Discussion:Microbiologie

Remarques

Bactéries Gram + Serait-il possible que celui qui affirme que les bactéries Gram + sont sporulées me montre une photo d'un staphylocoque ou d'un streptocoque sporulé?

> Les virus sont des cellules acaryote

Bof... Je ne suis pas d'accord avec ça. La séparation entre microbiologie (science des microbes) et virologie (science plus spécifique des virus) n'est pas si nette. Un micro-organisme est un organisme (objet organisé) microscopique (visible qu'au microscope). Les virus sont des micro-organismes! C'est la bactériologie qui est spécifiquement intéressée par les bactéries. ((E-mail caché)_@hotmail.com)

Oui je pense aussi que les virus sont des micro organismes!!!

Il y a beaucoup de choses à remanier et des erreurs à corriger dans cet article, je m'y mettrais lorsque j'aurais un peu de temps !

Pour répondre aux questions précédentes :

Il existe bien des bactéries Gram + sporulées (et même plusieurs centaines d'espèces !!), je citerais l'exemple classique des Bacillus ou des Clostridium.

Concernant les virus, c'est particulier, les chercheurs les plus perspicaces ont encore du mal à les définir, on peu les assimiler comme des parasites mais pourtant ils ne sont pas considérés comme des êtres vivants ! Pyrococcus 31 octobre 2005 à 18:41 (CET)Pyrococus

Tout à fait d'accord avec Pyrococcus, les virus ne sont pas vraiment reconnus comme des micro-organismes. Selon moi, la virologie est donc à mettre en marge de la microbiologie. Raziel vendredi 16 décembre 2005 à 16:49 (CEST)

Je n'arrive pas à écrire au dessus pour modifier au niveau de la personne qui affirme que la virologie appartient à la microbiologie... mais j'ai envi de dire comme beaucoup d'autres faute GRAVE! En effet, dans microbiologie, il y a micro comme "petit" donc la le virus à toute sa place mais également biologie comme étude de la vie... et la on ne peut pas au sens conceptuelle assurer qu'un virus soit vivant... même si j'avoue que l'on a du mal à définri précisément ce qu'est la vie, on la définit classiquement par la capacité d'un organisme à en générer un autre dans des conditions favorables sans nécessiter le matériel génétique d'un autre organisme. Il faut en d'autre terme que la perpétuation de l'espèce (terme non utilisé pour les vitus à l'occasion) soit codé par le génome de l'organisme en question. Or le virus necessite le materiel génétique d'un hote pour se multiplié, il n'est donc pas vivant au sens propre du terme. Le virus est une sorte de machinerie moléculaire gééntiquement sélectionnée au cours du temps pour profiter de systèmes plus complexe à leur propore bénéfice.

Ensuite, des malins pourront bien évidemment avancé l'exemple des bactéries endosymbiotiques obligatoires qui pouraient du coup elles aussi ne pas être concidérées comme vivante... C'est vrai mais à cces personnes j'ai envi de dire que de toute manière nous essayons de faire des classes et mettre des organismes/virus dans des classes alors que les frontières ne sont pas toujours voir plutot rarement clairement définit entre lesdifférents systèmes biologique que l'on a identifié (et la je parle également des virus dans systèmes biologiques).

milieu de culture

Les milieux de cultures utilisés en microbiologie classique ont été optimisé de façon obtenir une croissance optimale du micro-organisme d'intéret. Les milieux de cultures sont souvent utilisables pour plusieurs micro-organismes différents mais ne permettent pas d'obtenir une croissance analogue pour les différentes bactéries. De plus, aucun milieu de culture n'a jamais permis de faire se développer la totalité des mirco-organismes connus. En effet, les niches écologiques des bactéries étant de nature très variée, cette diversité se retrouve donc clairement dans les milieux de cultures. Bien que le milieu de culture développé pour un micro-organisme précis ait été optimisé pour ce micro-organisme. Il est impossible de conclure des informations, des comportement du micro-organisme dans sa niche écologique à partir de travaux mené dans le milieu de culture qui ne restera toujours qu'artificel. Au mieux, il permet d'observer au moins en parti la réalité biologique du comportement d'un micro-organisme dans sa niche écologique. Cette niche écologique, en effet, comporte notamment d'autres micro-organisme, des traces de minéraux ou encore des conditons non optimales difficiles à mimer en laboratoire et qui conduisent à l'utilisation de milieux de culture "artificiels".

