BR112020023756A2 - tratamento de mieloma múltiplo e uso de biomarcadores para 4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila - Google Patents

tratamento de mieloma múltiplo e uso de biomarcadores para 4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila Download PDF

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Abstract

''TRATAMENTO DE MIELOMA MÚLTIPLO E USO DE BIOMARCADORES PARA 4-(4-(4-(((2-(2,6-DIOXOPIPERIDIN-3-IL)-1-OXOISOINDOLIN-4-IL)OXI)METIL)BENZIL)PIPERAZIN-1-IL)-3-FLUOROBENZONITRI''. Método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo administrar o composto de tratamento ao sujeito com câncer; obter uma amostra do sujeito; determinar o nível de um biomarcador na amostra do sujeito; e diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra do sujeito mudar em comparação com um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 2 ou Composto 3.

Description

TRATAMENTO DE MIELOMA MÚLTIPLO E USO DE BIOMARCADORES PARA 4- (4-(4-(((2-(2,6-DIOXOPIPERIDIN-3-IL)-1-OXOISOINDOLIN-4- IL)OXI)METIL)BENZIL)PIPERAZIN-1-IL)-3-FLUOROBENZONITRILA
[001] Este pedido reivindica o benefício do Pedido Provisório U.S. Nº 62/675,732 depositado em 23 de maio de 2018 e Pedido Provisório U.S. Nº 62/737,772 depositado em 27 de setembro de 2018, que estão incorporadas, neste documento, por referência na sua totalidade.
1. CAMPO DA INVENÇÃO
[002] São fornecidos neste documento, em algumas modalidades, métodos de uso de certos biomarcadores, como CRBN, Aiolos (IKZF3), Ikaros (IKZF1), proteína de dedo de zinco 91 (ZFP91), c-Myc, fator regulador de interferon 4 (IRF4), marcadores de imunidade tumoral (CD25 solúvel, citocinas; linfócitos infiltrantes de tumor (TILs); ativação de células T, clonalidade de receptores de células T), células tumorais circulantes (CTCs), BCMA solúvel (sBCMA), marcadores de apoptose (Caspase-1 clivada, Caspase-7 clivada, Caspase-3 clivada, PARP clivada, survivina, proteína 11 semelhante a BCL-2 (BIM), TUNEL, cadeia leve livre (FLC)) e marcadores do ciclo celular (p21, p27, pRb1) na previsão e monitoramento da sensibilidade clínica e a resposta terapêutica a 4-(4-(4-(((2- (2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3- fluorobenzonitrila, ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, um tautômero ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, e métodos de tratamento, prevenção ou gestão de mieloma múltiplo usando o mesmo. Também é descrito neste documento 4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1- oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila, ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, um tautômero ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo para uso em métodos de tratamento, prevenção ou gestão de mieloma múltiplo. Também são fornecidos neste documento, em certas modalidades, métodos de identificação de um paciente com probabilidade de resposta, predição da capacidade de resposta de um paciente, determinação da dosagem ou determinação da eficácia de um composto no tratamento de doenças.
2. FUNDAMENTOS
[003] O mieloma múltiplo (MM) é um câncer das células plasmáticas da medula óssea. Normalmente, as células plasmáticas produzem anticorpos e desempenham um papel fundamental na função imunológica. No entanto, o crescimento descontrolado dessas células resulta em dores ósseas e fraturas, anemia, infecções e outras complicações. O mieloma múltiplo é a segunda neoplasia hematológica mais comum, embora as causas exatas do mieloma múltiplo permaneçam desconhecidas. O mieloma múltiplo causa altos níveis de proteínas no sangue, urina e órgãos, incluindo, mas não se limitando a, proteína M e outras imunoglobulinas (anticorpos), albumina e beta-2-microglobulina, exceto em alguns pacientes (estimado em 1% a 5%) cujas células de mieloma não secretam essas proteínas (denominado mieloma não secretor). A proteína M, abreviação de proteína monoclonal, também conhecida como paraproteína, é uma proteína particularmente anormal produzida pelas células plasmáticas do mieloma e pode ser encontrada no sangue ou na urina de quase todos os pacientes com mieloma múltiplo, exceto para pacientes com mieloma não secretor ou cujas células de mieloma produzem cadeias leves de imunoglobulina com cadeia pesada.
[004] Sintomas esqueletais, incluindo dores ósseas, estão entre os sintomas mais relevantes clinicamente do mieloma múltiplo. As células plasmáticas malignas liberam fatores estimulantes de osteoclastos (incluindo IL-1, IL-6 e TNF) que fazem com que o cálcio seja lixiviado a partir dos ossos que causam assim lesão lítica; a hipercalcemia é um outro sintoma. Os fatores estimulantes de osteoclastos, também chamados de citocinas, podem impedir a apoptose ou a morte das células do mieloma. Cinquenta por cento dos pacientes apresentam lesões esqueléticas relacionadas ao mieloma radiologicamente detectável no momento do diagnóstico. Outros sintomas clínicos comuns em caso de mieloma múltiplo incluem polineuropatia, anemia, hiperviscosidade, infecções e insuficiência renal.
[005] A terapia de mieloma múltiplo atual pode envolver uma ou mais das cirurgias, transplante de células-tronco, quimioterapia, terapia imunológica e/ou tratamento com radiação para erradicar células de mieloma múltiplo em um paciente. Todas as abordagens atuais de terapia apresentam desvantagens significativas para o paciente.
[006] Na última década, novos agentes terapêuticos, particularmente drogas imunomoduladoras, como lenalidomida e pomalidomida, aumentaram de forma significativa as taxas de resposta e a sobrevida livre de progressão (PFS) prolongada e a sobrevida global (OS) em pacientes com mieloma múltiplo. Contudo, existem níveis persistentes de doença residual que estiverem abaixo da sensibilidade da morfologia da medula óssea (BM), da eletroforese de proteínas com imunofixação e quantificação de cadeia leve em alguns pacientes com mieloma múltiplo, mesmo após esses pacientes terem alcançado a resposta completa (CR), e em algum momento podem causar a reincidência da doença.
[007] Existe uma necessidade significativa de compostos e métodos seguros e eficazes para tratar, prevenir e controlar o mieloma múltiplo, incluindo para pacientes com mieloma múltiplo foi recentemente diagnosticado ou refratário aos tratamentos padrão, enquanto reduz ou evita as toxicidades e/ou efeitos colaterais associados às terapias convencionais.
3. SUMÁRIO DA INVENÇÃO
[008] Em um aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[009] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[010] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[011] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[012] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[013] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[014] Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, em que o nível do biomarcador na amostra é maior do que o nível de referência do biomarcador. Em outras modalidades, são fornecidos neste documento métodos de identificação de um sujeito com câncer que propenso a responder a um composto de tratamento, em que o nível do biomarcador na amostra é menor do que o nível de referência do biomarcador
[015] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito diagnosticado como propenso a responder ao composto de tratamento; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[016] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito diagnosticado como propenso a responder ao composto de tratamento; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[017] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito diagnosticado como propenso a responder ao composto de tratamento; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[018] Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de tratamento do câncer, em que o nível do biomarcador na amostra é maior do que o nível de referência do biomarcador. Em outras modalidades, são fornecidos neste documento métodos de tratamento do câncer, em que o nível do biomarcador na amostra é menor do que o nível de referência do biomarcador. Também são fornecidos neste documento o Composto 1, o Composto 2 e/ou o Composto 3 para uso em um método para o tratamento do câncer, conforme descrito acima.
[019] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[020] Em outra modalidade, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[021] Em ainda outra modalidade, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito;
(b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[022] Em outros aspectos, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[023] Em outra modalidade, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[024] Em ainda outra modalidade, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[025] Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com câncer ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, em que o nível do biomarcador na amostra é maior do que o nível de referência do biomarcador. Em outras modalidades, são fornecidos neste documento métodos de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com câncer ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, em que o nível do biomarcador na amostra é menor do que o nível de referência do biomarcador.
[026] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um composto de tratamento no tratamento do câncer em um sujeito, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[027] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um composto de tratamento no tratamento do câncer em um sujeito, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[028] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um composto de tratamento no tratamento do câncer em um sujeito, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito;
(c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[029] Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de monitoramento da eficácia de um composto de tratamento no tratamento do câncer em um sujeito, em que um nível elevado do biomarcador em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito. Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de monitoramento da eficácia de um composto de tratamento no tratamento do câncer em um sujeito, em que um nível diminuído do biomarcador em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito.
[030] Em algumas modalidades, os métodos de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento compreendem ainda a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito diagnosticado como propenso a responder ao composto de tratamento. Em modalidades adicionais, os métodos de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com câncer ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento compreendem ainda a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito diagnosticado como propenso a responder ao composto de tratamento.
[031] Em algumas modalidades de qualquer um dos métodos fornecidos neste documento, a amostra de referência é obtida do sujeito antes da administração do composto de tratamento ao sujeito, e em que a amostra de referência é da mesma fonte da amostra.
[032] Em algumas modalidades de qualquer um dos métodos fornecidos neste documento, a amostra de referência é obtida de um sujeito saudável sem câncer e em que a amostra de referência é da mesma fonte da amostra.
[033] Em algumas modalidades de qualquer um dos métodos fornecidos neste edocumento, a amostra de referência é obtida de um sujeito que recebe um composto anticâncer que não é o referido composto de tratamento e em que a amostra de referência é da mesma fonte que a amostra. Em modalidades específicas, a amostra de referência é obtida de um sujeito que recebe um composto anticâncer que não é o composto de tratamento, em que a amostra de referência é da mesma fonte que a amostra e o composto anticâncer é selecionado a partir do grupo que compreende lenalidomida, pomalidomida ou um derivado destes.
[034] Em algumas modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em algumas modalidades específicas, o MM é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional. Em uma modalidade, o MM é um MM resistente à lenalidomida. Em outra modalidade, o MM é o MM resistente à pomalidomida. Em algumas modalidades, o MM é MM recém-diagnosticado. Em algumas modalidades, o MM é MM elegível para transplante. Em outras modalidades, o MM é MM não elegível para transplante.
[035] Em certas modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador é cereblon (CRBN). Em algumas modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador é uma proteína associada a CRBN.
[036] Em algumas modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador tem uma função em uma via de apoptose. Em ainda outras modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador tem uma função em uma via do ciclo celular. Em algumas modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador tem uma função na ativação de células T. Em algumas modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador é células tumorais circulantes (CTCs).
[037] Em algumas modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador são linfócitos infiltrantes de tumor (TILs).
[038] Em algumas modalidades específicas, o biomarcador é uma proteína associada a CRBN e é selecionado do grupo que consiste em IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-MYC e IRF4. Em algumas modalidades específicas, o biomarcador é IKZF1. Em outra modalidade, o biomarcador é IKZF3. Em ainda outra modalidade, o biomarcador é ZFP91. Em ainda outra modalidade, o biomarcador é c-MYC. Em certas modalidades, o biomarcador é IRF4.
[039] Em outras modalidades, o biomarcador tem uma função na apoptose e é selecionado do grupo que consiste em Caspase-1 clivada (c-Caspase-1), Caspase-3 clivada (c-Caspase-3), Caspase-7 clivada (c-Caspase-7), PARP clivada, survivina, BIM, proteína 11 semelhante a BCL-2 (BIM) e cadeia leve livre de soro. Em certas modalidades, o biomarcador é Caspase-3 clivada (c-Caspase-3). Em algumas modalidades, o biomarcador é Caspase-1 clivada (c-Caspase-1). Em ainda outras modalidades, o biomarcador é Caspase-7 clivada (c-Caspase-7). Em outra modalidade, o biomarcador é PARP clivada. Em ainda outra modalidade, o biomarcador é survivina. Em algumas modalidades, o biomarcador é survivina. Em outras modalidades, o biomarcador é a proteína 11 semelhante a BCL-2
(BIM). Em certas modalidades, o biomarcador é a cadeia leve livre de soro (sFLC).
[040] Em ainda outras modalidades, o biomarcador tem uma função na apoptose e é medido por marcação de terminais fragmentados de dUTP por desoxinucleotidil transferase terminal ("terminal deoxynucleotidyl transferase dUTP nick end labeling", TUNEL). Em certas modalidades, o biomarcador tem uma função na apoptose e é medido pela Anexina-V e 7-AAD. Em ainda outras modalidades, o biomarcador tem uma função na apoptose e é medido pela Anexina-V e iodeto de propídio (PI).
[041] Em outras modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador tem uma função no ciclo celular e é selecionado a partir do grupo que consiste em inibidor 1 de quinase dependente de ciclina (p21), inibidor 1B de quinase dependente de ciclina (p27) e proteína de retinoblastoma (pRb1). Em algumas modalidades, o biomarcador é p21. Em certas modalidades, o biomarcador é p27. Em ainda outra modalidade, o biomarcador é pRb1.
[042] Em algumas modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador tem uma função na ativação de células T e é selecionado do grupo que consiste em interleucina-2 (IL-2), fator de necrose tumoral alfa (TNFα), interferon gama (IFNγ) e clonalidade de receptor de células T (TCR). Em outras modalidades específicas, o biomarcador é IL-2. Em ainda outras modalidades, o biomarcador é TNFα. Em certas modalidades, o biomarcador é IFNγ. Em algumas modalidades, o biomarcador é a clonalidade do receptor de células T (TCR). Em uma modalidade específica, o biomarcador é a clonalidade do receptor de células T (TCR) e o biomarcador é medido por sequenciamento de DNA do TCR. Em algumas modalidades específicas, o biomarcador tem uma função na ativação de células T e o nível do biomarcador é medido por histologia.
[043] Em algumas modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o nível do biomarcador é maior do que um nível de referência.
[044] Em ainda outras modalidades dos métodos fornecidos neste documento, o nível do biomarcador é menor do que um nível de referência.
[045] Em algumas modalidades, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[046] Em outra modalidade, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador;
em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[047] Em ainda outra modalidade, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[048] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para prever a responsividade de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[049] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método para prever a capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[050] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método para prever a capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito;
(b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[051] Em modalidades específicas dos métodos de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, o biomarcador é CRBN. Em certas modalidades dos métodos de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, os métodos compreendem diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for detectado e menor do que a amostra de referência. Em algumas modalidades dos métodos de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, os métodos compreendem diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o biomarcador na amostra for detectável. Em algumas modalidades específicas, o MM é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional. Em uma modalidade, o MM é um MM resistente à lenalidomida. Em outra modalidade, o MM é o MM resistente à pomalidomida.
[052] Em algumas modalidades de qualquer um dos métodos fornecidos neste documento, o nível dos biomarcadores é medido pela determinação do nível de proteína do biomarcador. Em outras modalidades de acordo com qualquer um dos métodos fornecidos neste documento, o nível dos biomarcadores é medido pela determinação do nível de mRNA do biomarcador. Em ainda outras modalidades de qualquer um dos métodos fornecidos neste documento, o nível dos biomarcadores é medido pela determinação do nível de cDNA do biomarcador. Em certas modalidades de acordo com qualquer um dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador é determinado por sequenciamento de DNA. Em outras modalidades de acordo com qualquer um dos métodos fornecidos neste documento, o biomarcador é determinado por sequenciamento de RNA (RNA-seq).
[053] Em algumas modalidades, o nível do biomarcador é medido pela determinação do nível de proteína do biomarcador, compreendendo o colocar as proteínas dentro da amostra em contato com um primeiro anticorpo que se liga imunoespecificamente à proteína do biomarcador. Em outras modalidades, o nível do biomarcador é medido pela determinação do nível de proteína do biomarcador, compreendendo o colocar as proteínas dentro da amostra em contato com um primeiro anticorpo que se liga imunoespecificamente à proteína do biomarcador, compreendendo ainda: (a) colocar a proteína do biomarcador ligada ao primeiro anticorpo em contato com um segundo anticorpo com um marcador detectável, em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente à proteína do biomarcador, e em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente a um epítopo diferente na proteína do biomarcador do que o primeiro anticorpo; (b) detectar a presença do segundo anticorpo ligado à proteína do biomarcador; e (c) determinar a quantidade da proteína do biomarcador com base na quantidade de marcador detectável no segundo anticorpo.
[054] Em ainda outras modalidades, o nível do biomarcador é medido pela determinação do nível de proteína do biomarcador, compreendendo o colocar as proteínas dentro da amostra em contato com um primeiro anticorpo que se liga imunoespecificamente à proteína do biomarcador, compreendendo ainda: (a) colocar o primeiro anticorpo ligado à proteína do biomarcador em contato com um segundo anticorpo com um marcador detectável, em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente ao primeiro anticorpo; (b) detectar a presença do segundo anticorpo ligado ao primeiro anticorpo; e (c) determinar a quantidade da proteína do biomarcador com base na quantidade de marcador detectável no segundo anticorpo.
[055] Em certas modalidades, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar uma dosagem do composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma ou mais amostras do sujeito em diferentes momentos; e (c) determinar o nível de um biomarcador em uma ou mais amostras e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[056] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, compreendendo:
(a) administrar uma dosagem do composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma ou mais amostras do sujeito em diferentes momentos; e (c) determinar o nível de um biomarcador em uma ou mais amostras e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[057] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar uma dosagem do composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma ou mais amostras do sujeito em diferentes momentos; e (c) determinar o nível de um biomarcador em uma ou mais amostras e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[058] Em algumas modalidades dos métodos de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, o biomarcador é selecionado a partir do grupo que consiste em IKZF1 e IKZF3. Em algumas modalidades específicas dos métodos de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, o biomarcador é IKZF1. Em ainda outra modalidade específica dos métodos de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, o biomarcador é IKZF3.
[059] Em algumas modalidades, os métodos de tratamento do câncer compreendem ainda a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um segundo agente ativo ou uma terapia de suporte. Em certas modalidades, os métodos de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento compreendem ainda a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito diagnosticado como propenso a responder ao composto de tratamento, e também compreende adicionalmente a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um segundo agente ativo ou uma terapia de suporte. Em modalidades adicionais, os métodos de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com câncer ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento compreendem ainda a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito diagnosticado como propenso a responder ao composto de tratamento, e também compreende adicionalmente a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um segundo agente ativo ou uma terapia de suporte. Em modalidades específicas, o segundo agente ativo é selecionado do grupo que compreende moléculas grandes, moléculas pequenas ou terapias celulares e o segundo agente ativo é opcionalmente selecionado de um grupo que compreende melfalano, vincristina, ciclofosfamida, etoposídeo, doxorrubicina, bendamustina, um inibidor de proteassoma, um inibidor de histona desacetilase, um inibidor de BET, um inibidor de BCL2, um inibidor de MCL-1, um corticosteroide, dexametasona, um anticorpo, um inibidor de checkpoint e células CAR.
[060] Em algumas modalidades fornecidas neste documento, os compostos fornecidos neste documento podem ser usados em qualquer método para tratamento, prevenção e/ou monitoramento qualquer uma das doenças fornecidas neste documento.
4. BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS
[061] A FIG. 1 ilustra que o Composto 2 e o Composto 3 degradaram a proteína Aiolos de uma maneira dependente do tempo e da concentração. As células DF15 que expressam Aiolos marcado com ProLabel Aprimorado (ePL) foram incubadas com o Composto 2 (triângulo) ou o Composto 3 (quadrado) por 45 minutos, 90 minutos ou 3 horas nas concentrações indicadas. Extratos celulares foram então gerados, e a quantidade de proteína Aiolos-ePL foi determinada por ensaio de luminescência de ePL.
[062] A FIG. 2 ilustra que o Composto 2 degradou Aiolos e Ikaros, mesmo em células resistentes à pomalidomida, e sinergiza com a dexametasona para degradar IRF4 e c-MYC. As células sensíveis à pomalidomida (OPM2) ou resistentes (OPM2-P1) foram tratadas com controle de veículo (DMSO), pomalidomida ou Composto 2, sozinho ou em combinação com dexametasona 10 ou 100 nM por 72 horas. Os substratos de ubiquitina ligase CRL4CRBN E3 Aiolos e Ikaros e seus efetores a jusante c-Myc e IRF4 foram medidos. A tubulina é um controle de carregamento.
[063] A FIG. 3 ilustra que o Composto 2 degradou Aiolos e Ikaros, mesmo em células resistentes à pomalidomida, e sinergiza com a dexametasona para induzir apoptose. As células sensíveis à pomalidomida (OPM2) ou resistentes (OPM2-P1) foram tratadas com controle de veículo (DMSO), pomalidomida ou Composto 2, sozinho ou em combinação com dexametasona 10 ou 100 nM por
72 horas. Os substratos ubiquitina ligase CRL4CRBN E3 Aiolos e Ikaros e a indução de proteínas da via apoptótica BIM, PARP clivada, caspase-3 clivada e caspase-7 clivada foram medidos. A tubulina é um controle de carregamento.
[064] A FIG. 4 ilustra que o Composto 2 induziu a degradação de Ikaros, Aiolos, ZFP91, c-Myc e IRF4, que se correlaciona com a indução da proteína apoptótica Caspase 3 clivada e a proteína de interrupção do ciclo celular p21. A análise por imunotransferência de células parentais OPM2 incubadas com Composto 2 nas concentrações indicadas é mostrada. A actina é um controle de carregamento.
[065] A FIG. 5A ilustra que o CRBN é necessário para a degradação mediada pelo Composto 2 de Ikaros e Aiolos. São mostradas imunotransferências de Cereblon, Ikaros e Aiolos de extratos de células DF15R e DF15R-CRBNWT humano que foram incubadas com DMSO, pomalidomida ou Composto 2 a 0,1 µM por 4 horas. A tubulina é um controle de carregamento.
[066] A FIG. 5B ilustra que Ikaros é necessário para a regulação negativa mediada pelo Composto 2 de c-Myc e IRF4, bem como a indução de apoptose. São mostrados imunotransferências de extratos de células OPM2 de tipo selvagem ou células OPM2 que superexpressam mutantes Ikaros, Aiolos ou ZFP91 estabilizados. As células foram incubadas com DMSO, ou a concentração indicada do Composto 2, durante cinco dias.
[067] A FIG. 6A e FIG. 6B ilustram que o Composto 2 degradou Ikaros e Aiolos de uma maneira dependente da concentração, o que induziu apoptose e interrupção do ciclo celular em células de mieloma múltiplo resistentes à pomalidomida. É mostrada a análise de imunotransferência de células MM resistentes à pomalidomida (H929-1051) incubadas com Composto 2 por (FIG. 6A) 4 horas ou (FIG. 6B) 72 horas.
[068] A FIG. 7A e FIG. 7B ilustram que o Composto 2 induz a degradação prolongada de Aiolos e Ikaros. A degradação de Aiolos e Ikaros como uma porcentagem de controle de dimetilsulfóxido (DMSO) em modelos de células (FIG. 7A) H929-1051 e (FIG. 7B) OPM2-P10 após uma exposição contínua única ao Composto 2 é mostrada. Esses dados são de um único experimento com uma amostra por ponto de dados.
[069] A FIG. 8 ilustra que o Composto 2 induziu degradação prolongada de Aiolos e Ikaros após 15 minutos de exposição. O Composto 2 foi incubado por 15 minutos com células H929-1051 e a degradação de Aiolos (painel esquerdo) e Ikaros (painel direito) foi medida. Esses dados são de um único experimento com uma amostra por ponto de dados. O eixo y representa a quantidade de Aiolos ou Ikaros expressa como uma porcentagem do nível da proteína correspondente no controle de dimetilsulfóxido (DMSO); o eixo x mostra o tempo em horas.
[070] A FIG. 9 ilustra que a recuperação dos níveis de Aiolos pós-eliminação a partir de 6 horas de exposição ao Composto 2 exigiu quase 160 horas. O Composto 2 foi incubado por 6 horas com células H929-1051 e a degradação de Aiolos foi medida. Esses dados são de um único experimento com uma amostra por ponto de dados. A linha azul pontilhada vertical divide os dados do Composto 2 em tratamento (à esquerda da linha vertical) e segmentos pós-eliminação (à direita da linha vertical). Os resultados são apresentados para os níveis de Aiolos em células OPM2-P10 (esquerda) e células H929-1051 (direita) para um total de 160 horas, incluindo e seguido de uma incubação de 6 horas com 0,01 (vermelho) ou 0,1 μM do Composto 2 (azul).
[071] A FIG. 10 ilustra que a exposição contínua, mas não transitória, ao Composto 2 induziu apoptose em células de mieloma múltiplo. A indução de apoptose por tratamento com Composto 2 em um modelo de célula de MM resistente à lenalidomida (H929-1051 [linha superior] e um modelo de célula de MM resistente à pomalidomida OPM2-P10 [linha inferior]) é apresentada. Esses dados são de um único experimento com uma amostra por ponto de dados.
[072] A FIG. 11A e FIG. 11B ilustram que o Composto 2, mas não a pomalidomida, exibe atividade antiproliferativa em linhagens celulares de mieloma múltiplo resistentes a lenalidomida e pomalidomida, incluindo aquelas com baixos níveis de proteína CRBN. Os efeitos antiproliferativos em linhagens celulares de mieloma múltiplo humano de resistência adquirida com baixo CRBN são mostrados. As linhagens celulares foram tratadas com (FIG. 11A) Pomalidomida ou (FIG. 11B) Composto 2 por 5 dias e os valores de IC50 foram avaliados usando um ensaio de determinação de ATP (CellTiter-Glo). O controle percentual foi calculado subtraindo o controle secundário e normalizando para o controle DMSO (100% de controle).
[073] A FIG. 12 ilustra que a dexametasona (DEX) + Composto 2 induz apoptose. A indução de apoptose após 72 horas de tratamento com dexametasona sozinha ou em combinação com Composto 2, lenalidomida ou pomalidomida em uma linhagem celular de mieloma múltiplo resistente à lenalidomida (H929-1051) foi medida usando Caspase-Glo 3/7.
[074] A FIG. 13 ilustra que curtas exposições diárias ao Composto 2, por até três dias, induzem degradação de Ikaros em células CD34+. A degradação de Ikaros após curta exposição diária ao Composto 2 foi medida por citometria de fluxo. As células CD34+ derivadas de medula óssea de doador saudável foram expostas ao Composto 2 por 2, 4 e 6 horas começando no Dia 14 por 1 (Dia 14), 2 (Dia 15) ou 3 (Dia 16) dias consecutivos. A porcentagem de teor de Ikaros (normalizado para o controle de DMSO) é apresentada. No final do período de exposição, o Composto 2 foi removido e as células foram incubadas na ausência do Composto 2 (período de recuperação). Ikaros foi medido por citometria de fluxo durante a recuperação nos Dias 19, 21 e 23. Os dados são apresentados como a média dos resultados de dois doadores.
[075] A FIG. 14 ilustra a degradação e recuperação de Ikaros após três dias consecutivos de exposições de 6 horas ao Composto 2. As células CD34+ derivadas da medula óssea de doadores saudáveis foram expostas ao Composto 2 em cada um dos três dias consecutivos começando no Dia 10 por 6 horas. A porcentagem de inibição de Ikaros em comparação com DMSO é mostrada. As culturas foram incubadas na ausência do Composto 2 do Dia 13 ao Dia 22. Ikaros foi medido por citometria de fluxo após a conclusão de cada exposição e em dias alternados durante a recuperação.
[076] A FIG. 15 ilustra a degradação e recuperação de Ikaros após cinco dias consecutivos de exposições de 6 horas ao Composto 2. As células CD34+ derivadas da medula óssea foram expostas ao Composto 2 em cada um dos cinco dias consecutivos começando no Dia 10. A porcentagem de inibição de Ikaros em comparação com o controle de DMSO é apresentada. As culturas foram incubadas na ausência do Composto 2 do Dia 15 ao Dia 22. Ikaros foi medido por citometria de fluxo após a conclusão de cada exposição (Dias 10 a 14) e em dias alternados durante a recuperação (Dia 17, 20 e 22).
[077] A FIG. 16A e FIG. 16B ilustram o esquema de tratamento e a correlação entre a inibição de Ikaros (linha pontilhada) e a diferenciação de neutrófilos (linha sólida) após a exposição ao Composto 2. (FIG. 16A) As células CD34+ derivadas da medula óssea de doadores saudáveis foram cultivadas ex vivo e estimuladas a se desenvolver em neutrófilos maduros no Estágio IV. (FIG. 16B) As culturas foram expostas a diferentes concentrações do Composto 2 por 6 horas em cada um dos três dias (Dia 10, 11 e 12) e depois cultivadas sem exposição adicional ao Composto 2 até o Dia 22. A porcentagem de inibição de Ikaros em comparação com o controle de DMSO (círculo) após 1 nM (quadrado), 10 nM (triângulo para cima) e 100 nM (triângulo para baixo) de exposição ao Composto 2 é mostrada no eixo y direito (linhas tracejadas). A porcentagem de células do Estágio IV é mostrada no eixo y esquerdo (linhas sólidas). A área sombreada representa os 3 dias com exposições ao Composto 2.
[078] A FIG. 17A e FIG. 17B ilustram que o Composto 2 ativou diretamente as Células Mononucleares do Sangue Periférico humano (PBMCs) para lisar as células de leucemia eritromielocítica K562 de uma maneira dependente da concentração. (FIG. 17A) Os gráficos representativos de seleção de células ativadas por fluorescência de células K562 co-cultivadas com PBMCs humanos que foram pré-incubados com Composto 2 ou DMSO. (FIG. 17B) Resposta de apoptose em células K562 após co-cultura com PBMCs tratados com Composto
2. A apoptose foi medida por coloração com PI e Anexina V em células K562 após 24 horas de co-cultura com PBMCs que foram tratados com Composto 2 por 72 horas. Os dados são apresentados como média com barras de erro representando o erro padrão da média.
[079] A FIG. 18A e FIG. 18B ilustram que as células imunes são ativadas diretamente pelo Composto 2 para lisar linhagens celulares de mieloma múltiplo sensíveis à lenalidomida e resistentes à lenalidomida. (FIG. 18A) Resposta de apoptose em células NCI-H929 após co-cultura de 24 horas com PBMCs pré- tratados com Composto 2. (FIG. 18B) Resposta de apoptose em células H929- 1051 após co-cultura de 24 horas com PBMCs pré-tratados com Composto 2.
[080] A FIG. 19A-FIG. 19D ilustram que as células imunes preparadas com composto mostram morte aumentada de células tumorais quando células de mieloma múltiplo são pré-tratadas com lenalidomida, pomalidomida ou Composto 2 antes da co-cultura. As células imunes preparadas com composto mostram morte aumentada de células tumorais em modelo de co-cultura (direita) em (FIG. 19A) células H929, (FIG. 19B) H929-1051, (FIG. 19C) OPM2 e (FIG. 19D) células OPM2 P10, em comparação com as culturas únicas de MM (esquerda), e pouco efeito na viabilidade de PBMC (meio).
[081] A FIG. 20 ilustra que o Composto 2 demonstra maior potência para indução da produção de Interleucina-2 a partir de PBMCs estimulados por grânulos de anticorpo anti-CD3 do que lenalidomida ou pomalidomida em 72 horas. Indução da produção de Interleucina-2 (IL-2) a partir de PBMCs estimulados por grânulos de anticorpo anti-CD3 após tratamento com Composto 2, lenalidomida (LEN) ou pomalidomida (POM) por 72 horas.
[082] A FIG. 21A-FIG. 21C ilustram que o Composto 2 é um indutor potente de citocinas efetoras. Medição da indução de citocinas efetoras após tratamento com Composto 2, pomalidomida (POM) ou lenalidomida (LEN) por 24 horas. (FIG. 21A) IL-2, (FIG. 21B) IFN-γ e (FIG. 21C) TNF-α. Os dados mostrados são uma média de três ou quatro doadores e são representados como variação em relação ao controle DMSO; as barras de erro representam o erro padrão da média (SEM).
[083] A FIG. 22A-FIG. 22C ilustram que o Composto 2 induz a degradação de Ikaros em células T CD4+. Medição da degradação de Ikaros em células T CD4+ após tratamento com Composto 2 (losango), lenalidomida (LEN; círculo) ou pomalidomida (POM; quadrado) por (FIG. 22A) 24 horas, (FIG. 22B) 48 horas, ou (FIG. 22C) 72 horas. Os dados mostrados são uma média de dois doadores e são representados como MFI normalizado para controle de DMSO.
[084] A FIG. 23A-FIG. 23C ilustram que a dexametasona (DEX) em combinação com o Composto 2 reduz a produção de Interleucina-2 (IL-2) a partir de PBMCs estimulados por anticorpos anti-CD3. Produção de Interleucina-2 a partir de PBMCs estimulados por anticorpo anti-CD3 após (FIG. 23A) lenalidomida (LEN) sozinha ou com dexametasona, (FIG. 23B) pomalidomida (POM) sozinha ou com dexametasona, ou (FIG. 23C) Composto 2 sozinho ou com dexametasona.
[085] A FIG. 24A e FIG. 24B ilustram que o Composto 2 induz a degradação de Aiolos em células T CD3+ do sangue periférico de pacientes com mieloma múltiplo reincidente/refratário após (FIG. 24A) o cronograma uma vez por dia (QD) 1-10, 15-24/28, ou (FIG. 24B) o cronograma duas vezes por dia (BID) 1-3, 15-17/28.
[086] A FIG. 25A e FIG. 25B ilustram que o Composto 2 induziu a degradação de Ikaros em células T CD3+ do sangue periférico de pacientes com mieloma múltiplo reincidente/refratário após (FIG. 25A) o cronograma uma vez por dia (QD) 1-10, 15-24/28, ou (FIG. 25B) o cronograma duas vezes por dia (BID) 1-3, 15-17/28.
[087] A FIG. 26A-FIG. 26E ilustram o efeito do Composto 2 na expressão de biomarcadores em células plasmáticas CD138+ de pacientes com mieloma múltiplo reincidente/refratário. (FIG. 26A) Aiolos, (FIG. 26B) Ikaros, (FIG. 26C) ZFP91, (FIG. 26D) c-Myc, e (FIG. 26E) IRF4.
[088] A FIG. 27 ilustra o efeito do Composto 2 na expressão de BCMA solúvel (sBCMA) em pacientes com mieloma múltiplo reincidente/refratário.
[089] A FIG. 28 ilustra o efeito do Composto 2 na cadeia leve livre de soro (sFLC) em pacientes com mieloma múltiplo reincidente/refratário.
5. DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃO
[090] Os métodos fornecidos neste documento são baseados, em parte, na descoberta de que um nível alterado, por exemplo, um nível aumentado e/ou um nível diminuído, de certas moléculas (por exemplo, mRNAs, cDNAs ou proteínas) ou células malignas (por exemplo, células tumorais circulantes (CTCs)), em uma amostra biológica, pode ser usado para prever a capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter MM a um composto de tratamento (por exemplo, Composto 1, Composto 2, Composto 3, ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste).
5.1 Definições
[091] Conforme usado neste documento, os termos "compreendendo" e "incluindo" podem ser usados de forma intercambiável. Os termos "compreendendo" e "incluindo" devem ser interpretados como especificando a presença dos recursos ou componentes declarados, conforme referido, mas não impedem a presença ou adição de um ou mais recursos, componentes ou grupos destes. Além disso, os termos “compreendendo” e “incluindo” destinam-se a incluir exemplos englobados pelo termo “consistindo em”. Consequentemente, o termo “que consiste em” pode ser usado em lugar dos termos “compreendendo” e “incluindo” para fornecer modalidades mais específicas da invenção.
[092] O termo “consistindo em” significa que um objeto tem pelo menos 90%, 95%, 97%, 98% ou 99% das características indicadas ou componentes que o integram. Em outra modalidade, o termo "consistindo em” exclui do seu âmbito de qualquer recitação sucedendo quaisquer outros recursos ou componentes, com exceção daqueles que não são essenciais para o efeito técnico a ser alcançado.
[093] Conforme usado neste documento, o termo “ou” é para ser interpretado como uma incluindo “ou” o que significa qualquer um ou qualquer combinação. Portanto, “A, B ou C” significa qualquer um dos seguintes: “A; B; C; A e B; A e C; B e C; A, B e C”. Uma exceção a essa definição ocorrerá somente quando uma combinação de elementos, funções, etapas ou atos são de alguma forma inerentemente mutuamente exclusivos.
[094] Em geral, o ensino técnico de uma modalidade pode ser combinado com o divulgado em quaisquer outras modalidades fornecidas neste documento.
[095] Conforme usado neste documento, o termo "câncer" inclui, mas não está limitado a, tumores sólidos e tumores no sangue. Os termos "câncer" e "cancerígeno" se referem ou descrevem a condição fisiológica em mamíferos que é tipicamente caracterizada pelo crescimento celular não regulado. Um câncer pode ser um câncer do tecido hematopoiético e linfoide. Uma malignidade hematopoiética se refere a um câncer que afeta o sangue, a medula óssea, a linfa e o sistema linfático.
[096] Conforme usado neste documento, "mieloma múltiplo" refere-se a condições hematológicas caracterizadas por células plasmáticas malignas e inclui os seguintes distúrbios: gamopatia monoclonal de significado indeterminado (MGUS); mieloma múltiplo de baixo risco, risco intermediário e alto risco; mieloma múltiplo recém-diagnosticado (incluindo mieloma múltiplo recém- diagnosticado de baixo risco, risco intermediário e alto risco); mieloma múltiplo elegível para transplante e inelegível para transplante; mieloma múltiplo latente (indolente) (incluindo mieloma múltiplo latente de baixo risco, risco intermediário e alto risco); mieloma múltiplo ativo; plasmocitoma solitário; plasmocitoma extramedular; leucemia de células plasmáticas; mieloma múltiplo do sistema nervoso central; mieloma de cadeia leve; mieloma não secretor; mieloma de Imunoglobulina D; e mieloma de Imunoglobulina E; e mieloma múltiplo caracterizado por anormalidades genéticas, tais como translocações de Ciclina D (por exemplo, t(411;14)(q13;q32); t(6;14)(p21;32); t(12;14)(p13;q32)) ou t(6,20));translocações de MMSET (por exemplo, t(4;14)(p16; q32)); translocações de MAF (por exemplo, t(14;16)(q32;q32); t(20;22); t(16;22)(q11;q13); ou t(14;20)(q32;q11)); ou outros fatores cromossômicos (por exemplo, deleção de 17p13 ou do cromossomo 13; del(17/17p), não hiperdiploidia e ganho(1q)).
[097] Conforme utilizado neste documento e a menos que indicado de outra forma, os termos "tratar", "tratando" e "tratamento" referem-se a aliviar ou reduzir a gravidade de um sintoma associado com a doença ou condição a ser tratada, por exemplo, mieloma múltiplo.
[098] O termo "prevenção" inclui a inibição de um sintoma da doença ou distúrbio específico, por exemplo, mieloma múltiplo. Em algumas modalidades, pacientes com histórico familiar de mieloma múltiplo são candidatos a regimes de prevenção. Geralmente, o termo "prevenção" se refere à administração da droga antes do início dos sintomas, particularmente para pacientes com risco de mieloma múltiplo.
[099] Conforme usado neste documento e salvo indicação em contrário, o termo "administrar" engloba a prevenção da recorrência da doença ou distúrbio específico, como mieloma múltiplo, em um paciente que sofreu com isso, prolongando o tempo em que um paciente que sofria da doença ou distúrbio permanece em remissão, reduzindo taxas de mortalidade dos pacientes e/ou mantendo uma redução na gravidade ou evitando um sintoma associado à doença ou condição sendo administrada.
[0100] Conforme usado neste documento, "sujeito" ou "paciente" é um animal, tipicamente um mamífero, incluindo um humano, tal como um paciente humano.
[0101] Conforme descrito neste documento, o termo "sujeito saudável" é qualquer indivíduo que não tenha mieloma múltiplo. Em algumas modalidades, o "sujeito saudável" não tem condições médicas pré-existentes.
[0102] Conforme utilizado neste documento, e a menos que especificado de outra forma, os termos "quantidade terapeuticamente eficaz" e "quantidade eficaz" de um composto referem-se a uma quantidade suficiente para fornecer um benefício terapêutico no tratamento, prevenção e/ou administração de uma doença, por exemplo, mieloma múltiplo, para retardar ou minimizar um ou mais sintomas associados à doença ou ao distúrbio a ser tratado. Os termos "quantidade terapeuticamente eficaz" e "quantidade eficaz" pode englobar uma quantidade que melhora a terapia geral, reduz ou evita sintomas ou causas de doenças ou distúrbio, ou aumenta a eficácia terapêutica de outro agente terapêutico.
[0103] O termo "capacidade de resposta" ou "responsivo" quando usado em referência a um tratamento se refere ao grau de eficácia do tratamento em amenizar ou diminuir os sintomas de uma doença, por exemplo, MM, sendo tratada. Por exemplo, o termo "capacidade de resposta aumentada" quando usado em referência a um tratamento de uma célula ou de um sujeito se refere a um aumento na eficácia em amenizar ou diminuir os sintomas da doença em comparação com um tratamento de referência (por exemplo, da mesma célula ou sujeito, ou de uma célula ou sujeito diferente) quando medido usando quaisquer métodos conhecidos na técnica. Em certas modalidades, o aumento na eficácia é de pelo menos cerca de 5%, pelo menos cerca de 10%, pelo menos cerca de 20%, pelo menos cerca de 30%, pelo menos cerca de 40% ou pelo menos cerca de 50%.
[0104] O termo "sensibilidade" ou "sensível" quando feito em referência ao tratamento com o composto é um termo relativo que se refere ao grau de eficácia do composto em amenizar ou diminuir o progresso de um tumor ou da doença a ser tratada. Por exemplo, o termo "sensibilidade aumentada", quando usado em referência ao tratamento de uma célula ou tumor em conexão com um composto, refere-se a um aumento de, pelo menos, cerca de 5%, ou mais, na eficácia do tratamento do tumor.
[0105] O termo "refratário" ou "resistente" refere-se a uma circunstância em que os pacientes, mesmo após o tratamento intensivo, têm células cancerígenas residuais (por exemplo, células de mieloma múltiplo) em seu sistema linfático, sangue e/ou tecidos formadores de sangue (por exemplo, medula). No contexto de mieloma múltiplo, o termo "refratário ou resistente" refere-se a uma circunstância em que os pacientes, mesmo após o tratamento intensivo, têm células de mieloma residuais e/ou células normais reduzidas na medula. Entende-se que uma doença refratária é uma doença que não responde à terapia (falha em atingir uma resposta mínima ou desenvolvimento de doença progressiva) ou progride em aproximadamente 60 dias após a última dose.
[0106] O termo "reincidente" refere-se a uma situação em que os pacientes que tiveram remissão do câncer após a terapia têm um retorno das células cancerígenas (por exemplo, células de mieloma múltiplo) em seu sistema linfático, sangue e/ou tecidos formadores de sangue (por exemplo, medula) e uma diminuição nas células sanguíneas normais.
[0107] Uma melhora no câncer ou doença relacionada ao câncer pode ser caracterizada como uma resposta completa (CR) ou parcial (PR). "Resposta completa" refere-se a uma ausência de doença clinicamente detectável com normalização de qualquer estudo radiográfico previamente anormal, medula óssea e líquido cefalorraquidiano (CSF) ou medidas anormais de proteínas monoclonais. "Resposta parcial" refere-se a pelo menos uma diminuição de cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80% ou cerca de 90% em toda carga tumoral mensurável (ou seja, o número de células malignas presentes no sujeito, ou o volume medido de massas tumorais ou a quantidade de proteína monoclonal anormal) na ausência de novas lesões. O termo "tratamento" contempla uma resposta completa e parcial.
[0108] No contexto de um câncer, a inibição podem ser avaliada pela inibição da progressão da doença, inibição do crescimento do tumor, redução do tumor primário, alívio de sintomas relacionados ao tumor, inibição de fatores secretados pelo tumor, atraso no aparecimento de tumores primários ou secundários, desenvolvimento retardado de tumores primários ou secundários, diminuição da ocorrência de tumores primários ou secundários, retardo ou diminuição da gravidade dos efeitos secundários da doença, crescimento do tumor interrompido e regressão de tumores, aumento do tempo para Progressão (TTP), aumento da Sobrevida Livre de Progressão (PFS), aumento da Sobrevida Geral (OS), entre outros.
OS, conforme usado neste documento, significa o tempo desde o início do tratamento até à morte por qualquer causa.
TTP, conforme usado neste documento, significa o tempo desde o início do tratamento até à progressão do tumor; TTP não inclui mortes.
Em uma modalidade, PFS significa o tempo desde o início do tratamento até a progressão do tumor ou morte.
Em uma modalidade, PFS significa o tempo desde a primeira dose do composto até a primeira ocorrência de progressão da doença ou morte por qualquer causa.
Em uma modalidade, as taxas de PFS serão calculadas usando as estimativas de Kaplan-Meier.
A sobrevida livre de eventos (EFS) significa o tempo desde o início do tratamento até qualquer falha no tratamento, incluindo progressão da doença, descontinuação do tratamento por qualquer razão ou morte.
Em uma modalidade, a taxa de resposta geral (ORR) significa a porcentagem de pacientes que atingem uma resposta.
Em uma modalidade, ORR significa a soma da porcentagem de pacientes que atingem respostas completas e parciais.
Em uma modalidade, ORR significa a porcentagem de pacientes cuja melhor resposta ≥ resposta parcial (PR), de acordo com os critérios de resposta uniforme IMWG.
Em uma modalidade, a duração da resposta (DoR) é o tempo de obtenção de uma resposta até recaída ou progressão da doença.
Em uma modalidade, a DoR é o tempo desde a obtenção de uma resposta ≥ resposta parcial (PR) até a reincidência ou progressão da doença.
Em uma modalidade, DoR é o tempo desde a primeira documentação de uma resposta até a primeira documentação de doença progressiva ou morte.
Em uma modalidade, DoR é o tempo desde a primeira documentação de uma resposta ≥ resposta parcial (PR) até a primeira documentação de doença progressiva ou morte.
Em uma modalidade, o tempo até a resposta (TTR) significa o tempo desde a primeira dose do composto até a primeira documentação de uma resposta. Em uma modalidade, TTR significa o tempo desde a primeira dose do composto até a primeira documentação de uma resposta ≥ resposta parcial (PR). No extremo, a inibição completa é referida neste documento como prevenção ou quimioprevenção. Neste contexto, o termo “prevenção” inclui a prevenção do aparecimento de câncer clinicamente evidente ou a prevenção de um estágio pré-clinicamente evidente de um câncer. Esta definição também se destina a compreender a prevenção da transformação em células malignas ou para interromper ou reverter a progressão de células pré-malignas para células malignas. Isso inclui o tratamento profilático daqueles em risco de desenvolver um câncer.
[0109] No contexto do mieloma múltiplo, a resposta pode ser avaliada usando os critérios de consenso do International Myeloma Working Group (IMWG - Grupo Internacional de Trabalho sobre Mieloma) para resposta e avaliação da doença residual mínima (Rajkumar et al., Blood, 2011, 117(18):4691-5; Kumar et al., Lancet Oncol., 2016,17(8):e328-e346). Os critérios podem ser resumidos da seguinte forma (com mais detalhes disponíveis em Lancet Oncol., 2016,17(8):e328-e346). Critérios de Resposta Critérios de MRD do MWG (exige uma resposta completa conforme definido abaixo) MRD negativa na medula (NGF ou NGS, ou ambos) e por imagem, conforme definido abaixo, confirmada com no mínimo 1 ano de intervalo. MRD negativa Avaliações subsequentes podem ser usadas para sustentada especificar adicionalmente a duração da negatividade (por exemplo, MRD negativa em 5 anos) Ausência de células plasmáticas clonais Fluxo de MRD negativa fenotipicamente aberrantes por NGF em aspirados
Critérios de Resposta de medula óssea usando o procedimento de operação padrão EuroFlow para detecção de MRD em mieloma múltiplo (ou método equivalente validado) com uma sensibilidade mínima de 1 em 105 células nucleadas ou maior Ausência de células plasmáticas clonais por NGS no aspirado de medula óssea em que a presença de um clone é definida como menos de duas leituras de sequenciamento idênticas obtidas após o Sequenciamento de sequenciamento de DNA de aspirados de medula MRD negativa óssea usando a plataforma LymphoSIGHT (ou método equivalente validado) com uma sensibilidade mínima de 1 em 105 células nucleadas ou maior Negatividade da MRD, conforme definido por NGF ou NGS mais o desaparecimento de cada área de captação de marcador aumentada encontrada na Geração de imagens avaliação inicial ou uma PET/CT anterior ou mais MRD negativa diminuição para menos SUV do pool de sangue mediastinal ou diminuição para menos do que o do tecido normal circundante Critérios de resposta padrão do IMWG Resposta completa, conforme definido abaixo, mais razão de FLC normal e ausência de células Resposta completa clonais na biópsia de medula óssea por rigorosa imunohistoquímica (razão κ/λ ≤ 4:1 ou ≥ 1:2 para pacientes κ e λ, respectivamente, após contagem de ≥ 100 células plasmáticas) Imunofixação negativa no soro e na urina e desaparecimento de quaisquer plasmocitomas de Resposta completa tecidos moles e < 5% de células plasmáticas em aspirados de medula óssea Proteína M sérica e urinária detectável por Resposta parcial muito imunofixação, mas não por eletroforese ou boa redução de ≥ 90% da proteína M sérica mais nível de proteína M na urina < 100mg por 24 h Redução de ≥ 50% da proteína M sérica mais Resposta parcial redução da proteína M urinária em 24 h por ≥ 90% ou < 200mg por 24 h;
Critérios de Resposta Se a proteína M sérica e urinária for imensurável, uma diminuição de ≥ 50% na diferença entre os níveis de FLC envolvidos e não envolvidos é necessária no lugar dos critérios da proteína M; Se a proteína M sérica e urinária não for mensurável e o ensaio de luz livre no soro também for imensurável, é necessária uma redução de ≥ 50% nas células plasmáticas em vez da proteína M, desde que a percentagem de células plasmáticas da medula óssea na avaliação inicial seja ≥ 30%. Além desses critérios, se presente na avaliação inicial, uma redução de ≥ 50% no tamanho (SPD) dos plasmocitomas de tecidos moles também é necessária ≥25%, mas ≤49% de redução da proteína M sérica e redução da proteína M urinária de 24 h por 50– 89%. Além dos critérios listados acima, se presente Resposta mínima na avaliação inicial, uma redução de ≥ 50% no tamanho (SPD) dos plasmocitomas dos tecidos moles também é necessária Não recomendada para uso como um indicador de resposta; a estabilidade da doença é melhor descrita fornecendo estimativas de tempo para a Doença estável progressão.
Não atender aos critérios de resposta completa, resposta parcial muito boa, resposta parcial, resposta mínima ou doença progressiva Qualquer um ou mais dos seguintes critérios: Aumento de 25% do menor valor de resposta confirmado em um ou mais dos seguintes critérios: Proteína M sérica (aumento absoluto deve ser ≥ 0,5 g/dL); Aumento da proteína M sérica ≥ 1 g/dL, se o menor Doença progressiva componente M for ≥ 5 g/dL; Proteína M urinária (o aumento absoluto deve ser ≥ 200 mg/24 h); Em pacientes sem níveis mensuráveis de proteína M sérica e urinária, a diferença entre os níveis de FLC envolvidos e não envolvidos (o aumento absoluto deve ser > 10 mg/dL);
Critérios de Resposta Em pacientes sem níveis mensuráveis de proteína M sérica e urinária e sem níveis mensuráveis de FLC envolvidos, a porcentagem de células plasmáticas da medula óssea, independentemente do status da avaliação inicial (o aumento absoluto deve ser ≥ 10%); Aparecimento de nova(s) lesão(ões), aumento ≥ 50% do nadir em SPD de > 1 lesão ou aumento ≥ 50% no maior diâmetro de uma lesão anterior > 1 cm no eixo curto; Aumento ≥ 50% nas células plasmáticas circulantes (mínimo de 200 células por μL) se esta for a única medida de doença A reincidência clínica requer um ou mais dos seguintes critérios: Indicadores diretos do aumento da doença e/ou disfunção de órgão alvo (características CRAB) relacionadas ao distúrbio de proliferação clonal de células plasmáticas subjacente.
Não é usado no cálculo do tempo para progressão ou sobrevida livre de progressão, mas é listado como algo que pode ser relatado opcionalmente ou para uso na prática clínica; Desenvolvimento de novos plasmocitomas de tecidos moles ou lesões ósseas (fraturas Reincidência clínica osteoporóticas não constituem progressão); Aumento definitivo no tamanho dos plasmocitomas ou lesões ósseas existentes.
