CN114555112A - T细胞疗法和zeste增强子同源物2(ezh2)抑制剂的组合疗法及相关方法 - Google Patents

T细胞疗法和zeste增强子同源物2(ezh2)抑制剂的组合疗法及相关方法 Download PDF

Info

Publication number
CN114555112A
CN114555112A CN202080073337.9A CN202080073337A CN114555112A CN 114555112 A CN114555112 A CN 114555112A CN 202080073337 A CN202080073337 A CN 202080073337A CN 114555112 A CN114555112 A CN 114555112A
Authority
CN
China
Prior art keywords
cell
protein
inhibitor
administration
subject
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202080073337.9A
Other languages
English (en)
Inventor
H·常
E·费瓦洛夫
B·福克斯
A·莫汉
K·纽荷尔
N·E·奥尔森
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Juno Therapeutics Inc
Original Assignee
Juno Therapeutics Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Juno Therapeutics Inc filed Critical Juno Therapeutics Inc
Publication of CN114555112A publication Critical patent/CN114555112A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4631—Chimeric Antigen Receptors [CAR]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464402—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/464411—Immunoglobulin superfamily
    • A61K39/464412—CD19 or B4
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/545—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the dose, timing or administration schedule
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/31—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterized by the route of administration
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/38—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the dose, timing or administration schedule
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
    • A61K2239/48—Blood cells, e.g. leukemia or lymphoma
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/24—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin containing regions, domains or residues from different species, e.g. chimeric, humanized or veneered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/03—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a transmembrane segment
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Abstract

本文提供了组合疗法的方法、用途和制品，所述组合疗法涉及免疫疗法和细胞疗法以及使用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂，所述组合疗法用于治疗患有或怀疑患有癌症的受试者，以及相关的方法、用途和制品，所述细胞疗法如过继细胞疗法，例如T细胞疗法。所述T细胞疗法包括表达重组受体如嵌合抗原受体(CAR)的细胞。

Description

T细胞疗法和ZESTE增强子同源物2(EZH2)抑制剂的组合疗法 及相关方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年8月22日提交的名为“COMBINATION THERAPY OF A T CELLTHERAPY AND AN ENHANCER OF ZESTE HOMOLOG 2(EZH2)INHIBITOR AND RELATEDMETHODS”的美国临时申请：62/890,607，2020年5月13日提交的名为“COMBINATION THERAPYOF A T CELL THERAPY AND AN ENHANCER OF ZESTE HOMOLOG 2(EZH2)INHIBITOR ANDRELATED METHODS”的63/024,502，以及2020年6月10日提交的名为“COMBINATION THERAPYOF A T CELL THERAPY AND AN ENHANCER OF ZESTE HOMOLOG 2(EZH2)INHIBITOR ANDRELATED METHODS”的63/037,584，将所述临时申请的内容出于所有目的通过引用以其全文而并入。
通过引用序列表而并入
本申请连同电子格式的序列列表一起提交。序列表以2020年8月6日创建的名为735042021440SeqList.TXT的文件提供，其大小为36,864字节。将电子格式的序列表的信息通过引用以其全文并入。
技术领域
本公开文本在一些方面涉及组合疗法的方法和用途，所述组合疗法涉及免疫疗法或细胞疗法(例如T细胞疗法)以及使用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂，所述组合疗法用于治疗患有白血病和淋巴瘤等癌症的受试者，以及相关的方法、用途和制品。所述T细胞疗法包括表达重组受体如嵌合抗原受体(CAR)的细胞。
背景技术
可获得用于治疗癌症的免疫疗法和细胞疗法的各种策略，例如，过继细胞疗法，包括涉及施用表达对目的疾病或障碍具有特异性的嵌合受体(如嵌合抗原受体(CAR)和/或其他重组抗原受体)的细胞的那些策略，以及其他过继免疫细胞和过继T细胞疗法。癌症子集对此类疗法具有抗性或出现抗性。因此需要改进的方法，例如，以克服这种抗性并增加此类方法的功效。提供符合此类需求的方法和用途。
发明内容
本文提供了涉及用于治疗患有或怀疑患有癌症(如NHL或其亚型)的受试者的组合疗法的方法。所述方法和其他实施方案总体上涉及如下组合，所述组合涉及向所述受试者施用疗法和zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂，所述疗法是免疫疗法或细胞疗法。在一些方面，所提供的方法涉及施用T细胞疗法，如表达CAR的T细胞，所述T细胞包含抗原结合结构域，所述抗原结合结构域结合与癌症细胞相关的、由癌症细胞表达的或存在于癌症细胞上的抗原。
本文提供了治疗癌症的方法，所述方法包括向患有癌症的受试者施用细胞疗法，所述细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原；并且向所述受试者施用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂。
本文提供了治疗癌症的方法，所述方法包括向患有癌症的受试者施用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂，其中所述受试者是被施用细胞疗法的候选者或已经被施用细胞疗法，所述细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原。
本文提供了治疗癌症的方法，所述方法包括向患有癌症的受试者施用细胞疗法，所述细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，其中所述受试者被施用或将要被施用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂。
在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约14天与开始施用所述细胞疗法之后为或约14天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之后为或约7天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之后为或约1天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之前为或约2天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述给药方案中的至少一个剂量的EZH2抑制剂与所述细胞疗法并行施用和/或与所述细胞疗法在同一天施用。
在一些实施方案中，所述方法增加能够浸润受试者中的肿瘤微环境(TME)的表达CAR的T细胞的数量。
在一些实施方案中，所述细胞疗法包括对于所述受试者是自体的细胞。在一些实施方案中，从所述受试者收集包含对于所述受试者是自体的细胞的生物样品。在一些实施方案中，在淋巴细胞清除疗法之前，从所述受试者收集包含对于所述受试者是自体的细胞的生物样品。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包含单采术产物。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包含白细胞单采术产物。在一些实施方案中，所述细胞疗法的T细胞源自所述生物样品的自体细胞。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在收集所述生物样品之后并且在开始施用所述EZH2抑制剂和/或所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在收集所述生物样品并开始施用EZH2之后，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，所述细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约5x108个总CAR表达T细胞；约1x105个总CAR表达T细胞至约2x108个总CAR表达T细胞；约1x106个总CAR表达T细胞至约1x108个总CAR表达T细胞；或约1x106个总CAR表达T细胞至约5x107个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约2x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法的施用包括施用约1x106个总CAR表达T细胞至约1x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法的施用包括施用约1x106个总CAR表达T细胞至5x107个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法富集CD3+、CD4+、CD8+T细胞或CD4+和CD8+T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法富集CD3+T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法富集CD4+T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法富集CD8+T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法富集CD4+和CD8+T细胞。
在一些实施方案中，所述细胞疗法的CD4+和CD8+T细胞包括限定比率的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞和/或CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间。在一些实施方案中，所述细胞疗法的CD4+和CD8+T细胞包括限定比率的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述比率为或大约为1:1。在一些实施方案中，所述比率在大约1:3与大约3:1之间。
在一些实施方案中，所述细胞疗法富集CD4+和CD8+T细胞，其中所述细胞疗法的施用包括施用多种单独的组合物，所述多种单独的组合物包括包含或富集CD8+T细胞的第一组合物以及包含或富集CD4+T细胞的第二组合物。
在一些实施方案中，所述第一和第二组合物中的一者中的CD4+CAR表达T细胞与所述第一和所述第二组合物中的另一者中的CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间；和/或所述第一和第二组合物中的CD4+CAR表达T细胞和CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间。在一些实施方案中，所述第一和第二组合物中的一者中的CD4+CAR表达T细胞与所述第一和第二组合物中的另一者中的CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在。在一些实施方案中，所述第一和第二组合物中的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在。在一些实施方案中，所述比率为或大约为1:1。在一些实施方案中，所述比率在大约1:3与大约3:1之间。
在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约1x105个至5x108个总CAR表达T细胞、从或从约1x106个至2.5x108个总CAR表达T细胞、从或从约5x106个至1x108个总CAR表达T细胞、从或从约1x107个至2.5x108个总CAR表达T细胞、或从或从约5x107个至1x108个总CAR表达T细胞，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约1x105个至5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约1x106个至2.5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约5x106个至1x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约1x107个至2.5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约5x107个至1x108个总CAR表达T细胞。
在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x108个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x108个表达CAR的T细胞、或至少或至少约5x108个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x105个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约2.5x105个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约5x105个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x106个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约2.5x106个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约5x106个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x107个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约2.5x107个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约5x107个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x108个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约2.5x108个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约5x108个表达CAR的T细胞。
在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用为或约5x107个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用为或约1x108个CAR表达细胞。
在一些实施方案中，所述CAR包括特异性地结合抗原的细胞外抗原识别结构域和包含ITAM的细胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，所述抗原是肿瘤抗原或者在所述癌症的细胞上表达。在一些实施方案中，所述抗原选自αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C-C基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFR vIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样蛋白5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(GPC3)、G蛋白偶联受体5D(GPRC5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-A1)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Rα)、IL-13受体α2(IL-13Rα2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、Lewis Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、间皮素(MSLN)、c-Met、鼠巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、酪氨酸酶相关蛋白1(TRP1，也称为TYRP1或gp75)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP2，也称为多巴色素互变异构酶、多巴色素δ异构酶或DCT)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT-1)。在一些实施方案中，所述抗原选自CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。在一些实施方案中，所述抗原是CD19。
在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域包括CD3-zeta(CD3ζ)链的细胞内结构域。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导区还包括共刺激信号传导区。在一些实施方案中，所述共刺激信号传导区包括CD28或4-1BB的信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激信号传导区包括CD28或4-1BB、任选地人CD28或人4-1BB的信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激结构域是或包括CD28的信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激结构域是或包括4-1BB的信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激结构域是或包括人CD28的信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激结构域是或包括人4-1BB的信号传导结构域。
在一些实施方案中，所述方法包括在开始施用所述抑制剂之前，从所述受试者收集包括对于所述受试者是自体的细胞的生物样品。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包括全血样品、血沉棕黄层样品、外周血单个核细胞(PBMC)样品、未分级的T细胞样品、淋巴细胞样品、白细胞样品、单采术产物或白细胞单采术产物。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包括单采术产物。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包括白细胞单采术产物。
在一些实施方案中，所述方法包括在施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除剂或疗法。在一些实施方案中，在所述淋巴细胞清除疗法结束之后，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之前的2与7天之间完成所述淋巴细胞清除疗法。
在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在收集所述生物样品之后，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在收集所述生物样品之后并且在开始施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之前2与7天之间结束所述淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，获得所述肿瘤活检样品。在一些实施方案中，在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得所述肿瘤活检样品。在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前以及直到开始施用所述淋巴细胞清除疗法，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在结束施用所述淋巴细胞清除疗法之后，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在所述淋巴细胞清除疗法结束后，恢复所述EZH2抑制剂的施用。
在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和/或环磷酰胺。在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨。在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用环磷酰胺。在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和环磷酰胺。在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为约200-400mg/m2、任选地为或约300mg/m2的环磷酰胺(包含端值)；和/或为约20-40mg/m2、任选地30mg/m2的氟达拉滨，持续2-4天、任选地持续3天，或者其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用为约500mg/m2的环磷酰胺。在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约300mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天；和/或所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约500mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天。
在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之前为或约5天内进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之前为或约2天内进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之前为或约1天内进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是与开始施用所述细胞疗法并行进行或在同一天进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后不超过2天进行，任选地其中开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后1天内进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后不超过2天进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后1天内进行。
在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前开始施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约4周与开始施用所述细胞疗法之前约1周之间开始施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前为或约14天、为或约7天、或为或约1天与开始施用所述T细胞疗法之后为或约14天、为或约7天、或为或约1天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之前为或约2天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天、为或约5天、为或约3天、为或约2天、或为或约1天开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括与开始施用所述细胞疗法并行或在同一天开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述给药方案包括与所述细胞疗法并行施用至少一个剂量的所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述给药方案包括与所述细胞疗法在同一天施用至少一个剂量的所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少7天停止施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少5天停止施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少2天停止施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少1天停止施用所述EZH2抑制剂。
在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前以及直到开始施用所述淋巴细胞清除疗法，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在结束施用所述淋巴细胞清除疗法之后，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在所述淋巴细胞清除疗法结束后，恢复所述EZH2抑制剂的施用。
在一些实施方案中，所述抑制剂的剂量是在为或约100mg与为或约1600mg之间、在为或约100mg与为或约1200mg之间、在为或约100mg与为或约800mg之间、在为或约100mg与为或约400mg之间、在为或约100mg与为或约200mg之间、在为或约200mg与为或约1600mg之间、在为或约200mg与为或约1200mg之间、在为或约200mg与为或约800mg之间、在为或约200mg与为或约400mg之间、在为或约400mg与为或约1600mg之间、在为或约400mg与为或约1200mg之间、在为或约400mg与为或约800mg之间、在为或约800mg与为或约1600mg之间、在为或约800mg与为或约1200mg之间、在为或约1200mg与为或约1600mg之间的抑制剂的量，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，剂量为约200mg。在一些实施方案中，剂量为约400mg。在一些实施方案中，剂量为约800mg。
在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约800mg所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约1600mg所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约2400mg所述抑制剂。
在一些实施方案中，所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天两个剂量(每天两次给药)。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量在为或约100mg与为或约1600mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量在为或约200mg与为或约1200mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量在为或约400mg与为或约800mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量是为或约200mg。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量是为或约400mg。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量是为或约800mg。
在一些实施方案中，所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天三个剂量(每天三次给药)。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量在为或约100mg与为或约1600mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量在为或约200mg与为或约1200mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量在为或约400mg与为或约800mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量是为或约200mg。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量是为或约400mg。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量是为或约800mg。
在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达六个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达五个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达四个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达三个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达两个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达一个月。在一些实施方案中，施用所述EZH2抑制剂直到所述受试者表现出完全反应。在一些实施方案中，施用所述EZH2抑制剂直到所述受试者表现出疾病进展。在一些实施方案中，如果所述受试者表现出临床缓解，则中断所述EZH2抑制剂的施用。
在一些实施方案中，所述抑制剂抑制野生型EZH2和/或突变型EZH2。在一些实施方案中，所述抑制剂抑制野生型EZH2。在一些实施方案中，所述抑制剂抑制突变型EZH2，任选地其中所述突变是功能获得性突变。
在一些实施方案中，EZH2包含选自Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M的一个或多个突变。在一些实施方案中，所述突变增加组蛋白3在赖氨酸27处的三甲基化。
在一些实施方案中，所述抑制剂以针对野生型和/或突变型EZH2的半最大抑制浓度(IC50)抑制EZH2，所述IC50为小于或小于约1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM、10nM、或小于或小于约5nM。在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低于EZH1的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)，任选地低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述抑制剂选自他泽司他(tazemetostat)(EPZ-6438)、CPI-1205、GSK343、GSK126和伐美妥司他(valemetostat)(DS-3201b)。在一些实施方案中，所述抑制剂是他泽司他(EPZ-6438)。在一些实施方案中，所述抑制剂是CPI-1205。在一些实施方案中，所述抑制剂是GSK343。在一些实施方案中，所述抑制剂是GSK126。在一些实施方案中，所述抑制剂是伐美妥司他(DS-3201b)。在一些实施方案中，所述癌症是实体瘤。在一些实施方案中，所述实体瘤是膀胱癌、乳腺癌、黑色素瘤、或前列腺癌。在一些实施方案中，所述实体瘤是前列腺癌。在一些实施方案中，所述前列腺癌是去势抵抗性前列腺癌(CRPC)。
在一些实施方案中，所述癌症是血液恶性肿瘤。在一些实施方案中，所述癌症是B细胞恶性肿瘤。在一些实施方案中，所述癌症是骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。在一些实施方案中，所述癌症是急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、成人ALL、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、大B细胞淋巴瘤。
在一些实施方案中，所述癌症是非霍奇金淋巴瘤(NHL)。在一些实施方案中，所述NHL是滤泡性淋巴瘤(FL)。在一些实施方案中，所述NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。在一些实施方案中，所述DLBCL是DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型。在一些实施方案中，所述DLBCL不是DLBCL的活化B细胞(ABC)亚型。
在一些实施方案中，从患有DLBCL的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。在一些实施方案中，从患有DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。在一些实施方案中，从具有DLBCL样基因表达特征的治疗前肿瘤活检的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。在一些实施方案中，从在用细胞疗法治疗后3个月具有与疾病进展(PD)反应相关的治疗前肿瘤活检基因表达特征的受试者中选择受试者进行治疗。
在一些实施方案中，所述方法包括从患有DLBCL的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。在一些实施方案中，所述方法包括从患有DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制的治疗。在一些实施方案中，所述方法包括选择具有DLBCL样基因表达特征的治疗前肿瘤活检的受试者。在一些实施方案中，所述方法包括选择在用细胞疗法治疗后3个月具有与疾病进展(PD)反应相关的治疗前肿瘤活检基因表达特征的受试者。
在一些实施方案中，所述受试者已经在使用治疗所述癌症的先前疗法治疗后在缓解后复发，或变得对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗是难治的，对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗经历失败，和/或对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗不耐受。在一些实施方案中，所述癌症对仅使用所述细胞疗法的治疗具有抗性。
在一些实施方案中，所述癌症对仅使用所述细胞疗法的治疗具有抗性。在一些实施方案中，所述癌症表现出EZH2的过表达和/或EZH2的表达，所述EZH2包括选自Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M的一个或多个突变，任选地其中所述突变是功能获得性突变。在一些实施方案中，所述癌症表现出EZH2的过表达。在一些实施方案中，所述癌症在编码EZH2的基因中表现出一个或多个突变。在一些实施方案中，所述一个或多个突变是功能获得性突变。
在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂长达六个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，任选地每天两次或三次，持续长达六个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天两次，持续长达六个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天三次，持续长达六个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂长达三个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，任选地每天两次或三次，持续长达三个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天两次，持续长达三个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天三次，持续长达三个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂长达两个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，任选地每天两次，持续长达两个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法后施用所述抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达两个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天两次，持续长达两个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天三次，持续长达两个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂长达1个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，任选地每天两次，持续长达1个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天两次，持续长达1个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天三次，持续长达1个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括施用所述抑制剂直到所述受试者表现出临床缓解。在一些实施方案中，如果所述受试者表现出临床缓解，则中断所述给药方案中所述抑制剂的施用。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括施用所述抑制剂直到所述受试者表现出疾病进展。在一些实施方案中，如果所述受试者表现出疾病进展，则中断所述给药方案中所述抑制剂的施用。
在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与不涉及施用所述抑制剂的方法相比，所述细胞疗法的表达CAR的T细胞到肿瘤微环境(TME)中的浸润增加。在一些实施方案中，所述方法增加能够浸润受试者中的肿瘤微环境(TME)的表达CAR的T细胞的数量。
在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E4给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E5给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2B给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。
在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。
在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E3给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2A给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。
在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E4给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达上调。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E5给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达上调。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2B给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达上调。在任何这样的实施方案中，所述基因集的上调可以通过基因富集分析方法来确定。
在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达下调。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E3给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达下调。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2A给出的基因集的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因集的表达下调。在任何这样的实施方案中，所述基因集的下调可以通过基因富集分析方法来确定。
在一些实施方案中，至少35％、至少40％或至少50％的根据所述方法治疗的受试者实现完全反应(CR)，所述完全反应是持久的，或者在至少60％、70％、80％、90％、或95％的实现所述CR的受试者中是持久的，持续为或大于6个月或者为或大于9个月；和/或其中至少60％、70％、80％、90％、或95％的截至六个月时实现CR的受试者保持反应，保持CR，和/或存活或无进展存活，持续为或大于3个月和/或为或大于6个月和/或为或大于九个月；和/或至少50％、至少60％或至少70％的根据所述方法治疗的受试者实现客观反应(OR)，任选地其中所述OR是持久的，或者在至少60％、70％、80％、90％、或95％的实现所述OR的受试者中是持久的，持续为或大于6个月或者为或大于9个月；和/或其中至少60％、70％、80％、90％、或95％的截至六个月时实现OR的受试者保持反应或存活，持续为或大于3个月和/或为或大于6个月。
在一些实施方案中，所述肿瘤活检样品是淋巴结活检物。在一些实施方案中，所述肿瘤活检样品在向所述受试者施用所述T细胞疗法之前的时间获得，例如在所述受试者接受所述T细胞疗法之前为或约1个月内。在一些实施方案中，T细胞疗法对于所述受试者是自体的，并且在与从所述受试者获得(例如通过单采术)T细胞以制造或产生T细胞疗法(例如用重组受体(例如CAR)工程化)同时或约同时获得所述肿瘤活检样品。在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，获得所述肿瘤活检样品。在一些实施方案中，在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得所述肿瘤活检样品。
在一些实施方案中，所述受试者是人。
本文提供了用T细胞疗法进行治疗的方法，所述方法包括(a)评估(i)来自受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2、表E2所示的基因和/或表E2A所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)、表E4所示的基因和/或表E2B所示的基因，其中所述受试者患有或怀疑患有B细胞恶性肿瘤，并且其中一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；(b)在以下情况下选择受试者进行T细胞疗法的治疗：(i)所述一个或多个第一基因的水平或量低于基因参考值；和/或(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量高于基因参考值；以及(c)向所选患者施用T细胞疗法。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
本文还提供了用T细胞疗法治疗癌症的方法，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：(a)评估来自受试者的肿瘤活检样品中的_(i)一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合；和/或(ii)一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合，其中一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；(b)在以下情况下选择受试者进行T细胞疗法的治疗：(i)所述一个或多个第一基因的水平或量低于基因参考值；和/或(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量高于基因参考值；以及(c)向所选受试者施用所述T细胞疗法。在一些实施方案中，所述癌症是B细胞恶性肿瘤。
本文还提供了用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂和T细胞疗法治疗癌症的方法，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：(a)评估来自受试者的肿瘤活检样品中的(i)一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合；和/或(ii)一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合，其中一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；(b)在以下情况下选择受试者进行治疗：(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值；以及(c)向所选受试者施用所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法。在一些实施方案中，所述癌症是B细胞恶性肿瘤。
本文提供了选择患有癌症的受试者以施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括(a)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2、表E2所示的基因和/或表E2A所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)、表E4所示的基因和/或表E2B所示的基因，其中一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，并且其中所述受试者将接受T细胞疗法的施用，并且在施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行EZH2抑制剂与T细胞疗法的组合的治疗：(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
本文还提供了选择患有癌症的受试者用于施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括(a)评估(i)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合；和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合，其中一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；所述受试者将接受T细胞疗法的施用，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，并且在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得所述肿瘤活检样品；以及(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法的治疗：(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值。在一些实施方案中，所述癌症是B细胞恶性肿瘤。
在一些实施方案中，所述方法还包括向所选受试者施用所述EZH2抑制剂与所述T细胞疗法的组合。在一些实施方案中，如果不选择所述受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗，则所述方法包括仅向所述受试者施用所述T细胞疗法。
本文提供了鉴定患有经预测对T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者的方法，所述方法包括：(a)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2、表E2所示的基因和/或表E2A所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)、表E4所示的基因和/或表E2B所示的基因，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，并且其中所述受试者是施用一定剂量的T细胞疗法的候选者，并且在向所述受试者施用所述一定剂量的T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及(b)在以下情况下鉴定患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者：(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
本文提供了确定患有癌症的受试者对T细胞疗法的反应性的方法，所述方法包括：(a)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2、表E2所示的基因和/或表E2A所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)、表E4所示的基因和/或表E2B所示的基因，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品，并且其中所述受试者将接受所述T细胞疗法的治疗；(b)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之后从所述受试者第二次获得所述生物样品，并且其中在(b)中的所述评估之前，所述受试者已经被施用所述T细胞疗法；以及(c)在以下情况下确定所述受试者对所述T细胞疗法有反应：(i)第二次时所述一个或多个第一基因的水平或量低于第一次时所述一个或多个第一基因的水平或量；和/或(ii)第二次时所述一个或多个基因的水平或量高于第一次时所述一个或多个基因的水平或量。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因是EZH2。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因包括T细胞标记，并且所述T细胞标记是CD3ε、PDCD1、LAG3和TIGIT中的一种或多种。在一些实施方案中，所述或多个第二基因中的至少一个是PDCD1、LAG3和TIGIT。在一些实施方案中，所述或多个第二基因中的至少一个是CD3ε。
在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因选自表E2所示的基因。在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因选自：E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1和UHRF1。
在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因选自表E2A所示的基因。在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因选自：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39AGLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2。
在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因示于表E3中。在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因选自：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母(S.cerevisiae))(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属(Drosophila))(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因是T细胞标记。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因包括T细胞标记，并且所述T细胞标记是CD3ε、PDCD1、LAG3和TIGIT中的一种或多种。在一些实施方案中，所述或多个第二基因中的至少一个是PDCD1、LAG3和TIGIT。在一些实施方案中，所述或多个第二基因中的至少一个是CD3ε。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因选自表E4所示的基因。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1和LINC00239。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因选自表E2B所示的基因。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因选自：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因示于表E5中。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因选自：SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；跨膜蛋白71(TMEM71)；以及KIAA1551(KIAA1551)。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因选自PDCD1、LAG3和TIGIT。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因选自KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。
在一些实施方案中，所述基因参考值在所述一个或多个基因于以下群体中的平均水平或量的25％内、20％内、15％内、10％内、或5％内：(a)未患所述癌症或B细胞恶性肿瘤的受试者群体，或(b)患有所述癌症或B细胞恶性肿瘤并被施用所述疗法的受试者群体，所述受试者在施用所述疗法后继续表现出部分反应(PR)或完全反应(CR)。在一些实施方案中，患有所述癌症或B细胞恶性肿瘤的受试者群体在施用所述疗法后至少1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月或更长时间继续表现出PR或CR。
在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，任选地在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得的生物样品中评估所述一个或多个第一基因和/或所述一个或多个第二基因的水平或量。在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前获得的肿瘤活检样品中评估所述一个或多个第一基因和/或所述一个或多个第二基因的水平或量。在一些实施方案中，在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得的生物样品中评估所述一个或多个第一基因和/或所述一个或多个第二基因的水平或量。
本文提供了用T细胞疗法治疗癌症的方法，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：(a)评估(i)来自受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2；和/或(ii)来自受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第二基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2；(b)在以下情况下选择受试者进行所述细胞疗法的治疗：(i)所述一个或多个第一基因集的表达下调；和/或(ii)所述一个或多个第二基因集的表达上调；以及(c)向所选患者施用所述T细胞疗法。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
本文还提供了用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂和T细胞疗法治疗癌症的方法，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：(a)评估(i)来自受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2；和/或(ii)来自受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第二基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2；(b)在以下情况下选择受试者进行所述EZH2抑制剂和所述T细胞疗法的治疗：(i)所述一个或多个第一基因集的表达上调；和/或(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调；以及(c)向所选患者施用所述EZH2抑制剂和所述T细胞疗法。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
本文提供了用T细胞疗法进行治疗的方法，所述方法包括(a)评估(i)表E2和/或表E2A给出的一个或多个第一基因集在来自受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4和/或表E2B给出的一个或多个第二基因集在来自受试者的生物样品中的表达，其中所述受试者患有或怀疑患有B细胞恶性肿瘤；(b)在以下情况下选择受试者进行T细胞疗法的治疗：(i)所述一个或多个第一基因集的表达下调；和/或(ii)所述一个或多个第二基因集的表达上调；以及(c)向所选患者施用T细胞疗法。在一些实施方案中，第一基因集的上调通过基因富集分析方法来确定。在一些实施方案中，第二基因集的下调通过基因富集分析方法来确定。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
本文提供了选择患有癌症的受试者以施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括(a)评估(i)表E2和/或表E2A给出的一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4和/或表E2B给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中所述受试者将接受T细胞疗法的施用，并且在施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行EZH2抑制剂与T细胞疗法的组合的治疗：(i)所述一个或多个第一基因集的水平或量上调；和/或(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调。在一些实施方案中，第一基因集的上调通过基因富集分析方法来确定。在一些实施方案中，第二基因集的下调通过基因富集分析方法来确定。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
本文提供了鉴定患有经预测对T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者的方法，所述方法包括(a)评估(i)表E2和/或表E2A给出的一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4和/或表E2B给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中所述受试者是施用一定剂量的T细胞疗法的候选者，并且在向所述受试者施用所述一定剂量的T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及(b)在以下情况下鉴定患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者：(i)所述一个或多个第一基因集的表达上调；和/或(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调。在一些实施方案中，第一基因集的上调通过基因富集分析方法来确定。在一些实施方案中，第二基因集的下调通过基因富集分析方法来确定。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
本文提供了选择患有癌症的受试者用于施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括(a)评估(i)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2；和/或(ii)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第二基因的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2，其中所述受试者将接受T细胞疗法的施用，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，并且在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得所述肿瘤活检样品；以及(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法的治疗：(i)所述一个或多个第一基因集的水平或量上调；和/或(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
在一些实施方案中，本文提供了确定患有癌症的受试者对T细胞疗法的反应性的方法，所述方法包括(a)评估(i)表E2和/或表E2A给出的一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4和/或表E2B给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品，并且其中所述受试者将接受所述T细胞疗法的治疗；(b)评估(i)一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之后从所述受试者第二次获得所述生物样品，并且其中在(b)中的所述评估之前，所述受试者已经被施用所述T细胞疗法；以及(c)在以下情况下确定所述受试者对所述T细胞疗法有反应：(i)与第一次时所述一个或多个第一基因集的表达相比，第二次时所述一个或多个第一基因集的表达更少上调或更下调；和/或(ii)与第一次时所述一个或多个第二基因集的表达相比，第二次时所述一个或多个第二基因集的表达更上调或更少下调。在一些实施方案中，第一基因集的下调通过基因富集分析方法来确定。在一些实施方案中，第二基因集的上调通过基因富集分析方法来确定。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些实施方案中，所述治疗方法用于治疗癌症，所述癌症是B细胞恶性肿瘤，并且所述CAR特异性地结合与所述B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
在一些实施方案中，所述方法还包括在(b)中的所述评估之前，向所述受试者施用所述T细胞疗法。
在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因集由表E3给出。在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因集包含选自以下的多个基因：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因集包含选自以下的多个基因：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因集包含选自以下的多个基因：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39A GLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫(C.elegans))(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因集由表E5给出。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；跨膜蛋白71(TMEM71)；以及KIAA1551(KIAA1551)。
在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：PDCD1、LAG3和TIGIT。
在一些实施方案中，所述多个基因包含至少2个基因、至少5个基因、至少10个基因、至少20个基因、至少30个基因、至少40个基因、至少50个基因、至少60个基因、至少70个基因、至少80个基因、至少90个基因、至少100个基因、或至少150个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少2个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少5个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少10个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少20个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少30个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少40个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少50个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少60个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少70个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少80个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少90个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少100个基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含至少150个基因。
在一些实施方案中，所述多个基因包含在约2与约150个之间的基因、在约10与约150个之间的基因、在约20与约150个之间的基因、在约50与约150个之间的基因、在约100与约150个之间的基因、在约2至100个之间的基因、在约10与约100个之间的基因、在约20与约100个之间的基因、在约50与约100个之间的基因、在约2与约50个之间的基因、在约10与约50个之间的基因、在约20与约50个之间的基因、在约2与约20个之间的基因、在约10与约20个之间的基因、在约2与约10个之间的基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含在约2与约150个之间的基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含在约10与约100个之间的基因。在一些实施方案中，所述多个基因包含在约20与约50个之间的基因。在一些实施方案中，基因集中的所述多个基因是为或约5个基因。在一些实施方案中，基因集中的所述多个基因是为或约10个基因。在一些实施方案中，基因集中的所述多个基因是为或约20个基因。在一些实施方案中，基因集中的所述多个基因是为或约50个基因。在一些实施方案中，基因集中的所述多个基因是为或约100个基因。在一些实施方案中，基因集中的所述多个基因是为或约150个基因。
在一些实施方案中，基因集表达通过包括基因集富集分析(GSEA)的方法来确定。
在一些实施方案中，如果将所述受试者鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症，所述方法还包括向所鉴定的受试者施用替代性治疗，其中所述替代性治疗选自以下：包括所述T细胞疗法和调节或增加所述T细胞疗法的活性的另外的药剂的组合治疗；剂量增加的所述T细胞疗法；和/或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述替代性治疗是包括所述T细胞疗法和调节或增加所述T细胞疗法的活性的另外的药剂的组合治疗，任选地其中所述另外的药剂是免疫检查点抑制剂、代谢途径的调节剂、腺苷受体拮抗剂、激酶抑制剂、抗TGFβ抗体或抗TGFβR抗体、细胞因子和/或EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述替代性治疗是包括所述T细胞疗法和EZH2抑制剂的组合治疗。在一些实施方案中，所述替代性治疗是与给予如下受试者的所述细胞毒性疗法的剂量相比剂量增加的所述细胞毒性疗法，所述受试者未被鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症，任选地其中T细胞疗法包括表达重组受体的细胞，所述重组受体结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原。
在一些实施方案中，剂量增加的所述T细胞疗法包括与给予如下受试者的所述T细胞疗法的剂量相比数量增加的所述T细胞疗法的细胞，所述受试者未被鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症。
在一些实施方案中，所述替代性治疗是化学治疗剂，任选地其中所述化学治疗剂是环磷酰胺、多柔比星、泼尼松、长春新碱、氟达拉滨、苯达莫司汀和/或利妥昔单抗。
在一些实施方案中，如果所述受试者未被鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症，则所述方法包括仅向所述受试者施用所述T细胞疗法的剂量。在一些实施方案中，所述方法还包括向所鉴定的受试者施用EZH2抑制剂。
在一些实施方案中，在所述生物样品中评估所述一个或多个第一基因集和/或所述一个或多个第二基因集的表达，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，任选地在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得所述生物样品。在一些实施方案中，在肿瘤活检样品中评估所述一个或多个第一基因集和/或所述一个或多个第二基因集的表达，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前获得所述肿瘤活检样品。在一些实施方案中，在肿瘤活检样品中评估所述一个或多个第一基因集和/或所述一个或多个第二基因集的表达，在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得所述肿瘤活检样品。
在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前的时间，任选地在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时，之前6小时，之前2小时、或之前1小时内，从所述受试者获得所述生物样品。在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前的时间从所述受试者获得所述生物样品。在一些实施方案中，在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得所述生物样品。
在一些实施方案中，所述细胞疗法包含对于所述受试者是自体的细胞。在一些实施方案中，从所述受试者收集包含对于所述受试者是自体的细胞的生物样品。在一些实施方案中，在淋巴细胞清除疗法之前，从所述受试者收集包含对于所述受试者是自体的细胞的生物样品。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包含单采术产物。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包含白细胞单采术产物。在一些实施方案中，所述细胞疗法的T细胞源自所述生物样品的自体细胞。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在收集所述生物样品之后并且在开始施用所述EZH2抑制剂和/或所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在收集所述生物样品并开始施用EZH2之后，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。
在一些实施方案中，如果向受试者施用T细胞疗法和EZH2抑制剂两者，则所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前为或约14天、为或约7天、或为或约1天与开始施用所述T细胞疗法之后为或约14天、为或约7天、或为或约1天之间的时间开始施用所述抑制剂。
在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后不超过2天进行，任选地其中开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后1天内进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后不超过2天进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后1天内进行。
在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前为或约7天、为或约5天、为或约3天、为或约2天、或为或约1天开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是与开始施用所述细胞疗法并行进行或在同一天进行。
在一些实施方案中，所述给药方案中的至少一个剂量的EZH2抑制剂与所述细胞疗法并行施用和/或与所述T细胞疗法在同一天施用。在一些实施方案中，所述给药方案中的至少一个剂量的EZH2抑制剂与所述细胞疗法并行施用。在一些实施方案中，所述给药方案中的至少一个剂量的EZH2抑制剂与所述细胞疗法在同一天施用。
在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前开始施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约4周与开始施用所述细胞疗法之前约1周之间开始施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前为或约14天、为或约7天、或为或约1天与开始施用所述T细胞疗法之后为或约14天、为或约7天、或为或约1天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之前为或约2天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天、为或约5天、为或约3天、为或约2天、或为或约1天开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括与开始施用所述细胞疗法并行或在同一天开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述给药方案包括与所述细胞疗法并行施用至少一个剂量的所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述给药方案包括与所述细胞疗法在同一天施用至少一个剂量的所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少7天停止施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少5天停止施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少2天停止施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少1天停止施用所述EZH2抑制剂。
在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前以及直到开始施用所述淋巴细胞清除疗法，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在结束施用所述淋巴细胞清除疗法之后，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在所述淋巴细胞清除疗法结束后，恢复所述EZH2抑制剂的施用。
在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括对于所述受试者是自体的细胞。在一些实施方案中，所述T细胞疗法选自肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)疗法、内源T细胞疗法、转基因T细胞受体(TCR)疗法、T细胞接合疗法(其任选地是双特异性T细胞接合疗法(BiTE))以及表达重组受体的细胞疗法(其任选地是表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞疗法)。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括一定剂量的表达重组受体的细胞，所述重组受体特异性地结合与所述癌症或B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述癌症或B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述癌症或B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。
在一些实施方案中，所述T细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约5x108个总CAR表达T细胞；约1x105个总CAR表达T细胞至约2x108个总CAR表达T细胞；约1x106个总CAR表达T细胞至约1x108个总CAR表达T细胞；或约1x106个总CAR表达T细胞至约5x107个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约2x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞疗法的施用包括施用约1x106个总CAR表达T细胞至约1x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞疗法的施用包括施用约1x106个总CAR表达T细胞至5x107个总CAR表达T细胞。
在一些实施方案中，所述T细胞疗法富集CD3+、CD4+、CD8+T细胞或CD4+和CD8+T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法富集CD3+T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法富集CD4+T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法富集CD8+T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞疗法富集CD4+和CD8+T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞疗法的CD4+和CD8+T细胞包括限定比率的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞和/或CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间。在一些实施方案中，所述T细胞疗法的CD4+和CD8+T细胞包括限定比率的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述比率为或大约为1:1。在一些实施方案中，所述比率在大约1:3与大约3:1之间。
在一些实施方案中，所述T细胞疗法富集CD4+和CD8+T细胞，其中所述T细胞疗法的施用包括施用多种单独的组合物，所述多种单独的组合物包括包含或富集CD8+T细胞的第一组合物以及包含或富集CD4+T细胞的第二组合物。
在一些实施方案中，所述第一和第二组合物中的一者中的CD4+CAR表达T细胞与所述第一和所述第二组合物中的另一者中的CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间；和/或所述第一和第二组合物中的CD4+CAR表达T细胞和CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间。在一些实施方案中，所述第一和第二组合物中的一者中的CD4+CAR表达T细胞与所述第一和第二组合物中的另一者中的CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在。在一些实施方案中，所述第一和第二组合物中的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在。在一些实施方案中，所述比率为或大约为1:1。在一些实施方案中，所述比率在大约1:3与大约3:1之间。
在一些实施方案中，所述T细胞疗法的施用包括施用从或从约1x105个至5x108个总CAR表达T细胞、从或从约1x106个至2.5x108个总CAR表达T细胞、从或从约5x106个至1x108个总CAR表达T细胞、从或从约1x107个至2.5x108个总CAR表达T细胞、或从或从约5x107个至1x108个总CAR表达T细胞，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约1x105个至5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约1x106个至2.5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约5x106个至1x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约1x107个至2.5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用从或从约5x107个至1x108个总CAR表达T细胞。
在一些实施方案中，所述T细胞疗法的施用包括施用至少或至少约1x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x108个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x108个表达CAR的T细胞、或至少或至少约5x108个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x105个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约2.5x105个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约5x105个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x106个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约2.5x106个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约5x106个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x107个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约2.5x107个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约5x107个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x108个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约2.5x108个表达CAR的T细胞。在一些实施方案中，所述细胞疗法包括施用至少或至少约5x108个表达CAR的T细胞。
在一些实施方案中，所述T细胞疗法的施用包括施用为或约为5x107个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述T细胞疗法的施用包括施用为或约1x108个CAR表达细胞。
在一些实施方案中，所述CAR包括特异性地结合抗原的细胞外抗原识别结构域和包含ITAM的细胞内信号传导结构域。
在一些实施方案中，所述抗原选自αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C-C基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFR vIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样蛋白5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(GPC3)、G蛋白偶联受体5D(GPRC5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-A1)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Rα)、IL-13受体α2(IL-13Rα2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、Lewis Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、间皮素(MSLN)、c-Met、鼠巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、酪氨酸酶相关蛋白1(TRP1，也称为TYRP1或gp75)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP2，也称为多巴色素互变异构酶、多巴色素δ异构酶或DCT)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT-1)。在一些实施方案中，所述抗原选自CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。在一些实施方案中，所述抗原是CD19。
在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域包括CD3-zeta(CD3ζ)链的细胞内结构域。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导区还包括共刺激信号传导区。在一些实施方案中，所述共刺激信号传导区包括CD28或4-1BB、任选地人CD28或人4-1BB的信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激结构域是或包括CD28的信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激结构域是或包括4-1BB的信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激结构域是或包括人CD28的信号传导结构域。在一些实施方案中，所述共刺激结构域是或包括人4-1BB的信号传导结构域。
在一些实施方案中，对于所选受试者和/或被鉴定为患有对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者，所述方法包括在开始施用所述EZH2抑制剂之前从所述受试者收集生物样品，所述生物样品包括对于所述受试者是自体的细胞。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包括全血样品、血沉棕黄层样品、外周血单个核细胞(PBMC)样品、未分级的T细胞样品、淋巴细胞样品、白细胞样品、单采术产物或白细胞单采术产物。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包括单采术产物。在一些实施方案中，来自所述受试者的生物样品是或包括白细胞单采术产物。
在一些实施方案中，所述方法包括在施用T细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除剂或疗法。
在一些实施方案中，如果向受试者施用EZH2抑制剂，则在所述淋巴细胞清除疗法结束之后，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在开始施用所述T细胞疗法之前2与7天之间完成所述淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在收集所述生物样品之后，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在收集所述生物样品之后并且在开始施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之前2与7天之间结束所述淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，获得所述肿瘤活检样品。在一些实施方案中，在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得所述肿瘤活检样品。在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前以及直到开始施用所述淋巴细胞清除疗法，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在结束施用所述淋巴细胞清除疗法之后，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在所述淋巴细胞清除疗法结束后，恢复所述EZH2抑制剂的施用。
在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和/或环磷酰胺。在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨。在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用环磷酰胺。在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和环磷酰胺。
在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为约200-400mg/m2、任选地为或约300mg/m2的环磷酰胺(包含端值)；和/或为约20-40mg/m2、任选地30mg/m2的氟达拉滨，持续2-4天、任选地持续3天，或者其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用为约500mg/m2的环磷酰胺。在一些实施方案中，所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约300mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天；和/或所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约500mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天。
在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之前为或约5天内进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之前为或约2天内进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之前为或约1天内进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是与开始施用所述细胞疗法并行进行或在同一天进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后不超过2天进行，任选地其中开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后1天内进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后不超过2天进行。在一些实施方案中，开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后1天内进行。
在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前开始施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约4周与开始施用所述细胞疗法之前约1周之间开始施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前为或约14天、为或约7天、或为或约1天与开始施用所述T细胞疗法之后为或约14天、为或约7天、或为或约1天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之前为或约2天之间的时间开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天、为或约5天、为或约3天、为或约2天、或为或约1天开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括与开始施用所述细胞疗法并行或在同一天开始施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述给药方案包括与所述细胞疗法并行施用至少一个剂量的所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述给药方案包括与所述细胞疗法在同一天施用至少一个剂量的所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少7天停止施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少5天停止施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少2天停止施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，并且所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少1天停止施用所述EZH2抑制剂。
在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前以及直到开始施用所述淋巴细胞清除疗法，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在结束施用所述淋巴细胞清除疗法之后，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在所述淋巴细胞清除疗法结束后，恢复所述EZH2抑制剂的施用。
在一些实施方案中，所述抑制剂的剂量是在为或约100mg与为或约1600mg之间、在为或约100mg与为或约1200mg之间、在为或约100mg与为或约800mg之间、在为或约100mg与为或约400mg之间、在为或约100mg与为或约200mg之间、在为或约200mg与为或约1600mg之间、在为或约200mg与为或约1200mg之间、在为或约200mg与为或约800mg之间、在为或约200mg与为或约400mg之间、在为或约400mg与为或约1600mg之间、在为或约400mg与为或约1200mg之间、在为或约400mg与为或约800mg之间、在为或约800mg与为或约1600mg之间、在为或约800mg与为或约1200mg之间、在为或约1200mg与为或约1600mg之间的抑制剂的量，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，剂量为约200mg。在一些实施方案中，剂量为约400mg。在一些实施方案中，剂量为约800mg。
在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约800mg所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约1600mg所述抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约2400mg所述抑制剂。
在一些实施方案中，所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天两个剂量(每天两次给药)。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量在为或约100mg与为或约1600mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量在为或约200mg与为或约1200mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量在为或约400mg与为或约800mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量是为或约200mg。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量是为或约400mg。在一些实施方案中，每天两次给药的抑制剂的每个剂量是为或约800mg。
在一些实施方案中，所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天三个剂量(每天三次给药)。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量在为或约100mg与为或约1600mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量在为或约200mg与为或约1200mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量在为或约400mg与为或约800mg之间，包含端值。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量是为或约200mg。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量是为或约400mg。在一些实施方案中，每天三次给药的抑制剂的每个剂量是为或约800mg。
在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达六个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达五个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达四个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达三个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达两个月。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法之后，施用所述EZH2抑制剂长达一个月。在一些实施方案中，施用所述EZH2抑制剂直到所述受试者表现出完全反应。在一些实施方案中，施用所述EZH2抑制剂直到所述受试者表现出疾病进展。在一些实施方案中，如果所述受试者表现出临床缓解，则中断所述EZH2抑制剂的施用。
在一些实施方案中，所述抑制剂抑制野生型EZH2和/或突变型EZH2。在一些实施方案中，所述抑制剂抑制野生型EZH2。在一些实施方案中，所述抑制剂抑制突变型EZH2，任选地其中所述突变是功能获得性突变。在一些实施方案中，EZH2包括选自Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M的一个或多个突变。在一些实施方案中，所述突变增加组蛋白3在赖氨酸27处的三甲基化。
在一些实施方案中，所述抑制剂以针对野生型和/或突变型EZH2的半最大抑制浓度(IC50)抑制EZH2，所述IC50为小于或小于约1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM、10nM、或小于或小于约5nM。在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低于EZH1的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)，任选地低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述抑制剂选自他泽司他(EPZ-6438)、CPI-1205、GSK343、GSK126和伐美妥司他(DS-3201b)。在一些实施方案中，所述抑制剂是他泽司他(EPZ-6438)。在一些实施方案中，所述抑制剂是CPI-1205。
在一些实施方案中，所述癌症是实体瘤。在一些实施方案中，所述实体瘤是膀胱癌、乳腺癌、黑色素瘤、或前列腺癌。在一些实施方案中，所述实体瘤是前列腺癌。在一些实施方案中，所述前列腺癌是去势抵抗性前列腺癌(CRPC)。
在一些实施方案中，所述癌症是血液恶性肿瘤。在一些实施方案中，所述癌症是B细胞恶性肿瘤。在一些实施方案中，所述癌症是骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。在一些实施方案中，所述癌症是急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、成人ALL、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、大B细胞淋巴瘤。在一些实施方案中，所述癌症是非霍奇金淋巴瘤(NHL)。在一些实施方案中，所述NHL是滤泡性淋巴瘤(FL)。在一些实施方案中，所述NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。在一些实施方案中，所述DLBCL是DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型。在一些实施方案中，所述DLBCL不是DLBC的活化B细胞(ABC)亚型。
在一些实施方案中，从患有DLBCL的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。在一些实施方案中，从患有DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。在一些实施方案中，从具有DLBCL样基因表达特征的治疗前肿瘤活检的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。在一些实施方案中，从在用细胞疗法治疗后3个月具有与疾病进展(PD)反应相关的治疗前肿瘤活检基因表达特征的受试者中选择受试者进行治疗。
在一些实施方案中，所述方法包括从患有DLBCL的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。在一些实施方案中，所述方法包括从患有DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制的治疗。在一些实施方案中，所述方法包括选择具有DLBCL样基因表达特征的治疗前肿瘤活检的受试者。在一些实施方案中，所述方法包括选择在用细胞疗法治疗后3个月具有与疾病进展(PD)反应相关的治疗前肿瘤活检基因表达特征的受试者。
在一些实施方案中，所述受试者已经在使用治疗所述癌症的先前疗法治疗后在缓解后复发，或变得对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗是难治的，对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗经历失败，和/或对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗不耐受。在一些实施方案中，所述癌症对仅使用所述细胞疗法的治疗具有抗性。
在一些实施方案中，所述癌症表现出EZH2的过表达和/或EZH2的表达，所述EZH2包括选自Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M的一个或多个突变，任选地其中所述突变是功能获得性突变。在一些实施方案中，所述癌症表现出EZH2的过表达。在一些实施方案中，所述癌症在编码EZH2的基因中表现出一个或多个突变。在一些实施方案中，所述一个或多个突变是功能获得性突变。
在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂长达六个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，任选地每天两次或三次，持续长达六个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天两次，持续长达六个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天三次，持续长达六个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂长达三个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，任选地每天两次或三次，持续长达三个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天两次，持续长达三个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天三次，持续长达三个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂长达两个月。在一些实施方案中，如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，任选地每天两次，持续长达两个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法后施用所述抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达两个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天两次，持续长达两个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天三次，持续长达两个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂长达1个月。在一些实施方案中，如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，任选地每天两次，持续长达1个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天两次，持续长达1个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述抑制剂，每天三次，持续长达1个月。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括施用所述抑制剂直到所述受试者表现出临床缓解。在一些实施方案中，如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，如果所述受试者表现出临床缓解，则中断所述给药方案中所述抑制剂的施用。在一些实施方案中，所述抑制剂的给药方案包括施用所述抑制剂直到所述受试者表现出疾病进展。在一些实施方案中，如果所述受试者表现出疾病进展，则中断所述给药方案中所述抑制剂的施用。
在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与不涉及施用所述抑制剂的方法相比，所述细胞疗法的表达CAR的T细胞到肿瘤微环境(TME)中的浸润增加。在一些实施方案中，所述方法增加能够浸润受试者中的肿瘤微环境(TME)的表达CAR的T细胞的数量。
在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E4给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E5给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2B给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E3给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2A给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。
在所提供的任何实施方案中的一些中，所述一个或多个第一基因选自表E2所示的基因。在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因选自表E2A所示的基因。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因是T细胞标记，任选地CD3ε。在所提供的任何实施方案中的一些中，所述一个或多个第二基因选自表E4所示的基因。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因选自表E2B所示的基因。
在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E4给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更上调或更少下调。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E5给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更上调或更少下调。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2B给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更上调或更少下调。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更下调或更少上调。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E3给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更下调或更少上调。在一些实施方案中，在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2A给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更下调或更少上调。
在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因集由表E2给出。在一些实施方案中，所述一个或多个第一基因集由表E2A给出。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因集由表E4给出。在一些实施方案中，所述一个或多个第二基因集由表E2B给出。
在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING和HALLMARK_MYC_TARGETS_V2基因集中的一个或多个中，所述受试者经预测表现出对T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)有反应的PD。在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING和HALLMARK_MYC_TARGETS_V2基因集中的一个或多个中，所述受试者被选择进行EZH2抑制剂和T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)的组合的治疗。
在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING、HALLMARK_MYC_TARGETS_V2基因集中的各个中，所述受试者经预测表现出对T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)有反应的PD。在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING、HALLMARK_MYC_TARGETS_V2基因集中的各个中，所述受试者被选择进行EZH2抑制剂和T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)的组合的治疗。
在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE基因集中，所述受试者经预测表现出对T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)有反应的CR。在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE基因集中，所述受试者被选择进行EZH2抑制剂和T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)的组合的治疗。
在所提供的任何实施方案中，基因集表达通过包括基因集富集分析(GSEA)的方法来确定。
在一些实施方案中，至少35％、至少40％或至少50％的根据所述方法治疗的受试者实现完全反应(CR)，所述完全反应是持久的，或者在至少60％、70％、80％、90％、或95％的实现所述CR的受试者中是持久的，持续为或大于6个月或者为或大于9个月；和/或其中至少60％、70％、80％、90％、或95％的截至六个月时实现CR的受试者保持反应，保持CR，和/或存活或无进展存活，持续为或大于3个月和/或为或大于6个月和/或为或大于九个月；和/或至少50％、至少60％或至少70％的根据所述方法治疗的受试者实现客观反应(OR)，任选地其中所述OR是持久的，或者在至少60％、70％、80％、90％、或95％的实现所述OR的受试者中是持久的，持续为或大于6个月或者为或大于9个月；和/或其中至少60％、70％、80％、90％、或95％的截至六个月时实现OR的受试者保持反应或存活，持续为或大于3个月和/或为或大于6个月。
在一些实施方案中，所述生物样品是肿瘤活检物，任选地是淋巴结活检物。在一些实施方案中，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，获得所述肿瘤活检样品。在一些实施方案中，在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得所述肿瘤活检样品。
在一些实施方案中，所述受试者是人。
附图说明
图1A显示在初始群组中的患者中，在治疗后3个月显示完全反应(CR)或疾病进展(PD)的受试者中，治疗前肿瘤活检中的差异性基因表达谱。
图1B显示在治疗后3个月表现出PD的受试者的治疗前活检中EZH2的表达水平高于治疗后3个月表现出CR的受试者的治疗前活检中的其水平。
图2A显示在更大群组中的患者中，在治疗后3个月显示完全反应(CR)或疾病进展(PD)的受试者中，治疗前肿瘤活检中的差异性基因表达谱。
图2B显示在治疗后1、3、6、9或12个月表现出PD的受试者与表现出CR的受试者之间在治疗前肿瘤活检中差异表达的基因的数量。
图2C显示在治疗后3个月表现出PD或CR的受试者中，T细胞得分与CD3D基因转录本数量或CAR转录本数量的相关性。水平线代表被分析的受试者的中值T细胞得分。圆圈和正方形代表可获得治疗前肿瘤活检的受试者，十字和X代表不可获得治疗前肿瘤活检的受试者。
图2D和2E显示细胞周期基因、MTORC1信号传导基因和MYC靶基因与治疗后更低的T细胞浸润有关。
图2F显示在治疗后3个月表现出PD或CR的受试者中，治疗前(PRE)和治疗后第11天(D11)肿瘤活检样品中的CD3D基因表达(在匹配的PRE和D11样品之间画线；n＝26)。
图2G显示在治疗后3个月继续表现出PD或CR的受试者的治疗前(PRE)和治疗后第11天(D11)的样品中的CD163表达(TPM：每百万转录物)。
图3显示治疗后3个月与PD相关的多个富集基因集，包括EZH2靶基因(DLBCL_LINES_EZH2I_DN和NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN)、在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)细胞系样品中比在滤泡性淋巴瘤细胞系样品(FL；FL_DLBCL_DN)中表达更高的基因、细胞周期反应基因(HALLMARK_E2F_TARGETS和HALLMARK_G2M_CHEC KPOINT)、MTORC1信号传导基因(HALLMARK_MTORC1_SIGNALING)和MYC靶基因(HALLMARK_MYC_TARGETS_V2)。
图4显示治疗前肿瘤活检的主成分分析(PCA)。标记指示受试者在治疗后3个月的临床反应(完全反应(CR)、部分反应(PR)、疾病进展(PD)、不可评估(NE))。
图5A显示，在初始群组中的患者中，EZH2靶基因、在DLBCL中比在FL中表达更高的基因、细胞周期基因、MTORC1信号传导基因和MYC靶基因在产生负PC1值的治疗前活检中富集，而干扰素α反应基因(HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPO NSE)在产生正PC1值的治疗前活检中富集。
图5B显示，在更大群组中的患者中，EZH2靶基因、在DLBCL中比在FL中表达更高的基因、细胞周期基因、MTORC1信号传导基因和MYC靶基因在治疗后3个月表现出PD的受试者的治疗前活检中富集。
图5C显示治疗前样品的Jerby-Arnon T细胞排除基因集的ssGSEA得分，在3个月CR结果和3个月PD结果之间进行比较。
图5D显示继续表现出CR或PD的受试者的治疗前肿瘤活检中的T细胞。
图5E显示在治疗后第11天(D11)肿瘤活检中作为CAR+T细胞的T细胞的百分比。
图5F显示在治疗后1个月显示CR的受试者中在治疗前(PRE)和治疗后第11天(D11)肿瘤活检(匹配样品之间的线)中的内源T细胞。
图5G显示在治疗后9个月显示PD或CR的受试者的治疗前(PRE)肿瘤活检中的总巨噬细胞。
图5H显示在治疗后9个月继续表现出CR的受试者中在治疗前(PRE)和治疗后第11天(D11)肿瘤活检中的总巨噬细胞(左小图)和CD163+PD-L1+巨噬细胞(右小图)。
图5I显示，与在治疗后9个月表现出CR的受试者相比，在治疗后9个月表现出PD的受试者的治疗前肿瘤活检显示更高水平的Ki67+肿瘤细胞。
图6A显示在来自公共DLBCL数据集的样品中EZH2表达与CD3ε表达之间的相关性。
图6B显示在来自DLBCL受试者的更大群组(n＝74)的肿瘤活检样品中EZH2靶基因表达与CD3ε表达之间的相关性。
图7显示经EZH2抑制而下调的基因、在DLBCL中比在FL中表达更高的基因、细胞周期基因、MTORC1信号传导基因和MYC靶基因在具有低CD3ε表达的治疗前活检中富集，而干扰素α反应基因和受EZH2抑制而上调的基因在具有高CD3ε表达的治疗前活检中富集。
图8显示FL肿瘤细胞样品与DLBCL肿瘤细胞样品之间的差异性基因表达。
图9A和9B显示示例性基因EZH2(图9A)和CD3ε(图9B)在FL与DLBCL肿瘤细胞样品之间的差异性基因表达。
图10A和图10B显示在被发现在DLBCL中升高的基因(命名为“DLBCL样基因集”；图10A)与在FL中升高的基因(命名为“FL样基因集”；图10B)之间以及继续表现出CR的受试者或继续表现出PD的受试者的单样品基因集富集分析(ssGSEA)得分，并且表明，如与在DLBCL中所见的那些肿瘤基因表达谱相比，肿瘤基因表达谱与在FL中所见的那些肿瘤基因表达谱更类似的受试者在治疗后3个月更有可能显示CR。
图10C显示，在更大群组中的受试者中，如与在DLBCL中所见的那些肿瘤基因表达谱相比，在治疗后3个月继续表现出CR的受试者的治疗前肿瘤基因表达谱与在FL中所见的那些肿瘤基因表达谱更类似。
图10D显示74名DLBCL受试者的无进展存活(PFS)曲线，在具有最高FL样基因表达的15名受试者与其他59名受试者之间进行比较。
图11显示EZH2抑制剂EPZ-6438对四种DLBCL细胞系的总蛋白的作用。分析了总蛋白，作为总细胞数的代替物。
图12显示与DMSO处理的(“D”)对照相比，EZH2抑制剂EPZ-6438(“E”)和CPI-1205(“C”)对具有野生型或突变型EZH2的DLBCL细胞系的生发中心B细胞(GCB)和活化B细胞(ABC)亚型的细胞活力的影响。
图13显示与DMSO处理的对照相比，EZH2抑制剂EPZ-6438对四种DLBCL细胞系中组蛋白3赖氨酸27的三甲基化水平(H3K27Me3)的影响。
图14A和14B显示与DMSO处理的对照(“D”)相比，EZH2抑制剂EPZ-6438(“E”)和CPI-1205(“C”)对六种DLBCL细胞系中组蛋白3赖氨酸27的三甲基化水平(H3K27Me3)的影响。
图15A-15E和15F-15K分别显示EZH2抑制剂EPZ-6438和CPI-1205对DLBCL细胞系中与T细胞浸润相关的示例性基因以及与T细胞排除相关的示例性基因的作用。
具体实施方式
本文提供了用于治疗患有癌症的受试者的组合疗法，所述组合疗法涉及施用用于治疗癌症的免疫疗法或细胞疗法以及zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂(如EZH2抑制剂)。在一些实施方案中，所述免疫疗法或细胞疗法包括特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原的任何此类疗法。在特定实施方案中，所述疗法是或包括T细胞，所述T细胞内源性地接合或作为过继T细胞疗法施用。所提供的实施方案是组合疗法，所述组合疗法涉及施用涉及T细胞功能或活性的免疫疗法，如T细胞接合疗法或T细胞疗法(例如，表达CAR的T细胞)，以及施用EZH2的抑制剂。在特定实施方案中，所提供的组合疗法和方法通过抑制剂的活性来改善对疗法的反应，以增加受试者的肿瘤微环境中细胞疗法的细胞数量，从而增加靶向肿瘤的细胞溶解性效应子介导的杀伤和/或降低肿瘤负荷。
还提供了组合和制品(如试剂盒)，所述组合和制品含有包含所述疗法的组合物和/或包含EZH2抑制剂的组合物，以及此类组合物和组合用于治疗或预防癌症(如B细胞恶性肿瘤)的用途。
细胞疗法(如基于T细胞的疗法，例如，过继T细胞疗法，包括涉及施用表达对目的癌症具有特异性的嵌合受体(如嵌合抗原受体(CAR))和/或其他重组抗原受体的细胞的那些，以及其他过继免疫细胞和过继T细胞疗法)可以在疾病和障碍(如B细胞恶性肿瘤)的治疗中有效。重组受体(如嵌合抗原受体(CAR))在T细胞表面上的工程化表达使得能重定向T细胞特异性。在临床研究中，CAR-T细胞(例如抗CD19 CAR-T细胞)已经在白血病和淋巴瘤患者中产生了持久的、完全的反应(Porter等人(2015)Sci Transl Med.,7:303ra139；Kochenderfer(2015)J.Clin.Oncol.,33:540-9；Lee等人(2015)Lancet,385:517-28；Maude等人(2014)N Engl J Med,371:1507-17)。
在某些情况下，过继细胞疗法的可行途径可能并不总是完全令人满意。在一些情况下，最佳功效可以取决于所施用的细胞运输至肿瘤或浸润肿瘤、识别并结合靶标(例如，靶抗原)以及发挥各种效应子功能(包括对癌细胞的细胞毒性杀伤和各种因子(如细胞因子)的分泌)的能力。然而，在一些情况下，某些癌细胞表现出对某些疗法(如免疫疗法和细胞疗法)的抗性。特别地，本文的结果证明，某些癌症对CAR T细胞介导的杀伤具有抗性，而其他癌症更敏感。
在一些方面，如与替代性方法(如仅涉及施用不与zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂组合的免疫疗法或细胞疗法的替代性方法)相比，所提供的方法、组合和用途提供或实现改进的或更持久的反应或功效。在一些实施方案中，所述方法的有利之处在于，在施用免疫疗法或细胞疗法之前或并行施用EZH2的抑制剂，从而使肿瘤对所述细胞疗法的治疗敏感，和/或使肿瘤对所述细胞疗法的治疗的抗性降低，或者对所述细胞疗法的治疗更易感。
在一些实施方案中，所述方法涉及在施用免疫疗法或细胞疗法之前施用EZH2的抑制剂，其可以使肿瘤对所述细胞疗法(例如CAR T细胞)的治疗(后续治疗)敏感，和/或使肿瘤对所述细胞疗法的治疗的抗性降低、或者对所述细胞疗法的治疗更服从。本文所述的结果表明，使肿瘤(例如，DLBCL肿瘤)对细胞疗法的后续治疗敏感和/或使肿瘤对细胞疗法的后续治疗的抗性降低可以通过改变肿瘤微环境预处理(例如，使其更允许T细胞浸润)来实现。特别地，本文发现，EZH2抑制可以修改肿瘤微环境(TME)的治疗前基因表达特征，使其更像在用CAR-T细胞单一疗法治疗后3个月继续表现出完全反应(CR)的受试者。此外，如本文所示，发现治疗前肿瘤活检基因特征与3个月反应(例如，PD与CR)更相关，相比于更早或更晚的时间点的反应。此外，报告表明，用CAR T细胞治疗后3个月表现出CR的个体很可能在治疗后6个月保持缓解状态(Hopfinger和Worel,Magazine Europ.Med.Oncol.(2020)13:32-35；Hopfinger等人,Hemasphere(2019)3(2):pe185；Boyiadzis等人,J.Immunother.Canc.(2018)6:137)。因此，所提供的实施方案涉及将TME的治疗前基因特征修改为更类似于与3个月CR反应相关的基因特征，以在用细胞疗法(例如CAR T细胞)治疗后获得改进的和持久的结果，特别是在可能具有对T细胞浸润更有抗性的TME的受试者中。
特别地，B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境(TME)可分为非发炎的和发炎的(包括增加的T细胞浸润)，并且在不同的淋巴瘤适应症之间变化很大。这种变化性会影响新型免疫肿瘤药剂和靶向抑制剂的预后和结果(Cherkassky,Morello等人2016,Fowler,Cheah等人2016,deCharette和Houot 2018,Rafiq,Yeku等人2018,Mulder,Wahlin等人2019,Kline,Godfrey等人2020)。弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的发病机制可能是由于T和NK细胞逃避免疫识别以及免疫抑制机制(如PD-L1途径)的形成引起的。TME和肿瘤相关巨噬细胞(TAM)中的基质基因特征也与DLBCL的不良结果相关(Lenz,Wright等人2008)。滤泡性淋巴瘤(FL)的特征在于肿瘤浸润性淋巴细胞(包括调节性T细胞(Tregs))以及TAM，并且所述肿瘤细胞在很大程度上依赖于TME来存活和增殖(Fowler,Cheah等人2016)。因此，在一些方面，所述肿瘤是非霍奇金淋巴瘤(NHL)，如弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。在一些方面，本文提供的方法包括选择具有非霍奇金淋巴瘤(NHL)(如弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL))的受试者。
已经研究了TME在淋巴瘤中在与对检查点阻断的反应的关系中的作用(Gravelle,Burroni等人2017,Wang,Wu等人2018,Kline,Godfrey等人2020)。然而，很少了解TME对CART疗法(例如，CD19-directed CAR T疗法)的结果的影响。临床前体外和体内证据表明，免疫抑制性巨噬细胞可以抑制CAR T细胞功能(Ruella,Klichinsky等人2017)，并且来自临床研究的翻译数据表明，治疗前发炎的TME和增加的CD3+T细胞与对B细胞非霍奇金淋巴瘤(B-NHL)中CAR T细胞疗法的反应相关(Galon,Rossi等人2017,Rossi,Galon等人2019,Yan,Li等人2019)。然而，与对CAR-T细胞疗法的反应相关或有关的TME因子或基因的精确表征尚不清楚。
如本文所示，为了调查治疗前和输注后肿瘤微环境(TME)在对CAR T细胞单一疗法的反应和抗性中的作用，分析了来自长期随访的大型群组的CAR T细胞治疗的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)受试者的肿瘤活检。如本文所述，观察到治疗前TME影响对CAR T细胞疗法的反应。值得注意的是，本文鉴定了在用CAR T细胞治疗后3个月继续表现出PD与CR的受试者的治疗前TME中的不同基因表达特征。因此，与3个月PD或CR相关的治疗前肿瘤活检基因特征可以被预测，并区分长期反应(例如，3个月后PD或CR)。例如，治疗后3个月继续表现出PD的受试者的基因表达特征与阻止T细胞浸润到输注后肿瘤中的基因相关。相关地，发现治疗前肿瘤活检中的EZH2目标得分与治疗后肿瘤活检中的CD3表达呈负相关。相比之下，发现免疫和基质基因特征增加与治疗后3个月对CAR T细胞疗法的完全反应(CR)相关，而EZH2靶标、转录调节剂(如MYC、E2F、MTORC1)、或其他增殖途径和细胞周期途径与治疗后3个月的疾病进展(PD)相关。因此，在一些方面，本文的数据表明，在用CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂可以将治疗前TME从治疗后3个月的PD基因特征转化为治疗后3个月的CR基因特征，从而提高对后续CAR T细胞治疗的长期反应。
在一些实施方案中，具有治疗前肿瘤活检基因表达特征的受试者被发现与形成对CAR-T细胞疗法的PD反应(如在接受CAR T细胞疗法后为或约3个月)相关，选择所述受试者进行EZH2抑制剂与CAR T细胞疗法的组合的治疗前施用。在一些实施方案中，本文提供的任何方法包括以下步骤：如果受试者具有与3个月PD反应相关的治疗前肿瘤活检(即TME)基因特征，则选择要接受用于与EZH2抑制剂组合治疗的CAR-T细胞疗法的受试者。在一些实施方案中，与EZH2抑制剂的组合涉及在接受CAR-T细胞疗法的施用之前进行EZH2抑制剂的治疗前施用。
此外，本文观察到，在CAR T细胞治疗后大约3个月继续表现出PD的受试者的TME基因表达特征富集了在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中比在滤泡性淋巴瘤(FL)中表达更高的基因。相反，观察到，在CAR T细胞治疗后大约3个月继续表现出CR的受试者的TME基因表达特征富集了在FL中比在DLBCL中表达更高的基因。特别地，发现在DLBCL中比在FL中表达更高的基因(本文鉴定和描述的“DLBCL样”特征)与形成对CAR T细胞治疗的PD反应(如在CAR T细胞施用后大约3个月)相关，同时发现在FL中比在DLBCL中表达更高的基因(本文鉴定和描述的“FL样”特征)与形成对CAR T细胞治疗的CR反应(如在CAR T细胞治疗后大约3个月)相关。因此，在一些方面，在CAR T细胞治疗之前与EZH2抑制剂的组合可以将具有DLBCL样特征的TME转化为FL样特征，从而提高对后续CAR T细胞治疗的长期反应。
在一些实施方案中，选择具有治疗前肿瘤活检DLBCL样基因特征的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，本文提供的任何方法包括以下步骤：选择具有DLBCL样基因特征的治疗前肿瘤活检(即TME)的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，与EZH2抑制剂的组合涉及在接受CAR-T细胞疗法的施用之前进行EZH2抑制剂的治疗前施用。
所提供的方法基于以下观察结果：对T细胞介导的杀伤具有抗性的某些癌症表现出zeste增强子同源物2(EZH2)基因和肿瘤微环境中由EZH2抑制剂下调的其他基因(下文称为“抗性基因”)的表达增加。本文还发现，某些抗性基因与T细胞浸润到肿瘤微环境中和/或存在于肿瘤微环境中反相关联，如通过CD3表达所确定的，从而表明这些基因在排除T细胞或减少T细胞浸润到肿瘤微环境中的作用。本文发现，在患有复发性或难治性(R/R)侵袭性非霍奇金淋巴瘤(NHL)的人类受试者中，在施用靶向CD19的CAR T细胞后三个月，增加的EZH2表达和“抗性”基因表达与更差的反应(疾病进展；PD)以及肿瘤微环境中CAR T细胞浸润的减少相关。
特别地，本文的观察结果表明，异常的(例如增加的)EZH2途径表达与降低的基线T细胞浸润到肿瘤中、更高的肿瘤增殖以及DLBCL中靶向CD19的CAR T细胞单一疗法的不良结果相关。在一些方面，观察到EZH2和/或抗性基因在受试者的治疗前DLBCL肿瘤活检样品中增加，所述受试者如在用CAR T细胞疗法治疗后大约3个月继续表现出对CAR T细胞治疗有反应的PD。类似地，观察到T细胞基因(包括CD3)的表达在受试者的治疗前DLBCL肿瘤活检样品中降低，所述受试者如在用CAR T细胞疗法治疗后大约3个月继续表现出对CAR T细胞治疗有反应的PD。在一些实施方案中，选择具有一个或多个T细胞基因(如CD3)的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，本文提供的任何方法包括以下步骤：选择具有一个或多个T细胞标记(如CD3)的表达降低的治疗前肿瘤活检(即TME)的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，与EZH2抑制剂的组合涉及在接受CAR-T细胞疗法的施用之前进行EZH2抑制剂的治疗前施用。
相反，所提供的方法另外基于以下观察结果：对T细胞介导的杀伤敏感的某些癌症表现出EZH2的表达降低以及肿瘤微环境中被EZH2抑制剂上调的其他基因(下文称为“敏感基因”)的表达增加。本文还发现，某些敏感基因与T细胞浸润到肿瘤微环境中和/或存在于肿瘤微环境中相关，如通过CD3表达所确定的，从而表明这些基因在使T细胞浸润到肿瘤微环境中或增加T细胞浸润到肿瘤微环境中的作用。本文发现，在患有复发性或难治性(R/R)侵袭性非霍奇金淋巴瘤(NHL)的人类受试者中，在施用靶向CD19的CAR T细胞后三个月，降低的EZH2表达和增加的“敏感”基因表达与更好的反应(完全反应；CR)以及肿瘤微环境中CAR T细胞浸润的减少相关。特别地，本文所述的观察结果表明，EZH2途径表达的降低与增加的基线T细胞浸润到肿瘤中、更高的肿瘤增殖以及DLBCL中靶向CD19的CAR T细胞单一疗法的更好结果相关。在一些方面，观察到EZH2和/或抗性基因在受试者的DLBCL治疗前肿瘤活检样品中降低，所述受试者如在用CAR T细胞疗法治疗后大约3个月继续表现出对CAR T细胞疗法有反应的CR。类似地，观察到T细胞基因(包括CD3)的表达在受试者的治疗前DLBCL肿瘤活检样品中增加，所述受试者如在用CAR T细胞疗法治疗后大约3个月继续表现出CART细胞治疗后的CR。
这些结果表明，尤其是在EZH2和/或“抗性”基因表达增加的个体中，施用EZH2的抑制剂可以通过增加T细胞浸润到肿瘤中来提高对某些效应子介导的免疫疗法(如T细胞接合器或T细胞疗法)的反应。在一些方面，在用T细胞疗法治疗之前施用EZH2抑制剂可以改变肿瘤微环境，使其更允许T细胞浸润，从而提高对T细胞疗法施用(例如，后续T细胞疗法施用)的反应。在一些方面，在用细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)治疗之前施用EZH2抑制剂可以改变肿瘤的基因表达谱，这样使得它更像如在治疗后大约3个月继续表现出对CAR T细胞治疗有反应的CR的受试者的基因表达谱。因此，在一些实施方案中，在细胞疗法治疗前向受试者施用EZH2抑制剂，所述受试者具有治疗前肿瘤，所述治疗前肿瘤具有以下基因表达谱，所述基因表达谱被观察到类似于如在用细胞疗法(例如CAR T细胞)治疗后大约3个月继续或更可能表现出对CAR T细胞治疗有反应的PD的受试者的基因表达谱。在一些实施方案中，本文提供的任何方法包括以下步骤：选择受试者进行在细胞疗法治疗之前的EZH2抑制剂的施用，所述受试者具有治疗前肿瘤，所述治疗前肿瘤具有如在用细胞疗法(例如CAR T细胞)治疗后大约3个月继续表现出对CAR T细胞治疗有反应的PD的受试者的基因表达谱。在一些方面，治疗前施用EZH2抑制剂将肿瘤微环境基因表达谱从如在治疗后大约3个月继续表现出对CAR T细胞治疗的PD的受试者的基因表达谱转化为如在治疗后大约3个月继续表现出对CAR T细胞治疗有反应的CR的受试者的基因表达谱。
在一些实施方案中，选择具有高EZH2和/或EZH2靶基因表达的治疗前肿瘤活检的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，本文提供的任何方法包括以下步骤：选择具有EZH2和/或EZH2靶基因高表达的治疗前肿瘤活检(即TME)的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，选择具有低T细胞标记(例如CD3)基因表达的治疗前肿瘤活检的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，本文提供的任何方法包括以下步骤：选择具有T细胞标记基因(例如CD3)低表达的治疗前肿瘤活检(即TME)的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，选择具有低T细胞标记(例如CD3)基因表达以及较高EZH2和/或EZH2靶基因表达的治疗前肿瘤活检的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，本文提供的任何方法包括以下步骤：选择具有T细胞标记基因(例如CD3)低表达以及EZH2和/或EZH2靶基因高表达的治疗前肿瘤活检(即TME)的受试者进行EZH2抑制剂的治疗前施用。在一些实施方案中，与EZH2抑制剂的组合涉及在接受CAR-T细胞疗法的施用之前进行EZH2抑制剂的治疗前施用。
本文发现其他基因与CAR T细胞治疗后3个月的CR相关。本文结合所提供的方法的实施方案描述了示例性基因。所提供的方法包括与评估一个或多个这样的基因或含有多个这样的基因的基因集的表达有关的方法，用于预测对T细胞疗法的反应。在一些实施方案中，所提供的方法包括与评估一个或多个这样的基因或含有多个这样的基因的基因集的表达有关的方法，用于选择受试者进行T细胞疗法(例如CAR-T细胞)或者(如果需要)T细胞疗法(例如CAR-T细胞)与如所述的EZH2抑制剂的组合的治疗。因此，本文还提供了与基于评估一个或多个这样的基因或含有多个这样的基因的基因集的表达的治疗方法相关的方法的实施方案，用于预测对T细胞疗法的反应。
特别地，发现治疗前肿瘤活检中T细胞活化标记(如PDCD1、LAG3和TIGIT)的表达增加与对CAR T细胞治疗有反应的CR(如在CAR T细胞治疗后为或约3个月CR)相关。因此，在一些方面，如果受试者的肿瘤活检显示PDCD1、LAG3和/或TIGIT的表达降低，则选择受试者在CAR T细胞治疗之前进行EZH2抑制剂的施用。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示PDCD1、LAG3和/或TIGIT的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示PDCD1的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示LAG3的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示TIGIT的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CART细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，与EZH2抑制剂的组合涉及在接受CAR-T细胞疗法的施用之前进行EZH2抑制剂的治疗前施用。
本文发现其他基因与对CAR T细胞治疗有反应的CR(如在用CAR T细胞治疗后为或约3个月)相关。特别地，发现KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21的治疗前表达增加与对CART细胞治疗有反应的CR(如在CAR T细胞治疗后为或约3个月的CR)相关。因此，在一些方面，如果受试者的治疗前肿瘤活检显示KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和/或CCL21的表达降低，则选择受试者在CAR T细胞治疗之前进行EZH2抑制剂的施用。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和/或CCL21的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示KLRB1的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示CD40LG的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示ICOS的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示CD28的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，对于所提供的任何方法，所述方法包括以下步骤：选择具有显示CCL21的表达降低的治疗前肿瘤活检的受试者，以在CAR T细胞治疗之前施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，与EZH2抑制剂的组合涉及在接受CAR-T细胞疗法的施用之前进行EZH2抑制剂的治疗前施用。
EZH2是一种组蛋白赖氨酸甲基转移酶并且是多梳蛋白抑制复合物2(PRC2)的催化组分，PRC2还包括胚胎外胚层发育蛋白(EED)和zeste抑制剂12(SUZ12)。EZH2催化组蛋白3在赖氨酸27(H3K27)处的甲基化。在一些情况下，H3K27的三甲基化(H3K27me3)与转录受到抑制(如肿瘤抑制基因的转录受到抑制)相关(参见例如，Bradley等人(2014)Chemistryand Biology,21:1463-75)。在一些情况下，EZH2可能在一些癌症中过表达和/或突变，从而促进组蛋白3在赖氨酸27处的高甲基化。在一些情况下，EZH2在癌症中过表达。在一些情况下，EZH2在癌症中突变(参见例如，Bodor等人(2013)Blood,122:3165-68)。在一些情况下，EZH2包含以下突变中的一个或多个：Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M。在一些情况下，EZH2突变是功能获得性突变。在一些情况下，tEZH2包含以下功能获得性突变中的一个或多个：Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V和A692V。在一些情况下，EZH2的过表达和/或突变可以支持癌细胞对细胞死亡的抗性增加。在一些方面，EZH2的过表达和/或突变可能导致癌细胞中肿瘤抑制基因的抑制。在一些情况下，当组蛋白3在赖氨酸27处三甲基化时，可能会出现癌细胞对细胞死亡的抗性。在某些方面，EZH2的过表达和/或突变可以通过抑制肿瘤抑制基因来支持并增加癌细胞的存活。
各种EZH2抑制剂是已知的。EZH2抑制剂正作为单一疗法用于临床试验中，例如，由于EZH2在抑制肿瘤抑制基因方面的作用而用于提高癌细胞的存活率。CPI-1205是一种S-腺苷基-l-甲硫氨酸(SAM)竞争性EZH2抑制剂。CPI-1205正在进行B细胞淋巴瘤、晚期实体瘤和转移性去势抵抗性前列腺癌的临床试验(分别为NCT02395601、NCT03525795和NCT03480646)。在针对B细胞淋巴瘤(包括弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)和边缘区淋巴瘤)受试者的临床试验中，CPI-1205以800mg BID给药28天的周期(Harb等人(2018)Annals of Oncology,29:iii7-9)。他泽司他(EPZ-6438)是zeste增强子同源物2(EZH2)的小分子抑制剂。他泽司他正在进行临床试验，包括针对复发性或难治性(R/R)B细胞非霍奇金淋巴瘤受试者的II期试验。复发性或难治性(R/R)B细胞非霍奇金淋巴瘤或晚期实体瘤受试者中的Ib/II期剂量递增研究确定了推荐的II期剂量为800毫克(mg)，每天两次(BID)或每天三次(TID)，持续28天的周期(Italiano等人(2018)Lancet Oncology,19:649-59)。伐美妥司他(DS-3201b)是EZH1和EZH2的抑制剂。伐美妥司他正在进行小细胞肺癌、白血病和淋巴瘤的临床试验(分别为NCT03879798、NCT03110354和NCTNCT02732275)。R/R非霍奇金淋巴瘤受试者中的剂量递增研究经连续28天的周期向受试者给药150mg、200mg或300mg，每天一次，直到疾病进展(Maruyama等人(2017)Blood,130:4070)。GSK126(GSK2816126)是EZH2的抑制剂。I期剂量递增研究评估了患有R/R DLBCL、tFL、其他NHL、多发性骨髓瘤和实体瘤的受试者的GSK126。受试者每周两次静脉内(IV)给药50mg、100mg、200mg、400mg、800mg、1200mg、1800mg、2400mg、或3000mg，持续28天的周期，其中三周给药、一周停药(Yap等人(2016)Blood 128:4203；NCT 02082977)。示例性EZH2抑制剂包括但不限于BIX-01294、毛壳素、CPI-169、CPI-905、CPI-360、CPI-209、CPI-1205、EPZ-6438(他泽司他)、EPZ005687、EPZ011989、3-去氮腺嘌呤A(3-deazenplanocin A，DZNep)、EI1、GSK503、GSK126、GSK926、GSK343、JQEZ5、MC3629、OR-S0、OR-S1、PF-06821497、PF-06726304乙酸盐、SAH-EZH2、SHR2554、西奈芬净、UNC1999、UNC2399和ZLD1039。
所提供的实施方案涉及T细胞疗法(例如CAR-T细胞或T细胞接合疗法)与EZH2抑制剂的组合疗法，以增加T细胞浸润到肿瘤中。在一些方面，所提供的组合疗法基于以下发现：EZH2表达可以对T细胞浸润产生负面影响。在所提供的实施方案中，所述方法涉及靶向或针对杀伤癌症细胞的免疫疗法或细胞疗法(例如T细胞接合疗法或细胞疗法，如CAR T细胞疗法)以及EZH2的抑制剂的组合疗法。在一些方面，所述抑制剂抑制zeste增强子同源物1(EZH1)、zeste增强子同源物2(EZH2)或其组合的活性。在一些方面，所述癌症是其中EZH2过表达的癌症。在一些方面，所述癌症是其中EZH2突变的癌症。在一些方面，所述抑制剂不抑制或降低EZH1的活性。在一些方面，所述抑制剂对EZH2的选择性高于EZH1。在一些方面，所述抑制剂是EZH2的S-腺苷基-l-甲硫氨酸(SAM)竞争性抑制剂(参见例如，Tsang-Pai(2014)Anticancer Drugs,26:139-47)。在一些方面，所述EZH2抑制剂是S-腺苷基-L-高半胱氨酸(SAH)水解酶抑制剂(参见例如，Tsang-Pai(2014)Anticancer Drugs,26:139-47)。
在一些方面，EZH2的过表达与许多癌症有关，包括膀胱癌、乳腺癌、黑色素瘤和前列腺癌(参见例如，Bradley等人(2014)Chemistry and Biology,21:1463-75)。在一些情况下，EZH2的过表达是实体瘤的潜在机制，从而过表达促进癌细胞的存活。在一些方面，EZH2的突变与许多癌症有关，包括生发中心B细胞样弥漫性大B细胞淋巴瘤(GCB-DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)和黑色素瘤(参见例如，Bradley等人(2014)Chemistry and Biology,21:1463-75)。在一些情况下，EZH2的突变是淋巴瘤和实体瘤的潜在机制，突变会改变EZH2的底物特异性，从而促进二甲基化H3K27转化为三甲基化H3K27以及癌细胞的存活(例如，Bradley等人(2014)Chemistry and Biology,21:1463-75)。在一些情况下，使用EZH2抑制剂的现有方法涉及使用所述抑制剂作为治疗多种癌症的治疗剂。例如，已经在人类受试者中研究了他泽司他用于治疗某些癌症，如R/R B细胞淋巴瘤，其剂量为100至1600毫克，每天两次，在28天的周期中(参见例如，Italiano等人(2018)Lancet Oncology,19:649-59)。他泽司他的最大耐受剂量(MTD)确定为每天两次800毫克。作为另外的例子，已经在人类受试者中研究了CPI-1205用于治疗某些癌症，如B细胞淋巴瘤，其剂量为200至1600毫克，每天两次或三次，在28天的周期中(参见例如，Harb等人(2018)Annals of Oncology,29:iii7-9)。作为另外的例子，已经在人类受试者中研究了伐美妥司他(DS-3201b)用于治疗某些癌症，如R/R非霍奇金淋巴瘤，其剂量为每天150毫克至每天300毫克，持续28天的周期，直到疾病进展(Maruyama等人(2017)Blood,130:4070)。作为另一个例子，已经研究了GSK126用于治疗某些癌症，如R/R DLBCL、tFL、其他NHL、多发性骨髓瘤(MM)和实体瘤，其剂量为每周两次静脉内50mg至3000mg，持续28天的周期，其中三周给药、一周停药(Yap等人(2016)Blood 128:4203；NCT 02082977)。选择每周两次静脉内3000mg的剂量，持续28天的周期(三周给药、一周停药)，以扩大研究。
本文的观察结果表明，细胞疗法(包括T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)和EZH2抑制剂的组合可能是有利的。本文的结果表明，EZH2基因和/或“抗性”基因的较高水平表达与施用CAR T细胞疗法后三个月较差的反应(即，受试者更可能表现出疾病进展；PD)相关。特别地，治疗前DLBCL肿瘤活检样品中EZH2基因和/或“抗性”基因的较高水平表达与如在施用CAR T细胞疗法后为或约三个月对细胞疗法的较差反应(即，受试者更可能表现出疾病进展；PD)相关。此外，DLBCL肿瘤活检样品中的DLBCL样基因特征与如在施用CAR T细胞疗法后为或约三个月对细胞疗法的较差反应(即，受试者更可能表现出疾病进展；PD)相关。在一些方面，如与某些替代性方法相比，所提供的方法和用途提供或实现改进的或更持久的反应或功效。在一些方面，所提供的方法增强或调节肿瘤微环境中如与T细胞接合疗法或T细胞疗法(例如表达CAR的T细胞)的施用相关的T细胞的浸润、持久性和/或细胞毒性。在一些方面，这是通过在用细胞疗法(例如CAR T细胞)治疗之前向受试者施用EZH2抑制剂来实现的。
在一些实施方案中，本文的观察结果表明EZH2抑制剂可以改善T细胞和/或CAR T细胞浸润、持久性和/或对癌细胞的细胞毒性。所提供的发现表明，在涉及T细胞(如涉及施用过继T细胞疗法)的方法中的抑制剂的组合疗法实现了T细胞疗法的改进的功能。在一些实施方案中，细胞疗法(例如，工程化T细胞的施用)与EZH2抑制剂的组合改善或增强T细胞疗法的一种或多种功能和/或效果，如细胞毒性和/或治疗结果，例如，杀伤肿瘤或其他疾病或靶细胞或者减小肿瘤或其他疾病或靶细胞的负荷的能力。
在一些方面，尽管肿瘤或疾病或靶细胞自身对所述疗法(例如免疫疗法或细胞疗法，如T细胞疗法(例如CAR T细胞))或者对抑制剂的剂量(在各自单独施用时)不敏感、具有抗性和/或在其他方面反应不足，但仍观察到此类作用。在一些实施方案中，癌症对用于治疗癌症的疗法的治疗不敏感或已经变得对其具有抗性，所述用于治疗癌症的疗法针对或靶向杀伤癌症，包括T细胞接合疗法或T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)。在一些实施方案中，由于癌症的细胞过表达EZH2和/或具有EZH2突变，癌症对此类疗法不敏感或已经变得对其具有抗性。例如，在一些实施方案中，癌症对靶向癌症相关抗原(例如CD19)的CAR T细胞不敏感或已经变得对其具有抗性。在一些实施方案中，与仅涉及施用所述疗法(例如CAR T细胞疗法)或以相同给药方案(例如剂量和频率)给予的EZH2抑制剂的疗法相比，所提供的组合疗法实现协同作用和活性。
在一些实施方案中，所提供的方法、用途和组合疗法包括在已经施用所述抑制剂或另一种EZH2的受试者中施用EZH2抑制剂与用于治疗癌症的疗法的组合，所述用于治疗癌症的疗法针对或靶向杀伤癌症，如T细胞接合疗法或T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)。在一些实施方案中，所述组合疗法、方法和用途包括在先前已经接受所述抑制剂的施用但未接受(或没有与其组合)用于治疗癌症的疗法的受试者中继续施用EZH2抑制剂与T细胞疗法(例如CAR+T细胞)的组合，所述用于治疗癌症的疗法针对或靶向杀伤癌症，如T细胞接合疗法或T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)。在一些实施方案中，所提供的方法、用途和组合疗法包括在用T细胞接合疗法或T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)治疗之前仅施用EZH2抑制剂。在一些方面，所提供的方法、用途和组合疗法包括在用T细胞接合疗法或T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)治疗之前，如在淋巴细胞清除疗法之前和/或之后，仅施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在开始细胞疗法(例如CAR T细胞)之前2-7天结束淋巴细胞清除疗法。
在一些实施方案中，所述方法和组合导致T细胞介导的针对癌细胞的细胞毒性的改善。在一些实施方案中，所述方法和组合任选地通过降低H3K27的三甲基化而导致T细胞介导的针对癌细胞的细胞毒性的改善。在一些实施方案中，所述方法和组合任选地通过增加肿瘤环境中CAR T细胞的浸润和/或持久性而导致T细胞介导的针对癌细胞的细胞毒性的改善。在一些方面，此类改善不会导致损害或不会导致显著损害功能性(例如CAR-T细胞功能性)、增殖和/或持久性的一种或多种其他所需特性。在一些实施方案中，如与在其他方面都相同但不存在所述抑制剂的条件下培养的此类细胞相比，与所述抑制剂组合虽然改善T细胞的细胞毒性，但是不会降低细胞被激活、分泌一种或多种所需细胞因子、扩增和/或持续存在的能力，例如，如在体外测定中所测量的。
在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂在开始施用T细胞疗法(例如CAR-T细胞)之前、并行和/或之后施用。在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂在开始施用T细胞疗法(例如CAR-T细胞)之前施用。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂在开始施用T细胞疗法(例如CAR-T细胞)之前施用，并且在施用T细胞疗法之前停用。在一些方面，在施用所述T细胞疗法之前，向受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些方面，所述EZH2抑制剂在所述淋巴细胞清除疗法之前施用。在一些方面，所述EZH2抑制剂在所述淋巴细胞清除疗法之后施用。在一些方面，所述EZH2抑制剂在所述淋巴细胞清除疗法之前和之后施用。在一些方面，在施用所述T细胞疗法(例如CAR T细胞)之前，中断所述EZH2抑制剂的施用。
在一些方面，每天施用所述抑制剂。在一些方面，每天一次、每天两次、每天三次或每天多于三次施用所述抑制剂。在一些方面，每天一次施用所述抑制剂。在一些方面，每天两次施用所述抑制剂。在一些方面，每天三次施用所述抑制剂。在一些方面，每天四次施用所述抑制剂。
在一些方面，所述EZH2的抑制剂的施用(如每天施用)在开始施用T细胞疗法(例如CAR-T细胞)之前、并行和/或之后开始，并持续长达预定天数。在一些方面，所述EZH2的抑制剂的施用(如每天施用)在施用T细胞疗法(例如CAR-T细胞)之前开始，并且持续长达预定天数。在一些方面，预定天数是在开始施用所述T细胞疗法之后的预定天数。在一些实施方案中，施用(如每天施用)所述抑制剂直到所述受试者的血液或疾病部位中所述T细胞疗法(CAR-T细胞)的水平在施用T细胞(例如表达CAR的T细胞)后达到峰值或最大值(例如Cmax)时，或者直到所述受试者的血液或疾病部位中所述T细胞疗法(CAR-T细胞)的水平在施用T细胞(例如CAR表达T细胞)后达到峰值或最大值(例如Cmax)之后的时间。在一些方面，所述抑制剂的施用在开始施用所述T细胞疗法之后继续进行至少或至少约14天、至少或至少约30天、至少或至少约60天、至少或至少约90天、至少或至少约120天或至少或至少约180天。在一些实施方案中，所述抑制剂的施用在开始施用所述T细胞疗法(例如CAR-T细胞)之后继续进行至少或约至少或者约或90天。在一些方面，在中断所述抑制剂的施用时，在所述受试者中观察到所述T细胞疗法的持久性。在一些实施方案中，在中断所述抑制剂的施用时，可以对所述受试者进行评价以评估所述受试者是否正在从所述EZH2抑制剂的施用中获益。在一些实施方案中，在中断所述抑制剂的施用时，对所述受试者进行评价以评估所述受试者是否已经实现反应或指示反应(如在一些实施方案中为CR)的特定程度或结果。在一些这样的实施方案中，如果受试者已经实现CR或指示反应或指示CR或其他结果的可能性的其他结果，则所提供的方法、组合物、制品或用途允许、指定或涉及所述抑制剂或其施用的中断。在一些这样的实施方案中，如果受试者已经获得临床缓解，则所提供的方法、组合物、制品或用途允许、指定或或涉及所述抑制剂或其施用的中断。在一些这样的实施方案中，如果受试者尚未实现CR，则所提供的方法允许继续施用所述抑制剂。在一些这样的实施方案中，如果受试者表现出疾病进展，则所提供的方法、组合物、制品或用途允许、指定或包括所述抑制剂或其施用的中断。因此，在一些方面，所提供的方法和其他实施方案避免或减少所述抑制剂的延长或过度延长的施用。在一些方面，这种延长的施用原本可能导致一种或多种不期望的结果或增加一种或多种不期望的结果的可能性，所述一种或多种不期望的结果是例如对于正在施用所述疗法的受试者(如患者)的副作用或生活质量的破坏或降低。在一些方面，施用的所设定的预定时间段(如最短的时间段)可以增加患者依从性的可能性或所述抑制剂将按说明书或根据所述方法(特别是在每天施用的情况下)进行施用的可能性。
在一些实施方案中，所提供的方法可以加强CAR-T细胞疗法，在一些方面，可以改进患有癌症的受试者的治疗结果，所述癌症对其他疗法具有抗性或是其他疗法难治的，是侵袭性或高风险癌症，和/或要展现或可能展现对CAR-T细胞疗法(在没有所述抑制剂的情况下施用时)的相对较低的反应率。在一些方面，根据所提供的方法施用EZH2抑制剂可以通过降低癌细胞对CAR T细胞疗法的抗性、任选地通过降低癌细胞中H3K27的三甲基化状态来增加用于治疗癌症的表达CAR的细胞的活性，所述癌症例如B细胞恶性肿瘤，如非霍奇金淋巴瘤(NHL)，包括亚型(如FL和DLBCL)。在一些方面，根据所提供的方法施用EZH2抑制剂可以通过降低癌细胞对CAR T细胞疗法的抗性、任选地通过增加肿瘤环境中CAR T细胞的浸润和/或持久性来增加用于治疗癌症的表达CAR的细胞的活性，所述癌症例如B细胞恶性肿瘤，如非霍奇金淋巴瘤(NHL)，包括亚型(如FL和DLBCL)。在一些方面，提高了施用的CAR+T细胞对人癌细胞的抗肿瘤活性。
在一些实施方案中，具有增加的持久性的基因工程化细胞在其所施用的受试者中表现出更好的效力。在一些实施方案中，如与通过替代性方法(如涉及施用参考细胞组合物的那些替代性方法)所实现的持久性相比，基因工程化细胞(如表达CAR的T细胞)在施用后在受试者中的持久性更高。在一些实施方案中，持久性增加至少或约至少1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍或更多。
在一些实施方案中，可以在向受试者施用之后检测或定量所施用细胞的持久性的程度或范围。例如，在一些方面，使用定量PCR(qPCR)来评估在受试者的血液或血清或器官或组织(例如，疾病部位)中表达重组受体的细胞(例如，表达CAR的细胞)的量。在一些方面，持久性被定量为每微克的DNA中编码受体(例如CAR)的DNA或质粒的拷贝，或者定量为每微升的样品(例如血液或血清)中表达受体的(例如表达CAR的)细胞的数量，或者每微升的样品中外周血单核细胞(PBMC)或白细胞或T细胞的总数量。在一些实施方案中，也可以进行流式细胞术测定，其通常使用对受体具特异性的抗体检测表达受体的细胞。还可以使用基于细胞的测定来检测功能细胞的数量或百分比，所述功能细胞是例如能够结合和/或中和所述疾病或病症的细胞或表达由所述受体所识别抗原的细胞的细胞，和/或能够诱导针对所述疾病或病症的细胞或表达由所述受体所识别抗原的细胞的反应(例如细胞毒性反应)的细胞。在任何这样的实施方案中，与重组受体相关的另一种标记(例如表达CAR的细胞)的表达范围或水平可以用于区分所施用细胞与受试者中的内源细胞。
本申请中提及的所有出版物(包括专利文献、科学文章和数据库)出于所有目的通过引用以其全文并入，在程度上如同每个单独的出版物通过引用单独并入。如果本文所述的定义与通过引用并入本文的专利、申请、公开的申请和其他出版物中所述的定义相反或在其他方面不一致，则本文所述的定义优先于通过引用并入本文的定义。
本文使用的章节标题仅用于组织目的，而不应解释为限制所描述的主题。
I.组合疗法的方法和用途
本文提供了用于治疗疾病或病症(例如癌症或增殖性疾病)的组合疗法的方法，所述方法包括向受试者施用以下的组合疗法：1)EZH2的抑制剂，和2)免疫疗法或免疫治疗剂，如过继免疫细胞疗法，例如T细胞疗法(例如表达CAR的细胞，例如T细胞)或T细胞接合或免疫调节疗法，例如多特异性T细胞募集抗体和/或检查点抑制剂。在一些实施方案中，免疫疗法是过继免疫细胞疗法，其包含特异性识别和/或靶向与疾病或障碍(例如癌症或增殖性疾病)相关的抗原的T细胞。因此，在一些实施方案中，所述方法包括用于治疗癌症(例如DLBCL)的组合疗法，其包括向受试者施用以下的组合疗法：1)EZH2的抑制剂，和2)T细胞疗法(例如表达CAR的细胞，例如T细胞)，包括在用所述T细胞疗法治疗之前施用所述EZH2抑制剂。还提供了组合和制品(如试剂盒)，所述组合和制品含有包含所述T细胞疗法的组合物和/或包含所述EZH2的抑制剂的组合物，以及此类组合物和组合用于治疗或预防疾病或病症(如癌症，包括血液恶性肿瘤)的用途。
在一些实施方案中，方法可以包括在施用(例如开始施用)所述T细胞疗法(例如表达CAR的T细胞)或其他疗法(如T细胞接合疗法)之前、同时、期间、过程中(包括在过程中一次和/或定期)和/或之后，施用所述抑制剂。在一些实施方案中，方法可以包括在施用(例如开始施用)所述T细胞疗法(例如表达CAR的T细胞)之前施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述施用可以涉及所述抑制剂和/或所述免疫疗法或免疫治疗剂(例如T细胞疗法)的依序或间歇施用。
在一些实施方案中，所述细胞疗法是过继细胞疗法。在一些实施方案中，所述细胞疗法是或包括肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)疗法、转基因TCR疗法或表达重组受体的细胞疗法(任选地是T细胞疗法，任选地是表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞疗法)。在一些实施方案中，所述疗法靶向CD19或者是B细胞靶向疗法。在一些实施方案中，所述过继细胞疗法包含对于所述受试者是自体的细胞。在一些实施方案中，将对于所述受试者是自体的细胞工程化以表达嵌合抗原受体(CAR)。在一些实施方案中，将对于所述受试者是自体的细胞工程化以表达靶向CD19的嵌合抗原受体(CAR)。在一些实施方案中，将表达CAR的自体T细胞提供给所述受试者。在一些实施方案中，所述细胞和用于施用所述细胞的剂量方案可以包括如在“免疫疗法或细胞疗法的施用”下的以下小节B中描述的任一种。
在一些实施方案中，所述细胞疗法能够通过浸润和/或持续存在于肿瘤微环境中而介导和/或诱导癌细胞死亡。在一些实施方案中，由于所述细胞疗法的细胞不能浸润和/或持续存在于肿瘤微环境中，所述癌细胞对细胞死亡具有抗性。在一些实施方案中，所述抑制剂增加所述细胞疗法的细胞浸润和/或持续存在于肿瘤微环境中的能力。
在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂抑制EZH1、EZH2或其组合。在一些实施方案中，所述抑制剂是EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂对EZH2的选择性高于EZH1。在一些实施方案中，所述抑制剂不抑制EZH1。在一些实施方案中，用于施用所述抑制剂的细胞和剂量方案可以包括如“Zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的施用”下的以下小节A中描述的任一种。
在一些实施方案中，所述细胞疗法(如T细胞疗法(例如表达CAR的T细胞)或T细胞接合疗法)和抑制剂是作为用于向所述受试者施用的药物组合物来提供。在一些实施方案中，所述药物组合物含有治疗有效量的用于组合疗法的一种或两种药剂，例如，用于过继细胞疗法的T细胞和如所述的抑制剂。在一些实施方案中，配制所述药剂用于以单独药物组合物来施用。在一些实施方案中，本文提供的任何药物组合物可以按适合于每种施用途径的剂型来配制。
在一些实施方案中，向患有癌症或有患癌症风险的受试者或患者施用所述组合疗法，其包括施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，包括工程化细胞，如CAR-T细胞疗法)和所述抑制剂。在一些实施方案中，向被选择为患有非霍奇金淋巴瘤(NHL)的受试者或患者施用所述组合疗法，其包括施用所述细胞疗法(例如CAR-T细胞疗法)和所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，向被选择为患有弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的受试者或患者施用所述组合疗法，其包括施用所述细胞疗法(例如CAR-T细胞疗法)和所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述方法包括选择患有NHL的受试者进行所述组合疗法。在一些实施方案中，所述方法包括选择患有DLBCL的受试者进行所述组合疗法。在一些方面，所述方法治疗所述疾病或病症(例如，改善其一种或多种症状)，如通过减小表达由所述细胞疗法识别(例如，由工程化T细胞识别)的抗原的癌症的肿瘤负荷。
在一些实施方案中，所治疗的疾病或病症可以是任何疾病或病症，其中抗原的表达与疾病、病症或障碍(如癌症)的病因学相关和/或参与其中，例如引起、加重或以其他方式参与这种疾病、病症或障碍。示例性疾病和病症可以包括与恶性肿瘤或细胞转化相关的疾病或病症(例如癌症)。示例性抗原(其包括与可以治疗的各种疾病和病症相关的抗原)包括本文所述的任何抗原。在特定实施方案中，在组合疗法的工程化细胞上表达的重组受体(包括嵌合抗原受体或转基因TCR)特异性地结合与所述癌症相关的抗原。
在一些实施方案中，所述疾病或病症是肿瘤，如实体瘤、淋巴瘤、白血病、血液肿瘤、转移性肿瘤或其他癌症或肿瘤类型。在一些实施方案中，所述癌症或增殖性疾病是B细胞恶性肿瘤或血液恶性肿瘤。在一些实施方案中，所述方法可以用于治疗骨髓瘤、淋巴瘤或白血病。在一些实施方案中，所述方法可以用于治疗非霍奇金淋巴瘤(NHL)、急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、难治性滤泡性淋巴瘤、急性髓性白血病(AML)或骨髓瘤(例如多发性骨髓瘤(MM))。在一些实施方案中，所述癌症是淋巴瘤。在一些实施方案中，所述癌症是淋巴瘤，如非霍奇金淋巴瘤(NHL)。在一些实施方案中，所述NHL是NHL的亚型，如弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。在一些实施方案中，所述NHL是NHL的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)亚型。在一些实施方案中，所述NHL不是NHL的FL亚型。在一些实施方案中，所述DLBCL是DLBCL的亚型，如DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型。在一些实施方案中，所述DLBCL不是DLBCL的活化B细胞(ABC)亚型。在一些实施方案中，淋巴瘤是滤泡性淋巴瘤(FL)。
在一些实施方案中，与所述疾病或障碍(如癌症)相关的抗原选自ROR1、B细胞成熟抗原(BCMA)、tEGFR、Her2、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、间皮素、CEA和乙型肝炎表面抗原、抗叶酸受体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、EPHa2、ErbB2、3或4、erbB二聚体、EGFR vIII、FBP、FCRL5、FCRH5、胎儿乙酰胆碱受体、GD2、GD3、G蛋白偶联受体5D(GPCR5D)、HMW-MAA、IL-22R-α、IL-13R-α2、kdr、κ轻链、Lewis Y、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、存活蛋白、EGP2、EGP40、TAG72、B7-H6、IL-13受体a2(IL-13Ra2)、CA9、GD3、HMW-MAA、CD171、G250/CAIX、HLA-AI MAGE Al、HLA-A2 NY-ESO-1、PSCA、叶酸受体a、CD44v6、CD44v7/8、avb6整合素、8H9、NCAM、VEGF受体、5T4、胎儿AchR、NKG2D配体、CD44v6、双重抗原和与通用标签相关的抗原、癌症-睾丸抗原、间皮素、MUC1、MUC16、PSCA、NKG2D配体、NY-ESO-1、MART-1、gp100、G蛋白偶联受体5D(GPCR5D)、癌胚胎抗原、ROR1、TAG72、VEGF-R2、癌胚抗原(CEA)、前列腺特异性抗原、PSMA、Her2/neu、雌激素受体、孕酮受体、肝配蛋白B2、CD123、c-Met、GD-2、O-乙酰化GD2(OGD2)、CE7、肾母细胞瘤1(WT-1)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、CCL-1、CD138和病原体特异性抗原。在一些实施方案中，所述抗原与通用标签相关或者是通用标签。
在一些实施方案中，东部肿瘤协作组(ECOG)体能状态指示物可以用于评估或选择用于治疗的受试者，例如，因先前疗法而具有较差体能的受试者(参见例如，Oken等人(1982)Am J Clin Oncol.5:649-655)。ECOG体能状态量表描述患者在其自理能力、日常活动和体能(例如，步行、工作等)方面的机能水平。在一些实施方案中，ECOG体能状态为0指示受试者可以进行正常活动。在一些方面，ECOG体能状态为1的受试者表现出身体活动的一些限制，但是所述受试者是完全能走动的。在一些方面，ECOG体能状态为2的患者是大于50％能走动的。在一些情况下，ECOG体能状态为2的受试者也可能能够自理；参见例如，
Figure BDA0003604039090000461
等人,(1993)Br J Cancer 67(4)773-775。反映ECOG体能状态的标准描述于下表1中：
Figure BDA0003604039090000471
在一些实施方案中，所述受体(例如CAR)靶向的抗原包括与B细胞恶性肿瘤相关的抗原，如许多已知B细胞标记中的任何一种。在一些实施方案中，所述抗原是或包括CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。在一些实施方案中，所述抗原是CD19。
特别地，所提供的实施方案包括治疗患有CLL或SLL的受试者的方法。在所提供的方法的一些实施方案中，所述受试者患有高风险CLL或SLL。在一些实施方案中，所述受试者是患有高风险CLL(或SLL)的受试者的深度预治疗群体，所述受试者都已经接受包括依鲁替尼在内的一种或多种先前疗法。在一些实施方案中，所治疗的受试者包括在用依鲁替尼初始缓解后已经复发或对于依鲁替尼的治疗是难治的或不耐受的受试者。在特定实施方案中，所治疗的受试者包括对于以下疗法缓解后已经复发或对于以下疗法是难治的或不耐受的受试者：除依鲁替尼之外的一种或多种其他先前疗法，如1、2、3、4、5或更多种先前疗法。在一些实施方案中，所述受试者对于依鲁替尼和维奈托克二者的先前治疗已经复发或是难治的。在一些实施方案中，对于这种治疗是难治的受试者已经在一种或多种先前疗法后进展。在一些实施方案中，所治疗的受试者，包括用一种或多种先前疗法(例如依鲁替尼和/或维奈托克)治疗的那些，包括具有高风险细胞遗传学(包括TP53突变、复杂核型(即至少三个染色体改变)和del17(p))的受试者。
在任何所提供的方法的一些实施方案中，所述受试者患有CLL或怀疑患有CLL；或者所述受试者被鉴定或选择为患有CLL。在一些实施方案中，所述CLL是复发性或难治性CLL。
在一些实施方案中，所述受试者患有SLL或怀疑患有SLL；或者所述受试者被鉴定或选择为患有SLL。在一些实施方案中，所述SLL是复发性或难治性SLL。
在一些实施方案中，在施用所述剂量的工程化T细胞之前，已经用除了所述疗法(例如表达CAR的细胞的剂量)或淋巴细胞清除疗法以外的针对CLL或SLL的一种或多种先前疗法治疗所述受试者。在一些实施方案中，所述一种或多种先前疗法包括至少两种先前疗法，任选地三、四、五、六、七、八、九或更多种先前疗法。
在一些实施方案中，在所述剂量的细胞的施用时间或紧接在所述时间之前，所述受试者已经在用于CLL的一种或多种先前疗法的治疗后在缓解后复发，或变得对于用于CLL的一种或多种先前疗法的治疗是难治的，对于用于CLL的一种或多种先前疗法的治疗经历失败，和/或对用于CLL的一种或多种先前疗法的治疗不耐受。在一些实施方案中，所述受试者已经在两种或更多种先前疗法的治疗后在缓解后复发，或变得对于两种或更多种先前疗法的治疗是难治的，对于两种或更多种先前疗法的治疗经历失败，和/或对两种或更多种先前疗法的治疗不耐受。在一些实施方案中，在所述剂量的细胞的施用时间或紧接在所述时间之前，所述受试者已经在三种或更多种先前疗法的治疗后在缓解后复发，或变得对于三种或更多种先前疗法的治疗是难治的，对于三种或更多种先前疗法的治疗经历失败，和/或对三种或更多种先前疗法的治疗不耐受。在一些实施方案中，所述先前疗法选自激酶抑制剂，任选地布鲁顿酪氨酸激酶(BTK)的抑制剂，任选地依鲁替尼；维奈托克；包含氟达拉滨和利妥昔单抗的组合疗法；放射疗法；以及造血干细胞移植(HSCT)。在一些实施方案中，所述先前疗法包含依鲁替尼和维奈托克。在一些实施方案中，所述先前疗法包含依鲁替尼。
在一些实施方案中，所述受试者已经在用依鲁替尼、利妥昔单抗和/或维奈托克治疗后在缓解后复发，变得对于依鲁替尼、利妥昔单抗和/或维奈托克是难治的，对于依鲁替尼、利妥昔单抗和/或维奈托克的治疗经历失败，和/或对依鲁替尼、利妥昔单抗和/或维奈托克不耐受。在一些实施方案中，所述受试者已经在用依鲁替尼治疗后在缓解后复发，变得对于依鲁替尼是难治的，对于依鲁替尼的治疗经历失败，和/或对依鲁替尼不耐受。
在一些实施方案中，在施用所述剂量的细胞时或之前：所述受试者被鉴定为或已被鉴定为患有任选地与高风险CLL相关的一种或多种细胞遗传学异常，任选地选自：复杂核型或细胞遗传学异常、del 17p、未突变的IGVH基因以及TP53突变；所述受试者被鉴定为或已被鉴定为患有高风险CLL。
在一些实施方案中，所述受试者被鉴定为或已被鉴定为具有0或1的ECOG状态；和/或所述受试者不具有>1的ECOG状态。在一些实施方案中，在施用所述剂量的工程化细胞或所述淋巴细胞清除疗法时或紧邻施用其之前，所述受试者不具有CLL或SLL的里希特氏(Richter’s)转化。
在一些实施方案中，所述方法涉及治疗患有淋巴瘤或白血病或B细胞恶性肿瘤(如大B细胞淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤(NHL))的受试者。
在一些实施方案中，所提供的方法涉及治疗受试者的特定组或子集，例如，被鉴定为患有高风险疾病(例如，高风险NHL或高风险大B细胞淋巴瘤)的受试者。在一些方面，所述方法治疗患有某种形式的侵袭性和/或不良预后B细胞非霍奇金淋巴瘤(NHL)(如对于标准疗法已经复发或是难治性(R/R)和/或具有不良预后的NHL)的受试者。
在一些实施方案中，所述受试者患有B细胞恶性肿瘤，如B细胞淋巴瘤和/或非霍奇金淋巴瘤(NHL)。在一些实施方案中，所述受试者患有B细胞恶性肿瘤，如大B细胞淋巴瘤，例如，复发性/难治性(R/R)大B细胞淋巴瘤。在一些实施方案中，所述受试者患有大B细胞淋巴瘤，如弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL，例如，非特指型(NOS；从头的或从惰性转化的)DLBCL或其他DLBCL)。在一些实施方案中，所述受试者患有大B细胞淋巴瘤，如生发中心B细胞样弥漫性大B细胞淋巴瘤(GCB-DLBCL)。在一些实施方案中，所述受试者未患有活化B细胞样弥漫性大B细胞淋巴瘤(ABC-DLBCL)。在一些实施方案中，所述受试者患有原发性纵隔B细胞淋巴瘤(PMBCL)或滤泡性淋巴瘤(FL)(如3B级滤泡性淋巴瘤(FL3B))。在一些方面，所述B细胞淋巴瘤是或包括弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤或PBMCL。在一些方面，所述受试者患有DLBCL，所述DLBCL是非特指型(NOS)DLBCL。在一些实施方案中，所述淋巴瘤(如DLBCL)是从头的。在一些实施方案中，所述淋巴瘤(如DLBCL)是从另一种惰性淋巴瘤转化的。在一些实施方案中，所述淋巴瘤(如DLBCL)是从滤泡性淋巴瘤转化的(tFL)。
在一些实施方案中，所述方法涉及治疗东部肿瘤协作组体能状态(ECOG)为0-1或0-2的受试者。在一些实施方案中，所述方法涉及治疗东部肿瘤协作组体能状态(ECOG)为0-1的受试者。在一些实施方案中，所述方法涉及治疗东部肿瘤协作组体能状态(ECOG)为0-2的受试者。在一些实施方案中，所述方法治疗DLBCL患者的不良预后群体或其通常对疗法或特定参考疗法反应较差的受试者，所述患者或受试者如具有一个或多个(如两个或三个)染色体易位(如所谓的“双打击”或“三打击”淋巴瘤；具有易位MYC/8q24基因座，通常与t(14；18)(q32；q21)bcl-2基因或/和BCL6/3q27染色体易位组合；参见例如，Xu等人(2013)Int JClin Exp Pathol.6(4):788-794)的患者或受试者，和/或在施用自体干细胞移植物(ASCT)后复发(如在12个月内复发)的患者或受试者，和/或已经被认为化疗难治的患者或受试者。
在一些实施方案中，在受试者中进行本文提供的组合疗法，在施用所述疗法(例如表达重组受体的细胞)之前，所述受试者先前已经用靶向疾病或病症(例如大B细胞淋巴瘤或NHL)的疗法或治疗剂进行治疗。在一些实施方案中，所述受试者先前已经用造血干细胞移植(HSCT)(例如，同种异体HSCT或自体HSCT)进行治疗。在一些实施方案中，所述受试者在用标准疗法治疗后具有不良预后和/或已经对于一个或多个先前治疗线经历失败。在一些实施方案中，所述受试者已经进行治疗或者先前已经接受除淋巴细胞清除疗法和/或所述疗法(例如表达所述抗原受体的细胞的剂量)以外的用于治疗所述疾病或障碍(如大B细胞淋巴瘤或NHL)的至少或至少约或约1、2、3或4种其他疗法。在一些实施方案中，所述受试者已经进行治疗或者先前已经接受包括蒽环素、CD20靶向剂和/或依鲁替尼的疗法。
在一些实施方案中，所述受试者先前已经用化学疗法或放射疗法进行治疗。在一些方面，所述受试者对于其他疗法或治疗剂是难治的或无反应的。在一些实施方案中，例如，在用另一种疗法或治疗性干预(包括化学疗法或放射)治疗后，所述受试者患有持续性或复发性疾病。
在一些实施方案中，所述受试者是有资格进行移植，如有资格进行造血干细胞移植(HSCT，例如同种异体HSCT)的受试者。在一些这样的实施方案中，在向如本文所提供的受试者施用所述疗法(如含有工程化细胞(例如CAR-T细胞)的细胞疗法或含有所述细胞的组合物)之前，所述受试者虽然有资格，但先前也没有接受移植。
在一些实施方案中，所述受试者是没有资格进行移植，如没有资格进行造血干细胞移植(HSCT，例如同种异体HSCT)的受试者。
在一些实施方案中，所述受试者患有与中枢神经系统(CNS)受累相关或涉及中枢神经系统(CNS)受累的淋巴瘤，并且所述受试者先前已经用抗惊厥药(如左乙拉西坦)进行治疗。
在一些实施方案中，所述方法包括向被选择或鉴定为患有高风险大B细胞淋巴瘤或高风险NHL的受试者施用细胞。在一些实施方案中，所述受试者展现如与B细胞恶性肿瘤(如高风险B细胞淋巴瘤或高风险NHL)相关的一种或多种细胞遗传异常。在一些实施方案中，所述受试者是基于患有如下疾病或病症而被选择或鉴定，所述疾病或病症被表征或确定为侵袭性NHL、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBCL)、富集T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤(TCHRBCL)、伯基特淋巴瘤(BL)、套细胞淋巴瘤(MCL)和/或滤泡性淋巴瘤(FL)。在特定实施方案中，要使用本文提供的方法治疗的受试者包括患有侵袭性大B细胞淋巴瘤或侵袭性NHL的受试者，特别是患有非特指型(NOS；从头的或从惰性转化的)弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、原发性纵隔B细胞淋巴瘤(PMBCL)或3B级滤泡性淋巴瘤(FL3B)的受试者。在特定实施方案中，要使用本文提供的方法治疗的受试者包括患有从滤泡性淋巴瘤(FL)或另一种惰性淋巴瘤转化的DLBCL的受试者。在一些实施方案中，所述受试者患有从边缘区淋巴瘤(MZL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL)(例如里希特氏)转化的DLBCL。在一些实施方案中，具有从CLL转化的受试者可能表现出里希特氏综合征(RS)，其定义为CLL转化为侵袭性淋巴瘤，最常见的是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)(参见例如，Parikh等人Blood 2014 123:1647-1657)。在一些实施方案中，所述受试者患有套细胞淋巴瘤(MCL)。在一些实施方案中，所述受试者患有在≥1个先前治疗线后已经失败(复发性/难治性，R/R)的套细胞淋巴瘤(MCL)。在一些实施方案中，所述受试者患有确认的伴有R/R疾病的表达细胞周期蛋白D1的MCL。
在一些实施方案中，所述受试者具有较差体能状态。在一些方面，要治疗的群体包括东部肿瘤协作组体能状态(ECOG)为0-2之间的任何值的受试者。在任何实施方案的其他方面，要治疗的受试者包括ECOG 0-1受试者或者不包括ECOG 2受试者。在任何实施方案的一些方面，要治疗的受试者已经对于两种或更多种先前疗法经历失败。在一些实施方案中，所述受试者未患有从边缘区淋巴瘤(MZL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL)(例如里希特氏)转化的DLBCL。在一些实施方案中，所述受试者具有与较差总体存活相关联的特征。在一些实施方案中，所述受试者从未实现完全反应(CR)，从未接受自体干细胞移植(ASCT)，对于1个或多个第二线疗法是难治的，患有原发性难治性疾病，和/或ECOG体能得分为2或ECOG得分在0与1之间。
在一些实施方案中，要治疗的受试者包括如下受试者组：在2个治疗线失败后患有从头的或从惰性淋巴瘤转化的(非特指型，NOS)弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBCL)和3b级滤泡性淋巴瘤(FL3B)，并且ECOG得分为0-2，并且所述受试者可以任选地先前已经用同种异体干细胞移植(SCT)进行治疗。在一些实施方案中，如果受试者具有较差体能状态(例如ECOG 2)和/或患有从边缘区淋巴瘤(MZL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL，里希特氏)转化的DLBCL，则不选择所述受试者进行治疗或从治疗排除所述受试者。因此，在一些实施方案中，如果受试者在2个治疗线失败后患有从头的或从惰性淋巴瘤转化的(NOS)弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBCL)和3b级滤泡性淋巴瘤(FL3B)且ECOG得分为0或1，则选择所述受试者进行治疗，并且所述受试者可以任选地先前已经用同种异体干细胞移植(SCT)进行治疗，但是未患有从边缘区淋巴瘤(MZL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL，里希特氏)转化的DLBCL。
在一些实施方案中，要治疗的受试者包括如下受试者组：患有滤泡性淋巴瘤、难治性滤泡性淋巴瘤和3b级滤泡性淋巴瘤(FL3B)，ECOG得分为0-2，并且所述受试者可以任选地先前已经用同种异体干细胞移植(SCT)进行治疗。在一些实施方案中，如果受试者具有较差体能状态(例如ECOG 2)和/或患有从边缘区淋巴瘤(MZL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL，里希特氏)转化的DLBCL，则不选择所述受试者进行治疗或从治疗排除所述受试者。因此，在一些实施方案中，如果受试者患有滤泡性淋巴瘤、难治性滤泡性淋巴瘤或3b级滤泡性淋巴瘤，并且ECOG得分为0或1，则选择所述受试者进行治疗，并且所述受试者可以任选地先前已经用同种异体干细胞移植(SCT)进行治疗，但是未患有从边缘区淋巴瘤(MZL)或慢性淋巴细胞白血病(CLL，里希特氏)转化的DLBCL。
在一些实施方案中，所述癌症的特征在于EZH2的过表达和/或突变。在一些实施方案中，所述癌症的特征在于EZH2的过表达和/或突变。在一些实施方案中，所述癌症的特征在于编码EZH2的一个或多个基因中的突变。在一些实施方案中，所述癌症的特征在于编码EZH2蛋白的基因中的突变。在一些实施方案中，所述癌症对细胞疗法的治疗具有抗性。在一些实施方案中，所述癌症对细胞疗法(如表达CAR的T细胞疗法)的治疗具有抗性。在一些实施方案中，所述癌症对靶向CD19的CAR T细胞疗法的治疗具有抗性。在一些实施方案中，所述抑制剂使癌症对免疫疗法或细胞疗法的治疗敏感。在一些实施方案中，所述抑制剂使癌症对细胞疗法(如表达CAR的T细胞疗法)的治疗敏感。在一些实施方案中，所述抑制剂使癌症对靶向CD19的CAR T细胞疗法的治疗敏感。
在一些实施方案中，所述癌症或增殖性疾病不是表达B细胞抗原的癌症。在一些实施方案中，所述B细胞抗原选自CD19、CD20、CD22和ROR1。在一些实施方案中，所述癌症或增殖性疾病是非血液癌。在一些实施方案中，所述癌症或增殖性疾病是实体瘤。在一些实施方案中，所述癌症或增殖性疾病不表达CD19、CD20、CD22或ROR1。在一些实施方案中，所提供的方法采用不靶向或特异性地结合CD19、CD20、CD22或ROR1的表达重组受体的T细胞(例如CAR-T细胞)。
在一些实施方案中，所述方法可以用于治疗非血液癌，如实体瘤。在一些实施方案中，所述方法可以用于治疗膀胱癌、肺癌、脑癌、黑色素瘤(例如小细胞肺癌、黑色素瘤)、乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌、结直肠癌、胰腺癌、子宫内膜癌、食管癌、肾癌、肝癌、前列腺癌、皮肤癌、甲状腺癌或子宫癌。在一些实施方案中，所述癌症或增殖性疾病是膀胱癌、乳腺癌、前列腺癌或黑色素瘤。在一些实施方案中，所述癌症是膀胱癌。在一些实施方案中，所述癌症是乳腺癌。在一些实施方案中，所述癌症是胰腺癌。在一些实施方案中，所述癌症是前列腺癌。在一些实施方案中，所述癌症是皮肤癌，如黑色素瘤。
在一些实施方案中，所述疾病或病症是感染性疾病或病症，例如但不限于病毒、逆转录病毒、细菌和原生动物感染、免疫缺陷、巨细胞病毒(CMV)、埃-巴二氏病毒(Epstein-Barr virus，EBV)、腺病毒、BK多瘤病毒。在一些实施方案中，所述疾病或病症是自身免疫或炎性疾病或病症，如关节炎(例如，类风湿性关节炎(RA))、I型糖尿病、系统性红斑狼疮(SLE)、炎性肠病、银屑病、硬皮病、自身免疫性甲状腺疾病、格雷夫斯病、克罗恩病、多发性硬化症、哮喘和/或与移植物相关的疾病或病症。
在一些实施方案中，在如下受试者中进行本文提供的组合疗法，所述受试者先前已经用EZH2的抑制剂进行治疗，但是没有施用T细胞疗法(例如CAR+T细胞)或T细胞接合疗法。在一些情况下，在这种先前治疗后，所述受试者对于这种先前治疗是难治的，和/或形成对这种先前治疗的抗性，已经在缓解后复发，在接受这种先前治疗至少6个月后尚未实现CR，和/或表现出侵袭性疾病和/或癌症的高风险特征。因此，应理解，可以在先前已经接受EZH2的抑制剂的施用的受试者中进行所提供的组合疗法。提及施用本公开文本中的抑制剂的时间安排时是指根据所提供的组合疗法方法，其施用相对于免疫疗法或免疫治疗剂(例如T细胞疗法(例如CAR+T细胞)或T细胞接合疗法)的时间安排，并且不排除先前已经另外向所述受试者施用EZH2的抑制剂的可能性。
在一些实施方案中，本文提供的组合疗法在先前已经用T细胞疗法(例如CAR+T细胞)或T细胞接合疗法治疗但没有施用EZH2的抑制剂的受试者中进行。在一些情况下，在这种先前治疗后，所述受试者对于这种先前治疗是难治的，和/或形成对这种先前治疗的抗性，已经在缓解后复发，在接受这种先前治疗至少6个月后尚未实现CR，和/或表现出侵袭性疾病和/或癌症的高风险特征。因此，应理解，可以在先前已经接受细胞疗法(例如CAR T细胞)的施用的受试者中进行所提供的组合疗法。
对于疾病的预防或治疗，EZH2的抑制剂和/或细胞疗法(如T细胞疗法(例如表达CAR的T细胞)或T细胞接合疗法)的适当剂量可以取决于要治疗的疾病的类型、特定抑制剂、细胞和/或在所述细胞上表达的重组受体、疾病的严重程度和病程、施用途径、抑制剂和/或免疫疗法(例如T细胞疗法)的施用是用于预防性目的还是治疗性目的、先前疗法、施用频率、受试者的临床病史和对所述细胞的反应以及主治医师的决断。在一些实施方案中，以合适的方式一次或在一系列治疗中向受试者施用所述组合物和细胞。描述了所提供的组合疗法的示例性剂量方案和时间表。
在一些实施方案中，将所述免疫疗法(例如T细胞疗法)和所述EZH2的抑制剂作为另一组合治疗的一部分来施用，其可以与另一种治疗性干预同时施用或按任何顺序依序施用。在一些情况下，所述免疫疗法(例如工程化T细胞，如表达CAR的T细胞)是与另一种疗法在时间上足够接近地共施用，使得所述免疫疗法增强一种或多种另外的治疗剂的作用，或反之亦然。在一些实施方案中，在所述一种或多种另外的治疗剂之前施用所述细胞。在一些实施方案中，在所述一种或多种另外的治疗剂之后施用所述免疫疗法(例如工程化T细胞，如表达CAR的T细胞)。在一些实施方案中，所述组合疗法方法还包括淋巴细胞清除疗法，如施用化学治疗剂。在一些实施方案中，所述组合疗法还包括施用另一种治疗剂，如抗癌剂、检查点抑制剂或另一种免疫调节剂。用途包括组合疗法在此类方法和治疗中的用途，以及此类组合物在制备用于进行此类组合疗法方法的药物中的用途。在一些实施方案中，所述方法和用途由此治疗受试者的疾病或病症或障碍，如癌症或增殖性疾病。
在施用所述免疫疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)和/或EZH2的抑制剂之前、期间或之后，在一些实施方案中测量所述免疫疗法的生物活性(例如工程化细胞群的生物活性)，例如通过多种已知方法中的任一种来测量。要评估的参数包括工程化细胞破坏靶细胞的能力、浸润、扩增、T细胞活性的持久性和其他量度，如使用本领域中已知的任何合适的方法(如下文在章节III中进一步描述的测定)所测量的。在一些实施方案中，通过测定细胞毒性细胞杀伤、一种或多种细胞因子的表达和/或分泌、增殖或扩增(如在用抗原再刺激后)来测量所述细胞(例如，基于T细胞的疗法施用的T细胞)的生物活性。在一些方面，通过评估疾病负荷和/或临床结果(如肿瘤负荷或负担的减小)来测量生物活性。在一些方面，通过评估细胞疗法的细胞在肿瘤微环境中的浸润来测量生物活性。在一些方面，通过评估细胞疗法的细胞在肿瘤微环境中的持久性来测量生物活性。在一些实施方案中，可以基于在施用所述组合疗法的一种或两种药剂之前、期间、过程中或之后所述测定的结果来确定所述组合疗法的一种或两种药剂的施用和/或所述疗法的任何重复施用。
在一些实施方案中，与仅涉及所述抑制剂的治疗或使用所述细胞疗法的单一疗法相比，与所述细胞疗法组合的所述抑制剂的组合作用可以是协同的。例如，在一些实施方案中，本文提供的方法、组合物和制品导致所需治疗效果的增加或改进，如对与癌症相关的一种或多种症状的减少或抑制的增加或改进。
在一些实施方案中，所述抑制剂增加工程化T细胞(如CAR T细胞)的扩增、增殖、浸润、持久性或细胞毒性。在一些实施方案中，在向受试者施用后，在体内观察到扩增、增殖、浸润、持久性或细胞毒性的增加。在一些实施方案中，工程化T细胞(例如CAR-T细胞)的数量的增加增加了大于或大于约1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、6.0倍、7.0倍、8.0倍、9.0倍、10.0倍或更多倍。在一些实施方案中，工程化T细胞(例如CAR-T细胞)针对癌细胞的细胞毒性的增加增加了大于或大于约1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、6.0倍、7.0倍、8.0倍、9.0倍、10.0倍或更多倍。
A.Zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂的施用
所提供的组合疗法方法、组合、试剂盒和用途涉及施用EZH2的抑制剂，所述抑制剂可以在施用所述细胞疗法(例如，施用表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞)之前、之后、期间、同时或几乎同时、依序和/或间歇施用，和/或所述抑制剂的施用可以在施用所述T细胞疗法之前开始并继续施用直到开始施用所述T细胞疗法，或者所述抑制剂的施用可以在开始施用所述T细胞疗法之后开始。在一些实施方案中，EZH2具有促进癌细胞存活的能力。在一些实施方案中，EZH2具有抑制所述细胞疗法的细胞向肿瘤环境浸润的能力。
在一些实施方案中，所述组合疗法中的抑制剂是EZH2的抑制剂，在一些情况下，EZH2通过增加癌细胞中H3K27的三甲基化状态而参与癌细胞中肿瘤抑制基因的转录的抑制。在一些实施方案中，所述组合疗法中的抑制剂是EZH2的抑制剂，在一些情况下，EZH2参与抑制T细胞浸润到肿瘤环境中。在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂是EZH2、或者EZH1和EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所述EZH2抑制剂对EZH2的选择性高于EZH1，如他泽司他(EPZ-6438)、CPI-1205和GSK 126。在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂抑制EZH1和EZH2，如伐美妥司他(DS-3201)。
在一些方面，所述抑制剂是S-腺苷基-l-甲硫氨酸(SAM)竞争性抑制剂(参见例如，Tsang-Pai(2014)Anticancer Drugs,26:139-47)。在一些方面，所述抑制剂是PRC2的S-腺苷基-l-甲硫氨酸(SAM)竞争性抑制剂。在一些方面，所述EZH2抑制剂是S-腺苷基-L-高半胱氨酸(SAH)水解酶抑制剂(参见例如，Tsang-Pai(2014)Anticancer Drugs,26:139-47)。在一些实施方案中，所述抑制剂是EZH2的α-螺旋形胚胎外胚层发育蛋白(EED)结合结构域的模拟物，其破坏EZH2与EED之间的相互作用。在一些实施方案中，所述抑制剂破坏EZH2与其他多梳蛋白抑制复合物2(PRC2)亚基之间的相互作用。
在一些实施方案中，所述抑制剂降低或防止H3K27的三甲基化(H2K27me3)。在一些实施方案中，所述抑制剂降低或防止癌症的细胞中H3K27的三甲基化。在一些实施方案中，所述抑制剂增加肿瘤抑制基因的表达。在一些实施方案中，所述抑制剂增加癌症的细胞中肿瘤抑制基因的表达。在一些情况下，H3K27me3的减少或防止导致肿瘤抑制细胞的表达增加。在一些情况下，H3K27me3的减少或防止使癌细胞对细胞死亡敏感和/或增加细胞死亡。在一些情况下，肿瘤抑制基因表达的增加使癌细胞对细胞死亡敏感和/或增加细胞死亡。在一些情况下，所述抑制剂增加T细胞浸润到肿瘤环境中。在一些情况下，T细胞浸润到肿瘤环境中增加导致T细胞介导的对癌细胞的细胞毒性增加和/或肿瘤负荷降低。
在一些情况下，向受试者施用EZH2抑制剂将治疗前TME从CAR T细胞治疗后3个月的PD基因表达特征转化为CAR T细胞治疗后3个月的CR基因表达特征。在一些情况下，向受试者施用EZH2抑制剂将治疗前TME从DLBCL样基因表达特征转化为FL样基因表达特征。在一些实施方案中，通过在所述CAR T细胞治疗之前施用所述EZH2抑制剂，所述受试者在CAR T细胞治疗后表现出改进的长期反应。
在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂是选择性EZH2抑制剂。在一些实施方案中，选择性EZH2抑制剂是能够按给药方案(例如剂量和/或持续时间)提供的化合物或药剂，其降低或阻断EZH2活性和/或信号传导的程度高于EZH1。在一些情况下，选择性EZH2抑制剂在按给药方案提供时降低或阻断EZH2信号传导和/或活性的活性，但是在按相同给药方案提供时不降低或阻断EZH1的信号传导和/或活性。在一些情况下，选择性EZH2抑制剂在按给药方案提供时对EZH1的活性和/或信号传导发挥的作用极小或无作用。
在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂是非选择性EZH2抑制剂。在一些实施方案中，非选择性EZH2抑制剂是降低或阻断EZH1和EZH2的活性的化合物或药剂。在一些情况下，非选择性EZH2抑制剂是能够按给药方案(例如剂量和/或持续时间)提供的化合物或药剂，其降低或阻断EZH1的活性和/或信号传导并且还降低或阻断EZH2的活性和/或信号传导。在一些情况下，非选择性EZH2抑制剂在按给药方案提供时降低或阻断EZH1的活性和/或信号传导，并且在按相同给药方案提供时还降低或阻断EZH2的信号传导和/或活性。
在一些实施方案中，所述抑制剂以如下半最大抑制浓度(IC50)抑制EZH2：小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、小于或小于约0.1nM、或小于或小于约0.01nM。
在一些实施方案中，所述抑制剂以如下解离常数(Kd)结合EZH2：小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，所述抑制剂以如下半最大抑制浓度(IC50)抑制EZH1：小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、小于或小于约0.1nM、或小于或小于约0.01nM。
