Skip to content

Commit

Permalink
Merge branch 'hotfix-0.13.1'
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@Woundorf
Woundorf committed Feb 1, 2016
2 parents a8d316b + 62003fb commit f3e8f8b
Show file tree
Hide file tree
Showing 5 changed files with 198 additions and 3 deletions.
11 changes: 11 additions & 0 deletions starviewer/releasenotes/changelog.html
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -59,6 +59,17 @@
</head>
<body>
<h1>Starviewer Changelog</h1>
<div class="minorRelease">
<div class="version">
<span class="versionNumber">Starviewer 0.13.1</span>
<span class="versionDate">(Publicat l'1 de febrer de 2016)</span>
</div>
<div class="fixed">
<ul>
<li>Es soluciona el tractament de les sèries i imatges d'una màquina de RM específica. <span class="ticket">2112</span></li>
</ul>
</div>
</div>
<div class="majorRelease">
<div class="version">
<span class="versionNumber">Starviewer 0.13.0</span>
Expand Down
174 changes: 174 additions & 0 deletions starviewer/src/core/imagefillerstep.cpp
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -35,6 +35,19 @@

namespace udg {

namespace {

// HACK Hitachi: returns true if the image is from the affected Hitachi scanner
bool isHitachi(const DICOMTagReader *dicomReader)
{
return dicomReader->getValueAttributeAsQString(DICOMManufacturer) == "Hitachi Medical Corporation"
&& dicomReader->getValueAttributeAsQString(DICOMInstitutionName) == "ICS"
&& dicomReader->getValueAttributeAsQString(DICOMStationName) == "HITACHI"
&& dicomReader->getValueAttributeAsQString(DICOMManufacturerModelName) == "Aperto_Inspire";
}

}

ImageFillerStep::ImageFillerStep()
: PatientFillerStep()
{
Expand Down Expand Up @@ -71,6 +84,13 @@ QList<Image*> ImageFillerStep::processDICOMFile(DICOMTagReader *dicomReader)
{
Q_ASSERT(dicomReader);

// HACK for Hitachi #2112
if (isHitachi(dicomReader))
{
INFO_LOG("Hitachi hack");
return processDICOMFileHitachi(dicomReader);
}

QList<Image*> generatedImages;
bool ok = dicomReader->tagExists(DICOMPixelData);
if (ok)
Expand Down Expand Up @@ -1440,4 +1460,158 @@ bool ImageFillerStep::validateAndSetSpacingAttribute(Image *image, const QString
return ok;
}

QList<Image*> ImageFillerStep::processDICOMFileHitachi(DICOMTagReader *dicomReader)
{
Q_ASSERT(dicomReader);

QList<Image*> generatedImages;
bool ok = dicomReader->tagExists(DICOMPixelData);
if (ok)
{
// Comprovem si la imatge és enhanced o no per tal de cridar el mètode específic més adient
if (isEnhancedImageSOPClass(dicomReader->getValueAttributeAsQString(DICOMSOPClassUID)))
{
generatedImages = processEnhancedDICOMFileHitachi(dicomReader);
}
else
{
int numberOfFrames = 1;
int volumeNumber = m_input->getCurrentSingleFrameVolumeNumber();
if (dicomReader->tagExists(DICOMNumberOfFrames))
{
numberOfFrames = dicomReader->getValueAttributeAsQString(DICOMNumberOfFrames).toInt();
volumeNumber = m_input->getCurrentMultiframeVolumeNumber();
}

for (int frameNumber = 0; frameNumber < numberOfFrames; frameNumber++)
{
Image *image = new Image();

image->setFrameNumber(frameNumber);

if (processImage(image, dicomReader))
{
// Setting volume number

// Comprovem si les imatges són de diferents mides per assignar-lis volums diferents
{
if (!m_input->getCurrentSeries()->getImages().isEmpty())
{
// Si la imatge anterior i l'actual tenen mides diferents, aniran en un volum diferent
Image *lastProcessedImage = m_input->getCurrentSeries()->getImages().last();
if (areOfDifferentSize(lastProcessedImage, image) || areOfDifferentPhotometricInterpretation(lastProcessedImage, image)
|| areOfDifferentPixelSpacing(lastProcessedImage, image))
{
m_input->increaseCurrentMultiframeVolumeNumber();
volumeNumber = m_input->getCurrentMultiframeVolumeNumber();
// Actualitzem el número actual de volum i guardem el corresponent thumbnail
m_input->setCurrentVolumeNumber(volumeNumber);
// HACK Si és la segona imatge de mida diferent, cal generar el propi thumbnail de la imatge anterior
if (volumeNumber == 2)
{
QString path = QString("%1/thumbnail%2.png").arg(QFileInfo(lastProcessedImage->getPath()).absolutePath()).arg(
lastProcessedImage->getVolumeNumberInSeries());
ThumbnailCreator().getThumbnail(lastProcessedImage).save(path, "PNG");
}
saveThumbnail(dicomReader);
}
}
}
image->setVolumeNumberInSeries(volumeNumber);

// Afegirem la imatge a la llista si aquesta s'ha pogut afegir a la corresponent sèrie
if (m_input->getCurrentSeries()->addImage(image))
{
generatedImages << image;
}
}
else
{
delete image;
}
}
m_input->setCurrentVolumeNumber(volumeNumber);
}

if (generatedImages.count() > 1)
{
// Com que la imatge és multiframe (tant si és enhanced com si no) creem els corresponents thumbnails i els guardem a la cache
saveThumbnail(dicomReader);
}
}
return generatedImages;
}

