Изначально таксон Glires рассматривался как отряд, к которому относили обе группы. Со временем, эта концепция была полностью отвергнута, хотя близкое родство между грызунами и зайцеобразными не оспаривается. По признакам, имеющимся только у зайцеобразных, их монофилия считается хорошо доказанной, а независимая на протяжении более чем 70 миллионов лет эволюционная история оправдывает их классификацию как отдельный отряд. Другие же признаки, такие как резцы, являются следствием наличия общих предков с грызунами, из-за чего таксон Glires был сохранён.
Грызунообразные образуют вместе с кладой Euarchonta, к которой относятся тупайи (Scandentia), приматы (Primates) и шерстокрылы (Dermoptera), надотряд Euarchontoglires. Эволюционно-генетические отношения внутри последних выглядят следующим образом[2]: