JP2023545521A - 抗pd-1/cd40二重特異性抗体及びその使用 - Google Patents

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Abstract

本開示は、抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体又はその抗原結合断片)に関し、ここで当該抗原結合タンパク質構築物は、2つの異なる抗原(例えば、PD-1及びCD40)に特異的に結合する。【選択図】図1B

Description

[優先権の主張]
本願は、2020年10月14日に提出されたPCT出願番号PCT/CN2020/120918及び2021年4月2日に提出されたPCT出願番号PCT/CN2021/085335の利益を主張するものである。これらの2つの特許は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体又はその抗原結合断片)に関する。
二重特異性抗体は、2つの異なるタイプの抗原又は2つの異なるエピトープに同時に結合することができる人工タンパク質である。このような二重特異性は、腫瘍細胞へのT細胞のリダイレクト、異なる疾患媒体の二重標的化、及び標的部位へのペイロード(payload)の送達を含む、広範な応用を切り開く。カツマキソマブ(catumaxomab、抗EpCAM及び抗CD3)及びブリナツモマブ(blinatumomab、抗CD19及び抗CD3)の承認は、二重特異性抗体研究開発の重要なマイルストーンとなっている。
二重特異性抗体は、様々な用途を有する。従って、二重特異性抗体に基づく様々な治療剤の開発を継続する必要がある。
本開示は、2つ以上の異なる抗原(例えば、PD-1及びCD40)に特異的に結合する抗原結合タンパク質構築物に関する。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、PD-1及びCD40を標的とする二重特異性抗体である。幾つかの実施形態において、本明細書に記載される二重特異性抗体は、様々な機序によってがんを効果的に治療する。例えば、二重特異性抗体は、PD-1/PD-L1経路を遮断し、それによって免疫応答を活性化することができる。更に、二重特異性抗体は、T細胞及びAPC細胞を架橋して抗原提示を促進し、APC細胞におけるCD40経路を活性化することができる。更に、二重特異性抗体は、PD-1依存的な方式でCD40経路を活性化し、それによって腫瘍微小環境又は腫瘍排出リンパ節内の免疫応答シグナルを増幅することができる。当該機序はまた、全体的な免疫活性化を低下させ、肝臓における毒性などの副作用を減少させることができる。幾つかの実施形態において、本明細書に記載される二重特異性抗体は、Fc受容体媒介性(例えば、FCγRIIB媒介性)CD40凝集(clustering)によってCD40経路を活性化することができず、それによって高レベルのFCγRIIBを発現する組織(例えば、肝臓)における毒性などの毒性を更に低減することができる。
一態様において、本開示は、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位と、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位とを含む、抗原結合タンパク質構築物を提供する。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、PD-1を発現する細胞に結合するときにCD40経路の活性化を誘導する。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、PD-1を発現する1つ又は複数の細胞の存在下でCD40経路の活性化を誘導する。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、腫瘍微小環境又は腫瘍排出リンパ節においてCD40経路の活性化を誘導する。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、PD-1を発現する1つ又は複数の細胞の非存在下でCD40経路の活性化を誘導しない。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、CD40経路を活性化することができ、ここで、CD40経路の活性化は、抗原結合タンパク質構築物とPD-1を発現する細胞との結合に依存する。
幾つかの実施形態において、第1の抗原結合部位は、PD-1を発現する細胞に結合する。幾つかの実施形態において、PD-1を発現する細胞は、T細胞、NK細胞又は骨髄細胞(例えば、T細胞)である。幾つかの実施形態において、PD-1を発現する細胞は、T細胞である。幾つかの実施形態において、細胞は、骨髄系細胞(例えば、マクロファージ、骨髄由来免疫抑制細胞(MDSC)又はT細胞)である。
幾つかの実施形態において、第2の抗原結合部位は、CD40を発現する細胞に結合する。幾つかの実施形態において、CD40を発現する細胞は、抗原提示細胞である。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、Fc領域を含む。幾つかの実施形態において、第2の抗原結合部位は、Fc領域に連結される。幾つかの実施形態において、第2の抗原結合部位は、Fc領域のC末端に連結される。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、Fc受容体(例えば、FCγRIIB)媒介性機序又はFc受容体(例えば、FCγRIIB)媒介性凝集によってCD40を活性化することができない。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、Fc受容体(例えば、FCγRIIB)媒介性凝集を誘導することができない。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、二重特異性抗体である。
幾つかの実施形態において、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位は、ScFv又はVHHドメインを含む。幾つかの実施形態において、PD-1に特異的に結合する抗原結合部位は、PD-1リガンド(例えば、PD-L1)又はその可溶性部分を含む。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位は、ScFv又はVHHドメインを含む。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位は、CD40リガンド(例えば、CD40L)又はその可溶性部分を含む。
幾つかの実施形態において、第1の抗原結合部位は、本明細書に記載される重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施形態において、第2の抗原結合部位は、本明細書に記載される重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態において、PD-1リガンドは、配列番号159のアミノ酸19~238と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、CD40リガンドは、配列番号160のアミノ酸47~261と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。
一態様において、本開示は、第1の重鎖可変領域及び第1の軽鎖可変領域と、第2の重鎖可変領域及び第2の軽鎖可変領域と、を含む抗原結合タンパク質構築物に関し、幾つかの実施形態において、当該第1の重鎖可変領域と当該第1の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成し、幾つかの実施形態において、当該第2の重鎖可変領域と当該第2の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、第1の重鎖可変領域、第1の重鎖定常領域2(CH2)及び第1の重鎖定常領域3(CH3)を含む第1のポリペプチドと、第2の重鎖可変領域、第2の重鎖定常領域2(CH2)及び第2の重鎖定常領域3(CH3)を含む第2のポリペプチドと、を含む。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、第1の軽鎖可変領域を含む第3のポリペプチドと、第2の軽鎖可変領域を含む第4のポリペプチドと、を含む。
幾つかの実施形態において、第2のポリペプチドは、第2の軽鎖可変領域を更に含む。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、第1の軽鎖可変領域を含む第3のポリペプチドを含む。
幾つかの実施形態において、第1のポリペプチドは、第1の軽鎖可変領域を更に含む。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、第1の重鎖可変領域、第2の重鎖可変領域及び第2の軽鎖可変領域を含む第1のポリペプチドと、第1の軽鎖可変領域を含む第2のポリペプチドと、を含む。
幾つかの実施形態において、第1のポリペプチドは、重鎖定常領域1(CH1)、重鎖定常領域2(CH2)及び重鎖定常領域3(CH3)を更に含む。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域(VH1)は、相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含む。幾つかの実施形態において、VH1 CDR1領域は、選択されたVH1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、VH1 CDR2領域は、選択されたVH1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、VH1 CDR3領域は、選択されたVH1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、第1の軽鎖可変領域(VL1)は、CDR1、2及び3を含む。幾つかの実施形態において、VL1 CDR1領域は、選択されたVL1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、VL1 CDR2領域は、選択されたVL1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、VL1 CDR3領域は、選択されたVL1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。幾つかの実施形態において、選択されたVH1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVL1 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
(1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、
(2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、
(3)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号7、8及び9に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号10、11及び12に示され、
(4)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号25、26及び27に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号28、29及び30に示され、
(5)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号13、14及び15に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号16、17及び18に示され、及び
(6)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号31、32及び33に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号34、35及び36に示される。
幾つかの実施形態において、第2の重鎖可変領域(VH2)は、CDR1、2及び3を含む。幾つかの実施形態において、VH2 CDR1領域は、選択されたVH2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、VH2 CDR2領域は、選択されたVH2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、VH2 CDR3領域は、選択されたVH2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、第2の軽鎖可変領域(VL2)は、CDR1、2及び3を含む。幾つかの実施形態において、VL2 CDR1領域は、選択されたVL2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、VL2 CDR2領域は、選択されたVL2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、VL2 CDR3領域は、選択されたVL2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。幾つかの実施形態において、選択されたVH2 CDR1、2及び3アミノ酸配列及び選択されたVL2 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
(1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号59、60及び61に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号62、63及び64に示され、
(2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号77、78及び79に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号80、81及び82に示され、
(3)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、
(4)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示され、
(5)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号71、72及び73に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号74、75及び76に示され、及び
(6)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号89、90及び91に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号92、93及び94に示される。
幾つかの実施形態において、本開示は、抗原結合タンパク質構築物に関し、ここで、
(1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、又は
(2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示される。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域は、配列番号40、41、42又は53と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖可変領域は、配列番号43、44、45又は54と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域は、配列番号46、47、48、49又は55と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖可変領域は、配列番号50、51、52又は56と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域は、配列番号57と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖可変領域は、配列番号58と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第2の重鎖可変領域は、配列番号98、99、100又は120と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の軽鎖可変領域は、配列番号101、102、103、104又は121と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第2の重鎖可変領域は、配列番号105、106、107、108、122、126又は128と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の軽鎖可変領域は、配列番号109、110、111、123、127又は129と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第2の重鎖可変領域は、配列番号112、113、114、115又は124と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の軽鎖可変領域は、配列番号116、117、118、119又は125と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域は、配列番号41と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖可変領域は、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の重鎖可変領域は、配列番号108又は126と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の軽鎖可変領域は、配列番号110又は127と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第1のポリペプチドは、配列番号130と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第3のポリペプチドは、配列番号131と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第2のポリペプチドは、配列番号132又は133と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第1のポリペプチドは、配列番号130と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2のポリペプチドは、配列番号132又は133と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第3のポリペプチドは、配列番号131と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第1のポリペプチドは、配列番号134又は135と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2のポリペプチドは、配列番号136と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第1のポリペプチドは、配列番号137又は138と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2のポリペプチドは、配列番号139と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、二重特異性抗体である。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、Fab-scFv-Fcである。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、TrioMab、共有軽鎖を有する二重特異性抗体、CrossMab、2:1 CrossMab、2:2 CrossMab、Duobody、二重可変ドメイン抗体(DVD-Ig)、scFv-IgG、IgG-IgG形態抗体、Fab-scFv-Fc形態抗体、TF、ADAPTIR、二重特異性T細胞誘導抗体(BiTE)、BiTE-Fc、二重親和性再標的抗体(DART)、DART-Fc(Fcを有するDART)、四価DART、タンデム二重抗体(TandAb)、scFv-scFv-scFv、ImmTAC、三重特異性ナノボディ又は三重特異性キラー細胞エンゲージャー(TriKE)である。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、IgG1又はIgG4に由来する1つ又は複数の重鎖定常ドメインを含む。
幾つかの実施形態において、当該1つ又は複数の重鎖定常ドメインは、LALA突然変異及び/又はノブイントホール(knob-into-hole,KIH)突然変異を含む。
一態様において、本開示は、第1の重鎖可変領域を含む第1の重鎖ポリペプチドと、第1の軽鎖可変領域を含む第1の軽鎖ポリペプチドと、第2の重鎖可変領域を含む第2の重鎖ポリペプチドと、第2の軽鎖可変領域を含む第2の軽鎖ポリペプチドと、を含む二重特異性抗体又はその抗原結合断片に関する。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域と第1の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成し、第2の重鎖可変領域と第2の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する。
幾つかの実施形態において、本開示は、相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含む第1の重鎖可変領域(VH1)と、CDR1、2及び3を含む第1の軽鎖可変領域(VL1)と、相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含む第2の重鎖可変領域(VH2)と、CDR1、2及び3を含む第2の軽鎖可変領域(VL2)と、を含む二重特異性抗体又はその抗原結合断片に関し、幾つかの実施形態において、当該VH1 CDR1領域は、選択されたVH1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH1 CDR2領域は、選択されたVH1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH1 CDR3領域は、選択されたVH1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、幾つかの実施形態において、当該VL1 CDR1領域は、選択されたVL1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL1 CDR2領域は、選択されたVL1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL1 CDR3領域は、選択されたVL1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、幾つかの実施形態において、当該VH2 CDR1領域は、選択されたVH2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH2 CDR2領域は、選択されたVH2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH2 CDR3領域は、選択されたVH2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、幾つかの実施形態において、当該VL2 CDR1領域は、選択されたVL2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL2 CDR2領域は、選択されたVL2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL2 CDR3領域は、選択されたVL2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
幾つかの実施形態において、選択されたVH1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVL1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVH2 CDR1、2及び3アミノ酸配列及び選択されたVL2 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
(1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、及び
(2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示される。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域は、配列番号41と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖可変領域は、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の重鎖可変領域は、配列番号108又は126と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の軽鎖可変領域は、配列番号110又は127と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖ポリペプチドは、配列番号130と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖ポリペプチドは、配列番号131と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
一態様において、本開示は、第1の重鎖可変領域を含む重鎖ポリペプチドと、第1の軽鎖可変領域を含む軽鎖ポリペプチドと、第2の重鎖可変領域及び第2の軽鎖可変領域を含む一本鎖可変断片ポリペプチドと、を含む二重特異性抗体又はその抗原結合断片に関する。幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域と第1の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成し、第2の重鎖可変領域と第2の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する。
幾つかの実施形態において、一本鎖可変断片ポリペプチドは、N末端からC末端まで、第2の重鎖可変領域と、リンカーペプチド配列と、第2の軽鎖可変領域と、重鎖定常領域2(CH2)と、重鎖定常領域3(CH3)と、を含む。
幾つかの実施形態において、リンカーペプチド配列は、ASTGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号152)と少なくとも80%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、本開示は、相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含む第1の重鎖可変領域(VH1)と、CDR1、2及び3を含む第1の軽鎖可変領域(VL1)と、相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含む第2の重鎖可変領域(VH2)と、CDR1、2及び3を含む第2の軽鎖可変領域(VL2)と、を含む本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片に関し、幾つかの実施形態において、当該VH1 CDR1領域は、選択されたVH1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH1 CDR2領域は、選択されたVH1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH1 CDR3領域は、選択されたVH1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、幾つかの実施形態において、当該VL1 CDR1領域は、選択されたVL1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL1 CDR2領域は、選択されたVL1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL1 CDR3領域は、選択されたVL1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、幾つかの実施形態において、当該VH2 CDR1領域は、選択されたVH2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH2 CDR2領域は、選択されたVH2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH2 CDR3領域は、選択されたVH2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、幾つかの実施形態において、当該VL2 CDR1領域は、選択されたVL2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL2 CDR2領域は、選択されたVL2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL2 CDR3領域は、選択されたVL2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
幾つかの実施形態において、選択されたVH1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVL1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVH2 CDR1、2及び3アミノ酸配列及び選択されたVL2 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
(1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、及び
(2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示される。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域は、配列番号41と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖可変領域は、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の重鎖可変領域は、配列番号108又は126と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の軽鎖可変領域は、配列番号110又は127と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、本開示は、二重特異性抗体又はその抗原結合断片に関し、ここで、
(1)重鎖ポリペプチドは、配列番号130と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、軽鎖ポリペプチドは、配列番号131と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、且つ
(2)一本鎖可変断片ポリペプチドは、配列番号132又は133と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
一態様において、本開示は、第1の重鎖可変領域を含む重鎖ポリペプチドと、第1の軽鎖可変領域を含む軽鎖ポリペプチドと、を含む二重特異性抗体又はその抗原結合断片に関する。幾つかの実施形態において、一本鎖可変断片ポリペプチドは、重鎖ポリペプチドのC末端に連結される。幾つかの実施形態において、一本鎖可変断片ポリペプチドは、第2の重鎖可変領域と、第2の軽鎖可変領域と、を含む。幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域と第1の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成し、且つ第2の重鎖可変領域と第2の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する。
幾つかの実施形態において、一本鎖可変断片ポリペプチドは、第1のリンカーペプチド配列によって第1の重鎖ポリペプチドに連結される。
幾つかの実施形態において、第1のリンカーペプチド配列は、GGGSGGGGSGGGGS(配列番号153)と少なくとも80%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、一本鎖可変断片ポリペプチドは、N末端からC末端まで、第2の軽鎖可変領域と、第2のリンカーペプチド配列と、第2の重鎖可変領域と、を含む。
幾つかの実施形態において、第2のリンカーペプチド配列は、GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号154)と少なくとも80%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、本開示は、相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含む第1の重鎖可変領域(VH1)と、CDR1、2及び3を含む第1の軽鎖可変領域(VL1)と、相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含む第2の重鎖可変領域(VH2)と、CDR1、2及び3を含む第2の軽鎖可変領域(VL2)と、を含む本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片に関し、幾つかの実施形態において、当該VH1 CDR1領域は、選択されたVH1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH1 CDR2領域は、選択されたVH1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH1 CDR3領域は、選択されたVH1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、幾つかの実施形態において、当該VL1 CDR1領域は、選択されたVL1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL1 CDR2領域は、選択されたVL1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL1 CDR3領域は、選択されたVL1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、幾つかの実施形態において、当該VH2 CDR1領域は、選択されたVH2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH2 CDR2領域は、選択されたVH2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VH2 CDR3領域は、選択されたVH2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、幾つかの実施形態において、当該VL2 CDR1領域は、選択されたVL2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL2 CDR2領域は、選択されたVL2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、当該VL2 CDR3領域は、選択されたVL2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
幾つかの実施形態において、選択されたVH1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVL1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVH2 CDR1、2及び3アミノ酸配列及び選択されたVL2 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
(1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、及び
(2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、且つ選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示される。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域は、配列番号41と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖可変領域は、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の重鎖可変領域は、配列番号108又は126と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、第2の軽鎖可変領域は、配列番号110又は127と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、本開示は、本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片に関し、ここで、
(1)重鎖ポリペプチドは、配列番号134又は135と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、及び
(2)軽鎖ポリペプチドは、配列番号136と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、本開示は、本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片に関し、ここで、
(1)重鎖ポリペプチドは、配列番号137又は138と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、及び
(2)軽鎖ポリペプチドは、配列番号139と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
一態様において、本開示は、Fc領域を含む抗PD-1抗体と、CD40に特異的に結合する抗原結合部位とを含む二重特異性抗体を提供する。幾つかの実施形態において、抗原結合部位は、抗PD-1抗体のFc領域に連結される。
幾つかの実施形態において、二重特異性抗体は、PD-1を発現する1つ又は複数の細胞の存在下で免疫細胞におけるCD40経路の活性化を誘導する。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する抗原結合部位は、ScFv又はVHHドメインを含む。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する抗原結合部位は、CD40リガンド(例えば、CD40L)又はその可溶性部分を含む。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する抗原結合部位は、Fc領域のC末端に連結される。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する抗原結合部位は、Fc領域(例えば、3A部位)に挿入される。
一態様において、本開示は、Fc領域を含有する抗体と、CD40に特異的に結合する抗原結合部位(例えば、1つ又は2つの抗原結合部位)と、を含むか、又はそれらからなる抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体又はその抗原結合断片)を提供し、ここで、当該抗体は、標的に特異的に結合する。幾つかの実施形態において、抗原結合部位は、抗体のFc領域に連結される。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、標的を発現する1つ又は複数の細胞の存在下で免疫細胞におけるCD40経路の活性化を誘導する。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、CD40経路を活性化することができる。幾つかの実施形態において、CD40経路の活性化は、抗原結合タンパク質構築物と標的を発現する細胞との結合に依存する。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、腫瘍微小環境又は腫瘍排出リンパ節においてCD40経路の活性化を誘導する。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、標的を発現する1つ又は複数の細胞の非存在下でCD40経路の活性化を誘導しない。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、Fc受容体媒介性機序又はFc受容体媒介性凝集によってCD40経路を活性化することができない。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、PD-1を発現する細胞の非存在下でCD40経路を活性化することができない。
幾つかの実施形態において、標的は、免疫チェックポイント分子である。幾つかの実施形態において、標的は、がん特異的抗原又はがん関連抗原である。幾つかの実施形態において、標的は、PD-1である。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する抗原結合部位は、ScFv又はVHHドメインを含む。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する抗原結合部位は、CD40リガンド(例えば、CD40L)又はその可溶性部分を含む。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する抗原結合部位は、Fc領域のC末端に連結される。幾つかの実施形態において、CD40に特異的に結合する抗原結合部位は、Fc領域(例えば、3A部位)に挿入される。
一態様において、本開示は、治療剤に共有結合する本明細書に記載される抗原結合タンパク質構築物又は本明細書に記載される二重特異性抗体又は抗原結合断片を含む、抗体薬物複合体に関する。
幾つかの実施形態において、治療剤は、細胞毒性剤又は細胞阻害剤である。
一態様において、本開示は、本明細書に記載される抗原結合タンパク質構築物、本明細書に記載される二重特異性抗体又は抗原結合断片、又は本明細書に記載される抗体薬物複合体を含む治療有効量の組成物を対象に投与することを含む、がんに罹患している対象を治療する方法に関する。
幾つかの実施形態において、対象は、固形腫瘍に罹患している。
幾つかの実施形態において、がんは、非小細胞肺がん(NSCLC)、頭頸部扁平上皮がん(SCCHN)、頭頸部がん、腎細胞がん(RCC)、黒色腫、膀胱がん、胃がん、尿路上皮がん、メルケル細胞がん(Merkel-cell carcinoma)、トリプルネガティブ乳がん(TNBC)又は結腸直腸がんである。
幾つかの実施形態において、がんは、黒色腫、膵臓がん、中皮腫又は悪性血液腫瘍である。
幾つかの実施形態において、方法は、抗CTLA4抗体、抗Her2抗体又は腫瘍関連抗原(TAA)を標的とする抗体を対象に投与することを更に含む。
幾つかの実施形態において、方法は、対象に化学療法を投与することを含む。
一態様において、本開示は、本明細書に記載される抗原結合タンパク質構築物、本明細書に記載される二重特異性抗体又は抗原結合断片、又は本明細書に記載される抗体薬物複合体を含む有効量の組成物を必要とする対象に投与することを含む、腫瘍の増殖速度を低下させる方法に関する。
一態様において、本開示は、本明細書に記載される抗原結合タンパク質構築物、本明細書に記載される二重特異性抗体又は抗原結合断片、又は本明細書に記載される抗体薬物複合体を含む有効量の組成物を必要とする対象に投与することを含む、腫瘍細胞を死滅させる方法に関する。
一態様において、本開示は、本明細書に記載される抗原結合タンパク質構築物或いは本明細書に記載される二重特異性抗体又は抗原結合断片、及び薬学的に許容されるベクターを含む医薬組成物に関する。
一態様において、本開示は、本明細書に記載される抗体薬物複合体、及び薬学的に許容されるベクターを含む医薬組成物に関する。
一態様において、本開示は、CD40に特異的に結合する一本鎖可変断片ポリペプチドを含む二重特異性又は多重特異性抗体又はその抗原結合断片に関する。幾つかの実施形態において、一本鎖可変断片ポリペプチドは、二重特異性又は多重特異性抗体又はその抗原結合断片の重鎖ポリペプチドのC末端に連結される。
幾つかの実施形態において、二重特異性又は多重特異性抗体又はその抗原結合断片は、がん特異的抗原又はがん関連抗原に特異的に結合する。
幾つかの実施形態において、二重特異性又は多重特異性抗体又はその抗原結合断片は、免疫チェックポイント分子に特異的に結合する。
一態様において、本開示は、本明細書に記載されるポリペプチドの何れかをコードするポリヌクレオチドを含む核酸を提供する。幾つかの実施形態において、核酸は、二重特異性抗体をコードする。幾つかの実施形態において、核酸は、cDNAである。
一態様において、本開示は、本明細書に記載される核酸のうちの1つ又は複数を含むベクターを提供する。
一態様において、本開示は、本明細書に記載されるベクターを含む細胞を提供する。幾つかの実施形態において、細胞は、CHO細胞である。一態様において、本開示は、本明細書に記載される核酸のうちの1つ又は複数を含む細胞を提供する。
本明細書で使用されるように、用語「抗原結合タンパク質構築物」は、(i)1つ又は複数の抗原結合ドメインを含む単一ポリペプチド又は(ii)1つ又は複数の抗原結合ドメインを共に形成する2つ以上のポリペプチド(例えば、同一又は異なるポリペプチド)の複合体である。本明細書では、抗原結合タンパク質構築物の非限定的な例及び態様が記載される。
