CN112867803A - 单独的或与免疫标志物组合的肿瘤突变负荷作为生物标志物用于预测对靶向疗法的应答 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及生物标志物用于预测对癌症(例如黑色素瘤)治疗的应答、用于选择对癌症患者的治疗(例如使用靶向疗法，例如使用BRAF和/或MEK抑制剂)、用于将癌症患者分成不同的治疗组、用于治疗癌症患者、以及用于预测癌症的临床结果的用途。

Description

单独的或与免疫标志物组合的肿瘤突变负荷作为生物标志物 用于预测对靶向疗法的应答
技术领域
本发明涉及生物标志物用于预测对癌症(例如黑色素瘤)治疗的应答、用于选择对癌症患者的治疗(例如使用靶向疗法，例如使用BRAF和/或MEK抑制剂)、用于将癌症患者分成不同的治疗组、用于治疗癌症患者、以及用于预测癌症的临床结果的用途。
背景技术
癌症是世界范围内死亡的主要原因，每年导致超过8百万人死亡。黑色素瘤是由色素产生细胞的不受控制的增殖导致的恶性肿瘤。黑色素瘤是最常见的癌症之一，其流行率正在上升，并且大部分皮肤癌死亡由黑色素瘤造成。
除了传统的癌症疗法如化疗和放射之外，已经开发了新的策略来治疗癌症。其中包括靶向疗法和免疫肿瘤学疗法。靶向疗法包括小分子抑制剂和肿瘤靶向抗体，其通过抑制对肿瘤特异性的生长驱动子(drivers of growth)而起作用。免疫肿瘤学疗法基于激活患者的免疫系统以产生抗肿瘤免疫性的理念。检查点抑制是作用于抑制性信号传导途径(其功能是遏制T细胞)的免疫肿瘤学疗法。当这种遏制通过检查点抑制而除去时，这可以释放抗肿瘤T细胞活性。
寻找用于患有黑色素瘤(I-IV期)的癌症患者的正确疗法是关键的，因为癌症可以生长并且极其快速地转移并且由于未检测到的播散肿瘤细胞的存在，单独的手术切除可能不足以治愈。靶向疗法和免疫肿瘤学疗法两者在晚期黑色素瘤(IV期)中都得到了很好的证实，并且最近在早期III期黑色素瘤(辅助情境)中也得到了批准。重要的是鉴定对免疫肿瘤学疗法和靶向疗法的应答者，因为这两种治疗策略在早期和晚期黑色素瘤中都是有价值的治疗选择。
肿瘤突变负荷(TMB)是基因组生物标志物，其衡量肿瘤基因组的编码区中的体细胞突变的数目。最近发现TMB的水平与对免疫肿瘤学疗法的应答相关联，并且可以用于预测对免疫肿瘤学疗法的应答。TMB水平与对免疫肿瘤学疗法的应答之间的关联的基础是高TMB水平增加免疫原性非同义突变存在的可能性，所述免疫原性非同义突变可以作为免疫细胞的新抗原交叉呈递，这最终导致免疫系统的激活。在用检查点抑制剂释放经遏制的T细胞活性后，对具有高肿瘤突变负荷的肿瘤的可持续性免疫应答存在增加的可能性并且TMB作为用于IO疗法应答的预测性标志物存在良好的理论基础。用于测量TMB水平的方法已经在WO2018/068028中披露并且通过引用以其全文特此并入。对于靶向疗法(例如在黑色素瘤中的BRAF和/或MEK抑制剂)，不存在确定的预测性标志物，并且在辅助情境中在用BRAF和/或MEK抑制剂治疗的患者中未曾分析过TMB。
发明内容
根据本发明，现在已经发现癌症患者比如例如具有低TMB水平的黑色素瘤患者从靶向疗法中得到更大的益处。这与关于TMB和免疫肿瘤学疗法所了解的那些相反，其中典型地高TMB水平可以用于预测来自免疫肿瘤学疗法的益处。
本发明提供TMB作为生物标志物用于预测对癌症治疗的应答例如对黑色素瘤治疗的应答，用于选择对癌症患者例如黑色素瘤患者的治疗，用于将癌症患者例如黑色素瘤患者分成不同的治疗组，用于治疗癌症患者例如黑色素瘤患者，以及用于预测临床结果例如黑色素瘤临床结果。
在一个方面中，本发明提供鉴定可受益于靶向疗法的黑色素瘤患者的方法，所述靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂；所述方法包括对来自患者的样品中的肿瘤突变负荷(TMB)进行评分，其中低TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
在另一个方面中，本发明提供选择用于黑色素瘤患者的疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的TMB进行评分，其中低TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括(a)对来自患者的样品中的TMB进行评分，以及(b)将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至患者。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至患者，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定低TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法治疗黑色素瘤患者的方法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB作为预测性标志物用于选择用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中如果患者的样品被确定为具有低TMB分数，则患者用所述治疗来治疗。
在另一个方面中，本发明提供鉴定可受益于靶向疗法的黑色素瘤患者的方法，所述靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活进行评分，其中高TMB分数与高免疫激活分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
在另一个方面中，本发明提供选择用于黑色素瘤患者的疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中高TMB分数与高免疫激活分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括(a)对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中TMB分数和免疫激活分数两者都较高；以及(b)将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至患者。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至患者，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定高TMB分数与高免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法，其中患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与高免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB和免疫激活作为预测性标志物用于选择用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中如果患者的样品被确定为具有高TMB分数与高免疫激活分数，则患者用所述疗法来治疗。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组的方法，一个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且另一个组可受益于免疫肿瘤学疗法；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者具有高TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的低TMB分数，而可受益于免疫肿瘤学疗法的患者具有高TMB分数与低免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组以便选择疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数鉴定了可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者，而高TMB分数与低免疫激活分数将患者鉴定为对靶向疗法具有较少的持续应答的患者。肺癌的公开数据集表明这些患者可受益于免疫肿瘤学疗法。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括(a)对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，以及(b)将有效量的疗法施用至患者，其中对于具有高TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的低TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且对于具有高TMB分数与低免疫激活分数的患者，所述疗法是免疫肿瘤学疗法。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括向患者施用：(a)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数；或(b)有效量的免疫肿瘤学疗法，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定高TMB分数与低免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供用以下疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法：(a)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的低TMB分数；或(b)免疫肿瘤学疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与低免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB和免疫激活作为预测性标志物用于选择用以下疗法治疗的黑色素瘤患者的用途：(a)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的低TMB分数；或(b)免疫肿瘤学疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与低免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组的方法，一个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且第二个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合；所述方法包括对来自患者的样品中的TMB进行评分，其中可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者具有低TMB分数，而可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者具有高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组以便选择疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的TMB进行评分，其中低TMB分数鉴定了可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者，而高TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括(a)对来自患者的样品中的TMB进行评分和(b)将有效量的疗法施用至患者，其中对于具有低TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且对于具有高TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括向患者施用：(a)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定低TMB分数；或(b)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供用以下疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法：(a)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数；或(b)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB作为预测性标志物用于选择用与免疫肿瘤学治疗组合的、包括BRAF和/或MEK抑制剂的靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂并且免疫肿瘤学治疗是PD-1或PD-L1结合拮抗剂，所述用途包括对来自所述患者的样品中的TMB进行评分。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组的方法，一个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且第二个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者具有低TMB分数与低免疫激活分数，而可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者具有低TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组以便选择疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中低TMB分数与低免疫激活分数鉴定了可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者，而低TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的高TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括(a)对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分和(b)将有效量的疗法施用至患者，其中对于具有低TMB分数与低免疫激活分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且对于具有低TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的高TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括向患者施用：(a)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定低TMB分数与低免疫激活分数；或(b)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定低TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供用以下疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法：(a)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数与低免疫激活分数；或(b)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB和免疫激活作为预测性标志物用于选择用与免疫肿瘤学治疗组合的、包括BRAF和/或MEK抑制剂的靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂并且免疫肿瘤学治疗是PD-1或PD-L1结合拮抗剂，包括对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分。
附图说明
图1
如通过在Combi-AD试验的368名患者中进行靶向测序所检测的TMB。不同的TMB截止点：中位数(a)、10(b)和16(c)用于将患者分类成TMB-低和TMB-高的亚组。对于分类为TMB-低的患者，观察到更大的治疗益处。PBO＝安慰剂，trt＝治疗(达拉菲尼/曲美替尼)，RFS＝无复发存活时间。
图2
基于368名患者的可用TMB数据的不同的TMB截止点(x-轴)，相比于以下感兴趣的亚组在24个月的RFS率(y-轴)：TMB-低、达拉菲尼/曲美替尼组(灰色实曲线)；TMB-高、达拉菲尼/曲美替尼组(灰色点状曲线)；TMB-高、安慰剂组(黑色点状曲线)；TMB-低、安慰剂组(黑色实曲线)。与选择的TMB截止点无关，在具有低TMB水平的亚组中看到对达拉菲尼和曲美替尼的极好应答(灰色实曲线相对于黑色实曲线的比较)，而在具有高TMB水平的患者中看到较不明显的应答(灰色点状曲线相对于黑色点状曲线的比较)。
图3
如通过在Combi-AD试验的301名患者(可用的DNA-seq和RNA数据)中进行靶向测序所检测的TMB。不同的TMB截止点：中位数(a)、10(b)和16(c)用于将患者分类成TMB-低和TMB-高的亚组。对于分类为TMB-低的患者，观察到更大的治疗益处。PBO＝安慰剂，trt＝治疗(达拉菲尼/曲美替尼)。RFS＝无复发存活时间。
图4
在Combi-AD试验的301名患者(可用的DNA-seq和RNA数据)中的TMB和IFN-γ基因表达特征结果(Nanostring定制平台)。将患者分类为TMB高(前三分之一，1/3分位数)相对于TMB低以及IFN-γ低相对于IFN-γ高(中位数分割用于IFN-γ特征)。在所有TMB/IFN-γ亚组中在D+T组相对于Pbo组中的RFS的探索性分析表明与高TMB/低IFN-γ相比，低TMB或高TMB/高IFN-γ可能与更大的RFS益处相关联。PBO＝安慰剂，trt＝治疗(达拉菲尼/曲美替尼)。RFS＝无复发存活时间。
图5
