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takeuchi-lab/sicore

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sicoreパッケージ

Selective Inferenceで共通して利用される機能をまとめました.

特定の用途に最適化されていないため,実行速度は遅めです.

導入

インストールにはPython3.6以上が必要.依存パッケージは自動的にインストールされます.

$ pip install --upgrade setuptools wheel
$ pip install .

アンインストール:

$ pip uninstall sicore

機能一覧

from sicore import *でインポートされる機能は以下の通りです.

検定

  • NaiveInferenceNorm:正規分布に従う検定統計量に対するnaiveな検定
  • SelectiveInferenceNorm:正規分布に従う検定統計量に対するselectiveな検定
    • Selection Eventの次数は制限なし
    • Parametric SI対応
  • SelectiveInferenceNormSE:正規分布に従う検定統計量に対するselectiveな検定
    • 古い実装(互換性保持のため残している)
    • 2次までのSelection Eventにしか対応しないが,SelectiveInferenceNormより高速
    • Parametric SI非対応
  • NaiveInferenceChiSquared:カイ二乗検定に従う検定統計量に対するnaiveな検定
  • SelectiveInferenceChiSquared:カイ二乗分布に従う検定統計量に対するselectiveな検定
    • Selection Eventの次数は制限なし
    • Parametric SI対応
  • two_sample_test():naiveな1標本検定
  • one_sample_test():naiveな2標本検定

切断分布
全て複数の切断区間に対応し,mpmathを用いた任意精度の計算

  • tn_cdf():切断正規分布
  • tt_cdf():切断t分布
  • tc2_cdf():切断カイ2乗分布
  • tf_cdf():切断F分布

検定の評価

  • false_positive_rate()
  • false_negative_rate()
  • true_negative_rate()
  • true_positive_rate()
  • type1_error_rate():false_positive_rate()のエイリアス
  • type2_error_rate():false_negative_rate()のエイリアス
  • power():true_positive_rate()のエイリアス

図の描画

  • pvalues_hist():p値のヒストグラムを描画
  • pvalues_qqplot():p値の一様Q-Qプロットを描画
  • FprFigure:FPRの実験図を描画
  • PowerFigure:検出力の実験図を描画

区間

  • intervals.intersection():2つの区間の積を計算
  • intervals.intersection_all():複数区間の積を計算
  • intervals.union_all():複数区間の和を計算
  • intervals.not_():実数上で区間の補集合を計算
  • intervals.poly_lt_zero():多項式の0以下となる区間を計算

その他の便利な機能

  • OneVec:特定の場所が1,それ以外が0のベクトルを生成

その他

テストの実行:

$ pytest tests/

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