TACK

Sulfolobus

Dominio:	Archaea
Reino:	Proteoarchaeota
Superfilo:	grupo TACK Guy & Ettema 2011

Phyla^[1]

Sinonimia

Crenarchaeota Garrity & Holt 2002
"Eocyta" Lake et al. 1984^[2]^[3]
"Filarchaeota" Cavalier-Smith 2014

TACK é o nome dun grupo de arqueas, que é un acrónimo de Thaumarchaeota (agora Nitrososphaerota), Aigarchaeota, Crenarchaeota (agora Thermoproteota) e Korarchaeota, os primeiros grupos descubertos. Encóntranse en ambientes diferentes que van desde termófilos acidófilos a mesófilos e psicrófilos e con diferentes tipos de metabolismo, predominantemente anaerobios e quimiosintéticos.^[4] TACK é un clado que é irmán da rama Asgard que deu lugar aos eucariotas. Propúxose que o clado TACK se clasificase como Crenarchaeota e que as "Crenarchaeota" (Thermoproteota) tradicionais fosen clasificadas como unha clase chamada "Sulfolobia", xunto cos outros filos con rango de clase ou orde.^[5]

Clasificación

Thermoproteota (antes Crenarchaeota). É o filo mellor coñecido e comprende as arqueas máis abundantes no ecosistema mariño. Previamente chamábanse sulfobacterias debido á súa dependencia do xofre e son importantes fixadores de cabono. Hai hipertermófilos en chemineas hidrotermais e outros grupos son os mais abundantes a profundidades de menos de 100 m.
"Aigarchaeota". É un filo proposto a partir do xenoma da especie candidata Caldiarchaeum subterraneum atopada nas profundidades dunha mina de ouro do Xapón. As secuencias xenómicas deste grupo tamén se atoparon en ambientes xeotermais, tanto terrestres coma mariños.
"Geoarchaeota". Comprende organismos termófilos que viven en ambientes ácidos reducindo ferro férrico. Alternativamente, propúxose que este e mais un grupo máis temperán en realidade pertencen ao filo Nitrososphaerota.
Nitrososphaerota (anteriormente Thaumarchaeota). Inclúe organismos mesófilos ou psicrófilos (de temperaturas medias e baixas), de metabolismo quimiolitoautótrofo oxidante de amoníaco (nitrificante), que poden xogar un papel importante nos ciclos bioxeoquímicos, como o ciclo do nitróxeno e o do carbono.
"Bathyarchaeota". É abundante nos sedimentos do leito do mar con escaseza de nutrientes. Polo menos algunhas liñaxes desenvólvense por homoacetoxéese, un tipo de metabolismo polo momento considerado único entre os procariotas.
"Korarchaeota". Só se atoparon en ambientes hidrotermais e en baixa abundancia. Parecen diversificados a diferentes niveis filoxenéticos de acordo coa temperatura, salinidade (en auga doce ou mariña) e xeografía.

Filoxenia

As relacións son aproximadamente as seguintes:

McKay et al. 2019^[6]

LTP_06_2022 baseada no ARNr 16S^[7]^[8]^[9]

GTDB 08-RS214 baseado en 53 proteínas marcadoras^[10]^[11]^[12]

"TACK"

"Korarchaeota"

"Bathyarchaeota"

	"Aigarchaeota"

	Nitrososphaerota

"Verstraetearchaeota"

Thermoproteota

	"Geoarchaeota"

	"Marsarchaeota"

"TACK"

	Nitrososphaerales

	Nitrosopumilales

Thermoproteota

Thermoproteia

Thermoproteales

	Fervidicoccales

	Desulfurococcales 2

	Desulfurococcales

	Sulfolobales

"TACK"

"Korarchaeia"	"Korarchaeales"

"BAT"

"Bathyarchaeia" (MCG)

Nitrososphaeria_A

"Caldarchaeales"

("Aigarchaeota")

Nitrososphaeria

"Geothermarchaeales"

	Conexivisphaerales

	Nitrososphaerales (Thaumarchaeota)

"Sulfobacteria"

"Methanomethylicia"

	"Methanomethylicales"

	"Nezhaarchaeales"

("Verstraetearchaeota")

"Thermoproteia"

"Gearchaeales"

	"Thermofilales"

	Thermoproteales

"Sulfolobia"

	"Marsarchaeales"

	Sulfolobales

Thermoproteota

Hipótese do eocito

Véxase tamén: Eucarioxénese.

A hipótese do eocito, proposta na década de 1980 por James Lake, suxire que os eucariotas xurdiron dentro dos eocitos procarióoticos.^[14]

Unha proba que apoia a relación estreita entre TACK e os eucariotas é a presenza dun homólogo da subunidade Rbp-8 da ARN polimerase en Thermoproteota pero non en Euryarchaea.^[15]

