An useful tool to submit your VASP job on HPC automatically, manage your jobs, extract eneries and export final structure to .xsd files.
在Material Studio摆结构--创建Vasp Studio任务，设置project path为Material Studio的Document路径--根据Vasp需求建立库文件--建立投job的配置--投job计算能量--收敛之后导出结构（未收敛可在Material Studio中改名，在Vasp Studio中Refresh后重投）--导出结构后会自动检测到收敛的结构并添加相应的收敛标志--使用收敛的结构投频率--导出频率信息，检测频率是否合格（注意：目前只有Type为收敛的结构才有能够检测频率）--如果频率合格，用之前收敛的结构再次导出，此时命名会加上一个数字（如0Convergence_...）--使用这个新导出的结构投其他任务，比如贝叶斯泛函计算任务。最终可批量导出OUTCAR以及频率字典（用作Catmap动力学计算或者CRN动力学并行筛选程序）
- 更新到master，原v0.21版本在branch：v0.21-stable
- 编译为exe文件失败，可使用python运行，需安装mayavi，PyQt5，以及自定模块VaspDataExtract等，推荐Pycharm下Debug模式运行，安装必要库
- 增加了使用mayavi进行分子绘制的功能，双击某列即可看到原子结构
- 将Project Information 更新为Settings，并可以在Settings处通过修改文本文件更改分子绘制的参数
- src中增加了很多失败的build方法
- 使用方法查看文档：MoleculePlotGuide.md
- 增加文件树折叠存储
- 修改收敛的导出结构的颜色，避免和收敛状态颜色相同
- 减少了不必要的窗口弹出
- Job Config新增复制功能
- 从VASP提取能量对于某些情况下会出现错误，主要是energy without entropy的定位问题
- 增加bug参考手册
- 更新中英文文档
- 项目从DFT_Calc/pyqt5program/AUTOVASP中公开，版本v0.2，增加GUI。
- 无GUI界面的任务提交脚本
- 自动ssh登录Linux服务器投job，只需要Material Studio摆摆结构，SFTP下载文件，剩下的VASP Studio完成
- 直接从Material Studio的xsd文件转POSCAR，自动生成POTCAR，用户自定义INCAR等文件，生成投job的配置文件，批量选取投job
- 目前支持提取能量、频率、查看RMS收敛情况，导出最后收敛结构等功能
- 树状文件目录，色块标记，管理方便
- 十分详细的文档帮助快速入手，查看UserGuide
- ssh login HPC automatically, ONLY build your structure on Material Studio and download VASP dirs, Vasp Studio do other things.
- xsd file trans to POSCAR directly, generate POTCAR automatically, just make different INCAR, KPOINTS and other files, set a Job Config of different combination of these files, then select xsd files, submit them ONEKEY
- extract energy, frequency, RMS and export final structure
- very detailed UserGuide
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下载Windows平台编译好的exe文件：https://sourceforge.net/projects/vaspstudio/files/
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或安装Python3（推荐Anaconda3）pyqt5等运行./Main.py
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具体使用方法查看UserGuide
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如果觉得好用，点击右上角的Star增加项目的影响力
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download binary file in Windows 10：https://sourceforge.net/projects/vaspstudio/files/
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install Python3(Anaconda3 recommended), pyqt5 and other essential python libs, run ./Main.py
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More details on UserGuide-english
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- 任务信息：所有信息用XVI对象存储，包括xsd文件路径，提取出的能量，状态等信息。UI绘制时根据这些信息绘制，一些是直接设置字符串，一些是根据状态更换颜色。UI信息获取是设置attr的数组，然后getattr获得信息进行更新。
- 信息提取：完全用XVI对象作为参数，直接获取其成员，然后修改其成员，最后返回更新，这些可用外部脚本进行。
- 多线程：目前只有任务提交使用了多线程，其他如能量提取等耗时相对较短没有使用多线程。主线程向SubmitJobItem中的函数传参然后调用执行，提交job的线程会上传文件，然后执行linux上的命令，执行命令此时会等待linux系统完成命令并获得输出，获得输出后线程结束，主线程继续，然后才调用update node info更新node信息，使用linux脚本种创建的临时文件
- 任务提交：使用python的ftp和ssh等协议连接HPC，上传下载文件和执行命令。
- UI信息：像标题栏宽度、文件树展开等这一类，在存储时对其中的信息进行存储，比如宽度用list存储，存储找VSP类中，当update UI信息时读取这些信息。
- 文件结构树：比如a/b/c/d.xsd，先用斜杠分割成a,a/b,a/b/c和a/b/c/d.xsd，然后以它们作为key，node对象作为value，能够获取node就将下一个作为它的child，如果不能获取就重新创建node，当发现是一个VSP中存储的有效XVI类时，比如用路径a/b/c/d.xsd能够获取到一个XVI类，则设置为最末节点，开始绘制信息。
- Job配置：使用文本存储所有创建的lib库的信息，用创建时设置的key作为字典的key，在lib里面是分字典存储，但是提交任务时会合成一个字典，所以key不能重复。
- 云端投Job：首先根据config设置的Key来拿到所有的lib库设置对象，比如文本库Text，文件库File，TFfunction库等。然后根据对象的instance作出相应的行为，比如Text就创建文件，File就记录文件路径，TF function就写入json信息等。最后将必要的base file准备好，额外的信息写入json文件，准备好云端执行的py文件，将这些文件上传上去，运行命令python...云端的脚本会自动进行任务提交操作，并给出反馈信息，提交完成后会给另一个线程提示，此时另一个线程运行命令获取反馈信息，更新本地信息（比如任务节点信息）。
- 二进制build：运行build.bat即可，使用pyinstaller进行build
- 输入文件创建：Material Studio的.xsd文件实际上是xml文件，可以解析后得到坐标等信息。关于过渡态，需要在Material Studio中标注键长，从而从xml文件中新增的项中找到这两个原子。一些原子没有坐标而表示为Image of ...，这种情况很难进行原子定位，故没有处理。
- 建议网上搜索教程学习demo进行
- 用Qt的API进行查询，另外QtDesigner中修改控件属性后会在UI中有相应的代码，可以查阅
- 很多控件是在UI创建的，所以在Main.py中看不到它的获取。
- 在Main.py中控件没有代码补全，需要在UI_...py文件中找代码补全。
- if not familiar with submitting with github, just send your scripts to [email protected], I will help merge your code to become one of the Contributors.
- Install Qt Designer to modify .ui files
- 如果不熟悉github代码提交，可将需要添加的功能代码发送到[email protected]，我会将作者添加到贡献者名单并将脚本整合到软件中
- 遵守GPL Licence开源协议
- 安装Qt Designer修改ui文件，安装Python3，pyqt5等必要模块开发