Установите зависимости из файла requirements.txt

pip install -r requirements.txt

Для запуска графического приложения перейдите в папку src и запустите файл SegCells.py

Для запуска консольного обработчика перейдите в папку src и запустите файл console_app.py

python console_app.py -i ../data/test.czi -t 0.3