Um aumento definitivo é definido como um aumento de 50% (e ≥ 1 cm) medido em série pelo SPD da lesão mensurável; Hipercalcemia (> 11 mg/dL); Redução na hemoglobina de ≥ 2 g/dL não relacionada à terapia ou outras condições não relacionadas ao mieloma; Aumento da creatinina sérica de 2 mg/dL ou mais desde o início da terapia e atribuível ao mieloma; Hiperviscosidade relacionada à paraproteína sérica
Critérios de Resposta Qualquer um ou mais dos seguintes critérios: Reincidência da Reaparecimento de proteína M sérica ou urinária resposta completa por imunofixação ou eletroforese; (para ser usado apenas Desenvolvimento de ≥5% de células plasmáticas na se o desfecho for a medula óssea; sobrevida livre de Aparecimento de qualquer outro sinal de doença) progressão (ou seja, novo plasmocitoma, lesão óssea lítica ou hipercalcemia, ver acima) Qualquer um ou mais dos seguintes critérios: Perda de estado negativo da MRD (evidência de células plasmáticas clonais em NGF ou NGS, ou estudo de geração de imagem positivo para Reincidência de MRD recorrência de mieloma); negativa (para ser Reaparecimento de proteína M sérica ou urinária usado apenas se o por imunofixação ou eletroforese; desfecho for sobrevida Desenvolvimento de ≥ 5% de células plasmáticas livre de doença) clonais na medula óssea; Aparecimento de qualquer outro sinal de progressão (ou seja, novo plasmocitoma, lesão óssea lítica ou hipercalcemia) RD = doença residual mínima. NGF = fluxo de próxima geração. NGS = sequenciamento de próxima geração. FLC = cadeia leve livre. Proteína M = proteína do mieloma. SPD = soma dos produtos dos diâmetros perpendiculares máximos das lesões medidas. Características CRAB = elevação de cálcio, insuficiência renal, anemia, lesões ósseas líticas. FCM = citometria de fluxo. 18 18 SUVmax = valor máximo de captação padronizado. F-FDG PET= F- fluordeoxiglicose PET.
[0110] Conforme usado neste documento, "terapia de indução" refere-se ao primeiro tratamento fornecido para uma doença ou ao primeiro tratamento fornecido com a intenção de induzir remissão completa em uma doença, como o câncer. Quando usada sozinha, a terapia de indução é a aceita como o melhor tratamento disponível. Se for detectado câncer residual, os pacientes são tratados com outro curso de quimioterapia, denominado reindução. Se o paciente estiver em remissão completa após a terapia de indução, é dada uma consolidação adicional e/ou terapia de manutenção para prolongar a remissão ou potencialmente curar o paciente.
[0111] Conforme usado neste documento, "terapia de consolidação" refere-se ao tratamento administrado para uma doença após a remissão ser alcançada pela primeira vez. Por exemplo, terapia de consolidação para o câncer é o tratamento administrado após o desaparecimento do câncer após a terapia inicial.A terapia de consolidação pode incluir radioterapia, transplante de células-tronco ou tratamento com terapia de drogas para câncer. A terapia de consolidação também é chamada de terapia de intensificação e terapia pós- remissão.
[0112] Conforme usado neste documento, "terapia de manutenção" refere-se ao tratamento administrado para uma doença após a remissão ou a melhor resposta ser alcançada, a fim de prevenir ou retardar a recaída. A terapia de manutenção pode incluir quimioterapia, terapia hormonal ou terapia direcionada.
[0113] Conforme usado neste documento, o termo "nível de referência" se destina a significar um nível de controle de um biomarcador usado para avaliar um nível de teste do biomarcador em uma amostra de um indivíduo. Um nível de referência pode ser um nível de referência normal em uma amostra de um sujeito normal ou um nível de referência de doença de um sujeito em estado de doença. Um nível de referência normal é uma quantidade de expressão de um biomarcador em um sujeito ou sujeitos não doentes. Um nível de referência de estado de doença é uma quantidade de expressão de um biomarcador em um sujeito com um diagnóstico positivo para a doença ou condição. Um nível de referência também pode ser um nível de referência específico do estágio. Um nível de referência específico de estágio refere-se a um nível de um biomarcador característico de um determinado estágio de progressão de uma doença ou condição. Um nível de referência também pode ser uma quantidade de expressão de um biomarcador antes do tratamento ou em um momento diferente durante o tratamento. Por exemplo, um nível de referência pode ser a quantidade de expressão de um biomarcador na medula óssea antes do tratamento. Em outro exemplo, um nível de referência pode ser a expressão de um biomarcador no sangue em algum ponto durante ou após o tratamento.
[0114] Os termos “propenso a” ou “probabilidade” geralmente se referem a um aumento na probabilidade de um evento. O termo "propenso a", quando usado em referência à capacidade de resposta de um paciente, geralmente contempla uma probabilidade aumentada de que o paciente responderá a um composto de tratamento. O termo "propenso a", quando usado em referência à capacidade de resposta de um paciente, também pode geralmente significar o aumento de biomarcadores, como mRNA ou expressão de proteína, que pode evidenciar um aumento na probabilidade do paciente responder a um composto de tratamento.
[0115] Os termos "prever" ou "previsão", conforme usados neste documento, geralmente significam determinar ou dizer com antecedência. Quando usado para "prever" a capacidade de resposta de um tratamento, por exemplo, o termo "previsão" pode significar que a probabilidade de responder ou não responder ao tratamento do câncer pode ser determinada desde o início, antes do início do tratamento ou antes do período do tratamento ter progredido substancialmente.
[0116] Os termos "monitorar" ou "monitoramento", conforme usados neste documento, geralmente se referem à observação, supervisão, regulamentação, vigilância, rastreamento ou inspeção de uma atividade. Por exemplo, o termo "monitorar a eficácia de um composto" refere-se ao rastreamento da eficácia no tratamento do câncer em um paciente ou em uma cultura de células tumorais. Da mesma forma, o termo "monitoramento", quando usado em conexão com a adesão do paciente, individualmente ou em um ensaio clínico, refere-se ao rastreamento ou confirmação de que o paciente está realmente tomando uma droga sendo testada conforme prescrito. O monitoramento pode ser realizado, por exemplo, seguindo a expressão de mRNA ou biomarcadores de proteína.
[0117] Conforme usado neste documento, os termos "ativação de células T" e "células T ativadas" se destinam a significar ativação celular de células T virgens em repouso em células T efetoras que são capazes de induzir a morte de células tumorais. A ativação de células T pode ser iniciada pela interação do complexo receptor de células T (TCR)/CD3 com um antígeno. Uma célula T ativada de exemplo exibe respostas de células que incluem, mas não estão limitadas a, proliferação celular, secreção de citocinas e/ou função efetora. No contexto do presente pedido, a ativação de células T pode ser induzida por tratamento com Composto 1, Composto 2 ou Composto 3.
[0118] Conforme usado neste documento, o termo "citocina associada à ativação de células T" refere-se a qualquer um dos numerosos fatores que são secretados por células T ativadas, ou cuja secreção aumenta em células T ativadas, em relação a células T virgens em repouso. Exemplos não limitativos de citocinas associadas à ativação de células T incluem IL-2, IFNγ e TNFα.
[0119] O termo "regular", conforme usado neste documento, refere-se a controlar a atividade de uma molécula ou função biológica, como aumentar ou diminuir a atividade ou função.
[0120] Um “marcador biológico” ou “biomarcador” é uma substância cuja detecção indica um determinado estado biológico, como, por exemplo, a presença de câncer. Biomarcadores exemplificativos podem ser determinados individualmente. Entende-se que vários biomarcadores podem ser medidos simultaneamente. Uma pessoa versada comum entenderia que um "biomarcador" indica uma mudança no nível de expressão de mRNA que pode se correlacionar com a resposta a um tratamento, ou a probabilidade do paciente responder a um tratamento. O biomarcador pode ser um ácido nucleico, como mRNA ou cDNA. O biomarcador também pode ser uma proteína. Um exemplo específico de um biomarcador é uma ou mais células tumorais que estão circulando no sangue periférico (ou seja, células tumorais circulantes, CTCs). Um biomarcador também pode ser a alteração da estrutura ou sequência de um gene, resultando em uma forma variante que é causada pela alteração de unidades de base única no DNA, ou a deleção, inserção ou rearranjo de seções maiores de genes ou cromossomos.
[0121] Um "biomarcador" exemplificativo adicional é aquele que indica uma mudança no nível de polipeptídeo ou expressão de proteína que pode se correlacionar com a resposta a um tratamento ou a probabilidade do paciente de responder a um tratamento. O biomarcador pode ser um polipeptídeo ou proteína, ou um fragmento deste. O nível relativo de proteínas específicas pode ser determinado por métodos conhecidos na técnica. Por exemplo, métodos baseados em anticorpos, tais como um imunotransferência, ensaio de imunoabsorção enzimática (ELISA) ou outros métodos podem ser usados.
[0122] Os termos "polipeptídeo" e "proteína", conforme usados de forma intercambiável neste documento, referem-se a um polímero de três ou mais aminoácidos em uma matriz em série, ligados por meio de ligações peptídicas. O termo "polipeptídeo" inclui proteínas, fragmentos de proteínas, análogos de proteínas, oligopeptídeos e semelhantes. O termo "polipeptídeo", conforme usado neste documento, também pode se referir a um peptídeo. Os aminoácidos que constituem o polipeptídeo podem ser derivados naturalmente ou podem ser sintéticos. O polipeptídeo pode ser purificado a partir de uma amostra biológica. O polipeptídeo, proteína ou peptídeo também abrange polipeptídeos, proteínas e peptídeos modificados, por exemplo, glicopolipeptídeos, glicoproteínas ou glicopeptídeos; ou lipopolipeptídeos, lipoproteínas ou lipopeptídeos.
[0123] O termo "anticorpo", "imunoglobulina" ou "Ig" conforme usado de forma intercambiável neste documento, abrange anticorpos totalmente montados e fragmentos de anticorpos que retêm a capacidade de se ligarem especificamente ao antígeno. Os anticorpos fornecidos neste documento incluem, mas não estão limitados a, anticorpos sintéticos, anticorpos monoclonais, anticorpos policlonais, anticorpos produzidos de forma recombinante, anticorpos multiespecíficos (incluindo anticorpos biespecíficos), anticorpos humanos, anticorpos humanizados, anticorpos quiméricos, intracorpos, Fvs de cadeia única (scFv) (por exemplo, incluindo monoespecífico, biespecífico, etc.), anticorpos camelizados, fragmentos Fab, fragmentos F(ab'), Fvs ligados por dissulfeto (sdFv), anticorpos anti-idiotípicos (anti-Id) e fragmentos de ligação ao epítopo de qualquer uma das opções acima. Em particular, os anticorpos aqui proporcionados incluem moléculas de imunoglobulina e porções imunologicamente activas de moléculas de imunoglobulina, ou seja, domínios ou moléculas de ligação ao antígeno que contêm um sítio de ligação ao antígeno que se liga imunoespecificamente a um antígeno de CRBN (por exemplo, uma ou mais regiões determinantes de complementaridade (CDRs) de um anticorpo anti-CRBN). As imunoglobulinas podem ser compostas por cadeias pesadas e cadeias leves. Os anticorpos fornecidos neste documento podem ser de qualquer classe (por exemplo, IgG, IgE, IgM, IgD e IgA) ou qualquer subclasse (por exemplo, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 e IgA2) da molécula de imunoglobulina. Em algumas modalidades, os anticorpos anti-CRBN são totalmente humanos, como anticorpos CRBN monoclonais totalmente humanos. Em certas modalidades, os anticorpos fornecidos neste documento são anticorpos IgG ou uma subclasse destes (por exemplo, IgG1 ou IgG4 humana). Em outras modalidades, os anticorpos fornecidos neste documento incluem moléculas de imunoglobulina e porções imunologicamente ativas de moléculas de imunoglobulina, ou seja, domínios de ligação ao antígeno ou moléculas que contêm um sítio de ligação ao antígeno que se liga imunoespecificamente a Aiolos, Ikaros, c-MYC, IRF4, Caspase-3, BCMA, cadeias leves kappa livres ou cadeias leves lambda livres.
[0124] Os termos "cadeia leve de imunoglobulina" ou "cadeia leve" referem-se à pequena subunidade polipeptídica de um anticorpo. A cadeia leve pode ser uma cadeia leve lambda ou uma cadeia leve kappa. Quando a cadeia leve está ligada a uma cadeia pesada, as cadeias leves são denominadas "cadeias leves ligadas". Quando as cadeias leves não estão ligadas à cadeia pesada, elas são denominadas "cadeias leves livres (FLC)". Quando as cadeias leves livres podem ser detectadas no soro ou plasma de um paciente, elas são denominadas "cadeias leves livres de soro" ou "cadeias leves livres de plasma". É ainda entendido que "cadeias leves livres de soro" também podem ser denominadas "cadeias leves livres solúveis". É entendido por uma pessoa versada na técnica que a quantidade de cadeia leve livre no soro ou plasma é proporcional à quantidade de carga da doença, onde a doença é mieloma múltiplo. Também é entendido que os níveis de cadeia leve livre, ou a razão de kappa leve livre para lambda leve livre, podem ser usados para o monitoramento ou diagnóstico de mieloma. Por exemplo, uma diminuição nos níveis anormalmente elevados de kappa de cadeia leve livre para lambda de cadeia leve livre no soro de um paciente com mieloma múltiplo que está sendo tratado com o Composto 2 pode ser usada para monitorar a eficácia do tratamento com o Composto 2. De forma semelhante, um aumento nas cadeias leves livres em um paciente sendo tratado com um composto diferente, como lenalidomida, pode indicar resistência ao tratamento e pode servir como um preditor de resposta ao Composto 1, Composto 2 ou Composto 3.
[0125] Os termos “domínio de ligação ao antígeno”, “região de ligação ao antígeno”, “fragmento de ligação ao antígeno” e termos semelhantes referem- se à porção de um anticorpo, que compreende os resíduos de aminoácidos que interagem com um antígeno e conferem ao agente de ligação sua especificidade e afinidade pelo antígeno (por exemplo, o CDR). A região de ligação ao antígeno pode ser derivada de qualquer espécie animal, como roedores (por exemplo, coelho, rato ou hamster) e humanos. Em algumas modalidades, a região de ligação ao antígeno é de origem humana.
[0126] O termo "epítopo", conforme usado neste documento, refere-se a uma região localizada na superfície de um antígeno que é capaz de se ligar a uma ou mais regiões de ligação ao antígeno de um anticorpo, que tem atividade antigênica ou imunogênica em um animal, como um mamífero (por exemplo, um humano), e que é capaz de provocar uma resposta imune. Um epítopo com atividade imunogênica é uma porção de um polipeptídeo que provoca uma resposta de anticorpo em um animal. Um epítopo com atividade antigênica é uma porção de um polipeptídeo ao qual um anticorpo se liga imunoespecificamente conforme determinado por qualquer método bem conhecido na técnica, por exemplo, pelos imunoensaios descritos neste documento. Os epítopos antigênicos não precisam necessariamente ser imunogênicos. Os epítopos consistem geralmente em agrupamentos de superfície quimicamente ativos de moléculas, como aminoácidos ou cadeias laterais de açúcar e têm características estruturais tridimensionais específicas, bem como características de carga específicas. Uma região de um polipeptídeo que contribui para um epítopo pode ser aminoácidos contíguos do polipeptídeo, ou o epítopo pode vir junto de duas ou mais regiões não contíguas do polipeptídeo. O epítopo pode ou não ser uma característica de superfície tridimensional do antígeno.
[0127] Os termos "cereblon" ou "CRBN" e termos semelhantes referem-se aos polipeptídeos ("polipeptídeos", "peptídeos" e "proteínas" são usados de forma intercambiável neste documento) compreendendo a sequência de aminoácidos de qualquer CRBN, como uma proteína CRBN humana (por exemplo, isoforma 1 de CRBN humana, No. de acesso GenBank NP_057386; ou isoformas 2 de CRBN humana, No. de acesso GenBank NP_001166953, cada um dos quais é incorporado neste documento por referência em sua totalidade) e polipeptídeos relacionados, incluindo variantes SNP destes. Os polipeptídeos CRBN relacionados incluem variantes alélicas (por exemplo, variantes SNP), variantes de splice, fragmentos, derivados, variante de substituição, variante de deleção, variante de inserção, polipeptídeos de fusão e homólogos interespécies, que, em certas modalidades, retêm a atividade CRBN e/ou são suficientes para gerar uma resposta imune anti-CRBN.
[0128] Conforme usado neste documento, o termo "proteína associada ao cereblon" ou "CAP" refere-se a uma proteína que interage com ou se liga ao cereblon (CRBN) direta ou indiretamente. Por exemplo, o termo se refere a qualquer proteína que se liga diretamente ao cereblon, bem como a qualquer proteína que seja um efetor indireto a jusante das vias CRBN. Um CAP exemplificativo é um substrato de CRBN, por exemplo, um substrato de proteína do complexo ubiquitina ligase E3 envolvendo CRBN, como IKZF1, IKZF3, ZFP91, ou as proteínas efetoras a jusante destas, como c-Myc ou IRF4.
[0129] Conforme usado neste documento, o termo "composto modulador de cereblon" refere-se ao composto que se liga a CRBN e altera sua atividade ou especificidade de substrato. Por exemplo, a ligação de um composto modulador de cereblon pode aumentar a degradação de IKZF1, IKZF3, ZFP91, IRF4 ou c-MYC. Compostos moduladores de cereblon exemplificativos podem ser, mas não estão limitados a, lenalidomida, pomalidomida ou um composto semelhante.
[0130] Conforme usado neste documento, o termo "mutação" se refere a qualquer alteração na estrutura de um gene, resultando em uma forma variante (também chamada de "mutante"). As mutações em um gene podem ser causadas pela alternância de uma única base no DNA ou pela deleção, inserção ou rearranjo de seções maiores de genes ou cromossomos. Em algumas modalidades, a mutação pode afetar a função ou a proteína resultante. Por exemplo, uma mutação em um único nucleotídeo do DNA (ou seja, mutação pontual) na região codificadora de uma proteína pode resultar em um códon que codifica um aminoácido diferente (ou seja, mutação missense). Este aminoácido diferente pode alterar a estrutura da proteína, de modo que um composto ou seus derivados não possam se ligar e/ou inibir a proteína
[0131] O termo "clonalidade do receptor de células T (TCR)" refere-se à alteração somática da configuração da linhagem germinativa dos genes do receptor de células T para uma configuração única, a fim de permitir o desenvolvimento de um clone de células T com um receptor de células T específico para um determinado antígeno. Os genes do receptor da célula T (alfa, beta, delta e gama) podem ser rearranjados somaticamente para produzir receptores de células T da superfície da célula heterodimérica. Os rearranjos somáticos do gene TCR podem resultar na expansão de diversos clones (policlonal), ou expansão monoclonal de uma população de células T com um único padrão de rearranjo TCR. A clonalidade de TCR pode ser determinada por técnicas de biologia molecular padrão, como PCR, Southern blotting ou sequenciamento do TCR (por exemplo, sequenciamento de próxima geração).
[0132] O termo "solúvel" refere-se a formas de uma molécula biológica que estão no espaço extracelular (por exemplo, soro) e não na superfície de uma célula. O termo "antígeno de maturação de células B solúveis", "BCMA solúvel (sBCMA)", "CD25 solúvel" ou "receptor de IL-2 solúvel (sIL-2R)" refere-se a proteínas solúveis que são uma forma liberada das proteínas e estão presentes no soro.
[0133] O termo "expresso" ou "expressão", conforme usado neste documento, refere-se à transcrição de um gene para obter uma molécula de ácido nucleico de RNA pelo menos complementar em parte a uma região de uma das duas fitas de ácido nucleico do gene. O termo "expresso" ou "expressão", conforme usado neste documento, também se refere à tradução da molécula de RNA para obter uma proteína, um polipeptídeo ou uma porção deste.
[0134] O termo "nível" refere-se à quantidade, acumulação ou taxa de uma molécula de biomarcador. Um nível pode ser representado, por exemplo, pela quantidade ou a taxa de síntese de um RNA mensageiro (mRNA) codificado por um gene, a quantidade ou a taxa de síntese de um polipeptídeo ou proteína codificada por um gene, ou a quantidade ou a taxa de síntese de uma molécula biológica acumulada em uma célula ou fluido biológico. O termo "nível" refere- se a uma quantidade absoluta de uma molécula em uma amostra ou uma quantidade relativa da molécula, determinada em condições de estado estacionário ou não estacionário.
[0135] Um mRNA que é "regulado positivamente" geralmente aumenta após um determinado tratamento ou condição. Um mRNA que é "regulado negativamente" geralmente se refere a uma diminuição no nível de expressão do mRNA em resposta a um determinado tratamento ou condição. Em algumas situações, o nível de mRNA pode permanecer inalterado após um determinado tratamento ou condição. Um mRNA de uma amostra de paciente pode ser
"regulado positivamente" quando tratado com uma droga, em comparação com um controle não tratado. Esta regulação positiva pode ser, por exemplo, um aumento de cerca de 5%, cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90%, cerca de 100%, cerca de 200%, cerca de 300%, cerca de 500%, cerca de 1.000%, cerca de 5.000% ou mais do nível de mRNA de controle comparativo. Alternativamente, um mRNA pode ser "regulado negativamente" ou expresso em um nível inferior, em resposta à administração de certos compostos ou outros agentes. Um mRNA regulado negativamente pode estar, por exemplo, presente em um nível de cerca de 99%, cerca de 95%, cerca de 90%, cerca de 80%, cerca de 70%, cerca de 60%, cerca de 50%, cerca de 40%, cerca de 30%, cerca de 20%, cerca de 10%, cerca de 1% ou menos do nível de mRNA de controle comparativo.
[0136] Da mesma forma, o nível de um polipeptídeo ou biomarcador de proteína de uma amostra de paciente pode ser aumentado quando tratado com uma droga, em comparação com um controle não tratado. Este aumento pode ser de cerca de 5%, cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90%, cerca de 100%, cerca de 200%, cerca de 300%, cerca de 500%, cerca de 1.000%, cerca de
5.000% ou mais do nível de proteína de controle comparativo. Alternativamente, o nível de um biomarcador de proteína pode ser diminuído em resposta à administração de certos compostos ou outros agentes. Esta diminuição pode estar, por exemplo, presente em um nível de cerca de 99%, cerca de 95%, cerca de 90%, cerca de 80%, cerca de 70%, cerca de 60%, cerca de 50%, cerca de 40%, cerca de 30%, cerca de 20%, cerca de 10%, cerca de 1% ou menos do nível de controle comparativo de um polipeptídeo ou proteína.
[0137] Além disso, o nível de CTCs de uma amostra de paciente pode ser diminuído em resposta à administração de certos compostos ou outros agentes. Esta diminuição pode estar, por exemplo, presente em um nível de cerca de 99%, cerca de 95%, cerca de 90%, cerca de 80%, cerca de 70%, cerca de 60%, cerca de 50%, cerca de 40%, cerca de 30%, cerca de 20%, cerca de 10%, cerca de 1% ou menos do nível de controle comparativo de CTCs.
[0138] A sequência de DNA do TCR, ou clonalidade do TCR, também pode ser aumentada quando tratada com uma droga, em comparação com um controle não tratado. Os rearranjos somáticos do gene TCR podem resultar na expansão de diversos clones (policlonal), ou expansão monoclonal de uma população de células T com um único padrão de rearranjo TCR. Este aumento em clones específicos pode ser de cerca de 5%, cerca de 10%, cerca de 20%, cerca de 30%, cerca de 40%, cerca de 50%, cerca de 60%, cerca de 70%, cerca de 80%, cerca de 90%, cerca de 100%, cerca de 200%, cerca de 300%, cerca de 500%, cerca de 1.000%, cerca de 5.000% ou mais da clonalidade de TCR de controle comparativo.
[0139] Os termos "determinação", "medição", "levantamento", "avaliação" e "análise" neste documento referem-se, geralmente, a toda forma de medição e incluem determinar se um elemento está ou não presente. Esses termos incluem determinações quantitativas e/ou qualitativas. A avaliação pode ser relativa ou absoluta. "Avaliar a presença de" pode incluir a determinação da quantidade de algo presente, bem como determinar se está presente ou ausente.
[0140] Os termos "ácido nucleico" e "polinucleotídeo" são usados de forma intercambiável neste documento para descrever um polímero de qualquer comprimento composto por nucleotídeos, por exemplo, desoxirribonucleotídeos ou ribonucleotídeos ou compostos produzidos sinteticamente, que podem hibridizar com ácidos nucleicos de ocorrência natural de uma maneira específica de sequência análoga ao de dois ácidos nucléicos de ocorrência natural, por exemplo, podem participar nas interações de emparelhamento de base Watson-Crick. Conforme usado neste documento no contexto de uma sequência polinucleotídica, o termo "bases" (ou "base") é sinônimo de "nucleotídeos" (ou "nucleotídeo"), ou seja, a subunidade monomérica de um polinucleotídeo. Os termos "nucleosídeo" e "nucleotídeo" destinam-se a incluir aquelas frações que contêm não apenas as bases purina e pirimidina conhecidas, mas também outras bases heterocíclicas que foram modificadas. Essas modificações incluem purinas ou pirimidinas metiladas, purinas ou pirimidinas aciladas, riboses alquiladas ou outros heterociclos. Além disso, os termos "nucleosídeo" e "nucleotídeo" incluem aquelas frações que contêm não apenas ribose convencional e açúcares desoxirribose, mas também outros açúcares. Os nucleosídeos ou nucleotídeos modificados também incluem modificações na fração de açúcar, por exemplo, em que um ou mais dos grupos hidroxil são substituídos por átomos de halogênio ou grupos alifáticos, ou são funcionalizados como éteres, aminas ou semelhantes. "Análogos" referem-se a moléculas com características estruturais que são reconhecidas na literatura como sendo miméticas, derivados, tendo estruturas análogas ou outros termos semelhantes e incluem, por exemplo, polinucleotídeos incorporando nucleotídeos não naturais, miméticos de nucleotídeos, tais como 2'- nucleosídeos modificados, ácidos nucleicos de peptídeos, fosfonatos de nucleosídeos oligoméricos e qualquer polinucleotídeo que tenha grupos substituintes adicionados, tais como grupos de proteção ou frações de ligação.
[0141] O termo "complementar" refere-se à ligação específica entre polinucleotídeos com base nas sequências dos polinucleotídeos. Conforme usado neste documento, um primeiro polinucleotídeo e um segundo polinucleotídeo são complementares se eles se ligam um ao outro em um ensaio de hibridização sob condições rigorosas, por exemplo, se eles produzem um nível determinado ou detectável de sinal em um ensaio de hibridização. Porções de polinucleotídeos são complementares entre si se seguirem as regras convencionais de emparelhamento de bases, por exemplo, pares A com T (ou U) e pares G com C, embora pequenas regiões (por exemplo, menos de cerca de 3 bases) de incompatibilidade, inserção, ou uma sequência deletada possam estar presentes.
[0142] "Identidade de sequência" ou "identidade" no contexto de duas sequências de ácido nucleico se refere aos resíduos nas duas sequências que são as mesmas quando alinhadas para correspondência máxima ao longo de uma janela de comparação especificada e pode levar em consideração adições, deleções e substituições.
[0143] O termo "identidade substancial" ou "homólogo" em suas várias formas gramaticais no contexto de polinucleotídeos geralmente significa que um polinucleotídeo compreende uma sequência que tem uma identidade desejada, por exemplo, pelo menos 60% de identidade, pelo menos 70% de identidade, em pelo menos 80% de identidade, pelo menos 90% de identidade e pelo menos 95% de identidade, em comparação com uma sequência de referência. Outra indicação de que as sequências nucleotídicas são substancialmente idênticas é a de se duas moléculas hibridizam uma à outra sob condições rigorosas.
[0144] Os termos "isolado" e "purificado" referem-se ao isolamento de uma substância (como mRNA, DNA ou proteína), de modo que a substância compreenda uma parte substancial da amostra na qual reside, ou seja, maior do que a porção da substância que normalmente é encontrada em seu estado natural ou não isolado. Normalmente, uma porção substancial da amostra compreende, por exemplo, mais do que 1%, mais do que 2%, mais do que 5%, mais do que 10%, mais do que 20%, mais do que 50% ou mais, geralmente até cerca de 90%-100% da amostra. Por exemplo, uma amostra de mRNA isolado pode compreender tipicamente pelo menos cerca de 1% do mRNA total. As técnicas para purificar polinucleotídeos são bem conhecidas na técnica e incluem, por exemplo, eletroforese em gel, cromatografia de troca iônica, cromatografia de afinidade, seleção de fluxo e sedimentação de acordo com a densidade.
[0145] Conforme usado neste documento, o termo "ligado" indica ligação direta ou indireta. No contexto de estruturas químicas, "ligado" pode se referir à existência de uma ligação química unindo diretamente duas frações ou indiretamente unindo duas frações (por exemplo, por meio de um grupo de ligação ou qualquer outra porção intermediária da molécula). A ligação química pode ser uma ligação covalente, uma ligação iônica, um complexo de coordenação, ligação de hidrogênio, interações de van der Waals ou empilhamento hidrofóbico ou pode exibir características de vários tipos de ligações químicas. Em certos casos, "ligado" inclui modalidades em que a ligação é direta e modalidades em que a ligação é indireta.
[0146] O termo "amostra", conforme usado neste documento refere-se a um material ou mistura de materiais, tipicamente, embora não necessariamente, em forma de fluido, contendo um ou mais componentes de interesse.
[0147] "Amostra biológica", conforme usado neste documento, refere-se a uma amostra obtida de um sujeito, incluindo uma amostra de origem de tecido ou fluido biológico, obtida, alcançada ou coletada in vivo ou in situ. Uma amostra biológica também inclui amostras de uma região de um sujeito biológico contendo células ou tecidos pré-cancerígenos ou cancerígenos. Essas amostras podem ser, mas não estão limitadas a, órgãos, tecidos e células isoladas de um mamífero. Amostras biológicas exemplificativas incluem, mas não estão limitados a, lisado celular, uma cultura celular, uma linha celular, um tecido, tecido oral, tecido gastrointestinal, um órgão, uma organela, um fluido biológico, uma amostra de sangue, uma amostra de urina, uma amostra de pele, e similar. As amostras biológicas preferenciais incluem, mas não estão limitadas a, sangue total, sangue parcialmente purificado, PBMC, biópsias de tecido incluindo biópsia do núcleo da medula óssea, aspirado da medula óssea, células mononucleares isoladas da medula óssea, células tumorais circulantes e similares.
[0148] O termo "célula tumoral circulante (CTC)", conforme usado neste documento, refere-se a células de mieloma múltiplo detectadas no sangue periférico que se desprenderam das células tumorais na medula óssea. Em algumas modalidades, as CTCs podem servir como um biomarcador para resposta e prognóstico. Em outras modalidades, a paisagem mutacional de CTCs em MM pode ser um biomarcador.
[0149] O termo "analito", conforme usado neste documento, refere-se a um componente conhecido ou desconhecido de uma amostra.
[0150] O termo "agente de captura", conforme usado neste documento, refere-se a um agente que se liga a um mRNA ou proteína por meio de uma interação que é suficiente para permitir que o agente se ligue e concentre o mRNA ou proteína de uma mistura heterogênea.
[0151] O termo "sonda", conforme usado neste documento, refere-se a um agente de captura que é direcionado a uma sequência de biomarcador de mRNA alvo específico. Por conseguinte, cada sonda de um conjunto de sondas tem um respectivo biomarcador de mRNA alvo. Um duplex sonda/mRNA alvo é uma estrutura formada pela hibridização de uma sonda com seu biomarcador de mRNA alvo.
[0152] O termo "sonda de ácido nucleico" ou "sonda de oligonucleotídeo"
refere-se a um ácido nucleico capaz de se ligar a um ácido nucleico alvo de sequência complementar, como os biomarcadores de mRNA fornecidos neste documento, geralmente por meio de emparelhamento de base complementar por formação de ligação de hidrogênio. Conforme usado neste documento, uma sonda pode incluir bases naturais (por exemplo, A, G, C ou T) ou modificadas (7- deazaguanosina, inosina, etc.). Além disso, as bases em uma sonda podem ser unidas por uma ligação diferente de uma ligação fosfodiéster, desde que não interfira com a hibridização. Será entendido por um versado na técnica que as sondas podem se ligar a sequências alvo sem complementaridade completa com a sequência da sonda dependendo do rigor das condições de hibridização. As sondas são preferencialmente marcadas diretamente com marcadores, por exemplo, cromóforos, lumíforos, cromógenos, ou indiretamente marcadas com biotina à qual um complexo de estreptavidina pode se ligar posteriormente. Ao testar a presença ou ausência da sonda, pode-se detectar a presença ou ausência de um biomarcador de mRNA alvo de interesse.
[0153] O termo "condições de ensaio rigorosas" refere-se a condições que são compatíveis para produzir pares de ligação de ácidos nucleicos, por exemplo, sondas e mRNAs alvo, de complementaridade suficiente para fornecer o nível desejado de especificidade no ensaio, embora sejam geralmente incompatíveis com a formação de pares de ligação entre membros de ligação de complementaridade insuficiente para fornecer a especificidade desejada. O termo "condições de ensaio rigorosas" geralmente se refere à combinação de hibridização e condições de lavagem.
[0154] Uma "marcação" ou "fração detectável" em referência a um ácido nucleico se refere a uma composição que, quando ligada a um ácido nucleico, torna o ácido nucleico detectável, por exemplo, por meios espectroscópicos, fotoquímicos, bioquímicos, imunoquímicos ou químicos. Os marcadores exemplificativos incluem, mas não estão limitados a, isótopos radioativos, grânulos magnéticos, grânulos metálicos, partículas coloidais, corantes fluorescentes, enzimas, biotina, digoxigenina, haptenos e semelhantes. Um "ácido nucleico marcado ou sonda de oligonucleotídeo" é geralmente aquele que está ligado, seja covalentemente através de um ligante ou uma ligação química, ou não covalentemente através de ligações iônicas, forças de van der Waals, atrações eletrostáticas, interações hidrofóbicas ou ligações de hidrogênio, a uma marcação de modo que a presença do ácido nucleico ou da sonda possa ser detectada pela detecção da presença da marcação ligada ao ácido nucleico ou sonda.
[0155] O termo "reação em cadeia da polimerase" ou "PCR", conforme usado neste documento, geralmente se refere a um procedimento em que pequenas quantidades de um ácido nucleico, RNA e/ou DNA, são amplificadas conforme descrito, por exemplo, na Patente U.S. Nº 4.683.195. Geralmente, a informação de sequência a partir das extremidades ou além da região de interesse precisa estar disponível, de modo que os primers oligonucleotídicos possam ser projetados; estes primers serão idênticos ou semelhantes em sequência a fitas opostas do molde a ser amplificado. Os nucleotídeos terminais 5' dos dois primers podem coincidir com as extremidades do material amplificado. A PCR pode ser usada para amplificar sequências de RNA específicas, sequências de DNA específicas de DNA genômico total e cDNA transcrito de RNA celular total, bacteriófago ou sequências de plasmídeo, etc. Ver geralmente Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1987, 51:263- 273; PCR Technology (Stockton Press, NY, Erlich, ed., 1989).
[0156] O termo "número do ciclo" ou "CT" quando usado neste documento em referência aos métodos de PCR, refere-se ao número do ciclo de PCR no qual o nível de fluorescência passa de um determinado nível de limite determinado.
A medição de CT pode ser usada, por exemplo, para aproximar os níveis de mRNA em uma amostra original. A medição de CT é frequentemente usada em termos de "dCT" ou a pontuação de "diferença no CT", quando o CT de um ácido nucleico é subtraído do CT de outro ácido nucleico.
[0157] Conforme usado neste documento, os termos "composto" e "composto de tratamento" são usados de forma intercambiável e incluem Composto 1, Composto 2, Composto 3 ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
[0158] "Tautômeros", conforme usado neste documento, refere-se a formas isoméricas de um composto que estão em equilíbrio entre si. As concentrações das formas isoméricas dependerão do meio em que o composto é encontrado e podem ser diferentes dependendo, por exemplo, se o composto é um sólido ou se está numa solução orgânica ou aquosa. Por exemplo, em solução aquosa, os pirazois podem exibir as seguintes formas isoméricas, que são referidas como tautômeros umas das outras:
H N N HN N .
[0159] Conforme usado neste documento e salvo indicação em contrário, o termo "sai farmaceuticamente aceitável" inclui, mas não está limitado aos sais de amina, tais como mas não se limitando a N,N'-dibenziletilenodiamina, cloroprocaina, colina, amônia, dietanolamina e outras hidroxialquilaminas, etilenodiamina, N-metilglucamina, procaina, N-benzilfenetilamina, 1-para- clorobenzil-2-pirrolidin-1'-ilmetil- benzimidazole, dietilamina e outras alquilaminas, piperazina e tris(hidroximetil)aminometano; sais de metais alcalinos, tais como mas não limitados ao lítio, potássio e sódio; sais de metais alcalino-terrosos, tais como mas não limitados ao bário, cálcio e magnésio; sais de metais de transição, tais como mas não limitados ao zinco; e outros sais de metais, tais como, mas não limitados a hidrogenofosfato de sódio e fosfato dissódico; e também incluindo, mas não se limitando aos sais de ácidos minerais, tais como, mas não limitado aos cloridratos e sulfatos; e sais de ácidos orgânicos, tais como, mas não limitados aos acetatos, lactatos, malatos, tartaratos, citratos, ascorbatos, succinatos, butiratos, valeratos, fumaratos e sulfonatos orgânicos.
[0160] A menos que especificamente indicado de outra forma, quando um composto pode assumir formas tautoméricas alternativas, regioisoméricas e/ou estereoisoméricas, todos os isômeros alternativos destinam-se a ser englobados dentro do escopo do subject-matter reivindicado. Por exemplo, quando um composto pode ter uma das duas formas tautoméricas, pretende-se que ambos os tautômeros sejam englobados neste documento.
[0161] Assim, os compostos fornecidos neste documento podem ser enantiomericamente puros, ou ser misturas estereoisoméricas ou diastereoméricas. Conforme utilizado neste documento e a menos que indicado de outra forma, o termo "estereomericamente puro" significa uma composição que compreende um estereoisômero de um composto e é substancialmente livre de outros estereoisômeros desse composto. Por exemplo, uma composição estereoisomericamente pura de um composto possuindo um centro quiral estará substancialmente livre do enantiômero oposto do composto. Uma composição estereomericamente pura de um composto possuindo dois centros quirais estará substancialmente livre de outros diastereômetros do composto. Um composto típico estereoisomericamente puro compreende mais do que cerca de 80% em peso de um estereoisômero do composto e menos do que cerca de 20% em peso de outros estereoisômeros do composto, mais preferencialmente mais do que cerca de 90% em peso de um estereoisômero do composto e menos do que cerca de 10% em peso dos outros estereoisômeros do composto, mais preferencialmente maior do que cerca de 95% em peso de um estereoisômero do composto e menos do que cerca de 5% em peso dos outros estereoisômeros do composto e mais preferencialmente maior do que cerca de 97% em peso de um estereoisômero do composto e menos do que cerca de 3% em peso dos outros estereoisômeros do composto.
Um composto estereomericamente puro, conforme usado neste documento, compreende mais do que cerca de 80% em peso de um estereoisômero do composto, mais preferencialmente mais do que cerca de 90% em peso de um estereoisômero do composto, ainda mais preferencialmente mais do que cerca de 95% em peso de um estereoisômero do composto e mais preferencialmente mais do que cerca de 97% em peso de um estereoisômero do composto.
Conforme usado neste documento e a menos que indicado de outra forma, o termo "estereomericamente enriquecido" significa uma composição que compreende mais do que cerca de 60% em peso de um estereoisômero de um composto, preferencialmente mais do que cerca de 70% em peso, mais preferencialmente mais do que cerca de 80% em peso de um estereoisômero de um composto.
Conforme utilizado neste documento e a menos que indicado de outra forma, o termo "enantiomericamente puro" significa uma composição estereomericamente pura de um composto possuindo um centro quiral.
Da mesma forma, o termo "estereomericamente enriquecido" significa uma composição estereomericamente enriquecida de um composto possuindo um centro quiral.
Conforme usado neste documento, misturas estereoisoméricas ou diastereoméricas significa uma composição que compreende mais do que um estereoisômero de um composto.
Uma mistura estereomérica típica de um composto compreende cerca de 50% em peso de um estereoisômero do composto e cerca de 50% em peso de outros estereoisômeros do composto, ou mais do que cerca de 50% em peso de um estereoisômero do composto e menos do que cerca de 50% em peso de outros estereoisômeros do composto, ou compreende mais do que cerca de 45% em peso de um estereoisômero do composto e menos do que cerca de 55% em peso de outros estereoisômeros do composto, ou compreende mais do que cerca de 40% em peso de um estereoisômero do composto e menos do que cerca de 60% em peso de outros estereoisômeros do composto, ou compreende mais do que cerca de 35% em peso de um estereoisômero do composto e menos do que cerca de 65% em peso de outros estereoisômeros do composto.
[0162] Deve ser entendido que os compostos fornecidos neste documento podem conter centros quirais. Tais centros quirais podem ter a configuração (R) ou (S), ou pode ser uma mistura destes. Deve ser entendido que os centros quirais dos compostos fornecidos neste documento podem ser submetidos a epimerização in vivo. Assim, uma pessoa versada na técnica reconhecerá que a administração de um composto na sua forma (R) é equivalente, para compostos que passam por epimerização in vivo, a administração do composto na sua forma (S).
[0163] Isômeros opticamente ativos (+) e (-), (R)- e (S)-, ou (D)- e (L)- podem ser preparados usando sintons quirais ou reagentes quirais, ou resolvidos usando técnicas convencionais, tais como cromatografia em uma fase estacionária quiral.
[0164] Na descrição deste documento, se houver qualquer discrepância entre um nome químico e uma estrutura química, a estrutura prevalece.
[0165] Também deve ser notado que os compostos podem conter proporções não naturais de isótopos atômicos em um ou mais dos átomos. Por exemplo, os compostos podem ser radiomarcados com isótopos radioativos, como por exemplo trítio (3H), iodo-125 (125I), enxofre-35 (35S) ou carbono-14 (14C), ou pode ser isotopicamente enriquecido, tal como com deutério (2H),
carbono-13 (13C) ou nitrogênio-15 (15N). Conforme usado neste documento, um "isotopólogo" é um composto isotopicamente enriquecido. O termo "enriquecido isotopicamente" refere-se a um átomo possuindo uma composição isotópica diferente da composição isotópica natural desse átomo. "Enriquecido isotopicamente" também pode referir-se a um composto contendo pelo menos um átomo possuindo uma composição isotópica diferente da composição isotópica natural desse átomo. O termo "composição isotópica" refere-se à quantidade de cada isótopo presente para um determinado átomo. Os compostos radiomarcados e isotopicamente enriquecidos são úteis como agentes terapêuticos, por exemplo, agentes terapêuticos de câncer e inflamação, reagentes de pesquisa, por exemplo, reagentes de ensaio de ligação e agentes de diagnóstico, por exemplo, agentes de imagem in vivo. Todas as variações isotópicas dos compostos, conforme descrito neste documento, sejam radioativas ou não, destinam-se a ser abrangidas no escopo das modalidades fornecidas neste documento. Em algumas modalidades, são fornecidos isotopólogos dos compostos, por exemplo, os isotopólogos são compostos enriquecidos com deutério, carbono-13 ou nitrogênio-15. Em algumas modalidades, os isotopólogos fornecidos neste documento são compostos enriquecidos com deutério. Em algumas modalidades, os isotopólogos fornecidos neste documento são compostos enriquecidos com deutério, nos quais a deuteração ocorre no centro quiral. Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento isotopólogos dos compostos do Composto 1, onde a deuteração ocorre no centro quiral. Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento isotopólogos do Composto 2, onde a deuteração ocorre no centro quiral. Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento isotopólogos do Composto 3, onde a deuteração ocorre no centro quiral.
[0166] Deve-se notar que se houver uma discrepância entre uma estrutura representada e um nome dado a essa estrutura, a estrutura representada deve prevalecer. Além disso, se a estereoquímica de uma estrutura ou uma porção de uma estrutura não for indicada com, por exemplo, linhas pontilhadas ou em negrito, a estrutura ou porção da estrutura deve ser interpretada como abrangendo todos os seus estereoisômeros.
[0167] Conforme descrito neste documento, o termo "segundo agente ativo" se refere a qualquer tratamento adicional que é biologicamente ativo. Entende-se que o segundo agente ativo pode ser um fator de crescimento hematopoiético, citoquina, agente anticâncer, antibióticos, inibidores de cox-2, agente imunomodulador, agente imunossupressor, corticosteroide anticorpo terapêutico que se liga especificamente a um antígeno de câncer ou um mutante farmacologicamente ativo ou derivado deste.
[0168] O termo "agente de cuidados de suporte" refere-se a qualquer substância que trata, previne ou administra um efeito adverso do tratamento com o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero ou uma mistura de enantiômeros, tautômeros, isotopólogo ou um sal farmaceuticamente aceitável destes. Entende-se que o termo "terapia de suporte" se refere a qualquer agente terapêutico que é principalmente direcionado para sustentar a força e/ou conforto do paciente. Terapias de suporte exemplificativas incluem, mas não estão limitadas a, terapias para controle da dor, fluidos intravenosos e suporte eletrolítico, como solução salina isotônica, solução salina de glicose ou soluções cristaloides equilibradas.
[0169] O termo "terapia biológica" refere-se à administração de agentes terapêuticos biológicos tais como o sangue do cordão umbilical, células-tronco, fatores de crescimento e similares.
[0170] Os termos "co-administração" e "em combinação com" incluem a administração de um ou mais agentes terapêuticos (por exemplo, um composto fornecido neste documento e um outro agente contra o mieloma múltiplo, agente contra o câncer ou agente de cuidados de suporte), seja simultaneamente, concomitantemente ou sequencialmente sem limites de tempo específicos. Em uma modalidade, os agentes estão presentes na célula ou no corpo do paciente ao mesmo tempo ou exercem o seu efeito biológico ou terapêutico ao mesmo tempo. Em uma modalidade, os agentes terapêuticos estão na mesma forma de composição ou dosagem unitária. Em outra modalidade, os agentes terapêuticos estão em composições separadas ou formas de dosagem unitárias.
[0171] Conforme usado neste documento, os termos "se liga imunoespecificamente", "reconhece imunoespecificamente", "se liga especificamente" e "reconhece especificamente" são termos análogos no contexto de anticorpos e se referem a moléculas que se ligam a um antígeno/epítopo conforme tal ligação é entendida por um especialista na técnica. Os anticorpos que se ligam especificamente a uma estrutura alvo, ou subunidade da mesma, não apresentam reação cruzada com moléculas biológicas que estão fora da família da estrutura alvo. Em algumas modalidades, um anticorpo ou fragmento de anticorpo se liga a um antígeno selecionado com uma afinidade específica maior do que 10-7 M, 10-8 M, 10-9 M, 10-10 M, ou 10-11 M, entre 10-8 M e 10-11 M, entre 10-9 M e 10-10 M, ou entre 10-10 M e 10-11 M. Por exemplo, uma molécula (por exemplo, um anticorpo) que se liga especificamente a um antígeno pode se ligar a outros peptídeos ou polipeptídeos, geralmente com menor afinidade conforme determinado por, por exemplo, imunoensaios ou outros ensaios conhecidos na técnica. Em uma modalidade específica, as moléculas que se ligam especificamente a um antígeno não apresentam reação cruzada com outras proteínas.
[0172] Conforme descrito neste documento, o termo "marcação detectável" refere-se à fixação de uma tag específica a um anticorpo para auxiliar na detecção ou isolamento/purificação de uma proteína. Exemplos de tipos de marcações incluem, mas não estão limitados a, um radioisótopo, um fluoróforo (por exemplo, isotiocianato de fluoresceína (FITC), ficoeritrina (PE)), quimioluminescência, repórteres de enzima e partículas de elemento (por exemplo, partículas de ouro). A detecção pode ser direta ou indireta. Os métodos ópticos incluem microscopia (confocal e não confocal), métodos de geração de imagens e métodos sem geração de imagens. Os métodos eletroquímicos incluem métodos de voltametria e amperometria. Os métodos de radiofrequência incluem espectroscopia de ressonância multipolar.
[0173] O termo "cerca" ou "aproximadamente" significa um erro aceitável para um valor particular determinado por aquele versado na técnica, o que depende em parte da forma como o valor é medido ou determinado. Em certas modalidades, o termo "cerca de" ou "aproximadamente" significa dentro de 1, 2, 3 ou 4 desvios padrão. Em certas modalidades, o termo "cerca de" ou "aproximadamente" significa dentro de 50%, 20%, 15%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,5% ou 0,05% de um determinado valor ou intervalo.
[0174] A prática das formas de realização aqui proporcionadas empregará, a menos que seja indicado o contrário, técnicas convencionais de biologia molecular, microbiologia e imunologia, que estão dentro da habilidade daqueles que trabalham na técnica. Tais técnicas são explicadas por completo na literatura. Exemplos de textos particularmente adequados para consulta incluem os seguintes: Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed. 1989); Glover, ed., DNA Cloning, Volumes I e II (1985); Gait, ed., Oligonucleotide Synthesis (1984); Hames & Higgins, eds., Nucleic Acid Hybridization (1984); Hames & Higgins, eds., Transcription and Translation (1984); Freshney, ed., Animal Cell Culture: Immobilized Cells and Enzymes (IRL
Press, 1986); Immunochemical Methods in Cell and Molecular Biology (Academic Press, London); Scopes, Protein Purification: Principles and Practice (Springer Verlag, N.Y., 2d ed. 1987); and Weir & Blackwell, eds., Handbook of Experimental Immunology, Volumes I-IV (1986).
5.2 Biomarcadores e Métodos de Uso dos Mesmos
[0175] Os métodos fornecidos neste documento são baseados, em parte, na descoberta de que o aumento ou diminuição detectável em certos biomarcadores após o tratamento com composto são observados em indivíduos com MM, que são responsivos a um determinado tratamento, por exemplo, um composto, como o Composto 1, Composto 2, ou Composto 3, ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, conforme descrito na Seção 5.7 abaixo, e que os níveis desses biomarcadores podem ser usados para prever a capacidade de resposta dos sujeitos ao tratamento. Em algumas modalidades, os níveis de biomarcadores podem ser preditivos da resposta ao Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em algumas modalidades, o composto é conforme descrito neste documento. Em certas modalidades, o composto é o Composto 1, o Composto 2 ou o Composto 3. Em uma modalidade, o composto é o Composto
1. Em outra modalidade, o composto é o Composto 2. Em ainda outra modalidade, o composto é o Composto 3.
[0176] De acordo com um aspecto, a invenção é direcionada ao Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 para uso em um método de tratamento, prevenção e/ou gestão de doenças conforme fornecido neste documento.
[0177] Conforme descrito nos Exemplos na Seção 6, e mostrado nas figuras, os níveis de certas proteínas, moléculas, mRNAs ou composição celular mudam em resposta ao tratamento com Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Esses biomarcadores incluem CRBN, IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-Myc, IRF4, Caspase-1,
Caspase-3, Caspase-7, PARP, survivina, proteína 11 semelhante a Bcl-2 (BIM), cadeia leve livre de soro (sFLC), p21, p27, pRb1, IL-2, TNFα, IFNγ, linfócitos infiltrantes de tumor (TILs), clonalidade de receptor de antígeno de células T (TCR) e células tumorais circulantes (CTCs). Além disso, os Exemplos e as figuras mostram que a expressão de certas proteínas muda após o tratamento com o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 e podem servir como biomarcadores para prever a resposta ao tratamento e/ou selecionar pacientes que provavelmente responderão ao tratamento com o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Estes biomarcadores incluem CRBN. Assim, em algumas modalidades, o biomarcador fornecido neste documento é selecionado do grupo que consiste em CRBN, IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-Myc, IRF4, Caspase-1, Caspase-3, Caspase-7, PARP, survivina, proteína 11 semelhante a Bcl-2 (BIM), cadeia leve livre de soro (sFLC), p21, p27, pRb1, IL-2, TNFα, IFNγ, linfócitos infiltrantes de tumor (TILs), clonalidade de receptor de antígeno de células T (TCR) e células tumorais circulantes (CTCs). Cada um dos biomarcadores fornecidos neste documento inclui várias isoformas, formas fosforiladas, formas clivadas, formas modificadas e variantes de splicing das mesmas. Por exemplo, Caspase-3 inclui a forma clivada de Caspase-3, Caspase-1 inclui Caspase-1 clivada, Caspase-7 inclui Caspase-7 clivada, PARP inclui PARP clivada e pRb1 inclui pRb1 fosforilado. Assim, em algumas modalidades, os níveis das isoformas, formas fosforiladas, formas clivadas, formas modificadas e/ou variantes de splicing desses biomarcadores aumentam ou diminuem em resposta ao tratamento do composto e, portanto, essas isoformas, formas fosforiladas, formas clivadas, formas modificadas e/ou variantes de splicing dos biomarcadores podem ser usadas para prever a resposta de um paciente.