在Combi-AD试验的301名患者(可用的DNA-seq和RNA数据)中的TMB和T细胞/CD8基因表达特征结果(Nanostring定制平台)。将患者分类为TMB高(前三分之一，1/3分位数)相对于TMB低以及T细胞/CD8低相对于T细胞/CD8高(中位数分割用于T细胞/CD8特征)。在所有TMB/T细胞/CD8亚组中在D+T组相对于Pbo组中的RFS的探索性分析表明与高TMB/低T细胞/CD8相比，低TMB或高TMB/高T细胞/CD8可能与更大的RFS益处相关联。PBO＝安慰剂，trt＝治疗(达拉菲尼/曲美替尼)。RFS＝无复发存活时间。
图6
在Combi-AD试验的301名患者(可用的DNA-seq和RNA数据)中的TMB和PD-L1基因表达水平(Nanostring定制平台)。将患者分类为TMB高(前三分之一，1/3分位数)相对于TMB低以及PD-L1低相对于PD-L1高(中位数分割用于PD-L1基因表达水平)。在所有TMB/T细胞/CD8亚组中在D+T组相对于Pbo组中的RFS的探索性分析表明与高TMB/低PD-L1相比，低TMB或高TMB/高PD-L1可能与更大的RFS益处相关联。PBO＝安慰剂，trt＝治疗(达拉菲尼/曲美替尼)。RFS＝无复发存活时间。
具体实施方式
引言
本发明提供用于癌症特别是黑色素瘤的治疗性和诊断性方法以及组合物。本发明至少部分地基于以下发现：确定肿瘤中的体细胞突变水平以及得到肿瘤突变负荷(TMB)分数可以用作癌症患者例如黑色素瘤患者的治疗中的生物标志物(例如预测性生物标志物)，用于诊断癌症患者，用于确定癌症患者例如黑色素瘤患者是否可能对用包括靶向疗法(包括靶向BRAF和/或MEK的药剂)的癌症疗法的治疗产生应答，用于优化包括靶向疗法(包括靶向BRAF和/或MEK的药剂)的癌症疗法例如黑色素瘤疗法的治疗功效，以及用于包括靶向疗法(包括靶向BRAF和/或MEK的药剂)的癌症疗法例如黑色素瘤疗法的患者选择。
在一个方面中，本发明提供鉴定可受益于靶向疗法的黑色素瘤患者的方法，所述靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂；所述方法包括对来自患者的样品中的肿瘤突变负荷(TMB)进行评分，其中低TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
除非另外指示，否则术语“靶向BRAF和/或MEK的药剂”优选地是指BRAF抑制剂和MEK抑制剂，比如例如达拉菲尼和曲美替尼或例如威罗菲尼和考比替尼。在一个特定的实施例中，BRAF抑制剂是达拉菲尼并且MEK抑制剂是曲美替尼。
除非另外指示，否则术语“黑色素瘤”优选地是指BRAF V600突变型黑色素瘤。黑色素瘤可以是I、II、III、IV期黑色素瘤，优选地II、III或IV期。
除非另外指示，否则术语“治疗”优选地是指在晚期情况中的一线、二线、三线或四线或以上的治疗，或是指辅助或新辅助治疗。
除非另外指示，否则低TMB分数优选地是5个或更少、6个或更少、7个或更少、8个或更少、9个或更少、10个或更少、11个或更少、12个或更少、13个或更少、14个或更少、15个或更少、16个或更少突变/百万碱基(突变/Mb)，更优选地是9个或更少、10个或更少、或11个或更少突变/Mb，更优选地是10个或更少突变/Mb、或11个或更少突变/Mb，并且高TMB分数优选地是多于5个、多于6个、多于7个、多于8个、多于9个、多于10个、多于11个、多于12个、多于13个、多于14个、多于15个、或多于16个突变/Mb，更优选地是多于9个、多于10个、或多于11个突变/Mb，更优选地是多于10个突变/Mb或多于11个突变/Mb。
在另一个方面中，本发明提供选择用于黑色素瘤患者的疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的TMB进行评分，其中低TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
在前述两个方面中的任一个的一些实施例中，TMB分数是低的，并且所述方法进一步包括向患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括：(a)对来自患者的样品中的TMB进行评分，其中TMB分数是低的，以及(b)将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至患者。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至患者，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定低TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法治疗黑色素瘤患者的方法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB作为预测性标志物用于选择用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中如果患者的样品被确定为具有低TMB分数，则患者用所述治疗来治疗。
在另一个方面中，本发明提供鉴定可受益于靶向疗法的黑色素瘤患者的方法，所述靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平的水平进行评分，其中高TMB分数与高免疫激活分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
除非另外指示，否则免疫激活水平优选地通过测量肿瘤浸润淋巴细胞、PD-L1、CD8、IFNy、或T细胞炎症基因表达特征来评估。
在另一个方面中，本发明提供选择用于黑色素瘤患者的疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中高TMB分数与高免疫激活分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
在前述两个方面中的任一个的一些实施例中，TMB分数和免疫激活分数两者都高，并且所述方法进一步包括向患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括：(a)对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中TMB分数和免疫激活分数两者都高；以及(b)将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至患者。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至患者，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定高TMB分数与高免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法，其中患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与高免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB和免疫激活作为预测性标志物用于选择用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中如果患者的样品被确定为具有高TMB分数与高免疫激活分数，则患者用所述疗法来治疗。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组的方法，一个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且另一个组可受益于免疫肿瘤学疗法；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者具有高TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的低TMB分数，而可受益于免疫肿瘤学疗法的患者具有高TMB分数与低免疫激活分数。
除非另外指示，否则术语“免疫肿瘤学疗法”优选地是指PD-1或PDL-1结合拮抗剂，作为单一药剂或与另一种免疫肿瘤学治疗剂(例如抗CTLA4)组合。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组以便选择疗法的方法；所述方法包括对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数鉴定了可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者，而高TMB分数与低免疫激活分数将所述患者鉴定为可受益于免疫肿瘤学疗法的患者。
在前述两个方面中的任一个的一些实施例中，(a)已经确定高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数，并且所述方法进一步包括向患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，或(b)已经确定高TMB分数与低免疫激活分数，并且所述方法进一步包括向患者施用有效量的免疫肿瘤学疗法。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括(a)对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，以及(b)将有效量的疗法施用至患者，其中对于具有高TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的低TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且对于具有高TMB分数与低免疫激活分数的患者，所述疗法是免疫肿瘤学疗法。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括向患者施用：(a)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数；或(b)有效量的免疫肿瘤学疗法，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定高TMB分数与低免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供用以下疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法：(a)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的低TMB分数；或(b)免疫肿瘤学疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与低免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB和免疫激活作为预测性标志物用于选择用以下疗法治疗的黑色素瘤患者的用途：(a)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的低TMB分数；或(b)免疫肿瘤学疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与低免疫激活分数。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组的方法，一个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且第二个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合；所述方法包括对来自患者的样品中的TMB进行评分，其中可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者具有低TMB分数，而可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者具有高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组以便选择疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的TMB进行评分，其中低TMB分数鉴定了可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者，而高TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者。
在前述两个方面中的任一个的一些实施例中，(a)已经确定低TMB分数，并且所述方法进一步包括向患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，或(b)已经确定高TMB分数，并且所述方法进一步包括向患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括(a)对来自患者的样品中的TMB进行评分和(b)将有效量的疗法施用至患者，其中对于具有低TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且对于具有高TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括向患者施用：(a)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定低TMB分数；或(b)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供用以下疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法：(a)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数；或(b)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB作为预测性标志物用于选择用与免疫肿瘤学治疗组合的、包括BRAF和/或MEK抑制剂的靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂并且免疫肿瘤学治疗是PD-1或PD-L1结合拮抗剂，所述用途包括对来自所述患者的样品中的TMB进行评分。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组的方法，一个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且第二个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者具有低TMB分数与低免疫激活分数，而可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者具有低TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供将黑色素瘤患者分成两个组以便选择疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中低TMB分数与低免疫激活分数鉴定了可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者，而低TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的高TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者。
在前述两个方面中的任一个的一些实施例中，(a)已经确定低TMB分数与低免疫激活分数，并且所述方法进一步包括向患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，或(b)已经确定低TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的高TMB分数，并且所述方法进一步包括向患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括(a)对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分和(b)将有效量的疗法施用至患者，其中对于具有低TMB分数与低免疫激活分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且对于具有低TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的高TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
在另一个方面中，本发明提供治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括向患者施用：(a)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定低TMB分数与低免疫激活分数；或(b)有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中在施用之前已经从来自患者的样品中确定低TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供用以下疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法：(a)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数与低免疫激活分数；或(b)包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的高TMB分数。
在另一个方面中，本发明提供TMB和免疫激活作为预测性标志物用于选择用与免疫肿瘤学治疗组合的、包括BRAF和/或MEK抑制剂的靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂并且免疫肿瘤学治疗是PD-1或PD-L1结合拮抗剂，包括对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分。
定义
通用定义
应理解，本文中描述的本发明的方面和实施例包括“包括(comprising)”方面和实施例、“由方面和实施例组成(consisting)”以及“基本上由方面和实施例组成(consistingessentially of)”。
