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育種学会2015秋　若手の会WS「植物器官の効率的フェノタイピング：画像解析と形態測定学」

koji.noshita.net/page/morphometrics/workshop2015_jsb.html

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efa.r		efa.r
extractingOutlines.r		extractingOutlines.r

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育種学会2015秋　若手の会ワークショップ

育種学会2015秋季大会で開催された若手の会ワークショップにでの講演「植物器官の効率的フェノタイピング：画像解析と形態測定学」のサンプルコード及びデータ．

リンク

構成

img
- grapevine オリジナル画像．Climate and developmental plasticity: interannual variability in grapevine leaf morphology(doi:10.7910/DVN/KOG6SY)のサブセット．
  - [Specimen Num].jpg
- binarized 二値画像
  - [Specimen Num].jpg
coord 各標本・各葉の輪郭の座標データ
- [Specimen Num]_[Leaf Num].csv
ij Fiji関連
- classifiler_01.model Trainable Weka Segmentationの判別器．
- classifiler_02.model 01より汎化させた判別器．
- outlines.py 二値画像から輪郭の座標値を出力するPythonスクリプト．Fijiから呼び出し使う．
efa.r 楕円フーリエ解析用Rスクリプト
README.md