[0178] Dedo de Zinco 1 da Família IKAROS (IKZF1, também conhecido como Ikaros) e Dedo de Zinco 3 da Família IKAROS (IKZF3, também conhecido como
Aiolos) são fatores de transcrição hematopoiéticos específicos envolvidos na regulação do desenvolvimento de linfócitos. A expressão de IKZF1 e IKZF3 é restrita ao sistema hemo-linfopoiético fetal e adulto, e funcionam como reguladores da diferenciação linfocitária. A regulação da expressão gênica envolve homodímeros Ikaros, heterodímeros Ikaros/Aiolos e homodímeros Aiolos. Múltiplas isoformas de Ikaros e Aiolos humanos foram encontradas em células B normais e leucêmicas. As isoformas que não se ligam ao DNA são amplamente encontradas no citoplasma e acredita-se que funcionem como fatores negativos dominantes. A superexpressão de algumas isoformas negativas dominantes foi associada a malignidades de células B, como a leucemia linfoblástica aguda (ALL).
[0179] Caspase-1, -3 e -7 são membros da família caspase. Caspase-3 cliva e ativa Caspase-7, bem como Caspase-6 e -9. A clivagem da Caspase 7 ocorre após estímulos de morte celular e induz a apoptose. A própria Caspase-3 é processada pela Caspase-8, -9 e -10. As caspases efetoras, Caspase-3, -6 e -7 degradam proteoliticamente um hospedeiro de proteínas intracelulares para realizar a apoptose celular. A Caspase-3 virtualmente não tem atividade até ser clivada por um iniciador caspase após a ocorrência de eventos de sinalização apoptótica. Da mesma forma, a Pro-Caspase-1 é convertida em uma Caspase-1 ativa após a clivagem, e a Caspase-1 também está envolvida em algumas formas de apoptose. Além disso, a poli(ADP-ribose) polimerase (PARP) pode ser clivada por caspases. Por exemplo, PARP é conhecida por ser clivada pela Caspase-3 durante a apoptose. PARP é uma família de proteínas envolvidas na regulação de vários processos celulares importantes, como diferenciação, proliferação e transformação tumoral. PARP também regula os eventos moleculares envolvidos na recuperação de células de danos ao DNA. A ativação da caspase pode ser inibida pela survivina, evitando assim a apoptose. Outra proteína envolvida na promoção da apoptose é a proteína 11 semelhante a Bcl-2 (BIM). A apoptose também pode ser promovida por cadeia leve livre de soro (sFLC). Assim, em algumas modalidades, Caspase-1 clivada (c-Caspase-1), Caspase-3 clivada (c-Caspase-3), Caspase-7 clivada (c-Caspase-7), PARP clivada, survivina, BIM e cadeia leve livre de soro (sFLC) são biomarcadores que são indicativos de apoptose.
[0180] Em certas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o biomarcador é uma proteína que é direta ou indiretamente afetada pelo cereblon (CRBN), por exemplo, através de interações proteína- proteína (por exemplo, certos substratos de CRBN ou efetores a jusante dos mesmos), ou através de várias vias celulares (por exemplo, vias de transdução de sinal). Em modalidades específicas, o biomarcador é uma proteína associada a CRBN (CAP). Em algumas modalidades, o biomarcador é mRNA de uma proteína que é direta ou indiretamente afetada pelo CRBN. Em outras modalidades, o biomarcador é cDNA de uma proteína que é direta ou indiretamente afetada pelo CRBN. Existem pelo menos duas isoformas da proteína CRBN, que têm 442 e 441 aminoácidos de comprimento, respectivamente.
[0181] Conforme descrito nos Exemplos, o tratamento com os Compostos 1-3 diminui os níveis de Aiolos, Ikaros, ZFP91, c-Myc e IRF4 (por exemplo, FIG. 4). Portanto, a detecção do nível de proteínas associadas ao CRBN pode ser instrumental no monitoramento da eficácia, predição da resposta, identificação de um sujeito com câncer que provavelmente será responsivo, tratamento do câncer, identificação de um sujeito com mieloma múltiplo propenso a responder a um composto de tratamento e determinar ou ajustar uma dose para o tratamento de um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento. Portanto, em algumas modalidades, o biomarcador é uma proteína associada ao CRBN e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outras modalidades, o biomarcador é uma proteína associada ao CRBN e o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outras modalidades, em algumas modalidades, o biomarcador é uma proteína associada ao CRBN e o composto de tratamento é o Composto 3. Em certas modalidades, o biomarcador é uma proteína associada ao CRBN selecionada a partir do grupo que consiste em Aiolos, Ikaros, ZFP91, c-Myc e IRF4. Em certas modalidades específicas, o biomarcador é uma proteína associada ao CRBN selecionada do grupo que consiste em Aiolos, Ikaros, ZFP91, c-Myc e IRF4 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em certas modalidades específicas, o biomarcador é uma proteína associada ao CRBN selecionada a partir do grupo que consiste em Aiolos, Ikaros, ZFP91, c-Myc e IRF4, e o composto de tratamento é o Composto 2. Em certas modalidades específicas, o biomarcador é uma proteína associada ao CRBN selecionada do grupo que consiste em Aiolos, Ikaros, ZFP91, c-Myc e IRF4, e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0182] Em algumas modalidades, o biomarcador é um fator de transcrição dedo de zinco de membro da Família IKAROS, como IKZF1 ou IKZF3. Em uma modalidade específica, o biomarcador é IKZF1 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o biomarcador é IKZF1 e o composto de tratamento é o Composto 2. Em outra modalidade específica, o biomarcador é IKZF1 e o composto de tratamento é o Composto 3. Em uma modalidade específica, o biomarcador é IKZF3 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o biomarcador é IKZF3 e o composto de tratamento é o Composto 2. Em outra modalidade específica, o biomarcador é IKZF3 e o composto de tratamento é o Composto 3. Em uma modalidade específica, o biomarcador é ZFP91 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o biomarcador é I ZFP91 e o composto de tratamento é o Composto 2. Em outra modalidade específica, o biomarcador é ZFP91 e o composto de tratamento é o Composto 3. Em ainda outra modalidade específica, o biomarcador é c-Myc e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o biomarcador ker é c-Myc e o composto de tratamento é o Composto 2. Em outra modalidade específica, o biomarcador é c-Myc e o composto de tratamento é o Composto 3. Em outra modalidade específica, o biomarcador é IRF4 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o biomarcador é IRF4 e o composto de tratamento é o Composto 2. Em outra modalidade específica, o biomarcador é IRF4 e o composto de tratamento é o Composto 3. Em outras modalidades, o biomarcador é um parceiro de ligação, efetor a jusante do mesmo, ou um fator em uma via celular afetada por IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-Myc ou IRF4.
[0183] Conforme descrito nos Exemplos, os níveis das proteínas na via de apoptose, tais como Caspase-1, Caspase-3, Caspase-7, PARP, survivina, BIM e sFLC mudam com os Compostos 1-3 de tratamento. Por exemplo, o tratamento com os Compostos 1-3 pode aumentar os níveis de c-Caspase-3, c-Caspase-1, c- Caspase-7, PARP clivada, BIM e sFLC em células de mieloma múltiplo, indicando assim apoptose. O tratamento com os Compostos 1-3 também pode diminuir os níveis de survivina, indicando assim apoptose. A detecção da apoptose pode ser instrumental no monitoramento da eficácia, predição da resposta, identificação de um sujeito com câncer que provavelmente será responsivo, tratamento do câncer, identificação de um sujeito com mieloma múltiplo propenso a responder a um composto de tratamento e determinar ou ajustar uma dose para o tratamento de um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento. Portanto, em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função em uma via de apoptose. Em certas modalidades, o biomarcador tem uma função na via de apoptose e o composto de tratamento é o Composto 1. Em certas modalidades, o biomarcador tem uma função na via de apoptose e o composto de tratamento é o Composto 2. Em certas modalidades, o biomarcador tem uma função na via de apoptose e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0184] Em modalidades específicas, o biomarcador tem uma função em uma via de apoptose e é selecionado do grupo que consiste em caspase 1 clivada (c-caspase 1), caspase 3 clivada (c-caspase 3), caspase 7 clivada (c-caspase 7), PARP clivada, survivina, BIM, proteína 11 semelhante a BCL-2 (BIM) e cadeia leve livre de soro. Assim, em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função em uma via de apoptose e é selecionado a partir do grupo que consiste em caspase 1 clivada (c-caspase 1), caspase 3 clivada (c-caspase 3), caspase 7 clivada (c-caspase 7), PARP clivada, survivina, proteína 11 semelhante a BIM BCL-2 (BIM), e cadeia leve livre de soro, e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função em uma via de apoptose e é selecionado do grupo que consiste em caspase 1 clivada (c-caspase 1), caspase 3 clivada (c-caspase 3), caspase 7 clivada (c-caspase 7), PARP clivada, survivina, proteína 11 semelhante a BIM BCL-2 (BIM), e cadeia leve livre de soro, e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função em uma via de apoptose e é selecionado do grupo que consiste em caspase 1 clivada (c-caspase 1), caspase 3 clivada (c-caspase 3), caspase 7 clivada (c-caspase 7), PARP clivada, survivina, proteína 11 semelhante a BIM BCL-2 (BIM), e cadeia leve livre de soro, e o composto de tratamento é o Composto 3. Em modalidades específicas, os níveis de Caspase-3, incluindo Caspase-3 clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, os níveis de Caspase-3, incluindo Caspase-3 clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o
Composto 2. Em algumas modalidades, os níveis de Caspase-3, incluindo Caspase-3 clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3. Em algumas modalidades, os níveis de Caspase-1, incluindo Caspase-1 clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, os níveis de Caspase-1, incluindo Caspase-1 clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, os níveis de Caspase-1, incluindo Caspase-1 clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3. Em algumas modalidades, os níveis de Caspase-7, incluindo Caspase-7 clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, os níveis de Caspase-7, incluindo Caspase-7 clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, os níveis de Caspase-7, incluindo Caspase-7 clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3. Em algumas modalidades, os níveis de PARP, incluindo PARP clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, os níveis de PARP, incluindo PARP clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, os níveis de PARP, incluindo PARP clivada, são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3. Em algumas modalidades, os níveis de survivina são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, os níveis de survivina são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, os níveis de survivina são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3. Em algumas modalidades, os níveis de BIM são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, os níveis de BIM são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, os níveis de BIM são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3. Além disso, as mudanças nos níveis de cadeia leve livre de soro (sFLC) e CTCs mudam com os Compostos 1-3 de tratamento. Por exemplo, o tratamento com os Compostos 1-3 pode diminuir a quantidade de sFLC detectada no sangue ou soro/plasma. Portanto, em algumas modalidades, sFLC é um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, sFLC é um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto
2. Em algumas modalidades, sFLC é um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3. Da mesma forma, o tratamento com os Compostos 1-3 pode diminuir a quantidade de CTCs que são detectadas no sangue periférico. Portanto, em algumas modalidades, os níveis de CTC no sangue periférico são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, os níveis de CTC no sangue periférico são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, os níveis de CTC no sangue periférico são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3. O tratamento com os Compostos 1-3 também pode diminuir a quantidade de BCMA solúvel (sBCMA) que são detectados no soro de pacientes com mieloma múltiplo. Portanto, em algumas modalidades, os níveis de sBCMA são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, os níveis de sBCMA são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, os níveis de sBCMA são um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0185] A marcação terminal de desoxinucleotidil transferase dUTP nick end (TUNEL) é um método para detectar fragmentação de DNA por marcação dos terminais 3'-hidroxil nas quebras de DNA de fita dupla geradas durante a apoptose. É um método comum conhecido na técnica (Darzynkiewicz et al., Methods, 2008, 44(3): 250-254). Assim, em algumas modalidades, o biomarcador é a detecção de apoptose por TUNEL e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, o biomarcador é a detecção de apoptose por TUNEL e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, o biomarcador é a detecção de apoptose por TUNEL e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0186] A apoptose também pode ser medida por Anexina-V e 7-AAD ou Anexina-V e iodeto de propídio (PI). A Anexina V (ou Anexina A5) é um membro da família anexina de proteínas intracelulares que se ligam à fosfatidilserina (PS) de uma maneira dependente de cálcio. A PS é normalmente encontrada apenas no folheto intracelular da membrana plasmática em células saudáveis, mas durante a apoptose inicial, a assimetria da membrana é perdida e a PS transloca para o folheto externo. A Anexina V marcada com fluorocromo pode então ser usada para direcionar e identificar especificamente células apoptóticas. A ligação da Anexina V por si só não pode diferenciar entre células apoptóticas e necróticas. Para ajudar a distinguir entre as células necróticas e apoptóticas, 7- amino-actinomicina D (7-AAD) ou solução de PI pode ser usada. Células apoptóticas precoces irão excluir 7-AAD e PI, enquanto células apoptóticas em estágio avançado e células necróticas irão corar positivamente, devido à passagem desses corantes para o núcleo onde se ligam ao DNA. Assim, em algumas modalidades, o biomarcador é a detecção de apoptose por Anexina V/7- AAD e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, o biomarcador é a detecção de apoptose por Anexina V/7-AAD e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, o biomarcador é a detecção de apoptose por Anexina V/7-AAD e o composto de tratamento é o Composto 3. Em outras modalidades, o biomarcador é a detecção de apoptose por Anexina V/PI e o composto de tratamento é o Composto 1. Em ainda outra modalidade, o biomarcador é a detecção de apoptose por Anexina V/PI e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, o biomarcador é a detecção de apoptose por Anexina V/PI e o composto de tratamento é Composto 3.
[0187] Em algumas modalidades, a detecção de modulação da resposta imune pode ser instrumental no monitoramento da eficácia, predição da resposta, identificação de um sujeito com câncer que provavelmente será responsivo, tratamento do câncer, identificação de um sujeito com mieloma múltiplo propenso a responder a um composto de tratamento e determinar ou ajustar uma dose para o tratamento de um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento. Por exemplo, os Exemplos na Seção 6 abaixo descrevem lise de células tumorais mediada por células T aumentadas em um modelo de co-cultura (Exemplo 11), ativação de células T efetoras (Exemplo 12), a ativação e proliferação de células T (Exemplo 16) com os Compostos de tratamento 1-3. Portanto, em algumas modalidades, a ativação de células T pode ser um biomarcador para tratamento com Composto 1. Em algumas modalidades, a ativação de células T pode ser um biomarcador para tratamento com Composto 2. Em algumas modalidades, a ativação de células T pode ser um biomarcador para tratamento com Composto 3.
[0188] Em algumas modalidades específicas, a ativação de células T pode ser um biomarcador para tratamento com um composto de tratamento e o biomarcador é selecionado a partir do grupo que consiste em interleucina-2 (IL- 2), fator de necrose tumoral alfa (TNFα), interferon gama (IFNγ) e clonalidade do receptor de células T (TCR). Por exemplo, em algumas modalidades, o biomarcador é a clonalidade do receptor de células T (TCR) após o tratamento com os Compostos 1-3. Em algumas modalidades específicas, a clonalidade de TCR pode ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades específicas, a clonalidade de TCR pode ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades específicas, a clonalidade de TCR pode ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0189] Além disso, a liberação de citocinas é centralmente importante para muitos aspectos da função das células T. Por exemplo, IL-2 é um potente fator de crescimento de células T que é essencial para a proliferação de longo prazo de células T ativadas. A secreção de outras citocinas, como TNFα e IFNγ, pode facilitar a função das células T efetoras na morte de células tumorais. Portanto, a detecção de citocinas pode indicar a ativação de células T. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função na ativação de células T, o biomarcador é IL-2, e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função na ativação de células T, o biomarcador é IL-2, e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função na ativação de células T, o biomarcador é IL-2, e o composto de tratamento é o Composto 3. Em outras modalidades, o biomarcador tem uma função na ativação de células T, o biomarcador é TNFα, e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função na ativação de células T, o biomarcador é TNFα, e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função na ativação de células T, o biomarcador é TNFα, e o composto de tratamento é o Composto 3. Em ainda outra modalidade, o biomarcador tem uma função na ativação de células T, o biomarcador é IFNγ, e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função na ativação de células T, o biomarcador é IFNγ, e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função na ativação de células T, o biomarcador é IFNγ, e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0190] As células tumorais circulantes (CTCs) são prognósticas no mieloma múltiplo e a caracterização das CTCs, incluindo a identificação de mutações relevantes, do sangue periférico pode indicar a carga da doença e pode prever a resposta ao tratamento (Mishima et al., Cell Rep., 2017, 19(1):218-224; Lohr et al., Sci Transl Med., 2016, ;8(363):363ra147). Portanto, em algumas modalidades, CTCs no sangue periférico podem ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2, ou Composto 3. Em algumas modalidades específicas, CTCs no sangue periférico podem ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades específicas, CTCs no sangue periférico podem ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades específicas, CTCs no sangue periférico podem ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3. Em outras modalidades, o perfil mutacional de CTCs pode ser um biomarcador para prever a resposta ao tratamento com o Composto 1, Composto 2, ou Composto 3. Em algumas modalidades específicas, o perfil mutacional de CTCs pode ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades específicas, o perfil mutacional de CTCs pode ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 2. Em algumas modalidades específicas, o perfil mutacional de CTCs pode ser um biomarcador e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0191] A inibição da progressão do ciclo celular em uma célula cancerígena pode ser um meio eficaz de prevenir a progressão de um câncer. Conforme descrito no Exemplo 6, o Composto 2 pode induzir a interrupção do ciclo celular G1 e apoptose em células de mieloma múltiplo. A detecção de membros da via de ciclo celular pode ser instrumental no monitoramento da eficácia, predição da resposta, identificação de um sujeito com câncer que provavelmente será responsivo, tratamento do câncer, identificação de um sujeito com mieloma múltiplo propenso a responder a um composto de tratamento e determinar ou ajustar uma dose para o tratamento de um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento. Portanto, em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função em uma via de ciclo celular. Em certas modalidades específicas, o biomarcador tem uma função em uma via de ciclo celular e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outras modalidades específicas, o biomarcador tem uma função em uma via de ciclo celular e o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outras modalidades, o biomarcador tem uma função em uma via de ciclo celular e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0192] Em certas modalidades, o biomarcador tem uma função em uma via de ciclo celular, e é selecionado a partir do grupo que consiste em inibidor 1 de quinase dependente de ciclina (p21), inibidor 1B de quinase dependente de ciclina (p27) e proteína de retinoblastoma (pRb1). Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em inibidor 1 de quinase dependente de ciclina (p21), inibidor 1B de quinase dependente de ciclina (p27), e proteína de retinoblastoma (pRb1), e o composto de tratamento é o Composto
1. Em outras modalidades, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em inibidor 1 de quinase dependente de ciclina (p21), inibidor 1B de quinase dependente de ciclina (p27), e proteína de retinoblastoma (pRb1), e o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outras modalidades, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em inibidor 1 de quinase dependente de ciclina (p21), inibidor 1B de quinase dependente de ciclina (p27), e proteína de retinoblastoma (pRb1), e o composto de tratamento é o Composto 3. Em modalidades específicas, o biomarcador é p21 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outras modalidades, o biomarcador é p21, e o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outras modalidades, o biomarcador é p21,
e o composto de tratamento é o Composto 3. Em certas modalidades, o biomarcador é p27 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outras modalidades, o biomarcador é p27, e o composto de tratamento é o Composto
2. Em ainda outras modalidades, o biomarcador é p27, e o composto de tratamento é o Composto 3. Em modalidades específicas, o biomarcador é pRb1 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outras modalidades, o biomarcador é pRb1, e o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outras modalidades, o biomarcador é pRb1, e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0193] Conforme descrito nos Exemplos na Seção 6, os compostos de tratamento podem inibir a proliferação de células de mieloma múltiplo com resistência adquirida a moduladores de cereblon, como lenalidomida e pomalidomida, mesmo se as células tiverem níveis reduzidos, mas detectáveis de CRBN (Exemplo 8). Portanto, em algumas modalidades, os níveis reduzidos de CRBN é um biomarcador para diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outras modalidades, os níveis reduzidos de CRBN é um biomarcador para diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento e o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade, os níveis reduzidos de CRBN é um biomarcador para diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento e o composto de tratamento é o Composto 3. Em algumas modalidades dos métodos de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, os métodos compreendem o diagnóstico do sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o biomarcador na amostra for detectável. Em algumas modalidades específicas, o MM é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional.
Em uma modalidade, o MM é um MM resistente à lenalidomida. Em outra modalidade, o MM é o MM resistente à pomalidomida.
[0194] Os biomarcadores também podem ser úteis para determinar ou ajustar a dosagem para o tratamento de um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento. Por exemplo, a detecção de um aumento em um biomarcador, como IKZF1, após o tratamento com um composto de tratamento pode indicar que um sujeito requer uma dosagem mais frequente ou tratamento por um período prolongado. Portanto, em algumas modalidades, o biomarcador é para determinação ou ajuste da dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento e é selecionado a partir do grupo que consiste em IKZF1 e IKZF3. Em modalidades específicas, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em IKZF1 e IKZF3, e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em IKZF1 e IKZF3, e o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em IKZF1 e IKZF3, e o composto de tratamento é o Composto 3. Em certas modalidades, o biomarcador é IKZF1 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em certas modalidades, o biomarcador é IKZF1 e o composto de tratamento é o Composto
2. Em certas modalidades, o biomarcador é IKZF1 e o composto de tratamento é o Composto 3. Em algumas modalidades, o biomarcador é IKZF3 e o composto de tratamento é o Composto 1. Em outras modalidades, o biomarcador é IKZF3 e o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outras modalidades, o biomarcador é IKZF3 e o composto de tratamento é o Composto 3.
[0195] Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende um biomarcador. Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende um ou mais biomarcadores. Em certas modalidades, os biomarcadores medidos compreendem dois biomarcadores. Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende dois ou mais biomarcadores. Em outras modalidades, os biomarcadores medidos compreendem três biomarcadores. Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende três ou mais biomarcadores. Em certas modalidades, os biomarcadores medidos compreendem quatro biomarcadores. Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende quatro ou mais biomarcadores. Em algumas modalidades, os biomarcadores medidos compreendem cinco biomarcadores. Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende cinco ou mais biomarcadores. Em outras modalidades, os biomarcadores medidos compreendem seis biomarcadores. Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende seis ou mais biomarcadores. Em ainda outras modalidades, os biomarcadores medidos compreendem sete biomarcadores. Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende sete ou mais biomarcadores. Em certas modalidades, os biomarcadores medidos compreendem oito biomarcadores. Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende oito ou mais biomarcadores. Em outras modalidades, os biomarcadores medidos compreendem nove biomarcadores. Em algumas modalidades, o biomarcador medido compreende nove ou mais biomarcadores. Em outra modalidade, os biomarcadores medidos compreendem dez ou mais biomarcadores.
[0196] Também são fornecidos neste documento métodos para o tratamento ou gestão de câncer usando um biomarcador, por exemplo, Aiolos, Ikaros, CRBN, ZFP91, c-MYC, IRF4, c-Caspase 1, c-Caspase-3, c-Caspase 7, PARP clivada, survivina, BIM, sFLC, p21, p27, pRB1, BCMA solúvel, CTCs, TILs, IL-2, IFNγ, TNFα ou clonalidade de TCR, como um fator preditivo ou prognóstico para os compostos fornecidos neste documento. Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos para triagem ou identificação de pacientes com mieloma múltiplo para tratamento com um composto usando o nível de um ou mais biomarcadores fornecidos neste documento, por exemplo, Aiolos, Ikaros, CRBN, ZFP91, c-MYC, IRF4, c-Caspase 1, c-Caspase-3, c-Caspase 7, PARP clivada, survivina, BIM, sFLC, p21, p27, pRB1, BCMA solúvel, CTCs, TILs, IL-2, IFNγ, TNFα ou clonalidade de TCR, como um fator preditivo ou prognóstico. Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento métodos para selecionar pacientes com uma taxa de resposta mais alta à terapia com um composto fornecido neste documento, usando um biomarcador (por exemplo, Aiolos, Ikaros, CRBN, ZFP91, c-MYC, IRF4, c-Caspase 1, c-Caspase-3, c-Caspase 7, PARP clivada, survivina, BIM, sFLC, p21, p27, pRB1, BCMA solúvel, CTCs, TILs, IL-2, IFNγ, TNFα ou clonalidade de TCR) nível como um fator preditivo ou prognóstico. Em certas modalidades, o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade, o composto é o Composto 2. Em outra modalidade, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0197] Em um aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0198] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0199] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0200] Em outro aspecto da invenção, o método de identificação de um sujeito com câncer provavelmente responsivo a um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra é diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0201] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0202] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0203] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0204] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra é diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0205] Em outro aspecto, quando um sujeito é diagnosticado como propenso a responder a um composto de tratamento, os métodos fornecidos neste documento compreendem ainda a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito.
[0206] Assim, em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra;
(c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder a um composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0207] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder a um composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0208] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo:
(a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder a um composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável.
[0209] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste para uso em um método de tratamento de câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder a um composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito.
[0210] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o método compreende ou compreende ainda uma etapa de administração de um composto de tratamento. Em outras modalidades, são fornecidos neste documento métodos para tratar seletivamente um paciente selecionado usando os métodos fornecidos neste documento.
[0211] Uma modalidade dos métodos fornecidos neste documento compreende o tratamento do paciente com mieloma múltiplo que é selecionado com base nos biomarcadores descritos neste documento, compreendendo a administração a um paciente do Composto 1, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0212] Outra modalidade dos métodos fornecidos neste documento compreende ainda um método de tratamento do paciente com mieloma múltiplo que é selecionado com base no nível dos biomarcadores descritos neste documento, compreendendo a administração a um paciente do Composto 2, ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0213] Em ainda outra modalidade dos métodos fornecidos neste documento compreende ainda um método de tratamento do paciente com mieloma múltiplo que é selecionado com base no nível dos biomarcadores descritos neste documento, compreendendo a administração a um paciente do Composto 3, ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0214] Outra modalidade dos métodos fornecidos neste documento compreende ainda um método de prevenção de mieloma múltiplo em um paciente selecionado com base no nível dos biomarcadores descritos neste documento, que compreende a administração a um paciente de um composto fornecido neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0215] Em ainda outra modalidade dos métodos fornecidos neste documento compreende ainda um método de gestão de mieloma múltiplo com base no nível dos biomarcadores descritos neste documento, que compreende a administração a um paciente de um composto fornecido neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0216] Uma modalidade dos métodos fornecidos neste documento, compreende ainda métodos para induzir uma resposta terapêutica avaliada com os Critérios Internacionais de Resposta Uniforme para o Mieloma Múltiplo (IURC) (ver Durie BG, et al., Leukemia, 2006, 20(9):1467-73) de um paciente com base no nível dos biomarcadores descritos neste documento, compreendendo a administração de uma quantidade eficaz de um composto descrito neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou farmaceuticamente sal aceitável deste, a um paciente com mieloma múltiplo. Em outra modalidade, são fornecidos aqui métodos para alcançar uma resposta completa rigorosa, resposta completa ou resposta parcial muito boa, conforme determinado pelos Critérios Internacionais de Resposta Uniforme para o Mieloma Múltiplo (IURC) em um paciente, compreendendo a administração de uma quantidade eficaz de um composto descrito neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste, a um paciente com mieloma múltiplo. Em outra modalidade, são fornecidos neste documento métodos para alcançar um aumento na sobrevida global, sobrevida livre de progressão, sobrevida livre de eventos, tempo de progressão ou sobrevida livre de doença em um paciente, compreendendo a administração de uma quantidade eficaz de um composto descrito neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste, a um paciente com mieloma múltiplo.
Em outra modalidade, são fornecidos neste documento métodos para alcançar um aumento na sobrevida global em um paciente, compreendendo a administração de uma quantidade eficaz de um composto descrito neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste, a um paciente com mieloma múltiplo.
Em outra modalidade, são fornecidos neste documento métodos para alcançar um aumento na sobrevida livre de progressão em um paciente, compreendendo a administração de uma quantidade eficaz de um composto descrito neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste, a um paciente com mieloma múltiplo.
Em outra modalidade, são fornecidos neste documento métodos para alcançar um aumento na sobrevida livre de evento em um paciente, compreendendo a administração de uma quantidade eficaz de um composto descrito neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste, a um paciente com mieloma múltiplo.
Em outra modalidade, são fornecidos neste documento métodos para alcançar um aumento no tempo de progressão em um paciente, compreendendo a administração de uma quantidade eficaz de um composto descrito neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste, a um paciente com mieloma múltiplo.
Em outra modalidade, são fornecidos neste documento métodos para alcançar um aumento na sobrevida livre de doença em um paciente, compreendendo a administração de uma quantidade eficaz de um composto descrito neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste, a um paciente com mieloma múltiplo.
[0217] Além disso são fornecidos neste documento métodos compreendendo ainda o tratamento de pacientes que tenham sido previamente tratados para o mieloma múltiplo, mas não respondem a terapias convencionais, bem como aqueles que não tenham sido previamente tratados. Além disso, estão englobados os métodos de tratamento de pacientes que foram submetidos à cirurgia na tentativa de tratar o mieloma múltiplo, bem como aqueles que não o fizeram. Também são fornecidos neste documento métodos de tratamento de pacientes que foram submetidos anteriormente à terapia de transplante, bem como aqueles que não o fizeram.
[0218] Algumas modalidades dos métodos fornecidos neste documento compreendem ainda o tratamento de mieloma múltiplo reincidente, refratário ou resistente. Os métodos fornecidos neste documento incluem a prevenção de mieloma múltiplo reincidente, refratário ou resistente. Os métodos fornecidos neste documento incluem a gestão de mieloma múltiplo reincidente, refratário ou resistente. Em algumas de tais modalidades, o mieloma é mieloma múltiplo reincidente primário, secundário, terciário, quádruplo ou quíntuplo. Em uma modalidade, os métodos fornecidos neste documento reduzem, mantêm ou eliminam doença residual mínima (MRD). Em uma modalidade, os métodos fornecidos neste documento abrangem o tratamento, prevenção ou gestão de vários tipos de mieloma múltiplo, tal como gamopatia monoclonal de significado indeterminado (MGUS), mieloma múltiplo de baixo risco, de risco intermediário e de alto risco, mieloma múltiplo recém-diagnosticado (incluindo mieloma múltiplo recém-diagnosticado de baixo risco, de risco intermediário e de alto risco), mieloma múltiplo elegível para transplante e mieloma múltiplo inelegível para transplante, mieloma múltiplo latente (indolente) (incluindo mieloma múltiplo latente de baixo risco, risco intermediário e alto risco), mieloma múltiplo ativo, plasmocitoma solitário, plasmocitoma extramedular, leucemia de células plasmáticas, mieloma múltiplo do sistema nervoso central, mieloma de cadeia leve, mieloma não secretor, mieloma de Imunoglobulina D e mieloma de Imunoglobulina E, por administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um composto descrito neste documento.
Em outra modalidade, os métodos fornecidos neste documento abrangem o tratamento, prevenção ou gestão de mieloma múltiplo caracterizado por anormalidades genéticas, tais como translocações de Ciclina D (por exemplo, t(411;14)(q13;q32); t(6;14)(p21;32); t(12;14)(p13;q32); ou t(6;20);); translocações de MMSET (por exemplo, t(4;14)(p16;q32)); translocações de MAF (por exemplo, t(14;16)(q32;q32); t(20;22); t(16; 22)(q11;q13); ou t(14;20)(q32;q11)); ou outros fatores cromossômicos (por exemplo, deleção de 17p13, ou cromossomo 13; del(17/17p), não hiperdiploidia e ganho(1q)), por administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um composto descrito neste documento.
Em uma modalidade, os métodos compreendem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
Em outra modalidade, os métodos compreendem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 2, ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
Em outra modalidade, os métodos compreendem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 3, ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
[0219] Em uma modalidade, o mieloma múltiplo de alto risco é o mieloma múltiplo que é reincidente dentro de 12 meses do primeiro tratamento. Em ainda outra modalidade, o mieloma múltiplo de alto risco é o mieloma múltiplo que é caracterizado por anormalidades genéticas, por exemplo, um ou mais dentre del(17/17p e t(14;16)(q32;q32).
[0220] Em algumas de tais modalidades, o mieloma múltiplo é mieloma múltiplo recém-diagnosticado elegível para transplante. Em outra modalidade, o mieloma múltiplo é o mieloma múltiplo recém-diagnosticado inelegível para transplante. Em ainda outras modalidades, o mieloma múltiplo é caracterizado por progressão precoce (por exemplo, menos de 12 meses) após o tratamento inicial. Em ainda outras modalidades, o mieloma múltiplo é caracterizado por progressão precoce (por exemplo, menos de 12 meses) após o transplante autólogo de células-tronco. Em outra modalidade, o mieloma múltiplo é refratário à pomalidomida. Em algumas dessas modalidades, o mieloma múltiplo é previsto para ser refratário à pomalidomida (por exemplo, por caracterização molecular). Em outra modalidade, o mieloma múltiplo é recidivo ou refratário a 3 ou mais tratamentos e foi exposto a um inibidor de proteassoma (por exemplo, bortezomibe, carfilzomibe, ixazomibe, oprozomibe ou marizomibe) e um composto imunomodulador (por exemplo, talidomida, lenalidomida, e pomalidomida), ou refratário duplo a um inibidor de proteassoma e um composto imunomodulador. Em ainda outras modalidades, o mieloma múltiplo é recidivo ou refratário a 3 ou mais terapias anteriores, incluindo, por exemplo, um anticorpo monoclonal CD38 (mAb CD38, por exemplo, daratumumabe ou isatuximabe), um inibidor de proteassoma (por exemplo, bortezomibe, carfilzomibe, ixazomibe ou marizomibe) e um composto imunomodulador (por exemplo, talidomida, lenalidomida, e pomalidomida) ou refratário duplo a um inibidor de proteassoma ou composto imunomodulador e um mAb CD38. Em ainda outras modalidades, o mieloma múltiplo é refratário triplo, por exemplo, o mieloma múltiplo é refratário a um inibidor de proteassoma (por exemplo, bortezomibe, carfilzomibe, ixazomibe, oprozomibe ou marizomibe), um composto imunomodulador (por exemplo, talidomida, lenalidomida, e pomalidomida) e um outro agente ativo, conforme descrito neste documento.
[0221] Certas modalidades dos métodos fornecidos neste documento compreendem ainda métodos de tratamento, prevenção e/ou gerenciamento de mieloma múltiplo, incluindo mieloma múltiplo reincidente/refratário em pacientes com função renal prejudicada ou um sintoma do mesmo, compreendendo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo para um paciente com mieloma múltiplo reincidente/refratário com função renal prejudicada.
[0222] Certas modalidades dos métodos fornecidos neste documento compreendem ainda métodos de tratamento, prevenção e/ou gerenciamento de mieloma múltiplo, incluindo mieloma múltiplo recidivante ou refratário em pacientes frágeis ou um sintoma dos mesmos, compreendendo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo para um paciente frágil com mieloma múltiplo. Em algumas dessas modalidades, o paciente frágil é caracterizado por inelegibilidade para terapia de indução ou intolerância ao tratamento com dexametasona. Em algumas dessas modalidades, o paciente frágil é idoso, por exemplo, com mais de 65 anos.
[0223] Em certas modalidades, uma quantidade terapeuticamente ou profilaticamente eficaz do composto é de cerca de cerca de 0,01 a cerca de 25 mg por dia, de cerca de 0,01 a cerca de 10 mg por dia, de cerca de 0,01 a cerca de 5 mg por dia, de cerca de 0,01 a cerca de 2 mg por dia, de cerca de 0,01 a cerca de 1 mg por dia, de cerca de 0,01 a cerca de 0,5 mg por dia, de cerca de 0,01 a cerca de 0,25 mg por dia, de cerca de 0,1 a cerca de 25 mg por dia, de cerca de 0,1 a cerca de 10 mg por dia, de cerca de 0,1 a cerca de 5 mg por dia, de cerca de 0,1 a cerca de 2 mg por dia, de cerca de 0,1 a cerca de 1 mg por dia, de cerca de 0,1 a cerca de 0,5 mg por dia, de cerca de 0,1 a cerca de 0,25 mg por dia, de cerca de 0,5 a cerca de 25 mg por dia, de cerca de 0,5 a cerca de 10 mg por dia, de cerca de 0,5 a cerca de 5 mg por dia, de cerca de 0,5 a cerca de 2 mg por dia, de cerca de 0,5 a cerca de 1 mg por dia, de cerca de 1 a cerca de 25 mg por dia, de cerca de 1 a cerca de 10 mg por dia, de cerca de 1 a cerca de 5 mg por dia, de cerca de 1 a cerca de 2,5 mg por dia, ou de cerca de 1 a cerca de 2 mg por dia. Em uma modalidade, uma quantidade terapeuticamente ou profilaticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 é de cerca de 0,1 mg por dia a cerca de 0,4 mg por dia.
[0224] Em certas modalidades, a quantidade terapeuticamente ou profilaticamente eficaz é de cerca de 0,1, cerca de 0,2, cerca de 0,3, cerca de 0,4, cerca de 0,5, cerca de 0,6, cerca de 0,7, cerca de 0,8, cerca de 0,9, cerca de 1, cerca de 2, cerca de 3, cerca de 4, cerca de 5, cerca de 6, cerca de 7, cerca de 8, cerca de 9, cerca de 10, cerca de 15, cerca de 20 ou cerca de 25 mg por dia. Em algumas das tais modalidades, a quantidade terapeuticamente ou profilaticamente eficaz é de cerca de 0,1, cerca de 0,2, cerca de 0,3, cerca de 0,4, cerca de 0,5, cerca de 0,6 ou cerca de 0,7 mg por dia.
[0225] Em uma modalidade, a faixa de dose diária recomendada do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, para as condições descritas neste documento encontram-se dentro da faixa de cerca de 0,1 mg a cerca de 25 mg por dia, preferencialmente dada como uma dose única de uma vez ao dia, ou em doses divididas ao longo do dia. Em outras modalidades, a dosagem varia dentre cerca de 0,1 a cerca de 10 mg ao dia. Doses específicas por dia incluem 0,1, 0,2, 0,3, 0,4, 0,5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 mg por dia. Doses mais específicas por dia incluem 0,1, 0,2, 0,3, 0,4 ou 0,5 mg por dia.
[0226] Em uma modalidade específica, a dosagem inicial recomendada pode ser 0,1, 0,2, 0,3, 0,4, 0,5, 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20 ou 25 mg por dia. Em uma outra modalidade, a dose inicial recomendada pode ser 0,1, 0,2, 0,3, 0,4 ou 0,5 mg por dia. A dose pode ser aumentada para 1, 2, 3, 4 ou 5 mg por dia.
[0227] Em certas modalidades, a quantidade terapeuticamente ou profilaticamente eficaz é de cerca de 0,001 a cerca de 5 mg/kg/dia, de cerca de 0,001 a cerca de 4 mg/kg/dia, de cerca de 0,001 a cerca de 3 mg/kg/dia, de cerca de 0,001 a cerca de 2 mg/kg/dia, de cerca de 0,001 a cerca de 1 mg/kg/dia, de cerca de 0,001 a cerca de 0,05 mg/kg/dia, de cerca de 0,001 a cerca de 0,04 mg/kg/dia, de cerca de 0,001 a cerca de 0,03 mg/kg/dia, de cerca de 0,001 a cerca de 0,02 mg/kg/dia, de cerca de 0,001 a cerca de 0,01 mg/kg/dia, ou de cerca de 0,001 a cerca de 0,005 mg/kg/dia.
[0228] A dose administrada pode também ser expressa em unidades que não sejam mg/kg/dia. Por exemplo, as doses para administração parenteral podem ser expressas em mg/m2/dia. Um versado na técnica saberia facilmente como converter doses de mg/kg/dia para mg/m2/dia dada a altura ou peso de um sujeito, ou ambos (ver, www.fda.gov/cder/cancer/animalframe.htm). Por exemplo, uma dose de 1 mg/kg/dia para um humano 65 kg é aproximadamente igual a 38 mg/m2/dia.
[0229] Em certas modalidades, o paciente a ser tratado com um dos métodos fornecidos neste documento não foi tratado com terapia de mieloma múltiplo antes da administração do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopolog, ou seu sal farmaceuticamente aceitável. Em certas modalidades, o paciente a ser tratado com um dos métodos fornecidos neste documento foi tratado com terapia de mieloma múltiplo antes da administração do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo, ou seu sal farmaceuticamente aceitável. Em certas modalidades, o paciente a ser tratado com um dos métodos fornecidos neste documento desenvolveu resistência a fármacos para a terapia anti-mieloma múltiplo. Em algumas de tais modalidades, o paciente desenvolveu resistência a uma, duas ou três terapias anti-mieloma múltiplo, em que as terapias são selecionadas a partir de um anticorpo monoclonal CD38 (mAb CD38, por exemplo, daratumumabe ou isatuximabe), um inibidor de proteassoma (para exemplo, bortezomib, carfilzomib, ixazomib ou marizomib), e um composto imunomodulador (por exemplo, talidomida, lenalidomida e pomalidomida).
[0230] Os métodos fornecidos neste documento abrangem o tratamento de um paciente, independentemente da idade do paciente. Em algumas modalidades, o sujeito tem 18 anos ou mais. Em algumas modalidades, o sujeito tem mais do que 18, 25, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65 ou 70 anos de idade. Em outras modalidades, o sujeito tem menos do que 65 anos de idade. Em outras modalidades, o sujeito tem mais do que 65 anos de idade. Em uma modalidade, o sujeito é um sujeito idoso com mieloma múltiplo, como um sujeito com mais de 65 anos. Em uma modalidade, o sujeito é um sujeito idoso com mieloma múltiplo, como um sujeito com mais de 75 anos.
[0231] Dependendo do estado da doença a ser tratada e da condição do sujeito, o Composto 1, ou Composto 2 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo, ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, pode ser administrado por via de administração oral, parenteral (por exemplo, intramuscular, intraperitoneal, intravenosa, CIV, injeção ou infusão intracistêmica, injeção ou implante subcutâneo), inalação, nasal, vaginal, retal, sublingual ou tópica (por exemplo, transdérmica ou local). O Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, pode ser formulado, isoladamente ou em conjunto, em uma unidade de dosagem adequada com excipientes, carreadores, adjuvantes e carreadores farmaceuticamente aceitáveis, apropriados para cada via de administração.
[0232] Em uma modalidade, o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado por via oral. Em outra modalidade, o composto do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado por via parenteral. Em ainda outra modalidade, o composto do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado por via intravenosa.
[0233] O Composto 1, o Composto 2 ou o Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, pode ser administrado como uma dose única tal como, por exemplo, uma única injeção em bolus, ou comprimidos ou pílulas orais; ou ao longo do tempo tal como, por exemplo, infusão contínua ao longo do tempo ou doses em bolus divididas ao longo do tempo. O composto conforme descrito neste documento pode ser administrado várias vezes se necessário, por exemplo, até que o paciente experimente doença estável ou regressão ou até a progressão da doença do paciente ou toxicidade inaceitável. A doença estável ou a falta dela é determinada por métodos conhecidos na técnica, como a avaliação dos sintomas do paciente, exame físico, visualização do tumor que foi fotografada usando raios-X, CAT, PET ou ressonância magnética e outras modalidades de avaliação normalmente aceitáveis.
[0234] O Composto 1, o Composto 2 ou o Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, pode ser administrado uma vez ao dia (QD) ou dividido em várias doses diárias, tal como duas vezes ao dia (BID), três vezes ao dia (TID) e quatro vezes ao dia (QID). Além disso, a administração pode ser contínua (ou seja, por dia durante dias consecutivos ou todos os dias), intermitentes, por exemplo, em ciclos (ou seja, incluindo dias, semanas ou meses de descanso sem drogas). Conforme usado neste documento, o termo "diariamente" pretende significar que um composto terapêutico, tal como o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado uma vez ou mais do que uma vez por dia, por exemplo, por um período de tempo. O termo "diariamente" pretende significar que um composto terapêutico, tal como o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado diariamente por um período ininterrupto de pelo menos 7 semanas a 52 semanas. O termo
"intermitente" ou "intermitentemente" conforme usado neste documento pretende significar parar e iniciar a intervalos regulares ou irregulares. Por exemplo, a administração intermitente do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administração de um a seis dias por semana, em ciclos de administração (por exemplo, administração diária de duas a oito semanas consecutivas, em seguida um período de repouso, sem administração de até uma semana), ou administração em dias alternados. O termo "ciclagem", conforme usado neste documento, pretende significar que um composto terapêutico, tal como o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado diariamente ou continuamente mas com um período de repouso. Em algumas de tais modalidades, a administração é de uma vez por dia durante dois a seis dias, em seguida um período de repouso, sem a administração durante cinco a sete dias.
[0235] Em algumas modalidades a frequência da administração está na faixa de cerca de uma dose por dia a cerca de uma dose mensal. Em certas modalidades, a administração é de uma vez por dia, duas vezes por dia, três vezes por dia, quatro vezes por dia, uma vez a cada dois dias, duas vezes por semana, uma vez por semana, uma vez a cada duas semanas, uma vez a cada três semanas ou uma vez a cada quatro semanas. Em uma modalidade, o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado uma vez por dia. Em outra modalidade, o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado duas vezes por dia. Em ainda outra modalidade, o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado três vezes por dia. Em ainda outra modalidade, o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado quatro vezes por dia.
[0236] Em uma modalidade, uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 é administrada em um ciclo de tratamento que inclui um período de administração de até 20 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 é administrada em um ciclo de tratamento que inclui um período de administração de até 15 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 é administrada em um ciclo de tratamento que inclui um período de administração de até 10 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 é administrada em um ciclo de tratamento que inclui um período de administração de até 7 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 é administrada em um ciclo de tratamento que inclui um período de administração de até 5 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 é administrada em um ciclo de tratamento que inclui um período de administração de até 4 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 é administrada em um ciclo de tratamento que inclui um período de administração de até 3 dias seguido por um período de repouso.
[0237] Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 14 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 10 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 7 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 5 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 4 dias seguido por um período de repouso. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 3 dias seguido por um período de repouso.
[0238] Em uma modalidade, o período de repouso é de cerca de 2 dias a cerca de 11 dias. Em uma modalidade, o período de repouso é de cerca de 2 dias a cerca de 10 dias. Em uma modalidade, o período de repouso é de cerca de 2 dias. Em uma modalidade, o período de repouso é de cerca de 3 dias. Em uma modalidade, o período de repouso é de cerca de 4 dias. Em uma modalidade, o período de repouso é de cerca de 5 dias. Em uma modalidade, o período de repouso é de cerca de 6 dias. Em outra modalidade, o período de repouso é de cerca de 7 dias. Em outra modalidade, o período de repouso é de cerca de 8 dias. Em outra modalidade, o período de repouso é de cerca de 9 dias. Em outra modalidade, o período de repouso é de cerca de 10 dias. Em outra modalidade, o período de repouso é de cerca de 11 dias.
[0239] Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 15 dias, seguido de um período de repouso de cerca de 2 dias a cerca de 10 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 10 dias, seguido de um período de repouso de cerca de 2 dias a cerca de 10 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 7 dias, seguido de um período de repouso de cerca de 2 dias a cerca de 10 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 5 dias, seguido de um período de repouso de cerca de 2 dias a cerca de 10 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 3 dias, seguido de um período de repouso de cerca de 10 dias a cerca de 15 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 3 dias, seguido de um período de repouso de cerca de 3 dias a cerca de 15 dias.
[0240] Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 15 dias seguido por um período de repouso de 7 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 10 dias seguido por um período de repouso de 5 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 10 dias seguido por um período de repouso de 4 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 10 dias seguido por um período de repouso de 3 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 10 dias seguido por um período de repouso de 2 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 7 dias seguido por um período de repouso de 7 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 5 dias seguido por um período de repouso de 5 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 3 dias seguido por um período de repouso de 11 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 5 dias seguido por um período de repouso de 9 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 5 dias seguido por um período de repouso de 2 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui um período de administração de até 3 dias seguido por um período de repouso de 4 dias.
[0241] Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 5 de um ciclo de 28 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui uma administração do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 10 de um ciclo de 28 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 21 de um ciclo de 28 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 5 de um ciclo de 7 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 7 de um ciclo de 7 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 10 e dias 15 a 24 de um ciclo de 28 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 3 e dias 15 a 18 de um ciclo de 28 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 7 e dias 15 a 21 de um ciclo de 28 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto
3 nos dias 1 a 5 e dias 15 a 19 de um ciclo de 28 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 3 e dias 15 a 17 de um ciclo de 28 dias.
[0242] Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 14 de um ciclo de 21 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui uma administração do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 4 e 8 a 11 de um ciclo de 21 dias. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 5 e 8 a 12 de um ciclo de 21 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 5 e 11 a 15 de um ciclo de 21 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 5, 8 a 12 e 15 a 19 de um ciclo de 21 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 4, 8 a 11 e 15 a 18 de um ciclo de 21 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 4, 8 a 10 e 15 a 17 de um ciclo de 21 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 3 e 8 a 11 de um ciclo de 21 dias. Em outra modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos dias 1 a 3 e 11 a 13 de um ciclo de 21 dias.
[0243] Qualquer ciclo de tratamento descrito neste documento pode ser repetido por pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 ou mais ciclos. Em certos casos, o ciclo de tratamento como descrito neste documento inclui de 1 a cerca de 24 ciclos, de cerca de 2 a cerca de 16 ciclos ou de cerca de 2 a cerca de 4 ciclos. Em certos casos, um ciclo de tratamento como descrito neste documento inclui de 1 a cerca de 4 ciclos. Em certas modalidades, o ciclo 1 a 4 são todos os ciclos de 28 dias. Em algumas modalidades, uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 é administrada por 1 a 13 ciclos de 28 dias (por exemplo, cerca de 1 ano). Em certos casos, a terapia de ciclo não se limita ao número de ciclos e a terapia é continuada até a progressão da doença. Os ciclos podem, em certos casos, incluir a variação da duração dos períodos de administração e/ou dos períodos de repouso descritos neste documento.
[0244] Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 a uma quantidade de dosagem de cerca de 0,1 mg/dia, 0,2 mg/dia, 0,3 mg/dia, 0,4 mg/dia, 0,5 mg/dia, 0,6 mg/dia, 0,7 mg/dia, 0,8 mg/dia, 0,9 mg/dia, 1,0 mg/dia, 5,0 mg/dia ou 10 mg/dia, administrada uma vez por dia. Em uma modalidade, o ciclo de tratamento inclui a administração do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 a uma quantidade de dosagem de cerca de 0,1 mg/dia, 0,2 mg/dia, 0,3 mg/dia, 0,4 mg/dia, 0,5 mg/dia, 0,6 mg/dia, 0,7 mg/dia ou 0,8 mg/dia, administrada uma vez por dia. Em algumas dessas modalidades, o ciclo de tratamento inclui a administração do Composto 1, Composto 2 e Composto 3 uma vez por dia em uma quantidade de dosagem de cerca de 0,1 mg, 0,2 mg, 0,3 mg, 0,4 mg ou 0,5 mg nos dias 1 a 10 de um ciclo de 28 dias. Em algumas dessas modalidades, o ciclo de tratamento inclui a administração do Composto 1, Composto 2 e Composto 3 uma vez por dia em uma quantidade de dosagem de cerca de 0,1 mg, 0,2 mg, 0,3 mg, 0,4 mg ou 0,5 mg nos dias 1 a 10 e 15 a 24 de um ciclo de 28 dias. Em algumas dessas modalidades, o ciclo de tratamento inclui a administração do Composto 1, Composto 2 e Composto 3 uma vez por dia em uma quantidade de dosagem de cerca de 0,1 mg nos dias 1 a 10 e 15 a 24 de um ciclo de 28 dias. Em outras modalidades, o ciclo de tratamento inclui a administração do Composto 1, Composto 2 e Composto 3 duas vezes por dia em uma quantidade de dosagem de cerca de 0,1 mg, 0,2 mg, 0,3 mg, 0,4 mg ou 0,5 mg nos dias 1 a 3 de um ciclo de 28 dias. Em outras modalidades, o ciclo de tratamento inclui a administração do Composto 1, Composto 2 e Composto 3 duas vezes por dia em uma quantidade de dosagem de cerca de 0,1 mg, 0,2 mg, 0,3 mg, 0,4 mg ou 0,5 mg nos dias 1 a 3 e 15 a 19 de um ciclo de 28 dias. Em outras modalidades, o ciclo de tratamento inclui a administração do Composto 1, Composto 2 e Composto 3 duas vezes por dia em uma quantidade de dosagem de cerca de 0,1 mg, 0,2 mg, 0,3 mg, 0,4 mg ou 0,5 mg nos dias 1 a 3 e 15 a 17 de um ciclo de 28 dias. Em outras modalidades, o ciclo de tratamento inclui a administração do Composto 1, Composto 2 e Composto 3 duas vezes por dia em uma quantidade de dosagem de cerca de 0,2 mg nos dias 1 a 3 e 15 a 17 de um ciclo de 28 dias. Em tal modalidade, o composto é administrado nos dias 1 a 3 (manhã e noite), dia 14 (noite apenas), dias 15 e 16 (manhã e noite) e dia 17 (manhã apenas) no Ciclo 1.
