DE102006048264B4 - Method for detecting specific nucleic acid sequences - Google Patents
Method for detecting specific nucleic acid sequences Download PDFInfo
- Publication number
- DE102006048264B4 DE102006048264B4 DE200610048264 DE102006048264A DE102006048264B4 DE 102006048264 B4 DE102006048264 B4 DE 102006048264B4 DE 200610048264 DE200610048264 DE 200610048264 DE 102006048264 A DE102006048264 A DE 102006048264A DE 102006048264 B4 DE102006048264 B4 DE 102006048264B4
- Authority
- DE
- Germany
- Prior art keywords
- probe
- sample
- reaction surface
- carrier plate
- composition
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/54353—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals with ligand attached to the carrier via a chemical coupling agent
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/5436—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals with ligand physically entrapped within the solid phase
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Verfahren zur Durchführung eines Nachweises spezifischer Nukleinsäuresequenzen unter Verwendung eines Testsets, mit folgenden Merkmalen:
• das Testset umfasst eine Sondenträgerplatte (10) und eine Probenträgerplatte (20),
• die Sondenträgerplatte (10) weist mindestens eine Sondenreaktionsfläche (11) auf,
• gemäß einer ersten Alternative ist auf mindestens einer Sondenreaktionsfläche (11) eine Sondenzusammensetzung (15) aufgebracht, die bei der Hybridisierungstemperatur flüssig ist,
• gemäß einer zweiten Alternative umfasst das Testset zusätzlich ein Behältnis mit einer flüssigen Sondenzusammensetzung und jede Sondenreaktionsfläche (11) ist so ausgebildet und so beschichtet, dass die flüssige Sondenzusammensetzung auftragbar ist,
• die Probenträgerplatte (20) weist mindestens eine Probenreaktionsfläche (21) auf,
• jede Probenreaktionsfläche (21) ist so ausgebildet und so beschichtet, dass eine Probenzusammensetzung (25) auftragbar ist, deren Probennukleinsäuresequenzen auf der Probenreaktionsfläche (21) immobilisierbar sind,
• die Probenträgerplatte (20) ist derart auf die Sondenträgerplatte (10) steckbar,
– dass mindestens eine Sondenreaktionsfläche (11) und eine Probenreaktionsfläche...Method for carrying out detection of specific nucleic acid sequences using a test kit, having the following features:
The test set comprises a probe carrier plate (10) and a sample carrier plate (20),
The probe support plate (10) has at least one probe reaction surface (11),
According to a first alternative, a probe composition (15) which is liquid at the hybridization temperature is applied to at least one probe reaction surface (11),
According to a second alternative, the test set additionally comprises a container with a liquid probe composition and each probe reaction surface (11) is formed and coated so that the liquid probe composition is applicable,
The sample carrier plate (20) has at least one sample reaction surface (21),
Each sample reaction surface (21) is formed and coated so that a sample composition (25) can be applied whose sample nucleic acid sequences are immobilizable on the sample reaction surface (21),
The sample carrier plate (20) can be plugged onto the probe carrier plate (10),
- That at least one probe reaction surface (11) and a sample reaction surface ...
Description
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zum Nachweis spezifischer Nukleinsäuresequenzen.The invention relates to a method for detecting specific nucleic acid sequences.
Die
Die
Die
Die
Die
Aus der
- • dass mindestens eine Gewebereaktionsfläche und eine Serumreaktionsfläche gegenüberliegend unter Bildung eines Reaktionsflächenpaares angeordnet sind, derart, dass zwischen der Gewebereaktionsfläche und der zugeordneten Serumreaktionsfläche ein vordefinierter Abstand vorliegt,
- • dass die Gewebeträgerplatte und die Serenträgerplatte Dichtmittel aufweisen, die in der Einsteckstellung um mindestens ein Reaktionsflächenpaar angeordnet sind.
- That at least one tissue reaction surface and a serum reaction surface are arranged opposite to form a reaction surface pair, such that a predefined distance exists between the tissue reaction surface and the associated serum reaction surface,
- • that the fabric support plate and the serge support plate have sealing means which are arranged in the insertion position around at least one reaction surface pair.