在一些实施方案中，所述抑制剂以如下解离常数(Kd)结合EZH1：小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，所述EZH1的抑制剂的抑制常数(Ki)小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，所述抑制剂抑制EZH2和EZH1两者。在一些实施方案中，所述抑制剂以如下半最大抑制浓度(IC50)抑制EZH2和EZH1两者：小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，所述抑制剂以如下解离常数(Kd)结合EZH2和EZH1两者：小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，所述EZH2和EZH1的抑制剂的抑制常数(Ki)小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低于所述EZH1的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)。在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)比所述EZH1的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)低于所述EZH1的抑制剂的解离常数(Kd)。在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)比所述EZH1的抑制剂的解离常数(Kd)低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)低于所述EZH1的抑制剂的抑制常数(Ki)。在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)比所述EZH1的抑制剂的抑制常数(Ki)低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述抑制剂抑制野生型EZH2和突变型EZH2两者。在一些实施方案中，所述抑制剂以如下半最大抑制浓度(IC50)抑制野生型EZH2和突变型EZH2两者：小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，所述抑制剂以如下解离常数(Kd)结合野生型EZH2和突变型EZH2两者：小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，野生型EZH2和突变型EZH2两者的抑制剂的抑制常数(Ki)小于或小于约1000nM、小于或小于约900nM、小于或小于约800nM、小于或小于约700nM、小于或小于约600nM、小于或小于约500nM、小于或小于约400nM、小于或小于约300nM、小于或小于约200nM、小于或小于约100nM、小于或小于约90nM、小于或小于约80nM、小于或小于约70nM、小于或小于约60nM、小于或小于约50nM、小于或小于约40nM、小于或小于约30nM、小于或小于约20nM、小于或小于约10nM、小于或小于约9nM、小于或小于约8nM、小于或小于约7nM、小于或小于约6nM、小于或小于约5nM、小于或小于约4nM、小于或小于约3nM、小于或小于约2nM、小于或小于约1nM、小于或小于约0.9nM、小于或小于约0.8nM、小于或小于约0.7nM、小于或小于约0.6nM、小于或小于约0.5nM、小于或小于约0.4nM、小于或小于约0.3nM、小于或小于约0.2nM、或小于或小于约0.1nM。
在一些实施方案中，所述野生型EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低于所述突变型EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)。在一些实施方案中，所述野生型EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)比所述突变型EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述野生型EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)低于所述突变型EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)。在一些实施方案中，所述野生型EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)比所述突变型EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述野生型EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)低于所述突变型EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)。在一些实施方案中，所述野生型EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)比所述突变型EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述突变型EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低于所述野生型EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)。在一些实施方案中，所述突变型EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)比所述野生型EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述突变型EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)低于所述野生型EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)。在一些实施方案中，所述突变型EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)比所述野生型EZH2的抑制剂的解离常数(Kd)低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，所述突变型EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)低于所述野生型EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)。在一些实施方案中，所述突变型EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)比所述野生型EZH2的抑制剂的抑制常数(Ki)低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
在一些实施方案中，使用体外测定来测量或确定IC50、Kd和/或Ki。用于评估或定量或测量如所述的蛋白酪氨酸激酶抑制剂的活性的测定是本领域已知的。此类测定可以在体外进行，并且包括用于评估药剂抑制特定生物或生化功能的能力的测定。在一些实施方案中。在一些实施方案中，可以进行激酶活性研究。蛋白酪氨酸激酶催化末端磷酸基团从三磷酸腺苷(ATP)转移至激酶本身或另一种蛋白质底物的酪氨酸残基的羟基基团。在一些实施方案中，可以通过在存在ATP的情况下将激酶与所述底物(例如抑制剂)一起孵育来测量激酶活性。在一些实施方案中，可以通过包括比色检测、放射性检测和荧光检测的若干种报告系统评估特定激酶对磷酸化底物的测量。(Johnson,S.A.和T.Hunter(2005)Nat.Methods2:17。)在一些实施方案中，可以例如通过使用竞争配体结合测定来评估抑制剂对一种或多种特定激酶的亲和力(Ma等人,Expert Opin Drug Discov.2008年6月；3(6):607-621)。可以从这些测定计算半最大抑制浓度(IC50)。IC50是将生物或生化反应或功能降低最大值的50％的浓度。在一些情况下，如在激酶活性研究中，IC50是将靶激酶活性抑制50％所需的化合物浓度。在一些情况下，可以另外或可替代地确定解离常数(Kd)和/或抑制常数(Ki值)。IC50和Kd可以通过本领域已知的许多手段来计算。可以根据Cheng-Prusoff等式从IC50和Kd值计算抑制常数(Ki值)：Ki＝IC50/(1+L/Kd)，其中L是抑制剂的浓度(Biochem Pharmacol22:3099-3108,1973)。Ki是未标记的抑制剂导致在不存在配体或其他竞争物的情况下存在的50％的结合位点被占据的浓度。
在一些实施方案中，所述抑制剂是小分子。
在一些实施方案中，所述抑制剂是EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是野生型EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是突变型EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是野生型和突变型EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂包含吡啶核心。在一些实施方案中，所述抑制剂占据所述EZH2蛋白的疏水口袋(Moritz等人(2017)J.Biol.Chem.,293:13805-814)。在一些实施方案中，所述抑制剂结合所述EZH2蛋白的SET结构域。在一些实施方案中，所述抑制剂结合所述EZH2蛋白的催化口袋。在一些实施方案中，所述抑制剂结合所述PRC2复合物的辅因子结合位点(Wu等人(2013)PLoS One,8:e83737)。
在一些实施方案中，所述抑制剂是EZH2的抑制剂，包括但不限于以下文献中所述的那些：美国专利号8,410,088；8,598,167；8,691,507；8,765,732；8,895,245；8,962,620；9,006,242；9,089,575；9,090,562；9,175,331；9,206,157；9,243,001；9,333,217；9,334,527；9,376,422；9,394,283；9,522,152；9,532,992；9,549,931；9,624,205；9,637,472；9,701,666；9,776,996；9,855,275；9,872,862；9,949,999；10,040,782；10,092572；10,150,759；10,150,764；10,155,002；10,273,223；10,988,888；9,051,269；9,085,583；9,206,128；9,371,331；9,409,865；9,469,646；9,745,305；9,969,716；9,980,952；10,016,405；9,889,180；8,975,291；9,649,307；9,446,041；9,402,836；9,775,844；9,114,141；9,730,925；8,536179；9,708,348；9,828,377；9,359,365；9,751,888；9,242,962；9,895,390；以及10,017,500。在一些实施方案中，所述抑制剂是EZH2的抑制剂，包括但不限于以下文献中所述的那些：公开的PCT申请WO 2011/140324、公开的PCT申请WO 2011/140325、公开的PCT申请WO 2012/005805、公开的PCT申请WO 2012/068589、公开的PCT申请WO 2013/075083、公开的PCT申请WO 2013/075084，公开的PCT申请WO 201378320、公开的PCT申请WO 2013/120104、公开的PCT申请WO 2014/151142、公开的PCT申请WO 2015/023915、公开的PCT申请WO 2015/141616、公开的PCT申请WO 2016/130396、公开的PCT申请WO 2017/018499、公开的PCT申请WO 2017/023671、公开的PCT申请WO 2017/40190、公开的PCT申请WO 2017/218953、公开的PCT申请WO 2018/135556、公开的PCT申请WO 2018/231973、公开的PCT申请WO 2019/094552，将所述文献各自通过引用以其全文并入。在一些实施方案中，所述抑制剂是以下文献中所述的EZH2抑制剂化合物：公开的美国专利申请US 20170056388、公开的美国专利申请US 20170073335、公开的美国专利申请US 20180200238、公开的美国专利申请US20180282313、公开的美国专利申请US 20180311251、公开的美国专利申请US20190125737，以及公开的加拿大申请CA 3039059、CA2910873、CA2965729，将所述文献各自通过引用以其全文并入。在一些实施方案中，所述抑制剂是美国专利号8,410,088中所述的EZH2抑制剂化合物，将其通过引用以其全文并入。在一些实施方案中，所述抑制剂是美国专利号9,469,646中所述的EZH2抑制剂化合物，将其通过引用以其全文并入。在一些实施方案中，所述抑制剂是美国专利号10,017,500中所述的EZH2抑制剂化合物，将其通过引用以其全文并入。
在一些实施方案中，所述抑制剂具有选自以下的结构：
Figure BDA0003604039090000581
Figure BDA0003604039090000591
在一些实施方案中，所述抑制剂抑制EZH2，如他泽司他(EPZ-6438)。在一些实施方案中，所述抑制剂抑制EZH2，如CP-1205。在一些实施方案中，所述抑制剂抑制EZH2，如GSK126。在一些实施方案中，所述抑制剂抑制EZH1和EZH2，如伐美妥司他(DS-3201)。在一些实施方案中，所述抑制剂抑制或降低EZH1、EZH2和/或PRC2的活性。在一些情况下，所述抑制剂抑制或降低EZH2的活性，如他泽司他(EPZ-6438)。在一些情况下，所述抑制剂抑制或降低EZH2的活性，如CPI-1205。在一些情况下，所述抑制剂抑制或降低EZH2的活性，如GSK126。在一些情况下，所述抑制剂抑制或降低EZH2和EZH1的活性，如伐美妥司他(DS-3201)。
在一些实施方案中，所述抑制剂抑制或降低EZH2的活性，如他泽司他(EPZ-6438)。在一些情况下，所述抑制剂是他泽司他(EPZ-6438)。在一些情况下，所述抑制剂具有结构
Figure BDA0003604039090000592
或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物，包括其组合物。
在一些实施方案中，所述抑制剂抑制或降低EZH2的活性，如CPI-1205。在一些情况下，所述抑制剂是CPI-1205。在一些情形中，所述抑制剂具有结构
Figure BDA0003604039090000593
或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物，包括其组合物，其用于治疗患有癌症的受试者。
在一些实施方案中，所述抑制剂抑制或降低EZH1和EZH2的活性，如伐美妥司他(DS-3201)。在一些情况下，所述抑制剂是伐美妥司他(DS-3201)。在一些情况下，所述抑制剂具有结构
Figure BDA0003604039090000601
或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物，包括其组合物。
在一些实施方案中，所述抑制剂抑制或降低EZH2的活性，如GSK126。在一些情况下，所述抑制剂是GSK126。在一些情况下，所述抑制剂具有结构
Figure BDA0003604039090000602
或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物，包括其组合物。
在一些实施方案中，所述抑制剂是如以下文献中所述的抑制剂：美国专利号8,410,088；8,598,167；8,691,507；8,765,732；8,895,245；8,962,620；9,006,242；9,089,575；9,090,562；9,175,331；9,206,157；9,243,001；9,333,217；9,334,527；9,376,422；9,394,283；9,522,152；9,532,992；9,549,931；9,624,205；9,637,472；9,701,666；9,776,996；9,855,275；9,872,862；9,949,999；10,040,782；10,092572；10,150,759；10,150,764；10,155,002；10,273,223；以及10,988,888。在一些实施方案中，所述抑制剂是如美国专利号8,410,088中所述的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是或包含他泽司他(EPZ-6438)。
在一些实施方案中，所述抑制剂是如以下文献中所述的抑制剂：9,051,269；9,085,583；9,206,128；9,371,331；9,409,865；9,469,646；9,745,305；9,969,716；9,980,952；以及10,016,405。在一些实施方案中，所述抑制剂是如美国专利号9,469,646中所述的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是或包含CPI-1205。
在一些实施方案中，所述抑制剂是如美国专利号10,017,500中所述的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂是或包含伐美妥司他(DS-3201)。
在一些实施方案中，所述抑制剂是如以下文献中所述的抑制剂：9,889,180；8,975,291；9,649,307；9,446,041；9,402,836；9,775,844；9,114,141；9,730,925；8,536179；9,708,348；9,828,377；9,359,365；9,751,888；9,242,962；以及9,895,390。在一些实施方案中，所述抑制剂是或包含GSK126。
EZH2的示例性抑制剂是本领域已知的。在一些实施方案中，所述抑制剂是如以下文献中所述的抑制剂：Vaswani等人(2016)J.Med.Chem.,59:9928-41；Bisserier和Wajapeyee(2018)Blood,131:2125-37；Arora等人(2016)Blood,128:5672；Italiano等人(2018)The Lancet,19:649-59；Campbell等人(2015)American Chem.Society Lett.,6:491-95；Lue等人(2018)Curr.Hematol.Malig.Rep.,13:369-82；Serresi等人(2018)J.Exp.Med.215:3115；Lu等人(2018)American Chem.Society Med.Chem.Lett.,9:98-102；Maruyama等人(2017)Blood,130:470；Honma等人(2018)Blood,133:2217；Bradley等人(2014)Chem.&Biol.,21:1463-75；Knutson等人(2014)Small Molecule Therap.,13:842-54；Glazer等人(1986)Biochem.Pharmacology,35:4523-27；Knutson等人(2012)NatureChem.Biol.,8:980-96；Campbell等人(2015)ACS Med.Chem.Lett.,6:491-95；Qi等人(2012)Proc.Natl.Acad.Sci.,109:21360-65；Miele等人(2017)Oncotarget,8:68557-70；Verma等人(2012)ACS Med.Chem.Lett.,3:1091-96；Konze等人(2013)ACS Chem.Biol.,8:1324-34；Song等人(2016)Sci.Rep.,6:20864；以及Garapaty-Rao等人(2013)Chem.&Biol.,20:1329-39。
非限制性例子包括但不限于BIX-01294、毛壳素、CPI-169、CPI-905、CPI-360、CPI-209、CPI-1205、DS3201(伐美妥司他)、EPZ-6438(他泽司他)、EPZ005687、EPZ011989、3-去氮腺嘌呤A(DZNep)、EI1、GSK503、GSK126、GSK926、GSK343、JQEZ5、MC3629、OR-S0、OR-S1、PF-06821497、PF-06726304乙酸盐、SAH-EZH2、SHR2554、西奈芬净、UNC1999、UNC2399和ZLD1039。
a.组合物和配制品
在本文提供的组合疗法方法、组合、试剂盒和用途的一些实施方案中，所述组合疗法可以以一种或多种组合物(例如含有EZH2的抑制剂的药物组合物)和/或细胞毒性疗法(例如T细胞疗法)来施用。
在一些实施方案中，所述组合物(例如含有EZH2抑制剂的药物组合物)可以包括载体(如稀释剂、辅助剂、赋形剂或媒介物)，将EZH2抑制剂和/或所述细胞与所述载体一起施用。合适的药物载体的例子描述于E.W.Martin的“Remington's PharmaceuticalSciences”中。此类组合物将含有治疗有效量的EZH2抑制剂(通常呈纯化形式)以及合适量的载体以提供用于向患者适当施用的形式。此类药物载体可以是无菌液体，如水和油，包括石油、动物、植物或合成来源的那些油，如花生油、大豆油、矿物油和芝麻油。盐水溶液以及右旋糖和甘油水溶液也可以用作液体载体，特别是用于可注射溶液。所述药物组合物可以含有以下中的任何一种或多种：一种或多种稀释剂、一种或多种辅助剂、一种或多种抗粘附剂、一种或多种粘合剂、一种或多种涂层、一种或多种填充剂、一种或多种调味剂、一种或多种颜料、一种或多种润滑剂、一种或多种助流剂、一种或多种防腐剂、一种或多种洗涤剂、一种或多种吸附剂、一种或多种乳化剂、一种或多种药物赋形剂、一种或多种pH缓冲剂或者一种或多种甜味剂及其组合。在一些实施方案中，所述药物组合物可以是液体、固体、冻干粉末、呈凝胶形式和/或其组合。在一些方面，载体的选择部分取决于特定抑制剂和/或施用方法。
药学上可接受的载体在所用的剂量和浓度下通常对接受者无毒，并且包括但不限于：缓冲剂，如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(如十八烷基二甲基苄基氯化铵；六甲氯铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；烷基对羟基苯甲酸酯，如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，如EDTA；糖类，如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐抗衡离子，如钠；金属络合物(例如锌-蛋白质络合物)；和/或非离子表面活性剂，如聚乙二醇(PEG)；稳定剂和/或防腐剂。含有EZH2抑制剂的组合物也可以是冻干的。
在一些实施方案中，可以将药物组合物配制成用于通过本领域技术人员已知的任何途径施用，包括肌内、静脉内、真皮内、病灶内、腹膜内注射、皮下、肿瘤内、硬膜外、经鼻、口服、经阴道、经直肠、外用(topical)、局部(local)、经耳、吸入、经颊(例如，舌下)以及透皮施用或任何途径。在一些实施方案中，也考虑了其他施用方式。在一些实施方案中，施用是通过推注输注，通过注射，例如静脉内或皮下注射、眼内注射、眼周注射、视网膜下注射、玻璃体内注射、经中隔注射、巩膜下注射、脉络膜内注射、前房注射、结膜下(subconjectval)注射、结膜下(subconjuntival)注射、眼球筋膜囊下(sub-Tenon)注射、眼球后注射、眼球周注射或后近巩膜(posterior juxtascleral)递送。在一些实施方案中，施用是通过肠胃外、肺内和鼻内施用，并且如果局部治疗需要，则通过病灶内施用。肠胃外输注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。在一些实施方案中，给定剂量通过单次推注施用来施用。在一些实施方案中，给定剂量通过多次推注施用例如经不超过3天的时间段来施用，或通过连续输注施用来施用。
在一些实施方案中，施用可以是局部的、外用的或全身的，这取决于治疗位点。在一些实施方案中，局部施用至需要治疗的区域可以通过例如但不限于手术期间的局部输注、外用施用(例如，与手术后的伤口敷料结合)、通过注射、借助导管、借助栓剂或借助植入物来实现。在一些实施方案中，组合物还可以与其他生物活性剂一起施用，依次地、间歇地或在同一组合物中。在一些实施方案中，施用还可以包括控释系统，包括控释配制品和装置控释，如借助泵。在一些实施方案中，施用是口服施用。
在一些实施方案中，药学和治疗活性化合物及其衍生物通常以单位剂型或多剂型配制和施用。每个单位剂量含有预定量的足以产生所需治疗效果的治疗活性化合物，与所需的药物载体、媒介物或稀释剂结合。在一些实施方案中，单位剂型包括但不限于含有适量化合物或其药学上可接受的衍生物的片剂、胶囊剂、丸剂、散剂、颗粒剂、无菌肠胃外溶液或悬浮液以及口服溶液或悬浮液和油水乳液。单位剂型可以容纳在安瓿和注射器中或单独包装的片剂或胶囊剂中。单位剂型可以按其分数或倍数施用。在一些实施方案中，多剂量形式是包装在单个容器中的待以分离的单位剂型施用的多个相同的单位剂型。多剂量形式的例子包括小瓶、片剂或胶囊剂瓶或者品脱或加仑瓶。
b.给药
在一些实施方案中，所提供的组合疗法方法涉及向所述受试者施用治疗有效量的EZH2的抑制剂和细胞疗法(如T细胞疗法(例如表达CAR的T细胞)或T细胞接合疗法)。在一些实施方案中，在施用所述细胞疗法(如T细胞疗法(例如表达CAR的T细胞)或T细胞接合疗法)之前、之后、期间、过程中、同时、几乎同时、依序和/或间歇地施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所述方法涉及在施用所述T细胞疗法之前施用所述EZH2的抑制剂。在其他实施方案中，所述方法涉及在施用所述T细胞疗法之后施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，在开始所述T细胞疗法之后不进一步施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所述剂量时间表包括在开始所述T细胞疗法之前和之后施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所述剂量时间表包括与施用所述T细胞疗法同时施用所述EZH2的抑制剂。
在一些实施方案中，所述EZH2的抑制剂以多个剂量多次施用。在一些实施方案中，施用一次所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每天一次施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每天两次施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每天三次施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每天四次施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每天六次、每天五次、每天四次、每天三次、每天两次、每天一次、每隔一天、每三天、每周两次、每周一次或在开始施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前或之后仅一次施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，在施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)的时间段之前、期间、过程中、和/或之后以规则间隔以多个剂量施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，在施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前以规则间隔以一个或多个剂量施用所述EZH2的抑制剂。例如，可以在施用所述细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)之前以一个或多个剂量每天施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之后以规则间隔以一个或多个剂量施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，一个或多个剂量的所述EZH2的抑制剂可以与一定剂量的所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)的施用同时发生。
在一些实施方案中，施用所述EZH2的抑制剂的抑制剂的剂量、频率、持续时间、时间安排和/或顺序是基于筛选步骤和/或本文所述治疗结果的评估的结果的特定阈值或标准(例如，章节第III节中所述的那些)来确定的。
在一些实施方案中，所述方法涉及向先前已施用治疗有效量的所述抑制剂的受试者施用所述细胞疗法。在一些实施方案中，在向受试者施用一定剂量的表达重组受体的细胞之前，向所述受试者施用所述抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂的治疗与开始施用所述剂量的细胞同时发生。在一些实施方案中，在开始施用所述剂量的细胞之后，施用所述抑制剂。在一些实施方案中，在细胞疗法之前的充分的时间施用所述抑制剂，使得增加所述组合疗法的治疗效果。
在一些实施方案中，在施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前和/或并行施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，在施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，在开始所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前从或从约0至90天、如0至30天、0至15天、0至6天、0至96小时、0至72小时、0至48小时、0至24小时、0至12小时、0至6小时、或0至2小时、2小时至30天、2小时至15天、2小时至6天、2小时至96小时、2小时至24小时、2小时至12小时、2小时至6小时、6小时至90天、6小时至30天、6小时至15天、6小时至6天、6小时至96小时、6小时至24小时、6小时至12小时、12小时至90天、12小时至30天、12小时至15天、12小时至6天、12小时至96小时、12小时至24小时、24小时至90天、24小时至30天、24小时至15天、24小时至6天、24小时至96小时、96小时至90天、96小时至30天、96小时至15天、96小时至6天、6天至90天、6天至30天、6天至15天、15天至90天、15天至30天、或30天至90天施用所述EZH2的抑制剂。在一些方面，在开始所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前，施用所述EZH2的抑制剂不超过约96小时、72小时、48小时、24小时、12小时、6小时、2小时或1小时。在一些方面，在开始所述细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)之前约4周与1周之间施用所述EZH2抑制剂。在一些方面，所述EZH2抑制剂在淋巴细胞清除疗法之前施用。在一些方面，在结束淋巴细胞清除疗法之后并且在开始所述细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)之前施用所述EZH2抑制剂。在一些方面，所述EZH2抑制剂在淋巴细胞清除疗法之前施用，在淋巴细胞清除疗法期间不施用，在淋巴细胞清除疗法结束后再次施用，并且在开始施用细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)之前停用。
在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前至少或约至少1小时、至少或约至少2小时、至少或约至少6小时、至少或约至少12小时、至少或约至少1天、至少或约至少2天、至少或约至少3天、至少或约至少4天、至少或约至少5天、至少或约至少6天、至少或约至少7天、至少或至少约12天、至少或约至少14天、至少或至少约15天、至少或约至少21天、至少或至少约24天、至少或约至少28天、至少或约至少30天、至少或约至少35天、或至少或约至少42天、至少或约至少60天、或至少或约至少90天施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前长达1天、长达2天、长达3天、长达4天、长达5天、长达6天、长达7天、长达8天、长达12天、长达14天、长达15天、长达21天、长达24天、长达28天、长达30天、长达35天、长达42天、长达60天或长达90天施用所述EZH2的抑制剂。
在其中在所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前给予所述EZH2的抑制剂的任何此类实施方案中的一些中，所述EZH2的抑制剂的施用以规律间隔持续进行直到开始所述细胞疗法为止，和/或在开始所述细胞疗法后持续进行一定时间。
在一些实施方案中，在施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之后施用或进一步施用所述EZH2抑制剂的抑制剂。在一些实施方案中，在开始施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法)之后为或约1小时、2小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、4天、5天、6天、或7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、21天、24天、28天、30天、36天、42天、60天、72天或90天内施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，所提供的方法涉及在开始施用所述细胞疗法之后如以规则间隔持续施用所述EZH2的抑制剂。
在一些实施方案中，在施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之后施用所述EZH2的抑制剂，如每天施用，持续长达或长达约1天、长达或长达约2天、长达或长达约3天、长达或长达约4天、长达或长达约5天、长达或长达约6天、长达或长达约7天、长达或长达约12天、长达或长达约14天、长达或长达约21天、长达或长达约24天、长达或长达约28天、长达或长达约30天、长达或长达约35天、长达或长达约42天、长达或长达约60天、或长达或长达约90天、长达或长达约120天、长达或长达约180天、长达或长达约240天、长达或长达约360天、或长达或长达约720天或更长时间。
在任何此类上述实施方案中的一些中，在开始施用所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)之前和之后施用所述EZH2的抑制剂。
在一些实施方案中，在开始所述细胞疗法之后，每天多次、每天两次、每天、每隔一天、每周三次、每周两次、或每周一次施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每周两次施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每天施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每天两次施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每天三次施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，每天四次施用所述EZH2的抑制剂。在其他实施方案中，每隔一天施用所述EZH2的抑制剂。
在一些实施方案中，以每天一次给药方式施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，以每天两次给药方式施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，以每天三次给药方式施用所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，每个剂量为约200mg。在一些实施方案中，每个剂量为约400mg。在一些实施方案中，每个剂量为约600mg。在一些实施方案中，每个剂量为约800mg。因此，在一些方面，向受试者施用的EZH2抑制剂的每日总量在约200mg与约2400mg之间。
在一些实施方案中，每天施用所述EZH2的抑制剂，持续7、14、21、28、35或42天的周期。在一些实施方案中，每天两次施用所述EZH2的抑制剂，持续7、14、21、28、35或42天的周期。在一些实施方案中，每天三次施用所述EZH2的抑制剂，持续7、14、21、28、35或42天的周期。在一些实施方案中，每隔一天施用所述EZH2的抑制剂，持续7、14、21、28、35或42天的周期。在一些实施方案中，施用所述EZH2的抑制剂，如每天施用，持续1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个周期。在一些实施方案中，每天两次施用所述EZH2的抑制剂，持续28天的周期。
在一些实施方案中，每周两次施用所述EZH2的抑制剂，持续7、14、21、28、35或42天的周期。在一些实施方案中，每周两次施用所述EZH2的抑制剂，持续28天的周期。在一些实施方案中，每周两次施用所述EZH2的抑制剂，持续28天的周期，其中三周给药、一周停药。
在本文提供的方法的一些实施方案中，同时或几乎同时施用所述EZH2的抑制剂和所述细胞疗法(例如T细胞疗法，如CAR-T细胞疗法)。
在一些实施方案中，以如下剂量量施用所述EZH2的抑制剂：从或从约0.2mg/kg受试者体重(mg/kg)至200mg/kg、0.2mg/kg至100mg/kg、0.2mg/kg至50mg/kg、0.2mg/kg至10mg/kg、0.2mg/kg至1.0mg/kg、1.0mg/kg至200mg/kg、1.0mg/kg至100mg/kg、1.0mg/kg至50mg/kg、1.0mg/kg至10mg/kg、10mg/kg至200mg/kg、10mg/kg至100mg/kg、10mg/kg至50mg/kg、50mg/kg至200mg/kg、50mg/kg至100mg/kg、或100mg/kg至200mg/kg。在一些实施方案中，以如下剂量施用所述抑制剂：约0.2mg/kg受试者体重(mg/kg)至50mg/kg、0.2mg/kg至25mg/kg、0.2mg/kg至10mg/kg、0.2mg/kg至5mg/kg、0.2mg/kg至1.0mg/kg、1.0mg/kg至50mg/kg、1.0mg/kg至25mg/kg、1.0mg/kg至10mg/kg、1.0mg/kg至5mg/kg、5mg/kg至50mg/kg、5mg/kg至25mg/kg、5mg/kg至10mg/kg、或10mg/kg至25mg/kg。
在一些实施方案中，以如下剂量量施用所述EZH2的抑制剂：从或从约25mg至5000mg、25mg至4000mg、25mg至3000mg、25mg至2400mg、25mg至2000mg、25mg至1600mg、25mg至1000mg、25mg至800mg、25mg至500mg、25mg至400mg、25mg至300mg、25mg至200mg、25mg至150mg、25mg至100mg、25mg至50mg、50mg至5000mg、50mg至4000mg、50mg至3000mg、50mg至2400mg、50mg至2000mg、50mg至1600mg、50mg至1000mg、50mg至800mg、50mg至500mg、50mg至400mg、50mg至300mg、50mg至200mg、50mg至100mg、50mg至150mg、100mg至5000mg、100mg至4000mg、100mg至3000mg、100mg至2400mg、100mg至2000mg、100mg至1600mg、100mg至1000mg、100mg至800mg、100mg至500mg、100mg至400mg、100mg至300mg、100mg至200mg、100mg至150mg、150mg至5000mg、150mg至4000mg、150mg至3000mg、150mg至2400mg、150mg至2000mg、150mg至1600mg、150mg至1000mg、150mg至800mg、150mg至500mg、150mg至400mg、150mg至300mg、150mg至200mg、200mg至5000mg、200mg至4000mg、200mg至3000mg、200mg至2400mg、200mg至2000mg、200mg至1600mg、200mg至1000mg、200mg至800mg、200mg至500mg、200mg至400mg、200mg至300mg、300mg至5000mg、300mg至4000mg、300mg至3000mg、300mg至2400mg、300mg至2000mg、300mg至1600mg、300mg至1000mg、300mg至800mg、300mg至500mg、300mg至400mg、400mg至5000mg、400mg至4000mg、400mg至3000mg、400mg至2400mg、400mg至2000mg、400mg至1600mg、400mg至1000mg、400mg至800mg、400mg至500mg、500mg至5000mg、500mg至4000mg、500mg至3000mg、500mg至2400mg、500mg至2000mg、500mg至1600mg、500mg至1000mg、500mg至800mg、800mg至5000mg、800mg至4000mg、800mg至3000mg、800mg至2400mg、800mg至2000mg、800mg至1600mg、800mg至1000mg、1000mg至5000mg、1000mg至4000mg、1000mg至3000mg、1000mg至2400mg、1,000mg至2000mg、1000mg至1600mg、1600mg至5000mg、1600mg至4000mg、1600mg至3000mg、1600mg至2400mg、2000mg至5000mg、2000mg至4000mg、2000mg至3000mg、2000mg至2400mg、2400mg至5000mg、2400mg至4000mg、2400mg至3000mg、3000mg至5000mg、3000mg至4000mg、或4000mg至5000mg，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，以从或从约200mg至800mg(每个数值均包含端值)的剂量量施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，以从或从约200mg至1600mg(每个数值均包含端值)的剂量量施用所述EZH2的抑制剂。在一些实施方案中，以从或从约200mg至2400mg(每个数值均包含端值)的剂量量施用所述EZH2的抑制剂。
在一些实施方案中，所述抑制剂是他泽司他，其以如下剂量量施用：从或从约100mg至1600mg、150mg至1600mg、200mg至1600mg、300mg至1600mg、400mg至1600mg、500mg至1600mg、600mg至1600mg、600mg至1600mg、800mg至1600mg、1000mg至1600mg、1200mg至1600mg、100mg至1200mg、150mg至1200mg、200mg至1200mg、300mg至1200mg、400mg至1200mg、500mg至1200mg、600mg至1200mg、600mg至1200mg、800mg至1200mg、1000mg至1200mg、100mg至1000mg、150mg至1000mg、200mg至1000mg、300mg至1000mg、400mg至1000mg、500mg至1000mg、600mg至1000mg、600mg至1000mg、800mg至1000mg、100mg至800mg、150mg至800mg、200mg至800mg、300mg至800mg、400mg至800mg、500mg至800mg、600mg至800mg、100mg至600mg、150mg至600mg、200mg至600mg、300mg至600mg、400mg至800mg、100mg至500mg、150mg至500mg、200mg至500mg、300mg至500mg、100mg至400mg、150mg至400mg、200mg至400mg、300mg至400mg、100mg至300mg、150mg至300mg、200mg至300mg、100mg至200mg、150mg至200mg、100mg至150mg，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，以从约200mg至800mg的剂量量施用他泽司他。
在一些实施方案中，所述抑制剂是CPI-1205，其以如下剂量量施用：从或从约100mg至1600mg、150mg至1600mg、200mg至1600mg、300mg至1600mg、400mg至1600mg、500mg至1600mg、600mg至1600mg、600mg至1600mg、800mg至1600mg、1000mg至1600mg、1200mg至1600mg、100mg至1200mg、150mg至1200mg、200mg至1200mg、300mg至1200mg、400mg至1200mg、500mg至1200mg、600mg至1200mg、600mg至1200mg、800mg至1200mg、1000mg至1200mg、100mg至1000mg、150mg至1000mg、200mg至1000mg、300mg至1000mg、400mg至1000mg、500mg至1000mg、600mg至1000mg、600mg至1000mg、800mg至1000mg、100mg至800mg、150mg至800mg、200mg至800mg、300mg至800mg、400mg至800mg、500mg至800mg、600mg至800mg、100mg至600mg、150mg至600mg、200mg至600mg、300mg至600mg、400mg至800mg、100mg至500mg、150mg至500mg、200mg至500mg、300mg至500mg、100mg至400mg、150mg至400mg、200mg至400mg、300mg至400mg、100mg至300mg、150mg至300mg、200mg至300mg、100mg至200mg、150mg至200mg、100mg至150mg，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，所述抑制剂是CPI-1205，其以从或从约200mg至1600mg的剂量量施用。
在一些实施方案中，所述抑制剂是伐美妥司他，其以如下剂量量施用：从或从约100mg至500mg、150mg至500mg、200mg至500mg、300mg至500mg、400mg至500mg、100mg至400mg、150mg至400mg、200mg至400mg、300mg至400mg、100mg至300mg、150mg至300mg、200mg至300mg、100mg至200mg、150mg至200mg、100mg至150mg，每个数值均包含端值。
在一些实施方案中，所述抑制剂是GSK126，其以如下剂量量施用：从或从约50mg至3000mg、100mg至3000mg、200mg至3000mg、400mg至3000mg、800mg至3000mg、1200mg至3000mg、1800mg至3000mg、2400mg至3000mg、50mg至2400mg、100mg至2400mg、200mg至2400mg、400mg至2400mg、800mg至2400mg、1200mg至2400mg、1800mg至2400mg、50mg至1800mg、100mg至1800mg、200mg至1800mg、400mg至1800mg、800mg至1800mg、1200mg至1800mg、50mg至1200mg、100mg至1200mg、200mg至1200mg、400mg至1200mg、800mg至1200mg、50mg至800mg、100mg至800mg、200mg至800mg、400mg至800mg、50mg至400mg、100mg至400mg、200mg至400mg、50mg至200mg、50mg至100mg、或100mg至200mg，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，每周两次以3000mg施用GSK126。在一些实施方案中，每周两次以3000mg施用GSK126，持续28天的周期，其中三周给药、一周停药。
在一些实施方案中，以如下每日总剂量量施用所述EZH2的抑制剂：至少或至少约50mg/天、100mg/天、150mg/天、175mg/天、200mg/天、250mg/天、300mg/天、325mg/天、350mg/天、375mg/天、400mg/天、425mg/天、450mg/天、475mg/天、500mg/天、525mg/天、550mg/天、575mg/天、600mg/天、625mg/天、650mg/天、675mg/天、700mg/天、725mg/天、750mg/天、775mg/天800mg/天、825mg/天、850mg/天、875mg天、900mg/天、925mg/天、950mg/天、975mg/天、1000mg/天、1100mg/天、1200mg/天、1300mg/天、1400mg/天、1500mg/天、1600mg/天、1700mg/天、1800mg/天、1900mg/天、2000mg/天、2100mg/天、2200mg/天、2300mg/天、或2400mg/天。在一些实施方案中，以为或约400mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以为或约800mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以为或约1200mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以为或约1600mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以为或约2400mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以小于或小于约3000mg/天且至少约或至少100mg/天的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以每天为或约、或至少为或约100mg的量施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以不超过3000mg/天的量施用所述抑制剂。
在一些实施方案中，每天一次施用所述抑制剂。在一些实施方案中，每天两次施用所述抑制剂。在一些实施方案中，每天三次施用所述抑制剂。在一些实施方案中，每周两次施用所述抑制剂。
在任何前述实施方案中，可以口服施用CPI-1205。在任何前述实施方案中，可以口服施用他泽司他。在任何前述实施方案中，可以口服施用伐美妥司他。在任何前述实施方案中，可以静脉内施用GSK126。
在一些实施方案中，以一个或多个分剂量(如2、3或4个剂量)或以单一配制品施用剂量(如日剂量)。可以单独地、在存在药学上可接受的载体的情况下、或者在存在其他治疗剂的情况下施用所述抑制剂。
本领域技术人员将认识到，例如根据特定药剂和施用途径，可以使用更高或更低剂量的所述抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂可以单独施用或以药物组合物的形式施用，其中所述化合物处于与一种或多种药学上可接受的载体、赋形剂或稀释剂的掺合物或混合物中。在一些实施方案中，所述抑制剂可以全身性施用或者局部施用至要治疗的器官或组织。示例性施用途径包括但不限于外用、注射(如皮下、肌肉内、皮内、腹膜内、肿瘤内和静脉内)、口服、舌下、经直肠、透皮、鼻内、经阴道和吸入途径。在一些实施方案中，所述施用途径是口服、肠胃外、经直肠、经鼻、外用或眼部途径，或者通过吸入。在一些实施方案中，口服施用所述抑制剂。在一些实施方案中，以固体剂型(如胶囊剂、片剂和散剂)或以液体剂型(如酏剂、糖浆剂和混悬剂)口服施用所述抑制剂。
一旦患者的疾病得到改善，便可以调整剂量用于预防或维持治疗。例如，施用剂量或频率或两者可以根据症状减少至维持所需治疗或预防效果的水平。如果症状已经缓解到适当的水平，可以停止治疗。然而，在任何症状复发后，患者可能需要长期间歇治疗。患者可能还需要长期慢性治疗。
B.免疫疗法或细胞疗法的施用
在本文提供的方法、组合物、组合、试剂盒和用途的一些实施方案中，所述组合疗法包括向受试者施用疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)。在一些实施方案中，所述疗法是T细胞疗法(例如表达CAR的T细胞)或T细胞接合疗法。可以在施用如所述的EZH2的一种或多种抑制剂之前、之后、同时施用此类疗法。
1.T细胞接合疗法
在一些实施方案中，所述免疫疗法是或包括T细胞接合疗法，所述T细胞接合疗法是或包含能够结合T细胞上表达的表面分子的结合分子。在一些实施方案中，所述表面分子是T细胞的激活组分，如T细胞受体复合物的组分。在一些实施方案中，所述表面分子是CD3或者是CD2。在一些实施方案中，所述T细胞接合疗法是或包含抗体或抗原结合片段。
在一些实施方案中，所述T细胞接合疗法是双特异性抗体，其含有与T细胞的激活组分(例如，T细胞表面分子，例如CD3或CD2)结合的至少一个抗原结合结构域以及与靶细胞上的表面抗原(如肿瘤或癌细胞上的表面抗原，例如如本文所述的所列出抗原中的任一种，例如CD19)结合的至少一个抗原结合结构域。在一些实施方案中，这种抗体与其两个靶标的同时或几乎同时结合可以导致靶细胞与T细胞之间的短暂相互作用，从而导致所述T细胞的激活(例如细胞毒性活性)和随后所述靶细胞的裂解。
在一些实施方案中，双特异性T细胞接合器(BiTE)与所提供的方法、用途、制品结合使用。在一些实施方案中，双特异性T细胞接合器对两种特定抗原(或标记或配体)具有特异性。在一些实施方案中，所述抗原在特定类型的细胞的表面上表达。在特定实施方案中，第一抗原与免疫细胞或工程化免疫细胞相关，并且第二抗原与特定疾病或病症(如癌症)的靶细胞相关。
产生双特异性T细胞接合器的多种方法是已知的，包括两种不同杂交瘤的融合(Milstein和Cuello,Nature 1983；305:537--540)，以及经由异双功能交联剂的化学栓系(Staerz等人Nature 1985；314:628-631)。示例性双特异性抗体T细胞接合分子包括含有以下的那些：通过柔性接头融合的串联scFv分子(参见例如，Nagorsen和Bauerle,Exp CellRes317,1255-1260(2011))；经由例如柔性接头彼此融合的串联scFv分子，并且其还含有由能够稳定缔合的第一和第二亚基构成的Fc结构域(WO 2013026837)；双抗体及其衍生物，包括串联双抗体(Holliger等人,Prot Eng 9,299-305(1996)；Kipriyanov等人,J Mol Biol293,41-66(1999))；双亲和重靶向(DART)分子，其可以包括具有C末端二硫桥的双抗体形式；或者包括完整的杂合小鼠/大鼠IgG分子的三功能抗体(triomab)(Seimetz等人,CancerTreat Rev 36,458-467(2010))。
在某些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器是由多肽构建体编码的分子。在某些实施方案中，所述多肽构建体含有第一组分，所述第一组分包含结合免疫细胞或工程化免疫细胞的激活部分的抗原结合结构域；以及第二组分，所述第二组分包含结合与特定疾病或病症(例如癌症)相关的表面抗原(例如靶标或肿瘤相关抗原(TAA))的抗原结合结构域。在一些实施方案中，所述第一组分和第二组分通过接头偶联。在一些实施方案中，所述第一组分与编码CD33信号肽的前导序列偶联。
在一些实施方案中，所述多肽是从N末端至C末端含有以下的构建体：第一组分，所述第一组分包含结合T细胞的激活部分的抗原结合结构域；肽接头；以及第二组分，所述第二组分包含结合与疾病或病症(例如癌症)相关的表面抗原(例如靶标或肿瘤相关抗原(TAA))的抗原结合结构域。
在一些方面，所述T细胞的激活组分是T细胞表面分子，如CD3或CD2。在一些实施方案中，所述靶细胞的表面抗原是肿瘤相关抗原(TAA)。在一些方面，所述TAA含有一个或多个表位。在一些实施方案中，所述肽接头是或包含可切割肽接头。
在一些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器的第一组分的抗原结合结构域在肿瘤周围接合内源免疫细胞上的受体。在一些实施方案中，所述内源免疫细胞是T细胞。在一些方面，所述内源T细胞受体的接合将所述内源T细胞重定向至所述肿瘤。在一些方面，所述内源T细胞受体的接合将肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)募集至所述肿瘤。在一些方面，所述内源T细胞受体的接合激活内源免疫库。
在一些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器与其两个靶标(例如免疫细胞和TAA)的同时或几乎同时结合可以导致靶细胞与T细胞之间的短暂相互作用，从而导致T细胞的激活(例如细胞毒性活性、细胞因子释放)和随后的靶细胞裂解。
在一些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器的第一组分是或包含结合T细胞的激活组分的抗原结合结构域。在一些实施方案中，所述T细胞的激活组分是表面分子。在一些实施方案中，所述表面分子是或包含T细胞抗原。示例性T细胞抗原包括但不限于CD2、CD3、CD4、CD5、CD6、CD8、CD25、CD28、CD30、CD40、CD44、CD45、CD69和CD90。在一些方面，双特异性T细胞接合分子与T细胞抗原的结合刺激和/或激活所述T细胞。
在一些实施方案中，所述抗T细胞结合结构域包括选自以下的抗体或其抗原结合片段：Fab片段、F(ab')2片段、Fv片段、scFv、scAb、dAb、单结构域重链抗体和单结构域轻链抗体。
在一些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器上的T细胞结合结构域是抗CD3。在一些方面，所述抗CD3结构域是scFv。在一些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器的抗CD3结构域与T细胞上的受体上的CD3复合物的亚基结合。在一些方面，所述受体位于内源T细胞上。在一些实施方案中，所述受体位于工程化免疫细胞上，所述工程化免疫细胞还表达重组受体。T细胞的CD3接合的作用是本领域中熟知的，并且包括但不限于T细胞激活和其他下游细胞信号传导。此类双特异性T细胞接合器中的任一种可以用于本文提供的公开文本中。
在一些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器的第二组分是肿瘤或癌症抗原，所述第二组分包含结合与疾病或病症相关的表面抗原的抗原结合结构域。在一些实施方案中，由所述双特异性T细胞接合器靶向的抗原包括在要通过过继细胞疗法靶向的疾病、病症或细胞类型的情况下表达的那些抗原。所述疾病和病症包括增殖性、肿瘤性和恶性疾病和障碍，包括癌症和肿瘤，包括血液癌症、免疫系统癌症，如淋巴瘤、白血病和/或骨髓瘤，如B型白血病、T型白血病和髓性白血病、淋巴瘤和多发性骨髓瘤。
在一些实施方案中，所述抗原包括αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C-C基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、截短的表皮生长因子蛋白(tEGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFRvIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样蛋白5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(GPC3)、G蛋白偶联受体5D(GPCR5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-A1)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Rα)、IL-13受体α2(IL-13Rα2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、Lewis Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、间皮素(MSLN)、c-Met、鼠巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、酪氨酸酶相关蛋白1(TRP1，也称为TYRP1或gp75)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP2，也称为多巴色素互变异构酶、多巴色素δ异构酶或DCT)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT-1)、病原体特异性或病原体表达抗原、或与通用标签相关的抗原，和/或生物素化分子，和/或由HIV、HCV、HBV或其他病原体表达的分子。在一些实施方案中，由所述受体靶向的抗原包括与B细胞恶性肿瘤相关的抗原，如许多已知B细胞标记中的任一种。在一些实施方案中，所述抗原是或包括CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。在一些实施方案中，所述抗原是CD19。
在一些实施方案中，两个抗原结合结构域(包括第一抗原结合结构域和第二抗原结合结构域)包含抗体或抗原结合片段。
本文中的术语“抗体”在最广泛的意义上使用，并且包括多克隆和单克隆抗体，包括完整抗体和功能性(抗原结合)抗体片段，包括片段抗原结合(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重组IgG(rIgG)片段、能够特异性地结合抗原的可变重链(VH)区、单链抗体片段(包括单链可变片段(scFv))以及单结构域抗体(例如，sdAb、sdFv)或片段。所述术语涵盖免疫球蛋白的基因工程化的和/或以其他方式修饰的形式，如胞内抗体、肽体、嵌合抗体、完全人抗体、人源化抗体和异缀合抗体、多特异性(例如，双特异性)抗体、双抗体、三抗体和四抗体、串联二-scFv、串联三-scFv。除非另有说明，否则术语“抗体”应当理解为涵盖其功能性抗体片段。所述术语还涵盖完整或全长抗体，包括任何类别或亚类(包括IgG及其亚类、IgM、IgE、IgA和IgD)的抗体。
在一些实施方案中，所述抗原结合蛋白、抗体及其抗原结合片段特异性地识别全长抗体的抗原。在一些实施方案中，抗体的重链和轻链可以是全长的或者可以是抗原结合部分(Fab、F(ab')2、Fv或单链Fv片段(scFv))。在其他实施方案中，所述抗体重链恒定区选自例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgD和IgE，特别是选自例如IgG1、IgG2、IgG3和IgG4，更特别是IgG1(例如，人IgG1)。在另一个实施方案中，所述抗体轻链恒定区选自例如κ或λ，特别是κ。
所提供的抗体包括抗体片段。“抗体片段”是指不同于完整抗体的分子，其包含完整抗体中结合完整抗体所结合抗原的一部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；双抗体；线性抗体；可变重链(VH)区、单链抗体分子(如scFv)和单结构域VH单一抗体；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。在特定实施方案中，所述抗体是包含可变重链区和/或可变轻链区的单链抗体片段，如scFv。
术语“可变区”或“可变结构域”是指抗体重链或轻链中参与抗体与抗原的结合的结构域。天然抗体的重链和轻链的可变结构域(分别为VH和VL)通常具有相似的结构，每个结构域包含四个保守的框架区(FR)和三个CDR。(参见例如，Kindt等人Kuby Immunology,第6版,W.H.Freeman and Co.,第91页(2007))。单一VH或VL结构域可能足以赋予抗原结合特异性。此外，可以使用来自结合抗原的抗体的VH或VL结构域分离结合所述特定抗原的抗体，以分别筛选互补的VL或VH结构域的文库。参见例如，Portolano等人,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等人,Nature 352:624-628(1991)。
单结构域抗体(sdAb)是包含抗体的重链可变结构域的全部或一部分或轻链可变结构域的全部或一部分的抗体片段。在某些实施方案中，单结构域抗体是人单结构域抗体。在一些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器包含特异性地结合抗原的抗体重链结构域，所述抗原如癌症标记或要靶向的细胞或疾病(如肿瘤细胞或癌细胞)的细胞表面抗原，如本文所述或已知的任何靶抗原。示例性的单结构域抗体包括sdFv、纳米抗体、VHH或VNAR。
抗体片段可以通过各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及通过重组宿主细胞产生。在一些实施方案中，所述抗体是重组产生的片段，如包含天然不存在的排列的片段(如具有通过合成接头(例如，肽接头)连接的两个或更多个抗体区域或链的那些)，和/或可能并非通过天然存在的完整抗体的酶消化产生的片段。在一些实施方案中，所述抗体片段是scFv。
“人源化”抗体是如下抗体，其中所有或基本上所有CDR氨基酸残基都源自非人CDR并且所有或基本上所有FR氨基酸残基都源自人FR。人源化抗体任选地可以包括源自人抗体的抗体恒定区的至少一部分。非人抗体的“人源化形式”是指非人抗体的变体，其已经经历人源化以通常降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。在一些实施方案中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，CDR残基所来源的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
在某些实施方案中，所述抗原结合结构域是单链可变片段(scFv)。在一些实施方案中，所述scFv是含有重链和轻链的串联scFv。在一些实施方案中，所述重链和轻链通过肽接头来连接。在一些实施方案中，所述接头主要由丝氨酸和甘氨酸构成。在一些方面，所述重链与所述轻链的连接形成单一多肽抗原结合结构域。
在某些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器的第一抗原结合结构域是抗CD3scFv。在某些实施方案中，所述双特异性T细胞接合器的第二抗原结合结构域是抗CD19scFv。
在一些方面，所述双特异性T细胞接合器多肽构建体含有接头，所述接头接合第一组分与第二部分，所述第一部分包含结合T细胞的激活部分的抗原结合结构域，所述第二组分包含结合与特定疾病或病症相关的表面抗原(例如靶标或肿瘤相关抗原(TAA))的抗原结合结构域。在一些方面，所述接头是短接头、中等接头或长接头。
在一些实施方案中，所述接头是可切割肽接头。在一些方面，所述可切割接头包括作为蛋白酶底物的序列。在一些实施方案中，所述序列包含可以在体内条件下断裂的键。在一些情况下，所述接头序列由生理环境中存在的蛋白酶选择性裂解。在一些方面，所述环境与肿瘤微环境是分离的。在一些实施方案中，所述蛋白酶发现于肿瘤周围。
在一些实施方案中，所述选择性可切割接头由如下蛋白酶切割，所述蛋白酶是由不与肿瘤共定位的细胞产生的。在一些实施方案中，所述选择性可切割接头不被在肿瘤微环境附近的蛋白酶切割。在一些实施方案中，所述蛋白酶裂解所述接头使所述双特异性T细胞接合分子失活。在一些实施方案中，所述蛋白酶发现于受试者的循环血液中。在一些实施方案中，所述蛋白酶是内在或外在凝血途径的一部分。在一些方面，所述蛋白酶是丝氨酸蛋白酶。在一些方面，所述蛋白酶包括但不限于凝血酶、因子X、因子XI、因子XII和纤溶酶。
此类示例性双特异性抗体T细胞接合器包括双特异性T细胞接合器(BiTE)分子，其含有通过柔性接头融合的串联scFv分子(参见例如，Nagorsen和Bauerle,Exp CellRes317,1255-1260(2011))、通过例如柔性接头彼此融合的串联scFv分子，并且还含有由能够稳定缔合的第一和第二亚基组成的Fc结构域(WO 2013026837)；双抗体及其衍生物，包括串联双抗体(Holliger等人,Prot Eng 9,299-305(1996)；Kipriyanov等人,J Mol Biol293,41-66(1999))；双亲和重靶向(DART)分子，其可以包括具有C末端二硫桥的双抗体形式；或者包括完整的杂交体小鼠/大鼠IgG分子的三功能单抗(Seimetz等人,Cancer TreatRev 36,458-467(2010))。在一些实施方案中，所述T细胞接合疗法是博纳吐单抗或AMG330。任何此类T细胞接合器可以用于所提供的方法中。
所述免疫系统刺激剂和/或所述T细胞接合疗法可以通过任何合适的方式来施用，例如，通过推注输注，通过注射，例如静脉内或皮下注射、眼内注射、眼周注射、视网膜下注射、玻璃体内注射、经中隔注射、巩膜下注射、脉络膜内注射、前房注射、结膜下注射、结膜下注射、眼球筋膜囊下注射、眼球后注射、眼球周注射或后近巩膜递送。在一些实施方案中，通过以下方式来施用所述免疫疗法：肠胃外、肺内和鼻内，并且，如果局部治疗需要，则进行病灶内施用。肠胃外输注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内、胸腔内、颅内或皮下施用。
在某些实施方案中，施用一个或多个剂量的T细胞接合疗法。在特定实施方案中，施用在或在约0.001μg与约5,000μg之间(包含端值)的所述T细胞接合疗法。在特定实施方案中，施用在或在约0.001μg与1,000μg之间、0.001μg至1μg之间、0.01μg至1μg之间、0.1μg至10μg之间、0.01μg至1μg之间、0.1μg与5μg之间、0.1μg与50μg之间、1μg与100μg之间、10μg与100μg之间、50μg与500μg之间、100μg与1,000μg之间、1,000μg与2,000μg之间、或2,000μg与5,000μg之间的所述T细胞接合疗法。在一些实施方案中，所述T细胞接合疗法的剂量是或包括在或在约0.01μg/kg与100mg/kg之间、0.1μg/kg与10μg/kg之间、10μg/kg与50μg/kg之间、50μg/kg与100μg/kg之间、0.1mg/kg与1mg/kg之间、1mg/kg与10mg/kg之间、10mg/kg与100mg/kg之间、100mg/kg与500mg/kg之间、200mg/kg与300mg/kg之间、100mg/kg与250mg/kg之间、200mg/kg与400mg/kg之间、250mg/kg与500mg/kg之间、250mg/kg与750mg/kg之间、50mg/kg与750mg/kg之间、1mg/kg与10mg/kg之间、或100mg/kg与1,000mg/kg之间，每个数值都包含端值。在一些实施方案中，所述T细胞接合疗法的剂量为至少或至少约或者为或为约0.1μg/kg、0.5μg/kg、1μg/kg、5μg/kg、10μg/kg、20μg/kg、30μg/kg、40μg/kg、50μg/kg、60μg/kg、70μg/kg、80μg/kg、90μg/kg、0.1mg/kg、0.5mg/kg、1mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg、50mg/kg、55mg/kg、60mg/kg、65mg/kg、70mg/kg、75mg/kg、80mg/kg、85mg/kg、90mg/kg、95mg/kg、100mg/kg、200mg/kg、300mg/kg、400mg/kg、500mg/kg、600mg/kg、700mg/kg、800mg/kg、900mg/kg、或1,000mg/kg。在特定实施方案中，按以下方式来施用所述T细胞接合疗法：口服、静脉内、腹膜内、经皮、鞘内、肌内、鼻内、经粘膜、皮下或经直肠。
2.细胞疗法
在一些实施方案中，所述疗法是基于细胞的疗法，是或包括施用靶向在病灶(如肿瘤或癌症)表面上表达的分子的细胞，如免疫细胞，例如T细胞。在一些方面，所述细胞疗法是肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)疗法、自然杀伤(NK)细胞疗法、转基因TCR疗法或表达重组受体的细胞疗法(任选地是T细胞疗法，任选地是表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞疗法)。在一些实施方案中，所述T细胞疗法包括施用被工程化以表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。在一些方面，所述T细胞疗法是过继T细胞疗法，其包含特异性识别和/或靶向与癌症相关的抗原(如与B细胞恶性肿瘤(例如慢性淋巴细胞白血病(CLL)或非霍奇金淋巴瘤(NHL)或其亚型)相关的抗原)的T细胞。在一些方面，所述T细胞疗法包含用嵌合抗原受体(CAR)工程化的T细胞，所述嵌合抗原受体包含与抗原结合(如特异性地结合)的抗原结合结构域。在一些情况下，由所述T细胞疗法靶向的抗原是CD19。
在一些实施方案中，所述免疫细胞表达T细胞受体(TCR)或其他抗原结合受体。在一些实施方案中，所述免疫细胞表达重组受体，如转基因TCR或嵌合抗原受体(CAR)。在一些实施方案中，所述细胞对于所述受试者是自体的。在一些实施方案中，所述细胞对于所述受试者是同种异体的。用于所提供的方法中的示例性的此类细胞疗法(例如T细胞疗法)描述于下文中。
在一些实施方案中，所提供的细胞表达和/或被工程化以表达受体，如重组受体，包括含有配体结合结构域或其结合片段的那些受体；和T细胞受体(TCR)及其组分；和/或功能性非TCR抗原受体，如嵌合抗原受体(CAR)。在一些实施方案中，所述重组受体含有特异性地结合抗原的细胞外配体结合结构域。在一些实施方案中，所述重组受体是CAR，其含有特异性地结合抗原的细胞外抗原识别结构域。在一些实施方案中，所述配体(如抗原)是在细胞表面上表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述CAR是TCR样CAR，并且所述抗原是加工过的肽抗原，如细胞内蛋白的肽抗原，其与TCR一样在主要组织相容性复合物(MHC)分子的背景下在细胞表面上被识别。
在一些实施方案中，用于所提供的方法中或与所提供的方法结合施用的细胞含有或被工程化以含有工程化受体，例如工程化抗原受体(如嵌合抗原受体(CAR))或T细胞受体(TCR)。所述组合物包括用于施用(如用于过继细胞疗法)的药物组合物和配制品。还提供了用于根据所提供的方法和/或用所提供的制品或组合物向受试者(例如患者)施用所述细胞和组合物的治疗方法。
所述工程化细胞(包括含有重组受体的工程化细胞)描述于下文章节II中。示例性重组受体(包括CAR和重组TCR)以及将所述受体工程化并引入细胞中的方法包括例如以下文献中所述的那些：国际专利申请公开号WO 200014257、WO 2013126726、WO 2012/129514、WO 2014031687、WO 2013/166321、WO 2013/071154、WO 2013/123061，美国专利申请公开号US 2002131960、US 2013287748、US 20130149337，美国专利号6,451,995、7,446,190、8,252,592、8,339,645、8,398,282、7,446,179、6,410,319、7,070,995、7,265,209、7,354,762、7,446,191、8,324,353和8,479,118，以及欧洲专利申请号EP2537416；和/或以下文献中所述的那些：Sadelain等人，Cancer Discov.2013年4月；3(4):388–398；Davila等人(2013)PLoS ONE 8(4):e61338；Turtle等人,Curr.Opin.Immunol.,2012年10月；24(5):633-39；Wu等人,Cancer,2012年3月18(2):160-75。在一些方面，所述基因工程化抗原受体包括CAR，如美国专利号7,446,190中所述的，以及国际专利申请公开号WO/2014055668A1中所述的那些。
用于过继细胞疗法的细胞的施用或使用方法是已知的，并且可以与所提供的方法、组合物和制品以及试剂盒组合使用。例如，过继T细胞治疗方法描述于例如Gruenberg等人的美国专利申请公开号2003/0170238；Rosenberg的美国专利号4,690,915；Rosenberg(2011)Nat Rev Clin Oncol.8(10):577-85。参见例如，Themeli等人(2013)NatBiotechnol.31(10):928-933；Tsukahara等人(2013)Biochem Biophys Res Commun 438(1):84-9；Davila等人(2013)PLoS ONE 8(4):e61338。
在一些实施方案中，所述细胞疗法(例如过继T细胞疗法)通过自体转移进行，其中从接受所述细胞疗法的受试者或从源自这个受试者的样品分离和/或以其他方式制备所述细胞。因此，在一些方面，所述细胞源自需要治疗的受试者(例如患者)，并且在分离和加工后向同一受试者施用所述细胞。
在一些实施方案中，所述细胞疗法(例如过继T细胞疗法)通过同种异体转移进行，其中从将要接受或最终接受所述细胞疗法的受试者以外的受试者(例如第一受试者)分离和/或以其他方式制备所述细胞。在这样的实施方案中，然后向相同物种的不同受试者(例如第二受试者)施用所述细胞。在一些实施方案中，第一和第二受试者在遗传上是相同的。在一些实施方案中，第一和第二受试者在遗传上是相似的。在一些实施方案中，第二受试者与第一受试者表达相同的HLA类别或超类型。
所述T细胞疗法的细胞可以在配制用于施用的组合物中施用，或可替代地在配制用于单独施用的多于一种组合物(例如两种组合物)中施用。所述一个或多个剂量的细胞可以包括特定数量或相对数量的细胞或所述工程化细胞，和/或限定比率的所述组合物内两种或更多种亚型(如CD4与CD8 T细胞)或其组合物。
可以通过任何合适的方式施用所述细胞。按用于实现治疗效果(如降低肿瘤负荷)的给药方案施用所述细胞。给药和施用可以部分取决于施用所述EZH2的抑制剂的时间表，所述抑制剂可以在开始施用所述细胞疗法(如T细胞疗法，例如CAR T细胞疗法)之前、之后和/或同时施用。所述细胞疗法的各种给药时间表包括但不限于在不同时间点单次或多次施用、推注施用和脉冲输注。
a.组合物和配制品
在一些实施方案中，所述剂量的细胞疗法(如T细胞疗法，其包含用重组抗原受体(例如CAR或TCR)工程化的细胞)的细胞是作为组合物或配制品(如药物组合物或配制品)来提供。此类组合物可以根据所提供的方法使用和/或与所提供的制品或组合物一起使用，如用于B细胞恶性肿瘤的治疗中。
术语“药物配制品”是指如下制剂，其呈使得其中所含活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对施用配制品的受试者具有不可接受的毒性的另外的组分。
“药学上可接受的载体”是指药物配制品中除了活性成分之外对受试者无毒的成分。药学上可接受的载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
在一些实施方案中，所述细胞疗法(如工程化T细胞，例如CAR T细胞)是用药学上可接受的载体来配制。在一些方面，载体的选择部分取决于特定细胞或药剂和/或取决于施用方法。因此，存在多种合适的配制品。例如，药物组合物可以含有防腐剂。合适的防腐剂可以包括例如对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸钠和苯扎氯铵。在一些方面，使用两种或更多种防腐剂的混合物。防腐剂或其混合物通常以总组合物重量的约0.0001％至约2％的量存在。载体描述于例如以下文献中：Remington’s Pharmaceutical Sciences第16版,Osol,A.编辑(1980)。药学上可接受的载体在所用的剂量和浓度下通常对接受者无毒，并且包括但不限于：缓冲剂，如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(如十八烷基二甲基苄基氯化铵；六甲氯铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；烷基对羟基苯甲酸酯，如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，如EDTA；糖类，如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐抗衡离子，如钠；金属络合物(例如锌-蛋白质络合物)；和/或非离子表面活性剂，如聚乙二醇(PEG)。
在一些方面，在组合物中包括缓冲剂。合适的缓冲剂包括例如柠檬酸、柠檬酸钠、磷酸、磷酸钾以及各种其他酸和盐。在一些方面，使用两种或更多种缓冲剂的混合物。缓冲剂或其混合物通常以总组合物重量的约0.001％至约4％的量存在。用于制备可施用的药物组合物的方法是已知的。示例性方法更详细地描述于例如以下文献中：Remington:TheScience and Practice of Pharmacy,Lippincott Williams&Wilkins；第21版(2005年5月1日)。
所述配制品可以包括水溶液。所述配制品或组合物还可以含有可用于用细胞或药剂治疗的特定适应症、疾病或病症的超过一种活性成分，其中各自的活性彼此没有不利影响。此类活性成分以对于既定目的有效的量以合适的方式组合存在。因此，在一些实施方案中，所述药物组合物还包括其他药学活性剂或药物，如化学治疗剂，例如天冬酰胺酶、白消安、卡铂、顺铂、柔红霉素、多柔比星、氟尿嘧啶、吉西他滨、羟基脲、甲氨蝶呤、紫杉醇、利妥昔单抗、长春碱、长春新碱等。
在一些实施方案中，所述药物组合物含有有效治疗所述疾病或病症的量(如治疗有效量或预防有效量)的细胞。在一些实施方案中，通过定期评估所治疗的受试者来监测治疗功效。对于数天或更长时间的重复施用，根据病症，重复所述治疗直至出现所需疾病症状的抑制。然而，其他给药方案可能有用并且可以被确定。所需剂量可以通过单次推注施用组合物、通过多次推注施用组合物或通过连续输注施用组合物来递送。
可以使用标准施用技术、配制品和/或装置来施用所述细胞。提供用于组合物的储存和施用的配制品和装置，如注射器和小瓶。关于细胞，施用可以是自体的或异源的。例如，免疫反应细胞或祖细胞可以从一名受试者获得，并且将其施用至同一受试者或不同的相容受试者。外周血衍生的免疫反应细胞或其后代(例如，体内、离体或体外衍生的)可以经由局部注射施用，包括导管施用、全身注射、局部注射、静脉内注射或肠胃外施用。在施用治疗性组合物(例如，含有遗传修饰的免疫反应细胞的药物组合物)时，通常将其配制成单位剂量可注射形式(溶液、悬浮液、乳液)。
配制品包括用于口服、静脉内、腹膜内、皮下、经肺、透皮、肌内、鼻内、经颊、舌下或栓剂施用的那些。在一些实施方案中，肠胃外施用所述药剂或细胞群。如本文所用的术语“肠胃外”包括静脉内、肌内、皮下、直肠、阴道和腹膜内施用。在一些实施方案中，使用通过静脉内、腹膜内或皮下注射的外周全身递送向受试者施用所述药剂或细胞群。
在一些实施方案中，组合物作为无菌液体制剂提供，例如等渗水溶液、悬浮液、乳液、分散体或粘性组合物，在一些方面可以将其缓冲至选择的pH。液体制剂一般比凝胶、其他粘性组合物和固体组合物更易于制备。另外，液体组合物稍微更方便施用，特别是通过注射。另一方面，粘性组合物可以在适当的粘度范围内配制，以提供与特定组织的更长的接触时间。液体或粘性组合物可以包含载体，所述载体可以是溶剂或分散介质，所述溶剂或分散介质含有例如水、盐水、磷酸盐缓冲盐水、多元醇(例如，甘油、丙二醇、液体聚乙二醇)及其合适的混合物。
无菌可注射溶液可以通过在溶剂中掺入细胞来制备，所述溶剂如与合适的载体、稀释剂或赋形剂(如无菌水、生理盐水、葡萄糖、右旋糖等)混合。
用于体内施用的配制品通常是无菌的。可以例如通过经无菌滤膜过滤容易地实现无菌性。
b.给药
所述细胞可以通过任何合适的方式来施用，例如通过推注输注，通过注射，例如静脉内或皮下注射、眼内注射、眼周注射、视网膜下注射、玻璃体内注射、经中隔注射、巩膜下注射、脉络膜内注射、前房内注射、结膜下注射、结膜下注射、眼球筋膜囊下注射、眼球后注射、眼球周注射或后近巩膜递送。在一些实施方案中，将它们通过肠胃外、肺内和鼻内以及(如果局部治疗需要)病灶内施用来施用。肠胃外输注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。在一些实施方案中，给定剂量通过细胞的单次推注施用来施用。在一些实施方案中，给定剂量通过例如在不超过3天的时间段内细胞的多次推注施用，或通过细胞的连续输注施用来施用。在一些实施方案中，细胞剂量或任何其他疗法(例如，淋巴细胞清除疗法、干预疗法和/或组合疗法)的施用是经由门诊递送进行的。
对于疾病的治疗，适当的剂量可以取决于要治疗的疾病类型、细胞或重组受体的类型、疾病的严重程度和病程、先前疗法、受试者的临床病史和对细胞的反应以及主治医师的决断。在一些实施方案中，以合适的方式一次或在一系列治疗中向受试者施用所述组合物和细胞。
在一些实施方案中，根据所提供的方法和/或用所提供的制品或组合物向受试者施用一定剂量的细胞。在一些实施方案中，根据受试者的特定疾病或病症(例如癌症，例如B细胞恶性肿瘤)确定剂量的大小或时间安排。在一些情况下，可以根据所提供的描述凭经验确定用于特定疾病的剂量的大小或时间安排。
在一些实施方案中，所述剂量的细胞包含在为或约2x105个细胞/kg与为或约2x106个细胞/kg之间，如在为或约4x105个细胞/kg与为或约1x106个细胞/kg之间或者在为或约6x105个细胞/kg与为或约8x105个细胞/kg之间。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包含不超过2x105个细胞(例如表达抗原的细胞，如表达CAR的细胞)/公斤受试者体重(细胞/kg)，如不超过或不超过约3x105个细胞/kg、不超过或不超过约4x105个细胞/kg、不超过或不超过约5x105个细胞/kg、不超过或不超过约6x105个细胞/kg、不超过或不超过约7x105个细胞/kg、不超过或不超过约8x105个细胞/kg、不超过或不超过约9x105个细胞/kg、不超过或不超过约1x106个细胞/kg、或不超过或不超过约2x106个细胞/kg。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包含至少或至少约或为或约2x105个细胞(例如，表达抗原的细胞，如表达CAR的细胞)/公斤受试者体重(细胞/kg)，如至少或至少约或为或约3x105个细胞/kg、至少或至少约或为或约4x105个细胞/kg、至少或至少约或为或约5x105个细胞/kg、至少或至少约或为或约6x105个细胞/kg、至少或至少约或为或约7x105个细胞/kg、至少或至少约或为或约8x105个细胞/kg、至少或至少约或为或约9x105个细胞/kg、至少或至少约或为或约1x106个细胞/kg、或至少或至少约或为或约2x106个细胞/kg。
在某些实施方案中，向受试者施用以下范围内的细胞或细胞的亚型的单独群体：为或约一百万至为或约1000亿个细胞和/或所述量的细胞/公斤体重，如例如100万至为或约500亿个细胞(例如为或约500万个细胞、为或约2500万个细胞、为或约50000万个细胞、为或约10亿个细胞、为或约50亿个细胞、为或约200亿个细胞、为或约300亿个细胞、为或约400亿个细胞或任何两个前述值所定义的范围)、为或约100万至为或约500亿个细胞(例如为或约500万个细胞、为或约2500万个细胞、为或约50000万个细胞、为或约10亿个细胞、为或约50亿个细胞、为或约200亿个细胞、为或约300亿个细胞、为或约400亿个细胞或任何两个前述值所定义的范围)，如为或约1000万至为或约1000亿个细胞(例如为或约2000万个细胞、为或约3000万个细胞、为或约4000万个细胞、为或约6000万个细胞、为或约7000万个细胞、为或约8000万个细胞、为或约9000万个细胞、为或约100亿个细胞、为或约250亿个细胞、为或约500亿个细胞、为或约750亿个细胞、为或约900亿个细胞或任何两个前述值所定义的范围)，并且在一些情况下，为或约10000万个细胞至为或约500亿个细胞(例如为或约12000万个细胞、为或约25000万个细胞、为或约35000万个细胞、为或约45000万个细胞、为或约65000万个细胞、为或约80000万个细胞、为或约90000万个细胞、为或约30亿个细胞、为或约300亿个细胞、为或约450亿个细胞)或在这些范围和/或每公斤体重的这些范围之间的任何值。剂量可以根据疾病或障碍和/或患者和/或其他治疗特有的属性而变化。
在一些实施方案中，所述剂量的细胞包含从为或约1x105至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约1x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约5x106个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约2.5x106个总CAR表达T细胞、从为或约1x105至为或约1x106个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约1x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约5x106个总CAR表达T细胞、从为或约1x106至为或约2.5x106个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约1x107个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x106至为或约5x106个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约5x106至为或约1x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约1x107至为或约2.5x107个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x107至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x107至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x107至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x107至为或约5x107个总CAR表达T细胞、从为或约5x107至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x107至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约5x107至为或约1x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x108至为或约5x108个总CAR表达T细胞、从为或约1x108至为或约2.5x108个总CAR表达T细胞、从为或约2.5x108至为或约5x108个总CAR表达T细胞。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包含约1x108个表达CAR的细胞。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包含约5x107个表达CAR的细胞。
在一些实施方案中，所述剂量的细胞包含至少或至少约1x105个表达CAR的细胞、至少或至少约2.5x105个表达CAR的细胞、至少或至少约5x105个表达CAR的细胞、至少或至少约1x106个表达CAR的细胞、至少或至少约2.5x106个表达CAR的细胞、至少或至少约5x106个表达CAR的细胞、至少或至少约1x107个表达CAR的细胞、至少或至少约2.5x107个表达CAR的细胞、至少或至少约5x107个表达CAR的细胞、至少或至少约1x108个表达CAR的细胞、至少或至少约2.5x108个表达CAR的细胞、或至少或至少约5x108个表达CAR的细胞。
在一些实施方案中，所述剂量的细胞是细胞的平剂量或细胞的固定剂量，使得所述剂量的细胞不依赖于或基于受试者的体表面积或体重。
在一些实施方案中，例如，在受试者是人的情况下，所述剂量包括少于为或约5x108个总重组受体(例如CAR)表达细胞、T细胞或外周血单个核细胞(PBMC)，例如在为或约1x106至为或约5x108个此类细胞的范围内，如为或约2x106、5x106、1x107、5x107、1x108、2x108、3x108、4x108或5x108个总此类细胞，或任何两个前述值之间的范围内。在一些实施方案中，在受试者是人的情况下，所述剂量包括在为或约1x106个与为或3x108个之间的总重组受体(例如CAR)表达细胞，例如在为或约1x107至为或约2x108个此类细胞的范围内，如为或约1x107、5x107、1x108或1.5x108个总此类细胞，或任何两个前述值之间的范围内。在一些实施方案中，向患者施用多个剂量，并且每个剂量或总剂量可以在任何前述值内。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包括施用从为或约1x105至为或约5x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、从为或约1x105至为或约1x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、从为或约5x105至为或约1x107个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞、或从为或约1x106至为或约1x107个总重组受体(例如CAR)表达T细胞或总T细胞，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包括施用约1x108个总重组受体(例如CAR)表达T细胞。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包括施用约5x107个总重组受体(例如CAR)表达T细胞。
在一些实施方案中，所述剂量的T细胞包括CD4+T细胞、CD8+T细胞或CD4+和CD8+T细胞。
在一些实施方案中，例如，在受试者是人的情况下，所述剂量(包括在包括CD4+和CD8+T细胞的剂量中)的CD8+T细胞包括在为或约1x106与为或约1x108个之间的总重组受体(例如CAR)表达CD8+细胞，例如在为或约5x106至为或约1x108个此类细胞的范围内，此类细胞为或约1x107、2.5x107、5x107、7.5x107、1x108、1.5x108、或5x108个总此类细胞，或任何两个前述值之间的范围内。在一些实施方案中，例如，在受试者是人的情况下，所述剂量(包括在包括CD4+和CD8+T细胞的剂量中)的CD8+T细胞包括约5x107个总重组受体(例如CAR)表达CD8+细胞。在一些实施方案中，向患者施用多个剂量，并且每个剂量或总剂量可以在任何前述值内。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包括施用从为或约1x107至为或约0.75x108个总重组受体表达CD8+T细胞、从为或约1x107至为或约2.5x107个总重组受体表达CD8+T细胞、从为或约1x107至为或约0.75x108个总重组受体表达CD8+T细胞，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包括施用为或约1x107、2.5x107、5x107、7.5x107、1x108、1.5x108、或5x108个总重组受体表达CD8+T细胞。
在一些实施方案中，例如，在受试者是人的情况下，所述剂量(包括在包括CD4+和CD8+T细胞的剂量中)的CD4+T细胞包括在为或约1x106与为或约1x108个之间的总重组受体(例如CAR)表达CD4+细胞，例如在为或约5x106至1x108个此类细胞的范围内，如为或约1x107、2.5x107、5x107、7.5x107、1x108、1.5x108、或5x108个总此类细胞，或任何两个前述值之间的范围内。在一些实施方案中，例如，在受试者是人的情况下，所述剂量(包括在包括CD4+和CD8+T细胞的剂量中)的CD4+T细胞包括约5x107个总重组受体(例如CAR)表达CD4+细胞。在一些实施方案中，向患者施用多个剂量，并且每个剂量或总剂量可以在任何前述值内。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包括施用从为或约1x107至为或约0.75x108个总重组受体表达CD4+T细胞、从为或约1x107至为或约2.5x107个总重组受体表达CD4+T细胞、从为或约1x107至为或约0.75x108个总重组受体表达CD4+T细胞，每个数值均包含端值。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包括施用为或约1x107、2.5x107、5x107 7.5x107、1x108、1.5x108、或5x108个总重组受体表达CD4+T细胞。在一些实施方案中，所述剂量的细胞包括施用为或约5x107个总重组受体表达CD4+T细胞以及为或约5x107个总重组受体表达CD8+T细胞。
在一些实施方案中，所述剂量的细胞(例如，表达重组受体的T细胞)作为单一剂量向受试者施用，或者在两周、一个月、三个月、六个月、1年或更长的时间段内仅施用一次。
在过继细胞疗法的情况下，施用给定“剂量”涵盖施用作为单一组合物和/或单次不间断施用(例如，作为单次注射或连续输注)的给定量或数量的细胞，并且还涵盖在指定时间段中(如在不超过3天中)施用在多种单独组合物或输注中提供的作为分割剂量或作为多种组合物的给定量或数量的细胞。因此，在一些情况下，所述剂量是指定数量的细胞的单次或连续施用，在单个时间点给予或开始。然而，在一些情况下，所述剂量在不超过三天的时间段内以多次注射或输注的方式施用，如每天一次持续三天或两天或者通过在一天的时间内多次输注。
因此，在一些方面，所述剂量的细胞以单一药物组合物施用。在一些实施方案中，所述剂量的细胞以共同含有所述剂量的细胞的多种组合物施用。
在一些实施方案中，术语“分割剂量”是指如下剂量，其被分割使得在超过一天的时间内施用所述剂量。这种类型的给药涵盖在本发明方法中并且被认为是单一剂量。
因此，所述剂量的细胞可以作为分割剂量施用，例如随时间施用的分割剂量。例如，在一些实施方案中，可以在2天中或在3天中向受试者施用所述剂量。用于分割给药的示例性方法包括在第一天施用25％的剂量并在第二天施用剩余75％的剂量。在其他实施方案中，可以在第一天施用33％的剂量，并且在第二天施用剩余的67％。在一些方面，在第一天施用10％的剂量，在第二天施用30％的剂量，并且在第三天施用60％的剂量。在一些实施方案中，分割剂量持续不超过3天。
在一些实施方案中，所述剂量的细胞可以通过施用多种组合物或溶液(如第一和第二，任选地更多)来施用，每种组合物或溶液含有所述剂量的一些细胞。在一些方面，任选地在某一时间段内，分开地或独立地施用各自含有不同细胞群和/或细胞亚型的多种组合物。例如，所述细胞群或细胞亚型可以分别包括CD8+和CD4+T细胞，和/或分别包括富集CD8+和CD4+的群体，例如CD4+和/或CD8+T细胞，其各自单独地包括基因工程化以表达所述重组受体的细胞。在一些实施方案中，所述剂量的施用包括施用第一组合物，其包含一定剂量的CD8+T细胞或一定剂量的CD4+T细胞；以及施用第二组合物，其包含另一剂量的CD4+T细胞和CD8+T细胞。
在一些实施方案中，所述组合物或剂量的施用(例如，多种细胞组合物的施用)涉及分开施用所述细胞组合物。在一些方面，分开施用是同时或按任何顺序依序进行。在一些实施方案中，所述剂量包含第一组合物和第二组合物，并且将第一组合物和第二组合物相隔从为或约0至为或约12小时、相隔从为或约0至为或约6小时或相隔从为或约0至为或约2小时施用。在一些实施方案中，开始施用第一组合物和开始施用第二组合物是相隔不超过或不超过约2小时、不超过或不超过约1小时或不超过或不超过约30分钟，相隔不超过或不超过约15分钟、不超过或不超过约10分钟或不超过或不超过约5分钟进行的。在一些实施方案中，开始和/或完成施用第一组合物和完成和/或开始施用第二组合物是相隔不超过或不超过约2小时、不超过或不超过约1小时或不超过或不超过约30分钟，相隔不超过或不超过约15分钟、不超过或不超过约10分钟或不超过或不超过约5分钟进行的。
在一些实施方案中，在向所述受试者施用之前将所述第一组合物和所述第二组合物混合。在一些实施方案中，在所述施用之前不久(例如，在为或约6小时、5小时、4小时、3小时、2小时、1.5小时、1小时或0.5小时内)将所述第一组合物和所述第二组合物混合，在一些实施方案中，紧接在所述施用之前将所述第一组合物和所述第二组合物混合。
在一些组合物中，所述第一组合物(例如，所述剂量的第一组合物)包含CD4+T细胞。在一些组合物中，所述第一组合物(例如，所述剂量的第一组合物)包含CD8+T细胞。在一些实施方案中，在所述第二组合物之前施用所述第一组合物。
在一些实施方案中，所述细胞的剂量或组合物包括限定或目标比率的表达重组受体的CD4+细胞与表达重组受体的CD8+细胞和/或限定或目标比率的CD4+细胞与CD8+细胞，所述比率任选地为大约1:1或在大约1:3与大约3:1之间，如大约1:1。在一些实施方案中，所述细胞的剂量或组合物包括限定或目标比率的表达重组受体的CD4+细胞与表达重组受体的CD8+细胞和/或限定或目标比率的CD4+细胞与CD8+细胞，所述比率任选地为大约1:1。在一些方面，具有目标或所需比率的不同细胞群(如CD4+:CD8+比率或CAR+CD4+:CAR+CD8+比率，例如1:1)的组合物或剂量的施用包括施用含有一个所述群体的细胞组合物，随后施用包含另一所述群体的单独细胞组合物，其中所述施用是以或大约以目标或所需比率来进行。在一些方面，以限定比率施用细胞的剂量或组合物导致改进的T细胞疗法的扩增、持久性和/或抗肿瘤活性。
在一些实施方案中，所述受试者接受细胞的多个剂量，例如两个或更多个剂量或多个连续剂量。在一些实施方案中，向受试者施用两个剂量。在一些实施方案中，在第一剂量之后大约4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或21天，所述受试者接受连续剂量(例如第二剂量)。在一些实施方案中，在第一剂量之后施用多个连续剂量，使得在施用连续剂量后施用另外的一个或多个剂量。在一些方面，以另外的剂量向受试者施用的细胞数量与第一剂量和/或连续剂量相同或相似。在一些实施方案中，另外的一个或多个剂量大于先前剂量。
在一些方面，第一和/或连续剂量的大小基于一个或多个标准来确定，如所述受试者对先前治疗(例如化学疗法)的反应、所述受试者的疾病负荷(如肿瘤负担、体积、大小或程度)、转移的范围或类型、分期和/或所述受试者出现毒性结果(例如CRS、巨噬细胞激活综合征、肿瘤溶解综合征、神经毒性和/或针对所施用的细胞和/或重组受体的宿主免疫反应)的可能性或发生率。
在一些方面，第一剂量的施用与连续剂量的施用之间的时间为约9至约35天、约14至约28天或15至27天。在一些实施方案中，连续剂量的施用是在施用第一剂量后大于约14天且小于约28天的时间点。在一些方面，第一剂量与连续剂量之间的时间为约21天。在一些实施方案中，在施用连续剂量后施用另外的一个或多个剂量(例如连续剂量)。在一些方面，在施用先前剂量后至少约14天且小于约28天施用另外的一个或多个连续剂量。在一些实施方案中，在先前剂量后少于约14天(例如，在先前剂量之后4、5、6、7、8、9、10、11、12或13天)施用另外的剂量。在一些实施方案中，在先前剂量后少于约14天不施用剂量，和/或在先前剂量后超过约28天不施用剂量。
在一些实施方案中，所述剂量的细胞(例如，表达重组受体的细胞)包含两个剂量(例如，双剂量)，包含第一剂量的T细胞和连续剂量的T细胞，其中第一剂量和第二剂量中之一或两者包括施用分割剂量的T细胞。
在一些实施方案中，所述细胞的剂量通常足够大以有效降低疾病负荷。
在一些实施方案中，以所需剂量施用所述细胞，所述所需剂量在一些方面包括所需剂量或数量的细胞或一种或多种细胞类型和/或所需比率的细胞类型。因此，在一些实施方案中，所述细胞的剂量基于细胞总数(或每kg体重的细胞数量)和单独群体或亚型的所需比率，如CD4+与CD8+的比率。在一些实施方案中，所述细胞的剂量基于单独群体中的细胞或单独细胞类型的所需总数(或每kg体重的细胞数量)。在一些实施方案中，所述剂量基于此类特征的组合，此类特征如所需总细胞数量、所需比率和单独群体中的所需细胞总数。
在一些实施方案中，以所需剂量的总细胞(如所需剂量的T细胞)的容忍差异或在所述容忍差异之内施用细胞的群体或亚型，如CD8+和CD4+T细胞。在一些方面，所需剂量是所需细胞数量或被施用所述细胞的受试者的每单位体重的所需细胞数量(例如，细胞/kg)。在一些方面，所需剂量等于或高于细胞的最小数量或每单位体重细胞的最小数量。在一些方面，在以所需剂量施用的总细胞中，单独群体或亚型以等于或接近所需输出比率(如CD4+与CD8+比率)存在，例如在这种比率的一定容忍差异或误差内。
在一些实施方案中，所述细胞以细胞的一种或多种单独群体或亚型的所需剂量(如CD4+细胞的所需剂量和/或CD8+细胞的所需剂量)来施用，或在所述容忍差异内施用。在一些方面，所需剂量是亚型或群体的所需细胞数量或被施用所述细胞的受试者的每单位体重的所需此类细胞数量(例如，细胞/kg)。在一些方面，所需剂量等于或高于群体或亚型的细胞的最小数量或每单位体重群体或亚型的细胞的最小数量。
因此，在一些实施方案中，所述剂量基于总细胞的所需固定剂量和所需比率，和/或基于一种或多种单独亚型或亚群(例如，各自)的所需固定剂量。因此，在一些实施方案中，所述剂量基于T细胞的所需固定剂量或最小剂量以及CD4+与CD8+细胞的所需比率，和/或基于CD4+和/或CD8+细胞的所需固定剂量或最小剂量。
在一些实施方案中，所述细胞以多种细胞群或亚型(如CD4+和CD8+细胞或亚型)的所需输出比率的容忍范围来施用，或在所述容忍范围内施用。在一些方面，所需比率可以是特定比率，或者可以是一系列比率。例如，在一些实施方案中，所需比率(例如，CD4+与CD8+细胞的比率)在为或约5:1与为或约5:1之间(或者大于约1:5且小于约5:1)，或者在为或约1:3与为或约3:1之间(或者大于约1:3且小于约3:1)，如在为或约2:1与为或约1:5之间(或者大于约1:5且小于约2:1)，如为或约5:1、4.5:1、4:1、3.5:1、3:1、2.5:1、2:1、1.9:1、1.8:1、1.7:1、1.6:1、1.5:1、1.4:1、1.3:1、1.2:1、1.1:1、1:1、1:1.1、1:1.2、1:1.3、1:1.4、1:1.5、1:1.6、1:1.7、1:1.8、1:1.9、1:2、1:2.5、1:3、1:3.5、1:4、1:4.5、或1:5。在一些实施方案中，所需比率(例如，CD4+与CD8+细胞的比率)为或约1:1。在一些方面，所述容忍差异在所需比率的约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约10％、约15％、约20％、约25％、约30％、约35％、约40％、约45％、约50％内，包括这些范围之间的任何值。
在特定实施方案中，细胞的数量和/或浓度是指表达重组受体(例如CAR)的细胞的数量。在其他实施方案中，细胞的数量和/或浓度是指施用的所有细胞、T细胞或外周血单个核细胞(PBMC)的数量或浓度。
在一些方面，剂量的大小基于一个或多个标准来确定，如受试者对先前治疗(例如化学疗法)的反应、受试者的疾病负荷(如肿瘤负担、体积、尺寸或程度)、转移的程度或类型、分期和/或受试者出现毒性结果(例如，CRS、巨噬细胞激活综合征、肿瘤溶解综合征、神经毒性和/或针对所施用的细胞和/或重组受体的宿主免疫反应)的可能性或发生率。
在一些实施方案中，所述方法还包括施用一个或多个另外的剂量的表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞和/或淋巴细胞清除疗法，和/或重复所述方法的一个或多个步骤。在一些实施方案中，所述一个或多个另外的剂量与初始剂量相同。在一些实施方案中，所述一个或多个另外的剂量不同于初始剂量，例如更高，如比初始剂量高2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍或10倍或更多倍，或者更低，如比初始剂量低2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍或10倍或更多倍。在一些实施方案中，基于以下确定一个或多个另外的剂量的施用：所述受试者对初试治疗或任何先前治疗的反应、所述受试者的疾病负荷(如肿瘤负担、体积、尺寸或程度)、转移的程度或类型、分期和/或所述受试者发生毒性结果(例如，CRS、巨噬细胞激活综合征、肿瘤溶解综合征、神经毒性和/或针对所施用的细胞和/或重组受体的宿主免疫反应)的可能性或发生率。
在一些实施方案中，在施用细胞后，例如通过许多已知方法中的任一种测量工程化的细胞群的生物学活性。要评估的参数包括工程化或天然T细胞或其他免疫细胞与抗原的特异性结合，在体内例如通过成像进行评估，或者离体例如通过ELISA或流式细胞术进行评估。在某些实施方案中，工程化细胞破坏靶细胞的能力可以使用任何合适的已知方法来测量，所述方法例如描述于例如以下文献中的细胞毒性测定：Kochenderfer等人,J.Immunotherapy,32(7):689-702(2009)，和Herman等人J.Immunological Methods,285(1):25-40(2004)。在一些实施方案中，通过测定一种或多种细胞因子(如CD107a、IFNγ、IL-2和TNF)的表达和/或分泌来测量细胞的生物学活性。在一些方面，通过评估临床结果(如肿瘤负荷或负担的降低)来测量生物活性。
C.淋巴细胞清除治疗
在一些方面，所提供的方法和用途还可以包括如在开始施用细胞疗法(如T细胞疗法，例如表达CAR的T细胞)之前或同时施用一种或多种淋巴细胞清除疗法。在一些方面，淋巴细胞清除疗法的施用在开始施用细胞疗法(如T细胞疗法，例如表达CAR的T细胞)之前开始。在一些方面，淋巴细胞清除疗法在开始施用细胞疗法(如T细胞疗法，例如表达CAR的T细胞)之前结束。在一些方面，在施用淋巴细胞清除疗法之前开始施用EZH2抑制剂。在一些方面，在淋巴细胞清除疗法施用后(如结束后)开始施用EZH2抑制剂。在一些实施方案中，淋巴细胞清除疗法包括施用磷酰胺，如环磷酰胺。在一些实施方案中，淋巴细胞清除疗法可以包括施用氟达拉滨。
在一些方面，用免疫细胞清除(例如，淋巴细胞清除)疗法预调理受试者可以改进过继细胞疗法(ACT)的效果。用淋巴细胞清除剂(包括环孢菌素与氟达拉滨的组合)进行预调理已经有效改进细胞疗法中转移的肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)细胞的功效，包括改进转移细胞的反应和/或持久性。参见例如，Dudley等人,Science,298,850-54(2002)；Rosenberg等人,Clin Cancer Res,17(13):4550-4557(2011)。同样地，在CAR+T细胞的情况下，几项研究已经掺入了淋巴细胞清除剂，最常见的是环磷酰胺、氟达拉滨、苯达莫司汀或其组合，有时伴有低剂量辐射。参见Han等人Journal of Hematology&Oncology,6:47(2013)；Kochenderfer等人,Blood,119:2709-2720(2012)；Kalos等人,Sci Transl Med,3(95):95ra73(2011)；临床试验研究记录号：NCT02315612，NCT01822652。
可以进行这种预调理，目标是降低可能减弱疗法功效的一种或多种不同结果的风险。这些结果包括被称为“细胞因子吸收”的现象，通过所述现象，T细胞、B细胞、NK细胞与TIL竞争稳态的和激活的细胞因子，如IL-2、IL-7和/或IL-15；通过调节性T细胞、NK细胞或免疫系统的其他细胞抑制TIL；负调节物对肿瘤微环境的影响。Muranski等人,Nat ClinPract Oncol.12月；3(12):668–681(2006)。
因此，在一些实施方案中，所提供的方法还涉及向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，所述方法包括在开始施用所述剂量的细胞之前向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，所述方法包括在开始施用EZH2抑制剂之前向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，所述方法包括在施用EZH2抑制剂之后向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。在一些实施方案中，所述方法包括在施用淋巴细胞清除疗法之前和之后施用EZH2抑制剂。在一些方面，向受试者按顺序且无重叠地施用淋巴细胞清除疗法、EZH2抑制剂和所述剂量的细胞。在一些方面，向受试者按顺序且无重叠地施用EZH2抑制剂、淋巴细胞清除疗法和所述剂量的细胞。在一些方面，向受试者按顺序且无重叠地施用EZH2抑制剂、淋巴细胞清除疗法、EZH2抑制剂和所述剂量的细胞。在一些实施方案中，淋巴细胞清除疗法含有化学治疗剂，如氟达拉滨和/或环磷酰胺。在一些实施方案中，细胞和/或淋巴细胞清除疗法的施用经由门诊递送进行。
在一些实施方案中，所述方法包括在开始施用所述剂量的细胞之前向受试者施用预调理剂，如淋巴细胞清除剂或化学治疗剂，如环磷酰胺、氟达拉滨或其组合。例如，可以在第一或后续剂量之前至少2天(如至少3、4、5、6或7天)，向所述受试者施用预调理剂。在一些实施方案中，在开始施用所述剂量的细胞之前不超过7天(如在开始施用所述剂量的细胞之前不超过6、5、4、3或2天)，向所述受试者施用预调理剂。在一些实施方案中，在开始施用所述剂量的细胞之前2与7天之间(包含端值)(如2、3、4、5、6或7天)，向所述受试者施用预调理剂。
在一些实施方案中，用在或在约20mg/kg与100mg/kg之间、如在或在约40mg/kg与80mg/kg之间的剂量的环磷酰胺对所述受试者进行预调理。在一些方面，用或用约60mg/kg的环磷酰胺对所述受试者进行预调理。在一些实施方案中，可以将环磷酰胺按单一剂量施用或者可以按多个剂量施用，如每天、每隔一天或每三天给予。在一些实施方案中，每天一次施用环磷酰胺，持续一天或两天。在一些实施方案中，在淋巴细胞清除剂包含环磷酰胺的情况下，按以下剂量向所述受试者施用环磷酰胺：在或在约100mg/m2与500mg/m2之间，如在或在约200mg/m2与400mg/m2之间或者250mg/m2与350mg/m2之间，包含端值。在一些情况下，向所述受试者施用约300mg/m2的环磷酰胺。在一些实施方案中，可以将环磷酰胺按单一剂量施用或者可以按多个剂量施用，如每天、每隔一天或每三天给予。在一些实施方案中，每天施用环磷酰胺，如持续1-5天，例如持续3至5天。在一些情况下，在开始所述细胞疗法之前，每天向所述受试者施用约300mg/m2的环磷酰胺，持续3天。
在一些实施方案中，在淋巴细胞清除剂包含氟达拉滨的情况下，按以下剂量向所述受试者施用氟达拉滨：在或在约1mg/m2与100mg/m2之间，如在或在约10mg/m2与75mg/m2之间、15mg/m2与50mg/m2之间、20mg/m2与40mg/m2之间、24mg/m2与35mg/m2之间、20mg/m2与30mg/m2之间或24mg/m2与26mg/m2之间。在一些情况下，向所述受试者施用25mg/m2的氟达拉滨。在一些情况下，向所述受试者施用约30mg/m2的氟达拉滨。在一些实施方案中，可以将氟达拉滨按单一剂量施用或者可以按多个剂量施用，如每天、每隔一天或每三天施用。在一些实施方案中，每天施用氟达拉滨，如持续1-5天，例如持续3至5天。在一些情况下，在开始所述细胞疗法之前，每天向受试者施用约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天。
在一些实施方案中，淋巴细胞清除剂包含药剂的组合，如环磷酰胺与氟达拉滨的组合。因此，药剂的组合可以包括按任何剂量或施用时间表(如上述那些)的环磷酰胺以及按任何剂量或施用时间表(如上述那些)的氟达拉滨。例如，在一些方面，在施用所述剂量的细胞之前，向所述受试者施用60mg/kg(约2g/m2)的环磷酰胺和3个至5个剂量的25mg/m2氟达拉滨。在一些实施方案中，每天向所述受试者施用约300mg/m2环磷酰胺和约30mg/m2氟达拉滨，持续3天。在一些实施方案中，预调理施用时间表在开始施用所述剂量的细胞之前2与7天之间(包含端值)(如在2、3、4、5、6或7天)结束。
在一个示例性剂量方案，在接受第一剂量之前，受试者接受环磷酰胺和氟达拉滨(CY/FLU)的淋巴细胞清除预调理化学疗法，在第一剂量的表达CAR的细胞之前至少两天且通常在施用细胞之前不超过7天施用所述淋巴细胞清除预调理化学疗法。在一些情况下，在接受环磷酰胺和氟达拉滨(CY/FLU)的淋巴细胞清除预调理化学疗法之前，用EZH2抑制剂治疗受试者，其中在所述受试者接受所述淋巴细胞清除疗法之前至少约三天，暂停或终止所述抑制剂的治疗。在预调理治疗之后，向受试者施用所述剂量的如上所述的表达CAR的T细胞。在一些情况下，在受试者接受环磷酰胺和氟达拉滨(CY/FLU)的淋巴细胞清除预调理化学疗法之后，但在向受试者施用所述剂量的表达CAR的T细胞之前，用EZH2抑制剂治疗受试者。在一些情况下，在受试者接受环磷酰胺和氟达拉滨(CY/FLU)的淋巴细胞清除预调理化学疗法之前和之后，但在向受试者施用所述剂量的表达CAR的T细胞之前，用EZH2抑制剂治疗受试者。
在一些实施方案中，在输注所述剂量的细胞之前施用预调理剂改善了治疗的结果。例如，在一些方面，预调理以所述剂量改善治疗功效，或者增加表达重组受体的细胞(例如表达CAR的细胞，如表达CAR的T细胞)在受试者中的持久性。在一些实施方案中，预调理治疗增加了无疾病存活率，如在所述剂量的细胞后在给定时间段后存活且没有表现出微小残留病或可分子检测的疾病的受试者的百分比。在一些实施方案中，到中值无病存活的时间有所增加。
在向所述受试者(例如人)施用所述细胞后，在一些方面，通过许多已知方法中的任何一种测量工程化细胞群的生物活性。要评估的参数包括工程化或天然T细胞或其他免疫细胞与抗原的特异性结合，在体内例如通过成像进行评估，或者离体例如通过ELISA或流式细胞术进行评估。在某些实施方案中，所述工程化细胞破坏靶细胞的能力可以使用本领域已知的任何合适的方法来测量，所述方法例如描述于例如以下文献中的细胞毒性测定：Kochenderfer等人,J.Immunotherapy,32(7):689-702(2009)，和Herman等人J.Immunological Methods,285(1):25-40(2004)。在某些实施方案中，还可以通过测定某些细胞因子(如CD 107a、IFNγ、IL-2和TNF)的表达和/或分泌来测量所述细胞的生物活性。在一些方面，通过评估临床结果(如肿瘤负荷或负担的降低)来测量生物活性。在一些方面，评估毒性结果、细胞的持久性和/或扩增和/或宿主免疫反应的存在或不存在。
在一些实施方案中，在输注所述剂量的细胞之前施用所述预调理剂改善了治疗结果(例如通过改善用所述剂量治疗的功效)，或增加了表达重组受体的细胞(例如表达CAR的细胞，如表达CAR的T细胞)在受试者中的持久性。因此，在一些实施方案中，在作为用EZH2抑制剂和细胞疗法的组合疗法的方法中给予的预调理剂的剂量高于在不用所述抑制剂的方法中给予的剂量。
II.细胞疗法和工程化细胞
在一些实施方案中，所述细胞含有或经工程化以含有工程化受体，例如工程化抗原受体，如嵌合抗原受体(CAR)或T细胞受体(TCR)。还提供此类细胞的群体、含有此类细胞和/或富集此类细胞的组合物，如其中富集或选择某种类型的细胞，如T细胞或CD8+或CD4+细胞。所述组合物包括用于施用(如用于过继细胞疗法)的药物组合物和配制品。还提供了用于向受试者(例如，患者)施用细胞和组合物的治疗方法。
因此，在一些实施方案中，所述细胞包括经由基因工程化引入的一种或多种核酸，从而表达此类核酸的重组或基因工程化产物。在一些实施方案中，通过以下方式完成基因转移：首先刺激细胞，如通过将其与诱导反应(如增殖、存活和/或激活，例如如通过细胞因子或激活标记的表达所测量的)的刺激物进行组合，然后转导激活的细胞，并且在培养中扩增至足以用于临床应用的数量。
A.重组受体
在一些实施方案中，用于根据所提供的组合疗法方法使用的细胞疗法(例如T细胞疗法)包括施用表达重组受体的工程化细胞，所述重组受体设计为识别和/或特异性地结合与疾病或病症(如癌症)相关的分子，并且在与此类分子结合后引起针对此类分子的反应，如免疫反应。所述受体可以包括嵌合受体(例如，嵌合抗原受体(CAR))和其他转基因抗原受体(包括转基因T细胞受体(TCR))。
1.嵌合抗原受体
在所提供的方法和用途的一些实施方案中，所述工程化细胞(如T细胞)表达嵌合受体(如嵌合抗原受体(CAR)，所述嵌合受体含有一个或多个结构域，所述一个或多个结构域使提供针对所期望抗原(例如肿瘤抗原)的特异性的配体结合结构域(例如抗体或抗体片段)与细胞内信号传导结构域组合。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域是激活性细胞内结构域部分，如T细胞激活结构域，从而提供初级激活信号。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域含有或另外含有共刺激信号传导结构域以促进效应子功能。在与分子(例如抗原)特异性结合后，所述受体通常将免疫刺激信号(如ITAM转导的信号)递送到细胞中，从而促进靶向所述疾病或病症的免疫反应。在一些实施方案中，嵌合受体在被基因工程化至免疫细胞中时，可以调节T细胞活性，并且在一些情况下可以调节T细胞分化或稳态，由此产生在体内具有改善的寿命、存活和/或持久性的基因工程化细胞，如用于过继细胞疗法方法中。
示例性抗原受体(包括CAR)以及将此类抗原受体工程化并引入细胞中的方法包括例如以下文献中所述的那些：国际专利申请公开号WO 200014257、WO 2013126726、WO2012/129514、WO 2014031687、WO 2013/166321、WO 2013/071154、WO 2013/123061，美国专利申请公开号US 2002131960、US 2013287748、US 20130149337，美国专利号6,451,995、7,446,190、8,252,592、8,339,645、8,398,282、7,446,179、6,410,319、7,070,995、7,265,209、7,354,762、7,446,191、8,324,353和8,479,118，以及欧洲专利申请号EP2537416；和/或以下文献中所述的那些：Sadelain等人,Cancer Discov.2013年4月；3(4):388-398；Davila等人(2013)PLoS ONE 8(4):e61338；Turtle等人,Curr.Opin.Immunol.,2012年10月；24(5):633-39；Wu等人,Cancer,2012年3月18(2):160-75。在一些方面，所述抗原受体包括如美国专利号7,446,190中所述的CAR，以及国际专利申请公开号WO/2014055668 A1中所述的那些。CAR的例子包括如在任何上述出版物中披露的CAR，所述出版物例如WO2014031687、US 8,339,645、US 7,446,179、US 2013/0149337、美国专利号7,446,190、美国专利号8,389,282；Kochenderfer等人,2013,Nature Reviews Clinical Oncology,10,267-276(2013)；Wang等人(2012)J.Immunother.35(9):689-701；和Brentjens等人,SciTransl Med.2013 5(177)。还参见WO 2014031687、US 8,339,645、US 7,446,179、US 2013/0149337、美国专利号7,446,190和美国专利号8,389,282。
在一些实施方案中，所述工程化细胞(如T细胞)表达对特定抗原(或标记或配体)(如在特定细胞类型的表面上表达的抗原)具有特异性的重组受体(如嵌合抗原受体(CAR))。在一些实施方案中，所述受体所靶向的抗原是多肽。在一些实施方案中，其是碳水化合物或其他分子。在一些实施方案中，与正常或非靶向细胞或组织相比，所述抗原在疾病或病症的细胞(例如，肿瘤或致病细胞)上选择性表达或过表达。在其他实施方案中，所述抗原在正常细胞上表达和/或在工程化细胞上表达。
所述嵌合受体(如CAR)通常包括细胞外抗原结合结构域，其是抗体分子的一个或多个抗原结合部分。在一些实施方案中，所述抗原结合结构域是抗体分子的一部分，通常是所述抗体的可变重(VH)链区和/或可变轻(VL)链区，例如，scFv抗体片段。在一些实施方案中，所述抗原结合结构域是单结构域抗体(sdAb)，如sdFv、纳米抗体、VHH和VNAR。在一些实施方案中，抗原结合片段包含通过柔性接头连接的抗体可变区。
所述嵌合受体(如CAR)通常包括细胞外抗原结合结构域，如抗体分子的一部分，通常是所述抗体的可变重(VH)链区和/或可变轻(VL)链区，例如，scFv抗体片段。在一些实施方案中，所述CAR含有特异性识别在细胞表面上表达的抗原(如完整抗原)的抗体或抗原结合片段(例如scFv)。
所述抗原受体包括含有细胞外抗原结合结构域(如抗体或抗原结合片段)的CAR，其表现出针对肽-MHC复合物的TCR样特异性，也可以称为TCR样CAR。在一些实施方案中，在一些方面，对TCR样CAR的MHC-肽复合物具有特异性的细胞外抗原结合结构域通过接头和/或一个或多个跨膜结构域与一个或多个细胞内信号传导组分连接。在一些实施方案中，此类分子通常可以模拟或类似通过天然抗原受体(如TCR)的信号，以及通过这种受体与共刺激受体的组合的信号。
提及“主要组织相容性复合物”(MHC)是指含有多态性肽结合位点或结合沟的蛋白质，通常是糖蛋白，在一些情况下，所述蛋白质可以与多肽的肽抗原(包括由细胞机器加工的肽抗原)复合。在一些情况下，MHC分子可以在细胞表面上展示或表达，包括作为与肽的复合物，即MHC-肽复合物，用于呈递具有T细胞上的抗原受体(如TCR或TCR样抗体)可识别的构象的抗原。通常，MHC I类分子是具有跨膜α链(在一些情况下具有三个α结构域)和非共价缔合的β2微球蛋白的异二聚体。通常，MHC II类分子由两种跨膜糖蛋白α和β构成，两者通常都跨越膜。MHC分子可以包括MHC的有效部分，所述有效部分含有抗原结合位点或用于结合肽的位点以及由适当抗原受体识别所必需的序列。在一些实施方案中，MHC I类分子将源自胞质溶胶的肽递送至细胞表面，其中MHC-肽复合物由T细胞(如通常是CD8+T细胞，但是在一些情况下是CD4+T细胞)识别。在一些实施方案中，MHC II类分子将源自囊泡系统的肽递送至细胞表面，其中所述肽通常被CD4+T细胞识别。通常，MHC分子由一组连锁基因座编码，它们在小鼠中统称为H-2，并且在人中统称为人白细胞抗原(HLA)。因此，通常人MHC也可以称为人白细胞抗原(HLA)。
术语“MHC-肽复合物”或“肽-MHC复合物”或其变体是指肽抗原与MHC分子的复合物或缔合物，例如通常通过所述肽在MHC分子的结合沟或裂缝中的非共价相互作用来形成。在一些实施方案中，MHC-肽复合物存在或展示于细胞表面上。在一些实施方案中，MHC-肽复合物可以由抗原受体(如TCR、TCR样CAR或其抗原结合部分)特异性识别。
在一些实施方案中，多肽的肽(如肽抗原或表位)可以与MHC分子缔合，例如用于由抗原受体识别。通常，所述肽源自或基于更长生物分子(如多肽或蛋白质)的片段。在一些实施方案中，所述肽通常具有约8至约24个氨基酸的长度。在一些实施方案中，对于MHC II类复合物中的识别，肽的长度为从或从约9至22个氨基酸。在一些实施方案中，对于MHC I类复合物中的识别，肽的长度为从或从约8至13个氨基酸。在一些实施方案中，在识别MHC分子(如MHC-肽复合物)背景中的肽后，抗原受体(如TCR或TCR样CAR)产生或触发激活信号至T细胞，从而诱导T细胞反应，如T细胞增殖、细胞因子产生、细胞毒性T细胞反应或其他反应。
在一些实施方案中，TCR样抗体或抗原结合部分是已知的或可通过已知方法产生(参见例如，美国公开申请号US 2002/0150914；US 2003/0223994；US 2004/0191260；US2006/0034850；US 2007/00992530；US 20090226474；US 20090304679；和国际PCT公开号WO03/068201)。
在一些实施方案中，特异性地结合MHC-肽复合物的抗体或其抗原结合部分可以通过用有效量的含有特定MHC-肽复合物的免疫原对宿主进行免疫来产生。在一些情况下，MHC-肽复合物的肽是能够结合MHC的抗原的表位，所述抗原是例如肿瘤抗原，例如通用肿瘤抗原、骨髓瘤抗原或如下文所述的其他抗原。在一些实施方案中，然后向宿主施用有效量的免疫原以用于引发免疫反应，其中所述免疫原保持其三维形式，持续足以引发针对所述肽在MHC分子的结合沟中的三维呈递的免疫反应的时间段。然后测定从宿主中收集的血清以确定是否产生了识别MHC分子结合沟中的肽的三维呈递的所需抗体。在一些实施方案中，可以评估所产生的抗体以确认所述抗体可以区分MHC-肽复合物与单独的MHC分子、单独的目的肽以及MHC与无关肽的复合物。然后可以分离所需抗体。
在一些实施方案中，特异性地结合MHC-肽复合物的抗体或其抗原结合部分可以通过采用抗体文库展示方法(如噬菌体抗体文库)来产生。在一些实施方案中，可以产生突变体Fab、scFv或其他抗体形式的噬菌体展示文库，例如，其中所述文库的成员在一个或多个CDR的一个或多个残基处发生突变。参见例如，美国公开申请号US 20020150914、US 2014/0294841；和Cohen CJ.等人(2003)J Mol.Recogn.16:324-332。
本文中的术语“抗体”在最广泛的意义上使用，并且包括多克隆和单克隆抗体，包括完整抗体和功能性(抗原结合)抗体片段，包括片段抗原结合(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重组IgG(rIgG)片段、能够特异性地结合抗原的可变重链(VH)区、单链抗体片段(包括单链可变片段(scFv))以及单结构域抗体(例如，sdAb、sdFv、纳米抗体)片段。所述术语涵盖免疫球蛋白的基因工程化的和/或以其他方式修饰的形式，如胞内抗体、肽体、嵌合抗体、完全人抗体、人源化抗体和异缀合抗体、多特异性(例如，双特异性)抗体、双抗体、三抗体和四抗体、串联二-scFv、串联三-scFv。除非另有说明，否则术语“抗体”应当理解为涵盖其功能性抗体片段。所述术语还涵盖完整或全长抗体，包括任何类别或亚类(包括IgG及其亚类、IgM、IgE、IgA和IgD)的抗体。
在一些实施方案中，所述抗原结合蛋白、抗体及其抗原结合片段特异性地识别全长抗体的抗原。在一些实施方案中，抗体的重链和轻链可以是全长的或者可以是抗原结合部分(Fab、F(ab')2、Fv或单链Fv片段(scFv))。在其他实施方案中，所述抗体重链恒定区选自例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgD和IgE，特别是选自例如IgG1、IgG2、IgG3和IgG4，更特别是IgG1(例如，人IgG1)。在另一个实施方案中，所述抗体轻链恒定区选自例如κ或λ，特别是κ。
所提供的抗体包括抗体片段。“抗体片段”是指不同于完整抗体的分子，其包含完整抗体中结合完整抗体所结合抗原的一部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；双抗体；线性抗体；可变重链(VH)区、单链抗体分子(如scFv)和单结构域VH单一抗体；以及由抗体片段形成的多特异性抗体。在特定实施方案中，所述抗体是包含可变重链区和/或可变轻链区的单链抗体片段，如scFv。
术语“互补决定区”和“CDR”与“高变区”或“HVR”同义，在一些情况下是已知的，是指抗体可变区内的非连续氨基酸序列，其赋予抗原特异性和/或结合亲和力。通常，在每个重链可变区中有三个CDR(CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3)，并且在每个轻链可变区中有三个CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3)。“框架区”和“FR”是已知的，在一些情况下是指重链和轻链的可变区的非CDR部分。通常，在每个全长重链可变区中有四个FR(FR-H1、FR-H2、FR-H3和FR-H4)，并且在每个全长轻链可变区中有四个FR(FR-L1、FR-L2、FR-L3和FR-L4)。
给定CDR或FR的精确氨基酸序列边界可以使用许多熟知的方案中的任一种容易地确定，包括以下文献中所述的那些：Kabat等人(1991),“Sequences of Proteins ofImmunological Interest,”第5版Public Health Service,National Institutes ofHealth,Bethesda,MD(“Kabat”编号方案)；Al-Lazikani等人,(1997)JMB 273,927-948(“Chothia”编号方案)；MacCallum等人,J.Mol.Biol.262:732-745(1996),“Antibody-antigen interactions:Contact analysis and binding site topography,”J.Mol.Biol.262,732-745”。(“Contact”编号方案)；Lefranc MP等人,“IMGT uniquenumbering for immunoglobulin and T cell receptor variable domains and Igsuperfamily V-like domains,”Dev Comp Immunol,2003年1月；27(1):55-77(“IMGT”编号方案)；Honegger A and Plückthun A,“Yet another numbering scheme forimmunoglobulin variable domains:an automatic modeling and analysis tool,”JMol Biol,2001年6月8号；309(3):657-70(“Aho”编号方案)；以及Martin等人,“Modelingantibody hypervariable loops:a combined algorithm,”PNAS,1989,86(23):9268-9272(“AbM”编号方案)。
给定CDR或FR的边界可能根据用于鉴定的方案而变化。例如，Kabat方案基于结构比对，而Chothia方案基于结构信息。Kabat和Chothia方案的编号都基于最常见的抗体区域序列长度，其中通过插入字母(例如“30a”)提供插入，并且在一些抗体中出现缺失。这两种方案将某些插入和缺失(“插入缺失(indel)”)放置在不同的位置，从而产生不同的编号。Contact方案基于对复杂晶体结构的分析，并且在许多方面与Chothia编号方案相似。AbM方案是Kabat与Chothia定义之间的折衷，是基于Oxford Molecular's AbM抗体建模软件使用的方案。
下表10列出了如分别通过Kabat、Chothia、AbM和Contact方案鉴定的CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3以及CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3的示例性位置边界。对于CDR-H1，使用Kabat和Chothia两种编号方案列出残基编号。FR位于CDR之间，例如，FR-L1位于CDR-L1之前，FR-L2位于CDR-L1与CDR-L2之间，FR-L3位于CDR-L2与CDR-L3之间，等等。应注意，因为所示的Kabat编号方案在H35A和H35B处放置插入，所以当使用所示的Kabat编号惯例进行编号时，Chothia CDR-H1环的末端根据环的长度在H32与H34之间变化。
Figure BDA0003604039090000861
1-Kabat等人(1991),“Sequences of Proteins of Immunological Interest,”第5版Public Health Service,National Institutes of Health,马里兰州贝塞斯达
2-Al-Lazikani等人,(1997)JMB 273,927-948
因此，除非另有规定，否则应当理解给定抗体或其区域(如其可变区)的“CDR”或“互补决定区”或单独指定的CDR(例如，CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3)涵盖如由任何前述方案或其他已知方案所定义的一个(或特定的)互补决定区。例如，在声明特定的CDR(例如，CDR-H3)含有给定VH或VL区氨基酸序列中的相应CDR的氨基酸序列的情况下，应理解，这种CDR具有在可变区内的相应CDR(例如，CDR-H3)的序列，如由任何前述方案或其他已知方案所定义的。在一些实施方案中，指定了特定的CDR序列。使用各种编号方案描述所提供抗体的示例性CDR序列，但应当理解，所提供抗体可以包括如根据任何其他上述编号方案或熟练技术人员已知的其他编号方案所描述的CDR。
同样，除非另有规定，否则给定抗体或其区域如其可变区的FR或单独指定的一个或多个FR(例如，FR-H1、FR-H2、FR-H3、FR-H4)应理解为涵盖如任何已知方案所定义的一个(或特定)框架区。在一些情况下，指定用于鉴定特定CDR、FR或多个特定FR或CDR的鉴定方案，如通过Kabat、Chothia、AbM或Contact方法或其他已知方案定义的CDR。在其他情况下，给出了CDR或FR的特定氨基酸序列。
术语“可变区”或“可变结构域”是指抗体重链或轻链中参与抗体与抗原的结合的结构域。天然抗体的重链和轻链的可变结构域(分别为VH和VL)通常具有相似的结构，每个结构域包含四个保守的框架区(FR)和三个CDR。(参见例如，Kindt等人Kuby Immunology,第6版,W.H.Freeman and Co.,第91页(2007))。单一VH或VL结构域可能足以赋予抗原结合特异性。此外，可以使用来自结合抗原的抗体的VH或VL结构域分离结合所述特定抗原的抗体，以分别筛选互补的VL或VH结构域的文库。参见例如，Portolano等人,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等人,Nature 352:624-628(1991)。
单结构域抗体是包含抗体的全部或部分重链可变结构域或者全部或部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些实施方案中，单结构域抗体是人单结构域抗体。在一些实施方案中，CAR包含特异性地结合抗原的抗体重链结构域，所述抗原如癌症标记或要靶向的细胞或疾病(如肿瘤细胞或癌细胞)的细胞表面抗原，如本文所述或已知的任何靶抗原。
抗体片段可以通过各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及通过重组宿主细胞产生。在一些实施方案中，所述抗体是重组产生的片段，如包含天然不存在的排列的片段(如具有通过合成接头(例如，肽接头)连接的两个或更多个抗体区或链的那些)，和/或可不通过酶消化天然存在的完整抗体产生的片段。在一些实施方案中，所述抗体片段是scFv。
“人源化”抗体是如下抗体，其中所有或基本上所有CDR氨基酸残基都源自非人CDR并且所有或基本上所有FR氨基酸残基都源自人FR。人源化抗体任选地可以包括源自人抗体的抗体恒定区的至少一部分。非人抗体的“人源化形式”是指非人抗体的变体，其已经经历人源化以通常降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。在一些实施方案中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，CDR残基所来源的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
在一些实施方案中，所述重组受体(如嵌合受体，例如CAR)包括与抗原(或配体)结合(如特异性地结合)的细胞外抗原结合结构域，如抗体或抗原结合片段(例如scFv)。所述嵌合受体靶向的抗原包括在经由过继细胞疗法靶向的疾病、病症或细胞类型的背景中表达的那些抗原。所述疾病和病症包括增殖性、肿瘤性和恶性疾病和障碍，包括癌症和肿瘤，包括血液癌症、免疫系统癌症，如淋巴瘤、白血病和/或骨髓瘤，如B型白血病、T型白血病和髓性白血病、淋巴瘤和多发性骨髓瘤。
在一些实施方案中，由所述受体靶向的抗原是或包含选自αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C-C基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFR vIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样蛋白5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(GPC3)、G蛋白偶联受体5D(GPRC5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-A1)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Rα)、IL-13受体α2(IL-13Rα2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、Lewis Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、间皮素(MSLN)、c-Met、鼠巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、酪氨酸酶相关蛋白1(TRP1，也称为TYRP1或gp75)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP2，也称为多巴色素互变异构酶、多巴色素δ异构酶或DCT)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT-1)、病原体特有的或病原体表达的抗原、或与通用标签相关的抗原、和/或生物素化分子、和/或由HIV、HCV、HBV或其他病原体表达的分子。在一些实施方案中，由所述受体靶向的抗原包括与B细胞恶性肿瘤相关的抗原，如许多已知B细胞标记中的任一种。在一些实施方案中，由所述受体靶向的抗原是或包括CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。在一些实施方案中，所述疾病或病症是B细胞恶性肿瘤，如大B细胞淋巴瘤(例如，DLBCL)，并且所述抗原是CD19。
在一些实施方案中，由所述受体靶向的抗原包括与B细胞恶性肿瘤相关的抗原，如许多已知B细胞标记中的任一种。在一些实施方案中，由所述受体靶向的抗原是CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。在特定方面，所述抗原是CD19。在一些实施方案中，任何此类抗原是在人B细胞上表达的抗原。
在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段(例如，scFv或VH结构域)特异性地识别抗原(如CD19)。在一些实施方案中，所述抗体或抗原结合片段源自特异性地结合CD19的抗体或抗原结合片段或者是其变体。在一些实施方案中，所述抗原是CD19。在一些实施方案中，scFv含有源自对CD19具有特异性的抗体或抗体片段的VH和VL。在一些实施方案中，结合CD19的抗体或抗体片段是小鼠来源的抗体，如FMC63和SJ25C1。在一些实施方案中，所述抗体或抗体片段是人抗体，例如如美国专利公开号US2016/0152723中所述。
在一些实施方案中，所述抗原结合结构域包括源自FMC63的VH和/或VL，其在一些方面可以是scFv。FMC63通常是指针对人来源的表达CD19的Nalm-1和Nalm-16细胞产生的小鼠单克隆IgG1抗体(Ling,N.R.等人(1987).Leucocyte typing III.302)。在一些实施方案中，FMC63抗体包含SEQ ID NO:38和39分别所示的CDR-H1和CDR-H2，和SEQ ID NO:40或54所示的CDR-H3；以及SEQ ID NO:35所示的CDR-L1、SEQ ID NO:36或55所示的CDR-L2和SEQ IDNO:37或56所示的CDR-L3序列。在一些实施方案中，FMC63抗体包含含有SEQ ID NO:41的氨基酸序列的重链可变区(VH)和含有SEQ ID NO:42的氨基酸序列的轻链可变区(VL)。
在一些实施方案中，scFv包含含有SEQ ID NO:35的CDR-L1序列、SEQ ID NO:36的CDR-L2序列和SEQ ID NO:37的CDR-L3序列的可变轻链和/或含有SEQ ID NO:38的CDR-H1序列、SEQ ID NO:39的CDR-H2序列和SEQ ID NO:40的CDR-H3序列的可变重链，或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的任何前述项的变体。在一些实施方案中，scFv包含SEQ ID NO:41所示的FMC63可变重链区和SEQ ID NO:42所示的FMC63可变轻链区，或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的任何前述项的变体。在一些实施方案中，可变重链和可变轻链通过接头连接。在一些实施方案中，所述接头示于SEQ ID NO:59中。在一些实施方案中，scFv按顺序包含VH、接头和VL。在一些实施方案中，scFv按顺序包含VL、接头和VH。在一些实施方案中，scFv由SEQ IDNO:57所示的核苷酸序列或与SEQ ID NO:57展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的序列编码。在一些实施方案中，scFv包含SEQ ID NO:43所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:43展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的序列。
在一些实施方案中，所述抗原结合结构域包括源自SJ25C1的VH和/或VL，其在一些方面可以是scFv。SJ25C1是针对人来源的表达CD19的Nalm-1和Nalm-16细胞产生的小鼠单克隆IgG1抗体(Ling,N.R.等人(1987).Leucocyte typing III.302)。在一些实施方案中，SJ25C1抗体包含SEQ ID NO:47-49分别所示的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3，以及SEQ ID NO:44-46分别在所示的CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3。在一些实施方案中，SJ25C1抗体包含含有SEQID NO:50的氨基酸序列的重链可变区(VH)和含有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的轻链可变区(VL)。在一些实施方案中，scFv包含含有SEQ ID NO:44的CDR-L1序列、SEQ ID NO:45的CDR-L2序列和SEQ ID NO:46的CDR-L3序列的可变轻链和/或含有SEQ ID NO:47的CDR-H1序列、SEQ ID NO:48的CDR-H2序列和SEQ ID NO:49的CDR-H3序列的可变重链，或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的任何前述项的变体。在一些实施方案中，scFv包含SEQ ID NO:50所示的SJ25C1可变重链区和SEQ ID NO:51所示的SJ25C1可变轻链区，或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的任何前述项的变体。在一些实施方案中，可变重链和可变轻链通过接头连接。在一些实施方案中，所述接头示于SEQ ID NO:52中。在一些实施方案中，scFv按顺序包含VH、接头和VL。在一些实施方案中，scFv按顺序包含VL、接头和VH。在一些实施方案中，scFv包含SEQ ID NO:53所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:53展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的序列。
在一些实施方案中，所述抗原是CD20。在一些实施方案中，scFv含有源自对CD20具有特异性的抗体或抗体片段的VH和VL。在一些实施方案中，结合CD20的抗体或抗体片段是或源自利妥昔单抗的抗体，如是利妥昔单抗scFv。
在一些实施方案中，所述抗原是CD22。在一些实施方案中，scFv含有源自对CD22具有特异性的抗体或抗体片段的VH和VL。在一些实施方案中，结合CD22的抗体或抗体片段是或源自m971的抗体，如是m971 scFv。
在一些实施方案中，所述抗原或抗原结合结构域是BCMA。在一些实施方案中，scFv含有源自对BCMA具有特异性的抗体或抗体片段的VH和VL。在一些实施方案中，结合BCMA的抗体或抗体片段是或含有来自国际专利申请公开号WO 2016/090327和WO 2016/090320所示的抗体或抗体片段的VH和VL。
在一些实施方案中，所述抗原或抗原结合结构域是GPRC5D。在一些实施方案中，scFv含有源自对GPRC5D具有特异性的抗体或抗体片段的VH和VL。在一些实施方案中，结合GPRC5D的抗体或抗体片段是或含有来自国际专利申请公开号WO 2016/090329和WO 2016/090312所示的抗体或抗体片段的VH和VL。
在一些方面，所述重组受体(例如嵌合抗原受体)包括细胞外部分，其含有一个或多个配体(例如抗原)结合结构域(如抗体或其片段)；和一个或多个细胞内信号传导区或结构域(也可互换地称为胞质信号传导结构域或区域)。在一些实施方案中，所述抗体或片段包括scFv。在一些方面，所述嵌合抗原受体包括含有抗体或片段的细胞外部分和细胞内信号传导区。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导区包含细胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域是或包含初级信号传导结构域、能够在T细胞中诱导初级激活信号的信号传导结构域、T细胞受体(TCR)组分的信号传导结构域和/或包含免疫受体酪氨酸激活基序(ITAM)的信号传导结构域。在一些方面，所述重组受体(例如CAR)还包括间隔子和/或跨膜结构域或部分。在一些方面，所述间隔子和/或跨膜结构域可以连接含有配体(例如抗原)结合结构域的细胞外部分和一个或多个细胞内信号传导区或结构域。
在一些实施方案中，所述重组受体(例如CAR)还包括间隔子，所述间隔子可以是或包括免疫球蛋白恒定区的至少一部分或其变体或经修饰形式，例如铰链区(例如，IgG4铰链区)和/或CH1/CL和/或Fc区。在一些实施方案中，所述重组受体还包含间隔子和/或铰链区。在一些实施方案中，所述恒定区或部分是人IgG(如IgG4或IgG1)的恒定区或部分。在一些方面，所述恒定区的部分用作抗原识别组分(例如，scFv)与跨膜结构域之间的间隔子区。与不存在间隔子的情况下相比，间隔子的长度可以提供抗原结合后增强的细胞反应性。在一些例子中，间隔子具有为或约12个氨基酸的长度或者具有不超过12个氨基酸的长度。示例性间隔子包括具有以下氨基酸的那些：至少约10至229个氨基酸、约10至200个氨基酸、约10至175个氨基酸、约10至150个氨基酸、约10至125个氨基酸、约10至100个氨基酸、约10至75个氨基酸、约10至50个氨基酸、约10至40个氨基酸、约10至30个氨基酸、约10至20个氨基酸或约10至15个氨基酸，并且包括任何列出的范围的端点之间的任何整数。在一些实施方案中，间隔子区具有约12个或更少的氨基酸、约119个或更少的氨基酸、或约229个或更少的氨基酸。示例性间隔子包括仅IgG4铰链、与CH2和CH3结构域连接的IgG4铰链或与CH3结构域连接的IgG4铰链。示例性间隔子包括但不限于以下文献中所述的那些：Hudecek等人(2013)Clin.Cancer Res.,19:3153；Hudecek等人(2015)Cancer Immunol Res.3(2):125-135；或国际专利申请公开号WO 2014031687，美国专利号8,822,647或公开的申请号US 2014/0271635。
在一些实施方案中，所述间隔子仅含有IgG的铰链区，如仅IgG4或IgG1的铰链，如SEQ ID NO:1所示且由SEQ ID NO:2所示的序列编码的仅铰链间隔子。在一些实施方案中，所述间隔子是与CH2和/或CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链。在一些实施方案中，所述间隔子是与CH2和CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链，如SEQ ID NO:4所示。在一些实施方案中，所述间隔子是仅与CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链，如SEQ ID NO:3所示。在一些实施方案中，所述间隔子是或包含富甘氨酸-丝氨酸的序列或其他柔性接头，如已知的柔性接头。在一些实施方案中，所述恒定区或部分是IgD的恒定区或部分。在一些实施方案中，所述间隔子具有SEQ ID NO:5所示的序列。在一些实施方案中，所述间隔子具有与SEQID NO:1、3、4和5中任一个展现出至少或至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在一些方面，所述间隔子是多肽间隔子，所述多肽间隔子：(a)包含全部或部分免疫球蛋白铰链或其修饰形式或由其组成，或包含约15个或更少的氨基酸，并且不包含CD28胞外区或CD8胞外区，(b)包含全部或部分免疫球蛋白铰链(任选地IgG4铰链)或其修饰形式或由其组成，和/或包含约15个或更少的氨基酸，并且不包含CD28胞外区或CD8胞外区，或(c)长度为或约12个氨基酸和/或包含全部或部分免疫球蛋白铰链(任选地IgG4铰链)或其修饰形式或由其组成；或(d)由以下项组成或包含以下项：SEQ ID NO:1、3-5、27-34或58所示的氨基酸序列或前述任一项的与前述任一项具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体，或(e)包含式X1PPX2P(其中X1是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸并且X2是半胱氨酸或苏氨酸)或由其组成。
在一些实施方案中，所述抗原受体包含与细胞外结构域直接或间接连接的细胞内结构域。在一些实施方案中，所述嵌合抗原受体包括连接细胞外结构域和细胞内信号传导结构域的跨膜结构域。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域包含ITAM。例如，在一些方面，所述抗原识别结构域(例如细胞外结构域)通常与一种或多种细胞内信号传导组分(如在CAR的情况下模拟经由抗原受体复合物(如TCR复合物)进行激活和/或经由另一种细胞表面受体传导信号的信号传导组分)连接。在一些实施方案中，所述嵌合受体包含在细胞外结构域(例如scFv)与细胞内信号传导结构域之间连接或融合的跨膜结构域。因此，在一些实施方案中，所述抗原结合组分(例如，抗体)与一种或多种跨膜结构域和细胞内信号传导结构域连接。
在一个实施方案中，使用与受体(例如CAR)中的结构域之一天然地缔合的跨膜结构域。在一些情况下，通过氨基酸取代选择或修饰跨膜结构域，以避免此类结构域与相同或不同表面膜蛋白的跨膜结构域结合，以使与受体复合物的其他成员的相互作用最小化。
在一些实施方案中，所述跨膜结构域源自天然或合成来源。当来源是天然的时，在一些方面，所述结构域可以源自任何膜结合蛋白或跨膜蛋白。跨膜区包括源自以下(即包含其至少一个或多个跨膜区)的那些：T细胞受体的α、β或ζ链、CD28、CD3ε、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137(4-1BB)或CD154。可替代地，在一些实施方案中，所述跨膜结构域是合成的。在一些方面，所述合成跨膜结构域主要包含疏水性残基，如亮氨酸和缬氨酸。在一些方面，将在合成跨膜结构域的每个末端发现苯丙氨酸、色氨酸和缬氨酸的三联体。在一些实施方案中，所述连接是通过接头、间隔子和/或一个或多个跨膜结构域来实现。在一些方面，所述跨膜结构域含有CD28的跨膜部分或其变体。所述细胞外结构域和跨膜可以直接或间接连接。在一些实施方案中，所述细胞外结构域和跨膜通过间隔子(如本文所述的任何间隔子)连接。
在一些实施方案中，所述受体(例如CAR)的跨膜结构域是人CD28的跨膜结构域(例如人CD28(登录号：P10747.1)的27个氨基酸的跨膜结构域)或其变体，或是包含SEQ ID NO:8所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:8展现出至少或至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列的跨膜结构域。在一些实施方案中，所述重组受体的含有跨膜结构域的部分包含SEQ IDNO:9所示的氨基酸序列或与其具有至少或至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述重组受体(例如CAR)包括至少一种或多种细胞内信号传导组分，如细胞内信号传导区或结构域。在一些方面，将T细胞激活描述为由两个类别的胞质信号传导序列来介导：通过TCR起始抗原依赖性初级激活的那些(初级胞质信号传导序列)，以及以非抗原依赖性方式作用以提供次级或共刺激信号的那些(次级胞质信号传导序列)。在一些方面，CAR包括此类信号传导组分中的一种或两种。细胞内信号传导区包括模拟或类似以下的那些：经由天然抗原受体的信号、经由这种受体与共刺激受体的组合的信号和/或仅经由共刺激受体的信号。在一些实施方案中，存在短的寡肽或多肽接头，例如长度在2与10个氨基酸之间的接头，如含有甘氨酸和丝氨酸的接头，例如甘氨酸-丝氨酸双联体，并且所述接头在CAR的跨膜结构域与胞质信号传导结构域之间形成连接。
在一些实施方案中，在连接CAR后，CAR的胞质结构域或细胞内信号传导区激活免疫细胞(例如，工程化以表达CAR的T细胞)的正常效应子功能或反应中的至少一种。例如，在一些情况下，CAR诱导T细胞的功能，如细胞裂解活性或T辅助活性，如细胞因子或其他因子的分泌。在一些实施方案中，使用抗原受体组分或共刺激分子的细胞内信号传导区的截短部分(例如，如果其转导效应子功能信号)代替完整的免疫刺激链。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导区(例如包含一个或多个细胞内信号传导结构域)包括T细胞受体(TCR)的胞质序列，并且在一些方面还包括共受体(其在天然背景下与这种受体协同起作用以在抗原受体接合后启动信号转导)和/或此类分子的任何衍生物或变体的那些，和/或具有相同功能能力的任何合成序列。在一些实施方案中，例如包含一个或多个细胞内结构域的细胞内信号传导区包括参与提供共刺激信号的区域或结构域的胞质序列。
在一些方面，CAR包括调节TCR复合物的初级激活的初级胞质信号传导序列。以刺激方式起作用的初级胞质信号传导序列可以含有信号传导基序(其称为免疫受体酪氨酸激活基序或ITAM)。含有ITAM的初级胞质信号传导序列的例子包括源自CD3ζ链、FcRγ、CD3γ、CD3δ和CD3ε的那些。在一些实施方案中，CAR中的一种或多种胞质信号传导分子含有源自CD3ζ的胞质信号传导结构域、其部分或序列。
在一些实施方案中，所述受体包括TCR复合物的细胞内组分，如介导T细胞激活和细胞毒性的TCR CD3链，例如CD3ζ链。因此，在一些方面，所述抗原结合部分连接一个或多个细胞信号传导模块。在一些实施方案中，细胞信号传导模块包括CD3跨膜结构域、CD3细胞内信号传导结构域和/或其他CD跨膜结构域。在一些实施方案中，所述受体(例如，CAR)还包括一种或多种另外的分子(如Fc受体γ、CD8α、CD8β、CD4、CD25或CD16)的一部分。例如，在一些方面，CAR或其他嵌合受体包括CD3-zeta(CD3-ζ)或Fc受体γ与CD8α、CD8β、CD4、CD25或CD16之间的嵌合分子。
在一些实施方案中，所述细胞内(或胞质)信号传导区包含人CD3链、任选地CD3ζ刺激信号传导结构域或其功能变体，如人CD3ζ(登录号：P20963.2)的亚型3的112个AA的胞质结构域或如美国专利号7,446,190或美国专利号8,911,993中所述的CD3ζ信号传导结构域。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导区包含SEQ ID NO:13、14或15所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:13、14或15展现出至少或至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在天然TCR的情况下，完全激活通常不仅需要经由TCR进行信号传导，还需要共刺激信号。因此，在一些实施方案中，为了促进完全激活，用于生成次级或共刺激信号的组分也被包括在所述CAR中。在其他实施方案中，所述CAR不包括用于生成共刺激信号的组分。在一些方面，另外的CAR在同一细胞中表达，并且提供用于生成次级或共刺激信号的组分。
在一些实施方案中，所述嵌合抗原受体含有T细胞共刺激分子的细胞内结构域。在一些实施方案中，CAR包括共刺激受体(例如CD28、4-1BB、OX40(CD134)、CD27、DAP10、DAP12、ICOS和/或其他共刺激受体)的信号传导结构域和/或跨膜部分。在一些实施方案中，CAR包括CD28或4-1BB(如人CD28或人4-1BB)的共刺激区域或结构域。
在一些实施方案中，所述细胞内信号传导区或结构域包含人CD28的细胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体或部分，如其41个氨基酸的结构域和/或在天然CD28蛋白的位置186-187处具有LL至GG取代的结构域。在一些实施方案中，所述细胞内信号传导区域和/或结构域可以包含SEQ ID NO:10或11所示的氨基酸序列，或与SEQ ID NO:10或11展现出至少或至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述细胞内区域包含4-1BB的细胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体或部分，如人4-1BB(登录号Q07011.1)的42个氨基酸的胞质结构域或其功能变体或部分，如SEQ ID NO:12所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:12展现出至少或至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在一些方面，同一CAR包括初级(或激活)胞质信号传导区和共刺激信号传导组分二者。
在一些实施方案中，激活结构域包括于一个CAR内，而共刺激组分是由识别另一种抗原的另一种CAR提供。在一些实施方案中，CAR包括均在同一细胞上表达的激活或刺激CAR、共刺激CAR(参见WO 2014/055668)。在一些方面，细胞包括一种或多种刺激或激活性CAR和/或共刺激CAR。在一些实施方案中，细胞还包括抑制性CAR(iCAR，参见Fedorov等人,Sci.Transl.Medicine,5(215)(2013年12月)，如识别除了与所述疾病或病症相关和/或为所述疾病或病症特有的抗原以外的抗原的CAR，其中通过靶向疾病的CAR递送的激活信号由于抑制性CAR与其配体的结合而有所减小或被抑制，例如以减小脱靶效应。
在一些实施方案中，这两种受体分别将激活和抑制信号诱导至细胞，使得一种受体与其抗原的连接激活细胞或诱导反应，但是第二抑制性受体与其抗原的连接诱导抑制或减弱该反应的信号。例子是激活CAR与抑制性CAR(iCAR)的组合。例如，这种策略可以用于例如降低在如下背景中的脱靶效应的可能性，在所述背景中激活CAR结合在疾病或病症中表达但也在正常细胞上表达的抗原，并且抑制性受体结合在正常细胞上表达但不在所述疾病或病症的细胞上表达的单独抗原。
在一些方面，所述嵌合受体是或包括抑制性CAR(例如iCAR)，并且包括减弱或抑制免疫反应(如细胞中ITAM和/或共刺激促进的反应)的细胞内组分。此类细胞内信号传导组分的示例是在免疫检查点分子(包括PD-1、CTLA4、LAG3、BTLA、OX2R、TIM-3、TIGIT、LAIR-1、PGE2受体、EP2/4腺苷受体(包括A2AR))上发现的那些。在一些方面，工程化细胞包括抑制性CAR，所述抑制性CAR包含这种抑制性分子的信号传导结构域或源自这种抑制性分子的信号传导结构域，使得其用于减弱例如由激活和/或共刺激CAR诱导的细胞反应。
在一些情况下，CAR被称为第一代、第二代和/或第三代CAR。在一些方面，第一代CAR是在抗原结合时仅提供CD3链诱导的信号的CAR；在一些方面，第二代CAR是提供这种信号和共刺激信号的CAR，如包括来自共刺激受体(如CD28或CD137)的细胞内信号传导结构域的CAR；在一些方面，第三代CAR是包括不同共刺激受体的多个共刺激结构域的CAR。
在一些实施方案中，CAR涵盖在胞质部分中的一个或多个(例如，两个或更多个)共刺激结构域和激活结构域(例如初级激活结构域)。示例性CAR包括CD3ζ、CD28和4-1BB的细胞内组分。
在一些实施方案中，所述抗原受体还包括标记，和/或表达CAR或其他抗原受体的细胞还包括替代标记，如细胞表面标记，所述替代标记可以用于确认细胞被转导或工程化以表达受体。在一些方面，所述标记包括全部或部分(例如，截短形式)的CD34、NGFR或表皮生长因子受体，如这种细胞表面受体的截短形式(例如，tEGFR)。在一些实施方案中，编码所述标记的核酸可操作地连接编码接头序列(如可切割接头序列，例如T2A)的多核苷酸。例如，标记以及任选地接头序列可以是如公开的专利申请号WO2014031687中所披露的任一种。例如，所述标记可以是截短的EGFR(tEGFR)，其任选地连接接头序列，如T2A可切割接头序列。
截短的EGFR(例如tEGFR)的示例性多肽包含SEQ ID NO:7或16所示的氨基酸序列，或与SEQ ID NO:7或16展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。示例性T2A接头序列包含SEQ ID NO:6或17所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:6或17展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述标记是并非在T细胞上天然发现的或并非在T细胞表面上天然发现的分子(例如，细胞表面蛋白)或其部分。在一些实施方案中，所述分子是非自身分子，例如，非自身蛋白，即不被宿主的免疫系统识别为“自身”的分子，将向所述宿主中过继转移细胞。
在一些实施方案中，所述标记不提供任何治疗功能和/或不产生除了用作基因工程化标记(例如，用于选择成功工程化的细胞)以外的作用。在其他实施方案中，所述标记可以是治疗性分子或以其他方式发挥一些所需作用的分子，如在体内会遇到的细胞的配体，如用于在过继转移和遇到配体时增强和/或减弱细胞反应的共刺激或免疫检查点分子。
在一些实施方案中，CAR含有抗体(例如，抗体片段)、跨膜结构域(其是或含有CD28的跨膜部分或其功能变体)以及细胞内信号传导结构域(含有CD28的信号传导部分或其功能变体和CD3ζ的信号传导部分或其功能变体)。在一些实施方案中，CAR含有抗体(例如，抗体片段)、跨膜结构域(其是或含有CD28的跨膜部分或其功能变体)以及细胞内信号传导结构域(含有4-1BB的信号传导部分或其功能变体和CD3ζ的信号传导部分或其功能变体)。在一些这样的实施方案中，所述受体还包括含有Ig分子(如人Ig分子)的一部分(如Ig铰链，例如IgG4铰链)的间隔子，如仅铰链间隔子。
在一些实施方案中，所述重组受体(例如CAR)的跨膜结构域是或包括人CD28(例如登录号P01747.1)的跨膜结构域或其变体，如包含SEQ ID NO:8所示的氨基酸序列或与SEQID NO:8展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列的跨膜结构域；在一些实施方案中，所述重组受体的含有跨膜结构域的部分包含SEQ ID NO:9所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:9具有至少或至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述重组受体(例如CAR)的一个或多个细胞内信号传导组分含有人CD28的细胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体或部分，如在天然CD28蛋白的位置186-187处具有LL至GG取代的结构域。例如，所述细胞内信号传导结构域可以包含SEQ IDNO:10或11所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:10或11展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述细胞内结构域包含4-1BB(例如登录号Q07011.1)的细胞内共刺激信号传导结构域或其功能变体或部分，如SEQ ID NO:12所示的氨基酸序列或与SEQID NO:12展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述重组受体(例如CAR)的细胞内信号传导结构域包含人CD3ζ刺激信号传导结构域或其功能变体，如人CD3ζ(登录号：P20963.2)的亚型3的112个AA的胞质结构域或如美国专利号7,446,190或美国专利号8,911,993中所述的CD3ζ信号传导结构域。例如，在一些实施方案中，所述细胞内信号传导结构域包含SEQ ID NO:13、14或15所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO:13、14或15展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述间隔子仅含有IgG的铰链区，如仅IgG4或IgG1的铰链，如SEQ ID NO:1所示且由SEQ ID NO:2所示的序列编码的仅铰链间隔子。在一些实施方案中，所述间隔子是与CH2和/或CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链。在一些实施方案中，所述间隔子是与CH2和CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链，如SEQ ID NO:4所示。在一些实施方案中，所述间隔子是仅与CH3结构域连接的Ig铰链，例如IgG4铰链，如SEQ ID NO:3所示。在一些实施方案中，所述间隔子是或包含富甘氨酸-丝氨酸的序列或其他柔性接头，如已知的柔性接头。在一些实施方案中，所述恒定区或部分是IgD的恒定区或部分。在一些实施方案中，所述间隔子具有SEQ ID NO:5所示的序列。在一些实施方案中，所述间隔子具有与SEQID NO:1、3、4和5中任一个展现出至少或至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。
例如，在一些实施方案中，CAR包括抗体(如抗体片段，包括scFv)、间隔子(如含有免疫球蛋白分子的一部分(如铰链区和/或重链分子的一个或多个恒定区)的间隔子，如含有Ig铰链的间隔子)、含有CD28衍生的跨膜结构域的全部或部分的跨膜结构域、CD28衍生的细胞内信号传导结构域和CD3ζ信号传导结构域。在一些实施方案中，CAR包括抗体或片段(如scFv)、间隔子(如任何含Ig铰链的间隔子)、CD28衍生的跨膜结构域、4-1BB衍生的细胞内信号传导结构域和CD3ζ衍生的信号传导结构域。
在一些实施方案中，编码此类CAR构建体的核酸分子例如在编码CAR的序列的下游还包括编码T2A核糖体跳跃元件的序列和/或tEGFR序列。在一些实施方案中，所述序列编码SEQ ID NO:6或17所示的T2A核糖体跳跃元件或与SEQ ID NO:6或17展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，还可以产生表达抗原受体(例如CAR)的T细胞以表达截短的EGFR(EGFRt)作为非免疫原性选择表位(例如，通过引入编码由T2A核糖体开关隔开的CAR和EGFRt的构建体以从相同构建体表达两种蛋白质)，然后可以使用所述截短的EGFR作为标记来检测此类细胞(参见例如，美国专利号8,802,374)。在一些实施方案中，所述序列编码SEQ ID NO:7或16所示的tEGFR序列或与SEQ ID NO:7或16展现出至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。在一些情况下，肽(如T2A)可导致核糖体跳过2A元件C末端处肽键的合成(核糖体跳跃)，导致2A序列末端与下游的下一个肽之间分开(参见例如，deFelipe.Genetic Vaccines and Ther.2:13(2004)和deFelipe等人Traffic 5:616-626(2004))。已知许多2A元件。可以用于本文公开的方法和核酸中的2A序列的例子包括但不限于来自口蹄疫病毒的2A序列(F2A，例如SEQ ID NO:21)、来自马鼻炎A病毒的2A序列(E2A，例如SEQ ID NO:20)、来自明脉扁刺蛾β四体病毒(Thosea asigna virus)的2A序列(T2A，例如SEQ ID NO:6或17)和来自猪捷申病毒(porcine teschovirus)-1的2A序列(P2A，例如SEQID NO:18或19)，如美国专利公开号20070116690中所述。
在一些任何实施方案中，CAR按顺序包含对抗原具有特异性的scFv、跨膜结构域、源自共刺激分子的胞质信号传导结构域(任选地是或包含4-1BB)、以及源自含有ITAM的初级信号传导分子的胞质信号传导结构域(任选地是或包含CD3ζ信号传导结构域)，并且CAR任选地进一步包括在跨膜结构域与scFv之间的间隔子。
在一些任何实施方案中，CAR按顺序包括对抗原具有特异性的scFv、跨膜结构域、源自共刺激分子的胞质信号传导结构域(任选地是或包含4-1BB信号传导结构域)、以及源自含有ITAM的初级信号传导分子的胞质信号传导结构域(任选地是CD3ζ信号传导结构域)。
在一些任何实施方案中，CAR按顺序包含对抗原具有特异性的scFv、间隔子、跨膜结构域、源自共刺激分子的胞质信号传导结构域(任选地是4-1BB信号传导结构域)、以及源自含有ITAM的初级信号传导分子的胞质信号传导结构域(任选地是或包含CD3ζ信号传导结构域)，或由其组成。在一些方面，所述间隔子是如下多肽间隔子：(a)包含免疫球蛋白铰链或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式的全部或一部分或由其组成，或包含约15个或更少氨基酸，并且不包含CD28细胞外区域或CD8细胞外区域，(b)包含免疫球蛋白铰链(任选地IgG4铰链)或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式的全部或一部分或由其组成，和/或包含约15个或更少氨基酸，并且不包含CD28细胞外区域或CD8细胞外区域，或(c)长度是为或为约12个氨基酸，和/或包含免疫球蛋白铰链(任选地IgG4)或所述免疫球蛋白铰链的修饰形式的全部或一部分或由其组成；或(d)具有以下或由以下组成：SEQ ID NO:1的序列，由SEQ ID NO:2编码的序列、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34，或任何前述序列的变体，所述变体与所述序列具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性，或(e)包含式X1PPX2P或由其组成，其中X1是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸并且X2是半胱氨酸或苏氨酸；和/或共刺激结构域包含SEQ ID NO:12或其变体，所述变体与所述序列具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性；和/或初级信号传导结构域包含SEQ ID NO:13或14或15或其变体，所述变体与所述序列具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性；和/或scFv包含RASQDISKYLN(SEQ ID NO:35)的CDRL1序列、SRLHSGV(SEQ ID NO:36)的CDRL2序列和/或GNTLPYTFG(SEQ ID NO:37)的CDRL3序列，和/或DYGVS(SEQ ID NO:38)的CDRH1序列、VIWGSETTYYNSALKS(SEQ ID NO:39)的CDRH2序列和/或YAMDYWG(SEQ ID NO:40)的CDRH3序列，或者其中scFv包含FMC63的可变重链区和FMC63的可变轻链区和/或FMC63的CDRL1序列、FMC63的CDRL2序列、FMC63的CDRL3序列、FMC63的CDRH1序列、FMC63的CDRH2序列和FMC63的CDRH3序列，或者与前述任一项结合相同表位或与前述任一项竞争结合，并且任选地其中scFv按顺序包含VH、任选地包含SEQ ID NO:59的接头和VL，和/或scFv包含柔性接头和/或包含如SEQ ID NO:59所示的氨基酸序列。
在一些实施方案中，所述间隔子包含SEQ ID NO:1或由其组成；所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述跨膜结构域是CD28的跨膜结构域，或包含SEQ ID NO:9或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述scFv含有FMC63的结合结构域或CDR或VH和VL；所述初级信号传导结构域含有SEQ ID NO:13、14或15和/或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体。
在一些实施方案中，所述间隔子包含SEQ ID NO:30或由其组成；所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述跨膜结构域是CD28的跨膜结构域，或包含SEQ ID NO:9或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述scFv含有FMC63的结合结构域或CDR或VH和VL；所述初级信号传导结构域含有SEQ ID NO:13、14或15和/或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体。
在一些实施方案中，所述间隔子包含SEQ ID NO:31或由其组成；所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述跨膜结构域是CD28的跨膜结构域，或包含SEQ ID NO:9或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述scFv含有FMC63的结合结构域或CDR或VH和VL；所述初级信号传导结构域含有SEQ ID NO:13、14或15和/或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体。
在一些实施方案中，所述间隔子包含SEQ ID NO:33或由其组成；所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述跨膜结构域是CD28的跨膜结构域，或包含SEQ ID NO:9或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述scFv含有FMC63的结合结构域或CDR或VH和VL；所述初级信号传导结构域含有SEQ ID NO:13、14或15和/或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体。
在一些实施方案中，所述间隔子包含SEQ ID NO:34或由其组成；所述共刺激结构域包含SEQ ID NO:12或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述跨膜结构域是CD28的跨膜结构域，或包含SEQ ID NO:9或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体；所述scFv含有FMC63的结合结构域或CDR或VH和VL；所述初级信号传导结构域含有SEQ ID NO:13、14或15和/或与其具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的变体。
由向受试者施用的细胞表达的重组受体(如CAR)通常识别或特异性结合在所治疗的疾病或病症或其细胞中表达、与所治疗的疾病或病症或其细胞相关和/或为所治疗的疾病或病症或其细胞所特有的分子。在与分子(例如抗原)特异性结合后，所述受体通常将免疫刺激信号(如ITAM转导的信号)递送到细胞中，从而促进靶向所述疾病或病症的免疫反应。例如，在一些实施方案中，所述细胞表达与抗原特异性地结合的CAR，所述抗原由所述疾病或病症的细胞或组织表达或与所述疾病或病症相关。
2.T细胞受体
在一些实施方案中，与所提供的方法、用途、制品或组合物结合使用的工程化细胞(如T细胞)是表达T细胞受体(TCR)或其抗原结合部分的细胞，所述抗体或其抗原结合部分识别靶多肽(如肿瘤、病毒或自身免疫蛋白的抗原)的肽表位或T细胞表位。
在一些实施方案中，“T细胞受体”或“TCR”是含有可变α和β链(也分别称为TCRα和TCRβ)或可变γ和δ链(也分别称为TCRα和TCRβ)的分子或其抗原结合部分，并且其能够特异性地结合与MHC分子结合的肽。在一些实施方案中，TCR呈αβ形式。通常，以αβ和γδ形式存在的TCR一般在结构上相似，但是表达它们的T细胞可以具有不同的解剖位置或功能。TCR可以在细胞的表面上发现或以可溶形式发现。通常，发现TCR在T细胞(或T淋巴细胞)的表面上，在此处它通常负责识别与主要组织相容性复合物(MHC)分子结合的抗原。
除非另有说明，否则术语“TCR”应理解为涵盖完整的TCR以及其抗原结合部分或其抗原结合片段。在一些实施方案中，TCR是完整或全长TCR，包括呈αβ形式或γδ形式的TCR。在一些实施方案中，TCR是如下抗原结合部分，所述抗原结合部分小于全长TCR但与在MHC分子中结合的特定肽结合(如与MHC-肽复合物结合)。在一些情况下，TCR的抗原结合部分或片段可以仅含有全长或完整TCR的结构性结构域的一部分，但是仍能够结合与完整TCR结合的肽表位(如MHC-肽复合物)。在一些情况下，抗原结合部分含有TCR的可变结构域(如TCR的可变α链和可变β链)，足以形成用于与特定MHC-肽复合物结合的结合位点。通常，TCR的可变链含有参与肽、MHC和/或MHC-肽复合物的识别的互补决定区。
在一些实施方案中，TCR的可变结构域含有超变环或互补决定区(CDR)，它们通常是抗原识别和结合能力和特异性的主要贡献者。在一些实施方案中，TCR的CDR或其组合形成给定TCR分子的全部或基本上全部的抗原结合位点。TCR链的可变区内的各个CDR通常由框架区(FR)隔开，与CDR相比，所述框架区通常在TCR分子之间展示较低可变性(参见例如，Jores等人,Proc.Nat’l Acad.Sci.U.S.A.87:9138,1990；Chothia等人,EMBO J.7:3745,1988；还参见Lefranc等人,Dev.Comp.Immunol.27:55,2003)。在一些实施方案中，CDR3是负责抗原结合或特异性的主要CDR，或者是在给定TCR可变区的用于肽-MHC复合物的加工肽部分的抗原识别和/或用于与其相互作用的三个CDR中最重要的CDR。在一些情况下，α链的CDR1可以与某些抗原肽的N末端部分相互作用。在一些情况下，β链的CDR1可以与所述肽的C末端部分相互作用。在一些情况下，CDR2对与MHC-肽复合物的MHC部分的相互作用或识别具有最强的作用或者是主要的负责CDR。在一些实施方案中，β链的可变区可以含有另外的高变区(CDR4或HVR4)，其通常参与超抗原结合而非抗原识别(Kotb(1995)ClinicalMicrobiology Reviews,8:411-426)。
在一些实施方案中，TCR还可以含有恒定结构域、跨膜结构域和/或短胞质尾(参见例如，Janeway等人,Immunobiology:The Immune System in Health and Disease,第3版,Current Biology Publications,第4:33页,1997)。在一些方面，TCR的每条链可以具有一个N末端免疫球蛋白可变结构域、一个免疫球蛋白恒定结构域、跨膜区和位于C末端的短胞质尾。在一些实施方案中，TCR与参与介导信号转导的CD3复合物的不变蛋白质缔合。
在一些实施方案中，TCR链含有一个或多个恒定结构域。例如，给定TCR链(例如，α链或β链)的细胞外部分可以含有与细胞膜相邻的两个免疫球蛋白样结构域，如可变结构域(例如，Vα或Vβ；通常为基于Kabat编号的氨基酸1至116，Kabat等人,“Sequences ofProteins of Immunological Interest”,US Dept.Health and Human Services,PublicHealth Service National Institutes of Health,1991,第5版)和恒定结构域(例如，α链恒定结构域或Cα，通常为基于Kabat编号的链的位置117至259；或β链恒定结构域或Cβ，通常为基于Kabat的链的位置117至295)。例如，在一些情况下，由两条链形成的TCR的细胞外部分含有两个膜近端恒定结构域和两个膜远端可变结构域，其中可变结构域各自含有CDR。TCR的恒定结构域可含有短连接序列，其中半胱氨酸残基形成二硫键，由此连接TCR的两条链。在一些实施方案中，TCR可在每条α和β链中具有另外的半胱氨酸残基，使得TCR在恒定结构域中含有两个二硫键。
在一些实施方案中，所述TCR链含有跨膜结构域。在一些实施方案中，所述跨膜结构域带正电荷。在一些情况下，所述TCR链含有胞质尾。在一些情况下，所述结构允许TCR与其他分子(如CD3及其亚基)缔合。例如，含有恒定结构域与跨膜区的TCR可以将所述蛋白质锚定在细胞膜中并与CD3信号传导装置或复合物的不变亚基缔合。CD3信号传导亚基(例如，CD3γ、CD3δ、CD3ε和CD3ζ链)的细胞内尾含有TCR复合物的信号传导能力中所涉及的一个或多个免疫受体酪氨酸激活基序或ITAM。
在一些实施方案中，TCR可以是两条链α和β(或者任选地γ和δ)的异二聚体，或者其可以是单链TCR构建体。在一些实施方案中，TCR是含有两条单独链(α和β链或γ和δ链)的异二聚体，所述链是通过例如一个或多个二硫键连接。
在一些实施方案中，TCR可以从一个或多个已知的TCR序列(如Vα,β链的序列)产生，所述一个或多个已知的TCR序列的基本上全长的编码序列是易于获得的。用于从细胞来源获得全长TCR序列(包括V链序列)的方法是熟知的。在一些实施方案中，编码TCR的核酸可以从多种来源获得，如通过一种或多种给定细胞内的或从所述一种或多种给定细胞分离的编码TCR的核酸的聚合酶链式反应(PCR)扩增获得，或者通过公众可用的TCR DNA序列的合成获得。
在一些实施方案中，TCR是从生物来源获得，如来自细胞(如来自T细胞(例如细胞毒性T细胞))、T细胞杂交瘤或其他公众可用的来源。在一些实施方案中，T细胞可以从体内分离的细胞获得。在一些实施方案中，TCR是胸腺选择的TCR。在一些实施方案中，TCR是新表位限制性TCR。在一些实施方案中，T细胞可以是培养的T细胞杂交瘤或克隆。在一些实施方案中，TCR或其抗原结合部分或其抗原结合片段可以根据对所述TCR序列的知识以合成方式产生。
在一些实施方案中，TCR是从通过针对靶多肽抗原或其靶T细胞表位筛选候选TCR文库而鉴定或选择的TCR产生的。TCR文库可以通过扩增来自T细胞的Vα和Vβ库来产生，所述T细胞是从受试者分离，包括存在于PBMC、脾或其他淋巴器官中的细胞。在一些情况下，T细胞可以从肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)扩增。在一些实施方案中，TCR文库可以从CD4+或CD8+细胞产生。在一些实施方案中，TCR可以从正常或健康受试者的T细胞来源扩增，即正常TCR文库。在一些实施方案中，TCR可以从患病受试者的T细胞来源扩增，即患病TCR文库。在一些实施方案中，使用简并引物扩增Vα和Vβ的基因库，如通过在从人获得的样品(如T细胞)中进行RT-PCR。在一些实施方案中，scTv文库可以从天然Vα和Vβ文库组装，其中扩增的产物被克隆或组装以通过接头隔开。根据所述受试者和细胞的来源，文库可以是HLA等位基因特异性的。可替代地，在一些实施方案中，TCR文库可以通过亲本或支架TCR分子的诱变或多样化产生。在一些方面，使TCR经历例如α或β链的定向进化，如通过诱变来进行。在一些方面，TCR的CDR内的特定残基被改变。在一些实施方案中，所选TCR可以通过亲和力成熟来修饰。在一些实施方案中，可以选择抗原特异性T细胞，如通过筛选以评估针对所述肽的CTL活性。在一些方面，可以选择例如存在于抗原特异性T细胞上的TCR，如通过对抗原的结合活性(例如特定亲和力或亲合力)来选择。
在一些实施方案中，TCR或其抗原结合部分是已经修饰或工程化的。在一些实施方案中，使用定向进化方法来产生具有改变的特性如具有较高的对特定MHC-肽复合物的亲和力的TCR。在一些实施方案中，通过展示方法实现定向进化，所述展示方法包括但不限于酵母展示(Holler等人(2003)Nat Immunol,4,55-62；Holler等人(2000)Proc Natl Acad SciU S A,97,5387-92)；噬菌体展示(Li等人(2005)Nat Biotechnol,23,349-54)或T细胞展示(Chervin等人(2008)J Immunol Methods,339,175-84)。在一些实施方案中，展示方法涉及工程化或修饰已知的亲本或参考TCR。例如，在一些情况下，野生型TCR可以用作模板以用于产生诱变的TCR，其中CDR的一个或多个残基被突变，并且选择具有所需改变的特性(如对所需靶抗原具有更高的亲和力)的突变体。
在一些实施方案中，用于在产生或生成目的TCR中使用的靶多肽的肽是已知的或者可以容易地鉴定。在一些实施方案中，适用于在产生TCR或抗原结合部分中使用的肽可以基于目的靶多肽(如下文所述的靶多肽)中HLA限制性基序的存在来确定。在一些实施方案中，使用可用的计算机预测模型来鉴定肽。在一些实施方案中，对于预测MHC I类结合位点，此类模型包括但不限于ProPred1(Singh和Raghava(2001)Bioinformatics17(12):1236-1237)和SYFPEITHI(参见Schuler等人(2007)Immunoinformatics Methods in MolecularBiology,409(1):75-93 2007)。在一些实施方案中，MHC限制性表位是HLA-A0201，其在所有高加索人的大约39％-46％中表达，并且因此代表用于制备TCR或其他MHC-肽结合分子的MHC抗原的合适选择。
使用计算机预测模型的蛋白酶体和免疫蛋白酶体的HLA-A0201结合基序和切割位点是已知的。用于预测MHC I类结合位点的此类模型包括但不限于ProPred1(更详细地描述于Singh和Raghava,ProPred:prediction of HLA-DR binding sites.BIOINFORMATICS 17(12):1236-1237 2001)和SYFPEITHI(参见Schuler等人SYFPEITHI,Database forSearching and T-Cell Epitope Prediction.in Immunoinformatics Methods inMolecular Biology,第409卷(1):75-93 2007)。
在一些实施方案中，TCR或其抗原结合部分可以是重组产生的天然蛋白质或其突变形式(其中一种或多种特性(如结合特征)已经被改变)。在一些实施方案中，TCR可以源自各种动物物种之一，如人、小鼠、大鼠或其他哺乳动物。TCR可以是细胞结合的或呈可溶形式。在一些实施方案中，出于所提供的方法的目的，TCR呈在细胞的表面上表达的细胞结合形式。
在一些实施方案中，TCR是全长TCR。在一些实施方案中，TCR是抗原结合部分。在一些实施方案中，TCR是二聚TCR(dTCR)。在一些实施方案中，TCR是单链TCR(sc-TCR)。在一些实施方案中，dTCR或scTCR具有如WO 03/020763、WO 04/033685、WO 2011/044186中所述的结构。
在一些实施方案中，TCR含有对应于跨膜序列的序列。在一些实施方案中，TCR确实含有对应于胞质序列的序列。在一些实施方案中，TCR能够与CD3形成TCR复合物。在一些实施方案中，任何TCR(包括dTCR或scTCR)可以与在T细胞的表面上产生活性TCR的信号传导结构域连接。在一些实施方案中，TCR在细胞的表面上表达。
在一些实施方案中，dTCR含有第一多肽，其中对应于TCRα链可变区序列的序列与对应于TCRα链恒定区细胞外序列的序列的N末端融合；和第二多肽，其中对应于TCRβ链可变区序列的序列与对应于TCRβ链恒定区细胞外序列的序列的N末端融合，所述第一和第二多肽通过二硫键连接。在一些实施方案中，所述键可以对应于天然二聚αβTCR中存在的天然链间二硫键。在一些实施方案中，所述链间二硫键不存在于天然TCR中。例如，在一些实施方案中，可以将一个或多个半胱氨酸掺入dTCR多肽对的恒定区细胞外序列中。在一些情况下，可能需要天然和非天然二硫键二者。在一些实施方案中，TCR含有跨膜序列以锚定至膜。
在一些实施方案中，dTCR含有TCRα链(含有可变α结构域、恒定α结构域和附接至恒定α结构域C末端的第一二聚化基序)和TCRβ链(包含可变β结构域、恒定β结构域和附接至恒定β结构域C末端的第一二聚化基序)，其中所述第一和第二二聚化基序易于相互作用以在第一二聚化基序的氨基酸与第二二聚化基序的氨基酸之间形成共价键，从而将TCRα链与TCRβ链连接在一起。
在一些实施方案中，TCR是scTCR。通常，可以使用已知的方法产生scTCR，参见例如Soo Hoo,W.F.等人PNAS(USA)89,4759(1992)；Wülfing,C.和Plückthun,A.,J.Mol.Biol.242,655(1994)；Kurucz,I.等人PNAS(USA)90 3830(1993)；国际公开PCT号WO96/13593、WO 96/18105、WO 99/60120、WO 99/18129、WO 03/020763、WO 2011/044186；以及Schlueter,C.J.等人J.Mol.Biol.256,859(1996)。在一些实施方案中，scTCR含有引入的非天然链间二硫键以促进TCR链的缔合(参见例如，国际公开PCT号WO 03/020763)。在一些实施方案中，scTCR是非二硫键连接的截短的TCR，其中与其C末端融合的异源亮氨酸拉链促进链缔合(参见例如，国际公开PCT号WO 99/60120)。在一些实施方案中，scTCR含有经由肽接头与TCRβ可变结构域共价连接的TCRα可变结构域(参见例如，国际公开PCT号WO 99/18129)。
在一些实施方案中，scTCR含有由对应于TCRα链可变区的氨基酸序列构成的第一区段、由对应于TCRβ链可变区序列的氨基酸序列构成的第二区段(融合至对应于TCRβ链恒定结构域细胞外序列的氨基酸序列的N末端)以及将第一区段的C末端连接至第二区段的N末端的接头序列。
在一些实施方案中，scTCR含有第一区段(其由与α链细胞外恒定结构域序列的N末端融合的α链可变区序列构成)和第二区段(其由与序列β链细胞外恒定和跨膜序列的N末端融合的β链可变区序列构成)以及任选地接头序列(其将所述第一区段的C末端连接至所述第二区段的N末端)。
在一些实施方案中，scTCR含有第一区段(其由与β链细胞外恒定结构域序列的N末端融合的TCRβ链可变区序列构成)和第二区段(其由与序列α链细胞外恒定和跨膜序列的N末端融合的α链可变区序列构成)以及任选地接头序列(其将所述第一区段的C末端连接至所述第二区段的N末端)。
在一些实施方案中，scTCR的连接所述第一和第二TCR区段的接头可以是能够形成单多肽链同时保留TCR结合特异性的任何接头。在一些实施方案中，所述接头序列可例如具有式-P-AA-P-，其中P是脯氨酸并且AA代表氨基酸序列，其中所述氨基酸是甘氨酸和丝氨酸。在一些实施方案中，第一和第二区段配对，使得其可变区序列定向用于这种结合。因此，在一些情况下，所述接头具有足够的长度以跨越第一区段的C末端与第二区段的N末端之间的距离，或反之亦然，但是不能太长以阻断或减少scTCR与靶配体的结合。在一些实施方案中，所述接头可以含有从或从约10至45个氨基酸，如10至30个氨基酸或26至41个氨基酸残基，例如29、30、31或32个氨基酸。在一些实施方案中，所述接头具有式-PGGG-(SGGGG)5-P-，其中P是脯氨酸，G是甘氨酸，并且S是丝氨酸(SEQ ID NO:22)。在一些实施方案中，所述接头具有序列GSADDAKKDAAKKDGKS(SEQ ID NO:23)。
在一些实施方案中，scTCR含有共价二硫键，所述共价二硫键将α链的恒定结构域的免疫球蛋白区域的残基连接至β链的恒定结构域的免疫球蛋白区域的残基。在一些实施方案中，不存在天然TCR中的链间二硫键。例如，在一些实施方案中，可以将一个或多个半胱氨酸掺入所述scTCR多肽的第一和第二区段的恒定区细胞外序列中。在一些情况下，可能需要天然和非天然二硫键二者。
在含有引入的链间二硫键的dTCR或scTCR的一些实施方案中，不存在天然二硫键。在一些实施方案中，用形成天然链间二硫键的一个或多个天然半胱氨酸取代另一残基，如取代丝氨酸或丙氨酸。在一些实施方案中，可以通过使第一和第二区段上的非半胱氨酸残基突变为半胱氨酸来形成引入的二硫键。TCR的示例性非天然二硫键描述于公开的国际PCT号WO 2006/000830中。
在一些实施方案中，TCR或其抗原结合片段对靶抗原以平衡结合常数展现出亲和力，所述平衡结合常数在或在约10-5与10-12M之间以及其中的所有单独值和范围。在一些实施方案中，所述靶抗原是MHC-肽复合物或配体。
在一些实施方案中，编码TCR(如α和β链)的一种或多种核酸可以通过PCR、克隆或其他合适的方式扩增，并且克隆至一种或多种合适的表达载体中。所述表达载体可以是任何合适的重组表达载体，并且可以用于转化或转染任何合适的宿主。合适的载体包括设计用于繁殖和扩增或用于表达或用于所述二者的那些，如质粒和病毒。
在一些实施方案中，所述载体可以是以下系列的载体：pUC系列(Fermentas LifeSciences)、pBluescript系列(Stratagene，加利福尼亚州拉霍亚)、pET系列(Novagen，威斯康星州麦迪逊)、pGEX系列(Pharmacia Biotech，瑞典乌普萨拉)或pEX系列(Clontech，加利福尼亚州帕洛阿尔托)。在一些情况下，也可以使用噬菌体载体，如λG10、λGT11、λZapII(Stratagene)、λEMBL4和λNM1149。在一些实施方案中，可以使用植物表达载体，并且包括pBI01、pBI101.2、pBI101.3、pBI121和pBIN19(Clontech)。在一些实施方案中，动物表达载体包括pEUK-Cl、pMAM和pMAMneo(Clontech)。在一些实施方案中，使用病毒载体，如逆转录病毒载体。
在一些实施方案中，所述重组表达载体可以使用标准的重组DNA技术来制备。在一些实施方案中，载体可以含有调节序列，如转录和翻译起始和终止密码子，其对引入载体的宿主(例如，细菌、真菌、植物或动物)的类型具有特异性，酌情并考虑所述载体是基于DNA还是基于RNA。在一些实施方案中，所述载体可以含有非天然启动子，其与编码TCR或抗原结合部分(或其他MHC-肽结合分子)的核苷酸序列可操作地连接。在一些实施方案中，所述启动子可以是非病毒启动子或病毒启动子，如巨细胞病毒(CMV)启动子、SV40启动子、RSV启动子和在鼠干细胞病毒的长末端重复序列中发现的启动子。还考虑其他已知的启动子。
在一些实施方案中，为了生成编码TCR的载体，将α和β链从自表达目的TCR的T细胞克隆分离的总cDNA进行PCR扩增，并克隆至表达载体中。在一些实施方案中，将α和β链克隆到同一载体中。在一些实施方案中，将α和β链克隆到不同的载体中。在一些实施方案中，将生成的α和β链掺入逆转录病毒(例如，慢病毒)载体中。基因工程化细胞和产生细胞的方法
在一些实施方案中，所提供的方法涉及向患有疾病或病症的受试者施用表达重组抗原受体的细胞。用于引入基因工程化组分例如重组受体(例如CAR或TCR)的各种方法是熟知的，并且可以与所提供的方法和组合物一起使用。示例性方法包括用于转移编码受体的核酸的那些，包括通过病毒(例如，逆转录病毒或慢病毒)、转导、转座子和电穿孔来进行。
表达受体并通过所提供的方法施用的细胞包括工程化细胞。基因工程化通常涉及如通过逆转录病毒转导、转染或转化，将编码重组或工程化组分的核酸引入含有细胞的组合物中。
B.工程化的方法
在特定实施方案中，所述工程化细胞通过如下过程来产生，所述过程从一种或多种输入组合物和/或从单个生物样品产生富集T细胞的输出组合物。在某些实施方案中，所述输出组合物含有表达重组受体(例如CAR，如抗CD19 CAR)的细胞。在特定实施方案中，所述输出组合物的细胞适合于作为疗法(例如自体细胞疗法)向受试者施用。在一些实施方案中，所述输出组合物是富集CD4+或CD8+T细胞的组合物。
在一些实施方案中，用于生成或产生工程化细胞的过程是通过如下过程来进行的，所述过程包括以下中的一些或全部步骤：收集或获得生物样品；从生物样品中分离、选择或富集输入细胞；冷冻保存和储存输入细胞；解冻和/或在刺激条件下孵育输入细胞；将所刺激的细胞进行工程化以表达或含有重组多核苷酸，例如编码重组受体如CAR的多核苷酸；将工程化细胞培育至例如阈值量、密度或扩增；将培育的细胞配制在输出组合物中；和/或冷冻保存和储存配制的输出细胞，直到细胞被释放用于输注和/或适合于向受试者施用。在某些实施方案中，所述过程用富集T细胞的两种或更多种输入组合物(如单独的CD4+组合物和单独的CD8+组合物)进行，所述两种或更多种输入组合物分别从相同的起始或初始生物样品处理和工程化，并以CD4+与CD8+T细胞的限定比率(例如1:1比率)重新输注回受试者体内。在一些实施方案中，富集的T细胞是或包含工程化的T细胞，例如，转导以表达重组受体的T细胞。