如本文中所使用的，单数形式“一个/种(a/an)”和“所述(the)”包括复数指示物，除非另外指示。
如本文中所使用的术语“约”是指对于本技术领域中的技术人员容易知道的用于相应值的通常的误差范围。本文中提及的“约”值或参数包括(并且描述)涉及该值或参数本身的实施例。例如，提及“约X”的描述包括“X”的描述。在一些实施例中，“约”指示多达所列举的值的±10％的值，例如±1％、±2％、±3％、±4％、±5％、±6％、±7％、±8％、±9％或±10％。
通常的TMB
对TMB的定义以及其测量已经在WO 2018/068028中披露，将其通过引用以其全文特此并入。
如本文中所使用的，术语“突变负载”、“肿瘤突变负荷”、或“TMB”可以可互换地理解并且是指从肿瘤(例如肿瘤组织样品，例如福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)的肿瘤样品，归档肿瘤样品，新鲜冷冻肿瘤样品或含有肿瘤细胞、肿瘤RNA、DNA或蛋白质的血液样品)检测到的预先确定的基因组中(例如预先确定的基因组的编码区中)的每个预选单位(例如每百万碱基(Mb))的改变(例如一种或多种改变，例如一种或多种体细胞改变)的水平(例如数目)。例如，TMB分数可以在整个基因组或外显子组的基础上测量，或可以在基因组或外显子组的子集的基础上测量。在某些实施例中，在基因组或外显子组的子集的基础上测量的TMB分数可以外推以确定整个基因组或外显子组突变负载。在一些实施例中，TMB分数是指在个体(例如动物，例如人类)内累积的体细胞突变的水平。TMB分数可以是指在患有癌症(例如黑色素瘤)的患者中累积的体细胞突变。在一些实施例中，TMB分数是指在个体的整个基因组中累积的突变。在一些实施例中，TMB分数是指在从患者收集的特定样品(例如肿瘤样品，例如黑色素瘤样品)内累积的突变。
术语“体细胞突变”或“体细胞改变”是指在体细胞组织(例如除生殖细胞以外的细胞)中发生的基因改变。基因改变的实例包括但不限于点突变(例如单个核苷酸被另一个核苷酸交换(例如沉默突变、错义突变和无义突变))、插入和删除(例如添加和/或除去一个或多个核苷酸(例如插入缺失(indels)))、扩增、基因复制、拷贝数改变(CNA)、重排和剪接位点突变。特定突变的存在可能与疾病状态(例如癌症，例如黑色素瘤)相关联。
在某些实施例中，体细胞改变是沉默突变(例如同义改变)。在其他实施例中，体细胞改变是非同义单个核苷酸变异(SNV)。在其他实施例中，体细胞改变是乘客突变(例如对克隆的适应度没有可检测到的影响的改变)。在某些实施例中，体细胞改变是意义不明变异(VUS)，例如，既没有确认也没有排除其致病性的改变。在某些实施例中，体细胞改变未曾被鉴定为与癌症表型相关联。
在某些实施例中，体细胞改变与对细胞分裂、生长或存活的影响不相关联，或不认为与其相关联。在其他实施例中，体细胞改变与对细胞分裂、生长或存活的影响相关联。
在某些实施例中，体细胞改变的数目排除亚基因组间隔中的功能性改变。
在一些实施例中，功能性改变是与参考序列(例如野生型或未突变的序列)相比对细胞分裂、生长或存活具有影响(例如促进细胞分裂、生长或存活)的改变。在某些实施例中，通过包含在功能性改变数据库(例如，COSMIC数据库)中来按原样鉴定功能性改变(参见Forbes等人,Nucl.Acids Res.[核酸研究]43(D1):D805-D811,2015，将其通过引用以其全文并入本文)。在其他实施例中，功能性改变是具有已知的功能状态的改变(例如作为COSMIC数据库中已知的体细胞改变发生)。在某些实施例中，功能性改变是具有可能的功能状态的改变(例如在肿瘤抑制基因中的截短)。在某些实施例中，功能性改变是驱动突变(例如在其微环境中将选择性优势给予克隆的改变，例如通过增加细胞存活或繁殖)。在其他实施例中，功能性改变是能够引起克隆扩充的改变。在某些实施例中，功能性改变是能够引起以下中的一种、两种、三种、四种、五种或全部六种的改变：(a)生长信号的自给自足；(b)减少对抗生长信号的敏感性，例如对抗生长信号不敏感；(c)减少的凋亡；(d)增加的复制潜能；(e)持续的血管生成；或(f)组织侵入或转移。
在某些实施例中，排除预先确定的基因组中所有基因(例如肿瘤基因)中的所有功能性改变。
在某些实施例中，体细胞改变的数目排除样品中存在的频率阈值以下的改变(例如5％以下、3％以下、1％以下)。
在某些实施例中，体细胞改变的数目排除亚基因组间隔中的种系突变。
在某些实施例中，种系改变是SNP、碱基取代、插入、缺失、插入缺失、或沉默突变(例如同义突变)。
在某些实施例中，通过使用不与匹配的正常序列进行比较的方法来排除种系改变。在其他实施例中，通过包括使用算法的方法来排除种系改变。在某些实施例中，通过包含在种系改变的数据库例如dbSNP数据库中来按原样鉴定种系改变(参见Sherry等人,Nucleic Acids Res.[核酸研究]29(1):308-311,2001，将其通过引用以其全文并入本文)。在其他实施例中，通过包含在ExAC数据库中来按原样鉴定种系改变(参见ExomeAggregation Consortium[外显子组聚集联盟]等人,bioRxiv预印本,2015年10月30日，将其通过引用以其全文并入本文)。在一些实施例中，通过包含在ESP数据库中来按原样鉴定种系改变(Exome Variant Server[外显子组变异服务器],NHLBI GO Exome SequencingProject[国家心肺血液研究所外显子组测序项目](ESP)，西雅图，华盛顿州)。在一些实施例中，通过对样品的肿瘤内容物进行建模来鉴定种系改变(参见Riester等人,Source Code Biol Med.[生物学和医学源代码]2016年12月15日；11:13)。在一些实施例中，通过对没有癌症的个体的样品进行测序来鉴定种系改变。
通常的免疫激活
术语“免疫激活”、“免疫激活标志物”、“免疫激活水平”、或“免疫激活分数”是指针对肿瘤的肿瘤内T细胞适应性免疫应答(癌症相关免疫)的激活，其可以通过多种标志物来表征和量化；例如，通过肿瘤浸润淋巴细胞(如通过H/E染色或CD8基因/蛋白质表达水平所确定的)、干扰素γ和相关标志物、PD-L1(蛋白质或基因表达)、其他已知检查点(例如LAG3、TIM3)或特征中的标志物的组合(例如IFNγ、T细胞、炎症基因表达特征)的增加。对免疫疗法的应答主要发生在具有此类预先存在的肿瘤内T细胞适应性免疫应答的患者中。
IFNγ(IFN-y、IFNy)是细胞因子，其不仅对于宿主对病毒感染的应答是关键的，而且在癌症相关免疫中也起着关键作用。IFN-γ由肿瘤微环境中的免疫细胞分泌并且协调先天和适应性抗肿瘤应答的过程(例如增强MHCⅠ类表达，促进效应细胞的募集)。同时，相同的IFN-γ信号传导过程可以诱导反馈抑制。作为这种反馈环路的一部分，IFN-γ信号传导使得PD-1信号传导轴能够通过直接上调肿瘤细胞、免疫浸润细胞和基质细胞中的配体PD-L1和PD-L2而被激活，这最终损害抗肿瘤免疫。
对免疫基因比如CD8和PD-L1存在多种检测方法：例如IHC，流式细胞术，在样品例如组织、血液和外来体中的mRNA表达。通过免疫组织化学(IHC)测试PD-L1蛋白例如可以通过不同的抗体克隆，例如PD-L1 IHC 22C3 PharmDx试剂盒(丹科北美公司(Dako NorthAmerica)，卡平特里亚，加利福尼亚州，美国)、PD-L1 28-8PharmDx试剂盒(丹科北美公司)和PD-L1 SP142文塔纳测试(文塔纳医疗系统公司(Ventana Medical Systems Inc.)，图森，亚利桑那州，美国)来进行。可以对例如肿瘤细胞和免疫细胞检查PD-L1蛋白水平。
“免疫基因表达特征”组合不同T细胞、检查点和IFN-y相关基因的表达水平。与单个标志物(如CD8和PD-L1)相比，此类特征可以有利地预测对免疫疗法的应答。尚未对用辅助靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的免疫基因表达特征进行分析，并且此处概述的结果首次示出，免疫基因表达特征与TMB一起可以有助于鉴定黑色素瘤中辅助靶向疗法的应答者。
文献(例如T细胞炎症，在Cristescu等人,“Pan-tumor genomic biomarkers forPD-1checkpoint blockade-based immunotherapy[用于基于PD-1检查点阻断的免疫疗法的泛肿瘤基因组生物标志物]”,Science[科学]2018中)中描述了多种特征(例如T细胞炎症、IFNy、T细胞/CD8基因表达特征)。这些基因特征代表用于通过区分具有预先存在的炎症组分的肿瘤和非炎症肿瘤来捕获对肿瘤的动态免疫应答的复杂性的新颖方法。检查这些特征的基因清单表明在选择的基因和特别地生物学特征(例如包括IFN-γ信号传导、细胞溶解活性、抗原呈递和T细胞运输以及在T细胞体内平衡中明显的抑制机制)上存在相当大的重叠，因为所有这些特征是高度相关的并且鉴定具有持续适应性Th1应答和细胞毒性CD8+T细胞应答的肿瘤。
IFN-γ和CD8/T细胞特征用于我们的实例中：用于CD8 T细胞特征的CCL5、CTSW、FASLG、CD8B、ZNF683、GZMA、XCL2、CD7、KLRC1、CD8A、XCL1、NKG7、KLRK1、GNLY、PRF1、GZMB、GZMH、LAG3、KLRD1，以及用于IFN-γ特征的IFNG、CXCL9、CXCL10、CXCL11、GBP1。
本领域技术人员应理解，这些基因表达特征可以被其他T细胞炎症和IFN-y特征替换(例如Cristescu等人,“Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1checkpointblockade-based immunotherapy[用于基于PD-1检查点阻断的免疫疗法的泛肿瘤基因组生物标志物]”,Science[科学]2018；Ayers等人,IFN-γ-related mRNA profile predictsclinical response to PD-1blockade[IFN-γ相关的mRNA谱预测对PD-1阻断的临床应答],The Journal of Clinical Investigation[临床研究杂志]2017)。
存在若干种其他报道的IFNy特征，一个实例是由Ayers等人公布的6基因特征(IFN-γ-related mRNA profile predicts clinical response to PD-1blockade[IFN-γ相关的mRNA谱预测对PD-1阻断的临床应答],The Journal of Clinical Investigation[临床研究杂志]2017)：IDO1、CXCL10、CXCL9、HLA-DRA、STAT1、IFNG。
得到确认的T细胞炎症特征是由与抗原呈递、趋化因子表达、细胞溶解活性和适应性免疫抗性相关的18个炎症基因组成的，包括CCL5、CD27、CD274(PD-L1)、CD276(B7-H3)、CD8A、CMKLR1、CXCL9、CXCR6、HLA-DQA1、HLA-DRB1、HLA-E、IDO1、LAG3、NKG7、PDCD1LG2(PDL2)、PSMB10、STAT1、以及TIGIT。T细胞炎症特征可以用于将患者分成低和高T细胞炎症特征水平(大于或等于-0.318的截止点＝高，小于-0.318截止点＝低)(例如Cristescu等人,“Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1checkpoint blockade-basedimmunotherapy[用于基于PD-1检查点阻断的免疫疗法的泛肿瘤基因组生物标志物]”,Science[科学]2018；Ayers等人,IFN-γ-related mRNA profile predicts clinicalresponse to PD-1blockade[IFN-γ相关的mRNA谱预测对PD-1阻断的临床应答],TheJournal of Clinical Investigation[临床研究杂志]2017)。
本领域技术人员应理解，对于在本专利说明书和在文献中描述的其他IFN-y和T细胞特征，可以建立类似的截止点。例如，≥1％、≥5％、≥10％(优选地1％)的PD-L1截止点可以用于定义低/高免疫激活。
靶向疗法
如本文中所使用的，“靶向疗法”是指使用通过干扰参与癌症的生长、进展、复发和扩散的特定分子(“分子靶标”)来阻断癌症的生长和扩散的药物或其他物质的癌症疗法。靶向癌症疗法有时称为“分子靶向药物”、“分子靶向疗法”、“精准药物”或类似名称。
如本文中所使用的，“包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法”是指具有靶向BRAF的一种或多种药剂和靶向MEK的一种或多种药剂的组合疗法。
如本文中所使用的，“靶向BRAF的药剂”是指直接地或间接地靶向、减少或抑制BRAF的活性和/或功能的药剂。靶向BRAF的示例性药剂包括但不限于靶向BRAF的化合物、蛋白质或抗体。优选地，所述靶向BRAF的药剂是“BRAF抑制剂”。
如本文中所使用的，“靶向MEK的药剂”是指直接地或间接地靶向、减少或抑制MEK的活性和/或功能的药剂。靶向MEK的示例性药剂包括但不限于靶向MEK的化合物、蛋白质或抗体。优选地，所述靶向MEK的药剂是“MEK抑制剂”。
优选地，BRAF抑制剂是达拉菲尼并且MEK抑制剂是曲美替尼。这两种分子以及其组合披露于例如WO 2011/047238 A1中，将其通过引用以其全文特此并入。
如本文中所使用的，BRAF抑制剂达拉菲尼N-{3-[5-(2-氨基-4-嘧啶基)-2-(1,1-二甲基乙基)-1,3-噻唑-4-基]-2-氟苯基}-2,6-二氟苯磺酰胺或其药学上可接受的盐由具有式(II)的化合物：
Figure BDA0003015706700000251
或其药学上可接受的盐表示。为了方便起见，可能的化合物和盐的组统称为达拉菲尼，这意味着提及达拉菲尼将是指可替代的化合物或其药学上可接受的盐中的任何一种。
在PCT专利申请PCT/US 09/42682中披露并且要求保护达拉菲尼连同其药学上可接受的盐，其作为BRAF活性的抑制剂是有用的，特别是在治疗癌症中是有用的。达拉菲尼由所述申请中的实例58a至58e体现。所述PCT申请以公开物WO 2009/137391公布于2009年11月12日，并且通过引用特此并入。
更特别地，达拉菲尼可以根据WO 2011/047238 A1的说明书中的方法(第15至21页)来制备，将其通过引用特此并入。
如本文中所使用的，MEK抑制剂曲美替尼N-{3-[3-环丙基-5-(2-氟-4-碘苯基氨基)6,8-二甲基-2,4,7-三氧代-3,4,6,7-四氢-2H-吡啶并[4,3-d]嘧啶-1-基]苯基}乙酰胺或其药学上可接受的盐或溶剂化物由具有式(I)的化合物：
Figure BDA0003015706700000252
或其药学上可接受的盐或溶剂化物表示。为了方便起见，可能的化合物和盐或溶剂化物的组统称为曲美替尼，这意味着提及曲美替尼将是指可替代的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物中的任何一种。
取决于命名惯例，具有式(I)的化合物也可以适当地称为N-{3-[3-环丙基-5-[(2-氟-4-碘苯基)氨基]-6,8-二甲基-2,4,7-三氧代-3,4,6,7-四氢吡啶并[4,3-d]嘧啶-1(2H)-基]苯基}乙酰胺。
在WO 2005/121 142中披露并且要求保护曲美替尼连同其药学上可接受的盐和溶剂化物，其作为MEK活性的抑制剂是有用的，特别是在治疗癌症中是有用的。曲美替尼是实例4-1的化合物，可以如WO 2005/121 142中描述来制备。
合适地，曲美替尼呈二甲亚砜溶剂化物的形式。合适地，曲美替尼呈钠盐的形式。合适地，曲美替尼呈选自以下的溶剂化物的形式：水合物、乙酸、乙醇、硝基甲烷、氯苯、1-戊醇、异丙醇、乙二醇和3-甲基-1-丁醇。这些溶剂化物和盐形式可以由本领域技术人员根据WO 2005/121 142中的描述来制备。
在另一个实施例中，BRAF抑制剂是威罗菲尼并且MEK抑制剂是考比替尼。威罗菲尼披露于WO 05062795 A2/A3和WO 07013896A2/A3/WO 07002325 A1/WO 07002433 A1中，并且考比替尼披露于WO 07044515A1中，将其通过引用以其全文特此并入。
如本文中所使用的，MEK抑制剂威罗菲尼或其药学上可接受的盐或溶剂化物由具有式(IV)的化合物：
Figure BDA0003015706700000261
或其药学上可接受的盐或溶剂化物表示。为了方便起见，可能的化合物和盐或溶剂化物的组统称为威罗菲尼，这意味着提及威罗菲尼将是指可替代的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物中的任何一种。
在WO 2007/002325中披露并且要求保护威罗菲尼连同其药学上可接受的盐和溶剂化物，其作为BRAF活性的抑制剂是有用的，特别是在治疗癌症中是有用的。威罗菲尼可以根据WO 2007/002325中的方法来制备。
如本文中所使用的，MEK抑制剂考比替尼或其药学上可接受的盐或溶剂化物由具有式(III)的化合物：
Figure BDA0003015706700000271
或其药学上可接受的盐或溶剂化物表示。为了方便起见，可能的化合物和盐或溶剂化物的组统称为考比替尼，这意味着提及考比替尼将是指可替代的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物中的任何一种。
在WO 2007/044515中披露并且要求保护考比替尼连同其药学上可接受的盐和溶剂化物，其作为MEK活性的抑制剂是有用的，特别是在治疗癌症中是有用的。考比替尼是实例xx的化合物。考比替尼可以如WO 2007/044515中所述来制备。
如本文中所使用的，术语“药剂”应理解为意指在组织、系统、动物、哺乳动物、人类或其他受试者中产生期望的效果的物质，也应理解为“药剂”可以是单一化合物或两种或更多种化合物的组合或组合物。
达拉菲尼和/或曲美替尼、或替代性地威罗菲尼和/或考比替尼可以含有一个或多个手性原子，或可以以其他方式能够作为对映异构体存在。因此，本发明的化合物包括对映异构体的混合物以及纯化的对映异构体或富含对映异构体的混合物。另外，应理解，所有互变异构体和互变异构体的混合物被包含在达拉菲尼和曲美替尼、或替代性地威罗菲尼和考比替尼的范围内。
