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JukMR/tiny_md

 
 

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tiny_md

tiny molecular dynamics

Proyecto inicial para realizar speed-up de un código de Dinámica Molecular con un potencial interatómico de Lennard-Jones. Inicialmente se dan las posiciones en un cristal FCC y velocidades aleatorias distribuidas uniformemente según la temperatura inicial. Las fuerzas se obtienen de un potencial de LJ (12-6) y la evolución temporal viene dada por el algoritmo Velocity Verlet. Se consideran condiciones periódicas de contorno para reproducir un sistema infinito. La temperatura es controlada a través de un reescaleo en las velocidades. Cada cierta cantidad de pasos de dinámica molecular se cambia la densidad del sistema y se reescalean las posiciones para obtener la ecuación de estado. Para más información se puede ver doc/informe.pdf.

Requisitos

Para compilar es necesario tener instalado gcc y OpenGL.

Compilación

Para compilar se utiliza Makefile:

make clean
make

donde make clean elimina los objetos compilados anteriormente y make compila dos ejecutables: tiny_md y viz, ambos realizan la misma simulación pero el segundo posee una visualización en tiempo real.

Nota:

Si se desean cambiar parámetros de entrada de la simulación, puede modificarse el archivo parameters.h o pasar los valores deseados como parámetros al preprocesador C; por ejemplo, make CPPFLAGS="-DN=1372" cambia la cantidad de partículas que se simulan.

Contacto

Por errores, preguntas o sugerencias contactarse con:

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  • C 94.5%
  • Meson 2.8%
  • Makefile 2.7%