[0245] Em algumas modalidades, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for inferior a um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0246] Em outra modalidade, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for inferior a um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0247] Em ainda outra modalidade, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo:
(a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for inferior a um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0248] Em algumas modalidades, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for inferior a um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0249] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método para prever a capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e
(c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for inferior a um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0250] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método para prever a capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for inferior a um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0251] Em ainda outra modalidade, um método para prever a responsividade de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo:
(a) obter uma amostra de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for inferior a um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0252] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método para prever a capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for inferior a um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0253] Entende-se que o regime de dosagem pode ser ajustado à resposta do paciente, ou à falta dela, de acordo com o nível de um biomarcador. Por exemplo, a dosagem pode ser ajustada se um paciente for neutropênico ou se o paciente não responder. Portanto, em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento,
compreendendo: (a) administrar uma dosagem do composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma ou mais amostras do sujeito em diferentes momentos; (c) determinar o nível de um biomarcador em uma ou mais amostras e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0254] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar uma dosagem do composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma ou mais amostras do sujeito em diferentes momentos; (c) determinar o nível do biomarcador em uma ou mais amostras e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0255] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar uma dosagem do composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma ou mais amostras do sujeito em diferentes momentos; (c) determinar o nível do biomarcador em uma ou mais amostras e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0256] Ainda em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, em que o composto foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível do biomarcador em uma ou mais amostras obtidas do sujeito e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0257] Em algumas modalidades, os diferentes pontos de tempo podem incluir uma amostra de referência obtida antes do tratamento com um composto de tratamento e uma ou mais amostras obtidas do sujeito em momentos diferentes durante o tratamento com um composto de tratamento. Em outras modalidades, os diferentes pontos de tempo podem incluir uma amostra de referência obtida durante o tratamento e uma ou mais amostras tomadas em um momento posterior durante o tratamento com um composto de tratamento. Em ainda outra modalidade, os diferentes pontos de tempo podem incluir uma amostra de referência retirada antes do tratamento e uma amostra retirada após o tratamento.
[0258] Também são fornecidos neste documento métodos para prever ou monitorar a capacidade de resposta de um paciente a um composto de tratamento, ou eficácia de um composto de tratamento, usando um biomarcador (por exemplo, Aiolos, Ikaros, CRBN, ZFP91, c-MYC, IRF4, c-Caspase 1, c-Caspase-3, c-Caspase 7, clivado-PARP, survivina, BIM, sFLC, p21, p27, pRB1, BCMA solúvel, CTCs, TILs, IL-2, IFNγ, TNFα ou clonalidade de TCR). Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos para prever a capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer (por exemplo, mieloma múltiplo), a um composto de tratamento, usando um fator preditivo ou prognóstico, tal como Aiolos, Ikaros, CRBN, ZFP91, c-MYC, IRF4, c- Caspase 1, c-Caspase-3, c-Caspase 7, PARP clivada, survivina, BIM, sFLC, p21, p27, pRB1, BCMA solúvel, CTCs, TILs, IL-2, IFNγ, TNFα ou clonalidade de TCR. Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento métodos para monitorar a eficácia de um tratamento de câncer (por exemplo, mieloma múltiplo) em um sujeito com um composto de tratamento usando um biomarcador (por exemplo, Aiolos, Ikaros, CRBN, ZFP91, c-MYC, IRF4, c-Caspase 1, c-Caspase-3, c-Caspase 7, PARP clivada, survivina, BIM, sFLC, p21, p27, pRB1, BCMA solúvel, CTCs, TILs, IL- 2, IFNγ, TNFα ou clonalidade de TCR) nível como um fator preditivo ou prognóstico. Em certas modalidades, o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade, o composto é o Composto 2. Em outra modalidade, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0259] Portanto, em alguns aspectos, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0260] Em outros aspectos, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0261] Em outros aspectos ainda, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou um sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0262] Em outros aspectos, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível do biomarcador obtido a partir de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
[0263] Em outros aspectos ainda, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0264] Em outros aspectos ainda, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo, sal farmaceuticamente aceitável ou um polimorfo do mesmo.
[0265] Em outros aspectos ainda, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo, sal farmaceuticamente aceitável ou um polimorfo do mesmo.
[0266] Em outros aspectos ainda, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida do sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível do biomarcador obtido a partir de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo, sal farmaceuticamente aceitável ou um polimorfo do mesmo.
[0267] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o nível do biomarcador na amostra é maior do que o nível do biomarcador obtido a partir da amostra de referência. Em outras modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o nível do biomarcador na amostra é menor do que o nível do biomarcador obtido a partir da amostra de referência.
[0268] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0269] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo, sal farmaceuticamente aceitável ou um polimorfo do mesmo.
[0270] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito;
(b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (d) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: 3 ou um tautômero, isotopólogo, sal farmaceuticamente aceitável ou um polimorfo do mesmo.
[0271] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito; e (b) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo, sal farmaceuticamente aceitável ou um polimorfo do mesmo.
[0272] Em algumas modalidades, um nível aumentado em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito. Por exemplo, um aumento em c-Caspase-3, c- Caspase 1, c-Caspase 7, clivado-PARP, BIM, TUNEL, Anexina-V/7-AAD, Anexina- V/PI, p21, p27, luz livre clonalidade de cadeia, IL-2, TNFα, IFNγ ou TCR, em relação a uma referência, é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do mieloma múltiplo no sujeito. Em outras modalidades, um nível diminuído em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito. Por exemplo, uma diminuição em Aiolos (IKZF3), Ikaros (IKZF1), CTC, ZFP91, c-MYC, IRF4, fosfo-Rb1, em relação a uma referência, é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do mieloma múltiplo no sujeito.
[0273] Entende-se que o nível de um biomarcador será relativo ao nível de referência. Portanto, em algumas modalidades, nível diminuído em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito. Por exemplo, uma diminuição em c-Caspase-3, c-Caspase 1, c-Caspase 7, clivado-PARP, BIM, TUNEL, Anexina-V/7-AAD, Anexina- V/PI, p21, p27, luz livre Clonalidade de cadeia, IL-2, TNFα, IFNγ ou TCR de um paciente saudável, em relação a uma referência de um paciente com mieloma múltiplo, é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do mieloma múltiplo no sujeito. Em outras modalidades, um nível aumentado em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito. Por exemplo, um aumento em Aiolos (IKZF3), Ikaros (IKZF1), CTC, ZFP91, c-MYC, IRF4, fosfo-Rb1 de um paciente saudável, em relação a uma referência de um paciente com mieloma múltiplo, é indicativo da eficácia de o composto de tratamento no tratamento do mieloma múltiplo no sujeito.
[0274] Conforme discutido ao longo deste documento, abrange-se um método para reduzir, tratar e/ou prevenir os efeitos adversos ou indesejados associados à terapia convencional, incluindo, sem limitação, cirurgia, quimioterapia, radioterapia, terapia biológica e imunoterapia. Um composto fornecido neste documento, por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, e outro ingrediente ativo pode ser administrado a um paciente identificado usando os biomarcadores descritos neste documento antes, durante ou após a ocorrência do efeito adverso associado à terapia convencional.
[0275] O Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, também pode ser combinado ou usado em combinação com outros agentes terapêuticos úteis no tratamento e/ou prevenção de mieloma múltiplo descrito neste documento.
[0276] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o método compreende a administração a um paciente do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em combinação com um ou mais segundos agentes ativos e, opcionalmente, em combinação com radioterapia, transfusões de sangue ou cirurgia.
[0277] Conforme usado neste documento, o termo "em combinação" inclui o uso de mais do que uma terapia (por exemplo, um ou mais agentes profiláticos e/ou terapêuticos). No entanto, o uso do termo "em combinação" não restringe a ordem na qual terapias (por exemplo, agentes profiláticos e/ou terapêuticos) são administrados a um paciente com uma doença ou distúrbio. Uma primeira terapia (por exemplo, um agente profilático ou terapêutico, tal como um composto fornecido neste documento , por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero,
isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo) pode ser administrada antes de (por exemplo, 5 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 45 minutos, 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas, 1 semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas ou 12 semanas antes), concomitantemente com, ou subsequente a (por exemplo, 5 minutos, 15 minutos, 30 minutos, 45 minutos, 1 hora, 2 horas, 4 horas, 6 horas, 12 horas, 24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas, 1 semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 8 semanas ou 12 semanas após) a administração de um segundo terapia (por exemplo, um agente profilático ou terapêutico) para o sujeito. A terapia tripla também é contemplada neste documento, assim como a terapia quádrupla. Em uma modalidade, a segunda terapia é dexametasona.
[0278] A administração do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, e um ou mais segundos agentes ativos a um paciente pode ocorrer simultaneamente ou sequencialmente pelas mesmas ou diferentes vias de administração. A adequação de uma via particular de administração empregada para um agente ativo particular dependerá do próprio agente ativo (por exemplo, se pode ser administrado oralmente sem se decompor antes de entrar na corrente sanguínea).
[0279] A via de administração do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou seu sal farmaceuticamente aceitável, é independente da via de administração de uma segunda terapia. Em uma modalidade, o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado por via oral. Em outra modalidade, o Composto 1, o Composto 2 ou o Composto 3 são administrados por via intravenosa. Assim, de acordo com essas modalidades, o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado por via oral ou intravenosa, e a segunda terapia pode ser administrada por via oral, parenteral, intraperitoneal, intravenosa, intraarterial, transdérmica, sublingual, intramuscular, retal, transbucal, intranasal, lipossômica, via inalação, vaginal, intraoccular, via local distribuída por cateter ou stent, subcutânea, intraadiposal, intraarticular, intratecal ou de liberação lenta forma de dosagem. Em uma modalidade, o Composto 1, o Composto 2 ou o Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou seu sal farmaceuticamente aceitável e uma segunda terapia são administrados pelo mesmo modo de administração, oralmente ou por IV. Em outra modalidade, o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado por um modo de administração, por exemplo, por IV, enquanto o segundo agente (um agente anti-mieloma múltiplo) é administrado por outro modo de administração, por exemplo, por via oral.
[0280] Em uma modalidade, o segundo agente ativo é administrado por via intravenosa ou por via subcutânea e, uma vez ou duas vezes por dia em uma quantidade de cerca de 1 a cerca de 1000 mg, de cerca de 5 a cerca de 500 mg, de cerca de 10 a cerca de 350 mg ou de cerca de 50 a cerca de 200 mg. A quantidade específica do segundo agente ativo dependerá do agente específico utilizado, do tipo de mieloma múltiplo a ser tratado ou administrado, da gravidade e do estágio da doença e da quantidade de Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, fornecido neste documento e quaisquer agentes ativos adicionais opcionais administrados simultaneamente ao paciente.
[0281] Um ou mais segundos ingredientes ativos ou agentes podem ser usados juntamente com o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 nos métodos e composições fornecidos neste documento. Agentes ativos secundários podem ser moléculas grandes (por exemplo, proteínas), moléculas pequenas (por exemplo, moléculas inorgânicas sintéticas, organometálicas ou orgânicas) ou terapias celulares (por exemplo, células CAR).
[0282] Exemplos de agentes ativos secundários que podem ser usados nos métodos e composições descritos neste documento incluem um ou mais de melfalano, vincristina, ciclofosfamida, etoposídeo, doxorrubicina, bendamustina, um inibidor de proteassoma (por exemplo, bortezomibe, carfilzomibe, ixazomibe, oprozomibe ou marizomibe), um inibidor de histona desacetilase (por exemplo, panobinostat, ACY241), um inibidor BET (por exemplo, GSK525762A, OTX015, BMS-986158, TEN-010, CPI-0610, INCB54329, BAY1238097, FT-1101, C90010, ABBV-075, BI 894999, GS-5829, GSK1210151A (I- BET-151), CPI-203, RVX-208, XD46, MS436, PFI-1, RVX2135, ZEN3365, XD14, ARV-771, MZ-1, PLX5117, EP11313 e EP11336), um inibidor de BCL2 (por exemplo, venetoclax ou navitoclax), um inibidor de MCL-1 (por exemplo, AZD5991, AMG176, MIK665, S64315 ou S63845), um corticosteroide (por exemplo, prednisona), dexametasona; um anticorpo (por exemplo, um anticorpo CS1, como elotuzumab; um anticorpo CD38, como daratumumab isatuximab; ou um anticorpo BCMA ou conjugado de anticorpo, como GSK2857916 ou BI 836909), um inibidor de checkpoint (como descrito neste documento), ou células CAR (conforme descrito neste documento).
[0283] Em uma modalidade, o segundo agente ativo usado juntamente com o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, nos métodos e composições descritos nestes documentos é a dexametasona.
[0284] Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 4 mg nos dias 1 e 8 de um ciclo de 21 dias. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 4 mg nos dias 1, 4, 8 e 11 de um ciclo de 21 dias. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 4 mg nos dias 1, 8 e 15 de um ciclo de 28 dias. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 4 mg nos dias 1, 4, 8, 11, 15 e 18 de um ciclo de 28 dias. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 4 mg nos dias 1, 8, 15 e 22 de um ciclo de 28 dias. Em tal modalidade, a dexametasona é administrada em uma dose de 4 mg nos dias 1, 10, 15 e 22 do Ciclo 1. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 4 mg nos dias 1, 3, 15 e 17 de um ciclo de 28 dias. Em uma tal modalidade, a dexametasona é administrada na dose de 4 mg nos dias 1, 3, 14 e 17 do Ciclo 1.
[0285] Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 8 mg nos dias 1 e 8 de um ciclo de 21 dias. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 8 mg nos dias 1, 4, 8 e 11 de um ciclo de 21 dias. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 8 mg nos dias 1, 8 e 15 de um ciclo de 28 dias. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 8 mg nos dias 1, 4, 8, 11, 15 e 18 de um ciclo de 28 dias. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 8mg nos dias 1, 8, 15 e 22 de um ciclo de 28 dias. Em tal modalidade, a dexametasona é administrada em uma dose de 8 mg nos dias 1, 10, 15 e 22 do Ciclo 1. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 8 mg nos dias 1, 3, 15 e 17 de um ciclo de 28 dias. Em uma tal modalidade, a dexametasona é administrada na dose de 8 mg nos dias 1, 3, 14 e 17 do Ciclo 1.
[0286] Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 10 mg nos dias 1 e 8 de um ciclo de 21 dias. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 10 mg nos dias 1, 4, 8 e 11 de um ciclo de 21 dias. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 10 mg nos dias 1, 8 e 15 de um ciclo de 28 dias. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 10 mg nos dias 1, 4, 8, 11, 15 e 18 de um ciclo de 28 dias. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 10 mg nos dias 1, 8, 15 e 22 de um ciclo de 28 dias. Em tal modalidade, a dexametasona é administrada em uma dose de 10 mg nos dias 1, 10, 15 e 22 do Ciclo 1. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 10 mg nos dias 1, 3, 15 e 17 de um ciclo de 28 dias. Em uma tal modalidade, a dexametasona é administrada na dose de 10 mg nos dias 1, 3, 14 e 17 do Ciclo
1.
[0287] Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 20 mg nos dias 1 e 8 de um ciclo de 21 dias. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 20 mg nos dias 1, 4, 8 e 11 de um ciclo de 21 dias. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 20 mg nos dias 1, 8 e 15 de um ciclo de 28 dias. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 20 mg nos dias 1, 4, 8, 11, 15 e 18 de um ciclo de 28 dias. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 20 mg nos dias 1, 8, 15 e 22 de um ciclo de 28 dias. Em tal modalidade, a dexametasona é administrada em uma dose de 20 mg nos dias 1, 10, 15 e 22 do Ciclo 1. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 20 mg nos dias 1, 3, 15 e 17 de um ciclo de 28 dias. Em uma tal modalidade, a dexametasona é administrada na dose de 20 mg nos dias 1, 3, 14 e 17 do Ciclo
1.
[0288] Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 40 mg nos dias 1 e 8 de um ciclo de 21 dias. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 40 mg nos dias 1, 4, 8 e 11 de um ciclo de 21 dias. Em algumas modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 40 mg nos dias 1, 8 e 15 de um ciclo de 28 dias. Em tal modalidade, a dexametasona é administrada em uma dose de 40 mg nos dias 1, 10, 15 e 22 do Ciclo 1. Em algumas outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 40 mg nos dias 1, 4, 8, 11, 15 e 18 de um ciclo de 28 dias. Em outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 40 mg nos dias 1, 8, 15 e 22 de um ciclo de 28 dias. Em outras modalidades, a dexametasona é administrada em uma dose de 40 mg nos dias 1, 3, 15 e 17 de um ciclo de 28 dias. Em uma tal modalidade, a dexametasona é administrada na dose de 40 mg nos dias 1, 3, 14 e 17 do Ciclo 1.
[0289] Em outra modalidade, o segundo agente ativo usado juntamente com o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, nos métodos e composições descritos nestes documentos é bortezomibe. Em ainda outra modalidade, o segundo agente ativo usado juntamente com o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, nos métodos e composições descritos nestes documentos é daratumumab. Em algumas de tais modalidades, os métodos compreendem adicionalmente a administração de dexametasona. Em algumas modalidades, os métodos compreendem a administração do Composto
1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, com um inibidor de proteassoma como descrito neste documento, um inibidor de CD38 como descrito neste documento e um corticosteroide como descrito neste documento.
[0290] Em certas modalidades, o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, é administrado em combinação com inibidores de checkpoint. Em uma modalidade, um inibidor de checkpoint é usado em combinação com o Composto 1, ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em conexão com os métodos fornecidos neste documento. Em outra modalidade, dois inibidores de checkpoint são usados em combinação com o Composto 1, ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em conexão com os métodos fornecidos neste documento. Em ainda outra modalidade, três ou mais inibidores de checkpoint são usados em combinação com o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em conexão com os métodos fornecidos neste documento.
[0291] Conforme usado neste documento, o termo "inibidor de checkpoint imunológico" ou "inibidor de checkpoint" refere-se a moléculas que reduzem, inibem, interferem ou modificam total ou parcialmente uma ou mais proteínas de checkpoint. Sem estar limitado por uma teoria particular, as proteínas de checkpoint regulam a ativação ou função das células T. São conhecidas inúmeras proteínas de checkpoint, como CTLA-4 e seus ligantes CD80 e CD86; e PD-1 com seus ligantes PD-L1 e PD-L2 (Pardoll, Nature Reviews Cancer, 2012, 12, 252-264). Essas proteínas parecem ser responsáveis pelas interações coestimuladoras ou inibitórias das respostas das células T. As proteínas de checkpoint imunológico parecem regular e manter a autotolerância e a duração e amplitude das respostas imunes fisiológicas. Os inibidores de checkpoint imunológico incluem anticorpos ou são derivados de anticorpos.
[0292] Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um inibidor de CTLA-4. Em uma modalidade, o inibidor de CTLA-4 é um anticorpo anti-CTLA-4. Exemplos de anticorpos anti-CTLA-4 incluem, mas não estão limitados a aqueles descritos nas Patentes US Nº: 5.811.097; 5.811.097; 5.855.887; 6.051.227;
6.207.157; 6.682.736; 6.984.720; e 7.605.238, todos os quais estão incorporados neste documento na sua totalidade. Em uma modalidade, o anticorpo anti-CTLA- 4 é tremelimumabe (também conhecido como ticilimumabe ou CP-675.206). Em outra modalidade, o anticorpo anti-CTLA-4 é ipilimumabe (também conhecido como MDX-010 ou MDX-101). Ipilimumabe é um anticorpo de IgG monoclonal totalmente humano que se liga a CTLA-4. Ipilimumabe é comercializado sob o nome comercial Yervoy™.
[0293] Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um inibidor de PD- 1/PD-L1. Exemplos de inibidores PD-l/PD-L1 incluem, mas não estão limitados àqueles descritos nas Patentes US Nºs. 7.488.802; 7.943.743; 8.008.449;
8.168.757; 8.217.149, e Publicação do Pedido de Patente PCT Nos. WO2003042402, WO2008156712, WO2010089411, WO2010036959, WO2011066342, WO2011159877, WO2011082400 e WO2011161699, todos os quais são incorporados neste documento em sua totalidade.
[0294] Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um inibidor de PD-
1. Em uma modalidade, o inibidor de PD-1 é um anticorpo anti-PD-1. Numa modalidade, o anticorpo anti-PD-1 é BGB-A317, nivolumabe (também conhecido como ONO-4538, BMS-936558 ou MDX1106) ou pembrolizumabe (também conhecido como MK-3475, SCH 900475 ou lambrolizumabe). Em uma modalidade, o anticorpo anti-PD-1 é nivolumabe. Nivolumabe é um anticorpo monoclonal IgG4 anti-PD-1 humano e é comercializado sob o nome comercial Opdivo™. Em outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1 é pembrolizumabe. O pembrolizumabe é um anticorpo IgG4 monoclonal humanizado e é comercializado sob o nome comercial Keytruda™. Em ainda outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1 é CT-011, um anticorpo humanizado. CT-011 administrado apenas não conseguiu mostrar resposta no tratamento da leucemia mieloide aguda (AML) na recaída. Em ainda outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1 é AMP-224, uma proteína de fusão. Em outra modalidade, o anticorpo PD-1 é BGB- A317. O BGB-A317 é um anticorpo monoclonal no qual a capacidade de se ligar ao receptor gama Fc I é manipulada especificamente e possui uma assinatura de ligação exclusiva a PD-1 com alta afinidade e especificidade de alvo superior.
[0295] Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um inibidor de PD- L1. Em uma modalidade, o inibidor de PD-L1 é um anticorpo anti-PD-L1. Numa concretização, o anticorpo anti-PD-L1 é MEDI4736 (durvalumabe). Em outra modalidade, o anticorpo anti-PD-L1 é BMS-936559 (também conhecido como MDX-1105-01). Ainda noutra modalidade, o inibidor de PD-L1 é atezolizumabe (também conhecido como MPDL3280A e Tecentriq®).
[0296] Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um inibidor de PD- L2. Em uma modalidade, o inibidor de PD-L2 é um anticorpo anti-PD-L2. Numa concretização, o anticorpo anti-PD-L2 é rHIgM12B7A.
[0297] Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um inibidor do gene-3 (LAG-3) de ativação de linfócito. Em uma modalidade, o inibidor de LAG- 3 é IMP321, uma proteína de fusão de Ig solúvel (Brignone et al., J. Immunol., 2007, 179, 4202-4211). Noutra modalidade, o inibidor de LAG-3 é BMS-986016.
[0298] Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um inibidor de B7. Em uma modalidade, o inibidor de B7 é um inibidor de B7-H3 ou um inibidor de
B7-H4. Em uma modalidade, o inibidor de B7-H3 é MGA271, um anticorpo anti- B7-H3 (Loo et al., Clin. Cancer Res., 2012, 3834).
[0299] Em uma modalidade, os inibidores do checkpoint é um inibidor do domínio TIM3 (domínio da imunoglobulina das células T e da mucina 3) (Fourcade et al., J. Exp. Med., 2010, 207, 2175-86; Sakuishi et al., J. Exp. Med., 2010, 207, 2187-94).
[0300] Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um agonista de OX40 (CD134). Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um anticorpo anti-OX40. Em uma modalidade, o anticorpo anti-OX40 é anti-OX-40. Em outra modalidade, o anticorpo anti-OX40 é MEDI6469.
[0301] Em uma modalidade, o inibidor do checkpoint é um agonista de GITR. Numa modalidade, o inibidor do checkpoint é um anticorpo anti-GITR. Em uma modalidade, o anticorpo anti-GITR é TRX518.
[0302] Em uma concretização, o inibidor do checkpoint é um agonista de CD137. Numa concretização, o inibidor do checkpoint é um anticorpo anti- CD137. Numa concretização, o anticorpo anti-CD137 é urelumabe. Noutra concretização, o anticorpo anti-CD137 é PF-05082566.
[0303] Em uma modalidade, o inibidor de checkpoint é um agonista CD40. Numa concretização, o inibidor do checkpoint é um anticorpo anti-CD40. Numa concretização, o anticorpo anti-CD40 é CF-870.893.
[0304] Numa modalidade, o inibidor do checkpoint é a interleucina-15 humana recombinante (rhIL-15).
[0305] Numa concretização, o inibidor do checkpoint é um inibidor IDO. Numa concretização, o inibidor IDO é INCB024360. Noutra modalidade, o inibidor IDO é indoximod.
[0306] Em certas modalidades, as terapias de combinação fornecidas neste documento incluem dois ou mais inibidores do checkpoint descritos neste documento (incluindo inibidores do checkpoint da mesma classe ou de classe diferente). Além disso, as terapias de combinação descritas neste documento podem ser usadas em combinação com um ou mais agentes ativos secundários como descrito neste documento, quando apropriado para o tratamento de doenças descritas neste documento e entendidas na técnica.
[0307] Em certas modalidades, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 pode ser utilizados em combinação com uma ou mais células imunes que expressam um ou mais receptores de antígeno quiméricos (CARs) na sua superfície (por exemplo, uma célula imune modificada). Geralmente, os CARs compreendem um domínio extracelular de uma primeira proteína (por exemplo, uma proteína de ligação ao antígeno), um domínio transmembranar e um domínio de sinalização intracelular. Em certas modalidades, uma vez que o domínio extracelular se liga a uma proteína-alvo, como um antígeno tumor- associado (TAA) ou antígeno tumor-específico (TSA), um sinal é gerado através do domínio de sinalização intracelular que ativa a célula imune, por exemplo, para se direcionar a uma célula expressando a proteína alvo e matá-la.
[0308] Domínios extracelulares: Os domínios extracelulares dos CARs se ligam a um antígeno de interesse. Em certas modalidades, o domínio extracelular do CAR compreende um receptor, ou uma porção de um receptor, que se liga ao referido antígeno. Em certas modalidades, o domínio extracelular compreende, ou é, um anticorpo ou uma porção sua de ligação ao antígeno. Em modalidades específicas, o domínio extracelular compreende, ou é, um domínio de Fv de cadeia simples (scFv). O domínio de Fv de cadeia simples pode compreender, por exemplo, um VL ligado a VH por um ligante flexível, em que o referido VL e VH são de um anticorpo que se liga ao referido antígeno.
[0309] Em certas modalidades, o antígeno reconhecido pelo domínio extracelular de um polipeptídeo descrito neste documento é um antígeno associado a um tumor (TAA) ou um antígeno específico de tumor (TSA). Em várias modalidades específicas, o antígeno associado a um tumor ou o anígeno específico de tumor é, sem limitação: Her2, antígeno de células tronco da próstata (PSCA), alfa-fetoproteína (AFP), antígeno carcinoembrionário (CEA), antígeno-125 do câncer (CA- 125), CA19-9, calretinina, MUC-1, antígeno de maturação de células B (BCMA), proteína da membrana epitelial (EMA), antígeno de tumor epitelial (ETA), tirosinase, antígeno associado ao melanoma-24 (MAGE), CD19, CD22, CD27, CD30, CD34, CD45, CD70, CD99, CD117, EGFRvIII (fator de crescimento epidérmico variante III), mesotelina, PAP (fosfatase ácida prostática), prosteína, TARP (proteína de estrutura de leitura alternativa do receptor de células T gama), Trp-p8, STEAPI (antígeno epitelial de seis transmembranas da próstata 1), cromogranina, citoqueratina, desmina, proteína ácida fibrilar glial (GFAP), proteína fluida da doença cística grossa (GCDFP-15), antígeno HMB-45, proteína melan-A (antígeno melanoma reconhecido pelos linfócitos T; MART-I), myo-D1, actina específica do músculo (MSA), neurofilamento, enolase específica do neurônio (NSE), fosfatase alcalina da placenta, sinaptise, tiroglobulina, fator 1 de transcrição da tiroide, a forma dimérica da isoenzima de tipo piruvato quinase M2 (tumor M2-PK), uma proteína ras anormal ou uma proteína p53 anormal. Em algumas outras modalidades, o TAA ou o TSA reconhecido pelo domínio extracelular de um CAR é a integrina αvβ3 (CD61), a galactina ou Ral-B.
[0310] Em certas modalidades, o TAA ou TSA reconhecido pelo domínio extracelular de um CAR é um antígeno de câncer/testículo (CT), por exemplo, BAGE, CAGE, CTAGE, FATE, GAGE, HCA661, HOM-TES-85, MAGEA, MAGEB, MAGEC, NA88, NY-ES0-1, NY-SAR-35, OY-TES-1, SPANXBI, SPA17, SSX, SYCPI ou TPTE.
[0311] Em certas modalidades, o TAA ou TSA reconhecido pelo domínio extracelular de um CAR é um carboidrato ou um gangliosídeo, por exemplo, fuc- GMI, GM2 (antígeno oncofetal-imunogênico-1; OFA-I-1); GD2 (OFA-I-2), GM3, GD3 e semelhantes.
[0312] Em certas outras encarnações, a TAA ou TSA reconhecido pelo domínio extracelular de um CAR é a alfa-actinina-4, Bage-l, BCR-ABL, proteína de fusão Bcr-Abl, beta-catenina, CA 125, CA 15-3 (CA 27,29\BCAA), CA 195, CA 242, CA-50, CAM43, Casp-8, cdc27, cdk4, cdkn2a, CEA, coa-l, a proteína de fusão dek- can, EBNA, EF2, antígenos do vírus de Epstein-Barr, a proteína de fusão AML1- ETV6, HLA-A2, HLA-All, hsp70-2, KIAA0205, Mart2, Mum-1, 2 e 3, neo-PAP, miosina classe I, OS-9, a proteína de fusão pml-RARα, PTPRK, K-ras, N-ras, triose isomerase, Gage 3,4,5,6,7, GnTV, Herv-K-mel, Lage-1, NA-88, NY-Eso-1/Lage-2, SP17, SSX-2, TRP2-Int2, gp100 (Pmel17), tirosinase, TRP-1, TRP-2, MAGE-l, MAGE-3, RAGE, GAGE-l, GAGE-2, p15(58), RAGE, SCP-1, Hom/Mel-40, PRAME, p53, HRas, HER-2/neu, E2A-PRL, H4-RET, IGH-IGK, MYL-RAR, antígenos E6 e E7 de papilomavírus humano (HPV), TSP-180, MAGE-4, MAGE-5, MAGE-6, p185erbB2, p180erbB-3, c-met, nm-23H1, PSA, TAG-72-4, CA 19-9, CA 72-4, CAM
17.1, NuMa, K-ras, 13-Catenin, Mum-1, p16, TAGE, PSMA, CT7, telomerase, 43- 9F, 5T4, 791Tgp72, 13HCG, BCA225, BTAA, CD68\KP1, C0-029, FGF-5, G250, Ga733 (EpCAM), HTgp-175, M344, MA-50, MG7-Ag, MOV18, NB\70K, NY-C0-1, RCAS1, SDCCAG16, TA-90, TAAL6, TAG72, TLP ou TPS.
[0313] Em várias modalidades específicas, o antígeno associado ao tumor ou antígeno específico ao tumor é um antígeno relacionado a AML, conforme descrito em S. Anguille et al., Leukemia (2012), 26, 2186-2196.
[0314] Outros antígenos associados a tumores e específicos de tumores são conhecidos por aqueles versados na técnica.
[0315] Receptores, anticorpos e scFvs que se ligam aos TSAs e TAAs, úteis na construção de receptores de antígeno quiméricos, são conhecidos na técnica,
assim como as sequências de nucleotídeos que os codificam.
[0316] Em certas modalidades específicas, o antígeno reconhecido pelo domínio extracelular de um receptor de antígeno quimérico é um antígeno geralmente não considerado como sendo um TSA ou um TAA, mas que está associado a células tumorais ou danos causados por um tumor. Em certas modalidades, por exemplo, o antígeno é, por exemplo, um fator de crescimento, citocina ou interleucina, por exemplo, um fator de crescimento, citocina ou interleucina associados à angiogênese ou à vasculogênese. Esses fatores de crescimento, citocinas ou interleucinas podem incluir, por exemplo, fator de crescimento endotelial vascular (VEGF), fator básico de crescimento de fibroblastos (bFGF), fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF), fator de crescimento de hepatócitos (HGF), fator de crescimento semelhante à insulina (IGF) ou interleucina-8 (IL-8). Os tumores também podem criar um ambiente hipóxico local para o tumor. Como tal, em outras modalidades específicas, o antígeno é um fator associado à hipóxia, por exemplo, HIF-1α, HIF-1β, HIF-2α, HIF-2β, HIF-3α ou HIF-3β. Os tumores também podem causar danos localizados ao tecido normal, causando a liberação de moléculas conhecidas como moléculas de padrão molecular associadas a danos (DAMPs; também conhecidas como alarminas). Em certas outras modalidades específicas, portanto, o antígeno é uma DAMP, por exemplo, uma proteína associada a cromatina de alta mobilidade do grupo box 1 (HMGB 1), proteína de choque térmico, S100A8 (MRP8, calgranulina A), S100A9 (MRP14, calgranulina B), amiloide sérico A (SAA) ou pode ser um ácido desoxirribonucleico, trifosfato de adenosina, ácido úrico ou sulfato de heparina.
[0317] Em certas modalidades, o domínio extracelular do CAR é ligado ao domínio transmembranar do polipeptídeo por uma sequência de ligantes, de espaçadores ou de polipeptídeos de haste, por exemplo, uma sequência de CD28 ou uma sequência de CTLA4. O domínio transmembranar pode ser obtido ou derivado do domínio transmembranar de qualquer proteína transmembranar e pode incluir todo o ou uma porção desse domínio transmembranar. Em modalidades específicas, o domínio transmembranar pode ser obtido ou derivado de, por exemplo, CD8, CD16, um receptor de citocina e receptor de interleucina, ou um receptor de fator de crescimento, ou similares.
[0318] Em certas modalidades, o domínio intracelular de um CAR é ou compreende um domínio ou motivo intracelular de uma proteína que é expressa na superfície de células T e desencadeia a ativação e/ou a proliferação das referidas células T. Esse domínio ou motivo é capaz de transmitir um sinal de ligação ao antígeno primário que é necessário para a ativação de um linfócito T em resposta à ligação do antígeno à porção extracelular do CAR. Tipicamente, este domínio ou motivo compreende, ou é, um ITAM (motivo de ativação à base de tirosina imunorreceptora). Os polipeptídeos que contêm ITAM adequados para os CARs incluem, por exemplo, a cadeia CD3 zeta (CD3ζ) ou as respectivas porções que contêm ITAM. Em uma modalidade específica, o domínio intracelular é um domínio de sinalização intracelular de CD3ζ. Em outras modalidades específicas, o domínio intracelular é de uma cadeia receptora de linfócitos, uma proteína complexa TCR/CD3, uma subunidade de receptores Fe ou uma subunidade receptora IL-2. Em certas modalidades, o CAR compreende adicionalmente um ou mais domínios ou motivos co-estimuladores, por exemplo, como parte do domínio intracelular do polipeptídeo. Um ou mais domínios ou motivos co-estimulantes podem ser, ou podem compreender, uma ou mais de uma sequência de polipeptídeos CD27, uma sequência de polipeptídeos CD28, uma sequência de polipeptídeos OX40 (CD134), uma sequência de polipeptídeos 4-1BB (CD137) co-estimuladores ou uma sequência de polipeptídeos co-estimuladores induzíveis de células T (ICOS) ou outro domínio co-estimulador ou motivo, ou qualquer combinação deles.
[0319] O CAR pode também compreender um motivo de sobrevivência de células T. O motivo de sobrevivência de células T pode ser qualquer sequência ou motivo polipeptídico que facilite a sobrevivência do linfócito T após a estimulação por um antígeno. Em certas modalidades, o motivo de sobrevida de células T é ou é derivado de CD3, CD28, um domínio de sinalização intracelular do receptor de IL-7 (IL-7R), um domínio de sinalização intracelular do receptor de IL-12, um domínio de sinalização intracelular do receptor de IL-15, um domínio de sinalização intracelular do receptor de IL-21 ou um domínio de sinalização intracelular do receptor do fator de crescimento de transformação β (TGFβ).
[0320] As células imunes modificadas que expressam os CARs podem ser, por exemplo, linfócitos T (células T, por exemplo, células T CD4+ ou células T CD8+), linfócitos citotóxicos (CTLs) ou células exterminadoras naturais (NK). Os linfócitos T utilizados nas composições e métodos proporcionados neste documento podem ser linfócitos T virgens ou linfócitos T restritos à MHC. Em certas modalidades, os linfócitos T são linfócitos infiltrantes de tumores (TILs). Em certas modalidades, os linfócitos T foram isolados de uma biópsia de tumor ou foram expandidos a partir de linfócitos T isolados de uma biópsia de tumor. Em algumas outras modalidades, as células T foram isoladas ou são expandidas a partir de linfócitos T isolados do sangue periférico, do sangue do cordão umbilical ou da linfa. As células imunes a serem usadas para gerar as células imunes modificadas que expressam um CAR podem ser isoladas pelo uso de métodos rotineiros, aceitos na técnica, por exemplo: coleta de sangue seguida por aférese e opcionalmente isolamento ou triagem de células mediada por anticorpos.
[0321] As células imunes modificadas são preferencialmente autólogas a um indivíduo a quem as células imunes modificadas devem ser administradas. Em algumas outras modalidades, as células imunes modificadas são alogênicas a um indivíduo a quem as células imunes modificadas devem ser administradas. Quando linfócitos T alogênicos ou células NK são usados para preparar linfócitos T modificados, é preferível selecionar linfócitos T ou células NK que irão reduzir a possibilidade de doença do enxerto contra hospedeiro (GVHD) no indivíduo. Por exemplo, em certas modalidades, os linfócitos T específicos de vírus são selecionados para a preparação de linfócitos T modificados; espera-se que tais linfócitos tenham uma capacidade nativa muito reduzida de se ligar a qualquer antígeno receptor e, portanto, ser ativados por ele. Em certas modalidades, a rejeição mediada por recepetor de linfócitos T alogênicos pode ser reduzida pela coadministração ao hospedeiro de um ou mais agentes imunossupressores, por exemplo, ciclosporina, tacrolimo, sirolimo, ciclofosfamida ou semelhantes.
[0322] Linfócitos T, por exemplo, linfócitos T não modificados ou linfócitos T expressando CD3 e CD28, ou compreendendo um polipeptídeo que compreende um domínio de sinalização de CD3ζ e um domínio coestimulador de CD28, podem ser expandidos usando anticorpos para CD3 e CD28, por exemplo, anticorpos ligados a grânulos; ver, por exemplo, as Patentes US Nºs 5,948,893; 6,534,055; 6,352,694; 6,692,964; 6,887,466; e 6,905,681.
[0323] As células imunes modificadas, por exemplo, linfócitos T modificados, podem opcionalmente compreender um "gene suicida" ou "interruptor de segurança" que proporciona a morte de substancialmente todas as células imunes modificadas quando desejado. Por exemplo, os linfócitos T modificados, em certas modalidades, podem compreender um gene de timidina- quinase de HSV (HSV-TK), que causa a morte dos linfócitos T modificados pelo contato com o ganciclovir. Em outra modalidade, os linfócitos T modificados compreendem uma caspase induzível, por exemplo, uma caspase 9 induzível
(icaspase 9), por exemplo, uma proteína de fusão entre a caspase 9 e a proteína de ligação a FK506 humana que permite a dimerização utilizando um fármaco de molécula pequena específica. Ver Straathof et al., Blood 1 05(11):4247-4254 (2005). Em certas formas de realização, o Composto 1, composto 2 ou Composto 3 como fornecidos neste documento são administrados a pacientes com vários tipos ou fases de mieloma múltiplo em combinação com células T de receptor de antigénio quimérico (CAR). Em certas modalidades, a célula T CAR na combinação tem como alvo o antígeno de maturação das células B (BCMA) e, em modalidades mais específicas, a célula T CAR é bb2121 ou bb21217. Em algumas modalidades, a célula T CAR é JCARH125.
[0324] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, a amostra de referência é obtida do sujeito antes da administração do composto de tratamento ao sujeito, e o controle de referência é da mesma fonte da amostra. Em outras modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, a amostra de referência é obtida de um sujeito saudável não tendo câncer e a amostra de controle é da mesma fonte da amostra.
[0325] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o câncer é um câncer transmitido pelo sangue. Em certas modalidades, o câncer transportado pelo sangue é metastático. Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o câncer é mieloma múltiplo.
[0326] Em algumas modalidades, os métodos fornecidos neste documento abrangem o tratamento, prevenção ou gerenciamento de vários tipos de câncer. Em algumas modalidades, os métodos fornecidos neste documento abrangem o tratamento ou prevenção de vários tipos de câncer. Em algumas modalidades, os métodos fornecidos neste documento abrangem o tratamento de vários tipos de câncer, como os cânceres fornecidos neste documento. Em uma modalidade,
os métodos fornecidos neste documento abrangem o tratamento, prevenção ou gerenciamento de mieloma múltiplo pela administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, ou enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo. Em uma modalidade, os métodos fornecidos neste documento abrangem o tratamento, prevenção ou gerenciamento de mieloma múltiplo pela administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 2, ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo. Em uma modalidade, os métodos fornecidos neste documento abrangem o tratamento, prevenção ou gerenciamento de mieloma múltiplo pela administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 3, ou tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
[0327] Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos para tratar, prevenir, ou gerir o câncer em pacientes com função renal debilitada. Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de fornecer ajustes adequados da dose para pacientes com insuficiência renal devido a, mas não se limitando a, doença, envelhecimento ou outros fatores do paciente.
[0328] Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de tratamento, prevenção ou gerenciamento de MM, incluindo MM reincidente/refratário em pacientes com função renal prejudicada ou um sintoma dos mesmos, compreendendo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, para um paciente com MM reincidente/refratário com função renal prejudicada sozinho ou em combinação com um segundo agente ativo. Em algumas modalidades, os métodos compreendem a etapa de administração ao sujeito de um composto fornecido neste documento, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em combinação com um segundo agente ativo em quantidades eficazes para tratar, prevenir ou controlar MM reincidente/refratário em pacientes com função renal comprometida. Em certas modalidades, o composto é o Composto 1. Em certas modalidades, o composto é o Composto 2. Em certas modalidades, o composto é o Composto 3.
[0329] Em algumas modalidades, o nível do biomarcador diminui com o tratamento do composto. Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, BCMA solúvel, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4, pRB1, e o nível do biomarcador diminui em comparação a um nível de referência antes do tratamento com um composto de tratamento.
[0330] Em outras modalidades, o nível do biomarcador aumenta com o tratamento do composto. Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado a partir do grupo que consiste em Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM e clonalidade de TCR e o nível do biomarcador aumenta em comparação com um nível de referência antes do tratamento com um composto de tratamento.
[0331] Em certas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o biomarcador é uma proteína que é direta ou indiretamente afetada por CRBN, por exemplo, através de interações proteína-proteína (porexemplo, certos substratos de CRBN ou efetores a jusante dos mesmos), ou através de várias vias celulares (por exemplo, vias de transdução de sinal). Em modalidades específicas, o biomarcador é uma proteína associada a CRBN (CAP). Em algumas modalidades, o biomarcador é mRNA de uma proteína que é direta ou indiretamente afetada pelo CRBN. Em outras modalidades, o biomarcador é cDNA de uma proteína que é direta ou indiretamente afetada pelo CRBN.
[0332] Assim, em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0333] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0334] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0335] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer provavelmente responsivo a um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito, em que o biomarcador é um CAP; e (b) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra é diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0336] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 1: 1 ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0337] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; e
(d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0338] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; e (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0339] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida do sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra é diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0340] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder a um composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0341] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer;
(b) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder a um composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0342] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder a um composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0343] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento o
Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 para uso em um método de tratamento de câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder a um composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
[0344] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0345] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0346] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0347] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito, em que o biomarcador é um CAP; (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível do biomarcador obtido a partir de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 3 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
[0348] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0349] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0350] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito;
(b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (d) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0351] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito, em que o biomarcador é um CAP; (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível do biomarcador obtido a partir de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
[0352] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito;
(c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (d) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0353] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (d) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0354] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é um CAP; (d) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0355] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito, em que o biomarcador é um CAP;
(b) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido a partir de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo.
[0356] Em algumas modalidades, o biomarcador é um CAP selecionado do grupo que consiste em IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-MYC e IRF4. Em algumas modalidades, o biomarcador é um membro da família Ikaros, como IKZF1 ou IKZF3. Em uma modalidade específica, o biomarcador é IKZF1. Em outra modalidade específica, o biomarcador é IKZF3. Em uma modalidade específica, o biomarcador é ZFP91. Em algumas modalidades, o biomarcador é um parceiro de ligação do efetor a jusante de, ou um fator em uma via celular impactada por IKZF1 e IKZF3. Por exemplo, em algumas modalidades, o biomarcador é um parceiro de ligação, efetor a jusante de, ou um fator em uma via celular impactada por IKZF1 ou IKZF3. Em uma modalidade específica, o biomarcador é um efetor a jusante de IKZF1, como IRF4. Em uma modalidade específica, o biomarcador é um efetor a jusante de IKZF3, como IRF4. Em uma modalidade específica, o biomarcador é um efetor a jusante de IKZF1, como c-MYC. Em uma modalidade específica, o biomarcador é um efetor a jusante de IKZF3, como c- MYC.
[0357] Como mostrado nos Exemplos, o nível de um biomarcador, como CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, BCMA solúvel, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4, pRB1, diminui em comparação com uma referência em resposta a Tratamento do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Por conseguinte, em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, BCMA solúvel, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 e pRB1, e o nível do biomarcador diminui em resposta ao tratamento com Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Assim, em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o biomarcador é CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, BCMA solúvel, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4, pRB1 ou uma proteína (ou um fator) impactado assim, e em que o nível do biomarcador é inferior a um nível de referência.
[0358] Assim, em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, SBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, SBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0359] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0360] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3; ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0361] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer provavelmente responsivo a um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito compreendendo: (a) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra obtida do sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isopotólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0362] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e
(d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: 1 ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0363] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2:
ou tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0364] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0365] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida do sujeito; (b) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isopotólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0366] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0367] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0368] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0369] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 para uso em um método de tratamento de câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito.
[0370] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0371] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0372] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0373] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida do sujeito, em que o biomarcador é CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (b) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isopotólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0374] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0375] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0376] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo:
(a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0377] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida do sujeito; (b) determinar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra é inferior ao nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isopotólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0378] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) comparar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra com o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 obtido de uma amostra de referência, em que uma diminuição no nível em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento em tratar o câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0379] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito;
(c) determinar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) comparar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra com o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 obtido de uma amostra de referência, em que uma diminuição no nível em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento em tratar o câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0380] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra; e (d) comparar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra com o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 obtido de uma amostra de referência, em que uma diminuição no nível em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento em tratar o câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0381] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 em uma amostra obtida do sujeito; e (b) comparar o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 na amostra com o nível de CRBN, IKZF1, IKZF3, CTC, sBCMA, TIL, survivina, cadeia leve livre de soro, ZFP91, c-MYC, IRF4 ou pRB1 obtido de uma amostra de referência, em que uma diminuição no nível em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento em tratar o câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 2, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0382] Em modalidades específicas dos métodos descritos neste documento, a amostra de referência é uma amostra antes do tratamento com o composto de tratamento.
[0383] Em uma modalidade específica, o biomarcador é CRBN e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é CRBN e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0384] Em uma modalidade específica, o biomarcador é IKZF1 e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é IKZF1 e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0385] Em uma modalidade específica, o biomarcador é IKZF3 e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é IKZF3 e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0386] Em uma modalidade específica, o biomarcador é CTC e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é CTC e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0387] Em uma modalidade específica, o biomarcador é TIL e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é TIL e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0388] Em uma modalidade específica, o biomarcador é survivina e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é survivina e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0389] Em uma modalidade específica, o biomarcador é uma cadeia leve livre de soro e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é cadeia leve livre de soro e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0390] Em uma modalidade específica, o biomarcador é ZFP91 e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é ZFP91 e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0391] Em uma modalidade específica, o biomarcador é c-MYC e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é c-MYC e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0392] Em uma modalidade específica, o biomarcador é IRF4 e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é IRF4 e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0393] Em uma modalidade específica, o biomarcador é pRB1 e o câncer é mieloma múltiplo (MM). Em uma modalidade específica, o biomarcador é pRB1 e o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 1. Em outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 2. Em ainda outra modalidade específica, o composto de tratamento é o Composto 3.
[0394] Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função na apoptose. Em certas modalidades, o biomarcador fornecido neste documento tem uma função no ciclo celular. Em outras modalidades, o biomarcador fornecido neste documento tem uma função na ativação de células T.
[0395] Em algumas modalidades, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) obter uma amostra compreendendo uma célula cancerosa de um sujeito; (b) detectar o nível de CRBN na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN na amostra for detectável e inferior a um nível de referência de CRBN; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0396] Em outra modalidade, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) obter uma amostra compreendendo uma célula cancerosa de um sujeito; (b) detectar o nível de CRBN na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN na amostra for detectável e inferior a um nível de referência de CRBN; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0397] Em ainda outra modalidade, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) obter uma amostra compreendendo uma célula cancerosa de um sujeito; (b) detectar o nível de CRBN na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN na amostra for detectável e inferior a um nível de referência de CRBN; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0398] Em algumas modalidades, fornecido neste documento é um método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento compreendendo: (a) detectar o nível de CRBN em uma amostra obtida de um sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN na amostra for detectável e inferior a um nível de referência de CRBN; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0399] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método para prever a capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra compreendendo uma célula cancerosa de um sujeito; (b) detectar o nível de CRBN na amostra; e
(c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN na amostra for detectável e inferior a um nível de referência de CRBN; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0400] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método para prever a capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra compreendendo uma célula cancerosa de um sujeito; (b) detectar o nível de CRBN na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN na amostra for detectável e inferior a um nível de referência de CRBN; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0401] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método para prever a capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra compreendendo uma célula cancerosa de um sujeito; (b) detectar o nível de CRBN na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN na amostra for detectável e inferior a um nível de referência de CRBN; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0402] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método para prever a capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) detectar o nível de CRBN em uma amostra obtida do sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN na amostra for detectável e inferior a um nível de referência de CRBN; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0403] Assim, em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de detecção de níveis de CRBN em uma célula cancerosa e de diagnóstico do sujeito como provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de CRBN na amostra for detectável e inferior a um nível de referência de CRBN. Em algumas modalidades, o MM é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional. Em uma modalidade, o MM é um MM resistente à lenalidomida. Em outra modalidade, o MM é o MM resistente à pomalidomida. Conforme descrito nos Exemplos na Seção 6, o Composto 2 também tem propriedades imunomoduladoras em PBMCs e células T CD4 + e CD8 +. Portanto, em uma modalidade dos métodos fornecidos neste documento, CRBN não é detectável na célula cancerosa e CRBN é detectável na célula imune, e o paciente é responsivo ao Composto 1. Em outra modalidade dos métodos fornecidos neste documento, CRBN não é detectável na célula cancerosa e o CRBN é detectável na célula imune, e o paciente é responsivo ao Composto 2. Em ainda outra modalidade dos métodos fornecidos neste documento, o CRBN não é detectável na célula cancerosa e o CRBN é detectável na célula imune, e o paciente responde ao Composto 1.
[0404] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar uma dosagem do composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma ou mais amostras do sujeito em diferentes momentos; (c) determinar o nível de IKZF1, IKZF3 ou ambos em uma ou mais amostras e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0405] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar uma dosagem do composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma ou mais amostras do sujeito em diferentes momentos; (c) determinar o nível de IKZF1, IKZF3 ou ambos em uma ou mais amostras e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0406] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar uma dosagem do composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma ou mais amostras do sujeito em diferentes momentos; (c) determinar o nível de IKZF1, IKZF3 ou ambos em uma ou mais amostras e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0407] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de IKZF1, IKZF3 ou ambos em uma ou mais amostras obtidas do sujeito e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0408] Em algumas outras modalidades específicas, o nível do biomarcador aumenta com o tratamento do composto. Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado a partir do grupo que consiste em Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM e clonalidade de TCR e o nível do biomarcador aumenta em comparação com o nível em uma amostra de referência antes do tratamento com um composto de tratamento. Em algumas modalidades, o biomarcador tem uma função na apoptose e o nível do biomarcador aumenta em comparação com o nível em uma amostra de referência antes do tratamento com um composto de tratamento. Em outras modalidades, o biomarcador tem uma função na ativação de células T e o nível do biomarcador aumenta em comparação com o nível em uma amostra de referência antes do tratamento com um composto de tratamento.
