sobEDA 코드 내부에 coordinate scan을 수행할 수 있는 기능이 포함되어있지만, IRC 좌표 등에 대해서 적용하긴 어려워보여서 코드 일부를 수정했습니다. IRC 또는 NEB 등으로부터 계산된 reaction coordinates 좌표에 대해서 sobEDA 계산을 수행하고 plot할 수 있는 코드도 포함했습니다.
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설치는 git clone을 이용하시거나 release에서 zip 파일을 다운받은 후 압축을 풀어주세요.
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설치 후 경로 설정을 위해 다음 파이썬 파일을 실행해주세요.
python3 first_install.py
easyEDA.sh 파일을 실행한 후 다음 4가지 기능 중 원하는 기능을 선택하여 실행할 수 있습니다.
1 : Perform a single-point sobEDA calculation using your xyz file.
2 : Run a serial sobEDA calculation using xyz files in the coordinates folder. (coordinates/*xyz)
3 : Excute the trajectory decomposer, breaking down your trajectory file into individual xyz files.
4 : Generate a plot from your sobEDA result file. (EDA_SUMMARY.log)
가지고 있는 reaction coordinates trajectory 파일로부터 EDA에 대한 plot을 얻고자 한다면 다음 순서에 따라 수행해주세요.
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우선 가지고 있는 reaction coordinate 파일을 각각 단일 좌표에 대한 xyz 파일로 분해해야 합니다.
./easyEDA.sh을 입력하여 실행한 후3을 입력하면 trajectory 파일과 chunk_size를 인풋으로 받습니다. 가령 파일 내에 포함된butadiene.xyz파일에 대해서 실행하고 싶으면 chunk_size는13이 됩니다.head(1)+title(1)+coordinates(10)+공백(1) -
template.gjf와fragment.txt파일에 대해서 파일명을 유지한채 내용을 적절히 수정해야합니다.fragment.txt파일은 EDA 계산을 수행할 때 n개의 fragment에 대한 spin multiplicity, charge, atom index를 포함합니다.template.gjf는 계산에 대한 theory와 basis 정보를 담고 있습니다. 자세한 내용은 공식 메뉴얼을 참고해주세요. -
첫번째 단계에서 생성된
coordinates/*.xyz파일에 대해서 EDA 계산을 수행하기 위해선./easyEDA.sh을 실행한 후2를 입력해주세요. 분자의 크기나 좌표 수에 따라서 시간이 오래 소유될 수 있습니다. -
scr/*폴더에*.log파일은 각각의 좌표에 대한 sobEDA 계산 결과를 담고 있습니다. 이 결과들은EDA_result.log와EDA_SUMMARY.log에 요약되어있습니다. 필요에 따라scr/*파일은 삭제하셔도 됩니다. -
결과를 plot 하기 위해선
./easyEDA.sh을 실행한 후4를 입력하시면 됩니다. x_axis의 타입은 IRC, distacne, angle, dihedral angle로 4가지 축 종류를 제공합니다. title, x_label, y_label은 사용자로 부터 입력받습니다. 그래프 스타일을 수정하려면,source/plot.py에서 figure(1) 부분을 수정하시면 됩니다. path vs. x_axis에 대한 plot은 사용자가 설정한 x_axis가 적당한지 보여줍니다. 일반적으로 monotonic function이 아니면 좋지 못한 x_axis입니다.
sobEDA는 다음 두 프로그램에 의존성이 있습니다.
- Multiwfn (>=2023-Jun-23)
- Gaussian16 (>=G16 A.03)
[1] sobEDA code
Original sobEDA : https://sobereva.com/685
Download link : https://sobereva.com/soft/sobEDA_tutorial.zip