如同尖沙嘴、上水遊行，沙田反修例大遊行亦演變為衝突事件。遊行路線會途經的商場原本如常營業，惟警方晚上9時展開清場行動，三面包抄夾擊，示威者慌逃入商場內，有商場店舖立即提早關閘，而防暴警員罕有闖入多個商場清場，不少街坊被困商場內，有人抱怨有家歸不得，亦有人質問是否宵禁。不久，商場內爆發警民大衝突，異常混亂。
大批示威者被困新城市廣場。(王譯揚攝)
晚上8時，沙田鄉事會路警方與示威者的對峙情況漸趨緊張，有示威者不斷挖磚，而警方亦不斷增派人手，並將防線推前，雙方只餘百米距離。其後有示威者提出撤退，並高呼入商場一齊走。
晚上約9時，港鐵沙田站沙田政府合署出口，約100名便衣及防暴警察守在出口處，示威者則在站內與警方對峙，雙方距離約30米。另外，大批示威者走入新城市廣場靜觀情況，令商場內一片黑衣人，大批警員在外戒備。港鐵站及新城市廣場內大量商舖提早關門，包括周大福、謝瑞麟等，有商舖店員指因示威活動而自發提早關門，周邊十多間食肆亦提早收舖。
晚上9時，清場行動一觸即發，警方三面夾攻，一群防暴警察由沙田鄕事會路向源禾路推進，並高舉紅旗，沙田大會堂前的防暴警亦開始推進，而沙燕橋的防暴警察亦推進至鄕事會路及源禾路交界。數分鐘後，在大會堂有警員兩度舉黑旗，然後再舉紅遺。衝突期間，在鄉事會路有示威者向警員掟磚，亦有警察叫﹕「出嚟隻揪」。
沙田廣場、新城市廣場及沙田好運中心一帶皆有大批警員，同時爆發衝突。新城市廣場地下玻璃門，有市民擋住門口，與十多名防暴警員對峙。大批防暴警察進入沙田廣場，以及在廣場外天橋手持長盾推進，又不讓市民從商場往天橋方向離開。有示威者高呼「返屋企」、「食飯都唔畀？」，其後不斷齊聲高呼「開路」。警方呼籲在場人士離開。現場人士質問是否宵禁。
晚上9時30分，沙田廣場有入無出，大批市民被困，並抱怨有家歸不得。警方登上通往好運中心的天橋驅散示威者，其後更進入好運中心。有人不斷向地面警員投擲雜物。沙田中心場管理處表示會慢慢帶遊行人士離開。同時，警員進入新城市廣場戒備，分別約30名警員駐在連接港鐵站扶手電梯及約50名駐在前方約10米，令市民無法進入港鐵站搭車，警民發生口角，示威者鼓譟及高呼口號，後方傳雨傘及頭盔上前，亦有示威者高舉雙手，警員亦帶頭盔及持警棍對峙。後來警員開放一個身位的窄道，提供市民離開，但仍封鎖往巴士總站通道。