在特定实施方案中，表达重组受体(例如抗CD19 CAR)的工程化细胞的输出组合物由细胞的初始和/或输入组合物产生。在一些实施方案中，所述输出组合物是富集CD3+T细胞、富集CD4+T细胞和/或富集CD8+T细胞的组合物(在下文也分别称为富集T细胞的组合物、富集CD4+T细胞的组合物和富集CD8+T细胞的组合物)。在一些实施方案中，富集CD4+T细胞的组合物含有至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％或99.9％CD4+T细胞。在特定实施方案中，富集CD4+T细胞的组合物含有约100％CD4+T细胞。在某些实施方案中，富集CD4+T细胞的组合物包括或含有少于20％、少于10％、少于5％、少于1％、少于0.1％或少于0.01％CD8+T细胞，和/或不含CD8+T细胞，和/或不含或基本上不含CD8+T细胞。在一些实施方案中，富集CD4+T细胞的群体基本上由CD4+T细胞组成。在一些实施方案中，富集CD8+T细胞的组合物含有至少75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％或99.9％CD8+T细胞，或者含有或含有约100％CD8+T细胞。在某些实施方案中，富集CD8+T细胞的组合物包括或含有少于20％、少于10％、少于5％、少于1％、少于0.1％或少于0.01％CD4+T细胞，和/或不含CD4+T细胞，和/或不含或基本上不含CD4+T细胞。在一些实施方案中，富集CD8+T细胞的群体基本上由CD8+T细胞组成。
在一些实施方案中，富集CD3+T细胞的组合物含有至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％或99.9％CD3+T细胞。在特定实施方案中，富集CD3+T细胞的组合物含有约100％CD3+T细胞。在某些实施方案中，富集CD3+T细胞的组合物包括CD4+T细胞和CD8+T细胞，所述T细胞中CD4+T细胞与CD8+T细胞的比率在大约1:3与大约3:1之间，如大约1:1。
在某些实施方案中，用于产生工程化细胞的过程还可以包括以下中的一种或多种：激活和/或刺激细胞，例如输入组合物的细胞；和/或将激活和/或刺激的细胞进行基因工程化，例如以通过转导或转染引入编码重组蛋白的多核苷酸；和/或例如在促进增殖和/或扩增的条件下，培育工程化细胞。在特定实施方案中，所提供的方法可以与收获、收集和/或配制在细胞已经被孵育、激活、刺激、工程化、转导、转染和/或培育之后产生的输出组合物结合使用。
在一些实施方案中，通过用于选择、分离、激活、刺激、扩增、培育和/或配制细胞的过程产生或生成根据所提供的方法使用的工程化细胞，如表达抗CD19 CAR的那些。在一些实施方案中，此类方法包括如所述的任一种。
在一些实施方案中，富集CD4+T细胞的至少一种单独组合物和富集CD8+T细胞的至少一种单独组合物是从单一生物样品(例如，来自同一供体(如患者或健康个体)的PBMC或其他白细胞样品)中分离、选择、富集或获得的。在一些实施方案中，富集CD4+T细胞的单独组合物和富集CD8+T细胞的单独组合物来源(例如，最初分离、选择和/或富集)于同一生物样品(如从单一受试者获得、收集和/或获取的单一生物样品)。在一些实施方案中，首先使生物样品经历CD4+T细胞的选择，其中保留了阴性和阳性级分，并且进一步使阴性级分经历CD8+T细胞的选择。在其他实施方案中，首先使生物样品经历CD8+T细胞的选择，其中保留了阴性和阳性级分，并且进一步使阴性级分经历CD4+T细胞的选择。在一些实施方案中，如在国际PCT公开号WO2015/164675中所述进行选择方法。在一些方面，首先对生物样品阳性选择CD8+T细胞以生成富集CD8+T细胞的至少一种组合物，并且然后对阴性级分阳性选择CD4+T细胞以生成富集CD4+T细胞的至少一种组合物，使得富集CD8+T细胞的至少一种组合物和富集CD4+T细胞的至少一种组合物是来自同一生物样品(例如，来自同一供体患者或健康个体)的单独组合物。在一些方面，将富集T细胞的两种或更多种单独组合物(例如，至少一种是富集CD4+T细胞的组合物，并且至少一种是来自同一供体的富集CD8+T细胞的单独组合物)单独冷冻(例如，低温保护或低温保存)在低温保存介质中。
在一些方面，将来自同一生物样品的富集T细胞的两种或更多种单独组合物(例如至少一种是富集CD4+T细胞的组合物并且至少一种是富集CD8+T细胞的单独组合物)通过与刺激试剂接触(例如通过与用于T细胞激活的CD3/CD28缀合的磁珠一起孵育)进行激活和/或刺激。在一些方面，例如使用编码重组蛋白(例如CAR)的病毒载体对激活/刺激的细胞组合物中的每一种进行工程化、转导和/或转染，以在每种细胞组合物的CD4+T细胞和CD8+T细胞中表达相同的重组蛋白。在一些方面，所述方法包括从细胞组合物中去除刺激试剂，例如磁珠。在一些方面，分别培育含有工程化CD4+T细胞的细胞组合物和含有工程化CD8+T细胞的细胞组合物，例如用于其中的CD4+T细胞和CD8+T细胞群的扩增。在某些实施方案中，例如通过在配制缓冲液中洗涤细胞组合物来收获和/或收集和/或配制来自培育的细胞组合物。在某些实施方案中，将包含CD4+T细胞的配制细胞组合物和包含CD8+T细胞的配制细胞组合物冷冻(例如，低温保护或低温保存)在低温保存介质中。在一些方面，每种配制品中的工程化CD4+T细胞和CD8+T细胞源自同一供体或生物样品并表达相同的重组蛋白(例如CAR，如抗CD19 CAR)。在一些方面，将单独的工程化CD4+配制品和单独的工程化CD8+配制品以限定比率(例如1:1)施用至有需要的受试者，如同一供体。
在一些方面，从来自受试者的样品选择富集T细胞的两种或更多种单独组合物(例如，至少一种是富集CD4+T细胞的组合物并且至少一种是来自同一生物样品的富集CD8+T细胞的单独组合物)，然后将其以限定比率(例如1:1)组合。在一些实施方案中，通过与刺激试剂接触(例如，通过与用于T细胞激活的CD3/CD28缀合的磁珠一起孵育)来激活和/或刺激富集CD4+和CD8+T细胞的组合的组合物。在一些方面，例如使用编码重组蛋白(例如CAR)的病毒载体对激活/刺激的细胞组合物进行工程化、转导和/或转染，以在所述细胞组合物的CD4+T细胞和CD8+T细胞中表达所述重组蛋白。在一些方面，所述方法包括从细胞组合物中去除刺激试剂，例如磁珠。在一些方面，培育含有工程化CD4+T细胞和工程化CD8+T细胞的细胞组合物，例如用于在其中扩增所述CD4+T细胞群和CD8+T细胞群。在某些实施方案中，例如通过在配制缓冲液中洗涤细胞组合物来收获和/或收集和/或配制来自培育的细胞组合物。在某些实施方案中，在低温保存介质中冷冻(例如，低温保护或低温保存)包含重组受体(例如CAR)工程化CD4+T细胞和CD8+T细胞的配制细胞组合物。在一些方面，所述配制品中的工程化CD4+T细胞和CD8+T细胞源自同一供体或生物样品，并且表达相同重组蛋白(例如CAR，如抗CD19 CAR)。
在一些方面，从来自受试者的样品选择富集CD3+T细胞的组合物。在一些实施方案中，通过与刺激试剂接触(例如，通过与用于T细胞激活的CD3/CD28缀合的磁珠一起孵育)来激活和/或刺激富集CD3+T细胞的组合物。在一些方面，使用编码重组蛋白(例如CAR)的病毒载体对激活/刺激的细胞组合物进行工程化、转导和/或转染，以表达在所述细胞组合物的T细胞中表达所述重组蛋白。在一些方面，所述方法包括从细胞组合物中去除刺激试剂，例如磁珠。在一些方面，培育含有工程化的CD3+T细胞的细胞组合物，例如，用于扩增其中的T细胞群。在某些实施方案中，例如通过在配制缓冲液中洗涤细胞组合物来收获和/或收集和/或配制来自培育的细胞组合物。在某些实施方案中，在低温保存介质中冷冻(例如，低温保护或低温保存)包含重组受体(例如CAR)工程化CD3+T细胞的配制细胞组合物。在一些方面，所述配制品中工程化的CD3+T细胞表达CAR，如抗CD19 CAR。
1.用于基因工程化的细胞和细胞的制备
在一些实施方案中，与所提供的方法、用途、制品或组合物结合使用的细胞(如T细胞)是已经进行基因工程化以表达本文所述的重组受体(例如CAR或TCR)的细胞。在一些实施方案中，所述工程化细胞在细胞疗法(例如，过继细胞疗法)的情况下使用。在一些实施方案中，所述工程化细胞是免疫细胞。在一些实施方案中，所述工程化细胞是T细胞，如CD4+和CD8+T细胞、CD4+T细胞或CD8+T细胞。
在一些实施方案中，所述核酸(如编码重组受体的核酸)是异源的，即通常在细胞或从所述细胞获得的样品中不存在，如从另一种生物体或细胞获得的核酸，所述核酸通常在被工程化的细胞和/或衍生出这种细胞的生物体中没有发现。在一些实施方案中，所述核酸不是天然存在的如自然界中未发现的核酸，包括包含编码来自多种不同细胞类型的各种结构域的核酸的嵌合组合的核酸。
所述细胞通常是真核细胞，如哺乳动物细胞，并且通常是人细胞。在一些实施方案中，所述细胞源自血液、骨髓、淋巴或淋巴器官，是免疫系统的细胞，如先天或适应性免疫的细胞，例如骨髓或淋巴细胞，包括淋巴细胞，通常为T细胞和/或NK细胞。其他示例性细胞包括干细胞，如多潜能干细胞和多能干细胞，包括诱导多能干细胞(iPSC)。所述细胞通常是原代细胞，如直接从受试者分离和/或从受试者分离并冷冻的那些。在一些实施方案中，所述细胞包括T细胞或其他细胞类型的一个或多个子集，如整个T细胞群、CD4+细胞、CD8+细胞及其亚群，如由以下各项所定义的那些亚群：功能、激活状态、成熟度、分化的可能性、扩增、再循环、定位和/或持久能力、抗原特异性、抗原受体类型、在特定器官或区室中的存在、标记或细胞因子分泌特征和/或分化程度。关于要治疗的受试者，所述细胞可以是同种异体的和/或自体的。所述方法包括现成的方法。在一些方面，如对于现成的技术，所述细胞是多能和/或多潜能的，如干细胞，如诱导多能干细胞(iPSC)。在一些实施方案中，所述方法包括从受试者分离细胞、将其制备、加工、培养和/或工程化，并在低温保存之前或之后将它们重新引入同一受试者体内。
T细胞和/或CD4+和/或CD8+T细胞的亚型和亚群包括幼稚T(TN)细胞、效应T细胞(TEFF)、记忆T细胞及其亚型(如干细胞记忆T(TSCM)、中枢记忆T(TCM)，效应记忆T(TEM)或终末分化效应记忆T细胞)、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、未成熟T细胞、成熟T细胞、辅助T细胞、细胞毒性T细胞、粘膜相关不变T(MAIT)细胞、天然存在和适应性调节T(Treg)细胞、辅助T细胞(如TH1细胞、TH2细胞、TH3细胞、TH17细胞、TH9细胞、TH22细胞、滤泡辅助细胞T细胞)、α/βT细胞和δ/γT细胞。
在一些实施方案中，所述细胞是自然杀伤(NK)细胞。在一些实施方案中，所述细胞是单核细胞或粒细胞，例如，骨髓细胞、巨噬细胞、嗜中性粒细胞、树突细胞、肥大细胞、嗜酸性粒细胞和/或嗜碱性粒细胞。
在一些实施方案中，所述细胞包括经由基因工程化引入的一种或多种核酸，并且由此表达此类核酸的重组或基因工程化的产物。在一些实施方案中，所述核酸是异源的，即通常不存在于细胞或从细胞获得的样品中，如从另一种生物或细胞获得的核酸，例如，所述核酸通常不在进行工程化的细胞和/或这种细胞所来源的生物中发现。在一些实施方案中，所述核酸不是天然存在的如自然界中未发现的核酸，包括包含编码来自多种不同细胞类型的各种结构域的核酸的嵌合组合的核酸。
在一些实施方案中，工程化细胞的制备包括一个或多个培养和/或制备步骤。用于引入编码转基因受体(如CAR)的核酸的细胞可以从样品(如生物样品，例如从受试者获得或源自受试者的生物样品)分离。在一些实施方案中，分离出细胞的受试者是患有疾病或病症或需要细胞疗法或将对其施用细胞疗法的受试者。在一些实施方案中，所述受试者是需要特定治疗性干预(如过继细胞疗法，其中细胞被分离、加工和/或工程化)的人。
因此，在一些实施方案中，所述细胞是原代细胞，例如原代人细胞。所述样品包括直接取自受试者的组织、流体和其他样品、以及来源于一个或多个加工步骤(如分离、离心、基因工程化(例如，用病毒载体转导)、洗涤和/或孵育)的样品。所述生物样品可以是直接从生物来源获得的样品或经过加工的样品。所述生物样品包括但不限于体液(如血液、血浆、血清、脑脊液、滑液、尿液和汗液)、组织和器官样品，包括源自其的加工样品。
在一些方面，细胞从其中来源或分离的样品是血液或血液来源的样品，或者是或源自单采术或白细胞单采术产物。示例性样品包括全血、外周血单个核细胞(PBMC)、白细胞、骨髓、胸腺、组织活检物、肿瘤、白血病、淋巴瘤、淋巴结、肠相关淋巴组织、粘膜相关淋巴组织、脾、其他淋巴组织、肝、肺、胃、肠、结肠、肾、胰腺、乳房、骨、前列腺、子宫颈、睾丸、卵巢、扁桃体或其他器官和/或源自其的细胞。在细胞疗法(例如，过继细胞疗法)的情况下，样品包括来自自体和同种异体来源的样品。
在一些实施方案中，所述细胞源自细胞系，例如T细胞系。在一些实施方案中，所述细胞获自异种来源，例如获自小鼠、大鼠、非人灵长类动物和猪。
在一些实施方案中，细胞的分离包括一个或多个制备步骤和/或非基于亲和力的细胞分离步骤。在一些例子中，将细胞在存在一种或多种试剂的情况下洗涤、离心和/或孵育，例如以去除不需要的组分、针对所需组分进行富集、裂解或去除对特定试剂敏感的细胞。在一些例子中，细胞基于一种或多种特性来分离，所述特性如密度、粘附特性、大小、对特定组分的敏感性和/或耐药性。
在一些例子中，例如通过单采术或白细胞单采术获得来自受试者的循环血液的细胞。在一些方面，所述样品含有淋巴细胞(包括T细胞、单核细胞、粒细胞、B细胞)、其他有核白细胞、红细胞和/或血小板，并且在一些方面含有除红细胞和血小板之外的细胞。
在一些实施方案中，洗涤从受试者收集的血细胞以例如去除血浆级分，并将细胞置于适当缓冲液或介质中以用于后续的处理步骤。在一些实施方案中，用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤细胞。在一些实施方案中，洗涤溶液缺乏钙和/或镁和/或许多或所有二价阳离子。在一些方面，根据制造商的说明书，通过半自动“流通式”离心机(例如，Cobe 2991细胞处理器，Baxter)完成洗涤步骤。在一些方面，根据制造商的说明书，通过切向流过滤(TFF)完成洗涤步骤。在一些实施方案中，洗涤后将细胞重悬于多种生物相容性缓冲液(例如像不含Ca++/Mg++的PBS)中。在某些实施方案中，去除血细胞样品的组分并将细胞直接重悬于培养基中。
在一些实施方案中，所述方法包括基于密度的细胞分离方法，如通过裂解红细胞并通过Percoll或Ficoll梯度离心而从外周血制备白细胞。
在一些实施方案中，选择步骤的至少一部分包括将细胞与选择试剂一起孵育。与一种或多种选择试剂一起孵育，例如作为选择方法的一部分可以使用一种或多种选择试剂来进行，以用于基于一种或多种特定分子(如表面标记(例如表面蛋白)、细胞内标记或核酸)在细胞中或细胞上的表达或存在来选择一种或多种不同的细胞类型。在一些实施方案中，可以使用任何已知的利用一种或多种选择试剂基于此类标记进行分离的方法。在一些实施方案中，所述一种或多种选择试剂导致分离，所述分离是基于亲和力或基于免疫亲和力的分离。例如，在一些方面，所述选择包括与一种或多种试剂一起孵育，用于基于一种或多种标记(通常是细胞表面标记)的细胞表达或表达水平来分离细胞和细胞群，例如通过以下方式来进行：与特异性地结合此类标记的抗体或结合配偶体一起孵育，之后通常进行洗涤步骤并分离已结合所述抗体或结合配偶体的细胞与尚未结合所述抗体或结合配偶体的那些细胞。
在此类过程的一些方面，将一定体积的细胞与一定量的基于亲和力的所需选择试剂混合。基于免疫亲和力的选择可以使用任何系统或方法进行，所述系统或方法使得在分离的细胞与特异性地结合细胞上的标记的分子(例如，固体表面(例如颗粒)上的抗体或其他结合配偶体)之间产生有利的能量相互作用。在一些实施方案中，方法是使用颗粒(如珠，例如磁珠)进行，所述颗粒包被有对细胞的标记具有特异性的选择剂(例如抗体)。可以将颗粒(例如珠)与细胞在容器(如管或袋)中一起孵育或混合，同时振荡或混合，其中细胞密度与颗粒(例如珠)的比率是恒定的，以帮助促进能量上有利的相互作用。在其他情况下，所述方法包括选择细胞，其中所述选择的全部或一部分是在离心室的内部空腔中进行，例如在离心旋转下进行。在一些实施方案中，将细胞与选择试剂(如基于免疫亲和力的选择试剂)一起孵育是在离心室中进行。在某些实施方案中，使用在国际专利申请公开号WO 2009/072003或US 20110003380 A1中所述的系统、装置或设备进行分离或分开。在一个例子中，所述系统是如国际公开号WO 2016/073602中所述的系统。
在一些实施方案中，通过在离心室的空腔中实施此类选择步骤或其部分(例如，与抗体涂覆的颗粒(例如磁珠)一起孵育)，用户能够控制某些参数，例如各种溶液的体积、在处理期间溶液的添加及其时间安排，与其他可用方法相比，这可以提供多种优势。例如，在孵育期间减少空腔中液体体积的能力可以增加选择中使用的颗粒(例如珠试剂)的浓度，并由此增加溶液的化学势，而不影响空腔中的细胞总数量。这又可以增强正在处理的细胞与用于选择的颗粒之间的成对相互作用。在一些实施方案中，例如，在与如本文所述的系统、线路和控制相关联时，在室中进行孵育步骤，允许用户在孵育期间的一个或多个所需时间实现对溶液的搅动，这也可以改进相互作用。
在一些实施方案中，选择步骤的至少一部分是在离心室中进行，其包括将细胞与选择试剂一起孵育。在此类过程的一些方面，将一定体积的细胞与一定量的基于亲和力的所需选择试剂混合，所述量远少于根据制造商的说明书在管或容器中进行类似选择以用于选择相同数量的细胞和/或相同体积的细胞时通常采用的量。在一些实施方案中，所采用的一种或多种选择试剂的量是根据制造商的说明书在基于管或容器的孵育中针对相同细胞数量和/或相同细胞体积进行细胞选择所采用的一种或多种相同选择试剂的量的不超过5％、不超过10％、不超过15％、不超过20％、不超过25％、不超过50％、不超过60％、不超过70％或不超过80％。
在一些实施方案中，对于细胞的选择，例如，基于免疫亲和力的选择，将细胞在室的空腔中在组合物中孵育，所述组合物还含有选择缓冲液和选择试剂，如与位于需要富集和/或耗尽的细胞上但不在所述组合物中的其他细胞上的表面标记特异性地结合的分子，如抗体，所述分子任选地与支架(如聚合物或表面，例如珠，例如磁珠，如与对CD3、CD4和CD8具有特异性的单克隆抗体偶联的磁珠)偶联。在一些实施方案中，如所描述的，将选择试剂添加至室空腔中的细胞，所添加的量与在振荡或旋转的管中进行选择时，实现相同细胞数量或相同细胞体积的大致相同或类似的选择效率通常使用或将需要的选择试剂的量相比显著较小(例如不超过所述量的5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)。在一些实施方案中，在向细胞和选择试剂添加选择缓冲液的情况下进行孵育，以实现例如10mL至200mL(如至少或至少约10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mL或200mL)试剂的孵育的目标体积。在一些实施方案中，将选择缓冲液和选择试剂在添加至所述细胞之前预先混合。在一些实施方案中，将所述选择缓冲液和选择试剂单独添加至所述细胞。在一些实施方案中，选择孵育是在周期性温和混合条件下进行的，这可有助于促进能量上有利的相互作用，从而允许使用较少的总选择试剂来实现高选择效率。
在一些实施方案中，与选择试剂一起孵育的总持续时间是从或从约5分钟至6小时，如30分钟至3小时，例如，至少或至少约30分钟、60分钟、120分钟或180分钟。
在一些实施方案中，孵育通常在混合条件下进行，例如在旋转的存在下，通常以相对低的力或速度旋转，例如速度低于用于使细胞沉淀的速度，例如从或从约600rpm至1700rpm(例如，为或约或至少600rpm、1000rpm或1500rpm或1700rpm)，例如在样品或室壁或其他容器壁处的一定RCF下，所述RCF为或为约80g至100g(例如，为或约或至少80g、85g、90g、95g或100g)。在一些实施方案中，旋转是使用以这种低速旋转和之后的休息时间段的重复间隔来进行，例如旋转和/或休息1、2、3、4、5、6、7、8、9或10秒，例如旋转大约1或2秒，然后休息大约5、6、7或8秒。
在一些实施方案中，这种过程是在与所述室为整体的完全封闭的系统内进行的。在一些实施方案中，这个过程(在一些方面，以及一个或多个另外的步骤，如洗涤含有细胞的样品(如单采术样品)的预先洗涤步骤)是以自动化方式进行，使得将细胞、试剂和其他组分在适当时间吸入和推出室并进行离心，以使用自动化程序在单一封闭系统中完成洗涤和结合步骤。
在一些实施方案中，在孵育和/或混合细胞和一种和/或多种选择试剂后，使所孵育的细胞经历分离，以基于一种或多种特定试剂的存在或不存在来选择细胞。在一些实施方案中，在同一封闭系统中进行分离，其中将细胞与所述选择试剂一起进行孵育。在一些实施方案中，在与所述选择试剂一起孵育后，将所孵育的细胞(包括其中已经结合选择试剂的细胞)转移到系统中用于基于免疫亲和力来分离细胞。在一些实施方案中，用于基于免疫亲和力的分离的系统是或含有磁分离柱。
在一些实施方案中，分离方法包括基于一种或多种特定分子(如表面标记(例如，表面蛋白)、细胞内标记或核酸)在细胞中的表达或存在来分离不同的细胞类型。在一些实施方案中，可以使用任何已知的基于此类标记的用于分离的方法。在一些实施方案中，分离是基于亲和力或基于免疫亲和力的分离。例如，在一些方面，分离包括基于细胞的一种或多种标记(通常为细胞表面标记)的表达或表达水平来分离细胞和细胞群，例如通过和与此类标记特异性地结合的抗体或结合配偶体一起孵育，然后通常是洗涤步骤和从那些未与所述抗体或结合配偶体结合的细胞中分离已结合所述抗体或结合配偶体的细胞。
此类分离步骤可以基于阳性选择(其中保留已经结合所述试剂的细胞以供进一步使用)和/或阴性选择(其中保留未与所述抗体或结合配偶体结合的细胞)。在一些例子中，保留两种级分以供进一步使用。在一些方面，在没有可用于特异性鉴定异质群体中的细胞类型的抗体的情况下，阴性选择可能特别有用，使得最好基于由除所需群体之外的细胞表达的标记进行分离。
分离无需导致特定细胞群或表达特定标记的细胞的100％富集或去除。例如，对特定类型的细胞(如表达标记的那些)的阳性选择或富集是指增加此类细胞的数量或百分比，但不需要使不表达所述标记的细胞完全不存在。同样，对特定类型的细胞(如表达标记的那些)的阴性选择、去除或耗尽是指减少此类细胞的数量或百分比，但不需要使所有此类细胞完全去除。
在一些例子中，进行多轮分离步骤，其中使来自一个步骤的阳性或阴性选择的级分经历另一个分离步骤，如随后的阳性或阴性选择。在一些例子中，单个分离步骤可以同时耗尽表达多种标记的细胞，如通过将细胞与多种抗体或结合配偶体(每种抗体或结合配偶体对被靶向用于阴性选择的标记具有特异性)一起孵育。同样，通过将细胞与在各种细胞类型上表达的多种抗体或结合配偶体一起孵育，可以同时对多个细胞类型进行阳性选择。
例如，在一些方面，T细胞的特定亚群(如对一种或多种表面标记呈阳性或高水平表达的细胞(例如，CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+和/或CD45RO+T细胞))通过阳性或阴性选择技术来分离。
在一些实施方案中，通过经由阳性选择富集特定细胞群，或经由阴性选择耗尽特定细胞群来进行分离。在一些实施方案中，通过将细胞与一种或多种抗体或其他结合剂一起孵育来完成阳性或阴性选择，所述一种或多种抗体或其他结合剂与分别在阳性或阴性选择的细胞上表达或以相对较高水平(标记高)(标记+)的一种或多种表面标记特异性地结合。
在特定实施方案中，使生物样品(例如PBMC或其他白细胞的样品)经历CD4+T细胞的选择，其中同时保留阴性和阳性级分。在某些实施方案中，CD8+T细胞选自阴性级分。在一些实施方案中，使生物样品经历CD8+T细胞的选择，其中同时保留阴性和阳性级分。在某些实施方案中，CD4+T细胞选自阴性级分。
在一些实施方案中，通过阴性选择在非T细胞(如B细胞、单核细胞或其他白细胞，如CD14)上表达的标记，将T细胞与PBMC样品分离。在一些方面，CD4+或CD8+选择步骤用于分离CD4+辅助T细胞和CD8+细胞毒性T细胞。通过对在一种或多种幼稚、记忆和/或效应T细胞亚群上表达或以相对较高程度表达的标记的阳性或阴性选择，可以将此类CD4+和CD8+群体进一步分类成亚群。
在一些实施方案中，如通过基于与相应子群体相关的表面抗原进行阳性或阴性选择，将CD8+细胞针对幼稚、中枢记忆、效应子记忆和/或中枢记忆干细胞进一步富集或耗尽。在一些实施方案中，针对中枢记忆T(TCM)细胞进行富集以增加功效，如以改善施用后的长期存活、扩增和/或植入，这在一些方面在此类亚群中特别稳健。参见Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；Wang等人(2012)J Immunother,35(9):689-701。在一些实施方案中，组合富集TCM的CD8+T细胞与CD4+T细胞进一步增强功效。
在实施方案中，记忆T细胞存在于CD8+外周血淋巴细胞的CD62L+和CD62L-两个子集中。可以将PBMC针对CD62L-CD8+和/或CD62L+CD8+级分进行富集或耗尽，如使用抗CD8和抗CD62L抗体。
在一些实施方案中，对中枢记忆T(TCM)细胞的富集是基于CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3和/或CD127的阳性或高表面表达；在一些方面，它是基于表达或高度表达CD45RA和/或颗粒酶B的细胞的阴性选择。在一些方面，富集TCM细胞的CD8+群体的分离是通过耗尽表达CD4、CD14、CD45RA的细胞以及对表达CD62L的细胞的阳性选择或富集来进行的。在一个方面，中枢记忆T(TCM)细胞的富集从基于CD4表达所选择的阴性细胞级分开始进行，所述阴性细胞级分基于CD14和CD45RA的表达进行阴性选择且基于CD62L进行阳性选择。此类选择在一些方面是同时进行的，而在其他方面按任何顺序依序进行。在一些方面，用于制备CD8+细胞群或亚群的相同的基于CD4表达的选择步骤也用于生成CD4+细胞群或亚群，使得来自基于CD4的分离的阳性和阴性级分被保留并用于所述方法的后续步骤中，任选地在一个或多个其他阳性或阴性选择步骤之后。
在特定例子中，使PBMC样品或其他白细胞样品经历CD4+细胞的选择，其中保留阴性和阳性两种级分。然后阴性级分基于CD14和CD45RA或CD19的表达进行阴性选择，并基于中枢记忆T细胞(如CD62L或CCR7)的标记特征进行阳性选择，其中按任何顺序进行阳性和阴性选择。
通过鉴定具有细胞表面抗原的细胞群，将CD4+T辅助细胞分类为幼稚、中枢记忆和效应细胞。CD4+淋巴细胞可以通过标准方法获得。在一些实施方案中，幼稚CD4+T淋巴细胞是CD45RO-、CD45RA+、CD62L+、CD4+T细胞。在一些实施方案中，中枢记忆CD4+细胞是CD62L+且CD45RO+。在一些实施方案中，效应CD4+细胞是CD62L-且CD45RO-。
在一个例子中，为了通过阴性选择富集CD4+细胞，单克隆抗体混合剂通常包括针对CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR和CD8的抗体。在一些实施方案中，抗体或结合配偶体结合至固体支持物或基质(如磁珠或顺磁珠)，以允许分离细胞用于阳性和/或阴性选择。例如，在一些实施方案中，使用免疫磁性(或亲和磁性)分离技术来分开或分离细胞和细胞群(综述于以下文献中：Methods in Molecular Medicine,第58卷:Metastasis ResearchProtocols,第2卷:Cell Behavior In Vitro and In Vivo,第17-25页S.A.Brooks和U.Schumacher编辑
Figure BDA0003604039090001091
Humana Press Inc.,新泽西州托托瓦)。
在一些方面，将要分离的细胞的样品或组合物与小的可磁化或磁响应材料(如磁响应颗粒或微粒，如顺磁珠(例如，如Dynalbeads或MACS珠))一起孵育。磁响应材料(例如，颗粒)通常直接或间接地附着至结合配偶体(例如，抗体)，所述结合配偶体与期望分离(例如，期望阴性或阳性选择)的一个细胞、多个细胞或细胞群上存在的分子(例如，表面标记)特异性地结合。
在一些实施方案中，磁性颗粒或珠包含与特异性结合成员(如抗体或其他结合配偶体)结合的磁响应材料。有许多在磁分离方法中使用的熟知的磁响应材料。合适的磁性颗粒包括在Molday,美国专利号4,452,773和欧洲专利说明书EP 452342B中所述的那些，将所述专利通过引用特此并入。胶体大小的颗粒(例如在Owen美国专利号4,795,698；以及Liberti等人的美国专利号5,200,084中所述的那些)是其他的例子。
孵育通常在如下条件下进行，由此抗体或结合配偶体或者与附着于磁性颗粒或珠的此类抗体或结合配偶体特异性结合的分子(如二抗或其他试剂)与细胞表面分子(如果存在于所述样品内的细胞上的话)特异性结合。
在一些方面，将样品置于磁场中，并且具有附着于其上的磁响应或可磁化颗粒的那些细胞将被吸引到磁体并与未标记的细胞分离。对于阳性选择，保留被磁铁吸引的细胞；对于阴性选择，保留未被吸引的细胞(未标记的细胞)。在一些方面，在同一选择步骤期间进行阳性和阴性选择的组合，其中保留阳性和阴性级分并进一步处理或经历另外的分离步骤。
在某些实施方案中，磁响应颗粒被包被在一抗或其他结合配偶体、二抗、凝集素、酶或链霉亲和素中。在某些实施方案中，磁性颗粒通过对一种或多种标记具有特异性的一抗的包被而附着于细胞。在某些实施方案中，用一抗或结合配偶体标记细胞而不是珠，然后添加细胞类型特异性二抗或其他结合配偶体(例如，链霉亲和素)包被的磁性颗粒。在某些实施方案中，链霉亲和素包被的磁粒与生物素化的一抗或二抗结合使用。
在一些实施方案中，磁响应颗粒保持附着于细胞，所述细胞随后被孵育、培养和/或工程化；在一些方面，颗粒保持附着于细胞以向患者施用。在一些实施方案中，从细胞中去除可磁化或磁响应颗粒。从细胞中去除可磁化颗粒的方法是已知的，并且包括例如使用竞争性非标记抗体和与可切割接头缀合的可磁化颗粒或抗体。在一些实施方案中，可磁化颗粒是可生物降解的。
在一些实施方案中，基于亲和力的选择是经由磁激活细胞分选(MACS)(MiltenyiBiotec，加利福尼亚州奥本)进行的。磁激活细胞分选(MACS)系统能够高纯度选择附着有磁化颗粒的细胞。在某些实施方案中，MACS以如下模式操作，其中在施加外部磁场之后依序洗脱非靶标和靶标种类。也就是说，附着于磁化颗粒的细胞保持在适当的位置，而未附着的种类被洗脱。然后，在完成第一次洗脱步骤之后，以某种方式释放被捕获在磁场中并被阻止洗脱的种类，使得它们可以被洗脱和回收。在某些实施方案中，非靶细胞被标记并从异质细胞群中耗尽。
在某些实施方案中，使用如下系统、装置或设备进行分离或分开，所述系统、装置或设备进行所述方法的分离、细胞制备、分开、处理、孵育、培养和/或制备步骤中的一个或多个。在一些方面，所述系统用于在封闭或无菌环境中进行这些步骤中的每一个，例如以使错误、用户操作和/或污染降至最低。在一个例子中，所述系统是如国际专利申请公开号WO2009/072003或US 20110003380 A1中所述的系统。
在一些实施方案中，所述系统或设备在集成或独立系统中和/或以自动化或可编程方式进行分离、处理、工程化和配制步骤中的一个或多个(例如，全部)。在一些方面，所述系统或设备包括与所述系统或设备通信的计算机和/或计算机程序，其允许用户对处理、分离、工程化和配制步骤的各个方面进行编程、控制、结局评估和/或调整。
在一些方面，使用CliniMACS系统(Miltenyi Biotec)进行分离和/或其他步骤，例如以用于在封闭和无菌系统中在临床规模水平上自动分离细胞。部件可以包括集成微计算机、磁分离单元、蠕动泵和各种夹管阀。在一些方面，集成计算机控制所述仪器的所有部件并指示所述系统按标准化顺序执行重复程序。在一些方面，磁分离单元包括可移动的永磁体和用于选择柱的支架。蠕动泵控制整个管组的流速，并与夹管阀一起确保缓冲液通过所述系统的受控流动和细胞的连续悬浮。
在一些方面，CliniMACS系统使用在无菌无热原溶液中供应的、抗体偶联的可磁化颗粒。在一些实施方案中，在用磁性颗粒标记细胞后，洗涤细胞以去除过量的颗粒。然后将细胞制备袋连接到管组，再将所述管组连接到含有缓冲液的袋和细胞收集袋。所述管组由预装配的无菌管(包括预柱和分离柱)组成，并且仅供一次性使用。在启动分离程序后，所述系统自动将细胞样品施加到分离柱。标记的细胞保留在柱内，而未标记的细胞通过一系列洗涤步骤去除。在一些实施方案中，用于与本文所述的方法一起使用的细胞群是未标记的并且不保留在柱中。在一些实施方案中，用于与本文所述的方法一起使用的细胞群被标记并保留在柱中。在一些实施方案中，用于与本文所述方法一起使用的细胞群在去除磁场后从柱中洗脱，并被收集在细胞收集袋内。
在某些实施方案中，使用CliniMACS Prodigy系统(Miltenyi Biotec)进行分离和/或其他步骤。在一些方面，CliniMACS Prodigy系统配备有细胞处理单元，其允许自动洗涤和通过离心来分级分离细胞。CliniMACS Prodigy系统还可以包括机载相机和图像识别软件，其通过辨别源细胞产物的宏观层来确定最佳的细胞分级分离终点。例如，外周血自动分离成红细胞、白细胞和血浆层。CliniMACS Prodigy系统还可以包括集成细胞培育室，其实现细胞培养方案，例如像细胞分化和扩增、抗原负载和长期细胞培养。输入端口可允许无菌移除和补充培养基，并且可以使用集成显微镜监测细胞。参见例如Klebanoff等人(2012)J Immunother.35(9):651–660；Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；以及Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701。
在一些实施方案中，经由流式细胞术收集并富集(或耗尽)本文所述的细胞群，其中流体流中携载针对多种细胞表面标记染色的细胞。在一些实施方案中，经由制备规模(FACS)分选来收集和富集(或耗尽)本文所述的细胞群。在某些实施方案中，通过使用微机电系统(MEMS)芯片结合基于FACS的检测系统来收集和富集(或耗尽)本文所述的细胞群(参见例如，WO 2010/033140；Cho等人(2010)Lab Chip 10,1567-1573；以及Godin等人(2008)JBiophoton.1(5):355–376)。在两种情况下，细胞可以用多种标记来标记，允许以高纯度分离明确定义的T细胞子集。
在一些实施方案中，用一种或多种可检测的标记来标记抗体或结合配偶体，以促进用于阳性和/或阴性选择的分离。例如，分离可以基于与荧光标记的抗体的结合。在一些例子中，基于对一种或多种细胞表面标记具有特异性的抗体或其他结合配偶体的结合来分离细胞携载于流体流中，如通过荧光激活细胞分选(FACS)(包括制备规模(FACS))和/或微机电系统(MEMS)芯片，例如与流式细胞检测系统组合。此类方法允许基于多种标记同时进行阳性和阴性选择。
在一些实施方案中，制备方法包括在分离、孵育和/或工程化之前或之后冷冻(例如，冷冻保存)细胞的步骤。在一些实施方案中，冷冻和后续解冻步骤去除细胞群中的粒细胞，并且在一定程度上去除单核细胞。在一些实施方案中，例如在洗涤步骤后将细胞悬浮在冷冻溶液中以去除血浆和血小板。在一些方面，可以使用多种已知的冷冻溶液和参数中的任一种。一个例子包括使用含有20％DMSO和8％人血清白蛋白(HSA)的PBS，或其他合适的细胞冷冻培养基。然后用培养基将其1:1稀释，使得DMSO和HSA的最终浓度分别为10％和4％。然后通常将细胞以1°/分钟的速率冷冻至-80℃并储存在液氮储罐的气相中。
在一些实施方案中，分离和/或选择产生富集T细胞(例如CD3+T细胞、CD4+T细胞和/或CD8+T细胞)的一种或多种输入组合物。在一些实施方案中，从单一生物样品中分离、选择、富集或获得两种或更多种单独的输入组合物。在一些实施方案中，从单独的生物样品中分离、选择、富集和/或获得单独的输入组合物，所述单独的生物样品从同一受试者收集、获取和/或获得。
在某些实施方案中，所述一种或多种输入组合物是或包括富集T细胞的组合物，所述组合物包含至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或为或为约100％的CD3+T细胞。在特定实施方案中，富集T细胞的输入组合物基本上由CD3+T细胞组成。
在某些实施方案中，所述一种或多种输入组合物是或包括富集CD4+T细胞的组合物，所述组合物包含至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％、或为或为约100％的CD4+T细胞。在某些实施方案中，所述CD4+T细胞的输入组合物包含少于40％、少于35％、少于30％、少于25％、少于20％、少于15％、少于10％、少于5％、少于1％、少于0.1％、或少于0.01％的CD8+T细胞，和/或不含有CD8+T细胞，和/或不含或基本上不含CD8+T细胞。在一些实施方案中，富集T细胞的组合物基本上由CD4+T细胞组成。
在某些实施方案中，所述一种或多种组合物是或包括CD8+T细胞的组合物，所述组合物是或包含至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％、或为或为约100％的CD8+T细胞。在某些实施方案中，所述CD8+T细胞的组合物含有少于40％、少于35％、少于30％、少于25％、少于20％、少于15％、少于10％、少于5％、少于1％、少于0.1％、或少于0.01％的CD4+T细胞，和/或不含有CD4+T细胞，和/或不含或基本上不含CD4+T细胞。在一些实施方案中，富集T细胞的组合物基本上由CD8+T细胞组成。
2.激活和刺激
在一些实施方案中，在基因工程化之前或结合基因工程化来孵育和/或培养细胞。孵育步骤可以包括培养、培育、刺激、激活和/或繁殖。孵育和/或工程化可以在培养容器中进行，所述培养容器是如单元、室、孔、柱、管、管组、阀、小瓶、培养皿、袋或者用于培养或培育细胞的其他容器。在一些实施方案中，在存在刺激条件或刺激剂的情况下孵育组合物或细胞。此类条件包括设计为诱导群体中细胞的增殖、扩增、激活和/或存活，模拟抗原暴露和/或引发细胞用于基因工程化(如用于引入重组抗原受体)的那些。
所述条件可以包括以下中的一种或多种：特定培养基、温度、氧含量、二氧化碳含量、时间、药剂(例如，营养素、氨基酸、抗生素、离子和/或刺激因子(如细胞因子、趋化因子、抗原、结合配偶体、融合蛋白、重组可溶受体和设计为激活细胞的任何其他药剂))。
在一些实施方案中，刺激条件或刺激剂包括能够刺激或激活TCR复合物的细胞内信号传导结构域的一种或多种药剂(例如，配体)。在一些方面，药剂在T细胞中开启或启动TCR/CD3细胞内信号传导级联。此类药剂可包括抗体如对于TCR具有特异性的那些，例如抗CD3。在一些实施方案中，刺激条件包括一种或多种药剂例如配体，其能够刺激共刺激受体，例如抗CD28。在一些实施方案中，此类药剂和/或配体可以与固体支持物(如珠)和/或一种或多种细胞因子结合。任选地，所述扩增方法可以进一步包括将抗CD3和/或抗CD28抗体添加至培养基(例如，以至少约0.5ng/ml的浓度)的步骤。在一些实施方案中，刺激剂包括IL-2、IL-15和/或IL-7。在一些方面，IL-2浓度为至少约10单位/mL。
例如，刺激条件可以包括使用抗CD3/抗CD28缀合的磁珠(例如，
Figure BDA0003604039090001121
M-450 CD3/CD28 T细胞扩增器)进行孵育。
在一些方面，孵育是根据多种技术，如以下文献中所述的那些技术来进行：Riddell等人的美国专利号6,040,177；Klebanoff等人(2012)J Immunother.35(9):651–660；Terakura等人(2012)Blood.1:72-82；和/或Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701。
在一些实施方案中，通过以下方式扩增T细胞：向培养起始组合物中添加饲养细胞(如非分裂外周血单个核细胞(PBMC))(例如，使得对于要扩增的初始群体中的每个T淋巴细胞，所得细胞群含有至少约5、10、20或40个或更多个PBMC饲养细胞)；以及孵育培养物(例如，持续足以扩增T细胞数量的时间)。在一些方面，非分裂饲养细胞可以包含γ辐射的PBMC饲养细胞。在一些实施方案中，将PBMC用范围为约3000至3600拉德的γ射线辐照，以防止细胞分裂。在一些方面，在添加T细胞群之前将饲养细胞添加至培养基中。
在一些实施方案中，刺激条件包括适合于人T淋巴细胞生长的温度，例如至少约25摄氏度，通常为至少约30摄氏度，并且通常为或约37摄氏度。任选地，孵育还可以包括添加非分裂的EBV转化的类淋巴母细胞(LCL)作为饲养细胞。可以用约6000至10,000拉德范围内的γ射线辐照LCL。在一些方面，LCL饲养细胞以任何合适的量(如LCL饲养细胞与初始T淋巴细胞的比率为至少约10:1)提供。
在实施方案中，通过用抗原刺激幼稚或抗原特异性T淋巴细胞来获得抗原特异性T细胞(如抗原特异性CD4+T细胞和/或CD8+T细胞)。例如，可以通过从受感染的受试者中分离T细胞并用相同的抗原在体外刺激细胞，针对巨细胞病毒抗原产生抗原特异性T细胞系或克隆。
在一些实施方案中，在一种或多种刺激条件或刺激剂存在下进行的孵育的至少一部分是在离心室的内部空腔中进行，例如在离心旋转下进行，如国际公开号WO2016/073602中所述的。在一些实施方案中，在离心室中进行的孵育的至少一部分包括与一种或多种试剂混合以诱导刺激和/或激活。在一些实施方案中，将细胞(如选择的细胞)与刺激条件或刺激剂在离心室中混合。在此类过程的一些方面，将一定体积的细胞与一定量的一种或多种刺激条件或刺激剂混合，所述量远小于在细胞培养板或其他系统中进行类似刺激时通常使用的量。
在一些实施方案中，将刺激剂以一定的量添加至室空腔中的细胞，所述一定的量与例如在周期性振荡或旋转的管或袋中进行选择而不在离心室中混合时，对相同细胞数量或相同细胞体积实现大致相同或类似的选择效率通常使用或将需要的刺激剂的量相比显著较小(例如不大于所述量的5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)。在一些实施方案中，在向细胞和刺激剂中添加孵育缓冲液的情况下进行孵育，以实现例如10mL至200mL(例如至少或至少约或约10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mL或200mL)试剂的孵育的目标体积。在一些实施方案中，在添加细胞之前预先混合孵育缓冲液和刺激剂。在一些实施方案中，将孵育缓冲液和刺激剂单独添加至细胞中。在一些实施方案中，在周期性温和混合条件下进行刺激孵育，这可能有助于促进能量上有利的相互作用，并且从而允许在实现细胞的刺激和激活的同时使用较少的总体刺激剂。
在一些实施方案中，孵育通常在混合条件下进行，例如在旋转的存在下，通常以相对低的力或速度旋转，例如速度低于用于使细胞沉淀的速度，例如从或从约600rpm至1700rpm(例如，为或约或至少600rpm、1000rpm或1500rpm或1700rpm)，例如在样品或室壁或其他容器壁处的一定RCF下，所述RCF为或为约80g至100g(例如，为或约或至少80g、85g、90g、95g或100g)。在一些实施方案中，旋转是使用以这种低速旋转和之后的休息时间段的重复间隔来进行，例如旋转和/或休息1、2、3、4、5、6、7、8、9或10秒，例如旋转大约1或2秒，然后休息大约5、6、7或8秒。
在一些实施方案中，例如与刺激剂一起孵育的总持续时间为在或在约1小时与96小时之间、1小时与72小时之间、1小时与48小时之间、4小时与36小时之间、8小时与30小时之间或12小时与24小时之间，如至少或至少约6小时、12小时、18小时、24小时、36小时或72小时。在一些实施方案中，进一步孵育持续如下时间：在或约在1小时与48小时之间、4小时与36小时之间、8小时与30小时之间或12小时与24小时之间，包含端值。
在特定实施方案中，所述刺激条件包括用一种或多种细胞因子和/或在一种或多种细胞因子存在下孵育、培养和/或培育富集T细胞的组合物。在特定实施方案中，所述一种或多种细胞因子是重组细胞因子。在一些实施方案中，所述一种或多种细胞因子是人重组细胞因子。在某些实施方案中，所述一种或多种细胞因子结合和/或能够结合由T细胞表达的和/或对T细胞而言内源的受体。在特定实施方案中，所述一种或多种细胞因子是或包括细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员。在一些实施方案中，细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员包括但不限于白介素2(IL-2)、白介素4(IL-4)、白介素7(IL-7)、白介素9(IL-9)、白介素12(IL-12)、白介素15(IL-15)、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)和粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)。
在一些实施方案中，刺激导致例如在转导之前细胞的激活和/或增殖。
3.用于基因工程化的载体和方法
在一些实施方案中，与所提供的方法、用途、制品或组合物结合使用的工程化细胞(如T细胞)是已经基因工程化以表达本文所述的重组受体(例如CAR或TCR)的细胞。在一些实施方案中，通过引入、递送或转移编码重组受体和/或其他分子的核酸序列来工程化所述细胞。
在一些实施方案中，用于产生工程化细胞的方法包括将编码重组受体(例如，抗CD19 CAR)的多核苷酸引入至细胞，例如像经刺激或激活的细胞中。在特定实施方案中，重组蛋白是重组受体，如任何所述的。将编码重组蛋白(如重组受体)的核酸分子引入细胞中可以使用许多已知载体中的任一种进行。此类载体包括病毒和非病毒系统，包括慢病毒和γ逆转录病毒系统，以及基于转座子的系统，如基于PiggyBac或Sleeping Beauty的基因转移系统。示例性方法包括用于转移编码受体的核酸的那些，包括通过病毒(例如，逆转录病毒或慢病毒)、转导、转座子和电穿孔来进行。在一些实施方案中，工程化产生富集T细胞的一种或多种工程化组合物。
在某些实施方案中，刺激的T细胞的一种或多种组合物是或包括富集T细胞的两种单独刺激的组合物。在特定实施方案中，将富集T细胞的两种单独组合物(例如，已经从同一生物样品选择、分离和/或富集的富集T细胞的两种单独组合物)单独工程化。在某些实施方案中，所述两种单独组合物包括富集CD4+T细胞的组合物。在特定实施方案中，所述两种单独组合物包括富集CD8+T细胞的组合物。在一些实施方案中，将富集CD4+T细胞和富集CD8+T细胞的两种单独组合物单独基因工程化。
在一些实施方案中，通过如下方式完成基因转移：首先刺激细胞，如通过将所述细胞与诱导应答(如增殖、存活和/或激活，例如如通过细胞因子或激活标记的表达所测量的)的刺激物组合，然后转导被激活的细胞，并且在培养中扩增至足以用于临床应用的数量。在某些实施方案中，通过如下方式完成基因转移：首先将细胞在刺激条件下孵育，如通过所述方法中的任一种。
在一些实施方案中，用于基因工程化的方法通过使组合物的一个或多个细胞与编码重组蛋白(例如，重组受体)的核酸分子接触来进行。在一些实施方案中，接触可以通过离心(如旋转接种，例如离心接种)来实现。此类方法包括如国际公开号WO 2016/073602中所述的那些方法中的任一种。示例性离心室包括由Biosafe SA生产和销售的那些，包括用于
Figure BDA0003604039090001141
和
Figure BDA0003604039090001142
2系统的那些，包括A-200/F和A-200离心室以及用于此类系统的各种试剂盒。示例性室、系统以及处理仪器和机柜描述于例如以下文献中：美国专利号6,123,655、美国专利号6,733,433和公开的美国专利申请公开号US 2008/0171951，以及公开的国际专利申请公开号WO 00/38762，将其各自的内容通过引用以其全文并入本文。用于此类系统的示例性试剂盒包括但不限于由BioSafe SA以产品名CS-430.1、CS-490.1、CS-600.1或CS-900.2销售的一次性试剂盒。
在一些实施方案中，接触可以通过离心(如旋转接种，例如离心接种)来实现。在一些实施方案中，可以使含有细胞、载体(例如病毒颗粒)和试剂的组合物旋转，通常以相对较低的力或速度旋转，如速度低于用于沉淀细胞的速度，如从或从约600rpm至1700rpm(例如为或约或至少600rpm、1000rpm或1500rpm或1700rpm)。在一些实施方案中，旋转是以从或从约100g至3200g(例如，为或约或至少或至少约100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000g或3200g)的力(例如，相对离心力)来进行，如例如在室或空腔的内壁或外壁处所测量。术语“相对离心力”或RCF通常被理解为在如与旋转轴相比在空间的特定点处，相对于地球的重力，施加在物体或物质(例如细胞、样品或团粒和/或所旋转的室或其他容器中的点)上的有效力。所述值可以使用众所周知的公式来确定，考虑到重力、旋转速度和旋转半径(旋转轴与被测量RCF的物体、物质或颗粒的距离)。
在一些实施方案中，将系统与其他仪器一起包括和/或置于与其他仪器相关联，所述其他仪器包括用于操作、自动化、控制和/或监测转导步骤以及在系统中执行的一个或多个各种其他处理步骤(例如，可以使用或结合如本文或在国际公开号WO 2016/073602中所述的离心室系统进行的一个或多个处理步骤)的方面的仪器。在一些实施方案中，这种仪器容纳于机柜中。在一些实施方案中，所述仪器包括机柜，所述机柜包括外壳，所述外壳含有控制电路、离心机、罩、电机、泵、传感器、显示器和用户界面。示例性装置描述于美国专利号6,123,655、美国专利号6,733,433和US 2008/0171951中。
在一些实施方案中，所述系统包含一系列容器，例如袋、管、旋塞、夹子、连接器和离心室。在一些实施方案中，所述容器(如袋)包括一个或多个容器(例如袋)，其在同一容器或单独容器(例如同一袋子或单独袋子)中含有要转导的细胞和病毒载体颗粒。在一些实施方案中，所述系统还包括一个或多个容器(如袋)，所述容器含有介质，例如稀释剂和/或洗涤溶液，在所述方法期间将所述介质抽入室和/或其他部件中以稀释、重悬和/或洗涤组分和/或组合物。所述容器可以连接在系统中的一个或多个位置，例如连接在对应于输入管线、稀释剂管线、洗涤管线、废液管线和/或输出管线的位置。
在一些实施方案中，所述室与离心机相关联，离心机能够实现所述室的旋转，例如围绕其旋转轴旋转。可以在与细胞转导结合的孵育之前、期间和/或之后和/或在一个或多个其他处理步骤中，进行旋转。因此，在一些实施方案中，多个处理步骤中的一个或多个在旋转下(例如在特定力下)进行。所述室通常能够垂直或大致垂直地旋转，使得所述室在离心期间垂直放置，并且侧壁和轴是垂直或大致垂直的，且一个或多个端壁是水平或大致水平的。
在一些实施方案中，在基因工程的至少一部分(例如转导)期间，和/或在基因工程之后，将细胞转移到生物反应器袋组件中，用于培养经基因工程化的细胞，例如用于培育或扩增细胞。
在一些实施方案中，使用重组感染性病毒颗粒(如例如源自猿猴病毒40(SV40)、腺病毒、腺相关病毒(AAV)的载体)将重组核酸转移到细胞中。在一些实施方案中，使用重组慢病毒载体或逆转录病毒载体(如γ-逆转录病毒载体)将重组核酸转移到T细胞中(参见例如，Koste等人(2014)Gene Therapy 2014年4月3日.doi:10.1038/gt.2014.25；Carlens等人(2000)Exp Hematol 28(10):1137-46；Alonso-Camino等人(2013)Mol Ther Nucl Acids2,e93；Park等人,Trends Biotechnol.2011年11月29(11):550-557)。
在一些实施方案中，逆转录病毒载体具有长末端重复序列(LTR)，例如源自莫洛尼鼠白血病病毒(MoMLV)、骨髓增生性肉瘤病毒(MPSV)、鼠胚胎干细胞病毒(MESV)、鼠干细胞病毒(MSCV)或脾病灶形成病毒(SFFV)的逆转录病毒载体。大多数逆转录病毒载体源自鼠逆转录病毒。在一些实施方案中，逆转录病毒包括源自任何禽类或哺乳动物细胞来源的那些。逆转录病毒通常是双嗜性的，这意味着它们能够感染包括人在内的若干个物种的宿主细胞。在一个实施方案中，要表达的基因替代逆转录病毒gag、pol和/或env序列。已经描述了许多例示性逆转录病毒系统(例如，美国专利号5,219,740、6,207,453、5,219,740；Miller和Rosman(1989)BioTechniques 7:980-990；Miller,A.D.(1990)Human Gene Therapy 1:5-14；Scarpa等人(1991)Virology 180:849-852；Burns等人(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:8033-8037；以及Boris-Lawrie和Temin(1993)Cur.Opin.Genet.Develop.3:102-109。
慢病毒转导的方法是已知的。示例性方法描述于例如以下文献中：Wang等人(2012)J.Immunother.35(9):689-701；Cooper等人(2003)Blood.101:1637-1644；Verhoeyen等人(2009)Methods Mol Biol.506:97-114；以及Cavalieri等人(2003)Blood.102(2):497-505。
在一些实施方案中，病毒载体颗粒含有源自基于逆转录病毒基因组的载体(例如源自基于慢病毒基因组的载体)的基因组。在所提供的病毒载体的一些方面，编码重组受体(如抗原受体，如CAR)的异源核酸被包含在和/或位于载体基因组的5'LTR与3'LTR序列之间。
在一些实施方案中，病毒载体基因组是慢病毒基因组，如HIV-1基因组或SIV基因组。例如，已经通过多次减弱毒力基因生成慢病毒载体，例如，可以使基因env、vif、vpu和nef缺失，使得载体对于治疗目的更安全。慢病毒载体是已知的。参见Naldini等人,(1996和1998)；Zufferey等人,(1997)；Dull等人,1998,美国专利号6,013,516；以及5,994,136)。在一些实施方案中，这些病毒载体是基于质粒的或基于病毒的，并且被配置为携带用于掺入外来核酸的基本序列，用于选择和用于将核酸转移到宿主细胞中。已知的慢病毒可以容易地从保管机构或保藏中心(如美国典型培养物保藏中心(“ATCC”；弗吉尼亚州马纳萨斯大学大道(University Blvd.)10801号20110-2209))获得，或者使用常用技术从已知来源分离。
慢病毒载体的非限制性例子包括源自慢病毒的那些，例如人免疫缺陷病毒1(HIV-1)、HIV-2、猿猴免疫缺陷病毒(SIV)、人嗜T淋巴细胞病毒1(HTLV-1)、HTLV-2或马感染贫血病毒(E1AV)。例如，已经通过多次减弱HIV毒力基因生成慢病毒载体，例如，使基因env、vif、vpr、vpu和nef缺失，使得载体对于治疗目的更安全。慢病毒载体是本领域已知的，参见Naldini等人,(1996和1998)；Zufferey等人,(1997)；Dull等人,1998，美国专利号6,013,516；以及5,994,136)。在一些实施方案中，这些病毒载体是基于质粒的或基于病毒的，并且被配置为携带用于掺入外来核酸的基本序列，用于选择和用于将核酸转移到宿主细胞中。已知的慢病毒可以容易地从保管机构或保藏中心(如美国典型培养物保藏中心(“ATCC”；弗吉尼亚州马纳萨斯大学大道(University Blvd.)10801号20110-2209))获得，或者使用常用技术从已知来源分离。
在一些实施方案中，病毒基因组载体可以含有逆转录病毒(例如慢病毒)的5'和3'LTR的序列。在一些方面，病毒基因组构建体可含有来自慢病毒的5'和3'LTR的序列，并且具体而言可以含有来自慢病毒的5'LTR的R和U5序列以及来自慢病毒的失活或自失活3'LTR。LTR序列可以是来自任何物种的任何慢病毒的LTR序列。例如，它们可以是来自HIV、SIV、FIV或BIV的LTR序列。通常，LTR序列是HIV LTR序列。
在一些实施方案中，病毒载体(例如HIV病毒载体)的核酸缺乏另外的转录单元。载体基因组可以含有失活或自失活的3'LTR(Zufferey等人J Virol 72：9873,1998；Miyoshi等人,J Virol 72:8150,1998)。例如，用于产生病毒载体RNA的核酸的3'LTR的U3区中的缺失可以用于产生自失活(SIN)载体。然后可以在逆转录期间将此缺失转移到原病毒DNA的5'LTR。自失活载体通常具有自3'长末端重复序列(LTR)的增强子和启动子序列缺失，所述缺失在载体整合期间被拷贝到5'LTR中。在一些实施方案中，可以消除足够的序列，包括去除TATA盒，以消除LTR的转录活性。这可以防止在经转导细胞中产生全长载体RNA。在一些方面，3'LTR的U3元件含有其增强子序列、TATA盒、Sp1和NF-κB位点的缺失。由于自失活3'LTR，在进入和逆转录之后产生的原病毒含有失活的5'LTR。这可以通过降低动员载体基因组的风险和LTR对附近细胞启动子的影响来提高安全性。可以通过本领域已知的任何方法来构建自失活3'LTR。在一些实施方案中，这不会影响载体滴度或载体的体外或体内特性。
任选地，来自慢病毒5'LTR的U3序列可以在病毒构建体中用启动子序列(如异源启动子序列)替代。这可以增加从包装细胞系中回收的病毒的滴度。还可以包括增强子序列。可以使用增加病毒RNA基因组在包装细胞系中的表达的任何增强子/启动子组合。在一个例子中，使用CMV增强子/启动子序列(美国专利号5,385,839和美国专利号5,168,062)。
在某些实施方案中，可以通过将逆转录病毒载体基因组(例如慢病毒载体基因组)构建为整合缺陷性来使插入诱变的风险降至最低。可以采用多种途径来产生非整合型载体基因组。在一些实施方案中，可以将一种或多种突变工程化至pol基因的整合酶组分中，使得其编码具有无活性整合酶的蛋白质。在一些实施方案中，可以修饰载体基因组本身以通过例如使一个或两个附接位点突变或缺失来防止整合，或者通过缺失或修饰使3'LTR近端多嘌呤束(PPT)没有功能。在一些实施方案中，可以使用非遗传途径；这些途径包括抑制整合酶的一种或多种功能的药理学药剂。这些方法并不相互排斥；也就是说，可以一次使用多于一种所述方法。例如，整合酶和附接位点两者可以都没有功能，或者整合酶和PPT位点可以没有功能，或者附接位点和PPT位点可以没有功能，或者它们全部都可以没有功能。此类方法和病毒载体基因组是已知的并且是可获得的(参见Philpott和Thrasher,Human GeneTherapy 18:483,2007；Engelman等人J Virol 69:2729,1995；Brown等人J Virol 73:9011(1999)；WO 2009/076524；McWilliams等人,J Virol 77:11150,2003；Powell和Levin JVirol 70:5288,1996)。
在一些实施方案中，载体含有用于在宿主细胞(例如原核宿主细胞)中繁殖的序列。在一些实施方案中，病毒载体的核酸含有用于在原核细胞(如细菌细胞)中繁殖的一个或多个复制起点。在一些实施方案中，包括原核复制起点的载体还可以含有这样的基因，其表达赋予可检测或可选择标记，如抗药性。
所述病毒载体基因组通常以质粒形式构建，其可以转染到包装细胞系或生产细胞系中。可以使用多种已知方法中的任何一种来产生逆转录病毒颗粒，其基因组含有病毒载体基因组的RNA拷贝。在一些实施方案中，至少两种组分参与制备基于病毒的基因递送系统：第一，包装质粒，包括结构蛋白以及产生病毒载体颗粒所必需的酶，第二，病毒载体本身，即，要转移的遗传物质。可以在设计这些组分之一或两者时引入生物安全保护措施。
在一些实施方案中，包装质粒可以含有除了包膜蛋白以外的所有逆转录病毒(如HIV-1)蛋白(Naldini等人，1998)。在其他实施方案中，病毒载体可能缺乏另外的病毒基因(例如与毒力有关的那些，例如vpr、vif、vpu和nef和/或Tat(HIV的主要反式激活因子))。在一些实施方案中，慢病毒载体(例如基于HIV的慢病毒载体)仅包含三种亲本病毒的基因：gag、pol和rev，这减少或消除了野生型病毒通过重组而重构的可能性。
在一些实施方案中，将病毒载体基因组引入包装细胞系中，所述细胞系含有将从病毒载体基因组转录的病毒基因组RNA包装至病毒颗粒中所需的所有组分。可替代地，除了所述一种或多种目的序列(例如重组核酸)以外，病毒载体基因组可包含一种或多种编码病毒组分的基因。然而，在一些方面，为了防止基因组在靶细胞中复制，将复制所需的内源病毒基因去除，并且在包装细胞系中单独提供。
在一些实施方案中，用含有产生颗粒所必需的组分的一种或多种质粒载体转染包装细胞系。在一些实施方案中，用含有病毒载体基因组(包括LTR、顺式作用包装序列和目的序列，即编码抗原受体(例如CAR)的核酸)的质粒；以及编码病毒酶和/或结构组分(例如Gag、pol和/或rev)的一种或多种辅助质粒转染包装细胞系。在一些实施方案中，利用多种载体分离产生逆转录病毒载体颗粒的各种遗传组分。在一些这样的实施方案中，向包装细胞提供单独的载体减少了原本可能生成有复制能力的病毒的重组事件的机会。在一些实施方案中，可以使用具有所有逆转录病毒组分的单个质粒载体。
在一些实施方案中，将逆转录病毒载体颗粒(例如慢病毒载体颗粒)假型化以增加宿主细胞的转导效率。例如，在一些实施方案中，将逆转录病毒载体颗粒(例如慢病毒载体颗粒)用VSV-G糖蛋白假型化，其提供宽细胞宿主范围，从而扩展可以转导的细胞类型。在一些实施方案中，用编码非天然包膜糖蛋白的质粒或多核苷酸转染包装细胞系，以例如包括嗜异性、多嗜性或双嗜性包膜，如辛德比斯病毒包膜、GALV或VSV-G。
在一些实施方案中，包装细胞系提供将病毒基因组RNA包装至慢病毒载体颗粒中反式作用所需的组分，包括病毒调节蛋白和结构蛋白。在一些实施方案中，包装细胞系可以是能够表达慢病毒蛋白并产生功能性慢病毒载体颗粒的任何细胞系。在一些方面，合适的包装细胞系包括293(ATCC CCL X)、293T、HeLA(ATCC CCL 2)、D17(ATCC CCL 183)、MDCK(ATCC CCL 34)、BHK(ATCC CCL-10)和Cf2Th(ATCC CRL 1430)细胞。
在一些实施方案中，包装细胞系稳定地表达一种或多种病毒蛋白质。例如，在一些方面，可以构建含有gag、pol、rev和/或其他结构基因但没有LTR和包装组分的包装细胞系。在一些实施方案中，可以用编码一种或多种病毒蛋白的核酸分子以及含有编码异源蛋白的核酸分子的病毒载体基因组和/或编码包膜糖蛋白的核酸对包装细胞系进行瞬时转染。
在一些实施方案中，将病毒载体和包装质粒和/或辅助质粒通过转染或感染引入包装细胞系中。包装细胞系产生含有病毒载体基因组的病毒载体颗粒。用于转染或感染的方法是众所周知的。非限制性例子包括磷酸钙、DEAE-葡聚糖和脂质转染方法、电穿孔和显微注射。
在将重组质粒和逆转录病毒LTR和包装序列引入特殊细胞系(例如，通过磷酸钙沉淀)中时，包装序列可以允许要包装至病毒颗粒中的重组质粒的RNA转录，然后所述病毒颗粒可能会被分泌到培养基中。在一些实施方案中，随后收集含有重组逆转录病毒的培养基，任选地将其浓缩，并用于基因转移。例如，在一些方面，在将包装质粒和转移载体共转染至包装细胞系后，从培养基回收病毒载体颗粒，并通过本领域技术人员使用的标准方法进行滴定。
在一些实施方案中，可以通过引入质粒以允许产生慢病毒颗粒，而在包装细胞系(例如示例性HEK 293T细胞系)中产生逆转录病毒载体，例如慢病毒载体。在一些实施方案中，包装细胞被转染和/或含有编码gag和pol的多核苷酸，以及编码重组受体(例如抗原受体，例如CAR)的多核苷酸。在一些实施方案中，包装细胞系任选地和/或另外地被含有编码rev蛋白的多核苷酸转染和/或含有所述多核苷酸。在一些实施方案中，包装细胞系被任选地和/或另外用编码非天然包膜糖蛋白(例如VSV-G)的多核苷酸转染和/或含有所述多核苷酸。在一些此类实施方案中，在转染细胞(例如，HEK 293T细胞)后大约两天，细胞上清液含有重组慢病毒载体，可以回收并滴定所述重组慢病毒载体。
所回收和/或产生的逆转录病毒载体颗粒可以用于使用如所述的方法转导靶细胞。一旦进入靶细胞中，病毒RNA就被逆转录，进入细胞核中并稳定整合到宿主基因组中。在病毒RNA整合后一天或两天，可以检测到重组蛋白(例如抗原受体，例如CAR)的表达。
在一些实施方案中，所提供的方法涉及通过使包含多个细胞的细胞组合物与病毒颗粒接触(例如孵育)来转导细胞的方法。在一些实施方案中，要转染或转导的细胞是或包含从受试者获得的原代细胞，例如从受试者富集和/或选择的细胞。
在一些实施方案中，所述组合物中要转导的细胞的浓度是从或从约1.0x105个细胞/mL至1.0x108个细胞/mL，如至少或至少约或约1.0x105个细胞/mL、5x105个细胞/mL、1x106个细胞/mL、5x106个细胞/mL、1x107个细胞/mL、5x107个细胞/mL或1x108个细胞/mL。
在一些实施方案中，病毒颗粒是以病毒载体颗粒拷贝或其感染单位(IU)与要转导的细胞总数的某一比率(IU/细胞)来提供。例如，在一些实施方案中，病毒颗粒在接触期间是以为或约或至少为或至少约0.5、1、2、3、4、5、10、15、20、30、40、50或60IU的病毒载体颗粒/细胞存在。
在一些实施方案中，病毒载体颗粒的滴度在或在约1x106IU/mL与1x108IU/mL之间，如在或在约5x10 6IU/mL与5x107IU/mL之间，如至少6x106IU/mL、7x106IU/mL、8x106IU/mL、9x106IU/mL、1x107IU/mL、2x107IU/mL、3x107IU/mL、4x107IU/mL或5x107IU/mL。
在一些实施方案中，可以按小于100(如通常小于60、50、40、30、20、10、5或更小)的感染复数(MOI)来实现转导。
在一些实施方案中，所述方法涉及使细胞与病毒颗粒接触或一起孵育。在一些实施方案中，所述接触进行30分钟至72小时，如30分钟至48小时、30分钟至24小时或1小时至24小时，如至少或至少约30分钟、1小时、2小时、6小时、12小时、24小时、36小时或更长时间。
在一些实施方案中，接触是在溶液中进行。在一些实施方案中，使细胞和病毒颗粒以如下体积接触：从或从约0.5mL至500mL，如从或从约0.5mL至200mL、0.5mL至100mL、0.5mL至50mL、0.5mL至10mL、0.5mL至5mL、5mL至500mL、5mL至200mL、5mL至100mL、5mL至50mL、5mL至10mL、10mL至500mL、10mL至200mL、10mL至100mL、10mL至50mL、50mL至500mL、50mL至200mL、50mL至100mL、100mL至500mL、100mL至200mL或200mL至500mL。
在某些实施方案中，用包含结合分子的颗粒对输入细胞进行处理、孵育或接触，所述结合分子结合至或识别由病毒DNA编码的重组受体。
在一些实施方案中，细胞与病毒载体颗粒的孵育导致或产生包含用病毒载体颗粒转导的细胞的输出组合物。
在一些实施方案中，通过电穿孔将重组核酸转移到T细胞中(参见例如Chicaybam等人,(2013)PLoS ONE 8(3):e60298；以及Van Tedeloo等人(2000)Gene Therapy 7(16):1431-1437)。在一些实施方案中，通过转座将重组核酸转移到T细胞中(参见例如，Manuri等人(2010)Hum Gene Ther 21(4):427-437；Sharma等人(2013)Molec Ther Nucl Acids 2,e74；以及Huang等人(2009)Methods Mol Biol 506:115-126)。在免疫细胞中引入和表达遗传物质的其他方法包括磷酸钙转染(例如，如在Current Protocols in MolecularBiology,John Wiley&Sons,New York.N.Y.中所述)、原生质体融合、阳离子脂质体介导的转染；钨粒子促进的微粒轰击(Johnston,Nature,346:776-777(1990))；以及磷酸锶DNA共沉淀(Brash等人,Mol.Cell Biol.,7:2031-2034(1987))。
用于转移编码重组产物的核酸的其他方法和载体是例如在国际专利申请公开号WO 2014055668和美国专利号7,446,190中所述的那些。
在一些实施方案中，可以在扩增期间或之后例如用T细胞受体(TCR)或嵌合抗原受体(CAR)对细胞(例如，T细胞)进行转染。例如，用于引入所需受体的基因的该转染可以用任何合适的逆转录病毒载体进行。然后可以使遗传修饰的细胞群摆脱初始刺激物(例如，抗CD3/抗CD28刺激物)，随后用第二类型的刺激物例如经由从头引入的受体进行刺激。这种第二类型的刺激物可以包括呈肽/MHC分子形式的抗原性刺激物、遗传引入的受体的同源(交联)配体(例如，CAR的天然配体)或在新受体的框架内直接结合(例如，通过识别受体内的恒定区)的任何配体(如抗体)。参见例如，Cheadle等人,“Chimeric antigen receptors forT-cell based therapy”Methods Mol Biol.2012；907:645-66或Barrett等人,ChimericAntigen Receptor Therapy for Cancer Annual Review of Medicine第65卷:333-347(2014)。
在一些情况下，可以使用不需要激活细胞(例如，T细胞)的载体。在一些此类情况下，可以在激活之前选择和/或转导细胞。因此，可以在培养细胞之前或之后将细胞工程化，并且在一些情况下在所述培养的至少一部分的同时或期间将所述细胞工程化。
另外的核酸(例如，用于引入的基因)包括：用于改进治疗功效的那些，如通过促进所转移细胞的活力和/或功能；用于提供用于选择和/或评价细胞(如用于评估体内存活或定位)的遗传标记的基因；用于改进安全性的基因，例如通过使细胞在体内对阴性选择敏感，如以下文献中所述：Lupton S.D.等人,Mol.and Cell Biol.,11:6(1991)；和Riddell等人,Human Gene Therapy 3:319-338(1992)；还参见Lupton等人的PCT/US91/08442和PCT/US94/05601的公开，所述文献描述了使用通过将显性阳性选择性标记与阴性选择性标记融合而衍生的双功能选择性融合基因。参见例如，Riddell等人,美国专利号6,040,177，第14-17栏。
4.工程化细胞的培育、扩增和配制
在一些实施方案中，用于产生例如用于根据所提供的方法、用途、制品或组合物中的任一种的细胞疗法的工程化细胞的方法包括用于培育细胞(例如，在促进增殖和/或扩增的条件下培育细胞)的一个或多个步骤。在一些实施方案中，在基因工程化的步骤(例如通过转导或转染将重组多肽引入细胞)之后，在促进增殖和/或扩增的条件下培育细胞。在特定实施方案中，在刺激条件下孵育细胞并用重组多核苷酸(例如编码重组受体的多核苷酸)转导或转染细胞之后培育细胞。因此，在一些实施方案中，将已通过用编码CAR的重组多核苷酸转导或转染工程化的CAR阳性T细胞的组合物在促进增殖和/或扩增的条件下培育。
在某些实施方案中，工程化T细胞的一种或多种组合物是或包括富集T细胞的两种单独组合物，如已用编码重组受体(例如CAR)的多核苷酸工程化的富集T细胞的两种单独组合物。在特定实施方案中，如在基因工程化(例如，通过转导或转染将重组多肽引入细胞中)的步骤之后，将富集T细胞的两种单独组合物(例如，从相同生物样品选择、分离和/或富集的富集T细胞的两种单独组合物)在刺激条件下单独培育。在某些实施方案中，两种单独组合物包括富集CD4+T细胞的组合物，如已经用编码重组受体(例如CAR)的多核苷酸工程化的富集CD4+T细胞的组合物。在特定实施方案中，两种单独组合物包括富集CD8+T细胞的组合物，如已经用编码重组受体(例如CAR)的多核苷酸工程化的富集CD4+T细胞的组合物。在一些实施方案中，将富集CD4+T细胞和富集CD8+T细胞的两种单独组合物(如已经用编码重组受体(例如CAR)的多核苷酸单独工程化的富集CD4+T细胞的组合物和富集CD8+T细胞的组合物)例如在促进增殖和/或扩增的条件下单独培育。
在一些实施方案中，培育是在促进增殖和/或扩增的条件下进行的。在一些实施方案中，此类条件可以经设计以诱导群体中的细胞的增殖、扩增、激活和/或存活。在特定实施方案中，刺激条件可以包括以下中的一种或多种：特定培养基、温度、氧含量、二氧化碳含量、时间、药剂(例如，营养素、氨基酸、抗生素、离子和/或刺激因子(如细胞因子、趋化因子、抗原、结合配偶体、融合蛋白、重组可溶性受体和任何其他被设计成促进细胞的生长、分裂和/或扩增的药剂))。
在特定实施方案中，在一种或多种细胞因子存在下培育所述细胞。在特定实施方案中，所述一种或多种细胞因子是重组细胞因子。在一些实施方案中，所述一种或多种细胞因子是人重组细胞因子。在某些实施方案中，所述一种或多种细胞因子结合和/或能够结合由T细胞表达的和/或对T细胞而言内源的受体。在特定实施方案中，所述一种或多种细胞因子(例如重组细胞因子)是或包括细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员。在一些实施方案中，细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员包括但不限于白介素2(IL-2)、白介素4(IL-4)、白介素7(IL-7)、白介素9(IL-9)、白介素12(IL-12)、白介素15(IL-15)、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)和粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)。在一些实施方案中，所述一种或多种重组细胞因子包括IL-2、IL-7和/或IL-15。在一些实施方案中，在存在如下浓度的细胞因子(例如，重组人细胞因子)的情况下培育所述细胞(例如，工程化细胞)：在1IU/mL与2,000IU/mL之间、在10IU/mL与100IU/mL之间、在50IU/mL与200IU/mL之间、在100IU/mL与500IU/mL之间、在100IU/mL与1,000IU/mL之间、在500IU/mL与2,000IU/mL之间或在100IU/mL与1,500IU/mL之间。
在一些实施方案中，培育是在如下条件下进行，所述条件通常包括适合于原代免疫细胞(如人T淋巴细胞)生长的温度，例如至少约25摄氏度，通常为至少约30摄氏度，并且通常为或为约37摄氏度。在一些实施方案中，在25℃至38℃(如30℃至37℃，例如为或约37℃±2℃)的温度下孵育富集T细胞的组合物。在一些实施方案中，将孵育进行一段时间直至培养(例如培育或扩增)产生所希望的或阈值密度、数量或剂量的细胞。在一些实施方案中，孵育是大于或大于约或持续约或24小时、48小时、72小时、96小时、5天、6天、7天、8天、9天或更长时间。
在特定实施方案中，在封闭系统中进行培育。在某些实施方案中，在无菌条件下在封闭系统中进行培育。在特定实施方案中，在与所提供系统的一个或多个步骤相同的封闭系统中进行培育。在一些实施方案中，将富集T细胞的组合物从封闭系统中去除并且置于用于培育的生物反应器中和/或与其连接。合适的用于培育的生物反应器的例子包括但不限于GE Xuri W25、GE Xuri W5、Sartorius BioSTAT RM 20|50、Finesse SmartRocker生物反应器系统和Pall XRS生物反应器系统。在一些实施方案中，在培育步骤的至少一部分期间，使用生物反应器灌注和/或混合细胞。
在一些实施方案中，混合是或包括摇摆和/或运动。在一些情况下，生物反应器可以经历运动或摇摆，其在一些方面可以增加氧气传递。使生物反应器运动可以包括但不限于沿着水平轴线旋转、沿着竖直轴线旋转、沿着生物反应器的倾斜(tilted或inclined)的水平轴线的摇摆运动、或其任何组合。在一些实施方案中，在摇摆的情况下进行孵育的至少一部分。可以调整摇摆速度和摇摆角度以实现所需的搅动。在一些实施方案中，摇摆角度为20°、19°、18°、17°、16°、15°、14°、13°、12°、11°、10°、9°、8°、7°、6°、5°、4°、3°、2°或1°。在某些实施方案中，摇摆角度在6-16°之间。在其他实施方案中，摇摆角度在7-16°之间。在其他实施方案中，摇摆角度在8-12°之间。在一些实施方案中，摇摆速率为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40rpm。在一些实施方案中，摇摆速率在4rpm与12rpm之间，例如在4rpm与6rpm之间并包含端值。
在一些实施方案中，使生物反应器保持等于或接近37℃的温度和等于或接近5％的CO2水平，具有如下稳定空气流量：为、为约或至少0.01L/min、0.05L/min、0.1L/min、0.2L/min、0.3L/min、0.4L/min、0.5L/min、1.0L/min、1.5L/min、或2.0L/min或大于2.0L/min。在某些实施方案中，在灌注的情况下，如以290ml/天、580ml/天和/或1160ml/天的速率(例如，这取决于与培育起始相关的时间安排和/或经培育细胞的密度)进行培育的至少一部分。在一些实施方案中，在摇摆运动(如以在5°与10°之间(如6°)的角度，以恒定摇摆速度(如在5RPM与15RPM之间(如6RMP或10RPM)的速度))的情况下进行细胞培养物扩增的至少一部分。
在一些实施方案中，用于制造、生成或产生根据所提供的方法、用途或制品的细胞疗法和/或工程化细胞的方法可以包括在孵育、工程化和培育之前或之后配制细胞(如配制由处理步骤产生的基因工程化细胞)和/或一个或多个如所述的其他处理步骤。在一些实施方案中，一个或多个加工步骤(包括配制细胞)可以在封闭系统中进行。在一些情况下，将细胞在用于制造、生成或产生细胞疗法和/或工程化细胞的一个或多个步骤(例如在离心室和/或封闭系统中进行)中加工可以包括在培养(例如培育和扩增)和/或一个或多个如所述的其他加工步骤之前或之后配制细胞，如配制由转导加工步骤产生的基因工程化细胞。在一些实施方案中，将基因工程化细胞作为单位剂型组合物配制，所述单位剂型组合物包括用于以给定剂量或其部分施用的细胞数量。
在一些实施方案中，提供包含用重组抗原受体(例如，CAR或TCR)工程化的细胞的细胞剂量作为组合物或配制品，如药物组合物或配制品。这种组合物可以根据所提供的方法如在治疗疾病、病症和障碍，或在检测、诊断和预后方法、以及用途和制品中使用。在一些情况下，可以以用于剂量施用(如用于单一单位剂量施用或多剂量施用)的量配制细胞。
在一些实施方案中，可以将细胞配制到容器(如袋或小瓶)中。在一些实施方案中，小瓶可以是输注小瓶。在一些实施方案中，用单一单位剂量的工程化细胞配制小瓶，如所述单一单位剂量包括用于以给定剂量或其分数施用的细胞数量。
在一些实施方案中，将细胞配制在药学上可接受的缓冲液中，所述药学上可接受的缓冲液在一些方面可以包括药学上可接受的载体或赋形剂。在一些实施方案中，处理包括将介质交换成药学上可接受的或向受试者施用所需的介质或配制缓冲液。在一些实施方案中，处理步骤可以涉及洗涤转导的和/或扩增的细胞以替代药学上可接受的缓冲液中的细胞，所述药学上可接受的缓冲液可以包括一种或多种任选的药学上可接受的载体或赋形剂。包括药学上可接受的载体或赋形剂的此类药物形式的例子可以是下文与将细胞和组合物施用至受试者可接受的形式结合描述的任何形式。在一些实施方案中，药物组合物含有有效治疗或预防疾病或病症的量(如治疗有效量或预防有效量)的细胞。
在一些实施方案中，配制缓冲液含有冷冻保存剂。在一些实施方案中，用冷冻保存剂溶液配制细胞，所述冷冻保存剂溶液含有1.0％至30％的DMSO溶液，如5％至20％的DMSO溶液或5％至10％的DMSO溶液。在一些实施方案中，低温保存剂溶液是或含有例如含有20％DMSO和8％人血清白蛋白(HSA)的PBS、或其他合适的细胞冷冻介质。在一些实施方案中，冷冻保存剂溶液是或含有例如至少或约7.5％DMSO。在一些实施方案中，处理步骤可以涉及洗涤转导的和/或扩增的细胞以交换在冷冻保存剂溶液中的细胞。在一些实施方案中，将所述细胞在介质和/或溶液中冷冻(例如，低温保护或低温保存)，所述介质和/或溶液具有最终浓度为或为约12.5％、12.0％、11.5％、11.0％、10.5％、10.0％、9.5％、9.0％、8.5％、8.0％、7.5％、7.0％、6.5％、6.0％、5.5％、或5.0％的DMSO，或在1％与15％之间、在6％与12％之间、在5％与10％之间、或在6％与8％之间的DMSO。在特定实施方案中，将所述细胞在介质和/或溶液中冷冻(例如，低温保护或低温保存)，所述介质和/或溶液具有最终浓度为或为约5.0％、4.5％、4.0％、3.5％、3.0％、2.5％、2.0％、1.5％、1.25％、1.0％、0.75％、0.5％、或0.25％的HSA，或者在0.1％与5％之间、在0.25％与4％之间、在0.5％与2％之间、或在1％与2％之间的HSA。
在一些实施方案中，使用一个或多个处理步骤进行配制，所述步骤包括洗涤、稀释或浓缩细胞，如培养或扩增的细胞。在一些实施方案中，处理可以包括将细胞稀释或浓缩至所需浓度或数量，如包括用于以给定剂量或其部分用的细胞数量的单位剂型组合物。在一些实施方案中，处理步骤可以包括减小体积，从而根据需要增加细胞的浓度。在一些实施方案中，处理步骤可以包括增加体积，从而根据需要减小细胞的浓度。在一些实施方案中，处理包括向转导的和/或扩增的细胞添加一定体积的配制缓冲液。在一些实施方案中，配制缓冲液的体积是从或从约10mL至1000mL，如至少或至少约或约或50mL、100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL或1000mL。
在一些实施方案中，用于配制细胞组合物的此类处理步骤在封闭系统中进行。此类处理步骤的例子可以使用与跟细胞处理系统相关的一个或多个系统或套件结合的离心室(例如由Biosafe SA生产和出售的离心室，包括用于与
Figure BDA0003604039090001221
或Sepax
Figure BDA0003604039090001222
细胞处理系统一起使用的那些)来进行。示例性系统和过程描述于国际公开号WO 2016/073602中。在一些实施方案中，所述方法包括实现自离心室的内部空腔压出经配制组合物，所述经配制组合物是在如所述的任何以上实施方案中、在配制缓冲液(如药学上可接受的缓冲液)中配制的所得细胞组合物。在一些实施方案中，将经配制组合物压出至作为封闭系统的一部分与离心室可操作地连接的容器(如本文所述的生物医学材料器皿的小瓶)。在一些实施方案中，所述生物医学材料器皿被配置用于整合至和或可操作连接至，和/或被整合至或可操作地连接至进行一个或多个处理步骤的封闭系统或装置。在一些实施方案中，所述生物医学材料器皿在输出管线或输出位置处连接至系统。在一些情况下，所述封闭系统在入口管处连接至生物医学材料器皿的小瓶。与本文所述的生物医学材料器皿一起使用的示例性封闭系统包括
Figure BDA0003604039090001223
和
Figure BDA0003604039090001224
2系统。
在一些实施方案中，如与离心室或细胞处理系统相关联的封闭系统包括多端口输出试剂盒，所述试剂盒含有在管线各末端与端口相关联的多路管歧管，所述端口可以连接至一个或多个容器以供经配制组合物压出。在一些方面，所需数量或多个小瓶可以无菌连接至多端口输出中的一个或多个，通常两个或更多个，如至少3、4、5、6、7、8个或更多个端口。例如，在一些实施方案中，一个或多个容器(例如生物医学材料器皿)可以附接至所述端口或少于全部的所述端口。因此，在一些实施方案中，所述系统可以实现将输出组合物压出至生物医学材料器皿的多个小瓶中。
在一些方面，细胞可以以用于剂量施用(如用于单一单位剂量施用或多剂量施用)的量压出至多个输出容器(例如，小瓶)中的一个或多个。例如，在一些实施方案中，小瓶可以各自含有以给定剂量或其部分施用的细胞数量。因此，在一些方面，每个小瓶可以含有用于施用的单一单位剂量，或者可以含有所需剂量的一部分，使得多个小瓶中的多于一个，如两个小瓶或3个小瓶一起构成用于施用的剂量。在一些实施方案中，4个小瓶一起构成用于施用的剂量。
因此，所述容器(例如袋或小瓶)通常含有要施用的细胞，例如，其一个或多个单位剂量。单位剂量可以是要施用至受试者的细胞的量或数量，或者是要施用的细胞的数量的两倍(或更多数量)。它可以是要施用至受试者的细胞的最低剂量或最低可能剂量。在一些方面，所提供的制品包括所述多个输出容器中的一个或多个。
在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)单独地包含单位剂量的细胞。因此，在一些实施方案中，每个容器包含相同或大致或基本相同数量的细胞。在一些实施方案中，每个单位剂量含有为或约或至少或至少约1x106、2x106、5x106、1x107、5x107、或1x108个工程化细胞、总细胞、T细胞或PBMC。在一些实施方案中，每个单位剂量含有为或约或至少或至少约1x106、2x106、5x106、1x107、5x107、或1x108个CAR+T细胞，所述CAR+T细胞是CD3+，如CD4+或CD8+，或其活子集。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积是在为或约10mL与为或约100mL之间，如为或约或至少或至少约20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL或100mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积是在为或约1mL与为或约10mL之间，如在为或约1mL与为或约5mL之间。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积是在为或约4mL与为或约5mL之间。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.4mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.5mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.6mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.7mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.8mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约4.9mL。在一些实施方案中，每个容器(例如袋或小瓶)中的所配制的细胞组合物的体积为或为约5.0mL。
在一些实施方案中，所配制的细胞组合物的浓度为大于或大于约0.5x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约1.0x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约1.5x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.0x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.5x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.6x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.7x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.8x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约2.9x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约3.0x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约3.5x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约4.0x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、大于或大于约4.5x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL、或大于或大于约5x106个表达重组受体(例如CAR+)/CD3+的细胞或此类活细胞/mL。在一些实施方案中，CD3+细胞是CD4+T细胞。在一些实施方案中，CD3+细胞是CD8+T细胞。在一些实施方案中，CD3+T细胞是CD4+和CD8+T细胞。
在一些实施方案中，容器(例如袋或小瓶)中的细胞可以是低温保存的。在一些实施方案中，容器(例如小瓶)可以储存在液氮中，直到进一步使用。
在一些实施方案中，例如，根据本文所述的方法、用途和制品，向受试者施用通过所述方法产生的此类细胞或包含此类细胞的组合物，用于治疗疾病或病症。
III.评估和预测治疗结果以及选择治疗受试者的方法
本文还提供了包括一个或多个评估或筛选步骤的方法，所述步骤用以鉴定受试者进行组合疗法的治疗和/或继续进行组合疗法，和/或用以预测或评估对治疗的反应(例如对治疗的反应性或抗性)和/或用于监测治疗结果。所提供的方法基于如下观察结果：一种或多种促存活基因(即抗凋亡基因；例如“抗性基因”)的表达(例如，增加的表达)可能与对细胞毒性疗法(如CAR-T细胞)抗性增加或缺乏反应性相关。所提供的方法还基于如下观察结果：具有3个月PD基因特征的治疗前DLBCL肿瘤活检与对细胞毒性疗法(如CAR-T细胞)的抗性增加或缺乏反应性相关，而具有3个月CR基因特征的治疗前DLBCL肿瘤活检与对细胞毒性疗法(如CAR-T细胞)的抗性或反应性降低相关。特别地，T细胞标记(例如CD3)的表达增加与CAR T细胞治疗的改进的结果(例如CR)相关，而T细胞标记(例如CD3)的表达减少与CAR T细胞治疗的更坏结果(例如PD)相关。此外，EZH2和EZH2靶基因的表达降低与CAR T细胞治疗的改进的结果(例如CR)相关，而EZH3和EZH2靶基因的表达增加与CAR T细胞治疗的更差结果(例如PD)相关。在一些实施方案中，所述方法提高受试者中T细胞疗法的反应可能性或疗效。
在一些实施方案中，本文提供了包括选择受试者进行T细胞疗法(如所述的任一种，例如CAR T细胞)的治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括(a)评估来自患有或怀疑患有癌症的受试者的生物样品中的一个或多个基因的水平或量，所述一个或多个基因选自EZH2或表E2所示的基因，和/或评估来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述一个或多个第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)或表E4所示的基因；以及(b)选择患有癌症的受试者进行EZH2抑制剂与T细胞疗法的组合的治疗。在一些实施方案中，所述方法包括(a)评估表E2给出的一个或多个第一基因集在来自患有或怀疑患有癌症的受试者的生物样品中的表达，和/或表E4给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达；和(b)选择患有癌症的受试者进行EZH2抑制剂与T细胞疗法的组合的治疗。在一些实施方案中，基因集的表达通过基因集富集分析(GSEA)来确定。
在一些实施方案中，本文提供了选择受试者进行EZH2抑制剂的治疗的方法，其中所述受试者要接受T细胞疗法(如所述的任一种，例如CAR T细胞)的施用。在一些实施方案中，所述受试者患有癌症。在一些实施方案中，所述方法包括(a)评估来自患有或怀疑患有癌症的受试者的生物样品中的一个或多个基因的水平或量，所述基因选自EZH2或表E2所示的基因，和/或评估来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)或表E4所示的基因，其中一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，并且其中所述受试者将接受T细胞疗法的施用，并且在施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行EZH2抑制剂与T细胞疗法的组合的治疗：所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值，和/或所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值。在一些情况下，所述方法还包括向所选受试者施用所述抑制剂与所述T细胞疗法的组合，如根据任何所提供的方法。在其他情况下，如果不选择所述受试者进行根据所提供的方法的抑制剂的治疗，则仅向所述受试者施用所述T细胞疗法，而不组合施用所述抑制剂。
在一些实施方案中，本文提供了鉴定患有经预测对T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者的方法，其中，(1)如果预测如此，则向所述受试者提供替代性治疗而非所述T细胞疗法的计划或排定的给药，并且，(2)如果预测并非如此，则如根据计划或排定的给药向所述受试者提供所述T细胞疗法。在这样的实施方案中，所述方法包括(a)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2或表E2所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)或表E4所示的基因，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，并且其中所述受试者是施用一定剂量的T细胞疗法的候选者，并且在向所述受试者施用所述一定剂量的T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及(b)在以下情况下鉴定患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者：(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值。在一些实施方案中，所述方法包括(a)评估(i)表E2给出的一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中所述受试者是施用一定剂量的T细胞疗法的候选者，并且在向所述受试者施用所述一定剂量的T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及(b)在以下情况下鉴定患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者：(i)所述一个或多个第一基因集的表达上调；和/或(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调。在一些实施方案中，基因集的表达通过基因集富集分析(GSEA)来确定。
在一些实施方案中，如果将所述受试者鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症，所述方法还包括向所鉴定的受试者施用替代性治疗，其中所述替代性治疗选自以下：包括所述T细胞疗法和调节或增加所述T细胞疗法的活性的另外的药剂的组合治疗；剂量增加的所述T细胞疗法；和/或化学治疗剂。在一些实施方案中，所述替代性治疗是与给予如下受试者的所述T细胞疗法的剂量相比剂量增加的所述T细胞疗法，所述受试者被鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗没有抗性的癌症。在一些方面，所述剂量增加的T细胞疗法包含与给予如下受试者的T细胞疗法的剂量相比数量增加的T细胞疗法的细胞，所述受试者被鉴定为患有经预测对使用所述T细胞疗法的治疗没有抗性的癌症。在一些实施方案中，所述替代性治疗是使用化学治疗剂的治疗，所述化学治疗剂如环磷酰胺、多柔比星、泼尼松、长春新碱、氟达拉滨、苯达莫司汀和/或利妥昔单抗。在一些实施方案中，所述替代性治疗是包含T细胞疗法和调节或增加T细胞疗法的活性的另外的药剂的组合治疗，所述另外的药剂例如是免疫检查点抑制剂、代谢途径的调节剂、腺苷受体拮抗剂、激酶抑制剂、抗TGFβ抗体或抗TGFβR抗体、细胞因子。在一些实施方案中，所述替代治疗包括所述T细胞疗法和EZH2抑制剂的组合治疗，如根据任何所提供的方法。在一些任何这样的实施方案中，所述细胞毒性疗法包括表达重组受体的细胞，所述重组受体结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原。
在一些实施方案中，如果将所述受试者鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗没有抗性的癌症，则向所述受试者施用所述T细胞疗法的计划剂量或时间表。
在一些实施方案中，本文提供了用于确定患有癌症的受试者对T细胞疗法的反应性的方法，其中所述受试者是已经接受所述T细胞疗法的施用的受试者。在一些实施方案中，所述方法包括(a)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2或表E2所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)或表E4所示的基因，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品，并且其中所述受试者将接受所述T细胞疗法的治疗；(b)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之后从所述受试者第二次获得所述生物样品，并且其中在(b)中的所述评估之前，所述受试者已经被施用所述T细胞疗法；以及(c)在以下情况下确定所述受试者对所述T细胞疗法有反应：(i)第二次时所述一个或多个第一基因的水平或量低于第一次时所述一个或多个第一基因的水平或量；和/或(ii)第二次时所述一个或多个第二基因的水平或量高于第一次时所述一个或多个第二基因的水平或量。在一些实施方案中，所述方法包括(a)评估(i)表E2给出的一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品，并且其中所述受试者将接受所述T细胞疗法的治疗；(b)评估(i)一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之后从所述受试者第二次获得所述生物样品，并且其中在(b)中的所述评估之前，所述受试者已经被施用所述T细胞疗法；以及(c)在以下情况下确定所述受试者对所述T细胞疗法有反应：(i)与第一次时所述第一基因集的表达相比，第二次时所述一个或多个第一基因集的表达下调；和/或(ii)与第一次时所述第二基因集的表达相比，第二次时所述一个或多个第二基因集的表达上调。在一些实施方案中，基因集的表达通过基因集富集分析(GSEA)来确定。
以下小节提供了用于进行任何所提供的方法的特定特征。
A.样品
在某些实施方案中，在样品中测量、评估和/或确定一种或多种基因产物的表达。在某些实施方案中，在样品中测量、评估和/或确定多种基因产物(如包含在基因集中)的表达。在一些方面，基因集包含多个基因。在一些方面，多个基因包含至少2个、至少5个、至少10个、至少20个、至少30个、至少40个、至少50个、至少60个、至少70个、至少80个、至少90个、至少100个、或至少150个基因。在某些实施方案中，在样品中测量、评估和/或确定一个或多个基因集的表达。在所提供的实施方案中，所述样品是从受试者获取、收集和/或获得的生物样品。在特定实施方案中，所述样品是肿瘤样品，例如肿瘤活检样品。在特定实施方案中，所述样品是血液样品。在某些实施方案中，所述受试者患有疾病或病症和/或怀疑患有疾病或病症。在一些实施方案中，受试者已经接受疗法、将要接受疗法、或者是接受疗法的候选者。在特定实施方案中，从受试者获取、收集和/或获得所述样品，所述受试者已经被施用疗法、将要被施用疗法、或者是要被施用疗法的候选者。在特定实施方案中，在用所述疗法进行治疗或施用之前获取、收集和/或获得所述样品。
在特定实施方案中，所述受试者尚未接受所述疗法。在一些实施方案中，所述受试者被排定或将在评估后的后续时间接受所述疗法。在其他实施方案中，所述受试者是接受所述疗法的候选者，并且取决于根据所提供的方法评估的结果，可以接受所述疗法或者可以接受替代性疗法或治疗。在任何这样的实施方案中，所述样品是在接受所述疗法的施用之前来自所述受试者的样品。在一些实施方案中，所述样品是肿瘤样品，例如肿瘤活检样品。在一些实施方案中，所述样品是血液样品。
在某些实施方案中，所述方法涉及监测已经接受所述疗法的施用的受试者的反应。在这样的实施方案中，所述方法包括在施用所述疗法之前的时间评估第一样品，以及在施用所述疗法之后的时间评估第二样品。在一些实施方案中，所述第一样品是在接受所述疗法的施用之前来自所述受试者的样品。在一些实施方案中，所述第二样品是在接受所述疗法的施用之后来自所述受试者的样品。在一些实施方案中，所述样品是肿瘤样品，例如活检样品。在一些实施方案中，所述样品是血液样品。
在一些实施方案中，所述疗法是施用细胞疗法。在特定实施方案中，所述疗法是施用免疫疗法。在特定实施方案中，所述疗法是施用EZH2抑制剂。在特定实施方案中，所述疗法是包括施用细胞疗法和EZH2抑制剂的组合疗法。在特定实施方案中，所述疗法是包括施用免疫疗法和EZH2抑制剂的组合疗法。在某些实施方案中，所述细胞疗法治疗和/或能够治疗疾病或病症。在一些实施方案中，所述疗法是含有一种或多种工程化细胞的细胞疗法。在一些实施方案中，所述工程化细胞表达重组受体。在特定实施方案中，所述重组受体是嵌合抗原受体(CAR)。在某些实施方案中，所述免疫疗法治疗和/或能够治疗所述疾病或病症。在一些实施方案中，所述免疫疗法是T细胞接合疗法，例如双特异性T细胞接合器(BiTE)疗法。
在特定实施方案中，从受试者获取、收集和/或获得所述样品，所述受试者已经被施用疗法、将要被施用疗法、或者是要被施用疗法的候选者。在特定实施方案中，所述样品是在用所述疗法(例如，细胞疗法或免疫疗法)进行治疗或施用之前获取、收集和/或获得的。在特定实施方案中，在用所述疗法(例如，细胞疗法或免疫疗法)进行治疗或施用之前获取、收集和/或获得第一样品，并且在用所述疗法进行治疗或施用之后获取、收集和/或获得第二样品。根据本文所述的方法、试剂盒和制品，可以评估所述样品中与临床结果相关和/或相关联的一种或多种基因产物。与基于在接受疗法之前从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果相关和/或相关联的示例性基因产物包括EZH2以及表E2、E3、E4和E5中所述的那些。与基于在接受疗法之前从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果相关和/或相关联的其他示例性基因产物包括PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21及其组合中的任一个。与基于在接受疗法之前从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果相关和/或相关的示例性基因集包括表E2、E3、E4和E5中的每一个给出的那些。与基于在接受疗法之前从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果相关和/或相关联的示例性基因集包括PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中的任一个及其组合。因此，在一些方面，所提供的方法涉及在接受免疫疗法或细胞疗法(例如CAR-T细胞)之前鉴定可能达到特定临床结果(例如完全反应(CR)或疾病进展(PD))的受试者。如本文其他地方所述，所述方法可以用于确定，所述受试者是否是用于施用免疫疗法或细胞疗法的候选者，所述受试者是否是用于施用包括免疫疗法或细胞疗法和EZH2抑制剂的组合疗法的候选者，和/或所述受试者是否可能表现出对疗法有反应的临床结果，例如对细胞疗法或免疫疗法的施用有反应的CR或PD。
在一些方面，所提供的方法涉及在接受疗法(如细胞疗法(例如CAR-T细胞疗法))之前鉴定受试者，所述受试者可以表现出对所述疗法的反应，如完全反应(CR)，或者所述受试者可能表现出对所述疗法的施用的完全反应(CR)。在一些方面，所提供的方法涉及在接受疗法(如细胞疗法(例如CAR-T细胞疗法))之前鉴定受试者，所述受试者可能或经预测对所述疗法具有抗性，如可能或经预测表现出对所述疗法部分反应(PR)、对所述疗法无反应/疾病稳定(NR/SD)、对所述疗法不完全反应/疾病稳定(SD)、或在所述疗法之后疾病进展(PD)，和/或所述受试者可能不会表现出对所述疗法的施用的完全反应(CR)。如本文其他地方所述，所述方法可以用于确定受试者是否可能表现出对所述疗法(例如细胞疗法或免疫疗法)的施用完全反应(CR)、部分反应(PR)、无反应/疾病稳定(NR/SD)、不完全反应/疾病稳定(SD)、和/或疾病进展(PD)。
在一些实施方案中，所述样品是在用所述疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)进行治疗或施用之前获取、收集和/或获得的。根据本文所述的方法、试剂盒和制品，可以评估所述样品中与接受免疫疗法之后的临床结果(例如CR或PD)相关和/或相关联的一种或多种基因产物。与基于在接受免疫疗法或细胞疗法之后从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果的可能性和/或概率相关和/或相关联的示例性基因产物是EZH2以及表E2、E3、E4和E5中所述的那些。与基于在接受免疫疗法或细胞疗法之后从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果的可能性和/或概率相关和/或相关联的示例性基因产物是PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28、和CCL21及其组合中的任一个。与基于在接受免疫疗法或细胞疗法之后从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果的可能性和/或概率相关和/或相关联的示例性基因集是表E2、E3、E4和E5中的每一个给出的那些。与基于在接受免疫疗法或细胞疗法之后从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果的可能性和/或概率相关和/或相关联的示例性基因集是PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28、和CCL21及其组合中的任一个。在一些实施方案中，在开始施用所述疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)之前0、1、2、3、4、5、6、9、12、18或24小时或者2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、21、28天或更长时间内或约在所述时间内或在约所述时间，收集所述样品。
在一些实施方案中，所述样品是在用所述疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)进行治疗或使用之后获取、收集和/或获得的。根据本文所述的方法、试剂盒和制品，可以评估所述样品中与接受免疫疗法之后的临床结果(例如CR或PD)相关和/或相关联的一种或多种基因产物。与基于在接受免疫疗法或细胞疗法之后从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果的可能性和/或概率相关和/或相关联的示例性基因产物是EZH2以及表E2、E3、E4和E5中所述的那些。与基于在接受免疫疗法或细胞疗法之后从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果的可能性和/或概率相关和/或相关联的示例性基因产物是PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28、和CCL21及其组合中的任一个。与基于在接受免疫疗法或细胞疗法之后从受试者收集或获得的样品中的表达的临床结果的可能性和/或概率相关和/或相关联的示例性基因集是EZH2以及表E2、E3、E4和E5中的每一个给出的那些。在一些实施方案中，在开始施用所述疗法之后0、1、2、3、4、5、6、9、12、18或24小时或者2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、21、28天或更长时间内或约在所述时间内或在约所述时间，从受试者收集、获取和/或获得所述样品。在一些方面，所述样品是在所述受试者于施用所述疗法之后表现出反应(如CR、PR、NR/SD、SD和/或PD)的体征或症状之前收集的。
在一些实施方案中，从患有或怀疑患有病症或疾病的受试者获取、收集和/或获得所述样品。在一些实施方案中，所述受试者患有或怀疑患有癌症或增殖性疾病。在特定实施方案中，所述受试者患有疾病或病症，或怀疑患有疾病或病症，所述疾病或病症与抗原相关和/或与表达所述抗原的患病细胞相关。在一些实施方案中，所述疾病或病症(例如，癌症或增殖性障碍)与以下相关：αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C-C基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、细胞周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFR vIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、zeste增强子同源物2(EZH2)、Fc受体样蛋白5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(GPC3)、G蛋白偶联受体5D(GPRC5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erbB2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-A1)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Rα)、IL-13受体α2(IL-13Rα2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、Lewis Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、间皮素(MSLN)、c-Met、鼠巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、酪氨酸酶相关蛋白1(TRP1，也称为TYRP1或gp75)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP2，也称为多巴色素互变异构酶、多巴色素δ异构酶或DCT)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT-1)、和/或病原体特异性抗原或病原体表达的抗原。在一些实施方案中，所述抗原是CD19。在一些实施方案中，所述抗原是病毒抗原(如来自HIV、HCV、HBV等的病毒抗原)、细菌抗原和/或寄生虫抗原。在某些实施方案中，所述受试者患有疾病或病症，或怀疑患有疾病或病症，所述疾病或病症与CD19相关和/或与表达CD19的患病细胞相关。在某些实施方案中，所述受试者患有疾病或病症，或怀疑患有疾病或病症，所述疾病或病症与EZH2相关和/或与表达EZH2的患病细胞相关。在某些实施方案中，所述受试者患有疾病或病症，或怀疑患有疾病或病症，所述疾病或病症与EZH2的过表达相关和/或与过表达EZH2的患病细胞相关。在某些实施方案中，所述受试者患有疾病或病症，或怀疑患有疾病或病症，所述疾病或病症与突变型EZH2的表达相关和/或与表达突变型EZH2的患病细胞相关。
在一些实施方案中，从患有或怀疑患有癌症或增殖性疾病的受试者获取、收集和/或获得所述样品，所述癌症或增殖性疾病是B细胞恶性肿瘤或血液恶性肿瘤。在一些实施方案中，所述癌症或增殖性疾病是骨髓瘤，例如，多发性骨髓瘤(MM)、淋巴瘤或白血病、成淋巴细胞性白血病(ALL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)和/或急性髓性白血病(AML)。在一些实施方案中，所述癌症或增殖性障碍是NHL。在一些实施方案中，所述患者患有或怀疑患有NHL。在一些实施方案中，所述NHL是DLBCL。在一些实施方案中，所述NHL是DLBCL的生发中心B细胞样(GCB)亚型。在一些实施方案中，所述NHL不是DLBCL的活化B细胞(ABC)亚型。在一些实施方案中，所述NHL是成人DLBCL。在特定实施方案中，所述NHL是FL。在特定实施方案中，所述NHL是儿科FL。
在某些实施方案中，所述样品是生物样品。在某些实施方案中，所述样品是组织样品。在特定实施方案中，所述样品是或包括受疾病或病症影响或怀疑受疾病或病症影响的组织。在一些实施方案中，所述样品是或包括受癌症或增殖性疾病影响或怀疑受癌症或增殖性疾病影响的组织。在一些实施方案中，所述样品是活检物。
在某些实施方案中，所述样品是从患有或怀疑患有肿瘤的组织收集的。在特定实施方案中，所述样品是或包括肿瘤和/或肿瘤微环境。在特定实施方案中，所述肿瘤是癌前的或癌性的，或怀疑是癌性的或癌前的。在某些实施方案中，所述肿瘤是原发性肿瘤，即肿瘤是在病灶最初发展或出现的解剖部位发现。在一些实施方案中，所述肿瘤是继发性肿瘤，例如源自位于体内不同部位内的原发性肿瘤内的细胞的癌性肿瘤。在一些实施方案中，所述样品含有作为癌细胞和/或肿瘤细胞的一个或多个细胞。
在特定实施方案中，所述样品是从病灶和/或肿瘤收集的，所述病灶和/或肿瘤与非血液癌症(例如，实体瘤)相关或由其引起，或被怀疑与其相关或由其引起。在一些实施方案中，所述肿瘤与膀胱癌、肺癌、脑癌、黑色素瘤(例如小细胞肺癌、黑色素瘤)、乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌、结直肠癌、胰腺癌、子宫内膜癌、食管癌、肾癌、肝癌、前列腺癌、皮肤癌、甲状腺癌、淋巴结癌或子宫癌相关或由其引起，或被怀疑与其相关或由其引起。在一些实施方案中，所述病灶与胰腺癌、膀胱癌、结直肠癌、乳腺癌、前列腺癌、肾癌、肝细胞癌、肺癌、卵巢癌、宫颈癌、胰腺癌、直肠癌、甲状腺癌、子宫癌、胃癌、食管癌、头颈癌、黑色素瘤、神经内分泌癌、CNS癌、脑肿瘤、骨癌或软组织肉瘤相关或由其引起。在某些实施方案中，所述样品含有淋巴结组织，例如淋巴结活检物。在某些实施方案中，所述样品含有一个或多个癌细胞。在一些实施方案中，所述样品含有怀疑为癌性的一个或多个细胞。
在一些实施方案中，所述样品是从病灶或肿瘤收集的，所述病灶或肿瘤与B细胞恶性肿瘤或血液恶性肿瘤相关或由其引起。在一些实施方案中，所述病灶或肿瘤与骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤(MM))、淋巴瘤或白血病、成淋巴细胞性白血病(ALL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)和/或急性髓性白血病(AML)相关。在一些实施方案中，所述病灶或肿瘤与NHL(例如，DLBCL或FL)相关或由其引起。在一些实施方案中，所述病灶或肿瘤是DLBCL。在一些实施方案中，所述病灶或肿瘤是FL。
在一些实施方案中，所述样品是组织样品，例如，组织活检物。在特定实施方案中，所述样品是从结缔组织、肌肉组织、神经组织或上皮组织获得、收集或获取的。在某些实施方案中，所述病灶存在于心脏、血管、唾液腺、食管、胃、肝、胆囊、胰腺、肠、结肠、直肠、下丘脑、垂体、松果腺、甲状腺、甲状旁腺、肾上腺、肾、输尿管、膀胱、乳房、尿道、淋巴系统、皮肤、肌肉、脑、脊髓、神经、卵巢、子宫、睾丸、前列腺、咽、喉、气管、支气管、肺、膈膜、骨、软骨、韧带或肌腱。在特定实施方案中，所述样品是从骨髓获得、收集或获取的。在一些实施方案中，所述样品是骨髓穿刺液。
在一些实施方案中，所述样品是来自受试者的体液。在一些实施方案中，所述样品是血液、血清、血浆或尿液样品。在一些实施方案中，所述样品是血浆样品。
在特定实施方案中，所述样品不含所述疗法，例如，细胞疗法或免疫疗法。在特定实施方案中，所述样品不含细胞疗法的任何细胞(例如，工程化细胞)。在特定实施方案中，所述疗法包括T细胞疗法，并且所述样品不含所述疗法的任何工程化T细胞和/或任何T细胞。在特定实施方案中，所述样品不含表达重组受体(例如，CAR)的任何工程化细胞。在一些实施方案中，所述样品不含表达CAR的细胞。在某些实施方案中，所述样品不含本文(如章节I、章节II或章节IV)所述的任何疗法或疗法的组分。
在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有NHL的受试者或者可能或怀疑患有NHL的受试者的骨髓穿刺液，并且所述基因产物是多核苷酸，如RNA，例如mRNA。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有NHL或者可能或怀疑患有NHL的受试者的骨髓穿刺液，并且所述基因产物是蛋白质。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有DLBCL的受试者或者可能或怀疑患有DLBCL的受试者的骨髓穿刺液，并且所述基因产物是多核苷酸，如RNA，例如mRNA。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有DLBCL或者可能或怀疑患有DLBCL的受试者的骨髓穿刺液，并且所述基因产物是蛋白质。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有FL的受试者或者可能或怀疑患有FL的受试者的骨髓穿刺液，并且所述基因产物是多核苷酸，如RNA，例如mRNA。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有FL或者可能或怀疑患有FL的受试者的骨髓穿刺液，并且所述基因产物是蛋白质。
在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有NHL的受试者或者可能或怀疑患有NHL的受试者的淋巴结活检物，并且所述基因产物是多核苷酸，如RNA，例如mRNA。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有NHL或者可能或怀疑患有NHL的受试者的淋巴结活检物，并且所述基因产物是蛋白质。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有DLBCL的受试者或者可能或怀疑患有DLBCL的受试者的淋巴结活检物，并且所述基因产物是多核苷酸，如RNA，例如mRNA。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有DLBCL或者可能或怀疑患有DLBCL的受试者的淋巴结活检物，并且所述基因产物是蛋白质。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有FL的受试者或者可能或怀疑患有FL的受试者的淋巴结活检物，并且所述基因产物是多核苷酸，如RNA，例如mRNA。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有FL或者可能或怀疑患有FL的受试者的淋巴结活检物，并且所述基因产物是蛋白质。
在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有NHL的受试者或者可能或怀疑患有NHL的受试者的体液样品，并且所述基因产物是蛋白质。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有NHL的受试者或者可能或怀疑患有NHL的受试者的体液样品，并且所述基因产物是多核苷酸。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有DLBCL的受试者或者可能或怀疑患有DLBCL的受试者的体液样品，并且所述基因产物是蛋白质。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有DLBCL的受试者或者可能或怀疑患有DLBCL的受试者的体液样品，并且所述基因产物是多核苷酸。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有FL的受试者或者可能或怀疑患有FL的受试者的体液样品，并且所述基因产物是蛋白质。在任何所提供的实施方案中，所述样品是来自患有FL的受试者或者可能或怀疑患有FL的受试者的体液样品，并且所述基因产物是多核苷酸。在一些实施方案中，所述体液样品是血浆样品。在一些实施方案中，所述体液样品是血液样品。
B.基因产物和基因集
在一些实施方案中，本文所提供的方法包括一个或多个步骤以测量、评估、确定和/或定量样品的一个或多个基因(本文可互换地称为一种或多种“基因产物”)的表达，例如确定基因表达谱，以评估、预测、推断和/或估计对治疗(例如疗法或组合疗法)的反应(例如临床反应)。在一些实施方案中，本文所提供的方法包括一个或多个步骤以测量、评估、确定和/或定量样品的多基因集(本文称为一个或多个“基因集”)的表达，例如确定基因表达谱，以评估、预测、推断和/或估计对治疗(例如疗法或组合疗法)的反应(例如临床反应)。在一些实施方案中，从受试者获取、收集和/或获得所述样品，所述受试者已经被施用疗法(例如免疫疗法或细胞疗法，例如CAR-T细胞疗法)、被施用疗法、将要被施用疗法、或者是要被施用疗法的候选者。在一些实施方案中，从受试者获取、收集和/或获得所述样品，所述受试者已经被施用疗法(例如EZH2抑制剂)、被施用疗法、将要被施用疗法、或者是要被施用疗法的候选者。在一些实施方案中，从受试者获取、收集和/或获得所述样品，所述受试者已经被施用组合疗法(例如CAR-T细胞疗法和EZH2抑制剂)、被施用组合疗法、将要被施用组合疗法、或者是要被施用组合疗法的候选者。
在特定实施方案中，所述样品来自接受所述疗法(如细胞疗法或免疫疗法(例如CAR-T细胞疗法))之前的受试者，如在接受所述疗法之前0至7天内，例如在接受所述疗法之前1天、2天、3天、4天、5天、6天或7天内。在某些实施方案中，所述一个或多个基因的表达是临床结果、T细胞对疗法的反应和NHL亚型(例如DLBCL或FL)中的一项或多项的预测，与所述临床结果、T细胞对疗法的反应和NHL亚型中的一项或多项相关联和/或相关。在某些实施方案中，所述一个或多个基因的表达是对所述治疗具有反应(例如临床反应)(如完全反应(CR)、未知的完全反应(CRU)、部分反应(PR)、无反应/疾病稳定(NR/SD)、不完全反应/疾病稳定(SD)、和/或疾病进展(PD))的受试者的可能性和/或概率的预测，与所述可能性和/或概率相关联和/或相关。在某些实施方案中，所述一个或多个基因的表达是对所述疗法具有T细胞反应(如T细胞浸润到受试者的TME中或T细胞从受试者的TME中排除)的受试者的可能性和/或概率的预测，与所述可能性和/或概率相关联和/或相关。在某些实施方案中，所述一个或多个基因的表达是具有NHL亚型(例如DLBCL或FL)的受试者的可能性和/或概率的预测，与所述可能性和/或概率相关联和/或相关。在某些实施方案中，所述一个或多个基因集的表达是临床结果、T细胞对疗法的反应和NHL亚型(例如DLBCL或FL)中的一项或多项的预测，与所述临床结果、T细胞对疗法的反应和NHL亚型中的一项或多项相关联和/或相关。在某些实施方案中，所述一个或多个基因集的表达是对所述治疗具有反应(例如临床反应)(如完全反应(CR)、未知的完全反应(CRU)、部分反应(PR)、无反应/疾病稳定(NR/SD)、不完全反应/疾病稳定(SD)、和/或疾病进展(PD))的受试者的可能性和/或概率的预测，与所述可能性和/或概率相关联和/或相关。在某些实施方案中，所述一个或多个基因集的表达是对所述疗法具有T细胞反应(如T细胞浸润到受试者的TME中或T细胞从受试者的TME中排除)的受试者的可能性和/或概率的预测，与所述可能性和/或概率相关联和/或相关。在某些实施方案中，所述一个或多个基因集的表达是对具有NHL亚型(例如DLBCL或FL)的受试者的可能性和/或概率的预测，与所述可能性和/或概率相关联和/或相关。
特定实施方案设想，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达是对施用所述疗法的临床结果(例如CR、CRU、PR、NR/SD、SD、和/或PD)(例如，对施用治疗性治疗的临床反应)的预测，与所述临床结果相关联和/或相关。在某些实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达包括一个或多个如下基因，所述基因与特定临床结果(例如CR或PD)的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关。在特定实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达包括一个或多个如下基因，所述基因与特定临床结果(例如CR或PD)的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与CR的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(由T细胞标记基因(如CD3E)以及表E4和/或E5给出)的表达的升高、增加或较高量或水平与PD的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是PD的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中的一个或多个的表达的升高、增加或较高量或水平与PD的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是PD的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括表1a和/或表E2A给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与CR的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。特定实施方案设想，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因集的表达是对施用所述疗法的临床结果(例如CR、CRU、PR、NR/SD、SD、和/或PD)(例如，对施用治疗性治疗的临床反应)的预测，与所述临床结果相关联和/或相关。在某些实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因集的表达包括一个或多个如下基因集，所述基因集与特定临床结果(例如CR或PD)的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关。在特定实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因集的表达包括一个或多个如下基因集，所述基因集与特定临床结果(例如CR或PD)的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与CR的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(由表E4和/或E5的每一个给出)的表达上调(例如升高、增加或较高)与PD的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是PD的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的由(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；以及(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21给出的一个或多个基因集的表达上调(例如升高、增加或较高)与PD的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是PD的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表1a和/或表E2A中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与CR的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。
在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与CR负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括表1a和/或表E2a给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与CR负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与PD负相关联，是PD的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括表2a和/或表E2B给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与PD负相关联，是PD的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与CR负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表1a和/或表E2a中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与CR负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与PD负相关联，是PD的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的由(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；以及(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21给出的一个或多个基因集的表达下调(例如减少、降低或较低)与PD负相关联，是PD的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表2a和/或表E2B中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与PD负相关联，是PD的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。
在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是PD的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括表4a和/或表E2A给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是PD的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞激活标记基因，如PDCD1、LAG3、和/或TIGIT)的表达的升高、增加或较高量或水平与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关。在某些实施方案中，一个或多个基因(包括T细胞激活标记基因，如PDCD1、LAG3、和/或TIGIT)的表达的升高、增加或较高量或水平是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28、和/或CCL21)的表达的升高、增加或较高量或水平与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关。在某些实施方案中，一个或多个基因(包括KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28、和/或CCL21)的表达的升高、增加或较高量或水平是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括表3a和/或表E2B给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是PD的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表4a和/或表E2A中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是PD的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；以及(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表3a和/或表E2B中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。
在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是PD的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括表4a和/或表E2a给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是PD的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞激活标记基因，如PDCD1、LAG3和/或TIGIT)的表达的减少、降低或较低量或水平与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括T细胞激活标记基因，如PDCD1、LAG3、和/或TIGIT)的表达的减少、降低或较低量或水平是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28、和/或CCL21)的表达的减少、降低或较低量或水平与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28、和/或CCL21)的表达的减少、降低或较低量或水平是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括表3a和/或表E2B给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是PD的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表4a和/或表E2a中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与PD的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是PD的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；以及(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表3a和/或表E2B中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与CR的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。
在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING和HALLMARK_MYC_TARGETS_V2基因集中的一个或多个中，所述受试者经预测表现出对T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)有反应的PD。在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING和HALLMARK_MYC_TAR GETS_V2基因集中的一个或多个中，所述受试者被选择进行EZH2抑制剂和T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)的组合的治疗。在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING、HALLMARK_MYC_TARGETS_V2基因集中的各个中，所述受试者经预测表现出对T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)有反应的PD。在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING、HALLMARK_MYC_TARGETS_V2基因集中的各个中，所述受试者被选择进行EZH2抑制剂和T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)的组合的治疗。
在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE基因集中，所述受试者经预测表现出对T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)有反应的CR。在一些实施方案中，选自以下基因的多个基因在受试者(例如在治疗前肿瘤活检物中)中上调，所述基因包括在HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE基因集中，所述受试者被选择进行EZH2抑制剂和T细胞疗法(例如CAR T细胞疗法)的组合的治疗。
特定实施方案设想，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达是对EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的预测，与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗相关联和/或相关。在某些实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达包括一个或多个如下基因，所述基因与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关(即，一个或多个基因的表达在EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗下下调)。在特定实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达包括一个或多个如下基因，所述基因与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的正相关联和/或正相关(即，一个或多个基因的表达在EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗下上调)。特定实施方案设想，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达是对EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的预测，与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗相关联和/或相关。在某些实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因集的表达包括一个或多个如下基因集，所述基因集与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关(即，一个或多个基因的表达在EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗下下调)。在特定实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因集的表达包括一个或多个如下基因，所述基因与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗正相关联和/或正相关(即，一个或多个基因的表达在EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗下上调)。
在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。
在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。
在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。
在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。
特定实施方案设想，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达是对疗法之后受试者的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)的预测，与所述反应相关联或相关。在某些实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达包括一个或多个如下基因，所述基因与疗法之后受试者的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关。在特定实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因的表达包括一个或多个如下基因，所述基因与疗法之后受试者的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关。特定实施方案设想，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因集的表达是对疗法之后受试者的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)的预测，与所述反应相关联或相关。在某些实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因集的表达包括一个或多个如下基因，所述基因与疗法之后受试者的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关。在特定实施方案中，来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因集的表达包括一个或多个如下基因，所述基因与疗法之后受试者的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关。
在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括表1a给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是PD的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括表2a给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是PD的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表1a给出的)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是CR的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是PD的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表2a给出的)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是PD的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。
在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞浸润到TME中负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括表1a给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞浸润到TME中负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞从TME中排除负相关联，是PD的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括表2a给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞从TME中排除负相关联，是PD的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞浸润到TME中负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表1a给出的)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞浸润到TME中负相关联，是CR的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞从TME中排除负相关联，是PD的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表2a给出的)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞从TME中排除负相关联，是PD的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。
在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是PD的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括表4a给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是PD的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括表3a给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是PD的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表4a给出的)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是PD的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表3a给出的)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是CR的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。
在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是PD的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括表4a给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是PD的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括表3a给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是PD的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表4a给出的)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是PD的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表3a给出的)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是CR的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。
在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是FL的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是DLBCL的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是FL的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率负相关联和/或负相关，是DLBCL的较低、减少或降低的可能性和/或概率的预测和/或与其相关。
在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞浸润到TME中负相关联，是FL的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞从TME中排除负相关联，是DLBCL的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞浸润到TME中负相关联，是FL的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞从TME中排除负相关联，是DLBCL的较高、增加或升高的可能性或概率的预测和/或与其相关。
在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是DLBCL的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的升高、增加或较高量或水平与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是FL的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是DLBCL的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达上调(例如升高、增加或较高)与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联和/或正相关，是FL的较高、增加或升高的可能性的预测和/或与其相关。
在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括EZH2以及表E2和/或E3给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是DLBCL的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因(包括T细胞标记基因，如CD3E，以及表E4和/或E5给出的那些)的表达的减少、降低或较低量或水平与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是FL的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E2和/或E3中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞从TME中排除的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是DLBCL的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。在特定实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集(包括表E4和/或E5中的每一个给出的那些)的表达下调(例如减少、降低或较低)与T细胞浸润到TME中的可能性、概率、和/或发生率正相关联，是FL的较低或减少的可能性或概率的预测和/或与其相关。
在某些实施方案中，至少一个、至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少十一个、至少十二个、至少十三个、至少十四个、至少十五个、至少十六个、至少十七个、至少十八个、至少十九个、至少二十个、至少二十五个、至少三十个、至少四十个、至少五十个、至少六十个、至少七十个、至少八十个、至少九十个、至少一百个、或至少一百二十个基因的表达与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或发生率负相关联和/或负相关，对所述基因的表达进行评估、测量、检测、和/或定量。在一些实施方案中，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、35、45、55、65、75、85、95、105、115或更多个基因与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或发生率负相关联和/或负相关，对所述基因进行评估、测量、检测、和/或定量。在特定实施方案中，至少一个、至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少十一个、至少十二个、至少十三个、至少十四个、至少十五个、至少十六个、至少十七个、至少十八个、至少十九个、至少二十个、至少二十五个、至少三十个、至少四十个、至少五十个、至少六十个、至少七十个、至少八十个、至少九十个、至少一百个、或至少一百二十个基因与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或发生率正相关联和/或正相关，对所述基因进行评估、测量、检测、和/或定量。在一些实施方案中，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、35、45、55、65、75、85、95、105、115或更多个基因与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或发生率正相关联和/或负相关，对所述基因进行评估、测量、检测、和/或定量。在一些实施方案中，如所述的一个或多个基因与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或发生率正相关联，对所述基因进行评估、测量、检测、和/或定量；并且如所描述的一个或多个基因与临床结果(例如CR或PD)的可能性和/或发生率负相关联，对所述基因进行评估、测量、检测、和/或定量。在一些实施方案中，如所述的一个或多个基因集与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或发生率正相关联，对所述基因进行评估、测量、检测、和/或定量；并且如所描述的一个或多个基因集与临床结果(例如CR或PD)的可能性和/或发生率负相关联，对所述基因进行评估、测量、检测、和/或定量。
在一些实施方案中，基因的表达与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应(例如T细胞浸润到TME中或从TME中排除)、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或概率负相关联或负相关，所述基因的表达具有、可能具有完全反应(CR)临床结果的可能性和/或概率，或已确定与所述可能性和/或概率负相关联。在一些实施方案中，基因的表达与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或概率负相关联或负相关，所述基因的表达具有、可能具有疾病进展(PD)临床结果的可能性和/或概率，或已确定与所述可能性和/或概率负相关联。在一些实施方案中，基因集的表达与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应(例如T细胞浸润到TME中或从TME中排除)、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或概率负相关联或负相关，所述基因的表达具有、可能具有完全反应(CR)临床结果的可能性和/或概率，或已确定与所述可能性和/或概率负相关联。在一些实施方案中，基因集的表达与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的可能性和/或概率负相关联或负相关，所述基因集的表达具有、可能具有疾病进展(PD)临床结果的可能性和/或概率，或已确定与所述可能性和/或概率负相关联。在一些实施方案中，基因的表达与临床结果之间的负相关联具有、可能具有或已确定具有为或低于-0.25、为或低于-0.3、为或低于-0.4、为或低于-0.5、为或低于-0.55、为或低于-0.6、为或低于-0.65、为或低于-0.7、为或低于-0.75、为或低于-0.8、为或低于-0.85、为或低于-0.90、为或低于-0.95、为或低于-0.97、为或低于-0.98、为或低于-0.99、或约-1.0的相关系数(R)值。在一些实施方案中，基因集的表达与临床结果之间的负相关联具有、可能具有或已确定具有为或低于-0.25、为或低于-0.3、为或低于-0.4、为或低于-0.5、为或低于-0.55、为或低于-0.6、为或低于-0.65、为或低于-0.7、为或低于-0.75、为或低于-0.8、为或低于-0.85、为或低于-0.90、为或低于-0.95、为或低于-0.97、为或低于-0.98、为或低于-0.99、或约-1.0的相关系数(R)值。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种负相关联，并且已经基于研究(例如临床研究)数据进行了鉴定。在一些实施方案中，基因的表达与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种负相关联。在一些实施方案中，基因集的表达被鉴定为与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种负相关联，并且已经基于研究(例如临床研究)数据进行了鉴定。在一些实施方案中，基因集的表达与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种的发生率负相关联。在某些实施方案中，所述临床结果是完全反应(CR)。在某些实施方案中，所述临床结果是疾病进展(PD)。在某些实施方案中，所述T细胞反应是T细胞浸润到TME中。在某些实施方案中，所述T细胞反应是T细胞从TME中排除。在特定实施方案中，基因的表达与临床结果之间的负相关联具有、可能具有或已确定具有为或低于-0.25、为或低于-0.3、为或低于-0.4、为或低于-0.5、为或低于-0.55、为或低于-0.6、为或低于-0.65、为或低于-0.7、为或低于-0.75、为或低于-0.8、为或低于-0.85、为或低于-0.90、为或低于-0.95、为或低于-0.97、为或低于-0.98、为或低于-0.99、或约-1.0的相关系数(R)。在特定实施方案中，基因集的表达与临床结果之间的负相关联具有、可能具有或已确定具有为或低于-0.25、为或低于-0.3、为或低于-0.4、为或低于-0.5、为或低于-0.55、为或低于-0.6、为或低于-0.65、为或低于-0.7、为或低于-0.75、为或低于-0.8、为或低于-0.85、为或低于-0.90、为或低于-0.95、为或低于-0.97、为或低于-0.98、为或低于-0.99、或约-1.0的相关系数(R)。
在一些实施方案中，基因的表达与临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法的反应、以及使用EZH2抑制或EZH2抑制的治疗中一种或多种负相关联或负相关，所述基因的表达包括以下中的一个或多个的表达：zeste增强子同源物2(EZH2)；E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)。在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)负相关联或负相关，还被鉴定为与EZH2抑制负相关联或负相关(即，基因的表达在EZH2抑制下而下调)，并且包括以下中的一个或多个的表达：zeste增强子同源物2(EZH2)；E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)和EZH2抑制(即，基因的表达在EZH2抑制下而下调)负相关联或负相关，还被鉴定为与T细胞浸润负相关联或负相关，并且包括以下中的一个或多个的表达：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)负相关联或负相关并且与T细胞浸润负相关联或负相关，并且是以下中的一个或多个的表达：AURKA、BRCA2、CCP110、CENPE、CKS2、DCLRE1B、DNMT1、DONSON、EED、GINS1、GINS4、H2AFZ、LIG1、MAD2L1、MCM2、MCM4、MCM5、MCM7、MELK、MMS22L、NAA38、NASP、NUDT21、NUP205、ORC6、PCNA、PLK4、POLE、PRIM2、RAD51AP1、RFC2、RPA2、RPA3、SUV39H1、TMPO、UBE2T、WDR90、CDK1、MCM3、TOP2A、MCM6、BIRC5、CCNB2、RRM、HMGB2、BUB1B、RFC3、EZH2、CHEK1、SMC4、MKI67、CDC20、PLK1、KIF2C、DLGAP5、AURKB、CDC25A、TRIP13、H2AFX、HMMR、E2F8、BRCA1、MYBL2、POLD1、RACGAP1、CKS1B、KPNA2、MSH2、CDKN3、ATAD2、RPA1、STMN1、TIPIN、TK1、CDCA8、ESPL1、NCAPD2、RANBP1、MRE11A、KIF4A、LMNB1、KIF22、UNG、SMC1A、CCNE1、CDCA3、ASF1B、POLA2、TIMELESS、HELLS、UBE2S、PRKDC、RAN、USP1、SPAG5、POLD3、DUT、TACC3、KIF18B、CDC25B、SRSF1、GINS3、NOLC1、SLBP、CHEK2、SPC25、BARD1、DCTPP1、SMC3、RNASEH2A、DEK、CENPM、RAD51C、CBX5、RFC1、POLD2、DSCC1、ILF3、DEPDC1、DCK、CDKN2C、MYC、TCF19、RAD1、LBR、NBN、PTTG1、UBR7、POLE4、TUBG1、CTCF、RQCD1、TUBB、SMC6、ZW10、PA2G4、SSRP1、NAP1L1、ANP32E、HMGB3、IPO7、RAD21、CDK4、CDKN1A、BRMS1L、RAD50、TRA2B、CSE1L、PAICS、STAG1、LUC7L3、PPM1D、NME1、SRSF2、XPO1、HNRNPD、PMS2、ASF1A、EXOSC8、MLH1、NUP107、ORC2、TP53、TFRC、HMGA1、PSIP1、DDX39A、SNRPB、CDKN1B、MTHFD2、WEE1、PRDX4、PHF5A、TBRG4、SHMT1、PRPS1、DIAPH3、NUP153、PSMC3IP、XRCC6、PNN、HUS1、RBBP7、PDS5B、NOP56、MXD3、PPP1R8、GSPT1、CDKN2A、AK2、CIT、ING3、HN1、POP7、SYNCRIP、EIF2S1、LYAR、PAN2和SPC24。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)负相关联或负相关并且与T细胞浸润负相关联或负相关，并且是以下中的一个或多个的表达：AURKA、BRCA2、CCP110、CENPE、CKS2、DCLRE1B、DNMT1、DONSON、EED、GINS1、GINS4、H2AFZ、LIG1、MAD2L1、MCM2、MCM4、MCM5、MCM7、MELK、MMS22L、NAA38、NASP、NUDT21、NUP205、ORC6、PCNA、PLK4、POLE、PRIM2、RAD51AP1、RFC2、RPA2、RPA3、SUV39H1、TMPO、UBE2T、WDR90、CDK1、MCM3、TOP2A、MCM6、BIRC5、CCNB2、RRM、HMGB2、BUB1B、RFC3、EZH2、CHEK1、SMC4、MKI67、CDC20、PLK1、KIF2C、DLGAP5、AURKB、CDC25A、TRIP13、H2AFX、HMMR、E2F8、BRCA1、MYBL2、POLD1、RACGAP1、CKS1B、KPNA2、MSH2、CDKN3、ATAD2、RPA1、STMN1、TIPIN、TK1、CDCA8、ESPL1、NCAPD2、RANBP1、MRE11A、KIF4A、LMNB1、KIF22、UNG、SMC1A、CCNE1、CDCA3、ASF1B、POLA2、TIMELESS、HELLS、UBE2S、PRKDC、RAN、USP1、SPAG5、POLD3、DUT、TACC3、KIF18B、CDC25B、SRSF1、GINS3、NOLC1、SLBP、CHEK2、SPC25、BARD1、DCTPP1、SMC3、RNASEH2A、DEK、CENPM、RAD51C、CBX5、RFC1、POLD2、DSCC1、ILF3、DEPDC1、DCK、CDKN2C、MYC、TCF19、RAD1、LBR、NBN、PTTG1、UBR7、POLE4、TUBG1、CTCF、RQCD1、TUBB、SMC6、ZW10、PA2G4、SSRP1、NAP1L1、ANP32E、HMGB3、IPO7、RAD21、CDK4、CDKN1A、BRMS1L、RAD50、TRA2B、CSE1L、PAICS、STAG1、LUC7L3、PPM1D、NME1、SRSF2、XPO1、HNRNPD、PMS2、ASF1A、EXOSC8、MLH1、NUP107、ORC2、TP53、TFRC、HMGA1、PSIP1、DDX39A、SNRPB、CDKN1B、MTHFD2、WEE1、PRDX4、PHF5A、TBRG4、SHMT1、PRPS1、DIAPH3、NUP153、PSMC3IP、XRCC6、PNN、HUS1、RBBP7、PDS5B、NOP56、MXD3、PPP1R8、GSPT1、CDKN2A、AK2、CIT、ING3、HN1、POP7、SYNCRIP、EIF2S1、LYAR、PAN2和SPC24。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)负相关联或负相关并且与T细胞浸润负相关联或负相关，并且是以下中的一个或多个的表达：AURKA、CCNA2、TOP2A、CCNB2、CENPA、BIRC5、CDC20、PLK1、TTK、PRC1、NDC80、KIF11、NUSAP1、CKS2、KIF2C、MKI67、AURKB、TPX2、SMC4、BUB1、CENPF、RACGAP1、CENPE、KIF23、UBE2C、MCM6、MCM3、PTTG1、CDK1、KIF4A、ESPL1、MAD2L1、NEK2、KIF22、HMMR、KPNA2、CDKN3、CDC25A、H2AFX、CDC25B、PLK4、CDC6、CCNF、MCM5、LMNB1、E2F3、KIF15、CHEK1、UBE2S、WHSC1、HMGB3、DBF4、TACC3、MCM2、CDKN2C、CDKN1B、FANCC、NASP、STAG1、GINS2、FBXO5、POLQ、EZH2、RAD21、STMN1、SUV39H1、PRIM2、E2F1、CHAF1A、NOLC1、GSPT1、BUB3、SMC1A、ILF3、CDC7、INCENP、CKS1B、EXO1、H2AFZ、TFDP1、CCND1、KPNB1、HN1、LBR、HUS1、KIF20B、TOP1、DS5B、SRSF1、STIL、ABL1、DTYMK、CDC27、BARD1、ATF5、CDC45、ODC1、XPO1、SFPQ、TMPO、PML、BRCA2、CTCF、CASC5、SETD8、SLC38A1、TRA2B、MYBL2、TROAP、PAPD7、CUL3、MAPK14、HIST1H2BK、MYC、AMD1、CBX1、CHMP1A、DKC1、YTHDC1、CCNT1、TGFB1、ATRX、LIG3、NUP50、SLC7A5、RBL1、NUMA1、RAD54L、EFNA5、PRPF4B、UCK2、ARID4A、CUL1、UPF1、DR1、MNAT1、SMC2、RBM14、RPA2、SQLE、ORC6、CDK4、POLE、RASAL2、HOXC10、RPS6KA5、CUL4A、SLC7A1、FOXN3、HMGA1、SS18、TRAIP、PRMT5、CUL5、DDX39A、MARCKS、PBK、ORC5、SAP30、KATNA1、HNRNPD、POLA2、HIRA、HIF1A、SYNCRIP、TLE3、NCL、RAD23B、E2F2、HMGN2、SRSF10、SNRPD1、CASP8AP2、SMARCC1、SLC12A2、NOTCH2、TNPO2、SMAD3、HSPA8、G3BP1、DMD、MEIS1、HNRNPU、SRSF2、MT2A、NUP98、EWSR1、KIF5B、MTF2、E2F4、BCL3、PURA、MEIS2、PAFAH1B1、WRN、H2AFV和DF2。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)负相关联或负相关并且与T细胞浸润负相关联或负相关，并且是以下中的一个或多个的表达：FADS1、DDIT4、CALR、HK2、PGK1、SLC7A5、CTSC、ACSL3、SLC1A5、M6PR、TFRC、DDIT3、TMEM97、IFRD1、PLOD2、TUBA4A、PSAT1、CORO1A、LDHA、MTHFD2、FADS2、VLDLR、WARS、SCD、P4HA1、ACTR2、IDH1、SLC2A1、GBE1、SERPINH1、NUPR1、PSMG1、PSPH、NAMPT、CDKN1A、BHLHE40、HSPA9、HSPA5、EGLN3、LGMN、PNP、XBP1、SLA、DDX39A、HSPE1、ACLY、SLC7A11、SSR1、GLA、SQSTM1、PDK1、PSMC2、PRDX1、SERP1、TRIB3、NFIL3、HMGCS1、GOT1、TPI1、ELOVL6、ASNS、PSMD14、PSMA4、PPA1、HPRT1、AURKA、HMGCR、GAPDH、DHFR、DHCR7、IMMT、UCHL5、YKT6、INSIG1、SQLE、IGFBP5、IFI30、CYP51A1、FGL2、ENO1、IDI1、CYB5B、SHMT2、TXNRD1、G6PD、SLC9A3R1、RAB1A、EBP、PNO1、PIK3R3、ACTR3、LDLR、SLC2A3、UBE2D3、ELOVL5、CACYBP、EDEM1、ATP6V1D、TES、TM7SF2、PSMA3、ITGB2、AK4、SLC1A4、TOMM40、SLC6A6、PPIA、ADD3、ME1、CCNF、SLC37A4、ALDOA、BTG2、UFM1、CCNG1、STC1、NMT1、PSMC6、FDXR、RRM2、DHCR24、PSMC4、CTH、PSME3、CFP、POLR3G、ACACA、QDPR、MCM2、PSMD12、CANX、RPN1、HSPA4、FAM129A、TBK1、SEC11A、BCAT1、PSMB5、PSMD13、PGM1、PLK1、GLRX、COPS5、ETF1、GSK3B、NUP205、SORD、PHGDH、GMPS、RRP9、EEF1E1、LTA4H、SDF2L1、FKBP2、RDH11、CXCR4、MLLT11、GCLC、TCEA1、MAP2K3、HSPD1、SYTL2、MCM4、PPP1R15A、USO1、NFKBIB、UNG、GTF2H1、RPA1、HSP90B1、GSR、PITPNB、EPRS、SRD5A1、TUBG1、MTHFD2L、ADIPOR2、NUFIP1、CDC25A、PDAP1、STARD4、BUB1、ARPC5L、GPI、EIF2S2、CD9、ATP2A2、GGA2、HMBS、RIT1、SKAP2、STIP1、DAPP1、ABCF2、NFYC、ATP5G1、PFKL和CCT6A。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)负相关联或负相关并且与T细胞浸润负相关联或负相关，并且是以下中的一个或多个的表达：SLC19A1、MRTO4、TMEM97、RRP9、PES1、TFB2M、EXOSC5、IPO4、NDUFAF4、NOC4L、MYC、SRM、PA2G4、GNL3、NOLC1、WDR43、RABEPK、NOP16、TBRG4、DDX18、NIP7、WDR74、BYSL、HSPD1、PLK4、NOP2、PPAN、NOP56、RCL1、NPM1、AIMP2、RRP12、PPRC1、TCOF1、MCM5、HK2、CBX3、PLK1、PHB、MCM4、CDK4、DUSP2、MYBBP1A、UTP20、PRMT3、FARSA、MAP3K6、LAS1L、PUS1、HSPE1、SLC29A2、DCTPP1。在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关，还被鉴定为与T细胞浸润正相关联或正相关，并且包括以下中的一个或多个的表达：CD3；电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关并且与T细胞浸润正相关联或正相关，还被鉴定为与EZH2抑制正相关联或正相关(即，基因的表达经EZH2抑制而上调)，并且包括以下中的一个或多个的表达：SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关并且与T细胞排除负相关联或负相关，并且是以下中的一个或多个的表达：MX1、ISG15、OAS1、IFIT3、IFI44、IFI35、IRF7、RSAD2、IFI44L、IFITM1、IFI27、IRF9、OASL、EIF2AK2、IFIT2、CXCL10、TAP1、SP110、DDX60、UBE2L6、USP18、PSMB8、IFIH1、BST2、LGALS3BP、ADAR、ISG20、GBP2、IRF1、PLSCR1、PSMB9、HERC6、SAMD9、CMPK2、IFITM3、RTP4、STAT2、SAMD9L、LY6E、IFITM2、CXCL11、TRIM21、PARP14、TRIM26、PARP12、NMI、RNF31、HLA-C、CASP1、TRIM14、TDRD7、DHX58、PARP9、PNPT1、TRIM25、PSME1、WARS、EPSTI1、UBA7、PSME2、B2M、TRIM5、C1S、LAP3、GBP4、NCOA7、TMEM140、CD74、GMPR、PSMA3、PROCR、IL7、IFI30、IRF2、CSF1、IL15、CNP、FAM46A、IL4R、CD47、LPAR6、MOV10、CASP8、TXNIP、SLC25A28、SELL、TRAFD1、BATF2、RIPK2、CCRL2、NUB1、OGFR和ELF1。
表1示出了其表达与CR负相关联并且与EZH2抑制负相关联的基因的基因产物的全名和基因符号。表2示出了其表达与PD负相关联并且与T细胞浸润正相关联的基因的基因产物的全名和基因符号。
表1：其表达与CR和EZH2抑制负相关联的基因
Figure BDA0003604039090001491
Figure BDA0003604039090001501
Figure BDA0003604039090001511
表2：其表达与PD负相关联并且与T细胞浸润正相关联的基因
Figure BDA0003604039090001512
Figure BDA0003604039090001521
Figure BDA0003604039090001531
Figure BDA0003604039090001541
表1a示出了其表达与CR负相关联并且与T细胞浸润负相关联的基因集。表2a示出了其表达与PD负相关联并且与T细胞排除负相关联的基因集。
表1a：其表达与CR负相关联并且与T细胞浸润负相关联的基因集
Figure BDA0003604039090001542
Figure BDA0003604039090001551
Figure BDA0003604039090001561
表2a：其表达与PD负相关联并且与T细胞排除负相关联的基因集
Figure BDA0003604039090001562
Figure BDA0003604039090001571
在某些实施方案中，所述一个或多个基因的表达与施用治疗性治疗后的特定临床结果正相关联。在一些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因的表达的减少、降低或较低量或水平(与特定临床结果正相关联)是临床结果(例如CR或PD)的较低或减少的可能性或发生率的预测和/或与其相关。在一些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因的表达的升高、增加或较高量或水平(与特定临床结果正相关联)是临床结果(例如CR或PD)的较高、增加或升高的可能性或发生率的预测和/或与其相关。在某些实施方案中，所述一个或多个基因集的表达与施用治疗性治疗后的特定临床结果正相关联。在一些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集的表达下调(例如减少、降低或较低)(与特定临床结果正相关联)是临床结果(例如CR或PD)的较低或减少的可能性或发生率的预测和/或与其相关。在一些实施方案中，获得自受试者的样品中的一个或多个基因集的表达上调(例如升高、增加或较高)(与特定临床结果正相关联)是临床结果(例如CR或PD)的较高、增加或升高的可能性或发生率的预测和/或与其相关。
在某些实施方案中，基因的表达被鉴定为与特定临床结果正相关联或正相关，并且具有、可能具有或已确定具有与该临床结果的可能性或发生率正相关联的基因表达。在某些实施方案中，基因集的表达被鉴定为与特定临床结果正相关联或正相关，并且具有、可能具有或已确定具有与该临床结果的可能性或发生率正相关联的基因表达。在某些实施方案中，所述临床结果是完全反应(CR)。在某些实施方案中，所述临床结果是疾病进展(PD)。在特定实施方案中，所述正相关联与所述临床结果具有、可能具有或已确定具有正相关性，相关系数(R)为至少0.25、至少0.3、至少0.4、至少0.5、至少0.55、至少0.6、至少0.65、至少0.7、至少0.75、至少0.8、至少0.85、至少0.90、至少0.95、至少0.97、至少0.98、至少0.99、或约1.0。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与特定临床结果的可能性和/或概率正相关联或正相关，并且已经基于研究(例如临床研究)数据进行了鉴定。在一些实施方案中，基因的表达与临床结果的发生率正相关联。在某些实施方案中，所述临床结果是完全反应(CR)。在一些实施方案中，基因集的表达被鉴定为与特定临床结果的可能性和/或概率正相关联或正相关，并且已经基于研究(例如临床研究)数据进行了鉴定。在一些实施方案中，基因集的表达与临床结果的发生率正相关联。在某些实施方案中，所述临床结果是完全反应(CR)。在某些实施方案中，所述临床结果是疾病进展(PD)。在一些实施方案中，所述正相关联与毒性的发生率具有、可能具有或已确定具有正相关性，相关系数(R)为至少0.25、至少0.3、至少0.4、至少0.5、至少0.55、至少0.6、至少0.65、至少0.7、至少0.75、至少0.8、至少0.85、至少0.90、至少0.95、至少0.97、至少0.98、至少0.99、或约1.0。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与临床结果正相关联或正相关，并且包括以下中的一个或多个的表达：EZH2；E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)。
在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是PDCD1、LAG3和/或TIGIT的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是PDCD1的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是LAG3的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是TIGIT的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是PDCD1、LAG3和/或TIGIT的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是PDCD1的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是LAG3的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是TIGIT的表达。
在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和/或CCL21的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是KLRB1的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是CD40LG的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是ICOS的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是CD28的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关的基因的表达是CCL21的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和/或CCL21的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是KLRB1的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是CD40LG的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是ICOS的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是CD28的表达。在某些实施方案中，被鉴定为与疾病进展(PD)负相关联或负相关的基因的表达是CCL21的表达。
在某些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关。在某些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关，还被鉴定为与T细胞浸润正相关联或正相关，并且包括以下中的一个或多个的表达：CD3；电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)。在某些实施方案中，基因的表达被鉴定为与CR和T细胞浸润正相关联或正相关，还被鉴定为与EZH2抑制正相关联或正相关(即，基因的表达通过EZH2抑制而上调)，并且包括以下中的一个或多个的表达：SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)。
在某些实施方案中，基因的表达被鉴定为与完全反应(CR)正相关联或正相关并且与T细胞浸润正相关联或正相关，并且是以下中的一个或多个的表达：MX1、ISG15、OAS1、IFIT3、IFI44、IFI35、IRF7、RSAD2、IFI44L、IFITM1、IFI27、IRF9、OASL、EIF2AK2、IFIT2、CXCL10、TAP1、SP110、DDX60、UBE2L6、USP18、PSMB8、IFIH1、BST2、LGALS3BP、ADAR、ISG20、GBP2、IRF1、PLSCR1、PSMB9、HERC6、SAMD9、CMPK2、IFITM3、RTP4、STAT2、SAMD9L、LY6E、IFITM2、CXCL11、TRIM21、PARP14、TRIM26、PARP12、NMI、RNF31、HLA-C、CASP1、TRIM14、TDRD7、DHX58、PARP9、PNPT1、TRIM25、PSME1、WARS、EPSTI1、UBA7、PSME2、B2M、TRIM5、C1S、LAP3、GBP4、NCOA7、TMEM140、CD74、GMPR、PSMA3、PROCR、IL7、IFI30、IRF2、CSF1、IL15、CNP、FAM46A、IL4R、CD47、LPAR6、MOV10、CASP8、TXNIP、SLC25A28、SELL、TRAFD1、BATF2、RIPK2、CCRL2、NUB1、OGFR和ELF1。
在某些实施方案中，基因的表达被鉴定为与进展性疾病(PD)正相关联或正相关，还被鉴定为与EZH2抑制负相关联或负相关(即，基因的表达经EZH2抑制而下调)，并且包括以下中的一个或多个的表达：EZH2；E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
在某些实施方案中，基因的表达被鉴定为与PD正相关联或正相关并且与EZH2抑制负相关联或负相关，还被鉴定为与T细胞浸润负相关联或负相关，并且包括以下中的一个或多个的表达：EZH2；E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与进展性疾病(PD)正相关联或正相关并且与T细胞排除正相关联或正相关，并且是以下中的一个或多个的表达：AURKA、BRCA2、CCP110、CENPE、CKS2、DCLRE1B、DNMT1、DONSON、EED、GINS1、GINS4、H2AFZ、LIG1、MAD2L1、MCM2、MCM4、MCM5、MCM7、MELK、MMS22L、NAA38、NASP、NUDT21、NUP205、ORC6、PCNA、PLK4、POLE、PRIM2、RAD51AP1、RFC2、RPA2、RPA3、SUV39H1、TMPO、UBE2T、WDR90、CDK1、MCM3、TOP2A、MCM6、BIRC5、CCNB2、RRM、HMGB2、BUB1B、RFC3、EZH2、CHEK1、SMC4、MKI67、CDC20、PLK1、KIF2C、DLGAP5、AURKB、CDC25A、TRIP13、H2AFX、HMMR、E2F8、BRCA1、MYBL2、POLD1、RACGAP1、CKS1B、KPNA2、MSH2、CDKN3、ATAD2、RPA1、STMN1、TIPIN、TK1、CDCA8、ESPL1、NCAPD2、RANBP1、MRE11A、KIF4A、LMNB1、KIF22、UNG、SMC1A、CCNE1、CDCA3、ASF1B、POLA2、TIMELESS、HELLS、UBE2S、PRKDC、RAN、USP1、SPAG5、POLD3、DUT、TACC3、KIF18B、CDC25B、SRSF1、GINS3、NOLC1、SLBP、CHEK2、SPC25、BARD1、DCTPP1、SMC3、RNASEH2A、DEK、CENPM、RAD51C、CBX5、RFC1、POLD2、DSCC1、ILF3、DEPDC1、DCK、CDKN2C、MYC、TCF19、RAD1、LBR、NBN、PTTG1、UBR7、POLE4、TUBG1、CTCF、RQCD1、TUBB、SMC6、ZW10、PA2G4、SSRP1、NAP1L1、ANP32E、HMGB3、IPO7、RAD21、CDK4、CDKN1A、BRMS1L、RAD50、TRA2B、CSE1L、PAICS、STAG1、LUC7L3、PPM1D、NME1、SRSF2、XPO1、HNRNPD、PMS2、ASF1A、EXOSC8、MLH1、NUP107、ORC2、TP53、TFRC、HMGA1、PSIP1、DDX39A、SNRPB、CDKN1B、MTHFD2、WEE1、PRDX4、PHF5A、TBRG4、SHMT1、PRPS1、DIAPH3、NUP153、PSMC3IP、XRCC6、PNN、HUS1、RBBP7、PDS5B、NOP56、MXD3、PPP1R8、GSPT1、CDKN2A、AK2、CIT、ING3、HN1、POP7、SYNCRIP、EIF2S1、LYAR、PAN2和SPC24。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与与进展性疾病(PD)正相关联或正相关并且与T细胞排除正相关联或正相关，并且是以下中的一个或多个的表达：AURKA、CCNA2、TOP2A、CCNB2、CENPA、BIRC5、CDC20、PLK1、TTK、PRC1、NDC80、KIF11、NUSAP1、CKS2、KIF2C、MKI67、AURKB、TPX2、SMC4、BUB1、CENPF、RACGAP1、CENPE、KIF23、UBE2C、MCM6、MCM3、PTTG1、CDK1、KIF4A、ESPL1、MAD2L1、NEK2、KIF22、HMMR、KPNA2、CDKN3、CDC25A、H2AFX、CDC25B、PLK4、CDC6、CCNF、MCM5、LMNB1、E2F3、KIF15、CHEK1、UBE2S、WHSC1、HMGB3、DBF4、TACC3、MCM2、CDKN2C、CDKN1B、FANCC、NASP、STAG1、GINS2、FBXO5、POLQ、EZH2、RAD21、STMN1、SUV39H1、PRIM2、E2F1、CHAF1A、NOLC1、GSPT1、BUB3、SMC1A、ILF3、CDC7、INCENP、CKS1B、EXO1、H2AFZ、TFDP1、CCND1、KPNB1、HN1、LBR、HUS1、KIF20B、TOP1、DS5B、SRSF1、STIL、ABL1、DTYMK、CDC27、BARD1、ATF5、CDC45、ODC1、XPO1、SFPQ、TMPO、PML、BRCA2、CTCF、CASC5、SETD8、SLC38A1、TRA2B、MYBL2、TROAP、PAPD7、CUL3、MAPK14、HIST1H2BK、MYC、AMD1、CBX1、CHMP1A、DKC1、YTHDC1、CCNT1、TGFB1、ATRX、LIG3、NUP50、SLC7A5、RBL1、NUMA1、RAD54L、EFNA5、PRPF4B、UCK2、ARID4A、CUL1、UPF1、DR1、MNAT1、SMC2、RBM14、RPA2、SQLE、ORC6、CDK4、POLE、RASAL2、HOXC10、RPS6KA5、CUL4A、SLC7A1、FOXN3、HMGA1、SS18、TRAIP、PRMT5、CUL5、DDX39A、MARCKS、PBK、ORC5、SAP30、KATNA1、HNRNPD、POLA2、HIRA、HIF1A、SYNCRIP、TLE3、NCL、RAD23B、E2F2、HMGN2、SRSF10、SNRPD1、CASP8AP2、SMARCC1、SLC12A2、NOTCH2、TNPO2、SMAD3、HSPA8、G3BP1、DMD、MEIS1、HNRNPU、SRSF2、MT2A、NUP98、EWSR1、KIF5B、MTF2、E2F4、BCL3、PURA、MEIS2、PAFAH1B1、WRN、H2AFV和DF2。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与进展性疾病(PD)正相关联或正相关并且与T细胞排除正相关联或正相关，并且是以下中的一个或多个的表达：FADS1、DDIT4、CALR、HK2、PGK1、SLC7A5、CTSC、ACSL3、SLC1A5、M6PR、TFRC、DDIT3、TMEM97、IFRD1、PLOD2、TUBA4A、PSAT1、CORO1A、LDHA、MTHFD2、FADS2、VLDLR、WARS、SCD、P4HA1、ACTR2、IDH1、SLC2A1、GBE1、SERPINH1、NUPR1、PSMG1、PSPH、NAMPT、CDKN1A、BHLHE40、HSPA9、HSPA5、EGLN3、LGMN、PNP、XBP1、SLA、DDX39A、HSPE1、ACLY、SLC7A11、SSR1、GLA、SQSTM1、PDK1、PSMC2、PRDX1、SERP1、TRIB3、NFIL3、HMGCS1、GOT1、TPI1、ELOVL6、ASNS、PSMD14、PSMA4、PPA1、HPRT1、AURKA、HMGCR、GAPDH、DHFR、DHCR7、IMMT、UCHL5、YKT6、INSIG1、SQLE、IGFBP5、IFI30、CYP51A1、FGL2、ENO1、IDI1、CYB5B、SHMT2、TXNRD1、G6PD、SLC9A3R1、RAB1A、EBP、PNO1、PIK3R3、ACTR3、LDLR、SLC2A3、UBE2D3、ELOVL5、CACYBP、EDEM1、ATP6V1D、TES、TM7SF2、PSMA3、ITGB2、AK4、SLC1A4、TOMM40、SLC6A6、PPIA、ADD3、ME1、CCNF、SLC37A4、ALDOA、BTG2、UFM1、CCNG1、STC1、NMT1、PSMC6、FDXR、RRM2、DHCR24、PSMC4、CTH、PSME3、CFP、POLR3G、ACACA、QDPR、MCM2、PSMD12、CANX、RPN1、HSPA4、FAM129A、TBK1、SEC11A、BCAT1、PSMB5、PSMD13、PGM1、PLK1、GLRX、COPS5、ETF1、GSK3B、NUP205、SORD、PHGDH、GMPS、RRP9、EEF1E1、LTA4H、SDF2L1、FKBP2、RDH11、CXCR4、MLLT11、GCLC、TCEA1、MAP2K3、HSPD1、SYTL2、MCM4、PPP1R15A、USO1、NFKBIB、UNG、GTF2H1、RPA1、HSP90B1、GSR、PITPNB、EPRS、SRD5A1、TUBG1、MTHFD2L、ADIPOR2、NUFIP1、CDC25A、PDAP1、STARD4、BUB1、ARPC5L、GPI、EIF2S2、CD9、ATP2A2、GGA2、HMBS、RIT1、SKAP2、STIP1、DAPP1、ABCF2、NFYC、ATP5G1、PFKL和CCT6A。
在一些实施方案中，基因的表达被鉴定为与进展性疾病(PD)正相关联或正相关并且与T细胞排除正相关联或正相关，并且是以下中的一个或多个的表达：SLC19A1、MRTO4、TMEM97、RRP9、PES1、TFB2M、EXOSC5、IPO4、NDUFAF4、NOC4L、MYC、SRM、PA2G4、GNL3、NOLC1、WDR43、RABEPK、NOP16、TBRG4、DDX18、NIP7、WDR74、BYSL、HSPD1、PLK4、NOP2、PPAN、NOP56、RCL1、NPM1、AIMP2、RRP12、PPRC1、TCOF1、MCM5、HK2、CBX3、PLK1、PHB、MCM4、CDK4、DUSP2、MYBBP1A、UTP20、PRMT3、FARSA、MAP3K6、LAS1L、PUS1、HSPE1、SLC29A2、DCTPP1、SUPV3L1、SORD、IMP4、GRWD1、UNG和MPHOSPH10。
表3示出了其表达与CR和T细胞浸润正相关联的基因的基因产物的全名和基因符号。表4示出了其表达与PD正相关联并且与EZH2抑制负相关联的基因的基因产物的全名和基因符号。
表3：其表达与CR和T细胞浸润正相关联的基因
Figure BDA0003604039090001651
Figure BDA0003604039090001661
Figure BDA0003604039090001671
表4：其表达与PD正相关联并且与EZH2抑制负相关联的基因
Figure BDA0003604039090001681
Figure BDA0003604039090001691
Figure BDA0003604039090001701
表3a示出了其表达与CR正相关联并且与T细胞浸润正相关联的基因集。表4a示出了其表达与PD正相关联并且与T细胞排除正相关联的基因集。
表3a：其表达与CR正相关联并且与T细胞浸润正相关联的基因集
Figure BDA0003604039090001702
表4a：其表达与PD正相关联并且与T细胞排除正相关联的基因集
Figure BDA0003604039090001703
Figure BDA0003604039090001711
Figure BDA0003604039090001721
Figure BDA0003604039090001731
在一些实施方案中，本文提供了用于测量、评估和/或确定例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一种或多种基因产物的组、图谱和/或阵列，以评估施用疗法之后的和/或与疗法相关的临床结果的概率和/或可能性。在某些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列适用于测量、评估、检测和/或定量例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品(例如BMA样品或血清样品)中的一种或多种基因产物的水平和/或量。在某些实施方案中，所述基因产物是蛋白质和/或多肽。在一些实施方案中，所述基因产物是多核苷酸，例如，mRNA或源自mRNA的cDNA。在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、多于十个或多于二十个基因产物的测量、评估和/或定量。在一些实施方案中，所述基因产物包括一个或多个如下基因，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4或表E5中列出的那些。在一些实施方案中，所述基因产物包括表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中列出的一个或多个基因。在一些实施方案中，本文提供了用于测量、评估和/或确定例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品中的一个或多个基因集的组、图谱和/或阵列，以评估施用疗法之后的和/或与疗法相关的临床结果的概率和/或可能性。在某些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列适用于测量、评估、检测和/或定量例如来自接受疗法(例如细胞疗法)之前的受试者的样品(例如BMA样品或血清样品)中的一个或多个基因集的水平和/或量。在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括至少一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、多于十个或多于二十个基因集的测量、评估和/或定量。在一些实施方案中，所述基因集包括一个或多个如下基因集，所述基因集包括由表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4或表E5中的每一个给出的那些。在一些实施方案中，所述基因集包括由表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中的每一个给出的一个或多个基因集。
在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括来自一个或多个基因的基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因以及表E2和/或表E4中列出的那些。在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括来自一个或多个基因的基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因以及表E3和/或表E5中列出的那些。在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因集的测量、评估和/或定量，所述基因集包括由表E2和/或表E4中的每一个给出的那些。在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因集的测量、评估和/或定量，所述基因集包括由表E3和/或表E5中的每一个给出的那些。在一些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自以下中的一个或多个：EZH2；CD3E；E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)。
在某些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中的一个或多个。
在某些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自以下中的一个或多个：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自以下中的一个或多个：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自以下中的一个或多个：电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)。
在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自以下中的一个或多个：SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；以及KIAA1551(KIAA1551)。
在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中列出的一个或多个基因集。在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中列出的一个或多个基因集，以及由(i)PDCD1、LAG3和TIGIT，以及(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21给出的那些。
在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自表E2A中列出的一个或多个基因集。在一些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自以下中的一个或多个：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39A GLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2。
在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自表E2B中列出的一个或多个基因集。在一些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自以下中的一个或多个：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2。
在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自表1a和/或表2a中列出的一个或多个基因集。在特定实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自表3a和/或表4a中列出的一个或多个基因集。在一些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自基因集HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING和HALLM ARK_MYC_TARGETS_V2中的一个或多个。在一些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自基因集HALLMARK_INTER FERON_ALPHA_RESPONSE。在一些实施方案中，所述组、图谱和/或阵列包括基因产物的测量、评估和/或定量，所述基因产物来自基因集HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING、HALLMARK_MYC_TARGETS_V2和HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE中的一个或多个。
