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The Swiss Army Knife of Herbarium Data Processing which is based iPybd

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leisux/iherbarium

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iHerbarium 是一款能够能够大幅提高植物标本处理流程中诸如影像管理、数据清洗、数据整合、标签打印等工作效率和品质的专业软件。

一、照片条形码识别并命名

  • 程序可以识别各种尺寸图片上的条形码内容,并以此命名图片文件名,条形码识别默认基于 zbar ,必要时可以自动切换为 pyzxing (需自行安装JDK支持),首次使用识别功能时,需联网下载相关文件,否则无法正常使用,为了保证结果能够达到预期,我们不建议植物标本上贴附多个条形码,对于一些质量不佳的照片,识别引导时可通过手动录入更大的切片像素提高条码的识别率。
  • 同一个文件夹内如果同时存在与 jpg 同名的 DNG/nef 原片,程序会同时改写源文件的文件名;

二、照片提取

  • 可以根据给定的 excel 文件名列表,从目标文件夹内(可嵌套)批量提取相应文件名的照片。
  • 使用 DNG 保存的原片,程序可直接提取 DNG 中用于预览的 jpg 照片。

三、标签打印

  • 生成标签:可以输出带有条形码的采集标签,也可以输出不带有条形码的普通采集标签,标签内容基于 excel 数据表生成,excel 格式可以按照压缩包内推荐的四种模板整理,也可以按照程序引导,将你私有的数据格式转换成符合标签输出要求的数据表格式。
  • 复份扩增:标签输出能够按照一条数据生成多份复份标签(每份扩增 n 份或者按照 excel 内每条数据指定的复份数量进行扩增),如果存在标签扩增,程序最终会额外输出一份与最终标签一一对应的新数据表。
  • 条码编排:每个标签上的条形码编号可以在 excel 内预先指定,也可以让程序按照一定的规则从某一起始编号按序编排(不重复),程序会以 Code128 将其转换成条形码。
  • 使用教程:如果你对程序引导仍然感到陌生,请请戳这里查看细致的标签打印教程。
  • 标签定制:若需要定制标签模板,可提交详细的 issue 或者 e-mail([email protected])。

四、数据表转换

  • iherbarium 支持绝大多数二维 excel 数据表转化为 CVH、BioGrid、DarwinCore、标签打印规范的数据表,这在应对多种来源的数据表时非常有用。
  • iHerbarium 的表格转换能力来自于 ipybd,有关数据表格式转换的引导操作,请见 [ipybd 标准字段名映射](leisux/ipybd: Powerful Data Cleaner For Biodiversity (github.com))的介绍。
  • 我们在文件中推荐了一种 Excel 收集各类植物标本采集数据的规范,它可以用于标本馆对外的数据规范要求,配合软件使用可大幅简化数据管理工作。

五、使用

  • Windows 用户:iHerbarium 二进制包是由 Python 脚本经 Pyinstaller 编译输出,可直接下载 zip 文件解压后运行 iherbarium.exe 即可。
  • 其他/DIY用户:可自行下载 source 文件夹,配置环境运行。

六、引用

如果你需要将其发表在文献中,你可以参考以下两种形式:

  1. 徐洲锋. 标本馆助手, V2.0[CP]. 广州: 中国科学院华南植物园, 2023. https://github.com/leisux/iherbarium

  2. Xu Zhoufeng(2023). iHerbarium(Version 2.0)[Software]. Guangzhou: South China Botanical Garden, CAS. https://github.com/leisux/iherbarium

七、支持

开发和维护工具不易,如果认为这款软件值得你支持一下,可以使用微信扫描下面的 QR 码~

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