Jubilejného gólu sa Bondra dočkal v zápase s Torontom 22. decembra 2006. Stal sa 37. hráčom v histórii, piatym Európanom a druhým Slovákom (po Stanovi Mikitovi, ten však mal v tom čase kanadské občianstvo), ktorý túto hranicu dosiahol. Potreboval na to 1 050 zápasov. „Som rád, že som sa zaradil medzi málo hráčov s takouto vizitkou. Fanúšikovia mi po góle pripravili krásne ovácie. Nevedel som, či mám skákať, kričať, alebo skôr naopak... Trocha mi to pripomenulo môj prvý zásah v NHL do siete New Jersey. Bol to krásny moment,“ priznal Bondra. Manželka Ľubka i deti Petra, David a Nicholas sledovali otcov zápas s jubilejným gólom v televízii v priamom prenose. „Volali mi po zápase a gratulovali. Ja som vzápätí odletel za nimi do Washingtonu, kde sme prežili krásne Vianoce,“ spomína ostrostrelec.

Po sviatkoch však prišiel nešťastný zápas s Bostonom (29. decembra). Obranca Brad Stuart Bondru tvrdo narazil do mantinela a spôsobil mu dlhotrvajúce zranenie. V roku 2007 strelil ešte tri góly, posledný 11. februára 2007 Columbusu, ale pre pretrvávajúce bolesti vynechal viacero duelov či nastupoval iba sporadicky. Problémy ho neopustili ani v lete. „Poranené koleno pri záťaži neustále pobolieva a po súboji so Stuartom ma občas bolia krk i rameno,“ priznal Bondra v júni po príchode na Slovensko. V septembri po návrate do Washingtonu skúsil s bývalými spoluhráčmi ešte trénovať, ale nebolo to ono. Po niekoľkotýždňovom rozmýšľaní 27. októbra oznámil koniec úspešnej kariéry.