在某些实施方案中，在用所述疗法(例如免疫疗法和/或细胞疗法)治疗之前，从所述受试者获得、收集或获取所述样品。在特定实施方案中，在用细胞疗法治疗之前，从所述受试者获得、收集和/或获取所述样品。在特定实施方案中，所述细胞疗法是T细胞疗法。在某些实施方案中，所述T细胞疗法含有一种或多种工程化细胞。在特定实施方案中，所述治疗性T细胞疗法含有表达重组受体(例如CAR)的细胞。在一些实施方案中，所述样品不含有任何工程化细胞、表达重组受体的细胞或表达CAR的细胞。
在某些实施方案中，在用所述疗法(例如免疫疗法和/或细胞疗法)治疗之后，从所述受试者获得、收集或获取所述样品。在特定实施方案中，在用细胞疗法治疗之后，如在开始施用细胞疗法之后，从所述受试者获得、收集和/或获取所述样品。在特定实施方案中，所述细胞疗法是T细胞疗法。在某些实施方案中，所述T细胞疗法含有一种或多种工程化细胞。在特定实施方案中，所述治疗性T细胞疗法含有表达重组受体(例如CAR)的细胞。在一些实施方案中，所述样品不含有任何工程化细胞、表达重组受体的细胞或表达CAR的细胞。
在某些实施方案中，在生物样品中测量一种或多种基因产物。在某些实施方案中，在生物样品中测量一个或多个基因集。在特定实施方案中，所述样品是或含有骨髓。在一些实施方案中，所述样品是或含有骨髓穿刺液。在一些实施方案中，所述骨髓样品含有或怀疑含有至少一种患病细胞或癌细胞。在特定实施方案中，所述患病细胞或癌细胞是B细胞。在特定实施方案中，所述骨髓样品含有一个或多个基因的一种或多种基因产物，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4或表E5中列出的那些。在特定实施方案中，所述骨髓样品含有一个或多个基因的一种或多种基因产物，所述基因包括PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在特定实施方案中，所述骨髓样品含有来自表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中列出的任何基因集的一个或多个基因的一种或多种基因产物。在某些实施方案中，所述基因产物是多核苷酸和/或多肽。在一些实施方案中，所述基因产物是mRNA。在特定实施方案中，所述骨髓样品含有一个或多个基因集，所述基因集包括由表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4或表E5中的每一个给出的那些。在特定实施方案中，所述骨髓样品含有一个或多个基因集，所述基因集包括由表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4或表E5中的每一个给出的那些；(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；或(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在特定实施方案中，所述骨髓样品含有由表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中的每一个给出的一个或多个基因集，以及(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；或(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。
在某些实施方案中，在生物样品中测量一种或多种基因产物。在某些实施方案中，在生物样品中测量一个或多个基因集。在特定实施方案中，所述样品是肿瘤样品或病变样品。在一些实施方案中，所述样品是淋巴结活检物。在一些实施方案中，所述样品含有肿瘤或病变的细胞。在一些实施方案中，所述样品是或含有肿瘤组织。在一些实施方案中，所述样品是或含有血液。在一些实施方案中，所述样品含有或怀疑含有至少一种病变细胞或癌细胞。在特定实施方案中，所述患病细胞或癌细胞是B细胞。在特定实施方案中，所述样品含有一个或多个基因的一种或多种基因产物，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4或表E5中列出的那些。在特定实施方案中，所述样品含有一个或多个基因的一种或多种基因产物，所述基因包括PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在特定实施方案中，所述样品包含来自表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中列出的任何基因集的一个或多个基因的一种或多种基因产物，以及(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；或(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在某些实施方案中，所述基因产物是多核苷酸和/或多肽。在一些实施方案中，所述基因产物是mRNA。在特定实施方案中，所述样品含有一个或多个基因集，所述基因集包括由表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4或表E5中的每一个给出的那些；(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；或(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在特定实施方案中，所述样品含有一个或多个基因集，所述基因集包括由表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中的每一个给出的那些，以及(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；或(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。
在某些实施方案中，所述生物样品是或源自或取自淋巴结，例如淋巴结活检物。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是选自以下的mRNA或蛋白质：EZH2；CD3E；E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)，或其部分或片段。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是选自PDCD1、LAG3、TIGIT、KRLB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21的mRNA或蛋白质。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是选自PDCD1、LAG3和TIGIT的mRNA或蛋白质。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是选自KRLB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21的mRNA或蛋白质。
在某些实施方案中，所述生物样品是或源自或取自淋巴结，例如淋巴结活检物。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是mRNA或蛋白质，所述mRNA或蛋白质选自如含有在任何以下基因集中的一个或多个基因：HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING、HALLMARK_MYC_TARGETS_V2和HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是mRNA或蛋白质，所述mRNA或蛋白质选自如含有在HALLMARK_E2F_TARGETS中的一个或多个基因。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是mRNA或蛋白质，所述mRNA或蛋白质选自如含有在HALLMARK_G2M_CHECKPOINT中的一个或多个基因。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是mRNA或蛋白质，所述mRNA或蛋白质选自如含有在HALLMARK_MTORC1_SIGNALING中的一个或多个基因。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是mRNA或蛋白质，所述mRNA或蛋白质选自如含有在HALLMARK_MYC_TARGETS_V2中的一个或多个基因。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是mRNA或蛋白质，所述mRNA或蛋白质选自如含有在HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE中的一个或多个基因。
在某些实施方案中，所述生物样品是或源自或取自淋巴结，例如淋巴结活检物。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是选自以下中的一个或多个的mRNA或蛋白质：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39A GLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是选自以下中的一个或多个的mRNA或蛋白质：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2。
在一些实施方案中，所述样品是血液样品。在某些实施方案中，所述样品是血清样品。在一些实施方案中，所述样品是外周血样品。在一些实施方案中，所述血液样品含有或怀疑含有至少一种病变细胞或癌细胞。在特定实施方案中，所述患病细胞或癌细胞是B细胞。在一些实施方案中，所述血液或血清样品含有一个或多个基因的一种或多种基因产物，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1、表2、表3、表4、表EA、表E3、表E4或表E5中列出的那些。在特定实施方案中，所述血液或血清样品含有来自表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中列出的任何基因集的一个或多个基因的一种或多种基因产物。在一些实施方案中，所述血液或血清样品含有一个或多个基因的一种或多种基因产物，所述基因包括PDCD1、LAG3、TIGIT、KRLB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在一些实施方案中，所述血液或血清样品包含一个或多个基因的一种或多种基因产物，所述基因包括PDCD1、LAG3和TIGIT。在一些实施方案中，所述血液或血清样品包含一个或多个基因的一种或多种基因产物，所述基因包括KRLB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在某些实施方案中，所述基因产物是多肽。在一些实施方案中，所述血液或血清样品含有一个或多个基因集，所述基因集包括由表1、表2、表3、表4、表EA、表E3、表E4或表E5中的每一个给出的那些；或(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；或(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在特定实施方案中，所述血液或血清样品含有一个或多个基因集，所述基因集包括由表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中的每一个给出的那些，以及(i)PDCD1、LAG3和TIGIT；以及(ii)KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。
在某些实施方案中，在取自或源自血液的生物样品(例如血浆或血清样品)中测量、评估、定量或检测一种或多种基因产物。在某些实施方案中，在取自或源自血液的生物样品(例如血浆或血清样品)中测量、评估、定量或检测一个或多个基因集。在某些实施方案中，测量一种或多种蛋白质。在特定实施方案中，所述一种或多种蛋白质是选自以下的蛋白质的整个部分、和/或其变体、变型、亚型或片段：EZH2；CD3E；E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)，或其部分或片段。
在某些实施方案中，在取自或源自血液的生物样品(例如血浆或血清样品)中测量、评估、定量或检测一种或多种基因产物。在某些实施方案中，在取自或源自血液的生物样品(例如血浆或血清样品)中测量、评估、定量或检测一个或多个基因集。在某些实施方案中，测量一种或多种蛋白质。在特定实施方案中，所述一种或多种蛋白质是蛋白质的整个部分、和/或其变体、变型、亚型或片段，所述蛋白质由含有在任何以下基因集中的一个或多个基因编码：HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING、HALLMARK_MYC_TARGETS_V2和HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE。在特定实施方案中，所述一种或多种蛋白质由含有在HALLMARK_E2F_TARGETS中的一个或多个基因编码。在特定实施方案中，所述一种或多种蛋白质由含有在HALLMARK_G2M_CHECKPOINT中的一个或多个基因编码。在特定实施方案中，所述一种或多种蛋白质由含有在HALLMARK_MTORC1_SIGNALING中的一个或多个基因编码。在特定实施方案中，所述一种或多种蛋白质由含有在HALLMARK_MYC_TARGETS_V2中的一个或多个基因编码。在特定实施方案中，所述一种或多种蛋白质由含有在HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE中的一个或多个基因编码。
在某些实施方案中，在取自或源自血液的生物样品(例如血浆或血清样品)中测量、评估、定量或检测一种或多种基因产物。在某些实施方案中，在取自或源自血液的生物样品(例如血浆或血清样品)中测量、评估、定量或检测一个或多个基因集。在某些实施方案中，测量一种或多种蛋白质。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是选自以下中的一个或多个的mRNA或蛋白质：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39A GLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是选自以下中的一个或多个的mRNA或蛋白质：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2。
在某些实施方案中，在所获取的生物样品中测得的一种或多种蛋白质是可溶的，缺乏跨膜结构域，和/或在细胞表面被切割。在某些实施方案中，所述一种或多种蛋白质在血管内皮细胞上表达，和/或与内皮细胞活化、血管通透性和/或血管生成相关。
在一些实施方案中，所述一种或多种蛋白质或基因的水平增加与特定临床结果(如完全反应(CR)或疾病进展(PD))的可能性增加相关。在一些实施方案中，所述一种或多种蛋白质或基因的水平增加与非霍奇金淋巴瘤(NHL)的特定亚型(如弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)或滤泡性淋巴瘤(FL))的可能性增加相关。在一些实施方案中，所述一种或多种蛋白质或基因的水平增加与T细胞反应(如T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中或T细胞从TME中排除)的可能性增加相关。在一些实施方案中，所述一种或多种蛋白质或基因的水平增加与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗相关。在一些实施方案中，所述一个或多个基因集的上调与特定临床结果(如完全反应(CR)或疾病进展(PD))的可能性增加相关。在一些实施方案中，所述一个或多个基因集的上调与非霍奇金淋巴瘤(NHL)的特定亚型(如弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)或滤泡性淋巴瘤(FL))的可能性增加相关。在一些实施方案中，所述一个或多个基因集的上调与T细胞反应(如T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中或T细胞从TME中排除)的可能性增加相关。在一些实施方案中，所述一个或多个基因集的上调与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗相关。
在一些方面，本文还提供了测量、评估、确定和/或定量来自受试者的样品的一种或多种基因产物的表达的方法，所述样品是在所述受试者已经接受或施用所述疗法(如细胞疗法，例如CAR-T细胞)之后收集的。如本文所示，在施用所述疗法(如细胞疗法(例如CAR-T细胞))之前和/或之后从来自受试者的样品获得的某些基因产物的表达与临床结果的可能性或概率相关和/或相关联。在一些方面，本文还提供了测量、评估、确定和/或定量来自受试者的样品的一种或多种基因集的表达的方法，所述样品是在所述受试者已经接受或施用所述疗法(如细胞疗法，例如CAR-T细胞)之后收集的。如本文所示，在施用所述疗法(如细胞疗法(例如CAR-T细胞))之前和/或之后从来自受试者的样品获得的某些基因集的表达与临床结果的可能性或概率相关和/或相关联。
在一些方面，在开始施用所述疗法之后1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、10天、12天、14天、28天或更长时间内或约在所述时间内从所述受试者获得或收集所述样品，例如淋巴结活检物。在一些方面，在开始施用所述疗法之后和/或在所述受试者表现出临床反应的体征或症状之前不超过14天，如不超过7天、不超过3天、不超过2天或不超过1天，从所述受试者获得或收集所述样品，例如淋巴结活检物。在一些实施方案中，在受试者已经接受或施用所述疗法之后收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自以下基因，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1-4和表E2-E5中任一个给出的那些基因中的任何一个。在一些实施方案中，在受试者已经接受或施用所述疗法之后收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自表E2A、E2B、1a、2a、3a和4a中任一个给出的基因集中的任何一个。在一些实施方案中，在受试者已经接受或施用所述疗法之后收集的来自受试者的样品中评估基因集，所述基因集选自表1-4和表E2-E5给出的那些基因集中的任何一个。在一些实施方案中，在受试者已经接受或施用所述疗法之后收集的来自受试者的样品中评估基因集，所述基因集选自表E2A、E2B、1a、2a、3a和4a中任一个给出的基因集中的任何一个。在一些实施方案中，在受试者已经接受或施用所述疗法之后收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自：SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)，或其部分或片段。在一些实施方案中，在受试者已经接受或施用所述疗法之后收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自PDCD1、LAG3和TIGIT。在一些实施方案中，在受试者已经接受或施用所述疗法之后收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在一些实施方案中，这样的一种或多种基因产物可用于所提供的方法中，以评估或监测受试者在接受所述疗法(如细胞疗法)之后表现出特定临床反应(例如CR或PD)的可能性。在一些实施方案中，这样的一个或多个基因集可用于所提供的方法中，以评估或监测受试者在接受所述疗法(如细胞疗法)之后表现出特定临床反应(例如CR或PD)的可能性。
在一些方面，在开始施用所述疗法之前1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、14天、28天或更长时间内或约在所述时间内从所述受试者获得或收集所述样品，例如淋巴结活检物。在一些方面，在开始施用所述疗法之前和/或在所述受试者表现出临床反应的体征或症状之前不超过14天，如不超过7天、不超过2天或不超过1天，从所述受试者获得或收集所述样品，例如淋巴结活检物。在一些实施方案中，在受试者接受或施用所述疗法之前收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自以下基因，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1-4和表E2-E5中任一个给出的那些基因，以及EZH2和T细胞标记基因(如CD3E)。在一些实施方案中，在受试者接受或施用所述疗法之前收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自表E2A、E2B、1a、2a、3a和4a给出的基因集中的任何一个。在一些实施方案中，在受试者接受或施用所述疗法之前收集的来自受试者的样品中评估基因集，所述基因集选自表1-4和表E2-E5中任一个给出的那些。在一些实施方案中，在受试者接受或施用所述疗法之前收集的来自受试者的样品中评估基因集，所述基因集选自表E2A、E2B、1a、2a、3a和4a给出的基因集中的任何一个。在一些实施方案中，在受试者接受或施用所述疗法之前收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自：SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)，或其部分或片段。在一些实施方案中，在受试者接受或施用所述疗法之前收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自PDCD1、LAG3和TIGIT。在一些实施方案中，在受试者接受或施用所述疗法之前收集的来自受试者的样品中评估基因产物，所述基因产物选自KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在一些实施方案中，这样的一种或多种基因产物可用于所提供的方法中，以评估或监测受试者在接受所述疗法(如细胞疗法)之前表现出特定临床反应(例如CR或PD)的可能性。在一些实施方案中，这样的一个或多个基因集可用于所提供的方法中，以评估或监测受试者在接受所述疗法(如细胞疗法)之前表现出特定临床反应(例如CR或PD)的可能性。
C.测量或评估基因表达或基因产物
在某些实施方案中，本文提供的方法包括对样品中一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量的一个或多个步骤。在一些实施方案中，基因(例如，其表达与临床结局正相关或负相关的基因)的表达是或包括对所述样品中基因产物的水平、量或浓度进行评估、测量、确定和/或定量。在一些实施方案中，基因表达是或包括如下过程，通过所述过程将所述基因的信息用于基因产物的合成中。因此，在一些实施方案中，基因产物是用由基因编码的信息组装、生成和/或合成的任何生物分子，并且可以包括多核苷酸和/或多肽。在特定实施方案中，评估、测量和/或确定基因表达是或包括确定或测量所述基因产物的水平、量或浓度。在某些实施方案中，可以转换(例如，归一化)或直接分析(例如，原始的)所述基因产物的水平、量或浓度。在一些实施方案中，所述基因产物是由所述基因编码的蛋白质。在某些实施方案中，所述基因产物是由所述基因编码的多核苷酸(例如，mRNA)或蛋白质。在一些实施方案中，所述基因产物是由所述基因表达和/或编码的多核苷酸。在某些实施方案中，所述多核苷酸是RNA。在一些实施方案中，所述基因产物是信使RNA(mRNA)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA、小核RNA、小核仁RNA、反义RNA、长非编码RNA、微小RNA、Piwi相互作用RNA、小干扰RNA和/或短发夹RNA。在特定实施方案中，所述基因产物是mRNA。
在某些实施方案中，本文提供的方法包括对样品中一个或多个基因集的表达进行评估、测量、确定和/或定量的一个或多个步骤。在一些实施方案中，基因集的表达与表型正相关联或负相关联，并且是或包括评估、测量、确定和/或定量样品中基因集的每种基因产物的水平、量或浓度。在一些实施方案中，基因集的表达通过包括基因集富集分析(GSEA)的过程来确定。在一些实施方案中，使用GSEA来确定差异性表达的基因。在一个实施方案中，本文所提供的方法包括基因集富集分析(GSEA)。(Subramamian,Tamayo等人2005,PNAS102,15554-15550，以及Mootha,Lindgren等人2003Nat Genet 34,267-273)。在一些实施方案中，当比较两组样品时，DEseq(Bioconductor版本1.24.0)可以与来自过滤的STAR输出的原始基因水平计数一起使用。
在一些实施方案中，给定先验定义的一组基因S，通过GSEA确定S的成员(例如单个基因)是随机分布在整个列表L中，还是主要位于列表L的顶部或底部。在一些实施方案中，当基因集S的成员倾向于出现在列表L的底部的顶部时，所述基因集与表型类别区分相关联。在一些实施方案中，这是通过计算富集得分(ES)来确定的，所述富集得分反映集S在整个排序列表L的极端(顶部或底部)处被过度展示的程度，其中所述得分是通过沿着列表L向下走来计算的，当遇到在S中的基因时增加运行和统计量，而当遇到不在S中的基因时减少运行和统计量。增量的大小取决于基因与表型的相关性。在一些实施方案中，所述富集得分是随机游动中遇到的与零的最大偏差，对应于加权的Kolmogorov-Smirnov样统计量。在一些实施方案中，然后通过基于经验表型的置换检验程序来估计ES的统计显著性(标称P值)，所述程序保留了基因表达数据的复杂相关结构。在一些实施方案中，对表型标签进行重新排列，并且对重新排列的数据的基因集的ES进行重新计算，从而生成ES的零分布。然后可以相对于零分布，计算出观察到的ES的经验标称P值。在一些实施方案中，如当评估基因集的整个数据库时，调整估计的显著性水平以说明多个假设检验。例如，首先对每个基因集的ES进行归一化以说明集的大小，从而产生归一化的富集得分(NES)。然后通过计算对应于每个NES的错误发现率(FDR)来控制假阳性的比例。用这种方法，FDR是具有给定NES的集的估计概率，表示发现的假阳性；它是通过比较NES的观察到的分布的尾部和零分布的尾部来计算的。(Subramamian,Tamayo等人2005,PNAS 102,15554-15550)。
在一些实施方案中，通过以下步骤进行GSEA：i)基于其与所选表型的相关性，对数据集(例如，DNA微阵列分析的基因表达谱)中的基因进行排序，ii)鉴定基因集的所有成员，以及in)计算富集得分(ES)，所述富集得分可以是归一化的富集得分(NES)，表示观察到的排列与给定随机分布情况下预期的排列之间的差异。在一些实施方案中，在计算ES和/或NES之后，所述方法对样品标签进行随机化并基于随机分布计算基因集的ES和/或NES。在一些实施方案中，该过程被重复多次，以创建随机化ES得分的分布。显著优于随机化ES和/或NES得分的观察到的ES和/或NES得分被认为是显著的，从而表明给定基因集在生物学表型之间上调或下调或差异表达。富集得分反映了基因集中的基因在排序基因列表的顶部或底部被过度展示的程度，其中正富集得分反映出基因集在排序基因列表的顶部被过度展示(例如，上调的基因集)，负富集得分反映出基因集在排序基因列表的底部被过度展示(例如，下调的基因集)。
在一些实施方案中，上调的基因集是与表型正相关联的基因集。在一些实施方案中，上调的基因集是具有正富集得分(ES)的基因集，使得其被排列在排序列表的顶部或朝着排序列表的顶部排列。在一些实施方案中，上调的基因集是正富集的基因集。在一些实施方案中，下调的基因集是与表型负相关联的基因集。在一些实施方案中，下调的基因集是具有负富集得分(ES)的基因集，使得其被排列在排序列表的底部或朝着排序列表的底部排列。在一些实施方案中，下调的基因集是负富集的基因集。例如，所述表型可以是癌症、一种类型的癌症(例如FL或DLBCL)、T细胞浸润水平(例如高或低)、或对治疗的反应(例如CR或PD)。在一些实施方案中，所述表型是癌症。在一些实施方案中，所述表型是一种类型的癌症。在一些实施方案中，所述表型是T细胞浸润。在一些实施方案中，所述表型是对治疗的反应。
在一些实施方案中，错误发现率(FDR)和log2倍数变化截止值被用于对在各组之间潜在差异表达的基因进行排列。在一些情况下，将来自整个转录组的差异分析的排序基因列表用于快速基因集富集分析(fGSEA)(Bioconductor版本1.10.1)，以产生针对每个基因集的正或负的归一化的富集得分(NES)和多次检验调整的p值。
在特定实施方案中，可以通过本领域中已知的任何合适的方式对样品中多核苷酸的量或水平进行评估、测量、确定和/或定量。例如，在一些实施方案中，可以通过如下方法来评估、测量、确定和/或定量多核苷酸基因产物的量或水平：聚合酶链式反应(PCR)，包括逆转录酶(rt)PCR、微滴式数字PCR、实时和定量PCR(qPCR)方法(包括，例如
Figure BDA0003604039090001891
分子信标、LIGHTUPTM、SCORPIONTM、
Figure BDA0003604039090001892
参见例如美国专利号5,538,848；5,925,517；6,174,670；6,329,144；6,326,145和6,635,427)；RNA印迹；例如逆转录产物和衍生物的DNA印迹；基于阵列的方法，包括印迹阵列、微阵列或原位合成阵列；以及测序，例如合成测序、焦磷酸测序、双脱氧测序或连接测序；或本领域中已知的任何其他方法，如Shendure等人,Nat.Rev.Genet.5:335-44(2004)或Nowrousian,Euk.Cell 9(9):1300-1310(2010)中讨论的，包括如
Figure BDA0003604039090001893
454、
Figure BDA0003604039090001901
ABI
Figure BDA0003604039090001902
和
Figure BDA0003604039090001903
测序的特定平台。在特定实施方案中，通过定量PCR(qPCR)方法(如qRT-PCR)测量核酸基因产物的水平。在一些实施方案中，qRT-PCR针对每个基因使用三个核酸组，其中所述三个核酸包含一个引物对连同在引物结合的靶核酸区域之间结合的探针，这在商业上称为
Figure BDA0003604039090001906
测定。
在特定实施方案中，对RNA基因产物的量或水平进行评估、测量、确定和/或定量包括从所述RNA基因产物生成、聚合和/或衍生cDNA多核苷酸和/或cDNA寡核苷酸的步骤。在某些实施方案中，通过对源自所述RNA基因产物的cDNA多核苷酸和/或cDNA寡核苷酸的直接评估、测量、确定和/或定量来对所述RNA基因产物进行评估、测量、确定和/或定量。
在一些实施方案中，使一种或多种寡核苷酸引物与RNA基因产物和/或源自所述RNA基因产物的cDNA多核苷酸或寡核苷酸接触，以对所述RNA基因产物的水平、量或浓度进行评估、测量、确定和/或定量。在一些实施方案中，本文提供了适于对RNA基因产物(或源自其的cDNA)的水平、量或浓度进行评估、测量、检测和/或定量的寡核苷酸引物。在某些实施方案中，所述寡核苷酸引物与RNA基因产物和/或源自其的cDNA杂交，和/或能够与RNA基因产物和/或源自其的cDNA杂交。在某些实施方案中，所述寡核苷酸与RNA基因产物或源自其的cDNA杂交和/或能够与其杂交，所述RNA基因产物或源自其的cDNA由如下基因表达和/或编码，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)、或表1-4或表E2-E5中任一个列出的那些基因中的任何一个。在某些实施方案中，所述寡核苷酸与RNA基因产物或源自其的cDNA杂交和/或能够与其杂交，所述RNA基因产物或源自其的cDNA由如下基因表达和/或编码，所述基因包括表E2A、E2B、1a、2a、3a和4a中任一个列出的那些基因中的任何一个。在一些实施方案中，可以为任何RNA基因产物制备寡核苷酸引物组，所述RNA基因产物由任何如下基因编码，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)、或表1-4或表E2-E5中任一个列出的或本申请任何地方描述的那些基因中的任何一个。在一些实施方案中，可以为任何RNA基因产物制备寡核苷酸引物组，所述RNA基因产物由任何如下基因编码，所述基因包括表E2A、E2B、1a、2a、3a和4a中任一个列出的那些基因中的任何一个。在一些实施方案中，可以为任何RNA基因产物制备寡核苷酸引物组，所述RNA基因产物由任何如下基因编码，所述基因包括PDCD1、LAG3、TIGIT。在一些实施方案中，可以为任何RNA基因产物制备寡核苷酸引物组，所述RNA基因产物由任何如下基因编码，所述基因包括KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在一些实施方案中，所述寡核苷酸引物可以使用分子生物学领域的普通技术容易地设计，以得到对给定RNA基因产物具有特异性的引物。在一些实施方案中，所述寡核苷酸引物具有约10-100个核苷酸(例如，约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100个核苷酸，或更多个)的长度，并且可以容易地调整所述引物的序列以实现所需解链温度(“Tm”；例如，约45-72℃，例如，约45、50、55、60、65、70、72℃或更高温度)和特异性。本领域技术人员将容易地解释诸如以下的因素：二级结构、引物二聚体、盐浓度、核酸浓度等等。本文提供的寡核苷酸引物可以由(或基本上由)天然存在的脱氧核糖核苷酸组成，或者任选地，可以包括修饰，如非天然核苷酸、人工主链(如PNA)和可检测标记(如荧光标记)。在特定实施方案中，荧光标记附着(例如，共价附着)至所述寡核苷酸引物。
在特定实施方案中，同时测量或评估两个或更多个基因的表达。在某些实施方案中，多重PCR(例如，多重rt-PCR)评估或多重定量PCR(qPCR)用于对两种或更多种基因产物的水平、量或浓度进行测量、确定和/或定量。在一些实施方案中，将微阵列(例如，
Figure BDA0003604039090001904
和
Figure BDA0003604039090001905
式阵列)用于对两种或更多种基因产物的水平、量或浓度进行评估、测量、确定和/或定量。在一些实施方案中，微阵列用于评估、测量、确定和/或定量源自RNA基因产物的cDNA多核苷酸的水平、量或浓度。在一些实施方案中，一种或多种基因产物(例如多核苷酸基因产物)的表达通过对所述基因产物进行测序和/或通过源自所述基因产物的cDNA多核苷酸进行测序来确定。在一些实施方案中，通过非Sanger测序方法和/或下一代测序(NGS)技术进行所述测序。下一代测序技术的例子包括但不限于大规模平行标记测序(MPSS)、Polony测序、焦磷酸测序、可逆染料终止子测序、SOLiD测序、离子半导体测序、DNA纳米球测序、Helioscope单分子测序、单分子实时(SMRT)测序、单分子实时(RNAP)测序和纳米孔DNA测序。
在一些实施方案中，NGS技术是RNA测序(RNA-Seq)。在特定实施方案中，通过RNA-Seq对一种或多种多核苷酸基因产物的表达进行测量、确定和/或定量。RNA-Seq(也称为全转录组鸟枪测序)确定样品中RNA的存在和量。RNA测序方法已经针对最常见的DNA测序平台[HiSeq系统(Illumina)、454Genome Sequencer FLX系统(Roche)、Applied BiosystemsSOLiD(Life Technologies)、IonTorrent(Life Technologies)]进行改编。这些平台需要首先将RNA逆转录为cDNA。相反，单分子测序仪HeliScope(Helicos BioSciences)能够使用RNA作为测序模板。还已经证明了在PacBio RS平台上直接进行RNA测序的原理论证(Pacific Bioscience)。在一些实施方案中，通过RNA-seq评估、测量、确定和/或定量一种或多种RNA基因产物。在一些实施方案中，RNA-seq是基于标签的RNA-seq。在基于标签的方法中，每个转录本由独特标签表示。最初，基于标签的方法是作为基于序列的方法来开发的，以测量转录物丰度并鉴定差异性表达的基因，假定标签的数量(计数)直接对应于mRNA分子的丰度。通过对限定区域进行测序而实现的样品的复杂度降低是使得可负担基于Sanger的方法所必需的。在NGS技术变得可用时，可以生成的大量读段有助于差异性基因表达分析。在基于标签的方法中没有遇到如针对鸟枪法所观察到的基因表达水平定量中的转录物长度偏差。按照定义，所有基于标签的方法都具有链特异性。在特定实施方案中，通过基于标签的RNA-seq对所述一种或多种RNA基因产物进行评估、测量、确定和/或定量。
在一些实施方案中，所述RNA-seq是鸟枪RNA-seq。已经描述鸟枪RNA-seq的多种方案，但是它们具有许多共同步骤：片段化(其可能在RNA水平或cDNA水平上进行)、将RNA转化为cDNA(通过寡聚dT或随机引物进行)、第二链合成、衔接子序列在3'端和5'端的连接(在RNA或DNA水平上)以及最终扩增。在一些实施方案中，如果在片段化之前选择聚(A)+RNA，则RNA-seq可以仅集中于聚腺苷酸化RNA分子(主要是mRNA，但也是指一些lncRNA、snoRNA、假基因和组蛋白)，或者如果不进行选择，RNA-seq也可以包括非聚腺苷酸化RNA。在后一种情形中，需要在片段化之前耗尽核糖体RNA(总RNA库的大于80％)。因此明确，转录组中mRNA部分的捕获方面的差异导致所检测转录物的类型的部分重叠。此外，不同方案可以影响所测序读段的丰度和分布。这使得难以比较来自使用不同文库制备方案的实验的结果。
在一些实施方案中，获得来自每个样品(如每个淋巴结活检样品)的RNA，将其片段化并用于生成互补DNA(cDNA)样品，如用于测序的cDNA文库。可以将读段加工并与人基因组进行比对，并且估计每个基因/亚型的预期映射数量且将其用于确定读段计数。在一些实施方案中，依据所述基因/亚型的长度和文库中的读段数量将读段计数归一化以得到归一化的FPKM，例如，依据所述基因/亚型的长度和文库中的读段数量进行归一化，以得到根据基因长度和总映射读段的每百万映射读段每千碱基外显子的片段数(FPKM)。在一些方面，样品间归一化是通过归一化(如第75分位数归一化)来实现，其中将每个样品通过来自所有样品的第75分位数的中值进行缩放，例如，以得到分位数归一化的FPKM(FPKQ)值。可以对所述FPKQ值进行对数变换(log2)。
在一些实施方案中，使用涉及核苷酸适体的技术和方法对多核苷酸基因产物的水平、量或浓度进行测量、评估、定量和/或确定。合适的核苷酸适体是已知的，并且包括以下文献中所述的那些：Cox and Ellington,Bioorganic&Medicinal Chemistry.(2001)9(10):2525–2531；Cox等人,Combinatorial Chemistry&High Throughput Screening.(2002)5(4):289–29；Cox等人,Nucleic Acids Research.(2002)30(20):e108。
在一些实施方案中，进行RNA-seq以对总RNA(例如，样品的总RNA)进行测序。在特定实施方案中，进行RNA-seq以对以下中的一种或多种进行测序：mRNA、tRNA、核糖体RNA、小核RNA、小核仁RNA、反义RNA、长非编码RNA、微小RNA、Piwi相互作用RNA、小干扰RNA和/或短发夹RNA。在某些实施方案中，进行RNA-seq以仅对mRNA、tRNA、核糖体RNA、小核RNA、小核仁RNA、反义RNA、长非编码RNA、微小RNA、Piwi相互作用RNA、小干扰RNA和/或短发夹RNA进行测序。在特定实施方案中，进行RNA-seq以对mRNA基因产物进行测序。
在一些实施方案中，在提取RNA之后，通过Illumina RNA Access试剂盒对表达进行分析以产生条形码文库，然后对其进行定量。在一些方面，将文库材料加载到仪器(例如，Illumina Hiseq 4000、Hiseq X或NextSeq)上，其中样品分布在多个通道上并且每个通道多路复用。在一些情况下，最小测序深度是针对前3个批次的2000万个配对端读段和针对具有50个碱基对(bp)的测序长度的剩余批次的4000万个配对端读段。
在一些实施方案中，进行序列比对。在一些情况下，使用FastqQC(v 0.11.5)评估fastq文件中的读段质量，并使用bbmap reformat(v.37.24)测试fastq文件是否符合fastq格式，并在必要时将质量编码转换为q33。在一些情况下，使用cutadapt(v1.15)对Illumina衔接子进行修整，并将生成的fastq文件用于Salmon、STAR和任何其他下游过程。
在一些实施方案中，使用hg38的初级组件(ENCODE GRCh38.p5)和来自Gencode版本24的注释。嵌合抗原受体(CAR)的序列可以与基因组连接，使得在输注CAR T细胞后收集的样品可以具有量化的CAR序列。可以在整个基因组上使用STAR(v2.5.2b)的两次通过(two-pass)模式进行比对，并且可以使用quantmode GeneCounts选项获得计数；STAR还用于使用clip3pAdapterSequence选项在飞行中修整读段。Salmon(v 0.7)可用于获得转录本上的假比对和经修整的fastq文件上的基因。在一些情况下，使用picard工具(v2.18)评估比对的质量，特别是MarkDuplicates(标记但不去除重复读段)、InsertSizeMetrics、CollectAlignmentSummaryMetrics和CollectRNAseqMetrics。
在一些实施方案中，RNA-Access文库制备使用外显子组阵列来捕获编码外显子的RNA片段。因此，在一些情况下，除了保留CAR构建体的读段计数外，去除来自STAR和Salmon输出的、不是RNA-Access探针组的一部分的所有基因。
在一些实施方案中，所述基因产物是或包括由所述基因编码和/或表达的蛋白质，即多肽。在特定实施方案中，所述基因产物编码位于和/或暴露在细胞表面上的蛋白质。在一些实施方案中，所述蛋白质是可溶蛋白。在某些实施方案中，所述蛋白质由细胞分泌。
在特定实施方案中，所述基因表达是由所述基因编码的蛋白质的量、水平和/或浓度。在某些实施方案中，通过本领域中已知的任何合适的方式来测量一种或多种蛋白质基因产物。适用于对一种或多种蛋白质基因产物的水平、量或浓度进行评估、测量、确定和/或定量的方法包括但不限于用免疫测定进行检测、基于核酸或基于蛋白质的适体技术、HPLC(高精度液相色谱)、肽测序(如Edman降解测序或质谱(如MS/MS)，任选地与HPLC偶联)、以及任何前述项的微阵列改变(包括核酸、抗体或蛋白质-蛋白质(即非抗体)阵列)。在一些实施方案中，所述免疫测定是或包括基于免疫学反应来检测蛋白质的方法或测定，例如通过检测抗体或抗原结合抗体片段与基因产物的结合。免疫测定包括但不限于定量免疫细胞化学或免疫组织化学、ELISA(包括直接、间接、夹心、竞争性、多重和便携式ELISA(参见例如，美国专利号7,510,687))、蛋白质印迹(包括一维、两维或更高维印迹或其他色谱方式，任选地包括肽测序)、酶免疫测定(EIA)、RIA(放射性免疫测定)和SPR(表面等离子体共振)。
在一些实施方案中，所述基因表达产物是蛋白质。在特定实施方案中，所述基因表达产物是蛋白质、例如由如下基因编码的蛋白质的级分、部分、变体、变型和/或亚型，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4和/或表E5中任一个列出的那些基因中的任何一个。在特定实施方案中，所述基因表达产物是蛋白质、例如由如下任何基因编码的蛋白质的级分、部分、变体、变型和/或亚型，所述基因示于表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和/或表4a中。在特定实施方案中，所述基因表达产物是蛋白质、例如由如下基因编码的蛋白质的级分、部分、变体、变型和/或亚型，所述基因包括KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和/或CCL21。在特定实施方案中，所述基因表达产物是蛋白质、例如由如下基因编码的蛋白质的级分、部分、变体、变型和/或亚型，所述基因包括PDCD1、LAG3和/或TIGIT。在特定实施方案中，所述蛋白质的级分、部分、变体、变型和/或亚型是可溶的。在一些实施方案中，所述蛋白质的级分、部分、变体、变型和/或亚型缺少跨膜结构域。在某些实施方案中，蛋白质的级分、部分、变体、变型和/或亚型不在细胞表面上或细胞内表达。在一些实施方案中，已经从细胞表面切割所述蛋白质的级分、部分、变体、变型和/或亚型。
本文提供的方法、试剂盒和组合物的实践也可以采用常规生物学方法、软件和系统。例如，用于测量基因(例如，如下基因，包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4和/或表E5中任一个列出的那些基因中的任何一个，PDCD1、LAG3和TIGIT，KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21，或包括表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和表4a中列出的那些基因中的任何一个)的转录本或部分转录本的表达水平的方式；用于将表达水平与施用所述疗法之后的和/或与所述疗法相关的概率和/或可能性(如，临床结果(例如CR或PD)的，NHL亚型的，用EZH2抑制剂治疗的，和/或T细胞反应(例如，浸润到TME中或从TME中排除)的)的分类相关联的方式；以及用于输出概率和/或可能性的方式可以采用如本文所述或以其他方式已知的常规生物学方法、软件和系统。用于所提供的方法、组合物和试剂盒的计算机软件产品通常包括具有用于进行本发明方法的逻辑步骤的计算机可执行指令的计算机可读介质。合适的计算机可读介质包括软盘、CD-ROM/DVD/DVD-ROM、硬盘驱动器、闪存、ROM/RAM、磁带等。所述计算机可执行指令可以以合适的计算机语言或几种语言的组合来书写。基础的计算生物学方法描述于例如以下文献中：Setubal和Meidanis等人,Introduction to Computational Biology Methods(PWS Publishing Company,Boston,1997)；Salzberg,Searles,Kasif,(编辑),Computational Methods in MolecularBiology,(Elsevier,Amsterdam,1998)；Rashidi和Buehler,Bioinformatics Basics:Application in Biological Science and Medicine(CRC Press,伦敦,2000)以及Ouelette和Bzevanis Bioinformatics:A Practical Guide for Analysis of Gene andProteins(Wiley&Sons,Inc.,2.sup.nd ed.,2001)。参见美国专利号6,420,108。
在一些实施方案中，本文提供的方法包括通过对样品中相应的一种或多种基因产物的量进行评估、测量、确定和/或定量来评估样品中的一个或多个基因的步骤。在某些实施方案中，通过确定样品中一种或多种相应基因产物的量或水平来测量样品中与临床反应(例如CR或PD)负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达。在某些实施方案中，通过确定样品中一种或多种相应基因产物的量或水平来测量样品中与NHL亚型(例如DLBCL或FL)负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达。在某些实施方案中，通过确定样品中一种或多种相应基因产物的量或水平来测量样品中与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达。在某些实施方案中，通过确定样品中一种或多种相应基因产物的量或水平来测量样品中与T细胞反应(例如，浸润到TME中或从TME中排除)负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达。在某些实施方案中，样品中的基因表达是由所述基因编码的基因产物的水平、量或浓度。
在特定实施方案中，在样品中测量与临床结果(例如CR或PD)负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达。在一些实施方案中，通过确定由基因编码、产生和/或表达的产物的量或水平来对与临床结果负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。在特定实施方案中，在样品中测量与NHL亚型(例如DLBCL或FL)负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达。在一些实施方案中，通过确定由基因编码、产生和/或表达的产物的量或水平来对与NHL亚型负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。在特定实施方案中，在样品中测量与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达。在一些实施方案中，通过确定由基因编码、产生和/或表达的产物的量或水平来对与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗负关联和/或负相关的一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。在特定实施方案中，在样品中测量与T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达。在一些实施方案中，通过确定由基因编码、产生和/或表达的产物的量或水平来对与T细胞反应负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。
在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物由一个或多个基因编码、产生和/或表达，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1、2、3、4、E2、E3、E4和E5中任一个列出的那些基因中的任一个。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物由表E2A、E2B、1a、2a、3a和4a中列出的一个或多个基因编码、产生和/或表达。在某些实施方案中，所述基因产物是由基因编码的两种或更多种亚型中的一种。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)，或其部分中的一个或多个的产物。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是PDCD1、LAG3、TIGIT或其部分中的一个或多个的产物。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21或其部分中的一个或多个的产物。
在特定实施方案中，通过确定由一个或多个基因编码、产生和/或表达的RNA产物的量或水平来对与临床结果(例如PD)负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。在某些实施方案中，所述基因产物是mRNA。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物是由一个或多个基因产生或编码的mRNA，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1、2、3、4、E2、E3、E4和/或E5中任一个列出的那些基因中的任何一个。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物是由表2a中列出的一个或多个基因(例如，HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)产生或编码的mRNA。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物是由表E2B中列出的一个或多个基因产生或编码的mRNA。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是由SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)中的一个或多个编码的mRNA产物。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是由KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中的一个或多个编码的mRNA产物。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是由PDCD1、LAG3和TIGIT中的一个或多个编码的mRNA产物。
在特定实施方案中，通过确定由所述一个或多个基因编码或表达的蛋白质的量或水平来对与临床结果(例如PD)负相关联和/或负相关的一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是蛋白质或其部分或变体，所述蛋白质或其部分或变体由一个或多个基因编码、产生和/或表达，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1、2、3、4、E2、E3、E4和/或E5中任一个列出的那些基因中的任一个。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是蛋白质或其部分或变体，所述蛋白质或其部分或变体由表2a中列出的一个或多个基因(例如，HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)编码、产生和/或表达。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是蛋白质或其部分或变体，所述蛋白质或其部分或变体由表E2B中列出的一个或多个基因编码、产生和/或表达。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是由一个或多个基因编码的蛋白质，所述基因选自SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是由一个或多个基因编码的蛋白质，所述基因选自KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物是由一个或多个基因编码的蛋白质，所述基因选自PDCD1、LAG3和TIGIT。
在特定实施方案中，在样品中测量与临床结果(例如CR)正相关联和/或正相关的一个或多个基因的表达。在一些实施方案中，通过确定由基因编码、产生和/或表达的产物的量或水平来对与毒性正相关联和/或正相关的一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物由基因编码、产生和/或表达，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1、2、3、4、E2、E3、E4和/或E5中任一个列出的那些基因中的任一个。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物由表3a中列出的基因(例如，HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)编码、产生和/或表达。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物由表E2B中列出的基因编码、产生和/或表达。在某些实施方案中，所述基因产物是由基因编码的两种或更多种亚型中的一种。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)中的一个或多个的产物。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中的一个或多个的产物。在特定实施方案中，所述一种或多种基因产物是PDCD1、LAG3和TIGIT中的一个或多个的产物。
在特定实施方案中，通过确定由一个或多个基因编码、产生和/或表达的RNA产物的量或水平来对与临床结果(例如CR)正相关联和/或正相关的一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物是一个或多个基因的mRNA或其部分或部分转录本中的一种或多种，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1、2、3、4、E2、E3、E4和/或E5中任一个列出的那些基因中的任何一个。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物是表3a中列出的一个或多个基因(例如，HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)的mRNA或其部分或部分转录本中的一种或多种。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物是表E2A中列出的一个或多个基因的mRNA或其部分或部分转录本中的一种或多种。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物是mRNA或其部分或部分转录本，所述mRNA或其部分或部分转录本由由SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)中的一个或多个产生或编码。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物是mRNA或其部分或部分转录本，所述mRNA或其部分或部分转录本由由KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中的一个或多个产生或编码。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物是mRNA或其部分或部分转录本，所述mRNA或其部分或部分转录本由由PDCD1、LAG3或TIGIT中的一个或多个产生或编码。
在特定实施方案中，通过确定由基因编码或表达的蛋白质的量或水平来对与临床结果(例如CR)正相关联和/或正相关的一个或多个基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。在一些实施方案中，所述基因产物是由基因编码、产生和/或表达的蛋白质，所述基因包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1、2、3、4、E2、E3、E4和/或E5中任一个列出的那些基因中的任一个。在一些实施方案中，所述基因产物是由表3a中列出的基因(例如，HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE)编码、产生和/或表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述基因产物是由表E2B中列出的基因编码、产生和/或表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述基因产物是由由SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)编码、产生和/或表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述基因产物是由KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28或CCL21编码、产生和/或表达的蛋白质。在一些实施方案中，所述基因产物是由PDCD1、LGA3或TIGIT编码、产生和/或表达的蛋白质。
在某些实施方案中，在样品中测量与临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应、EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗、以及NHL亚型中的一项或多项负相关联和/或负相关的一种或多种基因产物，以及与临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应、EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗、以及NHL亚型中的一项或多项正相关联和/或正相关的一个或多个基因。在某些实施方案中，在样品中测量包括EZH2和表E2和/或表E3中任一个列出的那些基因的一个或多个基因、以及包括T细胞标记基因(如CD3E)和表E4或表E5中列出的那些基因的一个或多个基因的基因产物。在某些实施方案中，在样品中测量表1a和/或表2a中列出的一个或多个基因的基因产物。在某些实施方案中，在样品中测量表E2A和/或表E2B中列出的一个或多个基因的基因产物。在一些实施方案中，在样品中测量以下各项的一种或多种基因产物：EZH2；E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；以及以下各项的一种或多种基因产物：电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；CD3E；以及长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)。
在一些实施方案中，在样品中测量由以下各项表达的一种或多种基因产物：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属(Drosophila))(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；并且在样品中测量由以下各项表达的一种或多种基因产物：SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；以及跨膜蛋白71(TMEM71)；KIAA1551(KIAA1551)。
在一些实施方案中，在样品中测量由以下各项表达的一种或多种基因产物：AURKA、BRCA2、CCP110、CENPE、CKS2、DCLRE1B、DNMT1、DONSON、EED、GINS1、GINS4、H2AFZ、LIG1、MAD2L1、MCM2、MCM4、MCM5、MCM7、MELK、MMS22L、NAA38、NASP、NUDT21、NUP205、ORC6、PCNA、PLK4、POLE、PRIM2、RAD51AP1、RFC2、RPA2、RPA3、SUV39H1、TMPO、UBE2T、WDR90、CDK1、MCM3、TOP2A、MCM6、BIRC5、CCNB2、RRM、HMGB2、BUB1B、RFC3、EZH2、CHEK1、SMC4、MKI67、CDC20、PLK1、KIF2C、DLGAP5、AURKB、CDC25A、TRIP13、H2AFX、HMMR、E2F8、BRCA1、MYBL2、POLD1、RACGAP1、CKS1B、KPNA2、MSH2、CDKN3、ATAD2、RPA1、STMN1、TIPIN、TK1、CDCA8、ESPL1、NCAPD2、RANBP1、MRE11A、KIF4A、LMNB1、KIF22、UNG、SMC1A、CCNE1、CDCA3、ASF1B、POLA2、TIMELESS、HELLS、UBE2S、PRKDC、RAN、USP1、SPAG5、POLD3、DUT、TACC3、KIF18B、CDC25B、SRSF1、GINS3、NOLC1、SLBP、CHEK2、SPC25、BARD1、DCTPP1、SMC3、RNASEH2A、DEK、CENPM、RAD51C、CBX5、RFC1、POLD2、DSCC1、ILF3、DEPDC1、DCK、CDKN2C、MYC、TCF19、RAD1、LBR、NBN、PTTG1、UBR7、POLE4、TUBG1、CTCF、RQCD1、TUBB、SMC6、ZW10、PA2G4、SSRP1、NAP1L1、ANP32E、HMGB3、IPO7、RAD21、CDK4、CDKN1A、BRMS1L、RAD50、TRA2B、CSE1L、PAICS、STAG1、LUC7L3、PPM1D、NME1、SRSF2、XPO1、HNRNPD、PMS2、ASF1A、EXOSC8、MLH1、NUP107、ORC2、TP53、TFRC、HMGA1、PSIP1、DDX39A、SNRPB、CDKN1B、MTHFD2、WEE1、PRDX4、PHF5A、TBRG4、SHMT1、PRPS1、DIAPH3、NUP153、PSMC3IP、XRCC6、PNN、HUS1、RBBP7、PDS5B、NOP56、MXD3、PPP1R8、GSPT1、CDKN2A、AK2、CIT、ING3、HN1、POP7、SYNCRIP、EIF2S1、LYAR、PAN2和SPC24。
在一些实施方案中，在样品中测量由以下各项表达的一种或多种基因产物：AURKA、CCNA2、TOP2A、CCNB2、CENPA、BIRC5、CDC20、PLK1、TTK、PRC1、NDC80、KIF11、NUSAP1、CKS2、KIF2C、MKI67、AURKB、TPX2、SMC4、BUB1、CENPF、RACGAP1、CENPE、KIF23、UBE2C、MCM6、MCM3、PTTG1、CDK1、KIF4A、ESPL1、MAD2L1、NEK2、KIF22、HMMR、KPNA2、CDKN3、CDC25A、H2AFX、CDC25B、PLK4、CDC6、CCNF、MCM5、LMNB1、E2F3、KIF15、CHEK1、UBE2S、WHSC1、HMGB3、DBF4、TACC3、MCM2、CDKN2C、CDKN1B、FANCC、NASP、STAG1、GINS2、FBXO5、POLQ、EZH2、RAD21、STMN1、SUV39H1、PRIM2、E2F1、CHAF1A、NOLC1、GSPT1、BUB3、SMC1A、ILF3、CDC7、INCENP、CKS1B、EXO1、H2AFZ、TFDP1、CCND1、KPNB1、HN1、LBR、HUS1、KIF20B、TOP1、DS5B、SRSF1、STIL、ABL1、DTYMK、CDC27、BARD1、ATF5、CDC45、ODC1、XPO1、SFPQ、TMPO、PML、BRCA2、CTCF、CASC5、SETD8、SLC38A1、TRA2B、MYBL2、TROAP、PAPD7、CUL3、MAPK14、HIST1H2BK、MYC、AMD1、CBX1、CHMP1A、DKC1、YTHDC1、CCNT1、TGFB1、ATRX、LIG3、NUP50、SLC7A5、RBL1、NUMA1、RAD54L、EFNA5、PRPF4B、UCK2、ARID4A、CUL1、UPF1、DR1、MNAT1、SMC2、RBM14、RPA2、SQLE、ORC6、CDK4、POLE、RASAL2、HOXC10、RPS6KA5、CUL4A、SLC7A1、FOXN3、HMGA1、SS18、TRAIP、PRMT5、CUL5、DDX39A、MARCKS、PBK、ORC5、SAP30、KATNA1、HNRNPD、POLA2、HIRA、HIF1A、SYNCRIP、TLE3、NCL、RAD23B、E2F2、HMGN2、SRSF10、SNRPD1、CASP8AP2、SMARCC1、SLC12A2、NOTCH2、TNPO2、SMAD3、HSPA8、G3BP1、DMD、MEIS1、HNRNPU、SRSF2、MT2A、NUP98、EWSR1、KIF5B、MTF2、E2F4、BCL3、PURA、MEIS2、PAFAH1B1、WRN、H2AFV或DF2。
在一些实施方案中，在样品中测量由以下各项表达的一种或多种基因产物：FADS1、DDIT4、CALR、HK2、PGK1、SLC7A5、CTSC、ACSL3、SLC1A5、M6PR、TFRC、DDIT3、TMEM97、IFRD1、PLOD2、TUBA4A、PSAT1、CORO1A、LDHA、MTHFD2、FADS2、VLDLR、WARS、SCD、P4HA1、ACTR2、IDH1、SLC2A1、GBE1、SERPINH1、NUPR1、PSMG1、PSPH、NAMPT、CDKN1A、BHLHE40、HSPA9、HSPA5、EGLN3、LGMN、PNP、XBP1、SLA、DDX39A、HSPE1、ACLY、SLC7A11、SSR1、GLA、SQSTM1、PDK1、PSMC2、PRDX1、SERP1、TRIB3、NFIL3、HMGCS1、GOT1、TPI1、ELOVL6、ASNS、PSMD14、PSMA4、PPA1、HPRT1、AURKA、HMGCR、GAPDH、DHFR、DHCR7、IMMT、UCHL5、YKT6、INSIG1、SQLE、IGFBP5、IFI30、CYP51A1、FGL2、ENO1、IDI1、CYB5B、SHMT2、TXNRD1、G6PD、SLC9A3R1、RAB1A、EBP、PNO1、PIK3R3、ACTR3、LDLR、SLC2A3、UBE2D3、ELOVL5、CACYBP、EDEM1、ATP6V1D、TES、TM7SF2、PSMA3、ITGB2、AK4、SLC1A4、TOMM40、SLC6A6、PPIA、ADD3、ME1、CCNF、SLC37A4、ALDOA、BTG2、UFM1、CCNG1、STC1、NMT1、PSMC6、FDXR、RRM2、DHCR24、PSMC4、CTH、PSME3、CFP、POLR3G、ACACA、QDPR、MCM2、PSMD12、CANX、RPN1、HSPA4、FAM129A、TBK1、SEC11A、BCAT1、PSMB5、PSMD13、PGM1、PLK1、GLRX、COPS5、ETF1、GSK3B、NUP205、SORD、PHGDH、GMPS、RRP9、EEF1E1、LTA4H、SDF2L1、FKBP2、RDH11、CXCR4、MLLT11、GCLC、TCEA1、MAP2K3、HSPD1、SYTL2、MCM4、PPP1R15A、USO1、NFKBIB、UNG、GTF2H1、RPA1、HSP90B1、GSR、PITPNB、EPRS、SRD5A1、TUBG1、MTHFD2L、ADIPOR2、NUFIP1、CDC25A、PDAP1、STARD4、BUB1、ARPC5L、GPI、EIF2S2、CD9、ATP2A2、GGA2、HMBS、RIT1、SKAP2、STIP1、DAPP1、ABCF2、NFYC、ATP5G1、PFKL或CCT6A。
在一些实施方案中，在样品中测量由以下各项表达的一种或多种基因产物：SLC19A1、MRTO4、TMEM97、RRP9、PES1、TFB2M、EXOSC5、IPO4、NDUFAF4、NOC4L、MYC、SRM、PA2G4、GNL3、NOLC1、WDR43、RABEPK、NOP16、TBRG4、DDX18、NIP7、WDR74、BYSL、HSPD1、PLK4、NOP2、PPAN、NOP56、RCL1、NPM1、AIMP2、RRP12、PPRC1、TCOF1、MCM5、HK2、CBX3、PLK1、PHB、MCM4、CDK4、DUSP2、MYBBP1A、UTP20、PRMT3、FARSA、MAP3K6、LAS1L、PUS1、HSPE1、SLC29A2、DCTPP1、SUPV3L1、SORD、IMP4、GRWD1、UNG或MPHOSPH10。
在一些实施方案中，在样品中测量由以下各项表达的一种或多种基因产物：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39A GLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16或HK2。
在一些实施方案中，在样品中测量由以下各项表达的一种或多种基因产物：MX1、ISG15、OAS1、IFIT3、IFI44、IFI35、IRF7、RSAD2、IFI44L、IFITM1、IFI27、IRF9、OASL、EIF2AK2、IFIT2、CXCL10、TAP1、SP110、DDX60、UBE2L6、USP18、PSMB8、IFIH1、BST2、LGALS3BP、ADAR、ISG20、GBP2、IRF1、PLSCR1、PSMB9、HERC6、SAMD9、CMPK2、IFITM3、RTP4、STAT2、SAMD9L、LY6E、IFITM2、CXCL11、TRIM21、PARP14、TRIM26、PARP12、NMI、RNF31、HLA-C、CASP1、TRIM14、TDRD7、DHX58、PARP9、PNPT1、TRIM25、PSME1、WARS、EPSTI1、UBA7、PSME2、B2M、TRIM5、C1S、LAP3、GBP4、NCOA7、TMEM140、CD74、GMPR、PSMA3、PROCR、IL7、IFI30、IRF2、CSF1、IL15、CNP、FAM46A、IL4R、CD47、LPAR6、MOV10、CASP8、TXNIP、SLC25A28、SELL、TRAFD1、BATF2、RIPK2、CCRL2、NUB1、OGFR或ELF1。
在一些实施方案中，在样品中测量由以下各项表达的一种或多种基因产物：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L或IRF2。在一些实施方案中，在样品中测量由KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28或CCL21表达的一种或多种基因产物。在一些实施方案中，在样品中测量由PDCD1、LAG3或TIGIT表达的一种或多种基因产物。
在一些实施方案中，在从受试者收集样品的时间对样品中一种或多种基因产物的测量、评估、确定和/或定量不是预测性的，和/或不与临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应、EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗、以及NHL亚型中的一项或多项相关或相关联。在一些实施方案中，当在受试者已接受疗法(例如，含有CAR-T细胞的细胞疗法)的治疗期间或之后收集样品时，任何基因(包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1、2、3、4、E2、E3、E4或E5中列出的那些基因中的任何一个)的基因表达谱不是预测性的，与临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应、EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗、以及NHL亚型中的一项或多项相关联和/或相关。
1.相对于对照值归一化
在一些实施方案中，将对样品的基因产物(例如，RNA或蛋白质基因产物)的评估、确定、测量和/或定量相对于对照值进行归一化。在某些实施方案中，可以相对于一个或多个对照值进行归一化以分析、评估或确定所述基因产物的量或水平是否表明所述基因的表达是升高还是降低和/或是高还是低。在特定实施方案中，可以使用相对于对照值的归一化来比较样品中基因的基因表达与不同样品的基因表达。
在特定实施方案中，所述对照值是不同基因产物的测量或测量值。在一些实施方案中，所述不同基因产物是持家基因的基因产物。在某些实施方案中，所述持家基因是组成型活性基因，例如，维持基础细胞功能所需的基因。合适的持家基因的例子是本领域中已知的，并且包括但不限于编码以下的基因：ACTB(β-肌动蛋白)、B2M(β-2-微球蛋白)、GAPDH(甘油醛3-磷酸脱氢酶)、RPLP0(60S酸性核糖体蛋白P0)、GUSB(β-葡糖醛酸糖苷酶)、HMBS(羟甲基-胆色烷合酶)、HPRT1(次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶1)、RPL13A(核糖体蛋白L13a)、SDHA(琥珀酸脱氢酶复合物亚基A)、TBP(TATA盒结合蛋白)、TFRC(转移受体1)和UBC(泛素C)。在一些实施方案中，所述对照值是在与所述基因产物相同的样品中测量。
在某些实施方案中，将所述基因产物与对照值相比较和/或相对于对照值进行归一化，所述对照值是相同基因的基因产物的测量或测量值。在一些实施方案中，所述对照值是从一种或多种对照样品获得的测量或测量值。在某些实施方案中，所述基因产物和所述对照值是在不同的样品中测量。在一些实施方案中，所述一种或多种对照样品具有与所述样品等同、相同或相似的组织组成和/或细胞组成。在一些实施方案中，所述样品和对照样品是来自同一受试者的相同、相似和/或等同组织的不同样品。在特定实施方案中，所述样品和对照样品是来自不同受试者的相同组织的不同样品。在特定实施方案中，所述样品和对照样品是来自不同受试者的相同、相似和/或等同组织的不同样品。在一些实施方案中，所述一种或多种样品是淋巴结活检样品，并且所述一种或多种对照样品是淋巴结活检样品。在特定实施方案中，所述一种或多种样品是血液样品，例如，外周血样品，并且所述一种或多种对照样品是血液样品。
在某些实施方案中，所述对照样品是从未患病症和/或癌症的受试者获得。在特定实施方案中，所述对照样品是从未患NHL(如FL或DLBCL)的受试者获得。在一些实施方案中，所述对照样品不具有和/或怀疑不具有一个或多个肿瘤细胞。在特定实施方案中，所述样品和对照样品是来自不同受试者的相同、相似和/或等同组织的不同样品。在某些实施方案中，所述对照样品是从用EZH2抑制剂治疗的受试者获得。在某些实施方案中，所述对照样品是从没有用EZH2抑制剂治疗的受试者获得。在某些实施方案中，所述对照样品是从在用疗法(例如细胞疗法或免疫疗法)治疗后不表现出完全反应(CR)的受试者获得。在某些实施方案中，所述对照样品是从在用疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)治疗后不表现出疾病进展(PD)的受试者获得。在某些实施方案中，所述对照样品是从在用疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)治疗后不表现出T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的受试者获得。在某些实施方案中，所述对照样品是从在用疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)治疗后确实表现出T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的受试者获得。
在某些实施方案中，将对样品的基因产物(例如，RNA或蛋白质基因产物)的评估、确定、测量和/或定量相对于两个或更多个对照值进行归一化和/或与两个或更多个对照值相比较。在一些实施方案中，所述两个或更多个对照值包括作为相同基因产物的测量或测量值的对照值和作为不同基因产物的测量或测量值的对照值。
在一些实施方案中，先前已经确定所述对照值。在某些实施方案中，所述一个或多个对照值是与对所述样品中一种或多种基因产物的评估、测量、确定和/或定量平行测量或获得。
在特定实施方案中，所述对照值是从多个对照样品获得的一种或多种基因产物的表达的平均(例如算术平均)或中值量或水平。在一些实施方案中，所述多个对照样品是从单独对照受试者获得。在特定实施方案中，所述多个单独对照受试者是未患和/或怀疑未患病症或疾病的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是未患和/或怀疑未患癌症的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是未患和/或怀疑未患NHL的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是未患和/或怀疑未患NHL的特定亚型(如FL或DLBCL)的受试者。在特定实施方案中，NHL的亚型是NHL的滤泡性淋巴瘤(FL)亚型。在特定实施方案中，NHL的亚型是NHL的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)亚型。
在某些实施方案中，所述多个单独对照受试者是患有和/或怀疑患有癌症的多个受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括患有和/或怀疑患有非霍奇金淋巴瘤(NHL)的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括患有和/或怀疑患有NHL的特定亚型的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括患有和/或怀疑患有NHL，但并非NHL的特定亚型的受试者。在特定实施方案中，NHL的亚型是ALL的DLBCL亚型。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括DLBCL受试者。在特定实施方案中，NHL的亚型是ALL的FL亚型。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括FL受试者。
在某些实施方案中，所述多个单独对照受试者是患有和/或怀疑患有癌症的多个受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括患有和/或怀疑患有弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括患有和/或怀疑患有DLBCL的特定亚型的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括患有和/或怀疑患有DLBCL，但并非DLBCL的特定亚型的受试者。在特定实施方案中，DLBCL的亚型是DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括GCB DLBCL受试者。在特定实施方案中，DLBCL的亚型是DLBCL的活化B细胞(ABC)亚型。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是或包括ABC DLBCL受试者。
在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是没有用EZH2抑制剂治疗或尚未用EZH2抑制剂治疗的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是用EZH2抑制剂治疗或已经用EZH2抑制剂治疗的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是在用疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)治疗后不展现或尚未展现CR的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是在用疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)治疗后未表现出或尚未表现出PD的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是在用疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)治疗后未表现出或尚未表现出T细胞反应(例如T细胞浸润到肿瘤微环境中)的受试者。在一些实施方案中，所述多个单独对照受试者是在用疗法(例如免疫疗法或细胞疗法)治疗后表现出或已经表现出T细胞反应(例如T细胞浸润到肿瘤微环境中)的受试者。
在一些实施方案中，所述对照值是从多个对照样品获得。在某些实施方案中，所述多个对照样品含有至少2、至少3、至少5、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30、至少40、至少50、至少100、至少200、至少300、至少400或至少500个对照样品。
在某些实施方案中，对一种或多种基因产物的基因表达(例如，量或水平)的评估、测量、确定或定量可以通过本领域中的任何方式来分析。在一些实施方案中，在分析之前，可以将原始基因表达数据(例如，基因产物的水平、量或浓度的测量和/或定量的值)归一化或转换(例如，对数归一化)，表示为表达比率，百分位数排序和/或分位数定标。在一些实施方案中，可以通过任何非参数数据定标方法进一步修改基因表达数据。在一些实施方案中，所述一种或多种基因产物的表达的测量或评估的转换在相对于对照的任何归一化之前进行。在某些实施方案中，所述一种或多种基因产物的表达的测量或评估的转换在相对于对照值的归一化之后进行。在一些实施方案中，所述转换是对数转换、次方转换或logit转换。在一些实施方案中，所述对数转换是常用log(log10(x))、自然对数(ln(x))或二元对数(log2(x))。
可以通过各种方式对表达模式进行评价和分类，如一般线性模型(GLM)、ANOVA、回归(包括逻辑斯谛回归)、支持向量机(SVM)、线性判别分析(LDA)、主成分分析(PCA)、k近邻(kNN)、神经网络(NN)、最近均值/形心(NM)以及贝叶斯协变量预测因子(BCP)。可以基于本发明的传授使用本文所述基因的任何子集和组合开发模型(如SVM)。在更特定实施方案中，将表达模式评价为所述基因的对数归一化的表达水平的平均值。
在一些实施方案中，测量正相关联的一个或多个基因与负相关联的一个或多个基因的组合，以确定临床结果(例如CR或PD)的可能性和/或概率。在一些实施方案中，测量正相关联的一个或多个基因与负相关联的一个或多个基因的组合，以确定临床结果(例如CR或PD)、EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗、T细胞对疗法(如T细胞疗法)的反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)、以及NHL亚型中的一项或多项的可能性和/或概率。
在某些实施方案中，表达谱和/或基因表达谱是或表示为对至少两种基因的表达进行评估、测量、确定和/或定量。例如，在一些实施方案中，评估或确定样品的基因表达谱可以包括对与临床结果(例如CR或PD)相关和/或相关联的至少两种基因进行评估、测量、确定和/或定量。例如，在一些实施方案中，评估或确定样品的基因表达谱可以包括对与临床结果(例如CR或PD)、EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗、T细胞对疗法(如T细胞疗法)的反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)、以及NHL亚型中的一项或多项相关和/或相关联的至少两种基因进行评估、测量、确定和/或定量。在某些实施方案中，基因表达谱是通过对两个或更多个基因的表达进行测量、确定和/或定量(例如，通过对两个或更多个基因的基因产物进行测量、确定和/或定量)来获得，所述两个或更多个基因与表现出临床结果(例如CR或PD)的可能性和/或概率正相关联。在某些实施方案中，基因表达谱是通过对两个或更多个基因的表达进行测量、确定和/或定量(例如，通过对两个或更多个基因的基因产物进行测量、确定和/或定量)来获得，所述两个或更多个基因与临床结果(例如CR或PD)、EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗、T细胞对疗法(如T细胞疗法)的反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)、以及NHL亚型中的一项或多项的可能性和/或概率正相关联。
D.基因参考值
在一些实施方案中，一种或多种基因产物的测量与所述一种或多种基因产物的参考值的比较允许对施用疗法之后的和/或与疗法相关的临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法(如T细胞疗法)的反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)、以及NHL亚型中的一项或多项的概率和/或可能性进行评估、测量和/或确定。在一些实施方案中，将样品中基因产物的表达与参考值(例如，基因参考值)进行比较。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的水平、量或浓度的值和/或其转换。在一些实施方案中，所述基因参考值是或源自RNA基因产物或蛋白质基因产物的量或水平。在特定实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：基因产物的量或水平或其转换，其表明在施用疗法之后临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法(如T细胞疗法)的反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)、以及NHL亚型中的一项或多项的可能性，和/或临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法(如T细胞疗法)的反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)、以及NHL亚型中的一项或多项的可能性增加、升高或较高；以及基因表达的值或测量值，其表明在施用疗法之后临床结果(例如CR或PD)、T细胞对疗法(如T细胞疗法)的反应(例如，T细胞浸润到TME中或从TME中排除)、以及NHL亚型中的一项或多项的可能性不存在或可能性较低和/或可能性降低、减少或较低。在一些实施方案中，所述基因参考值是以下二者之间的边界、界限和/或阈值：基因产物的量或水平，其中一种或多种临床反应的大部分发生或先前已经发生；以及基因产物的量或水平，其中一种或多种临床反应的小部分发生或先前已经发生。
在某些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与特定类型的临床反应相关的基因产物的量或水平或其转换，以及与一种或多种其他类型的临床反应相关的量或水平。在特定实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与CR相关的基因产物的量或水平或其转换，以及与其他临床反应(例如CRU、PR、NR/SD、SD和/或PD)相关的量或水平。在特定实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与PD相关的基因产物的量或水平或其转换，以及与其他临床反应(例如CRU、PR、NR/SD、SD和/或CR)相关的量或水平。
在某些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与用疗法的治疗或疗法的使用相关的基因产物的量或水平或其转换，以及与不存在用疗法的治疗或疗法的使用相关的基因产物的量或水平或其转换。在某些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与用EZH2抑制剂的治疗或EZH2抑制剂的使用相关的基因产物的量或水平或其转换，与不存在用EZH2抑制剂的治疗或EZH2抑制剂的使用相关的基因产物的量或水平或其转换。
在某些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中相关的基因产物的量或水平或其转换，以及与T细胞从TME中排除相关的基因产物的量或水平或其转换。在某些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与CD3表达相关联的基因产物的量或水平或其转换，以及与CD3表达反相关联的基因产物的量或水平或其转换。
在某些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与疾病亚型相关的基因产物的量或水平或其转换，以及与同一疾病的其他亚型相关的量或水平。在特定实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与NHL的一种亚型相关的基因产物的量或水平或其转换，以及与NHL的不同亚型相关的量或水平。在特定实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：与NHL的DLBCL亚型相关的基因产物的量或水平或其转换，以及与NHL的FL亚型相关的量或水平。
在一些实施方案中，所述参考值是或源自如通过章节-III中所述的一种或多种方法可检测的最小水平、量或浓度。在某些实施方案中，当比较表明对样品中基因产物的水平、量或浓度的测量值低于所述参考值时，则所述样品对于所述基因产物的表达是阴性的。在特定实施方案中，当比较表明对样品中基因产物的水平、量或浓度的测量值高于所述参考值时，则所述样品对于所述基因产物的表达是阳性的。
在一些实施方案中，将基因产物的表达与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示特定临床反应(例如CR或PD)的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将基因产物的表达与基因参考值进行比较，并且指示特定临床反应的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在某些实施方案中，将已经相对于对照归一化的基因产物的表达与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示特定临床反应的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将已经相对于对照归一化的基因产物的表达与基因参考值进行比较，并且指示特定临床反应的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在某些实施方案中，将已经归一化或转换的基因产物的表达值与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示特定临床反应的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将已经归一化或转换的基因产物的表达值与基因参考值进行比较，并且指示特定临床反应的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在一些实施方案中，所述特定临床反应选自以下：CR、CRU、PR、NR/SD、SD和/或PD。
在一些实施方案中，将基因产物的表达与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示EZH2抑制的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将基因产物的表达与基因参考值进行比较，并且指示EZH2抑制的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在某些实施方案中，将已经相对于对照标准化的基因产物的表达与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示EZH2抑制的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将已经相对于对照归一化的基因产物的表达与基因参考值进行比较，并且指示EZH2抑制的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在某些实施方案中，将已经归一化或转换的基因产物的表达值与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示EZH2抑制的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将已经归一化或转换的基因产物的表达值与基因参考值进行比较，并且指示EZH2抑制的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在一些实施方案中，EZH2抑制包括EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗。
在一些实施方案中，将基因产物的表达与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将基因产物的表达与基因参考值进行比较，并且指示T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在某些实施方案中，将已经相对于对照归一化的基因产物的表达与参考值和/或基因参考值进行比较，并且T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将已经相对于对照归一化的基因产物的表达与基因参考值进行比较，并且指示T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在某些实施方案中，将已经归一化或转换的基因产物的表达值与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将已经归一化或转换的基因产物的表达值与基因参考值进行比较，并且指示T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在一些实施方案中，T细胞浸润到TME中是通过CD3基因或蛋白质表达的水平或量来确定的。在一些实施方案中，T细胞浸润到TME中是通过CD3ε基因或蛋白质表达的水平或量来确定的。
在一些实施方案中，将基因产物的表达与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示NHL亚型(例如DLBCL或FL)的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将基因产物的表达与基因参考值进行比较，并且指示NHL亚型的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在某些实施方案中，将已经相对于对照归一化的基因产物的表达与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示NHL亚型的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将已经相对于对照归一化的基因产物的表达与基因参考值进行比较，并且指示NHL亚型的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在某些实施方案中，将已经归一化或转换的基因产物的表达值与参考值和/或基因参考值进行比较，并且指示NHL亚型的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，将已经归一化或转换的基因产物的表达值与基因参考值进行比较，并且指示NHL亚型的概率和/或可能性减少、降低和/或较低。在一些实施方案中，所述NHL亚型是DLBCL。在一些实施方案中，所述NHL亚型是FL。
在一些实施方案中，将与临床反应(例如CR或PD)负相关联和/或负相关的基因产物的表达与基因参考值进行比较。在某些实施方案中，当表1-4或表E2-E5中任一个列出的基因产物的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示特定临床反应的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在某些实施方案中，当由PDCD1、LAG3和/或TIGIT中任一个编码的基因产物的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示特定临床反应(PD)的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在某些实施方案中，当由KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和/或CCL21中任一个编码的基因产物的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示特定临床反应(PD)的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在特定实施方案中，当表1-4或表E2-E5中任一个列出的基因产物的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示特定临床反应的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在某些实施方案中，当表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和/或表4a中列出的基因产物的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示特定临床反应的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在特定实施方案中，当表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和/或表4a中列出的基因产物的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示特定临床反应的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在某些实施方案中，当由PDCD1、LAG3和/或TIGIT中任一个编码的基因产物的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示特定临床反应(CR)的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在某些实施方案中，当由KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和/或CCL21中任一个编码的基因产物的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示特定临床反应(CR)的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，所述特定临床反应选自以下：CR、CRU、PR、NR/SD、SD和/或PD。
在特定实施方案中，将与特定临床反应(例如CR或PD)正相关联和/或正相关的基因产物的表达与基因参考值进行比较。在一些实施方案中，当基因产物(包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1-4或表E2-E5中任一个列出的那些基因产物)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示特定临床反应的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1-4或表E2-E5中任一个列出的那些基因产物)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示特定临床反应的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，当基因产物(包括表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和/或表4a中任一个列出的那些基因产物)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示特定临床反应的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在某些实施方案中，当表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和/或表4a中任一个列出的基因产物的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示特定临床反应的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，所述特定临床反应选自以下：CR、CRU、PR、NR/SD、SD和/或PD。
在一些实施方案中，将与NHL亚型(例如DLBCL或FL)负相关联和/或负相关的基因产物的表达与基因参考值进行比较。在某些实施方案中，当基因产物(包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1-4或表E2-E5中任一个列出的那些基因产物)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示NHL亚型的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在特定实施方案中，当基因产物(包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1-4或表E2-E5中任一个列出的那些基因产物)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示NHL亚型的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在一些实施方案中，所述NHL亚型是DLBCL。在一些实施方案中，所述NHL亚型是FL。
在特定实施方案中，将与NHL亚型(例如DLBCL或FL)正相关联和/或正相关的基因产物的表达与基因参考值进行比较。在一些实施方案中，当基因产物(包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1-4或表E2-E5中任一个列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示NHL亚型的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表1-4或表E2-E5中任一个列出的那些基因产物的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示NHL亚型的概率或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，所述NHL亚型是DLBCL。在一些实施方案中，所述NHL亚型是FL。
在一些实施方案中，将与EZH2抑制负相关联和/或负相关的基因产物的表达(即，基因产物的表达通过EZH2抑制而下调)与基因参考值进行比较。在一些实施方案中，当与EZH2抑制负相关联和/或负相关的基因产物的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在某些实施方案中，当表E2或E3中列出的基因产物的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在某些实施方案中，当表E2A、1a或4a中列出的基因产物的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在特定实施方案中，当基因产物(包括EZH2或表E2或E3中任一个列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，当基因产物(包括表E2A、1a或4a中任一个列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括T细胞标记基因(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞浸润的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在某些实施方案中，当基因产物(包括表E2B、2a或3a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在特定实施方案中，当表E4或E5中列出的基因产物的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在特定实施方案中，当表E2B、2a或3a中列出的基因产物的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在一些实施方案中，所述T细胞浸润是浸润到肿瘤微环境(TME)中。在一些实施方案中，所述T细胞排除是从肿瘤微环境(TME)中排除。
在特定实施方案中，将与EZH2抑制正相关联和/或正相关的基因产物的表达(即，基因产物的表达通过EZH2抑制而上调)与基因参考值进行比较。在一些实施方案中，当基因产物(包括EZH2或表E2或E3中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括EZH2或表E2或E3中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，当基因产物(包括表E2A、1a或4a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括表E2A、1a或4a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，当基因产物(包括T细胞标记(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括T细胞标记(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，当基因产物(包括表E2B、2a或3a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括表E2B、2a或3a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，所述T细胞浸润是浸润到肿瘤微环境(TME)中。在一些实施方案中，所述T细胞排除是从肿瘤微环境(TME)中排除。
在一些实施方案中，将与T细胞浸润负相关联和/或负相关的基因产物的表达与基因参考值进行比较。在某些实施方案中，当基因产物(包括EZH2或表E2或E3中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在特定实施方案中，当基因产物(包括EZH2或表E2或E3中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括表E2A、1a或4a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在特定实施方案中，当基因产物(包括表E2A、1a或4a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括T细胞标记(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞浸润的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在特定实施方案中，当基因产物(包括T细胞标记(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括表E2B、2a或3a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性降低、减少和/或较低。在特定实施方案中，当基因产物(包括表E2B、2a或3a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性升高、增加和/或较高。在一些实施方案中，所述T细胞浸润是浸润到肿瘤微环境(TME)中。在一些实施方案中，所述T细胞排除是从肿瘤微环境(TME)中排除。在一些实施方案中，与T细胞浸润正相关联和/或正相关的基因产物是CD3。在一些实施方案中，与T细胞浸润正相关联和/或正相关的基因产物是CD3ε。
在特定实施方案中，将与T细胞浸润正相关联和/或正相关的基因产物的表达与基因参考值进行比较。在一些实施方案中，当基因产物(包括EZH2和表E2或E3中列出的那些基因产物)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在一些实施方案中，当基因产物(包括表1a或4a中列出的那些基因产物)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括EZH2和表E2或E3中列出的那些基因产物)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率或可能性降低、减少和/或较低。在某些实施方案中，当基因产物(包括表1a或4a中列出的那些基因产物)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示PD和/或T细胞排除的概率或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，当基因产物(包括T细胞标记(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在一些实施方案中，当基因产物(包括表2a或3a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达大于、超过和/或高于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率和/或可能性增加、升高和/或较高。在某些实施方案中，当基因产物(包括T细胞标记(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率或可能性降低、减少和/或较低。在某些实施方案中，当基因产物(包括表2a或3a中列出的那些基因产物中的任何一个)的表达小于、少于和/或低于所述基因参考值时，则指示CR和/或T细胞浸润的概率或可能性降低、减少和/或较低。在一些实施方案中，所述T细胞浸润是浸润到肿瘤微环境(TME)中。在一些实施方案中，所述T细胞排除是从肿瘤微环境(TME)中排除。在一些实施方案中，所述T细胞排除是从肿瘤微环境(TME)中排除。在一些实施方案中，与T细胞浸润正相关联和/或正相关的基因产物是CD3。在一些实施方案中，与T细胞浸润正相关联和/或正相关的基因产物是CD3ε。
在一些实施方案中，所述基因参考值是预定值。在特定实施方案中，所述基因参考值是从研究数据计算和/或导出。在一些实施方案中，所述研究是临床研究。在特定实施方案中，所述临床研究是完成的临床研究。在某些实施方案中，来自所述研究的数据包括从所述研究的受试者获取或获得的样品中的基因表达，例如，基因产物的表达。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的临床反应的数量和类型。在某些实施方案中，所述临床研究中的受试者曾具有或具有临床反应，如CR、CRU、PR、NR/SD、SD和/或PD。在一些实施方案中，所述临床反应是CR。在一些实施方案中，所述临床反应不是CR。在某些实施方案中，所述临床研究中的受试者曾患有或患有疾病或病症，如癌症。在一些实施方案中，所述疾病或病症是癌症，如NHL。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的NHL亚型的数量和类型。在一些实施方案中，所述癌症是NHL的亚型，如DLBCL或FL。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的治疗的数量和类型。在某些实施方案中，所述受试者使用或曾使用EZH2抑制剂进行治疗。在某些实施方案中，所述受试者没有或未曾使用EZH2抑制剂进行治疗。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间表现出的T细胞反应(例如，T细胞浸润到肿瘤微环境中或从肿瘤微环境中排除)的数量和类型。
在一些实施方案中，所述基因参考值是预定值。在特定实施方案中，所述基因参考值是从研究数据计算和/或导出。在一些实施方案中，所述研究是临床研究。在特定实施方案中，所述临床研究是完成的临床研究。在某些实施方案中，来自所述研究的数据包括从所述研究的受试者获取或获得的样品中的基因表达，例如，基因产物的表达。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的NHL亚型的数量和类型。在某些实施方案中，所述临床研究中的受试者曾具有或具有NHL亚型，如FL或DLBCL。在一些实施方案中，所述NHL亚型是FL。在一些实施方案中，所述临床反应不是DLBCL。在一些实施方案中，所述NHL亚型是DLBCL。在一些实施方案中，所述临床反应不是FL。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的临床反应(如CR、CRU、PR、NR/SD、SD和/或PD)的数量和类型。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间表现出的T细胞反应(例如，T细胞浸润到肿瘤微环境中或从肿瘤微环境中排除)的数量和类型。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的疗法(如用EZH2抑制剂治疗)的数量和类型。
在一些实施方案中，所述基因参考值是预定值。在特定实施方案中，所述基因参考值是从研究数据计算和/或导出。在一些实施方案中，所述研究是临床研究。在特定实施方案中，所述临床研究是完成的临床研究。在某些实施方案中，来自所述研究的数据包括从所述研究的受试者获取或获得的样品中的基因表达，例如，基因产物的表达。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的疗法的数量和类型。在某些实施方案中，所述临床研究中的受试者使用或曾使用EZH2抑制剂进行治疗。在一些实施方案中，所述临床研究中的受试者没有或未曾使用EZH2抑制剂进行治疗。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的NHL亚型(如DLBCL或FL)的数量和类型。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的临床反应(如CR、CRU、PR、NR/SD、SD和/或PD)的数量和类型。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间表现出的T细胞反应(例如，T细胞浸润到肿瘤微环境中或从肿瘤微环境中排除)的数量和类型。
在一些实施方案中，所述基因参考值是预定值。在特定实施方案中，所述基因参考值是从研究数据计算和/或导出。在一些实施方案中，所述研究是临床研究。在特定实施方案中，所述临床研究是完成的临床研究。在某些实施方案中，来自所述研究的数据包括从所述研究的受试者获取或获得的样品中的基因表达，例如，基因产物的表达。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间表现出的T细胞反应(例如，T细胞浸润到肿瘤微环境中或从肿瘤微环境中排除)的数量和类型。在某些实施方案中，所述临床研究中的受试者表现出T细胞浸润到TME中。在一些实施方案中，所述临床研究中的受试者表现出T细胞从TME中排除。在特定实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的临床反应的数量和类型。在某些实施方案中，所述临床研究中的受试者曾具有或具有临床反应，如CR、CRU、PR、NR/SD、SD和/或PD。在某些实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的DLBCL亚型(如DLBCL或FL)的数量和类型。在某些实施方案中，来自所述研究的数据包括受试者在所述研究期间经历的治疗(如EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗)的数量和类型。
在一些实施方案中，所述参考值是或反映基因表达的最小可检测水平、值或量，例如，用作阳性或阴性表达的边界的值。在某些实施方案中，将基因产物的表达的测量与参考值进行比较，所述参考值是或反映基因表达(例如，基因产物的表达)的最小可检测水平、值或量，并且如果所述测量值高于所述参考值，则确定所述基因阳性表达，和/或如果所述测量值低于所述参考值，则确定所述基因阴性表达。
在特定实施方案中，将从受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括与所述受试者患有相同疾病或病症的受试者。在某些实施方案中，所述相同疾病或病症是癌症。在特定实施方案中，所述相同疾病或病症是NHL。在特定实施方案中，将从受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括与所述受试者患有相同疾病或病症，但是患有与所述受试者相同的疾病或病症的不同亚型的受试者。在某些实施方案中，所述相同疾病或病症是癌症。在特定实施方案中，所述相同疾病或病症是NHL。在特定实施方案中，将从患有NHL的DLBCL亚型的受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括患有NHL的FL亚型的受试者。在特定实施方案中，将从患有NHL的FL亚型的受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括患有NHL的DLBCL亚型的受试者。
在特定实施方案中，将从受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括与所述受试者具有相同临床反应的受试者。在某些实施方案中，所述相同的临床反应是CR。在某些实施方案中，所述相同的临床反应是PD。在特定实施方案中，将从具有CR的受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括具有PD的受试者。在特定实施方案中，将从具有PD的受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括具有CR的受试者。
在特定实施方案中，将从受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括与所述受试者进行相同治疗的受试者。在某些实施方案中，所述相同治疗是使用EZH2抑制剂或用EZH2抑制剂治疗。在某些实施方案中，所述相同治疗是不使用EZH2抑制剂或不用EZH2抑制剂治疗。在特定实施方案中，将从用EZH2抑制剂治疗的受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括没有用EZH2抑制剂治疗的受试者。在特定实施方案中，将从没有用EZH2抑制剂治疗的受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括用EZH2抑制剂治疗的受试者。
在特定实施方案中，将从受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括与所述受试者具有相同T细胞反应的受试者。在某些实施方案中，所述相同治疗是T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中。在某些实施方案中，所述相同治疗是T细胞从TME中排除。在特定实施方案中，将从表现出T细胞浸润到TME中的受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括表现出T细胞从TME中排除的受试者。在特定实施方案中，将从表现出T细胞从TME中排除的受试者获取或获得的样品中基因产物的表达与从研究计算和/或导出的基因参考值进行比较，所述研究包括表现出T细胞浸润到TME中的受试者。
在一些实施方案中，所述基因参考值是通过对一个对照样品或多个对照样品中的表达的水平、浓度或量应用算法来确定。在一些实施方案中，所述对照样品或多个对照样品是从完成的研究(例如，完成的临床试验)的受试者或受试者组获得的，其中监测所述受试者的临床反应。在特定实施方案中，所述样品或所述多个样品是在所述受试者接受所述疗法之前收集的。在一些实施方案中，所述受试者或受试者组在施用所述疗法后继续表现出临床反应。在一些实施方案中，在开始施用所述疗法的1个月内、2个月内、3个月内、4个月内、5个月内、6个月内、7个月内、8个月内、9个月内或更长时间内，所述受试者或受试者组继续表现出临床反应。在某些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历CR、CRU、PR、NR/SD、SD或PD的临床反应。在一些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历CR的临床反应。在某些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历CRU的反应。在某些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历PR的反应。在某些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历NR/SD的反应。在某些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历SD的反应。在某些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历PD的反应。在一些实施方案中，所述基因参考值是通过对从两个或更多个不同受试者或不同受试者组获得的两个或更多个对照样品或多个对照样品应用算法来确定。
在一些实施方案中，所述基因参考值是通过对一个对照样品或多个对照样品中的表达的水平、浓度或量应用算法来确定。在一些实施方案中，所述对照样品或多个对照样品是从完成的研究(例如，完成的临床试验)的受试者或受试者组获得的，其中监测所述受试者的NHL亚型。在特定实施方案中，所述样品或所述多个样品是在所述受试者接受所述疗法之前收集的。在一些实施方案中，所述受试者或受试者组在接受所述疗法之前表现出NHL亚型。在一些实施方案中，所述受试者或受试者组在施用所述疗法之后继续表现出NHL亚型。在一些实施方案中，所述受试者或受试者组在接受所述疗法之前表现出一种NHL亚型，并且在施用所述疗法之后继续表现出不同的NHL亚型。在一些实施方案中，在开始施用所述疗法的1个月内、2个月内、3个月内、4个月内、5个月内、6个月内、7个月内、8个月内、9个月内或更长时间内，所述受试者或受试者组继续表现出NHL亚型。在某些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历为DLBCL的NHL亚型或NHL。在一些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历为DLBCL的NHL亚型。在某些实施方案中，所述受试者或受试者组出现和/或经历为FL的NHL亚型。在一些实施方案中，所述基因参考值是通过对从两个或更多个不同受试者或不同受试者组获得的两个或更多个对照样品或多个对照样品应用算法来确定。
在一些实施方案中，所述基因参考值是通过对一个对照样品或多个对照样品中的表达的水平、浓度或量应用算法来确定。在一些实施方案中，所述对照样品或多个对照样品是从完成的研究(例如，完成的临床试验)的受试者或受试者组获得的，其中监测所述受试者的治疗类型，例如，使用EZH2抑制剂或用EZH2抑制剂治疗。在特定实施方案中，所述样品或所述多个样品是在所述受试者接受所述治疗之前收集的。在特定实施方案中，所述样品或所述多个样品是在所述受试者接受所述治疗之后收集的。在一些实施方案中，所述基因参考值是通过对从两个或更多个不同受试者或不同受试者组获得的两个或更多个对照样品或多个对照样品应用算法来确定。
在一些实施方案中，所述基因参考值是通过对一个对照样品或多个对照样品中的表达的水平、浓度或量应用算法来确定。在一些实施方案中，所述对照样品或多个对照样品是从完成的研究(例如，完成的临床试验)的受试者或受试者组获得的，其中监测所述受试者的T细胞反应，例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除。在特定实施方案中，所述样品或所述多个样品是在所述受试者接受所述疗法之后，任选地在向所述受试者开始施用所述疗法之后收集的。在一些实施方案中，所述受试者或受试者组在施用所述疗法之后继续表现出T细胞浸润到TME中。在一些实施方案中，所述受试者或受试者组在施用所述疗法之后继续表现出T细胞从TME中排除。在一些实施方案中，在开始施用所述疗法的1天内、3天内、4天内、1周内、2周内、3周内、1个月内、2个月内、3个月内、4个月内、5个月内、6个月内、7个月内、8个月内、9个月内或更长时间内，所述受试者或受试者组继续表现出T细胞浸润到TME中。在一些实施方案中，在开始施用所述疗法的1天内、3天内、4天内、1周内、2周内、3周内、1个月内、2个月内、3个月内、4个月内、5个月内、6个月内、7个月内、8个月内、9个月内或更长时间内，所述受试者或受试者组继续表现出T细胞从TME中排除。在一些实施方案中，所述基因参考值是通过对从两个或更多个不同受试者或不同受试者组获得的两个或更多个对照样品或多个对照样品应用算法来确定。
在某些实施方案中，说明性算法包括但不限于减少变量数量的方法，如主成分分析算法、偏最小二乘法和独立成分分析算法。说明性算法还包括但不限于直接处理大量变量的方法，如统计学方法和基于机器学习技术的方法。统计学方法包括惩罚逻辑斯谛回归、微阵列的预测分析(PAM)、基于缩小形心的方法、支持向量机分析和正规化线性判别分析。机器学习技术包括装袋(bagging)方法、提升(boosting)方法、随机森林算法及其组合。在本发明的一些实施方案中，使用支持向量机(SVM)算法、随机森林算法或其组合进行微阵列数据或RNA-seq数据的分类。在一些实施方案中，基于统计显著性来选择区别样品或亚型的已鉴定标记。在一些情形中，在应用针对错误发现率(FDR)的Benjamini Hochberg校正之后进行所述统计显著性选择。在某些实施方案中，所述算法技术可以应用于样品中一种或多种基因产物(如包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)以及表1、表2、表3、表4、表E2、表E3、表E4和/或表E5中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物)的表达谱。在某些实施方案中，所述算法技术可以应用于样品中一种或多种基因产物(如表E2A、表E2B、表1a、表2a、表3a和/或表4a中列出的基因产物)的表达谱。在某些实施方案中，所述算法技术可以应用于样品中一种或多种基因产物(如由PDCD1、LAG3和TIGIT中任一个编码的基因产物)的表达谱。在某些实施方案中，所述算法技术可以应用于样品中一种或多种基因产物(如由KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中任一个编码的基因产物)的表达谱。
在一些实施方案中，可以向所述算法补充荟萃分析方法，如由Fishel和Kaufman等人2007Bioinformatics 23(13):1599-606所述的方法。同样，可以向分类器算法补充荟萃分析方法，如可重复性分析。在一些情况下，所述可重复性分析选择在至少一个预测性表达产物标记集中出现的标记。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：基因产物的量或水平或其转换，其中全部或大部分临床反应发生或先前发生过；以及基因产物的量或水平或其转换，其中小部分临床反应发生或先前发生过。在特定实施方案中，所述基因参考值分隔或分开如下基因表达的值或测量，所述基因表达与超过一半和/或大于50％、60％、70％、80％、90％、95％或者为或约100％的在研究中出现的临床反应(例如CR或PD)实例相关。在一些实施方案中，所述临床反应是CR、CRU、PR、NR/SD、SD或PD。在一些实施方案中，所述临床反应是CR。在一些实施方案中，所述临床反应是PD。在一些实施方案中，所述临床反应不是CR。在一些实施方案中，所述基因参考值分隔或分开如下基因表达的值或测量，所述基因表达与临床反应(如CR、CRU、PR、NR/SD、SD或PD)的至少25％、至少30％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或者为或约100％频率相关。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：基因产物的量或水平或其转换，其中全部或大部分NHL亚型发生或先前发生过；以及基因产物的量或水平或其转换，其中小部分NHL亚型发生或先前发生过。在特定实施方案中，所述基因参考值分隔或分开如下基因表达的值或测量，所述基因表达与超过一半和/或大于50％、60％、70％、80％、90％、95％或者为或约100％的在研究中出现的NHL亚型实例相关。在一些实施方案中，所述NHL亚型是DLBCL或FL。在一些实施方案中，所述NHL亚型是DLBCL。在一些实施方案中，所述NHL亚型是FL。在一些实施方案中，所述基因参考值分隔或分开如下基因表达的值或测量，所述基因表达与NHL亚型(如DLBCL或FL)的至少25％、至少30％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或者为或约100％频率相关。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：基因产物的量或水平或其转换，其中全部或大部分治疗类型发生或先前发生过；以及基因产物的量或水平或其转换，其中小部分治疗类型发生或先前发生过。在特定实施方案中，所述基因参考值分隔或分开如下基因表达的值或测量，所述基因表达与超过一半和/或大于50％、60％、70％、80％、90％、95％或者为或约100％的在研究中出现的EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗实例相关。在一些实施方案中，所述基因参考值分隔或分开如下基因表达的值或测量，所述基因表达与EZH2抑制剂的使用或用EZH2抑制剂的治疗的至少25％、至少30％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或者为或约100％频率相关。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因产物的量或水平或其转换，是以下二者之间的边界或分开以下二者的阈值：基因产物的量或水平或其转换，其中全部或大部分T细胞反应发生或先前发生过；以及基因产物的量或水平或其转换，其中小部分T细胞反应发生或先前发生过。在特定实施方案中，所述基因参考值分隔或分开如下基因表达的值或测量，所述基因表达与超过一半和/或大于50％、60％、70％、80％、90％、95％或者为或约100％的在研究中出现的T细胞反应实例相关。在一些实施方案中，所述T细胞反应是T细胞浸润到TME中。在一些实施方案中，所述T细胞反应是T细胞从TME中排除。在一些实施方案中，所述基因参考值分隔或分开如下基因表达的值或测量，所述基因表达与T细胞反应(如T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)的至少25％、至少30％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或者为或约100％频率相关。
在特定实施方案中，所述基因参考值在对照样品中的基因表达的25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中的基因表达的平均或中值水平、浓度或量的25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在特定实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中的基因表达的平均或中值水平、浓度或量的2、1.5、1.25、1、0.75、0.5、0.25或0.1个标准差内，其中所述组中的每名受试者在接受用于治疗相同疾病或病症的免疫疗法或细胞疗法之后继续表现出临床反应(例如CR或PD)。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的受试者继续表现出PD。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的PD负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括T细胞标记基因(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的PD负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括表2a或表E2B中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的PD负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中任一个的基因产物。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之上2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量之上100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法之后的和/或与疗法相关的PD负相关联和/或负相关，并且所述多个对照样品是在接受疗法之前从受试者组获得，其中所述组中的每名受试者没有继续表现出PD。在一些实施方案中，所述受试者继续表现出CR。在一些实施方案中，所述值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最低水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有继续表现出PD的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有继续表现出PD的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于在接受细胞疗法之前从没有继续表现出PD的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的受试者继续表现出CR。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的CR负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括EZH2或表E2或E3中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的CR负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括表1a或表E2A中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之上2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量之上100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法之后的和/或与疗法相关的CR负相关联和/或负相关，并且所述多个对照样品是在接受疗法之前从受试者组获得，其中所述组中的每名受试者没有继续表现出CR。在一些实施方案中，所述受试者继续表现出PD。在一些实施方案中，所述值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最低水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有继续表现出CR的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有继续表现出CR的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于在接受细胞疗法之前从没有继续表现出CR的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的受试者表现出或继续表现出DLBCL。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之前或之后的或与疗法相关的DLBCL负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括T细胞标记基因(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之上2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量之上100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法之前或之后的和/或与疗法相关的DLBCL负相关联和/或负相关，并且所述多个对照样品是在接受疗法之前从受试者组获得，其中所述组中的每名受试者没有表现出或没有继续表现出DLBCL。在一些实施方案中，所述受试者表现出或继续表现出FL。在一些实施方案中，所述值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最低水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有表现出或没有继续表现出DLBCL的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有表现出或没有继续表现出DLBCL的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于在接受细胞疗法之前从没有表现出或没有继续表现出DLBCL的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的受试者表现出或继续表现出FL。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之前或之后的或与疗法相关的FL负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括EZH2或表E2或E3中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之上2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量之上100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法之前或之后的和/或与疗法相关的FL负相关联和/或负相关，并且所述多个对照样品是在接受疗法之前从受试者组获得，其中所述组中的每名受试者没有表现出或没有继续表现出FL。在一些实施方案中，所述受试者表现出或继续表现出DLBCL。在一些实施方案中，所述值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最低水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有表现出或没有继续表现出FL的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有表现出或没有继续表现出FL的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于在接受细胞疗法之前从没有表现出或没有继续表现出FL的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的受试者继续表现出T细胞从肿瘤微环境(TME)中排除。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的T细胞从肿瘤微环境(TME)中排除负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括T细胞标记基因(如CD3E)或表E4或E5中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的T细胞从肿瘤微环境(TME)中排除负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括表2a中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之上2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量之上100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法之后的和/或与疗法相关的T细胞从肿瘤微环境(TME)中排除负相关联和/或负相关，并且所述多个对照样品是在接受疗法之前从受试者组获得，其中所述组中的每名受试者没有表现出T细胞从肿瘤微环境(TME)中排除。在一些实施方案中，所述受试者表现出T细胞浸润到TME中。在一些实施方案中，所述值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最低水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有表现出T细胞从肿瘤微环境(TME)中排除的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有表现出T细胞从肿瘤微环境(TME)中排除的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于在接受细胞疗法之前从没有表现出T细胞从肿瘤微环境(TME)中排除的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的受试者继续表现出T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括EZH2或表E2或E3中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中负相关联和/或负相关，所述基因产物例如包括表1a中列出的那些基因产物中的任何一个的基因产物。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之上2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量之上100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法之后的和/或与疗法相关的T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中负相关联和/或负相关，并且所述多个对照样品是在接受疗法之前从受试者组获得，其中所述组中的每名受试者没有表现出T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中。在一些实施方案中，所述受试者表现出T细胞从TME中排除。在一些实施方案中，所述值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最低水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有表现出T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有表现出T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于在接受细胞疗法之前从没有表现出T细胞浸润到肿瘤微环境(TME)中的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法之后的和/或与疗法相关的临床反应负相关联和/或负相关，并且所述多个对照样品是在接受疗法之前从受试者组获得，其中所述组中的每名受试者没有出现或继续出现PD。在一些实施方案中，所述受试者在接受所述疗法后表现出或继续表现出CR。在一些实施方案中，所述值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最低水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有经历严重神经毒性的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有表现出PD的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于在接受细胞疗法之前从没有表现出或没有继续表现出PD的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在某些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的受试者继续表现出PD。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的PD正相关联和/或正相关，所述基因产物例如包括EZH2或表E2和/或E3中列出的那些的基因产物。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法(例如，免疫疗法或细胞疗法)之后的或与疗法相关的PD正相关联和/或正相关，所述基因产物例如包括表4a或表E2A中列出的那些的基因产物。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之下2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之下2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于在多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是基因的基因产物的值，所述基因与施用疗法之后的和/或与疗法相关的临床反应负相关联和/或负相关，并且所述多个对照样品是在接受含有用重组受体基因工程化的细胞的细胞疗法之前从受试者组获得的，其中所述组中每名受试者继续表现出CR。在一些实施方案中，所述值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最低水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述值在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最低水平、浓度或量之下100％内、75％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在接受疗法之前从没有继续表现出PD的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的每名受试者表现出或继续表现出NHL的DLBCL亚型。在一些实施方案中，所述基因参考值是负相关的基因的基因产物的值，所述基因例如在来自DLBCLNHL受试者的样品中未表达或以低水平表达的基因、T细胞基因标记(如CD3E)、和/或表E4和/或E5中列出的基因。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之下2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值低于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于在多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的每名受试者表现出或继续表现出NHL的DLBCL亚型。在一些实施方案中，所述基因参考值是正相关的基因的基因产物的值，所述基因例如在来自DLBCLNHL受试者的样品中表达或高表达的基因、EZH2、和/或表E2和/或E3中列出的基因。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之上2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量之上100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在接受细胞疗法之前从没有表现出或没有继续表现出PD或不与DLBCL NHL相关的受试者组获得的多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是与DLBCL NHL正相关的基因的基因产物的值，并且所述多个对照样品是从患有NHL但不患有DLBCL NHL的受试者组获得。在一些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最高水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有表现出或没有继续表现出PD的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有表现出或没有继续表现出PD的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于从没有患有DLBCL NHL的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的每名受试者患有NHL的DLBCL亚型。在一些实施方案中，所述基因参考值是正相关的基因的基因产物的值，所述基因例如在来自DLBCL NHL受试者的样品中表达或高表达的基因、EZH2、和/或表E2和/或E3中列出的基因。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之上2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量之上100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在接受细胞疗法之前从没有表现出或没有继续表现出PD或不与DLBCL NHL相关的受试者组获得的多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是与DLBCL NHL正相关的基因的基因产物的值，并且所述多个对照样品是从患有NHL但不患有DLBCL NHL的受试者组获得。在一些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最高水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有表现出或没有继续表现出PD的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有表现出或没有继续表现出PD的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于从没有患有DLBCL NHL的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述参考值是从在施用所述疗法之前从受试者获得的对照样品获得和/或导出，其中所述组的每名受试者患有NHL的FL亚型。在一些实施方案中，所述基因参考值是正相关的基因的基因产物的值，所述基因例如在来自FL NHL受试者的样品中表达或高表达的基因、T细胞标记基因(如CD3E)、和/或表E4和/或E5中列出的基因。在某些实施方案中，所述基因参考值在多个对照样品中基因产物的平均水平、浓度或量之上2倍内、1.5倍内、1.0倍内、100％内、50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内，和/或在所述平均水平、浓度或量之上2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5或0.25个标准差内。在某些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量。在特定实施方案中，所述基因参考值在来自多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最高水平、浓度或量之上100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％或5％内。在一些实施方案中，所述参考值高于在接受细胞疗法之前从没有表现出或继续表现出CR或不与FL NHL相关的受试者组获得的多个对照样品中的至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，所述基因参考值是与FL NHL正相关的基因的基因产物的值，并且所述多个对照样品是从患有NHL但不患有FL NHL的受试者组获得。在一些实施方案中，所述基因参考值高于在来自多个对照样品的样品中观察到的至少一种基因产物的最高水平、浓度或量。在某些实施方案中，所述参考值低于在来自没有表现出或继续表现出CR的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量。在一些实施方案中，所述参考值在来自没有表现出或没有继续表现出CR的多个对照样品的样品中观察到的基因产物的最低水平、浓度或量之下50％内、40％内、30％内、25％内、20％内、15％内、10％内或5％内。在一些实施方案中，所述参考值低于从没有患有FL NHL的受试者组获得的多个对照样品中的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、或至少95％、或至少98％的样品中观察到的水平、浓度或量。
在一些实施方案中，将从受试者获得的样品中至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少二十种、至少二十一种、至少二十二种、至少二十三种、至少二十四种、至少二十五种、至少二十六种、至少二十七种、至少二十八种、至少二十九种、至少三十种、至少三十五种、至少四十种、至少五十种、至少六十种、至少七十种、至少八十种、至少九十种、至少一百种或至少一百二十种基因产物的表达与相应基因参考值(例如，针对相同基因的基因参考值)进行比较，以确定受试者将表现出临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的概率、风险或可能性。在一些实施方案中，如果至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少二十种、至少二十一种、至少二十二种、至少二十三种、至少二十四种、至少二十五种、至少二十六种、至少二十七种、至少二十八种、至少二十九种、至少三十种、至少三十五种、至少四十种、至少五十种、至少六十种、至少七十种、至少八十种、至少九十种、至少一百种或至少一百二十种基因产物的表达与相应基因参考值的比较表明所述表达与临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的风险升高、增加和/或较高相关，则受试者处于临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的升高的、增加的和/或较高的风险之下。
在一些实施方案中，将与临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项正相关联和/或正相关的至少一种基因产物的表达，以及与临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项负相关联和/或负相关的至少一种基因产物的表达与相应参考值进行比较，以确定受试者将表现出临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的概率、风险或可能性。在某些实施方案中，将表E2和/或表E3中列出的至少一种基因产物的表达以及表4和/或表E5中列出的至少一种基因产物的表达与相应参考值进行比较，以确定受试者将表现出临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的概率、风险或可能性。在某些实施方案中，分析表E2A、E2B、1a、2a、3a和4a中任一个列出的至少一种基因产物的表达，以确定受试者将表现出临床结果(例如CR或PD)或疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)中的一项或多项的概率、风险或可能性。在一些实施方案中，将表E2和/或表E3中列出的至少一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、十一、十二、十三、十四、十五、十六、十七、十八、十九、二十、或多于二十多种基因产物和/或表E4和/或表E5中列出的一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、十一、十二、十三、十四、十五、十六、十七、十八、十九、二十、或多于二十多种基因产物的表达与相应参考值进行比较，以确定受试者将表现出临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的概率、风险或可能性。在一些实施方案中，分析表E2A、E2B、1a、2a、3a或4a中列出的所有基因产物的表达，以确定受试者将表现出临床结果(例如CR或PD)或疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)中的一项或多项的概率、风险或可能性。
在特定实施方案中，如果与所述结果、反应和/或亚型负相关联和/或负相关的一种或多种基因产物的表达低于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有表现出临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较高的、升高的和/或增加的风险。在某些实施方案中，如果与所述临床结果、T细胞反应和/或NHL亚型负相关联和/或负相关的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种、至少二十种、至少二十五种、至少五十种、至少一百种或至少一百二十种基因产物的表达低于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有出现临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较高的、升高的和/或增加的风险。
在一些实施方案中，如果与所述临床结果、T细胞反应和/或NHL亚型正相关联和/或正相关的一种或多种基因产物的表达高于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有出现临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较高的、升高的和/或增加的风险。在某些实施方案中，如果与所述临床结果、T细胞反应和/或NHL亚型负相关联和/或负相关的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种、至少二十种、至少二十五种、至少五十种、至少一百种或至少一百二十种基因产物的表达高于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较高的、升高的和/或增加的风险。
在特定实施方案中，如果与所述临床结果、T细胞反应和/或NHL亚型负相关联和/或负相关的一种或多种基因产物的表达高于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较低的、降低的和/或减少的风险。在某些实施方案中，如果与所述临床结果、T细胞反应和/或NHL亚型负相关联和/或负相关的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种、至少二十种、至少二十五种、至少五十种、至少一百种或至少一百二十种基因产物的表达高于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有出现临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较低的、降低的和/或减少的风险。
在一些实施方案中，所述基因产物是蛋白质，例如，从血浆样品测量的蛋白质，所述血浆样品是在施用细胞疗法之前或之后从受试者获得，并且所述基因参考值是所述蛋白质在血清中的浓度。在某些实施方案中，所述蛋白质是与CR负相关联和/或负相关的基因产物，例如，包括EZH2以及表E2和E3中列出的那些的基因产物。在某些实施方案中，所述蛋白质是与CR负相关联和/或负相关的基因产物，例如，包括EZH2以及表1a或表E2A中列出的那些的基因产物。在某些实施方案中，所述蛋白质是与CR正相关联和/或正相关的基因产物，例如，包括T细胞标记基因(如CD3E)以及表E4和E5中列出的那些的基因产物。在某些实施方案中，所述蛋白质是与CR正相关联和/或正相关的基因产物，例如，包括T细胞标记基因(如CD3E)以及表3a或表E2B中列出的那些的基因产物。在某些实施方案中，所述蛋白质是与CR正相关联和/或正相关的基因产物，例如，由PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中的任一个编码的基因产物。在某些实施方案中，所述血浆样品是在施用所述细胞疗法之前(如之前1天)从受试者获得。在某些实施方案中，所述血浆样品是在施用所述细胞疗法之后(如在施用所述细胞疗法之后2天、4天或7天)从受试者获得。
在某些实施方案中，所述血浆样品是在施用所述细胞疗法之前从受试者获得。在某些实施方案中，所述蛋白质是蛋白质或基因产物的一部分，所述蛋白质或基因产物的一部分包括EZH2、T细胞标记基因(如CD3E)或表E2、E3、E4和/或E5中列出的那些基因产物中的任何一个。在某些实施方案中，所述蛋白质是由PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21中的任一个编码的蛋白质或基因产物的一部分。在一些实施方案中，所述基因参考值是基因产物(例如，蛋白质或其部分)在血清中的浓度。
在一些实施方案中，如果与所述临床结果、T细胞反应和/或NHL亚型正相关联和/或正相关的一种或多种基因产物的表达低于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较低的、降低的和/或减少的风险。在某些实施方案中，如果与所述临床结果、T细胞反应和/或NHL亚型负相关联和/或负相关的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、至少十五种、至少十六种、至少十七种、至少十八种、至少十九种、至少二十种、至少二十五种、至少五十种、至少一百种或至少一百二十种基因产物的表达低于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较高的、升高的和/或增加的风险。
在某些实施方案中，如果与所述临床结果、T细胞反应和/或NHL亚型负相关联和/或负相关的一种或多种基因产物的表达高于所述参考值，并且与临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项正相关联和/或正相关的一种或多种基因产物的表达高于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较高的、升高的和/或增加的风险。在特定实施方案中，如果与所述临床结果、T细胞反应和/或NHL亚型负相关联和/或负相关的一种或多种基因产物的表达高于所述参考值，并且与所述临床结果、T细胞反应或NHL亚型正相关联和/或正相关的一种或多种基因产物的表达低于所述参考值，则受试者具有和/或被认为具有临床结果(例如CR或PD)、疗法后的T细胞反应(例如，T细胞浸润到TME中或T细胞从TME中排除)或NHL亚型中的一项或多项的较低的、降低的和/或减少的风险。
E.反应、功效和存活
在本文提供的方法、组合、用途、试剂盒和制品的一些实施方案中，所提供的组合疗法导致一种或多种治疗结果，如与有关于疗法或治疗的任何一种或多种参数相关的特征，如下文所述。在一些实施方案中，所述方法包括评估T细胞(例如，基于T细胞的疗法施用的T细胞)针对癌细胞的细胞毒性。在一些实施方案中，所述方法包括评估T细胞(例如，基于T细胞的疗法施用的T细胞)的暴露、浸润、持久性和增殖。在一些实施方案中，在本文所提供的方法中，细胞(例如，免疫疗法(例如T细胞疗法)施用的细胞)的暴露、或延长的扩增、浸润和/或持久性，和/或所述细胞的细胞表型或功能活性的变化可以通过在体外或离体评估T细胞的特征来测量。在一些实施方案中，此类测定可以用于确定或确认在施用本文所提供的组合疗法之前、期间或之后，T细胞(例如T细胞疗法)的功能。
在一些实施方案中，用于评估治疗结果的步骤可以包括用以评价和/或监测治疗和/或用以鉴定受试者用于施用所述疗法的进一步或剩余步骤和/或用于重复疗法的步骤。在一些实施方案中，所述筛选步骤和/或治疗结果的评估可以用于确定本文所提供的组合疗法的剂量、频率、持续时间、时间安排和/或顺序。
在一些实施方案中，可以在施用所提供的疗法的一个或多个步骤(例如，施用T细胞疗法(例如，表达CAR的T细胞)和/或施用EZH2抑制剂)之前、期间、过程中或之后使用本文所述的任何筛选步骤和/或对治疗结果的评估。在一些实施方案中，在进行本文提供的任何方法之前、期间、过程中或之后进行评估。在一些实施方案中，在进行本文提供的方法之前进行评估。在一些实施方案中，在进行本文提供的方法的一个或多个步骤之后进行评估。在一些实施方案中，在施用所提供的疗法的一个或多个步骤之前进行评估，例如以筛选并鉴定适于和/或易于接受所述疗法(例如组合疗法)的患者。在一些实施方案中，在施用所提供的疗法的一个或多个步骤期间、过程中或之后进行评估，例如以评估中间或最终治疗结果，例如，以确定治疗功效和/或确定是否要继续或重复所述治疗和/或确定是否要施用所述疗法的剩余步骤。
在一些实施方案中，治疗结果包括改进的免疫功能，例如基于细胞的疗法施用的T细胞和/或体内内源T细胞的免疫功能。在一些实施方案中，示例性治疗结果包括但不限于增强的T细胞增殖、增强的T细胞浸润到肿瘤中、增强的T细胞功能活性、免疫细胞表型标记表达的变化，如与施用至受试者的工程化T细胞(例如CAR-T细胞)相关的此类特征。在一些实施方案中，示例性治疗结果包括降低的疾病负荷(例如肿瘤负荷)、改进的临床结果和/或增强的疗法功效。
在一些实施方案中，所述筛选步骤和/或治疗结果的评估包括评估基于细胞的疗法施用的T细胞的存活和/或功能。在一些实施方案中，所述筛选步骤和/或治疗结果的评估包括评估细胞因子或生长因子的水平。在一些实施方案中，所述筛选步骤和/或治疗结果的评估包括评估疾病负荷和/或改进，例如，评估肿瘤负荷和/或临床结果。在一些实施方案中，所述筛选步骤和/或治疗结果的评估中的任一者可以包括本文所述和/或本领域中已知的任何评估方法和/或测定，并且可以进行一次或多次，例如，在施用所述组合疗法的一个或多个步骤之前、期间、过程中或之后进行。可以在本文所提供的方法的一些实施方案中评估的与治疗结果相关的示例性参数集包括外周血免疫细胞群谱和/或肿瘤负荷。
在一些实施方案中，与经由不施用EZH2的抑制剂的方法所实现的相比，在施用所述方法中的所述剂量的细胞与EZH2的抑制剂之后，受试者中表达重组受体(例如，表达CAR)的细胞的细胞毒性更大。在一些实施方案中，如与其中在不存在EZH2的抑制剂的情况下将向受试者施用T细胞疗法的方法相比，评估所施用的T细胞疗法(例如，表达CAR的T细胞)在受试者中的细胞毒性。在一些实施方案中，如与其中在不存在所述抑制剂的情况下向受试者施用T细胞疗法的方法相比，所述方法导致所施用的T细胞在受试者中表现出增加的或延长的细胞毒性。
在一些实施方案中，如与其中在不存在EZH2抑制剂的情况下向受试者施用所述剂量的表达重组受体的细胞的方法相比，施用EZH2抑制剂降低受试者的疾病负荷(例如肿瘤负荷)。在一些实施方案中，如与其中在不存在EZH2抑制剂的情况下向受试者施用所述剂量的表达重组受体的细胞的方法相比，施用EZH2抑制剂降低受试者的骨髓原始细胞。在一些实施方案中，与其中在不存在EZH2抑制剂的情况下向受试者施用所述剂量的表达所述重组受体的细胞的方法相比，施用EZH2抑制剂导致改进的临床结果，例如，客观反应率(ORR)、无进展存活期(PFS)和总体存活期(OS)。
在一些实施方案中，可以在施用所述疗法的一个或多个步骤之前筛选受试者。例如，可以在施用所述疗法之前针对疾病的特征和/或疾病负荷(例如，肿瘤负荷)筛选受试者，以确定施用所述疗法的适合性、反应性和/或易感性。例如，可以在施用所述组合疗法之前针对疾病的特征(例如，EZH2的过表达或突变)筛选受试者，以确定施用所述疗法的适合性、反应性和/或易感性。在一些实施方案中，所述筛选步骤和/或治疗结果的评估可以用于确定本文所提供的疗法的剂量、频率、持续时间、时间安排和/或顺序。
在一些实施方案中，可以在施用所述疗法的一个步骤之后筛选受试者，以确定和鉴定受试者用于接受所述疗法的剩余步骤，和/或以监测所述疗法的功效。在一些实施方案中，在施用EZH2的抑制剂之前和/或之后评估所施用的T细胞的数量、水平或量和/或所施用的T细胞的增殖和/或活性。
在一些实施方案中，确定或评估与不同的评估时间点、不同条件、参考点和/或不同受试者的相同参数或结果的水平、值或测量相比，参数或结果的水平、值或测量的变化和/或改变(例如，增加、升高、降低或减少)。例如，在一些实施方案中，可以确定与不同条件(例如，在施用EZH2抑制剂之前)中的相同参数相比，特定参数(例如，EZH2的表达)的倍数变化(例如，增加或降低)。在一些实施方案中，确定两个或更多个参数的水平、值或测量，并且比较相对水平。在一些实施方案中，将所确定的参数的水平、值或测量与来自对照样品或未处理样品的所述水平、值或测量进行比较。在一些实施方案中，将所确定的参数的水平、值或测量与在不同时间点来自同一受试者的样品的所述水平进行比较。可以将在单独参数的定量中获得的值组合用于疾病评估的目的，例如通过使用多参数分析对参数的水平、值或测量形成算术或逻辑运算。在一些实施方案中，可以计算两个或更多个特定参数的比率。
可以在不同时间点评估与T细胞健康、功能、活性和/或结果(如反应、功效和/或毒性结果)相关的参数的评估和确定。在一些方面，可以在如下多个时间点进行评估：例如，在施用所述细胞疗法之前，在制造所述细胞之前、期间或之后，和/或在开始施用所述EZH2抑制剂时，在继续、恢复和/或进一步施用所述EZH2抑制剂期间，在开始施用所述细胞疗法时，和/或在开始施用所述细胞疗法之前、期间或之后。
在一些实施方案中，所施用的细胞和/或细胞组合物的功能属性包括监测药代动力学(PK)参数、所述细胞的扩增和持久性、细胞功能测定(例如，本文所述的任何一种，如细胞毒性测定、细胞因子分泌测定和体内测定)、高维T细胞信号传导评估以及T细胞的耗竭表型和/或特征的评估。在一些方面，可以评估或监测的其他属性包括监测和评估微小残留病(MRD)。在一些方面，可以评估或监测的其他属性包括所述EZH2抑制剂的药效动力学参数。
在一些实施方案中，与疗法或治疗结果相关的参数(其包括可以评估用于筛选步骤和/或治疗结果评估和/或监测治疗结果的参数)包括肿瘤或疾病负荷。作为免疫疗法或细胞疗法(如T细胞疗法，例如表达CAR的T细胞)和/或EZH2抑制剂的疗法的施用可以降低或预防受试者的疾病或病症的扩大或负荷。例如，在所述疾病或病症是肿瘤的情况下，所述方法通常降低肿瘤大小、体积、转移、骨髓中原始细胞的百分比或可分子检测的B细胞恶性肿瘤，和/或改进预后或存活或与肿瘤负荷相关的其他症状。
在一些方面，根据所提供方法和/或用所提供制品或组合物的施用通常降低或预防受试者的疾病或病症的扩大或负荷。例如，在所述疾病或病症是肿瘤的情况下，所述方法通常降低肿瘤大小、体积、转移、骨髓中原始细胞的百分比或可分子检测的B细胞恶性肿瘤，和/或改进预后或存活或与肿瘤负荷相关的其他症状。
在一些实施方案中，与其中在不施用EZH2抑制剂的情况下给予疗法(如T细胞疗法，例如表达CAR的T细胞)的替代方法相比，所提供的方法导致所治疗受试者的降低的肿瘤负荷。在一些实施方案中，与其中在不施用EZH2抑制剂的情况下给予免疫疗法(如T细胞疗法，例如表达CAR的T细胞)的替代方法相比，所提供的方法在用亚治疗有效量的EZH2抑制剂治疗的受试者中导致降低的肿瘤负荷。肿瘤负荷不一定在接受组合疗法的所有受试者中都实际上降低，但是如基于临床数据，肿瘤负荷在所治疗受试者中平均地降低，其中用这种组合疗法治疗的大多数受试者表现出降低的肿瘤负荷，如至少50％、60％、70％、80％、90％、95％或更多的用所述组合疗法治疗的受试者表现出降低的肿瘤负荷。
在一些实施方案中，如与其中在不施用EZH2抑制剂的情况下给予疗法(如T细胞疗法，例如表达CAR的T细胞)的替代方法相比，所提供的方法导致细胞毒性疗法的细胞毒性活性增加。在一些情况下，与其中在不施用EZH2抑制剂的情况下给予免疫疗法(如T细胞疗法，例如表达CAR的T细胞)的替代方法相比，所提供的方法导致细胞毒性疗法的细胞毒性增加，任选地经由T细胞浸润到肿瘤环境中增加。细胞毒性不一定在接受组合疗法的所有受试者中都实际上增加，但是如基于临床数据，细胞毒性在所治疗受试者中平均地增加，其中用这种组合疗法治疗的大多数受试者表现出降低的肿瘤负荷，如至少50％、60％、70％、80％、90％、95％或更多的用所述组合疗法治疗的受试者表现出降低的肿瘤负荷。T细胞浸润到肿瘤环境中不一定在接受组合疗法的所有受试者中都实际上增加，但是如基于临床数据，细胞毒性在所治疗受试者中平均地增加，其中用这种组合疗法治疗的大多数受试者表现出降低的肿瘤负荷，如至少50％、60％、70％、80％、90％、95％或更多的用所述组合疗法治疗的受试者展现出降低的肿瘤负荷。
疾病负荷可以涵盖受试者体内或受试者的器官、组织或体液(如肿瘤的器官或组织或例如可指示转移的另一位置)中疾病细胞的总数。例如，在某些血液恶性肿瘤的情况下，可以在血液、淋巴或骨髓中对肿瘤细胞进行检测和/或定量。在一些实施方案中，疾病负荷可以包括肿瘤的质量、转移的数量或程度和/或骨髓中存在的原始细胞的百分比。
在一些实施方案中，所述受试者患有骨髓瘤、淋巴瘤或白血病。疾病负荷的程度可以通过评估血液或骨髓中的残留白血病来确定。在一些实施方案中，所述受试者患有非霍奇金淋巴瘤(NHL)、急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)或骨髓瘤(例如多发性骨髓瘤(MM))。在一些实施方案中，所述受试者患有白血病或淋巴瘤。在一些实施方案中，所述受试者患有白血病。在一些情况下，所述白血病是CLL。在一些实施方案中，所述受试者患有淋巴瘤。在一些情况下，所述受试者患有NHL，包括DLCBL和FL。在一些实施方案中，所述受试者患有DLBCL。在一些实施方案中，所述受试者患有FL。
在一些方面，受试者(如患有NHL的受试者)的反应率是基于卢加诺标准。(Cheson等人,(2014)JCO.,32(27):3059-3067；Johnson等人,(2015)Radiology 2:323-338；Cheson,B.D.(2015)Chin.Clin.Oncol.4(1):5)。在一些方面，反应评估利用临床、血液学和/或分子方法中的任一种。在一些方面，使用卢加诺标准评估的反应涉及视情况使用正电子发射断层成像(PET)-计算机断层成像(CT)和/或CT。PET-CT评价还可以包括使用氟脱氧葡萄糖(FDG)用于嗜FDG淋巴瘤。在一些方面，如果将使用PET-CT来评估嗜FDG组织学中的反应，则可以使用5分量表。在一些方面，5分量表包含以下标准：1，没有高于背景的摄取；2，摄取≤纵隔；3，摄取>纵隔但≤肝脏；4，摄取中度>肝脏；5，摄取显著高于肝脏和/或新病灶；X，新的摄取区域不可能与淋巴瘤有关。
在一些方面，如使用卢加诺标准描述的完全反应涉及在不同可测量部位的完全代谢反应和完全放射学反应。在一些方面，这些部位包括淋巴结和淋巴外部位，其中当使用PET-CT时，在5分量表上CR被描述为得分为1、2或3，其具有或不具有残留肿块。在一些方面，在脾或骨髓内具有高生理摄取或激活的韦氏环(Waldeyer's ring)或结节外位点中(例如，对于化学疗法或骨髓集落刺激因子)，摄取可以大于正常纵隔和/或肝脏。在这种情况下，如果在初始受累位点的摄取不大于周围的正常组织，即使所述组织具有高生理摄取，也可以推断为完全代谢反应。在一些方面，使用CT在淋巴结中评估反应，其中CR被描述为没有患病的淋巴外部位，并且靶淋巴结/淋巴结肿块的病灶的最长横径(LDi)必须复原至≤1.5cm。其他评估部位包括骨髓，其中基于PET-CT的评估应指示在骨髓中缺乏嗜FDG疾病的证据，并且基于CT的评估应指示正常形态，如果不确定则应是IHC阴性。其他部位可以包括对器官肿大的评估，其应复原至正常。在一些方面，评估未测量的病灶和新病灶，其在CR的情况下应不存在(Cheson等人,(2014)JCO 32(27):3059-3067；Johnson等人,(2015)Radiology 2:323-338；Cheson,B.D.(2015)Chin.Clin.Oncol.4(1):5)。
在一些方面，如使用卢加诺标准描述的部分反应(PR)包括在不同可测量部位的部分代谢和/或放射学反应。在一些方面，这些部位包括淋巴结和淋巴外部位，其中在使用PET-CT时，PR被描述为得分为4分或5分，其具有与基线相比降低的摄取和任何大小的一个或多个残留肿块。在中间时期，此类发现可以指示反应中的疾病。在治疗结束时，此类发现可以指示残留病。在一些方面，使用CT评估淋巴结中的反应，其中PR被描述为多达6个可测量的靶结节和结节外部位的SPD减小≥50％。如果病灶太小而无法在CT上测量，则将5mm×5mm指定为默认值；如果病灶不再可见，则所述值为0mm×0mm；对于>5mm×5mm但小于正常的结节，使用实际测量值进行计算。其他评估部位包括骨髓，其中基于PET-CT的评价应指示残留摄取，所述残留摄取高于正常骨髓中的摄取但与基线相比有所降低(弥漫性摄取与来自所允许化学疗法的反应性变化相容)。在一些方面，如果在结节反应的情况下在骨髓中存在持续的局灶性变化，则应考虑用MRI或活检或间隔扫描进一步评价。在一些方面，其他部位可以包括对器官肿大的评估，其中脾脏的超过正常的长度必须已经复原>50％。在一些方面，评估未测量病灶和新病灶，其在PR的情况下应不存在/正常，已复原但没有增加。也可以使用基于PET-CT和/或CT的评估来测量无反应/疾病稳定(SD)或疾病进展(PD)。(Cheson等人,(2014)JCO.,32(27):3059-3067；Johnson等人,(2015)Radiology 2:323-338；Cheson,B.D.(2015)Chin.Clin.Oncol.,4(1):5)。
在一些方面，无进展存活期(PFS)被描述为在疾病(如B细胞恶性肿瘤)治疗期间和之后，受试者带病生存但所述疾病不恶化的时间长度。在一些方面，客观反应(OR)被描述为可测量的反应。在一些方面，客观反应率(ORR)被描述为实现CR或PR的患者的比例。在一些方面，总体存活期(OS)被描述为从诊断或开始治疗疾病(如B细胞恶性肿瘤)的日期到被诊断患有所述疾病的受试者仍然存活时的时间长度。在一些方面，无事件存活期(EFS)被描述为在B细胞恶性肿瘤治疗结束后，所述受试者保持没有所述治疗意图预防或延迟的某些并发症或事件的时间长度。这些事件可以包括B细胞恶性肿瘤的复发或某些症状的发作，所述症状如已经扩散到骨骼的B细胞恶性肿瘤引起的骨痛，或死亡。
在一些实施方案中，反应持续时间(DOR)的量度包括从记录到肿瘤反应至疾病进展的时间。在一些实施方案中，用于评估反应的参数可以包括持久反应，例如，从开始疗法起的时间段之后持续存在的反应。在一些实施方案中，持久反应是由在开始疗法之后大约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18或24个月的反应率来指示。在一些实施方案中，所述反应是持久的，持续超过3个月或超过6个月。
在一些方面，使用RECIST标准确定客观肿瘤反应。(Eisenhauera等人,EuropeanJournal of Cancer 45(2009)228-247。)在一些方面，使用RECIST标准确定靶病灶的客观肿瘤反应。在一些方面，如使用RECIST标准确定的完全反应被描述为所有靶病灶的消失，并且任何病理性淋巴结(无论是靶标还是非靶标)必须在短轴上减小至<10mm。在其他方面，如使用RECIST标准确定的部分反应被描述为以基线直径总和为参考，靶病灶的直径总和减小至少30％。在其他方面，疾病进展(PD)被描述为以研究中的最小总和(如果基线总和在研究中最小，则这个最小总和包括基线总和)作为参考，靶病灶直径总和增加至少20％。除了20％的相对增加外，总和还必须显示至少5mm的绝对增加(在一些方面，出现一个或多个新病灶也被视为进展)。在其他方面，疾病稳定(SD)被描述为以研究时的最小总直径作为参考，既没有足够缩小以符合PR，也没有足够增加以符合PD。
在一些方面，受试者(如患有FL的受试者)的存活率是基于意大利淋巴瘤协作组(ILI)和/或国际滤泡性淋巴瘤预后因子项目(IFLPFP)开发的评分系统。(Luminari等人,(2012)Rev.Brad.Hematol.Hemoter.,34:54-59)。在一些方面，ILI得分是基于以下的独立预后作用：年龄、性别、B症状、结节外部位数量、红细胞沉降率(ESR)和乳酸脱氢酶(LDH)。在一些方面，IFLPFP得分是基于以下的风险因子：年龄、Ann Arbor分期、血红蛋白水平、结节部位区的数量和血清LDH水平。在一些情况下，IFLPFP得分可以用于表征或预测患有FL的受试者的总体存活率。
在MM的情况下，评估疾病负担程度的示例性参数包括诸如以下等参数：克隆血浆细胞数量(例如，在骨髓活检中>10％或在来自其他组织的活检中的任何量；浆细胞瘤)、单克隆蛋白(副蛋白)在血清或尿液中的存在、感觉与血浆细胞障碍相关的终末器官损害的证据(例如，高钙血症(校正钙>2.75mmol/l)；骨髓瘤引起的肾功能不全；贫血(血红蛋白<10g/dl)；和/或骨病灶(溶解性病灶或具有压缩性骨折的骨质疏松症))。
在DLBCL的情况下，评估疾病负担程度的示例性参数包括诸如以下等参数：细胞形态(例如，中心母细胞、免疫母细胞和间变细胞)、基因表达、miRNA表达和蛋白质表达(例如，BCL2、BCL6、MUM1、LMO2、MYC和p21的表达)。
在FL的情况下，用于评估疾病负荷程度的示例性参数包括诸如以下等参数：血红蛋白水平(例如，<12g/dL或<10g/dL)、红细胞沉降率(ESR)、乳酸脱氢酶(LDH)水平、和β2微球蛋白(B2M)值、基因表达、单核苷酸多态性(SNP；例如在IL-8、IL-2、Il-12B和IL1RN中)、miRNA表达以及蛋白质表达(例如，CD68、STAT1、FOXP3、CD57)。(Salles(2007)ASHEducatoin Book,2007:216-25)。在FL的情况下，疾病扩展可以通过Ann Arbor分期系统、肿瘤负荷、巨块病、疾病的结节或结节外部位的数量和/或骨髓受累来评估。
在一些方面，受试者(如患有CLL的受试者)的反应率基于国际慢性淋巴细胞白血病研讨会(IWCLL)反应标准(Hallek等人,Blood 2008年6月15日；111(12):5446-5456)。在一些方面，这些标准描述如下：完全缓解(CR)，其在一些方面要求依据免疫表型分析不存在外周血克隆淋巴细胞、不存在淋巴结病、不存在肝肿大或脾肿大、不存在全身症状和令人满意的血细胞计数；完全缓解伴随不完全骨髓恢复(CRi)，其在一些方面被描述为上述CR，但没有正常的血细胞计数；部分缓解(PR)，其在一些方面被描述为淋巴细胞计数下降≥50％、淋巴结病减少≥50％或肝或脾减小≥50％，以及外周血细胞计数改善；疾病进展(PD)，其在一些方面被描述为淋巴细胞计数增加≥50％至>5x109/L、淋巴结病增加≥50％、肝或脾大小增加≥50％、里希特转化或由于CLL所致的新的血细胞减少；以及疾病稳定，其在一些方面被描述为不符合CR、CRi、PR或PD的标准。
在一些实施方案中，如果在施用所述剂量的细胞1个月内，受试者的淋巴结大小小于或小于约20mm、大小小于或小于约10mm或大小小于或小于约10mm，则所述受试者表现出CR或OR。
在一些实施方案中，在受试者的骨髓中(或在大于50％、60％、70％、80％、90％或更多的根据所述方法治疗的受试者的骨髓中)没有检测到CLL的指标克隆。在一些实施方案中，通过IgH深度测序评估CLL的指标克隆。在一些实施方案中，在施用细胞之后为或约或者至少为或至少约1、2、3、4、5、6、12、18或24个月的时间未检测到指标克隆。
在一些实施方案中，如果例如如通过光学显微术检测，骨髓中存在大于或等于5％原始细胞，如骨髓中大于或等于10％原始细胞、骨髓中大于或等于20％原始细胞、骨髓中大于或等于30％原始细胞、骨髓中大于或等于40％原始细胞或骨髓中大于或等于50％原始细胞，则受试者表现出形态学疾病。在一些实施方案中，如果骨髓中存在少于5％原始细胞，则受试者表现出完全或临床缓解。
在一些实施方案中，受试者可以表现出完全缓解，但存在小部分形态学上(通过光学显微术技术)不可检测的残留白血病细胞。如果受试者表现出在骨髓中小于5％原始细胞并且表现出可分子检测的B细胞恶性肿瘤，则称所述受试者表现出微小残留病(MRD)。在一些实施方案中，可分子检测的B细胞恶性肿瘤可以使用允许灵敏地检测少量细胞的多种分子技术中的任何一种来评估。在一些方面，此类技术包括PCR测定，其可以确定由染色体易位产生的独特Ig/T细胞受体基因重排或融合转录物。在一些实施方案中，可以使用流式细胞术基于白血病特有的免疫表型来鉴定B细胞恶性肿瘤细胞。在一些实施方案中，B细胞恶性肿瘤的分子检测可以检测100,000个正常细胞中的少至1个白血病细胞。在一些实施方案中，如果如通过PCR或流式细胞术检测到100,000个细胞中的至少或大于1个白血病细胞，则受试者表现出可分子检测的MRD。在一些实施方案中，受试者的疾病负荷是不可分子检测的或MRD-，使得在一些情况下使用PCR或流式细胞术技术不能检测到受试者体内的白血病细胞。
在白血病的情况下，可以通过评估血液或骨髓中残留的白血病来确定疾病负荷程度。在一些实施方案中，如果骨髓中存在大于或等于5％的原始细胞(例如，如通过光学显微术检测)，则受试者表现出形态学疾病。在一些实施方案中，如果骨髓中存在少于5％原始细胞，则受试者表现出完全或临床缓解。
在一些实施方案中，对于白血病，受试者可表现出完全缓解，但是存在小部分形态上不可检测(通过光学显微镜检查技术)的残留白血病细胞。如果受试者表现出在骨髓中小于5％原始细胞并且表现出可分子检测的B细胞恶性肿瘤，则称所述受试者表现出微小残留病(MRD)。在一些实施方案中，可分子检测的B细胞恶性肿瘤可以使用允许灵敏地检测少量细胞的多种分子技术中的任何一种来评估。在一些方面，此类技术包括PCR测定，其可以确定由染色体易位产生的独特Ig/T细胞受体基因重排或融合转录物。在一些实施方案中，可以使用流式细胞术基于白血病特有的免疫表型来鉴定B细胞恶性肿瘤细胞。在一些实施方案中，B细胞恶性肿瘤的分子检测可以检测100,000个正常细胞中的少至1个白血病细胞。在一些实施方案中，如果如通过PCR或流式细胞术检测到100,000个细胞中的至少或大于1个白血病细胞，则受试者表现出可分子检测的MRD。在一些实施方案中，受试者的疾病负荷是不可分子检测的或MRD-，使得在一些情况下使用PCR或流式细胞术技术不能检测到受试者体内的白血病细胞。
在一些实施方案中，与紧接在施用免疫疗法(例如T细胞疗法)和/或EZH2抑制剂之前的时间的疾病负荷相比，所述方法和/或细胞疗法(如T细胞疗法，例如表达CAR的T细胞)和/或EZH2抑制剂的施用降低疾病负荷。
在一些方面，免疫疗法(例如T细胞疗法)和/或EZH2抑制剂的施用可以预防疾病负荷的增加，并且这可以通过疾病负荷无变化来证实。
在一些实施方案中，如与使用替代疗法(如其中所述受试者在不存在EZH2抑制剂的施用的情况下接受免疫疗法(例如单独的T细胞疗法)的疗法)通过可比较方法会观察到的降低相比，所述方法降低疾病或病症的负荷(例如肿瘤细胞数、肿瘤大小、患者存活或无事件存活的持续时间)至更大程度和/或持续更长时间段。在一些实施方案中，与通过单独施用每一种药剂(例如向未接受过免疫疗法(例如T细胞疗法)的受试者施用EZH2抑制剂；或向未接受过EZH2抑制剂的受试者施用免疫疗法(例如T细胞疗法))所实现的降低相比，在施用免疫疗法(例如T细胞疗法)和EZH2抑制剂的组合疗法之后，疾病负荷被降低至更大程度或持续更长时间段。
在一些实施方案中，检测、评估或测量受试者的疾病或病症的负荷。在一些方面，可以通过检测疾病细胞或疾病相关细胞(例如，肿瘤细胞)在受试者体内或在受试者的器官、组织或体液(如血液或血清)中的总数来检测疾病负荷。在一些实施方案中，通过测量转移的数量或程度来评估疾病负荷(例如肿瘤负荷)。在一些方面，评估受试者的存活、在某个时间段内的存活、存活程度、无事件或无症状存活的存在或持续时间或无复发存活。在一些实施方案中，评估疾病或病症的任何症状。在一些实施方案中，指定疾病或病症负荷的量度。在一些实施方案中，用于确定的示例性参数包括指示疾病或病症(例如肿瘤)的改善或改进的特定临床结果。此类参数包括：疾病控制的持续时间，所述疾病控制包括完全反应(CR)、部分反应(PR)或疾病稳定(SD)(参见例如，实体瘤中的反应评价标准(ResponseEvaluation Criteria In Solid Tumors，RECIST)指南)；客观反应率(ORR)、无进展存活期(PFS)和总体存活期(OS)。可以设定参数的具体阈值以确定本文所提供的组合疗法方法的功效。
在一些方面，在施用免疫疗法(例如T细胞疗法)之前，在施用免疫疗法(例如T细胞疗法)之后但在施用EZH2抑制剂之前，和/或在施用免疫疗法(例如T细胞疗法)和EZH2抑制剂二者后，测量或检测疾病负荷。在多次施用所述组合疗法的一个或多个步骤的情况下，在一些实施方案中，可以在施用任何步骤、剂量和/或施用周期之前或之后，或者在施用任何步骤、剂量和/或施用周期之间的时间，测量疾病负荷。在一些实施方案中，进行EZH2抑制剂的施用至少一个周期(例如28天的周期)，并且在每个周期之前、期间和/或之后测量或检测疾病负荷。
在一些实施方案中，与紧接在施用EZH2抑制剂和免疫疗法(例如T细胞疗法)之前相比，通过所提供的方法，负荷的降低量为或至少或至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％。在一些实施方案中，与紧接在施用免疫疗法(例如T细胞疗法)和/或EZH2抑制剂之前相比，在施用免疫疗法(例如T细胞疗法)和EZH2抑制剂之后，疾病负荷、肿瘤大小、肿瘤体积、肿瘤质量和/或肿瘤负担或体积减少至少或至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。
在一些实施方案中，通过所述方法降低疾病负荷包括诱导形态学完全缓解，例如如在施用(例如，开始)所述组合疗法后1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、或多于6个月时所评估的。
在一些方面，例如如通过多参数流式细胞术所测量的，对微小残留病的测定是阴性的，或者微小残留病的水平小于约0.3％、小于约0.2％、小于约0.1％、或小于约0.05％。
在一些实施方案中，如与其他方法相比，所述方法提高受试者的无事件存活率或总体存活率。例如，在一些实施方案中，在本文所提供的组合疗法的方法之后6个月时，通过所述方法治疗的受试者的无事件存活率或概率大于约40％、大于约50％、大于约60％、大于约70％、大于约80％、大于约90％、或大于约95％。在一些方面，总体存活率大于约40％、大于约50％、大于约60％、大于约70％、大于约80％、大于约90％、或大于约95％。在一些实施方案中，用所述方法治疗的受试者表现出无事件存活、无复发存活或存活到至少6个月，或至少1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年或10年。在一些实施方案中，至进展时间得以改进，如至进展时间大于或大于约6个月，或至少1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年或10年。
在一些实施方案中，如与其他方法相比，在通过所述方法治疗之后，复发概率降低。例如，在一些实施方案中，在所述组合疗法的方法之后6个月时，复发概率小于约80％、小于约70％、小于约60％、小于约50％、小于约40％、小于约30％、小于约20％、或小于约10％。
在一些情况下，确定所施用细胞(例如，过继转移细胞)的药代动力学，以评估利用度，例如，所施用细胞的生物利用度。用于确定过继转移细胞的药代动力学的方法可以包括从已经被施用工程化细胞的受试者中抽取外周血，并确定所述外周血中所述工程化细胞的数量或比率。用于选择和/或分离细胞的方法可以包括使用嵌合抗原受体(CAR)特异性抗体(例如，Brentjens等人,Sci.Transl.Med.2013年3月；5(177):177ra38)；蛋白L(Zheng等人,J.Transl.Med.2012年2月；10:29)；直接引入CAR中的特定位点中的表位标签(如Strep-标签序列)，借此使用Strep-标签的结合试剂直接评估CAR(Liu等人(2016)NatureBiotechnology,34:430；国际专利申请公开号WO 2015095895)；以及与CAR多肽特异性地结合的单克隆抗体(参见国际专利申请公开号WO 2014190273)。在一些情况下，外在标记基因可以与工程化细胞疗法结合使用，以允许检测或选择细胞，并且在一些情况下也促进细胞自杀。在一些情况下，截短的表皮生长因子受体(EGFRt)可以与所转导细胞中的目的转基因(例如CAR)共表达(参见例如，美国专利号8,802,374)。EGFRt可以含有由抗体西妥昔单抗
Figure BDA0003604039090002301
或其他治疗性抗EGFR抗体或结合分子识别的表位，其可以用于鉴定或选择已用EGFRt构建体和另一种重组受体(如嵌合抗原受体(CAR))工程化的细胞，和/或用于消除或分离表达所述受体的细胞。参见美国专利号8,802,374和Liu等人,Nature Biotech.2016年4月；34(4):430-434)。
在一些实施方案中，可以在施用所述细胞疗法之后的时间段确定从患者获得的生物样品(例如，血液)中CAR+T细胞的数量，例如，以确定所述细胞的药代动力学。在一些实施方案中，在所述受试者的血液中或在通过所述方法如此治疗的大多数受试者中可检测的CAR+T细胞(任选CAR+CD8+T细胞和/或CAR+CD4+T细胞)的数量是大于1个细胞/μL、大于5个细胞/μL或大于10个细胞/μL。
F.受试者的选择
在一些实施方案中，不向在施用免疫疗法或细胞疗法(例如CAR-T细胞疗法)之后具有表现出或继续表现出完全反应(CR)的较高的、升高的和/或增加的可能性的受试者施用EZH2抑制剂以治疗、预防、延迟或减弱PD或PD的风险。在一些实施方案中，向在施用免疫疗法或细胞疗法(例如CAR-T细胞疗法)之后具有表现出或继续表现出疾病进展(PD)的较高的、升高的和/或增加的风险的受试者施用EZH2抑制剂以治疗、预防、延迟或减弱PD或PD的风险。因此，在一些实施方案中，本文提供了组合疗法，其包括施用免疫疗法或细胞疗法以及EZH2抑制剂以治疗、预防、延迟或减弱疾病进展(PD)的出现或出现疾病进展的风险。还提供了包含一种或多种所述药剂的组合物和配制品，例如，药物配制品。
在一些实施方案中，本文提供的方法允许选择受试者进行组合疗法，例如，施用免疫疗法或细胞疗法以及EZH2抑制剂用于治疗、预防、延迟、减少或减弱在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后疾病进展(PD)的出现或出现疾病进展的风险，所述方法是通过鉴定在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的风险、概率或可能性的受试者来进行。在一些实施方案中，在以下时间施用所述EZH2抑制剂：(i)在开始向受试者施用所述免疫疗法或细胞疗法之前，(ii)在开始向受试者施用所述免疫疗法或细胞疗法一天、两天或三天内，(iii)与开始向受试者施用所述免疫疗法或细胞疗法并行，和/或(iv)在开始向受试者施用所述免疫疗法或细胞疗法之后。
在一些实施方案中，在施用所述免疫疗法或细胞疗法之前，不向受试者施用或提供EZH2抑制剂，所述EZH2抑制剂能够治疗、预防、延迟、减少或减弱疾病进展(PD)的出现或出现疾病进展的风险。在一些实施方案中，在开始施用所述免疫疗法或细胞疗法之前的时间段，不向受试者施用或提供所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述时间段是在施用所述免疫疗法或细胞疗法之前为或为约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天，和/或为或为约1、2、3、4、5、6周或长于6周。在一些实施方案中，在施用所述免疫疗法或细胞疗法之前，在受试者表现出疾病进展(PD)的体征或症状之前(或除非受试者表现出所述体征或症状)，不向受试者施用或提供所述EZH2抑制剂。
在一些实施方案中，向受试者施用或提供EZH2抑制剂，所述EZH2抑制剂能够治疗、预防、延迟、减少或减弱在施用所述免疫疗法或细胞疗法之前疾病进展(PD)的出现或出现疾病进展的风险。在一些实施方案中，已经确定所述受试者具有PD的较高的、增加的或升高的风险。在一些实施方案中，在开始施用所述免疫疗法或细胞疗法之前的时间段内，如在施用所述免疫疗法或细胞疗法之前为或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天内和/或为或约1、2、3、4、5、6周或长于6周内，向受试者施用或提供EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在PD的首次体征或症状时，向受试者施用或提供所述EZH2抑制剂。