QList<Image*> ImageFillerStep::processEnhancedDICOMFileHitachi(DICOMTagReader *dicomReader)
{
Q_ASSERT(dicomReader);

QList<Image*> generatedImages;
// Comprovem si l'arxiu és una imatge, per això caldrà que existeixi el tag PixelData->TODO es podria eliminar perquè ja ho comprovem abans! Falta fer la
// comprovació quan llegim fitxer a fitxer
if (dicomReader->tagExists(DICOMPixelData))
{
int numberOfFrames = dicomReader->getValueAttributeAsQString(DICOMNumberOfFrames).toInt();
m_input->setCurrentVolumeNumber(m_input->getCurrentMultiframeVolumeNumber());

for (int frameNumber = 0; frameNumber < numberOfFrames; frameNumber++)
{
Image *image = new Image();
fillCommonImageInformation(image, dicomReader);
// Li assignem el nº de frame i el nº de volum al que pertany
image->setFrameNumber(frameNumber);
image->setVolumeNumberInSeries(m_input->getCurrentVolumeNumber());

// Afegirem la imatge a la llista si aquesta s'ha pogut afegir a la corresponent sèrie
if (m_input->getCurrentSeries()->addImage(image))
{
generatedImages << image;
}
}

// Tractem la Shared Functional Groups Sequence
DICOMSequenceAttribute *sharedFunctionalGroupsSequence = dicomReader->getSequenceAttribute(DICOMSharedFunctionalGroupsSequence);
if (sharedFunctionalGroupsSequence)
{
// Aquesta seqüència pot contenir un ítem o cap
QList<DICOMSequenceItem*> sharedItems = sharedFunctionalGroupsSequence->getItems();
if (!sharedItems.isEmpty())
{
foreach (Image *image, generatedImages)
{
fillFunctionalGroupsInformation(image, sharedItems.first());
}
}
}
else
{
DEBUG_LOG("No hem trobat la Shared Functional Groups Sequence en un arxiu DICOM que es presuposa Enhanced");
ERROR_LOG("No hem trobat la Shared Functional Groups Sequence en un arxiu DICOM que es presuposa Enhanced");
}
// Tractem la Per-Frame Functional Groups Sequence
DICOMSequenceAttribute *perFrameFunctionalGroupsSequence = dicomReader->getSequenceAttribute(DICOMPerFrameFunctionalGroupsSequence);
if (perFrameFunctionalGroupsSequence)
{
QList<DICOMSequenceItem*> perFrameItems = perFrameFunctionalGroupsSequence->getItems();
int frameNumber = 0;
foreach (DICOMSequenceItem *item, perFrameItems)
{
fillFunctionalGroupsInformation(generatedImages.at(frameNumber), item);
frameNumber++;
}
}
else
{
DEBUG_LOG("No hem trobat la per-frame Functional Groups Sequence en un arxiu DICOM que es presuposa Enhanced");
ERROR_LOG("No hem trobat la per-frame Functional Groups Sequence en un arxiu DICOM que es presuposa Enhanced");
}
}
else
{
DEBUG_LOG("L'arxiu [" + dicomReader->getFileName() + "] no conté el tag PixelData");
}

return generatedImages;
}

}
9 changes: 9 additions & 0 deletions starviewer/src/core/imagefillerstep.h
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -58,6 +58,15 @@ class ImageFillerStep : public PatientFillerStep {
/// Mètode específic per processar els arxius que siguin de tipus Enhanced
QList<Image*> processEnhancedDICOMFile(DICOMTagReader *dicomReader);

/// Mètode encarregat de processar el fitxer DICOM per extreure'n el conjunt de les imatges
/// que el conformen, omplint la informació necessària
/// HACK Hitachi
QList<Image*> processDICOMFileHitachi(DICOMTagReader *dicomReader);

/// Mètode específic per processar els arxius que siguin de tipus Enhanced
/// HACK Hitachi
QList<Image*> processEnhancedDICOMFileHitachi(DICOMTagReader *dicomReader);

/// Donat un dicomReader guardem a la cache el corresponent thumbnail.
/// La intenció d'aquest mètode és estalviar temps en la càrrega de thumbnails per arxius
/// multiframe i enhanced ja que actualment és molt costós perquè hem de carregar tot el volum
Expand Down
4 changes: 2 additions & 2 deletions starviewer/src/core/starviewerapplication.h
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -19,8 +19,8 @@

namespace udg {

const QString StarviewerVersionString("0.13.0");
const QString StarviewerBuildID("2015122300");
const QString StarviewerVersionString("0.13.1");
const QString StarviewerBuildID("2016020100");

// Indica per aquesta versió d'starviewer quina és la revisió de bd necessària
const int StarviewerDatabaseRevisionRequired(9592);
Expand Down
3 changes: 2 additions & 1 deletion starviewer/src/core/vtkdcmtkimagereader.cpp
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -406,7 +406,8 @@ void VtkDcmtkImageReader::readExtent(const DICOMTagReader &dicomTagReader)
frames = dicomTagReader.getValueAttributeAsQString(DICOMNumberOfFrames).toInt();
m_isMultiframe = true;
}
else if (this->FileNames && this->FileNames->GetNumberOfValues() > 1)
// HACK Hitachi
if (frames == 1 && this->FileNames && this->FileNames->GetNumberOfValues() > 1)
{
frames = this->FileNames->GetNumberOfValues();
}
Expand Down

0 comments on commit f3e8f8b

Please sign in to comment.