Набор баш-скриптов для решения любой проблемы (исследования механизмов реакций в Природе)

Добавить описание остальных скриптов

rx mol.rx mol.out1 mol.out2

Склеивает две выдачи IRC в один путь реакции (mol.out1 и mol.out2 получены с back=1 и back=0).

rrx mol.rx mol.rrx

Разворачивает полученную склейку задом наперёд.

debutfin mol.rx

Создаёт файлы mol.rx.1.in и mol.rx.2.in с первой и последней структурами из склейки и шапкой из mol.in.

en mol1.in mol2.in <...> molN.in

Выводит список файлов по маске mol1~mol2~<...>~mol3_*.in и энергии относительно E(mol1)+E(mol2)+...+E(molN) в ккал/моль.

Если имя файла содержит x или y (переходное состояние), и а) в нём нет вторых производных, энергия печатается розовыми буквами, б) нет соответствующего файла .rx --- синими. Если запущен процесс с именем файла в аргументах, энергия печатается на красном фоне.

ensort mol suf

Переименовывает файлы mol_<номер>.suf.in по возрастанию энергии.

sm mol.out

Вставляет в mol.in структуру с максимальной энергией (mol.out получена с task=scan).

gs mol.out N

Создаёт файл mol.scanN.in с шапкой из mol.in и N-ой точкой скана из mol.out (нумерация с 0)

lm mol.out

Вставляет в mol.in последнюю структуру из mol.out, если оптимизация не сошлась.