Mit anderen Worten ausgedrückt, ist ein Testset beschrieben, das zwei Trägerplatten aufweist. Diese Trägerplatten sind so beschaffen, dass sie als Probenträgerplatte, wie in Anspruch 1 dargelegt, oder als Sondenträgerplatte, wie in Anspruch 1 beschrieben, verwendbar sind. Die Unterschiede zum Gegenstand des Anspruches 1 sind:
- – Die beiden Trägerplatten sind einzig und allein für die Immunologie vorgesehen.
- – Demzufolge dient die eine Trägerplatte dazu, biologisches Gewebe aufzunehmen.
- – Die andere Trägerplatte dient dem Auftragen der Seren.
- – Die Verfahrensschritte sind überhaupt nicht miteinander vergleichbar. Beispielsweise wird auf die Serenträgerplatte in einem Schritt das Serum aufgetragen. Dann steckt man die Serenträgerplatte mit der Gewebeträgerplatte zusammen. Nach einer Einwirkungszeit trennt man beide Platten voneinander. Die Serenträgerplatte wäscht man ab. Dann trägt man ein markiertes Antiserum auf die Serenträgerplatte auf. Es folgt ein nochmaliges Zusammenstecken der Gewebeträgerplatte auf die Serenträgerplatte, usw.
- - The two carrier plates are intended solely for immunology.
- As a result, the one carrier plate serves to receive biological tissue.
- - The other carrier plate is used to apply the serums.
- - The process steps are not comparable at all. For example, the serum is applied to the serge plate in one step. Then you put the serenträgerplatte together with the tissue carrier plate. After an exposure time, separate both plates from each other. The serenträger plate washes off. Then apply a labeled antiserum to the serge plate. This is followed by a repeated mating of the fabric carrier plate on the serenträgerplatte, etc.
Aus der
- • Auftragung der Probenzusammensetzung auf die Reaktionsflächen
- • Immobilisierung der Probennukleinsäuresequenzen auf den Reaktionsflächen
- • Auftragung der Sondenzusammensetzung auf dieselben Reaktionsflächen
- • Einbringung in einen Hybridisierungsofen
- • Herausnahme nach Ablauf der Hybridisierungszeit
- • Waschen der Trägerplatte
- • Auswertung der Probenträgerplatte.
- • Application of the sample composition to the reaction surfaces
- Immobilization of the sample nucleic acid sequences on the reaction surfaces
- Application of the probe composition to the same reaction surfaces
- • introduction into a hybridization oven
- • Removal at the end of the hybridization period
- • Washing the carrier plate
- • Evaluation of the sample carrier plate.
Anders ausgedrückt, stimmt das Bekannte nach der
- • Anstelle zweier Trägerplatten in Form einer Sondenträgerplatte und einer Probenträgerplatte wird nur eine Trägerplatte verwendet. Dies ist der wesentliche Unterschied.
- • Auf dieser einzigen Trägerplatte sind Reaktionsflächen angeordnet.
- • Auf einer Reaktionsfläche wird erst eine Probenzusammensetzung aufgetragen, deren Probennukleinsäuresequenzen man auf der Probenreaktionsfläche immobilisiert.
- • Auf der selben Reaktionsfläche trägt man die Sondenzusammensetzung auf.
- • Zur Stabilisierung der Reaktionsbedingungen wird hier eine zusätzliche gasdichte Hybridisierungskammer mit einer gesättigten Wasserdampfatmosphäre benötigt. Denn sonst würden die Probenzusammensetzung und die Sondenzusammensetzung eintrocknen.
- • Instead of two carrier plates in the form of a probe carrier plate and a sample carrier plate, only one carrier plate is used. This is the essential difference.
- • Reaction surfaces are arranged on this single carrier plate.
- On a reaction surface, first a sample composition is applied whose sample nucleic acid sequences are immobilized on the sample reaction surface.
- • Apply the probe composition to the same reaction surface.