另外，应理解，达拉菲尼和曲美替尼、或替代性地威罗菲尼和考比替尼可以单独地或两者都以溶剂化物呈现。如本文中所使用的，术语“溶剂化物”是指由溶质(在本发明中，具有式(I)或(II)或(III)或(IV)的化合物或其盐)和溶剂形成的可变化学计量的复合物。出于本发明目的的此类溶剂不会干扰溶质的生物学活性。合适的溶剂的实例包括但不限于水、甲醇、二甲亚砜、乙醇和乙酸。在一个实施例中，所使用的溶剂是药学上可接受的溶剂。合适的药学上可接受的溶剂的实例包括但不限于水、乙醇和乙酸。在另一个实施例中，所使用的溶剂是水。
达拉菲尼和曲美替尼、或替代性地威罗菲尼和考比替尼可以具有以多于一种形式结晶的能力(一种被称为多晶型的特征)，并且应理解此类多晶型形式(“多晶型物”)在达拉菲尼和曲美替尼、或替代性地威罗菲尼和考比替尼的范围内。多晶型通常可以作为对温度或压力或两者的变化的响应而发生并且还可以由结晶过程中的变化造成。多晶型物可以通过本领域中已知的多种物理特征比如x射线衍射图、溶解度和熔点来区分。
涵盖在术语“药学上可接受的盐”内的盐是指本发明化合物的无毒盐。本发明的化合物的盐可以包括由本发明化合物中的取代基上的氮衍生的酸加成盐。代表性的盐包括以下盐：乙酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、碳酸氢盐、硫酸氢盐、酒石酸氢盐、硼酸盐、溴化物、依地酸钙盐、右旋樟脑磺酸盐、碳酸盐、氯化物、克拉维酸盐、柠檬酸盐、二盐酸盐、依地酸盐、乙二磺酸盐、依托酸盐、乙磺酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、葡萄糖酸盐、谷氨酸盐、乙醇酰基阿散酸盐(glycollylarsanilate)、己基间苯二酚盐、海巴明、氢溴酸盐、盐酸盐、羟基萘甲酸盐、碘化物、羟乙基磺酸盐、乳酸盐、乳糖醛酸盐、月桂酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐、甲基溴化物、甲基硝酸盐、甲基硫酸盐、马来酸单钾盐、粘酸盐、萘磺酸盐、硝酸盐、N-甲基葡糖胺(N-methylglucannine)、草酸盐、双羟萘酸盐(pamoate)(恩波酸盐(embonate))、棕榈酸盐、泛酸盐、磷酸盐/二磷酸盐、聚半乳糖醛酸盐、钾盐、水杨酸盐、钠盐、硬脂酸盐、碱式乙酸盐、琥珀酸盐、鞣酸盐、酒石酸盐、茶氯酸盐、甲苯磺酸盐、三乙基碘、三甲基铵和戊酸盐。不是药学上可接受的其他盐可以用于制备本发明的化合物并且这些盐形成本发明的另外的方面。盐可以由本领域技术人员容易地制备。
对于在疗法中使用，虽然可以将达拉菲尼和曲美替尼、或替代性地威罗菲尼和考比替尼作为化学原料施用，但可以将所述活性成分作为药物组合物呈现。因此，本发明进一步提供药物组合物，所述药物组合物包含达拉菲尼和/或曲美替尼、或替代性地威罗菲尼和/或考比替尼、以及一种或多种药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。达拉菲尼和曲美替尼、或替代性地威罗菲尼和考比替尼如上文所描述的。一种或多种载体、稀释剂或赋形剂在与配制品(能够是药物配制品)的其他成分相容的意义上必须是可接受的，并且对其接受者无害。根据本发明的另一个方面，还提供了用于制备药物组合物的工艺，所述工艺包括混合达拉菲尼和/或曲美替尼、或替代性地威罗菲尼和/或考比替尼与一种或多种药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。所使用的药物组合物的此类元素可以按单独的药物组合形式呈现或一起配制于一种药物组合物中。因此，本发明进一步提供多种药物组合物的组合，所述药物组合物中的一种包含达拉菲尼、或替代性地威罗菲尼、以及一种或多种药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂；提供一种药物组合物的组合，所述药物组合物含有曲美替尼、或替代性地考比替尼、以及一种或多种药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。
可以通过同时施用包含这两种化合物的单一药物组合物来以根据本发明的组合形式利用达拉菲尼和曲美替尼。同样地，可以通过同时施用包含这两种化合物的单一药物组合物来以根据本发明的组合形式利用威罗菲尼和考比替尼。可替代地，所述组合可以以单独的药物组合物单独施用，每个药物组合物包括：(i)抑制剂达拉菲尼和曲美替尼中的一种，以顺序方式，其中例如达拉菲尼和曲美替尼首先施用并且其他的随后施用，或可替代地(ii)抑制剂威罗菲尼和考比替尼中的一种，以顺序方式，其中例如威罗菲尼和考比替尼首先施用并且其他的随后施用。此类顺序施用可以在时间上接近(例如同时)或在时间上远离。
此外，组合的化合物是否以相同的剂型施用无关紧要，例如，一种化合物可以局部施用，并且另一种化合物可以口服施用。合适地，口服施用这两种化合物。
免疫肿瘤学疗法
如本文中所使用的，“免疫肿瘤学疗法”是“免疫检查点抑制剂”，其是指靶向至少一种免疫检查点蛋白质以改变免疫应答的调节(例如下调或抑制免疫应答)的治疗剂。免疫检查点蛋白质在本领域中是已知的并且包括但不限于细胞毒性T淋巴细胞抗原4(CTLA-4)、程序性细胞死亡1(PD-1)、程序性细胞死亡配体1(PD-L1)、程序性细胞死亡配体2(PD-L2)、T细胞激活的V结构域Ig抑制剂(VISTA)、B7-H2、B7-H3、B7-H4、B7-H6、2B4、ICOS、HVEM、CD160、gp49B、PIR-B、KIR家族受体、TIM-1、TIM-3、TIM-4、LAG-3、BTLA、SIRPα(CD47)、CD48、2B4(CD244)、B7.1、B7.2、ILT-2、ILT-4、TIGIT、LAG-3、BTLA、IDO、OX40、以及A2aR。在一些情况下，免疫检查点蛋白质可以在激活的T细胞的表面上表达。可以充当用于本发明的方法中的免疫检查点抑制剂的治疗剂包括但不限于靶向以下中的一种或多种的治疗剂：CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、VISTA、B7-H2、B7-H3、B7-H4、B7-H6、2B4、ICOS、HVEM、CD160、gp49B、PIR-B、KIR家族受体、TIM-1、TIM-3、TIM-4、LAG-3、BTLA、SIRPα(CD47)、CD48、2B4(CD244)、B7.1、B7.2、ILT-2、ILT-4、TIGIT、LAG-3、BTLA、IDO、OX40、以及A2aR。在一些情况下，免疫检查点抑制剂增强或遏制一种或多种靶向免疫检查点蛋白质的功能。在一些情况下，免疫检查点抑制剂是如本文中描述的PD-L1轴结合拮抗剂。
在某些实施例中，本文所述的组合包括PD-1抑制剂。在一些实施例中，PD-1抑制剂选自PDR001(诺华公司(Novartis))、纳武单抗(百时美施贵宝公司(Bristol-MyersSquibb))、派姆单抗(默克公司(Merck&Co))、匹地利珠单抗(CureTech公司)、MEDI0680(医学免疫公司(Medimmune))、REGN2810(再生元公司(Regeneron))、TSR-042(泰萨罗公司(Tesaro))、PF-06801591(辉瑞制药公司(Pfizer))、BGB-A317(百济神州公司(Beigene))、BGB-108(百济神州公司)、INCSHR1210(因赛特公司(Incyte))、或AMP-224(安普利公司(Amplimmune))。在一些实施例中，PD-1抑制剂是PDR001。PDR001还被称为斯巴达珠单抗。纳武单抗(克隆5C4)和其他抗PD-1抗体披露在US 8,008,449和WO 2006/121168中，将这些文献通过引用以其全文并入。派姆单抗和其他抗PD-1抗体披露于Hamid,O.等人(2013)NewEngland Journal of Medicine[新英格兰医学杂志]369(2):134-44；US8,354,509；和WO2009/114335中，将这些文献通过引用以其全文并入。匹地利珠单抗和其他抗PD-1抗体披露于Rosenblatt,J.等人,(2011)J Immunotherapy[免疫疗法杂志]34(5):409-18；US 7,695,715；US7,332,582；和US 8,686,119中，将这些文献通过引用以其全文并入。MEDI0680和其他抗PD-1抗体披露于US 9,205,148和WO 2012/145493中，将这些文献通过引用以其全文并入。其他已知的抗PD-1抗体包括描述于例如以下中的那些：WO 2015/112800、WO 2016/092419、WO 2015/085847、WO 2014/179664、WO 2014/194302、WO 2014/209804、WO 2015/200119、US 8,735,553、US 7,488,802、US 8,927,697、US8,993,731、和US 9,102,727，将这些文献通过引用以其全文并入。
在某些实施例中，本文所述的组合包括PD-1L抑制剂。在一些实施例中，PD-1L抑制剂选自FAZ053(诺华公司)、阿特利珠单抗(基因科技公司(Genentech)/罗氏制药公司(Roche))(也称为MPDL3280A、RG7446、RO5541267、YW243.55.S70、或TECENTRIQTM)、阿维鲁单抗(默克雪兰诺公司(Merck Serono)和辉瑞制药公司)(也称为MSB0010718C)、度伐鲁单抗(医学免疫公司/阿斯利康公司(AstraZeneca))(也称为MEDI4736)、或BMS-936559(百时美施贵宝公司)(也称为MDX-1105或12A4)。阿特利珠单抗和其他抗PD-L1抗体在US 8,217,149中披露，将该文献通过引用以其全文并入。阿维鲁单抗和其他抗PD-L1抗体披露于WO 2013/079174中，将该文献通过引用以其全文并入。度伐鲁单抗和其他抗PD-L1抗体披露于US 8,779,108中，将该文献通过引用以其全文并入。BMS-936559和其他抗PD-L1抗体披露于US 7,943,743和WO 2015/081158中，将这些文献通过引用以其全文并入。
在一个实施例中，PD-1抑制剂是抗PD-1抗体分子。在一个实施例中，PD-1抑制剂是如在US 2015/0210769中描述的抗PD-1抗体分子，将该文献通过引用以其全文并入。在一些实施例中，该抗PD-1抗体分子是斯巴达珠单抗(PDR001)。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含来自重链和轻链可变区的至少一个、两个、三个、四个、五个或六个互补性决定区(CDR)(或总体上全部CDR)，所述重链和轻链可变区包含表1(例如，来自表1中披露的BAP049-克隆-E或BAP049-克隆-B的重链和轻链可变区序列)中所示的氨基酸序列，或由表1中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列。在一些实施例中，CDR根据卡巴特(Kabat)定义(例如，如表1中所列出的)。在一些实施例中，CDR根据乔西亚(Chothia)定义(例如，如表1中所列出的)。在一些实施例中，CDR根据卡巴特和乔西亚两者的组合CDR定义(例如，如表1中所列出的)。在一个实施例中，VH CDR1的卡巴特和乔西亚CDR的组合包含氨基酸序列GYTFTTYWMH(SEQ ID NO:541)。在一个实施例中，相对于表1中所示的氨基酸序列，或由表1中所示的核苷酸序列编码的氨基酸序列，CDR中的一种或多种(或总体上全部CDR)具有一个、两个、三个、四个、五个、六个或更多个变化，例如氨基酸取代(例如，保守氨基酸取代)或缺失。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:501的VHCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:502的VHCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:503的VHCDR3氨基酸序列的重链可变区(VH)；以及含有SEQ ID NO:510的VLCDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:511的VLCDR2氨基酸序列、和SEQ ID NO:512的VLCDR3氨基酸序列的轻链可变区(VL)，各自披露于表1中。
在一个实施例中，抗体分子包含：含有由SEQ ID NO:524的核苷酸序列编码的VHCDR1、由SEQ ID NO:525的核苷酸序列编码的VHCDR2、和由SEQ ID NO:526的核苷酸序列编码的VHCDR3的VH；以及含有由SEQ ID NO:529的核苷酸序列编码的VLCDR1、由SEQ ID NO:530的核苷酸序列编码的VLCDR2、和由SEQ ID NO:531的核苷酸序列编码的VLCDR3的VL，各自披露于表1中。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:506的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:506具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:520的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:520具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:516的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:516具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:506的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:520的氨基酸序列的VL。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:506的氨基酸序列的VH和含有SEQ IDNO:516的氨基酸序列的VL。
在一个实施例中，抗体分子包含：由SEQ ID NO:507的核苷酸序列、或与SEQ IDNO:507具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的VH。在一个实施例中，抗体分子包含：由SEQ ID NO:521或517的核苷酸序列，或与SEQ ID NO:521或517具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的VL。在一个实施例中，抗体分子包含由SEQ ID NO:507的核苷酸序列编码的VH和由SEQ ID NO:521或517的核苷酸序列编码的VL。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:508的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:508具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的重链。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:522的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:522具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:518的氨基酸序列、或与SEQ ID NO:518具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:508的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:522的氨基酸序列的轻链。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含：含有SEQ ID NO:508的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO:518的氨基酸序列的轻链。
在一个实施例中，抗体分子包含：由SEQ ID NO:509的核苷酸序列、或与SEQ IDNO:509具有至少85％、90％、95％、或99％、或更高同一性的核苷酸序列编码的重链。在一个实施例中，抗体分子包含：由SEQ ID NO:523或519的核苷酸序列，或与SEQ ID NO:523或519具有至少85％、90％、95％、或99％或更高同一性的核苷酸序列编码的轻链。在一个实施例中，抗体分子包含由SEQ ID NO:509的核苷酸序列编码的重链和由SEQ ID NO:523或519的核苷酸序列编码的轻链。
本文所述的抗体分子可以通过载体、宿主细胞、和在US2015/0210769(将其通过引用以其全文并入)中描述的方法制得。
表1.示例性抗PD-1抗体分子的氨基酸和核苷酸序列
Figure BDA0003015706700000341
Figure BDA0003015706700000351
Figure BDA0003015706700000361
Figure BDA0003015706700000371
Figure BDA0003015706700000381
Figure BDA0003015706700000391
在一些实施例中，PD-1抑制剂以约200mg至约500mg(例如约300mg至约400mg)的剂量施用。在一些实施例中，每3周一次施用PD-1抑制剂。在一些实施例中，每4周一次施用PD-1抑制剂。在一些实施例中，PD-1抑制剂以约200mg至约400mg(例如约300mg)的剂量每3周一次施用。在又其他实施例中，PD-1抑制剂以约300mg至约500mg(例如约400mg)的剂量每4周一次施用。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子是纳武单抗(百时美施贵宝公司)，也称为MDX-1106、MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558、或
Figure BDA0003015706700000392
纳武单抗(克隆5C4)和其他抗PD-1抗体披露在US8,008,449和WO 2006/121168中，将这些文献通过引用以其全文并入。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：纳武单抗的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表2中所披露的。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子是派姆单抗(默克公司(Merck&Co))，也称为Lambrolizumab、MK-3475、MK03475、SCH-900475、或
