Merge branch 'dev' of https://github.com/e-sensing/sits into dev2

.gitignore

@@ -4,7 +4,6 @@
 .RData
 .Ruserdata
 .DS_Store
-*.xml
 packrat/lib*/
 .tmp
 src/*.o

DESCRIPTION

@@ -54,6 +54,8 @@ Imports:
  Rcpp,
  rstac (>= 0.9.2-3),
  sf (>= 1.0-12),
+ showtext,
+ sysfonts,
  slider (>= 0.2.0),
  stats,
  terra (>= 1.5-17),
@@ -89,6 +91,7 @@ Suggests:
  RcppArmadillo (>= 0.11),
  scales,
  stars (>= 0.6),
+ stringr,
  supercells,
  testthat (>= 3.1.3),
  tmap (>= 3.3),

NAMESPACE

@@ -6,46 +6,81 @@ S3method(".tile_name<-",raster_cube)
 S3method("sits_bands<-",default)
 S3method("sits_bands<-",raster_cube)
 S3method("sits_bands<-",sits)
-S3method("sits_bands<-",tbl_df)
 S3method("sits_labels<-",class_cube)
 S3method("sits_labels<-",default)
 S3method("sits_labels<-",probs_cube)
 S3method("sits_labels<-",sits)
 S3method("sits_labels<-",tbl_df)
 S3method(.band_rename,raster_cube)
 S3method(.band_rename,sits)
+S3method(.check_samples,default)
+S3method(.check_samples,sits)
+S3method(.check_samples,tbl_df)
+S3method(.cube_as_sf,default)
 S3method(.cube_as_sf,raster_cube)
+S3method(.cube_bands,default)
 S3method(.cube_bands,raster_cube)
+S3method(.cube_bbox,default)
 S3method(.cube_bbox,raster_cube)
+S3method(.cube_collection,default)
 S3method(.cube_collection,raster_cube)
+S3method(.cube_contains_cloud,default)
 S3method(.cube_contains_cloud,raster_cube)
+S3method(.cube_crs,default)
 S3method(.cube_crs,raster_cube)
 S3method(.cube_derived_class,derived_cube)
+S3method(.cube_during,default)
 S3method(.cube_during,raster_cube)
+S3method(.cube_end_date,default)
 S3method(.cube_end_date,raster_cube)
+S3method(.cube_filter_bands,default)
 S3method(.cube_filter_bands,raster_cube)
+S3method(.cube_filter_interval,default)
 S3method(.cube_filter_interval,raster_cube)
+S3method(.cube_filter_spatial,default)
 S3method(.cube_filter_spatial,raster_cube)
+S3method(.cube_filter_tiles,default)
 S3method(.cube_filter_tiles,raster_cube)
+S3method(.cube_find_class,default)
+S3method(.cube_find_class,raster_cube)
+S3method(.cube_find_class,tbl_df)
+S3method(.cube_foreach_tile,default)
 S3method(.cube_foreach_tile,raster_cube)
+S3method(.cube_intersects,default)
 S3method(.cube_intersects,raster_cube)
+S3method(.cube_is_complete,default)
 S3method(.cube_is_complete,raster_cube)
+S3method(.cube_is_local,default)
 S3method(.cube_is_local,raster_cube)
 S3method(.cube_is_token_expired,default)
 S3method(.cube_is_token_expired,mpc_cube)
+S3method(.cube_labels,default)
+S3method(.cube_labels,raster_cube)
+S3method(.cube_merge_tiles,default)
 S3method(.cube_merge_tiles,derived_cube)
 S3method(.cube_merge_tiles,raster_cube)
+S3method(.cube_ncols,default)
 S3method(.cube_ncols,raster_cube)
+S3method(.cube_nrows,default)
 S3method(.cube_nrows,raster_cube)
+S3method(.cube_paths,default)
 S3method(.cube_paths,raster_cube)
+S3method(.cube_s3class,default)
 S3method(.cube_s3class,raster_cube)
+S3method(.cube_source,default)
 S3method(.cube_source,raster_cube)
+S3method(.cube_split_assets,default)
 S3method(.cube_split_assets,derived_cube)
 S3method(.cube_split_assets,raster_cube)
+S3method(.cube_split_features,default)
 S3method(.cube_split_features,raster_cube)
+S3method(.cube_start_date,default)
 S3method(.cube_start_date,raster_cube)
+S3method(.cube_tiles,default)
 S3method(.cube_tiles,raster_cube)
+S3method(.cube_timeline,default)
 S3method(.cube_timeline,raster_cube)
+S3method(.cube_timeline_acquisition,default)
 S3method(.cube_timeline_acquisition,raster_cube)
 S3method(.cube_token_generator,default)
 S3method(.cube_token_generator,mpc_cube)
@@ -113,42 +148,78 @@ S3method(.source_items_tile,hls_cube)
 S3method(.source_items_tile,sdc_cube)
 S3method(.source_items_tile,usgs_cube)
 S3method(.source_tile_get_bbox,stac_cube)
+S3method(.tile,default)
 S3method(.tile,raster_cube)
 S3method(.tile_area_freq,class_cube)
+S3method(.tile_area_freq,default)
+S3method(.tile_area_freq,raster_cube)
+S3method(.tile_as_sf,default)
 S3method(.tile_as_sf,raster_cube)
+S3method(.tile_band_conf,default)
 S3method(.tile_band_conf,derived_cube)
 S3method(.tile_band_conf,eo_cube)
+S3method(.tile_bands,default)
 S3method(.tile_bands,raster_cube)
+S3method(.tile_bbox,default)
 S3method(.tile_bbox,raster_cube)
+S3method(.tile_cloud_read_block,default)
 S3method(.tile_cloud_read_block,eo_cube)
+S3method(.tile_collection,default)
 S3method(.tile_collection,raster_cube)
+S3method(.tile_crs,default)
 S3method(.tile_crs,raster_cube)
 S3method(.tile_derived_class,derived_cube)
+S3method(.tile_during,default)
 S3method(.tile_during,raster_cube)
+S3method(.tile_end_date,default)
 S3method(.tile_end_date,raster_cube)
+S3method(.tile_fid,default)
 S3method(.tile_fid,raster_cube)
+S3method(.tile_filter_bands,class_cube)
+S3method(.tile_filter_bands,default)
 S3method(.tile_filter_bands,derived_cube)
 S3method(.tile_filter_bands,eo_cube)
+S3method(.tile_filter_interval,default)
 S3method(.tile_filter_interval,raster_cube)
+S3method(.tile_from_file,default)
 S3method(.tile_from_file,derived_cube)
 S3method(.tile_from_file,eo_cube)
+S3method(.tile_intersects,default)
 S3method(.tile_intersects,raster_cube)
+S3method(.tile_is_complete,default)
 S3method(.tile_is_complete,raster_cube)
+S3method(.tile_labels,default)
 S3method(.tile_labels,raster_cube)
+S3method(.tile_name,default)
+S3method(.tile_name,raster_cube)
+S3method(.tile_ncols,default)
 S3method(.tile_ncols,raster_cube)
+S3method(.tile_nrows,default)
 S3method(.tile_nrows,raster_cube)
+S3method(.tile_path,default)
 S3method(.tile_path,raster_cube)
+S3method(.tile_paths,default)
 S3method(.tile_paths,raster_cube)
+S3method(.tile_read_block,default)
 S3method(.tile_read_block,derived_cube)
 S3method(.tile_read_block,eo_cube)
+S3method(.tile_satellite,default)
 S3method(.tile_satellite,raster_cube)
+S3method(.tile_sensor,default)
 S3method(.tile_sensor,raster_cube)
+S3method(.tile_size,default)
 S3method(.tile_size,raster_cube)
+S3method(.tile_source,default)
 S3method(.tile_source,raster_cube)
+S3method(.tile_start_date,default)
 S3method(.tile_start_date,raster_cube)
+S3method(.tile_timeline,default)
 S3method(.tile_timeline,raster_cube)
+S3method(.tile_within,default)
 S3method(.tile_within,raster_cube)
+S3method(.tile_xres,default)
 S3method(.tile_xres,raster_cube)
+S3method(.tile_yres,default)
 S3method(.tile_yres,raster_cube)
 S3method(.values_ts,bands_cases_dates)
 S3method(.values_ts,bands_dates_cases)
@@ -173,9 +244,16 @@ S3method(plot,xgb_model)
 S3method(print,sits_accuracy)
 S3method(print,sits_area_accuracy)
 S3method(sits_accuracy,class_cube)
+S3method(sits_accuracy,default)
+S3method(sits_accuracy,derived_cube)
+S3method(sits_accuracy,raster_cube)
 S3method(sits_accuracy,sits)
+S3method(sits_accuracy,tbl_df)
+S3method(sits_apply,default)
+S3method(sits_apply,derived_cube)
 S3method(sits_apply,raster_cube)
 S3method(sits_apply,sits)
+S3method(sits_apply,tbl_df)
 S3method(sits_as_sf,raster_cube)
 S3method(sits_as_sf,sits)
 S3method(sits_bands,default)
@@ -189,12 +267,18 @@ S3method(sits_bbox,raster_cube)
 S3method(sits_bbox,sits)
 S3method(sits_bbox,tbl_df)
 S3method(sits_classify,default)
+S3method(sits_classify,derived_cube)
 S3method(sits_classify,raster_cube)
 S3method(sits_classify,sits)
 S3method(sits_classify,tbl_df)
 S3method(sits_clean,class_cube)
 S3method(sits_clean,default)
+S3method(sits_clean,derived_cube)
+S3method(sits_clean,raster_cube)
 S3method(sits_clean,tbl_df)
+S3method(sits_cluster_dendro,default)
+S3method(sits_cluster_dendro,sits)
+S3method(sits_cluster_dendro,tbl_df)
 S3method(sits_combine_predictions,average)
 S3method(sits_combine_predictions,default)
 S3method(sits_combine_predictions,uncertainty)
@@ -208,8 +292,13 @@ S3method(sits_get_data,segments)
 S3method(sits_get_data,sf)