- • To stabilize the reaction conditions, an additional gas-tight hybridization chamber with a saturated water vapor atmosphere is needed here. Otherwise the sample composition and the probe composition would dry up.
Der Erfindung liegt die Aufgabe zu Grunde, das in der
Diese Aufgabe wird durch ein Verfahren mit den Merkmalen des Anspruches 1 gelöst.This object is achieved by a method having the features of claim 1.
Die Vorteile der Erfindung liegen in der schnellen und einfachen Durchführung eines Nachweises spezifischer Nukleinsäuresequenzen. Das eingesetzte Testset umfasst eine Sondenträgerplatte und eine Probenträgerplatte. Die Sondenträgerplatte weist mindestens eine Sondenreaktionsfläche auf. Gemäß einer ersten Alternative ist auf mindestens einer Sondenreaktionsfläche eine Sondenzusammensetzung aufgebracht, die bei der Hybridisierungstemperatur flüssig ist. Hierdurch spart sich der Anwender des Testsets das Auftragen der Sondenzusammensetzung. Ferner ist die Gefahr einer fehlerhaften Auftragung der Sondenzusammensetzung ausgeschlossen. Die Probenträgerplatte weist mindestens eine Probenreaktionsfläche auf. Jede Probenreaktionsfläche ist so ausgebildet und so beschichtet, dass eine Probenzusammensetzung auftragbar ist, deren Probennukleinsäuresequenzen auf der Probenreaktionsfläche immobilisierbar sind. Die Probenträgerplatte ist derart auf die Sondenträgerplatte steckbar, dass mindestens eine Sondenreaktionsfläche und eine Probenreaktionsfläche gegenüberliegend unter Bildung eines Reaktionsflächenpaares angeordnet sind. Zwischen der Sondenreaktionsfläche und der zugeordneten Probenreaktionsfläche liegt ein vordefinierter Abstand vor. Beim Zusammenstecken der Sondenträgerplatte und der Probenträgerplatte beginnt für alle Reaktionsflächenpaare gleichzeitig der Vorgang des Inkubierens. Die Sondenträgerplatte und die Probenträgerplatte weisen Dichtmittel auf, die in der Einsteckstellung um mindestens ein Reaktionsflächenpaar angeordnet sind. Aufgrund der Dichtmittel wird keine Hybridisierungskammer mit einer gesättigten Wasserdampfatmosphäre benötigt. Denn die Dichtmittel verhindern ein Austrocknen der Sondenzusammensetzung und der Probenzusammensetzung.The advantages of the invention lie in the rapid and simple implementation of a detection of specific nucleic acid sequences. The test set used comprises a probe carrier plate and a sample carrier plate. The probe support plate has at least one probe reaction surface. According to a first alternative, a probe composition which is liquid at the hybridization temperature is applied to at least one probe reaction surface. This saves the user of the test set the application of the probe composition. Furthermore, the risk of erroneous application of the probe composition is excluded. The sample carrier plate has at least one sample reaction surface. Each sample reaction surface is formed and coated to accept a sample composition whose sample nucleic acid sequences are immobilizable on the sample reaction surface. The sample carrier plate can be plugged onto the probe carrier plate in such a way that at least one probe reaction surface and a sample reaction surface are arranged opposite one another to form a reaction surface pair. There is a predefined distance between the probe reaction surface and the associated sample reaction surface. When the probe carrier plate and the sample carrier plate are put together, the process of incubation begins simultaneously for all reaction surface pairs. The probe carrier plate and the sample carrier plate have sealing means, which are arranged in the insertion position to at least one reaction surface pair. Due to the sealant no hybridization chamber is needed with a saturated water vapor atmosphere. Because the sealants prevent the probe composition and the sample composition from drying out.
Gemäß einer zweiten Alternative muss der Anwender im Gegensatz zur ersten Alternative selbst noch die flüssige Sondenzusammensetzung auf die Sondenträgerplatte auftragen. Daher ist hinsichtlich der zweiten Alternative einerseits ein Behältnis mit einer flüssigen Sondenzusammensetzung integraler Bestandteil des Testsets und andererseits die Sondenträgerplatte ohne bereits aufgebrachte Sondenzusammensetzung ausgeführt.According to a second alternative, in contrast to the first alternative, the user himself still has to apply the liquid probe composition to the probe carrier plate. Therefore, with regard to the second alternative, on the one hand, a container with a liquid probe composition is an integral part of the test set and, on the other hand, the probe carrier plate without a probe composition already applied.
