virtual_screening_smina_script 安装说明 1. 安装anaconda, 创建和激活虚拟环境 conda create -n env_vs python=3.7 conda activate env_vs 2. 安装依赖 pandas, rdkit, openbabel, numpy, tqdm conda install pandas numpy conda install -c openbabel openbabel conda install -c rdkit rdkit pip install tqdm 3. 安装mgltools，默认默认路径（mgltools需要python2.7） 4. 安装smina、qvina（可选）、vina（可选），确保添加到全局环境 5. 运行 受体蛋白文件 化合物库 化合物库中每个化合物的名称字段 参考化合物文件 python vs_smina_V2.0.py --receptor Rec.pdb --db drugbank.sdf --key_value drugbank_id --crystal_ligand crystal_lig.pdb 受体蛋白文件 化合物库 化合物库中每个化合物的名称字段 口袋坐标 python vs_smina_V2.0.py --receptor Rec.pdb --db drugbank.sdf --key_value drugbank_id --center_x -2.44 --center_y -11.425 --center_z 17.436 受体蛋白文件 化合物库 化合物库中每个化合物的名称字段 参考化合物文件 python vs_smina_V2.0.py --receptor Rec.pdb --db drugbank.sdf -o results.xlsx --key_value drugbank_id --crystal_ligand crystal_lig.pdb --dock smina --parallel 4 --n_cpu 60 --toolkit rdk --size_x 20 --size_y 20 --size_z 20