[0409] Assim, em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0410] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0411] Em ainda outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3; ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0412] Em outra modalidade, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer provavelmente responsivo a um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito compreendendo: (a) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase
7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra obtida do sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isopotólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0413] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: 1 ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0414] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0415] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes. Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida do sujeito; (c) determinar o nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isopotólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0416] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer;
(b) determinar o nível de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou clonalidade de TCR na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0417] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0418] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método para tratar o câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer; (b) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0419] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste para uso em um método de tratamento de câncer, compreendendo: (a) obter uma amostra de um sujeito com câncer;
(b) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; e (d) administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito.
[0420] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0421] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0422] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de um biomarcador na amostra, em que o biomarcador é clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0423] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito, em que o biomarcador é clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (b) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isopotólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0424] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0425] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3,
Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0426] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) obter uma amostra do sujeito; (b) administrar o composto de tratamento à amostra; (c) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (d) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0427] Em algumas modalidades, é fornecido um método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida do sujeito; (b) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como sendo provavelmente responsivo ao composto de tratamento se o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra for superior ao nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isopotólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0428] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (d) comparar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra com o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR obtida a partir de uma amostra de referência, em que um aumento no nível em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer em o sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0429] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (d) comparar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra com o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR obtida a partir de uma amostra de referência, em que um aumento no nível em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer em o sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0430] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, compreendendo: (a) administrar o composto de tratamento ao sujeito; (b) obter uma amostra do sujeito; (c) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra; e (d) comparar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra com o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR obtida a partir de uma amostra de referência, em que um aumento no nível em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento do câncer em o sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0431] Em algumas modalidades, é fornecido neste documento um método de monitoramento da eficácia de um tratamento de câncer em um sujeito com um composto de tratamento, que foi administrado ao sujeito, compreendendo: (a) determinar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR em uma amostra obtida do sujeito; e (b) comparar o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27, BIM ou TCR na amostra com o nível de clonalidade de Caspase 1, Caspase-3, Caspase 7, PARP, IFNγ, TNFα, IL2, p21, p27,
BIM ou TCR obtida a partir de uma amostra de referência, em que um aumento no nível em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto no tratamento do câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 ou um tautômero, isopotólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste.
[0432] Em modalidades específicas dos métodos descritos neste documento, a amostra de referência é uma amostra antes do tratamento com o composto de tratamento.
[0433] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o nível dos biomarcadores é medido pela determinação do nível de proteína do biomarcador.
[0434] Em outras modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o nível dos biomarcadores é medido pela determinação do nível de mRNA do biomarcador.
[0435] Em ainda outras modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o nível dos biomarcadores é medido pela determinação do nível de cDNA do biomarcador.
[0436] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o composto de tratamento é um composto descrito na Seção 5.7 abaixo.
[0437] Em algumas modalidades, o composto de tratamento é o Composto 1 e o câncer é MM. Em algumas modalidades, o composto de tratamento é o Composto 2 e o câncer é MM. Em outras modalidades, o composto de tratamento é o Composto 3 e o câncer é MM.
[0438] Em algumas modalidades, a capacidade de resposta de um paciente ou sujeito ou a eficácia de um tratamento é determinada pela sobrevivência geral (OS), taxa de remissão completa (CRR), taxa de resposta objetiva (ORR),
tempo de progressão, sobrevivência livre de recidiva (RFS), sobrevivência livre de progressão (PFS) sobrevivência livre de eventos, duração da remissão, duração da resposta e/ou tempo para remissão/resposta de um paciente com câncer. Em uma modalidade, o câncer é um câncer hematológico. Em certas modalidades, a ORR inclui todas as respostas de remissão completa (CR) (ou seja, estado livre de leucemia morfológica, CR morfológica, CR citogenética, CR molecular e CR morfológica com recuperação incompleta de sangue) e remissão parcial.
[0439] Em outras modalidades, os vários métodos fornecidos neste documento são para aumentar a sobrevivência geral (OS), taxa de remissão completa (CRR), taxa de resposta objetiva (ORR), tempo de progressão, sobrevivência livre de recidiva (RFS), sobrevivência livre de progressão (PFS) sobrevivência livre de eventos, duração da remissão, duração da resposta e/ou tempo para remissão/resposta de um paciente com câncer, por exemplo, um câncer hematológico.
[0440] Em outras modalidades fornecidas neste documento, é o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3 para uso em qualquer um dos métodos fornecidos neste documento.
5.3 Métodos de Detecção e Quantificação de Biomarcadores
[0441] Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de detecção e quantificação do nível de proteína do biomarcador, como CRBN, uma proteína que é direta ou indiretamente afetada por CRBN, ou uma proteína que indica uma resposta farmacodinâmica (PD) (por exemplo, BCMA solúvel) ao Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, a partir de uma amostra biológica, compreendendo o contato de proteínas dentro da amostra com um primeiro anticorpo que se liga imunoespecificamente à proteína biomarcadora. Em algumas modalidades, os métodos fornecidos neste documento compreendem ainda (i) o contato da proteína biomarcadora ligada ao primeiro anticorpo com um segundo anticorpo com um marcador detectável, em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente à proteína biomarcadora e em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente a um epítopo diferente na proteína biomarcadora do primeiro anticorpo; (ii) detectar a presença do segundo anticorpo ligado à proteína biomarcadora; e (iii) determinar a quantidade da proteína biomarcadora com base na quantidade de marcador detectável no segundo anticorpo. Em outras modalidades, os métodos fornecidos neste documento compreendem ainda (i) contatar a proteína biomarcadora ligada ao primeiro anticorpo com um segundo anticorpo com um marcador detectável, em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente ao primeiro anticorpo; (ii) detectar a presença do segundo anticorpo ligado ao primeiro anticorpo; e (iii) determinar a quantidade da proteína biomarcadora com base na quantidade de marcador detectável no segundo anticorpo.
[0442] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o método compreende o uso de imuno-histoquímica de coloração dupla para determinar o nível de um biomarcador, como CRBN ou uma proteína que é direta ou indiretamente afetada por CRBN. Em um ensaio de imuno- histoquímica de coloração dupla, um biomarcador fornecido neste documento e outro biomarcador de câncer são simultaneamente detectados usando um primeiro anticorpo marcado direcionado a um biomarcador fornecido neste documento e um segundo anticorpo marcado direcionado a um biomarcador de câncer. Tal ensaio pode melhorar a especificidade, precisão e sensibilidade para detectar e medir um biomarcador fornecido neste documento. Em algumas modalidades, o biomarcador de câncer é um biomarcador de MM.
[0443] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o método compreende o sequenciamento de DNA. Por exemplo,
em algumas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, bem como métodos de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento. Pacientes que são resistentes ao tratamento inicial com um composto modulador de cereblon podem ter uma mutação no CRBN. É importante ressaltar que, como mostrado nos Exemplos, as células que são resistentes a moduladores de cereblon, como lenalidomida ou pomalidomida, podem ainda ser sensíveis ao Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Portanto, em algumas modalidades, o método compreende o sequenciamento do DNA de CRBN para mutações para identificar um sujeito com mieloma múltiplo que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 1. Em algumas modalidades, o método compreende o sequenciamento do DNA de CRBN para mutações para identificar um sujeito com mieloma múltiplo que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto
2. Em algumas modalidades, o método compreende o sequenciamento do DNA de CRBN para mutações para identificar um sujeito com mieloma múltiplo que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 3. Em outras modalidades, o método compreende o sequenciamento do DNA de CRBN para mutações para prever a resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 1. Em outras modalidades, o método compreende o sequenciamento do DNA de CRBN para mutações para prever a resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 2. Em outras modalidades, o método compreende o sequenciamento do DNA de CRBN para mutações para prever a resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 3.
[0444] Em algumas modalidades, os métodos fornecidos neste documento são para detectar a ativação de células T. Em algumas modalidades, o DNA do TCR pode ser sequenciado após o tratamento com Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. A ativação de células T pode resultar na expansão clonal de uma população de células T com um rearranjo de gene específico de seus TCR. Os rearranjos podem ser determinados por sequenciamento de DNA. Portanto, em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o biomarcador do método é a clonalidade de TCR e a clonalidade de TCR é medida por sequenciamento de DNA do TCR.
[0445] Assim, em algumas modalidades, o método fornecido neste documento compreende (i) o contato de proteínas dentro de uma amostra com um primeiro anticorpo que se liga imunoespecificamente a um biomarcador fornecido neste documento, o primeiro anticorpo sendo acoplado a um primeiro marcador detectável; (ii) contatar as proteínas dentro da amostra com um segundo anticorpo que se liga imunoespecificamente a um biomarcador de câncer, o segundo anticorpo sendo acoplado a um segundo marcador detectável; (iii) detectar a presença do primeiro anticorpo e do segundo anticorpo ligado às proteínas; e (iv) determinar o nível do biomarcador fornecido neste documento com base na quantidade de marcador detectável no primeiro anticorpo e determinar o nível do biomarcador de câncer com base na quantidade de marcador detectável no segundo anticorpo. Em algumas modalidades, o biomarcador de câncer é um biomarcador de MM.
[0446] Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de detecção e quantificação do nível de proteína de um biomarcador, como Aiolos ou Ikaros, ou qualquer outro biomarcador fornecido neste documento, a partir de uma amostra biológica, compreendendo (i) o contato da proteína biomarcadora com um primeiro anticorpo; (ii) contatar a proteína biomarcadora ligada ao primeiro anticorpo com um segundo anticorpo com um marcador detectável, em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente ao primeiro anticorpo; (iii) detectar a presença do segundo anticorpo ligado em um complexo com a proteína biomarcadora; e (iv) determinar a quantidade de proteína biomarcadora com base na quantidade de marcador detectável no segundo anticorpo usando citometria de fluxo (por exemplo FACS). É ainda entendido que a detecção e quantificação do nível de proteína do biomarcador, como Aiolos ou Ikaros, pode ser realizada em células cancerosas e não cancerosas (por exemplo, células T CD3 +). Por exemplo, a expressão de Aiolos e/ou Ikaros pode ser medida por citometria de fluxo em células T CD3 + antes, durante e/ou após o tratamento com Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em algumas modalidades, o biomarcador de câncer é um biomarcador MM. Em algumas modalidades, o biomarcador é CTC.
[0447] Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de avaliação da expressão do biomarcador, como CRBN, Aiolos, Ikaros, ZFP91, c- Myc, IRF4, c-Caspase-3, bem como TILs, a partir de uma amostra biológica, compreendendo (i) coleta de amostras de aspirado de medula óssea antes, durante e/ou após o tratamento com Composto 1, Composto 2 ou Composto 3; (ii) geração de coágulos de cada amostra; (iii) fixação dos coágulos, por exemplo, em formalina; (iv) incorporação do coágulo em parafina ou meio de crioinclusão (por exemplo, OCT); (v) seccionar as amostras incorporadas para imunocoloração; (vi) realização de imunohistoquímica (IHC) nas seções; (vii) visualização das amostras coradas por microscopia; e (viii) avaliação da expressão do biomarcador.
[0448] Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de detecção e quantificação de linfócitos infiltrantes de tumor (TILs) como um biomarcador de uma amostra biológica, compreendendo; (i) coloração de uma amostra histológica com hematoxilina e eosina (H&E); (ii) visualizar TILs usando microscópio de luz; (iii) detecção de TILs com base na morfologia e coloração; (iv) determinar o nível dos TILs com base na quantidade de coloração de linfócitos dentro (ou seja, infiltrando) no tumor.
[0449] Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de detecção e quantificação do nível de RNA (por exemplo, mRNA, RNA total ou RNA pequeno) de um biomarcador, como CRBN ou um biomarcador fornecido neste documento, a partir de uma amostra biológica, compreendendo: (a) obtenção de RNA da amostra; (b) colocar o RNA em contato com um primer que se liga especificamente a uma sequência no RNA para gerar uma primeira molécula de DNA possuindo uma sequência complementar ao referido RNA (ou seja, cDNA); (c) amplificar o cDNA correspondente a um segmento de um gene que codifica o biomarcador; e (d) determinar o nível de RNA do biomarcador com base na quantidade de DNA amplificado. Em algumas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de sequenciamento do RNA (RNA-seq) de um biomarcador de uma amostra biológica, compreendendo: (a) isolar o RNA de uma amostra; (b) esgotamento do RNA ribossomal (rRNA), enriquecimento para RNA com caudas poliadeniladas 3' (poli (A)), ambas ou nenhuma; (c) transcrição reversa do RNA em cDNA; e (d) sequenciamento do cDNA. Em algumas modalidades, o (s) biomarcador (es) são avaliados em combinação com outro (s) biomarcador (es) fornecido (s) neste documento, tais como clonalidade de Aiolos, Ikaros, CRBN, ZFP91, c-MYC, IRF4, c-Caspase 1, c-Caspase-3, c -Caspase 7, PARP clivada, survivina, BIM, sFLC, p21, p27, pRB1, BCMA solúvel, CTCs, TILs, IL- 2, IFNγ, TNFα e TCR.
[0450] Em certas modalidades, são fornecidos neste documento métodos de detecção e quantificação de um ou mais biomarcadores que têm uma função na apoptose. É bem conhecido dos versados na técnica que existem vários métodos para detectar a apoptose. Um método envolve a detecção de fragmentação de DNA, que é uma marca registrada da apoptose. A marcação terminal de desoxinucleotidil transferase dUTP nick end (TUNEL) é um método estabelecido para a detecção de fragmentos de DNA. Portanto, em certas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o biomarcador tem uma função na apoptose e o nível do biomarcador é medido por marcação terminal de desoxinucleotidil transferase dUTP nick end (TUNEL).
[0451] Um dos eventos anteriores de apoptose inclui a translocação da membrana fosfatidilserina (PS) do lado interno da membrana plasmática para a superfície. A anexina V, uma proteína de ligação a fosfolipídios dependente de Ca2+, tem alta afinidade para PS, e a anexina V marcada com fluorocromo pode ser usada para a detecção de PS exposto usando citometria de fluxo. O uso de agentes intercalantes fluorescentes que se ligam ao DNA pode facilitar ainda mais a discriminação entre células apoptóticas precoces e células apoptóticas em estágio avançado. As células que são células apoptóticas em estágio inicial irão excluir os agentes intercalantes fluorescentes, como 7-amino-actinomicina D (7-AAD) e iodeto de propídio (PI), enquanto células apoptóticas em estágio avançado irão corar positivamente, devido à passagem desses corantes no núcleo onde se ligam ao DNA. 7-AAD e PI têm uma alta constante de ligação ao DNA e são excluídos de forma eficiente por células intactas. Assim, em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o biomarcador tem uma função na apoptose e o nível do biomarcador é medido pela anexina-V e 7-AAD. Em outras modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o biomarcador tem uma função na apoptose e o nível do biomarcador é medido por anexina-V e iodeto de propídio (PI).
[0452] Em certas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, as duas ou mais das etapas são realizadas sequencialmente. Em outras modalidades dos métodos fornecidos neste documento, duas ou mais etapas são realizadas em paralelo (por exemplo, ao mesmo tempo).
[0453] Ensaios exemplificativos fornecidos neste documento para os métodos de detecção e quantificação do nível de proteína de um biomarcador, como Aiolos, Ikaros, CRBN, c-MYC, IRF4, clivada-Caspase-3, BCMA solúvel (sBCMA), FLC solúvel (sFLC), citocinas associadas a células T ativadas, ou uma combinação destas, são imunoensaios, como análise de western blot, ensaio de imunoabsorção enzimática (ELISA) (por exemplo, um sanduíche ELISA), imunohistoquímica (IHC) e classificação de células ativadas por fluorescência (FACS). A título de exemplo, em algumas modalidades, as amostras de soro podem ser coletadas antes, durante e/ou após o tratamento com Composto 1, Composto 2 ou Composto 3, e sBCMA pode ser medido por ELISA. Um ensaio exemplificativo fornecido neste documento para os métodos de detecção e quantificação do nível de RNA de um biomarcador, como Aiolos, Ikaros, CRBN, c-MYC, IRF4, citocinas associadas a células T ativadas ou uma combinação destes, são polimerase de transcrição reversa reação em cadeia (RT-PCR), por exemplo, RT-PCR quantitativo (qRT-PCR) e RNA-Seq.
5.4. Sujeitos, amostras e tipos de células
[0454] Em certas modalidades, os vários métodos fornecidos neste documento usam amostras (por exemplo, amostras biológicas) de sujeitos ou indivíduos (por exemplo, pacientes). O sujeito pode ser um paciente, como um paciente com câncer (por exemplo, mieloma múltiplo). O sujeito pode ser um mamífero, por exemplo, um humano. O sujeito pode ser homem ou mulher e pode ser um adulto, uma criança ou um bebê. As amostras podem ser analisadas em um momento durante a fase ativa de um câncer (por exemplo, MM) ou quando o câncer (por exemplo, MM) está inativo. Em certas modalidades, mais de uma amostra de um sujeito pode ser obtida.
[0455] Em certas modalidades, a amostra usada nos métodos fornecidos neste documento compreende fluidos corporais de um sujeito. Exemplos não limitativos de fluidos corporais incluem sangue (por exemplo, sangue total), plasma sanguíneo, fluido amniótico, humor aquoso, bile, medula óssea, cerúmen, fluido de cowper, fluido pré-ejaculatório, quilo, quimo, ejaculação feminina, fluido intersticial, linfa, menstruação, leite materno, muco, líquido pleural, pus, saliva, sebo, sêmen, soro, suor, lágrimas, urina, lubrificação vaginal, vômito, água, fezes, fluidos corporais internos (incluindo líquido cefalorraquidiano em torno do cérebro e da medula espinhal), líquido sinovial, líquido intracelular (o líquido dentro das células) e humor vítreo (o líquido no globo ocular). Em algumas modalidades, a amostra é uma amostra de sangue. A amostra de sangue pode ser obtida usando técnicas convencionais conforme descrito em, por exemplo, Innis et al., Eds., PCR Protocols (Academic Press, 1990). Os glóbulos brancos podem ser separados das amostras de sangue usando técnicas convencionais ou kits disponíveis comercialmente, por exemplo, o kit RosetteSep (Stein Cell Technologies, Vancouver, Canadá). Subpopulações de células brancas do sangue, por exemplo, células mononucleares, células B, células T, monócitos, granulócitos ou linfócitos, podem ser ainda isoladas usando técnicas convencionais, por exemplo, classificação de células magneticamente ativadas (MACS) (Miltenyi Biotec, Auburn, Califórnia) ou triagem de células ativadas por fluorescência (FACS) (Becton Dickinson, San Jose, Califórnia).
[0456] Em uma modalidade, a amostra de sangue é de cerca de 0,1 mL a cerca de 10,0 mL, de cerca de 0,2 mL a cerca de 7 mL, de cerca de 0,3 mL a cerca de 5 mL, de cerca de 0,4 mL a cerca de 3,5 mL, ou de cerca de 0,5 mL a cerca de 3 mL. Em outra modalidade, a amostra de sangue é de cerca de 0,3, cerca de 0,4,
cerca de 0,5, cerca de 0,6, cerca de 0,7, cerca de 0,8, cerca de 0,9, cerca de 1,0, cerca de 1,5, cerca de 2,0, cerca de 2,5, cerca de 3,0, cerca de 3,5, cerca de 4,0, cerca de 4,5, cerca de 5,0, cerca de 6,0, cerca de 7,0, cerca de 8,0, cerca de 9,0 ou cerca de 10,0 mL.
[0457] Em algumas modalidades, a amostra de sangue é retirada para um tubo TruCulture contendo anticorpo anti-CD3 para um ensaio de ativação de células T ex vivo.
[0458] Em algumas modalidades, a amostra de medula óssea é de cerca de 0,1 mL a cerca de 10,0 mL, de cerca de 0,2 mL a cerca de 7 mL, de cerca de 0,3 mL a cerca de 5 mL, de cerca de 0,4 mL a cerca de 3,5 mL, ou de cerca de 0,5 mL a cerca de 3 mL. Em outra modalidade, a amostra de sangue é de cerca de 0,3, cerca de 0,4, cerca de 0,5, cerca de 0,6, cerca de 0,7, cerca de 0,8, cerca de 0,9, cerca de 1,0, cerca de 1,5, cerca de 2,0, cerca de 2,5, cerca de 3,0, cerca de 3,5, cerca de 4,0, cerca de 4,5, cerca de 5,0, cerca de 6,0, cerca de 7,0, cerca de 8,0, cerca de 9,0 ou cerca de 10,0 mL.
[0459] Em algumas modalidades, a amostra usada nos presentes métodos compreende uma biópsia (por exemplo, uma biópsia de tumor). A biópsia pode ser de qualquer órgão ou tecido, por exemplo, pele, fígado, pulmão, coração, cólon, rim, medula óssea, dentes, nódulo linfático, cabelo, baço, cérebro, mama ou outros órgãos. Qualquer técnica de biópsia conhecida por aqueles versados na técnica pode ser usada para isolar uma amostra de um sujeito, por exemplo, biópsia aberta, biópsia fechada, biópsia central, biópsia incisional, biópsia excisional ou biópsia aspirativa por agulha fina.
[0460] Em uma modalidade, a amostra usada nos métodos fornecidos neste documento é obtida do sujeito antes de o sujeito receber um tratamento para a doença ou distúrbio. Em algumas modalidades, a amostra é obtida do sujeito após receber tratamento com uma terapia diferente do Composto 1,
Composto 2 ou Composto 3, e antes do sujeito receber um tratamento com o Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em uma modalidade específica, a amostra é obtida do sujeito após a doença ter recaída ou o paciente é refratário a uma terapia diferente do Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em outra modalidade, a amostra é obtida do sujeito durante a recepção do sujeito um tratamento para a doença ou distúrbio. Em outra modalidade, a amostra é obtida do sujeito após o sujeito receber um tratamento para a doença ou distúrbio. Em várias modalidades, o tratamento compreende a administração de um composto (por exemplo, Composto 1, Composto 2 ou Composto 3) ao sujeito.
[0461] Em certas modalidades, a amostra usada nos métodos fornecidos neste documento compreende uma pluralidade de células, como células cancerosas (por exemplo, MM). Essas células podem incluir qualquer tipo de células, por exemplo, células-tronco, células sanguíneas (por exemplo, células mononucleares do sangue periférico (PBMC)), linfócitos, células B, células T, monócitos, granulócitos, células do sistema imunológico ou células cancerosas.
[0462] Populações de células específicas podem ser obtidas usando uma combinação de anticorpos disponíveis comercialmente (por exemplo, anticorpos da Quest Diagnostic (San Juan Capistrano, Califórnia) ou Dako (Dinamarca)).
[0463] Em certas modalidades, as células nos métodos fornecidos neste documento são PBMC. Em certas modalidades, a amostra usada nos métodos fornecidos neste documento é de um tecido de doença, por exemplo, de um indivíduo com câncer (por exemplo, MM).
[0464] Em certas modalidades, as linhagens celulares são usadas como modelos de doença para avaliar os efeitos dos compostos, estudar mecanismos de ação ou estabelecer níveis de referência de biomarcadores, etc. Em algumas modalidades, as células utilizadas nos métodos fornecidos neste documento são de uma linhagem celular de câncer (por exemplo, MM). Em uma modalidade, a linhagens celulares MM é a linhagem celular DF15. Em outra modalidade, a linhagem celular MM é a linhagem celular DF15 tornada resistente a lenalidomida e pomalidomida (DF15R). Em outra modalidade, a linhagem celular MM é NCI-H929. Em outra modalidade, a linhagem celular MM é NCI-H929 tornada resistente à lenalidomida (NCI-H929-1051). Em outra modalidade, a linhagem celular MM é NCI-H929 tornada resistente a pomalidomida (NCI-H929- P01). Em outra modalidade, a linhagem celular MM é OPM2. Em outra modalidade, a linhagem celular MM é a linhagem celular OPM2 tornada resistente a 100 nM de pomalidomida (OPM2-P01). Em outra modalidade, a linhagem celular MM é a linhagem celular OPM2 tornada resistente a 1 µM de pomalidomida (OPM2-P1). Em outra modalidade, a linhagem celular MM é a linhagem celular OPM2 tornada resistente a 10 µM de pomalidomida (OPM2- P10).
[0465] Em certas modalidades, os métodos fornecidos neste documento são úteis para detectar o rearranjo gênico em células de um indivíduo. Em algumas modalidades, os métodos fornecidos neste documento são úteis para detectar o rearranjo do gene TCR após o tratamento com Composto 1, Composto 2 ou Composto 3. Em certas modalidades, o número de células utilizadas nos métodos fornecidos neste documento pode variar de uma única célula a cerca de 109 células. Em algumas modalidades, o número de células usadas nos métodos fornecidos neste documento é de cerca de 1 x 104, cerca de 5 x 104, cerca de 1 x 105, cerca de 5 x 105, cerca de 1 x 106, cerca de 5 x 106, cerca de 1 x 107, cerca de 5 x 107, cerca de 1 x 108, cerca de 5 x 108, ou cerca de 1 x 109.
[0466] O número e o tipo de células coletadas de um sujeito podem ser monitorados, por exemplo, medindo mudanças nos marcadores de superfície celular usando técnicas de detecção de células padrão, como citometria de fluxo,
classificação de células, imunocitoquímica (por exemplo, coloração com tecido específico ou específico de marcador de célula anticorpos), classificação de células ativadas por fluorescência (FACS), classificação magnética de células ativadas (MACS), avaliação de seções de tumor coradas por hematoxilina e eosina (H&E), exame da morfologia das células usando microscopia de luz ou confocal e/ou medição de alterações na expressão de genes usando técnicas bem conhecidas na técnica, tais como PCR e perfil de expressão de genes. Essas técnicas também podem ser usadas para identificar células que são positivas para um ou mais marcadores específicos.
[0467] Em certas modalidades, subconjuntos de células são usados nos métodos fornecidos neste documento. Os métodos de classificação e isolamento de populações de células específicas são bem conhecidos na técnica e podem ser baseados no tamanho da célula, morfologia, coloração de H&E, marcadores intracelulares ou marcadores extracelulares. Tais métodos incluem, mas não estão limitados a, citometria de fluxo, classificação de fluxo, FACS, separação baseada em grânulos, como classificação magnética de células, separação baseada em tamanho (por exemplo, uma peneira, uma série de obstáculos ou um filtro), coloração H&E, classificação em um dispositivo de microfluídica, separação baseada em anticorpos, sedimentação, adsorção por afinidade, extração por afinidade, centrifugação por gradiente de densidade, microdissecção de captura a laser, etc. A classificação de células ativadas por fluorescência (FACS) é um método bem conhecido para separar partículas, incluindo células, com base nas propriedades fluorescentes das partículas (Kamarch, Methods Enzymol. 1987, 151: 150-165). A excitação por laser de frações fluorescentes nas partículas resulta em carga elétrica pequena permitindo a separação eletromagnética de partículas positivas e negativas a partir de uma mistura. Em uma modalidade, anticorpos ou ligantes específicos para marcadores de superfície celular são marcados com marcadores fluorescentes distintos. As células são processadas por meio do classificador de células, permitindo a separação das células com base em sua capacidade de se ligarem aos anticorpos usados. Partículas classificadas por FACS podem ser depositadas diretamente em poços individuais de placas de 96 poços ou 384 poços para facilitar a separação e clonagem.
[0468] Em uma modalidade, DNA, RNA (por exemplo, mRNA) ou proteína é purificado de uma amostra, e a presença ou ausência de um biomarcador é medida analisando a sequência de DNA ou RNA, expressão gênica ou expressão proteica. Em certas modalidades, a presença ou ausência de um biomarcador é medida por Sequenciamento de Próxima Geração (NGS), sequenciamento de RNA (RNA-seq), hibridização fluorescente in situ (FISH), PCR quantitativo em tempo real (qRT-PCR), microarranjo, citometria de fluxo, imuno-histoquímica ou imunofluorescência. Em outras modalidades, a presença ou ausência de um biomarcador é medida por ELISA ou outros métodos semelhantes conhecidos na técnica.
5.5 Métodos de detecção de níveis de mRNA em uma amostra
[0469] Vários métodos de análise, detecção ou quantificação dos níveis de mRNA são conhecidos na técnica. Métodos exemplificativos incluem, mas não estão limitados a, Northern blots, RNA-seq, ensaios de proteção de ribonuclease, métodos baseados em PCR e semelhantes. A sequência de mRNA de um biomarcador (por exemplo, o mRNA de CRBN ou uma proteína que é direta ou indiretamente afetada por CRBN, ou um fragmento deste) pode ser usada para preparar uma sonda que é pelo menos parcialmente complementar à sequência de mRNA. A sonda pode então ser usada para detectar o mRNA em uma amostra, usando qualquer ensaio adequado, como métodos baseados em PCR, Northern blotting, um ensaio com vareta e semelhantes.
[0470] Em outras modalidades, um ensaio de ácido nucleico para testar a atividade do composto em uma amostra biológica pode ser preparado. Um ensaio contém tipicamente um suporte sólido e pelo menos um ácido nucleico em contato com o suporte, onde o ácido nucleico corresponde a pelo menos uma porção de um mRNA que alterou a expressão durante um tratamento de composto em um paciente, como o mRNA de um biomarcador (por exemplo, CRBN ou uma proteína que é direta ou indiretamente afetada por CRBN). O ensaio também pode ter um meio para detectar a expressão alterada do mRNA na amostra.
[0471] O método de ensaio pode ser variado dependendo do tipo de informação de mRNA desejada. Métodos exemplificativos incluem, mas não estão limitados a Northern blots e métodos baseados em PCR (por exemplo, qRT- PCR). Métodos como qRT-PCR também podem quantificar com precisão a quantidade de mRNA em uma amostra.
[0472] Qualquer plataforma de ensaio adequada pode ser usada para determinar a presença de mRNA em uma amostra. Por exemplo, um ensaio pode ser na forma de uma vareta, uma membrana, um chip, um disco, uma tira de teste, um filtro, uma microesfera, uma lâmina, uma placa de múltiplos poços ou uma fibra óptica. Um sistema de ensaio pode ter um suporte sólido no qual um ácido nucleico correspondente ao mRNA é anexado. O suporte sólido pode compreender, por exemplo, um plástico, silício, um metal, uma resina, vidro, uma membrana, uma partícula, um precipitado, um gel, um polímero, uma folha, uma esfera, um polissacarídeo, um capilar, um filme, um prato ou um slide. Os componentes do ensaio podem ser preparados e empacotados juntos como um kit para detectar um mRNA.
[0473] O ácido nucleico pode ser marcado, se desejado, para fazer uma população de mRNAs marcados. Em geral, uma amostra pode ser marcada usando métodos que são bem conhecidos na técnica (por exemplo, usando DNA ligase, transferase terminal ou marcando a estrutura principal do RNA, etc.). Ver, por exemplo, Ausubel et al., Short Protocols in Molecular Biology (Wiley & Sons, 3rd ed. 1995); Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor, N.Y., 3rd ed. 2001). Em algumas modalidades, a amostra é marcada com marcador fluorescente. Os corantes fluorescentes exemplificativos incluem, mas não estão limitados a, corantes de xanteno, corantes de fluoresceína (por exemplo, isotiocianato de fluoresceína (FITC), 6- carboxifluoresceína (FAM), 6 carboxi-2',4',7',4,7-hexaclorofluoresceína (HEX), 6- carboxi-4',5'-dicloro-2',7'-dimetoxifluoresceína (JOE)), corantes de rodamina (por exemplo, rodamina 110 (R110), N,N,N',N'-tetrametil-6-carboxirodamina (TAMRA), 6-carboxi-X-rodamina (ROX), 5-carboxirodamina 6G (R6G5 ou G5), 6- carboxirodamina 6G (R6G6 ou G6)), corantes de cianina (por exemplo, Cy3, Cy5 e Cy7), Corantes Alexa (por exemplo, Alexa-fluor-555), cumarina, dietilaminocumarina, umbeliferona, corantes de benzimida (por exemplo, Hoechst 33258), corantes de fenantridina (por exemplo, Texas Red), corantes de etídio, corantes de acridina, corantes de carbazol, corantes de fenoxazina, corantes, corantes polimetina, corantes BODIPY, corantes quinolina, Pireno, Fluoresceína Clorotriazinil, corantes eosina, Tetrametilrodamina, Lissamina, Naftofluoresceína e semelhantes.
[0474] Em algumas modalidades, as sequências de mRNA compreendem pelo menos um mRNA de um biomarcador fornecido neste documento. Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em mRNA de CRBN, IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-MYC, IRF4, p21, p27, pRb1, Caspase-1, Caspase-3, Caspase-7, PARP, survivina, BIM, IL-2, TNFα, IFNγ ou um fragmento deste.
[0475] Em uma modalidade, o biomarcador é selecionado a partir do grupo que consiste no mRNA de CRBN, IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-MYC, IRF4, p21, p27, pRb1, Caspase-1, Caspase-3, Caspase-7, PARP, survivina, BIM, IL-2, TNFα, IFNγ ou um fragmento deste. Em uma modalidade, o mRNA é mRNA de CRBN. Em outra modalidade, o mRNA é mRNA de IKZF1. Em ainda outra modalidade, o mRNA é mRNA de IKZF3. Em outra modalidade, o mRNA é mRNA de c-MYC. Em ainda outra modalidade, o mRNA é mRNA de IRF4. Em algumas modalidades, o mRNA é ZFP91. Em algumas modalidades, o mRNA é p21. Em algumas modalidades, o mRNA é p27. Em algumas modalidades, o mRNA é pRb1. Em algumas modalidades, o mRNA é Caspase-1. Em algumas modalidades, o mRNA é Caspase-3. Em algumas modalidades, o mRNA é Caspase-7. Em algumas modalidades, o mRNA é PARP. Em algumas modalidades, o mRNA é survivina. Em algumas modalidades, o mRNA é BIM. Em algumas modalidades, o mRNA é IL-2. Em algumas modalidades, o mRNA é TNFα. Em algumas modalidades, o mRNA é IFNγ. Os ácidos nucleicos podem estar presentes em locais específicos endereçáveis em um suporte sólido, cada um correspondendo a pelo menos uma porção das sequências de mRNA que são diferencialmente expressas após o tratamento de um composto em uma célula ou um paciente.
[0476] Em algumas modalidades, o biomarcador é a pluralidade de sequências de mRNA que são expressas diferencialmente após o tratamento com um composto em uma célula ou paciente, em relação ao tratamento com um controle. Em algumas modalidades, o biomarcador é a pluralidade de sequências de mRNA que são expressas diferencialmente entre duas populações de células diferentes após o tratamento com um composto. Em algumas modalidades, o biomarcador é a pluralidade de sequências de mRNA que são diferencialmente expressas entre células CD138 + e células CD138 - em resposta ao tratamento com Composto 1, Composto 2 ou Composto 3.
[0477] Um método de ensaio de mRNA típico pode conter as etapas de 1)
obtenção de sondas do sujeito ligado à superfície; 2) hibridizar uma população de mRNAs com as sondas ligadas à superfície em condições suficientes para fornecer uma ligação específica; (3) lavagem pós-hibridização para remover ácidos nucleicos não especificamente ligados às sondas ligadas à superfície; e (4) detectar os mRNAs hibridizados. Os reagentes usados em cada uma dessas etapas e suas condições de uso podem variar dependendo da aplicação particular.
[0478] A hibridação pode ser realizada em condições de hibridação adequadas, que podem variar em rigor conforme desejado. As condições típicas são suficientes para produzir complexos sonda/alvo em uma superfície sólida entre os membros de ligação complementares, ou seja, entre as sondas do sujeito ligado à superfície e mRNAs complementares em uma amostra. Em certas modalidades, podem ser empregadas condições de hibridização rigorosas.
[0479] A hibridação é tipicamente realizada em condições de hibridização rigorosas. Técnicas de hibridização padrão (por exemplo, sob condições suficientes para fornecer ligação específica de mRNAs alvo na amostra para as sondas) são descritas em Kallioniemi et al., Science 1992, 258: 818-821 e Publicação de Pedido de Patente Internacional N° WO 93/18186. Vários guias para técnicas gerais estão disponíveis, por exemplo, Tijssen, Hybridization with Nucleic Acid Probes, Partes I e II (Elsevier, Amsterdam 1993). Para descrições de técnicas adequadas para hibridizações in situ, consulte Gall et al., Meth. Enzymol. 1981, 21: 470-480; Angerer et al., Genetic Engineering: Principles and Methods, Vol 7, págs 43-65 (Plenum Press, New York, Setlow e Hollaender, eds. 1985). A seleção de condições apropriadas, incluindo temperatura, concentração de sal, concentração de polinucleotídeo, tempo de hibridização, rigor das condições de lavagem e semelhantes dependerá do projeto experimental, incluindo fonte de amostra, identidade de agentes de captura, grau de complementaridade esperado, etc. pode ser determinada como uma questão de experimentação de rotina para aqueles versados na técnica.
[0480] Aqueles versados na técnica reconhecerão facilmente que as condições de hibridização e de lavagem alternativas, mas comparáveis podem ser utilizadas para proporcionar condições de rigor semelhante.
[0481] Após o procedimento de hibridização de mRNA, os polinucleotídeos ligados à superfície são tipicamente lavados para remover os ácidos nucleicos não ligados. A lavagem pode ser realizada usando qualquer protocolo de lavagem conveniente, onde as condições de lavagem são tipicamente rigorosas, como descrito acima. A hibridização dos mRNAs alvo para as sondas é então detectada usando técnicas padrão.
[0482] Outros métodos, como métodos baseados em PCR, também podem ser usados para detectar a expressão de CRBN ou de uma proteína que é direta ou indiretamente afetada por CRBN. Exemplos de métodos de PCR podem ser encontrados na Patente US Nº 6.927.024, que é incorporada neste documento por referência em sua totalidade. Exemplos de métodos de RT-PCR podem ser encontrados na Patente US. N° 7.122.799, que é incorporada neste documento por referência em sua totalidade. Um método de PCR fluorescente in situ é descrito na Patente US N° 7.186.507, que é incorporada neste documento por referência na sua totalidade.
[0483] Em algumas modalidades, a transcrição reversa quantitativa-PCR (qRT-PCR) pode ser usada para a detecção e quantificação de alvos de RNA (Bustin et al., Clin. Sci. 2005, 109: 365-379). Os resultados quantitativos obtidos por qRT-PCR são geralmente mais informativos do que os dados qualitativos. Assim, em algumas modalidades, os ensaios baseados em qRT-PCR podem ser úteis para medir os níveis de mRNA durante os ensaios baseados em células. O método qRT-PCR também é útil para monitorar a terapia do paciente. Exemplos de métodos baseados em qRT-PCR podem ser encontrados na Patente US. N°
7.101.663, que é incorporada neste documento por referência em sua totalidade.
[0484] Em contraste com a transcriptase reversa normal-PCR e análise por géis de agarose, qRT-PCR dá resultados quantitativos. Uma vantagem adicional do qRT-PCR é a relativa facilidade e conveniência de uso. Instrumentos para qRT- PCR, como o Applied Biosystems 7500, estão disponíveis comercialmente, assim como os reagentes, como TaqMan® Sequence Detection Chemistry. Por exemplo, os Ensaios de Expressão Gênica TaqMan® podem ser usados, seguindo as instruções do fabricante. Esses kits são ensaios de expressão gênica pré- formulados para detecção e quantificação rápida e confiável de transcritos de mRNA de humanos, camundongos e ratos. Um programa qRT-PCR exemplificativo, por exemplo, é 50 ºC durante 2 minutos, 95 ºC durante 10 minutos, 40 ciclos de 95 ºC durante 15 segundos, a seguir 60 ºC durante 1 minuto.
[0485] Para determinar o número do ciclo no qual o sinal de fluorescência associado a um acúmulo de amplicon específico cruza o limite (referido como CT), os dados podem ser analisados, por exemplo, usando software 7500 Real- Time PCR System Sequence Detection versus usando o método de cálculo de quantificação relativa de CT comparativo. Usando este método, a saída é expressa como uma alteração dos níveis de expressão. Em algumas modalidades, o nível de limite pode ser selecionado para ser determinado automaticamente pelo software. Em algumas modalidades, o nível de limite é definido para estar acima da linha de base, mas suficientemente baixo para estar dentro da região de crescimento exponencial de uma curva de amplificação.
[0486] Em algumas modalidades, a expressão de mRNA é determinada pelo sequenciamento do RNA (RNA-Seq). As técnicas para RNA-Seq são bem conhecidas dos versados na técnica e os métodos são descritos em Waern et al., Methods Mol Biol., 2011, 759: 125-132; Wilhelm et al., Nature Protocols, 2010, 5 (2): 255-66; e Hoeijmakers et al., Methods Mol Biol., 2013, 923: 221-39. Resumidamente, um método típico de RNA-seq pode conter a etapa de (1) isolamento de RNA; (2) esgotamento do RNA ribossomal; (3) síntese de cDNA; e (4) sequenciamento de cDNA por sequenciamento Next-Gen.
5.6 Métodos de detecção de níveis de polipeptídeo ou proteína em uma amostra
[0487] Vários métodos de detecção e quantificação de proteínas podem ser usados para medir o nível de um biomarcador, como o CRBN, ou uma proteína que é direta ou indiretamente afetada pelo CRBN, como Aiolos e Ikaros. Qualquer método de quantificação de proteína adequado pode ser usado. Em algumas modalidades, métodos baseados em anticorpos são usados. Métodos exemplificativos que podem ser usados incluem, mas não estão limitados a, imunoblotting (Western blot), ELISA, imunohistoquímica, citometria de fluxo, classificação de células ativadas por fluorescência (FACS), matriz de esferas de citometria, espectroscopia de massa e semelhantes. Vários tipos de ELISA são comumente usados, incluindo ELISA direto, ELISA indireto e ELISA sanduíche.
[0488] Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste nas proteínas de CRBN, IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-MYC, IRF4, p21, p27, pRb1, Caspase-1, Caspase-3, Caspase-7, PARP, survivina, BIM, IL-2, TNFα, IFNγ, BCMA solúvel, cadeia leve lambda livre e cadeia leve kappa livre. Em certas modalidades, o biomarcador é uma proteína que é direta ou indiretamente afetada pelo CRBN. Em certas modalidades, o biomarcador é a proteína CRBN. Em uma modalidade específica, o biomarcador é CRBN e é detectado por IHC. Em outra modalidade específica, o biomarcador é CRBN, Aiolos, Ikaros, ZFP91, c- Myc, IRF4, c-Caspase-3 e/ou TILs e é medido por IHC. Em algumas modalidades,
o biomarcador é selecionado a partir de um grupo consistindo em IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-MYC, IRF4. Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado de um grupo que consiste em Aiolos e Ikaros e é detectado por FACS.
Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado de um grupo que consiste em Aiolos e Ikaros e é detectado por ELISA.
Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado a partir de um grupo que consiste em Caspase-1, Caspase-3, Caspase-7, PARP, survivina, BIM, cadeia leve lambda livre e cadeia leve kappa livre.
Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado a partir de um grupo que consiste em cadeia leve lambda livre e cadeia leve kappa livre.
Em uma modalidade específica, o biomarcador é Aiolos.
Em uma modalidade específica, o biomarcador é Ikaros.
Em uma modalidade específica, o biomarcador é c-MYC.
Em uma modalidade específica, o biomarcador é IRF4. Em uma modalidade específica, o biomarcador é Caspase-3 clivada.
Em outra modalidade específica, o biomarcador é ZFP91. Em ainda outra modalidade específica, o biomarcador é p21. Em algumas modalidades, o biomarcador é p27. Em algumas modalidades, o biomarcador é p27. Em algumas modalidades, o biomarcador é pRb1. Em algumas modalidades, o biomarcador é Caspase-1. Em algumas modalidades, o biomarcador é Caspase-3. Em algumas modalidades, o biomarcador é Caspase-7. Em algumas modalidades, o biomarcador é PARP.
Em algumas modalidades, o biomarcador é survivina.
Em algumas modalidades, o biomarcador é BIM.
Em algumas modalidades, o biomarcador é IL-2. Em algumas modalidades, o biomarcador é p27. Em algumas modalidades, o biomarcador é TNFα.
Em algumas modalidades, o biomarcador é IFNγ.
Em algumas modalidades, o biomarcador é BCMA solúvel.
Em algumas modalidades, o biomarcador é uma cadeia leve lambda livre e uma cadeia leve kappa livre.
Em uma modalidade específica, o biomarcador é uma cadeia leve lambda livre.
Em uma modalidade específica, o biomarcador é uma cadeia leve kappa livre.
5.7 Compostos
[0489] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o composto é 4-(4-(4-(((2- (2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin- 4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila (Composto 1): ou um enantiômero ou uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0490] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o composto é (S)-4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1- oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila (Composto 2): ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0491] Em algumas modalidades dos vários métodos fornecidos neste documento, o composto é (R)4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1- oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila (Composto 3):
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0492] Os vários compostos fornecidos neste documento podem conter centros quirais e podem existir como misturas de enantiômeros (por exemplo, misturas racêmicas) ou misturas de diastereômeros. Os métodos fornecidos neste documento abrangem o uso de formas estereomericamente puras de tais compostos, bem como misturas dessas formas. Por exemplo, podem ser utilizadas misturas que compreendem quantidades iguais ou desiguais dos enantiômeros de um composto particular podem ser usados métodos e composições divulgados neste documento. Estes isômeros podem ser sintetizados assimetricamente ou resolvidos usando técnicas convencionais, tais como colunas quirais ou agentes de resolução quirais. Ver, Jacques et al., Enantiomers, Racemates and Resolutions (Wiley-Interscience, New York, 1981); Wilen et al., Tetrahedron 1977, 33: 2725-2736; Eliel, Stereochemistry of Carbon Compounds (McGraw-Hill, NY, 1962); Wilen, Tables of Resolving Agents and Optical Resolutions, p. 268 (Eliel, ed., Univ. Of Notre Dame Press, Notre Dame, IN, 1972).
[0493] Também fornecidos neste documento são análogos isotopicamente enriquecidos dos compostos fornecidos neste documento. Enriquecimento isotópico (por exemplo, deuteração) de medicamentos para melhorar os perfis de farmacocinética ("PK"), farmacodinâmica ("PD"), e de toxicidade, tem sido demonstrado anteriormente com algumas classes de drogas. Ver, por exemplo, Lijinsky et. al., Food Cosmet. Toxicol., 20: 393 (1982); Lijinsky et. al., J. Nat. Cancer Inst., 69: 1127 (1982); Mangold et. al., Mutation Res. 308: 33 (1994); Gordon et. al., Drug Metab. Dispos., 15: 589 (1987); Zello et. al., Metabolism, 43: 487 (1994); Gately et. al., J. Nucl. Med., 27: 388 (1986); Wade D, Chem. Biol. Interact. 117: 191 (1999).
[0494] Sem estar limitado por qualquer teoria em particular, o enriquecimento isotópico de uma droga pode ser usado, por exemplo, para (1) reduzir ou eliminar metabólitos indesejados, (2) aumentar a semi-vida da droga original, (3) diminuir o número de doses necessárias para atingir um efeito desejado, (4) diminuir a quantidade de uma dose necessária para obter um efeito desejado, (5) aumentar a formação de metabólitos ativos, se algum for formado, e/ou (6) diminuir a produção de metabólitos deletérios em tecidos específicos e/ou criar uma droga mais eficaz e/ou uma droga mais segura para a terapia de combinação, sendo a terapia de combinação intencional ou não.
[0495] A substituição de um átomo de um dos seus isótopos, muitas vezes, resulta numa mudança na taxa de reação de uma reação química. Este fenômeno é conhecido como o Efeito Isotópico Cinético ("KIE"). Por exemplo, se uma ligação C-H é interrompida durante uma etapa determinante da velocidade numa reação química (ou seja, a etapa com a maior energia do estado de transição), a substituição de um hidrogênio de deutério para o que vai causar uma diminuição na velocidade de reação e o processo vai abrandar. Este fenômeno é conhecido como o Efeito isotópico cinético do deutério ("DKIE"). (Ver, por exemplo, Foster et al., Adv. Drug Res., vol. 14, pp. 1-36 (1985); Kushner et al., Can. J. Physiol. Pharmacol., vol. 77, pp. 79-88 (1999)).
[0496] A magnitude do DKIE pode ser expressa como a razão entre as taxas de uma dada reação em que a ligação C-H é quebrada, e a mesma reação onde deutério é substituído por um hidrogênio. O DKIE pode variar de cerca de 1 (sem efeito isótopo) a números muito grandes, tais como 50 ou mais, o que significa que a reação pode ser de cinquenta ou mais vezes mais lenta quando o deutério está substituído por hidrogênio. Sem estar limitado por uma teoria particular, valores elevados DKIE pode ser em parte devido a um fenômeno conhecido como túneis, que é uma consequência do princípio de incerteza. Encapsulamento é atribuído à pequena massa de um átomo de hidrogênio, e ocorre porque os estados de transição envolvendo um próton pode, por vezes, formar na ausência da energia de ativação necessária. Porque o deutério tem mais massa do que o hidrogênio, que estatisticamente tem uma probabilidade muito menor de se submeter a este fenômeno.
[0497] Trítio ("T") é um isótopo radioativo de hidrogênio, utilizado na investigação, reatores de fusão, geradores de nêutrons e de radiofármacos. O trítio é um átomo de hidrogênio que possui 2 nêutrons no núcleo e peso atômico próximo a 3. Ocorre naturalmente no meio ambiente em concentrações muito baixas, mais comumente encontradas como T2O. O trítio decai lentamente (meia-vida = 12,3 anos) e emite uma partícula beta de baixa energia que não consegue penetrar na camada externa da pele humana. Exposição interna é o principal perigo associado a este isótopo, no entanto, deve ser ingerido em grandes quantidades de constituir um risco significativo para a saúde. Em comparação com deutério, uma menor quantidade de trítio deve ser consumida antes de atingir um nível perigoso. Substituição de trítio ("T") para resultados de hidrogênio em ainda uma ligação mais forte do que o deutério e dá efeitos isótopos numericamente maiores.
[0498] Da mesma forma, a substituição de isótopos por outros elementos, incluindo, mas não se limitando a, 13C ou 14C para carbono, 33S, 34S, ou 36S para enxofre, 15N para nitrogênio e 17O ou 18 O para oxigênio, fornecerá efeitos de isótopos cinéticos semelhantes.
[0499] O corpo do animal expressa uma variedade de enzimas para a finalidade de eliminar as substâncias estranhas, tais como agentes terapêuticos, a partir do seu sistema de circulação. Exemplos de tais enzimas incluem as enzimas do citocromo P450 ("CYPs"), esterases, proteases, redutases, desidrogenases, oxidases de monoamina, e para reagir com e converter estas substâncias estranhas nos intermediários mais polares ou metabolitos por excreção renal. Algumas das reações metabólicas mais comuns de compostos farmacêuticos envolvem a oxidação de uma ligação carbono-hidrogênio (C-H), quer uma ligação carbono-oxigênio (C-O) ou carbono-carbono (C-C) pi-ligação. Os metabólitos resultantes podem ser estáveis ou instáveis sob condições psicológicas, e podem ter perfis farmacocinéticos, farmacodinâmicos, e de toxicidade a longo prazo relativas aos compostos de origem. Para muitas drogas, tais oxidações são rápidas. Como resultado, estas drogas exigem frequentemente a administração de doses diárias múltiplas ou elevadas.
[0500] Enriquecimento isotópico em certas posições de um composto fornecido neste documento pode produzir um KIE detectável que afeta os perfis farmacocinéticos, farmacológicos e/ou toxicológicos de um composto fornecido neste documento em comparação com um composto semelhante que tem uma composição isotópica natural. Numa modalidade, o enriquecimento de deutério é realizado no sítio de clivagem da ligação C-H durante o metabolismo.
[0501] Os procedimentos fisiológicos, farmacológicos e bioquímicos padronizados estão disponíveis para testar os compostos para identificar aqueles que possuem a atividade anti-proliferativa desejada.
[0502] Tais ensaios incluem, por exemplo, ensaios bioquímicos, tais como ensaios de ligação, ensaios de incorporação de radioatividade, bem como uma variedade de ensaios baseados nas células. Os compostos fornecidos neste documento podem ser preparados por métodos conhecidos de um versado na técnica e seguindo procedimentos semelhantes aos descritos na seção de Exemplos neste documento e modificações de rotina destes.