Gemäß einer Ausgestaltung der Erfindung sind die auf den Sondenreaktionsflächen aufgebrachten Sondenzusammensetzungen bei Raumtemperatur gelartig. Diese Ausgestaltung bezieht sich auf den Gegenstand der ersten Alternative, bei dem auf der Sondenträgerplatte bereits die Sondenzusammensetzung aufgetragen ist. Diese Ausgestaltung ermöglicht eine fabrikmäßigen Herstellung vorgefertigter Sondenträgerplatten, die bei Raumtemperatur und tieferen Temperaturen handhabungssicher sind. Sie können im Raum in beliebiger Lage gehalten werden, ohne dass die Sondenzusammensetzungen der einzelnen Sondenreaktionsflächen sich miteinander vermischen. Gebrauchsfertig hergestellte Sondenträgerplatten mit aufgebrachter Sondenzusammensetzung können somit auch verpackt und an Kunden versandt werden. Die industrielle Beschichtung mit Sondenzusammensetzungen erlaubt ein Höchstmaß an Qualitätssicherung und verhindert eine Vertauschung auf den Sondenreaktionsflächen.According to one embodiment of the invention, the probe compositions applied to the probe reaction surfaces are gel-like at room temperature. This embodiment relates to the subject of the first alternative, in which the probe composition is already applied to the probe support plate. This embodiment allows a factory-made production of prefabricated probe support plates, which are safe to handle at room temperature and lower temperatures. They can be held in any desired position in the room without the probe compositions of the individual probe reaction surfaces mixing with each other. Ready-to-use probe carrier plates with applied probe composition can thus also be packaged and shipped to customers. The industrial coating with probe compositions allows a maximum of quality assurance and prevents interchanging on the probe reaction surfaces.
Gemäß einer weiteren Ausgestaltung der Erfindung, die sich auf die gelartige Sondenzusammensetzung bezieht, weist die Sondenzusammensetzung Agarose auf. Agarose ist als Gelierungsmittel bekannt und wird in der Gelektrophorese eingesetzt Der neue Einsatz der Agarose dient als Bestandteil der Sondenzusammensetzung dazu, eine flüssige Sondenzusammensetzung in ein handhabungssicheres Gel zu überführen. Der Vorteil des Gelierungsmittels Agarose ist es, dass es in unterschiedlichen Qualitäten marktüblich erhältlich ist, die auf eine bestimmte Temperatur eingestellt sind, bei der das Gel flüssig wird. Durch Auswahl einer Qualität die mit Ihrer Verflüssigungstemperatur knapp unterhalb der Hybridisierungstemperatur liegt, erreicht man eine sehr gute Handhabbarkeit. Dadurch hebt sich Agarose gegenüber anderen Gelierungsmitteln, wie beispielsweise Stärke, Glykogen oder Polyacrylamid, besonders positiv hervor. According to another embodiment of the invention, which relates to the gel-like probe composition, the probe composition comprises agarose. Agarose is known as a gelling agent and is used in gel electrophoresis. The new use of the agarose serves as part of the probe composition to convert a liquid probe composition into a handling-safe gel. The advantage of the gelling agent agarose is that it is commercially available in different qualities, which are set to a certain temperature at which the gel becomes liquid. By selecting a quality with your condensing temperature just below the hybridization temperature, you can achieve a very good handling. As a result, agarose stands out over other gelling agents, such as starch, glycogen or polyacrylamide, particularly positive.
