と相補的でない塩基に置換され、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーが、その５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されている［２６］に記載の検出用試薬キット。
【００４３】
［２８］ 該各プライマーの３’末端より３番目の塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換されている、［２７］に記載のキット。
【００４４】
【発明の実施の形態】
以下、本発明を詳細に説明する。試料中に含まれる特定の塩基多型部位を含む染色体又はその断片は、目的の遺伝子の情報を担う塩基多型部位を含む標的核酸であれば、特に制限されない。該標的核酸の例としては、Ａｌｕ配列、蛋白質をコードする遺伝子のエキソンやイントロン、プロモーターなどが例示できる。より具体的には、遺伝病を含む各種疾患、薬物代謝、生活習慣病（高血圧、糖尿病等）に関連する遺伝子が挙げられる。例えば、高血圧としてＡＣＥ（Ａｎｇｉｏｔｅｎｓｉｎ Ｉ Ｃｏｎｖｅｒｔｉｎｇ Ｅｎｚｙｍｅ）遺伝子が挙げられる。
【００４５】
本発明において、染色体又はその断片を単に核酸ということがある。変異型核酸とは、野生型核酸のうち少なくとも１つ、好ましくは１つのヌクレオチドが点突然変異して他のヌクレオチドに置換されているものや、野生型核酸の一部に挿入、欠失配列等を含む核酸のことであり、どの部位のヌクレオチドが変異しているかが解明されているものである。このような塩基多型により体質等が異なっていることが解明されてきており、本発明の方法は試料中の核酸がこのような予想される変異を有しているか否かを検査する方法である。
【００４６】
核酸を複製する場合、一本鎖に変性した標的核酸にプライマー、４種類のデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）とＤＮＡポリメラーゼを作用させることで、標的核酸を鋳型としてプライマー伸長反応が起こり核酸配列の相補鎖が合成される。
本発明において、野生型用プライマーとは、通常の表現型を有している塩基多型部位を含む染色体又はその断片に相補的な配列を有するプライマーであって、変異型用プライマーとは、野生型とは異なる配列を有している塩基多型部位を含む染色体又はその断片に相補的な配列を有するプライマーである。
【００４７】
本発明において、特定の塩基多型部位を含む染色体又は断片が増幅されたか否かによって、その核酸試料中に含まれる塩基多型を検出する方法とは、特定の塩基多型部位を含む染色体又は断片を含む核酸試料に、野生型用プライマーと及び１種又は２種の変異型用プライマー（フォワードプライマーに相当）を同時にまたはそれぞれ別々に用いて、リバースプライマーと共に増幅反応を行うことにより多型を検出する方法である。
【００４８】
本発明におけるプライマーの長さとしては、標的核酸と相補的な配列は好ましくは１３〜３５塩基であり、より好ましくは１６塩基以上であり、また、３０塩基以下が好ましい。一方、５’末に付加される染色体又はその断片と完全には相補的でない配列は、２〜４０塩基であることが好ましく、より好ましくは３０塩基以下、さらに好ましくは２０塩基以下、特に好ましくは１０塩基以下である。付加される配列中、染色体又はその断片と相補的でない塩基の割合は、１０％以上、好ましくは２５％以上、さらに好ましくは５０％以上である。また付加される配列中の塩基の種類は特に限定されるものではないが、より少ない塩基数の付加で高い特異性向上効果を得るためには、グアニン（Ｇ）および／またはシトシン（Ｃ）塩基の利用が望ましい。グアニン（Ｇ）およびシトシン（Ｃ）塩基の合計量は付加される配列中で６０％以上であることが好ましく、より好ましくは７０％以上、さらに好ましくは８０％以上、特に好ましくは９０％以上、最も好ましくはすべてがグアニン（Ｇ）および／またはシトシン（Ｃ）である。
【００４９】
好ましく付加される配列の例としては、配列表・配列番号７〜１６から選択される配列を含むことが好ましく、さらには他の配列を含んでいても良い。
また、付加される配列はプライマー毎に異なり、相互に相同的ではない場合であっても良い。付加された配列が相互に相同的な２種以上のプライマーを用いた場合には、同一の反応容器内で核酸増幅反応を行ったときに、付加された配列に他方の伸長または増幅反応物がハイブリダイズしてしまうため、特異性を低下させることがある。
【００５０】
本発明において、プライマーと１種又は２種の変異型用プライマーをリバースプライマーと組み合わせた上で、試料に別々、又は同時に作用させる。いずれの場合においても、少なくともひとつのプライマーの５’末に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されていても良いし、反応液中のすべてのプライマーに付加されていても良い。
【００５１】
本発明において、プライマーは３’末端より２番目の塩基が塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応していることが好ましい。
さらには、上記プライマーの３’末端より３番目から５’末端までの少なくとも１つの塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換されていることが好ましく、さらには相補的でない塩基は３’末端から３〜７番目に有するよう設計されていることが好ましい。
なお、相補的でない塩基は３’末端から３番目に有するよう設計されていることが特に好ましい。
また、より特異性を高めるため、プライマー中の該相補的でない塩基は各プライマーにおいて異なる塩基とすることもできる。
【００５２】
本発明において、特定の塩基多型部位を含む染色体又は断片の増幅方法は、基本的には、従来の方法を用いて行うことができる。通常、一本鎖に変性させた特定の塩基多型部位を含む染色体又はその断片に、４種類のデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）、ＤＮＡポリメラーゼ、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを作用させ、適当な温度条件で保温することにより増幅される。ＡＳＰ法の場合は、野生型用プライマーと、１種又は２種の変異型用プライマーを同時又はそれぞれ別個に用いて作用させることで、標的核酸を鋳型としてフォワードプライマーとリバースプライマーの間で増幅される。
【００５３】
核酸増幅方法としては、ＰＣＲ、ＮＡＳＢＡ（Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ−ｂａｓｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄ： Ｎａｔｕｒｅ 第３５０巻、第９１頁（１９９１））、ＬＣＲ（国際公開８９／１２６９６号公報、特開平２−２９３４号公報）、ＳＤＡ（Ｓｔｒａｎｄ Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ： Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ ｒｅｓｅａｒｃｈ 第２０巻、第１６９１頁（１９９２））、ＲＣＲ（国際公開９０／１０６９号公報）、ＴＭＡ（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｍｅｄｉａｔｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄ： Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． 第３１巻、第３２７０頁（１９９３））などが挙げられる。
【００５４】
なかでもＰＣＲ法は、試料核酸、４種類のデオキシヌクレオシド三リン酸、一対のプライマー及び耐熱性ＤＮＡポリメラーゼの存在下で、変性、アニーリング、伸長の３工程からなるサイクルを繰り返すことにより、上記一対のプライマーで挟まれる試料核酸の領域を指数関数的に増幅させる方法である。すなわち、変性工程で試料の核酸を変性し、続くアニーリング工程において各プライマーと、それぞれに相補的な一本鎖試料核酸上の領域とをハイブリダイズさせ、続く伸長工程で、各プライマーを起点としてＤＮＡポリメラーゼの働きにより鋳型となる各一本鎖試料核酸に相補的なＤＮＡ鎖を伸長させ、二本鎖ＤＮＡとする。この１サイクルにより、１本の二本鎖ＤＮＡが２本の二本鎖ＤＮＡに増幅される。従って、このサイクルをｎ回繰り返せば、理論上上記一対のプライマーで挟まれた試料ＤＮＡの領域は２ｎ倍に増幅される。増幅されたＤＮＡ領域は大量に存在するので、電気泳動等の方法により容易に検出できる。よって、遺伝子増幅法を用いれば、従来では検出不可能であった、極めて微量（１分子でも可）の試料核酸をも検出することが可能であり、最近非常に広く用いられている技術である。
【００５５】
上記のような核酸増幅法を利用した方法では、野生型核酸を増幅できる野生型用プライマーと、変異型核酸を増幅できる変異型用プライマーをそれぞれ別個又は同時に用いて遺伝子増幅法を行う。
【００５６】
野生型用プライマーを用いて試料核酸を伸長または増幅反応を行った場合、試料核酸が野生型であれば反応が起きるが、変異型では反応が起きない。逆に、変異型用プライマーを用いて試料核酸を伸長または増幅反応を行った場合、試料核酸が変異型であれば反応が起きるが、野生型であれば反応は起こらない。従って、一つの試料を二つに分け、一方は野生型用プライマーを用いて反応を行い、他方は変異型用プライマーを用いて反応を行い、反応が起ったか否かを調べることにより、試料核酸が野生型であるか変異型であるかを明確に知ることができる。また、一つの試料に野生型用プライマーと変異型プライマーの両方を添加して用いてどのプライマーの伸張または増幅反応が起こったかを調べることにより、試料核酸が野生型であるか変異型であるかを明確に知ることもできる。