 S3method(sits_get_data,shp)
 S3method(sits_get_data,sits)
+S3method(sits_label_classification,default)
+S3method(sits_label_classification,derived_cube)
 S3method(sits_label_classification,probs_cube)
+S3method(sits_label_classification,raster_cube)
+S3method(sits_label_classification,tbl_df)
 S3method(sits_labels,default)
+S3method(sits_labels,derived_cube)
 S3method(sits_labels,patterns)
 S3method(sits_labels,raster_cube)
 S3method(sits_labels,sits)
@@ -219,30 +308,47 @@ S3method(sits_labels_summary,sits)
 S3method(sits_merge,default)
 S3method(sits_merge,raster_cube)
 S3method(sits_merge,sits)
-S3method(sits_merge,tbl_df)
 S3method(sits_mixture_model,default)
+S3method(sits_mixture_model,derived_cube)
 S3method(sits_mixture_model,raster_cube)
 S3method(sits_mixture_model,sits)
 S3method(sits_mixture_model,tbl_df)
 S3method(sits_model_export,sits_model)
 S3method(sits_reclassify,class_cube)
 S3method(sits_reclassify,default)
 S3method(sits_reclassify,tbl_df)
+S3method(sits_regularize,default)
+S3method(sits_regularize,derived_cube)
+S3method(sits_regularize,raster_cube)
+S3method(sits_regularize,tbl_df)
 S3method(sits_select,default)
 S3method(sits_select,patterns)
 S3method(sits_select,raster_cube)
 S3method(sits_select,sits)
 S3method(sits_select,tbl_df)
+S3method(sits_smooth,default)
+S3method(sits_smooth,derived_cube)
+S3method(sits_smooth,probs_cube)
+S3method(sits_smooth,raster_cube)
+S3method(sits_smooth,tbl_df)
 S3method(sits_timeline,default)
 S3method(sits_timeline,derived_cube)
 S3method(sits_timeline,raster_cube)
 S3method(sits_timeline,sits)
 S3method(sits_timeline,sits_model)
 S3method(sits_timeline,tbl_df)
+S3method(sits_to_csv,default)
+S3method(sits_to_csv,sits)
+S3method(sits_to_csv,tbl_df)
 S3method(sits_uncertainty,default)
 S3method(sits_uncertainty,entropy)
 S3method(sits_uncertainty,least)
 S3method(sits_uncertainty,margin)
+S3method(sits_variance,default)
+S3method(sits_variance,derived_cube)
+S3method(sits_variance,probs_cube)
+S3method(sits_variance,raster_cube)
+S3method(sits_variance,tbl_df)
 S3method(sits_view,class_cube)
 S3method(sits_view,data.frame)
 S3method(sits_view,default)
@@ -252,12 +358,11 @@ S3method(sits_view,sits)
 S3method(sits_view,som_map)
 S3method(sits_view,uncertainty_cube)
 S3method(summary,class_cube)
-S3method(summary,probs_cube)
+S3method(summary,derived_cube)
 S3method(summary,raster_cube)
 S3method(summary,sits)
 S3method(summary,sits_accuracy)
 S3method(summary,sits_area_accuracy)
-S3method(summary,variance_cube)
 export("sits_bands<-")
 export("sits_labels<-")
 export(sits_accuracy)
@@ -272,6 +377,7 @@ export(sits_cluster_clean)
 export(sits_cluster_dendro)
 export(sits_cluster_frequency)
 export(sits_colors)
+export(sits_colors_qgis)
 export(sits_colors_reset)
 export(sits_colors_set)
 export(sits_colors_show)

R/api_apply.R

@@ -177,7 +177,7 @@
 #'
 .apply_across <- function(data, fn, ...) {
  # Pre-conditions
- .check_samples(data)
+ data <- .check_samples(data)
 
  result <-
  .apply(data, col = "time_series", fn = function(x, ...) {

R/api_band.R

@@ -105,16 +105,15 @@
  gsub("_", "-", toupper(band))
 }
 #' @title Convert band names for data cube
-#' @name .band_samples
+#' @name .band_set_case
 #' @description non-processed cubes (eo_cubes) use upper case
 #' processed cubes (results_cubes) use lower case
 #' @noRd
-#' @param band band name (may be lower or upper case)
-#' @param results_cube Is this a results cube?
-#' @return band name in case required by SITS
-.band_set_case <- function(bands, results_cube) {
+#' @param bands band names (may be lower or upper case)
+#' @return band names in case required by SITS
+.band_set_case <- function(bands) {
  if (!purrr::is_null(bands)) {
- if (results_cube) {
+ if (all(tolower(bands) %in% .conf("sits_results_bands"))) {
  bands <- tolower(bands)
  } else {
  bands <- toupper(bands)