Die Erfindung wird nachfolgend an Hand eines in den Zeichnungen dargestellten Ausführungsbeispieles näher erläutert. Dabei zeigen:The invention will be explained in more detail with reference to an embodiment shown in the drawings. Showing:
Die
Die Sondenträgerplatte
Die Probenträgerplatte
Die Probenträgerplatte
Die
Die Sondenträgerplatte
Die auf den Sondenreaktionsflächen
Das Verfahren zur Durchführung eines Nachweises spezifischer Nukleinsäuresequenzen unter Verwendung des in den Zeichnungen dargestellten Testsets weist folgende Schritte auf:
- •
Auftragung der Probenzusammensetzung 25 auf dieProbenreaktionsflächen 21 . - • Immobilisierung der Probennukleinsäuresequenzen auf
den Probenreaktionsflächen 21 . - •
Zusammenstecken der Sondenträgerplatte 10 mit darauf aufgebrachter Sondenzusammensetzung15 und derProbenträgerplatte 20 . – Dieser Verfahrensschritt bezieht sich zum einen auf das dargestellte Ausführungsbeispiel.Die Sondenträgerplatte 10 mit darauf aufgebrachter Sondenzusammensetzung15 ist dieSondenträgerplatte 10 mit der bereits vom Hersteller des Testsets aufgebrachten gelartigen Sondenzusammensetzung15 . – Ferner bezieht sich dieser Verfahrensschritt auf das nicht dargestellte Ausführungsbeispiel, bei dem zuAnfang eine Sondenträgerplatte 10 ohne bereits aufgebrachte, gelartige Sondenzusammensetzung vorliegt und bei dem der Hersteller ein Behältnis mit einer flüssigen Sondenzusammensetzung mit dem Testset integriert hat. Der Anwender hat daher noch den Schritt des Auftragens der flüssigen Sondenzusammensetzung selbst auszuführen. - • Einbringung in einen Hybridisierungsofen.
- • Herausnahme nach Ablauf der Hybridisierungszeit.
- •
Lösen der Sondenträgerplatte 10 von der Probenträgerplatte 20 . - •
Waschen der Probenträgerplatte 20 . - •
Auswertung der Probenträgerplatte 20 .
- • Application of the
sample composition 25 on the sample reaction surfaces21 , - Immobilization of the sample nucleic acid sequences on the sample reaction surfaces
21 , - • Connecting the
probe support plate 10 with probe composition applied thereto15 and thesample carrier plate 20 , - This process step relates firstly to the illustrated embodiment. Theprobe carrier plate 10 with probe composition applied thereto15 is theprobe support plate 10 with the gel-like probe composition already applied by the manufacturer of thetest kit 15 , - Further, this method step refers to the embodiment, not shown, in which initially aprobe support plate 10 without an already applied gel-like probe composition and in which the manufacturer has integrated a container with a liquid probe composition with the test kit. The user therefore still has to carry out the step of applying the liquid probe composition itself. - • introduction into a hybridization oven.
- • Removal at the end of the hybridization period.
- • Loosen the
probe carrier plate 10 from thesample carrier plate 20 , - • Washing the
sample carrier plate 20 , - • Evaluation of the
sample carrier plate 20 ,
Details des vorgenannten Verfahrens werden nachfolgend am Beispiel des Nachweises von Escherichia coli beschrieben. Escherichia coli findet sich im menschlichen Urin und ist der häufigste Krankheitserreger der menschlichen Harnwege.Details of the aforementioned method are described below using the example of the detection of Escherichia coli. Escherichia coli is found in human urine and is the most common pathogen of the human urinary tract.
Verwendet wird eine Sondenträgerplatte
Nachfolgend wird zunächst die industrielle Aufbringung einer Sondenzusammensetzung auf die Sondenträgerplatte beschrieben, wobei die aufgebrachte Sondenzusammensetzung der besseren Handhabung wegen bei Raumtemperatur gelartig ist.In the following, the industrial application of a probe composition to the probe support plate will first be described, wherein the applied probe composition is gelatinized for better handling at room temperature.
