Uso da JPA que é a tecnologia de acesso ao banco de dados. Com ele você pode usar os Design Patterns (padrão de design) que não fazem parte do JPA especificamente.

Repository é um Design Pattern onde os dados são obtidos do banco de dados e ocorre também a regra de negócio. Este retorna objetos de domínio que seriam as Entidades (classes anotadas com @Entity).

DAO é outro Design Pattern onde somente há a comunicação com o banco de dados sem regra de negócio.

Service seria outro Desing Pattern onde há somente a regra de negócio e não tem acesso direto ao banco de dados.

Controller Ele é utilizado para lidar com a ligação da View com as outras partes do sistema que são a regra de negócio e banco de dados.