#mashmol

Coarse-Grained Go-model protein MD simluation based on OpenMM written in C++.

• C++11
• Python 3.x and numpy
• OpenMM
• json.hpp

$ make

and pray

$ python pdb2force.py foo.pdb > input.json
$ ./mashmol input.json

and see output.pdb and output.ts

入力ファイル (JSON) を読ませる形式。入力ファイルは PDB から pdb2force.py で自動生成できる。

結果は output.pdb および output.ts として生成される。

あとは pdb2force.py の中を見て、適当にパラメータとかいじる。

• 計算が遅すぎる
  • 並列化するとかえって遅い
  • 何か致命的な部分があるのか、それとも単に OpenMM が数百粒子というスケールに合わないのか