本明細書で使用されるように、用語「抗原結合ドメイン」、「抗原結合領域」又は「抗原結合部位」とは、抗原に特異的に結合することができる1つ又は複数のタンパク質ドメイン(例えば、単一ポリペプチド由来のアミノ酸から形成されるか又は2つ以上のポリペプチド(例えば、同一又は異なるポリペプチド)由来のアミノ酸から形成される)を指す。幾つかの実施形態において、抗原結合ドメインは、天然に存在する抗体の特異性及び親和性と類似の特異性及び親和性で抗原又はエピトープに結合することができる。幾つかの実施形態において、抗原結合ドメインは、抗体又はその断片であってもよい。抗原結合ドメインの一例は、VH-VL二量体から形成される抗原結合ドメインである。幾つかの実施形態において、抗原結合ドメインは、代替骨格を含むことができる。幾つかの実施形態において、抗原結合ドメインは、リガンド(例えば、PD-L1、CD154又はその可溶性部分)である。例えば、抗原は、PD-1受容体であってもよく、且つ抗原結合ドメイン(例えば、PD-L1の可溶性部分)は、PD-1受容体に特異的に結合することができる。幾つかの実施形態において、抗原結合ドメインは、VHHドメインである。本明細書では、抗原結合ドメインの非限定的な例が記載される。
本明細書で使用されるように、用語「抗体」とは、少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ又は6つ)の相補性決定領域(CDR)(例えば、免疫グロブリン軽鎖由来の3つのCDRの何れか、又は免疫グロブリン重鎖由来の3つのCDRの何れか)を含み、且つ抗原又はエピトープに特異的に結合することができる任意の抗原結合分子を指す。抗体の非限定的な例は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)、一本鎖抗体、キメラ抗体、重鎖抗体、単一ドメイン抗体(ナノボディ)、ヒト抗体及びヒト化抗体を含む。幾つかの実施形態において、抗体は、ヒト抗体のFc領域を含むことができる。抗体という用語は、誘導体、例えば二重特異性抗体、一本鎖抗体、二重抗体、直鎖抗体及び抗体断片から形成される多重特異性抗体を更に含む。
本明細書で使用されるように、用語「抗原結合断片」とは、完全長抗体の一部を指し、ここで、当該抗体の当該部分は、抗原に特異的に結合することができる。幾つかの実施形態において、抗原結合断片は、少なくとも1つの可変ドメイン(例えば、重鎖可変ドメイン又は軽鎖可変ドメイン)を含む。抗体断片の非限定的な例は、例えばFab、Fab’、F(ab’)、Fv断片及びVHHを含む。本明細書で使用されるように、「VHH」は、重鎖抗体の可変ドメインである。
本明細書で使用されるように、用語「ヒト抗体」とは、ヒト由来の核酸(例えば、再配列されたヒト免疫グロブリン重鎖又は軽鎖遺伝子座)によってコードされる抗体を指す。幾つかの実施形態において、ヒト抗体は、ヒトから収集されるか又はヒト細胞培養物(例えば、ヒトハイブリドーマ細胞)において産生される。幾つかの実施形態において、ヒト抗体は、非ヒト細胞(例えば、マウス又はハムスター細胞株)において産生される。幾つかの実施形態において、ヒト抗体は、細菌又は酵母細胞において産生される。幾つかの実施形態において、ヒト抗体は、再配列されていないか又は再配列されているヒト免疫グロブリン遺伝子座(例えば、重鎖又は軽鎖ヒト免疫グロブリン遺伝子座)を含むトランスジェニック非ヒト動物(例えば、ウシ)において産生される。
本明細書で使用されるように、用語「ヒト化抗体」とは、非ヒト(例えば、マウス)免疫グロブリンに由来する最小限の配列を含有し、且つヒト免疫グロブリンに由来する配列を含有する非ヒト抗体を指す。非限定的な例では、ヒト化抗体は、ヒト抗体(受容体抗体)であり、ここで、当該受容体抗体の超可変領域(例えば、CDR)残基は、所望の特異性、親和性及び能力を有する非ヒト抗体(例えば、ドナー抗体)、例えばマウス、ラット又はウサギ抗体由来の超可変領域(例えば、CDR)残基で置換されている。幾つかの実施形態において、ヒト免疫グロブリンのFvフレームワーク残基は、対応する非ヒト(例えば、マウス)免疫グロブリン残基で置換されている。幾つかの実施形態において、ヒト化抗体は、受容体抗体又はドナー抗体に見出されていない残基を含むことができる。これらの修飾は、抗体性能を更に改善するために行うことができる。幾つかの実施形態において、ヒト化抗体は、少なくとも1つの、通常2つの可変ドメインの実質的に全ての部分を含み、ここで、全て又は実質的に全ての超可変ループ(CDR)は、非ヒト(例えば、マウス)免疫グロブリンの超可変ループに対応し、且つ全て又は実質的に全てのフレームワーク領域は、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域である。ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域(Fc)の少なくとも一部、通常ヒト免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を更に含むことができる。ヒト化抗体は、当該技術分野で公知の分子生物学的方法を用いて産生することができる。本明細書では、ヒト化抗体を産生するための方法の非限定的な例が記載される。
本明細書で使用されるように、用語「キメラ抗体」は、少なくとも2つの異なる種に存在する配列を含む抗体(例えば、ヒト及びマウス抗体のような2つの異なる哺乳動物種由来の抗体)を指す。キメラ抗体の非限定的な例は、非ヒト(例えば、マウス)抗体の可変ドメイン配列(例えば、軽鎖及び/又は重鎖可変ドメイン配列の全て又は一部)と、ヒト抗体の定常ドメインとを含む抗体である。キメラ抗体の他の例は、本明細書に記載されており、当該技術分野で公知である。
本明細書で使用されるように、用語「多重特異性抗原結合タンパク質構築物」は、2つ以上の異なるエピトープに特異的に結合する2つ以上の異なる抗原結合ドメインを含む抗原結合タンパク質構築物である。2つ以上の異なるエピトープは、同じ抗原(例えば、細胞表面上に存在する単一のポリペプチド)上又は異なる抗原(例えば、同一細胞表面上に存在するか又は異なる細胞表面上に存在する異なるタンパク質)上のエピトープであってもよい。幾つかの態様において、多重特異性抗原結合タンパク質構築物は、2つの異なるエピトープに結合する(即ち、「二重特異性抗原結合タンパク質構築物」)。幾つかの態様において、多重特異性抗原結合タンパク質構築物は、3つの異なるエピトープに結合する(即ち、「三重特異性抗原結合タンパク質構築物」)。幾つかの態様において、多重特異性抗原結合タンパク質構築物は、4つの異なるエピトープに結合する(即ち、「四重特異性抗原結合タンパク質構築物」)。幾つかの態様において、多重特異性抗原結合タンパク質構築物は、5つの異なるエピトープに結合する(即ち、「五重特異性抗原結合タンパク質構築物」)。各結合特異性は、任意の適切な価数で存在してもよい。本明細書では、多重特異性抗原結合タンパク質構築物の非限定的な例が記載される。
本明細書で使用されるように、用語「二重特異性抗体」とは、2つの異なるエピトープに結合する抗体を指す。エピトープは、同一抗原上又は異なる抗原上にあってもよい。
本明細書で使用されるように、抗体に言及する場合、語句「特異的結合」とは、相互作用が標的分子上の特定の構造(即ち、抗原決定基又はエピトープ)の存在に依存するので、他の分子と比較して、抗体がその標的分子(例えば、PD-1)と優先的に相互作用することを指し、換言すれば、試薬は、通常の場合の全ての分子ではなく、特定の構造を含む分子を認識して結合する。標的分子に特異的に結合する抗体は、標的特異的抗体と呼ばれることができる。例えば、PD-1分子に特異的に結合する抗体は、PD-1特異的抗体又は抗PD-1抗体と呼ばれることができる。
特に明記しない限り、本明細書で使用される全ての技術と科学用語は当業者の一般的な理解と同じ意味を有する。本明細書では、本発明のための方法及び材料が記載され、当該技術分野で公知の他の適切な方法及び材料も使用することができる。材料、方法及び実施例は、単に例示的なものであり、限定することを意図していない。本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願、特許、配列、データベースエントリ、及び他の参考文献は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。矛盾がある場合は、本明細書(定義を含む)に準ずる。
本発明の他の特徴及び利点は、以下の特定の実施形態及び添付の図面、並びに特許請求の範囲から明らかになるであろう。
二重特異性抗体Fab-ScFV-IgGの概略構造である。 二重特異性抗体ScFV-HC-IgGの概略構造である。 Fab-ScFV-IgG4のゲル電気泳動結果を示す。Mはmarkerである。Fab-ScFV-IgG4はレーン2にある。 ScFV-HC-IgG4のゲル電気泳動結果を示す。Mはmarkerである。ScFV-HC-IgG4はレーン3にある。 抗PD1抗体1A7-H2K3-IgG4(PD-1)、Fab-ScFV-IgG4又はScFV-HC-IgG4による活性化後のJurkat-Luc-hPD-1細胞における発光レベルを示す。抗体はPD1/PD-L1経路を遮断し、それによってJurkat-Luc-hPD-1細胞を活性化する。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 CHO-K1-hPD1及び選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、抗PD-1抗体1A7-H2K3-IgG4と抗CD40抗体6A7-H4K2-IgG2の1:1比の組み合わせ(PD-1+CD40)、Fab-ScFV-IgG4及びScFV-HC-IgG4からなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、抗PD-1抗体1A7-H2K3-IgG4と抗CD40抗体6A7-H4K2-IgG2の1:1比の組み合わせ(PD-1+CD40)、Fab-ScFV-IgG4及びScFV-HC-IgG4からなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 CHO-K1-hFcγRIIB及び選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(CD40)、Fab-ScFV-IgG4及びScFV-HC-IgG4からなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(CD40)、ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAからなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 Jurkat-PD1細胞及び選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(CD40)、ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAからなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 CHO-K1-hFcγRIIB細胞及び選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(CD40)、ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAからなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 マウス結腸がん細胞MC38を注射し、且つ二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4又はScFV-HC-IgG1-LALAで処理したB-hCD40マウスの体重の経時変化を示す図である。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 マウス結腸がん細胞MC38を注射し、且つ二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4又はScFV-HC-IgG1-LALAで処理したB-hCD40マウスの体重変化率の経時変化を示す図である。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 マウス結腸がん細胞MC38を注射し、且つ二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4又はScFV-HC-IgG1-LALAで処理した異なる群のB-hCD40マウスの平均腫瘍体積を示す図である。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 B16F10-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの体重の経時変化を示す図である。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 B16F10-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの体重変化率の経時変化を示す図である。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 B16F10-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理した異なる群のB-hPD-1/hCD40マウスの平均腫瘍体積を示す図である。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 MC38-hPD-L1細胞で注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理した異なる群のB-hPD-1/hCD40マウスの群分け後の25日目の平均腫瘍体積を示す。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの体重の経時変化を示す図である。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの体重変化率の経時変化を示す図である。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理した異なる群のB-hPD-1/hCD40マウスの平均腫瘍体積を示す図である。生理食塩水(PS)溶液を対照として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理した異なる群のB-hPD-1/hCD40マウスの群分け後の7日目のマウス血液ALTレベルを示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理した異なる群のB-hPD-1/hCD40マウスの群分け後の13日目のマウス血液ALTレベルを示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理した異なる群のB-hPD-1/hCD40マウスの群分け後の7日目のマウス血液ASTレベルを示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理した異なる群のB-hPD-1/hCD40マウスの群分け後の13日目のマウス血液ASTレベルを示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つPBSで処理したG1群のB-hPD-1/hCD40マウスにおけるマウス肝臓及び腎臓の代表的な組織学的切片画像を示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つセリクレルマブ(Selicrelumab)で処理したG2群のB-hPD-1/hCD40マウスにおけるマウス肝臓及び腎臓の代表的な組織学的切片画像を示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2で処理したG3群のB-hPD-1/hCD40マウスにおけるマウス肝臓及び腎臓の代表的な組織学的切片画像を示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4で処理したG4群のB-hPD-1/hCD40マウスにおけるマウス肝臓及び腎臓の代表的な組織学的切片画像を示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つScFV-HC-IgG4で処理したG5群のB-hPD-1/hCD40マウスにおけるマウス肝臓及び腎臓の代表的な組織学的切片画像を示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つ抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4と抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2との組み合わせ(Combo)で処理したG1群のB-hPD-1/hCD40マウスにおけるマウス肝臓及び腎臓の代表的な組織学的切片画像を示す。 二重特異性抗体PD1-C40-6A7-FV3Aの概略構造である。 PD1-C40-6A7-FV3Aのゲル電気泳動結果を示す。Mはmarkerである。PD1-C40-6A7-FV3Aはレーン4にある。 CHO-K1-hFcγRIIB細胞及び選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(CD40)、Fab-ScFv-IgG4及びPD1-C40-6A7-FV3Aからなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 CHO-K1-hPD-1細胞(CHO PD-1)及び選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、抗PD-1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4と抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2との組み合わせ(PD-1+CD40)、Fab-ScFv-IgG4及びPD1-C40-6A7-FV3Aからなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 Kabat番号付けによって定義される抗PD1抗体25-1A7、18-3F1及び3-6G1のCDR配列を示す。 Chothia番号付けによって定義される抗PD1抗体25-1A7、18-3F1及び3-6G1のCDR配列を示す。 ヒト、マウス及びキメラPD-1のアミノ酸配列を示す。 ヒト化及びマウス抗PD1抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を示す。 ヒト化及びマウス抗PD1抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を示す。 ヒト化及びマウス抗PD1抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を示す。 Kabat番号付けによって定義される抗CD40抗体03-7F10、06-6A7及び07-4H6のCDR配列を示す。 Chothia番号付けによって定義される抗CD40抗体03-7F10、06-6A7及び07-4H6のCDR配列を示す。 ヒト、マウス及びキメラCD40のアミノ酸配列を示す。 ヒト化及びマウス抗CD40抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を示す。 ヒト化及びマウス抗CD40抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を示す。 ヒト化及びマウス抗CD40抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を示す。 ヒト化及びマウス抗CD40抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を示す。 B16F10-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの体重の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照として注射する。 B16F10-hPD-L1細胞を注射し、且つ単一特異性又は二重特異性抗体で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの腫瘍体積の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照として注射する。 B16F10-hPD-L1細胞を注射し、且つ0.1mg/kg~30mg/kgの二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALAで処理したB-hPD-1/hCD40マウス(G2-G7)の群分け後の70日以内の腫瘍体積を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 B16F10-hPD-L1細胞を注射し、且つ0.1mg/kg~30mg/kgの二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G2-G7)で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの群分け後の70日以内の生存率を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 ヒストグラムのセットであり、MC38腫瘍モデルにおいて、CD45+白血球中のマウスCD3+T細胞のパーセント(I)、CD45+白血球中のマウスCD8+T細胞のパーセント(II)、及びT細胞におけるCD8+T細胞とTreg細胞との比率(III)を示す。 ヒストグラムのセットであり、MC38腫瘍モデルにおいて、CD8+T細胞中のヒトPD-1(CD279)陽性細胞のパーセント(I)、Treg細胞中のヒトPD-1陽性細胞のパーセント(II)、CD4+(非Treg)T細胞中のヒトPD-1陽性細胞のパーセント(III)、及びNK細胞中のヒトPD-1陽性細胞のパーセント(IV)を示す。 ヒストグラムのセットであり、MC38腫瘍モデルにおいて、マウスCD45+白血球中の樹状細胞(DC)のパーセント(I)、マウスCD45+白血球中の骨髄由来免疫抑制細胞(MDSC)のパーセント(II)、DC細胞中のCD80+細胞のパーセント(III)、及びDC細胞中のMHCII+細胞のパーセント(IV)を示す。 ヒストグラムのセットであり、B16F10腫瘍モデルにおいて、CD45+白血球中のマウスCD3+T細胞のパーセント(I)、CD45+白血球中のマウスCD8+T細胞のパーセント(II)、及びT細胞におけるCD8+T細胞とTreg細胞との比率(III)を示す。 ヒストグラムのセットであり、B16F10腫瘍モデルにおいて、CD8+T細胞中のヒトPD-1(CD279)陽性細胞のパーセント(I)、Treg細胞中のヒトPD-1陽性細胞のパーセント(II)、CD4+(非Treg)T細胞中のヒトPD-1陽性細胞のパーセント(III)、及びNK細胞中のヒトPD-1陽性細胞のパーセント(IV)を示す。 ヒストグラムのセットであり、B16F10腫瘍モデルにおいて、マウスCD45+白血球中の樹状細胞(DC)のパーセント(I)、マウスCD45+白血球中の骨髄由来免疫抑制細胞(MDSC)のパーセント(II)、DC細胞中CD80+細胞のパーセント(III)、DC細胞中CD86+細胞のパーセント(IV)、及びDC細胞中のMHCII+細胞のパーセント(V)を示す。 フローサイトメトリー分析の戦略を示す。 フローサイトメトリー分析の戦略を示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つモノクローナル抗体(G2-G4)、二重特異性抗体(G5及びG6)又は単一特異性抗体の組み合わせ(G7及びG8)で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの体重の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つモノクローナル抗体(G2-G4)、二重特異性抗体(G5及びG6)又は単一特異性抗体の組み合わせ(G7及びG8)で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの体重変化の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つモノクローナル抗体(G2-G4)、二重特異性抗体(G5及びG6)又は単一特異性抗体の組み合わせ(G7及びG8)で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの腫瘍体積の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 モノクローナル抗体(G2及びG3)、異なる構造を有する二重特異性抗体(G4-G7)又は二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G8)を注射したB-hPD-1/hCD40マウスの体重の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 モノクローナル抗体(G2及びG3)、異なる構造を有する二重特異性抗体(G4-G7)又は二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G8)を注射したB-hPD-1/hCD40マウスの体重変化の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 二重特異性抗体1A7-セリクレルマブ-DART-IgG4のDART-Fcの概略構造である。DARTとは、二重親和性再標的抗体を指す。 PBS(G1)、モノクローナル抗体(G2及びG3)、異なる構造を有する二重特異性抗体(G4-G7)又は二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G8)を注射した異なる群のB-hPD-1/hCD40マウスの群分け後の7日目のマウス血液ALTレベルを示す。 PBS(G1)、モノクローナル抗体(G2及びG3)、異なる構造を有する二重特異性抗体(G4-G7)又は二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G8)を注射した異なる群のB-hPD-1/hCD40マウスの群分け後の7日目のマウス血液ASTレベルを示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つモノクローナル抗体(G2及びG3)、単一特異性抗体の組み合わせ(G4)又は二重特異性抗体(G5-G6)で処理したか、又は対照(G1)としてPBS溶液を注射したB-hPD-1/hCD40マウスの体重の経時変化を示す図である。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つモノクローナル抗体(G2及びG3)、単一特異性抗体の組み合わせ(G4)又は二重特異性抗体(G5-G6)で処理したか、又は対照(G1)としてPBS溶液を注射したB-hPD-1/hCD40マウスの体重変化の経時変化を示す図である。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つモノクローナル抗体(G2及びG3)、単一特異性抗体の組み合わせ(G4)又は二重特異性抗体(G5-G6)で処理したか、又は対照(G1)としてPBS溶液を注射したB-hPD-1/hCD40マウスの腫瘍体積の経時変化を示す図である。 Jurkat-PD1細胞及び選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、BsAbペムブロリズマブ-seli-HC-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FV3A-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FVHC-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FVKH-IgG4、1A7-セリクレルマブ-DART-IgG4、及び抗CD40モノクローナル抗体セリクレルマブ-IgG2からなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 Jurkat-PD1細胞及び選択された抗体が存在する場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、BsAbペムブロリズマブ-6A7-HC-IgG1-LALA、SdAb-6A7-FVHC-IgG1-LALA、ペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4、抗CD40モノクローナル抗体APX005M-IgG1-S267E及び6A7-H4K2-IgG2からなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 Jukat-luc-PD1細胞及び選択された抗体が存在しない場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、BsAbペムブロリズマブ-seli-HC-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FV3A-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FVHC-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FVKH-IgG4、1A7-セリクレルマブ-DART-IgG4、及び抗CD40モノクローナル抗体セリクレルマブ-IgG2からなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 Jukat-luc-PD1細胞及び選択された抗体が存在しない場合、Jurkat-Luc-hCD40細胞における発光レベルを示す。抗体は、BsAbペムブロリズマブ-6A7-HC-IgG1-LALA、SdAb-6A7-FVHC-IgG1-LALA、ペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4、抗CD40モノクローナル抗体APX005M-IgG1-S267E及び6A7-H4K2-IgG2からなる群より選ばれる。発光信号は相対光単位(Rlu)として表される。 PD1/CD40二重特異性抗体によって誘導されるCD40シグナル伝達経路活性化の仮想機序を示す。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つモノクローナル抗体(G2、G3及びG4)、二重特異性抗体(G5-G7)又は単一特異性抗体の組み合わせ(G8及びG9)で処理したB-hPD-1/hCD40マウスの体重の経時変化を示す図である。PS溶液を対照(G1)として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つモノクローナル抗体(G2、G3及びG4)、二重特異性抗体(G5-G7)又は単一特異性抗体の組み合わせ(G8及びG9)で処理したB-hPD-1/hCD40マウス体重変化の経時変化を示す図である。PS溶液を対照(G1)として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つモノクローナル抗体(G2、G3及びG4)、二重特異性抗体(G5-G7)又は単一特異性抗体(G8及びG9)の組み合わせで処理したB-hPD-1/hPD-L1/hCD40マウスの腫瘍体積の経時変化を示す図である。PS溶液を対照(G1)として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つScFV-HC-IgG1-LALA(G2及びG5)、アテゾリズマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G3及びG6)又はアベルマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G4及びG7)で処理したB-hPD-1/hPD-L1/hCD40マウスの体重の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つScFV-HC-IgG1-LALA(G2及びG5)、アテゾリズマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G3及びG6)又はアベルマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G4及びG7)で処理したB-hPD-1/hPD-L1/hCD40マウス体重変化の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 MC38-hPD-L1細胞を注射し、且つScFV-HC-IgG1-LALA(G2及びG5)、アテゾリズマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G3及びG6)又はアベルマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G4及びG7)で処理したB-hPD-1/hPD-L1/hCD40マウスの腫瘍体積の経時変化を示す図である。PBS溶液を対照(G1)として注射する。 本開示に記載の配列を示す。 本開示に記載の配列を示す。 本開示に記載の配列を示す。 本開示に記載の配列を示す。 本開示に記載の配列を示す。
二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、2つの異なるエピトープに(例えば、2つの異なる抗原で)同時に結合することができる人工タンパク質である。
幾つかの実施形態において、二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、免疫グロブリン(例えば、IgG)を修飾することによって構築することができる。例えば、抗PD-1 IgGのFab領域は、CD40を標的とするscFvドメインで置換されてもよい。或いは、CD40を標的とするscFvドメインは、抗PD-1 IgG重鎖のC末端に連結されることができる。
幾つかの実施形態において、二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、2本のアーム(アームA及びB)を有することができる。各アームは、1つの重鎖可変領域と1つの軽鎖可変領域とを有し、抗原結合ドメイン(又は抗原結合部位)を形成する。
二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、IgG様及び非IgG様であってもよい。IgG様二重特異性抗体は、2本のFabアーム及び1つのFc領域を有してもよく、且つこの2本のFabアームは、異なる抗原に結合する。非IgG様二重特異性抗体又は抗原結合断片は、例えば化学的に連結されたFab(例えば、2つのFab領域が化学的に連結されている)及び一本鎖可変断片(scFv)であってもよい。例えば、scFvは、2つの重鎖可変領域と2つの軽鎖可変領域とを有することができる。幾つかの実施形態において、1本のアームは、scFvポリペプチドである。幾つかの実施形態において、2本のアームは、何れもscFvポリペプチドである。
抗PD-1/CD40抗原結合タンパク質構築物
免疫系は、体内の正常細胞と「外来」と考えられる細胞とを区別することができ、これにより、正常細胞に影響を及ぼすことなく、免疫系が外来細胞を攻撃することが可能になる。この機序は、免疫チェックポイントと呼ばれるタンパク質に関与することがある。免疫チェックポイントは、免疫系内のシグナルをオンにする分子(共刺激分子)又はオフにする分子である。
チェックポイント阻害剤は、免疫系が正常組織を攻撃するのを防止し、それによって自己免疫疾患を予防することができる。多くの腫瘍細胞もチェックポイント阻害剤を発現する。これらの腫瘍細胞は、特定の免疫チェックポイント経路(特に腫瘍抗原に特異的なT細胞において)を「取り込む」(co-opt)ことで免疫モニタリングを回避する(Creelan,Benjamin C.「Update on immune checkpoint inhibitors in lung cancer」,Cancer Control 21.1(2014年):80~89ページ)。多くの免疫チェックポイントはリガンド-受容体相互作用によって開始されるため、それらはリガンド及び/又はその受容体に対する抗体によって容易に遮断される。
本開示は、本明細書に記載される様々な形態を有する抗PD1/CD40抗原結合タンパク質構築物を提供する。理論に縛られることを望むものではないが、PD-1発現細胞の存在下で、PD1/CD40二重特異性抗体は、CD40シグナル伝達経路を効果的に活性化することができ、その機序は、CD40がPD-1発現細胞とCD40発現細胞の接触面に凝集することであり得ると想定される。二重特異性抗体は、接触表面におけるCD40及びPD1分子の富化を促進することができる。この富化は、CD40凝集を更に増加させ、それによってCD40経路を活性化する。
PD-1
PD-1(プログラム死-1)は、免疫チェックポイントがリンパ節における抗原特異的T細胞のアポトーシス(プログラム細胞死)を促進しながら制御性T細胞(抗炎症性、抑制性T細胞)のアポトーシスを減少させるという二重の機序で自己免疫を防御する。
PD-1は、主にT細胞及び初期B細胞表面に発現し、PD-1の2種類のリガンド(PD-L1及びPD-L2)は、抗原提示細胞(APC)において広く発現されている。PD-1とそのリガンドとの相互作用は、免疫応答の負の調節において重要な役割を果たす。PD-1とそのリガンドとの結合を抑制することは、腫瘍細胞を免疫系の殺傷作用に曝すことができ、それによって腫瘍組織を殺傷し、がんを治療するという効果を達成することができる。
PD-L1は、多くの異なるがんの腫瘍細胞上に発現される。T細胞上のPD-1に結合することでその抑制をもたらし、PD-L1発現は、腫瘍細胞が免疫攻撃から逃れる主な機序である。概念的には、PD-L1の過剰発現は、2つの機序、即ち、先天性機序及び適応機序によって引き起こされることがある。がん細胞上のPD-L1の内在的発現は、これらの腫瘍細胞における細胞/遺伝子異常と関連する。AKT及びSTAT経路を含む細胞シグナル伝達の活性化は、PD-L1発現の増加をもたらす。原発性縦隔B細胞リンパ腫において、MHCクラスIIトランス活性化因子(CIITA)は、PD-L1又はPD-L2と遺伝子的に融合し、これらのタンパク質の過剰発現をもたらす。PD-L1及びPD-L2が位置する染色体9p23-24の増幅は、古典的ホジキンリンパ腫におけるこれらの2種類のタンパク質の発現の増加をもたらす。適応機序は、腫瘍微小環境におけるPD-L1発現の誘導に関連する。PD-L1は、インターフェロンγに応答して腫瘍細胞上で誘導され得る。マイクロサテライト不安定性結腸がんでは、PD-L1は主に腫瘍内の骨髄系細胞上で発現し、更に細胞傷害性T細胞の機能を抑制する。
抗腫瘍免疫を増強するためのPD-1ブロックの使用は、PD-1相互作用の抑制がT細胞枯渇を逆転させた慢性感染モデルでの所見に由来する。同様に、PD-1を遮断するとT細胞PD-1/腫瘍細胞PD-L1又はT細胞PD-1/腫瘍細胞PD-L2の相互作用を抑制し、それによってT細胞媒介性抗腫瘍免疫を回復させる。
PD-1の詳細な説明、及び抗PD-1抗体のがん治療への応用はTopalian, Suzanne L.ら,「Safety, activity, and immune correlates of anti?PD-1 antibody in cancer」,New England Journal of Medicine 366.26(2012年):2443-2454ページ;Hirano, Fumiyaら,「Blockade of B7-H1 and PD-1 by monoclonal antibodies potentiates cancer therapeutic immunity」,Cancer research 65.3(2005年):1089-1096ページ;Raedler, Lisa A.「Keytruda (pembrolizumab): first PD-1 inhibitor approved for previously treated unresectable or metastatic melanoma」,American health & drug benefits 8.Spec Feature(2015年)96;Kwok, Gerryら,「Pembrolizumab (Keytruda)」,(2016年):2777-2789ページ;US 20170247454;US 9,834,606 B;及びUS 8,728,474に記載されており、これらの文献の各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
CD40
CD40(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー5又はTNFRSF5とも呼ばれる)は、樹状細胞(DC)、マクロファージ、B細胞及び単球などの抗原提示細胞(APC)及び多くの非免疫細胞及び広範な腫瘍上に発現する腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバーである。活性化されたTヘルパー細胞上でのその三量体リガンドCD154(CD40リガンド又はCD40Lとも呼ばれる)との相互作用は、APC活性化をもたらし、それによって適応免疫を誘導する。
生理学的に、CD40を介したAPC上でのシグナル伝達は、T細胞ヘルパーの主要な構成要素を代表すると考えられており、ヘルパーT細胞がAPCを承認(license)する能力を大きく媒介している。例えば、CD40のDCへの連結は、共刺激分子及びMHC分子の表面発現の増加、炎症誘発性サイトカインの産生及びT細胞誘発の増強を誘導する。休止B細胞上のCD40の連結は、抗原提示機能及び増殖を増加させる。
前臨床モデルでは、ラット抗マウスCD40 mAbは、CD40+B細胞リンパ腫の治療において顕著な治療活性を示し(80%~100%のマウスが治癒し、CD8 T細胞依存的に免疫再攻撃される)、且つ様々なCD40陰性腫瘍に対しても有効である。これらのmAbは、終末期に近い疾患に罹患しているマウスの大きな腫瘍を除去することができる。CD40 mAbは、臨床試験で研究されており、黒色腫、膵臓がん、中皮腫、血液悪性腫瘍、特に非ホジキンリンパ腫、リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、及び進行性固形腫瘍の治療に用いられている。
治療的抗CD40抗体は、強力なアゴニストからアンタゴニストまでの様々な活性を示す。現在のところ、この異質性については満足のいく説明がなされていない。アゴニストCD40 mAbの主な機構は、宿主APCを活性化し、患者に臨床的に有意な抗腫瘍T細胞応答を誘導することである。これらの応答には、T細胞に依存しないがマクロファージに依存する腫瘍消退誘発が含まれる。CD40活性化マクロファージは、少なくとも膵臓がんでは腫瘍間質の枯渇を促進し、それによって体内腫瘍崩壊を誘導する可能性もある、殺腫瘍細胞となり得る。重要なことに、これらの機序は、腫瘍がCD40を発現することを必要としないため、多くの臨床試験において多くの腫瘍患者を組み入れるという理由がある。これらの戦略の目的がDC、マクロファージ、又はその両方を活性化することである場合、CD40 mAbの目的は、必ずしも、例えば補体媒介性細胞傷害(CDC)又は抗体依存性細胞傷害(ADCC)によってそれらが結合した細胞を死滅させることであるとは限らない。従って、設計により、強いアゴニスト抗体は、CDC又はADCCを媒介しない。
対照的に、他のヒトCD40 mAbは、ほぼ全てのB細胞悪性腫瘍、一部の黒色腫及び一部のがんなどのCD40+腫瘍に対してCDC及びADCCを媒介することができる。最後に、CD40が腫瘍細胞に結合してアポトーシスを促進することを示す幾つかの証拠があり、これは免疫エフェクター経路を一切伴わずに行うことができる。これは、CD40+B細胞悪性腫瘍、並びにCD40+がん及び黒色腫などの特定の固形腫瘍に適用できることが証明されている。
CD40及びその機能の詳細な説明は、例えば、Vonderheideら,「Agonistic CD40 antibodies and cancer therapy」,(2013年):1035-1043ページ;Beattyら,「CD40 agonists alter tumor stroma and show efficacy against pancreatic carcinoma in mice and humans」,Science 331.6024(2011年):1612-1616ページ;Vonderheideら,「Clinical activity and immune modulation in cancer patients treated with CP-870,893, a novel CD40 agonist monoclonal antibody」,Journal of Clinical Oncology 25.7(2007年):876~883ページを参照することができ、これらの文献の各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
幾つかの実施形態において、本開示は、2つの異なる抗原(例えば、PD-1及びCD40)に特異的に結合する抗原結合構築物(例えば、二重特異性抗体)を提供する。幾つかの実施形態において、抗原結合構築物(例えば、二重特異性抗体)は、PD-1発現細胞(例えば、T細胞)及びCD40発現細胞(例えば、APC細胞)を架橋し、それによって抗原提示、CD40連結及び/又はT細胞活性化を促進することができる。幾つかの実施形態において、抗原結合構築物は、PD-1/PD-L1経路を遮断し、それによって免疫応答を活性化することができる。幾つかの実施形態において、抗原結合構築物(例えば、二重特異性抗体)は、抗原提示細胞(APC)細胞(例えば、樹状細胞又はマクロファージ)におけるCD40経路を活性化し、抗腫瘍応答を誘導することができる。幾つかの実施形態において、抗原結合構築物(例えば、二重特異性抗体)によって誘導されるCD40活性化は、PD-1を発現する細胞の存在下でのみ(例えば、架橋効果によって)起こる。従って、抗原結合構築物(例えば、二重特異性抗体)は、全身免疫活性化を引き起こすことなく、局所腫瘍微小環境内で免疫応答を誘導することができ、これは、肝臓における毒性などの副作用を誘導することができる。更に、幾つかの実施形態において、抗原結合構築物(例えば、二重特異性抗体)は、Fc受容体(例えば、FCγRIIB)媒介性CD40凝集によってCD40経路を活性化することができない。幾つかの実施形態において、本明細書に記載される方法は、高FCγRIIB発現組織、例えば肝臓及び/又は腎臓における毒性を更に低減する。
更に、腫瘍の下流に隣接するリンパ節(腫瘍排出リンパ節(TDLN))は、上流の腫瘍の存在により極めて大きな変化を生じることができる。腫瘍排出リンパ節(TDLN)は、PD-L1+の従来の樹状細胞と密接に関連する腫瘍特異的PD-1+T細胞を富化する。TDLNを標的とするPD-1経路の遮断は、前駆細胞枯渇T細胞(progenitor-exhausted T cell)を腫瘍部位に接種することにより、強化された抗腫瘍T細胞免疫を誘導し、それによって腫瘍制御を改善することができる。TDLNでは、制御性T細胞(Treg)の数及び抑制活性も増加する。これらのTreg細胞の幾つかは、特異的な腫瘍由来抗原に対して新規に生成することができる。場合によっては、TDLN新規抗原の提示は、防御免疫応答を誘発できないだけでなく、全身寛容を能動的に生じさせる可能性もある。従って、一態様において、抗原結合構築物(例えば、二重特異性抗体)は、腫瘍排出リンパ節における免疫応答を誘導し、腫瘍排出リンパ節におけるTreg細胞活性を抑制し、腫瘍抗原に対する全身耐性を抑制することもできる。