在一些实施方案中，基于受试者中基因转录或蛋白质表达的量或水平，将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者中基因转录或蛋白质表达的量或水平，将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后3个月具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括EZH2以及表E2或E3给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E2A、1a或4a给出的一个或多个基因的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因(包括EZH2以及表E2或E3给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比增加或更高时，所述量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一种或多种基因(包括EZH2以及表E2A、1a或4a给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比增加或更高时，所述量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括T细胞标记基因(如CD3E)以及表E4或E5给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括表E2B、2a或3a给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因(包括T细胞标记基因(如CD3E)以及表E4或E5给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比降低或更低时，所述量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一种或多种基因(包括表E3B、2a或3a给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比降低或更低时，所述量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。
在一些实施方案中，基于受试者中基因转录或蛋白质表达的量或水平，将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者中基因转录或蛋白质表达的量或水平，将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后3个月不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括EZH2以及表E2或E3给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括EZH2以及表E2A、1a或4a给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括PDCD1、LAG3、TIGIT、KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21)的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因(包括EZH2以及表E2或E3给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比降低或更低时，所述量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一种或多种基因(包括表E2A、1a或4a给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比降低或更低时，所述量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括T细胞标记基因(如CD3E)以及表E4或E5给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因(包括表E2B给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比增加或更高时，所述量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因(包括表2a或3a给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一种或多种基因(包括表2a或3a给出的那些)的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比增加或升高时，所述量或水平将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。
在一些实施方案中，一个或多个基因集(包括表E2或E3给出的那些)的表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E2A、1a或4a给出的一个或多个基因集的表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因集(包括EZH2以及表E2或E3给出的那些)的表达上调时，所述表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因集(包括EZH2以及表E2A、1a或4a给出的那些)的表达上调时，所述表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因集(包括表E4或E5给出的那些)的表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因集(包括表E2B、2a或3a给出的那些)的表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因集(包括表E4或E5给出的那些)的表达下调时，所述表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因集(包括表E3B、2a或3a给出的那些)的表达下调时，所述表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者中的表达，将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因集(包括表E2或E3给出的那些)的表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因集(包括表E2A、1a或4a给出的那些)的表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因集(包括表E2或E3给出的那些)的表达下调时，所述表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因集(包括表E2A、1a或4a给出的那些)的表达下调时，所述表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因集(包括表E4或E5给出的那些)的表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因集(包括表E2B给出的)的表达上调时，所述表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，一个或多个基因集(包括表2a或3a给出的那些)的表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在一个或多个基因集(包括表2a或3a给出的那些)的表达上调时，所述表达将受试者鉴定为在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后不具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的概率或可能性。
在一些实施方案中，不向具有滤泡性淋巴瘤(FL)或具有表现出或继续表现出FL的较高的、升高的和/或增加的风险的受试者施用EZH2抑制剂以治疗FL或预防、延迟或减弱FL或FL的风险。在一些实施方案中，不向具有滤泡性淋巴瘤(FL)样治疗前肿瘤基因表达特征或具有表现出或继续表现出FL的较高的、升高的和/或增加的风险的受试者施用EZH2抑制剂以治疗、预防、延迟或减弱癌症，如DLBCL。在一些实施方案中，向具有弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)或具有继续表现出DLBCL的较高的、升高的和/或增加的风险的受试者施用EZH2抑制剂以治疗、预防、延迟或减弱DLBCL或DLBCL的风险。在一些实施方案中，向具有DLBCL样治疗前肿瘤基因表达的受试者施用EZH2抑制剂以治疗、预防、延迟或减弱癌症，如DLBCL。因此，在一些实施方案中，本文提供了组合疗法，其包括施用免疫疗法或细胞疗法以及EZH2抑制剂以治疗、预防、延迟或减弱DLBCL的出现或出现DLBCL的风险。还提供了包含一种或多种所述药剂的组合物和配制品，例如，药物配制品。
在一些实施方案中，本文提供的方法允许选择受试者进行组合疗法，例如，施用免疫疗法或细胞疗法以及EZH2抑制剂用于治疗DLBCL或预防、延迟、减少或减弱DLBCL的出现或出现DLBCL的风险，所述方法是通过鉴定具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的风险、概率或可能性的受试者来进行。在一些实施方案中，在以下时间施用所述EZH2抑制剂以治疗DLBCL：(i)在开始向受试者施用免疫疗法或细胞疗法之前，(ii)在开始向受试者施用免疫疗法或细胞疗法一天、两天或三天内，(iii)与开始向受试者施用免疫疗法或细胞疗法并行，和/或(iv)在开始向受试者施用免疫疗法或细胞疗法之后。
在一些实施方案中，不向受试者施用或提供EZH2抑制剂，所述EZH2抑制剂能够治疗DLBCL或预防、延迟、减少或减弱DLBCL的出现或出现DLBCL的风险。在一些实施方案中，在开始施用所述免疫疗法或细胞疗法之前的时间段，不向受试者施用或提供所述EZH2抑制剂。在一些实施方案中，所述时间段是在施用所述免疫疗法或细胞疗法之前为或为约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天，和/或为或为约1、2、3、4、5、6周或长于6周。在一些实施方案中，在施用所述免疫疗法或细胞疗法之前，在受试者表现出DLBCL的体征或症状之前(或除非受试者表现出所述体征或症状)，不向受试者施用或提供所述EZH2抑制剂。
在一些实施方案中，在施用所述免疫疗法或细胞疗法之前，向受试者施用或提供EZH2抑制剂以治疗受试者的DLBCL，所述EZH2抑制剂能够治疗DLBCL或预防、延迟、减少或减弱DLBCL的出现或出现DLBCL的风险。在一些实施方案中，已经确定所述受试者具有DLBCL或具有DLBCL的较高的、增加的或升高的风险。在一些实施方案中，在开始施用所述免疫疗法或细胞疗法之前的时间段内，如在施用所述免疫疗法或细胞疗法之前为或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15天内和/或为或约1、2、3、4、5、6周或长于6周内，向受试者施用或提供EZH2抑制剂。在一些实施方案中，在DLBCL的首次体征或症状时，向受试者施用或提供所述EZH2抑制剂。
在一些实施方案中，基于受试者中基因转录或蛋白质表达的量或水平，将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E2或E3给出的一个或多个基因的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在表E2或E3给出的一个或多个基因的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比增加或更高时，所述量或水平将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E4或E5给出的一个或多个基因的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在表E4或E5给出的一个或多个基因的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比降低或更低时，所述量或水平将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者中的基因集表达，将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E2或E3给出的一个或多个基因集的表达将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在表E2或E3给出的一个或多个基因集的表达上调时，所述表达将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E4或E5给出的一个或多个基因集的表达将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在表E4或E5给出的一个或多个基因集的表达下调时，所述表达将受试者鉴定为具有DLBCL或具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。
在一些实施方案中，基于受试者中基因转录或蛋白质表达的量或水平，将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E2或E3给出的一个或多个基因的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在表E2或E3给出的一个或多个基因的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比降低或更低时，所述量或水平将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E4或E5给出的一个或多个基因的基因转录或蛋白质表达的量或水平将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在表E4或E5给出的一个或多个基因的基因转录或蛋白质表达的量或水平与对照值相比增加或更高时，所述量或水平将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者中基因集表达的量或水平，将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E2或E3给出的一个或多个基因集的表达将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在表E2或E3给出的一个或多个基因集的表达下调时，所述表达将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，表E4或E5给出的一个或多个基因集的表达将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。在一些实施方案中，在表E4或E5给出的一个或多个基因集的表达上调时，所述表达将受试者鉴定为不具有DLBCL或不具有出现或经历DLBCL的可能性和/或增加的概率或可能性。
在一些实施方案中，本文提供的方法允许选择受试者进行组合疗法，例如，施用免疫疗法或细胞疗法以及EZH2抑制剂用于治疗疾病进展(PD)或预防、延迟、减少或减弱在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后PD的出现或出现PD的风险，所述方法是通过鉴定在施用所述免疫疗法或细胞疗法之后具有出现或经历疾病进展(PD)的可能性和/或增加的风险、概率或可能性的受试者来进行。在一些实施方案中，在以下时间施用所述EZH2抑制剂：(i)在开始向受试者施用所述免疫疗法或细胞疗法之前，(ii)在开始向受试者施用所述免疫疗法或细胞疗法一天、两天或三天内，(iii)与开始向受试者施用所述免疫疗法或细胞疗法并行，和/或(iv)在开始向受试者施用所述免疫疗法或细胞疗法之后。
在一些实施方案中，基于受试者的EZH2遗传状态或表达水平，将受试者鉴定为在施用免疫疗法或细胞疗法之后具有PD或具有表现出PD的增加的风险、概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者的EZH2遗传状态或EZH2基因的表达水平，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者的EZH2基因的表达水平，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者的EZH2基因的过表达，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者的EZH2遗传状态，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者在EZH2基因中具有突变，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些情况下，EZH2突变是功能获得性突变。在一些情况下，功能获得性突变是以下中的一个或多个：Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M。
在一些实施方案中，基于受试者在受试者细胞中的H3K27的甲基化状态，将受试者鉴定为在施用免疫疗法或细胞疗法之后具有PD或具有表现出PD的增加的风险、概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者细胞中的H3K27的甲基化状态，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者癌细胞中的H3K27的甲基化状态，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者细胞中的H3K27的三甲基化状态，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者癌细胞中的H3K27的三甲基化状态，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者细胞中的H3K27的增加的三甲基化状态，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者癌细胞中的H3K27的增加的三甲基化状态，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。
在一些实施方案中，基于受试者患有滤泡性淋巴瘤(FL)，将受试者鉴定为在施用免疫疗法或细胞疗法之后不具有PD或不具有表现出PD的增加的风险、概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者具有治疗前FL样肿瘤基因表达特征，将受试者鉴定为在施用免疫疗法或细胞疗法之后不具有PD或不具有表现出PD的增加的风险、概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者患有FL，如新诊断的滤泡性淋巴瘤、难治性滤泡性淋巴瘤或3B级滤泡性淋巴瘤(FL3B)，不选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者不患有弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，不选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者患有FL且不患有DLBCL，不选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者具有治疗前FL样肿瘤基因表达特征且不具有治疗前DLBCL样肿瘤基因表达特征，不选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。
在一些实施方案中，基于受试者患有弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，将受试者鉴定为在施用免疫疗法或细胞疗法之后具有PD或具有表现出PD的增加的风险、概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者具有治疗前DLBCL样肿瘤基因表达特征，将受试者鉴定为在施用免疫疗法或细胞疗法之后具有PD或具有表现出PD的增加的风险、概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者患有弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者具有治疗前DLBCL样肿瘤基因表达特征，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者不患有滤泡性淋巴瘤(FL)，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者患有DLBCL且不患有FL，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者患有DLBCL，如生发中心B细胞(GCB)或活化B细胞(ABC)DLBCL，将受试者鉴定为在施用免疫疗法或细胞疗法之后具有PD或具有表现出PD的增加的风险、概率或可能性。在一些实施方案中，基于受试者患有弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，如生发中心B细胞(GCB)DLBL或活化B细胞(ABC)DLBCL，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者患有GCB DLBCL，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者不患有ABC DLBCL，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。在一些实施方案中，基于受试者患有GCBDLBCL且不患有ABC DLBCL，选择受试者进行EZH2的抑制剂的治疗。
IV.组合、制品和试剂盒
还提供了制品，所述制品含有EZH2的抑制剂以及用于免疫疗法或细胞疗法的组分(例如，抗体或其抗原结合片段，或T细胞疗法，例如工程化细胞)和/或其组合物。所述制品可以包括容器和在所述容器上或与所述容器相连的标签或包装说明书。合适的容器包括例如瓶子、小瓶、注射器、IV溶液袋等。所述容器可以由多种材料如玻璃或塑料形成。在一些实施方案中，所述容器容纳组合物，所述组合物自身或与另一种组合物组合地有效治疗、预防和/或诊断病症。在一些实施方案中，所述容器具有无菌接入端口。示例性容器包括静脉内溶液袋、小瓶(包括具有可被注射针刺穿的塞子的那些)或用于口服施用剂的瓶子或小瓶。标签或包装说明书可以指示，将组合物用于治疗疾病或病症。
所述制品可以包括(a)其中含有组合物的第一容器，其中所述组合物包括用于免疫疗法(例如T细胞疗法)的工程化细胞；和(b)其中含有组合物的第二容器，其中所述组合物包括EZH2的抑制剂。
所述制品可以包括(a)其中各自含有组合物的第一容器和第二容器，其中所述组合物包括用于免疫疗法(例如T细胞疗法)的工程化细胞；和(b)其中含有组合物的第三容器，其中所述组合物包括EZH2的抑制剂。
在一些实施方案中，所述第一容器包含第一组合物和第二组合物，其中所述第一组合物包含用于免疫疗法的工程化细胞的第一群体(例如CD4+T细胞疗法)，并且所述第二组合物包含工程化细胞的第二群体，其中所述第二群体可以与所述第一群体分开进行工程化(例如CD8+T细胞疗法)。在一些实施方案中，所述第一和第二细胞组合物含有确定比率的工程化细胞(例如CD4+和CD8+细胞)(例如，1:1比率的CD4+:CD8+CAR+T细胞)。
所述制品还可以包括包装说明书，其指示组合物可以用于治疗特定病症。可替代地或另外地，所述制品还可以包括另一种或相同的容器，所述另一种或相同的容器包含药学上可接受的缓冲剂。所述容器还可以包括其他材料，如其他缓冲剂、稀释剂、过滤器、针和/或注射器。
V.定义
除非另有定义，否则本文使用的所有技术术语、符号以及其他技术和科学术语或用辞意图具有与所要求保护的主题所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。在一些情形中，为了清楚和/或为了便于引用而在本文中定义具有通常理解的含义的术语，并且本文中包含此类定义不一定应当被解释为代表与本领域通常所理解的含义有实质性差异。
术语“多肽”与“蛋白质”可互换使用以指代氨基酸残基的聚合物，并且不限于最小长度。多肽(包括所提供的受体和其他多肽，例如接头或肽)可以包括氨基酸残基，包括天然和/或非天然氨基酸残基。所述术语还包括多肽的表达后修饰，例如糖基化、唾液酸化、乙酰化和磷酸化。在一些方面，所述多肽可以含有关于自然或天然序列的修饰，只要蛋白质维持所需活性即可。这些修饰可能是故意的(例如通过定点诱变)，或者可能是偶然的(例如通过产生所述蛋白质的宿主的突变或由于PCR扩增引起的错误)。
如本文所用，“受试者”是哺乳动物，如人或其他动物，并且通常是人。在一些实施方案中，向其施用EZH2的抑制剂、工程化细胞或组合物的受试者(例如，患者)是哺乳动物，通常是灵长类动物，如人。在一些实施方案中，所述灵长类动物是猴或猿。所述受试者可以是雄性或雌性，并且可以是任何合适的年龄，包括婴儿、幼年、青少年、成年和老年受试者。在一些实施方案中，所述受试者是非灵长类哺乳动物，如啮齿动物。
如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变体，如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指疾病或病症或障碍或者与之相关的症状、不利影响或结果或表型的完全或部分改善或减轻。理想的治疗效果包括但不限于预防疾病的发生或复发、症状的缓解、疾病的任何直接或间接病理后果的减少、预防转移、降低疾病进展的速度、改善或缓解疾病状态以及缓解或改善预后。所述术语并不意味着完全治愈疾病或完全消除任何症状或对所有症状或结果的一种或多种影响。
如本文所用，“延迟疾病的发展”意指推迟、阻碍、减缓、延缓、稳定、抑制和/或延期疾病(如癌症)的发展。此延迟可以具有不同的时间长度，这取决于病史和/或所治疗的个体。在一些实施方案中，足够或显著的延迟实际上可以涵盖预防，因为个体不会患上疾病。例如，可能延迟晚期癌症，如转移的发展。
如本文所用，“预防”包括提供关于受试者的疾病的发生或复发的预防，所述受试者可能易患所述疾病但尚未被诊断患有所述疾病。在一些实施方案中，所提供的细胞和组合物用于延迟疾病的发生或延缓疾病的进展。
如本文所用，当与除了目的条件或参数以外其他都相同的条件相比时，或者可替代地，如与另一种条件相比，“抑制”功能或活性是降低功能或活性。例如，与不存在所述细胞的情况下的肿瘤生长速率相比，抑制肿瘤生长的细胞降低肿瘤的生长速率。
在施用的情况下，药剂(例如，工程化细胞或EZH2的抑制剂)或其药物配制品或组合物的“有效量”是指在必要的剂量/量下和必要的时间段内有效实现所需结果(如治疗或预防结果)的量。
药剂(例如，工程化细胞或EZH2的抑制剂)或其药物配制品或组合物的“治疗有效量”是指在必要的剂量下和必要的时间段内有效实现如疾病、病症或障碍的治疗的所需治疗结果和/或所述治疗的药代动力学或药效学效果的量。治疗有效量可以根据诸如以下的因素而变化：疾病状态、受试者的年龄、性别和体重和所施用的细胞群。在一些实施方案中，所提供的方法涉及以有效量(例如，治疗有效量)施用细胞和/或组合物。在一些实施方案中，所提供的方法涉及以有效量(例如，治疗有效量)施用EZH2的抑制剂、工程化细胞(例如细胞疗法)或组合物。“预防有效量”是指在必要剂量下和必要时间段内有效实现所需预防结果的量。通常但不是必须的，因为预防剂量是在疾病之前或早期在受试者体内使用的，所以预防有效量将小于治疗有效量。在肿瘤负荷较低的情况下，在一些方面，预防有效量将高于治疗有效量。
“药学上可接受的载体”是指药物配制品中除了活性成分之外对受试者无毒的成分。药学上可接受的载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
如本文所用的术语“约”是指本技术领域的技术人员容易知道的相应值的常用误差范围。本文提及“约”某一值或参数时包括(并描述)涉及该值或参数本身的实施方案。
除非上下文另有明确规定，否则如本文所用，单数形式“一个/一种(a)”、“一个/一种(an)”和“所述(the)”包括复数指代物。例如，“一个/一种(a)”或“一个/一种(an)”意指“至少一个/至少一种”或“一个或多个/一种或多种”。应理解，本文描述的方面和变化包括“由方面和变化组成”和/或“基本上由方面和变化组成”。
在整个本公开文本中，要求保护的主题的各个方面以范围形式呈现。应当理解的是，范围形式的描述仅仅是为了方便和简洁，并且不应当被解释为对所要求保护的主题的范围的不能转变的限制。因此，应当认为范围的描述具体公开了所有可能的子范围以及该范围内的各个数值。例如，在提供值的范围的情况下，应理解，在该范围的上限和下限之间的每个中间值以及在所陈述范围内的任何其他所述值或中间值都涵盖在所要求保护的主题内。这些较小范围的上限和下限可以独立地被包括在所述较小范围内，并且也涵盖在所要求保护的主题内，受制于在所陈述范围内任何确切排除的限制。在所陈述范围包括所述限值中的之一或两者的情况下，排除那些所包括限值中的任何一个或两个的范围也被包括在所要求保护的主题内。无论范围的宽度如何，这都适用。
如本文所用，组合物是指两种或更多种产物、物质或化合物(包括细胞)的任何混合物。它可以是溶液、悬浮液、液体、粉末、糊剂、水性的、非水性的或其任何组合。
如本文所用，当提及一种或多种特定细胞类型或细胞群时，“富集”是指例如与所述组合物中的总细胞数或组合物体积相比，或者相对于其他细胞类型，如通过基于所述群体或细胞表达的标记的阳性选择，或通过基于在要耗尽的所述细胞群或细胞上不存在的标记的阴性选择，增加所述细胞类型或群体的数量或百分比。所述术语不需要从组合物完全去除其他细胞、细胞类型或群体，并且不需要如此富集的细胞在被富集组合物中以等于或甚至接近100％存在。
如本文所用，细胞或细胞群体针对特定标记呈“阳性”的陈述是指，特定标记(通常是表面标记)在细胞上或细胞中的可检测存在。当提及表面标记时，所述术语是指如通过流式细胞术(例如通过用特异性地结合至所述标记的抗体染色并检测所述抗体)所检测的表面表达的存在，其中所述染色可通过流式细胞术以如下水平检测到：显著高于在其他都相同的条件下用亚型匹配的对照或荧光减一(FMO)门控对照通过实施相同程序检测到的染色的水平，和/或与已知对所述标记呈阳性的细胞的水平基本上相似的水平，和/或显著高于已知对所述标记呈阴性的细胞的水平的水平。
如本文所用，细胞或细胞群体对特定标记呈“阴性”的陈述是指，特定标记(通常是表面标记)在细胞上或细胞中不存在基本上可检测的存在。当提及表面标记时，所述术语是指如通过流式细胞术(例如通过用特异性地结合至所述标记的抗体染色并检测所述抗体)所检测的表面表达的不存在，其中所述染色未通过流式细胞术以如下水平检测到：显著高于在其他都相同的条件下用亚型匹配的对照或荧光减一(FMO)门控对照通过实施相同程序检测到的染色的水平，和/或显著低于已知对所述标记呈阳性的细胞的水平的水平，和/或与已知对所述标记呈阴性的细胞的水平基本上相似的水平。
如本文所用，术语“载体”是指能够传播与其连接的另一核酸的核酸分子。所述术语包括作为自我复制核酸结构的载体以及掺入已将其引入的宿主细胞基因组中的载体。某些载体能够引导与它们可操作地连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。
如本文所用，组合物是指两种或更多种产物、物质或EZH2的抑制剂(包括细胞)的任何混合物。它可以是溶液、悬浮液、液体、粉末、糊剂、水性的、非水性的或其任何组合。
如本文所用，“受试者”是哺乳动物，如人或其他动物，并且通常是人。
VI.示例性实施方案
所提供的实施方案包括：
1.一种治疗癌症的方法，所述方法包括：
(1)向患有癌症的受试者施用细胞疗法，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原；和
(2)向所述受试者施用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂。
2.一种治疗癌症的方法，所述方法包括向患有癌症的受试者施用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂，其中所述受试者是被施用细胞疗法的候选者或已经被施用细胞疗法，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原。
3.一种治疗受试者的癌症的方法，所述方法包括向患有癌症的受试者施用细胞疗法，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，其中所述受试者被施用或将要被施用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂。
4.根据实施方案1-3中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前开始施用所述EZH2抑制剂。
5.根据实施方案1-4中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约4周与开始施用所述细胞疗法之前约1周之间开始施用所述EZH2抑制剂。
6.根据实施方案1-3中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约14天与开始施用所述细胞疗法之后为或约14天之间的时间开始施用所述抑制剂。
7.根据实施方案1-4中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之后为或约7天之间的时间开始施用所述抑制剂。
8.根据实施方案1-3中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之后为或约1天之间的时间开始施用所述抑制剂。
9.根据实施方案1-4中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天、为或约5天、为或约3天、为或约2天、或为或约1天开始施用所述抑制剂。
10.根据实施方案1-4和6-8中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之前为或约2天之间的时间开始施用所述抑制剂。
11.根据实施方案1-4和6-10中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约5天内或约5天开始施用所述抑制剂。
12.根据实施方案1-4和6-11中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约2天内或约2天开始施用所述抑制剂。
13.根据实施方案1-4、6-9、11和12中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约1天内或约1天开始施用所述抑制剂。
14.根据实施方案1-5和9-13中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少7天、之前至少5天、之前至少2天、或之前至少1天停止施用所述EZH2抑制剂。
15.根据实施方案1-13中任一项所述的方法，其中所述给药方案中的至少一个剂量的EZH2抑制剂与所述细胞疗法并行施用和/或与所述细胞疗法在同一天施用。
16.根据实施方案1-15中任一项所述的方法，其中所述方法增加能够浸润受试者中的肿瘤微环境(TME)的表达CAR的T细胞的数量。
17.根据实施方案1-16中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法包含对于所述受试者是自体的细胞。
18.根据实施方案1-17中任一项所述的方法，其中从所述受试者收集包含对于所述受试者是自体的细胞的生物样品，任选地其中所述生物样品是或包含单采术产物。
19.根据实施方案18所述的方法，其中所述细胞疗法的T细胞源自所述生物样品的自体细胞。
20.根据实施方案1-19中任一项所述的方法，其中在开始施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。
21.根据实施方案18-20中任一项所述的方法，其中在收集所述生物样品之后并且在开始施用所述EZH2抑制剂和/或所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。
22.根据实施方案20或实施方案21所述的方法，其中在开始施用所述细胞疗法之前2与7天之间结束所述淋巴细胞清除疗法。
23.根据实施方案20-22中任一项所述的方法，其中在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前向所述受试者施用所述EZH2抑制剂，任选地其中在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前以及直到开始施用所述淋巴细胞清除疗法向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。
24.根据实施方案20-23中任一项所述的方法，其中在结束施用所述淋巴细胞清除疗法之后向所述受试者施用所述EZH2抑制剂，任选地其中在结束所述淋巴细胞清除疗法之后恢复所述EZH2抑制剂的施用。
25.根据实施方案1-24中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约5x108个总CAR表达T细胞；约1x105个总CAR表达T细胞至约2x108个总CAR表达T细胞；约1x106个总CAR表达T细胞至约1x108个总CAR表达T细胞；或约1x106个总CAR表达T细胞至约5x107个总CAR表达T细胞。
26.根据实施方案1-24中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约5x108个总CAR表达T细胞。
27.根据实施方案1-25中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法富集CD3+、CD4+、CD8+T细胞或CD4+和CD8+T细胞。
28.根据实施方案1-27中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法富集CD4+和CD8+T细胞。
29.根据实施方案28所述的方法，其中所述细胞疗法的CD4+和CD8+T细胞包含限定比率的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞和/或CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间。
30.根据实施方案1-29中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法富集CD4+和CD8+T细胞，其中所述细胞疗法的施用包括施用多种单独的组合物，所述多种单独的组合物包括包含或富集CD8+T细胞的第一组合物以及包含或富集CD4+T细胞的第二组合物。
31.根据实施方案30所述的方法，其中：
所述第一和第二组合物中的一者中的CD4+CAR表达T细胞与所述第一和第二组合物中的另一者中的CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间；和/或
所述第一和第二组合物中的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间。
32.根据实施方案1-31中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法包括施用从或从约1x105个至5x108个总CAR表达T细胞、从或从约1x106个至2.5x108个总CAR表达T细胞、从或从约5x106个至1x108个总CAR表达T细胞、从或从约1x107个至2.5x108个总CAR表达T细胞、或从或从约5x107个至1x108个总CAR表达T细胞，每个数值均包含端值。
33.根据实施方案1-32中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法包括施用至少或至少约1x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x108个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x108个表达CAR的T细胞、或至少或至少约5x108个表达CAR的T细胞。
34.根据实施方案1-33中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法包括施用为或约5x107个总CAR表达T细胞。
35.根据实施方案1-33中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法包括施用为或约1x108个表达CAR的细胞。
36.根据实施方案1-35中任一项所述的方法，其中所述CAR包含特异性地结合所述抗原的细胞外抗原识别结构域和包含ITAM的细胞内信号传导结构域。
37.根据实施方案1-36中任一项所述的方法，其中所述抗原是肿瘤抗原或在所述癌症的细胞上表达。
38.根据实施方案1-37中任一项所述的方法，其中所述抗原选自αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C-C基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFR vIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样蛋白5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(GPC3)、G蛋白偶联受体5D(GPRC5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-A1)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Rα)、IL-13受体α2(IL-13Rα2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、Lewis Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、间皮素(MSLN)、c-Met、鼠巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、酪氨酸酶相关蛋白1(TRP1，也称为TYRP1或gp75)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP2，也称为多巴色素互变异构酶、多巴色素δ异构酶或DCT)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT-1)。
39.根据实施方案1-38中任一项所述的方法，其中所述抗原选自CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。
40.根据实施方案1-39中任一项所述的方法，其中所述抗原是CD19。
41.根据实施方案36-40中任一项所述的方法，其中所述细胞内信号传导结构域包含CD3-zeta(CD3ζ)链的细胞内结构域。
42.根据实施方案36-41中任一项所述的方法，其中所述细胞内信号传导区还包含共刺激信号传导区。
43.根据实施方案42所述的方法，其中所述共刺激信号传导区包含CD28或4-1BB、任选地人CD28或人4-1BB的信号传导结构域。
44.根据实施方案42或实施方案43所述的方法，其中所述共刺激结构域是或包含4-1BB的信号传导结构域。
45.根据实施方案42或实施方案43所述的方法，其中所述共刺激结构域是或包含CD28的信号传导结构域。
46.根据实施方案1-45中任一项所述的方法，其中所述方法包括在开始施用所述抑制剂之前，从所述受试者收集包含对于所述受试者是自体的细胞的生物样品。
47.根据实施方案46所述的方法，其中来自所述受试者的所述生物样品是或包含全血样品、血沉棕黄层样品、外周血单个核细胞(PBMC)样品、未分级的T细胞样品、淋巴细胞样品、白细胞样品、单采术产物或白细胞单采术产物。
48.根据实施方案47所述的方法，其中所述生物样品是单采术产物。
49.根据实施方案1-48中任一项所述的方法，其中所述方法包括在施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除剂或疗法。
50.根据实施方案49所述的方法，其中在所述淋巴细胞清除疗法结束之后，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。
51.根据实施方案49或实施方案50所述的方法，其中在开始施用所述细胞疗法之前的2与7天之间完成所述淋巴细胞清除疗法。
52.根据实施方案20-51中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和/或环磷酰胺。
53.根据实施方案20-52中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为约200-400mg/m2、任选地为或约300mg/m2的环磷酰胺(包含端值)；和/或为约20-40mg/m2、任选地30mg/m2的氟达拉滨，持续2-4天、任选地持续3天，或者其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用为约500mg/m2的环磷酰胺。
54.根据实施方案20-53中任一项所述的方法，其中：
所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约300mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天；和/或
所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约500mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天。
55.根据实施方案1-4和5-54中任一项所述的方法，其中开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之前为或约5天内进行。
56.根据实施方案1-4、6-12和14-55中任一项所述的方法，其中开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之前为或约2天内进行。
57.根据实施方案1-4和6-57中任一项所述的方法，其中开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之前为或约1天内进行。
58.根据实施方案1-3、6-8和15-5739中任一项所述的方法，其中开始施用所述抑制剂是与开始施用所述细胞疗法并行进行或在同一天进行。
59.根据实施方案1-3、6、7和16-54中任一项所述的方法，其中开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后不超过2天进行，任选地其中开始施用所述抑制剂是在开始施用所述细胞疗法之后1天内进行。
60.根据实施方案1-59中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约800mg所述抑制剂。
61.根据实施方案1-59中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约1600mg所述抑制剂。
62.根据实施方案1-59中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约2400mg所述抑制剂。
63.根据实施方案1-62中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的剂量是在为或约100mg与为或约1600mg之间、在为或约100mg与为或约1200mg之间、在为或约100mg与为或约800mg之间、在为或约100mg与为或约400mg之间、在为或约100mg与为或约200mg之间、在为或约200mg与为或约1600mg之间、在为或约200mg与为或约1200mg之间、在为或约200mg与为或约800mg之间、在为或约200mg与为或约400mg之间、在为或约400mg与为或约1600mg之间、在为或约400mg与为或约1200mg之间、在为或约400mg与为或约800mg之间、在为或约800mg与为或约1600mg之间、在为或约800mg与为或约1200mg之间、在为或约1200mg与为或约1600mg之间的抑制剂的量，每个数值均包含端值。
64.根据实施方案1-63中任一项所述的方法，其中所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括一个或多个剂量的所述抑制剂，并且剂量在为或约100mg与为或约1600mg之间。
65.根据实施方案1-64中任一项所述的方法，其中所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天两个剂量(每天两次给药)。
66.根据实施方案1-65中任一项所述的方法，其中所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天三个剂量(每天三次给药)。
67.根据实施方案63-66中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量在为或约100mg与为或约1600mg之间，包含端值。
68.根据实施方案63-67中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量在为或约200mg与为或约1200mg之间，包含端值。
69.根据实施方案63-68中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量在为或约400mg与为或约800mg之间，包含端值。
70.根据实施方案63-69中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量是为或约400mg。
71.根据实施方案63-69中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每天两次给药的每个剂量是为或约800mg。
72.根据实施方案1-71中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达三个月。
73.根据实施方案1-71中任一项所述的方法，其中所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达两个月。
74.根据实施方案1-71中任一项所述的方法，其中所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达1个月。
75.根据实施方案1-74中任一项所述的方法，其中所述给药方案包括施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，直到所述受试者表现出完全反应或直到所述受试者表现出疾病进展。
76.根据实施方案1-74中任一项所述的方法，其中所述给药方案包括如果所述受试者表现出临床缓解，则中断所述EZH2抑制剂的施用。
77.根据实施方案1-76中任一项所述的方法，其中所述抑制剂抑制野生型EZH2和/或突变型EZH2。
78.根据实施方案1-77中任一项所述的方法，其中所述抑制剂抑制野生型EZH2。
79.根据实施方案1-478中任一项所述的方法，其中所述抑制剂抑制突变型EZH2，任选地其中所述突变是功能获得性突变。
80.根据实施方案77-79中任一项所述的方法，其中EZH2包含选自Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M的一个或多个突变。
81.根据实施方案77-80中任一项所述的方法，其中所述突变增加组蛋白3在赖氨酸27处的三甲基化。
82.根据实施方案1-81中任一项所述的方法，其中所述抑制剂以针对野生型和/或突变型EZH2的半最大抑制浓度(IC50)抑制EZH2，所述IC50为小于或小于约1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM、10nM、或小于或小于约5nM。
83.根据实施方案1-82中任一项所述的方法，其中所述EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低于EZH1的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)，任选地低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
84.根据实施方案1-83中任一项所述的方法，其中所述抑制剂选自他泽司他(EPZ-6438)、CPI-1205、GSK343、GSK126和伐美妥司他(DS-3201b)。
85.根据实施方案1-84中任一项所述的方法，其中所述抑制剂是他泽司他(EPZ-6438)。
86.根据实施方案1-84中任一项所述的方法，其中所述抑制剂是CPI-1205。
87.根据实施方案1-86中任一项所述的方法，其中所述癌症是实体瘤。
88.根据实施方案87所述的方法，其中所述实体瘤是膀胱癌、乳腺癌、黑色素瘤、或前列腺癌。
89.根据实施方案87或实施方案88所述的方法，其中所述实体瘤是前列腺癌。
90.根据实施方案89所述的方法，其中所述前列腺癌是去势抵抗性前列腺癌(CRPC)。
91.根据实施方案1-86中任一项所述的方法，其中所述癌症是血液恶性肿瘤。
92.根据实施方案1-86或91中任一项所述的方法，其中所述癌症是B细胞恶性肿瘤。
93.根据实施方案1-86、91或92中任一项所述的方法，其中所述癌症是骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。
94.根据实施方案1-86或91-93中任一项所述的方法，其中所述癌症是急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、成人ALL、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、大B细胞淋巴瘤。
95.根据实施方案1-86或91-94中任一项所述的方法，其中所述癌症是非霍奇金淋巴瘤(NHL)。
96.根据实施方案9所述的方法，其中所述NHL是滤泡性淋巴瘤(FL)。
97.根据实施方案95所述的方法，其中所述NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。
98.根据实施方案97所述的方法，其中所述DLBCL是DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型。
99.根据实施方案1-95、97和98中任一项所述的方法，所述方法包括从患有DLBCL、任选地DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。
100.根据实施方案697所述的方法，其中所述DLBCL不是DLBCL的活化B细胞(ABC)亚型。
101.根据实施方案1-100中任一项所述的方法，其中所述受试者已经在使用治疗所述癌症的先前疗法治疗后在缓解后复发，或变得对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗是难治的，对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗经历失败，和/或对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗不耐受。
102.根据实施方案1-101中任一项所述的方法，其中所述癌症对仅使用所述细胞疗法的治疗具有抗性。
103.根据实施方案1-102中任一项所述的方法，其中所述癌症表现出EZH2的过表达和/或EZH2的表达，所述EZH2包括选自Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M的一个或多个突变，任选地其中所述突变是功能获得性突变。
104.根据实施方案1-103中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与不涉及施用所述抑制剂的方法相比，所述细胞疗法的表达CAR的T细胞到肿瘤微环境(TME)中的浸润增加。
105.根据实施方案1-104中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E4给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。
106.根据实施方案1-105中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E5给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。
107.根据实施方案1-106中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2B给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。
108.根据实施方案1-107中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。
109.根据实施方案1-108中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E3给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。
110.根据实施方案1-109中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2A给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。
111.根据实施方案1-110中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E4给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更上调或更少下调。
112.根据实施方案1-111中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E5给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更上调或更少下调。
113.根据实施方案1-112中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2B给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更上调或更少下调。
114.根据实施方案1-113中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更下调或更少上调。
115.根据实施方案1-114中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E3给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更下调或更少上调。
116.根据实施方案1-115中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2A给出的基因集的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更下调或更少上调。
117.根据实施方案1-116中任一项所述的方法，其中：
至少35％、至少40％或至少50％的根据所述方法治疗的受试者实现完全反应(CR)，所述CR是持久的，或者在至少60％、70％、80％、90％或95％的实现所述CR的受试者中是持久的，持续为或大于6个月或为或大于9个月；和/或
其中至少60％、70％、80％、90％或95％的截至六个月时实现CR的受试者保持反应，保持CR，和/或存活或无进展存活，持续为或大于3个月和/或为或大于6个月和/或为或大于九个月；和/或
至少50％、至少60％或至少70％的根据所述方法治疗的受试者实现客观反应(OR)，任选地其中所述OR是持久的，或者在至少60％、70％、80％、90％或95％的实现所述OR的受试者中是持久的，持续为或大于6个月或为或大于9个月；和/或
其中至少60％、70％、80％、90％或95％的截至六个月时实现OR的受试者保持反应或存活，持续为或大于3个月和/或为或大于6个月。
118.一种用T细胞疗法进行治疗的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)来自受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2、表E2所示的基因和/或表E2A所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)、表E4所示的基因和/或表E2B所示的基因，其中所述受试者患有或怀疑患有B细胞恶性肿瘤，并且其中一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；
(b)在以下情况下选择受试者进行T细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因的水平或量低于基因参考值；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量高于基因参考值；以及
(c)向所选患者施用T细胞疗法。
119.一种选择患有癌症的受试者以施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2、表E2所示的基因和/或表E2A所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)、表E4所示的基因和/或表E2B所示的基因，
其中一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，并且其中所述受试者将接受T细胞疗法的施用，并且在施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及
(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行EZH2抑制剂与T细胞疗法的组合的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值。
120.根据实施方案119所述的方法，所述方法还包括向所选受试者施用所述EZH2抑制剂与所述T细胞疗法的组合。
121.根据实施方案119所述的方法，其中如果不选择所述受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗，则仅向所述受试者施用所述T细胞疗法。
122.一种用T细胞疗法进行治疗的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)表E2和/或表E2A给出的一个或多个第一基因集在来自受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4和/或表E2B给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中所述受试者患有或怀疑患有B细胞恶性肿瘤；
(b)在以下情况下选择受试者进行T细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因集的表达下调；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因集的表达上调；以及
(c)向所选患者施用T细胞疗法。
123.一种选择患有癌症的受试者以施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)表E2和/或表E2A给出的一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4和/或表E2B给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，
其中所述受试者将接受T细胞疗法的施用，并且在施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及
(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行EZH2抑制剂与T细胞疗法的组合的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因集的水平或量上调；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调。
124.一种鉴定患有经预测对T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2、表E2所示的基因和/或表E2A所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)、表E4所示的基因和/或表E2B所示的基因，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，并且其中所述受试者是施用一定剂量的T细胞疗法的候选者，并且在向所述受试者施用所述一定剂量的T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及
(b)在以下情况下鉴定患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者：
(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值。
125.一种鉴定患有经预测对T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)表E2和/或表E2A给出的一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4和/或表E2B给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中所述受试者是施用一定剂量的T细胞疗法的候选者，并且在向所述受试者施用所述一定剂量的T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品；以及
(b)在以下情况下鉴定患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者：
(i)所述一个或多个第一基因集的表达上调；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调。
126.根据实施方案124或实施方案125所述的方法，其中如果将所述受试者鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症，则所述方法还包括向所鉴定的受试者施用替代性治疗，其中所述替代性治疗选自以下：包括所述T细胞疗法和调节或增加所述T细胞疗法的活性的另外的药剂的组合治疗；剂量增加的所述T细胞疗法；和/或化学治疗剂。
127.根据实施方案126所述的方法，其中所述替代性治疗是包括所述T细胞疗法和调节或增加所述T细胞疗法的活性的另外的药剂的组合治疗，任选地其中所述另外的药剂是免疫检查点抑制剂、代谢途径的调节剂、腺苷受体拮抗剂、激酶抑制剂、抗TGFβ抗体或抗TGFβR抗体、细胞因子和/或EZH2抑制剂。
128.根据实施方案126或实施方案127所述的方法，其中所述替代性治疗是包括所述T细胞疗法和EZH2抑制剂的组合治疗。
129.根据实施方案126所述的方法，其中所述替代性治疗是与给予如下受试者的所述细胞毒性疗法的剂量相比剂量增加的所述细胞毒性疗法，所述受试者未被鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症，任选地其中T细胞疗法包含表达重组受体的细胞，所述重组受体结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原。
130.根据实施方案128所述的方法，其中剂量增加的所述T细胞疗法包含与给予如下受试者的所述T细胞疗法的剂量相比数量增加的所述T细胞疗法的细胞，所述受试者未被鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症。
131.根据实施方案126所述的方法，其中所述替代性治疗是化学治疗剂，任选地其中所述化学治疗剂是环磷酰胺、多柔比星、泼尼松、长春新碱、氟达拉滨、苯达莫司汀和/或利妥昔单抗。
132.根据实施方案124或实施方案125所述的方法，其中如果所述受试者未被鉴定为患有经预测对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症，则仅向所述受试者施用所述T细胞疗法的剂量。
133.根据实施方案124-129中任一项所述的方法，所述方法还包括向所鉴定的受试者施用EZH2抑制剂。
134.一种用细胞疗法治疗癌症的方法，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：
(a)评估来自受试者的肿瘤活检样品中的：
(i)一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合；和/或
(ii)一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合，
其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；
(b)在以下情况下选择受试者进行所述细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因的水平或量低于基因参考值；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量高于基因参考值；以及
(c)向所选受试者施用所述细胞疗法。
135.一种用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂和细胞疗法治疗癌症的方法，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：
(a)评估来自受试者的肿瘤活检样品中的：
(i)一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合；和/或
(ii)一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合，
其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；
(b)在以下情况下选择受试者进行治疗：
(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值；以及
(c)向所选受试者施用所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法。
136.一种选择患有癌症的受试者以施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合；和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合，
其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；所述受试者将接受细胞疗法的施用，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，并且在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得所述肿瘤活检样品；以及
(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值。
137.根据实施方案118-136中任一项所述的方法，其中所述基因参考值在所述一个或多个基因于以下群体中的平均水平或量的25％内、20％内、15％内、10％内、或5％内：(a)未患所述癌症或B细胞恶性肿瘤的受试者群体，或(b)患有所述癌症或B细胞恶性肿瘤并被施用所述疗法的受试者群体，所述受试者在施用所述疗法后继续表现出部分反应(PR)或完全反应(CR)。
138.根据实施方案137所述的方法，其中患有所述癌症或B细胞恶性肿瘤的受试者群体在施用所述疗法后至少1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月或更长时间继续表现出PR或CR。
139.根据实施方案118-138中任一项所述的方法，其中在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，任选地在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得的生物样品中评估所述一个或多个第一基因和/或所述一个或多个第二基因的水平或量。
140.一种确定患有癌症的受试者对T细胞疗法的反应性的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自EZH2、表E2所示的基因和/或表E2A所示的基因，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自T细胞标记(任选地CD3ε)、表E4所示的基因和/或表E2B所示的基因，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品，并且其中所述受试者将接受所述T细胞疗法的治疗；
(b)评估(i)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第一基因的水平或量，和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之后从所述受试者第二次获得所述生物样品，并且其中在(b)中的所述评估之前，所述受试者已经被施用所述T细胞疗法；以及
(c)在以下情况下确定所述受试者对所述T细胞疗法有反应：
(i)第二次时所述一个或多个第一基因的水平或量低于第一次时所述一个或多个第一基因的水平或量；和/或
(ii)第二次时所述一个或多个第二基因的水平或量高于第一次时所述一个或多个第二基因的水平或量。
141.一种确定患有癌症的受试者对T细胞疗法的反应性的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)表E2和/或表E2A给出的一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)表E4和/或表E2B给出的一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之前从所述受试者获得所述生物样品，并且其中所述受试者将接受所述T细胞疗法的治疗；
(b)评估(i)一个或多个第一基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，和/或(ii)一个或多个第二基因集在来自所述受试者的生物样品中的表达，其中在向所述受试者施用所述T细胞疗法之后从所述受试者第二次获得所述生物样品，并且其中在(b)中的所述评估之前，所述受试者已经被施用所述T细胞疗法；以及
(c)在以下情况下确定所述受试者对所述T细胞疗法有反应：
(i)与第一次时所述一个或多个第一基因集的表达相比，第二次时所述一个或多个第一基因集的表达更下调或更少上调；和/或
(ii)与第一次时所述一个或多个第二基因集的表达相比，第二次时所述一个或多个第二基因集的表达更上调或更少下调。
142.根据实施方案140或实施方案141所述的方法，所述方法还包括在(b)中所述评估之前，向所述受试者施用所述T细胞疗法。
143.一种用细胞疗法治疗癌症的方法，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：
(a)评估(i)来自受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2；和/或(ii)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第二基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2；
(b)在以下情况下选择受试者进行所述细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因集的表达下调；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因集的表达上调；以及
(c)向所述患者施用所述细胞疗法。
144.一种用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂和细胞疗法治疗癌症的方法，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：
(a)评估(i)来自受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2；和/或(ii)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第二基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2；
(b)在以下情况下选择受试者进行所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因集的表达上调；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调；以及
(c)向所选患者施用所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法。
145.一种选择患有癌症的受试者以施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2；和/或(ii)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第二基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2，
其中所述受试者将接受细胞疗法的施用，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，并且在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得所述肿瘤活检样品；以及
(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因集的表达上调；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调。
146.根据实施方案141-145中任一项所述的方法，其中在所述生物样品中评估所述一个或多个第一基因集和/或所述一个或多个第二基因集的表达，在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，任选地在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时、之前6小时、之前2小时、或之前1小时内获得所述生物样品。
147.根据实施方案118-146中任一项所述的方法，其中在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前的时间，任选地在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时，之前6小时，之前2小时、或之前1小时内，从所述受试者获得所述生物样品和/或所述肿瘤活检样品。
148.根据实施方案118-140中任一项所述的方法，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的多核苷酸的水平或量。
149.根据实施方案118-140和148中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因是EZH2。
150.根据实施方案118-140、148和149中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因示于表E3中。
151.根据实施方案118-140和148-150中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因选自：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；及其组合。
152.根据实施方案118-140和148-151中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因选自：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；及其组合。
153根据实施方案118-140和148-152中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因选自：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39A GLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合。
154.根据实施方案118-140和148-153中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因是T细胞标记，任选地CD3ε。
155.根据实施方案118-140和148-154中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因示于表E5中。
156.根据实施方案118-140和148-155中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28、CCL21及其组合。
157.根据实施方案4118-140和148-156中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：PDCD1、LAG3、TIGIT及其组合。
158.根据实施方案118-140和148-157中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：FYN、TXK、ZBP1、TMEM71、KIAA1551及其组合。
159.根据实施方案118-140和148-158中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；长基因间非蛋白质编码RNA 239(LINC00239)；及其组合。
159.根据实施方案118-140和148-158中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合。
160.根据实施方案141-147中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因集由表E3给出。
161.根据实施方案141-147和160中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因集包含选自以下的多个基因：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
162.根据实施方案141-147、160和161中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因集包含选自以下的多个基因：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
163.根据实施方案141-147和160-162中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因集包含选自以下的多个基因：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39AGLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2。
164.根据实施方案141-147和160-163中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集由表E5给出。
165.根据实施方案141-147和160-164中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1和LINC00239。
166.根据实施方案141-147和160-165中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2。
167.根据实施方案141-147和160-166中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：FYN、TXK、ZBP1、TMEM71和KIAA1551。
168.根据实施方案141-147和160-167中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。
169.根据实施方案141-147和160-168中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：PDCD1、LAG3和TIGIT。
170.根据实施方案141-147和160-169中任一项所述的方法，其中所述多个基因包含在约2与约150个之间的基因、在约10与约150个之间的基因、在约20与约150个之间的基因、在约50与约150个之间的基因、在约100与约150个之间的基因、在约2至100个之间的基因、在约10与约100个之间的基因、在约20与约100个之间的基因、在约50与约100个之间的基因、在约2与约50个之间的基因、在约10与约50个之间的基因、在约20与约50个之间的基因、在约2与约20个之间的基因、在约10与约20个之间的基因、在约2与约10个之间的基因。
171.根据实施方案141-147和160-170中任一项所述的方法，其中基因集中的所述多个基因是为或约5个基因、为或约10个基因、为或约20个基因、为或约50个基因、为或约100个基因、或为或约150个基因。
172.根据实施方案141-147和160-171中任一项所述的方法，其中基因集表达通过包括基因集富集分析(GSEA)的方法来确定。
173.根据实施方案118-172中任一项所述的方法，其中如果向受试者施用EZH2抑制剂，则所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前开始施用所述EZH2抑制剂。
174.根据实施方案118-173中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约4周与开始施用所述细胞疗法之前约1周之间开始施用所述EZH2抑制剂。
175.根据实施方案118-171中任一项所述的方法，其中如果向受试者施用细胞疗法和EZH2抑制剂两者，则所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前为或约14天、为或约7天、或为或约1天与开始施用所述T细胞疗法之后为或约14天、为或约7天、或为或约1天之间的时间开始施用所述抑制剂。
176.根据实施方案118-171中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之后为或约7天之间的时间开始施用所述抑制剂。
177.根据实施方案176所述的方法，其中所述EZH2抑制剂的给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前为或约7天、为或约5天、为或约3天、为或约2天、或为或约1天开始施用所述抑制剂。
178.根据实施方案177所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约5天内或约5天开始施用所述抑制剂。
179.根据实施方案177所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约2天内或约2天开始施用所述抑制剂。
180.根据实施方案177所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前约1天内或约1天开始施用所述抑制剂。
181.根据实施方案118-173中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前至少7天、之前至少5天、之前至少2天、或之前至少1天停止施用所述EZH2抑制剂。
182.根据实施方案118-173中任一项所述的方法，其中开始施用所述抑制剂是与开始施用所述细胞疗法并行进行或在同一天进行。
183.根据实施方案118-180和182中任一项所述的方法，其中所述给药方案中的至少一个剂量的所述EZH2抑制剂与所述细胞疗法并行施用和/或与所述T细胞疗法在同一天施用。
184.根据实施方案118-183中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法包含对于所述受试者是自体的细胞。
185.根据实施方案118-184中任一项所述的方法，其中从所述受试者收集包含对于所述受试者是自体的细胞的生物样品，任选地其中所述生物样品是或包含单采术产物。
186.根据实施方案185所述的方法，其中所述细胞疗法的T细胞源自所述生物样品的自体细胞。
187.根据实施方案118-186中任一项所述的方法，其中在开始施用所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。
188.根据实施方案185-187中任一项所述的方法，其中在收集所述生物样品之后并且在开始施用所述EZH2抑制剂和/或所述细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。
189.根据实施方案187或实施方案188所述的方法，其中在开始施用所述细胞疗法之前2与7天之间结束所述淋巴细胞清除疗法。
190.根据实施方案118-189中任一项所述的方法，其中在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，任选地在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时，之前6小时，之前2小时、或之前1小时内，获得所述肿瘤活检样品。
191.根据实施方案187-190中任一项所述的方法，其中在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前向所述受试者施用所述EZH2抑制剂，任选地其中在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前以及直到开始施用所述淋巴细胞清除疗法向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。
192.根据实施方案187-191中任一项所述的方法，其中在结束施用所述淋巴细胞清除疗法之后向所述受试者施用所述EZH2抑制剂，任选地其中在结束所述淋巴细胞清除疗法之后恢复所述EZH2抑制剂的施用。
193.根据实施方案118-133、137-142和146-192中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法选自肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)疗法、内源T细胞疗法、转基因T细胞受体(TCR)疗法、T细胞接合疗法(其任选地是双特异性T细胞接合疗法(BiTE))以及表达重组受体的细胞疗法(其任选地是表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞疗法)。
194.根据实施方案118-193中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法包含一定剂量的表达重组受体的细胞，所述重组受体特异性地结合与所述癌症或B细胞恶性肿瘤的细胞相关的、由所述癌症或B细胞恶性肿瘤的细胞表达的或存在于所述癌症或B细胞恶性肿瘤的细胞上的抗原。
195.根据实施方案118-133、137-142和146-194中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞。
196.根据实施方案118-195中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约5x108个总CAR表达T细胞；约1x105个总CAR表达T细胞至约2x108个总CAR表达T细胞；约1x106个总CAR表达T细胞至约1x108个总CAR表达T细胞；或约1x106个总CAR表达T细胞至约5x107个总CAR表达T细胞。
197.根据实施方案118-196中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法富集CD3+、CD4+、CD8+T细胞或CD4+和CD8+T细胞。
198.根据实施方案118-197中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法富集CD4+和CD8+T细胞。
199.根据实施方案198所述的方法，其中所述T细胞疗法的CD4+和CD8+T细胞包含限定比率的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞和/或CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间。
200.根据实施方案118-199中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法富集CD4+和CD8+T细胞，其中所述T细胞疗法的施用包括施用多种单独的组合物，所述多种单独的组合物包括包含或富集CD8+T细胞的第一组合物以及包含或富集CD4+T细胞的第二组合物。
201.根据实施方案200所述的方法，其中：
所述第一和第二组合物中的一者中的CD4+CAR表达T细胞与所述第一和第二组合物中的另一者中的CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间；和/或
所述第一和第二组合物中的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞以限定比率存在，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间。
202.根据实施方案118-201中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法的施用包括施用从或从约1x105个至5x108个总CAR表达T细胞、从或从约1x106个至2.5x108个总CAR表达T细胞、从或从约5x106个至1x108个总CAR表达T细胞、从或从约1x107个至2.5x108个总CAR表达T细胞、或从或从约5x107个至1x108个总CAR表达T细胞，每个数值均包含端值。
203.根据实施方案118-202中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法的施用包括施用至少或至少约1x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x105个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x106个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约5x107个表达CAR的T细胞、至少或至少约1x108个表达CAR的T细胞、至少或至少约2.5x108个表达CAR的T细胞、或至少或至少约5x108个表达CAR的T细胞。
204.根据实施方案118-203中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法的施用包括施用为或约5x107个总CAR表达T细胞。
205.根据实施方案118-204中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法的施用包括施用为或约1x108个表达CAR的细胞。
206.根据实施方案118-205中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法包含含有CAR的T细胞，所述CAR包含特异性地结合所述抗原的细胞外抗原识别结构域和包含ITAM的细胞内信号传导结构域。
207.根据实施方案118-206中任一项所述的方法，其中所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，并且所述抗原选自αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7-H3、B7-H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症-睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY-ESO-1和LAGE-2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C-C基序趋化因子配体1(CCL-1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFR vIII)、上皮糖蛋白2(EPG-2)、上皮糖蛋白40(EPG-40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样蛋白5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O-乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(GPC3)、G蛋白偶联受体5D(GPRC5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erb-B2)、Her3(erb-B3)、Her4(erb-B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA-A1)、人白细胞抗原A2(HLA-A2)、IL-22受体α(IL-22Rα)、IL-13受体α2(IL-13Rα2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、L1-CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、Lewis Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、间皮素(MSLN)、c-Met、鼠巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART-1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、酪氨酸酶相关蛋白1(TRP1，也称为TYRP1或gp75)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP2，也称为多巴色素互变异构酶、多巴色素δ异构酶或DCT)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT-1)。
208.根据实施方案207所述的方法，其中所述抗原选自CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。
209.根据实施方案207或208所述的方法，其中所述抗原是CD19。
210.根据实施方案206-209中任一项所述的方法，其中所述细胞内信号传导结构域包含CD3-zeta(CD3ζ)链的细胞内结构域。
211.根据实施方案206-210中任一项所述的方法，其中所述细胞内信号传导区还包含共刺激信号传导区。
212.根据实施方案211所述的方法，其中所述共刺激信号传导区包含CD28或4-1BB、任选地人CD28或人4-1BB的信号传导结构域。
213.根据实施方案211或实施方案212所述的方法，其中所述共刺激信号传导区是或包含4-1BB的信号传导结构域。
214.根据实施方案212或213所述的方法，其中所述共刺激结构域是或包含CD28的信号传导结构域。
215.根据实施方案212或213所述的方法，其中所述共刺激结构域是或包含4-1BB的信号传导结构域。
215.根据实施方案118-214中任一项所述的方法，其中对于所选受试者和/或被鉴定为患有对所述T细胞疗法的治疗具有抗性的癌症的受试者，所述方法包括在开始施用所述EZH2抑制剂之前从所述受试者收集生物样品，所述生物样品包含对于所述受试者是自体的细胞。
216.根据实施方案215所述的方法，其中来自所述受试者的生物样品是或包含全血样品、血沉棕黄层样品、外周血单个核细胞(PBMC)样品、未分级的T细胞样品、淋巴细胞样品、白细胞样品、单采术产物或白细胞单采术产物。
217.根据实施方案118-216中任一项所述的方法，其中所述方法包括在施用细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除剂或疗法。
218.根据实施方案217所述的方法，其中如果向受试者施用EZH2抑制剂，则在所述淋巴细胞清除疗法结束之后，向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。
219.根据实施方案217或实施方案218所述的方法，其中在开始施用所述T细胞疗法之前的2与7天之间完成所述淋巴细胞清除疗法。
220.根据实施方案217-219中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和/或环磷酰胺。
221.根据实施方案217-220中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为约200-400mg/m2、任选地为或约300mg/m2的环磷酰胺(包含端值)；和/或为约20-40mg/m2、任选地30mg/m2的氟达拉滨，持续2-4天、任选地持续3天，或者其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用为约500mg/m2的环磷酰胺。
222.根据实施方案217-221中任一项所述的方法，其中：
所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约300mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天；和/或
所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约500mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天。
223.根据实施方案118-222中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约800mg所述抑制剂。
224.根据实施方案118-222中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约1600mg所述抑制剂。
225.根据实施方案118-222中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约2400mg所述抑制剂。
226.根据实施方案118-225中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述抑制剂的剂量是在为或约100mg与为或约1600mg之间、在为或约100mg与为或约1200mg之间、在为或约100mg与为或约800mg之间、在为或约100mg与为或约400mg之间、在为或约100mg与为或约200mg之间、在为或约200mg与为或约1600mg之间、在为或约200mg与为或约1200mg之间、在为或约200mg与为或约800mg之间、在为或约200mg与为或约400mg之间、在为或约400mg与为或约1600mg之间、在为或约400mg与为或约1200mg之间、在为或约400mg与为或约800mg之间、在为或约800mg与为或约1600mg之间、在为或约800mg与为或约1200mg之间、在为或约1200mg与为或约1600mg之间的抑制剂的量，每个数值均包含端值，任选地其中所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天两个剂量(每天两次给药)。
227.根据实施方案118-226中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括一个或多个剂量的所述抑制剂，并且剂量在为或约200mg与为或约1600mg之间。
228.根据实施方案118-227中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天两个剂量(每天两次给药)。
229.根据实施方案118-228中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天三个剂量(每天三次给药)。
230.根据实施方案226-229中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量在为或约100mg与为或约1600mg之间，包含端值。
231.根据实施方案226-230中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量在为或约200mg与为或约1200mg之间，包含端值。
232.根据实施方案226-231中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量在为或约400mg与为或约800mg之间，包含端值。
233.根据实施方案226-232中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量是为或约400mg。
234.根据实施方案226-232中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量是为或约800mg。
235.根据实施方案118-234中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达三个月。
236.根据实施方案118-234中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达两个月。
237.根据实施方案118-234中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达1个月。
238.根据实施方案118-234中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述给药方案包括施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，直到所述受试者表现出完全反应或直到所述受试者表现出疾病进展。
239.根据实施方案118-234中任一项所述的方法，其中如果向所述受试者施用EZH2抑制剂，则所述给药方案包括如果所述受试者表现出临床缓解，则中断所述EZH2抑制剂的施用。
240.根据实施方案118-239中任一项所述的方法，其中所述抑制剂抑制野生型EZH2和/或突变型EZH2。
241.根据实施方案118-240中任一项所述的方法，其中所述抑制剂抑制野生型EZH2。
242.根据实施方案118-241中任一项所述的方法，其中所述抑制剂抑制突变型EZH2，任选地其中所述突变是功能获得性突变。
243.根据实施方案240-242中任一项所述的方法，其中EZH2包含选自Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M的一个或多个突变。
244.根据实施方案240-243中任一项所述的方法，其中所述突变增加组蛋白3在赖氨酸27处的三甲基化。
245.根据实施方案118-244中任一项所述的方法，其中所述抑制剂以针对野生型和/或突变型EZH2的半最大抑制浓度(IC50)抑制EZH2，所述IC50为小于或小于约1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM、10nM、或小于或小于约5nM。
246.根据实施方案118-245中任一项所述的方法，其中所述EZH2的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)低于EZH1的抑制剂的半最大抑制浓度(IC50)，任选地低至少2倍、低至少5倍、低10倍、低至少100倍、低至少1,000倍、低至少5,000倍、低至少10,000倍、或低至少20,000倍。
247.根据实施方案118-246中任一项所述的方法，其中所述抑制剂选自他泽司他(EPZ-6438)、CPI-1205、GSK343、GSK126和伐美妥司他(DS-3201b)。
248.根据实施方案118-247中任一项所述的方法，其中所述抑制剂是他泽司他(EPZ-6438)。
249.根据实施方案118-247中任一项所述的方法，其中所述抑制剂是CPI-1205。
250.根据实施方案118-149中任一项所述的方法，其中所述癌症是实体瘤。
251.根据实施方案250所述的方法，其中所述实体瘤是膀胱癌、乳腺癌、黑色素瘤、或前列腺癌。
252.根据实施方案250或251所述的方法，其中所述实体瘤是前列腺癌。
253.根据实施方案252所述的方法，其中所述前列腺癌是去势抵抗性前列腺癌(CRPC)。
254.根据实施方案118-249中任一项所述的方法，其中所述癌症是血液恶性肿瘤。
255.根据实施方案118-249和254中任一项所述的方法，其中所述癌症是B细胞恶性肿瘤。
256.根据实施方案118-249、254和255中任一项所述的方法，其中所述癌症是骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。
257.根据实施方案118-249和254-256中任一项所述的方法，其中所述癌症是急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、成人ALL、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、大B细胞淋巴瘤。
258.根据实施方案118-249和254-257中任一项所述的方法，其中所述癌症是非霍奇金淋巴瘤(NHL)。
259.根据实施方案258所述的方法，其中所述NHL是滤泡性淋巴瘤(FL)。
260.根据实施方案258所述的方法，其中所述NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。
261.根据实施方案260所述的方法，其中所述DLBCL是DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型。
262.根据实施方案180或实施方案181所述的方法，其中所述DLBCL不是DLBCL的活化B细胞(ABC)亚型。
263.根据实施方案118-262中任一项所述的方法，所述方法包括从患有DLBCL、任选地DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。
264.根据实施方案118-263中任一项所述的方法，其中所述受试者已经在使用治疗所述癌症的先前疗法治疗后在缓解后复发，或变得对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗是难治的，对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗经历失败，和/或对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗不耐受。
265.根据实施方案118-264中任一项所述的方法，其中所述生物样品或肿瘤活检样品是淋巴结活检物。
266.根据实施方案1-265中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
267.根据实施方案118-266中任一项所述的方法，其中所述癌症表现出EZH2的过表达和/或EZH2的表达，所述EZH2包括选自Y641C、Y641F、Y641H、Y641N、Y641S、Y646C、Y646F、Y646H、Y646N、Y646S、A677G、A682G、A687V、A692V、K634E、V637A和V679M的一个或多个突变，任选地其中所述突变是功能获得性突变。
268.根据实施方案118-267中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与不涉及施用所述抑制剂的方法相比，所述细胞疗法的表达CAR的T细胞到肿瘤微环境(TME)中的浸润增加。
269.根据实施方案118-268中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E4给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。
270.根据实施方案118-269中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E5给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。
271.根据实施方案118-270中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2B给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达增加。
272.根据实施方案118-271中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。
273.根据实施方案118-272中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E3给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。
274.根据实施方案118-273中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2A给出的基因的基因转录和/或蛋白质表达相比，所述受试者中所述基因的基因转录和/或蛋白质表达降低。
275.根据实施方案118-274中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E4给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更上调或更少下调。
276.根据实施方案118-275中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E5给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更上调或更少下调。
277.根据实施方案118-276中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2B给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更上调或更少下调。
278.根据实施方案118-277中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更下调或更少上调。
279.根据实施方案118-278中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E3给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更下调或更少上调。
280.根据实施方案118-279中任一项所述的方法，其中在所治疗的多名受试者中，与在施用所述抑制剂之前所述受试者中表E2A给出的基因集的表达相比，所述受试者中所述基因集的表达更下调或更少上调。
281.根据实施方案118-280中任一项所述的方法，其中：
至少35％、至少40％或至少50％的根据所述方法治疗的受试者实现完全反应(CR)，所述CR是持久的，或者在至少60％、70％、80％、90％或95％的实现所述CR的受试者中是持久的，持续为或大于6个月或为或大于9个月；和/或
其中至少60％、70％、80％、90％或95％的截至六个月时实现CR的受试者保持反应，保持CR，和/或存活或无进展存活，持续为或大于3个月和/或为或大于6个月和/或为或大于九个月；和/或
至少50％、至少60％或至少70％的根据所述方法治疗的受试者实现客观反应(OR)，任选地其中所述OR是持久的，或者在至少60％、70％、80％、90％或95％的实现所述OR的受试者中是持久的，持续为或大于6个月或为或大于9个月；和/或
其中至少60％、70％、80％、90％或95％的截至六个月时实现OR的受试者保持反应或存活，持续为或大于3个月和/或为或大于6个月。
282.根据实施方案118-281中任一项所述的方法，其中基因集表达通过包括基因集富集分析(GSEA)的方法来确定。
VII.实施例
以下实施例仅出于说明性目的而被包括，并且不意图限制本发明的范围。
实施例1：治疗前和治疗后活检基因表达谱及临床反应
向患有B细胞恶性肿瘤的受试者施用含有表达对CD19具有特异性的嵌合抗原受体(CAR)的自体T细胞的治疗性CAR T细胞组合物，并且确定在施用所述CAR T细胞组合物的受试者中在治疗前肿瘤活检物中与反应相关的基因的表达。
具体而言，生成自体抗CD19引导的治疗性T细胞组合物，并将其用于治疗成年人受试者，所述受试者在2个治疗线失败后患有复发性或难治性(R/R)侵袭性非霍奇金淋巴瘤(NHL)，包括从头或从惰性淋巴瘤转化(NOS)的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、具有MYC和BCL2和/或BCL6重排以及DLBCL组织学的高分级B细胞淋巴瘤(双/三打击)、从慢性淋巴细胞白血病(CLL)或边缘区淋巴瘤(MZL)转化的DLBCL、原发性纵隔大b细胞淋巴瘤(PMBCL)和3b级滤泡性淋巴瘤(FL3B)。所治疗的受试者包括东部肿瘤协作组(ECOG)得分在0与2之间(中值随访期为3.2个月)的那些。基于先前的同种异体干细胞移植(SCT)、继发中枢神经系统(CNS)受累或ECOG得分为2，没有排除受试者，并且不需要单采术的最小绝对淋巴细胞计数(ALC)。
所施用的治疗性T细胞组合物是通过包括基于免疫亲和力(例如，免疫磁性选择)从来自要治疗的单独受试者的白细胞单采术样品富集CD4+和CD8+细胞的过程来产生。将分离的CD4+和CD8+T细胞用抗CD3/抗CD28磁珠单独激活并用编码抗CD19 CAR的病毒载体(例如，慢病毒载体)单独转导，之后对工程化细胞群进行单独扩增和低温保存。所述CAR含有源自鼠抗体的抗CD19 scFv(源自FMC63的可变区，VL-接头-VH定向)、源自免疫球蛋白的间隔子、源自CD28的跨膜结构域、源自4-1BB的共刺激区和CD3-ζ细胞内信号传导结构域。病毒载体还含有编码截短的受体的序列，所述截短的受体用作CAR表达的替代标记；所述序列通过T2A核糖体跳跃序列与所述CAR序列隔开。
在静脉内施用之前使低温保存的细胞组合物解冻。通过施用以大约1:1的目标比率施用的经配制CD4+CAR+细胞群和经配制CD8+CAR+群体，将治疗性T细胞剂量作为限定的细胞组合物来施用。向受试者施用如下单剂量或双剂量的CAR表达T细胞(每个单剂量分别经由CD4+CAR表达T细胞和CD8+CAR表达T细胞的单独输注来施用)：含有5x107个总CAR表达T细胞的剂量水平1(DL-1)的单剂量，其中每个剂量的施用相隔大约十四(14)天(在第1天和第14天施用)的DL1的双剂量，或者含有1x108个总CAR表达T细胞的剂量水平2(DL-2)的单剂量。所施用组合物的T细胞子集的目标剂量水平和数量示于表E1中。
Figure BDA0003604039090002691
在CAR+T细胞输注之前开始，受试者接受使用氟达拉滨(flu，30mg/m2)和环磷酰胺(Cy，300mg/m2)的淋巴细胞清除化学疗法，持续三(3)天。受试者在淋巴细胞清除之后2-7天接受表达CAR的T细胞。
在施用CAR T细胞组合物后，监测受试者的临床反应，包括在施用后3个月，并且通过评估受试者是否具有疾病进展(PD)或完全反应(CR)来确定对CAR T细胞组合物的反应。在所治疗的患者中，53％的患者在用CAR T细胞组合物治疗后实现持久的CR，其中在高风险、侵袭性复发性/难治性大B细胞淋巴瘤患者中，严重细胞因子释放综合征(CRS)和神经系统事件的发生率较低。部分患者在CAR T细胞治疗之后1年未实现CR。
在施用淋巴细胞清除化学疗法之前和CAR T细胞施用后大约第11天，收集来自50名弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)受试者的初始群组的肿瘤活检物，并通过RNA测序(RNA-seq)来分析基因表达。具体而言，由分离自肿瘤活检的RNA制备互补DNA(cDNA)样品，并通过RNA-seq进行分析。将样品分为治疗后表现出CR或PD的患者组，而来自表现出疾病稳定(SD)或部分反应(PR)的受试者的样品未包括在分析中。将使用RNA-seq从治疗前肿瘤活检确定的基因表达水平与施用自体治疗性CAR T细胞组合物后的反应进行事后相关联。
图1A显示在治疗后3个月显示CR或PD的受试者中，治疗前肿瘤活检中的差异性基因表达谱。将Log2倍数变化截止值设定为大于0.6或小于-0.6，并将错误发现率(FDR)设定为小于或等于10％，揭示在来自治疗后3个月显示CR的受试者(n＝16)的治疗前活检中高表达的360个基因，以及在来自治疗后3个月具有PD的受试者(n＝29)的治疗前活检中高表达的380个基因。在差异性表达的基因中，与T细胞相关的基因表达在来自治疗后3个月表现出CR的受试者的治疗前活检中更高。EZH2和作为EZH2的靶标的基因的表达在治疗后3个月后显示PD的受试者的治疗前活检中更高。图1B显示继续出现PD或CR的受试者的治疗前肿瘤活检中EZH2的表达水平，显示在治疗后3个月显示PD的受试者的治疗前活检中的表达水平高于在治疗后3个月表现出CR的受试者的治疗前活检中的表达水平。
在对来自同一研究的另外24名患者的较大群组(总共74名受试者；“较大群组”)的分析中，观察到类似的结果。与上述类似，在这组受试者中，对74名受试者在治疗前获取肿瘤活检样品，对56名受试者在治疗后大约11天获取肿瘤活检样品，并在治疗前和治疗后大约11天对这些受试者中的28名进行匹配的活检，以进行如上所述的RNA测序。在较大群组中，进行治疗前活检的患者中有46％在治疗后3个月表现出CR，而进行第11天活检的患者中有56％在治疗后3个月表现出CR。为了确定RNA-seq研究群体的反应结果与未获得RNA-seq样品的受试者群体相比是否存在偏倚，比较了两个群体之间的CR、PD、部分反应(PR)和无进展存活期(PFS)结果。没有观察到显著差异。
还对较大群组的治疗前肿瘤活检进行了差异性基因表达分析，以鉴定在治疗后3个月表现出CR的受试者中较高的基因，以及在治疗后3个月表现出PD的受试者中较高的基因。在这组受试者中，将Log2倍数变化截止值设定为大于0.6或小于-0.6，并将FDR设定为小于或等于10％，揭示在来自治疗后3个月显示CR的受试者(n＝22)的治疗前活检中更高表达的230个基因，以及在来自治疗后3个月显示PD的受试者(n＝40)的治疗前活检中更高表达的271个基因(图2A)。将来自该差异性测试的基因的完整排名列表用于以下实施例2中所述的基因集富集分析。来自治疗后3个月表现出CR的患者的治疗前肿瘤中更高水平表达的基因包括T细胞相关基因和基质相关基因以及干扰素反应基因。来自治疗后3个月表现出PD的患者的治疗前肿瘤中更高水平表达的基因包括细胞周期基因、mTORC1信号传导基因、EZH2靶基因和MYC靶基因。
在同一较大群组中，在治疗后1个月、3个月、6个月、9个月和12个月显示CR的患者和显示PD的患者之间，还对治疗前肿瘤活检进行了差异性基因表达，以评估治疗后不同时间点与反应相关的差异性基因的数量。在这组受试者中，将Log2倍数变化截止值设定为≥0.58，并将经调整的p值设定为≤0.1，发现治疗前肿瘤活检中差异性基因的数量在治疗后3个月的时间点显示CR的患者与显示PD的患者之间最高(图2B)。尽管在测试的时间点中差异性表达的基因的数量不同，但测试的时间点之间存在显著的重叠。
还使用针对无进展存活期(PFS)的连续Cox比例模型来鉴定与3个月基因列表高度一致的基因。数据表明，与在评估的早期或晚期时间点的反应相比，治疗前活检与3个月时的反应更相关。
对于较大群组中的受试者，T细胞得分被计算为CD3D、CD3E和CD8A基因以及CAR转录本的log2(每百万个转录本[TPM]+1)的中值。分析了CD3D基因或CAR转录本的T细胞得分与转录本数量之间的相关性，如图2C所示(水平线代表所有受试者的中值T细胞得分；以圆形显示匹配的样品并以十字显示非匹配的样品)。数据表明CD3D基因的转录本水平与样品中的T细胞得分正相关联。值得注意的是，大多数在治疗后3个月表现出CR的受试者的T细胞得分高于所有受试者的计算的中值T细胞得分，这表明治疗后T细胞浸润增加与更好的反应相关。
对于28个匹配的上述治疗前和治疗后第11天的样品，使用包括CAR转录本在内的几个T细胞基因的平均值来估计治疗后第11天的免疫浸润。使用该浸润水平的中值将受试者分为两组–高浸润的受试者(n＝14)和低浸润的受试者(n＝14)。对28个治疗前样品进行差异性基因表达分析，所述样品按其匹配的第11天“高”或“低”浸润水平分组，以鉴定在治疗前活检中与施用抗CD19 CAR T细胞后的T细胞浸润相关的基因表达。如图2D和2E所示，在其他基因集中，两个与MYC靶基因和细胞周期相关基因有关的公开可用的“Hallmark”基因集(分别在www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALLMAR K_MYC_TARGETS_V2和www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_E2F_T ARGETS上可用的HALLMARK_MYC_TARGETS_V2和HALLMARK_E2F_TARGETS)富集在低T细胞浸润组的治疗后第11天样品中。这些分析表明，细胞周期基因、mTORC1信号传导基因、EZH2靶基因和MYC靶基因的高表达与施用抗CD19 CAR T细胞后较低的T细胞浸润相关，这表明这些基因高表达的受试者对CAR-T细胞的反应率较低可能是由于CAR-T细胞治疗后免疫浸润不足所致。
在治疗前(PRE)样品和治疗后3个月表现出CR或PD的受试者的第11天(D11)样品中评估CD3D基因表达。如图2F所示，与治疗后3个月表现出PD的患者相比，治疗后3个月表现出CR的患者在治疗前肿瘤活检样品中具有更高水平的CD3D基因表达，并且显示出治疗后更大的基因表达增加(线绘制在匹配的PRE和D11样品之间，n＝26)。与T细胞激活相关的其他基因，如PDCD1、LAG3和TIGIT，在肿瘤活检样品中均显示出相似的谱。
巨噬细胞相关基因在来自治疗后3个月表现出CR的患者的治疗后第11天肿瘤活检样品中通常也较高。与表现出PD的那些患者相比，在治疗后3个月表现出CR的患者中，此类基因也从治疗前水平增加到治疗后第11天的水平(图2G)。其他骨髓表达基因也显示出类似的谱。
通过对公开可用的和经分析的淋巴瘤细胞系WSU-DLCL2、KARPAS-422和Su-DHL-6进行基因富集分析，创建了两个源自微阵列基因表达数据的EZH2有关的基因集，所述淋巴瘤细胞系已经用EZH2抑制剂EPZ-6438进行治疗并对其具有敏感性(基因表达数据描述于以下文献中：Knutson等人,Mol Cancer Ther.2014；13(4):842-54；主要使用第4天和第6天时间点基因表达数据)。两个EZH2有关的基因集是(1)发现在EZH2抑制剂存在下下调的EZH2靶基因集(称为“DLBCL_LINES_EZH2I_DN”基因集)，以及发现在EZH2抑制剂存在下发上调的基因集(称为“DLBCL_LINES_EZH2I_UP”基因集)。具体而言，分析这三种细胞系中每种细胞系的公开可用数据，以鉴定在每种细胞系中被EZH2抑制最下调或最上调的前250个基因。然后将250个下调或上调的基因的三个单独列表合并，并将所有这三种细胞系中被EZH2抑制最下调或最上调的前250个基因分别鉴定为DLBCL_LINES_EZH2I_DN和DLBCL_LINES_EZH2I_UP基因集。
基于对施用如上所述的自体治疗性CAR T细胞组合物的受试者的分析，发现DLBCL_LINES_EZH2I_DN基因集高度富集治疗后3个月与PD相关的基因(图3)。在DLBCL_LINES_EZH2I_DN基因集中的这250个基因中，98个基因是在治疗后3个月表现出疾病进展(PD)的受试者中最高度上调的基因(出现在图1中的火山图的左侧)。这98个基因示于下面表E2中。这些观察结果表明，这98个基因是与治疗前肿瘤活检中较差的结果或对T细胞疗法的反应相关的标记，并且可以作为EZH2抑制的靶标来改善临床结果。
Figure BDA0003604039090002721
Figure BDA0003604039090002731
Figure BDA0003604039090002741
还如图3所示，对治疗后3个月继续出现PD的患者的治疗前活检的分析显示，富集了一种基因特征，所述基因特征包括在前列腺癌细胞系中通过EZH2抑制而下调的基因(参见“NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN”；改编自Nuytten等人,Oncogene(2008)27,1449-1460，也可在gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN上获得)。被鉴定为与在FL中相比在DLBCL中以更高水平表达的基因的另外的基因集(称为“FL_DLBCL_DN”基因集；来自对大约75个可用DLBCL肿瘤细胞样品和75个可用FL肿瘤细胞样品中的差异性基因表达的分析，如以下实施例4中所述)也被发现高度富集与来自治疗后3个月表现出PD的受试者的活检相关的基因(图3)。
此外，还如图3所示，在治疗后3个月显示PD的受试者的治疗前活检中发现了许多公开可用的基因集的富集。这些基因集包括与细胞周期相关基因有关的“Hallmark”基因集(HALLMARK_E2F_TARGETS和HALLMARK_G2M_CHECKPOINT；后者可在broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_G2M_CHECKPOINT上获得)、MTORC1信号传导基因(HALLMARK_MTORC1_SIGNALING；可在broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_MTORC1_SIGNALING上获得)、以及上述MYC靶基因集(HAL LMARK_MYC_TARGETS_V2)。在这四个基因集中的基因中，在治疗后3个月表现出疾病进展(PD)的受试者中的每个基因集中的前20个最高上调的基因如以下表E2A所示。
Figure BDA0003604039090002742
Figure BDA0003604039090002751
Figure BDA0003604039090002761
相比之下，发现与干扰素α反应基因有关的“Hallmark”基因集，即HALLMA RK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE(可在broadinstitute.org/gsea/msigdb/cards/HALL MARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE上获得)，在治疗后3个月显示CR的受试者的治疗前活检中富集。在该基因集中的基因中，在治疗后3个月表现出完全反应(CR)的受试者中的前20个最高上调的基因如以下表E2B所示。
Figure BDA0003604039090002762
Figure BDA0003604039090002771
这些结果支持，在治疗前活检样品中在3个月时与PD相关的基因中富集了EZH2靶基因，并且使用EZH2抑制剂可以改善受试者在施用CAR-T细胞后的反应。结果进一步表明，在治疗前活检样品中在3个月时与PD相关的基因中富集了细胞周期相关基因、MTORC1信号传导相关基因和MYC靶标相关基因。
实施例2：对治疗前活检基因表达谱和临床反应的无监督分析
向患有B细胞恶性肿瘤的受试者施用含有表达对CD19具有特异性的嵌合抗原受体(CAR)的自体T细胞的治疗性CAR T细胞组合物，如以上实施例1所述。如实施例1所述在施用淋巴细胞清除化学疗法之前以及在施用CAR T细胞后第11天，对患者子集收集肿瘤活检，并通过RNA测序(RNA-seq)来分析由分离自肿瘤活检的RNA制备的互补DNA(cDNA)样品上的基因表达。为了评估治疗前活检基因表达谱与临床反应之间的关系，对获得自治疗前肿瘤活检的RNA-seq数据进行了主成分分析(PCA)。将通过RNA-Seq从治疗前肿瘤活检确定的基因表达与施用自体治疗性CAR-T细胞组合物后的反应进行事后相关联。
图4显示初始群组中每个活检的PC1与PC2，并且还描绘了受试者在治疗后3个月的临床反应(完全反应(CR)、部分反应(PR)、疾病进展(PD)、不可评估(NE))。大多数显示CR或PR的受试者倾向于具有正PC1值，而大多数PD受试者倾向于具有负PC1值。该结果与以下发现一致：治疗前肿瘤生物学(即正PC1值)与CAR T细胞浸润相关联。如图4所示，大约80％的继续出现CR的受试者具有正PC1值。PC2值对应于髓样基因，其中负值表示高表达。
对PC1负载的评估表明，上述实施例1所述的DLBCL_LINES_EZH2I_DN、NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN和FL_DLBCL_DN基因集(包括EZH2靶基因以及发现通过EZH2抑制而下调的基因)在来自治疗前活检的产生PC1负值的数据集中富集(图5A)。
此外，还发现实施例1所述的HALLMARK_E2F_TARGETS、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARK_MTORC1_SIGNALING和HALLMARK_MYC_TARGETS_V2基因集在来自治疗前活检的产生PC1负值的数据集中富集(图5A)。相比之下，发现如实施例1所述的HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE和DLBCL_LINES_EZH2I_UP基因集，以及NUYTTEN_EZH2_TARGETS_UP基因集(可在gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/NUYTTEN_EZH2_TARGETS_UP上获得)在来自治疗前活检的产生PC1正值的数据集中富集(图5A)。
在对实施例1所述的较大患者群组的类似分析中，发现与治疗后3个月表现出PD的患者相比，在治疗后3个月表现出CR的患者中富集了相似的基因集(图5B)。特别地，在治疗后3个月表现出CR的患者中富集的靠前基因集是与DLBCL肿瘤样品相比在FL肿瘤样品中表达更高的一组基因(FL_LIKE_vs_DLBCL)，所述基因在下面的实施例5中描述为“FL样”基因特征。通常，来自治疗后3个月表现出CR的患者的治疗前肿瘤中更高水平表达的其他基因包括T细胞相关基因和基质相关基因(例如，Lenz基质1和基质2特征；Lenz,Wright等人2008)以及干扰素反应基因(例如，Hallmark干扰素α和γ反应基因集)。免疫标志基因集(Galon,Rossi等人2017；Rossi,Galon等人2019)以及在DLBCL细胞系中通过EZH2抑制而上调的一组基因(DLBCL_LINES_EZH2I_UP)也富集在治疗后3个月表现出CR的患者中。通常，在3个月CR和3个月PD之间的治疗前样品中差异最大的基因是T细胞相关基因。例如，在3个月CR患者的治疗前肿瘤活检样品中较高的最强单个基因中的一些包括KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。CCL21是由基质细胞表达的T细胞化学引诱物，并且与肿瘤引流淋巴结中的T细胞运输有关(Riedel,Shorthouse等人2016)，但也与恶性淋巴细胞的迁移相关(Hashikawa,Yasumoto等人2014；Hong,Lin等人2019)。这些数据表明，与3个月PD患者的肿瘤相比，在CART细胞疗法后继续表现出3个月CR的患者的治疗前肿瘤可能具有更多的免疫活性和基质活性。
相比之下，来自治疗后3个月表现出PD的患者的治疗前肿瘤中更高水平表达的基因包括细胞周期基因、mTORC1信号传导基因、EZH2靶基因和MYC靶基因。特别地，在治疗后3个月表现出PD的受试者中最富集的基因集包括与FL肿瘤样品相比在DLBCL肿瘤样品中更高的基因(DLBCL_LIKE_vs_FL)，所述基因在下面的实施例5中描述为“DLBCL样”特征。在3个月时表现出PD的患者中第二个最富集的基因集(DLBCL_LINES_EZH2i_DN)包括在DLBCL细胞系中通过EZH2抑制剂而下调的基因(Knutson,Kawano等人2014)，这表明EZH2抑制剂可能会降低这些基因在DLBCL患者中的表达水平。Jerby-Arnon T细胞排除基因集在黑色素瘤中的表达被鉴定为在T细胞较少的肿瘤中上调的肿瘤细胞内在程序，也在3个月时表现出PD或CR的受试者的样品中对其进行了分析。(Jerby-Arnon,Shah等人2018)。用基因集变异分析(GSVA)算法计算的Jerby-Arnon基因集得分在治疗后3个月表现出PD的受试者中也有所增加(图5C)。
这些数据与以下发现一致：治疗前肿瘤活检中EZH2和EZH2靶标的上调或相对高表达可能导致肿瘤耐药性和对肿瘤靶向性免疫疗法的不良反应，并且EZH2靶标基因表达谱可能是对治疗反应的预测。结果也与以下发现一致：治疗前肿瘤活检中细胞周期相关基因、MTORC1信号传导相关基因和MYC靶标相关基因的上调或高表达水平，或干扰素α反应基因的下调或较低表达，也可能导致肿瘤耐药性和不良反应，并且可能是对T细胞疗法的治疗的反应的预测。此外，在治疗前肿瘤活检中较高的免疫活性或基质活性可能导致改善的反应，并且可能是对T细胞疗法的治疗的反应的预测。
实施例3：通过多重免疫荧光评估与T细胞肿瘤浸润相关的基因
通过多重免疫荧光来分析实施例1中所述的治疗前肿瘤活检和治疗后第11天肿瘤活检，以评估继续表现出PD或CR的受试者的肿瘤微环境内免疫细胞子集的类型和位置。还使用两种标记的组合来计算细胞密度(细胞/mm2)。例如，使用Ki67+/CD3-来估计非T细胞增殖(其被解释为肿瘤细胞增殖)的密度。其他评估对包括CD3+/PD1+(活化或耗竭的T细胞)、CD3+/颗粒酶B+(溶细胞性T细胞)、CD20+/CD19-(CD19阴性肿瘤细胞)和CD163+PDL1+(活化的巨噬细胞)。使用具有威尔科克森检验的标记的组或组合进行样品组之间的差异性分析。
观察到与在治疗后1个月继续表现出PD的受试者的治疗前肿瘤活检相比，在治疗后1个月继续表现出CR的受试者的治疗前肿瘤活检具有增加的T细胞，并且特别地，增加的PD1+/颗粒酶B+T细胞(图5D)。PD-1+和颗粒酶B+的染色表明T细胞可能已经处于效应细胞状态。
在治疗后第11天的活检中，观察到CAR T细胞浸润到肿瘤中与对CAR T细胞治疗的反应相关。给CD3+和CAR染色(基于用作CAR表达的替代物的截短受体(Rt)的染色)，观察到在治疗后1个月表现出CR的受试者的第11天(D11)活检中，CAR T细胞大约占总T细胞的5％-10％(图5E)。比较治疗前(PRE)和第11天(D11)肿瘤活检(配对样品之间画线)，观察到内源T细胞(CD3+Rt-)在输注CAR T细胞后的肿瘤微环境中也增加，并且在输注后1个月继续表现出CR的受试者中，增加的幅度更大(图5F)。
与继续表现出CR的受试者相比，继续表现出PD的受试者的治疗前样品中的CD163+IDO1+巨噬细胞的子集似乎更高。然而，与在同一时间点继续表现出CR的受试者相比，在9个月继续表现出PD的受试者中，未观察到治疗前总CD163+IDO(+/-)巨噬细胞数更高(图5G)。值得注意的是，在治疗后9个月继续表现出CR的受试者中，治疗前样品和治疗后第11天样品中的总巨噬细胞(包括CD163+PD-L1+和CD163+IDO+子集)数量均增加(图5H)。
最后，通过测量治疗前肿瘤活检样品中的Ki67+/CD3-细胞来估计增殖的肿瘤细胞。在基线时具有较高细胞密度的估计增殖肿瘤细胞的受试者倾向于在治疗后9个月表现出PD(图5I)。
实施例4：在商用肿瘤细胞样品中评估与T细胞肿瘤浸润和排除相关的基因
为了评估治疗前肿瘤生物学与T细胞肿瘤浸润和排除之间的关系，从可从商业来源获得的114种生发中心B细胞(GBC)肿瘤细胞样品(肿瘤活检)获得RNA-seq基因表达数据。基因表达数据与活检样品中的CD3E表达(肿瘤活检中T细胞存在的指标)相关联，以鉴定与CD3E最正相关联的1,000个基因以及与CD3E最负相关联的1,000个基因。
图6A显示EZH2表达与CD3E负相关联。这一发现与以下数据一致，所述数据显示EZH2靶基因表达的下调与实施例1所述的较大受试者群组(n＝74)的肿瘤活检样品中的基线T细胞反相关联，即，具有被EZH2正调节的基因的高表达的样品倾向于具有较低水平的浸润性T细胞(图6B)。
对实施例1和2所述的HALLMARK_MTORC1_SIGNALING、HALLMARK_MYC_TARGETS_V2、HALLMARK_G2M_CHECKPOINT、HALLMARKED_E2F_TARGETS、DLBCL_LINES_EZH2I_DN、NUYTTEN_EZH2_TARGETS_DN和FL_DLBCL_DN基因集的分析揭示，这些基因集在具有低CD3E表达的肿瘤活检中大量富集(图7)。相比之下，对实施例1和2所述的HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE、DLBCL_LINES_EZH2I_UP和NUYTTEN_EZH2_TARGETS_UP基因集的分析揭示这两个基因集在具有高CD3E表达的肿瘤活检中富集(图7)。
对表E2给出的基因集(DLBCL_LINES_EZH2I_DN)进行比较表明，其中72个基因与低CD3表达相关(表E3)。该结果表明，经EZH2抑制剂治疗而下调的某些基因也与CD3表达反相关联。总之，这些结果与以下发现一致：这些基因(包括EZH2和EZH2靶标)的较高表达与肿瘤中T细胞的较低存在相关，并且可能参与将T细胞从肿瘤环境中排除并抵抗T细胞疗法。
Figure BDA0003604039090002801
Figure BDA0003604039090002811
相比之下，对在治疗后3个月表现出完全反应(CR)的受试者中上调的实施例1中鉴定的基因(图1的火山图的右侧)进行比较表明，约110个基因与CD3表达相关联。这些基因示于下面表E4中。在表E4中鉴定并提供的110个基因中，只有五个基因也通过EZH2抑制剂治疗而上调(例如，基于Knutson等人的结果)。这五个基因示于下面表E5中。
Figure BDA0003604039090002812
Figure BDA0003604039090002821
Figure BDA0003604039090002831
Figure BDA0003604039090002841
Figure BDA0003604039090002842
这些分析确定了与对T细胞疗法(例如CAR T细胞治疗)的反应相关的基因表达特征，并提供了关于肿瘤生物学和TME如何影响对T细胞疗法(如CAR T细胞)过继转移的反应的见解。总之，这些数据与以下观察一致：表E3中提供的基因集中基因(以及细胞周期相关基因和MYC靶标相关基因)的上调或高表达可能导致T细胞浸润减少，而表E4和/或表E5中提供的基因集中基因的上调或高表达可能导致T细胞浸润增加。这些发现进一步表明，表E2给出的基因集中的基因(包括表E3给出的基因集中的基因)的上调可能导致肿瘤耐药性和对肿瘤靶向性T细胞疗法的不良反应。相反，表E4给出的基因集中的基因(包括表E5给出的基因集中的基因)的上调可能导致肿瘤敏感性和对肿瘤靶向性T细胞疗法的改善的反应。
实施例5：弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)与滤泡性淋巴瘤(FL)
使用内部数据集进行了研究，以探讨弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)与滤泡性淋巴瘤(FL)之间的生物学差异。
对以上实施例2所述的由分离自约75个滤泡性淋巴瘤(FL，1-3A级)和约75个弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)可用肿瘤细胞样品(福尔马林固定的石蜡包埋的肿瘤活检物)的RNA制备的互补DNA(cDNA)样品进行用于基因表达的RNA-Seq。经分析的肿瘤细胞样品具有野生型或突变型EZH2，并且包括DLBCL的生发中心B细胞样(GCB)亚型和活化B细胞(ABC)亚型两者。如图8所示，在DLBCL和FL肿瘤细胞样品中观察到差异性基因表达，其中不同基因集在DLBCL(“DLBCL样”)和FL(“FL样”)肿瘤细胞样品中升高。在FL和DLBCL肿瘤细胞样品之间表现出差异性表达的基因包括EZH2(图9A)和CD3E(图9B)。如图所示，与DLBCL肿瘤细胞样品相比，FL肿瘤细胞样品显示出较低的EZH2表达水平和较高的CD3E表达水平。DLBCL样和FL样基因集被证实与公开可用的DLBCL与FL基因集一致(Shipp,Ross等人2002)。
将源自75个DLBCL和75个FL肿瘤细胞样品并在实施例2中描述的数据集用于计算实施例1中所述的、DLBCL受试者中所有治疗前肿瘤活检样品的总计“FL样”基因表达得分。分析通过对治疗前肿瘤活检(来自实施例1所述的受试者，所述受试者然后被施用如所述的抗CD19治疗性T细胞组合物)进行RNA-Seq获得的基因表达谱中来自图8所述研究的基因的表达，发现所述基因在DLBCL中比在FL中升高(称为“DLBCL样”特征或“DLBCL_LIKE_vs_FL”基因集)，或在FL中比在DLBCL中升高(称为“FL样”特征或“FL_LIKE_vs_DLBCL”基因集)。进行单样品基因集富集分析(ssGSEA)以计算每对样品与相应基因集的单独富集得分。
实施例1中分析的初始受试者群组(n＝50)的结果示于图10A和10B中。如图10A所示，与继续表现出PD的受试者相比，在实施例1所述的研究中继续表现出CR的受试者具有DLBCL样基因集(DLBCL_LIKE_vs_FL)的更低ssGSEA得分。相反，如图10B所示，与继续表现出PD的受试者相比，在实施例1所述的研究中继续表现出CR的受试者具有FL样基因集(FL_LIKE_vs_DLBCL)的更高ssGSEA评分。
在对实施例1所述的较大受试者群组(n＝74)的进一步数据集的分析中，观察到类似的结果。治疗后3个月表现出CR的受试者具有FL样基因集的显著更高富集得分(图10C；n＝62)。此外，八名患者明显具有“FL样”基因表达得分；与非“FL样”受试者(CR＝22％)相比，这些具有最高“FL样”基因表达的受试者在治疗后3个月显示高CR率(CR＝100％)。一些具有高FL样得分的DLBCL受试者具有转化的滤泡性淋巴瘤(tFL)组织学，但也存在其他具有低FL样得分的tFL受试者。同样，一些非tFL受试者具有高FL样得分。比较了具有最高FL样得分的15名受试者与其余59名受试者的无进展存活(PFS)曲线，其中具有高FL样基因表达的受试者表现出明显更高的PFS(图10D)。
这些数据表明，患有DLBCL和FL的受试者的基因表达谱是不同的。具体而言，DLBCL和FL肿瘤活检之间的基因表达差异与免疫细胞或基质细胞含量或肿瘤细胞状态有关。这些数据与以下观察一致：患有FL的受试者或具有与DLBCL受试者相比在FL受试者中升高的更高基因表达的受试者对T细胞浸润到肿瘤环境中的抗性可能低于患有DLBCL的受试者或表达与FL相比在DLBCL中升高的基因的受试者。此外，具有与FL肿瘤更相似的DLBCL肿瘤的受试者可以在CAR T细胞治疗后具有改善的PFS结果。
实施例6：EZH2抑制对弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)细胞系的影响
A.细胞活力
为了评估EZH2抑制对弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)细胞的影响，用EZH2抑制剂EPZ-6438治疗了四种DLBCL细胞系。其中两种细胞系SUDHL5和Farage表达野生型EZH2。其他两种细胞系表达EZH2的突变形式，其导致EZH2在细胞中的功能获得性过表达。具体而言，KARPAS422细胞系表达EZH2的Y646N突变形式，并且WSUDLBCL2细胞系表达EZH2的Y646F突变形式。
在第1天，用溶解在二甲亚砜(DMSO)中的EPZ-6438(0.1μM或1.0μM)或等量的作为对照的DMSO处理细胞系。4天后，将细胞重新悬浮在新鲜培养基中，并以与第1天所提供的相同的浓度重新供应抑制剂。在用EZH2抑制剂处理总共6天后，收获细胞以进行蛋白质和RNA分析。将总蛋白定量为总细胞数的代替物。如图11所示，所有四种DLBCL细胞系对1.0μMEPZ-6438的处理是敏感的，如通过与DMSO对照处理的细胞相比，细胞中总蛋白的水平降低所证明的，这与细胞增殖的减少是一致的。表达突变型EZH2的细胞系对抑制剂表现出最大的敏感性。该结果表明，野生型和突变型DLBCL细胞系两者均对EZH2抑制剂的治疗敏感。
为了另外确定EZH2抑制是否差异地影响DLBCL的不同亚型的增殖，基本上如上所述，用两种不同的EZH2抑制剂(CPI-1205和EPZ-6438)处理生发中心B细胞样(GCB)细胞系和活化B细胞(ABC)细胞系，持续6天。用1.0μM的EPZ-6438、0.1μM CPI-1205或1.0μM CPI-1205处理GCB细胞系(WSU-DLCL2、Farage、KARPAS-422和SU-DHL-5)以及ABC细胞系(SU-DHL-2和OCI-LY3)。根据通过基于发光的测定法定量的ATP量确定细胞活力。如图12所示，这两种EZH2抑制剂均降低了突变型和野生型GCB细胞系的细胞活力。然而，ABC细胞系(均表达野生型EZH2)对EPZ-6438和CPI-1205的治疗均具有抗性。这些数据与以下观察一致：DLBCL的GCB亚型可能比DLBCL的ABC亚型对EZH2抑制更敏感。
B.甲基化状态
为了评估EZH2抑制对GCB DLBCL细胞系中组蛋白3赖氨酸27的三甲基化状态(H3K27Me3)的影响，基本上如上所述，用0.1μM或1.0μM的EPZ-6438处理细胞，持续6天。收获细胞，并通过蛋白质印迹评估H3K27Me3的水平。所测试的所有四种DLBCL细胞系均对EPZ-6438产生的EZH2抑制敏感，如通过H3K27Me3水平的降低所证明的(图13)。将总H3水平和GAPDH水平作为内部对照进行分析；处理后两者均未改变。
类似的实验分析了两种不同的EZH2抑制剂EPZ-6438和CPI-1205对GCB和ABCDLBCL细胞系中H3K27Me3的影响。用1.0μM的EPZ-6438、0.1μM CPI-1205或1.0μM CPI-1205处理GCB细胞系WSU-DLCL2、Farage、KARPAS-422和SU-DHL-5，持续6天。用0.1或1.0μM的EPZ-6438或CPI-1205处理ABC细胞系SU-DHL-2和OCI-LY3，持续6天。如图14A和14B所示，在所有测试的细胞系中，这两种EZH2抑制剂均降低了H2K27Me3水平，如通过蛋白质印迹分析所确定的。将总H3水平和β-肌动蛋白水平作为内部对照进行分析；处理后两者均未改变。
C.T细胞浸润和排除相关基因
评估了EZH2抑制对与T细胞浸润和排除相关的基因的影响。总共评估了6种不同的DLBCL细胞系：SU-DHL-5和Farage GCB型细胞系具有野生型EZH2，WSU-DLCL2GCB型细胞系具有突变型EZH2，并且OCI-LY3和SU-DHL-3ABC型细胞系具有野生型EZH2。用1.0μM的EPZ-6438、0.1μM CPI-1205或1.0μM CPI-1205处理GCB DLBCL细胞系，持续6天。用0.1μM或1.0μM的EPZ-6438或CPI-1205处理ABC DLBCL细胞系。处理后，收获细胞并提取RNA进行下游分析。
通过定量PCR(qPCR)分析与T细胞浸润相关的五个示例性基因(ABAT、SESN3、YPEL2、TP53INP1、ZMAT1和YPEL5)以及与T细胞排除相关的六个示例性基因(PCNA、UHRF1、PAICS、NCAPG2、CDC6和CHEK1)的RNA表达水平。相对于DMSO处理的细胞，将RNA转录本水平相对于作为对照的18S归一化。结果示于图15A(ABAT)、图15B(SESN3)、图15C(YPEL2)、图15D(TP53INP1)、图15E(ZMAT1)、图15F(PCNA)、图15G(UHRF1)、图15H(PAICS)、图15I(NCAPG2)、图15J(CDC6)以及图15K(CHEK1)中。与DMSO处理的对照相比，与T细胞浸润相关的基因通过EZH2抑制而上调；而与DMSO处理的对照相比，与T细胞排除相关的基因经EZH2抑制而下调(分别为图15A-E和图15F-K)。在野生型EZH2细胞系和突变型EZH2细胞系中观察到类似的结果。该结果与以下发现一致：EZH2抑制可以增加T细胞(如表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞)浸润到肿瘤微环境中的能力。
本发明并不旨在限于具体公开的实施方案的范围，所提供的实施方案例如是为了说明本发明的各个方面。根据本文的描述和传授，对所述组合物和方法的各种修改将变得清楚。可以在不脱离本公开文本的真实范围和精神的情况下实践这些变化，并且这些变化旨在落入本公开文本的范围内。
序列
Figure BDA0003604039090002881
Figure BDA0003604039090002891
Figure BDA0003604039090002901
序列表
<110> 朱诺治疗学股份有限公司
<120> T细胞疗法和ZESTE增强子同源物2（EZH2）抑制剂的组合疗法及相关方法
<130> 735042021440
<140> 尚未分配
<141> 同时随同提交
<150> 62/890,607
<151> 2019-08-22
<150> 63/024,502
<151> 2020-05-13
<150> 63/037,584
<151> 2020-06-10
<160> 59
<170>用于Windows的FastSEQ，4.0版
<210> 1
<211> 12
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> 间隔子 (IgG4铰链)
<400> 1
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 2
<211> 36
<212> DNA
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> 间隔子 (IgG4铰链)
<400> 2
gaatctaagt acggaccgcc ctgcccccct tgccct 36
<210> 3
<211> 119
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> 铰链-CH3间隔子
<400> 3
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Gly Gln Pro Arg
1 5 10 15
Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys
20 25 30
Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp
35 40 45
Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys
50 55 60
Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser
65 70 75 80
Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser
85 90 95
Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser
100 105 110
Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
115
<210> 4
<211> 229
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> 铰链-CH2-CH3间隔子
<400> 4
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe
1 5 10 15
Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr
20 25 30
Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val
35 40 45
Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val
50 55 60
Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser
65 70 75 80
Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu
85 90 95
Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser
100 105 110
Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro
115 120 125
Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln
130 135 140
Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala
145 150 155 160
Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr
165 170 175
Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu
180 185 190
Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser
195 200 205
Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser
210 215 220
Leu Ser Leu Gly Lys
225
<210> 5
<211> 282
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> IgD-铰链-Fc
<400> 5
Arg Trp Pro Glu Ser Pro Lys Ala Gln Ala Ser Ser Val Pro Thr Ala
1 5 10 15
Gln Pro Gln Ala Glu Gly Ser Leu Ala Lys Ala Thr Thr Ala Pro Ala
20 25 30
Thr Thr Arg Asn Thr Gly Arg Gly Gly Glu Glu Lys Lys Lys Glu Lys
35 40 45
Glu Lys Glu Glu Gln Glu Glu Arg Glu Thr Lys Thr Pro Glu Cys Pro
50 55 60
Ser His Thr Gln Pro Leu Gly Val Tyr Leu Leu Thr Pro Ala Val Gln
65 70 75 80
Asp Leu Trp Leu Arg Asp Lys Ala Thr Phe Thr Cys Phe Val Val Gly
85 90 95
Ser Asp Leu Lys Asp Ala His Leu Thr Trp Glu Val Ala Gly Lys Val
100 105 110
Pro Thr Gly Gly Val Glu Glu Gly Leu Leu Glu Arg His Ser Asn Gly
115 120 125
Ser Gln Ser Gln His Ser Arg Leu Thr Leu Pro Arg Ser Leu Trp Asn
130 135 140
Ala Gly Thr Ser Val Thr Cys Thr Leu Asn His Pro Ser Leu Pro Pro
145 150 155 160
Gln Arg Leu Met Ala Leu Arg Glu Pro Ala Ala Gln Ala Pro Val Lys
165 170 175
Leu Ser Leu Asn Leu Leu Ala Ser Ser Asp Pro Pro Glu Ala Ala Ser
180 185 190
Trp Leu Leu Cys Glu Val Ser Gly Phe Ser Pro Pro Asn Ile Leu Leu
195 200 205
Met Trp Leu Glu Asp Gln Arg Glu Val Asn Thr Ser Gly Phe Ala Pro
210 215 220
Ala Arg Pro Pro Pro Gln Pro Gly Ser Thr Thr Phe Trp Ala Trp Ser
225 230 235 240
Val Leu Arg Val Pro Ala Pro Pro Ser Pro Gln Pro Ala Thr Tyr Thr
245 250 255
Cys Val Val Ser His Glu Asp Ser Arg Thr Leu Leu Asn Ala Ser Arg
260 265 270
Ser Leu Glu Val Ser Tyr Val Thr Asp His
275 280
<210> 6
<211> 24
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> T2A
<400> 6
Leu Glu Gly Gly Gly Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp
1 5 10 15
Val Glu Glu Asn Pro Gly Pro Arg
20
<210> 7
<211> 357
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> tEGFR
<400> 7
Met Leu Leu Leu Val Thr Ser Leu Leu Leu Cys Glu Leu Pro His Pro
1 5 10 15
Ala Phe Leu Leu Ile Pro Arg Lys Val Cys Asn Gly Ile Gly Ile Gly
20 25 30
Glu Phe Lys Asp Ser Leu Ser Ile Asn Ala Thr Asn Ile Lys His Phe
35 40 45
Lys Asn Cys Thr Ser Ile Ser Gly Asp Leu His Ile Leu Pro Val Ala
50 55 60
Phe Arg Gly Asp Ser Phe Thr His Thr Pro Pro Leu Asp Pro Gln Glu
65 70 75 80
Leu Asp Ile Leu Lys Thr Val Lys Glu Ile Thr Gly Phe Leu Leu Ile
85 90 95
Gln Ala Trp Pro Glu Asn Arg Thr Asp Leu His Ala Phe Glu Asn Leu
100 105 110
Glu Ile Ile Arg Gly Arg Thr Lys Gln His Gly Gln Phe Ser Leu Ala
115 120 125
Val Val Ser Leu Asn Ile Thr Ser Leu Gly Leu Arg Ser Leu Lys Glu
130 135 140
Ile Ser Asp Gly Asp Val Ile Ile Ser Gly Asn Lys Asn Leu Cys Tyr
145 150 155 160
Ala Asn Thr Ile Asn Trp Lys Lys Leu Phe Gly Thr Ser Gly Gln Lys
165 170 175
Thr Lys Ile Ile Ser Asn Arg Gly Glu Asn Ser Cys Lys Ala Thr Gly
180 185 190
Gln Val Cys His Ala Leu Cys Ser Pro Glu Gly Cys Trp Gly Pro Glu
195 200 205
Pro Arg Asp Cys Val Ser Cys Arg Asn Val Ser Arg Gly Arg Glu Cys
210 215 220
Val Asp Lys Cys Asn Leu Leu Glu Gly Glu Pro Arg Glu Phe Val Glu
225 230 235 240
Asn Ser Glu Cys Ile Gln Cys His Pro Glu Cys Leu Pro Gln Ala Met
245 250 255
Asn Ile Thr Cys Thr Gly Arg Gly Pro Asp Asn Cys Ile Gln Cys Ala
260 265 270
His Tyr Ile Asp Gly Pro His Cys Val Lys Thr Cys Pro Ala Gly Val
275 280 285
Met Gly Glu Asn Asn Thr Leu Val Trp Lys Tyr Ala Asp Ala Gly His
290 295 300
Val Cys His Leu Cys His Pro Asn Cys Thr Tyr Gly Cys Thr Gly Pro
305 310 315 320
Gly Leu Glu Gly Cys Pro Thr Asn Gly Pro Lys Ile Pro Ser Ile Ala
325 330 335
Thr Gly Met Val Gly Ala Leu Leu Leu Leu Leu Val Val Ala Leu Gly
340 345 350
Ile Gly Leu Phe Met
355
<210> 8
<211> 27
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> CD28 (登录号P10747的氨基酸153-179)
<400> 8
Phe Trp Val Leu Val Val Val Gly Gly Val Leu Ala Cys Tyr Ser Leu
1 5 10 15
Leu Val Thr Val Ala Phe Ile Ile Phe Trp Val
20 25
<210> 9
<211> 66
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> CD28 (登录号P10747的氨基酸114-179)
<400> 9
Ile Glu Val Met Tyr Pro Pro Pro Tyr Leu Asp Asn Glu Lys Ser Asn
1 5 10 15
Gly Thr Ile Ile His Val Lys Gly Lys His Leu Cys Pro Ser Pro Leu
20 25 30
Phe Pro Gly Pro Ser Lys Pro Phe Trp Val Leu Val Val Val Gly Gly
35 40 45
Val Leu Ala Cys Tyr Ser Leu Leu Val Thr Val Ala Phe Ile Ile Phe
50 55 60
Trp Val
65
<210> 10
<211> 41
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> CD28 (P1074的氨基酸180-220)
<400> 10
Arg Ser Lys Arg Ser Arg Leu Leu His Ser Asp Tyr Met Asn Met Thr
1 5 10 15
Pro Arg Arg Pro Gly Pro Thr Arg Lys His Tyr Gln Pro Tyr Ala Pro
20 25 30
Pro Arg Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser
35 40
<210> 11
<211> 41
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> CD28 (LL至GG)
<400> 11
Arg Ser Lys Arg Ser Arg Gly Gly His Ser Asp Tyr Met Asn Met Thr
1 5 10 15
Pro Arg Arg Pro Gly Pro Thr Arg Lys His Tyr Gln Pro Tyr Ala Pro
20 25 30
Pro Arg Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser
35 40
<210> 12
<211> 42
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> 4-1BB (Q07011.1的氨基酸214-255)
<400> 12
Lys Arg Gly Arg Lys Lys Leu Leu Tyr Ile Phe Lys Gln Pro Phe Met
1 5 10 15
Arg Pro Val Gln Thr Thr Gln Glu Glu Asp Gly Cys Ser Cys Arg Phe
20 25 30
Pro Glu Glu Glu Glu Gly Gly Cys Glu Leu
35 40
<210> 13
<211> 112
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> CD3ζ
<400> 13
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Gln Gln Gly
1 5 10 15
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
20 25 30
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
35 40 45
Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys
50 55 60
Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg
65 70 75 80
Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110
<210> 14
<211> 112
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> CD3ζ
<400> 14
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Glu Pro Pro Ala Tyr Gln Gln Gly
1 5 10 15
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
20 25 30
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
35 40 45
Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys
50 55 60
Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg
65 70 75 80
Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110
<210> 15
<211> 112
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<223> CD3ζ
<400> 15
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Lys Gln Gly
1 5 10 15
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
20 25 30
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
35 40 45
Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys
50 55 60
Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg
65 70 75 80
Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110
<210> 16
<211> 335
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> tEGFR
<400> 16
Arg Lys Val Cys Asn Gly Ile Gly Ile Gly Glu Phe Lys Asp Ser Leu
1 5 10 15
Ser Ile Asn Ala Thr Asn Ile Lys His Phe Lys Asn Cys Thr Ser Ile
20 25 30
Ser Gly Asp Leu His Ile Leu Pro Val Ala Phe Arg Gly Asp Ser Phe
35 40 45
Thr His Thr Pro Pro Leu Asp Pro Gln Glu Leu Asp Ile Leu Lys Thr
50 55 60
Val Lys Glu Ile Thr Gly Phe Leu Leu Ile Gln Ala Trp Pro Glu Asn
65 70 75 80
Arg Thr Asp Leu His Ala Phe Glu Asn Leu Glu Ile Ile Arg Gly Arg
85 90 95
Thr Lys Gln His Gly Gln Phe Ser Leu Ala Val Val Ser Leu Asn Ile
100 105 110
Thr Ser Leu Gly Leu Arg Ser Leu Lys Glu Ile Ser Asp Gly Asp Val
115 120 125
Ile Ile Ser Gly Asn Lys Asn Leu Cys Tyr Ala Asn Thr Ile Asn Trp
130 135 140
Lys Lys Leu Phe Gly Thr Ser Gly Gln Lys Thr Lys Ile Ile Ser Asn
145 150 155 160
Arg Gly Glu Asn Ser Cys Lys Ala Thr Gly Gln Val Cys His Ala Leu
165 170 175
Cys Ser Pro Glu Gly Cys Trp Gly Pro Glu Pro Arg Asp Cys Val Ser
180 185 190
Cys Arg Asn Val Ser Arg Gly Arg Glu Cys Val Asp Lys Cys Asn Leu
195 200 205
Leu Glu Gly Glu Pro Arg Glu Phe Val Glu Asn Ser Glu Cys Ile Gln
210 215 220
Cys His Pro Glu Cys Leu Pro Gln Ala Met Asn Ile Thr Cys Thr Gly
225 230 235 240
Arg Gly Pro Asp Asn Cys Ile Gln Cys Ala His Tyr Ile Asp Gly Pro
245 250 255
His Cys Val Lys Thr Cys Pro Ala Gly Val Met Gly Glu Asn Asn Thr
260 265 270
Leu Val Trp Lys Tyr Ala Asp Ala Gly His Val Cys His Leu Cys His
275 280 285
Pro Asn Cys Thr Tyr Gly Cys Thr Gly Pro Gly Leu Glu Gly Cys Pro
290 295 300
Thr Asn Gly Pro Lys Ile Pro Ser Ile Ala Thr Gly Met Val Gly Ala
305 310 315 320
Leu Leu Leu Leu Leu Val Val Ala Leu Gly Ile Gly Leu Phe Met
325 330 335
<210> 17
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> T2A
<400> 17
Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp Val Glu Glu Asn Pro
1 5 10 15
Gly Pro
<210> 18
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> P2A
<400> 18
Gly Ser Gly Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val
1 5 10 15
Glu Glu Asn Pro Gly Pro
20
<210> 19
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> P2A
<400> 19
Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val Glu Glu Asn
1 5 10 15
Pro Gly Pro
<210> 20
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> E2A
<400> 20
Gln Cys Thr Asn Tyr Ala Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val Glu Ser
1 5 10 15
Asn Pro Gly Pro
20
<210> 21
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> F2A
<400> 21
Val Lys Gln Thr Leu Asn Phe Asp Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val
1 5 10 15
Glu Ser Asn Pro Gly Pro
20
<210> 22
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 接头
<220>
<221> 重复
<222> (5)...(9)
<223> SGGGG重复5 次
<400> 22
Pro Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Pro
1 5 10
<210> 23
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 接头
<400> 23
Gly Ser Ala Asp Asp Ala Lys Lys Asp Ala Ala Lys Lys Asp Gly Lys
1 5 10 15
Ser
<210> 24
<211> 66
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> GMCSFR α链信号序列
<400> 24
atgcttctcc tggtgacaag ccttctgctc tgtgagttac cacacccagc attcctcctg 60
atccca 66
<210> 25
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GMCSFR α链信号序列
<400> 25
Met Leu Leu Leu Val Thr Ser Leu Leu Leu Cys Glu Leu Pro His Pro
1 5 10 15
Ala Phe Leu Leu Ile Pro
20
<210> 26
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CD8 α信号肽
<400> 26
Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu
1 5 10 15
His Ala
<210> 27
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 27
Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10 15
<210> 28
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 28
Glu Arg Lys Cys Cys Val Glu Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 29
<211> 61
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 29
Glu Leu Lys Thr Pro Leu Gly Asp Thr His Thr Cys Pro Arg Cys Pro
1 5 10 15
Glu Pro Lys Ser Cys Asp Thr Pro Pro Pro Cys Pro Arg Cys Pro Glu
20 25 30
Pro Lys Ser Cys Asp Thr Pro Pro Pro Cys Pro Arg Cys Pro Glu Pro
35 40 45
Lys Ser Cys Asp Thr Pro Pro Pro Cys Pro Arg Cys Pro
50 55 60
<210> 30
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 30
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Ser Cys Pro
1 5 10
<210> 31
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 31
Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 32
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 32
Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5
<210> 33
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 33
Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 34
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<400> 34
Glu Val Val Val Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
1 5 10
<210> 35
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L1
<400> 35
Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr Leu Asn
1 5 10
<210> 36
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L2
<400> 36
Ser Arg Leu His Ser Gly Val
1 5
<210> 37
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L3
<400> 37
Gly Asn Thr Leu Pro Tyr Thr Phe Gly
1 5
<210> 38
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H1
<400> 38
Asp Tyr Gly Val Ser
1 5
<210> 39
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H2
<400> 39
Val Ile Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys Ser
1 5 10 15
<210> 40
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H3
<400> 40
Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly
1 5
<210> 41
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH
<400> 41
Glu Val Lys Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln
1 5 10 15
Ser Leu Ser Val Thr Cys Thr Val Ser Gly Val Ser Leu Pro Asp Tyr
20 25 30
Gly Val Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Arg Lys Gly Leu Glu Trp Leu
35 40 45
Gly Val Ile Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys
50 55 60
Ser Arg Leu Thr Ile Ile Lys Asp Asn Ser Lys Ser Gln Val Phe Leu
65 70 75 80
Lys Met Asn Ser Leu Gln Thr Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys Ala
85 90 95
Lys His Tyr Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 42
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL
<400> 42
Asp Ile Gln Met Thr Gln Thr Thr Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Asp Gly Thr Val Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr His Thr Ser Arg Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Gln
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe Cys Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Thr
100 105
<210> 43
<211> 245
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> scFv
<400> 43
Asp Ile Gln Met Thr Gln Thr Thr Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Asp Gly Thr Val Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr His Thr Ser Arg Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Gln
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe Cys Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Thr Gly Ser Thr Ser Gly
100 105 110
Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr Lys Gly Glu Val Lys
115 120 125
Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln Ser Leu Ser
130 135 140
Val Thr Cys Thr Val Ser Gly Val Ser Leu Pro Asp Tyr Gly Val Ser
145 150 155 160
Trp Ile Arg Gln Pro Pro Arg Lys Gly Leu Glu Trp Leu Gly Val Ile
165 170 175
Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys Ser Arg Leu
180 185 190
Thr Ile Ile Lys Asp Asn Ser Lys Ser Gln Val Phe Leu Lys Met Asn
195 200 205
Ser Leu Gln Thr Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys Ala Lys His Tyr
210 215 220
Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Ser
225 230 235 240
Val Thr Val Ser Ser
245
<210> 44
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L1
<400> 44
Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn Val Ala
1 5 10
<210> 45
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L2
<400> 45
Ser Ala Thr Tyr Arg Asn Ser
1 5
<210> 46
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR L3
<400> 46
Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr Thr
1 5
<210> 47
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H1
<400> 47
Ser Tyr Trp Met Asn
1 5
<210> 48
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H2
<400> 48
Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 49
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CDR H3
<400> 49
Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr
1 5 10
<210> 50
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH
<400> 50
Glu Val Lys Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Trp Met Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Gln Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Arg Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 51
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL
<400> 51
Asp Ile Glu Leu Thr Gln Ser Pro Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Ser Val Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Lys Pro Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Thr Tyr Arg Asn Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Thr Asn Val Gln Ser
65 70 75 80
Lys Asp Leu Ala Asp Tyr Phe Cys Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr
85 90 95
Thr Ser Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 52
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 接头
<400> 52
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser
1 5 10 15
<210> 53
<211> 245
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> scFv
<400> 53
Glu Val Lys Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ser
1 5 10 15
Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Trp Met Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe
50 55 60
Lys Gly Gln Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Arg Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly
115 120 125
Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Glu Leu Thr Gln Ser
130 135 140
Pro Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly Asp Arg Val Ser Val Thr Cys
145 150 155 160
Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys
165 170 175
Pro Gly Gln Ser Pro Lys Pro Leu Ile Tyr Ser Ala Thr Tyr Arg Asn
180 185 190
Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe
195 200 205
Thr Leu Thr Ile Thr Asn Val Gln Ser Lys Asp Leu Ala Asp Tyr Phe
210 215 220
Cys Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr Thr Ser Gly Gly Gly Thr Lys
225 230 235 240
Leu Glu Ile Lys Arg
245
<210> 54
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC-CDR3
<400> 54
His Tyr Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr
1 5 10
<210> 55
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC-CDR2
<400> 55
His Thr Ser Arg Leu His Ser
1 5
<210> 56
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC-CDR3
<400> 56
Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr Thr
1 5
<210> 57
<211> 735
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 编码scFv的序列
<400> 57
gacatccaga tgacccagac cacctccagc ctgagcgcca gcctgggcga ccgggtgacc 60
atcagctgcc gggccagcca ggacatcagc aagtacctga actggtatca gcagaagccc 120
gacggcaccg tcaagctgct gatctaccac accagccggc tgcacagcgg cgtgcccagc 180
cggtttagcg gcagcggctc cggcaccgac tacagcctga ccatctccaa cctggaacag 240
gaagatatcg ccacctactt ttgccagcag ggcaacacac tgccctacac ctttggcggc 300
ggaacaaagc tggaaatcac cggcagcacc tccggcagcg gcaagcctgg cagcggcgag 360
ggcagcacca agggcgaggt gaagctgcag gaaagcggcc ctggcctggt ggcccccagc 420
cagagcctga gcgtgacctg caccgtgagc ggcgtgagcc tgcccgacta cggcgtgagc 480
tggatccggc agccccccag gaagggcctg gaatggctgg gcgtgatctg gggcagcgag 540
accacctact acaacagcgc cctgaagagc cggctgacca tcatcaagga caacagcaag 600
agccaggtgt tcctgaagat gaacagcctg cagaccgacg acaccgccat ctactactgc 660
gccaagcact actactacgg cggcagctac gccatggact actggggcca gggcaccagc 720
gtgaccgtga gcagc 735
<210> 58
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 铰链
<220>
<221> 变体
<222> (1)...(1)
<223> Xaa是甘氨酸、半胱氨酸或精氨酸
<220>
<221> 变体
<222> (4)...(4)
<223> Xaa是半胱氨酸或苏氨酸
<400> 58
Xaa Pro Pro Xaa Pro
1 5
<210> 59
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 接头
<400> 59
Gly Ser Thr Ser Gly Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr
1 5 10 15
Lys Gly

