some toolkits for VASP
小侯飞氚用python2写了VASP定压优化脚本，我之前用python3重写成vaspeqstress.py，但是我不喜欢python加模块的模式，而且服务器上常常不好自己配置python，当然也可能是我想多了。总之我用bash重新写了vaspeqstress.sh，不需要任何多余的模块，并且这样也可以很方便的用于作业管理系统。
deform.sh用于向POSCAR文件施加变形，seriesdeform.sh用于施加系列变形，idealdeform用于计算应力应变曲线。注意，以上三个脚本施加的变形都是基于晶体坐标系施加变形，也就是晶格的a b c分别对应[1 0 0] [0 1 0] [0 0 1]。另外三个带后缀2的脚本功能与前者完全相同，但是变形是在笛卡尔坐标系上，跟晶格坐标系没有关系。
- 下面我开始讲一下脚本的使用方法，原理就不细讲了，根本在于假设应变过程足够慢，可以看作准静态应变，这样我们只需按一定应变间隔施加应变矩阵，优化晶胞和原子即可。首先我们需要准备优化晶胞所需要的VASP四个输入文件。注意，POSCAR的原子坐标必须是分数坐标 。INCAR中ISIF可以用4，但请在OPTCELL中关闭你变形方向的弛豫 (OPTCELL是什么？自己去DET群文件搜搜吧)。最好不要用3，晶格的体积发生变化会导致曲线失真。然后将idealdeform.sh放到同一文件夹。我测试的体系是fcc Ni, a为3.5058Å。
现在我们来修改脚本中相关参数。
- orientation表示施加应变的方式，你可以选择XX, YY, ZZ, XY, XZ, YZ六种变形方式中的一种，前三种为拉伸，后三种为剪切。initial为施加的初始应变，step表示每一步应变的间隔，num表示从初始应变开始按照step间隔一共连续施加了多少次应变。图中的例子就表示对fcc Ni沿着X轴拉伸，初始应变为0，每隔0.01施加应变进行一次拉伸，一共施加了100次应变，最后施加的应变为1.000(100%)。当然你也可以使用mystrain设置添加的应变矩阵，要施加的方向为非0，不施加的方向为0.如果mystrain被设置了，orientation会被忽略。mpiexec表示你的运行语句，由你的系统决定。最后直接运行脚本即可。
- 脚本会告诉你目前进行的进度，我们只需静待完成。计算完成后，程序默认会用gnuplot画一个工程应力应变曲线。
- 单位为GPa。我已经重新修改过单位，正号就表示拉应力。如果你觉得这样子看很辣眼睛，你可以将plot.sh也复制到当前文件夹，然后运行
- 脚本运行完后，工程应力应变曲线的数据会被保存到engineeringstressstrain.all中，真实应力应变曲线的数据会被保存到truestressstrain.all中。如果某一步中出现无法收敛的情况，程序会停止。你应该在OUTCAR中查找原因，并从当前阶段继续运算。
- 如果要续算，只需要把initial值改成新的数值接着算就可以，程序会自动处理相关变化。
idpp.py脚本采用IDPP方法进行非线性插值优化NEB计算的初始路径。 本脚本有两种用法：
- 直接运行。根据提示依次输入镜像数目，初始结构文件名字，末尾结构文件名字，即可
- 运行idpp.py的同时加上三个形参，分别是镜像数目，初始结构文件名字，末尾结构文件名字，这样可以更快。例如：
./idpp.py 7 ini.vasp fin.vasp
程序会输出每个循环的已经收敛的镜像，所有镜像均收敛即退出循环。
idpp.py中可以更改一些default参数：
- step_init：步长。单位为埃米。
- conver：收敛门槛。0.1足够了
- linear：如果设成True，脚本将只进行线性插值。
- lneb：打开NEB。NEB方法可以有效防止原子跑的太散。默认打开
- spring：NEB中的弹性系数。因为用的是vitual force，这里的弹性系数没有量纲，充当调整弹簧力和原子力在总力中的比例。
- scale：缩放系数。当体系靠近minimum时将step size按照scale缩放防止在minimum处来回震荡
- maxiter：最大循环数。超出了还收敛不了我也无能为力了。
- readfromexits：默认的IDPP是以线性插值作为参考。如果该值为真，你将自己构建参考。自己建好00 01 02 文件夹，每个文件夹放好POSCAR就可以。运行的时候必须用传递形参的方式，只需要镜像数一个参数。