Figure BDA0003015706700000393
派姆单抗和其他抗PD-1抗体披露于Hamid,O.等人(2013)New England Journal of Medicine[新英格兰医学杂志]369(2):134-44；US 8,354,509；和WO 2009/114335中，将这些文献通过引用以其全文并入。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：派姆单抗的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表2中所披露的。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子是匹地利珠单抗(CureTech公司)，也称为CT-011。匹地利珠单抗和其他抗PD-1抗体披露于Rosenblatt,J.等人,(2011)J Immunotherapy[免疫疗法杂志]34(5):409-18；US 7,695,715；US 7,332,582；和US 8,686,119中，将这些文献通过引用以其全文并入。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：匹地利珠单抗的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列，例如，如表2中所披露的。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子是MEDI0680(英商梅迪缪思有限公司)，也称为AMP-514。MEDI0680和其他抗PD-1抗体披露于US9,205,148和WO 2012/145493中，将这些文献通过引用以其全文并入。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：MEDI0680的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子是REGN2810(再生元公司)。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：REGN2810的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子是PF-06801591(辉瑞制药公司)。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：PF-06801591的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子是BGB-A317或BGB-108(百济神州公司)。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：BGB-A317或BGB-108的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子是INCSHR1210(因赛特公司)，也称为INCSHR01210或SHR-1210。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：INCSHR1210的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
在一个实施例中，抗PD-1抗体分子是TSR-042(泰萨罗公司)，也称为ANB011。在一个实施例中，抗PD-1抗体分子包含以下中的一种或多种：TSR-042的CDR序列(或总体上全部CDR序列)、重链或轻链可变区序列、或重链或轻链序列。
另外已知的抗PD-1抗体包括例如在以下中描述的那些：WO 2015/112800、WO2016/092419、WO 2015/085847、WO 2014/179664、WO 2014/194302、WO 2014/209804、WO2015/200119、US 8,735,553、US 7,488,802、US 8,927,697、US 8,993,731、以及US 9,102,727，将其通过引用以其全文并入。
在一个实施例中，抗PD-1抗体是与本文所述的抗PD-1抗体之一竞争结合和/或结合至PD-1上的相同表位的抗体。
在一个实施例中，PD-1抑制剂是抑制PD-1信号传导途径的肽，例如，如在US 8,907,053中描述的，将其通过引用以其全文并入。在一个实施例中，PD-1抑制剂是免疫粘附素(例如包含融合到恒定区(例如免疫球蛋白序列的Fc区)的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些实施例中，PD-1抑制剂是AMP-224(B7-DCIg(安普利公司)，例如，披露于WO 2010/027827和WO 2011/066342中，将其通过引用以其全文并入。
在一个实施例中，CTLA-4抑制剂是靶向CTLA-4的抗体。优选地，此抗体是伊匹单抗(Ipilimumab)。
TMB和免疫激活测量
术语“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。
如本文中使用的术语“生物标志物”是指指示物，例如预测性、诊断性和/或预后性指示物，其可以在样品中检测到，例如特定的基因(改变或表达水平)或由所述基因编码的蛋白质、或所述特定基因的一种或多种体细胞突变。生物标志物可以用作特定亚型的疾病或障碍(例如癌症)的指示物，其通过某些分子特征、病理学特征、组织学特征、和/或临床特征(例如对包括靶向疗法的疗法的应答性，所述靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂)表征。在一些实施例中，生物标志物是基因或蛋白质的集合(例如单种或多种基因和蛋白质表达水平)或基因集合中突变/改变(例如体细胞突变)的总数。生物标志物包括但不限于多核苷酸、多核苷酸改变(例如多核苷酸拷贝数目改变)、多肽、多核苷酸和多肽修饰(例如翻译后修饰)、碳水化合物、和/或基于糖脂的分子标志物。
对于个体而言，与增加的临床益处相关联的TMB和/或免疫激活的“量”或“水平”是生物学样品中可检测到的水平。其可以通过本领域技术人员已知的方法测量并且还在本文中披露。基因或蛋白质表达水平(其可以通过方法如IHC、qRT-PCR、Nanostring和本领域技术人员已知的其他方法分析)或体细胞突变的量可以用于确定对治疗的应答。
术语“水平”是指生物学样品中体细胞突变的量和/或免疫激活的量。
体细胞突变和/或免疫激活的“增加的水平(Increased level/increasedlevels)”、“升高的水平(elevated level/elevated levels)”、或“高水平(high levels)”是指个体中相对于对照的体细胞突变和/或免疫激活的增加的水平，所述对照比如没有遭受疾病或障碍(例如癌症)的一个或多个个体、或内部对照(例如参考基因)。在一些实施例中，体细胞突变的增加的水平存在于个体的整个基因组中并且免疫激活标志物的增加的基因或蛋白质表达水平是可检测的。在其他实施例中，体细胞突变和/或免疫激活的增加的水平存在于从个体收集的样品(例如组织或血液样品)中。在一些实施例中，个体患有癌症(例如黑色素瘤)。
体细胞突变和/或免疫激活的“降低的水平(Decreased level/decreasedlevels)”、“减少的水平(reduced level/reduced levels)”、或“低水平(low levels)”是指个体中相对于对照的体细胞突变和/或免疫激活的降低的水平，所述对照比如没有遭受疾病或障碍(例如癌症)的一个或多个个体、或内部对照(例如参考水平)。在一些实施例中，体细胞突变的降低的水平存在于个体的整个基因组中。在其他实施例中，体细胞突变和/或免疫激活的降低的水平存在于从个体收集的样品(例如组织或血液样品)中。在一些实施例中，个体患有癌症(例如黑色素瘤)。
如本文中所使用，“低TMB分数”是指处于参考TMB分数或低于参考TMB分数的TMB分数，而“高TMB分数”是指高于参考TMB分数的TMB分数。
如本文中所使用，“低免疫激活分数”是指处于参考免疫激活分数或低于参考免疫激活分数的免疫激活分数，而“高免疫激活分数”是指高于参考免疫激活分数的免疫激活分数。
如本文中所使用，术语“参考TMB分数”是指将其与另一个TMB分数相比较的TMB分数，以例如做出诊断性、预测性、预后性和/或治疗性决定。例如，参考TMB分数可以是参考样品、参考群体、和/或预先确定的值中的TMB分数。在一些情况下，相对于个体对用非靶向疗法的治疗的应答性(处于或低于截止点值)，个体对用靶向疗法的治疗的应答性明显改善。在一些情况下，相对于个体对用靶向疗法的治疗的应答性(高于截止点值)，个体对用非靶向疗法的治疗的应答性明显改善。
本领域技术人员将应理解，参考TMB分数的数值可以根据以下而变化：癌症的类型(例如肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC)或小细胞肺癌)、肾癌(例如肾尿路上皮癌或肾细胞癌(RCC))、膀胱癌(例如膀胱尿路上皮(移行细胞)癌(例如局部晚期或转移性尿路上皮癌，包括一线(1L)或二线或以上(2L+)局部晚期或转移性尿路上皮癌))、乳腺癌(例如人类表皮生长因子受体2(HER2)+乳腺癌或激素受体阳性(HR+)乳腺癌)、结直肠癌(例如结肠腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食管癌、间皮瘤、黑色素瘤(例如皮肤黑色素瘤)、皮肤癌(例如皮肤鳞状细胞癌)、头颈部癌(例如头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))、甲状腺癌、肉瘤(例如软组织肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、软骨肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤或横纹肌肉瘤)、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病(例如急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓细胞白血病(AML)、慢性髓细胞白血病(CML)、慢性嗜酸细胞白血病、或慢性淋巴细胞白血病(CLL))、淋巴瘤(例如霍奇金淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如多发性骨髓瘤(MM))、蕈样肉芽肿、默克尔细胞癌、血液恶性肿瘤、血液组织癌、B细胞癌、支气管癌、胃癌、脑癌或中枢神经系统癌、周围神经系统癌、子宫癌或子宫内膜癌、口腔癌或咽癌、肝癌、睾丸癌、胆道癌、小肠癌或阑尾癌、唾液腺癌、肾上腺癌、腺癌、炎性肌纤维母细胞瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、结肠癌、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增殖性疾病(MPD)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、尤文氏瘤、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、支气管源性癌、肾细胞癌、肝细胞瘤、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎癌、维尔姆斯瘤、膀胱癌、上皮癌、胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突胶质细胞瘤、脑膜瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、滤泡性淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、肝细胞癌、甲状腺癌、小细胞癌、原发性血小板增多症、特发性髓样化生、高嗜酸性粒细胞综合征、全身性肥大细胞增生症、常见的嗜酸性粒细胞增多症(familiar hypereosinophilia)、神经内分泌癌、或类癌肿瘤)、用于测量TMB分数的方法学、和/或用于产生TMB分数的统计学方法。
术语“等效TMB值”是指与可通过将体细胞变异(例如体细胞突变)的计数除以测序的碱基数目(例如，如通过靶向平台评估的约1.5Mb)计算的TMB分数对应的数值。应理解，通常，TMB分数与测序的基因组区域的大小呈线性相关。此类等效TMB值指示与TMB分数相比等效的肿瘤突变负荷程度并且可以在本文描述的方法中可互换地使用，例如以预测癌症患者对靶向疗法(例如，包括靶向BRAF和/或MEK的药剂例如达拉菲尼和曲美替尼或例如威罗菲尼和考比替尼的靶向疗法)的应答。作为实例，在一些实施例中，等效TMB值是归一化的TMB值，其可以通过将体细胞变异(例如体细胞突变)的计数除以测序碱基数目来计算。例如，等效TMB值可以表示为在确定测序碱基数目(例如，如通过靶向平台评估的约1.5Mb)上计算的体细胞突变数目。应理解，如本文所描述的TMB分数(例如，表示为在确定测序碱基数目(例如，用于本文描述的靶向平台的1.5Mb)上计算的体细胞突变数目的TMB分数)涵盖使用不同的方法学(例如，全外显子组测序或全基因组测序)获得的等效TMB值。作为实例，对于全外显子组平台，靶标区域可以是约50Mb，并且检测的具有约500个体细胞突变的样品是约10个突变/Mb的TMB分数的等效TMB值。
如本文中所使用，术语“参考免疫激活分数”是指将其与另一个免疫激活分数相比较的免疫激活分数，以例如做出诊断性、预测性、预后性和/或治疗性决定。例如，参考免疫激活分数可以是参考样品、参考群体、和/或预先确定的值中的免疫激活分数。
术语“表达的水平”或“表达水平”通常可互换地使用并且通常是指生物学样品中的生物标志物的量。“表达”通常是指信息(例如基因编码信息和/或表观遗传信息)被转换成在细胞中存在并且运行的结构的过程。因此，如本文中所使用，“表达”可以是指转录成多核苷酸、翻译成多肽、或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸、翻译的多肽、或多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)的片段也应当被认为是表达的，无论它们是源自由替代性剪接产生的转录物或降解的转录物，或是来自多肽的翻译后加工，例如通过蛋白质水解。“表达的基因”包括被转录成作为mRNA的多核苷酸然后被翻译成多肽的那些、以及还有被转录成RNA但没有被翻译成多肽的那些(例如转运RNA和核糖体RNA)。
“增加的表达(Increased expression)”、“增加的表达水平(increasedexpression level)”、“增加的水平(increased levels)”、“升高的表达(elevatedexpression)”、“升高的表达水平(elevated expression levels)”、或“升高的水平(elevated levels)”是指个体中相对于对照的生物标志物的增加的表达或增加的水平，所述对照比如没有遭受疾病或障碍(例如癌症)的一个或多个个体、或内部对照(例如管家生物标志物(housekeeping biomarker))。
“降低的表达(Decreased expression)”、“降低的表达水平(decreasedexpression level)”、“降低的水平(decreased levels)”、“减少的表达(reducedexpression)”、“减少的表达水平(reduced expression levels)”、或“减少的水平(reduced levels)”是指个体中相对于对照的生物标志物的降低的表达或降低的水平，所述对照比如没有遭受疾病或障碍(例如癌症)的一个或多个个体、或内部对照(例如管家生物标志物)。
如本文中所使用的“扩增”通常是指产生期望的序列的多个拷贝的过程。“多个拷贝”意指至少两个拷贝。“拷贝”不一定意指与模板序列具有互补性或同一性的完美序列。例如，拷贝可以包括核苷酸类似物(比如脱氧肌苷)、有意的序列改变(比如通过引物引入的序列改变，所述引物包含与模板可杂交但不互补的序列)、和/或在扩增期间发生的序列误差。
如本文中所使用的“聚合酶链式反应”或“PCR”的技术通常是指其中微小量的特定核酸片段、RNA和/或DNA被扩增的程序，如例如在美国专利号4,683,195中描述的。通常，来自感兴趣的区域的末端或更远处的序列信息需要是可获得的，使得可以设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上将与待扩增的模板的相反链是相同的或类似的。两种引物的5’末端核苷酸可以与扩增的材料的末端相一致。PCR可以用于扩增特定RNA序列、来自总基因组DNA的特定DNA序列、以及从总细胞RNA转录的cDNA、噬菌体、或质粒序列等。通常参见Mullis等人,Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.[冷泉港定量生物学研讨会]51:263(1987)和Erlich,编辑,PCR Technology[PCR技术](斯托克顿出版社[Stockton Press],纽约州,1989)。如本文中所使用，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一个但不是唯一的实例，其包括使用已知的核酸(DNA或RNA)作为引物，并且利用核酸聚合酶扩增或产生特定核酸片段、或扩增或产生与特定核酸互补的特定核酸片段。
术语“多重PCR”是指为了在单一反应中扩增两种或更多种DNA序列的目的，使用多于一种引物集在从单一来源(例如个体)获得的核酸上进行的单一PCR反应。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”是指PCR的形式，其中在PCR反应中的每个步骤测量PCR产物的量。此技术已经描述于多个出版物中，包括例如Cronin等人,Am.J.Pathol.[美国病理学杂志]164(1):35-42(2004)和Ma等人,Cancer Cell[癌细胞]5:607-616(2004)。