Ainsi, si ces milieux de culture ne permettent pas de traduire la réalité biologique d'un micro-organisme sur son lieu de vie habituel. Ils permettent néanmoins de faire avancer les connaissances fondamentales sur le fonctionnement du micro-organisme et pourraient à terme intégrer toutes les données recoltées (tel un puzzle) afin d'imaginer voir d'étudier le comportement d'un micro-organisme dans sa niche écologique.

Lien externe mort

Bonjour,

Pendant plusieurs vérifications automatiques, et dans le cadre du projet correction des liens externes un lien était indisponible.

Merci de vérifier si il est bien indisponible et de le remplacer par une version archivée par Internet Archive si c'est le cas. Vous pouvez avoir plus d'informations sur la manière de faire ceci ici. Si le lien est disponible, merci de l'indiquer sur cette page, pour permettre l'amélioration du robot. Les erreurs rapportées sont :

• https://julientap.free.fr/travail_fichiers/tp_platscuisines.pdf
  • Dans Microbiologie, le Fri Jan 27 18:36:09 2006, 404 Not Found
  • Dans Microbiologie, le Tue Jan 31 21:01:48 2006, 404 Not Found

▪ Eskimbot ☼ 31 janvier 2006 à 22:26 (CET)

concept de bactérie viable mais non cultivable

ne devrait-il pas être introduit sur la page le concept de bactérie viable mais non cultivable : Introduction au concept Longtemps considérée comme un oxymoron par les microbiologistes, l'expression "bactéries Viables Non Cultivables" (VNC) est aujourd'hui plus favorablement acceptée. Cette acceptation provient notamment de la mise en évidence de bactéries à multiplication intracellulaire obligatoire et/ou de bactéries que l'on n'a pas encore réussi à cultiver comme par exemple Helicobacter heilmannii (Cantet et al., 1999). Le terme de bactéries "viables mais pas encore cultivables" ("not immediately culturable" ou "not yet culturable") est souvent employé (Barer, 1997). Une autre raison à la diffusion et à l'acceptation de l'acronyme VNC est l’existence de travaux développés depuis une vingtaine d'années par différents microbiologistes ayant conduit, de manière empirique, à l'émergence du concept de formes VNC des bactéries (Federighi, 1999). Cet empirisme, combiné à un réel problème de sémantique lié à la Viabilité/Cultivabilité/Dormance des bactéries, entretient, encore aujourd'hui, une certaine confusion. Historiquement, les premières constatations ayant conduit à la notion de formes VNC vinrent des microbiologistes qui suivaient le devenir de bactéries entériques (entérobactéries, Vibrio, Campylobacter, etc.) dans les eaux côtières. Il était admis jusqu'alors que la disproportion importante, constatée entre le nombre de bactéries observées au microscope (élevé) et le nombre d’unités formant colonie (UFC) ou le nombre de bactéries comptabilisées par la méthode du Nombre le Plus Probable (faible voire nul), était due aux bactéries entériques mortes. Cette notion persista jusqu'à ce que l'on mette en évidence l’existence d'une "activité métabolique" chez une certaine proportion de ces bactéries considérées "mortes" (Kogure et al., 1979).