幾つかの実施形態において、本開示は、抗CD40モノクローナル抗体(例えば、セリクレルマブ)の毒性を低減する方法を提供する。当該方法は、抗CD40モノクローナル抗体の抗原結合断片を含む多重特異性(例えば、二重特異性)抗体を製造することを含む。幾つかの実施形態において、多重特異性抗体は、PD-1に対する抗原結合断片を有する。幾つかの実施形態において、多重特異性(例えば、二重特異性)抗体は、本明細書に記載される構造を有する。幾つかの実施形態において、血液生化学的試験(例えば、ALT及び/又はASTレベルを測定することによって)又は肝臓の病理組織学的検査によって評価される。幾つかの実施形態において、非修飾抗CD40モノクローナル抗体の毒性と比較して、本明細書に記載される方法は、抗CD40モノクローナル抗体の毒性を80%未満、70%未満、60%未満、50%未満、40%未満、30%未満、20%未満又は10%未満だけ低減することができる。
幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、IgG4のCH1、CH2及び/又はCH3ドメイン(例えば、CH2及びCH3ドメイン)を含む。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、ノブイントホール(KIH)突然変異を含む。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、第1のポリペプチド鎖にIgG4のCH1、CH2、CH3ドメインを含み、第2のポリペプチド鎖にIgG4のCH2、CH3ドメインを含む。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号149、150又は151と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、IgG1のCH1、CH2及び/又はCH3ドメイン(例えば、CH1、CH2及びCH3ドメイン)を含む。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、LALA突然変異を含む。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、第1のポリペプチド鎖にIgG1のCH1、CH2、CH3ドメインを含み、第2のポリペプチド鎖にIgG1のCH1、CH2、CH3ドメインを含む。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号147又は148と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、IgG(例えば、IgG1又はIgG4)重鎖定常ドメイン3(CH3)のC末端にリジン残基が欠失したアミノ酸配列を含む。幾つかの実施形態において、IgG CH3のC末端リジン残基を含む抗体又は抗原結合断片と比較して、IgG CH3ドメインのC末端リジン残基の欠失は、抗体又はその抗原結合断片の分解レベルを、例えば、少なくとも又は約10%、20%、30%、40%又は50%低下させる。
幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、軽鎖定常ドメイン(CL)を含む。幾つかの実施形態において、CLは、配列番号146と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一態様において、本開示は、二重特異性抗体又はその抗原結合断片を提供し、当該二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、以下を含む:
(a)好ましくはN末端からC末端まで、第1の重鎖可変領域(VH1)、重鎖定常領域1(CH1)、重鎖定常領域2(CH2)及び重鎖定常領域3(CH3)を含む重鎖ポリペプチド、
(b)好ましくはN末端からC末端まで、第1の軽鎖可変領域(VL1)及び軽鎖定常領域(CL)を含む軽鎖ポリペプチド、及び
(c)好ましくはN末端からC末端まで、scFvドメイン、重鎖定常領域2(CH2)及び重鎖定常領域3(CH3)を含む一本鎖可変断片ポリペプチド。
幾つかの実施形態において、scFvドメインは、N末端からC末端まで、第2の重鎖可変領域、リンカーペプチド配列、第2の軽鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態において、scFvドメインは、N末端からC末端まで、第2の軽鎖可変領域、リンカーペプチド配列、第2の重鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖可変領域と第1の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成する。幾つかの実施形態において、第2の重鎖可変領域と第2の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する。
幾つかの実施形態において、第2の重鎖可変領域、リンカーペプチド配列及び第2の軽鎖可変領域は、CD40に特異的に結合するscFvドメインを共に形成する。幾つかの実施形態において、リンカーペプチド配列は、配列番号152、153又は154と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、CH1、CH2、CH3及び/又はCLドメインは、ヒトIgG(例えば、IgG1又はIgG4)に由来する。幾つかの実施形態において、ヒトIgG(例えば、IgG1又はIgG4)は、KIH及び/又はLALA突然変異を含む。
幾つかの実施形態において、重鎖ポリペプチドの配列は、配列番号130に示される。幾つかの実施形態において、軽鎖ポリペプチドの配列は、配列番号131に示される。幾つかの実施形態において、一本鎖可変断片ポリペプチドの配列は、配列番号132又は133(例えば、配列番号132)に示される。幾つかの実施形態において、Fab-ScFV-IgG4のPD-1重鎖及び軽鎖の配列は、それぞれ配列番号130及び配列番号131に示され、且つFab-scFv-IgG4のCD40アームの配列は、配列番号132に示される。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、図1Aに示す概略構造を有する。幾つかの実施形態において、重鎖ポリペプチドの配列は、配列番号166と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する。幾つかの実施形態において、軽鎖ポリペプチドの配列は、配列番号167と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する。幾つかの実施形態において、一本鎖可変断片ペプチドの配列は、配列番号206と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する。幾つかの実施形態において、本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片のPD-1アームの重鎖配列及び軽鎖配列は、それぞれ配列番号166及び配列番号167に示され、且つ本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片のCD40アームの配列は、配列番号173に示される。
一態様において、本開示は、二重特異性抗体又はその抗原結合断片を提供し、当該二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、以下を含む:
(a)好ましくはN末端からC末端まで、第1の重鎖可変領域(VH1)、重鎖定常領域1(CH1)、重鎖定常領域2(CH2)、重鎖定常領域3(CH3)、第1のリンカーペプチド配列及びscFvドメインを含む第1の重鎖ポリペプチド、
(b)好ましくはN末端からC末端まで、第1の軽鎖可変領域(VL1)及び第1の軽鎖定常領域(CL)を含む第1の軽鎖ポリペプチド。
幾つかの実施形態において、scFvドメインは、N末端からC末端まで、第2の軽鎖可変領域(VL2)、第2のリンカーペプチド配列及び第2の重鎖可変領域(VH2)を含む。
幾つかの実施形態において、scFvドメインは、N末端からC末端まで、第2の重鎖可変領域(VH2)、第2のリンカーペプチド配列及び第2の軽鎖可変領域(VL2)を含む。
幾つかの実施形態において、第1の抗原結合部位は、免疫チェックポイント分子に特異的に結合する。幾つかの実施形態において、第1の抗原結合部位は、プログラム細胞死タンパク質1(PD-1)、細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA-4)、リンパ球活性化遺伝子3(LAG-3)、B及びTリンパ球関連タンパク質(BTLA)、プログラム細胞死1リガンド1(PD-L1)、CD27、CD28、CD47、CD137、CD154、Ig及びITIMドメインを有するT細胞免疫受容体(TIGIT)、グルココルチコイド誘導性TNFR関連タンパク質(GITR)、T細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン-3(TIM-3)又はTNF受容体スーパーファミリーメンバー4(TNFRSF4又はOX40)に特異的に結合する。幾つかの実施形態において、第1の抗原結合部位は、PD-1に特異的に結合する。
幾つかの実施形態において、第1の抗原結合部位は、がん特異的抗原又はがん関連抗原に特異的に結合する。本明細書で使用されるように、用語「がん特異的抗原」とは、がん細胞の表面に特異的に発現する抗原を指す。これらの抗原は、腫瘍細胞の確認に用いられることができる。正常細胞は、がん特異的抗原をほとんど発現しない。幾つかの例示的ながん特異的抗原は、例えば、CD20、PSA、PSCA、PD-L1、Her2、Her3、Her1、β-カテニン、CD19、CEACAM3、EGFR、c-Met、EPCAM、PSMA、CD40、MUC1及びIGF1Rなどを含む。PSAは主に前立腺がん細胞に発現し、Her2は主に乳がん細胞に発現する。本明細書で使用されるように、用語「がん関連抗原」とは、がん細胞上で比較的高いレベルで発現されるが、正常細胞上で比較的低いレベルでも発現され得る抗原を指す。CD55、CD59、CD46及び多くの接着分子(例えばN-カドヘリン、VE-カドヘリン、NCAM、Mel-CAM、ICAM、NrCAM、VCAM1、ALCAM、MCAMなど)は、がん関連抗原である。がん特異的抗原とがん関連抗原とは両方ともがん細胞表面に発現しているが、がん特異的抗原とがん関連抗原との間には、がん関連抗原は正常細胞にも発現しているが、がん細胞に発現しているレベルと比較して発現レベルが低いという違いがある。これに対し、がん特異的抗原は正常細胞にはほとんど発現しておらず、正常細胞に発現していてもその量は極めて低い。
幾つかの実施形態において、第2の重鎖可変領域と第2の軽鎖可変領域とは、互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する。幾つかの実施形態において、第2の抗原結合部位は、ScFv又はVHHを含むか、又はそれからなる。
幾つかの実施形態において、第2の抗原結合部位は、抗体(例えば、IgG)のFc領域に連結される。幾つかの実施形態において、第2の抗原結合部位は、Fc領域のC末端に連結される。幾つかの実施形態において、第2の抗原結合部位は、例えば3A部位において、Fc領域に挿入される。
3A部位とは、免疫グロブリンの機能又は融合ポリペプチドの生物活性を妨げることなく、非天然ペプチドを挿入することができるFc中の領域を指す。3A部位は、位置344から位置382(EU番号付け)までである。幾つかの実施形態において、非天然ポリペプチドは、融合部位における1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、31個、32個、33個、34個、35個、36個、37個、38個又は39個のアミノ酸を置換するか、又は当該融合部位における任意の2つのアミノ酸の間に挿入される。幾つかの実施形態において、融合部位は、位置351~362の領域(EU番号付け)に位置する。幾つかの実施形態において、非天然ポリペプチドは、融合部位における1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個又は全てのアミノ酸(例えば、351~362)を置換するか、又は当該融合部位における任意の2つのアミノ酸の間に挿入され、例えば、位置351~352、352~353、353~354、354~355、355~356、356~357、357~358、358~359、359~360、360~361又は361~362に挿入される。幾つかの実施形態において、2つの残基は、EU番号付けによる重鎖CH3ドメインの位置350、351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、361、362及び363のうちの任意の2つの位置から選ばれる。幾つかの実施形態において、非天然ポリペプチドは、融合部位においてアミノ酸358~362を置換する。
幾つかの実施形態において、抗CD40 scFvは、抗PD-1モノクローナル抗体の重鎖CH3ドメインのそれぞれに融合される。幾つかの実施形態において、本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、図18Aに示す概略構造を有する。幾つかの実施形態において、融合重鎖ポリペプチドは、配列番号161と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を有する。幾つかの実施形態において、軽鎖ポリペプチドは、配列番号141と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を有する。幾つかの実施形態において、融合重鎖ポリペプチドは、本明細書に記載される抗PD-1重鎖可変領域を含む。幾つかの実施形態において、軽鎖ポリペプチドは、本明細書に記載される抗PD-1軽鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態において、融合重鎖ポリペプチドは、配列番号168と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を有する。幾つかの実施形態において、軽鎖ポリペプチドは、配列番号169と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を有する。
幾つかの実施形態において、二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、第1の重鎖ポリペプチドと少なくとも90%、95%又は100%の同一性を有する第2の重鎖ポリペプチドと、第1の軽鎖ポリペプチドと少なくとも90%、95%又は100%の同一性を有する第2の軽鎖ポリペプチドと、を更に含む。
幾つかの実施形態において、第2の軽鎖可変領域、リンカーペプチド配列及び第2の重鎖可変領域は、CD40に特異的に結合するscFvドメインを共に形成する。幾つかの実施形態において、第1の接続ペプチド配列は、配列番号153又は154と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、第2のリンカーペプチド配列は、配列番号153又は154と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、CH1、CH2、CH3及び/又はCLドメインは、ヒトIgG(例えば、IgG1又はIgG4)に由来する。幾つかの実施形態において、ヒトIgG(例えば、IgG1又はIgG4)は、KIH及び/又はLALA突然変異を含む。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又はその抗原結合断片は、PD-1/PD-L1経路を遮断することができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、図1Bに示す概略構造を有する。幾つかの実施形態において、第1の重鎖ポリペプチドの配列は、配列番号134又は135に示される。幾つかの実施形態において、第1の軽鎖ポリペプチドの配列は、配列番号136に示される。幾つかの実施形態において、第1の重鎖ポリペプチドの配列は、配列番号137又は138に示される。幾つかの実施形態において、第1の軽鎖ポリペプチドの配列は、配列番号139に示される。幾つかの実施形態において、ScFv-HC-IgG4の修飾された重鎖の配列は、配列番号134に示され、ScFv-HC-IgG4の軽鎖の配列は、配列番号136に示される。幾つかの実施形態において、ScFv-HC-IgG1-LALAの修飾された重鎖の配列は、配列番号137に示され、ScFv-HC-IgG1-LALAの軽鎖の配列は、配列番号139に示される。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖ポリペプチドの配列は、配列番号162と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含み、且つ第1の軽鎖ポリペプチドの配列は、配列番号163と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、第1の重鎖ポリペプチドの配列は、配列番号164と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含み、且つ第1の軽鎖ポリペプチドの配列は、配列番号165と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、第1の重鎖ポリペプチドの配列は、配列番号175と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖ポリペプチドの配列は、配列番号176と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、第1の重鎖ポリペプチドの配列は、配列番号177と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖ポリペプチドの配列は、配列番号178と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、第1の重鎖ポリペプチドの配列は、配列番号172と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含み、第1の軽鎖ポリペプチドの配列は、配列番号174と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、本開示は、好ましくはN末端からC末端まで、PD-1に結合する単一可変ドメイン(VHH)、任意選択でCH1、CH2、CH3、リンカーペプチド配列、及びscFvドメインを含むポリペプチド鎖を含む二重特異性抗体又はその抗原結合断片を提供する。幾つかの実施形態において、VHHは、配列番号204と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態において、選択された抗PD-1抗体の可変領域(例えば、VH及び/又はVL)は、本明細書に記載される二重特異性抗体の対応する抗PD-1可変領域(例えば、VH及び/又はVL)をそれらの配列に従って置換するために用いられる。例えば、選択された抗PD-1抗体のVH配列は、配列番号179、181、183、185、187、189、207又は209から選ばれることができ、選択された抗PD-1抗体のVL配列は、配列番号180、182、184、186、188、190、208又は210から選ばれることができる。
幾つかの実施形態において、選択された抗PD-1抗体のVH及びVLは、両方とも本明細書に記載される二重特異性抗体の対応するVH及びVLをそれらの配列に従って置換するために用いられる。例えば、選択された抗PD-1抗体のVHは、配列番号179であり、選択された抗PD-1抗体のVLは、配列番号180であり、選択された抗PD-1抗体のVHは、配列番号181であり、選択された抗PD-1抗体のVLは、配列番号182であり、選択された抗PD-1抗体のVHは、配列番号183であり、選択された抗PD-1抗体のVLは、配列番号184であり、選択された抗PD-1抗体のVHは、配列番号185であり、選択された抗PD-1抗体のVLは、配列番号186であり、選択された抗PD-1抗体のVHは、配列番号187であり、選択された抗PD-1抗体のVLは、配列番号188であり、選択された抗PD-1抗体のVHは、配列番号189であり、選択された抗PD-1抗体のVLは、配列番号190であり、選択された抗PD-1抗体のVHは、配列番号207であり、選択された抗PD-1抗体のVLは、配列番号208であり、選択された抗PD-1抗体のVHは、配列番号209であり、選択された抗PD-1抗体のVLは、配列番号210である。
幾つかの実施形態において、選択された抗CD40抗体の可変領域(例えば、VH及び/又はVL)は、本明細書に記載される二重特異性抗体の対応する抗CD40可変領域(例えば、VH及び/又はVL)をそれらの配列に従って置換するために用いられる。例えば、選択された抗PD-1抗体のVH配列は、配列番号191、193、195、197又は199から選ばれることができ、選択された抗PD-1抗体のVL配列は、配列番号192、194、196、198又は200から選ばれることができる。
幾つかの実施形態において、選択された抗CD40抗体のVH及びVLは、両方とも本明細書に記載される二重特異性抗体の対応するVH及びVLをそれらの配列に従って置換するために用いられる。例えば、選択された抗CD40抗体のVHは、配列番号191であり、選択された抗CD40抗体のVLは、配列番号192であり、選択された抗CD40抗体のVHは、配列番号193であり、選択された抗CD40抗体のVLは、配列番号194であり、選択された抗CD40抗体のVHは、配列番号195であり、選択された抗CD40抗体のVLは、配列番号196であり、選択された抗CD40抗体のVHは、配列番号197であり、選択された抗CD40抗体のVLは、配列番号198であり、選択された抗CD40抗体のVHは、配列番号199であり、選択された抗CD40抗体のVLは、配列番号200である。
抗CD40抗体及び抗原結合断片
本開示は、CD40に特異的に結合する幾つかの抗体及び抗原結合断片を提供する。抗PD-1/CD40抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)又は様々な抗原結合タンパク質構築物は、これらの抗体に由来する抗原結合部位を含むことができる。
本明細書に記載される抗体及び抗原結合断片は、CD40に結合することができる。本開示は、例えばマウス抗CD40抗体03-7F10(「7F10」)、06-6A7(「6A7」)及び07-4H6(「4H6」)、キメラ抗体、及びそれらのヒト化抗体を提供する。
7F10及び7F10誘導抗体(例えば、ヒト化抗体)のCDR配列は、Kabat番号付けによって定義される重鎖可変ドメインのCDR(配列番号59~61)及び軽鎖可変ドメインのCDR(配列番号62~64)を含む。CDRは、Chothiaシステムによって定義することもできる。Chothia番号付けによれば、重鎖可変ドメインのCDR配列は、配列番号77~79に示され、且つ軽鎖可変ドメインのCDR配列は、配列番号80~82に示される。
同様に、6A7及び6A7誘導抗体のCDR配列は、Kabat番号付けによって定義される重鎖可変ドメインのCDR(配列番号65~67)及び軽鎖可変ドメインのCDR(配列番号68~70)を含む。Chothia番号付けによれば、重鎖可変ドメインのCDR配列は、配列番号83~85に示され、且つ軽鎖可変ドメインのCDRは、配列番号86~88に示される。
4H6及び4H6誘導抗体のCDR配列は、Kabat番号付けによって定義される重鎖可変ドメインのCDR(配列番号71~73)及び軽鎖可変ドメインのCDR(配列番号74~76)を含む。Chothia番号付けによれば、重鎖可変ドメインのCDR配列は、配列番号89~91に示され、且つ軽鎖可変ドメインのCDRは、配列番号92~94に示される。
ヒト化抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を更に提供する。マウス抗体のヒト化方法は異なるため(例えば、配列は異なるアミノ酸で置換されてもよい)、抗体の重鎖及び軽鎖は、1つより多くのバージョンのヒト化配列を有することができる。ヒト化7F10抗体の重鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号98~100に示される。ヒト化7F10抗体の軽鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号101~104に示される。これらの重鎖可変領域配列(配列番号98~100)の何れかは、これらの軽鎖可変領域配列(配列番号101~104)の何れかとペアリングすることができる。
同様に、ヒト化6A7抗体の重鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号105~108に示される。ヒト化6A7抗体の軽鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号109~111に示される。重鎖可変領域及び軽鎖可変領域はまた、安定性又は相互作用を高めるために修飾されてもよい。6A7-H4は、配列番号126を得るために更に修飾されることができる。6A7-K2は、配列番号127を得るために更に修飾されることができる。同様に、マウス6A7抗体の重鎖可変領域は、配列番号128を得るために更に修飾されることができる。マウス6A7抗体の軽鎖可変領域は、配列番号129を得るために更に修飾されることができる。これらの重鎖可変領域配列(配列番号105~108、126及び128)の何れかは、これらの軽鎖可変領域配列(配列番号109~111、127及び129)の何れかとペアリングすることができる。ヒト化4H6抗体の重鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号112~115に示される。ヒト化4H6抗体の軽鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号116~119に示される。これらの重鎖可変領域配列(配列番号112~115)の何れかは、これらの軽鎖可変領域配列(配列番号116~119)の何れかとペアリングすることができる。
図26に示すように、ヒト化パーセントは、国際免疫遺伝情報システム(IMGT)データベースにおいて、ヒト抗体配列と比較した重鎖又は軽鎖可変領域配列の同一性のパーセントを意味する。最適アライメント(top hit)とは、重鎖又は軽鎖可変領域配列が他の種よりも特定の種に近いことを意味する。例えば、ヒトとの最適アライメントとは、当該配列が他の種よりもヒトに近いことを意味する。ヒト及びカニクイザルとの最適アライメントとは、当該配列がヒト及びカニクイザル配列と同一の同一性パーセントを有し、これらの同一性パーセントが他の種の配列と比較して最も高いことを意味する。幾つかの実施形態において、ヒト化パーセントは、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%又は95%を超える。ヒト化パーセントをどのように決定し、最適アライメントをどのように決定するかに関する詳細な説明は、当該技術分野で公知であり、例えばJones, Tim D.ら,「The INNs and outs of antibody nonproprietary names」,MAbs.,第8巻第1期,Taylor & Francis,2016年に記載されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。高ヒト化パーセントは、一般に、ヒトにおいてより安全且つ効果的であること、ヒト対象に許容される可能性が高いこと、及び/又は副作用を有する可能性が低いことなど、多くの利点を有する。
更に、幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又はその抗原結合断片は、配列番号59~61、配列番号65~67、配列番号71~73、配列番号77~79、配列番号83~85及び配列番号89~91からなる群より選ばれる1つ、2つ又は3つの重鎖可変領域CDR、及び/又は配列番号62~64、配列番号68~70、配列番号74~76、配列番号80~82、配列番号86~88及び配列番号92~94からなる群より選ばれる1つ、2つ又は3つの軽鎖可変領域CDRを更に含むことができる。
幾つかの実施形態において、抗体は、相補性決定領域(CDR)1、2、3を含む重鎖可変領域(VH)を有することができ、ここで、CDR1領域は、選択されたVH CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、CDR2領域は、選択されたVH CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、CDR3領域は、選択されたVH CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、また、CDR1、2、3を含む軽鎖可変領域(VL)を有することができ、ここで、CDR1領域は、選択されたVL CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、CDR2領域は、選択されたVL CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、CDR3領域は、選択されたVL CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなる。選択されたVH CDR1、2、3アミノ酸配列及び選択されたVL CDR1、2、3アミノ酸配列は、図23(Kabat CDR)及び図24(Chothia CDR)に示される。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号59のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号60のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号61のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号65のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号66のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号67のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号71のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号72のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号73のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号77のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号78のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号79のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号83のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号84のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号85のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号89のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号90のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号91のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号62のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号63のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号64のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号68のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号69のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号70のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号74のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号75のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号76のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号80のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号81のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号82のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号86のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号87のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号88のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号92のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号93のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号94のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
挿入、欠失、及び置換は、CDR配列内にあってもよく、CDR配列の一方又は両方の末端にあってもよい。
本開示は、CD40に結合する抗体又はその抗原結合断片を更に提供する。当該抗体又はその抗原結合断片は、重鎖可変領域(VH)と軽鎖可変領域(VL)とを含有し、当該重鎖可変領域は、選択されたVH配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか又はそれらからなり、当該軽鎖可変領域は、選択されたVL配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか又はそれらからなる。幾つかの実施形態において、選択されたVH配列は、配列番号98、99、100又は120であり、選択されたVL配列は、配列番号101、102、103、104又は121である。幾つかの実施形態において、選択されたVH配列は、配列番号105、106、107、108、122、126又は128であり、選択されたVL配列は、配列番号109、110、111、123、127又は129である。幾つかの実施形態において、選択されたVH配列は、配列番号112、113、114、115又は124であり、選択されたVL配列は、配列番号116、117、118、119又は125である。
幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、本明細書に記載されるVH配列の何れかのCDRと同じ3つのVH CDRを有することができる。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、本明細書に記載されるVL配列の何れかのCDRと同じ3つのVL CDRを有することができる。
本開示は、免疫グロブリン重鎖又は免疫グロブリン軽鎖を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む核酸を更に提供する。免疫グロブリン重鎖又は免疫グロブリン軽鎖は、図23又は図24に示されるCDRを含むか、又は図26に示される配列を有する。ポリペプチドが対応するポリペプチド(例えば、対応する重鎖可変領域又は対応する軽鎖可変領域)とペアリングされる場合、ペアリングされたポリペプチドは、CD40(例えば、ヒトCD40)に結合する。
抗CD40抗体及び抗原結合断片はまた、抗体又は抗体断片及び多重特異性(例えば、二重特異性)抗体又は抗体断片の抗体変異体(誘導体及び複合体を含む)であってもよい。本明細書で提供される他の抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、多重特異性(多量体、例えば、二重特異性)抗体、ヒト抗体、キメラ抗体(例えば、ヒト-マウスキメラ)、一本鎖抗体、細胞内で製造された抗体(即ち、細胞内抗体)及びそれらの抗原結合断片である。抗体又はその抗原結合断片は、任意のタイプ(例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgA及びIgY)、クラス(例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びIgA2)又はサブクラスであってもよい。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、IgG抗体又はその抗原結合断片である。
抗体断片は、それらが全長抗体の所望の親和性及び特異性を保持する限り、提供された方法に適している。従って、CD40に結合する抗体断片は、CD40に結合する能力を保持する。Fv断片は、完全な抗原認識及び結合部位を含有する抗体断片である。当該領域は、緊密に結合した1つの重鎖可変ドメインと1つの軽鎖可変ドメインとの二量体からなり、それは例えばscFvなどの自然共有結合であってもよい。かかる配置において、各可変ドメインの3つのCDRの相互作用より、VH-VL二量体の表面上の抗原結合部位が限定される。6つのCDR又はそのサブセットは共に、抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一の可変ドメイン(又はある抗原に対して特異性を有する3つのCDRを含む半分のFv)であっても、抗原を認識し結合する能力を有するが、結合部位全体より親和性が低い。
幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、CD40(例えば、ヒトCD40)に結合する1つ又は複数(例えば1個、2個、3個又は4個)のscFvドメインを含む、二重特異性抗体である。
幾つかの実施形態において、抗CD40 scFvは、IgG(例えば、IgG4)Fc領域の重鎖定常ドメイン2(CH2)のN末端に連結される。幾つかの実施形態において、抗CD40 scFvは、IgG(例えば、IgG1又はIgG4)Fc領域のC末端に連結される。幾つかの実施形態において、抗CD40 scFvは、例えば3A部位において、IgG(例えば、IgG1又はIgG4)のFc領域に挿入される。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片の1本のポリペプチド鎖は、抗CD40 scFvに連結される。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片の2本のポリペプチド鎖は、抗CD40 scFvに連結される。
幾つかの実施形態において、抗CD40 scFvは、N末端からC末端まで、重鎖可変領域(VH)、リンカーペプチド及び軽鎖可変領域(VL)を含む。幾つかの実施形態において、抗CD40 scFvは、N末端からC末端まで、軽鎖可変領域(VL)、リンカーペプチド及び重鎖可変領域(VH)を含む。幾つかの実施形態において、VL-リンカーペプチド-VH構造は、抗体又はその抗原結合断片の発現を増加させる(例えば、少なくとも又は約10%、20%、30%、40%又は50%増加させる)。免疫グロブリン重鎖(VH)又は免疫グロブリン軽鎖(VL)は、図23又は図24に示されるCDRを含むか、又は図26に示される配列を有する。幾つかの実施形態において、リンカーペプチドは、配列番号152、153又は154と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、抗CD40 scFvは、配列番号155、156、157又は158と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む。
抗PD-1抗体及び抗原結合断片
本開示は、PD-1に特異的に結合する抗体及びその抗原結合断片を提供する。抗PD-1/CD40抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、これらの抗体に由来する抗原結合部位を含むことができる。
本明細書に記載される抗体及び抗原結合断片は、PD-1に結合することができる。本開示は、マウス抗PD-1抗体25-1A7(「1A7」)、18-3F1(「3F1」)及び3-6G1(「6G1」)及びそれらのヒト化抗体を提供する。
1A7及び1A7誘導抗体(例えば、ヒト化抗体)のCDR配列は、Kabat番号付けによって定義される重鎖可変ドメインのCDR(配列番号1~3)及び軽鎖可変ドメインのCDR(配列番号4~6)を含む。CDRは、Chothiaシステムによって定義することもできる。Chothia番号付けによれば、重鎖可変ドメインのCDR配列は、配列番号19~21に示され、軽鎖可変ドメインのCDR配列は、配列番号22~24に示される。
同様に、3F1及び3F1誘導抗体のCDR配列は、Kabat番号付けによって定義される重鎖可変ドメインのCDR(配列番号7~9)及び軽鎖可変ドメインのCDR(配列番号10~12)を含む。Chothia番号付けによれば、重鎖可変ドメインのCDR配列は、配列番号25~27に示され、軽鎖可変ドメインのCDRは、配列番号28~30に示される。
6G1及び6G1誘導抗体のCDR配列は、Kabat番号付けによって定義される重鎖可変ドメインのCDR(配列番号13~15)及び軽鎖可変ドメインのCDR(配列番号16~18)を含む。Chothia番号付けによれば、重鎖可変ドメインのCDR配列は、配列番号31~33に示され、軽鎖可変ドメインのCDRは、配列番号34~36に示される。
ヒト化抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域のアミノ酸配列を更に提供する。マウス抗体のヒト化方法は異なるため(例えば、配列は異なるアミノ酸で置換されてもよい)、抗体の重鎖及び軽鎖は、1つより多くのバージョンのヒト化配列を有することができる。図22は、これらのヒト化配列のヒト化パーセントを提供する。
ヒト化1A7抗体の重鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号40~42に示される。ヒト化1A7抗体の軽鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号43~45に示される。これらの重鎖可変領域配列(配列番号40~42)の何れかは、これらの軽鎖可変領域配列(配列番号43~45)の何れかとペアになってもよい。
同様に、ヒト化3F1抗体の重鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号46~49に示される。ヒト化3F1抗体の軽鎖可変領域のアミノ酸配列は、配列番号50~52に示される。これらの重鎖可変領域配列(配列番号46~49)の何れかは、これらの軽鎖可変領域配列(配列番号50~52)の何れかとペアになってもよい。
更に、幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又はその抗原結合断片は、配列番号1~3、配列番号7~9、配列番号13~15、配列番号19~21、配列番号25~27及び配列番号31~33からなる群より選ばれる1つ、2つ又は3つの重鎖可変領域CDR、及び/又は配列番号4~6、配列番号10~12、配列番号16~18、配列番号22~24、配列番号28~30及び配列番号34~36からなる群より選ばれる1つ、2つ又は3つの軽鎖可変領域CDRを更に含むことができる。