术语“微阵列”是指在基底上有序排列的可杂交阵列元件、优选多核苷酸探针。
本文中使用术语“诊断”以是指分子状态或病理学状态、疾病或病症(例如癌症)的鉴定或分类。例如，“诊断”可以是指特定类型的癌症的鉴定。“诊断”还可以是指癌症的特定亚型的分类，例如，通过组织病理学标准、或通过分子特征(例如通过表达生物标志物(例如特定的基因或由所述基因编码的蛋白质)中的一种或组合来表征的亚型)。
如本文中使用的术语“样品”或“生物学样品”是指从感兴趣的受试者和/或个体获得或得到的组合物，所述组合物含有细胞实体和/或其他分子实体，所述细胞实体和/或其他分子实体例如将基于物理特征、生物化学特征、化学特征、和/或生理学特征被表征和/或鉴定。例如，短语“疾病样品”及其变型是指从感兴趣的受试者获得的将被预期或被认为含有待表征的细胞实体和/或分子实体的任何样品。样品包括但不限于组织样品、原代或培养的细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解物、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、牛奶、全血、血源性细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、眼泪、汗液、粘液、肿瘤裂解物和组织培养基、组织提取物(比如均质组织提取物、肿瘤组织提取物、细胞提取物)、及其组合。在一个实施例中，“样品”意指“组织样品”或“细胞样品”。在另一个实施例中，“样品”意指“血液样品”。
通过“组织样品”或“细胞样品”意指从受试者或个体的组织中获得的类似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是来自新鲜、冷冻和/或保存的器官、组织样品、活组织检查和/或抽吸物的固体组织；血液或任何血液成分比如血浆；体液比如脑脊液、羊水、腹膜液或间质液；来自受试者的妊娠期或发育期中的任何时间的细胞。组织样品还可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品从疾病组织/器官获得。例如，“肿瘤样品”是从肿瘤或其他癌组织获得的组织样品。组织样品可以含有细胞类型(例如肿瘤细胞和非肿瘤细胞、癌细胞和非癌细胞)的混合群体。组织样品可以含有在本质上不与所述组织天然混杂的化合物，比如防腐剂、抗凝血剂、缓冲剂、固定剂、营养素、抗生素等。在一些情况下，组织样品或肿瘤组织样品不是血液样品或样品或血液成分比如血浆。在一个优选的实施例中，组织样品或细胞样品是肿瘤样品。
如本文中所使用的“肿瘤细胞”是指存在于肿瘤或其样品中的任何肿瘤细胞。使用本领域中已知和/或本文中描述的方法可以将肿瘤细胞区分于可能存在于肿瘤样品中的其他细胞，例如基质细胞和肿瘤浸润免疫细胞。
如本文中所使用的“参考样品”、“参考组织”、“参考细胞”、“对照样品”、“对照组织”或“对照细胞”是指用于比较目的的样品、组织、细胞、标准品或水平。在一个实施例中，参考样品、参考组织、参考细胞、对照样品、对照组织、或对照细胞从相同受试者或个体的身体(例如组织或细胞)中的健康部分和/或非患病部分获得。例如，参考样品、参考组织、参考细胞、对照样品、对照组织、或对照细胞可以是邻近于患病组织或细胞的健康和/或非患病的组织或细胞(例如邻近于肿瘤的组织或细胞)。在另一个实施例中，参考样品从相同受试者或个体的身体中的未治疗的组织和/或细胞获得。在又另一个实施例中，参考样品、参考组织、参考细胞、对照样品、对照组织、或对照细胞个体(从不是相同受试者或个体)的身体(例如组织或细胞)中的健康部分和/或非患病部分获得。在甚至另一个实施例中，参考样品、参考组织、参考细胞、对照样品、对照组织、或对照细胞从个体(不是相同受试者或个体)的身体中的未治疗的组织和/或细胞获得。
通过“相关(correlate)”或“相关(correlating)”意指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，人们可以使用第一分析或方案的结果进行第二方案，和/或人们可以使用第一分析或方案的结果来确定是否应该进行第二分析或方案。关于多肽分析或方案的实施例，人们可以使用多肽表达分析或方案的结果来确定是否应该进行特定的治疗方案。关于多核苷酸分析或方案的实施例，人们可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来确定是否应该进行特定的治疗方案。
对治疗的应答
“个体应答”或“应答”可以使用任何端点来评估，所述端点指示对个体的益处，包括但不限于：(1)在某种程度上抑制疾病进展(例如癌症进展)，包括减慢或完全阻止；(2)肿瘤尺寸的减小；(3)抑制(即减少、减慢或完全停止)癌细胞浸润到邻近的外周器官和/或组织；(4)抑制(即减少、减慢或完全停止)转移；(5)在某种程度上缓解与疾病或障碍(例如癌症)相关联的一种或多种症状；(6)增加或延长存活时间，包括总体存活、无进展存活和无复发存活；和/或(7)在治疗后给定时间点的降低的死亡率。
患者的“有效应答”或患者对用药物治疗的“应答性”以及类似的措词是指赋予患者的临床益处或治疗益处，所述患者有患疾病或障碍比如癌症的风险或正在遭受所述疾病或障碍比如癌症。在一个实施例中，此类益处包括以下中的任何一种或多种：延长存活(包括总体存活和/或无进展存活和/或无复发存活)；导致客观应答(包括完全应答或部分应答)；或改善癌症的迹象或症状。在一个实施例中，例如使用本文中披露的方法确定的肿瘤细胞中的体细胞突变水平(例如肿瘤突变负荷(TMB))用于鉴定以下患者，所述患者相对于不具有相同的体细胞突变水平的患者被预测为对用药物的治疗(例如靶向疗法，例如包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法)具有增加的应答可能性或具有更高量级的应答。在一个实施例中，例如使用本文中披露的方法确定的肿瘤细胞中的降低的体细胞突变水平用于鉴定以下患者，所述患者相对于不具有降低的体细胞突变水平的患者被预测为对用药物的治疗(例如包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法)具有增加的应答可能性。在另一个实施例中，生物标志物(例如用于免疫激活，例如使用IHC或基因表达水平确定的)用于鉴定以下患者，所述患者相对于不表达所述生物标志物的患者被预测为对用药物的治疗(例如包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法)具有增加的应答可能性或具有更高量级的应答。在另一个实施例中，生物标志物(例如用于免疫激活，例如使用IHC或基因表达水平确定的)用于鉴定以下患者，所述患者相对于不以相同水平表达所述生物标志物的患者被预测为对用药物的治疗(例如包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法)具有增加的应答可能性。在一个实施例中，生物标志物的存在用于鉴定以下患者，所述患者相对于不存在所述生物标志物的患者对用药物的治疗更可能应答或具有更高量级的应答。在另一个实施例中，生物标志物的存在用于确定相对于不存在所述生物标志物的患者，患者将具有从用药物的治疗中受益的增加的可能性。
“客观应答”是指可测量的应答，包括完全应答(CR)或部分应答(PR)。在一些实施例中，“客观应答率(ORR)”是指完全应答(CR)率和部分应答(PR)率的总和。
通过“完全应答”或“CR”意指响应于治疗，癌症的所有迹象的消失(例如所有靶病变的消失)。这并不总是意指已经治愈癌症。
“持续应答”是指在中止治疗后对减少肿瘤生长的持续效果。例如，如与在药物施用阶段开始时的尺寸相比，肿瘤尺寸可以是相同的尺寸或更小。在一些实施例中，持续应答具有至少与治疗持续时间相同，至少1.5倍、2.0倍、2.5倍、或3.0倍长度、或更长的持续时间。
如本文中所使用，“减少或抑制癌症复发”意指减少或抑制肿瘤或癌症复发、或肿瘤或癌症进展。如本文中所披露，癌症复发和/或癌症进展包括但不限于癌症转移。
术语“存活”是指患者仍然是活着的，并且包括总体存活以及无进展存活和无复发存活。
如本文中所使用，“无复发存活”或“RFS”是指在完全手术切除肿瘤后在治疗期间或在治疗后没有任何疾病复发的时间长度，在所述时间长度内没有出现所治疗的疾病(例如癌症)的迹象或症状。无复发存活可以包括患者已经经历完全应答或部分应答的时间量以及患者已经经历稳定疾病的时间量。
如本文中所使用，“总体存活”或“OS”是指在特定的持续时间后组中可能活着的个体的百分比。
通过“延长存活”意指相对于未治疗的患者(即相对于未用药物治疗的患者)、或相对于不具有指定水平的体细胞突变的患者、和/或相对于用抗肿瘤剂治疗的患者，经治疗的患者的总体存活或无进展存活或无复发存活增加。
如本文中所使用，术语“基本上相同”表示两个数值之间足够高的相似性程度，使得本领域技术人员将会认为在由所述值(例如Kd值或突变水平)测量的生物学特征的上下文中，两个值之间的差异具有很小的或没有生物学意义和/或统计学意义。在所述两个值之间的差异是例如少于约50％、少于约40％、少于约30％、少于约20％、和/或少于约10％，作为参考值/比较值的函数。
如本文中所使用，短语“基本上不同”表示两个数值之间足够高的差异程度，使得本领域技术人员将会认为在由所述值(例如Kd值或突变水平)测量的生物学特征的上下文中，两个值之间的差异具有统计学意义。在所述两个值之间的差异是例如大于约10％、大于约20％、大于约30％、大于约40％、和/或大于约50％，作为参考分子/比较分子的值的函数。
“治疗有效量”是指治疗或防止哺乳动物中的疾病或障碍的治疗剂的量。在癌症的情况下，治疗有效量的治疗剂可以减少癌细胞的数目；减小原发性肿瘤的尺寸；抑制(即在某种程度上减慢和优选地停止)癌细胞浸润到外周器官中；抑制(即在某种程度上减慢和优选地停止)肿瘤转移；在某种程度上抑制肿瘤生长；和/或在某种程度上缓解与障碍相关联的一种或多种症状。在药物可以防止生长和/或杀死现存的癌细胞的程度上，其可以是抑制细胞生长的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法，体内功效可以例如通过评估存活的持续时间、到疾病进展的时间(TTP)、到复发的时间、应答率(例如CR和PR)、应答的持续时间、和/或生活质量来测量。
“障碍”是将会受益于治疗的任何状况，包括但不限于慢性和急性障碍或疾病，包括使哺乳动物易患上讨论中的障碍的那些病理学状况。
术语“癌症”和“癌的”是指或描述哺乳动物中典型地由未经调节的细胞生长所表征的生理学状况。包括在此定义中的是良性和恶性癌症。通过“早期癌症”或“早期肿瘤”意指不是侵入性的或转移性的或被分类为I期或II期癌症的癌症。癌症的实例包括但不限于癌、淋巴瘤、母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)、神经内分泌肿瘤(包括类癌肿瘤、胃泌素瘤和胰岛细胞癌)、间皮瘤、神经鞘瘤(包括听神经瘤)、脑膜瘤、腺瘤、黑色素瘤和白血病或淋巴恶性肿瘤。癌症的实例还包括但不限于肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC))、肾癌(例如肾尿路上皮癌或RCC)、膀胱癌(例如膀胱尿路上皮(移行细胞)癌(例如局部晚期或转移性尿路上皮癌，包括1L或2L+局部晚期或转移性尿路上皮癌)、乳腺癌、结直肠癌(例如结肠腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食管癌、间皮瘤、黑色素瘤(例如皮肤黑色素瘤)、头颈部癌(例如头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))、甲状腺癌、肉瘤(例如软组织肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、软骨肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤或横纹肌肉瘤)、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病(例如急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓细胞白血病(AML)、慢性髓细胞白血病(CML)、慢性嗜酸细胞白血病、或慢性淋巴细胞白血病(CLL))、淋巴瘤(例如霍奇金淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如多发性骨髓瘤(MM))、蕈样肉芽肿、默克尔细胞癌、血液恶性肿瘤、血液组织癌、B细胞癌、支气管癌、胃癌、脑癌或中枢神经系统癌、周围神经系统癌、子宫癌或子宫内膜癌、口腔癌或咽癌、肝癌、睾丸癌、胆道癌、小肠癌或阑尾癌、唾液腺癌、肾上腺癌、腺癌、炎性肌纤维母细胞瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、结肠癌、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增殖性疾病(MPD)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、尤文氏瘤、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、支气管源性癌、肾细胞癌、肝细胞瘤、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎癌、维尔姆斯瘤、膀胱癌、上皮癌、胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突胶质细胞瘤、脑膜瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、滤泡性淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、肝细胞癌、甲状腺癌、小细胞癌、原发性血小板增多症、特发性髓样化生、高嗜酸性粒细胞综合征、全身性肥大细胞增生症、常见的嗜酸性粒细胞增多症、神经内分泌癌或类癌肿瘤。此类癌症的更特别的实例包括早期I-III可切除的和不可切除的(IIIC期)或转移性的(IV期)黑色素瘤、肺癌(包括NSCLC)、鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)、肺癌(包括小细胞肺癌(SCLC))、以及肺的腺癌和肺的鳞状癌。在特定的实例中，肺癌是NSCLC，例如局部晚期或转移性NSCLC(例如IIIB期NSCLC、IV期NSCLC、或复发NSCLC)。在一些实施例中，肺癌(例如NSCLC)是不可切除的/不可手术的肺癌(例如不可切除的NSCLC)。其他实例包括腹膜癌、肝细胞癌、膀胱癌(例如尿路上皮性膀胱癌(例如移行细胞癌或尿路上皮癌、非肌层浸润性膀胱癌、肌层浸润性膀胱癌和转移性膀胱癌)和非尿路上皮性膀胱癌)、胃癌(gastric/stomach cancer)(包括胃肠道癌)、胰腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌、肝细胞瘤、乳腺癌(包括转移性乳腺癌)、结肠癌、直肠癌、结直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌(kidney/renal cancer)、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、肛门癌、阴茎癌、默克尔细胞癌、蕈样肉芽肿、睾丸癌、食管癌、胆道肿瘤、以及头颈部癌和血液恶性肿瘤。在一些实施例中，癌症是三阴性转移性乳腺癌，包括任何组织学证实的三阴性(ER-、PR-、HER2-)乳腺腺癌。
如本文中所使用，术语“肿瘤”是指所有赘生性细胞生长和增殖(无论恶性或良性)，以及所有癌前细胞和组织以及癌细胞和组织。术语“癌症”、“癌的”和“肿瘤”并不相互排斥，如本文中提及的。
术语“药物配制品”是指呈以下这样的形式的制品，所述形式允许其中所含有的活性成分的生物学活性是有效的，并且所述制品不含有对施用所述配制品的受试者而言有不可接受地毒性的另外的组分。
“药学上可接受的载体”是指药物配制品中除了活性成分以外的对受试者无毒的成分。药学上可接受的载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
如本文中所使用，“治疗(treatment)”(以及其语法变型比如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指试图改变被治疗的个体的自然过程、并且可以为了预防而进行或在临床病理学过程期间进行的临床干预。治疗的合意效果包括但不限于防止疾病的发生或复发(recurrence/relapse)、减轻症状、减小疾病的任何直接或间接的病理学后果、防止转移、降低疾病进展的速率、改善或缓和疾病状态、以及缓解或改善的预后。在一些实施例中，抗体(例如抗PD-L1抗体和/或抗PD-1抗体)用于延迟疾病的发展或减慢疾病的进展。
术语“癌症疗法”是指用于治疗癌症的疗法。抗癌治疗剂的实例包括但限于细胞毒性剂、化学治疗剂、生长抑制剂、用于放射疗法中的药剂、抗血管生成剂、凋亡剂、抗微管蛋白剂、以及其他用于治疗癌症的药剂，例如抗CD20抗体，血小板衍生的生长因子抑制剂(例如GLEEVECTM(甲磺酸伊马替尼))、COX-2抑制剂(例如塞来昔布)、干扰素、细胞因子、拮抗剂(例如中和抗体)、其他生物活性剂和有机化学剂等，所述拮抗剂结合以下靶标中的一个或多个：PDGFR-β、BlyS、APRIL、BCMA受体、TRAIL/Apo2。在本发明中还包括其组合。
如本文中所使用，“可受益”于某种疗法的患者是以更高的可能性或更高的量级对该疗法应答的患者。
如本文中所使用，术语“个体”、“患者”、以及“受试者”可互换地使用并且是指需要治疗的任何单一的动物，更优选地哺乳动物(包括诸如例如狗、猫、马、兔、动物园动物、牛、猪、绵羊和非人灵长类动物等非人类动物)。在特定的实施例中，本文中的个体或患者是人类。
如本文中所使用，“施用(administering)”和“施用(administration)”意指将一定剂量的化合物(例如拮抗剂)或药物组合物(例如包含拮抗剂的药物组合物)给予到受试者(例如患者)的方法。施用可以通过任何合适的手段，包括肠胃外施用、肺内施用、以及鼻内施用、以及病灶内施用(如果需要局部治疗)。肠胃外输注包括例如肌内施用、静脉内施用、动脉内施用、腹膜内施用、或皮下施用。给药可以通过任何合适的途径，例如通过注射，比如静脉内或皮下注射，这部分地取决于施用是短期的还是长期的。本文中预期多种给药计划，包括但不限于在多个时间点的单次施用或多次施用、推注施用、和脉冲输注。