A cela se rajouta le fait que ces bactéries (pathogènes pour l'homme) non cultivables (i.e. non détectables par les méthodes traditionnelles de recherche) pouvaient redevenir cultivables (i.e. potentiellement pathogènes) lorsqu'elles se retrouvaient dans un "incubateur" complexe, à savoir le tube digestif d'un animal à sang chaud, faisant apparaître le concept VNC comme un problème de santé publique (Bloomfield et al., 1998). Ce concept avait déjà été évoqué par Colwell et al. en 1996 lorsque, dans une expérience restée célèbre, des cellules bactériennes cultivables de Vibrio cholerae avaient été isolées dans les selles de certains membres (volontaires) de son équipe qui n'avaient préalablement ingéré que des cellules VNC de la même souche de V. cholerae (Colwell et al., 1996). La transposition de ces constatations à l'échelle du laboratoire conduit la plupart des auteurs travaillant sur le sujet à suivre au cours du temps, à l'intérieur d'un microcosme modèle (souvent très "personnel" et constitué d'eau) mais que l'on veut le plus proche possible de la réalité, quatre évènements :

(i) la persistance d'un nombre total élevé de cellules (pas ou très peu d'autolyse), (ii) la perte plus ou moins rapide du caractère cultivable (vérifiée dans des conditions habituellement considérées comme optimales), (iii) la persistance d'une activité métabolique résiduelle dans une (faible) proportion des cellules (généralement 1 à 10%). Cette faible proportion de cellules est considérée comme étant « dans le coma », (iv) la vérification que ce « coma » est réversible ou non (c’est-à-dire l’obtention, ou non, du recouvrement du caractère cultivable).

source rapport AFSSA

Archaea

Tel qu'il est écrit, cet article présente les archaea comme un sous groupe des procaryotes. Ceci est un constresens.

Les travaux de Carl Woese (voir wikipedia en anglais[1]), en particulier, montrent que les archaea sont un groupe totalement à part, et en réalité plus proche des eucaryotes que des bactéries (voir figure). Je pense que cet article est à refondre en profondeur

--Fdardel 27 février 2007 à 22:32 (CET)

Salmonelleae

Je pense qu'il y a un problème avec cet article créé à partir du lien présent dans cet article. Quelqu'un pour vérifier ? J'ai l'impression (suis profane) que c'est un genre qui n'existe plus. Merci. — PurpleHaze, le 3 mai 2007 à 03:17 (CEST)

Le genre Listeria

Le genre Listeria fait parti de la famille des Enterobacteriaceaes, c'est un bacille gram + oxydase -.

Classification

Il y a éventuellement un problème concernant le mode de classification qui, malgré que de façon historique, a été effectué selon des caractéristiques biochimiques, ne correspond pas du tout à la réalité biologique des lien phylogénétiques entre micro-organismes. Un bel arbre phylogénétique ne serait pas de trop en expliquant que les liens de "parentés" sont évalués par conservation de séquence entre les ARNr et hybridation ADNg-ADNg.

De plus dans les Gram + le système de classification dont j'ai entendu parlé (mais dont je ne suis pas assez spécialiste pour plus de précision) concerne des groupes de (génome en) haut GC (comme les bactéries du genre streptomyces) et les bas GC (comme les bactéries du genre streptococcus et comme tous les Firmicutes je crois) et ce serait les deux branches principales des bactéries connues à coloration Gram +.

Bien évidemment, dans ce contexte de classification, il est presque impossible de ne pas préciser que la classification qui a été effectué ne repose que sur les connaissance que nous avons sur le monde bactérien. Or, on suppose ne pas connaitre (= être capable de faire pousser en laboratoire afin de les étudier) plus de 10% du monde bactérien... Il faut donc bien relativiser les informations transmises et faire attention de ce que l'on parle parce que la notion d'espèce bactérienne est très complexe à définir dans le fond tant la diversité est importante et se produit rapidement (éléments génétiques mobiles aidant). En effet, certains shigella qui nous donne de belles maladies ne diffèrent que par quelques ilots génomiques d'espèces d'Escheriachia coli classiques... voir même certains shigella sont plus proche de certains souches d'Escherichia coli que de souches d'Escherichia coli entre elles...