install
step1: Install Singularity in your OS, you can refer https://docs.sylabs.io/guides/latest/user-guide/quick_start.html.
step2: git clone https://github.com/zhk2017/recos.git, cd recos/exe && chmod 755 recos
step3: download base img: https://pan.baidu.com/s/1e54jrCk62SSvFcr8o7tMoA , Extraction code: q2e5
step4: base img file name is recos.sif, wo should mv base img recos.sif in img directory(cloned directory).
如果基础镜像链接失效,或者有其他问题,请加我微信,微信号:wxid_h7ip07mfu4l312
There are five example dataset for beginers, change the directory into the tutorials data path, and sh run.sh. when the job is finished, a SVG format picture will be generated. You can use Chromo browser to open it.
perl recos_wrapper.pl -c example.ini -o example
-c configure file for plot
-o output fileanme, auto add .svg suffix
[canvas] #用于定义整个画布的大小、图形方向、图形元素所在的位置和大小等
width = 2000 #画布宽度,像素
height = 1200 #画布高度,像素
direction = vertical #图形元素的方向,水平或垂直
axis_ratio = 0.05 #坐标轴占画布的大小,0.05表示占总大小的5%,举例:如果direction为水平,表示占高度的5%
name_ratio = 0.05 #染色体名称占画布的大小
margin = 10,10,10,10 #画布四周留白的大小,像素
inner_ratio = 0.15,0.2,0.3,0.2,0.15 #每个染色体对占一个区域,里面分为5部分,详见后面对参数的说明
[axis]
canvas_position = left #坐标轴在画布中的位置,举例:如果direction为水平,则只能是上或下
ticks_minor = 1Mb #坐标轴中较短刻度的步长
ticks_major = 5Mb #坐标轴较长刻度的步长
ticks_minor_len = -5 #较短刻度的长度,像素,负值可以调整方向
ticks_major_len = -10 #较长刻度的长度,像素,负值可以调整方向
axis_line = 0.7 #以坐标轴区域为参考,坐标轴主线在里面的位置,举例:0.5表示居中
axis_color = rgb(0,0,0) #坐标轴颜色
axis_label = 0.2 #以坐标轴区域为参考,刻度标签名称所在位置
axis_label_size = 12 #刻度标签名称的大小,像素
axis_label_color = rgb(0,255,255) #刻度标签名称的颜色
axis_width = 1 #坐标轴线条宽度
axis_opacity = 1 #坐标轴线条透明度
label_unit = Mb #刻度标签名称的单位
[chromosome]
canvas_position = bottom #展示染色体比较的绘图元素在画布中的位置
chromosome_list = /data/example/ref_query.list #定义染色体比较关系、条带颜色、染色体长度、透明度、比较ID等
chroms = 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20 #比较ID的列表在chromosome_list定义,指定展示顺序
name_position = center #染色体名称标签的位置
round=15 #设置染色体条带两端为圆形,单位像素,越大弧度越大,默认为0,表示直角
>[ref_out1] #定义参考基因组外侧要展示的图形元素
file =/data/PAV/ref.bed
type = hist #以直方图展示
pos0 = 0 #起始位置,最小为0
pos1 = 1 #终止位置,最大为1,可以是小数
low_color = rgb(0,0,0) #低位色
color = rgb(0, 0, 255) #颜色
high_color =rgb(0, 0, 255) #高位色
min = 100 #绘图时的最小值
max = 5000 ##绘图时的最大值
[ref_in1] #定义参考基因组条带内部要展示的图形元素
file = /data/example/gly.gc.bed
type = heatmap #以热图展示
pos0 = 0
pos1 = 1
low_color = rgb(255,255,255)
color = rgb(0, 0, 255)
high_color =rgb(255, 0, 0)
min = 0.3
max = 0.5
[qry_in1] #定义查询基因组条带内部要展示的图形元素
file =/data/PAV/query.bed
type = hist
pos0 = 0
pos1 = 1
low_color = rgb(0,0,0)
color = rgb(255, 0, 0)
high_color =rgb(255, 0, 0)
min = 100
max = 5000
[link1] #定义染色体对的共线性关系,文件内部可以设置共线性块的颜色,来区分是否时SV,以????????
coord = /data/coords.txt
example1 cd tutorials/example1 && sh run.sh
example2 cd tutorials/example2 && sh run.sh
example3 cd tutorials/example3 && sh run.sh