幾つかの実施形態において、抗体は、相補性決定領域(CDR)1、2、3を含む重鎖可変領域(VH)を有することができ、ここで、CDR1領域は、選択されたVH CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、CDR2領域は、選択されたVH CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、CDR3領域は、選択されたVH CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、また、CDR1、2、3を含む軽鎖可変領域(VL)を有することができ、ここで、CDR1領域は、選択されたVL CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、CDR2領域は、選択されたVL CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなり、CDR3領域は、選択されたVL CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれらからなる。選択されたVH CDR1、2、3アミノ酸配列及び選択されたVL CDR1、2、3アミノ酸配列は、図19(Kabat CDR)及び図20(Chothia CDR)に示される。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号1のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号2のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号3のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号7のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号8のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号9のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号13のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号14のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号15のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号19のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号20のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号21のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号25のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号26のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号27のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号31のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号32のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号33のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む重鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号4のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号5のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号6のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号10のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号11のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号12のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号16のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号17のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号18のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号22のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号23のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号24のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号28のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号29のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号30のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片は、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号34のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号35のCDR、0個、1個又は2個のアミノ酸挿入、欠失又は置換を有する配列番号36のCDR、のうちの1つ、2つ又は3つのCDRを含む軽鎖可変ドメインを含むことができる。
挿入、欠失、及び置換は、CDR配列内にあってもよく、CDR配列の一方又は両方の末端にあってもよい。
本開示は、PD-1に結合する抗体又はその抗原結合断片を更に提供する。当該抗体又はその抗原結合断片は、重鎖可変領域(VH)と軽鎖可変領域(VL)とを含有し、当該重鎖可変領域は、選択されたVH配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか又はそれらからなり、当該軽鎖可変領域は、選択されたVL配列と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか又はそれらからなる。幾つかの実施形態において、選択されたVH配列は、配列番号40、41、42又は53であり、選択されたVL配列は、配列番号43、44、45又は54である。幾つかの実施形態において、選択されたVH配列は、配列番号46、47、48、49又は55であり、選択されたVL配列は、配列番号50、51、52又は56である。幾つかの実施形態において、選択されたVH配列は、配列番号57であり、選択されたVL配列は、配列番号58である。
幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、本明細書に記載されるVH配列の何れかのCDRと同じ3つのVH CDRを有することができる。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、本明細書に記載されるVL配列の何れかのCDRと同じ3つのVL CDRを有することができる。
本開示は、免疫グロブリン重鎖又は免疫グロブリン重鎖を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む核酸を更に提供する。免疫グロブリン重鎖又は免疫グロブリン軽鎖は、図19又は図20に示されるCDRを含むか、又は図22に示される配列を有する。ポリペプチドが対応するポリペプチド(例えば、対応する重鎖可変領域又は対応する軽鎖可変領域)とペアリングされる場合、ペアリングされたポリペプチドはPD-1に結合する。
抗PD-1抗体及び抗原結合断片はまた、抗体又は抗体断片及び多重特異性(例えば、二重特異性)抗体又は抗体断片の抗体変異体(誘導体及び複合体を含む)であってもよい。本明細書で提供される他の抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、多重特異性(多量体、例えば、二重特異性)抗体、ヒト抗体、キメラ抗体(例えば、ヒト-マウスキメラ)、一本鎖抗体、細胞内で製造された抗体(即ち、細胞内抗体)及びそれらの抗原結合断片である。抗体又はその抗原結合断片は、任意のタイプ(例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgA及びIgY)、クラス(例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びIgA2)又はサブクラスであってもよい。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、IgG抗体又はその抗原結合断片である。
抗体断片は、それらが全長抗体の所望の親和性及び特異性を保持する限り、提供された方法に適している。従って、PD-1に結合する抗体断片は、PD-1に結合する能力を保持する。Fv断片は、完全な抗原認識及び結合部位を含有する抗体断片である。当該領域は、緊密に結合した1つの重鎖可変ドメインと1つの軽鎖可変ドメインとの二量体からなり、それは例えばscFvなどの自然共有結合であってもよい。かかる配置において、各可変ドメインの3つのCDRの相互作用より、VH-VL二量体の表面上の抗原結合部位が限定される。6つのCDR又はそのサブセットは共に、抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一の可変ドメイン(又はある抗原に対して特異性を有する3つのCDRを含む半分のFv)であっても、抗原を認識し結合する能力を有するが、結合部位全体より親和性が低い。
抗体の特徴
抗PD1、抗CD40又は抗PD-1/CD40抗原結合タンパク質構築物(例えば、抗体、二重特異性抗体又はその抗体断片)は、本明細書に記載される任意の抗PD-1抗体、抗CD40抗体又はその任意の抗原結合断片に由来する抗原結合部位を含むことができる。
本明細書に記載される抗体又はその抗原結合断片は、PD-1に結合し、且つPD-1とPD-L1との間の結合及び/又はPD-1とPD-L2との間の結合を遮断することができる。PD-1とPD-L1との間の結合及び/又はPD-1とPD-L2との間の結合を遮断することによって、抗PD-1/CD40抗体は、PD-1阻害経路(例えば、PD-1とPD-L1との相互作用を遮断することによって)を破壊し、免疫応答を上方制御する。
抗体の抗原に対する親和性は、例えばELISA、RIA及び表面プラズモン共鳴(SPR)を含む一般的な技術を用いて測定することができる。親和性は、動力学的速度定数の商(KD=koff/ka)から導き出すことができる。幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、0.1s-1未満、0.01s-1未満、0.001s-1未満、0.0001s-1未満又は0.00001s-1未満の解離速度(koff)でPD-1(例えば、ヒトPD-1、マウスPD-1及び/又はキメラPD-1)に結合することができる。幾つかの実施形態において、解離速度(koff)は、0.01s-1以上、0.001s-1以上、0.0001s-1以上又は0.00001s-1以上である。幾つかの実施形態において、解離速度(koff)は、1.4×10-3-1、1.3×10-3-1又は1.2×10-3-1未満である。
幾つかの実施形態において、動力学的結合速度(kon)は、1×10/Ms以上、1×10/Ms以上、1×10/Ms以上、1×10/Ms以上又は1×10/Ms以上である。幾つかの実施形態において、動力学的結合速度(ka)は、1×10/Ms未満、1×10/Ms未満又は1×10/Ms未満である。幾つかの実施形態において、動力学的結合速度(ka)は、1.0×10/Ms、1.2×10/Ms又は1.4×10/Ms以上である。
幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、1×10-6M未満、1×10-7M未満、1×10-8M未満、1×10-9M未満又は1×10-10M未満のKDでPD-1(例えば、ヒトPD-1、マウスPD-1及び/又はキメラPD-1)に結合することができる。幾つかの実施形態において、KDは、30nM、20nM、15nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM又は1nM未満である。幾つかの実施形態において、KDは、1×10-7M以上、1×10-8M以上、1×10-9M以上又は1×10-10M以上である。幾つかの実施形態において、抗体は、約10nM、9.5nM、9nM、8.5nM又は8nM以下のKDでヒトPD-1に結合する。
抗PD-1/CD40抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、本明細書に記載される任意の抗CD40抗体又はその抗原結合断片に由来する抗原結合部位を含むこともできる。幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗PD1/CD40抗体又はその抗原結合断片は、CD40とCD40Lとの間の結合を遮断することができる。幾つかの実施形態において、抗体はまた、CD40に結合することによって、CD40シグナル伝達経路を促進し、免疫応答を上方制御することができる。従って、幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体又はその抗原結合断片は、CD40アゴニストである。幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、CD40アンタゴニストである。
幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、0.1s-1未満、0.01s-1未満、0.001s-1未満、0.0001s-1未満又は0.00001s-1未満の解離速度(koff)でCD40(例えば、ヒトCD40、マウスCD40及び/又はキメラCD40)に結合することができる。幾つかの実施形態において、解離速度(koff)は、0.01s-1以上、0.001s-1以上、0.0001s-1以上又は0.00001s-1以上である。幾つかの実施形態において、解離速度(koff)は、5×10-4-1、4×10-4-1又は3×10-4-1未満である。
幾つかの実施形態において、動力学的結合速度(kon)は、1×102/Ms以上、1×103/Ms以上、1×104/Ms以上、1×105/Ms以上又は1×106/Ms以上である。幾つかの実施形態において、動力学的結合速度(ka)は、1×105/Ms未満、1×106/Ms未満又は1×107/Ms未満である。幾つかの実施形態において、動力学的結合速度(ka)は、1.0×105/Ms、1.5×105/Ms、2×105/Ms又は2.5×105/Ms以上である。
親和性は、動力学的速度定数の商(KD=koff/ka)から導き出すことができる。幾つかの実施形態において、KDは、1×10-6M未満、1×10-7M未満、1×10-8M未満、1×10-9M未満又は1×10-10M未満である。幾つかの実施形態において、KDは、30nM、20nM、15nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM又は1nM未満である。幾つかの実施形態において、KDは、1×10-7M以上、1×10-8M以上、1×10-9M以上、1×10-10M以上、1×10-11M以上又は1×10-12M以上である。幾つかの実施形態において、抗体は、約3.5nM、3nM、2.5nM、2nM又は1.5nM以下のKDでヒトCD40に結合する。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、PD-1モノクローナル抗体(例えば、1A7-H2K3-IgG4)のEC50値と比較して約50%、約80%、約100%、約2倍、約3倍、約4倍又は約5倍のEC50値(例えば、レポーター細胞活性化アッセイによって決定される)でPD-1/PD-L1経路を遮断することができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、約100μg/mL、50μg/mL、40μg/mL、30μg/mL、20μg/mL、10μg/mL、5μg/mL、4μg/mL、3μg/mL、2μg/mL又は1μg/mL又はそれら未満のEC50値(例えば、レポーター細胞活性化アッセイによって決定される)でPD-1/PD-L1経路を遮断することができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、約1μg/mL、0.5μg/mL、0.1μg/mL、0.05μg/mL、0.04μg/mL、0.03μg/mL又は0.02μg/mL又はそれら未満のEC50値(例えば、レポーター細胞活性化アッセイによって決定される)でT細胞(例えば、発現PD-1)及び抗原提示細胞(例えば、発現CD40)を架橋することができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、抗原提示細胞(例えば、APC細胞におけるCD40経路を活性化する)を活性化することができる。幾つかの実施形態において、PD-1発現細胞の非存在下でのAPC細胞活性化(例えば、トランス活性化)と比較して、PD-1発現細胞の存在は、APC細胞活性化を少なくとも又は約1倍、2倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍、200倍、500倍又はそれ以上増加させることができる。
幾つかの実施形態において、PD-1又はその標的を発現する細胞(例えば、T細胞、B細胞、NK細胞又は骨髄系細胞)及びAPC細胞は、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)の架橋によって、APC細胞上のCD40凝集を少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、2倍、3倍、5倍、10倍又は20倍刺激することができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、免疫応答、CD40又はCD40関連経路の活性、APC細胞(例えば、樹状細胞又はマクロファージ)の活性又は数量及び/又はT細胞(例えばCD8+及び/又はCD4+細胞)の活性又は数量を少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、2倍、3倍、5倍、10倍又は20倍増加させることができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、FCγRIIBによって約1μg/mL、0.5μg/mL、0.1μg/mL、0.05μg/mL、0.04μg/mL、0.03μg/mL又は0.02μg/mL又はそれら未満のEC50値(例えば、レポーター細胞活性化アッセイによって決定される)でAPC細胞(例えば、CD40発現)を活性化することができる。
幾つかの実施形態において、CD40モノクローナル抗体(例えば、6A7-H4K2-IgG2)と比較して、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、FCγRIIB受容体媒介性細胞(例えば、APC細胞)活性化を少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、2倍、3倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍又は500倍減少させることができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、CD40アゴニストである。幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、CD40を発現する標的細胞におけるCD40シグナル伝達を増加させることができる。
抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)の遮断効果又は細胞活性化は、EC50によって測定することができる。半数効果濃度(EC50)とは、ベースラインと最大値との間の半分の応答を誘導する薬物の濃度を指す。幾つかの実施形態において、EC50は、約50μg/mL、40μg/mL、30μg/mL、20μg/mL、10μg/mL、5μg/mL、1μg/mL、0.5μg/mL、0.2μg/mL、0.1μg/mL、0.05μg/mL、0.04μg/mL、0.03μg/mL、0.02μg/mL、0.01μg/mL、0.008μg/mL、0.006μg/mL、0.005μg/mL又は0.001μg/mL又はそれら未満である。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、腫瘍微小環境又は腫瘍排出リンパ節における免疫応答シグナルを少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、2倍、3倍、5倍、10倍又は20倍増幅することができる。幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、全体的な免疫活性化を少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、2倍、3倍、5倍、10倍又は20倍減少させることができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、同様の腫瘍抑制作用(例えば、TGI%で表される)を有することができ、その用量レベルは、約90%、80%、70%、60%、50%又はそれら未満又は同じ抗原を標的とするモノクローナル抗体(例えば、同じ重鎖可変領域及び/又は軽鎖可変領域を含むモノクローナル抗体)の用量レベル未満である。
幾つかの実施形態において、同様の用量レベルで投与された場合に、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、同じ抗原を標的とするモノクローナル抗体の腫瘍増殖阻害効果の少なくとも又は約1倍、2倍、3倍、5倍、10倍、20倍又は50倍高い腫瘍増殖阻害効果を有する。幾つかの実施形態において、PD-1発現細胞の非存在下での腫瘍増殖阻害作用と比較して、PD-1発現細胞の存在は、腫瘍増殖阻害作用を少なくとも又は約1倍、2倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍、200倍、500倍又はそれ以上増加させることができる。
幾つかの実施形態において、同様の用量レベルで投与された場合に、同じ抗原を標的とするモノクローナル抗体と比較して、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、少なくとも又は約10%、20%、30%、40%又は50%低下するインビボ毒性(例えば、血液AST、ALTレベル)を有する。
幾つかの実施形態において、同じ抗原を標的とするモノクローナル抗体を同様の用量レベルで投与した動物と比較して、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)を投与した動物(例えば、マウス)は、少なくとも10%、20%、30%、40%又は50%低下した炎症性レベル(例えば肝臓及び/又は腎臓の病変の程度)を有する。
幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、抗CD40抗体、抗PD-1抗体又は二重特異性抗体)は、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、110%、120%、130%、140%、150%、160%、170%、180%、190%又は200%以上の腫瘍増殖阻害率(TGI%)を有する。幾つかの実施形態において、抗体は、60%、70%、80%、90%、100%、110%、120%、130%、140%、150%、160%、170%、180%、190%又は200%未満の腫瘍増殖阻害率を有する。TGI%は、例えば治療開始後3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日、14日、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日又は30日、又は治療開始後1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月又は12ヶ月に決定することができる。本明細書に使用されるように、腫瘍増殖阻害率(TGI%又はTGITV%)は、以下の式を用いて計算される:
TGI(%)=[1-(Ti-T0)/(Vi-V0)]×100%
Tiは、i日目の治療群における平均腫瘍体積である。T0は、0日目の治療群における平均腫瘍体積である。Viは、i日目の対照群における平均腫瘍体積である。V0は、0日目の対照群における平均腫瘍体積である。
幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、機能的Fc領域を有する。幾つかの実施形態において、機能的Fc領域のエフェクター機能は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害(ADCC)である。幾つかの実施形態において、機能的Fc領域のエフェクター機能は、貪食作用である。幾つかの実施形態において、機能的Fc領域のエフェクター機能は、ADCC及び貪食作用である。幾つかの実施形態において、Fc領域は、ヒトIgG1、ヒトIgG2、ヒトIgG3又はヒトIgG4である。幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、機能的Fc領域を有しない。例えば、抗体又は抗原結合断片は、Fab、Fab’、F(ab’)2及びFv断片である。
抗体及び抗原結合断片
本開示は、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)を提供する。抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、抗CD40抗体又はその抗原結合断片、及び抗PD-1抗体又はその抗原結合断片を含むことができる。これらの抗原結合タンパク質構築物(例えば二重特異性抗体)、抗CD40抗体、抗PD-1抗体及びその抗原結合断片は、様々な形態を有することができる。
通常、抗体(免疫グロブリンとも呼ばれる)は、2種類のポリペプチド鎖、即ち軽鎖及び重鎖からなる。本開示の非限定的抗体は、2本の重鎖及び2本の軽鎖を含む完全な4つの免疫グロブリン鎖抗体であってもよい。抗体の重鎖は、任意のアイソタイプ(IgM、IgG、IgE、IgA又はIgDを含む)又はサブアイソタイプ(IgG1、IgG2、IgG2a、IgG2b、IgG3、IgG4、IgE1、IgE2などを含む)であってもよい。軽鎖は、κ軽鎖又はλ軽鎖であってもよい。抗体は、軽鎖の2つの同じコピー及び/又は重鎖の2つの同じコピーを含むことができる。それぞれ1つの可変ドメイン(又は可変領域、VH)及び複数の定常ドメイン(又は定常領域)を含む重鎖は、その定常領域内のジスルフィド結合によって互いに結合して抗体の「ステム」を形成する。それぞれ1つの可変ドメイン(又は可変領域VL)及び1つの定常ドメイン(又は定常領域)を含む軽鎖は、それぞれジスルフィド結合によって1本の重鎖に結合する。各軽鎖の可変領域は、それが結合している重鎖の可変領域に位置合わせされる。軽鎖及び重鎖の可変領域は何れも3つの超可変領域を含み、それらはより保存的なフレームワーク領域(FR)の間に挟まれている。
これらの超可変領域(相補性決定領域(CDR)と呼ばれる)は、抗体の主要抗原結合表面を含むループを形成する。4つのフレームワーク領域の大部分は、β-シートコンフォメーションを採用し、且つCDRは連結を形成し、場合によってはβ-シート構造の一部のループを形成する。各鎖中のCDRは、フレームワーク領域によって互いに緊密に保持され、且つ他の鎖からのCDRと共に抗原結合部位の形成を促進する。
抗体のアミノ酸配列を分析することによって当該抗体のCDR領域を同定する方法は周知であり、CDRの多くの定義が一般的に用いられている。Kabat定義は、配列変異性に基づいており、且つChothia定義は、構造ループ領域の位置に基づいている。これらの方法及び定義は、例えばMartin,「Protein sequence and structure analysis of antibody variable domains」、Antibody engineering、Springer Berlin Heidelberg、2001年、422~439ページ;Abhinandanら、「Analysis and improvements to Kabat and structurally correct numbering of antibody variable domains」、Molecular immunology 45.14(2008年):3832~3839ページ;Wu, T.T.及びKabat, E.A.(1970年)J. Exp.Med.第132巻:211~250ページ;Martinら、Methods Enzymol.第203巻:121~53ページ(1991年);Moreaら、Biophys Chem.第68巻(第1~3期):9~16ページ(1997年10月);Moreaら、J Mol Biol.,第275巻(第2期):269~294ページ(1998年1月);Chothiaら、Nature,第342巻(第6252期):877~883ページ(1989年12月);Ponomarenko及びBourne,BMC Structural Biology,第7巻:64ページ(2007年)に記載されており、これらの文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。本開示で特に明記されていない限り、本開示ではKabat番号がデフォルト番号として使用される。
CDRは、抗原のエピトープを認識するのに重要である。本明細書で使用されるように、「エピトープ」は、抗体の抗原結合ドメインによって特異的に結合され得る標的分子の最小部分である。エピトープの最小サイズは、約3個、4個、5個、6個又は7個のアミノ酸であり得るが、エピトープは抗原の2次構造及び3次構造に基づく抗原の3次元立体配置に依存し得るので、これらのアミノ酸は抗原の一次構造の連続的な線状配列に存在する必要はない。
幾つかの実施形態において、抗体は、完全な免疫グロブリン分子(例えば、IgG1、IgG2a、IgG2b、IgG3、IgM、IgD、IgE、IgA)である。IgGサブクラス(IgG1、IgG2、IgG3及びIgG4)は高度に保存的であり、それらの定常領域は異なり、特にそれらのヒンジ及び上部CH2ドメインは異なる。IgGサブクラスの配列及び相異は、当該技術分野で公知であり、例えばVidarssonら、「IgG subclasses and allotypes:from structure to effector functions」、Frontiers in immunology 5(2014年);Iraniら、「Molecular properties of human IgG subclasses and their implications for designing therapeutic monoclonal antibodies against infectious diseases」、Molecular immunology 67.2(2015年):171~182ページ;Shakib, Farouk編著、「The human IgG subclasses:molecular analysis of structure, function and regulation」、Elsevier、2016年に記載されており、これらの文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
抗体は更に、任意の種(例えばヒト、げっ歯類動物、マウス、ラット、ラクダ科動物)由来の免疫グロブリン分子であってもよい。本明細書に開示される抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、単一特異性抗体、多重特異性抗体及び別のポリペプチドと融合した免疫グロブリン結合ドメインを含むキメラ抗体を更に含むが、これらに限定されない。用語「抗原結合ドメイン」又は「抗原結合断片」は、完全抗体の特異的結合活性を保持する抗体の一部であり、即ち、完全抗体の標的分子上のエピトープに特異的に結合できる抗体の任意の部分である。それは、例えばFab、Fab’、F(ab’)2及びこれらの断片の変異体を含む。従って、幾つかの実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、例えばscFv、Fv、Fd、dAb、二重特異性抗体、二重特異性scFv、二重抗体、線状抗体、一本鎖抗体分子、抗体断片から形成される多重特異性抗体及び抗体結合ドメイン又はそれと相同な結合ドメインとして含む任意のポリペプチドであり得る。抗原結合ドメインの非限定的な例は、例えば完全抗体の重鎖及び/又は軽鎖CDR、完全抗体の重鎖及び/又は軽鎖可変領域、完全抗体の全長重鎖又は軽鎖、又は完全抗体重鎖又は軽鎖由来の単一CDRを含む。
幾つかの実施形態において、scFvは、2つの重鎖可変ドメインと、2つの軽鎖可変ドメインと、を有する。幾つかの実施形態において、scFvは、2つの抗原結合部位(抗原結合部位:A及びB)を有し、且つ2つの抗原結合部位は、異なる親和性でそれぞれの標的抗原に結合することができる。
幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、2つの異なる抗原又は2つの異なるエピトープに結合することができる。
幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、図19、図20、図23及び図24から選ばれる重鎖可変領域CDRを1つ、2つ、又は3つ含むことができる。幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、図19、図20、図23及び図24から選ばれる軽鎖可変領域CDRを1つ、2つ、又は3つ含むことができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)は、治療剤に複合され得る。抗体又はその抗原結合断片を含む抗体薬物複合体は、治療剤に共有結合又は非共有結合され得る。幾つかの実施形態において、治療剤は、細胞毒性剤又は細胞増殖阻害剤(例えば、サイトカラシンB、グラミシジンD、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テニポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシ炭疽菌ジケトン、メルタンシン(DM-1及びDM-4など)、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンD、1-デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ピューロマイシン、エピルビシン及びシクロホスファミド及び類似体)である。
一本鎖Fv(scFv)又は抗体断片は、抗体のVH及びVLドメイン(又は領域)を含み、ここで、これらのドメインは、単一ポリペプチド鎖中に存在する。通常、Fvポリペプチドは、scFvが抗原結合のための所望の構造を形成するように、VHとVLドメインとの間のポリペプチドリンカーを更に含む。
Fab断片は、軽鎖の可変ドメイン及び定常ドメインと、重鎖の可変ドメイン及び第1の定常ドメイン(CH1)と、を含む。F(ab’)2抗体断片は、1対のFab断片を含み、これらの断片は、通常それらの間のヒンジシステインを介してそれらのカルボキシル基末端付近で共有結合される。抗体断片の他の化学的カップリングも当該技術分野で公知である。
二重抗体は、2つの抗原結合部位を有する小さな抗体断片であり、これらの断片は、同一ポリペプチド鎖においてVLに連結されたVH(VH及びVL)を含む。短すぎるために同じ鎖上の2つのドメインの間でペアリングすることができないリンカーを使用することによって、当該ドメインを別の鎖の相補ドメインとペアリングさせて2つの抗原結合部位を生成する。
線状抗体は、相補軽鎖ポリペプチドと共に1対の抗原結合部位を形成する、1対のタンデムFdセグメント(VH-CH1-VH-CH1)を含む。線状抗体は、二重特異的又は単一特異的であってもよい。
抗体の多量体化は、抗体の自然凝集によって又は当技術分野で公知の化学的又は組換え結合技術によって達成され得る。例えば、あるパーセントの精製された抗体製剤(例えば、精製されたIgG1分子)は、抗体ホモ二量体及び他の高次抗体多量体を含有するタンパク質凝集体を自発的に形成する。
幾つかの実施形態において、多重特異性抗体は、二重特異性抗体である。二重特異性抗体は、組換え細胞培養物から回収されるヘテロ二量体のパーセントを最大にするように、1対の抗体分子の間の界面をエンジニアリングすることによって製造できる。例えば、当該界面は、抗体定常ドメインのCH3ドメインの少なくとも一部を含むことができる。当該方法では、第1の抗体分子界面からの1本又は複数本の小さなアミノ酸側鎖がより大きな側鎖(例えば、チロシン又はトリプトファン)で置換される。大きなアミノ酸側鎖を小さなアミノ酸側鎖(例えば、アラニン又はトレオニン)で置換することにより、第2の抗体分子の界面に大きな側鎖のサイズと同じ又は類似の補償された「空洞」が形成される。これは、ヘテロ二量体の収率を他の不要な最終生成物(ホモ二量体など)よりも高くする機序を提供する。当該方法は、例えばWO 96/27011に記載されており、それは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
二重特異性抗体は、架橋又は「異種複合」抗体を含む。例えば、異種複合体における抗体の一方は、抗ビオチンタンパク質にカップリングすることができ、他方は、ビオチンにカップリングすることができる。また、任意の便利な架橋方法を使用して異種複合抗体を製造することができる。適切な架橋剤及び架橋技術は、当該技術分野において周知であり、米国特許第4,676,980号に開示されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
抗体断片から二重特異性抗体を産生する方法も当技術分野で公知である。例えば、二重特異性抗体は、化学的連結を使用して製造され得る。Brennanら(Science、第229巻:81ページ、1985年)は、完全抗体をタンパク質の加水分解切断によってF(ab’)2断片を生成する方法を記述している。これらの断片は、ジチオール錯化剤である亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元され、隣接するジチオールを安定化し、分子間ジスルフィド形成を防止する。次いで生成されたFab’断片をチオニトロ安息香酸エステル(TNB)誘導体に変換する。次いでメルカプトエチルアミンで還元することによって、Fab’ TNB誘導体の一方をFab’チオールに変換し、等モル量の別のFab’ TNB誘導体と混合することによって、二重特異性抗体を形成する。
本明細書に記載される抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)の何れかは、安定化分子(例えば、抗体又はその抗原結合断片の対象又は溶液における半減期を増加させる分子)に結合することができる。安定化分子の非限定的な例は、ポリマー(例えば、ポリエチレングリコール)又はタンパク質(例えばヒト血清アルブミンなどの血清アルブミン)を含む。安定化分子のコンジュゲーションは、インビトロ(例えば、組織培養物中又は医薬組成物の形態での保存中)又はインビボ(例えば、ヒト体内)での抗体又は抗原結合断片の半減期を増加させるか又はその生物活性を延長させることができる。
抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)も様々な形態を有することができる。多くの異なる形態の抗原結合構築物は、当該技術分野で公知であり、例えばSuursら、「A review of bispecific antibodies and antibody constructs in oncology and clinical challenges」、Pharmacology & therapeutics(2019年)に記載されており、これは全体が参照により本明細書に組み込まれる。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、BiTe、(scFv)2、ナノボディ-HSA、DART、TandAb、scDiabody、scDiabody-CH3、scFv-CH-CL-scFv、HSAbody、scDiabody-HAS又はタンデムscFvである。幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、VHH-scAb、VHH-Fab、二重scFab、F(ab’)2、二重抗体、crossMab、DAF(二重結合)、DAF(四重結合)、DutaMab、DT-IgG、ノブイントホール構造(knobs-in-holes)共通軽鎖、ノブイントホール構造コンポーネント、電荷対、Fabアーム交換、SEEDbody、LUZ-Y、Fcab、κλ-body、直交Fab、DVD-IgG、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Ig、Zybody、DVI-IgG、二重抗体-CH3、三重抗体(triple body)、ミニアンティバディ(miniantibody)、ミニ抗体(minibody)、TriBiミニ抗体(TriBi minibody)、scFv-CH3 KIH、Fab-scFv、F(ab’)2-scFv2、scFv-KIH、Fab-scFv-Fc、四価HCAb、sc二重抗体-Fc、二重抗体-Fc、タンデムscFv-Fc、細胞内抗体、ドックアンドロック(dock and lock)、lmmTAC、IgG-IgG複合体、Cov-X-Body又はscFv1-PEG-scFv2である。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、TrioMabであってもよい。TrioMabでは、2本の重鎖は、異なる種に由来し、ここで、異なる配列は、重鎖-軽鎖のペアリングを制限する。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、2本の異なる重鎖及び1本の共通軽鎖を有する。重鎖のヘテロ二量体化作用は、ノブイントホール構造又は幾つかの他の重鎖ペアリング技術に基づくことができる。
幾つかの実施形態において、CrossMAb技術を用いて二重特異性抗体を産生することができる。CrossMAb技術を用いて二重特異性ヘテロ二量体IgG抗体において正確な軽鎖結合を達成するために、当該技術は、様々な二重特異性抗体形態の産生を可能にし、ビス-(1+1)、トリス-(2+1)及びテトラ?-(2+2)価の二重特異性抗体、及び非Fcタンデム抗原結合断片(Fab)に基づく抗体を含む。これらの形態は、共通の軽鎖の同定、翻訳後の加工/インビトロ化学的組み立て、又は正しい軽鎖結合を達成する突然変異群の導入を必要とせずに、ドメイン交差を用いて任意の既存の抗体対から誘導することができる。当該方法は、Kleinら、「The use of CrossMAb technology for the generation of bi-and multispecific antibodies」、MAbs.、第8巻第6期、Taylor & Francis、2016年に記載されており、それは、その全体が参照により組み込まれる。幾つかの実施形態において、重鎖におけるCH1及び軽鎖におけるCLドメインは、交換される。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、2:1 CrossMabであってもよい。他のFab断片をCrossMabのVHドメインのN末端に追加する。CrossMabに追加されたFab断片は、二価結合を実現することで親和性を増加させる。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、2:2 CrossMabであってもよい。当該四価二重特異性抗体は、Fab断片をCrossMabの各C末端に融合させることにより産生される。これらのFab断片は、これらのCH1がこれらのCLと交換されるように交差され得る。VHはこれらのCLに融合し、且つVLはこれらのCH1に融合する。Fab断片におけるCrossMab技術は、特異的なペアリングを確保する。親和性は、二重二価結合によって高めることができる。
抗原結合タンパク質構築物は、Duobodyであってもよい。IgG4抗体に天然に存在するFab交換機序は、IgG1抗体における制御された物質と類似しており、この機序は、制御されたFab交換と呼ばれる。当該形態は、重-軽鎖の間の特異的なペアリングを確保することができる。
二重可変ドメイン抗体(DVD-Ig)では、二重特異性標的化のために、他のVH及び可変軽鎖(VL)ドメインを各N末端に追加する。この形態は、IgG-scFvと類似しているが、追加された結合ドメインは、scFvが各重鎖N末端に結合するのではなく、それぞれのN末端に単独で結合する。
scFv-IgGでは、2つのscFvは、重鎖のC末端に連結されている(CH3)。scFv-IgG形態は、2つの異なる二価結合部位を有し、従って四価とも呼ばれる。scFv-IgGは、重鎖と軽鎖のペアリング問題がない。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、IgG-IgG形態を有することができる。2つの完全IgG抗体は、重鎖に化学的に連結されたC末端を介して複合する。
抗原結合タンパク質構築物は、Fab-scFv-Fc形態を有してもよい。Fab-scFv-Fc形態では、軽鎖と、重鎖と、Fc領域及びscFvとを含む第3の鎖を組み立てる。それは効率的な製造及び精製を確保することができる。
幾つかの実施形態において、抗原結合タンパク質構築物は、TFであってもよい。3つのFab断片は、ジスルフィド架橋を介して連結される。TF形態は、Fc領域を有しない。
ADAPTIRは、Fc領域の両側に結合された2つのscFvを有する。これは完全IgGをその構築物の基礎として放棄するが、半減期を延長し、精製を促進するためにFc領域を保持する。
二重特異性T細胞誘導抗体(「BiTE」)は、1本のペプチド鎖上の2つのscFv、VLA VHA及びVHB VLBからなる。これは、結合ドメインのみを有し、Fc領域を有しない。
BiTE-Fcでは、Fc領域は、BiTE構築物に融合される。Fc領域の添加は、半減期を増加させ、それにより有効濃度を延長し、連続静脈内投与(IV)を回避する。
二重親和性再標的化(DART)抗体は、反対の断片、即ちVLAとVHB、及びVLBとVHAを連結する2本のペプチド鎖を有し、それらのC末端にそれらを融合する硫黄結合を有する。DARTでは、硫黄結合は、BiTEと比較して安定性を改善することができる。
DART-Fcでは、Fc領域は、DART構造に連結される。これは、3本の鎖を組み立てることによって産生され、ここで、2本の鎖は、DARTなどのジスルフィド結合によって連結される。1本の鎖は、Fc領域の半分を含み、当該領域は、第3の鎖と二量体化し、Fc領域のみを発現する。Fc領域の添加は、半減期を増加させ、それにより有効濃度を延長し、連続静脈内投与(IV)を回避する。
四価DARTでは、4本のペプチド鎖を組み立てる。基本的には、2つのDART分子を生成し、それは、Fc領域の半分を有し、二量体化する。当該形態は、2つの標的の両方に二価結合し、従って四価分子である。
タンデム二重抗体(TandAb)は、2つの二重抗体を含む。各二重抗体は、VHA及びVLB断片からなり、且つVHA及びVLB断片は、共有結合している。これらの2つの二重抗体は、ペプチド鎖に連結されている。2つのscFvからなる二重抗体に比べて、その安定性が向上する。それは、2つの二価結合部位を有する。
ScFv-scFv-毒素には、毒素及び安定なリンカーを有する2つのscFvが含まれる。それは、ペイロードを特異的に送達するために用いられることができる。
モジュールscFv-scFv-scFvでは、TAAに対する1つのscFvは、短い認識可能なペプチドでタグ付けされ、2つのscFvからなるbsAbに組み立てられ、ここで、1つのscFvがCD3に対するものであり、1つのscFvが当該認識可能なペプチドに対するものである。
ImmTACでは、安定で可溶性のT細胞受容体は、CD3を認識するscFvに融合する。TCRを用いることにより、ImmTACは、標的化加工されたタンパク質、例えば細胞内タンパク質に適する。
三重特異性ナノボディは、2つの単一可変ドメイン(ナノボディ)と、半減期を延長するための他のモジュールと、を有する。追加のモジュールを追加して半減期を増加させる。
三重特異性キラー細胞エンゲージャー(TriKE)では、2つのscFvは、ヒトIL-15を組み込んだポリペプチドリンカーを介して連結されている。IL-15に連結するリンカーを追加してNKの生存及び増殖を増加させる。
一態様において、本開示は、二重特異性抗体又はその抗原結合断片を提供し、当該二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、以下を含む:
