Hans Knudssøn var en av de lojale tjenerne kong Christian 2 gjorde bruk av i sin norske forvaltning, med sikte på å svekke adelens og kirkens innflytelse og øke de kongelige lensinntektene.
Hans Knudssøn var geistlig utdannet og sannsynligvis av dansk avstamning. Han er første gang omtalt som dekan i Bergen 1514 og kan ha tiltrådt stillingen samme år, samtidig med at Christian 2 beskikket Jørgen Hanssøn til befalingsmann i kongsgården i Bergen. Dekanatet var den nest høyeste verdigheten i det bergenske domkapitlet, opprettet av kong Hans omkring 1496 med inntekter fra de tidligere kongelige kapellene Allehelgenskirken og Katarinakirken. Stillingen var trolig tenkt som en sinekyre til underhold av geistlige kongen ville bruke i sin tjeneste. I alle fall var det slik den fungerte i Hans Knudssøns tid.
Det var Christian 2s politikk å styrke kongemakten og øke kongsinntektene ved å skifte ut høyadelige befalingsmenn og lensinnehavere med lojale tjenere av lavadelig eller borgerlig herkomst. Den danske borgersønnen Jørgen Hanssøn er et eksempel på dette, og Hans Knudssøn hadde trolig en lignende bakgrunn. I praksis ser det ut til at han fungerte som Jørgens stedfortreder og høyre hånd i forvaltningen av det bergenske hovedlenet, som strakte seg fra Lista til Finnmark og inkluderte et direktestyrt slottslen som i Jørgens tid ble utvidet til å omfatte det meste av hovedlenet. Hans Knudssøn opptrådte som slottsforvalter i Bergen i Jørgens fravær og krevde 1519–21 inn den harde tiendepengeskatten (en 10 prosents formueskatt) på Nordvestlandet og i Nord-Norge. Ekstraskattleggingen rammet også folk i kirkens tjeneste, og ifølge en senere klage fra det bergenske domkapitlet hadde Hans vært mer i kongens enn i den hellige kirkens tjeneste. Det ble hevdet at han hadde fart tyrannisk frem som skatteinnkrever og brukt falske vekter for å få inn mer sølv.
Da biskop Andor av Bergen døde 1522, vågde ikke domkapitlet å velge ny biskop på egen hånd, men sendte Hans Knudssøn til kongen med en gave. Christian 2 var våren 1523 i ferd med å gå i landflyktighet, og han overlot bispevalget til domkapitlet med en antydning om at han ønsket Hans Knudssøn valgt. Da kongen kort etter forlot sine riker, fulgte Jørgen Hanssøn etter ham til Holland, men innsatte først Hans Knudssøn som høvedsmann i den kongsgården han hadde bygd ut til det befestede Bergenhus slott. Biskop ble Hans derimot ikke. Da domkapitlet ikke lenger trengte frykte Christian 2s reaksjon, valgte det sin egen kandidat, Olav Torkelsson.
I den labile situasjonen i forbindelse med tronskiftet 1523 foretok tyskere fra det hanseatiske Kontoret og de tyske håndverksamtene i Bergen i november et brutalt overfall på noen av byens borgere, særlig skotskfødte konkurrenter, og røvet byens privilegier fra rådstuen. Hans Knudssøn hadde bare femti våpenføre menn på slottet og var ikke i stand til å forhindre tyskernes voldsferd. Det norske riksrådet hadde tidligere på året vedtatt å trekke inn alle len under tronvakansen, og Hans Knudssøn ble nå presset til å overgi Bergenhus, som straks ble gitt videre til Vincens Lunge.
1524 måtte Hans også si fra seg dekanatet i Bergen mot betaling og løfte om en årlig rente. Men han gikk over til den nye kongen, Frederik 1, og fikk etter hvert hans støtte til å gjenvinne dekanatet. Her styrket det hans sak at biskop og domkapittel ikke betalte hans årlige rente etter avtale. Det endte med at kongen gjenoppnevnte Hans til dekan 1528. I denne stillingen satt han fortsatt 1530, siste gang han er omtalt.