Notas

↑ Castelle, C.J.; Banfield, J.F. (2018). "Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life". Cell 172 (6): 1181–1197. PMID 29522741. doi:10.1016/j.cell.2018.02.016.
↑ Lake, J.A.; Henderson, E.; Oakes, M. (Clark, M.W.) (1984). "Eocytes: A new ribosome structure indicates a kingdom with a close relationship to eukaryotes". PNAS 81 (12): 3786–3790. Bibcode:1984PNAS...81.3786L. PMC 345305. PMID 6587394. doi:10.1073/pnas.81.12.3786.
↑ Lake, J.A. (2015). "Eukaryotic origins". Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 370 (1678): 20140321. PMC 4571561. PMID 26323753. doi:10.1098/rstb.2014.0321.
↑ Guy, Lionel; Ettema, Thijs J.G. (2011). "The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes". Trends in Microbiology 19 (12): 580–587. PMID 22018741. doi:10.1016/j.tim.2011.09.002.
↑ Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). "Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (Eukaryotes, archaebacteria)". Protoplasma 257 (3): 621–753. PMC 7203096. PMID 31900730. doi:10.1007/s00709-019-01442-7.
↑ McKay, L.J., Dlakić, M., Fields, M.W. et al. Co-occurring genomic capacity for anaerobic methane and dissimilatory sulfur metabolisms discovered in the Korarchaeota. Nat Microbiol 4, 614–622 (2019) doi:10.1038/s41564-019-0362-4
↑ "The LTP". The All-Species Living Tree Project. Consultado o 10 May 2023.
↑ "LTP_all tree in newick format". The All-Species Living Tree Project. Consultado o 10 May 2023.
↑ "LTP_06_2022 Release Notes" (PDF). The All-Species Living Tree Project. Consultado o 10 May 2023.
↑ "GTDB release 08-RS214". Genome Taxonomy Database. Consultado o 10 May 2023.
↑ "ar53_r214.sp_label". Genome Taxonomy Database. Consultado o 10 de maio de 2023.
↑ "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Consultado o 10 de maio de 2023.
↑ Cox, C. J.; Foster, P. G.; Hirt, R. P.; Harris, S. R.; Embley, T. M. (2008). "The archaebacterial origin of eukaryotes". Proc Natl Acad Sci USA 105 (51): 20356–61. Bibcode:2008PNAS..10520356C. PMC 2629343. PMID 19073919. doi:10.1073/pnas.0810647105.
↑ (UCLA) The origin of the nucleus and the tree of life Arquivado 2003-02-07 en Archive.is
↑ Kwapisz, M.; Beckouët, F.; Thuriaux, P. (2008). "Early evolution of eukaryotic DNA-dependent RNA polymerases". Trends Genet. 24 (5): 211–5. PMID 18384908. doi:10.1016/j.tig.2008.02.002.

[1] Castelle, C.J.; Banfield, J.F. (2018). "Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life". Cell 172 (6): 1181–1197. PMID 29522741. doi:10.1016/j.cell.2018.02.016.

[2] Lake, J.A.; Henderson, E.; Oakes, M. (Clark, M.W.) (1984). "Eocytes: A new ribosome structure indicates a kingdom with a close relationship to eukaryotes". PNAS 81 (12): 3786–3790. Bibcode:1984PNAS...81.3786L. PMC 345305. PMID 6587394. doi:10.1073/pnas.81.12.3786.

[3] Lake, J.A. (2015). "Eukaryotic origins". Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 370 (1678): 20140321. PMC 4571561. PMID 26323753. doi:10.1098/rstb.2014.0321.

[Guy_Ettema_2011-4] Guy, Lionel; Ettema, Thijs J.G. (2011). "The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes". Trends in Microbiology 19 (12): 580–587. PMID 22018741. doi:10.1016/j.tim.2011.09.002.

[5] Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). "Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (Eukaryotes, archaebacteria)". Protoplasma 257 (3): 621–753. PMC 7203096. PMID 31900730. doi:10.1007/s00709-019-01442-7.

[6] McKay, L.J., Dlakić, M., Fields, M.W. et al. Co-occurring genomic capacity for anaerobic methane and dissimilatory sulfur metabolisms discovered in the Korarchaeota. Nat Microbiol 4, 614–622 (2019) doi:10.1038/s41564-019-0362-4

[7] "The LTP". The All-Species Living Tree Project. Consultado o 10 May 2023.

[8] "LTP_all tree in newick format". The All-Species Living Tree Project. Consultado o 10 May 2023.

[9] "LTP_06_2022 Release Notes" (PDF). The All-Species Living Tree Project. Consultado o 10 May 2023.

[about-10] "GTDB release 08-RS214". Genome Taxonomy Database. Consultado o 10 May 2023.

[tree-11] "ar53_r214.sp_label". Genome Taxonomy Database. Consultado o 10 de maio de 2023.

[taxon_history-12] "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Consultado o 10 de maio de 2023.

[13] Cox, C. J.; Foster, P. G.; Hirt, R. P.; Harris, S. R.; Embley, T. M. (2008). "The archaebacterial origin of eukaryotes". Proc Natl Acad Sci USA 105 (51): 20356–61. Bibcode:2008PNAS..10520356C. PMC 2629343. PMID 19073919. doi:10.1073/pnas.0810647105.

[14] (UCLA) The origin of the nucleus and the tree of life Arquivado 2003-02-07 en Archive.is

[15] Kwapisz, M.; Beckouët, F.; Thuriaux, P. (2008). "Early evolution of eukaryotic DNA-dependent RNA polymerases". Trends Genet. 24 (5): 211–5. PMID 18384908. doi:10.1016/j.tig.2008.02.002.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]