(a)重鎖ポリペプチド:当該重鎖ポリペプチドは、好ましくはN末端からC末端まで、第1の軽鎖可変領域(VL1)、第1の接続ペプチド配列、第2の重鎖可変領域(VH2)、任意選択的な重鎖定常領域1(CH1)、重鎖定常領域2(CH2)及び重鎖定常領域3(CH3)を含み、及び
(b)軽鎖ポリペプチド、当該軽鎖ポリペプチドは、好ましくはN末端からC末端まで、第2の軽鎖可変領域(VL2)、第2のリンカーペプチド配列、第1の重鎖可変領域(VH1)、第1の軽鎖可変領域(VL1)及び任意選択的な軽鎖定常領域(CL)を含む。
幾つかの実施形態において、VH1とVL1とは互いに相互作用し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成する。幾つかの実施形態において、VH2とVL2とは互いに相互作用し、CD40に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成する。
幾つかの実施形態において、VH1とVL1とは互いに相互作用し、CD40に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成する。幾つかの実施形態において、VH2とVL2とは互いに相互作用し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成する。
幾つかの実施形態において、第1の及び/又は第2のリンカーペプチドは、配列番号205と少なくとも80%、85%、90%、95%又は100%の同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態において、CH1、CH2、CH3及び/又はCLドメインは、ヒトIgG(例えば、IgG1又はIgG4)に由来する。幾つかの実施形態において、ヒトIgG(例えば、IgG1又はIgG4)は、KIH及び/又はLALA突然変異を含む。
幾つかの実施形態において、二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、第1の重鎖ポリペプチドと少なくとも90%、95%又は100%の同一性を有する第2の重鎖ポリペプチドと、第1の軽鎖ポリペプチドと少なくとも90%、95%又は100%の同一性を有する第2の軽鎖ポリペプチドと、を更に含む。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される二重特異性抗体又はその抗原結合断片は、図37に示される概略構造を有する。幾つかの実施形態において、重鎖ポリペプチドは、配列番号170に示され、軽鎖ポリペプチドは、配列番号171に示される。
抗原結合タンパク質構築物を製造する方法
単離されたヒトタンパク質断片を免疫原として用いて、ポリクローナル及びモノクローナル抗体製造の標準技術を用いて抗体を産生することができる。ポリクローナル抗体は、抗原ペプチド又はタンパク質の複数回の注射(例えば、皮下又は腹膜内注射)によって動物体内で産生され得る。幾つかの実施形態において、抗原ペプチド又はタンパク質は、少なくとも1つのアジュバントと共に注射される。幾つかの実施形態において、抗原ペプチド又はタンパク質は、免疫される種において免疫原性を有する薬剤に複合され得る。動物は、抗原ペプチド又はタンパク質を1回よりも多い(例えば、2回、3回、又は4回)注射することができる。
全長ポリペプチド又はタンパク質、又はその抗原ペプチド断片を免疫原として用いることができる。タンパク質の抗原ペプチドは、当該タンパク質のアミノ酸配列の少なくとも8個(例えば、少なくとも10個、15個、20個又は30個)のアミノ酸残基を含み、且つ当該ペプチドに対して産生された抗体が当該タンパク質と特異的な免疫複合体を形成するように当該タンパク質のエピトープを包含する。
免疫原は、通常、適切な対象(例えば、少なくとも1つのヒト免疫グロブリン遺伝子座を発現するヒト又はトランスジェニック動物)の免疫化による抗体の製造に用いられる。適切な免疫原性製剤は、例えば組換え発現又は化学的に合成されたポリペプチドを含むことができる。当該製剤は、アジュバント(例えばフロイント完全又は不完全アジュバント)又は類似の免疫賦活剤を更に含むことができる。
ポリクローナル抗体は、ポリペプチド又はその抗原ペプチド(例えば、タンパク質の一部)を免疫原として適切な対象に免疫することによって上記のように製造することができる。標準技術によって、例えば酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、固定化ポリペプチド又はペプチドを用いて免疫化された対象における抗体価を経時的にモニターすることができる。必要に応じて、哺乳動物((例えば、血液)から抗体分子を単離し、且つIgG画分を得るために、周知の技術(例えばタンパク質A又はタンパク質Gクロマトグラフィー)によって更に精製する。免疫化の後の適切な時点で、例えば、特異的抗体価が最も高い場合、対象から抗体を産生する細胞を得ることができ、標準技術、例えば最初Kohlerら(Nature、第256巻:495~497ページ、1975年)に記載のハイブリドーマ技術、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術(Kozborら、Immunol.Today、第4巻:72ページ、1983年)、EBV-ハイブリドーマ技術(Coleら、Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy、Alan R. Liss、 Inc.、77~96ページ、1985年)又はトリオーマ技術(trioma technique)によってモノクローナル抗体を製造するために用いられることができる。ハイブリドーマを産生する技術は周知である(一般にCurrent Protocols in Immunology、1994年、Coliganら(編著)、John Wiley & Sons、 Inc.、ニューヨーク、NYを参照されたい)。モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞は、ハイブリドーマ培養物の上清中の目的ポリペプチド又はエピトープに結合する抗体をスクリーニングすることによって、例えば標準的なELISAアッセイを用いて検出する。
本明細書に記載される抗体又は抗原結合断片の変異体は、本明細書に記載されるヒト、ヒト化又はキメラ抗体又はその抗原結合断片をコードするDNAに適切なヌクレオチド変化を導入することによって、又はペプチド合成によって製造することができる。そのような変異体は、例えば、抗体又は抗原結合ドメインの抗原結合部位を構成するアミノ酸配列内の残基の欠失、挿入又は置換を含む。そのような変異体の集団において、幾つかの抗体又は抗原結合断片は、標的タンパク質に対して増加した親和性を有する。欠失、挿入及び/又は組合せの任意の組合せを行って、標的に対する結合親和性が増加した抗体又はその抗原結合断片を得ることができる。抗体又は抗原結合断片に導入されるアミノ酸の変化はまた、抗体又は抗原結合断片に対する新たな翻訳後修飾を改変又は導入することができ、例えばグリコシル化部位の数を改変(例えば、増加又は減少)、グリコシル化部位のタイプを改変(例えば、異なる糖が細胞内に存在する酵素によって連結されるようにアミノ酸配列を改変)、又は新たなグリコシル化部位を導入する。
本明細書に開示される抗体は、哺乳動物を含む任意の種の動物に由来し得る。天然抗体の非限定的な例は、ヒト、霊長類動物(例えば、サル及び類人猿)、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、ラクダ科動物(例えば、ラクダ及びラマ)、ニワトリ、ヤギ及びげっ歯類動物(例えば、ラット、マウス、ハムスター及びウサギ)(ヒト抗体を産生するように遺伝子操作されたトランスジェニックげっ歯類動物を含む)に由来する抗体を含む。
ファージディスプレイ(パニング)は、所望の結合親和性を有する抗体配列を最適化するために用いられることができる。当該技術では、一本鎖Fvをコードする遺伝子(VH又はVLを含む)を、ファージのコートタンパク質遺伝子に挿入して、当該ファージがその外側でscFvを「ディスプレイ」する一方、その内部に当該タンパク質の遺伝子を含み、それによって遺伝子型と表現型との間の関連をもたらすことができる。次いでこれらのディスプレイファージを標的抗原に対してスクリーニングして、ディスプレイされた抗原結合部位と標的抗原との間の相互作用を検出することができる。従って、インビトロ選択と呼ばれるプロセスで増加したタンパク質ライブラリーをスクリーニング及び増幅し、所望の結合親和性を有する抗体配列を得ることができる。
ヒト及びヒト化抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する可変領域及び定常領域を有する(又はヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する抗体と同じアミノ酸配列を有する)抗体を含む。ヒト抗体は、ヒト生殖系免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基(例えば、インビトロでランダムに又は部位特異的な変異誘発、又はインビボの体細胞の突然変異により導入された突然変異)を含むことができ、例えば、CDRにある。
ヒト化抗体は、通常、非ヒトCDRがグラフトされたヒトフレームワーク(FR)を有する。従って、ヒト化抗体は、非ヒト由来の導入された1つ又は複数のアミノ酸配列を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、通常「導入」残基と呼ばれ、それは、通常「導入」可変ドメインから取られる。ヒト化は、基本的に例えばげっ歯類動物CDR又はCDR配列でヒト抗体の対応する配列を置換することによって行うことができる。これらの方法は、例えばJonesら、Nature、第321巻:522~525ページ(1986年);Riechmannら、Nature、第332巻:323~327ページ(1988年);Verhoeyenら、Science、第239巻:1534~1536ページ(1988年)に記載されており、これらの文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。従って、「ヒト化」抗体は、キメラ抗体であり、ここで、完全ヒトVドメインの一部が非ヒト種由来の対応する配列で置換されている。実際、ヒト化抗体は、通常マウス抗体であり、ここで、幾つかのCDR残基及び幾つかのFR残基は、ヒト抗体の類似の部位からの残基で置換されている。
更に重要なことは、抗体をヒト化する同時に、抗原に対する高い特異性及び親和性、並びに他の有利な生物学的特性を保持することである。この目的を達成するために、ヒト化抗体は、親配列及びヒト化配列の3次元モデルを用いて親配列及び様々な概念的なヒト化産物を分析する方法によって製造することができる。3次元免疫グロブリンモデルは、当業者に一般的に利用可能であり、よく知られている。選択された候補免疫グロブリン配列の可能な3次元立体構造を説明及び表示するためのコンピュータプログラムを取得することができる。これらの表示の検査は、候補免疫グロブリン配列の機能における残基の可能な効果の分析、即ち候補免疫グロブリンがその抗原に結合する能力に影響を及ぼす残基の分析を可能にする。この方法により、標的抗原に対する増加した親和性などの所望の抗体特徴を得るために、受容体及び導入配列からFR残基を選択し、組み合わせることができる。
元の配列との同一性又は相同性は、通常、候補配列を元の配列とアライメントし、最大のパーセント配列同一性を達成するために必要な場合にギャップを導入した後、配列同一性の一部としての任意の保存的置換を考慮しないで、候補配列内に存在する、ヒト、ヒト化又はキメラ抗体又は断片内に存在する配列と同じであるアミノ酸残基のパーセントである。
幾つかの実施形態において、抗体、その抗原結合断片又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)を共有結合修飾することができる。これらの共有結合修飾は、化学的合成又は酵素的合成によって、又は酵素的切断又は化学的切断によって行うことができる。抗体又は断片の標的アミノ酸残基が選択された側鎖又はN末端又はC末端残基と反応できる有機誘導体化剤と反応することによって、抗体又は抗体断片の他のタイプの共有結合修飾を分子に導入する。
幾つかの実施形態において、Fc領域に(直接的又は間接的に)連結したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体変異体を提供する。例えば、そのような抗体におけるフコースの量は、1%から80%、1%から65%、5%から65%又は20%から40%であってもよい。Asn297に連結している全ての糖構造(例えば、複合体化、ヘテロ接合、及び高マンノース構造)の合計に対するAsn297における糖鎖内フコースの平均量を計算することによってフコースの量を決定し、例えばMALDI-TOF質量分析法(例えばWO 2008/077546に記載されている)によって測定される。Asn297は、Fc領域中の約位置297に位置するアスパラニン残基を指し(Fc領域残基のEu番号付け、又はKabat番号付けにおける位置314)、しかしながら、抗体における配列の小さな配列変異のために、Asn297はまた、位置297の上流又は下流約±3個のアミノ酸位置、即ち位置294と300との間に位置する。そのようなフコシル化変異体は、改善されたADCC機能を有することができる。幾つかの実施形態において、グリカン異質性を低減するために、抗体のFc領域は、更にエンジニアリングされてアラニンで位置297のアスパラニン(N297A)を置換することができる。
幾つかの実施形態において、Fabアーム交換を回避することによって生産効率を促進するために、抗体のFc領域は更にエンジニアリングされてプロリンでIgG4の位置228(EU番号付け)のセリン(S228P)を置換する。S228突然変異の詳細な説明は、例えばSilvaら、「The S228P mutation prevents in vivo and in vitro IgG4 Fab-arm exchange as demonstrated using a combination of novel quantitative immunoassays and physiological matrix preparation」、Journal of Biological Chemistry、290.9(2015年):5462~5469ページに記載されており、これは全体が参照により組み込まれる。
幾つかの実施形態において、Leu234Ala/Leu235Ala(EU番号付け)(LALA)突然変異を導入して、抗体エフェクター機能を破壊する。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される方法は、二重特異性抗体を製造するように設計される。二重特異性抗体は、組換え細胞培養物から回収されるヘテロ二量体のパーセントを最大にするように、1対の抗体分子の間の界面をエンジニアリングすることによって製造できる。例えば、当該界面は、抗体定常ドメインのCH3ドメインの少なくとも一部を含むことができる。当該方法では、第1の抗体分子界面からの1本又は複数本の小さなアミノ酸側鎖がより大きな側鎖(例えば、チロシン又はトリプトファン)で置換される。大きなアミノ酸側鎖を小さなアミノ酸側鎖(例えば、アラニン又はトレオニン)で置換することにより、第2の抗体分子の界面に大きな側鎖のサイズと同じ又は類似の補償された「空洞」が形成される。これは、ヘテロ二量体の収率を他の不要な最終生成物(ホモ二量体など)よりも高くする機序を提供する。当該方法は、例えばWO 96/27011に記載されており、それは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
幾つかの実施形態において、ヘテロ二量体化を促進するために、各重鎖に「ノブ」又は「ホール」を産生するようにCH3ドメインをエンジニアリングすることを含む、ノブイントホール(KIH)技術を使用してもよい。KIH技術は、例えばXu, Yirenら、「Production of bispecific antibodies in ’knobs-into-holes’ using a cell-free expression system」、MAbs、第7巻第1期、Taylor & Francis、2015年、それは、その全体が参照により組み込まれる。幾つかの実施形態において、1本の重鎖は、T366W及び/又はS354C(ノブ)置換(EU番号付け)を有し、もう1本の重鎖は、Y349C、T366S、L368A及び/又はY407V(ホール)置換(EU番号付け)を有する。幾つかの実施形態において、1本の重鎖は、Y349C及びT366W(EU番号付け)という置換のうちの1つ又は複数を有する。もう1本の重鎖は、E356C、T366S、L368A及びY407V(EU番号付け)という置換のうちの1つ又は複数を有することができる。更に、2つの置換のIgGのヒンジ領域に置換(-ppcpScp-->-ppcpPcp-)を導入することができる。
更に、アニオン交換クロマトグラフィーを用いて二重特異性抗体を精製することができる。アニオン交換クロマトグラフィーは、正電荷を持つ基(ジエチルアミノエチル(DEAE)など)を含むイオン交換樹脂を用いて、物質の電荷に基づいて物質を分離する方法である。溶液では、樹脂は正電荷を持つ対イオン(カチオン)で被覆される。アニオン交換樹脂は、負電荷を持つ分子と結合し、対イオンと置換される。タンパク質の等電点(pI)に基づいてアニオン交換クロマトグラフィーを用いてタンパク質を精製することができる。等電点は、タンパク質が正味電荷を有しない時のpHとして定義される。pH>pIの時に、タンパク質は正味の負電荷を有し、pH<pIの時に、タンパク質は正味の正電荷を有する。従って、幾つかの実施形態において、2本のアームAを含むホモ二量体のpIが2本のアームBを含むホモ二量体のpIと異なるように、異なるアミノ酸置換を2つの重鎖に導入することができる。アームA及びアームBを有する二重特異性抗体のpIは、ホモ二量体の2つのpIの間にある。従って、2つのホモ二量体及び二重特異性抗体は、異なるpH条件下で放出され得る。本開示は、pIを調節するために、幾つかのアミノ酸残基置換が重鎖に導入され得ることを示している。
従って、幾つかの実施形態において、Kabat番号付け位置83のアミノ酸残基は、リジン、アルギニン又はヒスチジンである。幾つかの実施形態において、位置1、6、43、81及び105(Kabat番号付け)のうちの1つ又は複数の位置のアミノ酸残基は、アスパラギン酸又はグルタミン酸である。幾つかの実施形態において、位置13及び105(Kabat番号付け)のうちの1つ又は複数の位置のアミノ酸残基は、アスパラギン酸又はグルタミン酸である。幾つかの実施形態において、位置13及び42(Kabat番号付け)のうちの1つ又は複数の位置のアミノ酸残基は、リジン、アルギニン、ヒスチジン又はグリシンである。
二重特異性抗体は、例えば架橋又は「異種複合」抗体を更に含むことができる。例えば、異種複合体における抗体の一方は、抗ビオチンタンパク質にカップリングすることができ、他方は、ビオチンにカップリングすることができる。また、任意の便利な架橋方法を使用して異種複合抗体を製造することができる。適切な架橋剤及び架橋技術は、当該技術分野において周知であり、米国特許第4,676,980号に開示されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
抗体断片から二重特異性抗体を産生する方法も当技術分野で公知である。例えば、二重特異性抗体は、化学的連結を使用して製造され得る。Brennanら(Science、第229巻:81ページ、1985年)は、完全抗体をタンパク質の加水分解切断によってF(ab’)2断片を生成する方法を記述している。これらの断片は、ジチオール錯化剤である亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元され、隣接するジチオールを安定化し、分子間ジスルフィド形成を防止する。次いで生成されたFab’断片をチオニトロ安息香酸エステル(TNB)誘導体に変換する。次いでメルカプトエチルアミンで還元することによって、Fab’ TNB誘導体の一方をFab’チオールに変換し、等モル量の別のFab’ TNB誘導体と混合することによって、二重特異性抗体を形成する。
組換えベクター
本開示は、本明細書に開示される単離ポリヌクレオチド(例えば、本明細書に開示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド)を含む組換えベクター(例えば、発現ベクター)、これらの組換えベクターを導入する宿主細胞(即ち、これらの宿主細胞がポリヌクレオチドを含むように、及び/又はポリヌクレオチドを含むベクター)、並びに組換え技術による組換え抗体ポリペプチド又はその断片の産生を更に提供する。
本明細書で使用されるように、「ベクター」は、ベクターが宿主細胞に導入されると、1つ又は複数の目的ポリヌクレオチドを当該宿主細胞に送達することができる任意の構築物である。「発現ベクター」は、当該発現ベクターが導入された宿主細胞内で、1つ又は複数の目的ポリヌクレオチドを送達し、それをコードされるポリペプチドとして発現させることができる。従って、発現ベクターでは、当該ベクター内又は宿主細胞のゲノム中の目的ポリヌクレオチドの統合部位で、又はその近傍又は両側の調節要素(例えば、プロモーター、エンハンサー及び/又はpoly-A尾)に操作可能に連結することによって、当該目的ポリヌクレオチドが当該発現ベクターに導入された宿主細胞において翻訳されるように、当該目的ポリヌクレオチドが当該ベクター中で発現するように局在化される。
ベクターは、電気穿孔、化学的トランスフェクション(例えば、DEAE-グルカン)、形質転換、トランスフェクション、感染及び/又は形質導入(例えば、組換えウイルスによる)などの当該技術分野で公知の方法で宿主細胞に導入することができる。従って、ベクターの非限定的な例は、(組換えウイルスの産生に有用な)ウイルスベクター、裸のDNA又はRNA、プラスミド、コスミド、ファージベクター、及びカチオン性縮合剤に関連するDNA又はRNA発現ベクターを含む。
幾つかの実施形態において、ウイルス発現系(例えば、ワクシニア又は他のポックスウイルス、レトロウイルス又はアデノウイルス)を用いて本明細書に開示されるポリヌクレオチド(例えば、本明細書に開示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド)を導入することは、非病原性(欠陥性)、複製能を有するウイルスの使用を伴ってもよく、又は複製欠陥ウイルスを使用してもよい。後者の場合、ウイルス増殖は、通常、相補的ウイルスパッケージング細胞においてのみ起こる。適切なシステムは、例えばFisher-Hochら、1989年、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、第86巻:317~321ページ;Flexnerら、1989年、Ann.N.Y.Acad Sci.、第569巻:86~103ページ;Flexnerら、1990年、Vaccine、第8巻:17~21ページ;米国特許第4,603,112、4,769,330及び5,017,487号;WO 89/01973;米国特許第4,777,127号;GB 2,200,651;EP 0,345,242;WO 91/02805;Berkner-Biotechniques、第6巻:616~627ページ、1988年;Rosenfeldら、1991年、Science、第252巻:431~434ページ;Kollsら、1994年、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、第91巻:215~219ページ;Kass-Esislerら、1993年、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、第90巻:11498~11502ページ;Guzmanら、1993年、Circulation、第88巻:2838~2848ページ;及びGuzmanら、1993年、Cir.Res.、第73巻:1202~1207ページに開示されている。DNAをそのような発現系に組み込むための技術は、当業者に周知である。DNAは更に、例えばUlmerら、1993年、Science、第259巻:1745~1749ページ;及びCohen、1993年、Science、第259巻:1691~1692ページのように、「裸」であってもよい。細胞に効率的に輸送される生分解性ビーズ上にDNAを被覆することによって裸のDNAの取り込みを増加することができる。
発現のために、本明細書に開示される抗体又はポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むDNA挿入断片は、ファージλPLプロモーター、大腸菌lac、trp及びtacプロモーター、SV40初期及び後期プロモーター、並びにレトロウイルスLTRのプロモーターなどの好適なプロモーター(例えば、異種プロモーター)に操作可能に連結され得る。他の適切なプロモーターは当業者に知られている。発現構築物は、転写開始部位、転写終了部位を更に含み、及び翻訳のためのリボソーム結合部位を転写領域に含むことができる。構築物によって発現される成熟転写産物のコード部分は、翻訳されるポリペプチドの開始位置における翻訳開始コドン、及び翻訳されるポリペプチドの末端の適切な位置における終端コドン(UAA、UGA又はUAG)を含むことができる。
上記のように、発現ベクターは、少なくとも1つの選択可能なマーカーを含むことができる。このようなマーカーは、真核細胞培養のためのジヒドロ葉酸レダクターゼ又はネオマイシン耐性遺伝子、及び大腸菌及び他の細菌での培養のためのテトラサイクリン又はアンピシリン耐性遺伝子を含む。適切な宿主の代表的な例として、大腸菌、ストレプトマイセス菌、及びネズミチフス菌細胞などの細菌細胞、酵母細胞などの真菌細胞、ハエS2及びスポドプテラ・フルギペルダSf9細胞などの昆虫細胞、CHO、COS、Bowes黒色腫及びHEK 293細胞などの動物細胞、及び植物細胞が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書に記載される宿主細胞における使用のための適切な培地及び条件は、当該技術分野において公知である。
細菌のための非限定的なベクターは、Qiagenから得たpQE70、pQE60及びpQE-9、Stratageneから得たpBSベクター、Phagescriptベクター、Bluescriptベクター、pNH8A、pNH16a、pNH18A、pNH46A、及びPharmaciaから得たptrc99a、pKK223-3、pKK233-3、pDR540、pRIT5を含む。非限定的な真核ベクターは、Stratageneから得たpWLNEO、pSV2CAT、pOG44、pXT1及びpSG、及びPharmaciaから得たpSVK3、pBPV、pMSG及びpSVLを含む。他の適切なベクターは、当業者にとって明らかであろう。
好適な非限定的細菌プロモーターとしては、大腸菌lacI及びlacZプロモーター、T3及びT7プロモーター、gptプロモーター、λPR及びPLプロモーター、並びにtrpプロモーターが含まれる。適切な真核プロモーターは、CMV即時早期プロモーター、HSVチミジンキナーゼプロモーター、初期及び後期SV40プロモーター、レトロウイルスLTRプロモーター(ラウス肉腫ウイルス(Rous sarcoma virus、RSV)プロモーターなど)、及びメタロチオネインプロモーター(マウスメタロチオネイン?Iプロモーターなど)が含まれる。
出芽酵母では、α因子、アルコールオキシダーゼ、及びPGHなどの構成的又は誘導性プロモーターを含む多くのベクターを使用することができる。概説については、Ausubelら(1989年)Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons、New York、N.Y、及びGrantら、Methods Enzymol.、第153卷:516~544ページ(1997年)を参照されたい。
宿主細胞への構築物の導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEAE-デキストラン媒介トランスフェクション、カチオン性脂質媒介トランスフェクション、電気穿孔、形質導入、感染、又は他の方法によって達成され得る。これらの方法は、Davisら、Basic Methods In Molecular Biology(1986年)などの多くの標準的な実験室マニュアルに記載されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示の抗体をコードするDNAの高等真核生物による転写は、エンハンサー配列をベクターに挿入することによって増加させることができる。エンハンサーは、DNAのシス作用性エレメントであり、通常約10 bp~300 bpであり、その作用は所定の宿主細胞型におけるプロモーターの転写活性を増加させることである。エンハンサーの例としては、塩基対100~270の複製起点よりも後側(late side)のSV40エンハンサー、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点よりも後側のポリオーマエンハンサー、及びアデノウイルスエンハンサーが含まれる。
翻訳されたタンパク質を小胞体内腔、細胞周囲の間質、又は細胞外環境に分泌させるために、適切な分泌シグナルを発現されたポリペプチドに組み込むことができる。シグナルは、ポリペプチドの内因性シグナルであってもよく、異種シグナルであってもよい。
ポリペプチド(例えば、抗体)は、修飾形態、例えば、融合タンパク質(例えば、GST融合タンパク質)又はヒスチジンタグを伴って発現され得、分泌シグナルだけでなく、他の異種機能領域も含み得る。例えば、他のアミノ酸(特に荷電アミノ酸)の領域をポリペプチドのN末端に添加して、宿主細胞中、精製中、又はその後の取り扱い及び貯蔵中の安定性及び持続性を改善することができる。更に、精製を容易にするためにペプチド部分をポリペプチドに添加することができる。これらの領域は、ポリペプチドの最終的な調製の前に除去され得る。分泌又は排出を引き起こし、安定性を高め、精製を促進するためにペプチド部分をポリペプチドに添加することは、当該技術分野において周知の従来技術である。
本開示は、本明細書に記載されるヌクレオチド配列の何れかと少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性を有する核酸配列、及び本明細書に記載されるアミノ酸配列の何れかと少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の同一性を有するアミノ酸配列を更に提供する。
本開示は、本明細書に記載されるヌクレオチド配列の何れかと少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の相同性を有する核酸配列、及び本明細書に記載されるアミノ酸配列の何れかと少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の相同性を有するアミノ酸配列を更に提供する。
幾つかの実施形態において、本開示は、本明細書に記載のペプチドの何れかをコードするヌクレオチド配列、又は本明細書に記載のヌクレオチド配列の何れかによってコードされるアミノ酸配列の何れかに関する。幾つかの実施形態において、核酸配列は、10個、20個、30個、40個、50個、60個、70個、80個、90個、100個、110個、120個、130個、150個、200個、250個、300個、350個、400個、500個又は600個のヌクレオチド未満である。幾つかの実施形態において、アミノ酸配列は、5個、6個、7個、8個、9個、10個、20個、30個、40個、50個、60個、70個、80個、90個、100個、110個、120個、130個、140個、150個、160個、170個、180個、190個、200個、250個、300個、350個、又は400個のアミノ酸残基未満である。
幾つかの実施形態において、アミノ酸配列は(i)アミノ酸配列を含み、又は(ii)アミノ酸配列からなり、ここで、当該アミノ酸配列が、本明細書に記載される配列の何れかである。
幾つかの実施形態において、核酸配列は(i)核酸配列を含み、又は(ii)核酸配列からなり、ここで、当該核酸配列は、本明細書に記載される配列の何れかである。
2本のアミノ酸配列又は2本の核酸配列の同一性パーセントを決定するために、これらの配列を最適な比較目的でアライメントする(例えば、ギャップが最適アライメントのために第1及び第2のアミノ酸又は核酸配列の一方又は両方に導入されてもよく、非相同配列が比較目的で無視されてもよい)。次いで、対応するアミノ酸位置又はヌクレオチド位置におけるアミノ酸残基又はヌクレオチドを比較する。第1の配列中の位置が、第2の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基又はヌクレオチドによって占められている場合、これらの分子は、当該位置で同一である。2つの配列間の同一性パーセントは、2つの配列の最適アライメントを達成するために導入される必要があるギャップの数及び各ギャップの長さを考慮して、配列に共通の同じ位置の数の関数である。例示の目的で、配列の比較及び2つの配列間の同一性パーセントの決定は、Blossum 62スコアマトリックスを使用して達成され得、ここで、ギャップペナルティは12であり、ギャップ伸長ペナルティは4であり、フレームシフトギャップペナルティは5である。
配列相同性(例えば、アミノ酸配列相同性又は核酸相同性)のパーセントも、決定され得る。配列相同性のパーセントを決定する方法は、当該技術分野で公知である。幾つかの実施形態において、類似の理化学的性質(相同性パーセント)を有する保存アミノ酸残基、例えばロイシン及びイソロイシンは、配列類似性を測定するために使用され得る。類似の理化学的性質を有するアミノ酸残基のファミリーが、当該技術分野において定義されている。これらのファミリーは、例えば、塩基性側鎖を有するアミノ酸(例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、β-分岐側鎖を有するアミノ酸(例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン)、及び芳香族側鎖を有するアミノ酸(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を含む。多くの場合、相同性パーセントは、同一性パーセントよりも高い。
本開示は、本明細書に記載されるポリペプチドの何れかをコードする1つ又は複数の核酸を提供する。幾つかの実施形態において、核酸(例えばcDNA)は、本明細書に記載される重鎖ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。幾つかの実施形態において、核酸は、本明細書に記載される軽鎖ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。幾つかの実施形態において、核酸は、本明細書に記載されるscFvポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。
幾つかの実施形態において、ベクターは、本明細書に記載される、PD-1に共通に結合するVL領域及びVH領域をコードする核酸の両方を有することができる。幾つかの実施形態において、各ベクターが本明細書に記載される核酸の1つを含み、PD-1に共通に結合するVL領域及びVH領域を共にコードする、一対のベクターを提供する。幾つかの実施形態において、ベクターは、本明細書に記載される核酸の両方を含み、ここで、ベクターは、CD40に共通に結合するVL領域及びVH領域をコードする。幾つかの実施形態において、各ベクターが本明細書に記載される核酸の1つを含み、CD40に共通に結合するVL領域及びVH領域を共にコードする、1対のベクターを提供する。
ベクターはまた、特異的抗体又はポリペプチドを発現するように構築され得る。幾つかの実施形態において、ベクターは、1本又は複数本の抗体ポリペプチド鎖を共発現するように構築され得る。幾つかの実施形態において、ベクターは、5’末端から3’末端まで、サイトメガロウイルスプロモーター(CMV)、第1のポリペプチド鎖をコードする配列、ポリアデニル化(PolyA)、CMV、第2のポリペプチド鎖をコードする配列、PolyA、サル空胞ウイルス40ターミネーター(SV40)、及びグルタミン合成酵素マーカー(GS)の配列を含有することができる。幾つかの実施形態において、ベクターは、抗CD40抗体scFvポリペプチド鎖を発現するように構築することができる。
治療方法
本明細書に記載される方法は、がんに関連する病状を治療するための方法を含む。通常、方法は、このような治療を必要とする、又は必要と判断された対象に、治療有効量の本明細書に記載されるエンジニアリング抗体、その抗原結合断片、又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)を投与することを含む。
本明細書で使用されるように、「治療する」は、がんに関連する病状の少なくとも1つの症状を改善することを意味する。通常、がんは死亡を引き起こし、従って、治療は、平均余命(例えば、少なくとも1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月、12ヶ月、又は少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年)を増加させることができる。がんに関連する病状を治療するため、治療有効量の本明細書に記載される薬剤の投与は、がん細胞の数の減少及び/又は症状の軽減をもたらす。
本明細書で使用されるように、用語「がん」は、自己増殖能力を有する細胞、即ち、急速増殖性細胞増殖を特徴とする異常な状態又は状況を指す。当該用語は、その病理組織型又は侵襲段階に関わらず、がん性の増殖又は発がん過程、転移組織又は悪性に形質転換された細胞、組織又は器官の全てのタイプを含むことを意図する。本明細書で使用されるように、用語「腫瘍」は、がん細胞、例えば、がん細胞塊を指す。本明細書に記載される方法を用いて治療又は診断することができるがんには、肺、乳腺、甲状腺、リンパ系、胃腸管及び尿生殖路に影響を及ぼす悪性腫瘍などの様々な器官系の悪性腫瘍、及びほとんどの結腸がん、腎細胞がん、前立腺がん及び/又は精巣腫瘍、非小細胞肺がん、小腸がん、及び食道がんなどの悪性腫瘍を含む腺がんが挙げられる。幾つかの実施形態において、本明細書に記載される薬剤は、対象におけるがんを治療又は診断するように設計される。用語「がん」は、当該技術分野で公知であり、呼吸器系がん、胃腸系がん、泌尿生殖器系がん、精巣がん、乳がん、前立腺がん、内分泌系がん及び黒色腫を含む、上皮又は内分泌組織の悪性腫瘍を指す。幾つかの実施形態において、がんは腎臓がん又は黒色腫である。例示的ながんには、子宮頸部、肺、前立腺、乳腺、頭部及び頸部、結腸及び卵巣の組織から形成されるがんが含まれる。この用語は、例えば、がん組織及び肉腫組織からなる悪性腫瘍を含む、がん肉腫を更に含む。「腺がん」は、腺組織に由来するがん、又はここで、腫瘍細胞が認識可能な腺構造を形成するがんを指す。用語「肉腫」は、当該技術分野で公知であり、間葉系由来の悪性腫瘍を指す。
幾つかの実施形態において、がんは化学療法抵抗性がんである。
一態様において、本開示は、対象におけるがんを治療する方法、対象における経時的な腫瘍体積の増加率を低下させる方法、転移を形成するリスクを低下させる方法、又は対象における他の転移を形成するリスクを低下させる方法を更に提供する。幾つかの実施形態において、治療は、がんの進行を停止、緩和、遅延、又は阻害することができる。幾つかの実施形態において、治療は、対象におけるがんの1つ又は複数の症状の数、重症度、及び/又は持続時間を減少させることができる。
一態様において、本開示は、治療有効量の本明細書に開示される抗体、その抗原結合断片、又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)、又は抗体薬物複合体を、それを必要とする対象、例えば、がんに罹患している、又は罹患していると同定若しくは診断された対象に投与することを含む方法を有し、当該がんは、例えば乳がん(例えば、トリプルネガティブ乳がん)、カルチノイド、子宮頸がん、子宮内膜がん、神経膠腫、頭頸部がん、肝がん、肺がん、小細胞肺がん、リンパ腫、黒色腫、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、腎臓がん、結腸直腸がん、胃がん、精巣がん、甲状腺がん、膀胱がん、尿路がん、又は血液悪性腫瘍である。幾つかの実施形態において、がんは、切除不可能な黒色腫若しくは転移性黒色腫、非小細胞肺がん(NSCLC)、小細胞肺がん(SCLC)、膀胱がん、又は転移性ホルモン不応性前立腺がんである。幾つかの実施形態において、対象は、固形腫瘍に罹患している。幾つかの実施形態において、がんは、頭頸部扁平上皮がん(SCCHN)、腎細胞がん(RCC)、トリプルネガティブ乳がん(TNBC)又は結腸直腸がんである。幾つかの実施形態において、対象はホジキンリンパ腫に罹患している。幾つかの実施形態において、対象は、トリプルネガティブ乳がん(TNBC)、胃がん、尿路上皮がん、メルケル細胞がん、又は頭頸部がんに罹患している。
幾つかの実施形態において、がんは、黒色腫、膵臓がん、中皮腫、血液悪性腫瘍、特に非ホジキンリンパ腫、リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、又は進行性固形腫瘍である。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載されている方法は、熱腫瘍を治療するために用いられることができる。熱腫瘍は、強い免疫応答を誘発し得る腫瘍である。熱腫瘍は、通常、その表面に多くの分子を有し、これらの分子は、T細胞が腫瘍細胞を攻撃し、死滅させることを可能にする。本明細書に記載される方法は、免疫応答を更に向上させ、CD8+ T細胞の増殖及び浸潤を促進し、及び/又は腫瘍中の骨髄由来免疫抑制細胞の数を減少させることができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される方法は、冷腫瘍を治療するために用いられることができる。冷腫瘍は、強い免疫応答を引き起こす可能性が低い腫瘍である。冷腫瘍は、免疫応答を阻害し、T細胞による攻撃を妨げ、腫瘍細胞を死滅させる能力を有する細胞によってしばしば取り囲まれる。本明細書に記載される方法は、DC細胞の増殖、浸潤、及び/又は活性化を促進するのに有効であり、これにより抗原提示細胞の活性を増大させる。幾つかの実施形態において、本明細書に記載される方法は、T細胞におけるPD-1の発現を下方制御し、それによって、PD-1とPD-L1との間の相互作用を更に低減させ、免疫応答を向上させることができる。本明細書で使用されるように、用語「対象」及び「患者」は、本明細書全体を通して交換可能に使用され、且つ本発明の方法に従って治療が提供される動物(ヒト又は非ヒト)について記載される。本発明は、獣医及び非獣医の両方の用途を考慮する。ヒト患者は、成人又は青少年(例えば、18歳以下のヒト)であり得る。ヒトに加えて、患者としては、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウサギ、フェレット、ネコ、イヌ、及び霊長類動物が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、非ヒト霊長類動物(例えば、サル、チンパンジー、ゴリラなど)、げっ歯類動物(例えば、ラット、マウス、スナネズミ、ハムスター、フェレット、ウサギ)、ウサギ目動物、ブタ(例えば、ブタ、ミニブタ)、ウマ、イヌ、ネコ、ウシ、並びに他の家畜、農場動物及び動物園の動物が挙げられる。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物及び方法は、がんのリスクのある患者を治療するために用いられることができる。がん患者は、当該技術分野で公知の様々な方法で特定され得る。
本明細書で使用されるように、「有効量」は、疾患(例えば、がん)の進行の停止、緩和、遅延、又は阻害を含む有益な又は所望の結果を達成するのに十分な量又は用量を指す。有効量は、例えば、抗体、抗原結合断片、抗体薬物複合体、抗体をコードするポリヌクレオチド、当該ポリヌクレオチドを含むベクター、及び/又はその組成物が投与される対象の年齢及び体重、症状の重症度、並びに投与経路に応じて変化し、従って、投与は、個体に基づいて決定され得る。
有効量は、1回又は複数回の投与で投与されてもよい。例えば、抗体、抗原結合断片、又は抗体薬物複合体の有効量は、患者における自己免疫疾患又はがんの進行を改善、停止、安定化、逆転、阻害、緩和、及び/又は遅延させるのに十分な量であるか、又はインビトロで細胞(例えば、生検細胞、本明細書に記載のがん細胞の何れか又は細胞株(例えば、がん細胞株))の増殖を改善、停止、安定化、逆転、緩和、及び/又は遅延させるのに十分な量である。当該技術分野で理解されるように、抗体、抗原結合断片、又は抗体薬物複合体の有効量は、特に患者の病歴、並びに使用される抗体のタイプ(及び/又は用量)などの他の要因に応じて変動し得る。
本明細書に開示される抗体、抗体をコードするポリヌクレオチド、抗体薬物複合体、及び/又は組成物の有効量及び投与計画は、経験的に決定され得、そのような決定は、当該技術分野の技術の範囲内である。当業者は、投与されるべき用量が、例えば、本明細書に開示される抗体、抗体をコードするポリヌクレオチド、抗体薬物複合体、及び/又は組成物を受けるべき哺乳動物、投与経路、使用される本明細書に開示される抗体、抗体をコードするポリヌクレオチド、抗原結合断片、抗体薬物複合体、及び/又は組成物の特定のタイプ、並びに哺乳動物に投与される他の薬物に応じて変化することを理解するであろう。抗体又は抗原結合断片の適切な用量を選択するための指針は、抗体及び抗原結合断片の治療的使用に関する文献、例えばHandbook of Monoclonal Antibodies、Ferroneら編著、Noges Publications、Park Ridge、N.J.、1985年、第22章303~357ページ;Smithら、Antibodies in Human Diagnosis and Therapy、Haberら編著、Raven Press、ニューヨーク、1977年、365~389ページを参照することができる。
有効量の抗体、その抗原結合断片、又は抗原結合タンパク質構築物(例えば二重特異性抗体)の典型的な1日用量は、0.01mg/kg~100mg/kgである。幾つかの実施形態において、用量は、100mg/kg、50mg/kg、40mg/kg、30mg/kg、20mg/kg、10mg/kg、9mg/kg、8mg/kg、7mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、1mg/kg、0.5mg/kg、又は0.1mg/kg未満であり得る。幾つかの実施形態において、用量は、30mg/kg、20mg/kg、10mg/kg、9mg/kg、8mg/kg、7mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、1mg/kg、0.5mg/kg、0.1mg/kg、0.05mg/kg、又は0.01mg/kg以上であり得る。幾つかの実施形態において、用量は、約又は少なくとも30mg/kg、20mg/kg、10mg/kg、9mg/kg、8mg/kg、7mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、1mg/kg、0.9mg/kg、0.8mg/kg、0.7mg/kg、0.6mg/kg、0.5mg/kg、0.4mg/kg、0.3mg/kg、0.2mg/kg、又は0.1mg/kgである。