Claims (96)

1.一种治疗癌症的方法，所述方法包括：
(1)向患有癌症的受试者施用T细胞疗法，所述T细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原；和
(2)向所述受试者施用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂。
2.一种治疗癌症的方法，所述方法包括向患有癌症的受试者施用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂，其中所述受试者是被施用T细胞疗法的候选者或已经被施用T细胞疗法，所述T细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原。
3.一种治疗受试者的癌症的方法，所述方法包括向患有癌症的受试者施用T细胞疗法，所述T细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，其中所述受试者已经被施用或将要被施用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂。
4.一种用T细胞疗法治疗癌症的方法，所述T细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：
(a)评估来自受试者的肿瘤活检样品中的：
(i)一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合；和/或
(ii)一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合，
其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；
(b)在以下情况下选择受试者进行所述细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因的水平或量低于基因参考值；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量高于基因参考值；以及
(c)向所选受试者施用所述T细胞疗法。
5.一种用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂和T细胞疗法治疗癌症的方法，所述T细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：
(a)评估来自受试者的肿瘤活检样品中的：
(i)一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合；和/或
(ii)一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合，
其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；
(b)在以下情况下选择受试者进行治疗：
(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值；以及
(c)向所选受试者施用所述EZH2抑制剂和所述T细胞疗法。
6.一种选择患有癌症的受试者以施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因的水平或量，所述第一基因选自：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合；和/或(ii)来自所述受试者的生物样品中的一个或多个第二基因的水平或量，所述第二基因选自：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合，
其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的蛋白质和/或多核苷酸的水平或量；所述受试者将接受T细胞疗法的施用，所述T细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，并且在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得所述肿瘤活检样品；以及
(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因的水平或量高于基因参考值；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因的水平或量低于基因参考值。
7.根据权利要求6所述的方法，其中，如果选择所述受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗，则所述方法还包括向所选受试者施用所述EZH2抑制剂和所述T细胞疗法。
8.根据权利要求6所述的方法，其中，如果不选择所述受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗，则所述方法仅包括仅向所述受试者施用所述T细胞疗法。
9.根据权利要求4-8中任一项所述的方法，其中所述基因参考值在所述一个或多个基因于以下群体中的平均水平或量的25％内、20％内、15％内、10％内、或5％内：(a)未患所述癌症的受试者群体，或(b)患有所述癌症并被施用所述T细胞疗法的受试者群体，所述受试者在施用所述T细胞疗法后继续表现出部分反应(PR)或完全反应(CR)。
10.根据权利要求9所述的方法，其中患有所述癌症的受试者群体在施用所述T细胞疗法后至少1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月或更长时间继续表现出PR或CR。
11.一种用T细胞疗法治疗癌症的方法，所述T细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：
(a)评估(i)来自受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2；和/或(ii)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第二基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2；
(b)在以下情况下选择受试者进行所述细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因集的表达下调；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因集的表达上调；以及
(c)向所选受试者施用所述T细胞疗法。
12.一种用zeste增强子同源物2(EZH2)的抑制剂和T细胞疗法治疗癌症的方法，所述T细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，所述方法包括：
(a)评估(i)来自受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2；和/或(ii)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第二基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2；
(b)在以下情况下选择受试者进行所述EZH2抑制剂和所述细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因集的表达上调；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调；以及
(c)向所选受试者施用所述EZH2抑制剂和所述T细胞疗法。
13.一种选择患有癌症的受试者以施用zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂的方法，所述方法包括：
(a)评估(i)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第一基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：EZH2、E2F2、RAD51、POLQ、POLD1、MCM10、TRIP13、TFRC、MCM2、ENO1、GTSE1、UBE2T、CAD、ORC1、TPX2、ICAM1、KIF4A、CDC6、CENPM、POLE2、MTHFD1、GINS1、MYBL2、E2F1、FAM83D、CENPI、OIP5、RNASEH2A、ASF1B、CCNE1、SLC1A5、MRPL4、NAMPT、NPM3、TMEM97、NCAPG、CDCA3、MCM3、GMNN、VEGFA、SLC29A1、KIF20A、CENPA、CDC20、DUSP1、CDK2、XPO5、PAICS、E2F8、TUBG1、TOP2A、PCNA、RFC3、CCNB1、SLC43A3、TROAP、ESPL1、TCF19、SLC39A8、DIAPH3、KIF2C、NUF2、DTL、CDCA5、NCAPG2、GINS4、PLIN2、MKI67、CENPU、SKA1、MAPK13、TAGLN2、FDPS、RECQL4、ATF3、IER5、TKT、CDC25A、E2F7、RRM1、CDT1、SLC3A2、FEN1、ATF5、FASN、CDK1、POLH、RRM2、TYMS、GSG2、JUN、AURKB、GINS3、UPP1、KIF18B、KLHL23、KIFC1、NME1、UHRF1、UBE2S、SPC24、H2AFX、DDX39A、TK1、CDK4、DNMT1、SNRPB、RAD54L、GINS2、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、EBP、GLA、STC1、HSPE1、ACLY、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、FARSA、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2；和/或(ii)来自所述受试者的肿瘤活检样品中的一个或多个第二基因集的表达，每个基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、IL6ST、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、ICOS、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CCD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1、LINC00239、PDCD1、LAG3、KLRB1、LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2，
其中所述受试者将接受T细胞疗法的施用，所述细胞疗法包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，其中所述CAR特异性地结合与所述癌症的细胞相关的、由所述癌症的细胞表达的或存在于所述癌症的细胞上的抗原，并且在施用所述细胞疗法之前从所述受试者获得所述肿瘤活检样品；以及
(b)在以下情况下选择患有所述癌症的受试者进行所述EZH2抑制剂和所述T细胞疗法的治疗：
(i)所述一个或多个第一基因集的表达上调；和/或
(ii)所述一个或多个第二基因集的表达下调。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法包含对于所述受试者是自体的细胞。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中，在向所述受试者施用所述T细胞疗法之前，由从所述受试者收集的生物样品的自体细胞离体产生所述T细胞疗法，任选地其中所述生物样品是或包含单采术产物。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述T细胞疗法的T细胞源自所述生物样品的自体细胞。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中在开始施用所述T细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。
18.根据权利要求15-17中任一项所述的方法，其中在收集所述生物样品之后并且在开始施用所述EZH2抑制剂和/或所述T细胞疗法之前，向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法。
19.根据权利要求17或权利要求18所述的方法，其中在开始施用所述T细胞疗法之前2与7天之间结束所述淋巴细胞清除疗法。
20.根据权利要求4-19中任一项所述的方法，其中在向所述受试者施用淋巴细胞清除疗法之前，任选地在向所述受试者施用所述淋巴细胞清除疗法之前7天、之前6天、之前5天、之前4天、之前3天、之前2天、之前1天、之前16小时、之前12小时，之前6小时，之前2小时、或之前1小时内，获得所述肿瘤活检样品。
21.根据权利要求17-20中任一项所述的方法，其中在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前向所述受试者施用所述EZH2抑制剂，任选地其中在开始施用所述淋巴细胞清除疗法之前以及直到开始施用所述淋巴细胞清除疗法向所述受试者施用所述EZH2抑制剂。
22.根据权利要求17-21中任一项所述的方法，其中在结束施用所述淋巴细胞清除疗法之后向所述受试者施用所述EZH2抑制剂，任选地其中在结束所述淋巴细胞清除疗法之后恢复所述EZH2抑制剂的施用。
23.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-22中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前开始施用所述EZH2抑制剂。
24.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-23中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前约4周与开始施用所述T细胞疗法之前约1周之间开始施用所述EZH2抑制剂。
25.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-20以及22中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前为或约14天、为或约7天、或为或约1天与开始施用所述T细胞疗法之后为或约14天、为或约7天、或为或约1天之间的时间开始施用所述抑制剂。
26.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-25中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之前为或约7天与开始施用所述细胞疗法之前为或约2天之间的时间开始施用所述抑制剂。
27.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-26中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在在开始施用所述T细胞疗法之前为或约7天、为或约5天、为或约3天、为或约2天、或为或约1天开始施用所述抑制剂。
28.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-27中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前约5天内或约5天开始施用所述抑制剂。
29.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-28中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前约2天内或约2天开始施用所述抑制剂。
30.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-29中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前约1天内或约1天开始施用所述抑制剂。
31.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-30中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括：
开始施用所述抑制剂与开始施用所述T细胞疗法并行进行或在同一天进行；和/或
施用至少一个剂量的所述EZH2抑制剂与所述T细胞疗法并行进行和/或在同一天进行。
32.根据权利要求3、5、7、9、10、12和13-31中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之后不超过2天开始施用所述抑制剂，任选地其中所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之后1天内开始施用所述抑制剂。
33.根据权利要求3、5、7、9、10、12、13-30和32中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述T细胞疗法之前至少7天、之前至少5天、之前至少2天、或之前至少1天停止施用所述EZH2抑制剂。
34.根据权利要求1-33中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法的施用包括施用约1x105个总CAR表达T细胞至约5x108个总CAR表达T细胞。
35.根据权利要求1-34中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法富集CD3+、CD4+、CD8+T细胞或CD4+和CD8+T细胞。
36.根据权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述T细胞疗法富集CD4+和CD8+T细胞。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述T细胞疗法的CD4+和CD8+T细胞包含限定比率的CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞和/或CD4+CAR表达T细胞与CD8+CAR表达T细胞，所述比率为或大约为1:1或在大约1:3与大约3:1之间。
38.根据权利要求1-37中任一项所述的方法，其中所述CAR包含特异性地结合所述抗原的细胞外抗原识别结构域和包含ITAM的细胞内信号传导结构域。
39.根据权利要求1-38中任一项所述的方法，其中所述抗原是B细胞抗原，任选地其中所述抗原选自CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igκ、Igλ、CD79a、CD79b或CD30。
40.根据权利要求38或权利要求39所述的方法，其中所述细胞内信号传导结构域包含CD3-zeta(CD3ζ)链的细胞内结构域。
41.根据权利要求38-40中任一项所述的方法，其中所述细胞内信号传导区还包含共刺激信号传导区。
42.根据权利要求41所述的方法，其中所述共刺激信号传导区包含CD28或4-1BB、任选地人CD28或人4-1BB的信号传导结构域。
43.根据权利要求17-42中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用氟达拉滨和/或环磷酰胺。
44.根据权利要求17-43中任一项所述的方法，其中：
(i)所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为约200-400mg/m2、任选地为或约300mg/m2的环磷酰胺，包含端值；和/或为约20-40mg/m2、任选地30mg/m2的氟达拉滨，持续2-4天、任选地持续3天，或者其中所述淋巴细胞清除疗法包括施用为约500mg/m2的环磷酰胺；和/或
(ii)所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约300mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天；和/或
所述淋巴细胞清除疗法包括每天施用为或约500mg/m2的环磷酰胺和为约30mg/m2的氟达拉滨，持续3天。
45.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-44中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约800mg所述抑制剂。
46.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-44中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约1600mg所述抑制剂。
47.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-44中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天施用约2400mg所述抑制剂。
48.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12和13-44中任一项所述的方法，其中所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括一个或多个剂量的所述抑制剂，并且剂量在为或约200mg与为或约1600mg之间。
49.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-44和48中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天两个剂量(每天两次给药)。
50.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-44和48中任一项所述的方法，其中所述抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括每天三个剂量(每天三次给药)。
51.根据权利要求48-50中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量在为或约400mg与为或约800mg之间，包含端值。
52.根据权利要求48-51中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量是为或约400mg。
53.根据权利要求48-51中任一项所述的方法，其中所述抑制剂的每个剂量是为或约800mg。
54.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-32和34-53中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂以给药方案施用，所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达三个月。
55.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-32和34-54中任一项所述的方法，其中所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达两个月。
56.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-32和34-55中任一项所述的方法，其中所述给药方案包括在开始施用所述细胞疗法之后施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，持续长达1个月。
57.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-32和34-53中任一项所述的方法，其中所述给药方案包括施用所述EZH2抑制剂，任选地每天两次或每天三次，直到所述受试者表现出完全反应或直到所述受试者表现出疾病进展。
58.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-32和34-53中任一项所述的方法，其中所述给药方案包括如果所述受试者表现出临床缓解，则中断所述EZH2抑制剂的施用。
59.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-58中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂选自他泽司他(EPZ-6438)、CPI-1205、GSK343、GSK126和伐美妥司他(DS-3201b)。
60.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-59中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂是他泽司他(EPZ-6438)。
61.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-59中任一项所述的方法，其中所述EZH2抑制剂是CPI-1205。
62.根据权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述癌症是实体瘤。
63.根据权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述癌症是血液恶性肿瘤。
64.根据权利要求1-61和63中任一项所述的方法，其中所述癌症是B细胞恶性肿瘤。
65.根据权利要求1-61、63和64中任一项所述的方法，其中所述癌症是骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。
66.根据权利要求1-61和63-65中任一项所述的方法，其中所述癌症是急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、成人ALL、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)或大B细胞淋巴瘤。
67.根据权利要求1-61和63-66中任一项所述的方法，其中所述癌症是非霍奇金淋巴瘤(NHL)。
68.根据权利要求67所述的方法，其中所述NHL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，任选地是DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型。
69.根据权利要求1-3、5、7、9、10、12、13-68中任一项所述的方法，所述方法包括从患有DLBCL、任选地DLBCL的生发中心B细胞(GCB)亚型的受试者中选择受试者进行所述EZH2抑制剂的治疗。
70.根据权利要求1-69中任一项所述的方法，其中所述受试者已经在使用治疗所述癌症的先前疗法治疗后在缓解后复发，或变得对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗是难治的，对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗经历失败，和/或对使用治疗所述癌症的先前疗法的治疗不耐受。
71.根据权利要求1-70中任一项所述的方法，其中所述癌症对仅使用所述T细胞疗法的治疗具有抗性。
72.根据权利要求1-71中任一项所述的方法，其中：
所述方法增加能够浸润所述受试者中的肿瘤微环境(TME)的表达CAR的T细胞的数量；和/或
在所治疗的多名受试者中，与不涉及施用所述抑制剂的方法相比，所述细胞疗法的表达CAR的T细胞到肿瘤微环境(TME)中的浸润增加。
73.根据权利要求1-72中任一项所述的方法，其中所述肿瘤活检样品是淋巴结活检物。
74.根据权利要求1-73中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
75.根据权利要求4-10和14-74中任一项所述的方法，其中所述一个或多个基因的水平或量是由所述一个或多个基因编码的多核苷酸的水平或量。
76.根据权利要求4-10和14-75中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因是EZH2。
77.根据权利要求4-10和14-76中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因选自：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；及其组合。
78.根据权利要求4-10和14-77中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因选自：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)；及其组合。
79.根据权利要求4-10和14-78中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因选自：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39A GLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16、HK2及其组合。
80.根据权利要求4-10和14-79中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因是T细胞标记，任选地CD3ε。
81.根据权利要求4-10和14-80中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28、CCL21及其组合。
82.根据权利要求4-10和14-81中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：PDCD1、LAG3、TIGIT及其组合。
83.根据权利要求4-10和14-82中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：FYN、TXK、ZBP1、TMEM71、KIAA1551及其组合。
84.根据权利要求4-10和14-83中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：电压依赖性钙通道α2/δ亚基2(CACNA2D2)；氨基己二酸-半醛合成酶(AASS)；teneurin跨膜蛋白1(TENM1)；TRAF3互作蛋白3(TRAF3IP3)；SRC、FGR、YES相关FYN癌基因(FYN)；CD6分子(CD6)；蛋白激酶Cη(PRKCH)；具有RhoGAP结构域、锚蛋白重复序列和PH结构域的ArfGAP 2(ARAP2)；蛋白激酶Cθ(PRKCQ)；细胞附着蛋白交换因子互作蛋白1(IPCEF1)；TXK酪氨酸激酶(TXK)；Rho GTP酶活化蛋白15(ARHGAP15)；含有三核苷酸重复序列的6C(TNRC6C)；转录因子7(T细胞特异性，HMG盒)(TCF7)；血浆胆固醇酯转移蛋白(CETP)；信号调节蛋白γ(SIRPG)；环指蛋白125，E3泛素蛋白连接酶(RNF125)；CD40配体(CD40LG)；RNA聚合酶I转录因子同源物(酿酒酵母)假基因2(RRN3P2)；嗅质蛋白2(OLFM2)；GATA结合蛋白3(GATA3)；cubilin(内因子-钴胺素受体)(CUBN)；sparc/骨粘连蛋白、cwcv和kazal样结构域蛋白多糖(睾丸蛋白聚糖)2(SPOCK2)；肌醇多磷酸-4-磷酸酶，II型，105kDa(INPP4B)；CD5分子(CD5)；ST8α-N-乙酰基-神经氨酸苷α-2,8-唾液酸转移酶1(ST8SIA1)；补体组分7(C7)；IL2诱导型T细胞激酶(ITK)；白血病抑制因子受体α(LIFR)；磷脂酶C样蛋白1(PLCL1)；CD2分子(CD2)；细胞周期蛋白D2(CCND2)；簇集素(CLU)；Z-DNA结合蛋白1(ZBP1)；B细胞CLL/淋巴瘤11B(锌指蛋白)(BCL11B)；嵌合蛋白1(CHN1)；catsper通道辅助亚基β(CATSPERB)；白介素6信号转导蛋白(gp130，制瘤素M受体)(IL6ST)；趋化因子(C-C基序)配体21(CCL21)；磷脂酶Cβ2(PLCB2)；信号转导和转录激活因子4(STAT4)；杀伤细胞凝集素样受体亚家族G成员1(KLRG1)；溶质载体家族12(钾/氯化物转运体)成员6(SLC12A6)；腓骨蛋白7(FBLN7)；腿中部上的性梳样蛋白4(果蝇属)(SCML4)；溶质载体家族22(有机阳离子转运体)成员3(SLC22A3)；G蛋白偶联受体174(GPR174)；三十四肽重复结构域12(TTC12)；磷脂酶Cη2(PLCH2)；含有卷曲螺旋结构域的102B(CCDC102B)；半胱氨酰白三烯受体2(CYSLTR2)；N-肉豆蔻酰基转移酶2(NMT2)；CD8a分子(CD8A)；锚蛋白重复结构域29(ANKRD29)；三十四肽重复结构域39B(TTC39B)；具有1型血小板反应蛋白基序的ADAM金属肽酶3(ADAMTS3)；突触小泡糖蛋白2A(SV2A)；含有泛素相关结构域和SH3结构域的蛋白A(UBASH3A)；血管细胞粘附分子1(VCAM1)；转化生长因子β受体II(70/80kDa)(TGFBR2)；T细胞受体相关跨膜衔接子1(TRAT1)；细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)；诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)；CD200受体1(CD200R1)；非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶13(APO-1/CD95(Fas)相关磷酸酶)(PTPN13)；I样脱氧核糖核酸酶3(DNASE1L3)；凝血因子II(凝血酶)受体样蛋白2(F2RL2)；酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(ACSL6)；含有不育α基序结构域的蛋白3(SAMD3)；钾通道亚家族K成员5(KCNK5)；跨膜蛋白71(TMEM71)；核串联C2结构域(TC2N)；schlafen家族成员5(SLFN5)；eva-1同源物C(秀丽隐杆线虫)(EVA1C)；小G蛋白信号调节因子1(SGSM1)；CD3d分子δ(CD3-TCR复合物)(CD3D)；ATP结合盒亚家族A(ABC1)成员3(ABCA3)；G蛋白偶联受体183(GPR183)；含有锚蛋白重复结构域和激酶结构域的蛋白1(ANKK1)；嗅觉受体家族2亚家族A成员20假基因(OR2A20P)；鞘氨醇-1-磷酸受体1(S1PR1)；锌指蛋白483(ZNF483)；趋化因子(C基序)受体1(XCR1)；CD7分子(CD7)；KIAA1551(KIAA1551)；葡萄糖胺基(N-乙酰基)转移酶4，核心2(GCNT4)；电压门控钾通道shaker相关亚家族成员2(KCNA2)；CD28分子(CD28)；GTP酶，IMAP家族成员7(GIMAP7)；锚蛋白重复结构域18A(ANKRD18A)；具有Ig结构域和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)；趋化因子(C-C基序)受体4(CCR4)；含有SH2结构域的蛋白1A(SH2D1A)；白介素3受体α(低亲和力)(IL3RA)；GPRIN家族成员3(GPRIN3)；亲嗜性病毒整合位点2B(EVI2B)；核小体组装蛋白1样蛋白2(NAP1L2)；选择素L(SELL)；含有死亡结构域的蛋白1(DTHD1)；C型凝集素结构域家族4成员C(CLEC4C)；α-激酶2(ALPK2)；CD3e分子ε(CD3-TCR复合物)(CD3E)；l(3)mbt样蛋白3(果蝇属)(L3MBTL3)；含有抑制蛋白结构域的蛋白5(ARRDC5)；用于激活T细胞的接头(LAT)；与拓扑异构酶II同源物相关的蛋白质2(酵母)(PATL2)；A2M反义RNA 1(A2M-AS1)；LINC01550(LINC01550)；GTP酶，非常大的干扰素诱导型假基因1(GVINP1)；长基因间非蛋白质编码RNA239(LINC00239)；及其组合。
85.根据权利要求4-10和14-84中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因选自：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L、IRF2及其组合。
86.根据权利要求11-74中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因集包含选自以下的多个基因：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
87.根据权利要求11-74和86中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因集包含选自以下的多个基因：E2F转录因子2(E2F2)；RAD51重组酶(RAD51)；聚合酶(DNA指导的)θ(POLQ)；聚合酶(DNA指导的)δ1催化亚基(POLD1)；微小染色体维持复合物组分10(MCM10)；甲状腺激素受体互作蛋白13(TRIP13)；转铁蛋白受体(TFRC)；微小染色体维持复合物组分2(MCM2)；烯醇化酶1(α)(ENO1)；G-2和S期表达蛋白1(GTSE1)；泛素缀合酶E2T(推定的)(UBE2T)；氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨甲酰酶和二氢乳清酸酶(CAD)；起始识别复合物亚基1(ORC1)；微管相关的TPX2(TPX2)；细胞间粘附分子1(ICAM1)；驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)；细胞分裂周期蛋白6(CDC6)；着丝粒蛋白M(CENPM)；聚合酶(DNA指导的)ε2辅助亚基(POLE2)；亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖性)1、次甲基四氢叶酸环化水解酶、甲酰四氢叶酸合成酶(MTHFD1)；GINS复合物亚基1(Psf1同源物)(GINS1)；v-myb禽成髓细胞血症病毒癌基因同源物样2(MYBL2)；E2F转录因子1(E2F1)；序列相似性家族83成员D(FAM83D)；着丝粒蛋白I(CENPI)；Opa互作蛋白5(OIP5)；核糖核酸酶H2亚基A(RNASEH2A)；抗沉默功能1B组蛋白伴侣(ASF1B)；细胞周期蛋白E1(CCNE1)；溶质载体家族1(中性氨基酸转运体)成员5(SLC1A5)；线粒体核糖体蛋白L4(MRPL4)；烟酰胺磷酸核糖基转移酶(NAMPT)；核仁磷酸蛋白/核质蛋白3(NPM3)；跨膜蛋白97(TMEM97)；非SMC凝缩蛋白I复合物亚基G(NCAPG)；细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)；微小染色体维持复合物组分3(MCM3)；联会蛋白，DNA复制抑制剂(GMNN)；血管内皮生长因子A(VEGFA)；溶质载体家族29(平衡型核苷转运体)成员1(SLC29A1)；驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)；着丝粒蛋白A(CENPA)；细胞分裂周期蛋白20(CDC20)；双特异性磷酸酶1(DUSP1)；细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)；输出蛋白5(XPO5)；磷酸核糖氨基咪唑羧化酶，磷酸核糖氨基咪唑琥珀甲酰胺合成酶(PAICS)；E2F转录因子8(E2F8)；微管蛋白γ1(TUBG1)；拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa(TOP2A)；增殖细胞核抗原(PCNA)；复制因子C(激活因子1)3，38kDa(RFC3)；细胞周期蛋白B1(CCNB1)；溶质载体家族43成员3(SLC43A3)；营养蛋白相关蛋白(TROAP)；纺锤体外极体同源物1(酿酒酵母)(ESPL1)；转录因子19(TCF19)；溶质载体家族39(锌转运体)成员8(SLC39A8)；透明相关形成蛋白3(DIAPH3)；驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)；NUF2，NDC80动粒复合物组分(NUF2)；无小齿状E3泛素蛋白连接酶同源物(果蝇属)(DTL)；细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)；非SMC凝缩蛋白II复合物亚基G2(NCAPG2)；GINS复合物亚基4(Sld5同源物)(GINS4)；脂滴包被蛋白2(PLIN2)；增殖标记Ki-67(MKI67)；着丝粒蛋白U(CENPU)；纺锤体和动粒相关复合物亚基1(SKA1)；丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)；转胶蛋白2(TAGLN2)；法呢基二磷酸合成酶(FDPS)；RecQ蛋白样4(RECQL4)；转录激活因子3(ATF3)；即刻早期应答蛋白5(IER5)；转酮醇酶(TKT)；细胞分裂周期蛋白25A(CDC25A)；E2F转录因子7(E2F7)；核糖核苷酸还原酶M1(RRM1)；染色质许可和DNA复制因子1(CDT1)；溶质载体家族3(氨基酸转运体重链)成员2(SLC3A2)；瓣状结构特异性核酸内切酶1(FEN1)；转录激活因子5(ATF5)；脂肪酸合成酶(FASN)；细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)；聚合酶(DNA指导的)η(POLH)；核糖核苷酸还原酶M2(RRM2)；胸苷酸合成酶(TYMS)；生殖细胞相关蛋白2(haspin)(GSG2)；jun原癌基因(JUN)；极光激酶B(AURKB)；GINS复合物亚基3(Psf3同源物)(GINS3)；尿苷磷酸化酶1(UPP1)；驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)；kelch样家族成员23(KLHL23)；驱动蛋白家族成员C1(KIFC1)；NME/NM23核苷二磷酸激酶1(NME1)；以及具有PHD和环指结构域的泛素样蛋白1(UHRF1)。
88.根据权利要求11-74、86和87中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第一基因集包含选自以下的多个基因：MCM3、CENPM、TRIP13、UBE2S、SPC24、CDC25A、RFC3、ASF1B、H2AFX、DDX39A、GINS1、UBE2T、POLD1、TK1、CDK4、RNASEH2A、KIF18B、DNMT1、ESPL1、SNRPB、MCM3、CDC6、UBE2S、CDC25A、H2AFX、DDX39A、CDK4、E2F2、RAD54L、E2F1、ESPL1、MCM2、GINS2、POLQ、CDKN2C、RACGAP1、SLC7A1、CHAF1A、MT2A、CDK1、EBP、SLC1A5、CDC25A、DDX39A GLA、STC1、MCM2 RRM2、HSPE1、ACLY、TMEM97、MCM4、UNG、DHCR24、HSPA9、INSIG1、ATP5G1、SLC37A4、CANX、CACYBP、BYSL、PHB、CDK4、HSPE1、FARSA、TMEM97、MCM4、UNG、NOP56、PA2G4、SORD、EXOSC5、TBRG4、TCOF1、MRTO4、SRM、RRP12、HSPD1、NOP16和HK2。
89.根据权利要求11-74和86-88中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：CACNA2D2、AASS、TENM1、TRAF3IP3、FYN、CD6、PRKCH、ARAP2、PRKCQ、IPCEF1、TXK、ARHGAP15、TNRC6C、TCF7、CETP、SIRPG、RNF125、CD40LG、RRN3P2、OLFM2、GATA3、CUBN、SPOCK2、INPP4B、CD5、ST8SIA1、C7、ITK、LIFR、PLCL1、CD2、CCND2、CLU、ZBP1、BCL11B、CHN1、CATSPERB、CCL21、PLCB2、STAT4、KLRG1、SLC12A6、FBLN7、SCML4、SLC22A3、GPR174、TTC12、PLCH2、CCDC102B、CYSLTR2、NMT2、CD8A、ANKRD29、TTC39B、ADAMTS3、SV2A、UBASH3A、VCAM1、TGFBR2、TRAT1、CTLA4、CD200R1、PTPN13、DNASE1L3、F2RL2、ACSL6、SAMD3、KCNK5、TMEM71、TC2N、SLFN5、EVA1C、SGSM1、CD3D、ABCA3、GPR183、ANKK1、OR2A20P、S1PR1、ZNF483、XCR1、CD7、KIAA1551、GCNT4、KCNA2、CD28、GIMAP7、ANKRD18A、TIGIT、CCR4、SH2D1A、IL3RA、GPRIN3、EVI2B、NAP1L2、SELL、DTHD1、CLEC4C、ALPK2、CD3E、L3MBTL3、ARRDC5、LAT、PATL2、A2M-AS1、LINC01550、GVINP1和LINC00239。
90.根据权利要求11-74和86-89中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：LAP3、LGALS3BP、ADAR、ELF1、TRIM14、USP18、TDRD7、PROCR、TMEM140、IFI35、TRIM25、TRIM5、CXCL10、PARP12、C1S、NCOA7、GBP2、UBA7、IFI44L和IRF2。
91.根据权利要求11-74和86-90中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：FYN、TXK、ZBP1、TMEM71和KIAA1551。
92.根据权利要求11-74和86-91中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：KLRB1、CD40LG、ICOS、CD28和CCL21。
93.根据权利要求4-10和14-92中任一项所述的方法，其中所述一个或多个第二基因集包含选自以下的多个基因：PDCD1、LAG3和TIGIT。
94.根据权利要求11-74和86-93中任一项所述的方法，其中所述多个基因包含在约2与约150个之间的基因、在约10与约150个之间的基因、在约20与约150个之间的基因、在约50与约150个之间的基因、在约100与约150个之间的基因、在约2至100个之间的基因、在约10与约100个之间的基因、在约20与约100个之间的基因、在约50与约100个之间的基因、在约2与约50个之间的基因、在约10与约50个之间的基因、在约20与约50个之间的基因、在约2与约20个之间的基因、在约10与约20个之间的基因、在约2与约10个之间的基因。
95.根据权利要求11-74和86-94中任一项所述的方法，其中基因集中的所述多个基因是为或约5个基因、为或约10个基因、为或约20个基因、为或约50个基因、为或约100个基因、或为或约150个基因。
96.根据权利要求11-74和86-95中任一项所述的方法，其中基因集表达通过包括基因集富集分析(GSEA)的方法来确定。
CN202080073337.9A 2019-08-22 2020-08-21 T细胞疗法和zeste增强子同源物2(ezh2)抑制剂的组合疗法及相关方法 Pending CN114555112A (zh)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962890607P 2019-08-22 2019-08-22
US62/890,607 2019-08-22
US202063024502P 2020-05-13 2020-05-13
US63/024,502 2020-05-13
US202063037584P 2020-06-10 2020-06-10
US63/037,584 2020-06-10
PCT/US2020/047537 WO2021035194A1 (en) 2019-08-22 2020-08-21 Combination therapy of a t cell therapy and an enhancer of zeste homolog 2 (ezh2) inhibitor and related methods