Auf Sondenreaktionsflächen
Die Sondenlösung setzt sich dabei wie folgt zusammen:
- – 50 pg/ml Nukleinsäuresonde ESCO47, am 5'-Ende FITC markiert Sequenz: GCT GGT AAC GTC AAT GAG C Bezugsquelle: Thermo Hybaid, Ulm
- – 0,8% Agarose (Art. Nr A9539, SIGMA-Aldrich)
- – 30% Formamid
- – 900 mmol/l NaCl
- – 20 mmol/l Tris-HCl
- – 0,01% SDS (Sigma-Aldrich)
- – ad 100% Reinstwasser
- - 50 pg / ml nucleic acid probe ESCO47, at the 5'-end FITC labeled Sequence: GCT GGT AAC GTC AAT GAG C Source of supply: Thermo Hybaid, Ulm
- - 0.8% agarose (Art. No A9539, SIGMA-Aldrich)
- - 30% formamide
- - 900 mmol / l NaCl
- 20 mmol / l Tris-HCl
- - 0.01% SDS (Sigma-Aldrich)
- - ad 100% ultrapure water
Unmittelbar nach Berührung der Sondenzusammensetzung
Ein Anwender, der die zuvor bestückte Sondenträgerplatte zum Beispiel käuflich erworben hat, führt nun die nachfolgenden Schritte aus.For example, a user who has purchased the previously mounted probe support plate will now perform the following steps.
Zunächst ist die Probenzusammensetzung
Durch Eintauchen der Probenträgerplatte
Der Anwender, der die von ihm vorbereitete Probenträgerplatte
Die zusammengesteckte Sondenträgerplatte
Nach
Für die Waschlösung verwendet man folgende Zusammensetzung:
- – 112 mmol/l NaCl
- – 20 mmol/l Tris-HCl
- – 5 mmol/l Na-EDTA
- – 0,01% SDS
- - 112 mmol / l NaCl
- 20 mmol / l Tris-HCl
- 5 mmol / l Na-EDTA
- - 0.01% SDS
Anschließend wird die Probenträgerplatte
Die nasse Probenträgerplatte
Die Auswertung erfolgt unter einem Fluoreszenzmikroskop (z. B. Zeiss Axiostar mit Fraen Durchlichtfluoreszenzbeleuchtung A.F.T.E.R 480 nm, Vergrößerung 400 bis 1200-fach, empf. num. Appertur > 0,9).The evaluation is carried out under a fluorescence microscope (eg Zeiss Axiostar with Fraen transmitted-light fluorescence illumination A.F.T.E.R 480 nm, magnification 400 to 1200-fold, reference numeral: Apertur> 0.9).
Bei Vorliegen von Escherichia coli sind diese deutlich als grün leuchtende Stäbchenbakterien vor schwarzem Hintergrund zu erkennen. Andere Bakterien, die die komplementäre Nukleinsäuresequenz zur Probe nicht aufweisen, können den Farbstoff nicht binden und leuchten nicht.In the presence of Escherichia coli, these are clearly visible as green glowing rod bacteria against a black background. Other bacteria that do not have the complementary nucleic acid sequence to the sample can not bind the dye and will not shine.
Abweichend zum dargestellten Ausführungsbeispiel ist es möglich, dass das Testset zum Nachweis spezifischer Nukleinsäuresequenzen eine Sondenträgerplatte
- • Die flüssige Sondenzusammensetzung des Behältnisses ist wie zuvor beschrieben zusammengesetzt, jedoch ohne das Gelierungsmittel Agarose.
- • Um die Sondenzusammensetzung aufzutragen, legt man die
Sondenträgerplatte 10 mit den Sondenreaktionsflächen 11 nach oben auf eine Arbeitsplatte. Beim Zupipettieren der kalten, flüssigen Sondenzusammensetzung sind Erschütterungen unbedingt zu vermeiden, da sonst die Sondenzusammensetzungen der einzelnen Sondenreaktionsflächen11 ineinander verlaufen können. Die Auftragepositionen der einzelnen Sondenzusammensetzungen sind zwingend zu dokumentieren und die Zuordnung zu überprüfen. - • Da die Sondenzusammensetzung flüssig ist, muss die Handhabung beim Zusammenstecken der Probenträgerplatte und der Sondenträgerplatte und das Einbringen in den Hybridisierungsofen sehr sorgfältig erfolgen.