本明細書に記載される方法の何れかにおいて、少なくとも1つの抗体、その抗原結合断片、又は抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)、抗体薬物複合体、又は医薬組成物(例えば、本明細書に記載される抗体、抗原結合断片、抗体薬物複合体、又は医薬組成物の何れか)、及び任意選択で少なくとも1つの追加の治療剤を、対象に少なくとも週1回(例えば、週1回、週2回、週3回、週4回、1日1回、1日2回、又は1日3回)投与することができる。幾つかの実施形態において、少なくとも2つの異なる抗体及び/又は抗原結合断片は、同じ組成物(例えば、液体組成物)で投与される。幾つかの実施形態において、少なくとも1つの抗体、その抗原結合断片、抗原結合タンパク質構築物(例えば、二重特異性抗体)又は抗体薬物複合体、及び少なくとも1つの追加の治療剤は、同じ組成物(例えば、液体組成物)で投与される。幾つかの実施形態において、少なくとも1つの抗体又は抗原結合断片及び少なくとも1つの追加の治療剤は、2つの異なる組成物(例えば、少なくとも1つの抗体又は抗原結合断片を含む液体組成物及び少なくとも1つの追加の治療剤を含む固体経口組成物)で投与される。幾つかの実施形態において、少なくとも1つの追加の治療剤は、丸剤、錠剤又はカプセル剤の形態で投与される。幾つかの実施形態において、少なくとも1つの追加の治療剤は、持続放出経口製剤として投与される。
幾つかの実施形態において、1つ又は複数の他の治療剤は、少なくとも1つの抗体、抗原結合抗体断片、抗体薬物複合体、又は医薬組成物(例えば、本明細書に記載される抗体、抗原結合抗体断片、又は医薬組成物の何れか)の投与前又は投与後に対象に投与され得る。幾つかの実施形態において、1つ又は複数の追加の治療剤及び少なくとも1つの抗体、抗原結合抗体断片、抗体薬物複合体、又は医薬組成物(例えば、本明細書に記載される抗体、抗原結合抗体断片、又は医薬組成物の何れか)は、対象における1つ又は複数の追加の治療剤及び当該少なくとも1つの抗体又は抗原結合断片(例えば、本明細書に記載される抗体、抗原結合抗体断片、又は医薬組成物の何れか)の生物学的活性期間が重複するように、対象に投与される。
幾つかの実施形態において、少なくとも1つの抗体、抗原結合抗体断片、抗体薬物複合体、又は医薬組成物(例えば、本明細書に記載される抗体、抗原結合抗体断片、又は医薬組成物の何れか)は、延長された期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月、12ヶ月、1年、2年、3年、4年又は5年の期間)にわたって対象に投与され得る。熟練した医療専門家は、本明細書に記載される方法の何れかを使用して、治療有効性を診断又は追跡する(例えば、がんの少なくとも1つの症状を観察する)ために、治療期間の長さを決定し得る。本明細書に記載されるように、熟練した医療専門家は更に、対象に投与される抗体若しくは抗原結合抗体断片、抗体薬物複合体(及び/又は1つ又は複数の追加の治療剤)の同一性及び数を変更(例えば、増加又は減少)することができ、対象に投与される少なくとも1つの抗体若しくは抗原結合抗体断片(及び/又は1つ又は複数の追加の治療剤)の用量又は頻度を、治療有効性の評価に基づいて(例えば、本明細書に記載され、当技術分野で公知の方法の何れかを使用して)調節(例えば、増加又は減少)することができる。
幾つかの実施形態において、1つ又は複数の追加の治療剤を対象に投与することができる。当該追加の治療剤は、B-Raf阻害剤、EGFR阻害剤、MEK阻害剤、ERK阻害剤、K-Ras阻害剤、c-Met阻害剤、未分化リンパ腫キナーゼ(ALK)阻害剤、ホスファチジルイノシトール3-キナーゼ(PI3K)阻害剤、Akt阻害剤、mTOR阻害剤、二重PI3K/mTOR阻害剤、ブルトンチロシンキナーゼ(BTK)阻害剤、及びイソクエン酸デヒドロゲナーゼ1(IDH1)及び/又はイソクエン酸デヒドロゲナーゼ2(IDH2)阻害剤からなる群より選ばれた1つ又は複数の阻害剤を含み得る。幾つかの実施形態において、追加の治療剤は、インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ-1(IDO1)阻害剤(例えば、epacadostat)である。
幾つかの実施形態において、追加の治療剤は、HER3阻害剤、LSD1阻害剤、MDM2阻害剤、BCL2阻害剤、CHK1阻害剤、活性化ヘッジホッグシグナル伝達経路(hedgehog signaling pathway)の阻害剤、及びエストロゲン受容体を選択的に分解する薬剤からなる群より選ばれた1つ又は複数の阻害剤を含み得る。
幾つかの実施形態において、追加の治療剤は、トラベクテジン(Trabectedin)、ナブパクリタキセル(nab-paclitaxel)、トレバナニブ(Trebananib)、パゾパニブ(Pazopanib)、セディラニブ(Cediranib)、パルボシクリブ(Palbociclib)、エベロリムス(everolimus)、フルオロピリミジン、IFL、レゴラフェニブ(regorafenib)、Reolysin、アリムタ(Alimta)、Zykadia、Sutent、テムシロリムス(temsirolimus)、アキシチニブ(axitinib)、ソラフェニブ(sorafenib)、Votrient、IMA-901、AGS-003、カボザンチニブ(cabozantinib)、ビンフルニン(Vinflunine)、Hsp90阻害剤、Ad-GM-CSF、テモゾロミド(Temazolomide)、IL-2、IFNa、ビンカリン、サリドマイド(Thalomid)、ダカルバジン(dacarbazine)、シクロホスファミド(cyclophosphamide)、レナリドマイド(lenalidomide)、アザシチジン(azacytidine)、ボーテゾミッド(bortezomid)、アムルビシン(amrubicin)、カルフィルゾミブ(carfilzomib)、プララトレキサート(pralatrexate)及びエンザスタウリン(enzastaurin)からなる群より選ばれた1つ又は複数の治療剤を含み得る。
幾つかの実施形態において、追加の治療剤は、アジュバント、TLRアゴニスト、腫瘍壊死因子(TNF)α、IL-1、HMGB1、IL-10アンタゴニスト、IL-4アンタゴニスト、IL-13アンタゴニスト、IL-17アンタゴニスト、HVEMアンタゴニスト、ICOSアゴニスト、CX3CL1標的治療、CXCL9標的治療、CXCL10標的治療、CCL5標的治療、LFA-1アゴニスト、ICAM1アゴニスト、及びセレクチンアゴニストからなる群より選ばれた1つ又は複数の治療剤を含み得る。
幾つかの実施形態において、カルボプラチン、アルブミン結合パクリタキセル、シスプラチン、ペメトレキセド、ゲムシタビン、FOLFOX、又はFOLFIRIを対象に投与する。
幾つかの実施形態において、追加の治療剤は抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗LAG-3抗体、抗TIGIT抗体、抗BTLA抗体又は抗GITR抗体である。
幾つかの実施形態において、PD1/CD40二重特異性抗体は、PD-1発現細胞(例えば、T細胞)の非存在下では、抗原提示細胞(APC)においてCD40シグナル伝達経路を効果的に活性化することができない。
幾つかの実施形態において、PD1/CD40二重特異性抗体は、PD-1発現細胞の存在下でCD40シグナル伝達経路を効果的に活性化することができる。
医薬組成物及び投与経路
本明細書は、本明細書に記載される抗原結合タンパク質構築物、抗体(例えば二重特異性抗体)、抗原結合断片、又は抗体薬物複合体のうちの少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ、3つ又は4つ)を含む医薬組成物を更に提供する。本明細書に記載の抗原結合タンパク質構築物、抗体、抗原結合断片、又は抗体薬物複合体のうちの何れか2つ又はそれ以上(例えば、2つ、3つ又は4つ)は、任意の組合せで医薬組成物中に存在し得る。医薬組成物は、当該技術分野で公知の任意の方法で製剤化され得る。
医薬組成物は、意図される投与経路(例えば、静脈内、動脈内、筋肉内、皮内、皮下、又は腹腔内)と適合するように製剤化される。組成物は、滅菌希釈剤(例えば、滅菌水又は生理食塩水)、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール又は他の合成溶媒、抗菌剤又は抗真菌剤(ベンジルアルコール又はメチルパラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど)、抗酸化剤(アスコルビン酸又は亜硫酸水素ナトリウムなど)、キレート剤(エチレンジアミン四酢酸など)、緩衝剤(酢酸塩、クエン酸塩、又はリン酸塩など)、及び等張化剤(糖(例えば、グルコース)、ポリオール(例えば、マンニトール又はソルビトール)、又は塩(例えば、塩化ナトリウム))、又はそれらの任意の組合せを含み得る。リポソーム懸濁液はまた、薬学的に許容されるベクターとして使用され得る(例えば、米国特許第4,522,811号を参照)。組成物の製剤は、アンプル、使い捨て注射器、又は多用量のバイアルに製剤化及び封入してもよい。所望により(例えば、注射用製剤において)、適切な流動性は、例えば、コーティング(例えば、レシチン)又は界面活性剤の使用により維持され得る。抗体又はその抗原結合断片の吸収は、吸収を遅延させる薬剤(例えば、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチン)を含むことによって延長され得る。或いは、制御放出は、インプラント及びマイクロカプセル化送達システムによって達成されてもよく、それは、生分解性の生体適合性ポリマー(例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル及びポリ乳酸、Alza社及びNova製薬社)を含むことができる。
本明細書に記載される抗原結合タンパク質構築物、抗体、抗原結合断片、抗体薬物複合体のうちの何れか1つ又は複数を含む組成物は、投与単位形態(即ち、投与及び投与均一性を容易にするために、所定の量の活性化合物を含む物理的に別個の単位)での非経口(例えば、静脈内、動脈内、筋肉内、皮内、皮下、又は腹腔内)投与のために製剤化されてもよい。
標準的な医薬的方法によって細胞培養物又は実験動物(例えば、サル)において組成物の毒性及び治療効果を決定することができる。LD50(50%集団致死用量)及びED50(50%集団治療上有効な用量):治療指数はLD50:ED50の比率として決定され得る。高い治療指数を示す薬剤が好ましい。薬物が望ましくない副作用を示す場合、潜在的な損傷を最小限にする(即ち、望ましくない副作用を低減する)ことに留意すべきである。毒性及び治療効果は、他の標準的な医薬的方法によって決定することができる。
細胞培養アッセイ及び動物研究から得られるデータは、対象(例えば、ヒト)に対する任意の所定の薬剤の適切な用量を製剤化するために用いられ得る。1つ又は複数(例えば、1つ、2つ、3つ又は4つ)の抗原結合タンパク質構築物、抗体又はその抗原結合断片(例えば、本明細書に記載される抗体又は抗体断片の何れか)の治療有効量は、対象(例えば、がんを有すると同定されたヒト対象)又は疾患リスクがあると同定された対象(例えば、以前にがんを有していたが、現在治癒していた対象)における疾患を治療する(例えば、がん細胞を死滅させる)、対象(例えば、ヒト)における疾患の1つ又は複数の病状の重症度、頻度及び/又は持続時間を低減する量である。本明細書に記載される抗原結合タンパク質構築物、抗体又は抗原結合断片の何れかの有効性及び用量は、当該技術分野で公知の方法を用いて、医療従事者や獣医師によって、並びに対象(例えば、ヒト)における疾患の1つ又は複数の病状を観察することによって決定され得る。特定の因子は、対象の有効な治療のために必要とされる用量及びスケジュール(例えば、疾患又は病状の重症度、以前の治療、対象の一般的な健康状況及び/又は年齢、並びに他の疾患の存在)に影響を与え得る。
例示的な用量は、ミリグラム又はマイクログラム量の本明細書に記載される抗原結合タンパク質構築物、抗体又は抗原結合断片又は抗体薬物複合体の何れか/キログラムの対象の体重(例えば、約1μg/kgから約500mg/kg、約100μg/kgから約500mg/kg、約100μg/kgから約50mg/kg、約10μg/kgから約5mg/kg、約10μg/kgから約0.5mg/kg、又は約0.1mg/kgから約0.5mg/kg)を含む。これらの用量は広い範囲を包含するが、当業者は、治療剤(抗原結合タンパク質構築物、抗体及びその抗原結合断片を含む)の薬効が様々であり、且つ有効量が当該技術分野で公知の方法によって決定され得ることを理解するであろう。通常、まず比較的低い用量を投与し、その後、適切な応答が達成されるまで、主治医である医療従事者や獣医師(治療用途の場合)又は研究者(開発段階で依然として取り組んでいる場合)が用量を徐々に増加させることができる。更に、任意の特定の対象の具体的な用量レベルは、使用される具体的な化合物の活性、対象の年齢、体重、一般的な健康状況、性別及び飲食、投与時間、投与経路、排出速度及び抗体又は抗体断片のインビボでの半減期を含む、様々な因子に依存することが理解されるべきである。
医薬組成物は、使用明細書と共に容器、包装又はディスペンサーに含まれてもよい。本開示はまた、本明細書に記載される様々な用途のための抗体又はその抗原結合断片又は抗体?薬物複合体を製造する方法を提供する。
実施例
本発明を以下の実施例に更に説明するが、これらの実施例は特許請求の範囲に記載される本発明の範囲を限定するものではない。
実施例1:抗PD-1/CD40二重特異性抗体の製造
2つの抗PD-1/CD40二重特異性抗体(BsAb)を設計した。図1Aに示すように、Fab-ScFV-IgG BsAbは、重鎖及び軽鎖を含む抗PD-1アームと、IgGのCH2及びCH3ドメインに連結された一本鎖可変断片(scFv)を含む抗CD40アームと、を有する。図1Bに示すように、ScFV-HC-IgG BsAbは、抗PD-1モノクローナル抗体の重鎖C末端のそれぞれに連結された抗CD40 scFvを有する。PD-1抗体1A7に関連する配列は、PCT/CN2018/077016に記載されており、それは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。CD40抗体6A7に関連する配列は、PCT/CN2018/096494に記載されており、それは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
BsAbの各ポリペプチド鎖を発現するベクターをCHO細胞に共トランスフェクトした。培養14日後、細胞上清を収集し、且つプロテインAアフィニティークロマトグラフィーにより、更にサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)により精製し、二重特異性抗体を得た。二重特異性抗体の定常領域は、ヒトIgG1又はIgG4から選ばれた。特に、IgG1はまた、Fc受容体結合親和性を低下させるために、突然変異、例えばLALA(L234A/LS235A)突然変異を導入した。これらのFc突然変異は、抗体エフェクター機能を最小化することによって抗体の安全性を改善することができる。
これらの抗体を発現するための各種ベクターを製造して以下の実験を行った。以下の実験では、Fab-ScFV-IgG及びScFV-HC-IgGにおける抗PD-1のVH及びVLは、抗PD1抗体1A7-H2K3に由来する。抗CD40 ScFVのVH及びVLは、6A7-H4K2抗CD40抗体に由来する。
Fab-ScFV-IgG抗体では、またノブイントホール(KIH)突然変異を定常領域に導入した。Fab-ScFV-IgG4のPD-1アームは、1A7-H2K3のVHと、KIH突然変異を有するIgG4定常領域(配列番号41及び150)と、を含む。ScFVアームは、6A7-H4K2のVH及びVL(配列番号108及び110、又は配列番号126及び127)と、対応するKIH突然変異を有するIgG4定常領域(配列番号151)と、を含む。ScFV-HC-IgGでは、リンカー配列を利用して抗CD40 ScFVを抗PD-1抗体のC末端に付加した。
図2A~図2Bに示すように、非還元ゲル電気泳動(6%分離ゲル)で精製されたBsAbを検出した。1レーンあたり2 μgのタンパク質を加えた。結果は、全てのBsAbが発現され、且つ正しく組み立てられていることを示している。
実施例2:抗体結合親和性
BsAbのヒトPD-1(hPD-1)又はヒトCD40(hCD40)への結合親和性は、Biacore系により決定された。ヒトPD-1タンパク質(ヒトPD-1/PDCD1タンパク質、Hisタグ)及びヒトCD40タンパク質(ヒトCD40/TNFRSF5タンパク質、Hisタグ)は、何れもACRO Biosystemsから購入し、カタログ番号は、それぞれPD1-H5221及びCD0-H5228であった。結果を以下の表にまとめる。
Figure 2023545521000002
Figure 2023545521000003
結果は、2種類のタイプの二重特異性抗体が何れも親モノクローナル抗体と同等の結合親和性を有することを示している。従って、Fc領域突然変異(例えば、LALA突然変異)は、結合親和性に影響を及ぼさない。
実施例3:Jurkat-luc-hPD1レポーター細胞活性化アッセイ
BsAb Fab-ScFV-IgG4及びScFV-HC-IgG4がPD-1/PD-L1経路を遮断できるか否かを試験するために実験を行った。
基底細胞CHO-aAPC-hPD-L1(Promega、カタログ番号:J1255)を96ウェルプレート(細胞密度:4×104個細胞/ウェル)に接種し、且つ37℃で一晩インキュベートした。二重特異性抗体Fab-ScFV-IgG4、ScFV-HC-IgG4及び抗PD-1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4を(3倍)連続希釈し、最高濃度を100 μg/mLとした。アッセイバッファーは、10%ウシ胎児血清(FBS)を補充したRPMI 1640培地であった。翌日、エフェクター細胞Jurkat-Luc-hPD-1(Promega、カタログ番号:J1255)を120 gで10分間遠心分離し、次いで96ウェルプレート(細胞密度5×104個細胞/ウェル)に接種した。次いで、CHO-aAPC-hPD-L1を接種した培養プレート上清を廃棄し、次いで50 μL Jurkat-Luc-hPD-1細胞を25 μL抗体と共に各ウェルに加えた。上記96ウェルプレートを37℃のインキュベーターで6時間インキュベートした。インキュベート後、培養プレートを取り出し、75 μLのBio-liteルシフェラーゼ検出試薬(ヴァゼムバイオテック社、カタログ番号:DD1201-02-AB)を加え、室温で5-10分間インキュベートした。次いで培養プレートを発光検出器に入れて蛍光信号を検出した。抗体がPD-1とPD-L1との間の相互作用を遮断できる場合、エフェクター細胞は、シグナルを報告する。
図3及び表3に示すように、BsAbは、何れもPD-1/PD-L1経路に対する遮断作用を示している。Fab-ScFV-IgG4が単一の抗PD-1アームでPD-1に結合するので、1A7-H2K3-IgG4及びScFV-HC-IgG4が2本の抗PD-1アームを採用した場合に比べて、Fab-ScFV-IgG4のEC50値は、相対的に高い。
Figure 2023545521000004
実施例4:二重特異性抗体のT細胞/APC細胞架橋効果
以下では、BsAb Fab-ScFV-IgG4及びScFV-HC-IgG4がT細胞及びAPC細胞を架橋できるか否かを試験するために、レポーター細胞を用いて実験を行った。
基底細胞CHO-K1-hPD1を96ウェルプレート(細胞密度:5×104個細胞/ウェル)に接種し、且つ37℃で一晩インキュベートした。BsAb Fab-ScFV-IgG4及びScFV-HC-IgG4を(3倍)連続希釈し、最高濃度を5 μg/mLとした。同時に、抗PD-1抗体1A7-H2K3-IgG4及び抗CD40抗体6A7-H4K2-IgG2を1:1の割合で組み合わせ、次いで(3倍)連続希釈し、最高濃度を10 μg/mL(モノクローナル抗体1種あたり5 μg/mL)とした。アッセイバッファーは、10%ウシ胎児血清(FBS)を補充したRPMI 1640培地であった。翌日、エフェクター細胞Jurkat-Luc-hCD40(Promega、カタログ番号:JA2125)を120 gで10分間遠心分離し、次いで96ウェルプレート(細胞密度5×104個細胞/ウェル)に接種した。次いで、CHO-K1-hPD1を接種した培養プレート上清を廃棄し、次いで50 μL Jurkat-Luc-hCD40細胞を25 μL抗体と共に各ウェルに加えた。上記96ウェルプレートを37℃のインキュベーターで6時間インキュベートした。インキュベート後、培養プレートを取り出し、75 μLのBio-liteルシフェラーゼ検出試薬(ヴァゼムバイオテック社、カタログ番号:DD1201-02-AB)を加え、室温で5-10分間インキュベートした。次いで培養プレートを発光検出器に入れて蛍光信号を検出した。
図4Aに示すように、CHO-K1-hPD1細胞が存在する場合、Fab-ScFV-IgG4及びScFv-HC-IgG4は、何れもレポーター細胞をトランス活性化する。対照的に、モノクローナル抗体の組み合わせは、レポーター細胞を活性化しない。これは、CD40の活性化にはCD40の凝集が必要であるが、この凝集が基底細胞によって促進されるからであると考えられる。図4Bに示すように、CHO-K1-hPD1が存在しない場合、BsAb及びモノクローナル抗体の組み合わせは、何れもレポーター細胞を活性化しない。EC50値を下記表に示す。従って、試験された二重特異性抗体は、T細胞及びAPC細胞を架橋することができる。
Figure 2023545521000005
ここで、Jurkat-Luc-hCD40細胞は、PD-1を発現せず、且つAPC細胞(例えば、樹状細胞又はマクロファージ)におけるCD40経路の活性化を検証するために用いられる。T細胞(例えば、PD-1又は他の標的を発現する)及びAPC細胞は、BsAbの架橋によってAPC細胞上のCD40凝集を刺激し、それによって腫瘍微小環境における免疫応答シグナルを増幅することができる。結果は、二重特異性抗体によるCD40経路の活性化は、PD-1を発現する細胞とのそれらの架橋効果に依存することも示している。PD-1を発現する免疫細胞が腫瘍微小環境に動員され、且つPD-1発現が通常腫瘍微小環境において上方制御されるので、当該機序は免疫活性化を腫瘍微小環境にかなり制限し、且つ肝臓における毒性などの副作用を低減することもできる。更に、腫瘍排出リンパ節は、抗原提示細胞と、PD-1を発現するT細胞と、を有する。二重特異性抗体は、腫瘍排出リンパ節における免疫応答を効果的に増加させることができる。同時に、それは、制御性T細胞(Treg)の抑制活性を抑制し、それによって系の寛容性を抑制することができる。
実施例5:Fc受容体媒介性レポーター細胞活性化アッセイ
BsAb Fab-ScFV-IgG4及びScFV-HC-IgG4がFcR架橋によって(例えば、FCγRIIB受容体によって)レポーター細胞を活性化できるか否かを試験するために、実験を行った。
基底細胞CHO-K1-hFcγRIIB(Promega、カタログ番号:JA2251)を96ウェルプレート中(細胞密度:5×104個細胞/ウェル)に接種し、且つ37℃で一晩インキュベートした。抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2及び二重特異性抗体Fab-ScFV-IgG4、ScFV-HC-IgG4を(3倍)連続希釈し、最高濃度を10μg/mLとした。アッセイバッファーは、10%ウシ胎児血清(FBS)を補充したRPMI 1640培地であった。翌日、エフェクター細胞Jurkat-Luc-hCD40(Promega、カタログ番号:JA2251)を120 gで10分間遠心分離し、次いで96ウェルプレート(細胞密度5×104個細胞/ウェル)に接種した。次いで、CHO-K1-hFcγRIIBを接種した培養プレート上清を廃棄し、次いで50μL Jurkat-Luc-hCD40細胞を25μL抗体と共に各ウェルに加えた。上記96ウェルプレートを37℃のインキュベーターで6時間インキュベートした。インキュベート後、培養プレートを取り出し、75 μLのBio-liteルシフェラーゼ検出試薬(ヴァゼムバイオテック社、カタログ番号:DD1201-02-AB)を加え、室温で5-10分間インキュベートした。次いで培養プレートを発光検出器に入れて蛍光信号を検出した。
図5及び表5に示すように、CHO-K1-hFcγRIIB細胞が存在する場合、Fab-ScFV-IgG4は、レポーター細胞を活性化し、そのEC50は、抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2に相当する。しかしながら、ScFV-HC-IgG4は、FCγRIIB受容体媒介性レポーター細胞活性化を示さなかった。
Figure 2023545521000006
CD40抗体6A7-H4K2-IgG2は、FCγRIIB受容体架橋によってレポーター細胞を活性化することができる。しかしながら、抗CD40 scFvがFc領域に連結される場合、FCγRIIBは、FCγRIIB媒介性凝集によってCD40経路を活性化できない。ScFV-HC-IgG4がFCγRIIB受容体媒介性レポーター細胞活性化を示さないので、ScFV-HC-IgG4は、高レベルのFCγRIIBを発現する組織における毒性、例えば肝臓における毒性を効果的に低減することができる。
表6は、2種類の二重特異性抗体Fab-ScFV-IgG及びScFV-HC-IgGのインビトロ活性をまとめる。CHO-K1-hPD1細胞が存在する場合、ScFV-HC-IgG4がAPC細胞においてCD40経路の活性化を示すが、FCγRIIB受容体媒介性T細胞活性化を示さないので、ScFV-HC-IgG4及びFab-ScFV-IgG4は何れもFcR非依存性方式でがんを効果的に治療することができる。
Figure 2023545521000007
実施例6:ScFV-HC-IgGサブタイプによるレポーター細胞の活性化
ScFV-HC-IgGのサブタイプ(ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAを含む)がPD-1を発現する基底細胞の存在下でレポーター細胞を活性化できるか否かを試験するために、当該実験を行った。当該実験は、実施例4に記載のステップと同様に行ったが、Jurkat-hPD1で基底細胞CHO-K1-hPD1を置換する点が異なる。図6Aでは基底細胞は用いられなかった。図6B及び表7に示すように、BsAb ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALA並びに抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2は、何れもレポーター細胞を活性化した。
Figure 2023545521000008
CHO-K1-hFcγRIIB細胞の存在下でのレポーター細胞の活性化も評価した。図6Cに示すように、ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAは、何れもFCγRIIB受容体媒介性レポーター細胞活性化を示さず、これは、図5に示した結果と一致した。従って、ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAは、主にPD-1を発現する細胞に依存してAPC細胞におけるCD40経路を活性化する。
実施例7:腫瘍の増殖を抑制する二重特異性抗体のインビボ試験
二重特異性抗体をインビボで試験してヒトにおけるこれらの抗体の作用を予測するために、ヒト化CD40マウスモデルを準備した。ヒト化CD40マウスモデルは、キメラCD40タンパク質(配列番号97)を発現するように工学化されており、ここでマウスCD40タンパク質の細胞外領域が対応するヒトCD40細胞外領域に置換された。マウスCD40のアミノ酸残基20-192(配列番号96)は、ヒトCD40のアミノ酸残基20-192(配列番号95)で置換された。CD40ヒト化マウスをPD-1ヒト化マウスと交配させることによって、二ヒト化CD40/PD-1マウスモデルも作製した。ヒト化PD1マウスモデルは、キメラPD1タンパク質(配列番号39)を発現するように工学化されており、ここでマウスPD1タンパク質の細胞外領域が対応するヒトPD1細胞外領域に置換された。マウスPD1のアミノ酸残基31-141(配列番号38)は、ヒトPD1のアミノ酸残基31-141(配列番号37)で置換された。
ヒト化マウスモデル(例えば、B-hCD40マウス)又は二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)は、ヒトとマウスCD40又はPD-1を発現する通常のマウスとの臨床結果の差を有意に減少させることにより、臨床環境における新しい治療方法を試験するための新しいツールを提供する。ヒト化CD40、ヒト化PD-1又は二ヒト化CD40/PD-1マウスモデルに関する詳細な説明は、PCT/CN2018/091845及びPCT/CN2017/090320を参照することができ、これらの特許の各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
BsAb抗結腸がんのインビボ結果
結腸がんモデルにおいて二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAのインビボでの腫瘍増殖に対する作用を試験した。MC-38腫瘍細胞(結腸腺がん細胞)をCD40ヒト化B-hCD40マウスに皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が100 mm3~150 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた。
各群において、B-hCD40マウスに生理食塩水(PS)(G1)、4 mg/kg ScFV-HC-IgG4(G2)又は4 mg/kg ScFV-HC-IgG1-LALA(G3)を腹腔内注射(i.p.)によりそれぞれ注射した。投与頻度は、週2回(計4回投与)であった。
マウスの体重に基づいて4 mg/kgで注射体積を計算した。腫瘍の長軸及び短軸の長さを測定し、且つ0.5×(長軸)×(短軸)2で腫瘍の体積を計算した。以下の時間:注射前、マウスを異なる群に分けたとき(最初の抗体注射前)、抗体注射中(週2回)及び安楽死前のときにマウスの体重を測定した。
TGI(%)=[1-(Ti-T0)/(Vi-V0)]×100%を用いて腫瘍増殖阻害率(TGI%)を計算した。Tiは、i日目の治療群における平均腫瘍体積である。T0は、0日目の治療群における平均腫瘍体積である。Viは、i日目の対照群における平均腫瘍体積である。V0は、0日目の対照群における平均腫瘍体積である。
t検定を採用して統計学的分析を行った。60%超のTGI%は、腫瘍増殖が有意に抑制されたことを示す。P<0.05は、有意差を示す閾値である。
Figure 2023545521000009
処理の全期間にわたってマウスの体重をモニターした。異なる群においてマウスの平均体重は、種々の程度で増加した(図7及び図8)。処理期間の終了時に、異なる群間で有意な体重差は観察されなかった。結果は、ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAがマウスに対して寛容性に優れ、明らかな毒性がないことを示している。
ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAで処理した群における腫瘍体積は、図9に示される。20日目(群分け後20日目)のTGI%も下記表に示すように計算した。
Figure 2023545521000010
結果は、ヒトPD-1を発現する細胞が存在しない場合、二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAが腫瘍増殖を抑制しないことを示している。
BsAb抗黒色腫のインビボ結果
黒色腫モデルにおいて二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAのインビボでの腫瘍増殖に対する作用を試験した。ヒトPD-L1を発現するB16F10細胞(黒色腫細胞)(B16F10-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が100 mm3~150 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた。
各群において、B-hPD-1/hCD40マウスに生理食塩水(PS)(G1)、3 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4(G2)、3 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(G3)、4 mg/kg ScFV-HC-IgG1-LALA(G4)、4 mg/kg ScFV-HC-IgG4(G5)、3 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4及び3 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2の組み合わせ(G6)又は4 mg/kg二重特異性抗体PD-1-MOCK-ScFV-HC-IgG4(G7)を腹腔内注射(i.p.)により注射した。BsAb PD-1-MOCK-ScFV-HC-IgG4は、ScFV-HC-IgGと同じ構造を有するが、scFvは、OX40を標的とし、CD40を標的としない。投与頻度は、週2回(計4回投与)であった。
マウスの体重に基づいて注射体積を計算した。腫瘍の長軸及び短軸の長さを測定し、且つ0.5×(長軸)×(短軸)2で腫瘍の体積を計算した。以下の時間:注射前、マウスを異なる群に分けたとき(最初の抗体注射前)、抗体注射中(週2回)及び安楽死前のときにマウスの体重を測定した。
t検定を採用して統計学的分析を行った。60%超のTGI%は、腫瘍増殖が有意に抑制されたことを示す。P<0.05は、有意差を示す閾値である。
Figure 2023545521000011
処理の全期間にわたってマウスの体重をモニターした。異なる群においてマウスの平均体重は、種々の程度で増加した(図10及び図11)。処理期間の終了時に、異なる群においてマウスの体重は増加した。
抗体で処理した群における腫瘍体積は、図12に示される。下記表に示すように14日目及び21日目(群分け後14又は21日)のTGI%も計算した。P値は、21日目のデータに基づくものである。図12には25日目のデータも含まれている。
Figure 2023545521000012
結果は、モノクローナル抗体に比べて、二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4及びScFV-HC-IgG1-LALAが高いTGI%で腫瘍増殖を抑制することを示している。特に、4 mg/kgのScFV-HC-IgG4(G5)及びScFV-HC-IgG1-LALA(G4)は、6 mg/kgの抗PD1及び抗CD40抗体の組み合わせ(G6)に比べて同様のTGI%を有する。結果はまた、抗CD40 scFvドメインが腫瘍抑制に対して相乗的効果を有することを示している。
更に、PD-1-MOCK-ScFV-HC-IgG4(G7)のTGI%は、抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4(G2)のTGI%と同程度であるが、(例えば、21日目に)ScFV-HC-IgG4(G5)及びScFV-HC-IgG1-LALA(G4)のTGI%よりも遥かに低い。これは、ScFV-HC-IgG4(G5)及びScFV-HC-IgG1-LALA(G4)誘導性の腫瘍抑制作用がPD-1を発現する細胞(例えば、T細胞)及びCD40を発現する細胞(例えば、APC細胞)の架橋によって部分的に誘導されることを示している。
BsAb抗結腸がんのインビボ結果
結腸がんモデルにおいて二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4、ScFV-HC-IgG1-LALA及びFab-ScFV-IgG4のインビボでの腫瘍増殖に対する作用を試験した。ヒトPD-L1を発現するMC-38腫瘍細胞(結腸腺がん細胞)(MC38-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約400 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり7匹)。
各群において、B-hPD-1/hCD40マウスに生理食塩水(NC;G1)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4(G2)、1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(G3)、1.35 mg/kg ScFV-HC-IgG4(G4)、1 mg/kg Fab-ScFV-IgG4(G5)又は1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4及び1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2の組み合わせ(Combo(PD-1+CD40);G6)を腹腔内注射(i.p.)により注射した。投与頻度は、週2回(計5回投与)であった。詳細な情報は、下記表に示すとおりである。
Figure 2023545521000013
マウスの体重に基づいて注射体積を計算した。腫瘍の長軸及び短軸の長さを測定し、且つ0.5×(長軸)×(短軸)2で腫瘍の体積を計算した。
上記群におけるマウスの群分け後25日の腫瘍体積は、図13に示される。結果は、二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4及びFab-ScFV-IgG4が腫瘍増殖を抑制することを示している。特に、ScFV-HC-IgG4(G4;1.35 mg/kg)及びFab-ScFV-IgG4(G5;1 mg/kg)は、2 mg/kg 抗PD1及び抗CD40抗体の組み合わせ(G6)に比べて同様のTGITV%を有する。
異なる実験において、ScFv-HC-IgG1-LALA及び抗PD-1モノクローナル抗体KeytrudaR(ペムブロリズマブ)(VH配列番号207;VL配列番号208)も含まれる。
各群において、B-hPD-1/hCD40マウスに生理食塩水(NC;G1)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4(G2)、1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(G3)、1.35 mg/kg ScFV-HC-IgG4(G4)、1 mg/kg ScFV-HC-IgG1-LALA(G5)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4及び1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2の組み合わせ(Combo(PD-1+CD40);G6)又は1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体ペムブロリズマブ及び1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2の組み合わせ(Combo(ペムブロリズマブ+CD40);G7)を腹腔内注射(i.p.)により注射した。投与頻度は、週2回(計5回投与)であった。詳細な情報は、下記表に示すとおりである。
Figure 2023545521000014
処理の全期間にわたってマウスの体重をモニターした。異なる群においてマウスの平均体重は、種々の程度で増加した(図14及び図15)。処理期間の終了時に、異なる群においてマウスの体重は増加した。
抗体で処理した群における腫瘍体積は、図16に示される。下記表に示すように18日目及び25日目(群分け後18及び25日)のTGI%も計算した。対照群では、大量のマウスが死亡したため、25日目のP値は利用できなかった。下記表におけるP値は、18日目のデータから計算された。
Figure 2023545521000015
結果は、ScFV-HC-IgG1-LALA(G5)が腫瘍増殖を抑制し、そのTGI%(例えば18日目に)ScFV-HC-IgG4(G4)よりも高いことを示している。更に、1A7-H2K3-IgG4と6A7-H4K2-IgG2との組み合わせ(G6)は、ペムブロリズマブと6A7-H4K2-IgG2との組み合わせ(G7)に比べて同等の腫瘍抑制作用を示した。
実施例8:二重特異性抗体毒性インビボ試験
結腸がんモデルにおいて二重特異性抗体ScFV-HC-IgG4のインビボ毒性を試験した。ヒトPD-L1を発現するMC-38腫瘍細胞(結腸腺がん細胞)(MC38-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約100 mm3-150 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり3匹)。
各群において、B-hPD-1/hCD40マウスにリン酸緩衝生理食塩水(PBS)(G1)、20 mg/kgセリクレルマブ(重鎖配列番号144、軽鎖配列番号145)(G2)、20 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(G3)、20 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4(G4)、26 mg/kg ScFV-HC-IgG4(G5)又は20 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4及び20 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2の組み合わせ(Combo;G6)を腹腔内注射(i.p.)によりそれぞれ注射した。投与頻度は、週3回(計3回投与)であった。詳細な情報は、下記表に示すとおりである。
Figure 2023545521000016
血液生化学試験
群分け後7日目及び13日目に、マウス血液を抽出してアラニントランスアミナーゼ(ALT)及びアスパラニントランスアミナーゼ(AST)レベルを試験した。図17A~図17Dに示すように、他の群のマウスに比べて、セリクレルマブ(G2)で処理したマウスは、最高レベルの血液ALT及びASTレベルを示した。更に、モノクローナル抗体(G3及びG4)又はその組み合わせ(G6)で処理したマウスに比べて、ScFV-HC-IgG4(G5)で処理したマウスは、同様のALT及びASTレベルを示した。
肝臓の病理組織検査
群分け後13日目に、マウス肝臓を単離して顕微鏡下で検査した。G1群及びG5群のマウスの肝臓には、有意な異常変化はなかった。G2群の3匹のマウスは何れも慢性炎症、例えば線維芽細胞増殖を示し、損傷程度は中等度であった。G3群では、3匹のマウスの肝臓は何れも限局性間質性炎症細胞浸潤を示し、損傷程度は軽度であった。G4群では、1匹のマウスの肝臓は、限局性血管周囲炎症性細胞浸潤を示し、損傷程度は軽度であった。G7群では、3匹のマウスの肝臓は何れも限局性間質性炎症細胞浸潤を示した。ここで1匹のマウスでは損傷程度が軽微であり、他の2匹のマウスでは損傷程度が軽度であった。
詳細な肝臓損傷程度を下記表に示す。損傷程度は、肝臓間質性/血管周囲炎症性細胞浸潤又は慢性肝臓炎症(主に線維芽細胞増殖)によって決定される。各群のマウスの肝臓及び腎臓の代表的な組織切片の画像を図17E~図17Jに示す。
Figure 2023545521000017
実施例9:PD1-C40-6A7-FV3Aの精製及びレポーター細胞活性化
PD1-C40-6A7-FV3Aの製造
図18Aに示すように、BsAb PD1-C40-6A7-FV3Aは、抗PD-1モノクローナル抗体の各重鎖CH3ドメインに融合する抗CD40 scFvを有する。具体的には、抗CD40 scFvは、抗PD-1モノクローナル抗体重鎖CH3ドメインの位置358から362(EU番号付けによる)に融合した。PD1-C40-6A7-FV3Aの融合重鎖配列は、配列番号161に示される。PD1-C40-6A7-FV3Aの軽鎖配列は、その親抗体PD1-1A7-H2K3-IgG4の軽鎖と同じであり、当該軽鎖は、配列番号141に示される。配列は、抗PD-1抗体1A7及び抗CD40抗体6A7に由来する。
図18Bに示すように、非還元ゲル電気泳動(6%分離ゲル)によって精製されたPD1-C40-6A7-FV3Aを検出した。ゲル上で単一のバンドが検出され(レーン4)、PD1-C40-6A7-FV3Aが高純度で発現されたことを示した。更に、PD1-C40-6A7-FV3Aの濃度を84μg/mLと測定した。
hCD40に対する結合親和性
BiacoreシステムによってヒトCD4(hCD40)に対する結合親和性を測定した。PD1-C40-6A7-FV3A及びその親モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2の結果を下記表にまとめる。
Figure 2023545521000018
結果は、PD1-C40-6A7-FV3Aが親モノクローナル抗体と同等の結合親和性を有することを示している。
Fc受容体媒介性レポーター細胞活性化アッセイ
PD1-C40-6A7-FV3AがFc受容体(例えば、FCγRIIB)によってレポーター細胞を活性化できるか否かを試験するために実験を行った。同様の実験ステップを実施例5に記載のように行った。
図18Cに示すように、CHO-K1-hFcγRIIB細胞が存在する場合、Fab-ScFV-IgG4及び抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2は何れもレポーター細胞を活性化した。しかしながら、PD1-C40-6A7-FV3Aは、FCγRIIB受容体媒介性レポーター細胞活性化を示さなかった。
結果は、抗CD40 scFvが抗PD-1抗体の重鎖CH3ドメインに融合する場合、Fc受容体(例えば、FCγRIIB)がFc受容体(例えば、FCγRIIB)媒介性凝集によってCD40経路を活性化できないことを示している。PD1-C40-6A7-FV3AがFc受容体媒介性レポーター細胞活性化を示さないので、PD1-C40-6A7-FV3Aは、組織、特に高レベルFCγRIIBを発現する組織、例えば肝臓組織における毒性を効果的に低減することができる。
T細胞/APC細胞架橋効果
以下では、PD1-C40-6A7-FV3AがT細胞及びAPC細胞を架橋できるか否かを試験するために、レポーター細胞を用いて実験を行った。同様の実験ステップを実施例4に記載のように行った。
図18Dに示すように、CHO-K1-hPD1細胞が存在する場合、Fab-ScFV-IgG4及びPD1-C40-6A7-FV3Aは、何れもレポーター細胞をトランス活性化した。対照的に、モノクローナル抗体の組み合わせは、レポーター細胞を活性化しない。
結果は、PD1-C40-6A7-FV3AのCD40経路に対する活性化がPD-1を発現する細胞とのその架橋効果に依存することも示している。PD-1を発現する免疫細胞が腫瘍微小環境に動員され、且つPD-1発現が通常腫瘍微小環境において上方制御されるので、当該機序は免疫活性化を腫瘍微小環境にかなり制限し、且つ肝臓における毒性などの副作用を低減することもできる。更に、腫瘍排出リンパ節は、抗原提示細胞と、PD-1を発現するT細胞と、を有する。二重特異性抗体は、腫瘍排出リンパ節における免疫応答を効果的に増加させることができる。同時に、それは、制御性T細胞(Treg)の抑制活性を抑制し、それによって系の寛容性を抑制することができる。
