- Comando utilizado para separar um FASTA em vários: awk '/^>/{filename=sprintf("output_%d.fasta",++count)} {print > filename}' seu_arquivo.fasta
- Comando utilizado para executar em loop o ART:
for file in
$(find ./ -type f -name "*.fasta"); do output="$ {file%.fasta}.output"; art_illumina -ss HS25 -sam -i "$file" -p -l 150 -f 500 -m 200 -s 0 -o "$output"; done
- chmod +x "script.sh"
- ./"script.sh"
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RESULTS_1_viralflow1
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RESULTS_2_viralflow1
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RESULTS_3_viralflow1
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RESULTS_1_viralflow006
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RESULTS_2_viralflow006
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RESULTS_3_viralflow006