- The liquid probe composition of the container is composed as previously described, but without the gelling agent agarose.
- • To apply the probe composition, place the
probe support plate 10 with the probe reaction surfaces11 upwards on a worktop. When pipetting up the cold, liquid probe composition, shocks must be avoided, otherwise the probe compositions of the individual probe reaction surfaces11 can run into each other. The application positions of the individual probe compositions must be documented and the assignment checked. - • Since the probe composition is liquid, the handling of the sample support plate and the probe support plate and the introduction into the hybridization furnace must be handled very carefully.
BezugszeichenlisteLIST OF REFERENCE NUMBERS
- 1010
- SondenträgerplatteProbe carrier plate
- 1111
- SondenreaktionsflächeProbe reaction surface
- 1212
- Trennfläche (hydrophob)Separation surface (hydrophobic)
- 1515
- Sondenzusammensetzungprobe composition
- 16, 17, 1816, 17, 18
- Dichtflächensealing surfaces
- 1919
- Anformung mit einer geometrischen FormgebungAnformung with a geometric shape
- 2020
- ProbenträgerplatteSample support plate
- 2121
- ProbenreaktionsflächeSample reaction surface
- 2222
- Trennfläche (hydrophob)Separation surface (hydrophobic)
- 2525
- Probenzusammensetzungsample composition
- 26, 27, 2826, 27, 28
- Dichtflächesealing surface
- 2929
- Aussparung mit geometrischer FormgebungRecess with geometric shape
- 5050
- ReaktionsflächenpaarReaction surface pair
- aa
- vordefinierter Abstandpredefined distance
SEQUENZPROTOKOLL SEQUENCE LISTING
Claims (3)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE200610048264 DE102006048264B4 (en) | 2006-10-12 | 2006-10-12 | Method for detecting specific nucleic acid sequences |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE200610048264 DE102006048264B4 (en) | 2006-10-12 | 2006-10-12 | Method for detecting specific nucleic acid sequences |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE102006048264A1 DE102006048264A1 (en) | 2007-11-29 |
DE102006048264B4 true DE102006048264B4 (en) | 2011-03-24 |
Family
ID=38622355
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
DE200610048264 Expired - Fee Related DE102006048264B4 (en) | 2006-10-12 | 2006-10-12 | Method for detecting specific nucleic acid sequences |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
DE (1) | DE102006048264B4 (en) |
Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0117262B1 (en) * | 1983-02-25 | 1988-04-20 | Winfried Dr. med. Stöcker | Processes and devices for examinations on immobilised biological material |
DE3853120T2 (en) * | 1987-10-06 | 1995-08-31 | Ortho Diagnostic Systems Inc | Fast method to identify a specific sequence of nucleic acid. |
DE69323720T2 (en) * | 1993-02-16 | 1999-07-01 | The Perkin-Elmer Corp., Norwalk, Conn. | In situ PCR propagation system |
WO2000005336A2 (en) * | 1998-07-22 | 2000-02-03 | Ljl Biosystems, Inc. | Devices and methods for sample analysis |
DE10058108A1 (en) * | 2000-11-23 | 2002-06-06 | Evotec Ag | Sample support used for investigating very small chemical and/or biological samples, comprises a receiving part for very small samples, and a lid for the support |
DE20207612U1 (en) * | 2001-05-25 | 2002-08-14 | Tecan Trading AG, Männedorf | Device for providing a hybridization space and process unit and system for hybridizing nucleic acid samples, proteins and tissue sections |
US20060199193A1 (en) * | 2005-03-04 | 2006-09-07 | Tae-Woong Koo | Sensor arrays and nucleic acid sequencing applications |
-
2006
- 2006-10-12 DE DE200610048264 patent/DE102006048264B4/en not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0117262B1 (en) * | 1983-02-25 | 1988-04-20 | Winfried Dr. med. Stöcker | Processes and devices for examinations on immobilised biological material |