FcRnに対する結合親和性
BiacoreRシステムによって新生児Fc受容体(FcRn)に対する結合親和性を測定した。PD1-C40-6A7-FV3A及び抗PD-1モノクローナル抗体1A7の結果を下記表にまとめる。
Figure 2023545521000019
結果は、PD1-C40-6A7-FV3AのFcRnに対する結合親和性が抗PD-1抗体(1A7-H2K3-IgG4)と同等であることを示し、抗CD40 scFvの抗PD-1抗体重鎖CH3ドメインの位置358から362(EU番号付けによる)領域における融合がFcRn結合に影響を及ぼさないことを示している。
実施例10:ScFV-HC-IgG1-LALAと市販の抗PD-1モノクローナル抗体との間の薬効比較
現在、米国食品医薬品局(FDA)及び中国医薬品局(NMPA)の承認を得た約10種類の抗PD-1モノクローナル抗体がある。承認された抗PD-1モノクローナル抗体は、メルク社(Merck & Co.)により開発されたKeytrudaR(ペムブロリズマブ)、ブリストル マイヤーズ スクイブ(Bristol Myers Squibb,BMS)により開発されたOpdivoR(ニボルマブ、VH配列番号209;VL配列番号210)、サノフィ(Sanofi S.A.)及び再生元製薬公司(Regeneron Pharmaceuticals, Inc.)により共同開発されたLibtayoR(セミプリマブ、VH配列番号185;VL配列番号186)、信達生物製薬公司(Innovent Biologics, Inc.)により開発されたTyvytR(シンチリマブ、VH配列番号183;VL配列番号184)、ベイジーン(BeiGene)により開発されたティスレリズマブ(BGB-A317,VH配列番号187;VL配列番号188)、及び君実生物により開発されたトリパリマブ(VH配列番号181;VL配列番号182)を含む。更に、臨床段階及び前臨床段階にある複数種類の抗PD-1モノクローナル抗体もある。当該実験では、二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALAのインビボ薬効をこれらの承認された抗PD-1モノクローナル抗体の薬効と比較した。
実験を以下のように行った。マウス黒色腫モデルにおいて5種類の抗PD-1抗体ペムブロリズマブ、セミプリマブ、シンチリマブ、ティスレリズマブ、トリパリマブ及び二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALAのインビボ腫瘍増殖の抑制作用を試験した。具体的には、ヒトPD-L1を発現するB16F10細胞(黒色腫細胞)(B16F10-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約100 mm3~150 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり7匹)。対照群では、B-hPD-1/hCD40マウスにPBS(G1)を注射した。治療群(G2-G7)では、B-hPD-1/hCD40マウスに3 mg/kgのペムブロリズマブ(G2)、3 mg/kgのセミプリマブ(G3)、3 mg/kgのシンチリマブ(G4)、3 mg/kgのティスレリズマブ(G5)、3 mg/kgのトリパリマブ(G6)又は4mg/kgの二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G7)を腹腔内注射(i.p.)によりそれぞれ注射した。投与頻度は、週2回(計4回投与)であった。腫瘍体積を週に2回測定し、且つマウスの体重を記録した。マウスの腫瘍体積が3000 mm3に達したときに安楽死させた。
Figure 2023545521000020
実験結果は、上記投与量及び頻度で、治療群マウスの全ての抗PD-1モノクローナル抗体及びScFV-HC-IgG1-LALAに対する寛容性が良好であることを示している。図27に示すように、全実験を通して、マウスの平均体重は、有意差がなかった。しかしながら、腫瘍体積(図28)について、二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G7)は、最もよい薬効(TGITV%)を示した。
Figure 2023545521000021
実施例11:ScFV-HC-IgG1-LALAのインビボ薬効及び毒性
多種類の腫瘍モデルにおいて二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALAのインビボ毒性及び薬効を試験した。例えば、B16F10-hPD-L1細胞を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が100 mm3~150 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり7匹)。
対照群G1では、B-hPD-1/hCD40マウスに生理食塩水(PS)を注射した。治療群G2-G7では、B-hPD-1/hCD40マウスに0.1 mg/kg~30 mg/kg(即ち、0.1 mg/kg、0.3 mg/kg、1 mg/kg、3 mg/kg、10 mg/kg又は30 mg/kg)の二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALAを腹腔内注射(i.p.)によりそれぞれ注射した。投与頻度は、週2回(計4回投与)であった。腫瘍体積を週に2回測定し、且つマウスの体重を記録した。マウスの腫瘍体積が3000 mm3に達したときに安楽死させた。実験は、群分け後70日目に終了した。
上記の結果と同様に、実験結果は、上記用量レベル及び投与頻度で、治療群マウスの異なる投与量のScFV-HC-IgG1-LALAに対する寛容性が非常に良好であり、且つ全実験を通してマウス体重の平均値に有意差がないことを示した。しかしながら、腫瘍体積(図29A)及びマウス生存率(図29B)について、TGITV%は増加傾向を示し、即ち用量レベルの増加と伴って、マウス生存率は有意に増加した。具体的には、群分け後21日目、マウスの生存数は、G1群(PBS)3匹、G2群(0.1 mg/kg)2匹、G3群(0.3 mg/kg)5匹、観察可能な治療効果(TGITV%=29.7%)を有し、G4群(1mg/kg)6匹、有意な治療効果(TGITV%=62.6%)を有し、G5群(3 mg/kg)7匹、2匹の腫瘍のないマウスを含み、有意な治療効果(TGITV%=78.3%)を有し、G6群(10 mg/kg)7匹、5匹の腫瘍のないマウスを含み、有意な治療効果(TGITV%=99.4%)を有し、及びG7群(30 mg/kg)7匹、4匹の腫瘍のないマウスを含み、有意な治療効果(TGITV%=87.3%)を有する。21日目までに残ったマウス(未生存マウス)は、腫瘍体積が3000 mm3を超えることにより安楽死させた。対照群における全てのマウスの群分け後21日は、何れも安楽死基準に達し、18日目及び21日目の腫瘍体積及びTGITV%、並びに実験期間の終了時(70日目)の生存状態は、以下のように要約した。
Figure 2023545521000022
実験期間の終了時に、腫瘍体積が大きすぎるため、G1~G4群における全てのマウスを安楽死させ、G5~G7群における生存マウスの数は、それぞれ2、4及び4であった。これは、二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALAのマウスにおける薬効が用量と相関することを示している。更に、ScFV-HC-IgG1-LALAのG6群(10 mg/kg)及びG7群(30 mg/kg)における治療効果は同様であり、10 mg/kgがScFV-HC-IgG1-LALAインビボでの飽和用量レベルであることを示している。
実施例12:腫瘍浸潤リンパ球(TIL)分析
TILs分析を以下のように行った。MC38-hPD-L1細胞を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。注射後11日目、14日目及び18日目、PBS(G1)、3 mg/kg抗PD-1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4(G2)、3 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(G3)、4 mg/kg二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G4)又は3 mg/kg抗PD-1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4及び3 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(G5)の組み合わせを腹腔内注射(i.p.)によりそれぞれ投与した。注射後21日目、対照群G1及び治療群G2-G5からの腫瘍組織のTILs分析を行った。試験結果を図30A~図30Cに示す。
同様の実験では、B16F10-hPD-L1細胞を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。注射後9日目及び13日目、PBS(G1)、3 mg/kg抗PD-1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4(G2)、3 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(G3)、4 mg/kg二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G4)又は3 mg/kg抗PD-1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4及び3 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(G5)の組み合わせを腹腔内注射(i.p.)によりそれぞれ投与した。注射後15日目、対照群G1及び治療群G2-G5からの腫瘍組織のTILs分析を行った。試験結果を図30D~図30Fに示す。
図30A-III及び図30D-IIIにおける結果によれば、MC38腫瘍モデル及びB16F10腫瘍モデルにおいて、対照群(G1)に比べて、二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA群(G4)は、T細胞におけるCD8+T細胞とTreg細胞との比率(CTLS/Tregs)を効果的に向上させた。
更に、PD-1発現の分析結果(図30B及び図30E)は、MC38腫瘍モデル及びB16F10腫瘍モデルにおいて、二重特異性抗体群(G4)におけるCD8+T細胞、Treg細胞、CD4+(非Treg)T細胞又はNK細胞におけるPD-1陽性細胞の割合がモノクローナル抗体群(G2又はG3)及び対照群(G1)に比べて有意に低下することを示している。特にB16F10腫瘍モデルにおいて、CD8+T細胞におけるPD-1陽性細胞の割合は有意に低下し(P<0.0001、図30E~図30I参照)、ScFV-HC-IgG1-LALAで処理した後、PD-1のこれらの細胞表面での発現が下方制御されることを示している。
骨髄由来細胞を更に分析した。MC38腫瘍モデルにおいて、白血球細胞(CD45+)における樹状細胞(DC)及び骨髄由来免疫抑制細胞(MDSC)のパーセントは、低下傾向を示した(図30C-I及び図30C-II)。対照的に、B16F10腫瘍モデルにおいて、白血球中のこの2つの細胞タイプ(CD45+)のパーセントは上昇傾向を示した(図30F-I及び図30F-II)。MC38腫瘍モデル(図30C-III及び図30C-IV)及びB16F10腫瘍モデル(図30F-III及び図30F-IV)におけるDC細胞活性化(CD80/CD86+DC及びMHCII+DC)の検出結果と組み合わせることにより、MC38腫瘍モデルにおいて、二重特異性抗体群(G4)は、モノクローナル抗体群(G2又はG3)及び抗体組み合わせ群(G5)に比べて殺傷T細胞増殖/浸潤促進作用及び骨髄由来の抑制細胞(骨髄由来免疫抑制細胞、MDSC)の割合低下作用がより良好であることが見出され、B16F10腫瘍モデルにおいて、二重特異性抗体群(G4)は、モノクローナル抗体群(G2又はG3)及び抗体組み合わせ群(G5)に比べて、主にDC細胞の増殖/浸潤及び活性化、並びにCD8+T細胞におけるPD-1割合の下方制御を促進した。MC38腫瘍モデルは、熱腫瘍の特徴を有する。結果は、熱腫瘍モデルにおいて、二重特異性抗体がCD8+T細胞の増殖及び浸潤を効果的に促進し、骨髄由来免疫抑制細胞の数を減少させることができることを示している。冷腫瘍特徴を有するB16F10-PDL1腫瘍モデルにおいて、二重特異性抗体は、DC細胞の増殖、浸潤及び活性化を効果的に促進し、且つPD1のCD8+T細胞における発現を下方制御できる。フローサイトメトリー分析の戦略を図31A~図31Bに示す。
実施例13:ScFV-HC-IgG構造における異なるPD-1抗体の置換
2種類の市販の抗PD-1モノクローナル抗体であるトリパリマブ及びペムブロリズマブを選択し、且つそれらの配列に従って、それらの可変領域でScFV-HC-IgG1-LALA二重特異性抗体の抗PD-1可変領域を置換した。得られた抗体をそれぞれトリパリマブ-6A7-HC-IgG1-LALA(重鎖配列は、配列番号162に示され、軽鎖配列は、配列番号163に示される)及びペムブロリズマブ-6A7-HC-IgG1-LALA(重鎖配列は、配列番号164に示され、軽鎖配列は、配列番号165に示される)と命名した。
以前のインビボ薬効実験と同様に、結腸がんマウスモデルにおいて二重特異性抗体トリパリマブ-6A7-HC-IgG1-LALA及びペムブロリズマブ-6A7-HC-IgG1-LALAのインビボ腫瘍増殖に対する作用を試験した。ヒトPD-L1を発現するMC-38腫瘍細胞(結腸腺がん細胞)(MC38-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約400 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり6匹)。
各群において、B-hPD-1/hCD40マウスにリン酸緩衝生理食塩水(PBS,G1)、1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2(G2)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体トリパリマブ(G3)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体ペムブロリズマブ(G4)、1.35 mg/kg(類似モル量に基づく)トリパリマブ-6A7-HC-IgG1-LALA(G5)、1.35 mg/kgペムブロリズマブ-6A7-HC-IgG1-LALA(G6)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体トリパリマブと1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2との組み合わせ(G7)又は1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体ペムブロリズマブと1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2との組み合わせ(G8)を腹腔内注射(i.p.)により注射した。投与頻度は、週2回(計5回投与)であった。詳細な情報は、下記表に示すとおりである。
Figure 2023545521000023
処理の全期間にわたってマウスの体重をモニターした。異なる群においてマウスの平均体重は、種々の程度で増加した(図32及び図33)。処理期間の終了時に、異なる群においてマウスの体重は増加した。
抗体で処理した群における腫瘍体積は、図34に示される。17日目及び21日目(群分け後17日及び21日)のTGITV%を下記表に示すように計算した。対照群における大量のマウスは腫瘍体積過剰によって安楽死されたため、21日目のP値は得られなかった。下記表におけるP値は、17日目のデータに基づいて計算された。
Figure 2023545521000024
結果は、トリパリマブ-6A7-HC-IgG1-LALA(G5)及びペムブロリズマブ-6A7-HC-IgG1-LALA(G6)が何れも腫瘍増殖を抑制し、そのTGITV%が(例えば、21日目に)モノクローナル抗体(G2、G3及びG4)及び抗体組み合わせ(G7及びG8)よりも高いことを示している。特に、G5群における全てのマウスは生存しており、且つここで1匹のマウスの腫瘍は完全に消失した。結果は、よりよい薬効を得るために、異なる抗PD-1抗原結合断片がScFV-HC-IgG構造上の抗CD40 scFvと共に用いることができることを示している。
実施例14:ScFV-HC-IgG構造における異なるCD40 scFvの置換
CD40は、重要な免疫共刺激経路受容体であって、それは免疫系における抗原提示細胞(APC)の表面に存在し、且つ先天性及び適応免疫系機序の活性化において重要な役割を果たす。現在開発されている抗CD40抗体は、例えば、Apexigenにより開発されたAPX005M(VH配列番号191;VL配列番号192)、ロシュ公司(Roche)により開発されたRG7876(セリクレルマブ)、Viela Bioにより開発されたVIB4920及びAlligator Biosciencesにより開発されたADC-1013を含む。当該実験では、抗CD40モノクローナル抗体のうちの2つの抗体、即ちセリクレルマブ及びAPX005Mを選択してペムブロリズマブと併用された二重特異性抗体を産生した。得られた抗体は、ScFV-HC-IgGの構造を有し、図1Bに示すように、且つこれらの抗体は、ペムブロリズマブ-Seli-FVHC-IgG4(重鎖配列は、配列番号175に示され、軽鎖配列は、配列番号176に示される)及びペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4(重鎖配列は、配列番号177に示され、軽鎖配列は、配列番号178に示される)と命名された。更に、1A7-セリクレルマブ-FVHC-IgG4におけるPD-1抗原結合部位は、CD40抗原結合部位と交換され、セリクレルマブ-1A7-FVHC-IgG4を産生した(重鎖配列は、配列番号201に示され、軽鎖配列は、配列番号202に示される)。
結腸がんマウスモデルにおいて二重特異性抗体ペムブロリズマブ-Seli-FVHC-IgG4及びペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4のインビボ腫瘍増殖に対する作用を試験した。具体的には、ヒトPD-L1を発現するMC-38腫瘍細胞(結腸腺がん細胞)(MC38-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約400 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり6匹)。
以前のインビボ薬効実験と同様に、結腸がんマウスモデルにおいて二重特異性抗体ペムブロリズマブ-Seli-FVHC-IgG4、ペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4及びセリクレルマブ-1A7-FVHC-IgG4のインビボ腫瘍増殖に対する作用を試験した。ヒトPD-L1を発現するMC-38腫瘍細胞(結腸腺がん細胞)(MC38-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約400 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり6匹)。
各群において、B-hPD-1/hCD40マウスに生理食塩水(PS,G1)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体ペムブロリズマブ(G2)、1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体APX005M(IgG1-S267E)(G3)、セリクレルマブ-IgG2(G4)、1.35 mg/kgペムブロリズマブ-Seli-FVHC-IgG4(G5)、1.35 mg/kgペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4(G6)、1.35 mg/kgセリクレルマブ-1A7-FVHC-IgG4(G7)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体ペムブロリズマブと1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体APX005Mとの組み合わせ(G8)又は1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体ペムブロリズマブと1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体セリクレルマブとの組み合わせ(G8)を腹腔内注射(i.p.)により注射した。投与頻度は、週2回(計6回投与)であった。詳細な情報は、下記表に示すとおりである。
群分け後14日、各群の平均体重に有意差はなかった(図44A及び図44B)。異なる群における全てのマウス体重は何れも増加した。各群の腫瘍体積を図44Cに示す。結果は、ペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4(G6)がモノクローナル抗体(G2)及び(G3)又は併用療法(G8)よりも良好な薬効を有することを示している。
実施例15:異なる構造の二重特異性抗体のインビボ毒性試験
多数の構造形態のPD-1/CD40二重特異性抗体を構築した。具体的には、セリクレルマブのscFv及び抗PD-1モノクローナル抗体1A7の配列を用いて4種類の異なる構造を有する二重特異性抗体を産生し、且つそれらの毒性を試験した。得られた抗体は、1A7-セリクレルマブ-FVKH-IgG4(構造は、図1Aに示され、重鎖配列は、配列番号166又は配列番号173に示され、軽鎖配列は、配列番号167に示される)、セリクレルマブの対応する配列で抗CD40抗体6A7配列を置換することを含む1A7-セリクレルマブ-FV3A-IgG4(構造は、図18Aに示され、重鎖配列は、配列番号168に示され、軽鎖配列は、配列番号169に示される)、1A7-セリクレルマブ-DART-IgG4(構造は、図37に示され、重鎖配列は、配列番号170に示され、軽鎖配列は、配列番号171に示される)、1A7-セリクレルマブ-FVHC-IgG4(構造は、図1Bに示され、重鎖配列は、配列番号172に示され、軽鎖配列は、配列番号174に示される)と命名された。
セリクレルマブは、比較的毒性が大きいことが当該技術分野で知られている。マウスにおいて多数の構造形態のPD-1/CD40二重特異性抗体の毒性を試験した。二ヒト化CD40/PD-1マウス(約7週齢)をその体重に基づいて8群(群あたり3匹)にランダムに分けた。抗CD40モノクローナル抗体セリクレルマブ(G2)、抗PD-1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4(G3)、1A7-セリクレルマブ-FVHC-IgG4(G4)、1A7-セリクレルマブ-FV3A-IgG4(G5)、1A7-セリクレルマブ-DART-IgG4(G6)、1A7-セリクレルマブ-FVKH-IgG4(G7)及び二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G8)のうちの1つをランダムに選択し、且つ群分け当日及びその後3日おきに投与した。対照群(G1)にPBSを注射した。
Figure 2023545521000026
図35~図36に示すように、実験結果は、対照群マウスに比べて、G2群のマウスのみの体重が顕著な軽減を示すが、他の治療群マウスの体重に有意差を示さないことを示している。
群分け後7日目、末梢血を収集してアスパラニントランスアミナーゼ(AST)及びアラニントランスアミナーゼ(ALT)の濃度を検出した。図38A~図38Bに示すように、ALT及びAST検出結果は、G2群のマウス(抗CD40モノクローナル抗体セリクレルマブを投与する)のALT及びASTトランスアミナーゼの濃度が最高であることを示している。二重特異性抗体群(G4-G8)におけるトランスアミナーゼの濃度は、G2群におけるトランスアミナーゼの濃度よりも低い。具体的には、G4及びG6群のマウスのみは、トランスアミナーゼの濃度が増加する傾向を示した。他の群のマウスのトランスアミナーゼの濃度は、G1群のマウスと同程度であった。
群分け後10日目に、マウス肝臓を単離して顕微鏡下で検査した。結果を下記表に示し、それは、二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G8)の毒性がモノクローナル抗体(G2-G3)及び他の二重特異性抗体(G4-G7)の毒性よりも低いことを示している。実際、二重特異性抗体ScFV-HC-IgG1-LALAは、毒性作用を全く示さなかった。
結果は、様々な形態を有するPD-1/CD40二重特異性抗体が抗CD40抗体の毒性を顕著に低減できることを示している。
Figure 2023545521000027
実施例16:BsAb抗結腸がんのインビボ結果
以前のインビボ薬効実験と同様に、結腸がんマウスモデルにおいて上記抗体のインビボ腫瘍増殖に対する作用を試験した。ヒトPD-L1を発現するMC-38腫瘍細胞(結腸腺がん細胞)(MC38-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約400 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり8匹)。
各群において、B-hPD-1/hCD40マウスにリン酸緩衝生理食塩水(PBS,G1)、1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体セリクレルマブ(セリクレルマブ-IgG2,G2)、1 mg/kg抗PD-1モノクローナル抗体1A7-H2K3-IgG4(G3)、1 mg/kgセリクレルマブ与1 mg/kg 1A7-H2K3-IgG4の組み合わせ(G4)、1.35 mg/kg 1A7-セリクレルマブ-FV3A-IgG4(G5)又は1.35 mg/kg 1A7-セリクレルマブ-FVHC-IgG4(G6)を腹腔内注射(i.p.)により注射した。投与頻度は、週2回(計6回投与)であった。詳細な情報は、下記表に示すとおりである。
Figure 2023545521000028
処理の全期間にわたってマウスの体重をモニターした。異なる群においてマウスの平均体重は、種々の程度で増加した(図39及び図40)。処理期間の終了時に、異なる群においてマウスの体重は増加した。
抗体で処理した群における腫瘍体積は、図41に示される。17日目(群分け後17日)のTGITV%も下記表に示すように計算した。下記表におけるP値は、17日目のデータに基づいて計算された。
Figure 2023545521000029
結果は、1A7-セリクレルマブ-FV3A-IgG4(G5)及び1A7-セリクレルマブ-FVHC-IgG4(G6)が何れも腫瘍増殖を抑制し、そのTGITV%が(例えば、17日目に)モノクローナル抗体(G2及びG3)及び抗体組み合わせ(G4)よりも高いことを示している。結果は、異なる構造形態のPD-1/CD40二重特異性抗体が優れた治療効果で腫瘍増殖を顕著に抑制できることを示している。
実施例17:二重特異性抗体のT細胞/APC細胞架橋効果
PD1/CD40 BsAbによって誘導されたCD40活性化がPD-1発現細胞の存在に依存するか否かを試験するために実験を行った。以下のように2種類のPD-1/CD40二重特異性抗体を産生した。
ペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4:APX005MのscFv配列を抗PD-1モノクローナル抗体ペムブロリズマブ重鎖のC末端に連結し、二重特異性抗体ペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4を得た。
SdAb-6A7-FVHC-IgG1-LALA:SdAbは、抗PD-1ナノボディ(又はラクダ科単一ドメイン抗体)である(単一可変ドメイン(VHH)配列は、公開情報の配列番号204に示される)。抗CD40モノクローナル抗体6A7-H4K2-IgG2のscFv配列をSdAbのC末端に連結し、二重特異性抗体SdAb-6A7-FVHC-IgG1-LALAを得た。
エフェクター細胞Jurkat-Luc-hCD40及び基底細胞Jurkat-hPD1を96ウェルプレートに接種し(細胞密度5×104個細胞/ウェル)、且つ37℃でインキュベートした。BsAbペムブロリズマブ-6A7-HC-IgG1-LALA、ペムブロリズマブ-Seli-FVHC-IgG4、SdAb-6A7-FVHC-IgG1-LALA、1A7-セリクレルマブ-FV3A-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FVHC-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FVKH-IgG4、1A7-セリクレルマブ-DART-IgG4、ペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4、及び抗CD40抗体APX005M(IgG1-S267E)、セリクレルマブ-IgG2及び6A7-H4K2-IgG2を(3倍)連続希釈し、最高濃度を3 μg/mLとした。各ウェルに25 μL抗体を加え、且つ37℃インキュベーターで6時間インキュベートした。インキュベート後、培養プレートを取り出し、75 μLのBio-liteルシフェラーゼ検出試薬(ヴァゼムバイオテック社、カタログ番号:DD1201-02-AB)を加え、室温で5-10分間インキュベートした。次いで培養プレートを発光検出器に入れて蛍光信号を検出した。対照実験を同様のステップで行ったが、基底細胞Jurkat-luc-hPD1は存在しなかった。
図42A~図42Bに示すように、基底細胞Jurkat-luc-hPD1が存在する場合、BsAb(即ち、ペムブロリズマブ-6A7-HC-IgG1-LALA、ペムブロリズマブ-Seli-FVHC-IgG4、SdAb-6A7-FVHC-IgG1-LALA、1A7-セリクレルマブ-FV3A-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FVHC-IgG4、1A7-セリクレルマブ-FVKH-IgG4、1A7-セリクレルマブ-DART-IgG4和ペムブロリズマブ-APX005M-FVHC-IgG4)のみは、レポーター細胞をトランス活性化した。対照的に、セリクレルマブ-IgG2を除いて、モノクローナル抗CD40抗体は、レポーター細胞を活性化しなかった。図42C~図42Dに示すように、基底細胞Jurkat-luc-hPD1が存在しない場合、BsAb及びモノクローナル抗体(セリクレルマブ-IgG2を除く)はレポーター細胞を活性化しなかった。
結果は、本明細書に記載される二重特異性抗体によるCD40経路の活性化がCD40の凝集に依存し、それがPD-1発現細胞上のPD-1との架橋によって実現される可能性があることを示している。セリクレルマブ-IgG2に対して、当該抗CD40抗体は、架橋活性なしで(例えば、FCγRIIBと架橋されずに)CD40を活性化することができる。
実施例18:様々な抗PD-1抗体及び抗CD40抗体可変ドメインの置換
様々な抗PD-1抗体におけるVH及びVL又は別のVHHがScFV-HC-IgG1二重特異性抗体における抗PD-1可変領域を置換するために用いられることができるか否かを試験するために更に実験を行った。更に、様々な抗CD40モノクローナル抗体のVH及びVLも試験した。これらの抗体及びそれらの配列を以下に列挙する。
Figure 2023545521000030
Figure 2023545521000031
以前のインビボ薬効実験と同様に、マウスモデルにおいてこれらの二重特異性抗体のインビボでの腫瘍増殖に対する作用を試験した。ヒトPD-L1を発現するがん細胞(例えば、MC38-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約300 mm3~500 mm3に達するとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり6匹)。
各群において、B-hPD-1/hCD40マウスにリン酸緩衝生理食塩水(PBS,G1)、1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体(G2)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体(G3)、1.35 mg/kg ScFV-HC-IgG1-LALA(G4)及び1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体と1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体との組み合わせ(G5)を腹腔内注射(i.p.)により注射した。投与頻度は、週2回であり、投与回数は、適当であった(例えば、計5回投与)。処理の全期間にわたって各匹のマウスの体重及び腫瘍体積をモニターした。これらのScFV-HC-IgG1-LALA形態(例えば、図1B)を有する抗PD1/CD40二重特異性抗体が、がんの治療において優れた薬効及び低レベルの毒性を有することが予想される。
更に、これらのFV3A形態(例えば、図18A)の抗体の薬効を試験するために実験を行った。当該構造で、抗CD40抗原結合部位は、抗PD-1抗体の3A部位に挿入された。
Figure 2023545521000032
Figure 2023545521000033
マウスモデルにおいてこれらの二重特異性抗体のインビボでの腫瘍増殖に対する作用を試験した。ヒトPD-L1を発現するがん細胞(例えば、MC38-hPD-L1)を二ヒト化CD40/PD-1マウス(B-hPD-1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約300 mm3~500 mm3に達するとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり6匹)。
各群において、B-hPD-1/hCD40マウスにリン酸緩衝生理食塩水(PBS,G1)、1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体(G2)、1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体(G3)、1.35 mg/kg PD1-C40-FV3A(G4)及び1 mg/kg抗PD1モノクローナル抗体と1 mg/kg抗CD40モノクローナル抗体との組み合わせ(G5)を腹腔内注射(i.p.)により注射した。投与頻度は、週2回であり、投与回数は、適当であった(例えば、計5回投与)。処理の全期間にわたって体重及び腫瘍体積をモニターした。これらのPD1-C40-FV3A形態(例えば、図18A)を有する抗PD1/CD40二重特異性抗体ががんの治療において優れた薬効及び低レベルの毒性を有することが予想される。
更に、これらのFab-ScFV-IgG4形態(例えば、図1A)の抗体の薬効を試験するために実験を行った。当該構造で、抗PD-1アームは、重鎖と、軽鎖と、を含み、且つ抗CD40アームは、IgG4のCH2及びCH3ドメインに連結された一本鎖可変断片(scFv)を含む。又は、抗PD-1アームは、1本の重鎖のみを有し、且つVHHは、任意選択的なCH1、CH2及びCH3に連結される。
Figure 2023545521000034
Figure 2023545521000035
更に、これらのFc含有DART形態(図37)の抗体の表31に列挙されたVH、VL及びVHHに対する薬効を試験するために実験を行った。これらの抗PD1/CD40二重特異性抗体ががんの治療において優れた薬効及び低レベルの毒性を有すると予想される。
実施例19:二重特異性抗体抗結腸がんのインビボ結果
アテゾリズマブは、ジェネンテック公司(Genentech)により開発されたヒト化抗PD-L1モノクローナル抗体(VH配列番号211;VL配列番号212)である。アベルマブは、メルク(Merck)/ファイザー(Pfizer)により開発されたヒト抗PD-L1モノクローナル抗体(VH配列番号213;VL配列番号214)である。当該実験では、本明細書に記載される二重特異性抗体の抗PD-1アームのVH及びVL配列(例えば、図1Bに示すように)を抗PD-L1抗体のVH及びVL配列で置換した。更に、得られたPD-L1/CD40二重特異性抗体の薬効を本明細書に開示される対応するPD-1/CD40二重特異性抗体の薬効と比較した。
以前のインビボ薬効実験と同様に、結腸がんマウスモデルにおいて抗体ScFV-HC-IgG1-LALA、アテゾリズマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(重鎖配列は、配列番号215に示され、軽鎖配列は、配列番号216に示される)及びアベルマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(重鎖配列は、配列番号217に示され、軽鎖配列は、配列番号218に示される)のインビボ腫瘍増殖に対する作用を試験した。ヒトPD-L1を発現するMC-38腫瘍細胞(結腸腺がん細胞)(MC38-hPD-L1)をヒト化PD1/PD-L1/CD40マウス(B-hPD-1/hPD-L1/hCD40マウス)に皮下注射した。マウスにおける腫瘍体積が約100 mm3~150 mm3に達したとき、腫瘍体積に基づいてマウスを異なる群にランダムに分けた(群あたり6匹)。ヒト化PD-L1マウスの詳細な情報は、例えばPCT出願番号PCT/CN2017/099574及びUS10945418B2を参照することができ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
各群において、B-hPD-1/hPD-L1/hCD40マウス(ヒト化PD-1、ヒト化PD-L1及びヒト化CD40遺伝子を有するマウス)にリン酸緩衝生理食塩水(PBS,G1)、1 mg/kg抗PD-1/CD40抗体ScFV-HC-IgG1-LALA(G2)、1 mg/kg抗PD-L1/CD40二重特異性抗体アテゾリズマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G3)、1 mg/kg抗PD-L1/CD40二重特異性抗体アベルマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G4)、3 mg/kg ScFV-HC-IgG1-LALA(G5)、3 mg/kgアテゾリズマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G6)又は3 mg/kgアベルマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G7)を腹腔内注射(i.p.)により注射した。投与頻度は、週2回(計4回投与)であった。詳細な情報は、下記表に示すとおりである。
Figure 2023545521000036
処理の全期間にわたってマウスの体重をモニターした。異なる群においてマウスの平均体重は、種々の程度で増加した(図45及び図46)。処理期間の終了時に、異なる群においてマウスの体重は増加した。
抗体で処理した群における腫瘍体積は、図47に示される。21日目(群分け後21日)のTGITV%も下記表に示すように計算した。下記表におけるP値は、21日目のデータに基づいて計算された。
Figure 2023545521000037
結果は、同じ用量レベルで、ScFV-HC-IgG1-LALA抗体がアテゾリズマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA又はアベルマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALAよりもよいインビボ薬効を示すことを示している。用量レベルが高いほど、治療はより有効である。
より具体的には、結果は、異なる用量レベルで、ScFV-HC-IgG1(G2、G5)がアテゾリズマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G3、G6)又はアベルマブ-6A7-FVHC-IgG1-LALA(G4、G7)よりも高いTGITV%(69.6%、92.5%)で腫瘍増殖を抑制し、用量が高いほど治療効果が高いことを示している。従って、データは、ScFV-HC-IgG1形態の異なる分子がB-hPD-1/hPD-L1/hCD40マウスにおいて異なる治療効果を有することを示している。
他の実施例
なお、本発明は、本発明の具体的な実施形態に関連して説明されてきたが、前述した説明は、添付の請求項の範囲によって定義される本発明の範囲を限定するものではなく、説明することを意図していることが理解されるべきである。他の態様、利点、及び修正は、以下の特許請求の範囲内である。

Claims (92)

  1. PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位と、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位と、を含む、抗原結合タンパク質構築物。
  2. 前記第1の抗原結合部位は、PD-1を発現する細胞に結合する、請求項1に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  3. 前記第2の抗原結合部位は、CD40を発現する細胞に結合する、請求項1又は2に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  4. 前記抗原結合タンパク質構築物は、CD40経路を活性化することができ、ここで前記CD40経路の活性化は、前記抗原結合タンパク質構築物と、PD-1を発現する細胞との結合に依存する、請求項1~3の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  5. 前記抗原結合タンパク質構築物は、PD-1を発現する1つ又は複数の細胞の存在下でCD40経路の活性化を誘導する、請求項1~4の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  6. 前記抗原結合タンパク質構築物は、腫瘍微小環境又は腫瘍排出リンパ節においてCD40経路の活性化を誘導する、請求項1~5の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  7. 前記抗原結合タンパク質構築物は、PD-1を発現する1つ又は複数の細胞の非存在下でCD40経路の活性化を誘導しない、請求項1~6の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  8. 前記PD-1を発現する細胞は、T細胞、B細胞、NK細胞又は骨髄系細胞(例えば、マクロファージ、骨髄由来免疫抑制細胞(MDSC))である、請求項1~7の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  9. 前記CD40を発現する細胞は、抗原提示細胞である、請求項1~8の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  10. 前記抗原結合タンパク質構築物は、Fc領域を含み、ここで前記第2の抗原結合部位は、前記Fc領域に連結される、請求項1~9の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  11. 前記抗原結合タンパク質構築物は、Fc領域を含み、ここで前記第2の抗原結合部位は、前記Fc領域のC末端に連結される、請求項1~10の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  12. 前記抗原結合タンパク質構築物は、Fc領域を含み、ここで前記抗原結合タンパク質構築物は、Fc受容体媒介性機序によってCD40経路を活性化できない、請求項1~11の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  13. 前記抗原結合タンパク質構築物は、二重特異性抗体である、請求項1~12の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  14. PD-1に特異的に結合する前記第1の抗原結合部位は、ScFv又はVHHドメインを含む、請求項1~13の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  15. PD-1に特異的に結合する前記抗原結合部位は、PD-1リガンド(例えば、PD-L1)又はその可溶性部分を含む、請求項1~13の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  16. CD40に特異的に結合する前記第2の抗原結合部位は、ScFv又はVHHドメインを含む、請求項1~15の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  17. CD40に特異的に結合する前記第2の抗原結合部位は、CD40リガンド(例えば、CD40L)又はその可溶性部分を含む、請求項1~15の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  18. 前記第1の抗原結合部位は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む、請求項1~17の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  19. 前記第1の抗原結合部位の前記重鎖可変領域(VH1)は、相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含み、ここで前記VH1 CDR1領域は、選択されたVH1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR2領域は、選択されたVH1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR3領域は、選択されたVH1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、及び
    前記第1の抗原結合部位の前記軽鎖可変領域(VL1)は、CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL1 CDR1領域は、選択されたVL1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR2領域は、選択されたVL1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR3領域は、選択されたVL1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    ここで選択されたVH1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVL1 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