[0503] Entende-se que a descrição anterior detalhada e exemplos que a acompanham são meramente ilustrativos, e não devem ser tomados como limitações ao escopo do assunto. Várias alterações e modificações às modalidades divulgadas serão evidentes aos versados na técnica. Tais alterações e modificações, incluindo, sem limitação, aquelas relacionadas às estruturas químicas, substituintes, derivados, intermediários, sínteses, composições, formulações e/ou métodos de uso fornecidos neste documento podem ser feitos sem se afastar do espírito e escopo destas. Patentes U.S. e publicações mencionadas neste documento são incorporadas por referência.
5.8 Composições Farmacêuticas
[0504] As composições farmacêuticas fornecidas neste documento contêm quantidades terapeuticamente eficazes de um ou mais dos compostos fornecidos neste documento e opcionalmente um carreador, diluente ou excipiente farmaceuticamente aceitável.
[0505] Os compostos podem ser formulados em preparações farmacêuticas adequadas tais como soluções, suspensões, comprimidos, comprimidos dispersáveis, pílulas, cápsulas, pós, formulações de libertação sustentada ou elixires, para administração oral ou em soluções estéreis ou suspensões para administração oftálmica ou parentérica, assim como a preparação do sistema transdérmico e inaladores de pó seco. Tipicamente, os compostos descritos anteriormente são formulados em composições farmacêuticas utilizando técnicas e procedimentos bem conhecidos na técnica (ver, por exemplo, Ansel Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms, Sétima Edição 1999).
[0506] Nas composições, as concentrações eficazes de um ou mais compostos ou sais farmaceuticamente aceitáveis são misturadas com um carreador ou veículo farmacêutico adequado. Em certas modalidades, as concentrações dos compostos nas composições são eficazes para a distribuição de uma quantidade, mediante administração, que trata, previne ou melhora um ou mais dos sintomas e/ou progressão do mieloma múltiplo.
[0507] Tipicamente, as composições são formuladas para administração de dosagem única. Para formular uma composição, a fração em peso do composto é dissolvida, suspensa, dispersa ou de outro modo misturada num veículo selecionado, a uma concentração eficaz de tal modo que a condição tratada é aliviada ou melhorada. Carreadores ou veículos farmacêuticos adequados para administração dos compostos fornecidos neste documento incluem quaisquer tais carreadores conhecidos dos versados na técnica como sendo adequados para o modo particular de administração.
[0508] Além disso, os compostos podem ser formulados como o único ingrediente farmaceuticamente ativo na composição ou podem ser combinados com outros ingredientes ativos. As suspensões lipossomais, incluindo lipossomas direcionados aos tecidos, tais como lipossomas direcionados aos tumores, podem também ser adequados como carreadores farmaceuticamente aceitáveis. Estes podem ser preparados de acordo com métodos conhecidos dos versados na técnica. Por exemplo, as formulações de lipossomas podem ser preparadas como conhecido na técnica. Resumidamente, lipossomas tais como vesículas multilamelares (MLV's) podem ser formados por secagem de fosfatidil colina de ovo e fosfatidilserina cerebral (razão molar de 7:3) no interior de um frasco. Uma solução de um composto fornecido neste documento em solução salina tamponada com fosfato sem cátions divalentes (PBS) é adicionada e o frasco agitado até que a película do lipídio é dispersa. As vesículas resultantes são lavadas para remover o composto não encapsulado, peletizado pela centrifugação, e em seguida ressuspenso em PBS.
[0509] O composto ativo é incluído no carreador farmaceuticamente aceitável numa quantidade suficiente para exercer um efeito terapeuticamente útil na ausência de efeitos colaterais indesejáveis no paciente tratado. A concentração terapeuticamente eficaz pode ser determinada empiricamente testando os compostos nos sistemas in vitro e in vivo descritos neste documento e depois extrapolada a partir disso para dosagens para seres humanos.
[0510] A concentração do composto ativo na composição farmacêutica dependerá da absorção, distribuição nos tecidos, inativação, metabolismo e taxas de excreção do composto ativo, as características físico-químicas do composto, o esquema de dosagem e a quantidade administrada, bem como outros fatores conhecidos por aqueles versados na técnica. Por exemplo, a quantidade distribuída é suficiente para melhorar um ou mais dos sintomas do câncer, incluindo tumores sólidos e tumores transmitidos pelo sangue.
[0511] As soluções ou suspensões utilizadas para aplicação parentérica, intradérmica, subcutânea ou tópica podem incluir quaisquer dos seguintes componentes: um diluente estéril, tal como água para injeção, solução salina, óleo fixo, polietilenoglicol, glicerina, propileno glicol, dimetilacetamida ou outros solvente sintéticos; agentes antimicrobianos, tal como álcool benzílico e parabenos de metil; antioxidantes, tais como ácido ascórbico e bissulfito de sódio; agentes quelantes, tais como ácido etilenodiaminotetra-acético (EDTA); tampões, tais como acetatos, citratos e fosfatos; e agentes para o ajustamento da tonicidade tais como cloreto de sódio ou dextrose. As preparações parentéricas podem ser encerradas em ampolas, canetas, seringas descartáveis ou frascos de doses únicas ou múltiplas, feitas de vidro, plástico ou outro material adequado.
[0512] Nos casos em que os compostos exibem solubilidade insuficiente, podem ser usados métodos para solubilizar os compostos. Tais métodos são conhecidos dos versados nesta técnica, e incluem, mas não estão limitados a utilização de co-solventes, tais como dimetilsulfóxido (DMSO), usando surfactantes tais como TWEEN®, ou dissolução em bicarbonato de sódio aquoso.
[0513] Após mistura ou adição do(s) composto(s), a mistura resultante pode ser uma solução, suspensão, emulsão ou semelhantes. A forma da mistura resultante depende de um número de fatores, incluindo o modo de administração pretendido e a solubilidade do composto no carreador ou veículo selecionado. A concentração eficaz é suficiente para melhorar os sintomas da doença, distúrbio ou condição tratada e pode ser empiricamente determinada.
[0514] As composições farmacêuticas são fornecidas para administração aos humanos e animais em formas de dosagem unitárias, tais como comprimidos, cápsulas, pílulas, pós, grânulos, soluções ou suspensões parentéricas estéreis e soluções ou suspensões orais e emulsões água-óleo contendo quantidades adequadas dos compostos ou sais farmaceuticamente aceitáveis destes. Os compostos farmaceuticamente terapeuticamente ativos e sais destes são formulados e administrados em formas de unidade de dosagem ou formas de dosagem múltiplas. As formas de dosagem unitária, como utilizadas neste documento, referem-se a unidades fisicamente discretas adequadas para sujeitos humanos e animais e embaladas individualmente como é conhecido na técnica. Cada dose unitária contém uma quantidade predeterminada do composto terapeuticamente ativo suficiente para produzir o efeito terapêutico desejado, em associação com o carreador, veículo ou diluente farmacêutico necessário. Exemplos de formas de dose unitária incluem ampolas e seringas e comprimidos ou cápsulas embalados individualmente. As formas de dosagem unitárias podem ser administradas em frações ou múltiplos destas. Uma forma de dose múltipla é uma pluralidade de formas de dosagem unitárias idênticas embaladas num único recipiente a serem administrados em forma de dose única segregada. Exemplos de formas de doses múltiplas incluem frascos, frascos de comprimidos ou cápsulas ou garrafas de litros ou galões. Assim, a forma de dose múltipla é um múltiplo de unidades de dosagem que não são segregadas em embalagens.
[0515] As formas de dosagem ou composições contendo ingrediente ativo na faixa de 0,005% a 100% com o equilíbrio feito a partir de carreador não tóxico pode ser preparado. Para administração oral, uma composição tóxica farmaceuticamente aceitável não está formada pela incorporação de qualquer um dos excipientes normalmente empregues, tais como, por exemplo graus farmacêuticos de manitol, lactose, amido, estearato de magnésio, talco, derivados de celulose, croscarmelose de sódio, glicose, sacarose, carbonato de magnésio ou sacarina de sódio. Tais composições incluem soluções, suspensões, comprimidos, cápsulas, pós e formulações de liberação sustentada, tais como, mas não limitado aos implantes e sistemas de distribuição microencapsulados, e, polímeros biodegradáveis, biocompatíveis, tais como colágeno, etileno acetato de vinil, polianidridos, ácido poliglicólico, poliortoésteres, ácido polilático e outros. Os métodos para a preparação destas composições são conhecidos pelos versados na técnica.
[0516] Os compostos ativos ou sais farmaceuticamente aceitáveis destes podem ser preparados com carreadores que protegem o composto contra a eliminação rápida a partir do corpo, tal como formulações de liberação no tempo ou revestimentos.
[0517] As composições podem incluir outros compostos ativos para obter combinações desejadas de propriedades. Os compostos fornecidos neste documento, ou sais farmaceuticamente aceitáveis destes como descrito neste documento, podem também ser vantajosamente administrados para fins terapêuticos ou profiláticos conjuntamente com outro agente farmacológico conhecido na técnica em geral ser de valor no tratamento de uma ou mais das doenças ou condições médicas referidas neste documento acima, tais como as doenças relacionadas com o estresse oxidativo. É para ser entendido que tal terapia de combinação constitui um outro aspecto das composições e métodos de tratamento fornecidos neste documento.
5.9 Kits
[0518] Em um aspecto, é fornecido neste documento um kit para identificar um sujeito com câncer que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com o composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0519] Em um aspecto, é fornecido neste documento um kit para identificar um sujeito com câncer que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com o composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0520] Em um aspecto, é fornecido neste documento um kit para identificar um sujeito com câncer que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com o composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0521] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para tratamento de câncer, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0522] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para tratamento de câncer, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0523] Em outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para tratamento de câncer, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0524] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para prever a capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com o composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0525] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para prever a capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com o composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0526] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para prever a capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com o composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0527] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para monitoramento de um composto de tratamento no tratamento de câncer em um sujeito, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0528] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para monitoramento de um composto de tratamento no tratamento de câncer em um sujeito, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0529] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para monitoramento de um composto de tratamento no tratamento de câncer em um sujeito, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com um composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0530] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para identificar um sujeito com mieloma múltiplo que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com o composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0531] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para identificar um sujeito com mieloma múltiplo que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com o composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0532] Em ainda outro aspecto, é fornecido neste documento um kit para identificar um sujeito com mieloma múltiplo que é provavelmente responsivo a um composto de tratamento, compreendendo um meio para detectar o nível de um biomarcador em uma amostra que foi tratada com o composto de tratamento, em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
[0533] Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é CRBN. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é uma proteína associada a CRBN (CAP). Em algumas modalidades, o biomarcador compreende um CAP. Em outras modalidades, o biomarcador compreende dois CAPs. Em ainda outras modalidades, o biomarcador compreende três CAPs. Em ainda outras modalidades, o biomarcador compreende quatro. Em outras modalidades, o biomarcador compreende cinco ou mais CAPs.
[0534] Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é um CAP selecionado do grupo que consiste em IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-MYC, IRF4. Em algumas modalidades, o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em IKZF1 e IKZF3. Em algumas modalidades, o biomarcador é IKZF1. Em certas modalidades, o biomarcador é IKZF3. Em outras modalidades, o biomarcador é ZFP91. Em ainda outra modalidade, o biomarcador é c-MYC. Em outras modalidades, o biomarcador é IRF4.
[0535] Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento tem uma função na apoptose. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento tem uma função na apoptose e é selecionado a partir do grupo que consiste em CTC, Caspase-1, Caspase-3, Caspase-7, PARP, BIM, survivina, cadeia leve lambda livre de soro e cadeia leve kappa livre de soro. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento tem uma função na apoptose e é selecionado a partir do grupo que consiste em cadeia leve lambda livre de soro e cadeia leve kappa livre de soro. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é CTC. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é Caspase-3. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é Caspase-
7. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é survivina. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é BIM. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é Caspase-
1. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é PARP. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é a cadeia leve lambda livre de soro. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é a cadeia leve kappa livre de soro.
[0536] Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento tem uma função no ciclo de apoptose celular. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento tem uma função no ciclo celular e é selecionado a partir do grupo que consiste em p21, p27 e pRb1. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é p21. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é p27. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento é pRb1.
[0537] Em ainda outras modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento está associado à ativação de células T. Em certas modalidades, o biomarcador detectado por vários kits fornecidos neste documento está associado à ativação de células T e é selecionado a partir do grupo que consiste nas citocinas associadas à ativação de células T IL-2, TNFα e IFNγ.
[0538] Em certas modalidades de vários kits fornecidos neste documento, a amostra é obtida a partir de uma biópsia de tumor, uma biópsia de nódulo, uma biópsia líquida (por exemplo, sangue) ou uma biópsia da medula óssea.
[0539] Em algumas modalidades de vários kits fornecidos neste documento, o câncer é câncer do sangue. Em certas modalidades, o câncer de sangue é selecionado do grupo que consiste em mieloma múltiplo. Em certas modalidades, o mieloma múltiplo é recidivante, refratário ou resistente à terapia convencional.
[0540] Em certas modalidades, é fornecido neste documento um kit para detectar o nível de mRNA de um ou mais biomarcadores. Em certas modalidades,
o kit compreende uma ou mais sondas que se ligam especificamente aos mRNAs de um ou mais biomarcadores. Em certas modalidades, o kit compreende ainda uma solução de lavagem. Em certas modalidades, o kit compreende ainda reagentes para realizar um ensaio de hibridização, isolamento de mRNA ou meios de purificação, meios de detecção, bem como controles positivos e negativos. Em certas modalidades, o kit compreende ainda reagentes para gerar cDNA a partir do mRNA. Em certas modalidades, o kit compreende ainda reagentes para sequenciar o cDNA gerado a partir do mRNA. Em certas modalidades, o kit compreende ainda uma instrução para usar o kit. O kit pode ser adaptado para uso doméstico, uso clínico ou uso em pesquisa.
[0541] Em certas modalidades, é fornecido neste documento um kit para detectar o nível de proteína de um ou mais biomarcadores. Em certas modalidades, os kits compreendem uma vareta revestida com um anticorpo que reconhece o biomarcador de proteína, soluções de lavagem, reagentes para realizar o ensaio, isolamento de proteína ou meio de purificação, meio de detecção, bem como controles positivos e negativos. Em certas modalidades, o kit compreende ainda uma instrução para usar o kit. O kit pode ser adaptado para uso doméstico, uso clínico ou uso em pesquisa.
[0542] Tal kit pode empregar, por exemplo, uma vareta, uma membrana, um chip, um disco, uma tira de teste, um filtro, uma microesfera, uma lâmina, uma placa de múltiplos poços ou uma fibra óptica. O suporte sólido do kit pode ser, por exemplo, um plástico, silício, um metal, uma resina, vidro, uma membrana, uma partícula, um precipitado, um gel, um polímero, uma folha, uma esfera, um polissacarídeo, um capilar, uma película, um prato ou uma lâmina. A amostra biológica pode ser, por exemplo, uma cultura de células, uma linhagem celular, um tecido, um órgão, uma organela, um fluido biológico, uma amostra de sangue, uma amostra de urina ou uma amostra de pele.
[0543] Em outra modalidade, o kit compreende um suporte sólido, ácidos nucleicos ligados ao suporte, onde os ácidos nucleicos são complementares a pelo menos 20, 50, 100, 200, 350 ou mais bases de mRNA e um meio para detectar a expressão do mRNA em uma amostra biológica.
[0544] Em uma modalidade específica, o kit farmacêutico ou de ensaio compreende, em um recipiente, um composto ou uma composição farmacêutica deste, e compreende ainda, em um ou mais recipientes, componentes para isolar RNA. Em outra modalidade específica, o kit farmacêutico ou de ensaio compreende, em um recipiente, um composto ou uma composição farmacêutica e compreende ainda, em um ou mais recipientes, componentes para a realização de RT-PCR, qRT-PCR, sequenciamento profundo ou microarranjo
[0545] Em certas modalidades, os kits fornecidos neste documento empregam meios para detectar a expressão de um biomarcador por PCR quantitativo em tempo real (qRT-PCR), microarranjo, citometria de fluxo, FACS, FISH, sequenciamento de DNA, sequenciamento de RNA, hematoxilina e eosina (H&E) coloração, imunohistoquímica ou imunofluorescência. Em outras modalidades, a expressão do biomarcador é medida por metodologias baseadas em ELISA ou outros métodos semelhantes conhecidos na técnica.
[0546] Em outra modalidade específica, o kit farmacêutico ou de ensaio compreende, em um recipiente, um composto ou uma composição farmacêutica deste, e compreende ainda, em um ou mais recipientes, componentes para isolar proteína. Em outra modalidade específica, o kit farmacêutico ou de ensaio compreende, em um recipiente, um composto ou uma composição farmacêutica e compreende ainda, em um ou mais recipientes, componentes para a realização de citometria de fluxo ou ELISA.
[0547] Em outro aspecto, são fornecidos neste documento kits para medir biomarcadores que fornecem os materiais necessários para medir a abundância de um ou mais produtos gênicos dos biomarcadores ou um subconjunto dos biomarcadores (por exemplo, um, dois, três, quatro, cinco ou mais biomarcadores) fornecidos neste documento.
Esses kits podem compreender materiais e reagentes necessários para medir DNA, RNA, proteína ou populações de células.
Em algumas modalidades, tais kits incluem microarranjos, em que o microarranjo é composto de oligonucleotídeos e/ou fragmentos de DNA e/ou RNA que hibridizam com um ou mais produtos gênicos dos biomarcadores ou um subconjunto dos biomarcadores fornecidos neste documento, ou qualquer combinação destes.
Em algumas modalidades, esses kits podem incluir primers para PCR do produto de RNA ou da cópia de cDNA do produto de RNA dos biomarcadores ou um subconjunto dos biomarcadores, ou ambos.
Em algumas modalidades, esses kits podem incluir primers para PCR, bem como sondas para qPCR.
Em algumas modalidades, tais kits podem incluir múltiplos primers e múltiplas sondas, em que algumas das sondas têm diferentes fluoróforos de modo a permitir a medição simultânea de múltiplos produtos gênicos dos biomarcadores ou um subconjunto dos biomarcadores fornecidos neste documento.
Em algumas modalidades, esses kits podem incluir ainda materiais e reagentes para a criação de cDNA a partir de RNA.
Em algumas modalidades, esses kits podem incluir anticorpos específicos para os produtos de proteína dos biomarcadores ou um subconjunto dos biomarcadores fornecidos neste documento.
Esses kits podem compreender adicionalmente materiais e reagentes para isolar RNA e/ou proteínas de uma amostra biológica.
Além disso, tais kits podem incluir materiais e reagentes para sintetizar cDNA a partir de RNA isolado de uma amostra biológica.
Em algumas modalidades, tais kits podem incluir um produto de programa de computador incorporado em mídia legível por computador para prever se um paciente é clinicamente sensível a um composto.
Em algumas modalidades, os kits podem incluir um produto de programa de computador incorporado em uma mídia legível por computador, juntamente com instruções.
[0548] Em algumas modalidades, tais kits medem a expressão de um ou mais produtos de ácido nucleico dos biomarcadores ou um subconjunto dos biomarcadores fornecidos neste documento. De acordo com esta modalidade, os kits podem compreender materiais e reagentes que são necessários para medir a expressão de produtos de ácido nucleico particulares dos biomarcadores ou um subconjunto dos biomarcadores fornecidos neste documento. Por exemplo, um microarranjo ou kit RT-PCR pode ser produzido para uma condição específica e conter apenas os reagentes e materiais necessários para medir os níveis de produtos transcritos de RNA específicos dos biomarcadores ou um subconjunto dos biomarcadores fornecidos neste documento, para prever se um câncer hematológico em um paciente é clinicamente sensível a um composto. Alternativamente, em algumas modalidades, os kits podem compreender materiais e reagentes necessários para medir a expressão de produtos de ácido nucleico específicos de genes diferentes dos biomarcadores fornecidos neste documento. Por exemplo, em certas modalidades, os kits compreendem materiais e reagentes necessários para medir os níveis de expressão de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ou mais dos genes dos biomarcadores fornecidos neste documento, além de reagentes e materiais necessários para medir os níveis de expressão de pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 15, pelo menos 20, pelo menos 25, pelo menos 30, pelo menos 35, pelo menos 40, pelo menos 45, pelo menos 50, ou mais genes diferentes dos biomarcadores fornecidos neste documento. Em outras modalidades, os kits contêm reagentes e materiais necessários para medir os níveis de expressão de pelo menos 1, pelo menos 2,
pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 15, pelo menos 20, pelo menos 25, pelo menos 30, pelo menos 35, pelo menos 40, pelo menos 45, pelo menos 50 ou mais dos biomarcadores fornecidos neste documento, e 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 300, 350, 400, 450 ou mais genes que não são os biomarcadores fornecidos neste documento. Em certas modalidades, os kits contêm reagentes e materiais necessários para medir os níveis de expressão de pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 15, pelo menos 20, pelo menos 25, pelo menos 30, pelo menos 35, pelo menos 40, pelo menos 45, pelo menos 50 ou mais dos genes dos biomarcadores fornecidos neste documento, e 1-10, 1-100, 1-150, 1-200, 1-300, 1-400, 1-500, 1-1000, 25-100, 25-200, 25-300, 25-400, 25 -500, 25-1000, 100-150, 100-200, 100-300, 100-400, 100-500, 100-1000 ou 500-1000 genes que não são os biomarcadores fornecidos neste documento.
[0549] Para kits de microarranjo de ácido nucleico, os kits geralmente compreendem sondas fixadas a uma superfície de suporte sólida. Em tal modalidade, as sondas podem ser oligonucleotídeos ou sondas mais longas, incluindo sondas que variam de 150 nucleotídeos a 800 nucleotídeos de comprimento. As sondas podem ser marcadas com um marcador detectável. Em uma modalidade específica, as sondas são específicas para um ou mais dos produtos gênicos dos biomarcadores fornecidos neste documento. Os kits de microarranjo podem compreender instruções para realizar o ensaio e métodos para interpretar e analisar os dados resultantes da realização do ensaio. Em uma modalidade específica, os kits compreendem instruções para prever se um câncer hematológico em um paciente é clinicamente sensível a um composto.
Os kits também podem compreender reagentes de hibridização e/ou reagentes necessários para detectar um sinal produzido quando uma sonda hibridiza com uma sequência de ácido nucleico alvo. Geralmente, os materiais e reagentes para os kits de microarranjo estão em um ou mais recipientes. Cada componente do kit está geralmente em seu próprio recipiente adequado.
[0550] Em certas modalidades, um kit de microarranjo de ácido nucleico compreende materiais e reagentes necessários para medir os níveis de expressão de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ou mais dos genes dos biomarcadores fornecidos neste documento ou uma combinação destes, além de reagentes e materiais necessários para medir os níveis de expressão de pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 15, pelo menos 20, pelo menos 25, pelo menos 30, pelo menos 35, pelo menos 40, pelo menos 45, pelo menos 50, ou mais genes diferentes dos biomarcadores fornecidos neste documento. Em outras modalidades, um kit de microarranjo de ácido nucleico contém reagentes e materiais necessários para medir os níveis de expressão de pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 15, pelo menos 20, pelo menos 25, pelo menos 30, pelo menos 35, pelo menos 40, pelo menos 45, pelo menos 50 ou mais dos genes dos biomarcadores fornecidos neste documento, ou qualquer combinação destes, e 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 300, 350, 400, 450 ou mais genes que não são dos biomarcadores fornecidos neste documento. Em outra modalidade, o kit de microarranjo de ácido nucleico contêm reagentes e materiais necessários para medir os níveis de expressão de pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos
7, pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 15, pelo menos 20, pelo menos 25, pelo menos 30, pelo menos 35, pelo menos 40, pelo menos 45, pelo menos 50 ou mais dos genes dos biomarcadores fornecidos neste documento ou qualquer combinação destes e 1-10, 1-100, 1-150, 1-200, 1-300, 1-400, 1-500, 1-1000, 25-100, 25-200, 25-300, 25-400, 25 -500, 25-1000, 100- 150, 100-200, 100-300, 100-400, 100-500, 100-1000 ou 500-1000 genes que não são os biomarcadores fornecidos neste documento.
[0551] Para PCR quantitativo, os kits geralmente compreendem primers pré-selecionados específicos para sequências de ácido nucleico particulares. Os kits quantitativos de PCR também podem compreender enzimas adequadas para amplificar ácidos nucleicos (por exemplo, polimerases como a Taq polimerase), desoxinucleotídeos e tampões necessários para a reação de amplificação. Os kits de PCR quantitativos também podem compreender sondas específicas para as sequências de ácido nucleico associadas ou indicativas de uma condição. As sondas podem ou não ser marcadas com um fluoróforo. As sondas podem ou não ser marcadas com uma molécula supressora. Em algumas modalidades, os kits de PCR quantitativos também compreendem componentes adequados para a transcrição reversa de RNA, incluindo enzimas (por exemplo, transcriptases reversas, como AMV, MMLV e semelhantes) e primers para a transcrição reversa juntamente com desoxinucleotídeos e tampões necessários para a reação de transcrição reversa. Cada componente do kit de PCR quantitativo está geralmente em seu próprio recipiente adequado. Assim, esses kits geralmente compreendem recipientes distintos adequados para cada reagente, enzima, primer e sonda individual. Além disso, os kits de PCR quantitativos podem compreender instruções para realizar a reação e métodos para interpretar e analisar os dados resultantes da realização da reação. Em uma modalidade específica, os kits contêm instruções para prever se um paciente com ou suspeito de ter mieloma múltiplo é clinicamente sensível a um composto.
[0552] Para kits baseados em anticorpos, o kit pode compreender, por exemplo: (1) um primeiro anticorpo (que pode ou não estar ligado a um suporte sólido) que se liga a um peptídeo, polipeptídeo ou proteína de interesse; e, opcionalmente, (2) um segundo anticorpo diferente que se liga ao primeiro anticorpo ou ao peptídeo, polipeptídeo ou proteína, e é conjugado a um marcador detectável (por exemplo, um marcador fluorescente, isótopo radioativo ou enzima). Em uma modalidade específica, o peptídeo, polipeptídeo ou proteína de interesse está associado ou é indicativo de uma condição (por exemplo, uma doença). Os kits baseados em anticorpos também podem compreender grânulos para a condução de imunoprecipitação. Cada componente dos kits baseados em anticorpos está geralmente em seu próprio recipiente adequado. Assim, esses kits geralmente compreendem recipientes distintos adequados para cada anticorpo e reagente. Além disso, os kits baseados em anticorpos podem compreender instruções para realizar o ensaio e métodos para interpretar e analisar os dados resultantes da realização do ensaio. Em uma modalidade específica, os kits contêm instruções para prever se um câncer hematológico em um paciente é clinicamente sensível a um composto.
[0553] Em uma modalidade, um kit fornecido neste documento compreende um composto fornecido neste documento, ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável deste. Os kits podem compreender ainda agentes ativos adicionais, incluindo, mas não se limitando aos divulgados neste documento.
[0554] Os kits fornecidos neste documento ainda podem compreender dispositivos que são usados para administrar os ingredientes ativos. Exemplos de tais dispositivos incluem, mas não estão limitados a seringas, sacos de gotejamento, emplastros e inaladores.
[0555] Os kits podem compreender ainda células ou sangue para transplante, bem como veículos farmaceuticamente aceitáveis que podem ser usados para administrar um ou mais ingredientes ativos. Por exemplo, se um ingrediente ativo é fornecido em uma forma contínua que deve ser reconstituído para administração parenteral, o kit pode incluir um recipiente fechado ou um veículo apropriado, em que o ingrediente ativo pode ser dissolvido para formar uma solução estéril livre de partículas que é adequada para administração parenteral. Exemplos de veículos farmaceuticamente aceitáveis incluem, mas não estão limitados a água para Injeção USP; veículos aquosos (tais como, mas não limitados a injeção de cloreto de sódio, injeção de Ringer, injeção de dextrose, injeção de dextrose e cloreto de sódio, e injeção de Ringer lactada); veículos miscíveis em água (tais como, mas não limitados ao álcool etílico, polietileno glicol, e polipropileno glicol); e veículos não aquosos (tais como, mas não limitados a óleo de milho, óleo de semente de algodão, óleo de amendoim, óleo de sésamo, oleato de etila, miristato de isopropil, e benzoato de benzila).
[0556] Em certas modalidades dos métodos e kits fornecidos neste documento, os suportes de fase sólida são usados para purificar proteínas, marcar amostras ou realizar os ensaios de fase sólida. Exemplos de fases sólidas adequadas para a realização dos métodos divulgados neste documento incluem grânulos, partículas, coloides, superfícies únicas, tubos, placas de múltiplos poços, placas de microtitulação, lâminas, membranas, geis e eletrodos. Quando a fase sólida é um material particulado (por exemplo, um grânulo), é, em uma modalidade, distribuída nos poços de placas de múltiplos poços para permitir o processamento paralelo dos suportes de fase sólida.
[0557] Note-se que qualquer combinação das modalidades listadas acima,
por exemplo, com respeito a um ou mais reagentes, tais como, sem limitação, primers de ácido nucleico, suporte sólido e semelhantes, também são contemplados em relação a qualquer um dos vários métodos e/ou kits fornecidos neste documento.
[0558] Certas modalidades da invenção são ilustradas nos seguintes exemplos não limitantes.
6. EXEMPLOS
EXEMPLOS
[0559] Os exemplos abaixo são realizados usando técnicas padrão, que são bem conhecidas e rotineiras para aqueles versados na técnica, exceto onde descrito em detalhes de outra forma. Os exemplos pretendem ser meramente ilustrativos. Exemplo 1: Síntese de 4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin- 4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila (Composto 1).
[0560] Ácido 2-amino-5-metoxi-5-oxopentanoico. A uma suspensão de ácido 2-aminopentanodioico (250 g, 1,70 mol) em metanol seco (2,5 L) sob nitrogênio foi adicionado cloreto de trimetilsilil (277 g, 2,55 mol) durante 30 minutos. A solução límpida resultante foi agitada à temperatura ambiente (20 °C) durante 30 min. 1H NMR mostrou que o material primário foi consumido totalmente. A mistura de reação foi usada na etapa seguinte sem preparo adicional. 1H NMR : 400 MHz CD3OD δ: 4.17-4.15 (m, 1H), 3.71 (s, 3H), 2.70-2.60 (m, 2H), 2.33-2.25 (m, 2H).
[0561] Ácido 2-((terc-butoxicarbonil)amino)-5-metoxi-5-oxopentanoico. À solução anterior foi adicionado trietilamina (275 g, 2,72 mol) e dicarbonato de di-terc-butil (447,35 g, 2,05 mol). A mistura de reação foi agitada a 25 °C durante 2 h. A solução foi concentrada até à secura e, em seguida, foi adicionada água (2,5 L) para dissolver o resíduo. A fase aquosa resultante foi lavada com acetato de etila (200 mL), depois acidificada a pH = 3 por HCl (1 N) e extraída com acetato de etila (1 L × 3). As camadas orgânicas combinadas foram lavadas com salmoura (800 mL), secas sobre sulfato de sódio, filtradas e concentradas para oferecer ácido 2-(terc-butoxicarbonilamino)-5-metoxi-5-oxo-pentanoico (250 g 56% de rendimento, duas etapas) como um sólido branco. 1H NMR : 400 MHz CD3OD δ:
4.18-4.11 (m, 1H), 3.69 (s, 3H), 2.48-2.43 (m, 2H), 2.21-2.15 (m, 1H), 1.95-1.91 (m, 1H), 1.46 (s, 9H).
[0562] 5-amino-4-(terc-butoxicarbonilamino)-5-oxo-pentanoato de metil. A uma solução de ácido 2-(terc-butoxicarbonilamino)-5-metoxi-5-oxo- pentanoico (200 g, 765 mmol) em 1,4-dioxano (1,5 L) foram adicionados dicarbonato de di-terc-butil (267 g, 1,22 mol) e piridina (121 g, 1,53 mol). Após a mistura de reação ter sido agitada a 25 °C durante 30 min, carbonato de amônio (182 g, 2,30 mol) foi adicionado à mistura e agitada por mais 16 h a 25 °C. O solvente orgânico foi removido por evaporação rotativa, o resíduo foi acidificado por HCl (6 M) até pH = 3 e depois extraído com acetato de etila (800 mL x 3). A fase orgânica combinada foi lavada com salmoura (800 mL), seca com sulfato de sódio e filtrada. Os orgânicos voláteis foram removidos sob pressão reduzida para oferecer 5-amino-4-(terc-butoxicarbonilamino)-5-oxo-pentanoato de metil (180 g, 90% de rendimento) como um sólido branco. 1H NMR : 400 MHz CDCl3 δ:
6.51 (s, 1H), 5.94 (s, 1H), 5.43 (s, 1H), 4.21 (s, 1H), 3.63 (s, 3H), 2.59-2.40 (m, 2H),
2.15-2.11 (m, 1H), 1.94-1.90 (m, 1H), 1.42 (s, 9H).
[0563] Cloridrato de 4,5-diamino-5-oxo-pentanoato de metil. Uma mistura de 5-amino-4-(terc-butoxicarbonilamino)-5-oxo-pentanoato de metil (180 g, 692 mmol) e HCl/acetato de etila (300 mL, 4 M) foi agitada a 25 °C durante 12 h. O sólido precipitado foi coletado por filtração a vácuo e lavado com acetato de etila (500 mL) para dar cloridrato de 4,5-diamino-5-oxo-pentanoato de metil (130 g, 95% de rendimento) como um sólido branco. 1H NMR : 400 MHz CD3OD δ: 4,00- 3,96 (m, 1H), 3,70 (s, 3H), 2,59-2,52 (m, 2H), 2,22-2,13 (m, 2H).
[0564] 3-hidroxi-2-metil-benzoato de metil. Quatro lotes (200 g cada) foram utilizados em paralelo. A uma solução de ácido 3-hidroxi-2-metil-benzoico (200 g, 1,31 mol) em metanol (4,0 L) foi adicionado ácido sulfúrico concentrado (47,7 g, 486 mmol). A mistura de reação foi agitada a 60 °C durante 17 h. A mistura de reação foi concentrada até 800 mL. A mistura resultante foi resfriada até 20 °C e lentamente vertida em água (400 mL) durante 30 minutos. Água (1200 mL) foi adicionada a 20 °C ao longo de 3 h e a mistura resultante foi agitada a 20 °C durante 1 h. O sólido precipitado foi coletado por filtração a vácuo (quatro lotes combinados) e foi lavado três vezes com água/metanol (1000 mL, 9:1) até pH > 3. O sólido foi seco sob vácuo a 45 °C para produzir 3-hidroxi-2- metil-benzoato de metil (700 g, 80,4% de rendimento) como um sólido cinza.
[0565] 3-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-2-metil-benzoato de metil. Dois lotes (240 g cada) foram utilizados em paralelo. A uma solução de 3-hidroxi-2-metil- benzoato de metil (240 g, 1,44 mol) em N,N-dimetilformamida (1,40 L) foi adicionado imidazol (246 g, 3,61 mol) e cloreto de terc-butil dimetilsilil (238 g, 1,58 mol) a 5 °C. Após a adição, a mistura foi aquecida até 20 °C e agitada durante 6 h. Foi adicionado acetato de isopropil (1700 mL) e, em seguida, água (2000 mL) foi adicionada lentamente enquanto a temperatura era mantida abaixo de 30 °C. A mistura resultante foi agitada e a fase orgânica foi separada. A fase orgânica combinada (dois lotes combinados) foi lavada com água (1700 mL x 3) e concentrada a ~1500 mL (KF <0,05%). O produto foi armazenado como uma solução de acetato de isopropil que foi usada na próxima etapa sem purificação adicional.
[0566] 2-(Bromometil)-3-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-benzoato de metil. Dois lotes (~375 g cada) foram utilizados em paralelo. À solução de acetato de isopropil de 3-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-2-metil-benzoato de metil (~375 g, 1,34 mol) foi adicionada N-bromossuccinimida (274 g, 1,54 mol) e azobisisobutironitrila (4,40 g, 26,8 mmol). A mistura de reação foi aquecida até 70 °C ao longo de pelo menos 1 h e agitada a 70 °C durante 4 h. A mistura de reação foi resfriada até 20 °C e mantida a 20 °C durante pelo menos 1 h. Os dois lotes de sólido (succinimida) foram removidos por filtração e lavados com acetato de isopropil (700 mL). O filtrado foi lavado com solução de sulfito de sódio (700 g) em água (6000 mL), seguido por água (1500 mL). A camada orgânica foi destilada sob vácuo a 45 °C até a secura para produzir 2- (bromometil)-3-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-benzoato de metil (920 g, 95,5% de rendimento) como um óleo laranja escuro. 1H NMR : 400 MHz DMSO-d6 δ: 7.45 (d, J = 6.8 Hz, 1H), 7.36 (t, J = 8.0 Hz, 1H), 7.13 (t, J = 7.2 Hz, 1H), 4.95 (s, 2H), 1.02 (s, 9H), 0.29 (s, 6H).
[0567] 5-Amino-4-[4-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-1-oxo-isoindolin-2-il]-5- oxo-pentanoato de metil. A uma solução agitada de cloridrato de 4,5-diamino- 5-oxo-pentanoato de metil (74,5 g, 379 mmol) em acetonitrila (2,50 L) foi adicionado 2-(bromometil)-3-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-benzoato de metil (125 g, 348 mmol). À suspensão foi adicionada di-isopropiletilamina (89,9 g, 696 mmol) através de um funil de adição ao longo de 10 min e, em seguida, a mistura foi agitada a 60 °C durante 16 h. A mistura de reação foi diluída com acetato de etil (1,0 L), lavada com HCl (1 N, 1,0 L), bicarbonato de sódio (1,0 L sat.) e salmoura (1,0 L) sucessivamente. A camada orgânica foi concentrada para produzir 5-amino-4-[4-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-1-oxo-isoindolin-2-il]-5-oxo- pentanoato de metil bruto (108 g, bruto) como um sólido amarelo claro. LCMS:
m/z 407,3 [M+1]+.
[0568] 5-Amino-4-(4-hidroxi-1-oxo-isoindolin-2-il)-5-oxo-pentanoato de metil. A uma solução fria agitada de 5-amino-4-[4-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-1- oxo-isoindolin-2-il]-5-oxo-pentanoato de metil (108 g, 266 mmol) em N,N- dimetilformamida (350 mL) foi adicionado carbonato de potássio (14,7 g, 106 mmol) em água (40 mL) em porções ao longo de 5 min. A mistura de reação resultante foi agitada a 15 °C durante 15 h. A mistura de reação foi resfriada em um banho de gelo e HCl (12 M, 15 mL) foi adicionado lentamente a 0-5 °C. Acetonitrila (200 mL) foi adicionada à mistura e formou-se um sólido precipitado. A suspensão foi agitada em temperatura ambiente durante 10 min e filtrada. A massa filtrante foi lavada com acetato de etil (200 mL x 5) para produzir o produto (55 g). O filtrado foi concentrado sob alto vácuo para produzir um produto bruto (100 g) que foi dissolvido em diclorometano (1,0 L) e deixado em repouso a 15 °C durante 16 h. Formou-se um sólido branco que foi filtrado para produzir 5 g de produto. Os sólidos foram combinados para produzir 5- amino-4-(4-hidroxi-1-oxo-isoindolin-2-il)-5-oxo-pentanoato de metil (60 g, 77% de rendimento) como um sólido branco. 1H NMR : 400 MHz DMSO-d6 δ: 7.58 (s, 1H), 7.31 (t, J = 8.0 Hz, 1H), 7.19--7.14 (m, 2H), 7.01 (d, J = 7.6 Hz, 1H), 4.75-4.71 (m, 1H), 4.50 (d, J = 17.6 Hz, 1H), 4.32 (d, J = 17.6 Hz, 1H), 3.51 (s, 3H), 2.29-2.18 (m, 3H), 2.09-1.99 (m, 1H).
[0569] 5-amino-4-[4-[[4-(bromometil)fenil]metoxi]-1-oxo-isoindolin-2-il]- 5-oxo-pentanoato de metil. Duas reações (25 g, 85,5 mmol) foram realizadas em paralelo. Uma mistura de 1,4-bis(bromometil)benzeno (67,7g, 257 mmol), carbonato de potássio (11,8 g, 85,5 mmol) e 5-amino-4-(4-hidroxi-1-oxo- isoindolin-2- il)-5-oxo-pentanoato de metil (25 g, 85,5 mmol) em acetonitrila (1 L) foi agitada a 60 °C durante 16 h. Os dois lotes foram combinados, e a mistura foi resfriada até 15 °C e filtrada. O filtrado foi concentrado e purificado por cromatografia em coluna de sílica-gel (eluído por 50% de éter de petróleo em acetato de etil até 100% de acetato de etil) para gerar 5-amino-4-[4-[[4- (bromometil)fenil]metoxi]-1-oxo-isoindolin-2-il]-5-oxo-pentanoato de metil (52 g, 63% de rendimento) como um sólido branco. 1H NMR : 400 MHz DMSO-d6 δ:
7.59 (s, 1H), 7.50-7.44 (m, 5H), 7.32-7.28 (m, 2H), 7.19 (s, 1H), 5.26 (s, 2H), 4.79-
4.71 (m, 3H), 4.55 (d, J = 17.6 Hz, 1H), 4.43 (d, J = 17.6 Hz, 1H), 3.52 (s, 3H), 2.30-
2.19 (m, 3H), 2.10-2.08 (m, 1H).
[0570] 3-[4-[[4-(Bromometil)fenil]metoxi]-1-oxo-isoindolin-2-il]piperidina- 2,6-diona. Duas reações (28,5 g, 60,0 mmol) foram realizadas em paralelo. 5- Amino-4-[4-[[4-(bromometil)fenil]metoxi]-1-oxo-isoindolin-2-il]-5-oxo- pentanoato de metil (28,5 g, 60,0 mmol) foi dissolvido em tetra-hidrofurano (720 mL), e a solução foi resfriada em banho de gelo seco/acetona até -70 °C. Enquanto se agitava, terc-butóxido de potássio (7,4 g, 66,0 mmol) foi adicionado em uma porção à solução límpida. A mistura de reação tornou-se amarelo- pálida, e a agitação continuou durante mais 2 h a -70 °C. Uma solução resfriada de HCl (1N, 260 mL) foi rapidamente transferida para a mistura de reação enquanto a temperatura foi mantida a -70 °C. A mistura tornou-se imediatamente branca leitosa e o banho de gelo seco/acetona foi removido. A mistura foi concentrada para remover a maior parte do tetra-hidrofurano. Após concentração da mistura de reação, um sólido branco precipitou. A pasta branca foi diluída com água (500 mL) e depois filtrada. A massa filtrante foi lavada com água (500 mL) e seca em forno a vácuo a 40 °C por 12 h e, em seguida, lavada com acetato de etil (500 mL). Os lotes foram combinados para produzir 3-[4-[[4- (bromometil)fenil]metoxi]-1-oxo-isoindolin-2-il]piperidina-2,6-diona (49,85 g, 93%) como um sólido amarelo claro. 1H NMR : 400 MHz DMSO-d6 δ: 10.95 (s, 1H), 7.51-7.41 (m., 5H), 7.35-7.28 (m, 2H), 5.23 (s, 2H), 5.12-5.07 (m, 1H), 4.70 (s, 2H), 4.41 (d, J = 17.6 Hz, 1H), 4.25 (d, J = 17.6 Hz, 1H), 2.90-2.84 (m, 1H), 2.58-
2.53 (m, 1H), 2.44-2.41 (m, 1H), 1.98-1.95 (m, 1H).
[0571] 4-(4-(4-(((2-(2,6-Dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin-4- il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila. 3-(4-((4- (bromometil)benzil)oxi)-1-oxoisoindolin-2-il)piperidina-2,6-diona (5,0 g, 11,28 mmol) foi colocada em um frasco com 3-fluoro-4-(piperazin-1-il)benzonitrila (2,315 g, 11,28 mmol), di-isopropiletilamina (5,91 ml, 33,8 mmol) e acetonitrila (100 ml). A mistura de reação foi agitada a 40 °C durante 18 h. Os compostos orgânicos voláteis foram removidos sob pressão reduzida e purificação por métodos padrão fornecidos 4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1- oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ 10.97 (s, 1H), 7.68 (dd, J=1.96, 13.45 Hz, 1H), 7.56 (dd, J=1.77, 8.38 Hz, 1H), 7.43-7.52 (m, 3H), 7.30-7.38 (m, 4H), 7.11 (t, J=8.80 Hz, 1H),
5.24 (s, 2H), 5.11 (dd, J=5.14, 13.33 Hz, 1H), 4.37-4.46 (m, 1H), 4.22-4.30 (m, 1H),
3.54 (s, 2H), 3.12-3.23 (m, 4H), 2.84-2.98 (m, 1H), 2.522.62 (m, 5H), 2.36-2.48 (m, 1H), 1.92-2.04 (m, 1H). MS (ESI) m/z 568,2 [M+1]+. Anal. Calcd para C32H30FN5O4: C, 67,71; H, 5,33; N, 12,34. Encontrado: C, 67,50; H, 5,44; N 12,34.
[0572] Exemplo 2: Síntese de (S)-4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1- oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila (Composto 2)
[0573] (4S)-5-amino-4-(benziloxicarbonilamino)-5-oxo-pentanoato de terc- butil. A uma solução de ácido (2S)-2-(benziloxicarbonilamino)-5-terc-butoxi-5- oxo-pentanoico (150 g, 445 mmol) em 1,4-dioxano (1,50 L) foi adicionado dicarbonato de di-terc-butil (155 g, 711 mmol), piridina (70,3 g, 889 mmol) e bicarbonato de amônio (105 g, 1,33 mol). A mistura de reação foi agitada a 18 °C durante 16 h e, em seguida, concentrada. O resíduo foi dissolvido em acetato de etil (5,0 L) e água (5,0 L), a camada orgânica foi separada e lavada com HCl (3,0 mL, 1 N), bicarbonato de sódio saturado (3,0 L), salmoura (3,0 L), seca com sulfato de sódio anidro, filtrada e concentrada para produzir (4S)-5-amino-4- (benziloxicarbonilamino)-5-oxo-pentanoato de terc-butil (450 g, bruto) como um sólido branco, que foi usado na próxima etapa sem purificação adicional. 1H NMR 400 MHz DMSO-d6 δ: 7.35-7.30 (m, 5H), 7.02 (s, 1H), 5.01 (d, J = 3.2 Hz, 1H), 3.93-
3.90 (m, 1H), 2.20 (t, J = 8.0 Hz, 2H), 1.88-1.84 (m, 1H), 1.72-1.69 (m, 1H), 1.35 (s, 9H).
[0574] (4S)-4,5-diamino-5-oxo-pentanoato de terc-butil. A uma solução de (4S)-5-amino-4-(benziloxicarbonilamino)-5-oxo-pentanoato de terc-butil (112 g, 333 mmol) em metanol (1,0 L) foi adicionado 10% de paládio em carbono (15 g) sob nitrogênio. A suspensão foi desgaseificada sob vácuo e purgada com hidrogênio várias vezes. A mistura foi agitada sob gás hidrogênio (40 psi) a 30 °C durante 16 h. A mistura de reação foi filtrada, e o filtrado foi concentrado para produzir (4S)-4,5-diamino-5-oxo-pentanoato de terc-butil bruto como um óleo incolor. 1H NMR 400 MHz DMSO-d6 δ: 7.30 (s, 1H), 6.95 (s, 1H), 3.10-3.07 (m, 1H),
2.27-2.23 (m, 2H), 1.69-1.78 (m, 1H), 1.59-1.55 (m, 1H), 1.38 (s, 9H).
[0575] 3-Hidroxi-2-metil-benzoato de metil. Quatro lotes (200 g cada) foram utilizados em paralelo. A uma solução de ácido 3-hidroxi-2-metil-benzoico (200 g, 1,31 mol) em metanol (4,0 L) foi adicionado ácido sulfúrico concentrado (47,7 g, 486 mmol). A mistura de reação foi agitada a 60 °C durante 17 h. A mistura de reação foi concentrada até 800 mL. A mistura resultante foi resfriada até 20 °C e lentamente vertida em água (400 mL) durante 30 minutos. Água (1200 mL) foi adicionada a 20 °C ao longo de 3 h e a mistura resultante foi agitada a 20 °C durante 1 h. O sólido precipitado foi coletado por filtração a vácuo
(quatro lotes combinados) e foi lavado três vezes com água/metanol (1000 mL, 9:1) até pH > 3. O sólido foi seco sob vácuo a 45 °C para produzir 3-hidroxi-2- metil-benzoato de metil (700 g, 80,4% de rendimento) como um sólido cinza. 1H NMR : 400 MHz DMSO-d6 δ: 9.70 (s, 1H), 7.18 (t, J = 6.8 Hz, 1H), 7.09 (t, J = 7.6 Hz, 1H), 7.00 (t, J = 6.8 Hz, 1H), 3.81 (s, 3H), 2.29 (s, 3H).
[0576] 3-[Terc-butil(dimetil)silil]oxi-2-metil-benzoato de metil. Dois lotes (240 g cada) foram utilizados em paralelo. A uma solução de 3-hidroxi-2-metil- benzoato de metil (240 g, 1,44 mol) em N,N-dimetilformamida (1,40 L) foi adicionado imidazol (246 g, 3,61 mol) e cloreto de terc-butil dimetilsilil (238 g, 1,58 mol) a 5 °C. Após a adição, a mistura foi aquecida até 20 °C e agitada durante 6 h. Foi adicionado acetato de isopropil (1700 mL) e, em seguida, água (2000 mL) foi adicionada lentamente enquanto a temperatura era mantida abaixo de 30 °C. A mistura resultante foi agitada, seguido pela separação da fase orgânica. Os compostos orgânicos combinados (dois lotes combinados) foram lavados com água (1700 mL x 3) e concentrados até ~1500 mL (KF<0,05%). O produto foi armazenado como uma solução de acetato de isopropil que foi usada na próxima etapa sem purificação adicional.
[0577] 2-(Bromometil)-3-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-benzoato de metil. Dois lotes (~375 g cada) foram utilizados em paralelo. À solução de acetato de isopropil de 3-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-2-metil-benzoato de metil (~375 g, 1,34 mol) foi adicionada N-bromossuccinimida (274 g, 1,54 mol) e azobisisobutironitrila (4,40 g, 26,8 mmol). A mistura de reação foi aquecida até 70 °C ao longo de pelo menos 1 h e agitada a 70 °C durante 4 h. A mistura de reação foi resfriada até 20 °C e mantida a 20 °C durante pelo menos 1 h. Os dois lotes de sólido (succinimida) foram removidos por filtração e lavados com acetato de isopropil (700 mL). O filtrado foi lavado com solução de sulfito de sódio (700 g) em água (6000 mL), seguido por água (1500 mL). A camada orgânica foi destilada sob vácuo a 45 °C até a secura para produzir 2- (bromometil)-3-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-benzoato de metil (920 g, 95,5% de rendimento) como um óleo laranja escuro. 1H NMR : 400 MHz DMSO-d6 δ: 7.45 (d, J = 6.8 Hz, 1H), 7.36 (t, J = 8.0 Hz, 1H), 7.13 (t, J = 7.2 Hz, 1H), 4.95 (s, 2H), 1.02 (s, 9H), 0.29 (s, 6H).
[0578] (4S)-5-Amino-4-[4-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-1-oxo-isoindolin-2-il]- 5-oxo-pentanoato de terc-butil. A uma solução de (4S)-4,5-diamino-5-oxo- pentanoato de terc-butil (130 g, 643 mmol) em acetonitrila (4,0 L) foi adicionado 2-(bromometil)-3-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-benzoato de metil (210 g, 584 mmol) e di-isopropiletilamina (113 g, 877 mmol). A mistura de reação foi agitada a 50 °C durante 16 h. A mistura de reação foi concentrada para que fosse removida a maior parte da acetonitrila, o resíduo foi dissolvido em éter metil terc-butílico (2,0 L) e água (1,5 L), a camada orgânica foi lavada com fosfato monopotássico saturado (1,0 L x 2), salmoura (1,0 L), seca com sulfato de sódio anidro, filtrada e concentrada para obter (4S)-5-amino-4-[4-[terc- butil(dimetil)silil]oxi-1-oxo-isoindolin-2-il]-5-oxo-pentanoato de terc-butil (524 g), que foi usado na próxima etapa sem purificação adicional.