本文中使用术语“同时地”以指施用两种或更多种治疗剂，其中所述施用的至少一部分在时间上重叠。因此，同时施用包括当在停止施用一种或多种其他药剂后继续施用一种或多种药剂时的给药方案。
通过“减少或抑制”意指引起20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或更大的总体降低的能力。减少或抑制可以是指例如被治疗的障碍的症状、转移瘤的存在或尺寸、或原发性肿瘤的尺寸。
当在本文中使用时，短语“基于”意指将关于一种或多种生物标志物的信息用于告知治疗决定、在包装插页上提供的信息、或市场营销/促销指导等。
实例
实例1
在切除了BRAF V600突变型III期黑色素瘤的患者(pt)中，在辅助的达拉菲尼+曲美替尼(D+T)的COMBI-AD试验中更新的无复发存活(RFS)和生物标志物分析
背景：COMBI-AD(NCT 01682083)的初步分析示出，在辅助的D+T下，相对于安慰剂(Pbo；HR，0.47；P<.001)，RFS明显改善。我们提供具有延长的随访(FU)的RFS分析、治愈率模型、以及生物标志物分析。
方法：COMBI-AD是随机化的3期试验，在切除了BRAF V600突变型III期黑色素瘤的患者中评价12个月的辅助的D+T相对于Pbo。将威布尔混合治愈率模型用于估计不会复发的患者的比例。在基线组织样品中通过对570个基因进行测序并且用
Figure BDA0003015706700000561
平台进行基因表达谱分析(GEP)来检查突变概况和基因表达特征(GES)。
结果：中位数FU是44个月(D+T)和42个月(Pbo)；在D+T组中的177/438患者(41％)和在Pbo组中的254/432患者(59％)已经复发/死亡。用D+T未达到中位数RFS(NR；95％CI，46.9个月的NR)，相对于用Pbo(HR，0.49[95％CI，0.40-0.59])达到的16.6个月(95％CI，12.7-22.1个月)。用D+T得到的估计的治愈率是54％(95％CI，49％-59％)，相对于用Pbo得到的估计的治愈率为37％(95％CI，32％-42％)。分别获得368名、507名和301名患者的DNA测序结果、GEP结果和配对的DNA+RNA结果。MAPK途径基因改变不与结果相关。免疫GES(例如干扰素[IFN]-γ特征)在这两个组中都具有很强的预后性。高肿瘤突变负荷(TMB)增加了Pbo组中IFN-γ特征的阳性预后值(高IFN-γ和高TMB与较长的RFS相关)，而在D+T组中，IFN-γ基因特征鉴定出具有较长RFS的患者(与TMB状态无关)。在所有TMB/IFN-γ亚组中在D+T相对于Pbo组中的RFS的探索性分析表明与高TMB/低IFN-γ相比，低TMB或高TMB/高IFN-γ可能与更大的RFS益处相关联。
结论：更新的RFS和治愈率模型证实了辅助的D+T的持续的益处。先前与靶向疗法抗性相关的MAPK基因改变与辅助情境中的结果不相关。TMB和免疫GES鉴定出Pbo组中处于较高复发风险的患者。这些标志物关于靶向疗法或检查点抑制剂的预测价值值得在前瞻性研究中进一步验证。
实例2
在3期黑色素瘤中在辅助的达拉菲尼/曲美替尼或安慰剂之后的基因组概况、肿瘤突变负荷(TMB)、免疫基因表达特征和临床结果：III期COMBI-AD试验的相关性分析
方法
组织样品和DNA/RNA提取
Combi-AD试验中的所有患者都进行了原发性皮肤肿瘤和淋巴结的手术切除。在筛选时提交组织样品用于中心BRAF测试。如果患者同意，则将剩余的组织材料用于探索性生物标志物研究。从接收到的所有块体切取5(±1)μm厚度的切片。病理学家目测检查了存档的FFPE载玻片和来自肿瘤块体的新切取的载玻片，以鉴定和注明感兴趣区域(ROI)中的肿瘤含量的近似百分比和总肿瘤面积(mm2)。根据肿瘤细胞含量，宏观切割4-12个载玻片并且用于DNA/RNA分离。如果ROI含有少于10％肿瘤含量，则取消进一步的加工。使用来自FFPE组织试剂盒的Qiagen AllPrepTMRNA/DNA提取，从可获得的每个基线或复发样品共同提取DNA/RNA。
肿瘤突变负荷的靶向测序、报告
使用DNA/RNA共同提取物或来自BRAF测试的剩余的DNA进行DNA测序。使用TruSeq纳米文库制备试剂盒(依诺米那公司(Illumina))剪切DNA(Covaris超声发生器)，并且对其进行末端修复、A-加尾、指示的适配体连接和PCR扩增。使NGS文库变性并与一组RNA诱饵杂交，这些RNA诱饵被设计成与来自靶向570个实体瘤相关基因的特定基因组区域的片段结合。杂交捕获使用SureSelect试剂(安捷伦公司(Agilent))来进行。捕获的文库在IlluminaHiSeq上测序，在测序文库中获得550X的平均目标覆盖。
如下加工所产生的测序数据：首先，使用Burrows-Wheeler比对器(BWA-MEM)[LiH.和Durbin R.,Bioinformatics[生物信息学],2009]将序列读数与参考人类基因组(构建体hg19)进行比对，以创建BAM文件。接下来，用Picard清理初始BAM文件以标记PCR重复，并记录重复读数的百分比[https://picard.sourceforge.net]。然后，将基因组分析工具包用于局部重新比对和基础质量分数重新校准[McKenna等人,Genome Research[基因组研究],2010；DePristo M.等人,Nature Genetics[自然遗传学],2011]。用MUTECT鉴定单个核苷酸变体。使用PureCN鉴定变体的拷贝数[Riester等人,Source Code for Bio Med[生物学和医学源代码]2016]。使用PINDEL鉴定插入缺失[Kai Ye等人,Bioinformatics[生物信息学]2009]。使用PureCN在靶向蛋白质编码序列中估计肿瘤突变负荷[Riester等人,2016SourceCode for Biology and Medicine[生物学和医学源代码]]。简要地，将在测序编码区(1.5Mb)中检测到的最小等位基因分数为0.03的预测体细胞SNV(包括沉默突变)的总数除以测序编码碱基的总百万碱基。
如果平均覆盖为至少100X，GC和AT脱落率(dropout)少于20％，并且测序样品中有肿瘤含量的证据(推断肿瘤纯度>0)，则将测序文库包括在下游分析中。从下游分析中除去潜在的测序伪影(sequencing artifact)和种系遗传变体。通过低覆盖(<50X)、低读数支持(<5个读数支持突变体等位基因)、低等位基因分数(<0.01，除非已知或可能的致癌突变)、低平均碱基质量(<25，除非已知热点突变)或高比例的具有较差支持的比对的读数(>10％MQ0)来鉴定可能的伪影SNV。可能的伪影插入缺失通过低覆盖(<50X)、低读数支持(<4)、低等位基因分数(<0.04)或与基因组重复区域的重叠来鉴定。可能的种系SNV和插入缺失是通过在外显子组测序项目(https://evs.gs.washington.edu/EVS/)和外显子组聚集联盟数据库(https://exac.broadinstitute.org/)中以可观的频率(ESP MAF>0.001或ExAC计数>3，除非已知热点突变)的存在来鉴定的。SNV和插入缺失被赋予了功能意义，这是基于在癌症体细胞突变目录中存在，以及在5种或更多种肿瘤中在COSMIC中报告的被认为是‘已知的’致癌的突变、COSMIC计数少于5但预测会导致被认为是‘可能’致癌的蛋白质的提前截短的突变、以及被认为是‘未知的’致癌状态的所有其他突变下的功能影响。如果估计的拷贝数是至少7，则CNV被认为是扩增，并且如果估计的拷贝数是0.5或更少，则CNV被认为是纯合性缺失。
基因表达谱分析：过滤/加工、归一化
将定制的Nanostring基因平台(n＝800,780个感兴趣的基因和20个管家基因)用于分析感兴趣的单一基因和基因表达特征。
使用阴性对照(将基线计算为平均值+2SD)和管家基因来确定相对于基线的质量，对原始的非归一化的数据进行过滤。排除具有11个或更多个(即超过一半)低于log10(基线+1)+0.25的转换值的样品。在应用对数之前，将每个值加1.0防止了零作为异常值出现。高于基线0.25确保管家基因表达有足够的动态范围来产生可靠的归一化因子。
对于归一化，使用20个管家基因。与Nanostring平台上的所有其他基因相比，发现所有预先确定的管家基因具有中等/高的平均表达水平和低SD。管家基因在皮肤和淋巴结样品之间的表达水平上也没有示出显著差异。通过乘以由HKG的几何平均值(通过平均归一化因子进行调整)计算出的因子来实现归一化。
·由log(x+1)转换的信号
·Yj＝每个样品的归一化者的几何平均值
·归一化因子＝平均(Yj)/Yj
·基线是平均值(阴性对照)+2sd(阴性对照)。这针对每个样品、针对未转换的数据(原始的未归一化的数据，使用阴性对照)独立地进行计算。
·将Log10(x+1)应用于基线和HKG值以进行计算。
先前选择的基因表达特征被计算为针对包含在该特征中的基因的平均归一化基因表达值。在特征计算中，将来自所有基因的数据同样地加权；在所使用的特征中没有阴性标记的基因。
使用来自淋巴结(60％)和原发性皮肤(35％)的样品产生大多数基因表达数据。如预期的，发现一些感兴趣的基因和基因特征在皮肤和淋巴结样品之间被差异地表达(例如淋巴结中表达较高的B细胞基因)。由于原发性皮肤样品更多地提交用于具有3a期疾病的患者(并且反之亦然，淋巴结用于3c期)，因此，组织来源与分期相关并且因此与无复发存活相关。因此，对所有样品进行所有的统计学分析并且用于确保与临床结果的潜在相关性的单独的淋巴结样品并不基于所收集的组织样品。
统计学分析
对单变量Cox比例风险模型进行拟合以评估或排序生物标志物对临床应答的重要性。对卡普兰-梅尔非参数存活函数估计值进行拟合和标绘，以可视化特定亚组的存活特征。
为了评估两个或更多个预测变量(临床变量或生物标志物变量)之间的关系，使用Kooperberg(1995)的方法对初始探索性半参数风险回归模型进行拟合，如R“polspline”软件包中所实现的。检查这些探索性模型以鉴定应该被保留在生物标志物分析中的临床变量；非比例风险的存在；以及变量之间的相互作用。随后对Cox比例风险模型进行拟合以理解风险比率并且进行统计推断。
Cox模型中特定变量的统计学意义通过似然比检验(其中从模型中删除一个或多个项)进行评估。在一些情况下，检验是基于正态近似以及将系数估计值与其标准误差进行比较。
在大多数旨在评估生物标志物与临床应答的关系的分析中，包括一组标准的临床变量或样品变量：
·基线组织来源：{淋巴结/原发性/转移性/过渡期转移/缺失}
·分期：{IIIA/IIIB/IIIC/缺失}
·转移：{大转移(Macrometastasis)/微转移(Micrometastasis)/缺失}
·BRAF突变：{V600E/V600K/V600E和V600K}
·淋巴结的数目：整数
·溃疡：{是/否/缺失}
·年龄：整数
·性别：{雄性/雌性}
若干临床表征变量或样品表征变量包括一些缺失的值。当此类变量被包括在模型中时，使用R“missForest”软件包输入缺失的值。
结果
生物标志物群组中的患者特征
分别从368名和507名患者中获得用于DNA-seq和基因表达的可评价的数据。生物标志物群组代表Combi-AD试验群体中的58％(RNA)、42％(DNA)。301名患者可获得配对的DNA-seq和基因表达数据(RNA。将生物标志物群组的基线特征(DNA-序列、RNA)与完整的ITT群体进行比较。对于所检查的大多数变量，生物标志物群组和试验群体之间的人口统计学特征和基线临床特征是相似的。在DNA-seq群组和ITT群体之间观察到关于分期的轻微不平衡。特别地，IIIA期的95％CI在ITT组和DNA-seq组之间没有重叠，并且在DNA-seq群体中的D+T组中也有更多的事件。对于RNA群组(n＝507)和配对的DNA-seq/RNA生物标志物群组(n＝301)，未观察到这种情况。
在基线在早期3期黑色素瘤中的基因组概况；在Combi-AD试验中与临床结果的相关性和对疗法的应答
在几乎所有(367/368)的具有可用测序数据的基线样品中，通过靶向测序检测BRAF V600E/K突变，这与筛选时通过基于qPCR的测定(FDA批准的Biomerieux BRAF ThxID测定)产生的结果一致。黑色素瘤的基因组概况如所预期的：最常见的非BRAF V600基因畸变尤其是CDKN2A，占27％(包括具有更大缺失(涵盖CDKN2B)的患者)；PTEN，占16％；TP53，占16％；以及ARID2，占9％。
在未治疗的和治疗的具有3期黑色素瘤的患者中的免疫基因表达特征的预后值
为了鉴定3期黑色素瘤的预后基因，在来自安慰剂组的256个样品中，对所有780个感兴趣的基因(Nanostring定制平台，参见材料和方法)评估了它们与RFS的相关性。
在与良好临床结果相关的最佳基因中有多种免疫标志物，包括T细胞、NK、IFN-γ特异性基因。探索预先确定的T细胞和IFN-γ特异性基因表达特征表明，在总体的安慰剂组中，具有高CD8/T细胞和IFN-γ水平的肿瘤示出显著改善的无复发存活，免疫特征(例如CD8/T细胞、IFN-γ)是Combi-AD试验中安慰剂组和治疗组中的最佳预后标志物。
在安慰剂组和治疗组中，在肿瘤突变负荷和免疫基因表达特征之间的相互作用
对每个肿瘤样品计算肿瘤突变负荷。基线肿瘤中的中位数肿瘤突变负荷(TMB)是7.3个SNV/Mb。如预期的，具有BRAF V600K突变的肿瘤具有显著更高的TMB水平(Wilcoxon秩和检验，p值5e-9)。没有鉴定出TMB和其他临床变量的强相关性(数据未示出)。与先前描述的肺癌研究结果一致，我们在具有配对的DNA-seq和RNA数据的301个样品中未发现肿瘤突变负荷与PD-L1表达水平、IFN-γ特征或CD8/T细胞免疫基因表达特征之间有任何强相关性。虽然IFN-γ特征和TMB水平不强相关，但在安慰剂组中这两个参数均包含显著的独立的预后信息，因此具有高TMB(此处定义为前三分之一)和高IFN-γ特征水平(此处定义为中位数)的患者在仅手术切除的情况下具有非常好的临床结果(>60％RFS)，而具有低TMB和低IFN-γ免疫特征的所有患者中的几乎80％在可用的随访期内有复发事件。有趣的是，对于CD8/T细胞特征，与临床结果相关的预后在治疗组中被维持，但对于TMB，则相当大地被弱化。事实上，对于治疗组中的TMB-IFN-γ亚组，观察到完全不同的结果模式：低TMB最初与早期(治疗中)复发事件相关。然而，在治疗停止后(>12个月疗法)，若干复发事件发生于高TMB组中，特别是在具有低CD8/T细胞特征水平的肿瘤中。IFN-γ特征和其他免疫基因表达特征似乎对预测远期复发事件很重要，并且特别地对于高TMB亚组，高IFN-γ水平似乎使平衡偏向有利于改善的长期结果。
虽然这项分析无法评估感兴趣的小生物标志物亚组中的治疗相互作用，但数据表明，与具有非常高的TMB的患者相比，具有低TMB的患者似乎从靶向疗法中获得更显著的长期益处，尤其是在免疫基因表达特征是不可检测的情况下。具有非常高的TMB的患者最初对靶向疗法具有良好的应答，但如果大量的新抗原不能被免疫系统识别(特别是在低IFN-γ水平的存在下)，则那些患者似乎示出对靶向疗法的获得性抗性/进展。
在治疗组中在TMB和免疫基因表达特征之间的相互作用：这种相互作用的原因目前还不清楚，因为宿主-肿瘤相互作用代表了竞争因素的复杂、分层的相互作用：
○高TMB＝基因组的不稳定性引起重要的获得性抗性突变，这利于肿瘤进展
○同时，靶向疗法导致细胞死亡，并且抗原呈递和高突变水平产生可以被免疫系统识别的新表位。因此，高TMB还可能导致以下的可能性增加：非同义突变中的一种将最终具有独特的免疫原性。这可能是为什么具有高TMB的患者在治疗时具有相对较低的复发率的原因并且然后在治疗停止后具有高TMB和低IFN-γ水平的患者在12个月后示出大量复发事件的原因。
○收获时的CD8/T细胞和IFNy可以被认为是宿主免疫系统对肿瘤生长有一定程度的控制能力的论证证据。在高TMB肿瘤的情况下，这可以使平衡偏向两个方向：
■如果不存在免疫细胞，则以对靶向疗法的逃逸机制为主。复发机制的异质性较大，但控制肿瘤生长的免疫浸润较少。达拉菲尼和曲美替尼的熟知的免疫调节机制可能是为什么患者在治疗时不会复发的原因，但其不是可持续的免疫应答，
■如果CD8/T细胞和IFNy存在＝被免疫系统识别出肿瘤占主导，则其是可持续的长期适应性免疫应答。
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Claims (49)

1.一种鉴定可受益于靶向疗法的黑色素瘤患者的方法，所述靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂；所述方法包括对来自患者的样品中的肿瘤突变负荷(TMB)进行评分，其中低TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
2.一种选择用于黑色素瘤患者的疗法的方法；所述方法包括对来自患者的样品中的TMB进行评分，其中低TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述TMB分数是低的，并且所述方法进一步包括向所述患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法。
4.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括：
a.对来自所述患者的样品中的TMB进行评分，其中所述TMB分数是低的，以及
b.将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至所述患者。
5.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至所述患者，其中在所述施用之前已经从来自所述患者的样品中确定低TMB分数。
6.一种用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法治疗黑色素瘤患者的方法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数。
7.TMB作为预测性标志物用于选择用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中如果患者的样品被确定为具有低TMB分数，则所述患者用所述治疗来治疗。