    (1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、
    (2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、
    (3)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号7、8及び9に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号10、11及び12に示され、
    (4)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号25、26及び27に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号28、29及び30に示され、
    (5)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号13、14及び15に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号16、17及び18に示され、及び
    (6)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号31、32及び33に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号34、35及び36に示される、請求項18に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  20. 前記第2の抗原結合部位は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む、請求項1~19の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  21. 前記第2の抗原結合部位の前記重鎖可変領域(VH2)は、CDR1、2及び3を含み、ここで前記VH2 CDR1領域は、選択されたVH2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR2領域は、選択されたVH2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR3領域は、選択されたVH2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、及び
    前記第2の抗原結合部位の前記軽鎖可変領域(VL2)は、CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL2 CDR1領域は、選択されたVL2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR2領域は、選択されたVL2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR3領域は、選択されたVL2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    ここで選択されたVH2 CDR1、2及び3アミノ酸配列及び選択されたVL2 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
    (1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号59、60及び61に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号62、63及び64に示され、
    (2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号77、78及び79に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号80、81及び82に示され、
    (3)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、
    (4)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示され、
    (5)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号71、72及び73に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号74、75及び76に示され、及び
    (6)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号89、90及び91に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号92、93及び94に示される、請求項20に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  22. 互いに結合し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成する第1の重鎖可変領域及び第1の軽鎖可変領域と、
    互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する第2の重鎖可変領域及び第2の軽鎖可変領域と、を含む、抗原結合タンパク質構築物。
  23. 前記第1の重鎖可変領域、第1の重鎖定常領域2(CH2)及び第1の重鎖定常領域3(CH3)を含む第1のポリペプチドと、
    前記第2の重鎖可変領域、第2の重鎖定常領域2(CH2)及び第2の重鎖定常領域3(CH3)を含む第2のポリペプチドと、を含む、請求項22に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  24. 前記第1の軽鎖可変領域を含む第3のポリペプチドと、
    前記第2の軽鎖可変領域を含む第4のポリペプチドと、を含む、請求項23に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  25. 前記第2のポリペプチドは、前記第2の軽鎖可変領域を更に含む、請求項23に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  26. 前記抗原結合タンパク質構築物は、前記第1の軽鎖可変領域を含む第3のポリペプチドを含む、請求項25に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  27. 前記第1のポリペプチドは、前記第1の軽鎖可変領域を更に含む、請求項23又は25に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  28. 前記第1の重鎖可変領域、前記第2の重鎖可変領域及び前記第2の軽鎖可変領域を含む第1のポリペプチドと、
    前記第1の軽鎖可変領域を含む第2のポリペプチドと、を含む、請求項22に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  29. 前記第1のポリペプチドは、重鎖定常領域1(CH1)、重鎖定常領域2(CH2)及び重鎖定常領域3(CH3)を更に含む、請求項28に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  30. 前記第1の重鎖可変領域(VH1)は、相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含み、ここで前記VH1 CDR1領域は、選択されたVH1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR2領域は、選択されたVH1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR3領域は、選択されたVH1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、及び
    前記第1の軽鎖可変領域(VL1)は、CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL1 CDR1領域は、選択されたVL1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR2領域は、選択されたVL1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR3領域は、選択されたVL1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    ここで選択されたVH1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVL1 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
    (1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、
    (2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、
    (3)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号7、8及び9に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号10、11及び12に示され、
    (4)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号25、26及び27に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号28、29及び30に示され、
    (5)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号13、14及び15に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号16、17及び18に示され、及び
    (6)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号31、32及び33に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号34、35及び36に示される、請求項22~29の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  31. 前記第2の重鎖可変領域(VH2)は、CDR1、2及び3を含み、ここで前記VH2 CDR1領域は、選択されたVH2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR2領域は、選択されたVH2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR3領域は、選択されたVH2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、及び
    前記第2の軽鎖可変領域(VL2)は、CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL2 CDR1領域は、選択されたVL2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR2領域は、選択されたVL2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR3領域は、選択されたVL2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
    ここで選択されたVH2 CDR1、2及び3アミノ酸配列及び選択されたVL2 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
    (1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号59、60及び61に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号62、63及び64に示され、
    (2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号77、78及び79に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号80、81及び82に示され、
    (3)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、
    (4)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示され、
    (5)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号71、72及び73に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号74、75及び76に示され、及び
    (6)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号89、90及び91に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号92、93及び94に示される、請求項22~30の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  32. (1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、且つ選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、又は
    (2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、且つ選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示される、請求項30又は31に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  33. 前記第1の重鎖可変領域は、配列番号40、41、42又は53と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第1の軽鎖可変領域は、配列番号43、44、45又は54と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項22~32の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  34. 前記第1の重鎖可変領域は、配列番号46、47、48、49又は55と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第1の軽鎖可変領域は、配列番号50、51、52又は56と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項22~31の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  35. 前記第1の重鎖可変領域は、配列番号57と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第1の軽鎖可変領域は、配列番号58と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項22~31の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  36. 前記第2の重鎖可変領域は、配列番号98、99、100又は120と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の軽鎖可変領域は、配列番号101、102、103、104又は121と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項22~31の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  37. 前記第2の重鎖可変領域は、配列番号105、106、107、108、122、126又は128と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の軽鎖可変領域は、配列番号109、110、111、123、127又は129と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項22~32の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  38. 前記第2の重鎖可変領域は、配列番号112、113、114、115又は124と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の軽鎖可変領域は、配列番号116、117、118、119又は125と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項22~31の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  39. 前記第1の重鎖可変領域は、配列番号41と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第1の軽鎖可変領域は、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の重鎖可変領域は、配列番号108又は126と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の軽鎖可変領域は、配列番号110又は127と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項22~32、33及び37の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  40. 前記第1のポリペプチドは、配列番号130と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第3のポリペプチドは、配列番号131と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項26に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  41. 前記第2のポリペプチドは、配列番号132又は133と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項26又は40に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  42. 前記第1のポリペプチドは、配列番号130と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2のポリペプチドは、配列番号132又は133と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第3のポリペプチドは、配列番号131と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項26に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  43. 前記第1のポリペプチドは、配列番号134又は135と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2のポリペプチドは、配列番号136と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項28又は29に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  44. 前記第1のポリペプチドは、配列番号137又は138と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2のポリペプチドは、配列番号139と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項28又は29に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  45. 前記抗原結合タンパク質構築物は、二重特異性抗体である、請求項1~44の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  46. 前記抗原結合タンパク質構築物は、Fab-scFv-Fcである、請求項1~44の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  47. 前記抗原結合タンパク質構築物は、TrioMab、共通軽鎖を有する二重特異性抗体、CrossMab、2:1 CrossMab、2:2 CrossMab、Duobody、二重可変ドメイン抗体(DVD-Ig)、scFv-IgG、IgG-IgG形態抗体、Fab-scFv-Fc形態抗体、TF、ADAPTIR、二重特異性T細胞誘導抗体(BiTE)、BiTE-Fc、二重親和性再標的抗体(DART)、DART-Fc、四価DART、タンデム二重抗体(TandAb)、scFv-scFv-scFv、ImmTAC、三重特異性ナノボディ又は三重特異性キラー細胞エンゲージャー(TriKE)である、請求項1~44の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  48. 前記抗原結合タンパク質構築物は、IgG1又はIgG4に由来する1つ又は複数の重鎖定常ドメインを含む、請求項1~47の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  49. 前記抗原結合タンパク質構築物は、1つ又は複数の重鎖定常ドメインを含み、且つ前記1つ又は複数の重鎖定常ドメインは、LALA突然変異及び/又はノブイントホール(KIH)突然変異を含む、請求項1~48の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物。
  50. 第1の重鎖可変領域を含む第1の重鎖ポリペプチドと、
    第1の軽鎖可変領域を含む第1の軽鎖ポリペプチドと、
    第2の重鎖可変領域を含む第2の重鎖ポリペプチドと、
    第2の軽鎖可変領域を含む第2の軽鎖ポリペプチドと、を含み、
    ここで前記第1の重鎖可変領域と前記第1の軽鎖可変領域とは互いに結合し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成し、前記第2の重鎖可変領域と前記第2の軽鎖可変領域とは互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する、二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  51. 相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含み、ここで前記VH1 CDR1領域は、選択されたVH1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR2領域は、選択されたVH1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR3領域は、選択されたVH1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第1の重鎖可変領域(VH1)と、
    CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL1 CDR1領域は、選択されたVL1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR2領域は、選択されたVL1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR3領域は、選択されたVL1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第1の軽鎖可変領域(VL1)と、
    相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含み、ここで前記VH2 CDR1領域は、選択されたVH2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR2領域は、選択されたVH2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR3領域は、選択されたVH2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第2の重鎖可変領域(VH2)と、
    CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL2 CDR1領域は、選択されたVL2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR2領域は、選択されたVL2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR3領域は、選択されたVL2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第2の軽鎖可変領域(VL2)と、を含み、
    ここで選択されたVH1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVL1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVH2 CDR1、2及び3アミノ酸配列及び選択されたVL2 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
    (1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、及び
    (2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示される、請求項50に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  52. 前記第1の重鎖可変領域は、配列番号41と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第1の軽鎖可変領域は、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の重鎖可変領域は、配列番号108又は126と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の軽鎖可変領域は、配列番号110又は127と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項50又は51に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  53. 前記第1の重鎖ポリペプチドは、配列番号130と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第1の軽鎖ポリペプチドは、配列番号131と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項50~52の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  54. 第1の重鎖可変領域を含む重鎖ポリペプチドと、
    第1の軽鎖可変領域を含む軽鎖ポリペプチドと、
    第2の重鎖可変領域及び第2の軽鎖可変領域を含む一本鎖可変断片ポリペプチドと、を含み、
    ここで前記第1の重鎖可変領域と前記第1の軽鎖可変領域とは互いに結合し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成し、前記第2の重鎖可変領域と前記第2の軽鎖可変領域とは互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する、二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  55. 前記一本鎖可変断片ポリペプチドは、N末端からC末端まで、前記第2の重鎖可変領域、リンカーペプチド配列、前記第2の軽鎖可変領域、重鎖定常領域2(CH2)及び重鎖定常領域3(CH3)を含む、請求項54に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  56. 前記リンカーペプチド配列は、ASTGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号152)と少なくとも80%の同一性を有する配列を含む、請求項55に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  57. 相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含み、ここで前記VH1 CDR1領域は、選択されたVH1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR2領域は、選択されたVH1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR3領域は、選択されたVH1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第1の重鎖可変領域(VH1)と、
    CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL1 CDR1領域は、選択されたVL1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR2領域は、選択されたVL1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR3領域は、選択されたVL1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第1の軽鎖可変領域(VL1)と、
    相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含み、ここで前記VH2 CDR1領域は、選択されたVH2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR2領域は、選択されたVH2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR3領域は、選択されたVH2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第2の重鎖可変領域(VH2)と、
    CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL2 CDR1領域は、選択されたVL2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR2領域は、選択されたVL2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR3領域は、選択されたVL2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第2の軽鎖可変領域(VL2)と、を含み、
    ここで選択されたVH1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVL1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVH2 CDR1、2及び3アミノ酸配列及び選択されたVL2 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
    (1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、及び
    (2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示される、請求項54~56の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  58. 前記第1の重鎖可変領域は、配列番号41と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第1の軽鎖可変領域は、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の重鎖可変領域は、配列番号108又は126と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の軽鎖可変領域は、配列番号110又は127と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項54~57の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  59. (1)前記重鎖ポリペプチドは、配列番号130と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記軽鎖ポリペプチドは、配列番号131と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、及び
    (2)前記一本鎖可変断片ポリペプチドは、配列番号132又は133と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項54~58の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  60. 第1の重鎖可変領域を含む重鎖ポリペプチドと、
    第1の軽鎖可変領域を含む軽鎖ポリペプチドと、を含み、
    ここで、一本鎖可変断片ポリペプチドは、前記重鎖ポリペプチドのC末端に連結され、ここで前記一本鎖可変断片ポリペプチドは、第2の重鎖可変領域と、第2の軽鎖可変領域と、を含み、
    ここで前記第1の重鎖可変領域と前記第1の軽鎖可変領域とは互いに結合し、PD-1に特異的に結合する第1の抗原結合部位を形成し、前記第2の重鎖可変領域と前記第2の軽鎖可変領域とは互いに結合し、CD40に特異的に結合する第2の抗原結合部位を形成する、二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  61. 前記一本鎖可変断片ポリペプチドは、第1のリンカーペプチド配列によって前記第1の重鎖ポリペプチドに連結される、請求項60に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  62. 前記第1のリンカーペプチド配列は、GGGSGGGGSGGGGS(配列番号153)と少なくとも80%の同一性を有する配列を含む、請求項61に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  63. 前記一本鎖可変断片ポリペプチドは、N末端からC末端まで、前記第2の軽鎖可変領域、第2のリンカーペプチド配列及び前記第2の重鎖可変領域を含む、請求項60~62の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  64. 前記第2のリンカーペプチド配列は、GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号154)と少なくとも80%の同一性を有する配列を含む、請求項63に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  65. 相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含み、ここで前記VH1 CDR1領域は、選択されたVH1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR2領域は、選択されたVH1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH1 CDR3領域は、選択されたVH1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第1の重鎖可変領域(VH1)と、
    CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL1 CDR1領域は、選択されたVL1 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR2領域は、選択されたVL1 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL1 CDR3領域は、選択されたVL1 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第1の軽鎖可変領域(VL1)と、
    相補性決定領域(CDR)1、2及び3を含み、ここで前記VH2 CDR1領域は、選択されたVH2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR2領域は、選択されたVH2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VH2 CDR3領域は、選択されたVH2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第2の重鎖可変領域(VH2)と、
    CDR1、2及び3を含み、ここで前記VL2 CDR1領域は、選択されたVL2 CDR1アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR2領域は、選択されたVL2 CDR2アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記VL2 CDR3領域は、選択されたVL2 CDR3アミノ酸配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む前記第2の軽鎖可変領域(VL2)と、を含み、
    ここで選択されたVH1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVL1 CDR1、2及び3アミノ酸配列、選択されたVH2 CDR1、2及び3アミノ酸配列及び選択されたVL2 CDR1、2及び3アミノ酸配列は、以下の何れかである:
    (1)Kabat番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号1、2及び3に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号4、5及び6に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号65、66及び67に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号68、69及び70に示され、及び
    (2)Chothia番号付け規則に従って、選択されたVH1 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号19、20及び21に示され、選択されたVL1 CDR1、2、3のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号22、23及び24に示され、選択されたVH2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号83、84及び85に示され、選択されたVL2 CDR1、2、3アミノ酸配列は、それぞれ配列番号86、87及び88に示される、請求項60~64の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  66. 前記第1の重鎖可変領域は、配列番号41と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第1の軽鎖可変領域は、配列番号45と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の重鎖可変領域は、配列番号108又は126と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、前記第2の軽鎖可変領域は、配列番号110又は127と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項60~65の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  67. (1)前記重鎖ポリペプチドは、配列番号134又は135と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、及び
    (2)前記軽鎖ポリペプチドは、配列番号136と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項60~66の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  68. (1)前記重鎖ポリペプチドは、配列番号137又は138と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含み、及び
    (2)前記軽鎖ポリペプチドは、配列番号139と少なくとも80%、85%、90%又は95%の同一性を有する配列を含む、請求項60~66の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  69. Fc領域を含む、標的に特異的に結合する抗体と、
    CD40に特異的に結合する抗原結合部位と、を含み、
    ここで前記抗原結合部位は、前記抗体のFc領域に連結される、二重特異性抗体又はその抗原結合断片。
  70. 前記二重特異性抗体は、前記標的を発現する1つ又は複数の細胞の存在下で免疫細胞におけるCD40経路の活性化を誘導する、請求項69に記載の二重特異性抗体。
  71. 前記二重特異性抗体は、CD40経路を活性化でき、ここで前記CD40経路の活性化は、前記抗原結合タンパク質構築物と前記標的を発現する細胞との結合に依存する、請求項69に記載の二重特異性抗体。
  72. 前記二重特異性抗体は、腫瘍微小環境又は腫瘍排出リンパ節においてCD40経路の活性化を誘導する、請求項69に記載の二重特異性抗体。
  73. 前記二重特異性抗体は、前記標的を発現する1つ又は複数の細胞の非存在下でCD40経路の活性化を誘導しない、請求項69に記載の二重特異性抗体。
  74. 前記二重特異性抗体は、Fc媒介性機序によってCD40経路を活性化できない、請求項69~73の何れか一項に記載の二重特異性抗体。
  75. 前記標的は、免疫チェックポイント分子である、請求項69~74の何れか一項に記載の二重特異性抗体。
  76. 前記標的は、がん特異的抗原又はがん関連抗原である、請求項69~74の何れか一項に記載の二重特異性抗体。
  77. 前記標的は、PD-1である、請求項69~74の何れか一項に記載の二重特異性抗体。
  78. CD40に特異的に結合する前記抗原結合部位は、ScFv又はVHHドメインを含む、請求項69~77の何れか一項に記載の二重特異性抗体。
  79. CD40に特異的に結合する前記抗原結合部位は、CD40リガンド(例えば、CD40L)又はその可溶性部分を含む、請求項69~77の何れか一項に記載の二重特異性抗体。
  80. CD40に特異的に結合する前記抗原結合部位は、前記Fc領域のC末端に連結される、請求項69~79の何れか一項に記載の二重特異性抗体。
  81. CD40に特異的に結合する前記抗原結合部位は、前記Fc領域に挿入される、請求項69~79の何れか一項に記載の二重特異性抗体。
  82. 治療剤に共有結合する請求項1~49の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物或いは請求項50~81の何れか一項に記載の二重特異性抗体又はその抗原結合断片を含む、抗体薬物複合体。
  83. 前記治療剤は、細胞毒性剤又は細胞阻害剤である、請求項82に記載の抗体薬物複合体。
  84. がんに罹患している対象を治療する方法であって、前記方法は、前記対象に請求項1~49の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物、請求項50~81の何れか一項に記載の二重特異性抗体又は抗原結合断片、或いは請求項82又は83に記載の抗体薬物複合体を含む治療有効量の組成物を投与することを含む、がんに罹患している対象を治療する方法。
  85. 前記対象は、固形腫瘍に罹患している、請求項84に記載の方法。
  86. 前記がんは、非小細胞肺がん(NSCLC)、頭頸部扁平上皮がん(SCCHN)、頭頸部がん、腎細胞がん(RCC)、黒色腫、膀胱がん、胃がん、尿路上皮がん、メルケル細胞がん、トリプルネガティブ乳がん(TNBC)又は結腸直腸がんである、請求項84に記載の方法。
  87. 前記がんは、黒色腫、膵臓がん、中皮腫又は悪性血液腫瘍である、請求項84に記載の方法。
  88. 前記対象に抗CTLA4抗体、抗Her2抗体又は腫瘍関連抗原(TAA)を標的とする抗体を投与することを更に含む、請求項84~87の何れか一項に記載の方法。
  89. 前記対象に化学療法を実施することを更に含む、請求項84~88の何れか一項に記載の方法。
  90. 請求項1~49の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物、請求項50~81の何れか一項に記載の二重特異性抗体又は抗原結合断片、或いは請求項82又は83に記載の抗体薬物複合体を含む有効量の組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、腫瘍増殖速度を低下させる方法。
  91. 前記腫瘍細胞を、請求項1~49の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物、請求項50~81の何れか一項に記載の二重特異性抗体又は抗原結合断片、或いは請求項82又は83に記載の抗体薬物複合体を含む有効量の組成物と接触させることを含む、腫瘍細胞を死滅させる方法。
  92. 請求項1~49の何れか一項に記載の抗原結合タンパク質構築物、請求項50~81の何れか一項に記載の二重特異性抗体又は抗原結合断片、或いは請求項82又は83に記載の抗体薬物複合体、及び薬学的に許容されるベクターを含む、医薬組成物。
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