[0579] (4S)-5-Amino-4-(4-hidroxi-1-oxo-isoindolin-2-il)-5-oxo-pentanoato de terc-butil. A uma solução de (4S)-5-amino-4-[4-[terc-butil(dimetil)silil]oxi-1- oxo-isoindolin-2-il]-5-oxo-pentanoato de terc-butil (275 g, 613 mmol) em metanol (2,0 L) foi adicionado fluoreto de tetrabutilamônio tri-hidratado (38,7 g, 123 mmol). A mistura foi agitada a 18 °C durante 16 h. A mistura de reação foi concentrada para remover a maior parte do metanol, o resíduo foi dissolvido em diclorometano/água (3 L/2 L), a camada orgânica foi lavada com salmoura (1,0 L), seca com sulfato de sódio anidro, filtrada e concentrada para produzir o produto bruto, que foi purificado por coluna de sílica-gel para produzir o produto (260 g). O produto foi adicionado à acetonitrila (750 mL), e a mistura foi agitada a 60 °C durante 2 h, resfriada até 18°C e agitada durante mais 2 h. O sólido foi filtrado, e a massa filtrante foi seca para produzir (4S)-5-amino-4-(4-hidroxi-1- oxo-isoindolin-2-il)-5-oxo-pentanoato de terc-butil (248 g, 60,5% de rendimento) como um sólido cinza. 1H NMR 400 MHz DMSO-d6 δ: 10.00 (s, 1H),
7.54 (s, 1H), 7.29 (t, J = 7.6 Hz, 1H), 7.14 (d, J = 4.8 Hz, 2H), 4.72-4.68 (m, 1H),
4.49-4.28 (m, 2H), 2.17-1.97 (m, 4H), 1.31 (s, 9H).
[0580] 4-(4-(4-(Clorometil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila. 1,4- Bis(clorometil)benzeno (51,2 g, 292 mmol) foi colocado em um frasco com acetonitrila (195 mL) e N,N-dimetilformamida (195 mL). A mistura de reação foi agitada em temperatura ambiente até todos os sólidos se dissolverem. Di- isopropilamina (51,1 mL, 292 mmol) foi então adicionada junto com 3-Fluoro-4- (piperazin-1-il)benzonitrila (20 g, 97 mmol). A reação foi aquecida até 60 °C por 1 h. A acetonitrila foi removida sob pressão reduzida. A mistura restante foi particionada entre acetato de etil (1,0 L), água (700 mL) e salmoura (300 mL). A camada orgânica foi separada, e a camada aquosa foi extraída com acetato de etil duas vezes. Os compostos orgânicos voláteis foram combinados e removidos sob pressão reduzida. O sólido foi dissolvido em diclorometano mínimo e purificado em coluna de sílica-gel (0-100% de acetato de etil em hexanos ao longo de 3 L). As frações contendo o produto desejado foram combinadas, e os compostos orgânicos voláteis foram removidos sob pressão reduzida. O resíduo foi dissolvido em diclorometano mínimo e purificado uma segunda vez em coluna de sílica-gel (10% de acetato de etil isocrático em hexanos em 800 mL seguido por 20-80% de acetato de etil em hexanos em 4 L). As frações contendo o produto desejado foram combinadas, e os compostos orgânicos voláteis foram removidos sob pressão reduzida para gerar 4-(4-(4-(clorometil)benzil)piperazin- 1-il)-3-fluorobenzonitrila (22,7 g, 66,0 mmol, 67,7% de rendimento) como um sólido esbranquiçado. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ ppm 7.33 - 7.39 (m, 5 H) 7.29
(d, J=1.96 Hz, 1 H) 7.25 (d, J=1.96 Hz, 1 H) 6.91 (t, J=8.56 Hz, 1 H) 4.60 (s, 2 H)
3.58 (s, 2 H) 3.19 - 3.27 (m, 4 H) 2.58 - 2.66 (m, 4 H). MS (ESI) m/z 344,2 [M+1]+.
[0581] 5-Amino-4-(4-((4-((4-(4-ciano-2-fluorofenil)piperazin-1- il)metil)benzil)oxi)-1-oxoisoindolin-2-il)-5-oxopentanoato de (S)-terc-butil. 5- amino-4-(4-hidroxi-1-oxoisoindolin-2-il)-5-oxopentanoato de (S)-terc-butil (22,05 g, 65,9 mmol) foi colocado em um frasco com 4-(4-(4- (clorometil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila (22,67 g, 65,9 mmol), carbonato de potássio (18,23 g, 132 mmol) e N,N-dimetilformamida (330 mL). A mistura de reação foi aquecida até 45 °C durante 16 h. A reação foi diluída com acetato de etil (50 mL) e filtrada. O filtrado foi particionado com acetato de etil (900 mL) e água (600 mL) e salmoura (200 mL). A camada orgânica foi isolada e particionada com água (600 mL). A camada orgânica foi isolada e todas as camadas orgânicas foram combinadas, secas com sulfato de sódio, e os voláteis foram removidos sob pressão reduzida. O resíduo foi tratado com 20% de acetato de etil em hexanos, e os voláteis foram removidos sob pressão reduzida para gerar 5-amino-4-(4-((4-((4-(4-ciano-2-fluorofenil)piperazin-1- il)metil)benzil)oxi)-1-oxoisoindolin-2-il)-5-oxopentanoato de (S)-terc-butil (44,02 g, 68,6 mmol, 104% de rendimento) como um sólido esbranquiçado. O rendimento foi ligeiramente acima do quantitativo, pois alguma N,N- dimetilformamida permaneceu. 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ ppm 7.43 - 7.49 (m, 2 H) 7.40 (s, 4 H) 7.36 (dd, J=8.38, 1.28 Hz, 1 H) 7.29 (d, J=1.96 Hz, 1 H) 7.26 (d, J=1.83 Hz, 1 H) 7.11 (dd, J=7.64, 1.16 Hz, 1 H) 6.92 (t, J=8.50 Hz, 1 H) 6.23 (br s, 1 H) 5.24 - 5.32 (m, 1 H) 5.15 (s, 2 H) 4.86 - 4.94 (m, 1 H) 4.38 - 4.55 (m, 2 H) 3.61 (s, 2 H) 3.18 - 3.32 (m, 4 H) 2.58 - 2.70 (m, 4 H) 2.09 - 2.47 (m, 4 H) 1.43 (s, 8 H). MS (ESI) m/z 642,4 [M+1]+.
[0582] (S)-4-(4-(4-(((2-(2,6-Dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin-4- il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila. 5-Amino-4-(4-((4-((4-(4-
ciano-2-fluorofenil)piperazin-1-il)metil)benzil)oxi)-1-oxoisoindolin-2-il)-5- oxopentanoato de (S)-terc-butil (12,1 g, 18,86 mmol) foi colocado em um frasco com acetonitrila (189 mL) e ácido benzenossulfônico (3,96 g, 24,51 mmol). A mistura de reação foi colocada sob vácuo e purgada com nitrogênio. Isto foi repetido mais uma vez, e a mistura foi então aquecida até 85 °C durante a noite sob uma atmosfera de nitrogênio. A mistura de reação foi vertida quente diretamente em 2 funis de separação contendo diclorometano (1000 mL) e acetato de etil (300 mL). A esta mistura foi adicionada uma solução saturada de bicarbonato de sódio (900 mL), água (100 mL) e salmoura (450 mL). A camada orgânica foi isolada, e a camada aquosa foi extraída com diclorometano (800 mL) e acetato de etil (200 mL). As frações orgânicas combinadas foram secas com sulfato de magnésio anidro e concentradas. A purificação por métodos padrão forneceu o composto do título. 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 10.96 (s, 1 H) 7.68 (dd, J=13.45, 1.83 Hz, 1 H) 7.56 (dd, J=8.44, 1.83 Hz, 1 H) 7.43 - 7.52 (m, 3 H) 7.29 - 7.39 (m, 4 H) 7.11 (t, J=8.80 Hz, 1 H) 5.24 (s, 2 H) 5.11 (dd, J=13.20,
5.14 Hz, 1 H) 4.22 - 4.46 (m, 2 H) 3.54 (s, 2 H) 3.12 - 3.22 (m, 4 H) 2.85 - 2.97 (m, 1 H) 2.53 - 2.62 (m, 2 H) 2.38 - 2.48 (m, 2 H) 1.93 - 2.03 (m, 1 H). MS (ESI) m/z 568,2 [M+1]+. Exemplo 3: Composto 1, Composto 2 e Composto 3 Possuem Atividade Antiproliferativa Potente em Células de Mieloma Múltiplo
[0583] A eficácia relativa do Composto 2 e do Composto 3 em promover a destruição da proteína Aiolos pela ubiquitina ligase CRL4CRBN E3 foi investigada em células de mieloma DF15 em diferentes pontos de tempo (45 minutos, 90 minutos e 3 horas). As células DF15 que expressam Aiolos marcado com ProLabel Aprimorado (ePL) foram incubadas com o Composto 2 ou o Composto 3 por 45 minutos, 90 minutos ou 3 horas. Extratos celulares foram então gerados, e a quantidade de proteína Aiolos ePL foi determinada por ensaio de luminescência de ePL. Os valores mostrados na Tabela 1 correspondem aos dados apresentados na FIG. 1 de teor de Aiolos vs. concentração. Os resultados demonstraram que uma perda dependente do tempo e dependente da concentração de Aiolos foi induzida por ambos os enantiômeros (FIG. 1). Tabela 1: Degradação de Aiolos Promovida Pelos Compostos 2 e 3 Degradação de Aiolos Composto IC50 (μM) 45 minutos 90 minutos 3 horas > 0,1 Composto 2 (27% de inibição a 0,00036 0,000031 0,001 μM) > 0,1 Composto 3 (13% de inibição a 0,0059 0,00045 0,001 μM)
[0584] Coletivamente, os experimentos indicaram que o Composto 2 e o Composto 3 degradam Aiolos de uma maneira dependente de tempo e dependente de concentração. Os dados também demonstram que a degradação de Aiolos é um biomarcador eficaz para monitorar a eficácia desses compostos. Exemplo 4: O Composto 2 Induziu Apoptóse e Infrarregulação de Fatores Essenciais Para a Sobrevivência do Tumor e Sinergização com Dexametasona
[0585] Para determinar se o Composto 2 sinergiza com a dexametasona, o efeito da adição de dexametasona na perda de substratos de ubiquitina ligase CRL4CRBN E3 conhecidos, Aiolos, Ikaros e ZFP91 foi examinado usando células de mieloma sensíveis à pomalidomida (OPM2) ou resistentes (OPM2-P1). A dexametasona por si só ou em combinação com o Composto 2 levou à degradação de Aiolos e Ikaros em células OPM2 e OPM2-P1 após 72 horas de tratamento (FIG. 2). É importante notar que uma maior perda de proteínas efetoras a jusante (c-Myc e IRF4) foi evidente com a adição de dexametasona a 10 ou 100 nM ao Composto 2 (FIG. 2). Além disso, o aumento da indução de marcadores apoptóticos (mediador de interação com Bcl-2 [BIM], caspase-3 clivada, caspase-7 clivada e poli [adenosina difosfato ribose] polimerase [PARP] clivada) foi observada em 72 horas, conforme medido por Western blot (FIG. 3).
[0586] Da mesma forma, uma incubação de cinco dias de células de mieloma OPM2 com apenas Composto 2 diminuiu significativamente o nível de expressão de Aiolos e Ikaros, bem como ZFP91 (FIG. 4). A degradação de Ikaros e Aiolos foi seguida por redução nos níveis de dois fatores de transcrição adicionais e altamente críticos, c-Myc e IRF4 (FIG. 4). A perda ou redução desses fatores foi associada a um aumento do inibidor de quinase dependente de ciclina p21 e indução de apoptose, conforme medido pela caspase-3 clivada (FIG. 4). Os resultados sugerem que o Composto 2 induz sua atividade antitumoral por meio da eliminação da expressão dos mais importantes fatores de sobrevivência do mieloma múltiplo, incluindo IRF4 e c-Myc.
[0587] Tomados em conjunto, estes resultados indicam que Aiolos, Ikaros, ZFP91, c-Myc e IRF4, bem como marcadores apoptóticos, tal como o mediador de interação com Bcl-2 (BIM), caspase-3 clivada, caspase-7 clivada e poli (adenosina difosfato ribose) polimerase (PARP) clivada e p21 podem servir como biomarcadores para monitorar a eficácia do tratamento com o Composto 2. Exemplo 5: A Degradação de Cereblon e Ikaros É Necessária Para a Atividade Antiproliferativa do Composto 2
[0588] Para determinar se cereblon poderia servir como um biomarcador para prever a resposta ao Composto 2, a linhagem celular de mieloma DF15R foi tratada com o Composto 2. A linhagem celular DF15R é uma linhagem celular de mieloma múltiplo que desenvolveu resistência à lenalidomida e pomalidomida por administração contínua de pomalidomida (até 100 µM) e não possui níveis detectáveis de proteína CRBN. O tratamento desta linhagem celular com o Composto 2 não mostrou qualquer degradação de Ikaros ou Aiolos (FIG. 5A). A reintrodução da proteína CRBN nas células DF15R reativou a degradação de
Ikaros e Aiolos induzida pelo Composto 2 (FIG. 5A). Estes resultados indicam que o CRBN é importante na mediação da resposta ao Composto 2. Assim, os níveis de CRBN podem servir como um biomarcador para avaliar a resposta potencial ao Composto 2.
[0589] O Composto 2 demonstrou infrarregular Ikaros, Aiolos e ZFP91 (FIG. 4), e verificou-se que o CRBN era necessário para a degradação de Ikaros e Aiolos (FIG. 5A). Para determinar se a degradação de Ikaros, Aiolos ou ZFP91 foi responsável pelos efeitos em c-Myc, IRF4 e p21 ou na apoptose induzida pelo Composto 2, mutantes estabilizados de todas as três proteínas foram gerados e superexpressos um de cada vez em Células OPM2 (FIG. 5B).
[0590] A superexpressão bem-sucedida dos mutantes Ikaros estabilizados, Ikaros-Q146H ou Ikaros-G151A, evitou a degradação do Ikaros e anulou os efeitos induzidos pelo Composto 2 em c-Myc, IRF4, p21 e caspase-3 clivada (FIG. 5B). No entanto, uma mutação estabilizadora em ZFP91 (Q400H) não foi capaz de anular o efeito do Composto 2, apesar da mutação ser capaz de proteger de forma eficaz a proteína da degradação na presença do Composto 2 (FIG. 5B).
[0591] O efeito das mutações estabilizadoras na proliferação celular também foi medido. De forma consistente com os efeitos nas proteínas a jusante, a superexpressão dos mutantes Ikaros estabilizados, Ikaros-Q146H ou Ikaros-G151A, anulou os efeitos antiproliferativos do Composto 2 (Tabela 2). Especificamente, a concentração na qual as células tiveram sua proliferação inibida em 50% após o tratamento com Composto 2 aumentou mais de 200 vezes (>100 nM) nas células que superexpressam mutantes Ikaros estabilizados em comparação com as células precursoras (0,488 nM) (Tabela 2). Não houve efeito a jusante aparente de estabilização de ZFP91 ou redução na sensibilidade à atividade antiproliferativa do Composto 2 (FIG. 5B e Tabela 2). As contribuições potenciais da degradação de Aiolos para a inibição do crescimento de células
MM pelo Composto 2 não puderam ser confirmadas em células que superexpressam o mutante Aiolos devido à estabilização menos eficiente do Aiolos para degradação em comparação com Ikaros neste ensaio específico.
[0592] Tomados em conjunto, estes resultados demonstram ainda que a degradação de Ikaros é necessária para a atividade do Composto 2 e indicam que Ikaros é um biomarcador importante para a atividade do Composto 2. Tabela 2: Inibição da Proliferação de Células OPM2 Inibição da Proliferação de Células OPM2 IC50 (nM) Composto Ikaros- Ikaros- Aiolos ZFP91- Precursor Ikaros Aiolos Q146H G151A Q147H Q400H Composto 2 0,08 0,13 > 100 > 100 0,08 0,06 0,08 Pomalidomida 64 91 > 100 > 100 89 56 73 Lenalidomida > 100 > 100 > 100 > 100 > 100 > 100 > 100 Exemplo 6: O Composto 2 Induziu a Degradação de Ikaros e Aiolos Correlacionada com a Interrupção do Ciclo Celular G1 e Apoptose em Células de Mieloma Múltiplo
[0593] Para avaliar a resposta funcional de células de mieloma múltiplo ao tratamento com o Composto 2, a linhagem celular de mieloma H929-1051, que é resistente à lenalidomida, foi tratada com o Composto 2 por 4 horas (FIG. 6A) ou 72 horas (FIG. 6B). A incubação com concentrações tão baixas quanto 1 nM do Composto 2 promoveu a degradação robusta de Ikaros e Aiolos em 4 horas (FIG. 6A).
[0594] Conformemente, após 72 horas de tratamento com o Composto 2, houve uma redução considerável na fosforilação de pRB1 e um aumento nos níveis do inibidor de CDK p27 nas células H929-1051 (FIG. 6B). Esses eventos foram acompanhados por uma redução no nível de survivina, um aumento dramático no nível da isoforma extra-longa da proteína pró-apoptótica Bim
(BimEL) e clivagem de Caspase-1, Caspase-7, Caspase-3 e PARP (FIG. 6B). Os resultados demonstram que a atividade antitumoral do Composto 2 em células resistentes à lenalidomida e/ou à pomalidomida é causada pela degradação de Ikaros e Aiolos, levando à interrupção do ciclo celular e à apoptose. Além disso, a degradação quase completa e mantida de Aiolos e Ikaros demonstrou a eficácia in vitro do Composto 2, mesmo em células que eram resistentes ao tratamento com lenalidomida e pomalidomida (Figura 10). Estes resultados demonstram que o Composto 2 induz à interrupção do ciclo celular e à apoptose, e que as detecções de Ikaros, Aiolos, IRF4, c-Myc, p27, fosfo-Rb, BimEL, Caspase-1, Caspase-7, Caspase-3 e PARP clivadas podem servir como biomarcadores para o tratamento com o Composto 2. Exemplo 7: O Composto 2 Induziu a Degradação de Aiolos e Ikaros e Aumentou a Apoptose em Linhagens Celulares de Mieloma
[0595] Os efeitos da exposição contínua do Composto 2 na degradação e reexpressão de Aiolos e Ikaros e a indução de apoptose foram medidos nas linhagens celulares de mieloma múltiplo H929-1051 e OPM2-P10, que são resistentes a lenalidomida e pomalidomida, respectivamente. As linhagens celulares foram tratadas com uma única exposição contínua ao Composto 2, sem eliminação, e os níveis de Aiolos e Ikaros foram medidos por citometria de fluxo. Após o tratamento, houve degradação de Aiolos e Ikaros de mais de 70% em 3 a 6 horas, dependendo da linhagem celular (FIG. 7A e FIG. 7B). O esgotamento de substratos foi mantido por até 70 horas em células H929-1051 ou por até 100 horas em células OPM2-P10 (FIG. 7A e FIG. 7B). O aumento da concentração em 10 vezes para 0,1 μM produziu pouca ou nenhuma degradação adicional (FIG. 7A e FIG. 7B).
[0596] Em células H929-1051, a degradação de Aiolos durou de 75 a 100 horas, enquanto a degradação dos níveis de Ikaros foi prolongada por um período de tempo mais curto (FIG. 7A e FIG. 7B). A degradação de ambas as proteínas foi sustentada por mais de 150 horas nas células OPM2-P10 (FIG. 7A e FIG. 7B).
[0597] O efeito das exposições transitórias de células H929-1051 ao Composto 2 na degradação de Aiolos e Ikaros também foi avaliado. Uma curta exposição transitória de 15 minutos a 0,1 μM de Composto 2 induziu a degradação de Aiolos e Ikaros (FIG. 8). Embora a extensão da degradação (25% a 50%) não tenha sido completa, um efeito farmacodinâmico (PD) prolongado que durou entre 25 e 50 horas após a exposição foi observado (FIG. 8).
[0598] Para compreender melhor a cinética da exposição ao Composto 2 e da degradação de Aiolos e Ikaros, investigou-se uma exposição mais longa de 6 horas ao Composto 2 (0,01 e 0,1 μM), seguida de eliminação. O tratamento com o Composto 2 produziu degradação de Aiolos e Ikaros superior a 70% (FIG. 9). A eliminação do Composto 2 após uma única exposição de 6 horas resultou em uma recuperação rápida da degradação para ambas as proteínas (FIG. 9). Uma recuperação de substrato superior a 75% foi observada em 25 horas em células expostas a 0,01 μM de Composto 2 e entre 75 e 100 horas em culturas expostas a 0,1 μM de Composto 2 (FIG. 9).
[0599] O efeito da degradação de Aiolos e Ikaros na indução de apoptose também foi avaliado. A supressão de substrato quase completa e prolongada observada após a exposição contínua do Composto 2 coincidiu com a indução de apoptose em células MM (FIG. 10). Uma única exposição contínua a 0,01 e 0,1 μM de Composto 2 levou à indução de apoptose em células H929-1051 e OPM2- P10 (entre 50 e 75 horas) (FIG. 10). No entanto, a exposição transitória ao Composto 2 de 15 minutos ou 6 horas impediu a indução de apoptose (FIG. 10).
[0600] Em conjunto, essas observações mostram que tanto a magnitude quanto a duração da perda de Aiolos e Ikaros são mediadores importantes da indução de apoptose nos modelos de células MM testados. Além disso, esses dados demonstram o uso de Aiolos e Ikaros, bem como marcadores de apoptose, como a Caspase-3 clivada, são biomarcadores para a resposta ao Composto 2, e também sugerem que esses biomarcadores podem ser úteis para determinar ou ajustar a dosagem do Composto 1, do Composto 2 ou do Composto 3. Exemplo 8: O Composto 2 Inibiu a Proliferação de Linhagens Celulares de Mieloma Múltiplo com Resistência Adquirida com Baixo CRBN.
[0601] A atividade do composto 2 foi testada em células de mieloma que adquiriram resistência à lenalidomida ou pomalidomida devido à exposição contínua a qualquer um dos compostos e, no processo, adquiriram níveis de cereblon infrarregulados (Tabela 2). As células foram tratadas durante 5 dias e depois avaliadas usando um ensaio de determinação de ATP (CellTiter-Glo). A porcentagem de controle foi calculada subtraindo o controle secundário e normalizando para o controle DMSO (100% de controle). A porcentagem relativa de cereblon em linhagens celulares com resistência adquirida à lenalidomida ou à pomalidomida foi determinada por Western Blot e é apresentada na Tabela 3 em relação aos níveis de CRBN nas linhagens celulares precursoras considerados 100%.
[0602] A FIG. 11 mostra a IC50 das curvas de resposta à concentração comparando a atividade do Composto 2 e pomalidomida nas linhagens precursoras (DF15, NCI-H929 e OPM2), uma linhagem celular resistente à lenalidomida (NCI-H929-1051) ou cinco linhagens celulares resistentes à pomalidomida (NCI-H929-P01, OPM2-P01, OPM2-P1, OPM2-P10 e DF15R). Tabela 3: Níveis de Expressão de Proteína Cereblon em Linhagens Celulares de Mieloma Múltiplo Sensíveis a Fármacos e Resistentes a Fármacos Cereblon (%) Linhagem Celular Resistência (Normalizado para a Linhagem Precursora)
DF15 N/A 100 DF15R 100 μM de Pom 14* NCI-H929 N/A 100 NCI-H929-1051 10 μM de Len 50 NCI-H929-P01 100 nM de Pom 35 OPM2 N/A 100 OPM2-P01 100 nM de Pom 61 OPM2-P1 1 μM de Pom 33 OPM2-P10 10 μM de Pom 31 N/A = não aplicável; Pom = pomalidomida; * nível de fundo, não o CRBN real, que está ausente nesta linhagem celular
[0603] A comparação das linhagens celulares tornadas resistentes à pomalidomida ou à lenalidomida demonstrou que os níveis de proteína CRBN eram mais baixos do que nas linhagens celulares precursoras sensíveis (Tabela 3). A proliferação foi avaliada usando o ensaio CellTitre-Glo®. Os resultados do estudo mostram que as linhagens celulares eram sensíveis ao Composto 2, mesmo em vários modelos de resistência adquirida em que os níveis de CRBN eram baixos, conforme determinado pela avaliação quantitativa dos níveis de ATP presentes nos meios após 5 dias (FIG. 11). No entanto, o Composto 2 demonstrou pouca atividade antiproliferativa na linhagem celular DF15R, que carece de expressão de CRBN (FIG. 11 e FIG. 5A).
[0604] Tomados em conjunto, estes dados mostram que o Composto 2 tem uma atividade anti-mieloma múltiplo muito potente em modelos de resistência adquirida com níveis baixos, mas detectáveis, de CRBN. Assim, os níveis detectáveis de CRBN podem servir como um biomarcador para prever a capacidade de resposta de um paciente ao Composto 2. Exemplo 9: O Composto 2 Por Si Só e em Combinação com Dexametasona Induziu Apoptose em Mieloma Múltiplo Resistente à Lenalidomida.
[0605] A dexametasona foi avaliada quanto à sua capacidade de induzir apoptose como um agente único ou em combinação com o Composto 2. A indução da apoptose foi medida usando Caspase-Glo em células de mieloma múltiplo resistentes à lenalidomida (H929-1051). A dexametasona foi dispensada em 20 concentrações usando um dispensador acústico. As placas foram seladas e armazenadas em temperatura ambiente para o dia seguinte. As concentrações finais dos compostos para o ensaio foram: dexametasona (0,8 μM a 0,00002 μM) e Composto 2 (0,001, 0,01 ou 0,1 μM). As células foram dispensadas nas placas de ensaio com um dispensador Multidrop, e placas duplicadas foram feitas para o ensaio. A medição da apoptose foi feita 72 horas após o tratamento com o composto usando Ensaios Caspase-Glo 3/7 e CellTiter- Glo. A luminescência de Caspase-Glo 3/7 foi normalizada para a luminescência de CellTiter-Glo para levar em conta as diferenças no número de células. A fold change da amostra tratada foi calculada da seguinte forma: caspase normalizada da amostra tratada/média do controle DMSO normalizado.
[0606] A atividade de apoptose da dexametasona por si só ou em combinação com lenalidomida, pomalidomida ou Composto 2 foi medida por indução de Caspase-3. Os resultados indicaram que o Composto 2 entrou em sinergia com a dexametasona para reduzir a viabilidade celular e potencializou a capacidade apoptótica da dexametasona de uma maneira dependente de concentração (FIG. 12). A resposta à dose ao tratamento com dexametasona por si só resultou em um pequeno aumento na apoptose, de acordo com a mudança da Caspase-3 em relação ao tratamento com DMSO (FIG. 12). Em contraste, o início da atividade da dexametasona foi alterado em 1 log na presença do Composto 2. O tratamento com três concentrações diferentes do Composto 2 potencializou a atividade apoptótica da dexametasona, conforme medido pela Caspase-3 (FIG. 12). Além disso, mesmo a dose mais baixa do Composto 2 resultou em uma forte indução de apoptose. Até mesmo apenas 10 nM de dexametasona foi suficiente para aumentar a capacidade de matar células do Composto 2, e concentrações baixas a subnanomolares do Composto 2 potencializaram os efeitos apoptóticos da dexametasona (FIG. 12). Isso demonstrou a capacidade da dexametasona mais Composto 2 de induzir apoptose em células de Mieloma Múltiplo resistentes à lenalidomida e demonstra que a medição de Caspase-3 pode servir como um biomarcador para o tratamento com Composto 2. Exemplo 10: Efeito Ex Vivo do Composto 2 na Maturação de Progenitores Mieloides em Neutrófilos Adultos
[0607] Culturas ex vivo de células CD34+ da medula óssea (BM) de doadores saudáveis (HD) foram usadas para investigar o efeito do Composto 2 na neutropenia. Dados anteriores indicaram que a recuperação dos níveis de neutrófilos maduros para pelo menos 50% do nível de controle não tratado no sistema de ensaio utilizado no presente estudo se correlaciona com a ausência de indução ou recuperação de neutropenia clinicamente significativa. Portanto, monitoramos os efeitos do Composto 2 em neutrófilos maduros.
[0608] O nível de proteína Ikaros foi analisado por citometria de fluxo após cada período de exposição e também nos dias 19, 21 e 23, correspondendo a 3, 5 e 7 dias após a última exposição, respectivamente. Células CD34+ derivadas de medula óssea de doador saudável foram expostas a diferentes concentrações de Composto 2 e diferentes cronogramas de incubação. A porcentagem de teor de Ikaros (normalizado para o controle DMSO) após a exposição ao Composto 2 nas concentrações de 1, 10 e 100 nM por 2, 4 e 6 horas em cada um dos 1, 2 ou 3 dias consecutivos começando no Dia 14 foi medida. No final do período de exposição, o Composto 2 foi removido e as células foram incubadas na ausência do Composto 2 (período de recuperação). Ikaros foi medido por citometria de fluxo após incubação com Composto 2 (Dias 14 a 16) e durante a recuperação nos Dias 19, 21 e 23. Os dados foram coletados para dois doadores e apresentados na FIG. 13. Os níveis de Ikaros foram reduzidos durante a exposição ao Composto 2 e recuperados após a retirada do fármaco de uma maneira dependente de concentração sem diferenças significativas observadas em associação com diferentes cronogramas de exposição (FIG. 13). Os níveis de Ikaros começaram a retornar ao normal após pelo menos 3 dias após a eliminação, pré-datando a recuperação completa da maturação dos precursores de neutrófilos em estágio final. Esses dados sugerem que a degradação de Ikaros em precursores de neutrófilos em estágio avançado pode ser um mediador importante da neutropenia em receptores de Composto 2. Além disso, os resultados sugerem que a restauração dos níveis de Ikaros precede a recuperação da maturação de progenitores de neutrófilos, e que o manejo bem- sucedido da neutropenia em pacientes com MM tratados com Composto 2 pode ser possível com o uso de cronogramas de dosagem apropriados.
[0609] Para explorar ainda mais o papel do Ikaros em relação à maturação de progenitores de neutrófilos, os níveis de proteína Ikaros foram analisados por citometria de fluxo após cada exposição e a cada dois dias após a última exposição ao Composto 2. O Ikaros foi totalmente degradado após uma exposição ao Composto 2 em todas as concentrações e todos os cronogramas de exposição (FIG. 14 e FIG. 15). Após 3 dias de exposição ao Composto 2, a recuperação de Ikaros começou de uma maneira dependente de concentração apenas 24 horas após a eliminação do fármaco e voltou aos níveis de controle após 10 dias (FIG. 14; FIG. 16B). Com 5 dias de exposição ao Composto 2, a recuperação de Ikaros começou no Dia 17, três dias após a eliminação do fármaco (FIG. 15). A recuperação total para níveis de controle foi evidente 6 dias após a última exposição a uma concentração de 10 nM, enquanto a recuperação superior a 50% foi aparente 8 dias após as exposições ao Composto 2 a uma concentração de 100 nM (FIG. 15).
[0610] Os dados suportam a hipótese de que a degradação de Ikaros induzida pelo Composto 2 é um fator que aciona o bloqueio da maturação de precursores de neutrófilos e que a restauração da recuperação de Ikaros precede a recuperação de neutrófilos maduros, conforme ilustrado na FIG. 16B. Tomados em conjunto, os dados sugerem que a indução e a recuperação da neutropenia em pacientes podem não ser adversamente afetadas por uma dosagem mais intensiva do Composto 2 (doses múltiplas por dia) em comparação com a dosagem de uma vez ao dia. Exemplo 11: O Composto 2 Aumentou a Atividade Antitumoral de Células Imunológicas de Doadores Humanos Saudáveis
[0611] PBMCs isoladas de doadores saudáveis foram cultivadas em meio RPMI 1640 com 10% de FBS a uma densidade de 1 x 106 células/mL.
[0612] As células K562 foram mantidas em fase logarítmica, e a densidade celular e a viabilidade foram monitoradas por exclusão de azul de tripano usando o analisador de viabilidade celular Vi-CELL® XR (Beckman Coulter, Brea, CA).
[0613] PBMCs humanas recém-isoladas foram cultivadas com IL-2 recombinante na concentração de 20 unidades/mL por 72 horas. As células mononucleares do sangue periférico foram então centrifugadas e ressuspensas em meio completo RPMI recente até 2 x 106 células/mL. As células foram então tratadas com DMSO ou Composto 2 nas concentrações indicadas e incubadas por mais 72 horas. As PBMCs foram então lavadas duas vezes em meio completo RPMI recente antes da cocultura. As células K562 foram ressuspensas até uma densidade celular de 1 x 106 células/mL e coradas com 1 μM de CellTrace CFSE de acordo com as instruções do fabricante. As células K562 marcadas foram então semeadas em uma placa de fundo redondo de 96 poços a 1 x 105 células/poço. As células mononucleares do sangue periférico foram então transferidas para a mesma placa de 96 poços na razão de 1:15, em triplicado e incubadas a 37 °C durante 4 horas. A lise de células-alvo específicas por apoptose mediada por PBMC foi medida usando isotiocianato de V-fluoresceína (FITC) de Anexina e iodeto de propídio (PI) de acordo com as instruções do fabricante, e as amostras foram utilizadas na varredura FACS Array.
Células K562 não marcadas, células K562 marcadas com CellTrace CFSE e células K562 não tratadas marcadas com Anexina V-FITC de e PI foram incluídas em cada ensaio como controles.
Todas as linhagens celulares de mieloma foram mantidas em fase logaritimica, e a densidade a viabilidade das células foram monitoradas por exclusão de azul de tripano usando o analisador de viabilidade celular Vi-CELL XR.
As placas de noventa e seis poços foram pré-revestidas com anticorpo anti- CD3 (OKT3, 3 µg/mL) e incubadas a 4 °C durante a noite antes do início do experimento.
Doadores de PBMC congelados foram descongelados a 37 °C por 2 minutos em meio RPMI com 10% de FBS, e as contagens de células e a viabilidade foram medidas no Vi-CELL® (Beckman Coulter). As células mononucleares de sangue periférico foram lavadas e diluídas até 1 x 106 células/mL e dispensadas às placas tratadas com o composto em um volume total de 200 µL.
As células foram incubadas com compostos por 2 horas antes de serem transferidas para placas revestidas com anti-CD3 e incubadas por mais 72 horas a 37 °C.
Após 72 horas, as PBMCs foram centrifugadas, e as células foram lavadas duas vezes em meio RPMI + 10% de FBS.
Linhagens celulares de MM não tratadas (H929 e H929-1051) foram marcadas com CellTrace CFSE de acordo com as instruções do fabricante e ressuspensas a uma concentração total de 0,1 x 106 células/mL em uma placa de 96 poços de fundo em U em um volume total de 100 µL.
As células mononucleares de sangue periférico foram contadas e adicionadas às células de MM a uma razão alvo:efetor (T:E) de 1:5. Após 24 horas de cocultura, a lise de células-alvo específicas por apoptose induzida por PBMC foi medida usando Anexina V-AF647 e 7-AAD de acordo com as instruções do fabricante, e as amostras foram utilizadas no Attune NxT Cytometer (Thermo
Fisher).
[0614] As placas de noventa e seis poços foram pré-revestidas com anticorpo anti-CD3 (OKT3, 3 µg/mL) e incubadas a 4 °C durante a noite antes do início do experimento. Células PBMC de doador congeladas foram descongeladas a 37 °C por 2 minutos em meio RPMI com 10% de FBS, e as contagens de células e a viabilidade foram medidas no analisador Vi-CELL. As células mononucleares de sangue periférico foram lavadas e diluídas até 1 x 106 células/mL e dispensadas às placas tratadas com o composto em um volume total de 200 µL. As células foram incubadas com Composto 2 por 2 horas antes de serem transferidas para placas revestidas com anti-CD3 e incubadas por mais 72 horas. Ao mesmo tempo, as linhas celulares MM (NCI-H929, H929-1051, OPM2, OPM2-P10) foram diluídas a uma concentração final de 0,1 x 106 células/mL e marcadas com CellTrace CFSE de acordo com as instruções do fabricante. Linhagens celulares de mieloma múltiplo foram então dispensadas em placas tratadas com composto em um volume total de 200 μL e incubadas por 72 horas. Após 72 horas, as células PBMCs e de MM foram contadas e transferidas para uma placa de 96 poços de fundo em U a uma razão T:E final de 1:5. Após 24 horas de cocultura, a lise de células-alvo específicas por apoptose mediada por PBMC foi medida usando Anexina V-AF647 e 7-AAD de acordo com as instruções do fabricante, e as amostras foram utilizadas no Attune NxT Cytometer.
[0615] O modelo de cocultura foi usado para determinar os efeitos diretos do Composto 2 na atividade antitumoral de PBMCs coletados de doadores saudáveis. O tratamento com Composto 2 de PBMCs ativadas por IL-2 induziu a morte de células K562 não tratadas de uma maneira dependente de concentração (FIG. 17A e FIG. 17B). PBMCs tratadas com Composto 2 (IC50 = 5,9 pM) atingiram de maneira potente 50% de morte direta de células K562.
[0616] Os efeitos do Composto 2 na atividade de células anti-MM de PBMCs incubadas com o Composto 2 foram mais profundamente examinados em linhagens celulares que exibem o fenótipo de resistência a fim de comparar com a resposta em células sensíveis. Em um modelo de cocultura diferente, as células PBMC de doador foram pré-tratadas com o Composto 2 por 2 horas antes de serem cultivadas em placas revestidas com anticorpo anti-CD3 por 72 horas. As PBMCs ativadas por anticorpo anti-CD3 tratadas com Composto 2 demonstraram um aumento dependente da concentração na lise de células tumorais de linhagens celulares de MM sensíveis à lenalidomida (NCI-H929; IC50 = 0,005 μM) e resistentes à lenalidomida (H929-1051; IC50 = 0,0002 μM) não tratadas a um grau semelhante (FIG. 18A e FIG. 18B). Um nível semelhante de morte de células tumorais por apoptose mediada por PBMC foi observado contra as células tumorais cocultivadas sensíveis à lenalidomida e resistentes à lenalidomida, mostrando que as PBMCs foram preparadas de modo a induzir apoptose em células tumorais independentemente de seu fenótipo de resistência.
[0617] Como a pré-incubação de células imunológicas com o Composto 2 aprimorou o direcionamento e a lise de células de MM, o efeito da pré-incubação de células de MM com o Composto 2 em sua suscetibilidade à morte mediada imunologicamente também foi explorado (FIG. 19A-FIG. 19D). Quatro linhagens celulares de MM e PBMCs ativadas com anticorpo anti-CD3 foram pré-incubadas separadamente com Composto 2 por 72 horas. Quando as PBMCs ativadas com anticorpo anti-CD3 e as linhagens de MM foram ambas pré-tratadas com Composto 2, seguido de cocultura, os efeitos na lise de células de MM induzida por PBMC foram aumentados tanto em potência quanto na magnitude da resposta de morte. Comparando os valores de IC50 de culturas de células de MM individuais versus coculturas de células imunológicas e tumorais, o Composto 2 aumentou a morte das células NCI-H929 em ~7000 vezes e aumentou a morte das células H929-1051 em ~6000 vezes (FIG. 19A e FIG. 19B).
[0618] PBMCs tratadas com Composto 2 induziram de maneira potente a lise tumoral de linhagens celulares de K562 e de MM não tratadas. Além disso, a morte de células tumorais foi enormemente aumentada se linhagens celulares de PBMCs e MM foram pré-tratadas com o Composto 2, indicando que, além de seus efeitos autônomos de células potentes, o Composto 2 também pode aumentar a imunogenicidade das linhagens celulares de MM. Coletivamente, os resultados indicam a combinação dos potentes efeitos imunogênicos e autônomos de células em células de MM, bem como suas propriedades imunomoduladoras. Exemplo 12: O Composto 2 Ativou Linfócitos e Citocinas Efetores
[0619] A atividade imunomoduladora do Composto 2 em PBMCs saudáveis ativadas por receptor de células T (TCR) foi avaliada. Em um painel de células de nove doadores de PBMC saudáveis, a incubação com o Composto 2 na presença de estimulação de anticorpo anti-CD3 por 72 horas induziu a secreção de IL-2 com uma concentração que induz metade do efeito máximo (EC50) média de 14 pM (FIG. 20). Este aumento na secreção de citocinas foi evidente 24 horas após a introdução do Composto 2, com o pico da produção de citocinas efetoras induzida pelo Composto 2 sendo 5,5 vezes para IL-2, 4,5 vezes para interferon gama (IFN-γ) e 2 vezes para o fator de necrose tumoral alfa (TNF-α) mais do que o controle do veículo (FIG. 21A-FIG. 21C, respectivamente). Estes dados demonstram que o Composto 2 pode ativar células T e estimular sua secreção de citocinas, como TNF-α, IFN-γ e IL-2. Além disso, esses dados mostram que essas citocinas podem servir como biomarcadores para células T ativadas em resposta ao Composto 2. Exemplo 13: Degradação de Substrato Induzida Pelo Composto 2 em Células
T
[0620] Os efeitos do Composto 2 na degradação de Ikaros em células T CD4+ e CD8+ ao longo de um período de 72 horas foram investigados. A capacidade do Composto 2 de induzir a liberação de citocina efetora correlacionou-se com a degradação de Ikaros em células T CD4+, um conhecido repressor transcricional de IL-2 (FIG. 22A-FIG. 22C). Em células T CD4+, após 24 horas, o tratamento com Composto 2 demonstrou degradação robusta de Ikaros (IC50 = 0,0003 μM em 24 horas) (FIG. 22A). Na população de células T CD8+, a potência também foi observada, com o Composto 2 exibindo uma IC50 de 0,0005 μM em 24 horas (dados não mostrados). A capacidade do Composto 2 de degradar Ikaros também foi observada no ponto de tempo de 48 e 72 horas nas populações de células T CD4+ (FIG. 22B e FIG. 22C) e CD8+ (dados não mostrados). Estes dados demonstram que o Composto 2 degrada Ikaros em células T, o que se correlaciona com a indução da liberação de citocinas efetoras. Assim, Ikaros e Aiolos podem servir como biomarcadores de ativação de células T. Exemplo 14: Efeito do Composto 2 em Combinação com Dexametasona na Indução de Imunomodulação/Interleucina-2
[0621] O efeito do Composto 2 em combinação com diferentes concentrações de dexametasona na capacidade das PBMCs de produzir IL-2 foi explorado. Células mononucleares do sangue periférico de 4 doadores saudáveis foram pré-incubadas com Composto 2 por 2 horas antes de serem estimuladas com grânulos revestidos de anticorpo anti-CD3 por mais 72 horas. Quando usado em combinação com 10 nM de dexametasona, o Composto 2 ainda foi capaz de induzir IL-2 a um nível pelo menos 10 vezes acima do controle de veículo, com a resposta de pico alcançada em 0,01 nM de Composto 2 (FIG. 23C). No entanto, a combinação do Composto 2 com concentrações mais altas de dexametasona
(100 nM), mostrou pouca indução de IL-2 acima da avaliação inicial.
[0622] Tomados em conjunto, estes dados indicam que a atividade imunomoduladora do Composto 2 foi mantida na presença de níveis baixos (10 nM) de dexametasona, onde uma sinergia notável na morte autônoma de células de MM foi observada com o Composto 2. Exemplo 15. Avaliações de Farmacodinâmica, Eficácia e Preditivas Usando Biomarcadores
[0623] Os critérios de avaliação da farmacodinâmica (PD), da eficácia e preditivos podem ser avaliados por meio da análise de vários biomarcadores no sangue e na medula óssea de um paciente. Os biomarcadores a serem avaliados incluem degradação de Aiolos e Ikaros; perfil de citocinas após estimulação ex vivo; análise fenotípica de células imunológicas (por exemplo Células T); níveis de expressão de CRBN, Aiolos, Ikaros, linfócitos infiltrantes de tumor (TILs), c- Myc, IRF4, c-Caspase3; citogenética, mutações e clonalidade de TCR; BCMA solúvel, cadeia leve livre (FLC) e células tumorais circulantes (CTCs).
[0624] Um aspirado de medula óssea (BMA) é obtida de um paciente antes do tratamento, durante o tratamento e após o término do estudo. Aproximadamente 6 mL de BMA são coletados, e 1 mL de coágulo de BMA fixo no sítio clínico é usado para imuno-histoquímica (IHC) para avaliar os níveis de expressão de CRBN, Aiolos, Ikaros, ZFP91, c-Myc, IRF4, c-Caspase- 3, bem como TILs, tal como biomarcadores. O BMA restante é então submetido a seleção de CD138+ para isolar as células de mieloma, e as frações CD138- e CD138+ são coletadas. Uma porção das células CD138+ é usada para hibridização fluorescente in situ (FISH). As células CD138+ restantes são priorizadas em alíquotas para isolamento e análise de RNA e DNA, análise de FISH adicional e células CD138+ congeladas de forma viável. Células mononucleares da medula óssea (BMMNCs) são isoladas da fração CD138- por centrifugação em gradiente de densidade ficoll. As BMMNCs de CD138- são priorizadas em alíquotas para isolamento e análise de RNA e DNA, perfil imunológico de células CD138- congeladas de forma viável e pélete de células congeladas para clonalidade de TCR.
[0625] O sangue total dos pacientes também é analisado. Isolam-se células mononucleares do sangue periférico (PBMCs) e/ou soro/plasma das amostras. O sangue total também é usado diretamente para a análise de alguns biomarcadores.
[0626] A análise do sangue total pode ser usada para determinar a ativação das células T como um biomarcador. O sangue é extraído na triagem e durante o tratamento para todos os cronogramas. O sangue é extraído em um tubo TruCulture contendo anticorpo anti-CD3 para estimular as células T. O tubo é incubado a 37 °C durante 42 ± 4 hr. O meio é separado das células e congelado a -70 °C. As amostras são analisadas quanto à ativação de células T usando um painel de citocinas customizado (Myriad RBM, Inc.), que inclui citocinas indicativas de ativação de células T, como interferon gama (IFNγ), fator de necrose tumoral alfa (TNFα) e interleucina- 2 (IL-2).
[0627] O soro é isolado do sangue total, e o BCMA solúvel (sBCMA) é medido por ELISA como um biomarcador antes e durante o tratamento em todos os ciclos e cronogramas. Além disso, a cadeia leve livre de soro (sFLC) é medida como um biomarcador nas mesmas amostras de soro que o sBCMA. O teste FreeLite será usado para medir a razão entre a cadeia leve kappa e a cadeia leve lambda (razão k/l).
[0628] PBMCs isoladas do sangue total são analisadas quanto à expressão de proteínas dos biomarcadores Aiolos e Ikaros por FACS e/ou ELISA. O isolamento de PBMC para medir os níveis de expressão desses biomarcadores é realizado em pacientes que estão inscritos em todos os cronogramas no dia 1,
durante o tratamento, bem como no final do estudo.
[0629] Além disso, a análise de biomarcador das PBMCs inclui imunofenotipagem após a coleta de amostras de sangue total antes e durante o tratamento. A modulação imunológica é avaliada por ensaios FACS para subconjuntos de células T (CD3, CD4, CD8, Treg, Teff, Tmem), células B e células NK.
[0630] Finalmente, a quantidade de células tumorais circulantes (CTCs) presentes no sangue periférico é quantificada como um biomarcador. CTC são identificadas e analisadas por ensaios FACS usados para avaliações de doença residual mínima (MRD). Para todos os cronogramas, as CTCs são medidas no sangue no dia 1 e durante o tratamento.
[0631] Os biomarcadores são usados para determinar a atividade de combinação do Composto 2 com dexametasona em dose baixa e para avaliar os cronogramas de dosagem do Composto 2. Além disso, a eficácia do Composto 2 em combinação com dexametasona em comparação com outros compostos moduladores de cereblon é avaliada de acordo com os biomarcadores. Coletivamente, a avaliação desses biomarcadores pode instruir a seleção de pacientes, programar a orientação, prever a resposta à terapia e/ou determinar a eficácia do tratamento. Exemplo 16: Uso de Biomarcadores Para Alterar os Cronogramas de Tratamento Para Mieloma Múltiplo Reincidente e Refratário
[0632] Os biomarcadores fornecidos neste documento podem ser usados para determinar se o tratamento deve ser alterado, tal como estendendo o cronograma ou encurtando o cronograma. A avaliação da repressão de Aiolos/Ikaros e a ativação e proliferação de células T podem orientar o cronograma de tratamento.
[0633] Para determinar se a dose ideal foi alcançada, o sangue é coletado durante o tratamento, as PBMCs são isoladas, e a repressão de Aiolos/Ikaros é medida por FACS. Em um cenário, a quantidade de recuperação de Aiolos/Ikaros acima do fundo do ensaio é <15%. Além disso, a IHC mostra que a correlação da repressão de Aiolos/Ikaros na medula óssea em vários níveis de dose suporta que a supressão de Aiolos na medula óssea também está dentro de 15% do piso do ensaio. Além disso, há pouca ou nenhuma resposta de PD adicional em comparação com o próximo nível de dose mais baixo, sugerindo que os efeitos de PD estão saturados. A medição da ativação e proliferação de células T é determinada avaliando o aumento de CD25 solúvel no soro/plasma, bem como o aumento de Ki67 em células CD8+ e CD4+. Os resultados que indicam que a ativação e proliferação de células T se estabilizam com a dose e que não há perda de populações de Teff indicam que a dosagem ideal foi alcançada. A ausência de neutropenia de grau 3 ou superior também demonstra que a PD está otimizada e indica que o cronograma pode ser estendido ao invés de se aumentar a dose. Nesse cenário, os biomarcadores indicam que a dose biológica ideal foi alcançada, e o cronograma pode continuar sem alteração.
[0634] Alternativamente, os dados do biomarcador podem indicar que o cronograma requer alteração. Em um cenário diferente, os resultados após o tratamento com o cronograma de dosagem podem indicar que o nível de expressão da proteína dos biomarcadores Aiolos/Ikaros recuperados é mais de 15% acima do fundo durante o tratamento em PBMC e/ou BM. Adicionalmente, pode ser observada uma ausência de uma estabilização para suprimir a expressão do biomarcador Aiolos em PBMC e/ou BM em doses crescentes. Além disso, a avaliação da ativação e proliferação das células T como um biomarcador pode indicar que a ativação das células T não está maximizada. Isso sugere que os efeitos da PD não foram otimizados no cronograma de tratamento MTD. A adição de neutropenia inaceitável e uma recuperação incompleta ou ausente da
ANC durante o tratamento indicam que o intervalo de tempo de repouso fornecido com o cronograma de tratamento é insuficiente para permitir recuperação suficiente da maturação dos neutrófilos. Portanto, o cronograma pode ser reduzido para aumentar o intervalo de tempo de recuperação e retomar o aumento da dose. Coletivamente, esses dois cenários demonstram que os biomarcadores podem instruir no cronograma do tratamento do paciente com um modulador de cereblon para mieloma múltiplo. Exemplo 17: Uso de Biomarcadores Para Seleção de Pacientes e Como Marcadores Preditivos Para o Tratamento de Mieloma Múltiplo Reincidente e Refratário com Moduladores de Cereblon
[0635] Biomarcadores também podem ser usados para definir a seleção do paciente e para prever a resposta ou resistência ao tratamento de mieloma múltiplo reincidente/refratário com o modulador de cereblon, tal como o Composto 2, ou um enantiômero, uma mistura de enantiômeros, um tautômero ou um sal farmaceuticamente aceitável.
[0636] Amostras de medula óssea são coletadas antes do tratamento para fins de triagem durante o tratamento e após o término do estudo. Aproximadamente 6 mL de BMA são coletados, e o fracionamento de CD138 pode ser realizado. Além disso, a testagem de fármacos ex vivo pode ser realizada nas amostras primárias. Os dados ex vivo podem ser integrados aos dados clínicos coletados das populações de CD138. Coletivamente, os dados que são coletados dos biomarcadores podem servir para definir a seleção do paciente para tratamento com os compostos. Exemplo 18: Um Estudo Aberto Multicêntrico de Fase 1 Para Avaliar a Segurança, a Farmacocinética e a Eficácia Preliminar do Composto 2 em Combinação com Dexametasona em Sujeitos com Mieloma Múltiplo Reincidente e Refratário
[0637] Indicação: Mieloma múltiplo reincidente e refratário (RRMM).
[0638] Objetivos Primários: Para avaliar a farmacocinética (PK), a segurança/tolerabilidade e definir a dose máxima tolerada (MTD)/dose da Parte 2 recomendada (RP2D) do Composto 2 em combinação com dexametasona em conjunto com um mínimo de dois cronogramas de dosagem do Composto 2.
[0639] Objetivos Secundários: Para avaliar a eficácia preliminar do Composto 2 em combinação com dexametasona. Projeto do Estudo
[0640] Este é um estudo de Fase 1 internacional multicêntrico aberto para avaliar a segurança, a PK/PD e a eficácia preliminar do Composto 2 em combinação com dexametasona em sujeitos com RRMM. Pacientes com RRMM previamente tratados com pelo menos 3 regimes anteriores, incluindo lenalidomida ou pomalidomida, um inibidor de proteassoma e um anticorpo anti-CD38 serão elegíveis.