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN114555112A true CN114555112A (zh) 2022-05-27

Family

ID=72432997

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202080073337.9A Pending CN114555112A (zh) 2019-08-22 2020-08-21 T细胞疗法和zeste增强子同源物2(ezh2)抑制剂的组合疗法及相关方法

Country Status (6)

Country Link
US (1) US20220298222A1 (zh)
EP (1) EP4017527A1 (zh)
JP (1) JP2022545467A (zh)
KR (1) KR20220066892A (zh)
CN (1) CN114555112A (zh)
WO (1) WO2021035194A1 (zh)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20220157413A1 (en) * 2019-08-23 2022-05-19 Unlearn.AI, Inc. Systems and Methods for Designing Augmented Randomized Trials
WO2023159124A2 (en) * 2022-02-17 2023-08-24 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Methods for overcoming tazemetostat-resistance in cancer patients

Family Cites Families (122)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4452773A (en) 1982-04-05 1984-06-05 Canadian Patents And Development Limited Magnetic iron-dextran microspheres
US5168062A (en) 1985-01-30 1992-12-01 University Of Iowa Research Foundation Transfer vectors and microorganisms containing human cytomegalovirus immediate-early promoter-regulatory DNA sequence
US4690915A (en) 1985-08-08 1987-09-01 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Adoptive immunotherapy as a treatment modality in humans
US4795698A (en) 1985-10-04 1989-01-03 Immunicon Corporation Magnetic-polymer particles
US5219740A (en) 1987-02-13 1993-06-15 Fred Hutchinson Cancer Research Center Retroviral gene transfer into diploid fibroblasts for gene therapy
DE68919715T2 (de) 1988-12-28 1995-04-06 Stefan Miltenyi Verfahren sowie materialien zur hochgraduierten magnetischen abspaltung biologischer materialien.
US5200084A (en) 1990-09-26 1993-04-06 Immunicon Corporation Apparatus and methods for magnetic separation
US5925517A (en) 1993-11-12 1999-07-20 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits
US5538848A (en) 1994-11-16 1996-07-23 Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe
US5827642A (en) 1994-08-31 1998-10-27 Fred Hutchinson Cancer Research Center Rapid expansion method ("REM") for in vitro propagation of T lymphocytes
WO1996013593A2 (en) 1994-10-26 1996-05-09 Procept, Inc. Soluble single chain t cell receptors
WO1996018105A1 (en) 1994-12-06 1996-06-13 The President And Fellows Of Harvard College Single chain t-cell receptor
US20020150914A1 (en) 1995-06-30 2002-10-17 Kobenhavns Universitet Recombinant antibodies from a phage display library, directed against a peptide-MHC complex
US6013516A (en) 1995-10-06 2000-01-11 The Salk Institute For Biological Studies Vector and method of use for nucleic acid delivery to non-dividing cells
DE19608753C1 (de) 1996-03-06 1997-06-26 Medigene Gmbh Transduktionssystem und seine Verwendung
WO1997034634A1 (en) 1996-03-20 1997-09-25 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Single chain fv constructs of anti-ganglioside gd2 antibodies
AU6467796A (en) 1996-04-24 1997-05-15 Claude Fell Cell separation system for biological fluids like blood
SE506700C2 (sv) 1996-05-31 1998-02-02 Mikael Kubista Sond och förfaranden för analys av nukleinsyra
NZ502323A (en) 1996-06-04 2001-09-28 Univ Utah Res Found Monitoring a fluorescence energy transfer pair during hybridization of first probe labelled with fluorescein to second probe labelled with Cy5 or Cy5.5
US6420108B2 (en) 1998-02-09 2002-07-16 Affymetrix, Inc. Computer-aided display for comparative gene expression
CA2305630C (en) 1997-10-02 2012-11-06 Sunol Molecular Corporation Soluble single-chain t-cell receptor proteins
US5994136A (en) 1997-12-12 1999-11-30 Cell Genesys, Inc. Method and means for producing high titer, safe, recombinant lentivirus vectors
AU746164B2 (en) 1998-05-19 2002-04-18 Avidex Limited Soluble T cell receptor
GB9812768D0 (en) 1998-06-13 1998-08-12 Zeneca Ltd Methods
WO2000014257A1 (en) 1998-09-04 2000-03-16 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Fusion receptors specific for prostate-specific membrane antigen and uses thereof
WO2000023573A2 (en) 1998-10-20 2000-04-27 City Of Hope Cd20-specific redirected t cells and their use in cellular immunotherapy of cd20+ malignancies
ES2224726T3 (es) 1998-12-24 2005-03-01 Biosafe S.A. Sistema de separacion sanguinea indicado en particular para la concentracion de celulas madre hematopoyeticas.
US20040191260A1 (en) 2003-03-26 2004-09-30 Technion Research & Development Foundation Ltd. Compositions capable of specifically binding particular human antigen presenting molecule/pathogen-derived antigen complexes and uses thereof
AU2001265346A1 (en) 2000-06-02 2001-12-17 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Artificial antigen presenting cells and methods of use thereof
ATE332398T1 (de) 2000-08-11 2006-07-15 Univ Utah Res Found Einfach markierte oligonukleotidsonden
CA2425862C (en) 2000-11-07 2013-01-22 City Of Hope Cd19-specific redirected immune cells
US7070995B2 (en) 2001-04-11 2006-07-04 City Of Hope CE7-specific redirected immune cells
US20090257994A1 (en) 2001-04-30 2009-10-15 City Of Hope Chimeric immunoreceptor useful in treating human cancers
WO2003020763A2 (en) 2001-08-31 2003-03-13 Avidex Limited Soluble t cell receptor
US7939059B2 (en) 2001-12-10 2011-05-10 California Institute Of Technology Method for the generation of antigen-specific lymphocytes
US6992176B2 (en) 2002-02-13 2006-01-31 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibody having a T-cell receptor-like specificity, yet higher affinity, and the use of same in the detection and treatment of cancer, viral infection and autoimmune disease
JP2005533486A (ja) 2002-02-20 2005-11-10 ダイアックス、コープ Ｍｈｃ−ペプチド複合体結合リガンド
US20030170238A1 (en) 2002-03-07 2003-09-11 Gruenberg Micheal L. Re-activated T-cells for adoptive immunotherapy
ITCZ20020002A1 (it) 2002-04-11 2003-10-13 Parco Scient E Tecnologico Del Dispositivo e metodo per il rilevamento simultaneo di differenti anticorpi e antigeni in campioni clinici, alimentari ed ambientali
US7446190B2 (en) 2002-05-28 2008-11-04 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Nucleic acids encoding chimeric T cell receptors
US7569664B2 (en) 2002-10-09 2009-08-04 Immunocore Limited Single chain recombinant T cell receptors
US20050129671A1 (en) 2003-03-11 2005-06-16 City Of Hope Mammalian antigen-presenting T cells and bi-specific T cells
AU2005247950B2 (en) 2004-05-27 2012-02-02 Receptor Logic, Inc. Antibodies as T cell receptor mimics, methods of production and uses thereof
US20090226474A1 (en) 2004-05-27 2009-09-10 Weidanz Jon A Antibodies as T cell receptor mimics, methods of production and uses thereof
US20090304679A1 (en) 2004-05-27 2009-12-10 Weidanz Jon A Antibodies as T cell receptor mimics, methods of production and uses thereof
EP1791865B1 (en) 2004-06-29 2010-07-28 Immunocore Ltd. Cells expressing a modified t cell receptor
PT1893253E (pt) 2005-03-23 2010-08-24 Biosafe Sa Sistema integrado para recolher, processar e transplantar subconjuntos de células, incluindo células estaminais adultas, para medicina regenerativa
EP2141997B1 (en) 2007-03-30 2012-10-31 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Constitutive expression of costimulatory ligands on adoptively transferred t lymphocytes
ATE528077T1 (de) 2007-12-07 2011-10-15 Miltenyi Biotec Gmbh Zentrifuge zur trennung einer probe in mindestens zwei komponenten
US8479118B2 (en) 2007-12-10 2013-07-02 Microsoft Corporation Switching search providers within a browser search box
LT2222861T (lt) 2007-12-11 2018-03-26 The University Of North Carolina At Chapel Hill Retrovirusiniai vektoriai modifikuoti polipurino atkarpa
US20120164718A1 (en) 2008-05-06 2012-06-28 Innovative Micro Technology Removable/disposable apparatus for MEMS particle sorting device
JP5173594B2 (ja) 2008-05-27 2013-04-03 キヤノン株式会社 管理装置、画像形成装置及びそれらの処理方法
CA3138111A1 (en) 2008-08-26 2010-03-04 City Of Hope Method and compositions for enhanced anti-tumor effector functioning of t cells
EP2486049A1 (en) 2009-10-06 2012-08-15 The Board Of Trustees Of The UniversityOf Illinois Human single-chain t cell receptors
PT2496698T (pt) 2009-11-03 2019-04-18 Hope City Recetor de fator de crescimento epidermal truncado (egfrt) para seleção de células t transduzidas
MX2012012966A (es) 2010-05-07 2013-01-22 Glaxosmithkline Llc Indoles.
WO2012005805A1 (en) 2010-05-07 2012-01-12 Glaxosmithkline Llc Azaindazoles
ES2534804T3 (es) 2010-05-07 2015-04-28 Glaxosmithkline Llc Indazoles
BR112013005806B1 (pt) 2010-09-10 2022-05-10 Epizyme, Inc Métodos para detectar se um indivíduo é um candidato para o tratamento com ou responsivo a um inibidor de ezh2 e usos terapêuticos do dito inibidor de ezh2
US9175331B2 (en) 2010-09-10 2015-11-03 Epizyme, Inc. Inhibitors of human EZH2, and methods of use thereof
WO2012068589A2 (en) 2010-11-19 2012-05-24 Constellation Pharmaceuticals Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
NZ612512A (en) 2010-12-09 2015-03-27 Univ Pennsylvania Use of chimeric antigen receptor-modified t cells to treat cancer
EP2681216B1 (en) 2011-02-28 2017-09-27 Epizyme, Inc. Substituted 6,5-fused bicyclic heteroaryl compounds
US9987308B2 (en) 2011-03-23 2018-06-05 Fred Hutchinson Cancer Research Center Method and compositions for cellular immunotherapy
PE20141271A1 (es) 2011-04-01 2014-10-08 Sloan Kettering Inst Cancer Anticuerpos tipo receptor de celulas t especificos para un peptido wt1 presentado por hla-a2
TWI598336B (zh) 2011-04-13 2017-09-11 雅酶股份有限公司 經取代之苯化合物
JO3438B1 (ar) 2011-04-13 2019-10-20 Epizyme Inc مركبات بنزين مستبدلة بأريل أو أريل غير متجانس
US8398282B2 (en) 2011-05-12 2013-03-19 Delphi Technologies, Inc. Vehicle front lighting assembly and systems having a variable tint electrowetting element
WO2013026837A1 (en) 2011-08-23 2013-02-28 Roche Glycart Ag Bispecific t cell activating antigen binding molecules
AU2012315566A1 (en) 2011-09-30 2014-04-17 Glaxosmithkline Llc Methods of treating cancer
BR112014010803A2 (pt) 2011-11-04 2017-04-25 Glaxosmithkline Intellectual Property (No 2) Ltd método de tratamento
CA2855358C (en) 2011-11-11 2021-03-16 Fred Hutchinson Cancer Research Center Cyclin a1-targeted t-cell immunotherapy for cancer
EP2780013A4 (en) 2011-11-18 2015-07-01 Constellation Pharmaceuticals Inc MODULATORS OF METHYL MODIFYING ENZYMES, COMPOSITIONS AND USES THEREOF
WO2013075083A1 (en) 2011-11-18 2013-05-23 Constellation Pharmaceuticals Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
WO2013078320A1 (en) 2011-11-21 2013-05-30 Constellation Pharmaceuticals Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
EP2812001B1 (en) 2012-02-10 2017-06-14 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
ES2774160T3 (es) 2012-02-13 2020-07-17 Seattle Childrens Hospital D/B/A Seattle Childrens Res Institute Receptores de antígenos quiméricos biespecíficos y usos terapéuticos de los mismos
WO2013126726A1 (en) 2012-02-22 2013-08-29 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Double transgenic t cells comprising a car and a tcr and their methods of use
EP3628670B1 (en) 2012-04-13 2022-10-12 Epizyme, Inc. Salt form for ezh2 inhibition
SG10201609210SA (en) 2012-05-03 2016-12-29 Hutchinson Fred Cancer Res Enhanced affinity t cell receptors and methods for making the same
KR102362240B1 (ko) 2012-08-20 2022-02-14 프레드 헛친슨 켄서 리서치 센터 세포 면역요법을 위한 방법 및 조성물
JP6441802B2 (ja) 2012-10-02 2018-12-19 メモリアル スローン ケタリング キャンサー センター 免疫療法のための組成物および方法
AU2013331380B2 (en) 2012-10-15 2018-03-22 Epizyme, Inc. Substituted benzene compounds
WO2014077784A1 (en) 2012-11-19 2014-05-22 Agency For Science, Technology And Research Method of treating cancer
US9895390B2 (en) 2012-12-10 2018-02-20 Children's Medical Center Corporation Methods and assays for combination treatment of cancer
CN104781789B (zh) 2012-12-20 2018-06-05 三菱电机株式会社 车载装置
US9701666B2 (en) 2012-12-21 2017-07-11 Epizyme, Inc. 1,4-pyridone bicyclic heteroaryl compounds
EP2970305B1 (en) 2013-03-15 2017-02-22 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
EP2970306A4 (en) 2013-03-15 2016-08-03 Epizyme Inc SUBSTITUTED BICYCLIC HETEROARYL COMPOUNDS CONDENSED IN 6.5
US9243001B2 (en) 2013-03-15 2016-01-26 Epizyme, Inc. Substituted benzene compounds
UY35468A (es) 2013-03-16 2014-10-31 Novartis Ag Tratamiento de cáncer utilizando un receptor quimérico de antígeno anti-cd19
AU2014261075B2 (en) 2013-04-30 2017-01-19 Glaxosmithkline Intellectual Property (No.2) Limited Enhancer of zeste homolog 2 inhibitors
EP3022184B1 (en) 2013-07-19 2017-09-27 Epizyme, Inc. Substituted benzene compounds
WO2015010078A2 (en) 2013-07-19 2015-01-22 Epizyme, Inc. Substituted 6,5-fused bicyclic heteroaryl compounds
EP3033334A1 (en) 2013-08-15 2016-06-22 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Indole derivatives as modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
US9108442B2 (en) 2013-08-20 2015-08-18 Ricoh Company, Ltd. Image forming apparatus
JP6466924B2 (ja) 2013-10-04 2019-02-06 インフィニティー ファーマシューティカルズ， インコーポレイテッド 複素環式化合物及びその使用
US9751888B2 (en) 2013-10-04 2017-09-05 Infinity Pharmaceuticals, Inc. Heterocyclic compounds and uses thereof
LT3057962T (lt) 2013-10-16 2023-12-11 Epizyme, Inc. Hidrochlorido druskos forma, skirta ezh2 inhibavimui
US10017500B2 (en) 2014-03-17 2018-07-10 Daiichi Sankyo Company, Limited 1,3-benzodioxole derivative
EP3119397B1 (en) 2014-03-19 2022-03-09 Infinity Pharmaceuticals, Inc. Heterocyclic compounds for use in the treatment of pi3k-gamma mediated disorders
FI4219687T3 (fi) 2014-04-23 2024-10-31 Juno Therapeutics Inc Menetelmiä immuunisolupopulaatioiden eristämiseksi, viljelemiseksi ja geneettiseksi muokkaamiseksi adoptiivista terapiaa varten
TWI751102B (zh) 2014-08-28 2022-01-01 美商奇諾治療有限公司 對ｃｄ１９具專一性之抗體及嵌合抗原受體
WO2016054491A1 (en) 2014-10-03 2016-04-07 Infinity Pharmaceuticals, Inc. Heterocyclic compounds and uses thereof
EP3212639A1 (en) 2014-10-28 2017-09-06 Glaxosmithkline Intellectual Property (No. 2) Limited Enhancer of zeste homolog 2 inhibitors
SG10202002324SA (en) 2014-11-05 2020-05-28 Juno Therapeutics Inc Methods for transduction and cell processing
KR20230159637A (ko) 2014-12-05 2023-11-21 메모리얼 슬로안 케터링 캔서 센터 G-단백질 커플화 수용체를 표적화하는 항체 및 이의 사용 방법
RU2762359C2 (ru) 2014-12-05 2021-12-20 Мемориал Слоан-Кеттеринг Кэнсер Сентер Химерные антигенные рецепторы, нацеленные на рецептор, связанный с g-белками, и их применение
PT3226897T (pt) 2014-12-05 2021-04-13 Eureka Therapeutics Inc Anticorpos tendo como alvo o antigénio de maturação das células b e métodos de utilização
AU2015357526B2 (en) 2014-12-05 2022-03-17 Eureka Therapeutics, Inc. Chimeric antigen receptors targeting B-cell maturation antigen and uses thereof
US20180037568A1 (en) 2015-02-13 2018-02-08 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof
WO2016201328A1 (en) 2015-06-10 2016-12-15 Epizyme, Inc. Ezh2 inhibitors for treating lymphoma
AU2016299614B2 (en) 2015-07-30 2020-05-07 Daiichi Sankyo Company, Limited Agent for treating and/or preventing adult T cell leukemia/lymphoma
CA2994394A1 (en) 2015-08-03 2017-02-09 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Ezh2 inhibitors and modulation of regulatory t-cell function
US10577350B2 (en) 2015-08-28 2020-03-03 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Crystalline forms of (R)-N-((4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl)-2-methyl-1-(1-(1-(2,2,2-trifluoroethyl)piperidin-4-yl)ethyl)-1H-indole-3-carboxamide
JP2019521988A (ja) 2016-06-17 2019-08-08 エピザイム，インコーポレイティド 癌を処置するためのｅｚｈ２阻害剤
WO2018013929A1 (en) * 2016-07-15 2018-01-18 Tufts Medical Center Compositions and methods for improving immune system function
CA3039059A1 (en) 2016-10-19 2018-04-26 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Synthesis of inhibitors of ezh2
BR112019014924A2 (pt) 2017-01-19 2020-03-31 St. Marianna University School Of Medicine Composição farmacêutica usada para o tratamento de mielopatia associada ao htlv-1
US20230201212A1 (en) 2017-06-13 2023-06-29 Epizyme, Inc. Inhibitors of ezh2 and methods of use thereof
US11459315B2 (en) 2017-11-09 2022-10-04 Constellation Pharmaceuticals, Inc. Modulators of methyl modifying enzymes, compositions and uses thereof

Also Published As

Publication number Publication date
US20220298222A1 (en) 2022-09-22
EP4017527A1 (en) 2022-06-29
WO2021035194A1 (en) 2021-02-25
JP2022545467A (ja) 2022-10-27
KR20220066892A (ko) 2022-05-24

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20240288444A1 (en) Biomarkers predictive of cytokine release syndrome
US20210172020A1 (en) Biomarkers predictive of therapeutic responsiveness to chimeric antigen receptor therapy and uses thereof
US20210396739A1 (en) Biomarkers for evaluating car-t cells to predict clinical outcome
CN111989106A (zh) 基因工程化细胞的给药和调节方法
US20210393690A1 (en) Methods for treatment using chimeric antigen receptors specific for b-cell maturation antigen
US20220249637A1 (en) Combination therapy of a cell-mediated cytotoxic therapy and an inhibitor of a prosurvival bcl2 family protein
CN112203680A (zh) 用于细胞疗法的表型标记和相关方法
CN113692285A (zh) 在过继细胞疗法中给药和治疗b细胞恶性肿瘤的方法
EP3676403A1 (en) Gene expression and assessment of risk of developing toxicity following cell therapy
CN114555112A (zh) T细胞疗法和zeste增强子同源物2(ezh2)抑制剂的组合疗法及相关方法
EP3704229B1 (en) Process for producing a t cell composition

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination