计算材料科学相关脚本。

对于 ipynb 格式文件，可使用 nbviewer 在线查看。

• ase-usage/: ASE 程序使用
  • ase_atoms.ipynb: atoms 模块使用
  • ase_crystal.ipynb: 构建晶体
  • ase_db.ipynb: db 模块使用
  • ase_data.ipynb: data 模块使用
  • ase_io.ipynb: io 模块使用
  • ase_visualize.ipynb: visualize 模块使用
  • ase_eos.ipynb: 拟合 eos 方程并绘制曲线
  • ase_rdf.ipynb: 计算并绘制 rdf
  • ase_outcar.ipynb: 获取 OUTCAR 文件中数据（离子步构型、能量及受力）
  • ase_phase_diagram.ipynb: 使用 ase phasediagram 模块绘制相图

• pymatgen-usage/: pymatgen 程序使用
  • pymatgen_eos.ipynb: 拟合 eos 方程并绘制曲线
  • pymatgen_periodic_table.ipynb: periodic_table 模块使用；元素周期表 tui 版本绘制
  • pymatgen_unit.ipynb: unit 模块使用
  • pymatgen_periodic_table.ipynb: periodic_table 模块使用；元素周期表 tui 版本绘制
  • pymatgen_symmetry.ipynb: symmetry 模块使用；对称性分析
  • pymatgen_phase_diagram.ipynb: phase diagram 模块使用；三元相图 convex hull 绘制
  • pymatgen_new_api.ipynb: 新 api 模块使用（三元、四元相图 convex hull 绘制）
  • pymatgen_old_api.ipynb: 旧 api 模块使用
  • pymatgen_neighbor.ipynb: 查看晶体结构中的原子近邻情况
  • pymatgen_slab.ipynb: surface 模块使用；构建表面 slab 模型
  • pymatgen_vasp_help.ipynb: pymatgen.io.vasp.help 模块使用
  • pymatgen_vasp_vasprun.ipynb: pymatgen.io.vasp.outputs 模块中的 Vasprun 类使用
  • pymatgen_vasp_outcar.ipynb: pymatgen.io.vasp.outputs 模块中的 Outcar 类使用
  • pymatgen_vasp_oszicar.ipynb: pymatgen.io.vasp.outputs 模块中的 Oszicar 类使用
  • pymatgen_elastic_properties.ipynb: 使用 pymatgen ElasticTensor 类计算弹性性质
  • pymatgen_kpoints.ipynb: pyamtgen.io.vasp.inputs 模块中的 Kpoints 类使用
  • pymatgen_vaspsets.ipynb: pymatgen.io.vasp.sets 模块使用
  • pymatgen_visualize_structure.ipynb: 可视化晶体结构

• VASP-scripts/: VASP 相关脚本
  • check_force.py: 检查 OUTCAR 文件中的原子受力收敛性
  • check_force_ase.py: 检查 OUTCAR 文件中的原子受力收敛性；基于 ASE
  • uniform_direct_coords.py: 将 VASP POSCAR 中原子坐标分数范围限制在 0-1 之间
  • read_force_pymatgen.ipynb: 使用 pymatgen 读取 OUTCAR 文件中的原子位置与受力
  • extract_force.sh: 提取原子位置及受力，可指定原子、离子步步数
  • read_force.py: 解析每个目录下的 vasprun.xml 文件，提取受力并统计最大受力
  • sigma_check.sh: 确定 entropy T*S 是否小于 1 meV
  • VASP-Official-Tutorials-2017.pdf: VASP 官方教程 2017 版；来自 https://github.com/tamaswells/VASP_script
  • extract_outcar.ipynb: 使用正则表达式提取 OUTCAR 文件中的数据（练习用）

• atomate-usage/: atomate 程序使用
  • static.py: 静态计算 workflow
  • opt.py: 弛豫计算 workflow
  • atomate_basic.ipynb: atomate 基础使用
  • atomate_db.ipynb: 获取使用 atomate 计算并存储到数据库（Mongodb）中的数据

• elastic/: 弹性相关脚本
  • elastic_stability.py: Born 力学稳定性判据
  • elastic_property.ipynb: 弹性性质计算
  • elastic_matrix.ipynb: 根据独立弹性常数和晶系生成弹性张量矩阵

• structure-scripts/: 结构相关脚本

  • posconv.py: 构型文件格式互相转换（基于ASE，支持 ASE 大部分可识别的格式）
  • atat.py: 解析 ATAT 中的 str.out 文件（单个和枚举）的构型并转换为 ASE Atoms 对象
  • crysinfo.py: 获取晶体结构对称性信息（WIP）
  • get_interface.py: 生成界面结构（待优化）
  • read_poscar.py: 读取 POSCAR 文件（练习用）
  • build_structure.ipynb: 构建晶体结构（练习用）

• sqsgen-usage/: sqsgen 程序使用

• shell-scripts/: shell 脚本
  • shell_set.ipynb: shell set 命令测试
  • awk.ipynb: awk 命令使用

• vaspkit-usage/: vaspkit 程序使用
  • Cu-bandstructure/: Cu 能带结构分析与绘制
  • Cu-DOS/: Cu DOS 分析与绘制
  • ELASTIC/: 从弹性张量文件中计算弹性性质（3D 和 2D）

• atomkit-usage/: atomkit 程序使用
  • Wyckoff.in: 查看对称性（Wyckoff）位置信息

• image-process/: 图片处理
  • pdf2img.py: pdf 转 png 格式图片
  • image_crop.py: 裁切图片多余空白

• 其他
  • clease.ipynb: clease 程序使用
  • dpdata.ipynb: dpdata 程序使用
  • pyxtal.ipynb: pyxtal 程序使用
  • pandas.ipynb: pandas 程序使用

• misc/: 其他脚本
  • coord_transform.ipynb: 分数坐标与直角坐标互相转换
  • index_transform.ipynb: 三、四指数坐标转换
  • interatomic_potential_schematic.ipynb: 势函数示意图绘制
  • at2wt.ipynb: 将 Ti-22Al-23Nb-1Mo-1Zr 格式化学式原子百分比转化成质量百分比

• vasp6-mac-m1/: 用 Apple M1 芯片编译 VASP6 过程中所涉及到的修改的源代码；查看修改细节，运行以下代码：

git diff cb92b24 cec4770

• plots/: 绘图示例
  • matplotlib_basic.ipynb: 各种绘图示例
  • colors.ipynb: 绘图配色
  • corr_heatmap.ipynb: 相关性热图绘制
  • eriodic_table_plot.ipynb: 元素周期表绘制
  • misc_plot.ipynb: 其他绘图示例

• deprecated/: 弃用脚本
  • xsd2vasp.py: xsd POSCAR 构型文件格式互相转换
  • at2wt.py: 将 Ti-22Al-23Nb-1Mo-1Zr 格式化学式原子百分比转化成质量百分比
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