[0641] O estudo será realizado em duas partes: a Parte 1 avaliará a PK/PD e a segurança de doses crescentes do Composto 2 com dexametasona em dose padrão concomitante e determinará a MTD/RP2D da combinação quando administrada de acordo com um mínimo de dois cronogramas de dosagem diferentes. A Parte 2 consistirá em uma ou mais coorte(s) de expansão de braço único do Composto 2 na RP2D mais dexametasona por um ou mais cronogramas de dosagem. Além das avaliações de segurança, PK e PD, todos os sujeitos serão submetidos a avaliações de resposta mensais de acordo com os Critérios de Resposta Uniformes do International Myeloma Working Group (IMWG) (Rajkumar et al., Blood, 2011, 117(18):4691-5; Kumar et al., Lancet Oncol., 2016,17(8):e328-e346) e pode continuar o tratamento do estudo até a progressão da doença, a toxicidade intolerável ou a decisão do médico ou do sujeito de descontinuar o tratamento do estudo.
[0642] O estudo será realizado em conformidade com os Requisitos Técnicos para Registro de Produtos Farmacêuticos para Uso Humano/Boas Práticas Clínicas (GCP) do Conselho Internacional de Harmonização (ICH) e os requisitos regulamentares aplicáveis. Parte 1 (Aumento da Dose)
[0643] Coortes de sujeitos com RRMM receberão doses crescentes do Composto 2 mais uma dose fixa de dexametasona (40 mg/dose; 20 mg/dose em sujeitos ≥ 75 anos) a fim de avaliar sua segurança, os perfis de MTD/RP2D e PK/PD. Um mínimo de dois cronogramas de dosagem diferentes serão avaliados na Parte 1, o primeiro consistindo em 10 dias consecutivos de dosagem uma vez ao dia (QD), seguidos por 4 dias sem tratamento x 2 a cada ciclo de 28 dias (referido como o cronograma 20/28). O segundo cronograma consistirá em uma dosagem de duas vezes ao dia (BID) por 3 dias consecutivos, seguidos por 11 dias sem tratamento do estudo x 2 a cada ciclo (referido como o cronograma 6/28). As coortes de dose inicial receberão 0,1 mg/dia de Composto 2 QD no cronograma 20/28 e 0,2 mg BID no cronograma 6/28. Alternar entre os cronogramas de dosagem não será permitido. Cronogramas de dosagem adicionais envolvendo doses diárias (QD) ou duas vezes ao dia (BID) de dosagem do Composto 2 seguidas por dias sem tratamento x 2 por ciclo de 28 dias (por exemplo, 5 dias QD ou BID de dosagem seguidos por 9 dias sem tratamento x 2 por ciclo de 28 dias, ou 7 dias QD ou BID de dosagem seguidos por 7 dias sem tratamento x 2 por ciclo de 28 dias, e 21 dias de dosagem diária seguidos por 7 dias sem tratamento por ciclo de 28 dias) podem ser explorados após a revisão dos resultados de segurança e de PK/PD em associação com os cronogramas 20/28 e 6/28 inicialmente e os cronogramas testados subsequentes.
[0644] Para todos os cronogramas de dosagem, o Ciclo 1, Dias 1-28 constituirá o período de avaliação da toxicidade limitante de dose (DLT) para fins de determinação de MTD. Os sujeitos poderão ser avaliados quanto à DLT se receberem a dose prescrita do Composto 2 em pelo menos 16 dos 20 dias de dosagem no cronograma 20/28 e pelo menos 5 dos 6 dias de dosagem (10 doses) no cronograma 6/28 (ou pelo menos 80% da dose prescrita nos cronogramas alternativos) no Ciclo 1 ou apresentarem uma DLT. Sujeitos que não podem ser avaliados quanto à DLT serão substituídos.
[0645] Em cada esquema, coortes de três ou mais sujeitos receberão o Composto 2 em doses que aumentarão em incrementos de 100% em coortes sucessivas até a ocorrência de dois eventos adversos emergentes do tratamento de Grau 2 que não podem ser clara e incontestavelmente atribuídos a causas estranhas. Posteriormente, os aumentos de dose que não excedam 50% ocorrerão até a ocorrência de uma primeira DLT. Uma metodologia de aumento de dose Bayesiana usando regressão logística será utilizada após a ocorrência de uma primeira DLT em qualquer cronograma de dosagem, com a dose atribuída do Composto 2, número de doses por dia (QD vs BID) e número de dias de dosagem consecutivos para cada cronograma como covariáveis.
[0646] O aumento da dose intrassujeito não será permitido durante o período de avaliação de DLT, no entanto, no Ciclo 2 e além, os sujeitos que estão tolerando sua dose atribuída do Composto 2 podem aumentar para o nível de dose mais alto demonstrado como sendo adequadamente tolerado por pelo menos uma coorte de sujeitos dentro do cronograma de dosagem atribuído. Parte 2 (Expansão da Coorte)
[0647] Após a conclusão da Parte 1, um estudo de expansão de braço único do Composto 2 mais dexametasona será realizado em 20 sujeitos por um ou mais cronograma(s) de dosagem para avaliar ainda mais sua segurança, sua PD e sua eficácia na RP2D e no cronograma. População do Estudo
[0648] Sujeitos de ≥ 18 anos de idade com RRMM que são refratários à sua última linha de tratamento, previamente tratados com pelo menos 3 regimes anteriores, incluindo lenalidomida ou pomalidomida, um inibidor de proteassoma e um anticorpo anti-CD38, possuem um Status de Desempenho do Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG PS) 0-2, doença mensurável e medula óssea, função renal e cardíaca adequadas podem ser inscritos. Sujeitos com um histórico de transplante alogênico, MM oligossecretor ou não oligossecretor, leucemia de células plasmáticas ou MM refratário primário (ou seja, nenhum histórico de pelo menos uma resposta pequena a um regime de tratamento anterior) são excluídos. Número de Sujeitos
[0649] Aproximadamente 120 sujeitos com RRMM da América do Norte e da Europa serão inscritos. Aproximadamente 80 sujeitos serão alocados em um dos dois cronogramas de dosagem (QD ou BID) para determinar o MTD/RP2D com dexametasona concomitante para cada cronograma na Parte 1. Vinte sujeitos por cronograma de dosagem (n = 40 no total) serão inscritos na Parte 2 para receber o Composto 2 na MTD/RP2D com dexametasona.
[0650] As estimativas do número de sujeitos inscritos na Parte 1 são baseadas nas seguintes suposições: 40 sujeitos para cada cronograma de dosagem, incluindo um mínimo de 9 sujeitos tratados na MTD/RP2D para cada cronograma. As estimativas do número de sujeitos inscritos na Parte 2 pressupõem 20 sujeitos por cronograma de dosagem. Essas estimativas podem ser modificadas com base no número real de coortes, sujeitos por coorte inscritos em cada cronograma de dosagem (Parte 1) e se cronogramas de dosagem adicionais são avaliados na Parte 2.
Critérios de Inclusão
[0651] Os sujeitos devem atender os seguintes critérios para serem inscritos no estudo:
[0652] O sujeito tem ≥ 18 anos no momento da assinatura do termo de consentimento informado (ICF).
[0653] O sujeito deve compreender e assinar voluntariamente um ICF antes de realizar quaisquer avaliações/procedimentos relacionados ao estudo.
[0654] O sujeito deve estar disposto e capaz de cumprir com o cronograma de visita do estudo e outros requisitos protocolares.
[0655] Pontuação do status de desempenho do Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) de 0, 1 ou 2.
[0656] Os sujeitos devem ter um diagnóstico documentado de MM e doença mensurável no momento da inscrição. A doença mensurável é definida como: (a) quantidades de proteína M ≥ 0,5 g/dL por sPEP; ou (b) ≥ 200 mg/coleta de urina de 24 horas por uPEP; ou (c) níveis séricos de FLC > 100 mg/L, cadeia leve envolvida e uma razão kappa/lambda (κ/λ) anormal em indivíduos sem soro mensurável ou proteína M na urina; ou(d) para indivíduos com imunoglobulina classe A (IgA), mieloma cuja doença só pode ser medida de forma confiável por medição quantitativa de imunoglobulina, um nível de IgA sérico ≥ 0,50 g/dL.
[0657] Todos os sujeitos devem ter: (a) recebido pelo menos 3 regimes anti- mieloma anteriores, incluindo pelo menos 2 ciclos consecutivos de lenalidomida, pomalidomida, um inibidor de proteassoma, um glicocorticoide e um anticorpo CD38 (nota: indução com ou sem transplante de medula óssea e com ou sem terapia de manutenção é considerada um regime); (b) progressão da doença documentada em ou dentro de 60 dias a partir da última dose de sua última terapia de mieloma; (c) além dos critérios acima (a e b), os sujeitos inscritos na Parte 2 devem ter doença refratária a um agente imunomodulador
(lenalidomida e/ou pomalidomida), um glicocorticoide, um inibidor de proteassoma e um anticorpo CD38. Entende-se que uma doença refratária é uma doença que não responde à terapia (falha em atingir uma resposta mínima ou desenvolvimento de doença progressiva) ou progride dentro de aproximadamente 60 dias após a última dose.
[0658] Os sujeitos devem ter os seguintes valores laboratoriais: (a) Contagem absoluta de neutrófilos (ANC) ≥ 1,25 x 109/L sem suporte de fator de crescimento por ≥ 7 dias (≥ 14 dias para pegfilgrastim). ANC de ≥ 1,00 x 109/L é permitida para a coorte de expansão de dose (Parte 2); (b) Hemoglobina (Hgb) ≥ 8 g/dL; (c) Plaquetas (plt) ≥ 75 x 109/L sem transfusão por ≥ 7 dias; (d) Cálcio sérico corrigido ≤ 13,5 mg/dL (≤ 3,4 mmol/L); (e) depuração de creatina (CrCl) de 24 hr ≥ 45 mL/min; (f) AST/SGOT e ALT/SGPT ≤ 3,0 x limite superior do normal (ULN); (g) Bilirrubina sérica ≤ 1,5 x ULN ou < 3,0 mg/dL para sujeitos com sindrome de Gilbert documentada; (h) Ácido úrico ≤ 7,5 mg/dL (446 µmol/L); (i) PT/INR < 1,5 x ULN e tempo de tromboplastina parcial (PTT) < 1,5 x ULN, (para sujeitos que não estão recebendo anticoagulação terapêutica). Nota: Os sujeitos que recebem terapia para um evento tromboembólico que ocorreu >3 meses antes da inscrição são elegíveis, desde que estejam em um regime estável anticoagulação com varfarina, heparina de baixo peso molecular ou outro regime terapêutico anticoagulação ou antiplaquetário aprovado.
[0659] Mulheres com potencial para engravidar (FCBP) devem: (a) Ter dois testes de gravidez negativos conforme verificado pelo Investigador antes de iniciar a terapia do estudo. Ela deve concordar com o teste de gravidez contínuo durante o curso do estudo e após a descontinuação do Composto 2. Isso se aplica mesmo se o sujeito praticar abstinência contínua de contato heterossexual; (b) Comprometer-se com a abstinência contínua de contato heterossexual (que deve ser revista mensalmente e a fonte documentada) ou concordar em usar, e ser capaz de se manter em conformidade com, duas formas confiáveis de contracepção fornecidas ao sujeito no momento de consentimento informado, sem interrupção, 28 dias antes do início do uso do Composto 2, durante a terapia do estudo (incluindo durante as interrupções da dose) e por 28 dias após a descontinuação da terapia do estudo. Nota: Uma mulher com potencial para engravidar (FCBP) é uma mulher que: 1) atingiu a menarca em algum momento e, 2) não foi submetida a uma histerectomia ou ooforectomia bilateral, ou 3) não foi naturalmente pós-menopáusica (amenorreia após terapia contra o câncer não elimina o potencial para engravidar) por pelo menos 24 meses consecutivos (ou seja, menstruou em qualquer momento nos 24 meses consecutivos anteriores).
[0660] Os sujeitos do sexo masculino devem: Praticar abstinência contínua (que deve ser revista mensalmente) ou concordar com o uso de preservativo durante o contato sexual com uma mulher grávida ou com potencial para engravidar enquanto participa do estudo (mesmo durante interrupções de dose) e por pelo menos 3 meses após a descontinuação do Composto 2 fornecido ao sujeito no momento do consentimento informado, mesmo se ele tiver sido submetido a uma vasectomia efetiva. A abstinência contínua é aceitável quando está alinhada com o estilo de vida preferido e usual do sujeito. A abstinência periódica (por exemplo, calendário, ovulação, métodos sintotérmicos, pós- ovulação) e coito interrompido (retirada) não são métodos aceitáveis de contracepção.
[0661] Os homens devem concordar em se abster de doar esperma durante o uso do Composto 2 e por 90 dias após sua descontinuação. As mulheres devem concordar em se abster de doar óvulos durante o uso do Composto 2 e por 28 dias após sua descontinuação.
[0662] Todos os sujeitos devem concordar em se abster de doar sangue durante o uso do Composto 2 e por 28 dias após sua descontinuação. Critérios de Exclusão
[0663] A presença de qualquer um dos seguintes itens excluirá o sujeito da inscrição:
[0664] O sujeito possui uma condição médica, anormalidade laboratorial ou doença psiquiátrica significativas que impeçam o sujeito de participar do estudo.
[0665] O sujeito possui qualquer condição, incluindo a presença de anormalidades laboratoriais, que coloque o sujeito em risco inaceitável caso participasse do estudo.
[0666] O sujeito possui qualquer condição que confunda a capacidade de interpretar dados do estudo.
[0667] O sujeito possui mieloma múltiplo oligossecretor ou não oligossecretor.
[0668] O sujeito possui mieloma múltiplo primário refratário (ou seja, nenhum histórico de pelo menos uma resposta pequena a um regime de tratamento anterior).
[0669] O sujeito possui leucemia de células plasmáticas ou mielomatose leptomeníngea ativa.
[0670] O sujeito documentou amiloidose de cadeia leve sistêmica ou Polineuropatia, Organomegalia, Endocrinopatia, Gamopatia monoclonal e Síndrome de alterações cutâneas (POEMS).
[0671] O sujeito possui mieloma de imunoglobulina classe M (IgM).
[0672] O sujeito possui um histórico de transplante de medula óssea alogênico.
[0673] O sujeito está sendo submetido a diálise.
[0674] Sujeitos com neuropatia periférica ≥ Grau 2.
[0675] Sujeitos com doenças gastrointestinais que podem alterar significativamente a absorção do Composto 2.
[0676] O sujeito possui função cardíaca prejudicada ou doença cardíaca clinicamente significativa, incluindo qualquer uma das seguintes: (a) LVEF < 45% conforme determinada por ECHO ou varredura MUGA na Triagem; (b) Bloqueio completo do ramo esquerdo do feixe, bloqueio bifascicular ou outro achado eletrocardiográfico (ECG) anormal clinicamente significativo na Triagem; (c) Um prolongamento do intervalo QT no ECG de Triagem conforme definido pela demonstração repetida de um intervalo QTc >480 milissegundos (ms) usando a fórmula de correção de QT de Fredericia; um histórico ou fatores de risco presentes para Torsades de Pointe (por exemplo, insuficiência cardíaca, hipocalemia ou um histórico familiar de Síndrome de QT Longo); e administração concomitante de medicamentos que prolongam o intervalo QT/QTc; (d) Insuficiência cardíaca congestiva (Classe III ou IV da New York Heart Association); (e) Enfarte do miocárdio ≤ 6 meses antes do início do uso do Composto 2; (f) Angina pectoris instável ou mal controlada, incluindo a variante de Prinzmetal da angina pectoris.
[0677] Administração simultânea de moduladores fortes de CYP3A.
[0678] O sujeito teve tratamento mieloma sistêmico prévio com um agente experimental (por exemplo, anti-PD-1, anti-PD-L1) ≤ 5 meias-vidas antes de iniciar o Composto 2; o sujeito teve exposição prévia a terapias de mieloma aprovadas (incluindo anticorpos monoclonais terapêuticos, tais como anti-CD38 ou anti-SLAM-7) ≤ 5 meias-vidas ou dentro de 4 semanas antes do início do Composto 2, o que for mais curto.
[0679] O sujeito passou por uma cirurgia complexa ≤ 2 semanas antes de iniciar o Composto 2. Nota: Os sujeitos devem ter se recuperado de quaisquer efeitos clinicamente significativos da cirurgia recente.
[0680] O sujeito é uma mulher grávida ou amamentando, ou pretende engravidar ou doar óvulos durante a participação no estudo.
[0681] O sujeito possui infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) conhecida.
[0682] O sujeito possui infecção crônica pelo vírus da hepatite B ou C (HBV/HCV).
[0683] O sujeito possui um histórico de segundo câncer concomitante que requer tratamento sistêmico contínuo.
[0684] Os sujeitos possuem um histórico de malignidade prévia diferente de MM, exceto se o sujeito estiver livre da doença por ≥3 anos OU o sujeito teve uma das seguintes malignidade não invasivas tratadas com intenção curativa sem recorrência conhecida: (a) Carcinoma basocelular ou escamoso da pele; (b) Carcinoma in situ do colo do útero ou da mama; (c) câncer de bexiga de estágio 1; (d) Achados histológicos incidentais de câncer de próstata localizado, tal como tumor em estágio 1a ou 1b (T1a ou T1b) usando a classificação Tumor/Nódulo/Metástase (TNM) de tumores malignos OU câncer de próstata que foi tratado com intenção curativa.
[0685] O sujeito possui um histórico de anafilaxia a talidomida, lenalidomida, pomalidomida ou dexametasona.
[0686] O sujeito possui hipersensibilidade conhecida ou suspeita aos excipientes (os excipientes incluem sililato de dimetila de sílica, dióxido de silício coloidal anidro, manitol, ácido fumárico e ácido esteárico) contidos na formulação do Composto 2 ou dexametasona.
[0687] O sujeito foi submetido a qualquer um dos seguintes dentro de 14 dias após o início do uso do Composto 2: (a) Plasmaférese; (b) Radioterapia diferente de terapia local para alívio sintomático de lesões ósseas associadas a MM.
[0688] O sujeito recebeu medicação imunossupressora dentro de 14 dias antes da primeira dose do Composto 2. Os seguintes são exceções a este critério: (a) Injeções intranasais, inaladas, tópicas ou locais de corticosteroides (por exemplo, injeção intra-articular); (b) Corticosteroides sistêmicos em doses que não excedam 10 mg/dia de prednisona ou equivalente; (c) Esteroides como pré- medicação para reações de hipersensibilidade (por exemplo, pré-medicação por tomografia computadorizada [CT]).
[0689] O sujeito é incapaz ou não deseja se submeter à profilaxia de tromboembolismo venoso (TEV) exigida pelo protocolo. Duração do Estudo
[0690] Espera-se que a duração média de participação no estudo por sujeito seja de aproximadamente 6 meses. A inscrição completa deverá levar aproximadamente 21 meses para ser concluída (18 meses para a Parte 1 e 3 meses para a Parte 2). A conclusão do tratamento ativo e do acompanhamento pós-tratamento devem levar de 6 a 12 meses adicionais. Espera-se que o estudo todo prossiga por aproximadamente 33 meses.
[0691] O Fim do Ensaio é definido como a data da última visita do último sujeito para completar o acompanhamento pós-tratamento ou a data de recebimento do último ponto de dados do último sujeito que é necessário para as análises primária, secundária e/ou exploratória, conforme pré-especificado no protocolo, o que acontecer por último. Tratamentos do Estudo
[0692] O Composto 2 será administrado oralmente, sendo QD para sujeitos inscritos no cronograma 20/28 (ou cronogramas QD alternativos) ou BID para sujeitos inscritos no cronograma 6/28 (ou cronogramas BID alternativos). Para sujeitos inscritos no cronograma de dosagem QD, o Composto 2 deve ser administrado pela manhã com pelo menos 240 mL (mililitros) de água após um jejum noturno com duração de pelo menos 6 horas. Os sujeitos devem evitar a ingestão de alimentos ou outros medicamentos por pelo menos 2 horas após cada dose matinal. Os sujeitos inscritos no cronograma BID seguirão as instruções acima mencionadas, conforme descrito para o cronograma QD para a primeira dose de cada dia de dosagem. A segunda dose deve ser administrada 12 ± 2 horas após a dose matinal, pelo menos 4 horas após e 2 horas antes da ingestão de alimentos.
[0693] Para ambos os cronogramas de dosagem, a dexametasona pode ser administrada com o Composto 2 em jejum ou pelo menos 2 horas após o Composto 2 juntamente com alimentos (exceto nos dias de avaliação de PK, quando ambos devem ser administrados ao mesmo tempo). Visão Geral das Principais Avaliações de Eficácia
[0694] A variável de eficácia primária é a melhor taxa de resposta geral (ORR) definida como a porcentagem de sujeitos cuja melhor resposta é ≥ PR, conforme determinado pelos Critérios de Resposta Uniformes do IMWG (Rajkumar et al., Blood, 2011, 117(18):4691-5; Kumar et al., Lancet Oncol., 2016,17(8):e328-e346). Os sujeitos serão submetidos a avaliações de resposta mensalmente. A resposta do mieloma será determinada pelo pesquisador do local do estudo com base em investigações laboratoriais (eletroforese de proteínas séricas [sPEP], eletroforese de proteínas na urina [uPEP], eletroforese de imunofixação [IFE], níveis de cadeia leve livre sérica [sFLC], imunoglobulina A quantitativa [IgA] , medula óssea para quantificação de células plasmáticas, conforme apropriado) avaliadas em um laboratório central de referência e/ou localmente, (ou seja, cálcio sérico corrigido, tomografia computadorizada [CT], tomografia por emissão de pósitrons/varredura computadorizada [PET/CT] ou geração de imagens por ressonância magnética [MRI] para avaliação de plasmocitoma e/ou CT, PET/CT, MRI ou levantamento esquelético para avaliação de lesão óssea). As variáveis de eficácia adicionais incluem o tempo de resposta, a duração da resposta e a sobrevida livre de progressão.
[0695] Todos os sujeitos de segurança com uma avaliação inicial válida e pelo menos uma avaliação de resposta pós-avaliação inicial serão incluídos nas análises de eficácia. Se o tratamento for interrompido por outras razões que não a progressão da doença, os sujeitos serão solicitados a continuar as avaliações de resposta de acordo com o cronograma de avaliação especificado até a progressão, retirada do consentimento, morte ou início de nova terapia antimieloma sistêmica, o que ocorrer primeiro. Visão Geral das Principais Avaliações de Segurança
[0696] As variáveis de segurança para este estudo incluem eventos adversos emergentes do tratamento (TEAEs) e variações em comparação com a avaliação inicial em achados físicos/sinais vitais, analitos de laboratório selecionados e eletrocardiogramas (ECGs) de 12 derivações. Métricas de segurança adicionais incluem a extensão da exposição ao tratamento do estudo (Composto 2 e dexametasona), avaliações do uso de medicação concomitante e teste de gravidez para mulheres com potencial para engravidar (FCBP). Visão Geral das Avaliações Farmacocinéticas
[0697] Os perfis de PK (dose inicial e estado estacionário) serão avaliados para o Composto 2, seu enantiômero R (Composto 3) e dexametasona. As análises de exposição-resposta podem ser conduzidas, conforme apropriado, para auxiliar na identificação da RP2D do Composto 2. Visão Geral das Avaliações Farmacodinâmicas
[0698] Os biomarcadores serão avaliados no sangue e na medula óssea na avaliação inicial e em pontos de tempo especificados durante o tratamento do estudo. Variações em comparação com a avaliação inicial nos níveis de Aiolos e Ikaros em células mononucleares do sangue periférico (PBMCs) e células de mieloma na medula óssea, fenótipos imunes de sangue periférico e medula óssea e níveis de citocinas pró-inflamatórias (por exemplo, interleucina – 2 [IL- 2], interferon-gama [IFN-γ]) em função da dose e do cronograma serão avaliados. A quantificação longitudinal dos níveis de sFLC e antígeno de maturação de células B solúveis (sBCMA), bem como das células tumorais circulantes, será realizada como meio de avaliar os efeitos do tratamento precoce. Variações em comparação com a avaliação inicial na expressão de cereblon e marcadores a jusante (por exemplo, c-Myc, IRF-4), bem como a expressão gênica em células de mieloma, serão avaliadas como meios para identificar marcadores potenciais de resposta e resistência ao Composto 2 mais dexametasona. Finalmente, a detecção de MRD será realizada em sujeitos submetidos à avaliação da medula óssea para confirmação de uma resposta completa (CR).
[0699] Estimativas de pontos e intervalos de confiança de 95% de dois lados das Taxas de Resposta Gerais (ORRs) serão relatados. As variáveis de eficácia adicionais incluem a duração da resposta, o tempo de resposta e a sobrevivência livre de progressão (PFS). Os resultados de eficácia serão resumidos usando tabulações de frequência para variáveis categóricas ou estatísticas descritivas para variáveis de tempo até o evento. As análises de eficácia serão relatadas para as Populações de Segurança e Eficácia Avaliáveis (SE), com resultados da População de EE considerados primários. Resultados provisórios da análise farmacodinâmica.
[0700] A expressão de Aiolos foi medida por citometria de fluxo em células T CD3+ antes e durante o tratamento com Composto 2 em dois cronogramas de dosagem diferentes (administração QD nos dias 1 a 10 e dias 15 a 24 de um ciclo de 28 dias, e administração BID nos dias 1 a 3 e dias 15 a 17 de um ciclo de 28 dias). Conforme mostrado na FIG. 24A e na FIG. 24B, a degradação de Aiolos foi dependente da dose e recuperada durante as interrupções da dosagem do composto em ambos os cronogramas.
[0701] A expressão de Ikaros foi medida por citometria de fluxo em células T CD3 + antes e durante o tratamento do Composto 2 em dois esquemas de dosagem diferentes (administração QD nos dias 1 a 10 e dias 15 a 24 de um ciclo de 28 dias, e administração BID nos dias 1 a 3 e dias 15 a 17 de um ciclo de 28 dias). Conforme mostrado na FIG. 25A e na FIG. 25B, a degradação de Ikaros foi dependente da dose e recuperada durante as interrupções da dosagem do composto em ambos os cronogramas.
[0702] Amostras de aspirado de medula óssea foram retiradas antes e durante o tratamento com Composto 2 (Ciclo 1). Coágulos foram feitos de cada amostra e processados em blocos fixados em formalina e integrados em parafina. Ensaios de imuno-histoquímica (IHC) foram usados para avaliar a expressão de biomarcador. As pontuações de IHC foram determinadas com base na porcentagem e intensidade da coloração positiva. Conforme mostrado nas FIG. 26A-FIG. 26E, o Composto 2 induziu a degradação de Aiolos, Ikaros e ZFP91 no compartimento do tumor. A regulação negativa de Aiolos e Ikaros resultou na diminuição da expressão de c-Myc e IRF4, o que leva à apoptose das células tumorais e pode ser usada para indicar a resposta ao tratamento com o Composto 2.
[0703] Amostras de soro foram coletadas antes e durante o tratamento com Composto 2 em pontos de tempo especificados. A expressão de sBCMA foi medida por um ensaio ELISA. Conforme mostrado na FIG. 27, o sinal de sBCMA diminuiu com o tratamento com Composto 2. As amostras de um sujeito mostraram uma diminuição de >80% em sBCMA em comparação com a avaliação inicial, e o sujeito teve uma resposta favorável ao tratamento (resposta parcial muito boa; VGPR). A extensão da diminuição e duração do efeito pode prever a resposta ao tratamento com o Composto 2.
[0704] Amostras de soro foram coletadas antes e durante o tratamento com Composto 2 em pontos de tempo especificados. A cadeia isenta de soro (sFLC) pode ser usada como uma medida de eficácia no mieloma múltiplo. A meia-vida curta da sFLC fornece uma oportunidade para acompanhar o efeito dinâmico do tratamento com composto sobre o fardo da doença. Conforme mostrado na FIG. 28, o sinal de sFLC diminuiu com o tratamento com Composto 2, indicando morte de células tumorais. Dois sujeitos apresentaram diminuição de >80% em sFLC durante o primeiro ciclo de tratamento e tiveram uma resposta favorável ao tratamento (PR e VGPR, respectivamente). A extensão da diminuição em comparação com a avaliação inicial e duração do efeito pode prever a resposta ao tratamento com o Composto 2.
[0705] As modalidades descritas acima pretendem ser meramente exemplares, e aqueles versados na técnica reconhecerão, ou serão capazes de determinar usando não mais do que experimentação de rotina, numerosos equivalentes de compostos específicos, materiais e procedimentos. Todos esses equivalentes são considerados dentro do escopo da invenção e são abrangidos pelas reivindicações anexas.

Claims (10)

REIVINDICAÇÕES
1. Método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
2. Método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
3. Método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
4. Método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
5. Método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
6. Método de identificação de um sujeito com câncer propenso a responder a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente de um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é o Composto 3:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
7. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 6, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador na amostra é maior do que o nível de referência do biomarcador.
8. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 6, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador na amostra é menor do que o nível de referência do biomarcador.
9. Uso do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes, o uso sendo caracterizado pelo fato de ser para fabricação de um medicamento para o tratamento de câncer em um sujeito, em que o sujeito foi diagnosticado como propenso a responder ao Composto 1, ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes, após apresentar níveis de biomarcadores em uma amostra obtida do sujeito diferentes de um nível de referência do biomarcador.
10. Uso do Composto 2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes, o uso sendo caracterizado pelo fato de ser para fabricação de um medicamento para o tratamento de câncer em um sujeito, em que o sujeito foi diagnosticado como propenso a responder ao Composto 2, ou tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes, após apresentar níveis de biomarcadores em uma amostra obtida do sujeito diferentes de um nível de referência do biomarcador.
11. Uso do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes, o uso sendo caracterizado pelo fato de ser para fabricação de um medicamento para o tratamento de câncer em um sujeito, em que o sujeito foi diagnosticado como propenso a responder ao Composto 3, ou tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes, após apresentar níveis de biomarcadores em uma amostra obtida do sujeito diferentes de um nível de referência do biomarcador.
12. Uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 9 a 11, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador na amostra é maior do que o nível de referência do biomarcador.
13. Uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 9 a 11,
caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador na amostra é menor do que o nível de referência do biomarcador.
14. Método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
15. Método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
16. Método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
17. Método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
18. Método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
19. Método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com ou suspeito de ter câncer a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) administrar o composto de tratamento a uma amostra obtida de um sujeito; (b) determinar o nível de um biomarcador na amostra; e (c) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for diferente do nível de referência do biomarcador obtido de uma amostra de referência; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
20. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 14 a 19, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador na amostra é maior do que o nível de referência do biomarcador.
21. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 14 a 19, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador na amostra é maior do que o nível de referência do biomarcador.
22. Método de monitoramento da eficácia de um composto de tratamento no tratamento de câncer em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado; e (b) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento de câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 1:
ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
23. Método de monitoramento da eficácia de um composto de tratamento no tratamento de câncer em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado ; e (b) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento de câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
24. Método de monitoramento da eficácia de um composto de tratamento no tratamento de câncer em um sujeito, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado; e (b) comparar o nível do biomarcador na amostra com o nível do biomarcador obtido de uma amostra de referência, em que uma mudança no nível do biomarcador é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento de câncer no sujeito; em que o composto de tratamento é o Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
25. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 22 a 24, caracterizado pelo fato de que o aumento do nível do biomarcador em comparação com o nível de referência é indicativo da eficácia do composto de tratamento no tratamento de câncer no sujeito.
26. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 22 a 24, caracterizado pelo fato de que a diminuição do nível do biomarcador em comparação com o nível de referência é indicativa da eficácia do composto de tratamento no tratamento de câncer no sujeito.
27. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 21, caracterizado pelo fato de que compreende ainda administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz do composto de tratamento ao sujeito diagnosticado como propenso a responder ao composto de tratamento.
28. Uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 9 a 13 ou método de acordo com a reivindicação 27, caracterizado pelo fato de que compreende ainda administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um segundo agente ativo ou de uma terapia de suporte.
29. Uso ou método de acordo com a reivindicação 28, caracterizado pelo fato de que o segundo agente ativo é selecionado do grupo que compreende moléculas grandes, moléculas pequenas ou terapias celulares e o segundo agente ativo é opcionalmente selecionado de um grupo que compreende melfalano, vincristina, ciclofosfamida, etoposídeo, doxorrubicina, bendamustina, um inibidor de proteassoma, um inibidor de histona deacetilase, um inibidor de BET, um inibidor de BCL2, um inibidor de MCL-1, um corticosteroide, dexametasona, um anticorpo, um inibidor de checkpoint e células CAR.
30. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 29, caracterizado pelo fato de que a amostra de referência é obtida do sujeito antes de administrar o composto de tratamento ao sujeito, e em que a amostra de referência é da mesma fonte que a amostra.
31. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 29, caracterizado pelo fato de que a amostra de referência é obtida de um sujeito saudável sem câncer e em que a amostra de referência é da mesma fonte que a amostra.
32. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 29, caracterizado pelo fato de que a amostra de referência é obtida de um sujeito que recebe um composto anticâncer que não é o referido composto de tratamento e em que a amostra de referência é da mesma fonte que a amostra.
33. Método de acordo com a reivindicação 32, caracterizado pelo fato de que o referido composto anticâncer é selecionado do grupo que compreende lenalidomida, pomalidomida ou um derivado destes.
34. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 33, caracterizado pelo fato de que o câncer é mieloma múltiplo (MM).
35. Método de acordo com a reivindicação 34, caracterizado pelo fato de que o MM é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional.
36. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a
35, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é cereblon (CRBN).
37. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 35, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é uma proteína associada ao CRBN.
38. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 35, caracterizado pelo fato de que o biomarcador tem uma função em uma via de apoptose.
39. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 35, caracterizado pelo fato de que o biomarcador tem uma função em uma via do ciclo celular.
40. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 35, caracterizado pelo fato de que o biomarcador tem uma função na ativação de células T.
41. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 35, caracterizado pelo fato de que o biomarcador são células tumorais circulantes (CTCs).
42. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 35, caracterizado pelo fato de que o biomarcador são linfócitos infiltrantes de tumor (TILs).
43. Método de acordo com a reivindicação 37, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em IKZF1, IKZF3, ZFP91, c-MYC e IRF4.
44. Método de acordo com a reivindicação 38, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em Caspase-1 clivada (c-Caspase-1), Caspase-3 clivada (c-Caspase-3), Caspase-7 clivada (c-Caspase-7), PARP clivada, survivina, proteína 11 semelhante a BCL-2 BIM (BIM) e cadeia leve livre de soro.
45. Método de acordo com a reivindicação 38, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador é medido por marcação e fragmentação de extremidade por dUTP e desoxinucleotidil transferase terminal (terminal deoxynucleotidyl transferase dUTP nick end labeling, TUNEL)
46. Método de acordo com a reivindicação 38, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador é medido por Anexina-V e 7-AAD.
47. Método de acordo com a reivindicação 38, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador é medido por Anexina-V e iodeto de propídio (PI).
48. Método de acordo com a reivindicação 39, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em inibidor 1 de quinase dependente de ciclina (p21), inibidor 1B de quinase dependente de ciclina (p27) e proteína de retinoblastoma (pRb1).
49. Método de acordo com a reivindicação 40, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em interleucina-2 (IL-2), fator de necrose tumoral alfa (TNFα), interferon gama (IFNγ) e clonalidade de receptor de células T (TCR).
50. Método de acordo com a reivindicação 42, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador é medido por histologia.
51. Método de acordo com a reivindicação 43, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é IKZF1.
52. Método de acordo com a reivindicação 43, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é IKZF3.
53. Método de acordo com a reivindicação 43, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é ZFP91.
54. Método de acordo com a reivindicação 43, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é c-MYC.
55. Método de acordo com a reivindicação 43, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é IRF4.
56. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é Caspase-3 clivada (c-Caspase-3).
57. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é Caspase-1 clivada (c-Caspase-1).
58. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é Caspase-7 clivada (c-Caspase-7).
59. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é PARP clivada.
60. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é survivina.
61. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é proteína 11 semelhante a BCL-2 (BIM).
62. Método de acordo com a reivindicação 44, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é cadeia leve livre de soro (sFLC).
63. Método de acordo com a reivindicação 48, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é p21.
64. Método de acordo com a reivindicação 48, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é p27.
65. Método de acordo com a reivindicação 48, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é pRb1.
66. Método de acordo com a reivindicação 49, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é CD25 solúvel (sCD25).
67. Método de acordo com a reivindicação 49, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é IL-2.
68. Método de acordo com a reivindicação 49, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é TNFα.
69. Método de acordo com a reivindicação 49, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é IFNγ.
70. Método de acordo com a reivindicação 49, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é a clonalidade do receptor de células T (TCR).
71. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 69, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador é maior do que um nível de referência.
72. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 69, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador é menor do que um nível de referência.
73. Método de acordo com a reivindicação 70, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é medido por sequenciamento de DNA de TCR.
74. Método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional que é propenso a responder a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
75. Método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional que é propenso a responder a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
76. Método de identificação de um sujeito com mieloma múltiplo que é reincidente, refratário ou resistente à terapia convencional que é propenso a responder a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3:
ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
77. Método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
78. Método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
79. Método de previsão da capacidade de resposta de um sujeito com mieloma múltiplo a um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende: (a) determinar o nível de um biomarcador em uma amostra obtida de um sujeito; e (b) diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que um nível de referência do biomarcador; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
80. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 74 a 79, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é CRBN.
81. Método de acordo com a reivindicação 80, caracterizado pelo fato de que compreende diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o nível do biomarcador na amostra for menor do que a referência do biomarcador.
82. Método de acordo com a reivindicação 80, caracterizado pelo fato de que compreende diagnosticar o sujeito como propenso a responder ao composto de tratamento se o biomarcador for detectável na amostra.
83. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 82, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador é medido pela determinação do nível de proteína do biomarcador.
84. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 82, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador é medido pela determinação do nível de mRNA do biomarcador.
85. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 82, caracterizado pelo fato de que o nível do biomarcador é medido pela determinação do nível de cDNA do biomarcador.
86. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 82, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é determinado por sequenciamento de DNA.
87. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8 e 14 a 82, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é determinado por sequenciamento de RNA (RNA-seq).
88. Método de acordo com a reivindicação 83, caracterizado pelo fato de que compreende colocar as proteínas dentro da amostra em contato com um primeiro anticorpo que se liga imunoespecificamente à proteína do biomarcador.
89. Método de acordo com a reivindicação 88, caracterizado pelo fato de que compreende ainda: (a) colocar a proteína do biomarcador ligada ao primeiro anticorpo em contato com um segundo anticorpo com um marcador detectável, em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente à proteína do biomarcador, e em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente a um epítopo diferente na proteína do biomarcador do que o primeiro anticorpo; (b) detectar a presença do segundo anticorpo ligado à proteína do biomarcador; e (c) determinar a quantidade da proteína do biomarcador com base na quantidade de marcador detectável no segundo anticorpo.
90. Método de acordo com a reivindicação 88, caracterizado pelo fato de que compreende ainda: (a) colocar o primeiro anticorpo ligado à proteína do biomarcador em contato com um segundo anticorpo com um marcador detectável, em que o segundo anticorpo se liga imunoespecificamente ao primeiro anticorpo; (b) detectar a presença do segundo anticorpo ligado ao primeiro anticorpo; e (c) determinar a quantidade da proteína do biomarcador com base na quantidade de marcador detectável no segundo anticorpo.
91. Método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende determinar o nível de um biomarcador em uma ou mais amostras obtidas de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 1: ou um enantiômero, mistura de enantiômeros, tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
92. Método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende determinar o nível de um biomarcador em uma ou mais amostras obtidas de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 2: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
93. Método de determinação ou ajuste de uma dosagem para tratar um sujeito com mieloma múltiplo com um composto de tratamento, caracterizado pelo fato de que compreende determinar o nível de um biomarcador em uma ou mais amostras obtidas de um sujeito ao qual um composto de tratamento foi previamente administrado e, assim, determinar se a dosagem é apropriada ou precisa de um ajuste; em que o composto de tratamento é um composto do Composto 3: ou um tautômero, isotopólogo ou sal farmaceuticamente aceitável destes.
94. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 91 a 93, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é selecionado do grupo que consiste em IKZF1 e IKZF3.
95. Método de acordo com a reivindicação 94, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é IKZF1.
96. Método de acordo com a reivindicação 94, caracterizado pelo fato de que o biomarcador é IKZF3.
97. Invenção de produto, processo, sistema, kit ou uso, caracterizada pelo fato de que compreende um ou mais elementos descritos no presente pedido de patente.
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 315/350 1/36
Composto 3 Composto 2
Porcentagem de Controle
Porcentagem de Controle Porcentagem de Controle
Concentração (µM) Concentração (µM) Concentração (µM)
Figura 1
Sensível Resistente a POM
Comp 2 Comp 2 Comp 2
Comp 2 Comp 2
Comp 2 Comp 2
Comp 2 Comp 2
Comp 2
Comp 2 Comp 2
Tubulina
Tratamento de 72 Horas
Figura 2
Sensível Resistente a POM
Comp 2 Comp 2
Comp 2
Comp 2 Comp 2 Comp 2 Comp 2
Comp 2 Comp 2
Comp 2 Comp 2
Comp 2 Survivina Caspase-7 clivada Caspase-3 clivada PARP clivada
Tubulina
Tratamento de 72 Horas
Figura 3
100 nM Comp 2 10 nM Comp 2 (Dia 5)
Caspase3 Clivada
Actina
Figura 4
100 nM Comp 2 100 nM Comp 2
B-Tubulina
Figura 5
10 nM Comp 2
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 320/350 100 nM Comp 2
10 nM Comp 2 100 nM Comp 2
10 nM Comp 2 6/36
100 nM Comp 2
Figura 5b 10 nM Comp 2 100 nM Comp 2
10 nM Comp 2 100 nM Comp 2
Actina Clivada (Dia 5)
Caspase3
Composto 2
Figura 6A β-Tubulina
Fosfo-Rb S807/811
Survivina
Figura 6B
Caspase-1 Clivada
Caspase-7 Clivada
Caspase-3 Clivada
PARP Clivada β-Tubulina
Degradação de Aiolos em Células H929-1051 Degradação de Ikaros em Células H929-1051 Exposição Contínua Exposição Contínua 0,1 µM de Comp 2 0,01 µM de Comp 2
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 322/350 % Controle % Controle Tempo (hr) Tempo (hr) Figura 7A 8/36
Degradação de Aiolos em Células OPM2-P10 Degradação de Ikaros em Células OPM2-P10 Exposição Contínua Exposição Contínua 0,1 µM de Comp 2 0,01 µM de Comp 2
% Controle % Controle
Tempo (hr) Tempo (hr) Figura 7B
Degradação de Aiolos em H929-1051 Degradação de Ikaros em H929-1051 Eliminação de 15 Minutos Eliminação de 15 Minutos 0,01 µM de Comp 2 0,1 µM de Comp 2
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 323/350 % Controle
% Controle 9/36
Tempo (hr) Tempo (hr)
Figura 8
Degradação de Aiolos em OPM2-P10 Degradação de Ikaros em H929- Exposição de 6 Horas 1051 Exposição de 6 Horas
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 324/350 0,1 µM de Comp 2 0,01 µM de Comp 2
% Controle
% Controle 10/36
Tempo (hr) Tempo (hr)
Figura 9
Contínua Exposição de 15 minutos Exposição de 6 horas Porcentagem de Caspase-3 Clivada em Células H929-1051 Porcentagem de Caspase-3 Clivada em Células H929-1051 Porcentagem de Caspase-3 Clivada em Células H929-1051 Exposição Contínua Eliminação em 15 minutos Eliminação em 6 Horas
0,1 µM de Comp 2 0,01 µM de Comp 2
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 325/350 % Positiva (Caspase-3 clivada)
% Positiva (Caspase-3 clivada)
% Positiva (Caspase-3 clivada) Tempo (hr) Tempo (hr) Tempo (hr)
Porcentagem de Caspase-3 Clivada em Células OPM2-P10 Porcentagem de Caspase-3 Clivada em Células OPM2-P10 Porcentagem de Caspase-3 Clivada em Células OPM2-P10 Exposição Contínua Eliminação em 15 minutos Eliminação em 6 Horas 11/36
0,1 µM de Comp 2 0,01 µM de Comp 2 % Positiva (Caspase-3 clivada)
% Positiva (Caspase-3 clivada)
% Positiva (Caspase-3 clivada) Tempo (hr) Tempo (hr) Tempo (hr)
Figura 10
Composto 2
Figura 11 B Proliferação IC50 (µM) Pomalidomida
Figura 11A
Proliferação IC50 (µM)
Fold change da caspase 3 a partir de DMSO
Composto 2 Composto 2 Composto 2 pomalidomida lenalidomida
Figura 12
Dia 14 Dia 15 Dia 16
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 328/350 Concentração do Composto Concentração do Composto Concentração do Composto
Dia 19 Dia 21 Dia 23 14/36
Concentração do Composto Concentração do Composto Concentração do Composto
Figura 13
Dia 10 Dia 11 Dia 12
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 329/350 [Composto 2] [Composto 2] [Composto 2]
Dia 13 Dia 14 Dia 17 15/36
[Composto 2] [Composto 2] [Composto 2]
Dia 22 Dia 20 Doador 1 Doador 2
[Composto 2] [Composto 2] Figura 14
Dia 12 Dia 10 Dia 11
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 330/350 Composto 2 Composto 2 Composto 2
Dia 13 Dia 14 Dia 17 16/36
Composto 2 Composto 2 Composto 2
Dia 20 Dia 22 Doador 1 Doador 2
Composto 2 Composto 2
Figura 15
Composto 2 6h.
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 331/350 Figura 16A Composto 2 17/36 (% de DMSO) Inibição de Ikaros Células no Estágio IV % Células no Estágio IV Inibição de Ikaros Tempo (dias) dias em tratamento Figura 16B
[B] PI-A / Anexina V-APC-A [B] PI-A / Anexina V-APC-A PBMC + coculturas de K562 (Dados brutos, doadores n=4)
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 332/350 Composto 2
Anexina V-APC-A Anexina V-APC-A Composto 2 18/36
[B] PI-A / Anexina V-APC-A [B] PI-A / Anexina V-APC-A % Iodeto de Propídio/Anexina- células K562
Anexina V-APC-A
Anexina V-APC-A Concentração de composto (µM)
Figura 17A Figura 17B
H929 + Doador 4294 H929 1051 + Doador 4294 (cocultura de 24h) (cocultura de 24h)
Composto 2 Composto 2
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 333/350 19/36
% CFSE+Anexina V-7AAD- células % CFSE+Anexina V-7AAD- células normalizadas para controle de DMSO normalizadas para controle de DMSO Concentração de composto (µM) Concentração de composto (µM)
Figura 18A Figura 18B
Composto 2 Culturas Únicas de H929 H929 + 4294 - Coculturas de 24h H929 + 4294 - Coculturas de 24h (4d total) (4d total: Viabilidade de PBMC) (4d total: Viabilidade de H929)
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 334/350 20/36
% CFSE+Anexina V-7AAD- células % CFSE+Anexina V-7AAD- células normalizadas para controle de DMSO % CFSE+Anexina V-7AAD- células normalizadas para controle de DMSO normalizadas para controle de DMSO
Concentração de composto (µM) Concentração de composto (µM) Concentração de composto (µM)
Figura 19A
Composto 2
Culturas Únicas de H929-1051 H929-1051 + 4294 - Coculturas de 24h H929-1051 + 4294 - Coculturas de 24h (4d total) (4d total: Viabilidade de PBMC) (4d total: Viabilidade de H929-1051)
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 335/350 21/36
% CFSE+Anexina V-7AAD- células normalizadas para controle de DMSO % CFSE+Anexina V-7AAD- células
% CFSE+Anexina V-7AAD- células normalizadas para controle de DMSO normalizadas para controle de DMSO Concentração de composto (µM) Concentração de composto (µM) Concentração de composto (µM)
Figura 19B
Composto 2
Culturas Únicas de OPM2 OPM2 + PBMC do Doador 4294 OPM2 + PBMC do Doador 4294 (4 dias no total) Coculturas de 24h Coculturas de 24h (4 dias no total: Viabilidade de PBMC) (4 dias no total: Viabilidade de OPM2)
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 336/350 22/36
% CFSE+ Anexina V- 7AAD- células normalizadas para controle de DMSO % CFSE+ Anexina V- 7AAD- células
% CFSE+ Anexina V- 7AAD- células normalizadas para controle de DMSO normalizadas para controle de DMSO Concentração de composto (µM) Concentração de composto (µM) Concentração de composto (µM)
Figura 19C
Composto 2 OPM2.P10 + PBMC do Doador 4294 OPM2.P10 + PBMC do Doador 4294 Culturas Únicas de OPM2.P10 Coculturas de 24h Coculturas de 24h (4 dias no total) (4 dias no total: Viabilidade de PBMC) (4 dias no total: Viabilidade de OPM2.P10)
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 337/350 23/36
% CFSE+ Anexina V- 7AAD- células % CFSE+ Anexina V- 7AAD- células
% CFSE+ Anexina V- 7AAD- células normalizadas para controle de DMSO normalizadas para controle de DMSO normalizadas para controle de DMSO
Concentração de composto (µM) Concentração de composto (µM) Concentração de composto (µM)
Figura 19D
Doadores de PBMC Saudáveis (n = 9 doadores)
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 338/350 Composto 2 24/36
Concentração de Composto (µM)
Figura 20
Il-2 a 24 horas n IFN-γ a 24 horas n TNF-α a 24 horas = 4 Doadores = 3 Doadores n = 3 Doadores
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 339/350 modulação de DMSO modulação de DMSO modulação de DMSO 25/36
Concentração de Composto (µM) Concentração de Composto (µM) Concentração de Composto (µM)
Composto 2 Composto 2 Composto 2
Figura 21A Figura 21B Figura 21C
Degradação de Ikaros em Células T CD4+ a Degradação de Ikaros em Células T CD4+ a Degradação de Ikaros em Células T CD4+ a 24 Horas (n = 2 doadores) 48 Horas (n = 2 doadores) 72 Horas (n = 2 doadores)
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 340/350 para Controle Tratado com DMSO (%)
para Controle Tratado com DMSO (%)
para Controle Tratado com DMSO (%) Ikaros MFI em Células T CD4+ Normalizada
Ikaros MFI em Células T CD4+ Normalizada
Ikaros MFI em Células T CD4+ Normalizada 26/36
Concentração de Composto (µM) Concentração de Composto (µM) Concentração de Composto (µM)
Composto 2 Composto 2 Composto 2
Figura 22A Figura 22B Figura 22C
Concentração de Composto (µM)
Figura 23A
Fold Change de IL-2
Concentração de Composto (µM)
Figura 23B
Fold Change de IL-2
Concentração de Composto Composto 2
(µM)
Figura 23C
Fold Change de IL-2
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 344/350 de Composto 2 de Composto 2 de Composto 2 de Composto 2 30/36
% Variação em Comparação com a Avaliação Inicial (horas)
Figura 24A
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 345/350 de Composto 2 de Composto 2 de Composto 2 31/36
% Variação em Comparação com a Avaliação Inicial (horas)
Figura 24B
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 346/350 de Composto 2 de Composto 2 de Composto 2 de Composto 2 32/36
(horas)
% Variação em Comparação com a Avaliação Inicial Figura 25A
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 347/350 de Composto 2 de Composto 2 de Composto 2 33/36
% Variação em Comparação com a Avaliação Inicial (horas)
Figura 25B
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 348/350 Sujeito A Sujeito B
PONTUAÇÃO IHC Sujeito C Pré-Tratamento Em Tratamento Pré-Tratamento Em Tratamento Pré-Tratamento Em Tratamento Figura 26A Figura 26C Figura 26B 34/36 Sujeito A Sujeito B Sujeito C
PONTUAÇÃO IHC Pré-Tratamento Em Tratamento Pré-Tratamento Em Tratamento Figura 26D Figura 26E cronograma 15-24/28 cronograma 15-21/28
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 349/350 35/36 em Comparação com a Avaliação Inicial Sujeito A
% Variação Visita
Figura 27 cronograma 15-24/28 cronograma 15-21/28
Petição 870210005826, de 18/01/2021, pág. 350/350 36/36 em Comparação com a Avaliação Inicial Sujeito G
Sujeito A
% Variação Visita
Figura 28
BR112020023756-6A 2018-05-23 2019-05-22 tratamento de mieloma múltiplo e uso de biomarcadores para 4-(4-(4-(((2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindolin-4-il)oxi)metil)benzil)piperazin-1-il)-3-fluorobenzonitrila BR112020023756A2 (pt)

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