【００５７】
特に、ヒトを始め、高等生物は、１種類の遺伝子について、父親由来の遺伝子と母親由来の遺伝子をそれぞれ１つずつ有しているが、この方法によれば、試料遺伝子が野生型のホモか、変異型のホモか、あるいは、両方のヘテロかを区別することもできる。すなわち、ヘテロの場合には、野生型遺伝子と変異型遺伝子が共に存在するから野生型用プライマーを用いた場合も変異型用プライマーを用いた場合も反応が起きる。
【００５８】
ＤＮＡポリメラーゼ
本発明の伸長反応又は増幅反応に使用されるＤＮＡポリメラーゼとしては、通常該反応に使用されるＤＮＡポリメラーゼが使用できる。好ましい例としては、ピロコッカス・スピーシーズ（Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．）ＫＯＤ１株、サーマス・アクエティカス（Ｔｈｅｒｍｕｓ ａｑｕａｔｉｃｕｓ）、もしくはハイパーサーモフィリック・アーカエバクテリウム（Ｈｙｐｅｒｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｉｃ ａｒｃｈａｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）由来のＤＮＡポリメラーゼ等が挙げられる。
【００５９】
本発明のプライマーを使用することにより、伸長又は増幅反応時の温度、濃度等の条件を極めて厳密に制御する必要がなくなり、より緩和な条件で反応を行っても、正確な検出を行うことが可能となる。
例えば、伸長又は増幅反応において、プライマーを標的にアニールさせる温度は、これまでの方法では、±０．１℃の精度で制御する必要がある場合も少なくなかったが、本発明のプライマーを使用した場合±１℃以上の誤差があっても検出結果の正確性には影響を受けない。
また反復配列や偽遺伝子中に存在する変異や多型であってもわずかな差違を利用して明確に検出することが可能となる。
【００６０】
検出
上記伸長反応又は増幅反応によって得られた産物から、塩基多型を検出する方法としては、通常使用される検出方法を用いることができる。
例えば、該検出は、該各プライマーを、予め酵素、ビオチン、蛍光物質、ハプテン、抗原、抗体、放射性物質および発光団などによって標識しておき、伸長又は増幅反応後に該標識を検出することによって、行うことができる。または、リバースプライマーを標識しておいてもよい。
【００６１】
酵素としてはアルカリフォスファターゼ、ペルオキシダーゼなどが挙げられる。
蛍光物質としては、ＦＩＴＣ，６−ＦＡＭ，ＨＥＸ，ＴＥＴ，ＴＡＭＲＡ，テキサスレッド、Ｃｙ３、Ｃｙ５などが挙げられる。
ハプテンとしては、ビオチン、ジゴキシゲニンなどが挙げられる。
放射性物質としては、３２Ｐ、３５Ｓなどが挙げられる。
発光団としては、ルテニウムなどが挙げられる。
該標識は、プライマーの伸長反応に影響を与えることがなければプライマーのどの位置に結合させてもよい。好ましくは、５’部位である。
【００６２】
検出方法としては、例えば、野生型用プライマー及び変異型用プライマーによって伸長、増幅された産物を特異的に捕捉することができる野生型検出プローブ及び変異型検出プローブを、公知の方法に従い、マイクロタイタープレートなどの固相に結合させる。次に、伸長又は増幅した産物を変性させ、該検出プローブが結合したマイクロタイタープレートに添加する。野生型用プライマーによって伸長、増幅された産物は野生型検出プローブにのみ結合し、変異型検出プローブには結合しない。また、変異型用プライマーによって、伸長、増幅された産物は多型検出プローブにのみ結合し、野生型検出プローブには結合しない。その後、プライマーに結合している標識を検出することによって、試料に含まれている染色体又はＤＮＡ断片の塩基多型を検出することができる。本発明の方法では、塩基多型部位に加えて、人為的ミスマッチの部位においても野生型用プライマーと変異型用プライマーで異なっているため、塩基多型部位のみ相違している場合と比較して、より明確にそれぞれの伸長／増幅産物を検出することが可能である。したがって、試料を野生型用、変異型用の２つに分けることなく両プライマーで同時に増幅反応を行い、特異的に検出プローブで測り分けることも容易である。
野生型用プライマーと変異型用プライマーに異なる標識を用いた場合には、１つのプレートのウエルで行うことができる。
【００６３】
また、特開２００３−１３５０６９号公報に記載されるように、アビジン結合磁性粒子を用いて、未反応のオリゴヌクレオチド量を測定することで、該オリゴヌクレオチドが反応したか否かを検出してもよい。
【００６４】
キット
本発明において、キットとしては、野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマー、リバースプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、４種類のデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）及び必要により検出プローブを含む塩基多型検出用試薬キットを含むものであり、少なくともひとつのプライマーの５’末に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されているという特徴を有する。また、好ましくは該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が、塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、さらに加えて、該各プライマーの３’末端の３番目から５’末端までの少なくとも１つの塩基が、染色体又はその断片中の塩基と相補的でない塩基に置換されていることが好ましい。
【００６５】
また、該各プライマーまたはプローブは、上述したような酵素、ビオチン、蛍光物質、ハプテン、抗原、抗体、放射性物質および発光団などによって標識されていてもよい。
【００６６】
【実施例】
以下、実施例に基づき本発明をより具体的に説明する。もっとも、本発明は下記実施例に限定されるものではない。
実施例１ ＡＰＯ Ｅ （Ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｅ） 遺伝子の塩基多型 （Ｃｙｓ１１２Ａｒｇ）の検出
（１）ＡＰＯ Ｅ遺伝子のＣｙｓ１１２Ａｒｇ塩基多型を検出するプライマーの合成
配列番号１〜６に示される塩基配列を有するオリゴヌクレオチド（以下、オリゴ１〜６と示す）の合成をＤＮＡ合成受託会社（プロリゴ・ジャパン株式会社）に委託した。オリゴ１、４は野生型（Ｔ）増幅用プライマーで３’末端より２番目に野生型（Ｔ）のヌクレオチド配列、および３番目に人為的ミスマッチ（Ｇ→Ｔ）を有し、ＦＩＴＣ標識されている。オリゴ２、５は変異型（Ｃ）増幅用プライマーで３’末端より２番目に変異型（Ｃ）のヌクレオチド配列、および３番目に人為的ミスマッチ（Ｇ→Ｔ）を有し、テキサスレッド標識されている。オリゴ３， ６は野生型／変異型共通の配列を有するアンチセンス鎖に設定されたリバースプライマーで、オリゴ１〜４と組み合わせて増幅反応のプライマーとして使用され、ビオチン標識されている。
【００６７】
（２）ＰＣＲ法によるＡＰＯ Ｅ遺伝子多型の解析
ａ） ＰＣＲ法による増幅反応
ヒト白血球からフェノール・クロロフォルム法により抽出したＤＮＡ溶液をサンプルとして使用して、下記試薬を添加して、下記条件によりヒトＡＰＯ Ｅ遺伝子多型を解析した。
【００６８】
試薬−１ （オリゴ１、２、３）
以下の試薬を含む２５μｌ溶液を調製した。
Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ反応液
オリゴ１ ５ ｐｍｏｌ
オリゴ２ ５ ｐｍｏｌ
オリゴ３ ５ ｐｍｏｌ
×１０緩衝液 ２．５ μｌ
２ ｍＭ ｄＮＴＰ ２．５ μｌ
２５ ｍＭ ＭｇＣｌ２ １．５ μｌ
Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ １．３ Ｕ
抽出ＤＮＡ溶液 １００ ｎｇ
【００６９】
試薬−２ （オリゴ４、５、６）
以下の試薬を含む２５μｌ溶液を調製した。
Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ反応液
オリゴ４ ５ ｐｍｏｌ
オリゴ５ ５ ｐｍｏｌ
オリゴ６ ５ ｐｍｏｌ
×１０緩衝液 ２．５ μｌ
２ ｍＭ ｄＮＴＰ ２．５ μｌ
２５ ｍＭ ＭｇＣｌ２ １．４ μｌ
Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ １．３ Ｕ
抽出ＤＮＡ溶液 １００ ｎｇ
【００７０】
増幅条件−１ （オリゴ１、２、３）
９５℃・５分
９５℃・３０秒、６０℃・３０秒、７２℃、３０秒（３５サイクル）
７２℃・２分。
【００７１】
増幅条件−２ （オリゴ４、５、６）
９５℃・５分
９５℃・３０秒、６５℃・３０秒、７２℃、３０秒（４０サイクル）
７２℃・２分。
【００７２】
ｂ） アビジン結合磁性粒子による検出
ａ）の増幅反応液１０ μｌ を５００ ｍＭトリス緩衝液（ｐＨ７．５）、２Ｍ ＮａＣｌ、１ ｍＭ ＥＤＴＡ、１．２５ μｇ アビジン結合磁性粒子（Ｇｅｎｏｖｉｓｉｏｎ製）の溶液４０μｌに加えて、室温にて１５分間反応させた。これによって、増幅されたヒトＡＰＯ Ｅ遺伝子断片および、ビオチン標識オリゴふくれ落ち度がアビジン結合磁性粒子に捕捉される。次に、磁性粒子を磁石で分離し、未反応蛍光標識オリゴヌクレオチドが含まれる情勢を７．５ ｍＭ ＮａＯＨ １００ μｌと混和する。室温で１０分間放置後に暗室中で蛍光プレートリーダー（大日本製薬社製）で蛍光強度量を測定した。所要時間は約３０分であった。得られた蛍光強度から以下の計算式を用いて試料の蛍光強度量を算出した。
