本程序将OVITO pro中原本收费的代码, 通过官方提供的API进行封装之后再供同学们调用, 简化了许多不必要的麻烦, 本代码主要是对OVITO pro中的Spatial binning模块进行封装, 以实现LAMMPS中类似于compute chunk类似的功能, 本代码共提供了5个函数以供同学们进行调用, 具体用法和意义如下:
Bin_1d(fileName, outputName, itemName, axis, counts, operation="mean", isDeriv=False, isReturn=False):
'''
此函数用于将导入的原子模型在一维方向上进行切割, 并计算对应的property, 然后将结果输出, 各输入参数意义如下
fileName : 字符串类型, 模型文件的名称
outputName: 字符串类型, 输出的结果文件的名称, 类型为txt格式, 只有2列数据, 可以用熟练的绘图软件读取数据并绘制曲线
itemName : 字符串类型, 需要在某一个方向上进行平均的propertyname, 对应dump文件中ITEMS那一行的输出
axis : 字符串类型, 在哪个轴上面进行切割
counts : 整数类型, 在对应的轴上面共切割几份
operation : 字符串类型, 默认为mean, 意思是将chunk内部的所有原子的property加起来再除以chunk中原子数量
isDeriv : 逻辑变量, 默认为false, 这个选项只对1维有效, 意思是是否对获得的曲线求取一阶导数
isReturn : 逻辑变量, 默认为false, 意思是是否返回numpy结果, 如果改成True需要用一个变量来接受计算出来的numpy矩阵
'''Bin_2d(fileName, outputName, itemName, axis, counts,
operation="mean"):
'''
此函数用于将导入的原子模型在一维方向上进行切割, 并计算对应的property, 然后将结果输出, 各输入参数意义如下
fileName : 字符串类型, 模型文件的名称
outputName: 字符串类型, 输出的结果文件的名称, 类型为VTK格式, 可以使用paraview进行查看和后处理
itemName : 字符串类型, 需要在某一个方向上进行平均的propertyname, 对应dump文件中ITEMS那一行的输出
axis : 字符串类型, 在哪个轴上面进行切割, 可以选择的方向有xy, xz, yz
counts : 元组类型, 含有2个整数在对应的轴上面共切割几份
operation : 字符串类型, 默认为mean, 意思是将chunk内部的所有原子的property加起来再除以chunk中原子数量
'''Bin_3d(fileName, outputName, itemName, counts,
operation="mean"):
'''
此函数用于将导入的原子模型在三维方向上进行切割, 并计算对应的property, 然后将结果输出, 各输入参数意义如下
fileName : 字符串类型, 模型文件的名称
outputName: 字符串类型, 输出的结果文件的名称, 类型为VTK格式, 可以使用paraview进行查看和后处理
itemName : 字符串类型, 需要在某一个方向上进行平均的propertyname, 对应dump文件中ITEMS那一行的输出
counts : 元组类型, 含有3个整数在对应的xyz轴上面共切割几份
operation : 字符串类型, 默认为mean, 意思是将chunk内部的所有原子的property加起来再除以chunk中原子数量
'''density_2d(fileName, outputName, counts, axis,
operation="sumvol"):
'''
此函数用于计算导出绘制原子模型的二维密度云图, 以下是各参数的具体意义:
fileName : 字符串类型, 模型文件的名称
outputName: 字符串类型, 输出的结果文件的名称, 类型为VTK格式, 可以使用paraview进行查看和后处理
axis : 字符串类型, 在哪个轴上面进行切割, 可以选择的方向有xy, xz, yz
counts : 元组类型, 含有2个整数在对应的xyz轴上面共切割几份
operation : 字符串类型, 默认为sumvol, 意思是平均数密度, 即用原子数除以chunk体积
'''density_3d(fileName, outputName, counts,
operation="sumvol"):
'''
此函数用于计算导出绘制原子模型的三维密度云图, 以下是各参数的具体意义:
fileName : 字符串类型, 模型文件的名称
outputName: 字符串类型, 输出的结果文件的名称, 类型为VTK格式, 可以使用paraview进行查看和后处理
counts : 元组类型, 含有3个整数在对应的xyz轴上面共切割几份
operation : 字符串类型, 默认为sumvol, 意思是平均数密度, 即用原子数除以chunk体积
''' 同时在main.py文件中, 提供了5种函数的具体调用方法, 测试文件Fe_tension1000.xyz是我之前做的一个模型, v_mises是我在in文件里面编程计算出来的原子mises应力.
而final_cool.lmp是我做的一个CuNb的非晶金属玻璃模型, 用于绘制2d密度云图的演示, 密度云图这一块貌似都是以二维的为主, 所以我只提供了二维和三维的数据导出函数.
Bin_1d:
Bin_2d:
Bin_3d:
density_2d:
density_3d:
最后关于paraview的下载安装和使用, 就请同学们自行bing查找资料学习了, 基础操作还是非常简单易懂的.