8.一种鉴定可受益于靶向疗法的黑色素瘤患者的方法，所述靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂；所述方法包括对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中高TMB分数与高免疫激活分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
9.一种选择用于黑色素瘤患者的疗法的方法；所述方法包括对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中高TMB分数与高免疫激活分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者。
10.如权利要求8或9所述的方法，其中所述TMB分数和所述免疫激活分数两者都是高的，并且所述方法进一步包括向所述患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法。
11.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括：
a.对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中所述TMB分数和所述免疫激活分数两者都是高的，以及
b.将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至所述患者。
12.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括将有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法施用至所述患者，其中在所述施用之前已经从来自所述患者的样品中确定高TMB分数与高免疫激活分数。
13.一种用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与高免疫激活分数。
14.TMB和免疫激活作为预测性标志物用于选择用包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中如果患者的样品被确定为具有高TMB分数与高免疫激活分数，则所述患者用所述疗法来治疗。
15.一种将黑色素瘤患者分成两个组的方法，一个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且另一个组可受益于免疫肿瘤学疗法；所述方法包括对来自患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者具有高TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的低TMB分数，而可受益于免疫肿瘤学疗法的患者具有高TMB分数与低免疫激活分数。
16.一种将黑色素瘤患者分成两个组以便选择疗法的方法；所述方法包括对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数鉴定了可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者，而高TMB分数与低免疫激活分数将所述患者鉴定为可受益于免疫肿瘤学疗法的患者。
17.如权利要求15或16所述的方法，其中
a.已经确定高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数，并且所述方法进一步包括向所述患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，或
b.已经确定高TMB分数与低免疫激活分数，并且所述方法进一步包括向所述患者施用有效量的免疫肿瘤学疗法。
18.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括
a.对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，以及
b.向所述患者施用有效量的疗法，
其中对于具有高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且对于具有高TMB分数与低免疫激活分数的患者，所述疗法是免疫肿瘤学疗法。
19.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括向所述患者施用
a.有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中在所述施用之前已经从来自所述患者的样品中确定高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数，或
b.有效量的免疫肿瘤学疗法，其中在所述施用之前已经从来自所述患者的样品中确定高TMB分数与低免疫激活分数。
20.一种用以下疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法，
a.包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数，或
b.免疫肿瘤学疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与低免疫激活分数。
21.TMB和免疫激活作为预测性标志物用于选择用以下疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，
a.包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的低TMB分数，或
b.免疫肿瘤学疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有高TMB分数与低免疫激活分数。
22.一种将黑色素瘤患者分成两个组的方法，一个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且第二个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合；所述方法包括对来自所述患者的样品中的TMB进行评分，其中可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者具有低TMB分数，而可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者具有高TMB分数。
23.一种将黑色素瘤患者分成两个组以便选择疗法的方法；所述方法包括对来自所述患者的样品中的TMB进行评分，其中低TMB分数鉴定了可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者，而高TMB分数将所述患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者。
24.如权利要求22或23所述的方法，其中
a.已经确定低TMB分数，并且所述方法进一步包括向所述患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，或
b.已经确定高TMB分数，并且所述方法进一步包括向所述患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
25.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括
a.对来自所述患者的样品中的TMB进行评分，以及
b.向所述患者施用有效量的疗法，
其中对于具有低TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且对于具有高TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
26.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括向所述患者施用
a.有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中在所述施用之前已经从来自所述患者的样品中确定低TMB分数，或
b.有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中在所述施用之前已经从来自所述患者的样品中确定高TMB分数。
27.一种用以下疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法，
a.包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数，或
b.包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有TMB分数。
28.TMB作为预测性标志物用于选择用与免疫肿瘤学治疗组合的、包括BRAF和/或MEK抑制剂的靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中所述靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂并且所述免疫肿瘤学治疗是PD-1或PD-L1结合拮抗剂，所述用途包括对来自所述患者的样品中的所述TMB进行评分。
29.一种将黑色素瘤患者分成两个组的方法，一个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且第二个组可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合；所述方法包括对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者具有低TMB分数与低免疫激活分数，而可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者具有低TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的高TMB分数。
30.一种将黑色素瘤患者分成两个组以便选择疗法的方法；所述方法包括对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，其中低TMB分数与低免疫激活分数鉴定了可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法的患者，而低TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的高TMB分数将患者鉴定为可受益于包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合的患者。
31.如权利要求29或30所述的方法，其中
a.已经确定低TMB分数与低免疫激活分数，并且所述方法进一步包括向所述患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，或
b.已经确定低TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的高TMB分数，并且所述方法进一步包括向所述患者施用有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
32.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括
a.对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分，以及
b.向所述患者施用有效量的疗法，
其中对于具有低TMB分数与低免疫激活分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，并且对于具有低TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的高TMB分数的患者，所述疗法是包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合。
33.一种治疗黑色素瘤患者的方法，所述方法包括向所述患者施用
a.有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中在所述施用之前已经从来自所述患者的样品中确定低TMB分数与低免疫激活分数，或
b.有效量的包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中在所述施用之前已经从来自所述患者的样品中确定低TMB分数与高免疫激活分数或不论免疫激活分数如何的高TMB分数。
34.一种用以下疗法治疗具有黑色素瘤的患者的方法，
a.包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数与低免疫激活分数，或
b.包括靶向BRAF和/或MEK的药剂的靶向疗法与免疫肿瘤学疗法的组合，其中所述患者的黑色素瘤的特征为具有低TMB分数与高免疫激活分数或具有不论免疫激活分数如何的高TMB分数。
35.TMB和免疫激活作为预测性标志物用于选择用与免疫肿瘤学治疗组合的、包括BRAF和/或MEK抑制剂的靶向疗法治疗的黑色素瘤患者的用途，其中所述靶向疗法包括靶向BRAF和/或MEK的药剂并且所述免疫肿瘤学治疗是PD-1或PD-L1结合拮抗剂，所述用途包括对来自所述患者的样品中的i)TMB和ii)免疫激活水平进行评分。
36.如权利要求1-6和22-27中任一项所述的方法以及如权利要求7和28所述的用途，其中所述黑色素瘤是BRAF V600突变型黑色素瘤，所述患者用靶向BRAF和/或MEK的疗法治疗，所述BRAF和/或MEK药剂是达拉菲尼和曲美替尼或威罗菲尼和考比替尼，所述患者具有I、II、III、IV或V期黑色素瘤，所述治疗是一线、二线、三线或四线或以上的治疗、或辅助治疗或新辅助治疗，并且低TMB分数是5个或更少、6个或更少、7个或更少、8个或更少、9个或更少、10个或更少、11个或更少、12个或更少、13个或更少、14个或更少、15个或更少、16个或更少突变/百万碱基(突变/Mb)，优选地9个或更少、10个或更少、或11个或更少突变/Mb，更优选地10个或更少突变/Mb。
37.如权利要求8-13中任一项所述的方法以及如权利要求14所述的用途，其中所述黑色素瘤是BRAF V600突变型黑色素瘤，所述患者用靶向BRAF和/或MEK的疗法治疗，所述BRAF和/或MEK药剂是达拉菲尼和曲美替尼或威罗菲尼和考比替尼，所述患者具有I、II、III、IV或V期黑色素瘤，所述治疗是一线、二线、三线或四线或以上的治疗、或辅助治疗或新辅助治疗，高TMB分数是多于5个、多于6个、多于7个、多于8个、多于9个、多于10个、多于11个、多于12个、多于13个、多于14个、多于15个、或多于16个突变/Mb，优选地是多于9个、多于10个、或多于11个突变/Mb，更优选地是多于10个突变/Mb，并且通过测量肿瘤浸润淋巴细胞、PD-L1、CD8、IFNy或T细胞炎症基因表达特征来评估所述免疫激活水平。
38.如权利要求15-20和29-35中任一项所述的方法以及如权利要求20和28所述的用途，其中所述黑色素瘤是BRAF V600突变型黑色素瘤，所述患者用靶向BRAF和/或MEK的疗法和/或免疫肿瘤学疗法治疗，所述BRAF和/或MEK药剂是达拉菲尼和曲美替尼或威罗菲尼和考比替尼，所述免疫肿瘤学疗法是PD-1或PDL-1结合拮抗剂，作为单一药剂或与另一种免疫肿瘤学治疗剂组合，所述患者具有I、II、III、IV或V期黑色素瘤，所述治疗是一线、二线、三线或四线或以上的治疗、或辅助治疗或新辅助治疗，低TMB分数是5个或更少、6个或更少、7个或更少、8个或更少、9个或更少、10个或更少、11个或更少、12个或更少、13个或更少、14个或更少、15个或更少、16个或更少突变/Mb，优选地9个或更少、10个或更少、或11个或更少突变/Mb，更优选地10个或更少突变/Mb，高TMB分数是多于5个、多于6个、多于7个、多于8个、多于9个、多于10个、多于11个、多于12个、多于13个、多于14个、多于15个、或多于16个突变/Mb，优选地是多于9个、多于10个、或多于11个突变/Mb，更优选地是多于10个突变/Mb，并且通过测量肿瘤浸润淋巴细胞、PD-L1、CD8、IFNy或T细胞炎症基因表达特征来评估所述免疫激活水平。
39.如权利要求36-38中任一项所述的方法或用途，其中黑色素瘤是BRAF V600突变型黑色素瘤。
40.如权利要求36-38中任一项所述的方法或用途，其中所述靶向疗法是具有BRAF抑制剂和MEK抑制剂的组合疗法。
41.如权利要求36-38中任一项所述的方法或用途，其中所述靶向疗法是具有达拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
42.如权利要求36-38中任一项所述的方法或用途，其中所述靶向疗法是具有威罗菲尼和考比替尼的组合疗法。
43.如权利要求38所述的方法或用途，其中所述免疫肿瘤学疗法是PD-1或PDL-1结合拮抗剂，作为单一药剂或与另一种免疫肿瘤学治疗剂组合。
44.如权利要求37-38中任一项所述的方法或用途，其中通过测量肿瘤浸润淋巴细胞、PD-L1、CD8、IFNy、或T细胞炎症基因表达特征来评估所述免疫激活水平。
45.如权利要求36-38中任一项所述的方法或用途，其中所述黑色素瘤患者具有I期黑色素瘤、II期黑色素瘤、III期黑色素瘤或IV期黑色素瘤。
46.如权利要求36-38中任一项所述的方法或用途，其中所述治疗是一线、二线、三线或四线或以上的治疗。
47.如权利要求36-38中任一项所述的方法或用途，其中所述治疗是辅助治疗。
48.如权利要求36-38中任一项所述的方法或用途，其中所述治疗是新辅助治疗。
49.如权利要求36-38中任一项所述的方法或用途，其中低TMB分数是5个突变/Mb或更少、6个突变/Mb或更少、7个突变/Mb或更少、8个突变/Mb或更少、9个突变/Mb或更少、10个突变/Mb或更少、11个突变/Mb或更少、12个突变/Mb或更少、13个突变/Mb或更少、14个突变/Mb或更少、15个突变/Mb或更少、或16个突变/Mb或更少。
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CN114854863A (zh) * 2022-06-02 2022-08-05 中国人民解放军空军军医大学 基于生物标志物构建的模型在预测癌症免疫疗效中的应用

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