ＦＬ（試料の蛍光強度） ＝ ＦＬｂ−ＦＬｓ
ＦＬｂ ＝ Ｎｅｇａｔｉｖｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ （抽出ＤＮＡ溶液が未添加）の蛍光強度
ＦＬｓ ＝ 各試料の蛍光強度
【００７３】
【表１】
上記のように、プライマーの５’末に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列を付加したオリゴ４、５、６の組合せでは特異的なシグナルを減少させることなく、非特異的なシグナルの抑制することで顕著に特異性を向上させることができ、塩基多型を容易かつ明確に判定することができた。
なお、実施例で反応の温度制御は±０．１℃で行われたが、オリゴ４、５、６の組合せでは非特異的反応はほとんど起こらず、温度制御の正確さが低下した場合であっても十分な検出が行えることが分かった。
【００７５】
【発明の効果】
上述したように、本発明により、試料核酸中の塩基多型を容易かつ高い特異性で明確に検出できる方法が提供される。本発明の方法では、偽陽性が生じないので、遺伝子増幅法の条件をそれほど厳密にしなくても再現性良く結果が得られ、機種の違い等によって判定結果が異なることはなくなった。また、本発明の方法によれば、従来法では困難であったホモ接合とヘテロ接合の識別も可能になった。
【配列表】
BACKGROUND OF THE INVENTION
The present invention relates to a method for detecting a mutation or polymorphism of a nucleic acid sequence and a primer used therefor. The present invention is particularly useful for diagnosis of genetic diseases, nucleotide polymorphism analysis, and the like.
[0002]
[Prior art]
In the present invention, mutation and nucleotide polymorphism means having a nucleotide sequence different from the wild type. Generally, a frequency of less than 1% is sometimes called a mutation, and a frequency of 1% or more is called a polymorphism, but here it is not intended to be used strictly. The nucleotide polymorphism of a gene plays an important role as a cause of inter-individual variation in the occurrence of side effects and treatment failures in drug metabolism, and is also known as a cause of individual differences such as basic metabolism known as constitution. In addition, they also serve as genetic markers for a number of diseases. Therefore, elucidation of these mutations is clinically important and routine phenotyping is particularly recommended for psychiatric patients and volunteers in clinical studies (Gram and Brsen, European Consensus Conference on Pharmacogenetics. Commission of thee. European Communities, Luxemburg, 1990, p. 87; Balant et al., Eur. J. Clin. Pharmacol., 36, 551, (1989)).
[0003]
In addition, a nucleic acid sequence analysis method for detecting each genotype following identification of the causative mutant gene is desired. In addition, various genetic diseases caused by point mutations in genes are known, and some of them have known how genetic mutations are caused by which point mutations in genes. Not a few.
[0004]
However, detection of point mutations and single nucleotide polymorphisms requires a very high specificity because it is necessary to detect only a single base difference in 3 billion base pairs. In addition, the presence of pseudogenes such as cytochrome C genes that have an important role in drug metabolism, such as those present in the vicinity of repetitive sequences and special structures on the genome typified by Alu repetitive sequences, have been confirmed. Sometimes it is.
[0005]
Conventional nucleic acid sequence analysis techniques include, for example, nucleic acid sequencing (sequencing method), TaqMan probe method (Genome Res. Vol. 6, page 986 (1996)), RFLP (restriction enzyme cleavage length polymorphism) method ( J. Clin. Invest. Vol.72, p.1262 (1983)), ASP (allele specific primer) method (WO 01/42498), ASO (allele specific oligo probe) method (Nature 324, 163) (1986)), single base extension method (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 10756 (1997)), Pyrosequencing (Analytical Biochemistry, 244, 367 (1997)), Invader Law (Nature Biotech, Vol. 17, page 292 (1999)) and the like are known.
[0006]
In the method of detecting after amplifying a region containing mutation or polymorphism in advance by nucleic acid amplification reaction such as nucleic acid sequencing method, TaqMan probe method, RFLP method, ASO method, single nucleotide extension method, Pyrosequencing method, etc. Ensuring efficient amplification products is very important in reducing the background and obtaining a clear signal. In principle, the Invader method, which is capable of detecting mutations and polymorphisms without an amplification reaction in principle, often lacks sensitivity. Specificity is as important as the law. In the ASP method in which mutation or polymorphism is detected based on the specificity of the nucleic acid amplification primer for each allele, it is particularly important to ensure specificity in the amplification reaction.
[0007]
In general, specificity is defined as the ability to determine negative as negative, and improvement in specificity in the analysis of mutations and polymorphisms using a nucleic acid amplification reaction can be regarded as suppression of nonspecific amplification. As a means to improve specificity, amplification conditions (e.g., increase annealing temperature, decrease cycle number, decrease enzyme amount, change enzyme type, decrease dNTP concentration, decrease Mg concentration, decrease template DNA concentration, etc.) Optimization, changes in primer design, use of a hot start method using antibodies and aptamers, use of modified oligonucleotides (PNA, LNA, etc.) that are expected to increase specificity are known. Although these means may be effective for suppressing non-specific amplification, they are often not effective enough or are suppressed to specific amplification.
[0008]
On the other hand, it is known that adding a base that is not necessarily complementary to the template nucleic acid to the 5 'end of the primer for nucleic acid amplification reaction may not have a significant adverse effect on the amplification reaction. For example, Vallette et al. Have reported a method in which a desired restriction enzyme recognition sequence is added to the 5 'end of a primer so that the amplified product has a restriction enzyme cleavage end (see, for example, Non-Patent Document 1). A method of adding 4 bases of GGCC to the 5 'end of oligo dT primer for reverse transcription reaction using mRNA as a template has been reported by Cooper et al.
[0009]
In addition, as a method for adding a sequence to the 5 ′ end in a method for detecting a mutation, Sheffield et al. Used a denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) method to add a melting temperature (Tm ) Has been reported (see, for example, Non-Patent Document 3). Germer et al. Have reported a method for detecting a polymorphism by artificially increasing the Tm of an amplification product by adding a 26-base pair GC-tail (see, for example, Non-Patent Document 4). However, the addition of a sequence at the 5 'end in these mutation and polymorphism detection methods is intended to change the Tm of the amplification product, and refers to the improvement of specificity by adding the sequence to the nucleic acid amplification primer during the amplification reaction. It was n’t.
[0010]
[Non-Patent Document 1]
Nucleic Acids Res. Volume 17, Page 723 (1989)
[Non-Patent Document 2]
Biotechniques Volume 9, Page 60 (1990)
[Non-Patent Document 3]
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 232 (1989)
[Non-Patent Document 4]
Genome Research Vol. 9, p. 72 (1999)
[0011]
[Problems to be solved by the invention]
The object of the present invention is to solve the above-mentioned problems and to detect the mutations and polymorphisms in the nucleic acid sequence clearly and reproducibly and to improve the specificity during the amplification reaction and therefore It is to provide a reagent.
[0012]
[Means for Solving the Problems]
As a result of intensive studies, the present inventors have added a sequence that is not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof at the 5 ′ end of a nucleic acid amplification primer for analyzing mutations or polymorphisms. Thus, it has been found that the specificity can be improved by suppressing non-specific annealing without strictly controlling the reaction conditions, and the present invention has been completed.
[0013]
In a conventional nucleic acid amplification primer to which no sequence is added at the 5 'end, the Tm value of the primer and the target nucleic acid (initial template) is equal to the Tm value of the primer and the amplification product (middle late template). Therefore, when an attempt is made to suppress non-specific amplification at the early stage of the amplification reaction by raising the annealing temperature, specific amplification is also suppressed over the middle and later stages. On the other hand, although the suppression of specific amplification reaction can be eliminated at a low annealing temperature, it is very difficult to avoid nonspecific amplification.
[0014]
On the other hand, by adding a sequence to the 5 'end of the nucleic acid amplification primer, the number of bases annealed between the primer and the template nucleic acid increases. At this time, in the annealing reaction between the sequence-added primer and the target nucleic acid (initial template), the added sequence is not actively involved, so the Tm value hardly fluctuates. On the other hand, in the annealing reaction between the primer and the amplification product (mid-term template), the Tm value increases because all the additional sequences are involved in the annealing. By utilizing this difference and selecting a higher annealing temperature, it is possible to eliminate non-specific amplification while maintaining specific amplification. As a result, the specificity of the amplification reaction can be easily improved without strictly controlling the reaction conditions.
[0015]
In the method of detecting after amplifying a region containing a mutation or polymorphism in advance by a nucleic acid amplification reaction, such as nucleic acid sequencing method, TaqMan probe method, RFLP method, ASO method, single nucleotide extension method, Pyrosequencing method, etc. By using a nucleic acid amplification primer to which a sequence that is not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof is added at the 5 ′ end of the invention, a specific amplification product can be secured without affecting the subsequent detection reaction. Is possible. The use of the present invention is particularly useful in the ASP method in which mutations and polymorphisms are detected based on the specificity of the primer for each allele. In the other detection methods described above, when the specificity cannot be secured, there is an option to change the primer design (amplification sequence), whereas in the ASP method, the relationship between the position of the mutation or polymorphism and the primer sequence is present. Since it is determined in advance, the degree of freedom in changing the primer design is low. Therefore, by adding a sequence that is not completely complementary to the chromosome or a fragment thereof to the 5 ′ of the primer for which sufficient specificity could not be secured, it is possible to easily improve the specificity, thereby allowing more mutations and polymorphisms. Can be detected using the ASP method.
[0016]
The present invention has the following configuration.
[1] A method for detecting a base polymorphism contained in a nucleic acid sample by using a nucleic acid amplification reaction, which is completely on the 5 ′ side of at least one primer used in the reaction and completely with a chromosome or a fragment thereof. A method for detecting a nucleotide polymorphism, wherein a non-complementary sequence is added.
[0017]
[2] The method for detecting a nucleotide polymorphism according to [1], wherein the length of the added sequence is 2 to 40.
[0018]
[3] The nucleotide polymorphism detection method according to [1], wherein the added sequence includes a sequence selected from Sequence Listing / SEQ ID NOs: 7 to 16 The type detection method.
[0019]
[4] A method for detecting a nucleotide polymorphism described in [1] to [3], wherein the added sequences are not homologous to each other.
[0020]
[5] A method for detecting a base polymorphism contained in a nucleic acid sample using a nucleic acid amplification reaction, the method comprising:
(A) a step of allowing a wild-type primer and one or two kinds of mutant-type primers to act simultaneously or separately with a DNA polymerase on a chromosome or a fragment thereof containing a specific nucleotide polymorphic site contained in a sample;
(B) A step of detecting a nucleotide polymorphism contained in the nucleic acid sample depending on whether or not the primer is extended.
Wherein the second base from the 3 ′ end of each primer corresponds to each nucleotide expected at the nucleotide polymorphism site, and a chromosome or a fragment thereof on the 5 ′ side of at least one of the primers And a nucleotide polymorphism detection method characterized in that a sequence that is not completely complementary is added.
[0021]
[6] A method for detecting a base polymorphism contained in a nucleic acid sample by using a nucleic acid amplification reaction, the method comprising:
(A) A step of allowing a wild-type primer and one or two kinds of mutant-type primers to act simultaneously or separately with a DNA polymerase on a chromosome or a fragment thereof containing a specific single nucleotide polymorphic site contained in a sample ,
(B) A step of detecting a nucleotide polymorphism contained in the nucleic acid sample depending on whether or not the primer is extended.
Wherein the second base from the 3 ′ end of each primer corresponds to each nucleotide expected at the nucleotide polymorphism site, and at least one base from the 3 ′ end to the 5 ′ end of each primer Is replaced with a base that is not complementary to the base of the strand to which the primer in the chromosome or fragment thereof hybridizes, and the chromosome or fragment thereof is completely 5 ′ of each primer. The method for detecting a nucleotide polymorphism according to [5], wherein a non-complementary sequence is added to.
[0022]
[7] The base polymorphism according to [6], wherein the third base from the 3 ′ end of the primer is substituted with a base that is not complementary to the base of the strand to which the primer hybridizes in a chromosome or a fragment thereof. Detection method.
[0023]
[8] A method for detecting a base polymorphism contained in a nucleic acid sample by using a nucleic acid amplification reaction, the method comprising:
(A) A step of allowing a wild-type primer and one or two kinds of mutant-type primers to act simultaneously or separately with a DNA polymerase on a chromosome or a fragment thereof containing a specific single nucleotide polymorphic site contained in a sample ,
(B) A step of detecting a nucleotide polymorphism contained in the nucleic acid sample depending on whether or not the primer is extended.
Wherein the second base from the 3 ′ end of each primer corresponds to each predicted nucleotide of the nucleotide polymorphism site, and at least one base from the 3 ′ end to the 5 ′ end of each primer is The primer in the chromosome or fragment thereof is replaced with a base that is not complementary to the base of the strand to be hybridized, and the non-complementary base is a different base in each primer, and The method for detecting a nucleotide polymorphism according to [5], wherein a sequence that is not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof is added to the 5 ′ side of at least one primer.
[0024]
[9] The 3rd base from the 3 ′ end of the primer is replaced with a base that is not complementary to the base of the strand to which the primer hybridizes in the chromosome or a fragment thereof, and the non-complementary base is each primer The method for detecting a base polymorphism according to [5], wherein different bases are used.
[0025]
[10] Any of [5] to [9], wherein a sequence not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof added to the 5 ′ side of each primer has a length of 2 to 40 bases A method for detecting a nucleotide polymorphism according to claim 1.
[0026]
[11] The sequence that is not completely complementary to the chromosome or fragment thereof added to the 5 ′ side of each primer includes a sequence selected from Sequence Listing / SEQ ID NOs: 7 to 16, [5] The method for detecting a nucleotide polymorphism according to any one of [9].
[0027]
[12] When adding a sequence that is not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof on the 5 ′ side of two or more primers, the added sequences are not homologous to each other, [5] The method for detecting a nucleotide polymorphism according to any of [9].
[0028]
[13] The method for amplifying a nucleic acid is any one of methods selected from the group consisting of PCR, NASBA, LCR, SDA, RCR, TMA, LAMP, and ICAN [1] to [12] Method for detecting nucleotide polymorphism of
[0029]
[14] Hybridization is performed by using a detection probe specific for the sequence of the product extended from at least one of the group consisting of the wild-type primer and the mutant-type primer to determine whether or not each primer has been extended. The method for detecting a base polymorphism according to any one of [5] to [13], wherein
[0030]
[15] The method for detecting a nucleotide polymorphism according to any one of [5] to [14], wherein at least one of the primers or a detection probe is labeled in advance.
[0031]
[16] At least one of the primers or the detection probe is labeled with at least one selected from the group consisting of an enzyme, biotin, a fluorescent substance, a hapten, an antigen, an antibody, a radioactive substance, and a luminophore [15] ] The detection method of the base polymorphism of description.
[0032]
[17] The step (a) is performed in a single container, and whether or not each primer is extended is specific to the product sequence extended from at least one of the group consisting of the wild type primer and the mutant type primer. The method for detecting a nucleotide polymorphism according to [5], wherein the detection is performed by performing hybridization using a simple detection probe.
[0033]
[18] A nucleotide polymorphism detection reagent kit comprising a wild-type primer and one or two types of mutant-type primers, a DNA polymerase, and four types of deoxynucleoside triphosphates (dNTPs), The second base from the 3 ′ end corresponds to each predicted nucleotide of the nucleotide polymorphism site, and at least one of the primers is completely on the 5 ′ side with the chromosome or fragment thereof. A detection reagent kit, wherein a non-complementary sequence is added.
[0034]
[19] A nucleotide polymorphism detection reagent kit comprising a wild-type primer and one or two mutant-type primers, a DNA polymerase and four types of deoxynucleoside triphosphates (dNTPs), The second base from the 3 ′ end corresponds to each nucleotide predicted at the nucleotide polymorphism site, and at least one base from the 3 ′ end to the 5 ′ end from the 3 ′ end of each primer is a chromosome or a fragment thereof A base that is not complementary to the base in the base is replaced, and at least one primer in each primer is added with a sequence that is not completely complementary to the chromosome or a fragment thereof at the 5 ′ end [18]. ] The reagent kit for detection as described in above.
[0035]
[20] The detection according to [19], wherein the third base from the 3 ′ end of each primer is substituted with a base that is not complementary to the base of the strand to which the primer hybridizes in a chromosome or a fragment thereof. Reagent kit.
[0036]
[21] A nucleotide polymorphism detection reagent kit comprising a wild-type primer and one or two mutant-type primers, a DNA polymerase and four types of deoxynucleoside triphosphates (dNTPs), The second base from the 3 ′ end corresponds to each nucleotide expected in the nucleotide polymorphism site, and at least one base from the 3 ′ end to the 3 ′ end of each primer is a chromosome or a fragment thereof A non-complementary base is substituted with a non-complementary base, and the non-complementary base is a different base in each primer, and at least one primer in each primer is a chromosome or a fragment thereof on its 5 ′ side. The detection reagent kit according to [18], wherein a sequence that is not completely complementary is added.
[0037]
[22] The third base from the 3 ′ end of each primer is replaced with a base that is not complementary to the base of the strand to which the primer hybridizes in the chromosome or a fragment thereof, and the non-complementary base is: The detection reagent kit according to [21], wherein each primer has a different base.
[0038]
[23] The sequence according to any one of [18] to [22], wherein the sequence not completely complementary to the chromosome or fragment thereof added to the 5 ′ side of each primer is 2 to 40 bases in length. Detection reagent kit.
[0039]
[24] The sequence that is not completely complementary to the chromosome or fragment thereof added to the 5 ′ side of each primer includes a sequence selected from Sequence Listing / SEQ ID NOs: 7 to 16. [22] The detection reagent kit according to any one of [22].
[0040]
[25] When adding a sequence that is not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof to two or more 5 ′ sides of each primer, the added sequences are not homologous to each other. [18] to [22 ] The reagent kit for detection in any one of.
[0041]
[26] A nucleotide polymorphism detection reagent kit comprising a wild-type primer and one or two mutant-type primers, a DNA polymerase, four types of deoxynucleoside triphosphates (dNTPs), and a detection probe, The second base from the 3 ′ end of each primer corresponds to each nucleotide expected at the nucleotide polymorphism site, and at least one of the primers is a chromosome or a fragment thereof on the 5 ′ side. A kit to which a sequence that is not completely complementary is added.
[0042]
[27] A nucleotide polymorphism detection reagent kit comprising a wild-type primer and one or two mutant primers, a DNA polymerase and four types of deoxynucleoside triphosphates (dNTPs) and a detection probe, The second base from the 3 ′ end of each primer corresponds to each nucleotide expected at the nucleotide polymorphism site, and at least one base from the 3 ′ end to the 5 ′ end from the 3 ′ end of each primer is A base that is not complementary to a base in a chromosome or a fragment thereof is substituted, and at least one primer in each primer is added with a sequence that is not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof on its 5 ′ side. The detection reagent kit according to [26].
[0043]
[28] The kit according to [27], wherein the third base from the 3 ′ end of each primer is substituted with a base that is not complementary to the base of the strand to which the primer hybridizes in a chromosome or a fragment thereof. .
[0044]
DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION
Hereinafter, the present invention will be described in detail. The chromosome or fragment thereof containing a specific nucleotide polymorphic site contained in a sample is not particularly limited as long as it is a target nucleic acid including a nucleotide polymorphic site that bears information on the target gene. Examples of the target nucleic acid include Alu sequences, exons of genes encoding proteins, introns, promoters, and the like. More specifically, genes related to various diseases including genetic diseases, drug metabolism, lifestyle-related diseases (hypertension, diabetes, etc.) can be mentioned. For example, an ACE (Angiotensin I Converting Enzyme) gene can be mentioned as hypertension.
[0045]
In the present invention, a chromosome or a fragment thereof may be simply referred to as a nucleic acid. Mutant nucleic acids are those in which at least one of wild-type nucleic acids, preferably one nucleotide is point-mutated and replaced with other nucleotides, or inserted or deleted sequences in a part of wild-type nucleic acid, etc. It has been elucidated which part of the nucleotide is mutated. It has been elucidated that the constitution is different depending on such base polymorphism, and the method of the present invention is a method for examining whether or not a nucleic acid in a sample has such an expected mutation. is there.
[0046]
When replicating a nucleic acid, a primer extension reaction occurs using the target nucleic acid as a template by causing a primer, four types of deoxynucleoside triphosphates (dNTP), and a DNA polymerase to act on the target nucleic acid denatured into a single strand. The complementary strand is synthesized.
In the present invention, the wild-type primer is a primer having a sequence complementary to a chromosome containing a nucleotide polymorphism site having a normal phenotype or a fragment thereof, and the mutant primer is a wild-type primer. It is a primer having a sequence complementary to a chromosome or a fragment thereof containing a nucleotide polymorphism site having a sequence different from the type.
[0047]
In the present invention, the method for detecting a base polymorphism contained in a nucleic acid sample depending on whether a chromosome or fragment containing a specific base polymorphism site has been amplified is a chromosome containing a specific base polymorphism site or Using a wild-type primer and one or two mutant primers (corresponding to a forward primer) simultaneously or separately to a nucleic acid sample containing a fragment, the polymorphism can be obtained by performing an amplification reaction with a reverse primer. It is a method of detection.
[0048]
As the length of the primer in the present invention, the sequence complementary to the target nucleic acid is preferably 13 to 35 bases, more preferably 16 bases or more, and preferably 30 bases or less. On the other hand, the sequence not completely complementary to the chromosome added to the 5 ′ end or a fragment thereof is preferably 2 to 40 bases, more preferably 30 bases or less, still more preferably 20 bases or less, particularly preferably. 10 bases or less. In the sequence to be added, the proportion of bases that are not complementary to chromosomes or fragments thereof is 10% or more, preferably 25% or more, more preferably 50% or more. The type of base in the sequence to be added is not particularly limited, but in order to obtain a high specificity improvement effect by adding a smaller number of bases, guanine (G) and / or cytosine (C) base Use of is desirable. The total amount of guanine (G) and cytosine (C) base is preferably 60% or more in the sequence to be added, more preferably 70% or more, further preferably 80% or more, particularly preferably 90% or more, Most preferably all are guanine (G) and / or cytosine (C).
[0049]
Examples of sequences that are preferably added preferably include sequences selected from Sequence Listing / SEQ ID NOs: 7 to 16, and may also include other sequences.
Further, the sequence to be added is different for each primer and may not be homologous to each other. When two or more primers whose added sequences are homologous to each other are used, when the nucleic acid amplification reaction is performed in the same reaction vessel, the other extension or amplification reaction product is added to the added sequence. Specificity may be reduced due to hybridization.
[0050]
In the present invention, a primer and one or two mutation-type primers are combined with a reverse primer, and then the sample is allowed to act separately or simultaneously. In any case, a sequence that is not completely complementary to the chromosome or a fragment thereof may be added to the 5 ′ end of at least one primer, or may be added to all the primers in the reaction solution. .
[0051]
In the present invention, in the primer, the second base from the 3 'end preferably corresponds to each nucleotide expected to be a base polymorphism site.
Furthermore, at least one base from the 3 ′ end to the 5 ′ end from the 3 ′ end of the primer is replaced with a base that is not complementary to the base of the strand to which the primer hybridizes in the chromosome or a fragment thereof. Furthermore, it is preferable that the non-complementary base is designed to have 3 to 7 positions from the 3 ′ end.
It is particularly preferable that the non-complementary base is designed to have the third position from the 3 'end.
In order to further increase the specificity, the non-complementary bases in the primer can be different bases in each primer.
[0052]
In the present invention, a method for amplifying a chromosome or fragment containing a specific nucleotide polymorphism site can be basically performed using a conventional method. Usually, four types of deoxynucleoside triphosphates (dNTP), DNA polymerase, forward primer and reverse primer are allowed to act on a chromosome containing a specific nucleotide polymorphism site denatured into a single strand or a fragment thereof, at an appropriate temperature. Amplified by keeping the temperature warm. In the case of the ASP method, it is amplified between the forward primer and the reverse primer using the target nucleic acid as a template by allowing the wild-type primer and one or two kinds of mutant-type primers to act simultaneously or separately. The
[0053]
Examples of nucleic acid amplification methods include PCR, NASBA (Nucleic acid sequence-based amplification method: Nature, Vol. 350, page 91 (1991)), LCR (International Publication No. 89/12696, JP-A-2-2934), SDA (Strand Displacement Amplification: Nucleic Acids Research Vol. 20, p. 1691 (1992)), RCR (International Publication No. 90/1069), TMA (Transcribion mediated amplification. 3270 (1993)).
[0054]
In particular, the PCR method repeats a cycle consisting of three steps of denaturation, annealing, and extension in the presence of a sample nucleic acid, four types of deoxynucleoside triphosphates, a pair of primers, and a heat-resistant DNA polymerase. In this method, the region of the sample nucleic acid sandwiched between the primers is exponentially amplified. That is, the sample nucleic acid is denatured in the denaturation step, each primer is hybridized with a region on the single-stranded sample nucleic acid complementary to each in the subsequent annealing step, and DNA is started from each primer in the subsequent extension step. A DNA strand complementary to each single-stranded sample nucleic acid serving as a template is extended by the action of the polymerase to form double-stranded DNA. By this one cycle, one double-stranded DNA is amplified into two double-stranded DNAs. Therefore, if this cycle is repeated n times, the region of the sample DNA sandwiched between the pair of primers is theoretically 2nAmplified twice. Since the amplified DNA region exists in a large amount, it can be easily detected by a method such as electrophoresis. Therefore, if a gene amplification method is used, it is possible to detect even a very small amount of sample nucleic acid that could not be detected in the past (one molecule is acceptable), which is a very widely used technique recently. .
[0055]
In the method using the nucleic acid amplification method as described above, the gene amplification method is performed using a wild-type primer capable of amplifying a wild-type nucleic acid and a mutant-type primer capable of amplifying a mutant-type nucleic acid separately or simultaneously.
[0056]
When the sample nucleic acid is extended or amplified using the wild type primer, the reaction occurs if the sample nucleic acid is the wild type, but no reaction occurs in the mutant type. Conversely, when the sample nucleic acid is extended or amplified using the mutant primer, the reaction occurs if the sample nucleic acid is a mutant type, but does not occur if the sample nucleic acid is a wild type. Therefore, one sample is divided into two parts, one is reacted using the wild-type primer, the other is reacted using the mutant-type primer, and whether the reaction has occurred or not is determined. It is possible to clearly know whether the nucleic acid is a wild type or a mutant type. Whether a sample nucleic acid is wild-type or mutant by adding both wild-type primer and mutant-type primer to one sample and examining which primer extension or amplification reaction has occurred. You can also know clearly.
[0057]
In particular, humans and other higher organisms have one gene each derived from the father and one from the mother for each type of gene. According to this method, the sample gene is a wild-type homologue. It is also possible to distinguish between mutant homozygous or both heterozygous. That is, in the case of heterogeneity, both the wild type gene and the mutant gene exist, so that the reaction occurs both when the wild type primer is used and when the mutant type primer is used.
[0058]
DNA polymerase
As the DNA polymerase used in the extension reaction or amplification reaction of the present invention, a DNA polymerase usually used in the reaction can be used. Preferable examples include DNA polymerase derived from Pyrococcus sp. KOD1 strain, Thermus aquaticus, or Hyperthermophilic archaebacterium.
[0059]
By using the primer of the present invention, it is not necessary to control conditions such as temperature and concentration at the time of extension or amplification reaction very strictly, and accurate detection can be performed even if the reaction is performed under milder conditions. It becomes possible.
For example, in the extension or amplification reaction, the temperature at which the primer is annealed to the target is often required to be controlled with an accuracy of ± 0.1 ° C. in the conventional methods, but the primer of the present invention was used. Even if there is an error of ± 1 ° C or more, the accuracy of the detection result is not affected.
Even mutations and polymorphisms present in repetitive sequences and pseudogenes can be clearly detected using slight differences.
[0060]
detection
As a method for detecting a base polymorphism from a product obtained by the above-described extension reaction or amplification reaction, a commonly used detection method can be used.
For example, the detection is performed by previously labeling each primer with an enzyme, biotin, fluorescent substance, hapten, antigen, antibody, radioactive substance, luminophore, etc., and detecting the label after the extension or amplification reaction, It can be carried out. Alternatively, the reverse primer may be labeled.
[0061]
Examples of the enzyme include alkaline phosphatase and peroxidase.
Examples of the fluorescent material include FITC, 6-FAM, HEX, TET, TAMRA, Texas Red, Cy3, and Cy5.
Examples of haptens include biotin and digoxigenin.
As radioactive material,32P,35S etc. are mentioned.
Examples of the luminophore include ruthenium.
The label may be bound to any position of the primer as long as it does not affect the primer extension reaction. Preferably, it is a 5 'site.
[0062]
As a detection method, for example, a wild-type detection probe and a mutation-type detection probe that can specifically capture a product extended and amplified by a wild-type primer and a mutation-type primer are microtitered according to a known method. Bind to a solid phase such as a plate. Next, the extended or amplified product is denatured and added to the microtiter plate to which the detection probe is bound. The product extended and amplified by the wild type primer binds only to the wild type detection probe and does not bind to the mutant type detection probe. In addition, the product extended and amplified by the mutation primer binds only to the polymorphism detection probe and does not bind to the wild-type detection probe. Thereafter, the nucleotide polymorphism of the chromosome or DNA fragment contained in the sample can be detected by detecting the label bound to the primer. In the method of the present invention, in addition to the nucleotide polymorphism site, the wild-type primer and the mutant primer also differ at the site of the artificial mismatch, compared with the case where only the nucleotide polymorphism site is different. It is possible to detect each extension / amplification product more clearly. Therefore, it is also easy to carry out an amplification reaction simultaneously with both primers without dividing the sample into two for wild type and mutant type, and to measure specifically with a detection probe.
When different labels are used for the wild-type primer and the mutant-type primer, it can be carried out in a well of one plate.
[0063]
Further, as described in JP-A-2003-135069, it is possible to detect whether or not the oligonucleotide has reacted by measuring the amount of unreacted oligonucleotide using avidin-coupled magnetic particles. Good.
[0064]
kit
In the present invention, the kit includes a wild-type primer and one or two mutant primers, a reverse primer, a DNA polymerase, four types of deoxynucleoside triphosphates (dNTPs), and a nucleotide sequence containing a detection probe if necessary. It includes a type detection reagent kit, and has a feature that a sequence that is not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof is added to the 5 ′ end of at least one primer. Preferably, the second base from the 3 ′ end of each primer corresponds to each nucleotide expected at the nucleotide polymorphism site, and in addition, the 3rd to 5 ′ end of the 3 ′ end of each primer. It is preferable that at least one base is replaced with a base that is not complementary to a base in a chromosome or a fragment thereof.
[0065]
Each primer or probe may be labeled with the enzyme, biotin, fluorescent substance, hapten, antigen, antibody, radioactive substance, luminophore or the like as described above.
[0066]
【Example】
Hereinafter, based on an Example, this invention is demonstrated more concretely. However, the present invention is not limited to the following examples.
Example 1 Detection of nucleotide polymorphism (Cys112Arg) of APO E (Apolipoprotein E) gene
(1) Synthesis of primer for detecting Cys112Arg nucleotide polymorphism of APO E gene
Synthesis of oligonucleotides having the base sequences shown in SEQ ID NOs: 1 to 6 (hereinafter referred to as oligos 1 to 6) was commissioned to a DNA synthesis contractor (Proligo Japan Co., Ltd.). Oligos 1 and 4 are wild-type (T) amplification primers that have a wild-type (T) nucleotide sequence second from the 3 ′ end, and an artificial mismatch (G → T) third, and are FITC-labeled. Yes. Oligos 2 and 5 are mutated type (C) amplification primers having a nucleotide sequence of the mutated type (C) second from the 3 'end, and an artificial mismatch (G → T) third, and are labeled with Texas Red. ing. Oligo 3 and 6 are reverse primers set in the antisense strand having a common sequence of wild type / mutant type, and are used as primers for amplification reaction in combination with oligos 1 to 4 and labeled with biotin.
[0067]
(2) Analysis of APO E gene polymorphism by PCR method
a) Amplification reaction by PCR
A DNA solution extracted from human leukocytes by the phenol-chloroform method was used as a sample, the following reagents were added, and human APOE gene polymorphism was analyzed under the following conditions.
[0068]
Reagent-1 (oligo 1, 2, 3)
A 25 μl solution containing the following reagents was prepared:
Taq DNA polymerase reaction solution
Oligo 1 5 pmol
Oligo 2 5 pmol
Oligo 3 5 pmol
× 10 buffer 2.5 μl
2 mM dNTP 2.5 μl
25 mM MgCl2 1.5 μl
Taq DNA polymerase 1.3 U
Extracted DNA solution 100 ng
[0069]
Reagent-2 (Oligo 4, 5, 6)
A 25 μl solution containing the following reagents was prepared:
Taq DNA polymerase reaction solution
Oligo 4 5 pmol
Oligo 5 5 pmol
Oligo 6 5 pmol
× 10 buffer 2.5 μl
2 mM dNTP 2.5 μl
25 mM MgCl2 1.4 μl
Taq DNA polymerase 1.3 U
Extracted DNA solution 100 ng
[0070]
Amplification condition-1 (oligo 1, 2, 3)
95 ° C for 5 minutes
95 ° C for 30 seconds, 60 ° C for 30 seconds, 72 ° C for 30 seconds (35 cycles)
72 ° C for 2 minutes.
[0071]
Amplification condition-2 (Oligo 4, 5, 6)
95 ° C for 5 minutes
95 ° C for 30 seconds, 65 ° C for 30 seconds, 72 ° C for 30 seconds (40 cycles)
72 ° C for 2 minutes.
[0072]
b) Detection with avidin-coupled magnetic particles
10 μl of the amplification reaction solution of a) is added to 40 μl of a solution of 500 mM Tris buffer (pH 7.5), 2M NaCl, 1 mM EDTA, 1.25 μg avidin-binding magnetic particles (Genovision), and 15 at room temperature. Reacted for 1 minute. As a result, the amplified human APOE gene fragment and the degree of biotin-labeled oligo bulging are captured by the avidin-bound magnetic particles. Next, the magnetic particles are separated with a magnet, and the situation containing unreacted fluorescently labeled oligonucleotide is mixed with 100 μl of 7.5 mM NaOH. After standing at room temperature for 10 minutes, the amount of fluorescence intensity was measured with a fluorescent plate reader (Dainippon Pharmaceutical Co., Ltd.) in a dark room. The time required was about 30 minutes. The amount of fluorescence intensity of the sample was calculated from the obtained fluorescence intensity using the following calculation formula.
FL (fluorescence intensity of sample) = FLb-FLs
FLb = Fluorescence intensity of Negative Control (no extracted DNA solution added)
FLs = fluorescence intensity of each sample
[0073]
[Table 1]
As described above, the combination of oligos 4, 5, and 6 in which a sequence that is not completely complementary to the chromosome or a fragment thereof is added to the 5 ′ end of the primer, the nonspecific signal is not reduced without decreasing the specific signal. It was possible to remarkably improve the specificity by suppressing the polymorphism and to easily and clearly determine the base polymorphism.
In the examples, the temperature control of the reaction was performed at ± 0.1 ° C., but the non-specific reaction hardly occurred in the combination of oligos 4, 5, and 6, and the temperature control accuracy was lowered. However, it was found that sufficient detection was possible.
[0075]
【The invention's effect】
As described above, the present invention provides a method capable of easily and clearly detecting a base polymorphism in a sample nucleic acid with high specificity. In the method of the present invention, false positives do not occur, so that the results can be obtained with good reproducibility even if the conditions of the gene amplification method are not so strict, and the determination results are not different due to differences in models. In addition, according to the method of the present invention, homojunction and heterojunction, which were difficult with the conventional method, can be distinguished.
[Sequence Listing]
Claims (28)
（ａ） 試料中に含まれる特定の塩基多型部位を含む染色体又はその断片に、野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマーを同時に又は別々に、ＤＮＡポリメラーゼと共に作用させる工程、
（ｂ） 該プライマーが伸長されたか否かによって、その核酸試料中に含まれる塩基多型を検出する工程
を含み、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーの５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されていることを特徴とする塩基多型の検出方法。A method for detecting a nucleotide polymorphism contained in a nucleic acid sample using a nucleic acid amplification reaction, the method comprising:
(A) a step of allowing a wild-type primer and one or two kinds of mutant-type primers to act simultaneously or separately with a DNA polymerase on a chromosome or a fragment thereof containing a specific nucleotide polymorphic site contained in a sample;
(B) a step of detecting a nucleotide polymorphism contained in the nucleic acid sample depending on whether or not the primer has been extended, wherein the second base from the 3 ′ end of each primer is predicted to be a nucleotide polymorphism site. Detection of nucleotide polymorphisms characterized in that a sequence that is not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof is added to the 5 ′ side of at least one of the primers. Method.
（ａ） 試料中に含まれる特定の一塩基多型部位を含む染色体又はその断片に、野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマーを同時に又は別々に、ＤＮＡポリメラーゼと共に作用させる工程、
（ｂ） 該プライマーが伸長されたか否かによって、その核酸試料中に含まれる塩基多型を検出する工程
を含み、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、該各プライマーの３’末端より３番目から５’末端までの少なくとも１つの塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換されており、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーの５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されていることを特徴とする、請求項５に記載の塩基多型の検出方法。A method for detecting a nucleotide polymorphism contained in a nucleic acid sample using a nucleic acid amplification reaction, the method comprising:
(A) A step of allowing a wild-type primer and one or two kinds of mutant-type primers to act simultaneously or separately with a DNA polymerase on a chromosome or a fragment thereof containing a specific single nucleotide polymorphic site contained in a sample ,
(B) a step of detecting a nucleotide polymorphism contained in the nucleic acid sample depending on whether or not the primer has been extended, wherein the second base from the 3 ′ end of each primer is predicted to be a nucleotide polymorphism site. And at least one base from the 3 'end to the 5' end of each primer is a base that is not complementary to the base of the strand to which the primer hybridizes in the chromosome or a fragment thereof. The sequence according to claim 5, wherein the sequence is substituted and a sequence that is not completely complementary to a chromosome or a fragment thereof is added to the 5 'side of at least one of the primers. Nucleotide polymorphism detection method.
（ａ） 試料中に含まれる特定の一塩基多型部位を含む染色体又はその断片に、野生型用プライマー及び１種又は２種の変異型用プライマーを同時に又は別々に、ＤＮＡポリメラーゼと共に作用させる工程、
（ｂ） 該プライマーが伸長されたか否かによって、その核酸試料中に含まれる塩基多型を検出する工程
を含み、該各プライマーの３’末端より２番目の塩基が塩基多型部位の予想される各ヌクレオチドに対応し、該各プライマーの３’末端より番目から５’末端までの少なくとも１つの塩基が、染色体又はその断片中の該プライマーがハイブリダイズする鎖の塩基と相補的でない塩基に置換されており、且つ該相補的でない塩基は、各プライマーにおいて異なる塩基であり、且つ該各プライマーの中の少なくともひとつのプライマーの５’側に染色体又はその断片と完全には相補的でない配列が付加されていることを特徴とする、請求項５に記載の塩基多型の検出方法。A method for detecting a nucleotide polymorphism contained in a nucleic acid sample using a nucleic acid amplification reaction, the method comprising:
(A) A step of allowing a wild-type primer and one or two kinds of mutant-type primers to act simultaneously or separately with a DNA polymerase on a chromosome or a fragment thereof containing a specific single nucleotide polymorphic site contained in a sample ,
(B) a step of detecting a nucleotide polymorphism contained in the nucleic acid sample depending on whether or not the primer has been extended, wherein the second base from the 3 ′ end of each primer is predicted to be a nucleotide polymorphism site. Corresponding to each nucleotide, and at least one base from the 3 'end to the 5' end of each primer is replaced with a base that is not complementary to the base of the strand to which the primer hybridizes in the chromosome or fragment thereof The non-complementary base is a different base in each primer, and a sequence that is not completely complementary to the chromosome or a fragment thereof is added to the 5 ′ side of at least one primer in each primer. The method for detecting a nucleotide polymorphism according to claim 5, wherein the nucleotide polymorphism is detected.
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Cited By (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2011118603A1 (en) * | 2010-03-24 | 2011-09-29 | 凸版印刷株式会社 | Method for detecting target base sequence using competitive primer |
| JP2012513215A (en) * | 2008-12-22 | 2012-06-14 | ユニバーシティ オブ ユタ リサーチ ファウンデーション | Monochromatic multiplex quantitative PCR |
| WO2012133834A1 (en) | 2011-03-31 | 2012-10-04 | 積水メディカル株式会社 | Sample nucleic acid for single nucleotide polymorphism detection purposes, pcr primer for preparing sample for single nucleotide polymorphism detection purposes, and method for preparing sample for single nucleotide polymorphism detection purposes which can be used in ion exchange chromatographic analysis |
| US9447460B2 (en) | 2011-01-12 | 2016-09-20 | Sekisui Medical Co., Ltd. | Method for detecting single nucleotide polymorphisms |
| US9481881B2 (en) | 2011-01-12 | 2016-11-01 | Sekisui Medical Co., Ltd. | Eluent for ion-exchange chromatography, and method of analyzing nucleic acid chains |
| US9944978B2 (en) | 2014-12-30 | 2018-04-17 | Telomere Diagnostics, Inc. | Multiplex quantitative PCR |
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Cited By (17)
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