DE3853120T2 (en) * | 1987-10-06 | 1995-08-31 | Ortho Diagnostic Systems Inc | Fast method to identify a specific sequence of nucleic acid. |
DE69323720T2 (en) * | 1993-02-16 | 1999-07-01 | The Perkin-Elmer Corp., Norwalk, Conn. | In situ PCR propagation system |
WO2000005336A2 (en) * | 1998-07-22 | 2000-02-03 | Ljl Biosystems, Inc. | Devices and methods for sample analysis |
DE10058108A1 (en) * | 2000-11-23 | 2002-06-06 | Evotec Ag | Sample support used for investigating very small chemical and/or biological samples, comprises a receiving part for very small samples, and a lid for the support |
DE20207612U1 (en) * | 2001-05-25 | 2002-08-14 | Tecan Trading AG, Männedorf | Device for providing a hybridization space and process unit and system for hybridizing nucleic acid samples, proteins and tissue sections |
US20060199193A1 (en) * | 2005-03-04 | 2006-09-07 | Tae-Woong Koo | Sensor arrays and nucleic acid sequencing applications |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
DE102006048264A1 (en) | 2007-11-29 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
DE69333785T2 (en) | Arrangement for constructing a sample and reagent acquisition system for in situ PCR on a lamella | |
DE69315970T2 (en) | Protective cover for test tubes matrix | |
EP1740721B1 (en) | Pcr process and arrangement for dna amplification using dry reagents | |
DE19941905C2 (en) | Sample chamber for the liquid treatment of biological samples | |
DE3630866C2 (en) | Method and device for applying liquid to a thin sample | |
EP0738733B1 (en) | Method for isolating nucleic acids | |
DE102004021780B4 (en) | Method and device for DNA isolation with dry reagents | |
DE69316778T2 (en) | Process for carrying out comparative tests in particular | |
DE60103698T2 (en) | DEVICE AND METHOD FOR EJECTING MICROTITER PLATES | |
DE102006003777B4 (en) | Device for processing biological samples and use of a vacuum connection column or a vacuum connection tube | |
WO2013113889A1 (en) | Multiplexed digital pcr | |
DE202008011578U1 (en) | Fluid transfer device | |
DE2829796A1 (en) | METHOD AND DEVICE FOR ANALYZING SEVERAL SAMPLES AT THE SAME TIME | |
DE102014105437A1 (en) | Microfluidic module and cassette for immunological and molecular diagnostics in an automated analyzer | |
EP3265796B1 (en) | Gel electrophoresis system for single cell gel electrophoresis | |
EP0628814A1 (en) | Indicator test system for monitoring air removal and/or sterilisation of full loads in steam sterilisers | |
DE4409436A1 (en) | Process for processing nucleic acids | |
DE102006048264B4 (en) | Method for detecting specific nucleic acid sequences | |
DE102006028101A1 (en) | Method for analyzing amplified nucleic acids | |
DE102019117413B4 (en) | Flow test unit, set and use of a flow test unit to perform a detection reaction | |
DE2621015B2 (en) | Device for measuring enzyme activities | |
DE3874010T2 (en) | DIAGNOSTIC TEST DEVICE. | |
WO2013026808A1 (en) | Novel poc test system and method | |
EP2411811B1 (en) | Layering for separating particles | |
DE102005059535B4 (en) | Device and method for carrying out a nucleic acid test, and method for producing such a device |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
OAV | Publication of unexamined application with consent of applicant | ||
OP8 | Request for examination as to paragraph 44 patent law | ||
R020 | Patent grant now final | ||
R020 | Patent grant now final |
Effective date: 20110810 |
|
R081 | Change of applicant/patentee |
Owner name: RAUH, ALEXANDER, DR. MED., DE Free format text: FORMER OWNER: BUNDESREPUBLIK DEUTSCHLAND, VERTRETEN DURCH DAS BUNDESMINISTERIUM DER VERTEIDIGUNG, VERTRETEN DURCH DAS BUNDESAMT FUER WEHRTECHNIK UND BESCHAFFUNG, 56073 KOBLENZ, DE Effective date: 20120202 |
|
R119 | Application deemed withdrawn, or ip right lapsed, due to non-payment of renewal fee |